TBK2020-seminar

From Wiki FKKT
Jump to navigationJump to search

Temelji biokemije- seminar

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena. Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih. Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan tukaj.

Seznam seminarjev

Ime in priimek Naslov seminarja Povezava Rok za oddajo Rok za recenzijo Datum predstavitve Recenzent 1 Recenzent 2 Recenzent 3
Anna Scott Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek povezava 28.10. 05.11. 07.11. r1 r2 r3
Lenka Stanković Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 https://www.pnas.org/content/117/1/541 24.02. 27.02. 03.03. Špela Došler Zala Perko Marija Dujaković
Ena Kartal Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm 24.02. 27.02. 03.03. Jasmina Bešić Ana Žagar Neža Leskovar
Ema Kovačič Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti https://insight.jci.org/articles/view/127806 24.02. 27.02. 03.03. Nikola Janakievski Karin Rak Luka Hafner
Nika Tomsič Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije 24.02. 27.02. 03.03. Maja Deutsch Jakob Tomšič Marigona Beqiraj
Sara Golob Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm 24.02. 27.02. 03.03. Manca Pirc Maja Kobal Rebeka Jerina
Zala Puklavec Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue 04.03. 07.03. 10.03. Nika Bedrač Špela Došler Zala Perko
Martin Stanonik De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm 04.03. 07.03. 10.03. Ivana Trifunovska Jasmina Bešić Ana Žagar
Klara Kočman Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm 04.03. 07.03. 10.03. Bor Krajnik Nikola Janakievski Karin Rak
Maša Mencigar Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm 04.03. 07.03. 10.03. Erik Putar Maja Deutsch Jakob Tomšič
Nevena Ješić Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm 04.03. 07.03. 10.03. Ela Bizjak Manca Pirc Maja Kobal
Nika Perko Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 10.03. 13.03. 24.03. Lenka Stanković Nika Bedrač Špela Došler
Timotej Sotošek Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa 10.03. 13.03. 24.03. Ena Kartal Ivana Trifunovska Jasmina Bešić
Hana Glavnik Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm 10.03. 13.03. 24.03. Ema Kovačič Bor Krajnik Nikola Janakievski
Maja Deutsch Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 17.03. 20.03. 24.03. Martin Stanonik Ena Kartal Ivana Trifunovska
Eva Ratajc Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 17.03. 20.03. 24.03. Anja Moškrič Ema Kovačič Bor Krajnik
Lana Kores Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm 17.03. 20.03. 24.03. Maša Mencigar Nika Tomsič Erik Putar
Jan Kogovšek Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm 24.03. 27.03. 31.03. Nika Perko Zala Puklavec Lenka Stanković
Nina Žgajnar In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm 24.03. 27.03. 31.03. Timotej Sotošek Martin Stanonik Ena Kartal
Erika Rihter 24.03. 27.03. 31.03. Hana Glavnik Anja Moškrič Ema Kovačič
Luka Šegota Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm 24.03. 27.03. 31.03. Klara Kočman Maša Mencigar Nika Tomsič
Eva Vene Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm 24.03. 27.03. 31.03. Gaja Osojnik Nevena Ješić Sara Golob
Ajda Beltram Identifikacija potencialnih komponent cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm 31.03. 03.04. 07.04. Aleksandra Pajović Nika Perko Zala Puklavec
Jan Trebušak Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190820130938.htm 31.03. 03.04. 07.04. Aljaž Simonič Timotej Sotošek Martin Stanonik
Jan Bregar Prehodno neintegrativno izražanje reprogramirnih faktorjev v jedru spodbuja večplastno izboljšanje starih človeških celic https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324090007.htm 31.03. 03.04. 07.04. Eva Ratajc Hana Glavnik Anja Moškrič
Gregor Strniša Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200211103721.htm 31.03. 03.04. 07.04. Lana Kores Klara Kočman Maša Mencigar
Petra Pahor 31.03. 03.04. 07.04. Sara Borišek Gaja Osojnik Nevena Ješić
Nadja Dolničar Interferonsko spodbujeno izločanje živega patogena Cryptococcus neoformans iz makrofagov kot posledica virusne okužbe https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1008240 08.04. 11.04. 14.04. Jan Kogovšek Aleksandra Pajović Nika Perko
Tina Javeršek Vpliv trans maščobnih kislin na potek apoptoze preko mitohondrijske pozitivne povratne zanke JNK-Sab-ROS https://www.nature.com/articles/s41598-020-59636-6 08.04. 11.04. 14.04. Nina Žgajnar Aljaž Simonič Timotej Sotošek
Vid Dobrovoljc Povratni vsadek za dolgotrajno inkapsulacijo in preživetje terapevtskih celic v njem https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200330152124.htm 08.04. 11.04. 14.04. Erika Rihter Eva Ratajc Hana Glavnik
Tinkara Božič Zgradba na atomskem nivoju zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkriva transportni mehanizem gripe tipa B https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm 08.04. 11.04. 14.04. Luka Šegota Lana Kores Klara Kočman
Kostadin Mitkov Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116112548.htm 08.04. 11.04. 14.04. Eva Vene Sara Borišek Gaja Osojnik
Sara Jerič Plenitev morskih virusov s strani negostiteljskih organizmov https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200327113658.htm 15.04. 18.04. 21.04. Ajda Beltram Jan Kogovšek Aleksandra Pajović
Polona Leban Zakaj so motnje avtističnega spektra (ASD) pogostejše pri dečkih kot pri deklicah? https://www.sciencedaily.com/releases/2020/04/200402134622.htm 15.04. 18.04. 21.04. Jan Trebušak Nina Žgajnar Aljaž Simonič
Stefanija Ivanova Perceived healthiness of food items and the traffic light front of pack nutrition labelling: choice-based conjoint analysis and cross-sectional survey https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200228102257.htm 15.04. 18.04. 21.04. Jan Bregar Erika Rihter Eva Ratajc
Luka Stanković Odstranitev gena cirkadianega cikla ščiti miši pred pljučnico https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200106123428.htm 15.04. 18.04. 21.04. Gregor Strniša Luka Šegota Lana Kores
Ana Pervanja Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm 15.04. 18.04. 21.04. Petra Pahor Eva Vene Sara Borišek
Marija Dujaković Beljakovine v krvi ščitijo pred poškodbami nevronov po možganski krvavitvi https://www.jci.org/articles/view/130630 29.04. 02.05. 05.05. Nadja Dolničar Ajda Beltram Jan Kogovšek
Neža Leskovar Zaščita origamija DNA in molekularno povezovanje z inženirsko opredeljenimi sekvencami peptoidov https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200309152051.htm 29.04. 02.05. 05.05. Tina Javeršek Jan Trebušak Nina Žgajnar
Luka Hafner Protibakterijsko delovanje srebrovih ionov https://www.sciencedaily.com/releases/2020/04/200409140021.htm 29.04. 02.05. 05.05. Vid Dobrovoljc Jan Bregar Erika Rihter
Anja Moškrič Povezava med usmerjanjem lizogenih bakteriofagov in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 29.04. 02.05. 05.05. Tinkara Božič Gregor Strniša Luka Šegota
Rebeka Jerina Proizvodnja heparina v celičnih kulturah https://www.sciencedaily.com/releases/2020/04/200410162452.htm 29.04. 02.05. 05.05. Kostadin Mitkov Petra Pahor Eva Vene
Zala Perko Regulacija s staranjem nastalega kroničnega vnetja in inzulinske rezistence z deacetilacijo proteina NLRP3 https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm 06.05. 09.05. 12.05. Sara Jerič Nadja Dolničar Ajda Beltram
Ana Žagar Vpliv uživanja alkohola pred in med nosečnostjo na plod https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200330152119.htm 06.05. 09.05. 12.05. Polona Leban Tina Javeršek Jan Trebušak
Karin Rak Mestospecifično usmerjanje z aktivacijo povezanih transkripcijskih proteinov za obnovitev CRISPR aktivnosti na reprimiranem kromatinu https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200114173620.htm 06.05. 09.05. 12.05. Stefanija Ivanova Vid Dobrovoljc Jan Bregar
Jakob Tomšič Vpliv BPA in njegovega analoga BPS na placento in razvijajoče se možgane https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218182202.htm 06.05. 09.05. 12.05. Luka Stanković Tinkara Božič Gregor Strniša
Maja Kobal Vloga kompleksa Ccr4-Not pri razgradnji mRNA https://www.sciencedaily.com/releases/2020/04/200417114442.htm 06.05. 09.05. 12.05. Ana Pervanja Kostadin Mitkov Petra Pahor
Erika Rihter Življenjski cikel cianobakterijskega karboksisoma https://www.sciencedaily.com/releases/2020/05/200506162205.htm 13.05. 16.05. 19.05. Marija Dujaković Sara Jerič Nadja Dolničar
Jasmina Bešić Kako matične celice popravijo škodo zaradi srčnih napadov https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200313112144.htm 13.05. 16.05. 19.05. Neža Leskovar Polona Leban Tina Javeršek
Nikola Janakievski Structure of a proton-dependent lipid transporter involved in lipoteichoic acids biosynthesis https://www.sciencedaily.com/releases/2020/05/200505105317.htm 13.05. 16.05. 19.05. Luka Hafner Stefanija Ivanova Vid Dobrovoljc
Aljaž Simonič Blago poslabšanje delovanja proteasoma izboljša učinkovitost fotosinteze navadnega repnjakovca (Arabidopsis thaliana) https://www.sciencedaily.com/releases/2020/04/200408102123.htm 13.05. 16.05. 19.05. Marigona Beqiraj Luka Stanković Tinkara Božič
Manca Pirc Posledice izpostavljenosti glukokortikosteroidom v perinatalnem obdobju https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200305132154.htm 13.05. 16.05. 19.05. Rebeka Jerina Ana Pervanja Kostadin Mitkov
Nika Bedrač Nižji vnos žveplo vsebujočih aminokislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm 20.05. 23.05. 26.05. Zala Perko Marija Dujaković Sara Jerič
Ivana Trifunovska Glow-worms and the bioluminescence https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180220143501.htm 20.05. 23.05. 26.05. Ana Žagar Neža Leskovar Polona Leban
Bor Krajnik Kanabidiol kot pomožna učinkovina pri uničevanju Gram pozitivnih baktrij z bacitracinom https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324131833.htm 20.05. 23.05. 26.05. Karin Rak Luka Hafner Stefanija Ivanova
Erik Putar Ekspanzija heličnih pektinskih homogalakturonanskih filamentov poganja morfogenezo rastlinskih epidermalnih celic https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200227144306.htm 20.05. 23.05. 26.05. Jakob Tomšič Marigona Beqiraj Luka Stanković
Ela Bizjak Gojenje človeških organoidov z natančnim homologno-neodvisnim urejanjem genoma CRISPR-Cas9 https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200302113330.htm 20.05. 23.05. 26.05. Maja Kobal Rebeka Jerina Ana Pervanja

Naloga

  • samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu ScienceDaily, ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
  • članke na temo lahko iščete z Google učenjakom.
  • naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
  • Povzetek seminarja opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
  • Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
  • Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
  • Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
  • Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo tega obrazca.
  • vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni tukaj.
  • Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
  • Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
  • Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
  • En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
  • Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

Imena datotek

Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš! Poslati morate naslednje datoteke:

  • TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
  • TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
  • TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
  • TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
  • TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [recenzentsko poročilo] na spletu.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik mora oceniti seminar tako, da odda svoje mnenje najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja ne sme oddati.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Faktor vpliva

Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v COBISS-u. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.
Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).
Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue C. et al. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).
Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.