https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka&feed=atom&action=historyAntihipertenzivni probiotik - nov pristop zniževanja krvnega tlaka - Revision history2024-03-28T14:42:08ZRevision history for this page on the wikiMediaWiki 1.39.3https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka&diff=16830&oldid=prevNika Testen: /* Izražanje gena NisI v L. Lactis MG1363 */2020-04-21T19:45:33Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Izražanje gena NisI v L. Lactis MG1363</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:45, 21 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l54">Line 54:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 54:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Vektor so vnesli v mlečnokislinske bakterije MG1363 in jih nanesli na ploščo z nisinom in eritromicinom. Rekombinantni sev je zrasel na plošči z nisonom, ne pa tudi na tisti z eritromicinom, s čimer so pokazali, da je bila zamenjava gena za odpornost uspešna.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Vektor so vnesli v mlečnokislinske bakterije MG1363 in jih nanesli na ploščo z nisinom in eritromicinom. Rekombinantni sev je zrasel na plošči z nisonom, ne pa tudi na tisti z eritromicinom, s čimer so pokazali, da je bila zamenjava gena za odpornost uspešna.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Mlečnokislinske bakterije MG1363, ter MG1363 z vektorjem pMG36e in pa MG1363 z vektorjem pMG36N so bile inokulirane v <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">medije </del>GM17 z dodanimi različnimi koncentracijami nisina (od 0 enot/mL do 100 enot/mL s korakom po 10 enot/mL). Po 12 urah so odvzeli vzorce in izvedli meritve optične gostote pri 600 nm ter primerjali njihovo rast. Ugotovili so, da je rast pri MG1363 ter pri MG1363 z vektorjem pMG36e v gojišču GM17 z nisinom pri vseh koncentracijah znatno inhibirana. Nasprotno pa so pri bakterijah MG1363 z vektorjem pMG36N tudi v prisotnosti visokih koncentracij nisina še vedno opazili zelo dobro rast. To je pokazalo, da se gen ''nisI,'' ki zapisuje lipoprotein nisin, v MG1363 izraža in temu sevu omogoča odpornost proti nisinu. Vseeno pa se s povečevanjem koncentracije nisina tudi rast bakterij MG1363 z vektorjem pMG36N zmanjšuje.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Mlečnokislinske bakterije MG1363, ter MG1363 z vektorjem pMG36e in pa MG1363 z vektorjem pMG36N so bile inokulirane v <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">gojišča </ins>GM17 z dodanimi različnimi koncentracijami nisina (od 0 enot/mL do 100 enot/mL s korakom po 10 enot/mL). Po 12 urah so odvzeli vzorce in izvedli meritve optične gostote pri 600 nm ter primerjali njihovo rast. Ugotovili so, da je rast pri MG1363 ter pri MG1363 z vektorjem pMG36e v gojišču GM17 z nisinom pri vseh koncentracijah znatno inhibirana. Nasprotno pa so pri bakterijah MG1363 z vektorjem pMG36N tudi v prisotnosti visokih koncentracij nisina še vedno opazili zelo dobro rast. To je pokazalo, da se gen ''nisI,'' ki zapisuje lipoprotein nisin, v MG1363 izraža in temu sevu omogoča odpornost proti nisinu. Vseeno pa se s povečevanjem koncentracije nisina tudi rast bakterij MG1363 z vektorjem pMG36N zmanjšuje.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Samomorilni mehanizem ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Samomorilni mehanizem ==</div></td></tr>
</table>Nika Testenhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka&diff=16801&oldid=prevNika Testen: /* Oblikovanje antihipertenzivnih peptidov */2020-04-20T20:40:00Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Oblikovanje antihipertenzivnih peptidov</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 20:40, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l14">Line 14:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 14:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Oblikovanje antihipertenzivnih peptidov ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Oblikovanje antihipertenzivnih peptidov ==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Zasnovali so 10 visoko aktivnih antihipertenzivnih peptidov (AHP) z uporabo tehnologije prstnega odtisa na osnovi proteinskih struktur (ang. ''protein structure fingerprinting technology).'' Gre za matematematično metodo, ki z algoritmičnim pristopom uporablja 27 spremenljivk, da z njimi zajame vse možne oblike <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">zlaganja </del>proteinov in s tem pomaga preučevati njihovo konformacijo<ref>Yang, J. Protein Structure Fingerprint Technology. Bioinform,Genomics,Proteomics.2018, 3(2):1-3.</ref><ref>Yang, J. Comprehensive description of protein structures using protein folding shape code. Proteins. 2008, 71:1497–1518.</ref>. AHP so nato sintetizirali in analizirali njihovo ''in vitro'' aktivnost. Ta je bila ovrednotena s parametrom IC50; čim manjšo vrednost ima parameter, tem večja je aktivnost zniževanja krvnega tlaka. </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Zasnovali so 10 visoko aktivnih antihipertenzivnih peptidov (AHP) z uporabo tehnologije prstnega odtisa na osnovi proteinskih struktur (ang. ''protein structure fingerprinting technology).'' Gre za matematematično metodo, ki z algoritmičnim pristopom uporablja 27 spremenljivk, da z njimi zajame vse možne oblike <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">zvijanja </ins>proteinov in s tem pomaga preučevati njihovo konformacijo<ref>Yang, J. Protein Structure Fingerprint Technology. Bioinform,Genomics,Proteomics.2018, 3(2):1-3.</ref><ref>Yang, J. Comprehensive description of protein structures using protein folding shape code. Proteins. 2008, 71:1497–1518.</ref>. AHP so nato sintetizirali in analizirali njihovo ''in vitro'' aktivnost. Ta je bila ovrednotena s parametrom IC50; čim manjšo vrednost ima parameter, tem večja je aktivnost zniževanja krvnega tlaka. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Skupno so izbrali 5 visoko aktivnih AHP: izmed njih so dva peptida na novo zasnovali sami (KYLCY in FKGKYYP), ostale tri (VY, IPP in VPP) pa so izbrali na podlagi obstoječe baze podatkov o antihipertenzivnih peptidih. Aktivne peptide AHP so z argininskimi linkerji (FR) v več ponovitvah povezali v neaktivne multimere (AHPM), dolge 78 aminokislin. Te linkerje so izbrali zato, ker predstavljajo cepitveno mesto prebavnih encimov, po hidrolizi pa tako nastane veliko število hipotenzivnih peptidov.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Skupno so izbrali 5 visoko aktivnih AHP: izmed njih so dva peptida na novo zasnovali sami (KYLCY in FKGKYYP), ostale tri (VY, IPP in VPP) pa so izbrali na podlagi obstoječe baze podatkov o antihipertenzivnih peptidih. Aktivne peptide AHP so z argininskimi linkerji (FR) v več ponovitvah povezali v neaktivne multimere (AHPM), dolge 78 aminokislin. Te linkerje so izbrali zato, ker predstavljajo cepitveno mesto prebavnih encimov, po hidrolizi pa tako nastane veliko število hipotenzivnih peptidov.</div></td></tr>
</table>Nika Testenhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka&diff=16800&oldid=prevNika Testen: /* Izražanje A11SG-AHPM v mlečnokislinskih bakterijah */2020-04-20T20:28:33Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Izražanje A11SG-AHPM v mlečnokislinskih bakterijah</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 20:28, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l47">Line 47:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 47:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za določanje ''in vitro'' aktivnosti fermentacijskega supernatanta mlečnokislinskih bakterij so supernatant hidrolizirali s tripsinom in α-kimotripsinom. Fuzijskega proteina A11Sg-AHPM ni bilo mogoče očistiti, zato so po fermentaciji supernatant neposredno hidrolizirali in analizirali aktivnost. Iz primerjave vrednosti IC50 s kontrolnim supernatantom je razvidno, da ima fermentacijski supernatant MG1363 z vstavljenim vektorjem pMG36e-A11Sg-AHPM veliko višjo inhibitorno aktivnost kot kontrolni vzorec. Iz tega je razvidno, da se fuzijski protein z antihipertenzivnim peptidom lahko izloča zunaj celice in po encimski hidrolizi kaže antihipertenzivni učinek.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za določanje ''in vitro'' aktivnosti fermentacijskega supernatanta mlečnokislinskih bakterij so supernatant hidrolizirali s tripsinom in α-kimotripsinom. Fuzijskega proteina A11Sg-AHPM ni bilo mogoče očistiti, zato so po fermentaciji supernatant neposredno hidrolizirali in analizirali aktivnost. Iz primerjave vrednosti IC50 s kontrolnim supernatantom je razvidno, da ima fermentacijski supernatant MG1363 z vstavljenim vektorjem pMG36e-A11Sg-AHPM veliko višjo inhibitorno aktivnost kot kontrolni vzorec. Iz tega je razvidno, da se fuzijski protein z antihipertenzivnim peptidom lahko izloča zunaj celice in po encimski hidrolizi kaže antihipertenzivni učinek.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Da so preprečili razgradnjo AHPM v prenizkem pH (že v želodcu), so v mlečnokislinsko bakterijo MG1363 vstavili gen PrcfB-LacR. Po tem, ko so konstruirali sistem za regulacijo glede na vrednost pH okolja, so rekombinantne bakterije gojili v gojiščih z različnimi vrednostmi pH. Z eksperimenti so pokazali, da pri pH < 5,5 skoraj ne pride do izražanja gena za A11Sg-AHPM, do izražanja pride le pri pH > 5,5; iz tega so sklepali na uspešnost regulatornega mehanizma.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Da so preprečili razgradnjo AHPM v prenizkem pH (že v želodcu), so v mlečnokislinsko bakterijo MG1363 vstavili gen <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">za </ins>PrcfB-LacR. Po tem, ko so konstruirali sistem za regulacijo glede na vrednost pH okolja, so rekombinantne bakterije gojili v gojiščih z različnimi vrednostmi pH. Z eksperimenti so pokazali, da pri pH < 5,5 skoraj ne pride do izražanja gena za A11Sg-AHPM, do izražanja pride le pri pH > 5,5; iz tega so sklepali na uspešnost regulatornega mehanizma.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Izražanje gena ''NisI'' v ''L. Lactis'' MG1363 ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Izražanje gena ''NisI'' v ''L. Lactis'' MG1363 ==</div></td></tr>
</table>Nika Testenhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka&diff=16797&oldid=prevNika Testen: /* Oblikovanje antihipertenzivnih peptidov */2020-04-20T19:32:11Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Oblikovanje antihipertenzivnih peptidov</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:32, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l14">Line 14:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 14:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Oblikovanje antihipertenzivnih peptidov ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Oblikovanje antihipertenzivnih peptidov ==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Zasnovali so 10 visoko aktivnih antihipertenzivnih peptidov (AHP) z uporabo tehnologije prstnega odtisa na osnovi proteinskih struktur (ang. ''protein structure fingerprinting technology).'' Gre za metodo, ki pomaga preučevati konformacijo <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">proteinov </del><ref>Yang, J. Protein Structure Fingerprint Technology. Bioinform,Genomics,Proteomics.2018, 3(2):1-3.</ref><ref>Yang, J. Comprehensive description of protein structures using protein folding shape code. Proteins. 2008, 71:1497–1518.</ref>. AHP so nato sintetizirali in analizirali njihovo ''in vitro'' aktivnost. Ta je bila ovrednotena s parametrom IC50; čim manjšo vrednost ima parameter, tem večja je aktivnost zniževanja krvnega tlaka. </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Zasnovali so 10 visoko aktivnih antihipertenzivnih peptidov (AHP) z uporabo tehnologije prstnega odtisa na osnovi proteinskih struktur (ang. ''protein structure fingerprinting technology).'' Gre za <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">matematematično </ins>metodo, ki <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">z algoritmičnim pristopom uporablja 27 spremenljivk, da z njimi zajame vse možne oblike zlaganja proteinov in s tem </ins>pomaga preučevati <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">njihovo </ins>konformacijo<ref>Yang, J. Protein Structure Fingerprint Technology. Bioinform,Genomics,Proteomics.2018, 3(2):1-3.</ref><ref>Yang, J. Comprehensive description of protein structures using protein folding shape code. Proteins. 2008, 71:1497–1518.</ref>. AHP so nato sintetizirali in analizirali njihovo ''in vitro'' aktivnost. Ta je bila ovrednotena s parametrom IC50; čim manjšo vrednost ima parameter, tem večja je aktivnost zniževanja krvnega tlaka. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Skupno so izbrali 5 visoko aktivnih AHP: izmed njih so dva peptida na novo zasnovali sami (KYLCY in FKGKYYP), ostale tri (VY, IPP in VPP) pa so izbrali na podlagi obstoječe baze podatkov o antihipertenzivnih peptidih. Aktivne peptide AHP so z argininskimi linkerji (FR) v več ponovitvah povezali v neaktivne multimere (AHPM), dolge 78 aminokislin. Te linkerje so izbrali zato, ker predstavljajo cepitveno mesto prebavnih encimov, po hidrolizi pa tako nastane veliko število hipotenzivnih peptidov.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Skupno so izbrali 5 visoko aktivnih AHP: izmed njih so dva peptida na novo zasnovali sami (KYLCY in FKGKYYP), ostale tri (VY, IPP in VPP) pa so izbrali na podlagi obstoječe baze podatkov o antihipertenzivnih peptidih. Aktivne peptide AHP so z argininskimi linkerji (FR) v več ponovitvah povezali v neaktivne multimere (AHPM), dolge 78 aminokislin. Te linkerje so izbrali zato, ker predstavljajo cepitveno mesto prebavnih encimov, po hidrolizi pa tako nastane veliko število hipotenzivnih peptidov.</div></td></tr>
</table>Nika Testenhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka&diff=16784&oldid=prevNika Testen: /* Izražanje A11SG-AHPM v mlečnokislinskih bakterijah */2020-04-20T16:47:35Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Izražanje A11SG-AHPM v mlečnokislinskih bakterijah</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 16:47, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l45">Line 45:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 45:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pripravljen vektor so z elektroporacijo vstavili v bakterijo ''Lactococcus Lactis.'' Ta predstavlja dober gostiteljski organizem brez potenciala za infekcijo in patogenost. Bakterije so nato gojili na gojišču GM17. Fermentacijsko brozgo so analizirali z SDS-PAGE. Uspešnost izločanja SPusp45 so dokazali s proteinsko elektroforezo.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pripravljen vektor so z elektroporacijo vstavili v bakterijo ''Lactococcus Lactis.'' Ta predstavlja dober gostiteljski organizem brez potenciala za infekcijo in patogenost. Bakterije so nato gojili na gojišču GM17. Fermentacijsko brozgo so analizirali z SDS-PAGE. Uspešnost izločanja SPusp45 so dokazali s proteinsko elektroforezo.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">določevanje </del>''in vitro'' aktivnosti fermentacijskega supernatanta mlečnokislinskih bakterij so supernatant hidrolizirali s tripsinom in α-kimotripsinom. Fuzijskega proteina A11Sg-AHPM ni bilo mogoče očistiti, zato so po fermentaciji supernatant neposredno hidrolizirali in analizirali aktivnost. Iz primerjave vrednosti IC50 s kontrolnim supernatantom je razvidno, da ima fermentacijski supernatant MG1363 z vstavljenim vektorjem pMG36e-A11Sg-AHPM veliko višjo inhibitorno aktivnost kot kontrolni vzorec. Iz tega je razvidno, da se fuzijski protein z antihipertenzivnim peptidom lahko izloča zunaj celice in po encimski hidrolizi kaže antihipertenzivni učinek.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">določanje </ins>''in vitro'' aktivnosti fermentacijskega supernatanta mlečnokislinskih bakterij so supernatant hidrolizirali s tripsinom in α-kimotripsinom. Fuzijskega proteina A11Sg-AHPM ni bilo mogoče očistiti, zato so po fermentaciji supernatant neposredno hidrolizirali in analizirali aktivnost. Iz primerjave vrednosti IC50 s kontrolnim supernatantom je razvidno, da ima fermentacijski supernatant MG1363 z vstavljenim vektorjem pMG36e-A11Sg-AHPM veliko višjo inhibitorno aktivnost kot kontrolni vzorec. Iz tega je razvidno, da se fuzijski protein z antihipertenzivnim peptidom lahko izloča zunaj celice in po encimski hidrolizi kaže antihipertenzivni učinek.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Da so preprečili razgradnjo AHPM v prenizkem pH (že v želodcu), so v mlečnokislinsko bakterijo MG1363 vstavili gen PrcfB-LacR. Po tem, ko so konstruirali sistem za regulacijo glede na vrednost pH okolja, so rekombinantne bakterije gojili v gojiščih z različnimi vrednostmi pH. Z eksperimenti so pokazali, da pri pH < 5,5 skoraj ne pride do izražanja gena za A11Sg-AHPM, do izražanja pride le pri pH > 5,5; iz tega so sklepali na uspešnost regulatornega mehanizma.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Da so preprečili razgradnjo AHPM v prenizkem pH (že v želodcu), so v mlečnokislinsko bakterijo MG1363 vstavili gen PrcfB-LacR. Po tem, ko so konstruirali sistem za regulacijo glede na vrednost pH okolja, so rekombinantne bakterije gojili v gojiščih z različnimi vrednostmi pH. Z eksperimenti so pokazali, da pri pH < 5,5 skoraj ne pride do izražanja gena za A11Sg-AHPM, do izražanja pride le pri pH > 5,5; iz tega so sklepali na uspešnost regulatornega mehanizma.</div></td></tr>
</table>Nika Testenhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka&diff=16783&oldid=prevNika Testen: /* Izražanje gena NisI v L. Lactis MG1363 */2020-04-20T16:46:59Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Izražanje gena NisI v L. Lactis MG1363</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 16:46, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l52">Line 52:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 52:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ker je potrebno delovanje biološke šasije dokončno oceniti v črevesju, so potrebovali ekspresijski vektor, varen za zaužitje. Gen za odpornost proti eritromicinu originalnega plazmida pMG36e so zamenjali z genom za odpornost proti nisinu ''nisI'' in rekombinantni vektor poimenovali pMG36N.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ker je potrebno delovanje biološke šasije dokončno oceniti v črevesju, so potrebovali ekspresijski vektor, varen za zaužitje. Gen za odpornost proti eritromicinu originalnega plazmida pMG36e so zamenjali z genom za odpornost proti nisinu ''nisI'' in rekombinantni vektor poimenovali pMG36N.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Vektor so vnesli v mlečnokislinske bakterije MG1363 in jih nanesli ploščo z nisinom in eritromicinom. Rekombinantni sev je zrasel na plošči z nisonom, ne pa tudi na tisti z eritromicinom, s čimer so pokazali, da je bila zamenjava gena za odpornost uspešna.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Vektor so vnesli v mlečnokislinske bakterije MG1363 in jih nanesli <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">na </ins>ploščo z nisinom in eritromicinom. Rekombinantni sev je zrasel na plošči z nisonom, ne pa tudi na tisti z eritromicinom, s čimer so pokazali, da je bila zamenjava gena za odpornost uspešna.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Mlečnokislinske bakterije MG1363, ter MG1363 z vektorjem pMG36e in pa MG1363 z vektorjem pMG36N so bile inokulirane v medije GM17 z dodanimi različnimi koncentracijami nisina (od 0 enot/mL do 100 enot/mL s korakom po 10 enot/mL). Po 12 urah so odvzeli vzorce in izvedli meritve optične gostote pri 600 nm ter primerjali njihovo rast. Ugotovili so, da je rast pri MG1363 ter pri MG1363 z vektorjem pMG36e v gojišču GM17 z nisinom pri vseh koncentracijah znatno inhibirana. Nasprotno pa so pri bakterijah MG1363 z vektorjem pMG36N tudi v prisotnosti visokih koncentracij nisina še vedno opazili zelo dobro rast. To je pokazalo, da se gen ''nisI,'' ki zapisuje lipoprotein nisin, v MG1363 izraža in temu sevu omogoča odpornost proti nisinu. Vseeno pa se s povečevanjem koncentracije nisina tudi rast bakterij MG1363 z vektorjem pMG36N zmanjšuje.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Mlečnokislinske bakterije MG1363, ter MG1363 z vektorjem pMG36e in pa MG1363 z vektorjem pMG36N so bile inokulirane v medije GM17 z dodanimi različnimi koncentracijami nisina (od 0 enot/mL do 100 enot/mL s korakom po 10 enot/mL). Po 12 urah so odvzeli vzorce in izvedli meritve optične gostote pri 600 nm ter primerjali njihovo rast. Ugotovili so, da je rast pri MG1363 ter pri MG1363 z vektorjem pMG36e v gojišču GM17 z nisinom pri vseh koncentracijah znatno inhibirana. Nasprotno pa so pri bakterijah MG1363 z vektorjem pMG36N tudi v prisotnosti visokih koncentracij nisina še vedno opazili zelo dobro rast. To je pokazalo, da se gen ''nisI,'' ki zapisuje lipoprotein nisin, v MG1363 izraža in temu sevu omogoča odpornost proti nisinu. Vseeno pa se s povečevanjem koncentracije nisina tudi rast bakterij MG1363 z vektorjem pMG36N zmanjšuje.</div></td></tr>
</table>Nika Testenhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka&diff=16782&oldid=prevNika Testen: /* Izražanje A11SG-AHPM v mlečnokislinskih bakterijah */2020-04-20T16:40:50Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Izražanje A11SG-AHPM v mlečnokislinskih bakterijah</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 16:40, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l41">Line 41:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 41:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Gen za A11Sg-AHPM so vstavili v ekspresijski vektor pET-28a(+). Rekombinantne plazmide pET-28a(+)-A11Sg-AHPM so nato vnesli v ''E. Coli'' in uspešno transformirane bakterije selekcionirali na ploščah, ki so vsebovale 50 μg/mL kanamicina. Celice so nato inducirali z IPTG in izvedli SDS-PAGE ter prenos western. Fuzijski protein A11Sg-AHPM so očistili z afinitetno kromatografijo. Zmes A11Sg in AHP peptidov so pridobili s hidrolizo s tripsinom. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Gen za A11Sg-AHPM so vstavili v ekspresijski vektor pET-28a(+). Rekombinantne plazmide pET-28a(+)-A11Sg-AHPM so nato vnesli v ''E. Coli'' in uspešno transformirane bakterije selekcionirali na ploščah, ki so vsebovale 50 μg/mL kanamicina. Celice so nato inducirali z IPTG in izvedli SDS-PAGE ter prenos western. Fuzijski protein A11Sg-AHPM so očistili z afinitetno kromatografijo. Zmes A11Sg in AHP peptidov so pridobili s hidrolizo s tripsinom. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>A11Sg-AHPM so nato vstavili v ekspresijski vektor pMG36e za izražanje v mlečnokislinskih bakterijah. Da bi omogočili izločanje fuzijskega proteina v črevesje, so ga povezali še s sekretornim signalnim peptidom SPusp45<ref>Sun Qiangzheng, Xiong Yanwen, Ye Changyu, et, al. Construction of food-grade secretory expression vector and expression of reporter protein in Lactococcus lactis. Acta Microbiologica Sinica.2008,48(3):293-298</ref>. Poleg tega so za uporabo s pH uravnanega promotorja, ki regulira izražanje A11Sg-AHPM, vstavili tudi <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">operater </del>O1/O2. Uspešnost konstrukcije rekombinantnega ekspresijskega vektorja so potrdili z restrikcijsko analizo in PCR.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>A11Sg-AHPM so nato vstavili v ekspresijski vektor pMG36e za izražanje v mlečnokislinskih bakterijah. Da bi omogočili izločanje fuzijskega proteina v črevesje, so ga povezali še s sekretornim signalnim peptidom SPusp45<ref>Sun Qiangzheng, Xiong Yanwen, Ye Changyu, et, al. Construction of food-grade secretory expression vector and expression of reporter protein in Lactococcus lactis. Acta Microbiologica Sinica.2008,48(3):293-298</ref>. Poleg tega so za uporabo s pH uravnanega promotorja, ki regulira izražanje A11Sg-AHPM, vstavili tudi <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">operator </ins>O1/O2. Uspešnost konstrukcije rekombinantnega ekspresijskega vektorja so potrdili z restrikcijsko analizo in PCR.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pripravljen vektor so z elektroporacijo vstavili v bakterijo ''Lactococcus Lactis.'' Ta predstavlja dober gostiteljski organizem brez potenciala za infekcijo in patogenost. Bakterije so nato gojili na gojišču GM17. Fermentacijsko brozgo so analizirali z SDS-PAGE. Uspešnost izločanja SPusp45 so dokazali s proteinsko elektroforezo.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pripravljen vektor so z elektroporacijo vstavili v bakterijo ''Lactococcus Lactis.'' Ta predstavlja dober gostiteljski organizem brez potenciala za infekcijo in patogenost. Bakterije so nato gojili na gojišču GM17. Fermentacijsko brozgo so analizirali z SDS-PAGE. Uspešnost izločanja SPusp45 so dokazali s proteinsko elektroforezo.</div></td></tr>
</table>Nika Testenhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka&diff=16781&oldid=prevNika Testen: /* Oblikovanje antihipertenzivnih peptidov */2020-04-20T16:38:41Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Oblikovanje antihipertenzivnih peptidov</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 16:38, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l16">Line 16:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 16:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Zasnovali so 10 visoko aktivnih antihipertenzivnih peptidov (AHP) z uporabo tehnologije prstnega odtisa na osnovi proteinskih struktur (ang. ''protein structure fingerprinting technology).'' Gre za metodo, ki pomaga preučevati konformacijo proteinov <ref>Yang, J. Protein Structure Fingerprint Technology. Bioinform,Genomics,Proteomics.2018, 3(2):1-3.</ref><ref>Yang, J. Comprehensive description of protein structures using protein folding shape code. Proteins. 2008, 71:1497–1518.</ref>. AHP so nato sintetizirali in analizirali njihovo ''in vitro'' aktivnost. Ta je bila ovrednotena s parametrom IC50; čim manjšo vrednost ima parameter, tem večja je aktivnost zniževanja krvnega tlaka. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Zasnovali so 10 visoko aktivnih antihipertenzivnih peptidov (AHP) z uporabo tehnologije prstnega odtisa na osnovi proteinskih struktur (ang. ''protein structure fingerprinting technology).'' Gre za metodo, ki pomaga preučevati konformacijo proteinov <ref>Yang, J. Protein Structure Fingerprint Technology. Bioinform,Genomics,Proteomics.2018, 3(2):1-3.</ref><ref>Yang, J. Comprehensive description of protein structures using protein folding shape code. Proteins. 2008, 71:1497–1518.</ref>. AHP so nato sintetizirali in analizirali njihovo ''in vitro'' aktivnost. Ta je bila ovrednotena s parametrom IC50; čim manjšo vrednost ima parameter, tem večja je aktivnost zniževanja krvnega tlaka. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Skupno so <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">za </del>izbrali 5 visoko aktivnih AHP: izmed njih so dva peptida na novo zasnovali sami (KYLCY in FKGKYYP), ostale tri (VY, IPP in VPP) pa so izbrali na podlagi obstoječe baze podatkov o antihipertenzivnih peptidih. Aktivne peptide AHP so z argininskimi linkerji (FR) v več ponovitvah povezali v neaktivne multimere (AHPM), dolge 78 aminokislin. Te linkerje so izbrali zato, ker predstavljajo cepitveno mesto prebavnih encimov, po hidrolizi pa tako nastane veliko število hipotenzivnih peptidov.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Skupno so izbrali 5 visoko aktivnih AHP: izmed njih so dva peptida na novo zasnovali sami (KYLCY in FKGKYYP), ostale tri (VY, IPP in VPP) pa so izbrali na podlagi obstoječe baze podatkov o antihipertenzivnih peptidih. Aktivne peptide AHP so z argininskimi linkerji (FR) v več ponovitvah povezali v neaktivne multimere (AHPM), dolge 78 aminokislin. Te linkerje so izbrali zato, ker predstavljajo cepitveno mesto prebavnih encimov, po hidrolizi pa tako nastane veliko število hipotenzivnih peptidov.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>'''Aminokislinsko zaporedje AHPM:''' <br></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>'''Aminokislinsko zaporedje AHPM:''' <br></div></td></tr>
</table>Nika Testenhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka&diff=16780&oldid=prevNika Testen: /* Zaključek */2020-04-20T16:36:59Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Zaključek</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 16:36, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l74">Line 74:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 74:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Zaključek ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Zaključek ==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Člani ekipe so s projektom pokazali, da je zamišljen regulatorni mehanizem aplikativno naravnan in kaže potencial za nadaljnji razvoj. Kljub oceni ''in vitro'' aktivnosti pa bi bilo potrebno raziskati hipotenzivni učinek AHP na živalskih modelih in oceniti število živih bakterij znotraj roka uporabnosti izbranega fermentiranega živila, najboljše pogoje za <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">skladiščene </del>ter biološko razpoložljivost. V nadaljevanju načrtujejo tudi oceno učinkovitosti v človeškem telesu in posvečanje posebne pozornosti dejavnikom tveganja.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Člani ekipe so s projektom pokazali, da je zamišljen regulatorni mehanizem aplikativno naravnan in kaže potencial za nadaljnji razvoj. Kljub oceni ''in vitro'' aktivnosti pa bi bilo potrebno raziskati hipotenzivni učinek AHP na živalskih modelih in oceniti število živih bakterij znotraj roka uporabnosti izbranega fermentiranega živila, najboljše pogoje za <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">skladiščenje </ins>ter biološko razpoložljivost. V nadaljevanju načrtujejo tudi oceno učinkovitosti v človeškem telesu in posvečanje posebne pozornosti dejavnikom tveganja.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Viri ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Viri ==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><references/></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><references/></div></td></tr>
</table>Nika Testenhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka&diff=16779&oldid=prevNika Testen: /* Izražanje A11SG-AHPM v mlečnokislinskih bakterijah */2020-04-20T16:36:19Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Izražanje A11SG-AHPM v mlečnokislinskih bakterijah</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 16:36, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l45">Line 45:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 45:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pripravljen vektor so z elektroporacijo vstavili v bakterijo ''Lactococcus Lactis.'' Ta predstavlja dober gostiteljski organizem brez potenciala za infekcijo in patogenost. Bakterije so nato gojili na gojišču GM17. Fermentacijsko brozgo so analizirali z SDS-PAGE. Uspešnost izločanja SPusp45 so dokazali s proteinsko elektroforezo.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pripravljen vektor so z elektroporacijo vstavili v bakterijo ''Lactococcus Lactis.'' Ta predstavlja dober gostiteljski organizem brez potenciala za infekcijo in patogenost. Bakterije so nato gojili na gojišču GM17. Fermentacijsko brozgo so analizirali z SDS-PAGE. Uspešnost izločanja SPusp45 so dokazali s proteinsko elektroforezo.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za določevanje ''in vitro'' aktivnosti fermentacijskega supernatanta <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">mlečnokislinski </del>bakterij so supernatant hidrolizirali s tripsinom in α-kimotripsinom. Fuzijskega proteina A11Sg-AHPM ni bilo mogoče očistiti, zato so po fermentaciji supernatant neposredno hidrolizirali in analizirali aktivnost. Iz primerjave vrednosti IC50 s kontrolnim supernatantom je razvidno, da ima fermentacijski supernatant MG1363 z vstavljenim vektorjem pMG36e-A11Sg-AHPM veliko višjo inhibitorno aktivnost kot kontrolni vzorec. Iz tega je razvidno, da se fuzijski protein z antihipertenzivnim peptidom lahko izloča zunaj celice in po encimski hidrolizi kaže antihipertenzivni učinek.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za določevanje ''in vitro'' aktivnosti fermentacijskega supernatanta <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">mlečnokislinskih </ins>bakterij so supernatant hidrolizirali s tripsinom in α-kimotripsinom. Fuzijskega proteina A11Sg-AHPM ni bilo mogoče očistiti, zato so po fermentaciji supernatant neposredno hidrolizirali in analizirali aktivnost. Iz primerjave vrednosti IC50 s kontrolnim supernatantom je razvidno, da ima fermentacijski supernatant MG1363 z vstavljenim vektorjem pMG36e-A11Sg-AHPM veliko višjo inhibitorno aktivnost kot kontrolni vzorec. Iz tega je razvidno, da se fuzijski protein z antihipertenzivnim peptidom lahko izloča zunaj celice in po encimski hidrolizi kaže antihipertenzivni učinek.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Da so preprečili razgradnjo AHPM v prenizkem pH (že v želodcu), so v mlečnokislinsko bakterijo MG1363 vstavili gen PrcfB-LacR. Po tem, ko so konstruirali sistem za regulacijo glede na vrednost pH okolja, so rekombinantne bakterije gojili v gojiščih z različnimi vrednostmi pH. Z eksperimenti so pokazali, da pri pH < 5,5 skoraj ne pride do izražanja gena za A11Sg-AHPM, do izražanja pride le pri pH > 5,5; iz tega so sklepali na uspešnost regulatornega mehanizma.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Da so preprečili razgradnjo AHPM v prenizkem pH (že v želodcu), so v mlečnokislinsko bakterijo MG1363 vstavili gen PrcfB-LacR. Po tem, ko so konstruirali sistem za regulacijo glede na vrednost pH okolja, so rekombinantne bakterije gojili v gojiščih z različnimi vrednostmi pH. Z eksperimenti so pokazali, da pri pH < 5,5 skoraj ne pride do izražanja gena za A11Sg-AHPM, do izražanja pride le pri pH > 5,5; iz tega so sklepali na uspešnost regulatornega mehanizma.</div></td></tr>
</table>Nika Testen