https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BI%28OIL%29OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi&feed=atom&action=historyBI(OIL)OGICAL FACTORY - sistem za proizvodnjo sestavin palmovega olja v mikroalgi - Revision history2024-03-29T04:39:10ZRevision history for this page on the wikiMediaWiki 1.39.3https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BI(OIL)OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi&diff=16834&oldid=prevDuniaS: /* Encimi */2020-04-22T12:00:32Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Encimi</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 12:00, 22 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l10">Line 10:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 10:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Encimi ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Encimi ===</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Encimi, ki so jih prvotno izbrali zato, da bi spremenili metabolno pot lipidov v ''C. reinhardtii'' vsi izvirajo iz palme ''Elaeis guineensis''. Encimi so FAT (fatty acid thioesterase), ki <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">sodeluje </del>pri <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">izvozu maščobnih kislin iz kloroplastov v endoplazmatski retikulum</del><ref>Li-Beisson, Y., Beisson, F. & Riekhof, W. Metabolism of acyl-lipids in ''Chlamydomonas reinhardtii''. The Plant Journal 82, 504–522 (2015). </ref>, LPAAT (lysophosphatidic acid acyltrasferase)<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, ki ima pomembno vlogo pri sestavljanju maščobnih kislin v TAG</del><ref>Li-Beisson, Y., Beisson, F. & Riekhof, W. Metabolism of acyl-lipids in ''Chlamydomonas reinhardtii''. The Plant Journal 82, 504–522 (2015). </ref> in nazadnje DGAT (diacylglycerol acyltransferase), ki <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">sodeluje pri razgradnji diacilglicerolov in se prekomerno izraža v mezokarpu palmovega sadeža</del><ref> Xiao, Y., Xia, W., Mason, AS., Cao, Z., Fan, H., Zhang, B., Zhang, J., Ma, Z., Peng, M., Huang, D. Genetic control of fatty acid composition in coconut (''Cocos nucifera''), African oil palm (''Elaeis guineensis''), and date palm (''Phoenix dactylifera''). Planta. 2019 Feb, 249 (2), 333-350. </ref>.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Encimi, ki so jih prvotno izbrali zato, da bi spremenili metabolno pot lipidov v ''C. reinhardtii'' vsi izvirajo iz palme ''Elaeis guineensis''. Encimi so FAT (fatty acid thioesterase), ki <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">je ključen </ins>pri <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">terminaciji podaljševanja verige maščobne kisline, ker cepi kovalentno vez med MK in Acil prenašalnim proteinom (ACP) – tako se sinteza ustavi in sprosti se prosta MK</ins><ref>Li-Beisson, Y., Beisson, F. & Riekhof, W. Metabolism of acyl-lipids in ''Chlamydomonas reinhardtii''. The Plant Journal 82, 504–522 (2015). </ref>, LPAAT (lysophosphatidic acid acyltrasferase) <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">vključi drugo maščobno kislino na sn-2 mesto na glicerolu</ins><ref>Li-Beisson, Y., Beisson, F. & Riekhof, W. Metabolism of acyl-lipids in ''Chlamydomonas reinhardtii''. The Plant Journal 82, 504–522 (2015). </ref> in nazadnje DGAT (diacylglycerol acyltransferase), ki <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">vključi tretjo MK na mesto sn-3 na glicerolu</ins><ref> Xiao, Y., Xia, W., Mason, AS., Cao, Z., Fan, H., Zhang, B., Zhang, J., Ma, Z., Peng, M., Huang, D. Genetic control of fatty acid composition in coconut (''Cocos nucifera''), African oil palm (''Elaeis guineensis''), and date palm (''Phoenix dactylifera''). Planta. 2019 Feb, 249 (2), 333-350. </ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== ''Chlamydomonas reinhardtii'' ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== ''Chlamydomonas reinhardtii'' ===</div></td></tr>
</table>DuniaShttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BI(OIL)OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi&diff=16833&oldid=prevDuniaS: /* Sprememba lipidnega metabolizma */2020-04-22T11:50:00Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Sprememba lipidnega metabolizma</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 11:50, 22 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l60">Line 60:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 60:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Sprememba lipidnega profila]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Sprememba lipidnega profila]]</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za proučevanje spremembe metabolizma lipidov so uporabili tankoplastno kromatografijo<ref> H.K. Mangold, Lectu,es of tZe 1961 New.. Lipid Analyses Thin-Layer Chromatography of Lipids, n.d. </ref>, kjer so kot standarde uporabili znane maščobne kisline, <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">triglicerole </del>in <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">diglicerole</del>. Nanosu lipidov klona M7, v katerem je izražen le DGAT, manjka ena lisa, ki pripada <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">digliceridom</del>, v primerjavi z divjim tipom, kar kaže, da je lipidni profil postal bolj podoben profilu palmovega olja. To sovpada z mehanizmom delovanja DGAT, ki poveča porabo <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">diglicerolov </del>v prid drugim lipidom. Lipidni profil klona M15 je ostal zelo podoben profilu celicam divjega tipa. Ker je iz prejšnjih analiz razvidno, da ta klon izraža vsaj enega izmed encimov sklepajo, da v večji meri izraža LPAAT, medtem ko DGAT izraža premalo, da bi bila povečana poraba <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">digliceridov</del>. LPAAT ne spremeni profila, bi pa moral povečati koncentracijo <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">digliceridov</del>. Alternativen sklep je bil, da celice izražajo oba encima, a da povečanje <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">digliceridov </del>zaradi LPAAT navidezno izniči porabo zaradi DGAT.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za proučevanje spremembe metabolizma lipidov so uporabili tankoplastno kromatografijo<ref> H.K. Mangold, Lectu,es of tZe 1961 New.. Lipid Analyses Thin-Layer Chromatography of Lipids, n.d. </ref>, kjer so kot standarde uporabili znane maščobne kisline, <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">triacilglicerole </ins>in <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">diacilglicerole</ins>. Nanosu lipidov klona M7, v katerem je izražen le DGAT, manjka ena lisa, ki pripada <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">diacilglicerolom</ins>, v primerjavi z divjim tipom, kar kaže, da je lipidni profil postal bolj podoben profilu palmovega olja. To sovpada z mehanizmom delovanja DGAT, ki poveča porabo <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">diacilglicerolov </ins>v prid drugim lipidom. Lipidni profil klona M15 je ostal zelo podoben profilu celicam divjega tipa. Ker je iz prejšnjih analiz razvidno, da ta klon izraža vsaj enega izmed encimov sklepajo, da v večji meri izraža LPAAT, medtem ko DGAT izraža premalo, da bi bila povečana poraba <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">diacilglicerolov</ins>. LPAAT ne spremeni profila, bi pa moral povečati koncentracijo <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">diacilglicerolov</ins>. Alternativen sklep je bil, da celice izražajo oba encima, a da povečanje <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">diacilglicerolov </ins>zaradi LPAAT navidezno izniči porabo zaradi DGAT.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=='''Zaključek'''==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=='''Zaključek'''==</div></td></tr>
</table>DuniaShttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BI(OIL)OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi&diff=16803&oldid=prevDuniaS: /* Okarakterizacija osnovnih delov */2020-04-20T20:43:56Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Okarakterizacija osnovnih delov</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 20:43, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l40">Line 40:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 40:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[HiBiT označevalec]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[HiBiT označevalec]]</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Želeli so dokazati ustreznost detekcije in kvantifikacije izražanja proteinov, v tem primeru GFP, označenih z HiBiT označevalcem v C. reinhardtii. Pred transformacijo mikroalge so DNA rezali z Bsa1, da bi z linearno DNA transformirali celice. Po elektroporaciji so celice gojili na gojišči z paromomicinom in nitratom (aktivacija <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">pNIT </del>promotorja). Po dodatku LgBiT in luciferina so merili bioluminescenco in tako ugotovili, v katerih kolonijah je bil izražen označen protein.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Želeli so dokazati ustreznost detekcije in kvantifikacije izražanja proteinov, v tem primeru GFP, označenih z HiBiT označevalcem v C. reinhardtii. Pred transformacijo mikroalge so DNA rezali z Bsa1, da bi z linearno DNA transformirali celice. Po elektroporaciji so celice gojili na gojišči z paromomicinom in nitratom (aktivacija <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">NIT1 </ins>promotorja). Po dodatku LgBiT in luciferina so merili bioluminescenco in tako ugotovili, v katerih kolonijah je bil izražen označen protein.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za validacijo <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">pNIT </del>promotorja so spremljali izražanje označenega GFP-ja v gojiščih, v katera so dodali nitrat kot aktivator in gojiščih, kamor so dodali amonijak, ki naj bi imel represorsko vlogo. Vse paralelke so kazale pričakovane rezultate razen ene, ki je kazala lastnosti regulacije pod konstitutivnim promotorjem. Sklepali so, da se je ta gen vstavil v regijo, regulirano s konstitutivnim promotorjem, ki je prevladal nad regulacijo s <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">pNIT </del>promotorjem inserta. Preverili so tudi odvisnost luminescence od števila celic, ko so dodali nitrat ali amonijak v gojišče. V vseh primerih je zveza linearno naraščala. Najbolj učinkovito izražanje kaže transformanta s pCMM2 vektorjem (GFP s C-končnim HiBiTom) - verjetno so se zato v nadajevanju osredotočili na delo s C-končnimi oznakami. Kjer je bil v gojišče dodan amoniak je luminiscenca minimalno narasla s številom celic in bila vseskozi veliko nižja, kot ob dodatku nitrata, kar je potrdilo negativen regulatorni vpliv na <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">pNIT</del>.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za validacijo <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">NIT1 </ins>promotorja so spremljali izražanje označenega GFP-ja v gojiščih, v katera so dodali nitrat kot aktivator in gojiščih, kamor so dodali amonijak, ki naj bi imel represorsko vlogo. Vse paralelke so kazale pričakovane rezultate razen ene, ki je kazala lastnosti regulacije pod konstitutivnim promotorjem. Sklepali so, da se je ta gen vstavil v regijo, regulirano s konstitutivnim promotorjem, ki je prevladal nad regulacijo s <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">NIT1 </ins>promotorjem inserta. Preverili so tudi odvisnost luminescence od števila celic, ko so dodali nitrat ali amonijak v gojišče. V vseh primerih je zveza linearno naraščala. Najbolj učinkovito izražanje kaže transformanta s pCMM2 vektorjem (GFP s C-končnim HiBiTom) - verjetno so se zato v nadajevanju osredotočili na delo s C-končnimi oznakami. Kjer je bil v gojišče dodan amoniak je luminiscenca minimalno narasla s številom celic in bila vseskozi veliko nižja, kot ob dodatku nitrata, kar je potrdilo negativen regulatorni vpliv na <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">NIT1</ins>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[DGAT in LPAAT]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[DGAT in LPAAT]]</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Želeli so ugotoviti, ali pride do izražanja encima z uporabo HiBiT oznake in merjenjem bioluminescence. Celice C. reinhardtii so transformirali z lineariziranimi vektorji ravni M z elektroporacijo in celice gojili na gojišču s higromicinom in nitratom. Pri celicah transformiranih s konstrukti, ki vsebujejo zapis za oba encima, so lahko izmerili le vsoto prispevkov vsakega encima k bioluminescenci, kar jim ni omogočilo, da bi potrdili izražanje vsakega encima posebej.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Želeli so ugotoviti, ali pride do izražanja encima z uporabo HiBiT oznake in merjenjem bioluminescence. Celice C. reinhardtii so transformirali z lineariziranimi vektorji ravni M z elektroporacijo in celice gojili na gojišču s higromicinom in nitratom. Pri celicah transformiranih s konstrukti, ki vsebujejo zapis za oba encima, so lahko izmerili le vsoto prispevkov vsakega encima k bioluminescenci, kar jim ni omogočilo, da bi potrdili izražanje vsakega encima posebej.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Tudi v tem primeru so preverili še izražanje v odvisnosti od vira dušika, ki vpliva na <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">pNIT </del>promotor. Pri dveh klonih so opazili, da se encimi izražajo konstitutivno, torej neodvisno od vira dušika (M7, M15).</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Tudi v tem primeru so preverili še izražanje v odvisnosti od vira dušika, ki vpliva na <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">NIT1 </ins>promotor. Pri dveh klonih so opazili, da se encimi izražajo konstitutivno, torej neodvisno od vira dušika (M7, M15).</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Sprememba lipidnega metabolizma ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Sprememba lipidnega metabolizma ===</div></td></tr>
</table>DuniaShttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BI(OIL)OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi&diff=16802&oldid=prevDuniaS: /* Sprememba lipidnega metabolizma */2020-04-20T20:42:54Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Sprememba lipidnega metabolizma</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 20:42, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l52">Line 52:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 52:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Pogoji celične kulture]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Pogoji celične kulture]]</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Celice so najprej gojili v mediju, ki je vseboval nitrat zato, da bi aktivirali izražanje pod <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">pNIT </del>promotorjem, potem pa so po večkratnem spiranju prenesli celice v medij brez vira dušika zato, da bi spodbudili kopičenje triacilglicerolov<ref>Deng, Xiaodong, Xiaowen Fei, and Yajun Li. "The effects of nutritional restriction on neutral lipid accumulation in Chlamydomonas and Chlorella." African Journal of Microbiology Research 5, no. 3 (2011): 260-270.</ref>. Po šestih dneh v stanju dušikovega stradanja je večina celic umrla. Zato so nadaljne eksperimente naredili v mediju z amonijakom, da bi opazovali vpliv DGAT in LPAAT na lipidni profil v normalnih pogojih, saj so za to izbrali celice, za katere so ugotovili, da izražajo encime neodvisno od vira dušika.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Celice so najprej gojili v mediju, ki je vseboval nitrat zato, da bi aktivirali izražanje pod <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">NIT1 </ins>promotorjem, potem pa so po večkratnem spiranju prenesli celice v medij brez vira dušika zato, da bi spodbudili kopičenje triacilglicerolov<ref>Deng, Xiaodong, Xiaowen Fei, and Yajun Li. "The effects of nutritional restriction on neutral lipid accumulation in Chlamydomonas and Chlorella." African Journal of Microbiology Research 5, no. 3 (2011): 260-270.</ref>. Po šestih dneh v stanju dušikovega stradanja je večina celic umrla. Zato so nadaljne eksperimente naredili v mediju z amonijakom, da bi opazovali vpliv DGAT in LPAAT na lipidni profil v normalnih pogojih, saj so za to izbrali celice, za katere so ugotovili, da izražajo encime neodvisno od vira dušika.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Izražanje encima]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Izražanje encima]]</div></td></tr>
</table>DuniaShttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BI(OIL)OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi&diff=16799&oldid=prevDuniaS: /* Okarakterizacija osnovnih delov */2020-04-20T19:54:27Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Okarakterizacija osnovnih delov</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:54, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l40">Line 40:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 40:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[HiBiT označevalec]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[HiBiT označevalec]]</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Želeli so dokazati ustreznost detekcije in kvantifikacije izražanja proteinov, v tem primeru GFP, označenih z HiBiT označevalcem v C. reinhardtii. Pred transformacijo mikroalge so DNA rezali z Bsa1, da bi z linearno DNA transformirali celice. Po elektroporaciji so celice gojili na gojišči z paromomicinom in nitratom (aktivacija pNIT promotorja). Po dodatku LgBiT in <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">luciferaze </del>so merili bioluminescenco in tako ugotovili, v katerih kolonijah je bil izražen označen protein.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Želeli so dokazati ustreznost detekcije in kvantifikacije izražanja proteinov, v tem primeru GFP, označenih z HiBiT označevalcem v C. reinhardtii. Pred transformacijo mikroalge so DNA rezali z Bsa1, da bi z linearno DNA transformirali celice. Po elektroporaciji so celice gojili na gojišči z paromomicinom in nitratom (aktivacija pNIT promotorja). Po dodatku LgBiT in <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">luciferina </ins>so merili bioluminescenco in tako ugotovili, v katerih kolonijah je bil izražen označen protein.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za validacijo pNIT promotorja so spremljali izražanje označenega GFP-ja v gojiščih, v katera so dodali nitrat kot aktivator in gojiščih, kamor so dodali amonijak, ki naj bi imel represorsko vlogo. Vse paralelke so kazale pričakovane rezultate razen ene, ki je kazala lastnosti regulacije pod konstitutivnim promotorjem. Sklepali so, da se je ta gen vstavil v regijo, regulirano s konstitutivnim promotorjem, ki je prevladal nad regulacijo s pNIT promotorjem inserta. Preverili so tudi odvisnost luminescence od števila celic, ko so dodali nitrat ali amonijak v gojišče. V vseh primerih je zveza linearno naraščala. Najbolj učinkovito izražanje kaže transformanta s pCMM2 vektorjem (GFP s C-končnim HiBiTom) - verjetno so se zato v nadajevanju osredotočili na delo s C-končnimi oznakami. Kjer je bil v gojišče dodan amoniak je luminiscenca minimalno narasla s številom celic in bila vseskozi veliko nižja, kot ob dodatku nitrata, kar je potrdilo negativen regulatorni vpliv na pNIT.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za validacijo pNIT promotorja so spremljali izražanje označenega GFP-ja v gojiščih, v katera so dodali nitrat kot aktivator in gojiščih, kamor so dodali amonijak, ki naj bi imel represorsko vlogo. Vse paralelke so kazale pričakovane rezultate razen ene, ki je kazala lastnosti regulacije pod konstitutivnim promotorjem. Sklepali so, da se je ta gen vstavil v regijo, regulirano s konstitutivnim promotorjem, ki je prevladal nad regulacijo s pNIT promotorjem inserta. Preverili so tudi odvisnost luminescence od števila celic, ko so dodali nitrat ali amonijak v gojišče. V vseh primerih je zveza linearno naraščala. Najbolj učinkovito izražanje kaže transformanta s pCMM2 vektorjem (GFP s C-končnim HiBiTom) - verjetno so se zato v nadajevanju osredotočili na delo s C-končnimi oznakami. Kjer je bil v gojišče dodan amoniak je luminiscenca minimalno narasla s številom celic in bila vseskozi veliko nižja, kot ob dodatku nitrata, kar je potrdilo negativen regulatorni vpliv na pNIT.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>DuniaShttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BI(OIL)OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi&diff=16798&oldid=prevDuniaS: /* Okarakterizacija osnovnih delov */2020-04-20T19:49:59Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Okarakterizacija osnovnih delov</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:49, 20 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l40">Line 40:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 40:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[HiBiT označevalec]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[HiBiT označevalec]]</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Želeli so dokazati ustreznost detekcije in kvantifikacije izražanja proteinov, v tem primeru GFP, označenih z HiBiT označevalcem v C. reinhardtii. Pred transformacijo mikroalge so DNA rezali z Bsa1, da bi z linearno DNA transformirali celice. Po elektroporaciji so <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">bakterije </del>gojili na gojišči z paromomicinom in nitratom (aktivacija pNIT promotorja). Po dodatku LgBiT in luciferaze so merili bioluminescenco in tako ugotovili, v katerih kolonijah je bil izražen označen protein.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Želeli so dokazati ustreznost detekcije in kvantifikacije izražanja proteinov, v tem primeru GFP, označenih z HiBiT označevalcem v C. reinhardtii. Pred transformacijo mikroalge so DNA rezali z Bsa1, da bi z linearno DNA transformirali celice. Po elektroporaciji so <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">celice </ins>gojili na gojišči z paromomicinom in nitratom (aktivacija pNIT promotorja). Po dodatku LgBiT in luciferaze so merili bioluminescenco in tako ugotovili, v katerih kolonijah je bil izražen označen protein.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za validacijo pNIT promotorja so spremljali izražanje označenega GFP-ja v gojiščih, v katera so dodali nitrat kot aktivator in gojiščih, kamor so dodali amonijak, ki naj bi imel represorsko vlogo. Vse paralelke so kazale pričakovane rezultate razen ene, ki je kazala lastnosti regulacije pod konstitutivnim promotorjem. Sklepali so, da se je ta gen vstavil v regijo, regulirano s konstitutivnim promotorjem, ki je prevladal nad regulacijo s pNIT promotorjem inserta. Preverili so tudi odvisnost luminescence od števila celic, ko so dodali nitrat ali amonijak v gojišče. V vseh primerih je zveza linearno naraščala. Najbolj učinkovito izražanje kaže transformanta s pCMM2 vektorjem (GFP s C-končnim HiBiTom) - verjetno so se zato v nadajevanju osredotočili na delo s C-končnimi oznakami. Kjer je bil v gojišče dodan amoniak je luminiscenca minimalno narasla s številom celic in bila vseskozi veliko nižja, kot ob dodatku nitrata, kar je potrdilo negativen regulatorni vpliv na pNIT.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za validacijo pNIT promotorja so spremljali izražanje označenega GFP-ja v gojiščih, v katera so dodali nitrat kot aktivator in gojiščih, kamor so dodali amonijak, ki naj bi imel represorsko vlogo. Vse paralelke so kazale pričakovane rezultate razen ene, ki je kazala lastnosti regulacije pod konstitutivnim promotorjem. Sklepali so, da se je ta gen vstavil v regijo, regulirano s konstitutivnim promotorjem, ki je prevladal nad regulacijo s pNIT promotorjem inserta. Preverili so tudi odvisnost luminescence od števila celic, ko so dodali nitrat ali amonijak v gojišče. V vseh primerih je zveza linearno naraščala. Najbolj učinkovito izražanje kaže transformanta s pCMM2 vektorjem (GFP s C-končnim HiBiTom) - verjetno so se zato v nadajevanju osredotočili na delo s C-končnimi oznakami. Kjer je bil v gojišče dodan amoniak je luminiscenca minimalno narasla s številom celic in bila vseskozi veliko nižja, kot ob dodatku nitrata, kar je potrdilo negativen regulatorni vpliv na pNIT.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>DuniaShttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BI(OIL)OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi&diff=16618&oldid=prevDuniaS at 19:24, 19 April 20202020-04-19T19:24:12Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:24, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l1">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[https://2019.igem.org/Team:Sorbonne_U_Paris BI(OIL)OGICAL FACTORY], ali bi(olje)loška tovarna, je večkrat nominiran iGEM projekt iz leta 2019. Ekipo sestavlja skupina šestnajstih študentk in študentov Univerze Sorbone v Parizu, Francija, ki izhajajo iz različnih izobraževalnih smeri, <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">od naravoslovne do družboslovne</del>. Poglavitni cilj projekta je bi razviti proteinski sistem znotraj fotosintetske zelene mikroalge ''Chlamydomonas reinhardtii'' za proizvodnjo palmitinske in oleinske kisline, glavni komponenti palmovega olja.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[https://2019.igem.org/Team:Sorbonne_U_Paris BI(OIL)OGICAL FACTORY], ali bi(olje)loška tovarna, je večkrat nominiran iGEM projekt iz leta 2019. Ekipo sestavlja skupina šestnajstih študentk in študentov Univerze Sorbone v Parizu, Francija, ki izhajajo iz različnih izobraževalnih smeri, <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">naravoslovnih in družboslovnih</ins>. Poglavitni cilj projekta je bi razviti proteinski sistem znotraj fotosintetske zelene mikroalge ''Chlamydomonas reinhardtii'' za proizvodnjo palmitinske in oleinske kisline, glavni komponenti palmovega olja.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Avtorica povzetka: Dunia Sahir</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Avtorica povzetka: Dunia Sahir</div></td></tr>
</table>DuniaShttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BI(OIL)OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi&diff=16614&oldid=prevDuniaS at 19:21, 19 April 20202020-04-19T19:21:55Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:21, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l1">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[https://2019.igem.org/Team:Sorbonne_U_Paris BI(OIL)OGICAL FACTORY], ali bi(olje)loška tovarna, je večkrat <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">nagrajen </del>iGEM projekt iz leta 2019. Ekipo sestavlja skupina šestnajstih študentk in študentov Univerze Sorbone v Parizu, Francija, ki izhajajo iz različnih izobraževalnih smeri, od naravoslovne do družboslovne. Poglavitni cilj projekta je bi razviti proteinski sistem znotraj fotosintetske zelene mikroalge ''Chlamydomonas reinhardtii'' za proizvodnjo palmitinske in oleinske kisline, glavni komponenti palmovega olja.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[https://2019.igem.org/Team:Sorbonne_U_Paris BI(OIL)OGICAL FACTORY], ali bi(olje)loška tovarna, je večkrat <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">nominiran </ins>iGEM projekt iz leta 2019. Ekipo sestavlja skupina šestnajstih študentk in študentov Univerze Sorbone v Parizu, Francija, ki izhajajo iz različnih izobraževalnih smeri, od naravoslovne do družboslovne. Poglavitni cilj projekta je bi razviti proteinski sistem znotraj fotosintetske zelene mikroalge ''Chlamydomonas reinhardtii'' za proizvodnjo palmitinske in oleinske kisline, glavni komponenti palmovega olja.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Avtorica povzetka: Dunia Sahir</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Avtorica povzetka: Dunia Sahir</div></td></tr>
</table>DuniaShttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BI(OIL)OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi&diff=16604&oldid=prevDuniaS at 19:12, 19 April 20202020-04-19T19:12:32Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:12, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l63">Line 63:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 63:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=='''Zaključek'''==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=='''Zaključek'''==</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">V sklopu projekta je skupina želela ozavestiti javnost o okoljevarstveni problematiki uporabe palmovega olja, dodatno pa javnosti približati temo GSO, ki lahko ob premišljeni uporabi predstavljajo rešitev za marsikateri okoljski ali drug problem. V ta namen so poleg samega sinteznobiološkega dela pripravili še strip in video igrico ter praktične poskuse izvajali v srednjih šolah in na konferencah.</ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== '''Viri''' ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== '''Viri''' ==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><references/></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><references/></div></td></tr>
</table>DuniaShttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BI(OIL)OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi&diff=16602&oldid=prevDuniaS at 19:06, 19 April 20202020-04-19T19:06:05Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:06, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l4">Line 4:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 4:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=='''Palmovo olje'''==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=='''Palmovo olje'''==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Palmovo olje je najpogosteje uporabljeno rastlinsko olje na svetu, njegova proizvodnja šteje več kot 60 bilionov ton letno. Proizvajanje palmovega olja neizmerno škoduje okolju in je vzrok za rušenje mnogih ekosistemov zaradi deforestacije. Najbolj na udaru so orangutani, saj izvirajo ravno iz Indonezije in Malezije, kjer sta proizvodnja palmovega olja, in posledično deforestacija, največji. Izredno obsežna gozdnata območja so posekana in nadomestijo jih palmovi nasadi.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Palmovo olje je najpogosteje uporabljeno rastlinsko olje na svetu, njegova proizvodnja šteje več kot 60 bilionov ton letno<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"><ref>United States Department of Agriculture, Palm Oil Production by Country in 1000 MT, Index Mundi. (2019). https://www.indexmundi.com/agriculture/?commodity=palm-oil&graph=production. [dostop 19.04.2020] </ref></ins>. Proizvajanje palmovega olja neizmerno škoduje okolju in je vzrok za rušenje mnogih ekosistemov zaradi deforestacije. Najbolj na udaru so orangutani, saj izvirajo ravno iz Indonezije in Malezije, kjer sta proizvodnja palmovega olja, in posledično deforestacija, največji. Izredno obsežna gozdnata območja so posekana in nadomestijo jih palmovi nasadi.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=='''Projekt bi[olje]oška tovarna'''==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=='''Projekt bi[olje]oška tovarna'''==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sklopu projekta si je skupina študentov želela doseči dvoje: okarakterizirati delovanje označevalca HiBiT za uporabo v ''C. reinhardtii'', da bi ga lahko vključili v že obstoječ Modular Cloning (MoClo)<ref> Crozet, Pierre, et al. "Birth of a photosynthetic chassis: A MoClo toolkit enabling synthetic biology in the microalga ''Chlamydomonas reinhardtii''." ACS synthetic biology 7.9 (2018): 2074-2086.<ref> kit za sinteznobiološko uporabo v mikroalgi in pripraviti konstrukte za spremembno naravnega metabolizma lipidov v ''C. reinhardtii'' z uvedbo novih encimov, ki bi povišali raven izražanja palmitinske in oleinske kisline.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sklopu projekta si je skupina študentov želela doseči dvoje: okarakterizirati delovanje označevalca HiBiT za uporabo v ''C. reinhardtii'', da bi ga lahko vključili v že obstoječ Modular Cloning (MoClo)<ref> Crozet, Pierre, et al. "Birth of a photosynthetic chassis: A MoClo toolkit enabling synthetic biology in the microalga ''Chlamydomonas reinhardtii''." ACS synthetic biology 7.9 (2018): 2074-2086.<<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">/</ins>ref> kit za sinteznobiološko uporabo v mikroalgi in pripraviti konstrukte za spremembno naravnega metabolizma lipidov v ''C. reinhardtii'' z uvedbo novih encimov, ki bi povišali raven izražanja palmitinske in oleinske kisline.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Encimi ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Encimi ===</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Encimi, ki so jih prvotno izbrali zato, da bi spremenili metabolno pot lipidov v ''C. reinhardtii'' vsi izvirajo iz palme ''Elaeis guineensis''. Encimi so FAT (fatty acid thioesterase), ki sodeluje pri izvozu maščobnih kislin iz kloroplastov v endoplazmatski retikulum<ref>Li-Beisson, Y., Beisson, F. & Riekhof, W. Metabolism of acyl-lipids in ''Chlamydomonas reinhardtii''. The Plant Journal 82, 504–522 (2015). <ref>, LPAAT (lysophosphatidic acid acyltrasferase), ki ima pomembno vlogo pri sestavljanju maščobnih kislin v TAG<ref>Li-Beisson, Y., Beisson, F. & Riekhof, W. Metabolism of acyl-lipids in ''Chlamydomonas reinhardtii''. The Plant Journal 82, 504–522 (2015). <ref> in nazadnje DGAT (diacylglycerol acyltransferase), ki sodeluje pri razgradnji diacilglicerolov in se prekomerno izraža v mezokarpu palmovega sadeža<ref> Xiao, Y., Xia, W., Mason, AS., Cao, Z., Fan, H., Zhang, B., Zhang, J., Ma, Z., Peng, M., Huang, D. Genetic control of fatty acid composition in coconut (''Cocos nucifera''), African oil palm (''Elaeis guineensis''), and date palm (''Phoenix dactylifera''). Planta. 2019 Feb, 249 (2), 333-350. <ref>.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Encimi, ki so jih prvotno izbrali zato, da bi spremenili metabolno pot lipidov v ''C. reinhardtii'' vsi izvirajo iz palme ''Elaeis guineensis''. Encimi so FAT (fatty acid thioesterase), ki sodeluje pri izvozu maščobnih kislin iz kloroplastov v endoplazmatski retikulum<ref>Li-Beisson, Y., Beisson, F. & Riekhof, W. Metabolism of acyl-lipids in ''Chlamydomonas reinhardtii''. The Plant Journal 82, 504–522 (2015). <<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">/</ins>ref>, LPAAT (lysophosphatidic acid acyltrasferase), ki ima pomembno vlogo pri sestavljanju maščobnih kislin v TAG<ref>Li-Beisson, Y., Beisson, F. & Riekhof, W. Metabolism of acyl-lipids in ''Chlamydomonas reinhardtii''. The Plant Journal 82, 504–522 (2015). <<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">/</ins>ref> in nazadnje DGAT (diacylglycerol acyltransferase), ki sodeluje pri razgradnji diacilglicerolov in se prekomerno izraža v mezokarpu palmovega sadeža<ref> Xiao, Y., Xia, W., Mason, AS., Cao, Z., Fan, H., Zhang, B., Zhang, J., Ma, Z., Peng, M., Huang, D. Genetic control of fatty acid composition in coconut (''Cocos nucifera''), African oil palm (''Elaeis guineensis''), and date palm (''Phoenix dactylifera''). Planta. 2019 Feb, 249 (2), 333-350. <<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">/</ins>ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== ''Chlamydomonas reinhardtii'' ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== ''Chlamydomonas reinhardtii'' ===</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l16">Line 16:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 16:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=='''Načrtovanje konstruktov'''==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=='''Načrtovanje konstruktov'''==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Celice ''C. reinhardtii'' so želeli spremeniti tako, da bi vplivali na naravno metabolno pot proizvajanja lipidov. Za doseganje cilja in v biosintezne namene so uporabili Golden Gate<ref>Engler C, Kandzia R, Marillonnet S (2008) A One Pot, One Step, Precision Cloning Method with High Throughput Capability. PLoS ONE 3(11): e3647. doi:10.1371/journal.pone.0003647. <ref> Modular Cloning (MoClo) tehnologijo<ref> Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. doi:10.1371/journal.pone.0016765<ref>, s katero so najprej sestavili konstrukte do ravni M v celicah E. coli in jih kasneje prenesli v celice ''C. reinhardtii''. MoClo kit, ki so ga uporabili, je posebno načrtovan za delovanje konstruktov v mikroalgi<ref> Crozet, Pierre, et al. "Birth of a photosynthetic chassis: A MoClo toolkit enabling synthetic biology in the microalga ''Chlamydomonas reinhardtii''." ACS synthetic biology 7.9 (2018): 2074-2086.<ref>.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Celice ''C. reinhardtii'' so želeli spremeniti tako, da bi vplivali na naravno metabolno pot proizvajanja lipidov. Za doseganje cilja in v biosintezne namene so uporabili Golden Gate<ref>Engler C, Kandzia R, Marillonnet S (2008) A One Pot, One Step, Precision Cloning Method with High Throughput Capability. PLoS ONE 3(11): e3647. doi:10.1371/journal.pone.0003647. <<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">/</ins>ref> Modular Cloning (MoClo) tehnologijo<ref> Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. doi:10.1371/journal.pone.0016765<<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">/</ins>ref>, s katero so najprej sestavili konstrukte do ravni M v celicah E. coli in jih kasneje prenesli v celice ''C. reinhardtii''. MoClo kit, ki so ga uporabili, je posebno načrtovan za delovanje konstruktov v mikroalgi<ref> Crozet, Pierre, et al. "Birth of a photosynthetic chassis: A MoClo toolkit enabling synthetic biology in the microalga ''Chlamydomonas reinhardtii''." ACS synthetic biology 7.9 (2018): 2074-2086.<<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">/</ins>ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Registrirane biokocke ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Registrirane biokocke ===</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l52">Line 52:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 52:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Pogoji celične kulture]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Pogoji celične kulture]]</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Celice so najprej gojili v mediju, ki je vseboval nitrat zato, da bi aktivirali izražanje pod pNIT promotorjem, potem pa so po večkratnem spiranju prenesli celice v medij brez vira dušika zato, da bi spodbudili kopičenje triacilglicerolov<ref>Deng, Xiaodong, Xiaowen Fei, and Yajun Li. "The effects of nutritional restriction on neutral lipid accumulation in Chlamydomonas and Chlorella." African Journal of Microbiology Research 5, no. 3 (2011): 260-270.<ref>. Po šestih dneh v stanju dušikovega stradanja je večina celic umrla. Zato so nadaljne eksperimente naredili v mediju z amonijakom, da bi opazovali vpliv DGAT in LPAAT na lipidni profil v normalnih pogojih, saj so za to izbrali celice, za katere so ugotovili, da izražajo encime neodvisno od vira dušika.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Celice so najprej gojili v mediju, ki je vseboval nitrat zato, da bi aktivirali izražanje pod pNIT promotorjem, potem pa so po večkratnem spiranju prenesli celice v medij brez vira dušika zato, da bi spodbudili kopičenje triacilglicerolov<ref>Deng, Xiaodong, Xiaowen Fei, and Yajun Li. "The effects of nutritional restriction on neutral lipid accumulation in Chlamydomonas and Chlorella." African Journal of Microbiology Research 5, no. 3 (2011): 260-270.<<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">/</ins>ref>. Po šestih dneh v stanju dušikovega stradanja je večina celic umrla. Zato so nadaljne eksperimente naredili v mediju z amonijakom, da bi opazovali vpliv DGAT in LPAAT na lipidni profil v normalnih pogojih, saj so za to izbrali celice, za katere so ugotovili, da izražajo encime neodvisno od vira dušika.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Izražanje encima]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Izražanje encima]]</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l60">Line 60:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 60:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Sprememba lipidnega profila]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Sprememba lipidnega profila]]</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za proučevanje spremembe metabolizma lipidov so uporabili tankoplastno kromatografijo<ref> H.K. Mangold, Lectu,es of tZe 1961 New.. Lipid Analyses Thin-Layer Chromatography of Lipids, n.d. <ref>, kjer so kot standarde uporabili znane maščobne kisline, triglicerole in diglicerole. Nanosu lipidov klona M7, v katerem je izražen le DGAT, manjka ena lisa, ki pripada digliceridom, v primerjavi z divjim tipom, kar kaže, da je lipidni profil postal bolj podoben profilu palmovega olja. To sovpada z mehanizmom delovanja DGAT, ki poveča porabo diglicerolov v prid drugim lipidom. Lipidni profil klona M15 je ostal zelo podoben profilu celicam divjega tipa. Ker je iz prejšnjih analiz razvidno, da ta klon izraža vsaj enega izmed encimov sklepajo, da v večji meri izraža LPAAT, medtem ko DGAT izraža premalo, da bi bila povečana poraba digliceridov. LPAAT ne spremeni profila, bi pa moral povečati koncentracijo digliceridov. Alternativen sklep je bil, da celice izražajo oba encima, a da povečanje digliceridov zaradi LPAAT navidezno izniči porabo zaradi DGAT.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za proučevanje spremembe metabolizma lipidov so uporabili tankoplastno kromatografijo<ref> H.K. Mangold, Lectu,es of tZe 1961 New.. Lipid Analyses Thin-Layer Chromatography of Lipids, n.d. <<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">/</ins>ref>, kjer so kot standarde uporabili znane maščobne kisline, triglicerole in diglicerole. Nanosu lipidov klona M7, v katerem je izražen le DGAT, manjka ena lisa, ki pripada digliceridom, v primerjavi z divjim tipom, kar kaže, da je lipidni profil postal bolj podoben profilu palmovega olja. To sovpada z mehanizmom delovanja DGAT, ki poveča porabo diglicerolov v prid drugim lipidom. Lipidni profil klona M15 je ostal zelo podoben profilu celicam divjega tipa. Ker je iz prejšnjih analiz razvidno, da ta klon izraža vsaj enega izmed encimov sklepajo, da v večji meri izraža LPAAT, medtem ko DGAT izraža premalo, da bi bila povečana poraba digliceridov. LPAAT ne spremeni profila, bi pa moral povečati koncentracijo digliceridov. Alternativen sklep je bil, da celice izražajo oba encima, a da povečanje digliceridov zaradi LPAAT navidezno izniči porabo zaradi DGAT.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=='''Zaključek'''==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=='''Zaključek'''==</div></td></tr>
</table>DuniaS