Deoksiribonukleaze: Difference between revisions

From Wiki FKKT
Jump to navigationJump to search
No edit summary
No edit summary
 
(32 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 2: Line 2:




[http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e9/DNase1.jpg Deoksiribonukleaze] (encimi iz družine nukleaz) katalizirajo hidrolizo [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/36/PhosphodiesterBondDiagram.png/180px-PhosphodiesterBondDiagram.png fosfodiesterskih vezi] v DNA. Njihova naloga je kataliza razgradnje poškodovanih, postaranih ali odvečnih nukleinskih kislin pri celičnih procesih.


Deoksiribonukleaze (DNaze) so encimi, ki katalizirajo hidrolizo fosfodiesterskih vezi v DNA. Spadajo v družino nukleaz. Njihova naloga je kataliza razgradnje poškodovanih, postaranih ali odvečnih nukleinskih kislin v procesih, ki so potrebni za splošno vzdrževanje reda v celici.
Deoksiribonukleaze se razlikujejo po delovanju na substrat, kemijskem mehanizmu in biološki funkciji.
Imamo različne tipe deoksiribonukleaz, ki se razlikujejo po delovanju na substrat, kemijskem mehanizmu in biološki funkciji.


Nekatere DNaze zelo indiskriminirano cepijo določeno sekvenco DNA. Drugi, kot restrikcijski encimi, so specifični za določeno področje. Eni cepijo samo dvojne ali enojne vijačnice, drugi so aktivni na oboje.


Nekatere DNaze zelo indiskriminirano cepijo določeno ali drugo sekvenco DNA. Nekateri, kot restrikcijski encimi, pa so zelo specfični za eno področje. Lahko cepijo samo dvojne ali samo enojne vijačnice, lahko so aktivni na oboje.


DNaze, ki katalizirajo cepljenje končnih nukleotidov imenujemo eksodeoksiribonukleaze (tip eksonukleaz). Te razdelimo še na 3’-eksodeoksiribonukleaze in 5’-eksodeoksiribonukleaze, odvisno na katero stran verige delujejo.
DNaze, ki cepijo notranje fosfodiesterske vezi so endodeoksiribonukleaze (tip endonukleaz). Ločijo se tudi tako, da cepijo estersko vez, ki je lahko vezana na fosfatno skupino s strani 5'-hidroksilne skupine ali na fosfatno skupino s strani 3'-hidroksilne skupine.


DNaze, ki katalizirajo cepljenje končnih nukleotidov se imenujejo eksodeoksiribonukleaze (tip eksonukleaz). DNaze, ki cepijo notranje fosfodiesterske vezi so endodeoksiribonukleaze (tip endonukleaz).
Endodeoksiribonukleaze delimo še na Deoksiribonukleaze I, Deoksiribonukleaze II, Deoksiribonukleaze IV, UvrABC (multiencimski kompleks  v E.coli v mehanizmu popravljanja DNA), restrikcijske endonukleze in MNaze.




DNaze razdelimo še na 3’-, ki cepijo a vezi (te povezujejo 3’- skupino nukleotida s fosfatno skupino) in 5’-, ki cepijo b vezi (te povezujejo 5’- skupino nukleotida s fosfatno skupino)
[http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/image/dna-protein/all/small_N1dnk.gif Deoksiribonukleaze I]


DNaza I reže DNA predvsem pri fosfodiesterskih vezeh zraven pirimidinskega nukleotida. Pusti 5’-fosfatni konec polinukleotida s prosto hidroksidno skupino na 3’- poziciji. Deluje na enojno in dvojno vijačnico ter kromatin.
DNaza I se veže na protein aktin. V taki obliki je encimsko neaktivna. Domnevajo, da je [http://www.molecularstructure.org/entry.php?pdb=1ATN DNaza-aktin kompleks] način shranjevanja DNaze, da se genetska informacija ne poškoduje.


Endodeoksiribonukleaze se delijo še v Deoksiribonukleaze I , Deoksiribonukleaze II , Deoksiribonukleaze IV, UvrABC (multiencimski kompleks  v bakteriji E.coli. Vpleten je v mehanizem popravljanja DNA), restrikcijske endonukleze in MNaze.


Deoksiribonukleaza II


Deoksiribonukleaze I
Hidrolizira vezi v nativni in denaturirani DNA. Produkti so 3’- fosfati. Aktivna je predvsem v kislem pH-ju.
Imamo različne vrste: DNaze II alfa (DNaze II) in DNaze II beta (DLAD).


DNaza I reže DNA predvsem pri fosfodiesterskih vezeh zraven pirimidinskega nukleotida. Pusti 5’-fosfatni konec polinukleotida s prosto hidroksidno skupino na 3’- poziciji. Deluje na enojno in dvojno vijačnico in kromatin.
DNaza I se veže na protein aktin. V taki obliki je encmsko neaktivna. Mislijo, da je DNaza-aktin kompleks način shranjevanja DNaze, da ne poškoduje genetske informacije.


[[Image:deoksiribonukleaza na aktinu.jpg]]
[http://filebox.vt.edu/users/chagedor/biol_4684/Methods/restrict4.gif Restrikcijske endonukleaze]


Deoksiribonukleaza II
Prepoznajo specifična zaporedja baz v DNA, katalizirajo hidrolizo obeh verig na vezavnem mestu ali v njegovi bližini.
Delijo se na Tip I, Tip II in Tip III.


Ta hidrolizira vezi v nativni in denaturirani DNA. Produkti so 3’- fosfati. Aktivna je predvsem v kislem pH-ju.
Imamo različne vrste : DNaze II alfa (DNaze II) in DNaze II beta (DLAD)


Encim [http://www.discoveriesinmedicine.com/Com-En/Deoxyribonuclease.html DNaze je tudi uporaben pri zdravljenju cistične fibroze]. Katalizira hidrolitičen razcep velikih molekul DNA v manjše nukleotidne fragmente in s tem zmanjšuje viskoznost sluzi, v kateri je raztopljena DNA.


Restrikcijska endonukleaza


Restrikcijska endonukleaza prepozna specifična zaporedja baz v dvojni vijačnici DNA in katalizira hidrolizo obeh verig na vezavnem mestu ali v njegovi bližini.
Restrikcijske endonukleaze se delijo na Tip I, Tip II in Tip III.




Encim DNaze je tudi uporaben pri zdravljenju cistične fibroze. Katalizira hidrolitičen razcep velikih molekul DNA v manjše nukleotidne fragmente in s tem zmanjšuje viskoznost sluzi, v kateri je raztopljena DNA.
Viri:


http://www.ncbi.nlm.nih.gov


Temelji Biokemije – Rodney Boyer


http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/image/dna-protein/all/all.html


Viri:
http://www.molecularstructure.org/
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
http://www.discoveriesinmedicine.com/images/mdis_0000_0002_0_img0065.jpg


http://www.ionchannels.org/pdb-image/1ATN.jpg&imgrefurl=http://www.heatschock.net/structure.php%3Fstart%3D240&usg__m3hnD8ZJ9SSEbFiCjQj64HudeR8=&h=250&w=250&sz=17&hl=sl&start=8&um=1&tbnid=vDbDWoK90c_FHM:&tbnh=111&tbnw=111&prev=/images%3Fq%3Ddeoksyribonuclease%26hl%3Dsl&26client%3Dfirefox-a%26rls%3Dorg.mozilla:it:official%26sa%3DG%26um%3D1


Temelji Biokemije – Rodney Boyer
[[Category:LEX]]

Latest revision as of 13:51, 5 January 2010

Deoksiribonukleaze

Deoksiribonukleaze (encimi iz družine nukleaz) katalizirajo hidrolizo fosfodiesterskih vezi v DNA. Njihova naloga je kataliza razgradnje poškodovanih, postaranih ali odvečnih nukleinskih kislin pri celičnih procesih.

Deoksiribonukleaze se razlikujejo po delovanju na substrat, kemijskem mehanizmu in biološki funkciji.

Nekatere DNaze zelo indiskriminirano cepijo določeno sekvenco DNA. Drugi, kot restrikcijski encimi, so specifični za določeno področje. Eni cepijo samo dvojne ali enojne vijačnice, drugi so aktivni na oboje.


DNaze, ki katalizirajo cepljenje končnih nukleotidov imenujemo eksodeoksiribonukleaze (tip eksonukleaz). Te razdelimo še na 3’-eksodeoksiribonukleaze in 5’-eksodeoksiribonukleaze, odvisno na katero stran verige delujejo. DNaze, ki cepijo notranje fosfodiesterske vezi so endodeoksiribonukleaze (tip endonukleaz). Ločijo se tudi tako, da cepijo estersko vez, ki je lahko vezana na fosfatno skupino s strani 5'-hidroksilne skupine ali na fosfatno skupino s strani 3'-hidroksilne skupine.

Endodeoksiribonukleaze delimo še na Deoksiribonukleaze I, Deoksiribonukleaze II, Deoksiribonukleaze IV, UvrABC (multiencimski kompleks v E.coli v mehanizmu popravljanja DNA), restrikcijske endonukleze in MNaze.


Deoksiribonukleaze I

DNaza I reže DNA predvsem pri fosfodiesterskih vezeh zraven pirimidinskega nukleotida. Pusti 5’-fosfatni konec polinukleotida s prosto hidroksidno skupino na 3’- poziciji. Deluje na enojno in dvojno vijačnico ter kromatin. DNaza I se veže na protein aktin. V taki obliki je encimsko neaktivna. Domnevajo, da je DNaza-aktin kompleks način shranjevanja DNaze, da se genetska informacija ne poškoduje.


Deoksiribonukleaza II

Hidrolizira vezi v nativni in denaturirani DNA. Produkti so 3’- fosfati. Aktivna je predvsem v kislem pH-ju. Imamo različne vrste: DNaze II alfa (DNaze II) in DNaze II beta (DLAD).


Restrikcijske endonukleaze

Prepoznajo specifična zaporedja baz v DNA, katalizirajo hidrolizo obeh verig na vezavnem mestu ali v njegovi bližini. Delijo se na Tip I, Tip II in Tip III.


Encim DNaze je tudi uporaben pri zdravljenju cistične fibroze. Katalizira hidrolitičen razcep velikih molekul DNA v manjše nukleotidne fragmente in s tem zmanjšuje viskoznost sluzi, v kateri je raztopljena DNA.



Viri:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov

Temelji Biokemije – Rodney Boyer

http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/image/dna-protein/all/all.html

http://www.molecularstructure.org/

Retrieved from "https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Deoksiribonukleaze&oldid=2507"