Molekularna biologija: Difference between revisions

From Wiki FKKT
Jump to navigationJump to search
No edit summary
 
(46 intermediate revisions by 2 users not shown)
Line 1: Line 1:
Predmet 2. letnika študijskega programa Biokemija. Izvaja se v poletnem semestru. Ima 45 h predavanj, 20 h semnarjev in 10 h laboratorijskih vaj, skupaj 5 kreditnih točk ECTS.
Predmet 2. letnika študijskega programa Biokemija. Izvaja se v poletnem semestru. Ima 45 h predavanj, 20 h seminarjev in 10 h laboratorijskih vaj, skupaj 5 kreditnih točk ECTS.


Nosilec predmeta: doc. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]. Temi Dinamika proteinske strukture in Povezava struktura - funkcija predava doc. dr. Gregor Gunčar.
Nosilec predmeta: prof. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar].


  Urnik predavanj in seminarjev: sreda 10h - 12h in petek 11h - 13h v veliki predavalnici IJS.
  Predavanja se začnejo 13.2.2023 ob 9:30.
Letos bodo izpitni roki 16.6., 30.6. in 24.8.2023.


Razpored vaj bo objavljen kasneje. Vaje bomo predvidoma izvedli v zadnjem tednu maja in prvem tednu junija (10 h).
Izpitni roki: 27.6., 6.7., 30.8. in 23.9. 2011.
Delnih izpitov ne bo.


=== Teme predavanj ===
=== Teme predavanj ===
# Mehanizem podvojevanja DNA (4P)
# Mehanizem podvojevanja DNA
# Rekombinacija in popravljanje mutacij (4P)
# Transkripcija in posttranskripcijski procesi
# Transkripcija in posttranskripcijski procesi (5P)
# Genetski kod in tRNA
# Genetski kod in tRNA (2P)
# Ribosomi in translacija
# Ribosomi in translacija (5P)
# Struktura kromosomov in organizacija genoma     
# Struktura kromosomov in organizacija genoma (2P, 2S)   (Kolar Sabina, Handanovič Elmina, Pavlovič Tonja)
# Kontrola izražanja pri prokariontih
# Kontrola izražanja pri prokariontih (4P, 4S)
# Kontrola izražanja pri evkariontih
# Kontrola izražanja pri evkariontih (2P, 2S)
# Transpozicijski elementi
# Usmerjanje proteinov in posttranslacijske modifikacije (4P, 2S)
# Virusi
# Razgradnja proteinov (3P)
# Mutacije in popravljanje okvar na DNA
# *Dinamika proteinske strukture (2P, 4S)
# Homologna rekombinacija
# *Primeri povezave med strukturo in delovanjem proteina (2P, 4S)
# Virusi (2P, 2S)
# Čutila (4P)
''(P = predavanje, S = seminar)    * predava G. Gunčar''


=== Teme seminarjev ===
=== Teme seminarjev ===
Seminarji bodo vključeni v termine predavanj, obdelali pa bomo poglavja, ki se navezujejo na snov predavanj oziroma jo dodatno ilustrirajo.
[[MB-seminarji|Seminarji]] bodo vključeni v termine predavanj, obdelali pa bomo poglavja, ki se navezujejo na snov predavanj oziroma jo dodatno ilustrirajo.
En teden bo namenjen skupnemu delu na isto temo, ki bo letos [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]]. Temo bomo razdelali z več vidikov, delo pa bo potekalo v manjših skupinah. Skupine bodo predstavile svoja poglavja na spletu in s kratkim (ustrezno slikovno podprtim) nastopom v predavalnici.
Predvidoma trije tedni bodo namenjeni seminarjem, ki bodo z istega področja - temo določim vsako leto konec februarja. Isto temo bomo razdelali z več vidikov, delo pa bo potekalo v manjših skupinah. Skupine bodo predstavile svoja poglavja na spletu in s kratkim (ustrezno slikovno podprtim) nastopom v predavalnici.


=== Teme laboratorijskih vah ===
=== Teme laboratorijskih vaj ===
Navodila za vaje boste dobili pred začetkom vaj, to bo predvidoma v mesecu aprilu. Predvidene teme so:  
Navodila za vaje boste dobili pred začetkom vaj. Teme bodo:  
* Plazmidi in transformacija bakterijskih celic
* Laktozni operon in alfa-komplementacija
* Laktozni operon in alfa-komplementacija
* Transdukcija bakterij in ciklus faga lambda
* Utišanje genov
* Utišanje genov
=== Ocenjevanje ===
Ocena je sestavljena iz 10 % za seminar, 20 % za vaje in 70 % za teorijo. Čeprav ti deleži na videz niso usklajeni z deleži kontaktnih ur, del ocene iz teorije vključuje znanje s seminarskih predstavitev in bodo vprašanja vključena v zaključni izpit. Pol ocene iz vaj bo predstavljalo sodelovanje pri vajah in poročila z vaj, druge pol pa odgovori na vprašanja z vaj, ki bodo dodana zaključnemu izpitu (kolokvijski del izpita).
Pogoj za opravljen izpit je, da iz teorije dosežete najmanj 50 % točk, da ste pripravili in predstavili seminar, bili na vseh vajah in ste oddali poročila z vaj. Poleg tega mora seštevek vseh obveznosti presegati 49 točk od 100 možnih. Zgornje meje med ocenami bodo: (do vključno) 49 točk 5, 59 točk 6, 70 točk 7, 79 točk 8, 88 točk 9. Če se kdo prijavi na izpit, pa se potem ne odjavi, vpišem v Studis NP (ni pristopil - rok vam pri tem zapade), vas pa odjavim, če mi to sporočite do trenutka, ko dobite v roke izpitna vprašanja oziroma po e-pošti do razpisane ure izpita.
Če na izpitu iz teorije dosežete vsaj 50 % točk, lahko kolokvijski del pišete <50 %, pa boste izpit vseeno opravili, seveda pod pogojem, da izpolnite pogoj za pozitivno oceno iz zgornjega odstavka. V primeru, da na enem roku dosežete iz snovi vaj >50 % točk, iz teorije pa ne, morate na naslednjem roku ponovno pisati kolokvijski del izpita in šteje se ocena iz vaj tistega roka, na katerem iz teorije dosežete pozitivno oceno. Popravljanje ocene je možno samo s ponovnim pisanjem celotnega izpita (ki vključuje seminarske teme in vprašanja z vaj). Šteje vam višja ocena izpita kot celote.
'''Primeri sestavljanja ocene''':
Prvi primer:<br>
Seminar 8 (povzetek 8/10, predstavitev 8/10), poročila z vaj 9 (od 10), vprašanja z vaj 70 %, teorija vključno s seminarskimi temami 57 %. Ocena se sestavi takole: 8 + 9 + 70*0,1 + 57*0,7 = 63,9 točk od 100 možnih, kar pomeni končno oceno 7.
Drugi primer (zelo dober študent):<br>
Seminar 9,1, poročila 10, vprašanja z vaj 86 %, teorija 87 %: seštevek točk je 9,1 + 10 + 86*0,1 + 89*0,7 = 88,6, ocena 10.
Tretji primer (manj uspešen študent):<br>
Seminar 6, poročila 6,6, vaje 40 %, teorija 50 %: seštevek točk je 6 + 6,6 + 40*0,1 + 50*0,7 = 51,6, ocena 6.


=== Literatura ===
=== Literatura ===
Voet & Voet: Biochemistry, 3. izdaja. Wiley, 2004. - Tema tega predmeta je 5. del knjige, poglavja 29-34. Temi, ki ju bo predstavil doc. Gunčar, sta opisani v poglavjih 8 in 9 iste knjige. Tema Čutila bo povzeta po učbeniku Berg, Tymoczko & Stryer: Biochemistry, 5. izdaja (Freeman, 2001).
Predavanja bodo potekala po učbeniku B.E. Tropp: Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones & Bartlett Learning, 2014.
Učite se lahko tudi po novejših verzijah istih dveh učbenikov.
 
Pomožni učbenik: Krebs, Goldstein & Kilpatrick: Lewin's Essential Genes, 3. izdaja. Burlington: Jones & Bartlett Learning, 2013.

Latest revision as of 15:58, 7 February 2023

Predmet 2. letnika študijskega programa Biokemija. Izvaja se v poletnem semestru. Ima 45 h predavanj, 20 h seminarjev in 10 h laboratorijskih vaj, skupaj 5 kreditnih točk ECTS.

Nosilec predmeta: prof. dr. Marko Dolinar.

Predavanja se začnejo 13.2.2023 ob 9:30.
Letos bodo izpitni roki 16.6., 30.6. in 24.8.2023.


Teme predavanj

  1. Mehanizem podvojevanja DNA
  2. Transkripcija in posttranskripcijski procesi
  3. Genetski kod in tRNA
  4. Ribosomi in translacija
  5. Struktura kromosomov in organizacija genoma
  6. Kontrola izražanja pri prokariontih
  7. Kontrola izražanja pri evkariontih
  8. Transpozicijski elementi
  9. Virusi
  10. Mutacije in popravljanje okvar na DNA
  11. Homologna rekombinacija

Teme seminarjev

Seminarji bodo vključeni v termine predavanj, obdelali pa bomo poglavja, ki se navezujejo na snov predavanj oziroma jo dodatno ilustrirajo. Predvidoma trije tedni bodo namenjeni seminarjem, ki bodo z istega področja - temo določim vsako leto konec februarja. Isto temo bomo razdelali z več vidikov, delo pa bo potekalo v manjših skupinah. Skupine bodo predstavile svoja poglavja na spletu in s kratkim (ustrezno slikovno podprtim) nastopom v predavalnici.

Teme laboratorijskih vaj

Navodila za vaje boste dobili pred začetkom vaj. Teme bodo:

  • Plazmidi in transformacija bakterijskih celic
  • Laktozni operon in alfa-komplementacija
  • Utišanje genov

Ocenjevanje

Ocena je sestavljena iz 10 % za seminar, 20 % za vaje in 70 % za teorijo. Čeprav ti deleži na videz niso usklajeni z deleži kontaktnih ur, del ocene iz teorije vključuje znanje s seminarskih predstavitev in bodo vprašanja vključena v zaključni izpit. Pol ocene iz vaj bo predstavljalo sodelovanje pri vajah in poročila z vaj, druge pol pa odgovori na vprašanja z vaj, ki bodo dodana zaključnemu izpitu (kolokvijski del izpita).

Pogoj za opravljen izpit je, da iz teorije dosežete najmanj 50 % točk, da ste pripravili in predstavili seminar, bili na vseh vajah in ste oddali poročila z vaj. Poleg tega mora seštevek vseh obveznosti presegati 49 točk od 100 možnih. Zgornje meje med ocenami bodo: (do vključno) 49 točk 5, 59 točk 6, 70 točk 7, 79 točk 8, 88 točk 9. Če se kdo prijavi na izpit, pa se potem ne odjavi, vpišem v Studis NP (ni pristopil - rok vam pri tem zapade), vas pa odjavim, če mi to sporočite do trenutka, ko dobite v roke izpitna vprašanja oziroma po e-pošti do razpisane ure izpita.

Če na izpitu iz teorije dosežete vsaj 50 % točk, lahko kolokvijski del pišete <50 %, pa boste izpit vseeno opravili, seveda pod pogojem, da izpolnite pogoj za pozitivno oceno iz zgornjega odstavka. V primeru, da na enem roku dosežete iz snovi vaj >50 % točk, iz teorije pa ne, morate na naslednjem roku ponovno pisati kolokvijski del izpita in šteje se ocena iz vaj tistega roka, na katerem iz teorije dosežete pozitivno oceno. Popravljanje ocene je možno samo s ponovnim pisanjem celotnega izpita (ki vključuje seminarske teme in vprašanja z vaj). Šteje vam višja ocena izpita kot celote.

Primeri sestavljanja ocene:

Prvi primer:
Seminar 8 (povzetek 8/10, predstavitev 8/10), poročila z vaj 9 (od 10), vprašanja z vaj 70 %, teorija vključno s seminarskimi temami 57 %. Ocena se sestavi takole: 8 + 9 + 70*0,1 + 57*0,7 = 63,9 točk od 100 možnih, kar pomeni končno oceno 7.

Drugi primer (zelo dober študent):
Seminar 9,1, poročila 10, vprašanja z vaj 86 %, teorija 87 %: seštevek točk je 9,1 + 10 + 86*0,1 + 89*0,7 = 88,6, ocena 10.

Tretji primer (manj uspešen študent):
Seminar 6, poročila 6,6, vaje 40 %, teorija 50 %: seštevek točk je 6 + 6,6 + 40*0,1 + 50*0,7 = 51,6, ocena 6.

Literatura

Predavanja bodo potekala po učbeniku B.E. Tropp: Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones & Bartlett Learning, 2014.

Pomožni učbenik: Krebs, Goldstein & Kilpatrick: Lewin's Essential Genes, 3. izdaja. Burlington: Jones & Bartlett Learning, 2013.