https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=NANOFLEX:_Standardiziran%2C_prilagodljiv_in_priro%C4%8Den_celi%C4%8Dni_biosenzor&feed=atom&action=history
NANOFLEX: Standardiziran, prilagodljiv in priročen celični biosenzor - Revision history
2024-03-28T09:38:14Z
Revision history for this page on the wiki
MediaWiki 1.39.3
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=NANOFLEX:_Standardiziran,_prilagodljiv_in_priro%C4%8Den_celi%C4%8Dni_biosenzor&diff=18808&oldid=prev
Martin Špendl at 21:58, 3 May 2021
2021-05-03T21:58:50Z
<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 21:58, 3 May 2021</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l42">Line 42:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 42:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Validacija biosenzorja==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Validacija biosenzorja==</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Validacijo celičnega biosenzorja so izvedli z inkubacijo transformiranih bakterij pri različnih koncentracijah kofeina, in sicer med 0 in 100 &micro;M. Vse poskuse so izvedli v paralelkah po tri. Negativna kontrola so bile ne transformirane celice. Fluorescenco celičnih kultur so izvedli 3,5 ure po začetku inkubacije v raztopini kofeina. Izvedli so samo validacijo prve generacije celičnega biosenzorja [1].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Validacijo celičnega biosenzorja so izvedli z inkubacijo transformiranih bakterij pri različnih koncentracijah kofeina, in sicer med 0 in 100 &micro;M. Vse poskuse so izvedli v paralelkah po tri. Negativna kontrola so bile ne transformirane celice. Fluorescenco celičnih kultur so izvedli 3,5 ure po začetku inkubacije v raztopini kofeina. Izvedli so samo validacijo prve generacije celičnega biosenzorja [1].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l49">Line 49:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 50:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Standardizacija kloniranja==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Standardizacija kloniranja==</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V okviru standardizacije postopka je skupina študentov naredila nekaj izboljšav in priročnik za standard <nowiki>RFC 1000</nowiki>, ki uporablja kloniranje z restriktazo tipa IIS. Priročnik je dostopen na [https://2020.igem.org/Team:UofUppsala/Engineering#TypeIIS spletu].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V okviru standardizacije postopka je skupina študentov naredila nekaj izboljšav in priročnik za standard <nowiki>RFC 1000</nowiki>, ki uporablja kloniranje z restriktazo tipa IIS. Priročnik je dostopen na [https://2020.igem.org/Team:UofUppsala/Engineering#TypeIIS spletu].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Uporaba celičnega biosenzorja=</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Uporaba celičnega biosenzorja=</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Embalaža biosenzorja==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Embalaža biosenzorja==</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pri izdelavi embalaže so se študentje zgledovali po šestih konceptih dobre prakse. V splošnem so želeli narediti embalažo, ki bo enostavna za uporabo, varna, ekološka in imela enostavno proizvodnjo.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pri izdelavi embalaže so se študentje zgledovali po šestih konceptih dobre prakse. V splošnem so želeli narediti embalažo, ki bo enostavna za uporabo, varna, ekološka in imela enostavno proizvodnjo.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l60">Line 60:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 64:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Primer uporabe: Detekcija ''Mycobacterium tuberculosis''==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Primer uporabe: Detekcija ''Mycobacterium tuberculosis''==</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Kot teoretičen primer uporabe so študenti opisali detekcijo ''Mycobacterium tuberculosis'', povzročitelja tuberkuloze. Po podatkih WHO je leta 2019 1,4 milijona ljudi umrlo za posledicami tuberkuloze. Testiranje in diagnoza sta pogosto dragi in zahtevni, še posebej v revnejših državah. Potreba po enostavnih in cenovno ugodnih testih je velika in NANOFLEX predstavlja dobro alternativo na tem področju [1, 9].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Kot teoretičen primer uporabe so študenti opisali detekcijo ''Mycobacterium tuberculosis'', povzročitelja tuberkuloze. Po podatkih WHO je leta 2019 1,4 milijona ljudi umrlo za posledicami tuberkuloze. Testiranje in diagnoza sta pogosto dragi in zahtevni, še posebej v revnejših državah. Potreba po enostavnih in cenovno ugodnih testih je velika in NANOFLEX predstavlja dobro alternativo na tem področju [1, 9].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l65">Line 65:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 70:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Viri=</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Viri=</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div># NANOFLEX: Standardized, Flexible and Accessible Cellular Biosensor (iGEM wiki). Dostopano 3. 5. 2021; Povezava: https://2020.igem.org/Team:UofUppsala</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div># NANOFLEX: Standardized, Flexible and Accessible Cellular Biosensor (iGEM wiki). Dostopano 3. 5. 2021; Povezava: https://2020.igem.org/Team:UofUppsala</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div># Asphahani, F., & Zhang, M. (2007). Cellular impedance biosensors for drug screening and toxin detection. The Analyst, 132(9), 835. doi:10.1039/b704513a</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div># Asphahani, F., & Zhang, M. (2007). Cellular impedance biosensors for drug screening and toxin detection. The Analyst, 132(9), 835. doi:10.1039/b704513a</div></td></tr>
</table>
Martin Špendl
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=NANOFLEX:_Standardiziran,_prilagodljiv_in_priro%C4%8Den_celi%C4%8Dni_biosenzor&diff=18807&oldid=prev
Martin Špendl: /* Izboljšave (Druga generacija) */
2021-05-03T21:58:09Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Izboljšave (Druga generacija)</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 21:58, 3 May 2021</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l26">Line 26:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 26:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Izboljšave (Druga generacija)==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Izboljšave (Druga generacija)==</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Osnovni princip biosenzorja je enostaven, zato so študenti predlagali dodatne teoretične izboljšave sistema, ki bi izboljšale razmerje signal/šum ter hkrati naredile sistem bolj robusten in prenosljiv [1].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Osnovni princip biosenzorja je enostaven, zato so študenti predlagali dodatne teoretične izboljšave sistema, ki bi izboljšale razmerje signal/šum ter hkrati naredile sistem bolj robusten in prenosljiv [1].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>
Martin Špendl
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=NANOFLEX:_Standardiziran,_prilagodljiv_in_priro%C4%8Den_celi%C4%8Dni_biosenzor&diff=18806&oldid=prev
Martin Špendl: /* Delovanje celičnega biosenzorja */
2021-05-03T21:57:58Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Delovanje celičnega biosenzorja</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 21:57, 3 May 2021</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l18">Line 18:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 18:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Delovanje celičnega biosenzorja=</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Delovanje celičnega biosenzorja=</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Osnovni princip (Prva generacija)==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Osnovni princip (Prva generacija)==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>
Martin Špendl
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=NANOFLEX:_Standardiziran,_prilagodljiv_in_priro%C4%8Den_celi%C4%8Dni_biosenzor&diff=18805&oldid=prev
Martin Špendl: /* Uvod */
2021-05-03T21:57:41Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Uvod</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 21:57, 3 May 2021</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l4">Line 4:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 4:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Avtor povzetka: Martin Špendl</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Avtor povzetka: Martin Špendl</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Uvod=</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Uvod=</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Glavna ideja projetka NANOFLEX je ustvariti '''celični biosenzor za zaznavo poljubnega analita'''. Njegovo prisotnost in posledično koncentracijo bi odčitali na podlagi spremembe barve, ki bi bila vidna s prostim očesom. Biosenzor je namenjen predvsem detekciji malih molekul, medtem ko je teoretično možna tudi detekcija proteinov [1].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Glavna ideja projetka NANOFLEX je ustvariti '''celični biosenzor za zaznavo poljubnega analita'''. Njegovo prisotnost in posledično koncentracijo bi odčitali na podlagi spremembe barve, ki bi bila vidna s prostim očesom. Biosenzor je namenjen predvsem detekciji malih molekul, medtem ko je teoretično možna tudi detekcija proteinov [1].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>
Martin Špendl
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=NANOFLEX:_Standardiziran,_prilagodljiv_in_priro%C4%8Den_celi%C4%8Dni_biosenzor&diff=18804&oldid=prev
Martin Špendl: /* Uvod */
2021-05-03T21:57:02Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Uvod</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 21:57, 3 May 2021</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l13">Line 13:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 13:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>* demonstracija prototipa z dolgo življensko dobo in uporaba na terenu</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>* demonstracija prototipa z dolgo življensko dobo in uporaba na terenu</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Celični biosenzorji izrabljajo celične komponente kot detekcijski sistem, medtem ko z genetskimi modifikacijami dosežemo specifičnost in merljivost signalov. Analiti so lahko različne vrste substanc, kot na primer toksini, proteini, nukleinske kisline, bakterije in virusi. Njihova prednost je tudi v tem, da omogočajo hiter odziv na signal in se s časom ne denaturirajo. Nizka cena celičnih biosenzorjev pa je posledica tega, da proteinov za detekcijo ni potrebno izolirati in očistiti [2]. </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Celični biosenzorji izrabljajo celične komponente kot detekcijski sistem, medtem ko z genetskimi modifikacijami dosežemo specifičnost in merljivost signalov. Analiti so lahko različne vrste substanc, kot na primer toksini, proteini, nukleinske kisline, bakterije in virusi. Njihova prednost je tudi v tem, da omogočajo hiter odziv na signal in se s časom ne denaturirajo. Nizka cena celičnih biosenzorjev pa je posledica tega, da proteinov za detekcijo ni potrebno izolirati in očistiti [2].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Delovanje celičnega biosenzorja=</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Delovanje celičnega biosenzorja=</div></td></tr>
</table>
Martin Špendl
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=NANOFLEX:_Standardiziran,_prilagodljiv_in_priro%C4%8Den_celi%C4%8Dni_biosenzor&diff=18803&oldid=prev
Martin Špendl: /* Embalaža biosenzorja */
2021-05-03T21:55:37Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Embalaža biosenzorja</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 21:55, 3 May 2021</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l53">Line 53:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 53:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Embalažo biosenzorja predstavlja 40 mm visoka in 26 mm široka '''valjasta posoda s tremi prekati'''. Prvi iz vrha je namenjen vzorcu in je od druge ločen z aluminijasto membrano. Srednji prekat je namenjen reakcijski raztopini s pufrom in potencialno X-gal. Med srednjim in spodnjim prekatom sta dve aluminijasti membrani, ki preprečujeta gensko spremenjenim bakterijam, da bi pobegnile izven sistema. '''Bakterije so liofilizirane''', da se njihovo število ne spreminja, medtem ko test čaka na uporabo. Z uporabo pokrovčka z dolgo paličico na spodnji strani predremo vse tri membrane in s tem združimo liofilizirane bakterije, reakcijski pufer in naš vzorec.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Embalažo biosenzorja predstavlja 40 mm visoka in 26 mm široka '''valjasta posoda s tremi prekati'''. Prvi iz vrha je namenjen vzorcu in je od druge ločen z aluminijasto membrano. Srednji prekat je namenjen reakcijski raztopini s pufrom in potencialno X-gal. Med srednjim in spodnjim prekatom sta dve aluminijasti membrani, ki preprečujeta gensko spremenjenim bakterijam, da bi pobegnile izven sistema. '''Bakterije so liofilizirane''', da se njihovo število ne spreminja, medtem ko test čaka na uporabo. Z uporabo pokrovčka z dolgo paličico na spodnji strani predremo vse tri membrane in s tem združimo liofilizirane bakterije, reakcijski pufer in naš vzorec.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ker gre za uporabo gensko spremenjenih bakterij, je potrebno le-te kontrolirano zapreti v prekate, ki ne bodo prišli v stik z drugimi tekočinami in ne morejo uiti iz embalaže. To so dosegli z uporabo že omenjenih '''aluminijastih membran med kompartmenti, kljukic in Teslovega ventila''' (angl. ''Tesla Valve''). Kljukice na vrhu pokrovčka se ob predrtju membran zataknejo za zgornji del posodice, s čimer onemogočajo ponovno odprtje posodice in razlitja bakterij. Na straneh paličice so ventili, ki usmerjajo tok tekočine v smer proti dnu posode in preprečijo prehajanje v višje prekate. Stična površina med pokrovčkom in posodico je okrepljena z gumijastim premazom, ki zatesni morebitno odprtino na robu. Načrt embalaže je dostopen na [https://2020.igem.org/Team:UofUppsala/Engineering#TypeIIS povezavi].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ker gre za uporabo gensko spremenjenih bakterij, je potrebno le-te kontrolirano zapreti v prekate, ki ne bodo prišli v stik z drugimi tekočinami in ne morejo uiti iz embalaže. To so dosegli z uporabo že omenjenih '''aluminijastih membran med kompartmenti<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'''</ins>, <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'''</ins>kljukic<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''' </ins>in <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'''</ins>Teslovega ventila''' (angl. ''Tesla Valve''). Kljukice na vrhu pokrovčka se ob predrtju membran zataknejo za zgornji del posodice, s čimer onemogočajo ponovno odprtje posodice in razlitja bakterij. Na straneh paličice so ventili, ki usmerjajo tok tekočine v smer proti dnu posode in preprečijo prehajanje v višje prekate. Stična površina med pokrovčkom in posodico je okrepljena z gumijastim premazom, ki zatesni morebitno odprtino na robu. Načrt embalaže je dostopen na [https://2020.igem.org/Team:UofUppsala/Engineering#TypeIIS povezavi].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Primer uporabe: Detekcija ''Mycobacterium tuberculosis''==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Primer uporabe: Detekcija ''Mycobacterium tuberculosis''==</div></td></tr>
</table>
Martin Špendl
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=NANOFLEX:_Standardiziran,_prilagodljiv_in_priro%C4%8Den_celi%C4%8Dni_biosenzor&diff=18802&oldid=prev
Martin Špendl: /* Primer uporabe: Detekcija Mycobacterium tuberculosis */
2021-05-03T21:55:17Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Primer uporabe: Detekcija Mycobacterium tuberculosis</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 21:55, 3 May 2021</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l58">Line 58:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 58:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Kot teoretičen primer uporabe so študenti opisali detekcijo ''Mycobacterium tuberculosis'', povzročitelja tuberkuloze. Po podatkih WHO je leta 2019 1,4 milijona ljudi umrlo za posledicami tuberkuloze. Testiranje in diagnoza sta pogosto dragi in zahtevni, še posebej v revnejših državah. Potreba po enostavnih in cenovno ugodnih testih je velika in NANOFLEX predstavlja dobro alternativo na tem področju [1, 9].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Kot teoretičen primer uporabe so študenti opisali detekcijo ''Mycobacterium tuberculosis'', povzročitelja tuberkuloze. Po podatkih WHO je leta 2019 1,4 milijona ljudi umrlo za posledicami tuberkuloze. Testiranje in diagnoza sta pogosto dragi in zahtevni, še posebej v revnejših državah. Potreba po enostavnih in cenovno ugodnih testih je velika in NANOFLEX predstavlja dobro alternativo na tem področju [1, 9].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Med glavnimi tarčami sta bila IFN-&gamma; in HSP16.3, med katerima so izbrali HSP, proti kateremu že obstaja znano nanotelo BF10. Z uporabo molekulskega prileganja in minimizacije energije kompleksa so izbrali najbolj verjeten model vezave, ki so ga optimizirali še z uporabo molekulske dinamike. Med simulacijo molekulske dinamike so proteina “vlekli” narazen in izračunali energijo, ki je potrebna za razpad kompleksa. Preko te energije so sklepali na afiniteto vezave. Celoten primer uporabe je bil narejen izven laboratorija, medtem ko so simulacije potekale na oblaku univerze [1].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Med glavnimi tarčami sta bila IFN-&gamma; in HSP16.3, med katerima so izbrali <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'''</ins>HSP<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'''</ins>, proti kateremu že obstaja znano <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'''</ins>nanotelo BF10<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'''</ins>. Z uporabo molekulskega prileganja in minimizacije energije kompleksa so izbrali najbolj verjeten model vezave, ki so ga optimizirali še z uporabo molekulske dinamike. Med simulacijo molekulske dinamike so proteina “vlekli” narazen in izračunali energijo, ki je potrebna za razpad kompleksa. Preko te energije so sklepali na afiniteto vezave. Celoten primer uporabe je bil narejen izven laboratorija, medtem ko so simulacije potekale na oblaku univerze [1].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Viri=</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Viri=</div></td></tr>
</table>
Martin Špendl
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=NANOFLEX:_Standardiziran,_prilagodljiv_in_priro%C4%8Den_celi%C4%8Dni_biosenzor&diff=18801&oldid=prev
Martin Špendl: /* Primer uporabe: Detekcija Mycobacterium tuberculosis */
2021-05-03T21:54:47Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Primer uporabe: Detekcija Mycobacterium tuberculosis</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 21:54, 3 May 2021</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l58">Line 58:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 58:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Kot teoretičen primer uporabe so študenti opisali detekcijo ''Mycobacterium tuberculosis'', povzročitelja tuberkuloze. Po podatkih WHO je leta 2019 1,4 milijona ljudi umrlo za posledicami tuberkuloze. Testiranje in diagnoza sta pogosto dragi in zahtevni, še posebej v revnejših državah. Potreba po enostavnih in cenovno ugodnih testih je velika in NANOFLEX predstavlja dobro alternativo na tem področju [1, 9].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Kot teoretičen primer uporabe so študenti opisali detekcijo ''Mycobacterium tuberculosis'', povzročitelja tuberkuloze. Po podatkih WHO je leta 2019 1,4 milijona ljudi umrlo za posledicami tuberkuloze. Testiranje in diagnoza sta pogosto dragi in zahtevni, še posebej v revnejših državah. Potreba po enostavnih in cenovno ugodnih testih je velika in NANOFLEX predstavlja dobro alternativo na tem področju [1, 9].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Med glavnimi tarčami sta bila IFN-&<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">gama</del>; in HSP16.3, med katerima so izbrali HSP, proti kateremu že obstaja znano nanotelo BF10. Z uporabo molekulskega prileganja in minimizacije energije kompleksa so izbrali najbolj verjeten model vezave, ki so ga optimizirali še z uporabo molekulske dinamike. Med simulacijo molekulske dinamike so proteina “vlekli” narazen in izračunali energijo, ki je potrebna za razpad kompleksa. Preko te energije so sklepali na afiniteto vezave. Celoten primer uporabe je bil narejen izven laboratorija, medtem ko so simulacije potekale na oblaku univerze [1].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Med glavnimi tarčami sta bila IFN-&<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">gamma</ins>; in HSP16.3, med katerima so izbrali HSP, proti kateremu že obstaja znano nanotelo BF10. Z uporabo molekulskega prileganja in minimizacije energije kompleksa so izbrali najbolj verjeten model vezave, ki so ga optimizirali še z uporabo molekulske dinamike. Med simulacijo molekulske dinamike so proteina “vlekli” narazen in izračunali energijo, ki je potrebna za razpad kompleksa. Preko te energije so sklepali na afiniteto vezave. Celoten primer uporabe je bil narejen izven laboratorija, medtem ko so simulacije potekale na oblaku univerze [1].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Viri=</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Viri=</div></td></tr>
</table>
Martin Špendl
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=NANOFLEX:_Standardiziran,_prilagodljiv_in_priro%C4%8Den_celi%C4%8Dni_biosenzor&diff=18800&oldid=prev
Martin Špendl: /* Primer uporabe: Detekcija Mycobacterium tuberculosis */
2021-05-03T21:54:38Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Primer uporabe: Detekcija Mycobacterium tuberculosis</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 21:54, 3 May 2021</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l58">Line 58:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 58:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Kot teoretičen primer uporabe so študenti opisali detekcijo ''Mycobacterium tuberculosis'', povzročitelja tuberkuloze. Po podatkih WHO je leta 2019 1,4 milijona ljudi umrlo za posledicami tuberkuloze. Testiranje in diagnoza sta pogosto dragi in zahtevni, še posebej v revnejših državah. Potreba po enostavnih in cenovno ugodnih testih je velika in NANOFLEX predstavlja dobro alternativo na tem področju [1, 9].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Kot teoretičen primer uporabe so študenti opisali detekcijo ''Mycobacterium tuberculosis'', povzročitelja tuberkuloze. Po podatkih WHO je leta 2019 1,4 milijona ljudi umrlo za posledicami tuberkuloze. Testiranje in diagnoza sta pogosto dragi in zahtevni, še posebej v revnejših državah. Potreba po enostavnih in cenovno ugodnih testih je velika in NANOFLEX predstavlja dobro alternativo na tem področju [1, 9].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Med glavnimi tarčami sta bila IFN-<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">GAMA </del>in HSP16.3, med katerima so izbrali HSP, proti kateremu že obstaja znano nanotelo BF10. Z uporabo molekulskega prileganja in minimizacije energije kompleksa so izbrali najbolj verjeten model vezave, ki so ga optimizirali še z uporabo molekulske dinamike. Med simulacijo molekulske dinamike so proteina “vlekli” narazen in izračunali energijo, ki je potrebna za razpad kompleksa. Preko te energije so sklepali na afiniteto vezave. Celoten primer uporabe je bil narejen izven laboratorija, medtem ko so simulacije potekale na oblaku univerze [1].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Med glavnimi tarčami sta bila IFN-<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">&gama; </ins>in HSP16.3, med katerima so izbrali HSP, proti kateremu že obstaja znano nanotelo BF10. Z uporabo molekulskega prileganja in minimizacije energije kompleksa so izbrali najbolj verjeten model vezave, ki so ga optimizirali še z uporabo molekulske dinamike. Med simulacijo molekulske dinamike so proteina “vlekli” narazen in izračunali energijo, ki je potrebna za razpad kompleksa. Preko te energije so sklepali na afiniteto vezave. Celoten primer uporabe je bil narejen izven laboratorija, medtem ko so simulacije potekale na oblaku univerze [1].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Viri=</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=Viri=</div></td></tr>
</table>
Martin Špendl
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=NANOFLEX:_Standardiziran,_prilagodljiv_in_priro%C4%8Den_celi%C4%8Dni_biosenzor&diff=18799&oldid=prev
Martin Špendl: /* Izboljšave (Druga generacija) */
2021-05-03T21:54:17Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Izboljšave (Druga generacija)</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 21:54, 3 May 2021</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l31">Line 31:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 31:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ob višjih in analitsko bolj relevantnih koncentracijah bi število RNA polimeraz faga T7 preseglo lizocime faga T7, pri čemer lahko poteče transkripcija genov, ki jih regulira promotor RNA polimeraze faga T7. S tem steče prepis mRNA z zapisom za '''&beta;-galaktozidazo'''. Ob dodatku substrata X-Gal v gojišče ga lahko proizveden encim cepi in tvori modro obarvan substrat 4-kloro-3-bromo-indigo [1].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ob višjih in analitsko bolj relevantnih koncentracijah bi število RNA polimeraz faga T7 preseglo lizocime faga T7, pri čemer lahko poteče transkripcija genov, ki jih regulira promotor RNA polimeraze faga T7. S tem steče prepis mRNA z zapisom za '''&beta;-galaktozidazo'''. Ob dodatku substrata X-Gal v gojišče ga lahko proizveden encim cepi in tvori modro obarvan substrat 4-kloro-3-bromo-indigo [1].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Dodaten mehanizem povečanja signala predstavlja '''virusna replikaza Q&beta'''<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">;</del>. Regulacija tega gena je prav tako regulirana preko promotorja RNA polimeraze faga T7, kar pomeni, da se prepisuje sočasno z &beta;-galaktozidazo. Replikaza Q&beta; tvori kompleks še s tremi proteini ''E. coli'', in sicer transkripcijskima faktorjema EF-Tu in EF-Ts ter proteinom S1. Njena funkcija pri virusni okužbi z bakteriofagom Q&beta; je replikacija virusne ssRNA v protismerno in nato smerno ssRNA. S tem sistemom lahko v celici povečamo koncentracijo želene mRNA neodvisno od transkripcije. Več kopij mRNA privede do več kopij &beta;-galaktozidaze in posledično več obarvanega produkta. Pomembno je omeniti, da za uspešno povečanje koncentracije mRNA z replikazo Q&beta; potrebujemo mRNA s specifičnimi 5’ in 3’-UTR motivi, vezavno mesto znotraj mRNA in sev ''E. coli'' z izbitim genom ''rnc'', katerega produkt vpliva na razgradnjo dsRNA [5, 6].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Dodaten mehanizem povečanja signala predstavlja '''virusna replikaza Q&beta<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">;</ins>'''. Regulacija tega gena je prav tako regulirana preko promotorja RNA polimeraze faga T7, kar pomeni, da se prepisuje sočasno z &beta;-galaktozidazo. Replikaza Q&beta; tvori kompleks še s tremi proteini ''E. coli'', in sicer transkripcijskima faktorjema EF-Tu in EF-Ts ter proteinom S1. Njena funkcija pri virusni okužbi z bakteriofagom Q&beta; je replikacija virusne ssRNA v protismerno in nato smerno ssRNA. S tem sistemom lahko v celici povečamo koncentracijo želene mRNA neodvisno od transkripcije. Več kopij mRNA privede do več kopij &beta;-galaktozidaze in posledično več obarvanega produkta. Pomembno je omeniti, da za uspešno povečanje koncentracije mRNA z replikazo Q&beta; potrebujemo mRNA s specifičnimi 5’ in 3’-UTR motivi, vezavno mesto znotraj mRNA in sev ''E. coli'' z izbitim genom ''rnc'', katerega produkt vpliva na razgradnjo dsRNA [5, 6].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Z namenom regulacije same replikaze Q&beta; bi ji dodali '''C-končno LAA oznako''' (ena od variacij LVA oznak), ki signalizira hitrejšo razgradnjo encima. Kot protiutež pa bi pred LAA oznako dodali cepitveno mesto za proteazo TEV, ki bi pri visokih koncentracijah analita oznako odcepila [1]. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Z namenom regulacije same replikaze Q&beta; bi ji dodali '''C-končno LAA oznako''' (ena od variacij LVA oznak), ki signalizira hitrejšo razgradnjo encima. Kot protiutež pa bi pred LAA oznako dodali cepitveno mesto za proteazo TEV, ki bi pri visokih koncentracijah analita oznako odcepila [1]. </div></td></tr>
</table>
Martin Špendl