Nukleaza S1

From Wiki FKKT

(Difference between revisions)
Jump to: navigation, search
(New page: [http:\\http://sl.wikipedia.org/wiki/Encim Encim] nukleaza S1 je endonukleaza, ki katalizira cepitev fosfodiestrskih vezi med nukleinskimi kislinami. Pogosto se uporablja v laboratoriju pr...)
Current revision (20:14, 3 January 2013) (view source)
 
(19 intermediate revisions not shown.)
Line 1: Line 1:
-
[http:\\http://sl.wikipedia.org/wiki/Encim Encim] nukleaza S1 je endonukleaza, ki katalizira cepitev fosfodiestrskih vezi med nukleinskimi kislinami. Pogosto se uporablja v laboratoriju pri molekularni biologiji.
+
[[Encim]] nukleaza S1 je [[endonukleaza]], ki katalizira cepitev fosfodiestrskih vezi med [[nukleinske kisline|nukleinskimi kislinami]] [http://www.sigmaaldrich.com/prodimages/n/nucleases1_reaction_l.jpg (skica cepitve)].
-
Njena molska masa je ~31 kDa. Ob določanju aminokslinskega zaporedja nukleaze S1 je bilo potrjeno, da je monomer, torej iz ene polipeptidne verige. Ta je dolga 267 aminokislinskih ostankov, z N-glikoziliranim Asn na mestih 92 in 228.  
+
 +
Pogosto se uporablja v laboratoriju pri molekularni biologiji.
 +
Njena molska masa je ~31 kDa. Ob določanju aminokslinskega zaporedja nukleaze S1 je bilo potrjeno, da je [[monomer]], torej iz ene polipeptidne verige. Ta je dolga 267 aminokislinskih ostankov z N-glikoziliranim [[Asn]] na mestih 92 in 228.
-
erov [[tiouracil]]a s formulo C4H4N2OS [http://en.wikipedia.org/wiki/File:Thiouracil.png Skeletna formula]. Njegovo kemijsko ime je 2,3-dihidro-2-tiokso-4(1H)-pirimidinon, poleg ketonske pa poznamo tudi njegovo enolno obliko. Je grenka, bela kristalinična snov, topna v fluorovodikovi kislini in bazičnih raztopinah a le rahlo topna v vodi in etanolu. Nad 340°C se stali in razpade.
+
== Funkcije nukleaze S1 ==
-
Sintetiziramo ga lahko s kondenzacijo etil formilacetata in [[tiourea|tiouree]], najdemo pa ga tudi v naravi, na primer v družini rastlin Brassicaceae, kamor med drugim prištevamo tudi cvetačo in brokoli, ki ga vsebujejo v zelo majhnih količinah.
+
- Selektivno cepi enoverižno DNA in RNA, s petkrat večjo aktivnostjo na DNA <sup>[[nukleaza S1#Viri|[1]]]</sup><br />
 +
- Odceplja enoverižne konce dvoverižni DNA (dsDNA) in tako tvori tope konce (to se rabi npr. pri sintezi cDNA iz mRNA<br />
 +
- Mapiranje transkriptov (identificira 5' in 3' konce gena)<br />
 +
- Linearizira dodatno zvite plazmide<br />
 +
- Specifično cepi antikodone tRNA<br />
 +
- Redko cepi tudi dsDNA (dvojna), če so prisotne zareze<br />
-
2-Tiouracil je najbolj poznan kot hormonski antagonist [[tiroksin]]a in [[trijodtironin]]a ter je prvo uspešno [[tionamid]]sko zdravilo proti hipertirodizmu (z njim se torej zdravi Gravesovo bolezen). Kot prvi je leta 1943 njegovo uporabo opisal Edwin Bennett Astwood, ki ga je, tako kot tioureo, uspešno uporabljal na pacientih in jim tako blažil simptome ter izboljšal njihovo zdravstveno stanje. Kasneje so ga zamenjale bolj učinkovite oziroma manj nevarne snovi (npr. [[propiltiouracil]]). 2-Tiouracil je namreč potencialno rakotvoren (dokazano na živalih; sum na ljudeh), povzroča pa tudi druge stranske učinke kot je agranulocitoza.
+
Optimalni pH njenega delovanja je med 4,0 – 4,6, aktivira pa se ob prisotnosti Zn<sup>2+</sup> ionov <sup>[[nukleaza S1#Viri|[2]]]</sup> (nukleazo S1 izolirano iz ''Neurospore crassa'' aktivirajo tudi Ca<sup>2+</sup> ioni, v nekaterih primerih so aktivatorji lahko tudi Co<sup>2+</sup> ioni).<br />
 +
[[Inhibitorji]], ki zavirajo njeno aktivnost, so: kovinski kelatorji – EDTA in citrati ter visoke koncentracije [[natrijev dodecil sulfat|NaDS]] (SDS). Inhibira pa se lahko tudi v nizkih koncentracijah spojin, ki vsebujejo fosfate. Encim se deaktivira pri 10 minutnem segrevanju na 70°C, v prisotnosti EDTA (ta nase veže proste kovinske ione).<br />
 +
Nukleazo S1 večinoma pridobivajo iz plesni ''[[Aspergillus Oryzae]]''.<br />
 +
[[EC številka]]: 3.1.30.1
 +
 
 +
== Alternativni imeni ==
 +
- Deoksiribonukleaza S1<br />
 +
- Endonukleaza S1<br />
== Viri ==
== Viri ==
-
 
+
* <sup>[1]</sup> [http://www.jbc.org/content/250/22/8848.full.pdf+html R C Wiegand, G N Godson and C M Radding: Specificity of the S1 nuclease from Aspergillus oryzae; The Journal of Biological Chemistry, 250, 8848-8855 / November, 1975.]
-
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1581503/pdf/canmedaj00574-0099.pdf Thiouracil in the treatment of thyrotoxicosis by E. M. Watson and L. D. Wilox, London]
+
* <sup>[2]</sup> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC334256/ Jose A.Esteban, Margarita Salas and Luis Blanco: Activation of S1 nuclease at neutral pH; Nucleic Acids Research, Volume 20, Number 18: 4932 / September, 1992.]
-
 
+
-
* [http://www.thebeefsite.com/news/34892/brassica-has-traces-of-natural-thiouracil Thebeefsite: Brassica has traces of natural thiouracil]
+
-
 
+
-
* [http://en.wikipedia.org/wiki/Thiouracil Wikipedia: Thiouracil]
+
-
 
+
-
* [http://www.thefreedictionary.com/thiouracil Thefreedictionary: Thiouracil]
+
== Zunanje povezave ==
== Zunanje povezave ==
-
 
+
* [http://www.molecularstation.com/dna/s1-mapping/ S1 Mapping, Recent News, Molecular Station]
-
* [http://en.wikipedia.org/wiki/Hormone_antagonist Hormonski antagonist]
+
* [http://www.sigmaaldrich.com/etc/medialib/docs/Sigma/Datasheet/4/n5661dat.Par.0001.File.tmp/n5661dat.pdf Nuclease S1 from Aspergillus oryzae, Product Information, Sigma Aldrich Inc]
-
 
+
* [http://www.uniprot.org/uniprot/P24021 Nuclease S1 EC=3.1.30.1, The Universal Protein Resource (UniProt)]
-
* [http://www.viva.si/Bolezni/Avtoimune-bolezni/4743/Gravesova-bolezen-Basedowa-bolezen-bazedovka Gravesova bolezen]
+
[[Category:LEX]]
[[Category:LEX]]

Current revision

Encim nukleaza S1 je endonukleaza, ki katalizira cepitev fosfodiestrskih vezi med nukleinskimi kislinami (skica cepitve).

Pogosto se uporablja v laboratoriju pri molekularni biologiji. Njena molska masa je ~31 kDa. Ob določanju aminokslinskega zaporedja nukleaze S1 je bilo potrjeno, da je monomer, torej iz ene polipeptidne verige. Ta je dolga 267 aminokislinskih ostankov z N-glikoziliranim Asn na mestih 92 in 228.

Contents

Funkcije nukleaze S1

- Selektivno cepi enoverižno DNA in RNA, s petkrat večjo aktivnostjo na DNA [1]
- Odceplja enoverižne konce dvoverižni DNA (dsDNA) in tako tvori tope konce (to se rabi npr. pri sintezi cDNA iz mRNA
- Mapiranje transkriptov (identificira 5' in 3' konce gena)
- Linearizira dodatno zvite plazmide
- Specifično cepi antikodone tRNA
- Redko cepi tudi dsDNA (dvojna), če so prisotne zareze

Optimalni pH njenega delovanja je med 4,0 – 4,6, aktivira pa se ob prisotnosti Zn2+ ionov [2] (nukleazo S1 izolirano iz Neurospore crassa aktivirajo tudi Ca2+ ioni, v nekaterih primerih so aktivatorji lahko tudi Co2+ ioni).
Inhibitorji, ki zavirajo njeno aktivnost, so: kovinski kelatorji – EDTA in citrati ter visoke koncentracije NaDS (SDS). Inhibira pa se lahko tudi v nizkih koncentracijah spojin, ki vsebujejo fosfate. Encim se deaktivira pri 10 minutnem segrevanju na 70°C, v prisotnosti EDTA (ta nase veže proste kovinske ione).
Nukleazo S1 večinoma pridobivajo iz plesni Aspergillus Oryzae.
EC številka: 3.1.30.1

Alternativni imeni

- Deoksiribonukleaza S1
- Endonukleaza S1

Viri

Zunanje povezave

Personal tools