https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&feed=atom&action=historyOrodja in načela za inženiring genskih vezij mikroorganizmov - Revision history2024-03-28T13:13:47ZRevision history for this page on the wikiMediaWiki 1.39.3https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&diff=11242&oldid=prevMarkoRadojkovic: /* Nastavljivi elementi v genskih vezjih */2016-01-19T08:41:11Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Nastavljivi elementi v genskih vezjih</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 08:41, 19 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l57">Line 57:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 57:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Nastavljivi elementi v genskih vezjih===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Nastavljivi elementi v genskih vezjih===</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Enkrat, ko se ugotovi razlog za neuspeh, se morajo narediti spremembe v vezju. Komponente je mogoče treba zamenjati, zaradi toksičnih učinkov njihovega izražanja, ali mogoče zaradi neustreznega dinamičnega območja njihovega izhodnega signala. Če je komponenta del velike ortogonalne zbirke, jo lahko zamenjamo z bolj ustrezno varianto. Ojačevalce signala lahko uporabimo v primeru, da hočemo popraviti signal komponente navzgor. Drugače obnašanje posameznih komponent lahko popravimo s spremembo jakosti promotorjev ali RBS, <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">stopnje </del>razgradnje genskih produktov ali števila posameznih komponent.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Enkrat, ko se ugotovi razlog za neuspeh, se morajo narediti spremembe v vezju. Komponente je mogoče treba zamenjati, zaradi toksičnih učinkov njihovega izražanja, ali mogoče zaradi neustreznega dinamičnega območja njihovega izhodnega signala. Če je komponenta del velike ortogonalne zbirke, jo lahko zamenjamo z bolj ustrezno varianto. Ojačevalce signala lahko uporabimo v primeru, da hočemo popraviti signal komponente navzgor. Drugače obnašanje posameznih komponent lahko popravimo s spremembo jakosti promotorjev ali RBS, <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">hitrosti </ins>razgradnje genskih produktov ali števila posameznih komponent.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Strategije za odpravljanje napak===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Strategije za odpravljanje napak===</div></td></tr>
</table>MarkoRadojkovichttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&diff=11241&oldid=prevMarkoRadojkovic at 08:04, 19 January 20162016-01-19T08:04:38Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 08:04, 19 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l35">Line 35:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 35:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><u>taRNA-represija</u></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><u>taRNA-represija</u></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Mehanizem inhibicije translacije z majhnimi RNA molekulami (sRNAs) je konceptualno preprost, zaradi česar je tudi izvajanje same metode relativno enostavno: sRNA vsebuje zaporedje komplementarno tarčni mRNA in se veže na RBS ali na zaporedje <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">navzdol </del>ter na ta način prepreči vezavo ribosoma. <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Vezavna energija </del>sRNA-mRNA <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">je korelirana z jakostjo inhibicije</del>.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Mehanizem inhibicije translacije z majhnimi RNA molekulami (sRNAs) je konceptualno preprost, zaradi česar je tudi izvajanje same metode relativno enostavno: sRNA vsebuje zaporedje komplementarno tarčni mRNA in se veže na RBS ali na zaporedje <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">navzgor </ins>ter na ta način prepreči vezavo ribosoma. <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Jakost inhibicije je ko korelirana z vezavno energijo </ins>sRNA-mRNA.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><u>taRNA-aktivacija</u></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><u>taRNA-aktivacija</u></div></td></tr>
</table>MarkoRadojkovichttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&diff=11240&oldid=prevMarkoRadojkovic at 20:38, 18 January 20162016-01-18T20:38:12Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 20:38, 18 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l28">Line 28:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 28:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Vezava ribosoma na molekulo mRNA je posledica prepoznavanja in baznega parjenja med RBS in anti-Shine-Dalgarno zaporedjem, ki je zapisano v 16S rRNA. To lastnost so izkoristili za ustvarjanje treh dodatnih ortogonalnih ribosomov z modificirano 16S rRNA, ki inicira traslacijo samo na mRNA s sorodnim RBS. Transkripcija obeh ortogonalnih rRNA ter mRNA je potrebna za izražanje tarčnega gena, s čimer dobimo AND logična vrata. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Vezava ribosoma na molekulo mRNA je posledica prepoznavanja in baznega parjenja med RBS in anti-Shine-Dalgarno zaporedjem, ki je zapisano v 16S rRNA. To lastnost so izkoristili za ustvarjanje treh dodatnih ortogonalnih ribosomov z modificirano 16S rRNA, ki inicira traslacijo samo na mRNA s sorodnim RBS. Transkripcija obeh ortogonalnih rRNA ter mRNA je potrebna za izražanje tarčnega gena, s čimer dobimo AND logična vrata. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===RNA stikala===</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===RNA<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">-</ins>stikala===</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Z RNA stikali lahko vplivamo na translacijo preko od liganda odvisne spremembe konformacije 5'-UTR regije mRNA, s čemer otežimo dostop do RBS. Sharma in sodelavci so pokazali da RNA stikala lahko kombiniramo za izgradnjo AND in NAND logičnih vrat. Od temperature odvisni RNA regulatorji prav tako delujejo preko kontrole dostopnosti RBS za vezavo ribosoma. </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Z RNA<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">-</ins>stikali lahko vplivamo na translacijo preko od liganda odvisne spremembe konformacije 5'-UTR regije mRNA, s čemer otežimo dostop do RBS. Sharma in sodelavci so pokazali da RNA<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">-</ins>stikala lahko kombiniramo za izgradnjo AND in NAND logičnih vrat. Od temperature odvisni RNA regulatorji prav tako delujejo preko kontrole dostopnosti RBS za vezavo ribosoma. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===taRNA kontrola translacije===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===taRNA kontrola translacije===</div></td></tr>
</table>MarkoRadojkovichttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&diff=11239&oldid=prevMarkoRadojkovic at 19:47, 18 January 20162016-01-18T19:47:00Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:47, 18 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l6">Line 6:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 6:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Transkripcija je verjetno najpomembnejša kontrolna točka v genskih vezjih, ker zagotavlja celovito regulacijo izražanja vseh komponent. Kontrolni elementi se lažje sestavljajo na nivoju DNA, s čimer se izognemo težavam, ki lahko nastanejo kot posledica sekundarnih struktur molekul mRNA. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Transkripcija je verjetno najpomembnejša kontrolna točka v genskih vezjih, ker zagotavlja celovito regulacijo izražanja vseh komponent. Kontrolni elementi se lažje sestavljajo na nivoju DNA, s čimer se izognemo težavam, ki lahko nastanejo kot posledica sekundarnih struktur molekul mRNA. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Vezava RNA===</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Vezava RNA<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">-polimeraze</ins>===</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Nukleotidno zaporedje promotorja, na katero se veže RNA-polimeraza (RNAP), je temeljna determinanta hitrosti transkripcije. Do vezave pride preko σ70- tipa faktorjev na -10 in -35 mesto od začetka transkripcije, kar hkrati določa samo specifičnost iniciacijskega mesta, medtem ko se C-končna domena α podenote preferenčno veže na kratko zaporedje ponovitev A in T baz, 30 mest navzgor od -35 mesta (UP element) in s tem določa jakost promotorja. Raziskave vpliva UP elementov na jakost promotorja so pokazale, da se vpliv le-teh na jakost promotorja z višanjem koncentracije RNAP zmanjšuje in obratno. Zaporedje navzdol od začetka transkripcije prav tako lahko vpliva na potek transkripcije same, vendar se z uporabo standardnih 5'-neprevajajočih se regij (UTR), temu vplivu lahko izognemo. Knjižnice promotorjev s širokim razponom jakosti predstavljajo dragoceno zbirko, ki jih biološki inženirji s pridom izkoriščajo in jo bodo izkoriščali, dokler se ne pojavijo popolni napovedni modeli.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Nukleotidno zaporedje promotorja, na katero se veže RNA-polimeraza (RNAP), je temeljna determinanta hitrosti transkripcije. Do vezave pride preko σ70- tipa faktorjev na -10 in -35 mesto od začetka transkripcije, kar hkrati določa samo specifičnost iniciacijskega mesta, medtem ko se C-končna domena α podenote preferenčno veže na kratko zaporedje ponovitev A in T baz, 30 mest navzgor od -35 mesta (UP element) in s tem določa jakost promotorja. Raziskave vpliva UP elementov na jakost promotorja so pokazale, da se vpliv le-teh na jakost promotorja z višanjem koncentracije RNAP zmanjšuje in obratno. Zaporedje navzdol od začetka transkripcije prav tako lahko vpliva na potek transkripcije same, vendar se z uporabo standardnih 5'-neprevajajočih se regij (UTR), temu vplivu lahko izognemo. Knjižnice promotorjev s širokim razponom jakosti predstavljajo dragoceno zbirko, ki jih biološki inženirji s pridom izkoriščajo in jo bodo izkoriščali, dokler se ne pojavijo popolni napovedni modeli.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>MarkoRadojkovichttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&diff=11238&oldid=prevMarkoRadojkovic at 19:45, 18 January 20162016-01-18T19:45:50Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:45, 18 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l3">Line 3:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 3:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ta članek predstavlja pregled vsestranskih komponent in orodij, ki so trenutno dostopna za inženiring genskih vezij v mikroorganizmih, vključno z nedavno razvitimi RNA orodji, ki vsebujejo zelo široko dinamično območje in se lahko programirajo. Seznanili se bomo z oblikovalnimi načeli, ki omogočajo robustno in razširljivo delovanje vezij, prav tako pa bomo spoznali nekatere efikasne strategije za hitro identifikacijo in popravljanje napak ter fino nastavljanje lastnosti vezij.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ta članek predstavlja pregled vsestranskih komponent in orodij, ki so trenutno dostopna za inženiring genskih vezij v mikroorganizmih, vključno z nedavno razvitimi RNA orodji, ki vsebujejo zelo široko dinamično območje in se lahko programirajo. Seznanili se bomo z oblikovalnimi načeli, ki omogočajo robustno in razširljivo delovanje vezij, prav tako pa bomo spoznali nekatere efikasne strategije za hitro identifikacijo in popravljanje napak ter fino nastavljanje lastnosti vezij.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==ORODJA ZA INŽENIRING RNA==</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==ORODJA ZA INŽENIRING <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">IZRAŽANJA </ins>RNA==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Transkripcija je verjetno najpomembnejša kontrolna točka v genskih vezjih, ker zagotavlja celovito regulacijo izražanja vseh komponent. Kontrolni elementi se lažje sestavljajo na nivoju DNA, s čimer se izognemo težavam, ki lahko nastanejo kot posledica sekundarnih struktur molekul mRNA. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Transkripcija je verjetno najpomembnejša kontrolna točka v genskih vezjih, ker zagotavlja celovito regulacijo izražanja vseh komponent. Kontrolni elementi se lažje sestavljajo na nivoju DNA, s čimer se izognemo težavam, ki lahko nastanejo kot posledica sekundarnih struktur molekul mRNA. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>MarkoRadojkovichttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&diff=11237&oldid=prevMarkoRadojkovic at 19:05, 18 January 20162016-01-18T19:05:21Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:05, 18 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l7">Line 7:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 7:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Vezava RNA===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Vezava RNA===</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Nukleotidno zaporedje promotorja, na katero se veže RNA-<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">pomieraza </del>(RNAP), je temeljna determinanta hitrosti transkripcije. Do vezave pride preko σ70- tipa faktorjev na -10 in -35 mesto od začetka transkripcije, kar hkrati določa samo specifičnost iniciacijskega mesta, medtem ko se C-končna domena α podenote preferenčno veže na kratko zaporedje ponovitev A in T baz, 30 mest navzgor od -35 mesta (UP element) in s tem določa jakost promotorja. Raziskave vpliva UP elementov na jakost promotorja so pokazale, da se vpliv le-teh na jakost promotorja z višanjem koncentracije RNAP zmanjšuje in obratno. Zaporedje navzdol od začetka transkripcije prav tako lahko vpliva na potek transkripcije same, vendar se z uporabo standardnih 5'-neprevajajočih se regij (UTR), temu vplivu lahko izognemo. Knjižnice promotorjev s širokim razponom jakosti predstavljajo dragoceno zbirko, ki jih biološki inženirji s pridom izkoriščajo in jo bodo izkoriščali, dokler se ne pojavijo popolni napovedni modeli.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Nukleotidno zaporedje promotorja, na katero se veže RNA-<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">polimeraza </ins>(RNAP), je temeljna determinanta hitrosti transkripcije. Do vezave pride preko σ70- tipa faktorjev na -10 in -35 mesto od začetka transkripcije, kar hkrati določa samo specifičnost iniciacijskega mesta, medtem ko se C-končna domena α podenote preferenčno veže na kratko zaporedje ponovitev A in T baz, 30 mest navzgor od -35 mesta (UP element) in s tem določa jakost promotorja. Raziskave vpliva UP elementov na jakost promotorja so pokazale, da se vpliv le-teh na jakost promotorja z višanjem koncentracije RNAP zmanjšuje in obratno. Zaporedje navzdol od začetka transkripcije prav tako lahko vpliva na potek transkripcije same, vendar se z uporabo standardnih 5'-neprevajajočih se regij (UTR), temu vplivu lahko izognemo. Knjižnice promotorjev s širokim razponom jakosti predstavljajo dragoceno zbirko, ki jih biološki inženirji s pridom izkoriščajo in jo bodo izkoriščali, dokler se ne pojavijo popolni napovedni modeli.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Proteinski regulatorji transkripcije===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Proteinski regulatorji transkripcije===</div></td></tr>
</table>MarkoRadojkovichttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&diff=11236&oldid=prevMarkoRadojkovic at 08:56, 18 January 20162016-01-18T08:56:28Z<p></p>
<a href="https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&diff=11236&oldid=11235">Show changes</a>MarkoRadojkovichttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&diff=11235&oldid=prevMarkoRadojkovic at 08:54, 18 January 20162016-01-18T08:54:16Z<p></p>
<a href="https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&diff=11235&oldid=11234">Show changes</a>MarkoRadojkovichttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&diff=11234&oldid=prevMarkoRadojkovic: /* UVOD */2016-01-18T08:49:33Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">UVOD</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 08:49, 18 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l1">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==UVOD==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==UVOD==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sintezni biologi skozi racionalno načrtovanje in napredno inženirstvo stremijo k ustvarjanju novih genskih vezij, ki bi imela široko uporabnost. Imajoči v mislih kompleksnost procesiranja signalov, ki se pojavljajo v naravnih bioloških sistemih, inženirski mikroorganizmi imajo potencial za opravljanje številnih koristnih nalog, ki zahtevajo sofisticirano računalniško vodenje in kontrolo. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sintezni biologi skozi racionalno načrtovanje in napredno inženirstvo stremijo k ustvarjanju novih genskih vezij, ki bi imela široko uporabnost. Imajoči v mislih kompleksnost procesiranja signalov, ki se pojavljajo v naravnih bioloških sistemih, inženirski mikroorganizmi imajo potencial za opravljanje številnih koristnih nalog, ki zahtevajo sofisticirano računalniško vodenje in kontrolo. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ta članek predstavlja pregled vsestranskih komponent in orodij, ki so trenutno dostopna za inženiring genskih vezij v mikroorganizmih, vključno z nedavno razvitimi RNA orodji, ki vsebujejo zelo široko dinamično območje in se lahko programirajo. Seznanili se bomo z oblikovalnimi načeli, ki omogočajo robustno in razširljivo delovanje vezij, prav tako pa bomo <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">pogledali </del>nekatere efikasne strategije za hitro identifikacijo in popravljanje napak ter fino nastavljanje lastnosti vezij.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ta članek predstavlja pregled vsestranskih komponent in orodij, ki so trenutno dostopna za inženiring genskih vezij v mikroorganizmih, vključno z nedavno razvitimi RNA orodji, ki vsebujejo zelo široko dinamično območje in se lahko programirajo. Seznanili se bomo z oblikovalnimi načeli, ki omogočajo robustno in razširljivo delovanje vezij, prav tako pa bomo <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">spoznali </ins>nekatere efikasne strategije za hitro identifikacijo in popravljanje napak ter fino nastavljanje lastnosti vezij.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==ORODJA ZA INŽENIRING RNA==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==ORODJA ZA INŽENIRING RNA==</div></td></tr>
</table>MarkoRadojkovichttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Orodja_in_na%C4%8Dela_za_in%C5%BEeniring_genskih_vezij_mikroorganizmov&diff=11233&oldid=prevMarkoRadojkovic at 08:48, 18 January 20162016-01-18T08:48:25Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 08:48, 18 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l13">Line 13:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 13:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><u>Aktivatorji</u></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><u>Aktivatorji</u></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Klasični aktivatorji, ki jih uporabljamo pri oblikovanj genskih vezij, kot je LuxR, delujejo na ta način, da stabilizirajo vezavo RNAP na promotor. Rhodius in kolegi so izkoristili ekstracitoplazmične funkcijske σ faktorje (ECFs) za izgradnjo največje knjižnice ortogonalnih transkripcijskih regulatorjev za E. coli, pri čemer so našli 20 parov ECFs in sorodnih promotorjev, ki imajo zelo nizko navzkrižno reaktivnost. Ti proteini se vežejo na regije -35 in -10 in s tem določajo specifičnost vezave RNAP na določen promotor. Ostali transkripcijski aktivatorji, ki so koristni za uporabo v E.coli vključujejo tri šaperon-aktivatorske pare (ki se lahko izkoristijo za AND logiko), fagne transkripcijske aktivatorje ter HrpRS bakterijske ojačevalne proteine.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Klasični aktivatorji, ki jih uporabljamo pri oblikovanj genskih vezij, kot je LuxR, delujejo na ta način, da stabilizirajo vezavo RNAP na promotor. Rhodius in kolegi so izkoristili ekstracitoplazmične funkcijske σ faktorje (ECFs) za izgradnjo največje knjižnice ortogonalnih transkripcijskih regulatorjev za <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>E. coli<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>, pri čemer so našli 20 parov ECFs in sorodnih promotorjev, ki imajo zelo nizko navzkrižno reaktivnost. Ti proteini se vežejo na regije -35 in -10 in s tem določajo specifičnost vezave RNAP na določen promotor. Ostali transkripcijski aktivatorji, ki so koristni za uporabo v <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>E.coli<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </ins>vključujejo tri šaperon-aktivatorske pare (ki se lahko izkoristijo za AND logiko), fagne transkripcijske aktivatorje ter HrpRS bakterijske ojačevalne proteine.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><u>Represorji</u></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><u>Represorji</u></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Represorji najpogosteje delujejo na ta način, da RNAP onemogočijo dostop do promotorja. Stanton in sodelavci so ustvarili knjižnico homologov TetR in njihovih naravnih operatorjev, ki vsebuje 16 ortogonalnih variant. Obstaja tudi manjša knjižnica variant represorja LacI. Zelo zanimivo družino represorskih proteinov predstavljajo transkripcijskim aktivatorjem podobni efektorji (TALEs). TALE represorji se lažje modelirajo v primerjavi s proteini s cinkovimi prsti in se lahko uporabljajo za kontrolo več kompleksnih genov. Pokazali so da z njimi lahko dosežemo do 100-kratno znižanje ravni izražanja v E.coli.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Represorji najpogosteje delujejo na ta način, da RNAP onemogočijo dostop do promotorja. Stanton in sodelavci so ustvarili knjižnico homologov TetR in njihovih naravnih operatorjev, ki vsebuje 16 ortogonalnih variant. Obstaja tudi manjša knjižnica variant represorja LacI. Zelo zanimivo družino represorskih proteinov predstavljajo transkripcijskim aktivatorjem podobni efektorji (TALEs). TALE represorji se lažje modelirajo v primerjavi s proteini s cinkovimi prsti in se lahko uporabljajo za kontrolo več kompleksnih genov. Pokazali so da z njimi lahko dosežemo do 100-kratno znižanje ravni izražanja v <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>E.coli<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===RNA kontrola transkripcije===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===RNA kontrola transkripcije===</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Lep primer kontrole transkripcije z RNA predstavlja pT181 transkripcijski atenuacijski sistem, katerega različice so razvite za kontrolo genskih vezij v E.coli. Naravni pT181 mehanizem koristi 5'- UTR zanko, ki normalno omogoča elongacijo transkripcije; interakcija med zanko na taRNA z 5'-UTR zanko na mRNA promovira nastanek steblo-zanka strukture, ki povzroči terminacijo transkripcije. </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Lep primer kontrole transkripcije z RNA predstavlja pT181 transkripcijski atenuacijski sistem, katerega različice so razvite za kontrolo genskih vezij v <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>E.coli<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>. Naravni pT181 mehanizem koristi 5'- UTR zanko, ki normalno omogoča elongacijo transkripcije; interakcija med zanko na taRNA z 5'-UTR zanko na mRNA promovira nastanek steblo-zanka strukture, ki povzroči terminacijo transkripcije. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Majhne RNA molekule, ki aktivirajo transkripcijo (STARs), so dizajnirane da porušijo strukturo terminatorja, bodisi preko vezave na zanko, ki se nahaja v zaporedju navzgor ali preko direktne vezave na terminator. Ta pozitivna regulacija sistema pT181 omogoča zelo visoko dinamično območje (94-kratno), v primerjavi s klasičnimi represorji in je prav tako uporabna za izgradnjo večplastnih logičnih vrat.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Majhne RNA molekule, ki aktivirajo transkripcijo (STARs), so dizajnirane da porušijo strukturo terminatorja, bodisi preko vezave na zanko, ki se nahaja v zaporedju navzgor ali preko direktne vezave na terminator. Ta pozitivna regulacija sistema pT181 omogoča zelo visoko dinamično območje (94-kratno), v primerjavi s klasičnimi represorji in je prav tako uporabna za izgradnjo večplastnih logičnih vrat.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l48">Line 48:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 48:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Vpliv gostitelja===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Vpliv gostitelja===</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Cardinale in sodelavci so iz analize velikega števila sevov E.coli ugotovili, da sta dostopnost ribosomov in hitrost rasti ključne determinante za učinkovitost genskih vezij. Ugotovili so tudi, da specifične delecije gostiteljskih genov imajo lahko veliki vpliv na genska vezja. Te mutacije posredno vplivajo na učinkovitost vezja preko sprememb v fluksu ogljikovega in dušikovega metabolizma. Komplementarni pristop spreminjanja gostiteljskega genetskega (in metabolnega) ozadja preko dodajanja določenih genov, lahko pozitivno vpliva na učinkovitost vezja.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Cardinale in sodelavci so iz analize velikega števila sevov <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>E.coli<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </ins>ugotovili, da sta dostopnost ribosomov in hitrost rasti ključne determinante za učinkovitost genskih vezij. Ugotovili so tudi, da specifične delecije gostiteljskih genov imajo lahko veliki vpliv na genska vezja. Te mutacije posredno vplivajo na učinkovitost vezja preko sprememb v fluksu ogljikovega in dušikovega metabolizma. Komplementarni pristop spreminjanja gostiteljskega genetskega (in metabolnega) ozadja preko dodajanja določenih genov, lahko pozitivno vpliva na učinkovitost vezja.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Robustnost in genetska stabilnost===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>===Robustnost in genetska stabilnost===</div></td></tr>
</table>MarkoRadojkovic