https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije.&feed=atom&action=historyPrenos informacije med bakterijami v sesalskem črevesju z uporabo sistema zaznavanja gostote populacije. - Revision history2024-03-28T13:47:01ZRevision history for this page on the wikiMediaWiki 1.39.3https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije.&diff=16644&oldid=prevAnže Jenko at 20:02, 19 April 20202020-04-19T20:02:42Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 20:02, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l1">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></del></div></td><td colspan="2" class="diff-side-added"></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>= Sesalski mikrobiom =</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>= Sesalski mikrobiom =</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sestava mikrobioma črevesja ima pomembno vlogo pri vzpostavljanju in ohranjanju imunskega sistema gostitelja, prehranjenosti črevesnih celic, proizvodnji metabolitov in zaščiti pred patogeni. Njeno sestavo pa lahko spreminjamo s spremembo prehranskih navad, uživanjem antibiotikov in s fekalno transplantacijo. Te spremembe pa so po navadi celostne in nepredvidljive, kar za kontrolirano preiskavo takšnih sistemov ni ravno optimalno [1].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sestava mikrobioma črevesja ima pomembno vlogo pri vzpostavljanju in ohranjanju imunskega sistema gostitelja, prehranjenosti črevesnih celic, proizvodnji metabolitov in zaščiti pred patogeni. Njeno sestavo pa lahko spreminjamo s spremembo prehranskih navad, uživanjem antibiotikov in s fekalno transplantacijo. Te spremembe pa so po navadi celostne in nepredvidljive, kar za kontrolirano preiskavo takšnih sistemov ni ravno optimalno [1].</div></td></tr>
</table>Anže Jenkohttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije.&diff=16643&oldid=prevAnže Jenko at 20:00, 19 April 20202020-04-19T20:00:56Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 20:00, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l1">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>= Sesalski mikrobiom =</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>= Sesalski mikrobiom =</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sestava mikrobioma črevesja ima pomembno vlogo pri vzpostavljanju in ohranjanju imunskega sistema gostitelja, prehranjenosti črevesnih celic, proizvodnji metabolitov in zaščiti pred patogeni. Njeno sestavo pa lahko spreminjamo s spremembo prehranskih navad, uživanjem antibiotikov in s fekalno transplantacijo. Te spremembe pa so po navadi celostne in nepredvidljive, kar za kontrolirano preiskavo takšnih sistemov ni ravno optimalno [1].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sestava mikrobioma črevesja ima pomembno vlogo pri vzpostavljanju in ohranjanju imunskega sistema gostitelja, prehranjenosti črevesnih celic, proizvodnji metabolitov in zaščiti pred patogeni. Njeno sestavo pa lahko spreminjamo s spremembo prehranskih navad, uživanjem antibiotikov in s fekalno transplantacijo. Te spremembe pa so po navadi celostne in nepredvidljive, kar za kontrolirano preiskavo takšnih sistemov ni ravno optimalno [1].</div></td></tr>
</table>Anže Jenkohttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije.&diff=16639&oldid=prevAnže Jenko: /* Zasnova genetskih elementov v E. coli */2020-04-19T19:56:36Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Zasnova genetskih elementov v E. coli</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:56, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l9">Line 9:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 9:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>= Zasnova genetskih elementov v ''E. coli'' =</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>= Zasnova genetskih elementov v ''E. coli'' =</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Tipično zaznavanje gostote temelji na signaliziranju in zaznavanju majhnih organskih molekul, ki lahko prosto difundirajo v sosednjo celico. Tam te molekule povzročijo izražanje genov iz operona lux ''V. fischeri''. LuxI je sintaza signalnih molekul acil-HSL, medtem ko je LuxR transkripcijski faktor, ta potem aktivira tarčne gene le, ko je nanj vezana tudi primerna verzija acil-HSL. V naravi se <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">takšen sistem koristi </del>za specifično zaznavanje gostote populacije ter na ta način <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">narekuje </del>delovanje skupnosti kot celote (tvorba biofilma, proizvodnja virulenčnih faktorjev) [3, 4].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Tipično zaznavanje gostote temelji na signaliziranju in zaznavanju majhnih organskih molekul, ki lahko prosto difundirajo v sosednjo celico. Tam te molekule povzročijo izražanje genov iz operona lux ''V. fischeri''. LuxI je sintaza signalnih molekul acil-HSL, medtem ko je LuxR transkripcijski faktor, ta potem aktivira tarčne gene le, ko je nanj vezana tudi primerna verzija acil-HSL. V naravi se <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">takšni sistemi koristijo </ins>za specifično zaznavanje gostote populacije ter na ta način <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">nadzorujejo </ins>delovanje skupnosti kot celote (tvorba biofilma, proizvodnja virulenčnih faktorjev) [3, 4].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Zasnova oddajnika ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Zasnova oddajnika ==</div></td></tr>
</table>Anže Jenkohttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije.&diff=16637&oldid=prevAnže Jenko: /* Sesalski mikrobiom */2020-04-19T19:55:12Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Sesalski mikrobiom</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:55, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l1">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>= Sesalski mikrobiom =</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>= Sesalski mikrobiom =</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sestava <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">mikrobiote </del>črevesja ima pomembno vlogo pri vzpostavljanju in ohranjanju imunskega sistema gostitelja, prehranjenosti črevesnih celic, proizvodnji metabolitov in zaščiti pred patogeni. Njeno sestavo pa lahko spreminjamo s spremembo prehranskih navad, uživanjem antibiotikov in s fekalno transplantacijo. Te spremembe pa so po navadi celostne in nepredvidljive, kar za kontrolirano preiskavo takšnih sistemov ni ravno optimalno [1].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sestava <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">mikrobioma </ins>črevesja ima pomembno vlogo pri vzpostavljanju in ohranjanju imunskega sistema gostitelja, prehranjenosti črevesnih celic, proizvodnji metabolitov in zaščiti pred patogeni. Njeno sestavo pa lahko spreminjamo s spremembo prehranskih navad, uživanjem antibiotikov in s fekalno transplantacijo. Te spremembe pa so po navadi celostne in nepredvidljive, kar za kontrolirano preiskavo takšnih sistemov ni ravno optimalno [1].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>= Sistem zaznavanja gostote bakterij =</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>= Sistem zaznavanja gostote bakterij =</div></td></tr>
</table>Anže Jenkohttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije.&diff=16635&oldid=prevAnže Jenko: /* Delovanje sprejemnikov */2020-04-19T19:51:17Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Delovanje sprejemnikov</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:51, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l35">Line 35:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 35:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Delovanje sistema ''in vitro'' ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Delovanje sistema ''in vitro'' ==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Delovanje sprejemnikov ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Delovanje sprejemnikov ===</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Preizkus ustvarjenega sintezno-biološkega sistema so najprej opravili tako, da so in vitro preverili, če oddajnik dejansko proizvede 3OC6HSL ter če se sprejemnik nanj vidno odzove. Odziv sprejemnikov ''E. coli'' na 3OC6HSL so kvantificirali z deležem modrih kolonij z vklopljenim stikalom. Sprejemniki ''E. coli'' so se izkazali kot dobri biosenzorji, saj so se odzvali hitro po izpostavitvi signalu in z visoko občutljivostjo (nM koncentracije 3OC6HSL), hkrati pa je bilo vklopljeno stikalo tudi zadosti dolgoživo, da so ga ustrezno zaznali. Sprejemniki ''S. typhimurium'' imajo slabšo občutljivost in zakasnjen odziv ob stimulaciji s 3OC6HSL, kar naj bila sicer posledica tekmovanja z manj učinkovitim homologom proteina LuxR, proteinom SdiA, ali pa posledica slabše kompatibilnosti in učinkovitosti genetskih elementov, ki temeljijo na osnovi bakteriofaga lambda, ki naravno napada zgolj ''E. coli'' [3, 4].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Preizkus ustvarjenega sintezno-biološkega sistema so najprej opravili tako, da so <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>in vitro<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </ins>preverili, če oddajnik dejansko proizvede 3OC6HSL ter če se sprejemnik nanj vidno odzove. Odziv sprejemnikov ''E. coli'' na 3OC6HSL so kvantificirali z deležem modrih kolonij z vklopljenim stikalom. Sprejemniki ''E. coli'' so se izkazali kot dobri biosenzorji, saj so se odzvali hitro po izpostavitvi signalu in z visoko občutljivostjo (nM koncentracije 3OC6HSL), hkrati pa je bilo vklopljeno stikalo tudi zadosti dolgoživo, da so ga ustrezno zaznali. Sprejemniki ''S. typhimurium'' imajo slabšo občutljivost in zakasnjen odziv ob stimulaciji s 3OC6HSL, kar naj bila sicer posledica tekmovanja z manj učinkovitim homologom proteina LuxR, proteinom SdiA, ali pa posledica slabše kompatibilnosti in učinkovitosti genetskih elementov, ki temeljijo na osnovi bakteriofaga lambda, ki naravno napada zgolj ''E. coli'' [3, 4].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Delovanje oddajnikov ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Delovanje oddajnikov ===</div></td></tr>
</table>Anže Jenkohttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije.&diff=16633&oldid=prevAnže Jenko: /* Spominski element */2020-04-19T19:47:40Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Spominski element</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:47, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l23">Line 23:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 23:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Nastali protein Cro nadalje vpliva na spominski element. Ta element deluje kot standardno cI/Cro genetsko stikalo bakteriofaga λ iz ''E. coli'', ki so ga integrirali v genom. To stikalo je optimalno, saj ima represor cI že po naravi zelo močno in stabilno vezavo na DNA in lahko izpade zgolj ob ustrezni mutaciji. Profag lambda tudi ni energetsko preveč obremenilen za celico, saj je protein cI prisoten zgolj v nekaj sto monomerih na celico [5].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Nastali protein Cro nadalje vpliva na spominski element. Ta element deluje kot standardno cI/Cro genetsko stikalo bakteriofaga λ iz ''E. coli'', ki so ga integrirali v genom. To stikalo je optimalno, saj ima represor cI že po naravi zelo močno in stabilno vezavo na DNA in lahko izpade zgolj ob ustrezni mutaciji. Profag lambda tudi ni energetsko preveč obremenilen za celico, saj je protein cI prisoten zgolj v nekaj sto monomerih na celico [5].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sistem stikala Cro/cI pri bakteriofagu regulira preklop iz lizogenega v litično stanje. V lizogeni fazi mora biti večina genov blokiranih, kar počne represor cI preko blokade litičnega promotorja ''pR''. Hkrati pa cI aktivira tudi lastno transkripcijo preko avtoreguliranega promotorja ''pRM''. Ob indukciji litične faze, ko sta v nizkih koncentracijah prisotna tako Cro kot tudi cI, pride do s Cro posredovane inaktivacije cI, kar sprosti litični promotor <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">PR</del>, tako da se začne prepisovati protein Cro. Cro tako efektivno pripelje do povišanja lastne transkripcije (avtoaktivacija). Cro možnosti avtoaktivacije nima, če hkrati v nizki koncentraciji ni prisotnega tudi nekaj cI. Sintetizirani Cro se nato direktno veže na <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">PRM </del>in tako preprečuje transkripcijo cI, kar je ključno, saj le močno znižana količina cI omogoči stabilen prehod v litično fazo ter preprečuje ponovni nastanek lizogenega stanja [5, 7, 8, 9].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sistem stikala Cro/cI pri bakteriofagu regulira preklop iz lizogenega v litično stanje. V lizogeni fazi mora biti večina genov blokiranih, kar počne represor cI preko blokade litičnega promotorja ''pR''. Hkrati pa cI aktivira tudi lastno transkripcijo preko avtoreguliranega promotorja ''pRM''. Ob indukciji litične faze, ko sta v nizkih koncentracijah prisotna tako Cro kot tudi cI, pride do s Cro posredovane inaktivacije cI, kar sprosti litični promotor <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''pR''</ins>, tako da se začne prepisovati protein Cro. Cro tako efektivno pripelje do povišanja lastne transkripcije (avtoaktivacija). Cro možnosti avtoaktivacije nima, če hkrati v nizki koncentraciji ni prisotnega tudi nekaj cI. Sintetizirani Cro se nato direktno veže na <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''pRM'' </ins>in tako preprečuje transkripcijo cI, kar je ključno, saj le močno znižana količina cI omogoči stabilen prehod v litično fazo ter preprečuje ponovni nastanek lizogenega stanja [5, 7, 8, 9].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pri zasnovi tega elementa so za tridelnim levim operatorjem vključili gene rexAB, cI, cro in lacZ. Pred OL se nahaja zgolj konstitutivno izražen gen za rezistenco na kanamicin. Spominski element pred vklopom izraža represor cI, ki preko oligomerizacijske tvorbe zanke povezuje operatorski regiji OL2-OL1 z OR1-OR2, kjer se tudi nahaja <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">PR</del>, s čimer je onemogočeno izražanje dveh zaporedno vezanih nižje ležečih genov; lacZ, ki omogoča izvedbo belo-modrega testa za prepoznavanje celic z vključenim stikalom, ter dodatne kopije gena cro [4, 5, 10].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pri zasnovi tega elementa so za tridelnim levim operatorjem vključili gene <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>rexAB<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>, <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>cI<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>, <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>cro<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </ins>in <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>lacZ<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>. Pred OL se nahaja zgolj konstitutivno izražen gen za rezistenco na kanamicin. Spominski element pred vklopom izraža represor cI, ki preko oligomerizacijske tvorbe zanke povezuje operatorski regiji OL2-OL1 z OR1-OR2, kjer se tudi nahaja <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''pR''</ins>, s čimer je onemogočeno izražanje dveh zaporedno vezanih nižje ležečih genov; <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>lacZ<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>, ki omogoča izvedbo belo-modrega testa za prepoznavanje celic z vključenim stikalom, ter dodatne kopije gena <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>cro<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </ins>[4, 5, 10].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Do začetka vklopa stikala pride, ko je v sprejemniku prisotnih okoli 100 molekul proteina Cro, ki se sintetizirajo iz aktiviranega sprožilnega elementa. Cro se namreč veže na <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">PRM </del>znotraj OR3 ter s tem onemogoči prehod RNA polimeraze, torej izražanja proteina cI. Po štirih delitvah celic se količina represorja cI v celici zadosti razredči (pade pod 10 odstotkov osnovnega stanja), da pride do inicijacije litične faze (prehod iz stanja cI v stanje Cro). Zaradi pogoja štirih celičnih delitev morajo biti sprejemniki v prisotnosti 3OC6HL vsaj nekaj ur, da dejansko pride do preklopa stanj. V stanju Cro je potem zaustavljena represija litičnega promotorja <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">PR</del>. Promotor <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">PR </del>sedaj povzroči izražanje β-galaktozidaze za izvedbo belo-modrega testa ter druge kopije gena cro, kar omogoči stabilno tvorbo pozitivne povratne zanke, ki zagotavlja, da ostane <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">PRM inhibiran </del>ter stikalo vključeno, tudi po 150 delitvah od odmika signala 3OC6HSL, ko Cro iz sprožilca ne nastaja več. Delovanje takšnega stikala je tako dovolj robustno, da se ohrani tudi po prečenju črevesja, zaradi česar lahko vklop stikala zaznamo iz izločkov [4, 5, 10, 11].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Do začetka vklopa stikala pride, ko je v sprejemniku prisotnih okoli 100 molekul proteina Cro, ki se sintetizirajo iz aktiviranega sprožilnega elementa. Cro se namreč veže na <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''pRM'' </ins>znotraj OR3 ter s tem onemogoči prehod RNA polimeraze, torej izražanja proteina cI. Po štirih delitvah celic se količina represorja cI v celici zadosti razredči (pade pod 10 odstotkov osnovnega stanja), da pride do inicijacije litične faze (prehod iz stanja cI v stanje Cro). Zaradi pogoja štirih celičnih delitev morajo biti sprejemniki v prisotnosti 3OC6HL vsaj nekaj ur, da dejansko pride do preklopa stanj. V stanju Cro je potem zaustavljena represija litičnega promotorja <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''pR''</ins>. Promotor <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''pR'' </ins>sedaj povzroči izražanje β-galaktozidaze za izvedbo belo-modrega testa ter druge kopije gena cro, kar omogoči stabilno tvorbo pozitivne povratne zanke, ki zagotavlja, da ostane <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''pRM'' blokiran </ins>ter stikalo vključeno, tudi po 150 delitvah od odmika signala 3OC6HSL, ko Cro iz sprožilca ne nastaja več. Delovanje takšnega stikala je tako dovolj robustno, da se ohrani tudi po prečenju črevesja, zaradi česar lahko vklop stikala zaznamo iz izločkov [4, 5, 10, 11].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>= Zasnova genetskih elementov v ''S. typhimurium'' =</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>= Zasnova genetskih elementov v ''S. typhimurium'' =</div></td></tr>
</table>Anže Jenkohttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije.&diff=16632&oldid=prevAnže Jenko: /* Spominski element */2020-04-19T19:44:02Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Spominski element</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:44, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l23">Line 23:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 23:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Nastali protein Cro nadalje vpliva na spominski element. Ta element deluje kot standardno cI/Cro genetsko stikalo bakteriofaga λ iz ''E. coli'', ki so ga integrirali v genom. To stikalo je optimalno, saj ima represor cI že po naravi zelo močno in stabilno vezavo na DNA in lahko izpade zgolj ob ustrezni mutaciji. Profag lambda tudi ni energetsko preveč obremenilen za celico, saj je protein cI prisoten zgolj v nekaj sto monomerih na celico [5].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Nastali protein Cro nadalje vpliva na spominski element. Ta element deluje kot standardno cI/Cro genetsko stikalo bakteriofaga λ iz ''E. coli'', ki so ga integrirali v genom. To stikalo je optimalno, saj ima represor cI že po naravi zelo močno in stabilno vezavo na DNA in lahko izpade zgolj ob ustrezni mutaciji. Profag lambda tudi ni energetsko preveč obremenilen za celico, saj je protein cI prisoten zgolj v nekaj sto monomerih na celico [5].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sistem stikala Cro/cI pri bakteriofagu regulira preklop iz lizogenega v litično stanje. V lizogeni fazi mora biti večina genov blokiranih, kar počne represor cI preko blokade litičnega promotorja <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">PR</del>. Hkrati pa cI aktivira tudi lastno transkripcijo preko avtoreguliranega promotorja <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">PRM</del>. Ob indukciji litične faze, ko sta v nizkih koncentracijah prisotna tako Cro kot tudi cI, pride do s Cro posredovane inaktivacije cI, kar sprosti litični promotor PR, tako da se začne prepisovati protein Cro. Cro tako efektivno pripelje do povišanja lastne transkripcije (avtoaktivacija). Cro možnosti avtoaktivacije nima, če hkrati v nizki koncentraciji ni prisotnega tudi nekaj cI. Sintetizirani Cro se nato direktno veže na PRM in tako preprečuje transkripcijo cI, kar je ključno, saj le močno znižana količina cI omogoči stabilen prehod v litično fazo ter preprečuje ponovni nastanek lizogenega stanja [5, 7, 8, 9].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sistem stikala Cro/cI pri bakteriofagu regulira preklop iz lizogenega v litično stanje. V lizogeni fazi mora biti večina genov blokiranih, kar počne represor cI preko blokade litičnega promotorja <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''pR''</ins>. Hkrati pa cI aktivira tudi lastno transkripcijo preko avtoreguliranega promotorja <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''pRM''</ins>. Ob indukciji litične faze, ko sta v nizkih koncentracijah prisotna tako Cro kot tudi cI, pride do s Cro posredovane inaktivacije cI, kar sprosti litični promotor PR, tako da se začne prepisovati protein Cro. Cro tako efektivno pripelje do povišanja lastne transkripcije (avtoaktivacija). Cro možnosti avtoaktivacije nima, če hkrati v nizki koncentraciji ni prisotnega tudi nekaj cI. Sintetizirani Cro se nato direktno veže na PRM in tako preprečuje transkripcijo cI, kar je ključno, saj le močno znižana količina cI omogoči stabilen prehod v litično fazo ter preprečuje ponovni nastanek lizogenega stanja [5, 7, 8, 9].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pri zasnovi tega elementa so za tridelnim levim operatorjem vključili gene rexAB, cI, cro in lacZ. Pred OL se nahaja zgolj konstitutivno izražen gen za rezistenco na kanamicin. Spominski element pred vklopom izraža represor cI, ki preko oligomerizacijske tvorbe zanke povezuje operatorski regiji OL2-OL1 z OR1-OR2, kjer se tudi nahaja PR, s čimer je onemogočeno izražanje dveh zaporedno vezanih nižje ležečih genov; lacZ, ki omogoča izvedbo belo-modrega testa za prepoznavanje celic z vključenim stikalom, ter dodatne kopije gena cro [4, 5, 10].</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pri zasnovi tega elementa so za tridelnim levim operatorjem vključili gene rexAB, cI, cro in lacZ. Pred OL se nahaja zgolj konstitutivno izražen gen za rezistenco na kanamicin. Spominski element pred vklopom izraža represor cI, ki preko oligomerizacijske tvorbe zanke povezuje operatorski regiji OL2-OL1 z OR1-OR2, kjer se tudi nahaja PR, s čimer je onemogočeno izražanje dveh zaporedno vezanih nižje ležečih genov; lacZ, ki omogoča izvedbo belo-modrega testa za prepoznavanje celic z vključenim stikalom, ter dodatne kopije gena cro [4, 5, 10].</div></td></tr>
</table>Anže Jenkohttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije.&diff=16629&oldid=prevAnže Jenko: /* Lux-sprožilni element */2020-04-19T19:42:01Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Lux-sprožilni element</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:42, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l18">Line 18:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 18:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Lux-sprožilni element ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Lux-sprožilni element ===</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Lux-sprožilni element so v genom integrirali mesto-specifično med dva divergentna promotorja za araC in araB. Ta element zapisuje optimiziran zapis gena luxR, ki je pod nadzorom konstitutivnega promotorja PlacIQ. Promotor PlacIQ je sicer mutirana optimizirana verzija promotorja gena lacI. Konstitutivno izražen protein LuxR se, ko je nanj vezan 3OC6HSL, veže na Lux-škatlo znotraj promotorja PluxI, ki so ga vzeli iz ''V. fischeri'', ter tako aktivira transkripcijo gena za protein Cro. Promotorja PluxI in PlacIQ sta bila med seboj ločena s približno 80 vmesnimi bp, za vsakim pa se je nahajal tudi optimizirani sintetični RBS, ki so ga vzeli iz biokock (BBa_B0029). Na tem elementu se za potrebe selekcije nahaja tudi konstitutivno izražen gen za odpornost na kloramfenikol [4, 5, 6].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Lux-sprožilni element so v genom integrirali mesto-specifično med dva divergentna promotorja za <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>araC<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </ins>in <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>araB<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>. Ta element zapisuje optimiziran zapis gena <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>luxR<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>, ki je pod nadzorom konstitutivnega promotorja <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>PlacIQ<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>. Promotor <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>PlacIQ<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </ins>je sicer mutirana optimizirana verzija promotorja gena <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>lacI<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>. Konstitutivno izražen protein LuxR se, ko je nanj vezan 3OC6HSL, veže na Lux-škatlo znotraj promotorja <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>PluxI<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>, ki so ga vzeli iz ''V. fischeri'', ter tako aktivira transkripcijo gena za protein Cro. Promotorja <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>PluxI<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </ins>in <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>PlacIQ<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </ins>sta bila med seboj ločena s približno 80 vmesnimi bp, za vsakim pa se je nahajal tudi optimizirani sintetični RBS, ki so ga vzeli iz biokock (BBa_B0029). Na tem elementu se za potrebe selekcije nahaja tudi konstitutivno izražen gen za odpornost na kloramfenikol [4, 5, 6].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Spominski element ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Spominski element ===</div></td></tr>
</table>Anže Jenkohttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije.&diff=16628&oldid=prevAnže Jenko: /* Zasnova oddajnika */2020-04-19T19:39:59Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Zasnova oddajnika</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:39, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l12">Line 12:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 12:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Zasnova oddajnika ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Zasnova oddajnika ==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Oddajnik je bil načrtovan tako, da so v genom vstavili smerni signalni element. Ta efektivno proizvaja verzijo AHL, natančneje N-(3oksoheksanoil)-L-HSL (3OC6HSL), ki ga lahko celica proizvede zgolj kot odgovor na oralno zaužit analog tetraciklina - anhidrotetraciklin (ATC). Če ATC v celici ni prisotnega, <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</del>smerni signalni element<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </del>konstitutivno proizvaja represor TetR, ki blokira promotor PtetA, zaradi česar tudi ne pride do proizvodnje homologa proteina LuxI, ki zapisuje sintazo za 3OC6HSL. Ob prisotnosti že zelo nizke koncentracije ATC je vezava represorja TetR onemogočena, kar omogoči izražanje proteina LuxI, s čimer tudi pride do sinteze 3OC6HSL. 3OC6HSL potem kot signal prosto difundira v sosednje sprejemniške celice [3, 4, 5].</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Oddajnik je bil načrtovan tako, da so v genom vstavili smerni signalni element. Ta efektivno proizvaja verzijo AHL, natančneje N-(3oksoheksanoil)-L-HSL (3OC6HSL), ki ga lahko celica proizvede zgolj kot odgovor na oralno zaužit analog tetraciklina - anhidrotetraciklin (ATC). Če ATC v celici ni prisotnega, smerni signalni element konstitutivno proizvaja represor TetR, ki blokira promotor <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>PtetA<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>, zaradi česar tudi ne pride do proizvodnje homologa proteina LuxI, ki zapisuje sintazo za 3OC6HSL. Ob prisotnosti že zelo nizke koncentracije ATC je vezava represorja TetR onemogočena, kar omogoči izražanje proteina LuxI, s čimer tudi pride do sinteze 3OC6HSL. 3OC6HSL potem kot signal prosto difundira v sosednje sprejemniške celice [3, 4, 5].</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Zasnova sprejemnika ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Zasnova sprejemnika ==</div></td></tr>
</table>Anže Jenkohttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije.&diff=16627&oldid=prevAnže Jenko: /* Viri */2020-04-19T19:39:21Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Viri</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:39, 19 April 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l49">Line 49:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 49:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[1] Rinninella, E., Raoul, P., Cintoni, M., Franceschi, F., Miggiano, G., Gasbarrini, A. in Mele, M. C. (2019). What is the Healthy Gut Microbiota Composition? A Changing Ecosystem across Age, Environment, Diet, and Diseases. ''Microorganisms'', 7(1) ,14. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[1] Rinninella, E., Raoul, P., Cintoni, M., Franceschi, F., Miggiano, G., Gasbarrini, A. in Mele, M. C. (2019). What is the Healthy Gut Microbiota Composition? A Changing Ecosystem across Age, Environment, Diet, and Diseases. ''Microorganisms'', 7(1) ,14. </div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[2] Swearingen, M.C., Sabag-Daigle, A. in Ahmer, B.M.M. (2013) Are there acylhomoserine lactones within mammalian intestine?'' J.'' ''Bacteriol''. 195, 173-179.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[2] Swearingen, M.C., Sabag-Daigle, A. in Ahmer, B.M.M. (2013) Are there acylhomoserine lactones within mammalian intestine?'' J.'' ''Bacteriol''. 195, 173-179.</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[3] Ng, W. L. in Bassler, B. L. (2009). Bacterial quorum-sensing network architectures. ''Ann. rev. genetics'', 43, 197–222. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[3] Ng, W. L. in Bassler, B. L. (2009). Bacterial quorum-sensing network architectures. ''Ann. rev. genetics'', 43, 197–222. </div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[4] Kim, S., Kerns, S.J., Ziesack, M., Bry, L, Gerber, G.K., Way J.C. in Silver P.A. (2018). Quorum Sensing Can Be Repurposed To Promote Information Transfer between Bacteria in the Mammalian Gut, ''CS Synth.'' ''Biol.'' 7, 9, 2270-2281.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[4] Kim, S., Kerns, S.J., Ziesack, M., Bry, L, Gerber, G.K., Way J.C. in Silver P.A. (2018). Quorum Sensing Can Be Repurposed To Promote Information Transfer between Bacteria in the Mammalian Gut, ''CS Synth.'' ''Biol.'' 7, 9, 2270-2281.</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[5] Kotula, J.W., Kerns, S.J., Shaket, L.A., Siraj, L., Collins, J.J., Way, J.C., and Silver, P.A. (2014). Programmable bacteria detect and record an environmental signal in the mammalian gut, ''Proc.'' ''Natl. Acad. Sci''. USA 111, 4838-4843.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[5] Kotula, J.W., Kerns, S.J., Shaket, L.A., Siraj, L., Collins, J.J., Way, J.C., and Silver, P.A. (2014). Programmable bacteria detect and record an environmental signal in the mammalian gut, ''Proc.'' ''Natl. Acad. Sci''. USA 111, 4838-4843.</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[6] Calos, M. P. (1978). DNA Sequence for a Low-Level Promoter of the Lac Repressor Gene and 1013 an “Up” Promoter Mutation. ''Nature'', 274 (5673), 762–765.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[6] Calos, M. P. (1978). DNA Sequence for a Low-Level Promoter of the Lac Repressor Gene and 1013 an “Up” Promoter Mutation. ''Nature'', 274 (5673), 762–765.</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[7] Lee, S., Lewis, D.E.A. in Adhya, S. (2018). The Developmental Switch in Bacteriophage λ: A Critical Role of the Cro Protein. ''J Mol'' ''Biol'', 430, 58-68.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[7] Lee, S., Lewis, D.E.A. in Adhya, S. (2018). The Developmental Switch in Bacteriophage λ: A Critical Role of the Cro Protein. ''J Mol'' ''Biol'', 430, 58-68.</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[8] Johnson, A.D., Poteete, A.R., Lauer, G., Sauer, R.T., Ackers, G.K. in Ptashne, M. (1981). Lambda Repressor and cro--components of an efficient molecular switch. ''Nature''. 294(5838), 217-223.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[8] Johnson, A.D., Poteete, A.R., Lauer, G., Sauer, R.T., Ackers, G.K. in Ptashne, M. (1981). Lambda Repressor and cro--components of an efficient molecular switch. ''Nature''. 294(5838), 217-223.</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[9] Schubert, R.A., Dodd, I.B., Egan, J.B. in Shearwin, K.E. (2007). Cro's role in the CI Cro bistable switch is critical for {lambda}'s transition from lysogeny to lytic development. ''Genes Dev''. 21(19), 2461-2472.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[9] Schubert, R.A., Dodd, I.B., Egan, J.B. in Shearwin, K.E. (2007). Cro's role in the CI Cro bistable switch is critical for {lambda}'s transition from lysogeny to lytic development. ''Genes Dev''. 21(19), 2461-2472.</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[10] Teif, V.B. (2007). General transfer matrix formalism to calculate DNA-protein-drug binding in gene regulation: application to OR operator of phage lambda. ''Nucleic Acids Res''. 35(11), e80.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[10] Teif, V.B. (2007). General transfer matrix formalism to calculate DNA-protein-drug binding in gene regulation: application to OR operator of phage lambda. ''Nucleic Acids Res''. 35(11), e80.</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[11] Yartseva, A., Klaudel, H., Devillers, R. in Képès F. (2007). Incremental and unifying modelling formalism for biological interaction networks. ''BMC Bioinfo''. 8(1):433.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[11] Yartseva, A., Klaudel, H., Devillers, R. in Képès F. (2007). Incremental and unifying modelling formalism for biological interaction networks. ''BMC Bioinfo''. 8(1):433.</div></td></tr>
</table>Anže Jenko