Seminarji-Modul2: Difference between revisions

From Wiki FKKT
Jump to navigationJump to search
(17 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
== Splošno ==
== Splošno ==


V študijskem letu 2017/18 bomo zaradi manjšega števila vpisanih študentov izvedli 2. modul (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') predmeta ''[https://www.uni-lj.si/mma/Ibrani%20procesi/2016091510513645/ Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' v obliki seminarjev in konzultacij. Vsak od treh predavateljev bo posredoval 3-5 preglednih člankov, ki pokrivajo njegovo področje, kot študijsko gradivo. Izpitna vprašanja bodo večinoma iz te snovi, v manjšem deležu pa iz seminarjev. Vsak študent mora pripraviti en seminar pri vsakem od treh učiteljev. Razpisanih bo torej 3 x 5 seminarjev, ki bodo temeljili na raziskovalnih člankih. Pri izr. prof. Dolinarju bodo predstavitve vseh seminarjev 27. februarja 2018.
V študijskem letu 2018/19 bomo izvedli 2. modul (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') predmeta ''[https://www.uni-lj.si/mma/urnikbmb1819/2018083115505071/ Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' v obliki predavanj in seminarjev. Vsak študent mora v okviru tega modula pripraviti in predstaviti dva seminarja. Pri vsakem učitelju lahko pripravi največ en seminar, pri katerem in katerega izmed razpisanih, pa si izbere vsak sam. Pri izr. prof. Dolinarju bosta na vsakem od treh terminov po dve predstavitivi seminarjev. Članki, ki so osnova za pripravo seminarjev v tem delu modula, so navedeni spodaj.


Članki, ki so osnova za pripravo seminarjev v delu modula, ki ga pokriva dr. Dolinar, so navedeni spodaj.
Teme pri prof. Dolinarju so letos povsem nove. Na prvem predavanju (26.2.) bo predstavljen pregled proteinskega inženirstva v biomedicini, na drugem (28.2.) rekombinantna in biotehnološka zdravila, na tretjem (5.3.) pa dizajnerska protitelesa in njihova uporaba. Tako bodo okvirno razporejene tudi teme seminarjev.


== Seznam seminarjev ==
== Seznam seminarjev ==
Line 13: Line 13:
!referent
!referent
|-
|-
|27. 02. 2018/
|26. 02. 2019/
|Gulati et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28928065 Molecular cloning and biophysical characterization of CXCL3 chemokine]. Int. J. Biol. Macromol. (februar 2018)...
|Fonfria et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6071219/ Engineering Botulinum toxins to improve and expand targeting and SNARE cleavage activity]. Toxins (julij 2018)...
| referent 1
| ---
|-
|-
|27. 02. 2018/
|26. 02. 2019/
|Sengupta & Udgaonkar: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28736314 Expression and purification of single cysteine-containing mutant variants of the mouse prion protein by oxidative refolding]. Protein Expr. Purif. (december 2017).
|Al-Qaisi et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6010430/ Transient AID expression for in situ mutagenesis with improved cellular fitness]. Scientific Reports (junij 2018)...
| Patrik
| Patrik
|-
|-
|27. 02. 2018/
|28. 02. 2019/
|Taktak-BenAmar et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5293700/ Expression, purification and functionality of bioactive recombinant human vascular endothelial growth factor VEGF165 in E. coli]. AMB Express (februar 2018)...
|Lundy et al.: [https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsnano.8b03785 Inducing a transient increase in blood brain barrier permeability for improved liposomal drug therapy of glioblastoma multiforme]. ACS Nano (december 2018)...
| referent 3
| Anže
|-
|28. 02. 2019/
|Lee et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30352759 Development of an inflammatory tissue-selective chimeric TNF receptor]. Cytokine (januar 2019)...
| Jaka
|-
|-
|27. 02. 2018/
|28. 02. 2019/
|Karray et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29129630 Antibacterial, antifungal and anticoagulant activities of chicken PLA2group V expressed in Pichia pastoris]. Int. J. Biol. Macromol. (november 2017)...
|Poecheim et al.: [https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0939641117314248 Development of stable liquid formulations for oligonucleotides]. Eur. J. Pharm. Biopharm. (avgust 2018)...
| Adrijan
| Boštjan
|-
|-
|27. 02. 2018/
|05. 03. 2019/
|Tran et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28843001 Cell-free production of a therapeutic protein: Expression, purification, and characterization of recombinant streptokinase using a CHO lysate]. Biotechnol. Bioeng. (januar 2018)...
|Sampei et al.: [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0209509 Antibody engineering to generate SKY59, a long-acting anti-C5 recycling antibody]. PLoS One (december 2018)...
| referent 5
| Anja
|-
|-
|---/
|05. 03. 2019/
|---   
|Patel et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6319964/ In vivo delivery of synthetic human DNA-encoded monoclonal antibodies protect against Ebolavirus infection in a mouse model]. Cell Reports (november 2018) ...     
| ---
| Sandra
|-
|-
|---/
|---
| ---
|--
|}
|}


Vsak naj si izbere enega od seminarjev in mi izbiro sporoči po e-pošti na naslov marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si. Prednost ima, kdor se prej javi.
Izberite si enega od seminarjev in mi izbiro sporočite po e-pošti na naslov marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si. Prednost ima, kdor se prej javi.


== Navodila za pripravo ==
== Navodila za pripravo ==
Line 55: Line 55:


'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddajte najkasneje na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit<br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddajte najkasneje en dan pred predstavitvijo v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit<br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>


Line 66: Line 66:
- uvod v razpravo <br>
- uvod v razpravo <br>


'''Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 20 minut in mora biti poglobljena in argumentirana.''' Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!
'''Razprava o vsakem članku naj bi trajala okrog 20 minut in mora biti poglobljena in argumentirana.''' Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!
 
== Študijska literatura ==
Letos bo izpit vključeval vprašanja iz preglednih člankov s spodnjega seznama (velja samo za snov, ki jo pokriva izr. prof. Dolinar):
# Kaur et al., 2018: Strategies for optimization of heterologous protein expression in E. coli: Roadblocks and reinforcements ([https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813017323826 povezava])
# Kosobokova et al., 2016: Overview of fusion tags for recombinant proteins ([https://link.springer.com/article/10.1134/S0006297916030019 povezava])
# Juturu & Wu, 2018: Heterologous Protein expression in Pichia pastoris: Latest research progress and applications ([http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cbic.201700460/full povezava]) - samo poglavja 1-7, 10 in 11
# Pelosse et al., 2017: MultiBac: from protein complex structures to synthetic viral nanosystems ([https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-017-0447-6 povezava])
# Gupta & Shukla, 2017: Sophisticated cloning, fermentation, and purification technologies for an enhanced therapeutic protein production: A review ([https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2017.00419/full povezava])

Revision as of 09:08, 11 February 2019

Splošno

V študijskem letu 2018/19 bomo izvedli 2. modul (Struktura in funkcija bioloških molekul) predmeta Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije v obliki predavanj in seminarjev. Vsak študent mora v okviru tega modula pripraviti in predstaviti dva seminarja. Pri vsakem učitelju lahko pripravi največ en seminar, pri katerem in katerega izmed razpisanih, pa si izbere vsak sam. Pri izr. prof. Dolinarju bosta na vsakem od treh terminov po dve predstavitivi seminarjev. Članki, ki so osnova za pripravo seminarjev v tem delu modula, so navedeni spodaj.

Teme pri prof. Dolinarju so letos povsem nove. Na prvem predavanju (26.2.) bo predstavljen pregled proteinskega inženirstva v biomedicini, na drugem (28.2.) rekombinantna in biotehnološka zdravila, na tretjem (5.3.) pa dizajnerska protitelesa in njihova uporaba. Tako bodo okvirno razporejene tudi teme seminarjev.

Seznam seminarjev

datum članek za seminar referent
26. 02. 2019/ Fonfria et al.: Engineering Botulinum toxins to improve and expand targeting and SNARE cleavage activity. Toxins (julij 2018)... ---
26. 02. 2019/ Al-Qaisi et al.: Transient AID expression for in situ mutagenesis with improved cellular fitness. Scientific Reports (junij 2018)... Patrik
28. 02. 2019/ Lundy et al.: Inducing a transient increase in blood brain barrier permeability for improved liposomal drug therapy of glioblastoma multiforme. ACS Nano (december 2018)... Anže
28. 02. 2019/ Lee et al.: Development of an inflammatory tissue-selective chimeric TNF receptor. Cytokine (januar 2019)... Jaka
28. 02. 2019/ Poecheim et al.: Development of stable liquid formulations for oligonucleotides. Eur. J. Pharm. Biopharm. (avgust 2018)... Boštjan
05. 03. 2019/ Sampei et al.: Antibody engineering to generate SKY59, a long-acting anti-C5 recycling antibody. PLoS One (december 2018)... Anja
05. 03. 2019/ Patel et al.: In vivo delivery of synthetic human DNA-encoded monoclonal antibodies protect against Ebolavirus infection in a mouse model. Cell Reports (november 2018) ... Sandra

Izberite si enega od seminarjev in mi izbiro sporočite po e-pošti na naslov marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si. Prednost ima, kdor se prej javi.

Navodila za pripravo

Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.

Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve
- pripraviti vprašanja za razpravo
- sodelovati v razpravi

Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddajte najkasneje en dan pred predstavitvijo v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo

Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju)
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate)
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne)
- uvod v razpravo

Razprava o vsakem članku naj bi trajala okrog 20 minut in mora biti poglobljena in argumentirana. Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!