https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&feed=atom&action=historySintezno biološki pristopi v mikrobiologiji - Revision history2024-03-28T16:54:05ZRevision history for this page on the wikiMediaWiki 1.39.3https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11098&oldid=prevDasa at 18:36, 4 January 20162016-01-04T18:36:29Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 18:36, 4 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l16">Line 16:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 16:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Razumevanje genoma==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Razumevanje genoma==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Možnost genetskega sledenja organizmov s preprostimi genomi je bistvenega pomena za hitro razumevanje osnovnih bioloških procesov na ravni sistemov. Bakterije rodu ''Mycoplasma'' so prostoživeči celični organizmi z najmanjšimi genomi in so idealni modeli za tovrstna preučevanja. Kljub njihovi majhnosti so genomi sevov divjega tipa še vedno prekompleksni, da bi v celoti razumeli njihove osnovne življenjske procese <ref name="ref9">Suzuki Y, Assad-Garcia N, Kostylev M, Noskov VN, Wise KS, Karas BJ in sod. Bacterial genome reduction using the progressive clustering of deletions via yeast sexual cycling. ''Genome Research''. 2015; 25(3): 435-44</ref>. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Možnost genetskega sledenja organizmov s preprostimi genomi je bistvenega pomena za hitro razumevanje osnovnih bioloških procesov na ravni sistemov. Bakterije rodu ''Mycoplasma'' so prostoživeči celični organizmi z najmanjšimi genomi in so idealni modeli za tovrstna preučevanja. Kljub njihovi majhnosti so genomi sevov divjega tipa še vedno prekompleksni, da bi v celoti razumeli njihove osnovne življenjske procese <ref name="ref9">Suzuki Y, Assad-Garcia N, Kostylev M, Noskov VN, Wise KS, Karas BJ in sod. Bacterial genome reduction using the progressive clustering of deletions via yeast sexual cycling. ''Genome Research''. 2015; 25(3): 435-44</ref>. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Nedavno so opisali učinkovito metodo kako zmanjšati genom ''Mycoplasma mycoides'' JCVI-syn1.0 z delecijo posameznih kodirajočih regij s transpozicijsko mutagenezo in postopnim deletiranjem skupine genomskih segmentov z mejotično rekombinacijo med bakterijskimi genomi vključenimi v celice kvasovk. Tretirane genome so nato prenesli v prejemniške celice, pri čemer so natančneje preučili dva seva ''Mycoplasma''. Prvi sev je vključeval delecijo 91 genov <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">in </del>~10 % genoma, drugi sev pa je vseboval delecijo sedmih regij od skupaj osmih, kar predstavlja zapise zaporedij 84 genov. Glede na spremembe stopnje rasti so ugotovili interakcije med 91 geni. Kljub napovedanim učinkom delecij na metabolizem sladkorjev, proteom in stopnjo rasti, sprememb ni bilo moč opaziti pri sedmih sevih. Rezultati potrjujejo, da se zmanjšan genom lahko prilagodi glede na manjkajoče gene in omogoči preživetje organizmu. Predvidevajo, da bi bila metoda učinkovita tudi pri reorganizaciji večjih genomov, ki jih še lahko kloniramo v kvasovki, saj slednje olajšajo oblikovanje genomov mikrobov, pa tudi genomskih fragmentov za genetski inženiring višjih evkariontov <ref name="ref9">Suzuki Y, Assad-Garcia N, Kostylev M, Noskov VN, Wise KS, Karas BJ in sod. Bacterial genome reduction using the progressive clustering of deletions via yeast sexual cycling. ''Genome Research''. 2015; 25(3): 435-44</ref>.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Nedavno so opisali učinkovito metodo kako zmanjšati genom ''Mycoplasma mycoides'' JCVI-syn1.0 z delecijo posameznih kodirajočih regij s transpozicijsko mutagenezo in postopnim deletiranjem skupine genomskih segmentov z mejotično rekombinacijo med bakterijskimi genomi vključenimi v celice kvasovk. Tretirane genome so nato prenesli v prejemniške celice, pri čemer so natančneje preučili dva seva ''Mycoplasma''. Prvi sev je vključeval delecijo 91 genov <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">(</ins>~ 10 % genoma<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">)</ins>, drugi sev pa je vseboval delecijo sedmih regij od skupaj osmih, kar predstavlja zapise zaporedij 84 genov. Glede na spremembe stopnje rasti so ugotovili interakcije med 91 geni. Kljub napovedanim učinkom delecij na metabolizem sladkorjev, proteom in stopnjo rasti, sprememb ni bilo moč opaziti pri sedmih sevih. Rezultati potrjujejo, da se zmanjšan genom lahko prilagodi glede na manjkajoče gene in omogoči preživetje organizmu. Predvidevajo, da bi bila metoda učinkovita tudi pri reorganizaciji večjih genomov, ki jih še lahko kloniramo v kvasovki, saj slednje olajšajo oblikovanje genomov mikrobov, pa tudi genomskih fragmentov za genetski inženiring višjih evkariontov <ref name="ref9">Suzuki Y, Assad-Garcia N, Kostylev M, Noskov VN, Wise KS, Karas BJ in sod. Bacterial genome reduction using the progressive clustering of deletions via yeast sexual cycling. ''Genome Research''. 2015; 25(3): 435-44</ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==»Pisanje« DNA: inženiring bioloških sistemov==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==»Pisanje« DNA: inženiring bioloških sistemov==</div></td></tr>
</table>Dasahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11094&oldid=prevDasa at 06:20, 4 January 20162016-01-04T06:20:51Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 06:20, 4 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l1">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Definicija »življenja«==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Definicija »življenja«==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Raziskovalci si že stoletja prizadevajo oblikovati definicijo življenja. Kljub poznavanju zgradbe celice ne razumemo popolnoma vseh elementov, ki omogočajo življenje organizmov <ref name="ref1">Defining life. ''Astrobiology Magazine – exploring the solar system and beyond''. 19. 6. 2002 [citirano 3. 1. 2016] http://www.astrobio.net/news-exclusive/defining-life/</ref>. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Raziskovalci si že stoletja prizadevajo oblikovati definicijo življenja. Kljub poznavanju zgradbe celice ne razumemo popolnoma vseh elementov, ki omogočajo življenje organizmov <ref name="ref1">Defining life. ''Astrobiology Magazine – exploring the solar system and beyond''. 19. 6. 2002 [citirano 3. 1. 2016] http://www.astrobio.net/news-exclusive/defining-life/</ref>. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Z razvojem »-omik« smo korak bliže k razumevanju življenja, saj omogočajo preučevanje biološke raznovrstnosti organizmov ter interakcij med njimi. Biološke procese organizmov, tudi tistih z majhnimi genomi, težko preučujemo, kaj šele da bi jih dodobra razumeli. S sintezno biologijo ne bi samo lažje razumeli življenja organizmov, temveč bi pridobili tudi znanje kako se boriti proti patogenim organizmom. Prav pri slednjih je namreč ključnega pomena razumevanje izražanje genov ter dejavnikov, ki vplivajo na razvoj virulence <ref name="ref7">Padilla-Vaca<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </del>F<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">.</del>, Anaya-Velazquez<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </del>F<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">. </del>in Franco<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </del>B<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">. </del>Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. ''International Microbiology'', 2015; 18:71-81</ref>. </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Z razvojem »-omik« smo korak bliže k razumevanju življenja, saj omogočajo preučevanje biološke raznovrstnosti organizmov ter interakcij med njimi. Biološke procese organizmov, tudi tistih z majhnimi genomi, težko preučujemo, kaj šele da bi jih dodobra razumeli. S sintezno biologijo ne bi samo lažje razumeli življenja organizmov, temveč bi pridobili tudi znanje kako se boriti proti patogenim organizmom. Prav pri slednjih je namreč ključnega pomena razumevanje izražanje genov ter dejavnikov, ki vplivajo na razvoj virulence <ref name="ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. ''International Microbiology'', 2015; 18:71-81</ref>. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==»Branje« DNA==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==»Branje« DNA==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Odkritje strukture DNA je zelo pripomoglo k razumevanju osnov dedovanja. Odkritje botruje razvoju molekularne genetike, s katero je moč preučevati strukturo in funkcijo genov, molekularne osnove razvoja organizmov ter razvoj bolezni, kar pa je navsezadnje pripeljalo do razvoja sodobne biotehnologije in genetskega inženirstva. Strmenje k razumevanju strukture DNA je vodilo k razvoju metod sekvenciranja zaporedij, ki so danes ključno orodje za odkrivanje novih vrst, sledenju evolucije in taksonomske opredelitve. Številne DNA tehnologije, vključno s kloniranjem, verižno reakcijo s polimerazo (PCR), sekvenciranjem, sekvenciranje naslednje generacije (angl. ''next-generation sequencing'', NGS) in nenazadnje sintezna biologija omogočajo poglobljeno preučevanje organizmov <ref name="ref7">Padilla-Vaca<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </del>F<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">.</del>, Anaya-Velazquez F<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">. </del>in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. ''International Microbiology'', 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Odkritje strukture DNA je zelo pripomoglo k razumevanju osnov dedovanja. Odkritje botruje razvoju molekularne genetike, s katero je moč preučevati strukturo in funkcijo genov, molekularne osnove razvoja organizmov ter razvoj bolezni, kar pa je navsezadnje pripeljalo do razvoja sodobne biotehnologije in genetskega inženirstva. Strmenje k razumevanju strukture DNA je vodilo k razvoju metod sekvenciranja zaporedij, ki so danes ključno orodje za odkrivanje novih vrst, sledenju evolucije in taksonomske opredelitve. Številne DNA tehnologije, vključno s kloniranjem, verižno reakcijo s polimerazo (PCR), sekvenciranjem, sekvenciranje naslednje generacije (angl. ''next-generation sequencing'', NGS) in nenazadnje sintezna biologija omogočajo poglobljeno preučevanje organizmov <ref name="ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. ''International Microbiology'', 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Metode za analizo genomov omogočajo preučevanje strukture genov ter njihovo detekcijo v različnih organizmih. Žal te metode ne omogočajo preučevanja funkcije genov in proteinskih omrežij. Kljub tovrstnim pomanjkljivostim so te temeljna orodja sintezne biologije <ref name="ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. ''International Microbiology'', 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Metode za analizo genomov omogočajo preučevanje strukture genov ter njihovo detekcijo v različnih organizmih. Žal te metode ne omogočajo preučevanja funkcije genov in proteinskih omrežij. Kljub tovrstnim pomanjkljivostim so te temeljna orodja sintezne biologije <ref name="ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. ''International Microbiology'', 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Leta 1995 smo dobili zaporedje prvega v celoti sekvenciranega genoma, virusa ''Haemophilus influenza'', ki je pomemben človeški patogen. Nato sta leta 1997 sledili objavi zaporedij genoma dveh ključnih modelnih organizmov, ''E. coli'' in ''S. cerevisiae''. Tako danes poznamo zaporedja genomov 58 150 različnih organizmov. Poleg tega imamo v podatkovni bazi GenBank na voljo informacije o ~320 000 opisanih vrstah, v obliki označenih izraženih zaporedij (angl. ''expressed sequence tags'', EST), genomskih zaporedij (angl. ''genome survey sequences'', GSS) in zaporedij, pridobljenih z metodo hitrega pristopa celotnega genoma (angl. ''whole-genome shotgun sequence'', WGS), ki so osnova za študije na modelnih organizmih <ref name="ref2">Growth of GenBank and WGS. ''The National Center for Biotechnology Information''. December 2015 [citirano 3. 1. 2016] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics</ref>. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Leta 1995 smo dobili zaporedje prvega v celoti sekvenciranega genoma, virusa ''Haemophilus influenza'', ki je pomemben človeški patogen. Nato sta leta 1997 sledili objavi zaporedij genoma dveh ključnih modelnih organizmov, ''E. coli'' in ''S. cerevisiae''. Tako danes poznamo zaporedja genomov 58 150 različnih organizmov. Poleg tega imamo v podatkovni bazi GenBank na voljo informacije o ~320 000 opisanih vrstah, v obliki označenih izraženih zaporedij (angl. ''expressed sequence tags'', EST), genomskih zaporedij (angl. ''genome survey sequences'', GSS) in zaporedij, pridobljenih z metodo hitrega pristopa celotnega genoma (angl. ''whole-genome shotgun sequence'', WGS), ki so osnova za študije na modelnih organizmih <ref name="ref2">Growth of GenBank and WGS. ''The National Center for Biotechnology Information''. December 2015 [citirano 3. 1. 2016] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics</ref>. </div></td></tr>
</table>Dasahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11093&oldid=prevDasa at 06:17, 4 January 20162016-01-04T06:17:00Z<p></p>
<a href="https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11093&oldid=11092">Show changes</a>Dasahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11092&oldid=prevDasa at 06:12, 4 January 20162016-01-04T06:12:35Z<p></p>
<a href="https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11092&oldid=11091">Show changes</a>Dasahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11091&oldid=prevDasa at 06:07, 4 January 20162016-01-04T06:07:06Z<p></p>
<a href="https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11091&oldid=11090">Show changes</a>Dasahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11090&oldid=prevDasa at 06:02, 4 January 20162016-01-04T06:02:53Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 06:02, 4 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l1">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Definicija »življenja«==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Definicija »življenja«==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Raziskovalci si že stoletja prizadevajo oblikovati definicijo življenja. Kljub poznavanju zgradbe celice ne razumemo popolnoma vseh elementov, ki omogočajo življenje organizmov <ref name="ref1">Defining life. Astrobiology Magazine – exploring the solar system and beyond. 19. 6. 2002 [citirano 3. 1. 2016] http://www.astrobio.net/news-exclusive/defining-life/</ref>. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Raziskovalci si že stoletja prizadevajo oblikovati definicijo življenja. Kljub poznavanju zgradbe celice ne razumemo popolnoma vseh elementov, ki omogočajo življenje organizmov <ref name="ref1">Defining life. Astrobiology Magazine – exploring the solar system and beyond. 19. 6. 2002 [citirano 3. 1. 2016] http://www.astrobio.net/news-exclusive/defining-life/</ref>. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Z razvojem »-omik« smo korak bliže k razumevanju življenja, saj omogočajo preučevanje biološke raznovrstnosti organizmov ter interakcij med njimi. Biološke procese organizmov, tudi tistih z majhnimi genomi, težko preučujemo, kaj šele da bi jih dodobra razumeli. S sintezno biologijo ne bi samo lažje razumeli življenja organizmov, temveč bi pridobili tudi znanje kako se boriti proti patogenim organizmom. Prav pri slednjih je namreč ključnega pomena razumevanje izražanje genov ter dejavnikov, ki vplivajo na razvoj virulence <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">; </del>18: 71-81.</ref>. </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Z razvojem »-omik« smo korak bliže k razumevanju življenja, saj omogočajo preučevanje biološke raznovrstnosti organizmov ter interakcij med njimi. Biološke procese organizmov, tudi tistih z majhnimi genomi, težko preučujemo, kaj šele da bi jih dodobra razumeli. S sintezno biologijo ne bi samo lažje razumeli življenja organizmov, temveč bi pridobili tudi znanje kako se boriti proti patogenim organizmom. Prav pri slednjih je namreč ključnega pomena razumevanje izražanje genov ter dejavnikov, ki vplivajo na razvoj virulence <ref =name"ref7">Padilla-Vaca<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </ins>F<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">.</ins>, Anaya-Velazquez<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </ins>F<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">. </ins>in Franco<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </ins>B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </ins>18:71-81.</ref>. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==»Branje« DNA==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==»Branje« DNA==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Odkritje strukture DNA je zelo pripomoglo k razumevanju osnov dedovanja. Odkritje botruje razvoju molekularne genetike, s katero je moč preučevati strukturo in funkcijo genov, molekularne osnove razvoja organizmov ter razvoj bolezni, kar pa je navsezadnje pripeljalo do razvoja sodobne biotehnologije in genetskega inženirstva. Strmenje k razumevanju strukture DNA je vodilo k razvoju metod sekvenciranja zaporedij, ki so danes ključno orodje za odkrivanje novih vrst, sledenju evolucije in taksonomske opredelitve. Številne DNA tehnologije, vključno s kloniranjem, verižno reakcijo s polimerazo (PCR), sekvenciranjem, sekvenciranje naslednje generacije (angl. ''next-generation sequencing'', NGS) in nenazadnje sintezna biologija omogočajo poglobljeno preučevanje organizmov <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">18: </del>71-81.</ref>.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Odkritje strukture DNA je zelo pripomoglo k razumevanju osnov dedovanja. Odkritje botruje razvoju molekularne genetike, s katero je moč preučevati strukturo in funkcijo genov, molekularne osnove razvoja organizmov ter razvoj bolezni, kar pa je navsezadnje pripeljalo do razvoja sodobne biotehnologije in genetskega inženirstva. Strmenje k razumevanju strukture DNA je vodilo k razvoju metod sekvenciranja zaporedij, ki so danes ključno orodje za odkrivanje novih vrst, sledenju evolucije in taksonomske opredelitve. Številne DNA tehnologije, vključno s kloniranjem, verižno reakcijo s polimerazo (PCR), sekvenciranjem, sekvenciranje naslednje generacije (angl. ''next-generation sequencing'', NGS) in nenazadnje sintezna biologija omogočajo poglobljeno preučevanje organizmov <ref =name"ref7">Padilla-Vaca<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </ins>F<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">.</ins>, Anaya-Velazquez F<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">. </ins>in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, 18</ins>; 71-81.</ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Metode za analizo genomov omogočajo preučevanje strukture genov ter njihovo detekcijo v različnih organizmih. Žal te metode ne omogočajo preučevanja funkcije genov in proteinskih omrežij. Kljub tovrstnim pomanjkljivostim so te temeljna orodja sintezne biologije <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Metode za analizo genomov omogočajo preučevanje strukture genov ter njihovo detekcijo v različnih organizmih. Žal te metode ne omogočajo preučevanja funkcije genov in proteinskih omrežij. Kljub tovrstnim pomanjkljivostim so te temeljna orodja sintezne biologije <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Leta 1995 smo dobili zaporedje prvega v celoti sekvenciranega genoma, virusa ''Haemophilus influenza'', ki je pomemben človeški patogen. Nato sta leta 1997 sledili objavi zaporedij genoma dveh ključnih modelnih organizmov, ''E. coli'' in ''S. cerevisiae''. Tako danes poznamo zaporedja genomov 58 150 različnih organizmov. Poleg tega imamo v podatkovni bazi GenBank na voljo informacije o ~320 000 opisanih vrstah, v obliki označenih izraženih zaporedij (angl. ''expressed sequence tags'', EST), genomskih zaporedij (angl. ''genome survey sequences'', GSS) in zaporedij, pridobljenih z metodo hitrega pristopa celotnega genoma (angl. ''whole-genome shotgun sequence'', WGS), ki so osnova za študije na modelnih organizmih <ref name="ref2">Growth of GenBank and WGS. The National Center for Biotechnology Information. December 2015 [citirano 3. 1. 2016] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics</ref>. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Leta 1995 smo dobili zaporedje prvega v celoti sekvenciranega genoma, virusa ''Haemophilus influenza'', ki je pomemben človeški patogen. Nato sta leta 1997 sledili objavi zaporedij genoma dveh ključnih modelnih organizmov, ''E. coli'' in ''S. cerevisiae''. Tako danes poznamo zaporedja genomov 58 150 različnih organizmov. Poleg tega imamo v podatkovni bazi GenBank na voljo informacije o ~320 000 opisanih vrstah, v obliki označenih izraženih zaporedij (angl. ''expressed sequence tags'', EST), genomskih zaporedij (angl. ''genome survey sequences'', GSS) in zaporedij, pridobljenih z metodo hitrega pristopa celotnega genoma (angl. ''whole-genome shotgun sequence'', WGS), ki so osnova za študije na modelnih organizmih <ref name="ref2">Growth of GenBank and WGS. The National Center for Biotechnology Information. December 2015 [citirano 3. 1. 2016] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics</ref>. </div></td></tr>
</table>Dasahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11089&oldid=prevDasa at 05:59, 4 January 20162016-01-04T05:59:46Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 05:59, 4 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l1">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Definicija »življenja«==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Definicija »življenja«==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Raziskovalci si že stoletja prizadevajo oblikovati definicijo življenja. Kljub poznavanju zgradbe celice ne razumemo popolnoma vseh elementov, ki omogočajo življenje organizmov <ref name="ref1">Defining life. Astrobiology Magazine – exploring the solar system and beyond. 19. 6. 2002 [citirano 3. 1. 2016] http://www.astrobio.net/news-exclusive/defining-life/</ref>. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Raziskovalci si že stoletja prizadevajo oblikovati definicijo življenja. Kljub poznavanju zgradbe celice ne razumemo popolnoma vseh elementov, ki omogočajo življenje organizmov <ref name="ref1">Defining life. Astrobiology Magazine – exploring the solar system and beyond. 19. 6. 2002 [citirano 3. 1. 2016] http://www.astrobio.net/news-exclusive/defining-life/</ref>. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Z razvojem »-omik« smo korak bliže k razumevanju življenja, saj omogočajo preučevanje biološke raznovrstnosti organizmov ter interakcij med njimi. Biološke procese organizmov, tudi tistih z majhnimi genomi, težko preučujemo, kaj šele da bi jih dodobra razumeli. S sintezno biologijo ne bi samo lažje razumeli življenja organizmov, temveč bi pridobili tudi znanje kako se boriti proti patogenim organizmom. Prav pri slednjih je namreč ključnega pomena razumevanje izražanje genov ter dejavnikov, ki vplivajo na razvoj virulence <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>. </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Z razvojem »-omik« smo korak bliže k razumevanju življenja, saj omogočajo preučevanje biološke raznovrstnosti organizmov ter interakcij med njimi. Biološke procese organizmov, tudi tistih z majhnimi genomi, težko preučujemo, kaj šele da bi jih dodobra razumeli. S sintezno biologijo ne bi samo lažje razumeli življenja organizmov, temveč bi pridobili tudi znanje kako se boriti proti patogenim organizmom. Prav pri slednjih je namreč ključnega pomena razumevanje izražanje genov ter dejavnikov, ki vplivajo na razvoj virulence <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">.</ins></ref>. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==»Branje« DNA==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==»Branje« DNA==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Odkritje strukture DNA je zelo pripomoglo k razumevanju osnov dedovanja. Odkritje botruje razvoju molekularne genetike, s katero je moč preučevati strukturo in funkcijo genov, molekularne osnove razvoja organizmov ter razvoj bolezni, kar pa je navsezadnje pripeljalo do razvoja sodobne biotehnologije in genetskega inženirstva. Strmenje k razumevanju strukture DNA je vodilo k razvoju metod sekvenciranja zaporedij, ki so danes ključno orodje za odkrivanje novih vrst, sledenju evolucije in taksonomske opredelitve. Številne DNA tehnologije, vključno s kloniranjem, verižno reakcijo s polimerazo (PCR), sekvenciranjem, sekvenciranje naslednje generacije (angl. ''next-generation sequencing'', NGS) in nenazadnje sintezna biologija omogočajo poglobljeno preučevanje organizmov <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Odkritje strukture DNA je zelo pripomoglo k razumevanju osnov dedovanja. Odkritje botruje razvoju molekularne genetike, s katero je moč preučevati strukturo in funkcijo genov, molekularne osnove razvoja organizmov ter razvoj bolezni, kar pa je navsezadnje pripeljalo do razvoja sodobne biotehnologije in genetskega inženirstva. Strmenje k razumevanju strukture DNA je vodilo k razvoju metod sekvenciranja zaporedij, ki so danes ključno orodje za odkrivanje novih vrst, sledenju evolucije in taksonomske opredelitve. Številne DNA tehnologije, vključno s kloniranjem, verižno reakcijo s polimerazo (PCR), sekvenciranjem, sekvenciranje naslednje generacije (angl. ''next-generation sequencing'', NGS) in nenazadnje sintezna biologija omogočajo poglobljeno preučevanje organizmov <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">.</ins></ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Metode za analizo genomov omogočajo preučevanje strukture genov ter njihovo detekcijo v različnih organizmih. Žal te metode ne omogočajo preučevanja funkcije genov in proteinskih omrežij. Kljub tovrstnim pomanjkljivostim so te temeljna orodja sintezne biologije <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Metode za analizo genomov omogočajo preučevanje strukture genov ter njihovo detekcijo v različnih organizmih. Žal te metode ne omogočajo preučevanja funkcije genov in proteinskih omrežij. Kljub tovrstnim pomanjkljivostim so te temeljna orodja sintezne biologije <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Leta 1995 smo dobili zaporedje prvega v celoti sekvenciranega genoma, virusa ''Haemophilus influenza'', ki je pomemben človeški patogen. Nato sta leta 1997 sledili objavi zaporedij genoma dveh ključnih modelnih organizmov, ''E. coli'' in ''S. cerevisiae''. Tako danes poznamo zaporedja genomov 58 150 različnih organizmov. Poleg tega imamo v podatkovni bazi GenBank na voljo informacije o ~320 000 opisanih vrstah, v obliki označenih izraženih zaporedij (angl. ''expressed sequence tags'', EST), genomskih zaporedij (angl. ''genome survey sequences'', GSS) in zaporedij, pridobljenih z metodo hitrega pristopa celotnega genoma (angl. ''whole-genome shotgun sequence'', WGS), ki so osnova za študije na modelnih organizmih <ref name="ref2">Growth of GenBank and WGS. The National Center for Biotechnology Information. December 2015 [citirano 3. 1. 2016] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics</ref>. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Leta 1995 smo dobili zaporedje prvega v celoti sekvenciranega genoma, virusa ''Haemophilus influenza'', ki je pomemben človeški patogen. Nato sta leta 1997 sledili objavi zaporedij genoma dveh ključnih modelnih organizmov, ''E. coli'' in ''S. cerevisiae''. Tako danes poznamo zaporedja genomov 58 150 različnih organizmov. Poleg tega imamo v podatkovni bazi GenBank na voljo informacije o ~320 000 opisanih vrstah, v obliki označenih izraženih zaporedij (angl. ''expressed sequence tags'', EST), genomskih zaporedij (angl. ''genome survey sequences'', GSS) in zaporedij, pridobljenih z metodo hitrega pristopa celotnega genoma (angl. ''whole-genome shotgun sequence'', WGS), ki so osnova za študije na modelnih organizmih <ref name="ref2">Growth of GenBank and WGS. The National Center for Biotechnology Information. December 2015 [citirano 3. 1. 2016] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics</ref>. </div></td></tr>
</table>Dasahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11088&oldid=prevDasa at 05:56, 4 January 20162016-01-04T05:56:12Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 05:56, 4 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l6">Line 6:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 6:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Odkritje strukture DNA je zelo pripomoglo k razumevanju osnov dedovanja. Odkritje botruje razvoju molekularne genetike, s katero je moč preučevati strukturo in funkcijo genov, molekularne osnove razvoja organizmov ter razvoj bolezni, kar pa je navsezadnje pripeljalo do razvoja sodobne biotehnologije in genetskega inženirstva. Strmenje k razumevanju strukture DNA je vodilo k razvoju metod sekvenciranja zaporedij, ki so danes ključno orodje za odkrivanje novih vrst, sledenju evolucije in taksonomske opredelitve. Številne DNA tehnologije, vključno s kloniranjem, verižno reakcijo s polimerazo (PCR), sekvenciranjem, sekvenciranje naslednje generacije (angl. ''next-generation sequencing'', NGS) in nenazadnje sintezna biologija omogočajo poglobljeno preučevanje organizmov <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Odkritje strukture DNA je zelo pripomoglo k razumevanju osnov dedovanja. Odkritje botruje razvoju molekularne genetike, s katero je moč preučevati strukturo in funkcijo genov, molekularne osnove razvoja organizmov ter razvoj bolezni, kar pa je navsezadnje pripeljalo do razvoja sodobne biotehnologije in genetskega inženirstva. Strmenje k razumevanju strukture DNA je vodilo k razvoju metod sekvenciranja zaporedij, ki so danes ključno orodje za odkrivanje novih vrst, sledenju evolucije in taksonomske opredelitve. Številne DNA tehnologije, vključno s kloniranjem, verižno reakcijo s polimerazo (PCR), sekvenciranjem, sekvenciranje naslednje generacije (angl. ''next-generation sequencing'', NGS) in nenazadnje sintezna biologija omogočajo poglobljeno preučevanje organizmov <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Metode za analizo genomov omogočajo preučevanje strukture genov ter njihovo detekcijo v različnih organizmih. Žal te metode ne omogočajo preučevanja funkcije genov in proteinskih omrežij. Kljub tovrstnim pomanjkljivostim so te temeljna orodja sintezne biologije <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Metode za analizo genomov omogočajo preučevanje strukture genov ter njihovo detekcijo v različnih organizmih. Žal te metode ne omogočajo preučevanja funkcije genov in proteinskih omrežij. Kljub tovrstnim pomanjkljivostim so te temeljna orodja sintezne biologije <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Leta 1995 smo dobili zaporedje prvega v celoti sekvenciranega genoma, virusa Haemophilus influenza, ki je pomemben človeški patogen. Nato sta leta 1997 sledili objavi zaporedij genoma dveh ključnih modelnih organizmov, ''E. coli'' in ''S. cerevisiae''. Tako danes poznamo zaporedja genomov 58 150 različnih organizmov. Poleg tega imamo v podatkovni bazi GenBank na voljo informacije o ~320 000 opisanih vrstah, v obliki označenih izraženih zaporedij (angl. ''expressed sequence tags'', EST), genomskih zaporedij (angl. ''genome survey sequences'', GSS) in zaporedij, pridobljenih z metodo hitrega pristopa celotnega genoma (angl. ''whole-genome shotgun sequence'', WGS), ki so osnova za študije na modelnih organizmih <ref name="ref2">Growth of GenBank and WGS. The National Center for Biotechnology Information. December 2015 [citirano 3. 1. 2016] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics</ref>. </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Leta 1995 smo dobili zaporedje prvega v celoti sekvenciranega genoma, virusa <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>Haemophilus influenza<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>, ki je pomemben človeški patogen. Nato sta leta 1997 sledili objavi zaporedij genoma dveh ključnih modelnih organizmov, ''E. coli'' in ''S. cerevisiae''. Tako danes poznamo zaporedja genomov 58 150 različnih organizmov. Poleg tega imamo v podatkovni bazi GenBank na voljo informacije o ~320 000 opisanih vrstah, v obliki označenih izraženih zaporedij (angl. ''expressed sequence tags'', EST), genomskih zaporedij (angl. ''genome survey sequences'', GSS) in zaporedij, pridobljenih z metodo hitrega pristopa celotnega genoma (angl. ''whole-genome shotgun sequence'', WGS), ki so osnova za študije na modelnih organizmih <ref name="ref2">Growth of GenBank and WGS. The National Center for Biotechnology Information. December 2015 [citirano 3. 1. 2016] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics</ref>. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Čeprav pri preučevanju mikroorganizmov v večini še vedno izhajamo iz klasičnih mikrobioloških metod, nam novejše tehnologije, kakršna je metagenomika, omogočajo hkratno identifikacijo različnih mikrobnih populacij znotraj enega vzorca, pa tudi analizo dinamike med njimi. Te metode so pripomogle tudi k hitrejši identifikaciji virulenčnih genov <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Čeprav pri preučevanju mikroorganizmov v večini še vedno izhajamo iz klasičnih mikrobioloških metod, nam novejše tehnologije, kakršna je metagenomika, omogočajo hkratno identifikacijo različnih mikrobnih populacij znotraj enega vzorca, pa tudi analizo dinamike med njimi. Te metode so pripomogle tudi k hitrejši identifikaciji virulenčnih genov <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>Dasahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11087&oldid=prevDasa at 05:54, 4 January 20162016-01-04T05:54:39Z<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 05:54, 4 January 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l6">Line 6:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 6:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Odkritje strukture DNA je zelo pripomoglo k razumevanju osnov dedovanja. Odkritje botruje razvoju molekularne genetike, s katero je moč preučevati strukturo in funkcijo genov, molekularne osnove razvoja organizmov ter razvoj bolezni, kar pa je navsezadnje pripeljalo do razvoja sodobne biotehnologije in genetskega inženirstva. Strmenje k razumevanju strukture DNA je vodilo k razvoju metod sekvenciranja zaporedij, ki so danes ključno orodje za odkrivanje novih vrst, sledenju evolucije in taksonomske opredelitve. Številne DNA tehnologije, vključno s kloniranjem, verižno reakcijo s polimerazo (PCR), sekvenciranjem, sekvenciranje naslednje generacije (angl. ''next-generation sequencing'', NGS) in nenazadnje sintezna biologija omogočajo poglobljeno preučevanje organizmov <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Odkritje strukture DNA je zelo pripomoglo k razumevanju osnov dedovanja. Odkritje botruje razvoju molekularne genetike, s katero je moč preučevati strukturo in funkcijo genov, molekularne osnove razvoja organizmov ter razvoj bolezni, kar pa je navsezadnje pripeljalo do razvoja sodobne biotehnologije in genetskega inženirstva. Strmenje k razumevanju strukture DNA je vodilo k razvoju metod sekvenciranja zaporedij, ki so danes ključno orodje za odkrivanje novih vrst, sledenju evolucije in taksonomske opredelitve. Številne DNA tehnologije, vključno s kloniranjem, verižno reakcijo s polimerazo (PCR), sekvenciranjem, sekvenciranje naslednje generacije (angl. ''next-generation sequencing'', NGS) in nenazadnje sintezna biologija omogočajo poglobljeno preučevanje organizmov <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Metode za analizo genomov omogočajo preučevanje strukture genov ter njihovo detekcijo v različnih organizmih. Žal te metode ne omogočajo preučevanja funkcije genov in proteinskih omrežij. Kljub tovrstnim pomanjkljivostim so te temeljna orodja sintezne biologije <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Metode za analizo genomov omogočajo preučevanje strukture genov ter njihovo detekcijo v različnih organizmih. Žal te metode ne omogočajo preučevanja funkcije genov in proteinskih omrežij. Kljub tovrstnim pomanjkljivostim so te temeljna orodja sintezne biologije <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Leta 1995 smo dobili zaporedje prvega v celoti sekvenciranega genoma, virusa Haemophilus influenza, ki je pomemben človeški patogen. Nato sta leta 1997 sledili objavi zaporedij genoma dveh ključnih modelnih organizmov, E. coli in S. cerevisiae. Tako danes poznamo zaporedja genomov 58 150 različnih organizmov. Poleg tega imamo v podatkovni bazi GenBank na voljo informacije o ~320 000 opisanih vrstah, v obliki označenih izraženih zaporedij (angl. ''expressed sequence tags'', EST), genomskih zaporedij (angl. ''genome survey sequences'', GSS) in zaporedij, pridobljenih z metodo hitrega pristopa celotnega genoma (angl. ''whole-genome shotgun sequence'', WGS), ki so osnova za študije na modelnih organizmih <ref name="ref2">Growth of GenBank and WGS. The National Center for Biotechnology Information. December 2015 [citirano 3. 1. 2016] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics</ref>. </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Leta 1995 smo dobili zaporedje prvega v celoti sekvenciranega genoma, virusa Haemophilus influenza, ki je pomemben človeški patogen. Nato sta leta 1997 sledili objavi zaporedij genoma dveh ključnih modelnih organizmov, <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>E. coli<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </ins>in <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>S. cerevisiae<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>. Tako danes poznamo zaporedja genomov 58 150 različnih organizmov. Poleg tega imamo v podatkovni bazi GenBank na voljo informacije o ~320 000 opisanih vrstah, v obliki označenih izraženih zaporedij (angl. ''expressed sequence tags'', EST), genomskih zaporedij (angl. ''genome survey sequences'', GSS) in zaporedij, pridobljenih z metodo hitrega pristopa celotnega genoma (angl. ''whole-genome shotgun sequence'', WGS), ki so osnova za študije na modelnih organizmih <ref name="ref2">Growth of GenBank and WGS. The National Center for Biotechnology Information. December 2015 [citirano 3. 1. 2016] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics</ref>. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Čeprav pri preučevanju mikroorganizmov v večini še vedno izhajamo iz klasičnih mikrobioloških metod, nam novejše tehnologije, kakršna je metagenomika, omogočajo hkratno identifikacijo različnih mikrobnih populacij znotraj enega vzorca, pa tudi analizo dinamike med njimi. Te metode so pripomogle tudi k hitrejši identifikaciji virulenčnih genov <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Čeprav pri preučevanju mikroorganizmov v večini še vedno izhajamo iz klasičnih mikrobioloških metod, nam novejše tehnologije, kakršna je metagenomika, omogočajo hkratno identifikacijo različnih mikrobnih populacij znotraj enega vzorca, pa tudi analizo dinamike med njimi. Te metode so pripomogle tudi k hitrejši identifikaciji virulenčnih genov <ref =name"ref7">Padilla-Vaca F, Anaya-Velazquez F in Franco B. Synthetic biology: Novel approaches for microbiology. International Microbiology, 2015; 18: 71-81</ref>. </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>Dasahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11086&oldid=prevDasa at 05:53, 4 January 20162016-01-04T05:53:51Z<p></p>
<a href="https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezno_biolo%C5%A1ki_pristopi_v_mikrobiologiji&diff=11086&oldid=11085">Show changes</a>Dasa