https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Struktura_in_mehanizem_restriktaz_tipa_II&feed=atom&action=historyStruktura in mehanizem restriktaz tipa II - Revision history2024-03-28T16:31:31ZRevision history for this page on the wikiMediaWiki 1.39.3https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Struktura_in_mehanizem_restriktaz_tipa_II&diff=15582&oldid=prevMeta Kodrič: /* Struktura */2019-04-14T09:20:53Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Struktura</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 09:20, 14 April 2019</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l28">Line 28:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 28:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">-</del>D/<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">EXK</del>, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze in endonukleaze ''Mut''H, ''Rec''B, VSR ter T7I. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom, zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">...</ins>D/<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">ExK</ins>, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze in endonukleaze ''Mut''H, ''Rec''B, VSR ter T7I. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom, zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg naddružine fosfodiesteraz s katalitskim mestom PD...D/ExK spadajo nekatere restriktaze tipa II tudi med fosfodiesteraze, ki za katalitsko cepitev ne potrebujejo Mg<sup>2+</sup>. Bioinformatika pa nakazuje, da naj bi obstajale še restriktaze sorodne H-N-H in GIY-YIG sledilnim endonukleazam, ki so aktivne v prisotnosti Ca<sup>2+</sup>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg naddružine fosfodiesteraz s katalitskim mestom PD...D/ExK spadajo nekatere restriktaze tipa II tudi med fosfodiesteraze, ki za katalitsko cepitev ne potrebujejo Mg<sup>2+</sup>. Bioinformatika pa nakazuje, da naj bi obstajale še restriktaze sorodne H-N-H in GIY-YIG sledilnim endonukleazam, ki so aktivne v prisotnosti Ca<sup>2+</sup>.</div></td></tr>
</table>Meta Kodričhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Struktura_in_mehanizem_restriktaz_tipa_II&diff=15571&oldid=prevBarbara Jaklič: /* Struktura */2019-04-14T08:09:23Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Struktura</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 08:09, 14 April 2019</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l28">Line 28:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 28:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD-D/EXK, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze in endonukleaze <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">MutH</del>, <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">RecB</del>, VSR ter T7I. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom, zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD-D/EXK, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze in endonukleaze <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''Mut''H</ins>, <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''Rec''B</ins>, VSR ter T7I. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom, zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg naddružine fosfodiesteraz s katalitskim mestom PD...D/ExK spadajo nekatere restriktaze tipa II tudi med fosfodiesteraze, ki za katalitsko cepitev ne potrebujejo Mg<sup>2+</sup>. Bioinformatika pa nakazuje, da naj bi obstajale še restriktaze sorodne H-N-H in GIY-YIG sledilnim endonukleazam, ki so aktivne v prisotnosti Ca<sup>2+</sup>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg naddružine fosfodiesteraz s katalitskim mestom PD...D/ExK spadajo nekatere restriktaze tipa II tudi med fosfodiesteraze, ki za katalitsko cepitev ne potrebujejo Mg<sup>2+</sup>. Bioinformatika pa nakazuje, da naj bi obstajale še restriktaze sorodne H-N-H in GIY-YIG sledilnim endonukleazam, ki so aktivne v prisotnosti Ca<sup>2+</sup>.</div></td></tr>
</table>Barbara Jakličhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Struktura_in_mehanizem_restriktaz_tipa_II&diff=15567&oldid=prevBarbara Jaklič: /* Struktura */2019-04-14T08:00:14Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Struktura</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 08:00, 14 April 2019</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l28">Line 28:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 28:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD-D/EXK, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze in endonukleaze MutH, RecB, VSR ter <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">T7</del>. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom, zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD-D/EXK, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze in endonukleaze MutH, RecB, VSR ter <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">T7I</ins>. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom, zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg naddružine fosfodiesteraz s katalitskim mestom PD...D/ExK spadajo nekatere restriktaze tipa II tudi med fosfodiesteraze, ki za katalitsko cepitev ne potrebujejo Mg<sup>2+</sup>. Bioinformatika pa nakazuje, da naj bi obstajale še restriktaze sorodne H-N-H in GIY-YIG sledilnim endonukleazam, ki so aktivne v prisotnosti Ca<sup>2+</sup>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg naddružine fosfodiesteraz s katalitskim mestom PD...D/ExK spadajo nekatere restriktaze tipa II tudi med fosfodiesteraze, ki za katalitsko cepitev ne potrebujejo Mg<sup>2+</sup>. Bioinformatika pa nakazuje, da naj bi obstajale še restriktaze sorodne H-N-H in GIY-YIG sledilnim endonukleazam, ki so aktivne v prisotnosti Ca<sup>2+</sup>.</div></td></tr>
</table>Barbara Jakličhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Struktura_in_mehanizem_restriktaz_tipa_II&diff=15566&oldid=prevBarbara Jaklič: /* Struktura */2019-04-14T07:59:43Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Struktura</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 07:59, 14 April 2019</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l28">Line 28:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 28:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD-D/EXK, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </del>MutH, RecB, VSR <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">in </del>T7 <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">nukleaze</del>. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom, zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD-D/EXK, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">in endonukleaze </ins>MutH, RecB, VSR <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">ter </ins>T7. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom, zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg naddružine fosfodiesteraz s katalitskim mestom PD...D/ExK spadajo nekatere restriktaze tipa II tudi med fosfodiesteraze, ki za katalitsko cepitev ne potrebujejo Mg<sup>2+</sup>. Bioinformatika pa nakazuje, da naj bi obstajale še restriktaze sorodne H-N-H in GIY-YIG sledilnim endonukleazam, ki so aktivne v prisotnosti Ca<sup>2+</sup>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg naddružine fosfodiesteraz s katalitskim mestom PD...D/ExK spadajo nekatere restriktaze tipa II tudi med fosfodiesteraze, ki za katalitsko cepitev ne potrebujejo Mg<sup>2+</sup>. Bioinformatika pa nakazuje, da naj bi obstajale še restriktaze sorodne H-N-H in GIY-YIG sledilnim endonukleazam, ki so aktivne v prisotnosti Ca<sup>2+</sup>.</div></td></tr>
</table>Barbara Jakličhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Struktura_in_mehanizem_restriktaz_tipa_II&diff=15565&oldid=prevBarbara Jaklič: /* Struktura */2019-04-14T07:58:33Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Struktura</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 07:58, 14 April 2019</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l28">Line 28:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 28:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD-D/EXK, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze, MutH, RecB <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">endonukleaze</del>, VSR <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">endonukleaze </del>in T7 <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">nukleazo I</del>. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom, zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD-D/EXK, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze, MutH, RecB, VSR in T7 <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">nukleaze</ins>. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom, zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg naddružine fosfodiesteraz s katalitskim mestom PD...D/ExK spadajo nekatere restriktaze tipa II tudi med fosfodiesteraze, ki za katalitsko cepitev ne potrebujejo Mg<sup>2+</sup>. Bioinformatika pa nakazuje, da naj bi obstajale še restriktaze sorodne H-N-H in GIY-YIG sledilnim endonukleazam, ki so aktivne v prisotnosti Ca<sup>2+</sup>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg naddružine fosfodiesteraz s katalitskim mestom PD...D/ExK spadajo nekatere restriktaze tipa II tudi med fosfodiesteraze, ki za katalitsko cepitev ne potrebujejo Mg<sup>2+</sup>. Bioinformatika pa nakazuje, da naj bi obstajale še restriktaze sorodne H-N-H in GIY-YIG sledilnim endonukleazam, ki so aktivne v prisotnosti Ca<sup>2+</sup>.</div></td></tr>
</table>Barbara Jakličhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Struktura_in_mehanizem_restriktaz_tipa_II&diff=15560&oldid=prevMeta Kodrič: /* Viri in literatura */2019-04-14T07:51:12Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Viri in literatura</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 07:51, 14 April 2019</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l45">Line 45:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 45:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Labrie, S. J. ''et. al.'' Bacteriophage resistance mechanisms. ''Nature Reviews Microbiology'', 2010, let. 8, str. 317-327. DOI: https://doi.org/10.1038/nrmicro2315.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Labrie, S. J. ''et. al.'' Bacteriophage resistance mechanisms. ''Nature Reviews Microbiology'', 2010, let. 8, str. 317-327. DOI: https://doi.org/10.1038/nrmicro2315.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud, A., Wilson G. G., Wende W. Type II restriction endonucleases – a historical perspective and more. ''Nucleic Acids Research'', 2014, let. 42 (12), str. 7489–7527. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gku447</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud, A., Wilson<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </ins>G. G., Wende<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </ins>W. Type II restriction endonucleases – a historical perspective and more. ''Nucleic Acids Research'', 2014, let. 42 (12), str. 7489–7527. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gku447</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud, A., Jeltsch A. Structure and function of type II restriction endonucleases. ''Nucleic Acids Research'', 2001, let. 29 (18), str. 3705-3727.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud, A., Jeltsch<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </ins>A. Structure and function of type II restriction endonucleases. ''Nucleic Acids Research'', 2001, let. 29 (18), str. 3705-3727.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud, A., Fuxreiter, M., Pingoud, V. ''et. al.'' Type II restriction endonucleases: structure and mechanism. ''Cellular and Molecular Life Science''s, 2005, let. 62, str. 685-707. DOI: https://doi.org/10.1007/s00018-004-4513-1.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud, A., Fuxreiter, M., Pingoud, V. ''et. al.'' Type II restriction endonucleases: structure and mechanism. ''Cellular and Molecular Life Science''s, 2005, let. 62, str. 685-707. DOI: https://doi.org/10.1007/s00018-004-4513-1.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div></td></tr>
</table>Meta Kodričhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Struktura_in_mehanizem_restriktaz_tipa_II&diff=15559&oldid=prevMeta Kodrič: /* Viri in literatura */2019-04-14T07:50:55Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Viri in literatura</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 07:50, 14 April 2019</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l45">Line 45:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 45:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Labrie, S. J. ''et. al.'' Bacteriophage resistance mechanisms. ''Nature Reviews Microbiology'', 2010, let. 8, str. 317-327. DOI: https://doi.org/10.1038/nrmicro2315.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Labrie, S. J. ''et. al.'' Bacteriophage resistance mechanisms. ''Nature Reviews Microbiology'', 2010, let. 8, str. 317-327. DOI: https://doi.org/10.1038/nrmicro2315.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud A., Wilson G. G., Wende W. Type II restriction endonucleases – a historical perspective and more. ''Nucleic Acids Research'', 2014, let. 42 (12), str. 7489–7527. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gku447</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </ins>A., Wilson G. G., Wende W. Type II restriction endonucleases – a historical perspective and more. ''Nucleic Acids Research'', 2014, let. 42 (12), str. 7489–7527. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gku447</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud A., Jeltsch A. Structure and function of type II restriction endonucleases. ''Nucleic Acids Research'', 2001, let. 29 (18), str. 3705-3727.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </ins>A., Jeltsch A. Structure and function of type II restriction endonucleases. ''Nucleic Acids Research'', 2001, let. 29 (18), str. 3705-3727.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud, A., Fuxreiter, M., Pingoud, V. ''et. al.'' Type II restriction endonucleases: structure and mechanism. ''Cellular and Molecular Life Science''s, 2005, let. 62, str. 685-707. DOI: https://doi.org/10.1007/s00018-004-4513-1.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud, A., Fuxreiter, M., Pingoud, V. ''et. al.'' Type II restriction endonucleases: structure and mechanism. ''Cellular and Molecular Life Science''s, 2005, let. 62, str. 685-707. DOI: https://doi.org/10.1007/s00018-004-4513-1.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div></td></tr>
</table>Meta Kodričhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Struktura_in_mehanizem_restriktaz_tipa_II&diff=15558&oldid=prevBarbara Jaklič: /* Viri in literatura */2019-04-14T07:49:51Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Viri in literatura</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 07:49, 14 April 2019</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l46">Line 46:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 46:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Labrie, S. J. ''et. al.'' Bacteriophage resistance mechanisms. ''Nature Reviews Microbiology'', 2010, let. 8, str. 317-327. DOI: https://doi.org/10.1038/nrmicro2315.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Labrie, S. J. ''et. al.'' Bacteriophage resistance mechanisms. ''Nature Reviews Microbiology'', 2010, let. 8, str. 317-327. DOI: https://doi.org/10.1038/nrmicro2315.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud A., Wilson G. G., Wende W. Type II restriction endonucleases – a historical perspective and more. ''Nucleic Acids Research'', 2014, let. 42 (12), str. 7489–7527. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gku447</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud A., Wilson G. G., Wende W. Type II restriction endonucleases – a historical perspective and more. ''Nucleic Acids Research'', 2014, let. 42 (12), str. 7489–7527. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gku447</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud A., Jeltsch A. Structure and function of type II restriction endonucleases. ''Nucleic Acids Research'', 2001, let. 29 (18), str. 3705-3727<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">. PubMed PMID: 11557805; PubMed Central PMCID: PMC55916</del>.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud A., Jeltsch A. Structure and function of type II restriction endonucleases. ''Nucleic Acids Research'', 2001, let. 29 (18), str. 3705-3727.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud, A., Fuxreiter, M., Pingoud, V. ''et. al.'' Type II restriction endonucleases: structure and mechanism. ''Cellular and Molecular Life Science''s, 2005, let. 62, str. 685-707. DOI: https://doi.org/10.1007/s00018-004-4513-1.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>*Pingoud, A., Fuxreiter, M., Pingoud, V. ''et. al.'' Type II restriction endonucleases: structure and mechanism. ''Cellular and Molecular Life Science''s, 2005, let. 62, str. 685-707. DOI: https://doi.org/10.1007/s00018-004-4513-1.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div></td></tr>
</table>Barbara Jakličhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Struktura_in_mehanizem_restriktaz_tipa_II&diff=15557&oldid=prevBarbara Jaklič: /* Struktura */2019-04-14T07:44:53Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Struktura</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 07:44, 14 April 2019</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l28">Line 28:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 28:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD-D/EXK, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze, MutH, RecB endonukleaze, VSR endonukleaze in T7 nukleazo I. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">[3]</del>. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom , zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD-D/EXK, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze, MutH, RecB endonukleaze, VSR endonukleaze in T7 nukleazo I. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom, zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg naddružine fosfodiesteraz s katalitskim mestom PD...D/ExK spadajo nekatere restriktaze tipa II tudi med fosfodiesteraze, ki za katalitsko cepitev ne potrebujejo Mg<sup>2+</sup>. Bioinformatika pa nakazuje, da naj bi obstajale še restriktaze sorodne H-N-H in GIY-YIG sledilnim endonukleazam, ki so aktivne v prisotnosti Ca<sup>2+</sup>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg naddružine fosfodiesteraz s katalitskim mestom PD...D/ExK spadajo nekatere restriktaze tipa II tudi med fosfodiesteraze, ki za katalitsko cepitev ne potrebujejo Mg<sup>2+</sup>. Bioinformatika pa nakazuje, da naj bi obstajale še restriktaze sorodne H-N-H in GIY-YIG sledilnim endonukleazam, ki so aktivne v prisotnosti Ca<sup>2+</sup>.</div></td></tr>
</table>Barbara Jakličhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Struktura_in_mehanizem_restriktaz_tipa_II&diff=15556&oldid=prevBarbara Jaklič: /* Struktura */2019-04-14T07:42:35Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Struktura</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 07:42, 14 April 2019</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l26">Line 26:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 26:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Prvo kristalno strukturo restrikcijske endonukleaze so uspeli določiti leta 1986, in sicer strukturo kompleksa DNA in restriktaze ''Eco''RI, ki je predstavnica podtipa IIP. Izolirana je bila v obliki oligomerov iz 12 oziroma 13 med sabo komplementarnih domen in brez prisotnosti magnezijevega iona, ki bi lahko povzročil cepitev DNA. Čeprav je bila resolucija za današnje razmere precej slaba, je struktura prikazovala interakcije med proteinom in prepoznavnim zaporedjem DNA na atomskem nivoju. Kristalografske metode so od takrat močno napredovale, tako je bilo leta 2005 določenih okrog 20 kristalnih struktur, do danes pa jih je znanih že preko 30.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Prvo kristalno strukturo restrikcijske endonukleaze so uspeli določiti leta 1986, in sicer strukturo kompleksa DNA in restriktaze ''Eco''RI, ki je predstavnica podtipa IIP. Izolirana je bila v obliki oligomerov iz 12 oziroma 13 med sabo komplementarnih domen in brez prisotnosti magnezijevega iona, ki bi lahko povzročil cepitev DNA. Čeprav je bila resolucija za današnje razmere precej slaba, je struktura prikazovala interakcije med proteinom in prepoznavnim zaporedjem DNA na atomskem nivoju. Kristalografske metode so od takrat močno napredovale, tako je bilo leta 2005 določenih okrog 20 kristalnih struktur, do danes pa jih je znanih že preko 30.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, </del>ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V izolirani kristalni strukturi se restrikcijske endonukleaze večinoma nahajajo kot monomeri, v resnici pa v nativnem stanju dimerizirajo. Do dimerizacije lahko pride že v prosti obliki ali šele ob stiku z DNA (na primer pri restriktazi tipa IIS ''Fok''I). Poznane so tudi vrste, kjer naj bi bilo prisotno ravnotežje med monomernim in dimernim stanjem, saj vsaka od podenot cepi samo 1 verigo DNA. Tipične restriktaze tipa II so homodimeri, katerih vsaka podenota ja iz ene domene, ki jo sestavljajo poddomene za prepoznavo DNA, cepitev DNA in dimerizacijo. Za podtipa IIE in IIS pa je značilno, da vsako podenoto sestavljata katalitična domena PD...D/ExK in DNA-vezavna domena, ki se nadalje deli na efektorsko in prepoznavno poddomeno ter spominja na DNA-vezavno domeno CAP proteinov (vijačnica-zavoj-vijačnica).</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD-D/EXK, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze, MutH, RecB endonukleaze, VSR endonukleaze in T7 nukleazo I. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama [3]. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom , zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>S študijem kristalnih in kokristalnih struktur je bilo ugotovljeno, da večino restriktaz spada v naddružino fosfodiesteraz PD-D/EXK, ki poleg restrikcijkih endonukleaz zajema še λ-eksonukleaze, MutH, RecB endonukleaze, VSR endonukleaze in T7 nukleazo I. Za vse je značilno podobno jedro, ki zajema aktivno mesto in predstavlja stabilizacijski center proteina. Sestavlja ga mešana β-ploskev iz štirih trakov, obdana z 2 α-vijačnicama [3]. Ker je bila takšna topologija (αβββαβ) z nekaterimi variacijami najdena v skoraj vseh do sedaj določenih strukturah restriktaz tipa II, je v podatkovni bazi SCOP (''ang. Structural Classification of Proteins'') klasificirana kot zvitje značilno za restrikcijske endonukleaze (''ang. R Ease-like fold''). Znano je, da drugi in tretji β-trak predstavljata ogrodje katalitičnega mesta, saj so njuni aminokislinski ostanki direktno vključeni v katalitični mehanizem cepitve. Orientacija petega β-traku pa predstavlja tipično razliko med restriktazama podtipa IIP ''Eco''RI in ''Eco''RV, katerih struktura je najbolje raziskana. V jedru EcoRI je peti trak paralelen ostalim trakom , zato se ta restriktaza lažje približa velikemu žlebu DNA in prepozna specifično zaporedje preko α-vijačnice in zanke ter večinoma tvori lepljive konce s 5'-previsi. Pri EcoRV pa je peti β-trak antiparalelen, zato restriktaza lažje dostopa do malega žleba DNA, prepoznavno domeno pa sestavljata značilen β-trak in zavoj. Ta vrsta restirktaze za razliko od prejšnje tvori tope konce ali lepljive s 3'-previsi . </div></td></tr>
</table>Barbara Jaklič