Tehnologija DNA: Difference between revisions

From Wiki FKKT
Jump to navigationJump to search
(24 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 2: Line 2:


===NOVO===
===NOVO===
  Seminarji iz Tehnologije DNA (tDNA) se začnejo 5. oktobra, predavanja pa 2. novembra 2015 ob 15h.
  Seminarji iz Tehnologije DNA se začnejo 1. oktobra 2018 ob 10:15 po urniku.
  Razlog za kasnejši začetek predavanj je izvajanje predavanj prof. Djinovićeve v oktobru tudi v terminih tDNA.
  Zaradi predavanj pri prof. Djinović Carugo, ki bodo potekala strnjeno v oktobru,
  Oktobrska predavanja iz tDNA bodo razvrščena v novembrske termine predmeta Določanje 3D strukture proteinov.  
  bomo s predavanji iz tDNA začeli z zamikom. Prvo predavanje bo 29.10. ob 17. uri,
 
od 7.11. pa po urniku ob sredah ter dodatno ob ponedeljkih. Tabelo z urniki bom
===Odgovori na vprašanja===
objavil v spletni učilnici.
Tu bodo odgovori na morebitna vprašanja, ki so zanimiva za več študentov.


===Podatki o predmetu===
===Podatki o predmetu===
Line 13: Line 12:
|-
|-
|'''Izvedba predmeta'''
|'''Izvedba predmeta'''
|'''Predavanja:''' 45 ur, zimski semester 1. letnika magistrskega študija biokemije, laboratorijske vaje 15 h, seminarske vaje 15 h.<br>
|'''Predavanja:''' 45 ur, zimski semester 1. letnika magistrskega študija biokemije, laboratorijske vaje 15 h, seminarji 15 h.<br>
|-
|-
|'''Predavatelj'''
|'''Predavatelj'''
|izr. prof. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]
|izr. prof. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]; seminarje in vaje vodi doc. [mailto:vera.zupunski@fkkt.uni-lj.si Vera Župunski]
|-
|-
|'''Urnik 2015/16'''
|'''Urnik 2018/19'''
|Ponedeljek 8:00-9:00 - seminar, sreda 8:00 do 11:00 - predavanja. Zaradi izvajanja predavanj prof. Djinovićeve v bloku (pon.-sreda) v oktobru, se bodo predavanja iz Tehnologije DNA začela šele v novembru in bodo potekala tudi v terminih predavanj pri predmetu Določanje 3D strukture proteinov - razpored je razviden v spletni učilnici predmeta. Prvo predavanje iz tDNA bo 2.11. ob 15h (3 ure), drugo 3.11. ob 10h (2 uri), tretje 4.11. ob 8h (3 ure). Enak urnik bo v 2. tednu novembra, v 3. tednu bosta predavanji samo v ponedeljek ob 15h (2 uri) in sredo (3 ure), od vključno 25. novembra naprej pa samo še ob sredah zjutraj (po 3 ure).<br>
|Ponedeljek 10:00-11:00 - seminar, sreda 11:00 do 14:00 - predavanja. Zaradi izvajanja predavanj prof. Djinovićeve v bloku (pon.-sreda) v oktobru, se bodo predavanja iz Tehnologije DNA začela šele 29. oktobra ob 17. uri in bodo delno potekala tudi v terminih predavanj pri predmetu Določanje 3D strukture proteinov - razpored bo razviden v spletni učilnici predmeta.<br>
|-
|-
|'''Govorilne ure'''
|'''Govorilne ure'''
|V času semestra vsak četrtek od 15h do 16h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 479-8551; pisarna K2.021 (1. lamela, 2. nadstropje, na koncu hodnika na levi strani).  
|V času semestra vsako sredo od 16h do 17h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 479-8551; pisarna 2021 (lamela 2A, na koncu levega hodnika).  
|-
|-
|'''Izpitni roki 2015/16'''
|'''Izpitni roki 2018/19'''
|
|
* zimsko izpitno obdobje: 15. februar 2016<br>
* zimsko izpitno obdobje: februar 2019<br>
* poletno izpitno obdobje: 1. julij 2016<br>
* poletno izpitno obdobje: junij 2019<br>
* jesensko izpitno obdobje: 23. avgust 2016<br>
* jesensko izpitno obdobje: avgust 2019<br>
Na izpitni rok se prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Prijavnic študentom, ki ne bodo prišli na izpit, ne vračam, odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole, tudi po e-pošti.<br>
Na izpitni rok se prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Študentov, ki so prijavljeni, pa ne pridejo na izpit, ne odjavljam, odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole, tudi po e-pošti.<br>
|-
|-
|'''Študijska literatura'''
|'''Študijska literatura'''
|Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak: [http://estore.asm.org/viewItemDetails.asp?ItemID=309 Molecular Biotechnology], Principles and applications of recombinant DNA, 3rd edition, ASM Press, Washington, 2003 [ISBN 1-55581-269-4] <br>
|Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak, Cheryl L. Paten: [http://www.asmscience.org/content/book/10.1128/9781555816124 Molecular Biotechnology], Principles and applications of recombinant DNA, 4th edition, ASM Press, Washington, 2010 [ISBN 9781555814984] <br>
<i>Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet - del knjige je učbenik pri izpbirnem predmetu [[Molekularna biotehnologija]]. </i><i>Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki je na voljo v CTK in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). </i><br>
<i>Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. Ti deli knjige predstavljajo učbenik pri izbirnem predmetu [[Molekularna biotehnologija]]. </i><i>Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki je na voljo v CTK in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). </i><br>
Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: [http://www.blackwellpublishing.com/primrose/ Principles of Gene Manipulation], 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).<br>
Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: [http://www.blackwellpublishing.com/primrose/ Principles of Gene Manipulation], 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).<br>
Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej strani.
Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej strani.
|-
|-
|'''Cilji'''
|'''Cilji'''
|Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali razložiti postopke za analizo DNA (in RNA), posebne primere kloniranja in izražanja genov ter priprave rekombinantnih organizmov, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za določen poskus.  
|Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali razložiti postopke za analizo DNA (in RNA), načine iskanja interakcijskih partnerjev, postopke za uvajanje mutacij, posebne primere kloniranja in izražanja genov ter priprave rekombinantnih/transgenskih organizmov, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za izvedbo nekega poskusa s področja DNA-tehnologije.  
|-
|-
|'''Potek predavanj'''
|'''Potek predavanj'''
Line 45: Line 44:
|<br>'''Ocenjevanje<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>Seminarji<br><br>'''
|<br>'''Ocenjevanje<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>Seminarji<br><br>'''
|
|
Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen. Sestavni del izpita je tudi kolokvij (običajno ima dve vprašanji z več podvprašanji) iz snovi vaj. Odgovori na vprašanja z vaj predstavljajo 25 % ocene izpita, preostalih 75 % pa dobite za odgovore iz snovi s predavanj. Pri tem pisni del šteje 1/4, pisni pa 3/4 ocene iz teorije. Skupaj izpit predstavlja 80 % končne ocene, preostalih 20 % pa seminar, pri katerem asistent upošteva tudi oceno za poročila z vaj. Kolokvij in izpit boste pisali sočasno in prestavljata celoto, torej ne morete popravljati ocene ločeno iz teorije in z vaj.
Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen. Sestavni del izpita je tudi kolokvij (običajno ima dve vprašanji z več podvprašanji) iz snovi vaj. Odgovori na vprašanja z vaj predstavljajo 25 % ocene izpita, preostalih 75 % pa dobite za odgovore iz snovi s predavanj. Pri tem ustni del šteje 1/4, pisni pa 3/4 ocene iz teorije. Skupaj izpit predstavlja 80 % končne ocene, preostalih 20 % pa seminar, pri katerem asistent upošteva tudi oceno za poročila z vaj. Kolokvij in izpit boste pisali sočasno in prestavljata celoto, torej ne morete popravljati ocene ločeno iz teorije in z vaj.
   
   
Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu (teorija + vaje) vsaj 55 % vseh možnih točk. Uspeh pri pisnem delu je osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj, letos, glede na dolžino ustnega dela izpita, 25 %. Oceno z izpita je mogoče popraviti tako, kot to določa izpitni pravilnik. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati.<br>
Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu iz teorije vsaj 55 % vseh možnih točk, hkrati pa morate iz snovi vaj doseči najmanj 3/10 točk. Uspeh pri pisnem delu je osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj (25 % ocene iz teorije). Oceno z izpita je mogoče popraviti tako, kot to določa izpitni pravilnik. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati.<br>  
<br>
<br>
<em>Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56 % - 65 % za 6, 66 % - 74 % za 7, 75 % - 82 % za 8, 83 % - 90 % za 9, >90 % za 10. <br>
<em>Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 55 % - 65 % za 6, 66 % - 74 % za 7, 75 % - 82 % za 8, 83 % - 90 % za 9, >90 % za 10. <br>
V VIS vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0 % - 11 % za 1, 12 % - 23 % za 2, 24 % - 34 % za 3, 35 % - 45 % za 4, 46 % - 55 % za 5.</em><br>
V Studis bo mogoče vpisovati samo še eno negativno oceno (5) ne glede na dosežene točke. Za vašo orientacijo pa je tu stari kriterij: 0 % - 11 % za 1, 12 % - 23 % za 2, 24 % - 34 % za 3, 35 % - 45 % za 4, 46 % - 55 % za 5.</em><br>




Seminarje izvajamo kot seminarske vaje, ki jih bo, tako kot laboratorijske, vodila asistentka Marina Klemenčič. Potekale bodo v prvi polovico semestra. Termini seminarjev so ob ponedeljkih zjutraj, edino prva dva tedna v novembru bodo ob ponedeljkih predavanja, seminarji pa ob torkih. O izvedbi seminarskih vaj vam bo vse razložila asistentka na prvem terminu.
Seminarji bodo potekali v prvi polovici semestra. Termini seminarjev so ob ponedeljkih in delno ob torkih, podrobnejši urnik pa bo predstavila docentka na prvem terminu.
<br>
<br>
|}
|}

Revision as of 16:34, 30 August 2018


NOVO

Seminarji iz Tehnologije DNA se začnejo 1. oktobra 2018 ob 10:15 po urniku.
Zaradi predavanj pri prof. Djinović Carugo, ki bodo potekala strnjeno v oktobru,
bomo s predavanji iz tDNA začeli z zamikom. Prvo predavanje bo 29.10. ob 17. uri,
od 7.11. pa po urniku ob sredah ter dodatno ob ponedeljkih. Tabelo z urniki bom
objavil v spletni učilnici.

Podatki o predmetu

Izvedba predmeta Predavanja: 45 ur, zimski semester 1. letnika magistrskega študija biokemije, laboratorijske vaje 15 h, seminarji 15 h.
Predavatelj izr. prof. dr. Marko Dolinar; seminarje in vaje vodi doc. Vera Župunski
Urnik 2018/19 Ponedeljek 10:00-11:00 - seminar, sreda 11:00 do 14:00 - predavanja. Zaradi izvajanja predavanj prof. Djinovićeve v bloku (pon.-sreda) v oktobru, se bodo predavanja iz Tehnologije DNA začela šele 29. oktobra ob 17. uri in bodo delno potekala tudi v terminih predavanj pri predmetu Določanje 3D strukture proteinov - razpored bo razviden v spletni učilnici predmeta.
Govorilne ure V času semestra vsako sredo od 16h do 17h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 479-8551; pisarna 2021 (lamela 2A, na koncu levega hodnika).
Izpitni roki 2018/19
  • zimsko izpitno obdobje: februar 2019
  • poletno izpitno obdobje: junij 2019
  • jesensko izpitno obdobje: avgust 2019

Na izpitni rok se prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Študentov, ki so prijavljeni, pa ne pridejo na izpit, ne odjavljam, odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole, tudi po e-pošti.

Študijska literatura Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak, Cheryl L. Paten: Molecular Biotechnology, Principles and applications of recombinant DNA, 4th edition, ASM Press, Washington, 2010 [ISBN 9781555814984]

Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. Ti deli knjige predstavljajo učbenik pri izbirnem predmetu Molekularna biotehnologija. Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki je na voljo v CTK in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu).
Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: Principles of Gene Manipulation, 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).
Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej strani.

Cilji Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali razložiti postopke za analizo DNA (in RNA), načine iskanja interakcijskih partnerjev, postopke za uvajanje mutacij, posebne primere kloniranja in izražanja genov ter priprave rekombinantnih/transgenskih organizmov, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za izvedbo nekega poskusa s področja DNA-tehnologije.
Potek predavanj Teme po datumih bodo navedene v spletni učilnici. Predavanja bodo po urniku, 3 podaljšane šolske ure s krajšo pavzo. V izpitnih obdobjih bodo skupaj trije pisni izpitni roki. Sledil bo kratek ustni zagovor za vse študente, ki bodo uspešno opravili pisni del.

Ocenjevanje










Seminarji

Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen. Sestavni del izpita je tudi kolokvij (običajno ima dve vprašanji z več podvprašanji) iz snovi vaj. Odgovori na vprašanja z vaj predstavljajo 25 % ocene izpita, preostalih 75 % pa dobite za odgovore iz snovi s predavanj. Pri tem ustni del šteje 1/4, pisni pa 3/4 ocene iz teorije. Skupaj izpit predstavlja 80 % končne ocene, preostalih 20 % pa seminar, pri katerem asistent upošteva tudi oceno za poročila z vaj. Kolokvij in izpit boste pisali sočasno in prestavljata celoto, torej ne morete popravljati ocene ločeno iz teorije in z vaj.

Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu iz teorije vsaj 55 % vseh možnih točk, hkrati pa morate iz snovi vaj doseči najmanj 3/10 točk. Uspeh pri pisnem delu je osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj (25 % ocene iz teorije). Oceno z izpita je mogoče popraviti tako, kot to določa izpitni pravilnik. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati.

Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 55 % - 65 % za 6, 66 % - 74 % za 7, 75 % - 82 % za 8, 83 % - 90 % za 9, >90 % za 10.
V Studis bo mogoče vpisovati samo še eno negativno oceno (5) ne glede na dosežene točke. Za vašo orientacijo pa je tu stari kriterij: 0 % - 11 % za 1, 12 % - 23 % za 2, 24 % - 34 % za 3, 35 % - 45 % za 4, 46 % - 55 % za 5.


Seminarji bodo potekali v prvi polovici semestra. Termini seminarjev so ob ponedeljkih in delno ob torkih, podrobnejši urnik pa bo predstavila docentka na prvem terminu.


Sklopi predavanj


1. Uvod. Primerjava DNA-tehnologije in sintezne biologije: metode in cilji.
2. Mutageneza in proteinsko inženirstvo.
3. Izražanje na površini. Dvohibridni sistemi.
4. GS bakterije v agronomiji in postopki za genetsko spreminjanje rastlin.
5. GS rastline, GS hrana.
6. Transgenske živali. Tehnologija izbijanja genov. Utišanje genov z RNAi.
7. Uporaba rekombinantnih mikroorganizmov in biomase v biotehnologiji (seminar).
8. Kloniranje živali.
9. Določanje nukleotidnih zaporedij celotnih genomov. Genomike / proteomika.
10. Tehnologija mikromrež.
11. Forenzične analize na osnovi nukleinskih kislin.
12. Analize DNA v sistematiki in ekologiji.
13. Analize DNA v diagnostiki.
14. Rekombinantna DNA v medicini. Gensko zdravljenje.

15. Zakonsko urejanje dela z rekombinantno DNA.
16. Patentiranje DNA in novih tehnologij, povezanih z DNA (seminar).
17. Novi pristopi v DNA-tehnologiji.

Sklopi (zgoraj) in poglavja v učbeniku (Molecular Biotechnology, 4. izdaja):

  1. --
  2. 8. Directed mutagenesis and protein engineering (str. 290-324)
  3. ni v knjigi
  4. v skrajšani obliki tri poglavja: 15. Plant growth-promoting bacteria (str. 599-649), 16. Microbial insecticides (str. 652-682) in 18. Genetic engineering of plants: Methodology (str. 725-756)
  5. 19. Engineering plants to overcome biotic and abiotic stress (str. 759-800) in 20. Engineering plant quality and proteins (str. 803-830)
  6. 21. Transgenic animals (str. 845-870)
  7. 17. Large scale production of proteins from recombinant microorganisms (str. 685-720)
  8. 21. poglavje - zadnje strani (str. 870-890)
  9. 5. Bioinformatics, genomics and proteomics (str. 146-190)
  10. ibid.
  11. ni v knjigi
  12. ni v knjigi
  13. 9. Molecular diagnostics (str. 345-375)
  14. 11. Nucleic acids as therapetic agents (str. 426-456)

Nekatera izpitna vprašanja


1. (2) Kakšna je velikost genoma riža v primerjavi s človekovim?
2. (3) Naštej 3 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?
3. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne? Opišite postopek po fazah!
4. (4) Opišite princip delovanja dvohibridnega sistema kvasovk na osnovi proteina Gal4!
5. (3) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?
6. (4) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?
7. (2) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?

Mogoče vam bodo prav prišla stara izpitna vprašanja iz Tehnologije rekombinantne DNA (stari program)- tule so.

==================

Koristne povezave