Tehnologija DNA: Difference between revisions

From Wiki FKKT
Jump to navigationJump to search
Line 13: Line 13:
|-
|-
|'''Izvedba predmeta'''
|'''Izvedba predmeta'''
|'''Predavanja:''' 45 ur, zimski semester 1. letnika magistrskega študija biokemije, laboratorijske vaje 5 h, seminarske vaje 25 h. [http://www.fkkt.uni-lj.si/attachments/3511/bk201-sl.pdf Splošen opis] predmeta je na uradni spletni strani FKKT.<br>
|'''Predavanja:''' 45 ur, zimski semester 1. letnika magistrskega študija biokemije, laboratorijske vaje 5 h (dva termina po 2,5 h), seminarske vaje 25 h. [http://www.fkkt.uni-lj.si/attachments/3511/bk201-sl.pdf Splošen opis] predmeta je na uradni spletni strani FKKT.<br>
|-
|-
|'''Predavatelj'''
|'''Predavatelj'''
|izr. prof. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]
|izr. prof. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]
|-
|-
|'''Urnik 2012/13'''
|'''Urnik 2013/14'''
|ponedeljek od 14h do 17h v predavalnici D30 na dekanatu<br>
|ponedeljek od 15h do 18h v predavalnici D30 na dekanatu<br>
|-
|-
|'''Govorilne ure'''
|'''Govorilne ure'''
|V času semestra vsak četrtek od 15h do 16h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 2419-480; oglasite se na Cesti v Mestni log 88a, 2. nadstropje.  
|V času semestra vsak četrtek od 15h do 16h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 2419-480; oglasite se na Cesti v Mestni log 88a, 2. nadstropje.  
|-
|-
|'''Izpitni roki 2012/13'''
|'''Izpitni roki 2013/14'''
|
|
* zimsko izpitno obdobje: 7. februarja 2013<br>
* zimsko izpitno obdobje: začetek februarja 2013<br>
* poletno izpitno obdobje: zz. julija<br>
* poletno izpitno obdobje: začetek julija<br>
* jesensko izpitno obdobje: konec avgusta<br>
* jesensko izpitno obdobje: konec avgusta<br>
Na izpitni rok se prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Prijavnic študentom, ki ne bodo prišli na izpit, ne vračam, odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole, tudi po e-pošti.<br>
Na izpitni rok se prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Prijavnic študentom, ki ne bodo prišli na izpit, ne vračam, odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole, tudi po e-pošti.<br>
Line 35: Line 35:
<i>Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. </i><i>Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki&nbsp; je na voljo v CTK (2 izvoda) in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). </i><br>
<i>Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. </i><i>Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki&nbsp; je na voljo v CTK (2 izvoda) in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). </i><br>
Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: [http://www.blackwellpublishing.com/primrose/ Principles of Gene Manipulation], 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).<br>
Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: [http://www.blackwellpublishing.com/primrose/ Principles of Gene Manipulation], 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).<br>
Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej
Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej strani.
strani.
|-
|-
|'''Cilji'''
|'''Cilji'''
Line 42: Line 41:
|-
|-
|'''Potek predavanj'''
|'''Potek predavanj'''
|Teme po datumih bodo navedene v spletni učilnici. V prvem letu bodo verjetno teme nekoliko bolj ohlapno definirane. Predavanja bodo po urniku, 4 šolske ure s kratkimi pavzami. Po koncu predavanj bo pisni izpit s kratkim ustnim zagovorom za vse študente, ki so opravili pisni del.<br>
|Teme po datumih bodo navedene v spletni učilnici. Predavanja bodo po urniku, 3 podaljšane šolske ure s krajšo pavzo. Po koncu predavanj bo pisni izpit s kratkim ustnim zagovorom za vse študente, ki so opravili pisni del.<br>
|-
|-
|'''Ocenjevanje<br><br><br><br><br>Seminarji<br><br><br>'''
|'''Ocenjevanje<br><br><br><br><br>Seminarji<br><br><br>'''
Line 53: Line 52:




Seminarje izvajamo kot seminarske vaje. Letos bo te vaje vodil asistent Nejc Jelen in bodo predovidoma potekale predvsem v drugem delu semestra, ko boste že absolvirali nekaj teorije. Termini seminarjev bodo enaki kot so na urniku za predavanja. Seminarske teme bodo določene do 15.10.
Seminarje izvajamo kot seminarske vaje. Letos bo te vaje vodila asistentka Helena Čelešnik in bodo potekale skozi ves semester, teme pa bodo vezane na teme predavanj. Termini seminarjev so ob sredah od 12h do 13.30 v mali predavalnici Katedre za fizikalno kemijo. O izvedbi seminarskih vaj vam bo vse razložila asistentka na prvem terminu.
<br>
<br>
|}
|}

Revision as of 09:33, 1 October 2013


NOVO

Mogoče vam bodo prav prišla stara izpitna vprašanja it Tehnologije rekombinantne DNA (stari program)- 
tule so.

Odgovori na vprašanja

Tu bodo odgovori na morebitna vprašanja, ki so zanimiva za več študentov.

Podatki o predmetu

Izvedba predmeta Predavanja: 45 ur, zimski semester 1. letnika magistrskega študija biokemije, laboratorijske vaje 5 h (dva termina po 2,5 h), seminarske vaje 25 h. Splošen opis predmeta je na uradni spletni strani FKKT.
Predavatelj izr. prof. dr. Marko Dolinar
Urnik 2013/14 ponedeljek od 15h do 18h v predavalnici D30 na dekanatu
Govorilne ure V času semestra vsak četrtek od 15h do 16h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 2419-480; oglasite se na Cesti v Mestni log 88a, 2. nadstropje.
Izpitni roki 2013/14
  • zimsko izpitno obdobje: začetek februarja 2013
  • poletno izpitno obdobje: začetek julija
  • jesensko izpitno obdobje: konec avgusta

Na izpitni rok se prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Prijavnic študentom, ki ne bodo prišli na izpit, ne vračam, odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole, tudi po e-pošti.

Študijska literatura Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak: Molecular Biotechnology, Principles and applications of recombinant DNA, 3rd edition, ASM Press, Washington, 2003 [ISBN 1-55581-269-4]

Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki  je na voljo v CTK (2 izvoda) in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu).
Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: Principles of Gene Manipulation, 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).
Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej strani.

Cilji Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali razložiti postopke za analizo DNA (in RNA), posebne primere kloniranja in izražanja genov ter priprave rekombinantnih organizmov, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za določen poskus.
Potek predavanj Teme po datumih bodo navedene v spletni učilnici. Predavanja bodo po urniku, 3 podaljšane šolske ure s krajšo pavzo. Po koncu predavanj bo pisni izpit s kratkim ustnim zagovorom za vse študente, ki so opravili pisni del.
Ocenjevanje




Seminarji


Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen in neodvisen od raznih statističnih razrezov.Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu vsaj 55 % vseh možnih točk (ocena 6). Uspeh pri pisnem delu je osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj. Pričakujem pa, da bo zagovor v okviru znanja na pisnem delu - v tem primeru se ocena ne spremeni, če pa pri zagovoru pokažete boljše ali slabše znanje, kot je kazalo pri pisnem delu, lahko to oceno spremeni za eno, pri ZELO slabem ali ZELO dobrem znanju pa za dve oceni.
Oceno z izpita je mogoče popraviti. Popravljanje je mogoče samo enkrat in samo na enem od razpisanih izpitnih rokov. V skladu s priporočilom Rektorata UL (spomladi 2002) velja ocena, ki je višja. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati (sklep Študijske komisije FKKT iz leta 2007).

Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56 % - 65 % za 6, 66 % - 74 % za 7, 75 % - 82 % za 8, 83 % - 90 % za 9, >90 % za 10.
V sistem e-študent vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0 % - 11 % za 1, 12 % - 23 % za 2, 24 % - 34 % za 3, 35 % - 45 % za 4, 46 % - 55 % za 5.


Seminarje izvajamo kot seminarske vaje. Letos bo te vaje vodila asistentka Helena Čelešnik in bodo potekale skozi ves semester, teme pa bodo vezane na teme predavanj. Termini seminarjev so ob sredah od 12h do 13.30 v mali predavalnici Katedre za fizikalno kemijo. O izvedbi seminarskih vaj vam bo vse razložila asistentka na prvem terminu.


Sklopi predavanj


1. Uvod. Primerjava DNA-tehnologije in sintezne biologije: metode in cilji.
2. Dvohibridni sistemi (predavanje + seminar).
3. DNA v forenzičnih analizah.
4. Analize DNA v diagnostiki.
5. Analize DNA v sistematiki in ekologiji.
6. Uporaba rekombinantnih mikroorganizmov in biomase v biotehnologiji (seminar).
7. Gensko spremenjene rastline. Rekombinantne bakterije v agronomiji.
8. Gensko spremenjena hrana. Rastline v molekularni biotehnologiji.
9. Transgenske živali. Tehnologija izbijanja genov. Utišanje genov z RNAi.
10. Izvorne celice, njihovo gensko spreminjanje in uporaba.
11. Kloniranje sesalcev.
12. Projekt Človekov genom in nadaljnje analize razlik v genomih. Določanje zaporedij drugih genomov.
13. Genomike in proteomika.
14. Rekombinantna DNA v medicini. Gensko zdravljenje.
15. Zakonsko urejanje dela z rekombinantno DNA.
16. Patentiranje DNA in novih tehnologij, povezanih z DNA (seminar).
17. Novi pristopi v DNA-tehnologiji.

Nekatera izpitna vprašanja


1. (2) Kakšna je velikost genoma riža v primerjavi s človekovim?
2. (3) Naštej 3 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?
3. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne? Opišite postopek po fazah!
4. (4) Opišite princip delovanja dvohibridnega sistema kvasovk na osnovi proteina Gal4!
5. (3) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?
6. (4) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?
7. (2) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?

==================

Koristne povezave