https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vzajemna_regulacija_med_fagom_in_bakterijo_na_posttranskripcijski_ravni&feed=atom&action=historyVzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni - Revision history2024-03-28T18:28:08ZRevision history for this page on the wikiMediaWiki 1.39.3https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vzajemna_regulacija_med_fagom_in_bakterijo_na_posttranskripcijski_ravni&diff=17177&oldid=prevŽiga Vičič: /* Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu */2020-05-06T06:26:54Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 06:26, 6 May 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l39">Line 39:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 39:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakterije pri katerih je tekom lizogenega cikla prišlo do vključitve dednega materiala bakteriofaga so znane po spremembi lastnosti, ki med drugim tudi onemogočajo okužbo z drugimi fagi. Lambdoidni fag PA-2 ob okužbi celic ''E. coli'' spodbudi proizvodnjo membranskega proteina Lc in zavira sintezo OmpC, ki deluje kot receptor za vezavo PA-2. Inhibicija izražanja OmpC poteka preko prepisovanja 247 baznih parov, ki sledijo zapisu za ''lc'' in ki so mu pripisali ime IpeX. Potrdili so, da se IpeX RNA ne prevaja, tako ima zgolj regulatorno funkcijo. Način inhibicije prevajanja OmpC je neodvisen od prisotnosti Hfq.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakterije pri katerih je tekom lizogenega cikla prišlo do vključitve dednega materiala bakteriofaga so znane po spremembi lastnosti, ki med drugim tudi onemogočajo okužbo z drugimi fagi. Lambdoidni fag PA-2 ob okužbi celic ''E. coli'' spodbudi proizvodnjo membranskega proteina Lc in zavira sintezo OmpC, ki deluje kot receptor za vezavo PA-2. Inhibicija izražanja OmpC poteka preko prepisovanja 247 baznih parov, ki sledijo zapisu za ''lc'' in ki so mu pripisali ime IpeX. Potrdili so, da se IpeX RNA ne prevaja, tako ima zgolj regulatorno funkcijo. Način inhibicije prevajanja OmpC je neodvisen od prisotnosti Hfq.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sevih ''E. coli'' okuženih z bakteriofagom Φ24<sub>B</sub> so opazili sRNA dolge 20 nukleotidov, imenovane 24B_1, ki so nastale s specifično cepitvijo daljšega zapisa, ki se nahaja med geni lom in ''vb_24B_43''. Tak nastanek nakazuje podobnost evkariontskim mikroRNA in bi tako lahko bil prvi odkrit primer te vrste v prokariontih. Testi, kjer so z delecijami zapisa za ta zapis preverjali biološko vlogo 24B_1, so pokazali, da je mutanta manj učinkovito vstopala v lizogeni cikel in hitreje prešla v litični cikel. Kasneje so opažanja pripisali vlogi 24B_1 kot negativnega regulatorja izražanja gena ''d_ant''. V mutiranem sevu pomanjkanje tega negativnega regulatorja poveča izražanje antirepresorja, ki inhibira <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</del>cI<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </del>represor, pri čemer pride do povečanega izražanja genov.<ref>Nejman-Faleńczyk, B., Bloch, S., Licznerska, K., Dydecka, A., Felczykowska, A., Topka, G., Węgrzyn, A., Węgrzyn, G. A small, microRNA-size, ribonucleic acid regulating gene expression and development of Shiga toxin-converting bacteriophage Φ24<sub>Β</sub>. ''Sci. Rep.'' '''5''', (2015).</ref></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sevih ''E. coli'' okuženih z bakteriofagom Φ24<sub>B</sub> so opazili sRNA dolge 20 nukleotidov, imenovane 24B_1, ki so nastale s specifično cepitvijo daljšega zapisa, ki se nahaja med geni lom in ''vb_24B_43''. Tak nastanek nakazuje podobnost evkariontskim mikroRNA in bi tako lahko bil prvi odkrit primer te vrste v prokariontih. Testi, kjer so z delecijami zapisa za ta zapis preverjali biološko vlogo 24B_1, so pokazali, da je mutanta manj učinkovito vstopala v lizogeni cikel in hitreje prešla v litični cikel. Kasneje so opažanja pripisali vlogi 24B_1 kot negativnega regulatorja izražanja gena ''d_ant''. V mutiranem sevu pomanjkanje tega negativnega regulatorja poveča izražanje antirepresorja, ki inhibira cI represor, pri čemer pride do povečanega izražanja genov.<ref>Nejman-Faleńczyk, B., Bloch, S., Licznerska, K., Dydecka, A., Felczykowska, A., Topka, G., Węgrzyn, A., Węgrzyn, G. A small, microRNA-size, ribonucleic acid regulating gene expression and development of Shiga toxin-converting bacteriophage Φ24<sub>Β</sub>. ''Sci. Rep.'' '''5''', (2015).</ref></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., Lavinge, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., Lavinge, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td></tr>
</table>Žiga Vičičhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vzajemna_regulacija_med_fagom_in_bakterijo_na_posttranskripcijski_ravni&diff=17176&oldid=prevŽiga Vičič: /* Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu */2020-05-06T06:19:04Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 06:19, 6 May 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l39">Line 39:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 39:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakterije pri katerih je tekom lizogenega cikla prišlo do vključitve dednega materiala bakteriofaga so znane po spremembi lastnosti, ki med drugim tudi onemogočajo okužbo z drugimi fagi. Lambdoidni fag PA-2 ob okužbi celic ''E. coli'' spodbudi proizvodnjo membranskega proteina Lc in zavira sintezo OmpC, ki deluje kot receptor za vezavo PA-2. Inhibicija izražanja OmpC poteka preko prepisovanja 247 baznih parov, ki sledijo zapisu za ''lc'' in ki so mu pripisali ime IpeX. Potrdili so, da se IpeX RNA ne prevaja, tako ima zgolj regulatorno funkcijo. Način inhibicije prevajanja OmpC je neodvisen od prisotnosti Hfq.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakterije pri katerih je tekom lizogenega cikla prišlo do vključitve dednega materiala bakteriofaga so znane po spremembi lastnosti, ki med drugim tudi onemogočajo okužbo z drugimi fagi. Lambdoidni fag PA-2 ob okužbi celic ''E. coli'' spodbudi proizvodnjo membranskega proteina Lc in zavira sintezo OmpC, ki deluje kot receptor za vezavo PA-2. Inhibicija izražanja OmpC poteka preko prepisovanja 247 baznih parov, ki sledijo zapisu za ''lc'' in ki so mu pripisali ime IpeX. Potrdili so, da se IpeX RNA ne prevaja, tako ima zgolj regulatorno funkcijo. Način inhibicije prevajanja OmpC je neodvisen od prisotnosti Hfq.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sevih ''E. coli'' okuženih z bakteriofagom Φ24<sub>B</sub> so opazili sRNA dolge 20 nukleotidov, imenovane 24B_1, ki so nastale s specifično cepitvijo daljšega zapisa, ki se nahaja med geni lom in ''vb_24B_43''. Tak nastanek nakazuje podobnost evkariontskim mikroRNA in bi tako lahko bil prvi odkrit primer te vrste v prokariontih. Testi, kjer so z delecijami zapisa za ta zapis preverjali biološko vlogo 24B_1, so pokazali, da je mutanta manj učinkovito vstopala v lizogeni cikel in hitreje prešla v <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">lizni </del>cikel. Kasneje so opažanja pripisali vlogi 24B_1 kot negativnega regulatorja izražanja gena ''d_ant''. V mutiranem sevu pomanjkanje tega negativnega regulatorja poveča izražanje antirepresorja, ki inhibira ''cI'' represor, pri čemer pride do povečanega izražanja genov.<ref>Nejman-Faleńczyk, B., Bloch, S., Licznerska, K., Dydecka, A., Felczykowska, A., Topka, G., Węgrzyn, A., Węgrzyn, G. A small, microRNA-size, ribonucleic acid regulating gene expression and development of Shiga toxin-converting bacteriophage Φ24<sub>Β</sub>. ''Sci. Rep.'' '''5''', (2015).</ref></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sevih ''E. coli'' okuženih z bakteriofagom Φ24<sub>B</sub> so opazili sRNA dolge 20 nukleotidov, imenovane 24B_1, ki so nastale s specifično cepitvijo daljšega zapisa, ki se nahaja med geni lom in ''vb_24B_43''. Tak nastanek nakazuje podobnost evkariontskim mikroRNA in bi tako lahko bil prvi odkrit primer te vrste v prokariontih. Testi, kjer so z delecijami zapisa za ta zapis preverjali biološko vlogo 24B_1, so pokazali, da je mutanta manj učinkovito vstopala v lizogeni cikel in hitreje prešla v <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">litični </ins>cikel. Kasneje so opažanja pripisali vlogi 24B_1 kot negativnega regulatorja izražanja gena ''d_ant''. V mutiranem sevu pomanjkanje tega negativnega regulatorja poveča izražanje antirepresorja, ki inhibira ''cI'' represor, pri čemer pride do povečanega izražanja genov.<ref>Nejman-Faleńczyk, B., Bloch, S., Licznerska, K., Dydecka, A., Felczykowska, A., Topka, G., Węgrzyn, A., Węgrzyn, G. A small, microRNA-size, ribonucleic acid regulating gene expression and development of Shiga toxin-converting bacteriophage Φ24<sub>Β</sub>. ''Sci. Rep.'' '''5''', (2015).</ref></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., Lavinge, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., Lavinge, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td></tr>
</table>Žiga Vičičhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vzajemna_regulacija_med_fagom_in_bakterijo_na_posttranskripcijski_ravni&diff=17175&oldid=prevŽiga Vičič: /* Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu */2020-05-05T18:45:11Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 18:45, 5 May 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l41">Line 41:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 41:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sevih ''E. coli'' okuženih z bakteriofagom Φ24<sub>B</sub> so opazili sRNA dolge 20 nukleotidov, imenovane 24B_1, ki so nastale s specifično cepitvijo daljšega zapisa, ki se nahaja med geni lom in ''vb_24B_43''. Tak nastanek nakazuje podobnost evkariontskim mikroRNA in bi tako lahko bil prvi odkrit primer te vrste v prokariontih. Testi, kjer so z delecijami zapisa za ta zapis preverjali biološko vlogo 24B_1, so pokazali, da je mutanta manj učinkovito vstopala v lizogeni cikel in hitreje prešla v lizni cikel. Kasneje so opažanja pripisali vlogi 24B_1 kot negativnega regulatorja izražanja gena ''d_ant''. V mutiranem sevu pomanjkanje tega negativnega regulatorja poveča izražanje antirepresorja, ki inhibira ''cI'' represor, pri čemer pride do povečanega izražanja genov.<ref>Nejman-Faleńczyk, B., Bloch, S., Licznerska, K., Dydecka, A., Felczykowska, A., Topka, G., Węgrzyn, A., Węgrzyn, G. A small, microRNA-size, ribonucleic acid regulating gene expression and development of Shiga toxin-converting bacteriophage Φ24<sub>Β</sub>. ''Sci. Rep.'' '''5''', (2015).</ref></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sevih ''E. coli'' okuženih z bakteriofagom Φ24<sub>B</sub> so opazili sRNA dolge 20 nukleotidov, imenovane 24B_1, ki so nastale s specifično cepitvijo daljšega zapisa, ki se nahaja med geni lom in ''vb_24B_43''. Tak nastanek nakazuje podobnost evkariontskim mikroRNA in bi tako lahko bil prvi odkrit primer te vrste v prokariontih. Testi, kjer so z delecijami zapisa za ta zapis preverjali biološko vlogo 24B_1, so pokazali, da je mutanta manj učinkovito vstopala v lizogeni cikel in hitreje prešla v lizni cikel. Kasneje so opažanja pripisali vlogi 24B_1 kot negativnega regulatorja izražanja gena ''d_ant''. V mutiranem sevu pomanjkanje tega negativnega regulatorja poveča izražanje antirepresorja, ki inhibira ''cI'' represor, pri čemer pride do povečanega izražanja genov.<ref>Nejman-Faleńczyk, B., Bloch, S., Licznerska, K., Dydecka, A., Felczykowska, A., Topka, G., Węgrzyn, A., Węgrzyn, G. A small, microRNA-size, ribonucleic acid regulating gene expression and development of Shiga toxin-converting bacteriophage Φ24<sub>Β</sub>. ''Sci. Rep.'' '''5''', (2015).</ref></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Lavigne</del>, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Lavinge</ins>, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Fagni proteini, ki vplivajo na posttranskripcijsko regulacijo v gostiteljski celici==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Fagni proteini, ki vplivajo na posttranskripcijsko regulacijo v gostiteljski celici==</div></td></tr>
</table>Žiga Vičičhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vzajemna_regulacija_med_fagom_in_bakterijo_na_posttranskripcijski_ravni&diff=17174&oldid=prevŽiga Vičič: /* Fagni proteini, ki vplivajo na posttranskripcijsko regulacijo v gostiteljski celici */2020-05-05T18:44:37Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Fagni proteini, ki vplivajo na posttranskripcijsko regulacijo v gostiteljski celici</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 18:44, 5 May 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l43">Line 43:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 43:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., Lavigne, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., Lavigne, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Fagni proteini, ki vplivajo na <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">post-transkripcijsko </del>regulacijo v gostiteljski celici==</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Fagni proteini, ki vplivajo na <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">posttranskripcijsko </ins>regulacijo v gostiteljski celici==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za promocijo lastne proliferacije so bakteriofagi razvili mehanizme, s katerimi lahko modificirajo bakterijske RNA polimeraze in mehanizem degradacije RNA, z namenom povečanja izražanja fagnih genov in zaviranja bakterijskih. Primer je okužba ''E. coli'' z bakteriofagom T4, kjer fagni protein Srd spodbudi katalitično aktivnost gostiteljske ribonukleaze E, kar povzroči hitro razgradnjo bakterijske mRNA, zaradi česar se začnejo povečano prepisovati in prevajati fagni geni.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za promocijo lastne proliferacije so bakteriofagi razvili mehanizme, s katerimi lahko modificirajo bakterijske RNA polimeraze in mehanizem degradacije RNA, z namenom povečanja izražanja fagnih genov in zaviranja bakterijskih. Primer je okužba ''E. coli'' z bakteriofagom T4, kjer fagni protein Srd spodbudi katalitično aktivnost gostiteljske ribonukleaze E, kar povzroči hitro razgradnjo bakterijske mRNA, zaradi česar se začnejo povečano prepisovati in prevajati fagni geni.</div></td></tr>
</table>Žiga Vičičhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vzajemna_regulacija_med_fagom_in_bakterijo_na_posttranskripcijski_ravni&diff=17173&oldid=prevMaja Globočnik: /* Profagna sRNA regulira aktivnost sRNA bakterijskega kromosoma */2020-05-05T18:44:16Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Profagna sRNA regulira aktivnost sRNA bakterijskega kromosoma</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 18:44, 5 May 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l33">Line 33:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 33:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Profagne sRNA lahko regulirajo sRNA bakterijskega kromosoma, imenujejo jih anti-sRNAs ali RNA spužve, ki se komplementarno vežejo na sRNA in blokirajo njeno aktivnost. Ena takšnih je AgvB.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Profagne sRNA lahko regulirajo sRNA bakterijskega kromosoma, imenujejo jih anti-sRNAs ali RNA spužve, ki se komplementarno vežejo na sRNA in blokirajo njeno aktivnost. Ena takšnih je AgvB.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakterijska sRNA GcvB je izredno ohranjena med enterobakterijami in kontrolira velik regulon (skupina genov pod istim regulatornim genom) genov, ki kodirajo za transporterje aminokislin in proteinov. Je glavni regulator transporta aminokislin in represor translacije številnih proteinov, vključno z dipeptidnim transporterjem DppA. 5'-konec AgvB je delno komplementaren ohranjeni sejalni regiji R1 (CACAACA), s katero GcvB prepozna večino tarč. Če se na GcvB veže profagna AgvB, ta ne bo več prepoznaval ''<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">dpp</del>'' mRNA in bo represija izražanja zmanjšana. Zanimivo tudi sRNA SroC, ki jo kodira bakterijski kromosom, deluje po istem principu in vpliva na funkcijo GcvB, le da se SroC veže na dve različni regiji in povzroči razpad GcvB.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakterijska sRNA GcvB je izredno ohranjena med enterobakterijami in kontrolira velik regulon (skupina genov pod istim regulatornim genom) genov, ki kodirajo za transporterje aminokislin in proteinov. Je glavni regulator transporta aminokislin in represor translacije številnih proteinov, vključno z dipeptidnim transporterjem DppA. 5'-konec AgvB je delno komplementaren ohranjeni sejalni regiji R1 (CACAACA), s katero GcvB prepozna večino tarč. Če se na GcvB veže profagna AgvB, ta ne bo več prepoznaval ''<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">dppA</ins>'' mRNA in bo represija izražanja zmanjšana. Zanimivo tudi sRNA SroC, ki jo kodira bakterijski kromosom, deluje po istem principu in vpliva na funkcijo GcvB, le da se SroC veže na dve različni regiji in povzroči razpad GcvB.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu==</div></td></tr>
</table>Maja Globočnikhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vzajemna_regulacija_med_fagom_in_bakterijo_na_posttranskripcijski_ravni&diff=17172&oldid=prevMaja Globočnik: /* Profagne sRNA regulirajo transkripte zapisane na bakterijskem kromosomu */2020-05-05T18:43:35Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Profagne sRNA regulirajo transkripte zapisane na bakterijskem kromosomu</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 18:43, 5 May 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l23">Line 23:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 23:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Tako fagi kot profagi vsebujejo zapise preko katerih so zmožni ne le uravnavanja izražanja lastnih genov temveč tudi genov gostiteljske celice. Ena prvih odkritih sRNA v ''E. coli'' je bila DicF. DicF sRNA se v celici nahaja v izooblikah, dolgih 53 in 72 nt. Prehod iz paličaste v filamentno obliko, ko se bakterija znajde v anerobnem okolju naj bi bil pomemben za preživetje predvsem patogenih bakterij in ohranjanje virulence v gostiteljevem tkivu. V anaerobnih pogojih se v celici kopiči 53 nukleotidov dolga oblika DicF. Prisotnost enolaz v degradosomu v anerobnem okolju spodbudi filamentacijo ''E. coli'' preko stabilizacije sRNA DicF, ta pa preprečuje izražanje gena za protein FtsZ, zadolženega za delitev celic.<ref>Murashko, O. N., Lin-Chao, S. ''Escherichia coli'' responds to environmental changes using enolasic degradosomes and stabilized DicF sRNA to alter cellular morphology. ''Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.'' '''114''', 8025–8034 (2017)</ref></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Tako fagi kot profagi vsebujejo zapise preko katerih so zmožni ne le uravnavanja izražanja lastnih genov temveč tudi genov gostiteljske celice. Ena prvih odkritih sRNA v ''E. coli'' je bila DicF. DicF sRNA se v celici nahaja v izooblikah, dolgih 53 in 72 nt. Prehod iz paličaste v filamentno obliko, ko se bakterija znajde v anerobnem okolju naj bi bil pomemben za preživetje predvsem patogenih bakterij in ohranjanje virulence v gostiteljevem tkivu. V anaerobnih pogojih se v celici kopiči 53 nukleotidov dolga oblika DicF. Prisotnost enolaz v degradosomu v anerobnem okolju spodbudi filamentacijo ''E. coli'' preko stabilizacije sRNA DicF, ta pa preprečuje izražanje gena za protein FtsZ, zadolženega za delitev celic.<ref>Murashko, O. N., Lin-Chao, S. ''Escherichia coli'' responds to environmental changes using enolasic degradosomes and stabilized DicF sRNA to alter cellular morphology. ''Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.'' '''114''', 8025–8034 (2017)</ref></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Visoke ravni izražene DicF vplivajo tudi na metabolizem ogljika. Ta sRNA inhibira metabolne gene, ki kodirajo transkripcijski faktor, udeležen v razpadu ''D''-ksilose (<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">xylR</del>), ter transporterja piruvat kinaze A (<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">pykA</del>) in manoze (<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">manX</del>).</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Visoke ravni izražene DicF vplivajo tudi na metabolizem ogljika. Ta sRNA inhibira metabolne gene, ki kodirajo transkripcijski faktor, udeležen v razpadu ''D''-ksilose (<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">XylR</ins>), ter transporterja piruvat kinaze A (<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">PykA</ins>) in manoze (<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">ManX</ins>).</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Profagna sRNA Esr41, ki ravno tako deluje kot postranskripcijski regulator transkriptov bakterijskega kromosoma v enterohemoragični ''E. coli'', stimulira izražanje flagelina (<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">fliC</del>), glavnega strukturnega proteina bičkov bakterij. Trenutno še ni znano, če se Esr41 komplementarno veže na mRNA fliC, ali je efekt indirekten in so potrebni še drugi faktorji.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Profagna sRNA Esr41, ki ravno tako deluje kot postranskripcijski regulator transkriptov bakterijskega kromosoma v enterohemoragični ''E. coli'', stimulira izražanje flagelina (<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">FliC</ins>), glavnega strukturnega proteina bičkov bakterij. Trenutno še ni znano, če se Esr41 komplementarno veže na mRNA <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>fliC<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>, ali je efekt indirekten in so potrebni še drugi faktorji.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>sRNA Esr41 tudi zavira iniciacijo translacije z vezavo na mesto za ribosom na molekulah mRNA, ki kodirajo za proteine, ključne za metabolizem železa. Da Esr41 regulira privzem železa iz okolja so dokazali tako, da so mutanto ''E. coli'' EHEC, brez zapisa za Esr41, gojili v gojišču z manj dostopnega železa, te celice pa so pridobile boljši fitnes, kar nakazuje da Esr41 uravnava transport železa z zaviranjem delovanja določenih receptorjev za železo s pomočjo še nekaterih drugih proteinov.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>sRNA Esr41 tudi zavira iniciacijo translacije z vezavo na mesto za ribosom na molekulah mRNA, ki kodirajo za proteine, ključne za metabolizem železa. Da Esr41 regulira privzem železa iz okolja so dokazali tako, da so mutanto ''E. coli'' EHEC, brez zapisa za Esr41, gojili v gojišču z manj dostopnega železa, te celice pa so pridobile boljši fitnes, kar nakazuje da Esr41 uravnava transport železa z zaviranjem delovanja določenih receptorjev za železo s pomočjo še nekaterih drugih proteinov.</div></td></tr>
</table>Maja Globočnikhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vzajemna_regulacija_med_fagom_in_bakterijo_na_posttranskripcijski_ravni&diff=17168&oldid=prevŽiga Vičič: /* Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu */2020-05-05T14:56:03Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 14:56, 5 May 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l41">Line 41:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 41:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sevih ''E. coli'' okuženih z bakteriofagom Φ24<sub>B</sub> so opazili sRNA dolge 20 nukleotidov, imenovane 24B_1, ki so nastale s specifično cepitvijo daljšega zapisa, ki se nahaja med geni lom in ''vb_24B_43''. Tak nastanek nakazuje podobnost evkariontskim mikroRNA in bi tako lahko bil prvi odkrit primer te vrste v prokariontih. Testi, kjer so z delecijami zapisa za ta zapis preverjali biološko vlogo 24B_1, so pokazali, da je mutanta manj učinkovito vstopala v lizogeni cikel in hitreje prešla v lizni cikel. Kasneje so opažanja pripisali vlogi 24B_1 kot negativnega regulatorja izražanja gena ''d_ant''. V mutiranem sevu pomanjkanje tega negativnega regulatorja poveča izražanje antirepresorja, ki inhibira ''cI'' represor, pri čemer pride do povečanega izražanja genov.<ref>Nejman-Faleńczyk, B., Bloch, S., Licznerska, K., Dydecka, A., Felczykowska, A., Topka, G., Węgrzyn, A., Węgrzyn, G. A small, microRNA-size, ribonucleic acid regulating gene expression and development of Shiga toxin-converting bacteriophage Φ24<sub>Β</sub>. ''Sci. Rep.'' '''5''', (2015).</ref></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sevih ''E. coli'' okuženih z bakteriofagom Φ24<sub>B</sub> so opazili sRNA dolge 20 nukleotidov, imenovane 24B_1, ki so nastale s specifično cepitvijo daljšega zapisa, ki se nahaja med geni lom in ''vb_24B_43''. Tak nastanek nakazuje podobnost evkariontskim mikroRNA in bi tako lahko bil prvi odkrit primer te vrste v prokariontih. Testi, kjer so z delecijami zapisa za ta zapis preverjali biološko vlogo 24B_1, so pokazali, da je mutanta manj učinkovito vstopala v lizogeni cikel in hitreje prešla v lizni cikel. Kasneje so opažanja pripisali vlogi 24B_1 kot negativnega regulatorja izražanja gena ''d_ant''. V mutiranem sevu pomanjkanje tega negativnega regulatorja poveča izražanje antirepresorja, ki inhibira ''cI'' represor, pri čemer pride do povečanega izražanja genov.<ref>Nejman-Faleńczyk, B., Bloch, S., Licznerska, K., Dydecka, A., Felczykowska, A., Topka, G., Węgrzyn, A., Węgrzyn, G. A small, microRNA-size, ribonucleic acid regulating gene expression and development of Shiga toxin-converting bacteriophage Φ24<sub>Β</sub>. ''Sci. Rep.'' '''5''', (2015).</ref></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Lavinge</del>, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Lavigne</ins>, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Fagni proteini, ki vplivajo na post-transkripcijsko regulacijo v gostiteljski celici==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Fagni proteini, ki vplivajo na post-transkripcijsko regulacijo v gostiteljski celici==</div></td></tr>
</table>Žiga Vičičhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vzajemna_regulacija_med_fagom_in_bakterijo_na_posttranskripcijski_ravni&diff=17167&oldid=prevŽiga Vičič: /* Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu */2020-05-05T14:51:29Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 14:51, 5 May 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l39">Line 39:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 39:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakterije pri katerih je tekom lizogenega cikla prišlo do vključitve dednega materiala bakteriofaga so znane po spremembi lastnosti, ki med drugim tudi onemogočajo okužbo z drugimi fagi. Lambdoidni fag PA-2 ob okužbi celic ''E. coli'' spodbudi proizvodnjo membranskega proteina Lc in zavira sintezo OmpC, ki deluje kot receptor za vezavo PA-2. Inhibicija izražanja OmpC poteka preko prepisovanja 247 baznih parov, ki sledijo zapisu za ''lc'' in ki so mu pripisali ime IpeX. Potrdili so, da se IpeX RNA ne prevaja, tako ima zgolj regulatorno funkcijo. Način inhibicije prevajanja OmpC je neodvisen od prisotnosti Hfq.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakterije pri katerih je tekom lizogenega cikla prišlo do vključitve dednega materiala bakteriofaga so znane po spremembi lastnosti, ki med drugim tudi onemogočajo okužbo z drugimi fagi. Lambdoidni fag PA-2 ob okužbi celic ''E. coli'' spodbudi proizvodnjo membranskega proteina Lc in zavira sintezo OmpC, ki deluje kot receptor za vezavo PA-2. Inhibicija izražanja OmpC poteka preko prepisovanja 247 baznih parov, ki sledijo zapisu za ''lc'' in ki so mu pripisali ime IpeX. Potrdili so, da se IpeX RNA ne prevaja, tako ima zgolj regulatorno funkcijo. Način inhibicije prevajanja OmpC je neodvisen od prisotnosti Hfq.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sevih ''E. coli'' okuženih z bakteriofagom Φ24<sub>B</sub> so opazili sRNA dolge 20 nukleotidov, imenovane 24B_1, ki so nastale s specifično cepitvijo daljšega zapisa, ki se nahaja med geni lom in ''vb_24B_43''. Tak nastanek nakazuje podobnost evkariontskim mikroRNA in bi tako lahko bil prvi odkrit primer te vrste v prokariontih. Testi, kjer so z delecijami zapisa za ta zapis preverjali biološko vlogo 24B_1, so pokazali, da je mutanta manj učinkovito vstopala v lizogeni cikel in hitreje prešla v lizni cikel. Kasneje so opažanja pripisali vlogi 24B_1 kot negativnega regulatorja izražanja <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">genov </del>''d_ant''. V mutiranem sevu pomanjkanje tega negativnega regulatorja poveča izražanje antirepresorja, ki inhibira ''cI'' represor, pri čemer pride do povečanega izražanja genov.<ref>Nejman-Faleńczyk, B., Bloch, S., Licznerska, K., Dydecka, A., Felczykowska, A., Topka, G., Węgrzyn, A., Węgrzyn, G. A small, microRNA-size, ribonucleic acid regulating gene expression and development of Shiga toxin-converting bacteriophage Φ24<sub>Β</sub>. ''Sci. Rep.'' '''5''', (2015).</ref></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sevih ''E. coli'' okuženih z bakteriofagom Φ24<sub>B</sub> so opazili sRNA dolge 20 nukleotidov, imenovane 24B_1, ki so nastale s specifično cepitvijo daljšega zapisa, ki se nahaja med geni lom in ''vb_24B_43''. Tak nastanek nakazuje podobnost evkariontskim mikroRNA in bi tako lahko bil prvi odkrit primer te vrste v prokariontih. Testi, kjer so z delecijami zapisa za ta zapis preverjali biološko vlogo 24B_1, so pokazali, da je mutanta manj učinkovito vstopala v lizogeni cikel in hitreje prešla v lizni cikel. Kasneje so opažanja pripisali vlogi 24B_1 kot negativnega regulatorja izražanja <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">gena </ins>''d_ant''. V mutiranem sevu pomanjkanje tega negativnega regulatorja poveča izražanje antirepresorja, ki inhibira ''cI'' represor, pri čemer pride do povečanega izražanja genov.<ref>Nejman-Faleńczyk, B., Bloch, S., Licznerska, K., Dydecka, A., Felczykowska, A., Topka, G., Węgrzyn, A., Węgrzyn, G. A small, microRNA-size, ribonucleic acid regulating gene expression and development of Shiga toxin-converting bacteriophage Φ24<sub>Β</sub>. ''Sci. Rep.'' '''5''', (2015).</ref></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., Lavinge, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., Lavinge, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td></tr>
</table>Žiga Vičičhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vzajemna_regulacija_med_fagom_in_bakterijo_na_posttranskripcijski_ravni&diff=17166&oldid=prevŽiga Vičič: /* Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu */2020-05-05T14:49:30Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 14:49, 5 May 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l39">Line 39:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 39:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakterije pri katerih je tekom lizogenega cikla prišlo do vključitve dednega materiala bakteriofaga so znane po spremembi lastnosti, ki med drugim tudi onemogočajo okužbo z drugimi fagi. Lambdoidni fag PA-2 ob okužbi celic ''E. coli'' spodbudi proizvodnjo membranskega proteina Lc in zavira sintezo OmpC, ki deluje kot receptor za vezavo PA-2. Inhibicija izražanja OmpC poteka preko prepisovanja 247 baznih parov, ki sledijo zapisu za ''lc'' in ki so mu pripisali ime IpeX. Potrdili so, da se IpeX RNA ne prevaja, tako ima zgolj regulatorno funkcijo. Način inhibicije prevajanja OmpC je neodvisen od prisotnosti Hfq.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakterije pri katerih je tekom lizogenega cikla prišlo do vključitve dednega materiala bakteriofaga so znane po spremembi lastnosti, ki med drugim tudi onemogočajo okužbo z drugimi fagi. Lambdoidni fag PA-2 ob okužbi celic ''E. coli'' spodbudi proizvodnjo membranskega proteina Lc in zavira sintezo OmpC, ki deluje kot receptor za vezavo PA-2. Inhibicija izražanja OmpC poteka preko prepisovanja 247 baznih parov, ki sledijo zapisu za ''lc'' in ki so mu pripisali ime IpeX. Potrdili so, da se IpeX RNA ne prevaja, tako ima zgolj regulatorno funkcijo. Način inhibicije prevajanja OmpC je neodvisen od prisotnosti Hfq.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sevih ''E. coli'' okuženih z bakteriofagom Φ24<sub>B</sub> so opazili sRNA dolge 20 nukleotidov, imenovane 24B_1, ki so nastale s specifično cepitvijo daljšega zapisa, ki se nahaja med geni lom in ''vb_24B_43''. Tak nastanek nakazuje podobnost evkariontskim mikroRNA in bi tako lahko bil prvi odkrit primer te vrste v prokariontih. Testi, kjer so z delecijami zapisa za ta zapis preverjali biološko vlogo 24B_1, so pokazali, da je mutanta manj učinkovito vstopala v lizogeni cikel in hitreje prešla v lizni cikel. Kasneje so opažanja pripisali vlogi 24B_1 kot negativnega regulatorja izražanja genov ''d_ant''. V mutiranem sevu pomanjkanje tega negativnega regulatorja poveča izražanje antirepresorja, ki inhibira ''cI'' represor, pri čemer pride do povečanega izražanja genov <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">pod kontrolo promotorja ''cI''</del>.<ref>Nejman-Faleńczyk, B., Bloch, S., Licznerska, K., Dydecka, A., Felczykowska, A., Topka, G., Węgrzyn, A., Węgrzyn, G. A small, microRNA-size, ribonucleic acid regulating gene expression and development of Shiga toxin-converting bacteriophage Φ24<sub>Β</sub>. ''Sci. Rep.'' '''5''', (2015).</ref></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V sevih ''E. coli'' okuženih z bakteriofagom Φ24<sub>B</sub> so opazili sRNA dolge 20 nukleotidov, imenovane 24B_1, ki so nastale s specifično cepitvijo daljšega zapisa, ki se nahaja med geni lom in ''vb_24B_43''. Tak nastanek nakazuje podobnost evkariontskim mikroRNA in bi tako lahko bil prvi odkrit primer te vrste v prokariontih. Testi, kjer so z delecijami zapisa za ta zapis preverjali biološko vlogo 24B_1, so pokazali, da je mutanta manj učinkovito vstopala v lizogeni cikel in hitreje prešla v lizni cikel. Kasneje so opažanja pripisali vlogi 24B_1 kot negativnega regulatorja izražanja genov ''d_ant''. V mutiranem sevu pomanjkanje tega negativnega regulatorja poveča izražanje antirepresorja, ki inhibira ''cI'' represor, pri čemer pride do povečanega izražanja genov.<ref>Nejman-Faleńczyk, B., Bloch, S., Licznerska, K., Dydecka, A., Felczykowska, A., Topka, G., Węgrzyn, A., Węgrzyn, G. A small, microRNA-size, ribonucleic acid regulating gene expression and development of Shiga toxin-converting bacteriophage Φ24<sub>Β</sub>. ''Sci. Rep.'' '''5''', (2015).</ref></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., Lavinge, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakteriofag PAK_P3 okuži bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', čemur sledi upad bakterijskih transkriptov in porast virusnih RNA ter sprememba metabolizma pirimidina, usmerjena v proizvodnjo nukleotidov za sintezo virusnih genomov. V začetni fazi okužbe regulacija poteka preko asRNA v končnih pa pride do porasti nekodirajočih sRNA. V pozni fazi okužbe se povečano izražata dve sRNA imenovani sRNA1, zapisana med genoma za dva fagna proteina, in sRNA2, zapisana med regijama za fagne tRNA. Študija vloge teh dveh sRNA je pokazala, da sodelujeta v utišanju prevajanja. sRNA2 ima 11 nukleotidov dolgo zaporedje, ki se na gostiteljskem genomu pojavi 8-krat znotraj zaporedja TψC-zanke tRNA, ki je povezana z vezavo na ribosom.<ref> Chevallereau, A., Blasdel, B. G., De Smet, J., Monot, M., Zimmermann, M., Kogadeeva, M., Sauer, U., Jorth, P., Whiteley, M., Debarbieux, L., Lavinge, R. Next-Generation “-omics” Approaches Reveal a Massive Alteration of Host RNA Metabolism during Bacteriophage Infection of ''Pseudomonas aeruginosa''. ''PLoS Genet.'' '''12''', 1–20 (2016).</ref></div></td></tr>
</table>Žiga Vičičhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vzajemna_regulacija_med_fagom_in_bakterijo_na_posttranskripcijski_ravni&diff=17163&oldid=prevŽiga Vičič: /* Profagna sRNA regulira aktivnost sRNA bakterijskega kromosoma */2020-05-05T11:35:26Z<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Profagna sRNA regulira aktivnost sRNA bakterijskega kromosoma</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 11:35, 5 May 2020</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l33">Line 33:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 33:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Profagne sRNA lahko regulirajo sRNA bakterijskega kromosoma, imenujejo jih anti-sRNAs ali RNA spužve, ki se komplementarno vežejo na sRNA in blokirajo njeno aktivnost. Ena takšnih je AgvB.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Profagne sRNA lahko regulirajo sRNA bakterijskega kromosoma, imenujejo jih anti-sRNAs ali RNA spužve, ki se komplementarno vežejo na sRNA in blokirajo njeno aktivnost. Ena takšnih je AgvB.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakterijska sRNA GcvB je izredno ohranjena med enterobakterijami in kontrolira velik regulon (skupina genov pod istim regulatornim genom) genov, ki kodirajo za transporterje aminokislin in proteinov. Je glavni regulator transporta aminokislin in represor translacije številnih proteinov, vključno z dipeptidnim transporterjem DppA. 5'-konec AgvB je delno komplementaren ohranjeni sejalni regiji R1 (CACAACA), s katero GcvB prepozna večino tarč. Če se na GcvB veže profagna AgvB, ta ne bo več prepoznaval dpp mRNA in bo represija izražanja zmanjšana. Zanimivo tudi sRNA SroC, ki jo kodira bakterijski kromosom, deluje po istem principu in vpliva na funkcijo GcvB, le da se SroC veže na dve različni regiji in povzroči razpad GcvB.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Bakterijska sRNA GcvB je izredno ohranjena med enterobakterijami in kontrolira velik regulon (skupina genov pod istim regulatornim genom) genov, ki kodirajo za transporterje aminokislin in proteinov. Je glavni regulator transporta aminokislin in represor translacije številnih proteinov, vključno z dipeptidnim transporterjem DppA. 5'-konec AgvB je delno komplementaren ohranjeni sejalni regiji R1 (CACAACA), s katero GcvB prepozna večino tarč. Če se na GcvB veže profagna AgvB, ta ne bo več prepoznaval <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>dpp<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </ins>mRNA in bo represija izražanja zmanjšana. Zanimivo tudi sRNA SroC, ki jo kodira bakterijski kromosom, deluje po istem principu in vpliva na funkcijo GcvB, le da se SroC veže na dve različni regiji in povzroči razpad GcvB.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Fagne sRNA, ki uravnavajo izražanje genov zapisanih na gostiteljskem kromosomu==</div></td></tr>
</table>Žiga Vičič