https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=%C4%90or%C4%91e+Dimitrijevi%C4%87 2026-04-05T19:35:19Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mehanizem_modifikacije_histonov&diff=6185 2011-04-19T19:04:56Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* 2. p300/CBP */</p> <hr /> <div>== 1.UVOD ==<br /> <br /> <br /> Histoni so proteini ki, ko se povežejo z DNA tvorijo kromosom. DNA pa je v celicah večinoma v obliki kromatina, katerega pomemben gradbeni element je tako imenovani nukleosom. Le ta je sestavljen iz oktamera histonov (H2A, H2B, H3, H4). <br /> Pri epigenetskih modifikacijah, reverzibilne post-translacijske modifikacije histonov, predstavlja predvsem acetilacija aminokislin v histonskih repih. Lahko pa poteka tudi metilacija (lizina, arginna; mono ali -di -tri), fosforilacija (serina), ubikvitinacija (lizina), glikozilacija (asparagina, treonina in serina), ubikvitinacija (lizina), sumoilacija (lizina), poly ADP-ribozilacija, biotinilacija (lizina), karbonilacija.<br /> <br /> ----<br /> <br /> == 1.1 FOSFORILACIJA ==<br /> <br /> <br /> Fosforilacija poteka predvsem na serinskem ostanku histonov: H2A, H2B, H3 in H4. Dodatek negativno nabitih skupin nevtralizira njihov osnovni naboj. Posledično se zmanjša afiniteta do DNA. Fosforilacija serina 10 na H3 poveča aktivnost HAT. To nakazuje, da fosforilacija vpliva na izražanje genov posredno, preko stimuliranja aktivacije drugih post-translacijskih modifikacij.<br /> ----<br /> <br /> == 1.2 GLIKOZILACIJA ==<br /> <br /> Pri glikozilaciji se dodajajo oligosaharidne komponente preko amidne skupine asparagina (N-glikozilacija) ali preko hidroksilne skupine serina ali treonina (O-glikozilacija) na proteine. N-glikozilacija lahko poteče le, če je zaporedje Asn-X-Ser/Thr (X ne sme biti prolin).<br /> Poteče na vseh vrstah histonov (H1, H2A, H2B, H3 in H4). <br /> Glikozilacijo histonov z O-GlcNac katalizira encim O-GlcNac transferaza.<br /> ----<br /> <br /> == 1.3 UBIKVITINACIJA ==<br /> <br /> Ubikvitinacija poteka na histonih H2A (15%), H2B (2%), H1 in H3. Pri vseh ubikvitinacijah histonov gre večinoma za monoubikvitinacijo. <br /> Najbolj verjetni mehanizem je, da ubikvitin vpliva na transkripcijo tako, da vpliva na druge proteine, ki modificirajo histone. Pri dodajanju ubikvitina na histon sodelujejo encimi E1, E2, E3. Njegovo odstranjevanje pa katalizirajo encimi izopeptidaze.<br /> ----<br /> <br /> == 1.4 SUMOILACIJA ==<br /> <br /> Sumoilacija histonov regulira represijo transkripcije. Poteka na lizinskih ostankih histonov H2A, H2B, H3 in H4. Sumoilacija slednjega je najpogostejša. <br /> Sumo-H4 vpliva na aktivnost histon deacetilaz 1(HDAC1) in HP1. Predstavlja signal za prehod od aktivacije do represije kromatina. SUMO verjetno blokira vezavno mesto na lizinu, in s tem preprečuje acetilacijo in ubikvitinacijo histonov.<br /> ----<br /> <br /> == 1.5 POLY ADP-RIBOZILACIJA ==<br /> <br /> Afiniteta te modifkacije na histonih je: H1&gt;H2A&gt;H2B=H3&gt;H4.<br /> Encim, ki dodaja ADP-riboze je Poly ADP-riboza polimeraza-1 (PARP-1). Ob manjših poškodbah DNA, aktivacija PARP-1 povzroči kovalentno modifikacijo histonov. <br /> Poly ADP-riboza ima visok naboj, to pa povzroči, da z njo modificirani histoni, izgubijo afiniteto do DNA, tako pa pride do lokalne dekondenzacije kromatina.<br /> <br /> ----<br /> <br /> == 1.6 BIOTINILACIJA ==<br /> <br /> Je proces kovalentne vezave biotina na proteine. Biotinilacija lizinov na histonih se poveča kot odgovoru na proliferacijo limfocitov. Raziskave so pokazale, da je količina biotiniliranih histonov veliko višja v transkripcijsko neaktivnem kromatinu. To pa pomeni, da biotin sodeluje pri utišanju genske ekspresije. Biotinilacija se poveča ob izpostavitvi celic UV svetlobi.<br /> ----<br /> <br /> == 1.7 KARBONILACIJA ==<br /> <br /> Je oksidativna modifikacija histonov. Poteka na histonih: H1, H2A, H2B in H3. Na histonu H4 je še niso odkrili. <br /> Karbonilacija oksidira nekatere aminoksiline na histonih in s tem poveča pozitivni naboj histona. Tako se poveča afiniteta do DNA. Karbonilacija je neencimska modifikacija, poveča pa se ob alkalnem stresu, povezana pa je tudi s staranjem.<br /> <br /> ----<br /> <br /> == 1.8 METILACIJA ==<br /> <br /> Metilacija povzroči bolj kondenzirano obliko kromatina. To pomeni, da metilacija histonov oteži proces transkripcije ali popravljanja DNA. Poteka predvsem na lizinu/argininu histonov H3 in H4. Vsak lizin je lahko do trikrat metiliran. Aktivacija oziroma represija transkripcije je odvisna od količine metilacije. Je obstojnejša modifikacija od acetilacije.<br /> <br /> Metilacijo katalizirajo metiltransferaze (HKMT). Ti encimi imajo širok spekter delovanja. Prisotni so tako pri formaciji heterokromatina, kot pri regulaciji transkripcije. <br /> <br /> Ker metilacija ne spremeni naboja lizina ali arginina, na kromatin ne vpliva preko elektrostatskih pač pa drugih (hidrofobnih itd.) interakcij. Lahko pa specifična metilacija aminoksilin, predstavlja vezavno mesto za različne proteine. <br /> <br /> Procesi na katere vpliva metilacija:<br /> <br /> -Popravljalni mehanizem DNA in transkripcijska aktivnost DNA<br /> -H3 (lizin 9 in 27; trikrat metilirana), pomemben za močan stabilen kromatin<br /> -H3 (lizin 9; dimetiliran) pomemben za gensko ekspresijo<br /> -H4 (lizin 20; trimetiliran) predstavlja znak za raka pri človeku<br /> -H3 (lizin 9; trimetiliran) pomemben pri mitozi <br /> <br /> ----<br /> <br /> == 1.9 ACETILACIJA ==<br /> <br /> Acetilacija poteka na N-terminalnem delu proteina, predvsem na lizinskih ostankih vseh štirih histonov, ki tvorijo nukleosom: H2A, H2B, H3, H4. Transkripcijsko aktivna mesta evkromatina so hiperacetilirana, mesta neaktivnega heterokromatina pa so hipoacetilirana. <br /> <br /> Acetilacijo regulirata histonska acetiltransferaza (HAT) in histonska deacetilaza (HDAC). Poznamo dve vrsti HAT encimov. Tip A se nahaja v jedru, tip B pa v citoplazmi. Tip B acetilira na novo nastale histone v citoplazmi. Ti se nato transportirajo v jedro, deacetilirajo in vključijo v kromatin. Tip A pa acetilira histone v jedru. Vloga HDAC pa je vzdrževanje ravnotežja med acetiliranimi in deacetiliranimi nukleosomi.<br /> <br /> Procesi na katere vpliva acetilacija histonov:<br /> <br /> - Transkripcijska aktivnosti kromatina<br /> <br /> - Replikacija<br /> <br /> - Nastanek nukleosoma<br /> <br /> - Proces pakiranja kromatina<br /> <br /> - Interakcije nehistonskih proteinov z nukleosomom<br /> <br /> Acetilacija lizinskih ostankov nevtralizira naboj histonov. To povzroči manjšo afiniteto do DNA. Sledi dekondenzacija DNA in s tem pride posledično do transkripcije. <br /> <br /> ----<br /> <br /> == 2. p300/CBP ==<br /> <br /> p300 in CBP paraloga ( p300/PCB) sta sprva bila opisana pred 15 leti kot aktivatorja genov cikličnega AMP in kot adenovirus E1A vezavna proteina. Izkazalo se je, da sta animallia - specifična transkripcijska koaktivatorja(mediatorja), ki imata funkcijo pri aktivaciji mnogih transkripcijskih faktorjev vključno s PCAF. Leta 1996 so objavili da ima CBP lastno acetiltransferazno aktivnost in da p300 in PCAF acetilirajo jedrne histone, kot tudi druge transkripcijske faktorje in ne-transkripcijske faktorske tarče.<br /> <br /> Istega leta je bila objavljena kristalna struktura p300 HAT domene s kompleksom Lys-COA bisubstrat inhibitorja ter narejene so bile temu pripadajoče biokemične analize encima.<br /> Struktura je razkrila podaljšano globularno domeno, ki vsebuje v sredici 7 β listov obdanimi z 9 α vijačnicami in mnogimi zankami.<br /> [http://i179.photobucket.com/albums/w285/Canon888/Slikcaa-c.jpg]<br /> <br /> En predel Lys-CoA inhibitorja je postavljen približno v sredini( med β4 in β5) in nasproti širokem robu β lista in C-terminalnih koncih dveh vijačnic (α3 in α4). Približno 25 aminokislinskih ostankov dolga zanka(L1), imenovana substrat vezalna zanka, ovija nasprotno stran Lys-CoA inhibitorja. <br /> Primerjava med Gcn5/PCAF in MYST HATs odkriva strukturno ohranjenost znotraj osrednje regije, ki je povezana z vezavo kofaktorja acetil-CoA, in čeprav med njima ni sekvečne homologije, obstaja pomembna strukturna različnost ki obdaja to osrednjo jedrno regijo.<br /> Čeprav med HAT obstajajo podobnosti znotraj vezalne domene kofaktorja acetil-CoA, je L1 substrat vezalna zanka edinstvena značilnost p300 HAT domene, ki vsebuje tretjino CoA deleža Lys-CoA inhibitorja in sodeluje v polovici CoA interakcij.<br /> Obstaja mnogo drugih strukturnih značilnosti p300 ki odstopajo od Gcn5/PCAF in MYST HATs, ki kot zgleda so zelo pomembni za p300-specifično HAT funkcijo. Najbolj pomembna je elektrostatična površina v bližini lizinskega predela Lys-CoA inhibitorja, ki je negativna, medtem ko odgovarjajoče regije Gcn5/PCAF in MYST HATs so dokaj nepolarne. Elektro negativna površina p300 vsebuje dve vdolbini ločeni z razdaljo, ki je približno dolga 3-4 aminokislinskih ostankov.<br /> Glede na opažanja, poravnava vseh poznanih p300/CBP substratov nakazuje, da vsi vsebujejo bazično aminokislino, ki je 3 ali 4 ostankov gor ali dol od tarčnega lizina.<br /> Liu je pokazal, da mutageneza elektronegativnega mesta poveča KM za histonski H3 substrat, kar potrjuje pomembnost tega mesta za protein substratno vezavo p300. <br /> <br /> ----<br /> <br /> == 3. Rtt109 ==<br /> <br /> Rtt109 je primer histon acetiltransferaze (HAT), ki katalizira acetilacijo Lys56 na globularni domeni histona H3. Ta reakcija je izrednega pomena pri pravilni lokalizaciji telomerov.<br /> Rtt109 s to reakcijo spodbuja genomsko stabilnost in odpornost DNA na genotoksične snovi ter pravilno transkripcijo genov. Za uspešno acetilacijo H3K56 Rtt109 potrebuje histonske šaperonske proteine, Asf1 ali Vps75.<br /> Raziskava strukture Rtt109 je razkrila sedem centralnih ß-ploskev, stranske helikse in substrat vezavno zanko, ki igra analogno vlogo v Ac-CoA interakciji. Zanimivo je, da primerjava sekvence med p300 in Rtt109 razkrije le 7% sekvenčno identiteto, kar je značilno za primerjave nesorodnih proteinov. To se vidi tudi pri substrat vezavnemu mestu, ki pri Rtt109 ni tako elektronegativno kot pri p300.<br /> Asp89 igra pomembno vlogo v stabilizaciji substrat vezavne zanke, asparaginski ostanki 287 in 288 sodelujejo pri vezavi substrata, Tyr199 in Trp222 pa igrata pomembni vlogi v katalizi z možnim učinkom na vezavo kofaktorjev. Katalitično aktivno mesto Rtt109, predstavlja ga Asp288, ki je deprotoniran ostanek in Lys290, ki je avtoaciliran ostanek.<br /> <br /> Študije kinetičnih lastnosti te katalize so razkrile nenavadno sigmoidna koncentracijsko odvisnost, ki predstavlja visoko stopnjo kooperativnosti.<br /> Acetilacija Lys290 olajša H3K56 acetilacijo poleg tega pa tudi spodbuja genomsko stabilnost. Najprej se na kompleks Rtt109-Vps75 veže acetil-CoA, nato sledi vezava N-končnega repa H3. Acetil-CoA napade amino skupino lizina in sledi prenos acetilne skupine na tarčni lizinski ostanek. <br /> Rtt109 in Vps75 oblikujeta stabilen kompleks z nanomolarno afiniteto Kd=10+/-2 nM.[16]. Premer centralnega jedra holoencima je približno 12 A.[http://pubs.acs.org/appl/literatum/publisher/achs/journals/content/bichaw/2010/bichaw.2010.49.issue-30/bi100381y/production/images/medium/bi-2010-00381y_0009.gif]<br /> <br /> ----<br /> <br /> == 4. LSD1 ==<br /> <br /> Metilacijo izvajajo encimi imenovani metiltransferaze. Reakcija je reverzibilna, za kar poskrbijo histon demetilaze. Primer slednjih je LSD1 (lizin specifična demetilaza 1 ). Spada k flavin adenine dinukleotid (FAD) – odvisni amino oksidazni družini in je specifičen za mono- in dimetilirane lizine, ne pa za tri-metilirane lizine. Sprva je bil LSD1 identificiran kot podenota histon deacetilaznih kompleksov. <br /> Mehanizem:<br /> Metilacijo z LSD1 lahko prikažemo z amino oksidaznim mehanizmom, pri katerem se vez metil-lizin oksidira v iminski intermediat. Reducirajoči ekvivalenti se, prenesejo na FAD in tako nastane FADH2, ki se vrne v oksidativno stanje skozi redukcijo molekularnega kisika do vodikovega peroksida.<br /> <br /> Medtem je metil-lizin imin intermediat podvržen hidrolizi, katere rezultat je demetilacija lizina in sprostitev stranskega produkta; formaldehida. <br /> <br /> Struktura LSD1/Co-REST kompleksa:<br /> Kristalno strukturo so določili s samomorilskim inhibitorjem sestavljenim iz 21 ostankov histona H3. Inhibitor in LSD1 interagirata skozi serijo glavnih in stranskih verig z tako vodikovimi kot z Van der Waalsovimi vezmi.<br /> Pomembnejše povezave z inhibitorjem so vodikove vezi na R2 in Q5 stranski verigi in solni mostiček med alfa-aminom A1 in Asp555 v LSD1. [http://i179.photobucket.com/albums/w285/Canon888/LSD1suicidalinhibitor.jpg]<br /> <br /> Kristalna struktura LSD1/Co-REST-C kompleksa:<br /> Tu je LDS1 vezan na histon H3 peptidni inhibitor v katerem je Lys4 mutiran v metionin (H3K4M). Vezava peptida je stabilizirana z vrsto inter- in intra-molekularnimi vodikovimi in Van der Waalsovimi vezmi. Za pravilno interakcijo in konformacijo z LDS1, je pomembno veliko vodikovih vezi in solnih mostičkov z R2 in R8 guanidnimi skupinami v H3K4M. Da encim LSD1 katalizira demetilacijo, potrebuje H3 peptide dolge vsaj 16 ostankov.<br /> <br /> Zanimivo je dejstvo, da je konformacija H3K4M peptida oblike črke U, medtem ko je konformacija samomorilskega inhibitorja oblike W.<br /> LSD1 substrat vezavno mesto, je tako sposobno sprejeti substrate v več različnih konformacijah. <br /> Rezultati kažejo da lahko androgeni receptor in ostali transkripcijski faktorji regulirajo aktivnost LSD1, se pravi, da lahko spremenijo konformacijo LSD1 substrat vezavnega mesta.<br /> <br /> == 5. Reference ==<br /> <br /> [1] Ronen M., Raymond C. T., Histone modifying enzymes: Structures, mechanisms, and specificities, Biochimica et Biophysica Acta 1789 (2009) 58–68.<br /> <br /> [2] Lin C., Yuan YA., Structural insights into histone H3 lysine 56 acetylation by Rtt109, 2008 Oct 8;16(10):1503-10. Epub 2008 Aug 21.<br /> <br /> [3] Dan S., Qi H., Hui z., James R.T., Rui-Ming X., Zhiguo Z., Georges M., citing online sources, Structure and histone binding properties of the Vps75-Rtt109 chaperone-lysine acetyltransferase complex [online], 2011, [citirano 15.4.2011], dostopno na svetovnem spletu: &lt;http://www.jbc.org/content/early/2011/03/22/jbc.C111.220715.full &gt;.<br /> <br /> [4] Brittany N. A., John M. D., Kinetic mechanism of a novel HAT-histone chaperone complex, Rtt109-Vps75, [online], 2011, [citirano 15.4.2011], dostopno na svetovnem spletu: &lt;http://www.fasebj.org/cgi/content/meeting_abstract/24/1_MeetingAbstracts/458.1&gt;.<br /> <br /> [5] Yong T., Marc A. H., Neda D., Hugo W., Benoit G., Katrina M., Hua Y., Paul D., Eun-Hye L., Chantal D., Pierre T., Alain V., Philip A. C., Ronen M., structure of the Rtt109-AcCoA/Vsp75 Complex and implications for Chaperone-mediated histone acetylation, Volume 19, Issue 2, 221-231, 20 January 2011.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetsko_uravnavanje_izra%C5%BEanja_genov&diff=5777 2011-04-16T13:22:46Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Skupine */</p> <hr /> <div>== Predstavitev seminarja 2010/11 ==<br /> Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Mehanizem metilacije DNA<br /> # Mehanizem modifikacije histonov<br /> # Analiza metilacijskih vzorcev na DNA<br /> # Analiza posttranslacijskih sprememb histonov<br /> # Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)<br /> # Ksenobiotiki in epigenetske spremembe<br /> # Epigenetske spremembe in rak<br /> # Epigenetske spremembe in debelost<br /> # Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)<br /> # Epigenetska regulacija celičnega cikla<br /> # Epigenetika in staranje<br /> # Projekt Čovekov epigenom<br /> # (rezervna tema) ''Epigenetsko dogajanje pri rastlinah''<br /> <br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu sredi aprila (po 7 predstavitev v 2 urah).<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 18.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 7 bodo 20.4., ostalih seminarjev pa 22.4. Vsaka skupina ima za predstavitev do 10 minut časa, sledi pa razprava (2-5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> <br /> === Skupine ===<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> <br /> # ''Mehanizem metilacije DNA'' (Vito Frančič, Aleksander Krajnc, Žan Caf-Feldin)<br /> # ''[[Mehanizem modifikacije histonov]]'' (Filip Kolenc, Nataša Simonič,Đorđe Dimitrijević)<br /> # ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA'' (Veronika Rovanšek, Žan Železnik, Eva Tolar)<br /> # ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov'' (Barbara Berki, Maruša Bratuš, Kaja Rupar)<br /> # ''Dedovanje metilacijskih vzorcev'' (Brigita Razboršek, Tisa Primc, Urban Bezeljak)<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana'' (Luka Bevc, Janja Juvančič, Tjaša Bigec)<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki'' (Nives Naraglav,Urška Žbogar, Špela Podjed)<br /> # ''Ksenobiotiki in epigenetske spremembe'' (Daša Janeš, Alenka Mikuž, Špela Baus)<br /> # ''Epigenetske spremembe in rak'' (Tjaša Berčič, Dino Ščuk,Nejc Perme)<br /> # ''Epigenetske spremembe in debelost'' (Kristina Bremec, Petra Gorečan, Špela Umek)<br /> # ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)<br /> # ''Epigenetska regulacija celičnega cikla'' (Janez Meden, Primož Bembič, Uroš Stupar)<br /> # ''[[Epigenetika in staranje]]'' (Margareta Žlajpah, Maja Kogoj, Zala Rot)<br /> # ''Projekt Čovekov epigenom'' (Blaž Svetic, Kaja Tadić, Sabina Mavretič)<br /> # (rezervna tema) ''Epigenetsko dogajanje pri rastlinah'' (Damjana Hriberšek, Laura Ogrin)<br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetsko_uravnavanje_izra%C5%BEanja_genov&diff=5445 2011-02-25T17:55:41Z

<p>Đorđe Dimitrijević: </p> <hr /> <div>Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Mehanizem metilacije DNA<br /> # Mehanizem modifikacije histonov<br /> # Analiza metilacijskih vzorcev na DNA<br /> # Analiza posttranslacijskih sprememb histonov<br /> # Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)<br /> # Ksenobiotiki in epigenetske spremembe<br /> # Epigenetske spremembe in rak<br /> # Epigenetske spremembe in debelost<br /> # Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)<br /> # Epigenetska regulacija celičnega cikla<br /> # Epigenetika in staranje<br /> # Projekt Čovekov epigenom<br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu v začetku aprila 2011 (po 7 predstavitev v 2 urah).<br /> <br /> ----<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> # ''Mehanizem metilacije DNA'' (Vito Frančič, Aleksander Krajnc, Žan Caf-Feldin)<br /> # ''Mehanizem modifikacije histonov'' (Filip Kolenc, Nataša Simonič,Đorđe Dimitrijević)<br /> # ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA'' <br /> # ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov'' (Barbara Berki, Maruša Bratuš, Kaja Rupar)<br /> # ''Dedovanje metilacijskih vzorcev'' (Brigita Razboršek, Tisa Primc, Urban Bezeljak)<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana'' (Luka Bevc, Janja Juvančič, Tjaša Bigec)<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki'' (Nives Naraglav,Urška Žbogar, Špela Podjed)<br /> # ''Ksenobiotiki in epigenetske spremembe'' (Daša Janeš, Alenka Mikuž, Špela Baus)<br /> # ''Epigenetske spremembe in rak'' (Tjaša Berčič, Dino Ščuk,Nejc Perme)<br /> # ''Epigenetske spremembe in debelost'' (Kristina Bremec, Petra Gorečan, ...)<br /> # ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)<br /> # ''Epigenetska regulacija celičnega cikla'' (Janez Meden, Primož Bembič,...)<br /> # ''Epigenetika in staranje'' (Margareta Žlajpah, Maja Kogoj, Zala Rot)<br /> # ''Projekt Čovekov epigenom'' (Blaž Svetic, Kaja Tadić...)<br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetsko_uravnavanje_izra%C5%BEanja_genov&diff=5444 2011-02-25T16:13:00Z

<p>Đorđe Dimitrijević: </p> <hr /> <div>Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Mehanizem metilacije DNA<br /> # Mehanizem modifikacije histonov<br /> # Analiza metilacijskih vzorcev na DNA<br /> # Analiza posttranslacijskih sprememb histonov<br /> # Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)<br /> # Ksenobiotiki in epigenetske spremembe<br /> # Epigenetske spremembe in rak<br /> # Epigenetske spremembe in debelost<br /> # Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)<br /> # Epigenetska regulacija celičnega cikla<br /> # Epigenetika in staranje<br /> # Projekt Čovekov epigenom<br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu v začetku aprila 2011 (po 7 predstavitev v 2 urah).<br /> <br /> ----<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> # ''Mehanizem metilacije DNA'' (Vito Frančič, Aleksander Krajnc, Žan Caf-Feldin)<br /> # ''Mehanizem modifikacije histonov'' (Filip Kolenc, Nataša Simonič,...)<br /> # ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA'' (Đorđe Dimitrijević,...)<br /> # ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov'' (Barbara Berki, Maruša Bratuš, Kaja Rupar)<br /> # ''Dedovanje metilacijskih vzorcev'' (Brigita Razboršek, Tisa Primc, Urban Bezeljak)<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana'' (Luka Bevc, Janja Juvančič, Tjaša Bigec)<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki'' (Nives Naraglav,Urška Žbogar, Špela Podjed)<br /> # ''Ksenobiotiki in epigenetske spremembe'' (Daša Janeš, Alenka Mikuž, Špela Baus)<br /> # ''Epigenetske spremembe in rak'' (Tjaša Berčič, Dino Ščuk,Nejc Perme)<br /> # ''Epigenetske spremembe in debelost'' (Kristina Bremec, Petra Gorečan, ...)<br /> # ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)<br /> # ''Epigenetska regulacija celičnega cikla'' (Janez Meden, Primož Bembič,...)<br /> # ''Epigenetika in staranje'' (Margareta Žlajpah, Maja Kogoj, Zala Rot)<br /> # ''Projekt Čovekov epigenom'' (Blaž Svetic, Kaja Tadić...)<br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=5084 2010-12-22T10:13:13Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Veronika Rovanšek: yin-yang v biokemiji kobalamina */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen vezni člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini, znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred. V človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.<br /> <br /> <br /> == Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==<br /> Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.<br /> <br /> == Špela Podjed: Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite ==<br /> RNA-stikala so elementi neprevedenega dela mRNA, ki so sposobni vezave majhnih metabolitov. Do sedaj so jih odkrili že več kot dvajset, še vedno pa niso razkrili vseh lastnosti njihovih struktur. Najprej so jih odkrili in vitro. Ugotovili so, da naravni in umetni aptameri (del RNA, ki veže metabolit) uporabljajo skupne načine za vezavo liganda. Oboji uporabljajo parjenje baz, zlaganje aromatov in stabilizacijo z kovinskimi ioni. Naravni aptameri so večji in ligand s parjenjem baz in terciarnimi interakcijami med oddaljenimi deli vijačnice objamejo z vseh koncev. To zagotavlja veliko afiniteto RNA-stikala do liganda. Naravni aptameri so veliko bolj selektivni in specifični do liganda od njihovih umetnih modelov. Slednji so strukturno namreč preprostejši, vsebujejo manj nukleotidov in tako ne morejo dobro skriti metabolita v notranjost strukture. Poleg tega so odkrili tudi RNA-stikalo, ki je hkrati tudi ribocim, to je glmS [http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3L3C&amp;bionumber=1], ki se avtokatalitično cepi ob vezavi metabolita glukozamin-6-fosfata. RNA-stikala so izredno pomembna, saj so zaradi njihove narave zelo primerna za manipulacijo izražanja genov in zaznavanje majhnih metabolitov. V človeku jih do sedaj še niso odkrili, zato so nadvse primerna za razvoj zdravil proti bakterijam.<br /> <br /> == Nejc Perme: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah ==<br /> Glukoza je zelo pomemben vir ogljika in energije za evkariontske celice. Zato so razvile kompleksne mehanizme za natančno zaznavanje sprememb v koncentraciji. V raziskavah, ki so potekale v kvasovkah, so odkrili tri mehanizme za zaznavanje glukoze:<br /> <br /> 1) Kot zaznavna molekula deluje sama heksokinaza 2. Izkazalo se je, da se heksokinaza 2 lahko nahaja tudi v jedru, kjer neposredno interagira s transkripcijskimi faktorji (npr. Mig1), ki kontrolirajo ekspresijo genov. Da se heksokinaza pomakne v jedro pa mora prej prejeti signal od glukoze.<br /> <br /> 2) Zaznavni molekuli sta dva proteina v membrani (Rgt2 in Snf3), ki sta homologna transportnim proteinom glukoze. Med seboj se razlikujeta v tem, da se Snf3 odzove na majhne koncentracije glukoze, Rgt2 pa na velike. Odzoveta se na enak način kot heksokinaza z represijo in ekspresijo nekaterih genov (pri tem ne vstopata v jedro)<br /> <br /> 3) Glukoza se zaznava z GPCR sistemom. Alfa-podenota se odcepi in aktivira adenilat ciklazo. Da postane adenilat ciklaza aktivna je potrebna še glukoza-6-fosfat.<br /> <br /> Kako te mehanizmi zaznajo glukozo še ni znano, dokazano pa je, da imajo molekule pomembne vloge pri signalizaciji saj brez njih ne pride do celičnega odziva. Raziskovanje mehanizmov zaznavanja je šele v začetnih fazah, zato lahko pričakujemo, da bodo nadaljnje raziskave uspele razložiti kako naše celice zaznajo glukozo.<br /> <br /> == Urška Žbogar: Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov ==<br /> Glikoliza je biokemijska pot, ki se je razvila pod anaerobnimi pogoji in v kateri se 1 molekula glukoze pretvori v 2 molekuli piruvata. Ta pot je regulirana s številnimi encimi, za katere so novejše študije pokazale, da so bolj zapleteni, multi-funkcijski proteini, ne pa zgolj enostavne komponente glikolitične poti. Nekateri encimi opravljajo dodatne funkcije, in sicer v<br /> regulaciji transkripcije: heksokinaza (HK)-2, laktat dehidrogenaza A (LDH-A), gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza (GAPD) in enolaza (ENO)-1;<br /> regulaciji apoptoze: glukokinaza, HK in GAPD;<br /> stimulaciji celične motilitete: glukoza-6-fosfat izomeraza<br /> <br /> Glikoliza je glavni vir proizvodnje energije v pogojih, ko primanjkuje kisika zato je izražanje genov, ki kodirajo glikolitične encime pomembno za prilagoditev na hipoksijo (pomanjkanje kisika). Odziv na hipoksijo je posredovan s transkripcijskim faktorjem HIF-1, ki veže cis-regulatorne elemente za aktivacijo genov za odziv na hipoksijo, vključno s tistimi, ki kodirajo glikolitične encime. Rakave celice pa opravljajo glikolizo s povišano produkcijo laktata kljub prisotnosti zadostne količine kisika. Odvisnost rakavih celic od glikolize se kaže v spremenjenih tumornih mitohondrijih, ki niso sposobni vzdrževati normalnega oksidativnega metabolizma.<br /> <br /> V primeru heksokinaze je glikolizna pot povezana z mitohondrijsko oksidativno fosforilacijo <br /> in apoptozo (lokalizacija v mitohondriju). Multifunkcionalnost teh encimov dokazuje tudi lokalizacija glikolitičnih encimov v jedru, kjer sodelujejo kot komponente transkripcijskega koaktivatorja (LDH-A in GAPD) ali represorja (ENO1), medtem ko sama glikoliza poteka izključno v citoplazmi.<br /> <br /> == Urban Bezeljak: Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta ==<br /> Raziskave na primeru biokemijskega aktomiozinskega motorja[http://www.banyantree.org/jsale/actinmyosin/images/actin.gif] so postregle z nekaterimi dognanji, ki so in še bodo pomagali razumeti ostale fiziološke procese od celičnega premikanja do celičnega signaliziranja. Tako kot pri avtomobilskem motorju z notranjim izgorevanjem lahko tudi pri motornem proteinu miozinu definiramo „delovni takt“, korak kjer pride do nastanka mehanske moči. Delovni takt aktomiozina je ključni trenutek v miozinskem ATPaznem ciklu, v katerem služi hidroliza ATP kot vir energije in konformacijskih sprememb, ki povzročijo premik mišičnih filamentov.<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Myosin Molekula miozina] je sestavljena iz glave (motorne domene), vratu (vzvoda) in dolgega repa, ki se prepleta ter tvori debel mišični filament. Na motorni domeni najdemo aktinske vezavne regije, nukleotidno vezavno mesto ter elemente, ki posredujejo spremembe v nukleotidnem žepu do vzvoda oz. do vezavnih mest za aktin. Ko je na miozinsko glavo vezana molekula ATP, sta aktin in miozin razdružena, ko pa pride do hidrolize, se zaradi nastalih konformacijskih sprememb glava lahko veže na aktin, vzvodna ročica miozina pa v koraku delovnega takta zamahne in premakne filamenta. Sprostitev produktov hidrolize in ponovna vezava ATP označujeta začetek novega mehanokemičnega cikla. Odločilen pomen pri izvedbi učinkovitega miozinskega zamaha igra t.i. aktnska aktivacija, ki onemogoči nastanek jalovega zamaha, pri katerem aktin in miozin nista povezana. Mehanizem preusmeritve reakcijskega pretoka na učinkovito izvedbo biološke funkcije imenujemo kinetična izbira reakcijske poti. Zanjo je značilno, da sistem ubere termodinamsko manj ugodno, a hitrejšo reakcijsko pot, saj je ugodnejša (v našem primeru jalov zamah) kinetično ovirana.<br /> <br /> == Margareta Žlajpah: Regulacija HIF-1 proteina ==<br /> &quot;Hypoxia-inducible factors&quot; ali drugače HIF proteini so skupina heterodimernih transkripcijskih faktorjev, ki se odzovejo na pomankanje kisika na celični ravni. Izmed vseh je HIF-1 protein najpomembnejši, saj je HIF-1 proteini tisi, ki je odgovoren za aktivacijo genov, ki kontrolirajo metabolne poti v takem okolju. Odgovor na &quot;hypoxio&quot; vključuje preklop iz aerobnega na anaerobni metabolizem in izražanje proteinov, ki regulirajo celično preživetje ali njeno smrt - apoptozo.<br /> <br /> Pomankanje kisika v celici je značilno tako za popolnoma zdrave bolnike (posledica višinskih treningov ali visokih alpinističnih vzponov) kot tudi za tiste, ki so zboleli za rakom. Ena izmed redkih autosomnih bolezni raka je tudi von Hippel Lindau bolezen. V kombinaciji z HIF-1α proteinom, naj bi se VHL gen dekativiral in s tem dovolil rast dobro ožiljenih tumorjev v ledvicah, očesni mrežnici in centralnem živčnem sistemu.<br /> <br /> Sam VHL protein (pVHL) pa ima tudi pomembno vlogo pri razgradnji HIF proteinov. Do sedaj je znanih nekaj različnih pVHL odvisnih mehanizmov po katerih se HIF protein razgradi, odkrili pa so tudi pVHL neodvisne mehanizme razgradnje. Po drugi strani pa je translacija še dokaj neodkrito področje biokemije, na katerem se iz dneva v dan pojavljajo nove ideje vendar natančnega mehanizma sinteze HIF proteina še ne poznamo.<br /> <br /> Cilj znanstvenikov je dodobra spoznati regulacijo tako sinteze kot tudi razgradnje HIF-1 proteina, saj bi z novimi dognanji na tem področju bili korak bližje izdelavi zdravil proti raku, ter razumevanju odziva telesa na pomankanje kisika.<br /> <br /> == Nives Naraglav: Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov ==<br /> Protein kinaze (PK) so v celicah zelo raznoliki in pogosti encimi, ki z odcepom fosfata iz molekule ATP, fosforilirajo ostale proteine. <br /> <br /> Čeprav so si PK v neaktivne stanju med seboj zelo različne, pa obstajajo elementi, ki se pogosteje ponavljajo v aktivnih oblikah več evkariontskih protein kinaz. Takšni elementi so katalitična zanka, aktivacijski segment, GHI domena in F heliks. Da je encim aktiven, morajo biti ti elementi v medsebojni legi, ki omogoča tvorjenje regulatornega in katalitičnega hidrofobnega področja, ki nastaneta z interakcijami med seboj oddaljenih aminokislinskih ostankov.<br /> <br /> Med preučevanjem evkariontskih PK in njihovih skupnih predhodnikov so znanstveniki ugotovili, da so prvi tekom evolucije razvili dinamičen način regulacije, ki je vezana na GHI domeno in aktivacijski segment, ki pa jih predhodniki nimajo. V dani raziskavi je podrobneje raziskano aktivno povezovanje elementov prek konformacijskih sprememb ter pomen različnih struktur pri aktivaciji in regulaciji evkariontskih PK.<br /> <br /> Razumevanje načina povezovanja katalitičnega ogrodja, ki sestoji iz F heliksa in hidrofobnih področij, s preostali elementi katalitične podenote, je izhodišče za raziskovanje nepravilnosti, drugačnosti v delovanju kinaz.<br /> <br /> == Maruša Bratuš: Mitohondriji kot jih ne poznamo ==<br /> <br /> Vsi poznamo mitohondrije, ki s pomočjo kisika in piruvat dehidrogenaze oksidativno dekarboksilirajo piruvat do acetil-koencima A, ki je potem v reakcijah Krebsovega cikla dokončno oksidiran do ogljikovega dioksida, pri čemer nastaja energija v obliki ATP, FADH2 in NADH. Večina energije pa potem pride iz oksidativne fosforilacije, ko so elektroni iz NADH preko verige prenosa elektronov prenešeni do kisika, prenos protonov, ki pri tem tudi poteka, pa poganja ATP sintazo. Poznamo pa tudi veliko organizmov, ki preživijo v okolju z zelo malo ali celo brez kisika. Kako preživijo? Njihovi mitohondriji kot končni akceptor elektronov ne potrebujejo kisika, saj uporabijo druge molekule, ki so na voljo, na primer nitrate iz okolja ali endogeno proizveden fumarat. Produkt njihovega dihanja zato ni voda, temveč nitriti ali sukcinat. Pri tem je pri eukariontih pomemben encim fumarat reduktaza, ki je strukturno soroden aerobnemu encimu sukcinat dehidrogenaza, funkcijo pa ima tako kot fumarat reduktazni kompleksi v prokariontih. Posebna vrsta mitohondrijev pa lahko kot donorje elektronov v sintezi ATP uporablja tudi anorganske sulfide. Za razlago raznolikosti mitohondrijev obstajata dve teoriji. Obe pa vključujeta možnost evolucijskih modifikacij podedovanih ali pridobljenih genov, ki naj bi izvirali neposredno iz genoma prednikov mitohondrijev, ki je bil najverjetneje individualna anaerobna eubakterija.<br /> <br /> <br /> == Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem ==<br /> <br /> Inzulin je majhen hormon, katerega glavna funkcija je regulacija metabolizma ogljikovih hidratov in maščob v telesu. Izloča se iz ß-celic pankreasa kot odgovor na povišano koncentracijo glukoze v krvi. Preko krvnega obtoka se prenese do tarčnih celic mišičnega in maščobnega tkiva, kjer se usede na specifičen tirozin-kinazni receptor INS-R. Preko zapletene kaskade spodbudi celico k absorbciji glukoze, s čimer je ohranjena normalna koncentracija glukoze v krvi tudi po zaužitem obroku.<br /> <br /> IRS je inzulin receptor substrat, ki po fosforilaciji z INS-R aktivira PPIn 3-kinazo, ta pa pretvori membranski fofatidilinositolbisfosfat ali PtdIns(4,5)P2 v trisfosforiliran PtdIns(3,4,5)P3. Nastali produkt je nujno potreben za aktivacijo kinaze PDK1, ki pa fosforilira še eno (serin/treonin) kinazo Akt. [http://www.shrani.si/f/3d/Xx/3JJwNshp/vpliv-inzulina-na-transp.jpg slika]<br /> <br /> Končni cilj te inzulin-stimulirane kaskade je transport glukoznega prenašalca iz citoplazme na plazmalemo. Glukozni transporter ali GLUT4 se prvotno nahaja v membrani intracelularnega kompartmenta, ob stimulaciji z inzulinom pa se le-ta prenese na plazmalemo in se z njo združi. GLUT je tako transportiran na zunanjo stran membrane, kjer lahko opravlja svojo funkcijo.<br /> <br /> Kljub dolgoletnim raziskovanjem te kaskade, pa je še vedno odprto vprašanje, kako in preko katerih molekul pa signal prepotuje od Akt do tega GLUT4 vsebovanega vezikla, oziroma kateri je tisti substrat Akt-a, ki vpliva na GLUT4 translokacijo do plazmaleme. Do sedaj so znanstveniki identificirali tri potencialne kandidate: AS160, PIKfyve in synip.<br /> <br /> <br /> == Elmina Handanović: Biokemijski pristop k staranju ==<br /> <br /> Ljudje si že od nekdaj želijo, da bi preprečili posledice staranja ter podaljšali svojo življenjsko dobo. Odkrili so že več snovi, ki staranje upočasnjujejo in varujejo pred boleznimi, ki jih prinaša samo staranje in številni drugi dejavniki. Mnogo teh snovi ima značilno lastnost- antioksidativno sposobnost. Antioksidant je molekula, ki zavira ali pa celo prepreči oksidacijo drugih molekul. Pri dihanju in tvorbi energijsko bogatih molekul, nastanejo prosti radikali (npr. superoksidni ioni, ki spadajo med reaktivne kisikove zvrsti), ki pa so naši sovražniki. Radikal ima en nesparjen elektron in hitro reagira s številnimi biološkimi molekulami v celicah. V telesu radikali sprožijo radikalske reakcije, katere lahko poškodujejo naše celice. Naloga antioksidanta je prekinitev teh reakcij ter vezava na proste radikale, kar omogoča da se radikali nevtralizirajo. Radikali lahko poškodujejo tudi DNK in s tem povzročijo mutacije, ki privedejo do rakavih obolenj. Presežek radikalov pospešuje staranje in uničuje celice. Prooksidanti v nasprotju z oksidanti pospešujejo staranje človeškega organizma. Oksidacija biopolimerov z reaktivnimi kisikovimi vrstami (ROS) igra vodilno vlogo pri osiromašenju vitalnih funkcij celic. Stopnja oksidacije DNA, proteinov in lipidov se povečuje s staranjem. To je lahko posledica povečanja reaktivnih kisikovih zvrsti ali njihovega dolgotrajnega delovanje na celico, kaže pa se tudi v zmanjšanju količine antioksidantov, ki se s starostjo zmanjšuje.<br /> <br /> <br /> == Zala Rot: Homologi mitohondrijskega razklopnega proteina UCP1 ==<br /> Mitohondrijski razklopni proteini (uncoupling proteins ali krajše UCP-ji) so integralni proteini, ki se nahajajo na notranji mitohondrijski membrani celic rjavega maščobnega tkiva (adipocitih). Njihova naloga je uravnavanje toka protonov. Že dalj časa poznajo UCP1, pred kratkim pa so odkrili dva njegova homologa, UCP2 ter UCP3. Slednja prav tako regulirata tok protonov, menijo pa, da nadzorujeta tudi nastajanje superoksida in ostalih reaktivnih kisikovih spojin. Nedavne raziskave so pokazale, da imajo UCP-ji pomembno vlogo pri patogenezi diabetesa tipa 2 in termoregulaciji, saj protonov ne porabljajo za nastanek ATP molekule, ampak delujejo nesklopljeno z ATP sintazo, kar pa povzroča sproščanje toplote. Signal za termoregulacijo dobijo prek hormonov, ki jih izloči hipotalamus. UCP proteini so strukturno transmembranski kanalčki, zgrajeni iz šestih α heliksov, ki prebadajo notranjo membrano mitohondrija. Heliksi so v membrani razporejeni antriparalelno, kar pa povzroči, da se vijačnice povezujejo s hidrofilnimi zavoji,ki so topne v matriksu. Imajo obliko dimera, saj po trije heliksi skupaj tvorijo po eno podenoto. Notranjost kanalčka je hidrofilna, zavoji pa tvorijo nekakšno vezavno mesto, ki selektivno prepušča molekule skozi kanalček. Prevelika ekspresija UCP2 povzroči zaviranje sekrecije inzulina, kar pa povzroča tveganje za nastanek diabetesa tipa 2, zato lahko nadaljnje raziskave privedejo do novih možnosti zdravljenja.<br /> <br /> <br /> == Kaja Rupar: Sirtuini - reguliranje mitohondrija ==<br /> <br /> Sirtuini so od NAD+ odvisni proteini. Sesalci vsebujejo sedem različnih sirtuinov (SIRT 1-7), med katerimi se trije nahajajo v mitohondriju (SIRT 3-5). Ti trije sirtuini regulirajo metabolizem, signaliziranje in apoptozo. <br /> <br /> SIRT3 s tem, ko deacetilira dolgo verigo acil-CoA dehidrogenaze, aktivira jetrni lipidni katabolizem. Zato so tiste miši v času posta, katerim so znanstveniki pri eksperimentu odvzeli SIRT3, posledično zmanjšale oksidacijo maščobnih kislin in tudi količina sintetiziranega ATPja se je zmanjšala. Prav tako se je mišim v času posta, katerim je bila odvzeta acetil-CoA sintetaza2 (AceCS2), v skeletnih mišicah zmanjšala produkcija ATPja za 50%. To pa zato, ker je AceCS2 substrat proteina SIRT3.<br /> <br /> Mitohondrijski sirtuini igrajo pomembno vlogo tudi pri prenosu elektronov, ki so proizvod razpada glukoze, aminokislin in maščobnih kislin. Znanstveniki so ugotovili, da sirtuini modificirajo ATP sintazo in štiri komplekse proteinov vključenih v verigo prenosa elektronov z deacetilacijo. <br /> Pri citratnem ciklu sta pomembna predvsem proteina SIRT3 in SIRT4. SIRT3 na citratni cikel vpliva neposredno preko deacetilacije in aktivacije AceCS2 ter glutamat dehidrogenaze (GDH), SIRT4 pa inhibira delovanje GDH. <br /> <br /> Znanstveniki so tudi ugotovili, da SIRT5 aktivira cikel uree tako, da deacetilira in aktivira CPS1; to je ligaza, potrebna za odstranjevanje amonijaka, ki nastane pri katabolizmu aminokislin.<br /> <br /> Pri nadzoru apoptoze pa si raziskave nasprotujejo. Znanstveniki so namreč odkrili pro in anti-apoptotsko vlogo SIRT3.<br /> <br /> <br /> == Filip Kolenc: Post-translacijske modifikacije v signalni integraciji ==<br /> <br /> Post-translacijske modifikacije (PTM) lahko spremenijo lasnosti proteina, z dodatkom kemične skupine ali nekim drugim proteinom na enega ali več njegovih aminokislinskin ostankov. <br /> <br /> PTM so visoko dinamične, v večji meri reverzibilne, časovno ločene in se lahko pojavijo ena za drugo na nekem ostanku v proteinu.<br /> Za kontrolo in sledenje sprememb v celici obstajajo modularne proteinske domene, ki lahko specifično prepoznajo te modifikacije. Za primer si lahko vzamemo protein Grb2, ki vsebuje SH2 domeno, ki lahko veže fosforilirane tirozinske ostanke nekega drugega proteina.<br /> <br /> Nekateri primeri PTM so: fosforilacija, ubikvitinacija, acetilacija, hidroksilacija ter metilacija. <br /> Primer ubikvitiniranja:[http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/7/7f/Ubiquitylation.png].<br /> Te modifikacije igrajo pomembno vlogo pri celičnem signaliziranju. Njihovo prepletenost in medsebojne vplive lahko najbolje ponazorimo pri signalizaciji receptorja za epidermalni rastni factor (EGFR) in pri smrtnem receptorjeu [http://www.sgul.ac.uk/depts/immunology/~dash/apoptosis/tnfr.jpg (TNFR) ]. Pomembno vlogo imajo pa tudi pri odgovoru na poškodbe DNA (DDR) in pri mehanizmu zaznavanja kisika. <br /> <br /> Pomembnost post-translacijskih modifikacij narašča, saj so bila sprva opisane le pri reguliranju encimske aktivnosti fosforilaz kinaz, protein kinaze A in proteinske degredacije, sedaj pa jih najdemo prisotne v skoraj vsakemu celičnemu procesu.<br /> <br /> <br /> == Janja Juvančič: Uvoz proteinov v mitohondrij ==<br /> <br /> Glede na endosimbiotsko hipotezo, mitohondriji izhajajo iz starodavne [http://en.wikipedia.org/wiki/Proteobacteria α‑proteobakterije] (gram-negativna bakterija) in tako kot Gram-negativne bakterije tudi mitohondriji vsebujejo dve membrani(zunanjo in notranjo) in dva vodna prostora(medmembranski prostor in matriks). [http://en.wikipedia.org/wiki/Mitochondrial Mitohondriji] so ohranili kompleten genetski sistem v matriksu, vendar le 1% mitohondrijskih proteinov kodira mitohondrijski genom, ki sintetizira proteine v matriksu. Ostalih 99% proteinov pa kodirajo jedrski geni. Jedrno kodirani proteini se sintetizirajo kot prekurzorji na citosolnih ribosomih in se od tam uvažajo v različne organele v celici. Do leta 2003, sta bili znani le dve glavni poti za uvoz proteinov v notranjo membrano in matriks, nadaljnje raziskave so privedle do številnih novih uvoznih komponent in uvoznih poti v medmembranski prostor in zunanjo membrano, kjer potekajo življenjsko pomembni procesi.<br /> <br /> Eden izmed novo odkritih uvoznih sistemov:<br /> Mitohondrijski prekurzorji zaznavajo signale v dveh skupinah: prva skupina je širjenje N-konca prekurzorjev(15-50 aminokislin), presekvence(dodani del) se odstranijo z proteolitsko cepitvijo med uvozom v mitohondrij. Druga skupina, so prekurzorni proteini, ki niso sintetizirani z možnostjo razširitve, vendar zaznavajo notranje signale. Obe vrsti signalnih sekvenc prepoznajo receptorji, vezani na translokazo imenovano TOM-kompleks na zunanji mitohondrijski membrani in se prenesejo preko presekvenčne translokaze notranje mitohondrijske membrane-kompleksTIM23. Nato se bočno sprostijo v notranjo membrano in se v celoti uvozijo v matriks s pomočjo presekvenčne translokaze-povezane z motorjem(PAM).<br /> <br /> <br /> == Barbara Berki: Evolucija mitohondrijev ==<br /> <br /> Ena izmed najbolj znanih teorij o razvoju mitohondrija je endosimbiotska teorija, ki pravi, da so mitohondriji direktni potomci bakterijskih endosimbiontov. To evolucijsko sled so raziskovalci odkrili s pomočjo mitohondrijske sekvence genov, torej tako da so skušali razčleniti in preučiti mitohondrijski genom. Le-ta namreč ni pri vseh vrstah enak, saj je tekom razvoja prihajalo do sprememb tudi na mtDNA. Zanimivo pa je, da se določene lastnosti mitohondrijskega genoma, kot so tipični manjkajoči geni, prenašajo skozi celotno evolucijo in se pri tem ne spreminjajo. Vendar pa nekatere karakteristike genoma izpodbijajo to teorijo in so bolj v prid vodikovi hipotezi, ki dovoljuje možnost, da sta se evkariontska celica in mitohondrij razvila simultano z zlitjem arhabakterij, ki za delovanje potrebujejo vodik in alfa-proteobakterij, ki med delovanjem proizvaja vodik.<br /> Mitohondrijski genom delimo na dve različni vrsti, in sicer na predniškega in na pridobljenega. Oba sta značilna za točno določene vrste/organizme in imata tudi vsak svoje lastnosti, ter sta tudi vsak po svoje prispevala k razvoju mitohondrija in jedra kot ju poznamo danes. Kako pa se je mitohondrijski genom razvil na toliko načinov v evkariontski liniji, pa znanstveniki še ne vedo.<br /> <br /> <br /> == Dino Ščuk: Mehanizmi tvorbe lipidnih telesc ==<br /> <br /> Številni organizmi v svojih celicah skladiščijo ali transportirajo lipide. Lipidna telesca oziroma lipidne kapljice so z lipidi bogati organeli, ki so prisotni v vseh organizmih, kot so rastline,živali, prokarionti in kvasovke. Te kapljice so obdane s številnimi specifičnimi proteini, kateri se od organizma do organizma razlikujejo. V semenih pri rastlinah je ta glavni protein, ki obdaja lipidno telo oleosin, v maščobnih celicah živali je to perilipin, ki v procesu diferenciacije lipidne kapljice zamenja ADRP (adipose differentiation related protein), v mišičnih celicah pa apolipoprotein B, ki veže amfipatične molekule in oblikuje partikel VLDL. Te proteini imajo pomembno vlogo pri zaščiti teh telesc pred lipazami, ki hidorilizrajo triacilglicerole v proste maščobne kisline in glicerole. Lipidno jedro teh kapljic vsebuje številne triacilglicerole (TAG) in holesterolne (živali) ali sterolne estre (rastline). Lipidne kapljice se sintetizirajo na mikrodomenah endoplazemskega retikuluma (ER), ki vsebujejo lipidne biosintetske encime, kot tudi specifične proteinske komponente, ki uravnavajo sintezo in velikost teh telesc. Skoraj vsi lipidni in proteinski skupki sintetizirani na ER, se z odcepitvijo sprostijo bodisi v citoplazmo ali lumen ER. Posebnost lipidnih kapljic so mlečni kroglasti lipidi, ki se s sekrecijo izločijo iz celice in vstopijo v Golgijev aparat kot tudi njihov dvokomponentni ovoj okoli lipidnega jedra, ki sestoji iz plašča ADRP ter iz plazemskega butirofilin–ksantin oksidaznega kompleksa.<br /> <br /> <br /> == Luka Bevc: Hormon občutljiva lipaza ==<br /> <br /> Hormone-sensitive lipase [http://www.jlr.org/content/43/10/1585/F1.large.jpg (HSL) ] je že nekaj desetletij znan encim, za katerega so dolgo časa domnevali, da ima samo eno funkcijo in sicer, da v maščobnem tkivu katalizira hormonsko stimulirano lipolizo triacilglicerolov. Vendar zadnje raziskave zavračajo to tezo, saj so ga odkrili v mnogih organih, kje opravlja veliko različnih funkcij. Te so pokazale, da je zmožen hidrolizirati triacilglicerole, diacilglicerole, monoacilglicerole, holesterilne estre, ter še nekaj drugih lipidov in vodotopnih substratov. HSL je bil eden prvih encimov pri katerem so odkrili regulacijo z reverzibilno fosforilacijo, katero katalizira od cikličnega adenozin monofosfata (cAMP) odvisna protein kinaza. Kljub dejstvu, da je protein dolgo poznan, raziskave njegovega delovanja ter zgradbe niso potekale zaradi nezmožnosti priprave čistega proteina.<br /> <br /> Povezava do članka: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1224062/pdf/14725507.pdf<br /> <br /> <br /> == Tjaša Bigec: Zasvojenost z glutaminom: Nova tarča v boju z rakom ==<br /> <br /> Večina vrst rakov je za njihovo kontinuirano rast in preživetje odvisna od visoke stopnje aerobne glikolize. Nekatere rakave celice kažejo odvisnost od glutamina, kljub dejstvu, da je glutamin neesencialna aminokislina. Visoka stopnja absorbcije glutamina, ki jo kažejo od glutamina odvisne rakave celice, se ne odraža izključno le v njegovi vlogi kot donorja dušika za biosintezo nukleotidov in aminokislin. Glutamin namreč igra pomembno vlogo tudi pri absorbciji esencialnih aminokislin in pri vzdrževanju aktivacije [http://en.wikipedia.org/wiki/Mammalian_target_of_rapamycin mTOR kinaze ]. Predvsem je pomemben mTORC1, saj je glavni regulator rasti celic in aktivira translacijo proteinov ter inhibira makroavtofagijo. V mnogih rakavih celicah je glutamin primaren mitohondrijski substrat, ki je potreben za vzdrževanje mitohondrijskega membranskega potenciala in za NADPH proizvodnjo, katera je potrebna za sintezo makromolekul. Aktivacija [http://en.wikipedia.org/wiki/Myc Myc transkripcijskega faktorja ] je ena izmed najpogostejših opaženih onkogenih dogodkov pri raku in je znano, da vodi do napredovanja rakov pri ljudeh. Nedvomno pa je zanimivo, da glutaminsko presnovo lahko izkoriščamo tudi v terapevtske koristi za zdravljenje raka. Absorbcijo glutamina je namreč mogoče zatreti z L-asparaginazo, fenilbutiratom, preko inhibicije ASCT2 ter še na številne druge načine.<br /> <br /> == Tjaša Berčič: Naddružina tiolaz: Kondenzirajoči encimi, ki katalizirajo različne reakcije ==<br /> <br /> <br /> Tiolaze so ubikvitinski encimi, ki imajo pomembno vlogo v biokemijskih poteh. Na splošno jih delimo v dve obsežni skupini razgrajevalnih in biosintetskih tiolaz, ki ji najdemo tako v ekvariontih kot v prokariontih. 3-ketoacil-CoA tiolaza spada med razgrajevalne tiolaze in sodeluje tudi pri beta oksidaciji maščobnih kislin. Encimi iz naddružine tiolaz katalizirajo tudi nastanek vezi C-C s pomočjo tioestrsko odvisne Claisenove kondenzacije( sinteza dveh molekul acetil-CoA iz acetoacetil-CoA).To so tako imenovane acetoacetil-CoA tiolaze. Ta kondenzacija ima bistven pomen v encimatskih poteh pri sintezi maščobnih kislin, steroidov in poliketidov (sekundarnih metabolitov). <br /> <br /> Vsi encimi naddružine tiolaz so dimeri ali dimeri dimerov (tetrameri). Lahko jih razdelimo v tri poddružine. Katalitično mesto vsake podenote je tvorjeno z ostanki enake podenote in je stabilizirano z interakcijami sosednjih podenot. Ohranjeno jedro vsake podenote sestavljata dve polovici, N-terminalni in C-terminalni konec, ki imata enako βαβαβαββ topologijo. Aktivno mesto se nahaja na vrhu štirih kratkih zank, ki izhajajo iz ohranjenega jedra. Velika raznolikost drugih površinskih zank, ki štrlijo iz ohranjenega jedra pomaga doseči raznolikost specifičnosti substrata in katalitično specifičnost encimov naddružine tiolaz. <br /> <br /> Genetsko pomanjkanje teh encimov povzroči različne bolezni, zato je natančno razumevanje biološke strukture te kondenzacije zelo pomembno tudi za razvoj novih antibiotikov.<br /> <br /> == Veronika Rovanšek: yin-yang v biokemiji kobalamina ==<br /> <br /> Vitamin B12, poznan tudi kot kobalamin, je vodotopen vitamin in eden od devetih vitaminov B. V organizmu je pomeben za normalno delovanje možganov, živčnega sistema in pri sintezi krvi. Sodeluje pa tudi pri DNA sintezi, maščobno-kislinski in energijski produkciji. Pomemben je v hitrodelečih se celicah, kot je naprimer v kostnem mozgu. Danes ga znamo sintetizirati v laboratoriju s pomočjo fermentacije v bakterijah. V naravi ga proizvajajo le alge in bakterije, nekaj malega pa tudi človek.<br /> Dva glavna kofaktorja vitamina B12 sta adenozilkobalamin(AdoCbl) in metilkobalamin (MetCbl). V naravi se kofaktor združuje z encimskima poddružinama: <br /> -izomerazo.To je preureditev, pri kateri se H4 premešča med dvema sosednima atomoma. Skupna zamenjava na drugi nadomestni X atom. X predstavlja C atom z nadomestnim O2 atomom iz alkohola ali amin. Je homolitična reakcija in poteka na karboksilnem koncu.<br /> -metiltransferazo. Metil (-CH3) skupina se premešča med dvema molekulama. Je heterolitična reakcija in poteka na amino koncu.<br /> Amino in karboksilni konec sta aktivirana specifično, med tem ko je sredinski del B12 nastopa v obeh ciklih. Predvidevajo, da je faktor reaktivnosti organo-kovinske vezi odvisna od homolitičnega (izomeraza) in heterolitičnega (metiltransferaza) razcepa. Kristalna struktura metionin sintaze in metilmalonil-CoA mutaze bo vodila nadaljne eksperimente.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=5083 2010-12-22T10:11:02Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Veronika Rovanšek: yin-yang v biokemiji kobalamina */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen vezni člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini, znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred. V človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.<br /> <br /> <br /> == Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==<br /> Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.<br /> <br /> == Špela Podjed: Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite ==<br /> RNA-stikala so elementi neprevedenega dela mRNA, ki so sposobni vezave majhnih metabolitov. Do sedaj so jih odkrili že več kot dvajset, še vedno pa niso razkrili vseh lastnosti njihovih struktur. Najprej so jih odkrili in vitro. Ugotovili so, da naravni in umetni aptameri (del RNA, ki veže metabolit) uporabljajo skupne načine za vezavo liganda. Oboji uporabljajo parjenje baz, zlaganje aromatov in stabilizacijo z kovinskimi ioni. Naravni aptameri so večji in ligand s parjenjem baz in terciarnimi interakcijami med oddaljenimi deli vijačnice objamejo z vseh koncev. To zagotavlja veliko afiniteto RNA-stikala do liganda. Naravni aptameri so veliko bolj selektivni in specifični do liganda od njihovih umetnih modelov. Slednji so strukturno namreč preprostejši, vsebujejo manj nukleotidov in tako ne morejo dobro skriti metabolita v notranjost strukture. Poleg tega so odkrili tudi RNA-stikalo, ki je hkrati tudi ribocim, to je glmS [http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3L3C&amp;bionumber=1], ki se avtokatalitično cepi ob vezavi metabolita glukozamin-6-fosfata. RNA-stikala so izredno pomembna, saj so zaradi njihove narave zelo primerna za manipulacijo izražanja genov in zaznavanje majhnih metabolitov. V človeku jih do sedaj še niso odkrili, zato so nadvse primerna za razvoj zdravil proti bakterijam.<br /> <br /> == Nejc Perme: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah ==<br /> Glukoza je zelo pomemben vir ogljika in energije za evkariontske celice. Zato so razvile kompleksne mehanizme za natančno zaznavanje sprememb v koncentraciji. V raziskavah, ki so potekale v kvasovkah, so odkrili tri mehanizme za zaznavanje glukoze:<br /> <br /> 1) Kot zaznavna molekula deluje sama heksokinaza 2. Izkazalo se je, da se heksokinaza 2 lahko nahaja tudi v jedru, kjer neposredno interagira s transkripcijskimi faktorji (npr. Mig1), ki kontrolirajo ekspresijo genov. Da se heksokinaza pomakne v jedro pa mora prej prejeti signal od glukoze.<br /> <br /> 2) Zaznavni molekuli sta dva proteina v membrani (Rgt2 in Snf3), ki sta homologna transportnim proteinom glukoze. Med seboj se razlikujeta v tem, da se Snf3 odzove na majhne koncentracije glukoze, Rgt2 pa na velike. Odzoveta se na enak način kot heksokinaza z represijo in ekspresijo nekaterih genov (pri tem ne vstopata v jedro)<br /> <br /> 3) Glukoza se zaznava z GPCR sistemom. Alfa-podenota se odcepi in aktivira adenilat ciklazo. Da postane adenilat ciklaza aktivna je potrebna še glukoza-6-fosfat.<br /> <br /> Kako te mehanizmi zaznajo glukozo še ni znano, dokazano pa je, da imajo molekule pomembne vloge pri signalizaciji saj brez njih ne pride do celičnega odziva. Raziskovanje mehanizmov zaznavanja je šele v začetnih fazah, zato lahko pričakujemo, da bodo nadaljnje raziskave uspele razložiti kako naše celice zaznajo glukozo.<br /> <br /> == Urška Žbogar: Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov ==<br /> Glikoliza je biokemijska pot, ki se je razvila pod anaerobnimi pogoji in v kateri se 1 molekula glukoze pretvori v 2 molekuli piruvata. Ta pot je regulirana s številnimi encimi, za katere so novejše študije pokazale, da so bolj zapleteni, multi-funkcijski proteini, ne pa zgolj enostavne komponente glikolitične poti. Nekateri encimi opravljajo dodatne funkcije, in sicer v<br /> regulaciji transkripcije: heksokinaza (HK)-2, laktat dehidrogenaza A (LDH-A), gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza (GAPD) in enolaza (ENO)-1;<br /> regulaciji apoptoze: glukokinaza, HK in GAPD;<br /> stimulaciji celične motilitete: glukoza-6-fosfat izomeraza<br /> <br /> Glikoliza je glavni vir proizvodnje energije v pogojih, ko primanjkuje kisika zato je izražanje genov, ki kodirajo glikolitične encime pomembno za prilagoditev na hipoksijo (pomanjkanje kisika). Odziv na hipoksijo je posredovan s transkripcijskim faktorjem HIF-1, ki veže cis-regulatorne elemente za aktivacijo genov za odziv na hipoksijo, vključno s tistimi, ki kodirajo glikolitične encime. Rakave celice pa opravljajo glikolizo s povišano produkcijo laktata kljub prisotnosti zadostne količine kisika. Odvisnost rakavih celic od glikolize se kaže v spremenjenih tumornih mitohondrijih, ki niso sposobni vzdrževati normalnega oksidativnega metabolizma.<br /> <br /> V primeru heksokinaze je glikolizna pot povezana z mitohondrijsko oksidativno fosforilacijo <br /> in apoptozo (lokalizacija v mitohondriju). Multifunkcionalnost teh encimov dokazuje tudi lokalizacija glikolitičnih encimov v jedru, kjer sodelujejo kot komponente transkripcijskega koaktivatorja (LDH-A in GAPD) ali represorja (ENO1), medtem ko sama glikoliza poteka izključno v citoplazmi.<br /> <br /> == Urban Bezeljak: Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta ==<br /> Raziskave na primeru biokemijskega aktomiozinskega motorja[http://www.banyantree.org/jsale/actinmyosin/images/actin.gif] so postregle z nekaterimi dognanji, ki so in še bodo pomagali razumeti ostale fiziološke procese od celičnega premikanja do celičnega signaliziranja. Tako kot pri avtomobilskem motorju z notranjim izgorevanjem lahko tudi pri motornem proteinu miozinu definiramo „delovni takt“, korak kjer pride do nastanka mehanske moči. Delovni takt aktomiozina je ključni trenutek v miozinskem ATPaznem ciklu, v katerem služi hidroliza ATP kot vir energije in konformacijskih sprememb, ki povzročijo premik mišičnih filamentov.<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Myosin Molekula miozina] je sestavljena iz glave (motorne domene), vratu (vzvoda) in dolgega repa, ki se prepleta ter tvori debel mišični filament. Na motorni domeni najdemo aktinske vezavne regije, nukleotidno vezavno mesto ter elemente, ki posredujejo spremembe v nukleotidnem žepu do vzvoda oz. do vezavnih mest za aktin. Ko je na miozinsko glavo vezana molekula ATP, sta aktin in miozin razdružena, ko pa pride do hidrolize, se zaradi nastalih konformacijskih sprememb glava lahko veže na aktin, vzvodna ročica miozina pa v koraku delovnega takta zamahne in premakne filamenta. Sprostitev produktov hidrolize in ponovna vezava ATP označujeta začetek novega mehanokemičnega cikla. Odločilen pomen pri izvedbi učinkovitega miozinskega zamaha igra t.i. aktnska aktivacija, ki onemogoči nastanek jalovega zamaha, pri katerem aktin in miozin nista povezana. Mehanizem preusmeritve reakcijskega pretoka na učinkovito izvedbo biološke funkcije imenujemo kinetična izbira reakcijske poti. Zanjo je značilno, da sistem ubere termodinamsko manj ugodno, a hitrejšo reakcijsko pot, saj je ugodnejša (v našem primeru jalov zamah) kinetično ovirana.<br /> <br /> == Margareta Žlajpah: Regulacija HIF-1 proteina ==<br /> &quot;Hypoxia-inducible factors&quot; ali drugače HIF proteini so skupina heterodimernih transkripcijskih faktorjev, ki se odzovejo na pomankanje kisika na celični ravni. Izmed vseh je HIF-1 protein najpomembnejši, saj je HIF-1 proteini tisi, ki je odgovoren za aktivacijo genov, ki kontrolirajo metabolne poti v takem okolju. Odgovor na &quot;hypoxio&quot; vključuje preklop iz aerobnega na anaerobni metabolizem in izražanje proteinov, ki regulirajo celično preživetje ali njeno smrt - apoptozo.<br /> <br /> Pomankanje kisika v celici je značilno tako za popolnoma zdrave bolnike (posledica višinskih treningov ali visokih alpinističnih vzponov) kot tudi za tiste, ki so zboleli za rakom. Ena izmed redkih autosomnih bolezni raka je tudi von Hippel Lindau bolezen. V kombinaciji z HIF-1α proteinom, naj bi se VHL gen dekativiral in s tem dovolil rast dobro ožiljenih tumorjev v ledvicah, očesni mrežnici in centralnem živčnem sistemu.<br /> <br /> Sam VHL protein (pVHL) pa ima tudi pomembno vlogo pri razgradnji HIF proteinov. Do sedaj je znanih nekaj različnih pVHL odvisnih mehanizmov po katerih se HIF protein razgradi, odkrili pa so tudi pVHL neodvisne mehanizme razgradnje. Po drugi strani pa je translacija še dokaj neodkrito področje biokemije, na katerem se iz dneva v dan pojavljajo nove ideje vendar natančnega mehanizma sinteze HIF proteina še ne poznamo.<br /> <br /> Cilj znanstvenikov je dodobra spoznati regulacijo tako sinteze kot tudi razgradnje HIF-1 proteina, saj bi z novimi dognanji na tem področju bili korak bližje izdelavi zdravil proti raku, ter razumevanju odziva telesa na pomankanje kisika.<br /> <br /> == Nives Naraglav: Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov ==<br /> Protein kinaze (PK) so v celicah zelo raznoliki in pogosti encimi, ki z odcepom fosfata iz molekule ATP, fosforilirajo ostale proteine. <br /> <br /> Čeprav so si PK v neaktivne stanju med seboj zelo različne, pa obstajajo elementi, ki se pogosteje ponavljajo v aktivnih oblikah več evkariontskih protein kinaz. Takšni elementi so katalitična zanka, aktivacijski segment, GHI domena in F heliks. Da je encim aktiven, morajo biti ti elementi v medsebojni legi, ki omogoča tvorjenje regulatornega in katalitičnega hidrofobnega področja, ki nastaneta z interakcijami med seboj oddaljenih aminokislinskih ostankov.<br /> <br /> Med preučevanjem evkariontskih PK in njihovih skupnih predhodnikov so znanstveniki ugotovili, da so prvi tekom evolucije razvili dinamičen način regulacije, ki je vezana na GHI domeno in aktivacijski segment, ki pa jih predhodniki nimajo. V dani raziskavi je podrobneje raziskano aktivno povezovanje elementov prek konformacijskih sprememb ter pomen različnih struktur pri aktivaciji in regulaciji evkariontskih PK.<br /> <br /> Razumevanje načina povezovanja katalitičnega ogrodja, ki sestoji iz F heliksa in hidrofobnih področij, s preostali elementi katalitične podenote, je izhodišče za raziskovanje nepravilnosti, drugačnosti v delovanju kinaz.<br /> <br /> == Maruša Bratuš: Mitohondriji kot jih ne poznamo ==<br /> <br /> Vsi poznamo mitohondrije, ki s pomočjo kisika in piruvat dehidrogenaze oksidativno dekarboksilirajo piruvat do acetil-koencima A, ki je potem v reakcijah Krebsovega cikla dokončno oksidiran do ogljikovega dioksida, pri čemer nastaja energija v obliki ATP, FADH2 in NADH. Večina energije pa potem pride iz oksidativne fosforilacije, ko so elektroni iz NADH preko verige prenosa elektronov prenešeni do kisika, prenos protonov, ki pri tem tudi poteka, pa poganja ATP sintazo. Poznamo pa tudi veliko organizmov, ki preživijo v okolju z zelo malo ali celo brez kisika. Kako preživijo? Njihovi mitohondriji kot končni akceptor elektronov ne potrebujejo kisika, saj uporabijo druge molekule, ki so na voljo, na primer nitrate iz okolja ali endogeno proizveden fumarat. Produkt njihovega dihanja zato ni voda, temveč nitriti ali sukcinat. Pri tem je pri eukariontih pomemben encim fumarat reduktaza, ki je strukturno soroden aerobnemu encimu sukcinat dehidrogenaza, funkcijo pa ima tako kot fumarat reduktazni kompleksi v prokariontih. Posebna vrsta mitohondrijev pa lahko kot donorje elektronov v sintezi ATP uporablja tudi anorganske sulfide. Za razlago raznolikosti mitohondrijev obstajata dve teoriji. Obe pa vključujeta možnost evolucijskih modifikacij podedovanih ali pridobljenih genov, ki naj bi izvirali neposredno iz genoma prednikov mitohondrijev, ki je bil najverjetneje individualna anaerobna eubakterija.<br /> <br /> <br /> == Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem ==<br /> <br /> Inzulin je majhen hormon, katerega glavna funkcija je regulacija metabolizma ogljikovih hidratov in maščob v telesu. Izloča se iz ß-celic pankreasa kot odgovor na povišano koncentracijo glukoze v krvi. Preko krvnega obtoka se prenese do tarčnih celic mišičnega in maščobnega tkiva, kjer se usede na specifičen tirozin-kinazni receptor INS-R. Preko zapletene kaskade spodbudi celico k absorbciji glukoze, s čimer je ohranjena normalna koncentracija glukoze v krvi tudi po zaužitem obroku.<br /> <br /> IRS je inzulin receptor substrat, ki po fosforilaciji z INS-R aktivira PPIn 3-kinazo, ta pa pretvori membranski fofatidilinositolbisfosfat ali PtdIns(4,5)P2 v trisfosforiliran PtdIns(3,4,5)P3. Nastali produkt je nujno potreben za aktivacijo kinaze PDK1, ki pa fosforilira še eno (serin/treonin) kinazo Akt. [http://www.shrani.si/f/3d/Xx/3JJwNshp/vpliv-inzulina-na-transp.jpg slika]<br /> <br /> Končni cilj te inzulin-stimulirane kaskade je transport glukoznega prenašalca iz citoplazme na plazmalemo. Glukozni transporter ali GLUT4 se prvotno nahaja v membrani intracelularnega kompartmenta, ob stimulaciji z inzulinom pa se le-ta prenese na plazmalemo in se z njo združi. GLUT je tako transportiran na zunanjo stran membrane, kjer lahko opravlja svojo funkcijo.<br /> <br /> Kljub dolgoletnim raziskovanjem te kaskade, pa je še vedno odprto vprašanje, kako in preko katerih molekul pa signal prepotuje od Akt do tega GLUT4 vsebovanega vezikla, oziroma kateri je tisti substrat Akt-a, ki vpliva na GLUT4 translokacijo do plazmaleme. Do sedaj so znanstveniki identificirali tri potencialne kandidate: AS160, PIKfyve in synip.<br /> <br /> <br /> == Elmina Handanović: Biokemijski pristop k staranju ==<br /> <br /> Ljudje si že od nekdaj želijo, da bi preprečili posledice staranja ter podaljšali svojo življenjsko dobo. Odkrili so že več snovi, ki staranje upočasnjujejo in varujejo pred boleznimi, ki jih prinaša samo staranje in številni drugi dejavniki. Mnogo teh snovi ima značilno lastnost- antioksidativno sposobnost. Antioksidant je molekula, ki zavira ali pa celo prepreči oksidacijo drugih molekul. Pri dihanju in tvorbi energijsko bogatih molekul, nastanejo prosti radikali (npr. superoksidni ioni, ki spadajo med reaktivne kisikove zvrsti), ki pa so naši sovražniki. Radikal ima en nesparjen elektron in hitro reagira s številnimi biološkimi molekulami v celicah. V telesu radikali sprožijo radikalske reakcije, katere lahko poškodujejo naše celice. Naloga antioksidanta je prekinitev teh reakcij ter vezava na proste radikale, kar omogoča da se radikali nevtralizirajo. Radikali lahko poškodujejo tudi DNK in s tem povzročijo mutacije, ki privedejo do rakavih obolenj. Presežek radikalov pospešuje staranje in uničuje celice. Prooksidanti v nasprotju z oksidanti pospešujejo staranje človeškega organizma. Oksidacija biopolimerov z reaktivnimi kisikovimi vrstami (ROS) igra vodilno vlogo pri osiromašenju vitalnih funkcij celic. Stopnja oksidacije DNA, proteinov in lipidov se povečuje s staranjem. To je lahko posledica povečanja reaktivnih kisikovih zvrsti ali njihovega dolgotrajnega delovanje na celico, kaže pa se tudi v zmanjšanju količine antioksidantov, ki se s starostjo zmanjšuje.<br /> <br /> <br /> == Zala Rot: Homologi mitohondrijskega razklopnega proteina UCP1 ==<br /> Mitohondrijski razklopni proteini (uncoupling proteins ali krajše UCP-ji) so integralni proteini, ki se nahajajo na notranji mitohondrijski membrani celic rjavega maščobnega tkiva (adipocitih). Njihova naloga je uravnavanje toka protonov. Že dalj časa poznajo UCP1, pred kratkim pa so odkrili dva njegova homologa, UCP2 ter UCP3. Slednja prav tako regulirata tok protonov, menijo pa, da nadzorujeta tudi nastajanje superoksida in ostalih reaktivnih kisikovih spojin. Nedavne raziskave so pokazale, da imajo UCP-ji pomembno vlogo pri patogenezi diabetesa tipa 2 in termoregulaciji, saj protonov ne porabljajo za nastanek ATP molekule, ampak delujejo nesklopljeno z ATP sintazo, kar pa povzroča sproščanje toplote. Signal za termoregulacijo dobijo prek hormonov, ki jih izloči hipotalamus. UCP proteini so strukturno transmembranski kanalčki, zgrajeni iz šestih α heliksov, ki prebadajo notranjo membrano mitohondrija. Heliksi so v membrani razporejeni antriparalelno, kar pa povzroči, da se vijačnice povezujejo s hidrofilnimi zavoji,ki so topne v matriksu. Imajo obliko dimera, saj po trije heliksi skupaj tvorijo po eno podenoto. Notranjost kanalčka je hidrofilna, zavoji pa tvorijo nekakšno vezavno mesto, ki selektivno prepušča molekule skozi kanalček. Prevelika ekspresija UCP2 povzroči zaviranje sekrecije inzulina, kar pa povzroča tveganje za nastanek diabetesa tipa 2, zato lahko nadaljnje raziskave privedejo do novih možnosti zdravljenja.<br /> <br /> <br /> == Kaja Rupar: Sirtuini - reguliranje mitohondrija ==<br /> <br /> Sirtuini so od NAD+ odvisni proteini. Sesalci vsebujejo sedem različnih sirtuinov (SIRT 1-7), med katerimi se trije nahajajo v mitohondriju (SIRT 3-5). Ti trije sirtuini regulirajo metabolizem, signaliziranje in apoptozo. <br /> <br /> SIRT3 s tem, ko deacetilira dolgo verigo acil-CoA dehidrogenaze, aktivira jetrni lipidni katabolizem. Zato so tiste miši v času posta, katerim so znanstveniki pri eksperimentu odvzeli SIRT3, posledično zmanjšale oksidacijo maščobnih kislin in tudi količina sintetiziranega ATPja se je zmanjšala. Prav tako se je mišim v času posta, katerim je bila odvzeta acetil-CoA sintetaza2 (AceCS2), v skeletnih mišicah zmanjšala produkcija ATPja za 50%. To pa zato, ker je AceCS2 substrat proteina SIRT3.<br /> <br /> Mitohondrijski sirtuini igrajo pomembno vlogo tudi pri prenosu elektronov, ki so proizvod razpada glukoze, aminokislin in maščobnih kislin. Znanstveniki so ugotovili, da sirtuini modificirajo ATP sintazo in štiri komplekse proteinov vključenih v verigo prenosa elektronov z deacetilacijo. <br /> Pri citratnem ciklu sta pomembna predvsem proteina SIRT3 in SIRT4. SIRT3 na citratni cikel vpliva neposredno preko deacetilacije in aktivacije AceCS2 ter glutamat dehidrogenaze (GDH), SIRT4 pa inhibira delovanje GDH. <br /> <br /> Znanstveniki so tudi ugotovili, da SIRT5 aktivira cikel uree tako, da deacetilira in aktivira CPS1; to je ligaza, potrebna za odstranjevanje amonijaka, ki nastane pri katabolizmu aminokislin.<br /> <br /> Pri nadzoru apoptoze pa si raziskave nasprotujejo. Znanstveniki so namreč odkrili pro in anti-apoptotsko vlogo SIRT3.<br /> <br /> <br /> == Filip Kolenc: Post-translacijske modifikacije v signalni integraciji ==<br /> <br /> Post-translacijske modifikacije (PTM) lahko spremenijo lasnosti proteina, z dodatkom kemične skupine ali nekim drugim proteinom na enega ali več njegovih aminokislinskin ostankov. <br /> <br /> PTM so visoko dinamične, v večji meri reverzibilne, časovno ločene in se lahko pojavijo ena za drugo na nekem ostanku v proteinu.<br /> Za kontrolo in sledenje sprememb v celici obstajajo modularne proteinske domene, ki lahko specifično prepoznajo te modifikacije. Za primer si lahko vzamemo protein Grb2, ki vsebuje SH2 domeno, ki lahko veže fosforilirane tirozinske ostanke nekega drugega proteina.<br /> <br /> Nekateri primeri PTM so: fosforilacija, ubikvitinacija, acetilacija, hidroksilacija ter metilacija. <br /> Primer ubikvitiniranja:[http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/7/7f/Ubiquitylation.png].<br /> Te modifikacije igrajo pomembno vlogo pri celičnem signaliziranju. Njihovo prepletenost in medsebojne vplive lahko najbolje ponazorimo pri signalizaciji receptorja za epidermalni rastni factor (EGFR) in pri smrtnem receptorjeu [http://www.sgul.ac.uk/depts/immunology/~dash/apoptosis/tnfr.jpg (TNFR) ]. Pomembno vlogo imajo pa tudi pri odgovoru na poškodbe DNA (DDR) in pri mehanizmu zaznavanja kisika. <br /> <br /> Pomembnost post-translacijskih modifikacij narašča, saj so bila sprva opisane le pri reguliranju encimske aktivnosti fosforilaz kinaz, protein kinaze A in proteinske degredacije, sedaj pa jih najdemo prisotne v skoraj vsakemu celičnemu procesu.<br /> <br /> <br /> == Janja Juvančič: Uvoz proteinov v mitohondrij ==<br /> <br /> Glede na endosimbiotsko hipotezo, mitohondriji izhajajo iz starodavne [http://en.wikipedia.org/wiki/Proteobacteria α‑proteobakterije] (gram-negativna bakterija) in tako kot Gram-negativne bakterije tudi mitohondriji vsebujejo dve membrani(zunanjo in notranjo) in dva vodna prostora(medmembranski prostor in matriks). [http://en.wikipedia.org/wiki/Mitochondrial Mitohondriji] so ohranili kompleten genetski sistem v matriksu, vendar le 1% mitohondrijskih proteinov kodira mitohondrijski genom, ki sintetizira proteine v matriksu. Ostalih 99% proteinov pa kodirajo jedrski geni. Jedrno kodirani proteini se sintetizirajo kot prekurzorji na citosolnih ribosomih in se od tam uvažajo v različne organele v celici. Do leta 2003, sta bili znani le dve glavni poti za uvoz proteinov v notranjo membrano in matriks, nadaljnje raziskave so privedle do številnih novih uvoznih komponent in uvoznih poti v medmembranski prostor in zunanjo membrano, kjer potekajo življenjsko pomembni procesi.<br /> <br /> Eden izmed novo odkritih uvoznih sistemov:<br /> Mitohondrijski prekurzorji zaznavajo signale v dveh skupinah: prva skupina je širjenje N-konca prekurzorjev(15-50 aminokislin), presekvence(dodani del) se odstranijo z proteolitsko cepitvijo med uvozom v mitohondrij. Druga skupina, so prekurzorni proteini, ki niso sintetizirani z možnostjo razširitve, vendar zaznavajo notranje signale. Obe vrsti signalnih sekvenc prepoznajo receptorji, vezani na translokazo imenovano TOM-kompleks na zunanji mitohondrijski membrani in se prenesejo preko presekvenčne translokaze notranje mitohondrijske membrane-kompleksTIM23. Nato se bočno sprostijo v notranjo membrano in se v celoti uvozijo v matriks s pomočjo presekvenčne translokaze-povezane z motorjem(PAM).<br /> <br /> <br /> == Barbara Berki: Evolucija mitohondrijev ==<br /> <br /> Ena izmed najbolj znanih teorij o razvoju mitohondrija je endosimbiotska teorija, ki pravi, da so mitohondriji direktni potomci bakterijskih endosimbiontov. To evolucijsko sled so raziskovalci odkrili s pomočjo mitohondrijske sekvence genov, torej tako da so skušali razčleniti in preučiti mitohondrijski genom. Le-ta namreč ni pri vseh vrstah enak, saj je tekom razvoja prihajalo do sprememb tudi na mtDNA. Zanimivo pa je, da se določene lastnosti mitohondrijskega genoma, kot so tipični manjkajoči geni, prenašajo skozi celotno evolucijo in se pri tem ne spreminjajo. Vendar pa nekatere karakteristike genoma izpodbijajo to teorijo in so bolj v prid vodikovi hipotezi, ki dovoljuje možnost, da sta se evkariontska celica in mitohondrij razvila simultano z zlitjem arhabakterij, ki za delovanje potrebujejo vodik in alfa-proteobakterij, ki med delovanjem proizvaja vodik.<br /> Mitohondrijski genom delimo na dve različni vrsti, in sicer na predniškega in na pridobljenega. Oba sta značilna za točno določene vrste/organizme in imata tudi vsak svoje lastnosti, ter sta tudi vsak po svoje prispevala k razvoju mitohondrija in jedra kot ju poznamo danes. Kako pa se je mitohondrijski genom razvil na toliko načinov v evkariontski liniji, pa znanstveniki še ne vedo.<br /> <br /> <br /> == Dino Ščuk: Mehanizmi tvorbe lipidnih telesc ==<br /> <br /> Številni organizmi v svojih celicah skladiščijo ali transportirajo lipide. Lipidna telesca oziroma lipidne kapljice so z lipidi bogati organeli, ki so prisotni v vseh organizmih, kot so rastline,živali, prokarionti in kvasovke. Te kapljice so obdane s številnimi specifičnimi proteini, kateri se od organizma do organizma razlikujejo. V semenih pri rastlinah je ta glavni protein, ki obdaja lipidno telo oleosin, v maščobnih celicah živali je to perilipin, ki v procesu diferenciacije lipidne kapljice zamenja ADRP (adipose differentiation related protein), v mišičnih celicah pa apolipoprotein B, ki veže amfipatične molekule in oblikuje partikel VLDL. Te proteini imajo pomembno vlogo pri zaščiti teh telesc pred lipazami, ki hidorilizrajo triacilglicerole v proste maščobne kisline in glicerole. Lipidno jedro teh kapljic vsebuje številne triacilglicerole (TAG) in holesterolne (živali) ali sterolne estre (rastline). Lipidne kapljice se sintetizirajo na mikrodomenah endoplazemskega retikuluma (ER), ki vsebujejo lipidne biosintetske encime, kot tudi specifične proteinske komponente, ki uravnavajo sintezo in velikost teh telesc. Skoraj vsi lipidni in proteinski skupki sintetizirani na ER, se z odcepitvijo sprostijo bodisi v citoplazmo ali lumen ER. Posebnost lipidnih kapljic so mlečni kroglasti lipidi, ki se s sekrecijo izločijo iz celice in vstopijo v Golgijev aparat kot tudi njihov dvokomponentni ovoj okoli lipidnega jedra, ki sestoji iz plašča ADRP ter iz plazemskega butirofilin–ksantin oksidaznega kompleksa.<br /> <br /> <br /> == Luka Bevc: Hormon občutljiva lipaza ==<br /> <br /> Hormone-sensitive lipase [http://www.jlr.org/content/43/10/1585/F1.large.jpg (HSL) ] je že nekaj desetletij znan encim, za katerega so dolgo časa domnevali, da ima samo eno funkcijo in sicer, da v maščobnem tkivu katalizira hormonsko stimulirano lipolizo triacilglicerolov. Vendar zadnje raziskave zavračajo to tezo, saj so ga odkrili v mnogih organih, kje opravlja veliko različnih funkcij. Te so pokazale, da je zmožen hidrolizirati triacilglicerole, diacilglicerole, monoacilglicerole, holesterilne estre, ter še nekaj drugih lipidov in vodotopnih substratov. HSL je bil eden prvih encimov pri katerem so odkrili regulacijo z reverzibilno fosforilacijo, katero katalizira od cikličnega adenozin monofosfata (cAMP) odvisna protein kinaza. Kljub dejstvu, da je protein dolgo poznan, raziskave njegovega delovanja ter zgradbe niso potekale zaradi nezmožnosti priprave čistega proteina.<br /> <br /> Povezava do članka: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1224062/pdf/14725507.pdf<br /> <br /> <br /> == Tjaša Bigec: Zasvojenost z glutaminom: Nova tarča v boju z rakom ==<br /> <br /> Večina vrst rakov je za njihovo kontinuirano rast in preživetje odvisna od visoke stopnje aerobne glikolize. Nekatere rakave celice kažejo odvisnost od glutamina, kljub dejstvu, da je glutamin neesencialna aminokislina. Visoka stopnja absorbcije glutamina, ki jo kažejo od glutamina odvisne rakave celice, se ne odraža izključno le v njegovi vlogi kot donorja dušika za biosintezo nukleotidov in aminokislin. Glutamin namreč igra pomembno vlogo tudi pri absorbciji esencialnih aminokislin in pri vzdrževanju aktivacije [http://en.wikipedia.org/wiki/Mammalian_target_of_rapamycin mTOR kinaze ]. Predvsem je pomemben mTORC1, saj je glavni regulator rasti celic in aktivira translacijo proteinov ter inhibira makroavtofagijo. V mnogih rakavih celicah je glutamin primaren mitohondrijski substrat, ki je potreben za vzdrževanje mitohondrijskega membranskega potenciala in za NADPH proizvodnjo, katera je potrebna za sintezo makromolekul. Aktivacija [http://en.wikipedia.org/wiki/Myc Myc transkripcijskega faktorja ] je ena izmed najpogostejših opaženih onkogenih dogodkov pri raku in je znano, da vodi do napredovanja rakov pri ljudeh. Nedvomno pa je zanimivo, da glutaminsko presnovo lahko izkoriščamo tudi v terapevtske koristi za zdravljenje raka. Absorbcijo glutamina je namreč mogoče zatreti z L-asparaginazo, fenilbutiratom, preko inhibicije ASCT2 ter še na številne druge načine.<br /> <br /> == Tjaša Berčič: Naddružina tiolaz: Kondenzirajoči encimi, ki katalizirajo različne reakcije ==<br /> <br /> <br /> Tiolaze so ubikvitinski encimi, ki imajo pomembno vlogo v biokemijskih poteh. Na splošno jih delimo v dve obsežni skupini razgrajevalnih in biosintetskih tiolaz, ki ji najdemo tako v ekvariontih kot v prokariontih. 3-ketoacil-CoA tiolaza spada med razgrajevalne tiolaze in sodeluje tudi pri beta oksidaciji maščobnih kislin. Encimi iz naddružine tiolaz katalizirajo tudi nastanek vezi C-C s pomočjo tioestrsko odvisne Claisenove kondenzacije( sinteza dveh molekul acetil-CoA iz acetoacetil-CoA).To so tako imenovane acetoacetil-CoA tiolaze. Ta kondenzacija ima bistven pomen v encimatskih poteh pri sintezi maščobnih kislin, steroidov in poliketidov (sekundarnih metabolitov). <br /> <br /> Vsi encimi naddružine tiolaz so dimeri ali dimeri dimerov (tetrameri). Lahko jih razdelimo v tri poddružine. Katalitično mesto vsake podenote je tvorjeno z ostanki enake podenote in je stabilizirano z interakcijami sosednjih podenot. Ohranjeno jedro vsake podenote sestavljata dve polovici, N-terminalni in C-terminalni konec, ki imata enako βαβαβαββ topologijo. Aktivno mesto se nahaja na vrhu štirih kratkih zank, ki izhajajo iz ohranjenega jedra. Velika raznolikost drugih površinskih zank, ki štrlijo iz ohranjenega jedra pomaga doseči raznolikost specifičnosti substrata in katalitično specifičnost encimov naddružine tiolaz. <br /> <br /> Genetsko pomanjkanje teh encimov povzroči različne bolezni, zato je natančno razumevanje biološke strukture te kondenzacije zelo pomembno tudi za razvoj novih antibiotikov.<br /> <br /> == Veronika Rovanšek: yin-yang v biokemiji kobalamina ==<br /> <br /> Vitamin B12, poznan tudi kot kobalamin, je vodotopen vitamin in eden od devetih vitaminov B. V organizmu je pomeben za normalno delovanje možganov, živčnega sistema in pri sintezi krvi. Sodeluje pa tudi pri DNA sintezi, maščobno-kislinski in energijski produkciji. Pomemben je v hitrodelečih se celicah, kot je naprimer v kostnem mozgu. Danes ga znamo sintetizerati v laboratoriju s pomočjo fermentacije v baketrijah.. V naravi ga proizvajajo le alge in bakterije, nekaj malega pa tudi človek. .<br /> Dva glavna kofaktorja vitamina B12 sta adenozilkobalamin(AdoCbl) in metilkobalamin (MetCbl). V naravi se kofaktor združuje z encimskima poddružinama: <br /> -izomerazo.To je preureditev, pri kateri se H4 premešča med dvema sosednima atomoma. Skupna zamenjava na drugi nadomestni X atom. X predstavlja C atom z nadomestnim O2 atomom iz alkohola ali amin. Je homolitična reakcija in poteka na karboksilnem koncu.<br /> -metiltransferazo. Metil (-CH3) skupina se premešča med dvema molekulama. Je heterolitična reakcija in poteka na amino koncu.<br /> Amino in karboksilni konec sta aktivirana specifično, med tem ko je sredinski del B12 nastopa v obeh ciklih. Predvidevajo, da je faktor reaktivnosti organo-kovinske vezi odvisna od homolitičnega (izomeraza) in heterolitičnega (metiltransferaza) razcepa. Kristalna struktura metionin sintaze in metilmalonil-CoA mutaze bo vodila nadaljne eksperimente.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=5082 2010-12-22T10:09:31Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Veronika Rovanšek: yin in yang v biokemiji kobalamina */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen vezni člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini, znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred. V človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.<br /> <br /> <br /> == Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==<br /> Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.<br /> <br /> == Špela Podjed: Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite ==<br /> RNA-stikala so elementi neprevedenega dela mRNA, ki so sposobni vezave majhnih metabolitov. Do sedaj so jih odkrili že več kot dvajset, še vedno pa niso razkrili vseh lastnosti njihovih struktur. Najprej so jih odkrili in vitro. Ugotovili so, da naravni in umetni aptameri (del RNA, ki veže metabolit) uporabljajo skupne načine za vezavo liganda. Oboji uporabljajo parjenje baz, zlaganje aromatov in stabilizacijo z kovinskimi ioni. Naravni aptameri so večji in ligand s parjenjem baz in terciarnimi interakcijami med oddaljenimi deli vijačnice objamejo z vseh koncev. To zagotavlja veliko afiniteto RNA-stikala do liganda. Naravni aptameri so veliko bolj selektivni in specifični do liganda od njihovih umetnih modelov. Slednji so strukturno namreč preprostejši, vsebujejo manj nukleotidov in tako ne morejo dobro skriti metabolita v notranjost strukture. Poleg tega so odkrili tudi RNA-stikalo, ki je hkrati tudi ribocim, to je glmS [http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3L3C&amp;bionumber=1], ki se avtokatalitično cepi ob vezavi metabolita glukozamin-6-fosfata. RNA-stikala so izredno pomembna, saj so zaradi njihove narave zelo primerna za manipulacijo izražanja genov in zaznavanje majhnih metabolitov. V človeku jih do sedaj še niso odkrili, zato so nadvse primerna za razvoj zdravil proti bakterijam.<br /> <br /> == Nejc Perme: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah ==<br /> Glukoza je zelo pomemben vir ogljika in energije za evkariontske celice. Zato so razvile kompleksne mehanizme za natančno zaznavanje sprememb v koncentraciji. V raziskavah, ki so potekale v kvasovkah, so odkrili tri mehanizme za zaznavanje glukoze:<br /> <br /> 1) Kot zaznavna molekula deluje sama heksokinaza 2. Izkazalo se je, da se heksokinaza 2 lahko nahaja tudi v jedru, kjer neposredno interagira s transkripcijskimi faktorji (npr. Mig1), ki kontrolirajo ekspresijo genov. Da se heksokinaza pomakne v jedro pa mora prej prejeti signal od glukoze.<br /> <br /> 2) Zaznavni molekuli sta dva proteina v membrani (Rgt2 in Snf3), ki sta homologna transportnim proteinom glukoze. Med seboj se razlikujeta v tem, da se Snf3 odzove na majhne koncentracije glukoze, Rgt2 pa na velike. Odzoveta se na enak način kot heksokinaza z represijo in ekspresijo nekaterih genov (pri tem ne vstopata v jedro)<br /> <br /> 3) Glukoza se zaznava z GPCR sistemom. Alfa-podenota se odcepi in aktivira adenilat ciklazo. Da postane adenilat ciklaza aktivna je potrebna še glukoza-6-fosfat.<br /> <br /> Kako te mehanizmi zaznajo glukozo še ni znano, dokazano pa je, da imajo molekule pomembne vloge pri signalizaciji saj brez njih ne pride do celičnega odziva. Raziskovanje mehanizmov zaznavanja je šele v začetnih fazah, zato lahko pričakujemo, da bodo nadaljnje raziskave uspele razložiti kako naše celice zaznajo glukozo.<br /> <br /> == Urška Žbogar: Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov ==<br /> Glikoliza je biokemijska pot, ki se je razvila pod anaerobnimi pogoji in v kateri se 1 molekula glukoze pretvori v 2 molekuli piruvata. Ta pot je regulirana s številnimi encimi, za katere so novejše študije pokazale, da so bolj zapleteni, multi-funkcijski proteini, ne pa zgolj enostavne komponente glikolitične poti. Nekateri encimi opravljajo dodatne funkcije, in sicer v<br /> regulaciji transkripcije: heksokinaza (HK)-2, laktat dehidrogenaza A (LDH-A), gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza (GAPD) in enolaza (ENO)-1;<br /> regulaciji apoptoze: glukokinaza, HK in GAPD;<br /> stimulaciji celične motilitete: glukoza-6-fosfat izomeraza<br /> <br /> Glikoliza je glavni vir proizvodnje energije v pogojih, ko primanjkuje kisika zato je izražanje genov, ki kodirajo glikolitične encime pomembno za prilagoditev na hipoksijo (pomanjkanje kisika). Odziv na hipoksijo je posredovan s transkripcijskim faktorjem HIF-1, ki veže cis-regulatorne elemente za aktivacijo genov za odziv na hipoksijo, vključno s tistimi, ki kodirajo glikolitične encime. Rakave celice pa opravljajo glikolizo s povišano produkcijo laktata kljub prisotnosti zadostne količine kisika. Odvisnost rakavih celic od glikolize se kaže v spremenjenih tumornih mitohondrijih, ki niso sposobni vzdrževati normalnega oksidativnega metabolizma.<br /> <br /> V primeru heksokinaze je glikolizna pot povezana z mitohondrijsko oksidativno fosforilacijo <br /> in apoptozo (lokalizacija v mitohondriju). Multifunkcionalnost teh encimov dokazuje tudi lokalizacija glikolitičnih encimov v jedru, kjer sodelujejo kot komponente transkripcijskega koaktivatorja (LDH-A in GAPD) ali represorja (ENO1), medtem ko sama glikoliza poteka izključno v citoplazmi.<br /> <br /> == Urban Bezeljak: Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta ==<br /> Raziskave na primeru biokemijskega aktomiozinskega motorja[http://www.banyantree.org/jsale/actinmyosin/images/actin.gif] so postregle z nekaterimi dognanji, ki so in še bodo pomagali razumeti ostale fiziološke procese od celičnega premikanja do celičnega signaliziranja. Tako kot pri avtomobilskem motorju z notranjim izgorevanjem lahko tudi pri motornem proteinu miozinu definiramo „delovni takt“, korak kjer pride do nastanka mehanske moči. Delovni takt aktomiozina je ključni trenutek v miozinskem ATPaznem ciklu, v katerem služi hidroliza ATP kot vir energije in konformacijskih sprememb, ki povzročijo premik mišičnih filamentov.<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Myosin Molekula miozina] je sestavljena iz glave (motorne domene), vratu (vzvoda) in dolgega repa, ki se prepleta ter tvori debel mišični filament. Na motorni domeni najdemo aktinske vezavne regije, nukleotidno vezavno mesto ter elemente, ki posredujejo spremembe v nukleotidnem žepu do vzvoda oz. do vezavnih mest za aktin. Ko je na miozinsko glavo vezana molekula ATP, sta aktin in miozin razdružena, ko pa pride do hidrolize, se zaradi nastalih konformacijskih sprememb glava lahko veže na aktin, vzvodna ročica miozina pa v koraku delovnega takta zamahne in premakne filamenta. Sprostitev produktov hidrolize in ponovna vezava ATP označujeta začetek novega mehanokemičnega cikla. Odločilen pomen pri izvedbi učinkovitega miozinskega zamaha igra t.i. aktnska aktivacija, ki onemogoči nastanek jalovega zamaha, pri katerem aktin in miozin nista povezana. Mehanizem preusmeritve reakcijskega pretoka na učinkovito izvedbo biološke funkcije imenujemo kinetična izbira reakcijske poti. Zanjo je značilno, da sistem ubere termodinamsko manj ugodno, a hitrejšo reakcijsko pot, saj je ugodnejša (v našem primeru jalov zamah) kinetično ovirana.<br /> <br /> == Margareta Žlajpah: Regulacija HIF-1 proteina ==<br /> &quot;Hypoxia-inducible factors&quot; ali drugače HIF proteini so skupina heterodimernih transkripcijskih faktorjev, ki se odzovejo na pomankanje kisika na celični ravni. Izmed vseh je HIF-1 protein najpomembnejši, saj je HIF-1 proteini tisi, ki je odgovoren za aktivacijo genov, ki kontrolirajo metabolne poti v takem okolju. Odgovor na &quot;hypoxio&quot; vključuje preklop iz aerobnega na anaerobni metabolizem in izražanje proteinov, ki regulirajo celično preživetje ali njeno smrt - apoptozo.<br /> <br /> Pomankanje kisika v celici je značilno tako za popolnoma zdrave bolnike (posledica višinskih treningov ali visokih alpinističnih vzponov) kot tudi za tiste, ki so zboleli za rakom. Ena izmed redkih autosomnih bolezni raka je tudi von Hippel Lindau bolezen. V kombinaciji z HIF-1α proteinom, naj bi se VHL gen dekativiral in s tem dovolil rast dobro ožiljenih tumorjev v ledvicah, očesni mrežnici in centralnem živčnem sistemu.<br /> <br /> Sam VHL protein (pVHL) pa ima tudi pomembno vlogo pri razgradnji HIF proteinov. Do sedaj je znanih nekaj različnih pVHL odvisnih mehanizmov po katerih se HIF protein razgradi, odkrili pa so tudi pVHL neodvisne mehanizme razgradnje. Po drugi strani pa je translacija še dokaj neodkrito področje biokemije, na katerem se iz dneva v dan pojavljajo nove ideje vendar natančnega mehanizma sinteze HIF proteina še ne poznamo.<br /> <br /> Cilj znanstvenikov je dodobra spoznati regulacijo tako sinteze kot tudi razgradnje HIF-1 proteina, saj bi z novimi dognanji na tem področju bili korak bližje izdelavi zdravil proti raku, ter razumevanju odziva telesa na pomankanje kisika.<br /> <br /> == Nives Naraglav: Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov ==<br /> Protein kinaze (PK) so v celicah zelo raznoliki in pogosti encimi, ki z odcepom fosfata iz molekule ATP, fosforilirajo ostale proteine. <br /> <br /> Čeprav so si PK v neaktivne stanju med seboj zelo različne, pa obstajajo elementi, ki se pogosteje ponavljajo v aktivnih oblikah več evkariontskih protein kinaz. Takšni elementi so katalitična zanka, aktivacijski segment, GHI domena in F heliks. Da je encim aktiven, morajo biti ti elementi v medsebojni legi, ki omogoča tvorjenje regulatornega in katalitičnega hidrofobnega področja, ki nastaneta z interakcijami med seboj oddaljenih aminokislinskih ostankov.<br /> <br /> Med preučevanjem evkariontskih PK in njihovih skupnih predhodnikov so znanstveniki ugotovili, da so prvi tekom evolucije razvili dinamičen način regulacije, ki je vezana na GHI domeno in aktivacijski segment, ki pa jih predhodniki nimajo. V dani raziskavi je podrobneje raziskano aktivno povezovanje elementov prek konformacijskih sprememb ter pomen različnih struktur pri aktivaciji in regulaciji evkariontskih PK.<br /> <br /> Razumevanje načina povezovanja katalitičnega ogrodja, ki sestoji iz F heliksa in hidrofobnih področij, s preostali elementi katalitične podenote, je izhodišče za raziskovanje nepravilnosti, drugačnosti v delovanju kinaz.<br /> <br /> == Maruša Bratuš: Mitohondriji kot jih ne poznamo ==<br /> <br /> Vsi poznamo mitohondrije, ki s pomočjo kisika in piruvat dehidrogenaze oksidativno dekarboksilirajo piruvat do acetil-koencima A, ki je potem v reakcijah Krebsovega cikla dokončno oksidiran do ogljikovega dioksida, pri čemer nastaja energija v obliki ATP, FADH2 in NADH. Večina energije pa potem pride iz oksidativne fosforilacije, ko so elektroni iz NADH preko verige prenosa elektronov prenešeni do kisika, prenos protonov, ki pri tem tudi poteka, pa poganja ATP sintazo. Poznamo pa tudi veliko organizmov, ki preživijo v okolju z zelo malo ali celo brez kisika. Kako preživijo? Njihovi mitohondriji kot končni akceptor elektronov ne potrebujejo kisika, saj uporabijo druge molekule, ki so na voljo, na primer nitrate iz okolja ali endogeno proizveden fumarat. Produkt njihovega dihanja zato ni voda, temveč nitriti ali sukcinat. Pri tem je pri eukariontih pomemben encim fumarat reduktaza, ki je strukturno soroden aerobnemu encimu sukcinat dehidrogenaza, funkcijo pa ima tako kot fumarat reduktazni kompleksi v prokariontih. Posebna vrsta mitohondrijev pa lahko kot donorje elektronov v sintezi ATP uporablja tudi anorganske sulfide. Za razlago raznolikosti mitohondrijev obstajata dve teoriji. Obe pa vključujeta možnost evolucijskih modifikacij podedovanih ali pridobljenih genov, ki naj bi izvirali neposredno iz genoma prednikov mitohondrijev, ki je bil najverjetneje individualna anaerobna eubakterija.<br /> <br /> <br /> == Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem ==<br /> <br /> Inzulin je majhen hormon, katerega glavna funkcija je regulacija metabolizma ogljikovih hidratov in maščob v telesu. Izloča se iz ß-celic pankreasa kot odgovor na povišano koncentracijo glukoze v krvi. Preko krvnega obtoka se prenese do tarčnih celic mišičnega in maščobnega tkiva, kjer se usede na specifičen tirozin-kinazni receptor INS-R. Preko zapletene kaskade spodbudi celico k absorbciji glukoze, s čimer je ohranjena normalna koncentracija glukoze v krvi tudi po zaužitem obroku.<br /> <br /> IRS je inzulin receptor substrat, ki po fosforilaciji z INS-R aktivira PPIn 3-kinazo, ta pa pretvori membranski fofatidilinositolbisfosfat ali PtdIns(4,5)P2 v trisfosforiliran PtdIns(3,4,5)P3. Nastali produkt je nujno potreben za aktivacijo kinaze PDK1, ki pa fosforilira še eno (serin/treonin) kinazo Akt. [http://www.shrani.si/f/3d/Xx/3JJwNshp/vpliv-inzulina-na-transp.jpg slika]<br /> <br /> Končni cilj te inzulin-stimulirane kaskade je transport glukoznega prenašalca iz citoplazme na plazmalemo. Glukozni transporter ali GLUT4 se prvotno nahaja v membrani intracelularnega kompartmenta, ob stimulaciji z inzulinom pa se le-ta prenese na plazmalemo in se z njo združi. GLUT je tako transportiran na zunanjo stran membrane, kjer lahko opravlja svojo funkcijo.<br /> <br /> Kljub dolgoletnim raziskovanjem te kaskade, pa je še vedno odprto vprašanje, kako in preko katerih molekul pa signal prepotuje od Akt do tega GLUT4 vsebovanega vezikla, oziroma kateri je tisti substrat Akt-a, ki vpliva na GLUT4 translokacijo do plazmaleme. Do sedaj so znanstveniki identificirali tri potencialne kandidate: AS160, PIKfyve in synip.<br /> <br /> <br /> == Elmina Handanović: Biokemijski pristop k staranju ==<br /> <br /> Ljudje si že od nekdaj želijo, da bi preprečili posledice staranja ter podaljšali svojo življenjsko dobo. Odkrili so že več snovi, ki staranje upočasnjujejo in varujejo pred boleznimi, ki jih prinaša samo staranje in številni drugi dejavniki. Mnogo teh snovi ima značilno lastnost- antioksidativno sposobnost. Antioksidant je molekula, ki zavira ali pa celo prepreči oksidacijo drugih molekul. Pri dihanju in tvorbi energijsko bogatih molekul, nastanejo prosti radikali (npr. superoksidni ioni, ki spadajo med reaktivne kisikove zvrsti), ki pa so naši sovražniki. Radikal ima en nesparjen elektron in hitro reagira s številnimi biološkimi molekulami v celicah. V telesu radikali sprožijo radikalske reakcije, katere lahko poškodujejo naše celice. Naloga antioksidanta je prekinitev teh reakcij ter vezava na proste radikale, kar omogoča da se radikali nevtralizirajo. Radikali lahko poškodujejo tudi DNK in s tem povzročijo mutacije, ki privedejo do rakavih obolenj. Presežek radikalov pospešuje staranje in uničuje celice. Prooksidanti v nasprotju z oksidanti pospešujejo staranje človeškega organizma. Oksidacija biopolimerov z reaktivnimi kisikovimi vrstami (ROS) igra vodilno vlogo pri osiromašenju vitalnih funkcij celic. Stopnja oksidacije DNA, proteinov in lipidov se povečuje s staranjem. To je lahko posledica povečanja reaktivnih kisikovih zvrsti ali njihovega dolgotrajnega delovanje na celico, kaže pa se tudi v zmanjšanju količine antioksidantov, ki se s starostjo zmanjšuje.<br /> <br /> <br /> == Zala Rot: Homologi mitohondrijskega razklopnega proteina UCP1 ==<br /> Mitohondrijski razklopni proteini (uncoupling proteins ali krajše UCP-ji) so integralni proteini, ki se nahajajo na notranji mitohondrijski membrani celic rjavega maščobnega tkiva (adipocitih). Njihova naloga je uravnavanje toka protonov. Že dalj časa poznajo UCP1, pred kratkim pa so odkrili dva njegova homologa, UCP2 ter UCP3. Slednja prav tako regulirata tok protonov, menijo pa, da nadzorujeta tudi nastajanje superoksida in ostalih reaktivnih kisikovih spojin. Nedavne raziskave so pokazale, da imajo UCP-ji pomembno vlogo pri patogenezi diabetesa tipa 2 in termoregulaciji, saj protonov ne porabljajo za nastanek ATP molekule, ampak delujejo nesklopljeno z ATP sintazo, kar pa povzroča sproščanje toplote. Signal za termoregulacijo dobijo prek hormonov, ki jih izloči hipotalamus. UCP proteini so strukturno transmembranski kanalčki, zgrajeni iz šestih α heliksov, ki prebadajo notranjo membrano mitohondrija. Heliksi so v membrani razporejeni antriparalelno, kar pa povzroči, da se vijačnice povezujejo s hidrofilnimi zavoji,ki so topne v matriksu. Imajo obliko dimera, saj po trije heliksi skupaj tvorijo po eno podenoto. Notranjost kanalčka je hidrofilna, zavoji pa tvorijo nekakšno vezavno mesto, ki selektivno prepušča molekule skozi kanalček. Prevelika ekspresija UCP2 povzroči zaviranje sekrecije inzulina, kar pa povzroča tveganje za nastanek diabetesa tipa 2, zato lahko nadaljnje raziskave privedejo do novih možnosti zdravljenja.<br /> <br /> <br /> == Kaja Rupar: Sirtuini - reguliranje mitohondrija ==<br /> <br /> Sirtuini so od NAD+ odvisni proteini. Sesalci vsebujejo sedem različnih sirtuinov (SIRT 1-7), med katerimi se trije nahajajo v mitohondriju (SIRT 3-5). Ti trije sirtuini regulirajo metabolizem, signaliziranje in apoptozo. <br /> <br /> SIRT3 s tem, ko deacetilira dolgo verigo acil-CoA dehidrogenaze, aktivira jetrni lipidni katabolizem. Zato so tiste miši v času posta, katerim so znanstveniki pri eksperimentu odvzeli SIRT3, posledično zmanjšale oksidacijo maščobnih kislin in tudi količina sintetiziranega ATPja se je zmanjšala. Prav tako se je mišim v času posta, katerim je bila odvzeta acetil-CoA sintetaza2 (AceCS2), v skeletnih mišicah zmanjšala produkcija ATPja za 50%. To pa zato, ker je AceCS2 substrat proteina SIRT3.<br /> <br /> Mitohondrijski sirtuini igrajo pomembno vlogo tudi pri prenosu elektronov, ki so proizvod razpada glukoze, aminokislin in maščobnih kislin. Znanstveniki so ugotovili, da sirtuini modificirajo ATP sintazo in štiri komplekse proteinov vključenih v verigo prenosa elektronov z deacetilacijo. <br /> Pri citratnem ciklu sta pomembna predvsem proteina SIRT3 in SIRT4. SIRT3 na citratni cikel vpliva neposredno preko deacetilacije in aktivacije AceCS2 ter glutamat dehidrogenaze (GDH), SIRT4 pa inhibira delovanje GDH. <br /> <br /> Znanstveniki so tudi ugotovili, da SIRT5 aktivira cikel uree tako, da deacetilira in aktivira CPS1; to je ligaza, potrebna za odstranjevanje amonijaka, ki nastane pri katabolizmu aminokislin.<br /> <br /> Pri nadzoru apoptoze pa si raziskave nasprotujejo. Znanstveniki so namreč odkrili pro in anti-apoptotsko vlogo SIRT3.<br /> <br /> <br /> == Filip Kolenc: Post-translacijske modifikacije v signalni integraciji ==<br /> <br /> Post-translacijske modifikacije (PTM) lahko spremenijo lasnosti proteina, z dodatkom kemične skupine ali nekim drugim proteinom na enega ali več njegovih aminokislinskin ostankov. <br /> <br /> PTM so visoko dinamične, v večji meri reverzibilne, časovno ločene in se lahko pojavijo ena za drugo na nekem ostanku v proteinu.<br /> Za kontrolo in sledenje sprememb v celici obstajajo modularne proteinske domene, ki lahko specifično prepoznajo te modifikacije. Za primer si lahko vzamemo protein Grb2, ki vsebuje SH2 domeno, ki lahko veže fosforilirane tirozinske ostanke nekega drugega proteina.<br /> <br /> Nekateri primeri PTM so: fosforilacija, ubikvitinacija, acetilacija, hidroksilacija ter metilacija. <br /> Primer ubikvitiniranja:[http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/7/7f/Ubiquitylation.png].<br /> Te modifikacije igrajo pomembno vlogo pri celičnem signaliziranju. Njihovo prepletenost in medsebojne vplive lahko najbolje ponazorimo pri signalizaciji receptorja za epidermalni rastni factor (EGFR) in pri smrtnem receptorjeu [http://www.sgul.ac.uk/depts/immunology/~dash/apoptosis/tnfr.jpg (TNFR) ]. Pomembno vlogo imajo pa tudi pri odgovoru na poškodbe DNA (DDR) in pri mehanizmu zaznavanja kisika. <br /> <br /> Pomembnost post-translacijskih modifikacij narašča, saj so bila sprva opisane le pri reguliranju encimske aktivnosti fosforilaz kinaz, protein kinaze A in proteinske degredacije, sedaj pa jih najdemo prisotne v skoraj vsakemu celičnemu procesu.<br /> <br /> <br /> == Janja Juvančič: Uvoz proteinov v mitohondrij ==<br /> <br /> Glede na endosimbiotsko hipotezo, mitohondriji izhajajo iz starodavne [http://en.wikipedia.org/wiki/Proteobacteria α‑proteobakterije] (gram-negativna bakterija) in tako kot Gram-negativne bakterije tudi mitohondriji vsebujejo dve membrani(zunanjo in notranjo) in dva vodna prostora(medmembranski prostor in matriks). [http://en.wikipedia.org/wiki/Mitochondrial Mitohondriji] so ohranili kompleten genetski sistem v matriksu, vendar le 1% mitohondrijskih proteinov kodira mitohondrijski genom, ki sintetizira proteine v matriksu. Ostalih 99% proteinov pa kodirajo jedrski geni. Jedrno kodirani proteini se sintetizirajo kot prekurzorji na citosolnih ribosomih in se od tam uvažajo v različne organele v celici. Do leta 2003, sta bili znani le dve glavni poti za uvoz proteinov v notranjo membrano in matriks, nadaljnje raziskave so privedle do številnih novih uvoznih komponent in uvoznih poti v medmembranski prostor in zunanjo membrano, kjer potekajo življenjsko pomembni procesi.<br /> <br /> Eden izmed novo odkritih uvoznih sistemov:<br /> Mitohondrijski prekurzorji zaznavajo signale v dveh skupinah: prva skupina je širjenje N-konca prekurzorjev(15-50 aminokislin), presekvence(dodani del) se odstranijo z proteolitsko cepitvijo med uvozom v mitohondrij. Druga skupina, so prekurzorni proteini, ki niso sintetizirani z možnostjo razširitve, vendar zaznavajo notranje signale. Obe vrsti signalnih sekvenc prepoznajo receptorji, vezani na translokazo imenovano TOM-kompleks na zunanji mitohondrijski membrani in se prenesejo preko presekvenčne translokaze notranje mitohondrijske membrane-kompleksTIM23. Nato se bočno sprostijo v notranjo membrano in se v celoti uvozijo v matriks s pomočjo presekvenčne translokaze-povezane z motorjem(PAM).<br /> <br /> <br /> == Barbara Berki: Evolucija mitohondrijev ==<br /> <br /> Ena izmed najbolj znanih teorij o razvoju mitohondrija je endosimbiotska teorija, ki pravi, da so mitohondriji direktni potomci bakterijskih endosimbiontov. To evolucijsko sled so raziskovalci odkrili s pomočjo mitohondrijske sekvence genov, torej tako da so skušali razčleniti in preučiti mitohondrijski genom. Le-ta namreč ni pri vseh vrstah enak, saj je tekom razvoja prihajalo do sprememb tudi na mtDNA. Zanimivo pa je, da se določene lastnosti mitohondrijskega genoma, kot so tipični manjkajoči geni, prenašajo skozi celotno evolucijo in se pri tem ne spreminjajo. Vendar pa nekatere karakteristike genoma izpodbijajo to teorijo in so bolj v prid vodikovi hipotezi, ki dovoljuje možnost, da sta se evkariontska celica in mitohondrij razvila simultano z zlitjem arhabakterij, ki za delovanje potrebujejo vodik in alfa-proteobakterij, ki med delovanjem proizvaja vodik.<br /> Mitohondrijski genom delimo na dve različni vrsti, in sicer na predniškega in na pridobljenega. Oba sta značilna za točno določene vrste/organizme in imata tudi vsak svoje lastnosti, ter sta tudi vsak po svoje prispevala k razvoju mitohondrija in jedra kot ju poznamo danes. Kako pa se je mitohondrijski genom razvil na toliko načinov v evkariontski liniji, pa znanstveniki še ne vedo.<br /> <br /> <br /> == Dino Ščuk: Mehanizmi tvorbe lipidnih telesc ==<br /> <br /> Številni organizmi v svojih celicah skladiščijo ali transportirajo lipide. Lipidna telesca oziroma lipidne kapljice so z lipidi bogati organeli, ki so prisotni v vseh organizmih, kot so rastline,živali, prokarionti in kvasovke. Te kapljice so obdane s številnimi specifičnimi proteini, kateri se od organizma do organizma razlikujejo. V semenih pri rastlinah je ta glavni protein, ki obdaja lipidno telo oleosin, v maščobnih celicah živali je to perilipin, ki v procesu diferenciacije lipidne kapljice zamenja ADRP (adipose differentiation related protein), v mišičnih celicah pa apolipoprotein B, ki veže amfipatične molekule in oblikuje partikel VLDL. Te proteini imajo pomembno vlogo pri zaščiti teh telesc pred lipazami, ki hidorilizrajo triacilglicerole v proste maščobne kisline in glicerole. Lipidno jedro teh kapljic vsebuje številne triacilglicerole (TAG) in holesterolne (živali) ali sterolne estre (rastline). Lipidne kapljice se sintetizirajo na mikrodomenah endoplazemskega retikuluma (ER), ki vsebujejo lipidne biosintetske encime, kot tudi specifične proteinske komponente, ki uravnavajo sintezo in velikost teh telesc. Skoraj vsi lipidni in proteinski skupki sintetizirani na ER, se z odcepitvijo sprostijo bodisi v citoplazmo ali lumen ER. Posebnost lipidnih kapljic so mlečni kroglasti lipidi, ki se s sekrecijo izločijo iz celice in vstopijo v Golgijev aparat kot tudi njihov dvokomponentni ovoj okoli lipidnega jedra, ki sestoji iz plašča ADRP ter iz plazemskega butirofilin–ksantin oksidaznega kompleksa.<br /> <br /> <br /> == Luka Bevc: Hormon občutljiva lipaza ==<br /> <br /> Hormone-sensitive lipase [http://www.jlr.org/content/43/10/1585/F1.large.jpg (HSL) ] je že nekaj desetletij znan encim, za katerega so dolgo časa domnevali, da ima samo eno funkcijo in sicer, da v maščobnem tkivu katalizira hormonsko stimulirano lipolizo triacilglicerolov. Vendar zadnje raziskave zavračajo to tezo, saj so ga odkrili v mnogih organih, kje opravlja veliko različnih funkcij. Te so pokazale, da je zmožen hidrolizirati triacilglicerole, diacilglicerole, monoacilglicerole, holesterilne estre, ter še nekaj drugih lipidov in vodotopnih substratov. HSL je bil eden prvih encimov pri katerem so odkrili regulacijo z reverzibilno fosforilacijo, katero katalizira od cikličnega adenozin monofosfata (cAMP) odvisna protein kinaza. Kljub dejstvu, da je protein dolgo poznan, raziskave njegovega delovanja ter zgradbe niso potekale zaradi nezmožnosti priprave čistega proteina.<br /> <br /> Povezava do članka: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1224062/pdf/14725507.pdf<br /> <br /> <br /> == Tjaša Bigec: Zasvojenost z glutaminom: Nova tarča v boju z rakom ==<br /> <br /> Večina vrst rakov je za njihovo kontinuirano rast in preživetje odvisna od visoke stopnje aerobne glikolize. Nekatere rakave celice kažejo odvisnost od glutamina, kljub dejstvu, da je glutamin neesencialna aminokislina. Visoka stopnja absorbcije glutamina, ki jo kažejo od glutamina odvisne rakave celice, se ne odraža izključno le v njegovi vlogi kot donorja dušika za biosintezo nukleotidov in aminokislin. Glutamin namreč igra pomembno vlogo tudi pri absorbciji esencialnih aminokislin in pri vzdrževanju aktivacije [http://en.wikipedia.org/wiki/Mammalian_target_of_rapamycin mTOR kinaze ]. Predvsem je pomemben mTORC1, saj je glavni regulator rasti celic in aktivira translacijo proteinov ter inhibira makroavtofagijo. V mnogih rakavih celicah je glutamin primaren mitohondrijski substrat, ki je potreben za vzdrževanje mitohondrijskega membranskega potenciala in za NADPH proizvodnjo, katera je potrebna za sintezo makromolekul. Aktivacija [http://en.wikipedia.org/wiki/Myc Myc transkripcijskega faktorja ] je ena izmed najpogostejših opaženih onkogenih dogodkov pri raku in je znano, da vodi do napredovanja rakov pri ljudeh. Nedvomno pa je zanimivo, da glutaminsko presnovo lahko izkoriščamo tudi v terapevtske koristi za zdravljenje raka. Absorbcijo glutamina je namreč mogoče zatreti z L-asparaginazo, fenilbutiratom, preko inhibicije ASCT2 ter še na številne druge načine.<br /> <br /> == Tjaša Berčič: Naddružina tiolaz: Kondenzirajoči encimi, ki katalizirajo različne reakcije ==<br /> <br /> <br /> Tiolaze so ubikvitinski encimi, ki imajo pomembno vlogo v biokemijskih poteh. Na splošno jih delimo v dve obsežni skupini razgrajevalnih in biosintetskih tiolaz, ki ji najdemo tako v ekvariontih kot v prokariontih. 3-ketoacil-CoA tiolaza spada med razgrajevalne tiolaze in sodeluje tudi pri beta oksidaciji maščobnih kislin. Encimi iz naddružine tiolaz katalizirajo tudi nastanek vezi C-C s pomočjo tioestrsko odvisne Claisenove kondenzacije( sinteza dveh molekul acetil-CoA iz acetoacetil-CoA).To so tako imenovane acetoacetil-CoA tiolaze. Ta kondenzacija ima bistven pomen v encimatskih poteh pri sintezi maščobnih kislin, steroidov in poliketidov (sekundarnih metabolitov). <br /> <br /> Vsi encimi naddružine tiolaz so dimeri ali dimeri dimerov (tetrameri). Lahko jih razdelimo v tri poddružine. Katalitično mesto vsake podenote je tvorjeno z ostanki enake podenote in je stabilizirano z interakcijami sosednjih podenot. Ohranjeno jedro vsake podenote sestavljata dve polovici, N-terminalni in C-terminalni konec, ki imata enako βαβαβαββ topologijo. Aktivno mesto se nahaja na vrhu štirih kratkih zank, ki izhajajo iz ohranjenega jedra. Velika raznolikost drugih površinskih zank, ki štrlijo iz ohranjenega jedra pomaga doseči raznolikost specifičnosti substrata in katalitično specifičnost encimov naddružine tiolaz. <br /> <br /> Genetsko pomanjkanje teh encimov povzroči različne bolezni, zato je natančno razumevanje biološke strukture te kondenzacije zelo pomembno tudi za razvoj novih antibiotikov.<br /> <br /> == Veronika Rovanšek: yin-yang v biokemiji kobalamina ==<br /> <br /> Vitamin B12, poznan tudi kot kobalamin, je vodotopen vitamin in eden od devetih vitaminov B. V organizmu je pomeben za normalno delovanje možganov, živčnega sistema in pri sintezi krvi. Sodeluje pa tudi pri DNA sintezi, maščobno-kislinski in energijski produkciji. Pomemben je v hitrodelečih se celicah, kot je naprimer v kostnem mozgu. Danes ga znamo sintetizerati v laboratoriju s pomočjo fermentacije v baketrijah.. V naravi ga proizvajajo le alge in bakterije, nekaj malega pa tudi človek. .<br /> Dva glavna kofaktorja vitamina B12 sta adenozilkobalamin(AdoCbl) in metilkobalamin (MetCbl). V naravi se kofaktor združuje z encimskima poddružinama: <br /> -izomerazo.To je preureditev, pri kateri se H4 premešča med dvema sosednima atomoma. Skupna zamenjava na drugi nadomestni X atom. X predstavlja C atom z nadomestnim O2 atomom iz alkohola ali amin. Je homolitična reakcija in poteka na karboksilnem koncu.<br /> -metiltransferazo. Metil (-CH3) skupina se premšča med dvema molekulama. Je heterolitična reakcija in poteka na amino koncu.<br /> Amino in karboksilni konec sta aktiverana specifično, med tem ko je sredinski del B12 nastopa v obeh ciklih.Predvidevajo, da je faktor reaktivnosti organo-kovinske vezi odvisna od homolitičnega (izomeraza) in heterolitičnega (metiltransferaza) razcepa. Kristalan struktura metionin sintaze in metilmalonil-CoA mutaze bo vodila nadalne eksperimente.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=5081 2010-12-22T10:08:52Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Veronika Rovanšek: yink in yank v biokemiji kobalamina */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen vezni člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini, znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred. V človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.<br /> <br /> <br /> == Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==<br /> Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.<br /> <br /> == Špela Podjed: Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite ==<br /> RNA-stikala so elementi neprevedenega dela mRNA, ki so sposobni vezave majhnih metabolitov. Do sedaj so jih odkrili že več kot dvajset, še vedno pa niso razkrili vseh lastnosti njihovih struktur. Najprej so jih odkrili in vitro. Ugotovili so, da naravni in umetni aptameri (del RNA, ki veže metabolit) uporabljajo skupne načine za vezavo liganda. Oboji uporabljajo parjenje baz, zlaganje aromatov in stabilizacijo z kovinskimi ioni. Naravni aptameri so večji in ligand s parjenjem baz in terciarnimi interakcijami med oddaljenimi deli vijačnice objamejo z vseh koncev. To zagotavlja veliko afiniteto RNA-stikala do liganda. Naravni aptameri so veliko bolj selektivni in specifični do liganda od njihovih umetnih modelov. Slednji so strukturno namreč preprostejši, vsebujejo manj nukleotidov in tako ne morejo dobro skriti metabolita v notranjost strukture. Poleg tega so odkrili tudi RNA-stikalo, ki je hkrati tudi ribocim, to je glmS [http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3L3C&amp;bionumber=1], ki se avtokatalitično cepi ob vezavi metabolita glukozamin-6-fosfata. RNA-stikala so izredno pomembna, saj so zaradi njihove narave zelo primerna za manipulacijo izražanja genov in zaznavanje majhnih metabolitov. V človeku jih do sedaj še niso odkrili, zato so nadvse primerna za razvoj zdravil proti bakterijam.<br /> <br /> == Nejc Perme: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah ==<br /> Glukoza je zelo pomemben vir ogljika in energije za evkariontske celice. Zato so razvile kompleksne mehanizme za natančno zaznavanje sprememb v koncentraciji. V raziskavah, ki so potekale v kvasovkah, so odkrili tri mehanizme za zaznavanje glukoze:<br /> <br /> 1) Kot zaznavna molekula deluje sama heksokinaza 2. Izkazalo se je, da se heksokinaza 2 lahko nahaja tudi v jedru, kjer neposredno interagira s transkripcijskimi faktorji (npr. Mig1), ki kontrolirajo ekspresijo genov. Da se heksokinaza pomakne v jedro pa mora prej prejeti signal od glukoze.<br /> <br /> 2) Zaznavni molekuli sta dva proteina v membrani (Rgt2 in Snf3), ki sta homologna transportnim proteinom glukoze. Med seboj se razlikujeta v tem, da se Snf3 odzove na majhne koncentracije glukoze, Rgt2 pa na velike. Odzoveta se na enak način kot heksokinaza z represijo in ekspresijo nekaterih genov (pri tem ne vstopata v jedro)<br /> <br /> 3) Glukoza se zaznava z GPCR sistemom. Alfa-podenota se odcepi in aktivira adenilat ciklazo. Da postane adenilat ciklaza aktivna je potrebna še glukoza-6-fosfat.<br /> <br /> Kako te mehanizmi zaznajo glukozo še ni znano, dokazano pa je, da imajo molekule pomembne vloge pri signalizaciji saj brez njih ne pride do celičnega odziva. Raziskovanje mehanizmov zaznavanja je šele v začetnih fazah, zato lahko pričakujemo, da bodo nadaljnje raziskave uspele razložiti kako naše celice zaznajo glukozo.<br /> <br /> == Urška Žbogar: Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov ==<br /> Glikoliza je biokemijska pot, ki se je razvila pod anaerobnimi pogoji in v kateri se 1 molekula glukoze pretvori v 2 molekuli piruvata. Ta pot je regulirana s številnimi encimi, za katere so novejše študije pokazale, da so bolj zapleteni, multi-funkcijski proteini, ne pa zgolj enostavne komponente glikolitične poti. Nekateri encimi opravljajo dodatne funkcije, in sicer v<br /> regulaciji transkripcije: heksokinaza (HK)-2, laktat dehidrogenaza A (LDH-A), gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza (GAPD) in enolaza (ENO)-1;<br /> regulaciji apoptoze: glukokinaza, HK in GAPD;<br /> stimulaciji celične motilitete: glukoza-6-fosfat izomeraza<br /> <br /> Glikoliza je glavni vir proizvodnje energije v pogojih, ko primanjkuje kisika zato je izražanje genov, ki kodirajo glikolitične encime pomembno za prilagoditev na hipoksijo (pomanjkanje kisika). Odziv na hipoksijo je posredovan s transkripcijskim faktorjem HIF-1, ki veže cis-regulatorne elemente za aktivacijo genov za odziv na hipoksijo, vključno s tistimi, ki kodirajo glikolitične encime. Rakave celice pa opravljajo glikolizo s povišano produkcijo laktata kljub prisotnosti zadostne količine kisika. Odvisnost rakavih celic od glikolize se kaže v spremenjenih tumornih mitohondrijih, ki niso sposobni vzdrževati normalnega oksidativnega metabolizma.<br /> <br /> V primeru heksokinaze je glikolizna pot povezana z mitohondrijsko oksidativno fosforilacijo <br /> in apoptozo (lokalizacija v mitohondriju). Multifunkcionalnost teh encimov dokazuje tudi lokalizacija glikolitičnih encimov v jedru, kjer sodelujejo kot komponente transkripcijskega koaktivatorja (LDH-A in GAPD) ali represorja (ENO1), medtem ko sama glikoliza poteka izključno v citoplazmi.<br /> <br /> == Urban Bezeljak: Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta ==<br /> Raziskave na primeru biokemijskega aktomiozinskega motorja[http://www.banyantree.org/jsale/actinmyosin/images/actin.gif] so postregle z nekaterimi dognanji, ki so in še bodo pomagali razumeti ostale fiziološke procese od celičnega premikanja do celičnega signaliziranja. Tako kot pri avtomobilskem motorju z notranjim izgorevanjem lahko tudi pri motornem proteinu miozinu definiramo „delovni takt“, korak kjer pride do nastanka mehanske moči. Delovni takt aktomiozina je ključni trenutek v miozinskem ATPaznem ciklu, v katerem služi hidroliza ATP kot vir energije in konformacijskih sprememb, ki povzročijo premik mišičnih filamentov.<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Myosin Molekula miozina] je sestavljena iz glave (motorne domene), vratu (vzvoda) in dolgega repa, ki se prepleta ter tvori debel mišični filament. Na motorni domeni najdemo aktinske vezavne regije, nukleotidno vezavno mesto ter elemente, ki posredujejo spremembe v nukleotidnem žepu do vzvoda oz. do vezavnih mest za aktin. Ko je na miozinsko glavo vezana molekula ATP, sta aktin in miozin razdružena, ko pa pride do hidrolize, se zaradi nastalih konformacijskih sprememb glava lahko veže na aktin, vzvodna ročica miozina pa v koraku delovnega takta zamahne in premakne filamenta. Sprostitev produktov hidrolize in ponovna vezava ATP označujeta začetek novega mehanokemičnega cikla. Odločilen pomen pri izvedbi učinkovitega miozinskega zamaha igra t.i. aktnska aktivacija, ki onemogoči nastanek jalovega zamaha, pri katerem aktin in miozin nista povezana. Mehanizem preusmeritve reakcijskega pretoka na učinkovito izvedbo biološke funkcije imenujemo kinetična izbira reakcijske poti. Zanjo je značilno, da sistem ubere termodinamsko manj ugodno, a hitrejšo reakcijsko pot, saj je ugodnejša (v našem primeru jalov zamah) kinetično ovirana.<br /> <br /> == Margareta Žlajpah: Regulacija HIF-1 proteina ==<br /> &quot;Hypoxia-inducible factors&quot; ali drugače HIF proteini so skupina heterodimernih transkripcijskih faktorjev, ki se odzovejo na pomankanje kisika na celični ravni. Izmed vseh je HIF-1 protein najpomembnejši, saj je HIF-1 proteini tisi, ki je odgovoren za aktivacijo genov, ki kontrolirajo metabolne poti v takem okolju. Odgovor na &quot;hypoxio&quot; vključuje preklop iz aerobnega na anaerobni metabolizem in izražanje proteinov, ki regulirajo celično preživetje ali njeno smrt - apoptozo.<br /> <br /> Pomankanje kisika v celici je značilno tako za popolnoma zdrave bolnike (posledica višinskih treningov ali visokih alpinističnih vzponov) kot tudi za tiste, ki so zboleli za rakom. Ena izmed redkih autosomnih bolezni raka je tudi von Hippel Lindau bolezen. V kombinaciji z HIF-1α proteinom, naj bi se VHL gen dekativiral in s tem dovolil rast dobro ožiljenih tumorjev v ledvicah, očesni mrežnici in centralnem živčnem sistemu.<br /> <br /> Sam VHL protein (pVHL) pa ima tudi pomembno vlogo pri razgradnji HIF proteinov. Do sedaj je znanih nekaj različnih pVHL odvisnih mehanizmov po katerih se HIF protein razgradi, odkrili pa so tudi pVHL neodvisne mehanizme razgradnje. Po drugi strani pa je translacija še dokaj neodkrito področje biokemije, na katerem se iz dneva v dan pojavljajo nove ideje vendar natančnega mehanizma sinteze HIF proteina še ne poznamo.<br /> <br /> Cilj znanstvenikov je dodobra spoznati regulacijo tako sinteze kot tudi razgradnje HIF-1 proteina, saj bi z novimi dognanji na tem področju bili korak bližje izdelavi zdravil proti raku, ter razumevanju odziva telesa na pomankanje kisika.<br /> <br /> == Nives Naraglav: Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov ==<br /> Protein kinaze (PK) so v celicah zelo raznoliki in pogosti encimi, ki z odcepom fosfata iz molekule ATP, fosforilirajo ostale proteine. <br /> <br /> Čeprav so si PK v neaktivne stanju med seboj zelo različne, pa obstajajo elementi, ki se pogosteje ponavljajo v aktivnih oblikah več evkariontskih protein kinaz. Takšni elementi so katalitična zanka, aktivacijski segment, GHI domena in F heliks. Da je encim aktiven, morajo biti ti elementi v medsebojni legi, ki omogoča tvorjenje regulatornega in katalitičnega hidrofobnega področja, ki nastaneta z interakcijami med seboj oddaljenih aminokislinskih ostankov.<br /> <br /> Med preučevanjem evkariontskih PK in njihovih skupnih predhodnikov so znanstveniki ugotovili, da so prvi tekom evolucije razvili dinamičen način regulacije, ki je vezana na GHI domeno in aktivacijski segment, ki pa jih predhodniki nimajo. V dani raziskavi je podrobneje raziskano aktivno povezovanje elementov prek konformacijskih sprememb ter pomen različnih struktur pri aktivaciji in regulaciji evkariontskih PK.<br /> <br /> Razumevanje načina povezovanja katalitičnega ogrodja, ki sestoji iz F heliksa in hidrofobnih področij, s preostali elementi katalitične podenote, je izhodišče za raziskovanje nepravilnosti, drugačnosti v delovanju kinaz.<br /> <br /> == Maruša Bratuš: Mitohondriji kot jih ne poznamo ==<br /> <br /> Vsi poznamo mitohondrije, ki s pomočjo kisika in piruvat dehidrogenaze oksidativno dekarboksilirajo piruvat do acetil-koencima A, ki je potem v reakcijah Krebsovega cikla dokončno oksidiran do ogljikovega dioksida, pri čemer nastaja energija v obliki ATP, FADH2 in NADH. Večina energije pa potem pride iz oksidativne fosforilacije, ko so elektroni iz NADH preko verige prenosa elektronov prenešeni do kisika, prenos protonov, ki pri tem tudi poteka, pa poganja ATP sintazo. Poznamo pa tudi veliko organizmov, ki preživijo v okolju z zelo malo ali celo brez kisika. Kako preživijo? Njihovi mitohondriji kot končni akceptor elektronov ne potrebujejo kisika, saj uporabijo druge molekule, ki so na voljo, na primer nitrate iz okolja ali endogeno proizveden fumarat. Produkt njihovega dihanja zato ni voda, temveč nitriti ali sukcinat. Pri tem je pri eukariontih pomemben encim fumarat reduktaza, ki je strukturno soroden aerobnemu encimu sukcinat dehidrogenaza, funkcijo pa ima tako kot fumarat reduktazni kompleksi v prokariontih. Posebna vrsta mitohondrijev pa lahko kot donorje elektronov v sintezi ATP uporablja tudi anorganske sulfide. Za razlago raznolikosti mitohondrijev obstajata dve teoriji. Obe pa vključujeta možnost evolucijskih modifikacij podedovanih ali pridobljenih genov, ki naj bi izvirali neposredno iz genoma prednikov mitohondrijev, ki je bil najverjetneje individualna anaerobna eubakterija.<br /> <br /> <br /> == Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem ==<br /> <br /> Inzulin je majhen hormon, katerega glavna funkcija je regulacija metabolizma ogljikovih hidratov in maščob v telesu. Izloča se iz ß-celic pankreasa kot odgovor na povišano koncentracijo glukoze v krvi. Preko krvnega obtoka se prenese do tarčnih celic mišičnega in maščobnega tkiva, kjer se usede na specifičen tirozin-kinazni receptor INS-R. Preko zapletene kaskade spodbudi celico k absorbciji glukoze, s čimer je ohranjena normalna koncentracija glukoze v krvi tudi po zaužitem obroku.<br /> <br /> IRS je inzulin receptor substrat, ki po fosforilaciji z INS-R aktivira PPIn 3-kinazo, ta pa pretvori membranski fofatidilinositolbisfosfat ali PtdIns(4,5)P2 v trisfosforiliran PtdIns(3,4,5)P3. Nastali produkt je nujno potreben za aktivacijo kinaze PDK1, ki pa fosforilira še eno (serin/treonin) kinazo Akt. [http://www.shrani.si/f/3d/Xx/3JJwNshp/vpliv-inzulina-na-transp.jpg slika]<br /> <br /> Končni cilj te inzulin-stimulirane kaskade je transport glukoznega prenašalca iz citoplazme na plazmalemo. Glukozni transporter ali GLUT4 se prvotno nahaja v membrani intracelularnega kompartmenta, ob stimulaciji z inzulinom pa se le-ta prenese na plazmalemo in se z njo združi. GLUT je tako transportiran na zunanjo stran membrane, kjer lahko opravlja svojo funkcijo.<br /> <br /> Kljub dolgoletnim raziskovanjem te kaskade, pa je še vedno odprto vprašanje, kako in preko katerih molekul pa signal prepotuje od Akt do tega GLUT4 vsebovanega vezikla, oziroma kateri je tisti substrat Akt-a, ki vpliva na GLUT4 translokacijo do plazmaleme. Do sedaj so znanstveniki identificirali tri potencialne kandidate: AS160, PIKfyve in synip.<br /> <br /> <br /> == Elmina Handanović: Biokemijski pristop k staranju ==<br /> <br /> Ljudje si že od nekdaj želijo, da bi preprečili posledice staranja ter podaljšali svojo življenjsko dobo. Odkrili so že več snovi, ki staranje upočasnjujejo in varujejo pred boleznimi, ki jih prinaša samo staranje in številni drugi dejavniki. Mnogo teh snovi ima značilno lastnost- antioksidativno sposobnost. Antioksidant je molekula, ki zavira ali pa celo prepreči oksidacijo drugih molekul. Pri dihanju in tvorbi energijsko bogatih molekul, nastanejo prosti radikali (npr. superoksidni ioni, ki spadajo med reaktivne kisikove zvrsti), ki pa so naši sovražniki. Radikal ima en nesparjen elektron in hitro reagira s številnimi biološkimi molekulami v celicah. V telesu radikali sprožijo radikalske reakcije, katere lahko poškodujejo naše celice. Naloga antioksidanta je prekinitev teh reakcij ter vezava na proste radikale, kar omogoča da se radikali nevtralizirajo. Radikali lahko poškodujejo tudi DNK in s tem povzročijo mutacije, ki privedejo do rakavih obolenj. Presežek radikalov pospešuje staranje in uničuje celice. Prooksidanti v nasprotju z oksidanti pospešujejo staranje človeškega organizma. Oksidacija biopolimerov z reaktivnimi kisikovimi vrstami (ROS) igra vodilno vlogo pri osiromašenju vitalnih funkcij celic. Stopnja oksidacije DNA, proteinov in lipidov se povečuje s staranjem. To je lahko posledica povečanja reaktivnih kisikovih zvrsti ali njihovega dolgotrajnega delovanje na celico, kaže pa se tudi v zmanjšanju količine antioksidantov, ki se s starostjo zmanjšuje.<br /> <br /> <br /> == Zala Rot: Homologi mitohondrijskega razklopnega proteina UCP1 ==<br /> Mitohondrijski razklopni proteini (uncoupling proteins ali krajše UCP-ji) so integralni proteini, ki se nahajajo na notranji mitohondrijski membrani celic rjavega maščobnega tkiva (adipocitih). Njihova naloga je uravnavanje toka protonov. Že dalj časa poznajo UCP1, pred kratkim pa so odkrili dva njegova homologa, UCP2 ter UCP3. Slednja prav tako regulirata tok protonov, menijo pa, da nadzorujeta tudi nastajanje superoksida in ostalih reaktivnih kisikovih spojin. Nedavne raziskave so pokazale, da imajo UCP-ji pomembno vlogo pri patogenezi diabetesa tipa 2 in termoregulaciji, saj protonov ne porabljajo za nastanek ATP molekule, ampak delujejo nesklopljeno z ATP sintazo, kar pa povzroča sproščanje toplote. Signal za termoregulacijo dobijo prek hormonov, ki jih izloči hipotalamus. UCP proteini so strukturno transmembranski kanalčki, zgrajeni iz šestih α heliksov, ki prebadajo notranjo membrano mitohondrija. Heliksi so v membrani razporejeni antriparalelno, kar pa povzroči, da se vijačnice povezujejo s hidrofilnimi zavoji,ki so topne v matriksu. Imajo obliko dimera, saj po trije heliksi skupaj tvorijo po eno podenoto. Notranjost kanalčka je hidrofilna, zavoji pa tvorijo nekakšno vezavno mesto, ki selektivno prepušča molekule skozi kanalček. Prevelika ekspresija UCP2 povzroči zaviranje sekrecije inzulina, kar pa povzroča tveganje za nastanek diabetesa tipa 2, zato lahko nadaljnje raziskave privedejo do novih možnosti zdravljenja.<br /> <br /> <br /> == Kaja Rupar: Sirtuini - reguliranje mitohondrija ==<br /> <br /> Sirtuini so od NAD+ odvisni proteini. Sesalci vsebujejo sedem različnih sirtuinov (SIRT 1-7), med katerimi se trije nahajajo v mitohondriju (SIRT 3-5). Ti trije sirtuini regulirajo metabolizem, signaliziranje in apoptozo. <br /> <br /> SIRT3 s tem, ko deacetilira dolgo verigo acil-CoA dehidrogenaze, aktivira jetrni lipidni katabolizem. Zato so tiste miši v času posta, katerim so znanstveniki pri eksperimentu odvzeli SIRT3, posledično zmanjšale oksidacijo maščobnih kislin in tudi količina sintetiziranega ATPja se je zmanjšala. Prav tako se je mišim v času posta, katerim je bila odvzeta acetil-CoA sintetaza2 (AceCS2), v skeletnih mišicah zmanjšala produkcija ATPja za 50%. To pa zato, ker je AceCS2 substrat proteina SIRT3.<br /> <br /> Mitohondrijski sirtuini igrajo pomembno vlogo tudi pri prenosu elektronov, ki so proizvod razpada glukoze, aminokislin in maščobnih kislin. Znanstveniki so ugotovili, da sirtuini modificirajo ATP sintazo in štiri komplekse proteinov vključenih v verigo prenosa elektronov z deacetilacijo. <br /> Pri citratnem ciklu sta pomembna predvsem proteina SIRT3 in SIRT4. SIRT3 na citratni cikel vpliva neposredno preko deacetilacije in aktivacije AceCS2 ter glutamat dehidrogenaze (GDH), SIRT4 pa inhibira delovanje GDH. <br /> <br /> Znanstveniki so tudi ugotovili, da SIRT5 aktivira cikel uree tako, da deacetilira in aktivira CPS1; to je ligaza, potrebna za odstranjevanje amonijaka, ki nastane pri katabolizmu aminokislin.<br /> <br /> Pri nadzoru apoptoze pa si raziskave nasprotujejo. Znanstveniki so namreč odkrili pro in anti-apoptotsko vlogo SIRT3.<br /> <br /> <br /> == Filip Kolenc: Post-translacijske modifikacije v signalni integraciji ==<br /> <br /> Post-translacijske modifikacije (PTM) lahko spremenijo lasnosti proteina, z dodatkom kemične skupine ali nekim drugim proteinom na enega ali več njegovih aminokislinskin ostankov. <br /> <br /> PTM so visoko dinamične, v večji meri reverzibilne, časovno ločene in se lahko pojavijo ena za drugo na nekem ostanku v proteinu.<br /> Za kontrolo in sledenje sprememb v celici obstajajo modularne proteinske domene, ki lahko specifično prepoznajo te modifikacije. Za primer si lahko vzamemo protein Grb2, ki vsebuje SH2 domeno, ki lahko veže fosforilirane tirozinske ostanke nekega drugega proteina.<br /> <br /> Nekateri primeri PTM so: fosforilacija, ubikvitinacija, acetilacija, hidroksilacija ter metilacija. <br /> Primer ubikvitiniranja:[http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/7/7f/Ubiquitylation.png].<br /> Te modifikacije igrajo pomembno vlogo pri celičnem signaliziranju. Njihovo prepletenost in medsebojne vplive lahko najbolje ponazorimo pri signalizaciji receptorja za epidermalni rastni factor (EGFR) in pri smrtnem receptorjeu [http://www.sgul.ac.uk/depts/immunology/~dash/apoptosis/tnfr.jpg (TNFR) ]. Pomembno vlogo imajo pa tudi pri odgovoru na poškodbe DNA (DDR) in pri mehanizmu zaznavanja kisika. <br /> <br /> Pomembnost post-translacijskih modifikacij narašča, saj so bila sprva opisane le pri reguliranju encimske aktivnosti fosforilaz kinaz, protein kinaze A in proteinske degredacije, sedaj pa jih najdemo prisotne v skoraj vsakemu celičnemu procesu.<br /> <br /> <br /> == Janja Juvančič: Uvoz proteinov v mitohondrij ==<br /> <br /> Glede na endosimbiotsko hipotezo, mitohondriji izhajajo iz starodavne [http://en.wikipedia.org/wiki/Proteobacteria α‑proteobakterije] (gram-negativna bakterija) in tako kot Gram-negativne bakterije tudi mitohondriji vsebujejo dve membrani(zunanjo in notranjo) in dva vodna prostora(medmembranski prostor in matriks). [http://en.wikipedia.org/wiki/Mitochondrial Mitohondriji] so ohranili kompleten genetski sistem v matriksu, vendar le 1% mitohondrijskih proteinov kodira mitohondrijski genom, ki sintetizira proteine v matriksu. Ostalih 99% proteinov pa kodirajo jedrski geni. Jedrno kodirani proteini se sintetizirajo kot prekurzorji na citosolnih ribosomih in se od tam uvažajo v različne organele v celici. Do leta 2003, sta bili znani le dve glavni poti za uvoz proteinov v notranjo membrano in matriks, nadaljnje raziskave so privedle do številnih novih uvoznih komponent in uvoznih poti v medmembranski prostor in zunanjo membrano, kjer potekajo življenjsko pomembni procesi.<br /> <br /> Eden izmed novo odkritih uvoznih sistemov:<br /> Mitohondrijski prekurzorji zaznavajo signale v dveh skupinah: prva skupina je širjenje N-konca prekurzorjev(15-50 aminokislin), presekvence(dodani del) se odstranijo z proteolitsko cepitvijo med uvozom v mitohondrij. Druga skupina, so prekurzorni proteini, ki niso sintetizirani z možnostjo razširitve, vendar zaznavajo notranje signale. Obe vrsti signalnih sekvenc prepoznajo receptorji, vezani na translokazo imenovano TOM-kompleks na zunanji mitohondrijski membrani in se prenesejo preko presekvenčne translokaze notranje mitohondrijske membrane-kompleksTIM23. Nato se bočno sprostijo v notranjo membrano in se v celoti uvozijo v matriks s pomočjo presekvenčne translokaze-povezane z motorjem(PAM).<br /> <br /> <br /> == Barbara Berki: Evolucija mitohondrijev ==<br /> <br /> Ena izmed najbolj znanih teorij o razvoju mitohondrija je endosimbiotska teorija, ki pravi, da so mitohondriji direktni potomci bakterijskih endosimbiontov. To evolucijsko sled so raziskovalci odkrili s pomočjo mitohondrijske sekvence genov, torej tako da so skušali razčleniti in preučiti mitohondrijski genom. Le-ta namreč ni pri vseh vrstah enak, saj je tekom razvoja prihajalo do sprememb tudi na mtDNA. Zanimivo pa je, da se določene lastnosti mitohondrijskega genoma, kot so tipični manjkajoči geni, prenašajo skozi celotno evolucijo in se pri tem ne spreminjajo. Vendar pa nekatere karakteristike genoma izpodbijajo to teorijo in so bolj v prid vodikovi hipotezi, ki dovoljuje možnost, da sta se evkariontska celica in mitohondrij razvila simultano z zlitjem arhabakterij, ki za delovanje potrebujejo vodik in alfa-proteobakterij, ki med delovanjem proizvaja vodik.<br /> Mitohondrijski genom delimo na dve različni vrsti, in sicer na predniškega in na pridobljenega. Oba sta značilna za točno določene vrste/organizme in imata tudi vsak svoje lastnosti, ter sta tudi vsak po svoje prispevala k razvoju mitohondrija in jedra kot ju poznamo danes. Kako pa se je mitohondrijski genom razvil na toliko načinov v evkariontski liniji, pa znanstveniki še ne vedo.<br /> <br /> <br /> == Dino Ščuk: Mehanizmi tvorbe lipidnih telesc ==<br /> <br /> Številni organizmi v svojih celicah skladiščijo ali transportirajo lipide. Lipidna telesca oziroma lipidne kapljice so z lipidi bogati organeli, ki so prisotni v vseh organizmih, kot so rastline,živali, prokarionti in kvasovke. Te kapljice so obdane s številnimi specifičnimi proteini, kateri se od organizma do organizma razlikujejo. V semenih pri rastlinah je ta glavni protein, ki obdaja lipidno telo oleosin, v maščobnih celicah živali je to perilipin, ki v procesu diferenciacije lipidne kapljice zamenja ADRP (adipose differentiation related protein), v mišičnih celicah pa apolipoprotein B, ki veže amfipatične molekule in oblikuje partikel VLDL. Te proteini imajo pomembno vlogo pri zaščiti teh telesc pred lipazami, ki hidorilizrajo triacilglicerole v proste maščobne kisline in glicerole. Lipidno jedro teh kapljic vsebuje številne triacilglicerole (TAG) in holesterolne (živali) ali sterolne estre (rastline). Lipidne kapljice se sintetizirajo na mikrodomenah endoplazemskega retikuluma (ER), ki vsebujejo lipidne biosintetske encime, kot tudi specifične proteinske komponente, ki uravnavajo sintezo in velikost teh telesc. Skoraj vsi lipidni in proteinski skupki sintetizirani na ER, se z odcepitvijo sprostijo bodisi v citoplazmo ali lumen ER. Posebnost lipidnih kapljic so mlečni kroglasti lipidi, ki se s sekrecijo izločijo iz celice in vstopijo v Golgijev aparat kot tudi njihov dvokomponentni ovoj okoli lipidnega jedra, ki sestoji iz plašča ADRP ter iz plazemskega butirofilin–ksantin oksidaznega kompleksa.<br /> <br /> <br /> == Luka Bevc: Hormon občutljiva lipaza ==<br /> <br /> Hormone-sensitive lipase [http://www.jlr.org/content/43/10/1585/F1.large.jpg (HSL) ] je že nekaj desetletij znan encim, za katerega so dolgo časa domnevali, da ima samo eno funkcijo in sicer, da v maščobnem tkivu katalizira hormonsko stimulirano lipolizo triacilglicerolov. Vendar zadnje raziskave zavračajo to tezo, saj so ga odkrili v mnogih organih, kje opravlja veliko različnih funkcij. Te so pokazale, da je zmožen hidrolizirati triacilglicerole, diacilglicerole, monoacilglicerole, holesterilne estre, ter še nekaj drugih lipidov in vodotopnih substratov. HSL je bil eden prvih encimov pri katerem so odkrili regulacijo z reverzibilno fosforilacijo, katero katalizira od cikličnega adenozin monofosfata (cAMP) odvisna protein kinaza. Kljub dejstvu, da je protein dolgo poznan, raziskave njegovega delovanja ter zgradbe niso potekale zaradi nezmožnosti priprave čistega proteina.<br /> <br /> Povezava do članka: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1224062/pdf/14725507.pdf<br /> <br /> <br /> == Tjaša Bigec: Zasvojenost z glutaminom: Nova tarča v boju z rakom ==<br /> <br /> Večina vrst rakov je za njihovo kontinuirano rast in preživetje odvisna od visoke stopnje aerobne glikolize. Nekatere rakave celice kažejo odvisnost od glutamina, kljub dejstvu, da je glutamin neesencialna aminokislina. Visoka stopnja absorbcije glutamina, ki jo kažejo od glutamina odvisne rakave celice, se ne odraža izključno le v njegovi vlogi kot donorja dušika za biosintezo nukleotidov in aminokislin. Glutamin namreč igra pomembno vlogo tudi pri absorbciji esencialnih aminokislin in pri vzdrževanju aktivacije [http://en.wikipedia.org/wiki/Mammalian_target_of_rapamycin mTOR kinaze ]. Predvsem je pomemben mTORC1, saj je glavni regulator rasti celic in aktivira translacijo proteinov ter inhibira makroavtofagijo. V mnogih rakavih celicah je glutamin primaren mitohondrijski substrat, ki je potreben za vzdrževanje mitohondrijskega membranskega potenciala in za NADPH proizvodnjo, katera je potrebna za sintezo makromolekul. Aktivacija [http://en.wikipedia.org/wiki/Myc Myc transkripcijskega faktorja ] je ena izmed najpogostejših opaženih onkogenih dogodkov pri raku in je znano, da vodi do napredovanja rakov pri ljudeh. Nedvomno pa je zanimivo, da glutaminsko presnovo lahko izkoriščamo tudi v terapevtske koristi za zdravljenje raka. Absorbcijo glutamina je namreč mogoče zatreti z L-asparaginazo, fenilbutiratom, preko inhibicije ASCT2 ter še na številne druge načine.<br /> <br /> == Tjaša Berčič: Naddružina tiolaz: Kondenzirajoči encimi, ki katalizirajo različne reakcije ==<br /> <br /> <br /> Tiolaze so ubikvitinski encimi, ki imajo pomembno vlogo v biokemijskih poteh. Na splošno jih delimo v dve obsežni skupini razgrajevalnih in biosintetskih tiolaz, ki ji najdemo tako v ekvariontih kot v prokariontih. 3-ketoacil-CoA tiolaza spada med razgrajevalne tiolaze in sodeluje tudi pri beta oksidaciji maščobnih kislin. Encimi iz naddružine tiolaz katalizirajo tudi nastanek vezi C-C s pomočjo tioestrsko odvisne Claisenove kondenzacije( sinteza dveh molekul acetil-CoA iz acetoacetil-CoA).To so tako imenovane acetoacetil-CoA tiolaze. Ta kondenzacija ima bistven pomen v encimatskih poteh pri sintezi maščobnih kislin, steroidov in poliketidov (sekundarnih metabolitov). <br /> <br /> Vsi encimi naddružine tiolaz so dimeri ali dimeri dimerov (tetrameri). Lahko jih razdelimo v tri poddružine. Katalitično mesto vsake podenote je tvorjeno z ostanki enake podenote in je stabilizirano z interakcijami sosednjih podenot. Ohranjeno jedro vsake podenote sestavljata dve polovici, N-terminalni in C-terminalni konec, ki imata enako βαβαβαββ topologijo. Aktivno mesto se nahaja na vrhu štirih kratkih zank, ki izhajajo iz ohranjenega jedra. Velika raznolikost drugih površinskih zank, ki štrlijo iz ohranjenega jedra pomaga doseči raznolikost specifičnosti substrata in katalitično specifičnost encimov naddružine tiolaz. <br /> <br /> Genetsko pomanjkanje teh encimov povzroči različne bolezni, zato je natančno razumevanje biološke strukture te kondenzacije zelo pomembno tudi za razvoj novih antibiotikov.<br /> <br /> == Veronika Rovanšek: yin in yang v biokemiji kobalamina ==<br /> <br /> Vitamin B12, poznan tudi kot kobalamin, je vodotopen vitamin in eden od devetih vitaminov B. V organizmu je pomeben za normalno delovanje možganov, živčnega sistema in pri sintezi krvi. Sodeluje pa tudi pri DNA sintezi, maščobno-kislinski in energijski produkciji. Pomemben je v hitrodelečih se celicah, kot je naprimer v kostnem mozgu. Danes ga znamo sintetizerati v laboratoriju s pomočjo fermentacije v baketrijah.. V naravi ga proizvajajo le alge in bakterije, nekaj malega pa tudi človek. .<br /> Dva glavna kofaktorja vitamina B12 sta adenozilkobalamin(AdoCbl) in metilkobalamin (MetCbl). V naravi se kofaktor združuje z encimskima poddružinama: <br /> -izomerazo.To je preureditev, pri kateri se H4 premešča med dvema sosednima atomoma. Skupna zamenjava na drugi nadomestni X atom. X predstavlja C atom z nadomestnim O2 atomom iz alkohola ali amin. Je homolitična reakcija in poteka na karboksilnem koncu.<br /> -metiltransferazo. Metil (-CH3) skupina se premšča med dvema molekulama. Je heterolitična reakcija in poteka na amino koncu.<br /> Amino in karboksilni konec sta aktiverana specifično, med tem ko je sredinski del B12 nastopa v obeh ciklih.Predvidevajo, da je faktor reaktivnosti organo-kovinske vezi odvisna od homolitičnega (izomeraza) in heterolitičnega (metiltransferaza) razcepa. Kristalan struktura metionin sintaze in metilmalonil-CoA mutaze bo vodila nadalne eksperimente.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Leksikon_BMB&diff=4407 2010-12-05T11:26:10Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Posebna poglavja */</p> <hr /> <div>==Biološke molekule==<br /> * [[Aminokisline in proteini]]<br /> ** Lastnosti aminokislin<br /> ** Peptidna vez in peptidi<br /> ** Šaperoni<br /> ** [[Ravni proteinske strukture]]<br /> *** [[Kolageni]]<br /> **[[Glikozilacija]]<br /> * Lipidi<br /> ** [[Maščobne kisline]]<br /> ** [[Membranski lipidi]]<br /> ** Lipidi kot zaloga energije<br /> ** [[Holesterol]]<br /> * Ogljikovi hidrati<br /> ** [[Monosaharidi]]<br /> ** [[Disaharidi in oligosaharidi]]<br /> ** Polisaharidi<br /> *** [[Škrob]]<br /> *** [[Glikogen]]<br /> * [[Nukleinske kisline]]<br /> ** [[Nukleozidi in nukleotidi]]<br /> ** Polimeri nukleinskih kislin<br /> ** Parjenje baz<br /> * [[Vitamini]]<br /> <br /> ==Metabolizem==<br /> * [[Pregled metabolizma]]<br /> **Metabolizem aminokislin<br /> **Metabolizem lipidov<br /> **Metabolizem ogljikovih hidratov<br /> **Metabolizem nukleotidov<br /> **Kofaktorji<br /> **[[Termogeneza]]<br /> <br /> ==Prenos signalov==<br /> * Receptorji<br /> * G-proteini<br /> * Načini prenosa signalov<br /> **[[Z encimom povezani receptorji]]<br /> **[[Z G-proteini povezani receptorji]]<br /> * Sekundarni prenašalci<br /> *[[Transport majhnih molekul skozi membrano]]<br /> <br /> ==Prenos genske informacije==<br /> * [[Podvojevanje DNA]]<br /> ** [[Semikonzervativno podvajanje]]<br /> ** DNA-polimeraze pri prokariontih in evkariontih<br /> ** Vodilna in zastajajoča veriga<br /> ** [[Telomeri]]<br /> * [[Prepisovanje DNA v RNA]]<br /> * [[Sinteza proteinov]]<br /> * Uravnavanje izražanja genov<br /> * Organizacija kromatina pri evkariontih<br /> * Značilnosti genomov<br /> * &quot;Sebični gen&quot;<br /> * Prenos genske informacije pri retrovirusih<br /> * [[Mutacije]]<br /> <br /> ==Molekularna biotehnologija==<br /> * Kloniranje genov<br /> * Hibridizacija<br /> * Izražanje genov<br /> * Določanje nukleotidnih zaporedij<br /> * Verižna reakcija s polimerazo (PCR)<br /> * [[Biočipi]]<br /> * [[Genetsko spremenjeni organizmi]]<br /> <br /> ==Celična in fiziološka biokemija==<br /> * [[Celični skelet]]<br /> **[[Bički in migetalke]]<br /> * Celične membrane<br /> ** Plazmalema<br /> ** Bakterijska celična membrana<br /> *** Zgradba celične ovojnice gramnegativnih bakterij<br /> *** Zgradba celične ovojnice grampozitivnih bakterij<br /> *** Zgradba peptidoglikanskega sloja<br /> ** Celična membrana arhej<br /> ** Celična stena rastlin<br /> ** Jedrna membrana in jedrna pora<br /> ** Mitohondrijska membrana<br /> ** Membrana kloroplastov <br /> * [[Motorni proteini]]<br /> * [[Celična smrt]]<br /> * Poškodbe s prostimi radikali<br /> * [[Medcelični stiki]]<br /> <br /> ==Biokemija bolezni==<br /> * [[Rak]]<br /> * [[Sladkorna bolezen tipa I in II]]<br /> * [[Parkinsonova bolezen]]<br /> * [[Zvijanje proteinov in prionske bolezni]]<br /> * [[Alzheimerjeva bolezen]]<br /> * [[Huntingtonova bolezen]]<br /> * Mišična distrofija<br /> * Sepsa<br /> * [[Levkemija]]<br /> * Želodčna razjeda<br /> * Debelost<br /> ** [[Leptin]]<br /> * Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)<br /> * Metabolični sindrom<br /> * [[Epilepsija]]<br /> <br /> ==Posebna poglavja==<br /> * [[Uvod v imunologijo]]<br /> ** Prirojeni odgovor<br /> *** [[Receptorji TLR]]<br /> ** Pridobljeni odgovor<br /> *** Predstavitev antigenov<br /> *** Aktivacija limfocitov B<br /> *** [[Aktivacija limfocitov T]]<br /> ** Splošna zgradba imunoglobulinov<br /> *** Imunoglobulinski tip zvitja<br /> *** Predstavitev imunoglobulinskih razredov<br /> * Biokemija čutil<br /> ** Zaznavanje vonjev<br /> ** Zaznavanje okusov<br /> ** Tip in bolečina<br /> ** Sluh<br /> * Proteinsko inženirstvo<br /> <br /> <br /> ----<br /> [[Biokemijski_seminar]] -- nazaj na Seminarje</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4369 2010-11-30T17:21:10Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen vezni člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini, znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred. V človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.<br /> <br /> <br /> == Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==<br /> Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.<br /> <br /> == Špela Podjed: Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite ==<br /> RNA-stikala so elementi neprevedenega dela mRNA, ki so sposobni vezave majhnih metabolitov. Do sedaj so jih odkrili že več kot dvajset, še vedno pa niso razkrili vseh lastnosti njihovih struktur. Najprej so jih odkrili in vitro. Ugotovili so, da naravni in umetni aptameri (del RNA, ki veže metabolit) uporabljajo skupne načine za vezavo liganda. Oboji uporabljajo parjenje baz, zlaganje aromatov in stabilizacijo z kovinskimi ioni. Naravni aptameri so večji in ligand s parjenjem baz in terciarnimi interakcijami med oddaljenimi deli vijačnice objamejo z vseh koncev. To zagotavlja veliko afiniteto RNA-stikala do liganda. Naravni aptameri so veliko bolj selektivni in specifični do liganda od njihovih umetnih modelov. Slednji so strukturno namreč preprostejši, vsebujejo manj nukleotidov in tako ne morejo dobro skriti metabolita v notranjost strukture. Poleg tega so odkrili tudi RNA-stikalo, ki je hkrati tudi ribocim, to je glmS [http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3L3C&amp;bionumber=1], ki se avtokatalitično cepi ob vezavi metabolita glukozamin-6-fosfata. RNA-stikala so izredno pomembna, saj so zaradi njihove narave zelo primerna za manipulacijo izražanja genov in zaznavanje majhnih metabolitov. V človeku jih do sedaj še niso odkrili, zato so nadvse primerna za razvoj zdravil proti bakterijam.<br /> <br /> == Nejc Perme: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah ==<br /> Glukoza je zelo pomemben vir ogljika in energije za evkariontske celice. Zato so razvile kompleksne mehanizme za natančno zaznavanje sprememb v koncentraciji. V raziskavah, ki so potekale v kvasovkah, so odkrili tri mehanizme za zaznavanje glukoze:<br /> <br /> 1) Kot zaznavna molekula deluje sama heksokinaza 2. Izkazalo se je, da se heksokinaza 2 lahko nahaja tudi v jedru, kjer neposredno interagira s transkripcijskimi faktorji (npr. Mig1), ki kontrolirajo ekspresijo genov. Da se heksokinaza pomakne v jedro pa mora prej prejeti signal od glukoze.<br /> <br /> 2) Zaznavni molekuli sta dva proteina v membrani (Rgt2 in Snf3), ki sta homologna transportnim proteinom glukoze. Med seboj se razlikujeta v tem, da se Snf3 odzove na majhne koncentracije glukoze, Rgt2 pa na velike. Odzoveta se na enak način kot heksokinaza z represijo in ekspresijo nekaterih genov (pri tem ne vstopata v jedro)<br /> <br /> 3) Glukoza se zaznava z GPCR sistemom. Alfa-podenota se odcepi in aktivira adenilat ciklazo. Da postane adenilat ciklaza aktivna je potrebna še glukoza-6-fosfat.<br /> <br /> Kako te mehanizmi zaznajo glukozo še ni znano, dokazano pa je, da imajo molekule pomembne vloge pri signalizaciji saj brez njih ne pride do celičnega odziva. Raziskovanje mehanizmov zaznavanja je šele v začetnih fazah, zato lahko pričakujemo, da bodo nadaljnje raziskave uspele razložiti kako naše celice zaznajo glukozo.<br /> <br /> == Urška Žbogar: Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov ==<br /> Glikoliza je biokemijska pot, ki se je razvila pod anaerobnimi pogoji in v kateri se 1 molekula glukoze pretvori v 2 molekuli piruvata. Ta pot je regulirana s številnimi encimi, za katere so novejše študije pokazale, da so bolj zapleteni, multi-funkcijski proteini, ne pa zgolj enostavne komponente glikolitične poti. Nekateri encimi opravljajo dodatne funkcije, in sicer v<br /> regulaciji transkripcije: heksokinaza (HK)-2, laktat dehidrogenaza A (LDH-A), gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza (GAPD) in enolaza (ENO)-1;<br /> regulaciji apoptoze: glukokinaza, HK in GAPD;<br /> stimulaciji celične motilitete: glukoza-6-fosfat izomeraza<br /> <br /> Glikoliza je glavni vir proizvodnje energije v pogojih, ko primanjkuje kisika zato je izražanje genov, ki kodirajo glikolitične encime pomembno za prilagoditev na hipoksijo (pomanjkanje kisika). Odziv na hipoksijo je posredovan s transkripcijskim faktorjem HIF-1, ki veže cis-regulatorne elemente za aktivacijo genov za odziv na hipoksijo, vključno s tistimi, ki kodirajo glikolitične encime. Rakave celice pa opravljajo glikolizo s povišano produkcijo laktata kljub prisotnosti zadostne količine kisika. Odvisnost rakavih celic od glikolize se kaže v spremenjenih tumornih mitohondrijih, ki niso sposobni vzdrževati normalnega oksidativnega metabolizma.<br /> <br /> V primeru heksokinaze je glikolizna pot povezana z mitohondrijsko oksidativno fosforilacijo <br /> in apoptozo (lokalizacija v mitohondriju). Multifunkcionalnost teh encimov dokazuje tudi lokalizacija glikolitičnih encimov v jedru, kjer sodelujejo kot komponente transkripcijskega koaktivatorja (LDH-A in GAPD) ali represorja (ENO1), medtem ko sama glikoliza poteka izključno v citoplazmi.<br /> <br /> == Urban Bezeljak: Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta ==<br /> Raziskave na primeru biokemijskega aktomiozinskega motorja[http://www.banyantree.org/jsale/actinmyosin/images/actin.gif] so postregle z nekaterimi dognanji, ki so in še bodo pomagali razumeti ostale fiziološke procese od celičnega premikanja do celičnega signaliziranja. Tako kot pri avtomobilskem motorju z notranjim izgorevanjem lahko tudi pri motornem proteinu miozinu definiramo „delovni takt“, korak kjer pride do nastanka mehanske moči. Delovni takt aktomiozina je ključni trenutek v miozinskem ATPaznem ciklu, v katerem služi hidroliza ATP kot vir energije in konformacijskih sprememb, ki povzročijo premik mišičnih filamentov.<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Myosin Molekula miozina] je sestavljena iz glave (motorne domene), vratu (vzvoda) in dolgega repa, ki se prepleta ter tvori debel mišični filament. Na motorni domeni najdemo aktinske vezavne regije, nukleotidno vezavno mesto ter elemente, ki posredujejo spremembe v nukleotidnem žepu do vzvoda oz. do vezavnih mest za aktin. Ko je na miozinsko glavo vezana molekula ATP, sta aktin in miozin razdružena, ko pa pride do hidrolize, se zaradi nastalih konformacijskih sprememb glava lahko veže na aktin, vzvodna ročica miozina pa v koraku delovnega takta zamahne in premakne filamenta. Sprostitev produktov hidrolize in ponovna vezava ATP označujeta začetek novega mehanokemičnega cikla. Odločilen pomen pri izvedbi učinkovitega miozinskega zamaha igra t.i. aktnska aktivacija, ki onemogoči nastanek jalovega zamaha, pri katerem aktin in miozin nista povezana. Mehanizem preusmeritve reakcijskega pretoka na učinkovito izvedbo biološke funkcije imenujemo kinetična izbira reakcijske poti. Zanjo je značilno, da sistem ubere termodinamsko manj ugodno, a hitrejšo reakcijsko pot, saj je ugodnejša (v našem primeru jalov zamah) kinetično ovirana.<br /> <br /> == Margareta Žlajpah: Regulacija HIF-1 proteina ==<br /> &quot;Hypoxia-inducible factors&quot; ali drugače HIF proteini so skupina heterodimernih transkripcijskih faktorjev, ki se odzovejo na pomankanje kisika na celični ravni. Izmed vseh je HIF-1 protein najpomembnejši, saj je HIF-1 proteini tisi, ki je odgovoren za aktivacijo genov, ki kontrolirajo metabolne poti v takem okolju. Odgovor na &quot;hypoxio&quot; vključuje preklop iz aerobnega na anaerobni metabolizem in izražanje proteinov, ki regulirajo celično preživetje ali njeno smrt - apoptozo.<br /> <br /> Pomankanje kisika v celici je značilno tako za popolnoma zdrave bolnike (posledica višinskih treningov ali visokih alpinističnih vzponov) kot tudi za tiste, ki so zboleli za rakom. Ena izmed redkih autosomnih bolezni raka je tudi von Hippel Lindau bolezen. V kombinaciji z HIF-1α proteinom, naj bi se VHL gen dekativiral in s tem dovolil rast dobro ožiljenih tumorjev v ledvicah, očesni mrežnici in centralnem živčnem sistemu.<br /> <br /> Sam VHL protein (pVHL) pa ima tudi pomembno vlogo pri razgradnji HIF proteinov. Do sedaj je znanih nekaj različnih pVHL odvisnih mehanizmov po katerih se HIF protein razgradi, odkrili pa so tudi pVHL neodvisne mehanizme razgradnje. Po drugi strani pa je translacija še dokaj neodkrito področje biokemije, na katerem se iz dneva v dan pojavljajo nove ideje vendar natančnega mehanizma sinteze HIF proteina še ne poznamo.<br /> <br /> Cilj znanstvenikov je dodobra spoznati regulacijo tako sinteze kot tudi razgradnje HIF-1 proteina, saj bi z novimi dognanji na tem področju bili korak bližje izdelavi zdravil proti raku, ter razumevanju odziva telesa na pomankanje kisika.<br /> <br /> == Nives Naraglav: Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov ==<br /> Protein kinaze (PK) so v celicah zelo raznoliki in pogosti encimi, ki z odcepom fosfata iz molekule ATP, fosforilirajo ostale proteine. <br /> <br /> Čeprav so si PK v neaktivne stanju med seboj zelo različne, pa obstajajo elementi, ki se pogosteje ponavljajo v aktivnih oblikah več evkariontskih protein kinaz. Takšni elementi so katalitična zanka, aktivacijski segment, GHI domena in F heliks. Da je encim aktiven, morajo biti ti elementi v medsebojni legi, ki omogoča tvorjenje regulatornega in katalitičnega hidrofobnega področja, ki nastaneta z interakcijami med seboj oddaljenih aminokislinskih ostankov.<br /> <br /> Med preučevanjem evkariontskih PK in njihovih skupnih predhodnikov so znanstveniki ugotovili, da so prvi tekom evolucije razvili dinamičen način regulacije, ki je vezana na GHI domeno in aktivacijski segment, ki pa jih predhodniki nimajo. V dani raziskavi je podrobneje raziskano aktivno povezovanje elementov prek konformacijskih sprememb ter pomen različnih struktur pri aktivaciji in regulaciji evkariontskih PK.<br /> <br /> Razumevanje načina povezovanja katalitičnega ogrodja, ki sestoji iz F heliksa in hidrofobnih področij, s preostali elementi katalitične podenote, je izhodišče za raziskovanje nepravilnosti, drugačnosti v delovanju kinaz.<br /> <br /> == Maruša Bratuš: Mitohondriji kot jih ne poznamo ==<br /> <br /> Vsi poznamo mitohondrije, ki s pomočjo kisika in piruvat dehidrogenaze oksidativno dekarboksilirajo piruvat do acetil-koencima A, ki je potem v reakcijah Krebsovega cikla dokončno oksidiran do ogljikovega dioksida, pri čemer nastaja energija v obliki ATP, FADH2 in NADH. Večina energije pa potem pride iz oksidativne fosforilacije, ko so elektroni iz NADH preko verige prenosa elektronov prenešeni do kisika, prenos protonov, ki pri tem tudi poteka, pa poganja ATP sintazo. Poznamo pa tudi veliko organizmov, ki preživijo v okolju z zelo malo ali celo brez kisika. Kako preživijo? Njihovi mitohondriji kot končni akceptor elektronov ne potrebujejo kisika, saj uporabijo druge molekule, ki so na voljo, na primer nitrate iz okolja ali endogeno proizveden fumarat. Produkt njihovega dihanja zato ni voda, temveč nitriti ali sukcinat. Pri tem je pri eukariontih pomemben encim fumarat reduktaza, ki je strukturno soroden aerobnemu encimu sukcinat dehidrogenaza, funkcijo pa ima tako kot fumarat reduktazni kompleksi v prokariontih. Posebna vrsta mitohondrijev pa lahko kot donorje elektronov v sintezi ATP uporablja tudi anorganske sulfide. Za razlago raznolikosti mitohondrijev obstajata dve teoriji. Obe pa vključujeta možnost evolucijskih modifikacij podedovanih ali pridobljenih genov, ki naj bi izvirali neposredno iz genoma prednikov mitohondrijev, ki je bil najverjetneje individualna anaerobna eubakterija.<br /> <br /> <br /> == Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem ==<br /> <br /> Inzulin je majhen hormon, katerega glavna funkcija je regulacija metabolizma ogljikovih hidratov in maščob v telesu. Izloča se iz ß-celic pankreasa kot odgovor na povišano koncentracijo glukoze v krvi. Preko krvnega obtoka se prenese do tarčnih celic mišičnega in maščobnega tkiva, kjer se usede na specifičen tirozin-kinazni receptor INS-R. Preko zapletene kaskade spodbudi celico k absorbciji glukoze, s čimer je ohranjena normalna koncentracija glukoze v krvi tudi po zaužitem obroku.<br /> <br /> IRS je inzulin receptor substrat, ki po fosforilaciji z INS-R aktivira PPIn 3-kinazo, ta pa pretvori membranski fofatidilinositolbisfosfat ali PtdIns(4,5)P2 v trisfosforiliran PtdIns(3,4,5)P3. Nastali produkt je nujno potreben za aktivacijo kinaze PDK1, ki pa fosforilira še eno (serin/treonin) kinazo Akt. [http://www.shrani.si/f/3d/Xx/3JJwNshp/vpliv-inzulina-na-transp.jpg slika]<br /> <br /> Končni cilj te inzulin-stimulirane kaskade je transport glukoznega prenašalca iz citoplazme na plazmalemo. Glukozni transporter ali GLUT4 se prvotno nahaja v membrani intracelularnega kompartmenta, ob stimulaciji z inzulinom pa se le-ta prenese na plazmalemo in se z njo združi. GLUT je tako transportiran na zunanjo stran membrane, kjer lahko opravlja svojo funkcijo.<br /> <br /> Kljub dolgoletnim raziskovanjem te kaskade, pa je še vedno odprto vprašanje, kako in preko katerih molekul pa signal prepotuje od Akt do tega GLUT4 vsebovanega vezikla, oziroma kateri je tisti substrat Akt-a, ki vpliva na GLUT4 translokacijo do plazmaleme. Do sedaj so znanstveniki identificirali tri potencialne kandidate: AS160, PIKfyve in synip.<br /> <br /> <br /> == Elmina Handanović: Biokemijski pristop k staranju ==<br /> <br /> Ljudje si že od nekdaj želijo, da bi preprečili posledice staranja ter podaljšali svojo življenjsko dobo. Odkrili so že več snovi, ki staranje upočasnjujejo in varujejo pred boleznimi, ki jih prinaša samo staranje in številni drugi dejavniki. Mnogo teh snovi ima značilno lastnost- antioksidativno sposobnost. Antioksidant je molekula, ki zavira ali pa celo prepreči oksidacijo drugih molekul. Pri dihanju in tvorbi energijsko bogatih molekul, nastanejo prosti radikali (npr. superoksidni ioni, ki spadajo med reaktivne kisikove zvrsti), ki pa so naši sovražniki. Radikal ima en nesparjen elektron in hitro reagira s številnimi biološkimi molekulami v celicah. V telesu radikali sprožijo radikalske reakcije, katere lahko poškodujejo naše celice. Naloga antioksidanta je prekinitev teh reakcij ter vezava na proste radikale, kar omogoča da se radikali nevtralizirajo. Radikali lahko poškodujejo tudi DNK in s tem povzročijo mutacije, ki privedejo do rakavih obolenj. Presežek radikalov pospešuje staranje in uničuje celice. Prooksidanti v nasprotju z oksidanti pospešujejo staranje človeškega organizma. Oksidacija biopolimerov z reaktivnimi kisikovimi vrstami (ROS) igra vodilno vlogo pri osiromašenju vitalnih funkcij celic. Stopnja oksidacije DNA, proteinov in lipidov se povečuje s staranjem. To je lahko posledica povečanja reaktivnih kisikovih zvrsti ali njihovega dolgotrajnega delovanje na celico, kaže pa se tudi v zmanjšanju količine antioksidantov, ki se s starostjo zmanjšuje.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4257 2010-10-29T02:34:49Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj prihajata iz iste družine. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben le, da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4217 2010-10-26T14:00:49Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4216 2010-10-25T21:45:28Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4215 2010-10-25T19:48:52Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4214 2010-10-25T19:47:21Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phospholipase_C/Fosfoinozitol Specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4213 2010-10-25T19:46:45Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phospholipase_CFosfoinozitol Specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4212 2010-10-25T19:39:18Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetksa vloga ali pot preživetja */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4209 2010-10-23T18:41:42Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetksa vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostenga števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4112 2010-10-20T03:33:26Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina na posebnih subceličnih razdelkih za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Ime Priimek: Naslov seminarja ==<br /> Integer egestas blandit augue. Sed quis pulvinar mauris. Etiam elementum turpis ac velit dapibus non vulputate purus eleifend. Nam ultrices eleifend metus, eu faucibus elit adipiscing eget. Donec gravida, mauris ac vulputate rutrum, sapien magna consectetur sapien, at ullamcorper lectus quam et dolor. Suspendisse tempus felis suscipit enim mattis sit amet molestie mi sagittis. Integer ultricies dolor sit amet lectus ultrices eu volutpat erat viverra. Maecenas non rutrum massa. Etiam porta ultrices accumsan. Maecenas a eros vel arcu porta dignissim sed eu metus. Proin blandit turpis varius risus dignissim condimentum tincidunt tortor cursus. Integer cursus, lorem convallis ultricies blandit, augue sem scelerisque nisi, ut laoreet urna lacus ut orci. Duis nec sem est. Vivamus eget ipsum leo. Suspendisse a eleifend neque. Aliquam nec nunc neque. Morbi mi arcu, egestas at ullamcorper eget, sagittis a nunc. Aliquam gravida consequat nulla, nec faucibus sapien commodo ac. Etiam sed turpis sem, et mollis augue. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.In fermentum aliquet odio, a hendrerit odio blandit a. Nullam elementum erat in nisi convallis a adipiscing urna congue. Mauris ac pulvinar nulla. Vestibulum lobortis diam in arcu accumsan lobortis. Vestibulum molestie sapien eget urna lobortis vestibulum. In enim sem, rhoncus facilisis laoreet sed, rhoncus malesuada eros. Proin consectetur lectus ornare lorem ullamcorper venenatis. Nam vel odio at elit mollis congue. Duis a metus ante, eget accumsan mauris. Phasellus orci lorem, rhoncus vitae scelerisque et, feugiat quis orci. Etiam consequat nunc nec justo tincidunt et condimentum diam tristique. Sed semper tortor non augue luctus sit amet feugiat mauris aliquam.<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Ime in priimek: Naslov seminarja ==<br /> Maecenas vitae consequat nunc. Curabitur erat mi, pulvinar vitae gravida eu, varius id justo. Sed vestibulum laoreet tortor, varius mattis magna gravida adipiscing. Nunc venenatis velit ac lectus cursus tincidunt. Sed congue, orci vel rutrum rhoncus, nulla tellus vestibulum magna, ut bibendum lectus lectus id lacus. Praesent enim diam, lobortis quis auctor et, blandit vel nunc. Quisque arcu ipsum, vestibulum vel consequat eget, porttitor pellentesque risus. Integer ut nunc nunc, nec pellentesque nulla. Etiam nunc neque, congue at mattis sit amet, vulputate eget ipsum. Maecenas ac massa nisi. Nam ut sem quis orci cursus dictum. Donec vestibulum quam ligula, elementum pretium nisl. Morbi pretium ullamcorper libero at vehicula. In sit amet nibh lacus. Vivamus ac tortor quis nisi rhoncus pretium. In vel ante dapibus lorem viverra tempor vitae sed metus. Nullam lorem nulla, bibendum et sagittis a, condimentum in mi. Duis commodo, velit sit amet porta ornare, enim magna consequat purus, vitae mattis est risus nec massa. Nam at mauris ante, in sagittis lorem. Suspendisse potenti.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4111 2010-10-19T11:27:43Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> '''FUNKCIONALNA IN SIGNALNA RAZNOLIKOST PLC ENCIMOV'''<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in glaven/prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v ciljanju/usmerjanju proteina na posebnih subceličnih razdelkih za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Ime Priimek: Naslov seminarja ==<br /> Integer egestas blandit augue. Sed quis pulvinar mauris. Etiam elementum turpis ac velit dapibus non vulputate purus eleifend. Nam ultrices eleifend metus, eu faucibus elit adipiscing eget. Donec gravida, mauris ac vulputate rutrum, sapien magna consectetur sapien, at ullamcorper lectus quam et dolor. Suspendisse tempus felis suscipit enim mattis sit amet molestie mi sagittis. Integer ultricies dolor sit amet lectus ultrices eu volutpat erat viverra. Maecenas non rutrum massa. Etiam porta ultrices accumsan. Maecenas a eros vel arcu porta dignissim sed eu metus. Proin blandit turpis varius risus dignissim condimentum tincidunt tortor cursus. Integer cursus, lorem convallis ultricies blandit, augue sem scelerisque nisi, ut laoreet urna lacus ut orci. Duis nec sem est. Vivamus eget ipsum leo. Suspendisse a eleifend neque. Aliquam nec nunc neque. Morbi mi arcu, egestas at ullamcorper eget, sagittis a nunc. Aliquam gravida consequat nulla, nec faucibus sapien commodo ac. Etiam sed turpis sem, et mollis augue. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.In fermentum aliquet odio, a hendrerit odio blandit a. Nullam elementum erat in nisi convallis a adipiscing urna congue. Mauris ac pulvinar nulla. Vestibulum lobortis diam in arcu accumsan lobortis. Vestibulum molestie sapien eget urna lobortis vestibulum. In enim sem, rhoncus facilisis laoreet sed, rhoncus malesuada eros. Proin consectetur lectus ornare lorem ullamcorper venenatis. Nam vel odio at elit mollis congue. Duis a metus ante, eget accumsan mauris. Phasellus orci lorem, rhoncus vitae scelerisque et, feugiat quis orci. Etiam consequat nunc nec justo tincidunt et condimentum diam tristique. Sed semper tortor non augue luctus sit amet feugiat mauris aliquam.<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Ime in priimek: Naslov seminarja ==<br /> Maecenas vitae consequat nunc. Curabitur erat mi, pulvinar vitae gravida eu, varius id justo. Sed vestibulum laoreet tortor, varius mattis magna gravida adipiscing. Nunc venenatis velit ac lectus cursus tincidunt. Sed congue, orci vel rutrum rhoncus, nulla tellus vestibulum magna, ut bibendum lectus lectus id lacus. Praesent enim diam, lobortis quis auctor et, blandit vel nunc. Quisque arcu ipsum, vestibulum vel consequat eget, porttitor pellentesque risus. Integer ut nunc nunc, nec pellentesque nulla. Etiam nunc neque, congue at mattis sit amet, vulputate eget ipsum. Maecenas ac massa nisi. Nam ut sem quis orci cursus dictum. Donec vestibulum quam ligula, elementum pretium nisl. Morbi pretium ullamcorper libero at vehicula. In sit amet nibh lacus. Vivamus ac tortor quis nisi rhoncus pretium. In vel ante dapibus lorem viverra tempor vitae sed metus. Nullam lorem nulla, bibendum et sagittis a, condimentum in mi. Duis commodo, velit sit amet porta ornare, enim magna consequat purus, vitae mattis est risus nec massa. Nam at mauris ante, in sagittis lorem. Suspendisse potenti.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4109 2010-10-18T21:50:01Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, več domenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> '''FUNKCIONALNA IN SIGNALNA RAZNOLIKOST PLC ENCIMOV'''<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in glaven/prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v ciljanju/usmerjanju proteina na posebnih subceličnih razdelkih za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Ime Priimek: Naslov seminarja ==<br /> Integer egestas blandit augue. Sed quis pulvinar mauris. Etiam elementum turpis ac velit dapibus non vulputate purus eleifend. Nam ultrices eleifend metus, eu faucibus elit adipiscing eget. Donec gravida, mauris ac vulputate rutrum, sapien magna consectetur sapien, at ullamcorper lectus quam et dolor. Suspendisse tempus felis suscipit enim mattis sit amet molestie mi sagittis. Integer ultricies dolor sit amet lectus ultrices eu volutpat erat viverra. Maecenas non rutrum massa. Etiam porta ultrices accumsan. Maecenas a eros vel arcu porta dignissim sed eu metus. Proin blandit turpis varius risus dignissim condimentum tincidunt tortor cursus. Integer cursus, lorem convallis ultricies blandit, augue sem scelerisque nisi, ut laoreet urna lacus ut orci. Duis nec sem est. Vivamus eget ipsum leo. Suspendisse a eleifend neque. Aliquam nec nunc neque. Morbi mi arcu, egestas at ullamcorper eget, sagittis a nunc. Aliquam gravida consequat nulla, nec faucibus sapien commodo ac. Etiam sed turpis sem, et mollis augue. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.In fermentum aliquet odio, a hendrerit odio blandit a. Nullam elementum erat in nisi convallis a adipiscing urna congue. Mauris ac pulvinar nulla. Vestibulum lobortis diam in arcu accumsan lobortis. Vestibulum molestie sapien eget urna lobortis vestibulum. In enim sem, rhoncus facilisis laoreet sed, rhoncus malesuada eros. Proin consectetur lectus ornare lorem ullamcorper venenatis. Nam vel odio at elit mollis congue. Duis a metus ante, eget accumsan mauris. Phasellus orci lorem, rhoncus vitae scelerisque et, feugiat quis orci. Etiam consequat nunc nec justo tincidunt et condimentum diam tristique. Sed semper tortor non augue luctus sit amet feugiat mauris aliquam.<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Ime in priimek: Naslov seminarja ==<br /> Maecenas vitae consequat nunc. Curabitur erat mi, pulvinar vitae gravida eu, varius id justo. Sed vestibulum laoreet tortor, varius mattis magna gravida adipiscing. Nunc venenatis velit ac lectus cursus tincidunt. Sed congue, orci vel rutrum rhoncus, nulla tellus vestibulum magna, ut bibendum lectus lectus id lacus. Praesent enim diam, lobortis quis auctor et, blandit vel nunc. Quisque arcu ipsum, vestibulum vel consequat eget, porttitor pellentesque risus. Integer ut nunc nunc, nec pellentesque nulla. Etiam nunc neque, congue at mattis sit amet, vulputate eget ipsum. Maecenas ac massa nisi. Nam ut sem quis orci cursus dictum. Donec vestibulum quam ligula, elementum pretium nisl. Morbi pretium ullamcorper libero at vehicula. In sit amet nibh lacus. Vivamus ac tortor quis nisi rhoncus pretium. In vel ante dapibus lorem viverra tempor vitae sed metus. Nullam lorem nulla, bibendum et sagittis a, condimentum in mi. Duis commodo, velit sit amet porta ornare, enim magna consequat purus, vitae mattis est risus nec massa. Nam at mauris ante, in sagittis lorem. Suspendisse potenti.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4103 2010-10-18T18:30:42Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]||||||||Gregor Gunčar||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||Oligomeric forms of G protein-coupled receptors (GPCRs)||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK PETER||The biochemical and structural basis for trans-to-cis isomerization of retinoids in the chemistry of vision||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||Instant decisions: transcription-independent control of death-receptor-mediated apoptosis||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | MIKUŽ ALENKA||Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||Botulinum and tetanus neurotoxins: structure, function and therapeutic utility||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||Cooperative and uncooperative cyclic-nucleotide-gated ion channels||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||||3.11.||10.11.||17.11.||Naraglav||Mikuž<br /> |-<br /> | PERME NEJC||||5.11.||12.11.||19.11.||Meden||Ogrin<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||||5.11.||12.11.||19.11.||||<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||||10.11.||17.11.||24.11.||||<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||||17.11.||24.11.||1.12.<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||||24.11.||1.12.||8.12.<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | ROT ZALA||||||||15.12.<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||||||||17.12.<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||||||||17.12.<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||||||||22.12.<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||||||5.1.<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||||||12.1.<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||||||14.1.<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||||||||14.1.<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||||||||19.1.<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||||||<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||||||<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||||||<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do 7. novembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do 1. decembra 2010 do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje 14 dni pred predstavitvijo. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-8 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti v enem tednu določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki ste si ga izbrali in ga vpisali v seznam. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> ... še ni dokončano<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.<br /> <br /> ==Ocenjevanje predstavitev==<br /> Za ocenjevanje uporabite [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/Biokemija/Formular_OcenaSeminarja09.pdf formular]. Na vsakem listu sta dva formularja, saj bo vsak študent ocenjeval dva kolega. Pri recenziranju pisnega dela izpolnite del A in ga en teden pred predstavitvijo seminarja vrnete docentu. Na predstavitvi ga dobite vrnjenega, da izpolnite še del B.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4102 2010-10-18T18:30:29Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]||00.00||00.00||||Gregor Gunčar||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||Oligomeric forms of G protein-coupled receptors (GPCRs)||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK PETER||The biochemical and structural basis for trans-to-cis isomerization of retinoids in the chemistry of vision||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||Instant decisions: transcription-independent control of death-receptor-mediated apoptosis||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | MIKUŽ ALENKA||Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||Botulinum and tetanus neurotoxins: structure, function and therapeutic utility||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||Cooperative and uncooperative cyclic-nucleotide-gated ion channels||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||||3.11.||10.11.||17.11.||Naraglav||Mikuž<br /> |-<br /> | PERME NEJC||||5.11.||12.11.||19.11.||Meden||Ogrin<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||||5.11.||12.11.||19.11.||||<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||||10.11.||17.11.||24.11.||||<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||||17.11.||24.11.||1.12.<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||||24.11.||1.12.||8.12.<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | ROT ZALA||||||||15.12.<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||||||||17.12.<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||||||||17.12.<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||||||||22.12.<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||||||5.1.<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||||||12.1.<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||||||14.1.<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||||||||14.1.<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||||||||19.1.<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||||||<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||||||<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||||||<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do 7. novembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do 1. decembra 2010 do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje 14 dni pred predstavitvijo. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-8 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti v enem tednu določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki ste si ga izbrali in ga vpisali v seznam. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> ... še ni dokončano<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.<br /> <br /> ==Ocenjevanje predstavitev==<br /> Za ocenjevanje uporabite [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/Biokemija/Formular_OcenaSeminarja09.pdf formular]. Na vsakem listu sta dva formularja, saj bo vsak študent ocenjeval dva kolega. Pri recenziranju pisnega dela izpolnite del A in ga en teden pred predstavitvijo seminarja vrnete docentu. Na predstavitvi ga dobite vrnjenega, da izpolnite še del B.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4101 2010-10-18T18:29:55Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]||00.00||00.00||00.00||Gregor Gunčar||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||Oligomeric forms of G protein-coupled receptors (GPCRs)||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK PETER||The biochemical and structural basis for trans-to-cis isomerization of retinoids in the chemistry of vision||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||Instant decisions: transcription-independent control of death-receptor-mediated apoptosis||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | MIKUŽ ALENKA||Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||Botulinum and tetanus neurotoxins: structure, function and therapeutic utility||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||Cooperative and uncooperative cyclic-nucleotide-gated ion channels||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||||3.11.||10.11.||17.11.||Naraglav||Mikuž<br /> |-<br /> | PERME NEJC||||5.11.||12.11.||19.11.||Meden||Ogrin<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||||5.11.||12.11.||19.11.||||<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||||10.11.||17.11.||24.11.||||<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||||17.11.||24.11.||1.12.<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||||24.11.||1.12.||8.12.<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | ROT ZALA||||||||15.12.<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||||||||17.12.<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||||||||17.12.<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||||||||22.12.<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||||||5.1.<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||||||12.1.<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||||||14.1.<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||||||||14.1.<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||||||||19.1.<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||||||<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||||||<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||||||<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do 7. novembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do 1. decembra 2010 do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje 14 dni pred predstavitvijo. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-8 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti v enem tednu določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki ste si ga izbrali in ga vpisali v seznam. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> ... še ni dokončano<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.<br /> <br /> ==Ocenjevanje predstavitev==<br /> Za ocenjevanje uporabite [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/Biokemija/Formular_OcenaSeminarja09.pdf formular]. Na vsakem listu sta dva formularja, saj bo vsak študent ocenjeval dva kolega. Pri recenziranju pisnega dela izpolnite del A in ga en teden pred predstavitvijo seminarja vrnete docentu. Na predstavitvi ga dobite vrnjenega, da izpolnite še del B.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4100 2010-10-18T18:26:05Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje]]||||||||||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||Oligomeric forms of G protein-coupled receptors (GPCRs)||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK PETER||The biochemical and structural basis for trans-to-cis isomerization of retinoids in the chemistry of vision||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||Instant decisions: transcription-independent control of death-receptor-mediated apoptosis||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | MIKUŽ ALENKA||Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||Botulinum and tetanus neurotoxins: structure, function and therapeutic utility||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||Cooperative and uncooperative cyclic-nucleotide-gated ion channels||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||||3.11.||10.11.||17.11.||Naraglav||Mikuž<br /> |-<br /> | PERME NEJC||||5.11.||12.11.||19.11.||Meden||Ogrin<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||||5.11.||12.11.||19.11.||||<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||||10.11.||17.11.||24.11.||||<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||||17.11.||24.11.||1.12.<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||||24.11.||1.12.||8.12.<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | ROT ZALA||||||||15.12.<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||||||||17.12.<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||||||||17.12.<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||||||||22.12.<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||||||5.1.<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||||||12.1.<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||||||14.1.<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||||||||14.1.<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||||||||19.1.<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||||||<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||||||<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||||||<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do 7. novembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do 1. decembra 2010 do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje 14 dni pred predstavitvijo. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-8 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti v enem tednu določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki ste si ga izbrali in ga vpisali v seznam. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> ... še ni dokončano<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.<br /> <br /> ==Ocenjevanje predstavitev==<br /> Za ocenjevanje uporabite [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/Biokemija/Formular_OcenaSeminarja09.pdf formular]. Na vsakem listu sta dva formularja, saj bo vsak študent ocenjeval dva kolega. Pri recenziranju pisnega dela izpolnite del A in ga en teden pred predstavitvijo seminarja vrnete docentu. Na predstavitvi ga dobite vrnjenega, da izpolnite še del B.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4099 2010-10-18T18:24:35Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje]]||||||||||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||Oligomeric forms of G protein-coupled receptors (GPCRs)||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK PETER||The biochemical and structural basis for trans-to-cis isomerization of retinoids in the chemistry of vision||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||Instant decisions: transcription-independent control of death-receptor-mediated apoptosis||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | MIKUŽ ALENKA||Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||Botulinum and tetanus neurotoxins: structure, function and therapeutic utility||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||Cooperative and uncooperative cyclic-nucleotide-gated ion channels||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||||3.11.||10.11.||17.11.||Naraglav||Mikuž<br /> |-<br /> | PERME NEJC||||5.11.||12.11.||19.11.||Meden||Ogrin<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||||5.11.||12.11.||19.11.||||<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||||10.11.||17.11.||24.11.||||<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||||17.11.||24.11.||1.12.<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||||24.11.||1.12.||8.12.<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | ROT ZALA||||||||15.12.<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||||||||17.12.<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||||||||17.12.<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||||||||22.12.<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||||||5.1.<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||||||12.1.<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||||||14.1.<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||||||||14.1.<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||||||||19.1.<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||||||<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||||||<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||||||<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do 7. novembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do 1. decembra 2010 do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje 14 dni pred predstavitvijo. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-8 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti v enem tednu določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki ste si ga izbrali in ga vpisali v seznam. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> ... še ni dokončano<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.<br /> <br /> ==Ocenjevanje predstavitev==<br /> Za ocenjevanje uporabite [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/Biokemija/Formular_OcenaSeminarja09.pdf formular]. Na vsakem listu sta dva formularja, saj bo vsak študent ocenjeval dva kolega. Pri recenziranju pisnega dela izpolnite del A in ga en teden pred predstavitvijo seminarja vrnete docentu. Na predstavitvi ga dobite vrnjenega, da izpolnite še del B.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4098 2010-10-18T18:22:34Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC REGULACIJA: NASTAJAJOČI MODELI MOLEKULARNIH MEHANIZMOV */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, več domenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> '''FUNKCIONALNA IN SIGNALNA RAZNOLIKOST PLC ENCIMOV'''<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in glaven/prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v ciljanju/usmerjanje proteina na posebnih subceličnih razdelkih za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Ime Priimek: Naslov seminarja ==<br /> Integer egestas blandit augue. Sed quis pulvinar mauris. Etiam elementum turpis ac velit dapibus non vulputate purus eleifend. Nam ultrices eleifend metus, eu faucibus elit adipiscing eget. Donec gravida, mauris ac vulputate rutrum, sapien magna consectetur sapien, at ullamcorper lectus quam et dolor. Suspendisse tempus felis suscipit enim mattis sit amet molestie mi sagittis. Integer ultricies dolor sit amet lectus ultrices eu volutpat erat viverra. Maecenas non rutrum massa. Etiam porta ultrices accumsan. Maecenas a eros vel arcu porta dignissim sed eu metus. Proin blandit turpis varius risus dignissim condimentum tincidunt tortor cursus. Integer cursus, lorem convallis ultricies blandit, augue sem scelerisque nisi, ut laoreet urna lacus ut orci. Duis nec sem est. Vivamus eget ipsum leo. Suspendisse a eleifend neque. Aliquam nec nunc neque. Morbi mi arcu, egestas at ullamcorper eget, sagittis a nunc. Aliquam gravida consequat nulla, nec faucibus sapien commodo ac. Etiam sed turpis sem, et mollis augue. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.In fermentum aliquet odio, a hendrerit odio blandit a. Nullam elementum erat in nisi convallis a adipiscing urna congue. Mauris ac pulvinar nulla. Vestibulum lobortis diam in arcu accumsan lobortis. Vestibulum molestie sapien eget urna lobortis vestibulum. In enim sem, rhoncus facilisis laoreet sed, rhoncus malesuada eros. Proin consectetur lectus ornare lorem ullamcorper venenatis. Nam vel odio at elit mollis congue. Duis a metus ante, eget accumsan mauris. Phasellus orci lorem, rhoncus vitae scelerisque et, feugiat quis orci. Etiam consequat nunc nec justo tincidunt et condimentum diam tristique. Sed semper tortor non augue luctus sit amet feugiat mauris aliquam.<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Ime in priimek: Naslov seminarja ==<br /> Maecenas vitae consequat nunc. Curabitur erat mi, pulvinar vitae gravida eu, varius id justo. Sed vestibulum laoreet tortor, varius mattis magna gravida adipiscing. Nunc venenatis velit ac lectus cursus tincidunt. Sed congue, orci vel rutrum rhoncus, nulla tellus vestibulum magna, ut bibendum lectus lectus id lacus. Praesent enim diam, lobortis quis auctor et, blandit vel nunc. Quisque arcu ipsum, vestibulum vel consequat eget, porttitor pellentesque risus. Integer ut nunc nunc, nec pellentesque nulla. Etiam nunc neque, congue at mattis sit amet, vulputate eget ipsum. Maecenas ac massa nisi. Nam ut sem quis orci cursus dictum. Donec vestibulum quam ligula, elementum pretium nisl. Morbi pretium ullamcorper libero at vehicula. In sit amet nibh lacus. Vivamus ac tortor quis nisi rhoncus pretium. In vel ante dapibus lorem viverra tempor vitae sed metus. Nullam lorem nulla, bibendum et sagittis a, condimentum in mi. Duis commodo, velit sit amet porta ornare, enim magna consequat purus, vitae mattis est risus nec massa. Nam at mauris ante, in sagittis lorem. Suspendisse potenti.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4097 2010-10-18T18:21:02Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje]]||||||||||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_REGULACIJA:_NASTAJAJO.C4.8CI_MODELI_MOLEKULARNIH_MEHANIZMOV|PLC REGULACIJA:NASTAJAJOČI MODELI MOLEKULARNIH MEHANIZMOV]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||Oligomeric forms of G protein-coupled receptors (GPCRs)||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK PETER||The biochemical and structural basis for trans-to-cis isomerization of retinoids in the chemistry of vision||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||Instant decisions: transcription-independent control of death-receptor-mediated apoptosis||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | MIKUŽ ALENKA||Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||Botulinum and tetanus neurotoxins: structure, function and therapeutic utility||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||Cooperative and uncooperative cyclic-nucleotide-gated ion channels||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||||3.11.||10.11.||17.11.||Naraglav||Mikuž<br /> |-<br /> | PERME NEJC||||5.11.||12.11.||19.11.||Meden||Ogrin<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||||5.11.||12.11.||19.11.||||<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||||10.11.||17.11.||24.11.||||<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||||17.11.||24.11.||1.12.<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||||24.11.||1.12.||8.12.<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | ROT ZALA||||||||15.12.<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||||||||17.12.<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||||||||17.12.<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||||||||22.12.<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||||||5.1.<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||||||12.1.<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||||||14.1.<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||||||||14.1.<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||||||||19.1.<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||||||<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||||||<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||||||<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do 7. novembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do 1. decembra 2010 do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje 14 dni pred predstavitvijo. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-8 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti v enem tednu določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki ste si ga izbrali in ga vpisali v seznam. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> ... še ni dokončano<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.<br /> <br /> ==Ocenjevanje predstavitev==<br /> Za ocenjevanje uporabite [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/Biokemija/Formular_OcenaSeminarja09.pdf formular]. Na vsakem listu sta dva formularja, saj bo vsak študent ocenjeval dva kolega. Pri recenziranju pisnega dela izpolnite del A in ga en teden pred predstavitvijo seminarja vrnete docentu. Na predstavitvi ga dobite vrnjenega, da izpolnite še del B.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4096 2010-10-18T18:08:45Z

<p>Đorđe Dimitrijević: </p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_REGULACIJA:_NASTAJAJO.C4.8CI_MODELI_MOLEKULARNIH_MEHANIZMOV|PLC REGULACIJA:NASTAJAJOČI MODELI MOLEKULARNIH MEHANIZMOV]]||||||||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||PLC regulation: emerging pictures for molecular mechanisms||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||Oligomeric forms of G protein-coupled receptors (GPCRs)||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK PETER||The biochemical and structural basis for trans-to-cis isomerization of retinoids in the chemistry of vision||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||Instant decisions: transcription-independent control of death-receptor-mediated apoptosis||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | MIKUŽ ALENKA||Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||Botulinum and tetanus neurotoxins: structure, function and therapeutic utility||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||Cooperative and uncooperative cyclic-nucleotide-gated ion channels||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||||3.11.||10.11.||17.11.||Naraglav||Mikuž<br /> |-<br /> | PERME NEJC||||5.11.||12.11.||19.11.||Meden||Ogrin<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||||5.11.||12.11.||19.11.||||<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||||10.11.||17.11.||24.11.||||<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||||17.11.||24.11.||1.12.<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||||24.11.||1.12.||8.12.<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | ROT ZALA||||||||15.12.<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||||||||17.12.<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||||||||17.12.<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||||||||22.12.<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||||||5.1.<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||||||12.1.<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||||||14.1.<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||||||||14.1.<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||||||||19.1.<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||||||<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||||||<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||||||<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do 7. novembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do 1. decembra 2010 do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje 14 dni pred predstavitvijo. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-8 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti v enem tednu določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki ste si ga izbrali in ga vpisali v seznam. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> ... še ni dokončano<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.<br /> <br /> ==Ocenjevanje predstavitev==<br /> Za ocenjevanje uporabite [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/Biokemija/Formular_OcenaSeminarja09.pdf formular]. Na vsakem listu sta dva formularja, saj bo vsak študent ocenjeval dva kolega. Pri recenziranju pisnega dela izpolnite del A in ga en teden pred predstavitvijo seminarja vrnete docentu. Na predstavitvi ga dobite vrnjenega, da izpolnite še del B.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4095 2010-10-18T17:57:06Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC REGULACIJA: NASTAJAJOČI MODELI MOLEKULARNIH MEHANIZMOV */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC REGULACIJA: NASTAJAJOČI MODELI MOLEKULARNIH MEHANIZMOV ==<br /> <br /> Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, več domenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> '''FUNKCIONALNA IN SIGNALNA RAZNOLIKOST PLC ENCIMOV'''<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in glaven/prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v ciljanju/usmerjanje proteina na posebnih subceličnih razdelkih za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Ime Priimek: Naslov seminarja ==<br /> Integer egestas blandit augue. Sed quis pulvinar mauris. Etiam elementum turpis ac velit dapibus non vulputate purus eleifend. Nam ultrices eleifend metus, eu faucibus elit adipiscing eget. Donec gravida, mauris ac vulputate rutrum, sapien magna consectetur sapien, at ullamcorper lectus quam et dolor. Suspendisse tempus felis suscipit enim mattis sit amet molestie mi sagittis. Integer ultricies dolor sit amet lectus ultrices eu volutpat erat viverra. Maecenas non rutrum massa. Etiam porta ultrices accumsan. Maecenas a eros vel arcu porta dignissim sed eu metus. Proin blandit turpis varius risus dignissim condimentum tincidunt tortor cursus. Integer cursus, lorem convallis ultricies blandit, augue sem scelerisque nisi, ut laoreet urna lacus ut orci. Duis nec sem est. Vivamus eget ipsum leo. Suspendisse a eleifend neque. Aliquam nec nunc neque. Morbi mi arcu, egestas at ullamcorper eget, sagittis a nunc. Aliquam gravida consequat nulla, nec faucibus sapien commodo ac. Etiam sed turpis sem, et mollis augue. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.In fermentum aliquet odio, a hendrerit odio blandit a. Nullam elementum erat in nisi convallis a adipiscing urna congue. Mauris ac pulvinar nulla. Vestibulum lobortis diam in arcu accumsan lobortis. Vestibulum molestie sapien eget urna lobortis vestibulum. In enim sem, rhoncus facilisis laoreet sed, rhoncus malesuada eros. Proin consectetur lectus ornare lorem ullamcorper venenatis. Nam vel odio at elit mollis congue. Duis a metus ante, eget accumsan mauris. Phasellus orci lorem, rhoncus vitae scelerisque et, feugiat quis orci. Etiam consequat nunc nec justo tincidunt et condimentum diam tristique. Sed semper tortor non augue luctus sit amet feugiat mauris aliquam.<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Ime in priimek: Naslov seminarja ==<br /> Maecenas vitae consequat nunc. Curabitur erat mi, pulvinar vitae gravida eu, varius id justo. Sed vestibulum laoreet tortor, varius mattis magna gravida adipiscing. Nunc venenatis velit ac lectus cursus tincidunt. Sed congue, orci vel rutrum rhoncus, nulla tellus vestibulum magna, ut bibendum lectus lectus id lacus. Praesent enim diam, lobortis quis auctor et, blandit vel nunc. Quisque arcu ipsum, vestibulum vel consequat eget, porttitor pellentesque risus. Integer ut nunc nunc, nec pellentesque nulla. Etiam nunc neque, congue at mattis sit amet, vulputate eget ipsum. Maecenas ac massa nisi. Nam ut sem quis orci cursus dictum. Donec vestibulum quam ligula, elementum pretium nisl. Morbi pretium ullamcorper libero at vehicula. In sit amet nibh lacus. Vivamus ac tortor quis nisi rhoncus pretium. In vel ante dapibus lorem viverra tempor vitae sed metus. Nullam lorem nulla, bibendum et sagittis a, condimentum in mi. Duis commodo, velit sit amet porta ornare, enim magna consequat purus, vitae mattis est risus nec massa. Nam at mauris ante, in sagittis lorem. Suspendisse potenti.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4094 2010-10-18T17:56:19Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Đorđe Dimitrijević: PLC REGULACIJA: NASTAJAJOČI MODELI MOLEKULARNIH MEHANIZMOV */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC REGULACIJA: NASTAJAJOČI MODELI MOLEKULARNIH MEHANIZMOV ==<br /> <br /> Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, več domenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> '''FUNKCIONALNA IN SIGNALNA RAZNOLIKOST PLC ENCIMOV'''<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in glaven/prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij- mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v ciljanju/usmerjanje proteina na posebnih subceličnih razdelkih za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Ime Priimek: Naslov seminarja ==<br /> Integer egestas blandit augue. Sed quis pulvinar mauris. Etiam elementum turpis ac velit dapibus non vulputate purus eleifend. Nam ultrices eleifend metus, eu faucibus elit adipiscing eget. Donec gravida, mauris ac vulputate rutrum, sapien magna consectetur sapien, at ullamcorper lectus quam et dolor. Suspendisse tempus felis suscipit enim mattis sit amet molestie mi sagittis. Integer ultricies dolor sit amet lectus ultrices eu volutpat erat viverra. Maecenas non rutrum massa. Etiam porta ultrices accumsan. Maecenas a eros vel arcu porta dignissim sed eu metus. Proin blandit turpis varius risus dignissim condimentum tincidunt tortor cursus. Integer cursus, lorem convallis ultricies blandit, augue sem scelerisque nisi, ut laoreet urna lacus ut orci. Duis nec sem est. Vivamus eget ipsum leo. Suspendisse a eleifend neque. Aliquam nec nunc neque. Morbi mi arcu, egestas at ullamcorper eget, sagittis a nunc. Aliquam gravida consequat nulla, nec faucibus sapien commodo ac. Etiam sed turpis sem, et mollis augue. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.In fermentum aliquet odio, a hendrerit odio blandit a. Nullam elementum erat in nisi convallis a adipiscing urna congue. Mauris ac pulvinar nulla. Vestibulum lobortis diam in arcu accumsan lobortis. Vestibulum molestie sapien eget urna lobortis vestibulum. In enim sem, rhoncus facilisis laoreet sed, rhoncus malesuada eros. Proin consectetur lectus ornare lorem ullamcorper venenatis. Nam vel odio at elit mollis congue. Duis a metus ante, eget accumsan mauris. Phasellus orci lorem, rhoncus vitae scelerisque et, feugiat quis orci. Etiam consequat nunc nec justo tincidunt et condimentum diam tristique. Sed semper tortor non augue luctus sit amet feugiat mauris aliquam.<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Ime in priimek: Naslov seminarja ==<br /> Maecenas vitae consequat nunc. Curabitur erat mi, pulvinar vitae gravida eu, varius id justo. Sed vestibulum laoreet tortor, varius mattis magna gravida adipiscing. Nunc venenatis velit ac lectus cursus tincidunt. Sed congue, orci vel rutrum rhoncus, nulla tellus vestibulum magna, ut bibendum lectus lectus id lacus. Praesent enim diam, lobortis quis auctor et, blandit vel nunc. Quisque arcu ipsum, vestibulum vel consequat eget, porttitor pellentesque risus. Integer ut nunc nunc, nec pellentesque nulla. Etiam nunc neque, congue at mattis sit amet, vulputate eget ipsum. Maecenas ac massa nisi. Nam ut sem quis orci cursus dictum. Donec vestibulum quam ligula, elementum pretium nisl. Morbi pretium ullamcorper libero at vehicula. In sit amet nibh lacus. Vivamus ac tortor quis nisi rhoncus pretium. In vel ante dapibus lorem viverra tempor vitae sed metus. Nullam lorem nulla, bibendum et sagittis a, condimentum in mi. Duis commodo, velit sit amet porta ornare, enim magna consequat purus, vitae mattis est risus nec massa. Nam at mauris ante, in sagittis lorem. Suspendisse potenti.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4093 2010-10-18T17:55:28Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Gregor Gunčar: Naslov seminarja */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC REGULACIJA: NASTAJAJOČI MODELI MOLEKULARNIH MEHANIZMOV ==<br /> <br /> Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, več domenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> '''FUNKCIONALNA IN SIGNALNA RAZNOLIKOST PLC ENCIMOV'''<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in glaven/prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcijev- mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v ciljanju/usmerjanje proteina na posebnih subceličnih razdelkih za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> == Ime Priimek: Naslov seminarja ==<br /> Integer egestas blandit augue. Sed quis pulvinar mauris. Etiam elementum turpis ac velit dapibus non vulputate purus eleifend. Nam ultrices eleifend metus, eu faucibus elit adipiscing eget. Donec gravida, mauris ac vulputate rutrum, sapien magna consectetur sapien, at ullamcorper lectus quam et dolor. Suspendisse tempus felis suscipit enim mattis sit amet molestie mi sagittis. Integer ultricies dolor sit amet lectus ultrices eu volutpat erat viverra. Maecenas non rutrum massa. Etiam porta ultrices accumsan. Maecenas a eros vel arcu porta dignissim sed eu metus. Proin blandit turpis varius risus dignissim condimentum tincidunt tortor cursus. Integer cursus, lorem convallis ultricies blandit, augue sem scelerisque nisi, ut laoreet urna lacus ut orci. Duis nec sem est. Vivamus eget ipsum leo. Suspendisse a eleifend neque. Aliquam nec nunc neque. Morbi mi arcu, egestas at ullamcorper eget, sagittis a nunc. Aliquam gravida consequat nulla, nec faucibus sapien commodo ac. Etiam sed turpis sem, et mollis augue. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.In fermentum aliquet odio, a hendrerit odio blandit a. Nullam elementum erat in nisi convallis a adipiscing urna congue. Mauris ac pulvinar nulla. Vestibulum lobortis diam in arcu accumsan lobortis. Vestibulum molestie sapien eget urna lobortis vestibulum. In enim sem, rhoncus facilisis laoreet sed, rhoncus malesuada eros. Proin consectetur lectus ornare lorem ullamcorper venenatis. Nam vel odio at elit mollis congue. Duis a metus ante, eget accumsan mauris. Phasellus orci lorem, rhoncus vitae scelerisque et, feugiat quis orci. Etiam consequat nunc nec justo tincidunt et condimentum diam tristique. Sed semper tortor non augue luctus sit amet feugiat mauris aliquam.<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Ime in priimek: Naslov seminarja ==<br /> Maecenas vitae consequat nunc. Curabitur erat mi, pulvinar vitae gravida eu, varius id justo. Sed vestibulum laoreet tortor, varius mattis magna gravida adipiscing. Nunc venenatis velit ac lectus cursus tincidunt. Sed congue, orci vel rutrum rhoncus, nulla tellus vestibulum magna, ut bibendum lectus lectus id lacus. Praesent enim diam, lobortis quis auctor et, blandit vel nunc. Quisque arcu ipsum, vestibulum vel consequat eget, porttitor pellentesque risus. Integer ut nunc nunc, nec pellentesque nulla. Etiam nunc neque, congue at mattis sit amet, vulputate eget ipsum. Maecenas ac massa nisi. Nam ut sem quis orci cursus dictum. Donec vestibulum quam ligula, elementum pretium nisl. Morbi pretium ullamcorper libero at vehicula. In sit amet nibh lacus. Vivamus ac tortor quis nisi rhoncus pretium. In vel ante dapibus lorem viverra tempor vitae sed metus. Nullam lorem nulla, bibendum et sagittis a, condimentum in mi. Duis commodo, velit sit amet porta ornare, enim magna consequat purus, vitae mattis est risus nec massa. Nam at mauris ante, in sagittis lorem. Suspendisse potenti.</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Leksikon_BMB&diff=4092 2010-10-18T17:53:26Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Prenos signalov */</p> <hr /> <div>==Biološke molekule==<br /> * [[Aminokisline in proteini]]<br /> ** Lastnosti aminokislin<br /> ** Peptidna vez in peptidi<br /> ** [[Ravni proteinske strukture]]<br /> *** [[Kolageni]]<br /> **[[Glikozilacija]]<br /> * Lipidi<br /> ** [[Maščobne kisline]]<br /> ** [[Membranski lipidi]]<br /> ** Lipidi kot zaloga energije<br /> ** [[Holesterol]]<br /> * Ogljikovi hidrati<br /> ** [[Monosaharidi]]<br /> ** [[Disaharidi in oligosaharidi]]<br /> ** Polisaharidi<br /> *** [[Škrob]]<br /> *** [[Glikogen]]<br /> * [[Nukleinske kisline]]<br /> ** [[Nukleozidi in nukleotidi]]<br /> ** Polimeri nukleinskih kislin<br /> ** Parjenje baz<br /> * [[Vitamini]]<br /> <br /> ==Metabolizem==<br /> * [[Pregled metabolizma]]<br /> **Metabolizem aminokislin<br /> **Metabolizem lipidov<br /> **Metabolizem ogljikovih hidratov<br /> **Metabolizem nukleotidov<br /> **Kofaktorji<br /> **[[Termogeneza]]<br /> <br /> ==Prenos signalov==<br /> * Receptorji<br /> * G-proteini<br /> * Načini prenosa signalov<br /> **[[Z encimom povezani receptorji]]<br /> **[[Z G-proteini povezani receptorji]]<br /> * Sekundarni prenašalci<br /> *[[Transport majhnih molekul skozi membrano]]<br /> <br /> ==Prenos genske informacije==<br /> * [[Podvojevanje DNA]]<br /> ** [[Semikonzervativno podvajanje]]<br /> ** DNA-polimeraze pri prokariontih in evkariontih<br /> ** Vodilna in zastajajoča veriga<br /> ** [[Telomeri]]<br /> * [[Prepisovanje DNA v RNA]]<br /> * [[Sinteza proteinov]]<br /> * Uravnavanje izražanja genov<br /> * Organizacija kromatina pri evkariontih<br /> * Značilnosti genomov<br /> * &quot;Sebični gen&quot;<br /> * Prenos genske informacije pri retrovirusih<br /> * [[Mutacije]]<br /> <br /> ==Molekularna biotehnologija==<br /> * Kloniranje genov<br /> * Hibridizacija<br /> * Izražanje genov<br /> * Določanje nukleotidnih zaporedij<br /> * Verižna reakcija s polimerazo (PCR)<br /> * [[Biočipi]]<br /> * [[Genetsko spremenjeni organizmi]]<br /> <br /> ==Celična in fiziološka biokemija==<br /> * [[Celični skelet]]<br /> **[[Bički in migetalke]]<br /> * Celične membrane<br /> ** Plazmalema<br /> ** Bakterijska celična membrana<br /> *** Zgradba celične ovojnice gramnegativnih bakterij<br /> *** Zgradba celične ovojnice grampozitivnih bakterij<br /> *** Zgradba peptidoglikanskega sloja<br /> ** Celična membrana arhej<br /> ** Celična stena rastlin<br /> ** Jedrna membrana in jedrna pora<br /> ** Mitohondrijska membrana<br /> ** Membrana kloroplastov <br /> * [[Motorni proteini]]<br /> * [[Celična smrt]]<br /> * Poškodbe s prostimi radikali<br /> * [[Medcelični stiki]]<br /> <br /> ==Biokemija bolezni==<br /> * [[Rak]]<br /> * [[Sladkorna bolezen tipa I in II]]<br /> * [[Parkinsonova bolezen]]<br /> * [[Zvijanje proteinov in prionske bolezni]]<br /> * [[Alzheimerjeva bolezen]]<br /> * [[Huntingtonova bolezen]]<br /> * Mišična distrofija<br /> * Sepsa<br /> * [[Levkemija]]<br /> * Želodčna razjeda<br /> * Debelost<br /> ** [[Leptin]]<br /> * Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)<br /> * Metabolični sindrom<br /> <br /> ==Posebna poglavja==<br /> * [[Uvod v imunologijo]]<br /> ** Prirojeni odgovor<br /> *** Receptorji TLR<br /> ** Pridobljeni odgovor<br /> *** Predstavitev antigenov<br /> *** Aktivacija limfocitov B<br /> *** [[Aktivacija limfocitov T]]<br /> ** Splošna zgradba imunoglobulinov<br /> *** Imunoglobulinski tip zvitja<br /> *** Predstavitev imunoglobulinskih razredov<br /> * Biokemija čutil<br /> ** Zaznavanje vonjev<br /> ** Zaznavanje okusov<br /> ** Tip in bolečina<br /> ** Sluh<br /> * Proteinsko inženirstvo<br /> <br /> <br /> ----<br /> [[Biokemijski_seminar]] -- nazaj na Seminarje</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=PLC_regulacija&diff=4091 2010-10-18T17:53:06Z

<p>Đorđe Dimitrijević: Removing all content from page</p> <hr /> <div></div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=PLC_regulacija&diff=4061 2010-10-17T11:32:14Z

<p>Đorđe Dimitrijević: </p> <hr /> <div>Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, več domenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> '''FUNKCIONALNA IN SIGNALNA RAZNOLIKOST PLC ENCIMOV'''<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in glaven/prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcijev- mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v ciljanju/usmerjanje proteina na posebnih subceličnih razdelkih za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=PLC_regulacija&diff=4060 2010-10-17T11:30:30Z

<p>Đorđe Dimitrijević: </p> <hr /> <div>Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, več domenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> '''FUNKCIONALNA IN SIGNALNA RAZNOLIKOST PLC ENCIMOV'''<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in glaven/prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcijev- mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupno povezavo, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v ciljanju/usmerjanje proteina na posebnih subceličnih razdelkih za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=PLC_regulacija&diff=4059 2010-10-17T11:30:06Z

<p>Đorđe Dimitrijević: </p> <hr /> <div>Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, več domenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> '''FUNKCIONALNA IN SIGNALNA RAZNOLIKOST PLC ENCIMOV'''<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in glaven/prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcijev- mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupno povezavo, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v ciljanju/usmerjanje proteina na posebnih subceličnih razdelkih za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=PLC_regulacija&diff=4058 2010-10-17T11:28:48Z

<p>Đorđe Dimitrijević: </p> <hr /> <div>Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, več domenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> '''FUNKCIONALNA IN SIGNALNA RAZNOLIKOST PLC ENCIMOV'''<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in glaven/prvenstven celični signalni odziv, je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcijev- mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupno povezavo, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v ciljanju/usmerjanje proteina na posebnih subceličnih razdelkih za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=PLC_regulacija&diff=4057 2010-10-17T11:25:11Z

<p>Đorđe Dimitrijević: New page: Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev. Družine PLC so kompleksni, več domenski proteini in skupa...</p> <hr /> <div>Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, več domenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> '''FUNKCIONALNA IN SIGNALNA RAZNOLIKOST PLC ENCIMOV'''<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in glaven/prvenstven celični signalni odziv, je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcijev- mobiliziran sekundaren obveščevalec , in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupno povezavo, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v ciljanju/usmerjanje proteina na posebnih subceličnih razdelkih za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Leksikon_BMB&diff=4056 2010-10-17T11:21:25Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Prenos signalov */</p> <hr /> <div>==Biološke molekule==<br /> * [[Aminokisline in proteini]]<br /> ** Lastnosti aminokislin<br /> ** Peptidna vez in peptidi<br /> ** [[Ravni proteinske strukture]]<br /> *** [[Kolageni]]<br /> **[[Glikozilacija]]<br /> * Lipidi<br /> ** [[Maščobne kisline]]<br /> ** [[Membranski lipidi]]<br /> ** Lipidi kot zaloga energije<br /> ** [[Holesterol]]<br /> * Ogljikovi hidrati<br /> ** [[Monosaharidi]]<br /> ** [[Disaharidi in oligosaharidi]]<br /> ** Polisaharidi<br /> *** [[Škrob]]<br /> *** [[Glikogen]]<br /> * [[Nukleinske kisline]]<br /> ** [[Nukleozidi in nukleotidi]]<br /> ** Polimeri nukleinskih kislin<br /> ** Parjenje baz<br /> * [[Vitamini]]<br /> <br /> ==Metabolizem==<br /> * [[Pregled metabolizma]]<br /> **Metabolizem aminokislin<br /> **Metabolizem lipidov<br /> **Metabolizem ogljikovih hidratov<br /> **Metabolizem nukleotidov<br /> **Kofaktorji<br /> **[[Termogeneza]]<br /> <br /> ==Prenos signalov==<br /> * Receptorji<br /> * G-proteini<br /> * Načini prenosa signalov<br /> **[[Z encimom povezani receptorji]]<br /> **[[Z G-proteini povezani receptorji]]<br /> **[[PLC regulacija]]<br /> * Sekundarni prenašalci<br /> *[[Transport majhnih molekul skozi membrano]]<br /> <br /> ==Prenos genske informacije==<br /> * [[Podvojevanje DNA]]<br /> ** [[Semikonzervativno podvajanje]]<br /> ** DNA-polimeraze pri prokariontih in evkariontih<br /> ** Vodilna in zastajajoča veriga<br /> ** [[Telomeri]]<br /> * [[Prepisovanje DNA v RNA]]<br /> * [[Sinteza proteinov]]<br /> * Uravnavanje izražanja genov<br /> * Organizacija kromatina pri evkariontih<br /> * Značilnosti genomov<br /> * &quot;Sebični gen&quot;<br /> * Prenos genske informacije pri retrovirusih<br /> * [[Mutacije]]<br /> <br /> ==Molekularna biotehnologija==<br /> * Kloniranje genov<br /> * Hibridizacija<br /> * Izražanje genov<br /> * Določanje nukleotidnih zaporedij<br /> * Verižna reakcija s polimerazo (PCR)<br /> * [[Biočipi]]<br /> * [[Genetsko spremenjeni organizmi]]<br /> <br /> ==Celična in fiziološka biokemija==<br /> * [[Celični skelet]]<br /> **[[Bički in migetalke]]<br /> * Celične membrane<br /> ** Plazmalema<br /> ** Bakterijska celična membrana<br /> *** Zgradba celične ovojnice gramnegativnih bakterij<br /> *** Zgradba celične ovojnice grampozitivnih bakterij<br /> *** Zgradba peptidoglikanskega sloja<br /> ** Celična membrana arhej<br /> ** Celična stena rastlin<br /> ** Jedrna membrana in jedrna pora<br /> ** Mitohondrijska membrana<br /> ** Membrana kloroplastov <br /> * [[Motorni proteini]]<br /> * [[Celična smrt]]<br /> * Poškodbe s prostimi radikali<br /> * [[Medcelični stiki]]<br /> <br /> ==Biokemija bolezni==<br /> * [[Rak]]<br /> * [[Sladkorna bolezen tipa I in II]]<br /> * [[Parkinsonova bolezen]]<br /> * [[Zvijanje proteinov in prionske bolezni]]<br /> * [[Alzheimerjeva bolezen]]<br /> * [[Huntingtonova bolezen]]<br /> * Mišična distrofija<br /> * Sepsa<br /> * [[Levkemija]]<br /> * Želodčna razjeda<br /> * Debelost<br /> ** [[Leptin]]<br /> * Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)<br /> * Metabolični sindrom<br /> <br /> ==Posebna poglavja==<br /> * [[Uvod v imunologijo]]<br /> ** Prirojeni odgovor<br /> *** Receptorji TLR<br /> ** Pridobljeni odgovor<br /> *** Predstavitev antigenov<br /> *** Aktivacija limfocitov B<br /> *** [[Aktivacija limfocitov T]]<br /> ** Splošna zgradba imunoglobulinov<br /> *** Imunoglobulinski tip zvitja<br /> *** Predstavitev imunoglobulinskih razredov<br /> * Biokemija čutil<br /> ** Zaznavanje vonjev<br /> ** Zaznavanje okusov<br /> ** Tip in bolečina<br /> ** Sluh<br /> * Proteinsko inženirstvo<br /> <br /> <br /> ----<br /> [[Biokemijski_seminar]] -- nazaj na Seminarje</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Leksikon_BMB&diff=4055 2010-10-17T11:20:51Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Prenos signalov */</p> <hr /> <div>==Biološke molekule==<br /> * [[Aminokisline in proteini]]<br /> ** Lastnosti aminokislin<br /> ** Peptidna vez in peptidi<br /> ** [[Ravni proteinske strukture]]<br /> *** [[Kolageni]]<br /> **[[Glikozilacija]]<br /> * Lipidi<br /> ** [[Maščobne kisline]]<br /> ** [[Membranski lipidi]]<br /> ** Lipidi kot zaloga energije<br /> ** [[Holesterol]]<br /> * Ogljikovi hidrati<br /> ** [[Monosaharidi]]<br /> ** [[Disaharidi in oligosaharidi]]<br /> ** Polisaharidi<br /> *** [[Škrob]]<br /> *** [[Glikogen]]<br /> * [[Nukleinske kisline]]<br /> ** [[Nukleozidi in nukleotidi]]<br /> ** Polimeri nukleinskih kislin<br /> ** Parjenje baz<br /> * [[Vitamini]]<br /> <br /> ==Metabolizem==<br /> * [[Pregled metabolizma]]<br /> **Metabolizem aminokislin<br /> **Metabolizem lipidov<br /> **Metabolizem ogljikovih hidratov<br /> **Metabolizem nukleotidov<br /> **Kofaktorji<br /> **[[Termogeneza]]<br /> <br /> ==Prenos signalov==<br /> * Receptorji<br /> * G-proteini<br /> * Načini prenosa signalov<br /> **[[Z encimom povezani receptorji]]<br /> **[[Z G-proteini povezani receptorji]]<br /> **[[PLC regulacija : nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]<br /> * Sekundarni prenašalci<br /> *[[Transport majhnih molekul skozi membrano]]<br /> <br /> ==Prenos genske informacije==<br /> * [[Podvojevanje DNA]]<br /> ** [[Semikonzervativno podvajanje]]<br /> ** DNA-polimeraze pri prokariontih in evkariontih<br /> ** Vodilna in zastajajoča veriga<br /> ** [[Telomeri]]<br /> * [[Prepisovanje DNA v RNA]]<br /> * [[Sinteza proteinov]]<br /> * Uravnavanje izražanja genov<br /> * Organizacija kromatina pri evkariontih<br /> * Značilnosti genomov<br /> * &quot;Sebični gen&quot;<br /> * Prenos genske informacije pri retrovirusih<br /> * [[Mutacije]]<br /> <br /> ==Molekularna biotehnologija==<br /> * Kloniranje genov<br /> * Hibridizacija<br /> * Izražanje genov<br /> * Določanje nukleotidnih zaporedij<br /> * Verižna reakcija s polimerazo (PCR)<br /> * [[Biočipi]]<br /> * [[Genetsko spremenjeni organizmi]]<br /> <br /> ==Celična in fiziološka biokemija==<br /> * [[Celični skelet]]<br /> **[[Bički in migetalke]]<br /> * Celične membrane<br /> ** Plazmalema<br /> ** Bakterijska celična membrana<br /> *** Zgradba celične ovojnice gramnegativnih bakterij<br /> *** Zgradba celične ovojnice grampozitivnih bakterij<br /> *** Zgradba peptidoglikanskega sloja<br /> ** Celična membrana arhej<br /> ** Celična stena rastlin<br /> ** Jedrna membrana in jedrna pora<br /> ** Mitohondrijska membrana<br /> ** Membrana kloroplastov <br /> * [[Motorni proteini]]<br /> * [[Celična smrt]]<br /> * Poškodbe s prostimi radikali<br /> * [[Medcelični stiki]]<br /> <br /> ==Biokemija bolezni==<br /> * [[Rak]]<br /> * [[Sladkorna bolezen tipa I in II]]<br /> * [[Parkinsonova bolezen]]<br /> * [[Zvijanje proteinov in prionske bolezni]]<br /> * [[Alzheimerjeva bolezen]]<br /> * [[Huntingtonova bolezen]]<br /> * Mišična distrofija<br /> * Sepsa<br /> * [[Levkemija]]<br /> * Želodčna razjeda<br /> * Debelost<br /> ** [[Leptin]]<br /> * Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)<br /> * Metabolični sindrom<br /> <br /> ==Posebna poglavja==<br /> * [[Uvod v imunologijo]]<br /> ** Prirojeni odgovor<br /> *** Receptorji TLR<br /> ** Pridobljeni odgovor<br /> *** Predstavitev antigenov<br /> *** Aktivacija limfocitov B<br /> *** [[Aktivacija limfocitov T]]<br /> ** Splošna zgradba imunoglobulinov<br /> *** Imunoglobulinski tip zvitja<br /> *** Predstavitev imunoglobulinskih razredov<br /> * Biokemija čutil<br /> ** Zaznavanje vonjev<br /> ** Zaznavanje okusov<br /> ** Tip in bolečina<br /> ** Sluh<br /> * Proteinsko inženirstvo<br /> <br /> <br /> ----<br /> [[Biokemijski_seminar]] -- nazaj na Seminarje</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Z_G-proteini_povezani_receptorji&diff=4052 2010-10-16T20:07:10Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Fosfolipazna pot */</p> <hr /> <div>=Struktura=<br /> <br /> Receptorji, sestavljeni iz 7 α-heliksov oziroma[http://www.molpharm.dk/images/7TM.jpg''' 7 TM receptorji'''], so odgovorni za prenos informacije, ki izvira iz različnih signalov. Receptorje aktivirajo signalne molekule kot so hormoni in nevrotransmiterji. Po vezavi signalne molekule pride do konformacijske spremembe receptorja, kar omogoči aktivacijo trimernih [http://www.cs.stedwards.edu/chem/Chemistry/CHEM43/CHEM43/GProtein/G-proteinBy.gif'''G proteinov''']. V neaktivnem stanju je na G protein vezan GDP. V tej obliki protein nastopa kot heterotrimer, sestavljen iz α, β in γ podenote. GDP je vezan na α podenoto. β podenota vključuje 7 β listov v obliki propelerja in γ podenota vsebuje par α heliksov, ki se ovijata okrog β podenote. α in γ podenoti sta običajno povezani z membrano preko kovalentno vezanih maščobnih kislin. Po aktivaciji G proteina se na α podenoti GDP zamenja z GTP. To vodi v konformacijsko spremembo pri kateri α podenota disociira od βγ podenote. Ločeni podenoti nato aktivirata ali inhibirata encime oziroma ionske kanalčke in s tem omogočita prenos signala.<br /> <br /> =Fosfolipazna pot=<br /> [[Slika:H_pkcPathway.gif|thumb|250px|Fosfolipazna pot]]<br /> <br /> Po vezavi signalne molekule α podenota aktivira[http://www.urmc.rochester.edu/phph/projects/smrcka/Smrcka_assets/phosphoPic.gif''' fosfolipazo C-β'''] (encim na citosolni strani membrane). Fosfolipaza C-β cepi fosfatidilinozitol 4,5-bisfosfat, ki se prav tako nahaja na notranji strani membrane, na glicerol in inozitol 1,4,5-trifosfat. Inozitol 1,4,5-trifosfat se nato veže na kalcijeve kanalčke na endoplazmatskem retikulumu, kar omogoči prehod kalcijevih ionov v citosol. Kalcijeve ione in glicerol obravnamo kot sekundarna sporočevalca in sta v nadaljevanju potrebna za aktivacijo PKC. Ca2+ omogoči prenos PKC do membrane, kjer kombinacija glicerola, Ca2+ in fosfatidilserina povzroči aktivacijo PKC. Ta nato naprej fosforilira proteine, kar omogoči nadaljni prenos signala.<br /> <br /> Ca2+ se lahko veže tudi na protein kalmodulin. Da pride do aktivacije kalmodulina sta potrebna vsaj 2 kalcijeva iona. Aktiviran kalmodulin nima encimske funckije ampak se veže na proteine in povzroči njihovo aktivacijo.<br /> Pri družini proteinov od [http://en.wikipedia.org/wiki/CaMKII kalmodulina odvisne protein kinaze (CaM-kinaze)] vezava Ca2+ povzroči, da CaM-kinaza podobno kot PKA in PKC fosforilira proteine in tako vpliva na njihovo aktivnost.<br /> <br /> =Prenos signala s cAMP=<br /> [[Slika:H_gsPathway.gif|thumb|250px|Prenos signala s cAMP]]<br /> <br /> Ena izmed možnosti prenosa ekstracelularnega signala je preko sekundarnega prenašalca cAMP-ja. G protein po vezavi liganda na receptor stimulira adenil ciklazo kar vodi do zvišanja koncentracije cAMP-ja ali pa jo inhibira s čimer prepreči nastanek cAMP-ja.<br /> Ciklični AMP se nato veže na regulatorni podenoti PKA s čimer povzroči konformacijsko spremembo, ki vodi do ločitve katalitičnih podenot iz PKA. Te pa katalizirajo prenos fosfatne skupine z ATP-ja na serin ali treonin določenega proteina in tako regulirajo njegovo aktivnost. <br /> Prenos signala je lahko hiter ali počasen. Za primer hitrega prenosa lahko navedemo skeletne mišične celice, kjer PKA fosfolirira enicme, ki katalizirajo razgradnjo glikogena v glukozo. Počasen prenos signala se pojavi v celicah, kjer prihaja do regulacije preko izražanja genov. Tak primer so celice, kjer se izraža peptidni hormon [http://en.wikipedia.org/wiki/Somatostatin somatostatin]; PKA najprej preide v jedro kjer fosfolirira transkripcijski faktor [http://en.wikipedia.org/wiki/CREB CREB], ta se veže na regulatorno regijo DNA, na CREB pa se nato veže še CBP (transkripcijski koaktivator) ki povzroči prepisovanje gena.<br /> Ko se ligand odstrani z receptorja pride do inaktivacije alfa podenote (hidroliza GTP-ja), hidrolize cAMP-ja s fosfodiesterazami ter delovanja serin/treonin fosfoprotein fosfataz, ki defosfolirirajo aktivirane proteine.<br /> <br /> =Regulacija ionskih kanalov z G-proteini=<br /> <br /> V določenih primerih lahko G-proteini aktivirajo ali inaktivirajo ionske kanalčke. Nekateri ligandi, med katere spada tudi acetilholin, povzročijo da alfa podenota Gi inhibira delovanje adenil ciklaze, beta-gama podenota pa neposredno vpliva na odprtje kalijevih kanalčkov. Ostali G-proteini ne delujejo tako neposredno temveč preko sinteze ali razgradnje cikličnih nukleotidov, ki direktno vplivajo na ionske kanalčke.<br /> <br /> =Vloga G-proteinov=<br /> <br /> Receptorji povezani z G-proteini imajo veliko vlogo pri sprejemanju dražljajev iz okolja. Tako s pomočjo teh receptorjev vohamo in vidimo. Potrebno pa je omeniti, da predstavljajo pomemben člen v uporabi zdravil, saj kar 60% vseh zdravilnih učinkovin deluje preko opisanega sistema.<br /> <br /> =Viri=<br /> <br /> *Alberts, B. et al. Molecular biology of the cell. 4.izdaja. New York: Garland Science, 2002.<br /> *Stryer, L. et al. Biochemistry. 5. izdaja. New york: W. H. Freeman and company, 2002.<br /> *http://www.molpharm.dk/images/7TM.jpg<br /> *http://www.urmc.rochester.edu/phph/projects/smrcka/Smrcka_assets/phosphoPic.gif<br /> *http://www.cs.stedwards.edu/chem/Chemistry/CHEM43/CHEM43/GProtein/G-proteinBy.gif<br /> *http://www.biocarta.com/pathfiles/h_gsPathway.asp</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Cerebralne_in_periferne_spremembe,_ki_so_nastale_med_du%C5%A1ikovo_oksidno_(NO)_sintezo_v_modelu_spalne_bolezni_podgane;_Identifikacija_mo%C5%BEganskih_iNOS_ekspresivnih_celic.&diff=4003 2010-06-17T13:27:33Z

<p>Đorđe Dimitrijević: </p> <hr /> <div>'''Ozadje :'''<br /> <br /> Raziskane so bila implikacije dušikovega oksida v razvoju humanega afriškega tripanosoma HAT[[http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs259/en/]] z uporabo modela živali.<br /> <br /> Način, kako je tripanosomna aktivnost NO oškodovana na perifer-u in v notranjosti možgan podgan okuženih z trypanosoma brucei brucei( T. brucei)[http://en.wikipedia.org/wiki/Trypanosoma_brucei],<br /> je bil analiziran preko:<br /> <br /> <br /> (i) Sprememb, ki se odvijajo v koncentraciji NO v krvnih in cerebralnih razdelkih.<br /> <br /> (ii) Aktivnosti nNOS in iNOS encimov.[http://en.wikipedia.org/wiki/Nitric_oxide_synthase]<br /> <br /> (iii) Identifikacije možganskih tipov celic, v katerih je mehanizem NO posebno aktiven med časom infekcije.<br /> <br /> <br /> '''Metodologija in ključne ugotovitve :'''<br /> <br /> Koncentracija NO( direktne meritve z voltametrijo; [http://en.wikipedia.org/wiki/Voltammetry]) je bila določena v osrednjih ( možgani) in perifer-nih( krvni) razdelkih zdravih in okuženih živali v različnih dneh po okužbi: D5, D10,D16 in D22.<br /> <br /> V dveh razdelkih( možganski) in ( krvni), so bile opažene nasprotujoče si spremembe.<br /> <br /> V možganih( hipotalamus [http://sl.wikipedia.org/wiki/Hipotalamus]) od D10 ( +32%) do D16(+71%), se je količina NO povečala, v krvi , od D10( -22%) do D16( -46%) in D22( -60%), pa zmanjšala .<br /> <br /> Vzporedno z meritvami NO, se je cerebralna [http://en.wikipedia.org/wiki/Cerebrum] iNOS aktivnost povečala in dosegla maksimum D16( do +700%), nNOS aktivnost pa se ni spreminjala.<br /> <br /> Imunohistokemijsko označevanje[http://en.wikipedia.org/wiki/Immunohistochemistry] je potrdilo aktivnost iNOS v večih predelih možgan, zlasti v hipotalamusu.<br /> <br /> V peritonealni tekočini makrofagov,[http://hepatitis.about.com/od/pqr/g/PeritonealFluid.htm] se je od D10 (−83%) do D16 (−65%) in D22 (−74%), podobno kot pri cirkulaciji NO, aktivnost iNOS zmanjšala. <br /> <br /> <br /> '''Zaključek:'''<br /> <br /> Spremembe NO, opažene v modelu podgane, so bile odvisne od aktivnosti iNOS v obeh perifer-nih in osrednjih razdelkih.<br /> <br /> Na perifer-u lahko upad nastanka NO odraža arginin –posredovana sinteza poliaminov potrebnih za tripanosomno rast. <br /> <br /> V možganih, pa bi lahko povečana koncentracija NO bila rezultat povečane aktivnosti iNOS, ki je prisotna v nevronih in glia celicah.[http://en.wikipedia.org/wiki/Glial_cell]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biokemijski_seminar_1_-_2009/10_-_Kazalo&diff=3217 2010-03-03T20:47:57Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Seznam novic po področjih */</p> <hr /> <div>=Seznam novic po področjih=<br /> Novico, ki jo boste predstavili, uvrstite v kategorijo, kamor mislite, da najbolj sodi. Vpišite naslov seminarja v slovenščini, hkrati pa naj bo naslov povezava na novo stran, kjer boste pripravili opis. Dopišite svoje ime in datum predstavitve. (Če si ne predstavljate, kako naj bi to naredili, si oglejte [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09 | seznam letošnjih 2. letnikov]]). <br /> <br /> <br /> ===Encimatika===<br /> <br /> ===Biokemija bolezni===<br /> [[Okvarjene vezave PINK1 in parkina so lahko vzrok Parkinsonove bolezni]] Brigita Razboršek, 18.3.2010<br /> &lt;<br /> [[Cerebralne in periferne spremembe, ki so nastale med dušikovo oksidno (NO) sintezo v modelu spalne bolezni podgane; Identifikacija možganskih iNOS ekspresivnih celic]] Đorđe Dimitrijević, 15.3.2010<br /> [[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cerebralne_in_periferne_spremembe,_ki_so_nastale_med_du%C5%A1ikovo_oksidno_(NO)_sintezo_v_modelu_spalne_bolezni_podgane;_Identifikacija_mo%C5%BEganskih_iNOS_ekspresivnih_celic.]]&gt;<br /> <br /> ===Genomika===<br /> <br /> ===Celična biokemija===<br /> <br /> ===Hormonska regulacija===<br /> <br /> ===Metabolizem===<br /> <br /> ===Signalne poti v celicah===<br /> <br /> ===Imunologija===<br /> <br /> ===Molekularna genetika===<br /> <br /> ===Proteomika===</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biokemijski_seminar_1_-_2009/10_-_Kazalo&diff=3216 2010-03-03T20:47:22Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Seznam novic po področjih */</p> <hr /> <div>=Seznam novic po področjih=<br /> Novico, ki jo boste predstavili, uvrstite v kategorijo, kamor mislite, da najbolj sodi. Vpišite naslov seminarja v slovenščini, hkrati pa naj bo naslov povezava na novo stran, kjer boste pripravili opis. Dopišite svoje ime in datum predstavitve. (Če si ne predstavljate, kako naj bi to naredili, si oglejte [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09 | seznam letošnjih 2. letnikov]]). <br /> <br /> <br /> ===Encimatika===<br /> <br /> ===Biokemija bolezni===<br /> [[Okvarjene vezave PINK1 in parkina so lahko vzrok Parkinsonove bolezni]] Brigita Razboršek, 18.3.2010<br /> &lt;br&gt;<br /> [[Cerebralne in periferne spremembe, ki so nastale med dušikovo oksidno (NO) sintezo v modelu spalne bolezni podgane; Identifikacija možganskih iNOS ekspresivnih celic]] Đorđe Dimitrijević, 15.3.2010<br /> [[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cerebralne_in_periferne_spremembe,_ki_so_nastale_med_du%C5%A1ikovo_oksidno_(NO)_sintezo_v_modelu_spalne_bolezni_podgane;_Identifikacija_mo%C5%BEganskih_iNOS_ekspresivnih_celic.]]<br /> <br /> ===Genomika===<br /> <br /> ===Celična biokemija===<br /> <br /> ===Hormonska regulacija===<br /> <br /> ===Metabolizem===<br /> <br /> ===Signalne poti v celicah===<br /> <br /> ===Imunologija===<br /> <br /> ===Molekularna genetika===<br /> <br /> ===Proteomika===</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biokemijski_seminar_1_-_2009/10_-_Kazalo&diff=3215 2010-03-03T20:43:10Z

<p>Đorđe Dimitrijević: /* Seznam novic po področjih */</p> <hr /> <div>=Seznam novic po področjih=<br /> Novico, ki jo boste predstavili, uvrstite v kategorijo, kamor mislite, da najbolj sodi. Vpišite naslov seminarja v slovenščini, hkrati pa naj bo naslov povezava na novo stran, kjer boste pripravili opis. Dopišite svoje ime in datum predstavitve. (Če si ne predstavljate, kako naj bi to naredili, si oglejte [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09 | seznam letošnjih 2. letnikov]]). <br /> <br /> <br /> ===Encimatika===<br /> <br /> ===Biokemija bolezni===<br /> [[Okvarjene vezave PINK1 in parkina so lahko vzrok Parkinsonove bolezni]] Brigita Razboršek, 18.3.2010<br /> <br /> [[Cerebralne in periferne spremembe, ki so nastale med dušikovo oksidno (NO) sintezo v modelu spalne bolezni podgane; Identifikacija možganskih iNOS ekspresivnih celic]] Đorđe Dimitrijević, 15.3.2010<br /> <br /> ===Genomika===<br /> <br /> ===Celična biokemija===<br /> <br /> ===Hormonska regulacija===<br /> <br /> ===Metabolizem===<br /> <br /> ===Signalne poti v celicah===<br /> <br /> ===Imunologija===<br /> <br /> ===Molekularna genetika===<br /> <br /> ===Proteomika===</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Cerebralne_in_periferne_spremembe,_ki_so_nastale_med_du%C5%A1ikovo_oksidno_(NO)_sintezo_v_modelu_spalne_bolezni_podgane;_Identifikacija_mo%C5%BEganskih_iNOS_ekspresivnih_celic.&diff=3214 2010-03-03T20:34:51Z

<p>Đorđe Dimitrijević: </p> <hr /> <div>'''Ozadje :'''<br /> <br /> Raziskane so bila implikacije dušikovega oksida v razvoju humanega afriškega tripanosoma HAT[[http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs259/en/]] z uporabo modela živali.<br /> <br /> Način, kako je tripanosomna aktivnost NO oškodovana na perifer-u in v notranjosti možgan podgan okuženih z trypanosoma brucei brucei( T. brucei)[http://en.wikipedia.org/wiki/Trypanosoma_brucei],<br /> je bil analiziran preko:<br /> <br /> <br /> (i) Sprememb, ki se odvijajo v koncentraciji NO v krvnih in cerebralnih razdelkih.<br /> <br /> (ii) Aktivnosti nNOS in iNOS encimov.[http://en.wikipedia.org/wiki/Nitric_oxide_synthase]<br /> <br /> (iii) Identifikacije možganskih tipov celic, v katerih je mehanizem NO posebno aktiven med časom infekcije.<br /> <br /> <br /> '''Metodologija in ključne ugotovitve :'''<br /> <br /> Koncentracija NO( direktne meritve z voltametrijo; [http://en.wikipedia.org/wiki/Voltammetry]) je bila določena v osrednjih ( možgani) in perifer-nih( krvni) razdelkih zdravih in okuženih živali v različnih dneh po okužbi: D5, D10,D16 in D22.<br /> <br /> V dveh razdelkih( možganski) in ( krvni), so bile opažene nasprotujoče si spremembe.<br /> <br /> V možganih( hipotalamus [http://sl.wikipedia.org/wiki/Hipotalamus]) od D10 ( +32%) do D16(+71%), se je količina NO povečala, v krvi , od D10( -22%) do D16( -46%) in D22( -60%), pa zmanjšala .<br /> <br /> Vzporedno z meritvami NO, se je cerebralna [http://en.wikipedia.org/wiki/Cerebrum] iNOS aktivnost povečala in dosegla maksimum D16( do +700%), nNOS aktivnost pa se ni spreminjala.<br /> <br /> Imunohistokemijsko označevanje[http://en.wikipedia.org/wiki/Immunohistochemistry] je potrdilo aktivnost iNOS v večih predelih možgan, zlasti v hipotalamusu.<br /> <br /> V peritonealni tekočini makrofagov,[http://hepatitis.about.com/od/pqr/g/PeritonealFluid.htm] se je od D10 (−83%) do D16 (−65%) in D22 (−74%), podobno kot pri cirkulaciji NO, aktivnost iNOS zmanjšala. <br /> <br /> <br /> '''Zaključek:'''<br /> <br /> Spremembe NO, opažene v modelu podgane, so bile odvisne od aktivnosti iNOS v obeh perifer-nih in osrednjih razdelkih.<br /> <br /> Na perifer-u lahko upad nastanka NO odraža ariginin –posredovana sinteza poliaminov potrebnih za tripanosomno rast. <br /> <br /> V možganih, pa bi lahko povečana koncentracija NO bila rezultat povečane aktivnosti iNOS, ki je prisotna v nevronih in glia celicah.[http://en.wikipedia.org/wiki/Glial_cell]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Cerebralne_in_periferne_spremembe,_ki_so_nastale_med_du%C5%A1ikovo_oksidno_(NO)_sintezo_v_modelu_spalne_bolezni_podgane;_Identifikacija_mo%C5%BEganskih_iNOS_ekspresivnih_celic.&diff=3213 2010-03-03T20:33:23Z

<p>Đorđe Dimitrijević: </p> <hr /> <div>'''Ozadje :'''<br /> <br /> Raziskane so bila implikacije dušikovega oksida v razvoju humanega afriškega tripanosoma HAT[[http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs259/en/]] z uporabo modela živali.<br /> <br /> Način, kako je tripanosomna aktivnost NO oškodovana na perifer-u in v notranjosti možgan podgan okuženih z trypanosoma brucei brucei( T. brucei)[http://en.wikipedia.org/wiki/Trypanosoma_brucei],<br /> je bil analiziran preko:<br /> <br /> <br /> (i) Sprememb, ki se odvijajo v koncentraciji NO v krvnih in cerebralnih razdelkih.<br /> <br /> (ii) Aktivnosti nNOS in iNOS encimov.[http://en.wikipedia.org/wiki/Nitric_oxide_synthase]<br /> <br /> (iii) Identifikacije možganskih tipov celic, v katerih je mehanizem NO posebno aktiven med časom infekcije.<br /> <br /> <br /> '''Metodologija in ključne ugotovitve :'''<br /> <br /> Koncentracija NO( direktne meritve z voltametrijo; [http://en.wikipedia.org/wiki/Voltammetry]) je bila določena v osrednjih ( možgani) in perifer-nih( krvni) razdelkih zdravih in okuženih živali v različnih dneh po okužbi: D5, D10,D16 in D22.<br /> <br /> V dveh razdelkih( možganski) in ( krvni), so bile opažene nasprotujoče si spremembe.<br /> <br /> V možganih( hipotalamus [http://sl.wikipedia.org/wiki/Hipotalamus]) od D10 ( +32%) do D16(+71%), se je količina NO povečala, v krvi , od D10( -22%) do D16( -46%) in D22( -60%), pa zmanjšala .<br /> <br /> Vzporedno z meritvami NO, se je cerebralna [http://en.wikipedia.org/wiki/Cerebrum] iNOS aktivnost povečala in dosegla maksimum D16( do +700%), nNOS aktivnost pa se ni spreminjala.<br /> <br /> Imunohistokemijsko označevanje[http://en.wikipedia.org/wiki/Immunohistochemistry] je potrdilo aktivnost iNOS v večih predelih možgan, zlasti v hipotalamusu.<br /> <br /> V peritonealni tekočini makrofagov,[http://hepatitis.about.com/od/pqr/g/PeritonealFluid.htm] se je od D10 (−83%) do D16 (−65%) in D22 (−74%), podobno kot pri cirkulaciji NO, aktivnost iNOS zmanjšala . <br /> <br /> <br /> '''Zaključek:'''<br /> <br /> Spremembe NO, opažene v modelu podgane, so bile odvisne od aktivnosti iNOS v obeh perifer-nih in osrednjih razdelkih.<br /> <br /> Na perifer-u lahko upad nastanka NO odraža ariginin –posredovana sinteza poliaminov potrebnih za tripanosomno rast. <br /> <br /> V možganih, pa bi lahko povečana koncentracija NO bila rezultat povečane aktivnosti iNOS, ki je prisotna v nevronih in glia celicah.[http://en.wikipedia.org/wiki/Glial_cell]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Cerebralne_in_periferne_spremembe,_ki_so_nastale_med_du%C5%A1ikovo_oksidno_(NO)_sintezo_v_modelu_spalne_bolezni_podgane;_Identifikacija_mo%C5%BEganskih_iNOS_ekspresivnih_celic.&diff=3212 2010-03-03T20:32:35Z

<p>Đorđe Dimitrijević: </p> <hr /> <div>'''Ozadje :'''<br /> <br /> Raziskane so bila implikacije dušikovega oksida v razvoju humanega afriškega tripanosoma HAT[[http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs259/en/]] z uporabo modela živali.<br /> <br /> Način, kako je tripanosomna aktivnost NO oškodovana na perifer-u in v notranjosti možgan podgan okuženih z trypanosoma brucei brucei( T. brucei)[http://en.wikipedia.org/wiki/Trypanosoma_brucei],<br /> je bil analiziran preko:<br /> <br /> <br /> (i) Sprememb, ki se odvijajo v koncentraciji NO v krvnih in cerebralnih razdelkih.<br /> <br /> (ii) Aktivnosti nNOS in iNOS encimov.[http://en.wikipedia.org/wiki/Nitric_oxide_synthase]<br /> <br /> (iii) Identifikacije možganskih tipov celic, v katerih je mehanizem NO posebno aktiven med časom infekcije.<br /> <br /> <br /> '''Metodologija in ključne ugotovitve :'''<br /> <br /> Koncentracija NO( direktne meritve z voltametrijo; [http://en.wikipedia.org/wiki/Voltammetry]) je bila določena v osrednjih ( možgani) in perifer-nih( krvni) razdelkih zdravih in okuženih živali v različnih dneh po okužbi: D5, D10,D16 in D22.<br /> <br /> V dveh razdelkih( možganski) in ( krvni), so bile opažene nasprotujoče si spremembe.<br /> <br /> V možganih( hipotalamus [http://sl.wikipedia.org/wiki/Hipotalamus]) od D10 ( +32%) do D16(+71%), se je količina NO povečala, v krvi , od D10( -22%) do D16( -46%) in D22( -60%), pa zmanjšala .<br /> <br /> Vzporedno z meritvami NO, se je cerebralna[http://www.example.com link title] iNOS aktivnost povečala in dosegla maksimum D16( do +700%), nNOS aktivnost pa se ni spreminjala.<br /> <br /> Imunohistokemijsko označevanje[http://en.wikipedia.org/wiki/Immunohistochemistry] je potrdilo aktivnost iNOS v večih predelih možgan, zlasti v hipotalamusu.<br /> <br /> V peritonealni tekočini makrofagov,[http://hepatitis.about.com/od/pqr/g/PeritonealFluid.htm] se je od D10 (−83%) do D16 (−65%) in D22 (−74%), podobno kot pri cirkulaciji NO, aktivnost iNOS zmanjšala . <br /> <br /> <br /> '''Zaključek:'''<br /> <br /> Spremembe NO, opažene v modelu podgane, so bile odvisne od aktivnosti iNOS v obeh perifer-nih in osrednjih razdelkih.<br /> <br /> Na perifer-u lahko upad nastanka NO odraža ariginin –posredovana sinteza poliaminov potrebnih za tripanosomno rast. <br /> <br /> V možganih, pa bi lahko povečana koncentracija NO bila rezultat povečane aktivnosti iNOS, ki je prisotna v nevronih in glia celicah.[http://en.wikipedia.org/wiki/Glial_cell]</div>

Đorđe Dimitrijević https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Cerebralne_in_periferne_spremembe,_ki_so_nastale_med_du%C5%A1ikovo_oksidno_(NO)_sintezo_v_modelu_spalne_bolezni_podgane;_Identifikacija_mo%C5%BEganskih_iNOS_ekspresivnih_celic.&diff=3211 2010-03-03T20:30:31Z

<p>Đorđe Dimitrijević: </p> <hr /> <div>'''Ozadje :'''<br /> <br /> Raziskane so bila implikacije dušikovega oksida v razvoju humanega afriškega tripanosoma HAT[[http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs259/en/]] z uporabo modela živali.<br /> <br /> Način, kako je tripanosomna aktivnost NO oškodovana na perifer-u in v notranjosti možgan podgan okuženih z trypanosoma brucei brucei( T. brucei)[http://en.wikipedia.org/wiki/Trypanosoma_brucei],<br /> je bil analiziran preko:<br /> <br /> <br /> (i) Sprememb, ki se odvijajo v koncentraciji NO v krvnih in cerebralnih razdelkih.<br /> <br /> (ii) Aktivnosti nNOS in iNOS encimov.[http://en.wikipedia.org/wiki/Nitric_oxide_synthase]<br /> <br /> (iii) Identifikacije možganskih tipov celic, v katerih je mehanizem NO posebno aktiven med časom infekcije.<br /> <br /> <br /> '''Metodologija in ključne ugotovitve :'''<br /> <br /> Koncentracija NO( direktne meritve z voltametrijo; [http://en.wikipedia.org/wiki/Voltammetry]) je bila določena v osrednjih ( možgani) in perifer-nih( krvni) razdelkih zdravih in okuženih živali v različnih dneh po okužbi: D5, D10,D16 in D22.<br /> <br /> V dveh razdelkih( možganski) in ( krvni), so bile opažene nasprotujoče si spremembe.<br /> <br /> V možganih( hipotalamus [http://sl.wikipedia.org/wiki/Hipotalamus]) od D10 ( +32%) do D16(+71%), se je količina NO povečala, v krvi , od D10( -22%) do D16( -46%) in D22( -60%), pa zmanjšala .<br /> <br /> Vzporedno z meritvami NO, se je cerebralna iNOS aktivnost povečala in dosegla maksimum D16( do +700%), nNOS aktivnost pa se ni spreminjala.<br /> <br /> Imunohistokemijsko označevanje[http://en.wikipedia.org/wiki/Immunohistochemistry] je potrdilo aktivnost iNOS v večih predelih možgan, zlasti v hipotalamusu.<br /> <br /> V peritonealni tekočini makrofagov,[http://hepatitis.about.com/od/pqr/g/PeritonealFluid.htm] se je od D10 (−83%) do D16 (−65%) in D22 (−74%), podobno kot pri cirkulaciji NO, aktivnost iNOS zmanjšala . <br /> <br /> <br /> '''Zaključek:'''<br /> <br /> Spremembe NO, opažene v modelu podgane, so bile odvisne od aktivnosti iNOS v obeh perifer-nih in osrednjih razdelkih.<br /> <br /> Na perifer-u lahko upad nastanka NO odraža ariginin –posredovana sinteza poliaminov potrebnih za tripanosomno rast. <br /> <br /> V možganih, pa bi lahko povečana koncentracija NO bila rezultat povečane aktivnosti iNOS, ki je prisotna v nevronih in glia celicah.[http://en.wikipedia.org/wiki/Glial_cell]</div>

Đorđe Dimitrijević