Wiki FKKT - User contributions [en]

Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov

2017-05-15T05:53:17Z

Ajda Cafun: /* Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov */

== Sinteza bakterijske celične stene ==

Celična stena daje bakterijski celici trdnost in ščiti celično membrano pred poškodbami zaradi celičnega turgorja. V glavnem jo sestavlja polimer peptidoglikan, ki mu pravimo tudi murein. Po Gramu negativne bakterije imajo dve celični membrani, med katerima se v periplazemskem prostoru nahaja celična stena. Ta je široka od 7 nm do 8 nm in je sestavljena le iz nekaj plasti peptidoglikana. Po Gramu pozitivne bakterije nimajo dodatne zunanje celične membrane, celična stena, ki obdaja njihovo plazmalemo, pa je bolj debela. V širino meri od 20 nm do 80 nm, gradi pa jo lahko do 40 plasti peptidoglikana.

Peptidoglikan je zgrajen iz vzporednih sladkornih verig, povezanih preko oligopeptidov. V sladkornem ogrodju so izmenjujoče nanizani ostanki N-acetilglukozamina (NAG) in N-acetilmuraminske kisline (NAM), ki so povezani z β(1 → 4) glikozidno vezjo. Na D-laktilno skupino vsakega ostanka NAM je vezan tetrapeptid. Aminokisline v tem peptidu si sledijo po zaporedju: L-alanin, D-glutamin, 2,6-diaminopimelinska kislina (DAP) in D-alanin pri po Gramu negativnih bakterijah, pri po Gramu pozitivnih bakterijah pa je na tretjem mestu namesto DAP L-lizin. Pri po Gramu pozitivnih bakterijah ta povezava ni direktna, ampak poteka preko peptidnih mostičkov, ki so ponavadi sestavljeni iz petih zaporednih glicinskih ostankov.

Pri sintezi celične stene se sestavni elementi peptidoglikana izgradijo v citosolu, nato pa se prenesejo v periplazmo, kjer se povežejo med seboj. Na začetku se na molekulo NAM postopoma pripne 5 aminokislinskih ostankov. Prvi štirje si sledijo po prej navedenem zaporedju, kot peti pa je pripet še en dodaten D-alanin. Nastala molekula se nato preko NAM pripne na lipid C55-izoprenil pirofosfat, imenovan tudi baktrofenil, ki se nahaja v proti citosolu usmerjeni polovici celične membrane. Z NAM se v naslednjem koraku poveže NAG, na peptidni del pa se lahko doda še povezovalni glicinski mostiček. Celotna molekula se sedaj iz notranje polovice lipidnega dvosloja ob pomoči flipaze FtsW prestavi v zunanjo polovico, tako da sladkorno-peptidni del gleda v periplazemski prostor.
V periplazmi poteka povezovanje peptidoglikanskih enot s pomočjo transglikozilaz in transpeptidaz, ki jih z nadpomenko imenujemo penicilin-vezavni proteini (PBP). Transglikozilaza prepozna na lipidno komponento vezan peptidoglikanski prekurzor in poveže četrti C-atom ostanka NAG na prekurzorju s prvim C-atomom NAM, ki se nahaja na koncu izgrajujoče peptidoglikanske verige. Pri tem nastane β(1 → 4) vez, baktrofenil pa se odcepi in prenese nazaj v notranjo polovico fosfolipidnega dvosloja, kjer je pripravljen na sprejem novega prekurzorja. Sedaj se morajo oligopeptidi še prečno povezati, kar katalizira transpeptidaza. Encim odcepi končni D-alanin s pentapeptida na prekurzorju in D-alanin na preostalem tetrapeptidu poveže s tretjim aminokislinskim ostankom v sosednjem tetrapeptidu, bodisi direktno, bodisi preko vmesnega glicinskega mostička.

Bakterije lahko lastno celično steno tudi razgrajujejo. Pri tem sodelujejo avtolizini, ki so potrebni za obnavljanje in spreminjanje oblike celične stene, ter regulacijo njene rasti. Procesa izgrajevanja in razgrajevanja sta uravnotežena, ob določenih pogojih pa avtolizini sprožijo intenzivnejšo razgradnjo stene, ki vodi v celično lizo. Ta je lahko tudi posledica delovanja antibiotikov.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov ==

Betalaktamski antibiotiki, med katere spadajo penicilini, cefalosporini, karbapenemi (v množini pisani zato, ker obstaja več različnih modifikacij vsakega antibiotika) in drugi, so učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji proteinov, ki vežejo penicilin. Potrebno je izpostaviti, da omenjene učinkovine ne delujejo na vse PBP, kar bi lahko sklepali iz imena teh proteinov, temveč na tiste, ki sodelujejo pri zadnjem koraku izgradnje celične stene, torej povezovanju peptidnih enot glikoproteinov. Z inhibicijo tega koraka vodijo celico v celično smrt. Delujejo tako na po Gramu pozitivne, kot tudi na po Gramu negativne bakterije. V večini primerov β-laktami inducirajo celično smrt prek razgradnje celične stene, obstajajo pa tudi primeri drugačnih mehanizmov celične smrti. Glavni tarčni protein β-laktamov, katerega inhibicija v največji meri pripomore k celični smrti, je DD-transpeptidaza, ki katalizira zadnji korak izgradnje celične stene, povezovanje dveh peptidnih verig. Encim ima v aktivnem mestu serinski ostanek, ki se kovalentno poveže s četrtim ostankom pentapeptida D-Ala, ob tem pa končni D-Ala izstopi iz peptidne verige. Na tako nastali acil-encim, se nato na končni D-Ala veže druga peptidna veriga preko L-lizinskega ali DAP ostanka na tretjem mestu. Povezani peptidni verigi izstopita iz aktivnega mesta encima. Tako je katalizirana povezava, ki zagotavlja čvrstost celične stene.

Z razumevanjem mehanizma katalitične aktivnosti omenjenega PBP, lahko razumemo, zakaj so betalaktamski antibiotiki njihovi uspešni inhibitorji. Kot že ime pove, je ključna in skupna lastnost učinkovin β-laktamski obroč. Gre za štiričlenski obroč, ki vsebuje en dušikov atom, na enega od treh ogljikovih atomov pa je vezana karbonilna skupina. Pogosto je na β-laktamski obroč vezan še en obroč, kar poveča afiniteto njegove vezave v aktivno mesto encima. Penicilini na primer vsebujejo dodaten 5-členski obroč, cefalosporini pa 6-členski obroč. Oba dodatna obroča vsebujeta po en elektronegativen žveplov atom. Molekula β-laktama zaradi strukturne podobnosti s končnim delom pentapeptida D-Ala-D-Ala, ki je naravni substrat DD-peptidaz, posnema njegovo vezavo v aktivno mesto, pri čemer pa ima zaradi že omenjenih strukturnih lastnosti večjo afiniteto za vezavo. [[slika: http://tmedweb.tulane.edu/pharmwiki/lib/exe/fetch.php/betalactam_structure.png?w=600&tok=54cff1 ]]
Za razliko od naravnega substrat, ki z vezavo na aktivni serin omogoča izstop končnega ostanka iz pentapeptida, pa po vezavi β-laktamskega obroča ni možen izstop dela molekule, saj je elektrofilni C-atom, na katerega se -OH skupina serina veže, del obroča. Molekula ostane tako kovalentno vezana na aktivno mesto, ki s tem ni več zmožno opravljati svoje katalitične funkcije.

Različni betalaktamski antibiotiki imajo različne afinitete do enega ali več PBP, zato sprožijo različne morfološke spremembe bakterije. Proteini, ki spadajo v skupino PBP1, med drugim DD-transpeptidaza, vplivajo na elongacijo celice in njihova inhibicija v največji meri pripomore k lizi celične stene. Inhibicija PBP3 proteinov, ki vplivajo na celično delitev, povzroči filamentacijo celice, kar pomeni abnormalno elongacijo, pri čemer se celica ne deli. Inhibicija proteinov PBP3 je povezana z lizo, vendar v manjši meri kot inhibicija proteinov PBP1. Inhibicija proteinov PBP2, ki skrbijo za obliko celice, ne vodi v lizo celične stene. Ker je za lizo poleg inhibicije izgradnje celične stene potrebna tudi njena razgradnja s strani avtolizinov, so znanstveniki potrdili, da delovanje inhibitorjev proteinov PBP1 v največji meri spodbudi delovanje avtolizinov, delovanje inhibitorjev proteinov PBP2 pa v najmanjši meri.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Mehanizem delovanje glikopeptidnih antibiotikov ==
Glikopeptidi so glikozilirani neribosomski peptidi, ki delujejo kot sterični inhibitorji zorenja peptidoglikanov grampozitivnih bakterij. Inhibirajo lahko delovanje dveh encimov, in sicer transglikozilaze in transpeptidaze. Ta inhibicija ne poteka preko vezave na encim, pač pa se glikopeptidi namesto tega vežejo na substrat omenjenih encimov, peptidoglikan, natančneje na njihov oligopeptidni del. Vezani glikopeptidi predstavljajo sterično oviro in encimoma preprečujejo dostop do peptidoglikana. Na ta način preprečujejo ustrezno povezovanje peptidoglikana. Posledično je inhibirana rast, smrt pa po navadi povzroči povečan tlak, ki nastane zaradi nezadostno povezanega peptidoglikana. Pride do osmotske lize. [[slika: http://4.bp.blogspot.com/-aMRnL9j_6ZY/UfVm0sjiUYI/AAAAAAAAA50/nvP133cuItU/s1600/transpeptidase-07.png ]]

Inhibicija preko vezave na substrat je mogoča zaradi posebne strukture glikopeptidov. Sestavljeni so iz osrednjega heptapeptida, ki ga tvorijo pretežno aromatske aminokisline. Na heptapeptidno ogrodje so vezane različne skupine, najpogosteje sladkorni ostanki, kloridni atomi in lipidne verige. Število aromatskih aminokislin v heptapetidu se med posameznimi glikopeptidi lahko razlikuje. V precej poznanem peptidnem antibiotiku, vankomicinu, je aromatskih aminokslin 5, medtem ko jih je v teikoplaninu 7. Aromatske aminokisline v osrednjem peptidu so oksidativno prečno povezane. Prečne povezave tvorijo posebno strukturno konformacijo, »čeljust«, v katero se vežejo peptidni deli peptidoglikana. [[slika: https://www.researchgate.net/figure/50893040_fig6_Figure-1-Chemical-structures-of-Type-I-1-vancomycin-2-balhimycin-and-Type-IV-3 ]]

Glikopeptidi se s čeljustmi vežejo na C-konce peptidoglikana, ki so ključni za tvorbo kompleksa transglikozilaza-peptidoglikan ali transpeptidaza-peptidoglikan. V splošnem glikopeptidi prepoznajo skupine aminokislin s stereokemijsko konformacijo -L-D-D, najmanjša enota, na katero se lahko vežejo, pa je -D-ala-D-ala. Za C-konce nastajajoče konce peptidoglikana, je značilno zaporedje L-lys-D-ala-D-ala, preko katerega transglikozilaza poveže dve peptidoglikanski enoti, transpeptidaza pa preko njega nove peptide vgrajuje v celično steno. Glikopeptidi z zaporedjem –D-ala-D-ala v peptidnem delu peptidoglikana tvorijo vodikove vezi in se na ta način, kljub svoji siceršnji rigidnosti, ovijejo okoli peptidoglikana, kar preprečuje vezavo encimov. Vodikove vezi po navadi nastanejo med C-končno karboksilno skupino motiva -D-ala-D-ala in amidnimi skupinami aminokislin iz heptapeptidnega ogrodja glikopeptidov. Mogoč je tudi nastanek vodikove vezi med aminsko skupino končnega alanina v motivu –D-ala-D-ala in kisikom karbonilne skupine osrednjega peptida. [[slika: http://offset.peczuh.uconn.edu/wp-content/uploads/sites/240/2015/08/b100912p-f2.gif. ]]

Večina glikopeptidnih antibiotikov lahko preko tvorbe vodikovih vezi tudi homodimerizira. Takšna homodimerizacija je skoraj vedno, izjema je le rizocitin, kooperativna z vezavo na zaporedje -D-ala-D-ala. Kooperativnost naj bi bila posledica tega, da vezava peptidoglikana v strukturo glikopeptida uvede simetrijo, ki omogoči tvorbo več intramolekularnih vezi. Slednje spremenijo konformacijo glikopeptida tako, da tesneje ovije peptid in tvori nove vezi. Dimerizacija predstavlja tudi večjo sterično oviro za transpeptidazo in transglikozilazo. Glikopeptidni antibiotiki, ki imajo večjo tandenco za dimerizacijo, so načeloma učinkovitejši.
Teikoplanin je najbolj znan antibiotik iz družine glikopeptidov, ki ne tvori homodimerov. Kljub temu je njegovo delovanje zelo učinkovito, saj vsebuje dodatno vezano N-subsituirano maščobnokislinsko stransko verigo. Ta je vezana preko glukozaminskega ostanka, ki je vezan na 4. aminokislino osrednjega heptapeptida. Iz tega je jasno razvidno, da na učinkovitost antibiotika vplivajo tudi njegove stranske skupine. Hidrofobne stranske verige v splošnem omogočajo boljšo lokalizacijo in sidranje antibiotika na tarčno mesto, še pomembneje pa je, da omogočajo precej močne intramolekularne interakcije, katerih vpliv je pojasnjen nekoliko višje v besedilu. [[slika: http://www.hull.ac.uk/php/chsanb/LMWeb/Image84.gif ]]
Rezistentne bakterije se učinku gikopeptidov lahko izognejo tako, da namesto zadnjega D-alanina v oligopeptide vgrajujejo D-laktat. Na takšne oligopeptide se glikopeptidi ne vežejo.

== Viri ==
*Kang H-K, Park Y. Glycopeptide Antibiotics: Structure and Mechanisms of Action. J Bacteriol Virol. 2015;45(2):67-78. http://synapse.koreamed.org/DOIx.php?id=10.4167%2Fjbv.2015.45.2.67.

*Höltje, J. V. Growth of the stress-bearing and shape-maintaining murein sacculus of Escherichia coli. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 181–203 (1998).

Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov

2017-05-14T22:12:31Z

Ajda Cafun: /* ¸Mehanizem delovanje glikopeptidnih antibiotikov */

== Sinteza bakterijske celične stene ==

Celična stena daje bakterijski celici trdnost in ščiti celično membrano pred poškodbami zaradi celičnega turgorja. V glavnem jo sestavlja polimer peptidoglikan, ki mu pravimo tudi murein. Po Gramu negativne bakterije imajo dve celični membrani, med katerima se v periplazemskem prostoru nahaja celična stena. Ta je široka od 7 nm do 8 nm in je sestavljena le iz nekaj plasti peptidoglikana. Po Gramu pozitivne bakterije nimajo dodatne zunanje celične membrane, celična stena, ki obdaja njihovo plazmalemo, pa je bolj debela. V širino meri od 20 nm do 80 nm, gradi pa jo lahko do 40 plasti peptidoglikana.

Peptidoglikan je zgrajen iz vzporednih sladkornih verig, povezanih preko oligopeptidov. V sladkornem ogrodju so izmenjujoče nanizani ostanki N-acetilglukozamina (NAG) in N-acetilmuraminske kisline (NAM), ki so povezani z β(1 → 4) glikozidno vezjo. Na D-laktilno skupino vsakega ostanka NAM je vezan tetrapeptid. Aminokisline v tem peptidu si sledijo po zaporedju: L-alanin, D-glutamin, 2,6-diaminopimelinska kislina (DAP) in D-alanin pri po Gramu negativnih bakterijah, pri po Gramu pozitivnih bakterijah pa je na tretjem mestu namesto DAP L-lizin. Pri po Gramu pozitivnih bakterijah ta povezava ni direktna, ampak poteka preko peptidnih mostičkov, ki so ponavadi sestavljeni iz petih zaporednih glicinskih ostankov.

Pri sintezi celične stene se sestavni elementi peptidoglikana izgradijo v citosolu, nato pa se prenesejo v periplazmo, kjer se povežejo med seboj. Na začetku se na molekulo NAM postopoma pripne 5 aminokislinskih ostankov. Prvi štirje si sledijo po prej navedenem zaporedju, kot peti pa je pripet še en dodaten D-alanin. Nastala molekula se nato preko NAM pripne na lipid C55-izoprenil pirofosfat, imenovan tudi baktrofenil, ki se nahaja v proti citosolu usmerjeni polovici celične membrane. Z NAM se v naslednjem koraku poveže NAG, na peptidni del pa se lahko doda še povezovalni glicinski mostiček. Celotna molekula se sedaj iz notranje polovice lipidnega dvosloja ob pomoči flipaze FtsW prestavi v zunanjo polovico, tako da sladkorno-peptidni del gleda v periplazemski prostor.
V periplazmi poteka povezovanje peptidoglikanskih enot s pomočjo transglikozilaz in transpeptidaz, ki jih z nadpomenko imenujemo penicilin-vezavni proteini (PBP). Transglikozilaza prepozna na lipidno komponento vezan peptidoglikanski prekurzor in poveže četrti C-atom ostanka NAG na prekurzorju s prvim C-atomom NAM, ki se nahaja na koncu izgrajujoče peptidoglikanske verige. Pri tem nastane β(1 → 4) vez, baktrofenil pa se odcepi in prenese nazaj v notranjo polovico fosfolipidnega dvosloja, kjer je pripravljen na sprejem novega prekurzorja. Sedaj se morajo oligopeptidi še prečno povezati, kar katalizira transpeptidaza. Encim odcepi končni D-alanin s pentapeptida na prekurzorju in D-alanin na preostalem tetrapeptidu poveže s tretjim aminokislinskim ostankom v sosednjem tetrapeptidu, bodisi direktno, bodisi preko vmesnega glicinskega mostička.

Bakterije lahko lastno celično steno tudi razgrajujejo. Pri tem sodelujejo avtolizini, ki so potrebni za obnavljanje in spreminjanje oblike celične stene, ter regulacijo njene rasti. Procesa izgrajevanja in razgrajevanja sta uravnotežena, ob določenih pogojih pa avtolizini sprožijo intenzivnejšo razgradnjo stene, ki vodi v celično lizo. Ta je lahko tudi posledica delovanja antibiotikov.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov ==

Betalaktamski antibiotiki, med katere spadajo penicilini, cefalosporini, karbapeni (v množini pisani zato, ker obstaja več različnih modifikacij vsakega antibiotika) in drugi, so učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji proteinov, ki vežejo penicilin. Potrebno je izpostaviti, da omenjene učinkovine ne delujejo na vse PBP, kar bi lahko sklepali iz imena teh proteinov, temveč na tiste, ki sodelujejo pri zadnjem koraku izgradnje celične stene, torej povezovanju peptidnih enot glikoproteinov. Z inhibicijo tega koraka vodijo celico v celično smrt. Delujejo tako na po Gramu pozitivne, kot tudi na po Gramu negativne bakterije. V večini primerov β-laktami inducirajo celično smrt prek razgradnje celične stene, obstajajo pa tudi primeri drugačnih mehanizmov celične smrti. Glavni tarčni protein β-laktamov, katerega inhibicija v največji meri pripomore k celični smrti, je DD-transpeptidaza, ki katalizira zadnji korak izgradnje celične stene, povezovanje dveh peptidnih verig. Encim ima v aktivnem mestu serinski ostanek, ki se kovalentno poveže s četrtim ostankom pentapeptida D-Ala, ob tem pa končni D-Ala izstopi iz peptidne verige. Na tako nastali acil-encim, se nato na končni D-Ala veže druga peptidna veriga preko L-lizinskega ali DAP ostanka na tretjem mestu. Povezani peptidni verigi izstopita iz aktivnega mesta encima. Tako je katalizirana povezava, ki zagotavlja čvrstost celične stene.

Z razumevanjem mehanizma katalitične aktivnosti omenjenega PBP, lahko razumemo, zakaj so betalaktamski antibiotiki njihovi uspešni inhibitorji. Kot že ime pove, je ključna in skupna lastnost učinkovin β-laktamski obroč. Gre za štiričlenski obroč, ki vsebuje en dušikov atom, na enega od treh ogljikovih atomov pa je vezana karbonilna skupina. Pogosto je na β-laktamski obroč vezan še en obroč, kar poveča afiniteto njegove vezave v aktivno mesto encima. Penicilini na primer vsebujejo dodaten 5-členski obroč, cefalosporini pa 6-členski obroč. Oba dodatna obroča vsebujeta po en elektronegativen žveplov atom. Molekula β-laktama zaradi strukturne podobnosti s končnim delom pentapeptida D-Ala-D-Ala, ki je naravni substrat DD-peptidaz, posnema njegovo vezavo v aktivno mesto, pri čemer pa ima zaradi že omenjenih strukturnih lastnosti večjo afiniteto za vezavo. [[slika: http://tmedweb.tulane.edu/pharmwiki/lib/exe/fetch.php/betalactam_structure.png?w=600&tok=54cff1 ]]
Za razliko od naravnega substrat, ki z vezavo na aktivni serin omogoča izstop končnega ostanka iz pentapeptida, pa po vezavi β-laktamskega obroča ni možen izstop dela molekule, saj je elektrofilni C-atom, na katerega se -OH skupina serina veže, del obroča. Molekula ostane tako kovalentno vezana na aktivno mesto, ki s tem ni več zmožno opravljati svoje katalitične funkcije.

Različni betalaktamski antibiotiki imajo različne afinitete do enega ali več PBP, zato sprožijo različne morfološke spremembe bakterije. Proteini, ki spadajo v skupino PBP1, med drugim DD-transpeptidaza, vplivajo na elongacijo celice in njihova inhibicija v največji meri pripomore k lizi celične stene. Inhibicija PBP3 proteinov, ki vplivajo na celično delitev, povzroči filamentacijo celice, kar pomeni abnormalno elongacijo, pri čemer se celica ne deli. Inhibicija proteinov PBP3 je povezana z lizo, vendar v manjši meri kot inhibicija proteinov PBP1. Inhibicija proteinov PBP2, ki skrbijo za obliko celice, ne vodi v lizo celične stene. Ker je za lizo poleg inhibicije izgradnje celične stene potrebna tudi njena razgradnja s strani avtolizinov, so znanstveniki potrdili, da delovanje inhibitorjev proteinov PBP1 v največji meri spodbudi delovanje avtolizinov, delovanje inhibitorjev proteinov PBP2 pa v najmanjši meri.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Mehanizem delovanje glikopeptidnih antibiotikov ==
Glikopeptidi so glikozilirani neribosomski peptidi, ki delujejo kot sterični inhibitorji zorenja peptidoglikanov grampozitivnih bakterij. Inhibirajo lahko delovanje dveh encimov, in sicer transglikozilaze in transpeptidaze. Ta inhibicija ne poteka preko vezave na encim, pač pa se glikopeptidi namesto tega vežejo na substrat omenjenih encimov, peptidoglikan, natančneje na njihov oligopeptidni del. Vezani glikopeptidi predstavljajo sterično oviro in encimoma preprečujejo dostop do peptidoglikana. Na ta način preprečujejo ustrezno povezovanje peptidoglikana. Posledično je inhibirana rast, smrt pa po navadi povzroči povečan tlak, ki nastane zaradi nezadostno povezanega peptidoglikana. Pride do osmotske lize. [[slika: http://4.bp.blogspot.com/-aMRnL9j_6ZY/UfVm0sjiUYI/AAAAAAAAA50/nvP133cuItU/s1600/transpeptidase-07.png ]]

Inhibicija preko vezave na substrat je mogoča zaradi posebne strukture glikopeptidov. Sestavljeni so iz osrednjega heptapeptida, ki ga tvorijo pretežno aromatske aminokisline. Na heptapeptidno ogrodje so vezane različne skupine, najpogosteje sladkorni ostanki, kloridni atomi in lipidne verige. Število aromatskih aminokislin v heptapetidu se med posameznimi glikopeptidi lahko razlikuje. V precej poznanem peptidnem antibiotiku, vankomicinu, je aromatskih aminokslin 5, medtem ko jih je v teikoplaninu 7. Aromatske aminokisline v osrednjem peptidu so oksidativno prečno povezane. Prečne povezave tvorijo posebno strukturno konformacijo, »čeljust«, v katero se vežejo peptidni deli peptidoglikana. [[slika: https://www.researchgate.net/figure/50893040_fig6_Figure-1-Chemical-structures-of-Type-I-1-vancomycin-2-balhimycin-and-Type-IV-3 ]]

Glikopeptidi se s čeljustmi vežejo na C-konce peptidoglikana, ki so ključni za tvorbo kompleksa transglikozilaza-peptidoglikan ali transpeptidaza-peptidoglikan. V splošnem glikopeptidi prepoznajo skupine aminokislin s stereokemijsko konformacijo -L-D-D, najmanjša enota, na katero se lahko vežejo, pa je -D-ala-D-ala. Za C-konce nastajajoče konce peptidoglikana, je značilno zaporedje L-lys-D-ala-D-ala, preko katerega transglikozilaza poveže dve peptidoglikanski enoti, transpeptidaza pa preko njega nove peptide vgrajuje v celično steno. Glikopeptidi z zaporedjem –D-ala-D-ala v peptidnem delu peptidoglikana tvorijo vodikove vezi in se na ta način, kljub svoji siceršnji rigidnosti, ovijejo okoli peptidoglikana, kar preprečuje vezavo encimov. Vodikove vezi po navadi nastanejo med C-končno karboksilno skupino motiva -D-ala-D-ala in amidnimi skupinami aminokislin iz heptapeptidnega ogrodja glikopeptidov. Mogoč je tudi nastanek vodikove vezi med aminsko skupino končnega alanina v motivu –D-ala-D-ala in kisikom karbonilne skupine osrednjega peptida. [[slika: http://offset.peczuh.uconn.edu/wp-content/uploads/sites/240/2015/08/b100912p-f2.gif. ]]

Večina glikopeptidnih antibiotikov lahko preko tvorbe vodikovih vezi tudi homodimerizira. Takšna homodimerizacija je skoraj vedno, izjema je le rizocitin, kooperativna z vezavo na zaporedje -D-ala-D-ala. Kooperativnost naj bi bila posledica tega, da vezava peptidoglikana v strukturo glikopeptida uvede simetrijo, ki omogoči tvorbo več intramolekularnih vezi. Slednje spremenijo konformacijo glikopeptida tako, da tesneje ovije peptid in tvori nove vezi. Dimerizacija predstavlja tudi večjo sterično oviro za transpeptidazo in transglikozilazo. Glikopeptidni antibiotiki, ki imajo večjo tandenco za dimerizacijo, so načeloma učinkovitejši.
Teikoplanin je najbolj znan antibiotik iz družine glikopeptidov, ki ne tvori homodimerov. Kljub temu je njegovo delovanje zelo učinkovito, saj vsebuje dodatno vezano N-subsituirano maščobnokislinsko stransko verigo. Ta je vezana preko glukozaminskega ostanka, ki je vezan na 4. aminokislino osrednjega heptapeptida. Iz tega je jasno razvidno, da na učinkovitost antibiotika vplivajo tudi njegove stranske skupine. Hidrofobne stranske verige v splošnem omogočajo boljšo lokalizacijo in sidranje antibiotika na tarčno mesto, še pomembneje pa je, da omogočajo precej močne intramolekularne interakcije, katerih vpliv je pojasnjen nekoliko višje v besedilu. [[slika: http://www.hull.ac.uk/php/chsanb/LMWeb/Image84.gif ]]
Rezistentne bakterije se učinku gikopeptidov lahko izognejo tako, da namesto zadnjega D-alanina v oligopeptide vgrajujejo D-laktat. Na takšne oligopeptide se glikopeptidi ne vežejo.

== Viri ==
*Kang H-K, Park Y. Glycopeptide Antibiotics: Structure and Mechanisms of Action. J Bacteriol Virol. 2015;45(2):67-78. http://synapse.koreamed.org/DOIx.php?id=10.4167%2Fjbv.2015.45.2.67.

*Höltje, J. V. Growth of the stress-bearing and shape-maintaining murein sacculus of Escherichia coli. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 181–203 (1998).

Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov

2017-05-14T22:12:19Z

Ajda Cafun: /* Delovanje glikopeptidnih antibiotikov */

== Sinteza bakterijske celične stene ==

Celična stena daje bakterijski celici trdnost in ščiti celično membrano pred poškodbami zaradi celičnega turgorja. V glavnem jo sestavlja polimer peptidoglikan, ki mu pravimo tudi murein. Po Gramu negativne bakterije imajo dve celični membrani, med katerima se v periplazemskem prostoru nahaja celična stena. Ta je široka od 7 nm do 8 nm in je sestavljena le iz nekaj plasti peptidoglikana. Po Gramu pozitivne bakterije nimajo dodatne zunanje celične membrane, celična stena, ki obdaja njihovo plazmalemo, pa je bolj debela. V širino meri od 20 nm do 80 nm, gradi pa jo lahko do 40 plasti peptidoglikana.

Peptidoglikan je zgrajen iz vzporednih sladkornih verig, povezanih preko oligopeptidov. V sladkornem ogrodju so izmenjujoče nanizani ostanki N-acetilglukozamina (NAG) in N-acetilmuraminske kisline (NAM), ki so povezani z β(1 → 4) glikozidno vezjo. Na D-laktilno skupino vsakega ostanka NAM je vezan tetrapeptid. Aminokisline v tem peptidu si sledijo po zaporedju: L-alanin, D-glutamin, 2,6-diaminopimelinska kislina (DAP) in D-alanin pri po Gramu negativnih bakterijah, pri po Gramu pozitivnih bakterijah pa je na tretjem mestu namesto DAP L-lizin. Pri po Gramu pozitivnih bakterijah ta povezava ni direktna, ampak poteka preko peptidnih mostičkov, ki so ponavadi sestavljeni iz petih zaporednih glicinskih ostankov.

Pri sintezi celične stene se sestavni elementi peptidoglikana izgradijo v citosolu, nato pa se prenesejo v periplazmo, kjer se povežejo med seboj. Na začetku se na molekulo NAM postopoma pripne 5 aminokislinskih ostankov. Prvi štirje si sledijo po prej navedenem zaporedju, kot peti pa je pripet še en dodaten D-alanin. Nastala molekula se nato preko NAM pripne na lipid C55-izoprenil pirofosfat, imenovan tudi baktrofenil, ki se nahaja v proti citosolu usmerjeni polovici celične membrane. Z NAM se v naslednjem koraku poveže NAG, na peptidni del pa se lahko doda še povezovalni glicinski mostiček. Celotna molekula se sedaj iz notranje polovice lipidnega dvosloja ob pomoči flipaze FtsW prestavi v zunanjo polovico, tako da sladkorno-peptidni del gleda v periplazemski prostor.
V periplazmi poteka povezovanje peptidoglikanskih enot s pomočjo transglikozilaz in transpeptidaz, ki jih z nadpomenko imenujemo penicilin-vezavni proteini (PBP). Transglikozilaza prepozna na lipidno komponento vezan peptidoglikanski prekurzor in poveže četrti C-atom ostanka NAG na prekurzorju s prvim C-atomom NAM, ki se nahaja na koncu izgrajujoče peptidoglikanske verige. Pri tem nastane β(1 → 4) vez, baktrofenil pa se odcepi in prenese nazaj v notranjo polovico fosfolipidnega dvosloja, kjer je pripravljen na sprejem novega prekurzorja. Sedaj se morajo oligopeptidi še prečno povezati, kar katalizira transpeptidaza. Encim odcepi končni D-alanin s pentapeptida na prekurzorju in D-alanin na preostalem tetrapeptidu poveže s tretjim aminokislinskim ostankom v sosednjem tetrapeptidu, bodisi direktno, bodisi preko vmesnega glicinskega mostička.

Bakterije lahko lastno celično steno tudi razgrajujejo. Pri tem sodelujejo avtolizini, ki so potrebni za obnavljanje in spreminjanje oblike celične stene, ter regulacijo njene rasti. Procesa izgrajevanja in razgrajevanja sta uravnotežena, ob določenih pogojih pa avtolizini sprožijo intenzivnejšo razgradnjo stene, ki vodi v celično lizo. Ta je lahko tudi posledica delovanja antibiotikov.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov ==

Betalaktamski antibiotiki, med katere spadajo penicilini, cefalosporini, karbapeni (v množini pisani zato, ker obstaja več različnih modifikacij vsakega antibiotika) in drugi, so učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji proteinov, ki vežejo penicilin. Potrebno je izpostaviti, da omenjene učinkovine ne delujejo na vse PBP, kar bi lahko sklepali iz imena teh proteinov, temveč na tiste, ki sodelujejo pri zadnjem koraku izgradnje celične stene, torej povezovanju peptidnih enot glikoproteinov. Z inhibicijo tega koraka vodijo celico v celično smrt. Delujejo tako na po Gramu pozitivne, kot tudi na po Gramu negativne bakterije. V večini primerov β-laktami inducirajo celično smrt prek razgradnje celične stene, obstajajo pa tudi primeri drugačnih mehanizmov celične smrti. Glavni tarčni protein β-laktamov, katerega inhibicija v največji meri pripomore k celični smrti, je DD-transpeptidaza, ki katalizira zadnji korak izgradnje celične stene, povezovanje dveh peptidnih verig. Encim ima v aktivnem mestu serinski ostanek, ki se kovalentno poveže s četrtim ostankom pentapeptida D-Ala, ob tem pa končni D-Ala izstopi iz peptidne verige. Na tako nastali acil-encim, se nato na končni D-Ala veže druga peptidna veriga preko L-lizinskega ali DAP ostanka na tretjem mestu. Povezani peptidni verigi izstopita iz aktivnega mesta encima. Tako je katalizirana povezava, ki zagotavlja čvrstost celične stene.

Z razumevanjem mehanizma katalitične aktivnosti omenjenega PBP, lahko razumemo, zakaj so betalaktamski antibiotiki njihovi uspešni inhibitorji. Kot že ime pove, je ključna in skupna lastnost učinkovin β-laktamski obroč. Gre za štiričlenski obroč, ki vsebuje en dušikov atom, na enega od treh ogljikovih atomov pa je vezana karbonilna skupina. Pogosto je na β-laktamski obroč vezan še en obroč, kar poveča afiniteto njegove vezave v aktivno mesto encima. Penicilini na primer vsebujejo dodaten 5-členski obroč, cefalosporini pa 6-členski obroč. Oba dodatna obroča vsebujeta po en elektronegativen žveplov atom. Molekula β-laktama zaradi strukturne podobnosti s končnim delom pentapeptida D-Ala-D-Ala, ki je naravni substrat DD-peptidaz, posnema njegovo vezavo v aktivno mesto, pri čemer pa ima zaradi že omenjenih strukturnih lastnosti večjo afiniteto za vezavo. [[slika: http://tmedweb.tulane.edu/pharmwiki/lib/exe/fetch.php/betalactam_structure.png?w=600&tok=54cff1 ]]
Za razliko od naravnega substrat, ki z vezavo na aktivni serin omogoča izstop končnega ostanka iz pentapeptida, pa po vezavi β-laktamskega obroča ni možen izstop dela molekule, saj je elektrofilni C-atom, na katerega se -OH skupina serina veže, del obroča. Molekula ostane tako kovalentno vezana na aktivno mesto, ki s tem ni več zmožno opravljati svoje katalitične funkcije.

Različni betalaktamski antibiotiki imajo različne afinitete do enega ali več PBP, zato sprožijo različne morfološke spremembe bakterije. Proteini, ki spadajo v skupino PBP1, med drugim DD-transpeptidaza, vplivajo na elongacijo celice in njihova inhibicija v največji meri pripomore k lizi celične stene. Inhibicija PBP3 proteinov, ki vplivajo na celično delitev, povzroči filamentacijo celice, kar pomeni abnormalno elongacijo, pri čemer se celica ne deli. Inhibicija proteinov PBP3 je povezana z lizo, vendar v manjši meri kot inhibicija proteinov PBP1. Inhibicija proteinov PBP2, ki skrbijo za obliko celice, ne vodi v lizo celične stene. Ker je za lizo poleg inhibicije izgradnje celične stene potrebna tudi njena razgradnja s strani avtolizinov, so znanstveniki potrdili, da delovanje inhibitorjev proteinov PBP1 v največji meri spodbudi delovanje avtolizinov, delovanje inhibitorjev proteinov PBP2 pa v najmanjši meri.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== ¸Mehanizem delovanje glikopeptidnih antibiotikov ==
Glikopeptidi so glikozilirani neribosomski peptidi, ki delujejo kot sterični inhibitorji zorenja peptidoglikanov grampozitivnih bakterij. Inhibirajo lahko delovanje dveh encimov, in sicer transglikozilaze in transpeptidaze. Ta inhibicija ne poteka preko vezave na encim, pač pa se glikopeptidi namesto tega vežejo na substrat omenjenih encimov, peptidoglikan, natančneje na njihov oligopeptidni del. Vezani glikopeptidi predstavljajo sterično oviro in encimoma preprečujejo dostop do peptidoglikana. Na ta način preprečujejo ustrezno povezovanje peptidoglikana. Posledično je inhibirana rast, smrt pa po navadi povzroči povečan tlak, ki nastane zaradi nezadostno povezanega peptidoglikana. Pride do osmotske lize. [[slika: http://4.bp.blogspot.com/-aMRnL9j_6ZY/UfVm0sjiUYI/AAAAAAAAA50/nvP133cuItU/s1600/transpeptidase-07.png ]]

Inhibicija preko vezave na substrat je mogoča zaradi posebne strukture glikopeptidov. Sestavljeni so iz osrednjega heptapeptida, ki ga tvorijo pretežno aromatske aminokisline. Na heptapeptidno ogrodje so vezane različne skupine, najpogosteje sladkorni ostanki, kloridni atomi in lipidne verige. Število aromatskih aminokislin v heptapetidu se med posameznimi glikopeptidi lahko razlikuje. V precej poznanem peptidnem antibiotiku, vankomicinu, je aromatskih aminokslin 5, medtem ko jih je v teikoplaninu 7. Aromatske aminokisline v osrednjem peptidu so oksidativno prečno povezane. Prečne povezave tvorijo posebno strukturno konformacijo, »čeljust«, v katero se vežejo peptidni deli peptidoglikana. [[slika: https://www.researchgate.net/figure/50893040_fig6_Figure-1-Chemical-structures-of-Type-I-1-vancomycin-2-balhimycin-and-Type-IV-3 ]]

Glikopeptidi se s čeljustmi vežejo na C-konce peptidoglikana, ki so ključni za tvorbo kompleksa transglikozilaza-peptidoglikan ali transpeptidaza-peptidoglikan. V splošnem glikopeptidi prepoznajo skupine aminokislin s stereokemijsko konformacijo -L-D-D, najmanjša enota, na katero se lahko vežejo, pa je -D-ala-D-ala. Za C-konce nastajajoče konce peptidoglikana, je značilno zaporedje L-lys-D-ala-D-ala, preko katerega transglikozilaza poveže dve peptidoglikanski enoti, transpeptidaza pa preko njega nove peptide vgrajuje v celično steno. Glikopeptidi z zaporedjem –D-ala-D-ala v peptidnem delu peptidoglikana tvorijo vodikove vezi in se na ta način, kljub svoji siceršnji rigidnosti, ovijejo okoli peptidoglikana, kar preprečuje vezavo encimov. Vodikove vezi po navadi nastanejo med C-končno karboksilno skupino motiva -D-ala-D-ala in amidnimi skupinami aminokislin iz heptapeptidnega ogrodja glikopeptidov. Mogoč je tudi nastanek vodikove vezi med aminsko skupino končnega alanina v motivu –D-ala-D-ala in kisikom karbonilne skupine osrednjega peptida. [[slika: http://offset.peczuh.uconn.edu/wp-content/uploads/sites/240/2015/08/b100912p-f2.gif. ]]

Večina glikopeptidnih antibiotikov lahko preko tvorbe vodikovih vezi tudi homodimerizira. Takšna homodimerizacija je skoraj vedno, izjema je le rizocitin, kooperativna z vezavo na zaporedje -D-ala-D-ala. Kooperativnost naj bi bila posledica tega, da vezava peptidoglikana v strukturo glikopeptida uvede simetrijo, ki omogoči tvorbo več intramolekularnih vezi. Slednje spremenijo konformacijo glikopeptida tako, da tesneje ovije peptid in tvori nove vezi. Dimerizacija predstavlja tudi večjo sterično oviro za transpeptidazo in transglikozilazo. Glikopeptidni antibiotiki, ki imajo večjo tandenco za dimerizacijo, so načeloma učinkovitejši.
Teikoplanin je najbolj znan antibiotik iz družine glikopeptidov, ki ne tvori homodimerov. Kljub temu je njegovo delovanje zelo učinkovito, saj vsebuje dodatno vezano N-subsituirano maščobnokislinsko stransko verigo. Ta je vezana preko glukozaminskega ostanka, ki je vezan na 4. aminokislino osrednjega heptapeptida. Iz tega je jasno razvidno, da na učinkovitost antibiotika vplivajo tudi njegove stranske skupine. Hidrofobne stranske verige v splošnem omogočajo boljšo lokalizacijo in sidranje antibiotika na tarčno mesto, še pomembneje pa je, da omogočajo precej močne intramolekularne interakcije, katerih vpliv je pojasnjen nekoliko višje v besedilu. [[slika: http://www.hull.ac.uk/php/chsanb/LMWeb/Image84.gif ]]
Rezistentne bakterije se učinku gikopeptidov lahko izognejo tako, da namesto zadnjega D-alanina v oligopeptide vgrajujejo D-laktat. Na takšne oligopeptide se glikopeptidi ne vežejo.

== Viri ==
*Kang H-K, Park Y. Glycopeptide Antibiotics: Structure and Mechanisms of Action. J Bacteriol Virol. 2015;45(2):67-78. http://synapse.koreamed.org/DOIx.php?id=10.4167%2Fjbv.2015.45.2.67.

*Höltje, J. V. Growth of the stress-bearing and shape-maintaining murein sacculus of Escherichia coli. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 181–203 (1998).

Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov

2017-05-14T22:11:08Z

Ajda Cafun: /* Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov */

== Sinteza bakterijske celične stene ==

Celična stena daje bakterijski celici trdnost in ščiti celično membrano pred poškodbami zaradi celičnega turgorja. V glavnem jo sestavlja polimer peptidoglikan, ki mu pravimo tudi murein. Po Gramu negativne bakterije imajo dve celični membrani, med katerima se v periplazemskem prostoru nahaja celična stena. Ta je široka od 7 nm do 8 nm in je sestavljena le iz nekaj plasti peptidoglikana. Po Gramu pozitivne bakterije nimajo dodatne zunanje celične membrane, celična stena, ki obdaja njihovo plazmalemo, pa je bolj debela. V širino meri od 20 nm do 80 nm, gradi pa jo lahko do 40 plasti peptidoglikana.

Peptidoglikan je zgrajen iz vzporednih sladkornih verig, povezanih preko oligopeptidov. V sladkornem ogrodju so izmenjujoče nanizani ostanki N-acetilglukozamina (NAG) in N-acetilmuraminske kisline (NAM), ki so povezani z β(1 → 4) glikozidno vezjo. Na D-laktilno skupino vsakega ostanka NAM je vezan tetrapeptid. Aminokisline v tem peptidu si sledijo po zaporedju: L-alanin, D-glutamin, 2,6-diaminopimelinska kislina (DAP) in D-alanin pri po Gramu negativnih bakterijah, pri po Gramu pozitivnih bakterijah pa je na tretjem mestu namesto DAP L-lizin. Pri po Gramu pozitivnih bakterijah ta povezava ni direktna, ampak poteka preko peptidnih mostičkov, ki so ponavadi sestavljeni iz petih zaporednih glicinskih ostankov.

Pri sintezi celične stene se sestavni elementi peptidoglikana izgradijo v citosolu, nato pa se prenesejo v periplazmo, kjer se povežejo med seboj. Na začetku se na molekulo NAM postopoma pripne 5 aminokislinskih ostankov. Prvi štirje si sledijo po prej navedenem zaporedju, kot peti pa je pripet še en dodaten D-alanin. Nastala molekula se nato preko NAM pripne na lipid C55-izoprenil pirofosfat, imenovan tudi baktrofenil, ki se nahaja v proti citosolu usmerjeni polovici celične membrane. Z NAM se v naslednjem koraku poveže NAG, na peptidni del pa se lahko doda še povezovalni glicinski mostiček. Celotna molekula se sedaj iz notranje polovice lipidnega dvosloja ob pomoči flipaze FtsW prestavi v zunanjo polovico, tako da sladkorno-peptidni del gleda v periplazemski prostor.
V periplazmi poteka povezovanje peptidoglikanskih enot s pomočjo transglikozilaz in transpeptidaz, ki jih z nadpomenko imenujemo penicilin-vezavni proteini (PBP). Transglikozilaza prepozna na lipidno komponento vezan peptidoglikanski prekurzor in poveže četrti C-atom ostanka NAG na prekurzorju s prvim C-atomom NAM, ki se nahaja na koncu izgrajujoče peptidoglikanske verige. Pri tem nastane β(1 → 4) vez, baktrofenil pa se odcepi in prenese nazaj v notranjo polovico fosfolipidnega dvosloja, kjer je pripravljen na sprejem novega prekurzorja. Sedaj se morajo oligopeptidi še prečno povezati, kar katalizira transpeptidaza. Encim odcepi končni D-alanin s pentapeptida na prekurzorju in D-alanin na preostalem tetrapeptidu poveže s tretjim aminokislinskim ostankom v sosednjem tetrapeptidu, bodisi direktno, bodisi preko vmesnega glicinskega mostička.

Bakterije lahko lastno celično steno tudi razgrajujejo. Pri tem sodelujejo avtolizini, ki so potrebni za obnavljanje in spreminjanje oblike celične stene, ter regulacijo njene rasti. Procesa izgrajevanja in razgrajevanja sta uravnotežena, ob določenih pogojih pa avtolizini sprožijo intenzivnejšo razgradnjo stene, ki vodi v celično lizo. Ta je lahko tudi posledica delovanja antibiotikov.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov ==

Betalaktamski antibiotiki, med katere spadajo penicilini, cefalosporini, karbapeni (v množini pisani zato, ker obstaja več različnih modifikacij vsakega antibiotika) in drugi, so učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji proteinov, ki vežejo penicilin. Potrebno je izpostaviti, da omenjene učinkovine ne delujejo na vse PBP, kar bi lahko sklepali iz imena teh proteinov, temveč na tiste, ki sodelujejo pri zadnjem koraku izgradnje celične stene, torej povezovanju peptidnih enot glikoproteinov. Z inhibicijo tega koraka vodijo celico v celično smrt. Delujejo tako na po Gramu pozitivne, kot tudi na po Gramu negativne bakterije. V večini primerov β-laktami inducirajo celično smrt prek razgradnje celične stene, obstajajo pa tudi primeri drugačnih mehanizmov celične smrti. Glavni tarčni protein β-laktamov, katerega inhibicija v največji meri pripomore k celični smrti, je DD-transpeptidaza, ki katalizira zadnji korak izgradnje celične stene, povezovanje dveh peptidnih verig. Encim ima v aktivnem mestu serinski ostanek, ki se kovalentno poveže s četrtim ostankom pentapeptida D-Ala, ob tem pa končni D-Ala izstopi iz peptidne verige. Na tako nastali acil-encim, se nato na končni D-Ala veže druga peptidna veriga preko L-lizinskega ali DAP ostanka na tretjem mestu. Povezani peptidni verigi izstopita iz aktivnega mesta encima. Tako je katalizirana povezava, ki zagotavlja čvrstost celične stene.

Z razumevanjem mehanizma katalitične aktivnosti omenjenega PBP, lahko razumemo, zakaj so betalaktamski antibiotiki njihovi uspešni inhibitorji. Kot že ime pove, je ključna in skupna lastnost učinkovin β-laktamski obroč. Gre za štiričlenski obroč, ki vsebuje en dušikov atom, na enega od treh ogljikovih atomov pa je vezana karbonilna skupina. Pogosto je na β-laktamski obroč vezan še en obroč, kar poveča afiniteto njegove vezave v aktivno mesto encima. Penicilini na primer vsebujejo dodaten 5-členski obroč, cefalosporini pa 6-členski obroč. Oba dodatna obroča vsebujeta po en elektronegativen žveplov atom. Molekula β-laktama zaradi strukturne podobnosti s končnim delom pentapeptida D-Ala-D-Ala, ki je naravni substrat DD-peptidaz, posnema njegovo vezavo v aktivno mesto, pri čemer pa ima zaradi že omenjenih strukturnih lastnosti večjo afiniteto za vezavo. [[slika: http://tmedweb.tulane.edu/pharmwiki/lib/exe/fetch.php/betalactam_structure.png?w=600&tok=54cff1 ]]
Za razliko od naravnega substrat, ki z vezavo na aktivni serin omogoča izstop končnega ostanka iz pentapeptida, pa po vezavi β-laktamskega obroča ni možen izstop dela molekule, saj je elektrofilni C-atom, na katerega se -OH skupina serina veže, del obroča. Molekula ostane tako kovalentno vezana na aktivno mesto, ki s tem ni več zmožno opravljati svoje katalitične funkcije.

Različni betalaktamski antibiotiki imajo različne afinitete do enega ali več PBP, zato sprožijo različne morfološke spremembe bakterije. Proteini, ki spadajo v skupino PBP1, med drugim DD-transpeptidaza, vplivajo na elongacijo celice in njihova inhibicija v največji meri pripomore k lizi celične stene. Inhibicija PBP3 proteinov, ki vplivajo na celično delitev, povzroči filamentacijo celice, kar pomeni abnormalno elongacijo, pri čemer se celica ne deli. Inhibicija proteinov PBP3 je povezana z lizo, vendar v manjši meri kot inhibicija proteinov PBP1. Inhibicija proteinov PBP2, ki skrbijo za obliko celice, ne vodi v lizo celične stene. Ker je za lizo poleg inhibicije izgradnje celične stene potrebna tudi njena razgradnja s strani avtolizinov, so znanstveniki potrdili, da delovanje inhibitorjev proteinov PBP1 v največji meri spodbudi delovanje avtolizinov, delovanje inhibitorjev proteinov PBP2 pa v najmanjši meri.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Delovanje glikopeptidnih antibiotikov ==
Glikopeptidi so glikozilirani neribosomski peptidi, ki delujejo kot sterični inhibitorji zorenja peptidoglikanov grampozitivnih bakterij. Inhibirajo lahko delovanje dveh encimov, in sicer transglikozilaze in transpeptidaze. Ta inhibicija ne poteka preko vezave na encim, pač pa se glikopeptidi namesto tega vežejo na substrat omenjenih encimov, peptidoglikan, natančneje na njihov oligopeptidni del. Vezani glikopeptidi predstavljajo sterično oviro in encimoma preprečujejo dostop do peptidoglikana. Na ta način preprečujejo ustrezno povezovanje peptidoglikana. Posledično je inhibirana rast, smrt pa po navadi povzroči povečan tlak, ki nastane zaradi nezadostno povezanega peptidoglikana. Pride do osmotske lize. [[slika: http://4.bp.blogspot.com/-aMRnL9j_6ZY/UfVm0sjiUYI/AAAAAAAAA50/nvP133cuItU/s1600/transpeptidase-07.png ]]

Inhibicija preko vezave na substrat je mogoča zaradi posebne strukture glikopeptidov. Sestavljeni so iz osrednjega heptapeptida, ki ga tvorijo pretežno aromatske aminokisline. Na heptapeptidno ogrodje so vezane različne skupine, najpogosteje sladkorni ostanki, kloridni atomi in lipidne verige. Število aromatskih aminokislin v heptapetidu se med posameznimi glikopeptidi lahko razlikuje. V precej poznanem peptidnem antibiotiku, vankomicinu, je aromatskih aminokslin 5, medtem ko jih je v teikoplaninu 7. Aromatske aminokisline v osrednjem peptidu so oksidativno prečno povezane. Prečne povezave tvorijo posebno strukturno konformacijo, »čeljust«, v katero se vežejo peptidni deli peptidoglikana. [[slika: https://www.researchgate.net/figure/50893040_fig6_Figure-1-Chemical-structures-of-Type-I-1-vancomycin-2-balhimycin-and-Type-IV-3 ]]

Glikopeptidi se s čeljustmi vežejo na C-konce peptidoglikana, ki so ključni za tvorbo kompleksa transglikozilaza-peptidoglikan ali transpeptidaza-peptidoglikan. V splošnem glikopeptidi prepoznajo skupine aminokislin s stereokemijsko konformacijo -L-D-D, najmanjša enota, na katero se lahko vežejo, pa je -D-ala-D-ala. Za C-konce nastajajoče konce peptidoglikana, je značilno zaporedje L-lys-D-ala-D-ala, preko katerega transglikozilaza poveže dve peptidoglikanski enoti, transpeptidaza pa preko njega nove peptide vgrajuje v celično steno. Glikopeptidi z zaporedjem –D-ala-D-ala v peptidnem delu peptidoglikana tvorijo vodikove vezi in se na ta način, kljub svoji siceršnji rigidnosti, ovijejo okoli peptidoglikana, kar preprečuje vezavo encimov. Vodikove vezi po navadi nastanejo med C-končno karboksilno skupino motiva -D-ala-D-ala in amidnimi skupinami aminokislin iz heptapeptidnega ogrodja glikopeptidov. Mogoč je tudi nastanek vodikove vezi med aminsko skupino končnega alanina v motivu –D-ala-D-ala in kisikom karbonilne skupine osrednjega peptida. [[slika: http://offset.peczuh.uconn.edu/wp-content/uploads/sites/240/2015/08/b100912p-f2.gif. ]]

Večina glikopeptidnih antibiotikov lahko preko tvorbe vodikovih vezi tudi homodimerizira. Takšna homodimerizacija je skoraj vedno, izjema je le rizocitin, kooperativna z vezavo na zaporedje -D-ala-D-ala. Kooperativnost naj bi bila posledica tega, da vezava peptidoglikana v strukturo glikopeptida uvede simetrijo, ki omogoči tvorbo več intramolekularnih vezi. Slednje spremenijo konformacijo glikopeptida tako, da tesneje ovije peptid in tvori nove vezi. Dimerizacija predstavlja tudi večjo sterično oviro za transpeptidazo in transglikozilazo. Glikopeptidni antibiotiki, ki imajo večjo tandenco za dimerizacijo, so načeloma učinkovitejši.
Teikoplanin je najbolj znan antibiotik iz družine glikopeptidov, ki ne tvori homodimerov. Kljub temu je njegovo delovanje zelo učinkovito, saj vsebuje dodatno vezano N-subsituirano maščobnokislinsko stransko verigo. Ta je vezana preko glukozaminskega ostanka, ki je vezan na 4. aminokislino osrednjega heptapeptida. Iz tega je jasno razvidno, da na učinkovitost antibiotika vplivajo tudi njegove stranske skupine. Hidrofobne stranske verige v splošnem omogočajo boljšo lokalizacijo in sidranje antibiotika na tarčno mesto, še pomembneje pa je, da omogočajo precej močne intramolekularne interakcije, katerih vpliv je pojasnjen nekoliko višje v besedilu. [[slika: http://www.hull.ac.uk/php/chsanb/LMWeb/Image84.gif ]]
Rezistentne bakterije se učinku gikopeptidov lahko izognejo tako, da namesto zadnjega D-alanina v oligopeptide vgrajujejo D-laktat. Na takšne oligopeptide se glikopeptidi ne vežejo.

== Viri ==
*Kang H-K, Park Y. Glycopeptide Antibiotics: Structure and Mechanisms of Action. J Bacteriol Virol. 2015;45(2):67-78. http://synapse.koreamed.org/DOIx.php?id=10.4167%2Fjbv.2015.45.2.67.

*Höltje, J. V. Growth of the stress-bearing and shape-maintaining murein sacculus of Escherichia coli. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 181–203 (1998).

Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov

2017-05-14T22:10:03Z

Ajda Cafun: /* Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov */

== Sinteza bakterijske celične stene ==

Celična stena daje bakterijski celici trdnost in ščiti celično membrano pred poškodbami zaradi celičnega turgorja. V glavnem jo sestavlja polimer peptidoglikan, ki mu pravimo tudi murein. Po Gramu negativne bakterije imajo dve celični membrani, med katerima se v periplazemskem prostoru nahaja celična stena. Ta je široka od 7 nm do 8 nm in je sestavljena le iz nekaj plasti peptidoglikana. Po Gramu pozitivne bakterije nimajo dodatne zunanje celične membrane, celična stena, ki obdaja njihovo plazmalemo, pa je bolj debela. V širino meri od 20 nm do 80 nm, gradi pa jo lahko do 40 plasti peptidoglikana.

Peptidoglikan je zgrajen iz vzporednih sladkornih verig, povezanih preko oligopeptidov. V sladkornem ogrodju so izmenjujoče nanizani ostanki N-acetilglukozamina (NAG) in N-acetilmuraminske kisline (NAM), ki so povezani z β(1 → 4) glikozidno vezjo. Na D-laktilno skupino vsakega ostanka NAM je vezan tetrapeptid. Aminokisline v tem peptidu si sledijo po zaporedju: L-alanin, D-glutamin, 2,6-diaminopimelinska kislina (DAP) in D-alanin pri po Gramu negativnih bakterijah, pri po Gramu pozitivnih bakterijah pa je na tretjem mestu namesto DAP L-lizin. Pri po Gramu pozitivnih bakterijah ta povezava ni direktna, ampak poteka preko peptidnih mostičkov, ki so ponavadi sestavljeni iz petih zaporednih glicinskih ostankov.

Pri sintezi celične stene se sestavni elementi peptidoglikana izgradijo v citosolu, nato pa se prenesejo v periplazmo, kjer se povežejo med seboj. Na začetku se na molekulo NAM postopoma pripne 5 aminokislinskih ostankov. Prvi štirje si sledijo po prej navedenem zaporedju, kot peti pa je pripet še en dodaten D-alanin. Nastala molekula se nato preko NAM pripne na lipid C55-izoprenil pirofosfat, imenovan tudi baktrofenil, ki se nahaja v proti citosolu usmerjeni polovici celične membrane. Z NAM se v naslednjem koraku poveže NAG, na peptidni del pa se lahko doda še povezovalni glicinski mostiček. Celotna molekula se sedaj iz notranje polovice lipidnega dvosloja ob pomoči flipaze FtsW prestavi v zunanjo polovico, tako da sladkorno-peptidni del gleda v periplazemski prostor.
V periplazmi poteka povezovanje peptidoglikanskih enot s pomočjo transglikozilaz in transpeptidaz, ki jih z nadpomenko imenujemo penicilin-vezavni proteini (PBP). Transglikozilaza prepozna na lipidno komponento vezan peptidoglikanski prekurzor in poveže četrti C-atom ostanka NAG na prekurzorju s prvim C-atomom NAM, ki se nahaja na koncu izgrajujoče peptidoglikanske verige. Pri tem nastane β(1 → 4) vez, baktrofenil pa se odcepi in prenese nazaj v notranjo polovico fosfolipidnega dvosloja, kjer je pripravljen na sprejem novega prekurzorja. Sedaj se morajo oligopeptidi še prečno povezati, kar katalizira transpeptidaza. Encim odcepi končni D-alanin s pentapeptida na prekurzorju in D-alanin na preostalem tetrapeptidu poveže s tretjim aminokislinskim ostankom v sosednjem tetrapeptidu, bodisi direktno, bodisi preko vmesnega glicinskega mostička.

Bakterije lahko lastno celično steno tudi razgrajujejo. Pri tem sodelujejo avtolizini, ki so potrebni za obnavljanje in spreminjanje oblike celične stene, ter regulacijo njene rasti. Procesa izgrajevanja in razgrajevanja sta uravnotežena, ob določenih pogojih pa avtolizini sprožijo intenzivnejšo razgradnjo stene, ki vodi v celično lizo. Ta je lahko tudi posledica delovanja antibiotikov.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov ==

Betalaktamski antibiotiki, med katere spadajo penicilini, cefalosporini, karbapeni (v množini pisani zato, ker obstaja več različnih modifikacij vsakega antibiotika) in drugi, so učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji proteinov, ki vežejo penicilin. Potrebno je izpostaviti, da omenjene učinkovine ne delujejo na vse PBP, kar bi lahko sklepali iz imena teh proteinov, temveč na tiste, ki sodelujejo pri zadnjem koraku izgradnje celične stene, torej povezovanju peptidnih enot glikoproteinov. Z inhibicijo tega koraka vodijo celico v celično smrt. Delujejo tako na po Gramu pozitivne, kot tudi na po Gramu negativne bakterije. V večini primerov β-laktami inducirajo celično smrt prek razgradnje celične stene, obstajajo pa tudi primeri drugačnih mehanizmov celične smrti. Glavni tarčni protein β-laktamov, katerega inhibicija v največji meri pripomore k celični smrti, je DD-transpeptidaza, ki katalizira zadnji korak izgradnje celične stene, povezovanje dveh peptidnih verig. Encim ima v aktivnem mestu serinski ostanek, ki se kovalentno poveže s četrtim ostankom pentapeptida D-Ala, ob tem pa končni D-Ala izstopi iz peptidne verige. Na tako nastali acil-encim, se nato na končni D-Ala veže druga peptidna veriga preko L-lizinskega ali DAP ostanka na tretjem mestu. Povezani peptidni verigi izstopita iz aktivnega mesta encima. Tako je katalizirana povezava, ki zagotavlja čvrstost celične stene.

Z razumevanjem mehanizma katalitične aktivnosti omenjenega PBP, lahko razumemo, zakaj so betalaktamski antibiotiki njihovi uspešni inhibitorji. Kot že ime pove, je ključna in skupna lastnost učinkovin β-laktamski obroč. Gre za štiričlenski obroč, ki vsebuje en dušikov atom, na enega od treh ogljikovih atomov pa je vezana karbonilna skupina. Pogosto je na β-laktamski obroč vezan še en obroč, kar poveča afiniteto njegove vezave v aktivno mesto encima. Penicilini na primer vsebujejo dodaten 5-členski obroč, cefalosporini pa 6-členski obroč. Oba dodatna obroča vsebujeta po en elektronegativen žveplov atom. Molekula β-laktama zaradi strukturne podobnosti s končnim delom pentapeptida D-Ala-D-Ala, ki je naravni substrat DD-peptidaz, posnema njegovo vezavo v aktivno mesto, pri čemer pa ima zaradi že omenjenih strukturnih lastnosti večjo afiniteto za vezavo. [[slika: https://www.researchgate.net/figure/50893040_fig6_Figure-1-Chemical-structures-of-Type-I-1-vancomycin-2-balhimycin-and-Type-IV-3 ]]
Za razliko od naravnega substrat, ki z vezavo na aktivni serin omogoča izstop končnega ostanka iz pentapeptida, pa po vezavi β-laktamskega obroča ni možen izstop dela molekule, saj je elektrofilni C-atom, na katerega se -OH skupina serina veže, del obroča. Molekula ostane tako kovalentno vezana na aktivno mesto, ki s tem ni več zmožno opravljati svoje katalitične funkcije.

Različni betalaktamski antibiotiki imajo različne afinitete do enega ali več PBP, zato sprožijo različne morfološke spremembe bakterije. Proteini, ki spadajo v skupino PBP1, med drugim DD-transpeptidaza, vplivajo na elongacijo celice in njihova inhibicija v največji meri pripomore k lizi celične stene. Inhibicija PBP3 proteinov, ki vplivajo na celično delitev, povzroči filamentacijo celice, kar pomeni abnormalno elongacijo, pri čemer se celica ne deli. Inhibicija proteinov PBP3 je povezana z lizo, vendar v manjši meri kot inhibicija proteinov PBP1. Inhibicija proteinov PBP2, ki skrbijo za obliko celice, ne vodi v lizo celične stene. Ker je za lizo poleg inhibicije izgradnje celične stene potrebna tudi njena razgradnja s strani avtolizinov, so znanstveniki potrdili, da delovanje inhibitorjev proteinov PBP1 v največji meri spodbudi delovanje avtolizinov, delovanje inhibitorjev proteinov PBP2 pa v najmanjši meri.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Delovanje glikopeptidnih antibiotikov ==
Glikopeptidi so glikozilirani neribosomski peptidi, ki delujejo kot sterični inhibitorji zorenja peptidoglikanov grampozitivnih bakterij. Inhibirajo lahko delovanje dveh encimov, in sicer transglikozilaze in transpeptidaze. Ta inhibicija ne poteka preko vezave na encim, pač pa se glikopeptidi namesto tega vežejo na substrat omenjenih encimov, peptidoglikan, natančneje na njihov oligopeptidni del. Vezani glikopeptidi predstavljajo sterično oviro in encimoma preprečujejo dostop do peptidoglikana. Na ta način preprečujejo ustrezno povezovanje peptidoglikana. Posledično je inhibirana rast, smrt pa po navadi povzroči povečan tlak, ki nastane zaradi nezadostno povezanega peptidoglikana. Pride do osmotske lize. [[slika: http://4.bp.blogspot.com/-aMRnL9j_6ZY/UfVm0sjiUYI/AAAAAAAAA50/nvP133cuItU/s1600/transpeptidase-07.png ]]

Inhibicija preko vezave na substrat je mogoča zaradi posebne strukture glikopeptidov. Sestavljeni so iz osrednjega heptapeptida, ki ga tvorijo pretežno aromatske aminokisline. Na heptapeptidno ogrodje so vezane različne skupine, najpogosteje sladkorni ostanki, kloridni atomi in lipidne verige. Število aromatskih aminokislin v heptapetidu se med posameznimi glikopeptidi lahko razlikuje. V precej poznanem peptidnem antibiotiku, vankomicinu, je aromatskih aminokslin 5, medtem ko jih je v teikoplaninu 7. Aromatske aminokisline v osrednjem peptidu so oksidativno prečno povezane. Prečne povezave tvorijo posebno strukturno konformacijo, »čeljust«, v katero se vežejo peptidni deli peptidoglikana. [[slika: https://www.researchgate.net/figure/50893040_fig6_Figure-1-Chemical-structures-of-Type-I-1-vancomycin-2-balhimycin-and-Type-IV-3 ]]

Glikopeptidi se s čeljustmi vežejo na C-konce peptidoglikana, ki so ključni za tvorbo kompleksa transglikozilaza-peptidoglikan ali transpeptidaza-peptidoglikan. V splošnem glikopeptidi prepoznajo skupine aminokislin s stereokemijsko konformacijo -L-D-D, najmanjša enota, na katero se lahko vežejo, pa je -D-ala-D-ala. Za C-konce nastajajoče konce peptidoglikana, je značilno zaporedje L-lys-D-ala-D-ala, preko katerega transglikozilaza poveže dve peptidoglikanski enoti, transpeptidaza pa preko njega nove peptide vgrajuje v celično steno. Glikopeptidi z zaporedjem –D-ala-D-ala v peptidnem delu peptidoglikana tvorijo vodikove vezi in se na ta način, kljub svoji siceršnji rigidnosti, ovijejo okoli peptidoglikana, kar preprečuje vezavo encimov. Vodikove vezi po navadi nastanejo med C-končno karboksilno skupino motiva -D-ala-D-ala in amidnimi skupinami aminokislin iz heptapeptidnega ogrodja glikopeptidov. Mogoč je tudi nastanek vodikove vezi med aminsko skupino končnega alanina v motivu –D-ala-D-ala in kisikom karbonilne skupine osrednjega peptida. [[slika: http://offset.peczuh.uconn.edu/wp-content/uploads/sites/240/2015/08/b100912p-f2.gif. ]]

Večina glikopeptidnih antibiotikov lahko preko tvorbe vodikovih vezi tudi homodimerizira. Takšna homodimerizacija je skoraj vedno, izjema je le rizocitin, kooperativna z vezavo na zaporedje -D-ala-D-ala. Kooperativnost naj bi bila posledica tega, da vezava peptidoglikana v strukturo glikopeptida uvede simetrijo, ki omogoči tvorbo več intramolekularnih vezi. Slednje spremenijo konformacijo glikopeptida tako, da tesneje ovije peptid in tvori nove vezi. Dimerizacija predstavlja tudi večjo sterično oviro za transpeptidazo in transglikozilazo. Glikopeptidni antibiotiki, ki imajo večjo tandenco za dimerizacijo, so načeloma učinkovitejši.
Teikoplanin je najbolj znan antibiotik iz družine glikopeptidov, ki ne tvori homodimerov. Kljub temu je njegovo delovanje zelo učinkovito, saj vsebuje dodatno vezano N-subsituirano maščobnokislinsko stransko verigo. Ta je vezana preko glukozaminskega ostanka, ki je vezan na 4. aminokislino osrednjega heptapeptida. Iz tega je jasno razvidno, da na učinkovitost antibiotika vplivajo tudi njegove stranske skupine. Hidrofobne stranske verige v splošnem omogočajo boljšo lokalizacijo in sidranje antibiotika na tarčno mesto, še pomembneje pa je, da omogočajo precej močne intramolekularne interakcije, katerih vpliv je pojasnjen nekoliko višje v besedilu. [[slika: http://www.hull.ac.uk/php/chsanb/LMWeb/Image84.gif ]]
Rezistentne bakterije se učinku gikopeptidov lahko izognejo tako, da namesto zadnjega D-alanina v oligopeptide vgrajujejo D-laktat. Na takšne oligopeptide se glikopeptidi ne vežejo.

== Viri ==
*Kang H-K, Park Y. Glycopeptide Antibiotics: Structure and Mechanisms of Action. J Bacteriol Virol. 2015;45(2):67-78. http://synapse.koreamed.org/DOIx.php?id=10.4167%2Fjbv.2015.45.2.67.

*Höltje, J. V. Growth of the stress-bearing and shape-maintaining murein sacculus of Escherichia coli. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 181–203 (1998).

Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov

2017-05-14T21:51:09Z

Ajda Cafun: /* Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov */

== Sinteza bakterijske celične stene ==

Celična stena daje bakterijski celici trdnost in ščiti celično membrano pred poškodbami zaradi celičnega turgorja. V glavnem jo sestavlja polimer peptidoglikan, ki mu pravimo tudi murein. Po Gramu negativne bakterije imajo dve celični membrani, med katerima se v periplazemskem prostoru nahaja celična stena. Ta je široka od 7 nm do 8 nm in je sestavljena le iz nekaj plasti peptidoglikana. Po Gramu pozitivne bakterije nimajo dodatne zunanje celične membrane, celična stena, ki obdaja njihovo plazmalemo, pa je bolj debela. V širino meri od 20 nm do 80 nm, gradi pa jo lahko do 40 plasti peptidoglikana.

Peptidoglikan je zgrajen iz vzporednih sladkornih verig, povezanih preko oligopeptidov. V sladkornem ogrodju so izmenjujoče nanizani ostanki N-acetilglukozamina (NAG) in N-acetilmuraminske kisline (NAM), ki so povezani z β(1 → 4) glikozidno vezjo. Na D-laktilno skupino vsakega ostanka NAM je vezan tetrapeptid. Aminokisline v tem peptidu si sledijo po zaporedju: L-alanin, D-glutamin, 2,6-diaminopimelinska kislina (DAP) in D-alanin pri po Gramu negativnih bakterijah, pri po Gramu pozitivnih bakterijah pa je na tretjem mestu namesto DAP L-lizin. Pri po Gramu pozitivnih bakterijah ta povezava ni direktna, ampak poteka preko peptidnih mostičkov, ki so ponavadi sestavljeni iz petih zaporednih glicinskih ostankov.

Pri sintezi celične stene se sestavni elementi peptidoglikana izgradijo v citosolu, nato pa se prenesejo v periplazmo, kjer se povežejo med seboj. Na začetku se na molekulo NAM postopoma pripne 5 aminokislinskih ostankov. Prvi štirje si sledijo po prej navedenem zaporedju, kot peti pa je pripet še en dodaten D-alanin. Nastala molekula se nato preko NAM pripne na lipid C55-izoprenil pirofosfat, imenovan tudi baktrofenil, ki se nahaja v proti citosolu usmerjeni polovici celične membrane. Z NAM se v naslednjem koraku poveže NAG, na peptidni del pa se lahko doda še povezovalni glicinski mostiček. Celotna molekula se sedaj iz notranje polovice lipidnega dvosloja ob pomoči flipaze FtsW prestavi v zunanjo polovico, tako da sladkorno-peptidni del gleda v periplazemski prostor.
V periplazmi poteka povezovanje peptidoglikanskih enot s pomočjo transglikozilaz in transpeptidaz, ki jih z nadpomenko imenujemo penicilin-vezavni proteini (PBP). Transglikozilaza prepozna na lipidno komponento vezan peptidoglikanski prekurzor in poveže četrti C-atom ostanka NAG na prekurzorju s prvim C-atomom NAM, ki se nahaja na koncu izgrajujoče peptidoglikanske verige. Pri tem nastane β(1 → 4) vez, baktrofenil pa se odcepi in prenese nazaj v notranjo polovico fosfolipidnega dvosloja, kjer je pripravljen na sprejem novega prekurzorja. Sedaj se morajo oligopeptidi še prečno povezati, kar katalizira transpeptidaza. Encim odcepi končni D-alanin s pentapeptida na prekurzorju in D-alanin na preostalem tetrapeptidu poveže s tretjim aminokislinskim ostankom v sosednjem tetrapeptidu, bodisi direktno, bodisi preko vmesnega glicinskega mostička.

Bakterije lahko lastno celično steno tudi razgrajujejo. Pri tem sodelujejo avtolizini, ki so potrebni za obnavljanje in spreminjanje oblike celične stene, ter regulacijo njene rasti. Procesa izgrajevanja in razgrajevanja sta uravnotežena, ob določenih pogojih pa avtolizini sprožijo intenzivnejšo razgradnjo stene, ki vodi v celično lizo. Ta je lahko tudi posledica delovanja antibiotikov.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov ==

Betalaktamski antibiotiki, med katere spadajo penicilini, cefalosporini, karbapeni (v množini pisani zato, ker obstaja več različnih modifikacij vsakega antibiotika) in drugi, so učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji proteinov, ki vežejo penicilin. Potrebno je izpostaviti, da omenjene učinkovine ne delujejo na vse PBP, kar bi lahko sklepali iz imena teh proteinov, temveč na tiste, ki sodelujejo pri zadnjem koraku izgradnje celične stene, torej povezovanju peptidnih enot glikoproteinov. Z inhibicijo tega koraka vodijo celico v celično smrt. Delujejo tako na po Gramu pozitivne, kot tudi na po Gramu negativne bakterije. V večini primerov β-laktami inducirajo celično smrt prek razgradnje celične stene, obstajajo pa tudi primeri drugačnih mehanizmov celične smrti. Glavni tarčni protein β-laktamov, katerega inhibicija v največji meri pripomore k celični smrti, je DD-transpeptidaza, ki katalizira zadnji korak izgradnje celične stene, povezovanje dveh peptidnih verig. Encim ima v aktivnem mestu serinski ostanek, ki se kovalentno poveže s četrtim ostankom pentapeptida D-Ala, ob tem pa končni D-Ala izstopi iz peptidne verige. Na tako nastali acil-encim, se nato na končni D-Ala veže druga peptidna veriga preko L-lizinskega ali DAP ostanka na tretjem mestu. Povezani peptidni verigi izstopita iz aktivnega mesta encima. Tako je katalizirana povezava, ki zagotavlja čvrstost celične stene.

Z razumevanjem mehanizma katalitične aktivnosti omenjenega PBP, lahko razumemo, zakaj so betalaktamski antibiotiki njihovi uspešni inhibitorji. Kot že ime pove, je ključna in skupna lastnost učinkovin β-laktamski obroč. Gre za štiričlenski obroč, ki vsebuje en dušikov atom, na enega od treh ogljikovih atomov pa je vezana karbonilna skupina. Pogosto je na β-laktamski obroč vezan še en obroč, kar poveča afiniteto njegove vezave v aktivno mesto encima. Penicilini na primer vsebujejo dodaten 5-členski obroč, cefalosporini pa 6-členski obroč. Oba dodatna obroča vsebujeta po en elektronegativen žveplov atom. Molekula β-laktama zaradi strukturne podobnosti s končnim delom pentapeptida D-Ala-D-Ala, ki je naravni substrat DD-peptidaz, posnema njegovo vezavo v aktivno mesto, pri čemer pa ima zaradi že omenjenih strukturnih lastnosti večjo afiniteto za vezavo. Za razliko od naravnega substrat, ki z vezavo na aktivni serin omogoča izstop končnega ostanka iz pentapeptida, pa po vezavi β-laktamskega obroča ni možen izstop dela molekule, saj je elektrofilni C-atom, na katerega se -OH skupina serina veže, del obroča. Molekula ostane tako kovalentno vezana na aktivno mesto, ki s tem ni več zmožno opravljati svoje katalitične funkcije.

Različni betalaktamski antibiotiki imajo različne afinitete do enega ali več PBP, zato sprožijo različne morfološke spremembe bakterije. Proteini, ki spadajo v skupino PBP1, med drugim DD-transpeptidaza, vplivajo na elongacijo celice in njihova inhibicija v največji meri pripomore k lizi celične stene. Inhibicija PBP3 proteinov, ki vplivajo na celično delitev, povzroči filamentacijo celice, kar pomeni abnormalno elongacijo, pri čemer se celica ne deli. Inhibicija proteinov PBP3 je povezana z lizo, vendar v manjši meri kot inhibicija proteinov PBP1. Inhibicija proteinov PBP2, ki skrbijo za obliko celice, ne vodi v lizo celične stene. Ker je za lizo poleg inhibicije izgradnje celične stene potrebna tudi njena razgradnja s strani avtolizinov, so znanstveniki potrdili, da delovanje inhibitorjev proteinov PBP1 v največji meri spodbudi delovanje avtolizinov, delovanje inhibitorjev proteinov PBP2 pa v najmanjši meri.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Delovanje glikopeptidnih antibiotikov ==
Glikopeptidi so glikozilirani neribosomski peptidi, ki delujejo kot sterični inhibitorji zorenja peptidoglikanov grampozitivnih bakterij. Inhibirajo lahko delovanje dveh encimov, in sicer transglikozilaze in transpeptidaze. Ta inhibicija ne poteka preko vezave na encim, pač pa se glikopeptidi namesto tega vežejo na substrat omenjenih encimov, peptidoglikan, natančneje na njihov oligopeptidni del. Vezani glikopeptidi predstavljajo sterično oviro in encimoma preprečujejo dostop do peptidoglikana. Na ta način preprečujejo ustrezno povezovanje peptidoglikana. Posledično je inhibirana rast, smrt pa po navadi povzroči povečan tlak, ki nastane zaradi nezadostno povezanega peptidoglikana. Pride do osmotske lize. [[slika: http://4.bp.blogspot.com/-aMRnL9j_6ZY/UfVm0sjiUYI/AAAAAAAAA50/nvP133cuItU/s1600/transpeptidase-07.png ]]

Inhibicija preko vezave na substrat je mogoča zaradi posebne strukture glikopeptidov. Sestavljeni so iz osrednjega heptapeptida, ki ga tvorijo pretežno aromatske aminokisline. Na heptapeptidno ogrodje so vezane različne skupine, najpogosteje sladkorni ostanki, kloridni atomi in lipidne verige. Število aromatskih aminokislin v heptapetidu se med posameznimi glikopeptidi lahko razlikuje. V precej poznanem peptidnem antibiotiku, vankomicinu, je aromatskih aminokslin 5, medtem ko jih je v teikoplaninu 7. Aromatske aminokisline v osrednjem peptidu so oksidativno prečno povezane. Prečne povezave tvorijo posebno strukturno konformacijo, »čeljust«, v katero se vežejo peptidni deli peptidoglikana. [[slika: https://www.researchgate.net/figure/50893040_fig6_Figure-1-Chemical-structures-of-Type-I-1-vancomycin-2-balhimycin-and-Type-IV-3 ]]

Glikopeptidi se s čeljustmi vežejo na C-konce peptidoglikana, ki so ključni za tvorbo kompleksa transglikozilaza-peptidoglikan ali transpeptidaza-peptidoglikan. V splošnem glikopeptidi prepoznajo skupine aminokislin s stereokemijsko konformacijo -L-D-D, najmanjša enota, na katero se lahko vežejo, pa je -D-ala-D-ala. Za C-konce nastajajoče konce peptidoglikana, je značilno zaporedje L-lys-D-ala-D-ala, preko katerega transglikozilaza poveže dve peptidoglikanski enoti, transpeptidaza pa preko njega nove peptide vgrajuje v celično steno. Glikopeptidi z zaporedjem –D-ala-D-ala v peptidnem delu peptidoglikana tvorijo vodikove vezi in se na ta način, kljub svoji siceršnji rigidnosti, ovijejo okoli peptidoglikana, kar preprečuje vezavo encimov. Vodikove vezi po navadi nastanejo med C-končno karboksilno skupino motiva -D-ala-D-ala in amidnimi skupinami aminokislin iz heptapeptidnega ogrodja glikopeptidov. Mogoč je tudi nastanek vodikove vezi med aminsko skupino končnega alanina v motivu –D-ala-D-ala in kisikom karbonilne skupine osrednjega peptida. [[slika: http://offset.peczuh.uconn.edu/wp-content/uploads/sites/240/2015/08/b100912p-f2.gif. ]]

Večina glikopeptidnih antibiotikov lahko preko tvorbe vodikovih vezi tudi homodimerizira. Takšna homodimerizacija je skoraj vedno, izjema je le rizocitin, kooperativna z vezavo na zaporedje -D-ala-D-ala. Kooperativnost naj bi bila posledica tega, da vezava peptidoglikana v strukturo glikopeptida uvede simetrijo, ki omogoči tvorbo več intramolekularnih vezi. Slednje spremenijo konformacijo glikopeptida tako, da tesneje ovije peptid in tvori nove vezi. Dimerizacija predstavlja tudi večjo sterično oviro za transpeptidazo in transglikozilazo. Glikopeptidni antibiotiki, ki imajo večjo tandenco za dimerizacijo, so načeloma učinkovitejši.
Teikoplanin je najbolj znan antibiotik iz družine glikopeptidov, ki ne tvori homodimerov. Kljub temu je njegovo delovanje zelo učinkovito, saj vsebuje dodatno vezano N-subsituirano maščobnokislinsko stransko verigo. Ta je vezana preko glukozaminskega ostanka, ki je vezan na 4. aminokislino osrednjega heptapeptida. Iz tega je jasno razvidno, da na učinkovitost antibiotika vplivajo tudi njegove stranske skupine. Hidrofobne stranske verige v splošnem omogočajo boljšo lokalizacijo in sidranje antibiotika na tarčno mesto, še pomembneje pa je, da omogočajo precej močne intramolekularne interakcije, katerih vpliv je pojasnjen nekoliko višje v besedilu. [[slika: http://www.hull.ac.uk/php/chsanb/LMWeb/Image84.gif ]]
Rezistentne bakterije se učinku gikopeptidov lahko izognejo tako, da namesto zadnjega D-alanina v oligopeptide vgrajujejo D-laktat. Na takšne oligopeptide se glikopeptidi ne vežejo.

== Viri ==
*Kang H-K, Park Y. Glycopeptide Antibiotics: Structure and Mechanisms of Action. J Bacteriol Virol. 2015;45(2):67-78. http://synapse.koreamed.org/DOIx.php?id=10.4167%2Fjbv.2015.45.2.67.

*Höltje, J. V. Growth of the stress-bearing and shape-maintaining murein sacculus of Escherichia coli. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 181–203 (1998).

Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov

2017-05-14T21:47:59Z

Ajda Cafun: /* Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov */

== Sinteza bakterijske celične stene ==

Celična stena daje bakterijski celici trdnost in ščiti celično membrano pred poškodbami zaradi celičnega turgorja. V glavnem jo sestavlja polimer peptidoglikan, ki mu pravimo tudi murein. Po Gramu negativne bakterije imajo dve celični membrani, med katerima se v periplazemskem prostoru nahaja celična stena. Ta je široka od 7 nm do 8 nm in je sestavljena le iz nekaj plasti peptidoglikana. Po Gramu pozitivne bakterije nimajo dodatne zunanje celične membrane, celična stena, ki obdaja njihovo plazmalemo, pa je bolj debela. V širino meri od 20 nm do 80 nm, gradi pa jo lahko do 40 plasti peptidoglikana.

Peptidoglikan je zgrajen iz vzporednih sladkornih verig, povezanih preko oligopeptidov. V sladkornem ogrodju so izmenjujoče nanizani ostanki N-acetilglukozamina (NAG) in N-acetilmuraminske kisline (NAM), ki so povezani z β(1 → 4) glikozidno vezjo. Na D-laktilno skupino vsakega ostanka NAM je vezan tetrapeptid. Aminokisline v tem peptidu si sledijo po zaporedju: L-alanin, D-glutamin, 2,6-diaminopimelinska kislina (DAP) in D-alanin pri po Gramu negativnih bakterijah, pri po Gramu pozitivnih bakterijah pa je na tretjem mestu namesto DAP L-lizin. Pri po Gramu pozitivnih bakterijah ta povezava ni direktna, ampak poteka preko peptidnih mostičkov, ki so ponavadi sestavljeni iz petih zaporednih glicinskih ostankov.

Pri sintezi celične stene se sestavni elementi peptidoglikana izgradijo v citosolu, nato pa se prenesejo v periplazmo, kjer se povežejo med seboj. Na začetku se na molekulo NAM postopoma pripne 5 aminokislinskih ostankov. Prvi štirje si sledijo po prej navedenem zaporedju, kot peti pa je pripet še en dodaten D-alanin. Nastala molekula se nato preko NAM pripne na lipid C55-izoprenil pirofosfat, imenovan tudi baktrofenil, ki se nahaja v proti citosolu usmerjeni polovici celične membrane. Z NAM se v naslednjem koraku poveže NAG, na peptidni del pa se lahko doda še povezovalni glicinski mostiček. Celotna molekula se sedaj iz notranje polovice lipidnega dvosloja ob pomoči flipaze FtsW prestavi v zunanjo polovico, tako da sladkorno-peptidni del gleda v periplazemski prostor.
V periplazmi poteka povezovanje peptidoglikanskih enot s pomočjo transglikozilaz in transpeptidaz, ki jih z nadpomenko imenujemo penicilin-vezavni proteini (PBP). Transglikozilaza prepozna na lipidno komponento vezan peptidoglikanski prekurzor in poveže četrti C-atom ostanka NAG na prekurzorju s prvim C-atomom NAM, ki se nahaja na koncu izgrajujoče peptidoglikanske verige. Pri tem nastane β(1 → 4) vez, baktrofenil pa se odcepi in prenese nazaj v notranjo polovico fosfolipidnega dvosloja, kjer je pripravljen na sprejem novega prekurzorja. Sedaj se morajo oligopeptidi še prečno povezati, kar katalizira transpeptidaza. Encim odcepi končni D-alanin s pentapeptida na prekurzorju in D-alanin na preostalem tetrapeptidu poveže s tretjim aminokislinskim ostankom v sosednjem tetrapeptidu, bodisi direktno, bodisi preko vmesnega glicinskega mostička.

Bakterije lahko lastno celično steno tudi razgrajujejo. Pri tem sodelujejo avtolizini, ki so potrebni za obnavljanje in spreminjanje oblike celične stene, ter regulacijo njene rasti. Procesa izgrajevanja in razgrajevanja sta uravnotežena, ob določenih pogojih pa avtolizini sprožijo intenzivnejšo razgradnjo stene, ki vodi v celično lizo. Ta je lahko tudi posledica delovanja antibiotikov.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov ==

Betalaktamski antibiotiki, med katere spadajo penicilini, cefalosporini, karbapeni (v množini pisani zato, ker obstaja več različnih modifikacij vsakega antibiotika) in drugi, so učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji proteinov, ki vežejo penicilin. Potrebno je izpostaviti, da omenjene učinkovine ne delujejo na vse PBP, kar bi lahko sklepali iz imena teh proteinov, temveč na tiste, ki sodelujejo pri zadnjem koraku izgradnje celične stene, torej povezovanju peptidnih enot glikoproteinov. Z inhibicijo tega koraka vodijo celico v celično smrt. Delujejo tako na po Gramu pozitivne, kot tudi na po Gramu negativne bakterije. V večini primerov β-laktami inducirajo celično smrt prek razgradnje celične stene, obstajajo pa tudi primeri drugačnih mehanizmov celične smrti. Glavni tarčni protein β-laktamov, katerega inhibicija v največji meri pripomore k celični smrti, je DD-transpeptidaza, ki katalizira zadnji korak izgradnje celične stene, povezovanje dveh peptidnih verig. Encim ima v aktivnem mestu serinski ostanek, ki se kovalentno poveže s četrtim ostankom pentapeptida D-Ala, ob tem pa končni D-Ala izstopi iz peptidne verige. Na tako nastali acil-encim, se nato na končni D-Ala veže druga peptidna veriga preko L-lizinskega ali DAP ostanka na tretjem mestu. Povezani peptidni verigi izstopita iz aktivnega mesta encima. Tako je katalizirana povezava, ki zagotavlja čvrstost celične stene.

Z razumevanjem mehanizma katalitične aktivnosti omenjenega PBP, lahko razumemo, zakaj so betalaktamski antibiotiki njihovi uspešni inhibitorji. Kot že ime pove, je ključna in skupna lastnost učinkovin β-laktamski obroč. Gre za štiričlenski obroč, ki vsebuje en dušikov atom, na enega od treh ogljikovih atomov pa je vezana karbonilna skupina. Pogosto je na β-laktamski obroč vezan še en obroč, kar poveča afiniteto njegove vezave v aktivno mesto encima. Penicilini na primer vsebujejo dodaten 5-členski obroč, cefalosporini pa 6-členski obroč. Oba dodatna obroča vsebujeta po en elektronegativen žveplov atom. Molekula β-laktama zaradi strukturne podobnosti s končnim delom pentapeptida D-Ala-D-Ala, ki je naravni substrat DD-peptidaz, posnema njegovo vezavo v aktivno mesto, pri čemer pa ima zaradi že omenjenih strukturnih lastnosti večjo afiniteto za vezavo. [[slika: https://www.google.si/search?q=structural+characteristics+of+beta+lactam+antibiotics&rlz=1C1MDNC_slSI638SI638&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ved=0ahUKEwj8jPqbs-_TAhXQ0RoKHcxLCUoQ_AUICigB&biw=1366&bih=613#imgrc=VUJP8Bci6QnlmM: ]]
Za razliko od naravnega substrat, ki z vezavo na aktivni serin omogoča izstop končnega ostanka iz pentapeptida, pa po vezavi β-laktamskega obroča ni možen izstop dela molekule, saj je elektrofilni C-atom, na katerega se -OH skupina serina veže, del obroča. Molekula ostane tako kovalentno vezana na aktivno mesto, ki s tem ni več zmožno opravljati svoje katalitične funkcije.

Različni betalaktamski antibiotiki imajo različne afinitete do enega ali več PBP, zato sprožijo različne morfološke spremembe bakterije. Proteini, ki spadajo v skupino PBP1, med drugim DD-transpeptidaza, vplivajo na elongacijo celice in njihova inhibicija v največji meri pripomore k lizi celične stene. Inhibicija PBP3 proteinov, ki vplivajo na celično delitev, povzroči filamentacijo celice, kar pomeni abnormalno elongacijo, pri čemer se celica ne deli. Inhibicija proteinov PBP3 je povezana z lizo, vendar v manjši meri kot inhibicija proteinov PBP1. Inhibicija proteinov PBP2, ki skrbijo za obliko celice, ne vodi v lizo celične stene. Ker je za lizo poleg inhibicije izgradnje celične stene potrebna tudi njena razgradnja s strani avtolizinov, so znanstveniki potrdili, da delovanje inhibitorjev proteinov PBP1 v največji meri spodbudi delovanje avtolizinov, delovanje inhibitorjev proteinov PBP2 pa v najmanjši meri.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Delovanje glikopeptidnih antibiotikov ==
Glikopeptidi so glikozilirani neribosomski peptidi, ki delujejo kot sterični inhibitorji zorenja peptidoglikanov grampozitivnih bakterij. Inhibirajo lahko delovanje dveh encimov, in sicer transglikozilaze in transpeptidaze. Ta inhibicija ne poteka preko vezave na encim, pač pa se glikopeptidi namesto tega vežejo na substrat omenjenih encimov, peptidoglikan, natančneje na njihov oligopeptidni del. Vezani glikopeptidi predstavljajo sterično oviro in encimoma preprečujejo dostop do peptidoglikana. Na ta način preprečujejo ustrezno povezovanje peptidoglikana. Posledično je inhibirana rast, smrt pa po navadi povzroči povečan tlak, ki nastane zaradi nezadostno povezanega peptidoglikana. Pride do osmotske lize. [[slika: http://4.bp.blogspot.com/-aMRnL9j_6ZY/UfVm0sjiUYI/AAAAAAAAA50/nvP133cuItU/s1600/transpeptidase-07.png ]]

Inhibicija preko vezave na substrat je mogoča zaradi posebne strukture glikopeptidov. Sestavljeni so iz osrednjega heptapeptida, ki ga tvorijo pretežno aromatske aminokisline. Na heptapeptidno ogrodje so vezane različne skupine, najpogosteje sladkorni ostanki, kloridni atomi in lipidne verige. Število aromatskih aminokislin v heptapetidu se med posameznimi glikopeptidi lahko razlikuje. V precej poznanem peptidnem antibiotiku, vankomicinu, je aromatskih aminokslin 5, medtem ko jih je v teikoplaninu 7. Aromatske aminokisline v osrednjem peptidu so oksidativno prečno povezane. Prečne povezave tvorijo posebno strukturno konformacijo, »čeljust«, v katero se vežejo peptidni deli peptidoglikana. [[slika: https://www.researchgate.net/figure/50893040_fig6_Figure-1-Chemical-structures-of-Type-I-1-vancomycin-2-balhimycin-and-Type-IV-3 ]]

Glikopeptidi se s čeljustmi vežejo na C-konce peptidoglikana, ki so ključni za tvorbo kompleksa transglikozilaza-peptidoglikan ali transpeptidaza-peptidoglikan. V splošnem glikopeptidi prepoznajo skupine aminokislin s stereokemijsko konformacijo -L-D-D, najmanjša enota, na katero se lahko vežejo, pa je -D-ala-D-ala. Za C-konce nastajajoče konce peptidoglikana, je značilno zaporedje L-lys-D-ala-D-ala, preko katerega transglikozilaza poveže dve peptidoglikanski enoti, transpeptidaza pa preko njega nove peptide vgrajuje v celično steno. Glikopeptidi z zaporedjem –D-ala-D-ala v peptidnem delu peptidoglikana tvorijo vodikove vezi in se na ta način, kljub svoji siceršnji rigidnosti, ovijejo okoli peptidoglikana, kar preprečuje vezavo encimov. Vodikove vezi po navadi nastanejo med C-končno karboksilno skupino motiva -D-ala-D-ala in amidnimi skupinami aminokislin iz heptapeptidnega ogrodja glikopeptidov. Mogoč je tudi nastanek vodikove vezi med aminsko skupino končnega alanina v motivu –D-ala-D-ala in kisikom karbonilne skupine osrednjega peptida. [[slika: http://offset.peczuh.uconn.edu/wp-content/uploads/sites/240/2015/08/b100912p-f2.gif. ]]

Večina glikopeptidnih antibiotikov lahko preko tvorbe vodikovih vezi tudi homodimerizira. Takšna homodimerizacija je skoraj vedno, izjema je le rizocitin, kooperativna z vezavo na zaporedje -D-ala-D-ala. Kooperativnost naj bi bila posledica tega, da vezava peptidoglikana v strukturo glikopeptida uvede simetrijo, ki omogoči tvorbo več intramolekularnih vezi. Slednje spremenijo konformacijo glikopeptida tako, da tesneje ovije peptid in tvori nove vezi. Dimerizacija predstavlja tudi večjo sterično oviro za transpeptidazo in transglikozilazo. Glikopeptidni antibiotiki, ki imajo večjo tandenco za dimerizacijo, so načeloma učinkovitejši.
Teikoplanin je najbolj znan antibiotik iz družine glikopeptidov, ki ne tvori homodimerov. Kljub temu je njegovo delovanje zelo učinkovito, saj vsebuje dodatno vezano N-subsituirano maščobnokislinsko stransko verigo. Ta je vezana preko glukozaminskega ostanka, ki je vezan na 4. aminokislino osrednjega heptapeptida. Iz tega je jasno razvidno, da na učinkovitost antibiotika vplivajo tudi njegove stranske skupine. Hidrofobne stranske verige v splošnem omogočajo boljšo lokalizacijo in sidranje antibiotika na tarčno mesto, še pomembneje pa je, da omogočajo precej močne intramolekularne interakcije, katerih vpliv je pojasnjen nekoliko višje v besedilu. [[slika: http://www.hull.ac.uk/php/chsanb/LMWeb/Image84.gif ]]
Rezistentne bakterije se učinku gikopeptidov lahko izognejo tako, da namesto zadnjega D-alanina v oligopeptide vgrajujejo D-laktat. Na takšne oligopeptide se glikopeptidi ne vežejo.

== Viri ==
*Kang H-K, Park Y. Glycopeptide Antibiotics: Structure and Mechanisms of Action. J Bacteriol Virol. 2015;45(2):67-78. http://synapse.koreamed.org/DOIx.php?id=10.4167%2Fjbv.2015.45.2.67.

*Höltje, J. V. Growth of the stress-bearing and shape-maintaining murein sacculus of Escherichia coli. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 181–203 (1998).

Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov

2017-05-14T21:41:22Z

Ajda Cafun: /* Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov */

== Sinteza bakterijske celične stene ==

Celična stena daje bakterijski celici trdnost in ščiti celično membrano pred poškodbami zaradi celičnega turgorja. V glavnem jo sestavlja polimer peptidoglikan, ki mu pravimo tudi murein. Po Gramu negativne bakterije imajo dve celični membrani, med katerima se v periplazemskem prostoru nahaja celična stena. Ta je široka od 7 nm do 8 nm in je sestavljena le iz nekaj plasti peptidoglikana. Po Gramu pozitivne bakterije nimajo dodatne zunanje celične membrane, celična stena, ki obdaja njihovo plazmalemo, pa je bolj debela. V širino meri od 20 nm do 80 nm, gradi pa jo lahko do 40 plasti peptidoglikana.

Peptidoglikan je zgrajen iz vzporednih sladkornih verig, povezanih preko oligopeptidov. V sladkornem ogrodju so izmenjujoče nanizani ostanki N-acetilglukozamina (NAG) in N-acetilmuraminske kisline (NAM), ki so povezani z β(1 → 4) glikozidno vezjo. Na D-laktilno skupino vsakega ostanka NAM je vezan tetrapeptid. Aminokisline v tem peptidu si sledijo po zaporedju: L-alanin, D-glutamin, 2,6-diaminopimelinska kislina (DAP) in D-alanin pri po Gramu negativnih bakterijah, pri po Gramu pozitivnih bakterijah pa je na tretjem mestu namesto DAP L-lizin. Pri po Gramu pozitivnih bakterijah ta povezava ni direktna, ampak poteka preko peptidnih mostičkov, ki so ponavadi sestavljeni iz petih zaporednih glicinskih ostankov.

Pri sintezi celične stene se sestavni elementi peptidoglikana izgradijo v citosolu, nato pa se prenesejo v periplazmo, kjer se povežejo med seboj. Na začetku se na molekulo NAM postopoma pripne 5 aminokislinskih ostankov. Prvi štirje si sledijo po prej navedenem zaporedju, kot peti pa je pripet še en dodaten D-alanin. Nastala molekula se nato preko NAM pripne na lipid C55-izoprenil pirofosfat, imenovan tudi baktrofenil, ki se nahaja v proti citosolu usmerjeni polovici celične membrane. Z NAM se v naslednjem koraku poveže NAG, na peptidni del pa se lahko doda še povezovalni glicinski mostiček. Celotna molekula se sedaj iz notranje polovice lipidnega dvosloja ob pomoči flipaze FtsW prestavi v zunanjo polovico, tako da sladkorno-peptidni del gleda v periplazemski prostor.
V periplazmi poteka povezovanje peptidoglikanskih enot s pomočjo transglikozilaz in transpeptidaz, ki jih z nadpomenko imenujemo penicilin-vezavni proteini (PBP). Transglikozilaza prepozna na lipidno komponento vezan peptidoglikanski prekurzor in poveže četrti C-atom ostanka NAG na prekurzorju s prvim C-atomom NAM, ki se nahaja na koncu izgrajujoče peptidoglikanske verige. Pri tem nastane β(1 → 4) vez, baktrofenil pa se odcepi in prenese nazaj v notranjo polovico fosfolipidnega dvosloja, kjer je pripravljen na sprejem novega prekurzorja. Sedaj se morajo oligopeptidi še prečno povezati, kar katalizira transpeptidaza. Encim odcepi končni D-alanin s pentapeptida na prekurzorju in D-alanin na preostalem tetrapeptidu poveže s tretjim aminokislinskim ostankom v sosednjem tetrapeptidu, bodisi direktno, bodisi preko vmesnega glicinskega mostička.

Bakterije lahko lastno celično steno tudi razgrajujejo. Pri tem sodelujejo avtolizini, ki so potrebni za obnavljanje in spreminjanje oblike celične stene, ter regulacijo njene rasti. Procesa izgrajevanja in razgrajevanja sta uravnotežena, ob določenih pogojih pa avtolizini sprožijo intenzivnejšo razgradnjo stene, ki vodi v celično lizo. Ta je lahko tudi posledica delovanja antibiotikov.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov ==

Betalaktamski antibiotiki, med katere spadajo penicilini, cefalosporini, karbapeni (v množini pisani zato, ker obstaja več različnih modifikacij vsakega antibiotika) in drugi, so učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji proteinov, ki vežejo penicilin. Potrebno je izpostaviti, da omenjene učinkovine ne delujejo na vse PBP, kar bi lahko sklepali iz imena teh proteinov, temveč na tiste, ki sodelujejo pri zadnjem koraku izgradnje celične stene, torej povezovanju peptidnih enot glikoproteinov. Z inhibicijo tega koraka vodijo celico v celično smrt. Delujejo tako na po Gramu pozitivne, kot tudi na po Gramu negativne bakterije. V večini primerov β-laktami inducirajo celično smrt prek razgradnje celične stene, obstajajo pa tudi primeri drugačnih mehanizmov celične smrti. Glavni tarčni protein β-laktamov, katerega inhibicija v največji meri pripomore k celični smrti, je DD-transpeptidaza, ki katalizira zadnji korak izgradnje celične stene, povezovanje dveh peptidnih verig. Encim ima v aktivnem mestu serinski ostanek, ki se kovalentno poveže s četrtim ostankom pentapeptida D-Ala, ob tem pa končni D-Ala izstopi iz peptidne verige. Na tako nastali acil-encim, se nato na končni D-Ala veže druga peptidna veriga preko L-lizinskega ali DAP ostanka na tretjem mestu. Povezani peptidni verigi izstopita iz aktivnega mesta encima. Tako je katalizirana povezava, ki zagotavlja čvrstost celične stene.

Z razumevanjem mehanizma katalitične aktivnosti omenjenega PBP, lahko razumemo, zakaj so betalaktamski antibiotiki njihovi uspešni inhibitorji. Kot že ime pove, je ključna in skupna lastnost učinkovin β-laktamski obroč. Gre za štiričlenski obroč, ki vsebuje en dušikov atom, na enega od treh ogljikovih atomov pa je vezana karbonilna skupina. Pogosto je na β-laktamski obroč vezan še en obroč, kar poveča afiniteto njegove vezave v aktivno mesto encima. Penicilini na primer vsebujejo dodaten 5-členski obroč, cefalosporini pa 6-členski obroč. Oba dodatna obroča vsebujeta po en elektronegativen žveplov atom. Molekula β-laktama zaradi strukturne podobnosti s končnim delom pentapeptida D-Ala-D-Ala, ki je naravni substrat DD-peptidaz, posnema njegovo vezavo v aktivno mesto, pri čemer pa ima zaradi že omenjenih strukturnih lastnosti večjo afiniteto za vezavo. [[slika: http://tmedweb.tulane.edu/pharmwiki/lib/exe/fetch.php/betalactam_structure.png?w=600&tok=54cff1 ]]
Za razliko od naravnega substrat, ki z vezavo na aktivni serin omogoča izstop končnega ostanka iz pentapeptida, pa po vezavi β-laktamskega obroča ni možen izstop dela molekule, saj je elektrofilni C-atom, na katerega se -OH skupina serina veže, del obroča. Molekula ostane tako kovalentno vezana na aktivno mesto, ki s tem ni več zmožno opravljati svoje katalitične funkcije.

Različni betalaktamski antibiotiki imajo različne afinitete do enega ali več PBP, zato sprožijo različne morfološke spremembe bakterije. Proteini, ki spadajo v skupino PBP1, med drugim DD-transpeptidaza, vplivajo na elongacijo celice in njihova inhibicija v največji meri pripomore k lizi celične stene. Inhibicija PBP3 proteinov, ki vplivajo na celično delitev, povzroči filamentacijo celice, kar pomeni abnormalno elongacijo, pri čemer se celica ne deli. Inhibicija proteinov PBP3 je povezana z lizo, vendar v manjši meri kot inhibicija proteinov PBP1. Inhibicija proteinov PBP2, ki skrbijo za obliko celice, ne vodi v lizo celične stene. Ker je za lizo poleg inhibicije izgradnje celične stene potrebna tudi njena razgradnja s strani avtolizinov, so znanstveniki potrdili, da delovanje inhibitorjev proteinov PBP1 v največji meri spodbudi delovanje avtolizinov, delovanje inhibitorjev proteinov PBP2 pa v najmanjši meri.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Delovanje glikopeptidnih antibiotikov ==
Glikopeptidi so glikozilirani neribosomski peptidi, ki delujejo kot sterični inhibitorji zorenja peptidoglikanov grampozitivnih bakterij. Inhibirajo lahko delovanje dveh encimov, in sicer transglikozilaze in transpeptidaze. Ta inhibicija ne poteka preko vezave na encim, pač pa se glikopeptidi namesto tega vežejo na substrat omenjenih encimov, peptidoglikan, natančneje na njihov oligopeptidni del. Vezani glikopeptidi predstavljajo sterično oviro in encimoma preprečujejo dostop do peptidoglikana. Na ta način preprečujejo ustrezno povezovanje peptidoglikana. Posledično je inhibirana rast, smrt pa po navadi povzroči povečan tlak, ki nastane zaradi nezadostno povezanega peptidoglikana. Pride do osmotske lize. [[slika: http://4.bp.blogspot.com/-aMRnL9j_6ZY/UfVm0sjiUYI/AAAAAAAAA50/nvP133cuItU/s1600/transpeptidase-07.png ]]

Inhibicija preko vezave na substrat je mogoča zaradi posebne strukture glikopeptidov. Sestavljeni so iz osrednjega heptapeptida, ki ga tvorijo pretežno aromatske aminokisline. Na heptapeptidno ogrodje so vezane različne skupine, najpogosteje sladkorni ostanki, kloridni atomi in lipidne verige. Število aromatskih aminokislin v heptapetidu se med posameznimi glikopeptidi lahko razlikuje. V precej poznanem peptidnem antibiotiku, vankomicinu, je aromatskih aminokslin 5, medtem ko jih je v teikoplaninu 7. Aromatske aminokisline v osrednjem peptidu so oksidativno prečno povezane. Prečne povezave tvorijo posebno strukturno konformacijo, »čeljust«, v katero se vežejo peptidni deli peptidoglikana. [[slika: https://www.researchgate.net/figure/50893040_fig6_Figure-1-Chemical-structures-of-Type-I-1-vancomycin-2-balhimycin-and-Type-IV-3 ]]

Glikopeptidi se s čeljustmi vežejo na C-konce peptidoglikana, ki so ključni za tvorbo kompleksa transglikozilaza-peptidoglikan ali transpeptidaza-peptidoglikan. V splošnem glikopeptidi prepoznajo skupine aminokislin s stereokemijsko konformacijo -L-D-D, najmanjša enota, na katero se lahko vežejo, pa je -D-ala-D-ala. Za C-konce nastajajoče konce peptidoglikana, je značilno zaporedje L-lys-D-ala-D-ala, preko katerega transglikozilaza poveže dve peptidoglikanski enoti, transpeptidaza pa preko njega nove peptide vgrajuje v celično steno. Glikopeptidi z zaporedjem –D-ala-D-ala v peptidnem delu peptidoglikana tvorijo vodikove vezi in se na ta način, kljub svoji siceršnji rigidnosti, ovijejo okoli peptidoglikana, kar preprečuje vezavo encimov. Vodikove vezi po navadi nastanejo med C-končno karboksilno skupino motiva -D-ala-D-ala in amidnimi skupinami aminokislin iz heptapeptidnega ogrodja glikopeptidov. Mogoč je tudi nastanek vodikove vezi med aminsko skupino končnega alanina v motivu –D-ala-D-ala in kisikom karbonilne skupine osrednjega peptida. [[slika: http://offset.peczuh.uconn.edu/wp-content/uploads/sites/240/2015/08/b100912p-f2.gif. ]]

Večina glikopeptidnih antibiotikov lahko preko tvorbe vodikovih vezi tudi homodimerizira. Takšna homodimerizacija je skoraj vedno, izjema je le rizocitin, kooperativna z vezavo na zaporedje -D-ala-D-ala. Kooperativnost naj bi bila posledica tega, da vezava peptidoglikana v strukturo glikopeptida uvede simetrijo, ki omogoči tvorbo več intramolekularnih vezi. Slednje spremenijo konformacijo glikopeptida tako, da tesneje ovije peptid in tvori nove vezi. Dimerizacija predstavlja tudi večjo sterično oviro za transpeptidazo in transglikozilazo. Glikopeptidni antibiotiki, ki imajo večjo tandenco za dimerizacijo, so načeloma učinkovitejši.
Teikoplanin je najbolj znan antibiotik iz družine glikopeptidov, ki ne tvori homodimerov. Kljub temu je njegovo delovanje zelo učinkovito, saj vsebuje dodatno vezano N-subsituirano maščobnokislinsko stransko verigo. Ta je vezana preko glukozaminskega ostanka, ki je vezan na 4. aminokislino osrednjega heptapeptida. Iz tega je jasno razvidno, da na učinkovitost antibiotika vplivajo tudi njegove stranske skupine. Hidrofobne stranske verige v splošnem omogočajo boljšo lokalizacijo in sidranje antibiotika na tarčno mesto, še pomembneje pa je, da omogočajo precej močne intramolekularne interakcije, katerih vpliv je pojasnjen nekoliko višje v besedilu. [[slika: http://www.hull.ac.uk/php/chsanb/LMWeb/Image84.gif ]]
Rezistentne bakterije se učinku gikopeptidov lahko izognejo tako, da namesto zadnjega D-alanina v oligopeptide vgrajujejo D-laktat. Na takšne oligopeptide se glikopeptidi ne vežejo.

== Viri ==
*Kang H-K, Park Y. Glycopeptide Antibiotics: Structure and Mechanisms of Action. J Bacteriol Virol. 2015;45(2):67-78. http://synapse.koreamed.org/DOIx.php?id=10.4167%2Fjbv.2015.45.2.67.

*Höltje, J. V. Growth of the stress-bearing and shape-maintaining murein sacculus of Escherichia coli. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 181–203 (1998).

Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov

2017-05-14T21:39:55Z

Ajda Cafun: /* Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov */

== Sinteza bakterijske celične stene ==

Celična stena daje bakterijski celici trdnost in ščiti celično membrano pred poškodbami zaradi celičnega turgorja. V glavnem jo sestavlja polimer peptidoglikan, ki mu pravimo tudi murein. Po Gramu negativne bakterije imajo dve celični membrani, med katerima se v periplazemskem prostoru nahaja celična stena. Ta je široka od 7 nm do 8 nm in je sestavljena le iz nekaj plasti peptidoglikana. Po Gramu pozitivne bakterije nimajo dodatne zunanje celične membrane, celična stena, ki obdaja njihovo plazmalemo, pa je bolj debela. V širino meri od 20 nm do 80 nm, gradi pa jo lahko do 40 plasti peptidoglikana.

Peptidoglikan je zgrajen iz vzporednih sladkornih verig, povezanih preko oligopeptidov. V sladkornem ogrodju so izmenjujoče nanizani ostanki N-acetilglukozamina (NAG) in N-acetilmuraminske kisline (NAM), ki so povezani z β(1 → 4) glikozidno vezjo. Na D-laktilno skupino vsakega ostanka NAM je vezan tetrapeptid. Aminokisline v tem peptidu si sledijo po zaporedju: L-alanin, D-glutamin, 2,6-diaminopimelinska kislina (DAP) in D-alanin pri po Gramu negativnih bakterijah, pri po Gramu pozitivnih bakterijah pa je na tretjem mestu namesto DAP L-lizin. Pri po Gramu pozitivnih bakterijah ta povezava ni direktna, ampak poteka preko peptidnih mostičkov, ki so ponavadi sestavljeni iz petih zaporednih glicinskih ostankov.

Pri sintezi celične stene se sestavni elementi peptidoglikana izgradijo v citosolu, nato pa se prenesejo v periplazmo, kjer se povežejo med seboj. Na začetku se na molekulo NAM postopoma pripne 5 aminokislinskih ostankov. Prvi štirje si sledijo po prej navedenem zaporedju, kot peti pa je pripet še en dodaten D-alanin. Nastala molekula se nato preko NAM pripne na lipid C55-izoprenil pirofosfat, imenovan tudi baktrofenil, ki se nahaja v proti citosolu usmerjeni polovici celične membrane. Z NAM se v naslednjem koraku poveže NAG, na peptidni del pa se lahko doda še povezovalni glicinski mostiček. Celotna molekula se sedaj iz notranje polovice lipidnega dvosloja ob pomoči flipaze FtsW prestavi v zunanjo polovico, tako da sladkorno-peptidni del gleda v periplazemski prostor.
V periplazmi poteka povezovanje peptidoglikanskih enot s pomočjo transglikozilaz in transpeptidaz, ki jih z nadpomenko imenujemo penicilin-vezavni proteini (PBP). Transglikozilaza prepozna na lipidno komponento vezan peptidoglikanski prekurzor in poveže četrti C-atom ostanka NAG na prekurzorju s prvim C-atomom NAM, ki se nahaja na koncu izgrajujoče peptidoglikanske verige. Pri tem nastane β(1 → 4) vez, baktrofenil pa se odcepi in prenese nazaj v notranjo polovico fosfolipidnega dvosloja, kjer je pripravljen na sprejem novega prekurzorja. Sedaj se morajo oligopeptidi še prečno povezati, kar katalizira transpeptidaza. Encim odcepi končni D-alanin s pentapeptida na prekurzorju in D-alanin na preostalem tetrapeptidu poveže s tretjim aminokislinskim ostankom v sosednjem tetrapeptidu, bodisi direktno, bodisi preko vmesnega glicinskega mostička.

Bakterije lahko lastno celično steno tudi razgrajujejo. Pri tem sodelujejo avtolizini, ki so potrebni za obnavljanje in spreminjanje oblike celične stene, ter regulacijo njene rasti. Procesa izgrajevanja in razgrajevanja sta uravnotežena, ob določenih pogojih pa avtolizini sprožijo intenzivnejšo razgradnjo stene, ki vodi v celično lizo. Ta je lahko tudi posledica delovanja antibiotikov.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov ==

Betalaktamski antibiotiki, med katere spadajo penicilini, cefalosporini, karbapeni (v množini pisani zato, ker obstaja več različnih modifikacij vsakega antibiotika) in drugi, so učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji proteinov, ki vežejo penicilin. Potrebno je izpostaviti, da omenjene učinkovine ne delujejo na vse PBP, kar bi lahko sklepali iz imena teh proteinov, temveč na tiste, ki sodelujejo pri zadnjem koraku izgradnje celične stene, torej povezovanju peptidnih enot glikoproteinov. Z inhibicijo tega koraka vodijo celico v celično smrt. Delujejo tako na po Gramu pozitivne, kot tudi na po Gramu negativne bakterije. V večini primerov β-laktami inducirajo celično smrt prek razgradnje celične stene, obstajajo pa tudi primeri drugačnih mehanizmov celične smrti. Glavni tarčni protein β-laktamov, katerega inhibicija v največji meri pripomore k celični smrti, je DD-transpeptidaza, ki katalizira zadnji korak izgradnje celične stene, povezovanje dveh peptidnih verig. Encim ima v aktivnem mestu serinski ostanek, ki se kovalentno poveže s četrtim ostankom pentapeptida D-Ala, ob tem pa končni D-Ala izstopi iz peptidne verige. Na tako nastali acil-encim, se nato na končni D-Ala veže druga peptidna veriga preko L-lizinskega ali DAP ostanka na tretjem mestu. Povezani peptidni verigi izstopita iz aktivnega mesta encima. Tako je katalizirana povezava, ki zagotavlja čvrstost celične stene.

Z razumevanjem mehanizma katalitične aktivnosti omenjenega PBP, lahko razumemo, zakaj so betalaktamski antibiotiki njihovi uspešni inhibitorji. Kot že ime pove, je ključna in skupna lastnost učinkovin β-laktamski obroč. Gre za štiričlenski obroč, ki vsebuje en dušikov atom, na enega od treh ogljikovih atomov pa je vezana karbonilna skupina. Pogosto je na β-laktamski obroč vezan še en obroč, kar poveča afiniteto njegove vezave v aktivno mesto encima. Penicilini na primer vsebujejo dodaten 5-členski obroč, cefalosporini pa 6-členski obroč. Oba dodatna obroča vsebujeta po en elektronegativen žveplov atom. Molekula β-laktama zaradi strukturne podobnosti s končnim delom pentapeptida D-Ala-D-Ala, ki je naravni substrat DD-peptidaz, posnema njegovo vezavo v aktivno mesto, pri čemer pa ima zaradi že omenjenih strukturnih lastnosti večjo afiniteto za vezavo. [[slika: https://www.google.si/search?q=structural+characteristics+of+beta+lactam+antibiotics&rlz=1C1MDNC_slSI638SI638&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ved=0ahUKEwj8jPqbs-_TAhXQ0RoKHcxLCUoQ_AUICigB&biw=1366&bih=613#imgrc=VUJP8Bci6QnlmM: ]]
Za razliko od naravnega substrat, ki z vezavo na aktivni serin omogoča izstop končnega ostanka iz pentapeptida, pa po vezavi β-laktamskega obroča ni možen izstop dela molekule, saj je elektrofilni C-atom, na katerega se -OH skupina serina veže, del obroča. Molekula ostane tako kovalentno vezana na aktivno mesto, ki s tem ni več zmožno opravljati svoje katalitične funkcije.

Različni betalaktamski antibiotiki imajo različne afinitete do enega ali več PBP, zato sprožijo različne morfološke spremembe bakterije. Proteini, ki spadajo v skupino PBP1, med drugim DD-transpeptidaza, vplivajo na elongacijo celice in njihova inhibicija v največji meri pripomore k lizi celične stene. Inhibicija PBP3 proteinov, ki vplivajo na celično delitev, povzroči filamentacijo celice, kar pomeni abnormalno elongacijo, pri čemer se celica ne deli. Inhibicija proteinov PBP3 je povezana z lizo, vendar v manjši meri kot inhibicija proteinov PBP1. Inhibicija proteinov PBP2, ki skrbijo za obliko celice, ne vodi v lizo celične stene. Ker je za lizo poleg inhibicije izgradnje celične stene potrebna tudi njena razgradnja s strani avtolizinov, so znanstveniki potrdili, da delovanje inhibitorjev proteinov PBP1 v največji meri spodbudi delovanje avtolizinov, delovanje inhibitorjev proteinov PBP2 pa v najmanjši meri.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Delovanje glikopeptidnih antibiotikov ==
Glikopeptidi so glikozilirani neribosomski peptidi, ki delujejo kot sterični inhibitorji zorenja peptidoglikanov grampozitivnih bakterij. Inhibirajo lahko delovanje dveh encimov, in sicer transglikozilaze in transpeptidaze. Ta inhibicija ne poteka preko vezave na encim, pač pa se glikopeptidi namesto tega vežejo na substrat omenjenih encimov, peptidoglikan, natančneje na njihov oligopeptidni del. Vezani glikopeptidi predstavljajo sterično oviro in encimoma preprečujejo dostop do peptidoglikana. Na ta način preprečujejo ustrezno povezovanje peptidoglikana. Posledično je inhibirana rast, smrt pa po navadi povzroči povečan tlak, ki nastane zaradi nezadostno povezanega peptidoglikana. Pride do osmotske lize. [[slika: http://4.bp.blogspot.com/-aMRnL9j_6ZY/UfVm0sjiUYI/AAAAAAAAA50/nvP133cuItU/s1600/transpeptidase-07.png ]]

Inhibicija preko vezave na substrat je mogoča zaradi posebne strukture glikopeptidov. Sestavljeni so iz osrednjega heptapeptida, ki ga tvorijo pretežno aromatske aminokisline. Na heptapeptidno ogrodje so vezane različne skupine, najpogosteje sladkorni ostanki, kloridni atomi in lipidne verige. Število aromatskih aminokislin v heptapetidu se med posameznimi glikopeptidi lahko razlikuje. V precej poznanem peptidnem antibiotiku, vankomicinu, je aromatskih aminokslin 5, medtem ko jih je v teikoplaninu 7. Aromatske aminokisline v osrednjem peptidu so oksidativno prečno povezane. Prečne povezave tvorijo posebno strukturno konformacijo, »čeljust«, v katero se vežejo peptidni deli peptidoglikana. [[slika: https://www.researchgate.net/figure/50893040_fig6_Figure-1-Chemical-structures-of-Type-I-1-vancomycin-2-balhimycin-and-Type-IV-3 ]]

Glikopeptidi se s čeljustmi vežejo na C-konce peptidoglikana, ki so ključni za tvorbo kompleksa transglikozilaza-peptidoglikan ali transpeptidaza-peptidoglikan. V splošnem glikopeptidi prepoznajo skupine aminokislin s stereokemijsko konformacijo -L-D-D, najmanjša enota, na katero se lahko vežejo, pa je -D-ala-D-ala. Za C-konce nastajajoče konce peptidoglikana, je značilno zaporedje L-lys-D-ala-D-ala, preko katerega transglikozilaza poveže dve peptidoglikanski enoti, transpeptidaza pa preko njega nove peptide vgrajuje v celično steno. Glikopeptidi z zaporedjem –D-ala-D-ala v peptidnem delu peptidoglikana tvorijo vodikove vezi in se na ta način, kljub svoji siceršnji rigidnosti, ovijejo okoli peptidoglikana, kar preprečuje vezavo encimov. Vodikove vezi po navadi nastanejo med C-končno karboksilno skupino motiva -D-ala-D-ala in amidnimi skupinami aminokislin iz heptapeptidnega ogrodja glikopeptidov. Mogoč je tudi nastanek vodikove vezi med aminsko skupino končnega alanina v motivu –D-ala-D-ala in kisikom karbonilne skupine osrednjega peptida. [[slika: http://offset.peczuh.uconn.edu/wp-content/uploads/sites/240/2015/08/b100912p-f2.gif. ]]

Večina glikopeptidnih antibiotikov lahko preko tvorbe vodikovih vezi tudi homodimerizira. Takšna homodimerizacija je skoraj vedno, izjema je le rizocitin, kooperativna z vezavo na zaporedje -D-ala-D-ala. Kooperativnost naj bi bila posledica tega, da vezava peptidoglikana v strukturo glikopeptida uvede simetrijo, ki omogoči tvorbo več intramolekularnih vezi. Slednje spremenijo konformacijo glikopeptida tako, da tesneje ovije peptid in tvori nove vezi. Dimerizacija predstavlja tudi večjo sterično oviro za transpeptidazo in transglikozilazo. Glikopeptidni antibiotiki, ki imajo večjo tandenco za dimerizacijo, so načeloma učinkovitejši.
Teikoplanin je najbolj znan antibiotik iz družine glikopeptidov, ki ne tvori homodimerov. Kljub temu je njegovo delovanje zelo učinkovito, saj vsebuje dodatno vezano N-subsituirano maščobnokislinsko stransko verigo. Ta je vezana preko glukozaminskega ostanka, ki je vezan na 4. aminokislino osrednjega heptapeptida. Iz tega je jasno razvidno, da na učinkovitost antibiotika vplivajo tudi njegove stranske skupine. Hidrofobne stranske verige v splošnem omogočajo boljšo lokalizacijo in sidranje antibiotika na tarčno mesto, še pomembneje pa je, da omogočajo precej močne intramolekularne interakcije, katerih vpliv je pojasnjen nekoliko višje v besedilu. [[slika: http://www.hull.ac.uk/php/chsanb/LMWeb/Image84.gif ]]
Rezistentne bakterije se učinku gikopeptidov lahko izognejo tako, da namesto zadnjega D-alanina v oligopeptide vgrajujejo D-laktat. Na takšne oligopeptide se glikopeptidi ne vežejo.

== Viri ==
*Kang H-K, Park Y. Glycopeptide Antibiotics: Structure and Mechanisms of Action. J Bacteriol Virol. 2015;45(2):67-78. http://synapse.koreamed.org/DOIx.php?id=10.4167%2Fjbv.2015.45.2.67.

*Höltje, J. V. Growth of the stress-bearing and shape-maintaining murein sacculus of Escherichia coli. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 181–203 (1998).

Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov

2017-05-14T21:35:16Z

Ajda Cafun:

== Sinteza bakterijske celične stene ==

Celična stena daje bakterijski celici trdnost in ščiti celično membrano pred poškodbami zaradi celičnega turgorja. V glavnem jo sestavlja polimer peptidoglikan, ki mu pravimo tudi murein. Po Gramu negativne bakterije imajo dve celični membrani, med katerima se v periplazemskem prostoru nahaja celična stena. Ta je široka od 7 nm do 8 nm in je sestavljena le iz nekaj plasti peptidoglikana. Po Gramu pozitivne bakterije nimajo dodatne zunanje celične membrane, celična stena, ki obdaja njihovo plazmalemo, pa je bolj debela. V širino meri od 20 nm do 80 nm, gradi pa jo lahko do 40 plasti peptidoglikana.

Peptidoglikan je zgrajen iz vzporednih sladkornih verig, povezanih preko oligopeptidov. V sladkornem ogrodju so izmenjujoče nanizani ostanki N-acetilglukozamina (NAG) in N-acetilmuraminske kisline (NAM), ki so povezani z β(1 → 4) glikozidno vezjo. Na D-laktilno skupino vsakega ostanka NAM je vezan tetrapeptid. Aminokisline v tem peptidu si sledijo po zaporedju: L-alanin, D-glutamin, 2,6-diaminopimelinska kislina (DAP) in D-alanin pri po Gramu negativnih bakterijah, pri po Gramu pozitivnih bakterijah pa je na tretjem mestu namesto DAP L-lizin. Pri po Gramu pozitivnih bakterijah ta povezava ni direktna, ampak poteka preko peptidnih mostičkov, ki so ponavadi sestavljeni iz petih zaporednih glicinskih ostankov.

Pri sintezi celične stene se sestavni elementi peptidoglikana izgradijo v citosolu, nato pa se prenesejo v periplazmo, kjer se povežejo med seboj. Na začetku se na molekulo NAM postopoma pripne 5 aminokislinskih ostankov. Prvi štirje si sledijo po prej navedenem zaporedju, kot peti pa je pripet še en dodaten D-alanin. Nastala molekula se nato preko NAM pripne na lipid C55-izoprenil pirofosfat, imenovan tudi baktrofenil, ki se nahaja v proti citosolu usmerjeni polovici celične membrane. Z NAM se v naslednjem koraku poveže NAG, na peptidni del pa se lahko doda še povezovalni glicinski mostiček. Celotna molekula se sedaj iz notranje polovice lipidnega dvosloja ob pomoči flipaze FtsW prestavi v zunanjo polovico, tako da sladkorno-peptidni del gleda v periplazemski prostor.
V periplazmi poteka povezovanje peptidoglikanskih enot s pomočjo transglikozilaz in transpeptidaz, ki jih z nadpomenko imenujemo penicilin-vezavni proteini (PBP). Transglikozilaza prepozna na lipidno komponento vezan peptidoglikanski prekurzor in poveže četrti C-atom ostanka NAG na prekurzorju s prvim C-atomom NAM, ki se nahaja na koncu izgrajujoče peptidoglikanske verige. Pri tem nastane β(1 → 4) vez, baktrofenil pa se odcepi in prenese nazaj v notranjo polovico fosfolipidnega dvosloja, kjer je pripravljen na sprejem novega prekurzorja. Sedaj se morajo oligopeptidi še prečno povezati, kar katalizira transpeptidaza. Encim odcepi končni D-alanin s pentapeptida na prekurzorju in D-alanin na preostalem tetrapeptidu poveže s tretjim aminokislinskim ostankom v sosednjem tetrapeptidu, bodisi direktno, bodisi preko vmesnega glicinskega mostička.

Bakterije lahko lastno celično steno tudi razgrajujejo. Pri tem sodelujejo avtolizini, ki so potrebni za obnavljanje in spreminjanje oblike celične stene, ter regulacijo njene rasti. Procesa izgrajevanja in razgrajevanja sta uravnotežena, ob določenih pogojih pa avtolizini sprožijo intenzivnejšo razgradnjo stene, ki vodi v celično lizo. Ta je lahko tudi posledica delovanja antibiotikov.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Mehanizem delovanja betalaktamskih antibiotikov ==

Betalaktamski antibiotiki, med katere spadajo penicilini, cefalosporini, karbapeni (v množini pisani zato, ker obstaja več različnih modifikacij vsakega antibiotika) in drugi, so učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji proteinov, ki vežejo penicilin. Potrebno je izpostaviti, da omenjene učinkovine ne delujejo na vse PBP, kar bi lahko sklepali iz imena teh proteinov, temveč na tiste, ki sodelujejo pri zadnjem koraku izgradnje celične stene, torej povezovanju peptidnih enot glikoproteinov. Z inhibicijo tega koraka vodijo celico v celično smrt. Delujejo tako na po Gramu pozitivne, kot tudi na po Gramu negativne bakterije. V večini primerov β-laktami inducirajo celično smrt prek razgradnje celične stene, obstajajo pa tudi primeri drugačnih mehanizmov celične smrti. Glavni tarčni protein β-laktamov, katerega inhibicija v največji meri pripomore k celični smrti, je DD-transpeptidaza, ki katalizira zadnji korak izgradnje celične stene, povezovanje dveh peptidnih verig. Encim ima v aktivnem mestu serinski ostanek, ki se kovalentno poveže s četrtim ostankom pentapeptida D-Ala, ob tem pa končni D-Ala izstopi iz peptidne verige. Na tako nastali acil-encim, se nato na končni D-Ala veže druga peptidna veriga preko L-lizinskega ali DAP ostanka na tretjem mestu. Povezani peptidni verigi izstopita iz aktivnega mesta encima. Tako je katalizirana povezava, ki zagotavlja čvrstost celične stene.

Z razumevanjem mehanizma katalitične aktivnosti omenjenega PBP, lahko razumemo, zakaj so betalaktamski antibiotiki njihovi uspešni inhibitorji. Kot že ime pove, je ključna in skupna lastnost učinkovin β-laktamski obroč. Gre za štiričlenski obroč, ki vsebuje en dušikov atom, na enega od treh ogljikovih atomov pa je vezana karbonilna skupina. Pogosto je na β-laktamski obroč vezan še en obroč, kar poveča afiniteto njegove vezave v aktivno mesto encima. Penicilini na primer vsebujejo dodaten 5-členski obroč, cefalosporini pa 6-členski obroč. Oba dodatna obroča vsebujeta po en elektronegativen žveplov atom. Molekula β-laktama zaradi strukturne podobnosti s končnim delom pentapeptida D-Ala-D-Ala, ki je naravni substrat DD-peptidaz, posnema njegovo vezavo v aktivno mesto, pri čemer pa ima zaradi že omenjenih strukturnih lastnosti večjo afiniteto za vezavo. Za razliko od naravnega substrat, ki z vezavo na aktivni serin omogoča izstop končnega ostanka iz pentapeptida, pa po vezavi β-laktamskega obroča ni možen izstop dela molekule, saj je elektrofilni C-atom, na katerega se -OH skupina serina veže, del obroča. Molekula ostane tako kovalentno vezana na aktivno mesto, ki s tem ni več zmožno opravljati svoje katalitične funkcije.

Različni β-laktamski antibiotiki imajo različne afinitete do enega ali več PBP, zato sprožijo različne morfološke spremembe bakterije. Proteini, ki spadajo v skupino PBP1, med drugim DD-transpeptidaza, vplivajo na elongacijo celice in njihova inhibicija v največji meri pripomore k lizi celične stene. Inhibicija PBP3 proteinov, ki vplivajo na celično delitev, povzroči filamentacijo celice, kar pomeni abnormalno elongacijo, pri čemer se celica ne deli. Inhibicija proteinov PBP3 je povezana z lizo, vendar v manjši meri kot inhibicija proteinov PBP1. Inhibicija proteinov PBP2, ki skrbijo za obliko celice, ne vodi v lizo celične stene. Ker je za lizo poleg inhibicije izgradnje celične stene potrebna tudi njena razgradnja s strani avtolizinov, so znanstveniki potrdili, da delovanje inhibitorjev proteinov PBP1 v največji meri spodbudi delovanje avtolizinov, delovanje inhibitorjev proteinov PBP2 pa v najmanjši meri.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Delovanje glikopeptidnih antibiotikov ==
Glikopeptidi so glikozilirani neribosomski peptidi, ki delujejo kot sterični inhibitorji zorenja peptidoglikanov grampozitivnih bakterij. Inhibirajo lahko delovanje dveh encimov, in sicer transglikozilaze in transpeptidaze. Ta inhibicija ne poteka preko vezave na encim, pač pa se glikopeptidi namesto tega vežejo na substrat omenjenih encimov, peptidoglikan, natančneje na njihov oligopeptidni del. Vezani glikopeptidi predstavljajo sterično oviro in encimoma preprečujejo dostop do peptidoglikana. Na ta način preprečujejo ustrezno povezovanje peptidoglikana. Posledično je inhibirana rast, smrt pa po navadi povzroči povečan tlak, ki nastane zaradi nezadostno povezanega peptidoglikana. Pride do osmotske lize. [[slika: http://4.bp.blogspot.com/-aMRnL9j_6ZY/UfVm0sjiUYI/AAAAAAAAA50/nvP133cuItU/s1600/transpeptidase-07.png ]]

Inhibicija preko vezave na substrat je mogoča zaradi posebne strukture glikopeptidov. Sestavljeni so iz osrednjega heptapeptida, ki ga tvorijo pretežno aromatske aminokisline. Na heptapeptidno ogrodje so vezane različne skupine, najpogosteje sladkorni ostanki, kloridni atomi in lipidne verige. Število aromatskih aminokislin v heptapetidu se med posameznimi glikopeptidi lahko razlikuje. V precej poznanem peptidnem antibiotiku, vankomicinu, je aromatskih aminokslin 5, medtem ko jih je v teikoplaninu 7. Aromatske aminokisline v osrednjem peptidu so oksidativno prečno povezane. Prečne povezave tvorijo posebno strukturno konformacijo, »čeljust«, v katero se vežejo peptidni deli peptidoglikana. [[slika: https://www.researchgate.net/figure/50893040_fig6_Figure-1-Chemical-structures-of-Type-I-1-vancomycin-2-balhimycin-and-Type-IV-3 ]]

Glikopeptidi se s čeljustmi vežejo na C-konce peptidoglikana, ki so ključni za tvorbo kompleksa transglikozilaza-peptidoglikan ali transpeptidaza-peptidoglikan. V splošnem glikopeptidi prepoznajo skupine aminokislin s stereokemijsko konformacijo -L-D-D, najmanjša enota, na katero se lahko vežejo, pa je -D-ala-D-ala. Za C-konce nastajajoče konce peptidoglikana, je značilno zaporedje L-lys-D-ala-D-ala, preko katerega transglikozilaza poveže dve peptidoglikanski enoti, transpeptidaza pa preko njega nove peptide vgrajuje v celično steno. Glikopeptidi z zaporedjem –D-ala-D-ala v peptidnem delu peptidoglikana tvorijo vodikove vezi in se na ta način, kljub svoji siceršnji rigidnosti, ovijejo okoli peptidoglikana, kar preprečuje vezavo encimov. Vodikove vezi po navadi nastanejo med C-končno karboksilno skupino motiva -D-ala-D-ala in amidnimi skupinami aminokislin iz heptapeptidnega ogrodja glikopeptidov. Mogoč je tudi nastanek vodikove vezi med aminsko skupino končnega alanina v motivu –D-ala-D-ala in kisikom karbonilne skupine osrednjega peptida. [[slika: http://offset.peczuh.uconn.edu/wp-content/uploads/sites/240/2015/08/b100912p-f2.gif. ]]

Večina glikopeptidnih antibiotikov lahko preko tvorbe vodikovih vezi tudi homodimerizira. Takšna homodimerizacija je skoraj vedno, izjema je le rizocitin, kooperativna z vezavo na zaporedje -D-ala-D-ala. Kooperativnost naj bi bila posledica tega, da vezava peptidoglikana v strukturo glikopeptida uvede simetrijo, ki omogoči tvorbo več intramolekularnih vezi. Slednje spremenijo konformacijo glikopeptida tako, da tesneje ovije peptid in tvori nove vezi. Dimerizacija predstavlja tudi večjo sterično oviro za transpeptidazo in transglikozilazo. Glikopeptidni antibiotiki, ki imajo večjo tandenco za dimerizacijo, so načeloma učinkovitejši.
Teikoplanin je najbolj znan antibiotik iz družine glikopeptidov, ki ne tvori homodimerov. Kljub temu je njegovo delovanje zelo učinkovito, saj vsebuje dodatno vezano N-subsituirano maščobnokislinsko stransko verigo. Ta je vezana preko glukozaminskega ostanka, ki je vezan na 4. aminokislino osrednjega heptapeptida. Iz tega je jasno razvidno, da na učinkovitost antibiotika vplivajo tudi njegove stranske skupine. Hidrofobne stranske verige v splošnem omogočajo boljšo lokalizacijo in sidranje antibiotika na tarčno mesto, še pomembneje pa je, da omogočajo precej močne intramolekularne interakcije, katerih vpliv je pojasnjen nekoliko višje v besedilu. [[slika: http://www.hull.ac.uk/php/chsanb/LMWeb/Image84.gif ]]
Rezistentne bakterije se učinku gikopeptidov lahko izognejo tako, da namesto zadnjega D-alanina v oligopeptide vgrajujejo D-laktat. Na takšne oligopeptide se glikopeptidi ne vežejo.

== Viri ==
*Kang H-K, Park Y. Glycopeptide Antibiotics: Structure and Mechanisms of Action. J Bacteriol Virol. 2015;45(2):67-78. http://synapse.koreamed.org/DOIx.php?id=10.4167%2Fjbv.2015.45.2.67.

*Höltje, J. V. Growth of the stress-bearing and shape-maintaining murein sacculus of Escherichia coli. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 181–203 (1998).

Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov

2017-05-14T21:32:50Z

Ajda Cafun: /* Sinteza bakterijske celične stene */

Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov

2017-05-14T21:29:15Z

Ajda Cafun: /* Sinteza bakterijske celične stene */

== Sinteza bakterijske celične stene ==

Celična stena daje bakterijski celici trdnost in ščiti celično membrano pred poškodbami zaradi celičnega turgorja. V glavnem jo sestavlja polimer peptidoglikan, ki mu pravimo tudi murein. Po Gramu negativne bakterije imajo dve celični membrani, med katerima se v periplazemskem prostoru nahaja celična stena. Ta je široka od 7 nm do 8 nm in je sestavljena le iz nekaj plasti peptidoglikana. Po Gramu pozitivne bakterije nimajo dodatne zunanje celične membrane, celična stena, ki obdaja njihovo plazmalemo, pa je bolj debela. V širino meri od 20 nm do 80 nm, gradi pa jo lahko do 40 plasti peptidoglikana.

Peptidoglikan je zgrajen iz vzporednih sladkornih verig, povezanih preko oligopeptidov. V sladkornem ogrodju so izmenjujoče nanizani ostanki N-acetilglukozamina (NAG) in N-acetilmuraminske kisline (NAM), ki so povezani z β(1 → 4) glikozidno vezjo. Na D-laktilno skupino vsakega ostanka NAM je vezan tetrapeptid. Aminokisline v tem peptidu si sledijo po zaporedju: L-alanin, D-glutamin, 2,6-diaminopimelinska kislina (DAP) in D-alanin pri po Gramu negativnih bakterijah, pri po Gramu pozitivnih bakterijah pa je na tretjem mestu namesto DAP L-lizin. Pri po Gramu pozitivnih bakterijah ta povezava ni direktna, ampak poteka preko peptidnih mostičkov, ki so ponavadi sestavljeni iz petih zaporednih glicinskih ostankov.

Pri sintezi celične stene se sestavni elementi peptidoglikana izgradijo v citosolu, nato pa se prenesejo v periplazmo, kjer se povežejo med seboj. Na začetku se na molekulo NAM postopoma pripne 5 aminokislinskih ostankov. Prvi štirje si sledijo po prej navedenem zaporedju, kot peti pa je pripet še en dodaten D-alanin. Nastala molekula se nato preko NAM pripne na lipid C55-izoprenil pirofosfat, imenovan tudi baktrofenil, ki se nahaja v proti citosolu usmerjeni polovici celične membrane. Z NAM se v naslednjem koraku poveže NAG, na peptidni del pa se lahko doda še povezovalni glicinski mostiček. Celotna molekula se sedaj iz notranje polovice lipidnega dvosloja ob pomoči flipaze FtsW prestavi v zunanjo polovico, tako da sladkorno-peptidni del gleda v periplazemski prostor.
V periplazmi poteka povezovanje peptidoglikanskih enot s pomočjo transglikozilaz in transpeptidaz, ki jih z nadpomenko imenujemo penicilin-vezavni proteini (PBP). Transglikozilaza prepozna na lipidno komponento vezan peptidoglikanski prekurzor in poveže četrti C-atom ostanka NAG na prekurzorju s prvim C-atomom NAM, ki se nahaja na koncu izgrajujoče peptidoglikanske verige. Pri tem nastane β(1 → 4) vez, baktrofenil pa se odcepi in prenese nazaj v notranjo polovico fosfolipidnega dvosloja, kjer je pripravljen na sprejem novega prekurzorja. Sedaj se morajo oligopeptidi še prečno povezati, kar katalizira transpeptidaza. Encim odcepi končni D-alanin s pentapeptida na prekurzorju in D-alanin na preostalem tetrapeptidu poveže s tretjim aminokislinskim ostankom v sosednjem tetrapeptidu, bodisi direktno, bodisi preko vmesnega glicinskega mostička.

Bakterije lahko lastno celično steno tudi razgrajujejo. Pri tem sodelujejo avtolizini, ki so potrebni za obnavljanje in spreminjanje oblike celične stene, ter regulacijo njene rasti. Procesa izgrajevanja in razgrajevanja sta uravnotežena, ob določenih pogojih pa avtolizini sprožijo intenzivnejšo razgradnjo stene, ki vodi v celično lizo. Ta je lahko tudi posledica delovanja antibiotikov.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

MEHANIZEM DELOVANJA BETALAKTAMSKIH ANTIBIOTIKOV

Betalaktamski antibiotiki, med katere spadajo penicilini, cefalosporini, karbapeni (v množini pisani zato, ker obstaja več različnih modifikacij vsakega antibiotika) in drugi, so učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji proteinov, ki vežejo penicilin. Potrebno je izpostaviti, da omenjene učinkovine ne delujejo na vse PBP, kar bi lahko sklepali iz imena teh proteinov, temveč na tiste, ki sodelujejo pri zadnjem koraku izgradnje celične stene, torej povezovanju peptidnih enot glikoproteinov. Z inhibicijo tega koraka vodijo celico v celično smrt. Delujejo tako na po Gramu pozitivne, kot tudi na po Gramu negativne bakterije. V večini primerov β-laktami inducirajo celično smrt prek razgradnje celične stene, obstajajo pa tudi primeri drugačnih mehanizmov celične smrti. Glavni tarčni protein β-laktamov, katerega inhibicija v največji meri pripomore k celični smrti, je DD-transpeptidaza, ki katalizira zadnji korak izgradnje celične stene, povezovanje dveh peptidnih verig. Encim ima v aktivnem mestu serinski ostanek, ki se kovalentno poveže s četrtim ostankom pentapeptida D-Ala, ob tem pa končni D-Ala izstopi iz peptidne verige. Na tako nastali acil-encim, se nato na končni D-Ala veže druga peptidna veriga preko L-lizinskega ali DAP ostanka na tretjem mestu. Povezani peptidni verigi izstopita iz aktivnega mesta encima. Tako je katalizirana povezava, ki zagotavlja čvrstost celične stene.

Z razumevanjem mehanizma katalitične aktivnosti omenjenega PBP, lahko razumemo, zakaj so betalaktamski antibiotiki njihovi uspešni inhibitorji. Kot že ime pove, je ključna in skupna lastnost učinkovin β-laktamski obroč. Gre za štiričlenski obroč, ki vsebuje en dušikov atom, na enega od treh ogljikovih atomov pa je vezana karbonilna skupina. Pogosto je na β-laktamski obroč vezan še en obroč, kar poveča afiniteto njegove vezave v aktivno mesto encima. Penicilini na primer vsebujejo dodaten 5-členski obroč, cefalosporini pa 6-členski obroč. Oba dodatna obroča vsebujeta po en elektronegativen žveplov atom. Molekula β-laktama zaradi strukturne podobnosti s končnim delom pentapeptida D-Ala-D-Ala, ki je naravni substrat DD-peptidaz, posnema njegovo vezavo v aktivno mesto, pri čemer pa ima zaradi že omenjenih strukturnih lastnosti večjo afiniteto za vezavo. Za razliko od naravnega substrat, ki z vezavo na aktivni serin omogoča izstop končnega ostanka iz pentapeptida, pa po vezavi β-laktamskega obroča ni možen izstop dela molekule, saj je elektrofilni C-atom, na katerega se -OH skupina serina veže, del obroča. Molekula ostane tako kovalentno vezana na aktivno mesto, ki s tem ni več zmožno opravljati svoje katalitične funkcije.

Različni β-laktamski antibiotiki imajo različne afinitete do enega ali več PBP, zato sprožijo različne morfološke spremembe bakterije. Proteini, ki spadajo v skupino PBP1, med drugim DD-transpeptidaza, vplivajo na elongacijo celice in njihova inhibicija v največji meri pripomore k lizi celične stene. Inhibicija PBP3 proteinov, ki vplivajo na celično delitev, povzroči filamentacijo celice, kar pomeni abnormalno elongacijo, pri čemer se celica ne deli. Inhibicija proteinov PBP3 je povezana z lizo, vendar v manjši meri kot inhibicija proteinov PBP1. Inhibicija proteinov PBP2, ki skrbijo za obliko celice, ne vodi v lizo celične stene. Ker je za lizo poleg inhibicije izgradnje celične stene potrebna tudi njena razgradnja s strani avtolizinov, so znanstveniki potrdili, da delovanje inhibitorjev proteinov PBP1 v največji meri spodbudi delovanje avtolizinov, delovanje inhibitorjev proteinov PBP2 pa v najmanjši meri.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

== Delovanje glikopeptidnih antibiotikov ==
Glikopeptidi so glikozilirani neribosomski peptidi, ki delujejo kot sterični inhibitorji zorenja peptidoglikanov grampozitivnih bakterij. Inhibirajo lahko delovanje dveh encimov, in sicer transglikozilaze in transpeptidaze. Ta inhibicija ne poteka preko vezave na encim, pač pa se glikopeptidi namesto tega vežejo na substrat omenjenih encimov, peptidoglikan, natančneje na njihov oligopeptidni del. Vezani glikopeptidi predstavljajo sterično oviro in encimoma preprečujejo dostop do peptidoglikana. Na ta način preprečujejo ustrezno povezovanje peptidoglikana. Posledično je inhibirana rast, smrt pa po navadi povzroči povečan tlak, ki nastane zaradi nezadostno povezanega peptidoglikana. Pride do osmotske lize. [[slika: http://4.bp.blogspot.com/-aMRnL9j_6ZY/UfVm0sjiUYI/AAAAAAAAA50/nvP133cuItU/s1600/transpeptidase-07.png ]]

Inhibicija preko vezave na substrat je mogoča zaradi posebne strukture glikopeptidov. Sestavljeni so iz osrednjega heptapeptida, ki ga tvorijo pretežno aromatske aminokisline. Na heptapeptidno ogrodje so vezane različne skupine, najpogosteje sladkorni ostanki, kloridni atomi in lipidne verige. Število aromatskih aminokislin v heptapetidu se med posameznimi glikopeptidi lahko razlikuje. V precej poznanem peptidnem antibiotiku, vankomicinu, je aromatskih aminokslin 5, medtem ko jih je v teikoplaninu 7. Aromatske aminokisline v osrednjem peptidu so oksidativno prečno povezane. Prečne povezave tvorijo posebno strukturno konformacijo, »čeljust«, v katero se vežejo peptidni deli peptidoglikana. [[slika: https://www.researchgate.net/figure/50893040_fig6_Figure-1-Chemical-structures-of-Type-I-1-vancomycin-2-balhimycin-and-Type-IV-3 ]]

Glikopeptidi se s čeljustmi vežejo na C-konce peptidoglikana, ki so ključni za tvorbo kompleksa transglikozilaza-peptidoglikan ali transpeptidaza-peptidoglikan. V splošnem glikopeptidi prepoznajo skupine aminokislin s stereokemijsko konformacijo -L-D-D, najmanjša enota, na katero se lahko vežejo, pa je -D-ala-D-ala. Za C-konce nastajajoče konce peptidoglikana, je značilno zaporedje L-lys-D-ala-D-ala, preko katerega transglikozilaza poveže dve peptidoglikanski enoti, transpeptidaza pa preko njega nove peptide vgrajuje v celično steno. Glikopeptidi z zaporedjem –D-ala-D-ala v peptidnem delu peptidoglikana tvorijo vodikove vezi in se na ta način, kljub svoji siceršnji rigidnosti, ovijejo okoli peptidoglikana, kar preprečuje vezavo encimov. Vodikove vezi po navadi nastanejo med C-končno karboksilno skupino motiva -D-ala-D-ala in amidnimi skupinami aminokislin iz heptapeptidnega ogrodja glikopeptidov. Mogoč je tudi nastanek vodikove vezi med aminsko skupino končnega alanina v motivu –D-ala-D-ala in kisikom karbonilne skupine osrednjega peptida. [[slika: http://offset.peczuh.uconn.edu/wp-content/uploads/sites/240/2015/08/b100912p-f2.gif. ]]

Večina glikopeptidnih antibiotikov lahko preko tvorbe vodikovih vezi tudi homodimerizira. Takšna homodimerizacija je skoraj vedno, izjema je le rizocitin, kooperativna z vezavo na zaporedje -D-ala-D-ala. Kooperativnost naj bi bila posledica tega, da vezava peptidoglikana v strukturo glikopeptida uvede simetrijo, ki omogoči tvorbo več intramolekularnih vezi. Slednje spremenijo konformacijo glikopeptida tako, da tesneje ovije peptid in tvori nove vezi. Dimerizacija predstavlja tudi večjo sterično oviro za transpeptidazo in transglikozilazo. Glikopeptidni antibiotiki, ki imajo večjo tandenco za dimerizacijo, so načeloma učinkovitejši.
Teikoplanin je najbolj znan antibiotik iz družine glikopeptidov, ki ne tvori homodimerov. Kljub temu je njegovo delovanje zelo učinkovito, saj vsebuje dodatno vezano N-subsituirano maščobnokislinsko stransko verigo. Ta je vezana preko glukozaminskega ostanka, ki je vezan na 4. aminokislino osrednjega heptapeptida. Iz tega je jasno razvidno, da na učinkovitost antibiotika vplivajo tudi njegove stranske skupine. Hidrofobne stranske verige v splošnem omogočajo boljšo lokalizacijo in sidranje antibiotika na tarčno mesto, še pomembneje pa je, da omogočajo precej močne intramolekularne interakcije, katerih vpliv je pojasnjen nekoliko višje v besedilu. [[slika: http://www.hull.ac.uk/php/chsanb/LMWeb/Image84.gif ]]
Rezistentne bakterije se učinku gikopeptidov lahko izognejo tako, da namesto zadnjega D-alanina v oligopeptide vgrajujejo D-laktat. Na takšne oligopeptide se glikopeptidi ne vežejo.

== Viri ==
*Kang H-K, Park Y. Glycopeptide Antibiotics: Structure and Mechanisms of Action. J Bacteriol Virol. 2015;45(2):67-78. http://synapse.koreamed.org/DOIx.php?id=10.4167%2Fjbv.2015.45.2.67.

*Höltje, J. V. Growth of the stress-bearing and shape-maintaining murein sacculus of Escherichia coli. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 181–203 (1998).

BIO2 Povzetki seminarjev 2016

2016-11-04T00:35:16Z

Ajda Cafun: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2016/2017 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2016/2017 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2016 stran]

=== Ime in priimek: Moj naslov ===
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Praesent in turpis ligula. Vivamus eget placerat lorem. Donec condimentum blandit turpis. Donec eu mi in risus efficitur pellentesque at pretium augue. Pellentesque tincidunt molestie sem, molestie feugiat ante vestibulum ut. Fusce nisi risus, ullamcorper laoreet lectus in, convallis tincidunt ipsum. Etiam mattis consequat sapien et gravida. Praesent et tellus porta nisl euismod dignissim vitae ut nibh. Proin imperdiet magna non urna consectetur, non venenatis nulla egestas. Suspendisse suscipit enim ligula, nec convallis eros tincidunt eget. Phasellus eget orci et lacus faucibus venenatis. Aliquam maximus congue diam, a gravida elit scelerisque at. Nulla ut mi eros. In hac habitasse platea dictumst. Sed feugiat metus dictum turpis varius, vel fringilla massa auctor. Duis hendrerit maximus odio, nec molestie erat congue imperdiet. Phasellus in iaculis mauris. Fusce vel imperdiet elit, id tempus odio. Etiam mattis imperdiet dapibus. Integer tempus odio ut nunc laoreet, at maximus dolor ultrices. Morbi tempor magna orci, a scelerisque est ullamcorper a. Proin eu tempus ante. Phasellus molestie ipsum eget aliquam feugiat. Proin non malesuada mi, in rhoncus justo. Cras sodales accumsan arcu porta porttitor. Fusce porta consectetur interdum. Donec sed finibus odio, nec maximus neque. Mauris dictum sem vel.

=== Vida Štrancar: Zaznavanje vročine pri rastlinah ===
V zadnjem obdobju smo zaradi globalnih klimatskih sprememb priča vse daljšim vročinskim valom. Ker so rastline pritrjeni organizmi, neugodnim razmeram ne morejo ubežati. Na neugodne razmere se prilagajajo tako, da se posledično zmanjša njihov pridelek. Zato je raziskovanje načinov aklimatizacije in celičnih signalnih poti zelo aktualno. Rastline vročino zaznavajo na celičnem nivoju in sicer s pomočjo več različnih sistemov. Vročina v celicah vpliva na strukturo proteinov, nabiranje reaktivnih kisikovih zvrsti, fluidnost membrane. Celica lahko s pomočjo molekul, ki zaznavajo te spremembe aktivira gene, ki sprožijo odziv na povišanje temperature. Verjetno imajo najpomembnejšo vlogo pri sporočanju kalcijevi ioni, ki v celico vdrejo preko kalcijevih kanalčkov, ki se odprejo ob povišani temperaturi. V celici se poviša tudi koncentracija lipidnih signalnih molekul, ki regulirajo gene za odziv na vročino. Pri tovrstnem stresu pride do spremembe strukture proteinov. Te popravlja sistemski odziv, ki vključuje proteine toplotnega šoka (Hsp). Ti preprečujejo agregacijo proteinov, ki bi lahko posledično vodila v hude napake delovanja. Kot signal so v celici uporabljene reaktivne kisikove zvrsti (ROS), ki nastajajo kot produkt pri metabolnih procesih. V jedru se nahaja termosenzor, histon H2A.Z, ki se temperaturno odvisno veže na promotorje genov, ki so povezani z odzivom na temperaturne spremembe. Sistem zaznavanja vročine je pri rastlinah zelo kompleksen, povezave med različnimi potmi pa zaenkrat ostajajo še neznane.

=== Janja Murn: Wnt signalizacija in njena regulacija ===
Wnt signalizacija, ki jo sproži vezava wnt proteina na Fzd membranski receptor, igra eno ključnih vlog v embrionalnem razvoju in pri obnavljanju poškodovanega tkiva. V jedru tarčne celice namreč spodbudi izražanje rastnih faktorjev, ki usmerjajo diferenciacijo embrionalnih oz. odraslih matičnih celic v ustrezno vrsto celic. Pri signalizaciji ima pomembno vlogo β-katenin, ki v jedru tarčne celice deluje kot ko-aktivator transkripcije prej omenjenih rastnih faktorjev. V odsotnosti wnt liganda poteka v citosolu ubikvitinacija β-katenina v t. i. uničevalnem kompleksu in posledična njegova proteoliza. Vezava wnt-liganda na receptor pa povzroči konformacijske spremembe in razpad uničevalnega kompleksa. Koncentracija β-katenina naraste in zato se le ta lahko prenese v jedro. Napake v wnt signalizaciji celice lahko privedejo do nenadzorovanih celičnih delitev, razvoja tumorja, kot tudi do nepopolnega razvoja centralnega živčnega sistema in posledične motorične ter mentalne zaostalosti. V kratkem so bili v membrani odkriti regulatorni mehanizmi, ki zmanjšujejo možnost nastanka napak v signalizaciji in razvoj omenjenih bolezni. Notum protein na primer zaustavi signalizacijo s preoblikovanjem wnt liganda, ki se zato ne veže na receptor. Med tem ko sta ZNRF3/RNF43 značilni ubikvitinin ligazi, ki z razgradnjo receptorskega kompleksa uravnavajo pretirano signalizacijo. V kratkem pa so bili odkriti tudi specifični ko-faktorji, ki povečujejo specifičnost signalizacije. Dobro poznavanje regulatornih mehanizmov pa v zdravstvu predstavlja potencial razvoja novih terapevtskih metod za uspešen boj z zgoraj naštetimi boleznimi.

=== Katarina Petra van Midden: Nekroptoza - programirana celična smrt ===
Dolgo časa so bili znanstveniki prepričani, da obstajata le dve vrsti celične smrti. Programirana apoptoza ter naključna in neurejena nekroza. Pred približno dvajsetimi leti so odkrili, da nekatere tipe nekroze vodijo signalne poti in ni tako nekontrolirana, kot so prvotno mislili. Tako obliko celične smrti so poimenovali nekroptoza. Za razliko od apoptoze za njeno izvedbo ne potrebujemo kaspaz (cistein-aspartatnih proteaz), morfološko pa je podobna nekrozi. Sproži jo lahko več dejavnikov. V tem seminarju sem opisala signalno pot, ki jo sproži vezava TNFα na receptor TNFR1. Vezava na ta receptor uravnava tri procese. Preživetje celice, apoptozo in nekroptozo. Kateri izmed njih se bo zgodil je odvisno od tvorbe TNFR1 kompleksov I in II in nekrosomskega kompleksa, ter spleta signalnih molekul, ki uravnavajo prehode med njimi. Aktivatorja nekroptoze sta kinazi RIP1 in RIP3, ki postaneta aktivni, ko je kaspaza 8 in s tem apoptotična celična smrt inhibirana. Taka oblika nekroptoze je že dokaj dobro raziskana, čeprav njen evolucijski pomen še ni popolnoma jasen. Najverjetneje se je razvila kot pomožna oblika celične smrti, v primeru, da je apoptoza blokirana. V nekaterih primerih, ko nekroptoza omogoči hitrejši odziv na nevarnost pa se pojavlja tudi kot preferenčna oblika celične smrti. Nekroptoza igra pomembno vlogo pri različnih vnetnih, infekcijskih in degenerativnih boleznih, zato je raziskovanje njenega mehanizma pomembno tudi v medicinske namene.

=== Maksimiljan Adamek: Avksin in njegova vloga v fototropizmu rastlin ===
Hormoni kot signalne molekule niso pomembni zgolj v živalskih, temveč tudi v rastlinskih organizmih. Najbolj raziskano skupino rastlinskih hormonov predstavljajo avksini, med katerimi prevladuje indol-3-ocetna kislina. Znano je, da so avksini vpleteni v številne rastlinske procese: embriogenezo, organogenezo in različne tropizme. Avksin določa spremembe celičnih procesov na podlagi omogočanja transkripcije genov s specifičnim zaporedjem ARE v promotorski regiji. Izražanje teh genov inhibirajo proteini Aux/IAA. Klasična signalna pot avksina vključuje vezavo hormona na receptorje v jedru, kar preko promoviranja potrebnih proteinov vodi v ubikvitinacijo inhibitorjev transkripcije, razgradnjo inhibitorjev s proteasomom 26S in sprostitev transkripcije genov. Molekule avksina imajo tudi zanimivo lastnost prehajanja med celicami in tkivi. V transport avksina po rastlini so preko sistemov fosforilacij, defosforilacij in klatrinskih veziklov vključeni različni proteini, med katerimi so pomembni predvsem proteini PIN. Poleg klasične signalne poti imajo avksini še druge pomembne vloge v rastlini. Primer tega je vloga avksina v fototropizmu, kjer se rastlina obrne in začne rasti proti svetlobi. Neenakomerna osvetlitev rastline sproži odziv, ki tok avksina usmeri na manj osvetljeno stran rastline. Tam avksin spodbudi rast celic in to povečanje celic na zgolj eni strani rastline spremeni smer njene rasti. Čeprav so omenjeni mehanizmi relativno dobro poznani, je veliko delov teh mehanizmov še neznanih in tako ponujajo priložnosti za nove raziskave.

=== David Dolhar: Delovanje interferonov tipa I pri imunskem odzivu ===

Interferoni tipa I so ene od ključnih molekul pridobljenega imunskega sistema. Z vezavo na IFNAR receptor ti citokini sprožijo signalne poti znotraj celice, katerih rezultat je ustavitev transkripcije virusnega genskega materiala. Preko encimov Janus kinaze 1 ter tirozin kinaze 2 poteka fosforilacija STAT1 ter STAT2 molekul. Ob dimerizaciji teh dveh molekul se STAT1-STAT2 homodimer poveže z regulatornim faktorjem IRF9, ta kompleks pa nato sproži prepis genov, stimuliranih s strani interferonov (interferon stimulated genes). IFNAR receptor lahko aktivira tudi druge signalne poti, kot na primer mTOR signalno pot, ki uravnava celično proliferacijo, avtofagijo ter transkripcijo genov za sintezo proteinov. Primer ISG je gen za prepis Mx1, ki pri okužbi z virusom gripe onemogoča prepis genskega materiala tega virusa. Predstavljena je raziskava, ki dokazuje pomembno vlogo STAT-1 aktivatorja transkripcije pri tej signalni poti. Interferoni tipa I sodelujejo v pridobljenem (specifičnem) imunskem sistemu v povezavi z dendritskimi celicami. Poleg tega interferoni tipa I po potrebi aktivirajo delovanje limfocitov T. Poleg pozitivnih učinkov lahko prekomerno izločanje interferonov tipa I v tkivu povzroči vnetne reakcije ter privede do imunosupresije. Naveden je primer virusa HIV-1, ki preko okuženih plazmacitoidnih dendritskih celic sproži signal za apoptozo drugače zdravih celic pomagalk. Rezultati predstavljenih študij nakazujejo na dvoreznost delovanja interferonov pri imunskem odzivu.

=== Dominik Rebek: Vloga proteinske družine Bcl-2 pri apoptozi ===

Programirana celična smrt je nepogrešljiv del mnogih bioloških procesov, od embrionalnega razvoja, delovanja imunskega sistema do delovanja živčnega sistema. Posledično je vpletena v mnoga bolezenska stanja. Med ta spada velik del težkih bolezenskih stanj, za katera še ne poznamo zdravila oziroma rešitve, in sicer nekatere nevrodegenerativne bolezni, rak, avtoimunske bolezni, atrofije, virusne okužbe itd. Zato so raziskave na področju regulacije apoptoze toliko bolj atraktivne in tudi obetajoče. Vemo, da apoptoza ni edina oblika celične smrti, je pa prevladujoča oblika programirane celične smrti. Ne povzroča vnetnega odziva, zato menim, da je nekroptoza na nekaterih področjih nikakor ne more nadomestiti. Naše znanje obsega poznavanje dveh poti apoptoze, intrinzične in ekstrinzične, ki se sicer lahko v določenih primerih tudi prepletata. Osnovni princip delovanja intrinzične poti je preko kaskade, ki vključuje člane proteinske družine Bcl-2 in aktivira kaspaze. Kaskada deluje po sistemu promotor aktivatorja kaspaz – inhibitor aktivatorja kaspaz – aktivator kaspaz – adapterska kaspaza – efektoska kaspaza. Mnogo poti in interakcij med molekulami vključenimi v celoten proces je še neraziskanih, obstoječe raziskave pa namigujejo na zelo kompleksen, raznolik in medsebojno prepleten sistem. Evolucija preferira tak sistem, saj ob nedelovanju posamezne poti ali komponente, ne zataji celoten sistem, ampak je mogoče okvaro obiti.

=== Lana Vogrinec: Metabolizem laktata v možganih ===

Možgani so sestavljeni iz različnih tipov celic, med katerimi so najbolj pomembni nevroni in glia celice. Najpogostejša vrsta glia celic so astrociti, ki nadzorujejo prenos hranil iz krvožilnega sistema do nevronov. Že nekaj časa je znano, da imajo različne možganske celice tudi različne metabolne profile. V astrocitih je močno izražen proces aerobne glikolize, pri katerem se glukoza pretvarja v laktat kljub prisotnosti kisika. Nasprotno je v nevronih bolj izražen oksidativen del metabolizma, glukoza pa večinoma vstopa v pentoza-fosfatno pot. Zaradi teh razlik mora obstajati metabolna povezava med obema tipoma celic. Ena izmed najbolj priznanih hipotez je model ANLS, ki predlaga, da obstaja prenašalni sistem za laktat v smeri iz astrocitov do nevronov. Tak prenašalni sistem se sproži ob aktivaciji nevronov, pri čemer je glavni signal zanj glutamat, ki se po vezavi na postinaptično celico reciklira v astrocitih. Po prejetju signala začnejo astrociti aktivno vnašati glukozo in jo pretvarjati v laktat. Ta se nato po MCT-transporterjih prenese do nevronov, ki ga uporabijo kot primarni vir energije med prenosom signala. Vse kaže, da ima laktat še druge pomembne funkcije v možganih, bolj raziskana je njegova vloga pri tvorbi dolgotrajnega spomina. Raziskave na tem področju torej niso pomembne samo za razumevanje kompleksnih možganskih poti, ampak predstavljajo tudi možnost za zdravljenje določenih nevrodegenerativnih bolezni, povezanih z okvarami spomina.

=== Ajda Cafun: Transkripcijska regulacija lipogeneze ter njena povezava z razvojem hepatosteatoze ===

Jetra so centralni organ za procesiranje in distribucijo lipidov v organizmih. Po obroku bogatem z ogljikovimi hidrati, se presežek glukoze v jetrih v procesu de novo lipogeneze pretvori v maščobne kisline, te pa v triacilglicerole (TAG), ki jih maščobne celice shranijo kot vir energije. Prevelika stopnja lipogeneze in sinteze TAG v jetrih povzroči hepatosteatozo, tj. akumulacijo TAG v jetrih. 90% obolelih za hepatosteatozo posledično razvije resistenco na inzulin in s tem diabetes tipa 2. Raziskave so pokazale, da imajo encimi, ki sodelujejo pri metabolizmu lipidov v jetrih, na promotorskih regijah genov nekatera enaka prepoznavna mesta za vezavo transkripcijskih faktorjev, ki aktivirajo transkripcijo genov. To pomeni, da je izražanje teh encimov koordinativno regulirano. Transkripcijski faktorji, ki regulirajo metabolizem lipidov v jetrih so USF, SREBP1C, LXR in ChREBP. Signal insulina sproži PI3K/Akt signalno pot, ki vpliva na aktivacijo USF in SREBP1C, medtem ko signal glukoze sproži signalno pot, ki aktivira ChREBP. Aktivirani transkripcijski faktorji se vežejo na pripadajoče regije promotorjev in povzročijo transkripcijo genov. Prevelika raven izražanja transkripcijskih faktorjev vodi do preintenzivne lipogeneze in s tem do razvoja hepatosteatoze. Ker so omenjeni transkripcijski faktorji ključni regulatorji metabolizma lipidov v jetrih, imajo velik potencial kot tarčni proteini pri zdravljenju jetrnih obolenj.

=== Anja Šantl: Nova biologija diabetesa ===

Sladkorna bolezen tipa 2 je najpogosteje posledica nezdravega načina življenja. Začetno stanje je inzulinska rezistenca do katere pride, kadar normalna količina inzulina ne zadošča, da pride do pravilnega odziva tkiv. Na površju celic se nahaja inzulinski receptor, ki nadzoruje vstop sladkorja v celice. Pri nezdravi prehrani (hrana z visokim glikemičnim indeksom) lahko pride do okvar receptorjev, celice pa postanejo odporne na inzulin. Če sladkorne bolezni ne zdravimo in traja dlje časa, pride do izčrpanosti beta celic, saj celice niso zmožne konstantne povečane proizvodnje inzulina. Višek inzulina v telesu povzroča celo vrsto nevšečnosti: bolezni srca in ožilja, zvišan krvni pritisk, slepoto, odpoved ledvic… Raziskovanje 'forkhead box' proteinov, transkripcijskih faktorjev, je omogočila nov pogled na inzulinsko aktivnost. V skupino FOX spada veliko transkripcijskih faktorjev, ki opravljajo najrazličnejše biološke funkcije za spodbujanje fleksibilnost metabolizma. Pri vplivu na sladkorno bolezen je najpomembnejši FOXO1, ki vpliva na rast, funkcije in diferenciacijo beta celic. FOXO1 je pomemben tudi pri vzdrževanju funkcij in lastnosti beta celic v stanju metaboličnega stresa. Ta vodi do apoptoze, napak pri delitvi celic ter do dediferenciacije. Odkrite povezave FOXO in beta celic predstavljajo potencial za razvoj novih načinov zdravljenja diabetesa tipa 2.

BIO2 Seminar 2016

2016-11-03T07:22:54Z

Ajda Cafun: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Vida Štrancar || 12 || Zaznavanje vročine pri rastlinah || Jošt Hočevar || Neli Sedej || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Janja Murn || 12 || Wnt signalizacija in njena regulacija || Ana Halužan Vasle || Domen Vaupotič || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Katarina Petra van Midden || 12 || Nekroptoza- programirana celična smrt || Veronika Razpotnik || Tina Ivančir || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Dominik Rebek || 12 || Vloga proteinske družine Bcl-2 pri apoptozi || Maša Bratkovič || Katja Malenšek || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| Maksimiljan Adamek || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2016#Maksimiljan_Adamek:_Avksin_in_njegova_vloga_v_fototropizmu_rastlin Avksin in njegova vloga v fototropizmu rastlin] || David Dolhar || Maša Zorman || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| David Dolhar || 12 || Delovanje interferonov tipa I pri imunskem odzivu || Andrej Ivanovski || Jurij Nastran || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| Anja Šantl || 14-15 || || Vida Štrancar || Jošt Hočevar || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Lana Vogrinec || 14-15 || Metabolizem laktata v možganih || Janja Murn || Ana Halužan Vasle || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Ajda Cafun || 14-15 || Transkripcijska regulacija hepatičnega metabolizma lipidov || Katarina Petra van Midden || Ana Obaha || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Iztok Štuhec || 16 || || Dominik Rebek || Maša Bratkovič || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Valentina Novak || 16 || || Maksimiljan Adamek || David Dolhar || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Zala Živič || 16 || || Ana Obaha || Andrej Ivanovski || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Natalija Pucihar || 17 || || Mateja Luzar || Kristina Piškur || 15/11/16 || 17/11/16 || 22/11/16
|-
| Aljaž Božič || 17 || || Anja Šantl || Vida Štrancar || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Ajda Lenardič || 17 || || Lana Vogrinec || Janja Murn || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Tanja Peric || 17 || || Ajda Cafun || Katarina Petra van Midden || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Kristina Piškur || 18 || || Natalija Pucihar || Mateja Luzar || 22/11/16 || 24/11/16 || 29/11/16
|-
| Nejc Arh || 18 || || Iztok Štuhec || Dominik Rebek || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Tomaž Žigon || 18 || || Valentina Novak || Maksimiljan Adamek || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Urban Ferčec || 18 || || Zala Živič || Veronika Razpotnik || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Eva Klemenčič || 19 || || Aljaž Božič || Anja Šantl || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| David Titovšek || 19 || || Ajda Lenardič || Lana Vogrinec || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| Karmen Žbogar || 19 || || Tanja Peric || Ajda Cafun || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| Aljoša Marinko || 20 || || Nejc Arh || Iztok Štuhec || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Pia Lavriha || 20 || || Tomaž Žigon || Valentina Novak || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Samo Purič || 20 || || Urban Ferčec || Zala Živič || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Mateja Luzar || 21 || || Kristina Piškur || Natalija Pucihar || 13/12/16 || 15/12/16 || 20/12/16
|-
| Ela Hudovernik || 21 || || Eva Klemenčič || Aljaž Božič || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Neli Sedej || 21 || || David Titovšek || Ajda Lenardič || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Domen Vaupotič || 21 || || Karmen Žbogar || Tanja Peric || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Tina Ivančir || 22 || || Aljoša Marinko || Nejc Arh || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Katja Malenšek || 22 || || Pia Lavriha || Tomaž Žigon || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Maša Zorman || 22 || || Samo Purič || Urban Ferčec || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Jurij Nastran || 23 || || Ela Hudovernik || Eva Klemenčič || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Jošt Hočevar || 23 || || Neli Sedej || David Titovšek || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Ana Halužan Vasle || 23 || || Domen Vaupotič || Karmen Žbogar || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Ana Obaha || 23 || || Tina Ivančir || Aljoša Marinko || 10/01/17 || 12/01/17 || 17/01/17
|-
| Maša Bratkovič || 23 || || Katja Malenšek || Pia Lavriha || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|-
| Veronika Razpotnik || 23 || || Maša Zorman || Samo Purič|| 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|-
| Andrej Ivanovski || 23 || || Jurij Nastran || Ela Hudovernik || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2016|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2016 Povzetki seminarjev

2016-05-30T16:52:55Z

Ajda Cafun:

[[TBK2016-seminar|Nazaj na osnovno stran]]
===Nadja Škafar: Ionska črpalka za transport cezijevih ionov===
Okoljski problemi spadajo med največje probleme s katerimi se mora soočati človeštvo v 21. stoletju. Mednje spada tudi onesnaženost okolja z radioaktivnimi elementi, ki se kopičijo v okolju, predvsem ob jedrskih katastrofah. Na inštitutu Nayoga Institute Of Technology so prišli na idejo, da bi se lahko radioaktivnih elementov iz okolice (natančneje cezijevih ionov) znebili s pomočjo ionskih črpalk. Njihova raziskava je temeljila na predhodnih raziskavah v katerih so že uspeli ustvariti črpalke za transport kalijevih ionov, sami pa so ta mehanizem želeli razširiti še na ostale monovalentne katione. Delali so z bakteriorodopsinom KR2 (ima vlogo ionske črpalke), tako da so mu spreminjali propustnost z vezavo različnih aminokislin na mesti Asn61 in Gly263. Ta dva aminokislinska ostanka namreč gradita prehod skozi črpalko in sta odgovorna za prehod kationov skozi le to. Ustvarili so več proteinskih mutantov in nato preverjali aktivnost transporta. Ugotovili so, da večje aminokisline vključene na ti mesti, uničijo lokalne strukture selektivnega filtra črpalke in s tem povzročijo konformacijske spremembe proteina in zvečajo radij odprtine skozi katero potujejo kationi. Od vseh proteinskih mutantov je bil za transport cezijevih ionov najuspešnejši N61L/G263F (KR2Cs+). Cilj raziskave je bil dosežen, vendar pa bo potrebno opraviti še veliko raziskav, preden bo ideja prišla v dejansko uporabo.

===Ana Obaha: Vloga microRNA pri razvoju osteosarkoma in glioblastoma===
Namen raziskave je odkriti razlike med biološkimi procesi normalnih in rakastih celic. Ta je sicer osredotočena na osteosrakom in glioblastom, zelo agresivni obliki raka, vendar aplicira tudi na ostale tipe te bolezni. Pomembna faza tumotjev je mirujoča faza oziroma asimptomatična faza, ki lahko traja tudi več let. Ker abnormalnih celic še ne znamo spremeniti v normalne, znanstveniki skušajo iznajti način za njihovo obvladovanje in ohranjanje teh v fazi mirovanja. Ključno vlogo pri tem imajo kratke molekule RNA imenovane microRNA (miRNA). Le-te regulirajo potranskripcijsko sintezo beljakovin. Poznamo več kot 1000 takih molekul, vendar kot najpomembnejšo raziskovalci spoznajo molekulo miRNA-190. Povečana koncentracija te molekule v rakastih celicah ohranja tumor v stanju mirovanja, saj vpliva na nastanek transkripcijskih faktorjev in beljakovin povezanimi z njimi. To predstavlja osnovni koncept odkrivanja zdravila proti raku. Znanstveniki so na tej osnovi razvili nanozdravilo, katerega naloga je ohranjanje konstanrno visoke ravni miRNA le v rakastih celicah ne pa tudi ostalih, zdravih. Ta način zdravljenja je bil do sedaj testiran le na miših in ga čaka še dolga pot do uveljavljenega zravila, ki bi ga uporabili za učinkovito zdravljenje ljudi.

===Urban Ferčec: Vpliv proteina BRCA1 na Alzheimerjevo bolezen ===
Alzheimerjeva bolezen prizadene več milijonov ljudi letno, pri čemer je rešitev s pomočjo raziskave E. Suberbielle et al korak bližje. Raziskava se je osredotočila na protein BRCA1, ki je bil v preteklih raziskavah povezan predvsem z rakavimi obolenji. Postavljena je bila hipoteza, da je število dvojnih zlomov krivo za nastanek številnih bolezni živčevja ter možganov, kar v ekstermnih primerih privede tudi do Alzheimerjeve bolezni. S pomočjo tega je bil namen raziskave najti napako pri popravilih dvojnega zloma, ki bi lahko služil kot podlaga za pomoč bolnikov Alzheimerjeve bolezni. V raziskavi je je bilo ugotovljeno, da je prav mutacija na genu BRCA1 razlog za večje število dvojnih zlomov vijačnice, ki privedejo do pomankanja kognitivnih sposobnosti organizma. Poslabšanje je moč opaziti tudi na nevronskih celicah, kjer manjša koncentracija BRCA1 v možganih zmanjša tako velikost kot aktivnost nevronov. Čeprav so raziskave z BRCA1 šele v začetni fazi, pa opisana raziskava polaga osnovo, na kateri bodo prihodnje raziskave zagotovo polagale. Tako lahko le upamo, da bo v prihodnjih letih najdena metoda, pri kateri bodo raziskovalci sposobni nadomestiti BRCA1 v možganih bolnikov z AB ter jim s tem dali drugo priložnost.

===Janja Murn:Virus HSV uspešen v boju z imunskim sisitemom ===
Virusi, kot patogeni organizmi, predstavljajo sesalcem že milijone let veliko nevarnost. V odgovor pred njihovim vdorom je organizem razvil celično posredovano imunost, pri kateri citotoksični limfociti T odstranjujejo vse tuje antigene iz organizma. Težava pa je, da limfociti ne morejo neposredno dostopati do virusnih antigenov v celici. Tako ima pomembno vlogo pri nastanku imunskega odziva predstavljanje antigenov receptorjem limfocitov. To nalogo opravljata receptor TAP in molekule PHK I. TAP omogoča prenos antigenov v lumen endoplazemskega retikuluma. Antigeni nastajajo v citosolu v procesu proteolize. Molekule PHKI pa prenesejo antigene na membrano antigen predstavljajoče celice. Vendar so se tekom evolucije razvijali tudi virusi in nekateri so postali posebno spretni pri vdiranju v gostitelja. Virus Herpes je razvil način, pri katerem s sintezo proteina ICP47 inhibira delovanje TAP in tako onemogoča izražanje antigenov na membrani celic. V raziskavi, ki je bila objavljena pred kratkim, so znanstveniki s pomočjo krio-EM mikroskopije ugotovili, da se protein ICP47 veže na peptidna vezavna mesta v receptorju TAP in tako onemogočijo vezavo in transport peptidov. Krio-EM je tako ekipi raziskovalcev omogočila podrobno poznavanje strukture kompleksa ICP47-TAP, na čemer bi lahko v prihodnje temeljil razvoj novih zdravstvenih metod v boju z virusom Herpes simpleks.

===Ela Hudovernik: Nevroni pod žarometi proteina FlicR1 ===
Za razumevanje delovanja možganov, ki so zelo kompleksen organ, je bistvena analiza procesov v nevronih, njihove mesebojne komunikacije in interakcij. Ena izmed tehnik za preučevanje nevrološke aktivnosti, je spremljanje dogajanja v možganih z uporabo fluorescentnih proteinov. Zaenkrat so še vedno v uporabi pretežno zeleni fluorescenti proteini, s katerimi je zaradi slabše ločljivosti in počasnega delovanja procese v nevronih težje spremljati. Znanstveniki so pred kratkim sintetizirali protein, ki so ga poimenovali FlicR1, ki se od običajnih fluorescentnih proteinov razlikuje po tem, da deluje kot detektor spremeb mirovnega membranskega potenciala in obenem tudi fluorescira. Zgrajen je iz dveh domen. Domena cpRFP je odgovorna za fluorescenco (rdeča svetloba), domena CiVSD pa je napetnostno občutljiva in preko konformacijskih sprememb, do katerih pride ob spremembi električne napetosti na membrani, vzbudi domeno cpRFP, da začne fluorescirati. Sinteza proteina je potekala v več korakih. Njegovo delovanje so najprej preverili v celicah HEK. V zaključnih fazah eksperimenta so delovanje protina FlicR1 preverili tudi v nevornih, izoliranih iz mišjega hipokampusa. Izkazal se je kot zelo primeren indikator za spremljanje dogajanja možganih, saj deluje dovolj hitro in omogoča detekcijo posameznih akcijskih potenicialov. V prihodnje bo mogoče z uporabo podobno delujočih proteinov bolje spoznati delovanje možganov, kar bo pripomoglo k razvoju naprednih tehnik zdravljenja degenerativnih možganskih bolezni.

=== Vida Štrancar: Vloga konformacijske spremembe kinaze v procesu bakterijske kemotakse ===
Bakterijska kemotaksa je proces, ki obsega zaznavanje dražljaja, senzorično transdukcijo in odziv nanj, ki se kaže v obliki gibanja v smeri ali stran od koncentracijskega gradienta določene snovi. Kadar se na membranske kemoreceptorje vežejo za bakterijo ugodne molekule, se ta giblje v smeri povečane koncentracije, nasprotno pa ob vezavi strupov bakterija spremeni smer, stran od koncentracijskega gradienta strupa. Spremembo smeri gibanja omogoča vrtenje bička, ki se lahko vrti v smeri urinega kazalca in obratno. Raziskava, ki jo v seminarju obravnavam, se osredotoča na molekule, ki posredujejo informacije od membranskih kemoreceptorjev, ki zaznavajo ligande, do flagelarnih motorčkov, ki oblikujejo odziv. Bolj specifično se raziskava ukvarja z določanjem 3D strukture CheA in CheW proteinov, ki so pripeti na membranske kemoreceptorje. Protein CheA je histidinska kinaza in vrši avtofosforilacijo, ki nadalje omogoča fosforilacijo proteina CheY. Fosforilirana oblika CheY potuje skozi citoplazmo do flagelarnih motorčkov in povzroči, da se bički začnejo vrteti v nasprotni smeri urinega kazalca. Glavno odkritje raziskave razkriva podrobnejšo strukturo proteina CheA in dve konformacijski stanji domene P4 CheA proteina. Kljub odkritju ostaja nejasen mehanizem pretvorbe signala iz receptorjev na CheA kinazo, zato bodo na tem področju potrebne še dodatne raziskave.

=== Andrej Ivanovski: Genski spmenjeni komarji bi lahko pomagali boj proti malariji ===
S slisanje na termin genetestki speremenjen,alarm za opozorilo se vklucuje pri mnogih,ampak kod nevoranost ali ne, gre za tehniko ki deluje dobr na celotni svet.Inzenjeri ki so delali s komarjev podajo nam resitev za odprava na vrocino in tudi nam podajo resitev za odpravo na vecji problem,kod je malarija.
Malarija je nalezljiva bolezen, ki jo povzrocajo nekatere vrste zajedavskih prazivali iz razreda trosovcec, plazmodiji (Plasmodium).Glavni prenasalci malarije so Okužene samice, komarja ki prenašajo trose plazmodija v žlezah slinavkah. Ko pičijo človeka, se trosi prenesejo v njegovo kri in se začnejo množiti v jetrih. Nastanejo merozoiti, ki vstopajo v rdeča krvna telesca (eritrocite), kjer se nadalje delijo, dokler eritrocit ne poči. Takrat bolnik dobi napad. Kako glavni prenasalci so komarji , Anopheles gambiae in inficirajo vec od 200 miljonov ljudi vsako leto in povzrocajo smrt na vec od 430,000 ljudje.
=== Kaja Ujčič: Imunski sistem kot spodbujevalec raka ===
Imunski sistem ima pomembno vlogo pri preprečevanju rakastih obolenj. Naravne celice ubijalke oziroma NK-celice imajo v telesu nalogo uničevanja rakastih celic. STAT5 je regulatorni protein, ki regulira transkripcijo določenih genov. Prisoten je lahko v neaktivni ali aktivni (fosforilirani) obliki. V rakastih celicah je neprestano v aktivni obliki, zato se nekateri geni nenormalno izražajo, kar je vzrok za nenavadne lastnosti rakastih celic. Znanstveniki torej iščejo načine zdravljenja raka z inhibicijo tega proteina. Nedavno so bili objavljeni rezultati raziskave, ki kažejo, da ima protein STAT5 pomembno vlogo tudi v NK-celicah, zato bi njegova inhibicija lahko povzročila njihovo okvaro in s tem nezmožnost uničevanja rakastih celic. V odsotnosti STAT5 je močno zmanjšana proliferacija, dozorelost in citotoksičnost NK-celic ter povečana angiogeneza. STAT5 torej deluje kot molekulsko stikalo, ki preklaplja med dvema funkcijama NK-celic – inhibicijo in promocijo tumorja. Ta odkritja silijo v dodaten razmislek o možnih posledicah zdravljenj, ki ciljajo na aktivnost STAT5, in so podlaga za nadaljne raziskave ter kažejo na nujnost razvijanja zdravil s čim bolj optimalnim učinkom.

=== David Dolhar: Umetna mišična tkiva s sposobnostjo samoobnove le stvar prihodnosti? ===
V zadnjem času je razvoj organskih polimerov doživel hiter razvoj. V seminarju sem se osredotočil na tehniko združevanja kovalentnih (C-polimerov) ter nadmolekulskih polimerov (S-polimerov), katerih sinteza in preučevanje spada v področje fizike mehke snovi. Ideja kombiniranja teh polimerov je ustvarjanje hibridnega polimera (CNC-polimera). Ta vrsta polimera po fizičnih lastnostih močno spominja na mišično vlakno, saj v nasprotju s sedaj obstoječimi kovalentnimi polimeri tvori daljše verige z bolj urejeno strukturo. V seminarju so prikazane tri oblike monomerov, ki jih lahko učinkovito povežemo v hibridne polimere, predstavljene pa so tudi značilnosti struktur, v katere se ti polimeri povezujejo. Osrednje sredstvo za vezivo tako ostajajo povezave med aromatskimi obroči kovalentnih monomerov, le da dodatni nadmolekulski monomeri dovoljujejo dodatno stabilizacijo strukture ter tako nudijo bolj ugodno termodinamsko postavitev v hibridnem polimeru v primerjavi s standardnim kovaletnim polimerom. Dobra lastnost hibridnega polimera je tudi, da lahko nadmolekulski del hibrida po želji nadomestimo z novimi enotami s procesi dialize, ekstrakcije ter rekonstitucije. Odkritja na tem področju nudijo integracijo znanja s številnimi drugimi raziskavami, npr. električne prevodnosti organskih polimerov, kar pomeni še korak bližje k ustvarjenju umetnega mišičnega tkiva.

=== Dominik Rebek: Vloga RQC sistema pri agregaciji proteinov ===
Veliko zanimanja so v zadnjih letih znanstveniki pokazali za raziskovanje povezave med velikimi proteinskimi agregati oziroma skupki, predvsem tistimi, ki nastanejo znotraj živčnih celic, in nevrodegenerativnimi boleznimi, kot sta Alzheimerjeva in Huntingtonova bolezen. Agregacija je sicer del običajnega delovanja celic, do bolezenskih stanj vodi, če pride do agregacije okvarjenih proteinov. Ekipa, ki je napisala članek, ki sem ga izbral, se je posvetila raziskovanju povezave med okvaro sistema ribosomske kontrole kakovosti in agregacijo nefunkcionalnih polipeptidnih verig. Vse se začne pri molekuli mRNA brez stop kodona. Pri translaciji takšne molekule pride do prevajanja nekodirajočih regij, zaradi česar lahko veriga zastane na ribosomu. Težavo običajno reši kontrolni sistem, ki pa v primeru okvare vpliva na agregacijo takšnih verig. Nastali agregati pa delujejo kot seme, saj se z njimi povežejo tudi delujoči proteini. To posledično vodi do zrušenja proteostatskega ravnotežja v celici. S svojim delom je ekipa utrla pot do novih vprašanj, na katera še nimamo točnih odgovorov. Ključno vprašanje, na katerega bodo poskušali odgovoriti s prihodnjimi raziskavami, je, ali nevrodegenerativne motnje temeljijo na agregaciji zastalih polipeptidov in proteostatskem neravnovesju.

=== Lana Vogrinec: Uporaba nefotosintetskih bakterij za pridobivanje spojin iz sončne energije ===
V nalogi sem se posvetila procesu umetne fotosinteze, s katero se znanstveniki iz različnih področij že več let ukvarjajo. Sistem, ki bi bil zmožen posnemati ta naravni proces, bi na učinkovit način rešil problem onesnaženja s toplogrednim plinom CO2, hkrati pa bi bilo mogoče fotosintetske produkte uporabiti za predelavo v industrijsko pomembne surovine, na primer gorivo. Osredotočila sem se na članek z naslovom Self-photosensitization of nonphotosynthetic bacteria for solar-to-chemical production - avtorjev K. K. Sakimota, A. B. Wonga in P. Yanga, objavljen v reviji Science 1. 1. 2016. V njem je opisana sestava in delovanje hibridnega sistema nefotosintetske bakterije Moorella thermoacetica in njenega biološko oborjenega delca, kadmijevega sulfida (CdS). Hibrid deluje tako, da kadmijev sulfid, ki ga je bakterija ob dodatku določenih snovi sposobna sama proizvajati, služi kot sprejemnik sončne svetlobe. Elektroni, ki se ob tem vzbudijo, vstopajo v presnovne procese bakterij, natančneje v Wood-Ljungdahlovo pot, v kateri se CO2 reducira v etanojsko kislino. Tak sistem ima veliko prednosti, saj sam proizvaja delce, potrebne za absorpcijo svetlobe in ima velik izkoristek celo v primerjavi z naravno fotosintezo. Prav tako je obetavna možnost samostojne regeneracije, saj se majhen delež produktov, ki nastanejo pri fotosintezi, shranjuje v obliki biomase. Na tak način sistem raste, se vzdržuje in reproducira izključno na podlagi sončne energije.

=== Aljaž Božič: Bakterije prehajajo med celicami sočasno s procesom trogocitoze ===
Bakterije uporabljajo različne načine za razmnoževanje in širjenje v nove celice. Nekatere bakterije so sposobne prehajati med celicami brez da bi vstopile v medcelični prostor. Take bakterije uporabljajo posebne mehanizme za prehode med celicami (npr. gibljivost s pomočjo aktina). Raziskava na bakterijah Francisella tularensis pa kaže, da so bakterije sposobne prehajati med celicami tudi brez posebnih mehanizmov ob medceličnih stikih celic. Natančneje ob procesu trogocitoze; pojavu, kjer limfociti, ki so povezani s celicami, ki vsebujejo ustrezne antigene prevzamejo proteine iz plazmaleme teh celic in jih dodajo na svojo površino. Vendar pa je proces trogocitoze omejen le na limfocite, zato so takega prehajanja med celicami sposobne le bakterije, ki lahko preživijo v limfocitih. Poleg tega lahko na ta način okužijo le tiste tipe celic, ki vršijo trogocitozo. Natančen mehanizem prehoda bakterij med celicami še ni znan, prehod pa je sočasen s trogocitozo, torej je le ta lahko označevalec za prehode bakterij. Prehod baterij med celicami pa ni omejen zgolj na bakterijo Francisella tularensis, saj so rezultati za bakterijo Salmonella enterica serovar Typhimurum podobni. Verjetno se tudi njima podobne bakterije obnašajo enako.

=== Polona Skrt: Aktivnost mitohondrija in staranje kožnih celic===
Raziskave staranja so že nekaj časa zelo aktualne in med najbolj sprejetimi teorijami je povezava med spremenjenim delovanjem prenašalnih verig mitohondrija, posledično nastajanjem večje količine reaktivnih kisikovih zvrsti(ROS), in staranjem celic ter tkiv. Celična senescenca oz. staranje je pravzaprav odziv ne stres(krajšanje telomer, poškodbe DNA), ki se kaže kot izguba sposobnosti delitve celice. To posledično privede do preprečitve razvoja raka, vendar tudi do kopičenja teh celic v tkivih ali omejitve zmožnosti regenerativnih zalog matičnih celic. Poudarek te raziskave je na povezavi aktivnosti mitohondrijskega kompleksa II, ki je del dihalne verige in je najmanj preučen sistem od vseh petih. Ta kompleks je zgrajen iz 4 podenot in za razliko od sorodnih treh kompleksov ni protonska črpalka. Njegova naloga je dovajanje elektronov(prek FAD) ubikinonu(koencimu Q10), ki se nato reducira. Pri temu nastajajo tudi ROS, ki so v skladu z obravnavano teorijo o staranju povzročitelji veliko poškodb DNA. V raziskavi so preučevali povezavo med aktivnostjo kompleksa II in naraščajočo starostjo. Ugotovitve so pokazale, da z naraščajočo starostjo darovalcev kožnih celic pada aktivnost kompleksa II v senescentnih fibroblastih. Vzrok za staranje celic bi tako lahko bile večje količine ROS ali pa dejansko znižana aktivnost kompleksa II.

=== Domen Vaupotič: Biokemija v boju proti otrokom===
Svetovna populacija ljudi presega sedem milijard in še vedno strmo narašča, zaradi česar se že desetletja pojavlja potreba po novih oblikah kontracepcije. Prikrajšani so predvsem moški, saj poleg nereverzibilne vazektomije in nezanesljivega kondoma nimajo na voljo drugih kontracepcijskih sredstev, čeprav raziskovalci že trideset let pozornost usmerjajo v razvoj tako hormonalnih kot nehormonalnih učinkovin. Miyata je s svojo ekipo raziskovalcev pri miših raziskal vlogo kalcinevrina pri mobilnosti spermijev in plodnosti ter ugotovil, da inhibicija kalcinevrina povzroča močno zmanjšano aktivnost spermijev in posledično neplodnost samca. Inhibitorji kalcinevrina, kot sta ciklosporin A in FK506, se v medicini uporabljajo po presaditvi organov kot zaviralca imunskega odziva, saj je kalcinevrin vpleten tudi v aktivacijo T-celic. Uporaba tovrstnih inhibitorjev kot kontracepcijsko sredstvo zato ni mogoča, v nadaljnjih raziskavah pa bi morali raziskovalci razviti sintetično molekulo, ki bi inhibirala samo specifično izoobliko kalcinevrina (PPP3CC), ki je prisotna zgolj v spermijih. Vse do takrat pa bo velik delež načrtovanja družine še vedno slonel na ženskah.

=== Neli Sedej: Uporaba CRISPR/Cas9 za označevanje RNK ===
RNK molekule so v evkariontskih celicah po transkripciji podvržene mnogim procesom in modifikacijam, ki imajo odločilen pomen za izražanje genov. Kljub izrednemu pomenu za delovanje celice pa so ti procesi razmeroma slabo raziskani, saj jih je pogosto težko zasledovati. V raziskavi so za raziskovanje RNK preizkusili uporabo tehnike CRISPR/Cas9, ki je v zadnjih letih močno poenostavila manipulacijo DNK. CRISPR/ Cas9 je metoda, ki temelji na bakterijskem imunskem sistemu CRISPR in omogoča cepljenje ali označevanje DNK na specifičnem mestu. S prirejeno obliko CRISPR/Cas9 jim je uspelo označiti mRNK s fluorescenčnim barvilom in s konfokalno mikroskopijo spremljati njegovo potovanje po celici. S primerjavo z rezultati tehnike fluorescence in situ hybridization so potrdili, da metoda daje dobre rezultate. Izkazala se je za učinkovito, saj niso bile opažene motnje v izražanju ali delovanju RNK, mogoče pa je bilo tudi kvantitativno opazovanje molekul v realnem času. Prednost uporabe CRISPR/Cas9 za označevanje RNK je, da je primerna za uporabo na živih celicah. Metodo bi v nadaljnih raziskavah lahko razširii na manipulacijo RNK na specifičnih mestih. Nova tehnika ima velik potencial za raziskovanje metabolizma RNK in in uravnavanje izražanja genov na post transkripcijski ravni.

=== Ana Erčulj: Endogeni retrovirusi – regulatorji pluripotence ===
Endogeni retrovirusi so retrovirusi, katerih DNA je vgrajena v človeško DNA (provirusna DNA). Endogene retroviruse uvrščamo med transpozone. To so elementi, ki lahko spreminjajo svoj lokus na genomu. V raziskavi so karakterizirali funkcije treh dolgih nekodirajočih RNA molekul (lincRNA), transkripte genov HPAT2, HPAT3 in HPAT5, v regulaciji pluripotence. Ugotovili so, da je genska struktura HPAT2, -3 in -5 zelo podobna sekvenci endogenih retrovirusov. V nekaterih primerih je bilo ujemanje celo popolno. S poskusi so preverjali kako transkripti teh genov vplivajo na pluripotenco embrionalnih matičnih celic. Ob odsotnosti teh treh genov je bilo število TRA-1-60 in alkalin fosfataza-pozitivnih celic zelo majhno. TRA-1-60 in alkalin-fosfataza sta namreč markerja pluripotence. Ob nadaljni raziskavi so ugotovili, da te tri lincRNA omogočajo nastanek induciranih pluripotentnih celic. Največjo vlogo pa ima transkript HPAT5. Ko so preverjali njegovo delovanje, so poskusi pokazali, da se veže na mikroRNA skupine let-7 ter tako zavira začetek diferenciacije celic. Ta raziskava poudarja pomembno vlogo lincRNA in genov, ki ne kodirajo proteine (introni).

=== Karin Kokalj: Uporaba hiperpolariziranih diazirinov, kot molekulskih označevalcev ===
Magnetna resonanca je radiološka tehnika, s pomočjo katere lahko dobimo tridimenzionalno sliko notranjosti človeškega telesa. Ima velik potencial, saj ima možnost prikaza struktur molekul in kemijskih procesov, ki jih lahko spremljamo medtem ko potekajo v telesu. Glavni problem, ki to zavira je majhna občutljivost magnetne resonance. Hiperpolarizacija molekul zelo poveča občutljivost magnetne resonance, kar privede do tega, da lahko zaznamo in opazujemo hiperpolarizirane molekule že pri nizkih koncentracijah. Dosedanje hiperpolarizacijske metode, se srečujejo z dvema večjima problemoma: zelo visoka cena opreme (dva miljona evrov na napravo) in kratkoživost hiperpolariziranih označevalcev, ki nam omogočajo spremljanje njihovih signalov le za minuto ali dve. Z uporabo 15N2-diazirinov lahko rešimo oba problema. Diazirini se lahko hiperpolarizirajo hitro in učinkovito. Hiperpolarizirane molekule, ki vsebujejo diazirine so dolgožive, njihove lastnosti pa so nespremenjene. SABRE-SHEATH metoda je enostavna in cenovno ugodna za aktivacijo oz. hiperpolarizacijo diazirina. Pri tej metodi imajo jedra 15N dolge relaksacijske časove (6 in 23 minut – imamo dva tipa hiperpolariziranih diazirinov 15N2 ), zaradi česar ojačijo magnetno resonančne signale tudi za več kot eno uro in tako delujejo kot označevalci. Metoda potrebuje le para-H2, katalizator in posodo, ki reducira 99% Zemeljskega magnetnega polja. Po 5 minutah spuščanja plinastega ''para''-H2 v posodo z iridijskim katalizatorjem in substratom z diazirinom, se hiperpolarizacija prenese iz ''para''-H2 na substrat in tako dosežemo 10% (hiper)polarizacijo dušika v diazirinu, kar je tisočkrat močnejša polarizacija, kot v navadni magnetni resonanci.

=== Zala Živič: Svetlobno nadzorovan eksport proteinov iz celičnega jedra ===
Optogenetika nam priredi orodja, s katerimi lahko natančno nadziramo določene procese v živem tkivu. V opisani raziskavi so se osredotočili na sintezo in preizkus delovanja takšnega orodja, ki bi nam omogočalo svetlobno nadzorovan eksport iz celičnega jedra, saj česa učinkovitega in enostavnega v ta namen še ni. Sintetizirali so protein LEXY iz LOV2 (ang »Light Oxygen Voltage«) domene fototropina 1 iz ovesa, kateri so na konec Jα heliksa dodali lastnosti signala za jedrni eksport (ang. »Nuclear Export Signal«). Ta je v temi sterično oviran, ob obsevanju z modro svetlobo pa se razkrije in postane aktiven. Delovanje proteina so nato preizkusili v seriji poskusov s pomočjo fluorescenčnih proteinov, navadno mCherry, in pulzirajočo modro svetlobo, ki je povzročila aktivacijo LEXY. Ugotovili so, da ta protein omogoča uspešen in reverzibilen eksport željenega proteina iz celičnega jedra, inhibicijo eksportin-1 eksportnega sistema, akomulacijo inhibitorjev v citosolu in preprečitev delovanja proteina p53, ki je povezan z mnogimi celičnimi procesi, kot npr. proliferacija in celična smrt. To pomeni, da ima protein LEXY širok spekter uporabe in je dober dodatek k obstoječemu optogenetskemu orodju.

=== David Titovšek: Odstranitev HIV-1 iz človeških celic s CRISPR/Cas9 sistemom ===
Virus HIV predstavlja velik problem za današnje zdravstvo, saj se vgradi v DNA celic našega imunskega sistema. Z dosedanjimi metodami nam ga še ni uspelo popolnoma odstraniti, saj ostane skrit v mirujočih celicah. Na tem področju veliko obeta CRISPR/Cas9 sistem. To je kompleks proteina Cas9 in gRNA(g – guiding), ki je bil zasnovan na osnovi bakterijskega imunskega sistema CRISPR. Ta kompleks je sposoben rezati dvojno vijačnico DNA na mestih, kjer sta zaporedji nukleotidov na DNA in gRNA komplementarni. Na osnovi poznavanja genoma virusa HIV-1 so znastveniki naredili tako gRNA, ki bo usmerjala Cas9 na mesta, kjer je v človeški DNA vezana virusna DNA. Znanstveniki so delovanje svojega kompleksa preizkusili na različne načine. Mirujoče celice, ki so vsebovale virusno DNA, v kateri je bil tudi zapis za GFP (zeleni fluorescentni protein), so reaktivirali in ugotovili, da je bil kompleks Cas9/gRNA učinkovit, saj se GFP ni izrazil, kar kaže na to, da se je virusna DNA izrezala. Ugotovili so tudi, da Cas9/gRNA nima škodljivih učinkov za celico in da ne vpliva na izražanje genov, ki ležijo v bližini izrezane virusne DNA. Kompleks Cas9/gRNA so preizkusili tudi na celicah pridobljenih od pacientov, kjer pa so ugotovili, da ta sicer zmanjša hitrost razmnoževanja virusov, vendar je ne ustavi popolnoma.

=== Pia Lavriha: Interakcija proteina p53 in subtelomerov za zaščito DNA človeških telomerov ===
Celice v vsakem organizmu so podvržene številnim škodljivim okolijskim dejavnikom, ki imajo vpliv na celoten genom, tudi na subtelomere in telomere. Poškodbe, ki pri tem nastanejo, morajo biti odpravljene, za ohranitev celovitosti genoma. Odkritih je bilo 12 vezavnih mest na subtelomerih za protein p53, ki ima veliko vlogo v popravljalnih mehanizmih DNA in pri kontroli celičnega cikla. To nakazuje na sodelovanje proteina p53 v popravljalnih mehanizmih telomerov in subtelomerov. Prisotnost p53 po obravnavanju celic z citotoksičnim etopozidom na območju telomerov zmanjša koncentracijo histona γH2AX, ki je v celici označevalec napak na DNA, in poveča koncentracijo acetiliranih histonov H3A9 in H3A27, ki acetilirana povzročita razrahljanje kromatina, s čimer je DNA bolj dostopen proteinom, ki se nanj vežejo. Povečala se je tudi koncentracija prepisov TERRA, ki regulira delovanje telomeraze, in eRNA (enhancer RNA), ki omogoča posredno regulacijo transkripcije genov, ki so p53 odvisni. Opazno je bilo povečanje prepisov za protein p21, ki je p53 odvisen in posredno zaustavi celični cikel v G1 fazi, in vezave proteinov TRF1 in TRF2, ki stabilizirata strukturo telomerov. Iz podatkov lahko sklepamo na odvisnost popravljalnih mehanizmov na območju telomerov od vezave proteina p53 na subtelomere, a so potrebne dodatne raziskave za določitev natančnega mehanizma.

=== Aljoša Marinko: Vloga proteina DART pri odstranitvi virusa HIV ===
Antiretrovirusna terapija je dandanes uporabljena kot glavna metoda v boju proti virusu HIV, ampak je le začasna rešitev, saj podaljša življenjsko dobo okužene osebe, vendar jo ne ozdravi. Virus HIV namreč ostane skrit našemu imunskemu sistemu in ga je zaradi tega skoraj nemogoče popolnoma odstraniti iz telesa. Protein DART je bil v kombinaciji s sredstvi za povečano izražanje virusa HIV raziskan kot ena izmed možnih rešitev omenjenega problema. Protein naj bi deloval na osnovi prepoznavanja okuženih celic in celic T ubijalk, hkrati vodil njuno združitev in posledično uničenje vseh prepoznanih okuženih celic. Sestavljen je iz dveh delov, anti-HIV in anti-CD3 dela. Prvi naj bi se vezal na okužene celice, drugi pa na celice T. Sprva je bilo potrebno določiti, katera protitelesa najbolje prepoznajo oba omenjena tipa celic, da je bilo na podlagi tega mogoče sintetizirati najbolj optimalne proteine, nato so bili le-ti testirani njihove učinkovitosti eliminacije virusa v različnih situacijah. Končni rezultati raziskave so se izakazali za obetavne, saj so proteini DART v kombinaciji s sredstvi za povečano izražanje v veliki meri uspešno odstranili okužene celice v ex vivo modelu celic pacientov okuženih z virusom HIV. S tem so se proteini DART izkazali kot dobri kandidati za nadaljne raziskave na in vivo modelu.

=== Jurij Nastran: Evolucija in delovanje dopaminskih receptorjev ===
Ena največjih skrivnosti človeškega telesa so možgani. Poznavanje možganov bo pomembno prispevalo k razvoju farmacije, saj bo z nadaljnjim raziskovanjem postopoma omogočeno bolj učinkovito zdravljenje bolezni, ki možgane prizadenejo. Odkritja na tem področju lahko torej potencialno pomagajo veliko ljudem s težavami pri gibanju, depresiji in drugih degenerativnih nevroloških boleznih. Med ta odkritja spadajo tudi dognanja na področju strukture, funkcije in izvora proteinov, ki so pomembni s farmacevtskega vidika. Eden izmed načinov, kako do njih priti, je identifikacija spojin, ki so se s koevolucijo razvile tako, da so ohranile nekatere skupne lastnosti. Ta študija je prispevala k razlagi, kako proteini ohranijo svojo strukturo in funkcijo ter je omogočila boljša zdravila v prihodnosti. Avtorji so ustvarili novo matematično orodje ET-MIp, ki temelji na principih evolucije. Skozi evolucijo je dopaminski receptor D2 ohranjal svojo funkcijo, medtem pa se je razporeditev njegovih aminokislin počasi in postopoma spreminjala. Alosterični pari, ki so pomembni pri ohranjanju proteinske strukture in funkcije receptorja, so se ohranili. To matematično orodje nudi pomoč pri identificiranju parov, ki so najverjetneje bili vpleteni pri alosterični komunikaciji. Pari aminokislin, za katere so verjeli, da imajo evolucijski razlog za tvorjenje alosterične komunikacije, so se večinoma tudi eksperimentalno obnašali kot alosterični par. To odkritje nam pomaga razumeti, kako je funkcija dopaminskega receptorja D2 regulirana in je pomemben korak proti novim zdravilom na tem področju.

=== Katja Malenšek: Kako celica določi, kje se sinteza proteinov začne? ===
Proteini so ene najkompleksnejših makromolekul, ki v celici in organizmu nasploh opravljajo najrazličnejše vloge. Njihova dokončna sinteza poteka na ribosomih, informacijo o njihovi zgradbi pa nosi molekula DNA. Da protein nastane, se mora torej informacija iz DNA prepisati v mRNA, ki nato potuje do ribosoma, kjer poteče translacija. V začetnih stopnjah translacije so poleg ribosoma in mRNA prisotni še številni drugi proteini oz. faktorji, ki s svojim delovanjem omogočijo, da se sinteza polipeptidne verige prične na ustreznem mestu na mRNA. Protein s spremenjeno primarno strukturo bi bil namreč lahko nefunkcionalen ali pa za celico celo škodljiv. Sinteza polipeptidne verige se običajno začne, ko ribosom v procesu »skeniranja« zazna kodon AUG. Takrat pride do konformacijske spremembe celotnega kompleksa, na ribosom vezan faktor eIF5 s svojo GTPazno aktivnostjo sproži hidrolizo GTP, vezanega na faktor eIF2, čemur sledi odcep fosfatne skupine. Konformacijske spremembe, ki naj bi pri tem nastale, stabilizirajo celoten kompleks in preprečijo nadaljnje »skeniranje«. V tej raziskavi so znanstveniki testirali, kaj se zgodi v odsotnosti faktorja eIF5. Ugotovili so, da pri tem v večjem številu primerov pride do tvorbe kompleksov 48S in 80S na bolj oddaljenih kodonih AUG, kjer se nato sinteza polipeptidne verige prične. Predpostavili so obstoj do sedaj nepoznanega mehanizma (»sliding«), ki dovoljuje, da se »skeniranje« nadaljuje, kljub temu da je že prišlo do zaznave kodona AUG. To so kasneje tudi potrdili z ostalimi eksperimenti. Najverjetnejša razlaga za ta pojav je, da pri manjši koncentraciji eIF5 ne pride do hidrolize v zadostni meri, posledično so tudi konformacijske spremembe manjše in zato niso sposobne ustrezno stabilizirati kompleksa. Glede na dejstvo, da je tudi koncentracija eIF5 v različnih celicah različna in se neprestano spreminja v odvisnosti od okoliščin, si lahko »sliding« predstavljamo kot nekakšen mehanizem, ki uravnava izražanje genov na nivoju translacije.

===Maša Zorman: Zvijanje kromatina in inhibicija DNA replikacije s platinastim kompleksom 5-H-Y ===
Celični procesi, kot sta replikacija DNA in prepisovanje RNA, so izjemno pomemblni za uspešno delovanje in sposobnost preživetja celic. Ko celica ni več sposobna opravljati celičnega cikla nastopi apoptoza. Na osnovi tega znanja se že dalj časa uporabljajo protirakava sredstva, ki preprečujejo nekontrolirano delitev rakavih celic tako, da celicam ustavijo vitalne procese in povzročijo celično smrt. Najbolj razširjena protirakava sredstva so platinasti kompleksi in spojine, kot na primer Cis-diamindikloridoplatina (cisplatin). Problem zdravil kot je cisplatin je, da ob daljšem zdravlenju z njim, nekatere rakave celice razvijejo odpornost nanj in se ponovnoma začnejo nekontrolirano deliti. Zato znanstveniki že dalj časa želijo najti rešitev in proizvesti zdravilo, ki bi bilo sposobno ubiti ciplatin-odporne rakave celice. V raziskavi je skupina znanstvenikov preizkuila platinast kompleks 5-H-Y, ki je v preteklih raziskavah kazal izjemen potencial kot protirakavo sredstvo. V raziskavi so odkrili, kako sposobnost 5-H-Y za kondenzacijo kromatina in drugačen popravni mehanizem DNA pripomoreta k uničevanju rakavih celic, kot tudi celic imunih na cisplatin. Citotoksičnost 5-H-Y, v primerjavi s cisplatinom, naj bi manj vplivala spremembe genoma, zato raziskovalci menijo, da je kompleks 5-H-Y manj škodljiv organizmu in dobra alternativa zdajšnim protirakavim sredstvom.

===Katarina Petra van Midden: Učinkovitost molekule GS-5734 proti virusu ebola===
Virus ebola je eden izmed človeku najbolj nevarnih virusov, saj povzroča hude hemoragične mrzlice, ki se pogosto končajo s smrtjo bolnika. Predlani, ko je prišlo do največjega izbruha virusa do sedaj, se je začelo intenzivno raziskovanje učinkovin, ki bi lahko preprečile okužbo ali pomagale pri okrevanju bolnika. Ena izmed slednjih je molekula GS-5734, ki deluje tako, da se v celici hitro in učinkovito pretvori v NTP (ATP-ju podobno molekulo z vezano ciano skupino). Ta inhibira delovanje virusnega encima od RNA odvisne polimeraze RNA, ki je nujno potrebna za razmnoževanje virusa, saj negativno polarno virusno RNA pretvori v pozitivno polarno in omogoči sintezo strukturnih beljakovin. Ker se je molekula in vitro izkazala za zelo učinkovito, so želeli preveriti učinkovitost še na živem modelu, opicah Mucaca Mulatta. Najprej so preverjali farmakokinetiko, metabolizem in distribucijo GS-5734 na zdravih opicah, kasneje pa so opice tudi okužili z virusom in gledali vpliv učinkovine. Vse opice zdravljene z dovolj veliko dozo GS-5734 so okužbo preživele. Količina virusne RNA se je v njihovi krvi vidno zmanjšala, kazale pa so tudi manj znakov okužbe. Rezultati so zelo obetavni, a je pot do zdravljenja s GS-5734 še dolga. Trenutno potekajo raziskave na zdravih človeških prostovoljcih, kjer bodo preverjali varnost molekule.

===Kevin Heric: Proizvajanje enantioselektivnih biokatalizatorjev s pomočjo fotosinteze===
Globalno izčrpavanje naravnih virov predstavlja veliko grožnjo naši družbi. Fosilnih goriv bo v naslednjih desetletjih zmanjkalo, in vspešne alternativne vire je treba še preveriti. Ta izziv zahteva veliko premislekov in težav pri zamenjavi tedanjih virov energije, ki temeljijo zlasti na bencinskih derivatih, z obnovljivimi viri. Zadnje čase pritegujejo veliko pozornost fototrofski organizmi, ki bi lahko proizvajali razne kemikalije predvsem pa biogoriva. Ti mikroorganizmi omogočajo neposredno uporabo ogljikovega oksida. Veliko pozornost so pritegnile cianobakterije, točneje cianobakterija Synechocystis sp. PCC 6803. Ključno vlogo imajo pri tem katalizatorji. Katalizatorje bi lahko izdelovali iz fotosintetskih encimov, ki jih ta bakterija proizvaja in kateri bi bili važna komponenta biotehnoloških in kemijskih industrij. Ker biokatalizatorji delujejo v zelo občutljivih reakcijskih pogojih, industrije potrebujejo trajnostne in odporne katalizatorje. Njihova visoka selektivnost omogoča skrajšanje reakcijskih poti, kar je privedlo do številnih aplikacij okolju prijaznih sintez kemikalij in farmacevtskih izdelkov. S pomočjo teh cianobakterij bi lahko v prihodnosti pridobivali goriva iz ogljikovega oksida v zraku in to s fotosintezo. Edina težava pri tem procesu je nizka koncentracija encimov, ki jih cianobaterija Synechocystis sp. PCC 6803 proizvaja.

===Valentina Novak: Transgeneracijski vplivi motnje v metilaciji histonov===
Ste kdaj pomislili, da bi morebitne kompleksne bolezni kot so težave s srcem, diabetes tipa II ali rak, povezali z življenjskim slogom svojih staršev? V zadnjih letih so znanstveniki pokazali, da življenjske navade očeta, kot so prehrana, izpostavljenost toksinom in stres, lahko vplivajo na razvoj in zdravje njegovih potomcev. Kjub napredkom na področju epigenetike, ki se ukvarja z dedovanjem značilnosti, katerih razvoj ni posledica informacij zapisanih v nukleotidnem zaporedju DNA, znanstveniki še vedno niso razvozlali vseh mehanizmov, ki sodelujejo pri prenosu informacij o okoljskih dejavnikih med generacijami. V raziskavi se je raziskovalna skupina posvetila mehanizmu metilacije histonov, ki je bil dosedaj večinokrat v senci raziskovanja metilacije DNA. Raziskovalci so vzgojili transgene miši, pri katerih je bilo povečano izražanje demetilaze lizina 4 na histonu 3, miši parili s testnimi v dveh linijah potomcev in opazovali učinke spremembe v metilaciji na razvoj potomcev. Potrdili so vpliv pravilne metilacije lizina 4 histona 3 na gene, ki sodelujejo pri normalnem razvoju miši v večih generacijah po stiku moškega predinka s transgenom. Raziskava je prispevala pomemben delež v raziskovanju prenosa informacij preko metilacije histonov. V prihodnosti upajo na razkritje medsebojnih vplivov sočasnega delovanja različnih epigenetskih mehanizmov ter odkritje natančne povezave med okoljskim vplivom, epigenomom v spermi ter izražanjem genov v potomcih.

===Luka Okorn: Pretvorba prionov: iz dobrih v slabe===
Bolezni, ki jih povzročajo prionski proteini so eni izmed najredkejših ampak tudi najnevarnejših poznanih bolezni. Poznamo več konformer prionskih proteinov (PrP). Obliko PrPc lahko najdemo v vsakem zdravem osebku in je vpletena v običajne, vsakdanje procese v telesu. Ta neškodljiva oblika, pa lahko zaradi za enkrat še neznanega mehanizma spremeni svojo konformacijo ter postane patogena in osebku povzroča zdravstvene težave. Ena izmed hipotez za možnost zdravljenja prionskih bolezni je zmanjšanje količine normalne konformere PrP, ki se nahajajo na membrani celic v našem živčnem sistemu. S tem bi preprečili spremembo konformacije normalnih PrPc v patogene. Ena izmed možnih spojin, ki opravljale to nalogo je astemizole. V raziskavi je podaljšal čas preživetja miši okuženih s prioni. Zaradi pomanjkanja možnosti zdravljenja pacientov s prionskimi boleznimi, astemizole predstavlja eno izmed možnosti, ki bi lahko pacientom vsaj podaljšal čas preživetja. Najnovejše raziskave pa se bojo osredotočile na drugačne možnosti zdravljenja. Znanstveniki so namreč odkrili kofaktor pri spremembi konformacije iz normalnega PrPc v patogenega. Popoln, kompleksen mehanizem še vedno ni znan, odkrili pa so, da pri spremembi konformacije sodeluje baker, ki je vezan na aminokislinsko zaporedje proteinskega proteina znano kot »peto vezavno mesto za baker«, ki pa do sedaj še ni bilo dobro raziskano. Na tem vezavnem mestu je baker vezan na dve aminokislini histidina. S tako vezavo baker varuje in vzdržuje normalno obliko PrPc. Ko pa na tem vezavnem mestu bakra ni, ali pa je vezan le na eno aminokislino histidina pa nastanejo problemi. Prionski protein postane nestabilen in spremeni svojo konformacijo, postane patogen.

===Veronika Razpotnik: Vpliv gena CACNA1C na psihološke anksiozne motnje in možnosti zdravljenja le-teh s spojinami iz družine aminopropil karbazolov===
Poznamo pet glavnih psiholoških anksioznih motenj, katerih skupna značilnost je, kot pove ime, da bolniki občutijo hudo anksioznost. Znanstveniki so nedavno opravili raziskavo, s katero so ugotavljali, kaj je vzrok tej skupni lastnosti. Ugotovili so, da pri vseh teh boleznih osebku, ki za njimi boleha, v delu možganov ne deluje gen CACNA1C (gen, ki kodira Cav1.2 podenoto kalcijevih kanalčkov, od delovanja le-teh pa je odvisna aktivacija transkripcije gena, ki kodira protein BDNF, spojino iz družine nevrotrofinov; nevrotrofini so rastni faktorji, ki uravnavajo rast, razvoj in delovanje nevronov ter spodbujajo njihovo preživetje). Za namen raziskave so ustvarili gensko mutirane miši z nedelujočim genom CACNA1C in nato preverjali, kako odsotnost produktov transkripcije tega gena vpliva na delitev nespecializiranih celic, iz katerih se razvijejo nevroni, na razvoj mladih nevronov in pa njihovo preživetje. Zanimalo jih je tudi, kako na vse to vpliva popoln izbris gena in kot kontrolni poskus ugotavljali, ali je morda stopnja kortikosterona (hormona stresa) v možganih teh miši povečana in zato izražajo anksiozno vedenje. Rezultati niso bili pritrdilni, prav tako pa so ugotovili, da nedelujoč gen CACNA1C ter odsotnost Cav1.2 in BDNF zmanjša raven diferenciranja nespecializiranih prekurzorskih celic v nevrone in preživetja nevronov, ne pa tudi stopnje delitve nespecializiranih celic, iz katerih se razvijejo nevroni. Nato so mišim vbrizgavali spojino P7C3-A20 in opazili, da ta spojina dejansko popravi zmanjšano nastajanje nevronov in njihovo preživetje, vendar neodvisno od stopnje BDNF v celicah.

===Ajda Lenardič: Kombinacija RNA-termometrov in RNA-stikal uravnava gibanje bakterij===
RNA-stikala in RNA-termometri (RNAT) se nahajajo na 5' koncu neprevedljive regije bakterijske mRNA in uravnavajo izražanje genov. RNA-stikala načeloma lahko vplivajo na nivo translacije, stabilnost mRNA ali nivo transkripcije, vendar pa je, v kombinaciji z RNAT, ki vplivajo zgolj na inciacijo translacije, ključno predvsem njihovo uravnavanje transkripcije. Kombinacija RNAT in RNA-stikal predstavlja velik potencial za napredek genske regulacije v organizmih, saj je raziskava in vivo na bakterijah E.Coli pokazala, da ta dvojna kontrola zelo učinkovito uravnava izražanje genov tudi, ko gre za kompleksne celične procese (npr. kemotaksa in gibanje flagelatov). Potencial povečuje še dejstvo, da je takšna manipulacija manj invazivna do organizma, saj uporablja zgolj dele RNA, ki so tudi naravno prisotni v organizmu. Posebej pomembno je odkritje , da je ob dovolj dobrem poznavanju ustreznega stikala in termometra možna tudi sinteza RNA-stikala, ki ima v eno od podenot vezan RNAT, kar so odkrili na in vitro modelu. Kljub zelo obetavnim rezultatom raziskave je problem, da struktur večine stikal in termometrov ne poznamo dovolj dobro, da bi jih za takšno manipulacijo lahko uporabili. Za raziskavo so namreč uporabili enega najbolj raziskanih termometrov (4U) in eno najbolj raziskanih stikal (tenA oz TPP), pa kljub temu niso mogli popolnoma predvideti vseh odzivov na spremembe.

===Ana Halužan Vasle: In vivo: CRISPR/Cas9 izboljša mišično funkcijo===
Duchennova mišična distrofija je genska bolezen, ki povzroča napredno mišično atrofijo (slabenje mišic). Vzrok zanjo je mutacija gena, ki kodira protein distrofin. Ta omogoča povezovanje citoskeleta in zunajceličnega matriksa ter posledično mehansko stabilizacijo mišice. Zapis za distrofin je lociran na kromosomu X, sestavlja pa ga 79 eksonov. V primeru nesmiselne mutacije na zgolj enem eksonu postane protein povsem nefunkcionalen, povezovanje in mehanska stabilizacija mišic pa sta nemogoča. Znanstveniki so ugotovili, da bi z izrezom mutiranega eksona pridobili sicer skrajšan, a vsaj delno funkcionalen distrofin, ki bi izboljšal mišično stanje. Za modelni organizem so izbrali miši mdx, ki so nosilke mutacije na genu za distrofin, katere posledica je Duchennova mišična distrofija. S sistemom CRISPR/Cas9 so jim izrezali ekson, na katerem je prišlo do mutacije. CRISPR/Cas9 so s pomočjo virusnega vektorja AAV dostavili v skeletne in srčne mišice, kjer se je po izrezu mutiranega eksona nivo delno funkcionalnega distrofina dvignil na zadostno raven za ohranitev mišične funkcije. Sistem CRISPR/Cas9 je bil tako prvič uspešno uporabljen za gensko terapijo v živem organizmu, s tem dosežkom pa so se odprla vrata za priprave genskih terapij za ljudi. Ob dodatnih raziskavah in preverjanju varnosti, bi uporaba genskih terapij s sistemom CRISPR/Cas9 lahko postala možna tudi za zdravljenje ljudi.

===Tanja Peric: Cinamtanin pospešuje celjenje ran===
Mezenhimske matične celice (MSC celice) so matične celice, ki se nahajajo v kostnem mozgu in so ključne v procesu celjenja ran. Ob nastanku rane se te celice sprostijo v krvni obtok in potujejo do mesta poškodbe, kjer delujejo proangiogeno, nato pa se diferencirajo in obnovijo tkivo. Ugotovljeno je bilo, da ekstakt iz lubja neke drevesne vrste pospeši to migracijo, ključna molekula v tem ekstraktu pa je cinamtanin B1, ki je po strukturi trimerni flavonoid. Znanstveniki so preučili vpliv cinamtanina B1 na migracijo MSC celic in ugotovili, da je takoj po vbrizganju v krvi več MSC celic, prav tako pa te ostanejo ob mestu poškodbe dalj časa. Cinamtanin B1 je pospešil tudi samo celjenje ran, angiogenezo in granulacijo. Osredotočili so se tudi na vpliv različnih inhibitorjev na delovanje cinamtanina B1, da bi se prepričali, po kateri signalni poti deluje. Podobno serijo poskusov so naredili tudi na drugih, cinamtaninu B1 podobnih molekulah (biflavonoidi, monomerni flavonoidi in polifenoli) in ugotovili, da je za delovanje cinamtanina B1 verjetno odgovorna ena izmed povezav med njegovimi monomeri. To odkritje bi bilo lahko zelo uporabno v medicini, predvsem za celjenje kroničnih ran (rane, kjer je proces celjenja okvarjen).

===Iztok Štuhec: Večvalentni prikaz minimalnih glikanskih epitopov C. difficile posnema antigenske lastnosti večjih glikanov===
Proizvodnja cepiv temelji na učinkoviti izbiri antigena za tvorbo ustreznih protiteles. Raziskva o kateri govori članek raziskuje možnosti za pripravo povsem sintetičnih antigenov, sintetiziranih na podlagi vezavnih mehanizmov protiteles na površinske polisaharide patogenov, ki so pogoste tarče za izdelavo cepiv. V članku podrobneje analizirajo več spojin in pridejo do zaključka, da je izdelava povsem sintetskega antigena v njihovem primeru (proti C. difficile) možna, če med seboj povežejo več epitopov, s čimer dobijo strukturo, ki ima zadostno afiniteto do protitelesa in dovolj veliko imunogenost. Nadaljni razvoj v ta tip cepiv bi lahko omogočil razvoj mnogih do danes še ne obstoječih cepiv.

===Jošt Hočevar: Regulacija krvnega sladkorja preko reprogramiranih želodčnih celic===
S sladkorno boleznijo danes živi skoraj 10 % svetovne populacije. Vzrok za nastanek bolezni ni znan, zdravi pa se jo zgolj simptomatsko. Zaradi razširjenosti bolezni ter primanjkljaja metod zdravljenja, je to področje plodno za raziskave. V zadnjih letih je raziskovanje potekalo na osnovi embrionalnih matičnih celic, s pomočjo katerih so namnožili beta celice trebušne slinavke, glavne proizvajalke inzulina, ter jih presadili. Ta metoda pri sladkorni bolezni ni zelo aplikativna, ker imunski sistem take celice uniči. Zaradi tega bi bilo najbolje, da bi uporabili hitro obnavljajoče tkivo kot vir celic. Izkaže se, da so gastrointestinalna tkiva primerna, ker se celice teh tkiv hitro obnavljajo in so endokrina, tako kot beta celice. V znanstvenem članku, na katerem temelji ta seminar so raziskovali potencial gastrointestinalnih celic za pretvorbo v inducirane inzulinske celice. Naredili so lastno genetsko linijo miši, ugotovili katere celice so najprimernejše za pretvorbo, umetno vzpostavili hiperglikemijo v miših ter spremljali nivo krvnega sladkorja ob pretvorbi celic. Rezultati nakazujejo, da take celice lahko znižujejo nivo krvnega sladkorja ter se odzivajo na zdravila podobno kot beta celice. V zadnjem eksperimentu so celo v miši vstavili majhne umetne organe ter jih po vstavitvi pretvorili, pri čimer se je nivo krvnega sladkorja v miših s hiperglikemijo spet zmanjšal. Sistem je zagotovo obetaven, vendar še zdaleč ni popoln.

===Tomaž Žigon: Velik korak v boju proti virusu TeHV-3===
Testudinid herpesvirus 3 (TeHV-3) je poleg človeških posegov v naravo eden glavnih vzrokov za ogroženost reda Testudines, katerega predstavniki so tako morske kot tudi kopenske želve. TeHV-3 spada v skupino Alphaherpesvirinae in je od virusov TeHV najbolj patogen. Glede na to, da virusna okužba s TeHV-3 predstavlja tako veliko težavo pri ohranjanju nekaterih vrst želv, je zelo pomembno, da se za ta problem poišče ustrezno učinkovito zdravilo. Po tej raziskavi, kjer so proučili genom TeHV-3, znanstveniki stavijo na učinkovitost zdravljenja s sevom 4295 virusa TeHV-3, bolj natančno z oslabljenim virusom z genomom vrste m1. Rezultati učinkovitosti takšnega cepiva bodo znani v nadaljnjih raziskavah, so pa raziskovalci v svojih poskusih odkrili še, da genom virusa TeHV-3 prej še ni bil docela razvozlan in da zaporedje nukleotidov kaže na sorodnost z virusom, ki je nevaren za morske želve. Genom daje informacije tudi o tem, da TeHV-3 omili imunski odziv gostitelja in na tak način morda poveča možnosti za svoje širitev. Ta raziskava tako predstavlja velik korak v boju proti ogroženosti nekaterih živalskih vrst in mogoče nismo več tako zelo oddaljeni od zmage proti virusu TeHV-3.

===Maksimiljan Adamek: Vezava AVR efektorjev na NLR receptor kot osnova zaznavanja patogenov v rastlinah===
Enega izmed nivojev rastlinskega imunskega sistema predstavljajo proteinski NLR receptorji. Ti so locirani znotraj rastlinskih celic in zaznavajo patogene proteinske efektorje AVR. Ob zaznavi AVR proteinov se v rastlinski celici običajno sproži programirana celična smrt. NLR proteini so sestavljeni iz večih domen, pri čemer do interakcije med NLR in AVR proteini pride preko HMA domene. Namen raziskave, na kateri temelji ta povzetek, je bil preučiti interakcijo NLR proteina Pik iz riža z efektorjem AVR-Pik iz glivnega patogena ''M. oryzae''. Obstaja več alelov tako za Pik proteine kot tudi za AVR-Pik proteine, pri čemer so se v raziskavi osredotočili na Pikp proteinski par in njuno interakcijo z AVR-PikD proteinom. V raziskavi so ugotovili, da se AVR-PikD veže z dimerom Pikp-HMA domene. Na podlagi določitve strukture Pikp-HMA/AVR-PikD kompleksa s pomočjo rentgenske difrakcije so zasnovali mutacije AVR-PikD proteina in v listih riža opazovali prisotnost oz. odsotnost imunskega odziva glede na AVR proteine, ki so bili prisotni. Na podlagi tega so določili, katera aminokislinska mesta v AVR-PikD so pomembna za prepoznavanje tega proteina. Z opazovanjem programirane celične smrti v listh ''N. benthamiana'' so ugotovili, da zgolj specifična kombinacija Pikp proteinov in AVR-PikD sproži tak odziv. Ta raziskava širi naše razumevanje o delovanju rastlinskega imunskega sistema, kar nam bo nekoč lahko omogočilo vgrajevanje dodatne imunosti v rastline.

===Eva Klemenčič: CRISPR/Cas9 nukleaze brez mutacij na netarčnih mestih===
Po odkritju CRISPR-Cas, ki igra ključno vlogo pri imunskem sistemu bakterij in arhej, so raziskave kmalu dosegle področje preoblikovanja genov. Posebna značilnost CRISPR-ja ni njegova vsestranskost, ključna je njegova specifičnost, lastnost, ki nam omogoča, da spreminjamo točno določene odseke DNA. V raziskavi so uporabili SpCas9, ki je napogosteje uporabljen CRISPR/Cas9 (iz S. Pyogenes), uporablja se v celicah sesalcev, sestavljen je iz Cas9, ki je endonukleaza in hibrida RNA molekul, ki ga imenujemo sgRNA. Pri uporabi SpCas9 se pojavijo težave, namreč nukleaza inducira nezaželjene mutacije na netarčnih mestih DNA. Cilj je bil ustvariti SpCas9 kompleks, ki bo imel enako aktivnost na tarčnh mestih kot divji tip, vendar močno zmanjšano oz. popolnoma nezaznavno aktivnost na netarčnih mestih. Težavo nespecifičnih mutacij so rešili tako, da so zmanjšali energijo kompleksa, s tem, da so nekatere aminokislinske ostanke na SpCas9 zamenjali z alaninom.
Raziskava ni samo ponudila rešitve za izboljšanje specifičnosti SpCas9, temveč je tudi ponudila rešitve za izboljšanje specifičnosti drugih vrst Cas proteinov, ki se uporabljajo v genskem inženiringu.

===Tina Ivančir: Nov vpogled v rojstvo proteinov===
Znanstveniki z Albert Einstein College of Medicine v New Yorku so razvili metodo, ki omogoča vizualno spremljanje iniciacije in elongacije v postopku translacije. Sintetizirali so posebno RNA zaporedje, ki so ga preko virusa vstavili v DNA opazovanih celic (katerim so predhodno vstavili še gena za izgradnjo dveh proteinskih kompleksov, od katerih je en vseboval rdeči fluorescenčni protein - RFP, drugi pa zeleni fluorescenčni protein - GFP). V živčnih in kostnih rakavih celicah, ki so jih opazovali z mikroskopom, se je iz DNA zaporedje prepisalo v mRNA molekule, na katere se je vezal kompleks z RFP in jih označil rdeče. Ob začetku translacije na mRNA se je izgradilo začetno ponavljajoče peptidno zaporedje, na katerega se je postopoma vezalo veliko molekul kompleksa z GFP, kar je povečevalo zeleni fluorescenčni signal. Raziskovalci so lahko ob prekrivanju zelene in rdeče svetlobe ugotovili, kje so območja translacije. Na podlagi spreminjanja intenzitete fluorescence so določili število izgrajujočih proteinov in hitrost njihove izgradnje. V celicah kostnega raka je translacija potekala neprekinjeno in nenadzorovano, v živčnih celicah pa je bila vzpostavljena stroga regulacija, predvsem v bližini sinaps. Raziskava je pomembna, saj lahko z opisanim postopkom vidimo točno kdaj, kje v celici in v kakšnem obsegu se izgrajuje posamezen protein. Ob dodatnem razvoju bi s to metodo lahko zelo poglobili razumevanje celičnih mehanizmov reguliranja translacije.

===Ajda Cafun: Vloga priona PrPc v monoaminergičnih sistemih v povezavi z depresijo===
Prion PrPc je ogrodni protein, ki se nahaja na zunanjih površinah živčnih sinaps. Zaradi svoje sposobnosti vezave na regulatorna mesta membranskih proteinov ima pomembno vlogo pri celični signalizaciji, zato njegovo nepravilno delovanje oziroma odsotnost v organizmu, vodi do razvoja nevrodegenerativnih bolezni. V raziskavi Prion Protein Modulates Monoaminergic Systems and Depressive-like Behavior in Mice, so raziskovalci želeli ugotoviti, kako odsotnost proteina PrPc vpliva na delovanje sistemov celične signalizacije preko živčnih prenašalcev dopamina in serotonina in s tem na razvoj klinične depresije. Raziskovalci so potrdili, da miši, ki imajo onesposobljen gen za PrPc kažejo simptome depresije. Ob preučevanju dopaminergičnega sistema se je izkazalo, da imajo PrP-/- miši veliko slabši odziv na dopamin kot divje miši, saj je bila koncentracija molekule cAMP, ki je pomembna znotrajcelična signalna molekula, v njihovem možganskem tkivu bistveno nižja kot v možganskem tkivu divjega tipa. Ta abnormalen odziv je povezan z nepravilnim delovanjem dopaminskega receptorja. Znanstveniki predvidevajo, da ta za pravilno delovanje potrebuje regulacijo s strani proteina PrPc, saj so rezultati imunohistokemijskih metod pokazali kolokalizacijo dopaminskega receptorja in proteina v normalnih živčnih celicah. Podobno se je izkazalo za serotonergični sistem. Raziskava je pomembno izhodišče za razumevanje interakcij proteina PrPc z dopaminergičnimi in serotonergičnimi sistemi, boljše razumevanje le-teh pa bo morda v prihodnosti lahko pomenilo bolj uspešno zdravljenje klinične depresije in nevrodegenerativnih bolezni.

TBK2016-seminar

2016-05-30T15:43:37Z

Ajda Cafun: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Domen Vaupotič||Biokemija v boju proti otrokom||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151020091651.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik
|-
| Aljaž Božič||Bakterije prehajajo med celicami sočasno s procesom trogocitoze||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215143327.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tomaž Žigon||Tanja Peric||Luka Okorn
|-
| Lana Vogrinec||Uporaba nefotosintetskih bakterij za pridobivanje spojin iz sončne energije ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160104164221.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tina Ivančir||Iztok Štuhec||Maša Zorman
|-
| Polona Skrt||Aktivnost mitohondrija in staranje kožnih celic||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160226080947.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar
|-
| Andrej Ivanovski||Genski spmenjeni komarji bi lahko pomagali borbi proti malariji||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/12/151207113839.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Domen Vaupotič||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle
|-
| Dominik Rebek||Vloga RQC sistema pri agregaciji proteinov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160303112912.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Aljaž Božič||Tomaž Žigon||Tanja Peric
|-
| Kaja Ujčič||Imunski sistem kot spodbujevalec raka||http://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160218060937.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Eva Klemenčič||Tina Ivančir||Iztok Štuhec
|-
| David Dolhar||Umetna mišična tkiva s sposobnostjo samoobnove le stvar prihodnosti?||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160128154827.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Polona Skrt||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek
|-
| Vida Štrancar||Vloga konformacijske spremembe kinaze v procesu bakterijske kemotakse||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/12/151208134129.htm||15.03.||18.03.||21.03.||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič||Lana Vogrinec
|-
| Lara Turk||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Dominik Rebek||Aljaž Božič||Tomaž Žigon
|-
| Janja Murn||Virus HSV uspešen v boju z imunskim sistemom||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160204094928.htm||15.03.||18.03.||21.03.||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec||Tina Ivančir
|-
| Zorana Andonović||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||David Dolhar||Polona Skrt||Ajda Cafun
|-
| Ana Obaha||Vloga miRNA pri razvoju osteosarkoma in glioblastoma||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160223132545.htm||29.03.||01.04.||04.04.||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič
|-
| Nadja Škafar||Ionska črpalka za transport cezijevih ionov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160222090654.htm||29.03.||01.04.||04.04.||Lara Turk||Dominik Rebek||Aljaž Božič
|-
| Marijana Mijatović||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Janja Murn||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec
|-
| Aljaž Puž||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Zorana Andonović||David Dolhar||Polona Skrt
|-
| Ana Erčulj||Endogeni retrovirusi - regulatorji pluripotence||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/11/151123202505.htm||05.04.||08.04.||11.04.||Ana Obaha||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski
|-
| Urban Ferčec||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Nadja Škafar||Lara Turk||Dominik Rebek
|-
| Karin Kokalj||Uporaba hiperpolariziranih diazirinov, kot molekulskih označevalcev||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160325151726.htm||05.04.||08.04.||11.04.||Marijana Mijatović||Janja Murn||Kaja Ujčič
|-
| Aljoša Savić||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Aljaž Puž||Zorana Andonović||David Dolhar
|-
| Ela Hudovernik||Nevroni pod žarometi proteina FlicR1||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160224151217.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Ana Erčulj||Ana Obaha||Vida Štrancar
|-
| David Titovšek||Odstranitev HIV-1 iz človeških celic s CRISPR/Cas9 sistemom||http://www.nature.com/articles/srep22555||12.04.||15.04.||18.04.||Urban Ferčec||Nadja Škafar||Lara Turk
|-
| Zala Živič||Svetlobno nadzorovan eksport proteinov iz celičnega jedra||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215123751.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Karin Kokalj||Marijana Mijatović||Janja Murn
|-
| Neli Sedej||Označevanje RNK z uporabo CRISPR/Cas9||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160317150008.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Aljoša Savić||Aljaž Puž||Zorana Andonović
|-
| Aljoša Marinko||Vloga proteina DART pri odstranitvi virusa HIV||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/09/150928183114.htm||19.04.||22.04.||25.04.||Ela Hudovernik||Ana Erčulj||Ana Obaha
|-
| Melita Flander||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||David Titovšek||Urban Ferčec||Nadja Škafar
|-
| Pia Lavriha||Interakcija proteina p53 in subtelomerov za zaščito DNA človeških telomerov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160115100943.htm||19.04.||22.04.||25.04.||Zala Živič||Karin Kokalj||Marijana Mijatović
|-
| Katja Malenšek||Kako celica določi, kje se sinteza proteinov začne?||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160120142955.htm||19.04.||22.04.||25.04.||Neli Sedej||Aljoša Savić||Aljaž Puž
|-
| Kevin Heric||Proizvajanje enantioselektivnih biokatalizatorjev s pomočjo fotosinteze||http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-015-0233-5||03.05.||06.05.||09.05.||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik||Domen Vaupotič
|-
| Jurij Nastran||Intramolekularna alosterična komunikacija v dopaminskem receptorju D2||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160317094742.htm||03.05.||06.05.||09.05.||Melita Flander||David Titovšek||Urban Ferčec
|-
| Ajda Lenardič||Kombinacija RNA-stikal in RNA-termometrov uravnava gibanje bakterij||https://http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2016/04/08/nar.gkw232||03.05.||06.05.||09.05.||Pia Lavriha||Zala Živič||Karin Kokalj
|-
| Katarina Petra van Midden||Učinkovitost molekule GS-5734 proti virusu ebola||http://www.nature.com/nature/journal/v531/n7594/full/nature17180.html||03.05.||06.05.||09.05.||Katja Malenšek||Neli Sedej||Aljoša Savić
|-
| Valentina Novak||Transgeneracijski vplivi motnje v metilaciji histonov||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151008142622.htm||10.05.||13.05.||16.05.||Kevin Heric||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik
|-
| Veronika Razpotnik||Vpliv gena CACNA1C na psihološke anksiozne motnje in možnosti zdravljenja le-teh s spojinami iz družine aminopropil karbazolov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/04/160426144747.htm||10.05.||13.05.||16.05.||Jurij Nastran||Melita Flander||David Titovšek
|-
| Luka Okorn||Pretvorba prionov: iz dobrih v slabe||http://www.nature.com/articles/srep15253||10.05.||13.05.||16.05.||Ajda Lenardič||Pia Lavriha||Zala Živič
|-
| Maša Zorman||Zvijanje kromatina in inhibicija DNA replikacije s platinastim kompleksom 5-H-Y||http://www.nature.com/articles/srep24712||10.05.||13.05.||16.05.||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek||Neli Sedej
|-
| Jošt Hočevar||Regulacija krvnega sladkorja preko reprogramiranih želodčnih celic||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160218132245.htm||17.05.||20.05.||23.05.||Valentina Novak||Kevin Heric||Aljoša Marinko
|-
| Ana Halužan Vasle||In vivo: CRISPR/Cas9 izboljša mišično funkcijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160104080244.htm||17.05.||20.05.||23.05.||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran||Melita Flander
|-
| Tanja Peric||Cinamtanin B1 pospešuje celjenje ran||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/04/160421085700.htm||17.05.||20.05.||23.05.||Luka Okorn||Ajda Lenardič||Pia Lavriha
|-
| Iztok Štuhec||Večvalentni prikaz minimalnih glikanskih epitopov C. difficile posnema antigenske lastnosti večjih glikanov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/05/160512102620.htm||17.05.||20.05.||23.05.||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek
|-
| Maksimiljan Adamek||Vezava AVR efektorjev na NLR receptor kot osnova zaznavanja patogenov v rastlinah||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/08/150825094915.htm||24.05.||27.05.||30.05.||Jošt Hočevar||Valentina Novak||Kevin Heric
|-
| Eva Klemenčič||CRISPR-Cas9 nukleaze brez nezaželjenih netarčnih mutacij||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160106143018.htm||24.05.||27.05.||30.05.||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran
|-
| Tomaž Žigon||Velik korak v boju proti virusu TeHV-3||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151029102730.htm||24.05.||27.05.||30.05.||Tanja Peric||Luka Okorn||Ajda Lenardič
|-
| Tina Ivančir||Natančnejši vpogled v rojstvo proteinov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/05/160506132211.htm||24.05.||27.05.||30.05.||Iztok Štuhec||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden
|-
| Ajda Cafun||Vloga priona PrPc v monoaminergičnih sistemih v povezavi z depresijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/08/150813104308.htm||31.05.||03.06.||06.06.||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar||Valentina Novak
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2015. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2016 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2016_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2016_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2016_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2016_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2016_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2016_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.