Wiki FKKT - User contributions [en]

Talk:Pikorna virusi in drugi RNA(+) virusi

2018-04-16T20:20:08Z

Ajda Krč:

Seminar sva pripravili 
Tanja Zupan: Pikornavirusi 
Ajda Krč: RNA(+) virusi

Talk:Pikorna virusi in drugi RNA(+) virusi

2018-04-16T20:19:56Z

Ajda Krč:

Seminar sva pripravili 
Tanja Zupan: Pikornavirusi 
Ajda Krč: RNA(+)virusi

Talk:Pikorna virusi in drugi RNA(+) virusi

2018-04-16T20:18:34Z

Ajda Krč: New page: Seminar sva pripravili Tanja Zupan: Pikornavirusi Ajda Krč: RNA(+)virusi

Seminar sva pripravili
Tanja Zupan: Pikornavirusi
Ajda Krč: RNA(+)virusi

Pikorna virusi in drugi RNA(+) virusi

2018-04-16T20:15:40Z

Ajda Krč:

==RNA(+) virusi==
RNA (+) virusi so virusi, ki svoj genetski material prenašajo z enojno vijačnico RNA (v nadaljevanju ssRNA(+)), t.i. kodirajočo RNA, ki v gostitelju lahko služi kot mRNA, in se direktno prepisuje v proteine. Pozitivna (kodirajoča) veriga RNA je pri RNA(+) virusih torej osnova tako za translacijo kot tudi za replikacijo. 5'-konec je lahko zaščiten s kapo, kovalentno vezan na VPg protein, lahko pa je tudi nezaščiten. 3'- konec ima pripet poli-A-rep ali pa tudi ne.
VPg (angl. »viral protein genome-linked«) najdemo le na 5'-koncu pozitivne enoverižne virusne RNA. Gre za protein, ki pri sintezi RNA deluje kot začetni oligonukleotid ali pa ima vlogo pri translaciji in predstavlja nadomestek 5' kape.
RNA(+) virusi imajo svoj dedni material zaprt v kapsidi brez od RNA odvisne RNA polimeraze (RdRp), kar pomeni, da se lahko razmnožujejo šele znotraj celic, ki jih okužijo.
==Replikacija==
Takoj po okužbi se ssRNA(+) prevede v poliprotein, ki kodira celotnen replikacijski postopek. Podvajanje poteka v posebnih membranskih invaginacijah dvomembranskih veziklov. Replikacija ssRNA vodi najprej v nastanek negativne RNA verige, ki se podvoji v dvoverižno RNA (dsRNA), ki se nato prepisuje v pozitivno enojno genomsko mRNA. Na novo sintetizirana RNA lahko služi bodisi za replikacijo ali za translacijo. Pri mnogih pozitivnih enoverižnih RNA virusih se prepišejo tudi t.i. subgenomske RNA (sgRNA), ki pogosto kodirajo strukturne proteine. Sintezo sgRNA je mogoče razložiti na dva različna načina; z modelom notranje iniciacije ali pa z modelom predčasne terminacije.
==Primer: Koronavirusi, SARS-CoV==
Koronavirusi lahko povzročijo vrsto simptomov, od blagih, kot je navaden prehlad, do bolj resnih respiratornih bolezni.
Ovojnica ali kapsida koronavirusov je sferična, njen premer je okoli 120 nm. Linearni ssRNA (+) genom je velik 27-32kb (največji od vseh genomov RNA virusov). Ima kapo in poli-A-rep. Genomska ssRNA(+) kodira dva različna bralna okvirja, ki se med seboj prekrivata. Da lahko prevede oba, se virus posluži metode premikanja bralnih okvirjev (angl. »ribosomal frameshifting«). Programirano premikanje bralnih okvirjev je nadomestni mehanizem translacije za združevanje proteinov, kodiranih z dvema prekrivajočima se odprtima bralnima okvirjema. Premiki niso pogosti, gre pa za ribosome, ki med prevajanjem zdrsnejo za eno bazo v smeri 5 '(- 1) ali 3' (+ 1). Nekateri virusi se lahko premikajo tako v +1 kot tudi v -1 smeri.
SARS-CoV je virus iz družine koronavirusov, ki lahko povzroči sindrom akutnega oteženega dihanja (angl. »Severe Acute Respiratory Syndrome«). Ima enake proteinske strukture kot ostale znane skupine koronavirusov: sidriščni glikoprotein (angl. »spike glycoprotein«), membranski protein, ovojnico in nukleokapsidni protein.
==Primer: Favivirusi, virus ZIKA==
Genomi vseh članov iz družine Flaviviridae imajo določene skupne lastnosti. Ti virusi kodirajo iste proteine v istem vrstnem redu, obdajajo pa jih 5 'in 3' UTR (angl. »untranslated regions«). 5' UTR vsebuje promotor virusne RNA in se zaključi s kapo. 3' konec ni poliadeniliran, temveč tvori strukturo nekakšne zanke. Ta sekundarna struktura je osnova za nastanek subgenomske flavivirusne RNA (sfRNA) z razgradnjo genomske RNA s pomočjo gostiteljeve 5'-3' eksoribonukleaze. sfRNA je bistvenega pomena za patogenost in lahko igra vlogo pri zaviranju gostiteljeve antivirusne aktivnosti.
Virus ZIKA oz. ZIKV je zanimiv predvsem zaradi načina vstopa v gostiteljsko celico s t.i. mehanizmom apoptotske mimikrije; Virusna membrana vsebuje fosfatidilserin. Ta molekula se sicer aktivno vzdržuje na citoplazemski strani membrane s flipazo, preko porabe ATP. Virusi ne proizvajajo ATP, zato fosfatidilserin konča na površini virusne membrane. Izpostavljene fosfatidilserine prepoznajo dendritske celice in makrofagi, ki tako zamaskirane viruse z makropinocitozo prevzamejo v svojo notranjost z namenom razgradnje. Večina virusov se je razvila tako, da se izogne tej razgradnji s prekrivanjem membrane s proteini iz ovojnice.
Poleg navedenih primerov med RNA(+) viruse, ki so nevarni za človeka, spadajo še virusi iz družin Astroviridae, Hepeviridae, Calciviridae, Togaviridae in pa seveda Picornaviridae.
==Pikornavirusi==
Piknoravirusi so majhni sferični virusi brez ovojnice. V premer merijo približno 30 nm. Imajo ikozaedrično kapsido, ki obdaja genom. Kapsida je sestavljena iz 60 protomernih enot. Vsaka protomerna podenota je iz štirih virusnih proteinov VP1, VP2, VP3 in VP4. Antigenske značilnosti in serotipizacija, ki lahko temelji na različnih opazovanih lastnostih virusa ali bakterije, npr. prisotnost etoksinov, plazmidov in drugih dejavnikov, so odvisne od zunanjih proteinov VP1, VP2 in VP3. VP4 pa je notranji protein kapside. VP1-VP4 tvorijo 12 pentamerov, stičišče vsakega izmed pentamer se dviga nad površno kapside. Vsako stičišče pentamerov obdaja ugreznitev, ki ima pomembno vlogo pri mehanizmu vstopa virusa v celico.
==Fizikalno-kemijske lastnosti==
Pikornavirusi so odporni na nizko vrednost pH, zato se mnogi razmnožujejo v spodnjem delu prebavil (Cardiovirus, Enterovirus, Hepatovirus, Parechovirus). Najdemo pa tudi takšne, ki niso odporni na nizke vrednosti pH in se razmnožujejo predvsem v zgornjem delu dihal ter se na ta način izognejo nizkim pH vrednostim v prebavni poti (Aphtovirus). Pikornavirusi lahko povzročijo številne okužbe s hrano, vodo in kontaminiranimi površinami, zaradi odpornosti na številne fizikalno-kemijske vplive iz okolja. Zaradi teh lastnosti je kužnost teh virusov v okolju močno podaljšana.
Kljub raznolikosti v družini Picornaviridae je njihov genom dokaj enoten. Velikost genoma je od 7,2-8,5kb in sestavlja pozitivno polarno enovijačno molekulo RNA (ssRNA(+)). Na 3'-koncu ima poliadeniliran rep, na 5'-koncu pa namesto metiliranega nukleotida kovalentno vezano molekulo VPg. VPg je kratek virusni protein, ki ima pomembno vlogo pri replikaciji virusne RNA. Genom ima samo en odprt bralni okvir in je razdeljen na tri področja: P1, ki kodira virusne strukturne proteine in P2 ter P3, ki kodirata za nestrukturne proteine, ki so vključeni v procesiranje poliproteina in v replikacijo virusnega genoma. Med translacijo poliprotein cepijo virusne proteaze, ki potrebujejo 11-12 cepitev da poliprotein obdelajo do končnih proteinov. 5'-konec vsebuje še notranje vstopno mesto za ribosome ali IRES (angl. »Internal Ribosome Entry Site«), ki omogoča nov začetek neodvisnega prevajanja mRNA oz. omogoča vezavo ribosoma sredi mRNA. Na N-koncu nekaterih piknoravirusov najdemo mesto L, ki pri nekaterih vrstah kodira za papainske cisteinske proteinaze (Aphovirusi, Erbovirusi) pri drugih pa ima kakšno drugačno funkcijo (Genera kobuvirus, Cardiovirus, Teschovirus, Sapelovirus, Senecavirus )
==Okužba==
Vstop in vezava piknoravirusa v gostiteljsko celico poteka v več korakih: 
1.Virus se pritrdi na gostiteljeve receptorje in se zlije z gostiteljsko celico s pomočjo endocitoze. Endocitoza lahko poteka s pomočjo klatrinov in kaveolinov ali pa neodvisno od njih. 
2.Ko se virus veže na gostiteljeve receptorje, se kapsida konformacijsko spremeni. Začne se izražati notranji strukturni protein VP4, ki povzroči odpiranje por v membrani gostitelja in s tem omogoči vstop virusne RNA v citoplazmo gostiteljske celice. 
3.V naslednjem koraku se VPg odstrani iz virusne RNA in prične se translacija na polisomu, ki zagotovi potrebne proteine za replikacijo virusne RNA.
4.Replikacija in nastajanje ssRNA(+) poteka na gladkem endoplazemskem retikulumu. 
5.Ko je sintetizirana zadostna količina virusnih proteinov VP0, VP1 in VP3 se ti začnejo združevati v pentamere. VP0 je necepljeni prekurzor za VP2 in VP4. 
6.Pentameri se povežejo v proviruse. Provirus je virusni genom, ki se vključi v kromosom gostiteljske celice. Med delitvijo celic virusni genom prehaja na hčerinske celice. 
7.Provirusi se iz celice sprostijo s pomočjo lize.

==Viri in literatura:==
*Ahlquist, P. et al. (2003) ‘Host Factors in Positive-Strand RNA Virus Genome Replication’, Journal of virology, 77(15), pp. 8181–8186. doi: 10.1128/JVI.77.15.8181.
*Goodfellow, I. (2011) ‘The genome-linked protein VPg of vertebrate viruses - A multifaceted protein’, Current Opinion in Virology, pp. 355–362. doi: 10.1016/j.coviro.2011.09.003.
*Hulo C, et al. (2011) 'ViralZone: a knowledge resource to understand virus diversity.' Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39 (Database issue):D576-82. https://viralzone.expasy.org/
*Poljak, M., et al.(2011). Medicinska virologija. Ljubljana: Medicinski razgledi. ISBN: 978-961-6260-18-3

[[Category:SEM]][[Category:BMB]]

Pikorna virusi in drugi RNA(+) virusi

2018-04-16T20:14:34Z

Ajda Krč:

==RNA(+) virusi==
RNA (+) virusi so virusi, ki svoj genetski material prenašajo z enojno vijačnico RNA (v nadaljevanju ssRNA(+)), t.i. kodirajočo RNA, ki v gostitelju lahko služi kot mRNA, in se direktno prepisuje v proteine. Pozitivna (kodirajoča) veriga RNA je pri RNA(+) virusih torej osnova tako za translacijo kot tudi za replikacijo. 5'-konec je lahko zaščiten s kapo, kovalentno vezan na VPg protein, lahko pa je tudi nezaščiten. 3'- konec ima pripet poli-A-rep ali pa tudi ne.
VPg (angl. »viral protein genome-linked«) najdemo le na 5'-koncu pozitivne enoverižne virusne RNA. Gre za protein, ki pri sintezi RNA deluje kot začetni oligonukleotid ali pa ima vlogo pri translaciji in predstavlja nadomestek 5' kape.
RNA(+) virusi imajo svoj dedni material zaprt v kapsidi brez od RNA odvisne RNA polimeraze (RdRp), kar pomeni, da se lahko razmnožujejo šele znotraj celic, ki jih okužijo.
==Replikacija==
Takoj po okužbi se ssRNA(+) prevede v poliprotein, ki kodira celotnen replikacijski postopek. Podvajanje poteka v posebnih membranskih invaginacijah dvomembranskih veziklov. Replikacija ssRNA vodi najprej v nastanek negativne RNA verige, ki se podvoji v dvoverižno RNA (dsRNA), ki se nato prepisuje v pozitivno enojno genomsko mRNA. Na novo sintetizirana RNA lahko služi bodisi za replikacijo ali za translacijo. Pri mnogih pozitivnih enoverižnih RNA virusih se prepišejo tudi t.i. subgenomske RNA (sgRNA), ki pogosto kodirajo strukturne proteine. Sintezo sgRNA je mogoče razložiti na dva različna načina; z modelom notranje iniciacije ali pa z modelom predčasne terminacije.
==Primer: Koronavirusi, SARS-CoV==
Koronavirusi lahko povzročijo vrsto simptomov, od blagih, kot je navaden prehlad, do bolj resnih respiratornih bolezni.
Ovojnica ali kapsida koronavirusov je sferična, njen premer je okoli 120 nm. Linearni ssRNA (+) genom je velik 27-32kb (največji od vseh genomov RNA virusov). Ima kapo in poli-A-rep. Genomska ssRNA(+) kodira dva različna bralna okvirja, ki se med seboj prekrivata. Da lahko prevede oba, se virus posluži metode premikanja bralnih okvirjev (angl. »ribosomal frameshifting«). Programirano premikanje bralnih okvirjev je nadomestni mehanizem translacije za združevanje proteinov, kodiranih z dvema prekrivajočima se odprtima bralnima okvirjema. Premiki niso pogosti, gre pa za ribosome, ki med prevajanjem zdrsnejo za eno bazo v smeri 5 '(- 1) ali 3' (+ 1). Nekateri virusi se lahko premikajo tako v +1 kot tudi v -1 smeri.
SARS-CoV je virus iz družine koronavirusov, ki lahko povzroči sindrom akutnega oteženega dihanja (angl. »Severe Acute Respiratory Syndrome«). Ima enake proteinske strukture kot ostale znane skupine koronavirusov: sidriščni glikoprotein (angl. »spike glycoprotein«), membranski protein, ovojnico in nukleokapsidni protein.
==Primer: Favivirusi, virus ZIKA==
Genomi vseh članov iz družine Flaviviridae imajo določene skupne lastnosti. Ti virusi kodirajo iste proteine v istem vrstnem redu, obdajajo pa jih 5 'in 3' UTR (angl. »untranslated regions«). 5' UTR vsebuje promotor virusne RNA in se zaključi s kapo. 3' konec ni poliadeniliran, temveč tvori strukturo nekakšne zanke. Ta sekundarna struktura je osnova za nastanek subgenomske flavivirusne RNA (sfRNA) z razgradnjo genomske RNA s pomočjo gostiteljeve 5'-3' eksoribonukleaze. sfRNA je bistvenega pomena za patogenost in lahko igra vlogo pri zaviranju gostiteljeve antivirusne aktivnosti.
Virus ZIKA oz. ZIKV je zanimiv predvsem zaradi načina vstopa v gostiteljsko celico s t.i. mehanizmom apoptotske mimikrije; Virusna membrana vsebuje fosfatidilserin. Ta molekula se sicer aktivno vzdržuje na citoplazemski strani membrane s flipazo, preko porabe ATP. Virusi ne proizvajajo ATP, zato fosfatidilserin konča na površini virusne membrane. Izpostavljene fosfatidilserine prepoznajo dendritske celice in makrofagi, ki tako zamaskirane viruse z makropinocitozo prevzamejo v svojo notranjost z namenom razgradnje. Večina virusov se je razvila tako, da se izogne tej razgradnji s prekrivanjem membrane s proteini iz ovojnice.
Poleg navedenih primerov med RNA(+) viruse, ki so nevarni za človeka, spadajo še virusi iz družin Astroviridae, Hepeviridae, Calciviridae, Togaviridae in pa seveda Picornaviridae.
==Pikornavirusi==
Piknoravirusi so majhni sferični virusi brez ovojnice. V premer merijo približno 30 nm. Imajo ikozaedrično kapsido, ki obdaja genom. Kapsida je sestavljena iz 60 protomernih enot. Vsaka protomerna podenota je iz štirih virusnih proteinov VP1, VP2, VP3 in VP4. Antigenske značilnosti in serotipizacija, ki lahko temelji na različnih opazovanih lastnostih virusa ali bakterije, npr. prisotnost etoksinov, plazmidov in drugih dejavnikov, so odvisne od zunanjih proteinov VP1, VP2 in VP3. VP4 pa je notranji protein kapside. VP1-VP4 tvorijo 12 pentamerov, stičišče vsakega izmed pentamer se dviga nad površno kapside. Vsako stičišče pentamerov obdaja ugreznitev, ki ima pomembno vlogo pri mehanizmu vstopa virusa v celico.
==Fizikalno-kemijske lastnosti==
Pikornavirusi so odporni na nizko vrednost pH, zato se mnogi razmnožujejo v spodnjem delu prebavil (Cardiovirus, Enterovirus, Hepatovirus, Parechovirus). Najdemo pa tudi takšne, ki niso odporni na nizke vrednosti pH in se razmnožujejo predvsem v zgornjem delu dihal ter se na ta način izognejo nizkim pH vrednostim v prebavni poti (Aphtovirus). Pikornavirusi lahko povzročijo številne okužbe s hrano, vodo in kontaminiranimi površinami, zaradi odpornosti na številne fizikalno-kemijske vplive iz okolja. Zaradi teh lastnosti je kužnost teh virusov v okolju močno podaljšana.
Kljub raznolikosti v družini Picornaviridae je njihov genom dokaj enoten. Velikost genoma je od 7,2-8,5kb in sestavlja pozitivno polarno enovijačno molekulo RNA (ssRNA(+)). Na 3'-koncu ima poliadeniliran rep, na 5'-koncu pa namesto metiliranega nukleotida kovalentno vezano molekulo VPg. VPg je kratek virusni protein, ki ima pomembno vlogo pri replikaciji virusne RNA. Genom ima samo en odprt bralni okvir in je razdeljen na tri področja: P1, ki kodira virusne strukturne proteine in P2 ter P3, ki kodirata za nestrukturne proteine, ki so vključeni v procesiranje poliproteina in v replikacijo virusnega genoma. Med translacijo poliprotein cepijo virusne proteaze, ki potrebujejo 11-12 cepitev da poliprotein obdelajo do končnih proteinov. 5'-konec vsebuje še notranje vstopno mesto za ribosome ali IRES (angl. »Internal Ribosome Entry Site«), ki omogoča nov začetek neodvisnega prevajanja mRNA oz. omogoča vezavo ribosoma sredi mRNA. Na N-koncu nekaterih piknoravirusov najdemo mesto L, ki pri nekaterih vrstah kodira za papainske cisteinske proteinaze (Aphovirusi, Erbovirusi) pri drugih pa ima kakšno drugačno funkcijo (Genera kobuvirus, Cardiovirus, Teschovirus, Sapelovirus, Senecavirus )
==Okužba==
Vstop in vezava piknoravirusa v gostiteljsko celico poteka v več korakih:
1.Virus se pritrdi na gostiteljeve receptorje in se zlije z gostiteljsko celico s pomočjo endocitoze. Endocitoza lahko poteka s pomočjo klatrinov in kaveolinov ali pa neodvisno od njih. 
2.Ko se virus veže na gostiteljeve receptorje, se kapsida konformacijsko spremeni. Začne se izražati notranji strukturni protein VP4, ki povzroči odpiranje por v membrani gostitelja in s tem omogoči vstop virusne RNA v citoplazmo gostiteljske celice. 
3.V naslednjem koraku se VPg odstrani iz virusne RNA in prične se translacija na polisomu, ki zagotovi potrebne proteine za replikacijo virusne RNA.
4.Replikacija in nastajanje ssRNA(+) poteka na gladkem endoplazemskem retikulumu. 
5.Ko je sintetizirana zadostna količina virusnih proteinov VP0, VP1 in VP3 se ti začnejo združevati v pentamere. VP0 je necepljeni prekurzor za VP2 in VP4. 
6.Pentameri se povežejo v proviruse. Provirus je virusni genom, ki se vključi v kromosom gostiteljske celice. Med delitvijo celic virusni genom prehaja na hčerinske celice. 
7.Provirusi se iz celice sprostijo s pomočjo lize.

==Viri in literatura:==
*Ahlquist, P. et al. (2003) ‘Host Factors in Positive-Strand RNA Virus Genome Replication’, Journal of virology, 77(15), pp. 8181–8186. doi: 10.1128/JVI.77.15.8181.
*Goodfellow, I. (2011) ‘The genome-linked protein VPg of vertebrate viruses - A multifaceted protein’, Current Opinion in Virology, pp. 355–362. doi: 10.1016/j.coviro.2011.09.003.
*Hulo C, et al. (2011) 'ViralZone: a knowledge resource to understand virus diversity.' Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39 (Database issue):D576-82. https://viralzone.expasy.org/
*Poljak, M., et al.(2011). Medicinska virologija. Ljubljana: Medicinski razgledi. ISBN: 978-961-6260-18-3

[[Category:SEM]][[Category:BMB]]

Pikorna virusi in drugi RNA(+) virusi

2018-04-16T20:09:01Z

Ajda Krč:

==RNA(+) virusi==
RNA (+) virusi so virusi, ki svoj genetski material prenašajo z enojno vijačnico RNA (v nadaljevanju ssRNA(+)), t.i. kodirajočo RNA, ki v gostitelju lahko služi kot mRNA, in se direktno prepisuje v proteine. Pozitivna (kodirajoča) veriga RNA je pri RNA(+) virusih torej osnova tako za translacijo kot tudi za replikacijo. 5'-konec je lahko zaščiten s kapo, kovalentno vezan na VPg protein, lahko pa je tudi nezaščiten. 3'- konec ima pripet poli-A-rep ali pa tudi ne.
VPg (angl. »viral protein genome-linked«) najdemo le na 5'-koncu pozitivne enoverižne virusne RNA. Gre za protein, ki pri sintezi RNA deluje kot začetni oligonukleotid ali pa ima vlogo pri translaciji in predstavlja nadomestek 5' kape.
RNA(+) virusi imajo svoj dedni material zaprt v kapsidi brez od RNA odvisne RNA polimeraze (RdRp), kar pomeni, da se lahko razmnožujejo šele znotraj celic, ki jih okužijo.
==Replikacija==
Takoj po okužbi se ssRNA(+) prevede v poliprotein, ki kodira celotnen replikacijski postopek. Podvajanje poteka v posebnih membranskih invaginacijah dvomembranskih veziklov. Replikacija ssRNA vodi najprej v nastanek negativne RNA verige, ki se podvoji v dvoverižno RNA (dsRNA), ki se nato prepisuje v pozitivno enojno genomsko mRNA. Na novo sintetizirana RNA lahko služi bodisi za replikacijo ali za translacijo. Pri mnogih pozitivnih enoverižnih RNA virusih se prepišejo tudi t.i. subgenomske RNA (sgRNA), ki pogosto kodirajo strukturne proteine. Sintezo sgRNA je mogoče razložiti na dva različna načina; z modelom notranje iniciacije ali pa z modelom predčasne terminacije.
==Primer: Koronavirusi, SARS-CoV==
Koronavirusi lahko povzročijo vrsto simptomov, od blagih, kot je navaden prehlad, do bolj resnih respiratornih bolezni.
Ovojnica ali kapsida koronavirusov je sferična, njen premer je okoli 120 nm. Linearni ssRNA (+) genom je velik 27-32kb (največji od vseh genomov RNA virusov). Ima kapo in poli-A-rep. Genomska ssRNA(+) kodira dva različna bralna okvirja, ki se med seboj prekrivata. Da lahko prevede oba, se virus posluži metode premikanja bralnih okvirjev (angl. »ribosomal frameshifting«). Programirano premikanje bralnih okvirjev je nadomestni mehanizem translacije za združevanje proteinov, kodiranih z dvema prekrivajočima se odprtima bralnima okvirjema. Premiki niso pogosti, gre pa za ribosome, ki med prevajanjem zdrsnejo za eno bazo v smeri 5 '(- 1) ali 3' (+ 1). Nekateri virusi se lahko premikajo tako v +1 kot tudi v -1 smeri.
SARS-CoV je virus iz družine koronavirusov, ki lahko povzroči sindrom akutnega oteženega dihanja (angl. »Severe Acute Respiratory Syndrome«). Ima enake proteinske strukture kot ostale znane skupine koronavirusov: sidriščni glikoprotein (angl. »spike glycoprotein«), membranski protein, ovojnico in nukleokapsidni protein.
==Primer: Favivirusi, virus ZIKA==
Genomi vseh članov iz družine Flaviviridae imajo določene skupne lastnosti. Ti virusi kodirajo iste proteine v istem vrstnem redu, obdajajo pa jih 5 'in 3' UTR (angl. »untranslated regions«). 5' UTR vsebuje promotor virusne RNA in se zaključi s kapo. 3' konec ni poliadeniliran, temveč tvori strukturo nekakšne zanke. Ta sekundarna struktura je osnova za nastanek subgenomske flavivirusne RNA (sfRNA) z razgradnjo genomske RNA s pomočjo gostiteljeve 5'-3' eksoribonukleaze. sfRNA je bistvenega pomena za patogenost in lahko igra vlogo pri zaviranju gostiteljeve antivirusne aktivnosti.
Virus ZIKA oz. ZIKV je zanimiv predvsem zaradi načina vstopa v gostiteljsko celico s t.i. mehanizmom apoptotske mimikrije; Virusna membrana vsebuje fosfatidilserin. Ta molekula se sicer aktivno vzdržuje na citoplazemski strani membrane s flipazo, preko porabe ATP. Virusi ne proizvajajo ATP, zato fosfatidilserin konča na površini virusne membrane. Izpostavljene fosfatidilserine prepoznajo dendritske celice in makrofagi, ki tako zamaskirane viruse z makropinocitozo prevzamejo v svojo notranjost z namenom razgradnje. Večina virusov se je razvila tako, da se izogne tej razgradnji s prekrivanjem membrane s proteini iz ovojnice.
Poleg navedenih primerov med RNA(+) viruse, ki so nevarni za človeka, spadajo še virusi iz družin Astroviridae, Hepeviridae, Calciviridae, Togaviridae in pa seveda Picornaviridae.
==Pikornavirusi==
Piknoravirusi so majhni sferični virusi brez ovojnice. V premer merijo približno 30 nm. Imajo ikozaedrično kapsido, ki obdaja genom. Kapsida je sestavljena iz 60 protomernih enot. Vsaka protomerna podenota je iz štirih virusnih proteinov VP1, VP2, VP3 in VP4. Antigenske značilnosti in serotipizacija, ki lahko temelji na različnih opazovanih lastnostih virusa ali bakterije, npr. prisotnost etoksinov, plazmidov in drugih dejavnikov, so odvisne od zunanjih proteinov VP1, VP2 in VP3. VP4 pa je notranji protein kapside. VP1-VP4 tvorijo 12 pentamerov, stičišče vsakega izmed pentamer se dviga nad površno kapside. Vsako stičišče pentamerov obdaja ugreznitev, ki ima pomembno vlogo pri mehanizmu vstopa virusa v celico.
==Fizikalno-kemijske lastnosti==
Pikornavirusi so odporni na nizko vrednost pH, zato se mnogi razmnožujejo v spodnjem delu prebavil (Cardiovirus, Enterovirus, Hepatovirus, Parechovirus). Najdemo pa tudi takšne, ki niso odporni na nizke vrednosti pH in se razmnožujejo predvsem v zgornjem delu dihal ter se na ta način izognejo nizkim pH vrednostim v prebavni poti (Aphtovirus). Pikornavirusi lahko povzročijo številne okužbe s hrano, vodo in kontaminiranimi površinami, zaradi odpornosti na številne fizikalno-kemijske vplive iz okolja. Zaradi teh lastnosti je kužnost teh virusov v okolju močno podaljšana.
Kljub raznolikosti v družini Picornaviridae je njihov genom dokaj enoten. Velikost genoma je od 7,2-8,5kb in sestavlja pozitivno polarno enovijačno molekulo RNA (ssRNA(+)). Na 3'-koncu ima poliadeniliran rep, na 5'-koncu pa namesto metiliranega nukleotida kovalentno vezano molekulo VPg. VPg je kratek virusni protein, ki ima pomembno vlogo pri replikaciji virusne RNA. Genom ima samo en odprt bralni okvir in je razdeljen na tri področja: P1, ki kodira virusne strukturne proteine in P2 ter P3, ki kodirata za nestrukturne proteine, ki so vključeni v procesiranje poliproteina in v replikacijo virusnega genoma. Med translacijo poliprotein cepijo virusne proteaze, ki potrebujejo 11-12 cepitev da poliprotein obdelajo do končnih proteinov. 5'-konec vsebuje še notranje vstopno mesto za ribosome ali IRES (angl. »Internal Ribosome Entry Site«), ki omogoča nov začetek neodvisnega prevajanja mRNA oz. omogoča vezavo ribosoma sredi mRNA. Na N-koncu nekaterih piknoravirusov najdemo mesto L, ki pri nekaterih vrstah kodira za papainske cisteinske proteinaze (Aphovirusi, Erbovirusi) pri drugih pa ima kakšno drugačno funkcijo (Genera kobuvirus, Cardiovirus, Teschovirus, Sapelovirus, Senecavirus )
==Okužba==
Vstop in vezava piknoravirusa v gostiteljsko celico poteka v več korakih:
1.Virus se pritrdi na gostiteljeve receptorje in se zlije z gostiteljsko celico s pomočjo endocitoze. Endocitoza lahko poteka s pomočjo klatrinov in kaveolinov ali pa neodvisno od njih.
2.Ko se virus veže na gostiteljeve receptorje, se kapsida konformacijsko spremeni. Začne se izražati notranji strukturni protein VP4, ki povzroči odpiranje por v membrani gostitelja in s tem omogoči vstop virusne RNA v citoplazmo gostiteljske celice.
3.V naslednjem koraku se VPg odstrani iz virusne RNA in prične se translacija na polisomu, ki zagotovi potrebne proteine za replikacijo virusne RNA.
4.Replikacija in nastajanje ssRNA(+) poteka na gladkem endoplazemskem retikulumu.
5.Ko je sintetizirana zadostna količina virusnih proteinov VP0, VP1 in VP3 se ti začnejo združevati v pentamere. VP0 je necepljeni prekurzor za VP2 in VP4.
6.Pentameri se povežejo v proviruse. Provirus je virusni genom, ki se vključi v kromosom gostiteljske celice. Med delitvijo celic virusni genom prehaja na hčerinske celice.
7.Provirusi se iz celice sprostijo s pomočjo lize.

==Viri in literatura:==
*Ahlquist, P. et al. (2003) ‘Host Factors in Positive-Strand RNA Virus Genome Replication’, Journal of virology, 77(15), pp. 8181–8186. doi: 10.1128/JVI.77.15.8181.
*Goodfellow, I. (2011) ‘The genome-linked protein VPg of vertebrate viruses - A multifaceted protein’, Current Opinion in Virology, pp. 355–362. doi: 10.1016/j.coviro.2011.09.003.
*Hulo C, et al. (2011) 'ViralZone: a knowledge resource to understand virus diversity.' Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39 (Database issue):D576-82. https://viralzone.expasy.org/
*Poljak, M., et al.(2011). Medicinska virologija. Ljubljana: Medicinski razgledi. ISBN: 978-961-6260-18-3

[[Category:SEM]][[Category:BMB]]

Pikorna virusi in drugi RNA(+) virusi

2018-04-16T20:07:03Z

Ajda Krč: New page: ==RNA(+) virusi== RNA (+) virusi so virusi, ki svoj genetski material prenašajo z enojno vijačnico RNA (v nadaljevanju ssRNA(+)), t.i. kodirajočo RNA, ki v gostitelju lahko služi kot m...

==RNA(+) virusi==
RNA (+) virusi so virusi, ki svoj genetski material prenašajo z enojno vijačnico RNA (v nadaljevanju ssRNA(+)), t.i. kodirajočo RNA, ki v gostitelju lahko služi kot mRNA, in se direktno prepisuje v proteine. Pozitivna (kodirajoča) veriga RNA je pri RNA(+) virusih torej osnova tako za translacijo kot tudi za replikacijo. 5'-konec je lahko zaščiten s kapo, kovalentno vezan na VPg protein, lahko pa je tudi nezaščiten. 3'- konec ima pripet poli-A-rep ali pa tudi ne.
VPg (angl. »viral protein genome-linked«) najdemo le na 5'-koncu pozitivne enoverižne virusne RNA. Gre za protein, ki pri sintezi RNA deluje kot začetni oligonukleotid ali pa ima vlogo pri translaciji in predstavlja nadomestek 5' kape.
RNA(+) virusi imajo svoj dedni material zaprt v kapsidi brez od RNA odvisne RNA polimeraze (RdRp), kar pomeni, da se lahko razmnožujejo šele znotraj celic, ki jih okužijo.
==Replikacija==
Takoj po okužbi se ssRNA(+) prevede v poliprotein, ki kodira celotnen replikacijski postopek. Podvajanje poteka v posebnih membranskih invaginacijah dvomembranskih veziklov. Replikacija ssRNA vodi najprej v nastanek negativne RNA verige, ki se podvoji v dvoverižno RNA (dsRNA), ki se nato prepisuje v pozitivno enojno genomsko mRNA. Na novo sintetizirana RNA lahko služi bodisi za replikacijo ali za translacijo. Pri mnogih pozitivnih enoverižnih RNA virusih se prepišejo tudi t.i. subgenomske RNA (sgRNA), ki pogosto kodirajo strukturne proteine. Sintezo sgRNA je mogoče razložiti na dva različna načina; z modelom notranje iniciacije ali pa z modelom predčasne terminacije.
==Primer: Koronavirusi, SARS-CoV==
Koronavirusi lahko povzročijo vrsto simptomov, od blagih, kot je navaden prehlad, do bolj resnih respiratornih bolezni.
Ovojnica ali kapsida koronavirusov je sferična, njen premer je okoli 120 nm. Linearni ssRNA (+) genom je velik 27-32kb (največji od vseh genomov RNA virusov). Ima kapo in poli-A-rep. Genomska ssRNA(+) kodira dva različna bralna okvirja, ki se med seboj prekrivata. Da lahko prevede oba, se virus posluži metode premikanja bralnih okvirjev (angl. »ribosomal frameshifting«). Programirano premikanje bralnih okvirjev je nadomestni mehanizem translacije za združevanje proteinov, kodiranih z dvema prekrivajočima se odprtima bralnima okvirjema. Premiki niso pogosti, gre pa za ribosome, ki med prevajanjem zdrsnejo za eno bazo v smeri 5 '(- 1) ali 3' (+ 1). Nekateri virusi se lahko premikajo tako v +1 kot tudi v -1 smeri.
SARS-CoV je virus iz družine koronavirusov, ki lahko povzroči sindrom akutnega oteženega dihanja (angl. »Severe Acute Respiratory Syndrome«). Ima enake proteinske strukture kot ostale znane skupine koronavirusov: sidriščni glikoprotein (angl. »spike glycoprotein«), membranski protein, ovojnico in nukleokapsidni protein.
==Primer: Favivirusi, virus ZIKA==
Genomi vseh članov iz družine Flaviviridae imajo določene skupne lastnosti. Ti virusi kodirajo iste proteine v istem vrstnem redu, obdajajo pa jih 5 'in 3' UTR (angl. »untranslated regions«). 5' UTR vsebuje promotor virusne RNA in se zaključi s kapo. 3' konec ni poliadeniliran, temveč tvori strukturo nekakšne zanke. Ta sekundarna struktura je osnova za nastanek subgenomske flavivirusne RNA (sfRNA) z razgradnjo genomske RNA s pomočjo gostiteljeve 5'-3' eksoribonukleaze. sfRNA je bistvenega pomena za patogenost in lahko igra vlogo pri zaviranju gostiteljeve antivirusne aktivnosti.
Virus ZIKA oz. ZIKV je zanimiv predvsem zaradi načina vstopa v gostiteljsko celico s t.i. mehanizmom apoptotske mimikrije; Virusna membrana vsebuje fosfatidilserin. Ta molekula se sicer aktivno vzdržuje na citoplazemski strani membrane s flipazo, preko porabe ATP. Virusi ne proizvajajo ATP, zato fosfatidilserin konča na površini virusne membrane. Izpostavljene fosfatidilserine prepoznajo dendritske celice in makrofagi, ki tako zamaskirane viruse z makropinocitozo prevzamejo v svojo notranjost z namenom razgradnje. Večina virusov se je razvila tako, da se izogne tej razgradnji s prekrivanjem membrane s proteini iz ovojnice.
Poleg navedenih primerov med RNA(+) viruse, ki so nevarni za človeka, spadajo še virusi iz družin Astroviridae, Hepeviridae, Calciviridae, Togaviridae in pa seveda Picornaviridae.
==Pikornavirusi==
Piknoravirusi so majhni sferični virusi brez ovojnice. V premer merijo približno 30 nm. Imajo ikozaedrično kapsido, ki obdaja genom. Kapsida je sestavljena iz 60 protomernih enot. Vsaka protomerna podenota je iz štirih virusnih proteinov VP1, VP2, VP3 in VP4. Antigenske značilnosti in serotipizacija, ki lahko temelji na različnih opazovanih lastnostih virusa ali bakterije, npr. prisotnost etoksinov, plazmidov in drugih dejavnikov, so odvisne od zunanjih proteinov VP1, VP2 in VP3. VP4 pa je notranji protein kapside. VP1-VP4 tvorijo 12 pentamerov, stičišče vsakega izmed pentamer se dviga nad površno kapside. Vsako stičišče pentamerov obdaja ugreznitev, ki ima pomembno vlogo pri mehanizmu vstopa virusa v celico.
==Fizikalno-kemijske lastnosti==
Pikornavirusi so odporni na nizko vrednost pH, zato se mnogi razmnožujejo v spodnjem delu prebavil (Cardiovirus, Enterovirus, Hepatovirus, Parechovirus). Najdemo pa tudi takšne, ki niso odporni na nizke vrednosti pH in se razmnožujejo predvsem v zgornjem delu dihal ter se na ta način izognejo nizkim pH vrednostim v prebavni poti (Aphtovirus). Pikornavirusi lahko povzročijo številne okužbe s hrano, vodo in kontaminiranimi površinami, zaradi odpornosti na številne fizikalno-kemijske vplive iz okolja. Zaradi teh lastnosti je kužnost teh virusov v okolju močno podaljšana.
Kljub raznolikosti v družini Picornaviridae je njihov genom dokaj enoten. Velikost genoma je od 7,2-8,5kb in sestavlja pozitivno polarno enovijačno molekulo RNA (ssRNA(+)). Na 3'-koncu ima poliadeniliran rep, na 5'-koncu pa namesto metiliranega nukleotida kovalentno vezano molekulo VPg. VPg je kratek virusni protein, ki ima pomembno vlogo pri replikaciji virusne RNA. Genom ima samo en odprt bralni okvir in je razdeljen na tri področja: P1, ki kodira virusne strukturne proteine in P2 ter P3, ki kodirata za nestrukturne proteine, ki so vključeni v procesiranje poliproteina in v replikacijo virusnega genoma. Med translacijo poliprotein cepijo virusne proteaze, ki potrebujejo 11-12 cepitev da poliprotein obdelajo do končnih proteinov. 5'-konec vsebuje še notranje vstopno mesto za ribosome ali IRES (angl. »Internal Ribosome Entry Site«), ki omogoča nov začetek neodvisnega prevajanja mRNA oz. omogoča vezavo ribosoma sredi mRNA. Na N-koncu nekaterih piknoravirusov najdemo mesto L, ki pri nekaterih vrstah kodira za papainske cisteinske proteinaze (Aphovirusi, Erbovirusi) pri drugih pa ima kakšno drugačno funkcijo (Genera kobuvirus, Cardiovirus, Teschovirus, Sapelovirus, Senecavirus )
==Okužba==
Vstop in vezava piknoravirusa v gostiteljsko celico poteka v več korakih:
1.Virus se pritrdi na gostiteljeve receptorje in se zlije z gostiteljsko celico s pomočjo endocitoze. Endocitoza lahko poteka s pomočjo klatrinov in kaveolinov ali pa neodvisno od njih.
2.Ko se virus veže na gostiteljeve receptorje, se kapsida konformacijsko spremeni. Začne se izražati notranji strukturni protein VP4, ki povzroči odpiranje por v membrani gostitelja in s tem omogoči vstop virusne RNA v citoplazmo gostiteljske celice.
3.V naslednjem koraku se VPg odstrani iz virusne RNA in prične se translacija na polisomu, ki zagotovi potrebne proteine za replikacijo virusne RNA.
4.Replikacija in nastajanje ssRNA(+) poteka na gladkem endoplazemskem retikulumu.
5.Ko je sintetizirana zadostna količina virusnih proteinov VP0, VP1 in VP3 se ti začnejo združevati v pentamere. VP0 je necepljeni prekurzor za VP2 in VP4.
6.Pentameri se povežejo v proviruse. Provirus je virusni genom, ki se vključi v kromosom gostiteljske celice. Med delitvijo celic virusni genom prehaja na hčerinske celice.
7.Provirusi se iz celice sprostijo s pomočjo lize.

==Viri in literatura:==
*Ahlquist, P. et al. (2003) ‘Host Factors in Positive-Strand RNA Virus Genome Replication’, Journal of virology, 77(15), pp. 8181–8186. doi: 10.1128/JVI.77.15.8181.
*Goodfellow, I. (2011) ‘The genome-linked protein VPg of vertebrate viruses - A multifaceted protein’, Current Opinion in Virology, pp. 355–362. doi: 10.1016/j.coviro.2011.09.003.
*Hulo C, et al. (2011) 'ViralZone: a knowledge resource to understand virus diversity.' Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39 (Database issue):D576-82. https://viralzone.expasy.org/
*Poljak, M., et al.(2011). Medicinska virologija. Ljubljana: Medicinski razgledi. ISBN: 978-961-6260-18-3

[[Category:SEM][Category:BMB]]

Molekularna biologija virusov

2018-04-16T19:50:27Z

Ajda Krč:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2017/18 obravnavajo področje virusov, saj v naslednjem letu ne boste imeli možnosti vpisa izbirnega predmeta Virologija. Tematika je razdeljena na 16 poglavij. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu.

Vsako temo obdelata praviloma dva študenta, nekatere teme pa omogočajo tudi razdelitev snovi na tri dele (to je označeno na prvem seznamu). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili.
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov!

Predstavitve seminarjev po datumih so razvidne iz spletne učilnice.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (lahko 3) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi 
6. Retrovirusi (lahko 3) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) 
8. Nitasti fagi 
9. Ikozaedrični fagi (lahko 3) 
10. Viroidi in satelitski virusi 
11. Evolucija virusov 
12. Diagnostika virusnih okužb 
13. Rastlinski virusi (lahko 3) 
14. Protivirusna zdravila (lahko 3) 
15. Protivirusna cepiva 
16. Virusi in rak 
17. Virusi, ki jih uporabljamo pri genskem zdravljenju

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (Ines Medved, Veronika Razpotnik, Andrej Ivanovski) 
2. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Parvovirusi_in_sorodni_ssDNA-virusi Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi] (Milica Jankovic, Andrej Race) 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi (Anže Jenko, Ana Maklin) 
4. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pikorna_virusi_in_drugi_RNA(+)_virusi Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi] (Tanja Zupan, Ajda Krč) 
5. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rabdovirusi_in_drugi_RNA(-)-virusi Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi] (Anja Černe, Špela Deučman) 
6. Retrovirusi (Katja Doberšek, Špela Supej, Barbara Slapnik) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) (Nika Zaveršek, Nika Goršek) 
8. Nitasti fagi () 
9. Ikozaedrični fagi (Urban Hribar, Luka Gregorič, Luka Fratina) 
10. Viroidi in satelitski virusi (Lea Knez, Patrik Levačić) 
11. Evolucija virusov () 
12. Diagnostika virusnih okužb (Samo Purič, Peter Škrinjar) 
13. Rastlinski virusi (Katja Dolenc, Martin Špendl) 
14. Protivirusna zdravila (Tina Turel, Maja Vrabec, Polona Skrt) 
15. Protivirusna cepiva (Daria Latysheva, Jerneja Nimac) 
16. Virusi in rak (Ana Obaha, Lija Srnovršnik) 
17. Virusi, ki jih uporabljamo pri genskem zdravljenju (Andreja Habič, Uroš Prešern)

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, ki vsebuje povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki> 
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)

Molekularna biologija virusov

2018-03-26T15:11:44Z

Ajda Krč:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2017/18 obravnavajo področje virusov, saj v naslednjem letu ne boste imeli možnosti vpisa izbirnega predmeta Virologija. Tematika je razdeljena na 16 poglavij. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu.

Vsako temo obdelata praviloma dva študenta, nekatere teme pa omogočajo tudi razdelitev snovi na tri dele (to je označeno na prvem seznamu). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili.
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov!

Predstavitve seminarjev po datumih so razvidne iz spletne učilnice.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (lahko 3) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi 
6. Retrovirusi (lahko 3) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) 
8. Nitasti fagi 
9. Ikozaedrični fagi (lahko 3) 
10. Viroidi in satelitski virusi 
11. Evolucija virusov 
12. Virusi in rak 
13. Rastlinski virusi (lahko 3) 
14. Protivirusna zdravila (lahko 3) 
15. Protivirusna cepiva 
16. Diagnostika virusnih okužb 

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (Ines Medved, Veronika Razpotnik, Andrej Ivanovski) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi (Milica Jankovic, Andrej Race) 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi (Anže Jenko, Ana Maklin) 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi (Tanja Zupan, Ajda Krč) 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi (Anja Černe, Špela Deučman) 
6. Retrovirusi (Katja Doberšek, Špela Supej, Barbara Slapnik) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) (Nika Zaveršek, Nika Goršek) 
8. Nitasti fagi () 
9. Ikozaedrični fagi (Urban Hribar, Luka Gregorič, Luka Fratina) 
10. Viroidi in satelitski virusi (Lea Knez, Patrik Levačić) 
11. Evolucija virusov 
12. Virusi in rak (Ana Obaha, Lija Srnovršnik) 
13. Rastlinski virusi (Katja Dolenc, Martin Špendl) 
14. Protivirusna zdravila (Tina Turel, Maja Vrabec, Polona Skrt) 
15. Protivirusna cepiva (Daria Latysheva, Jerneja Nimac) 
16. Diagnostika virusnih okužb (Samo Purič, Peter Škrinjar) 

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, ki vsebuje povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

TBK2017 Povzetki seminarjev

2017-05-17T19:55:00Z

Ajda Krč: /* Ana Scott: Naslov seminarja */

[[TBK2017-seminar|Nazaj na osnovno stran]]
===Ana Scott: Naslov seminarja===
Tekst ....

'''Patrik Levaćić: Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionanlnost in strukturo prebavnih celic'''

Vnos nano delcev titanovega dioksida (TiO2) preko prehrambenih izdelkov kot so sladkarije ter žvečilni gumiji je praktično nemogoče. Prebavni trakt služi kot pomembna meja med telesom in zunanjim okoljem. Cilj raziskave je bilo opazovanje posledic vnosa 30 nano meterskih delcev titanovega dioksida preko modela celične strukture tankega črevesja ter določitev kako akutna ter kronična izpostavljenost takim delcem lahko vpliva na funkcionalnost in strukturo celice. Postopek prepoznavanja TiO2 delcev je zelo kompleksen, navadno se uporablja Ramanova spektroskopija, ki izkorišča lastnosti molekule kot so vibracijska ter rotacijska stanja, s tem pa dobimo tako imenovani ''finger-print'' molekule, saj ima vsaka molekula svoje lastnosti in se po njih loči od drugih molekul. Rezultati raziskave so potrdili, da čeprav akutna izpostavljenost ni pustila resnejših posledic na celični strukturi, ima kronična izpostavljenost kar nekaj posledic na celičnem nivoju. Spremeni se funkcionalnost celice, nivo delovanja membranskih encimov vpade, spremeni se prav tako tudi struktura, saj se zmanjša sposobnost vsrkavanja nutrientov preko mikrovilov.

'''Tina Turel: Povezanost retrovirusov z razvojem možganov'''

Možgani človeka so bistveno bolj razviti od možganov drugih sesalcev in zato veliko težji za raziskovanje in razumevanje. Številne raziskave so dokazale, da bi transportni elementi (TE-ji), ki so še pred nekaj leti veljali za neuporaben del DNA, tako imenovan »junk DNK«, lahko bili odgovorni za današnjo stopnjo razvitosti človeških možganov.
Retrovirusi so posebna skupina virusov. Nekateri veljajo za škodljive (HIV), drugi pa so povsem neškodljivi. V našem DNA je več kot 1000 različnih retrovirusov. V raziskavi, ki jo je vodil Johan Jakobsson in se je odvijala v Lundu, so dokazovali pomembno vlogo ERV-ja, endogenega retrovirusa v razvoju človeških možganov. Želeli so pokazati, da nekaj tisoč ERV-jev, mnogi so primarno specifični, delujejo kot priklopna podlaga za epigenetske represorsko beljakovino TRIM28, ki vzpostavi lokalni hetero kromatin okoli ERV-jev. Retrovirusi lahko pri vsakem človeku reagirajo drugače, saj so tak tip genetskega materiala, da se lahko nahajajo v katerem koli delu v genomu. Različna izražanja ERV-ja pa bi bila lahko tudi razlog za možganske okvare, ki povzročijo bolezni, kot so ALS, shizofrenija in bipolarna motnja .

'''Nina Mezgec Mrzlikar: Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo'''

Shizofrenija je duševna motnja, ki se razvije v zgodnjem odraslem obdobju. DISC-1 (Disrupted-In-Schizophrenia-1) je protein, kodiran z genom DISC-1 in je močno izražen v možganskem hipokampusu. Sodeluje pri razvoju aksonov in povezovanju celic. Caveolin-1 je ogrodni protein bistven pri regulaciji receptorjev na membranah in spodbuja razvoj novih povezav med živčnimi celicami. V tej raziskavi so znanstveniki proučevali vpliv proteina Cav-1 na izražanje gena DISC-1 v živčnih celicah. Ugotovljeno je bilo, da prekomerno izražen gen Cav-1 povzroči večje izražanje gena DISC-1 in drugih sinaptičnih proteinov, ki so potrebni za prenos živčnega signala. V miših, katerim so iz hipokampusa odstranili Cav-1 je posledično prišlo do manjšega izražanja DISC-1 in hkrati drugih sinaptičnih proteinov. Izguba Cav-1 torej zmanjšuje aktivnost sinaps, kar pa je vzrok za številne nevrodegenerativne bolezni, kot je tudi shizofrenija. Ugotovitve kažejo na pomembno vlogo proteina Caveolin-1 v celicah, saj vzdržuje pravilno delovanje receptorjev in s tem prenos živčnega signala.

'''Sonja Gabrijelčič: Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami'''

Odpornost bakterij na antibiotike je v porastu po vsem svetu. Pojavlja se tako v državah v razvoju, kjer je predvsem posledica nekvalitetnih antibiotikov, kot v najrazvitejših državah sveta, kjer se pojavlja več in več patogenov, ki lahko preživijo v okolju z več zdravilnimi učinkovinami oziroma antibiotiki. Bakterije lahko pridobijo odpornost ali z izmenjavo mobilnih genetskih elementov ali z mutacijo genetskega materiala, ki je že v celici. V raziskavi, ki jo opisuje članek, so raziskovalci želeli opazovati slednje, zato so izmed bakterij, ki so lahko sočasno odporne na več antibiotikov, izbrali Mycobacterium smegmatis, sorodnico bakterije, ki povzroča tuberkulozo, in eno od predstavnic skupine bakterij, pri kateri do izmenjevanja plazmidov praktično ne pride. Klasificirali so tipe mutacij, do katerih je prišlo, in se osredotočili predvsem na mutacije, ki so se zgodile na mestih genoma, kjer se kodirajo proteini, ki so sestavni deli ribosomov. Ugotovili so, da so taki mutanti odporni na antibiotike z različnimi mehanizmi delovanja, ki jim niso bili še nikoli izpostavljeni, na antibiotike širokega spektra in poleg tega tudi na nekatere druge mehanske strese na membrane.

'''Daria Latysheva: Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic'''

Mehansko aktivni kanalčki so membranski proteini, ki so neposredno odvisni od sile in pretvarjajo mehanske držljaje v električne oz. biokemijske signale. Piezo1 je mehansko aktiven ionski kanalček, ki spodbuja celično smrt v predelih z visoko gostoto celic. V raziskavi so ugotovili, da kotrolira tudi mitotsko delitev. Raziskali so mehanizem delovanja Piezo1 v procesu celične delitve. Pri nizki gostoti celic oz. kjer so celice raztegnjene se Piezo1 lokalizira na celični membrani ter se odpre; posledično sproži influks kalcija v celico. ERK1 se aktivira zaradi povečane koncentracije Ca2+ ionov, kar vpliva na aktivnost ciklina B v G2 fazi mitotske delitve in povzroči proliferacijo. Način, na kateri Piezo1 aktivira dva nasprotna procesa je odvisen od lokacije in načina aktivacije kanalčka. V predelih z nizko gostoto celic se Piezo1 lokalizira na celični membrani ter hitro aktivira celično delitev. Če so celice razporejene tesno druga ob drugi, se Piezo1 oblikuje v velike citiplazemske agregate in spodbuja celično smrt. Zaradi sposobnosti zaznave mehanskega raztezka ter prevelike in premajhne gostote celic Piezo 1 deluje kot homeostatski senzor in kontrolira število epitelijskih celic.

'''Nika Goršek: Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku'''

MRP1 ali »Multidrug resistance protein« je protein, ki spada v družino ABC-transporterjev. Pomemben je pri reguliranju redoks homeostaze, vnetij in sekrecije hormonov. Znano je tudi, da ima pomembno vlogo pri odpornosti na zdravila in njihovem črpanju iz celic. V raziskavi na univerzi Rockefeller so z uporabo elektronske kriomikroskopije določili njegovo zgradbo. Sestavljajo ga štirje glavni deli: dva transmembranska dela, ki tvorita telo transporterja, dva dela, ki vežeta ATP, motiv v obliki lase in N-terminalni transmembranski del. Čeprav ima MRP1 dva dela, ki bi lahko vezala ATP, pa tega veže le en, saj pri drugem delu pride do drugačnega zaporedja aminokislin. V raziskavah so dokazali, da mutacije določenih delov proteina vodijo v bolezenska stanja in da bi sprememba le ene aminokisline v zaporedju vplivala na aktivnost proteina. MRP1 ima le eno dvojno vezavno mesto, ki je pozitivno nabito. Pestrost substratov je zaradi takega vezavnega mesta veliko večja, kot pri nekaterih drugih znanih proteinih. Prenaša lahko organske, amfipatične in aninonske molekule, na primer zdravila proti raku, opijate, antidepresive in tudi nekatere za življenje pomembne snovi (hormoni in protivnetne molekule). Ob vezavi substrata se oblika proteina MRP1 spremeni, aktivnost pa se poveča. Po končanem transportu pa protein preide nazaj v prvotno, neaktivno obliko.

'''Dragana Savković: Stopnja preživetja evkariontskih celic po elektroforezni nanoinjekciji'''

Znotrajcelična dostava makromolekul je pomemben korak za terapevtske in raziskovalne namene. Za uvajanje tujih molekul v citoplazmo živih celic uporabljale so se metode, katere so se v večini primerov uporabljale za veliko število celic v kulturi in je splošno znano, da veliko število teh celic (do 50%) ne preživi ta proces. Da bi rešili ta problem, razvili so alternativno metodo znotrajcelične dobave, oziroma znotrajcelično elektroforezno nanoinjekcijo. V raziskavi so primerjali stopnjo preživetja celic injiciranih z pipeto s premerom 100 nm in pipeto s premerom 500 nm. Ugotovili so, da je stopnja preživetja z uporabo 100 nm pipeto veliko večja kot s 500 nm pipeto in tudi da ostale preživele celice kažejo bolj naraven cikel celic.

'''Urška Zagorc: Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1'''

Sladkorna bolezen tipa 1, ki je značilna predvsem za otroke in mladostnike, je posledica motnje v imunskem sistemu. Organizem uniči lastne celice v trebušni slinavki, ki proizvajajo inzulin. Ta omogoča glukozi iz hrane vstop v celico, s čimer celica dobi hrano in energijo. V raziskavi nemškega raziskovalnega centra za zdravje in okolje Helmholtz Zentrum München so sodelovali otroci, katerih ožji družinski član ima diabetes tipa 1 in otroci brez dednih dispozicij. Analizirali so krvne vzorce otrok z avto-protitelesi ter jih primerjala z vzorci otrok, ki ne kažejo znakov bolezni niti nimajo protiteles.Identificirali so 41 peptidov iz 26 proteinov, ki se razlikujejo v krvnih vzorcih tistih otrok s protitelesi in tistih brez. Glede na koncentracijo peptidov v treh proteinih (hepatocitni rastni faktor HGF, istem komplementa H in ceruloplazmin) in glede na starost otroka, so dosegli tudi boljšo oceno hitrosti razvoja bolezni. Večja koncentracija sistema komplementa H in hepatocitnega rastnega faktorja ter nižja koncentracija ceruloplazmina pri tem nižji starosti bolnika, pomenijo hitrejši napredek bolezni. Identificirani proteini nam pokažejo bolj natančno oceno stopnje pred pojavom simptomov. Zaradi njih je možno tudi ugotoviti ali ima bolnik s protitelesi, večjo ali manjšo možnost za razvoj sladkorne bolezni tipa 1 in kako hitro se bo bolezen razvila.

'''Anja Černe: Uporaba askorbata pri zdravljenju raka'''

Če askorbat vnesemo v organizem v manjših koncentracijah ima antioksidativne učinke, medtem ko se pri vnosu v večjih koncentracijah obnaša kot prooksidant. Farmakološko koncentriran askorbat povzroča tok izvenceličnega H2O2 v celico in vse celice, tako zdrave kot rakave, encimsko razgrajujejo H2O2, ki je zanje toksičen. Glavni encimi, ki razgrajujejo H2O2 pri velikih količinah so katalaze. Ker pa je katalaz v rakavih celicah malo, so rakave celice bolj dovzetne škodljive učinke, zato je askorbat zanje selektivno toksičen. Katalazna aktivnost v rakavih celicah lahko napove, kako se bo tumor odzval na terapijo z askorbatom. Pri nekaterih vrstah tkiv je rast tumorjev bolj upočasnjena, pri drugih manj (odvisnost od količine katalaz, ki jih tkivo vsebuje). Število aktivnih katalaznih monomerov na celico in ED50 (koločina snovi, ki učinkuje pri 50% osebkih) sta sorazmerna s konstanto celične razgradnje H2O2. Radikali, ki nastanejo pri reakciji med ionom kovine in H2O2, poškodujejo DNA, v kolikšni meri se to zgodi pa je odvisno od količine askorbata.

'''Jerneja Nimac: S CRISPR/Cas9 nad X-vezavno kronično granulomatozno bolezen'''

Kronična granulomatozna bolezen je dedna bolezen imunskega sistema, ki nastane zaradi mutacije v genu CYBB, ki kodira gp91phox. Slednji je katalitični center NADPH oksidaze 2 (NOX2), ki ima pomembno vlogo pri obrambi organizma pred okužbami. Mutacije v genu CYBB na kromosomu Xp21.1 pa so odgovorne za X-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni. Za popravljanje takšne monogenske mutacije so v raziskavi uporabili sistem CRISPR/Cas9. Ta sistem so za obrambo pred virusnimi okužbami razvile bakterije in arheje, gre pa za poseben od RNA odvisen sistem pridobljene imunosti, ki specifično prepozna in reže tujo tarčno DNA. V raziskavi so skušali s sistemom CRISPR/Cas9 popraviti mutacijo C676T na eksonu 7 gena CYBB. Z DHR testi so ugotovili, da s CRISPR/Cas9 popravljene mieloične celice obnovijo aktivnost NOX2 in ponovno izražajo protein gp91phox. S spreminjanjem količine ssODN pa so dokazali, da je stopnja popravljenih genov večja, če je količina ssODN večja, delež indelov pa se zmanjša. Prav tako so potrdili uspešno presaditev s CRISPR/Cas9 popravljenih krvotvornih matičnih in predniških celic in njihovo diferenciacijo v nepoškodovane mieloične in limfocitne celice v NSG miših v obdobju petih mesecev.

'''Barbara Slapnik: Holesterol v celični membrani'''

Holesterol je razporejen po celični membrani. Pomemben je za vzdrževanje membranske fluidnosti, membrano naredi bolj togo in manj prepustno. Njegova porazdelitev med zunanjim in notranjim fosfolipidnim slojem pa ni enakomerna. V raziskavi so razvili dopolnilne senzorje, ki omogočajo vpogled holesterola v obeh slojih sočasno in določili njegovo točno koncentracijo. Ugotovili so, da je koncentracija holesterola v zunanjem sloju celične membrane znatno višja kot koncentracija v notranjem sloju. Visoka koncentracija holesterola v zunanjem sloju celične membrane zmanjša njeno prepustnost, medtem ko nizka koncentracija holesterola v notranjem sloju omogoča celično sporočanje. Rezultati prikazujejo pomen transbilarne asimetrije holesterola v celični membrani in njegovo prerazporeditev za celično homeostazo, rast in razmnoževanje. Podajajo tudi povezavo med holesterolom v notranjem sloju celične membrane in rakom. Določili so točno koncentracijo holesterola, kar jim omogoča boljšo diagnostiko in zdravljenje raka, vendar so za to potrebne še nadaljnje raziskave. Rezultati prav tako predstavljajo osnovo za nadaljnje študije transbilarne dinamike in funkcij holesterola in drugih lipidov v celici.

'''Nadja Škafar: Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev'''

Nanotehnologija igra pomembno vlogo v moderni medicini, še posebej na področju zdravljenja bolezni s tarčno dostavo zdravil. Glavna prednost nanodostavnih sistemov (NS) pred danes uveljavljenimi metodami zdravljenja raka je selektivna dostava protitumorskih učinkovin tumorskim celicam, kar zmanjša možnost pojava neželenih stranskih učinkov, s tem pa se bolniku omogoči boljša kakovost življenja med in po zdravljenju. Dosedanje raziskave na področju NS so temeljile na injiciranju nanodelcev v krvni obtok. Ker pa ob vnosu nanodelcev v telo prihaja do medsebojnega delovanja NS s celicami imunskega sistema, jih te, še preden lahko nanodelci dostavijo zdravila do željenega mesta, odstranijo s fagocitozo. Raziskovalca Jian Yang in Cheng Dong sta zato s svojo ekipo skušala razviti novo tehniko NS, ki problematiko reakcij med NS in makrofagi v bioloških sistemih odpravi tako, da makrofage uporablja kot nosilce nanodelcev do tumorskih celic. Rezultati so pokazali, da so lahko makrofagi uspešni nosilci nanodelcev ter da bi lahko bili NS takšnega tipa v prihodnosti uspešna metoda za zdravljenje številnih bolezni.

'''Špela Deučman: Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč'''

Pri presajenih organih je največja skrb zavrnitev, ki je lahko akutna ali kronična. Pri slednji presadek sčasoma izgubi funkcijo in odmre, kar lahko povzroči smrt prejemnika. Stopnja preživetja presaditve pljuč je nižja od vseh ostalih presaditev organov. Pri 50% pacientov se pojavi obliterantni bronhiolitis oz. BOS, ki je glavni razlog kronične zavrnitve pljuč. Namen raziskave je bil odkriti signalno pot med NFAT1 (transkripcijski faktor), β-cateninom (koregulator transkripcije), ATX (eksoencim) in LPA1 (receptor) oz. LPA (sporočevalec) ter predlagati potencialno terapevtsko vlogo LPA1 antagonistov ter ATX inhibitorjev z namenom, da bi preprečili BOS. Odkrili so pozitivno korelacijo ekspresije med β-cateninom in kolagenom I. Ker LPA prepreči razgradnjo aktivnega β-catenina in ker je za nastanek LPA odgovoren ATX, so raziskali mehanizme reguliranja ekspresije ATX. Ugotovili so, da ekspresijo ATX regulira transkripcijski faktor NFAT1. Znano je, da LPA povečuje znotrajcelično koncentracijo prostih Ca2+ ionov, ti pa so povezani z aktivacijo in jedrsko translokacijo NFAT1. To pomeni, da LPA regulira ekspresijo NFAT1 in posledično tudi ATX. Pri raziskovanju na miših so uporabili LPA1 antagoniste in ATX inhibitorje, ki so vidno zmanjšali napredek BOS.

'''Anže Jenko: Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice'''

Kemiluminiscenčne sonde veljajo za eno izmed najbolj občutljivih diagnostičnih metod pri določanju encimske aktivnosti in koncentracije analita, kar v praktičnem življenju denimo koristi forenzikom. Ker pa je splošno uveljavljen princip koriščenje kemiluminiscence slabo dodelan in privede do velikih energetskih izgub. Raziskovalci so tako v sami raziskavi preizkušali kemiluminiscenčne in fluorescenčne lastnosti različnih derivatov Schaapovega adamatiliden-dioksetana, na katerega so vezali različne substituente, ki pa so imeli znaten vpliv. Na ta način so želeli ustvariti enokomponentni sistem, z visoko intenziteto izseva, ki pa je tudi primeren v fizioloških razmerah. To jim je na koncu tudi uspelo. Na najbolj ustrezni izmed sintetiziranih sond, so hidroksilno skupino na benzenovem obroču ''zamaskirali'' z drugačnimi zaščitnimi skupinami. Vsaka izmed teh skupin pa je bila občutljiva na različne molekule (denimo beta-galaktoza na encim beta-galaktozidaza), reakcija s katerimi je povzročila destabilizacijo - vzbujeno stanje sonde in posledično kemiluminiscenco. Ta mehanizem je pokazal visoko mero selektivnosti, zato so ga lahko praktično koristili pri mikroskopskem prikazovanju celic. Pri celicah z genom za prekomerno izražanje beta-galaktozidaze je z uporabo relavantne sonde (ustrezna zaščitna skupina) prišlo do obarvanja, pri takšni, kjer pa tega encima ni bilo prisotnega, pa do obarvanja ni prišlo.

'''Jana Kotnik: Sintetični membranski receptorji'''

Znanstveniki na Univerzi Bristol so našli način za posnemanje sporazumevanja celic z okolico. Ustvarili so sintetični receptor, ki se odziva na kemične signale podobno kot njegova naravna ekvivalenta. Vsadijo se v membrano in so sposobni vezave določenih ligandov. Receptor je sestavljen iz 3 delov: Vezavnega žepka konstruiranega iz kationskega kovinskega kompleksa, hidrofobne oligomerne vijačnice (jedro receptorja) in sonde s pirensko fluorescenco. V raziskavi so na podlagi sevanja sonde preučevali vpliv kiralnih ligandov na receptor in njegovo obliko v topilu ter v umetnih membranah veziklov. Umetni receptorji ponujajo redko možnost primerjanja obnašanja (oblike) molekul v raztopini in v membrani ter priložnost raziskovanja učinka membrane na razporeditvene preference in vezave ligandov. Kontroliranje prenašanja biokemijskih informacij čez fosfolipidni dvosloj predstavlja veliko priložnost za razvoj sintezne biologije - predstavljamo si lahko npr. umetne celice, s katerimi bi z nadzorovanjem receptorjev v membranah proizvajali koristne materiale ali zdravila.

'''Andrej Špenko: Nova tehnika za regeneracijo kostnega tkiva'''

Ruski znanstveniki so odkrili učinkovit način za izdelavo mineraliziranih vlaken, ki so mehansko odporna in hkrati celicam nudijo ugodne pogoje za preživetje. Vlakna, ki so bila narejena z elektrostatskim sukanjem, da so čim bolj posnemala človeški matriks, so potopili v raztopino Na2CO3 in CaCl2. Na vlaknih so se je tako formirali kristali CaCO3, katerih oblika pa je bila zelo odvisna od pogojev, v katerih so nastali. Pri nadaljnjih poskusih so raztopine z ogrodjem obdelali z ultrazvočnim valovanjem, da so ioni prodrli tudi v spodnje sloje ter v sredino vlaken. Ugotovili so, da se s pomočjo ultrazvočnega obdelovanja v prvih 30 sekundah formira vaterit, nestabilna oblika kristalov CaCO3, ki vlakna v nekaj kratkih ponovitvah popolnoma obda. Pri kasnejših ponovitvah pa se formira kalcit, ki pa je bolj pravilen in mehansko odporen kot vaterit. Če bi vlakna pustili v raztopini za daljše časovno obdobje, bi imel kalcit čas, da se formira. To bi pomenilo manjšo mehansko obstojnost, saj bi se na vlaknih raje formirali pravilni kristali, kot pa da bi vlakna obdali in tako pripravili enakomeren sloj okoli vlaken, na katere bi se kasneje zlagali dodatni kristali. Znanstveniki so v dokončana vlakna položili človeške kožne celice in po treh dneh so testi pokazali, da je sposobnost preživetja celic skoraj enaka tisti, v kontroli.

'''Ana Maklin: Termična stabilnost proteinov'''

Temperatura ima velik vpliv na fiziologijo celice. Organizmi rastejo najbolj optimalno le v omejenih temperaturnih razsežnostih. Občutljivost na temperaturo je v veliki meri posledica vpliva temperature na strukturo in funkcijo proteinov. Leuenberg et al. so opazovali termično stabilnost proteinov, z uporabo postopka LiS-MS, ki omogoča preučevanje proteinov neposredno v celičnem matriksu. Postopek so uporabili na ''Escherichia coli'', ''Saccharomyces cerevisiae'', ''Thermus thermophilus'' in človeških celicah, pridobili pa so podatke za več kot 8000 proteinov. Med raziskavo so prišli med drugim do naslednjih spoznanj: (i) do temperaturno sprožene celične smrti pride zaradi izgube določenih proteinov s ključnimi funkcijami, (ii) stabilnost nekaterih proteinov je posledica evolucijskega ohranjanja, (iii) dolžina proteinov in njihova termična stabilnost sta v obratnem sorazmerju, (iv) proteini, manj podvrženi termični agregaciji, so stabilnejši, (v) stabilni proteini imajo več beta ploskev, nestabilni pa alfa vijačnic.

'''Luka Gregorič: Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil'''

Uriniranje v bazene povzroča precej preglavic veliko lastnikom bazenov in tudi njihovim obiskovalcem. Zato se raziskovalci že dolgo trudijo ugotoviti učinkovit način s katerim bi lahko nadzirali koncentracijo urina v bazenih, da bi lahko se tudi lažje in bolj učinkovito spopadli z razkuževanjem le tega. Zato so začeli meriti vsebnost umetnega sladila ACE (acetilsulfam-K), ki se pojavlja v človeškem urinu in je zelo odporen na zunanje dejavnike (na velike spremembe pH in temperature). Hkrati pa je njegove koncentracije v podtalnici relativno malo, tako da velika odstopanja le tega ne moremo pripisati zunanjim dejavnikom. Koncentracija ACE v urinu je 4000 μg/L. Testirali so 21 različnih bazenov in 8 vročih vrelcev v Kanadi. Zbiranje vzorcev je trajalo 3 tedne. Testirali so jih skupaj z praznim vzorcem in ugotovili, da ima voda v bazenih in vročih vrelcih veliko večjo koncentracijo ACE kot prazen vzorec (ki je imel koncentracijo 0 ng/L) in podtalnica (10 ng/L). Te koncentracije so imele razpon vse od najmanjših vrednostih 50 ng/L do 7100 ng/L v vročih vrelcih. Ker v bazenih ni nobenega drugega očitnega vira ACE kot človeški urin so zaključili, da je v tistih bazenih, ki vsebujejo več ACE, tudi koncentracija urina večja.

'''Andrej Race: Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency'''

NADPH is an important molecule for cells biosythesis and detoxification of H2O2,because of its reductive power. Glucose-6-phosphate (G6PD) is one of the enzymes that is responsible for its production in the pentose phosphate pathway. The lacking of this protein can create problems for some blood cells, like erythrocytes. Erythrocytes do not have any other way of making this essential cofactor, so this deficiency may lead to their destruction and disease called favism. The distribution of this disease is remarkably similar to distribution of malaria, leading to a research that found out that parasitized erythrocytes in G6PD deficient person are more likeliy to get phagocytised by white blood cells and with that better chance of defending against this disease. The other type of cells that are affeceted by this deficiency are granulocytes, they require NADPH for chain of reactions that lead to formation of neutrophil extracellular trap, protection against bacteria and fungi. This lead to a conclusion that severe G6PD deficient people should be treated with antibiotics and antimycotics.

'''Bogatinova Emilija: NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju'''

Anioni kot so NO3 so tipični elektron donatorji. Vender izračuni napovedujejo da, je poraudelitev naboja NO3 je anizotropen in minimalen na dušiku. Tukaj so pokazali da ko je naboj nitrata v zadosni meri ovira odmevalo čež večjih obročjih, ki lahko stapijo v interakcijo z elektronskimi bogatimi partnerji. Ankete o Cambridge strukturnih Database in Protein Data Bank kažejo geometrijske nastavitve nekaterih kisika in žvepla, ki vsebuje subjektov okrog anioni nitrata, ki so v skladu s tem "π-lujenj lepljenje". Izračuni pokažejo donor-akceptor orbitalne interakcije, ki potrjujejo kontraintuitivnim Lewisova π-kislost nitrata.

'''Zaveršek Nika: BAKTERIJE LAHKO S POMOČJO SINTETIZIRANIH ŽELEZOVIH MOLEKUL POSTANEJO ELEKTRIČNI GENERATORJI'''
Bakterije in še nekateri ostali mikroorganizmi so samoobnovljivi 'nanoreaktorji', ki živijo povsod na Zemeljskem površju. Če bi ti organizmi lahko anodam oddali električno energijo, bi bil to nov način pridobivanja tako imenovane čiste energije. Problem je, da veliko organizmov ne more oddati električne energije, ki nastane pri njihovem metabolizmu, elektrodi.[1] Zanimivo pa se je vprašati, kako je sploh možno, da bi bakterije lahko oddale elektrone glede na to, da elektrode niso prisotne v naravnem okolju teh bakterij. Ena izmed teorij je, da so nekatere bakterije zmožne oddajanja elektronov elektrodi zato, ker v naravi elektrone lahko oddajo nekaterim netopnim mineralom. poleg tega, da bakterije lahko oddajajo elektrone, jih lahko tudi sprejemajo in jih uporabijo, da optimizirajo svoj metabolizem. Električni tok nastaja pri bakterijskem metabolizmu, ki poteka po principu redoks reakcij, iz organskih goriv. To lastnost bakterij bi lahko uporablili za nižje stroške ćiščenja vode, saj bi bakterije razgradile ogranske snovi, ki so v vodi, poleg tega pa bi proizvedle elektriko.

'''Zupan Tanja: Razlike v funkcionalni povezavi možganov v mirujočem stanju med športniki in ne športniki
Strokovnjaki na področju finih motoričnih sposobnosti, ki so povezane s spremembami v strukturi možganov so preučevali razliko v funkciji in povezljivosti možganov športnikov in ne športnikov v stanju mirovanja (v stanju mirovanja, v naših možganih delujejo tri povezave, ki so povezane z motoričnimi funkcijami: DMN (default mode network), FPN (frontoparietal network) in MN (motor network)) s pomočjo magnetne resonance. Pri raziskavi je sodelovalo dvaindvajset zdravih odraslih moškega spola med 18-25 let. Od tega 11 športnikov in 11 ne športnikov, ki pa se po starosti ujemajo s športniki. Rezultati so pokazali, da ukvarjanje z visoko aerobično vadbo v mladosti vpliva na razlike, ki nastanejo v povezovanju možganov, ki so opazne v stanju mirovanja. Posledice gibanja niso opazne le pri motoričnih sposobnostih ampak tudi pri delovanju izvršilnih funkcij, prostorski orientaciji in pri spominskih sposobnostih. Razlike v povezovanju se lahko pojavijo kot odziv na kognitivne zahteve teka na dolge razdalje v kombinaciji z aerobno vadbo. Poleg tega pa lahko kognitivne zahteve pri visoki intenzivni vzdržljivi vadbi privedejo tudi do razlik pri opravljanju dejavnosti, ki pa niso povezane s športom. V prihodnjih raziskavah na tem področju bodo v raziskovanje vključili tudi rekreativne športnike in ženske, ki v to raziskavo niso bili vključeni.

'''Mikulič Vernik Nika: ONKOLITIČNI VIRUSI, KI SELEKTIVNO NAPADAJO RAKASTE CELICE'''

Onkolitični virusi lahko s svojimi replikacijami znotraj gostiteljskih celic uničijo tumorska tkiva. Da bi izboljšali to njihovo sposobnost, znanstveniki neprestano razvijajo nove, močnejše viruse, ki pa s svojo močjo postajajo zmeraj bolj toksični. Zaradi tega narašča potreba po razvoju visoko specifičnih virusov, ki bi napadali zgolj tumorska tkiva, zdrava pa bi pustili nepoškodovana. Raziskovalci so določili optimalno sekvenco proteinov na 3'-UTR virusne mRNA, potrebno za onkoselektivnost virusov. Izdelali so adenovirus AdCPE s to sekvenco in primerjali njegovo učinkovitost pri uničevanju tumorskega tkiva z učinkovitostjo divjega tipa virusa ''in vitro'' in ''in vivo''. Primerjali so tudi vpliv virusa na normalno tkivo in prišli do zaključkov; 1) Virus AdCPE ni nič manj učinkovit pri uničevanju tumorskega tkiva kot divji tip virusa; 2) AdCPE je dosti manj toksičen od divjega tipa virusa.

'''Martin Špendl: NANOGRAFEN-RENIJEV KOMPLEKS ZA SELEKTIVNO REDUKCIJO OGLJIKOVEGA DIOKSIDA

Pereč problem razvitega sveta postajajo emisije CO2, ki so stranski produkt uporabe fosilnih goriv. Problem pridobivanja energije iz obnovljivih virov pa je ta, da so izkoristki zelo nizki oz. pridobljene energije ne moremo shraniti. Eden od načinov pridobivanja energije iz sonca ter hkratno odstranjevanje CO2 iz ozračja je omogočeno s selektivno redukcijo in z uporabo nanografen-renijevega kompleksa kot elektrokatalizator in fotokatalizator. Ko je molekula izpostavljena sončni svetlobi, lahko reducira CO2 v CO, ki služi kot zaloga energije in je komponenta sintetičnega plina (ang. syngas) skupaj z vodikom. Mešanico plinov se uporablja v gorilnih celicah, ki kemično energijo pretvorijo v električno energijo z zelo visokim izkoristkom in relativno malo emisijami. V primeru mešanice ogljikovega oksida in vodika je stranski produkt le CO2, ki je bil pridobljen iz zraka[2].
Dosedanji katalizatorji redukcije ogljikovega dioksida niso dosegali dovolj visokega izkoristka, da bi se metode začele uporabljati na industrijskem nivoju. Zato so znanstveniki začeli proučevati molekularne katalizatorje, saj lahko le-te usmerijo reakcijo preko več elektronov in s tem dosežejo višje izkoristke ter večjo selektivnost katalizirane reakcije. Kljub temu ostaja neznanka kako zmanjšati razliko v potencialih med redukcijskim potencialom katalizatorja ter same reakcije.

'''Ines Medved: KAKO ZMANJŠAN VNOS KALORIJ VPLIVA NA PROCES STARANJA
Mnoge raziskave so pokazale, da zmanjšan vnos kalorij upočasni proces staranja in preprečuje mnoge bolezni kot so diabetes, hipertenzija, rak … Daljša življenjska doba je povezana s celično homeostazo, zmanjšano celično rastjo in stopnjo sinteze proteinov. Ker se proteini sintetizirajo na ribosomih, morajo ti dobro delovati. Njihovo delovanje nadzoruje RQC (ang. Ribosome quality control complex). Raziskovalci so ugotovili, da se je celična rast miši, ki so bile na dieti z malo kalorij, zmanjšala za 25 %, prav tako se je zmanjšala tudi respiratorna kapaciteta jeter. Po desetih tednih privajanja na dieto so iz meritev ugotovili, da so bili proteini v homeostazi, zato so lahko izračunali hitrost zamenjave proteinov. Proteine so razdelili v tri skupine, in sicer v statične, v tiste, ki se hitro izmenjujejo in nastajajo počasi ali pa hitro, ter v proteine, ki 'skačejo' med prvo in drugo skupino. S polisomsko analizo so ugotovili, da je bilo v miših, ki so bile na dieti z malo kalorij, število aktivnih ribosomov manjše.

'''Uroš Prešern: Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt'''

Partanatos je ena izmed vrst celične smrti, ki nastopi zaradi prevelike aktivnosti poli(ADP-riboza) polimeraze 1 (PARP-1) v jedru. Pogost je v primeru možganske kapi, infarkta in nevrodegenerativnih boleznih, zaradi česar bi boljše poznavanje samega procesa omogočilo razvoj novih načinov zdravljenja teh obolenj. V predhodnih raziskavah so ugotovili, da partanatos nastopi, ko molekule poli-ADP-riboze, ki jih PARP-1 sintetizira, preidejo iz jedra v citosol, kjer aktivirajo premestitev indukcijskega faktorja apoptoze (AIF) iz mitohondrijev v jedro. Temu sledi razrez DNA. Nukleaza, ki povzroči razrez DNA, je bila do nedavnega manjkajoči člen v partanatosu. Skupini raziskovalcev je uspelo odkriti, da je iskana nukleaza inhibitorni dejavnik migracije makrofagov (MIF). Pokazali so, da se med partanatosom MIF veže na AIF in se skupaj z njim premesti v jedro, kjer povzroči fragmentacijo DNA. Inhibicija nukleazne aktivnosti MIF se je v modelu možganske kapi pri miših odrazila v 75-odstotnem zmanjšanju volumna prizadetega tkiva, pospešeno pa je bilo tudi okrevanje. Rezultati raziskave odpirajo potencialne možnosti za zdravljenje akutnih in kroničnih nevroloških bolezni, v katerih nastopi partanatos.

'''Urban Hribar: Modifikacija encimov FAS in biogoriva'''

Z modifikacijo encimskih kompleksov glivični FAS (fatty acid synthases) tipa 1 lahko razširimo spekter njihovih produktov. FAS komplekse sestavlja 7 kataliznih podenot in ene podenote nosilnega proteina ACP (acyl carrier protein). FAS kvasovk Rhodosporidium toruloides (RtFAS) in Aplanochytrium kerguelense (AkFAS) imajo podvojene ACP podenote. Če eno od teh podenot odstranimo to ne vpliva na delovanje encima. V teh encimih lahko zato nadomestimo eno od ACP podenot z drugim encimom kot naprimer sTE (short-chain thioesterase). Encim sTE hidrolizira acil-ACP/CoA v kratke in srednje dolge maščobne kisline (short/medium-chain fatty acids - S/MCFAs). Če celice kvasovk kot naprimer S. cerevisiae izražajo AkFAS ali RtFAS, ki imajo eno od ACP skupin zamenjano z sTE, proizvedejo 5-13 krat večjo količino izvenceličnih S/MFAs. Podobno lahko v FAS S. cerevisiae (ScFAS) dodamo encim Mks2. Ta encim bi spremenil reakcijski mehanizem ScFAS, tako da bi ta proizvajal večje količine metilih ketonov. Po pričakovanjih celice, ki izražajo modificirani ScFAS proizvedejo 10 krat več metilnih ketonov kot celice, ki so izražale naravni ScFAS. Hkrati pa celice z modificiranim encimom proizvajajo manj specifičnih maščobnih kislin. S temi metodami lahko nadziramo katere produkte lahko pridobivamo z glivičnimi celičnimi tovarnami, kar bi lahko tudi privedlo do velikih napredkov v proizvodnji biogoriv.

'''Lea Knez: Hemoglobin Kirklareli'''

Mutacije hemoglobina lahko povzročijo širok spekter fenotipičnih različic proteina, nekatere lahko vodijo do nestabilnega kompleksa in razgradnje rdečih krvničk. Mutacijo Kirklareli so odkrili pri 23-letni pacientki, ki so ji diagnosticirali anemijo, enako mutacijo pa je imel tudi oče, zato so jo poimenovali po Turškem mestu v katerem je odraščal. Oba imata v α podenoti na poziciji 58 zamenjan histidin za levcin, presenetljivo pa oče ni anemičen, je pa kadilec z visokim deležem HbCO v krvi. Mutirana α podenota avtooksidira 8x in izgublja hem 200x hitreje kot navadna α apodenota v zdravem hemoglobinu, saj levcin ni več sposoben tvoriti vodikove vezi s kisikom. Posledično se protein denaturira zelo hitro in ni več zmožen opravljati svoje funkcije. Mutirana alfa podenota ima pa 80.000x večjo afiniteto za CO kot za O₂, kar povzroča hitro in obstojno vezavo med hemoglobinom in CO, ta kompleks pa celoten protein stabilizira in prepreči avtooksidacijo, zato tudi oče, ki kadi, nima anemije.

'''Špela Supej: Nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe'''

Optogenetika je biološka tehnika, ki uporablja svetlobo za kontroliranje celičnih procesov v živih tkivih, tipično v nevronih. Proteinom se ob absorpciji vidne svetlobe spremeni aktivnost, kar se uporablja za nadzorovanje celične fiziologije. Raziskava, s pomočjo katere so znanstveniki odkrili nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe, je potekala leta 2017 na Univerzi v Alberti. Glavni protein, imenovan fotocepitveni protein (ang. photocleavable protein) ali PhoCl, ob izpostavitvi svetlobi razpade na dva dela in tako omogoča opazovanje in raziskovanje aktivnosti znotraj celice na načine, ki prej niso bili mogoči. PhoCl je torej novo optogenetsko orodje, ki »ujame« proteine v neaktivnem stanju s kovalentno vezjo, kjer edini način aktivacije predstavlja ireverzibilen fotoodcep. Vsa ostala orodja, ki so bila do sedaj odkrita, uporabljajo reverzibilen odcep in za aktivnost proteinov zahtevajo konstanto osvetlitev, kar lahko vodi do fototoksičnosti. Prednost sistemov PhoCl je ravno to, da ko svetloba povzroči aktivacijo proteinov, ti ostanejo aktivni tako dolgo, dokler niso uničeni v normalnih procesih v celici.

'''Anja Tavčar: Selenomabi - obstojna in učinkovita protitelesa, konjugirana s citostatiki'''

Protitelesa, konjugirana s citostatiki (ang. antibody-drug conjugates oz. ADC), predstavljajo eno najbolj obetavnih področji pri boju z rakom, saj omogočajo razvoj za zdravljenje ključnih lastnosti : velika stabilnost, učinkovitost ter specifičnost delovanja (izključno na rakave celice) oz. minimalna toksičnost za zdrave celice v organizmu. S konjugacijo protiteles na točno izbranih mestih so znanstveniki razvili novo generacijo ADCjev, ki izkoriščajo visoko in zelo specifično reaktivnost aminokisline selenocistein (Sec), na katero so preko jodoacetamidnega veznega člena konjugirali citostatik. Kompleks se je v in vitro ter in vivo raziskavah na celicah raka na prsih ter limfocitih B izkazal za izjemno stabilnega in učinkovitega, zaradi izjemne selektivnosti pri delovanju pa odpira številne možnosti za prenos v klinično rabo.

'''Maja Vrabec: Komunikacija med virusi usmerja odločitev za litični ali lizogeni cikel'''

Fag phi3t spada v skupino fagov, ki lahko okužijo bakterijo preko litičnega ali lizogenega cikla. Odločitev med litičnim in lizogenim ciklom usmerjajo trije geni: AimR, AimP in AimX. Ob začetku okužbe kulture bakterij ''Bacillus subtilis'' v gojenem mediju (ta vsebuje proteine, ki se sproščajo ob okužbi bakterij s fagi) fag phi3t izrazi gena AimR in AimP. AimR kot dimer, vezan na fagov DNK, aktivira ekspresijo AimX, ki promovira litični cikel, zato je v začetku okužbe precej izrazita liza bakterijskih celic. Istočasno se izrazi tudi AimP, ki se izloči v medij, kjer ga zunajcelične proteaze predelajo v zrel komunikacijski peptid, imenovan ''arbitrium'' (v primeru phi3t je to SAIRGA). Po nekaj ciklih okužbe se v mediju koncentracija peptida občutno poveča in ko fag napade še neokuženo bakterijo, je koncentracija peptida v bakterijski celici, kamor pride s transporterjem OPP, dovolj velika, da veže AimR in tako povzroči disociacijo le-tega z vezavnega mesta v fagovem DNK. Ob vezavi se AimR pretvori iz aktivnega dimera v neaktiven monomer, s čimer utiša ekspresijo AimX in s tem promovira lizogenijo, zato po nekaj ciklih okužbe delež lizogeniranih bakterij močno naraste.

'''Luka Fratina: Visokoresolucijsko 3D slikanje živih celic s fononi podoptičnih valovnih dolžin'''

Opazovanje živih celic je pomembno za študijo struktur in funkcij celice. Biološko pomembne strukturne informacije, ki jih želimo gledati v živh celicah, ležijo izven dosega svetlobnih mikroskopov. Ti so omejeni na valovne dolžine vidne svetlobe (Rayleighova limita), saj lahko fotoni v celici povzročijo nastanek reaktivnega kisika ali pa direktno poškodujejo DNA, kar lahko povzroči nenormalno delovanje celice, redkeje pa tudi celično smrt. Za višje resolucije bi potrebovali fotone z krajšo valovno dolžino, kar pa bi še povečalo poškodbe celic. Obstajajo tehnike, kot sta STED in STORM, ki dosegajo višje resolucije, pri tem se uporabljajo visokofotonske doze in fluorestenčni označevalci, ki pa lahko poškodujejo žive preparate. Opazovanje individualne celice z mehanskim kontrastom daje primerljive rezultate kot svetlobna mikroskopija. Dosedanje metode niso kompatibilne z živimi vzorci. Te metode pogoste potrebujejo težke pogoje za celice in so lahko uničevalne. Žive celice bi lahko opazovali pod Rayleighovo limito z fononi podoptičnih valovnih dolžin.

'''Ajda Krč: Ubikvitin-protein ligaza CHIP z regulacijo razpada inzulinskega receptorja in proteostaze razkriva možne razloge za staranje organizma'''

Ubikvitin je majhen regulatorni protein ki v procesu ubikvitinacije označuje proteine in druge makromolekule za razgradnjo. V procesu ubikvitinacije sodelujejo številni encimi, eden glavnih pri človeku pa je t.i. ubikvitin-protein ligaza CHIP, ki kot zadnji v vrsti pritrdi ubikvitin na lizinski ostanek proteina. V primeru razgradnje inzulinskega receptorja (IR), katerega signalizacija je povezana z procesi staranja (tem močnejše je delovanje receptorja, hitreje se organizem stara, krajšo življenjsko dobo ima), so raziskovalci ugotovili, da CHIP receptor raje večkrat monoubikvinira (doda to en sam ubikvitin na posamezne lizinske ostanke na receptorju) kot pa da receptor označi s poliubikvitinsko verigo. Če pa se v celici vzpostavi proteotoksično stanje, ki vodi v agregate poškodovanih in zato škodljivih proteinov, se CHIP raje 'odloči' za posredovanje in zato opusti svojo primarno vlogo ubikvitinacije IR. Ker se CHIP v takih primerih dodatno ne sintetizira, se IR stabilizira v membrani, kar povzroči staranje organizma. Tekmovanje med proteostazo in dolgoživostjo je gledano iz evolucijske plati smiselno, saj telo najprej skuša zavarovati svoj genom oz. proteom, pa čeprav za ceno staranja.

TBK2017-seminar

2017-05-17T19:51:37Z

Ajda Krč: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Nina Mezgec Mrzlikar || Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova
|-
| Tina Turel || Povezanost retrovirusov z razvojem možganov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110840.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek
|-
| Sonja Gabrijelčič || Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170221110808.htm https://elifesciences.org/content/6/e20420 || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan
|-
| Patrik Levačić || Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm|| 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race
|-
| Nika Goršek ||Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170224160629.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir
|-
| Dragana Savković || Stopnja preživetja evkariotskih celic po elektroforezni nano-injekciji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105437.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl
|-
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik
|-
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved
|-
| Urška Zagorc || Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1 || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161107112428.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar
|-
| Anja Černe || Učinek farmakološkega askorbata na rakave celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170109134014.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern
|-
| Barbara Slapnik ||Holesterol v celični membrani || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170117163039.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej
|-
| Jerneja Nimac || S CRISPR/Cas9 nad x-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110734.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez
|-
| Gašper Anton Komatar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309132308.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič
|-
| Nadja Škafar ||Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104154408.htm|| 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina
|-
| Anže Jenko || Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308081051.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar
|-
| Špela Deučman || Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105426.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec
|-
| Luka Gregorič || Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301084913.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski
|-
| Jana Kotnik || Sintetični membranski receptorji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170306114231.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek
|-
| Andrej Špenko || Nova tehnika za boljšo regeneracijo kostnega tkiva || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161220093946.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič
|-
| Ana Maklin || Termična stabilnost proteinov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170228131046.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč
|-
| Emilija Bogatinova ||NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170222131802.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn
|-
| Nika Zaveršek || Bakterije lahko s pomočjo posebnih sintetičnih molekul spremenimo v električne generatorje || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170209133509.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković
|-
| Tanja Zupan || Razlike v funkcionalni povezavi možganov v mirujočem stanju med športniki in ne športniki ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161214151637.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec
|-
| Andrej Race || Deficit Glukoze-6-fosfat-dehidrogenaze || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/07/160726094319.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič
|-
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar
|-
| Martin Špendl || Nanografen-renijev kompleks za selektivno redukcijo ogljikovega dioksida ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308135342.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel
|-
| Nika Mikulič Vernik || Onkolitični virusi, ki selektivno napadajo rakaste celice ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316112147.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič
|-
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić
|-
| Urban Hribar || Manipulacija encimov FAS in biogoriva ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309120519.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek
|-
| Uroš Prešern ||Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/10/161006143602.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković
|-
| Špela Supej || Nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170315125623.htm|| 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman
|-
| Lea Knez || Hemoglobin Kirklareli ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012518.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva
|-
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc
|-
| Luka Fratina || Visokoresolucijsko 3D slikanje živih celic s fononi podoptičnih valovnih dolžin || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161221111327.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe
|-
| Anja Tavčar || Selenomabi - obstojna in učinkovita protitelesa, konjugirana s citostatiki|| https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316151821.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik
|-
| Maja Vrabec ||Komunikacija med virusi usmerja odločitev za litični ali lizogeni cikel|| https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170119163345.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac
|-
| Vesna Dimitrovski || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104103533.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar
|-
| Katja Doberšek || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215145949.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar
|-
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko
|-
| Ajda Krč ||Ubikvitin-protein ligaza CHIP z regulacijo razpada inzulinskega receptorja in proteostaze razkriva možne razloge za staranje organizma ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/04/170421103731.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman
|-
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič
|-
| Milica Janković || || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/08/160816151900.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik
|-
| Ajda Godec || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161121174639.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko
|-
| Andreja Habič || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/05/170511113516.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2017 Povzetki seminarjev

2017-05-15T12:43:47Z

Ajda Krč: /* Ana Scott: Naslov seminarja */

[[TBK2017-seminar|Nazaj na osnovno stran]]
===Ana Scott: Naslov seminarja===
Tekst ....

'''Patrik Levaćić: Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionanlnost in strukturo prebavnih celic'''

Vnos nano delcev titanovega dioksida (TiO2) preko prehrambenih izdelkov kot so sladkarije ter žvečilni gumiji je praktično nemogoče. Prebavni trakt služi kot pomembna meja med telesom in zunanjim okoljem. Cilj raziskave je bilo opazovanje posledic vnosa 30 nano meterskih delcev titanovega dioksida preko modela celične strukture tankega črevesja ter določitev kako akutna ter kronična izpostavljenost takim delcem lahko vpliva na funkcionalnost in strukturo celice. Postopek prepoznavanja TiO2 delcev je zelo kompleksen, navadno se uporablja Ramanova spektroskopija, ki izkorišča lastnosti molekule kot so vibracijska ter rotacijska stanja, s tem pa dobimo tako imenovani ''finger-print'' molekule, saj ima vsaka molekula svoje lastnosti in se po njih loči od drugih molekul. Rezultati raziskave so potrdili, da čeprav akutna izpostavljenost ni pustila resnejših posledic na celični strukturi, ima kronična izpostavljenost kar nekaj posledic na celičnem nivoju. Spremeni se funkcionalnost celice, nivo delovanja membranskih encimov vpade, spremeni se prav tako tudi struktura, saj se zmanjša sposobnost vsrkavanja nutrientov preko mikrovilov.

'''Tina Turel: Povezanost retrovirusov z razvojem možganov'''

Možgani človeka so bistveno bolj razviti od možganov drugih sesalcev in zato veliko težji za raziskovanje in razumevanje. Številne raziskave so dokazale, da bi transportni elementi (TE-ji), ki so še pred nekaj leti veljali za neuporaben del DNA, tako imenovan »junk DNK«, lahko bili odgovorni za današnjo stopnjo razvitosti človeških možganov.
Retrovirusi so posebna skupina virusov. Nekateri veljajo za škodljive (HIV), drugi pa so povsem neškodljivi. V našem DNA je več kot 1000 različnih retrovirusov. V raziskavi, ki jo je vodil Johan Jakobsson in se je odvijala v Lundu, so dokazovali pomembno vlogo ERV-ja, endogenega retrovirusa v razvoju človeških možganov. Želeli so pokazati, da nekaj tisoč ERV-jev, mnogi so primarno specifični, delujejo kot priklopna podlaga za epigenetske represorsko beljakovino TRIM28, ki vzpostavi lokalni hetero kromatin okoli ERV-jev. Retrovirusi lahko pri vsakem človeku reagirajo drugače, saj so tak tip genetskega materiala, da se lahko nahajajo v katerem koli delu v genomu. Različna izražanja ERV-ja pa bi bila lahko tudi razlog za možganske okvare, ki povzročijo bolezni, kot so ALS, shizofrenija in bipolarna motnja .

'''Nina Mezgec Mrzlikar: Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo'''

Shizofrenija je duševna motnja, ki se razvije v zgodnjem odraslem obdobju. DISC-1 (Disrupted-In-Schizophrenia-1) je protein, kodiran z genom DISC-1 in je močno izražen v možganskem hipokampusu. Sodeluje pri razvoju aksonov in povezovanju celic. Caveolin-1 je ogrodni protein bistven pri regulaciji receptorjev na membranah in spodbuja razvoj novih povezav med živčnimi celicami. V tej raziskavi so znanstveniki proučevali vpliv proteina Cav-1 na izražanje gena DISC-1 v živčnih celicah. Ugotovljeno je bilo, da prekomerno izražen gen Cav-1 povzroči večje izražanje gena DISC-1 in drugih sinaptičnih proteinov, ki so potrebni za prenos živčnega signala. V miših, katerim so iz hipokampusa odstranili Cav-1 je posledično prišlo do manjšega izražanja DISC-1 in hkrati drugih sinaptičnih proteinov. Izguba Cav-1 torej zmanjšuje aktivnost sinaps, kar pa je vzrok za številne nevrodegenerativne bolezni, kot je tudi shizofrenija. Ugotovitve kažejo na pomembno vlogo proteina Caveolin-1 v celicah, saj vzdržuje pravilno delovanje receptorjev in s tem prenos živčnega signala.

'''Sonja Gabrijelčič: Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami'''

Odpornost bakterij na antibiotike je v porastu po vsem svetu. Pojavlja se tako v državah v razvoju, kjer je predvsem posledica nekvalitetnih antibiotikov, kot v najrazvitejših državah sveta, kjer se pojavlja več in več patogenov, ki lahko preživijo v okolju z več zdravilnimi učinkovinami oziroma antibiotiki. Bakterije lahko pridobijo odpornost ali z izmenjavo mobilnih genetskih elementov ali z mutacijo genetskega materiala, ki je že v celici. V raziskavi, ki jo opisuje članek, so raziskovalci želeli opazovati slednje, zato so izmed bakterij, ki so lahko sočasno odporne na več antibiotikov, izbrali Mycobacterium smegmatis, sorodnico bakterije, ki povzroča tuberkulozo, in eno od predstavnic skupine bakterij, pri kateri do izmenjevanja plazmidov praktično ne pride. Klasificirali so tipe mutacij, do katerih je prišlo, in se osredotočili predvsem na mutacije, ki so se zgodile na mestih genoma, kjer se kodirajo proteini, ki so sestavni deli ribosomov. Ugotovili so, da so taki mutanti odporni na antibiotike z različnimi mehanizmi delovanja, ki jim niso bili še nikoli izpostavljeni, na antibiotike širokega spektra in poleg tega tudi na nekatere druge mehanske strese na membrane.

'''Daria Latysheva: Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic'''

Mehansko aktivni kanalčki so membranski proteini, ki so neposredno odvisni od sile in pretvarjajo mehanske držljaje v električne oz. biokemijske signale. Piezo1 je mehansko aktiven ionski kanalček, ki spodbuja celično smrt v predelih z visoko gostoto celic. V raziskavi so ugotovili, da kotrolira tudi mitotsko delitev. Raziskali so mehanizem delovanja Piezo1 v procesu celične delitve. Pri nizki gostoti celic oz. kjer so celice raztegnjene se Piezo1 lokalizira na celični membrani ter se odpre; posledično sproži influks kalcija v celico. ERK1 se aktivira zaradi povečane koncentracije Ca2+ ionov, kar vpliva na aktivnost ciklina B v G2 fazi mitotske delitve in povzroči proliferacijo. Način, na kateri Piezo1 aktivira dva nasprotna procesa je odvisen od lokacije in načina aktivacije kanalčka. V predelih z nizko gostoto celic se Piezo1 lokalizira na celični membrani ter hitro aktivira celično delitev. Če so celice razporejene tesno druga ob drugi, se Piezo1 oblikuje v velike citiplazemske agregate in spodbuja celično smrt. Zaradi sposobnosti zaznave mehanskega raztezka ter prevelike in premajhne gostote celic Piezo 1 deluje kot homeostatski senzor in kontrolira število epitelijskih celic.

'''Nika Goršek: Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku'''

MRP1 ali »Multidrug resistance protein« je protein, ki spada v družino ABC-transporterjev. Pomemben je pri reguliranju redoks homeostaze, vnetij in sekrecije hormonov. Znano je tudi, da ima pomembno vlogo pri odpornosti na zdravila in njihovem črpanju iz celic. V raziskavi na univerzi Rockefeller so z uporabo elektronske kriomikroskopije določili njegovo zgradbo. Sestavljajo ga štirje glavni deli: dva transmembranska dela, ki tvorita telo transporterja, dva dela, ki vežeta ATP, motiv v obliki lase in N-terminalni transmembranski del. Čeprav ima MRP1 dva dela, ki bi lahko vezala ATP, pa tega veže le en, saj pri drugem delu pride do drugačnega zaporedja aminokislin. V raziskavah so dokazali, da mutacije določenih delov proteina vodijo v bolezenska stanja in da bi sprememba le ene aminokisline v zaporedju vplivala na aktivnost proteina. MRP1 ima le eno dvojno vezavno mesto, ki je pozitivno nabito. Pestrost substratov je zaradi takega vezavnega mesta veliko večja, kot pri nekaterih drugih znanih proteinih. Prenaša lahko organske, amfipatične in aninonske molekule, na primer zdravila proti raku, opijate, antidepresive in tudi nekatere za življenje pomembne snovi (hormoni in protivnetne molekule). Ob vezavi substrata se oblika proteina MRP1 spremeni, aktivnost pa se poveča. Po končanem transportu pa protein preide nazaj v prvotno, neaktivno obliko.

'''Dragana Savković: Stopnja preživetja evkariontskih celic po elektroforezni nanoinjekciji'''

Znotrajcelična dostava makromolekul je pomemben korak za terapevtske in raziskovalne namene. Za uvajanje tujih molekul v citoplazmo živih celic uporabljale so se metode, katere so se v večini primerov uporabljale za veliko število celic v kulturi in je splošno znano, da veliko število teh celic (do 50%) ne preživi ta proces. Da bi rešili ta problem, razvili so alternativno metodo znotrajcelične dobave, oziroma znotrajcelično elektroforezno nanoinjekcijo. V raziskavi so primerjali stopnjo preživetja celic injiciranih z pipeto s premerom 100 nm in pipeto s premerom 500 nm. Ugotovili so, da je stopnja preživetja z uporabo 100 nm pipeto veliko večja kot s 500 nm pipeto in tudi da ostale preživele celice kažejo bolj naraven cikel celic.

'''Urška Zagorc: Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1'''

Sladkorna bolezen tipa 1, ki je značilna predvsem za otroke in mladostnike, je posledica motnje v imunskem sistemu. Organizem uniči lastne celice v trebušni slinavki, ki proizvajajo inzulin. Ta omogoča glukozi iz hrane vstop v celico, s čimer celica dobi hrano in energijo. V raziskavi nemškega raziskovalnega centra za zdravje in okolje Helmholtz Zentrum München so sodelovali otroci, katerih ožji družinski član ima diabetes tipa 1 in otroci brez dednih dispozicij. Analizirali so krvne vzorce otrok z avto-protitelesi ter jih primerjala z vzorci otrok, ki ne kažejo znakov bolezni niti nimajo protiteles.Identificirali so 41 peptidov iz 26 proteinov, ki se razlikujejo v krvnih vzorcih tistih otrok s protitelesi in tistih brez. Glede na koncentracijo peptidov v treh proteinih (hepatocitni rastni faktor HGF, istem komplementa H in ceruloplazmin) in glede na starost otroka, so dosegli tudi boljšo oceno hitrosti razvoja bolezni. Večja koncentracija sistema komplementa H in hepatocitnega rastnega faktorja ter nižja koncentracija ceruloplazmina pri tem nižji starosti bolnika, pomenijo hitrejši napredek bolezni. Identificirani proteini nam pokažejo bolj natančno oceno stopnje pred pojavom simptomov. Zaradi njih je možno tudi ugotoviti ali ima bolnik s protitelesi, večjo ali manjšo možnost za razvoj sladkorne bolezni tipa 1 in kako hitro se bo bolezen razvila.

'''Anja Černe: Uporaba askorbata pri zdravljenju raka'''

Če askorbat vnesemo v organizem v manjših koncentracijah ima antioksidativne učinke, medtem ko se pri vnosu v večjih koncentracijah obnaša kot prooksidant. Farmakološko koncentriran askorbat povzroča tok izvenceličnega H2O2 v celico in vse celice, tako zdrave kot rakave, encimsko razgrajujejo H2O2, ki je zanje toksičen. Glavni encimi, ki razgrajujejo H2O2 pri velikih količinah so katalaze. Ker pa je katalaz v rakavih celicah malo, so rakave celice bolj dovzetne škodljive učinke, zato je askorbat zanje selektivno toksičen. Katalazna aktivnost v rakavih celicah lahko napove, kako se bo tumor odzval na terapijo z askorbatom. Pri nekaterih vrstah tkiv je rast tumorjev bolj upočasnjena, pri drugih manj (odvisnost od količine katalaz, ki jih tkivo vsebuje). Število aktivnih katalaznih monomerov na celico in ED50 (koločina snovi, ki učinkuje pri 50% osebkih) sta sorazmerna s konstanto celične razgradnje H2O2. Radikali, ki nastanejo pri reakciji med ionom kovine in H2O2, poškodujejo DNA, v kolikšni meri se to zgodi pa je odvisno od količine askorbata.

'''Jerneja Nimac: S CRISPR/Cas9 nad X-vezavno kronično granulomatozno bolezen'''

Kronična granulomatozna bolezen je dedna bolezen imunskega sistema, ki nastane zaradi mutacije v genu CYBB, ki kodira gp91phox. Slednji je katalitični center NADPH oksidaze 2 (NOX2), ki ima pomembno vlogo pri obrambi organizma pred okužbami. Mutacije v genu CYBB na kromosomu Xp21.1 pa so odgovorne za X-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni. Za popravljanje takšne monogenske mutacije so v raziskavi uporabili sistem CRISPR/Cas9. Ta sistem so za obrambo pred virusnimi okužbami razvile bakterije in arheje, gre pa za poseben od RNA odvisen sistem pridobljene imunosti, ki specifično prepozna in reže tujo tarčno DNA. V raziskavi so skušali s sistemom CRISPR/Cas9 popraviti mutacijo C676T na eksonu 7 gena CYBB. Z DHR testi so ugotovili, da s CRISPR/Cas9 popravljene mieloične celice obnovijo aktivnost NOX2 in ponovno izražajo protein gp91phox. S spreminjanjem količine ssODN pa so dokazali, da je stopnja popravljenih genov večja, če je količina ssODN večja, delež indelov pa se zmanjša. Prav tako so potrdili uspešno presaditev s CRISPR/Cas9 popravljenih krvotvornih matičnih in predniških celic in njihovo diferenciacijo v nepoškodovane mieloične in limfocitne celice v NSG miših v obdobju petih mesecev.

'''Barbara Slapnik: Holesterol v celični membrani'''

Holesterol je razporejen po celični membrani. Pomemben je za vzdrževanje membranske fluidnosti, membrano naredi bolj togo in manj prepustno. Njegova porazdelitev med zunanjim in notranjim fosfolipidnim slojem pa ni enakomerna. V raziskavi so razvili dopolnilne senzorje, ki omogočajo vpogled holesterola v obeh slojih sočasno in določili njegovo točno koncentracijo. Ugotovili so, da je koncentracija holesterola v zunanjem sloju celične membrane znatno višja kot koncentracija v notranjem sloju. Visoka koncentracija holesterola v zunanjem sloju celične membrane zmanjša njeno prepustnost, medtem ko nizka koncentracija holesterola v notranjem sloju omogoča celično sporočanje. Rezultati prikazujejo pomen transbilarne asimetrije holesterola v celični membrani in njegovo prerazporeditev za celično homeostazo, rast in razmnoževanje. Podajajo tudi povezavo med holesterolom v notranjem sloju celične membrane in rakom. Določili so točno koncentracijo holesterola, kar jim omogoča boljšo diagnostiko in zdravljenje raka, vendar so za to potrebne še nadaljnje raziskave. Rezultati prav tako predstavljajo osnovo za nadaljnje študije transbilarne dinamike in funkcij holesterola in drugih lipidov v celici.

'''Nadja Škafar: Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev'''

Nanotehnologija igra pomembno vlogo v moderni medicini, še posebej na področju zdravljenja bolezni s tarčno dostavo zdravil. Glavna prednost nanodostavnih sistemov (NS) pred danes uveljavljenimi metodami zdravljenja raka je selektivna dostava protitumorskih učinkovin tumorskim celicam, kar zmanjša možnost pojava neželenih stranskih učinkov, s tem pa se bolniku omogoči boljša kakovost življenja med in po zdravljenju. Dosedanje raziskave na področju NS so temeljile na injiciranju nanodelcev v krvni obtok. Ker pa ob vnosu nanodelcev v telo prihaja do medsebojnega delovanja NS s celicami imunskega sistema, jih te, še preden lahko nanodelci dostavijo zdravila do željenega mesta, odstranijo s fagocitozo. Raziskovalca Jian Yang in Cheng Dong sta zato s svojo ekipo skušala razviti novo tehniko NS, ki problematiko reakcij med NS in makrofagi v bioloških sistemih odpravi tako, da makrofage uporablja kot nosilce nanodelcev do tumorskih celic. Rezultati so pokazali, da so lahko makrofagi uspešni nosilci nanodelcev ter da bi lahko bili NS takšnega tipa v prihodnosti uspešna metoda za zdravljenje številnih bolezni.

'''Špela Deučman: Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč'''

Pri presajenih organih je največja skrb zavrnitev, ki je lahko akutna ali kronična. Pri slednji presadek sčasoma izgubi funkcijo in odmre, kar lahko povzroči smrt prejemnika. Stopnja preživetja presaditve pljuč je nižja od vseh ostalih presaditev organov. Pri 50% pacientov se pojavi obliterantni bronhiolitis oz. BOS, ki je glavni razlog kronične zavrnitve pljuč. Namen raziskave je bil odkriti signalno pot med NFAT1 (transkripcijski faktor), β-cateninom (koregulator transkripcije), ATX (eksoencim) in LPA1 (receptor) oz. LPA (sporočevalec) ter predlagati potencialno terapevtsko vlogo LPA1 antagonistov ter ATX inhibitorjev z namenom, da bi preprečili BOS. Odkrili so pozitivno korelacijo ekspresije med β-cateninom in kolagenom I. Ker LPA prepreči razgradnjo aktivnega β-catenina in ker je za nastanek LPA odgovoren ATX, so raziskali mehanizme reguliranja ekspresije ATX. Ugotovili so, da ekspresijo ATX regulira transkripcijski faktor NFAT1. Znano je, da LPA povečuje znotrajcelično koncentracijo prostih Ca2+ ionov, ti pa so povezani z aktivacijo in jedrsko translokacijo NFAT1. To pomeni, da LPA regulira ekspresijo NFAT1 in posledično tudi ATX. Pri raziskovanju na miših so uporabili LPA1 antagoniste in ATX inhibitorje, ki so vidno zmanjšali napredek BOS.

'''Anže Jenko: Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice'''

Kemiluminiscenčne sonde veljajo za eno izmed najbolj občutljivih diagnostičnih metod pri določanju encimske aktivnosti in koncentracije analita, kar v praktičnem življenju denimo koristi forenzikom. Ker pa je splošno uveljavljen princip koriščenje kemiluminiscence slabo dodelan in privede do velikih energetskih izgub. Raziskovalci so tako v sami raziskavi preizkušali kemiluminiscenčne in fluorescenčne lastnosti različnih derivatov Schaapovega adamatiliden-dioksetana, na katerega so vezali različne substituente, ki pa so imeli znaten vpliv. Na ta način so želeli ustvariti enokomponentni sistem, z visoko intenziteto izseva, ki pa je tudi primeren v fizioloških razmerah. To jim je na koncu tudi uspelo. Na najbolj ustrezni izmed sintetiziranih sond, so hidroksilno skupino na benzenovem obroču ''zamaskirali'' z drugačnimi zaščitnimi skupinami. Vsaka izmed teh skupin pa je bila občutljiva na različne molekule (denimo beta-galaktoza na encim beta-galaktozidaza), reakcija s katerimi je povzročila destabilizacijo - vzbujeno stanje sonde in posledično kemiluminiscenco. Ta mehanizem je pokazal visoko mero selektivnosti, zato so ga lahko praktično koristili pri mikroskopskem prikazovanju celic. Pri celicah z genom za prekomerno izražanje beta-galaktozidaze je z uporabo relavantne sonde (ustrezna zaščitna skupina) prišlo do obarvanja, pri takšni, kjer pa tega encima ni bilo prisotnega, pa do obarvanja ni prišlo.

'''Jana Kotnik: Sintetični membranski receptorji'''

Znanstveniki na Univerzi Bristol so našli način za posnemanje sporazumevanja celic z okolico. Ustvarili so sintetični receptor, ki se odziva na kemične signale podobno kot njegova naravna ekvivalenta. Vsadijo se v membrano in so sposobni vezave določenih ligandov. Receptor je sestavljen iz 3 delov: Vezavnega žepka konstruiranega iz kationskega kovinskega kompleksa, hidrofobne oligomerne vijačnice (jedro receptorja) in sonde s pirensko fluorescenco. V raziskavi so na podlagi sevanja sonde preučevali vpliv kiralnih ligandov na receptor in njegovo obliko v topilu ter v umetnih membranah veziklov. Umetni receptorji ponujajo redko možnost primerjanja obnašanja (oblike) molekul v raztopini in v membrani ter priložnost raziskovanja učinka membrane na razporeditvene preference in vezave ligandov. Kontroliranje prenašanja biokemijskih informacij čez fosfolipidni dvosloj predstavlja veliko priložnost za razvoj sintezne biologije - predstavljamo si lahko npr. umetne celice, s katerimi bi z nadzorovanjem receptorjev v membranah proizvajali koristne materiale ali zdravila.

'''Andrej Špenko: Nova tehnika za regeneracijo kostnega tkiva'''

Ruski znanstveniki so odkrili učinkovit način za izdelavo mineraliziranih vlaken, ki so mehansko odporna in hkrati celicam nudijo ugodne pogoje za preživetje. Vlakna, ki so bila narejena z elektrostatskim sukanjem, da so čim bolj posnemala človeški matriks, so potopili v raztopino Na2CO3 in CaCl2. Na vlaknih so se je tako formirali kristali CaCO3, katerih oblika pa je bila zelo odvisna od pogojev, v katerih so nastali. Pri nadaljnjih poskusih so raztopine z ogrodjem obdelali z ultrazvočnim valovanjem, da so ioni prodrli tudi v spodnje sloje ter v sredino vlaken. Ugotovili so, da se s pomočjo ultrazvočnega obdelovanja v prvih 30 sekundah formira vaterit, nestabilna oblika kristalov CaCO3, ki vlakna v nekaj kratkih ponovitvah popolnoma obda. Pri kasnejših ponovitvah pa se formira kalcit, ki pa je bolj pravilen in mehansko odporen kot vaterit. Če bi vlakna pustili v raztopini za daljše časovno obdobje, bi imel kalcit čas, da se formira. To bi pomenilo manjšo mehansko obstojnost, saj bi se na vlaknih raje formirali pravilni kristali, kot pa da bi vlakna obdali in tako pripravili enakomeren sloj okoli vlaken, na katere bi se kasneje zlagali dodatni kristali. Znanstveniki so v dokončana vlakna položili človeške kožne celice in po treh dneh so testi pokazali, da je sposobnost preživetja celic skoraj enaka tisti, v kontroli.

'''Ana Maklin: Termična stabilnost proteinov'''

Temperatura ima velik vpliv na fiziologijo celice. Organizmi rastejo najbolj optimalno le v omejenih temperaturnih razsežnostih. Občutljivost na temperaturo je v veliki meri posledica vpliva temperature na strukturo in funkcijo proteinov. Leuenberg et al. so opazovali termično stabilnost proteinov, z uporabo postopka LiS-MS, ki omogoča preučevanje proteinov neposredno v celičnem matriksu. Postopek so uporabili na ''Escherichia coli'', ''Saccharomyces cerevisiae'', ''Thermus thermophilus'' in človeških celicah, pridobili pa so podatke za več kot 8000 proteinov. Med raziskavo so prišli med drugim do naslednjih spoznanj: (i) do temperaturno sprožene celične smrti pride zaradi izgube določenih proteinov s ključnimi funkcijami, (ii) stabilnost nekaterih proteinov je posledica evolucijskega ohranjanja, (iii) dolžina proteinov in njihova termična stabilnost sta v obratnem sorazmerju, (iv) proteini, manj podvrženi termični agregaciji, so stabilnejši, (v) stabilni proteini imajo več beta ploskev, nestabilni pa alfa vijačnic.

'''Luka Gregorič: Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil'''

Uriniranje v bazene povzroča precej preglavic veliko lastnikom bazenov in tudi njihovim obiskovalcem. Zato se raziskovalci že dolgo trudijo ugotoviti učinkovit način s katerim bi lahko nadzirali koncentracijo urina v bazenih, da bi lahko se tudi lažje in bolj učinkovito spopadli z razkuževanjem le tega. Zato so začeli meriti vsebnost umetnega sladila ACE (acetilsulfam-K), ki se pojavlja v človeškem urinu in je zelo odporen na zunanje dejavnike (na velike spremembe pH in temperature). Hkrati pa je njegove koncentracije v podtalnici relativno malo, tako da velika odstopanja le tega ne moremo pripisati zunanjim dejavnikom. Koncentracija ACE v urinu je 4000 μg/L. Testirali so 21 različnih bazenov in 8 vročih vrelcev v Kanadi. Zbiranje vzorcev je trajalo 3 tedne. Testirali so jih skupaj z praznim vzorcem in ugotovili, da ima voda v bazenih in vročih vrelcih veliko večjo koncentracijo ACE kot prazen vzorec (ki je imel koncentracijo 0 ng/L) in podtalnica (10 ng/L). Te koncentracije so imele razpon vse od najmanjših vrednostih 50 ng/L do 7100 ng/L v vročih vrelcih. Ker v bazenih ni nobenega drugega očitnega vira ACE kot človeški urin so zaključili, da je v tistih bazenih, ki vsebujejo več ACE, tudi koncentracija urina večja.

'''Andrej Race: Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency'''

NADPH is an important molecule for cells biosythesis and detoxification of H2O2,because of its reductive power. Glucose-6-phosphate (G6PD) is one of the enzymes that is responsible for its production in the pentose phosphate pathway. The lacking of this protein can create problems for some blood cells, like erythrocytes. Erythrocytes do not have any other way of making this essential cofactor, so this deficiency may lead to their destruction and disease called favism. The distribution of this disease is remarkably similar to distribution of malaria, leading to a research that found out that parasitized erythrocytes in G6PD deficient person are more likeliy to get phagocytised by white blood cells and with that better chance of defending against this disease. The other type of cells that are affeceted by this deficiency are granulocytes, they require NADPH for chain of reactions that lead to formation of neutrophil extracellular trap, protection against bacteria and fungi. This lead to a conclusion that severe G6PD deficient people should be treated with antibiotics and antimycotics.

'''Bogatinova Emilija: NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju'''

Anioni kot so NO3 so tipični elektron donatorji. Vender izračuni napovedujejo da, je poraudelitev naboja NO3 je anizotropen in minimalen na dušiku. Tukaj so pokazali da ko je naboj nitrata v zadosni meri ovira odmevalo čež večjih obročjih, ki lahko stapijo v interakcijo z elektronskimi bogatimi partnerji. Ankete o Cambridge strukturnih Database in Protein Data Bank kažejo geometrijske nastavitve nekaterih kisika in žvepla, ki vsebuje subjektov okrog anioni nitrata, ki so v skladu s tem "π-lujenj lepljenje". Izračuni pokažejo donor-akceptor orbitalne interakcije, ki potrjujejo kontraintuitivnim Lewisova π-kislost nitrata.

'''Zaveršek Nika: BAKTERIJE LAHKO S POMOČJO SINTETIZIRANIH ŽELEZOVIH MOLEKUL POSTANEJO ELEKTRIČNI GENERATORJI'''
Bakterije in še nekateri ostali mikroorganizmi so samoobnovljivi 'nanoreaktorji', ki živijo povsod na Zemeljskem površju. Če bi ti organizmi lahko anodam oddali električno energijo, bi bil to nov način pridobivanja tako imenovane čiste energije. Problem je, da veliko organizmov ne more oddati električne energije, ki nastane pri njihovem metabolizmu, elektrodi.[1] Zanimivo pa se je vprašati, kako je sploh možno, da bi bakterije lahko oddale elektrone glede na to, da elektrode niso prisotne v naravnem okolju teh bakterij. Ena izmed teorij je, da so nekatere bakterije zmožne oddajanja elektronov elektrodi zato, ker v naravi elektrone lahko oddajo nekaterim netopnim mineralom. poleg tega, da bakterije lahko oddajajo elektrone, jih lahko tudi sprejemajo in jih uporabijo, da optimizirajo svoj metabolizem. Električni tok nastaja pri bakterijskem metabolizmu, ki poteka po principu redoks reakcij, iz organskih goriv. To lastnost bakterij bi lahko uporablili za nižje stroške ćiščenja vode, saj bi bakterije razgradile ogranske snovi, ki so v vodi, poleg tega pa bi proizvedle elektriko.

'''Zupan Tanja: Razlike v funkcionalni povezavi možganov v mirujočem stanju med športniki in ne športniki
Strokovnjaki na področju finih motoričnih sposobnosti, ki so povezane s spremembami v strukturi možganov so preučevali razliko v funkciji in povezljivosti možganov športnikov in ne športnikov v stanju mirovanja (v stanju mirovanja, v naših možganih delujejo tri povezave, ki so povezane z motoričnimi funkcijami: DMN (default mode network), FPN (frontoparietal network) in MN (motor network)) s pomočjo magnetne resonance. Pri raziskavi je sodelovalo dvaindvajset zdravih odraslih moškega spola med 18-25 let. Od tega 11 športnikov in 11 ne športnikov, ki pa se po starosti ujemajo s športniki. Rezultati so pokazali, da ukvarjanje z visoko aerobično vadbo v mladosti vpliva na razlike, ki nastanejo v povezovanju možganov, ki so opazne v stanju mirovanja. Posledice gibanja niso opazne le pri motoričnih sposobnostih ampak tudi pri delovanju izvršilnih funkcij, prostorski orientaciji in pri spominskih sposobnostih. Razlike v povezovanju se lahko pojavijo kot odziv na kognitivne zahteve teka na dolge razdalje v kombinaciji z aerobno vadbo. Poleg tega pa lahko kognitivne zahteve pri visoki intenzivni vzdržljivi vadbi privedejo tudi do razlik pri opravljanju dejavnosti, ki pa niso povezane s športom. V prihodnjih raziskavah na tem področju bodo v raziskovanje vključili tudi rekreativne športnike in ženske, ki v to raziskavo niso bili vključeni.

'''Mikulič Vernik Nika: ONKOLITIČNI VIRUSI, KI SELEKTIVNO NAPADAJO RAKASTE CELICE'''

Onkolitični virusi lahko s svojimi replikacijami znotraj gostiteljskih celic uničijo tumorska tkiva. Da bi izboljšali to njihovo sposobnost, znanstveniki neprestano razvijajo nove, močnejše viruse, ki pa s svojo močjo postajajo zmeraj bolj toksični. Zaradi tega narašča potreba po razvoju visoko specifičnih virusov, ki bi napadali zgolj tumorska tkiva, zdrava pa bi pustili nepoškodovana. Raziskovalci so določili optimalno sekvenco proteinov na 3'-UTR virusne mRNA, potrebno za onkoselektivnost virusov. Izdelali so adenovirus AdCPE s to sekvenco in primerjali njegovo učinkovitost pri uničevanju tumorskega tkiva z učinkovitostjo divjega tipa virusa ''in vitro'' in ''in vivo''. Primerjali so tudi vpliv virusa na normalno tkivo in prišli do zaključkov; 1) Virus AdCPE ni nič manj učinkovit pri uničevanju tumorskega tkiva kot divji tip virusa; 2) AdCPE je dosti manj toksičen od divjega tipa virusa.

'''Martin Špendl: NANOGRAFEN-RENIJEV KOMPLEKS ZA SELEKTIVNO REDUKCIJO OGLJIKOVEGA DIOKSIDA

Pereč problem razvitega sveta postajajo emisije CO2, ki so stranski produkt uporabe fosilnih goriv. Problem pridobivanja energije iz obnovljivih virov pa je ta, da so izkoristki zelo nizki oz. pridobljene energije ne moremo shraniti. Eden od načinov pridobivanja energije iz sonca ter hkratno odstranjevanje CO2 iz ozračja je omogočeno s selektivno redukcijo in z uporabo nanografen-renijevega kompleksa kot elektrokatalizator in fotokatalizator. Ko je molekula izpostavljena sončni svetlobi, lahko reducira CO2 v CO, ki služi kot zaloga energije in je komponenta sintetičnega plina (ang. syngas) skupaj z vodikom. Mešanico plinov se uporablja v gorilnih celicah, ki kemično energijo pretvorijo v električno energijo z zelo visokim izkoristkom in relativno malo emisijami. V primeru mešanice ogljikovega oksida in vodika je stranski produkt le CO2, ki je bil pridobljen iz zraka[2].
Dosedanji katalizatorji redukcije ogljikovega dioksida niso dosegali dovolj visokega izkoristka, da bi se metode začele uporabljati na industrijskem nivoju. Zato so znanstveniki začeli proučevati molekularne katalizatorje, saj lahko le-te usmerijo reakcijo preko več elektronov in s tem dosežejo višje izkoristke ter večjo selektivnost katalizirane reakcije. Kljub temu ostaja neznanka kako zmanjšati razliko v potencialih med redukcijskim potencialom katalizatorja ter same reakcije.

'''Ines Medved: KAKO ZMANJŠAN VNOS KALORIJ VPLIVA NA PROCES STARANJA
Mnoge raziskave so pokazale, da zmanjšan vnos kalorij upočasni proces staranja in preprečuje mnoge bolezni kot so diabetes, hipertenzija, rak … Daljša življenjska doba je povezana s celično homeostazo, zmanjšano celično rastjo in stopnjo sinteze proteinov. Ker se proteini sintetizirajo na ribosomih, morajo ti dobro delovati. Njihovo delovanje nadzoruje RQC (ang. Ribosome quality control complex). Raziskovalci so ugotovili, da se je celična rast miši, ki so bile na dieti z malo kalorij, zmanjšala za 25 %, prav tako se je zmanjšala tudi respiratorna kapaciteta jeter. Po desetih tednih privajanja na dieto so iz meritev ugotovili, da so bili proteini v homeostazi, zato so lahko izračunali hitrost zamenjave proteinov. Proteine so razdelili v tri skupine, in sicer v statične, v tiste, ki se hitro izmenjujejo in nastajajo počasi ali pa hitro, ter v proteine, ki 'skačejo' med prvo in drugo skupino. S polisomsko analizo so ugotovili, da je bilo v miših, ki so bile na dieti z malo kalorij, število aktivnih ribosomov manjše.

'''Uroš Prešern: Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt'''

Partanatos je ena izmed vrst celične smrti, ki nastopi zaradi prevelike aktivnosti poli(ADP-riboza) polimeraze 1 (PARP-1) v jedru. Pogost je v primeru možganske kapi, infarkta in nevrodegenerativnih boleznih, zaradi česar bi boljše poznavanje samega procesa omogočilo razvoj novih načinov zdravljenja teh obolenj. V predhodnih raziskavah so ugotovili, da partanatos nastopi, ko molekule poli-ADP-riboze, ki jih PARP-1 sintetizira, preidejo iz jedra v citosol, kjer aktivirajo premestitev indukcijskega faktorja apoptoze (AIF) iz mitohondrijev v jedro. Temu sledi razrez DNA. Nukleaza, ki povzroči razrez DNA, je bila do nedavnega manjkajoči člen v partanatosu. Skupini raziskovalcev je uspelo odkriti, da je iskana nukleaza inhibitorni dejavnik migracije makrofagov (MIF). Pokazali so, da se med partanatosom MIF veže na AIF in se skupaj z njim premesti v jedro, kjer povzroči fragmentacijo DNA. Inhibicija nukleazne aktivnosti MIF se je v modelu možganske kapi pri miših odrazila v 75-odstotnem zmanjšanju volumna prizadetega tkiva, pospešeno pa je bilo tudi okrevanje. Rezultati raziskave odpirajo potencialne možnosti za zdravljenje akutnih in kroničnih nevroloških bolezni, v katerih nastopi partanatos.

'''Urban Hribar: Modifikacija encimov FAS in biogoriva'''

Z modifikacijo encimskih kompleksov glivični FAS (fatty acid synthases) tipa 1 lahko razširimo spekter njihovih produktov. FAS komplekse sestavlja 7 kataliznih podenot in ene podenote nosilnega proteina ACP (acyl carrier protein). FAS kvasovk Rhodosporidium toruloides (RtFAS) in Aplanochytrium kerguelense (AkFAS) imajo podvojene ACP podenote. Če eno od teh podenot odstranimo to ne vpliva na delovanje encima. V teh encimih lahko zato nadomestimo eno od ACP podenot z drugim encimom kot naprimer sTE (short-chain thioesterase). Encim sTE hidrolizira acil-ACP/CoA v kratke in srednje dolge maščobne kisline (short/medium-chain fatty acids - S/MCFAs). Če celice kvasovk kot naprimer S. cerevisiae izražajo AkFAS ali RtFAS, ki imajo eno od ACP skupin zamenjano z sTE, proizvedejo 5-13 krat večjo količino izvenceličnih S/MFAs. Podobno lahko v FAS S. cerevisiae (ScFAS) dodamo encim Mks2. Ta encim bi spremenil reakcijski mehanizem ScFAS, tako da bi ta proizvajal večje količine metilih ketonov. Po pričakovanjih celice, ki izražajo modificirani ScFAS proizvedejo 10 krat več metilnih ketonov kot celice, ki so izražale naravni ScFAS. Hkrati pa celice z modificiranim encimom proizvajajo manj specifičnih maščobnih kislin. S temi metodami lahko nadziramo katere produkte lahko pridobivamo z glivičnimi celičnimi tovarnami, kar bi lahko tudi privedlo do velikih napredkov v proizvodnji biogoriv.

'''Lea Knez: Hemoglobin Kirklareli'''

Mutacije hemoglobina lahko povzročijo širok spekter fenotipičnih različic proteina, nekatere lahko vodijo do nestabilnega kompleksa in razgradnje rdečih krvničk. Mutacijo Kirklareli so odkrili pri 23-letni pacientki, ki so ji diagnosticirali anemijo, enako mutacijo pa je imel tudi oče, zato so jo poimenovali po Turškem mestu v katerem je odraščal. Oba imata v α podenoti na poziciji 58 zamenjan histidin za levcin, presenetljivo pa oče ni anemičen, je pa kadilec z visokim deležem HbCO v krvi. Mutirana α podenota avtooksidira 8x in izgublja hem 200x hitreje kot navadna α apodenota v zdravem hemoglobinu, saj levcin ni več sposoben tvoriti vodikove vezi s kisikom. Posledično se protein denaturira zelo hitro in ni več zmožen opravljati svoje funkcije. Mutirana alfa podenota ima pa 80.000x večjo afiniteto za CO kot za O₂, kar povzroča hitro in obstojno vezavo med hemoglobinom in CO, ta kompleks pa celoten protein stabilizira in prepreči avtooksidacijo, zato tudi oče, ki kadi, nima anemije.

'''Špela Supej: Nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe'''

Optogenetika je biološka tehnika, ki uporablja svetlobo za kontroliranje celičnih procesov v živih tkivih, tipično v nevronih. Proteinom se ob absorpciji vidne svetlobe spremeni aktivnost, kar se uporablja za nadzorovanje celične fiziologije. Raziskava, s pomočjo katere so znanstveniki odkrili nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe, je potekala leta 2017 na Univerzi v Alberti. Glavni protein, imenovan fotocepitveni protein (ang. photocleavable protein) ali PhoCl, ob izpostavitvi svetlobi razpade na dva dela in tako omogoča opazovanje in raziskovanje aktivnosti znotraj celice na načine, ki prej niso bili mogoči. PhoCl je torej novo optogenetsko orodje, ki »ujame« proteine v neaktivnem stanju s kovalentno vezjo, kjer edini način aktivacije predstavlja ireverzibilen fotoodcep. Vsa ostala orodja, ki so bila do sedaj odkrita, uporabljajo reverzibilen odcep in za aktivnost proteinov zahtevajo konstanto osvetlitev, kar lahko vodi do fototoksičnosti. Prednost sistemov PhoCl je ravno to, da ko svetloba povzroči aktivacijo proteinov, ti ostanejo aktivni tako dolgo, dokler niso uničeni v normalnih procesih v celici.

'''Anja Tavčar: Selenomabi - obstojna in učinkovita protitelesa, konjugirana s citostatiki'''

Protitelesa, konjugirana s citostatiki (ang. antibody-drug conjugates oz. ADC), predstavljajo eno najbolj obetavnih področji pri boju z rakom, saj omogočajo razvoj za zdravljenje ključnih lastnosti : velika stabilnost, učinkovitost ter specifičnost delovanja (izključno na rakave celice) oz. minimalna toksičnost za zdrave celice v organizmu. S konjugacijo protiteles na točno izbranih mestih so znanstveniki razvili novo generacijo ADCjev, ki izkoriščajo visoko in zelo specifično reaktivnost aminokisline selenocistein (Sec), na katero so preko jodoacetamidnega veznega člena konjugirali citostatik. Kompleks se je v in vitro ter in vivo raziskavah na celicah raka na prsih ter limfocitih B izkazal za izjemno stabilnega in učinkovitega, zaradi izjemne selektivnosti pri delovanju pa odpira številne možnosti za prenos v klinično rabo.

'''Maja Vrabec: Komunikacija med virusi usmerja odločitev za litični ali lizogeni cikel'''

Fag phi3t spada v skupino fagov, ki lahko okužijo bakterijo preko litičnega ali lizogenega cikla. Odločitev med litičnim in lizogenim ciklom usmerjajo trije geni: AimR, AimP in AimX. Ob začetku okužbe kulture bakterij ''Bacillus subtilis'' v gojenem mediju (ta vsebuje proteine, ki se sproščajo ob okužbi bakterij s fagi) fag phi3t izrazi gena AimR in AimP. AimR kot dimer, vezan na fagov DNK, aktivira ekspresijo AimX, ki promovira litični cikel, zato je v začetku okužbe precej izrazita liza bakterijskih celic. Istočasno se izrazi tudi AimP, ki se izloči v medij, kjer ga zunajcelične proteaze predelajo v zrel komunikacijski peptid, imenovan ''arbitrium'' (v primeru phi3t je to SAIRGA). Po nekaj ciklih okužbe se v mediju koncentracija peptida občutno poveča in ko fag napade še neokuženo bakterijo, je koncentracija peptida v bakterijski celici, kamor pride s transporterjem OPP, dovolj velika, da veže AimR in tako povzroči disociacijo le-tega z vezavnega mesta v fagovem DNK. Ob vezavi se AimR pretvori iz aktivnega dimera v neaktiven monomer, s čimer utiša ekspresijo AimX in s tem promovira lizogenijo, zato po nekaj ciklih okužbe delež lizogeniranih bakterij močno naraste.

'''Luka Fratina: Visokoresolucijsko 3D slikanje živih celic s fononi podoptičnih valovnih dolžin'''

Opazovanje živih celic je pomembno za študijo struktur in funkcij celice. Biološko pomembne strukturne informacije, ki jih želimo gledati v živh celicah, ležijo izven dosega svetlobnih mikroskopov. Ti so omejeni na valovne dolžine vidne svetlobe (Rayleighova limita), saj lahko fotoni v celici povzročijo nastanek reaktivnega kisika ali pa direktno poškodujejo DNA, kar lahko povzroči nenormalno delovanje celice, redkeje pa tudi celično smrt. Za višje resolucije bi potrebovali fotone z krajšo valovno dolžino, kar pa bi še povečalo poškodbe celic. Obstajajo tehnike, kot sta STED in STORM, ki dosegajo višje resolucije, pri tem se uporabljajo visokofotonske doze in fluorestenčni označevalci, ki pa lahko poškodujejo žive preparate. Opazovanje individualne celice z mehanskim kontrastom daje primerljive rezultate kot svetlobna mikroskopija. Dosedanje metode niso kompatibilne z živimi vzorci. Te metode pogoste potrebujejo težke pogoje za celice in so lahko uničevalne. Žive celice bi lahko opazovali pod Rayleighovo limito z fononi podoptičnih valovnih dolžin.

'''Ajda Krč: Ubikvitin ligaza CHIP z regulacijo razpada inzulinskega receptorja in proteostaze razkriva razloge za staranje organizma'''

Ubikvitin je majhen regulatorni protein ki v procesu ubikvitinacije označuje proteine in druge makromolekule za razgradnjo. V procesu ubikvitinacije sodelujejo številni encimi, eden glavnih pa je t.i. ubikvitin ligaza CHIP, ki kot zadnji v vrsti pritrdi ubikvitin na lizinski ostanek proteina. V primeru razgradnje inzulinskega receptorja (IR), katerega signalizacija je povezana z procesi staranja (tem močnejše je delovanje receptorja, hitreje se organizem stara, krajšo življenjsko dobo ima), so raziskovalci ugotovili, da CHIP receptor raje večkrat monoubikvinira (doda to en sam ubikvitin na posamezne lizinske ostanke na receptorju) kot pa da receptor označi s poliubikvitinsko verigo. Če pa se v celici vzpostavi proteotoksično stanje, ki vodi v agregate poškodovanih in zato škodljivih proteinov, se CHIP raje 'odloči' za posredovanje in zato opusti svojo primarno vlogo ubikvitinacije IR. Ker se CHIP v takih primerih dodatno ne sintetizira, se IR stabilizira v membrani, kar povzroči staranje organizma. Tekmovanje med proteostazo in dolgoživostjo je gledano iz evolucijske plati smiselno, saj telo najprej skuša zavarovati svoj genom oz. proteom, pa čeprav za ceno staranja.

TBK2017-seminar

2017-05-15T12:19:38Z

Ajda Krč: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Nina Mezgec Mrzlikar || Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova
|-
| Tina Turel || Povezanost retrovirusov z razvojem možganov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110840.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek
|-
| Sonja Gabrijelčič || Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170221110808.htm https://elifesciences.org/content/6/e20420 || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan
|-
| Patrik Levačić || Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm|| 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race
|-
| Nika Goršek ||Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170224160629.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir
|-
| Dragana Savković || Stopnja preživetja evkariotskih celic po elektroforezni nano-injekciji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105437.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl
|-
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik
|-
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved
|-
| Urška Zagorc || Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1 || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161107112428.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar
|-
| Anja Černe || Učinek farmakološkega askorbata na rakave celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170109134014.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern
|-
| Barbara Slapnik ||Holesterol v celični membrani || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170117163039.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej
|-
| Jerneja Nimac || S CRISPR/Cas9 nad x-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110734.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez
|-
| Gašper Anton Komatar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309132308.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič
|-
| Nadja Škafar ||Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104154408.htm|| 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina
|-
| Anže Jenko || Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308081051.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar
|-
| Špela Deučman || Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105426.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec
|-
| Luka Gregorič || Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301084913.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski
|-
| Jana Kotnik || Sintetični membranski receptorji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170306114231.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek
|-
| Andrej Špenko || Nova tehnika za boljšo regeneracijo kostnega tkiva || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161220093946.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič
|-
| Ana Maklin || Termična stabilnost proteinov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170228131046.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč
|-
| Emilija Bogatinova ||NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170222131802.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn
|-
| Nika Zaveršek || Bakterije lahko s pomočjo posebnih sintetičnih molekul spremenimo v električne generatorje || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170209133509.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković
|-
| Tanja Zupan || Razlike v funkcionalni povezavi možganov v mirujočem stanju med športniki in ne športniki ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161214151637.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec
|-
| Andrej Race || Deficit Glukoze-6-fosfat-dehidrogenaze || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/07/160726094319.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič
|-
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar
|-
| Martin Špendl || Nanografen-renijev kompleks za selektivno redukcijo ogljikovega dioksida ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308135342.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel
|-
| Nika Mikulič Vernik || Onkolitični virusi, ki selektivno napadajo rakaste celice ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316112147.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič
|-
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić
|-
| Urban Hribar || Manipulacija encimov FAS in biogoriva ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309120519.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek
|-
| Uroš Prešern ||Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/10/161006143602.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković
|-
| Špela Supej || Nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170315125623.htm|| 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman
|-
| Lea Knez || Hemoglobin Kirklareli ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012518.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva
|-
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc
|-
| Luka Fratina || Visokoresolucijsko 3D slikanje živih celic s fononi podoptičnih valovnih dolžin || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161221111327.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe
|-
| Anja Tavčar || Selenomabi - obstojna in učinkovita protitelesa, konjugirana s citostatiki|| https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316151821.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik
|-
| Maja Vrabec ||Komunikacija med virusi usmerja odločitev za litični ali lizogeni cikel|| https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170119163345.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac
|-
| Vesna Dimitrovski || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104103533.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar
|-
| Katja Doberšek || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215145949.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar
|-
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko
|-
| Ajda Krč ||Ubikvitin ligaza CHIP z regulacijo razpada inzulinskega receptorja in proteostaze razkriva razloge za staranje organizma ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/04/170421103731.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman
|-
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič
|-
| Milica Janković || || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/08/160816151900.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik
|-
| Ajda Godec || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161121174639.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko
|-
| Andreja Habič || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/05/170511113516.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2017-seminar

2017-05-06T16:33:21Z

Ajda Krč: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Nina Mezgec Mrzlikar || Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova
|-
| Tina Turel || Povezanost retrovirusov z razvojem možganov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110840.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek
|-
| Sonja Gabrijelčič || Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170221110808.htm https://elifesciences.org/content/6/e20420 || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan
|-
| Patrik Levačić || Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm|| 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race
|-
| Nika Goršek ||Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170224160629.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir
|-
| Dragana Savković || Stopnja preživetja evkariotskih celic po elektroforezni nano-injekciji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105437.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl
|-
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik
|-
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved
|-
| Urška Zagorc || Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1 || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161107112428.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar
|-
| Anja Černe || Učinek farmakološkega askorbata na rakave celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170109134014.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern
|-
| Barbara Slapnik ||Holesterol v celični membrani || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170117163039.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej
|-
| Jerneja Nimac || S CRISPR/Cas9 nad x-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110734.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez
|-
| Gašper Anton Komatar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309132308.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič
|-
| Nadja Škafar ||Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104154408.htm|| 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina
|-
| Anže Jenko || Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308081051.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar
|-
| Špela Deučman || Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105426.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec
|-
| Luka Gregorič || Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301084913.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski
|-
| Jana Kotnik || Sintetični membranski receptorji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170306114231.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek
|-
| Andrej Špenko || Nova tehnika za boljšo regeneracijo kostnega tkiva || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161220093946.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič
|-
| Ana Maklin || Termična stabilnost proteinov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170228131046.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč
|-
| Emilija Bogatinova ||NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170222131802.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn
|-
| Nika Zaveršek || Bakterije lahko s pomočjo posebnih sintetičnih molekul spremenimo v električne generatorje || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170209133509.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković
|-
| Tanja Zupan || Razlike v funkcionalni povezavi možganov v mirujočem stanju med športniki in ne športniki ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161214151637.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec
|-
| Andrej Race || Deficit Glukoze-6-fosfat-dehidrogenaze || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/07/160726094319.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič
|-
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar
|-
| Martin Špendl || Nanografen-renijev kompleks za selektivno redukcijo ogljikovega dioksida ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308135342.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel
|-
| Nika Mikulič Vernik || Onkolitični virusi, ki selektivno napadajo rakaste celice ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316112147.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič
|-
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić
|-
| Urban Hribar || Manipulacija encimov FAS in biogoriva ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309120519.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek
|-
| Uroš Prešern ||Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/10/161006143602.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković
|-
| Špela Supej || Nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170315125623.htm|| 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman
|-
| Lea Knez || Hemoglobin Kirklareli ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012518.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva
|-
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc
|-
| Luka Fratina || Visokoresolucijsko 3D slikanje živih celic s fononi podoptičnih valovnih dolžin || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161221111327.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe
|-
| Anja Tavčar || Selenomabi - obstojna in učinkovita protitelesa, konjugirana s citostatiki|| https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316151821.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik
|-
| Maja Vrabec ||Komunikacija med virusi usmerja odločitev za litični ali lizogeni cikel|| https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170119163345.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac
|-
| Vesna Dimitrovski || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar
|-
| Katja Doberšek || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215145949.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar
|-
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko
|-
| Ajda Krč || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/04/170421103731.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman
|-
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič
|-
| Milica Janković || || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/08/160816151900.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik
|-
| Ajda Godec || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161121174639.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko
|-
| Andreja Habič || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2017 Povzetki seminarjev

2017-03-15T09:57:46Z

Ajda Krč: /* Ana Scott: Naslov seminarja */