https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Ajdabeltram 2026-04-05T11:35:25Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Razcepljeni_ribocim,_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali&diff=21835 2023-04-17T15:02:19Z

<p>Ajdabeltram: /* Ponazoritev delovanja naprave na primeru */</p> <hr /> <div>Povzeto po članku [https://www.nature.com/articles/s41467-023-36073-3 ''L. Gambill, A. Staubus, K. W. Mo, A. Ameruoso, in J. Chappell, „A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 543, feb. 2023.'']<br /> <br /> ==Uvod==<br /> O stanju, v katerem se celica nahaja, nam veliko pove njen transkriptom, saj v sebi nosi ključne informacije o fiziologiji in fenotipu celice. Na osnovi prisotnosti določene RNA lahko torej sklepamo o določenem stanju celice in tako ločimo to stanje od drugih. S tehnikami, ki bi zaznale določeno RNA (vhodni signal) in jo bile sposobne pretvoriti v nek izhodni signal, bi lahko stanje celice povezali z neko želeno funkcijo oz. nekim biokemijskim procesom. To bi lahko bila osnova za terapevtike, ki bi postali učinkoviti le v bolezenskem stanju celice. Poleg tega pa bi nam taka tehnika omogočila, da bi stanje RNA v celicah pretvorili v biomolekulski reporter, kar bi nam omogočilo vpogled v časovne in prostorske vzorce izražanja genov. Zaznavanje RNA v primerjavi s proteini ima določene prednosti, kot na primer, da temelji na enostavnih interakcijah z Watson-Crickovimi baznimi pari in da lahko spremljamo tudi nekodirajoče RNA [1].<br /> <br /> Primer take tehnike je naprava RENDR oziroma zaznava RNA, omogočena z ribocimom (Ribozyme-ENabled Detection of RNA). Ta deluje na principu samoizrezovalnega introna tipa 1 oziroma ribocima, ki je razcepljen na dva fragmenta in ustavljen pred kodirajoče zaporedje reporterskega proteina. Ko je prisoten vhodni signal v obliki celične RNA, to omogoči nastanek funkcionalnega ribocima, zaradi česar pride do njegovega izrezovanja. S tem dobimo funkcionalno mRNA reporterja in posledično tudi reporterski protein, katerega prisotnost lahko spremljamo [1]. <br /> <br /> ==Izbira in optimizacija ribocima==<br /> Uporabili so ribocim iz enoceličnega migetalkarja ''Tetrahymena thermophila'', ki je samoizrezovalni intron tipa 1 [1,2]. Ti katalizirajo svoje lastno izrezovanje iz prekurzorske RNA preko dveh zaporednih reakcij transesterifikacije, za začetek katerih pa potrebujejo eksogeni gvanozin, ki deluje kot nukleofil [2]. Zaporedje ribocima tvori sekundarne strukture, ki se nato zvijejo v vijačne strukture in tvorijo definirano 3D zvijte. Sestavlja ga ohranjena jedrna regija iz vijačnih domen P4-P6 in P3-P7 [1,2].<br /> <br /> Kot prvi korak pri izdelavi naprave RENDR so naredili poskus, kjer so dokazali delovanje ribocima. Celice ''Escherichia coli'' so transformirali s konstruktom, ki je nosil zapis za zeleni fluorescenčni protein (GFP), znotraj katerega je bil ustavljen zapis za ribocim. S tem je bila onemogočena translacija in je do fluorescence prišlo samo zato, ker se je ribocim izrezal iz mRNA [1].<br /> <br /> Vendar pa so za delovanje RENDR potrebovali cepljen ribocim na dva fragmenta, ki bosta tvorila aktiven kompleks le v primeru, da se vežeta na vhodni signal RNA. Morali so torej poiskati taka mesta cepitve, ki so v odsotnosti vhodnega signala preprečevala tvorbo kompleksa, med tem ko so jo v prisotnosti vhodnega signala favorizirala. Ker je bilo možnih 419 cepitvenih mest, so pripravili knjižnico različic cepljenega ribocima s pomočjo transpozonov. Da so ugotovili, katera različica je primerna, so na konec enega in začetek drugega fragmenta ribocima dodali komplementarni usmerjevalni RNA, kar je ponazorilo vezavo na vhodni signal RNA. Za ponazoritev odsotnosti vhodnega signala pa so naredili inhibitor v obliki komplementarnega zaporedja ene od usmerjevalnih RNA, zapis za katerega je bil pod inducibilnim promotorjem. Ustreznost cepitvenih mest so spremljali tako, da so celice ''E. coli'' transformirali z zapisi za različice ribocimov in zapisom za inhibitor ter fluorescenco izhodnega signala spremljali z ločevalnikom fluorescenčno označenih celic (FACS). Ustrezna cepitvena mesta so torej bila tista, ki so v odsotnosti inhibitorja dala visok signal in zelo malo signala, ko je bil prisoten inhibitor. Taka cepitvena mesta so bila na neohranjenih regijah ribocima in na regijah, ki so dostopna topilu [1].<br /> <br /> ==Detekcija vhodnih signalov RNA==<br /> V naslednjem koraku so morali napravo spremeniti tako, da je zaznala vhodni signal. To deluje na principu, da usmerjevalni RNA na fragmentih ribocima tvorita bazne pare s tarčno RNA. Ti tarčni zaporedji na vhodnem signalu RNA, morata biti blizu skupaj, da prideta fragmenta ribocima ob vezavi dovolj blizu, da lahko tvorita aktiven ribocim. Delovanje so testirali na sedmih različicah ribocima, ki so imela različno cepitveno mesto in so tvorila 163 baznih parov s tarčno sintetično RNA. Najboljša naprava je dala 93-kratno povečanje izhodnega signala ob prisotnosti vhodnega signala – to je bila različica, ki je imela cepitveno mesto na začetku ribocima [1].<br /> <br /> Nato pa so še želeli določiti, kolikšna je optimalna dolžina usmerjevalnih RNA. Pomagali so si tudi z modelom, ki upošteva strukturo in prosto energijo vseh RNA, ki nastopajo v reakciji, torej dveh usmerjevalnih in ene tarčne RNA. Upošteva prosto energijo začetnega stanje, ko je vsaka RNA posebej, in hibridnega stanja, ko se usmerjevalni povežeta s tarčno RNA. Predpostavili so, da hibridizacija spodbudi nastanek kompleksa in izrezovanje ribocima. Ugotovili so, da je bolje, če je več baznih parov hibridiziranih, torej če je daljše zaporedje usmerjevalne RNA oziroma če je zaporedje bolj komplementarno [1].<br /> <br /> ==Razvoj modularne naprave==<br /> Uspeli so torej narediti napravo RENDR, ki je ob prisotnosti sintetične RNA dala izhodni signal v obliki proteina GFP, ki so ga zaznali z merjenjem fluorescence. Cilj pa je bila naprava, ki jo lahko enostavno prilagodiš na svoj poskus, torej da jo prilagodiš na drugačen vhodni signal in da lahko spremeniš tudi izhodni signal (da ni edina možnost GFP). V ta namen so zapis za ribocim prestavili med zaporedje za RBS in kodirajoče zaporedje izhodnega signala in tako omogočili enostavno spreminjanje izhodnega signala. Uspešnost naprave z različnimi izhodnimi signali so potrdili s tremi poskusi, kjer so z različnimi izhodnimi signali omogočili različen tip detekcije [1].<br /> <br /> Prvi primer je bila kolorimetrična detekcija, kjer so za izhodni signal vzeli kodirajoče zaporedje encima monooksigenaze s flavinom (FMO), ki katalizira pretvorbo indola v indoksil, ta pa se spontano pretvori v indigo barvilo. Celice ''E. coli'', transformirane z zapisom za to napravo RENDR, so se v prisotnosti tarčne RNA kot vhodnega signala obarvale indigo, kar se je videlo s prostim očesom. Drugi primer je bila detekcija nastanka plina, kar so omogočili z encimom metil halid transferaza kot izhodnim signalom, ki pretvori S-adenozil metionin in bromid v CH3Br. Kot tretji primer pa so poskusili še z CRISPR interferenco, kjer so za izhodni signal uporabili neaktivni protein Cas9 (dCas9), ki na ravni transkripcije inhibira izražanje proteina GFP, ki je zapisan v genomu. Ob prisotnosti vhodnega signala so tako dobili manjši signal fluorescence. Z vsemi temi poskusi so dokazali, da lahko v napravi RENDR spreminjamo izhodne signale, ki nam omogočajo fluorescenčno, kolorimetrično in plinsko detekcijo oziroma lahko vplivamo tudi na regulacijo izražanja genov [1].<br /> <br /> Kot zadnje pa so še vzpostavili navodila, kako iz osnovne naprave spremeniti usmerjevalne RNA, da bodo prilagojene na vhodni signal. Uspešnost so dokazali s poskusi na treh različnih vhodnih signalih, pri čemer je bil izhodni signal GFP; to so bile mRNA rdečega fluorescenčnega proteina, katehol 2,3-dioksigenaze in proteina za rezistenco proti tetraciklinu [1].<br /> <br /> ==Ponazoritev delovanja naprave na primeru==<br /> Delovanje naprave RENDR so ponazorili na primeru, kjer so želeli kolorimetrično zaznati, če je v bakterijah ''E. coli'' prisoten gen za odpornost proti kanamicinu (kanR). Celice ''E. coli'' so transformirali s plazmidom RENDR, kjer so spremenili usmerjevalne RNA tako, da so bile komplementarne mRNA gena kanR, za izhodni signal pa so uporabili encim FMO. Obarvale so se samo celice, ki so imele prisoten gen kanR. S tem so dokazali, da lahko naprava RENDR zazna fenotip na nivoju mRNA [1].<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Čeprav že obstajajo podobni načini spremljanja vzorcev transkripcije, pa ima naprava RENDR prednosti v tem, da se lahko uporabi širok nabor izhodnih signalov, ki so lahko tudi nukleinske kisline, da je prenosljiva med različnimi gramnegativnimi bakterijami in da deluje v živih celicah. Poleg tega se predvideva, da bo naprava omogočala izvedbo genetskega programiranja le v določeni vrsti celic kot odgovor na fiziologijo ali fenotip celice. Čeprav za enkrat naprava deluje le v bakterijah, pa napovedujejo uporabo v sintezni biologiji sesalskih celic, v katerih bi lahko na primer izvedli genetski program kot odgovor na zaznavo biološkega označevalca bolezni [1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> <br /> [1] L. Gambill, A. Staubus, K. W. Mo, A. Ameruoso, in J. Chappell, „A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 543, feb. 2023.<br /> <br /> [2] S. Li, M. Z. Palo, X. Zhang, G. Pintilie, in K. Zhang, „Snapshots of the second-step self-splicing of Tetrahymena ribozyme revealed by cryo-EM“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 1294, mar. 2023.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Razcepljeni_ribocim,_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali&diff=21834 2023-04-17T15:01:53Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>Povzeto po članku [https://www.nature.com/articles/s41467-023-36073-3 ''L. Gambill, A. Staubus, K. W. Mo, A. Ameruoso, in J. Chappell, „A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 543, feb. 2023.'']<br /> <br /> ==Uvod==<br /> O stanju, v katerem se celica nahaja, nam veliko pove njen transkriptom, saj v sebi nosi ključne informacije o fiziologiji in fenotipu celice. Na osnovi prisotnosti določene RNA lahko torej sklepamo o določenem stanju celice in tako ločimo to stanje od drugih. S tehnikami, ki bi zaznale določeno RNA (vhodni signal) in jo bile sposobne pretvoriti v nek izhodni signal, bi lahko stanje celice povezali z neko želeno funkcijo oz. nekim biokemijskim procesom. To bi lahko bila osnova za terapevtike, ki bi postali učinkoviti le v bolezenskem stanju celice. Poleg tega pa bi nam taka tehnika omogočila, da bi stanje RNA v celicah pretvorili v biomolekulski reporter, kar bi nam omogočilo vpogled v časovne in prostorske vzorce izražanja genov. Zaznavanje RNA v primerjavi s proteini ima določene prednosti, kot na primer, da temelji na enostavnih interakcijah z Watson-Crickovimi baznimi pari in da lahko spremljamo tudi nekodirajoče RNA [1].<br /> <br /> Primer take tehnike je naprava RENDR oziroma zaznava RNA, omogočena z ribocimom (Ribozyme-ENabled Detection of RNA). Ta deluje na principu samoizrezovalnega introna tipa 1 oziroma ribocima, ki je razcepljen na dva fragmenta in ustavljen pred kodirajoče zaporedje reporterskega proteina. Ko je prisoten vhodni signal v obliki celične RNA, to omogoči nastanek funkcionalnega ribocima, zaradi česar pride do njegovega izrezovanja. S tem dobimo funkcionalno mRNA reporterja in posledično tudi reporterski protein, katerega prisotnost lahko spremljamo [1]. <br /> <br /> ==Izbira in optimizacija ribocima==<br /> Uporabili so ribocim iz enoceličnega migetalkarja ''Tetrahymena thermophila'', ki je samoizrezovalni intron tipa 1 [1,2]. Ti katalizirajo svoje lastno izrezovanje iz prekurzorske RNA preko dveh zaporednih reakcij transesterifikacije, za začetek katerih pa potrebujejo eksogeni gvanozin, ki deluje kot nukleofil [2]. Zaporedje ribocima tvori sekundarne strukture, ki se nato zvijejo v vijačne strukture in tvorijo definirano 3D zvijte. Sestavlja ga ohranjena jedrna regija iz vijačnih domen P4-P6 in P3-P7 [1,2].<br /> <br /> Kot prvi korak pri izdelavi naprave RENDR so naredili poskus, kjer so dokazali delovanje ribocima. Celice ''Escherichia coli'' so transformirali s konstruktom, ki je nosil zapis za zeleni fluorescenčni protein (GFP), znotraj katerega je bil ustavljen zapis za ribocim. S tem je bila onemogočena translacija in je do fluorescence prišlo samo zato, ker se je ribocim izrezal iz mRNA [1].<br /> <br /> Vendar pa so za delovanje RENDR potrebovali cepljen ribocim na dva fragmenta, ki bosta tvorila aktiven kompleks le v primeru, da se vežeta na vhodni signal RNA. Morali so torej poiskati taka mesta cepitve, ki so v odsotnosti vhodnega signala preprečevala tvorbo kompleksa, med tem ko so jo v prisotnosti vhodnega signala favorizirala. Ker je bilo možnih 419 cepitvenih mest, so pripravili knjižnico različic cepljenega ribocima s pomočjo transpozonov. Da so ugotovili, katera različica je primerna, so na konec enega in začetek drugega fragmenta ribocima dodali komplementarni usmerjevalni RNA, kar je ponazorilo vezavo na vhodni signal RNA. Za ponazoritev odsotnosti vhodnega signala pa so naredili inhibitor v obliki komplementarnega zaporedja ene od usmerjevalnih RNA, zapis za katerega je bil pod inducibilnim promotorjem. Ustreznost cepitvenih mest so spremljali tako, da so celice ''E. coli'' transformirali z zapisi za različice ribocimov in zapisom za inhibitor ter fluorescenco izhodnega signala spremljali z ločevalnikom fluorescenčno označenih celic (FACS). Ustrezna cepitvena mesta so torej bila tista, ki so v odsotnosti inhibitorja dala visok signal in zelo malo signala, ko je bil prisoten inhibitor. Taka cepitvena mesta so bila na neohranjenih regijah ribocima in na regijah, ki so dostopna topilu [1].<br /> <br /> ==Detekcija vhodnih signalov RNA==<br /> V naslednjem koraku so morali napravo spremeniti tako, da je zaznala vhodni signal. To deluje na principu, da usmerjevalni RNA na fragmentih ribocima tvorita bazne pare s tarčno RNA. Ti tarčni zaporedji na vhodnem signalu RNA, morata biti blizu skupaj, da prideta fragmenta ribocima ob vezavi dovolj blizu, da lahko tvorita aktiven ribocim. Delovanje so testirali na sedmih različicah ribocima, ki so imela različno cepitveno mesto in so tvorila 163 baznih parov s tarčno sintetično RNA. Najboljša naprava je dala 93-kratno povečanje izhodnega signala ob prisotnosti vhodnega signala – to je bila različica, ki je imela cepitveno mesto na začetku ribocima [1].<br /> <br /> Nato pa so še želeli določiti, kolikšna je optimalna dolžina usmerjevalnih RNA. Pomagali so si tudi z modelom, ki upošteva strukturo in prosto energijo vseh RNA, ki nastopajo v reakciji, torej dveh usmerjevalnih in ene tarčne RNA. Upošteva prosto energijo začetnega stanje, ko je vsaka RNA posebej, in hibridnega stanja, ko se usmerjevalni povežeta s tarčno RNA. Predpostavili so, da hibridizacija spodbudi nastanek kompleksa in izrezovanje ribocima. Ugotovili so, da je bolje, če je več baznih parov hibridiziranih, torej če je daljše zaporedje usmerjevalne RNA oziroma če je zaporedje bolj komplementarno [1].<br /> <br /> ==Razvoj modularne naprave==<br /> Uspeli so torej narediti napravo RENDR, ki je ob prisotnosti sintetične RNA dala izhodni signal v obliki proteina GFP, ki so ga zaznali z merjenjem fluorescence. Cilj pa je bila naprava, ki jo lahko enostavno prilagodiš na svoj poskus, torej da jo prilagodiš na drugačen vhodni signal in da lahko spremeniš tudi izhodni signal (da ni edina možnost GFP). V ta namen so zapis za ribocim prestavili med zaporedje za RBS in kodirajoče zaporedje izhodnega signala in tako omogočili enostavno spreminjanje izhodnega signala. Uspešnost naprave z različnimi izhodnimi signali so potrdili s tremi poskusi, kjer so z različnimi izhodnimi signali omogočili različen tip detekcije [1].<br /> <br /> Prvi primer je bila kolorimetrična detekcija, kjer so za izhodni signal vzeli kodirajoče zaporedje encima monooksigenaze s flavinom (FMO), ki katalizira pretvorbo indola v indoksil, ta pa se spontano pretvori v indigo barvilo. Celice ''E. coli'', transformirane z zapisom za to napravo RENDR, so se v prisotnosti tarčne RNA kot vhodnega signala obarvale indigo, kar se je videlo s prostim očesom. Drugi primer je bila detekcija nastanka plina, kar so omogočili z encimom metil halid transferaza kot izhodnim signalom, ki pretvori S-adenozil metionin in bromid v CH3Br. Kot tretji primer pa so poskusili še z CRISPR interferenco, kjer so za izhodni signal uporabili neaktivni protein Cas9 (dCas9), ki na ravni transkripcije inhibira izražanje proteina GFP, ki je zapisan v genomu. Ob prisotnosti vhodnega signala so tako dobili manjši signal fluorescence. Z vsemi temi poskusi so dokazali, da lahko v napravi RENDR spreminjamo izhodne signale, ki nam omogočajo fluorescenčno, kolorimetrično in plinsko detekcijo oziroma lahko vplivamo tudi na regulacijo izražanja genov [1].<br /> <br /> Kot zadnje pa so še vzpostavili navodila, kako iz osnovne naprave spremeniti usmerjevalne RNA, da bodo prilagojene na vhodni signal. Uspešnost so dokazali s poskusi na treh različnih vhodnih signalih, pri čemer je bil izhodni signal GFP; to so bile mRNA rdečega fluorescenčnega proteina, katehol 2,3-dioksigenaze in proteina za rezistenco proti tetraciklinu [1].<br /> <br /> ==Ponazoritev delovanja naprave na primeru==<br /> Delovanje naprave RENDR so ponazorili na primeru, kjer so želeli kolorimetrično zaznati, če je v bakterijah ''E. coli'' prisoten gen za odpornost proti kanamicinu (kanR). Celice E. coli so transformirali s plazmidom RENDR, kjer so spremenili usmerjevalne RNA tako, da so bile komplementarne mRNA gena kanR, za izhodni signal pa so uporabili encim FMO. Obarvale so se samo celice, ki so imele prisoten gen kanR. S tem so dokazali, da lahko naprava RENDR zazna fenotip na nivoju mRNA [1].<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Čeprav že obstajajo podobni načini spremljanja vzorcev transkripcije, pa ima naprava RENDR prednosti v tem, da se lahko uporabi širok nabor izhodnih signalov, ki so lahko tudi nukleinske kisline, da je prenosljiva med različnimi gramnegativnimi bakterijami in da deluje v živih celicah. Poleg tega se predvideva, da bo naprava omogočala izvedbo genetskega programiranja le v določeni vrsti celic kot odgovor na fiziologijo ali fenotip celice. Čeprav za enkrat naprava deluje le v bakterijah, pa napovedujejo uporabo v sintezni biologiji sesalskih celic, v katerih bi lahko na primer izvedli genetski program kot odgovor na zaznavo biološkega označevalca bolezni [1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> <br /> [1] L. Gambill, A. Staubus, K. W. Mo, A. Ameruoso, in J. Chappell, „A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 543, feb. 2023.<br /> <br /> [2] S. Li, M. Z. Palo, X. Zhang, G. Pintilie, in K. Zhang, „Snapshots of the second-step self-splicing of Tetrahymena ribozyme revealed by cryo-EM“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 1294, mar. 2023.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Razcepljeni_ribocim,_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali&diff=21833 2023-04-16T20:13:10Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>Povzeto po članku [https://www.nature.com/articles/s41467-023-36073-3 ''L. Gambill, A. Staubus, K. W. Mo, A. Ameruoso, in J. Chappell, „A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 543, feb. 2023.'']<br /> <br /> ==Uvod==<br /> O stanju, v katerem se celica nahaja, nam veliko pove njen transkriptom, saj v sebi nosi ključne informacije o fiziologiji in fenotipu celice. Na osnovi prisotnosti določene RNA lahko torej sklepamo o določenem stanju celice in tako ločimo to stanje od drugih. S tehnikami, ki bi zaznale določeno RNA (vhodni signal) in jo bile sposobne pretvoriti v nek izhodni signal, bi lahko stanje celice povezali z neko želeno funkcijo oz. nekim biokemijskim procesom. To bi lahko bila osnova za terapevtike, ki bi postali učinkoviti le v bolezenskem stanju celice. Poleg tega pa bi nam taka tehnika omogočila, da bi stanje RNA v celicah pretvorili v biomolekulski reporter, kar bi nam omogočilo vpogled v časovne in prostorske vzorce izražanja genov. Zaznavanje RNA v primerjavi s proteini ima določene prednosti, kot na primer, da temelji na enostavnih interakcijah z Watson-Crickovimi baznimi pari in da lahko spremljamo tudi nekodirajoče RNA [1].<br /> <br /> Primer take tehnike je naprava RENDR oziroma zaznava RNA, omogočena z ribocimom (Ribozyme-ENabled Detection of RNA). Ta deluje na principu samoizrezovalnega introna tipa 1 oziroma ribocima, ki je razcepljen na dva fragmenta in ustavljen pred kodirajoče zaporedje reporterskega proteina. Ko je prisoten vhodni signal v obliki celične RNA, to omogoči nastanek funkcionalnega ribocima, zaradi česar pride do njegovega izrezovanja. S tem dobimo funkcionalno mRNA reporterja in posledično tudi reporterski protein, katerega prisotnost lahko spremljamo [1]. <br /> <br /> ==Izbira in optimizacija ribocima==<br /> Uporabili so ribocim iz enoceličnega migetalkarja Tetrahymena thermophila, ki je samoizrezovalni intron tipa 1 [1,2]. Ti katalizirajo svoje lastno izrezovanje iz prekurzorske RNA preko dveh zaporednih reakcij transesterifikacije, za začetek katerih pa potrebujejo eksogeni gvanozin, ki deluje kot nukleofil [2]. Zaporedje ribocima tvori sekundarne strukture, ki se nato zvijejo v vijačne strukture in tvorijo definirano 3D zvijte. Sestavlja ga ohranjena jedrna regija iz vijačnih domen P4-P6 in P3-P7 [1,2].<br /> <br /> Kot prvi korak pri izdelavi naprave RENDR so naredili poskus, kjer so dokazali delovanje ribocima. Celice Escherichia coli so transformirali s konstruktom, ki je nosil zapis za zeleni fluorescenčni protein (GFP), znotraj katerega je bil ustavljen zapis za ribocim. S tem je bila onemogočena translacija in je do fluorescence prišlo samo zato, ker se je ribocim izrezal iz mRNA [1].<br /> <br /> Vendar pa so za delovanje RENDR potrebovali cepljen ribocim na dva fragmenta, ki bosta tvorila aktiven kompleks le v primeru, da se vežeta na vhodni signal RNA. Morali so torej poiskati taka mesta cepitve, ki so v odsotnosti vhodnega signala preprečevala tvorbo kompleksa, med tem ko so jo v prisotnosti vhodnega signala favorizirala. Ker je bilo možnih 419 cepitvenih mest, so pripravili knjižnico različic cepljenega ribocima s pomočjo transpozonov. Da so ugotovili, katera različica je primerna, so na konec enega in začetek drugega fragmenta ribocima dodali komplementarni usmerjevalni RNA, kar je ponazorilo vezavo na vhodni signal RNA. Za ponazoritev odsotnosti vhodnega signala pa so naredili inhibitor v obliki komplementarnega zaporedja ene od usmerjevalnih RNA, zapis za katerega je bil pod inducibilnim promotorjem. Ustreznost cepitvenih mest so spremljali tako, da so celice E. coli transformirali z zapisi za različice ribocimov in zapisom za inhibitor ter fluorescenco izhodnega signala spremljali z ločevalnikom fluorescenčno označenih celic (FACS). Ustrezna cepitvena mesta so torej bila tista, ki so v odsotnosti inhibitorja dala visok signal in zelo malo signala, ko je bil prisoten inhibitor. Taka cepitvena mesta so bila na neohranjenih regijah ribocima in na regijah, ki so dostopna topilu [1].<br /> <br /> ==Detekcija vhodnih signalov RNA==<br /> V naslednjem koraku so morali napravo spremeniti tako, da je zaznala vhodni signal. To deluje na principu, da usmerjevalni RNA na fragmentih ribocima tvorita bazne pare s tarčno RNA. Ti tarčni zaporedji na vhodnem signalu RNA, morata biti blizu skupaj, da prideta fragmenta ribocima ob vezavi dovolj blizu, da lahko tvorita aktiven ribocim. Delovanje so testirali na sedmih različicah ribocima, ki so imela različno cepitveno mesto in so tvorila 163 baznih parov s tarčno sintetično RNA. Najboljša naprava je dala 93-kratno povečanje izhodnega signala ob prisotnosti vhodnega signala – to je bila različica, ki je imela cepitveno mesto na začetku ribocima [1].<br /> <br /> Nato pa so še želeli določiti, kolikšna je optimalna dolžina usmerjevalnih RNA. Pomagali so si tudi z modelom, ki upošteva strukturo in prosto energijo vseh RNA, ki nastopajo v reakciji, torej dveh usmerjevalnih in ene tarčne RNA. Upošteva prosto energijo začetnega stanje, ko je vsaka RNA posebej, in hibridnega stanja, ko se usmerjevalni povežeta s tarčno RNA. Predpostavili so, da hibridizacija spodbudi nastanek kompleksa in izrezovanje ribocima. Ugotovili so, da je bolje, če je več baznih parov hibridiziranih, torej če je daljše zaporedje usmerjevalne RNA oziroma če je zaporedje bolj komplementarno [1].<br /> <br /> ==Razvoj modularne naprave==<br /> Uspeli so torej narediti napravo RENDR, ki je ob prisotnosti sintetične RNA dala izhodni signal v obliki proteina GFP, ki so ga zaznali z merjenjem fluorescence. Cilj pa je bila naprava, ki jo lahko enostavno prilagodiš na svoj poskus, torej da jo prilagodiš na drugačen vhodni signal in da lahko spremeniš tudi izhodni signal (da ni edina možnost GFP). V ta namen so zapis za ribocim prestavili med zaporedje za RBS in kodirajoče zaporedje izhodnega signala in tako omogočili enostavno spreminjanje izhodnega signala. Uspešnost naprave z različnimi izhodnimi signali so potrdili s tremi poskusi, kjer so z različnimi izhodnimi signali omogočili različen tip detekcije [1].<br /> <br /> Prvi primer je bila kolorimetrična detekcija, kjer so za izhodni signal vzeli kodirajoče zaporedje encima monooksigenaze s flavinom (FMO), ki katalizira pretvorbo indola v indoksil, ta pa se spontano pretvori v indigo barvilo. Celice E. coli, transformirane z zapisom za to napravo RENDR, so se v prisotnosti tarčne RNA kot vhodnega signala obarvale indigo, kar se je videlo s prostim očesom. Drugi primer je bila detekcija nastanka plina, kar so omogočili z encimom metil halid transferaza kot izhodnim signalom, ki pretvori S-adenozil metionin in bromid v CH3Br. Kot tretji primer pa so poskusili še z CRISPR interferenco, kjer so za izhodni signal uporabili neaktivni protein Cas9 (dCas9), ki na ravni transkripcije inhibira izražanje proteina GFP, ki je zapisan v genomu. Ob prisotnosti vhodnega signala so tako dobili manjši signal fluorescence. Z vsemi temi poskusi so dokazali, da lahko v napravi RENDR spreminjamo izhodne signale, ki nam omogočajo fluorescenčno, kolorimetrično in plinsko detekcijo oziroma lahko vplivamo tudi na regulacijo izražanja genov [1].<br /> <br /> Kot zadnje pa so še vzpostavili navodila, kako iz osnovne naprave spremeniti usmerjevalne RNA, da bodo prilagojene na vhodni signal. Uspešnost so dokazali s poskusi na treh različnih vhodnih signalih, pri čemer je bil izhodni signal GFP; to so bile mRNA rdečega fluorescenčnega proteina, katehol 2,3-dioksigenaze in proteina za rezistenco proti tetraciklinu [1].<br /> <br /> ==Ponazoritev delovanja naprave na primeru==<br /> Delovanje naprave RENDR so ponazorili na primeru, kjer so želeli kolorimetrično zaznati, če je v bakterijah E. coli prisoten gen za odpornost proti kanamicinu (kanR). Celice E. coli so transformirali s plazmidom RENDR, kjer so spremenili usmerjevalne RNA tako, da so bile komplementarne mRNA gena kanR, za izhodni signal pa so uporabili encim FMO. Obarvale so se samo celice, ki so imele prisoten gen kanR. S tem so dokazali, da lahko naprava RENDR zazna fenotip na nivoju mRNA [1].<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Čeprav že obstajajo podobni načini spremljanja vzorcev transkripcije, pa ima naprava RENDR prednosti v tem, da se lahko uporabi širok nabor izhodnih signalov, ki so lahko tudi nukleinske kisline, da je prenosljiva med različnimi gramnegativnimi bakterijami in da deluje v živih celicah. Poleg tega se predvideva, da bo naprava omogočala izvedbo genetskega programiranja le v določeni vrsti celic kot odgovor na fiziologijo ali fenotip celice. Čeprav za enkrat naprava deluje le v bakterijah, pa napovedujejo uporabo v sintezni biologiji sesalskih celic, v katerih bi lahko na primer izvedli genetski program kot odgovor na zaznavo biološkega označevalca bolezni [1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> <br /> [1] L. Gambill, A. Staubus, K. W. Mo, A. Ameruoso, in J. Chappell, „A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 543, feb. 2023.<br /> <br /> [2] S. Li, M. Z. Palo, X. Zhang, G. Pintilie, in K. Zhang, „Snapshots of the second-step self-splicing of Tetrahymena ribozyme revealed by cryo-EM“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 1294, mar. 2023.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2022/23&diff=21832 2023-04-16T20:12:24Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2022/23 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rudarjenje_in_uporaba_konstitutivnih_promotorjev_iz_Rhodosporidium_toruloides Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz ''Rhodosporidium toruloides''] (Ana Babnik)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biomolekularni_aktuatorji_za_gensko_selektivno_akusti%C4%8Dno_manipulacijo_celic Biomolekularni aktuatorji za gensko selektivno akustično manipulacijo celic] (Greta Junger)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/IN_VIVO_SAMOSESTAVLJENA_siRNA_KOT_NA%C4%8CIN_KOMBINIRANEGA_ZDRAVLJENJA_ULCEROZNEGA_KOLITISA#ZAKLJU.C4.8CEK In vivo samosestavljena siRNA kot način kombiniranega zdravljenja ulceroznega kolitisa] (Tjaša Kos)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_kompleta_orodij_za_zaznavanje_kvoruma_pri_cianobakterijah:_Razvoj_medceli%C4%8Dne_koordinacije_v_me%C5%A1anih_avtotrofno-heterotrofnih_skupnostih Priprava kompleta orodij za zaznavanje kvoruma pri cianobakterijah: Razvoj medcelične koordinacije v mešanih avtotrofno-heterotrofnih skupnostih] (Nuša Tkalec)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_temperaturno_inducibilnega_transkripcijskega_reostata_pri_Neurospori_crassi Razvoj temperaturno inducibilnega transkripcijskega reostata pri ''Neurospori crassi''] (Luka Šegota)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_tumor_ciljajočih_bakterij_s_stikalnim_sistemom,_ki_se_odziva_na_dušikov(II)_oksid Priprava tumor ciljajočih bakterij s stikalnim sistemom, ki se odziva na dušikov(II) oksid] (Ana Kodra)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razcepljeni_ribocim%2C_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali Razcepljeni ribocim, ki signale nativnih RNA poveže z ortogonalnimi proteinskimi izhodnimi signali] (Ajda Beltram)<br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MonChassis MonChassis] (Nika Tomsič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FIAT_LUX FIAT LUX] (Neža Lanišek)<br /> <br /> <br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2021/22]].</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Razcepljeni_ribocim,_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali&diff=21831 2023-04-16T20:10:38Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>Povzeto po članku [https://www.nature.com/articles/s41467-023-36073-3 ''L. Gambill, A. Staubus, K. W. Mo, A. Ameruoso, in J. Chappell, „A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 543, feb. 2023.'']<br /> <br /> ==Uvod==<br /> O stanju, v katerem se celica nahaja, nam veliko pove njen transkriptom, saj v sebi nosi ključne informacije o fiziologiji in fenotipu celice. Na osnovi prisotnosti določene RNA lahko torej sklepamo o določenem stanju celice in tako ločimo to stanje od drugih. S tehnikami, ki bi zaznale določeno RNA (vhodni signal) in jo bile sposobne pretvoriti v nek izhodni signal, bi lahko stanje celice povezali z neko želeno funkcijo oz. nekim biokemijskim procesom. To bi lahko bila osnova za terapevtike, ki bi postali učinkoviti le v bolezenskem stanju celice. Poleg tega pa bi nam taka tehnika omogočila, da bi stanje RNA v celicah pretvorili v biomolekulski reporter, kar bi nam omogočilo vpogled v časovne in prostorske vzorce izražanja genov. Zaznavanje RNA v primerjavi s proteini ima določene prednosti, kot na primer, da temelji na enostavnih interakcijah z Watson-Crickovimi baznimi pari in da lahko spremljamo tudi nekodirajoče RNA [1].<br /> <br /> Primer take tehnike je naprava RENDR oziroma zaznava RNA, omogočena z ribocimom (Ribozyme-ENabled Detection of RNA). Ta deluje na principu samoizrezovalnega introna tipa 1 oziroma ribocima, ki je razcepljen na dva fragmenta in ustavljen pred kodirajoče zaporedje reporterskega proteina. Ko je prisoten vhodni signal v obliki celične RNA, to omogoči nastanek funkcionalnega ribocima, zaradi česar pride do njegovega izrezovanja. S tem dobimo funkcionalno mRNA reporterja in posledično tudi reporterski protein, katerega prisotnost lahko spremljamo [1]. <br /> <br /> <br /> ==Izbira in optimizacija ribocima==<br /> Uporabili so ribocim iz enoceličnega migetalkarja Tetrahymena thermophila, ki je samoizrezovalni intron tipa 1 [1,2]. Ti katalizirajo svoje lastno izrezovanje iz prekurzorske RNA preko dveh zaporednih reakcij transesterifikacije, za začetek katerih pa potrebujejo eksogeni gvanozin, ki deluje kot nukleofil [2]. Zaporedje ribocima tvori sekundarne strukture, ki se nato zvijejo v vijačne strukture in tvorijo definirano 3D zvijte. Sestavlja ga ohranjena jedrna regija iz vijačnih domen P4-P6 in P3-P7 [1,2].<br /> <br /> Kot prvi korak pri izdelavi naprave RENDR so naredili poskus, kjer so dokazali delovanje ribocima. Celice Escherichia coli so transformirali s konstruktom, ki je nosil zapis za zeleni fluorescenčni protein (GFP), znotraj katerega je bil ustavljen zapis za ribocim. S tem je bila onemogočena translacija in je do fluorescence prišlo samo zato, ker se je ribocim izrezal iz mRNA [1].<br /> <br /> Vendar pa so za delovanje RENDR potrebovali cepljen ribocim na dva fragmenta, ki bosta tvorila aktiven kompleks le v primeru, da se vežeta na vhodni signal RNA. Morali so torej poiskati taka mesta cepitve, ki so v odsotnosti vhodnega signala preprečevala tvorbo kompleksa, med tem ko so jo v prisotnosti vhodnega signala favorizirala. Ker je bilo možnih 419 cepitvenih mest, so pripravili knjižnico različic cepljenega ribocima s pomočjo transpozonov. Da so ugotovili, katera različica je primerna, so na konec enega in začetek drugega fragmenta ribocima dodali komplementarni usmerjevalni RNA, kar je ponazorilo vezavo na vhodni signal RNA. Za ponazoritev odsotnosti vhodnega signala pa so naredili inhibitor v obliki komplementarnega zaporedja ene od usmerjevalnih RNA, zapis za katerega je bil pod inducibilnim promotorjem. Ustreznost cepitvenih mest so spremljali tako, da so celice E. coli transformirali z zapisi za različice ribocimov in zapisom za inhibitor ter fluorescenco izhodnega signala spremljali z ločevalnikom fluorescenčno označenih celic (FACS). Ustrezna cepitvena mesta so torej bila tista, ki so v odsotnosti inhibitorja dala visok signal in zelo malo signala, ko je bil prisoten inhibitor. Taka cepitvena mesta so bila na neohranjenih regijah ribocima in na regijah, ki so dostopna topilu [1].<br /> <br /> <br /> ==Detekcija vhodnih signalov RNA==<br /> V naslednjem koraku so morali napravo spremeniti tako, da je zaznala vhodni signal. To deluje na principu, da usmerjevalni RNA na fragmentih ribocima tvorita bazne pare s tarčno RNA. Ti tarčni zaporedji na vhodnem signalu RNA, morata biti blizu skupaj, da prideta fragmenta ribocima ob vezavi dovolj blizu, da lahko tvorita aktiven ribocim. Delovanje so testirali na sedmih različicah ribocima, ki so imela različno cepitveno mesto in so tvorila 163 baznih parov s tarčno sintetično RNA. Najboljša naprava je dala 93-kratno povečanje izhodnega signala ob prisotnosti vhodnega signala – to je bila različica, ki je imela cepitveno mesto na začetku ribocima [1].<br /> <br /> Nato pa so še želeli določiti, kolikšna je optimalna dolžina usmerjevalnih RNA. Pomagali so si tudi z modelom, ki upošteva strukturo in prosto energijo vseh RNA, ki nastopajo v reakciji, torej dveh usmerjevalnih in ene tarčne RNA. Upošteva prosto energijo začetnega stanje, ko je vsaka RNA posebej, in hibridnega stanja, ko se usmerjevalni povežeta s tarčno RNA. Predpostavili so, da hibridizacija spodbudi nastanek kompleksa in izrezovanje ribocima. Ugotovili so, da je bolje, če je več baznih parov hibridiziranih, torej če je daljše zaporedje usmerjevalne RNA oziroma če je zaporedje bolj komplementarno [1].<br /> <br /> ==Razvoj modularne naprave==<br /> Uspeli so torej narediti napravo RENDR, ki je ob prisotnosti sintetične RNA dala izhodni signal v obliki proteina GFP, ki so ga zaznali z merjenjem fluorescence. Cilj pa je bila naprava, ki jo lahko enostavno prilagodiš na svoj poskus, torej da jo prilagodiš na drugačen vhodni signal in da lahko spremeniš tudi izhodni signal (da ni edina možnost GFP). V ta namen so zapis za ribocim prestavili med zaporedje za RBS in kodirajoče zaporedje izhodnega signala in tako omogočili enostavno spreminjanje izhodnega signala. Uspešnost naprave z različnimi izhodnimi signali so potrdili s tremi poskusi, kjer so z različnimi izhodnimi signali omogočili različen tip detekcije [1].<br /> <br /> Prvi primer je bila kolorimetrična detekcija, kjer so za izhodni signal vzeli kodirajoče zaporedje encima monooksigenaze s flavinom (FMO), ki katalizira pretvorbo indola v indoksil, ta pa se spontano pretvori v indigo barvilo. Celice E. coli, transformirane z zapisom za to napravo RENDR, so se v prisotnosti tarčne RNA kot vhodnega signala obarvale indigo, kar se je videlo s prostim očesom. Drugi primer je bila detekcija nastanka plina, kar so omogočili z encimom metil halid transferaza kot izhodnim signalom, ki pretvori S-adenozil metionin in bromid v CH3Br. Kot tretji primer pa so poskusili še z CRISPR interferenco, kjer so za izhodni signal uporabili neaktivni protein Cas9 (dCas9), ki na ravni transkripcije inhibira izražanje proteina GFP, ki je zapisan v genomu. Ob prisotnosti vhodnega signala so tako dobili manjši signal fluorescence. Z vsemi temi poskusi so dokazali, da lahko v napravi RENDR spreminjamo izhodne signale, ki nam omogočajo fluorescenčno, kolorimetrično in plinsko detekcijo oziroma lahko vplivamo tudi na regulacijo izražanja genov [1].<br /> <br /> Kot zadnje pa so še vzpostavili navodila, kako iz osnovne naprave spremeniti usmerjevalne RNA, da bodo prilagojene na vhodni signal. Uspešnost so dokazali s poskusi na treh različnih vhodnih signalih, pri čemer je bil izhodni signal GFP; to so bile mRNA rdečega fluorescenčnega proteina, katehol 2,3-dioksigenaze in proteina za rezistenco proti tetraciklinu [1].<br /> <br /> ==Ponazoritev delovanja naprave na primeru==<br /> Delovanje naprave RENDR so ponazorili na primeru, kjer so želeli kolorimetrično zaznati, če je v bakterijah E. coli prisoten gen za odpornost proti kanamicinu (kanR). Celice E. coli so transformirali s plazmidom RENDR, kjer so spremenili usmerjevalne RNA tako, da so bile komplementarne mRNA gena kanR, za izhodni signal pa so uporabili encim FMO. Obarvale so se samo celice, ki so imele prisoten gen kanR. S tem so dokazali, da lahko naprava RENDR zazna fenotip na nivoju mRNA [1].<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Čeprav že obstajajo podobni načini spremljanja vzorcev transkripcije, pa ima naprava RENDR prednosti v tem, da se lahko uporabi širok nabor izhodnih signalov, ki so lahko tudi nukleinske kisline, da je prenosljiva med različnimi gramnegativnimi bakterijami in da deluje v živih celicah. Poleg tega se predvideva, da bo naprava omogočala izvedbo genetskega programiranja le v določeni vrsti celic kot odgovor na fiziologijo ali fenotip celice. Čeprav za enkrat naprava deluje le v bakterijah, pa napovedujejo uporabo v sintezni biologiji sesalskih celic, v katerih bi lahko na primer izvedli genetski program kot odgovor na zaznavo biološkega označevalca bolezni [1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> <br /> [1] L. Gambill, A. Staubus, K. W. Mo, A. Ameruoso, in J. Chappell, „A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 543, feb. 2023.<br /> <br /> [2] S. Li, M. Z. Palo, X. Zhang, G. Pintilie, in K. Zhang, „Snapshots of the second-step self-splicing of Tetrahymena ribozyme revealed by cryo-EM“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 1294, mar. 2023.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Razcepljeni_ribocim,_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali&diff=21830 2023-04-16T20:09:07Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>Povzeto po članku [https://www.nature.com/articles/s41467-023-36073-3]<br /> <br /> ==Uvod==<br /> O stanju, v katerem se celica nahaja, nam veliko pove njen transkriptom, saj v sebi nosi ključne informacije o fiziologiji in fenotipu celice. Na osnovi prisotnosti določene RNA lahko torej sklepamo o določenem stanju celice in tako ločimo to stanje od drugih. S tehnikami, ki bi zaznale določeno RNA (vhodni signal) in jo bile sposobne pretvoriti v nek izhodni signal, bi lahko stanje celice povezali z neko želeno funkcijo oz. nekim biokemijskim procesom. To bi lahko bila osnova za terapevtike, ki bi postali učinkoviti le v bolezenskem stanju celice. Poleg tega pa bi nam taka tehnika omogočila, da bi stanje RNA v celicah pretvorili v biomolekulski reporter, kar bi nam omogočilo vpogled v časovne in prostorske vzorce izražanja genov. Zaznavanje RNA v primerjavi s proteini ima določene prednosti, kot na primer, da temelji na enostavnih interakcijah z Watson-Crickovimi baznimi pari in da lahko spremljamo tudi nekodirajoče RNA [1].<br /> <br /> Primer take tehnike je naprava RENDR oziroma zaznava RNA, omogočena z ribocimom (Ribozyme-ENabled Detection of RNA). Ta deluje na principu samoizrezovalnega introna tipa 1 oziroma ribocima, ki je razcepljen na dva fragmenta in ustavljen pred kodirajoče zaporedje reporterskega proteina. Ko je prisoten vhodni signal v obliki celične RNA, to omogoči nastanek funkcionalnega ribocima, zaradi česar pride do njegovega izrezovanja. S tem dobimo funkcionalno mRNA reporterja in posledično tudi reporterski protein, katerega prisotnost lahko spremljamo [1]. <br /> <br /> <br /> ==Izbira in optimizacija ribocima==<br /> Uporabili so ribocim iz enoceličnega migetalkarja Tetrahymena thermophila, ki je samoizrezovalni intron tipa 1 [1,2]. Ti katalizirajo svoje lastno izrezovanje iz prekurzorske RNA preko dveh zaporednih reakcij transesterifikacije, za začetek katerih pa potrebujejo eksogeni gvanozin, ki deluje kot nukleofil [2]. Zaporedje ribocima tvori sekundarne strukture, ki se nato zvijejo v vijačne strukture in tvorijo definirano 3D zvijte. Sestavlja ga ohranjena jedrna regija iz vijačnih domen P4-P6 in P3-P7 [1,2].<br /> <br /> Kot prvi korak pri izdelavi naprave RENDR so naredili poskus, kjer so dokazali delovanje ribocima. Celice Escherichia coli so transformirali s konstruktom, ki je nosil zapis za zeleni fluorescenčni protein (GFP), znotraj katerega je bil ustavljen zapis za ribocim. S tem je bila onemogočena translacija in je do fluorescence prišlo samo zato, ker se je ribocim izrezal iz mRNA [1].<br /> <br /> Vendar pa so za delovanje RENDR potrebovali cepljen ribocim na dva fragmenta, ki bosta tvorila aktiven kompleks le v primeru, da se vežeta na vhodni signal RNA. Morali so torej poiskati taka mesta cepitve, ki so v odsotnosti vhodnega signala preprečevala tvorbo kompleksa, med tem ko so jo v prisotnosti vhodnega signala favorizirala. Ker je bilo možnih 419 cepitvenih mest, so pripravili knjižnico različic cepljenega ribocima s pomočjo transpozonov. Da so ugotovili, katera različica je primerna, so na konec enega in začetek drugega fragmenta ribocima dodali komplementarni usmerjevalni RNA, kar je ponazorilo vezavo na vhodni signal RNA. Za ponazoritev odsotnosti vhodnega signala pa so naredili inhibitor v obliki komplementarnega zaporedja ene od usmerjevalnih RNA, zapis za katerega je bil pod inducibilnim promotorjem. Ustreznost cepitvenih mest so spremljali tako, da so celice E. coli transformirali z zapisi za različice ribocimov in zapisom za inhibitor ter fluorescenco izhodnega signala spremljali z ločevalnikom fluorescenčno označenih celic (FACS). Ustrezna cepitvena mesta so torej bila tista, ki so v odsotnosti inhibitorja dala visok signal in zelo malo signala, ko je bil prisoten inhibitor. Taka cepitvena mesta so bila na neohranjenih regijah ribocima in na regijah, ki so dostopna topilu [1].<br /> <br /> <br /> ==Detekcija vhodnih signalov RNA==<br /> V naslednjem koraku so morali napravo spremeniti tako, da je zaznala vhodni signal. To deluje na principu, da usmerjevalni RNA na fragmentih ribocima tvorita bazne pare s tarčno RNA. Ti tarčni zaporedji na vhodnem signalu RNA, morata biti blizu skupaj, da prideta fragmenta ribocima ob vezavi dovolj blizu, da lahko tvorita aktiven ribocim. Delovanje so testirali na sedmih različicah ribocima, ki so imela različno cepitveno mesto in so tvorila 163 baznih parov s tarčno sintetično RNA. Najboljša naprava je dala 93-kratno povečanje izhodnega signala ob prisotnosti vhodnega signala – to je bila različica, ki je imela cepitveno mesto na začetku ribocima [1].<br /> <br /> Nato pa so še želeli določiti, kolikšna je optimalna dolžina usmerjevalnih RNA. Pomagali so si tudi z modelom, ki upošteva strukturo in prosto energijo vseh RNA, ki nastopajo v reakciji, torej dveh usmerjevalnih in ene tarčne RNA. Upošteva prosto energijo začetnega stanje, ko je vsaka RNA posebej, in hibridnega stanja, ko se usmerjevalni povežeta s tarčno RNA. Predpostavili so, da hibridizacija spodbudi nastanek kompleksa in izrezovanje ribocima. Ugotovili so, da je bolje, če je več baznih parov hibridiziranih, torej če je daljše zaporedje usmerjevalne RNA oziroma če je zaporedje bolj komplementarno [1].<br /> <br /> ==Razvoj modularne naprave==<br /> Uspeli so torej narediti napravo RENDR, ki je ob prisotnosti sintetične RNA dala izhodni signal v obliki proteina GFP, ki so ga zaznali z merjenjem fluorescence. Cilj pa je bila naprava, ki jo lahko enostavno prilagodiš na svoj poskus, torej da jo prilagodiš na drugačen vhodni signal in da lahko spremeniš tudi izhodni signal (da ni edina možnost GFP). V ta namen so zapis za ribocim prestavili med zaporedje za RBS in kodirajoče zaporedje izhodnega signala in tako omogočili enostavno spreminjanje izhodnega signala. Uspešnost naprave z različnimi izhodnimi signali so potrdili s tremi poskusi, kjer so z različnimi izhodnimi signali omogočili različen tip detekcije [1].<br /> <br /> Prvi primer je bila kolorimetrična detekcija, kjer so za izhodni signal vzeli kodirajoče zaporedje encima monooksigenaze s flavinom (FMO), ki katalizira pretvorbo indola v indoksil, ta pa se spontano pretvori v indigo barvilo. Celice E. coli, transformirane z zapisom za to napravo RENDR, so se v prisotnosti tarčne RNA kot vhodnega signala obarvale indigo, kar se je videlo s prostim očesom. Drugi primer je bila detekcija nastanka plina, kar so omogočili z encimom metil halid transferaza kot izhodnim signalom, ki pretvori S-adenozil metionin in bromid v CH3Br. Kot tretji primer pa so poskusili še z CRISPR interferenco, kjer so za izhodni signal uporabili neaktivni protein Cas9 (dCas9), ki na ravni transkripcije inhibira izražanje proteina GFP, ki je zapisan v genomu. Ob prisotnosti vhodnega signala so tako dobili manjši signal fluorescence. Z vsemi temi poskusi so dokazali, da lahko v napravi RENDR spreminjamo izhodne signale, ki nam omogočajo fluorescenčno, kolorimetrično in plinsko detekcijo oziroma lahko vplivamo tudi na regulacijo izražanja genov [1].<br /> <br /> Kot zadnje pa so še vzpostavili navodila, kako iz osnovne naprave spremeniti usmerjevalne RNA, da bodo prilagojene na vhodni signal. Uspešnost so dokazali s poskusi na treh različnih vhodnih signalih, pri čemer je bil izhodni signal GFP; to so bile mRNA rdečega fluorescenčnega proteina, katehol 2,3-dioksigenaze in proteina za rezistenco proti tetraciklinu [1].<br /> <br /> ==Ponazoritev delovanja naprave na primeru==<br /> Delovanje naprave RENDR so ponazorili na primeru, kjer so želeli kolorimetrično zaznati, če je v bakterijah E. coli prisoten gen za odpornost proti kanamicinu (kanR). Celice E. coli so transformirali s plazmidom RENDR, kjer so spremenili usmerjevalne RNA tako, da so bile komplementarne mRNA gena kanR, za izhodni signal pa so uporabili encim FMO. Obarvale so se samo celice, ki so imele prisoten gen kanR. S tem so dokazali, da lahko naprava RENDR zazna fenotip na nivoju mRNA [1].<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Čeprav že obstajajo podobni načini spremljanja vzorcev transkripcije, pa ima naprava RENDR prednosti v tem, da se lahko uporabi širok nabor izhodnih signalov, ki so lahko tudi nukleinske kisline, da je prenosljiva med različnimi gramnegativnimi bakterijami in da deluje v živih celicah. Poleg tega se predvideva, da bo naprava omogočala izvedbo genetskega programiranja le v določeni vrsti celic kot odgovor na fiziologijo ali fenotip celice. Čeprav za enkrat naprava deluje le v bakterijah, pa napovedujejo uporabo v sintezni biologiji sesalskih celic, v katerih bi lahko na primer izvedli genetski program kot odgovor na zaznavo biološkega označevalca bolezni [1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> <br /> [1] L. Gambill, A. Staubus, K. W. Mo, A. Ameruoso, in J. Chappell, „A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 543, feb. 2023.<br /> <br /> [2] S. Li, M. Z. Palo, X. Zhang, G. Pintilie, in K. Zhang, „Snapshots of the second-step self-splicing of Tetrahymena ribozyme revealed by cryo-EM“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 1294, mar. 2023.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Razcepljeni_ribocim,_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali&diff=21829 2023-04-16T20:08:41Z

<p>Ajdabeltram: New page: Povzeto po članku [https://www.nature.com/articles/s41467-023-36073-3] ==Uvod== O stanju, v katerem se celica nahaja, nam veliko pove njen transkriptom, saj v sebi nosi ključne informac...</p> <hr /> <div>Povzeto po članku [https://www.nature.com/articles/s41467-023-36073-3]<br /> <br /> ==Uvod==<br /> O stanju, v katerem se celica nahaja, nam veliko pove njen transkriptom, saj v sebi nosi ključne informacije o fiziologiji in fenotipu celice. Na osnovi prisotnosti določene RNA lahko torej sklepamo o določenem stanju celice in tako ločimo to stanje od drugih. S tehnikami, ki bi zaznale določeno RNA (vhodni signal) in jo bile sposobne pretvoriti v nek izhodni signal, bi lahko stanje celice povezali z neko želeno funkcijo oz. nekim biokemijskim procesom. To bi lahko bila osnova za terapevtike, ki bi postali učinkoviti le v bolezenskem stanju celice. Poleg tega pa bi nam taka tehnika omogočila, da bi stanje RNA v celicah pretvorili v biomolekulski reporter, kar bi nam omogočilo vpogled v časovne in prostorske vzorce izražanja genov. Zaznavanje RNA v primerjavi s proteini ima določene prednosti, kot na primer, da temelji na enostavnih interakcijah z Watson-Crickovimi baznimi pari in da lahko spremljamo tudi nekodirajoče RNA [1].<br /> <br /> Primer take tehnike je naprava RENDR oziroma zaznava RNA, omogočena z ribocimom (Ribozyme-ENabled Detection of RNA). Ta deluje na principu samoizrezovalnega introna tipa 1 oziroma ribocima, ki je razcepljen na dva fragmenta in ustavljen pred kodirajoče zaporedje reporterskega proteina. Ko je prisoten vhodni signal v obliki celične RNA, to omogoči nastanek funkcionalnega ribocima, zaradi česar pride do njegovega izrezovanja. S tem dobimo funkcionalno mRNA reporterja in posledično tudi reporterski protein, katerega prisotnost lahko spremljamo [1]. <br /> <br /> <br /> ==Izbira in optimizacija ribocima==<br /> Uporabili so ribocim iz enoceličnega migetalkarja Tetrahymena thermophila, ki je samoizrezovalni intron tipa 1 [1,2]. Ti katalizirajo svoje lastno izrezovanje iz prekurzorske RNA preko dveh zaporednih reakcij transesterifikacije, za začetek katerih pa potrebujejo eksogeni gvanozin, ki deluje kot nukleofil [2]. Zaporedje ribocima tvori sekundarne strukture, ki se nato zvijejo v vijačne strukture in tvorijo definirano 3D zvijte. Sestavlja ga ohranjena jedrna regija iz vijačnih domen P4-P6 in P3-P7 [1,2].<br /> <br /> Kot prvi korak pri izdelavi naprave RENDR so naredili poskus, kjer so dokazali delovanje ribocima. Celice Escherichia coli so transformirali s konstruktom, ki je nosil zapis za zeleni fluorescenčni protein (GFP), znotraj katerega je bil ustavljen zapis za ribocim. S tem je bila onemogočena translacija in je do fluorescence prišlo samo zato, ker se je ribocim izrezal iz mRNA [1].<br /> <br /> Vendar pa so za delovanje RENDR potrebovali cepljen ribocim na dva fragmenta, ki bosta tvorila aktiven kompleks le v primeru, da se vežeta na vhodni signal RNA. Morali so torej poiskati taka mesta cepitve, ki so v odsotnosti vhodnega signala preprečevala tvorbo kompleksa, med tem ko so jo v prisotnosti vhodnega signala favorizirala. Ker je bilo možnih 419 cepitvenih mest, so pripravili knjižnico različic cepljenega ribocima s pomočjo transpozonov. Da so ugotovili, katera različica je primerna, so na konec enega in začetek drugega fragmenta ribocima dodali komplementarni usmerjevalni RNA, kar je ponazorilo vezavo na vhodni signal RNA. Za ponazoritev odsotnosti vhodnega signala pa so naredili inhibitor v obliki komplementarnega zaporedja ene od usmerjevalnih RNA, zapis za katerega je bil pod inducibilnim promotorjem. Ustreznost cepitvenih mest so spremljali tako, da so celice E. coli transformirali z zapisi za različice ribocimov in zapisom za inhibitor ter fluorescenco izhodnega signala spremljali z ločevalnikom fluorescenčno označenih celic (FACS). Ustrezna cepitvena mesta so torej bila tista, ki so v odsotnosti inhibitorja dala visok signal in zelo malo signala, ko je bil prisoten inhibitor. Taka cepitvena mesta so bila na neohranjenih regijah ribocima in na regijah, ki so dostopna topilu [1].<br /> <br /> <br /> ==Detekcija vhodnih signalov RNA==<br /> V naslednjem koraku so morali napravo spremeniti tako, da je zaznala vhodni signal. To deluje na principu, da usmerjevalni RNA na fragmentih ribocima tvorita bazne pare s tarčno RNA. Ti tarčni zaporedji na vhodnem signalu RNA, morata biti blizu skupaj, da prideta fragmenta ribocima ob vezavi dovolj blizu, da lahko tvorita aktiven ribocim. Delovanje so testirali na sedmih različicah ribocima, ki so imela različno cepitveno mesto in so tvorila 163 baznih parov s tarčno sintetično RNA. Najboljša naprava je dala 93-kratno povečanje izhodnega signala ob prisotnosti vhodnega signala – to je bila različica, ki je imela cepitveno mesto na začetku ribocima [1].<br /> <br /> Nato pa so še želeli določiti, kolikšna je optimalna dolžina usmerjevalnih RNA. Pomagali so si tudi z modelom, ki upošteva strukturo in prosto energijo vseh RNA, ki nastopajo v reakciji, torej dveh usmerjevalnih in ene tarčne RNA. Upošteva prosto energijo začetnega stanje, ko je vsaka RNA posebej, in hibridnega stanja, ko se usmerjevalni povežeta s tarčno RNA. Predpostavili so, da hibridizacija spodbudi nastanek kompleksa in izrezovanje ribocima. Ugotovili so, da je bolje, če je več baznih parov hibridiziranih, torej če je daljše zaporedje usmerjevalne RNA oziroma če je zaporedje bolj komplementarno [1].<br /> <br /> ==Razvoj modularne naprave==<br /> Uspeli so torej narediti napravo RENDR, ki je ob prisotnosti sintetične RNA dala izhodni signal v obliki proteina GFP, ki so ga zaznali z merjenjem fluorescence. Cilj pa je bila naprava, ki jo lahko enostavno prilagodiš na svoj poskus, torej da jo prilagodiš na drugačen vhodni signal in da lahko spremeniš tudi izhodni signal (da ni edina možnost GFP). V ta namen so zapis za ribocim prestavili med zaporedje za RBS in kodirajoče zaporedje izhodnega signala in tako omogočili enostavno spreminjanje izhodnega signala. Uspešnost naprave z različnimi izhodnimi signali so potrdili s tremi poskusi, kjer so z različnimi izhodnimi signali omogočili različen tip detekcije [1].<br /> <br /> Prvi primer je bila kolorimetrična detekcija, kjer so za izhodni signal vzeli kodirajoče zaporedje encima monooksigenaze s flavinom (FMO), ki katalizira pretvorbo indola v indoksil, ta pa se spontano pretvori v indigo barvilo. Celice E. coli, transformirane z zapisom za to napravo RENDR, so se v prisotnosti tarčne RNA kot vhodnega signala obarvale indigo, kar se je videlo s prostim očesom. Drugi primer je bila detekcija nastanka plina, kar so omogočili z encimom metil halid transferaza kot izhodnim signalom, ki pretvori S-adenozil metionin in bromid v CH3Br. Kot tretji primer pa so poskusili še z CRISPR interferenco, kjer so za izhodni signal uporabili neaktivni protein Cas9 (dCas9), ki na ravni transkripcije inhibira izražanje proteina GFP, ki je zapisan v genomu. Ob prisotnosti vhodnega signala so tako dobili manjši signal fluorescence. Z vsemi temi poskusi so dokazali, da lahko v napravi RENDR spreminjamo izhodne signale, ki nam omogočajo fluorescenčno, kolorimetrično in plinsko detekcijo oziroma lahko vplivamo tudi na regulacijo izražanja genov [1].<br /> <br /> Kot zadnje pa so še vzpostavili navodila, kako iz osnovne naprave spremeniti usmerjevalne RNA, da bodo prilagojene na vhodni signal. Uspešnost so dokazali s poskusi na treh različnih vhodnih signalih, pri čemer je bil izhodni signal GFP; to so bile mRNA rdečega fluorescenčnega proteina, katehol 2,3-dioksigenaze in proteina za rezistenco proti tetraciklinu [1].<br /> <br /> <br /> ==Ponazoritev delovanja naprave na primeru==<br /> Delovanje naprave RENDR so ponazorili na primeru, kjer so želeli kolorimetrično zaznati, če je v bakterijah E. coli prisoten gen za odpornost proti kanamicinu (kanR). Celice E. coli so transformirali s plazmidom RENDR, kjer so spremenili usmerjevalne RNA tako, da so bile komplementarne mRNA gena kanR, za izhodni signal pa so uporabili encim FMO. Obarvale so se samo celice, ki so imele prisoten gen kanR. S tem so dokazali, da lahko naprava RENDR zazna fenotip na nivoju mRNA [1].<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Čeprav že obstajajo podobni načini spremljanja vzorcev transkripcije, pa ima naprava RENDR prednosti v tem, da se lahko uporabi širok nabor izhodnih signalov, ki so lahko tudi nukleinske kisline, da je prenosljiva med različnimi gramnegativnimi bakterijami in da deluje v živih celicah. Poleg tega se predvideva, da bo naprava omogočala izvedbo genetskega programiranja le v določeni vrsti celic kot odgovor na fiziologijo ali fenotip celice. Čeprav za enkrat naprava deluje le v bakterijah, pa napovedujejo uporabo v sintezni biologiji sesalskih celic, v katerih bi lahko na primer izvedli genetski program kot odgovor na zaznavo biološkega označevalca bolezni [1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> <br /> [1] L. Gambill, A. Staubus, K. W. Mo, A. Ameruoso, in J. Chappell, „A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 543, feb. 2023.<br /> <br /> [2] S. Li, M. Z. Palo, X. Zhang, G. Pintilie, in K. Zhang, „Snapshots of the second-step self-splicing of Tetrahymena ribozyme revealed by cryo-EM“, Nat Commun, let. 14, št. 1, str. 1294, mar. 2023.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19040 2021-05-12T12:06:41Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo koronavirusov in njihovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNRNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> <br /> ==='''Mutacije'''===<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> ==='''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''===<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> ==='''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''===<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> *''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> *''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS-CoV-2 genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS-CoV-2. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> *Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> *Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> *Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> *Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> *Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19016 2021-05-12T10:49:29Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>*'''Ajda Beltram''': Uvod, Rna-interferenca, Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2, Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR<br /> <br /> *'''Jan Bregar''': Uvod, Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa (Mutacije, Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost, Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju)</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19015 2021-05-12T10:48:41Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo koronavirusov in njihovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> <br /> ==='''Mutacije'''===<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> ==='''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''===<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> ==='''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''===<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> *''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> *''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS-CoV-2 genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS-CoV-2. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> *Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> *Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> *Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> *Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> *Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19014 2021-05-12T10:48:05Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo koronavirusov in njihovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> <br /> ==='''Mutacije'''===<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> '''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> '''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> *''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> *''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS-CoV-2 genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS-CoV-2. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> *Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> *Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> *Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> *Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> *Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19012 2021-05-12T10:46:28Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo koronavirusov in njihovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> <br /> '''Mutacije'''<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> '''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> '''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> *''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> *''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS-CoV-2 genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS-CoV-2. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> *Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> *Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> *Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> *Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> *Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19011 2021-05-12T10:45:07Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo virusa in njegovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> <br /> '''Mutacije'''<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> '''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> '''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> *''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> *''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS-CoV-2 genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS-CoV-2. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> *Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> *Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> *Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> *Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> *Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19009 2021-05-12T10:44:38Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo virusa in njegovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> <br /> '''Mutacije'''<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> '''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> '''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> ''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> ''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS-CoV-2 genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS-CoV-2. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> *Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> *Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> *Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> *Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> *Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19008 2021-05-12T10:43:54Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo virusa in njegovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> <br /> == '''Mutacije''' ==<br /> <br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> '''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> '''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> ''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> ''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS-CoV-2 genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS-CoV-2. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> *Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> *Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> *Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> *Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> *Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19007 2021-05-12T10:40:18Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo virusa in njegovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> '''Mutacije'''<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> '''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> '''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> ''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> ''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS-CoV-2 genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS-CoV-2. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> *Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> *Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> *Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> *Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> *Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19006 2021-05-12T10:39:47Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo virusa in njegovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> '''Mutacije'''<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> '''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> '''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> ''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> ''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS-CoV-2 genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS-CoV-2. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> #Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> #Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> #Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> #Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> #Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularna_biologija_koronavirusov&diff=19005 2021-05-12T10:37:44Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2020/21 obravnavajo sorazmerno ozko področje koronavirusov, vendar je to glede na pandemijo virusa SARS-CoV-2 zelo aktualna tema in zato smiselna, da jo podrobneje obdelamo. Za seminarje sem določil 15 poglavij, ki temeljijo na vsaj enem preglednem članku, objavljenem od leta 2015 naprej. Ti članki naj vam bodo izhodišče za pripravo, dopolnite pa jih z novejšimi podatki, predvsem glede povzročitelja bolezni kovid-19.<br /> <br /> Vsako poglavje obdelajo praviloma trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja v obsegu 1200-1500 besed in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200 besed), ki ste jih uporabili. <br /> <br /> Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.<br /> <br /> Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-22 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov! Glede vsebine predstavitve se posvetujte s kolegi, ki bodo predstavljali sorodna poglavja, tako da bo čim manj prekrivanj.<br /> <br /> Seminarji se bodo začeli 4.5.2021 po razporedu, ki bo objavljen v spletni učilnici. <br /> <br /> Vsebina seminarjev je izpitna snov. Odgovori na vprašanja iz snovi seminarjev predstavljajo ~10 % končnih točk izpita (2-3 vprašanja od ~30). <br /> <br /> Poglavja za seminarje so:<br /> # Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/)<br /> # Molekularni vidiki koronavirusov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32661197/)<br /> # Način pakiranja RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31505321/)<br /> # Struktura in funkcija končnih zaporedij koronavirusne genomske RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25736566/)<br /> # Struktura genoma in replikacija RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31967327/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32833200/)<br /> # Kontinuirna in diskontinuirna sinteza RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26958916/)<br /> # Vloga gostiteljskih faktorjev pri replikaciji koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28643204/)<br /> # Natančnost replikacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21593585/)<br /> # Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26847650/)<br /> # Translacijski procesi pri sintezi koronavirusnih proteinov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22535777/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712623/)<br /> # Odgovor na stres in uravnavanje translacije pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27384577/)<br /> # Nekodirajoče RNA in SARS-koronavirusi ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7761185/)<br /> # Vloga nestrukturnega proteina 1 pri izražanju genov ob okužbi s koronavirusom (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25432065/<br /> # Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29307596/)<br /> # Mehanizem fuzije koronavirusne membrane kot tarča za protivirusna zdravila (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32272173/)<br /> ----<br /> <br /> Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja, tako kot je prikazano pri izmišljenem ničtem seminarju. <br /> Seminarje bomo izvedli v enakem vrstnem redu, kot so navedeni zgoraj.<br /> <br /> 0. Analiza koronavirusov v Gallusovi dvorani Cankarjevega doma (Jasna Briški, Timi Pegan, Sanja Todorović)&lt;br&gt;<br /> <br /> # [[Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija]] (Nikola Janakievski, Stefanija Ivanova) &lt;br&gt;<br /> # [[Molekularni vidiki koronavirusov]] (Neža Leskovar, Iva Matić, Anja Moškrič) &lt;br&gt;<br /> # [[Način pakiranja RNA pri koronavirusih]] (Timotej Sotosek, Erik Putar, Eva Vene) &lt;br&gt;<br /> # [[Struktura in funkcija končnih zaporedij koronavirusne genomske RNA]] (Špela Kladnik, Nika Malečkar, Eva Kanalec)<br /> # [[Struktura genoma in replikacija RNA pri koronavirusih]] (Luka Šegota, Maruša Sernc, Luka Stanković)<br /> # [[Kontinuirna in diskontinuirna sinteza RNA pri koronavirusih]] (Jakob Tomšič, Ana Pervanja, Zala Perko)<br /> # [[Vloga gostiteljskih faktorjev pri replikaciji koronavirusne RNA]] (Nika Bedrač, Tinkara Božič, Maja Kobal) &lt;br&gt;<br /> # Natančnost replikacije koronavirusne RNA (Evgen Kozole, David Verdel, Petra Sintič)<br /> # [[Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA]] (Nika Perko, Gregor Strniša, Nika Tomsič)<br /> # [[Translacijski procesi pri sintezi koronavirusnih proteinov]] (Bor Krajnik, Aljaž Simonič, Luka Hafner)<br /> # Odgovor na stres in uravnavanje translacije pri koronavirusih (Aleksandra Rauter, Nika Banovšek, Laura Unuk, Katharina Carola Pavlin)<br /> # [[Nekodirajoče RNA in SARS-koronavirusi]] (Jan Bregar, Ajda Beltram)<br /> # Vloga nestrukturnega proteina 1 pri izražanju genov ob okužbi s koronavirusom (Srna Anastasovska, Mateja Milosevic)<br /> # Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru (Veronika Bračič, Ela Bizjak, Rebeka Jerina)<br /> # Mehanizem fuzije koronavirusne membrane kot tarča za protivirusna zdravila (Manca Pirc, Vid Dobrovoljc, Rahela Repina)<br /> <br /> <br /> Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na tem, drugem, seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: &lt;nowiki&gt;[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;&lt;br&gt;. Zgornji seznam bo po zaključku seminarjev izbrisan. Vire boste navedli na koncu vsakega povzetka, zato za serijo seminarjev ne bodo več pomembni.<br /> <br /> Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).<br /> <br /> #[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19004 2021-05-12T10:36:21Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo virusa in njegovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> '''Mutacije'''<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> '''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> '''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> ''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> ''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> *Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> *Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> *Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> *Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> *Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19003 2021-05-12T10:34:54Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div><br /> ==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo virusa in njegovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> '''Mutacije'''<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> '''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> '''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> ''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> ''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> 1. Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> 2. Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> 3. Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> 4. Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> 5. Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19002 2021-05-12T10:34:35Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>Nekodirajoče RNA in SARS-koronavirusi<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo virusa in njegovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> '''Mutacije'''<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> '''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> '''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> ''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> ''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> 1. Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> 2. Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> 3. Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> 4. Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> 5. Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=19000 2021-05-12T10:32:52Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>Nekodirajoče RNA in SARS-koronavirusi<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo virusa in njegovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> '''Mutacije'''<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> '''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> '''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> ''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> ''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> 1. Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> 2. Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> 3. Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> 4. Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> 5. Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> &lt;nowiki&gt;[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;&lt;br&gt;</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=18999 2021-05-12T10:31:15Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>'''Ajda Beltram''': Uvod, Rna-interferenca, Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2, Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR<br /> <br /> '''Jan Bregar''': Uvod, Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=18998 2021-05-12T10:31:00Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>''Ajda Beltram'': Uvod, Rna-interferenca, Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2, Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR<br /> <br /> '''Jan Bregar''': Uvod, Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=18997 2021-05-12T10:30:34Z

<p>Ajdabeltram: New page: Ajda Beltram: Uvod, Rna-interferenca, Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2, Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR Jan Bregar: Uvod, Faktorji, ki vplivajo na patogenos...</p> <hr /> <div>Ajda Beltram: Uvod, Rna-interferenca, Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2, Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR<br /> Jan Bregar: Uvod, Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nekodirajo%C4%8De_RNA_in_SARS-koronavirusi&diff=18996 2021-05-12T10:28:47Z

<p>Ajdabeltram: New page: Nekodirajoče RNA in SARS-koronavirusi ==Uvod== Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo virusa in njegovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotoč...</p> <hr /> <div>Nekodirajoče RNA in SARS-koronavirusi<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Veliko je bilo povedanega o tem, kako določeni proteini vplivajo na replikacijo virusa in njegovo uspešnost. Tokrat pa se bomo osredotočili na vlogo nekaterih nekodirajočih RNA molekul, ki na različne načine vplivajo na replikacijo in širitev virusa. <br /> ==RNA-interferenca==<br /> Nekodirajoče RNA so molekule RNA, ki se prepišejo iz DNA, a se ne prevedejo v protein. Mednje spadajo tudi mikro RNA (miRNA, enojna veriga RNA, 19-25 nukleotidov), in male interferenčne RNA (siRNA, dvojna veriga RNA, 20-27 nukleotidov), ki imajo pomembno vlogo pri procesu RNA-interferenca (RNAi) [miRNA]. <br /> <br /> RNAi je mehanizem imunskega sistema, kjer kompleks RISC (z RNA spodbujeni kompleks za utišanje (genov)) z vezano zrelo miRNA ali siRNA, ki deluje kot matrica, onemogoči translacijo tarčne mRNA. To se lahko zgodi na dva načina, ki sta odvisna od stopnje komplementarnosti med miRNA/siRNA in tarčno mRNA. Če sta si zaporedji popolnoma komplementarni (kar je pri siRNA in redko pri miRNA), pride do cepitve in posledično razgradnje mRNA. Ko pa si zaporedji nista popolnoma komplementarni, kar se zgodi v večini primerov miRNA, pride do inhibicije translacije ali tudi pospešitve razgradnje mRNA. <br /> <br /> Ugotovili so, da se ljudje proti koronavirusom, poleg imunskega odgovora z interferoni, branimo tudi z omenjeno RNA-interferenco, natančneje s kompleksi RISC z miRNA, ki se vežejo večinoma na vezavna mesta na 3' in 5' neprevedenih regijah (UTR) virusnega genoma ali mRNA virusnih proteinov. <br /> <br /> ==Človeške miRNA, ki se vežejo na genom SARS-CoV-2==<br /> <br /> Skupina raziskovalcev je in silico odkrila deset človeških miRNA, ki imajo potencialna vezavna mesta na genomu SARS-CoV-2 in se izražajo v tarčnih celicah virusa. Na treh vezavnih mestih so se že pojavile mutacije, zaradi katerih se miRNA ne morejo več vezati. Iz tega lahko sklepamo, da je virus, ki z mutacijo onemogoči vezavo neke miRNA, uspešnejši in ima zato evolucijsko prednost. <br /> <br /> ==Izogibanje delovanja RNA-interference na UTR==<br /> <br /> Virusi se hočejo izogniti gostiteljevem uničenju in eden od načinov je, da uporabijo gostiteljeve RNA vezavne proteine (RBP), ki se lahko vežejo na 3' ali 5' UTR regijo in stabilizirajo virusno RNA/mRNA ali pa onemogočijo vezavo miRNA. Podrobneje si bomo pogledali nekaj primerov za genom SARS-CoV-2 in določene miRNA in RBP. <br /> <br /> Prvi primer je del na 3' UTR, ki je vezavno mesto za miR-34b-5p in tudi za RNA vezavni protein RBMS3. Na tem mestu do zdaj ni bilo najdene mutacije, zato gre očitno za tekmovanje med obema molekula, kjer pa je najverjetneje uspešnejši RBMS3 in prepreči vezavo miRNA. Drugi primer je del na 3' UTR, kjer je bilo vezavno mesto za miR-9-5p in protein HNHNPA1, vendar je mutacija onemogočila vezavo miRNA, na vezavo proteina pa ni vplivala. <br /> <br /> Še en način, s katerim si je virus z mutacijo povečal možnost replikacije, je, da se je ustvarilo vezavno mesto za RBP, ki ga pred mutacijo ni bilo. Primer tega je del na 5' UTR, kjer je z zamenjavo nukleotida na mestu 241 prišlo do nastanka vezavnega mesta za protein TARDBP, ki olajša translacijo. <br /> <br /> Torej mutacije na delih UTR imajo lahko vpliv na fitnes virusa, saj lahko spremenijo ali naredijo nova vezavna mesta za RBP ali miRNA, kjer nastanek novega vezavnega mesta za miRNA gostitelja pomeni povečanje uspešnosti RNAi in oslabljeno replikacijo virusa, medtem ko nastanek vezavnega mesta za RBP poveča uspešnost replikacije virusa.<br /> <br /> ==Faktorji, ki vplivajo na patogenost virusa==<br /> <br /> '''Mutacije'''<br /> <br /> Mutacije v virusnem genomu imajo ključno vlogo pri patogenosti, npr. lahko se spremeni sekundarna struktura RNA, nastanejo nova vezavna mesta za miRNA itd. Mutacije ne smejo biti škodljive, sicer se virus ne bi širil in se ta mutacija ne bi ohranila. Virusi lahko z mutacijami izgubijo vezavno mesto za miRNA (miR-197-5p). Tako se lahko tak virus izogne imunskemu odgovoru. SARS-CoV-2 ima sicer eksonukleazo nsp14 v RDRP kompleksu, kar zmanjšuje pogostost mutacij. <br /> <br /> '''Vpliv gostiteljevega izražanja miRNA na patogenost'''<br /> <br /> Poleg celičnih proteinov vplivajo na dovzetnost za okužbo tudi vzorci izražanja miRNA. Vsi najpomembnejši proteini za invazijo celice (ACE2, TMPRSS2 in ADAM17, furin) so do neke mere pod vplivom miRNA-jev. Pri starejših pacientih so opazili nizek nivo izražanja miRNA, kar korelira s povišanim tveganjem za hujši potek bolezni.<br /> <br /> Za lizin specifična demetilaza 5B (JARID1B) negativno deluje na delovanje miRNA, ki vplivajo na ACE2 in TMPRSS2. Ta dva proteina se brez JARID1B ne moreta prepisovati. Odkrili so, da celice človeškega respiratornega epitelija te 3 proteine izražajo v veliki meri. Nekatere miRNA (npr. Let-7a-g/i) regulirajo hormoni (v tem primeru estradiol). Poleg tega so odkrili, da vse miRNA-je let-7 družine negativno regulirajo androgeni – to bi lahko bil razlog, zakaj je potek Covid-19 malo hujši pri moških osebkih. Na nekatere miRNA vplivajo lahko tudi nekateri vitamini, npr. na miR-145 pozitivno vpliva vitamin D, kar lahko razloži hujši potek bolezni ob pomanjkanju vitamina D. <br /> <br /> '''Virusna indukcija sprememb transkriptoma pri gostitelju'''<br /> <br /> Med okužbo se v celici zaradi imunskega odgovora malo spremenijo vzorci izražanja, vključno z izražanjem miRNA in lnc RNA. Poleg tega lahko virus vpliva na izražanje miRNA z vezavo ali uničenjem, kar olajša razmnoževanje in širitev virusa. Virus pa lahko sintetizira svoje miRNA, ki zavirajo gostiteljev imunski odgovor in poveča svojo patogenost. Virus tudi spremeni vzorce izražanja siRNA in si lahko ustvari siRNA-je, nekatere protivirusne, nekatere pa so za virus koristne.<br /> <br /> ''Virusna indukcija sprememb izražanja miRNA''<br /> <br /> Ugotovili so, da bi nekatere miRNA-je lahko uporabili kot biomarkerje za diagnozo nekaterih bolezni, lahko pa tudi za potek. Poleg tega bi lahko usmerili določene miRNA-je proti inhibitorjem vnetnih citokinov, kjer bi z vezavo na inhibitorje inaktivirali in bi tako spodbudili delovanje proinflamatornih citokinov.<br /> <br /> ''Izražanje virusnih miRNA, ki so podobne človeškim''<br /> <br /> Virusi lahko miRNA izražajo sami, s čimer lahko onesposobijo imunski odziv in/ali ustvarijo okolje, ugodno za virus. Odkrili so 7 zaporedij v SARS genomu, ki so identična miRNA pri človeku. Več teh je povezanih s TGF-β signalno potjo, nekaj pa jih sodeluje pri glikozilaciji proteinov. miR-8066 vpliva na glikozilacijo proteina bodice, ki je pomembna pri vstopu virusa v celico. miR-3934-3p povezujejo s sintezo heparan sulfata, ki kot del proteoglikanov deluje kot vezavno mesto za SARS. Poleg tega pa sodeluje pri asimilaciji vitaminov, kar lahko vpliva na potek bolezni, saj je pomanjkanje vitamina D povezano s hujšim potekom Covid-19. <br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> 1. Henzinger H, Barth D, Klec C, Pichler M. Non-Coding RNAs and SARS-Related Coronaviruses. Viruses. 2020;12: 1374. doi:10.3390/v12121374<br /> <br /> 2. Ipsaro JJ, Joshua-Tor L. From guide to target: molecular insights into eukaryotic RNA-interference machinery. Nat Struct Mol Biol. 2015;22: 20–28. doi:10.1038/nsmb.2931<br /> <br /> 3. Mukherjee M, Goswami S. Global cataloguing of variations in untranslated regions of viral genome and prediction of key host RNA binding protein-microRNA interactions modulating genome stability in SARS-CoV-2. Preiss T, editor. PLoS ONE. 2020;15: e0237559. doi:10.1371/journal.pone.0237559<br /> <br /> 4. Hosseini Rad SM A, McLellan AD. Implications of SARS-CoV-2 Mutations for Genomic RNA Structure and Host microRNA Targeting. IJMS. 2020;21: 4807. doi:10.3390/ijms21134807<br /> <br /> 5. Arisan ED, Dart A, Grant GH, Arisan S, Cuhadaroglu S, Lange S, et al. The Prediction of miRNAs in SARS-CoV-2 Genomes: hsa-miR Databases Identify 7 Key miRs Linked to Host Responses and Virus Pathogenicity-Related KEGG Pathways Significant for Comorbidities. Viruses. 2020;12: 614. doi:10.3390/v12060614<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularna_biologija_koronavirusov&diff=18995 2021-05-12T10:13:36Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2020/21 obravnavajo sorazmerno ozko področje koronavirusov, vendar je to glede na pandemijo virusa SARS-CoV-2 zelo aktualna tema in zato smiselna, da jo podrobneje obdelamo. Za seminarje sem določil 15 poglavij, ki temeljijo na vsaj enem preglednem članku, objavljenem od leta 2015 naprej. Ti članki naj vam bodo izhodišče za pripravo, dopolnite pa jih z novejšimi podatki, predvsem glede povzročitelja bolezni kovid-19.<br /> <br /> Vsako poglavje obdelajo praviloma trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja v obsegu 1200-1500 besed in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200 besed), ki ste jih uporabili. <br /> <br /> Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.<br /> <br /> Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-22 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov! Glede vsebine predstavitve se posvetujte s kolegi, ki bodo predstavljali sorodna poglavja, tako da bo čim manj prekrivanj.<br /> <br /> Seminarji se bodo začeli 4.5.2021 po razporedu, ki bo objavljen v spletni učilnici. <br /> <br /> Vsebina seminarjev je izpitna snov. Odgovori na vprašanja iz snovi seminarjev predstavljajo ~10 % končnih točk izpita (2-3 vprašanja od ~30). <br /> <br /> Poglavja za seminarje so:<br /> # Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/)<br /> # Molekularni vidiki koronavirusov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32661197/)<br /> # Način pakiranja RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31505321/)<br /> # Struktura in funkcija končnih zaporedij koronavirusne genomske RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25736566/)<br /> # Struktura genoma in replikacija RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31967327/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32833200/)<br /> # Kontinuirna in diskontinuirna sinteza RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26958916/)<br /> # Vloga gostiteljskih faktorjev pri replikaciji koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28643204/)<br /> # Natančnost replikacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21593585/)<br /> # Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26847650/)<br /> # Translacijski procesi pri sintezi koronavirusnih proteinov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22535777/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712623/)<br /> # Odgovor na stres in uravnavanje translacije pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27384577/)<br /> # Nekodirajoče RNA in SARS-koronavirusi ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7761185/)<br /> # Vloga nestrukturnega proteina 1 pri izražanju genov ob okužbi s koronavirusom (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25432065/<br /> # Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29307596/)<br /> # Mehanizem fuzije koronavirusne membrane kot tarča za protivirusna zdravila (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32272173/)<br /> ----<br /> <br /> Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja, tako kot je prikazano pri izmišljenem ničtem seminarju. <br /> Seminarje bomo izvedli v enakem vrstnem redu, kot so navedeni zgoraj.<br /> <br /> 0. Analiza koronavirusov v Gallusovi dvorani Cankarjevega doma (Jasna Briški, Timi Pegan, Sanja Todorović)&lt;br&gt;<br /> <br /> # [[Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija]] (Nikola Janakievski, Stefanija Ivanova) &lt;br&gt;<br /> # [[Molekularni vidiki koronavirusov]] (Neža Leskovar, Iva Matić, Anja Moškrič) &lt;br&gt;<br /> # [[Način pakiranja RNA pri koronavirusih]] (Timotej Sotosek, Erik Putar, Eva Vene) &lt;br&gt;<br /> # [[Struktura in funkcija končnih zaporedij koronavirusne genomske RNA]] (Špela Kladnik, Nika Malečkar, Eva Kanalec)<br /> # [[Struktura genoma in replikacija RNA pri koronavirusih]] (Luka Šegota, Maruša Sernc, Luka Stanković)<br /> # [[Kontinuirna in diskontinuirna sinteza RNA pri koronavirusih]] (Jakob Tomšič, Ana Pervanja, Zala Perko)<br /> # [[Vloga gostiteljskih faktorjev pri replikaciji koronavirusne RNA]] (Nika Bedrač, Tinkara Božič, Maja Kobal) &lt;br&gt;<br /> # Natančnost replikacije koronavirusne RNA (Evgen Kozole, David Verdel, Petra Sintič)<br /> # [[Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA]] (Nika Perko, Gregor Strniša, Nika Tomsič)<br /> # Translacijski procesi pri sintezi koronavirusnih proteinov (Bor Krajnik, Aljaž Simonič, Luka Hafner)<br /> # Odgovor na stres in uravnavanje translacije pri koronavirusih (Aleksandra Rauter, Nika Banovšek, Laura Unuk, Katharina Carola Pavlin)<br /> # Nekodirajoče RNA in SARS-koronavirusi (Jan Bregar, Ajda Beltram) &lt;br&gt;<br /> # Vloga nestrukturnega proteina 1 pri izražanju genov ob okužbi s koronavirusom (Srna Anastasovska, Mateja Milosevic)<br /> # Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru (Veronika Bračič, Ela Bizjak, Rebeka Jerina)<br /> # Mehanizem fuzije koronavirusne membrane kot tarča za protivirusna zdravila (Manca Pirc, Vid Dobrovoljc, Rahela Repina)<br /> <br /> <br /> Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na tem, drugem, seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: &lt;nowiki&gt;[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;&lt;br&gt;. Zgornji seznam bo po zaključku seminarjev izbrisan. Vire boste navedli na koncu vsakega povzetka, zato za serijo seminarjev ne bodo več pomembni.<br /> <br /> Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).<br /> <br /> #[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2020&diff=17633 2020-10-16T23:04:59Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21<br /> <br /> <br /> Jan Bregar - Protein retinoblastoma<br /> <br /> Protein retinoblastoma (pRb) je eden ključnih proteinov, ki regulirajo celični cikel in njegova inaktivacija lahko povzroči različna bolezenska stanja. Ta protein regulira ključni prehod iz G1 v S fazo celičnega cikla s pomočjo interakcij z družino E2F, ki je vrsta transkripcijskih faktorjev celičnega cikla. Retinoblastoma protein (pRb) nadzoruje tudi izstop celice iz celičnega cikla. Njeno aktivnost regulira več mehanizmov, ki zaznavajo znotraj- in zunajcelične signale, ki blokirajo ali dovoljujejo fosforilacijo. pRb fosforilirajo od ciklina odvisne kinaze (Cdk-ji) in s tem protein Rb bodisi inaktivirajo ali pa rahlo spremenijo njegove lastnosti, protein pa vseeno ohrani svojo funkcijo. Odkrili so tudi, da pRb regulira apoptozo s pomočjo enakih interakcij s transkripcijskimi faktorji E2F. To, da je pRb vpleten pri apoptozi, popolno dopolnjuje pRb kot pomemben določevalec usode celice. Med trajanjem celičenga cikla je pRb inaktiviran, kar povzroči, da je celica bolj občutljiva na apoptotske stimuluse. Regulacijo apoptoze lahko onesposobijo nekateri virusi, ki s svojimi onkoproteini povzročijo napake v delovanju proteina Rb, kar lahko predstavlja tveganje za organizem. pRb – E2F kompleksi imajo pomembno vlogo pri regulaciji transkripcije genov, ki so vključeni v diferenciaciji in razvoju.<br /> <br /> -JB<br /> <br /> Ajda Beltram - Struktura in dinamika signalnih komplekov GPCR<br /> <br /> Receptorji sklopljeni z G-proteinom (GPCR) so transmembranski proteini, ki kot odgovor na ligande regulirajo veliko signalnih poti preko heterotrimernih G-proteinov ali pa preko fosforilacije receptorja s kinazo GRK in arestinov. Vendar ti proteini ne obstajajo le v aktivirani ali neaktivirani obliki, pač pa imajo veliko konformacijskih stanj, ki vsaka sproži svojo signalno pot. Mene je zanimala podrobna razlaga konformacijskih sprememb, ki se zgodijo med prenosom signala. Za aktivacijo G-proteinov je potrebna zamenjava GDP z GTP, kjer igra ključno vlogo razcep domen podenote α G-proteina in destabilizacija vezavnega mesta za nukleotid na Ras-domeni podenote α, kar so posledice konformacijskih sprememb, ki jih povzroči vezava na receptor. Različni ligandi, ki se vežejo na receptorje, pa lahko vplivajo tudi na afiniteto G-proteina do GDP. Kompleksi receptor-G-protein, ki nastanejo z vezavo popolnih agonistov, imajo manjšo afiniteto do GDP, kot tisti, ki so nastali z vezavo delnih agonistov. Pri arestinih pa so prav tako prišli do novega spoznanja. Aktivacija arestinov je večinoma prikazana kot proces iz dveh delov in sicer vezave na fosforiliran C-rep receptorja in nato vezave na jedro receptorja, vendar pa so odkrili, da lahko obe vezavi posebej aktivirata arestin. To nakazuje na to, da verjetno obstaja veliko različnih kompleksov arestina in receptorja, ki regulirajo vsak svojo signalno pot.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2020&diff=17632 2020-10-16T22:02:03Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21<br /> <br /> <br /> Jan Bregar - Protein retinoblastoma<br /> <br /> Protein retinoblastoma (pRb) je eden ključnih proteinov, ki regulirajo celični cikel in njegova inaktivacija lahko povzroči različna bolezenska stanja. Ta protein regulira ključni prehod iz G1 v S fazo celičnega cikla s pomočjo interakcij z družino E2F, ki je vrsta transkripcijskih faktorjev celičnega cikla. Retinoblastoma protein (pRb) nadzoruje tudi izstop celice iz celičnega cikla. Njeno aktivnost regulira več mehanizmov, ki zaznavajo znotraj- in zunajcelične signale, ki blokirajo ali dovoljujejo fosforilacijo. pRb fosforilirajo od ciklina odvisne kinaze (Cdk-ji) in s tem protein Rb bodisi inaktivirajo ali pa rahlo spremenijo njegove lastnosti, protein pa vseeno ohrani svojo funkcijo. Odkrili so tudi, da pRb regulira apoptozo s pomočjo enakih interakcij s transkripcijskimi faktorji E2F. To, da je pRb vpleten pri apoptozi, popolno dopolnjuje pRb kot pomemben določevalec usode celice. Med trajanjem celičenga cikla je pRb inaktiviran, kar povzroči, da je celica bolj občutljiva na apoptotske stimuluse. Regulacijo apoptoze lahko onesposobijo nekateri virusi, ki s svojimi onkoproteini povzročijo napake v delovanju proteina Rb, kar lahko predstavlja tveganje za organizem. pRb – E2F kompleksi imajo pomembno vlogo pri regulaciji transkripcije genov, ki so vključeni v diferenciaciji in razvoju.<br /> <br /> -JB<br /> <br /> Ajda Beltram - Struktura in dinamika signalnih komplekov GPCR<br /> <br /> Receptorji sklopljeni z G-proteinom (GPCR) so transmembranski proteini, ki kot odgovor na ligande regulirajo veliko signalnih poti preko heterotrimernih G-proteinov, fosforilacije receptorja s kinazo GRK ali pa preko arestinov. Prenos signala iz receptorja na primarne prenašalce je zelo kompleksen in še ne popolnoma odkrit proces, ki pa nam bi morda pomagal tudi pri razvoju potrebnih zdravil. V tem seminarju si podrobneje ogledamo konformacijske spremembe receptorja, G-proteinov in arestinov, ki so ključne za prenos signala in celični odgovor nanj.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2020&diff=17631 2020-10-16T22:01:42Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21<br /> <br /> <br /> Jan Bregar - Protein retinoblastoma<br /> <br /> Protein retinoblastoma (pRb) je eden ključnih proteinov, ki regulirajo celični cikel in njegova inaktivacija lahko povzroči različna bolezenska stanja. Ta protein regulira ključni prehod iz G1 v S fazo celičnega cikla s pomočjo interakcij z družino E2F, ki je vrsta transkripcijskih faktorjev celičnega cikla. Retinoblastoma protein (pRb) nadzoruje tudi izstop celice iz celičnega cikla. Njeno aktivnost regulira več mehanizmov, ki zaznavajo znotraj- in zunajcelične signale, ki blokirajo ali dovoljujejo fosforilacijo. pRb fosforilirajo od ciklina odvisne kinaze (Cdk-ji) in s tem protein Rb bodisi inaktivirajo ali pa rahlo spremenijo njegove lastnosti, protein pa vseeno ohrani svojo funkcijo. Odkrili so tudi, da pRb regulira apoptozo s pomočjo enakih interakcij s transkripcijskimi faktorji E2F. To, da je pRb vpleten pri apoptozi, popolno dopolnjuje pRb kot pomemben določevalec usode celice. Med trajanjem celičenga cikla je pRb inaktiviran, kar povzroči, da je celica bolj občutljiva na apoptotske stimuluse. Regulacijo apoptoze lahko onesposobijo nekateri virusi, ki s svojimi onkoproteini povzročijo napake v delovanju proteina Rb, kar lahko predstavlja tveganje za organizem. pRb – E2F kompleksi imajo pomembno vlogo pri regulaciji transkripcije genov, ki so vključeni v diferenciaciji in razvoju.<br /> <br /> Ajda Beltram - Struktura in dinamika signalnih komplekov GPCR<br /> <br /> Receptorji sklopljeni z G-proteinom (GPCR) so transmembranski proteini, ki kot odgovor na ligande regulirajo veliko signalnih poti preko heterotrimernih G-proteinov, fosforilacije receptorja s kinazo GRK ali pa preko arestinov. Prenos signala iz receptorja na primarne prenašalce je zelo kompleksen in še ne popolnoma odkrit proces, ki pa nam bi morda pomagal tudi pri razvoju potrebnih zdravil. V tem seminarju si podrobneje ogledamo konformacijske spremembe receptorja, G-proteinov in arestinov, ki so ključne za prenos signala in celični odgovor nanj. <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> -JB</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2020&diff=17630 2020-10-16T22:00:59Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21<br /> <br /> <br /> Jan Bregar - Protein retinoblastoma<br /> <br /> Protein retinoblastoma (pRb) je eden ključnih proteinov, ki regulirajo celični cikel in njegova inaktivacija lahko povzroči različna bolezenska stanja. Ta protein regulira ključni prehod iz G1 v S fazo celičnega cikla s pomočjo interakcij z družino E2F, ki je vrsta transkripcijskih faktorjev celičnega cikla. Retinoblastoma protein (pRb) nadzoruje tudi izstop celice iz celičnega cikla. Njeno aktivnost regulira več mehanizmov, ki zaznavajo znotraj- in zunajcelične signale, ki blokirajo ali dovoljujejo fosforilacijo. pRb fosforilirajo od ciklina odvisne kinaze (Cdk-ji) in s tem protein Rb bodisi inaktivirajo ali pa rahlo spremenijo njegove lastnosti, protein pa vseeno ohrani svojo funkcijo. Odkrili so tudi, da pRb regulira apoptozo s pomočjo enakih interakcij s transkripcijskimi faktorji E2F. To, da je pRb vpleten pri apoptozi, popolno dopolnjuje pRb kot pomemben določevalec usode celice. Med trajanjem celičenga cikla je pRb inaktiviran, kar povzroči, da je celica bolj občutljiva na apoptotske stimuluse. Regulacijo apoptoze lahko onesposobijo nekateri virusi, ki s svojimi onkoproteini povzročijo napake v delovanju proteina Rb, kar lahko predstavlja tveganje za organizem. pRb – E2F kompleksi imajo pomembno vlogo pri regulaciji transkripcije genov, ki so vključeni v diferenciaciji in razvoju.<br /> Ajda Beltram - STRUKTURA IN DINAMIKA SIGNALNIH KOMPLEKSOV GPCR<br /> POVZETEK<br /> <br /> Receptorji sklopljeni z G-proteinom (GPCR) so transmembranski proteini, ki kot odgovor na ligande regulirajo veliko signalnih poti preko heterotrimernih G-proteinov, fosforilacije receptorja s kinazo GRK ali pa preko arestinov. Prenos signala iz receptorja na primarne prenašalce je zelo kompleksen in še ne popolnoma odkrit proces, ki pa nam bi morda pomagal tudi pri razvoju potrebnih zdravil. V tem seminarju si podrobneje ogledamo konformacijske spremembe receptorja, G-proteinov in arestinov, ki so ključne za prenos signala in celični odgovor nanj. <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> -JB</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2020&diff=17624 2020-10-15T14:49:15Z

<p>Ajdabeltram: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Ajda Beltram||12||Zgradba in dinamika signalnih kompleksov GPCR||Luka Hafner||Tinkara Božič||16/10/20||19/10/20||21/10/20<br /> |-<br /> | Jan Bregar||12||||Nika Bedrač||Martin Stanonik||16/10/20||19/10/20||21/10/20<br /> |-<br /> | Anja Moškrič||12|| Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmiterjev||Srna Anastasovska||Luka Stanković||16/10/20||19/10/20||21/10/20<br /> |-<br /> | Gregor Strniša||12||||Manca Pirc||Ana Pervanja||23/10/20||26/10/20||28/10/20<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc||12||||Maruša Sernc||Nika Banovšek||23/10/20||26/10/20||28/10/20<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski||12||||Ajda Beltram||Aljaž Simonič||23/10/20||26/10/20||28/10/20<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina||12||||Jan Bregar||Luka Hafner||30/10/20||02/11/20||04/11/20<br /> |-<br /> | Eva Vene||12||Povezava vnetne bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1||Anja Moškrič||Nika Bedrač||30/10/20||02/11/20||04/11/20<br /> |-<br /> | Zala Perko||12||||Gregor Strniša||Srna Anastasovska||30/10/20||02/11/20||04/11/20<br /> |-<br /> | Erik Putar||14-15||||Nikola Janakievski||Manca Pirc||06/11/20||09/11/20||11/11/20<br /> |-<br /> | Iva Matić||14-15||||Rebeka Jerina||Maruša Sernc||06/11/20||09/11/20||11/11/20<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek||14-15||||Eva Vene||Ajda Beltram||06/11/20||09/11/20||11/11/20<br /> |-<br /> | Nika Tomsič||16||||Zala Perko||Jan Bregar||13/11/20||16/11/20||18/11/20<br /> |-<br /> | Andrej Špenko||16||||Erik Putar||Anja Moškrič||13/11/20||16/11/20||18/11/20<br /> |-<br /> | Aleksandra Rauter||16||||Iva Matić||Gregor Strniša||13/11/20||16/11/20||18/11/20<br /> |-<br /> | Laura Unuk||17||||Timotej Sotošek||Nikola Janakievski||20/11/20||23/11/20||25/11/20<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova||17||||Nika Tomsič||Rebeka Jerina||20/11/20||23/11/20||25/11/20<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič||17||||Andrej Špenko||Eva Vene||20/11/20||23/11/20||25/11/20<br /> |-<br /> | Neža Leskovar||18||||Aleksandra Rauter||Zala Perko||27/11/20||30/11/20||02/12/20<br /> |-<br /> | Luka Šegota||18||||Laura Unuk||Erik Putar||27/11/20||30/11/20||02/12/20<br /> |-<br /> | Nika Perko||18||||Stefanija Ivanova||Iva Matić||27/11/20||30/11/20||02/12/20<br /> |-<br /> | Ela Bizjak||19||||Jakob Tomšič||Timotej Sotošek||04/12/20||07/12/20||09/12/20<br /> |-<br /> | Bor Krajnik||19||||Neža Leskovar||Nika Tomsič||04/12/20||07/12/20||09/12/20<br /> |-<br /> | Maja Kobal||19||||Luka Šegota||Vid Dobrovoljc||04/12/20||07/12/20||09/12/20<br /> |-<br /> | Mateja Milošević||20||||Nika Perko||Andrej Špenko||11/12/20||14/12/20||16/12/20<br /> |-<br /> | Tinkara Božič||20||||Ela Bizjak||Aleksandra Rauter||11/12/20||14/12/20||16/12/20<br /> |-<br /> | Martin Stanonik||20||||Bor Krajnik||Laura Unuk||11/12/20||14/12/20||16/12/20<br /> |-<br /> | Luka Stanković||21||||Maja Kobal||Stefanija Ivanova||18/12/20||21/12/20||23/12/20<br /> |-<br /> | Ana Pervanja||21||||Mateja Milošević||Jakob Tomšič||18/12/20||21/12/20||23/12/20<br /> |-<br /> | Nika Banovšek||21||||Tinkara Božič||Neža Leskovar||18/12/20||21/12/20||23/12/20<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič||22||||Martin Stanonik||Luka Šegota||23/12/20||28/12/20||30/12/20<br /> |-<br /> | Luka Hafner||22||||Luka Stanković||Ana Žagar||23/12/20||28/12/20||30/12/20<br /> |-<br /> | Ana Žagar||22||||Vid Dobrovoljc||Nika Perko||23/12/20||28/12/20||30/12/20<br /> |-<br /> | Nika Bedrač||23||||Ana Pervanja||Ela Bizjak||30/12/20||04/01/21||06/01/21<br /> |-<br /> | Srna Anastasovska||23||||Nika Banovšek||Bor Krajnik||30/12/20||04/01/21||06/01/21<br /> |-<br /> | Manca Pirc||23||||Aljaž Simonič||Maja Kobal||30/12/20||04/01/21||06/01/21<br /> |-<br /> | Maruša Sernc||23||||Ana Žagar||Mateja Milošević||08/01/21||11/01/21||13/01/21<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim,da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2020|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020_Povzetki_seminarjev&diff=16364 2020-04-05T08:40:20Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>=== Jan Trebušak:Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti.===<br /> Alergije, ki jih pri ljudeh sproži vbod klopa so bile zaradi zakasnelih simptomov diagnosticirane šele pred kratkim, predstavljajo pa naraščujočo grožnjo javnemu zdravju. Sindrom alfa-gal je alergija, ki se lahko pojavi, ko gostitelj ob vbodu pride v stik z molekulami galaktoze-alfa-1,3-galaktoze iz klopove sline, to je krvni antigen, ki v klopa pride s pitjem krvi svojega gostitelja. V takih primerih postane oseba alergična na vse vrste mesa, ki vsebujejo omenjeni ogljikov hidrat t.j vse rdeče meso, razen meso višjih primatov in ljudi. Alergija na rdeče meso je ena izmed redkih alergij na hrano, ki lahko sproži hude kožne, gastrointestinalne in respiratorne reakcije, oziroma anafilakso, buren odziv telesa najverjetneje sprožijo specifična protitelesa IgE. Ker so mehanizmi po katerih pride do alergij na hrano slabo poznani, je bil cilj študije razviti mišji model alergijske senzitizacija ob dermalni izpostavitvi klopom, ki bi ga potencialno lahko uporabili za identifikacijo mehanizmov, ki nazdorujejo sprožitev IgE protiteles povezanih z boleznimi, ki jih prenašajo klop.<br /> <br /> === Sara Golob: Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni ===<br /> <br /> Pri Alzheimerjevi bolezni pride do padca kognitivnih funkcij, kot so spomin, govor, pozornost, učenje, itd. Razvije se zaradi različnih dejavnikov, ki so lahko dedni ali okoljski. Eden od okoljskih dejavnikov je okužba z virusom Herpes simpleks tip 1. Ta povzroči večje izražanje ε4 alela apolipoproteina E, ki povzroča nalaganje Tau proteina in amiloida beta, ki sestavljata senilne plake pri Alzheimerjevi bolezni. To povezavo so odkrili s protitelesi proti virusu Herpes simpleks tipa 1 ter preko lizosomske okvare, zaradi katere pride do nalaganja amiloida beta v možganih. Dokazana je bila tudi povezava med Alzheimerjevo boleznijo in drugimi boleznimi (epilepsija, demenca, shizofrenija, fibromialgija, demenca), pri katerih je opazna kognitivna disfunkcija. Pri bolnikih z epilepsijo so odkrili amiloidne plake, ki so značilni za Alzheimerjevo bolezen, zaradi česar je večja verjetnost, da oboleli za epilepsijo zbolijo še za Alzheimerjevo boleznijo in obratno. Herpes simpleks virus redko povzroča tudi akutni encefalitis, katerega posledica so epileptični napadi, izguba spomina in spremembe v vedenju. Zato znanstveniki menijo, da je povezava med epilepsijo in Alzheimerjevo boleznijo tudi v apolipoproteinu E.<br /> <br /> === Ena Kartal: Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije ===<br /> Čeprav je bila vzpostavljena povezava med kroničnim vnetjem in nevrodegenerativnimi boleznimi, je bilo veliko odprtih vprašanj v zvezi s tem, kako celično staranje, proces, pri katerem celice, ki se nehajo deliti pod stresom, izločijo mešanico vnetnih beljakovin, vplivajo na te patologije. Raziskovalci poročajo, da staranje v astrocitih, ki je najbolj razširjena vrsta celic v možganih, vodi do škodljive '' ekscitotoksičnosti '' na kortikalnih nevronih, ki so vključeni v spomin.In pri tem pride do Alzheimerjeve bolezni,ki je najpogostejši vzrok demence pri starejših, je nepopravljiva, napredujoča možganska motnja, ki ubija možganske celice in postopoma uničuje spomin.<br /> <br /> === Lenka Stanković: Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 ===<br /> <br /> Karakteristika raka je njegova sposobnost spodbujanja angiogeneze, oziroma tvorba novih krvnih žil. Angiogeneza prispeva k rasti in napredovanju tumorja z induciranjem in vzdrževanjem kislega / hipoksičnega in imunosupresivnega okolja. Krvne žile v rakih so pogosto nefunkcionalne in omejujejo promet s T-celicami. Odkritje angiogenih zaviralcev naj bi pripomoglo k zmanjšanju umrljivosti zaradi karcinomov. Tukaj prikazujemo, da imunoterapija proti CD40 poveča tumorsko infiltracijo CD8+T, vendar regresijo tumorja dosežemo močneje, če anti-CD40 kombinirano z dvojno blokado Ang2 in VEGFA. Kombinacija anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonističkih protiteles proti anti-CD40 omogoča zavrnitev tumorjev pri sintetičnih modelih tumorjev. Proučevali so odzive tumorjev na anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonistična protitelesa proti CD40 v različnih modelih mišjega raka. V raziskavi so pokazali, da kombinacija agonističnih protiteles CD40 z dvojno blokado VEGFA/Ang2 povečuje protitumorski odziv v modelnih raka miši s pomočjo sinergistične regulacije genov in indukcije imunskega permisivnega mikrookruženja tumorja, za katero je značilno provnetno (M1 podobno) aktivacijo makrofagov, vaskularno normalizacija ter izboljšanja infiltracije in prostorska lokalizacija efektorskih T-celic. T-celice pošljejo signale drugim vrstam imunskih celic, vključno s citotoksičnimi T celicami CD8+. Citotoksične T-celice, znane tudi kot CD8 + T-celice, izražajo svoje TCR, ki jih spremlja glikoprotein CD8. CD8 + T-celice so povezane z učinkovitim ubijanjem rakavih celic: med antigensko specifično aktivacijo afiniteta med CD8 glikoproteinom, izraženim s celico CD8 + T, in molekulo MHC razreda I, izraženo z rakavo celico, ohranja obe vrsti celic skupaj. Tesna vezava T celic in rakavih celic skozi kompleks CD8 / TCR in kompleks antigen / MHC-I povzroči, da celice CD8 + T izločajo perforin in grancime, kar vodi v lizo rakavih celic.<br /> <br /> === Nika Tomsič: Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije ===<br /> Po oceni World Health Organisation- World malaria report 2019 je v letu 2018 bilo 228 milijonov primerov malarije. Sladkor je glavni vir energije parazita, zato je razumevanje presnove sladkorjev pomembna tema, ki bi lahko predstavljala pomoč pri sestavljanju zdravil in izrivanju tega parazita. Glavna razlika v presnovi sladkorjev med parazitom in drugimi organizmi je prenašalec, ki sladkorje prenaša v celico. Za to je odgovoren šeskotni prenašalec PfHT1, ki je sposoben transportirati bodisi glukozo kot fruktozo. Strukturno pa je zelo podoben prenašalcem človeške celice GLUT. Prenašalec obsega 12 transmembranskih vijačnic, ki tvorijo osrednjo pot za vstop glukoze. Ključni del proteina pa predstavljajo izrastki ki delujejo kot receptorji za sladkorje. Sladkorne prenašalce še nadaljnjo stabilizirajo solne medcelične povezave. Druga velika razlika med PfHT1 in drugimi prenašalci je brez dvoma način odpiranja in zapiranja prenašalca, saj ni sestavljenen samo iz treh običajnih stanj (odprto navznoter, zaprto, odprto navznoter), temveč ga zaznamujejo še dve vmesni stanji (zaprto navznoter in zaprto navzven, angl. inward–occluded in outward-occluded). Nadaljnjo raziskovanje bi torej lahko omogočilo razvoja novih antimalaričnih zdravil, ki blokirajo uvoz sladkorja in zastrašujejo parazita do smrti oz. razvoja novih zaviralcev, ki so bolj specifični za blokiranje funkcije PfHT1, ne da bi pri tem vplivali na transport sladkorja v človeških celicah.<br /> <br /> === Maša Mencigar: Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem ===<br /> Apoptotske celice v telesu lahko nadzorujejo imunski sistem in preprečijo nezaželene imunske odzive na telesu lastna tkiva oziroma celice. Avtoimune bolezni so kronične, neozdravljive in predstavlajo velik zdravstven problem, saj bolniki trpijo, hkrati pa povzročajo velike stroške. Znanstveniki iz nemškega centra za raziskave rakavih bolezni (DKFZ - Deutsches Krebsforschungszentrum; angl: German Cancer Research Center) so našli receptor na imunskih celicah miši, ki aktivira ta zaščitni mehanizem in prepreči nevarne avtoimunske reakcije. Ta receptor se imenuje dektin-1, ki ima dvojno vlogo, saj veže beta-glukane in aksin proteine. Pomankanje dektina-1 vodi do simptomov avtoimunih bolezni šele proti koncu življenske dobe. Ključna pa je povezava med encimom NAHPH oksidazo-2 in dektinom-1, zato imajo ljudje, ki nimajo tega encima avtoimune bolezni.<br /> <br /> === Ema Kovačič: Izpostavljenost ploda materini mikrobioti ===<br /> Študija o prehodu materine mikrobiote skozi placento pri otrocih, ki so se rodili s carskim rezom prezgodaj in normalno. Mamam so vzeli brise iz različnih delov telesa, otrokom pa takoj po rojstvu vzorce iz ustne votline in mekonija. Imunski sistem pri otrocih se razvije že v prenatalnem obdobju. Našli so DNK nekaterih bakterij v posteljici, plodovnici in mekoniju, kar kaže, da se zarodek spopade z bakterijami že v prenatalnem obdobju. Odkritje bakterijskih zapisov v materničnem okolju nakazuje na koesistenco mehanizmov za kontorolo izpostavljenosti pri plodu in materini mikrobioti.<br /> <br /> === Zala Puklavec: Globoko učenje void do odkritja novih antibiotikov===<br /> Zaradi naglega pojava bakterij, ki so odporne na antibiotike, raste potreba po odkritju novih antibiotikov. Zato so naučili globoko nevronsko mrežo napovedati molekule, ki imajo antibakterijske lastnosti. S tem računalniškim modelom so odkrili, da ima halicin (c-Jun N-terminal kinase inhibitor SU3327) zelo močne antibakterijske lastnosti. Nadaljni eksperimenti so pokazali, da deluje na drugačen način kot večina antibiotikov. Za razliko od ostalih je halicin proti E.coli bakteriociden, ne le bakteriostatski. Testirali so ga tudi na bakterijah, za katere po mnenju Svetovne zdravstvene organizacije najnujneje potrebujemo neko obliko zdravljenja, in proti veliki večini je deloval zelo uspešno. Z daljšo izpostavljenostjo E.coli halicinu so poskušali izolirati mutantske celice, ki so razvile odpornost nanj, vendar jim ni uspelo, kar kaže na to, da te odpornosti ni možno ali pa se vsaj veliko težje razvije. Z še nekaj eksperimenti pa so prišli do zaključka, da halicin disipatira transmembranski pH potencial in najverjetneje veže Fe3+ pred pH disipacijo in povezavo z membrano.<br /> <br /> === Martin Stanonik: De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc===<br /> Odkrivamo vedno več proteinov, ki so nastali iz de novo genov. To pomeni, da so se kodirali iz nekodirajočih delov DNA, kar velja za redek proces. V laboratorijskih poskusih je preveliko izražanje teh nastajajočih genov omogočalo boljše delovanje celice v primerjavi z prevelikim izražanjem že vzpostavljenih genov in motenje tega procesa ni vplivalo na delovanje celice. za osebek so uporabili kvas, saj glive kvasovke vsebujejo najboljše lastnosti za izražanje genov.To prikazuje velik potencial, še posebej za timinsko bogate sekvence za izdelavo transmembranskih proteinov. Iz kombinacij različnih analiz je bil predlagan nov model genskega nastanka. Ta odkritja, bi lahko omogočala nov način izdelave polipeptidov, ki nastanejo iz teh, de novo, delov DNA.<br /> <br /> === Klara Kočman: Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 ===<br /> Koronavirusi so veliki, pozitivni RNA virusi. Okuženost z virusom lahko opazimo z značilni simptomi kot so vročina, kašelj in pomanjkanje zraka. Najnovejši tip koronavirusa, SARS-CoV-2, tudi 2019-nCoV, se je prvič pojavil 31. decembra 2019 v mestu Wuhan na Kitajskem. Transport virusa s človeka na človeka je pogost pri telesnih stikih z bolnikom. SARS-CoV-2 primerjajo z virusama MERS-CoV in SARS-CoV. Na podlagi celotne analize genoma in proteinov je virus bližje SARS­-CoV kot MERS-CoV, saj obstaja več kot 90% genetska podobnost s SARS-CoV, medtem kot je s MERS-CoV-jem neznatna. Genom virusa SARS-CoV-2 je sestavljen iz približno 30 kilobaz, ki jih kodira več strukturnih in nestrukturnih proteinov. S SARS-CoV si je podoben po dolžini genoma ter podobnem mehanizmu vstopa v celico ter uporabi celičnih receptorjev (ACE2). Glikoprotein ACE2 se nahaja na površini membrane in je pomemben za vezavo receptorjev gostiteljskih celic in gostitelja. Transmembranski proteini virusa se vežejo na človeško celico preko receptorjev ACE2 (encim za pretvorbo angiotenzina 2). Med 120 sekvencami virusa SARS-CoV-2 ni bila zanana niti ena mutacija, zato lahko s ciljenjem slednjih nudimo zaščito. Znanstveniki z opazovanjem odziva na protitelesa pri miših raziskujejo cepivo.<br /> <br /> ===Timotej Sotošek: Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje Vzhodni respiratorni sindrom koronavirusa===<br /> Zdravilo remdesivir (bolj natančno Remdesivir trifosfat) je preiskovalna spojina, ki je bilo sprva ustvarjeno za zdravit Ebolo. Ima širok spektrum protivirusnih aktivnosti proti RNA virusih kot na primer koronavirusi , Filovirusi,… Njegova tarča je multi-podenotni RNA sintezni kompleks znan pod imenom RNA-odvisna RNA polimeraza na katerem s pomočjo drugih proteinov poteka sinteza virusne RNA verige. Remdesivir je nukleotidni analog ATP-ja s katerim tekmuje za vezavo v nastajajočo se virusno RNA verigo po tem, ko je virus že okuži celico. V primeru, da se Remdesivir uspe vezat v virusno RNA verigo bo ta prenehala rast in tako postala ne uporabna. To pomeni, da je Remdesivir le inhibitor, ki upočasnjuje oz. preprečuje nadaljno širjenje virusa. Raziskave so preiskovale mehanizem inhibicije na virusu Srednje Vzhodni respiratorni sindrom(MERS-CoV) in ga primerjali kako je učinkovit v primerjavi inhibicije virusa Ebola, ter na splošno kako zelo je njegov mehanizem učinkovit. Ker sta si MERS-CoV in SARS-CoV-2 sorodna virusa bi lahko zdravilo Remdesivir pomagal ozdravit obolele z SARS-CoV-2 koronavirusom.<br /> <br /> ===Nika Perko: Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk===<br /> Komarji vrste Aedes aegypti so eni glavnih povzročiteljev bolezni kot so denga, rumena mrzlica, zika in čikungunja. Najdemo jih v tropskem in subtropskem pasu ter celo v Evropi. Znanstveniki Univerze Nove Mehike so poiskali način, kako preprečiti širitev omenjenih bolezni. Ustvarili so naraven insekticid, ki prepreči razvoj komarjev, ko so ti še v stopnji ličinke. Larvicid je sestavljen iz enostavnih komponent: eteričnega olja pomarančevca Citrus sinensis in gliv kvasovk vrste Saccharomyces cervevisiae. Sintetiziran je bil s postopkom enkapsulacije eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk. Med korake tega procesa so vpeljali še enega novega. Z njim so odstranili odvečno eterično olje, ki je ostalo na zunanji strani celic. To je bilo izredno pomembno, saj je odvečno olje delovalo kot repelent. Z različnimi analizami in primerjavami so ugotovili, da struktura celične stene, membrane in oljnih kapljic ostane po enkapsulaciji nespremenjena. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se kvasovke po enkapsulaciji niso mogle več razmnoževat. Testi efektivnosti so bili vzpodbudni, saj je bil larvicid učinkovit pri vseh ličinkah. Najbolj pa je bil učinkovit pri začetni razvojni stopnji ličink. Novi larvicid ima kar nekaj dobrih lastnosti: je naraven, ne more se nenadzorovano širit in tako škodit vodnemu okolju, izdelava je relativno poceni, je neškodljiv za ljudi, dolgo učinkuje…<br /> <br /> === Anja Moškrič: Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR-Cas tipa I ===<br /> Sistem CRISPR-Cas je imunski mehanizem, ki je značilen za veliko prokariontov in arhej. Gre za gruče enakomerno prekinjenih palindromskih ponovitev, ki nosijo zapis za obrambo proti vdoru tujega dednega materiala (virusov in plazmidov). Kratica Cas pa predstavlja s CRISPR povezane gene, ki kodirajo zapis za nekatere encime, ki cepijo DNA. CRISPR lokus je sestavljen iz ponavljajočih CRISPR genov, med katerimi so vmesniki. Na teh pa je shranjena kopija dela zapisa virusa oz. plazmida. S študijo so želeli izvedeti vpliv infekcije bakterije Pseudomonas aeruginosa, s temperiranim oziroma lizogenim bakteriofagom (DMS3), ki se v obliki profaga vključi v dedni material gostiteljske celice. Izbrana bakterijska vrsta vrši sistem CRISPR-Cas tipa I-F. Za primerjavo so za eksperimente uporabljali tudi nekatere mutirane vrste bakterij,ki so imele napako v CRISPR lokusu. Eksperimenti so pokazali, da ob infekciji z nemutiranimi bakteriofagi bakterije niso sposobne uspešno odstranit le-teh. Iz zbranih rezultatov so ugotovili, da je v tem primeru imunski mehanizem slabo prilagojen celicam, saj povzroča imunopatološki efekt (avtoimunost). Do tega pride zaradi nepopolnega ujemanja zapisa na CRISPR vmesnikih s profagi. Če bakteriofagi ne kodirajo zapisa za acr gene (anti-CRISPR geni, ki zatirajo omenjen mehanizem), lahko to privede do izgube sistema CRISPR-Cas skozi evolucijo. <br /> <br /> ===Maja Deutsch: Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline===<br /> Med vsemi mnogoceličarji in njihovimi mikrobiomi se pojavijo številne medsebojne kemične interakcije. Številne molekule, za katere je znano, da jih proizvaja mikrobiom, izrazito vplivajo na ravnovesje med zdravjem in boleznijo. Z uporabo masne spektrometrije in vizualizacije podatkov so bili ocenjeni učinki mikrobioma na celotno kemijo sesalca s primerjavo podatkov metabolomike pri aseptičnih miši in specifičnih-mikroorganizmov-prostih miši. Ugotovljeno je bilo, da mikrobiota vpliva na kemijo vseh organov. To je vključevalo aminokislinske konjugacije žolčnih kislin, ki so bile uporabljene za proizvodnjo fenilalanoholne kisline, tirozoholne kisline in levcoholne kisline, ki prej še niso bile identificirane, kljub obsežnim raziskavam kemije žolčnih kislin. Ti konjugati žolčne kisline so bili najdeni tudi pri ljudeh, vendar so bile bolj pogoste pri bolnikih z vnetnimi črevesnimi boleznmi, cistično fibrozo in pri dojenčkih. Te spojine so agonizirale farnezodini receptor X (FXR) in miši, ki so imele na novo odkrite kisline, so pokazale zmanjšano izražanje genov za sintezo žolčne kisline. Potrebne pa so nadaljnje raziskave, da se ugotovi, ali imajo te spojine fiziološko vlogo v sesalcih in ali prispevajo k črevesnim boleznim, ki so povezane z mikrobiomsko disbiozo.<br /> <br /> === Hana Glavnik: Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo ===<br /> Pri raziskovanju malarije so znanstveniki odkrili pojav, ki so ga poimenovali rozeta. Rozeta je skupek neokuženih rdečih krvnih celic, ki s pomočjo proteinov, ki jih sintetizira parazit obkolijo okuženo rdečo krvno celico. Parazit se tako zaščiti pred gostiteljevim imunskim sistemom, saj ga monocite tako obkoljenega težje zaznajo. Raziskovali so tvorjenje rozet pri različnih pogojih. Izoliranim parazitom so dodali različne vrste monocitov in opazovali njihovo reakcijo. S tem so odkrili tudi protein IGFBP7, ki inducira tvorjenje rozet, vendar le ob prisotnosti dodatnih serumskih faktorjev. Odkritje proteina IGFBP7 je vodilo v odkritje novega načina tvorjenja rozet, tako imenovanega tipa II, saj za razliko od prvotnega tipa I, ta ne poteče spontano. Nato so pod drobnogled vzeli tvorjenje rozet s proteinom IGFBP7. Z namenom, da bi lahko razložili ta pojav, so eritrocite zdravili z encimom Heparinaza in jih nato izpostavili pogojem, ugodnim za nastanek rozet ter opazovali dobljene rezultate. IGFBP7 opozori parazite na prihod monocitov, nato parazit ta protein uporabi kot most, ki se poveže še z dvema človeškima proteinoma na zdravem eritrocitu in tako pomaga pri tvorjenju.<br /> <br /> === Eva Ratajc: Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika ===<br /> Virus Zahodnega Nila (WNV) je glavni povzročitelj virusnega encefalitisa v Združenih državah Amerike. Tudi okužbe z virusom zika (ZIKV) povzročajo resne nevrološke bolezni in prirojene napake. Znano je, da ima pri sproženju imunskega odziva pomembno vlogo Z-DNA vezavni protein 1 (ZBP1). Z-DNA vezavni protein (ZBP1) je citoplazmatski DNA-senzor, ki služi kot receptor za prepoznavanje molekularnih vzorcev. Ob okužbi telesa z virusom zika in virusom Zahodnega Nila se poveča izražanje ZBP1 v mišjih možganih. Zaradi tega so raziskovalci želeli raziskati vlogo ZBP1 pri omejitvi patogeneze pri osebkih, okuženih z navedenima virusoma. Pri miših z izbitim genom za ZBP1 −/− so zaznali višjo stopnjo okužb in višjo smrtnost po okužbi tako s smrtonosno kot z nesmrtonosno obliko virusa Zahodnega Nila kot pri miših divjega tipa (WT). Raziskovalci so ugotovili, da ima ZBP1 ključno vlogo pri omejitvi patogeneze pri miših. ZBP1 prepreči širjenje okužbe WNV in ZIKV v primarnih mišjih celicah in je pomemben za preživetje osebkov z boleznimi, ki ju povzročata omenjena virusa. Pomanjkanje ZBP1 je povzročilo večje količine virusa v serumu in možganih pri ZBP1−/− miših v primerjavi z divjim tipom. Pri ZBP1−/− miših so zaznali tudi višje virusne titre, ki so jih povezali z znižanimi leveli protivirusnih citokinov in kemokinov.<br /> <br /> === Lana Kores: Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona ===<br /> Ionski kanalček TRPA1 (znan tudi kot wasabi receptor) je receptor za dražilce, ki povzročajo akutno bolečino in nevrogeno vnetje. Toksin za wasabi receptor WaTx je toksin avstralskega škorpijona, ki s pasivno difuzijo preide čez membrano celice in se nato veže na TRPA1. WaTx deluje na podoben način kot elektofilni dražilci receptorja, le da v nasprotju z njimi kanalčka ne odpre direktno, ampak le stabilizira njegovo odprto stanje in tako zmanjša prepustnost za Ca2+ ione. Koncentracija Ca2+ ionov je zato zadostna, da povzroči akutno bolečino, ne pa dovolj velika, da bi prišlo do nevrogenega vnetja, kot npr. pri elektrofilnem dražilcu AITC.<br /> <br /> === Eva Vene: Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo ===<br /> Neuspešnost cepiva ter dejstvo, da je, zaradi širjenja življenjskega prostora A. aegypti, ogroženih 50% svetovnega prebivalstva, je vodilo v nadaljnje raziskave, ki bi omogočile zaustavitev širjenja virusa z restrikcijo slednjega že v samih prenašalcih. Možnost za uspeh obetajo protitelesa s širokim spektrom nevtralizacije (ang. broadly neutralizing antibodies), saj so slednja uspešna proti antigensko različnim virusom. Zaenkrat tovrstna protitelesa kot možnost zatiranja širjenja bolezni še niso bila uporabljena proti katerikoli vrsti virusa, njihova upešnost pa se je pokazala pri drugi veji mikroorganizmov.<br /> Za raziskave so uporabili človeško protitelo 1C19, katerega uspešnost proti serotipom DENV je bila znana že iz prejšnjih let. V genom transgenih komarjev je bil dodan modificiran gen za scFv 1C19 (človeško protitelo, ki deluje proti DENV) in fluorescenčni označevalec, ki se sintetizira za protitelesom, tipa tdTomato. V komarje je bil določen serotip virusa vnešen z okuženo krvjo. Določili so dva možna izida okužbe: ponekod je DENV prosto prehajal čez srednje črevo – komarji so postali prenašalci virusa; v drugem primeru pa so izražena protitelesa nevtralizirala serotip virusa in s tem preprečila prenos okužbe naprej. <br /> <br /> === Nina Žgajnar: In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov ===<br /> Konvencionalne metode genskega inženirstva za reševanje zapletenih problemov se običajno osredotočajo na prilagajanje enega ali več genov. Sintezna biologija pa k tem težavam pristopa z novega vidika: ukvarja se z večjimi spremembami obstoječih celičnih struktur in z izgradnjo bolj zapletenih sistemov. Sinteza kemičnega sistema, ki je sposoben razmnoževanja in razvoja, je glavni cilj sintezne biologije. To bi lahko dosegli z in vitro rekonstrukcijo minimalno samozadostne centralne dogme. Znanstveniki so ustvarili sistem in vitro translacije, ki omogoča samostojno podvajanje in izražanje večjih genomov. Demonstrirali so samostojno podvojevanje genoma iz več kot 116 kilobaz, ki zajema celoten niz translacijskih faktorjev E. coli, vse tri ribosomske RNA, sistem za obnavljanje energije ter RNA in DNA polimeraze. Vzporedno z replikacijo DNA sistem omogoča sintezo vsaj 30 kodiranih translacijskih faktorjev, od katerih je polovica izražena v enakih ali večjih količinah od njihovih vhodnih nivojev. Vprašanje, kaj vse lahko dosežemo s samosestavljanjem kemijskih spojin, velja za eno izmed pomembnejših vprašanj v znanosti. Sintezna biologija tukaj postavlja nov cilj: sestaviti organizem izključno iz majhnih molekul. Potencialno bi tako lahko ustvarili organizme, ki bi čistili nevarne odpadke na nedostopnih mestih, rastline, ki bi zaznavale določene kemikalije in se nanje ustrezno odzvale, proizvedli čisto gorivo na učinkovit in trajnosten način ali prepoznavali in uničevali tumorje.<br /> <br /> === Jan Kogovšek: Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije ===<br /> Parazit Plasmodium falciparum je najpogostejši povzročitelj malarije pri ljudeh. S to boleznijo zboli več milijonov ljudi, umre pa jih približno 400 000 vsako leto. Antimalariki, ki so v uporabi, počasi izgubljajo svojo moč, kajti parazit je postal rezistenten na do sedaj najbolj učinkovito terapijo, imenovano artemisinin combination therapy (ATC). Znanstveniki so v ta namen odkrili tri nove zdravilne učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji plazmepsina IX in plazmepsina X, ki ju izloča Plasmodium. Odkrili so, da inhibitorji zavrejo izločanje dodatnih proteinov iz celic, ki parazitu omogočajo vstop v eritrocite. S testi so ugotovili, da WM4 in WM5, ki sta prva na novo odkrita inhibitorja, delujeta na isti princip, vendar ne vplivata na dozorevanje in širjenje oocist parazita. WM382, naknadno odkrit inhibitor, pa poleg istih mehanizmov, kot jih imata WM4 in WM5, deluje tudi na dozorevanje oocist v fazi rasti parazita v jetrih. Za vse tri učinkovine so tudi dokazali specifično delovanje na oba plazmepsina. S tem ko WM382 zavira rast in zorenje oocist parazita, se tudi zmanjša prenašanje parazita na komarje in možnost prenosa rezistence na že obstoječe antimalarike.<br /> <br /> === Kostadin Mitkov: Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ===<br /> Maintenance of protein homeostasis is essential for the cell viability and growth. The cells in the human body are constantly exposed to environmental stress factors, which tend to disturb that protein homeostasis maintenance. For the first time, research shows that the contacts between cells, known as cell adhesion, are essential for cells to survive stress and maintain protein homeostasis. Cell adhesion is relied on heat shock factors (HSFs). HSFs mediate their protective functions through diverse genetic programs, which are composed of genes encoding molecular chaperones and other genes crucial for cell survival. Scientists have found that HSF2 is critical for cell survival during prolonged proteotoxicity, and their RNA sequencing (RNA-seq) analyses revealed that cells that lack HSF2 have weakened viability which is not caused by inadequate induction of molecular chaperones but is due to marked downregulation of cadherin superfamily genes. They demonstrated that maintenance of cadherin-mediated cell-cell adhesion is dependent on HSF2 and it is also required for protection against stress induced by proteasome inhibition. This study identifies HSF2 as a key regulator of cadherin superfamily genes and defines cell-cell adhesion as a determinant of proteotoxic stress resistance. <br /> <br /> === Ajda Beltram: Identifikacija potencialnih komponent cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV ===<br /> Cilj te raziskave je pomoč pri izdelavi cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV, saj sta si virusa genetske zelo podobna. Dokazali so veliko podobnost med posameznimi strukturnimi proteini SARS-CoV-2 in SARS-CoV, ter nekoliko manjšo med SARS-CoV-2 in MERS-CoV. Primerjali so tudi eksperimentalno določene epitope celic T in B strukturnih proteinov (S in N) SARS-CoV s strukturnimi proteini SARS-CoV-2. Epitope celic T so dobili na podlagi pozitivnega odziva celic T na epitope ali pozitivne vezave MHC na epitope, epitope celic B pa s pozitivno vezavo celic B na epitope. Ugotovili so, da se 23 % epitopov celic T in 16 % epitopov celic B SARS-CoV popolnoma ujema s SARS-CoV-2 in so tudi brez mutacij. Velik potencial predstavljajo predvsem epitopi celic T, saj je bilo dokazano pri SARS-CoV, da omogočajo dolgotrajno zaščito. Pri celicah B pa imajo za sprožitev imunskega odziva s protitelesi za SARS-CoV-2 več potenciala linearni epitopi celic B podenote S2 proteina S, saj se jih veliko popolnoma ujema s SARS-CoV-2. Zaradi vsega tega so najverjetneje cepiva, ki spodbudijo odziv celic T, in cepiva, ki poskušajo izzvati protitelesa, ki se vežejo na linearne epitope podenote S2, efektivna in bi morala biti v prihodnje še bolj raziskana.<br /> <br /> Konec klepeta<br /> Napiši sporočilo ...</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020-seminar&diff=16363 2020-04-05T08:39:31Z

<p>Ajdabeltram: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> {| border=&quot;1&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3<br /> |-<br /> | Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković<br /> |-<br /> | Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar<br /> |-<br /> | Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner<br /> |-<br /> | Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj<br /> |-<br /> | Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina<br /> |-<br /> | Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko<br /> |-<br /> | Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar<br /> |-<br /> | Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak<br /> |-<br /> | Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič<br /> |-<br /> | Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal<br /> |-<br /> | Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa|| || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić<br /> |-<br /> | Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski<br /> |-<br /> | Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska<br /> |-<br /> | Eva Ratajc || Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik<br /> |-<br /> | Lana Kores || Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar<br /> |-<br /> | Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković<br /> |-<br /> | Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal<br /> |-<br /> | Erika Rihter || Mikrobiomska analiza krvi in tkiv kot pristop k diagnosticiranju rakavih obolenj || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311123302.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič<br /> |-<br /> | Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič<br /> |-<br /> | Eva Vene ||Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob<br /> |-<br /> | Ajda Beltram || Identifikacija potencialnih komponent cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec<br /> |-<br /> | Jan Trebušak ||Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti.||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190820130938.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik<br /> |-<br /> | Jan Bregar || Prehodno neintegrativno izražanje reprogramirnih faktorjev v jedru spodbuja večplastno izboljšanje starih človeških celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324090007.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič<br /> |-<br /> | Gregor Strniša || Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200211103721.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar<br /> |-<br /> | Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić<br /> |-<br /> | Nadja Dolničar || || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30229-4?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420302294%3Fshowall%3Dtrue || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko<br /> |-<br /> | Tina Javeršek || || https://www.nature.com/articles/s41598-020-59636-6 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik<br /> |-<br /> | Tinkara Božič ||Atomske strukture zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkrivajo transportni mehanizem gripe tipa B ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman<br /> |-<br /> | Kostadin Mitkov ||Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116112548.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik<br /> |-<br /> | Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović<br /> |-<br /> | Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova || New defensive behaviour of the false coral snake || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200323085220.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc<br /> |-<br /> | Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores<br /> |-<br /> | Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek<br /> |-<br /> | Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek<br /> |-<br /> | Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar<br /> |-<br /> | Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter<br /> |-<br /> | Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene<br /> |-<br /> | Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram<br /> |-<br /> | Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak<br /> |-<br /> | Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218182202.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša<br /> |-<br /> | Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor<br /> |-<br /> |Erika Rihter || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar<br /> |-<br /> | Jasmina Bešić || Kako matične celice popravijo škodo zaradi srčnih napadov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200313112144.htm || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič<br /> |-<br /> | Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov<br /> |-<br /> | Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič<br /> |-<br /> | Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban<br /> |-<br /> | Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova<br /> |-<br /> | Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković<br /> |-<br /> | Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020_Povzetki_seminarjev&diff=16359 2020-04-04T16:14:31Z

<p>Ajdabeltram: </p> <hr /> <div>=== Anna Scott: Notting Hill ===<br /> William Thacker (Hugh Grant) is a London bookstore owner whose humdrum existence is thrown into romantic turmoil when famous American actress Anna Scott (Julia Roberts) appears in his shop. A chance encounter over spilled orange juice leads to a kiss that blossoms into a full-blown affair. As the average bloke and glamorous movie star draw closer and closer together, they struggle to reconcile their radically different lifestyles in the name of love.<br /> <br /> === Sara Golob: Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni ===<br /> <br /> Pri Alzheimerjevi bolezni pride do padca kognitivnih funkcij, kot so spomin, govor, pozornost, učenje, itd. Razvije se zaradi različnih dejavnikov, ki so lahko dedni ali okoljski. Eden od okoljskih dejavnikov je okužba z virusom Herpes simpleks tip 1. Ta povzroči večje izražanje ε4 alela apolipoproteina E, ki povzroča nalaganje Tau proteina in amiloida beta, ki sestavljata senilne plake pri Alzheimerjevi bolezni. To povezavo so odkrili s protitelesi proti virusu Herpes simpleks tipa 1 ter preko lizosomske okvare, zaradi katere pride do nalaganja amiloida beta v možganih. Dokazana je bila tudi povezava med Alzheimerjevo boleznijo in drugimi boleznimi (epilepsija, demenca, shizofrenija, fibromialgija, demenca), pri katerih je opazna kognitivna disfunkcija. Pri bolnikih z epilepsijo so odkrili amiloidne plake, ki so značilni za Alzheimerjevo bolezen, zaradi česar je večja verjetnost, da oboleli za epilepsijo zbolijo še za Alzheimerjevo boleznijo in obratno. Herpes simpleks virus redko povzroča tudi akutni encefalitis, katerega posledica so epileptični napadi, izguba spomina in spremembe v vedenju. Zato znanstveniki menijo, da je povezava med epilepsijo in Alzheimerjevo boleznijo tudi v apolipoproteinu E.<br /> <br /> === Ena Kartal: Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije ===<br /> Čeprav je bila vzpostavljena povezava med kroničnim vnetjem in nevrodegenerativnimi boleznimi, je bilo veliko odprtih vprašanj v zvezi s tem, kako celično staranje, proces, pri katerem celice, ki se nehajo deliti pod stresom, izločijo mešanico vnetnih beljakovin, vplivajo na te patologije. Raziskovalci poročajo, da staranje v astrocitih, ki je najbolj razširjena vrsta celic v možganih, vodi do škodljive '' ekscitotoksičnosti '' na kortikalnih nevronih, ki so vključeni v spomin.In pri tem pride do Alzheimerjeve bolezni,ki je najpogostejši vzrok demence pri starejših, je nepopravljiva, napredujoča možganska motnja, ki ubija možganske celice in postopoma uničuje spomin.<br /> <br /> === Lenka Stanković: Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 ===<br /> <br /> Karakteristika raka je njegova sposobnost spodbujanja angiogeneze, oziroma tvorba novih krvnih žil. Angiogeneza prispeva k rasti in napredovanju tumorja z induciranjem in vzdrževanjem kislega / hipoksičnega in imunosupresivnega okolja. Krvne žile v rakih so pogosto nefunkcionalne in omejujejo promet s T-celicami. Odkritje angiogenih zaviralcev naj bi pripomoglo k zmanjšanju umrljivosti zaradi karcinomov. Tukaj prikazujemo, da imunoterapija proti CD40 poveča tumorsko infiltracijo CD8+T, vendar regresijo tumorja dosežemo močneje, če anti-CD40 kombinirano z dvojno blokado Ang2 in VEGFA. Kombinacija anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonističkih protiteles proti anti-CD40 omogoča zavrnitev tumorjev pri sintetičnih modelih tumorjev. Proučevali so odzive tumorjev na anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonistična protitelesa proti CD40 v različnih modelih mišjega raka. V raziskavi so pokazali, da kombinacija agonističnih protiteles CD40 z dvojno blokado VEGFA/Ang2 povečuje protitumorski odziv v modelnih raka miši s pomočjo sinergistične regulacije genov in indukcije imunskega permisivnega mikrookruženja tumorja, za katero je značilno provnetno (M1 podobno) aktivacijo makrofagov, vaskularno normalizacija ter izboljšanja infiltracije in prostorska lokalizacija efektorskih T-celic. T-celice pošljejo signale drugim vrstam imunskih celic, vključno s citotoksičnimi T celicami CD8+. Citotoksične T-celice, znane tudi kot CD8 + T-celice, izražajo svoje TCR, ki jih spremlja glikoprotein CD8. CD8 + T-celice so povezane z učinkovitim ubijanjem rakavih celic: med antigensko specifično aktivacijo afiniteta med CD8 glikoproteinom, izraženim s celico CD8 + T, in molekulo MHC razreda I, izraženo z rakavo celico, ohranja obe vrsti celic skupaj. Tesna vezava T celic in rakavih celic skozi kompleks CD8 / TCR in kompleks antigen / MHC-I povzroči, da celice CD8 + T izločajo perforin in grancime, kar vodi v lizo rakavih celic.<br /> <br /> === Nika Tomsič: Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije ===<br /> Po oceni World Health Organisation- World malaria report 2019 je v letu 2018 bilo 228 milijonov primerov malarije. Sladkor je glavni vir energije parazita, zato je razumevanje presnove sladkorjev pomembna tema, ki bi lahko predstavljala pomoč pri sestavljanju zdravil in izrivanju tega parazita. Glavna razlika v presnovi sladkorjev med parazitom in drugimi organizmi je prenašalec, ki sladkorje prenaša v celico. Za to je odgovoren šeskotni prenašalec PfHT1, ki je sposoben transportirati bodisi glukozo kot fruktozo. Strukturno pa je zelo podoben prenašalcem človeške celice GLUT. Prenašalec obsega 12 transmembranskih vijačnic, ki tvorijo osrednjo pot za vstop glukoze. Ključni del proteina pa predstavljajo izrastki ki delujejo kot receptorji za sladkorje. Sladkorne prenašalce še nadaljnjo stabilizirajo solne medcelične povezave. Druga velika razlika med PfHT1 in drugimi prenašalci je brez dvoma način odpiranja in zapiranja prenašalca, saj ni sestavljenen samo iz treh običajnih stanj (odprto navznoter, zaprto, odprto navznoter), temveč ga zaznamujejo še dve vmesni stanji (zaprto navznoter in zaprto navzven, angl. inward–occluded in outward-occluded). Nadaljnjo raziskovanje bi torej lahko omogočilo razvoja novih antimalaričnih zdravil, ki blokirajo uvoz sladkorja in zastrašujejo parazita do smrti oz. razvoja novih zaviralcev, ki so bolj specifični za blokiranje funkcije PfHT1, ne da bi pri tem vplivali na transport sladkorja v človeških celicah.<br /> <br /> === Maša Mencigar: Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem ===<br /> Apoptotske celice v telesu lahko nadzorujejo imunski sistem in preprečijo nezaželene imunske odzive na telesu lastna tkiva oziroma celice. Avtoimune bolezni so kronične, neozdravljive in predstavlajo velik zdravstven problem, saj bolniki trpijo, hkrati pa povzročajo velike stroške. Znanstveniki iz nemškega centra za raziskave rakavih bolezni (DKFZ - Deutsches Krebsforschungszentrum; angl: German Cancer Research Center) so našli receptor na imunskih celicah miši, ki aktivira ta zaščitni mehanizem in prepreči nevarne avtoimunske reakcije. Ta receptor se imenuje dektin-1, ki ima dvojno vlogo, saj veže beta-glukane in aksin proteine. Pomankanje dektina-1 vodi do simptomov avtoimunih bolezni šele proti koncu življenske dobe. Ključna pa je povezava med encimom NAHPH oksidazo-2 in dektinom-1, zato imajo ljudje, ki nimajo tega encima avtoimune bolezni.<br /> <br /> === Ema Kovačič: Izpostavljenost ploda materini mikrobioti ===<br /> Študija o prehodu materine mikrobiote skozi placento pri otrocih, ki so se rodili s carskim rezom prezgodaj in normalno. Mamam so vzeli brise iz različnih delov telesa, otrokom pa takoj po rojstvu vzorce iz ustne votline in mekonija. Imunski sistem pri otrocih se razvije že v prenatalnem obdobju. Našli so DNK nekaterih bakterij v posteljici, plodovnici in mekoniju, kar kaže, da se zarodek spopade z bakterijami že v prenatalnem obdobju. Odkritje bakterijskih zapisov v materničnem okolju nakazuje na koesistenco mehanizmov za kontorolo izpostavljenosti pri plodu in materini mikrobioti.<br /> <br /> === Zala Puklavec: Globoko učenje void do odkritja novih antibiotikov===<br /> Zaradi naglega pojava bakterij, ki so odporne na antibiotike, raste potreba po odkritju novih antibiotikov. Zato so naučili globoko nevronsko mrežo napovedati molekule, ki imajo antibakterijske lastnosti. S tem računalniškim modelom so odkrili, da ima halicin (c-Jun N-terminal kinase inhibitor SU3327) zelo močne antibakterijske lastnosti. Nadaljni eksperimenti so pokazali, da deluje na drugačen način kot večina antibiotikov. Za razliko od ostalih je halicin proti E.coli bakteriociden, ne le bakteriostatski. Testirali so ga tudi na bakterijah, za katere po mnenju Svetovne zdravstvene organizacije najnujneje potrebujemo neko obliko zdravljenja, in proti veliki večini je deloval zelo uspešno. Z daljšo izpostavljenostjo E.coli halicinu so poskušali izolirati mutantske celice, ki so razvile odpornost nanj, vendar jim ni uspelo, kar kaže na to, da te odpornosti ni možno ali pa se vsaj veliko težje razvije. Z še nekaj eksperimenti pa so prišli do zaključka, da halicin disipatira transmembranski pH potencial in najverjetneje veže Fe3+ pred pH disipacijo in povezavo z membrano.<br /> <br /> === Martin Stanonik: De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc===<br /> Odkrivamo vedno več proteinov, ki so nastali iz de novo genov. To pomeni, da so se kodirali iz nekodirajočih delov DNA, kar velja za redek proces. V laboratorijskih poskusih je preveliko izražanje teh nastajajočih genov omogočalo boljše delovanje celice v primerjavi z prevelikim izražanjem že vzpostavljenih genov in motenje tega procesa ni vplivalo na delovanje celice. za osebek so uporabili kvas, saj glive kvasovke vsebujejo najboljše lastnosti za izražanje genov.To prikazuje velik potencial, še posebej za timinsko bogate sekvence za izdelavo transmembranskih proteinov. Iz kombinacij različnih analiz je bil predlagan nov model genskega nastanka. Ta odkritja, bi lahko omogočala nov način izdelave polipeptidov, ki nastanejo iz teh, de novo, delov DNA.<br /> <br /> === Klara Kočman: Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 ===<br /> Koronavirusi so veliki, pozitivni RNA virusi. Okuženost z virusom lahko opazimo z značilni simptomi kot so vročina, kašelj in pomanjkanje zraka. Najnovejši tip koronavirusa, SARS-CoV-2, tudi 2019-nCoV, se je prvič pojavil 31. decembra 2019 v mestu Wuhan na Kitajskem. Transport virusa s človeka na človeka je pogost pri telesnih stikih z bolnikom. SARS-CoV-2 primerjajo z virusama MERS-CoV in SARS-CoV. Na podlagi celotne analize genoma in proteinov je virus bližje SARS­-CoV kot MERS-CoV, saj obstaja več kot 90% genetska podobnost s SARS-CoV, medtem kot je s MERS-CoV-jem neznatna. Genom virusa SARS-CoV-2 je sestavljen iz približno 30 kilobaz, ki jih kodira več strukturnih in nestrukturnih proteinov. S SARS-CoV si je podoben po dolžini genoma ter podobnem mehanizmu vstopa v celico ter uporabi celičnih receptorjev (ACE2). Glikoprotein ACE2 se nahaja na površini membrane in je pomemben za vezavo receptorjev gostiteljskih celic in gostitelja. Transmembranski proteini virusa se vežejo na človeško celico preko receptorjev ACE2 (encim za pretvorbo angiotenzina 2). Med 120 sekvencami virusa SARS-CoV-2 ni bila zanana niti ena mutacija, zato lahko s ciljenjem slednjih nudimo zaščito. Znanstveniki z opazovanjem odziva na protitelesa pri miših raziskujejo cepivo.<br /> <br /> ===Timotej Sotošek: Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje Vzhodni respiratorni sindrom koronavirusa===<br /> Zdravilo remdesivir (bolj natančno Remdesivir trifosfat) je preiskovalna spojina, ki je bilo sprva ustvarjeno za zdravit Ebolo. Ima širok spektrum protivirusnih aktivnosti proti RNA virusih kot na primer koronavirusi , Filovirusi,… Njegova tarča je multi-podenotni RNA sintezni kompleks znan pod imenom RNA-odvisna RNA polimeraza na katerem s pomočjo drugih proteinov poteka sinteza virusne RNA verige. Remdesivir je nukleotidni analog ATP-ja s katerim tekmuje za vezavo v nastajajočo se virusno RNA verigo po tem, ko je virus že okuži celico. V primeru, da se Remdesivir uspe vezat v virusno RNA verigo bo ta prenehala rast in tako postala ne uporabna. To pomeni, da je Remdesivir le inhibitor, ki upočasnjuje oz. preprečuje nadaljno širjenje virusa. Raziskave so preiskovale mehanizem inhibicije na virusu Srednje Vzhodni respiratorni sindrom(MERS-CoV) in ga primerjali kako je učinkovit v primerjavi inhibicije virusa Ebola, ter na splošno kako zelo je njegov mehanizem učinkovit. Ker sta si MERS-CoV in SARS-CoV-2 sorodna virusa bi lahko zdravilo Remdesivir pomagal ozdravit obolele z SARS-CoV-2 koronavirusom.<br /> <br /> ===Nika Perko: Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk===<br /> Komarji vrste Aedes aegypti so eni glavnih povzročiteljev bolezni kot so denga, rumena mrzlica, zika in čikungunja. Najdemo jih v tropskem in subtropskem pasu ter celo v Evropi. Znanstveniki Univerze Nove Mehike so poiskali način, kako preprečiti širitev omenjenih bolezni. Ustvarili so naraven insekticid, ki prepreči razvoj komarjev, ko so ti še v stopnji ličinke. Larvicid je sestavljen iz enostavnih komponent: eteričnega olja pomarančevca Citrus sinensis in gliv kvasovk vrste Saccharomyces cervevisiae. Sintetiziran je bil s postopkom enkapsulacije eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk. Med korake tega procesa so vpeljali še enega novega. Z njim so odstranili odvečno eterično olje, ki je ostalo na zunanji strani celic. To je bilo izredno pomembno, saj je odvečno olje delovalo kot repelent. Z različnimi analizami in primerjavami so ugotovili, da struktura celične stene, membrane in oljnih kapljic ostane po enkapsulaciji nespremenjena. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se kvasovke po enkapsulaciji niso mogle več razmnoževat. Testi efektivnosti so bili vzpodbudni, saj je bil larvicid učinkovit pri vseh ličinkah. Najbolj pa je bil učinkovit pri začetni razvojni stopnji ličink. Novi larvicid ima kar nekaj dobrih lastnosti: je naraven, ne more se nenadzorovano širit in tako škodit vodnemu okolju, izdelava je relativno poceni, je neškodljiv za ljudi, dolgo učinkuje…<br /> <br /> === Anja Moškrič: Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR-Cas tipa I ===<br /> Sistem CRISPR-Cas je imunski mehanizem, ki je značilen za veliko prokariontov in arhej. Gre za gruče enakomerno prekinjenih palindromskih ponovitev, ki nosijo zapis za obrambo proti vdoru tujega dednega materiala (virusov in plazmidov). Kratica Cas pa predstavlja s CRISPR povezane gene, ki kodirajo zapis za nekatere encime, ki cepijo DNA. CRISPR lokus je sestavljen iz ponavljajočih CRISPR genov, med katerimi so vmesniki. Na teh pa je shranjena kopija dela zapisa virusa oz. plazmida. S študijo so želeli izvedeti vpliv infekcije bakterije Pseudomonas aeruginosa, s temperiranim oziroma lizogenim bakteriofagom (DMS3), ki se v obliki profaga vključi v dedni material gostiteljske celice. Izbrana bakterijska vrsta vrši sistem CRISPR-Cas tipa I-F. Za primerjavo so za eksperimente uporabljali tudi nekatere mutirane vrste bakterij,ki so imele napako v CRISPR lokusu. Eksperimenti so pokazali, da ob infekciji z nemutiranimi bakteriofagi bakterije niso sposobne uspešno odstranit le-teh. Iz zbranih rezultatov so ugotovili, da je v tem primeru imunski mehanizem slabo prilagojen celicam, saj povzroča imunopatološki efekt (avtoimunost). Do tega pride zaradi nepopolnega ujemanja zapisa na CRISPR vmesnikih s profagi. Če bakteriofagi ne kodirajo zapisa za acr gene (anti-CRISPR geni, ki zatirajo omenjen mehanizem), lahko to privede do izgube sistema CRISPR-Cas skozi evolucijo. <br /> <br /> ===Maja Deutsch: Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline===<br /> Med vsemi mnogoceličarji in njihovimi mikrobiomi se pojavijo številne medsebojne kemične interakcije. Številne molekule, za katere je znano, da jih proizvaja mikrobiom, izrazito vplivajo na ravnovesje med zdravjem in boleznijo. Z uporabo masne spektrometrije in vizualizacije podatkov so bili ocenjeni učinki mikrobioma na celotno kemijo sesalca s primerjavo podatkov metabolomike pri aseptičnih miši in specifičnih-mikroorganizmov-prostih miši. Ugotovljeno je bilo, da mikrobiota vpliva na kemijo vseh organov. To je vključevalo aminokislinske konjugacije žolčnih kislin, ki so bile uporabljene za proizvodnjo fenilalanoholne kisline, tirozoholne kisline in levcoholne kisline, ki prej še niso bile identificirane, kljub obsežnim raziskavam kemije žolčnih kislin. Ti konjugati žolčne kisline so bili najdeni tudi pri ljudeh, vendar so bile bolj pogoste pri bolnikih z vnetnimi črevesnimi boleznmi, cistično fibrozo in pri dojenčkih. Te spojine so agonizirale farnezodini receptor X (FXR) in miši, ki so imele na novo odkrite kisline, so pokazale zmanjšano izražanje genov za sintezo žolčne kisline. Potrebne pa so nadaljnje raziskave, da se ugotovi, ali imajo te spojine fiziološko vlogo v sesalcih in ali prispevajo k črevesnim boleznim, ki so povezane z mikrobiomsko disbiozo.<br /> <br /> === Hana Glavnik: Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo ===<br /> Pri raziskovanju malarije so znanstveniki odkrili pojav, ki so ga poimenovali rozeta. Rozeta je skupek neokuženih rdečih krvnih celic, ki s pomočjo proteinov, ki jih sintetizira parazit obkolijo okuženo rdečo krvno celico. Parazit se tako zaščiti pred gostiteljevim imunskim sistemom, saj ga monocite tako obkoljenega težje zaznajo. Raziskovali so tvorjenje rozet pri različnih pogojih. Izoliranim parazitom so dodali različne vrste monocitov in opazovali njihovo reakcijo. S tem so odkrili tudi protein IGFBP7, ki inducira tvorjenje rozet, vendar le ob prisotnosti dodatnih serumskih faktorjev. Odkritje proteina IGFBP7 je vodilo v odkritje novega načina tvorjenja rozet, tako imenovanega tipa II, saj za razliko od prvotnega tipa I, ta ne poteče spontano. Nato so pod drobnogled vzeli tvorjenje rozet s proteinom IGFBP7. Z namenom, da bi lahko razložili ta pojav, so eritrocite zdravili z encimom Heparinaza in jih nato izpostavili pogojem, ugodnim za nastanek rozet ter opazovali dobljene rezultate. IGFBP7 opozori parazite na prihod monocitov, nato parazit ta protein uporabi kot most, ki se poveže še z dvema človeškima proteinoma na zdravem eritrocitu in tako pomaga pri tvorjenju.<br /> <br /> === Eva Ratajc: Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika ===<br /> Virus Zahodnega Nila (WNV) je glavni povzročitelj virusnega encefalitisa v Združenih državah Amerike. Tudi okužbe z virusom zika (ZIKV) povzročajo resne nevrološke bolezni in prirojene napake. Znano je, da ima pri sproženju imunskega odziva pomembno vlogo Z-DNA vezavni protein 1 (ZBP1). Z-DNA vezavni protein (ZBP1) je citoplazmatski DNA-senzor, ki služi kot receptor za prepoznavanje molekularnih vzorcev. Ob okužbi telesa z virusom zika in virusom Zahodnega Nila se poveča izražanje ZBP1 v mišjih možganih. Zaradi tega so raziskovalci želeli raziskati vlogo ZBP1 pri omejitvi patogeneze pri osebkih, okuženih z navedenima virusoma. Pri miših z izbitim genom za ZBP1 −/− so zaznali višjo stopnjo okužb in višjo smrtnost po okužbi tako s smrtonosno kot z nesmrtonosno obliko virusa Zahodnega Nila kot pri miših divjega tipa (WT). Raziskovalci so ugotovili, da ima ZBP1 ključno vlogo pri omejitvi patogeneze pri miših. ZBP1 prepreči širjenje okužbe WNV in ZIKV v primarnih mišjih celicah in je pomemben za preživetje osebkov z boleznimi, ki ju povzročata omenjena virusa. Pomanjkanje ZBP1 je povzročilo večje količine virusa v serumu in možganih pri ZBP1−/− miših v primerjavi z divjim tipom. Pri ZBP1−/− miših so zaznali tudi višje virusne titre, ki so jih povezali z znižanimi leveli protivirusnih citokinov in kemokinov.<br /> <br /> === Lana Kores: Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona ===<br /> Ionski kanalček TRPA1 (znan tudi kot wasabi receptor) je receptor za dražilce, ki povzročajo akutno bolečino in nevrogeno vnetje. Toksin za wasabi receptor WaTx je toksin avstralskega škorpijona, ki s pasivno difuzijo preide čez membrano celice in se nato veže na TRPA1. WaTx deluje na podoben način kot elektofilni dražilci receptorja, le da v nasprotju z njimi kanalčka ne odpre direktno, ampak le stabilizira njegovo odprto stanje in tako zmanjša prepustnost za Ca2+ ione. Koncentracija Ca2+ ionov je zato zadostna, da povzroči akutno bolečino, ne pa dovolj velika, da bi prišlo do nevrogenega vnetja, kot npr. pri elektrofilnem dražilcu AITC.<br /> <br /> === Eva Vene: Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo ===<br /> Neuspešnost cepiva ter dejstvo, da je, zaradi širjenja življenjskega prostora A. aegypti, ogroženih 50% svetovnega prebivalstva, je vodilo v nadaljnje raziskave, ki bi omogočile zaustavitev širjenja virusa z restrikcijo slednjega že v samih prenašalcih. Možnost za uspeh obetajo protitelesa s širokim spektrom nevtralizacije (ang. broadly neutralizing antibodies), saj so slednja uspešna proti antigensko različnim virusom. Zaenkrat tovrstna protitelesa kot možnost zatiranja širjenja bolezni še niso bila uporabljena proti katerikoli vrsti virusa, njihova upešnost pa se je pokazala pri drugi veji mikroorganizmov.<br /> Za raziskave so uporabili človeško protitelo 1C19, katerega uspešnost proti serotipom DENV je bila znana že iz prejšnjih let. V genom transgenih komarjev je bil dodan modificiran gen za scFv 1C19 (človeško protitelo, ki deluje proti DENV) in fluorescenčni označevalec, ki se sintetizira za protitelesom, tipa tdTomato. V komarje je bil določen serotip virusa vnešen z okuženo krvjo. Določili so dva možna izida okužbe: ponekod je DENV prosto prehajal čez srednje črevo – komarji so postali prenašalci virusa; v drugem primeru pa so izražena protitelesa nevtralizirala serotip virusa in s tem preprečila prenos okužbe naprej. <br /> <br /> === Nina Žgajnar: In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov ===<br /> Konvencionalne metode genskega inženirstva za reševanje zapletenih problemov se običajno osredotočajo na prilagajanje enega ali več genov. Sintezna biologija pa k tem težavam pristopa z novega vidika: ukvarja se z večjimi spremembami obstoječih celičnih struktur in z izgradnjo bolj zapletenih sistemov. Sinteza kemičnega sistema, ki je sposoben razmnoževanja in razvoja, je glavni cilj sintezne biologije. To bi lahko dosegli z in vitro rekonstrukcijo minimalno samozadostne centralne dogme. Znanstveniki so ustvarili sistem in vitro translacije, ki omogoča samostojno podvajanje in izražanje večjih genomov. Demonstrirali so samostojno podvojevanje genoma iz več kot 116 kilobaz, ki zajema celoten niz translacijskih faktorjev E. coli, vse tri ribosomske RNA, sistem za obnavljanje energije ter RNA in DNA polimeraze. Vzporedno z replikacijo DNA sistem omogoča sintezo vsaj 30 kodiranih translacijskih faktorjev, od katerih je polovica izražena v enakih ali večjih količinah od njihovih vhodnih nivojev. Vprašanje, kaj vse lahko dosežemo s samosestavljanjem kemijskih spojin, velja za eno izmed pomembnejših vprašanj v znanosti. Sintezna biologija tukaj postavlja nov cilj: sestaviti organizem izključno iz majhnih molekul. Potencialno bi tako lahko ustvarili organizme, ki bi čistili nevarne odpadke na nedostopnih mestih, rastline, ki bi zaznavale določene kemikalije in se nanje ustrezno odzvale, proizvedli čisto gorivo na učinkovit in trajnosten način ali prepoznavali in uničevali tumorje.<br /> <br /> === Jan Kogovšek: Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije ===<br /> Parazit Plasmodium falciparum je najpogostejši povzročitelj malarije pri ljudeh. S to boleznijo zboli več milijonov ljudi, umre pa jih približno 400 000 vsako leto. Antimalariki, ki so v uporabi, počasi izgubljajo svojo moč, kajti parazit je postal rezistenten na do sedaj najbolj učinkovito terapijo, imenovano artemisinin combination therapy (ATC). Znanstveniki so v ta namen odkrili tri nove zdravilne učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji plazmepsina IX in plazmepsina X, ki ju izloča Plasmodium. Odkrili so, da inhibitorji zavrejo izločanje dodatnih proteinov iz celic, ki parazitu omogočajo vstop v eritrocite. S testi so ugotovili, da WM4 in WM5, ki sta prva na novo odkrita inhibitorja, delujeta na isti princip, vendar ne vplivata na dozorevanje in širjenje oocist parazita. WM382, naknadno odkrit inhibitor, pa poleg istih mehanizmov, kot jih imata WM4 in WM5, deluje tudi na dozorevanje oocist v fazi rasti parazita v jetrih. Za vse tri učinkovine so tudi dokazali specifično delovanje na oba plazmepsina. S tem ko WM382 zavira rast in zorenje oocist parazita, se tudi zmanjša prenašanje parazita na komarje in možnost prenosa rezistence na že obstoječe antimalarike.<br /> <br /> === Kostadin Mitkov: Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ===<br /> Maintenance of protein homeostasis is essential for the cell viability and growth. The cells in the human body are constantly exposed to environmental stress factors, which tend to disturb that protein homeostasis maintenance. For the first time, research shows that the contacts between cells, known as cell adhesion, are essential for cells to survive stress and maintain protein homeostasis. Cell adhesion is relied on heat shock factors (HSFs). HSFs mediate their protective functions through diverse genetic programs, which are composed of genes encoding molecular chaperones and other genes crucial for cell survival. Scientists have found that HSF2 is critical for cell survival during prolonged proteotoxicity, and their RNA sequencing (RNA-seq) analyses revealed that cells that lack HSF2 have weakened viability which is not caused by inadequate induction of molecular chaperones but is due to marked downregulation of cadherin superfamily genes. They demonstrated that maintenance of cadherin-mediated cell-cell adhesion is dependent on HSF2 and it is also required for protection against stress induced by proteasome inhibition. This study identifies HSF2 as a key regulator of cadherin superfamily genes and defines cell-cell adhesion as a determinant of proteotoxic stress resistance. <br /> <br /> === Ajda Beltram: Potencialne komponente cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV ===<br /> Cilj te raziskave je pomoč pri izdelavi cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV, saj sta si virusa genetske zelo podobna. Dokazali so veliko podobnost med posameznimi strukturnimi proteini SARS-CoV-2 in SARS-CoV, ter nekoliko manjšo med SARS-CoV-2 in MERS-CoV. Primerjali so tudi eksperimentalno določene epitope celic T in B strukturnih proteinov (S in N) SARS-CoV s strukturnimi proteini SARS-CoV-2. Epitope celic T so dobili na podlagi pozitivnega odziva celic T na epitope ali pozitivne vezave MHC na epitope, epitope celic B pa s pozitivno vezavo celic B na epitope. Ugotovili so, da se 23 % epitopov celic T in 16 % epitopov celic B SARS-CoV popolnoma ujema s SARS-CoV-2 in so tudi brez mutacij. Velik potencial predstavljajo predvsem epitopi celic T, saj je bilo dokazano pri SARS-CoV, da omogočajo dolgotrajno zaščito. Pri celicah B pa imajo za sprožitev imunskega odziva s protitelesi za SARS-CoV-2 več potenciala linearni epitopi celic B podenote S2 proteina S, saj se jih veliko popolnoma ujema s SARS-CoV-2. Zaradi vsega tega so najverjetneje cepiva, ki spodbudijo odziv celic T, in cepiva, ki poskušajo izzvati protitelesa, ki se vežejo na linearne epitope podenote S2, efektivna in bi morala biti v prihodnje še bolj raziskana.<br /> <br /> Konec klepeta<br /> Napiši sporočilo ...</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020-seminar&diff=16358 2020-04-04T16:10:29Z

<p>Ajdabeltram: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> {| border=&quot;1&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3<br /> |-<br /> | Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković<br /> |-<br /> | Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar<br /> |-<br /> | Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner<br /> |-<br /> | Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj<br /> |-<br /> | Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina<br /> |-<br /> | Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko<br /> |-<br /> | Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar<br /> |-<br /> | Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak<br /> |-<br /> | Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič<br /> |-<br /> | Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal<br /> |-<br /> | Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa|| || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić<br /> |-<br /> | Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski<br /> |-<br /> | Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska<br /> |-<br /> | Eva Ratajc || Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik<br /> |-<br /> | Lana Kores || Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar<br /> |-<br /> | Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković<br /> |-<br /> | Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal<br /> |-<br /> | Erika Rihter || Mikrobiomska analiza krvi in tkiv kot pristop k diagnosticiranju rakavih obolenj || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311123302.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič<br /> |-<br /> | Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič<br /> |-<br /> | Eva Vene ||Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob<br /> |-<br /> | Ajda Beltram || Potencialne komponente cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav Sars-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec<br /> |-<br /> | Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik<br /> |-<br /> | Jan Bregar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324090007.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič<br /> |-<br /> | Gregor Strniša || Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200211103721.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar<br /> |-<br /> | Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić<br /> |-<br /> | Nadja Dolničar || || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30229-4?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420302294%3Fshowall%3Dtrue || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko<br /> |-<br /> | Tina Javeršek || || https://www.nature.com/articles/s41598-020-59636-6 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik<br /> |-<br /> | Tinkara Božič ||Atomske strukture zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkrivajo transportni mehanizem gripe tipa B ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman<br /> |-<br /> | Kostadin Mitkov ||Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116112548.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik<br /> |-<br /> | Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović<br /> |-<br /> | Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova || New defensive behaviour of the false coral snake || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200323085220.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc<br /> |-<br /> | Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores<br /> |-<br /> | Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek<br /> |-<br /> | Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek<br /> |-<br /> | Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar<br /> |-<br /> | Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter<br /> |-<br /> | Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene<br /> |-<br /> | Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram<br /> |-<br /> | Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak<br /> |-<br /> | Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218182202.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša<br /> |-<br /> | Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor<br /> |-<br /> |Erika Rihter || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar<br /> |-<br /> | Jasmina Bešić || Kako matične celice popravijo škodo zaradi srčnih napadov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200313112144.htm || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič<br /> |-<br /> | Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov<br /> |-<br /> | Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič<br /> |-<br /> | Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban<br /> |-<br /> | Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova<br /> |-<br /> | Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković<br /> |-<br /> | Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020-seminar&diff=16242 2020-03-19T15:16:48Z

<p>Ajdabeltram: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> {| border=&quot;1&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3<br /> |-<br /> | Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković<br /> |-<br /> | Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar<br /> |-<br /> | Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner<br /> |-<br /> | Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj<br /> |-<br /> | Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina<br /> |-<br /> | Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko<br /> |-<br /> | Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar<br /> |-<br /> | Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak<br /> |-<br /> | Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič<br /> |-<br /> | Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal<br /> |-<br /> | Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić<br /> |-<br /> | Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski<br /> |-<br /> | Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 05.05. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch<br /> |-<br /> | Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc<br /> |-<br /> | Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač<br /> |-<br /> | Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska<br /> |-<br /> | Eva Ratajc || Z-DNA vezni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik<br /> |-<br /> | Lana Kores || Preučevanje kronične bolečine s pomočjo toksina avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar<br /> |-<br /> | Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak<br /> |-<br /> | Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković<br /> |-<br /> | Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal<br /> |-<br /> | Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič<br /> |-<br /> | Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič<br /> |-<br /> | Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih, ki izražajo sintetično protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob<br /> |-<br /> | Ajda Beltram || Predhodna identifikacija potencialnih tarč cepiva za COVID-19 koronavirus na podlagi imunoloških raziskav za Sars-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec<br /> |-<br /> | Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik<br /> |-<br /> | Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič<br /> |-<br /> | Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar<br /> |-<br /> | Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić<br /> |-<br /> | Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko<br /> |-<br /> | Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik<br /> |-<br /> | Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman<br /> |-<br /> | Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik<br /> |-<br /> | Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović<br /> |-<br /> | Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc<br /> |-<br /> | Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores<br /> |-<br /> | Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek<br /> |-<br /> | Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek<br /> |-<br /> | Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar<br /> |-<br /> | Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter<br /> |-<br /> | Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene<br /> |-<br /> | Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram<br /> |-<br /> | Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak<br /> |-<br /> | Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša<br /> |-<br /> | Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor<br /> |-<br /> | Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar<br /> |-<br /> | Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič<br /> |-<br /> | Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov<br /> |-<br /> | Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič<br /> |-<br /> | Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban<br /> |-<br /> | Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova<br /> |-<br /> | Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković<br /> |-<br /> | Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020-seminar&diff=16232 2020-03-17T11:42:53Z

<p>Ajdabeltram: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> {| border=&quot;1&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3<br /> |-<br /> | Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković<br /> |-<br /> | Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar<br /> |-<br /> | Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner<br /> |-<br /> | Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj<br /> |-<br /> | Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina<br /> |-<br /> | Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko<br /> |-<br /> | Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar<br /> |-<br /> | Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak<br /> |-<br /> | Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič<br /> |-<br /> | Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal<br /> |-<br /> | Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić<br /> |-<br /> | Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski<br /> |-<br /> | Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch<br /> |-<br /> | Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc<br /> |-<br /> | Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač<br /> |-<br /> | Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska<br /> |-<br /> | Eva Ratajc || Z-DNA vezni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik<br /> |-<br /> | Lana Kores || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar<br /> |-<br /> | Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak<br /> |-<br /> | Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković<br /> |-<br /> | Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal<br /> |-<br /> | Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič<br /> |-<br /> | Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič<br /> |-<br /> | Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih, ki izražajo sintetično protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob<br /> |-<br /> | Ajda Beltram || Razvoj cepiva za COVID-19 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec<br /> |-<br /> | Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik<br /> |-<br /> | Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič<br /> |-<br /> | Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar<br /> |-<br /> | Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić<br /> |-<br /> | Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko<br /> |-<br /> | Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik<br /> |-<br /> | Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman<br /> |-<br /> | Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik<br /> |-<br /> | Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović<br /> |-<br /> | Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc<br /> |-<br /> | Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores<br /> |-<br /> | Ana Pervanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek<br /> |-<br /> | Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek<br /> |-<br /> | Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar<br /> |-<br /> | Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter<br /> |-<br /> | Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene<br /> |-<br /> | Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram<br /> |-<br /> | Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak<br /> |-<br /> | Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša<br /> |-<br /> | Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor<br /> |-<br /> | Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar<br /> |-<br /> | Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič<br /> |-<br /> | Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov<br /> |-<br /> | Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič<br /> |-<br /> | Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban<br /> |-<br /> | Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova<br /> |-<br /> | Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković<br /> |-<br /> | Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020-seminar&diff=16213 2020-03-16T10:43:51Z

<p>Ajdabeltram: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> {| border=&quot;1&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3<br /> |-<br /> | Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković<br /> |-<br /> | Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar<br /> |-<br /> | Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner<br /> |-<br /> | Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj<br /> |-<br /> | Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina<br /> |-<br /> | Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko<br /> |-<br /> | Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar<br /> |-<br /> | Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak<br /> |-<br /> | Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič<br /> |-<br /> | Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal<br /> |-<br /> | Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić<br /> |-<br /> | Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski<br /> |-<br /> | Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch<br /> |-<br /> | Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc<br /> |-<br /> | Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač<br /> |-<br /> | Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vsebujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska<br /> |-<br /> | Eva Ratajc || Z-DNA vezni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik<br /> |-<br /> | Lana Kores || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar<br /> |-<br /> | Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak<br /> |-<br /> | Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković<br /> |-<br /> | Nina Žgajnar || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal<br /> |-<br /> | Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič<br /> |-<br /> | Luka Šegota || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič<br /> |-<br /> | Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih, ki izražajo sintetično protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob<br /> |-<br /> | Ajda Beltram || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec<br /> |-<br /> | Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik<br /> |-<br /> | Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič<br /> |-<br /> | Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar<br /> |-<br /> | Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić<br /> |-<br /> | Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko<br /> |-<br /> | Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik<br /> |-<br /> | Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman<br /> |-<br /> | Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik<br /> |-<br /> | Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović<br /> |-<br /> | Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc<br /> |-<br /> | Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores<br /> |-<br /> | Ana Pervanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek<br /> |-<br /> | Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek<br /> |-<br /> | Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar<br /> |-<br /> | Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter<br /> |-<br /> | Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene<br /> |-<br /> | Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram<br /> |-<br /> | Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak<br /> |-<br /> | Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša<br /> |-<br /> | Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor<br /> |-<br /> | Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar<br /> |-<br /> | Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič<br /> |-<br /> | Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov<br /> |-<br /> | Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič<br /> |-<br /> | Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban<br /> |-<br /> | Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova<br /> |-<br /> | Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković<br /> |-<br /> | Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Ajdabeltram https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020-seminar&diff=16204 2020-03-14T14:00:08Z

<p>Ajdabeltram: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> {| border=&quot;1&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3<br /> |-<br /> | Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković<br /> |-<br /> | Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar<br /> |-<br /> | Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner<br /> |-<br /> | Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj<br /> |-<br /> | Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina<br /> |-<br /> | Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko<br /> |-<br /> | Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar<br /> |-<br /> | Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak<br /> |-<br /> | Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič<br /> |-<br /> | Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal<br /> |-<br /> | Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić<br /> |-<br /> | Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski<br /> |-<br /> | Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch<br /> |-<br /> | Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc<br /> |-<br /> | Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač<br /> |-<br /> | Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vsebujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska<br /> |-<br /> | Eva Ratajc || Zakaj so virusi, ki jih prenašajo netopirji, tako smrtonosni? || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200210144854.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik<br /> |-<br /> | Lana Kores || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar<br /> |-<br /> | Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak<br /> |-<br /> | Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković<br /> |-<br /> | Nina Žgajnar || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal<br /> |-<br /> | Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič<br /> |-<br /> | Luka Šegota || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič<br /> |-<br /> | Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih s sintetičnim protitelesom || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob<br /> |-<br /> | Ajda Beltram || Oslabitev proizvodnje L-Serina, derivata glikolize, v astrocitih prispeva h kognitivnim pomanjkljivostim pri Alzheimerjevi bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200303113357.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec<br /> |-<br /> | Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik<br /> |-<br /> | Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič<br /> |-<br /> | Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar<br /> |-<br /> | Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić<br /> |-<br /> | Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko<br /> |-<br /> | Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik<br /> |-<br /> | Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman<br /> |-<br /> | Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik<br /> |-<br /> | Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović<br /> |-<br /> | Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc<br /> |-<br /> | Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores<br /> |-<br /> | Ana Pervanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek<br /> |-<br /> | Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek<br /> |-<br /> | Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar<br /> |-<br /> | Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter<br /> |-<br /> | Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene<br /> |-<br /> | Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram<br /> |-<br /> | Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak<br /> |-<br /> | Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša<br /> |-<br /> | Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor<br /> |-<br /> | Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar<br /> |-<br /> | Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič<br /> |-<br /> | Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov<br /> |-<br /> | Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič<br /> |-<br /> | Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban<br /> |-<br /> | Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova<br /> |-<br /> | Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković<br /> |-<br /> | Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Ajdabeltram