Wiki FKKT - User contributions [en]

BIO1 Povzetki seminarjev

2012-06-15T19:06:08Z

Alenka Mikuž: /* Alenka Mikuž: Pretvorba belega v rjavo maščobno tkivo */

== Tomaž Rozmarič: Inženiring hiper katalitičnega encima ==
Dan danes je uporaba encimov v industriji zelo visoka. Bakterije gensko modificirajo in uporabljajo za sintezo najrazličnejših snovi.Zadnje
čase so bakterije postale zanimive za proizvodnjo energije, saj so sposobne sintetizirati vodik, z njimi porizvajajo bio-goriva in celo
elektriko. Te reakcije so še prepočasne, da bi bile uporabne v masovnih proizvodnjah in bi lahko bile konkurenca že obstoječim virom energije
kot so fosilna goriva(nafta) in jedrska energija. Zato so se znanstveniki začeli spraševati, kako bi lahko povečali hitrost reakcij in prav s
tem so se ukvarjali v članku, katerega sem prebral. Idejo jim je dal mehanizem reakcije v očesu. Ko svetloba pade na rodopsin povzroči vrsto
kemijskih reakcij, med drugim tudi konformacijske. To konformacijo zazna določen protein, ki jo pretvori v električni signal in pošlje do
možganov. Na podlagi tega so se odločili, da bi na nek encim pripeli neko molekulo, katera bi regulirala konformacijo encima, ko bi
to oni hoteli. To so potem naredili s pripetjem azobenzenskega mostu na encim(azobenzen pod določeno valovno dolžino spremeni konformacijo iz
cis v trans in obratno) in ugotovili, da se je hitrost reakcije znatno povečala, kar bi lahko bil velik prelom za biogoriva in druge encimsko
odvisnie reakcije.

== Ana Cirnski: TAL efektorji - proteini, ki urejajo gene ==
TAL (transcription activator – like) efektorji so regulatorni proteini, ki vplivajo na delovanje RNA polimeraze pri prepisovanju DNA. Z vezavnimi domenami se vežejo na specifična zaporedja baz na dvojni vijačnici in tako uravnavajo hitrost sinteze proteinov. Najbolj znani regulatorni proteini so motiv cinkovega prsta, motiv levcinske zadrge in motiv vijačnica – obrat – vijačnica.

TAL efektorje so odkrili v bakteriji vrste Xanthomonas, ki jih je uporabljala za reprogramiranje gostiteljskih celic, tako da so te sintetizirale proteine, ki so ustrezali bakteriji.

Domena TAL efektorja, ki se veže na DNA vsebuje 1-35 TAL ponovitev. Vsaka ponovitev je specifična za en bazni par na DNA in vsebuje 33-35 aminokislin (zadnja je okrnjena na 20 aminokislin), ki so vedno na istem mestu. Izjema sta mesti 12 in 13, znani tudi kot RVD mesti (repeat variable diresidues), ki določata specifičnost med efektorjem in DNA verigo.

TAL efektorji se med seboj ločijo po aminokislinskem zaporedju in številu njihovih ponovitev. Od teh lastnosti je odvisna specifičnost efektorja.
Za prepoznavo specifičnih mest na DNA sta odgovorni RVD mesti, ki določata, kam se bo efektor vezal. Obstaja tudi posebna koda po kateri se en par aminokislin veže na določen nukleotid. TAL ponovitve nimajo medsebojnega vpliva zato jih je lažje sestavljati in tako spremeniti efektor.
Uporabljajo se lahko kot umetni restrikcijski encimi (TALEN) za dvoverižne prekinitve DNA (DSB – [double–strand breaks]), kar povzroči v celici popravljalne mehanizme in vodi do sprememb v genskem zapisu. Lahko pa tudi kot transkripcijski faktor (dTALE) za vklapljanje in izklapljanje genov.

Čeprav je o TAL efektorjih še veliko neznanega, kažejo možnosti za široko uporabo na področju biotehnologije in genetike za izboljševanje lastnosti živil in zdravljenje nekaterih bolezni (HIV).

== Griša Prinčič: DNK nanotehnologija ==
Nanotehnologija je ustvarjanje in inženiring funkcionalnih sistemov na atomskem in molekularnem nivoju. DNK nanotehnologija je veja nanotehnologije, ki izkorišča strukturne in kemijske lastnosti DNK molekule ter iz nje sestavlja strukture, ki ne nosijo informacijskega zapisa in so v velikosti do nekaj 100 nanometrov. Najpomembnejši del pri sintezi DNK makromolekul je optimizirano zaporedje nukleinskih kislin. Sekundarno strukturo lahko tvori več različnih zaporedij baz, vendar bo velika večina teh zaporedij imela tudi negativne medsebojne interakcije, kar bi lahko privedlo do spremembe v obliki sekundarne strukture. DNK molekula ima sposobnost samosestavljanja (self-assembly). Pod določenimi pogoji lahko enotno daljšo verigo DNK pripravimo do zvijanja (folding) oz. tvorbe določene (želene) strukture.

V seminarski nalogi se bom osredotočil predvsem na razvoj tako imenovanih nanorobotov, ki služijo kot specializiran dostavni sistem signalnih molekul do celic v človeškem telesu. Ob aktivaciji receptorja se kapsula odpre in na mesto dostavi signalne ali druge molekule.

Pripravljeni so bili nanoroboti v obliki heksagonalnega »soda«, ki so sposobni prepoznati okvarjene ali rakaste celice s pomočjo aptamernega receptorja, ki služi tudi kot »ključavnični mehanizem«. Učinkovitost prepoznavanja celic in »ključavničnega mehanizma« je bila preizkušena na šestih vrstah rakastih celic. Celic Burkitt-ovega limfoma nanoroboti niso prepoznali (se niso aktivirali), pri ostalih petih vzorcih je bila aktivacija potrjena.

== Bojana Lazović: Vloga prionov pri preživetju divjih kvasovk ==
Kvasovke imajo pomembno vlogo pri odkrivanju in spoznavanju lastnosti prionov. Raziskave na njih lahko močno pomagajo tudi pri razumevanju prionskih bolezni, ki se pojavljajo pri ljudeh.
Znano je, da je velika posebnost prionov ta, da se lahko razmnožujejo brez DNK zapisa. Znanstveniki so pri raziskavah na laboratorijskih kulturah kvasovk prišli do pomembnih ugotovitev, glede vloge prionov pri dedovanju v kvasovkah. Razne konformacije proteinov v teh celicah imajo pomembno vlogo pri epigenetskem dedovanju, to je dedovanju, ki ni odvisno od zapisa na DNK verigi. S svojim delovanjem ustvarjajo dedne fenotipske lastnosti, njihova raznolikost pa spodbuja preživetje v spreminjajočih se okoljih in vpliva na razvoj novih lastnosti. Toda te lastnosti so potrdili le v laboratorijskih kulturah. Zato se je porajalo vprašanje, če enako velja tudi v naravi oz. za »divje« vrste kvasovk ali so ugotovljene značilnosti le umetno vzpodbujene v laboratoriju. Iz tega razloga so biokemično testirali okoli 700 različnih sevov vrste kvasovk Saccharomyce, da bi ugotovili če imajo prisotne prione. Rezultati so potrdili prejšnje raziskave. Tako so potrdili tezo, da prioni v splošnem urejajo nekatere dedne lastnosti v naravi, na način ki korenito poveča sposobnost prilagajanja.

== Vesna Radić: Odziv imunskega sistema z IFN-λ ==
Imunost je sposobnost obrambe telesa pred tujimi oz. škodljivimi snovmi, ki jih imenujemo tudi antigeni. Ko se ti pojavijo v telesu, jih imunski sistem prepozna in se odzove tako, da jih skuša uničiti na različne načine.
IFN lambda že dolgo veljajo kot pomembno orožje v imunskem sistemu v obrambi proti virusom, bakterija, parazitom in tudi tumorom. So namreč interferoni, saj so zmožni posegati v razmnoževanje in delovanje patogenov. Interferoni so celične beljakovine sposobne komuniciranja med celicami in tako na razne načine sprožitve delovanja imunskega sistema. IFN-λ so del razreda II citokinov. Lambda je podoben α, saj oba delujeta proti virusom. Razlika med njima je ta, da IFN-α lahko proizvedejo vse celice, ki imajo jedro, IFN-λ pa le nekaj določenih celic. Makrofagi proizvajajo IFN-λ za odziv na virusne in/ali bakterijske okužbe. Citokin IFN lambda se ustvari predvsem iz limfocita CD8+ T – spominske celice. T celice se aktivirajo ob prisotnosti že znanega antigena če ne pa živijo v neaktivnem stanju, ko se pa znova srečajo z že znanim antigenom, sprostijo IFN-λ.
Regulacija sproščanja IFN-λ še ni povsem znana; na podlagi novih študij izvemo, da se lahko sprostijo tudi brez aktivacije pri kontaktu z antigeni. Prav tako so odkrili tudi, da imajo ti interferoni pomembno vlogo pri zdravljenju hepatitisa B in C, astme in raka.
== Julija Mazej: Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule ==
Lipoproteini so raznovrstni delci, sestavljeni iz proteinskega in holesterolnega dela. Na podlagi deleža proteinov in holesterola v posameznem delcu ločimo 5 vrst lipoproteinov: hilomikrone, LDL,HDL,VLDL in IDS. V seminarju se bom omejila na dva, ki imata še posebej veliko vlogo pri transportu holesterola po krvni plazmi. HDL je lipoprotein visoke gostote in ima prevladujoč proteinski del. Znan je tudi kot dober holesterol, saj prenaša presežni holesterol iz celic do jeter, kjer poteče razgradnja. LDL pa je lipoprotein, ki prenaša holesterol v obratni smeri. V kolikor ima celica dovolj holesterola, se prične ta kopičiti na stenah žil, kar vodi do kardiovaskularnih bolezni. Pred kratkim so znanstveniki odkrili mehanizem pretvorbe dobrega holesterola v slab holesterol, preko majhne molekule CETP. Molekula deluje kot most med obema lipoproteinoma in prečrpa holesterol iz HDL v LDL. To odkritje daje nove perspektive na področju zdravljenja kardiovaskularnih bolezni, ki so glavni vzrok bolezni in prezgodnje smrti v Evropski Uniji in razvitem svetu. Učinkovito zdravilo, bi torej moralo inhibirati delovanje CETP molekule. Po rezultatih raziskave medicinske univerze na Dunaju, pa takšno zdravilo nebi pomagalo pacientom z ledvično odpovedjo. Pri nekaterih pacientih na dializi so namreč izsledili nefunkcionalen HDL. Spregovorila bom tudi o nastanku "<ra slabega" LDL, pri starejših in obolelih za diabetesom tipa 2.

== Ana Grom: Visokotehnološko odkrivanje rakavih celic dojk ==
Rak na dojkah je v današnjem svetu kar velik problem pri ženskah. Metode, ki se uporabljajo za zaznavo le tega, pa niso dovršene. Vsaka od njih (mamografija, ultrazvok, magnetna resonanca in druge) ima kakšno slabo lastnost. Metode, ki bi bila zdravju popolnoma neškodljiva, nezmotljiva, kratkotrajna in cenovno lahko dostopna še ni odkrita. Zato so znanstveniki prišli na idejo, da bi poizkusili z nanodelci detektirati rakave celice. Najprej so si izbrali Her2 protein (Human epidermal growth factor receptor 2), ki bo tarča teh nanodelcev. Za protein so predhodno vedeli, da se v 30% rakavih celic dojk čezmerno izraža. Da bi se magnetni nanodelci usmerili proti rakavim celicam in nanje tudi vezali, so ustvarili nanodelce povezane s protitelesi za Her2 protein. Nato, ko bi se nanodelci vezali na celice, pa bi s posebnimi občutljivimi napravami zaznavali te nanodelce in s tem tudi rakave celice v telesu. Poskusi, ki so jih izvedli, da bi potrdili svoja predvidevanja so bili zelo spodbudni. Uspelo jim je dokazati, da se nanodelci resnično v večji meri vežejo na celice, ki imajo več Her2 receptorjev (rakave celice). Nekaj izmed metod, s katerimi so prišli do teh rezultatov, bom tudi sama predstavila.

== Robert Berger: Svetlobno stikalo za bolečino ==
S podaljševanjem življenjske dobe in vse bolj tveganimi življenjskimi slogi v današnjem času ne moremo mimo bolečin, pa naj bodo akutne ali kronične, zato si medicina prizadeva, da bi jih, če jih že ne more odpraviti, vsaj lajšala. Vendar pri analgetikih in anastetikih pogosto naletimo na sistemske stranske učinke in odvisnosti, zato je odkrivanje novih vrst anastetikov in analgetikov eden pomembnejših ciljev farmacevtske industrije. Quaternary ammonium – azobenzene – quaternary ammonium oziroma QAQ je ena izmed možnih rešitev pri nadzoru bolečine. Sicer obstajajo optogenetske metode za uravnavanje aktivnosti nociceptorjev (bolečinskih receptorjev), vendar so pogosto preveč invazivne, saj zahtevajo spremembo DNK in lahko vodijo v trajne genetske spremembe, kar pa ni vedno zaželeno. QAQ s svojo strukturo omogoča blokado ionskih kanalov v nociceptorjih in tako prepreči bolečinski signal. Njegova posebnost pa je v njegovi strukturi, saj ga lahko z določenimi valovnimi dolžinami svetlobe (380 in 500 nm) spreminjamo med cis in trans izomerom, pri čemer cis izomer dovoljuje nemoten pretok Na+ in Ca2+ ionov, trans izomer pa zapre ionski kanal. Tako lahko prostorsko in tudi časovno nadzorujemo njegovo aktivnost. Pri podobnih anastetikih, kot so npr lidokain, ki deluje na podoben način kot QAQ izomerizacija in s tem tudi časovni nadzor nista možna.

== Erik Janežič:Raziskave golih krtovskih podgan (GKP) ==
Tekom zgodovine je velika večina tehnoloških iznajdb našla navdih v živalskem svetu. Danes pa morda prav živali kot so gole krtovske podgane, skrivajo odgovera na nekatera največja vprašanja človeštva kot sta zdravljenje raka in staranje. Gole krtovske podgane niso pritegnile posebne pozornosti med zannstveniki, dokler ni bil v 2. trtjini 20. stoletja pri njih odkrit eusocialen način življenja. Do danes so bile odkrite izjemna lasttnosti golih krtovskih podgan kot naprimer; odpornost na raka, na hipooksično okolje, neobčutljivost na iritacijo s kislinami ter izredno dolga življenska doba v primerjavi z drugimi glodalci. V seminarski nalogi vam bom predstavil nekaj splošnih značilnosti golih krtovskih podgan in njihove odpornosti na rakava obolenja, podrobneje pa bom predstavil raziskavo, ki se je ukvarjala z opazovanjem intracelularnega kalcija pri izpostavitvi možganskih celic GKP hipooksičnem okolju. Povečane koncentracije intracelularnega kalcija v možganskih celicah je namreč glavni razlog, da celice odmrejo oziroma imajo trajne poškodbe strukture in funkcije.

== Špela Tomaž: Specifično gibanje motornega proteina dineina ==
Za normalno delovanje celic in potek celičnih procesov, so med drugim izredno pomembne funkcije transporta, organizacije ter gibanja celičnih delov in organelov. Nalogo opravljajo tako imenovani motorni proteini, ki aktivno prenašajo tovor z enega dela celice na drugega, s svojim gibanjem omogočijo delovanje bičkov ter migetalk in so odgovorni tudi za gibanje mišic. Posebej zanimiva je mehanika njihovega premikanja, saj zaradi sprememb v konformaciji njihovih sestavnih proteinov dobesedno korakajo po svoji bazi (mikrotubuli ali aktinski filamenti). Medtem ko je kinetika gibalnih proteinov miozinov in kinezinov že raziskana, pa je premikanje tretje vrste, dineinov, še vedno slabo poznano. Dineini se v mnogih strukturnih lastnostih od ostalih vrst razlikujejo, kar posledično vpliva tudi na njihovo korakanje, ki ni urejeno in periodično, tako kot pri miozinih in kinezinih. Sposobni so različno dolgih korakov, ne le naprej in nazaj, temveč tudi vstran pod različnimi koti. Izmenično preklapljajo med koordiniranim in nekoordiniranim gibanjem in so nepredvidljivi ter dinamični, kar bi jim predvidoma lahko prinašalo mnoge ugodnosti in boljše sposobnosti prilagoditve. V seminarski nalogi bom opisala nekatere ugotovitve nedavnih raziskav ter predstavila nekatere odkrite značilnosti gibanja dineina.

== Samo Zakotnik: Telomeri in nesmrtnost celic ==

Človeštvo že odkar obstaja sanja o nesmrtnosti, o večnem življenju. Medicina je skozi človeško zgodovino uspešno podaljševala življenja z odkrivanjem vedno novih zdravil in zdi se, da je v prihodnosti možno doseči nesmrtnost, toda le, če bomo premagali staranje. Starost samih celic pa je močno povezana z dolžino telomerov. Telomer je ponavljajoče se zaporedje nukleotidov, ki ščitijo kromosome pred poškodbami. Premajhna dolžina telomerov naj bi vodila v razvoj škodljivih mutacij in razvoju onkogenov, ki vodijo v nastanek raka. Da bi lahko preprečili škodljivo krajšanje telomerov moramo podrobno preučiti mehanizme, ki zagotavljajo ohranjanje dolžin telomerov v okvirjih, ki niso potencialno škodljivi, ali celo omogočajo obnavljanje telomerov in njihovo podaljševanje, kar bi vodilo do celične nesmrtnosti. Vse to je povezano s samo zgradbo telomerov in delovanjem telomeraze, encima, ki skrbi za podaljševanje telomerov.
V drugem delu seminarja pa bom predstavil mehanizme somatskega obnavljanja telomerov in posledice inhibicije telomeraze na primeru ploskih črvov vrste Schmidtea mediterranea. Vrsta je predmet preučevanja že več kot 200 let zaradi izjemnih sposobnosti regeneracije, v sedanjem času pa postaja vse pomembnejši modelni organizem za preučevanje telomer in delovanja telomeraz. Leta 2010 so podelili Nobelovo nagrado za medicino in fizlologijo prav za odkritje, kako so konci kromosomov zaščiteni s telomeri in za odkritje encima telomeraze.

== Zala Gluhić: Rubisco aktivaza ==

Rubisco je encim, ki v temotnih reakcijah fotosinteze katalizira pretvorbo sladkorja ribuloza-1,5-bifosfat v molekuli 3-fosfoglicerata, iz katerih se nato lahko tvori glukoza. Vezava ribuloze-1,5-bifosfata na nekarboksiliran encim Rubisco inhibira. Za nemoten potek fotosinteze je potrebno sladkor odstraniti, kar v rastlinah poteka s pomočjo ATP odvisnega procesa z encimom Rubisco aktivaza. Rubisco aktivaze delimo na zeleni in rdeči tip. Struktura pri zelenem tipu je bila pojasnjena s pomočjo Rubisco aktivaze, poimenovane Rca, pri vrsti tobakovca N. tabacum. Pri rdečem tipu so bili izolirani kristali kompleksa iz rdeče alge R. sphaeroides (Rubisco aktivazo so poimenovali Cbbx). Pri obeh proteinih so odkrili podobno zgradbo. Sestavljena sta iz dveh domen - α/β poddomene ter α-vijačnica poddomene. Za svoje delovanje potrebujeta ATP, tvorita heksamerne obročaste strukture, na sredini katerih se nahaja pora. Zaenkrat mehanizem njunega delovanja še ni pojasnjen. Sklepajo, da gre pri Rca za premestitev Rubisca do centralne pore, kjer zanke destabilizirajo Rubiscovo aktivno mesto. Pri Cbbx pa verjetno sodeluje podaljšan C-konec Rubisca, ki ga aktivaza potegne v poro in s tem sprosti zanko, ki na Rubiscu veže sladkor, zato se sladkor lahko odcepi in Rubisco spet normalno deluje naprej.

== Katarina Tolar: Razvoj plastidov (kloroplastov) in Paulinella ==

Endosimbioza in posledično razvoj organelov je še vedno dokaj nepojasnjena. Čeprav je čedalje več rezultatov raziskav, ki endosimbiotsko teorijo potrjujejo in razlagajo. Najprimernejši in najuporabnejši organizem za raziskovanje in preučevanje tega dela evolucije je organizem Paulinella chromatophora. Ta organizem je najprimernejši, ker znanstveniki verjamejo, da je to najbolj izvoren še živeč fotosintetski protist. P. chromatophora naj bi bil en prvih organizmov, ki je vključil cianobakterije. Plastidi, ki so vključeni v različnih vrstah protistov se med seboj razlikujejo. Ugotovili so, da je genom plastida močno reduciran, v nekaterih vrstah plastidov bolj, v drugih manj. Vendar so med njimi velike podobnosti. Prav tako so dokazali, da so se plastidi res razvili iz cianobakterij, saj obstaja ogromna podobnost med genomi cianobakterij in genomi plastidov. Ker je genom plastidov močno zreduciran, so posledično plastidi močno odvisni od jedra. Zato so plastidi in gostiteljska celica razvili Tic in Toc premestitven sistem, ki omogoča prenos proteinov, ki so pomembni za gradnjo in razvoj plastidov iz citoplazme v sam plastid. Ta premestitveni sistem se je razvijal skupaj z rastlinami. Vendar je ohranjal tudi cianobakterijske lastnosti. To je še en dokaz, ki potrjuje endosimbiotsko teorijo.

== Barbara Dušak: Funkcionalne posledice spremenjenih podenot v RNA polimerazah ==

RNA polimeraze so encimi, ki usmerjajo transkripcijo DNA in sodelujejo pri genski regulaciji. V vseh evkariontskih organizmih so prisotne tri različne RNA polimeraze (I, II, III), rastline pa imajo še dve dodatni polimerazi RNA (IV in V). Polimeraze RNA II, IV in V so sestavljene iz 12 različnih podenot, ki imajo različne vloge. Izbrana raziskava se je osredotočila na delovanje devete podenote, ki ima dve različici, 9a in 9b, v Pol II, IV in V pri rastlini Arabidopsis thaliana. Izkazalo se je, da imata nefunkcionalni podenoti različne posledice na delovanje polimeraz. Raziskave so izvajali s križanjem rastlin divjega tipa z mutantkami 9a-1 in 9b-1, nato pa opazovali spremembe v organizmu. Heterozigoti 9a-1 niso kazali nobenih sprememb, 9b-1 pa so se fenotipsko razlikovali od divjega tipa. Homozigoti za mutirani različici obeh genov se sploh niso razvili.
Predstavila bom spremembe, ki so se pojavile na molekularnem nivoju, v povezavi s tem, kar je že znano o delovanju polimeraz RNA.

== Rok Razpotnik: Botulinum toksin v kompleksu z NTNHA (nehemaglutinirajočimi proteini) ==

Botulinum toksin je najmočnejši do sedaj odkriti nevrotoksin. Botulinum nevrotoksin je možen agent za bioterorizem, po drugi strani pa se uporablja v terapijah in kozmetični industriji, znan pod imenom botox. V obeh primerih deluje kot inhibitor acetilholina, pri čemer napade živčne celice. Preden pa uspe priti do živčnih celic, ki nadzirajo delovanje mišic, mora toksin, pri zaužitju, iti skozi dolgo pot – preko celotne prebavne poti, kjer so prisotni številni prebavni encimi in izredno močno kislinsko okolje, do črevesja, kjer je nato vsrkan v krvni obtok, kjer se prevaža vse do živčnih celic. V seminarski nalogi vam bom predstavil organizem, ki proizvaja omenjeni nevrotoksin; bolezensko stanje, ki ga povzroča kontaminacija z botulinum toksinom; strukturo ter mehanizem delovanja, ter na koncu izsledke raziskave, kjer so ugotovili mehanizem delovanja kompleksa, v katerem je nevrotoksin vezan pri poti skozi prebavni trakt. V raziskavi so ugotovili, da se botulinum toksin veže v zaprt in stabilen kompleks z netoksičnim nehemaglutinirajočim proteinom (NTNHA), ta pa ga varuje pred ekstremnimi pogoji v želodcu (nizek pH, delovanje prebavnih proteaz). Kompleks se razpusti ko ta preide v črevesje, kjer vlada nevtralna pH vrednost. Tako prosti botulinum toksin v črevesju vstopi v krvožilje, ki potuje naprej do kolinergičnih nevronov, ker povzroči inhibicijo acetilholina. To se kaže v paralizmu mišic. Ugotovili so torej, da je mehanizem vezave botulinum toksina ter NTNHA ter preživetja nevrotoksina pogojen z mehanizmom spremembe pH vrednosti.

== Erik Mršnik: Vloga Oct4 pri izražanju genov matičnih celic ==

Med sesalčevim razvojem je potrebno, da iz ene totipotentne celice nastane več kot dvesto različnih tipov celic. Inducirane pluripotentne zarodne celice (ali krajše iPSCs) je možno pridobivati tudi iz somatskih celic z ekspresijo transkripcijskih faktorjev, ki so navadno izraženi v ESCs. Pluripotentno stanje se da vzdrževati z določenimi citokini. Na primer z LIF-om ali BMP4.
Transkripcijski faktor Oct 4 (iz družine PouV) je osnoven za nastajanje in vzdrževanje iPSCs in ESCs. Če ga odstranimo, povzročimo diferenciacijo teh celic. Oct4 se izraža tudi v fazi gastrulacije matičnih celic, kjer blokira prezgodnjo diferenciacijo. Kljub mnogim raziskavam pa še vedno ni povsem znano, kako Oct4 deluje kot transkripcijski faktor pri reguliranju diferenciacije. Nekateri eksperimenti so pokazali, da lahko deluje kot aktivator ali represor genske transkripcije.
Odkrili so, da se Oct4 pri svojem delovanju združuje z nekaterimi drugimi transkripcijskimi faktorji. Predvsem z Sox2 (iz družine HMG) in Nanog. Ti naj bi istočasno kontrolirali izražanje genov in regulirali razvoj ESCs.
V tej študiji so se posvetili derivatom Oct4, ki so jih izdelali izključno kot aktivatorje ali represorje transkripcije. Vsak protein ima PouV DNA-prepoznavno sekvenco združeno z močno aktivacjsko (VP16) ali represijsko (Engrailed ali HP1) regijo transkripcije. Tekom študije so ugotovili, da pravzaprav samo aktivatorska oblika povzroči nastanek iPSCs. Aktivatorska fuzija vzdržuje rast in pluripotentnost mišjih ESCs, ki jim manjka »divjega tipa« Oct4. Oct4-aktivatorska fuzija lahko prepreči pluripotentost ne glede na pisotnost LIF-a. Predvidevajo, da delovanje Oct4 kot aktivatorja zadošča za povzročitev nastanka iPSC in vzdrževanje ESCs.

== Matej Vrhovnik: Nove spojine, ki preprečujejo širjenje in izboljšajo zdravljenje raka ==

Glioblastom je oblika agresivnega malignega raka, ki se razvije iz vezivnega tkiva v možganih. Po operaciji imajo pacienti naveč 2 leti življenja, brez zdravljena nekje do 3 mesece. Problem se pojavi po operaciji, kjer se odstrani do 99% rakastega tkiva in obsevanju, ker noben kemoterapevtik ne deluje dovolj učinkovito. Glioblastom tvori veliko metastaz, ki so zelo razširjene po zdravem tkivu in zato ne moremo z kemoterapevtiki napasti vse rakave celice, ker bi uničili tudi preveč zdravega tkiva, oziroma zdravilo ima preveč blag učinek.
Znanstveniki so zato ustvarili spojino imipramine blue. Deluje tako, da inhibira tvorjenje reaktivnih kisikovih spojin, inhibira NADPH-oksidazo in reorganizira aktin v citoskeletu. Ravno reaktivne kisiko spojine so krive za invazivno širjenje rakastih celic po zdravem tkivu, kar pa imipramine blue prepreči, posledično je rak v strjeni skupini, kjer kemoterapevtik lažje opravi svoje delo. Dokazali so, da v kombinaciji z doxorubicinom zelo podaljša življenjsko dobo podgan, ki imajo tumor RT2, ki je zelo podoben človeškemu glioblastomu. Prav tako preprečuje poškodbo krvno-možganske pregrade, kar je ponavadi eden izmed stranskih učinkov kemoterapevtikov.

== Matic Kovačič: Kronični stres vodi do poškodb DNA ==

Stres je pri ljudeh prisoten že odkar imata nadledvični žlezi sposobnost izločanja stresnih hormonov, kot sta na primer adrenalin in noradrenalin. Včasih sta se hormona izločala kratek čas med bojem in telo pripravila na lažje preživetje. Danes pa smo v moderni družbi zaradi hitrega načina življenja in obveznosti, ki jih moramo izpolniti, podvrženi stresu skoraj ves čas. Dolgoročni stres, ki se imenuje tudi kronični stres, ima na naše zdravje in počutje negativne posledice. Znanstveniki so s poskusi na miših, na katerih so simulirali kroničen stres, ugotovili, da kronični stres vodi do povečanih napak v DNA z zmanjšanjem koncentracije proteina p53. Stresni hormoni, kot je recimo adrenalin, se vežejo na β2-adrenoreceptorje, kar povzroči večji izvoz proteinov p53 iz jedra v citosol, kjer jih proteasom razgradi. Protein p53 imenujejo tudi varuh genoma, saj v primeru poškodbe DNA zaustavi celični cikel in aktivira popravljanje poškodovanih delov DNA, če pa so poškodbe DNA prevelike, p53 povzroči celično smrt. Neka druga skupina znanstvenikov pa je ugotovila, da kroničen stres tudi zelo močno pospeši rast tumorjev. Povedal bom nekaj splošnih stvari o stresu in proteinu p53, nato pa predstavil raziskave in ugotovitve znanstvenikov.

== Andreja Kukovec: Epigenetska blokada kognitivnih funkcij pri Alzheimerjevi demenci ==

Alzheimerjeva demenca je ena od najpogostejših oblik demence. Večinoma se pojavi po 65. letu starosti. Eden začetnih simptomov je poslabšanje spomina, kar posamezniki pogosto napačno interpretirajo kot posledico staranja ali stresa. Gre za nevrogenenrativno bolezen. Točen vzrok nastanka Alzheimerjeve demence še ni znan. Dandanes je v veljavi opredelitev, da je Alzheimerjeva demenca posledica akumuliranja napačno zvitih proteinov - t. i. beta amiloidni plaki. Prisotni so tudi nevrofibrilarni vozli, ki se pa, za razliko od amiloidnih plakov, nahajajo znotraj nevronov. Histoni so bazični proteini, okoli katerih se ovije DNA. Na nestabilnih aminokislinskih koncih histonov se odvijajo različne modifikacije, ki regulirajo izražanje genov. Med slednje spadata tudi acetilacija in deacetilacija, ki imata pomembno vlogo pri izražanju genov, ki so povezani s spominom in učenjem. V raziskavi so ugotovili, da je histon HDAC2 pri bolnikih z Alzheimerjevo demenco prisoten v preveliki meri, kar blokira izražanje genov, pomembnih za spomin. Ko so z inhibitorji zmanjšali nivo HDAC2 se je nevronom povrnila sinaptična plastičnost in izražanje s spominom povezanih genov. To znižanje HDAC2 pa se je pokazalo tudi kot izboljšanje kognitivnih funkcij (pri miših), kar pomeni, da bi te ugotovitve lahko imele pomembno vlogo pri zdravljenju Alzheimerjeve demence.

== Sara Bitenc: Okužba s Toxoplasmo gondii in povečana količina dopamina ==

Kljub veliki farmacevtski ponudbi cepiv in antibiotikov na tržišču se žal ne moremo izogniti nekaterim infekcijskim boleznim, katerih vzrok so mikroorganizmi. Eden izmed takšnih organizmov, ki povzroča povsem svetu razširjeno in zahrbtno bolezen t. i. toksoplazmozo, je Toxoplasma gondii, znotrajcelični zajedavec. Ta zahteva tako gostitelja kot tudi vmesnega gostitelja, da je življenjski cikel parazita sklenjen. Ciste parazita povzročajo kronično infekcijo, pri čemer se razširijo v gostiteljeve mišice in možgane (največjih delež teh se je nahajal v amygdali in nucleus accumbens – predela v možganih), v posameznih znotrajceličnih tkivnih cistah pa T. gondii tvori več sto bradiozit. Da bi znanstveniki podali zaključek v zvezi s spremembami količine dopamine, so s paraziti okužene možgane pri miših raziskovali s protitelesi dopamina in ugotovili,da parazit prevzame nadzor nad gostiteljsko celico in začne spreminjati nevrotransmitsko signalno transdukcijo, kar v organizmu izzove različne vedenjske spremembe. Glavna ugotovitev moje seminarske naloge je, da je količina sproščenega dopamina povezana s številom parazitov v gojeni kulturi. Poskusi, ki jih bom predstavila, so bili izvedeni »in vivo« in »in vitro«. Veriga interakcij med patogenom (tistim, ki povzroča bolezen – T. gondii) in njegovim gostiteljem (v našem primeru je ta žrtev naša npr. živčna celica) je torej zelo zapletena; nedolgo nazaj je znanstvenike begala povezava med parazitom in njegovim obnašanjem… Danes pa vemo, da je za spremembe v metabolizmu dopamina ključna T. gondii, ta dognanja pa bodo prispevala k razlagi razvoja bolezni pri bolnikih s toksoplazmozo in nekaterih psihovedenjskih bolezni.

== Jan Taškar: Mikrobske gorivne celice in uporaba umetnega konzorcija bakterij ==

Današnji svet se približuje energetski krizi, saj smo še vedno v preveliki meri odvisni od fosilnih goriv, ki jih bo kmalu zmanjkalo,a še vedno nimamo dovolj razvitih alternativnih virov energije, ki bi jih lahko nadomestili. Zato se stalno odkriva nove alternativne načine pridobivanja energije, kot so tudi mikrobske gorivne celice. Mikrobska gorivna celica ali MFC (microbial fuel cell), kot druge gorivne celice, proizvaja električni tok, le da za njegov nastanek izkorišča naravne procese mikroorganizmov, kjer se nek organski substrat razgradi in nastanejo elektroni. Sama ideja pridobivanja elektrike s pomočjo mikroorganizmov nam je znana že od leta 1911, vendar se je zanimanje za njih povečalo šele po sedemdesetih letih prejšnjega stoletja, ko so počasi začeli bolje razumevati mikroorganizme prisotne pri pridelavi elektrike, ter odkrivati nove načine za izboljšanje delovanja in s tem tudi potencial MFC-jev kot čisti vir energije. Dandanes je vloženo veliko truda v izboljšanje in tudi boljše razumevanje te zelo potencialne tehnologije, z namenom da bi nekegega dne lahko dosegli dovoljšen izkoristek da bi s pomočjo posebnih mikroorganizmov hkrati čistili odpadne vode, ter istočasno pridobivali dovolj elektriko za naše potrebe.

== Monika Biasizzo: Vloga TOR signalne poti pri regeneraciji tkiv ==

Regeneracija je proces obnavljanja, popravljanja in rasti, ki omogoče organizmom ustrezen odgovor na poškodbe ali motnje, ki negativno delujejo na organizem. Poškodovano ali izgubljeno tkivo morajo nadomestiti nove celice, zato sta potrebni celična rast in delitev. Celično rast in delitev sprožijo in omogočijo različne signalne poti in mehanizmi. Ena izmed pomembnih signalnih poti je TOR signalna pot. Protein TOR oziroma tarča rapamicina je glavni protein TOR signalne poti, ki vpliva na sintezo proteinov preko stimulacije mRNA translacije, transkripcije in biosinteze ribosomov. TOR signalna pot lahko sproži in zavre sintezo proteinov glede na zunanje signale, kot so dostopnost hranil, rastni hormoni in nivo celične energije. Zaradi te signalne poti celica ob premajhni količini hranil in energije ne raste in se ne deli, saj je sinteza proteinov zavrta. Ta mehanizem omogoča celicam, da rastejo in se delijo le, ko imajo na voljo dovolj snovi. Vlogo TOR signalne poti pri regeneraciji tkiv so raziskovali pri ploskih črvih rodu ''Planaria'', ker imajo izredno sposobnost regeneracije. Skupino ploskih črvov, ki so jim utišali izražanje gena za protein TOR s tehnologijo RNAi, so primerjali s kontrolno skupino med regeneracijo po amputaciji. Ugotovili so, da ima TOR signalna pot pomembno vlogo pri mitotski delitvi in tvorjenju blastem – novo tkivo, kjer se manjkajoče strukture regenerirajo. TOR signalna pot je v zadnjem času predmet raziskav za terapije proti raku in inhibicija TOR v planarijih nam lahko pokaže posledice dolgoročne inhibicije TOR signalne poti.

== Matic Urlep: Odpornost bakterij na sulfonamidne antibiotike ==

V današnjem času je vedno več bakterij, ki so postala odporna na veliko antibiotikov in to postaja vedno večji problem. V svojem seminarju bom opisal raziskavo znanstvenikov ustanove » St. Jude Children's Research Hospital «. Ti so se osredotočili na sulfonamidne antibiotike. Ti antibiotiki inhibirajo delovanje dihidropteroat sintaze, encima ki je ključen pri biosintezi folne kisline. Folat ali folna kislina pa pomaga pri sintezi DNA, popravi DNA in pri hitri celični delitvi. Sposobnost bakterij do prilagoditve je naredila te antibiotike skoraj neuporabne. Znanstveniki pod okriljem Mi-Kyung Yuna so se osredotočili na delovanje DHPS ( dihidropteroat sintaza ) in kaj se dogaja z aktivnim mestom med samo biosintezo dihidropteroata in kako sulfoamidi uničijo bakterije. Njihova odkritja odpirajo možnosti za proizvodnjo novih antibiotikov na katera bi se bakterije težje prilagodile in bi imeli manj stranskih učinkov.

== Maja Kostanjevec: Antioksidanti - spojine, ki lahko poškodujejo DNA ==

Antioksidanti so spojine, ki ščitijo celice pred škodljivimi radikali, ki nastajajo v procesu oksidacije. Njihovi učinki se danes raziskujejo v povezavi z različnimi boleznimi, saj je za njih značilno, da imajo na telo pozitivne učinke. Vendar pa je raziskava genotoksičnih spojin pokazala, da lahko nekateri v velikih koncentracijah poškodujejo DNA. Za določitev genotoksičnih spojin so raziskovalci ustvarili novo metodo analize, ki temelji na povišanju ravni proteina ATAD5. Ta se v celici pojavi ob poškodbi DNA, saj zavira genomsko nestabilnost in nastajanje tumorjev ter sodeluje pri popravljanju DNA. Za tri antioksidante (resveratrol, genisteinin in baicalein) so v raziskavi dokazali, da lahko uničijo celice, za katere je značilna hitra delitev, poleg tega pa so tudi selektivni, kar pomeni, da ne poškodujejo celic okoli njih. V celici ne povzročajo večjih preureditev in premestitev kromosomov. Te lastnosti omogočajo potencialno uporabo antioksidantov v prihodnosti pri zdravljenju raka, saj je moč njihove genotokičnosti primerljiva s trenutno uporabljajočimi kemoterapevtiki. Poleg tega pa so antioksidanti selektivni in ne povzročajo mutageneze, zaradi česar bi bili primernejši od zdajšnjih kemoterapevtikov. Vsekakor pa bo potrebno še več raziskav, ki bodo podrobneje pokazale, katere vrste rakastih celic ti antioksidanti uničujejo.

== Katja Leben: Vpliv zgradbe agregiranih proteinov na celico ==

S podaljševanjem življenske dobe postajajo vse bolj aktualne tudi nekatere bolezni, ki se pojavijo s starostjo, kot sta Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen. Obe sta povezani s proteinskimi agregati, ki se nalagajo v organizmu.
Preden proizvedeni protein doseže nativno stanje je kratek čas izpostavljen topilu in takrat lahko hidrofobni in polarni deli, ki tvorijo vodikove vezi, reagirajo intra ali pa intermolekularno, predvsem so k temu nagnjeni proteini, ki nimajo enotno določene sekundarne in terciarne strukture. V določenih pogojih, primer je tudi visoka koncentracija proteinov, ki je značilna za rekombinantne proteine, prevladajo intermolekularne interakcije in nastanejo agregati, kar privede do problemov pri ekspresiji rekombinantnega proteina.
Agregacija proteinov v celici je dokazano toksična, a do nedavnega je bil vpliv zgradbe proteinov, ki sestavljajo agregate, na celično kondicijo nepoznan. Izsledki raziskav kažejo, da je vpliv agregacije proteina na celico tesno povezan z aminokislinskim zaporedjem polipeptida, ki tvori agregat. Pogojuje stopnjo agregacije ter posredno strukturne in funkcionalne lastnosti agregata, od katerih je odvisen učinek šaperonov na agregate.
Ugotovitve raziskave so zagotovile osnovne podatke o vplivih mutacij v zaporedju na strukturne lastnosti agregatov, ki bodo omogočile predvidevanje vplivov proteinskih agregatov na kompleksnejše žive organizme in nadaljnje raziskave, ki bi vodile k razumevanju in posledično zdravljenju bolezni kot je Alzheimerjeva.

== Filip Mihalič: Kako lizocimi v solzah uničijo nevarne bakterije ==

Lizocimi so encimi, ki jih najdemo v človeških solzah ter smrklju in katalizirajo razcep glikozidne vezi med dvema monosaharidnima enotama v molekuli peptidoglikana, v celični steni bakterije ter s tem povzroči njen propad. Sam mehanizem kako lizocim katalizira razcep te vezi, ter njegovo spreminjanje konformacije med procesom sta bila do nedavnega še precej neraziskana, saj znanstveniki niso poznali metode s katero bi lahko opazovali posamezne molekule.
Raziskovalci z univerze "Univerza v Kaliforniji, Irvine", so pred nedavnim uporabili nov pristop za opazovanje posameznih makromolekul, in sicer so eno samo molekulo lizocima povezali z karbonsko nanocevko prek pirenskega sidrišča ter nato spremljali tresljale ki jih je sprožila molekula lizocima. ob tem so prišli do zanimivih ugotovitev, saj so lahko zelo natančno določili gibanje molekule ter njeno obnašanje v procesu cepitve glikozidne vezi. Bolj kot samo opazovanje lizocima je pomembna sama metoda s katero so opazovali molekulo, saj odpira nove možnosti na opazovanju posameznih molekul v naravnem okolju - metod ki bi omogočale opazovanje posameznih molekul je zelo malo pa še te so po večini nezanesljive, oz. neuporabne za daljše opazovanje molekul. V predstavitvi bom povedal najprej nekaj o lizocimu, nato pa se bom posvetil znanstveni raziskavi ter njenim rezultatom.

== Mirjana Malnar: Zastoji v procesu translacije ==

Translacija je prevajanje nukleotidnega zaporedja mRNA v aminokislinsko. Pri procesu translacije pride do zastojev (trenutna prekinitev translacije ali upočasnjena translacija). Ti zastoji so posledica ali določenega zaporedja baz mRNA ali interakcij med novo sintetiziranim polipeptidom in ribosomskim tunelom. V raziskavah se je izkazalo da so različni predeli ribosomskega tunela različno ugodni za določene delce (odvisno od velikosti, polarnosti, hidrofobnosti delcev). Posledično bodo polipeptidi, odvisno od svojih lastnosti čez tunel potovali različno (zastoji na različnih mestih ipd.). Raziskave so bile narejene na primeru E.coli. secA je motorni protein E.coli ki sodeluje pri prenosu proteinov čez celično membrano. Njegova sinteza je regulirana s translacijo secM proteina, katerega se kodirajoča sekvenca nahaja navzgor od kodirajoče sekvence secA (na isti mRNA). Ugotovili so da določeno zaporedje aminokislin secM tvori interakcije z ribosomskim tunelom zaradi česa pride do zastoja v translaciji. Če je ta zastoj daljši, se sintetizira več secA proteina. V drugih raziskavah so prišli do ugotovitve da do zastojev pride tudi pri translaciji kodirajoče sekvence za secA, ampak ti zastoji niso bili povezani z interakcijami z ribosomskim tunelom. Izkazalo se da sekvence podobne Shine-Dalgarno sekvencami (SD) v kodirajočem zaporedju mRNA povzročijo te zastoje zaradi interakcij z rRNA. (SD sekvenca je pomembna ker se veže z anti-Shine-Dalgarno sekvenco na rRNA in pri tem tvori mRNA-ribosom kompleks; nahaja se 8-10 baz pred start kodonom). Bolj so te sekvence podobne SD, večjo imajo afiniteto do vezave z anti-SD na rRNA in posledično povzročajo daljše zastoje.

== Ellen Malovrh: Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje ==

Proteini sodijo med najkompleksnejše in najštevilčnejše organske molekule v celicah in omogočajo njihovo pravilno delovanje. Že med samim nastankom ali v času delovanja pa se lahko izkaže, da so proteini nefunkcionalni, zato je za celico izjemno pomemben proces razgradnje takih proteinov in sinteza novih. Proteini, ki se počasi obnavljajo oziroma imajo dolge življenjske dobe, so zato bolj izpostavljeni kopičenju škode.
Taki so tudi proteini nukleoporini, ki tvorijo kompleks jedrne pore, ki omogoča transport molekul med citoplazmo in jedrom. V raziskavi, ki sem jo predstavila v seminarski nalogi, so znanstveniki v možganih podgan odkrili nukleoporine, ki so bili stari celo več kot eno leto. Poškodbe na teh proteinih povečajo prepustnost jedrnih por, zato lahko citoplazemski proteini vdirajo v jedro. Spremeni se lahko tudi genski zapis v celici, kar je bilo opaženo predvsem pri starajočih se celicah.
Pričujoča raziskava bi tako lahko rešila eno od ključnih znanstvenih vprašanj o življenju: kako in zakaj se celice starajo ter posledično omogočila razvoj novih načinov zdravljenja starostno pogojenih bolezni. Spremembe v genskem zapisu so namreč odgovorne za staranje celic in lahko vodijo do številnih starostnih bolezni, kot sta Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen.

== Ana Kunšek: Proteini za zaznavanje bolečine ==

Mehanska zaznava je zelo pomembna pri vsakodnevnih opravilih. Organe, ki nam prevajajo zunanje dražljaje pa imenujemo čutila. Eno izmed pomembnejših (če ne ravno najbolj pomembno) je prav zagotovo čutilo za tip, saj z njim zaznavamo še tako majhne dražljaje, vročino, električni tok, itd. Vse to pa poteka prek električnega toka po živčnih celicah v našem živčnem sistemu. Ampak, ste se že kdaj vprašali kdo je pravzaprav odgovoren za delovanje tega oz. vseh čutil? 
Nekaj o čutilih so pravzaprav že ugotovili. Ugotovili so, kako se prenašajo dražljaji po nevronih, kako se začnejo premikati mišice in v katere dele naših možganov potujejo električni dražljaji iz različnih čutil. Nikoli pa še niso ugotovili kdo v celicah je odgovoren za zaznavo dražljajev in kaj s to zaznavo naredi.
V svojem seminarju se bom osredotočila prav na protein, ki je zanj odgovoren. Prav tako bom razložila kako (če) se spremeni delovanje, če organizmu z rezanjem eksonov iz DNA odstranimo gen za ta protein in ga potem v svojem življenju nima. 
S to študijo so si odprli nove poti za ugotavljanje kako deluje naš čutilni sistem, kar bodo v prihodnosti s pridom izkoristili za preučevanje zaznavanja zvoka, krvnega tlaku, in ostalih mehanizmih v človeškem telesu, ki s svojim delovanjem pritiskajo na celične membrane, kar bi lahko vodilo v lažje zdravljenje zdravstvenih težav.

== Aleksander Benčič: S1P₁ receptorji in njihov pomen ==

Eden od osnovnih mehanizmov v celici, ki je pogoj za delovanje vseh živih organizmov je signalizacija in sporazumevanje celice z okoljem. Zaradi tega so se v celicah razvili številni mehanizmi za komunikacijo, ki jim omogočajo opravljanje njihovih bioloških funkcij. Eden najpomembnejših tovrstnih mehanizmov so receptorji, prisotni na membrani celice. V svoji seminarski nalogi se bom osredotočil na vlogo in delovanje enega od teh receptorjev imenovanega sfingozin-1-fosfat receptor 1. V prvi raziskavi so znanstveniki preučili mehanizem delovanja novega zdravila za multiplo sklerozo fingolimod, ki je modulator S1P₁ receptorjev. Do sedaj je veljala domneva, da naj bi fingolimod preprečeval izhajanje limfocitov iz limfnih vozlov in tako blažil simptome multiple skleroze, vendar so v tej raziskavi ugotovila, da je glavni mehanizem delovanja povezan s signalnimi potmi v centralnem živčnem v katerih sodelujejo S1P₁ receptorji. Druga raziskava je bila prav tako povezana z signalnimi potmi v centralnem živčnem sistemu, ki jih uravnava sfingozin-1-fosfat. Preučili so vpliv, ki ga imajo na migracijo zarodnih živčnih celic ob poškodbi centralnega živčnega sistema v smeri poškodbe. Vse te raziskave so pokazale, da imajo S1P₁ receptorji izreden pomen na delovanje telesa vendar številni od mehanizmov delovanja še niso raziskani. Iz teh raziskav je viden velik potencial, ki ga imajo na področju zdravljenja številnih obolenj povezanih predvsem z osrednjim živčnim sistemom in poškodbami le tega.

== Jakob Gašper Lavrenčič: Uporaba fotosintetskega sistema I za bio-sončne celice ==

Zaradi naraščajoče potrebe po energiji poskuša veliko znanstvenikov odkriti učinkovit način pridobivanja energije, ne da bi dodatno obrmenili okolje. Znanih je mnogo načinov pridobivanja okolju prijazne energije, od veternic do elektrarn, ki izkoriščajo valovanje morja. Zato bom v svoji seminarski nalogi predstavil zelo obetajoč način pridobivanja energije, ki izpolnjuje naštete pogoje. Bio-sončne celice predstavljajo poceni način pridobivanja električne energije, ki izkorišča učinkovitost rastlinski beljakovin za proizvodno električne napetosti. Predvsem se izkorišča fotosintetski sistem I (PS-I), katerega lastnost je ravno prenos elektronov preko membrane, kar je bistveno za potek fotosinteze. Njihova največja prednost je ravno v tem, da lahko njihovo glavno surovino PS-I, poceni pridobivamo iz zelenih rastlinskih tkiv, tudi v industrijskem merilu. Raziskovalna skupina je sestavila dve sončni celici, s katerima so preizkušali lastnosti in učinkovitost PS-I, saj so mnoge predhodnje raziskave naletele na obilico težav, z izkoriščanjem tega sistema. Ker so te raziskave zahtevale uporabo dragih in okolju nevarnih snovi, je dolgo veljalo, da je izkoriščanje rastlinskih fotosintetskih beljakovin v sončnih celicah neučinkovito in drago. Ampak nova spoznanja in razumevanje fotosintetskih beljakovin, od stabilnosti do osnovne učinkovitosti ter primernosti različnih oblik sončnih celic, kažejo na to, da so takšne sončne celice okolju neškodljive, učinkovite in poceni.

== Sandra Zupančič: Možnosti uporabe matičnih krvnih celic pri okužbi z virusom HIV ==
Virus HIV je virus, ki ga lahko z raznimi zdravili sicer obvladamo, vendar se pa ga nikoli popolnoma ne znebimo. Ker spada v družino retrovirusov, kar pomeni da ima genski zapis v RNA, ki se potem v gostiteljski celici, prepiše v DNA. Pri prepisovanju, pri katerem sodeluje reverzna transkriptaza, pride pogosto do napak, kar pa posledično privede do tega da virus mutira in postane odporen oziroma nedovzeten za napade celic našega imunskega sistema. Ker reverzna transkriptaza pomaga pri razmnoževanju virusa HIV, lahko uporabimo zdravila, ki zavrejo delovanje te reverzne transkriptaze – s tem pa zavrejo tudi razmnoževanje virusa. Znanstveniki si prizadevajo, da bi našli čim bolj učinkovit način za zdravljenje tega virusa. Prav v tej raziskavi so z vrsto poskusov dokazali, da je možno gensko modificirati naše krvne matične celice tako, da postanejo specifične za HIV-1 Gag protein, pri tem pa ne izgubijo svoje funkcije. V raziskavi so uporabili miši, v katerih so poskušali čim bolj poustvariti človeški imunski sistem – od samega nastanka celic pa do reakcij ki potekajo ob okužbi.

== Jernej Pušnik: Zaznavanje proteinov z zlatimi nanodelci ==
Metoda zaznavanja proteinov z zlatimi nanoantenami, kot že samo ime pove, za senzor uporablja zlat nanodelec paličaste oblike. Ko tak nanodelec zazna protein, se rahlo spremeni njegova frekvenca, kar lahko z drugimi besedami opišemo kot zelo majhna sprememba barve, ki jo s prostim očesom nebi mogli zaznati, zato se uporabljajo posebni detektorji. Ti detektorji so sposobni zaznavati spremembe s izjemno visoko časovno resolucijo, vse do milisekunde, kar omogoča natančno opazovanje proteinske dinamike. Ta pridobitev odkriva povsem nova obzorja, saj je s tem omogočeno opazovanje adsorpcije proteinov, njihovo gibanje, zvijanje v terciarno obliko, sledenje spreminjanju gostote proteinov, njihova vezava na določena mesta itd. Mislim, da je to odkritje izrednega pomena in bo olajšalo pot do razlage marsikaterih pomembnih procesov v biokemiji.

== Ajda Rojc: Nematociste - najhitrejši mehanizem v naravi ==
Knidocite so eksplozivne epidermalne celice, ki vsebujejo velik sekrecijski organel nematocisto. Ob dražljaju sprožijo strup, ki se nahaja v nematocistah. To lastnost so ožigalkarji razvili za obrambo in ulov plena. Organel je sestavljen iz prožne kapusle in tubula, ki je nanjo pritrjen. Med eksocitozo se bodičast del izstreli s pospeškom, ki je 5 milijonkrat večji od gravitacijskega, proces pa se odvije v manj kot 700ns. Raziskava je razkrila do sedaj še neraziskane proteine, ki so odgovorni za biomehanske lastnosti celice. S centrifugiranjem so izolirali nepoškodovane, še neizstreljene nematociste iz organizma H.magnipapillata. Pripravek nematocist je bil raztopljen v DTT, proteine pa so ločili z eletroforezo. Razporeditev proteinov je pokazala, da je v vzorcu največ proteinov z molekulsko maso med 10 in 40 kDa. Po tej proceduri so lahko izključili 50 nepomembnih proteinov in identificirali 410 posameznih proteinskih sekvenc. 25 ostalih sekvenc iz analize celotnega proteoma so označili kot onesnažene.
Znano je, da je zunanja stena nematocist sestavljena iz globularnih proteinov, a je njihova funkcija še neznana. Notranja stena pa je sestavljena iz skupkov kolagenskih fibril, ki se nahajajo z razmikom od 50 do 100 nm in so med seboj prekrižani v intervalih 32 nm. Fibrile so sestavljene iz polimerov minikolagenov, katerih je v Hydri zelo veliko. Ta izrazit vzorec daje prožnost, ki je potrebna, da kapsula zdrži zelo velik ozmotski pritisk (150bar).

== Luka Krmpotić: Štirje geni in spomin pri odraslih ==
Problem Alzeimerjeve bolezeni še ni rešen. Ta napade hipokampus in zmanjša njegov volumen. Pri nekaterih posameznikih je hipokampus “poškodovan”, ima manj kot normalen volumen. Vzrok so majhne variacije v dednem zapisu, ki pospešijo normal proces skrčenja hipokampusa za približno štiri leta. Po 65-tem letu se nevarnost za Alzeimerjevo bolezen podvoji vsakih 5 let, torej bi posameznik s temi genskimi variacijami imel skoraj 2-kratno možnost da zboli za Alzeimerjevo. Oziroma, drugače povedano, če bi posameznik s temi genskimi variacijami zbolel za Alzeimerjevo boleznijo, bi ta napadla že “oslabljen” hipokampus, in posameznik bi trpel hujše simptome kot tisti brez teh genov.
Genoma wide association study, je dokaj nova raziskovalna metoda, ki se uporablja na področju medicine in biokemije, s katero lahko najdemo genske variacije določene bolezni ali fiziološke lastnosti. V primeru raziskave, ki je tema te raziskovalne naloge, so bile najdeni SNP-ji (variacije gena v eni DNK črki) ki vplivajo na volumen hipokampusa in SNP-ji ki vplivajo na znotrajlobanjski volumen.

== Alenka Mikuž: Pretvorba belega v rjavo maščobno tkivo ==
Dandanes, ko velja, da večino dneva presedimo in je vnos kalorij toliko večji, je debelost eden izmed največjih problemov današnje populacije. Belemu in rjavemu maščobnemu tkivu je skupno le to, da oba shranjujeta trigliceride. Belo zato, da skladišči odvečno energijo, rjavo pa zato, da ima tako prekurzorje, ki spodbujajo izražanje UCP-1. UCP-1 je protein, ki omogoča proizvodnjo toplote v rjavem maščevju in s tem porablja energijo. Prekomerno kopičenje maščobnega tkiva škoduje zdravju človeka, zato bi bilo spodbujanje nastajanja rjavega maščevja ali pa sprememba belega v rjavo maščevje nova tarča pri proizvodnji farmacevtskih zdravil, ki bi kljubovala debelosti in njenim metabolnim in srčnožilnim težavam. V raziskavi so raziskali delovanje PRDM16, ki deluje skupaj s CtBP-1 ali PGC-1α v rjavem maščevju. Kompleks PRDM16/CtBP-1 uspešno zavira izražanje genov belega maščobnega tkiva. Kompleks PRDM16/PGC-1α spodbuja izražanje genov rjavega maščobnega tkiva. Obstaja še veliko drugih transkripcijskih faktorjev, ki vplivajo na izražanje maščobnega tkiva. Odkriti morajo najbolj primernega in ga stabilizirati. Čeprav izkoriščanje nastajanja rjavega maščobnega tkiva iz belega lahko ponudi rešitve za razvoj zdravil, ki bi kljubovala metabolnim in srčnožilnim boleznim, ki so posledica debelosti, to še vedno ne nadomesti tradicionalnih pristopov proti debelosti, tj. uravnotežena prehrana in telesna aktivnost.

== Estera Merljak: Potencialna terapevtska vloga funkcionalnih inkluzijskih telesc ==
Zaradi vse večje uporabe rekombinantnih proteinov v industriji in raziskavah se povečuje tudi potreba po nizkocenovni produkciji. V ta namen se kot gostiteljski organizem najpogosteje uporablja bakterijo Escherichia Coli. Vendar pa se zaradi hiperprodukcije proteina v bakteriji oblikujejo inkluzijska telesca (ang.: Inclusion bodies oz. IB) za katere so znanstveniki domnevali, da so skupki odpadnega materiala v celici. Nedolgo nazaj pa so odkrili, da IB vsebujejo ter v določenih optimalnih pogojih tudi izločajo aktivne proteine. Tako se je porodila ideja o uporabi IB kot zdravila nanovelikosti za nekatere bolezni, ki so povzročene s strani okvarjenih ali nefunkcionalnih proteinov.
S pomočjo fluorescence so dokazali, da se GFP ncIB vežejo na membrano človeških HeLa celic ter celo prodrejo v celico in njeno jedro.
Ko so različnim kulturam okvarjenih celic dodali Hsp70, DHFR, CAT, ali LIF ncIB so opazili znatno povečanje števila preživelih celic, kar se sklada s predpostavko o terapevtskem učinku ncIB.
Ugotovili so tudi, da ob zaužitju ncIB nima toksičnega vpliva na organizem, vendar ga le-ta sprejme v omejenih količinah in nakopiči predvsem v jetrih.

== Janez Meden: α –sinuclein, amiloid prisoten pri bolnikih s Parkinsonovo boleznijo ==
α-sinuklein je majhen protein, ki se nahaja v presinaptičnih membranah dopaminergičnih nevronih. Odkar so odkrili njegove amiloidne lastnosti ter da je glavna komponenta citotoksičnih lewyjevih telesc pri bolnikih z neozdravljivo in napredujočo parkinsonovo boleznijo je postal predmet številnih znanstvenih raziskav, saj je bolnikov s to boleznijo iz leta v leto več.
Novejše raziskave kažejo na to, da je lahko sicer ta membranski protein prisoten tudi kot topen in urejen oligomer in sicer tetramer, ki je bil odkrit pred kratkim in ni škodljiv za možganske celice. Najbrž je ta oligomer v celici v ravnotežju z netopnim α-sin ter topnim monomerom. Kaj vpliva na ravnotežje še ni raziskano, mogoče pa je to omega-3 maščobna kislina –DHA.
Kar pomeni, da ima pomemben vpliv na odlaganje citotoksičnih α-sin agregatov tudi prehrana. DHA je precej propagiran prehranski dodatek (priporočajo ga predvsem doječim materam), vpliva na regulacijo α-sinukleina pri miših. Miši z več DHA v dieti so namreč bolj izpostavljene α-sin agregaciji, še posebej če je gen za α-sin mutiran (v tem primeru A53T).
Obe raziskavi sta obetajoči za nadaljni razvoj zdravilnih učinkovin za to boleznijo.

BIO1 Povzetki seminarjev

2012-06-03T23:19:12Z

Alenka Mikuž: /* Alenka Mikuž: Pretvorba belega v rjavo maščobno tkivo */

== Tomaž Rozmarič: Inženiring hiper katalitičnega encima ==
Dan danes je uporaba encimov v industriji zelo visoka. Bakterije gensko modificirajo in uporabljajo za sintezo najrazličnejših snovi.Zadnje
čase so bakterije postale zanimive za proizvodnjo energije, saj so sposobne sintetizirati vodik, z njimi porizvajajo bio-goriva in celo
elektriko. Te reakcije so še prepočasne, da bi bile uporabne v masovnih proizvodnjah in bi lahko bile konkurenca že obstoječim virom energije
kot so fosilna goriva(nafta) in jedrska energija. Zato so se znanstveniki začeli spraševati, kako bi lahko povečali hitrost reakcij in prav s
tem so se ukvarjali v članku, katerega sem prebral. Idejo jim je dal mehanizem reakcije v očesu. Ko svetloba pade na rodopsin povzroči vrsto
kemijskih reakcij, med drugim tudi konformacijske. To konformacijo zazna določen protein, ki jo pretvori v električni signal in pošlje do
možganov. Na podlagi tega so se odločili, da bi na nek encim pripeli neko molekulo, katera bi regulirala konformacijo encima, ko bi
to oni hoteli. To so potem naredili s pripetjem azobenzenskega mostu na encim(azobenzen pod določeno valovno dolžino spremeni konformacijo iz
cis v trans in obratno) in ugotovili, da se je hitrost reakcije znatno povečala, kar bi lahko bil velik prelom za biogoriva in druge encimsko
odvisnie reakcije.

== Ana Cirnski: TAL efektorji - proteini, ki urejajo gene ==
TAL (transcription activator – like) efektorji so regulatorni proteini, ki vplivajo na delovanje RNA polimeraze pri prepisovanju DNA. Z vezavnimi domenami se vežejo na specifična zaporedja baz na dvojni vijačnici in tako uravnavajo hitrost sinteze proteinov. Najbolj znani regulatorni proteini so motiv cinkovega prsta, motiv levcinske zadrge in motiv vijačnica – obrat – vijačnica.

TAL efektorje so odkrili v bakteriji vrste Xanthomonas, ki jih je uporabljala za reprogramiranje gostiteljskih celic, tako da so te sintetizirale proteine, ki so ustrezali bakteriji.

Domena TAL efektorja, ki se veže na DNA vsebuje 1-35 TAL ponovitev. Vsaka ponovitev je specifična za en bazni par na DNA in vsebuje 33-35 aminokislin (zadnja je okrnjena na 20 aminokislin), ki so vedno na istem mestu. Izjema sta mesti 12 in 13, znani tudi kot RVD mesti (repeat variable diresidues), ki določata specifičnost med efektorjem in DNA verigo.

TAL efektorji se med seboj ločijo po aminokislinskem zaporedju in številu njihovih ponovitev. Od teh lastnosti je odvisna specifičnost efektorja.
Za prepoznavo specifičnih mest na DNA sta odgovorni RVD mesti, ki določata, kam se bo efektor vezal. Obstaja tudi posebna koda po kateri se en par aminokislin veže na določen nukleotid. TAL ponovitve nimajo medsebojnega vpliva zato jih je lažje sestavljati in tako spremeniti efektor.
Uporabljajo se lahko kot umetni restrikcijski encimi (TALEN) za dvoverižne prekinitve DNA (DSB – [double–strand breaks]), kar povzroči v celici popravljalne mehanizme in vodi do sprememb v genskem zapisu. Lahko pa tudi kot transkripcijski faktor (dTALE) za vklapljanje in izklapljanje genov.

Čeprav je o TAL efektorjih še veliko neznanega, kažejo možnosti za široko uporabo na področju biotehnologije in genetike za izboljševanje lastnosti živil in zdravljenje nekaterih bolezni (HIV).

== Griša Prinčič: DNK nanotehnologija ==
Nanotehnologija je ustvarjanje in inženiring funkcionalnih sistemov na atomskem in molekularnem nivoju. DNK nanotehnologija je veja nanotehnologije, ki izkorišča strukturne in kemijske lastnosti DNK molekule ter iz nje sestavlja strukture, ki ne nosijo informacijskega zapisa in so v velikosti do nekaj 100 nanometrov. Najpomembnejši del pri sintezi DNK makromolekul je optimizirano zaporedje nukleinskih kislin. Sekundarno strukturo lahko tvori več različnih zaporedij baz, vendar bo velika večina teh zaporedij imela tudi negativne medsebojne interakcije, kar bi lahko privedlo do spremembe v obliki sekundarne strukture. DNK molekula ima sposobnost samosestavljanja (self-assembly). Pod določenimi pogoji lahko enotno daljšo verigo DNK pripravimo do zvijanja (folding) oz. tvorbe določene (želene) strukture.

V seminarski nalogi se bom osredotočil predvsem na razvoj tako imenovanih nanorobotov, ki služijo kot specializiran dostavni sistem signalnih molekul do celic v človeškem telesu. Ob aktivaciji receptorja se kapsula odpre in na mesto dostavi signalne ali druge molekule.

Pripravljeni so bili nanoroboti v obliki heksagonalnega »soda«, ki so sposobni prepoznati okvarjene ali rakaste celice s pomočjo aptamernega receptorja, ki služi tudi kot »ključavnični mehanizem«. Učinkovitost prepoznavanja celic in »ključavničnega mehanizma« je bila preizkušena na šestih vrstah rakastih celic. Celic Burkitt-ovega limfoma nanoroboti niso prepoznali (se niso aktivirali), pri ostalih petih vzorcih je bila aktivacija potrjena.

== Bojana Lazović: Vloga prionov pri preživetju divjih kvasovk ==
Kvasovke imajo pomembno vlogo pri odkrivanju in spoznavanju lastnosti prionov. Raziskave na njih lahko močno pomagajo tudi pri razumevanju prionskih bolezni, ki se pojavljajo pri ljudeh.
Znano je, da je velika posebnost prionov ta, da se lahko razmnožujejo brez DNK zapisa. Znanstveniki so pri raziskavah na laboratorijskih kulturah kvasovk prišli do pomembnih ugotovitev, glede vloge prionov pri dedovanju v kvasovkah. Razne konformacije proteinov v teh celicah imajo pomembno vlogo pri epigenetskem dedovanju, to je dedovanju, ki ni odvisno od zapisa na DNK verigi. S svojim delovanjem ustvarjajo dedne fenotipske lastnosti, njihova raznolikost pa spodbuja preživetje v spreminjajočih se okoljih in vpliva na razvoj novih lastnosti. Toda te lastnosti so potrdili le v laboratorijskih kulturah. Zato se je porajalo vprašanje, če enako velja tudi v naravi oz. za »divje« vrste kvasovk ali so ugotovljene značilnosti le umetno vzpodbujene v laboratoriju. Iz tega razloga so biokemično testirali okoli 700 različnih sevov vrste kvasovk Saccharomyce, da bi ugotovili če imajo prisotne prione. Rezultati so potrdili prejšnje raziskave. Tako so potrdili tezo, da prioni v splošnem urejajo nekatere dedne lastnosti v naravi, na način ki korenito poveča sposobnost prilagajanja.

== Vesna Radić: Odziv imunskega sistema z IFN-λ ==
Imunost je sposobnost obrambe telesa pred tujimi oz. škodljivimi snovmi, ki jih imenujemo tudi antigeni. Ko se ti pojavijo v telesu, jih imunski sistem prepozna in se odzove tako, da jih skuša uničiti na različne načine.
IFN lambda že dolgo veljajo kot pomembno orožje v imunskem sistemu v obrambi proti virusom, bakterija, parazitom in tudi tumorom. So namreč interferoni, saj so zmožni posegati v razmnoževanje in delovanje patogenov. Interferoni so celične beljakovine sposobne komuniciranja med celicami in tako na razne načine sprožitve delovanja imunskega sistema. IFN-λ so del razreda II citokinov. Lambda je podoben α, saj oba delujeta proti virusom. Razlika med njima je ta, da IFN-α lahko proizvedejo vse celice, ki imajo jedro, IFN-λ pa le nekaj določenih celic. Makrofagi proizvajajo IFN-λ za odziv na virusne in/ali bakterijske okužbe. Citokin IFN lambda se ustvari predvsem iz limfocita CD8+ T – spominske celice. T celice se aktivirajo ob prisotnosti že znanega antigena če ne pa živijo v neaktivnem stanju, ko se pa znova srečajo z že znanim antigenom, sprostijo IFN-λ.
Regulacija sproščanja IFN-λ še ni povsem znana; na podlagi novih študij izvemo, da se lahko sprostijo tudi brez aktivacije pri kontaktu z antigeni. Prav tako so odkrili tudi, da imajo ti interferoni pomembno vlogo pri zdravljenju hepatitisa B in C, astme in raka.
== Julija Mazej: Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule ==
Lipoproteini so raznovrstni delci, sestavljeni iz proteinskega in holesterolnega dela. Na podlagi deleža proteinov in holesterola v posameznem delcu ločimo 5 vrst lipoproteinov: hilomikrone, LDL,HDL,VLDL in IDS. V seminarju se bom omejila na dva, ki imata še posebej veliko vlogo pri transportu holesterola po krvni plazmi. HDL je lipoprotein visoke gostote in ima prevladujoč proteinski del. Znan je tudi kot dober holesterol, saj prenaša presežni holesterol iz celic do jeter, kjer poteče razgradnja. LDL pa je lipoprotein, ki prenaša holesterol v obratni smeri. V kolikor ima celica dovolj holesterola, se prične ta kopičiti na stenah žil, kar vodi do kardiovaskularnih bolezni. Pred kratkim so znanstveniki odkrili mehanizem pretvorbe dobrega holesterola v slab holesterol, preko majhne molekule CETP. Molekula deluje kot most med obema lipoproteinoma in prečrpa holesterol iz HDL v LDL. To odkritje daje nove perspektive na področju zdravljenja kardiovaskularnih bolezni, ki so glavni vzrok bolezni in prezgodnje smrti v Evropski Uniji in razvitem svetu. Učinkovito zdravilo, bi torej moralo inhibirati delovanje CETP molekule. Po rezultatih raziskave medicinske univerze na Dunaju, pa takšno zdravilo nebi pomagalo pacientom z ledvično odpovedjo. Pri nekaterih pacientih na dializi so namreč izsledili nefunkcionalen HDL. Spregovorila bom tudi o nastanku "<ra slabega" LDL, pri starejših in obolelih za diabetesom tipa 2.

== Ana Grom: Visokotehnološko odkrivanje rakavih celic dojk ==
Rak na dojkah je v današnjem svetu kar velik problem pri ženskah. Metode, ki se uporabljajo za zaznavo le tega, pa niso dovršene. Vsaka od njih (mamografija, ultrazvok, magnetna resonanca in druge) ima kakšno slabo lastnost. Metode, ki bi bila zdravju popolnoma neškodljiva, nezmotljiva, kratkotrajna in cenovno lahko dostopna še ni odkrita. Zato so znanstveniki prišli na idejo, da bi poizkusili z nanodelci detektirati rakave celice. Najprej so si izbrali Her2 protein (Human epidermal growth factor receptor 2), ki bo tarča teh nanodelcev. Za protein so predhodno vedeli, da se v 30% rakavih celic dojk čezmerno izraža. Da bi se magnetni nanodelci usmerili proti rakavim celicam in nanje tudi vezali, so ustvarili nanodelce povezane s protitelesi za Her2 protein. Nato, ko bi se nanodelci vezali na celice, pa bi s posebnimi občutljivimi napravami zaznavali te nanodelce in s tem tudi rakave celice v telesu. Poskusi, ki so jih izvedli, da bi potrdili svoja predvidevanja so bili zelo spodbudni. Uspelo jim je dokazati, da se nanodelci resnično v večji meri vežejo na celice, ki imajo več Her2 receptorjev (rakave celice). Nekaj izmed metod, s katerimi so prišli do teh rezultatov, bom tudi sama predstavila.

== Robert Berger: Svetlobno stikalo za bolečino ==
S podaljševanjem življenjske dobe in vse bolj tveganimi življenjskimi slogi v današnjem času ne moremo mimo bolečin, pa naj bodo akutne ali kronične, zato si medicina prizadeva, da bi jih, če jih že ne more odpraviti, vsaj lajšala. Vendar pri analgetikih in anastetikih pogosto naletimo na sistemske stranske učinke in odvisnosti, zato je odkrivanje novih vrst anastetikov in analgetikov eden pomembnejših ciljev farmacevtske industrije. Quaternary ammonium – azobenzene – quaternary ammonium oziroma QAQ je ena izmed možnih rešitev pri nadzoru bolečine. Sicer obstajajo optogenetske metode za uravnavanje aktivnosti nociceptorjev (bolečinskih receptorjev), vendar so pogosto preveč invazivne, saj zahtevajo spremembo DNK in lahko vodijo v trajne genetske spremembe, kar pa ni vedno zaželeno. QAQ s svojo strukturo omogoča blokado ionskih kanalov v nociceptorjih in tako prepreči bolečinski signal. Njegova posebnost pa je v njegovi strukturi, saj ga lahko z določenimi valovnimi dolžinami svetlobe (380 in 500 nm) spreminjamo med cis in trans izomerom, pri čemer cis izomer dovoljuje nemoten pretok Na+ in Ca2+ ionov, trans izomer pa zapre ionski kanal. Tako lahko prostorsko in tudi časovno nadzorujemo njegovo aktivnost. Pri podobnih anastetikih, kot so npr lidokain, ki deluje na podoben način kot QAQ izomerizacija in s tem tudi časovni nadzor nista možna.

== Erik Janežič:Raziskave golih krtovskih podgan (GKP) ==
Tekom zgodovine je velika večina tehnoloških iznajdb našla navdih v živalskem svetu. Danes pa morda prav živali kot so gole krtovske podgane, skrivajo odgovera na nekatera največja vprašanja človeštva kot sta zdravljenje raka in staranje. Gole krtovske podgane niso pritegnile posebne pozornosti med zannstveniki, dokler ni bil v 2. trtjini 20. stoletja pri njih odkrit eusocialen način življenja. Do danes so bile odkrite izjemna lasttnosti golih krtovskih podgan kot naprimer; odpornost na raka, na hipooksično okolje, neobčutljivost na iritacijo s kislinami ter izredno dolga življenska doba v primerjavi z drugimi glodalci. V seminarski nalogi vam bom predstavil nekaj splošnih značilnosti golih krtovskih podgan in njihove odpornosti na rakava obolenja, podrobneje pa bom predstavil raziskavo, ki se je ukvarjala z opazovanjem intracelularnega kalcija pri izpostavitvi možganskih celic GKP hipooksičnem okolju. Povečane koncentracije intracelularnega kalcija v možganskih celicah je namreč glavni razlog, da celice odmrejo oziroma imajo trajne poškodbe strukture in funkcije.

== Špela Tomaž: Specifično gibanje motornega proteina dineina ==
Za normalno delovanje celic in potek celičnih procesov, so med drugim izredno pomembne funkcije transporta, organizacije ter gibanja celičnih delov in organelov. Nalogo opravljajo tako imenovani motorni proteini, ki aktivno prenašajo tovor z enega dela celice na drugega, s svojim gibanjem omogočijo delovanje bičkov ter migetalk in so odgovorni tudi za gibanje mišic. Posebej zanimiva je mehanika njihovega premikanja, saj zaradi sprememb v konformaciji njihovih sestavnih proteinov dobesedno korakajo po svoji bazi (mikrotubuli ali aktinski filamenti). Medtem ko je kinetika gibalnih proteinov miozinov in kinezinov že raziskana, pa je premikanje tretje vrste, dineinov, še vedno slabo poznano. Dineini se v mnogih strukturnih lastnostih od ostalih vrst razlikujejo, kar posledično vpliva tudi na njihovo korakanje, ki ni urejeno in periodično, tako kot pri miozinih in kinezinih. Sposobni so različno dolgih korakov, ne le naprej in nazaj, temveč tudi vstran pod različnimi koti. Izmenično preklapljajo med koordiniranim in nekoordiniranim gibanjem in so nepredvidljivi ter dinamični, kar bi jim predvidoma lahko prinašalo mnoge ugodnosti in boljše sposobnosti prilagoditve. V seminarski nalogi bom opisala nekatere ugotovitve nedavnih raziskav ter predstavila nekatere odkrite značilnosti gibanja dineina.

== Samo Zakotnik: Telomeri in nesmrtnost celic ==

Človeštvo že odkar obstaja sanja o nesmrtnosti, o večnem življenju. Medicina je skozi človeško zgodovino uspešno podaljševala življenja z odkrivanjem vedno novih zdravil in zdi se, da je v prihodnosti možno doseči nesmrtnost, toda le, če bomo premagali staranje. Starost samih celic pa je močno povezana z dolžino telomerov. Telomer je ponavljajoče se zaporedje nukleotidov, ki ščitijo kromosome pred poškodbami. Premajhna dolžina telomerov naj bi vodila v razvoj škodljivih mutacij in razvoju onkogenov, ki vodijo v nastanek raka. Da bi lahko preprečili škodljivo krajšanje telomerov moramo podrobno preučiti mehanizme, ki zagotavljajo ohranjanje dolžin telomerov v okvirjih, ki niso potencialno škodljivi, ali celo omogočajo obnavljanje telomerov in njihovo podaljševanje, kar bi vodilo do celične nesmrtnosti. Vse to je povezano s samo zgradbo telomerov in delovanjem telomeraze, encima, ki skrbi za podaljševanje telomerov.
V drugem delu seminarja pa bom predstavil mehanizme somatskega obnavljanja telomerov in posledice inhibicije telomeraze na primeru ploskih črvov vrste Schmidtea mediterranea. Vrsta je predmet preučevanja že več kot 200 let zaradi izjemnih sposobnosti regeneracije, v sedanjem času pa postaja vse pomembnejši modelni organizem za preučevanje telomer in delovanja telomeraz. Leta 2010 so podelili Nobelovo nagrado za medicino in fizlologijo prav za odkritje, kako so konci kromosomov zaščiteni s telomeri in za odkritje encima telomeraze.

== Zala Gluhić: Rubisco aktivaza ==

Rubisco je encim, ki v temotnih reakcijah fotosinteze katalizira pretvorbo sladkorja ribuloza-1,5-bifosfat v molekuli 3-fosfoglicerata, iz katerih se nato lahko tvori glukoza. Vezava ribuloze-1,5-bifosfata na nekarboksiliran encim Rubisco inhibira. Za nemoten potek fotosinteze je potrebno sladkor odstraniti, kar v rastlinah poteka s pomočjo ATP odvisnega procesa z encimom Rubisco aktivaza. Rubisco aktivaze delimo na zeleni in rdeči tip. Struktura pri zelenem tipu je bila pojasnjena s pomočjo Rubisco aktivaze, poimenovane Rca, pri vrsti tobakovca N. tabacum. Pri rdečem tipu so bili izolirani kristali kompleksa iz rdeče alge R. sphaeroides (Rubisco aktivazo so poimenovali Cbbx). Pri obeh proteinih so odkrili podobno zgradbo. Sestavljena sta iz dveh domen - α/β poddomene ter α-vijačnica poddomene. Za svoje delovanje potrebujeta ATP, tvorita heksamerne obročaste strukture, na sredini katerih se nahaja pora. Zaenkrat mehanizem njunega delovanja še ni pojasnjen. Sklepajo, da gre pri Rca za premestitev Rubisca do centralne pore, kjer zanke destabilizirajo Rubiscovo aktivno mesto. Pri Cbbx pa verjetno sodeluje podaljšan C-konec Rubisca, ki ga aktivaza potegne v poro in s tem sprosti zanko, ki na Rubiscu veže sladkor, zato se sladkor lahko odcepi in Rubisco spet normalno deluje naprej.

== Katarina Tolar: Razvoj plastidov (kloroplastov) in Paulinella ==

Endosimbioza in posledično razvoj organelov je še vedno dokaj nepojasnjena. Čeprav je čedalje več rezultatov raziskav, ki endosimbiotsko teorijo potrjujejo in razlagajo. Najprimernejši in najuporabnejši organizem za raziskovanje in preučevanje tega dela evolucije je organizem Paulinella chromatophora. Ta organizem je najprimernejši, ker znanstveniki verjamejo, da je to najbolj izvoren še živeč fotosintetski protist. P. chromatophora naj bi bil en prvih organizmov, ki je vključil cianobakterije. Plastidi, ki so vključeni v različnih vrstah protistov se med seboj razlikujejo. Ugotovili so, da je genom plastida močno reduciran, v nekaterih vrstah plastidov bolj, v drugih manj. Vendar so med njimi velike podobnosti. Prav tako so dokazali, da so se plastidi res razvili iz cianobakterij, saj obstaja ogromna podobnost med genomi cianobakterij in genomi plastidov. Ker je genom plastidov močno zreduciran, so posledično plastidi močno odvisni od jedra. Zato so plastidi in gostiteljska celica razvili Tic in Toc premestitven sistem, ki omogoča prenos proteinov, ki so pomembni za gradnjo in razvoj plastidov iz citoplazme v sam plastid. Ta premestitveni sistem se je razvijal skupaj z rastlinami. Vendar je ohranjal tudi cianobakterijske lastnosti. To je še en dokaz, ki potrjuje endosimbiotsko teorijo.

== Barbara Dušak: Funkcionalne posledice spremenjenih podenot v RNA polimerazah ==

RNA polimeraze so encimi, ki usmerjajo transkripcijo DNA in sodelujejo pri genski regulaciji. V vseh evkariontskih organizmih so prisotne tri različne RNA polimeraze (I, II, III), rastline pa imajo še dve dodatni polimerazi RNA (IV in V). Polimeraze RNA II, IV in V so sestavljene iz 12 različnih podenot, ki imajo različne vloge. Izbrana raziskava se je osredotočila na delovanje devete podenote, ki ima dve različici, 9a in 9b, v Pol II, IV in V pri rastlini Arabidopsis thaliana. Izkazalo se je, da imata nefunkcionalni podenoti različne posledice na delovanje polimeraz. Raziskave so izvajali s križanjem rastlin divjega tipa z mutantkami 9a-1 in 9b-1, nato pa opazovali spremembe v organizmu. Heterozigoti 9a-1 niso kazali nobenih sprememb, 9b-1 pa so se fenotipsko razlikovali od divjega tipa. Homozigoti za mutirani različici obeh genov se sploh niso razvili.
Predstavila bom spremembe, ki so se pojavile na molekularnem nivoju, v povezavi s tem, kar je že znano o delovanju polimeraz RNA.

== Rok Razpotnik: Botulinum toksin v kompleksu z NTNHA (nehemaglutinirajočimi proteini) ==

Botulinum toksin je najmočnejši do sedaj odkriti nevrotoksin. Botulinum nevrotoksin je možen agent za bioterorizem, po drugi strani pa se uporablja v terapijah in kozmetični industriji, znan pod imenom botox. V obeh primerih deluje kot inhibitor acetilholina, pri čemer napade živčne celice. Preden pa uspe priti do živčnih celic, ki nadzirajo delovanje mišic, mora toksin, pri zaužitju, iti skozi dolgo pot – preko celotne prebavne poti, kjer so prisotni številni prebavni encimi in izredno močno kislinsko okolje, do črevesja, kjer je nato vsrkan v krvni obtok, kjer se prevaža vse do živčnih celic. V seminarski nalogi vam bom predstavil organizem, ki proizvaja omenjeni nevrotoksin; bolezensko stanje, ki ga povzroča kontaminacija z botulinum toksinom; strukturo ter mehanizem delovanja, ter na koncu izsledke raziskave, kjer so ugotovili mehanizem delovanja kompleksa, v katerem je nevrotoksin vezan pri poti skozi prebavni trakt. V raziskavi so ugotovili, da se botulinum toksin veže v zaprt in stabilen kompleks z netoksičnim nehemaglutinirajočim proteinom (NTNHA), ta pa ga varuje pred ekstremnimi pogoji v želodcu (nizek pH, delovanje prebavnih proteaz). Kompleks se razpusti ko ta preide v črevesje, kjer vlada nevtralna pH vrednost. Tako prosti botulinum toksin v črevesju vstopi v krvožilje, ki potuje naprej do kolinergičnih nevronov, ker povzroči inhibicijo acetilholina. To se kaže v paralizmu mišic. Ugotovili so torej, da je mehanizem vezave botulinum toksina ter NTNHA ter preživetja nevrotoksina pogojen z mehanizmom spremembe pH vrednosti.

== Erik Mršnik: Vloga Oct4 pri izražanju genov matičnih celic ==

Med sesalčevim razvojem je potrebno, da iz ene totipotentne celice nastane več kot dvesto različnih tipov celic. Inducirane pluripotentne zarodne celice (ali krajše iPSCs) je možno pridobivati tudi iz somatskih celic z ekspresijo transkripcijskih faktorjev, ki so navadno izraženi v ESCs. Pluripotentno stanje se da vzdrževati z določenimi citokini. Na primer z LIF-om ali BMP4.
Transkripcijski faktor Oct 4 (iz družine PouV) je osnoven za nastajanje in vzdrževanje iPSCs in ESCs. Če ga odstranimo, povzročimo diferenciacijo teh celic. Oct4 se izraža tudi v fazi gastrulacije matičnih celic, kjer blokira prezgodnjo diferenciacijo. Kljub mnogim raziskavam pa še vedno ni povsem znano, kako Oct4 deluje kot transkripcijski faktor pri reguliranju diferenciacije. Nekateri eksperimenti so pokazali, da lahko deluje kot aktivator ali represor genske transkripcije.
Odkrili so, da se Oct4 pri svojem delovanju združuje z nekaterimi drugimi transkripcijskimi faktorji. Predvsem z Sox2 (iz družine HMG) in Nanog. Ti naj bi istočasno kontrolirali izražanje genov in regulirali razvoj ESCs.
V tej študiji so se posvetili derivatom Oct4, ki so jih izdelali izključno kot aktivatorje ali represorje transkripcije. Vsak protein ima PouV DNA-prepoznavno sekvenco združeno z močno aktivacjsko (VP16) ali represijsko (Engrailed ali HP1) regijo transkripcije. Tekom študije so ugotovili, da pravzaprav samo aktivatorska oblika povzroči nastanek iPSCs. Aktivatorska fuzija vzdržuje rast in pluripotentnost mišjih ESCs, ki jim manjka »divjega tipa« Oct4. Oct4-aktivatorska fuzija lahko prepreči pluripotentost ne glede na pisotnost LIF-a. Predvidevajo, da delovanje Oct4 kot aktivatorja zadošča za povzročitev nastanka iPSC in vzdrževanje ESCs.

== Matej Vrhovnik: Nove spojine, ki preprečujejo širjenje in izboljšajo zdravljenje raka ==

Glioblastom je oblika agresivnega malignega raka, ki se razvije iz vezivnega tkiva v možganih. Po operaciji imajo pacienti naveč 2 leti življenja, brez zdravljena nekje do 3 mesece. Problem se pojavi po operaciji, kjer se odstrani do 99% rakastega tkiva in obsevanju, ker noben kemoterapevtik ne deluje dovolj učinkovito. Glioblastom tvori veliko metastaz, ki so zelo razširjene po zdravem tkivu in zato ne moremo z kemoterapevtiki napasti vse rakave celice, ker bi uničili tudi preveč zdravega tkiva, oziroma zdravilo ima preveč blag učinek.
Znanstveniki so zato ustvarili spojino imipramine blue. Deluje tako, da inhibira tvorjenje reaktivnih kisikovih spojin, inhibira NADPH-oksidazo in reorganizira aktin v citoskeletu. Ravno reaktivne kisiko spojine so krive za invazivno širjenje rakastih celic po zdravem tkivu, kar pa imipramine blue prepreči, posledično je rak v strjeni skupini, kjer kemoterapevtik lažje opravi svoje delo. Dokazali so, da v kombinaciji z doxorubicinom zelo podaljša življenjsko dobo podgan, ki imajo tumor RT2, ki je zelo podoben človeškemu glioblastomu. Prav tako preprečuje poškodbo krvno-možganske pregrade, kar je ponavadi eden izmed stranskih učinkov kemoterapevtikov.

== Matic Kovačič: Kronični stres vodi do poškodb DNA ==

Stres je pri ljudeh prisoten že odkar imata nadledvični žlezi sposobnost izločanja stresnih hormonov, kot sta na primer adrenalin in noradrenalin. Včasih sta se hormona izločala kratek čas med bojem in telo pripravila na lažje preživetje. Danes pa smo v moderni družbi zaradi hitrega načina življenja in obveznosti, ki jih moramo izpolniti, podvrženi stresu skoraj ves čas. Dolgoročni stres, ki se imenuje tudi kronični stres, ima na naše zdravje in počutje negativne posledice. Znanstveniki so s poskusi na miših, na katerih so simulirali kroničen stres, ugotovili, da kronični stres vodi do povečanih napak v DNA z zmanjšanjem koncentracije proteina p53. Stresni hormoni, kot je recimo adrenalin, se vežejo na β2-adrenoreceptorje, kar povzroči večji izvoz proteinov p53 iz jedra v citosol, kjer jih proteasom razgradi. Protein p53 imenujejo tudi varuh genoma, saj v primeru poškodbe DNA zaustavi celični cikel in aktivira popravljanje poškodovanih delov DNA, če pa so poškodbe DNA prevelike, p53 povzroči celično smrt. Neka druga skupina znanstvenikov pa je ugotovila, da kroničen stres tudi zelo močno pospeši rast tumorjev. Povedal bom nekaj splošnih stvari o stresu in proteinu p53, nato pa predstavil raziskave in ugotovitve znanstvenikov.

== Andreja Kukovec: Epigenetska blokada kognitivnih funkcij pri Alzheimerjevi demenci ==

Alzheimerjeva demenca je ena od najpogostejših oblik demence. Večinoma se pojavi po 65. letu starosti. Eden začetnih simptomov je poslabšanje spomina, kar posamezniki pogosto napačno interpretirajo kot posledico staranja ali stresa. Gre za nevrogenenrativno bolezen. Točen vzrok nastanka Alzheimerjeve demence še ni znan. Dandanes je v veljavi opredelitev, da je Alzheimerjeva demenca posledica akumuliranja napačno zvitih proteinov - t. i. beta amiloidni plaki. Prisotni so tudi nevrofibrilarni vozli, ki se pa, za razliko od amiloidnih plakov, nahajajo znotraj nevronov. Histoni so bazični proteini, okoli katerih se ovije DNA. Na nestabilnih aminokislinskih koncih histonov se odvijajo različne modifikacije, ki regulirajo izražanje genov. Med slednje spadata tudi acetilacija in deacetilacija, ki imata pomembno vlogo pri izražanju genov, ki so povezani s spominom in učenjem. V raziskavi so ugotovili, da je histon HDAC2 pri bolnikih z Alzheimerjevo demenco prisoten v preveliki meri, kar blokira izražanje genov, pomembnih za spomin. Ko so z inhibitorji zmanjšali nivo HDAC2 se je nevronom povrnila sinaptična plastičnost in izražanje s spominom povezanih genov. To znižanje HDAC2 pa se je pokazalo tudi kot izboljšanje kognitivnih funkcij (pri miših), kar pomeni, da bi te ugotovitve lahko imele pomembno vlogo pri zdravljenju Alzheimerjeve demence.

== Sara Bitenc: Okužba s Toxoplasmo gondii in povečana količina dopamina ==

Kljub veliki farmacevtski ponudbi cepiv in antibiotikov na tržišču se žal ne moremo izogniti nekaterim infekcijskim boleznim, katerih vzrok so mikroorganizmi. Eden izmed takšnih organizmov, ki povzroča povsem svetu razširjeno in zahrbtno bolezen t. i. toksoplazmozo, je Toxoplasma gondii, znotrajcelični zajedavec. Ta zahteva tako gostitelja kot tudi vmesnega gostitelja, da je življenjski cikel parazita sklenjen. Ciste parazita povzročajo kronično infekcijo, pri čemer se razširijo v gostiteljeve mišice in možgane (največjih delež teh se je nahajal v amygdali in nucleus accumbens – predela v možganih), v posameznih znotrajceličnih tkivnih cistah pa T. gondii tvori več sto bradiozit. Da bi znanstveniki podali zaključek v zvezi s spremembami količine dopamine, so s paraziti okužene možgane pri miših raziskovali s protitelesi dopamina in ugotovili,da parazit prevzame nadzor nad gostiteljsko celico in začne spreminjati nevrotransmitsko signalno transdukcijo, kar v organizmu izzove različne vedenjske spremembe. Glavna ugotovitev moje seminarske naloge je, da je količina sproščenega dopamina povezana s številom parazitov v gojeni kulturi. Poskusi, ki jih bom predstavila, so bili izvedeni »in vivo« in »in vitro«. Veriga interakcij med patogenom (tistim, ki povzroča bolezen – T. gondii) in njegovim gostiteljem (v našem primeru je ta žrtev naša npr. živčna celica) je torej zelo zapletena; nedolgo nazaj je znanstvenike begala povezava med parazitom in njegovim obnašanjem… Danes pa vemo, da je za spremembe v metabolizmu dopamina ključna T. gondii, ta dognanja pa bodo prispevala k razlagi razvoja bolezni pri bolnikih s toksoplazmozo in nekaterih psihovedenjskih bolezni.

== Jan Taškar: Mikrobske gorivne celice in uporaba umetnega konzorcija bakterij ==

Današnji svet se približuje energetski krizi, saj smo še vedno v preveliki meri odvisni od fosilnih goriv, ki jih bo kmalu zmanjkalo,a še vedno nimamo dovolj razvitih alternativnih virov energije, ki bi jih lahko nadomestili. Zato se stalno odkriva nove alternativne načine pridobivanja energije, kot so tudi mikrobske gorivne celice. Mikrobska gorivna celica ali MFC (microbial fuel cell), kot druge gorivne celice, proizvaja električni tok, le da za njegov nastanek izkorišča naravne procese mikroorganizmov, kjer se nek organski substrat razgradi in nastanejo elektroni. Sama ideja pridobivanja elektrike s pomočjo mikroorganizmov nam je znana že od leta 1911, vendar se je zanimanje za njih povečalo šele po sedemdesetih letih prejšnjega stoletja, ko so počasi začeli bolje razumevati mikroorganizme prisotne pri pridelavi elektrike, ter odkrivati nove načine za izboljšanje delovanja in s tem tudi potencial MFC-jev kot čisti vir energije. Dandanes je vloženo veliko truda v izboljšanje in tudi boljše razumevanje te zelo potencialne tehnologije, z namenom da bi nekegega dne lahko dosegli dovoljšen izkoristek da bi s pomočjo posebnih mikroorganizmov hkrati čistili odpadne vode, ter istočasno pridobivali dovolj elektriko za naše potrebe.

== Monika Biasizzo: Vloga TOR signalne poti pri regeneraciji tkiv ==

Regeneracija je proces obnavljanja, popravljanja in rasti, ki omogoče organizmom ustrezen odgovor na poškodbe ali motnje, ki negativno delujejo na organizem. Poškodovano ali izgubljeno tkivo morajo nadomestiti nove celice, zato sta potrebni celična rast in delitev. Celično rast in delitev sprožijo in omogočijo različne signalne poti in mehanizmi. Ena izmed pomembnih signalnih poti je TOR signalna pot. Protein TOR oziroma tarča rapamicina je glavni protein TOR signalne poti, ki vpliva na sintezo proteinov preko stimulacije mRNA translacije, transkripcije in biosinteze ribosomov. TOR signalna pot lahko sproži in zavre sintezo proteinov glede na zunanje signale, kot so dostopnost hranil, rastni hormoni in nivo celične energije. Zaradi te signalne poti celica ob premajhni količini hranil in energije ne raste in se ne deli, saj je sinteza proteinov zavrta. Ta mehanizem omogoča celicam, da rastejo in se delijo le, ko imajo na voljo dovolj snovi. Vlogo TOR signalne poti pri regeneraciji tkiv so raziskovali pri ploskih črvih rodu ''Planaria'', ker imajo izredno sposobnost regeneracije. Skupino ploskih črvov, ki so jim utišali izražanje gena za protein TOR s tehnologijo RNAi, so primerjali s kontrolno skupino med regeneracijo po amputaciji. Ugotovili so, da ima TOR signalna pot pomembno vlogo pri mitotski delitvi in tvorjenju blastem – novo tkivo, kjer se manjkajoče strukture regenerirajo. TOR signalna pot je v zadnjem času predmet raziskav za terapije proti raku in inhibicija TOR v planarijih nam lahko pokaže posledice dolgoročne inhibicije TOR signalne poti.

== Matic Urlep: Odpornost bakterij na sulfonamidne antibiotike ==

V današnjem času je vedno več bakterij, ki so postala odporna na veliko antibiotikov in to postaja vedno večji problem. V svojem seminarju bom opisal raziskavo znanstvenikov ustanove » St. Jude Children's Research Hospital «. Ti so se osredotočili na sulfonamidne antibiotike. Ti antibiotiki inhibirajo delovanje dihidropteroat sintaze, encima ki je ključen pri biosintezi folne kisline. Folat ali folna kislina pa pomaga pri sintezi DNA, popravi DNA in pri hitri celični delitvi. Sposobnost bakterij do prilagoditve je naredila te antibiotike skoraj neuporabne. Znanstveniki pod okriljem Mi-Kyung Yuna so se osredotočili na delovanje DHPS ( dihidropteroat sintaza ) in kaj se dogaja z aktivnim mestom med samo biosintezo dihidropteroata in kako sulfoamidi uničijo bakterije. Njihova odkritja odpirajo možnosti za proizvodnjo novih antibiotikov na katera bi se bakterije težje prilagodile in bi imeli manj stranskih učinkov.

== Maja Kostanjevec: Antioksidanti - spojine, ki lahko poškodujejo DNA ==

Antioksidanti so spojine, ki ščitijo celice pred škodljivimi radikali, ki nastajajo v procesu oksidacije. Njihovi učinki se danes raziskujejo v povezavi z različnimi boleznimi, saj je za njih značilno, da imajo na telo pozitivne učinke. Vendar pa je raziskava genotoksičnih spojin pokazala, da lahko nekateri v velikih koncentracijah poškodujejo DNA. Za določitev genotoksičnih spojin so raziskovalci ustvarili novo metodo analize, ki temelji na povišanju ravni proteina ATAD5. Ta se v celici pojavi ob poškodbi DNA, saj zavira genomsko nestabilnost in nastajanje tumorjev ter sodeluje pri popravljanju DNA. Za tri antioksidante (resveratrol, genisteinin in baicalein) so v raziskavi dokazali, da lahko uničijo celice, za katere je značilna hitra delitev, poleg tega pa so tudi selektivni, kar pomeni, da ne poškodujejo celic okoli njih. V celici ne povzročajo večjih preureditev in premestitev kromosomov. Te lastnosti omogočajo potencialno uporabo antioksidantov v prihodnosti pri zdravljenju raka, saj je moč njihove genotokičnosti primerljiva s trenutno uporabljajočimi kemoterapevtiki. Poleg tega pa so antioksidanti selektivni in ne povzročajo mutageneze, zaradi česar bi bili primernejši od zdajšnjih kemoterapevtikov. Vsekakor pa bo potrebno še več raziskav, ki bodo podrobneje pokazale, katere vrste rakastih celic ti antioksidanti uničujejo.

== Katja Leben: Vpliv zgradbe agregiranih proteinov na celico ==

S podaljševanjem življenske dobe postajajo vse bolj aktualne tudi nekatere bolezni, ki se pojavijo s starostjo, kot sta Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen. Obe sta povezani s proteinskimi agregati, ki se nalagajo v organizmu.
Preden proizvedeni protein doseže nativno stanje je kratek čas izpostavljen topilu in takrat lahko hidrofobni in polarni deli, ki tvorijo vodikove vezi, reagirajo intra ali pa intermolekularno, predvsem so k temu nagnjeni proteini, ki nimajo enotno določene sekundarne in terciarne strukture. V določenih pogojih, primer je tudi visoka koncentracija proteinov, ki je značilna za rekombinantne proteine, prevladajo intermolekularne interakcije in nastanejo agregati, kar privede do problemov pri ekspresiji rekombinantnega proteina.
Agregacija proteinov v celici je dokazano toksična, a do nedavnega je bil vpliv zgradbe proteinov, ki sestavljajo agregate, na celično kondicijo nepoznan. Izsledki raziskav kažejo, da je vpliv agregacije proteina na celico tesno povezan z aminokislinskim zaporedjem polipeptida, ki tvori agregat. Pogojuje stopnjo agregacije ter posredno strukturne in funkcionalne lastnosti agregata, od katerih je odvisen učinek šaperonov na agregate.
Ugotovitve raziskave so zagotovile osnovne podatke o vplivih mutacij v zaporedju na strukturne lastnosti agregatov, ki bodo omogočile predvidevanje vplivov proteinskih agregatov na kompleksnejše žive organizme in nadaljnje raziskave, ki bi vodile k razumevanju in posledično zdravljenju bolezni kot je Alzheimerjeva.

== Filip Mihalič: Kako lizocimi v solzah uničijo nevarne bakterije ==

Lizocimi so encimi, ki jih najdemo v človeških solzah ter smrklju in katalizirajo razcep glikozidne vezi med dvema monosaharidnima enotama v molekuli peptidoglikana, v celični steni bakterije ter s tem povzroči njen propad. Sam mehanizem kako lizocim katalizira razcep te vezi, ter njegovo spreminjanje konformacije med procesom sta bila do nedavnega še precej neraziskana, saj znanstveniki niso poznali metode s katero bi lahko opazovali posamezne molekule.
Raziskovalci z univerze "Univerza v Kaliforniji, Irvine", so pred nedavnim uporabili nov pristop za opazovanje posameznih makromolekul, in sicer so eno samo molekulo lizocima povezali z karbonsko nanocevko prek pirenskega sidrišča ter nato spremljali tresljale ki jih je sprožila molekula lizocima. ob tem so prišli do zanimivih ugotovitev, saj so lahko zelo natančno določili gibanje molekule ter njeno obnašanje v procesu cepitve glikozidne vezi. Bolj kot samo opazovanje lizocima je pomembna sama metoda s katero so opazovali molekulo, saj odpira nove možnosti na opazovanju posameznih molekul v naravnem okolju - metod ki bi omogočale opazovanje posameznih molekul je zelo malo pa še te so po večini nezanesljive, oz. neuporabne za daljše opazovanje molekul. V predstavitvi bom povedal najprej nekaj o lizocimu, nato pa se bom posvetil znanstveni raziskavi ter njenim rezultatom.

== Mirjana Malnar: Zastoji v procesu translacije ==

Translacija je prevajanje nukleotidnega zaporedja mRNA v aminokislinsko. Pri procesu translacije pride do zastojev (trenutna prekinitev translacije ali upočasnjena translacija). Ti zastoji so posledica ali določenega zaporedja baz mRNA ali interakcij med novo sintetiziranim polipeptidom in ribosomskim tunelom. V raziskavah se je izkazalo da so različni predeli ribosomskega tunela različno ugodni za določene delce (odvisno od velikosti, polarnosti, hidrofobnosti delcev). Posledično bodo polipeptidi, odvisno od svojih lastnosti čez tunel potovali različno (zastoji na različnih mestih ipd.). Raziskave so bile narejene na primeru E.coli. secA je motorni protein E.coli ki sodeluje pri prenosu proteinov čez celično membrano. Njegova sinteza je regulirana s translacijo secM proteina, katerega se kodirajoča sekvenca nahaja navzgor od kodirajoče sekvence secA (na isti mRNA). Ugotovili so da določeno zaporedje aminokislin secM tvori interakcije z ribosomskim tunelom zaradi česa pride do zastoja v translaciji. Če je ta zastoj daljši, se sintetizira več secA proteina. V drugih raziskavah so prišli do ugotovitve da do zastojev pride tudi pri translaciji kodirajoče sekvence za secA, ampak ti zastoji niso bili povezani z interakcijami z ribosomskim tunelom. Izkazalo se da sekvence podobne Shine-Dalgarno sekvencami (SD) v kodirajočem zaporedju mRNA povzročijo te zastoje zaradi interakcij z rRNA. (SD sekvenca je pomembna ker se veže z anti-Shine-Dalgarno sekvenco na rRNA in pri tem tvori mRNA-ribosom kompleks; nahaja se 8-10 baz pred start kodonom). Bolj so te sekvence podobne SD, večjo imajo afiniteto do vezave z anti-SD na rRNA in posledično povzročajo daljše zastoje.

== Ellen Malovrh: Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje ==

Proteini sodijo med najkompleksnejše in najštevilčnejše organske molekule v celicah in omogočajo njihovo pravilno delovanje. Že med samim nastankom ali v času delovanja pa se lahko izkaže, da so proteini nefunkcionalni, zato je za celico izjemno pomemben proces razgradnje takih proteinov in sinteza novih. Proteini, ki se počasi obnavljajo oziroma imajo dolge življenjske dobe, so zato bolj izpostavljeni kopičenju škode.
Taki so tudi proteini nukleoporini, ki tvorijo kompleks jedrne pore, ki omogoča transport molekul med citoplazmo in jedrom. V raziskavi, ki sem jo predstavila v seminarski nalogi, so znanstveniki v možganih podgan odkrili nukleoporine, ki so bili stari celo več kot eno leto. Poškodbe na teh proteinih povečajo prepustnost jedrnih por, zato lahko citoplazemski proteini vdirajo v jedro. Spremeni se lahko tudi genski zapis v celici, kar je bilo opaženo predvsem pri starajočih se celicah.
Pričujoča raziskava bi tako lahko rešila eno od ključnih znanstvenih vprašanj o življenju: kako in zakaj se celice starajo ter posledično omogočila razvoj novih načinov zdravljenja starostno pogojenih bolezni. Spremembe v genskem zapisu so namreč odgovorne za staranje celic in lahko vodijo do številnih starostnih bolezni, kot sta Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen.

== Ana Kunšek: Proteini za zaznavanje bolečine ==

Mehanska zaznava je zelo pomembna pri vsakodnevnih opravilih. Organe, ki nam prevajajo zunanje dražljaje pa imenujemo čutila. Eno izmed pomembnejših (če ne ravno najbolj pomembno) je prav zagotovo čutilo za tip, saj z njim zaznavamo še tako majhne dražljaje, vročino, električni tok, itd. Vse to pa poteka prek električnega toka po živčnih celicah v našem živčnem sistemu. Ampak, ste se že kdaj vprašali kdo je pravzaprav odgovoren za delovanje tega oz. vseh čutil? 
Nekaj o čutilih so pravzaprav že ugotovili. Ugotovili so, kako se prenašajo dražljaji po nevronih, kako se začnejo premikati mišice in v katere dele naših možganov potujejo električni dražljaji iz različnih čutil. Nikoli pa še niso ugotovili kdo v celicah je odgovoren za zaznavo dražljajev in kaj s to zaznavo naredi.
V svojem seminarju se bom osredotočila prav na protein, ki je zanj odgovoren. Prav tako bom razložila kako (če) se spremeni delovanje, če organizmu z rezanjem eksonov iz DNA odstranimo gen za ta protein in ga potem v svojem življenju nima. 
S to študijo so si odprli nove poti za ugotavljanje kako deluje naš čutilni sistem, kar bodo v prihodnosti s pridom izkoristili za preučevanje zaznavanja zvoka, krvnega tlaku, in ostalih mehanizmih v človeškem telesu, ki s svojim delovanjem pritiskajo na celične membrane, kar bi lahko vodilo v lažje zdravljenje zdravstvenih težav.

== Aleksander Benčič: S1P₁ receptorji in njihov pomen ==

Eden od osnovnih mehanizmov v celici, ki je pogoj za delovanje vseh živih organizmov je signalizacija in sporazumevanje celice z okoljem. Zaradi tega so se v celicah razvili številni mehanizmi za komunikacijo, ki jim omogočajo opravljanje njihovih bioloških funkcij. Eden najpomembnejših tovrstnih mehanizmov so receptorji, prisotni na membrani celice. V svoji seminarski nalogi se bom osredotočil na vlogo in delovanje enega od teh receptorjev imenovanega sfingozin-1-fosfat receptor 1. V prvi raziskavi so znanstveniki preučili mehanizem delovanja novega zdravila za multiplo sklerozo fingolimod, ki je modulator S1P₁ receptorjev. Do sedaj je veljala domneva, da naj bi fingolimod preprečeval izhajanje limfocitov iz limfnih vozlov in tako blažil simptome multiple skleroze, vendar so v tej raziskavi ugotovila, da je glavni mehanizem delovanja povezan s signalnimi potmi v centralnem živčnem v katerih sodelujejo S1P₁ receptorji. Druga raziskava je bila prav tako povezana z signalnimi potmi v centralnem živčnem sistemu, ki jih uravnava sfingozin-1-fosfat. Preučili so vpliv, ki ga imajo na migracijo zarodnih živčnih celic ob poškodbi centralnega živčnega sistema v smeri poškodbe. Vse te raziskave so pokazale, da imajo S1P₁ receptorji izreden pomen na delovanje telesa vendar številni od mehanizmov delovanja še niso raziskani. Iz teh raziskav je viden velik potencial, ki ga imajo na področju zdravljenja številnih obolenj povezanih predvsem z osrednjim živčnim sistemom in poškodbami le tega.

== Jakob Gašper Lavrenčič: Uporaba fotosintetskega sistema I za bio-sončne celice ==

Zaradi naraščajoče potrebe po energiji poskuša veliko znanstvenikov odkriti učinkovit način pridobivanja energije, ne da bi dodatno obrmenili okolje. Znanih je mnogo načinov pridobivanja okolju prijazne energije, od veternic do elektrarn, ki izkoriščajo valovanje morja. Zato bom v svoji seminarski nalogi predstavil zelo obetajoč način pridobivanja energije, ki izpolnjuje naštete pogoje. Bio-sončne celice predstavljajo poceni način pridobivanja električne energije, ki izkorišča učinkovitost rastlinski beljakovin za proizvodno električne napetosti. Predvsem se izkorišča fotosintetski sistem I (PS-I), katerega lastnost je ravno prenos elektronov preko membrane, kar je bistveno za potek fotosinteze. Njihova največja prednost je ravno v tem, da lahko njihovo glavno surovino PS-I, poceni pridobivamo iz zelenih rastlinskih tkiv, tudi v industrijskem merilu. Raziskovalna skupina je sestavila dve sončni celici, s katerima so preizkušali lastnosti in učinkovitost PS-I, saj so mnoge predhodnje raziskave naletele na obilico težav, z izkoriščanjem tega sistema. Ker so te raziskave zahtevale uporabo dragih in okolju nevarnih snovi, je dolgo veljalo, da je izkoriščanje rastlinskih fotosintetskih beljakovin v sončnih celicah neučinkovito in drago. Ampak nova spoznanja in razumevanje fotosintetskih beljakovin, od stabilnosti do osnovne učinkovitosti ter primernosti različnih oblik sončnih celic, kažejo na to, da so takšne sončne celice okolju neškodljive, učinkovite in poceni.

== Sandra Zupančič: Možnosti uporabe matičnih krvnih celic pri okužbi z virusom HIV ==
Virus HIV je virus, ki ga lahko z raznimi zdravili sicer obvladamo, vendar se pa ga nikoli popolnoma ne znebimo. Ker spada v družino retrovirusov, kar pomeni da ima genski zapis v RNA, ki se potem v gostiteljski celici, prepiše v DNA. Pri prepisovanju, pri katerem sodeluje reverzna transkriptaza, pride pogosto do napak, kar pa posledično privede do tega da virus mutira in postane odporen oziroma nedovzeten za napade celic našega imunskega sistema. Ker reverzna transkriptaza pomaga pri razmnoževanju virusa HIV, lahko uporabimo zdravila, ki zavrejo delovanje te reverzne transkriptaze – s tem pa zavrejo tudi razmnoževanje virusa. Znanstveniki si prizadevajo, da bi našli čim bolj učinkovit način za zdravljenje tega virusa. Prav v tej raziskavi so z vrsto poskusov dokazali, da je možno gensko modificirati naše krvne matične celice tako, da postanejo specifične za HIV-1 Gag protein, pri tem pa ne izgubijo svoje funkcije. V raziskavi so uporabili miši, v katerih so poskušali čim bolj poustvariti človeški imunski sistem – od samega nastanka celic pa do reakcij ki potekajo ob okužbi.

== Jernej Pušnik: Zaznavanje proteinov z zlatimi nanodelci ==
Metoda zaznavanja proteinov z zlatimi nanoantenami, kot že samo ime pove, za senzor uporablja zlat nanodelec paličaste oblike. Ko tak nanodelec zazna protein, se rahlo spremeni njegova frekvenca, kar lahko z drugimi besedami opišemo kot zelo majhna sprememba barve, ki jo s prostim očesom nebi mogli zaznati, zato se uporabljajo posebni detektorji. Ti detektorji so sposobni zaznavati spremembe s izjemno visoko časovno resolucijo, vse do milisekunde, kar omogoča natančno opazovanje proteinske dinamike. Ta pridobitev odkriva povsem nova obzorja, saj je s tem omogočeno opazovanje adsorpcije proteinov, njihovo gibanje, zvijanje v terciarno obliko, sledenje spreminjanju gostote proteinov, njihova vezava na določena mesta itd. Mislim, da je to odkritje izrednega pomena in bo olajšalo pot do razlage marsikaterih pomembnih procesov v biokemiji.

== Ajda Rojc: Nematociste - najhitrejši mehanizem v naravi ==
Knidocite so eksplozivne epidermalne celice, ki vsebujejo velik sekrecijski organel nematocisto. Ob dražljaju sprožijo strup, ki se nahaja v nematocistah. To lastnost so ožigalkarji razvili za obrambo in ulov plena. Organel je sestavljen iz prožne kapusle in tubula, ki je nanjo pritrjen. Med eksocitozo se bodičast del izstreli s pospeškom, ki je 5 milijonkrat večji od gravitacijskega, proces pa se odvije v manj kot 700ns. Raziskava je razkrila do sedaj še neraziskane proteine, ki so odgovorni za biomehanske lastnosti celice. S centrifugiranjem so izolirali nepoškodovane, še neizstreljene nematociste iz organizma H.magnipapillata. Pripravek nematocist je bil raztopljen v DTT, proteine pa so ločili z eletroforezo. Razporeditev proteinov je pokazala, da je v vzorcu največ proteinov z molekulsko maso med 10 in 40 kDa. Po tej proceduri so lahko izključili 50 nepomembnih proteinov in identificirali 410 posameznih proteinskih sekvenc. 25 ostalih sekvenc iz analize celotnega proteoma so označili kot onesnažene.
Znano je, da je zunanja stena nematocist sestavljena iz globularnih proteinov, a je njihova funkcija še neznana. Notranja stena pa je sestavljena iz skupkov kolagenskih fibril, ki se nahajajo z razmikom od 50 do 100 nm in so med seboj prekrižani v intervalih 32 nm. Fibrile so sestavljene iz polimerov minikolagenov, katerih je v Hydri zelo veliko. Ta izrazit vzorec daje prožnost, ki je potrebna, da kapsula zdrži zelo velik ozmotski pritisk (150bar).

== Luka Krmpotić: Štirje geni in spomin pri odraslih ==
Problem Alzeimerjeve bolezeni še ni rešen. Ta napade hipokampus in zmanjša njegov volumen. Pri nekaterih posameznikih je hipokampus “poškodovan”, ima manj kot normalen volumen. Vzrok so majhne variacije v dednem zapisu, ki pospešijo normal proces skrčenja hipokampusa za približno štiri leta. Po 65-tem letu se nevarnost za Alzeimerjevo bolezen podvoji vsakih 5 let, torej bi posameznik s temi genskimi variacijami imel skoraj 2-kratno možnost da zboli za Alzeimerjevo. Oziroma, drugače povedano, če bi posameznik s temi genskimi variacijami zbolel za Alzeimerjevo boleznijo, bi ta napadla že “oslabljen” hipokampus, in posameznik bi trpel hujše simptome kot tisti brez teh genov.
Genoma wide association study, je dokaj nova raziskovalna metoda, ki se uporablja na področju medicine in biokemije, s katero lahko najdemo genske variacije določene bolezni ali fiziološke lastnosti. V primeru raziskave, ki je tema te raziskovalne naloge, so bile najdeni SNP-ji (variacije gena v eni DNK črki) ki vplivajo na volumen hipokampusa in SNP-ji ki vplivajo na znotrajlobanjski volumen.

== Alenka Mikuž: Pretvorba belega v rjavo maščobno tkivo ==
Dandanes, ko velja, da večino dneva presedimo in je vnos kalorij toliko večji, je debelost eden izmed največjih problemov današnje populacije. Belemu in rjavemu maščobnemu tkivu je skupno le to, da oba shranjujeta trigliceride. Belo zato, da skladišči odvečno energijo, rjavo pa zato, da ima tako prekurzorje, ki spodbujajo izražanje UCP-1. UCP-1 je protein, ki omogoča proizvodnjo toplote v rjavem maščevju in s tem porablja energijo. Prekomerno kopičenje maščobnega tkiva škoduje zdravju človeka, zato bi bilo spodbujanje nastajanja rjavega maščevja ali pa sprememba belega v rjavo maščevje nova tarča pri proizvodnji farmacevtskih zdravil, ki bi kljubovala debelosti in njenim metabolnim in srčnožilnim težavam. V raziskavi so raziskali delovanje PRDM16, ki deluje skupaj z CtBP ali PGC-1α v rjavem maščevju. Kompleks PRDM16/CtBP uspešno zavira izražanje genov belega in kompleks PRDM16/PGC-1α pa spodbuja izražanje genov rjavega maščobnega tkiva. Vendar pa je še veliko drugih transkripcijskih faktorjev, ki vplivajo na ekspresijo maščobnega tkiva. Odkriti morajo najbolj primernega in ga stabilizirati. Čeprav izkoriščanje nastajanja rjavega maščobnega tkiva iz belega lahko ponudi rešitve za razvoj zdravil, ki bi kljubovala metabolnim in srčnožilnim boleznim, ki so posledica debelosti, to še vedno ne nadomesti tradicionalnih pristopov proti debelosti, tj. uravnotežena prehrana in telesna aktivnost.

== Estera Merljak: Potencialna terapevtska vloga funkcionalnih inkluzijskih telesc ==
Zaradi vse večje uporabe rekombinantnih proteinov v industriji in raziskavah se povečuje tudi potreba po nizkocenovni produkciji. V ta namen se kot gostiteljski organizem najpogosteje uporablja bakterijo Escherichia Coli. Vendar pa se zaradi hiperprodukcije proteina v bakteriji oblikujejo inkluzijska telesca (ang.: Inclusion bodies oz. IB) za katere so znanstveniki domnevali, da so skupki odpadnega materiala v celici. Nedolgo nazaj pa so odkrili, da IB vsebujejo ter v določenih optimalnih pogojih tudi izločajo aktivne proteine. Tako se je porodila ideja o uporabi IB kot zdravila nanovelikosti za nekatere bolezni, ki so povzročene s strani okvarjenih ali nefunkcionalnih proteinov.
S pomočjo fluorescence so dokazali, da se GFP ncIB vežejo na membrano človeških HeLa celic ter celo prodrejo v celico in njeno jedro.
Ko so različnim kulturam okvarjenih celic dodali Hsp70, DHFR, CAT, ali LIF ncIB so opazili znatno povečanje števila preživelih celic, kar se sklada s predpostavko o terapevtskem učinku ncIB.
Ugotovili so tudi, da ob zaužitju ncIB nima toksičnega vpliva na organizem, vendar ga le-ta sprejme v omejenih količinah in nakopiči predvsem v jetrih.

== Janez Meden: α –sinuclein, amiloid prisoten pri bolnikih s Parkinsonovo boleznijo ==
α-sinuklein je majhen protein, ki se nahaja v presinaptičnih membranah dopaminergičnih nevronih. Odkar so odkrili njegove amiloidne lastnosti ter da je glavna komponenta citotoksičnih lewyjevih telesc pri bolnikih z neozdravljivo in napredujočo parkinsonovo boleznijo je postal predmet številnih znanstvenih raziskav, saj je bolnikov s to boleznijo iz leta v leto več.
Novejše raziskave kažejo na to, da je lahko sicer ta membranski protein prisoten tudi kot topen in urejen oligomer in sicer tetramer, ki je bil odkrit pred kratkim in ni škodljiv za možganske celice. Najbrž je ta oligomer v celici v ravnotežju z netopnim α-sin ter topnim monomerom. Kaj vpliva na ravnotežje še ni raziskano, mogoče pa je to omega-3 maščobna kislina –DHA.
Kar pomeni, da ima pomemben vpliv na odlaganje citotoksičnih α-sin agregatov tudi prehrana. DHA je precej propagiran prehranski dodatek (priporočajo ga predvsem doječim materam), vpliva na regulacijo α-sinukleina pri miših. Miši z več DHA v dieti so namreč bolj izpostavljene α-sin agregaciji, še posebej če je gen za α-sin mutiran (v tem primeru A53T).
Obe raziskavi sta obetajoči za nadaljni razvoj zdravilnih učinkovin za to boleznijo.

BIO1-seminar-2012

2012-05-21T18:31:57Z

Alenka Mikuž: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/
username: tbk
password: samozameDD

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||TAL efektorji - proteini za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matic Urlep
|-
| Ana Grom||Visokotehnološko zaznavanje rakavih celic dojk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/10/111028082715.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Svetlobno stikalo za bolečino|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120222093506.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Kako lizocimi v solzah uničijo nevarne bakterije||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120119143332.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Telomeri in nesmrtnost celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152612.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Specifično gibanje motornega proteina Dineina||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120113210652.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Razvoj plastidov in Paulinella||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152819.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Rubisco aktivaza|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111108104620.htm povezava] ||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Aktinidni kelatorji||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120306181212.htm povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Funkcionalne posledice spremenjenih podenot v RNA polimerazah|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120301143743.htm povezava] ||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Botulinum toksin v kompleksu z NTNHA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223142628.htm]||23.03.||28.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Sintetični protein Oct4 amplificira gene matičnih celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216133922.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Kronični stres vodi do poškodb DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Nove spojine, ki preprečujejo širjenje in izboljšajo zdravljenje raka||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120328142753.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Epigenetska blokada kognitivnih funkcij pri Alzheimerjevi demenci||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120229155534.htm||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Okužba s Toxoplasmo gondii in povečana količina dopamina||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111104102125.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Matic Urlep||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Pridobivanje elektrike s stratosferskimi bakterijami||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221212614.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Vloga signalne poti TOR pri regeneraciji tkiv||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120320161318.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Ajda Rojc||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Staranje celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120123101831.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Antioksidanti - spojine, ki lahko poškodujejo DNK||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120322174621.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matej Vrhovnik
|-
| Matic Urlep||Odpornost bakterij na sulfonamidne antibiotike||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120302082909.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Inženiring hiper-katalitičnega encima||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/04/120417152732.htm||07.05.||11.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Zastoji v procesu translacije||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120328142850.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Vpliv 4 genov na spomin pri odraslih||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/04/120415151347.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216094728.htm||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Esra Böğürcü|| Triple-negative breast cancer||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/04/120404133755.htm ||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Proteini za zaznavanje bolečine||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120219143049.htm povezava]||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Možnosti uporabe matičnih krvnih celic pri okužbi z virusom HIV||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/04/120412182253.htm povezava]||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Nematociste - najhitrejši mehanizem v naravi||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Zaznavanje proteinov z zlatimi nanodelci||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120314111736.htm povezava]||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Nanotablete||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120316145755.htm povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Pretvorba belega v rjavo maščobno tkivo||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120307184658.htm]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Struktura ključnega proteina pri parkinsovi bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/10/111024113140.htm]||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar-2012

2012-05-21T18:31:39Z

Alenka Mikuž: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/
username: tbk
password: samozameDD

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||TAL efektorji - proteini za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matic Urlep
|-
| Ana Grom||Visokotehnološko zaznavanje rakavih celic dojk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/10/111028082715.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Svetlobno stikalo za bolečino|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120222093506.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Kako lizocimi v solzah uničijo nevarne bakterije||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120119143332.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Telomeri in nesmrtnost celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152612.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Specifično gibanje motornega proteina Dineina||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120113210652.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Razvoj plastidov in Paulinella||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152819.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Rubisco aktivaza|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111108104620.htm povezava] ||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Aktinidni kelatorji||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120306181212.htm povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Funkcionalne posledice spremenjenih podenot v RNA polimerazah|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120301143743.htm povezava] ||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Botulinum toksin v kompleksu z NTNHA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223142628.htm]||23.03.||28.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Sintetični protein Oct4 amplificira gene matičnih celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216133922.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Kronični stres vodi do poškodb DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Nove spojine, ki preprečujejo širjenje in izboljšajo zdravljenje raka||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120328142753.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Epigenetska blokada kognitivnih funkcij pri Alzheimerjevi demenci||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120229155534.htm||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Okužba s Toxoplasmo gondii in povečana količina dopamina||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111104102125.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Matic Urlep||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Pridobivanje elektrike s stratosferskimi bakterijami||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221212614.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Vloga signalne poti TOR pri regeneraciji tkiv||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120320161318.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Ajda Rojc||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Staranje celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120123101831.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Antioksidanti - spojine, ki lahko poškodujejo DNK||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120322174621.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matej Vrhovnik
|-
| Matic Urlep||Odpornost bakterij na sulfonamidne antibiotike||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120302082909.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Inženiring hiper-katalitičnega encima||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/04/120417152732.htm||07.05.||11.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Zastoji v procesu translacije||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120328142850.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Vpliv 4 genov na spomin pri odraslih||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/04/120415151347.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216094728.htm||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Esra Böğürcü|| Triple-negative breast cancer||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/04/120404133755.htm ||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Proteini za zaznavanje bolečine||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120219143049.htm povezava]||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Možnosti uporabe matičnih krvnih celic pri okužbi z virusom HIV||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/04/120412182253.htm povezava]||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Nematociste - najhitrejši mehanizem v naravi||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Zaznavanje proteinov z zlatimi nanodelci||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120314111736.htm povezava]||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Nanotablete||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120316145755.htm povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Pretvorba belega v rjavo mačšobno tkivo||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120307184658.htm]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Struktura ključnega proteina pri parkinsovi bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/10/111024113140.htm]||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1 Povzetki seminarjev

2012-05-21T18:30:15Z

Alenka Mikuž:

== Tomaž Rozmarič: Inženiring hiper katalitičnega encima ==
Dan danes je uporaba encimov v industriji zelo visoka. Bakterije gensko modificirajo in uporabljajo za sintezo najrazličnejših snovi.Zadnje
čase so bakterije postale zanimive za proizvodnjo energije, saj so sposobne sintetizirati vodik, z njimi porizvajajo bio-goriva in celo
elektriko. Te reakcije so še prepočasne, da bi bile uporabne v masovnih proizvodnjah in bi lahko bile konkurenca že obstoječim virom energije
kot so fosilna goriva(nafta) in jedrska energija. Zato so se znanstveniki začeli spraševati, kako bi lahko povečali hitrost reakcij in prav s
tem so se ukvarjali v članku, katerega sem prebral. Idejo jim je dal mehanizem reakcije v očesu. Ko svetloba pade na rodopsin povzroči vrsto
kemijskih reakcij, med drugim tudi konformacijske. To konformacijo zazna določen protein, ki jo pretvori v električni signal in pošlje do
možganov. Na podlagi tega so se odločili, da bi na nek encim pripeli neko molekulo, katera bi regulirala konformacijo encima, ko bi
to oni hoteli. To so potem naredili s pripetjem azobenzenskega mostu na encim(azobenzen pod določeno valovno dolžino spremeni konformacijo iz
cis v trans in obratno) in ugotovili, da se je hitrost reakcije znatno povečala, kar bi lahko bil velik prelom za biogoriva in druge encimsko
odvisnie reakcije.

== Ana Cirnski: TAL efektorji - proteini, ki urejajo gene ==
TAL (transcription activator – like) efektorji so regulatorni proteini, ki vplivajo na delovanje RNA polimeraze pri prepisovanju DNA. Z vezavnimi domenami se vežejo na specifična zaporedja baz na dvojni vijačnici in tako uravnavajo hitrost sinteze proteinov. Najbolj znani regulatorni proteini so motiv cinkovega prsta, motiv levcinske zadrge in motiv vijačnica – obrat – vijačnica.

TAL efektorje so odkrili v bakteriji vrste Xanthomonas, ki jih je uporabljala za reprogramiranje gostiteljskih celic, tako da so te sintetizirale proteine, ki so ustrezali bakteriji.

Domena TAL efektorja, ki se veže na DNA vsebuje 1-35 TAL ponovitev. Vsaka ponovitev je specifična za en bazni par na DNA in vsebuje 33-35 aminokislin (zadnja je okrnjena na 20 aminokislin), ki so vedno na istem mestu. Izjema sta mesti 12 in 13, znani tudi kot RVD mesti (repeat variable diresidues), ki določata specifičnost med efektorjem in DNA verigo.

TAL efektorji se med seboj ločijo po aminokislinskem zaporedju in številu njihovih ponovitev. Od teh lastnosti je odvisna specifičnost efektorja.
Za prepoznavo specifičnih mest na DNA sta odgovorni RVD mesti, ki določata, kam se bo efektor vezal. Obstaja tudi posebna koda po kateri se en par aminokislin veže na določen nukleotid. TAL ponovitve nimajo medsebojnega vpliva zato jih je lažje sestavljati in tako spremeniti efektor.
Uporabljajo se lahko kot umetni restrikcijski encimi (TALEN) za dvoverižne prekinitve DNA (DSB – [double–strand breaks]), kar povzroči v celici popravljalne mehanizme in vodi do sprememb v genskem zapisu. Lahko pa tudi kot transkripcijski faktor (dTALE) za vklapljanje in izklapljanje genov.

Čeprav je o TAL efektorjih še veliko neznanega, kažejo možnosti za široko uporabo na področju biotehnologije in genetike za izboljševanje lastnosti živil in zdravljenje nekaterih bolezni (HIV).

== Griša Prinčič: DNK nanotehnologija ==
Nanotehnologija je ustvarjanje in inženiring funkcionalnih sistemov na atomskem in molekularnem nivoju. DNK nanotehnologija je veja nanotehnologije, ki izkorišča strukturne in kemijske lastnosti DNK molekule ter iz nje sestavlja strukture, ki ne nosijo informacijskega zapisa in so v velikosti do nekaj 100 nanometrov. Najpomembnejši del pri sintezi DNK makromolekul je optimizirano zaporedje nukleinskih kislin. Sekundarno strukturo lahko tvori več različnih zaporedij baz, vendar bo velika večina teh zaporedij imela tudi negativne medsebojne interakcije, kar bi lahko privedlo do spremembe v obliki sekundarne strukture. DNK molekula ima sposobnost samosestavljanja (self-assembly). Pod določenimi pogoji lahko enotno daljšo verigo DNK pripravimo do zvijanja (folding) oz. tvorbe določene (želene) strukture.

V seminarski nalogi se bom osredotočil predvsem na razvoj tako imenovanih nanorobotov, ki služijo kot specializiran dostavni sistem signalnih molekul do celic v človeškem telesu. Ob aktivaciji receptorja se kapsula odpre in na mesto dostavi signalne ali druge molekule.

Pripravljeni so bili nanoroboti v obliki heksagonalnega »soda«, ki so sposobni prepoznati okvarjene ali rakaste celice s pomočjo aptamernega receptorja, ki služi tudi kot »ključavnični mehanizem«. Učinkovitost prepoznavanja celic in »ključavničnega mehanizma« je bila preizkušena na šestih vrstah rakastih celic. Celic Burkitt-ovega limfoma nanoroboti niso prepoznali (se niso aktivirali), pri ostalih petih vzorcih je bila aktivacija potrjena.

== Bojana Lazović: Vloga prionov pri preživetju divjih kvasovk ==
Kvasovke imajo pomembno vlogo pri odkrivanju in spoznavanju lastnosti prionov. Raziskave na njih lahko močno pomagajo tudi pri razumevanju prionskih bolezni, ki se pojavljajo pri ljudeh.
Znano je, da je velika posebnost prionov ta, da se lahko razmnožujejo brez DNK zapisa. Znanstveniki so pri raziskavah na laboratorijskih kulturah kvasovk prišli do pomembnih ugotovitev, glede vloge prionov pri dedovanju v kvasovkah. Razne konformacije proteinov v teh celicah imajo pomembno vlogo pri epigenetskem dedovanju, to je dedovanju, ki ni odvisno od zapisa na DNK verigi. S svojim delovanjem ustvarjajo dedne fenotipske lastnosti, njihova raznolikost pa spodbuja preživetje v spreminjajočih se okoljih in vpliva na razvoj novih lastnosti. Toda te lastnosti so potrdili le v laboratorijskih kulturah. Zato se je porajalo vprašanje, če enako velja tudi v naravi oz. za »divje« vrste kvasovk ali so ugotovljene značilnosti le umetno vzpodbujene v laboratoriju. Iz tega razloga so biokemično testirali okoli 700 različnih sevov vrste kvasovk Saccharomyce, da bi ugotovili če imajo prisotne prione. Rezultati so potrdili prejšnje raziskave. Tako so potrdili tezo, da prioni v splošnem urejajo nekatere dedne lastnosti v naravi, na način ki korenito poveča sposobnost prilagajanja.

== Vesna Radić: Odziv imunskega sistema z IFN-λ ==
Imunost je sposobnost obrambe telesa pred tujimi oz. škodljivimi snovmi, ki jih imenujemo tudi antigeni. Ko se ti pojavijo v telesu, jih imunski sistem prepozna in se odzove tako, da jih skuša uničiti na različne načine.
IFN lambda že dolgo veljajo kot pomembno orožje v imunskem sistemu v obrambi proti virusom, bakterija, parazitom in tudi tumorom. So namreč interferoni, saj so zmožni posegati v razmnoževanje in delovanje patogenov. Interferoni so celične beljakovine sposobne komuniciranja med celicami in tako na razne načine sprožitve delovanja imunskega sistema. IFN-λ so del razreda II citokinov. Lambda je podoben α, saj oba delujeta proti virusom. Razlika med njima je ta, da IFN-α lahko proizvedejo vse celice, ki imajo jedro, IFN-λ pa le nekaj določenih celic. Makrofagi proizvajajo IFN-λ za odziv na virusne in/ali bakterijske okužbe. Citokin IFN lambda se ustvari predvsem iz limfocita CD8+ T – spominske celice. T celice se aktivirajo ob prisotnosti že znanega antigena če ne pa živijo v neaktivnem stanju, ko se pa znova srečajo z že znanim antigenom, sprostijo IFN-λ.
Regulacija sproščanja IFN-λ še ni povsem znana; na podlagi novih študij izvemo, da se lahko sprostijo tudi brez aktivacije pri kontaktu z antigeni. Prav tako so odkrili tudi, da imajo ti interferoni pomembno vlogo pri zdravljenju hepatitisa B in C, astme in raka.
== Julija Mazej: Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule ==
Lipoproteini so raznovrstni delci, sestavljeni iz proteinskega in holesterolnega dela. Na podlagi deleža proteinov in holesterola v posameznem delcu ločimo 5 vrst lipoproteinov: hilomikrone, LDL,HDL,VLDL in IDS. V seminarju se bom omejila na dva, ki imata še posebej veliko vlogo pri transportu holesterola po krvni plazmi. HDL je lipoprotein visoke gostote in ima prevladujoč proteinski del. Znan je tudi kot dober holesterol, saj prenaša presežni holesterol iz celic do jeter, kjer poteče razgradnja. LDL pa je lipoprotein, ki prenaša holesterol v obratni smeri. V kolikor ima celica dovolj holesterola, se prične ta kopičiti na stenah žil, kar vodi do kardiovaskularnih bolezni. Pred kratkim so znanstveniki odkrili mehanizem pretvorbe dobrega holesterola v slab holesterol, preko majhne molekule CETP. Molekula deluje kot most med obema lipoproteinoma in prečrpa holesterol iz HDL v LDL. To odkritje daje nove perspektive na področju zdravljenja kardiovaskularnih bolezni, ki so glavni vzrok bolezni in prezgodnje smrti v Evropski Uniji in razvitem svetu. Učinkovito zdravilo, bi torej moralo inhibirati delovanje CETP molekule. Po rezultatih raziskave medicinske univerze na Dunaju, pa takšno zdravilo nebi pomagalo pacientom z ledvično odpovedjo. Pri nekaterih pacientih na dializi so namreč izsledili nefunkcionalen HDL. Spregovorila bom tudi o nastanku "<ra slabega" LDL, pri starejših in obolelih za diabetesom tipa 2.

== Ana Grom: Visokotehnološko odkrivanje rakavih celic dojk ==
Rak na dojkah je v današnjem svetu kar velik problem pri ženskah. Metode, ki se uporabljajo za zaznavo le tega, pa niso dovršene. Vsaka od njih (mamografija, ultrazvok, magnetna resonanca in druge) ima kakšno slabo lastnost. Metode, ki bi bila zdravju popolnoma neškodljiva, nezmotljiva, kratkotrajna in cenovno lahko dostopna še ni odkrita. Zato so znanstveniki prišli na idejo, da bi poizkusili z nanodelci detektirati rakave celice. Najprej so si izbrali Her2 protein (Human epidermal growth factor receptor 2), ki bo tarča teh nanodelcev. Za protein so predhodno vedeli, da se v 30% rakavih celic dojk čezmerno izraža. Da bi se magnetni nanodelci usmerili proti rakavim celicam in nanje tudi vezali, so ustvarili nanodelce povezane s protitelesi za Her2 protein. Nato, ko bi se nanodelci vezali na celice, pa bi s posebnimi občutljivimi napravami zaznavali te nanodelce in s tem tudi rakave celice v telesu. Poskusi, ki so jih izvedli, da bi potrdili svoja predvidevanja so bili zelo spodbudni. Uspelo jim je dokazati, da se nanodelci resnično v večji meri vežejo na celice, ki imajo več Her2 receptorjev (rakave celice). Nekaj izmed metod, s katerimi so prišli do teh rezultatov, bom tudi sama predstavila.

== Robert Berger: Svetlobno stikalo za bolečino ==
S podaljševanjem življenjske dobe in vse bolj tveganimi življenjskimi slogi v današnjem času ne moremo mimo bolečin, pa naj bodo akutne ali kronične, zato si medicina prizadeva, da bi jih, če jih že ne more odpraviti, vsaj lajšala. Vendar pri analgetikih in anastetikih pogosto naletimo na sistemske stranske učinke in odvisnosti, zato je odkrivanje novih vrst anastetikov in analgetikov eden pomembnejših ciljev farmacevtske industrije. Quaternary ammonium – azobenzene – quaternary ammonium oziroma QAQ je ena izmed možnih rešitev pri nadzoru bolečine. Sicer obstajajo optogenetske metode za uravnavanje aktivnosti nociceptorjev (bolečinskih receptorjev), vendar so pogosto preveč invazivne, saj zahtevajo spremembo DNK in lahko vodijo v trajne genetske spremembe, kar pa ni vedno zaželeno. QAQ s svojo strukturo omogoča blokado ionskih kanalov v nociceptorjih in tako prepreči bolečinski signal. Njegova posebnost pa je v njegovi strukturi, saj ga lahko z določenimi valovnimi dolžinami svetlobe (380 in 500 nm) spreminjamo med cis in trans izomerom, pri čemer cis izomer dovoljuje nemoten pretok Na+ in Ca2+ ionov, trans izomer pa zapre ionski kanal. Tako lahko prostorsko in tudi časovno nadzorujemo njegovo aktivnost. Pri podobnih anastetikih, kot so npr lidokain, ki deluje na podoben način kot QAQ izomerizacija in s tem tudi časovni nadzor nista možna.

== Erik Janežič:Raziskave golih krtovskih podgan (GKP) ==
Tekom zgodovine je velika večina tehnoloških iznajdb našla navdih v živalskem svetu. Danes pa morda prav živali kot so gole krtovske podgane, skrivajo odgovera na nekatera največja vprašanja človeštva kot sta zdravljenje raka in staranje. Gole krtovske podgane niso pritegnile posebne pozornosti med zannstveniki, dokler ni bil v 2. trtjini 20. stoletja pri njih odkrit eusocialen način življenja. Do danes so bile odkrite izjemna lasttnosti golih krtovskih podgan kot naprimer; odpornost na raka, na hipooksično okolje, neobčutljivost na iritacijo s kislinami ter izredno dolga življenska doba v primerjavi z drugimi glodalci. V seminarski nalogi vam bom predstavil nekaj splošnih značilnosti golih krtovskih podgan in njihove odpornosti na rakava obolenja, podrobneje pa bom predstavil raziskavo, ki se je ukvarjala z opazovanjem intracelularnega kalcija pri izpostavitvi možganskih celic GKP hipooksičnem okolju. Povečane koncentracije intracelularnega kalcija v možganskih celicah je namreč glavni razlog, da celice odmrejo oziroma imajo trajne poškodbe strukture in funkcije.

== Špela Tomaž: Specifično gibanje motornega proteina dineina ==
Za normalno delovanje celic in potek celičnih procesov, so med drugim izredno pomembne funkcije transporta, organizacije ter gibanja celičnih delov in organelov. Nalogo opravljajo tako imenovani motorni proteini, ki aktivno prenašajo tovor z enega dela celice na drugega, s svojim gibanjem omogočijo delovanje bičkov ter migetalk in so odgovorni tudi za gibanje mišic. Posebej zanimiva je mehanika njihovega premikanja, saj zaradi sprememb v konformaciji njihovih sestavnih proteinov dobesedno korakajo po svoji bazi (mikrotubuli ali aktinski filamenti). Medtem ko je kinetika gibalnih proteinov miozinov in kinezinov že raziskana, pa je premikanje tretje vrste, dineinov, še vedno slabo poznano. Dineini se v mnogih strukturnih lastnostih od ostalih vrst razlikujejo, kar posledično vpliva tudi na njihovo korakanje, ki ni urejeno in periodično, tako kot pri miozinih in kinezinih. Sposobni so različno dolgih korakov, ne le naprej in nazaj, temveč tudi vstran pod različnimi koti. Izmenično preklapljajo med koordiniranim in nekoordiniranim gibanjem in so nepredvidljivi ter dinamični, kar bi jim predvidoma lahko prinašalo mnoge ugodnosti in boljše sposobnosti prilagoditve. V seminarski nalogi bom opisala nekatere ugotovitve nedavnih raziskav ter predstavila nekatere odkrite značilnosti gibanja dineina.

== Samo Zakotnik: Telomeri in nesmrtnost celic ==

Človeštvo že odkar obstaja sanja o nesmrtnosti, o večnem življenju. Medicina je skozi človeško zgodovino uspešno podaljševala življenja z odkrivanjem vedno novih zdravil in zdi se, da je v prihodnosti možno doseči nesmrtnost, toda le, če bomo premagali staranje. Starost samih celic pa je močno povezana z dolžino telomerov. Telomer je ponavljajoče se zaporedje nukleotidov, ki ščitijo kromosome pred poškodbami. Premajhna dolžina telomerov naj bi vodila v razvoj škodljivih mutacij in razvoju onkogenov, ki vodijo v nastanek raka. Da bi lahko preprečili škodljivo krajšanje telomerov moramo podrobno preučiti mehanizme, ki zagotavljajo ohranjanje dolžin telomerov v okvirjih, ki niso potencialno škodljivi, ali celo omogočajo obnavljanje telomerov in njihovo podaljševanje, kar bi vodilo do celične nesmrtnosti. Vse to je povezano s samo zgradbo telomerov in delovanjem telomeraze, encima, ki skrbi za podaljševanje telomerov.
V drugem delu seminarja pa bom predstavil mehanizme somatskega obnavljanja telomerov in posledice inhibicije telomeraze na primeru ploskih črvov vrste Schmidtea mediterranea. Vrsta je predmet preučevanja že več kot 200 let zaradi izjemnih sposobnosti regeneracije, v sedanjem času pa postaja vse pomembnejši modelni organizem za preučevanje telomer in delovanja telomeraz. Leta 2010 so podelili Nobelovo nagrado za medicino in fizlologijo prav za odkritje, kako so konci kromosomov zaščiteni s telomeri in za odkritje encima telomeraze.

== Zala Gluhić: Rubisco aktivaza ==

Rubisco je encim, ki v temotnih reakcijah fotosinteze katalizira pretvorbo sladkorja ribuloza-1,5-bifosfat v molekuli 3-fosfoglicerata, iz katerih se nato lahko tvori glukoza. Vezava ribuloze-1,5-bifosfata na nekarboksiliran encim Rubisco inhibira. Za nemoten potek fotosinteze je potrebno sladkor odstraniti, kar v rastlinah poteka s pomočjo ATP odvisnega procesa z encimom Rubisco aktivaza. Rubisco aktivaze delimo na zeleni in rdeči tip. Struktura pri zelenem tipu je bila pojasnjena s pomočjo Rubisco aktivaze, poimenovane Rca, pri vrsti tobakovca N. tabacum. Pri rdečem tipu so bili izolirani kristali kompleksa iz rdeče alge R. sphaeroides (Rubisco aktivazo so poimenovali Cbbx). Pri obeh proteinih so odkrili podobno zgradbo. Sestavljena sta iz dveh domen - α/β poddomene ter α-vijačnica poddomene. Za svoje delovanje potrebujeta ATP, tvorita heksamerne obročaste strukture, na sredini katerih se nahaja pora. Zaenkrat mehanizem njunega delovanja še ni pojasnjen. Sklepajo, da gre pri Rca za premestitev Rubisca do centralne pore, kjer zanke destabilizirajo Rubiscovo aktivno mesto. Pri Cbbx pa verjetno sodeluje podaljšan C-konec Rubisca, ki ga aktivaza potegne v poro in s tem sprosti zanko, ki na Rubiscu veže sladkor, zato se sladkor lahko odcepi in Rubisco spet normalno deluje naprej.

== Katarina Tolar: Razvoj plastidov (kloroplastov) in Paulinella ==

Endosimbioza in posledično razvoj organelov je še vedno dokaj nepojasnjena. Čeprav je čedalje več rezultatov raziskav, ki endosimbiotsko teorijo potrjujejo in razlagajo. Najprimernejši in najuporabnejši organizem za raziskovanje in preučevanje tega dela evolucije je organizem Paulinella chromatophora. Ta organizem je najprimernejši, ker znanstveniki verjamejo, da je to najbolj izvoren še živeč fotosintetski protist. P. chromatophora naj bi bil en prvih organizmov, ki je vključil cianobakterije. Plastidi, ki so vključeni v različnih vrstah protistov se med seboj razlikujejo. Ugotovili so, da je genom plastida močno reduciran, v nekaterih vrstah plastidov bolj, v drugih manj. Vendar so med njimi velike podobnosti. Prav tako so dokazali, da so se plastidi res razvili iz cianobakterij, saj obstaja ogromna podobnost med genomi cianobakterij in genomi plastidov. Ker je genom plastidov močno zreduciran, so posledično plastidi močno odvisni od jedra. Zato so plastidi in gostiteljska celica razvili Tic in Toc premestitven sistem, ki omogoča prenos proteinov, ki so pomembni za gradnjo in razvoj plastidov iz citoplazme v sam plastid. Ta premestitveni sistem se je razvijal skupaj z rastlinami. Vendar je ohranjal tudi cianobakterijske lastnosti. To je še en dokaz, ki potrjuje endosimbiotsko teorijo.

== Barbara Dušak: Funkcionalne posledice spremenjenih podenot v RNA polimerazah ==

RNA polimeraze so encimi, ki usmerjajo transkripcijo DNA in sodelujejo pri genski regulaciji. V vseh evkariontskih organizmih so prisotne tri različne RNA polimeraze (I, II, III), rastline pa imajo še dve dodatni polimerazi RNA (IV in V). Polimeraze RNA II, IV in V so sestavljene iz 12 različnih podenot, ki imajo različne vloge. Izbrana raziskava se je osredotočila na delovanje devete podenote, ki ima dve različici, 9a in 9b, v Pol II, IV in V pri rastlini Arabidopsis thaliana. Izkazalo se je, da imata nefunkcionalni podenoti različne posledice na delovanje polimeraz. Raziskave so izvajali s križanjem rastlin divjega tipa z mutantkami 9a-1 in 9b-1, nato pa opazovali spremembe v organizmu. Heterozigoti 9a-1 niso kazali nobenih sprememb, 9b-1 pa so se fenotipsko razlikovali od divjega tipa. Homozigoti za mutirani različici obeh genov se sploh niso razvili.
Predstavila bom spremembe, ki so se pojavile na molekularnem nivoju, v povezavi s tem, kar je že znano o delovanju polimeraz RNA.

== Rok Razpotnik: Botulinum toksin v kompleksu z NTNHA (nehemaglutinirajočimi proteini) ==

Botulinum toksin je najmočnejši do sedaj odkriti nevrotoksin. Botulinum nevrotoksin je možen agent za bioterorizem, po drugi strani pa se uporablja v terapijah in kozmetični industriji, znan pod imenom botox. V obeh primerih deluje kot inhibitor acetilholina, pri čemer napade živčne celice. Preden pa uspe priti do živčnih celic, ki nadzirajo delovanje mišic, mora toksin, pri zaužitju, iti skozi dolgo pot – preko celotne prebavne poti, kjer so prisotni številni prebavni encimi in izredno močno kislinsko okolje, do črevesja, kjer je nato vsrkan v krvni obtok, kjer se prevaža vse do živčnih celic. V seminarski nalogi vam bom predstavil organizem, ki proizvaja omenjeni nevrotoksin; bolezensko stanje, ki ga povzroča kontaminacija z botulinum toksinom; strukturo ter mehanizem delovanja, ter na koncu izsledke raziskave, kjer so ugotovili mehanizem delovanja kompleksa, v katerem je nevrotoksin vezan pri poti skozi prebavni trakt. V raziskavi so ugotovili, da se botulinum toksin veže v zaprt in stabilen kompleks z netoksičnim nehemaglutinirajočim proteinom (NTNHA), ta pa ga varuje pred ekstremnimi pogoji v želodcu (nizek pH, delovanje prebavnih proteaz). Kompleks se razpusti ko ta preide v črevesje, kjer vlada nevtralna pH vrednost. Tako prosti botulinum toksin v črevesju vstopi v krvožilje, ki potuje naprej do kolinergičnih nevronov, ker povzroči inhibicijo acetilholina. To se kaže v paralizmu mišic. Ugotovili so torej, da je mehanizem vezave botulinum toksina ter NTNHA ter preživetja nevrotoksina pogojen z mehanizmom spremembe pH vrednosti.

== Erik Mršnik: Vloga Oct4 pri izražanju genov matičnih celic ==

Med sesalčevim razvojem je potrebno, da iz ene totipotentne celice nastane več kot dvesto različnih tipov celic. Inducirane pluripotentne zarodne celice (ali krajše iPSCs) je možno pridobivati tudi iz somatskih celic z ekspresijo transkripcijskih faktorjev, ki so navadno izraženi v ESCs. Pluripotentno stanje se da vzdrževati z določenimi citokini. Na primer z LIF-om ali BMP4.
Transkripcijski faktor Oct 4 (iz družine PouV) je osnoven za nastajanje in vzdrževanje iPSCs in ESCs. Če ga odstranimo, povzročimo diferenciacijo teh celic. Oct4 se izraža tudi v fazi gastrulacije matičnih celic, kjer blokira prezgodnjo diferenciacijo. Kljub mnogim raziskavam pa še vedno ni povsem znano, kako Oct4 deluje kot transkripcijski faktor pri reguliranju diferenciacije. Nekateri eksperimenti so pokazali, da lahko deluje kot aktivator ali represor genske transkripcije.
Odkrili so, da se Oct4 pri svojem delovanju združuje z nekaterimi drugimi transkripcijskimi faktorji. Predvsem z Sox2 (iz družine HMG) in Nanog. Ti naj bi istočasno kontrolirali izražanje genov in regulirali razvoj ESCs.
V tej študiji so se posvetili derivatom Oct4, ki so jih izdelali izključno kot aktivatorje ali represorje transkripcije. Vsak protein ima PouV DNA-prepoznavno sekvenco združeno z močno aktivacjsko (VP16) ali represijsko (Engrailed ali HP1) regijo transkripcije. Tekom študije so ugotovili, da pravzaprav samo aktivatorska oblika povzroči nastanek iPSCs. Aktivatorska fuzija vzdržuje rast in pluripotentnost mišjih ESCs, ki jim manjka »divjega tipa« Oct4. Oct4-aktivatorska fuzija lahko prepreči pluripotentost ne glede na pisotnost LIF-a. Predvidevajo, da delovanje Oct4 kot aktivatorja zadošča za povzročitev nastanka iPSC in vzdrževanje ESCs.

== Matej Vrhovnik: Nove spojine, ki preprečujejo širjenje in izboljšajo zdravljenje raka ==

Glioblastom je oblika agresivnega malignega raka, ki se razvije iz vezivnega tkiva v možganih. Po operaciji imajo pacienti naveč 2 leti življenja, brez zdravljena nekje do 3 mesece. Problem se pojavi po operaciji, kjer se odstrani do 99% rakastega tkiva in obsevanju, ker noben kemoterapevtik ne deluje dovolj učinkovito. Glioblastom tvori veliko metastaz, ki so zelo razširjene po zdravem tkivu in zato ne moremo z kemoterapevtiki napasti vse rakave celice, ker bi uničili tudi preveč zdravega tkiva, oziroma zdravilo ima preveč blag učinek.
Znanstveniki so zato ustvarili spojino imipramine blue. Deluje tako, da inhibira tvorjenje reaktivnih kisikovih spojin, inhibira NADPH-oksidazo in reorganizira aktin v citoskeletu. Ravno reaktivne kisiko spojine so krive za invazivno širjenje rakastih celic po zdravem tkivu, kar pa imipramine blue prepreči, posledično je rak v strjeni skupini, kjer kemoterapevtik lažje opravi svoje delo. Dokazali so, da v kombinaciji z doxorubicinom zelo podaljša življenjsko dobo podgan, ki imajo tumor RT2, ki je zelo podoben človeškemu glioblastomu. Prav tako preprečuje poškodbo krvno-možganske pregrade, kar je ponavadi eden izmed stranskih učinkov kemoterapevtikov.

== Matic Kovačič: Kronični stres vodi do poškodb DNA ==

Stres je pri ljudeh prisoten že odkar imata nadledvični žlezi sposobnost izločanja stresnih hormonov, kot sta na primer adrenalin in noradrenalin. Včasih sta se hormona izločala kratek čas med bojem in telo pripravila na lažje preživetje. Danes pa smo v moderni družbi zaradi hitrega načina življenja in obveznosti, ki jih moramo izpolniti, podvrženi stresu skoraj ves čas. Dolgoročni stres, ki se imenuje tudi kronični stres, ima na naše zdravje in počutje negativne posledice. Znanstveniki so s poskusi na miših, na katerih so simulirali kroničen stres, ugotovili, da kronični stres vodi do povečanih napak v DNA z zmanjšanjem koncentracije proteina p53. Stresni hormoni, kot je recimo adrenalin, se vežejo na β2-adrenoreceptorje, kar povzroči večji izvoz proteinov p53 iz jedra v citosol, kjer jih proteasom razgradi. Protein p53 imenujejo tudi varuh genoma, saj v primeru poškodbe DNA zaustavi celični cikel in aktivira popravljanje poškodovanih delov DNA, če pa so poškodbe DNA prevelike, p53 povzroči celično smrt. Neka druga skupina znanstvenikov pa je ugotovila, da kroničen stres tudi zelo močno pospeši rast tumorjev. Povedal bom nekaj splošnih stvari o stresu in proteinu p53, nato pa predstavil raziskave in ugotovitve znanstvenikov.

== Andreja Kukovec: Epigenetska blokada kognitivnih funkcij pri Alzheimerjevi demenci ==

Alzheimerjeva demenca je ena od najpogostejših oblik demence. Večinoma se pojavi po 65. letu starosti. Eden začetnih simptomov je poslabšanje spomina, kar posamezniki pogosto napačno interpretirajo kot posledico staranja ali stresa. Gre za nevrogenenrativno bolezen. Točen vzrok nastanka Alzheimerjeve demence še ni znan. Dandanes je v veljavi opredelitev, da je Alzheimerjeva demenca posledica akumuliranja napačno zvitih proteinov - t. i. beta amiloidni plaki. Prisotni so tudi nevrofibrilarni vozli, ki se pa, za razliko od amiloidnih plakov, nahajajo znotraj nevronov. Histoni so bazični proteini, okoli katerih se ovije DNA. Na nestabilnih aminokislinskih koncih histonov se odvijajo različne modifikacije, ki regulirajo izražanje genov. Med slednje spadata tudi acetilacija in deacetilacija, ki imata pomembno vlogo pri izražanju genov, ki so povezani s spominom in učenjem. V raziskavi so ugotovili, da je histon HDAC2 pri bolnikih z Alzheimerjevo demenco prisoten v preveliki meri, kar blokira izražanje genov, pomembnih za spomin. Ko so z inhibitorji zmanjšali nivo HDAC2 se je nevronom povrnila sinaptična plastičnost in izražanje s spominom povezanih genov. To znižanje HDAC2 pa se je pokazalo tudi kot izboljšanje kognitivnih funkcij (pri miših), kar pomeni, da bi te ugotovitve lahko imele pomembno vlogo pri zdravljenju Alzheimerjeve demence.

== Sara Bitenc: Okužba s Toxoplasmo gondii in povečana količina dopamina ==

Kljub veliki farmacevtski ponudbi cepiv in antibiotikov na tržišču se žal ne moremo izogniti nekaterim infekcijskim boleznim, katerih vzrok so mikroorganizmi. Eden izmed takšnih organizmov, ki povzroča povsem svetu razširjeno in zahrbtno bolezen t. i. toksoplazmozo, je Toxoplasma gondii, znotrajcelični zajedavec. Ta zahteva tako gostitelja kot tudi vmesnega gostitelja, da je življenjski cikel parazita sklenjen. Ciste parazita povzročajo kronično infekcijo, pri čemer se razširijo v gostiteljeve mišice in možgane (največjih delež teh se je nahajal v amygdali in nucleus accumbens – predela v možganih), v posameznih znotrajceličnih tkivnih cistah pa T. gondii tvori več sto bradiozit. Da bi znanstveniki podali zaključek v zvezi s spremembami količine dopamine, so s paraziti okužene možgane pri miših raziskovali s protitelesi dopamina in ugotovili,da parazit prevzame nadzor nad gostiteljsko celico in začne spreminjati nevrotransmitsko signalno transdukcijo, kar v organizmu izzove različne vedenjske spremembe. Glavna ugotovitev moje seminarske naloge je, da je količina sproščenega dopamina povezana s številom parazitov v gojeni kulturi. Poskusi, ki jih bom predstavila, so bili izvedeni »in vivo« in »in vitro«. Veriga interakcij med patogenom (tistim, ki povzroča bolezen – T. gondii) in njegovim gostiteljem (v našem primeru je ta žrtev naša npr. živčna celica) je torej zelo zapletena; nedolgo nazaj je znanstvenike begala povezava med parazitom in njegovim obnašanjem… Danes pa vemo, da je za spremembe v metabolizmu dopamina ključna T. gondii, ta dognanja pa bodo prispevala k razlagi razvoja bolezni pri bolnikih s toksoplazmozo in nekaterih psihovedenjskih bolezni.

== Jan Taškar: Mikrobske gorivne celice in uporaba umetnega konzorcija bakterij ==

Današnji svet se približuje energetski krizi, saj smo še vedno v preveliki meri odvisni od fosilnih goriv, ki jih bo kmalu zmanjkalo,a še vedno nimamo dovolj razvitih alternativnih virov energije, ki bi jih lahko nadomestili. Zato se stalno odkriva nove alternativne načine pridobivanja energije, kot so tudi mikrobske gorivne celice. Mikrobska gorivna celica ali MFC (microbial fuel cell), kot druge gorivne celice, proizvaja električni tok, le da za njegov nastanek izkorišča naravne procese mikroorganizmov, kjer se nek organski substrat razgradi in nastanejo elektroni. Sama ideja pridobivanja elektrike s pomočjo mikroorganizmov nam je znana že od leta 1911, vendar se je zanimanje za njih povečalo šele po sedemdesetih letih prejšnjega stoletja, ko so počasi začeli bolje razumevati mikroorganizme prisotne pri pridelavi elektrike, ter odkrivati nove načine za izboljšanje delovanja in s tem tudi potencial MFC-jev kot čisti vir energije. Dandanes je vloženo veliko truda v izboljšanje in tudi boljše razumevanje te zelo potencialne tehnologije, z namenom da bi nekegega dne lahko dosegli dovoljšen izkoristek da bi s pomočjo posebnih mikroorganizmov hkrati čistili odpadne vode, ter istočasno pridobivali dovolj elektriko za naše potrebe.

== Monika Biasizzo: Vloga TOR signalne poti pri regeneraciji tkiv ==

Regeneracija je proces obnavljanja, popravljanja in rasti, ki omogoče organizmom ustrezen odgovor na poškodbe ali motnje, ki negativno delujejo na organizem. Poškodovano ali izgubljeno tkivo morajo nadomestiti nove celice, zato sta potrebni celična rast in delitev. Celično rast in delitev sprožijo in omogočijo različne signalne poti in mehanizmi. Ena izmed pomembnih signalnih poti je TOR signalna pot. Protein TOR oziroma tarča rapamicina je glavni protein TOR signalne poti, ki vpliva na sintezo proteinov preko stimulacije mRNA translacije, transkripcije in biosinteze ribosomov. TOR signalna pot lahko sproži in zavre sintezo proteinov glede na zunanje signale, kot so dostopnost hranil, rastni hormoni in nivo celične energije. Zaradi te signalne poti celica ob premajhni količini hranil in energije ne raste in se ne deli, saj je sinteza proteinov zavrta. Ta mehanizem omogoča celicam, da rastejo in se delijo le, ko imajo na voljo dovolj snovi. Vlogo TOR signalne poti pri regeneraciji tkiv so raziskovali pri ploskih črvih rodu ''Planaria'', ker imajo izredno sposobnost regeneracije. Skupino ploskih črvov, ki so jim utišali izražanje gena za protein TOR s tehnologijo RNAi, so primerjali s kontrolno skupino med regeneracijo po amputaciji. Ugotovili so, da ima TOR signalna pot pomembno vlogo pri mitotski delitvi in tvorjenju blastem – novo tkivo, kjer se manjkajoče strukture regenerirajo. TOR signalna pot je v zadnjem času predmet raziskav za terapije proti raku in inhibicija TOR v planarijih nam lahko pokaže posledice dolgoročne inhibicije TOR signalne poti.

== Matic Urlep: Odpornost bakterij na sulfonamidne antibiotike ==

V današnjem času je vedno več bakterij, ki so postala odporna na veliko antibiotikov in to postaja vedno večji problem. V svojem seminarju bom opisal raziskavo znanstvenikov ustanove » St. Jude Children's Research Hospital «. Ti so se osredotočili na sulfonamidne antibiotike. Ti antibiotiki inhibirajo delovanje dihidropteroat sintaze, encima ki je ključen pri biosintezi folne kisline. Folat ali folna kislina pa pomaga pri sintezi DNA, popravi DNA in pri hitri celični delitvi. Sposobnost bakterij do prilagoditve je naredila te antibiotike skoraj neuporabne. Znanstveniki pod okriljem Mi-Kyung Yuna so se osredotočili na delovanje DHPS ( dihidropteroat sintaza ) in kaj se dogaja z aktivnim mestom med samo biosintezo dihidropteroata in kako sulfoamidi uničijo bakterije. Njihova odkritja odpirajo možnosti za proizvodnjo novih antibiotikov na katera bi se bakterije težje prilagodile in bi imeli manj stranskih učinkov.

== Maja Kostanjevec: Antioksidanti - spojine, ki lahko poškodujejo DNA ==

Antioksidanti so spojine, ki ščitijo celice pred škodljivimi radikali, ki nastajajo v procesu oksidacije. Njihovi učinki se danes raziskujejo v povezavi z različnimi boleznimi, saj je za njih značilno, da imajo na telo pozitivne učinke. Vendar pa je raziskava genotoksičnih spojin pokazala, da lahko nekateri v velikih koncentracijah poškodujejo DNA. Za določitev genotoksičnih spojin so raziskovalci ustvarili novo metodo analize, ki temelji na povišanju ravni proteina ATAD5. Ta se v celici pojavi ob poškodbi DNA, saj zavira genomsko nestabilnost in nastajanje tumorjev ter sodeluje pri popravljanju DNA. Za tri antioksidante (resveratrol, genisteinin in baicalein) so v raziskavi dokazali, da lahko uničijo celice, za katere je značilna hitra delitev, poleg tega pa so tudi selektivni, kar pomeni, da ne poškodujejo celic okoli njih. V celici ne povzročajo večjih preureditev in premestitev kromosomov. Te lastnosti omogočajo potencialno uporabo antioksidantov v prihodnosti pri zdravljenju raka, saj je moč njihove genotokičnosti primerljiva s trenutno uporabljajočimi kemoterapevtiki. Poleg tega pa so antioksidanti selektivni in ne povzročajo mutageneze, zaradi česar bi bili primernejši od zdajšnjih kemoterapevtikov. Vsekakor pa bo potrebno še več raziskav, ki bodo podrobneje pokazale, katere vrste rakastih celic ti antioksidanti uničujejo.

== Katja Leben: Vpliv zgradbe agregiranih proteinov na celico ==

S podaljševanjem življenske dobe postajajo vse bolj aktualne tudi nekatere bolezni, ki se pojavijo s starostjo, kot sta Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen. Obe sta povezani s proteinskimi agregati, ki se nalagajo v organizmu.
Preden proizvedeni protein doseže nativno stanje je kratek čas izpostavljen topilu in takrat lahko hidrofobni in polarni deli, ki tvorijo vodikove vezi, reagirajo intra ali pa intermolekularno, predvsem so k temu nagnjeni proteini, ki nimajo enotno določene sekundarne in terciarne strukture. V določenih pogojih, primer je tudi visoka koncentracija proteinov, ki je značilna za rekombinantne proteine, prevladajo intermolekularne interakcije in nastanejo agregati, kar privede do problemov pri ekspresiji rekombinantnega proteina.
Agregacija proteinov v celici je dokazano toksična, a do nedavnega je bil vpliv zgradbe proteinov, ki sestavljajo agregate, na celično kondicijo nepoznan. Izsledki raziskav kažejo, da je vpliv agregacije proteina na celico tesno povezan z aminokislinskim zaporedjem polipeptida, ki tvori agregat. Pogojuje stopnjo agregacije ter posredno strukturne in funkcionalne lastnosti agregata, od katerih je odvisen učinek šaperonov na agregate.
Ugotovitve raziskave so zagotovile osnovne podatke o vplivih mutacij v zaporedju na strukturne lastnosti agregatov, ki bodo omogočile predvidevanje vplivov proteinskih agregatov na kompleksnejše žive organizme in nadaljnje raziskave, ki bi vodile k razumevanju in posledično zdravljenju bolezni kot je Alzheimerjeva.

== Filip Mihalič: Kako lizocimi v solzah uničijo nevarne bakterije ==

Lizocimi so encimi, ki jih najdemo v človeških solzah ter smrklju in katalizirajo razcep glikozidne vezi med dvema monosaharidnima enotama v molekuli peptidoglikana, v celični steni bakterije ter s tem povzroči njen propad. Sam mehanizem kako lizocim katalizira razcep te vezi, ter njegovo spreminjanje konformacije med procesom sta bila do nedavnega še precej neraziskana, saj znanstveniki niso poznali metode s katero bi lahko opazovali posamezne molekule.
Raziskovalci z univerze "Univerza v Kaliforniji, Irvine", so pred nedavnim uporabili nov pristop za opazovanje posameznih makromolekul, in sicer so eno samo molekulo lizocima povezali z karbonsko nanocevko prek pirenskega sidrišča ter nato spremljali tresljale ki jih je sprožila molekula lizocima. ob tem so prišli do zanimivih ugotovitev, saj so lahko zelo natančno določili gibanje molekule ter njeno obnašanje v procesu cepitve glikozidne vezi. Bolj kot samo opazovanje lizocima je pomembna sama metoda s katero so opazovali molekulo, saj odpira nove možnosti na opazovanju posameznih molekul v naravnem okolju - metod ki bi omogočale opazovanje posameznih molekul je zelo malo pa še te so po večini nezanesljive, oz. neuporabne za daljše opazovanje molekul. V predstavitvi bom povedal najprej nekaj o lizocimu, nato pa se bom posvetil znanstveni raziskavi ter njenim rezultatom.

== Mirjana Malnar: Zastoji v procesu translacije ==

Translacija je prevajanje nukleotidnega zaporedja mRNA v aminokislinsko. Pri procesu translacije pride do zastojev (trenutna prekinitev translacije ali upočasnjena translacija). Ti zastoji so posledica ali določenega zaporedja baz mRNA ali interakcij med novo sintetiziranim polipeptidom in ribosomskim tunelom. V raziskavah se je izkazalo da so različni predeli ribosomskega tunela različno ugodni za določene delce (odvisno od velikosti, polarnosti, hidrofobnosti delcev). Posledično bodo polipeptidi, odvisno od svojih lastnosti čez tunel potovali različno (zastoji na različnih mestih ipd.). Raziskave so bile narejene na primeru E.coli. secA je motorni protein E.coli ki sodeluje pri prenosu proteinov čez celično membrano. Njegova sinteza je regulirana s translacijo secM proteina, katerega se kodirajoča sekvenca nahaja navzgor od kodirajoče sekvence secA (na isti mRNA). Ugotovili so da določeno zaporedje aminokislin secM tvori interakcije z ribosomskim tunelom zaradi česa pride do zastoja v translaciji. Če je ta zastoj daljši, se sintetizira več secA proteina. V drugih raziskavah so prišli do ugotovitve da do zastojev pride tudi pri translaciji kodirajoče sekvence za secA, ampak ti zastoji niso bili povezani z interakcijami z ribosomskim tunelom. Izkazalo se da sekvence podobne Shine-Dalgarno sekvencami (SD) v kodirajočem zaporedju mRNA povzročijo te zastoje zaradi interakcij z rRNA. (SD sekvenca je pomembna ker se veže z anti-Shine-Dalgarno sekvenco na rRNA in pri tem tvori mRNA-ribosom kompleks; nahaja se 8-10 baz pred start kodonom). Bolj so te sekvence podobne SD, večjo imajo afiniteto do vezave z anti-SD na rRNA in posledično povzročajo daljše zastoje.

== Ellen Malovrh: Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje ==

Proteini sodijo med najkompleksnejše in najštevilčnejše organske molekule v celicah in omogočajo njihovo pravilno delovanje. Že med samim nastankom ali v času delovanja pa se lahko izkaže, da so proteini nefunkcionalni, zato je za celico izjemno pomemben proces razgradnje takih proteinov in sinteza novih. Proteini, ki se počasi obnavljajo oziroma imajo dolge življenjske dobe, so zato bolj izpostavljeni kopičenju škode.
Taki so tudi proteini nukleoporini, ki tvorijo kompleks jedrne pore, ki omogoča transport molekul med citoplazmo in jedrom. V raziskavi, ki sem jo predstavila v seminarski nalogi, so znanstveniki v možganih podgan odkrili nukleoporine, ki so bili stari celo več kot eno leto. Poškodbe na teh proteinih povečajo prepustnost jedrnih por, zato lahko citoplazemski proteini vdirajo v jedro. Spremeni se lahko tudi genski zapis v celici, kar je bilo opaženo predvsem pri starajočih se celicah.
Pričujoča raziskava bi tako lahko rešila eno od ključnih znanstvenih vprašanj o življenju: kako in zakaj se celice starajo ter posledično omogočila razvoj novih načinov zdravljenja starostno pogojenih bolezni. Spremembe v genskem zapisu so namreč odgovorne za staranje celic in lahko vodijo do številnih starostnih bolezni, kot sta Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen.

== Ana Kunšek: Proteini za zaznavanje bolečine ==

Mehanska zaznava je zelo pomembna pri vsakodnevnih opravilih. Organe, ki nam prevajajo zunanje dražljaje pa imenujemo čutila. Eno izmed pomembnejših (če ne ravno najbolj pomembno) je prav zagotovo čutilo za tip, saj z njim zaznavamo še tako majhne dražljaje, vročino, električni tok, itd. Vse to pa poteka prek električnega toka po živčnih celicah v našem živčnem sistemu. Ampak, ste se že kdaj vprašali kdo je pravzaprav odgovoren za delovanje tega oz. vseh čutil? 
Nekaj o čutilih so pravzaprav že ugotovili. Ugotovili so, kako se prenašajo dražljaji po nevronih, kako se začnejo premikati mišice in v katere dele naših možganov potujejo električni dražljaji iz različnih čutil. Nikoli pa še niso ugotovili kdo v celicah je odgovoren za zaznavo dražljajev in kaj s to zaznavo naredi.
V svojem seminarju se bom osredotočila prav na protein, ki je zanj odgovoren. Prav tako bom razložila kako (če) se spremeni delovanje, če organizmu z rezanjem eksonov iz DNA odstranimo gen za ta protein in ga potem v svojem življenju nima. 
S to študijo so si odprli nove poti za ugotavljanje kako deluje naš čutilni sistem, kar bodo v prihodnosti s pridom izkoristili za preučevanje zaznavanja zvoka, krvnega tlaku, in ostalih mehanizmih v človeškem telesu, ki s svojim delovanjem pritiskajo na celične membrane, kar bi lahko vodilo v lažje zdravljenje zdravstvenih težav.

== Aleksander Benčič: S1P₁ receptorji in njihov pomen ==

Eden od osnovnih mehanizmov v celici, ki je pogoj za delovanje vseh živih organizmov je signalizacija in sporazumevanje celice z okoljem. Zaradi tega so se v celicah razvili številni mehanizmi za komunikacijo, ki jim omogočajo opravljanje njihovih bioloških funkcij. Eden najpomembnejših tovrstnih mehanizmov so receptorji, prisotni na membrani celice. V svoji seminarski nalogi se bom osredotočil na vlogo in delovanje enega od teh receptorjev imenovanega sfingozin-1-fosfat receptor 1. V prvi raziskavi so znanstveniki preučili mehanizem delovanja novega zdravila za multiplo sklerozo fingolimod, ki je modulator S1P₁ receptorjev. Do sedaj je veljala domneva, da naj bi fingolimod preprečeval izhajanje limfocitov iz limfnih vozlov in tako blažil simptome multiple skleroze, vendar so v tej raziskavi ugotovila, da je glavni mehanizem delovanja povezan s signalnimi potmi v centralnem živčnem v katerih sodelujejo S1P₁ receptorji. Druga raziskava je bila prav tako povezana z signalnimi potmi v centralnem živčnem sistemu, ki jih uravnava sfingozin-1-fosfat. Preučili so vpliv, ki ga imajo na migracijo zarodnih živčnih celic ob poškodbi centralnega živčnega sistema v smeri poškodbe. Vse te raziskave so pokazale, da imajo S1P₁ receptorji izreden pomen na delovanje telesa vendar številni od mehanizmov delovanja še niso raziskani. Iz teh raziskav je viden velik potencial, ki ga imajo na področju zdravljenja številnih obolenj povezanih predvsem z osrednjim živčnim sistemom in poškodbami le tega.

== Jakob Gašper Lavrenčič: Uporaba fotosintetskega sistema I za bio-sončne celice ==

Zaradi naraščajoče potrebe po energiji poskuša veliko znanstvenikov odkriti učinkovit način pridobivanja energije, ne da bi dodatno obrmenili okolje. Znanih je mnogo načinov pridobivanja okolju prijazne energije, od veternic do elektrarn, ki izkoriščajo valovanje morja. Zato bom v svoji seminarski nalogi predstavil zelo obetajoč način pridobivanja energije, ki izpolnjuje naštete pogoje. Bio-sončne celice predstavljajo poceni način pridobivanja električne energije, ki izkorišča učinkovitost rastlinski beljakovin za proizvodno električne napetosti. Predvsem se izkorišča fotosintetski sistem I (PS-I), katerega lastnost je ravno prenos elektronov preko membrane, kar je bistveno za potek fotosinteze. Njihova največja prednost je ravno v tem, da lahko njihovo glavno surovino PS-I, poceni pridobivamo iz zelenih rastlinskih tkiv, tudi v industrijskem merilu. Raziskovalna skupina je sestavila dve sončni celici, s katerima so preizkušali lastnosti in učinkovitost PS-I, saj so mnoge predhodnje raziskave naletele na obilico težav, z izkoriščanjem tega sistema. Ker so te raziskave zahtevale uporabo dragih in okolju nevarnih snovi, je dolgo veljalo, da je izkoriščanje rastlinskih fotosintetskih beljakovin v sončnih celicah neučinkovito in drago. Ampak nova spoznanja in razumevanje fotosintetskih beljakovin, od stabilnosti do osnovne učinkovitosti ter primernosti različnih oblik sončnih celic, kažejo na to, da so takšne sončne celice okolju neškodljive, učinkovite in poceni.

== Sandra Zupančič: Možnosti uporabe matičnih krvnih celic pri okužbi z virusom HIV ==
Virus HIV je virus, ki ga lahko z raznimi zdravili sicer obvladamo, vendar se pa ga nikoli popolnoma ne znebimo. Ker spada v družino retrovirusov, kar pomeni da ima genski zapis v RNA, ki se potem v gostiteljski celici, prepiše v DNA. Pri prepisovanju, pri katerem sodeluje reverzna transkriptaza, pride pogosto do napak, kar pa posledično privede do tega da virus mutira in postane odporen oziroma nedovzeten za napade celic našega imunskega sistema. Ker reverzna transkriptaza pomaga pri razmnoževanju virusa HIV, lahko uporabimo zdravila, ki zavrejo delovanje te reverzne transkriptaze – s tem pa zavrejo tudi razmnoževanje virusa. Znanstveniki si prizadevajo, da bi našli čim bolj učinkovit način za zdravljenje tega virusa. Prav v tej raziskavi so z vrsto poskusov dokazali, da je možno gensko modificirati naše krvne matične celice tako, da postanejo specifične za HIV-1 Gag protein, pri tem pa ne izgubijo svoje funkcije. V raziskavi so uporabili miši, v katerih so poskušali čim bolj poustvariti človeški imunski sistem – od samega nastanka celic pa do reakcij ki potekajo ob okužbi.

== Jernej Pušnik: Zaznavanje proteinov z zlatimi nanodelci ==
Metoda zaznavanja proteinov z zlatimi nanoantenami, kot že samo ime pove, za senzor uporablja zlat nanodelec paličaste oblike. Ko tak nanodelec zazna protein, se rahlo spremeni njegova frekvenca, kar lahko z drugimi besedami opišemo kot zelo majhna sprememba barve, ki jo s prostim očesom nebi mogli zaznati, zato se uporabljajo posebni detektorji. Ti detektorji so sposobni zaznavati spremembe s izjemno visoko časovno resolucijo, vse do milisekunde, kar omogoča natančno opazovanje proteinske dinamike. Ta pridobitev odkriva povsem nova obzorja, saj je s tem omogočeno opazovanje adsorpcije proteinov, njihovo gibanje, zvijanje v terciarno obliko, sledenje spreminjanju gostote proteinov, njihova vezava na določena mesta itd. Mislim, da je to odkritje izrednega pomena in bo olajšalo pot do razlage marsikaterih pomembnih procesov v biokemiji.

== Ajda Rojc: Nematociste - najhitrejši mehanizem v naravi ==
Knidocite so eksplozivne epidermalne celice, ki vsebujejo velik sekrecijski organel nematocisto. Ob dražljaju sprožijo strup, ki se nahaja v nematocistah. To lastnost so ožigalkarji razvili za obrambo in ulov plena. Organel je sestavljen iz prožne kapusle in tubula, ki je nanjo pritrjen. Med eksocitozo se bodičast del izstreli s pospeškom, ki je 5 milijonkrat večji od gravitacijskega, proces pa se odvije v manj kot 700ns. Raziskava je razkrila do sedaj še neraziskane proteine, ki so odgovorni za biomehanske lastnosti celice. S centrifugiranjem so izolirali nepoškodovane, še neizstreljene nematociste iz organizma H.magnipapillata. Pripravek nematocist je bil raztopljen v DTT, proteine pa so ločili z eletroforezo. Razporeditev proteinov je pokazala, da je v vzorcu največ proteinov z molekulsko maso med 10 in 40 kDa. Po tej proceduri so lahko izključili 50 nepomembnih proteinov in identificirali 410 posameznih proteinskih sekvenc. 25 ostalih sekvenc iz analize celotnega proteoma so označili kot onesnažene.
Znano je, da je zunanja stena nematocist sestavljena iz globularnih proteinov, a je njihova funkcija še neznana. Notranja stena pa je sestavljena iz skupkov kolagenskih fibril, ki se nahajajo z razmikom od 50 do 100 nm in so med seboj prekrižani v intervalih 32 nm. Fibrile so sestavljene iz polimerov minikolagenov, katerih je v Hydri zelo veliko. Ta izrazit vzorec daje prožnost, ki je potrebna, da kapsula zdrži zelo velik ozmotski pritisk (150bar).

== Luka Krmpotić: Štirje geni in spomin pri odraslih ==
Problem Alzeimerjeve bolezeni še ni rešen. Ta napade hipokampus in zmanjša njegov volumen. Pri nekaterih posameznikih je hipokampus “poškodovan”, ima manj kot normalen volumen. Vzrok so majhne variacije v dednem zapisu, ki pospešijo normal proces skrčenja hipokampusa za približno štiri leta. Po 65-tem letu se nevarnost za Alzeimerjevo bolezen podvoji vsakih 5 let, torej bi posameznik s temi genskimi variacijami imel skoraj 2-kratno možnost da zboli za Alzeimerjevo. Oziroma, drugače povedano, če bi posameznik s temi genskimi variacijami zbolel za Alzeimerjevo boleznijo, bi ta napadla že “oslabljen” hipokampus, in posameznik bi trpel hujše simptome kot tisti brez teh genov.
Genoma wide association study, je dokaj nova raziskovalna metoda, ki se uporablja na področju medicine in biokemije, s katero lahko najdemo genske variacije določene bolezni ali fiziološke lastnosti. V primeru raziskave, ki je tema te raziskovalne naloge, so bile najdeni SNP-ji (variacije gena v eni DNK črki) ki vplivajo na volumen hipokampusa in SNP-ji ki vplivajo na znotrajlobanjski volumen.

== Alenka Mikuž: Pretvorba belega v rjavo maščobno tkivo ==
Dandanes, ko velja, da večino dneva presedimo in je vnos kalorij toliko večji, je debelost eden izmed največjih problemov današnje populacije. Belemu in rjavemu maščobnemu tkivu je skupno le to, da oba shranjujeta trigliceride. Belo zato, da skladišči odvečno energijo, rjavo pa zato, da ima tako prekurzorje, ki spodbujajo izražanje UCP-1. UCP-1 je protein, ki omogoča proizvodnjo toplote v rjavem maščevju in s tem porablja energijo. Prekomerno kopičenje maščobnega tkiva škoduje zdravju človeka, zato bi bilo spodbujanje nastajanja rjavega maščevja ali pa sprememba belega v rjavo maščevje nova tarča pri proizvodnji farmacevtskih zdravil, ki bi kljubovala debelosti in njenim metabolnim in srčnožilnim težavam. V raziskavi so raziskali delovanje PRDM16, ki deluje skupaj z CtBP ali PGC-1α v rjavem maščevju. Kompleks PRDM16/CtBP uspešno zavira izražanje genov belega in kompleks PRDM16/PGC-1α pa spodbuja izražanje genov rjavega maščobnega tkiva. Vendar pa je še veliko drugih transkripcijskih faktorjev, ki vplivajo na ekspresijo maščobnega tkiva. Odkriti morajo najbolj primerne in stabilizirati ta protein. Čeprav izkoriščanje nastajanja rjavega maščobnega tkiva iz belega lahko ponudi rešitve za razvoj zdravil, ki kljubujejo debelosti, to še vedno ne nadomesti tradicionalnih pristopov proti debelosti, tj. uravnotežena prehrana in telesna aktivnost. Vendar pa kolikor je rjavo maščevje sposobno pokuriti kalorij, tolikšen primankljaj z lahkoto nadomestimo z zaužitjem novih kalorij.

BIO1-seminar-2012

2012-02-27T16:41:22Z

Alenka Mikuž: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||Struktura proteina za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105175830.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matej Vrhovnik
|-
| Ana Grom||Protein TFF3 in rak na dojkah||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216094917.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Mikrobna produkcija biogoriv||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/09/110927134254.htm povezava]||21.03.||26.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Ajda Rojc||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Matic Urlep||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matic Urlep
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar-2012

2012-02-27T16:40:28Z

Alenka Mikuž: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||Struktura proteina za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105175830.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matej Vrhovnik
|-
| Ana Grom||Protein TFF3 in rak na dojkah||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216094917.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Mikrobna produkcija biogoriv||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/09/110927134254.htm povezava]||21.03.||26.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Ajda Rojc||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Matic Urlep||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matic Urlep
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev 2011

2011-12-07T19:08:23Z

Alenka Mikuž: /* Alenka Mikuž: ZP3 (Zona pellucida sperm-binding protein 3) in njegova vloga pri oploditvi jajčeca */

== Ula Štok: Neuregulin 1 ==

Neuregulin-1 je član proteinov iz družine neuregulinov in je kodiran s strani gena NRG1. Obstaja veliko tipov Neuregulina-1, ki se razlikujejo po funkcionalnosti ter mestu v telesu na katerem delujejo. Najpogosteje delujejo v živčnem sistemu, kjer lahko z nepravilnim delovanjem med drugimi povzročajo tudi zelo razširjeno bolezen - shizofrenijo. Delujejo pa tudi na ostalih tkivih in organih (na primer: srce, pljuča, oprsje in želodec). Generalno obstajata dve poti signaliziranja Neuregulina-1, in sicer: Običajna ter neobičajna pot. Pri običajni poti je ErbB receptor aktiviran direktno, v enem koraku z vezavo Neuregulina-1. To najpogosteje povzroči dimerizacijo ali heterodimerizacijo ErbB receptorja. Dimerizacija ali heterodimerizacija sicer nista nujno potrebni, a vendar do njiju pride na skoraj vseh receptorjih ErbB. Ta združitev povzroči avto- in trans-fosforilacijo intracelularnih domen tega receptorja, kar aktivira vse nadaljnje poti signaliziranja. V končni fazi pa NRG1/ErbB signaliziranje vpliva direktno na transkripcijo. Pri neobičajni poti je postopek podoben, a vendar poteka začetna stopnja malo drugače. Na začetku namreč sodeluje JMa oblika receptorja ErbB4, ki se pod vplivom TACE cepi. Del receptorja (ErbB4-CTF) se odcepi v notranjost celice. Ta peptid je velik približno 80 kD in ima specifično izoblikovano vezavno mesto za Neuregulin-1. Nadaljnji procesi pa potekajo zelo podobno kot pri običajni signalni poti. Neuregulin-1 lahko povzroča shizofrenijo na različne načine, saj sodeluje pri zelo pomembnih procesih, kot so: tvorba sinaps, mielinizacija aksonov, razvoj oligodendrocit itd. Shizofrenija je zelo razširjena bolezen in nihče še ni odkril direktnega postopka k popolni odpravi te bolezni. A vendar, v letu 2009 se je zgodila neke vrste prelomnica v študiju shizofrenije. Odkrili so namreč, da posamezniki, ki so imeli gen za shizofrenijo niso zboleli. Še več! Napaka se jim je odrazila kot zvišanje kreativnih sposobnosti na znanstvenem ali umetniškem področju, odvisno od posameznika. Ob tem se je pojavilo mnogo vprašanj, saj bi na ta način mogoče lahko poiskali pot, da bi shizofrenija postala popolnoma ozdravljiva. A vendar, je to področje še raziskano, saj znanstveniki ne vedo po kakšnih poteh pride do tega, da te mutacije na NRG1 genu ne izrazijo v bolezenskem stanju.

== Maša Mirković: Proteinski produkti genov za disleksijo in z disleksijo povezane motnje ==

Disleksija je motnja, ki se kaže v nesposobnosti branja oziroma razumevanja prebranega, ter napakah in težavah pri izgovarjanju besed. Disleksiki,kot imenujemo posameznike, ki trpijo za disleksijo, imajo kljub normalnim intelektualnim sposobnostim, znanjem in izobrazbo, moteni veščini pisanja in branja s tendenco, da pomešajo med seboj črke ali besede med branjem ali pisanjem. V zadnjih letih, so uspeli ugotoviti mesta na kromosomih, povezana z dovzetnostjo za disleksijo. DYX1C1,KIAA0319,DCDC2 in ROBO1, so bili označeni kot kandidati, z dovzetnostjo za disleksijo. Najbolj obetaven je protein KIAA0319. Je transmembranski protein iz desetih transmembranskih vijačnic, najden v plazemski membrani nevronov. Njegov C-terminalni konec gleda v ekstracelularni matriks, manjši N-terminalni konec pa prehaja v citoplazmo nevrona. C-terminalni konec je visoko glikoziliran in nosi 5 PKD(polycystyc kidney desease) domene in eno MANEC(motif at the N terminus with eight cysteines) domeno. KIAA0319 igra vlogo pri rasti možganov in njihovi migraciji med razvojem možganov-iz tega je razvidno, da je disleksija problem v razvoju nevronov že v zgodnjih letih. Posamezniki z disleksijo nosijo izoobliko tega proteina, ki povzroči nižjo izraženost le tega. Spremembe so v 5'-regiji, ki kodira izoobliko proteina. Najopaznejše povezave z disleksijo se kažejo v 2,3 kb regiji, ki zavzema promotor, prvi nepreveden ekson in del prvega introna – odprti kromatin. Te ugotovitve vodijo, da je 5'-regija KIAA0319 gena tista lokacija alelov, ki največ prispeva k motnji branja.

== Katra Koman: INZULIN ==

Inzulin je peptidni hormon, ki sodeluje v uravnavanju ravni glukoze v krvi. Sintetizira in skladišči se v β-celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke. Sinteza poteka od prekurzorske molekule preproinzulina preko proinzulina do dokončne zrele molekule inzulina, ki se shrani v skladiščnih veziklih. Ob povišanju ravni glukoze v krvi, na primer po obroku, glukoza, ki je tudi glavni stimulator sekrecije inzulina, iz krvi preide v β-celice skozi GLUT2 transporter. Tam se fosforilira v glukozo-6-fosfat, saj tako fosforilirana ne more več iz celice, lahko pa vstopi v proces glikolize, ki mu sledita še Krebsov cikel in oksidativna fosforilacija, ki povzroči pretvorbo ADP v ATP molekule. ATP molekula stimulira zaprtje kalijevih kanalčkov, kar privede do depolarizacije celične membrane, to pa sproži na odprtje kalcijevih kanalčkov in vdor Ca2+ ionov. Povišana koncentracija kalcijevih Ca2+ ionov v celici stimulira prenos in zlitje skladiščnih veziklov z inzulinom z membrano. Inzulin se tako sprosti v krvni obtok in potuje do tarčnih celic, ki imajo na površini izražene inzulinske receptorje. Ko se veže nanj, prenese signal o povišanju ravni glukoze v krvi v celico. To povzroči kaskado reakcij znotraj celice, ki pa na koncu privedejo do translokacije veziklov z GLUT4 transporterjev na površino celice. Število teh transporterjev za glukozo se na površini celične membrane poveča in glukoza lahko prehaja v celico, posledično pa pade raven glukoze v krvi. Razgradnja inzulina poteka v jetrih in ledvicah. Okvare na katerikoli stopnji poti inzulina se odražajo v diabetesu ali drugih boleznih.

== Rok Štemberger: Protein GABAA (gama aminomaslena kislina A) - zgradba, vloga in zanimivosti ==

V svoji seminarski nalogi sem raziskoval vlogo, pomen in zanimivosti proteina GABAA (gama-aminomaslena kislina A). To je receptor, ki se nahaja predvsem v centralnem živčnem sistemu in je zadolžen zato, da opravlja funkcijo inhibitorja. Lociran je na površini nevrotičnih sinaps in prekinja elektrokemični signal, tako da omogoči prehod kloridnih ionov znotraj celice. To se zgodi takrat ko se ustrezen ligand Gama veže na aktivno mesto tega receptorja. Konformacija podenot se spremeni in to omogoči aktivacijo receptorja. Znanstveniki so ugotovili, da obstaja več vrst GABAA receptorjev, kar pa je odvisno od sestave podenot. Najbolj pogoste podenote so alfa beta in gama v razmerju 2:2:1. V primeru da do prekinitve ne pride se lahko pojavijo epileptični napadi, psihiatrične motnje itd. Stres lahko v dobi odraščanja močno vpliva na GABAA receptorje in jih tudi permanentno strukturno spremeni, kar pa lahko kasneje v našem življenju vpliva predvsem na naš spanec in njegovo kvaliteto. Absint je bila v preteklosti prepovedana pijača, saj je povzročala razna obolenja zaradi substance imenovane tujon. Le ta se je vezala na GABAA receptorje in tako onemogočila njegovo delovanje, zato ker je preprečevala prehod kloridnih ionov v membrano. Sedaj potekajo raziskave teh receptorjev, saj je ključnega pomena čim boljša ozdravitev bolezni, ki nastanejo zaradi nepravilnega delovanja GABAA receptorja.

== Veronika Jarc: Perforin ==

Perforin je protein, ki nastane iz citotoksičnih limfocitov T. S pomočjo grancimov napade tarčno celico in jo uniči. Rečemo lahko, da je pomemben člen pri imunskem odzivu in sodeluje s NK celicami. Sestavljen je iz 555 aminokislin, njegova molekulska masa pa je 62-67 kD. Sestavljen je iz dveh pomembnih domen, domene MACPF in domene C2. Za domeno C2 je značilno, da ima afiniteto do Ca2+ ionov. Saj se na lipidni dvosloj veže le ob prisotnosti kalcija. Drugače obstajata dva različna tipa C2 domene, ki sta bila izolirana iz različnih organizmov. Lahko rečemo, da sta oba tipa zelo podobna v tem, da sta pri tipu 1 N-konec in C-konec obrnjena na vrh domene, kar je nasprotno kot pri tipu 2. Poznamo tri MACPF domene: Plu-MACPF, C8a MACPF in lipokalin C8g. Vse te domene primerjamo z skupino proteinov citolizinov in ugotovimo nekaj podobnosti in nekaj razlik. Na splošno, pa lahko rečemo, da je evolucija poskrbela tako, da so sta si domena MACPF in citolizini raszlični le v nekaj aminokislinah. Poznamo tri mehanizme kako perforin preide v tarčno celico in pri tem pomaga gramcimom B uničit to celico. Prvi mehanizem je prehajanje preko perforinske pore in sicer s pomočjo veziklov preide v celico. Naslednji mehanizem je endosomolitični model, pri katerem je pomemben kompleks s pomočjo katerega prehaja v celico. Kot zadnji mehanizem pa je model prehodne perforinske pore, ki pove, da perforin tvori kanalčke s pomočjo katerih grancimi B preidejo direktno v celico. Grancimi B so serinske proteaze, ki se sintetizirajo v citotoksičnih limfocitih T in NK celicah.

== Taja Karner: Glavoboli in migrene ==

Zaradi stresnega in hitrega tempa življenja, vse več ljudi trpi za občasnimi glavoboli, ki so najpogosteje posledica utrujenosti. Prav tako je vedno več ljudi, ki trpijo za močnejšimi oblikami glavobolov imenovanih migrene. V hujših oblikah migrene lahko glavobol traja do dva dni, močno migreno lahko spremljajo še drugi simptomi kot so slabost, bruhanje, občutljivost na svetlobo in močan zvok, depresija ter nespečnost. Mutacija, ki je največji krivec za nastanek bolezni se pojavlja na kromosomu 10 na genu KCNK18. Ta zapisuje protein TRESK, ki se nahaja v hrbtenjači in deluje kot kalijev kanalček. Mutacija povzroči, da ne pride do izmenjavanja ionov, kar povzroči hude glavobole. V raziskavah so odkrili zanimivo povezavo z anestetikom. Ta namreč ne glede na mutacijo ponovno aktivira kanal. To bi lahko učinkovito pozdravilo migrene, če bi ga le uspeli spraviti v primerno obliko. Ugotovili so tudi, da zdravila, ki vsebujejo citosporin in takrolimus v večini primerov povzročajo migrene v zdravstvu pa jih še vseeno pogosto uporabljajo. Odkritje te mutacije predstavlja revolucijo v zdravstvu in verjamem, da bo kmalu vodilo do odkritja učinkovitega zdravila proti migrenam.

== Ana Dolinar: Univerzalna kri – prihodnost transfuzijske medicine? ==

α-galaktozidaza (AGAL_HUMAN) je glikozil-hidrolazni encim. Spada v GH27-D (klan D, 27. družina) in ima aktivno mesto v obliki (β/α)8 sodčka. Encim zapisuje gen GLA, ki se nahaja na kromosomu X.

Ideja o univerzalni krvi, ki bi bila primerna za transfuzijo, ne glede na krvno skupino pacienta, je med znanstveniki prisotna že približno trideset let.
Razvili so tri metode za pretvorbo različnih antigenov v antigen 0 (po sistemu AB0), ki je primeren za transfuzijo v vse krvne skupine.
:#Encimska razgradnja antigenov A in B do antigena 0. Za antigene A so uporabili α-N-acetilgalaktozaminidazo, vendar so antigeni preveč kompleksni in metoda ni bila uspešna. Pri antigenih B so dosegli popolno pretvorbo v antigen 0 z uporabo α-galaktozidaze iz bakterije ''Streptomyces griseoplanus''.
:#Prekrivanje površine eritrocitov z maleimidofenil-polietilen-glikolom (Mal-Phe-PEG). Prekrije vse antigene, ne samo A ali B, vendar metoda ni uspešna, ker polietilen-glikol povzroča imunski odziv.
:#Pridobivanje univerzalnih rdečih krvnih celic iz pluripotentnih matičnih celic. Uspeli so pridobiti zrele eritrocite, ki so popolnoma funkcionalni.
Uporaba univerzalne krvi bi zmanjšala ali celo izničila imunski odziv ob transfuziji, prav tako ne bi bilo možnosti za transfuzijo napačne krvne skupne zaradi človeške napake. Metode trenutno niso dovolj izpopolnjene, da bi bilo možno pričakovati njeno uporabo v bližnji prihodnosti.

== Maša Mohar: Moški ali ženska to je sedaj vprašanje?(SRY - faktor za določitev spola) ==

SRY gen kodira Sry protein ki je član družine Sox (Sry related HMG box) transkripcijskih faktorjev. Poznamo jih okoli 20 pri človeku in miškah ter še mnogo drugih. Sox proteini imajo zelo različne vloge v embriogenezi in pri razvoju mnogih drugih organov. Tipično delujejo tako kot nekakšna stikala v diferenciaciji celic- sprožijo razvoj določenih celic. Sry je prav tako kot ostali člani te družine karakteriziran po HMG( high mobility group). HMG je drugače skupina specifičnih transkripcijskih faktorjev, ki imajo ~ 80 AK dolge strukturalno podobne domene za vezavo na DNA. Te domene oz. domena če je samo ena se veže na zaporedje (A/T)ACAA(T/A) v majhni žleb DNA. S tem ustvari zvitje DNA za približno 60- 85 stopinj. S tem ko se DNA zvije se razkrijejo mesta za izražanje drugih genov, recimo Sox9, ki kodira Sox9 protein ki pomaga pri diferenciaciji Sertoli celic in tako pri oblikovanju testisov, s tem pa determinira moški spol. Ugotovili smo tudi da obstaja veliko genskih bolezni povezanih s Sry genom in da lahko obstaja tudi ženska z XY spolnima kromosomoma, ker se pri njej zaradi mutacij Sry protein ne izrazi, prav tako pa obstajajo tudi moški z XX spolnima koromosomoma, kjer se enem od X kromosomov lahko izrazi SRY gen ob nepravilnostih pri očetovem delu zapisa. V bistvu sem prišla do zaključka da je zelo tanka meja med moškim in ženskim oblikovanjem spola, ena majhna mutacija oz. ena majhna razlika lahko privede do nastanka ženske ali moškega.

== Urška Rauter: A Green Glow: zgradba in funkcija encima luciferaze ==
Luciferaza je encim odvisen od ATP in magnezijevih ionov. Proces bioluminiscence se začne z vezavo na substrat luciferin, tvori se adenilatni intermediat in ob prisotnosti molekularnega kisika izhaja svetloba. Luciferaza je zgrajena iz dveh ločenih domen, večja se nahaja na N-koncu in manjša na C-koncu molekule, večja domena pa ima tudi svoje poddomene. Domeni sta med seboj ločeni z razpoko, kjer naj bi se po domnevanjih nahajalo tudi aktivno mesto encima. Luciferaza predstavlja tudi nov način mehanizma tvorbe adenilatnega intermediata med encimi in ponuja razlago za marsikatero metabolično pot.
Velika dilema, ki me med znanstveniki ostaja pa je razlika v barvi svetlobe, ki jo proces oksidacije luciferina emitira. Najverjetneje je za to odločilna keto tavtomerna oblika oksiluciferina in tudi resnonančna stabilizacija njegovega fenolatnega aniona, čeprav so znanstveniki odkrili tudi veliko drugih možnih vzrokov za različne barve (različne aminokisline, polarnost okolja, pH, ...).
Luciferaza se veliko uporablja v medicini, kjer služi kot marker molekul v telesu in tako pripomore k boljšem razumevanju različnih bolezni in infekcij, kot tudi sami strukturi celic in njenih organelov.

== Mirjam Kmetič: Mint condition (limonen-3-hidroksilaza in limonen-6-hidroksilaza) ==

Klasasta meta vsebuje encim limonen-6-hidroksilazo, ki sodeluje pri pridobivanju karvona. Poprova meta pa vsebuje limonen-3-hidroksilazo, ki je udeležena pri proizvodnji mentola. Obe hidroksilazi pripadata družini citokromov P450, njeni predstavniki pomembno sodelujejo pri proizvajanju različnih oksidiranih monoterpenov, ki so vir arom eteričnih olj. Karvon in mentol sta končna produkta hidroksilacije limonena. Ta encima sta si zelo podobna in njuni vezavni mesti za substrat sta zelo omejeni. Velja pravilo, da za spremembo aktivnosti v družini citokromov P450 potrebujemo določeno število mutacij, vendar je za modifikacijo vezavne aktivnosti limonenovih hidroksilaz potrebna samo ena. Ta fenilalanin v izolevcin mutacija povzroči, da se limonen-6-hidroksilaza spremeni v limonen-3-hidroksilazo! Mutiran encim je tako sposoben sinteze mentola tako kot encim v poprovi meti! Taka mutacija kaže, da sta prav ti dve aminokislini ne le nujni, temveč tudi prav zagotovo vpleteni pri orientaciji limonena v aktivnem mestu tako, da se ta hidroksilizira na ali C3 ali C6 poziciji. Posamične mutacije, ki lahko drastično spremenijo funkcijo proteina, so znanstveno zanimive. Nakazujejo ne le na zelo specifične manjše regije v sekvenici proteina, temveč so tudi ključne za razumevanje področij, kot so vezava in orientacija substrata, funkcija encima, metabolična pot in struktura vezavnega mesta.

== Sandi Botonjić: Kokain esteraza ==

Znanstveniki so v rizosferi kokinih plantaž (Erythroxylum coca) našli sev MB1, gram pozitivne bakterije Rhodococcus sp.. Tej bakteriji kokain predstavlja glavni vir ogljika in dušika in zato so znanstveniki izolirali osrednji encim njenega metabolizma tj. kokain esterazo (v nadaljevanju cocE). Encim je sestavljen iz treh domen: DOM1, ki vsebuje nabor kanoničnih α-vijačnic in β-ploskev; DOM2 - domena le z α-vijačnicami; in DOM3 je roladi podobna struktura z β-ploskvami. CocE je serinska esteraza, katere aktivno mesto se nahaja na stičišču vseh treh domen. Ta hidrolizira kokain na ekgonil metil ester in benzojsko kislino, ki nimata psihoaktivnih učinkov. CocE je pravi Ferrari v primerjavi z drugimi esterazami, saj lahko razgradi enako količino kokaina 1000 krat hitreje. Tako lahko postane neprecenljiva pri nujnih intervencijah v primeru prevelikega odmerka, saj bi intravenozni vbrizg cocE močno zmanjšal razpolovni čas kokaina. CocE je predmet številnih raziskav, v katerih znanstveniki proučujejo njeno termostabilnost in njenih mutiranih oblik, saj njen razpolovni čas pri fiziološki temperaturi traja le nekaj minut. Znanstveniki pa na podlagi ugotovitev iz raziskav cocE razvijajo tudi učinkovita protitelesa z vsaj podobnimi katalitičnimi parametri, ki bi brez imunskega odziva odlično delovala v bioloških sistemih.

==Tjaša Flis: Parkinsonizem in Parkin protein==

Parkinsonova bolezen je vse pogostejša bolezen pri starostnikih, njeni simptomi pa so tresavica, mišična otrdelost in upočasnjena motorika. Vzrok se skriva v propadu dopamnergičnih nevronskih celic. Bolezen je lahko avtosomno dominantno dedovana, kar pomeni, da pacienti podedujejo eno normalno in eno mutirano kopijo gena. Slednja prevladuje in se deduje naprej. Pri Parkinsonovi bolezni se mutacija zgodi v Park2 genu, ki kodira Parkin protein ali E3 ubikvitin ligazo. Parkin na poškodovane ali na preveč izražene proteine pripne ubikvitin (označevalni protein), ki jih nato usmeri v proteasom, to je velik razgradni kompleks v celicah.
Če mutacija poškoduje Parkin, je pot razgradnje onemogočena, to pa pomeni, da se v celici akumulirajo odvečni proteini. Tvorijo se Lewy-eva telesca polna teh proteinov, ki nadomestijo celične organele v nevronskih celicah, kar vodi do prenehanja njihovega delovanja. Ker pa ima Parkin več kot samo en substrat ki ga ubikvitinira, je točen mehanizem bolezni še dandanes uganka.
Eden izmed najbolj poznanih substratov je transmembranski protein Pael-R. Zvitje tega proteina poteka ob prisotnosti šaperonov. Prevelika koncentracija tega receptorja lahko izzove stres v endoplazmatskem retikulumu situiranem v nevronskih celicah. V primeru da je Parkin neaktiven, Pael-R povzroči celično smrt. Vendar to je le ena izmed možnih rešitev, substratov je namreč vsaj še dvajset, raziskave pa se nadaljujejo.

== Matja Zalar: Vloga SRK in SCR proteinov pri preprečevanju incestnega razmnoževanja cvetočih rastlin ==

Rastline so za zaščito pred samooplojevanjem razvile več vrst mehanizmov prepoznavanja lastnega peloda na molekularni ravni. Pri cvetočih rastlinah je najpogostejši mehanizem tipa SSI ali sporofitične lastne inkompatibilnosti. Pri družini ''Brassicaceae'' je za aktivacijo SSI ključna interakcija med transmembranskim proteinom SRK, ki predstavlja žensko determinanto odziva, in njenim ligandom - proteinom SCR, drugače imenovanim tudi moška determinanta odziva na lastno inkompatibilnost. Specifičnost vezave je zagotovljena s polimorfizmom alel obeh determinant. V posameznih vrstah je možno najti tudi do 100 različnih S-haplotipov genov za determinanti.
Vezava liganda na receptor bo uspešna le, če oba izhajata iz istega S-haplotipa. Vezava SCR na zunajcelično, N-glikolizirano domeno SRK povzroči nastanek kompleksa treh proteinov, ki s svojo aktivnostjo sproži kaksado reakcij, kar v končni fazi pripelje do preprečitve samooploditve.
Na neugodne življenske pogoje, ki so onemogočali medsebojno opraševanje, so se nekatere rastline prilagodile s favorizacijo samooplojevanja. Pri njih so mutacije S-lokusa, ki nosi zapis za SRK in SCR, povzročile nepravilno delovanje SI ali njegovo popolno odpoved. To pa seveda vodi v neprepoznavanje lastnega peloda in rastlina se samooprašuje. Najbolj znan primer take rastline je ''Arabidopsis thaliana'', ki se zaradi svojih specifičnih lastnosti uporablja kot modelni organizem v številnih študijah lastne inkompatibilnosti.

== Matevž Ambrožič: BSX protein in debelost ==

Za primeren občutek sitosti ali lakote glede na stanje energetskih zalog v telesu in odgovarjajoč vnos hrane ter porabo energije je odgovorna zapletena pot sporočanja. Začne se s tremi hormoni: inzulin, leptin in grelin. Leptin in inzulin se sprostita, ko so maščobne in hidratne zaloge v telesu polne in morata do možganov prenesti signal za prenehanje hranjenja, grelin pa ravno nasprotno. Vsi po krvi potujejo do hipotalamusa, predela možganov, ki je odgovoren za energijsko ravnovesje. V hipotalamusu sta dva tipa živčnih celic: oreksigene in anoreksigene. Prve sproščajo NPY in AgRP, nevropeptida, ki spodbujata hranjenje in zmanjšata porabo energije, druge pa α-MSH in CART, katerih učinek je nasproten. Našteti nevropeptidi se iz nevronov sprostijo po vezavi ustreznega izmed treh hormonov in prenesejo signal naprej, do končne spremembe v vnosu ali porabi energije. Glavni protein seminarja, BSX (brain specific homeobox) protein je transkripcijski faktor, ki spodbudi ekspresijo genov za AgRP in NPY, hkrati pa je odgovoren za premik organizma v iskanju hrane. Če v opisanem sistemu pride do napake, so pojavi nepotreben občutek lakote, kar je vzrok mnogih primerov debelosti. V boju z bolezensko debelostjo so ključne raziskave na BSX proteinu, saj je osrednji člen poti, ki v možgane prenese (včasih lažen) občutek lakote.

== Kaja Javoršek: A grey matter ==

Mikrocefalin je protein, ki ga kodira enakoimenski gen. Mikrocefalin naj bi kontroliral poliferacijo in diferenciacijo nevroblastov med nevrogenezo. Odkritje, da je mikrocefalin odločilen regulator velikosti možganov, je sprožilo hipotezo, da je igral vlogo v evoluciji možganov.
Razen v možganih najdemo mikrocefalin tudi v ledvicah, srcu, pljučih, vranici in skeletnih mišicah. Vendar pomen mikrocefalina v teh organih še ni znan.
Mutacije na genu mikrocefalina vodijo do nastanka mikrocefalije. To je bolezen razvoja živčnega sistema in je definirana kot resno zmanjšana velikost možganov. Pri odraslih je normalen volumen možganov od 1200 cm3 do 1600 cm3, pri odraslih s primarno mikocefalijo pa okoli 400 cm3 . Poleg mirocefalina pa povzročajo mikrocefalijo še mutacije petih genih (ASPM, MCPH2, CDK5RAP2, MCPH4, CENPJ)
Mikrocefalin ima tri BRCT domene na C – koncu. BRCT domene so prisotne v veliko ključnih proteinih, ki kontrolirajo delitev celice. Zato predvidevajo da mikrocefalija nastane, ker je ovirana normalna regulacija delitve celic v možganih.
Ugotovili so, da je protein mikrocefalin dol 835 aminokislin. Zaradi mutacije na genu mikrocefalina se ta protein skrajša na 25 aminokislin.
Znanstveniki so izvedli raziskavo ali gena mikrocefalin in ASPM vplivata na inteligenco. Na podlagi treh raziskav so zaključili, da inteligenca ni povezana z dominantnimi aleli ASPM – ja ali mikrocefalina.

== Rok Vene: A mind astray ==

Alzheimerjeva bolezen postaja vedno bolj aktualna tematika. Trenutno je na svetu več kot 26 milijonov ljudi s to obliko demence. Zaradi daljše življenjske dobe pa pričakujemo, da bo število obolelih samo še naraščalo. Alzheimerjeva bolezen prizadene centralni živčni sistem, v možganih se nalagajo snovi, ki povzročijo propad živčnih celic. Ena izmed snovi, ki se nalagajo v možganih so nefunkcionalni Tau proteini. Tau proteini sodijo v družino proteinov imenovanih microtubule-associated proteins (MAP), njihova naloga pa je je stabilizacija mikrotubulov. To dosežejo tako, da se na mikrotubule vežejo. Poleg tega predvidevajo, da imajo Tau proteini še eno nalogo. Sodelovali naj bi v kompleksu za uravnavanje vzdražnosti živčnih celic. Nefunkcionalnost Tau proteinov povezujejo z različnimi boleznimi, ki jih poznamo pod skupnim imenom tauopatije. V primeru Alzheimerjeve bolezni je Tau protein nefunkcionalen, zato ker je hiperfosforiliran, kar mu onemogoča vezavo na mikrotubule. Tau proteini zato tvorijo netopne agregate – nevrofibrilarne pentlje, ki najbrž povzročijo odmiranje živčnih celic. Pri iskanju učinkovin proti hiperfosforilaciji in agregaciji Tau proteina, so znanstveniki raziskali protein FKBP52. Ta protein ima več funkcij. Osredotočili so se predvsem na njegove šaperonske lastnosti. Ugotovili so, da se FKBP52 veže na hiperfosforiliran Tau protein, in tako prepreči agregacijo Tau proteina, ki je odgovorna za odmiranje nevronov.

== Ines Šterbal: LTP1 ==

Protein LTP1, izoliran iz ječmenovega zrna, spada v družino lipidnih prenašalnih proteinov (lipid transfer protein –LTP). Je dobro topen protein, ki se nahaja v alevronski plasti ječmenovega semena. Sestavljen je iz štirih heliksov, ki so povezani z disulfidnimi mostički. Ima dobro definiran C-terminalni konec. V razmerah in vivo je globularni protein, s stožčastim hidrofobnim jedrom, ki se razteza od enega konca molekule do drugega. Sposoben je vezati različne lipide, kot so maščobne kisline ali acetil-koencim A. LTP1 proteini so na površini aktivni proteini, so stabilni, denaturirajo šele okrog 100 °C. Vloga LTP1 proteina in vivo še ni znana. In vitro je glavni protein pri penjenju piva. Opravlja pa še številne druge funkcije, odvisno od tega, kateri ligand ima vezan. LTP1 proteini so verjetno vključeni v prenos lipidov preko membrane in celo v nastanek membrane, lahko bi imeli vlogo v transportu monomera Cutin, vlogo naj bi igrali tudi v obrambnem mehanizmu rastlin. Lipidi, ki so vezani na LTP1 bi naj imeli antibakterijsko aktivnost za bakterije in glive.
Vsi podatki kažejo, da so povezave med sladkorji in proteini, ki nastanejo kot produkt Milardove reakcije, prvi korak do nastanka pivovske pene. Kaže, da je kontrola glikacije LTP1 proteinov med slajenjem in varjenjem piva, nujna za optimalno penjenje piva.

== Mitja Crček: DSIP in spanje ==

Pred 2000 leti so ljudje verjeli, da postanemo zaspani zaradi nekakšnih želodčnih hlapov, ki gredo v možgane, se tam kondenzirajo, zamašijo pore in posledično povzročajo zaspanost. Kasneje so seveda ugotovili da temu ni tako, leta 1977 pa so odkrili majhne peptide, ki naj bi nas uspavali in jih poimenovali Delta Sleep-Inducing peptide (DSIP). DSIP je majhen peptid, sestavljen iz devetih aminokislinskih ostankov in maso 850 daltonov, prvič pa so ga odkrili pri zajcih. Sodeloval naj bi tako pri endokrini regulaciji kot pri fizioloških procesih (poveča učinkovitost oksidativne fosforilacije), pomembno vlogo pa naj bi imel tudi v medicini in pri zdravljenju bolezni. Ker naj bi podaljševal REM fazo, bi ga lahko uporabljali tudi kot dodatek pri zdravljenju alkoholizma ali ga dodajali antidepresivom in pomirjevalom, ki skrajšujejo REM fazo. Raziskave so spremljale tudi vpliv DSIP-ja na nespečnost. Ugotovili so, da DSIP rahlo povečuje kvaliteto spanja in skrajšuje latenco uspavanja, na trajanje budnosti in druge parametre pa ne vpliva, zato so si strokovnjaki enotni, da ima DSIP le rahle terapevtske učinke na nespečnost. Delovanje peptida pa še vedno ni povsem razjasnjeno in le želimo si lahko, da bodo novejše raziskave prinesle nove informacije, saj ima DSIP vsekakor velik potencial v medicini.

== Dominik Kert: FOXP2, govoreči protein ==

Ljudje in živali se razlikujejo. Za znanstvenike 19. stoletja je bilo zelo fascinantno to, da mi lahko govorimo, se sporazumevamo in pomnimo besede, medtem ko živali ne morejo. Ko se je pojavila družina KE na koncu 90. let prejšnjega stoletja, so znanstveniki ugotovili, da obstaja gen, ki kodira FOXP2. Družina KE je slovi po tem, da ima polovica njenih članov težave z govorom. Tako so ugotovili, da se mutacija prenaša avtosomno in dominantno. In verjetno na to vpliva mutacija FOXP2, FOXP2 protein pa je po vsej verjetnosti odločilen faktor pri govoru.
FOXP2 protein je sestavljen iz 715 aminokislin in spada med družino transkripcijskih faktorjev, ki se imenuje FOX (zaradi 'forkhead box' domene). Zanimivo je, da se ta gen razlikuje od gena opic (šimpanz, gorila, makaki) le za dve in od miši le za tri aminokisline. To se znanstvenikom zdi zelo zanimivo, ker je verjetno zaradi teh dve sprememb v aminokislinskem zaporedju prišlo do sprememb pri sporazumevanju. Zaradi teh dejstev so se naprej usmerili na to, ali je bil gen res pod vplivom naravne selekcije in ugotovili so, da je bil res.
FOXP2 na te spremembe vpliva v možganih, je pa prisoten tudi v pljučih, drobovju in srcu. Vendar njegova funkcija tam še ni znana.

== Petra Malavašič: Ureaza bakterije Helicobacter pylori ==

Bakterija Helicobacter pylori spada med patogene mikrobe. Znanstvenika Warren in Marshall sta leta 1987 odkrila to bakterijo ter ugotovila, da je s to bakterijo povezana razjeda na želodcu. Leta 2005 sta prejela Nobelovo nagrado. Že vsak drugi človek je okužen s to bakterijo. Naseljena je na želodčni sluznici in povzroča kronično vnetje želodčne sluznice. Bakterija se lahko naseli in se razmnožuje v prisotnosti želodčne kisline, kjer je pH okoli 2. Posebni obrambni mehanizmi omogočajo bakteriji, da lahko preživi v kislem okolju. Encim ureaza je pri tem najpomembnejši. Ureaza je encim, ki katalizira hidrolizo uree, pri čemer nastane amoniak, ki se v končni fazi veže z molekulami vode v amonijev hidroksid, ki poveča pH v neposredni okolici bakterije. Encim ureaza se nahaja v citoplazmi bakterijske celice in na njeni površini. Sam encim je zgrajen zelo kompleksno in omogoča bakteriji preživetje. Posebna kompleksna zgradba encima onemogoči, da bi kislina želodčnega soka denaturirala encim. Encim sestavljata dva kompleksa (αβ) štirih prostorsko razporejenih (αβ)3 enot.

== Matevž Merljak: CEM15, VIF in infektivnost retrovirusov ==

Ena izmed komponent obrambnega mehanizma pred retrovirusi v nekaterih človeških celicah je citidinska deaminaza CEM15 (APOBEC3G). V celicah, ki jo izražajo, se retrovirusi brez posebnega proteina (VIF, “viral infectivity factor”) ne morejo uspešno množiti, zato takim celicam pravimo “nepermisivne” celice.

CEM15 deluje tako, da med procesom reverzne transkripcije v novonastali “minus” DNA verigi številne citidinske baze pretvori v uridinske, ter s tem povzroči tako zmanjšano obstojnost z uracilom bogate DNA verige, kot tudi zamenjave gvanozinskih baz z adenozinskimi v kodirajoči (“plus”) verigi DNA. Čeprav takšna hipermutacija za nadaljno infektivnost virusa ni vedno usodna (torej lahko tako mutirana DNA v nekaterih primerih še vedno tvori funkcionalne viruse), je običajno dovolj obsežna, da onemogoči uspešno reprodukcijo virusa.

Raziskave kažejo, da CEM15 ne napade nastajajoče DNA kot lasten celični odgovor na infekcijo, pač pa se med izgradnjo novih virusov vgradi v le-te ter po infekciji nove celice povzroči omenjene spremembe v nastajajoči DNA verigi.

Že omenjen faktor VIF izhaja iz virusa HIV-1, ki primarno napada sicer nepermisivne limfocite T. Naloga VIF je preprečitev vgradnje CEM15 v nastajajoče viruse, to pa doseže tako z oteževanjem njene translacije, kot tudi z indukcijo razgradnje CEM15 v proteasomu.

== Eva Knapič: TSH3 - Kaj novorojenčkom omogoča zadihati? ==

Kaj novorojenčkom omogoča zadihati? Raziskave so pokazale, da ima eno izmed vodilnih vlog pri začetku dihanja protein teashirt homolog 3 (TSH3). To je protein, ki ga uvrščamo med transkripcijske faktorje. Po strukturi spada v družino cinkovih prstov, kjer so sekundarne strukture koordinirane s cinkovim ionom. TSH3 ima pet tako urejenih struktur in vse spadajo v Cys2His2 skupino – cinkov ion koordinira dva cisteinska in dva histidinska ostanka ßßα podenote.
Organizem brez zapisa za teashirt 3 protein se v času embrionalnega razvoja navidezno ne razlikuje od organizmov, ki ta zapis imajo. Vendar so podrobnejše raziskave pokazale, da se brez prisotnosti proteina teashirt 3 dokončno ne oblikujejo pljučni mešički, ki so funkcionalna enota pljuč, saj tam poteka izmenjava plinov. Odsotnost proteina povzroča povečano apoptozo nevronov motoričnega jedra v možganskem deblu, s tem so proteinu pripisali zmožnost inhibicije apoptoze nevronov. Prav tako so nezmožnost odziva organizma na pH spremembe okolja pripisali pomanjkanju proteina TSH3.
Iz vseh teh pomanjkljivostih, ki jih povzroča TSH3 so raziskovalci prišli do zaključka, da novorojenček brez zapisa za protein ni zmožen zadihati, ker ni sposoben odziva na spremembo okolja, predvsem pH in tako ne more vzdrževati homeostaze, ki je potreba na preživetje.

== Tjaša Goričan: Vpliv Nogo proteina na regeneracijo živčnega sistema ==

Nevroni vsebujejo mielin, ki je sestavni del mielinske ovojnice aksona in ima nalogo zagotavljanja stalnega prenosa električnih signalov. Poleg tega pa mu je dodeljena tudi nenavadna lastnost. Vsebuje namreč proteine Nogo-A, ki delujejo kot inhibirotji za rast poškodovanih aksonov. Posledično se diferencirani nevroni niso sposobni deliti. Problem se pojavi pri poškodbi živčnega sistema, saj se ni sposoben regenerirati. Bolezni, ki so povezane s poškodbami živčevja so: Poškodbe hrbtenjače, Alzheimerjeva bolezen, možganska kap, shizofrenija itd.

Nogo-A protein spada v družino proteinov retikulonov in je ena od oblik Nogo proteinov. Je transmembranski protein, ki se z domeno Nogo-66 uspešno veže na receptor in povzroči razgradnjo mikrotubulov v aksonu, kar privede do preureditve citoskeleta in posledično zaustavitve rasti aksona. Največ Nogo-A se nahaja na oligodendrocitih. Oligodendrociti so celice, ki spadajo med nevroglio in tvorijo mielinski ovoj nevronov v centralnem živčnem sistemu. Veliko več ga najdemo v centralnem živčnem sistemu v primerjavi s perifernim.

Čeprav je še veliko neznanega na področju živčnega sistema, je znanost že dosegla uspehe glede boja proti boleznimi, povezanimi z regeneracijo živčnega sistema. S protitelesi se da inhibirati protein Nogo-A in s tem preprečiti inhibicijo rasti poškodovanih nevronov.

== Marko Radojković: Fluorescentni proteini in njihova uporaba v živčnem sistemu ==

Fluorescentni proteini so členi družine homologih proteinov, ki se delijo skupno lastnost da svetlijo zaradi formiranja kromoforma znotraj lastnega polipeptidnega zaporedja. Prvi odkrit takšen protein je bil zeleni fluorescentni protein ali GFP. Od tedaj do danes so kreirani različni mutanti, ki žarijo skoraj vse barve človeškega vidnega spektra. Izkazalo se je da so zelo uporabni v mnogih bioloških disciplinah, predvsem pa so popularni v spremljanju dinamike proteinov, genske ekspresije, in tudi posledično na viši ravni, dinamike organelov ter gibanja celic znotraj tkiva.

Ne tako dolgo nazaj, je tim znanstvenikov uspel skombinirati različne barvne variante GFP-ja s sofisticiranim Cre/Lox sistemom genske rekombinacije in tako omogočil njihovo izražanje v samih možganih. Tale tehnika omogoča da se vsaki posamezni nevron obarva drugače in tako loči od sosednjih, kar omogoča detajlno analizo živčnega vezja. Brainbow strategija, kakor so jo poimenovali, daje upanje znanstvenikom da z ustvarjanem celotnega ''zemljevida'' možganov, lahko izpeljejo pomembne informacije o nevronskih povezavah in njihov nadaljni vpliv na vedenje in delovanje organizma.

== Tamara Marić: MikroRNA ==
MikroRNA je mala molekula, ki je prepisana z DNA na tak način kot mRNA. Zapis za miRNA se lahko nahaja v intronskih regijah, kodirajočih ali nekodirajočih genov. Osnovna funkcija je utišanje genov na nivoju sinteze proteinov. Da pa lahko opravi svojo nalogo mora dozoreti. Biogeneza miRNA se začne v samem jedru, kjer se 1000 nukleotidov dolg transkript s pomočjo encimskega kompleksa (Drosha-DGCR8)skrajša na 60-70 nukleotidov dolg pre-miRNA.Z eksportinom-5 se prenese iz jedra v citoplazmo do naslednjega kompleksa. Dicer veže pre-miRNA in jo skrajša na 22 nukleotidov. Nastane miRNA dupleks. Ena izmed verig prevzame vodilno funkcijo in se vmesti v kompleks istega encima v povezavi z drugimi proteini. Kompleks pripelje do komplamentarne verige mRNA in povzroči translacijsko represijo. Znanstveniki se ukvarjajo predvsem z vprašanjem,kako se miRNA izraža v številnih boleznih. Natančneje sem si pogledala proces resorpcije in obnove kosti in kako miRNA vpliva na regulacijo teh dveh procesov.

== Maja Remškar: Okulokutani albinizem tipa II in P protein ==

Melanin je pigment, ki je nujno potreben za zaščito kože pred pripekajočim soncem ter za normalno delovanje oči. Glavna sestavina za njegovo sintezo je aminokislina tirozin, ki je osnova evmelanina (črni pigment), ob dodatku cisteina pa dobimo še feomelanin (rdeče-rumen). Za običajno delovanje biosinteze melanina je potrebno kislo okolje v melanosomih, kjer se sinteza izvaja. Za vzdrževanje kislosti sta potrebna dva proteina – anionski kanalček in ATP črpalka. Anioni tu delujejo kot vaba za protone, kjučne za kisel pH. P protein naj bi deloval kot anionski transporter. Torej v njegovi odsotnosti v melanosom ne morejo dostopati anioni in posledično se v celico ne prečrpavajo protoni, kar pomeni da ni kislega pH ugodnega za sintezo melanina.
Okulokutani albinizem tipa II ali OCA2 nastane zaradi pomanjkanja količine melanina v očeh, koži in laseh. Za kožo to pomeni večjo občutljivost na UV žarke in povečano možnost za kožnega raka. Zaradi nepigmentiranih optičnih vlaken pa se pojavijo še težave z očmi, kot so škiljenje, fotofobija, nistagmus, degeneracija rumene pege, pride pa tudi do izgube biokularnega vida. OCA2 je dedna bolezen, ki se deduje recesivno. Človek le z enim okvarjenim alelom je torej prenašalec gena. Ugotovili so, da OCA2 povzroča mutacija gena P, in sicer najpogostejša je delecija 7 eksona.

== Ana Remžgar: Bacillus subtilis ==

Bacillus subtilis je grampozitivna paličasta bakterija. Ko ima v okolju dovolj hranil, se simetrično deli in vegetativno raste. Ko pa v okolju začne hranil primanjkovati, B. subtilis uvede različne mehanizme, da lahko preživi. Del populacije postane kompetenten in sprejme tujo DNA. Del populacije pa s pomočjo zapletenega sistema aktivacije proteina Spo0A vstopi v proces sporulacije. Sporulacija je počasen in energijsko potraten postopek, ki traja v idelanih razmerah vsaj 7 ur. Na koncu nastane spora, ki lahko preživi tudi več desetletji v neugodnih življenjskih razmerah. Ko celica vstopi v cikel sporulacije, začne v okolje izločati razne toksične snovi, med njimi sta najbolj učinkovita Skf in Sdp. Ko celica izloči ti dva proteina v okolje, ubije sosednje bakterijske celice Bacillis subtilisa. Zaradi njunih lasnosti, ta dva proteina pogosto zato imenujemo kanibalistična faktorja. Vendar mora celica paziti, da pri tem ne ubije še sebe. Pri tem ji pomaga medmembranski protein SdpI.
Bakterija Bacillus subtilis si tako s kanibalizmom pomaga, da celice ki vstopajo v sporulacijo dobijo dovolj hranil za dokončanje spore.

== Tina Gregorič: Grelin - hormon lakote ==

Občutek lakote je odvisen od številnih dejavnikov, med katere spadajo telesna sestava in teža, vrsta hrane, ki jo vsak dan uživamo, količina spanja in psihološki dejavniki. Večina ljudi postane lačnih, ko je čas za obrok: zajtrk, kosilo, malica, večerja. Znanstveniki so leta 1999 odkrili hormon, ki sodeluje pri nastanku lakote in poveča apetit. Imenuje se grelin, ki je poznan tudi pod imenom hormon lakote. Gen, ki kodira transkripcijo grelina, je sestavljen iz 117 aminokislin in se ob aktivaciji razcepi na 5 manjših podenot, med katerimi sta najpomembnejša grelin in obestatin. Grelin je sprva neaktiven hormon, sestavljen iz 28 aminokislin. Po esterifikaciji na serinu (Ser3) postane aktiven. Sprosti se v kri in po krvi potuje do hipofize v možganih, kjer se nahajajo grelinski receptorji, imenovani GHRS-1a receptorji. Natančna vezava grelina na receptor zaenkrat še ni znana. Grelin ni edini hormon, ki vpliva na to, kdaj nas bo zajela želja po hranjenju in kdaj nas bo minila. V telesu imamo več kot 40 snovi, ki spodbujajo in zavirajo občutek lakote. Odkritje grelina in raziskovanje njegove vloge v človeškem metabolizmu je odprlo vrata številnim raziskavam in študijam na področju debelosti in motenj, ki so povezane s prehranjevanjem. Hormon grelin je povezan z različnimi obolenji kot so anoreksija, kahesija, SW sindrom in na koncu tudi prekomerna telesna teža, vendar se njegova funkcija od bolezni do bolezni spreminja.

== Andreja Bratovš: Bolečina in njen receptor - TRPA1 ==

Ko začutimo bolečino, je to ponavadi znak, da lahko pride ali pa je že prišlo do poškodbe na ali v našem telesu – opozorilo za nas, naj ukrepamo. V zaznavanje bolečine je vpletenih veliko zapletenih mehanizmov, eno zanimivejših odkritij pa je gotovo receptor TRPA1. TRPA1 je receptorski ionski kanalček, prepusten za različne katione. Aktivirajo ga različni dražljaji: nizka temperatura, oksidativni stres in različne dražilne snovi. Med kemijskimi aktivatorji so zanimivi predvsem: alil izotiocianat (snov, ki daje pekoč okus gorčici, hrenu in wasabiju), alicin (spojina iz česna) ter akrolein (sestavina solzivca). Zanimivo je, da aktivacija TRPA1 poteka preko kovalentne vezave liganda na receptor.
TRPA1 se nahaja v nociceptorjih – to so prosti živčni končiči, ki zaznavajo bolečino – njegova funkcija pa je zaznavanje bolečine, ki jo povzročijo prej navedeni dražljaji. Udeležen je tudi pri občutenju bolečine pri vnetju tkiva, kjer deluje v povezavi z bradikininom – mediatorjem vnetja.
TRPA1 in tudi drugi TRP kanalčki so zanimive tarče za nove vrste analgetikov. Cilj novih zdravil je delovanje le na začetek poti prenosa bolečine in ne centralno na ves živčni sistem, kot je značilno za dosedanja zdravila proti bolečinam. Tako delovanje bi namreč zmanjšalo stranske učinke pri jemanju analgetikov, kot so na primer omotičnost in zaspanost.

== Jernej Mustar: Na+ kanalček Nav1.7 in bolečina ==

Prva asociacija ob besedi bolečina pri nobenem ob nas ni pozitivna. Toda če malo bolj razmislimo, kaj bi bilo brez nje, kmalu pridemo do spoznanj, ki so v nasprotju z prvo asociacijo. Bolečina ima več prednosti kot slabosti v našem življenju, je namreč izjemnega pomena za naše preživetje. Obstajajo ljudje, ki jim je pred tem globalno negativnim občutkom prizanešeno. Bolj konkretno, gre za točkovno "nonsense" mutacijo na genu SCN9A, ki povzroči nepravilno izražanje alfa podenote tipa 9 Nav1.7 proteina. Ta podenota je ključna komponenta, ki skupaj z beta podenotami sestavlja natrijev kanalček Nav1.7. Slednji je v večji količini izražen v perifernem živčevju in igra pomembno vlogo pri čutenju bolečine.
Za boljše poznavanje Nav1.7 so raziskovanje začeli na miših. Uporabili so tako imenovano "knock-out" metodo, s katero izbijejo določen gen in opazujejo posledice. Če so izbili gena SCN9A na obeh alelih (homozigoti), je to rezultiralo v poginu mišk takoj po skotitvi. Pri heterozigotih, kjer je bil odstranjen samo gen na enem alelu, do pogina ni prišlo, a je bilo opaženo zmanjšeno dojemanje bolečine. Zanimivo je dejstvo, da miške ob globalnem pomanjkanju Nav1.7 takoj poginejo, ljudje pa so popolnoma normalni, če odmislimo nesposobnost čutenja bolečine. Razlago za to najdete v moji seminarski, poleg tega pa so predstavljena tudi še druge mutacije Nav1.7 pri ljudjeh, ki rezultirajo v povečani aktivnosti le tega in posledično ojačenem čutenju bolečine.

== Ines Kerin: Royalactin ==

Čebele so znane po svoji pridnosti in usklajenemu delovanju v skupnosti. Da je to delovanje res usklajeno, si morajo med seboj razdeliti naloge. To jim omogoča protein, ki ga imenujemo royalactin.
Čebele se delijo v dve skupini, na matice, katerih naloga je razmnoževanje, in čebele delavke, ki nabirajo pelod, stražijo in skrbijo za razvoj ličink. Takemu pojavu pravimo dimorfizem, ki pa ni odvisen od genetske raznolikosti, temveč od načina prehrane. Čebele delavke namreč izločajo matični mleček, ki vsebuje royalactin, odgovoren za diferenciacijo ličinke v matico. Je monomerni protein iz družine MRJP's (major royal jelly proteins), in sicer MRJP1. Odkril ga je japonski biotehnološki raziskovalec Masaki Kamakura, ko je proučeval vsebnost proteinov v matičnem mlečku. Izvedel je preproste eksperimente, ki so temeljili predvsem na obstojnosti različnih proteinov v matičnem mlečku, hranjenem pri 40°C 7, 14, 21 in 30 dni. Z njimi je dokazal, da je royalactin tisti protein, ki vpliva na pospešeno rast in razvoj matic.
Royalactin ima delovanje podobno rastnim faktorjem. Veže se direktno ali nedirektno (preko liganda) na EGFR (epidermal growth factor receptor) in tako vpliva na potek 3 različnih poti. Ena pot poteka preko PI3K/TOR/S6K poti, kjer se sprošča sekundarni prenašalec (zaenkrat še neznan), ki vpliva na pospešeno rast. Druga pot poteka preko Ras/Raf/MAPK poti, vpliva na endokrini žlezi, da sproščata ekdisone, ki vplivajo na krajši razvojni čas. Tretja pot še ni povsem raziskana. Kaskada reakcij, ki zaenkrat še ni znana, vpliva na žlezo na dnu možganov (Corpus allata), da izloča juvenilne hormone. Ti spodbudijo yolk protein, da vpliva na razvoj spolnih žlez.
Podatkov o royalactinu danes še ni veliko, saj je tema novejša in potekajo še nadaljnje raziskave.

== Urška Navodnik: Laktaza ==

Laktozno intoleranco so diagnosticirali in poznali že mnogo let nazaj. Je bolezensko stanje, kjer osebek ne more presnavljati laktaze. Laktaza je encim, nujno potreben za razgradnjo disaharida laktoze. Razgradnje se zgodi v tankem črevesju. Obsežnost laktozne intolerance se razlikuje po populacijah, predvsem iz razloga, da večina ljudstev ne pozna tradicionalnega kmetijstva oz. ga pozna v zelo majhni meri. Taka ljudstva so Afričani, J Američani itd. Razvila se je genska raznolikost – kar nam pove da se genski set Afričana razlikuje od S Američana ali Evropejca. Le – ti lahko v večini presnavljajo laktozo. Obstaja tudi oblika, ki ni pogojena gensko ampak z bolezenskim stanjem na tankem črevesju. Bolezen je smrtno nevarna samo, če ima dojenček prirojeno laktozno intoleranco (dogaja se predvsem na Finskem). Pri zaužitju laktoze lahko bolnik s to boleznijo občuti bolečine v trebuhu, slabost, drisko …. Dandanes obstajajo nadomestki oz. hrana z odvzeto laktozo(od mleka, jogurtov, sira …). Obstaja tudi laktaza v kapsulah. Le – ta je lahko odličen nadomestek naše laktaze. Ob dodatku laktaze (ki je proizvedena s pomočjo kvasovk) lahko človek z laktozno intoleranco zaužije katerokoli živilo, ki vsebuje laktozo. Gene za presnavljanje laktozne intolerance dobimo od svojih staršev. Vendar pa se v raziskavah kažejo ugotovitve, da na aktivnost laktaze vplivajo tudi drugi dejavniki.

== Alja Zottel: Sleepless protein in regulacija spanja ==

Spanje predstavlja pomemben del našega življenja in je za naš organizem nujno potreben. Znanstveniki sicer ne vedo natančno čemu, ve pa se, da spanje pozitivno vpliva na imunski sistem, spomin.... Med spanjem se poveča plastičnost možganov- ohranijo se tiste sinapse, ki so pomembne, odvečne pa se eliminirajo. Posledic pomanjkanja spanja je kar nekaj: duševne motnje, nastanek sladkorne in kardiovaskularnih bolezni, zmanjšana sposobnost spomina itd. Celotno spanje je regulirano homeostatsko in cirkadijsko. Cirkadijko se regulira čas spanja in bedenja glede na svetlobo, medtem ko se homeostatsko regulirajo vsebina spanja, dolžina in potreba po spanju, ko spimo premalo. Eden izmed mehanizmov homeostatske regulacije je tudi shaker-sleepless interakcija. Shaker protein je ionski kanalček za kalijeve ione in zmanjša vzdražljivost določenih nevronov. Protein za svoje delovanje potrebuje še sleepless protein s katerim verjetno tvori kompleks. Sleepless protein pospeši aktivnost shaker proteina in ga ustrezno lokalizira. Ti mehanizmi še niso natančno pojasnjeni. Moteno delovanje shaker proteina povzroči ekstremno zmanjšano dolžino spanca brez večjih fizioloških in psiholoških posledic. Do nepravilnega delovanja lahko pride zaradi mutacije shaker ali sleepless gena. Če bi nam uspelo te mutacije izvesti na ljudeh, bi to pomenilo, da bi lahko spali zelo malo, ampak bi se vseeno počutili spočiti. Dejstvo je, da bi s tem trajno ozdravili nespečnost in povečali našo učinkovitost. Vseeno obstajajo etični pomisleki, zakaj natančno bi želeli to storiti in kakšen vpliv bi to imelo na naše življenje in življenje drugih.

== Alenka Mikuž: ZP3 (Zona pellucida sperm-binding protein 3) in njegova vloga pri oploditvi jajčeca ==

Oploditev je dogodek, ki poteka v skoraj vseh večceličnih organizmih in je temeljnega pomena za ohranjanje življenja. Uspešna oploditev pri sesalcih, ki poteka v več korakih, pomeni združitev spermija in jajčeca. Oploditev pravzaprav niti ni tako enostaven proces. Spermij mora najprej dozoreti in se uspešno vezati na jajčece. Vezava poteka preko glikoproteina ZP3 v matriksu ''Zona Pellucida'', ki obdaja neoplojeno jajčece. Uspe le enemu spermiju, saj se takoj po oploditvi zgodi modifikacija glikoproteinov v ''Zona Pellucida'' in vezava ni več mogoča. ZP3 je glikoprotein sestavljen iz dveh anitiparalelno orientiranih homodimernih enot, ki ju gradijo 4 domene, ZP-C1, ZP-C2, ZP-N1 in ZP-N2. Znotraj ZP-C sta tudi hidrofobni EHP in IHP. ZP3 spada v družino proteinov z ZP domeno kamor spadajo tudi glikoproteini ZP1, ZP2 in ZP4, ki prav tako gradijo ''Zona Pellucida'' in/ali sodelujejo pri vezavi spermija. Vendar pa naj bi bil prav ZP3 ključen za uspešno vezavo. Zaradi te lastnosti so začeli razvijati kontracepcijsko cepivo. S protitelesi nastrojenimi proti ZP3 se prepreči vezava spermija na jajčece in oploditev ni možna. Nov način kontracepcije bi lahko uporabili pri nadzoru populacije živali, ki je od današnjih načinov bolj prijazna do živali.

BIO2 Seminar 2011

2011-12-07T19:06:08Z

Alenka Mikuž: /* Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! */

= Biokemijski seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! ==
Vpišite svoj izbrani naslov!!!
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''
|-
| Ula Štok||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Tipping the mind]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič
|-
| Maša Mirković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 The twisted way of things]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković
|-
| Sara Draščič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 On the spur of a whim ]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc
|-
| Katra Koman||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Katra_Koman:_INZULIN Protein of the 20th century]||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc
|-
| Ana Dolinar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ana_Dolinar:_Univerzalna_kri_.E2.80.93_prihodnost_transfuzijske_medicine.3F The juice of life]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš
|-
| Urška Rauter||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ur.C5.A1ka_Rauter:_A_Green_Glow:_zgradba_in_funkcija_encima_luciferaze A green glow]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić
|-
| Taja Karner||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Taja_Karner:_Glavoboli_in_migrene Throb]||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić
|-
| Rok Štemberger||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Rok_.C5.A0temberger:_Protein_GABAA_.28gama_aminomaslena_kislina_A.29_-_zgradba.2C_vloga_in_zanimivosti Forbidden fruit]||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik
|-
| Maša Mohar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ma.C5.A1a_Mohar:_Mo.C5.A1ki_ali_.C5.BEenska_to_je_sedaj_vpra.C5.A1anje.3F.28SRY_-_faktor_za_dolo.C4.8Ditev_spola.29 The tenuous nature of sex]||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin
|-
| Veronika Jarc||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Veronika_Jarc:_Perforin Our hollow architecture]||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič
|-
| Mirjam Kmetič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mirjam_Kmeti.C4.8D:_Mint_condition_.28limonen-3-hidroksilaza_in_limonen-6-hidroksilaza.29 Mint condition]||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič
|-
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||01.12.11||20.1.12||Veronika Jarc||Ana Dolinar
|-
| Tjaša Flis||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Life's tremors]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven
|-
| Sandi Botonjić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Nature's junkie]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž
|-
| Kaja Javoršek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Kaja_Javor.C5.A1ek:_A_grey_matter A grey matter]||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Dominik Kert||Tjaša Flis
|-
| Rok Vene||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Rok_Vene:_A_mind_astray A mind astray]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar
|-
| Ines Šterbal||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 LTP1]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene
|-
| Matja Zalar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matja_Zalar:_Vloga_SRK_in_SCR_proteinov_pri_prepre.C4.8Devanju_incestnega_razmno.C5.BEevanja_c Do it yourself]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak
|-
| Matevž Ambrožič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Ambro.C5.BEi.C4.8D:_BSX_protein_in_debelost Of fidgets and food]||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič
|-
| Matevž Merljak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Merljak:_CEM15.2C_VIF_in_infektivnost_retrovirusov Protein wars]||12.12.11||19.12.11||20.1.12||Teja Banič||Urška Navodnik
|-
| Mitja Crček||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mijta_Cr.C4.8Dek:_DSIP_in_spanje When your day draws to an end]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Andrej Vrankar
|-
| Dominik Kert||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Dominik_Kert:_FOXP2.2C_govore.C4.8Di_protein FOXP2, govoreči protein]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek
|-
| Petra Malavašič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Petra_Malava.C5.A1i.C4.8D:_Ureaza_bakterije_Helicobacter_pylori Going unnoticed]||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček
|-
| Eva Knapič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Eva_Knapi.C4.8D:_TSH3_-_Kaj_novorojen.C4.8Dkom_omogo.C4.8Da_zadihati? Life's first breath]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar
|-
| Marko Radojković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Marko_Radojkovi.C4.87:_Fluoroscentni_proteini_in_njihova_uporaba_v_.C5.BEiv.C4.8Dnem_sistemu Paint my thoughts]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode
|-
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal
|-
| Tina Gregorič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Grelin - hormon lakote]||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter
|-
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger
|-
| Ana Remžgar||I'll have you for supper||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič
|-
| Maja Remškar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Maja_Rem.C5.A1kar:_Okulokutani_albinizem_tipa_II_in_P_protein Questioning Colour]||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak
|-
| Andreja Bratovš||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Andreja_Bratov.C5.A1:_Bole.C4.8Dina_in_njen_receptor_-_TRPA1 The power behind pain]||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič
|-
| Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat
|-
| Jernej Mustar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Jernej_Mustar:_Na.2B_kanal.C4.8Dek_Nav1.7_in_bole.C4.8Dina Silent pain]||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič
|-
| Ines Kerin||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 A queen's dinner]||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris
|-
| Alja Zottel||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Sleepless nights]||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman
|-
| Alenka Mikuž||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 ZP3 in njegova vloga pri oploditvi jajčeca]||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden
|-
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik
|-
| Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar
|-
| Karmen Hrovat||The thread of life||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner
|-
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar
|-
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar
|-
| Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković
|-
| Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič
|-
| Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič
|-
| Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar
|-
| Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan
|-
| Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok
|-
| Urška Rode||Smart sweat||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel
|-
| Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||
|}

== Gradivo za seminarje ==
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:

* sekvenca proteina in [http://www.uniprot.org/ UniProt] oznaka proteina
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFNXUDBCRVBaVExvOFVxakpJUHRnOEE6MA mnenje] najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev 2011

2011-12-07T19:00:48Z

Alenka Mikuž:

BIO2 Seminar 2011

2011-10-09T12:30:20Z

Alenka Mikuž: /* Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek */

Ksenobiotiki in epigenetske spremembe

2011-04-21T10:08:28Z

Alenka Mikuž:

Kar nekaj okoljskih faktorjev je povezanih z abnormalnimi epigenetskimi spremembami, ki so jih odkrili z eksperimenti in epidemiološkimi raziskavami. Določeni epigenetski mehanizmi so se razvili zaradi izpostavljenosti toksinom in določenim kemikalijam. Ne glede nato, da je v zadnjem času veliko študij v povezavi z epigenetskimi spremembami, še vedno ni jasno delovanje nekaterih mehanizmov. Razlog je, da so epigenetske spremembe majhne, skoncentrirane na določenih mestih in se lahko razvijejo čez določen čas, kar pa zaplete določanje vzroka oziroma povzročitelja spremembe.

===KSENOBIOTIKI===

----

[http://en.wikipedia.org/wiki/Xenobiotic Ksenobiotiki] so kemijske spojine, ki jih je sintetiziral človek, organizmom pa so le-ti tuji. Med ksenobiotike spadajo pesticidi, prehranski dodatki, zdravila in industrijski polutanti. Najdemo jih v hrani, embalaži, v zraku, vodi, kozmetičnih sredstvih, čistilih,… Večina ksenobiotikov je slabo topnih v vodi, saj gre predvsem za organske spojine. Ksenobiotiki se akumulirajo predvsem v maščevju, lahko tudi v možganih. So vzrok za različna kronična obolenja kot so migrena, kronična utrujenost, slabost, rak, nevrodegenerativne bolezni.

V telo najpogosteje preidejo skozi prebavni trakt, lahko tudi skozi respiratorni sistem, kožo ali sluznico. Iz telesa se jih največ izloči z [http://www.wisegeek.com/what-is-urea.htm ureo] (sečnino), z znojem in z izdihanim zrakom. Skozi celično membrano prehajajo le nepolarne spojine, zato ledvice učinkovito izločajo le vodotopne spojine, snovi, ki pa niso topne v vodi pa se v obliki primarnega urina reabsorbirajo nazaj v krvni obtok. Če bi želeli, da se ksenobiotiki popolnoma izločijo iz telesa, bi morali le-ti biti polarni. Ksenobiotiki, ki vstopijo v krvni obtok iz prebavnega trakta, pridejo po portalni veni v jetra, kjer se pretvorijo v bolj polarno obliko.

===PREGLED EPIGENETSKIH MEHANIZMOV===

----

Epigenetika je študija v epigenetskih spremembah v izražanju genov, ki se pojavijo brez sprememb v DNA zaporedju. Vključuje številne mehanizme, kot so [http://www.youtube.com/watch?v=eYrQ0EhVCYA&playnext=1&list=PL3B8541297CE1712D metilacija DNA, modifikacije histonov] in ekspresija miRNA. Mehanizmi so fleksibilni genomski parametri, ki lahko spremenijo funkcijo genoma pod vplivom ksenobiotikov, le-ti pa se prenašajo iz generacije v generacijo.

==== Metilacija DNA ====
Od vseh epigenetskih mehanizmov, je še najbolje raziskana [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_methylation metilacija DNA]. Metilna skupina se doda na peti ogljik citozina v [http://en.wikipedia.org/wiki/CpG_site CpG dinukleotidu]. CpG dinukleotid je redko prisoten v genomu sesalcev in še takrat v metilirani obliki. Kjer se pa regije genskega promotorja prekrivajo s CpG regijo, je le-ta v nemetilirani obliki. Metilacija citozina ima regulacijsko vlogo. Metilna skupina 5-metilcitozina inhibira transkripcijo vezavnih proteinov in utiša gen. Metilacija DNA deluje kot umestitveno mesto za vezavne proteine, ki uravnavajo druge kromatinske preoblikovalne proteine. Sprememba metilacije na teh mestih je tako prepoznana. Tako hipermetilacija kot hipometilacija DNA sta lahko posledici izpostavljanja eksogenim kemikalijam. Za nekatere gene že zelo majhna sprememba v metilaciji DNA na nekaterih mestih CpG rahlo spremeni gensko izražanje in poveča dovzetnost za bolezni. DNA metilacija je katalizirana z družino DNA metiltransferaznih encimov (DNMT). Pri sesalcih obstajajo trije znani encimi: DNMT1, DNMT3A in DNMT3B.

==== Modifikacije histonov ====
[http://www.youtube.com/watch?v=h4aJzcoIhfQ&feature=related Histoni] so globularni proteini, ki skupaj z DNA tvorijo strukturne enote kromatina imenovane nukleosomi. Ti proteini vplivajo na kondenzacijo kromatina med fazo prepisovanja genov. Lahko so modificirani z [http://www.youtube.com/watch?v=yQ-GvPJH8T4&feature=related acetilacijo], metilacijo, fostorilacijo, glikozilacijo, sumolacijo ali ADP ribozilacijo. Najpogostejši modifikaciji sta acetilacija in metilacija lizinskih ostankov v amino koncu H3 in H4. Metilacija histonov je povezana z represijo ali aktivacijo transktripcije, ta pa je odvisna od lokacije lizinskih ostankov.

==== Ekspresija miRNA ====
[http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A miRNA] je enoverižna ribonukleinska kislina sestavljena iz 21 so 23 nukleotidov. Zrela miRNA je delno komplementarna eni ali večim mRNA molekulam. Glavna funkcija [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://2.bp.blogspot.com/_QpsYVZ9l72g/S_znGzykzWI/AAAAAAAAAGQ/a6aLpHnKXvs/s1600/MicroRna%2Bprocessing.gif&imgrefurl=http://immunotrends.blogspot.com/&usg=__XjZuRV52Bod1qhIvLPze3TF_EQ0=&h=338&w=400&sz=38&hl=sl&start=0&sig2=wbjzICGDNfHdkprfegvPAQ&zoom=1&tbnid=GF8BMzAYPNEUpM:&tbnh=121&tbnw=143&ei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&prev=/images%3Fq%3Dmikro%2Brna%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=423&vpy=209&dur=18&hovh=206&hovw=244&tx=95&ty=105&oei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&page=1&ndsp=34&ved=1t:429,r:11,s:0 miRNA v povezavi z mRNA] je zmanjševanje ekspresije genov.

===EPIGENETIKA IN OKOLJE===

----

Epigenetika je temeljna za razumevanje molekulskega mehanizma okoljskih toksinov, prav tako kot napovedovanju tveganja ob izpostavljenosti okolju in individualno dovzetnost.
Po podatkih svetovne zdravstvene organizacije [http://www.who.int/en/ WHO ](World Health Organization) je več kot 13 milijonov smrti letno povzročenih zaradi okoljskih dejavnikov in kar 24 % bolezni povzročenih zaradi izpostavljenosti okolju bi lahko preprečili.
Med okoljske dejavnike štejemo tudi ksenobiotike. Mednje sodijo kovine, fitoestrogeni, policiklični aromatski ogljikovodiki, dioksinske spojine, polikloro bifenili, ftalati in pesticidi, motilci endokrinega sistema, RDX, bisfenol A,…
Ljudje z genskimi polimorfizmi, kateri naredijo njihove celice manj sposobne za odgovor na oksidativni stres so bili spoznani za bolj dovzetne do kardiovaskularnih in respiratornih efektov zaradi onesnaženja zraka. To producira zdravstvene težave, še posebaj v tistih delih telesa, kjer se generira oksidativni stres.

===KOVINE===

----
Več študij je pokazalo povezavo z DNA metilacijo in okoljskimi kovinami, kot so nikelj, kadmij, živo srebro in še posebej arzen.

==== Kadmij ====
Kadmij je rahlo bazična dvovalentna prehodna kovina. Je [http://www.google.com/search?hl=sl&rlz=&=&q=kadmij&um=1&ie=UTF-8&tbm=isch&source=og&sa=N&tab=wi&biw=1440&bih=692 modrikasto bele barve] in je strupena.
Je sestavni del baterij, televizorjev, najdeno pa ga tudi v PVC, kjer deluje kot stabilizator. Sodi med težke kovine in vpliva na DNA metilacijo. Znano je, da kadmij povzroči hipometilacjo DNA v jetrnih celicah po enem tednu izpostavljenosti. Po desetih tednih povzroči hipermetilacijo DNA jeternih celic.

==== Nikelj ====
Nikelj v periodnem sistemu najdemo med prehodnimi elementi. Je srebrnkasto bela lesketajoča kovina. Ima feromagnetne lastnosti. Uporabljajo ga za prekrivanje manjših kovancev, saj prekriva medenino in železo.
Povezava niklja z zdravjem ljudi, ki so zboleli za rakom in kardiorespiratornimi boleznimi še dandanes ni pojasnjena. Znano je, da nikelj lahko zamenja magnezij pri DNA interakciji, povečani kondenzaciji kromatina in sprožanju de-novo DNA metilaciji. Vpliva lahko tudi na modifikacijo histonov. Izpostavljenost topnemu [http://en.wikipedia.org/wiki/Nickel%28II%29_chloride NiCl2] zmanjša atecilacijo histonov, poveča pa demetilacijo H3K9 in poveča monoubikvitinacijo H2A in H2B in vitro.
Domnevajo, da vezava Ni2+ ionov omogoča sekundarno strukturo s stranskimi verigami N-terminalnega repa histona H4.

==== Krom ====
Krom sodi med prehodne kovine. Je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://www.9jcg.com/tutorials/mario_malagrino/chrome_material/chrome_material_01.jpg&imgrefurl=http://en.9jcg.com/comm_pages/blog_content-art-121.htm&usg=__ruLsMaShabh0dgxFRHOLiy-9rks=&h=472&w=630&sz=37&hl=sl&start=0&sig2=JSnycu0qAvhmrd0xoGmhtQ&zoom=1&tbnid=IVbh-mvXOOeSnM:&tbnh=168&tbnw=242&ei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&prev=/images%3Fq%3Dchrome%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D692%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=641&vpy=319&dur=1810&hovh=194&hovw=259&tx=183&ty=62&oei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&page=1&ndsp=17&ved=1t:429,r:8,s:0 sive sijoče barve] in je trden. Krom se težko spaja in je odporen proti koroziji ter potemnitvi.
Krom je prisoten v telesu. Njegovo pomankanje povezujejo z zmanjševanjem glukozne tolerance, zvišano vsebnostjo trigliceridov in celotnega holesterola v krvi in zvišanimi vrednostmi krvnega sladkorja. To je še posebaj pomembno pri skupini ljudi kot so nosečnice, starejši ljudje, diabetiki in podhranjeni otroci. Koncentracija kroma v tkivu se zmanjšuje s starostjo. Naprej se pogosteje pojavlja pri starejših osebah glukozna intoleranca, diabetes, hiperlipidemija in arterioskleroza. Najverjetneje starejši organizem ni več sposoben sintetizirati zadosti GTF-ja iz razpoložljivega kroma.
Epigenetski efekti kroma so še vedno zelo slabo pojasnjeni.

==== Arzen ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Arsenic Arzen] je kovina in ima tri alotropne oblike, črno, rumeno in sivo. Med segrevanjem arzena se oksidira v arzenov oksid, ki spominja na vonj po česnu. Arzen in njegove spojine pa lahko tudi sublimirajo. Elementarni arzen se najde v dveh trdnih oblikah, rumeni in sivo-kovinski. V vodi je slabo topen in ni hlapljiv.

Arzen v glavnem uporabljajo za krepitev zlitine bakra in zlasti svinca (npr. avtomobilske baterije). Arzen in njegove spojine se uporablja tudi v proizvodnji pesticidov, hebicidov in insekticidov. Kemijsko je podoben fosforju, zato ga delno nadomešča v biokemijskih reakcijah . Zaradi interakcij med ioni arzena in proteini je za človeka strupen. Velik problem je že pojav spojin arzena v pitni vodi.

Človek je arzenu izpostavljen tako, da ga zaužije s hrano, z vdihovanjem ali preko kože. Izpostavljenost arzenu lahko povzroči marsikatere zdravstvene motnje, med njimi spremembe na koži, povečano količino belih in rdečih krvničk, raka, srčnožilne bolezni, poškodbe možganov.

Izpostavljenost arzenu v maternici poveča umrljivost zaradi plučnega raka in bronhitisa v odraslem življenju. Pri eksperimentu z mišmi, ki so jih izpostavljali arzenu, so opazili povečano količino heptacelularnih karcinomov pri izpostavljenih potomcih, poleg tega pa tudi spremembo izražanja genov, ki sodelujejo pri celični proliferaciji, stresu in medceličnemu komuniciranju. Pri nosečih materah, ki so izpostavljene arzenu, lahko pride do epigenetskih sprememb v popkovnični krvi. Aktivira se omrežje poti z genom NF-kB (uravnava veliko genov, ki so odgovorni za apoptozo kot tudi vnetje, ki napreduje v tumor), posledično vnetje, celična proliferacija, stres in apoptoza.

==== Živo srebro ====
[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://blog.deborahblum.com/wp-content/uploads/2010/03/mercury_drops_large.jpg&imgrefurl=http://blog.deborahblum.com/%3Fp%3D154&usg=__7550YuGqAE0esZWYDZTcTtSJtVg=&h=480&w=508&sz=29&hl=sl&start=35&zoom=1&tbnid=VInhBxXBX9f-mM:&tbnh=160&tbnw=169&ei=Z2esTbrGHcaCOoLh9OYJ&prev=/search%3Fq%3Dmercury%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1226&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=307&vpy=162&dur=650&hovh=218&hovw=231&tx=153&ty=108&oei=Y2esTdPoJcXLtAb62OmoBw&page=3&ndsp=18&ved=1t:429,r:7,s:35&biw=1366&bih=667 Živo srebro] je edina kovina, ki je pri sobni temperaturi v tekočem agregatnem stanju. Ima tri oksidacijska stanja (elementarno, enovaletno in dvovalentno živo srebro). Organski obliki živega srebra (metil živo srebro – CH3Hg in dimetil živo srebro – (CH3)2Hg) nastaneta iz anorganske, kar se dogaja med tehnološkimi procesi v kemični industriji, lahko pa tudi spontano v naravi z metilacijo (mikroorganizmi).

Različne oblike živega srebra se uporabljajo v merilnih instrumentih (termometri in barometri), pri izdelavi baterij, pri pridobivanju klora, zlata, v rudarstvu, v zobozdravstvu (izdelava plomb iz [http://www.merriam-webster.com/dictionary/amalgam amalgama]) itd. Živo srebro so včasih uporabljali tudi za zdravljenje sifilisa, saj so menili, da učinkuje šele takrat, ko se razvijejo znaki zastrupitve. Kasneje so ga zamenjali za arzenske preparate (salvazan).

Onesnaženost okolja povzroči pretvorbo anorganskega živega srebra v organsko obliko, slednja pa posledično zastrupitev ljudi. Organski obliki sta slabo topni v vodi, dobro pa se topita v lipidih, zato se akumulirata predvsem v maščevju in tako vplivata na možgane in živčni sistem.

Neželeni učinki živega srebra so insomnija, slabost, glavobol, izguba spomina in apetita, mravljinci v okončinah, motnje v hoji,… Najbolj občutljiv je zarodek, saj lahko metilirano živo srebro preide v placento in povzroči nepravilen razvoj žičevja. Dojenčki, ki uživajo materino mleko, ki vsebuje živo srebro lahko oslepijo, umsko zaostanejo, imajo onemogočen govor, nepravilno razvito živčevje in prebavni trakt ter poškodbe ledvic.

===ONESNAŽEVANJE OKOLJA===

----

Izpostavljenost onesnaženemu zraku so povezovali z povečanim številom smrti zaradi kardiorespiratornih bolezni, prav tako pa tudi s tveganjem za obolelostjo za pljučnim rakom.
Preiskovali so tudi v DNA metilaciji inducirane z manjšo vsebnostjo benzena v krvi pri zaposlenih na bencinskih črpalkah in prometnikih. Visoka vsebnost benzena v krvi je povezana za obolelostjo za [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Levkemija levkemijo].

==== Ftalati ====
Ftalati so kemijsko estri ftalne kisline in alifatskih alkoholov. Gre za hlapne tekočine, ki jih v industriji dodajajo plastičnim masam polimerov, da povečajo njihovo gibljivost.

Za določanje ftalatov v živilih in drugih medijih se večinoma uporabljajo analitske tehnike tekočinske in plinske kromatografije v sklopu z različnimi detektorji, kot so masno - selektivni detektorji, spektrofotometri.

[http://en.wikipedia.org/wiki/Bis%282-ethylhexyl%29_phthalate DEHP] (di-2-etilheksilftalat), [http://en.wikipedia.org/wiki/Dibutyl_phthalate DBP] (dibutilftalat) in [http://en.wikipedia.org/wiki/Benzyl_butyl_phthalate BBP] (butil benzil ftalat) so ftalati, ki so endokrini motilci zaradi njihovih antiandrogenih ali proestrogenih učinkov. Uporabljajo se za mehčanje polivinilklorida, prisotni pa so v lepilih, kmetijskih dodatkih, gradbenih materialih, osebnih predmetih, medicinskih pripomočkih, detergentih, otroških igračah, farmacevtskih izdelkih, prehrambenih proizvodih in v tekstilu. Izpostavljanje ftalatov je možno preko prehrane, vdihovanja ali vnosa v telo preko kože.

Najbolj ranljive skupine za učinke ftalatov so nosečnice in dojenčki moškega spola. Izpostavljenost ftalatom med nosečnostjo privede do predčasnega poroda, veliko reproduktivnih in razvojnih motenj vključno z anogenitalno boleznijo pri novorojenih fantkih in nespuščenih modih, pri dekletih motnje v razvoju živčevja in zvišanju telesne teže v obdobju prvih 3 let življenja. Ftalati naj bi se na plod prenašali tudi preko placente, na dojenčka pa preko materinega mleka. Še več ga lahko dobijo preko plastičnih stekleničk, s katerimi jih hranimo, s kozmetiko za malčke in z igračami slabše kakovosti. Od leta 2005 se DEHP, DBP in BBP ne smejo uporabljati pri proizvodnji igrač in drugih otroških proizvodih.
Izpostavljenost ftalatom dokazano moti funkcije številnih hormonov od reproduktivnih - testosterona, luteinizing hormona, folikl stimulirajočega hormona - pa do ščitničnih. Tako so hormonski motilci, ki poškodujejo ščitnico in imunski sistem. Poškodujejo tudi možgane in živčni sistem, pojavijo se lahko razne alergije.

==== Bisfenol A ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Bisphenol_A Bisfenol A] (BPA) je organska molekula z dvema fenilnima skupinama. Je endokrini motilec in je prisoten v maščobnem tkivu. Uporablja se v produkciji plastike in smole, ki so v posodah za hrano in pijačo, zaviralcih ognja, zobozdravstvenih tesnilnih masah in pri recikliranju termalnega papirja.

BPA je endokrini motilec, ki lahko oponaša telesu lastne hormone. Izpostavljenost BPA lahko povzroči nevrološke motnje, debelost in raka. Otroci so BPA izpostavljeni le preko prehrane, vendar pa je možno, da je BPA povezan z motnjami razmnoževanja pri ženskah in večji dovzetnosti za raka. Uporaba BPA za proizvodnjo otroških stekleničk je prepovedana v Evropski uniji in Kanadi.

Pri podganah se je izpostavljenost BPA pokazala kot povečana incidenca interepitelijske [http://en.wikipedia.org/wiki/Neoplasm neoplazije] prostate, ki ji sledi podaljšano izpostavljanje estradiola in testosterona v odraslem življenju. Tkivo prostate je pokazalo spremembe v metilaciji kot rezultat estrogenega ali BPA izpostavljanja pri novorojenčku. Gen fosfodizertaze tipa 4 različice 4 (PDE4D4) je pokazal hipometilacijo 5'CpG regije in posledično do večjega izražanja PDE4D4 v prostati odraslega. To je pokazalo, da je epigenom prostate trajno sprememnjen zaradi BPA in da epigenetske spremembe lahko s staranjem vodijo do raka prostate.

==== Tobak ====
[http://sl.wikipedia.org/wiki/Tobak Tobak] je rod 60 vrst, v uporabi pa sta le dve, kmečki in navadni tobak. Sestavljajo ju podobne spojine, alkaloidi iz družine nikotinov, ki so strupeni. Tobak se uporablja za kajenje, žvečenje in njuhanje, pa tudi kot nadomestek za pesticide v biološki pridelavi hrane, nikotin je namreč učinkovit insekticid. V tobačnem dimu je poleg nikotina prisotnih še nekaj primesi, cianid, amonijak, piridin, žveplo, ogljikov monoksid in še ostali.

Številne zdravstvene organizacije že leta skušajo s svojimi kampanijami ljudi odvajati od kajenja, saj ima veliko negativnih učinkov na človeško zdravje. Prezgodnje staranje, pljučni rak, srčne bolezni, kronične pljučne bolezni so le ene izmed njih. Pri pasivnem ali aktivnem kajenju matere, se je izpostavljenost tobaku na potomcu pokazala kot zmanjšana funkcija pljuč, večja dovzetnost za astmo, rak, debelost, sladkorna bolezen tipa II in nizka porodna teža, ki je povezana z srčno-žilnimi boleznimi, debelostjo in sladkorno boleznijo tipa II.

Predporodno izpostavljanje materninemu kajenju so povezali z zmanjšano globalno metilacijo v enojedrnih krvnih celicah odraslih žensk. Globalna hipometilacija z regijo ali specifična genska hipermetilacija je bila že povezana z rakom. Globalna hipometilacija je rezultat kromosomske nestabilnosti in povečanja števila mutacij, medtem ko lahko promotor hipermetilacije utiša izražanje genov tumorja. Vse to se lahko prenese tudi na kasnejše generacije. Vnuk, katerega babica je kadila med svojo nosečnostjo, je bil bolj dovzeten za astmo, čeprav njegova mati ni nikoli kadila. Tveganje se je še povečalo, če sta kadili tako babica kot mati.

==== Onesnaževanje zraka ====
Onesnaževanje zraka je proces sprostitve kemičnih substanc v atmosfero. Te kemične substance so v največji meri ogljikov monoksid, žveplov dioksid, klorofluorokarbon in dušikov oksid. Ustvarja jih človek z industrijo in uporabo motornih strojev. Fotokemične spojine in smog se kreirajo pri zgorevanju ogljikovodikov.

Benzopiren in drugi [http://en.wikipedia.org/wiki/Polycyclic_aromatic_hydrocarbon PAH] so povezani z epigenetsko in genomsko toksičnostjo (poškodbe DNA, adukcija DNA, mutacije). Nekateri PAH podobni steroidnim hormonom veljajo za endokrine motilce. So topni lipidi v maščobnem tkivu in se prenašajo preko placente in preko popkovnične krvi v možganske pregrade zarodka.
Izpostavljenost gorjenju fosilnih goriv pri zarodku povzroči nazadovanje v rasti, zaostajanje v razvoju, znižanje inteligenčnega kvocienta in vedenjske motnje. Vse skupaj so povezali z genomsko hipometilacijo pri belih krvničkah v popkovini, ki je znatno znižana pri zarodkih, ki so izpostavljeni onesnaževanju. Nivo globalne metilacije ostane enaka vse do zgodnjega otroštva.

==== Benzen ====
Benzen je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f2/Benzen_01.png&imgrefurl=http://sl.wikipedia.org/wiki/Slika:Benzen_01.png&usg=__MWdMHEZvEkfE_8OVeHfQOmNCtvs=&h=581&w=800&sz=109&hl=sl&start=0&sig2=C6zST9AcFEGkW_Er2Mt_mw&zoom=1&tbnid=SYLmEyT2HsWUoM:&tbnh=110&tbnw=151&ei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&prev=/images%3Fq%3Dbenzen%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch0%2C385&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1012&vpy=112&dur=567&hovh=110&hovw=151&tx=112&ty=91&oei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:28,s:0&biw=1440&bih=663 aromatski ogljikovodik], ki je brezbarven. Je zelo vnetljiv in dobro raztaplja smole, maščobe, jod in naftalen. Pridobivamo ga iz premogovega katrana, nafte ali sintetično. Zaradi njegove karcinogenosti je njegova uporaba omejena. Uporablja se predvsem kot dodatek k gorivu (bencinu). [http://www.brezcenzure.si/si/articles/details/165/Rakotvorni+benzen+v+avtomobilih Benzen] z dihanjem prehaja v kosti in povzroča anemijo ter zmanjšuje število belih krvnih celic.

Benzen iz zraka povezujejo z hipermetilacijo v p15 in hipometilacijo MAGE-1 (melanoma antigen-1), ki je rakov antigen. Ta spoznanja so pokazala, da izpostavljenost nizki koncentraciji benzena lahko inducira spremenjeno DNA metilacijo, kar pa sproži nenormalne epigenetske vzorce, najdene pri malignih celicah.

==== Heksa-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazen (RDX) ====
RDX je eksploziven [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_zhw7Ns2scr4/SQ7zU6npdjI/AAAAAAAAAH4/iXf7JH2m9EM/s320/RDX%2BCHEMISTRY.gif&imgrefurl=http://entertainingchemistry.blogspot.com/2008/11/chemistry-of-rdx.html&usg=__rkB9vWG57QqhfOLBwfA7vzQ1ftM=&h=234&w=320&sz=34&hl=sl&start=0&sig2=GmjtYI2d8EKfE4qfNLLi3A&zoom=1&tbnid=wUvzo0H07GaeeM:&tbnh=123&tbnw=168&ei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&prev=/images%3Fq%3Drdx%2Bchemical%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1143&vpy=210&dur=259&hovh=187&hovw=256&tx=165&ty=69&oei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:14,s:0 nitroamin], ki je široko zastopan v [http://www.globalsecurity.org/military/systems/munitions/explosives-nitramines.htm vojski] in industriji. Znan je tudi pod imenom T4.
Je pogost okoljski pulant, ki je posledica vojaških in civilnih aktivnosti. Povezujejo ga z nevrotoksičnostjo, imunotoksičnosjo in povečanim tveganjem za obolelostjo za rakom.

===MOTILCI ENDOKRINEGA SISTEMA===

----
==== Endokrini sistem ====
[http://www.endocrinedisruption.com/endocrine.introduction.overview.php Endokrini sistem] sestavljajo žleze, le-te pa izločajo [http://www.wisegeek.com/what-are-hormones.htm hormone]. Hormone izločajo endokrino v kri. Hormoni krožijo po telesu po krvožilnem sistemu in vplivajo na delovanje oddaljenih organov. Hormoni se vežejo na tarčne celice in spremenijo delovanje celic oziroma organov. Glavne žleze endokrinega sistema so hipotalamus, hipofiza, ščitnica, obščitnične žleze, Langerhansovi otočki trebušne slinavke, nadledvične žleze, testisi in ovariji, med nosečnostjo pa še posteljica.

Motnja endokrinega sistema je posledica delovanja endokrinega motilca. Ti motilci so eksogena substanca ali mešanica substanc, ki spremenijo delovanje endokrinega sistema, kar sproži različne učinke na organizmu pri določeni stopnji izpostavljenosti. Večina le-teh vpliva na reproduktivne organe, lahko tudi na vse organe, edini pogoj pa je, da imajo ti organi receptorje zanje. Ti organi so jetra, ledvice, centralni živčni sistem, imunski sistem, kosti.

==== Mehanizmi motilcev endokrinega sistema ====
Poznamo več mehanizmov motilcev, ki negativno delujejo na endokrini sistem kot so interakcije s hormoni, interakcije na nivoju receptorjev in blokada receptorjev.

* Interakcije s hormoni: ksenobiotiki vplivajo na sintezo hormonov. Sem vključujemo sproščanje, transport, metabolizem, izločanje in učinkovanje hormonov.

* Interakcije na nivoju receptorjev: to so snovi, ki se vežejo na estrogenske receptorje in so kompetitivni antagonisti ali delni agonisti naravnega hormona. Sem spadajo fitoestrogeni (kumestrol, diadzein, genistein), zdravila (etinil, [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Estradiol estradiol], tamoksifen) in industrijske snovi (DTT, p-nonilfenon, bisfenol A)

* Blokada receptorjev: ksenobiotiki, ki se vežejo na androgenske receptorje in jih blokirajo. Sem spadajo metabolit DTT (vinclozolinski metabolit).

Spremembe ali posledice zaradi endokrinih motilcev v naravi opažajo že desetletja. Posledice so disfunkcije in bolezni moških spolnih organov kot posledica substanc, katerih delovanje je podobno estrogenu (zdravila, estrogeni v kravjem mleku, industrijske kemikalije), kopičenje kemikalij v živalskih telesih in reproduktivne motnje teh živali (neoplojena jajca in manjši penisi pri aligatorjih po industrijski nesreči na Floridi, kjer je insekticid dikofol onesnažil jezero) ter več ženskih potomcev pri nekaterih vrstah rib, [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://3.bp.blogspot.com/_Gvv_MiJU5N4/TDcQw79usNI/AAAAAAAAAFI/SuPZ0OR6hZ4/s1600/amphibian.jpg&imgrefurl=http://faithnature.blogspot.com/&usg=__ljiyOfhKnfT-k-C0D6IcqCamtio=&h=333&w=500&sz=47&hl=sl&start=16&zoom=1&tbnid=TMSxmeoK1-DBtM:&tbnh=153&tbnw=203&ei=iG2sTdydKtGZOoKD0dkJ&prev=/search%3Fq%3Ddvo%25C5%25BEivke%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C586&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=131&vpy=261&dur=1005&hovh=183&hovw=275&tx=149&ty=83&oei=d22sTZbBO4vRsgbG0JGdBw&page=2&ndsp=19&ved=1t:429,r:6,s:16&biw=1366&bih=667 dvoživk] in [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_6pwJiMjLAzs/SYNSwmMR4sI/AAAAAAAAAEA/EjkzBddDh0g/s400/galebi%2Bm.jpg&imgrefurl=http://dianaandelic.blogspot.com/2008/10/galebi-vrtec.html&usg=__HzJrekSH26M1R7UYTfppW-IAuSA=&h=273&w=400&sz=33&hl=sl&start=64&zoom=1&tbnid=fdye1f00uASnOM:&tbnh=159&tbnw=248&ei=Rm2sTfXWF9GfOtGGtd8J&prev=/search%3Fq%3Dgalebi%26um%3D1%26hl%3Dsl%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1633&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1061&vpy=153&dur=391&hovh=174&hovw=255&tx=159&ty=91&oei=PW2sTZC1EYnItAal7JiiBw&page=4&ndsp=17&ved=1t:429,r:4,s:64&biw=1366&bih=667 galebov], ki se prehranjujejo z njimi.

Organizmi so v času razvoja zelo občutljivi na motnje v endokrinem sistemu, ki jih povzročijo kemikalije, le-te pa vplivajo na hormonsko aktivnost.

==== Vrste endokrinih motilcev ====
Na endokrine motnje smo najbolj občutljivi v času živahne delitve celic, izoblikovanja specializiranih funkcij, v času migracije celic in razvoju organov, saj so to procesi, ki so regulirani preko hormonov. Seveda pa so spremembe odvisne tudi od same izpostavljenosti osebka.
Pri endokrinih motilcih ločimo naravni in umetni izvor.

Naravnega izvora so [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/files/2008/01/fito.jpg&imgrefurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/2008/02/07/la-genisteina/&usg=__9m2smbslm2Y6L7xjAtLkuphgxyc=&h=203&w=291&sz=18&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=JcYCSiKzZtxi4M:&tbnh=125&tbnw=178&ei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&prev=/images%3Fq%3Dfitoestrogeni%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=142&vpy=89&dur=1546&hovh=162&hovw=232&tx=148&ty=88&oei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&page=1&ndsp=33&ved=1t:429,r:0,s:0 fitoestrogeni]. Ti so estrogenom podobne molekule, ki jih najdemo le v rastlinskem svetu. So nesteroidne molekule, ki se lahko vežejo na estrogenske receptorje. V telo jih vnesemo s hrano, prehajajo tudi placento, vsebuje jih lahko tudi materino mleko. Med fitoestrogene spadajo kumestani, derivat resorcinola ter za fiziološke učinke najpomembnejši lignani in izoflavonoidi. Veliko ga je v soji in njenih izdelkih, kjer najdemo izoflavon, danzidein in genistein.

Umetni endokrini motilci so lahko zaželeni ali ne. Sem spadajo dodatki k prehrani in [http://en.wikipedia.org/wiki/Pesticide pesticidi]. Poznamo kar nekaj industrijski endokrinih motilcev. To so ftalati, ki se uporabljajo široko v industriji umetnih mas, bisfenol A, ki se uporablja kot zaščita kovin in je zelo pomemben pri zobotehničnih posegih, uporablja pa se tudi kot notranja prevleka konzerv. Parabene najdemo v kozmetičnih preparatih kot konzervans in so estrogenski mimetiki. Umetni endokrini motilci so še alkilfenoli, PCB-ji in drugi.
Med endokrine motilce spadajo tudi prehranski dodatki, npr. butiliran hidroksianizol, ki se uporablja kot antioksidanti ter pesticidi (DDT, ki se uporablja kot insekticid; pri ljudeh so ugotovili proestrogenske in antiandrogenske učinke ter povečano tveganje za raka dojke in lindan, ki je prav tako insekticid in ga ponekod v manjši meri uporabljajo za zatiranje mravelj in deluje na človeka spermatoksično) [4].

----

===VIRI IN LITERATURA===

1. A. Baccarelli and V. Bollati. Epigenetics and environmental chemicals, Current opinion in pediatrics, 2009, str. 243-251 [12. april 2011] [http://journals.lww.com/co-pediatrics/Fulltext/2009/04000/Epigenetics_and_environmental_chemicals.14.aspx]

2. Bollati V. et al. (2010, 105) Environmental epigenetics. Heredity, 105-112. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20179736]

3. Bombail V. et al. (2004, 149) Perturbation of epigenetic status by toxicants. Toxicology Letters, 51-58. [http://www.unc.edu/courses/2008spring/envr/442/001/Bombail_2004.pdf]

4. Endocrine disruption, TEDX – The endocrine disruption exchange [14. april 2011] [http://www.endocrinedisruption.com/home.php]

5. F. Perera, J. Herbstman. Prenatal environmental exposures, epigenetics and disease. Reproductive Toxicology, 2011, str. 1-11 [18. april 20011] [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TC0-520J97V-1&_user=10&_coverDate=04%2F30%2F2011&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=gateway&_origin=gateway&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1722798980&_rerunOrigin=scholar.google&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=f8f97326dcce8d0c789736fec41ac679&searchtype=a [5]]

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Talk:Ksenobiotiki in epigenetske spremembe

2011-04-19T06:39:00Z

Alenka Mikuž:

Ksenobiotiki in epigenetske spremembe

Uvod, ksenobiotiki, metilirano živo srebro, motilci endokrinega sistema: Daša Janeš

Metilacija DNA, ftalati, bisfenol A, arzen, onesnaževanje zraka, tobak: Alenka Mikuž

Pregled epigenetskih mehanizmov-uvod, Modifikacije histonov, miRNA, nikelj, kadmij, krom, onesnaženje okolja-uvod, benzen, RDX: Špela Baus

Ksenobiotiki in epigenetske spremembe

2011-04-18T20:47:05Z

Alenka Mikuž:

Kar nekaj okoljskih faktorjev je povezanih z abnormalnimi epigenetskimi spremembami, ki so jih odkrili z eksperimenti in epidemiološkimi raziskavami. Določeni epigenetski mehanizmi so se razvili zaradi izpostavljenosti toksinom in določenim kemikalijam. Ne glede nato, da je v zadnjem času veliko študij v povezavi z epigenetskimi spremembami, še vedno ni jasno delovanje nekaterih mehanizmov. Razlog je, da so epigenetske spremembe majhne, skoncentrirane na določenih mestih in se lahko razvijejo čez določen čas, kar pa zaplete določanje vzroka oziroma povzročitelja spremembe.

===KSENOBIOTIKI===

----

[http://en.wikipedia.org/wiki/Xenobiotic Ksenobiotiki] so kemijske spojine, ki jih je sintetiziral človek, organizmom pa so le-ti tuji. Med ksenobiotike spadajo pesticidi, prehranski dodatki, zdravila in industrijski polutanti. Najdemo jih v hrani, embalaži, v zraku, vodi, kozmetičnih sredstvih, čistilih,… Večina ksenobiotikov je slabo topnih v vodi, saj gre predvsem za organske spojine. Ksenobiotiki se akumulirajo predvsem v maščevju, lahko tudi v možganih. So vzrok za različna kronična obolenja kot so migrena, kronična utrujenost, slabost, rak, nevrodegenerativne bolezni.

V telo najpogosteje preidejo skozi prebavni trakt, lahko tudi skozi respiratorni sistem, kožo ali sluznico. Iz telesa se jih največ izloči z [http://www.wisegeek.com/what-is-urea.htm ureo] (sečnino), z znojem in z izdihanim zrakom. Skozi celično membrano prehajajo le nepolarne spojine, zato ledvice učinkovito izločajo le vodotopne spojine, snovi, ki pa niso topne v vodi pa se v obliki primarnega urina reabsorbirajo nazaj v krvni obtok. Če bi želeli, da se ksenobiotiki popolnoma izločijo iz telesa, bi morali le-ti biti polarni. Ksenobiotiki, ki vstopijo v krvni obtok iz prebavnega trakta, pridejo po portalni veni v jetra, kjer se pretvorijo v bolj polarno obliko.

===PREGLED EPIGENETSKIH MEHANIZMOV===

----

Epigenetika je študija v epigenetskih spremembah v izražanju genov, ki se pojavijo brez sprememb v DNA zaporedju. Vključuje številne mehanizme, kot so [http://www.youtube.com/watch?v=eYrQ0EhVCYA&playnext=1&list=PL3B8541297CE1712D metilacija DNA, modifikacije histonov] in ekspresija miRNA. Mehanizmi so fleksibilni genomski parametri, ki lahko spremenijo funkcijo genoma pod vplivom ksenobiotikov, le-ti pa se prenašajo iz generacije v generacijo.

==== Metilacija DNA ====
Od vseh epigenetskih mehanizmov, je še najbolje raziskana [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_methylation metilacija DNA]. Metilna skupina se doda na peti ogljik citozina v [http://en.wikipedia.org/wiki/CpG_site CpG dinukleotidu]. CpG dinukleotid je redko prisoten v genomu sesalcev in še takrat v metilirani obliki. Kjer se pa regije genskega promotorja prekrivajo s CpG regijo, je le-ta v nemetilirani obliki. Metilacija citozina ima regulacijsko vlogo. Metilna skupina 5-metilcitozina inhibira transkripcijo vezavnih proteinov in utiša gen. Metilacija DNA deluje kot umestitveno mesto za vezavne proteine, ki uravnavajo druge kromatinske preoblikovalne proteine. Sprememba metilacije na teh mestih je tako prepoznana. Tako hipermetilacija kot hipometilacija DNA sta lahko posledici izpostavljanja eksogenim kemikalijam. Za nekatere gene že zelo majhna sprememba v metilaciji DNA na nekaterih mestih CpG rahlo spremeni gensko izražanje in poveča dovzetnost za bolezni. DNA metilacija je katalizirana z družino DNA metiltransferaznih encimov (DNMT). Pri sesalcih obstajajo trije znani encimi: DNMT1, DNMT3A in DNMT3B.

==== Modifikacije histonov ====
[http://www.youtube.com/watch?v=h4aJzcoIhfQ&feature=related Histoni] so globularni proteini, ki skupaj z DNA tvorijo strukturne enote kromatina imenovane nukleosomi. Ti proteini vplivajo na kondenzacijo kromatina med fazo prepisovanja genov. Lahko so modificirani z [http://www.youtube.com/watch?v=yQ-GvPJH8T4&feature=related acetilacijo], metilacijo, fostorilacijo, glikozilacijo, sumolacijo ali ADP ribozilacijo. Najpogostejši modifikaciji sta acetilacija in metilacija lizinskih ostankov v amino koncu H3 in H4. Metilacija histonov je povezana z represijo ali aktivacijo transktripcije, ta pa je odvisna od lokacije lizinskih ostankov.

==== Ekspresija miRNA ====
[http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A miRNA] je enoverižna ribonukleinska kislina sestavljena iz 21 so 23 nukleotidov. Zrela miRNA je delno komplementarna eni ali večim mRNA molekulam. Glavna funkcija [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://2.bp.blogspot.com/_QpsYVZ9l72g/S_znGzykzWI/AAAAAAAAAGQ/a6aLpHnKXvs/s1600/MicroRna%2Bprocessing.gif&imgrefurl=http://immunotrends.blogspot.com/&usg=__XjZuRV52Bod1qhIvLPze3TF_EQ0=&h=338&w=400&sz=38&hl=sl&start=0&sig2=wbjzICGDNfHdkprfegvPAQ&zoom=1&tbnid=GF8BMzAYPNEUpM:&tbnh=121&tbnw=143&ei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&prev=/images%3Fq%3Dmikro%2Brna%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=423&vpy=209&dur=18&hovh=206&hovw=244&tx=95&ty=105&oei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&page=1&ndsp=34&ved=1t:429,r:11,s:0 miRNA v povezavi z mRNA] je zmanjševanje ekspresije genov.

===EPIGENETIKA IN OKOLJE===

----

Epigenetika je temeljna za razumevanje molekulskega mehanizma okoljskih toksinov, prav tako kot napovedovanju tveganja ob izpostavljenosti okolju in individualno dovzetnost.
Po podatkih svetovne zdravstvene organizacije [http://www.who.int/en/ WHO ](World Health Organization) je več kot 13 milijonov smrti letno povzročenih zaradi okoljskih dejavnikov in kar 24 % bolezni povzročenih zaradi izpostavljenosti okolju bi lahko preprečili.
Med okoljske dejavnike štejemo tudi ksenobiotike. Mednje sodijo kovine, fitoestrogeni, policiklični aromatski ogljikovodiki, dioksinske spojine, polikloro bifenili, ftalati in pesticidi, motilci endokrinega sistema, RDX, bisfenol A,…
Ljudje z genskimi polimorfizmi, kateri naredijo njihove celice manj sposobne za odgovor na oksidativni stres so bili spoznani za bolj dovzetne do kardiovaskularnih in respiratornih efektov zaradi onesnaženja zraka. To producira zdravstvene težave, še posebaj v tistih delih telesa, kjer se generira oksidativni stres.

===KOVINE===

----
Več študij je pokazalo povezavo z DNA metilacijo in okoljskimi kovinami, kot so nikelj, kadmij, živo srebro in še posebej arzen.

==== Kadmij ====
Kadmij je rahlo bazična dvovalentna prehodna kovina. Je [http://www.google.com/search?hl=sl&rlz=&=&q=kadmij&um=1&ie=UTF-8&tbm=isch&source=og&sa=N&tab=wi&biw=1440&bih=692 modrikasto bele barve] in je strupena.
Je sestavni del baterij, televizorjev, najdeno pa ga tudi v PVC, kjer deluje kot stabilizator. Sodi med težke kovine in vpliva na DNA metilacijo. Znano je, da kadmij povzroči hipometilacjo DNA v jetrnih celicah po enem tednu izpostavljenosti. Po desetih tednih povzroči hipermetilacijo DNA jeternih celic.

==== Nikelj ====
Nikelj v periodnem sistemu najdemo med prehodnimi elementi. Je srebrnkasto bela lesketajoča kovina. Ima feromagnetne lastnosti. Uporabljajo ga za prekrivanje manjših kovancev, saj prekriva medenino in železo.
Povezava niklja z zdravjem ljudi, ki so zboleli za rakom in kardiorespiratornimi boleznimi še dandanes ni pojasnjena. Znano je, da nikelj lahko zamenja magnezij pri DNA interakciji, povečani kondenzaciji kromatina in sprožanju de-novo DNA metilaciji. Vpliva lahko tudi na modifikacijo histonov. Izpostavljenost topnemu [http://en.wikipedia.org/wiki/Nickel%28II%29_chloride NiCl2] zmanjša atecilacijo histonov, poveča pa demetilacijo H3K9 in poveča monoubikvitinacijo H2A in H2B in vitro.
Domnevajo, da vezava Ni2+ ionov omogoča sekundarno strukturo s stranskimi verigami N-terminalnega repa histona H4.

==== Krom ====
Krom sodi med prehodne kovine. Je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://www.9jcg.com/tutorials/mario_malagrino/chrome_material/chrome_material_01.jpg&imgrefurl=http://en.9jcg.com/comm_pages/blog_content-art-121.htm&usg=__ruLsMaShabh0dgxFRHOLiy-9rks=&h=472&w=630&sz=37&hl=sl&start=0&sig2=JSnycu0qAvhmrd0xoGmhtQ&zoom=1&tbnid=IVbh-mvXOOeSnM:&tbnh=168&tbnw=242&ei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&prev=/images%3Fq%3Dchrome%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D692%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=641&vpy=319&dur=1810&hovh=194&hovw=259&tx=183&ty=62&oei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&page=1&ndsp=17&ved=1t:429,r:8,s:0 sive sijoče barve] in je trden. Krom se težko spaja in je odporen proti koroziji ter potemnitvi.
Krom je prisoten v telesu. Njegovo pomankanje povezujejo z zmanjševanjem glukozne tolerance, zvišano vsebnostjo trigliceridov in celotnega holesterola v krvi in zvišanimi vrednostmi krvnega sladkorja. To je še posebaj pomembno pri skupini ljudi kot so nosečnice, starejši ljudje, diabetiki in podhranjeni otroci. Koncentracija kroma v tkivu se zmanjšuje s starostjo. Naprej se pogosteje pojavlja pri starejših osebah glukozna intoleranca, diabetes, hiperlipidemija in arterioskleroza. Najverjetneje starejši organizem ni več sposoben sintetizirati zadosti GTF-ja iz razpoložljivega kroma.
Epigenetski efekti kroma so še vedno zelo slabo pojasnjeni.

==== Arzen ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Arsenic Arzen] je kovina in ima tri alotropne oblike, črno, rumeno in sivo. Med segrevanjem arzena se oksidira v arzenov oksid, ki spominja na vonj po česnu. Arzen in njegove spojine pa lahko tudi sublimirajo. Elementarni arzen se najde v dveh trdnih oblikah, rumeni in sivo-kovinski. V vodi je slabo topen in ni hlapljiv.

Arzen v glavnem uporabljajo za krepitev zlitine bakra in zlasti svinca (npr. avtomobilske baterije). Arzen in njegove spojine se uporablja tudi v proizvodnji pesticidov, hebicidov in insekticidov. Kemijsko je podoben fosforju, zato ga delno nadomešča v biokemijskih reakcijah . Zaradi interakcij med ioni arzena in proteini je za človeka strupen. Velik problem je že pojav spojin arzena v pitni vodi.

Človek je arzenu izpostavljen tako, da ga zaužije s hrano, z vdihovanjem ali preko kože. Izpostavljenost arzenu lahko povzroči marsikatere zdravstvene motnje, med njimi spremembe na koži, povečano količino belih in rdečih krvničk, raka, srčnožilne bolezni, poškodbe možganov.

Izpostavljenost arzenu v maternici poveča umrljivost zaradi plučnega raka in bronhitisa v odraslem življenju. Pri eksperimentu z mišmi, ki so jih izpostavljali arzenu, so opazili povečano količino heptacelularnih karcinomov pri izpostavljenih potomcih, poleg tega pa tudi spremembo izražanja genov, ki sodelujejo pri celični proliferaciji, stresu in medceličnemu komuniciranju. Pri nosečih materah, ki so izpostavljene arzenu, lahko pride do epigenetskih sprememb v popkovnični krvi. Aktivira se omrežje poti z genom NF-kB (uravnava veliko genov, ki so odgovorni za apoptozo kot tudi vnetje, ki napreduje v tumor), posledično vnetje, celična proliferacija, stres in apoptoza.

==== Živo srebro ====
[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://blog.deborahblum.com/wp-content/uploads/2010/03/mercury_drops_large.jpg&imgrefurl=http://blog.deborahblum.com/%3Fp%3D154&usg=__7550YuGqAE0esZWYDZTcTtSJtVg=&h=480&w=508&sz=29&hl=sl&start=35&zoom=1&tbnid=VInhBxXBX9f-mM:&tbnh=160&tbnw=169&ei=Z2esTbrGHcaCOoLh9OYJ&prev=/search%3Fq%3Dmercury%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1226&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=307&vpy=162&dur=650&hovh=218&hovw=231&tx=153&ty=108&oei=Y2esTdPoJcXLtAb62OmoBw&page=3&ndsp=18&ved=1t:429,r:7,s:35&biw=1366&bih=667 Živo srebro] je edina kovina, ki je pri sobni temperaturi v tekočem agregatnem stanju. Ima tri oksidacijska stanja (elementarno, enovaletno in dvovalentno živo srebro). Organski obliki živega srebra (metil živo srebro – CH3Hg in dimetil živo srebro – (CH3)2Hg) nastaneta iz anorganske, kar se dogaja med tehnološkimi procesi v kemični industriji, lahko pa tudi spontano v naravi z metilacijo (mikroorganizmi).

Različne oblike živega srebra se uporabljajo v merilnih instrumentih (termometri in barometri), pri izdelavi baterij, pri pridobivanju klora, zlata, v rudarstvu, v zobozdravstvu (izdelava plomb iz [http://www.merriam-webster.com/dictionary/amalgam amalgama]) itd. Živo srebro so včasih uporabljali tudi za zdravljenje sifilisa, saj so menili, da učinkuje šele takrat, ko se razvijejo znaki zastrupitve. Kasneje so ga zamenjali za arzenske preparate (salvazan).

Onesnaženost okolja povzroči pretvorbo anorganskega živega srebra v organsko obliko, slednja pa posledično zastrupitev ljudi. Organski obliki sta slabo topni v vodi, dobro pa se topita v lipidih, zato se akumulirata predvsem v maščevju in tako vplivata na možgane in živčni sistem.

Neželeni učinki živega srebra so insomnija, slabost, glavobol, izguba spomina in apetita, mravljinci v okončinah, motnje v hoji,… Najbolj občutljiv je zarodek, saj lahko metilirano živo srebro preide v placento in povzroči nepravilen razvoj žičevja. Dojenčki, ki uživajo materino mleko, ki vsebuje živo srebro lahko oslepijo, umsko zaostanejo, imajo onemogočen govor, nepravilno razvito živčevje in prebavni trakt ter poškodbe ledvic.

===ONESNAŽEVANJE OKOLJA===

----

Izpostavljenost onesnaženemu zraku so povezovali z povečanim številom smrti zaradi kardiorespiratornih bolezni, prav tako pa tudi s tveganjem za obolelostjo za pljučnim rakom.
Preiskovali so tudi v DNA metilaciji inducirane z manjšo vsebnostjo benzena v krvi pri zaposlenih na bencinskih črpalkah in prometnikih. Visoka vsebnost benzena v krvi je povezana za obolelostjo za [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Levkemija levkemijo].

==== Ftalati ====
Ftalati so kemijsko estri ftalne kisline in alifatskih alkoholov. Gre za hlapne tekočine, ki jih v industriji dodajajo plastičnim masam polimerov, da povečajo njihovo gibljivost.

Za določanje ftalatov v živilih in drugih medijih se večinoma uporabljajo analitske tehnike tekočinske in plinske kromatografije v sklopu z različnimi detektorji, kot so masno - selektivni detektorji, spektrofotometri.

[http://en.wikipedia.org/wiki/Bis%282-ethylhexyl%29_phthalate DEHP] (di-2-etilheksilftalat), [http://en.wikipedia.org/wiki/Dibutyl_phthalate DBP] (dibutilftalat) in [http://en.wikipedia.org/wiki/Benzyl_butyl_phthalate BBP] (butil benzil ftalat) so ftalati, ki so endokrini motilci zaradi njihovih antiandrogenih ali proestrogenih učinkov. Uporabljajo se za mehčanje polivinilklorida, prisotni pa so v lepilih, kmetijskih dodatkih, gradbenih materialih, osebnih predmetih, medicinskih pripomočkih, detergentih, otroških igračah, farmacevtskih izdelkih, prehrambenih proizvodih in v tekstilu. Izpostavljanje ftalatov je možno preko prehrane, vdihovanja ali vnosa v telo preko kože.

Najbolj ranljive skupine za učinke ftalatov so nosečnice in dojenčki moškega spola. Izpostavljenost ftalatom med nosečnostjo privede do predčasnega poroda, veliko reproduktivnih in razvojnih motenj vključno z anogenitalno boleznijo pri novorojenih fantkih in nespuščenih modih, pri dekletih motnje v razvoju živčevja in zvišanju telesne teže v obdobju prvih 3 let življenja. Ftalati naj bi se na plod prenašali tudi preko placente, na dojenčka pa preko materinega mleka. Še več ga lahko dobijo preko plastičnih stekleničk, s katerimi jih hranimo, s kozmetiko za malčke in z igračami slabše kakovosti. Od leta 2005 se DEHP, DBP in BBP ne smejo uporabljati pri proizvodnji igrač in drugih otroških proizvodih.
Izpostavljenost ftalatom dokazano moti funkcije številnih hormonov od reproduktivnih - testosterona, luteinizing hormona, folikl stimulirajočega hormona - pa do ščitničnih. Tako so hormonski motilci, ki poškodujejo ščitnico in imunski sistem. Poškodujejo tudi možgane in živčni sistem, pojavijo se lahko razne alergije.

==== Bisfenol A ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Bisphenol_A Bisfenol A] (BPA) je organska molekula z dvema fenilnima skupinama. Je endokrini motilec in je prisoten v maščobnem tkivu. Uporablja se v produkciji plastike in smole, ki so v posodah za hrano in pijačo, zaviralcih ognja, zobozdravstvenih tesnilnih masah in pri recikliranju termalnega papirja.

BPA je endokrini motilec, ki lahko oponaša telesu lastne hormone. Izpostavljenost BPA lahko povzroči nevrološke motnje, debelost in raka. Otroci so BPA izpostavljeni le preko prehrane, vendar pa je možno, da je BPA povezan z motnjami razmnoževanja pri ženskah in večji dovzetnosti za raka. Uporaba BPA za proizvodnjo otroških stekleničk je prepovedana v Evropski uniji in Kanadi.

Pri podganah se je izpostavljenost BPA pokazala kot povečana incidenca interepitelijske [http://en.wikipedia.org/wiki/Neoplasm neoplazije] prostate, ki ji sledi podaljšano izpostavljanje estradiola in testosterona v odraslem življenju. Tkivo prostate je pokazalo spremembe v metilaciji kot rezultat estrogenega ali BPA izpostavljanja pri novorojenčku. Gen fosfodizertaze tipa 4 različice 4 (PDE4D4) je pokazal hipometilacijo 5'CpG regije in posledično do večjega izražanja PDE4D4 v prostati odraslega. To je pokazalo, da je epigenom prostate trajno sprememnjen zaradi BPA in da epigenetske spremembe lahko s staranjem vodijo do raka prostate.

==== Tobak ====
[http://sl.wikipedia.org/wiki/Tobak Tobak] je rod 60 vrst, v uporabi pa sta le dve, kmečki in navadni tobak. Sestavljajo ju podobne spojine, alkaloidi iz družine nikotinov, ki so strupeni. Tobak se uporablja za kajenje, žvečenje in njuhanje, pa tudi kot nadomestek za pesticide v biološki pridelavi hrane, nikotin je namreč učinkovit insekticid. V tobačnem dimu je poleg nikotina prisotnih še nekaj primesi, cianid, amonijak, piridin, žveplo, ogljikov monoksid in še ostali.

Številne zdravstvene organizacije že leta skušajo s svojimi kampanijami ljudi odvajati od kajenja, saj ima veliko negativnih učinkov na človeško zdravje. Prezgodnje staranje, pljučni rak, srčne bolezni, kronične pljučne bolezni so le ene izmed njih. Pri pasivnem ali aktivnem kajenju matere, se je izpostavljenost tobaku na potomcu pokazala kot zmanjšana funkcija pljuč, večja dovzetnost za astmo, rak, debelost, sladkorna bolezen tipa II in nizka porodna teža, ki je povezana z srčno-žilnimi boleznimi, debelostjo in sladkorno boleznijo tipa II.

Predporodno izpostavljanje materninemu kajenju so povezali s povišano globalno metilacijo v enojedrnih krvnih celicah odraslih žensk. Globalna hipometilacija z regijo ali specifična genska hipermetilacija je bila že povezana z rakom. Globalna hipometilacija je rezultat kromosomske nestabilnosti in povečanja števila mutacij, medtem ko lahko promotor hipermetilacije utiša izražanje genov tumorja. Vse to se lahko prenese tudi na kasnejše generacije. Vnuk, katerega babica je kadila med svojo nosečnostjo, je bil bolj dovzeten za astmo, čeprav njegova mati ni nikoli kadila. Tveganje se je še povečalo, če sta kadili tako babica kot mati.

==== Onesnaževanje zraka ====
Onesnaževanje zraka je proces sprostitve kemičnih substanc v atmosfero. Te kemične substance so v največji meri ogljikov monoksid, žveplov dioksid, klorofluorokarbon in dušikov oksid. Ustvarja jih človek z industrijo in uporabo motornih strojev. Fotokemične spojine in smog se kreirajo pri zgorevanju ogljikovodikov.

Benzopiren in drugi [http://en.wikipedia.org/wiki/Polycyclic_aromatic_hydrocarbon PAH] so povezani z epigenetsko in genomsko toksičnostjo (poškodbe DNA, adukcija DNA, mutacije). Nekateri PAH podobni steroidnim hormonom veljajo za endokrine motilce. So topni lipidi v maščobnem tkivu in se prenašajo preko placente in preko popkovnične krvi v možganske pregrade zarodka.
Izpostavljenost gorjenju fosilnih goriv pri zarodku povzroči nazadovanje v rasti, zaostajanje v razvoju, znižanje inteligenčnega kvocienta in vedenjske motnje. Vse skupaj so povezali z genomsko hipometilacijo pri belih krvničkah v popkovini, ki je znatno znižana pri zarodkih, ki so izpostavljeni onesnaževanju. Nivo globalne metilacije ostane enaka vse do zgodnjega otroštva.

==== Benzen ====
Benzen je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f2/Benzen_01.png&imgrefurl=http://sl.wikipedia.org/wiki/Slika:Benzen_01.png&usg=__MWdMHEZvEkfE_8OVeHfQOmNCtvs=&h=581&w=800&sz=109&hl=sl&start=0&sig2=C6zST9AcFEGkW_Er2Mt_mw&zoom=1&tbnid=SYLmEyT2HsWUoM:&tbnh=110&tbnw=151&ei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&prev=/images%3Fq%3Dbenzen%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch0%2C385&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1012&vpy=112&dur=567&hovh=110&hovw=151&tx=112&ty=91&oei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:28,s:0&biw=1440&bih=663 aromatski ogljikovodik], ki je brezbarven. Je zelo vnetljiv in dobro raztaplja smole, maščobe, jod in naftalen. Pridobivamo ga iz premogovega katrana, nafte ali sintetično. Zaradi njegove karcinogenosti je njegova uporaba omejena. Uporablja se predvsem kot dodatek k gorivu (bencinu). [http://www.brezcenzure.si/si/articles/details/165/Rakotvorni+benzen+v+avtomobilih Benzen] z dihanjem prehaja v kosti in povzroča anemijo ter zmanjšuje število belih krvnih celic.

Benzen iz zraka povezujejo z hipermetilacijo v p15 in hipometilacijo MAGE-1 (melanoma antigen-1), ki je rakov antigen. Ta spoznanja so pokazala, da izpostavljenost nizki koncentraciji benzena lahko inducira spremenjeno DNA metilacijo, kar pa sproži nenormalne epigenetske vzorce, najdene pri malignih celicah.

==== Heksa-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazen (RDX) ====
RDX je eksploziven [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_zhw7Ns2scr4/SQ7zU6npdjI/AAAAAAAAAH4/iXf7JH2m9EM/s320/RDX%2BCHEMISTRY.gif&imgrefurl=http://entertainingchemistry.blogspot.com/2008/11/chemistry-of-rdx.html&usg=__rkB9vWG57QqhfOLBwfA7vzQ1ftM=&h=234&w=320&sz=34&hl=sl&start=0&sig2=GmjtYI2d8EKfE4qfNLLi3A&zoom=1&tbnid=wUvzo0H07GaeeM:&tbnh=123&tbnw=168&ei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&prev=/images%3Fq%3Drdx%2Bchemical%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1143&vpy=210&dur=259&hovh=187&hovw=256&tx=165&ty=69&oei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:14,s:0 nitroamin], ki je široko zastopan v [http://www.globalsecurity.org/military/systems/munitions/explosives-nitramines.htm vojski] in industriji. Znan je tudi pod imenom T4.
Je pogost okoljski pulant, ki je posledica vojaških in civilnih aktivnosti. Povezujejo ga z nevrotoksičnostjo, imunotoksičnosjo in povečanim tveganjem za obolelostjo za rakom.

===MOTILCI ENDOKRINEGA SISTEMA===

----
==== Endokrini sistem ====
[http://www.endocrinedisruption.com/endocrine.introduction.overview.php Endokrini sistem] sestavljajo žleze, le-te pa izločajo [http://www.wisegeek.com/what-are-hormones.htm hormone]. Hormone izločajo endokrino v kri. Hormoni krožijo po telesu po krvožilnem sistemu in vplivajo na delovanje oddaljenih organov. Hormoni se vežejo na tarčne celice in spremenijo delovanje celic oziroma organov. Glavne žleze endokrinega sistema so hipotalamus, hipofiza, ščitnica, obščitnične žleze, Langerhansovi otočki trebušne slinavke, nadledvične žleze, testisi in ovariji, med nosečnostjo pa še posteljica.

Motnja endokrinega sistema je posledica delovanja endokrinega motilca. Ti motilci so eksogena substanca ali mešanica substanc, ki spremenijo delovanje endokrinega sistema, kar sproži različne učinke na organizmu pri določeni stopnji izpostavljenosti. Večina le-teh vpliva na reproduktivne organe, lahko tudi na vse organe, edini pogoj pa je, da imajo ti organi receptorje zanje. Ti organi so jetra, ledvice, centralni živčni sistem, imunski sistem, kosti.

==== Mehanizmi motilcev endokrinega sistema ====
Poznamo več mehanizmov motilcev, ki negativno delujejo na endokrini sistem kot so interakcije s hormoni, interakcije na nivoju receptorjev in blokada receptorjev.

* Interakcije s hormoni: ksenobiotiki vplivajo na sintezo hormonov. Sem vključujemo sproščanje, transport, metabolizem, izločanje in učinkovanje hormonov.

* Interakcije na nivoju receptorjev: to so snovi, ki se vežejo na estrogenske receptorje in so kompetitivni antagonisti ali delni agonisti naravnega hormona. Sem spadajo fitoestrogeni (kumestrol, diadzein, genistein), zdravila (etinil, [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Estradiol estradiol], tamoksifen) in industrijske snovi (DTT, p-nonilfenon, bisfenol A)

* Blokada receptorjev: ksenobiotiki, ki se vežejo na androgenske receptorje in jih blokirajo. Sem spadajo metabolit DTT (vinclozolinski metabolit).

Spremembe ali posledice zaradi endokrinih motilcev v naravi opažajo že desetletja. Posledice so disfunkcije in bolezni moških spolnih organov kot posledica substanc, katerih delovanje je podobno estrogenu (zdravila, estrogeni v kravjem mleku, industrijske kemikalije), kopičenje kemikalij v živalskih telesih in reproduktivne motnje teh živali (neoplojena jajca in manjši penisi pri aligatorjih po industrijski nesreči na Floridi, kjer je insekticid dikofol onesnažil jezero) ter več ženskih potomcev pri nekaterih vrstah rib, [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://3.bp.blogspot.com/_Gvv_MiJU5N4/TDcQw79usNI/AAAAAAAAAFI/SuPZ0OR6hZ4/s1600/amphibian.jpg&imgrefurl=http://faithnature.blogspot.com/&usg=__ljiyOfhKnfT-k-C0D6IcqCamtio=&h=333&w=500&sz=47&hl=sl&start=16&zoom=1&tbnid=TMSxmeoK1-DBtM:&tbnh=153&tbnw=203&ei=iG2sTdydKtGZOoKD0dkJ&prev=/search%3Fq%3Ddvo%25C5%25BEivke%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C586&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=131&vpy=261&dur=1005&hovh=183&hovw=275&tx=149&ty=83&oei=d22sTZbBO4vRsgbG0JGdBw&page=2&ndsp=19&ved=1t:429,r:6,s:16&biw=1366&bih=667 dvoživk] in [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_6pwJiMjLAzs/SYNSwmMR4sI/AAAAAAAAAEA/EjkzBddDh0g/s400/galebi%2Bm.jpg&imgrefurl=http://dianaandelic.blogspot.com/2008/10/galebi-vrtec.html&usg=__HzJrekSH26M1R7UYTfppW-IAuSA=&h=273&w=400&sz=33&hl=sl&start=64&zoom=1&tbnid=fdye1f00uASnOM:&tbnh=159&tbnw=248&ei=Rm2sTfXWF9GfOtGGtd8J&prev=/search%3Fq%3Dgalebi%26um%3D1%26hl%3Dsl%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1633&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1061&vpy=153&dur=391&hovh=174&hovw=255&tx=159&ty=91&oei=PW2sTZC1EYnItAal7JiiBw&page=4&ndsp=17&ved=1t:429,r:4,s:64&biw=1366&bih=667 galebov], ki se prehranjujejo z njimi.

Organizmi so v času razvoja zelo občutljivi na motnje v endokrinem sistemu, ki jih povzročijo kemikalije, le-te pa vplivajo na hormonsko aktivnost.

==== Vrste endokrinih motilcev ====
Na endokrine motnje smo najbolj občutljivi v času živahne delitve celic, izoblikovanja specializiranih funkcij, v času migracije celic in razvoju organov, saj so to procesi, ki so regulirani preko hormonov. Seveda pa so spremembe odvisne tudi od same izpostavljenosti osebka.
Pri endokrinih motilcih ločimo naravni in umetni izvor.

Naravnega izvora so [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/files/2008/01/fito.jpg&imgrefurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/2008/02/07/la-genisteina/&usg=__9m2smbslm2Y6L7xjAtLkuphgxyc=&h=203&w=291&sz=18&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=JcYCSiKzZtxi4M:&tbnh=125&tbnw=178&ei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&prev=/images%3Fq%3Dfitoestrogeni%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=142&vpy=89&dur=1546&hovh=162&hovw=232&tx=148&ty=88&oei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&page=1&ndsp=33&ved=1t:429,r:0,s:0 fitoestrogeni]. Ti so estrogenom podobne molekule, ki jih najdemo le v rastlinskem svetu. So nesteroidne molekule, ki se lahko vežejo na estrogenske receptorje. V telo jih vnesemo s hrano, prehajajo tudi placento, vsebuje jih lahko tudi materino mleko. Med fitoestrogene spadajo kumestani, derivat resorcinola ter za fiziološke učinke najpomembnejši lignani in izoflavonoidi. Veliko ga je v soji in njenih izdelkih, kjer najdemo izoflavon, danzidein in genistein.

Umetni endokrini motilci so lahko zaželeni ali ne. Sem spadajo dodatki k prehrani in [http://en.wikipedia.org/wiki/Pesticide pesticidi]. Poznamo kar nekaj industrijski endokrinih motilcev. To so ftalati, ki se uporabljajo široko v industriji umetnih mas, bisfenol A, ki se uporablja kot zaščita kovin in je zelo pomemben pri zobotehničnih posegih, uporablja pa se tudi kot notranja prevleka konzerv. Parabene najdemo v kozmetičnih preparatih kot konzervans in so estrogenski mimetiki. Umetni endokrini motilci so še alkilfenoli, PCB-ji in drugi.
Med endokrine motilce spadajo tudi prehranski dodatki, npr. butiliran hidroksianizol, ki se uporablja kot antioksidanti ter pesticidi (DDT, ki se uporablja kot insekticid; pri ljudeh so ugotovili proestrogenske in antiandrogenske učinke ter povečano tveganje za raka dojke in lindan, ki je prav tako insekticid in ga ponekod v manjši meri uporabljajo za zatiranje mravelj in deluje na človeka spermatoksično) [4].

----

===VIRI IN LITERATURA===

1. A. Baccarelli and V. Bollati. Epigenetics and environmental chemicals, Current opinion in pediatrics, 2009, str. 243-251 [12. april 2011] [http://journals.lww.com/co-pediatrics/Fulltext/2009/04000/Epigenetics_and_environmental_chemicals.14.aspx]

2. Bollati V. et al. (2010, 105) Environmental epigenetics. Heredity, 105-112. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20179736]

3. Bombail V. et al. (2004, 149) Perturbation of epigenetic status by toxicants. Toxicology Letters, 51-58. [http://www.unc.edu/courses/2008spring/envr/442/001/Bombail_2004.pdf]

4. Endocrine disruption, TEDX – The endocrine disruption exchange [14. april 2011] [http://www.endocrinedisruption.com/home.php]

5. F. Perera, J. Herbstman. Prenatal environmental exposures, epigenetics and disease. Reproductive Toxicology, 2011, str. 1-11 [18. april 20011] [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TC0-520J97V-1&_user=10&_coverDate=04%2F30%2F2011&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=gateway&_origin=gateway&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1722798980&_rerunOrigin=scholar.google&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=f8f97326dcce8d0c789736fec41ac679&searchtype=a [5]]

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Ksenobiotiki in epigenetske spremembe

2011-04-18T20:45:49Z

Alenka Mikuž:

Kar nekaj okoljskih faktorjev je povezanih z abnormalnimi epigenetskimi spremembami, ki so jih odkrili z eksperimenti in epidemiološkimi raziskavami. Določeni epigenetski mehanizmi so se razvili zaradi izpostavljenosti toksinom in določenim kemikalijam. Ne glede nato, da je v zadnjem času veliko študij v povezavi z epigenetskimi spremembami, še vedno ni jasno delovanje nekaterih mehanizmov. Razlog je, da so epigenetske spremembe majhne, skoncentrirane na določenih mestih in se lahko razvijejo čez določen čas, kar pa zaplete določanje vzroka oziroma povzročitelja spremembe.

===KSENOBIOTIKI===

----

[http://en.wikipedia.org/wiki/Xenobiotic Ksenobiotiki] so kemijske spojine, ki jih je sintetiziral človek, organizmom pa so le-ti tuji. Med ksenobiotike spadajo pesticidi, prehranski dodatki, zdravila in industrijski polutanti. Najdemo jih v hrani, embalaži, v zraku, vodi, kozmetičnih sredstvih, čistilih,… Večina ksenobiotikov je slabo topnih v vodi, saj gre predvsem za organske spojine. Ksenobiotiki se akumulirajo predvsem v maščevju, lahko tudi v možganih. So vzrok za različna kronična obolenja kot so migrena, kronična utrujenost, slabost, rak, nevrodegenerativne bolezni.

V telo najpogosteje preidejo skozi prebavni trakt, lahko tudi skozi respiratorni sistem, kožo ali sluznico. Iz telesa se jih največ izloči z [http://www.wisegeek.com/what-is-urea.htm ureo] (sečnino), z znojem in z izdihanim zrakom. Skozi celično membrano prehajajo le nepolarne spojine, zato ledvice učinkovito izločajo le vodotopne spojine, snovi, ki pa niso topne v vodi pa se v obliki primarnega urina reabsorbirajo nazaj v krvni obtok. Če bi želeli, da se ksenobiotiki popolnoma izločijo iz telesa, bi morali le-ti biti polarni. Ksenobiotiki, ki vstopijo v krvni obtok iz prebavnega trakta, pridejo po portalni veni v jetra, kjer se pretvorijo v bolj polarno obliko.

===PREGLED EPIGENETSKIH MEHANIZMOV===

----

Epigenetika je študija v epigenetskih spremembah v izražanju genov, ki se pojavijo brez sprememb v DNA zaporedju. Vključuje številne mehanizme, kot so [http://www.youtube.com/watch?v=eYrQ0EhVCYA&playnext=1&list=PL3B8541297CE1712D metilacija DNA, modifikacije histonov] in ekspresija miRNA. Mehanizmi so fleksibilni genomski parametri, ki lahko spremenijo funkcijo genoma pod vplivom ksenobiotikov, le-ti pa se prenašajo iz generacije v generacijo.

==== Metilacija DNA ====
Od vseh epigenetskih mehanizmov, je še najbolje raziskana [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_methylation metilacija DNA]. Metilna skupina se doda na peti ogljik citozina v [http://en.wikipedia.org/wiki/CpG_site CpG dinukleotidu]. CpG dinukleotid je redko prisoten v genomu sesalcev in še takrat v metilirani obliki. Kjer se pa regije genskega promotorja prekrivajo s CpG regijo, je le-ta v nemetilirani obliki. Metilacija citozina ima regulacijsko vlogo. Metilna skupina 5-metilcitozina inhibira transkripcijo vezavnih proteinov in utiša gen. Metilacija DNA deluje kot umestitveno mesto za vezavne proteine, ki uravnavajo druge kromatinske preoblikovalne proteine. Sprememba metilacije na teh mestih je tako prepoznana. Tako hipermetilacija kot hipometilacija DNA sta lahko posledici izpostavljanja eksogenim kemikalijam. Za nekatere gene že zelo majhna sprememba v metilaciji DNA na nekaterih mestih CpG rahlo spremeni gensko izražanje in poveča dovzetnost za bolezni. DNA metilacija je katalizirana z družino DNA metiltransferaznih encimov (DNMT). Pri sesalcih obstajajo trije znani encimi: DNMT1, DNMT3A in DNMT3B.

==== Modifikacije histonov ====
[http://www.youtube.com/watch?v=h4aJzcoIhfQ&feature=related Histoni] so globularni proteini, ki skupaj z DNA tvorijo strukturne enote kromatina imenovane nukleosomi. Ti proteini vplivajo na kondenzacijo kromatina med fazo prepisovanja genov. Lahko so modificirani z [http://www.youtube.com/watch?v=yQ-GvPJH8T4&feature=related acetilacijo], metilacijo, fostorilacijo, glikozilacijo, sumolacijo ali ADP ribozilacijo. Najpogostejši modifikaciji sta acetilacija in metilacija lizinskih ostankov v amino koncu H3 in H4. Metilacija histonov je povezana z represijo ali aktivacijo transktripcije, ta pa je odvisna od lokacije lizinskih ostankov.

==== Ekspresija miRNA ====
[http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A miRNA] je enoverižna ribonukleinska kislina sestavljena iz 21 so 23 nukleotidov. Zrela miRNA je delno komplementarna eni ali večim mRNA molekulam. Glavna funkcija [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://2.bp.blogspot.com/_QpsYVZ9l72g/S_znGzykzWI/AAAAAAAAAGQ/a6aLpHnKXvs/s1600/MicroRna%2Bprocessing.gif&imgrefurl=http://immunotrends.blogspot.com/&usg=__XjZuRV52Bod1qhIvLPze3TF_EQ0=&h=338&w=400&sz=38&hl=sl&start=0&sig2=wbjzICGDNfHdkprfegvPAQ&zoom=1&tbnid=GF8BMzAYPNEUpM:&tbnh=121&tbnw=143&ei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&prev=/images%3Fq%3Dmikro%2Brna%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=423&vpy=209&dur=18&hovh=206&hovw=244&tx=95&ty=105&oei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&page=1&ndsp=34&ved=1t:429,r:11,s:0 miRNA v povezavi z mRNA] je zmanjševanje ekspresije genov.

===EPIGENETIKA IN OKOLJE===

----

Epigenetika je temeljna za razumevanje molekulskega mehanizma okoljskih toksinov, prav tako kot napovedovanju tveganja ob izpostavljenosti okolju in individualno dovzetnost.
Po podatkih svetovne zdravstvene organizacije [http://www.who.int/en/ WHO ](World Health Organization) je več kot 13 milijonov smrti letno povzročenih zaradi okoljskih dejavnikov in kar 24 % bolezni povzročenih zaradi izpostavljenosti okolju bi lahko preprečili.
Med okoljske dejavnike štejemo tudi ksenobiotike. Mednje sodijo kovine, fitoestrogeni, policiklični aromatski ogljikovodiki, dioksinske spojine, polikloro bifenili, ftalati in pesticidi, motilci endokrinega sistema, RDX, bisfenol A,…
Ljudje z genskimi polimorfizmi, kateri naredijo njihove celice manj sposobne za odgovor na oksidativni stres so bili spoznani za bolj dovzetne do kardiovaskularnih in respiratornih efektov zaradi onesnaženja zraka. To producira zdravstvene težave, še posebaj v tistih delih telesa, kjer se generira oksidativni stres.

===KOVINE===

----
Več študij je pokazalo povezavo z DNA metilacijo in okoljskimi kovinami, kot so nikelj, kadmij, živo srebro in še posebej arzen.

==== Kadmij ====
Kadmij je rahlo bazična dvovalentna prehodna kovina. Je [http://www.google.com/search?hl=sl&rlz=&=&q=kadmij&um=1&ie=UTF-8&tbm=isch&source=og&sa=N&tab=wi&biw=1440&bih=692 modrikasto bele barve] in je strupena.
Je sestavni del baterij, televizorjev, najdeno pa ga tudi v PVC, kjer deluje kot stabilizator. Sodi med težke kovine in vpliva na DNA metilacijo. Znano je, da kadmij povzroči hipometilacjo DNA v jetrnih celicah po enem tednu izpostavljenosti. Po desetih tednih povzroči hipermetilacijo DNA jeternih celic.

==== Nikelj ====
Nikelj v periodnem sistemu najdemo med prehodnimi elementi. Je srebrnkasto bela lesketajoča kovina. Ima feromagnetne lastnosti. Uporabljajo ga za prekrivanje manjših kovancev, saj prekriva medenino in železo.
Povezava niklja z zdravjem ljudi, ki so zboleli za rakom in kardiorespiratornimi boleznimi še dandanes ni pojasnjena. Znano je, da nikelj lahko zamenja magnezij pri DNA interakciji, povečani kondenzaciji kromatina in sprožanju de-novo DNA metilaciji. Vpliva lahko tudi na modifikacijo histonov. Izpostavljenost topnemu [http://en.wikipedia.org/wiki/Nickel%28II%29_chloride NiCl2] zmanjša atecilacijo histonov, poveča pa demetilacijo H3K9 in poveča monoubikvitinacijo H2A in H2B in vitro.
Domnevajo, da vezava Ni2+ ionov omogoča sekundarno strukturo s stranskimi verigami N-terminalnega repa histona H4.

==== Krom ====
Krom sodi med prehodne kovine. Je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://www.9jcg.com/tutorials/mario_malagrino/chrome_material/chrome_material_01.jpg&imgrefurl=http://en.9jcg.com/comm_pages/blog_content-art-121.htm&usg=__ruLsMaShabh0dgxFRHOLiy-9rks=&h=472&w=630&sz=37&hl=sl&start=0&sig2=JSnycu0qAvhmrd0xoGmhtQ&zoom=1&tbnid=IVbh-mvXOOeSnM:&tbnh=168&tbnw=242&ei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&prev=/images%3Fq%3Dchrome%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D692%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=641&vpy=319&dur=1810&hovh=194&hovw=259&tx=183&ty=62&oei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&page=1&ndsp=17&ved=1t:429,r:8,s:0 sive sijoče barve] in je trden. Krom se težko spaja in je odporen proti koroziji ter potemnitvi.
Krom je prisoten v telesu. Njegovo pomankanje povezujejo z zmanjševanjem glukozne tolerance, zvišano vsebnostjo trigliceridov in celotnega holesterola v krvi in zvišanimi vrednostmi krvnega sladkorja. To je še posebaj pomembno pri skupini ljudi kot so nosečnice, starejši ljudje, diabetiki in podhranjeni otroci. Koncentracija kroma v tkivu se zmanjšuje s starostjo. Naprej se pogosteje pojavlja pri starejših osebah glukozna intoleranca, diabetes, hiperlipidemija in arterioskleroza. Najverjetneje starejši organizem ni več sposoben sintetizirati zadosti GTF-ja iz razpoložljivega kroma.
Epigenetski efekti kroma so še vedno zelo slabo pojasnjeni.

==== Arzen ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Arsenic Arzen] je kovina in ima tri alotropne oblike, črno, rumeno in sivo. Med segrevanjem arzena se oksidira v arzenov oksid, ki spominja na vonj po česnu. Arzen in njegove spojine pa lahko tudi sublimirajo. Elementarni arzen se najde v dveh trdnih oblikah, rumeni in sivo-kovinski. V vodi je slabo topen in ni hlapljiv.

Arzen v glavnem uporabljajo za krepitev zlitine bakra in zlasti svinca (npr. avtomobilske baterije). Arzen in njegove spojine se uporablja tudi v proizvodnji pesticidov, hebicidov in insekticidov. Kemijsko je podoben fosforju, zato ga delno nadomešča v biokemijskih reakcijah . Zaradi interakcij med ioni arzena in proteini je za človeka strupen. Velik problem je že pojav spojin arzena v pitni vodi.

Človek je arzenu izpostavljen tako, da ga zaužije s hrano, z vdihovanjem ali preko kože. Izpostavljenost arzenu lahko povzroči marsikatere zdravstvene motnje, med njimi spremembe na koži, povečano količino belih in rdečih krvničk, raka, srčnožilne bolezni, poškodbe možganov.

Izpostavljenost arzenu v maternici poveča umrljivost zaradi plučnega raka in bronhitisa v odraslem življenju. Pri eksperimentu z mišmi, ki so jih izpostavljali arzenu, so opazili povečano količino heptacelularnih karcinomov pri izpostavljenih potomcih, poleg tega pa tudi spremembo izražanja genov, ki sodelujejo pri celični proliferaciji, stresu in medceličnemu komuniciranju. Pri nosečih materah, ki so izpostavljene arzenu, lahko pride do epigenetskih sprememb v popkovnični krvi. Aktivira se omrežje poti z genom NF-kB (uravnava veliko genov, ki so odgovorni za apoptozo kot tudi vnetje, ki napreduje v tumor), posledično vnetje, celična proliferacija, stres in apoptoza.

==== Živo srebro ====
[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://blog.deborahblum.com/wp-content/uploads/2010/03/mercury_drops_large.jpg&imgrefurl=http://blog.deborahblum.com/%3Fp%3D154&usg=__7550YuGqAE0esZWYDZTcTtSJtVg=&h=480&w=508&sz=29&hl=sl&start=35&zoom=1&tbnid=VInhBxXBX9f-mM:&tbnh=160&tbnw=169&ei=Z2esTbrGHcaCOoLh9OYJ&prev=/search%3Fq%3Dmercury%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1226&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=307&vpy=162&dur=650&hovh=218&hovw=231&tx=153&ty=108&oei=Y2esTdPoJcXLtAb62OmoBw&page=3&ndsp=18&ved=1t:429,r:7,s:35&biw=1366&bih=667 Živo srebro] je edina kovina, ki je pri sobni temperaturi v tekočem agregatnem stanju. Ima tri oksidacijska stanja (elementarno, enovaletno in dvovalentno živo srebro). Organski obliki živega srebra (metil živo srebro – CH3Hg in dimetil živo srebro – (CH3)2Hg) nastaneta iz anorganske, kar se dogaja med tehnološkimi procesi v kemični industriji, lahko pa tudi spontano v naravi z metilacijo (mikroorganizmi).

Različne oblike živega srebra se uporabljajo v merilnih instrumentih (termometri in barometri), pri izdelavi baterij, pri pridobivanju klora, zlata, v rudarstvu, v zobozdravstvu (izdelava plomb iz [http://www.merriam-webster.com/dictionary/amalgam amalgama]) itd. Živo srebro so včasih uporabljali tudi za zdravljenje sifilisa, saj so menili, da učinkuje šele takrat, ko se razvijejo znaki zastrupitve. Kasneje so ga zamenjali za arzenske preparate (salvazan).

Onesnaženost okolja povzroči pretvorbo anorganskega živega srebra v organsko obliko, slednja pa posledično zastrupitev ljudi. Organski obliki sta slabo topni v vodi, dobro pa se topita v lipidih, zato se akumulirata predvsem v maščevju in tako vplivata na možgane in živčni sistem.

Neželeni učinki živega srebra so insomnija, slabost, glavobol, izguba spomina in apetita, mravljinci v okončinah, motnje v hoji,… Najbolj občutljiv je zarodek, saj lahko metilirano živo srebro preide v placento in povzroči nepravilen razvoj žičevja. Dojenčki, ki uživajo materino mleko, ki vsebuje živo srebro lahko oslepijo, umsko zaostanejo, imajo onemogočen govor, nepravilno razvito živčevje in prebavni trakt ter poškodbe ledvic.

===ONESNAŽEVANJE OKOLJA===

----

Izpostavljenost onesnaženemu zraku so povezovali z povečanim številom smrti zaradi kardiorespiratornih bolezni, prav tako pa tudi s tveganjem za obolelostjo za pljučnim rakom.
Preiskovali so tudi v DNA metilaciji inducirane z manjšo vsebnostjo benzena v krvi pri zaposlenih na bencinskih črpalkah in prometnikih. Visoka vsebnost benzena v krvi je povezana za obolelostjo za [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Levkemija levkemijo].

==== Ftalati ====
Ftalati so kemijsko estri ftalne kisline in alifatskih alkoholov. Gre za hlapne tekočine, ki jih v industriji dodajajo plastičnim masam polimerov, da povečajo njihovo gibljivost.

Za določanje ftalatov v živilih in drugih medijih se večinoma uporabljajo analitske tehnike tekočinske in plinske kromatografije v sklopu z različnimi detektorji, kot so masno - selektivni detektorji, spektrofotometri.

[http://en.wikipedia.org/wiki/Bis%282-ethylhexyl%29_phthalate DEHP] (di-2-etilheksilftalat), [http://en.wikipedia.org/wiki/Dibutyl_phthalate DBP] (dibutilftalat) in [http://en.wikipedia.org/wiki/Benzyl_butyl_phthalate BBP] (butil benzil ftalat) so ftalati, ki so endokrini motilci zaradi njihovih antiandrogenih ali proestrogenih učinkov. Uporabljajo se za mehčanje polivinilklorida, prisotni pa so v lepilih, kmetijskih dodatkih, gradbenih materialih, osebnih predmetih, medicinskih pripomočkih, detergentih, otroških igračah, farmacevtskih izdelkih, prehrambenih proizvodih in v tekstilu. Izpostavljanje ftalatov je možno preko prehrane, vdihovanja ali vnosa v telo preko kože.

Najbolj ranljive skupine za učinke ftalatov so nosečnice in dojenčki moškega spola. Izpostavljenost ftalatom med nosečnostjo privede do predčasnega poroda, veliko reproduktivnih in razvojnih motenj vključno z anogenitalno boleznijo pri novorojenih fantkih in nespuščenih modih, pri dekletih motnje v razvoju živčevja in zvišanju telesne teže v obdobju prvih 3 let življenja. Ftalati naj bi se na plod prenašali tudi preko placente, na dojenčka pa preko materinega mleka. Še več ga lahko dobijo preko plastičnih stekleničk, s katerimi jih hranimo, s kozmetiko za malčke in z igračami slabše kakovosti. Od leta 2005 se DEHP, DBP in BBP ne smejo uporabljati pri proizvodnji igrač in drugih otroških proizvodih.
Izpostavljenost ftalatom dokazano moti funkcije številnih hormonov od reproduktivnih - testosterona, luteinizing hormona, folikl stimulirajočega hormona - pa do ščitničnih. Tako so hormonski motilci, ki poškodujejo ščitnico in imunski sistem. Poškodujejo tudi možgane in živčni sistem, pojavijo se lahko razne alergije.

==== Bisfenol A ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Bisphenol_A Bisfenol A] (BPA) je organska molekula z dvema fenilnima skupinama. Je endokrini motilec in je prisoten v maščobnem tkivu. Uporablja se v produkciji plastike in smole, ki so v posodah za hrano in pijačo, zaviralcih ognja, zobozdravstvenih tesnilnih masah in pri recikliranju termalnega papirja.
BPA je endokrini motilec, ki lahko oponaša telesu lastne hormone. Izpostavljenost BPA lahko povzroči nevrološke motnje, debelost in raka. Otroci so BPA izpostavljeni le preko prehrane, vendar pa je možno, da je BPA povezan z motnjami razmnoževanja pri ženskah in večji dovzetnosti za raka. Uporaba BPA za proizvodnjo otroških stekleničk je prepovedana v Evropski uniji in Kanadi.
Pri podganah se je izpostavljenost BPA pokazala kot povečana incidenca interepitelijske [http://en.wikipedia.org/wiki/Neoplasm neoplazije] prostate, ki ji sledi podaljšano izpostavljanje estradiola in testosterona v odraslem življenju. Tkivo prostate je pokazalo spremembe v metilaciji kot rezultat estrogenega ali BPA izpostavljanja pri novorojenčku. Gen fosfodizertaze tipa 4 različice 4 (PDE4D4) je pokazal hipometilacijo 5'CpG regije in posledično do večjega izražanja PDE4D4 v prostati odraslega. To je pokazalo, da je epigenom prostate trajno sprememnjen zaradi BPA in da epigenetske spremembe lahko s staranjem vodijo do raka prostate.

==== Tobak ====
[http://sl.wikipedia.org/wiki/Tobak Tobak] je rod 60 vrst, v uporabi pa sta le dve, kmečki in navadni tobak. Sestavljajo ju podobne spojine, alkaloidi iz družine nikotinov, ki so strupeni. Tobak se uporablja za kajenje, žvečenje in njuhanje, pa tudi kot nadomestek za pesticide v biološki pridelavi hrane, nikotin je namreč učinkovit insekticid. V tobačnem dimu je poleg nikotina prisotnih še nekaj primesi, cianid, amonijak, piridin, žveplo, ogljikov monoksid in še ostali.
Številne zdravstvene organizacije že leta skušajo s svojimi kampanijami ljudi odvajati od kajenja, saj ima veliko negativnih učinkov na človeško zdravje. Prezgodnje staranje, pljučni rak, srčne bolezni, kronične pljučne bolezni so le ene izmed njih. Pri pasivnem ali aktivnem kajenju matere, se je izpostavljenost tobaku na potomcu pokazala kot zmanjšana funkcija pljuč, večja dovzetnost za astmo, rak, debelost, sladkorna bolezen tipa II in nizka porodna teža, ki je povezana z srčno-žilnimi boleznimi, debelostjo in sladkorno boleznijo tipa II.
Predporodno izpostavljanje materninemu kajenju so povezali s povišano globalno metilacijo v enojedrnih krvnih celicah odraslih žensk. Globalna hipometilacija z regijo ali specifična genska hipermetilacija je bila že povezana z rakom. Globalna hipometilacija je rezultat kromosomske nestabilnosti in povečanja števila mutacij, medtem ko lahko promotor hipermetilacije utiša izražanje genov tumorja. Vse to se lahko prenese tudi na kasnejše generacije. Vnuk, katerega babica je kadila med svojo nosečnostjo, je bil bolj dovzeten za astmo, čeprav njegova mati ni nikoli kadila. Tveganje se je še povečalo, če sta kadili tako babica kot mati.

==== Onesnaževanje zraka ====
Onesnaževanje zraka je proces sprostitve kemičnih substanc v atmosfero. Te kemične substance so v največji meri ogljikov monoksid, žveplov dioksid, klorofluorokarbon in dušikov oksid. Ustvarja jih človek z industrijo in uporabo motornih strojev. Fotokemične spojine in smog se kreirajo pri zgorevanju ogljikovodikov.
Benzopiren in drugi [http://en.wikipedia.org/wiki/Polycyclic_aromatic_hydrocarbon PAH] so povezani z epigenetsko in genomsko toksičnostjo (poškodbe DNA, adukcija DNA, mutacije). Nekateri PAH podobni steroidnim hormonom veljajo za endokrine motilce. So topni lipidi v maščobnem tkivu in se prenašajo preko placente in preko popkovnične krvi v možganske pregrade zarodka.
Izpostavljenost gorjenju fosilnih goriv pri zarodku povzroči nazadovanje v rasti, zaostajanje v razvoju, znižanje inteligenčnega kvocienta in vedenjske motnje. Vse skupaj so povezali z genomsko hipometilacijo pri belih krvničkah v popkovini, ki je znatno znižana pri zarodkih, ki so izpostavljeni onesnaževanju. Nivo globalne metilacije ostane enaka vse do zgodnjega otroštva.

==== Benzen ====
Benzen je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f2/Benzen_01.png&imgrefurl=http://sl.wikipedia.org/wiki/Slika:Benzen_01.png&usg=__MWdMHEZvEkfE_8OVeHfQOmNCtvs=&h=581&w=800&sz=109&hl=sl&start=0&sig2=C6zST9AcFEGkW_Er2Mt_mw&zoom=1&tbnid=SYLmEyT2HsWUoM:&tbnh=110&tbnw=151&ei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&prev=/images%3Fq%3Dbenzen%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch0%2C385&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1012&vpy=112&dur=567&hovh=110&hovw=151&tx=112&ty=91&oei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:28,s:0&biw=1440&bih=663 aromatski ogljikovodik], ki je brezbarven. Je zelo vnetljiv in dobro raztaplja smole, maščobe, jod in naftalen. Pridobivamo ga iz premogovega katrana, nafte ali sintetično. Zaradi njegove karcinogenosti je njegova uporaba omejena. Uporablja se predvsem kot dodatek k gorivu (bencinu). [http://www.brezcenzure.si/si/articles/details/165/Rakotvorni+benzen+v+avtomobilih Benzen] z dihanjem prehaja v kosti in povzroča anemijo ter zmanjšuje število belih krvnih celic.
Benzen iz zraka povezujejo z hipermetilacijo v p15 in hipometilacijo MAGE-1 (melanoma antigen-1), ki je rakov antigen. Ta spoznanja so pokazala, da izpostavljenost nizki koncentraciji benzena lahko inducira spremenjeno DNA metilacijo, kar pa sproži nenormalne epigenetske vzorce, najdene pri malignih celicah.

==== Heksa-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazen (RDX) ====
RDX je eksploziven [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_zhw7Ns2scr4/SQ7zU6npdjI/AAAAAAAAAH4/iXf7JH2m9EM/s320/RDX%2BCHEMISTRY.gif&imgrefurl=http://entertainingchemistry.blogspot.com/2008/11/chemistry-of-rdx.html&usg=__rkB9vWG57QqhfOLBwfA7vzQ1ftM=&h=234&w=320&sz=34&hl=sl&start=0&sig2=GmjtYI2d8EKfE4qfNLLi3A&zoom=1&tbnid=wUvzo0H07GaeeM:&tbnh=123&tbnw=168&ei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&prev=/images%3Fq%3Drdx%2Bchemical%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1143&vpy=210&dur=259&hovh=187&hovw=256&tx=165&ty=69&oei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:14,s:0 nitroamin], ki je široko zastopan v [http://www.globalsecurity.org/military/systems/munitions/explosives-nitramines.htm vojski] in industriji. Znan je tudi pod imenom T4.
Je pogost okoljski pulant, ki je posledica vojaških in civilnih aktivnosti. Povezujejo ga z nevrotoksičnostjo, imunotoksičnosjo in povečanim tveganjem za obolelostjo za rakom.

===MOTILCI ENDOKRINEGA SISTEMA===

----
==== Endokrini sistem ====
[http://www.endocrinedisruption.com/endocrine.introduction.overview.php Endokrini sistem] sestavljajo žleze, le-te pa izločajo [http://www.wisegeek.com/what-are-hormones.htm hormone]. Hormone izločajo endokrino v kri. Hormoni krožijo po telesu po krvožilnem sistemu in vplivajo na delovanje oddaljenih organov. Hormoni se vežejo na tarčne celice in spremenijo delovanje celic oziroma organov. Glavne žleze endokrinega sistema so hipotalamus, hipofiza, ščitnica, obščitnične žleze, Langerhansovi otočki trebušne slinavke, nadledvične žleze, testisi in ovariji, med nosečnostjo pa še posteljica.

Motnja endokrinega sistema je posledica delovanja endokrinega motilca. Ti motilci so eksogena substanca ali mešanica substanc, ki spremenijo delovanje endokrinega sistema, kar sproži različne učinke na organizmu pri določeni stopnji izpostavljenosti. Večina le-teh vpliva na reproduktivne organe, lahko tudi na vse organe, edini pogoj pa je, da imajo ti organi receptorje zanje. Ti organi so jetra, ledvice, centralni živčni sistem, imunski sistem, kosti.

==== Mehanizmi motilcev endokrinega sistema ====
Poznamo več mehanizmov motilcev, ki negativno delujejo na endokrini sistem kot so interakcije s hormoni, interakcije na nivoju receptorjev in blokada receptorjev.

* Interakcije s hormoni: ksenobiotiki vplivajo na sintezo hormonov. Sem vključujemo sproščanje, transport, metabolizem, izločanje in učinkovanje hormonov.

* Interakcije na nivoju receptorjev: to so snovi, ki se vežejo na estrogenske receptorje in so kompetitivni antagonisti ali delni agonisti naravnega hormona. Sem spadajo fitoestrogeni (kumestrol, diadzein, genistein), zdravila (etinil, [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Estradiol estradiol], tamoksifen) in industrijske snovi (DTT, p-nonilfenon, bisfenol A)

* Blokada receptorjev: ksenobiotiki, ki se vežejo na androgenske receptorje in jih blokirajo. Sem spadajo metabolit DTT (vinclozolinski metabolit).

Spremembe ali posledice zaradi endokrinih motilcev v naravi opažajo že desetletja. Posledice so disfunkcije in bolezni moških spolnih organov kot posledica substanc, katerih delovanje je podobno estrogenu (zdravila, estrogeni v kravjem mleku, industrijske kemikalije), kopičenje kemikalij v živalskih telesih in reproduktivne motnje teh živali (neoplojena jajca in manjši penisi pri aligatorjih po industrijski nesreči na Floridi, kjer je insekticid dikofol onesnažil jezero) ter več ženskih potomcev pri nekaterih vrstah rib, [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://3.bp.blogspot.com/_Gvv_MiJU5N4/TDcQw79usNI/AAAAAAAAAFI/SuPZ0OR6hZ4/s1600/amphibian.jpg&imgrefurl=http://faithnature.blogspot.com/&usg=__ljiyOfhKnfT-k-C0D6IcqCamtio=&h=333&w=500&sz=47&hl=sl&start=16&zoom=1&tbnid=TMSxmeoK1-DBtM:&tbnh=153&tbnw=203&ei=iG2sTdydKtGZOoKD0dkJ&prev=/search%3Fq%3Ddvo%25C5%25BEivke%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C586&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=131&vpy=261&dur=1005&hovh=183&hovw=275&tx=149&ty=83&oei=d22sTZbBO4vRsgbG0JGdBw&page=2&ndsp=19&ved=1t:429,r:6,s:16&biw=1366&bih=667 dvoživk] in [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_6pwJiMjLAzs/SYNSwmMR4sI/AAAAAAAAAEA/EjkzBddDh0g/s400/galebi%2Bm.jpg&imgrefurl=http://dianaandelic.blogspot.com/2008/10/galebi-vrtec.html&usg=__HzJrekSH26M1R7UYTfppW-IAuSA=&h=273&w=400&sz=33&hl=sl&start=64&zoom=1&tbnid=fdye1f00uASnOM:&tbnh=159&tbnw=248&ei=Rm2sTfXWF9GfOtGGtd8J&prev=/search%3Fq%3Dgalebi%26um%3D1%26hl%3Dsl%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1633&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1061&vpy=153&dur=391&hovh=174&hovw=255&tx=159&ty=91&oei=PW2sTZC1EYnItAal7JiiBw&page=4&ndsp=17&ved=1t:429,r:4,s:64&biw=1366&bih=667 galebov], ki se prehranjujejo z njimi.

Organizmi so v času razvoja zelo občutljivi na motnje v endokrinem sistemu, ki jih povzročijo kemikalije, le-te pa vplivajo na hormonsko aktivnost.

==== Vrste endokrinih motilcev ====
Na endokrine motnje smo najbolj občutljivi v času živahne delitve celic, izoblikovanja specializiranih funkcij, v času migracije celic in razvoju organov, saj so to procesi, ki so regulirani preko hormonov. Seveda pa so spremembe odvisne tudi od same izpostavljenosti osebka.
Pri endokrinih motilcih ločimo naravni in umetni izvor.

Naravnega izvora so [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/files/2008/01/fito.jpg&imgrefurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/2008/02/07/la-genisteina/&usg=__9m2smbslm2Y6L7xjAtLkuphgxyc=&h=203&w=291&sz=18&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=JcYCSiKzZtxi4M:&tbnh=125&tbnw=178&ei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&prev=/images%3Fq%3Dfitoestrogeni%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=142&vpy=89&dur=1546&hovh=162&hovw=232&tx=148&ty=88&oei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&page=1&ndsp=33&ved=1t:429,r:0,s:0 fitoestrogeni]. Ti so estrogenom podobne molekule, ki jih najdemo le v rastlinskem svetu. So nesteroidne molekule, ki se lahko vežejo na estrogenske receptorje. V telo jih vnesemo s hrano, prehajajo tudi placento, vsebuje jih lahko tudi materino mleko. Med fitoestrogene spadajo kumestani, derivat resorcinola ter za fiziološke učinke najpomembnejši lignani in izoflavonoidi. Veliko ga je v soji in njenih izdelkih, kjer najdemo izoflavon, danzidein in genistein.

Umetni endokrini motilci so lahko zaželeni ali ne. Sem spadajo dodatki k prehrani in [http://en.wikipedia.org/wiki/Pesticide pesticidi]. Poznamo kar nekaj industrijski endokrinih motilcev. To so ftalati, ki se uporabljajo široko v industriji umetnih mas, bisfenol A, ki se uporablja kot zaščita kovin in je zelo pomemben pri zobotehničnih posegih, uporablja pa se tudi kot notranja prevleka konzerv. Parabene najdemo v kozmetičnih preparatih kot konzervans in so estrogenski mimetiki. Umetni endokrini motilci so še alkilfenoli, PCB-ji in drugi.
Med endokrine motilce spadajo tudi prehranski dodatki, npr. butiliran hidroksianizol, ki se uporablja kot antioksidanti ter pesticidi (DDT, ki se uporablja kot insekticid; pri ljudeh so ugotovili proestrogenske in antiandrogenske učinke ter povečano tveganje za raka dojke in lindan, ki je prav tako insekticid in ga ponekod v manjši meri uporabljajo za zatiranje mravelj in deluje na človeka spermatoksično) [4].

----

===VIRI IN LITERATURA===

1. A. Baccarelli and V. Bollati. Epigenetics and environmental chemicals, Current opinion in pediatrics, 2009, str. 243-251 [12. april 2011] [http://journals.lww.com/co-pediatrics/Fulltext/2009/04000/Epigenetics_and_environmental_chemicals.14.aspx]

2. Bollati V. et al. (2010, 105) Environmental epigenetics. Heredity, 105-112. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20179736]

3. Bombail V. et al. (2004, 149) Perturbation of epigenetic status by toxicants. Toxicology Letters, 51-58. [http://www.unc.edu/courses/2008spring/envr/442/001/Bombail_2004.pdf]

4. Endocrine disruption, TEDX – The endocrine disruption exchange [14. april 2011] [http://www.endocrinedisruption.com/home.php]

5. F. Perera, J. Herbstman. Prenatal environmental exposures, epigenetics and disease. Reproductive Toxicology, 2011, str. 1-11 [18. april 20011] [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TC0-520J97V-1&_user=10&_coverDate=04%2F30%2F2011&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=gateway&_origin=gateway&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1722798980&_rerunOrigin=scholar.google&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=f8f97326dcce8d0c789736fec41ac679&searchtype=a [5]]

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Ksenobiotiki in epigenetske spremembe

2011-04-18T20:36:46Z

Alenka Mikuž:

Kar nekaj okoljskih faktorjev je povezanih z abnormalnimi epigenetskimi spremembami, ki so jih odkrili z eksperimenti in epidemiološkimi raziskavami. Določeni epigenetski mehanizmi so se razvili zaradi izpostavljenosti toksinom in določenim kemikalijam. Ne glede nato, da je v zadnjem času veliko študij v povezavi z epigenetskimi spremembami, še vedno ni jasno delovanje nekaterih mehanizmov. Razlog je, da so epigenetske spremembe majhne, skoncentrirane na določenih mestih in se lahko razvijejo čez določen čas, kar pa zaplete določanje vzroka oziroma povzročitelja spremembe.

===KSENOBIOTIKI===

----

[http://en.wikipedia.org/wiki/Xenobiotic Ksenobiotiki] so kemijske spojine, ki jih je sintetiziral človek, organizmom pa so le-ti tuji. Med ksenobiotike spadajo pesticidi, prehranski dodatki, zdravila in industrijski polutanti. Najdemo jih v hrani, embalaži, v zraku, vodi, kozmetičnih sredstvih, čistilih,… Večina ksenobiotikov je slabo topnih v vodi, saj gre predvsem za organske spojine. Ksenobiotiki se akumulirajo predvsem v maščevju, lahko tudi v možganih. So vzrok za različna kronična obolenja kot so migrena, kronična utrujenost, slabost, rak, nevrodegenerativne bolezni.

V telo najpogosteje preidejo skozi prebavni trakt, lahko tudi skozi respiratorni sistem, kožo ali sluznico. Iz telesa se jih največ izloči z [http://www.wisegeek.com/what-is-urea.htm ureo] (sečnino), z znojem in z izdihanim zrakom. Skozi celično membrano prehajajo le nepolarne spojine, zato ledvice učinkovito izločajo le vodotopne spojine, snovi, ki pa niso topne v vodi pa se v obliki primarnega urina reabsorbirajo nazaj v krvni obtok. Če bi želeli, da se ksenobiotiki popolnoma izločijo iz telesa, bi morali le-ti biti polarni. Ksenobiotiki, ki vstopijo v krvni obtok iz prebavnega trakta, pridejo po portalni veni v jetra, kjer se pretvorijo v bolj polarno obliko.

===PREGLED EPIGENETSKIH MEHANIZMOV===

----

Epigenetika je študija v epigenetskih spremembah v izražanju genov, ki se pojavijo brez sprememb v DNA zaporedju. Vključuje številne mehanizme, kot so metilacija DNA, modifikacije histonov in ekspresija miRNA. Mehanizmi so fleksibilni genomski parametri, ki lahko spremenijo funkcijo genoma pod vplivom ksenobiotikov, le-ti pa se prenašajo iz generacije v generacijo.

==== Metilacija DNA ====
Od vseh epigenetskih mehanizmov, je še najbolje raziskana [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_methylation metilacija DNA]. Metilna skupina se doda na peti ogljik citozina v [http://en.wikipedia.org/wiki/CpG_site CpG dinukleotidu]. CpG dinukleotid je redko prisoten v genomu sesalcev in še takrat v metilirani obliki. Kjer se pa regije genskega promotorja prekrivajo s CpG regijo, je le-ta v nemetilirani obliki. Metilacija citozina ima regulacijsko vlogo. Metilna skupina 5-metilcitozina inhibira transkripcijo vezavnih proteinov in utiša gen. Metilacija DNA deluje kot umestitveno mesto za vezavne proteine, ki uravnavajo druge kromatinske preoblikovalne proteine. Sprememba metilacije na teh mestih je tako prepoznana. Tako hipermetilacija kot hipometilacija DNA sta lahko posledici izpostavljanja eksogenim kemikalijam. Za nekatere gene že zelo majhna sprememba v metilaciji DNA na nekaterih mestih CpG rahlo spremeni gensko izražanje in poveča dovzetnost za bolezni. DNA metilacija je katalizirana z družino DNA metiltransferaznih encimov (DNMT). Pri sesalcih obstajajo trije znani encimi: DNMT1, DNMT3A in DNMT3B.

==== Modifikacije histonov ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Histone Histoni] so globularni proteini, ki skupaj z DNA tvorijo strukturne enote kromatina imenovane nukleosomi. Ti proteini vplivajo na kondenzacijo kromatina med fazo prepisovanja genov. Lahko so modificirani z [http://www.youtube.com/watch?v=yQ-GvPJH8T4&feature=related acetilacijo], metilacijo, fostorilacijo, glikozilacijo, sumolacijo ali ADP ribozilacijo. Najpogostejši modifikaciji sta acetilacija in metilacija lizinskih ostankov v amino koncu H3 in H4. Metilacija histonov je povezana z represijo ali aktivacijo transktripcije, ta pa je odvisna od lokacije lizinskih ostankov.

==== Ekspresija miRNA ====
[http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A miRNA] je enoverižna ribonukleinska kislina sestavljena iz 21 so 23 nukleotidov. Zrela miRNA je delno komplementarna eni ali večim mRNA molekulam. Glavna funkcija [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://2.bp.blogspot.com/_QpsYVZ9l72g/S_znGzykzWI/AAAAAAAAAGQ/a6aLpHnKXvs/s1600/MicroRna%2Bprocessing.gif&imgrefurl=http://immunotrends.blogspot.com/&usg=__XjZuRV52Bod1qhIvLPze3TF_EQ0=&h=338&w=400&sz=38&hl=sl&start=0&sig2=wbjzICGDNfHdkprfegvPAQ&zoom=1&tbnid=GF8BMzAYPNEUpM:&tbnh=121&tbnw=143&ei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&prev=/images%3Fq%3Dmikro%2Brna%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=423&vpy=209&dur=18&hovh=206&hovw=244&tx=95&ty=105&oei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&page=1&ndsp=34&ved=1t:429,r:11,s:0 miRNA v povezavi z mRNA] je zmanjševanje ekspresije genov.

===EPIGENETIKA IN OKOLJE===

----

Epigenetika je temeljna za razumevanje molekulskega mehanizma okoljskih toksinov, prav tako kot napovedovanju tveganja ob izpostavljenosti okolju in individualno dovzetnost.
Po podatkih svetovne zdravstvene organizacije [http://www.who.int/en/ WHO ](World Health Organization) je več kot 13 milijonov smrti letno povzročenih zaradi okoljskih dejavnikov in kar 24 % bolezni povzročenih zaradi izpostavljenosti okolju bi lahko preprečili.
Med okoljske dejavnike štejemo tudi ksenobiotike. Mednje sodijo kovine, fitoestrogeni, policiklični aromatski ogljikovodiki, dioksinske spojine, polikloro bifenili, ftalati in pesticidi, motilci endokrinega sistema, RDX, bisfenol A,…
Ljudje z genskimi polimorfizmi, kateri naredijo njihove celice manj sposobne za odgovor na oksidativni stres so bili spoznani za bolj dovzetne do kardiovaskularnih in respiratornih efektov zaradi onesnaženja zraka. To producira zdravstvene težave, še posebaj v tistih delih telesa, kjer se generira oksidativni stres.

===KOVINE===

----
Več študij je pokazalo povezavo z DNA metilacijo in okoljskimi kovinami, kot so nikelj, kadmij, živo srebro in še posebej arzen.

==== Kadmij ====
Kadmij je rahlo bazična dvovalentna prehodna kovina. Je [http://www.google.com/search?hl=sl&rlz=&=&q=kadmij&um=1&ie=UTF-8&tbm=isch&source=og&sa=N&tab=wi&biw=1440&bih=692 modrikasto bele barve] in je strupena.
Je sestavni del baterij, televizorjev, najdeno pa ga tudi v PVC, kjer deluje kot stabilizator. Sodi med težke kovine in vpliva na DNA metilacijo. Znano je, da kadmij povzroči hipometilacjo DNA v jetrnih celicah po enem tednu izpostavljenosti. Po desetih tednih povzroči hipermetilacijo DNA jeternih celic.

==== Nikelj ====
Nikelj v periodnem sistemu najdemo med prehodnimi elementi. Je srebrnkasto bela lesketajoča kovina. Ima feromagnetne lastnosti. Uporabljajo ga za prekrivanje manjših kovancev, saj prekriva medenino in železo.
Povezava niklja z zdravjem ljudi, ki so zboleli za rakom in kardiorespiratornimi boleznimi še dandanes ni pojasnjena. Znano je, da nikelj lahko zamenja magnezij pri DNA interakciji, povečani kondenzaciji kromatina in sprožanju de-novo DNA metilaciji. Vpliva lahko tudi na modifikacijo histonov. Izpostavljenost topnemu [http://en.wikipedia.org/wiki/Nickel%28II%29_chloride NiCl2] zmanjša atecilacijo histonov, poveča pa demetilacijo H3K9 in poveča monoubikvitinacijo H2A in H2B in vitro.
Domnevajo, da vezava Ni2+ ionov omogoča sekundarno strukturo s stranskimi verigami N-terminalnega repa histona H4.

==== Krom ====
Krom sodi med prehodne kovine. Je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://www.9jcg.com/tutorials/mario_malagrino/chrome_material/chrome_material_01.jpg&imgrefurl=http://en.9jcg.com/comm_pages/blog_content-art-121.htm&usg=__ruLsMaShabh0dgxFRHOLiy-9rks=&h=472&w=630&sz=37&hl=sl&start=0&sig2=JSnycu0qAvhmrd0xoGmhtQ&zoom=1&tbnid=IVbh-mvXOOeSnM:&tbnh=168&tbnw=242&ei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&prev=/images%3Fq%3Dchrome%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D692%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=641&vpy=319&dur=1810&hovh=194&hovw=259&tx=183&ty=62&oei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&page=1&ndsp=17&ved=1t:429,r:8,s:0 sive sijoče barve] in je trden. Krom se težko spaja in je odporen proti koroziji ter potemnitvi.
Krom je prisoten v telesu. Njegovo pomankanje povezujejo z zmanjševanjem glukozne tolerance, zvišano vsebnostjo trigliceridov in celotnega holesterola v krvi in zvišanimi vrednostmi krvnega sladkorja. To je še posebaj pomembno pri skupini ljudi kot so nosečnice, starejši ljudje, diabetiki in podhranjeni otroci. Koncentracija kroma v tkivu se zmanjšuje s starostjo. Naprej se pogosteje pojavlja pri starejših osebah glukozna intoleranca, diabetes, hiperlipidemija in arterioskleroza. Najverjetneje starejši organizem ni več sposoben sintetizirati zadosti GTF-ja iz razpoložljivega kroma.
Epigenetski efekti kroma so še vedno zelo slabo pojasnjeni.

==== Arzen ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Arsenic Arzen] je kovina in ima tri alotropne oblike, črno, rumeno in sivo. Med segrevanjem arzena se oksidira v arzenov oksid, ki spominja na vonj po česnu. Arzen in njegove spojine pa lahko tudi sublimirajo. Elementarni arzen se najde v dveh trdnih oblikah, rumeni in sivo-kovinski. V vodi je slabo topen in ni hlapljiv.
Arzen v glavnem uporabljajo je krepitev zlitine bakra in zlasti svinca (npr. avtomobilske baterije). Arzen in njegove spojine se uporablja tudi v proizvodnji pesticidov, hebicidov in insekticidov. Kemijsko je podoben fosforju, zato ga delno nadomešča v biokemijskih reakcijah . Zaradi interakcij med ioni arzena in proteini je za človeka strupen. Velik problem je že pojav spojin arzena v pitni vodi.
Človek je arzenu izpostavljen tako, da ga zaužije s hrano, z vdihovanjem ali preko kože. Izpostavljenost arzenu lahko povzroči marsikatere zdravstvene motnje, med njimi spremembe na koži, povečano količino belih in rdečih krvničk, raka, srčnožilne bolezni, poškodbe možganov.
Izpostavljenost arzenu v maternici poveča umrljivost zaradi plučnega raka in bronhitisa v odraslem življenju. Pri eksperimentu z mišmi, ki so jih izpostavljali arzenu, so opazili povečano količino heptacelularnih karcinomov pri izpostavljenih potomcih, poleg tega pa tudi spremembo izražanja genov, ki sodelujejo pri celični proliferaciji, stresu in medceličnemu komuniciranju. Pri nosečih materah, ki so izpostavljene arzenu, lahko pride do epigenetskih sprememb v popkovnični krvi. Aktivira se omrežje poti z genom NF-kB (uravnava veliko genov, ki so odgovorni za apoptozo kot tudi vnetje, ki napreduje v tumor), posledično vnetje, celična proliferacija, stres in apoptoza.

==== Živo srebro ====
[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://blog.deborahblum.com/wp-content/uploads/2010/03/mercury_drops_large.jpg&imgrefurl=http://blog.deborahblum.com/%3Fp%3D154&usg=__7550YuGqAE0esZWYDZTcTtSJtVg=&h=480&w=508&sz=29&hl=sl&start=35&zoom=1&tbnid=VInhBxXBX9f-mM:&tbnh=160&tbnw=169&ei=Z2esTbrGHcaCOoLh9OYJ&prev=/search%3Fq%3Dmercury%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1226&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=307&vpy=162&dur=650&hovh=218&hovw=231&tx=153&ty=108&oei=Y2esTdPoJcXLtAb62OmoBw&page=3&ndsp=18&ved=1t:429,r:7,s:35&biw=1366&bih=667 Živo srebro] je edina kovina, ki je pri sobni temperaturi v tekočem agregatnem stanju. Ima tri oksidacijska stanja (elementarno, enovaletno in dvovalentno živo srebro). Organski obliki živega srebra (metil živo srebro – CH3Hg in dimetil živo srebro – (CH3)2Hg) nastaneta iz anorganske, kar se dogaja med tehnološkimi procesi v kemični industriji, lahko pa tudi spontano v naravi z metilacijo (mikroorganizmi).

Različne oblike živega srebra se uporabljajo v merilnih instrumentih (termometri in barometri), pri izdelavi baterij, pri pridobivanju klora, zlata, v rudarstvu, v zobozdravstvu (izdelava plomb iz [http://www.merriam-webster.com/dictionary/amalgam amalgama]) itd. Živo srebro so včasih uporabljali tudi za zdravljenje sifilisa, saj so menili, da učinkuje šele takrat, ko se razvijejo znaki zastrupitve. Kasneje so ga zamenjali za arzenske preparate (salvazan).

Onesnaženost okolja povzroči pretvorbo anorganskega živega srebra v organsko obliko, slednja pa posledično zastrupitev ljudi. Organski obliki sta slabo topni v vodi, dobro pa se topita v lipidih, zato se akumulirata predvsem v maščevju in tako vplivata na možgane in živčni sistem.

Neželeni učinki živega srebra so insomnija, slabost, glavobol, izguba spomina in apetita, mravljinci v okončinah, motnje v hoji,… Najbolj občutljiv je zarodek, saj lahko metilirano živo srebro preide v placento in povzroči nepravilen razvoj žičevja. Dojenčki, ki uživajo materino mleko, ki vsebuje živo srebro lahko oslepijo, umsko zaostanejo, imajo onemogočen govor, nepravilno razvito živčevje in prebavni trakt ter poškodbe ledvic.

===ONESNAŽEVANJE OKOLJA===

----

Izpostavljenost onesnaženemu zraku so povezovali z povečanim številom smrti zaradi kardiorespiratornih bolezni, prav tako pa tudi s tveganjem za obolelostjo za pljučnim rakom.
Preiskovali so tudi v DNA metilaciji inducirane z manjšo vsebnostjo benzena v krvi pri zaposlenih na bencinskih črpalkah in prometnikih. Visoka vsebnost benzena v krvi je povezana za obolelostjo za [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Levkemija levkemijo].

==== Ftalati ====
Ftalati so kemijsko estri ftalne kisline in alifatskih alkoholov. Gre za hlapne tekočine, ki jih v industriji dodajajo plastičnim masam polimerov, da povečajo njihovo gibljivost.

Za določanje ftalatov v živilih in drugih medijih se večinoma uporabljajo analitske tehnike tekočinske in plinske kromatografije v sklopu z različnimi detektorji, kot so masno - selektivni detektorji, spektrofotometri.

DEHP (di-2-etilheksilftalat), DBP (dibutilftalat) in BBP (butil benzil ftalat) so ftalati, ki so endokrini motilci zaradi njihovih antiandrogenih ali proestrogenih učinkov. Uporabljajo se za mehčanje polivinilklorida, prisotni pa so v lepilih, kmetijskih dodatkih, gradbenih materialih, osebnih predmetih, medicinskih pripomočkih, detergentih, otroških igračah, farmacevtskih izdelkih, prehrambenih proizvodih in v tekstilu. Izpostavljanje ftalatov je možno preko prehrane, vdihovanja ali vnosa v telo preko kože.

Najbolj ranljive skupine za učinke ftalatov so nosečnice in dojenčki moškega spola. Izpostavljenost ftalatom med nosečnostjo privede do predčasnega poroda, veliko reproduktivnih in razvojnih motenj vključno z anogenitalno boleznijo pri novorojenih fantkih in nespuščenih modih, pri dekletih motnje v razvoju živčevja in zvišanju telesne teže v obdobju prvih 3 let življenja. Ftalati naj bi se na plod prenašali tudi preko placente, na dojenčka pa preko materinega mleka. Še več ga lahko dobijo preko plastičnih stekleničk, s katerimi jih hranimo, s kozmetiko za malčke in z igračami slabše kakovosti. Od leta 2005 se DEHP, DBP in BBP ne smejo uporabljati pri proizvodnji igrač in drugih otroških proizvodih.
Izpostavljenost ftalatom dokazano moti funkcije številnih hormonov od reproduktivnih - testosterona, luteinizing hormona, folikl stimulirajočega hormona - pa do ščitničnih. Tako so hormonski motilci, ki poškodujejo ščitnico in imunski sistem. Poškodujejo tudi možgane in živčni sistem, pojavijo se lahko razne alergije.

==== Bisfenol A ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Bisphenol_A Bisfenol A] (BPA) je organska molekula z dvema fenilnima skupinama. Je endokrini motilec in je prisoten v maščobnem tkivu. Uporablja se v produkciji plastike in smole, ki so v posodah za hrano in pijačo, zaviralcih ognja, zobozdravstvenih tesnilnih masah in pri recikliranju termalnega papirja.
BPA je endokrini motilec, ki lahko oponaša telesu lastne hormone. Izpostavljenost BPA lahko povzroči nevrološke motnje, debelost in raka. Otroci so BPA izpostavljeni le preko prehrane, vendar pa je možno, da je BPA povezan z motnjami razmnoževanja pri ženskah in večji dovzetnosti za raka. Uporaba BPA za proizvodnjo otroških stekleničk je prepovedana v Evropski uniji in Kanadi.
Pri podganah se je izpostavljenost BPA pokazala kot povečana incidenca interepitelijske [http://en.wikipedia.org/wiki/Neoplasm neoplazije] prostate, ki ji sledi podaljšano izpostavljanje estradiola in testosterona v odraslem življenju. Tkivo prostate je pokazalo spremembe v metilaciji kot rezultat estrogenega ali BPA izpostavljanja pri novorojenčku. Gen fosfodizertaze tipa 4 različice 4 (PDE4D4) je pokazal hipometilacijo 5'CpG regije in posledično do večjega izražanja PDE4D4 v prostati odraslega. To je pokazalo, da je epigenom prostate trajno sprememnjen zaradi BPA in da epigenetske spremembe lahko s staranjem vodijo do raka prostate.

==== Tobak ====
[http://sl.wikipedia.org/wiki/Tobak Tobak] je rod 60 vrst, v uporabi pa sta le dve, kmečki in navadni tobak. Sestavljajo ju podobne spojine, alkaloidi iz družine nikotinov, ki so strupeni. Tobak se uporablja za kajenje, žvečenje in njuhanje, pa tudi kot nadomestek za pesticide v biološki pridelavi hrane, nikotin je namreč učinkovit insekticid. V tobačnem dimu je poleg nikotina prisotnih še nekaj primesi, cianid, amonijak, piridin, žveplo, ogljikov monoksid in še ostali.
Številne zdravstvene organizacije že leta skušajo s svojimi kampanijami ljudi odvajati od kajenja, saj ima veliko negativnih učinkov na človeško zdravje. Prezgodnje staranje, pljučni rak, srčne bolezni, kronične pljučne bolezni so le ene izmed njih. Pri pasivnem ali aktivnem kajenju matere, se je izpostavljenost tobaku na potomcu pokazala kot zmanjšana funkcija pljuč, večja dovzetnost za astmo, rak, debelost, sladkorna bolezen tipa II in nizka porodna teža, ki je povezana z srčno-žilnimi boleznimi, debelostjo in sladkorno boleznijo tipa II.
Predporodno izpostavljanje materninemu kajenju so povezali s povišano globalno metilacijo v enojedrnih krvnih celicah odraslih žensk. Globalna hipometilacija z regijo ali specifična genska hipermetilacija je bila že povezana z rakom. Globalna hipometilacija je rezultat kromosomske nestabilnosti in povečanja števila mutacij, medtem ko lahko promotor hipermetilacije utiša izražanje genov tumorja. Vse to se lahko prenese tudi na kasnejše generacije. Vnuk, katerega babica je kadila med svojo nosečnostjo, je bil bolj dovzeten za astmo, čeprav njegova mati ni nikoli kadila. Tveganje se je še povečalo, če sta kadili tako babica kot mati.

==== Onesnaževanje zraka ====
Onesnaževanje zraka je proces sprostitve kemičnih substanc v atmosfero. Te kemične substance so v največji meri ogljikov monoksid, žveplov dioksid, klorofluorokarbon in dušikov oksid. Ustvarja jih človek z industrijo in uporabo motornih strojev. Fotokemične spojine in smog se kreirajo pri zgorevanju ogljikovodikov.
Benzopiren in drugi PAH so povezani z epigenetsko in genomsko toksičnostjo (poškodbe DNA, adukcija DNA, mutacije). Nekateri PAH podobni steroidnim hormonom veljajo za endokrine motilce. So topni lipidi v maščobnem tkivu in se prenašajo preko placente in preko popkovnične krvi v možganske pregrade zarodka.
Izpostavljenost gorjenju fosilnih goriv pri zarodku povzroči nazadovanje v rasti, zaostajanje v razvoju, znižanje inteligenčnega kvocienta in vedenjske motnje. Vse skupaj so povezali z genomsko hipometilacijo pri belih krvničkah v popkovini, ki je znatno znižana pri zarodkih, ki so izpostavljeni onesnaževanju. Nivo globalne metilacije ostane enaka vse do zgodnjega otroštva.

==== Benzen ====
Benzen je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f2/Benzen_01.png&imgrefurl=http://sl.wikipedia.org/wiki/Slika:Benzen_01.png&usg=__MWdMHEZvEkfE_8OVeHfQOmNCtvs=&h=581&w=800&sz=109&hl=sl&start=0&sig2=C6zST9AcFEGkW_Er2Mt_mw&zoom=1&tbnid=SYLmEyT2HsWUoM:&tbnh=110&tbnw=151&ei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&prev=/images%3Fq%3Dbenzen%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch0%2C385&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1012&vpy=112&dur=567&hovh=110&hovw=151&tx=112&ty=91&oei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:28,s:0&biw=1440&bih=663 aromatski ogljikovodik], ki je brezbarven. Je zelo vnetljiv in dobro raztaplja smole, maščobe, jod in naftalen. Pridobivamo ga iz premogovega katrana, nafte ali sintetično. Zaradi njegove karcinogenosti je njegova uporaba omejena. Uporablja se predvsem kot dodatek k gorivu (bencinu). [http://www.brezcenzure.si/si/articles/details/165/Rakotvorni+benzen+v+avtomobilih Benzen] z dihanjem prehaja v kosti in povzroča anemijo ter zmanjšuje število belih krvnih celic.
Benzen iz zraka povezujejo z hipermetilacijo v p15 in hipometilacijo MAGE-1 (melanoma antigen-1), ki je rakov antigen. Ta spoznanja so pokazala, da izpostavljenost nizki koncentraciji benzena lahko inducira spremenjeno DNA metilacijo, kar pa sproži nenormalne epigenetske vzorce, najdene pri malignih celicah.

==== Heksa-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazen (RDX) ====
RDX je eksploziven [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_zhw7Ns2scr4/SQ7zU6npdjI/AAAAAAAAAH4/iXf7JH2m9EM/s320/RDX%2BCHEMISTRY.gif&imgrefurl=http://entertainingchemistry.blogspot.com/2008/11/chemistry-of-rdx.html&usg=__rkB9vWG57QqhfOLBwfA7vzQ1ftM=&h=234&w=320&sz=34&hl=sl&start=0&sig2=GmjtYI2d8EKfE4qfNLLi3A&zoom=1&tbnid=wUvzo0H07GaeeM:&tbnh=123&tbnw=168&ei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&prev=/images%3Fq%3Drdx%2Bchemical%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1143&vpy=210&dur=259&hovh=187&hovw=256&tx=165&ty=69&oei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:14,s:0 nitroamin], ki je široko zastopan v [http://www.globalsecurity.org/military/systems/munitions/explosives-nitramines.htm vojski] in industriji. Znan je tudi pod imenom T4.
Je pogost okoljski pulant, ki je posledica vojaških in civilnih aktivnosti. Povezujejo ga z nevrotoksičnostjo, imunotoksičnosjo in povečanim tveganjem za obolelostjo za rakom.

===MOTILCI ENDOKRINEGA SISTEMA===

----
==== Endokrini sistem ====
[http://www.endocrinedisruption.com/endocrine.introduction.overview.php Endokrini sistem] sestavljajo žleze, le-te pa izločajo [http://www.wisegeek.com/what-are-hormones.htm hormone]. Hormone izločajo endokrino v kri. Hormoni krožijo po telesu po krvožilnem sistemu in vplivajo na delovanje oddaljenih organov. Hormoni se vežejo na tarčne celice in spremenijo delovanje celic oziroma organov. Glavne žleze endokrinega sistema so hipotalamus, hipofiza, ščitnica, obščitnične žleze, Langerhansovi otočki trebušne slinavke, nadledvične žleze, testisi in ovariji, med nosečnostjo pa še posteljica.

Motnja endokrinega sistema je posledica delovanja endokrinega motilca. Ti motilci so eksogena substanca ali mešanica substanc, ki spremenijo delovanje endokrinega sistema, kar sproži različne učinke na organizmu pri določeni stopnji izpostavljenosti. Večina le-teh vpliva na reproduktivne organe, lahko tudi na vse organe, edini pogoj pa je, da imajo ti organi receptorje zanje. Ti organi so jetra, ledvice, centralni živčni sistem, imunski sistem, kosti.

==== Mehanizmi motilcev endokrinega sistema ====
Poznamo več mehanizmov motilcev, ki negativno delujejo na endokrini sistem kot so interakcije s hormoni, interakcije na nivoju receptorjev in blokada receptorjev.

* Interakcije s hormoni: ksenobiotiki vplivajo na sintezo hormonov. Sem vključujemo sproščanje, transport, metabolizem, izločanje in učinkovanje hormonov.

* Interakcije na nivoju receptorjev: to so snovi, ki se vežejo na estrogenske receptorje in so kompetitivni antagonisti ali delni agonisti naravnega hormona. Sem spadajo fitoestrogeni (kumestrol, diadzein, genistein), zdravila (etinil, [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Estradiol estradiol], tamoksifen) in industrijske snovi (DTT, p-nonilfenon, bisfenol A)

* Blokada receptorjev: ksenobiotiki, ki se vežejo na androgenske receptorje in jih blokirajo. Sem spadajo metabolit DTT (vinclozolinski metabolit).

Spremembe ali posledice zaradi endokrinih motilcev v naravi opažajo že desetletja. Posledice so disfunkcije in bolezni moških spolnih organov kot posledica substanc, katerih delovanje je podobno estrogenu (zdravila, estrogeni v kravjem mleku, industrijske kemikalije), kopičenje kemikalij v živalskih telesih in reproduktivne motnje teh živali (neoplojena jajca in manjši penisi pri aligatorjih po industrijski nesreči na Floridi, kjer je insekticid dikofol onesnažil jezero) ter več ženskih potomcev pri nekaterih vrstah rib, [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://3.bp.blogspot.com/_Gvv_MiJU5N4/TDcQw79usNI/AAAAAAAAAFI/SuPZ0OR6hZ4/s1600/amphibian.jpg&imgrefurl=http://faithnature.blogspot.com/&usg=__ljiyOfhKnfT-k-C0D6IcqCamtio=&h=333&w=500&sz=47&hl=sl&start=16&zoom=1&tbnid=TMSxmeoK1-DBtM:&tbnh=153&tbnw=203&ei=iG2sTdydKtGZOoKD0dkJ&prev=/search%3Fq%3Ddvo%25C5%25BEivke%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C586&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=131&vpy=261&dur=1005&hovh=183&hovw=275&tx=149&ty=83&oei=d22sTZbBO4vRsgbG0JGdBw&page=2&ndsp=19&ved=1t:429,r:6,s:16&biw=1366&bih=667 dvoživk] in [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_6pwJiMjLAzs/SYNSwmMR4sI/AAAAAAAAAEA/EjkzBddDh0g/s400/galebi%2Bm.jpg&imgrefurl=http://dianaandelic.blogspot.com/2008/10/galebi-vrtec.html&usg=__HzJrekSH26M1R7UYTfppW-IAuSA=&h=273&w=400&sz=33&hl=sl&start=64&zoom=1&tbnid=fdye1f00uASnOM:&tbnh=159&tbnw=248&ei=Rm2sTfXWF9GfOtGGtd8J&prev=/search%3Fq%3Dgalebi%26um%3D1%26hl%3Dsl%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1633&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1061&vpy=153&dur=391&hovh=174&hovw=255&tx=159&ty=91&oei=PW2sTZC1EYnItAal7JiiBw&page=4&ndsp=17&ved=1t:429,r:4,s:64&biw=1366&bih=667 galebov], ki se prehranjujejo z njimi.

Organizmi so v času razvoja zelo občutljivi na motnje v endokrinem sistemu, ki jih povzročijo kemikalije, le-te pa vplivajo na hormonsko aktivnost.

==== Vrste endokrinih motilcev ====
Na endokrine motnje smo najbolj občutljivi v času živahne delitve celic, izoblikovanja specializiranih funkcij, v času migracije celic in razvoju organov, saj so to procesi, ki so regulirani preko hormonov. Seveda pa so spremembe odvisne tudi od same izpostavljenosti osebka.
Pri endokrinih motilcih ločimo naravni in umetni izvor.

Naravnega izvora so [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/files/2008/01/fito.jpg&imgrefurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/2008/02/07/la-genisteina/&usg=__9m2smbslm2Y6L7xjAtLkuphgxyc=&h=203&w=291&sz=18&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=JcYCSiKzZtxi4M:&tbnh=125&tbnw=178&ei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&prev=/images%3Fq%3Dfitoestrogeni%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=142&vpy=89&dur=1546&hovh=162&hovw=232&tx=148&ty=88&oei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&page=1&ndsp=33&ved=1t:429,r:0,s:0 fitoestrogeni]. Ti so estrogenom podobne molekule, ki jih najdemo le v rastlinskem svetu. So nesteroidne molekule, ki se lahko vežejo na estrogenske receptorje. V telo jih vnesemo s hrano, prehajajo tudi placento, vsebuje jih lahko tudi materino mleko. Med fitoestrogene spadajo kumestani, derivat resorcinola ter za fiziološke učinke najpomembnejši lignani in izoflavonoidi. Veliko ga je v soji in njenih izdelkih, kjer najdemo izoflavon, danzidein in genistein.

Umetni endokrini motilci so lahko zaželeni ali ne. Sem spadajo dodatki k prehrani in [http://en.wikipedia.org/wiki/Pesticide pesticidi]. Poznamo kar nekaj industrijski endokrinih motilcev. To so ftalati, ki se uporabljajo široko v industriji umetnih mas, bisfenol A, ki se uporablja kot zaščita kovin in je zelo pomemben pri zobotehničnih posegih, uporablja pa se tudi kot notranja prevleka konzerv. Parabene najdemo v kozmetičnih preparatih kot konzervans in so estrogenski mimetiki. Umetni endokrini motilci so še alkilfenoli, PCB-ji in drugi.
Med endokrine motilce spadajo tudi prehranski dodatki, npr. butiliran hidroksianizol, ki se uporablja kot antioksidanti ter pesticidi (DDT, ki se uporablja kot insekticid; pri ljudeh so ugotovili proestrogenske in antiandrogenske učinke ter povečano tveganje za raka dojke in lindan, ki je prav tako insekticid in ga ponekod v manjši meri uporabljajo za zatiranje mravelj in deluje na človeka spermatoksično) [4].

----

===VIRI IN LITERATURA===

1. A. Baccarelli and V. Bollati. Epigenetics and environmental chemicals, Current opinion in pediatrics, 2009, str. 243-251 [12. april 2011] [http://journals.lww.com/co-pediatrics/Fulltext/2009/04000/Epigenetics_and_environmental_chemicals.14.aspx]

2. Bollati V. et al. (2010, 105) Environmental epigenetics. Heredity, 105-112. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20179736]

3. Bombail V. et al. (2004, 149) Perturbation of epigenetic status by toxicants. Toxicology Letters, 51-58. [http://www.unc.edu/courses/2008spring/envr/442/001/Bombail_2004.pdf]

4. Endocrine disruption, TEDX – The endocrine disruption exchange [14. april 2011] [http://www.endocrinedisruption.com/home.php]

5. F. Perera, J. Herbstman. Prenatal environmental exposures, epigenetics and disease. Reproductive Toxicology, 2011, str. 1-11 [18. april 20011] [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TC0-520J97V-1&_user=10&_coverDate=04%2F30%2F2011&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=gateway&_origin=gateway&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1722798980&_rerunOrigin=scholar.google&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=f8f97326dcce8d0c789736fec41ac679&searchtype=a [5]]

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Ksenobiotiki in epigenetske spremembe

2011-04-18T20:33:36Z

Alenka Mikuž:

Kar nekaj okoljskih faktorjev je povezanih z abnormalnimi epigenetskimi spremembami, ki so jih odkrili z eksperimenti in epidemiološkimi raziskavami. Določeni epigenetski mehanizmi so se razvili zaradi izpostavljenosti toksinom in določenim kemikalijam. Ne glede nato, da je v zadnjem času veliko študij v povezavi z epigenetskimi spremembami, še vedno ni jasno delovanje nekaterih mehanizmov. Razlog je, da so epigenetske spremembe majhne, skoncentrirane na določenih mestih in se lahko razvijejo čez določen čas, kar pa zaplete določanje vzroka oziroma povzročitelja spremembe [1].

===KSENOBIOTIKI===

----

[http://en.wikipedia.org/wiki/Xenobiotic Ksenobiotiki] so kemijske spojine, ki jih je sintetiziral človek, organizmom pa so le-ti tuji. Med ksenobiotike spadajo pesticidi, prehranski dodatki, zdravila in industrijski polutanti. Najdemo jih v hrani, embalaži, v zraku, vodi, kozmetičnih sredstvih, čistilih,… Večina ksenobiotikov je slabo topnih v vodi, saj gre predvsem za organske spojine. Ksenobiotiki se akumulirajo predvsem v maščevju, lahko tudi v možganih. So vzrok za različna kronična obolenja kot so migrena, kronična utrujenost, slabost, rak, nevrodegenerativne bolezni.

V telo najpogosteje preidejo skozi prebavni trakt, lahko tudi skozi respiratorni sistem, kožo ali sluznico. Iz telesa se jih največ izloči z [http://www.wisegeek.com/what-is-urea.htm ureo] (sečnino), z znojem in z izdihanim zrakom. Skozi celično membrano prehajajo le nepolarne spojine, zato ledvice učinkovito izločajo le vodotopne spojine, snovi, ki pa niso topne v vodi pa se v obliki primarnega urina reabsorbirajo nazaj v krvni obtok. Če bi želeli, da se ksenobiotiki popolnoma izločijo iz telesa, bi morali le-ti biti polarni. Ksenobiotiki, ki vstopijo v krvni obtok iz prebavnega trakta, pridejo po portalni veni v jetra, kjer se pretvorijo v bolj polarno obliko.

===PREGLED EPIGENETSKIH MEHANIZMOV===

----

Epigenetika je študija v epigenetskih spremembah v izražanju genov, ki se pojavijo brez sprememb v DNA zaporedju. Vključuje številne mehanizme, kot so metilacija DNA, modifikacije histonov in ekspresija miRNA. Mehanizmi so fleksibilni genomski parametri, ki lahko spremenijo funkcijo genoma pod vplivom ksenobiotikov, le-ti pa se prenašajo iz generacije v generacijo.

==== Metilacija DNA ====
Od vseh epigenetskih mehanizmov, je še najbolje raziskana [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_methylation metilacija DNA]. Metilna skupina se doda na peti ogljik citozina v [http://en.wikipedia.org/wiki/CpG_site CpG dinukleotidu]. CpG dinukleotid je redko prisoten v genomu sesalcev in še takrat v metilirani obliki. Kjer se pa regije genskega promotorja prekrivajo s CpG regijo, je le-ta v nemetilirani obliki. Metilacija citozina ima regulacijsko vlogo. Metilna skupina 5-metilcitozina inhibira transkripcijo vezavnih proteinov in utiša gen. Metilacija DNA deluje kot umestitveno mesto za vezavne proteine, ki uravnavajo druge kromatinske preoblikovalne proteine. Sprememba metilacije na teh mestih je tako prepoznana. Tako hipermetilacija kot hipometilacija DNA sta lahko posledici izpostavljanja eksogenim kemikalijam. Za nekatere gene že zelo majhna sprememba v metilaciji DNA na nekaterih mestih CpG rahlo spremeni gensko izražanje in poveča dovzetnost za bolezni. DNA metilacija je katalizirana z družino DNA metiltransferaznih encimov (DNMT). Pri sesalcih obstajajo trije znani encimi: DNMT1, DNMT3A in DNMT3B.

==== Modifikacije histonov ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Histone Histoni] so globularni proteini, ki skupaj z DNA tvorijo strukturne enote kromatina imenovane nukleosomi. Ti proteini vplivajo na kondenzacijo kromatina med fazo prepisovanja genov. Lahko so modificirani z acetilacijo, metilacijo, fostorilacijo, glikozilacijo, sumolacijo ali ADP ribozilacijo. Najpogostejši modifikaciji sta acetilacija in metilacija lizinskih ostankov v amino koncu H3 in H4. Metilacija histonov je povezana z represijo ali aktivacijo transktripcije, ta pa je odvisna od lokacije lizinskih ostankov.

==== Ekspresija miRNA ====
[http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A miRNA] je enoverižna ribonukleinska kislina sestavljena iz 21 so 23 nukleotidov. Zrela miRNA je delno komplementarna eni ali večim mRNA molekulam. Glavna funkcija [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://2.bp.blogspot.com/_QpsYVZ9l72g/S_znGzykzWI/AAAAAAAAAGQ/a6aLpHnKXvs/s1600/MicroRna%2Bprocessing.gif&imgrefurl=http://immunotrends.blogspot.com/&usg=__XjZuRV52Bod1qhIvLPze3TF_EQ0=&h=338&w=400&sz=38&hl=sl&start=0&sig2=wbjzICGDNfHdkprfegvPAQ&zoom=1&tbnid=GF8BMzAYPNEUpM:&tbnh=121&tbnw=143&ei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&prev=/images%3Fq%3Dmikro%2Brna%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=423&vpy=209&dur=18&hovh=206&hovw=244&tx=95&ty=105&oei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&page=1&ndsp=34&ved=1t:429,r:11,s:0 miRNA v povezavi z mRNA] je zmanjševanje ekspresije genov.

===EPIGENETIKA IN OKOLJE===

----

Epigenetika je temeljna za razumevanje molekulskega mehanizma okoljskih toksinov, prav tako kot napovedovanju tveganja ob izpostavljenosti okolju in individualno dovzetnost.
Po podatkih svetovne zdravstvene organizacije [http://www.who.int/en/ WHO ](World Health Organization) je več kot 13 milijonov smrti letno povzročenih zaradi okoljskih dejavnikov in kar 24 % bolezni povzročenih zaradi izpostavljenosti okolju bi lahko preprečili.
Med okoljske dejavnike štejemo tudi ksenobiotike. Mednje sodijo kovine, fitoestrogeni, policiklični aromatski ogljikovodiki, dioksinske spojine, polikloro bifenili, ftalati in pesticidi, motilci endokrinega sistema, RDX, bisfenol A,…
Ljudje z genskimi polimorfizmi, kateri naredijo njihove celice manj sposobne za odgovor na oksidativni stres so bili spoznani za bolj dovzetne do kardiovaskularnih in respiratornih efektov zaradi onesnaženja zraka. To producira zdravstvene težave, še posebaj v tistih delih telesa, kjer se generira oksidativni stres.

===KOVINE===

----
Več študij je pokazalo povezavo z DNA metilacijo in okoljskimi kovinami, kot so nikelj, kadmij, živo srebro in še posebej arzen.

==== Kadmij ====
Kadmij je rahlo bazična dvovalentna prehodna kovina. Je [http://www.google.com/search?hl=sl&rlz=&=&q=kadmij&um=1&ie=UTF-8&tbm=isch&source=og&sa=N&tab=wi&biw=1440&bih=692 modrikasto bele barve] in je strupena.
Je sestavni del baterij, televizorjev, najdeno pa ga tudi v PVC, kjer deluje kot stabilizator. Sodi med težke kovine in vpliva na DNA metilacijo. Znano je, da kadmij povzroči hipometilacjo DNA v jetrnih celicah po enem tednu izpostavljenosti. Po desetih tednih povzroči hipermetilacijo DNA jeternih celic.

==== Nikelj ====
Nikelj v periodnem sistemu najdemo med prehodnimi elementi. Je srebrnkasto bela lesketajoča kovina. Ima feromagnetne lastnosti. Uporabljajo ga za prekrivanje manjših kovancev, saj prekriva medenino in železo.
Povezava niklja z zdravjem ljudi, ki so zboleli za rakom in kardiorespiratornimi boleznimi še dandanes ni pojasnjena. Znano je, da nikelj lahko zamenja magnezij pri DNA interakciji, povečani kondenzaciji kromatina in sprožanju de-novo DNA metilaciji. Vpliva lahko tudi na modifikacijo histonov. Izpostavljenost topnemu [http://en.wikipedia.org/wiki/Nickel%28II%29_chloride NiCl2] zmanjša atecilacijo histonov, poveča pa demetilacijo H3K9 in poveča monoubikvitinacijo H2A in H2B in vitro.
Domnevajo, da vezava Ni2+ ionov omogoča sekundarno strukturo s stranskimi verigami N-terminalnega repa histona H4.

==== Krom ====
Krom sodi med prehodne kovine. Je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://www.9jcg.com/tutorials/mario_malagrino/chrome_material/chrome_material_01.jpg&imgrefurl=http://en.9jcg.com/comm_pages/blog_content-art-121.htm&usg=__ruLsMaShabh0dgxFRHOLiy-9rks=&h=472&w=630&sz=37&hl=sl&start=0&sig2=JSnycu0qAvhmrd0xoGmhtQ&zoom=1&tbnid=IVbh-mvXOOeSnM:&tbnh=168&tbnw=242&ei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&prev=/images%3Fq%3Dchrome%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D692%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=641&vpy=319&dur=1810&hovh=194&hovw=259&tx=183&ty=62&oei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&page=1&ndsp=17&ved=1t:429,r:8,s:0 sive sijoče barve] in je trden. Krom se težko spaja in je odporen proti koroziji ter potemnitvi.
Krom je prisoten v telesu. Njegovo pomankanje povezujejo z zmanjševanjem glukozne tolerance, zvišano vsebnostjo trigliceridov in celotnega holesterola v krvi in zvišanimi vrednostmi krvnega sladkorja. To je še posebaj pomembno pri skupini ljudi kot so nosečnice, starejši ljudje, diabetiki in podhranjeni otroci. Koncentracija kroma v tkivu se zmanjšuje s starostjo. Naprej se pogosteje pojavlja pri starejših osebah glukozna intoleranca, diabetes, hiperlipidemija in arterioskleroza. Najverjetneje starejši organizem ni več sposoben sintetizirati zadosti GTF-ja iz razpoložljivega kroma.
Epigenetski efekti kroma so še vedno zelo slabo pojasnjeni.

==== Arzen ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Arsenic Arzen] je kovina in ima tri alotropne oblike, črno, rumeno in sivo. Med segrevanjem arzena se oksidira v arzenov oksid, ki spominja na vonj po česnu. Arzen in njegove spojine pa lahko tudi sublimirajo. Elementarni arzen se najde v dveh trdnih oblikah, rumeni in sivo-kovinski. V vodi je slabo topen in ni hlapljiv.
Arzen v glavnem uporabljajo je krepitev zlitine bakra in zlasti svinca (npr. avtomobilske baterije). Arzen in njegove spojine se uporablja tudi v proizvodnji pesticidov, hebicidov in insekticidov. Kemijsko je podoben fosforju, zato ga delno nadomešča v biokemijskih reakcijah . Zaradi interakcij med ioni arzena in proteini je za človeka strupen. Velik problem je že pojav spojin arzena v pitni vodi.
Človek je arzenu izpostavljen tako, da ga zaužije s hrano, z vdihovanjem ali preko kože. Izpostavljenost arzenu lahko povzroči marsikatere zdravstvene motnje, med njimi spremembe na koži, povečano količino belih in rdečih krvničk, raka, srčnožilne bolezni, poškodbe možganov.
Izpostavljenost arzenu v maternici poveča umrljivost zaradi plučnega raka in bronhitisa v odraslem življenju. Pri eksperimentu z mišmi, ki so jih izpostavljali arzenu, so opazili povečano količino heptacelularnih karcinomov pri izpostavljenih potomcih, poleg tega pa tudi spremembo izražanja genov, ki sodelujejo pri celični proliferaciji, stresu in medceličnemu komuniciranju. Pri nosečih materah, ki so izpostavljene arzenu, lahko pride do epigenetskih sprememb v popkovnični krvi. Aktivira se omrežje poti z genom NF-kB (uravnava veliko genov, ki so odgovorni za apoptozo kot tudi vnetje, ki napreduje v tumor), posledično vnetje, celična proliferacija, stres in apoptoza.

==== Živo srebro ====
[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://blog.deborahblum.com/wp-content/uploads/2010/03/mercury_drops_large.jpg&imgrefurl=http://blog.deborahblum.com/%3Fp%3D154&usg=__7550YuGqAE0esZWYDZTcTtSJtVg=&h=480&w=508&sz=29&hl=sl&start=35&zoom=1&tbnid=VInhBxXBX9f-mM:&tbnh=160&tbnw=169&ei=Z2esTbrGHcaCOoLh9OYJ&prev=/search%3Fq%3Dmercury%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1226&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=307&vpy=162&dur=650&hovh=218&hovw=231&tx=153&ty=108&oei=Y2esTdPoJcXLtAb62OmoBw&page=3&ndsp=18&ved=1t:429,r:7,s:35&biw=1366&bih=667 Živo srebro] je edina kovina, ki je pri sobni temperaturi v tekočem agregatnem stanju. Ima tri oksidacijska stanja (elementarno, enovaletno in dvovalentno živo srebro). Organski obliki živega srebra (metil živo srebro – CH3Hg in dimetil živo srebro – (CH3)2Hg) nastaneta iz anorganske, kar se dogaja med tehnološkimi procesi v kemični industriji, lahko pa tudi spontano v naravi z metilacijo (mikroorganizmi).

Različne oblike živega srebra se uporabljajo v merilnih instrumentih (termometri in barometri), pri izdelavi baterij, pri pridobivanju klora, zlata, v rudarstvu, v zobozdravstvu (izdelava plomb iz [http://www.merriam-webster.com/dictionary/amalgam amalgama]) itd. Živo srebro so včasih uporabljali tudi za zdravljenje sifilisa, saj so menili, da učinkuje šele takrat, ko se razvijejo znaki zastrupitve. Kasneje so ga zamenjali za arzenske preparate (salvazan).

Onesnaženost okolja povzroči pretvorbo anorganskega živega srebra v organsko obliko, slednja pa posledično zastrupitev ljudi. Organski obliki sta slabo topni v vodi, dobro pa se topita v lipidih, zato se akumulirata predvsem v maščevju in tako vplivata na možgane in živčni sistem.

Neželeni učinki živega srebra so insomnija, slabost, glavobol, izguba spomina in apetita, mravljinci v okončinah, motnje v hoji,… Najbolj občutljiv je zarodek, saj lahko metilirano živo srebro preide v placento in povzroči nepravilen razvoj žičevja. Dojenčki, ki uživajo materino mleko, ki vsebuje živo srebro lahko oslepijo, umsko zaostanejo, imajo onemogočen govor, nepravilno razvito živčevje in prebavni trakt ter poškodbe ledvic.

===ONESNAŽEVANJE OKOLJA===

----

Izpostavljenost onesnaženemu zraku so povezovali z povečanim številom smrti zaradi kardiorespiratornih bolezni, prav tako pa tudi s tveganjem za obolelostjo za pljučnim rakom.
Preiskovali so tudi v DNA metilaciji inducirane z manjšo vsebnostjo benzena v krvi pri zaposlenih na bencinskih črpalkah in prometnikih. Visoka vsebnost benzena v krvi je povezana za obolelostjo za [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Levkemija levkemijo].

==== Ftalati ====
Ftalati so kemijsko estri ftalne kisline in alifatskih alkoholov. Gre za hlapne tekočine, ki jih v industriji dodajajo plastičnim masam polimerov, da povečajo njihovo gibljivost.

Za določanje ftalatov v živilih in drugih medijih se večinoma uporabljajo analitske tehnike tekočinske in plinske kromatografije v sklopu z različnimi detektorji, kot so masno - selektivni detektorji, spektrofotometri.

DEHP (di-2-etilheksilftalat), DBP (dibutilftalat) in BBP (butil benzil ftalat) so ftalati, ki so endokrini motilci zaradi njihovih antiandrogenih ali proestrogenih učinkov. Uporabljajo se za mehčanje polivinilklorida, prisotni pa so v lepilih, kmetijskih dodatkih, gradbenih materialih, osebnih predmetih, medicinskih pripomočkih, detergentih, otroških igračah, farmacevtskih izdelkih, prehrambenih proizvodih in v tekstilu. Izpostavljanje ftalatov je možno preko prehrane, vdihovanja ali vnosa v telo preko kože.

Najbolj ranljive skupine za učinke ftalatov so nosečnice in dojenčki moškega spola. Izpostavljenost ftalatom med nosečnostjo privede do predčasnega poroda, veliko reproduktivnih in razvojnih motenj vključno z anogenitalno boleznijo pri novorojenih fantkih in nespuščenih modih, pri dekletih motnje v razvoju živčevja in zvišanju telesne teže v obdobju prvih 3 let življenja. Ftalati naj bi se na plod prenašali tudi preko placente, na dojenčka pa preko materinega mleka. Še več ga lahko dobijo preko plastičnih stekleničk, s katerimi jih hranimo, s kozmetiko za malčke in z igračami slabše kakovosti. Od leta 2005 se DEHP, DBP in BBP ne smejo uporabljati pri proizvodnji igrač in drugih otroških proizvodih.
Izpostavljenost ftalatom dokazano moti funkcije številnih hormonov od reproduktivnih - testosterona, luteinizing hormona, folikl stimulirajočega hormona - pa do ščitničnih. Tako so hormonski motilci, ki poškodujejo ščitnico in imunski sistem. Poškodujejo tudi možgane in živčni sistem, pojavijo se lahko razne alergije.

==== Bisfenol A ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Bisphenol_A Bisfenol A] (BPA) je organska molekula z dvema fenilnima skupinama. Je endokrini motilec in je prisoten v maščobnem tkivu. Uporablja se v produkciji plastike in smole, ki so v posodah za hrano in pijačo, zaviralcih ognja, zobozdravstvenih tesnilnih masah in pri recikliranju termalnega papirja.
BPA je endokrini motilec, ki lahko oponaša telesu lastne hormone. Izpostavljenost BPA lahko povzroči nevrološke motnje, debelost in raka. Otroci so BPA izpostavljeni le preko prehrane, vendar pa je možno, da je BPA povezan z motnjami razmnoževanja pri ženskah in večji dovzetnosti za raka. Uporaba BPA za proizvodnjo otroških stekleničk je prepovedana v Evropski uniji in Kanadi.
Pri podganah se je izpostavljenost BPA pokazala kot povečana incidenca interepitelijske [http://en.wikipedia.org/wiki/Neoplasm neoplazije] prostate, ki ji sledi podaljšano izpostavljanje estradiola in testosterona v odraslem življenju. Tkivo prostate je pokazalo spremembe v metilaciji kot rezultat estrogenega ali BPA izpostavljanja pri novorojenčku. Gen fosfodizertaze tipa 4 različice 4 (PDE4D4) je pokazal hipometilacijo 5'CpG regije in posledično do večjega izražanja PDE4D4 v prostati odraslega. To je pokazalo, da je epigenom prostate trajno sprememnjen zaradi BPA in da epigenetske spremembe lahko s staranjem vodijo do raka prostate.

==== Tobak ====
[http://sl.wikipedia.org/wiki/Tobak Tobak] je rod 60 vrst, v uporabi pa sta le dve, kmečki in navadni tobak. Sestavljajo ju podobne spojine, alkaloidi iz družine nikotinov, ki so strupeni. Tobak se uporablja za kajenje, žvečenje in njuhanje, pa tudi kot nadomestek za pesticide v biološki pridelavi hrane, nikotin je namreč učinkovit insekticid. V tobačnem dimu je poleg nikotina prisotnih še nekaj primesi, cianid, amonijak, piridin, žveplo, ogljikov monoksid in še ostali.
Številne zdravstvene organizacije že leta skušajo s svojimi kampanijami ljudi odvajati od kajenja, saj ima veliko negativnih učinkov na človeško zdravje. Prezgodnje staranje, pljučni rak, srčne bolezni, kronične pljučne bolezni so le ene izmed njih. Pri pasivnem ali aktivnem kajenju matere, se je izpostavljenost tobaku na potomcu pokazala kot zmanjšana funkcija pljuč, večja dovzetnost za astmo, rak, debelost, sladkorna bolezen tipa II in nizka porodna teža, ki je povezana z srčno-žilnimi boleznimi, debelostjo in sladkorno boleznijo tipa II.
Predporodno izpostavljanje materninemu kajenju so povezali s povišano globalno metilacijo v enojedrnih krvnih celicah odraslih žensk. Globalna hipometilacija z regijo ali specifična genska hipermetilacija je bila že povezana z rakom. Globalna hipometilacija je rezultat kromosomske nestabilnosti in povečanja števila mutacij, medtem ko lahko promotor hipermetilacije utiša izražanje genov tumorja. Vse to se lahko prenese tudi na kasnejše generacije. Vnuk, katerega babica je kadila med svojo nosečnostjo, je bil bolj dovzeten za astmo, čeprav njegova mati ni nikoli kadila. Tveganje se je še povečalo, če sta kadili tako babica kot mati.

==== Onesnaževanje zraka ====
Onesnaževanje zraka je proces sprostitve kemičnih substanc v atmosfero. Te kemične substance so v največji meri ogljikov monoksid, žveplov dioksid, klorofluorokarbon in dušikov oksid. Ustvarja jih človek z industrijo in uporabo motornih strojev. Fotokemične spojine in smog se kreirajo pri zgorevanju ogljikovodikov.
Benzopiren in drugi PAH so povezani z epigenetsko in genomsko toksičnostjo (poškodbe DNA, adukcija DNA, mutacije). Nekateri PAH podobni steroidnim hormonom veljajo za endokrine motilce. So topni lipidi v maščobnem tkivu in se prenašajo preko placente in preko popkovnične krvi v možganske pregrade zarodka.
Izpostavljenost gorjenju fosilnih goriv pri zarodku povzroči nazadovanje v rasti, zaostajanje v razvoju, znižanje inteligenčnega kvocienta in vedenjske motnje. Vse skupaj so povezali z genomsko hipometilacijo pri belih krvničkah v popkovini, ki je znatno znižana pri zarodkih, ki so izpostavljeni onesnaževanju. Nivo globalne metilacije ostane enaka vse do zgodnjega otroštva.

==== Benzen ====
Benzen je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f2/Benzen_01.png&imgrefurl=http://sl.wikipedia.org/wiki/Slika:Benzen_01.png&usg=__MWdMHEZvEkfE_8OVeHfQOmNCtvs=&h=581&w=800&sz=109&hl=sl&start=0&sig2=C6zST9AcFEGkW_Er2Mt_mw&zoom=1&tbnid=SYLmEyT2HsWUoM:&tbnh=110&tbnw=151&ei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&prev=/images%3Fq%3Dbenzen%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch0%2C385&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1012&vpy=112&dur=567&hovh=110&hovw=151&tx=112&ty=91&oei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:28,s:0&biw=1440&bih=663 aromatski ogljikovodik], ki je brezbarven. Je zelo vnetljiv in dobro raztaplja smole, maščobe, jod in naftalen. Pridobivamo ga iz premogovega katrana, nafte ali sintetično. Zaradi njegove karcinogenosti je njegova uporaba omejena. Uporablja se predvsem kot dodatek k gorivu (bencinu). [http://www.brezcenzure.si/si/articles/details/165/Rakotvorni+benzen+v+avtomobilih Benzen] z dihanjem prehaja v kosti in povzroča anemijo ter zmanjšuje število belih krvnih celic.
Benzen iz zraka povezujejo z hipermetilacijo v p15 in hipometilacijo MAGE-1 (melanoma antigen-1), ki je rakov antigen. Ta spoznanja so pokazala, da izpostavljenost nizki koncentraciji benzena lahko inducira spremenjeno DNA metilacijo, kar pa sproži nenormalne epigenetske vzorce, najdene pri malignih celicah.

==== Heksa-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazen (RDX) ====
RDX je eksploziven [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_zhw7Ns2scr4/SQ7zU6npdjI/AAAAAAAAAH4/iXf7JH2m9EM/s320/RDX%2BCHEMISTRY.gif&imgrefurl=http://entertainingchemistry.blogspot.com/2008/11/chemistry-of-rdx.html&usg=__rkB9vWG57QqhfOLBwfA7vzQ1ftM=&h=234&w=320&sz=34&hl=sl&start=0&sig2=GmjtYI2d8EKfE4qfNLLi3A&zoom=1&tbnid=wUvzo0H07GaeeM:&tbnh=123&tbnw=168&ei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&prev=/images%3Fq%3Drdx%2Bchemical%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1143&vpy=210&dur=259&hovh=187&hovw=256&tx=165&ty=69&oei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:14,s:0 nitroamin], ki je široko zastopan v [http://www.globalsecurity.org/military/systems/munitions/explosives-nitramines.htm vojski] in industriji. Znan je tudi pod imenom T4.
Je pogost okoljski pulant, ki je posledica vojaških in civilnih aktivnosti. Povezujejo ga z nevrotoksičnostjo, imunotoksičnosjo in povečanim tveganjem za obolelostjo za rakom.

===MOTILCI ENDOKRINEGA SISTEMA===

----
==== Endokrini sistem ====
[http://www.endocrinedisruption.com/endocrine.introduction.overview.php Endokrini sistem] sestavljajo žleze, le-te pa izločajo [http://www.wisegeek.com/what-are-hormones.htm hormone]. Hormone izločajo endokrino v kri. Hormoni krožijo po telesu po krvožilnem sistemu in vplivajo na delovanje oddaljenih organov. Hormoni se vežejo na tarčne celice in spremenijo delovanje celic oziroma organov. Glavne žleze endokrinega sistema so hipotalamus, hipofiza, ščitnica, obščitnične žleze, Langerhansovi otočki trebušne slinavke, nadledvične žleze, testisi in ovariji, med nosečnostjo pa še posteljica.

Motnja endokrinega sistema je posledica delovanja endokrinega motilca. Ti motilci so eksogena substanca ali mešanica substanc, ki spremenijo delovanje endokrinega sistema, kar sproži različne učinke na organizmu pri določeni stopnji izpostavljenosti. Večina le-teh vpliva na reproduktivne organe, lahko tudi na vse organe, edini pogoj pa je, da imajo ti organi receptorje zanje. Ti organi so jetra, ledvice, centralni živčni sistem, imunski sistem, kosti.

==== Mehanizmi motilcev endokrinega sistema ====
Poznamo več mehanizmov motilcev, ki negativno delujejo na endokrini sistem kot so interakcije s hormoni, interakcije na nivoju receptorjev in blokada receptorjev.

* Interakcije s hormoni: ksenobiotiki vplivajo na sintezo hormonov. Sem vključujemo sproščanje, transport, metabolizem, izločanje in učinkovanje hormonov.

* Interakcije na nivoju receptorjev: to so snovi, ki se vežejo na estrogenske receptorje in so kompetitivni antagonisti ali delni agonisti naravnega hormona. Sem spadajo fitoestrogeni (kumestrol, diadzein, genistein), zdravila (etinil, [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Estradiol estradiol], tamoksifen) in industrijske snovi (DTT, p-nonilfenon, bisfenol A)

* Blokada receptorjev: ksenobiotiki, ki se vežejo na androgenske receptorje in jih blokirajo. Sem spadajo metabolit DTT (vinclozolinski metabolit).

Spremembe ali posledice zaradi endokrinih motilcev v naravi opažajo že desetletja. Posledice so disfunkcije in bolezni moških spolnih organov kot posledica substanc, katerih delovanje je podobno estrogenu (zdravila, estrogeni v kravjem mleku, industrijske kemikalije), kopičenje kemikalij v živalskih telesih in reproduktivne motnje teh živali (neoplojena jajca in manjši penisi pri aligatorjih po industrijski nesreči na Floridi, kjer je insekticid dikofol onesnažil jezero) ter več ženskih potomcev pri nekaterih vrstah rib, [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://3.bp.blogspot.com/_Gvv_MiJU5N4/TDcQw79usNI/AAAAAAAAAFI/SuPZ0OR6hZ4/s1600/amphibian.jpg&imgrefurl=http://faithnature.blogspot.com/&usg=__ljiyOfhKnfT-k-C0D6IcqCamtio=&h=333&w=500&sz=47&hl=sl&start=16&zoom=1&tbnid=TMSxmeoK1-DBtM:&tbnh=153&tbnw=203&ei=iG2sTdydKtGZOoKD0dkJ&prev=/search%3Fq%3Ddvo%25C5%25BEivke%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C586&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=131&vpy=261&dur=1005&hovh=183&hovw=275&tx=149&ty=83&oei=d22sTZbBO4vRsgbG0JGdBw&page=2&ndsp=19&ved=1t:429,r:6,s:16&biw=1366&bih=667 dvoživk] in [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_6pwJiMjLAzs/SYNSwmMR4sI/AAAAAAAAAEA/EjkzBddDh0g/s400/galebi%2Bm.jpg&imgrefurl=http://dianaandelic.blogspot.com/2008/10/galebi-vrtec.html&usg=__HzJrekSH26M1R7UYTfppW-IAuSA=&h=273&w=400&sz=33&hl=sl&start=64&zoom=1&tbnid=fdye1f00uASnOM:&tbnh=159&tbnw=248&ei=Rm2sTfXWF9GfOtGGtd8J&prev=/search%3Fq%3Dgalebi%26um%3D1%26hl%3Dsl%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1633&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1061&vpy=153&dur=391&hovh=174&hovw=255&tx=159&ty=91&oei=PW2sTZC1EYnItAal7JiiBw&page=4&ndsp=17&ved=1t:429,r:4,s:64&biw=1366&bih=667 galebov], ki se prehranjujejo z njimi.

Organizmi so v času razvoja zelo občutljivi na motnje v endokrinem sistemu, ki jih povzročijo kemikalije, le-te pa vplivajo na hormonsko aktivnost.

==== Vrste endokrinih motilcev ====
Na endokrine motnje smo najbolj občutljivi v času živahne delitve celic, izoblikovanja specializiranih funkcij, v času migracije celic in razvoju organov, saj so to procesi, ki so regulirani preko hormonov. Seveda pa so spremembe odvisne tudi od same izpostavljenosti osebka.
Pri endokrinih motilcih ločimo naravni in umetni izvor.

Naravnega izvora so [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/files/2008/01/fito.jpg&imgrefurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/2008/02/07/la-genisteina/&usg=__9m2smbslm2Y6L7xjAtLkuphgxyc=&h=203&w=291&sz=18&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=JcYCSiKzZtxi4M:&tbnh=125&tbnw=178&ei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&prev=/images%3Fq%3Dfitoestrogeni%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=142&vpy=89&dur=1546&hovh=162&hovw=232&tx=148&ty=88&oei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&page=1&ndsp=33&ved=1t:429,r:0,s:0 fitoestrogeni]. Ti so estrogenom podobne molekule, ki jih najdemo le v rastlinskem svetu. So nesteroidne molekule, ki se lahko vežejo na estrogenske receptorje. V telo jih vnesemo s hrano, prehajajo tudi placento, vsebuje jih lahko tudi materino mleko. Med fitoestrogene spadajo kumestani, derivat resorcinola ter za fiziološke učinke najpomembnejši lignani in izoflavonoidi. Veliko ga je v soji in njenih izdelkih, kjer najdemo izoflavon, danzidein in genistein.

Umetni endokrini motilci so lahko zaželeni ali ne. Sem spadajo dodatki k prehrani in [http://en.wikipedia.org/wiki/Pesticide pesticidi]. Poznamo kar nekaj industrijski endokrinih motilcev. To so ftalati, ki se uporabljajo široko v industriji umetnih mas, bisfenol A, ki se uporablja kot zaščita kovin in je zelo pomemben pri zobotehničnih posegih, uporablja pa se tudi kot notranja prevleka konzerv. Parabene najdemo v kozmetičnih preparatih kot konzervans in so estrogenski mimetiki. Umetni endokrini motilci so še alkilfenoli, PCB-ji in drugi.
Med endokrine motilce spadajo tudi prehranski dodatki, npr. butiliran hidroksianizol, ki se uporablja kot antioksidanti ter pesticidi (DDT, ki se uporablja kot insekticid; pri ljudeh so ugotovili proestrogenske in antiandrogenske učinke ter povečano tveganje za raka dojke in lindan, ki je prav tako insekticid in ga ponekod v manjši meri uporabljajo za zatiranje mravelj in deluje na človeka spermatoksično) [4].

----

===VIRI IN LITERATURA===

1. A. Baccarelli and V. Bollati. Epigenetics and environmental chemicals, Current opinion in pediatrics, 2009, str. 243-251 [12. april 2011] [http://journals.lww.com/co-pediatrics/Fulltext/2009/04000/Epigenetics_and_environmental_chemicals.14.aspx]

2. Bollati V. et al. (2010, 105) Environmental epigenetics. Heredity, 105-112. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20179736]

3. Bombail V. et al. (2004, 149) Perturbation of epigenetic status by toxicants. Toxicology Letters, 51-58. [http://www.unc.edu/courses/2008spring/envr/442/001/Bombail_2004.pdf]

4. Endocrine disruption, TEDX – The endocrine disruption exchange [14. april 2011] [http://www.endocrinedisruption.com/home.php]

5. F. Perera, J. Herbstman. Prenatal environmental exposures, epigenetics and disease. Reproductive Toxicology, 2011, str. 1-11 [18. april 20011] [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TC0-520J97V-1&_user=10&_coverDate=04%2F30%2F2011&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=gateway&_origin=gateway&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1722798980&_rerunOrigin=scholar.google&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=f8f97326dcce8d0c789736fec41ac679&searchtype=a [5]]

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Ksenobiotiki in epigenetske spremembe

2011-04-18T20:30:53Z

Alenka Mikuž:

Kar nekaj okoljskih faktorjev je povezanih z abnormalnimi epigenetskimi spremembami, ki so jih odkrili z eksperimenti in epidemiološkimi raziskavami. Določeni epigenetski mehanizmi so se razvili zaradi izpostavljenosti toksinom in določenim kemikalijam. Ne glede nato, da je v zadnjem času veliko študij v povezavi z epigenetskimi spremembami, še vedno ni jasno delovanje nekaterih mehanizmov. Razlog je, da so epigenetske spremembe majhne, skoncentrirane na določenih mestih in se lahko razvijejo čez določen čas, kar pa zaplete določanje vzroka oziroma povzročitelja spremembe [1].

===KSENOBIOTIKI===

----

[http://en.wikipedia.org/wiki/Xenobiotic Ksenobiotiki] so kemijske spojine, ki jih je sintetiziral človek, organizmom pa so le-ti tuji. Med ksenobiotike spadajo pesticidi, prehranski dodatki, zdravila in industrijski polutanti. Najdemo jih v hrani, embalaži, v zraku, vodi, kozmetičnih sredstvih, čistilih,… Večina ksenobiotikov je slabo topnih v vodi, saj gre predvsem za organske spojine. Ksenobiotiki se akumulirajo predvsem v maščevju, lahko tudi v možganih. So vzrok za različna kronična obolenja kot so migrena, kronična utrujenost, slabost, rak, nevrodegenerativne bolezni.

V telo najpogosteje preidejo skozi prebavni trakt, lahko tudi skozi respiratorni sistem, kožo ali sluznico. Iz telesa se jih največ izloči z [http://www.wisegeek.com/what-is-urea.htm ureo] (sečnino), z znojem in z izdihanim zrakom. Skozi celično membrano prehajajo le nepolarne spojine, zato ledvice učinkovito izločajo le vodotopne spojine, snovi, ki pa niso topne v vodi pa se v obliki primarnega urina reabsorbirajo nazaj v krvni obtok. Če bi želeli, da se ksenobiotiki popolnoma izločijo iz telesa, bi morali le-ti biti polarni. Ksenobiotiki, ki vstopijo v krvni obtok iz prebavnega trakta, pridejo po portalni veni v jetra, kjer se pretvorijo v bolj polarno obliko.

===PREGLED EPIGENETSKIH MEHANIZMOV===

----

Epigenetika je študija v epigenetskih spremembah v izražanju genov, ki se pojavijo brez sprememb v DNA zaporedju. Vključuje številne mehanizme, kot so metilacija DNA, modifikacije histonov in ekspresija miRNA. Mehanizmi so fleksibilni genomski parametri, ki lahko spremenijo funkcijo genoma pod vplivom ksenobiotikov, le-ti pa se prenašajo iz generacije v generacijo.

==== Metilacija DNA ====
Od vseh epigenetskih mehanizmov, je še najbolje raziskana metilacija DNA. Metilna skupina se doda na peti ogljik citozina v [http://en.wikipedia.org/wiki/CpG_site CpG dinukleotidu]. CpG dinukleotid je redko prisoten v genomu sesalcev in še takrat v metilirani obliki. Kjer se pa regije genskega promotorja prekrivajo s CpG regijo, je le-ta v nemetilirani obliki. Metilacija citozina ima regulacijsko vlogo. Metilna skupina 5-metilcitozina inhibira transkripcijo vezavnih proteinov in utiša gen. Metilacija DNA deluje kot umestitveno mesto za vezavne proteine, ki uravnavajo druge kromatinske preoblikovalne proteine. Sprememba metilacije na teh mestih je tako prepoznana. Tako hipermetilacija kot hipometilacija DNA sta lahko posledici izpostavljanja eksogenim kemikalijam. Za nekatere gene že zelo majhna sprememba v metilaciji DNA na nekaterih mestih CpG rahlo spremeni gensko izražanje in poveča dovzetnost za bolezni. DNA metilacija je katalizirana z družino DNA metiltransferaznih encimov (DNMT). Pri sesalcih obstajajo trije znani encimi: DNMT1, DNMT3A in DNMT3B.

==== Modifikacije histonov ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Histone Histoni] so globularni proteini, ki skupaj z DNA tvorijo strukturne enote kromatina imenovane nukleosomi. Ti proteini vplivajo na kondenzacijo kromatina med fazo prepisovanja genov. Lahko so modificirani z acetilacijo, metilacijo, fostorilacijo, glikozilacijo, sumolacijo ali ADP ribozilacijo. Najpogostejši modifikaciji sta acetilacija in metilacija lizinskih ostankov v amino koncu H3 in H4. Metilacija histonov je povezana z represijo ali aktivacijo transktripcije, ta pa je odvisna od lokacije lizinskih ostankov.

==== Ekspresija miRNA ====
[http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A miRNA] je enoverižna ribonukleinska kislina sestavljena iz 21 so 23 nukleotidov. Zrela miRNA je delno komplementarna eni ali večim mRNA molekulam. Glavna funkcija [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://2.bp.blogspot.com/_QpsYVZ9l72g/S_znGzykzWI/AAAAAAAAAGQ/a6aLpHnKXvs/s1600/MicroRna%2Bprocessing.gif&imgrefurl=http://immunotrends.blogspot.com/&usg=__XjZuRV52Bod1qhIvLPze3TF_EQ0=&h=338&w=400&sz=38&hl=sl&start=0&sig2=wbjzICGDNfHdkprfegvPAQ&zoom=1&tbnid=GF8BMzAYPNEUpM:&tbnh=121&tbnw=143&ei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&prev=/images%3Fq%3Dmikro%2Brna%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=423&vpy=209&dur=18&hovh=206&hovw=244&tx=95&ty=105&oei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&page=1&ndsp=34&ved=1t:429,r:11,s:0 miRNA v povezavi z mRNA] je zmanjševanje ekspresije genov.

===EPIGENETIKA IN OKOLJE===

----

Epigenetika je temeljna za razumevanje molekulskega mehanizma okoljskih toksinov, prav tako kot napovedovanju tveganja ob izpostavljenosti okolju in individualno dovzetnost.
Po podatkih svetovne zdravstvene organizacije [http://www.who.int/en/ WHO ](World Health Organization) je več kot 13 milijonov smrti letno povzročenih zaradi okoljskih dejavnikov in kar 24 % bolezni povzročenih zaradi izpostavljenosti okolju bi lahko preprečili.
Med okoljske dejavnike štejemo tudi ksenobiotike. Mednje sodijo kovine, fitoestrogeni, policiklični aromatski ogljikovodiki, dioksinske spojine, polikloro bifenili, ftalati in pesticidi, motilci endokrinega sistema, RDX, bisfenol A,…
Ljudje z genskimi polimorfizmi, kateri naredijo njihove celice manj sposobne za odgovor na oksidativni stres so bili spoznani za bolj dovzetne do kardiovaskularnih in respiratornih efektov zaradi onesnaženja zraka. To producira zdravstvene težave, še posebaj v tistih delih telesa, kjer se generira oksidativni stres.

===KOVINE===

----
Več študij je pokazalo povezavo z DNA metilacijo in okoljskimi kovinami, kot so nikelj, kadmij, živo srebro in še posebej arzen.

==== Kadmij ====
Kadmij je rahlo bazična dvovalentna prehodna kovina. Je [http://www.google.com/search?hl=sl&rlz=&=&q=kadmij&um=1&ie=UTF-8&tbm=isch&source=og&sa=N&tab=wi&biw=1440&bih=692 modrikasto bele barve] in je strupena.
Je sestavni del baterij, televizorjev, najdeno pa ga tudi v PVC, kjer deluje kot stabilizator. Sodi med težke kovine in vpliva na DNA metilacijo. Znano je, da kadmij povzroči hipometilacjo DNA v jetrnih celicah po enem tednu izpostavljenosti. Po desetih tednih povzroči hipermetilacijo DNA jeternih celic.

==== Nikelj ====
Nikelj v periodnem sistemu najdemo med prehodnimi elementi. Je srebrnkasto bela lesketajoča kovina. Ima feromagnetne lastnosti. Uporabljajo ga za prekrivanje manjših kovancev, saj prekriva medenino in železo.
Povezava niklja z zdravjem ljudi, ki so zboleli za rakom in kardiorespiratornimi boleznimi še dandanes ni pojasnjena. Znano je, da nikelj lahko zamenja magnezij pri DNA interakciji, povečani kondenzaciji kromatina in sprožanju de-novo DNA metilaciji. Vpliva lahko tudi na modifikacijo histonov. Izpostavljenost topnemu [http://en.wikipedia.org/wiki/Nickel%28II%29_chloride NiCl2] zmanjša atecilacijo histonov, poveča pa demetilacijo H3K9 in poveča monoubikvitinacijo H2A in H2B in vitro.
Domnevajo, da vezava Ni2+ ionov omogoča sekundarno strukturo s stranskimi verigami N-terminalnega repa histona H4.

==== Krom ====
Krom sodi med prehodne kovine. Je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://www.9jcg.com/tutorials/mario_malagrino/chrome_material/chrome_material_01.jpg&imgrefurl=http://en.9jcg.com/comm_pages/blog_content-art-121.htm&usg=__ruLsMaShabh0dgxFRHOLiy-9rks=&h=472&w=630&sz=37&hl=sl&start=0&sig2=JSnycu0qAvhmrd0xoGmhtQ&zoom=1&tbnid=IVbh-mvXOOeSnM:&tbnh=168&tbnw=242&ei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&prev=/images%3Fq%3Dchrome%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D692%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=641&vpy=319&dur=1810&hovh=194&hovw=259&tx=183&ty=62&oei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&page=1&ndsp=17&ved=1t:429,r:8,s:0 sive sijoče barve] in je trden. Krom se težko spaja in je odporen proti koroziji ter potemnitvi.
Krom je prisoten v telesu. Njegovo pomankanje povezujejo z zmanjševanjem glukozne tolerance, zvišano vsebnostjo trigliceridov in celotnega holesterola v krvi in zvišanimi vrednostmi krvnega sladkorja. To je še posebaj pomembno pri skupini ljudi kot so nosečnice, starejši ljudje, diabetiki in podhranjeni otroci. Koncentracija kroma v tkivu se zmanjšuje s starostjo. Naprej se pogosteje pojavlja pri starejših osebah glukozna intoleranca, diabetes, hiperlipidemija in arterioskleroza. Najverjetneje starejši organizem ni več sposoben sintetizirati zadosti GTF-ja iz razpoložljivega kroma.
Epigenetski efekti kroma so še vedno zelo slabo pojasnjeni.

==== Arzen ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Arsenic Arzen] je kovina in ima tri alotropne oblike, črno, rumeno in sivo. Med segrevanjem arzena se oksidira v arzenov oksid, ki spominja na vonj po česnu. Arzen in njegove spojine pa lahko tudi sublimirajo. Elementarni arzen se najde v dveh trdnih oblikah, rumeni in sivo-kovinski. V vodi je slabo topen in ni hlapljiv.
Arzen v glavnem uporabljajo je krepitev zlitine bakra in zlasti svinca (npr. avtomobilske baterije). Arzen in njegove spojine se uporablja tudi v proizvodnji pesticidov, hebicidov in insekticidov. Kemijsko je podoben fosforju, zato ga delno nadomešča v biokemijskih reakcijah . Zaradi interakcij med ioni arzena in proteini je za človeka strupen. Velik problem je že pojav spojin arzena v pitni vodi.
Človek je arzenu izpostavljen tako, da ga zaužije s hrano, z vdihovanjem ali preko kože. Izpostavljenost arzenu lahko povzroči marsikatere zdravstvene motnje, med njimi spremembe na koži, povečano količino belih in rdečih krvničk, raka, srčnožilne bolezni, poškodbe možganov.
Izpostavljenost arzenu v maternici poveča umrljivost zaradi plučnega raka in bronhitisa v odraslem življenju. Pri eksperimentu z mišmi, ki so jih izpostavljali arzenu, so opazili povečano količino heptacelularnih karcinomov pri izpostavljenih potomcih, poleg tega pa tudi spremembo izražanja genov, ki sodelujejo pri celični proliferaciji, stresu in medceličnemu komuniciranju. Pri nosečih materah, ki so izpostavljene arzenu, lahko pride do epigenetskih sprememb v popkovnični krvi. Aktivira se omrežje poti z genom NF-kB (uravnava veliko genov, ki so odgovorni za apoptozo kot tudi vnetje, ki napreduje v tumor), posledično vnetje, celična proliferacija, stres in apoptoza.

==== Živo srebro ====
[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://blog.deborahblum.com/wp-content/uploads/2010/03/mercury_drops_large.jpg&imgrefurl=http://blog.deborahblum.com/%3Fp%3D154&usg=__7550YuGqAE0esZWYDZTcTtSJtVg=&h=480&w=508&sz=29&hl=sl&start=35&zoom=1&tbnid=VInhBxXBX9f-mM:&tbnh=160&tbnw=169&ei=Z2esTbrGHcaCOoLh9OYJ&prev=/search%3Fq%3Dmercury%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1226&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=307&vpy=162&dur=650&hovh=218&hovw=231&tx=153&ty=108&oei=Y2esTdPoJcXLtAb62OmoBw&page=3&ndsp=18&ved=1t:429,r:7,s:35&biw=1366&bih=667 Živo srebro] je edina kovina, ki je pri sobni temperaturi v tekočem agregatnem stanju. Ima tri oksidacijska stanja (elementarno, enovaletno in dvovalentno živo srebro). Organski obliki živega srebra (metil živo srebro – CH3Hg in dimetil živo srebro – (CH3)2Hg) nastaneta iz anorganske, kar se dogaja med tehnološkimi procesi v kemični industriji, lahko pa tudi spontano v naravi z metilacijo (mikroorganizmi).

Različne oblike živega srebra se uporabljajo v merilnih instrumentih (termometri in barometri), pri izdelavi baterij, pri pridobivanju klora, zlata, v rudarstvu, v zobozdravstvu (izdelava plomb iz [http://www.merriam-webster.com/dictionary/amalgam amalgama]) itd. Živo srebro so včasih uporabljali tudi za zdravljenje sifilisa, saj so menili, da učinkuje šele takrat, ko se razvijejo znaki zastrupitve. Kasneje so ga zamenjali za arzenske preparate (salvazan).

Onesnaženost okolja povzroči pretvorbo anorganskega živega srebra v organsko obliko, slednja pa posledično zastrupitev ljudi. Organski obliki sta slabo topni v vodi, dobro pa se topita v lipidih, zato se akumulirata predvsem v maščevju in tako vplivata na možgane in živčni sistem.

Neželeni učinki živega srebra so insomnija, slabost, glavobol, izguba spomina in apetita, mravljinci v okončinah, motnje v hoji,… Najbolj občutljiv je zarodek, saj lahko metilirano živo srebro preide v placento in povzroči nepravilen razvoj žičevja. Dojenčki, ki uživajo materino mleko, ki vsebuje živo srebro lahko oslepijo, umsko zaostanejo, imajo onemogočen govor, nepravilno razvito živčevje in prebavni trakt ter poškodbe ledvic.

===ONESNAŽEVANJE OKOLJA===

----

Izpostavljenost onesnaženemu zraku so povezovali z povečanim številom smrti zaradi kardiorespiratornih bolezni, prav tako pa tudi s tveganjem za obolelostjo za pljučnim rakom.
Preiskovali so tudi v DNA metilaciji inducirane z manjšo vsebnostjo benzena v krvi pri zaposlenih na bencinskih črpalkah in prometnikih. Visoka vsebnost benzena v krvi je povezana za obolelostjo za [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Levkemija levkemijo].

==== Ftalati ====
Ftalati so kemijsko estri ftalne kisline in alifatskih alkoholov. Gre za hlapne tekočine, ki jih v industriji dodajajo plastičnim masam polimerov, da povečajo njihovo gibljivost.

Za določanje ftalatov v živilih in drugih medijih se večinoma uporabljajo analitske tehnike tekočinske in plinske kromatografije v sklopu z različnimi detektorji, kot so masno - selektivni detektorji, spektrofotometri.

DEHP (di-2-etilheksilftalat), DBP (dibutilftalat) in BBP (butil benzil ftalat) so ftalati, ki so endokrini motilci zaradi njihovih antiandrogenih ali proestrogenih učinkov. Uporabljajo se za mehčanje polivinilklorida, prisotni pa so v lepilih, kmetijskih dodatkih, gradbenih materialih, osebnih predmetih, medicinskih pripomočkih, detergentih, otroških igračah, farmacevtskih izdelkih, prehrambenih proizvodih in v tekstilu. Izpostavljanje ftalatov je možno preko prehrane, vdihovanja ali vnosa v telo preko kože.

Najbolj ranljive skupine za učinke ftalatov so nosečnice in dojenčki moškega spola. Izpostavljenost ftalatom med nosečnostjo privede do predčasnega poroda, veliko reproduktivnih in razvojnih motenj vključno z anogenitalno boleznijo pri novorojenih fantkih in nespuščenih modih, pri dekletih motnje v razvoju živčevja in zvišanju telesne teže v obdobju prvih 3 let življenja. Ftalati naj bi se na plod prenašali tudi preko placente, na dojenčka pa preko materinega mleka. Še več ga lahko dobijo preko plastičnih stekleničk, s katerimi jih hranimo, s kozmetiko za malčke in z igračami slabše kakovosti. Od leta 2005 se DEHP, DBP in BBP ne smejo uporabljati pri proizvodnji igrač in drugih otroških proizvodih.
Izpostavljenost ftalatom dokazano moti funkcije številnih hormonov od reproduktivnih - testosterona, luteinizing hormona, folikl stimulirajočega hormona - pa do ščitničnih. Tako so hormonski motilci, ki poškodujejo ščitnico in imunski sistem. Poškodujejo tudi možgane in živčni sistem, pojavijo se lahko razne alergije.

==== Bisfenol A ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Bisphenol_A Bisfenol A] (BPA) je organska molekula z dvema fenilnima skupinama. Je endokrini motilec in je prisoten v maščobnem tkivu. Uporablja se v produkciji plastike in smole, ki so v posodah za hrano in pijačo, zaviralcih ognja, zobozdravstvenih tesnilnih masah in pri recikliranju termalnega papirja.
BPA je endokrini motilec, ki lahko oponaša telesu lastne hormone. Izpostavljenost BPA lahko povzroči nevrološke motnje, debelost in raka. Otroci so BPA izpostavljeni le preko prehrane, vendar pa je možno, da je BPA povezan z motnjami razmnoževanja pri ženskah in večji dovzetnosti za raka. Uporaba BPA za proizvodnjo otroških stekleničk je prepovedana v Evropski uniji in Kanadi.
Pri podganah se je izpostavljenost BPA pokazala kot povečana incidenca interepitelijske neoplazije prostate, ki ji sledi podaljšano izpostavljanje estradiola in testosterona v odraslem življenju. Tkivo prostate je pokazalo spremembe v metilaciji kot rezultat estrogenega ali BPA izpostavljanja pri novorojenčku. Gen fosfodizertaze tipa 4 različice 4 (PDE4D4) je pokazal hipometilacijo 5'CpG regije in posledično do večjega izražanja PDE4D4 v prostati odraslega. To je pokazalo, da je epigenom prostate trajno sprememnjen zaradi BPA in da epigenetske spremembe lahko s staranjem vodijo do raka prostate.

==== Tobak ====
[http://sl.wikipedia.org/wiki/Tobak Tobak] je rod 60 vrst, v uporabi pa sta le dve, kmečki in navadni tobak. Sestavljajo ju podobne spojine, alkaloidi iz družine nikotinov, ki so strupeni. Tobak se uporablja za kajenje, žvečenje in njuhanje, pa tudi kot nadomestek za pesticide v biološki pridelavi hrane, nikotin je namreč učinkovit insekticid. V tobačnem dimu je poleg nikotina prisotnih še nekaj primesi, cianid, amonijak, piridin, žveplo, ogljikov monoksid in še ostali.
Številne zdravstvene organizacije že leta skušajo s svojimi kampanijami ljudi odvajati od kajenja, saj ima veliko negativnih učinkov na človeško zdravje. Prezgodnje staranje, pljučni rak, srčne bolezni, kronične pljučne bolezni so le ene izmed njih. Pri pasivnem ali aktivnem kajenju matere, se je izpostavljenost tobaku na potomcu pokazala kot zmanjšana funkcija pljuč, večja dovzetnost za astmo, rak, debelost, sladkorna bolezen tipa II in nizka porodna teža, ki je povezana z srčno-žilnimi boleznimi, debelostjo in sladkorno boleznijo tipa II.
Predporodno izpostavljanje materninemu kajenju so povezali s povišano globalno metilacijo v enojedrnih krvnih celicah odraslih žensk. Globalna hipometilacija z regijo ali specifična genska hipermetilacija je bila že povezana z rakom. Globalna hipometilacija je rezultat kromosomske nestabilnosti in povečanja števila mutacij, medtem ko lahko promotor hipermetilacije utiša izražanje genov tumorja. Vse to se lahko prenese tudi na kasnejše generacije. Vnuk, katerega babica je kadila med svojo nosečnostjo, je bil bolj dovzeten za astmo, čeprav njegova mati ni nikoli kadila. Tveganje se je še povečalo, če sta kadili tako babica kot mati.

==== Onesnaževanje zraka ====
Onesnaževanje zraka je proces sprostitve kemičnih substanc v atmosfero. Te kemične substance so v največji meri ogljikov monoksid, žveplov dioksid, klorofluorokarbon in dušikov oksid. Ustvarja jih človek z industrijo in uporabo motornih strojev. Fotokemične spojine in smog se kreirajo pri zgorevanju ogljikovodikov.
Benzopiren in drugi PAH so povezani z epigenetsko in genomsko toksičnostjo (poškodbe DNA, adukcija DNA, mutacije). Nekateri PAH podobni steroidnim hormonom veljajo za endokrine motilce. So topni lipidi v maščobnem tkivu in se prenašajo preko placente in preko popkovnične krvi v možganske pregrade zarodka.
Izpostavljenost gorjenju fosilnih goriv pri zarodku povzroči nazadovanje v rasti, zaostajanje v razvoju, znižanje inteligenčnega kvocienta in vedenjske motnje. Vse skupaj so povezali z genomsko hipometilacijo pri belih krvničkah v popkovini, ki je znatno znižana pri zarodkih, ki so izpostavljeni onesnaževanju. Nivo globalne metilacije ostane enaka vse do zgodnjega otroštva.

==== Benzen ====
Benzen je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f2/Benzen_01.png&imgrefurl=http://sl.wikipedia.org/wiki/Slika:Benzen_01.png&usg=__MWdMHEZvEkfE_8OVeHfQOmNCtvs=&h=581&w=800&sz=109&hl=sl&start=0&sig2=C6zST9AcFEGkW_Er2Mt_mw&zoom=1&tbnid=SYLmEyT2HsWUoM:&tbnh=110&tbnw=151&ei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&prev=/images%3Fq%3Dbenzen%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch0%2C385&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1012&vpy=112&dur=567&hovh=110&hovw=151&tx=112&ty=91&oei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:28,s:0&biw=1440&bih=663 aromatski ogljikovodik], ki je brezbarven. Je zelo vnetljiv in dobro raztaplja smole, maščobe, jod in naftalen. Pridobivamo ga iz premogovega katrana, nafte ali sintetično. Zaradi njegove karcinogenosti je njegova uporaba omejena. Uporablja se predvsem kot dodatek k gorivu (bencinu). [http://www.brezcenzure.si/si/articles/details/165/Rakotvorni+benzen+v+avtomobilih Benzen] z dihanjem prehaja v kosti in povzroča anemijo ter zmanjšuje število belih krvnih celic.
Benzen iz zraka povezujejo z hipermetilacijo v p15 in hipometilacijo MAGE-1 (melanoma antigen-1), ki je rakov antigen. Ta spoznanja so pokazala, da izpostavljenost nizki koncentraciji benzena lahko inducira spremenjeno DNA metilacijo, kar pa sproži nenormalne epigenetske vzorce, najdene pri malignih celicah.

==== Heksa-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazen (RDX) ====
RDX je eksploziven [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_zhw7Ns2scr4/SQ7zU6npdjI/AAAAAAAAAH4/iXf7JH2m9EM/s320/RDX%2BCHEMISTRY.gif&imgrefurl=http://entertainingchemistry.blogspot.com/2008/11/chemistry-of-rdx.html&usg=__rkB9vWG57QqhfOLBwfA7vzQ1ftM=&h=234&w=320&sz=34&hl=sl&start=0&sig2=GmjtYI2d8EKfE4qfNLLi3A&zoom=1&tbnid=wUvzo0H07GaeeM:&tbnh=123&tbnw=168&ei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&prev=/images%3Fq%3Drdx%2Bchemical%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1143&vpy=210&dur=259&hovh=187&hovw=256&tx=165&ty=69&oei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:14,s:0 nitroamin], ki je široko zastopan v [http://www.globalsecurity.org/military/systems/munitions/explosives-nitramines.htm vojski] in industriji. Znan je tudi pod imenom T4.
Je pogost okoljski pulant, ki je posledica vojaških in civilnih aktivnosti. Povezujejo ga z nevrotoksičnostjo, imunotoksičnosjo in povečanim tveganjem za obolelostjo za rakom.

===MOTILCI ENDOKRINEGA SISTEMA===

----
==== Endokrini sistem ====
[http://www.endocrinedisruption.com/endocrine.introduction.overview.php Endokrini sistem] sestavljajo žleze, le-te pa izločajo [http://www.wisegeek.com/what-are-hormones.htm hormone]. Hormone izločajo endokrino v kri. Hormoni krožijo po telesu po krvožilnem sistemu in vplivajo na delovanje oddaljenih organov. Hormoni se vežejo na tarčne celice in spremenijo delovanje celic oziroma organov. Glavne žleze endokrinega sistema so hipotalamus, hipofiza, ščitnica, obščitnične žleze, Langerhansovi otočki trebušne slinavke, nadledvične žleze, testisi in ovariji, med nosečnostjo pa še posteljica.

Motnja endokrinega sistema je posledica delovanja endokrinega motilca. Ti motilci so eksogena substanca ali mešanica substanc, ki spremenijo delovanje endokrinega sistema, kar sproži različne učinke na organizmu pri določeni stopnji izpostavljenosti. Večina le-teh vpliva na reproduktivne organe, lahko tudi na vse organe, edini pogoj pa je, da imajo ti organi receptorje zanje. Ti organi so jetra, ledvice, centralni živčni sistem, imunski sistem, kosti.

==== Mehanizmi motilcev endokrinega sistema ====
Poznamo več mehanizmov motilcev, ki negativno delujejo na endokrini sistem kot so interakcije s hormoni, interakcije na nivoju receptorjev in blokada receptorjev.

* Interakcije s hormoni: ksenobiotiki vplivajo na sintezo hormonov. Sem vključujemo sproščanje, transport, metabolizem, izločanje in učinkovanje hormonov.

* Interakcije na nivoju receptorjev: to so snovi, ki se vežejo na estrogenske receptorje in so kompetitivni antagonisti ali delni agonisti naravnega hormona. Sem spadajo fitoestrogeni (kumestrol, diadzein, genistein), zdravila (etinil, [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Estradiol estradiol], tamoksifen) in industrijske snovi (DTT, p-nonilfenon, bisfenol A)

* Blokada receptorjev: ksenobiotiki, ki se vežejo na androgenske receptorje in jih blokirajo. Sem spadajo metabolit DTT (vinclozolinski metabolit).

Spremembe ali posledice zaradi endokrinih motilcev v naravi opažajo že desetletja. Posledice so disfunkcije in bolezni moških spolnih organov kot posledica substanc, katerih delovanje je podobno estrogenu (zdravila, estrogeni v kravjem mleku, industrijske kemikalije), kopičenje kemikalij v živalskih telesih in reproduktivne motnje teh živali (neoplojena jajca in manjši penisi pri aligatorjih po industrijski nesreči na Floridi, kjer je insekticid dikofol onesnažil jezero) ter več ženskih potomcev pri nekaterih vrstah rib, [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://3.bp.blogspot.com/_Gvv_MiJU5N4/TDcQw79usNI/AAAAAAAAAFI/SuPZ0OR6hZ4/s1600/amphibian.jpg&imgrefurl=http://faithnature.blogspot.com/&usg=__ljiyOfhKnfT-k-C0D6IcqCamtio=&h=333&w=500&sz=47&hl=sl&start=16&zoom=1&tbnid=TMSxmeoK1-DBtM:&tbnh=153&tbnw=203&ei=iG2sTdydKtGZOoKD0dkJ&prev=/search%3Fq%3Ddvo%25C5%25BEivke%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C586&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=131&vpy=261&dur=1005&hovh=183&hovw=275&tx=149&ty=83&oei=d22sTZbBO4vRsgbG0JGdBw&page=2&ndsp=19&ved=1t:429,r:6,s:16&biw=1366&bih=667 dvoživk] in [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_6pwJiMjLAzs/SYNSwmMR4sI/AAAAAAAAAEA/EjkzBddDh0g/s400/galebi%2Bm.jpg&imgrefurl=http://dianaandelic.blogspot.com/2008/10/galebi-vrtec.html&usg=__HzJrekSH26M1R7UYTfppW-IAuSA=&h=273&w=400&sz=33&hl=sl&start=64&zoom=1&tbnid=fdye1f00uASnOM:&tbnh=159&tbnw=248&ei=Rm2sTfXWF9GfOtGGtd8J&prev=/search%3Fq%3Dgalebi%26um%3D1%26hl%3Dsl%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1633&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1061&vpy=153&dur=391&hovh=174&hovw=255&tx=159&ty=91&oei=PW2sTZC1EYnItAal7JiiBw&page=4&ndsp=17&ved=1t:429,r:4,s:64&biw=1366&bih=667 galebov], ki se prehranjujejo z njimi.

Organizmi so v času razvoja zelo občutljivi na motnje v endokrinem sistemu, ki jih povzročijo kemikalije, le-te pa vplivajo na hormonsko aktivnost.

==== Vrste endokrinih motilcev ====
Na endokrine motnje smo najbolj občutljivi v času živahne delitve celic, izoblikovanja specializiranih funkcij, v času migracije celic in razvoju organov, saj so to procesi, ki so regulirani preko hormonov. Seveda pa so spremembe odvisne tudi od same izpostavljenosti osebka.
Pri endokrinih motilcih ločimo naravni in umetni izvor.

Naravnega izvora so [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/files/2008/01/fito.jpg&imgrefurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/2008/02/07/la-genisteina/&usg=__9m2smbslm2Y6L7xjAtLkuphgxyc=&h=203&w=291&sz=18&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=JcYCSiKzZtxi4M:&tbnh=125&tbnw=178&ei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&prev=/images%3Fq%3Dfitoestrogeni%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=142&vpy=89&dur=1546&hovh=162&hovw=232&tx=148&ty=88&oei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&page=1&ndsp=33&ved=1t:429,r:0,s:0 fitoestrogeni]. Ti so estrogenom podobne molekule, ki jih najdemo le v rastlinskem svetu. So nesteroidne molekule, ki se lahko vežejo na estrogenske receptorje. V telo jih vnesemo s hrano, prehajajo tudi placento, vsebuje jih lahko tudi materino mleko. Med fitoestrogene spadajo kumestani, derivat resorcinola ter za fiziološke učinke najpomembnejši lignani in izoflavonoidi. Veliko ga je v soji in njenih izdelkih, kjer najdemo izoflavon, danzidein in genistein.

Umetni endokrini motilci so lahko zaželeni ali ne. Sem spadajo dodatki k prehrani in [http://en.wikipedia.org/wiki/Pesticide pesticidi]. Poznamo kar nekaj industrijski endokrinih motilcev. To so ftalati, ki se uporabljajo široko v industriji umetnih mas, bisfenol A, ki se uporablja kot zaščita kovin in je zelo pomemben pri zobotehničnih posegih, uporablja pa se tudi kot notranja prevleka konzerv. Parabene najdemo v kozmetičnih preparatih kot konzervans in so estrogenski mimetiki. Umetni endokrini motilci so še alkilfenoli, PCB-ji in drugi.
Med endokrine motilce spadajo tudi prehranski dodatki, npr. butiliran hidroksianizol, ki se uporablja kot antioksidanti ter pesticidi (DDT, ki se uporablja kot insekticid; pri ljudeh so ugotovili proestrogenske in antiandrogenske učinke ter povečano tveganje za raka dojke in lindan, ki je prav tako insekticid in ga ponekod v manjši meri uporabljajo za zatiranje mravelj in deluje na človeka spermatoksično) [4].

----

===VIRI IN LITERATURA===

1. A. Baccarelli and V. Bollati. Epigenetics and environmental chemicals, Current opinion in pediatrics, 2009, str. 243-251 [12. april 2011] [http://journals.lww.com/co-pediatrics/Fulltext/2009/04000/Epigenetics_and_environmental_chemicals.14.aspx]

2. Bollati V. et al. (2010, 105) Environmental epigenetics. Heredity, 105-112. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20179736]

3. Bombail V. et al. (2004, 149) Perturbation of epigenetic status by toxicants. Toxicology Letters, 51-58. [http://www.unc.edu/courses/2008spring/envr/442/001/Bombail_2004.pdf]

4. Endocrine disruption, TEDX – The endocrine disruption exchange [14. april 2011] [http://www.endocrinedisruption.com/home.php]

5. F. Perera, J. Herbstman. Prenatal environmental exposures, epigenetics and disease. Reproductive Toxicology, 2011, str. 1-11 [18. april 20011] [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TC0-520J97V-1&_user=10&_coverDate=04%2F30%2F2011&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=gateway&_origin=gateway&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1722798980&_rerunOrigin=scholar.google&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=f8f97326dcce8d0c789736fec41ac679&searchtype=a [5]]

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Ksenobiotiki in epigenetske spremembe

2011-04-18T20:26:41Z

Alenka Mikuž:

Kar nekaj okoljskih faktorjev je povezanih z abnormalnimi epigenetskimi spremembami, ki so jih odkrili z eksperimenti in epidemiološkimi raziskavami. Določeni epigenetski mehanizmi so se razvili zaradi izpostavljenosti toksinom in določenim kemikalijam. Ne glede nato, da je v zadnjem času veliko študij v povezavi z epigenetskimi spremembami, še vedno ni jasno delovanje nekaterih mehanizmov. Razlog je, da so epigenetske spremembe majhne, skoncentrirane na določenih mestih in se lahko razvijejo čez določen čas, kar pa zaplete določanje vzroka oziroma povzročitelja spremembe [1].

===KSENOBIOTIKI===

----

[http://en.wikipedia.org/wiki/Xenobiotic Ksenobiotiki] so kemijske spojine, ki jih je sintetiziral človek, organizmom pa so le-ti tuji. Med ksenobiotike spadajo pesticidi, prehranski dodatki, zdravila in industrijski polutanti. Najdemo jih v hrani, embalaži, v zraku, vodi, kozmetičnih sredstvih, čistilih,… Večina ksenobiotikov je slabo topnih v vodi, saj gre predvsem za organske spojine. Ksenobiotiki se akumulirajo predvsem v maščevju, lahko tudi v možganih. So vzrok za različna kronična obolenja kot so migrena, kronična utrujenost, slabost, rak, nevrodegenerativne bolezni.

V telo najpogosteje preidejo skozi prebavni trakt, lahko tudi skozi respiratorni sistem, kožo ali sluznico. Iz telesa se jih največ izloči z [http://www.wisegeek.com/what-is-urea.htm ureo] (sečnino), z znojem in z izdihanim zrakom. Skozi celično membrano prehajajo le nepolarne spojine, zato ledvice učinkovito izločajo le vodotopne spojine, snovi, ki pa niso topne v vodi pa se v obliki primarnega urina reabsorbirajo nazaj v krvni obtok. Če bi želeli, da se ksenobiotiki popolnoma izločijo iz telesa, bi morali le-ti biti polarni. Ksenobiotiki, ki vstopijo v krvni obtok iz prebavnega trakta, pridejo po portalni veni v jetra, kjer se pretvorijo v bolj polarno obliko.

===PREGLED EPIGENETSKIH MEHANIZMOV===

----

Epigenetika je študija v epigenetskih spremembah v izražanju genov, ki se pojavijo brez sprememb v DNA zaporedju. Vključuje številne mehanizme, kot so metilacija DNA, modifikacije histonov in ekspresija miRNA. Mehanizmi so fleksibilni genomski parametri, ki lahko spremenijo funkcijo genoma pod vplivom ksenobiotikov, le-ti pa se prenašajo iz generacije v generacijo.

==== Metilacija DNA ====
Od vseh epigenetskih mehanizmov, je še najbolje raziskana metilacija DNA. Metilna skupina se doda na peti ogljik citozina v [http://en.wikipedia.org/wiki/CpG_site CpG dinukleotidu]. CpG dinukleotid je redko prisoten v genomu sesalcev in še takrat v metilirani obliki. Kjer se pa regije genskega promotorja prekrivajo s CpG regijo, je le-ta v nemetilirani obliki. Metilacija citozina ima regulacijsko vlogo. Metilna skupina 5-metilcitozina inhibira transkripcijo vezavnih proteinov in utiša gen. Metilacija DNA deluje kot umestitveno mesto za vezavne proteine, ki uravnavajo druge kromatinske preoblikovalne proteine. Sprememba metilacije na teh mestih je tako prepoznana. Tako hipermetilacija kot hipometilacija DNA sta lahko posledici izpostavljanja eksogenim kemikalijam. Za nekatere gene že zelo majhna sprememba v metilaciji DNA na nekaterih mestih CpG rahlo spremeni gensko izražanje in poveča dovzetnost za bolezni. DNA metilacija je katalizirana z družino DNA metiltransferaznih encimov (DNMT). Pri sesalcih obstajajo trije znani encimi: DNMT1, DNMT3A in DNMT3B.

==== Modifikacije histonov ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Histone Histoni] so globularni proteini, ki skupaj z DNA tvorijo strukturne enote kromatina imenovane nukleosomi. Ti proteini vplivajo na kondenzacijo kromatina med fazo prepisovanja genov. Lahko so modificirani z acetilacijo, metilacijo, fostorilacijo, glikozilacijo, sumolacijo ali ADP ribozilacijo. Najpogostejši modifikaciji sta acetilacija in metilacija lizinskih ostankov v amino koncu H3 in H4. Metilacija histonov je povezana z represijo ali aktivacijo transktripcije, ta pa je odvisna od lokacije lizinskih ostankov.

==== Ekspresija miRNA ====
[http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A miRNA] je enoverižna ribonukleinska kislina sestavljena iz 21 so 23 nukleotidov. Zrela miRNA je delno komplementarna eni ali večim mRNA molekulam. Glavna funkcija [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://2.bp.blogspot.com/_QpsYVZ9l72g/S_znGzykzWI/AAAAAAAAAGQ/a6aLpHnKXvs/s1600/MicroRna%2Bprocessing.gif&imgrefurl=http://immunotrends.blogspot.com/&usg=__XjZuRV52Bod1qhIvLPze3TF_EQ0=&h=338&w=400&sz=38&hl=sl&start=0&sig2=wbjzICGDNfHdkprfegvPAQ&zoom=1&tbnid=GF8BMzAYPNEUpM:&tbnh=121&tbnw=143&ei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&prev=/images%3Fq%3Dmikro%2Brna%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=423&vpy=209&dur=18&hovh=206&hovw=244&tx=95&ty=105&oei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&page=1&ndsp=34&ved=1t:429,r:11,s:0 miRNA v povezavi z mRNA] je zmanjševanje ekspresije genov.

===EPIGENETIKA IN OKOLJE===

----

Epigenetika je temeljna za razumevanje molekulskega mehanizma okoljskih toksinov, prav tako kot napovedovanju tveganja ob izpostavljenosti okolju in individualno dovzetnost.
Po podatkih svetovne zdravstvene organizacije [http://www.who.int/en/ WHO ](World Health Organization) je več kot 13 milijonov smrti letno povzročenih zaradi okoljskih dejavnikov in kar 24 % bolezni povzročenih zaradi izpostavljenosti okolju bi lahko preprečili.
Med okoljske dejavnike štejemo tudi ksenobiotike. Mednje sodijo kovine, fitoestrogeni, policiklični aromatski ogljikovodiki, dioksinske spojine, polikloro bifenili, ftalati in pesticidi, motilci endokrinega sistema, RDX, bisfenol A,…
Ljudje z genskimi polimorfizmi, kateri naredijo njihove celice manj sposobne za odgovor na oksidativni stres so bili spoznani za bolj dovzetne do kardiovaskularnih in respiratornih efektov zaradi onesnaženja zraka. To producira zdravstvene težave, še posebaj v tistih delih telesa, kjer se generira oksidativni stres.

===KOVINE===

----
Več študij je pokazalo povezavo z DNA metilacijo in okoljskimi kovinami, kot so nikelj, kadmij, živo srebro in še posebej arzen.

==== Kadmij ====
Kadmij je rahlo bazična dvovalentna prehodna kovina. Je [http://www.google.com/search?hl=sl&rlz=&=&q=kadmij&um=1&ie=UTF-8&tbm=isch&source=og&sa=N&tab=wi&biw=1440&bih=692 modrikasto bele barve] in je strupena.
Je sestavni del baterij, televizorjev, najdeno pa ga tudi v PVC, kjer deluje kot stabilizator. Sodi med težke kovine in vpliva na DNA metilacijo. Znano je, da kadmij povzroči hipometilacjo DNA v jetrnih celicah po enem tednu izpostavljenosti. Po desetih tednih povzroči hipermetilacijo DNA jeternih celic.

==== Nikelj ====
Nikelj v periodnem sistemu najdemo med prehodnimi elementi. Je srebrnkasto bela lesketajoča kovina. Ima feromagnetne lastnosti. Uporabljajo ga za prekrivanje manjših kovancev, saj prekriva medenino in železo.
Povezava niklja z zdravjem ljudi, ki so zboleli za rakom in kardiorespiratornimi boleznimi še dandanes ni pojasnjena. Znano je, da nikelj lahko zamenja magnezij pri DNA interakciji, povečani kondenzaciji kromatina in sprožanju de-novo DNA metilaciji. Vpliva lahko tudi na modifikacijo histonov. Izpostavljenost topnemu [http://en.wikipedia.org/wiki/Nickel%28II%29_chloride NiCl2] zmanjša atecilacijo histonov, poveča pa demetilacijo H3K9 in poveča monoubikvitinacijo H2A in H2B in vitro.
Domnevajo, da vezava Ni2+ ionov omogoča sekundarno strukturo s stranskimi verigami N-terminalnega repa histona H4.

==== Krom ====
Krom sodi med prehodne kovine. Je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://www.9jcg.com/tutorials/mario_malagrino/chrome_material/chrome_material_01.jpg&imgrefurl=http://en.9jcg.com/comm_pages/blog_content-art-121.htm&usg=__ruLsMaShabh0dgxFRHOLiy-9rks=&h=472&w=630&sz=37&hl=sl&start=0&sig2=JSnycu0qAvhmrd0xoGmhtQ&zoom=1&tbnid=IVbh-mvXOOeSnM:&tbnh=168&tbnw=242&ei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&prev=/images%3Fq%3Dchrome%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D692%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=641&vpy=319&dur=1810&hovh=194&hovw=259&tx=183&ty=62&oei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&page=1&ndsp=17&ved=1t:429,r:8,s:0 sive sijoče barve] in je trden. Krom se težko spaja in je odporen proti koroziji ter potemnitvi.
Krom je prisoten v telesu. Njegovo pomankanje povezujejo z zmanjševanjem glukozne tolerance, zvišano vsebnostjo trigliceridov in celotnega holesterola v krvi in zvišanimi vrednostmi krvnega sladkorja. To je še posebaj pomembno pri skupini ljudi kot so nosečnice, starejši ljudje, diabetiki in podhranjeni otroci. Koncentracija kroma v tkivu se zmanjšuje s starostjo. Naprej se pogosteje pojavlja pri starejših osebah glukozna intoleranca, diabetes, hiperlipidemija in arterioskleroza. Najverjetneje starejši organizem ni več sposoben sintetizirati zadosti GTF-ja iz razpoložljivega kroma.
Epigenetski efekti kroma so še vedno zelo slabo pojasnjeni.

==== Arzen ====
Arzen je kovina in ima tri alotropne oblike, črno, rumeno in sivo.. Med segrevanjem arzena se oksidira v arzenov oksid, ki spominja na vonj po česnu. Arzen in njegove spojine pa lahko tudi sublimirajo. Elementarni arzen se najde v dveh trdnih oblikah, rumeni in sivo-kovinski. V vodi je slabo topen in ni hlapljiv.
Glavni namen uporabe arzena je krepitev zlitine bakra in zlasti svinca (npr. avtomobilske baterije). Arzen in njegove spojine se uporablja tudi v proizvodnji pesticidov, hebicidov in insekticidov. Kemijsko je podoben fosforju, zato ga delno nadomešča v biokemijskih reakcijah . Zaradi interakcij med ioni arzena in proteini je za človeka strupen. Velik problem je že pojav spojin arzena v pitni vodi.
Človek je arzenu izpostavljen tako, da ga zaužije s hrano, z vdihovanjem ali preko kože. Izpostavljenost arzenu lahko povzroči marsikatere zdravstvene motnje, med njimi spremembe na koži, povečano količino belih in rdečih krvničk, raka, srčnožilne bolezni, poškodbe možganov.
Izpostavljenost arzenu v maternici poveča umrljivost zaradi plučnega raka in bronhitisa v odraslem življenju. Pri eksperimentu z mišmi, ki so jih izpostavljali arzenu, so opazili povečano količino heptacelularnih karcinomov pri izpostavljenih potomcih, poleg tega pa tudi spremembo izražanja genov, ki sodelujejo pri celični proliferaciji, stresu in medceličnemu komuniciranju. Pri nosečih materah, ki so izpostavljene arzenu, lahko pride do epigenetskih sprememb v popkovnični krvi. Aktivira se omrežje poti z genom NF-kB (uravnava veliko genov, ki so odgovorni za apoptozo kot tudi vnetje, ki napreduje v tumor), posledično vnetje, celična proliferacija, stres in apoptoza.

==== Živo srebro ====
[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://blog.deborahblum.com/wp-content/uploads/2010/03/mercury_drops_large.jpg&imgrefurl=http://blog.deborahblum.com/%3Fp%3D154&usg=__7550YuGqAE0esZWYDZTcTtSJtVg=&h=480&w=508&sz=29&hl=sl&start=35&zoom=1&tbnid=VInhBxXBX9f-mM:&tbnh=160&tbnw=169&ei=Z2esTbrGHcaCOoLh9OYJ&prev=/search%3Fq%3Dmercury%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1226&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=307&vpy=162&dur=650&hovh=218&hovw=231&tx=153&ty=108&oei=Y2esTdPoJcXLtAb62OmoBw&page=3&ndsp=18&ved=1t:429,r:7,s:35&biw=1366&bih=667 Živo srebro] je edina kovina, ki je pri sobni temperaturi v tekočem agregatnem stanju. Ima tri oksidacijska stanja (elementarno, enovaletno in dvovalentno živo srebro). Organski obliki živega srebra (metil živo srebro – CH3Hg in dimetil živo srebro – (CH3)2Hg) nastaneta iz anorganske, kar se dogaja med tehnološkimi procesi v kemični industriji, lahko pa tudi spontano v naravi z metilacijo (mikroorganizmi).

Različne oblike živega srebra se uporabljajo v merilnih instrumentih (termometri in barometri), pri izdelavi baterij, pri pridobivanju klora, zlata, v rudarstvu, v zobozdravstvu (izdelava plomb iz [http://www.merriam-webster.com/dictionary/amalgam amalgama]) itd. Živo srebro so včasih uporabljali tudi za zdravljenje sifilisa, saj so menili, da učinkuje šele takrat, ko se razvijejo znaki zastrupitve. Kasneje so ga zamenjali za arzenske preparate (salvazan).

Onesnaženost okolja povzroči pretvorbo anorganskega živega srebra v organsko obliko, slednja pa posledično zastrupitev ljudi. Organski obliki sta slabo topni v vodi, dobro pa se topita v lipidih, zato se akumulirata predvsem v maščevju in tako vplivata na možgane in živčni sistem.

Neželeni učinki živega srebra so insomnija, slabost, glavobol, izguba spomina in apetita, mravljinci v okončinah, motnje v hoji,… Najbolj občutljiv je zarodek, saj lahko metilirano živo srebro preide v placento in povzroči nepravilen razvoj žičevja. Dojenčki, ki uživajo materino mleko, ki vsebuje živo srebro lahko oslepijo, umsko zaostanejo, imajo onemogočen govor, nepravilno razvito živčevje in prebavni trakt ter poškodbe ledvic.

===ONESNAŽEVANJE OKOLJA===

----

Izpostavljenost onesnaženemu zraku so povezovali z povečanim številom smrti zaradi kardiorespiratornih bolezni, prav tako pa tudi s tveganjem za obolelostjo za pljučnim rakom.
Preiskovali so tudi v DNA metilaciji inducirane z manjšo vsebnostjo benzena v krvi pri zaposlenih na bencinskih črpalkah in prometnikih. Visoka vsebnost benzena v krvi je povezana za obolelostjo za [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Levkemija levkemijo].

==== Ftalati ====
Ftalati so kemijsko estri ftalne kisline in alifatskih alkoholov. Gre za hlapne tekočine, ki jih v industriji dodajajo plastičnim masam polimerov, da povečajo njihovo gibljivost.

Za določanje ftalatov v živilih in drugih medijih se večinoma uporabljajo analitske tehnike tekočinske in plinske kromatografije v sklopu z različnimi detektorji, kot so masno - selektivni detektorji, spektrofotometri.

DEHP (di-2-etilheksilftalat), DBP (dibutilftalat) in BBP (butil benzil ftalat) so ftalati, ki so endokrini motilci zaradi njihovih antiandrogenih ali proestrogenih učinkov. Uporabljajo se za mehčanje polivinilklorida, prisotni pa so v lepilih, kmetijskih dodatkih, gradbenih materialih, osebnih predmetih, medicinskih pripomočkih, detergentih, otroških igračah, farmacevtskih izdelkih, prehrambenih proizvodih in v tekstilu. Izpostavljanje ftalatov je možno preko prehrane, vdihovanja ali vnosa v telo preko kože.

Najbolj ranljive skupine za učinke ftalatov so nosečnice in dojenčki moškega spola. Izpostavljenost ftalatom med nosečnostjo privede do predčasnega poroda, veliko reproduktivnih in razvojnih motenj vključno z anogenitalno boleznijo pri novorojenih fantkih in nespuščenih modih, pri dekletih motnje v razvoju živčevja in zvišanju telesne teže v obdobju prvih 3 let življenja. Ftalati naj bi se na plod prenašali tudi preko placente, na dojenčka pa preko materinega mleka. Še več ga lahko dobijo preko plastičnih stekleničk, s katerimi jih hranimo, s kozmetiko za malčke in z igračami slabše kakovosti. Od leta 2005 se DEHP, DBP in BBP ne smejo uporabljati pri proizvodnji igrač in drugih otroških proizvodih.
Izpostavljenost ftalatom dokazano moti funkcije številnih hormonov od reproduktivnih - testosterona, luteinizing hormona, folikl stimulirajočega hormona - pa do ščitničnih. Tako so hormonski motilci, ki poškodujejo ščitnico in imunski sistem. Poškodujejo tudi možgane in živčni sistem, pojavijo se lahko razne alergije.

==== Bisfenol A ====
Bisfenol A (BPA) je organska molekula z dvema fenilnima skupinama. Je endokrini motilec in je prisoten v maščobnem tkivu. Uporablja se v produkciji plastike in smole, ki so v posodah za hrano in pijačo, zaviralcih ognja, zobozdravstvenih tesnilnih masah in pri recikliranju termalnega papirja.
BPA je endokrini motilec, ki lahko oponaša telesu lastne hormone. Izpostavljenost BPA lahko povzroči nevrološke motnje, debelost in raka. Otroci so BPA izpostavljeni le preko prehrane, vendar pa je možno, da je BPA povezan z motnjami razmnoževanja pri ženskah in večji dovzetnosti za raka. Uporaba BPA za proizvodnjo otroških stekleničk je prepovedana v Evropski uniji in Kanadi.
Pri podganah se je izpostavljenost BPA pokazala kot povečana incidenca interepitelijske neoplazije prostate, ki ji sledi podaljšano izpostavljanje estradiola in testosterona v odraslem življenju. Tkivo prostate je pokazalo spremembe v metilaciji kot rezultat estrogenega ali BPA izpostavljanja pri novorojenčku. Gen fosfodizertaze tipa 4 različice 4 (PDE4D4) je pokazal hipometilacijo 5'CpG regije in posledično do večjega izražanja PDE4D4 v prostati odraslega. To je pokazalo, da je epigenom prostate trajno sprememnjen zaradi BPA in da epigenetske spremembe lahko s staranjem vodijo do raka prostate.

==== Tobak ====
Tobak je rod 60 vrst, v uporabi pa sta le dve, kmečki in navadni tobak. Sestavljajo ju podobne spojine, alkaloidi iz družine nikotinov, ki so strupeni. Tobak se uporablja za kajenje, žvečenje in njuhanje, pa tudi kot nadomestek za pesticide v biološki pridelavi hrane, nikotin je namreč učinkovit insekticid. V tobačnem dimu je poleg nikotina prisotnih še nekaj primesi, cianid, amonijak, piridin, žveplo, ogljikov monoksid in še ostali.
Številne zdravstvene organizacije že leta skušajo s svojimi kampanijami ljudi odvajati od kajenja, saj ima veliko negativnih učinkov na človeško zdravje. Prezgodnje staranje, pljučni rak, srčne bolezni, kronične pljučne bolezni so le ene izmed njih. Pri pasivnem ali aktivnem kajenju matere, se je izpostavljenost tobaku na potomcu pokazala kot zmanjšana funkcija pljuč, večja dovzetnost za astmo, rak, debelost, sladkorna bolezen tipa II in nizka porodna teža, ki je povezana z srčno-žilnimi boleznimi, debelostjo in sladkorno boleznijo tipa II.
Predporodno izpostavljanje materninemu kajenju so povezali s povišano globalno metilacijo v enojedrnih krvnih celicah odraslih žensk. Globalna hipometilacija z regijo ali specifična genska hipermetilacija je bila že povezana z rakom. Globalna hipometilacija je rezultat kromosomske nestabilnosti in povečanja števila mutacij, medtem ko lahko promotor hipermetilacije utiša izražanje genov tumorja. Vse to se lahko prenese tudi na kasnejše generacije. Vnuk, katerega babica je kadila med svojo nosečnostjo, je bil bolj dovzeten za astmo, čeprav njegova mati ni nikoli kadila. Tveganje se je še povečalo, če sta kadili tako babica kot mati.

==== Onesnaževanje zraka ====
Onesnaževanje zraka je proces sprostitve kemičnih substanc v atmosfero. Te kemične substance so v največji meri ogljikov monoksid, žveplov dioksid, klorofluorokarbon in dušikov oksid. Ustvarja jih človek z industrijo in uporabo motornih strojev. Fotokemične spojine in smog se kreirajo pri zgorevanju ogljikovodikov.
Benzopiren in drugi PAH so povezani z epigenetsko in genomsko toksičnostjo (poškodbe DNA, adukcija DNA, mutacije). Nekateri PAH podobni steroidnim hormonom veljajo za endokrine motilce. So topni lipidi v maščobnem tkivu in se prenašajo preko placente in preko popkovnične krvi v možganske pregrade zarodka.
Izpostavljenost gorjenju fosilnih goriv pri zarodku povzroči nazadovanje v rasti, zaostajanje v razvoju, znižanje inteligenčnega kvocienta in vedenjske motnje. Vse skupaj so povezali z genomsko hipometilacijo pri belih krvničkah v popkovini, ki je znatno znižana pri zarodkih, ki so izpostavljeni onesnaževanju. Nivo globalne metilacije ostane enaka vse do zgodnjega otroštva.

==== Benzen ====
Benzen je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f2/Benzen_01.png&imgrefurl=http://sl.wikipedia.org/wiki/Slika:Benzen_01.png&usg=__MWdMHEZvEkfE_8OVeHfQOmNCtvs=&h=581&w=800&sz=109&hl=sl&start=0&sig2=C6zST9AcFEGkW_Er2Mt_mw&zoom=1&tbnid=SYLmEyT2HsWUoM:&tbnh=110&tbnw=151&ei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&prev=/images%3Fq%3Dbenzen%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch0%2C385&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1012&vpy=112&dur=567&hovh=110&hovw=151&tx=112&ty=91&oei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:28,s:0&biw=1440&bih=663 aromatski ogljikovodik], ki je brezbarven. Je zelo vnetljiv in dobro raztaplja smole, maščobe, jod in naftalen. Pridobivamo ga iz premogovega katrana, nafte ali sintetično. Zaradi njegove karcinogenosti je njegova uporaba omejena. Uporablja se predvsem kot dodatek k gorivu (bencinu). [http://www.brezcenzure.si/si/articles/details/165/Rakotvorni+benzen+v+avtomobilih Benzen] z dihanjem prehaja v kosti in povzroča anemijo ter zmanjšuje število belih krvnih celic.
Benzen iz zraka povezujejo z hipermetilacijo v p15 in hipometilacijo MAGE-1 (melanoma antigen-1), ki je rakov antigen. Ta spoznanja so pokazala, da izpostavljenost nizki koncentraciji benzena lahko inducira spremenjeno DNA metilacijo, kar pa sproži nenormalne epigenetske vzorce, najdene pri malignih celicah.

==== Heksa-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazen (RDX) ====
RDX je eksploziven [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_zhw7Ns2scr4/SQ7zU6npdjI/AAAAAAAAAH4/iXf7JH2m9EM/s320/RDX%2BCHEMISTRY.gif&imgrefurl=http://entertainingchemistry.blogspot.com/2008/11/chemistry-of-rdx.html&usg=__rkB9vWG57QqhfOLBwfA7vzQ1ftM=&h=234&w=320&sz=34&hl=sl&start=0&sig2=GmjtYI2d8EKfE4qfNLLi3A&zoom=1&tbnid=wUvzo0H07GaeeM:&tbnh=123&tbnw=168&ei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&prev=/images%3Fq%3Drdx%2Bchemical%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1143&vpy=210&dur=259&hovh=187&hovw=256&tx=165&ty=69&oei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:14,s:0 nitroamin], ki je široko zastopan v [http://www.globalsecurity.org/military/systems/munitions/explosives-nitramines.htm vojski] in industriji. Znan je tudi pod imenom T4.
Je pogost okoljski pulant, ki je posledica vojaških in civilnih aktivnosti. Povezujejo ga z nevrotoksičnostjo, imunotoksičnosjo in povečanim tveganjem za obolelostjo za rakom.

===MOTILCI ENDOKRINEGA SISTEMA===

----
==== Endokrini sistem ====
[http://www.endocrinedisruption.com/endocrine.introduction.overview.php Endokrini sistem] sestavljajo žleze, le-te pa izločajo [http://www.wisegeek.com/what-are-hormones.htm hormone]. Hormone izločajo endokrino v kri. Hormoni krožijo po telesu po krvožilnem sistemu in vplivajo na delovanje oddaljenih organov. Hormoni se vežejo na tarčne celice in spremenijo delovanje celic oziroma organov. Glavne žleze endokrinega sistema so hipotalamus, hipofiza, ščitnica, obščitnične žleze, Langerhansovi otočki trebušne slinavke, nadledvične žleze, testisi in ovariji, med nosečnostjo pa še posteljica.

Motnja endokrinega sistema je posledica delovanja endokrinega motilca. Ti motilci so eksogena substanca ali mešanica substanc, ki spremenijo delovanje endokrinega sistema, kar sproži različne učinke na organizmu pri določeni stopnji izpostavljenosti. Večina le-teh vpliva na reproduktivne organe, lahko tudi na vse organe, edini pogoj pa je, da imajo ti organi receptorje zanje. Ti organi so jetra, ledvice, centralni živčni sistem, imunski sistem, kosti.

==== Mehanizmi motilcev endokrinega sistema ====
Poznamo več mehanizmov motilcev, ki negativno delujejo na endokrini sistem kot so interakcije s hormoni, interakcije na nivoju receptorjev in blokada receptorjev.

* Interakcije s hormoni: ksenobiotiki vplivajo na sintezo hormonov. Sem vključujemo sproščanje, transport, metabolizem, izločanje in učinkovanje hormonov.

* Interakcije na nivoju receptorjev: to so snovi, ki se vežejo na estrogenske receptorje in so kompetitivni antagonisti ali delni agonisti naravnega hormona. Sem spadajo fitoestrogeni (kumestrol, diadzein, genistein), zdravila (etinil, estradiol, tamoksifen) in industrijske snovi (DTT, p-nonilfenon, bisfenol A)

* Blokada receptorjev: ksenobiotiki, ki se vežejo na androgenske receptorje in jih blokirajo. Sem spadajo metabolit DTT (vinclozolinski metabolit).

Spremembe ali posledice zaradi endokrinih motilcev v naravi opažajo že desetletja. Posledice so disfunkcije in bolezni moških spolnih organov kot posledica substanc, katerih delovanje je podobno estrogenu (zdravila, estrogeni v kravjem mleku, industrijske kemikalije), kopičenje kemikalij v živalskih telesih in reproduktivne motnje teh živali (neoplojena jajca in manjši penisi pri aligatorjih po industrijski nesreči na Floridi, kjer je insekticid dikofol onesnažil jezero) ter več ženskih potomcev pri nekaterih vrstah rib, [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://3.bp.blogspot.com/_Gvv_MiJU5N4/TDcQw79usNI/AAAAAAAAAFI/SuPZ0OR6hZ4/s1600/amphibian.jpg&imgrefurl=http://faithnature.blogspot.com/&usg=__ljiyOfhKnfT-k-C0D6IcqCamtio=&h=333&w=500&sz=47&hl=sl&start=16&zoom=1&tbnid=TMSxmeoK1-DBtM:&tbnh=153&tbnw=203&ei=iG2sTdydKtGZOoKD0dkJ&prev=/search%3Fq%3Ddvo%25C5%25BEivke%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C586&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=131&vpy=261&dur=1005&hovh=183&hovw=275&tx=149&ty=83&oei=d22sTZbBO4vRsgbG0JGdBw&page=2&ndsp=19&ved=1t:429,r:6,s:16&biw=1366&bih=667 dvoživk] in [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_6pwJiMjLAzs/SYNSwmMR4sI/AAAAAAAAAEA/EjkzBddDh0g/s400/galebi%2Bm.jpg&imgrefurl=http://dianaandelic.blogspot.com/2008/10/galebi-vrtec.html&usg=__HzJrekSH26M1R7UYTfppW-IAuSA=&h=273&w=400&sz=33&hl=sl&start=64&zoom=1&tbnid=fdye1f00uASnOM:&tbnh=159&tbnw=248&ei=Rm2sTfXWF9GfOtGGtd8J&prev=/search%3Fq%3Dgalebi%26um%3D1%26hl%3Dsl%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1633&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1061&vpy=153&dur=391&hovh=174&hovw=255&tx=159&ty=91&oei=PW2sTZC1EYnItAal7JiiBw&page=4&ndsp=17&ved=1t:429,r:4,s:64&biw=1366&bih=667 galebov], ki se prehranjujejo z njimi.

Organizmi so v času razvoja zelo občutljivi na motnje v endokrinem sistemu, ki jih povzročijo kemikalije, le-te pa vplivajo na hormonsko aktivnost.

==== Vrste endokrinih motilcev ====
Na endokrine motnje smo najbolj občutljivi v času živahne delitve celic, izoblikovanja specializiranih funkcij, v času migracije celic in razvoju organov, saj so to procesi, ki so regulirani preko hormonov. Seveda pa so spremembe odvisne tudi od same izpostavljenosti osebka.
Pri endokrinih motilcih ločimo naravni in umetni izvor.

Naravnega izvora so [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/files/2008/01/fito.jpg&imgrefurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/2008/02/07/la-genisteina/&usg=__9m2smbslm2Y6L7xjAtLkuphgxyc=&h=203&w=291&sz=18&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=JcYCSiKzZtxi4M:&tbnh=125&tbnw=178&ei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&prev=/images%3Fq%3Dfitoestrogeni%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=142&vpy=89&dur=1546&hovh=162&hovw=232&tx=148&ty=88&oei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&page=1&ndsp=33&ved=1t:429,r:0,s:0 fitoestrogeni]. Ti so estrogenom podobne molekule, ki jih najdemo le v rastlinskem svetu. So nesteroidne molekule, ki se lahko vežejo na estrogenske receptorje. V telo jih vnesemo s hrano, prehajajo tudi placento, vsebuje jih lahko tudi materino mleko. Med fitoestrogene spadajo kumestani, derivat resorcinola ter za fiziološke učinke najpomembnejši lignani in izoflavonoidi. Veliko ga je v soji in njenih izdelkih, kjer najdemo izoflavon, danzidein in genistein.

Umetni endokrini motilci so lahko zaželeni ali ne. Sem spadajo dodatki k prehrani in [http://en.wikipedia.org/wiki/Pesticide pesticidi]. Poznamo kar nekaj industrijski endokrinih motilcev. To so ftalati, ki se uporabljajo široko v industriji umetnih mas, bisfenol A, ki se uporablja kot zaščita kovin in je zelo pomemben pri zobotehničnih posegih, uporablja pa se tudi kot notranja prevleka konzerv. Parabene najdemo v kozmetičnih preparatih kot konzervans in so estrogenski mimetiki. Umetni endokrini motilci so še alkilfenoli, PCB-ji in drugi.
Med endokrine motilce spadajo tudi prehranski dodatki, npr. butiliran hidroksianizol, ki se uporablja kot antioksidanti ter pesticidi (DDT, ki se uporablja kot insekticid; pri ljudeh so ugotovili proestrogenske in antiandrogenske učinke ter povečano tveganje za raka dojke in lindan, ki je prav tako insekticid in ga ponekod v manjši meri uporabljajo za zatiranje mravelj in deluje na človeka spermatoksično) [4].

----

===VIRI IN LITERATURA===

1. A. Baccarelli and V. Bollati. Epigenetics and environmental chemicals, Current opinion in pediatrics, 2009, str. 243-251 [12. april 2011] [http://journals.lww.com/co-pediatrics/Fulltext/2009/04000/Epigenetics_and_environmental_chemicals.14.aspx]

2. Bollati V. et al. (2010, 105) Environmental epigenetics. Heredity, 105-112. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20179736]

3. Bombail V. et al. (2004, 149) Perturbation of epigenetic status by toxicants. Toxicology Letters, 51-58. [http://www.unc.edu/courses/2008spring/envr/442/001/Bombail_2004.pdf]

4. Endocrine disruption, TEDX – The endocrine disruption exchange [14. april 2011] [http://www.endocrinedisruption.com/home.php]

5. F. Perera, J. Herbstman. Prenatal environmental exposures, epigenetics and disease. Reproductive Toxicology, 2011, str. 1-11 [18. april 20011] [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TC0-520J97V-1&_user=10&_coverDate=04%2F30%2F2011&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=gateway&_origin=gateway&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1722798980&_rerunOrigin=scholar.google&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=f8f97326dcce8d0c789736fec41ac679&searchtype=a [5]]

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Ksenobiotiki in epigenetske spremembe

2011-04-18T20:25:31Z

Alenka Mikuž:

Kar nekaj okoljskih faktorjev je povezanih z abnormalnimi epigenetskimi spremembami, ki so jih odkrili z eksperimenti in epidemiološkimi raziskavami. Določeni epigenetski mehanizmi so se razvili zaradi izpostavljenosti toksinom in določenim kemikalijam. Ne glede nato, da je v zadnjem času veliko študij v povezavi z epigenetskimi spremembami, še vedno ni jasno delovanje nekaterih mehanizmov. Razlog je, da so epigenetske spremembe majhne, skoncentrirane na določenih mestih in se lahko razvijejo čez določen čas, kar pa zaplete določanje vzroka oziroma povzročitelja spremembe [1].

===KSENOBIOTIKI===

----

[http://en.wikipedia.org/wiki/Xenobiotic Ksenobiotiki] so kemijske spojine, ki jih je sintetiziral človek, organizmom pa so le-ti tuji. Med ksenobiotike spadajo pesticidi, prehranski dodatki, zdravila in industrijski polutanti. Najdemo jih v hrani, embalaži, v zraku, vodi, kozmetičnih sredstvih, čistilih,… Večina ksenobiotikov je slabo topnih v vodi, saj gre predvsem za organske spojine. Ksenobiotiki se akumulirajo predvsem v maščevju, lahko tudi v možganih. So vzrok za različna kronična obolenja kot so migrena, kronična utrujenost, slabost, rak, nevrodegenerativne bolezni.

V telo najpogosteje preidejo skozi prebavni trakt, lahko tudi skozi respiratorni sistem, kožo ali sluznico. Iz telesa se jih največ izloči z [http://www.wisegeek.com/what-is-urea.htm ureo] (sečnino), z znojem in z izdihanim zrakom. Skozi celično membrano prehajajo le nepolarne spojine, zato ledvice učinkovito izločajo le vodotopne spojine, snovi, ki pa niso topne v vodi pa se v obliki primarnega urina reabsorbirajo nazaj v krvni obtok. Če bi želeli, da se ksenobiotiki popolnoma izločijo iz telesa, bi morali le-ti biti polarni. Ksenobiotiki, ki vstopijo v krvni obtok iz prebavnega trakta, pridejo po portalni veni v jetra, kjer se pretvorijo v bolj polarno obliko.

===PREGLED EPIGENETSKIH MEHANIZMOV===

----

Epigenetika je študija v epigenetskih spremembah v izražanju genov, ki se pojavijo brez sprememb v DNA zaporedju. Vključuje številne mehanizme, kot so metilacija DNA, modifikacije histonov in ekspresija miRNA. Mehanizmi so fleksibilni genomski parametri, ki lahko spremenijo funkcijo genoma pod vplivom ksenobiotikov, le-ti pa se prenašajo iz generacije v generacijo.

==== Metilacija DNA ====
Od vseh epigenetskih mehanizmov, je še najbolje raziskana metilacija DNA. Metilna skupina se doda na peti ogljik citozina v [http://en.wikipedia.org/wiki/CpG_site CpG dinukleotidu]. CpG dinukleotid je redko prisoten v genomu sesalcev in še takrat v metilirani obliki. Kjer se pa regije genskega promotorja prekrivajo s CpG regijo, je le-ta v nemetilirani obliki. Metilacija citozina ima regulacijsko vlogo. Metilna skupina 5-metilcitozina inhibira transkripcijo vezavnih proteinov in utiša gen. Metilacija DNA deluje kot umestitveno mesto za vezavne proteine, ki uravnavajo druge kromatinske preoblikovalne proteine. Sprememba metilacije na teh mestih je tako prepoznana. Tako hipermetilacija kot hipometilacija DNA sta lahko posledici izpostavljanja eksogenim kemikalijam. Za nekatere gene že zelo majhna sprememba v metilaciji DNA na nekaterih mestih CpG rahlo spremeni gensko izražanje in poveča dovzetnost za bolezni. DNA metilacija je katalizirana z družino DNA metiltransferaznih encimov (DNMT). Pri sesalcih obstajajo trije znani encimi: DNMT1, DNMT3A in DNMT3B.

==== Modifikacije histonov ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Histone Histoni] so globularni proteini, ki skupaj z DNA tvorijo strukturne enote kromatina imenovane nukleosomi. Ti proteini vplivajo na kondenzacijo kromatina med fazo prepisovanja genov. Lahko so modificirani z acetilacijo, metilacijo, fostorilacijo, glikozilacijo, sumolacijo ali ADP ribozilacijo. Najpogostejši modifikaciji sta acetilacija in metilacija lizinskih ostankov v amino koncu H3 in H4. Metilacija histonov je povezana z represijo ali aktivacijo transktripcije, ta pa je odvisna od lokacije lizinskih ostankov.

==== Ekspresija miRNA ====
[http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A miRNA] je enoverižna ribonukleinska kislina sestavljena iz 21 so 23 nukleotidov. Zrela miRNA je delno komplementarna eni ali večim mRNA molekulam. Glavna funkcija [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://2.bp.blogspot.com/_QpsYVZ9l72g/S_znGzykzWI/AAAAAAAAAGQ/a6aLpHnKXvs/s1600/MicroRna%2Bprocessing.gif&imgrefurl=http://immunotrends.blogspot.com/&usg=__XjZuRV52Bod1qhIvLPze3TF_EQ0=&h=338&w=400&sz=38&hl=sl&start=0&sig2=wbjzICGDNfHdkprfegvPAQ&zoom=1&tbnid=GF8BMzAYPNEUpM:&tbnh=121&tbnw=143&ei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&prev=/images%3Fq%3Dmikro%2Brna%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=423&vpy=209&dur=18&hovh=206&hovw=244&tx=95&ty=105&oei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&page=1&ndsp=34&ved=1t:429,r:11,s:0 miRNA v povezavi z mRNA] je zmanjševanje ekspresije genov.

===EPIGENETIKA IN OKOLJE===

----

Epigenetika je temeljna za razumevanje molekulskega mehanizma okoljskih toksinov, prav tako kot napovedovanju tveganja ob izpostavljenosti okolju in individualno dovzetnost.
Po podatkih svetovne zdravstvene organizacije [http://www.who.int/en/ WHO ](World Health Organization) je več kot 13 milijonov smrti letno povzročenih zaradi okoljskih dejavnikov in kar 24 % bolezni povzročenih zaradi izpostavljenosti okolju bi lahko preprečili.
Med okoljske dejavnike štejemo tudi ksenobiotike. Mednje sodijo kovine, fitoestrogeni, policiklični aromatski ogljikovodiki, dioksinske spojine, polikloro bifenili, ftalati in pesticidi, motilci endokrinega sistema, RDX, bisfenol A,…
Ljudje z genskimi polimorfizmi, kateri naredijo njihove celice manj sposobne za odgovor na oksidativni stres so bili spoznani za bolj dovzetne do kardiovaskularnih in respiratornih efektov zaradi onesnaženja zraka. To producira zdravstvene težave, še posebaj v tistih delih telesa, kjer se generira oksidativni stres.

===KOVINE===

----
Več študij je pokazalo povezavo z DNA metilacijo in okoljskimi kovinami, kot so nikelj, kadmij, živo srebro in še posebej arzen.

==== Kadmij ====
Kadmij je rahlo bazična dvovalentna prehodna kovina. Je [http://www.google.com/search?hl=sl&rlz=&=&q=kadmij&um=1&ie=UTF-8&tbm=isch&source=og&sa=N&tab=wi&biw=1440&bih=692 modrikasto bele barve] in je strupena.
Je sestavni del baterij, televizorjev, najdeno pa ga tudi v PVC, kjer deluje kot stabilizator. Sodi med težke kovine in vpliva na DNA metilacijo. Znano je, da kadmij povzroči hipometilacjo DNA v jetrnih celicah po enem tednu izpostavljenosti. Po desetih tednih povzroči hipermetilacijo DNA jeternih celic.

==== Nikelj ====
Nikelj v periodnem sistemu najdemo med prehodnimi elementi. Je srebrnkasto bela lesketajoča kovina. Ima feromagnetne lastnosti. Uporabljajo ga za prekrivanje manjših kovancev, saj prekriva medenino in železo.
Povezava niklja z zdravjem ljudi, ki so zboleli za rakom in kardiorespiratornimi boleznimi še dandanes ni pojasnjena. Znano je, da nikelj lahko zamenja magnezij pri DNA interakciji, povečani kondenzaciji kromatina in sprožanju de-novo DNA metilaciji. Vpliva lahko tudi na modifikacijo histonov. Izpostavljenost topnemu [http://en.wikipedia.org/wiki/Nickel%28II%29_chloride NiCl2] zmanjša atecilacijo histonov, poveča pa demetilacijo H3K9 in poveča monoubikvitinacijo H2A in H2B in vitro.
Domnevajo, da vezava Ni2+ ionov omogoča sekundarno strukturo s stranskimi verigami N-terminalnega repa histona H4.

==== Krom ====
Krom sodi med prehodne kovine. Je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://www.9jcg.com/tutorials/mario_malagrino/chrome_material/chrome_material_01.jpg&imgrefurl=http://en.9jcg.com/comm_pages/blog_content-art-121.htm&usg=__ruLsMaShabh0dgxFRHOLiy-9rks=&h=472&w=630&sz=37&hl=sl&start=0&sig2=JSnycu0qAvhmrd0xoGmhtQ&zoom=1&tbnid=IVbh-mvXOOeSnM:&tbnh=168&tbnw=242&ei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&prev=/images%3Fq%3Dchrome%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D692%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=641&vpy=319&dur=1810&hovh=194&hovw=259&tx=183&ty=62&oei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&page=1&ndsp=17&ved=1t:429,r:8,s:0 sive sijoče barve] in je trden. Krom se težko spaja in je odporen proti koroziji ter potemnitvi.
Krom je prisoten v telesu. Njegovo pomankanje povezujejo z zmanjševanjem glukozne tolerance, zvišano vsebnostjo trigliceridov in celotnega holesterola v krvi in zvišanimi vrednostmi krvnega sladkorja. To je še posebaj pomembno pri skupini ljudi kot so nosečnice, starejši ljudje, diabetiki in podhranjeni otroci. Koncentracija kroma v tkivu se zmanjšuje s starostjo. Naprej se pogosteje pojavlja pri starejših osebah glukozna intoleranca, diabetes, hiperlipidemija in arterioskleroza. Najverjetneje starejši organizem ni več sposoben sintetizirati zadosti GTF-ja iz razpoložljivega kroma.
Epigenetski efekti kroma so še vedno zelo slabo pojasnjeni.

==== Arzen ====
Arzen je kovina in ima tri alotropne oblike, črno, rumeno in sivo.. Med segrevanjem arzena se oksidira v arzenov oksid, ki spominja na vonj po česnu. Arzen in njegove spojine pa lahko tudi sublimirajo. Elementarni arzen se najde v dveh trdnih oblikah, rumeni in sivo-kovinski. V vodi je slabo topen in ni hlapljiv.
Glavni namen uporabe arzena je krepitev zlitine bakra in zlasti svinca (npr. avtomobilske baterije). Arzen in njegove spojine se uporablja tudi v proizvodnji pesticidov, hebicidov in insekticidov. Kemijsko je podoben fosforju, zato ga delno nadomešča v biokemijskih reakcijah . Zaradi interakcij med ioni arzena in proteini je za človeka strupen. Velik problem je že pojav spojin arzena v pitni vodi.
Človek je arzenu izpostavljen tako, da ga zaužije s hrano, z vdihovanjem ali preko kože. Izpostavljenost arzenu lahko povzroči marsikatere zdravstvene motnje, med njimi spremembe na koži, povečano količino belih in rdečih krvničk, raka, srčnožilne bolezni, poškodbe možganov.
Izpostavljenost arzenu v maternici poveča umrljivost zaradi plučnega raka in bronhitisa v odraslem življenju. Pri eksperimentu z mišmi, ki so jih izpostavljali arzenu, so opazili povečano količino heptacelularnih karcinomov pri izpostavljenih potomcih, poleg tega pa tudi spremembo izražanja genov, ki sodelujejo pri celični proliferaciji, stresu in medceličnemu komuniciranju. Pri nosečih materah, ki so izpostavljene arzenu, lahko pride do epigenetskih sprememb v popkovnični krvi. Aktivira se omrežje poti z genom NF-kB (uravnava veliko genov, ki so odgovorni za apoptozo kot tudi vnetje, ki napreduje v tumor), posledično vnetje, celična proliferacija, stres in apoptoza.

==== Živo srebro ====
[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://blog.deborahblum.com/wp-content/uploads/2010/03/mercury_drops_large.jpg&imgrefurl=http://blog.deborahblum.com/%3Fp%3D154&usg=__7550YuGqAE0esZWYDZTcTtSJtVg=&h=480&w=508&sz=29&hl=sl&start=35&zoom=1&tbnid=VInhBxXBX9f-mM:&tbnh=160&tbnw=169&ei=Z2esTbrGHcaCOoLh9OYJ&prev=/search%3Fq%3Dmercury%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1226&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=307&vpy=162&dur=650&hovh=218&hovw=231&tx=153&ty=108&oei=Y2esTdPoJcXLtAb62OmoBw&page=3&ndsp=18&ved=1t:429,r:7,s:35&biw=1366&bih=667 Živo srebro] je edina kovina, ki je pri sobni temperaturi v tekočem agregatnem stanju. Ima tri oksidacijska stanja (elementarno, enovaletno in dvovalentno živo srebro). Organski obliki živega srebra (metil živo srebro – CH3Hg in dimetil živo srebro – (CH3)2Hg) nastaneta iz anorganske, kar se dogaja med tehnološkimi procesi v kemični industriji, lahko pa tudi spontano v naravi z metilacijo (mikroorganizmi).

Različne oblike živega srebra se uporabljajo v merilnih instrumentih (termometri in barometri), pri izdelavi baterij, pri pridobivanju klora, zlata, v rudarstvu, v zobozdravstvu (izdelava plomb iz [http://www.merriam-webster.com/dictionary/amalgam amalgama]) itd. Živo srebro so včasih uporabljali tudi za zdravljenje sifilisa, saj so menili, da učinkuje šele takrat, ko se razvijejo znaki zastrupitve. Kasneje so ga zamenjali za arzenske preparate (salvazan).

Onesnaženost okolja povzroči pretvorbo anorganskega živega srebra v organsko obliko, slednja pa posledično zastrupitev ljudi. Organski obliki sta slabo topni v vodi, dobro pa se topita v lipidih, zato se akumulirata predvsem v maščevju in tako vplivata na možgane in živčni sistem.

Neželeni učinki živega srebra so insomnija, slabost, glavobol, izguba spomina in apetita, mravljinci v okončinah, motnje v hoji,… Najbolj občutljiv je zarodek, saj lahko metilirano živo srebro preide v placento in povzroči nepravilen razvoj žičevja. Dojenčki, ki uživajo materino mleko, ki vsebuje živo srebro lahko oslepijo, umsko zaostanejo, imajo onemogočen govor, nepravilno razvito živčevje in prebavni trakt ter poškodbe ledvic.

===ONESNAŽEVANJE OKOLJA===

----

Izpostavljenost onesnaženemu zraku so povezovali z povečanim številom smrti zaradi kardiorespiratornih bolezni, prav tako pa tudi s tveganjem za obolelostjo za pljučnim rakom.
Preiskovali so tudi v DNA metilaciji inducirane z manjšo vsebnostjo benzena v krvi pri zaposlenih na bencinskih črpalkah in prometnikih. Visoka vsebnost benzena v krvi je povezana za obolelostjo za [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Levkemija levkemijo].

==== Ftalati ====
Ftalati so kemijsko estri ftalne kisline in alifatskih alkoholov. Gre za hlapne tekočine, ki jih v industriji dodajajo plastičnim masam polimerov, da povečajo njihovo gibljivost.

Za določanje ftalatov v živilih in drugih medijih se večinoma uporabljajo analitske tehnike tekočinske in plinske kromatografije v sklopu z različnimi detektorji, kot so masno - selektivni detektorji, spektrofotometri.

DEHP (di-2-etilheksilftalat), DBP (dibutilftalat) in BBP (butil benzil ftalat) so ftalati, ki so endokrini motilci zaradi njihovih antiandrogenih ali proestrogenih učinkov. Uporabljajo se za mehčanje polivinilklorida, prisotni pa so v lepilih, kmetijskih dodatkih, gradbenih materialih, osebnih predmetih, medicinskih pripomočkih, detergentih, otroških igračah, farmacevtskih izdelkih, prehrambenih proizvodih in v tekstilu. Izpostavljanje ftalatov je možno preko prehrane, vdihovanja ali vnosa v telo preko kože.

Najbolj ranljive skupine za učinke ftalatov so nosečnice in dojenčki moškega spola. Izpostavljenost ftalatom med nosečnostjo privede do predčasnega poroda, veliko reproduktivnih in razvojnih motenj vključno z anogenitalno boleznijo pri novorojenih fantkih in nespuščenih modih, pri dekletih motnje v razvoju živčevja in zvišanju telesne teže v obdobju prvih 3 let življenja. Ftalati naj bi se na plod prenašali tudi preko placente, na dojenčka pa preko materinega mleka. Še več ga lahko dobijo preko plastičnih stekleničk, s katerimi jih hranimo, s kozmetiko za malčke in z igračami slabše kakovosti. Od leta 2005 se DEHP, DBP in BBP ne smejo uporabljati pri proizvodnji igrač in drugih otroških proizvodih.
Izpostavljenost ftalatom dokazano moti funkcije številnih hormonov od reproduktivnih - testosterona, luteinizing hormona, folikl stimulirajočega hormona - pa do ščitničnih. Tako so hormonski motilci, ki poškodujejo ščitnico in imunski sistem. Poškodujejo tudi možgane in živčni sistem, pojavijo se lahko razne alergije.

==== Bisfenol A ====
Bisfenol A (BPA) je organska molekula z dvema fenilnima skupinama. Je endokrini motilec in je prisoten v maščobnem tkivu. Uporablja se v produkciji plastike in smole, ki so v posodah za hrano in pijačo, zaviralcih ognja, zobozdravstvenih tesnilnih masah in pri recikliranju termalnega papirja.
BPA je endokrini motilec, ki lahko oponaša telesu lastne hormone. Izpostavljenost BPA lahko povzroči nevrološke motnje, debelost in raka. Otroci so BPA izpostavljeni le preko prehrane, vendar pa je možno, da je BPA povezan z motnjami razmnoževanja pri ženskah in večji dovzetnosti za raka. Uporaba BPA za proizvodnjo otroških stekleničk je prepovedana v Evropski uniji in Kanadi.
Pri podganah se je izpostavljenost BPA pokazala kot povečana incidenca interepitelijske neoplazije prostate, ki ji sledi podaljšano izpostavljanje estradiola in testosterona v odraslem življenju. Tkivo prostate je pokazalo spremembe v metilaciji kot rezultat estrogenega ali BPA izpostavljanja pri novorojenčku. Gen fosfodizertaze tipa 4 različice 4 (PDE4D4) je pokazal hipometilacijo 5'CpG regije in posledično do večjega izražanja PDE4D4 v prostati odraslega. To je pokazalo, da je epigenom prostate trajno sprememnjen zaradi BPA in da epigenetske spremembe lahko s staranjem vodijo do raka prostate.

==== Tobak ====
Tobak je rod 60 vrst, v uporabi pa sta le dve, kmečki in navadni tobak. Sestavljajo ju podobne spojine, alkaloidi iz družine nikotinov, ki so strupeni. Tobak se uporablja za kajenje, žvečenje in njuhanje, pa tudi kot nadomestek za pesticide v biološki pridelavi hrane, nikotin je namreč učinkovit insekticid. V tobačnem dimu je poleg nikotina prisotnih še nekaj primesi, cianid, amonijak, piridin, žveplo, ogljikov monoksid in še ostali.
Številne zdravstvene organizacije že leta skušajo s svojimi kampanijami ljudi odvajati od kajenja, saj ima veliko negativnih učinkov na človeško zdravje. Prezgodnje staranje, pljučni rak, srčne bolezni, kronične pljučne bolezni so le ene izmed njih. Pri pasivnem ali aktivnem kajenju matere, se je izpostavljenost tobaku na potomcu pokazala kot zmanjšana funkcija pljuč, večja dovzetnost za astmo, rak, debelost, sladkorna bolezen tipa II in nizka porodna teža, ki je povezana z srčno-žilnimi boleznimi, debelostjo in sladkorno boleznijo tipa II.
Predporodno izpostavljanje materninemu kajenju so povezali s povišano globalno metilacijo v enojedrnih krvnih celicah odraslih žensk. Globalna hipometilacija z regijo ali specifična genska hipermetilacija je bila že povezana z rakom. Globalna hipometilacija je rezultat kromosomske nestabilnosti in povečanja števila mutacij, medtem ko lahko promotor hipermetilacije utiša izražanje genov tumorja. Vse to se lahko prenese tudi na kasnejše generacije. Vnuk, katerega babica je kadila med svojo nosečnostjo, je bil bolj dovzeten za astmo, čeprav njegova mati ni nikoli kadila. Tveganje se je še povečalo, če sta kadili tako babica kot mati.

==== Onesnaževanje zraka ====
Onesnaževanje zraka je proces sprostitve kemičnih substanc v atmosfero. Te kemične substance so v največji meri ogljikov monoksid, žveplov dioksid, klorofluorokarbon in dušikov oksid. Ustvarja jih človek z industrijo in uporabo motornih strojev. Fotokemične spojine in smog se kreirajo pri zgorevanju ogljikovodikov.
Benzopiren in drugi PAH so povezani z epigenetsko in genomsko toksičnostjo (poškodbe DNA, adukcija DNA, mutacije). Nekateri PAH podobni steroidnim hormonom veljajo za endokrine motilce. So topni lipidi v maščobnem tkivu in se prenašajo preko placente in preko popkovnične krvi v možganske pregrade zarodka.
Izpostavljenost gorjenju fosilnih goriv pri zarodku povzroči nazadovanje v rasti, zaostajanje v razvoju, znižanje inteligenčnega kvocienta in vedenjske motnje. Vse skupaj so povezali z genomsko hipometilacijo pri belih krvničkah v popkovini, ki je znatno znižana pri zarodkih, ki so izpostavljeni onesnaževanju. Nivo globalne metilacije ostane enaka vse do zgodnjega otroštva.

==== Benzen ====
Benzen je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f2/Benzen_01.png&imgrefurl=http://sl.wikipedia.org/wiki/Slika:Benzen_01.png&usg=__MWdMHEZvEkfE_8OVeHfQOmNCtvs=&h=581&w=800&sz=109&hl=sl&start=0&sig2=C6zST9AcFEGkW_Er2Mt_mw&zoom=1&tbnid=SYLmEyT2HsWUoM:&tbnh=110&tbnw=151&ei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&prev=/images%3Fq%3Dbenzen%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch0%2C385&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1012&vpy=112&dur=567&hovh=110&hovw=151&tx=112&ty=91&oei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:28,s:0&biw=1440&bih=663 aromatski ogljikovodik], ki je brezbarven. Je zelo vnetljiv in dobro raztaplja smole, maščobe, jod in naftalen. Pridobivamo ga iz premogovega katrana, nafte ali sintetično. Zaradi njegove karcinogenosti je njegova uporaba omejena. Uporablja se predvsem kot dodatek k gorivu (bencinu). [http://www.brezcenzure.si/si/articles/details/165/Rakotvorni+benzen+v+avtomobilih Benzen] z dihanjem prehaja v kosti in povzroča anemijo ter zmanjšuje število belih krvnih celic.
Benzen iz zraka povezujejo z hipermetilacijo v p15 in hipometilacijo MAGE-1 (melanoma antigen-1), ki je rakov antigen. Ta spoznanja so pokazala, da izpostavljenost nizki koncentraciji benzena lahko inducira spremenjeno DNA metilacijo, kar pa sproži nenormalne epigenetske vzorce, najdene pri malignih celicah.

==== Heksa-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazen (RDX) ====
RDX je eksploziven [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_zhw7Ns2scr4/SQ7zU6npdjI/AAAAAAAAAH4/iXf7JH2m9EM/s320/RDX%2BCHEMISTRY.gif&imgrefurl=http://entertainingchemistry.blogspot.com/2008/11/chemistry-of-rdx.html&usg=__rkB9vWG57QqhfOLBwfA7vzQ1ftM=&h=234&w=320&sz=34&hl=sl&start=0&sig2=GmjtYI2d8EKfE4qfNLLi3A&zoom=1&tbnid=wUvzo0H07GaeeM:&tbnh=123&tbnw=168&ei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&prev=/images%3Fq%3Drdx%2Bchemical%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1143&vpy=210&dur=259&hovh=187&hovw=256&tx=165&ty=69&oei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:14,s:0 nitroamin], ki je široko zastopan v [http://www.globalsecurity.org/military/systems/munitions/explosives-nitramines.htm vojski] in industriji. Znan je tudi pod imenom T4.
Je pogost okoljski pulant, ki je posledica vojaških in civilnih aktivnosti. Povezujejo ga z nevrotoksičnostjo, imunotoksičnosjo in povečanim tveganjem za obolelostjo za rakom.

===MOTILCI ENDOKRINEGA SISTEMA===

----
==== Endokrini sistem ====
[http://www.endocrinedisruption.com/endocrine.introduction.overview.php Endokrini sistem] sestavljajo žleze, le-te pa izločajo [http://www.wisegeek.com/what-are-hormones.htm hormone]. Hormone izločajo endokrino v kri. Hormoni krožijo po telesu po krvožilnem sistemu in vplivajo na delovanje oddaljenih organov. Hormoni se vežejo na tarčne celice in spremenijo delovanje celic oziroma organov. Glavne žleze endokrinega sistema so hipotalamus, hipofiza, ščitnica, obščitnične žleze, Langerhansovi otočki trebušne slinavke, nadledvične žleze, testisi in ovariji, med nosečnostjo pa še posteljica.

Motnja endokrinega sistema je posledica delovanja endokrinega motilca. Ti motilci so eksogena substanca ali mešanica substanc, ki spremenijo delovanje endokrinega sistema, kar sproži različne učinke na organizmu pri določeni stopnji izpostavljenosti. Večina le-teh vpliva na reproduktivne organe, lahko tudi na vse organe, edini pogoj pa je, da imajo ti organi receptorje zanje. Ti organi so jetra, ledvice, centralni živčni sistem, imunski sistem, kosti.

==== Mehanizmi motilcev endokrinega sistema ====
Poznamo več mehanizmov motilcev, ki negativno delujejo na endokrini sistem kot so interakcije s hormoni, interakcije na nivoju receptorjev in blokada receptorjev.

* Interakcije s hormoni: ksenobiotiki vplivajo na sintezo hormonov. Sem vključujemo sproščanje, transport, metabolizem, izločanje in učinkovanje hormonov.

* Interakcije na nivoju receptorjev: to so snovi, ki se vežejo na estrogenske receptorje in so kompetitivni antagonisti ali delni agonisti naravnega hormona. Sem spadajo fitoestrogeni (kumestrol, diadzein, genistein), zdravila (etinil, estradiol, tamoksifen) in industrijske snovi (DTT, p-nonilfenon, bisfenol A)

* Blokada receptorjev: ksenobiotiki, ki se vežejo na androgenske receptorje in jih blokirajo. Sem spadajo metabolit DTT (vinclozolinski metabolit).

Spremembe ali posledice zaradi endokrinih motilcev v naravi opažajo že desetletja. Posledice so disfunkcije in bolezni moških spolnih organov kot posledica substanc, katerih delovanje je podobno estrogenu (zdravila, estrogeni v kravjem mleku, industrijske kemikalije), kopičenje kemikalij v živalskih telesih in reproduktivne motnje teh živali (neoplojena jajca in manjši penisi pri aligatorjih po industrijski nesreči na Floridi, kjer je insekticid dikofol onesnažil jezero) ter več ženskih potomcev pri nekaterih vrstah rib, [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://3.bp.blogspot.com/_Gvv_MiJU5N4/TDcQw79usNI/AAAAAAAAAFI/SuPZ0OR6hZ4/s1600/amphibian.jpg&imgrefurl=http://faithnature.blogspot.com/&usg=__ljiyOfhKnfT-k-C0D6IcqCamtio=&h=333&w=500&sz=47&hl=sl&start=16&zoom=1&tbnid=TMSxmeoK1-DBtM:&tbnh=153&tbnw=203&ei=iG2sTdydKtGZOoKD0dkJ&prev=/search%3Fq%3Ddvo%25C5%25BEivke%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C586&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=131&vpy=261&dur=1005&hovh=183&hovw=275&tx=149&ty=83&oei=d22sTZbBO4vRsgbG0JGdBw&page=2&ndsp=19&ved=1t:429,r:6,s:16&biw=1366&bih=667 dvoživk] in [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_6pwJiMjLAzs/SYNSwmMR4sI/AAAAAAAAAEA/EjkzBddDh0g/s400/galebi%2Bm.jpg&imgrefurl=http://dianaandelic.blogspot.com/2008/10/galebi-vrtec.html&usg=__HzJrekSH26M1R7UYTfppW-IAuSA=&h=273&w=400&sz=33&hl=sl&start=64&zoom=1&tbnid=fdye1f00uASnOM:&tbnh=159&tbnw=248&ei=Rm2sTfXWF9GfOtGGtd8J&prev=/search%3Fq%3Dgalebi%26um%3D1%26hl%3Dsl%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1633&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1061&vpy=153&dur=391&hovh=174&hovw=255&tx=159&ty=91&oei=PW2sTZC1EYnItAal7JiiBw&page=4&ndsp=17&ved=1t:429,r:4,s:64&biw=1366&bih=667 galebov], ki se prehranjujejo z njimi.

Organizmi so v času razvoja zelo občutljivi na motnje v endokrinem sistemu, ki jih povzročijo kemikalije, le-te pa vplivajo na hormonsko aktivnost.

==== Vrste endokrinih motilcev ====
Na endokrine motnje smo najbolj občutljivi v času živahne delitve celic, izoblikovanja specializiranih funkcij, v času migracije celic in razvoju organov, saj so to procesi, ki so regulirani preko hormonov. Seveda pa so spremembe odvisne tudi od same izpostavljenosti osebka.
Pri endokrinih motilcih ločimo naravni in umetni izvor.

Naravnega izvora so [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/files/2008/01/fito.jpg&imgrefurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/2008/02/07/la-genisteina/&usg=__9m2smbslm2Y6L7xjAtLkuphgxyc=&h=203&w=291&sz=18&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=JcYCSiKzZtxi4M:&tbnh=125&tbnw=178&ei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&prev=/images%3Fq%3Dfitoestrogeni%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=142&vpy=89&dur=1546&hovh=162&hovw=232&tx=148&ty=88&oei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&page=1&ndsp=33&ved=1t:429,r:0,s:0 fitoestrogeni]. Ti so estrogenom podobne molekule, ki jih najdemo le v rastlinskem svetu. So nesteroidne molekule, ki se lahko vežejo na estrogenske receptorje. V telo jih vnesemo s hrano, prehajajo tudi placento, vsebuje jih lahko tudi materino mleko. Med fitoestrogene spadajo kumestani, derivat resorcinola ter za fiziološke učinke najpomembnejši lignani in izoflavonoidi. Veliko ga je v soji in njenih izdelkih, kjer najdemo izoflavon, danzidein in genistein.

Umetni endokrini motilci so lahko zaželeni ali ne. Sem spadajo dodatki k prehrani in [http://en.wikipedia.org/wiki/Pesticide pesticidi]. Poznamo kar nekaj industrijski endokrinih motilcev. To so ftalati, ki se uporabljajo široko v industriji umetnih mas, bisfenol A, ki se uporablja kot zaščita kovin in je zelo pomemben pri zobotehničnih posegih, uporablja pa se tudi kot notranja prevleka konzerv. Parabene najdemo v kozmetičnih preparatih kot konzervans in so estrogenski mimetiki. Umetni endokrini motilci so še alkilfenoli, PCB-ji in drugi.
Med endokrine motilce spadajo tudi prehranski dodatki, npr. butiliran hidroksianizol, ki se uporablja kot antioksidanti ter pesticidi (DDT, ki se uporablja kot insekticid; pri ljudeh so ugotovili proestrogenske in antiandrogenske učinke ter povečano tveganje za raka dojke in lindan, ki je prav tako insekticid in ga ponekod v manjši meri uporabljajo za zatiranje mravelj in deluje na človeka spermatoksično) [4].

----

===VIRI IN LITERATURA===

1. A. Baccarelli and V. Bollati. Epigenetics and environmental chemicals, Current opinion in pediatrics, 2009, str. 243-251 [12. april 2011] [http://journals.lww.com/co-pediatrics/Fulltext/2009/04000/Epigenetics_and_environmental_chemicals.14.aspx]

2. Bollati V. et al. (2010, 105) Environmental epigenetics. Heredity, 105-112. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20179736]

3. Bombail V. et al. (2004, 149) Perturbation of epigenetic status by toxicants. Toxicology Letters, 51-58. [http://www.unc.edu/courses/2008spring/envr/442/001/Bombail_2004.pdf]

4. Endocrine disruption, TEDX – The endocrine disruption exchange [14. april 2011] [http://www.endocrinedisruption.com/home.php]

5. F. Perera, J. Herbstman. Prenatal environmental exposures, epigenetics and disease. Reproductive Toxicology, 2011, str. 1-11 [18. april 20011] [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TC0-520J97V-1&_user=10&_coverDate=04%2F30%2F2011&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=gateway&_origin=gateway&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1722798980&_rerunOrigin=scholar.google&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=f8f97326dcce8d0c789736fec41ac679&searchtype=a [5]]

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Ksenobiotiki in epigenetske spremembe

2011-04-18T20:09:13Z

Alenka Mikuž:

Kar nekaj okoljskih faktorjev je povezanih z abnormalnimi epigenetskimi spremembami, ki so jih odkrili z eksperimenti in epidemiološkimi raziskavami. Določeni epigenetski mehanizmi so se razvili zaradi izpostavljenosti toksinom in določenim kemikalijam. Ne glede nato, da je v zadnjem času veliko študij v povezavi z epigenetskimi spremembami, še vedno ni jasno delovanje nekaterih mehanizmov. Razlog je, da so epigenetske spremembe majhne, skoncentrirane na določenih mestih in se lahko razvijejo čez določen čas, kar pa zaplete določanje vzroka oziroma povzročitelja spremembe [1].

===KSENOBIOTIKI===

----

[http://en.wikipedia.org/wiki/Xenobiotic Ksenobiotiki] so kemijske spojine, ki jih je sintetiziral človek, organizmom pa so le-ti tuji. Med ksenobiotike spadajo pesticidi, prehranski dodatki, zdravila in industrijski polutanti. Najdemo jih v hrani, embalaži, v zraku, vodi, kozmetičnih sredstvih, čistilih,… Večina ksenobiotikov je slabo topnih v vodi, saj gre predvsem za organske spojine. Ksenobiotiki se akumulirajo predvsem v maščevju, lahko tudi v možganih. So vzrok za različna kronična obolenja kot so migrena, kronična utrujenost, slabost, rak, nevrodegenerativne bolezni.

V telo najpogosteje preidejo skozi prebavni trakt, lahko tudi skozi respiratorni sistem, kožo ali sluznico. Iz telesa se jih največ izloči z [http://www.wisegeek.com/what-is-urea.htm ureo] (sečnino), z znojem in z izdihanim zrakom. Skozi celično membrano prehajajo le nepolarne spojine, zato ledvice učinkovito izločajo le vodotopne spojine, snovi, ki pa niso topne v vodi pa se v obliki primarnega urina reabsorbirajo nazaj v krvni obtok. Če bi želeli, da se ksenobiotiki popolnoma izločijo iz telesa, bi morali le-ti biti polarni. Ksenobiotiki, ki vstopijo v krvni obtok iz prebavnega trakta, pridejo po portalni veni [2] v jetra, kjer se pretvorijo v bolj polarno obliko.

===PREGLED EPIGENETSKIH MEHANIZMOV===

----

Epigenetika je študija v epigenetskih spremembah v izražanju genov, ki se pojavijo brez sprememb v DNA zaporedju. Vključuje številne mehanizme, kot so metilacija DNA, modifikacije histonov in ekspresija miRNA. Mehanizmi so fleksibilni genomski parametri, ki lahko spremenijo funkcijo genoma pod vplivom ksenobiotikov, le-ti pa se prenašajo iz generacije v generacijo.

==== Metilacija DNA ====
Od vseh epigenetskih mehanizmov, je še najbolje raziskana metilacija DNA. Metilna skupina se doda na peti ogljik citozina v [http://en.wikipedia.org/wiki/CpG_site CpG dinukleotidu]. CpG dinukleotid je redko prisoten v genomu sesalcev in še takrat v metilirani obliki. Kjer se pa regije genskega promotorja prekrivajo s CpG regijo, je le-ta v nemetilirani obliki. Metilacija citozina ima regulacijsko vlogo. Metilna skupina 5-metilcitozina inhibira transkripcijo vezavnih proteinov in utiša gen. Metilacija DNA deluje kot umestitveno mesto za vezavne proteine, ki uravnavajo druge kromatinske preoblikovalne proteine. Sprememba metilacije na teh mestih je tako prepoznana. Tako hipermetilacija kot hipometilacija DNA sta lahko posledici izpostavljanja eksogenim kemikalijam. Za nekatere gene že zelo majhna sprememba v metilaciji DNA na nekaterih mestih CpG rahlo spremeni gensko izražanje in poveča dovzetnost za bolezni. DNA metilacija je katalizirana z družino DNA metiltransferaznih encimov (DNMT). Pri sesalcih obstajajo trije znani encimi: DNMT1, DNMT3A in DNMT3B.

==== Modifikacije histonov ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Histone Histoni] so globularni proteini, ki skupaj z DNA tvorijo strukturne enote kromatina imenovane nukleosomi. Ti proteini vplivajo na kondenzacijo kromatina med fazo prepisovanja genov. Lahko so modificirani z acetilacijo, metilacijo, fostorilacijo, glikozilacijo, sumolacijo ali ADP ribozilacijo. Najpogostejši modifikaciji sta acetilacija in metilacija lizinskih ostankov v amino koncu H3 in H4. Metilacija histonov je povezana z represijo ali aktivacijo transktripcije, ta pa je odvisna od lokacije lizinskih ostankov.

==== Ekspresija miRNA ====
miRNA je enoverižna ribonukleinska kislina sestavljena iz 21 so 23 nukleotidov. Zrela miRNA je delno komplementarna eni ali večim mRNA molekulam. Glavna funkcija [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://2.bp.blogspot.com/_QpsYVZ9l72g/S_znGzykzWI/AAAAAAAAAGQ/a6aLpHnKXvs/s1600/MicroRna%2Bprocessing.gif&imgrefurl=http://immunotrends.blogspot.com/&usg=__XjZuRV52Bod1qhIvLPze3TF_EQ0=&h=338&w=400&sz=38&hl=sl&start=0&sig2=wbjzICGDNfHdkprfegvPAQ&zoom=1&tbnid=GF8BMzAYPNEUpM:&tbnh=121&tbnw=143&ei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&prev=/images%3Fq%3Dmikro%2Brna%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=423&vpy=209&dur=18&hovh=206&hovw=244&tx=95&ty=105&oei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&page=1&ndsp=34&ved=1t:429,r:11,s:0 miRNA v povezavi z mRNA] je zmanjševanje ekspresije genov.

===EPIGENETIKA IN OKOLJE===

----

Epigenetika je temeljna za razumevanje molekulskega mehanizma okoljskih toksinov, prav tako kot napovedovanju tveganja ob izpostavljenosti okolju in individualno dovzetnost.
Po podatkih svetovne zdravstvene organizacije [http://www.who.int/en/ WHO ](World Health Organization) je več kot 13 milijonov smrti letno povzročenih zaradi okoljskih dejavnikov in kar 24 % bolezni povzročenih zaradi izpostavljenosti okolju bi lahko preprečili.
Med okoljske dejavnike štejemo tudi ksenobiotike. Mednje sodijo kovine, fitoestrogeni, policiklični aromatski ogljikovodiki, dioksinske spojine, polikloro bifenili, ftalati in pesticidi, motilci endokrinega sistema, RDX, bisfenol A,…
Ljudje z genskimi polimorfizmi, kateri naredijo njihove celice manj sposobne za odgovor na oksidativni stres so bili spoznani za bolj dovzetne do kardiovaskularnih in respiratornih efektov zaradi onesnaženja zraka. To producira zdravstvene težave, še posebaj v tistih delih telesa, kjer se generira oksidativni stres.

===KOVINE===

----
Več študij je pokazalo povezavo z DNA metilacijo in okoljskimi kovinami, kot so nikelj, kadmij, živo srebro in še posebej arzen.

==== Kadmij ====
Kadmij je rahlo bazična dvovalentna prehodna kovina. Je [http://www.google.com/search?hl=sl&rlz=&=&q=kadmij&um=1&ie=UTF-8&tbm=isch&source=og&sa=N&tab=wi&biw=1440&bih=692 modrikasto bele barve] in je strupena.
Je sestavni del baterij, televizorjev, najdeno pa ga tudi v PVC, kjer deluje kot stabilizator. Sodi med težke kovine in vpliva na DNA metilacijo. Znano je, da kadmij povzroči hipometilacjo DNA v jetrnih celicah po enem tednu izpostavljenosti. Po desetih tednih povzroči hipermetilacijo DNA jeternih celic.

==== Nikelj ====
Nikelj v periodnem sistemu najdemo med prehodnimi elementi. Je srebrnkasto bela lesketajoča kovina. Ima feromagnetne lastnosti. Uporabljajo ga za prekrivanje manjših kovancev, saj prekriva medenino in železo.
Povezava niklja in zdravja ljudi, kateri so zboleli za rakom in kardiorespiratornimi boleznimi še dandanes ni pojasnjena. Znano je, da nikelj lahko zamenja magnezij pri DNA interakciji, povečani kondenzaciji kromatina in sprožanju de-novo DNA metilaciji. Lahko vpliva tudi na modifikacijo histonov. Izpostavljenost topnemu [http://en.wikipedia.org/wiki/Nickel%28II%29_chloride NiCl2] zmanjša atecilacijo histonov, poveča pa demetilacijo H3K9 in poveča monoubikvitinacijo H2A in H2B in vitro.
Domnevajo, da vezava Ni2+ ionov omogoča sekundarno strukturo s stranskimi verigami N-terminalnega repa histona H4.

==== Krom ====
Krom sodi med prehodne kovine. Je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://www.9jcg.com/tutorials/mario_malagrino/chrome_material/chrome_material_01.jpg&imgrefurl=http://en.9jcg.com/comm_pages/blog_content-art-121.htm&usg=__ruLsMaShabh0dgxFRHOLiy-9rks=&h=472&w=630&sz=37&hl=sl&start=0&sig2=JSnycu0qAvhmrd0xoGmhtQ&zoom=1&tbnid=IVbh-mvXOOeSnM:&tbnh=168&tbnw=242&ei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&prev=/images%3Fq%3Dchrome%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D692%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=641&vpy=319&dur=1810&hovh=194&hovw=259&tx=183&ty=62&oei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&page=1&ndsp=17&ved=1t:429,r:8,s:0 sive sijoče barve] in je trden, ki se težko spaja. Krom je odporen proti koroziji in potemnitvi.
Krom je prisoten v telesu. njegovo pomankanje povezujejo z zmanjševanjem glukozne tolerance, zvišano vsebnostjo trigliceridov in celotnega holesterola v krvi in zvišanimi vrednostmi krvnega sladkorja. To je še posebaj pomembno pri skupini ljudi kot so nosečnice, starejši ljudje, diabetiki in podhranjeni otroci. Koncentracija kroma v tkivu se zmanjšuje s starostjo. Naprej se pogosteje pojavlja pri starejših osebah glukozna intoleranca, diabetes, hiperlipidemija in arterioskleroza. Najverjetneje starejši organizem ni več sposoben sintetizirati zadosti GTF-ja iz razpoložljivega kroma.
Epigenetski efekti kroma so še vedno zelo slabo pojasnjeni.

==== Arzen ====
Arzen je kovina in ima tri alotropne oblike, črno, rumeno in sivo.. Med segrevanjem arzena se oksidira v arzenov oksid, ki spominja na vonj po česnu. Arzen in njegove spojine pa lahko tudi sublimirajo. Elementarni arzen se najde v dveh trdnih oblikah, rumeni in sivo-kovinski. V vodi je slabo topen in ni hlapljiv.
Glavni namen uporabe arzena je krepitev zlitine bakra in zlasti svinca (npr. avtomobilske baterije). Arzen in njegove spojine se uporablja tudi v proizvodnji pesticidov, hebicidov in insekticidov. Kemijsko je podoben fosforju, zato ga delno nadomešča v biokemijskih reakcijah . Zaradi interakcij med ioni arzena in proteini je za človeka strupen. Velik problem je že pojav spojin arzena v pitni vodi.
Človek je arzenu izpostavljen tako, da ga zaužije s hrano, z vdihovanjem ali preko kože. Izpostavljenost arzenu lahko povzroči marsikatere zdravstvene motnje, med njimi spremembe na koži, povečano količino belih in rdečih krvničk, raka, srčnožilne bolezni, poškodbe možganov.
Izpostavljenost arzenu v maternici poveča umrljivost zaradi plučnega raka in bronhitisa v odraslem življenju. Pri eksperimentu z mišmi, ki so jih izpostavljali arzenu, so opazili povečano količino heptacelularnih karcinomov pri izpostavljenih potomcih, poleg tega pa tudi spremembo izražanja genov, ki sodelujejo pri celični proliferaciji, stresu in medceličnemu komuniciranju. Pri nosečih materah, ki so izpostavljene arzenu, lahko pride do epigenetskih sprememb v popkovnični krvi. Aktivira se omrežje poti z genom NF-kB (uravnava veliko genov, ki so odgovorni za apoptozo kot tudi vnetje, ki napreduje v tumor), posledično vnetje, celična proliferacija, stres in apoptoza.

==== Živo srebro ====
[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://blog.deborahblum.com/wp-content/uploads/2010/03/mercury_drops_large.jpg&imgrefurl=http://blog.deborahblum.com/%3Fp%3D154&usg=__7550YuGqAE0esZWYDZTcTtSJtVg=&h=480&w=508&sz=29&hl=sl&start=35&zoom=1&tbnid=VInhBxXBX9f-mM:&tbnh=160&tbnw=169&ei=Z2esTbrGHcaCOoLh9OYJ&prev=/search%3Fq%3Dmercury%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1226&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=307&vpy=162&dur=650&hovh=218&hovw=231&tx=153&ty=108&oei=Y2esTdPoJcXLtAb62OmoBw&page=3&ndsp=18&ved=1t:429,r:7,s:35&biw=1366&bih=667 Živo srebro] je edina kovina, ki je pri sobni temperaturi v tekočem agregatnem stanju. Ima tri oksidacijska stanja (elementarno, enovaletno in dvovalentno živo srebro). Organski obliki živega srebra (metil živo srebro – CH3Hg in dimetil živo srebro – (CH3)2Hg) nastaneta iz anorganske, kar se dogaja med tehnološkimi procesi v kemični industriji, lahko pa tudi spontano v naravi z metilacijo (mikroorganizmi) [3].

Različne oblike živega srebra se uporabljajo v merilnih instrumentih (termometri in barometri), pri izdelavi baterij, pri pridobivanju klora, zlata, v rudarstvu, v zobozdravstvu (izdelava plomb iz [http://www.merriam-webster.com/dictionary/amalgam amalgama]) itd. Živo srebro so včasih uporabljali tudi za zdravljenje sifilisa, saj so menili, da učinkuje šele takrat, ko se razvijejo znaki zastrupitve. Kasneje so ga zamenjali za arzenske preparate (salvazan) [4].

Onesnaženost okolja povzroči pretvorbo anorganskega živega srebra v organsko obliko, slednja pa posledično zastrupitev ljudi. Organski obliki sta slabo topni v vodi, dobro pa se topita v lipidih, zato se akumulirata predvsem v maščevju in tako vplivata na možgane in živčni sistem.

Neželeni učinki živega srebra so insomnija, slabost, glavobol, izguba spomina in apetita, mravljinci v okončinah, motnje v hoji,… Najbolj občutljiv je zarodek, saj lahko metilirano živo srebro preide v placento in povzroči nepravilen razvoj žičevja. Dojenčki, ki uživajo materino mleko, ki vsebuje živo srebro lahko oslepijo, umsko zaostanejo, imajo onemogočen govor, nepravilno razvito živčevje in prebavni trakt ter poškodbe ledvic [4].

===ONESNAŽEVANJE OKOLJA===

----

Izpostavljenost onesnaženemu zraku so povezovali z povečanim številom smrti zaradi kardiorespiratornih bolezni, prav tako pa tudi s tveganjem za obolelostjo za pljučnim rakom.
Preiskovali so tudi v DNA metilaciji inducirane z manjšo vsebnostjo benzena v krvi pri zaposlenih na bencinskih črpalkah in prometnikih. Visoka vsebnost benzena v krvi je povezana za obolelostjo za [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Levkemija levkemijo].

==== Ftalati ====
Ftalati so kemijsko estri ftalne kisline in alifatskih alkoholov. Gre za hlapne tekočine, ki jih v industriji dodajajo plastičnim masam polimerov, da povečajo njihovo gibljivost.

Za določanje ftalatov v živilih in drugih medijih se večinoma uporabljajo analitske tehnike tekočinske in plinske kromatografije v sklopu z različnimi detektorji, kot so masno - selektivni detektorji, spektrofotometri.

DEHP (di-2-etilheksilftalat), DBP (dibutilftalat) in BBP (butil benzil ftalat) so ftalati, ki so endokrini motilci zaradi njihovih antiandrogenih ali proestrogenih učinkov. Uporabljajo se za mehčanje polivinilklorida, prisotni pa so v lepilih, kmetijskih dodatkih, gradbenih materialih, osebnih predmetih, medicinskih pripomočkih, detergentih, otroških igračah, farmacevtskih izdelkih, prehrambenih proizvodih in v tekstilu. Izpostavljanje ftalatov je možno preko prehrane, vdihovanja ali vnosa v telo preko kože.

Najbolj ranljive skupine za učinke ftalatov so nosečnice in dojenčki moškega spola. Izpostavljenost ftalatom med nosečnostjo privede do predčasnega poroda, veliko reproduktivnih in razvojnih motenj vključno z anogenitalno boleznijo pri novorojenih fantkih in nespuščenih modih, pri dekletih motnje v razvoju živčevja in zvišanju telesne teže v obdobju prvih 3 let življenja. Ftalati naj bi se na plod prenašali tudi preko placente, na dojenčka pa preko materinega mleka. Še več ga lahko dobijo preko plastičnih stekleničk, s katerimi jih hranimo, s kozmetiko za malčke in z igračami slabše kakovosti. Od leta 2005 se DEHP, DBP in BBP ne smejo uporabljati pri proizvodnji igrač in drugih otroških proizvodih.
Izpostavljenost ftalatom dokazano moti funkcije številnih hormonov od reproduktivnih - testosterona, luteinizing hormona, folikl stimulirajočega hormona - pa do ščitničnih. Tako so hormonski motilci, ki poškodujejo ščitnico in imunski sistem. Poškodujejo tudi možgane in živčni sistem, pojavijo se lahko razne alergije.

==== Bisfenol A ====
Bisfenol A (BPA) je organska molekula z dvema fenilnima skupinama. Je endokrini motilec in je prisoten v maščobnem tkivu. Uporablja se v produkciji plastike in smole, ki so v posodah za hrano in pijačo, zaviralcih ognja, zobozdravstvenih tesnilnih masah in pri recikliranju termalnega papirja.
BPA je endokrini motilec, ki lahko oponaša telesu lastne hormone. Izpostavljenost BPA lahko povzroči nevrološke motnje, debelost in raka. Otroci so BPA izpostavljeni le preko prehrane, vendar pa je možno, da je BPA povezan z motnjami razmnoževanja pri ženskah in večji dovzetnosti za raka. Uporaba BPA za proizvodnjo otroških stekleničk je prepovedana v Evropski uniji in Kanadi.
Pri podganah se je izpostavljenost BPA pokazala kot povečana incidenca interepitelijske neoplazije prostate, ki ji sledi podaljšano izpostavljanje estradiola in testosterona v odraslem življenju. Tkivo prostate je pokazalo spremembe v metilaciji kot rezultat estrogenega ali BPA izpostavljanja pri novorojenčku. Gen fosfodizertaze tipa 4 različice 4 (PDE4D4) je pokazal hipometilacijo 5'CpG regije in posledično do večjega izražanja PDE4D4 v prostati odraslega. To je pokazalo, da je epigenom prostate trajno sprememnjen zaradi BPA in da epigenetske spremembe lahko s staranjem vodijo do raka prostate.

==== Tobak ====
Tobak je rod 60 vrst, v uporabi pa sta le dve, kmečki in navadni tobak. Sestavljajo ju podobne spojine, alkaloidi iz družine nikotinov, ki so strupeni. Tobak se uporablja za kajenje, žvečenje in njuhanje, pa tudi kot nadomestek za pesticide v biološki pridelavi hrane, nikotin je namreč učinkovit insekticid. V tobačnem dimu je poleg nikotina prisotnih še nekaj primesi, cianid, amonijak, piridin, žveplo, ogljikov monoksid in še ostali.
Številne zdravstvene organizacije že leta skušajo s svojimi kampanijami ljudi odvajati od kajenja, saj ima veliko negativnih učinkov na človeško zdravje. Prezgodnje staranje, pljučni rak, srčne bolezni, kronične pljučne bolezni so le ene izmed njih. Pri pasivnem ali aktivnem kajenju matere, se je izpostavljenost tobaku na potomcu pokazala kot zmanjšana funkcija pljuč, večja dovzetnost za astmo, rak, debelost, sladkorna bolezen tipa II in nizka porodna teža, ki je povezana z srčno-žilnimi boleznimi, debelostjo in sladkorno boleznijo tipa II.
Predporodno izpostavljanje materninemu kajenju so povezali s povišano globalno metilacijo v enojedrnih krvnih celicah odraslih žensk. Globalna hipometilacija z regijo ali specifična genska hipermetilacija je bila že povezana z rakom. Globalna hipometilacija je rezultat kromosomske nestabilnosti in povečanja števila mutacij, medtem ko lahko promotor hipermetilacije utiša izražanje genov tumorja. Vse to se lahko prenese tudi na kasnejše generacije. Vnuk, katerega babica je kadila med svojo nosečnostjo, je bil bolj dovzeten za astmo, čeprav njegova mati ni nikoli kadila. Tveganje se je še povečalo, če sta kadili tako babica kot mati.

==== Onesnaževanje zraka ====
Onesnaževanje zraka je proces sprostitve kemičnih substanc v atmosfero. Te kemične substance so v največji meri ogljikov monoksid, žveplov dioksid, klorofluorokarbon in dušikov oksid. Ustvarja jih človek z industrijo in uporabo motornih strojev. Fotokemične spojine in smog se kreirajo pri zgorevanju ogljikovodikov.
Benzopiren in drugi PAH so povezani z epigenetsko in genomsko toksičnostjo (poškodbe DNA, adukcija DNA, mutacije). Nekateri PAH podobni steroidnim hormonom veljajo za endokrine motilce. So topni lipidi v maščobnem tkivu in se prenašajo preko placente in preko popkovnične krvi v možganske pregrade zarodka.
Izpostavljenost gorjenju fosilnih goriv pri zarodku povzroči nazadovanje v rasti, zaostajanje v razvoju, znižanje inteligenčnega kvocienta in vedenjske motnje. Vse skupaj so povezali z genomsko hipometilacijo pri belih krvničkah v popkovini, ki je znatno znižana pri zarodkih, ki so izpostavljeni onesnaževanju. Nivo globalne metilacije ostane enaka vse do zgodnjega otroštva.

==== Benzen ====
Benzen je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f2/Benzen_01.png&imgrefurl=http://sl.wikipedia.org/wiki/Slika:Benzen_01.png&usg=__MWdMHEZvEkfE_8OVeHfQOmNCtvs=&h=581&w=800&sz=109&hl=sl&start=0&sig2=C6zST9AcFEGkW_Er2Mt_mw&zoom=1&tbnid=SYLmEyT2HsWUoM:&tbnh=110&tbnw=151&ei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&prev=/images%3Fq%3Dbenzen%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch0%2C385&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1012&vpy=112&dur=567&hovh=110&hovw=151&tx=112&ty=91&oei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:28,s:0&biw=1440&bih=663 aromatski ogljikovodik], ki je brezbarven. Je zelo vnetljiv in dobro raztaplja smole, maščobe, jod in naftalen. Pridobivamo ga iz premogovega katrana, nafte ali sintetično. Zaradi njegove karcinogenosti je njegova uporaba omejena. Uporablja se predvsem kot dodatek k gorivu (bencinu). [http://www.brezcenzure.si/si/articles/details/165/Rakotvorni+benzen+v+avtomobilih Benzen] z dihanjem prehaja v kosti in povzroča anemijo ter zmanjšuje število belih krvnih celic.
Benzen iz zraka povezujejo z hipermetilacijo v p15 in hipometilacijo MAGE-1 (melanoma antigen-1), ki je rakov antigen. Ta spoznanja so pokazala, da izpostavljenost nizki koncentraciji benzena lahko inducira spremenjeno DNA metilacijo, kar pa sproži nenormalne epigenetske vzorce, najdene pri malignih celicah.

==== Heksa-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazen (RDX) ====
RDX je eksploziven [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_zhw7Ns2scr4/SQ7zU6npdjI/AAAAAAAAAH4/iXf7JH2m9EM/s320/RDX%2BCHEMISTRY.gif&imgrefurl=http://entertainingchemistry.blogspot.com/2008/11/chemistry-of-rdx.html&usg=__rkB9vWG57QqhfOLBwfA7vzQ1ftM=&h=234&w=320&sz=34&hl=sl&start=0&sig2=GmjtYI2d8EKfE4qfNLLi3A&zoom=1&tbnid=wUvzo0H07GaeeM:&tbnh=123&tbnw=168&ei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&prev=/images%3Fq%3Drdx%2Bchemical%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1143&vpy=210&dur=259&hovh=187&hovw=256&tx=165&ty=69&oei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:14,s:0 nitroamin], ki je široko zastopan v [http://www.globalsecurity.org/military/systems/munitions/explosives-nitramines.htm vojski] in industriji. Znan je tudi pod imenom T4.
Je pogost okoljski pulant, ki je posledica vojaških in civilnih aktivnosti. Povezujejo ga z nevrotoksičnostjo, imunotoksičnosjo in povečanim tveganjem za obolelostjo za rakom.

===MOTILCI ENDOKRINEGA SISTEMA===

----
==== Endokrini sistem ====
[http://www.endocrinedisruption.com/endocrine.introduction.overview.php Endokrini sistem] sestavljajo žleze, le-te pa izločajo [http://www.wisegeek.com/what-are-hormones.htm hormone]. Hormone izločajo endokrino v kri. Hormoni krožijo po telesu po krvožilnem sistemu in vplivajo na delovanje oddaljenih organov. Hormoni se vežejo na tarčne celice in spremenijo delovanje celic oziroma organov. Glavne žleze endokrinega sistema so hipotalamus, hipofiza, ščitnica, obščitnične žleze, Langerhansovi otočki trebušne slinavke, nadledvične žleze, testisi in ovariji, med nosečnostjo pa še posteljica.

Motnja endokrinega sistema je posledica delovanja endokrinega motilca. Ti motilci so eksogena substanca ali mešanica substanc, ki spremenijo delovanje endokrinega sistema, kar sproži različne učinke na organizmu pri določeni stopnji izpostavljenosti. Večina le-teh vpliva na reproduktivne organe, lahko tudi na vse organe, edini pogoj pa je, da imajo ti organi receptorje zanje. Ti organi so jetra, ledvice, centralni živčni sistem, imunski sistem, kosti.

==== Mehanizmi motilcev endokrinega sistema ====
Poznamo več mehanizmov motilcev, ki negativno delujejo na endokrini sistem kot so interakcije s hormoni, interakcije na nivoju receptorjev in blokada receptorjev.

* Interakcije s hormoni: ksenobiotiki vplivajo na sintezo hormonov. Sem vključujemo sproščanje, transport, metabolizem, izločanje in učinkovanje hormonov.

* Interakcije na nivoju receptorjev: to so snovi, ki se vežejo na estrogenske receptorje in so kompetitivni antagonisti ali delni agonisti naravnega hormona. Sem spadajo fitoestrogeni (kumestrol, diadzein, genistein), zdravila (etinil, estradiol, tamoksifen) in industrijske snovi (DTT, p-nonilfenon, bisfenol A)

* Blokada receptorjev: ksenobiotiki, ki se vežejo na androgenske receptorje in jih blokirajo. Sem spadajo metabolit DTT (vinclozolinski metabolit).

Spremembe ali posledice zaradi endokrinih motilcev v naravi opažajo že desetletja. Posledice so disfunkcije in bolezni moških spolnih organov kot posledica substanc, katerih delovanje je podobno estrogenu (zdravila, estrogeni v kravjem mleku, industrijske kemikalije), kopičenje kemikalij v živalskih telesih in reproduktivne motnje teh živali (neoplojena jajca in manjši penisi pri aligatorjih po industrijski nesreči na Floridi, kjer je insekticid dikofol onesnažil jezero) ter več ženskih potomcev pri nekaterih vrstah rib, [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://3.bp.blogspot.com/_Gvv_MiJU5N4/TDcQw79usNI/AAAAAAAAAFI/SuPZ0OR6hZ4/s1600/amphibian.jpg&imgrefurl=http://faithnature.blogspot.com/&usg=__ljiyOfhKnfT-k-C0D6IcqCamtio=&h=333&w=500&sz=47&hl=sl&start=16&zoom=1&tbnid=TMSxmeoK1-DBtM:&tbnh=153&tbnw=203&ei=iG2sTdydKtGZOoKD0dkJ&prev=/search%3Fq%3Ddvo%25C5%25BEivke%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C586&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=131&vpy=261&dur=1005&hovh=183&hovw=275&tx=149&ty=83&oei=d22sTZbBO4vRsgbG0JGdBw&page=2&ndsp=19&ved=1t:429,r:6,s:16&biw=1366&bih=667 dvoživk] in [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_6pwJiMjLAzs/SYNSwmMR4sI/AAAAAAAAAEA/EjkzBddDh0g/s400/galebi%2Bm.jpg&imgrefurl=http://dianaandelic.blogspot.com/2008/10/galebi-vrtec.html&usg=__HzJrekSH26M1R7UYTfppW-IAuSA=&h=273&w=400&sz=33&hl=sl&start=64&zoom=1&tbnid=fdye1f00uASnOM:&tbnh=159&tbnw=248&ei=Rm2sTfXWF9GfOtGGtd8J&prev=/search%3Fq%3Dgalebi%26um%3D1%26hl%3Dsl%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1633&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1061&vpy=153&dur=391&hovh=174&hovw=255&tx=159&ty=91&oei=PW2sTZC1EYnItAal7JiiBw&page=4&ndsp=17&ved=1t:429,r:4,s:64&biw=1366&bih=667 galebov], ki se prehranjujejo z njimi.

Organizmi so v času razvoja zelo občutljivi na motnje v endokrinem sistemu, ki jih povzročijo kemikalije, le-te pa vplivajo na hormonsko aktivnost [6],[7].

==== Vrste endokrinih motilcev ====
Na endokrine motnje smo najbolj občutljivi v času živahne delitve celic, izoblikovanja specializiranih funkcij, v času migracije celic in razvoju organov, saj so to procesi, ki so regulirani preko hormonov. Seveda pa so spremembe odvisne tudi od same izpostavljenosti osebka.
Pri endokrinih motilcih ločimo naravni in umetni izvor.

Naravnega izvora so [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/files/2008/01/fito.jpg&imgrefurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/2008/02/07/la-genisteina/&usg=__9m2smbslm2Y6L7xjAtLkuphgxyc=&h=203&w=291&sz=18&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=JcYCSiKzZtxi4M:&tbnh=125&tbnw=178&ei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&prev=/images%3Fq%3Dfitoestrogeni%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=142&vpy=89&dur=1546&hovh=162&hovw=232&tx=148&ty=88&oei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&page=1&ndsp=33&ved=1t:429,r:0,s:0 fitoestrogeni]. Ti so estrogenom podobne molekule, ki jih najdemo le v rastlinskem svetu. So nesteroidne molekule, ki se lahko vežejo na estrogenske receptorje. V telo jih vnesemo s hrano, prehajajo tudi placento, vsebuje jih lahko tudi materino mleko. Med fitoestrogene spadajo kumestani, derivat resorcinola ter za fiziološke učinke najpomembnejši lignani in izoflavonoidi. Veliko ga je v soji in njenih izdelkih, kjer najdemo izoflavon, danzidein in genistein.

Umetni endokrini motilci so lahko zaželeni ali ne. Sem spadajo dodatki k prehrani in [http://en.wikipedia.org/wiki/Pesticide pesticidi]. Poznamo kar nekaj industrijski endokrinih motilcev. To so ftalati, ki se uporabljajo široko v industriji umetnih mas, bisfenol A, ki se uporablja kot zaščita kovin in je zelo pomemben pri zobotehničnih posegih, uporablja pa se tudi kot notranja prevleka konzerv. Parabene najdemo v kozmetičnih preparatih kot konzervans in so estrogenski mimetiki. Umetni endokrini motilci so še alkilfenoli, PCB-ji in drugi.
Med endokrine motilce spadajo tudi prehranski dodatki, npr. butiliran hidroksianizol, ki se uporablja kot antioksidanti ter pesticidi (DDT, ki se uporablja kot insekticid; pri ljudeh so ugotovili proestrogenske in antiandrogenske učinke ter povečano tveganje za raka dojke in lindan, ki je prav tako insekticid in ga ponekod v manjši meri uporabljajo za zatiranje mravelj in deluje na človeka spermatoksično).

----

===VIRI IN LITERATURA===

1. A. Baccarelli and V. Bollati. Epigenetics and environmental chemicals, Current opinion in pediatrics, 2009, str. 243-251 [12. april 2011] [http://journals.lww.com/co-pediatrics/Fulltext/2009/04000/Epigenetics_and_environmental_chemicals.14.aspx]

2. Portalna vena, Wikipedija [12. april 2011] [http://sl.wikipedia.org/wiki/Portalna_vena]

3. Živo srebro, Rudnik živega srebra Idrija [17. april 2011] [http://www.rzs-idrija.si/hg.htm]

4. Živo srebro, Endemski sifilis – škrljevska bolezen na slovenskem [17. april 2011] [http://www.mf.uni-lj.si/dokumenti/a2a9599fbf7d6761951fd50878c2fb5e.pdf]

5. Živo srebro, Energijski center [17. april 2011] [http://www.energijski-center.com/c-nasveti-amalgamske-zalivke.php]

6. Endokrini disruptor, Wikipedija [12. april 2011] [http://sl.wikipedia.org/wiki/Endokrini_disruptor]

7. Endocrine disruption, TEDX – the endoctrine disruption exchange [14. april 2011] [http://www.endocrinedisruption.com/home.php]

8. Krom, Sitis [18. april 2011] [http://www.sitis.si/krom/128/Pomanjkanje%20kroma.html]

9. Kadmij, Wikipedija [18. april 2011] [http://sl.wikipedia.org/wiki/Kadmij]

10. Benzen, Wikipedija [18. april 2011] [http://sl.wikipedia.org/wiki/Benzen]

11. Benzen, Brez cenzure [18. april 2011] [http://www.brezcenzure.si/si/articles/details/165/Rakotvorni+benzen+v+avtomobilih]

12. Nikelj, Wikipedija [18. april 2011] [http://sl.wikipedia.org/wiki/Nikelj]

13. Bollati V. et al. (2010, 105) Environmental epigenetics. Heredity, 105-112. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20179736]

14. Bombail V. et al. (2004, 149) Perturbation of epigenetic status by toxicants. Toxicology Letters, 51-58. [http://www.unc.edu/courses/2008spring/envr/442/001/Bombail_2004.pdf]

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Ksenobiotiki in epigenetske spremembe

2011-04-18T20:05:39Z

Alenka Mikuž:

Kar nekaj okoljskih faktorjev je povezanih z abnormalnimi epigenetskimi spremembami, ki so jih odkrili z eksperimenti in epidemiološkimi raziskavami. Določeni epigenetski mehanizmi so se razvili zaradi izpostavljenosti toksinom in določenim kemikalijam. Ne glede nato, da je v zadnjem času veliko študij v povezavi z epigenetskimi spremembami, še vedno ni jasno delovanje nekaterih mehanizmov. razlog je, da so epigenetske spremembe majhne, skoncentrirane na določenih mestih in se lahko razvijejo čez določen čas, kar pa zaplete določanje vzroka oziroma povzročitelja spremembe [1].

===KSENOBIOTIKI===

----

[http://en.wikipedia.org/wiki/Xenobiotic Ksenobiotiki] so kemijske spojine, ki jih je sintetiziral človek, organizmom pa so le-ti tuji. Med ksenobiotike spadajo pesticidi, prehranski dodatki, zdravila in industrijski polutanti. Najdemo jih v hrani, embalaži, v zraku, vodi, kozmetičnih sredstvih, čistilih,… Večina ksenobiotikov je slabo topnih v vodi, saj gre predvsem za organske spojine. Ksenobiotiki se akumulirajo predvsem v maščevju, lahko tudi v možganih. So vzrok za različna kronična obolenja kot so migrena, kronična utrujenost, slabost, rak, nevrodegenerativne bolezni.

V telo najpogosteje preidejo skozi prebavni trakt, lahko tudi skozi respiratorni sistem, kožo ali sluznico. Iz telesa se jih največ izloči z [http://www.wisegeek.com/what-is-urea.htm ureo] (sečnino), z znojem in z izdihanim zrakom. Skozi celično membrano prehajajo le nepolarne spojine, zato ledvice učinkovito izločajo le vodotopne spojine, snovi, ki pa niso topne vodi pa se v obliki primarnega urina reabsorbirajo nazaj v krvni obtok. Če bi želeli, da se ksenobiotiki popolnoma izločijo iz telesa, bi morali le-ti biti polarni. Ksenobiotiki, ki vstopijo v krvni obtok iz prebavnega trakta, pridejo po portalni veni [2] v jetra, kjer se pretvorijo v bolj polarno obliko.

===PREGLED EPIGENETSKIH MEHANIZMOV===

----

Epigenetika je študija v epigenetskih spremembah v izražanju genov, ki se pojavijo brez sprememb v DNA zaporedju. Vključuje številne mehanizme, kot so metilacija DNA, modifikacije histonov in ekspresija miRNA. Mehanizmi so fleksibilni genomski parametri, ki lahko spremenijo funkcijo genoma pod vplivom ksenobiotikov, le-ti pa se prenašajo iz generacije v generacijo.

==== Metilacija DNA ====
Od vseh epigenetskih mehanizmov, je še najbolje raziskana metilacija DNA. Metilna skupina se doda na peti ogljik citozina v CpG dinukleotidu http://en.wikipedia.org/wiki/CpG_site ). CpG dinukleotid je redko prisoten v genomu sesalcev in še takrat v metilirani obliki. Kjer se pa regije genskega promotorja prekrivajo s CpG regijo, je le-ta v nemetilirani obliki. Metilacija citozina ima regulacijsko vlogo. Metilna skupina 5-metilcitozina inhibira transkripcijo vezavnih proteinov in utiša gen. Metilacija DNA deluje kot umestitveno mesto za vezavne proteine, ki uravnavajo druge kromatinske preoblikovalne proteine. Sprememba metilacije na teh mestih je tako prepoznana. Tako hipermetilacija kot hipometilacija DNA sta lahko posledici izpostavljanja eksogenim kemikalijam. Za nekatere gene že zelo majhna sprememba v metilaciji DNA na nekaterih mestih CpG rahlo spremeni gensko izražanje in poveča dovzetnost za bolezni. DNA metilacija je katalizirana z družino DNA metiltransferaznih encimov (DNMT). Pri sesalcih obstajajo trije znani encimi: DNMT1, DNMT3A in DNMT3B.

==== Modifikacije histonov ====
[http://en.wikipedia.org/wiki/Histone Histoni] so globularni proteini, ki skupaj z DNA tvorijo strukturne enote kromatina imenovane nukleosomi. Ti proteini vplivajo na kondenzacijo kromatina med fazo prepisovanja genov. Lahko so modificirani z acetilacijo, metilacijo, fostorilacijo, glikozilacijo, sumolacijo ali ADP ribozilacijo. Najpogostejši modifikaciji sta acetilacija in metilacija lizinskih ostankov v amino koncu H3 in H4. Metilacija histonov je povezana z represijo ali aktivacijo transktripcije, ta pa je odvisna od lokacije lizinskih ostankov.

==== Ekspresija miRNA ====
miRNA je enoverižna ribonukleinska kislina sestavljena iz 21 so 23 nukleotidov. Zrela miRNA je delno komplementarna eni ali večim mRNA molekulam. Glavna funkcija [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://2.bp.blogspot.com/_QpsYVZ9l72g/S_znGzykzWI/AAAAAAAAAGQ/a6aLpHnKXvs/s1600/MicroRna%2Bprocessing.gif&imgrefurl=http://immunotrends.blogspot.com/&usg=__XjZuRV52Bod1qhIvLPze3TF_EQ0=&h=338&w=400&sz=38&hl=sl&start=0&sig2=wbjzICGDNfHdkprfegvPAQ&zoom=1&tbnid=GF8BMzAYPNEUpM:&tbnh=121&tbnw=143&ei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&prev=/images%3Fq%3Dmikro%2Brna%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=423&vpy=209&dur=18&hovh=206&hovw=244&tx=95&ty=105&oei=YoqsTZHbMM-eOsLzgZQJ&page=1&ndsp=34&ved=1t:429,r:11,s:0 miRNA v povezavi z mRNA] je zmanjševanje ekspresije genov.

===EPIGENETIKA IN OKOLJE===

----

Epigenetika je temeljna za razumevanje molekulskega mehanizma okoljskih toksinov, prav tako kot napovedovanju tveganja ob izpostavljenosti okolju in individualno dovzetnost.
Po podatkih svetovne zdravstvene organizacije [http://www.who.int/en/ WHO ](World Health Organization) je več kot 13 milijonov smrti letno povzročenih zaradi okoljskih dejavnikov in kar 24 % bolezni povzročenih zaradi izpostavljenosti okolju bi lahko preprečili.
Med okoljske dejavnike štejemo tudi ksenobiotike. Mednje sodijo kovine, fitoestrogeni, policiklični aromatski ogljikovodiki, dioksinske spojine, polikloro bifenili, ftalati in pesticidi, motilci endokrinega sistema, RDX, bisfenol A,…
Ljudje z genskimi polimorfizmi, kateri naredijo njihove celice manj sposobne za odgovor na oksidativni stres so bili spoznani za bolj dovzetne do kardiovaskularnih in respiratornih efektov zaradi onesnaženja zraka. To producira zdravstvene težave, še posebaj v tistih delih telesa, kjer se generira oksidativni stres.

=== KOVINE===

----
Več študij je pokazalo povezavo z DNA metilacijo in okoljskimi kovinami, kot so nikelj, kadmij, živo srebro in še posebej arzen.

==== Kadmij ====
Kadmij je rahlo bazična dvovalentna prehodna kovina. Je [http://www.google.com/search?hl=sl&rlz=&=&q=kadmij&um=1&ie=UTF-8&tbm=isch&source=og&sa=N&tab=wi&biw=1440&bih=692 modrikasto bele barve] in je strupena.
Je sestavni del baterij, televizorjev, najdeno pa ga tudi v PVC, kjer deluje kot stabilizator. Sodi med težke kovine in vpliva na DNA metilacijo. Znano je, da kadmij povzroči hipometilacjo DNA v jetrnih celicah po enem tednu izpostavljenosti. Po desetih tednih povzroči hipermetilacijo DNA jeternih celic.

==== Nikelj ====
Nikelj v periodnem sistemu najdemo med prehodnimi elementi. Je srebrnkasto bela lesketajoča kovina. Ima feromagnetne lastnosti. Uporabljajo ga za prekrivanje manjših kovancev, saj prekriva medenino in železo.
Povezava niklja in zdravja ljudi, kateri so zboleli za rakom in kardiorespiratornimi boleznimi še dandanes ni pojasnjena. Znano je, da nikelj lahko zamenja magnezij pri DNA interakciji, povečani kondenzaciji kromatina in sprožanju de-novo DNA metilaciji. Lahko vpliva tudi na modifikacijo histonov. Izpostavljenost topnemu [http://en.wikipedia.org/wiki/Nickel%28II%29_chloride NiCl2] zmanjša atecilacijo histonov, poveča pa demetilacijo H3K9 in poveča monoubikvitinacijo H2A in H2B in vitro.
Domnevajo, da vezava Ni2+ ionov omogoča sekundarno strukturo s stranskimi verigami N-terminalnega repa histona H4.

==== Krom ====
Krom sodi med prehodne kovine. Je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://www.9jcg.com/tutorials/mario_malagrino/chrome_material/chrome_material_01.jpg&imgrefurl=http://en.9jcg.com/comm_pages/blog_content-art-121.htm&usg=__ruLsMaShabh0dgxFRHOLiy-9rks=&h=472&w=630&sz=37&hl=sl&start=0&sig2=JSnycu0qAvhmrd0xoGmhtQ&zoom=1&tbnid=IVbh-mvXOOeSnM:&tbnh=168&tbnw=242&ei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&prev=/images%3Fq%3Dchrome%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D692%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=641&vpy=319&dur=1810&hovh=194&hovw=259&tx=183&ty=62&oei=8YSsTfTLK9DEtAaqyNCYBQ&page=1&ndsp=17&ved=1t:429,r:8,s:0 sive sijoče barve] in je trden, ki se težko spaja. Krom je odporen proti koroziji in potemnitvi.
Krom je prisoten v telesu. njegovo pomankanje povezujejo z zmanjševanjem glukozne tolerance, zvišano vsebnostjo trigliceridov in celotnega holesterola v krvi in zvišanimi vrednostmi krvnega sladkorja. To je še posebaj pomembno pri skupini ljudi kot so nosečnice, starejši ljudje, diabetiki in podhranjeni otroci. Koncentracija kroma v tkivu se zmanjšuje s starostjo. Naprej se pogosteje pojavlja pri starejših osebah glukozna intoleranca, diabetes, hiperlipidemija in arterioskleroza. Najverjetneje starejši organizem ni več sposoben sintetizirati zadosti GTF-ja iz razpoložljivega kroma.
Epigenetski efekti kroma so še vedno zelo slabo pojasnjeni.

==== Arzen ====
Arzen je kovina in ima tri alotropne oblike, črno, rumeno in sivo.. Med segrevanjem arzena se oksidira v arzenov oksid, ki spominja na vonj po česnu. Arzen in njegove spojine pa lahko tudi sublimirajo. Elementarni arzen se najde v dveh trdnih oblikah, rumeni in sivo-kovinski. V vodi je slabo topen in ni hlapljiv.
Glavni namen uporabe arzena je krepitev zlitine bakra in zlasti svinca (npr. avtomobilske baterije). Arzen in njegove spojine se uporablja tudi v proizvodnji pesticidov, hebicidov in insekticidov. Kemijsko je podoben fosforju, zato ga delno nadomešča v biokemijskih reakcijah . Zaradi interakcij med ioni arzena in proteini je za človeka strupen. Velik problem je že pojav spojin arzena v pitni vodi.
Človek je arzenu izpostavljen tako, da ga zaužije s hrano, z vdihovanjem ali preko kože. Izpostavljenost arzenu lahko povzroči marsikatere zdravstvene motnje, med njimi spremembe na koži, povečano količino belih in rdečih krvničk, raka, srčnožilne bolezni, poškodbe možganov.
Izpostavljenost arzenu v maternici poveča umrljivost zaradi plučnega raka in bronhitisa v odraslem življenju. Pri eksperimentu z mišmi, ki so jih izpostavljali arzenu, so opazili povečano količino heptacelularnih karcinomov pri izpostavljenih potomcih, poleg tega pa tudi spremembo izražanja genov, ki sodelujejo pri celični proliferaciji, stresu in medceličnemu komuniciranju. Pri nosečih materah, ki so izpostavljene arzenu, lahko pride do epigenetskih sprememb v popkovnični krvi. Aktivira se omrežje poti z genom NF-kB (uravnava veliko genov, ki so odgovorni za apoptozo kot tudi vnetje, ki napreduje v tumor), posledično vnetje, celična proliferacija, stres in apoptoza.

==== Živo srebro ====
[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://blog.deborahblum.com/wp-content/uploads/2010/03/mercury_drops_large.jpg&imgrefurl=http://blog.deborahblum.com/%3Fp%3D154&usg=__7550YuGqAE0esZWYDZTcTtSJtVg=&h=480&w=508&sz=29&hl=sl&start=35&zoom=1&tbnid=VInhBxXBX9f-mM:&tbnh=160&tbnw=169&ei=Z2esTbrGHcaCOoLh9OYJ&prev=/search%3Fq%3Dmercury%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1226&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=307&vpy=162&dur=650&hovh=218&hovw=231&tx=153&ty=108&oei=Y2esTdPoJcXLtAb62OmoBw&page=3&ndsp=18&ved=1t:429,r:7,s:35&biw=1366&bih=667 Živo srebro] je edina kovina, ki je pri sobni temperaturi v tekočem agregatnem stanju. Ima tri oksidacijska stanja (elementarno, enovaletno in dvovalentno živo srebro). Organski obliki živega srebra (metil živo srebro – CH3Hg in dimetil živo srebro – (CH3)2Hg) nastaneta iz anorganske, kar se dogaja med tehnološkimi procesi v kemični industriji, lahko pa tudi spontano v naravi z metilacijo (mikroorganizmi) [3].

Različne oblike živega srebra se uporabljajo v merilnih instrumentih (termometri in barometri), pri izdelavi baterij, pri pridobivanju klora, zlata, v rudarstvu, v zobozdravstvu (izdelava plomb iz [http://www.merriam-webster.com/dictionary/amalgam amalgama]) itd. Živo srebro so včasih uporabljali tudi za zdravljenje sifilisa, saj so menili, da učinkuje šele takrat, ko se razvijejo znaki zastrupitve. Kasneje so ga zamenjali za arzenske preparate (salvazan) [4].

Onesnaženost okolja povzroči pretvorba anorganskega živega srebra v organsko obliko, slednja pa posledično zastrupitev ljudi. Organski obliki sta slabo topni v vodi, dobro pa se topita v lipidih, zato se organski obliki živega srebra akumulirata predvsem v maščevju in tako vplivata na možgane in živčni sistem.

Neželeni učinki živega srebra so insomnija, slabost, glavobol, izguba spomina in apetita, mravljince v okončinah, motnje v hoji,… Najbolj občutljiv je zarodek, saj lahko metilirano živo srebro preide v placento in povzroči nepravilen razvoj žičevja. Dojenčki, ki uživajo materino mleko, ki vsebuje živo srebro lahko oslepijo, umsko zaostanejo, imajo onemogočen govor, nepravilno razvito živčevje in prebavni trakt ter poškodbe ledvic [4].

===ONESNAŽENJE OKOLJA===

----

Izpostavljenost onesnaženemu zraku so povezovali z povečanim številom smrti zaradi kardiorespiratornih bolezni, prav tako pa tudi s tveganjem za obolelostjo za pljučnim rakom.
Preiskovali so tudi v DNA metilaciji inducirane z manjšo vsebnostjo benzena v krvi pri zaposlenih na bencinskih črpalkah in prometnikih. Visoka vsebnost benzena v krvi je povezana za obolelostjo za [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Levkemija levkemijo].

==== Ftalati ====
Ftalati so kemijsko estri ftalne kisline in alifatskih alkoholov. Gre za hlapne tekočine, ki jih v industriji dodajajo plastičnim masam polimerov, da povečajo njihovo gibljivost.

Za določanje ftalatov v živilih in drugih medijih se večinoma uporabljajo analitske tehnike tekočinske in plinske kromatografije v sklopu z različnimi detektorji, kot so masno - selektivni detektorji, spektrofotometri.

DEHP (di-2-etilheksilftalat), DBP (dibutilftalat) in BBP (butil benzil ftalat) so ftalati, ki so endokrini motilci zaradi njihovih antiandrogenih ali proestrogenih učinkov. Uporabljajo se za mehčanje polivinilklorida, prisotni pa so v lepilih, kmetijskih dodatkih, gradbenih materialih, osebnih predmetih, medicinskih pripomočkih, detergentih, otroških igračah, farmacevtskih izdelkih, prehrambenih proizvodih in v tekstilu. Izpostavljanje ftalatov je možno preko prehrane, vdihovanja ali vnosa v telo preko kože.

Najbolj ranljive skupine za učinke ftalatov so nosečnice in dojenčki moškega spola. Izpostavljenost ftalatom med nosečnostjo privede do predčasnega poroda, veliko reproduktivnih in razvojnih motenj vključno z anogenitalno boleznijo pri novorojenih fantkih in nespuščenih modih, pri dekletih motnje v razvoju živčevja in zvišanju telesne teže v obdobju prvih 3 let življenja. Ftalati naj bi se na plod prenašali tudi preko placente, na dojenčka pa preko materinega mleka. Še več ga lahko dobijo preko plastičnih stekleničk, s katerimi jih hranimo, s kozmetiko za malčke in z igračami slabše kakovosti. Od leta 2005 se DEHP, DBP in BBP ne smejo uporabljati pri proizvodnji igrač in drugih otroških proizvodih.
Izpostavljenost ftalatom dokazano moti funkcije številnih hormonov od reproduktivnih - testosterona, luteinizing hormona, folikl stimulirajočega hormona - pa do ščitničnih. Tako so hormonski motilci, ki poškodujejo ščitnico in imunski sistem. Poškodujejo tudi možgane in živčni sistem, pojavijo se lahko razne alergije.

==== BisfenolA ====
Bisfenol A (BPA) je organska molekula z dvema fenilnima skupinama. Je endokrini motilec in je prisoten v maščobnem tkivu. Uporablja se v produkciji plastike in smole, ki so v posodah za hrano in pijačo, zaviralcih ognja, zobozdravstvenih tesnilnih masah in pri recikliranju termalnega papirja.
BPA je endokrini motilec, ki lahko oponaša telesu lastne hormone. Izpostavljenost BPA lahko povzroči nevrološke motnje, debelost in raka. Otroci so BPA izpostavljeni le preko prehrane, vendar pa je možno, da je BPA povezan z motnjami razmnoževanja pri ženskah in večji dovzetnosti za raka. Uporaba BPA za proizvodnjo otroških stekleničk je prepovedana v Evropski uniji in Kanadi.
Pri podganah se je izpostavljenost BPA pokazala kot povečana incidenca interepitelijske neoplazije prostate, ki ji sledi podaljšano izpostavljanje estradiola in testosterona v odraslem življenju. Tkivo prostate je pokazalo spremembe v metilaciji kot rezultat estrogenega ali BPA izpostavljanja pri novorojenčku. Gen fosfodizertaze tipa 4 različice 4 (PDE4D4) je pokazal hipometilacijo 5'CpG regije in posledično do večjega izražanja PDE4D4 v prostati odraslega. To je pokazalo, da je epigenom prostate trajno sprememnjen zaradi BPA in da epigenetske spremembe lahko s staranjem vodijo do raka prostate.

=== Tobak ===
Tobak je rod 60 vrst, v uporabi pa sta le dve, kmečki in navadni tobak. Sestavljajo ju podobne spojine, alkaloidi iz družine nikotinov, ki so strupeni. Tobak se uporablja za kajenje, žvečenje in njuhanje, pa tudi kot nadomestek za pesticide v biološki pridelavi hrane, nikotin je namreč učinkovit insekticid. V tobačnem dimu je poleg nikotina prisotnih še nekaj primesi, cianid, amonijak, piridin, žveplo, ogljikov monoksid in še ostali.
Številne zdravstvene organizacije že leta skušajo s svojimi kampanijami ljudi odvajati od kajenja, saj ima veliko negativnih učinkov na človeško zdravje. Prezgodnje staranje, pljučni rak, srčne bolezni, kronične pljučne bolezni so le ene izmed njih. Pri pasivnem ali aktivnem kajenju matere, se je izpostavljenost tobaku na potomcu pokazala kot zmanjšana funkcija pljuč, večja dovzetnost za astmo, rak, debelost, sladkorna bolezen tipa II in nizka porodna teža, ki je povezana z srčno-žilnimi boleznimi, debelostjo in sladkorno boleznijo tipa II.
Predporodno izpostavljanje materninemu kajenju so povezali s povišano globalno metilacijo v enojedrnih krvnih celicah odraslih žensk. Globalna hipometilacija z regijo ali specifična genska hipermetilacija je bila že povezana z rakom. Globalna hipometilacija je rezultat kromosomske nestabilnosti in povečanja števila mutacij, medtem ko lahko promotor hipermetilacije utiša izražanje genov tumorja. Vse to se lahko prenese tudi na kasnejše generacije. Vnuk, katerega babica je kadila med svojo nosečnostjo, je bil bolj dovzeten za astmo, čeprav njegova mati ni nikoli kadila. Tveganje se je še povečalo, če sta kadili tako babica kot mati.

=== Onesnaževanje zraka ===
Onesnaževanje zraka je proces sprostitve kemičnih substanc v atmosfero. Te kemične substance so v največji meri ogljikov monoksid, žveplov dioksid, klorofluorokarbon in dušikov oksid. Ustvarja jih človek z industrijo in uporabo motornih strojev. Fotokemične spojine in smog se kreirajo pri zgorevanju ogljikovodikov.
Benzopiren in drugi PAH so povezani z epigenetsko in genomsko toksičnostjo (poškodbe DNA, adukcija DNA, mutacije). Nekateri PAH podobni steroidnim hormonom veljajo za endokrine motilce. So topni lipidi v maščobnem tkivu in se prenašajo preko placente in preko popkovnične krvi v možganske pregrade zarodka.
Izpostavljenost gorjenju fosilnih goriv pri zarodku povzroči nazadovanje v rasti, zaostajanje v razvoju, znižanje inteligenčnega kvocienta in vedenjske motnje. Vse skupaj so povezali z genomsko hipometilacijo pri belih krvničkah v popkovini, ki je znatno znižana pri zarodkih, ki so izpostavljeni onesnaževanju. Nivo globalne metilacije ostane enaka vse do zgodnjega otroštva.

==== Benzen ====
Benzen je [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f2/Benzen_01.png&imgrefurl=http://sl.wikipedia.org/wiki/Slika:Benzen_01.png&usg=__MWdMHEZvEkfE_8OVeHfQOmNCtvs=&h=581&w=800&sz=109&hl=sl&start=0&sig2=C6zST9AcFEGkW_Er2Mt_mw&zoom=1&tbnid=SYLmEyT2HsWUoM:&tbnh=110&tbnw=151&ei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&prev=/images%3Fq%3Dbenzen%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch0%2C385&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1012&vpy=112&dur=567&hovh=110&hovw=151&tx=112&ty=91&oei=x4ysTa3tI4KEOrGbyJsJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:28,s:0&biw=1440&bih=663 aromatski ogljikovodik], ki je brezbarven. Je zelo vnetljiv in dobro raztaplja smole, maščobe, jod in naftalen. Pridobivamo ga iz premogovega katrana, nafte ali sintetično. Zaradi njegove karcinogenosti je njegova uporaba omejena. Uporablja se predvsem kot dodatek k gorivu (bencinu). [http://www.brezcenzure.si/si/articles/details/165/Rakotvorni+benzen+v+avtomobilih Benzen] z dihanjem prehaja v kosti in povzroča anemijo ter zmanjšuje število belih krvnih celic.
Benzen iz zraka povezujejo z hipermetilacijo v p15 in hipometilacijo MAGE-1 (melanoma antigen-1), ki je rakov antigen. Ta spoznanja so pokazala, da izpostavljenost nizki koncentraciji benzena lahko inducira spremenjeno DNA metilacijo, kar pa sproži nenormalne epigenetske vzorce, najdene pri malignih celicah.

==== Heksa-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazen (RDX) ====
RDX je eksploziven [http://www.google.com/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_zhw7Ns2scr4/SQ7zU6npdjI/AAAAAAAAAH4/iXf7JH2m9EM/s320/RDX%2BCHEMISTRY.gif&imgrefurl=http://entertainingchemistry.blogspot.com/2008/11/chemistry-of-rdx.html&usg=__rkB9vWG57QqhfOLBwfA7vzQ1ftM=&h=234&w=320&sz=34&hl=sl&start=0&sig2=GmjtYI2d8EKfE4qfNLLi3A&zoom=1&tbnid=wUvzo0H07GaeeM:&tbnh=123&tbnw=168&ei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&prev=/images%3Fq%3Drdx%2Bchemical%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1440%26bih%3D663%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1143&vpy=210&dur=259&hovh=187&hovw=256&tx=165&ty=69&oei=NIysTbDSJJCgOrOh6YwJ&page=1&ndsp=30&ved=1t:429,r:14,s:0 nitroamin], ki je široko zastopan v [http://www.globalsecurity.org/military/systems/munitions/explosives-nitramines.htm vojski] in industriji. Znan je tudi pod imenom T4.
Je pogost okoljski pulant, ki je posledica vojaških in civilnih aktivnosti. Povezujejo ga z nevrotoksičnostjo, imunotoksičnosjo in povečanim tveganjem za obolelostjo za rakom.

===MOTILCI ENDOKRINEGA SISTEMA===

----
==== Endokrini sistem ====
[http://www.endocrinedisruption.com/endocrine.introduction.overview.php Endokrini sistem] sestavljajo žleze, le-te pa izločajo [http://www.wisegeek.com/what-are-hormones.htm hormone]. Hormone izločajo endokrino v kri. Hormoni krožijo po telesu po krvožilnem sistemu in vplivajo na delovanje oddaljenih organov. Hormoni se vežejo na tarčne celice in spremenijo delovanje celic oziroma organov. Glavne žleze endokrinega sistema so hipotalamus, hipofiza, ščitnica, obščitnične žleze, Langerhansovi otočki trebušne slinavke, nadledvične žleze, testisi in ovariji, med nosečnostjo pa še posteljica.

Motnja endokrinega sistema je posledica delovanja endokrinega motilca. Ti motilci so eksogena substanca ali mešanica substanc, ki spremenijo delovanje endokrinega sistema, kar sproži različne učinke na organizmu pri določeni stopnji izpostavljenosti. Večina le-teh vpliva na reproduktivne organe, lahko tudi na vse organe, edini pogoj pa je, da imajo ti organi receptorje zanje. Ti organi so jetra, ledvice, centralni živčni sistem, imunski sistem, kosti.

==== Mehanizmi motilcev endokrinega sistema ====
Poznamo več mehanizmov motilcev, ki negativno delujejo na endokrini sistem kot so interakcije s hormoni, interakcije na nivoju receptorjev in blokada receptorjev.

* Interakcije s hormoni: ksenobiotiki vplivajo na sintezo hormonov. Sem vključujemo sproščanje, transport, metabolizem, izločanje in učinkovanje hormonov.

* Interakcije na nivoju receptorjev: to so snovi, ki se vežejo na estrogenske receptorje in so kompetitivni antagonisti ali delni agonisti naravnega hormona. Sem spadajo fitoestrogeni (kumestrol, diadzein, genistein), zdravila (etinil, estradiol, tamoksifen) in industrijske snovi (DTT, p-nonilfenon, bisfenolA)

* Blokada receptorjev: ksenobiotiki, ki se vežejo na androgenske receptorje in jih blokirajo. Sem spadajo metabolit DTT (vinclozolinski metabolit).

Spremembe ali posledice zaradi endokrinih motilcev v naravi opažajo že desetletja. Posledice so disfunkcije in bolezni moških spolnih organov kot posledica substanc, katerih delovanje je podobno estrogenu (zdravila, estrogeni v kravjem mleku, industrijske kemikalije), kopičenje kemikalij v živalskih telesih in reproduktivne motnje teh živali (neoplojena jajca in manjši penisi pri aligatorjih po industrijski nesreči na Floridi, kjer je insekticid dikofol onesnažil jezero) ter več ženskih potomcev pri nekaterih vrstah rib, [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://3.bp.blogspot.com/_Gvv_MiJU5N4/TDcQw79usNI/AAAAAAAAAFI/SuPZ0OR6hZ4/s1600/amphibian.jpg&imgrefurl=http://faithnature.blogspot.com/&usg=__ljiyOfhKnfT-k-C0D6IcqCamtio=&h=333&w=500&sz=47&hl=sl&start=16&zoom=1&tbnid=TMSxmeoK1-DBtM:&tbnh=153&tbnw=203&ei=iG2sTdydKtGZOoKD0dkJ&prev=/search%3Fq%3Ddvo%25C5%25BEivke%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C586&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=131&vpy=261&dur=1005&hovh=183&hovw=275&tx=149&ty=83&oei=d22sTZbBO4vRsgbG0JGdBw&page=2&ndsp=19&ved=1t:429,r:6,s:16&biw=1366&bih=667 dvoživk] in [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://1.bp.blogspot.com/_6pwJiMjLAzs/SYNSwmMR4sI/AAAAAAAAAEA/EjkzBddDh0g/s400/galebi%2Bm.jpg&imgrefurl=http://dianaandelic.blogspot.com/2008/10/galebi-vrtec.html&usg=__HzJrekSH26M1R7UYTfppW-IAuSA=&h=273&w=400&sz=33&hl=sl&start=64&zoom=1&tbnid=fdye1f00uASnOM:&tbnh=159&tbnw=248&ei=Rm2sTfXWF9GfOtGGtd8J&prev=/search%3Fq%3Dgalebi%26um%3D1%26hl%3Dsl%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch0%2C1633&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=1061&vpy=153&dur=391&hovh=174&hovw=255&tx=159&ty=91&oei=PW2sTZC1EYnItAal7JiiBw&page=4&ndsp=17&ved=1t:429,r:4,s:64&biw=1366&bih=667 galebov], ki se prehranjujejo z njimi.

Organizmi so v času razvoja zelo občutljivi na motnje v endokrinem sistemu, ki jih povzročijo kemikalije, le-te pa vplivajo na hormonsko aktivnost [6],[7].

==== Vrste endokrinih motilcev ====
Na endokrine motnje smo najbolj občutljivi v času živahne delitve celic, izoblikovanja specializiranih funkcij, v času migracije celic in razvoju organov, saj so to procesi, ki so regulirani preko hormonov. Seveda pa so spremembe odvisne tudi od same izpostavljenosti osebka.
Pri endokrinih motilcih ločimo naravni in umetni izvor.

Naravnega izvora so [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/files/2008/01/fito.jpg&imgrefurl=http://nutrimenti.simplicissimus.it/2008/02/07/la-genisteina/&usg=__9m2smbslm2Y6L7xjAtLkuphgxyc=&h=203&w=291&sz=18&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=JcYCSiKzZtxi4M:&tbnh=125&tbnw=178&ei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&prev=/images%3Fq%3Dfitoestrogeni%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26rlz%3D1C1SKPL_enSI413%26biw%3D1366%26bih%3D667%26tbm%3Disch&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=142&vpy=89&dur=1546&hovh=162&hovw=232&tx=148&ty=88&oei=tWusTaLoJI3LsgbuxKD7Bg&page=1&ndsp=33&ved=1t:429,r:0,s:0 fitoestrogeni]. Ti so estrogenom podobne molekule, ki jih najdemo le v rastlinskem svetu. So nesteroidne molekule, ki se lahko vežejo na estrogenske receptorje. V telo jih vnesemo s hrano, prehajajo tudi placento, vsebuje jih lahko tudi materino mleko. Med fitoestrogene spadajo kumestani, derivat resorcinola ter za fiziološke učinke najpomembnejši lignani in izoflavonoidi. Veliko ga je v soji in njenih izdelkih, kjer najdemo izoflavon, danzidein in genistein.

Umetni endokrini motilci so lahko zaželeni ali ne. Sem spadajo dodatki k prehrani in [http://en.wikipedia.org/wiki/Pesticide pesticidi]. Poznamo kar nekaj industrijski endokrinih motilcev. To so ftalati, ki se uporabljajo široko v industriji umetnih mas, bisfenol A, ki se uporablja kot zaščita kovin in je zelo pomemben pri zobotehničnih posegih, uporablja pa se tudi kot notranja prevleka konzerv. Parabene najdemo v kozmetičnih preparatih kot konzervans in so estrogenski mimetiki. Umetni endokrini motilci so še alkilfenoli, PCB-ji in drugi.

Med endokrine motilce spadajo tudi prehranski dodatki, npr. butiliran hidroksianizol, ki se uporablja kot antioksidanti ter pesticidi (DDT, ki se uporablja kot insekticid; pri ljudeh so ugotovili proestrogenske in antiandrogenske učinke ter povečano tveganje za raka dojke in lindan, ki je prav tako insekticid in ga ponekod v manjši meri uporabljajo za zatiranje mravelj in deluje na človeka spermatoksično).

----

===VIRI IN LITERATURA===

1. A. Baccarelli and V. Bollati. Epigenetics and environmental chemicals, Current opinion in pediatrics, 2009, str. 243-251 [12. april 2011] [http://journals.lww.com/co-pediatrics/Fulltext/2009/04000/Epigenetics_and_environmental_chemicals.14.aspx]

2. Portalna vena, Wikipedija [12. april 2011] [http://sl.wikipedia.org/wiki/Portalna_vena]

3. Živo srebro, Rudnik živega srebra Idrija [17. april 2011] [http://www.rzs-idrija.si/hg.htm]

4. Živo srebro, Endemski sifilis – škrljevska bolezen na slovenskem [17. april 2011] [http://www.mf.uni-lj.si/dokumenti/a2a9599fbf7d6761951fd50878c2fb5e.pdf]

5. Živo srebro, Energijski center [17. april 2011] [http://www.energijski-center.com/c-nasveti-amalgamske-zalivke.php]

6. Endokrini disruptor, Wikipedija [12. april 2011] [http://sl.wikipedia.org/wiki/Endokrini_disruptor]

7. Endocrine disruption, TEDX – the endoctrine disruption exchange [14. april 2011] [http://www.endocrinedisruption.com/home.php]

8. Krom, Sitis [18. april 2011] [http://www.sitis.si/krom/128/Pomanjkanje%20kroma.html]

9. Kadmij, Wikipedija [18. april 2011] [http://sl.wikipedia.org/wiki/Kadmij]

10. Benzen, Wikipedija [18. april 2011] [http://sl.wikipedia.org/wiki/Benzen]

11. Benzen, Brez cenzure [18. april 2011] [http://www.brezcenzure.si/si/articles/details/165/Rakotvorni+benzen+v+avtomobilih]

12. Nikelj, Wikipedija [18. april 2011] [http://sl.wikipedia.org/wiki/Nikelj]

13. Bollati V. et al. (2010, 105) Environmental epigenetics. Heredity, 105-112. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20179736]

14. Bombail V. et al. (2004, 149) Perturbation of epigenetic status by toxicants. Toxicology Letters, 51-58. [http://www.unc.edu/courses/2008spring/envr/442/001/Bombail_2004.pdf]

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Epigenetsko uravnavanje izražanja genov

2011-02-18T07:49:34Z

Alenka Mikuž:

Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.
Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:

# Mehanizem metilacije DNA
# Mehanizem modifikacije histonov
# Analiza metilacijskih vzorcev na DNA
# Analiza posttranslacijskih sprememb histonov
# Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)
# Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)
# Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)
# Ksenobiotiki in epigenetske spremembe
# Epigenetske spremembe in rak
# Epigenetske spremembe in debelost
# Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)
# Epigenetska regulacija celičnega cikla
# Epigenetika in staranje
# Projekt Čovekov epigenom

Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu v začetku aprila 2011 (po 7 predstavitev v 2 urah).

----

''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''
# ''Mehanizem metilacije DNA''
# ''Mehanizem modifikacije histonov''
# ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA''
# ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov''
# ''Dedovanje metilacijskih vzorcev'' (Brigita Razboršek, Tisa Primc, Urban Bezeljak)
# ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana'' (Luka Bevc, Janja Juvančič, Tjaša Bigec)
# ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki'' (Nives Naraglav,...)
# ''Ksenobiotiki in epigenetske spremembe'' (Daša Janeš, Alenka Mikuž, Špela Baus)
# ''Epigenetske spremembe in rak'' (Tjaša Berčič, Dino Ščuk,Nejc Perme)
# ''Epigenetske spremembe in debelost'' (Kristina Bremec, Petra Gorečan, ...)
# ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)
# ''Epigenetska regulacija celičnega cikla''
# ''Epigenetika in staranje'' (Margareta Žlajpah, Maja Kogoj, Zala Rot)
# ''Projekt Čovekov epigenom'' (Blaž Svetic, ...)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:<nowiki>
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

Epigenetsko uravnavanje izražanja genov

2011-02-18T07:36:23Z

Alenka Mikuž:

Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.
Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:

# Mehanizem metilacije DNA
# Mehanizem modifikacije histonov
# Analiza metilacijskih vzorcev na DNA
# Analiza posttranslacijskih sprememb histonov
# Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)
# Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)
# Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)
# Ksenobiotiki in epigenetske spremembe
# Epigenetske spremembe in rak
# Epigenetske spremembe in debelost
# Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)
# Epigenetska regulacija celičnega cikla
# Epigenetika in staranje
# Projekt Čovekov epigenom

Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu v začetku aprila 2011 (po 7 predstavitev v 2 urah).

----

''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''
# ''Mehanizem metilacije DNA''
# ''Mehanizem modifikacije histonov''
# ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA''
# ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov''
# ''Dedovanje metilacijskih vzorcev'' (Brigita Razboršek, Tisa Primc, Urban Bezeljak)
# ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana'' (Luka Bevc, Janja Juvančič, Tjaša Bigec)
# ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki'' (Nives Naraglav,...)
# ''Ksenobiotiki in epigenetske spremembe'' (Daša Janeš, Alenka Mikuž)
# ''Epigenetske spremembe in rak'' (Tjaša Berčič, Dino Ščuk,Nejc Perme)
# ''Epigenetske spremembe in debelost'' (Kristina Bremec, Petra Gorečan, ...)
# ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)
# ''Epigenetska regulacija celičnega cikla''
# ''Epigenetika in staranje'' (Margareta Žlajpah, Maja Kogoj, Zala Rot)
# ''Projekt Čovekov epigenom'' (Blaž Svetic, ...)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:<nowiki>
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

BiokemSeminar-SeznamNovic-B09

2009-12-23T00:21:26Z

Alenka Mikuž: /* Seznam novic po področjih */

=Seznam novic po področjih=
Novico, ki jo boste predstavili, uvrstite v kategorijo, kamor mislite, da najbolj sodi. Vpišite naslov seminarja v slovenščini, hkrati pa naj bo naslov povezava na novo stran, kjer boste pripravili opis. Dopišite svoje ime in datum predstavitve. (Če si ne predstavljate, kako naj bi to naredili, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Seznam_predstavljenih_novic_-_2008/9 lanski seznam]).

===Encimatika===
[[Histon-demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost]] Alenka Mikuž, 23.12.2009

===Biokemija bolezni===
 
[[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] Alexandra Bogožalec, 22.12.2009

[[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami ]] Maruša Rajh, 16.12.2009

[[Virus HIV se ne integrira blizu TSS aktivnega gena gostiteljske celice]] Janez Meden, 15. 12. 2009

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje%2C_ki_bo_morda_pripomoglo_pojasniti%2C_zakaj_hepatitis_B_bolj_prizadene_mo%C5%A1ke_kot_%C5%BEenske Odkritje, ki bo morda pripomoglo pojasniti, zakaj hepatitis B bolj prizadene moške kot ženske] Tine Tesovnik, 22. 12. 2009

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_razlaga%2C_kako_telo_prepre%C4%8Duje_nastanek_novih_%C5%BEil Nova razlaga, kako telo preprečuje nastanek novih žil] Vid Puž, 05.01.2010
===Nevrobiokemija===
[[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] Špela Medic, 9.12.2009

[[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]] Aljaž Gaber, 9.12.2009

[[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] Tea Lenarcic, 15.12.2009

[[Aktivacija genskega izražanja holesterola v živčnih celicah kot posledica okužbe s prionom]] Pia Pužar Dominkuš, 12.1.2010

===Genomika===
[[Izražanje genov v adenokarcinomu sitastih sinusov]] Daša Janeš, 5.1.2010
 

===Nanobiotehnologija===
 

===Celična biokemija===
[[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] Tjaša Lukan, 8.12.2009

[[Vpliv melatonina na proliferacijo enojedrnih celic iz novorojenčkove posteljice (placente)]] Špela Petelin, 5.1.2010

===Hormonska regulacija===
[[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa]] Špela Baus, 9.12.2009

===Metabolizem===
 
[[Uporaba herbicidov in fibratov, ki blokirajo T1R3 receptorje v črevesju in trebušni slinavki]] Gregor Kurinčič, 23.12.2009

===Signalne poti v celicah===
[[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] Ana Bajc, 15. 12. 2009
 

===Imunologija===
 
===Genetika===
[[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] Špela Alič, 1.12.2009
 
[[Zakaj šimpanzi ne govorijo? Razlog je v genu]] Andraž Šmon, 22.12.2009
 
[[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA]] Primož Bembič, 16.12.2009
 

===Forenzika===
[[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] Tanja Guček, 16.12.2009
 
===Proteomika===
[[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine, utira pot odkritjem v medicini]] Alenka Bombač, 23.12.2009

BiokemSeminar-SeznamNovic-B09

2009-12-23T00:20:13Z

Alenka Mikuž: /* Seznam novic po področjih */

=Seznam novic po področjih=
Novico, ki jo boste predstavili, uvrstite v kategorijo, kamor mislite, da najbolj sodi. Vpišite naslov seminarja v slovenščini, hkrati pa naj bo naslov povezava na novo stran, kjer boste pripravili opis. Dopišite svoje ime in datum predstavitve. (Če si ne predstavljate, kako naj bi to naredili, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Seznam_predstavljenih_novic_-_2008/9 lanski seznam]).

===Encimatika===
[[Histon-demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost]]

===Biokemija bolezni===
 
[[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] Alexandra Bogožalec, 22.12.2009

[[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami ]] Maruša Rajh, 16.12.2009

[[Virus HIV se ne integrira blizu TSS aktivnega gena gostiteljske celice]] Janez Meden, 15. 12. 2009

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje%2C_ki_bo_morda_pripomoglo_pojasniti%2C_zakaj_hepatitis_B_bolj_prizadene_mo%C5%A1ke_kot_%C5%BEenske Odkritje, ki bo morda pripomoglo pojasniti, zakaj hepatitis B bolj prizadene moške kot ženske] Tine Tesovnik, 22. 12. 2009

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_razlaga%2C_kako_telo_prepre%C4%8Duje_nastanek_novih_%C5%BEil Nova razlaga, kako telo preprečuje nastanek novih žil] Vid Puž, 05.01.2010
===Nevrobiokemija===
[[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] Špela Medic, 9.12.2009

[[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]] Aljaž Gaber, 9.12.2009

[[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] Tea Lenarcic, 15.12.2009

[[Aktivacija genskega izražanja holesterola v živčnih celicah kot posledica okužbe s prionom]] Pia Pužar Dominkuš, 12.1.2010

===Genomika===
[[Izražanje genov v adenokarcinomu sitastih sinusov]] Daša Janeš, 5.1.2010
 

===Nanobiotehnologija===
 

===Celična biokemija===
[[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] Tjaša Lukan, 8.12.2009

[[Vpliv melatonina na proliferacijo enojedrnih celic iz novorojenčkove posteljice (placente)]] Špela Petelin, 5.1.2010

===Hormonska regulacija===
[[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa]] Špela Baus, 9.12.2009

===Metabolizem===
 
[[Uporaba herbicidov in fibratov, ki blokirajo T1R3 receptorje v črevesju in trebušni slinavki]] Gregor Kurinčič, 23.12.2009

===Signalne poti v celicah===
[[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] Ana Bajc, 15. 12. 2009
 

===Imunologija===
 
===Genetika===
[[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] Špela Alič, 1.12.2009
 
[[Zakaj šimpanzi ne govorijo? Razlog je v genu]] Andraž Šmon, 22.12.2009
 
[[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA]] Primož Bembič, 16.12.2009
 

===Forenzika===
[[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] Tanja Guček, 16.12.2009
 
===Proteomika===
[[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine, utira pot odkritjem v medicini]] Alenka Bombač, 23.12.2009

Histon-demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost

2009-12-23T00:19:15Z

Alenka Mikuž:

'''Proteini jumonji''' z '''domeno jmjC''' spadajo v skupino '''histon-demetilaz''' in so transkripcijski faktorji, ki sodelujejo pri transkripcijski represiji in/ali regulaciji '''kromatina''' med demetilacijo '''histona'''.
Da bi pojasnili fiziološke funkcije '''histo-demetilaze JHDM2A''', so znanstveniki naredili raziskavo v laboratoriju z mišmi z izbitim genom JHDM2A.

Miši moškega spola so imele manjše [http://en.wikipedia.org/wiki/Testicle testise] in bile [http://en.wikipedia.org/wiki/Infertility neplodne], saj se [http://en.wikipedia.org/wiki/Spermatid spermatidi] zaradi oslabljene '''kondenzacije kromatinov''' niso podaljšali, raven [http://sl.wikipedia.org/wiki/Metilacija metilacije] H3K9 pa je presenetljivo ostala enaka. Enaka je ostala tudi raven hormonov [http://en.wikipedia.org/wiki/Luteinizing_hormone LH], [http://en.wikipedia.org/wiki/Follicle-stimulating_hormone FSH] in [http://en.wikipedia.org/wiki/Testosterone testosterona].

Poleg moške neplodnosti so miši z izbitim genom pokazale fenotip [http://sl.wikipedia.org/wiki/Debelost debelosti], kot na primer povečano nalaganje telesne maščobe in višjo vsebnost serumskih lipidov pri nespremenjenem hranjenju.

Z raziskavo so pokazali, da je histon-demetilaza JHDM2A nujna za [http://sl.wikipedia.org/wiki/Spermatogeneza spermatogenezo] in da ima pomembno vlogo pri regulaciji metabolnih genov v mišičnem in [http://en.wikipedia.org/wiki/Brown_adipose_tissue rjavem maščobnem tkivu]. In ker se JHDM2A veže na specifične tarčne gene, ne more biti nadomestljiva z nobeno drugo histon-demetilazo z domeno jmjC, kar pa kaže na pomembnost te molekule ''in vivo''.

Histon-demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost

2009-12-23T00:18:56Z

Alenka Mikuž:

== '''Histon-demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost''' ==

'''Proteini jumonji''' z '''domeno jmjC''' spadajo v skupino '''histon-demetilaz''' in so transkripcijski faktorji, ki sodelujejo pri transkripcijski represiji in/ali regulaciji '''kromatina''' med demetilacijo '''histona'''.
Da bi pojasnili fiziološke funkcije '''histo-demetilaze JHDM2A''', so znanstveniki naredili raziskavo v laboratoriju z mišmi z izbitim genom JHDM2A.

Miši moškega spola so imele manjše [http://en.wikipedia.org/wiki/Testicle testise] in bile [http://en.wikipedia.org/wiki/Infertility neplodne], saj se [http://en.wikipedia.org/wiki/Spermatid spermatidi] zaradi oslabljene '''kondenzacije kromatinov''' niso podaljšali, raven [http://sl.wikipedia.org/wiki/Metilacija metilacije] H3K9 pa je presenetljivo ostala enaka. Enaka je ostala tudi raven hormonov [http://en.wikipedia.org/wiki/Luteinizing_hormone LH], [http://en.wikipedia.org/wiki/Follicle-stimulating_hormone FSH] in [http://en.wikipedia.org/wiki/Testosterone testosterona].

Poleg moške neplodnosti so miši z izbitim genom pokazale fenotip [http://sl.wikipedia.org/wiki/Debelost debelosti], kot na primer povečano nalaganje telesne maščobe in višjo vsebnost serumskih lipidov pri nespremenjenem hranjenju.

Z raziskavo so pokazali, da je histon-demetilaza JHDM2A nujna za [http://sl.wikipedia.org/wiki/Spermatogeneza spermatogenezo] in da ima pomembno vlogo pri regulaciji metabolnih genov v mišičnem in [http://en.wikipedia.org/wiki/Brown_adipose_tissue rjavem maščobnem tkivu]. In ker se JHDM2A veže na specifične tarčne gene, ne more biti nadomestljiva z nobeno drugo histon-demetilazo z domeno jmjC, kar pa kaže na pomembnost te molekule ''in vivo''.

BiokemSeminar-SkupineNovica-B09

2009-12-23T00:18:44Z

Alenka Mikuž: /* Seminarski roki: */

Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta. 
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo]. 
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. 
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve. 
<hr> 

== Seminarski roki: ==

'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.} 
1 Špela Alič - [[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2009-10/uoia-sdp102109.php] 
''Recenzenta: Alexandra B., Primož B. ''

'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.} 

'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.} 
1 Tjaša Lukan: [[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] [http://newswire.rockefeller.edu/?page=engine&id=986] 
''Recenzenta: Tine T., Alenka B. ''

'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.} 
1 Aljaž Gaber: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]] 
''Recenzenta: Vid P., Špela P. ''
2 Špela Baus: [[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa ]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/168877.php] 
''Recenzenta: Andraž Š., Alenka M. ''
3 Špela Medic: [[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091007103032.htm] 
''Recenzenta: Gregor K., Daša J. ''

'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.} 
1 Janez Meden: [[Virus HIV se ne integrira blizu TSS aktivnega gena gostiteljske celice]] 

''Recenzenta: Branislav L., Alenka B. ''
2 Tea Lenarčič: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] 
''Recenzenta: Karmen K., Matej C. ''
3 Ana Bajc: [[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] 
''Recenzenta: Jasna B., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.} 
1 Maruša Rajh - [[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143706.htm] 
''Recenzenta: Pia P.D., Sara P. ''
2 Tanja Guček - [[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029155956.htm] 
''Recenzenta: Katja P., Blaž S. ''
3 Primož Bembič [[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA ]] [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WSR-4XNW6M0-5&_user=10&_coverDate=11%2F13%2F2009&_rdoc=5&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info(%23toc%237053%232009%23999639996%231559117%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=7053&_sort=d&_docanchor=&view=c&_ct=18&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=d1b60b299f8dcdbb2b452d4db5aacc3e] 
''Recenzenta: Urška S., Maja K. ''

'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.} 
1 Alexandra Bogožalec: [[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091104101625.htm] 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''
2 Andraž Šmon: [[Zakaj šimpanzi ne govorijo? Razlog je v genu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091111130942.htm] 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 Tine Tesovnik: [[Odkritje, ki bo morda pripomoglo pojasniti, zakaj hepatitis B bolj prizadene moške kot ženske]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091118112425.htm] 
''Recenzenta: Tjaša L., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.} 
1 Alenka Bombač - [[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine, utira pot odkritjem v medicini]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091019122840.htm] 
''Recenzenta: Špela B., Branislav L. ''
2 Gregor Kurinčič - [[Uporaba herbicidov in fibratov, ki blokirajo T1R3 receptorje v črevesju in trebušni slinavki]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091009120846.htm] 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela M. ''
3 Alenka Mikuž - [[Histon-demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost]][http://www.andrologyjournal.org/cgi/rapidpdf/jandrol.109.008052v1] 
''Recenzenta: Urška S., Blaž S. ''

'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 22.12., recenzenti popravijo do 29.12.} 
1 Vid Puž - [[Nova razlaga, kako telo preprečuje nastanek novih žil]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091111092043.htm] 
''Recenzenta: Janez M., Ana B. ''
2 Daša Janeš - [[Izražanje genov v adenokarcinomu sitastih sinusov]] [http://www.biomedcentral.com/1755-8794/2/65] 
''Recenzenta: Tea L., Maja K. ''
3 Špela Petelin - [[Vpliv melatonina na proliferacijo enojedrnih celic iz novorojenčkove posteljice (placente)]] [http://www.springerlink.com/content/a74w67w6m0837034/?p=5ad812d45e74446ab6760f3224470ef4&pi=1] 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''

'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 30.12.} 
1 Alenka Buh 
''Recenzenta: Maruša R., Tanja G. ''
2 karmen kmet- [[komplementarno delovanje nanocevk in protiteles pri odkrivanju in uničevanju rakastih celic na dojkah]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091202091030.htm] 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 jasna brčić 
''Recenzenta: Tjaša L., Špela M. ''

'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 29.12., recenzenti popravijo do 5.1.} 
1 Pia Pužar Dominkuš - [[Aktivacija genskega izražanja holesterola v živčnih celicah kot posledica okužbe s prionom]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091118101401.htm]
''Recenzenta: Aljaž G., Špela B. ''
2 Sara Pintar 
''Recenzenta: Alexandra B., Alenka B. ''
3 Katja Pernek - [[Proteinsko inženirstvo pospešuje raziskovanje Alzheimerjeve bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029151318.htm] 
''Recenzenta: Janez M., Matej C. ''

'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 30.12., recenzenti popravijo do 6.1.} 
1 Blaž Svetic 
''Recenzenta: Tea L., Ana B. ''
2 Matej Cibic 
''Recenzenta: Alenka M., Primož B. ''
3 Branislav Lukić - [[Odkrit nov način za stabilizacijo proteinov]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091210125544.htm] 
''Recenzenta: Andraž Š., Daša J. ''

'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.} 
1 Davor Škofič Maurer - [[Celice ščitijo proteine pred virusi in bakterijami z vgraditvijo napačne aminokisline v njihovo zaporedje.]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091125134701.htm] 
''Recenzenta: Tine T., Špela P. ''
2 Urška Slapšak 
''Recenzenta: Maruša R., Vid P. ''
3 Saška Polanc - [[Razumevanje smiselnosti popravkov v DNA pri rakavih obolenjih]] [[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091203171716.htm]]
''Recenzenta: Sara P., Katja P. ''

'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.} 
1 Maja Kozlevčar 
''Recenzenta: Alenka B., Karmen K. ''
2 Sabina Mavretič 
''Recenzenta: Jasna B., Pia P.D. ''
3 Zorica Latinović 
''Recenzenta: Gregor K., Tanja G. ''

Histon-demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost

2009-12-23T00:16:51Z

Alenka Mikuž: New page: == '''Histon-demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost''' == '''Proteini jumonji''' z '''domeno jmjC''' spadajo v skupino '''histon-demetilaz''' in so transkripcijski fak...

BiokemSeminar-SkupineNovica-B09

2009-12-23T00:16:01Z

Alenka Mikuž: /* Seminarski roki: */

Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta. 
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo]. 
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. 
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve. 
<hr> 

== Seminarski roki: ==

'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.} 
1 Špela Alič - [[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2009-10/uoia-sdp102109.php] 
''Recenzenta: Alexandra B., Primož B. ''

'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.} 

'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.} 
1 Tjaša Lukan: [[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] [http://newswire.rockefeller.edu/?page=engine&id=986] 
''Recenzenta: Tine T., Alenka B. ''

'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.} 
1 Aljaž Gaber: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]] 
''Recenzenta: Vid P., Špela P. ''
2 Špela Baus: [[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa ]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/168877.php] 
''Recenzenta: Andraž Š., Alenka M. ''
3 Špela Medic: [[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091007103032.htm] 
''Recenzenta: Gregor K., Daša J. ''

'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.} 
1 Janez Meden: [[Virus HIV se ne integrira blizu TSS aktivnega gena gostiteljske celice]] 

''Recenzenta: Branislav L., Alenka B. ''
2 Tea Lenarčič: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] 
''Recenzenta: Karmen K., Matej C. ''
3 Ana Bajc: [[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] 
''Recenzenta: Jasna B., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.} 
1 Maruša Rajh - [[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143706.htm] 
''Recenzenta: Pia P.D., Sara P. ''
2 Tanja Guček - [[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029155956.htm] 
''Recenzenta: Katja P., Blaž S. ''
3 Primož Bembič [[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA ]] [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WSR-4XNW6M0-5&_user=10&_coverDate=11%2F13%2F2009&_rdoc=5&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info(%23toc%237053%232009%23999639996%231559117%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=7053&_sort=d&_docanchor=&view=c&_ct=18&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=d1b60b299f8dcdbb2b452d4db5aacc3e] 
''Recenzenta: Urška S., Maja K. ''

'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.} 
1 Alexandra Bogožalec: [[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091104101625.htm] 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''
2 Andraž Šmon: [[Zakaj šimpanzi ne govorijo? Razlog je v genu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091111130942.htm] 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 Tine Tesovnik: [[Odkritje, ki bo morda pripomoglo pojasniti, zakaj hepatitis B bolj prizadene moške kot ženske]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091118112425.htm] 
''Recenzenta: Tjaša L., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.} 
1 Alenka Bombač - [[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine, utira pot odkritjem v medicini]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091019122840.htm] 
''Recenzenta: Špela B., Branislav L. ''
2 Gregor Kurinčič - [[Uporaba herbicidov in fibratov, ki blokirajo T1R3 receptorje v črevesju in trebušni slinavki]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091009120846.htm] 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela M. ''
3 Alenka Mikuž - [[Histon-demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost]] 
''Recenzenta: Urška S., Blaž S. ''

'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 22.12., recenzenti popravijo do 29.12.} 
1 Vid Puž - [[Nova razlaga, kako telo preprečuje nastanek novih žil]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091111092043.htm] 
''Recenzenta: Janez M., Ana B. ''
2 Daša Janeš - [[Izražanje genov v adenokarcinomu sitastih sinusov]] [http://www.biomedcentral.com/1755-8794/2/65] 
''Recenzenta: Tea L., Maja K. ''
3 Špela Petelin - [[Vpliv melatonina na proliferacijo enojedrnih celic iz novorojenčkove posteljice (placente)]] [http://www.springerlink.com/content/a74w67w6m0837034/?p=5ad812d45e74446ab6760f3224470ef4&pi=1] 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''

'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 30.12.} 
1 Alenka Buh 
''Recenzenta: Maruša R., Tanja G. ''
2 karmen kmet- [[komplementarno delovanje nanocevk in protiteles pri odkrivanju in uničevanju rakastih celic na dojkah]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091202091030.htm] 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 jasna brčić 
''Recenzenta: Tjaša L., Špela M. ''

'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 29.12., recenzenti popravijo do 5.1.} 
1 Pia Pužar Dominkuš - [[Aktivacija genskega izražanja holesterola v živčnih celicah kot posledica okužbe s prionom]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091118101401.htm]
''Recenzenta: Aljaž G., Špela B. ''
2 Sara Pintar 
''Recenzenta: Alexandra B., Alenka B. ''
3 Katja Pernek - [[Proteinsko inženirstvo pospešuje raziskovanje Alzheimerjeve bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029151318.htm] 
''Recenzenta: Janez M., Matej C. ''

'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 30.12., recenzenti popravijo do 6.1.} 
1 Blaž Svetic 
''Recenzenta: Tea L., Ana B. ''
2 Matej Cibic 
''Recenzenta: Alenka M., Primož B. ''
3 Branislav Lukić - [[Odkrit nov način za stabilizacijo proteinov]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091210125544.htm] 
''Recenzenta: Andraž Š., Daša J. ''

'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.} 
1 Davor Škofič Maurer - [[Celice ščitijo proteine pred virusi in bakterijami z vgraditvijo napačne aminokisline v njihovo zaporedje.]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091125134701.htm] 
''Recenzenta: Tine T., Špela P. ''
2 Urška Slapšak 
''Recenzenta: Maruša R., Vid P. ''
3 Saška Polanc - [[Razumevanje smiselnosti popravkov v DNA pri rakavih obolenjih]] [[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091203171716.htm]]
''Recenzenta: Sara P., Katja P. ''

'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.} 
1 Maja Kozlevčar 
''Recenzenta: Alenka B., Karmen K. ''
2 Sabina Mavretič 
''Recenzenta: Jasna B., Pia P.D. ''
3 Zorica Latinović 
''Recenzenta: Gregor K., Tanja G. ''

Histonska demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost

2009-12-23T00:15:13Z

Alenka Mikuž:

Histonska demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost

2009-12-23T00:14:57Z

Alenka Mikuž:

== '''Histonska demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost''' ==

'''Proteini jumonji''' z '''domeno jmjC''' spadajo v skupino '''histon-demetilaz''' in so transkripcijski faktorji, ki sodelujejo pri transkripcijski represiji in/ali regulaciji '''kromatina''' med demetilacijo '''histona'''.
Da bi pojasnili fiziološke funkcije '''histo-demetilaze JHDM2A''', so znanstveniki naredili raziskavo v laboratoriju z mišmi z izbitim genom JHDM2A.

Miši moškega spola so imele manjše [http://en.wikipedia.org/wiki/Testicle testise] in bile [http://en.wikipedia.org/wiki/Infertility neplodne], saj se [http://en.wikipedia.org/wiki/Spermatid spermatidi] zaradi oslabljene '''kondenzacije kromatinov''' niso podaljšali, raven [http://sl.wikipedia.org/wiki/Metilacija metilacije] H3K9 pa je presenetljivo ostala enaka. Enaka je ostala tudi raven hormonov [http://en.wikipedia.org/wiki/Luteinizing_hormone LH], [http://en.wikipedia.org/wiki/Follicle-stimulating_hormone FSH] in [http://en.wikipedia.org/wiki/Testosterone testosterona].

Poleg moške neplodnosti so miši z izbitim genom pokazale fenotip [http://sl.wikipedia.org/wiki/Debelost debelosti], kot na primer povečano nalaganje telesne maščobe in višjo vsebnost serumskih lipidov pri nespremenjenem hranjenju.

Z raziskavo so pokazali, da je histon-demetilaza JHDM2A nujna za [http://sl.wikipedia.org/wiki/Spermatogeneza spermatogenezo] in da ima pomembno vlogo pri regulaciji metabolnih genov v mišičnem in [http://en.wikipedia.org/wiki/Brown_adipose_tissue rjavem maščobnem tkivu]. In ker se JHDM2A veže na specifične tarčne gene, ne more biti nadomestljiva z nobeno drugo histon-demetilazo z domeno jmjC, kar pa kaže na pomembnost te molekule ''in vivo''.

Povezava do [http://www.andrologyjournal.org/cgi/rapidpdf/jandrol.109.008052v1 članka]

BiokemSeminar-SeznamNovic-B09

2009-12-14T08:31:33Z

Alenka Mikuž: /* Seznam novic po področjih */

=Seznam novic po področjih=
Novico, ki jo boste predstavili, uvrstite v kategorijo, kamor mislite, da najbolj sodi. Vpišite naslov seminarja v slovenščini, hkrati pa naj bo naslov povezava na novo stran, kjer boste pripravili opis. Dopišite svoje ime in datum predstavitve. (Če si ne predstavljate, kako naj bi to naredili, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Seznam_predstavljenih_novic_-_2008/9 lanski seznam]).

===Encimatika===
[[Histonska demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost]]

===Biokemija bolezni===
 
[[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] Alexandra Bogožalec, 22.12.2009

[[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami ]] Maruša Rajh, 16.12.2009

[[Virus HIV se ne integrira blizu TSS aktivnega gena gostiteljske celice]] Janez Meden, 15. 12. 2009

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje%2C_ki_bo_morda_pripomoglo_pojasniti%2C_zakaj_hepatitis_B_bolj_prizadene_mo%C5%A1ke_kot_%C5%BEenske Odkritje, ki bo morda pripomoglo pojasniti, zakaj hepatitis B bolj prizadene moške kot ženske] Tine Tesovnik, 22. 12. 2009

===Nevrobiokemija===
[[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] Špela Medic, 9.12.2009

[[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]] Aljaž Gaber, 9.12.2009

[[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] Tea Lenarcic, 15.12.2009

[[Aktivacija genskega izražanja holesterola v živčnih celicah kot posledica okužbe s prionom]] Pia Pužar Dominkuš, 12.1.2010

===Genomika===
[[Izražanje genov v adenokarcinomu sitastih sinusov]] Daša Janeš, 5.1.2010
 

===Nanobiotehnologija===
 

===Celična biokemija===
[[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] Tjaša Lukan, 8.12.2009

===Hormonska regulacija===
[[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa]] Špela Baus, 9.12.2009

===Metabolizem===
 
[[Uporaba herbicidov in fibratov, ki blokirajo T1R3 receptorje v črevesju in trebušni slinavki]] Gregor Kurinčič, 23.12.2009

===Signalne poti v celicah===
[[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] Ana Bajc, 15. 12. 2009
 

===Imunologija===
 
===Genetika===
[[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] Špela Alič, 1.12.2009
 
[[Zakaj šimpanzi ne govorijo? Razlog je v genu]] Andraž Šmon, 22.12.2009
 
[[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA]] Primož Bembič, 16.12.2009
 

===Forenzika===
[[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] Tanja Guček, 16.12.2009
 
===Proteomika===
[[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine, utira pot odkritjem v medicini]] Alenka Bombač, 23.12.2009

Histonska demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost

2009-12-09T18:00:35Z

Alenka Mikuž:

== '''Histonska demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost''' ==

'''Jumonji proteini''' z '''JmjC domeno''' spadajo v skupino '''histonskih demetilaz''' in so transkripcijski faktorji, ki sodelujejo pri transkripcijski represiji in/ali regulaciji '''kromatina''' med demetilacijo '''histona'''.
Da bi pojasnili fiziološke funkcije '''histonske demetilaze JHDM2A''', so znanstveniki naredili raziskavo v laboratoriju z mišmi z izbitim genom JHDM2A.

Miši moškega spola so imele manjše [http://en.wikipedia.org/wiki/Testicle testise] in bile [http://en.wikipedia.org/wiki/Infertility neplodne], saj se [http://en.wikipedia.org/wiki/Spermatid spermatidi] zaradi oslabljene '''kondenzacije kromatinov''' niso podaljšali, raven [http://sl.wikipedia.org/wiki/Metilacija metilacije] H3K9 pa je presenetljivo ostala enaka. Enaka je ostala tudi raven [http://en.wikipedia.org/wiki/Luteinizing_hormone LH], [http://en.wikipedia.org/wiki/Follicle-stimulating_hormone FSH] in [http://en.wikipedia.org/wiki/Testosterone testosterona].

Poleg moške neplodnosti so miši z izbitim genom pokazale fenotip [http://sl.wikipedia.org/wiki/Debelost debelosti], kot na primer povečano nalaganje telesne maščobe in višjo vsebnost serumskih lipidov pri nespremenjenem hranjenju.

Z raziskavo so pokazali, da je histonska demetilaza JHDM2A nujna za [http://sl.wikipedia.org/wiki/Spermatogeneza spermatogenezo] in da ima pomembno vlogo pri regulaciji metabolnih genov v mišičnem in [http://en.wikipedia.org/wiki/Brown_adipose_tissue rjavem maščobnem tkivu]. In ker se JHDM2A veže na specifične tarčne gene, ne more biti nadomestljiva z nobeno drugo histonsko demetilazo z JmjC-domeno, kar pa kaže na pomembnost te molekule ''in vivo''.

Povezava do [http://www.andrologyjournal.org/cgi/rapidpdf/jandrol.109.008052v1 članka]

Histonska demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost

2009-12-09T17:56:32Z

Alenka Mikuž: New page: == '''Histonska demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost''' == '''Jumonji proteini''' z '''JmjC domeno''' spadajo v skupino '''histonskih demetilaz''' in so transkripcij...

BiokemSeminar-SkupineNovica-B09

2009-12-09T17:35:20Z

Alenka Mikuž: /* Seminarski roki: */

Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta. 
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo]. 
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. 
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve. 
<hr> 

== Seminarski roki: ==

'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.} 
1 Špela Alič - [[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2009-10/uoia-sdp102109.php] 
''Recenzenta: Alexandra B., Primož B. ''

'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.} 

'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.} 
1 Tjaša Lukan: [[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] [http://newswire.rockefeller.edu/?page=engine&id=986] 
''Recenzenta: Tine T., Alenka B. ''

'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.} 
1 Aljaž Gaber: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]] 
''Recenzenta: Vid P., Špela P. ''
2 Špela Baus: [[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa ]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/168877.php] 
''Recenzenta: Andraž Š., Alenka M. ''
3 Špela Medic: [[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091007103032.htm] 
''Recenzenta: Gregor K., Daša J. ''

'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.} 
1 Janez Meden: [[Virus HIV se ne integrira blizu TSS aktivnega gena gostiteljske celice]] 

''Recenzenta: Branislav L., Alenka B. ''
2 Tea Lenarčič: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] 
''Recenzenta: Karmen K., Matej C. ''
3 Ana Bajc: [[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] 
''Recenzenta: Jasna B., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.} 
1 Maruša Rajh - [[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143706.htm] 
''Recenzenta: Pia P.D., Sara P. ''
2 Tanja Guček - [[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029155956.htm] 
''Recenzenta: Katja P., Blaž S. ''
3 Primož Bembič [[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA ]] 
''Recenzenta: Urška S., Maja K. ''

'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.} 
1 Alexandra Bogožalec: [[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091104101625.htm] 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''
2 Andraž Šmon: [[Zakaj šimpanzi ne govorijo? Razlog je v genu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091111130942.htm] 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 Tine Tesovnik: [[Odkritje, ki bo morda pripomoglo pojasniti, zakaj hepatitis B bolj prizadene moške kot ženske]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091118112425.htm] 
''Recenzenta: Tjaša L., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.} 
1 Alenka Bombač - [[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine, utira pot odkritjem v medicini]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091019122840.htm] 
''Recenzenta: Špela B., Branislav L. ''
2 Gregor Kurinčič - [[Uporaba herbicidov in fibratov, ki blokirajo T1R3 receptorje v črevesju in trebušni slinavki]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091009120846.htm] 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela M. ''
3 Alenka Mikuž - [[Histonska demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost]] 
''Recenzenta: Urška S., Blaž S. ''

'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 15.12., recenzenti popravijo do 22.12.} 
1 Vid Puž - [[Nova razlaga, kako telo preprečuje nastanek novih žil]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091111092043.htm] 
''Recenzenta: Janez M., Ana B. ''
2 Daša Janeš 
''Recenzenta: Tea L., Maja K. ''
3 Špela Petelin 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''

'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 30.12.} 
1 Alenka Buh 
''Recenzenta: Maruša R., Tanja G. ''
2 karmen kmet- [[komplementarno delovanje nanocevk in protiteles pri odkrivanju in uničevanju rakastih celic na dojkah]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091202091030.htm] 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 jasna brčić 
''Recenzenta: Tjaša L., Špela M. ''

'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 22.12., recenzenti popravijo do 5.1.} 
1 Pia Pužar Dominkuš 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela B. ''
2 Sara Pintar 
''Recenzenta: Alexandra B., Alenka B. ''
3 Katja Pernek - [[Proteinsko inženirstvo pospešuje raziskovanje Alzheimerjeve bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029151318.htm] 
''Recenzenta: Janez M., Matej C. ''

'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 30.12., recenzenti popravijo do 6.1.} 
1 Blaž Svetic 
''Recenzenta: Tea L., Ana B. ''
2 Matej Cibic 
''Recenzenta: Alenka M., Primož B. ''
3 Branislav Lukić 
''Recenzenta: Andraž Š., Daša J. ''

'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.} 
1 Davor Škofič Maurer - [[Celice ščitijo proteine pred virusi in bakterijami z vgraditvijo napačne aminokisline v njihovo zaporedje.]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091125134701.htm] 
''Recenzenta: Tine T., Špela P. ''
2 Urška Slapšak 
''Recenzenta: Maruša R., Vid P. ''
3 Saška Polanc - [[Razumevanje smiselnosti popravkov v DNA pri rakavih obolenjih]] [[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091203171716.htm]]
''Recenzenta: Sara P., Katja P. ''

'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.} 
1 Maja Kozlevčar 
''Recenzenta: Alenka B., Karmen K. ''
2 Sabina Mavretič 
''Recenzenta: Jasna B., Pia P.D. ''
3 Zorica Latinović 
''Recenzenta: Gregor K., Tanja G. ''

BiokemSeminar-SkupineNovica-B09

2009-12-06T12:06:45Z

Alenka Mikuž: /* Seminarski roki: */

Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta. 
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo]. 
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. 
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve. 
<hr> 

== Seminarski roki: ==

'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.} 
1 Špela Alič - [[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2009-10/uoia-sdp102109.php] 
''Recenzenta: Alexandra B., Primož B. ''

'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.} 

'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.} 
1 Tjaša Lukan: [[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] [http://newswire.rockefeller.edu/?page=engine&id=986] 
''Recenzenta: Tine T., Alenka B. ''

'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.} 
1 Aljaž Gaber: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]] 
''Recenzenta: Vid P., Špela P. ''
2 Špela Baus: [[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa ]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/168877.php] 
''Recenzenta: Andraž Š., Alenka M. ''
3 Špela Medic: [[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091007103032.htm] 
''Recenzenta: Gregor K., Daša J. ''

'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.} 
1 Janez Meden 
''Recenzenta: Branislav L., Alenka B. ''
2 Tea Lenarčič: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] 
''Recenzenta: Karmen K., Matej C. ''
3 Ana Bajc: [[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] 
''Recenzenta: Jasna B., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.} 
1 Maruša Rajh - [[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143706.htm] 
''Recenzenta: Pia P.D., Sara P. ''
2 Tanja Guček - [[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029155956.htm] 
''Recenzenta: Katja P., Blaž S. ''
3 Primož Bembič [[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA ]] 
''Recenzenta: Urška S., Maja K. ''

'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.} 
1 Alexandra Bogožalec: [[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091104101625.htm] 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''
2 Andraž Šmon 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 Tine Tesovnik: [[Odkritje, ki bo morda pripomoglo pojasniti, zakaj hepatitis B bolj prizadene moške kot ženske]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091118112425.htm] 
''Recenzenta: Tjaša L., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.} 
1 Alenka Bombač - [[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine utira pot odkritjem v medicini]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091019122840.htm] 
''Recenzenta: Špela B., Branislav L. ''
2 Gregor Kurinčič - [[Uporaba herbicidov in fibratov, ki blokirajo T1R3 receptorje v črevesju in trebušni slinavki]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091009120846.htm] 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela M. ''
3 Alenka Mikuž - [[Histonska demetilaza JHDM2A vpliva na neplodnost in debelost pri moških]] 
''Recenzenta: Urška S., Blaž S. ''

'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 15.12., recenzenti popravijo do 22.12.} 
1 Vid Puž 
''Recenzenta: Janez M., Ana B. ''
2 Daša Janeš 
''Recenzenta: Tea L., Maja K. ''
3 Špela Petelin 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''

'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 16.12., recenzenti popravijo do 23.12.} 
1 Alenka Buh 
''Recenzenta: Maruša R., Tanja G. ''
2 karmen kmet- [[komplementarno delovanje nanocevk in protiteles pri odkrivanju in uničevanju rakastih celic na dojkah]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091202091030.htm] 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 jasna brčić 
''Recenzenta: Tjaša L., Špela M. ''

'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 22.12., recenzenti popravijo do 5.1.} 
1 Pia Pužar Dominkuš 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela B. ''
2 Sara Pintar 
''Recenzenta: Alexandra B., Alenka B. ''
3 Katja Pernek 
''Recenzenta: Janez M., Matej C. ''

'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 6.1.} 
1 Blaž Svetic 
''Recenzenta: Tea L., Ana B. ''
2 Matej Cibic 
''Recenzenta: Alenka M., Primož B. ''
3 Branislav Lukić 
''Recenzenta: Andraž Š., Daša J. ''

'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.} 
1 Davor Škofič Maurer - [[Celice ščitijo proteine pred virusi in bakterijami z vgraditvijo napačne aminokisline v njihovo zaporedje.]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091125134701.htm] 
''Recenzenta: Tine T., Špela P. ''
2 Urška Slapšak 
''Recenzenta: Maruša R., Vid P. ''
3 Saška Polanc 
''Recenzenta: Sara P., Katja P. ''

'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.} 
1 Maja Kozlevčar 
''Recenzenta: Alenka B., Karmen K. ''
2 Sabina Mavretič 
''Recenzenta: Jasna B., Pia P.D. ''
3 Zorica Latinović 
''Recenzenta: Gregor K., Tanja G. ''

BiokemSeminar-SkupineNovica-B09

2009-12-05T12:40:36Z

Alenka Mikuž: /* Seminarski roki: */

Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta. 
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo]. 
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. 
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve. 
<hr> 

== Seminarski roki: ==

'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.} 
1 Špela Alič - [[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2009-10/uoia-sdp102109.php] 
''Recenzenta: Alexandra B., Primož B. ''

'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.} 

'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.} 
1 Tjaša Lukan: [[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] [http://newswire.rockefeller.edu/?page=engine&id=986] 
''Recenzenta: Tine T., Alenka B. ''

'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.} 
1 Aljaž Gaber: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]] 
''Recenzenta: Vid P., Špela P. ''
2 Špela Baus: [[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa ]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/168877.php] 
''Recenzenta: Andraž Š., Alenka M. ''
3 Špela Medic: [[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091007103032.htm] 
''Recenzenta: Gregor K., Daša J. ''

'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.} 
1 Janez Meden 
''Recenzenta: Branislav L., Alenka B. ''
2 Tea Lenarčič: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] 
''Recenzenta: Karmen K., Matej C. ''
3 Ana Bajc: [[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] 
''Recenzenta: Jasna B., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.} 
1 Maruša Rajh - [[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143706.htm] 
''Recenzenta: Pia P.D., Sara P. ''
2 Tanja Guček - [[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029155956.htm] 
''Recenzenta: Katja P., Blaž S. ''
3 Primož Bembič [[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA ]] 
''Recenzenta: Urška S., Maja K. ''

'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.} 
1 Alexandra Bogožalec: [[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091104101625.htm] 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''
2 Andraž Šmon 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 Tine Tesovnik 
''Recenzenta: Tjaša L., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.} 
1 Alenka Bombač - [[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine utira pot odkritjem v medicini]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091019122840.htm] 
''Recenzenta: Špela B., Branislav L. ''
2 Gregor Kurinčič - [[Uporaba herbicidov in fibratov, ki blokirajo T1R3 receptorje v prebavnem traktu in trebušni slinavki]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091009120846.htm] 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela M. ''
3 Alenka Mikuž - [[Histonka demetilaza JHDM2A vpliva na neplodnost in debelost pri moških]] 
''Recenzenta: Urška S., Blaž S. ''

'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 15.12., recenzenti popravijo do 22.12.} 
1 Vid Puž 
''Recenzenta: Janez M., Ana B. ''
2 Daša Janeš 
''Recenzenta: Tea L., Maja K. ''
3 Špela Petelin 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''

'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 16.12., recenzenti popravijo do 23.12.} 
1 Alenka Buh 
''Recenzenta: Maruša R., Tanja G. ''
2 karmen kmet- [[hkratna uporaba nanocevk in protiteles pri odkrivanju in uničevanju rakastih celic na dojkah]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091202091030.htm] 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 jasna brčić 
''Recenzenta: Tjaša L., Špela M. ''

'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 22.12., recenzenti popravijo do 5.1.} 
1 Pia Pužar Dominkuš 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela B. ''
2 Sara Pintar 
''Recenzenta: Alexandra B., Alenka B. ''
3 Katja Pernek 
''Recenzenta: Janez M., Matej C. ''

'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 6.1.} 
1 Blaž Svetic 
''Recenzenta: Tea L., Ana B. ''
2 Matej Cibic 
''Recenzenta: Alenka M., Primož B. ''
3 Branislav Lukić 
''Recenzenta: Andraž Š., Daša J. ''

'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.} 
1 Davor Škofič Maurer - [[Celice ščitijo proteine pred virusi in bakterijami z vgraditvijo napačne aminokisline v njihovo zaporedje.]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091125134701.htm] 
''Recenzenta: Tine T., Špela P. ''
2 Urška Slapšak 
''Recenzenta: Maruša R., Vid P. ''
3 Saška Polanc 
''Recenzenta: Sara P., Katja P. ''

'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.} 
1 Maja Kozlevčar 
''Recenzenta: Alenka B., Karmen K. ''
2 Sabina Mavretič 
''Recenzenta: Jasna B., Pia P.D. ''
3 Zorica Latinović 
''Recenzenta: Gregor K., Tanja G. ''

BiokemSeminar-SkupineNovica-B09

2009-12-05T11:17:32Z

Alenka Mikuž: /* Seminarski roki: */

Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta. 
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo]. 
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. 
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve. 
<hr> 

== Seminarski roki: ==

'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.} 
1 Špela Alič - [[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2009-10/uoia-sdp102109.php] 
''Recenzenta: Alexandra B., Primož B. ''

'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.} 

'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.} 
1 Tjaša Lukan: [[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] [http://newswire.rockefeller.edu/?page=engine&id=986] 
''Recenzenta: Tine T., Alenka B. ''

'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.} 
1 Aljaž Gaber: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]] 
''Recenzenta: Vid P., Špela P. ''
2 Špela Baus: [[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa ]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/168877.php] 
''Recenzenta: Andraž Š., Alenka M. ''
3 Špela Medic: [[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091007103032.htm] 
''Recenzenta: Gregor K., Daša J. ''

'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.} 
1 Janez Meden 
''Recenzenta: Branislav L., Alenka B. ''
2 Tea Lenarčič: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] 
''Recenzenta: Karmen K., Matej C. ''
3 Ana Bajc: [[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] 
''Recenzenta: Jasna B., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.} 
1 Maruša Rajh - [[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143706.htm] 
''Recenzenta: Pia P.D., Sara P. ''
2 Tanja Guček - [[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029155956.htm] 
''Recenzenta: Katja P., Blaž S. ''
3 Primož Bembič [[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA ]] 
''Recenzenta: Urška S., Maja K. ''

'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.} 
1 Alexandra Bogožalec: [[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091104101625.htm] 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''
2 Andraž Šmon 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 Tine Tesovnik 
''Recenzenta: Tjaša L., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.} 
1 Alenka Bombač - [[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine utira pot odkritjem v medicini]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091019122840.htm] 
''Recenzenta: Špela B., Branislav L. ''
2 Gregor Kurinčič - [[Uporaba herbicidov in fibratov, ki blokirajo T1R3 receptorje v prebavnem traktu in trebušni slinavki]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091009120846.htm] 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela M. ''
3 Alenka Mikuž - [[Demetilacija histona JHDM2A vpliva na neplodnost in debelost pri moških]] 
''Recenzenta: Urška S., Blaž S. ''

'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 15.12., recenzenti popravijo do 22.12.} 
1 Vid Puž 
''Recenzenta: Janez M., Ana B. ''
2 Daša Janeš 
''Recenzenta: Tea L., Maja K. ''
3 Špela Petelin 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''

'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 16.12., recenzenti popravijo do 23.12.} 
1 Alenka Buh 
''Recenzenta: Maruša R., Tanja G. ''
2 karmen kmet- [[hkratna uporaba nanocevk in protiteles pri odkrivanju in uničevanju rakastih celic na dojkah]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091202091030.htm] 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 jasna brčić 
''Recenzenta: Tjaša L., Špela M. ''

'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 22.12., recenzenti popravijo do 5.1.} 
1 Pia Pužar Dominkuš 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela B. ''
2 Sara Pintar 
''Recenzenta: Alexandra B., Alenka B. ''
3 Katja Pernek 
''Recenzenta: Janez M., Matej C. ''

'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 6.1.} 
1 Blaž Svetic 
''Recenzenta: Tea L., Ana B. ''
2 Matej Cibic 
''Recenzenta: Alenka M., Primož B. ''
3 Branislav Lukić 
''Recenzenta: Andraž Š., Daša J. ''

'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.} 
1 Davor Škofič Maurer - [[Celice ščitijo proteine pred virusi in bakterijami z vgraditvijo napačne aminokisline v njihovo zaporedje.]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091125134701.htm] 
''Recenzenta: Tine T., Špela P. ''
2 Urška Slapšak 
''Recenzenta: Maruša R., Vid P. ''
3 Saška Polanc 
''Recenzenta: Sara P., Katja P. ''

'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.} 
1 Maja Kozlevčar 
''Recenzenta: Alenka B., Karmen K. ''
2 Sabina Mavretič 
''Recenzenta: Jasna B., Pia P.D. ''
3 Zorica Latinović 
''Recenzenta: Gregor K., Tanja G. ''

BiokemSeminar-SkupineNovica-B09

2009-12-05T11:16:45Z

Alenka Mikuž: /* Seminarski roki: */

Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta. 
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo]. 
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. 
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve. 
<hr> 

== Seminarski roki: ==

'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.} 
1 Špela Alič - [[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2009-10/uoia-sdp102109.php] 
''Recenzenta: Alexandra B., Primož B. ''

'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.} 

'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.} 
1 Tjaša Lukan: [[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] [http://newswire.rockefeller.edu/?page=engine&id=986] 
''Recenzenta: Tine T., Alenka B. ''

'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.} 
1 Aljaž Gaber: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]] 
''Recenzenta: Vid P., Špela P. ''
2 Špela Baus: [[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa ]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/168877.php] 
''Recenzenta: Andraž Š., Alenka M. ''
3 Špela Medic: [[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091007103032.htm] 
''Recenzenta: Gregor K., Daša J. ''

'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.} 
1 Janez Meden 
''Recenzenta: Branislav L., Alenka B. ''
2 Tea Lenarčič: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] 
''Recenzenta: Karmen K., Matej C. ''
3 Ana Bajc: [[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] 
''Recenzenta: Jasna B., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.} 
1 Maruša Rajh - [[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143706.htm] 
''Recenzenta: Pia P.D., Sara P. ''
2 Tanja Guček - [[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029155956.htm] 
''Recenzenta: Katja P., Blaž S. ''
3 Primož Bembič [[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA ]] 
''Recenzenta: Urška S., Maja K. ''

'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.} 
1 Alexandra Bogožalec: [[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091104101625.htm] 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''
2 Andraž Šmon 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 Tine Tesovnik 
''Recenzenta: Tjaša L., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.} 
1 Alenka Bombač - [[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine utira pot odkritjem v medicini]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091019122840.htm] 
''Recenzenta: Špela B., Branislav L. ''
2 Gregor Kurinčič - [[Uporaba herbicidov in fibratov, ki blokirajo T1R3 receptorje v prebavnem traktu in trebušni slinavki]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091009120846.htm] 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela M. ''
3 Alenka Mikuž - [[Demetilacija histona JHDM2A vpliva na neplodnost in debelost moških]] 
''Recenzenta: Urška S., Blaž S. ''

'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 15.12., recenzenti popravijo do 22.12.} 
1 Vid Puž 
''Recenzenta: Janez M., Ana B. ''
2 Daša Janeš 
''Recenzenta: Tea L., Maja K. ''
3 Špela Petelin 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''

'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 16.12., recenzenti popravijo do 23.12.} 
1 Alenka Buh 
''Recenzenta: Maruša R., Tanja G. ''
2 karmen kmet- [[hkratna uporaba nanocevk in protiteles pri odkrivanju in uničevanju rakastih celic na dojkah]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091202091030.htm] 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 jasna brčić 
''Recenzenta: Tjaša L., Špela M. ''

'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 22.12., recenzenti popravijo do 5.1.} 
1 Pia Pužar Dominkuš 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela B. ''
2 Sara Pintar 
''Recenzenta: Alexandra B., Alenka B. ''
3 Katja Pernek 
''Recenzenta: Janez M., Matej C. ''

'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 6.1.} 
1 Blaž Svetic 
''Recenzenta: Tea L., Ana B. ''
2 Matej Cibic 
''Recenzenta: Alenka M., Primož B. ''
3 Branislav Lukić 
''Recenzenta: Andraž Š., Daša J. ''

'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.} 
1 Davor Škofič Maurer - [[Celice ščitijo proteine pred virusi in bakterijami z vgraditvijo napačne aminokisline v njihovo zaporedje.]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091125134701.htm] 
''Recenzenta: Tine T., Špela P. ''
2 Urška Slapšak 
''Recenzenta: Maruša R., Vid P. ''
3 Saška Polanc 
''Recenzenta: Sara P., Katja P. ''

'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.} 
1 Maja Kozlevčar 
''Recenzenta: Alenka B., Karmen K. ''
2 Sabina Mavretič 
''Recenzenta: Jasna B., Pia P.D. ''
3 Zorica Latinović 
''Recenzenta: Gregor K., Tanja G. ''

Biočipi

2009-11-30T12:04:57Z

Alenka Mikuž:

'''Biočip''' je le nekaj kvadratnih centimetrov velika silicijeva ploščica [[http://www.vbc-genomics.com/en/ISAC-Images/ISAC_Flyer.jpg slika1]], ki so jo razvili z združitvijo nekaterih znanosti, kot so: mikroelektronika, mikrosistemi in biologija. Biočipe danes uporabljamo za vzporedno raziskovanje DNA fragmentov in proteinov, encimskih reakcij, za raziskovanje posameznih procesov znotraj ene same celice in za raziskovanje odnosa med geni in boleznijo, kjer dobljene rezultate uporabimo za zdravljenje posameznika.
Pri nas poznamo novo tehnologijo pod različnimi imeni, kot so '''analiza s pomočjo mikromrež''', '''DNA-čipi''', '''genske mreže''' in '''genomski čipi'''.

Vzorci DNA ali '''fragmenti DNA''' na genski mreži predstavljajo urejene skupine, ki jih pritrdi robot na ločenih točkah [[http://www.es.anl.gov/Energy_systems/Archived_Highlights/2006/Biochip_Technologies/061117_biochip_assay-hirez.jpg slika2]]. Za vsak vzorec ali fragment, ki ga je robot nanesel na ploščico vemo točno zaporedje, dostikrat pa znamo zaporedje povezati s proteinom in njegovo vlogo v celici. Ko nosilec z DNA inkubiramo s heterogenimi vzorci '''DNA''' in '''RNA''' iz celic, ki nas zanimajo, bo na osnovi pravil parjenja baz – '''A-T''', '''G-C''' pri DNA in '''A-U''', '''G-C''' pri RNA – prišlo do nastanka '''hibridov''' med komplementarnimi nukleinskimi zaporedji. Proučevano DNA ali RNA iz celic predhodno obarvamo z fluorescentnimi barvili, kjer po nastanku hibrida zaznamo '''fluorescentni signal''' na točno določenem mestu na ploščici. Barva ali svetlost predstavljata relativno množino hibrida, kot prikazuje naslednja [[http://willson.cm.utexas.edu/Research/Sub_Files/Biochip/Images/biochip.jpg slika3]]

Ko vemo kje na ploščici je prišlo do vezave in v kakšni meri, lahko iz teh podatkov razberemo, katera zaporedja so bila prisotna v preiskovanih celicah in tudi v kakšni množini. Na ta način ugotavljamo dvoje: identificiramo sparjena zaporedja komplementarne DNA in mRNA ter določimo raven izražanja genov.

==Zgodovina==

Sam razvoj biočipa se prične že v začetku devetnajstega stoletja, ko so se začele razvijati osnovne aparature na podlagi občutljivosti. Vendar pa se prvi biosenzor pojavi še-le leta 1996, katerega so uporabljali za raziskovanje bioloških molekul.
Ko sta leta 1953 Watson in Crick, prvič objavila teorijo o svojem odkritju – dvojni heliks DNA verige – so se pričele množične raziskave in odkritja na področju biotehnologije. Leta 1977 sta Sanger in Gilbert prvič razbrala genski kod (navodilo za sintezo proteina). To odkritje je razjasnilo marsikatero vprašanje, na katere si v tistem času niso znali odgovoriti. Npr.: kako hibridizacija posamezne komplementarne oligonukleotidne skupine vpliva na občutljivost osnovne DNA verige.
Veliki napredki v biotehnologiji in polprevodniški tehnologiji so se začeli kazati v osemdesetih letih prejšnjega stoletja in so bili odskočna deska za odkritje v devetdesetih letih, saj je takrat ameriško podjetje Affymetrix razvilo prvi biočip. Affymetrix je pionir v iznajdbah biočipa in ima veliko zaslug, da je biotehnologija pripeljala do genetske revolucije.

Čip, imenovan "GeneChip", je vseboval senzorje za prepoznavanje posameznih DNA fragmentov in odčital nepravilnosti na posameznem fragmentu ali pa prepoznal modifikacije enega nukleotida, npr.: '''p53''' – tumor suspresorski protein, '''BRCA1''' in '''BRCA2''' – gen raka dojke. Biočipi so izdelani s pomočjo mikrolitografskih tehnik, ki delujejo na podlagi '''integriranega vezja'''.

Dandanes biočipe uporabljamo predvsem v '''diagnostiki onkogenih bolezni'''.

==Biočip kot vsadek – Biochip implant==

Danes se biočipi uporabljajo tudi kot vsadki, katere vstavijo pod kožo in služijo v identifikacijske namene. Vsadki v velikosti riževega zrna [[http://www.specialsol.com/electr11.jpg slika4]], ki delujejo kot majhen mikro računalnik. Mikro računlnik je sestavljen iz dveh komponent – '''transporder''' (telekomunikacijski del) in '''skener''' oziroma bralec. Transporder je tisti del sistema, ki ga vstavimo pod kožo in deluje na pasivni ravni. Transponder je sestavljen iz štirih delov – računalniškega mikročipa, zvite antene, kondenzatorja in majhne steklene kapule, kamor spravimo vse prej naštete dele. V pasivnem stanju ostane toliko časa, dokler mu skener ne pošlje energijo v obliki nizkih električnih signalov. Ko jo ta prejme, se aktivira bralec, ki skenira/bere rezultate. Komunikacija med biočip vsadkom in bralcem poteka po nizko frekvenčnih radijskih valovih. Biočip, ravno zaradi pasivnega delovanja lahko "preživi" kar 99 let.

==Viri in literatura:==
* Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005
* http://www.av1611.org/666/biochip.html
* http://en.wikipedia.org/wiki/Biochip
* slika1: http://www.vbc-genomics.com/en/ISAC-Images/ISAC_Flyer.jpg
* slika2: http://www.es.anl.gov/Energy_systems/Archived_Highlights/2006/Biochip_Technologies/061117_biochip_assay-hirez.jpg
* slika3: http://willson.cm.utexas.edu/Research/Sub_Files/Biochip/Images/biochip.jpg
* slika4: http://www.specialsol.com/electr11.jpg

Leksikon BMB

2009-11-05T08:03:10Z

Alenka Mikuž: /* Molekularna biotehnologija */

==Biološke molekule==
* [[Aminokisline in proteini]]
** Lastnosti aminokislin
** Peptidna vez in peptidi
** Ravni proteinske strukture
*** Kolageni
* Lipidi
** [[Maščobne kisline]]
** [[Membranski lipidi]]
** Lipidi kot zaloga energije
** [[Holesterol]]
* Ogljikovi hidrati
** [[Monosaharidi]]
** [[Disaharidi in oligosaharidi]]
** Polisaharidi
*** [[Škrob]]
*** Glikogen
* [[Nukleinske kisline]]
** Nukleozidi in nukleotidi
** Polimeri nukleinskih kislin
** Parjenje baz
* [[Vitamini]]

==Metabolizem==
* [[Pregled metabolizma]]
**Metabolizem aminokislin
**Metabolizem lipidov
**Metabolizem ogljikovih hidratov
**Metabolizem nukleotidov
**Kofaktorji
**[[Termogeneza]]

==Prenos signalov==
* Receptorji
* G-proteini
* Načini prenosa signalov
**[[Z encimom povezani receptorji]]
**[[Z G-proteini povezani receptorji]]
* Sekundarni prenašalci
*[[Transport majhnih molekul skozi membrano]]

==Prenos genske informacije==
* [[Podvojevanje DNA]]
** Semikonzervativno podvojevanje
** DNA-polimeraze pri prokariontih in evkariontih
** Vodilna in zastajajoča veriga
** [[Telomeri]]
* Prepisovanje DNA --> RNA
* [[Sinteza proteinov]]
* Uravnavanje izražanja genov
* Organizacija kromatina pri evkariontih
* Značilnosti genomov
* "Sebični gen"
* Prenos genske informacije pri retrovirusih
* [[Mutacije]]

==Molekularna biotehnologija==
* Kloniranje genov
* Hibridizacija
* Izražanje genov
* Določanje nukleotidnih zaporedij
* Verižna reakcija s polimerazo (PCR)
* [[Biočipi]]
* [[Genetsko spremenjeni organizmi]]

==Celična in fiziološka biokemija==
* [[Celični skelet]]
* Celične membrane
** Plazmalema
** Bakterijska celična membrana
*** Zgradba celične ovojnice gramnegativnih bakterij
*** Zgradba celične ovojnice grampozitivnih bakterij
*** Zgradba peptidoglikanskega sloja
** Celična membrana arhej
** Celična stena rastlin
** Jedrna membrana in jedrna pora
** Mitohondrijska membrana
** Membrana kloroplastov
* [[Motorni proteini]]
* [[Celična smrt]]
* Poškodbe s prostimi radikali
* [[Medcelični stiki]]

==Biokemija bolezni==
* [[Rak]]
* [[Sladkorna bolezen tipa I in II]]
* [[Parkinsonova bolezen]]
* [[Zvijanje proteinov in prionske bolezni]]
* [[Alzheimerjeva bolezen]]
* Huntingtonova bolezen
* Mišična distrofija
* Sepsa
* [[Levkemija]]
* Želodčna razjeda
* Debelost
** Leptin
* Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)

==Posebna poglavja==
* [[Uvod v imunologijo]]
** Prirojeni odgovor
*** Receptorji TLR
** Pridobljeni odgovor
*** Predstavitev antigenov
*** Aktivacija limfocitov B
*** Aktivacija limfocitov T
** Splošna zgradba imunoglobulinov
*** Imunoglobulinski tip zvitja
*** Predstavitev imunoglobulinskih razredov
* Biokemija čutil
** Zaznavanje vonjev
** Zaznavanje okusov
** Tip in bolečina
** Sluh
* Proteinsko inženirstvo

----
[[Biokemijski_seminar]] -- nazaj na Seminarje

Biočipi

2009-11-05T08:00:38Z

Alenka Mikuž: /* Viri in literatura */

'''Biočip''' je le nekaj kvadratnih centimetrov velika silicijeva ploščica [[http://www.vbc-genomics.com/en/ISAC-Images/ISAC_Flyer.jpg slika1]], ki so jo razvili z združitvijo nekaterih znanosti, kot so: mikroelektronika, mikrosistemi in biologija. Biočipe danes uporabljamo za vzporedno raziskovanje DNA fragmentov in proteinov, encimskih reakcij, za raziskovanje posameznih procesov znotraj ene same celice in za raziskovanje odnosa med geni in boleznijo, kjer dobljene rezultate uporabimo za zdravljenje posameznika.
Pri nas poznamo novo tehnologijo pod različnimi imeni, kot so '''analiza s pomočjo mikromrež''', '''DNA-čipi''', '''genske mreže''' in '''genomski čipi'''.

Vzorci DNA ali '''fragmenti DNA''' na genski mreži predstavljajo urejene skupine, ki jih pritrdi robot na ločenih točkah [[http://www.es.anl.gov/Energy_systems/Archived_Highlights/2006/Biochip_Technologies/061117_biochip_assay-hirez.jpg slika2]]. Za vsak vzorec ali fragment, ki ga je robot nanesel na ploščico vemo točno zaporedje, dostikrat pa znamo zaporedje povezati s proteinom in njegovo vlogo v celici. Ko nosilec z DNA inkubiramo s heterogenimi vzorci '''DNA''' in '''RNA''' iz celic, ki nas zanimajo, bo na osnovi pravil parjenja baz – '''A-T''', '''G-C''' pri DNA in '''A-U''', '''G-C''' pri RNA – prišlo do nastanka '''hibridov''' med komplementarnimi nukleinskimi zaporedji. Proučevano DNA ali RNA iz celic predhodno obarvamo z fluorescentnimi barvili, kjer po nastanku hibrida zaznamo '''fluorescentni signal''' na točno določenem mestu na ploščici. Barva ali svetlost predstavljata relativno množino hibrida, kot prikazuje naslednja [[http://willson.cm.utexas.edu/Research/Sub_Files/Biochip/Images/biochip.jpg slika3]]

Ko vemo kje na ploščici je prišlo do vezave in v kakšni meri, lahko iz teh podatkov razberemo, katera zaporedja so bila prisotna v preiskovanih celicah in tudi v kakšni množini. Na ta način ugotavljamo dvoje: identificiramo sparjena zaporedja komplementarne DNA in mRNA ter določimo raven izražanja genov.

== Zgodovina ==

Sam razvoj biočipa se prične že v začetku devetnajstega stoletja, ko so se začele razvijati osnovne aparature na podlagi občutljivosti. Vendar pa se prvi biosenzor pojavi še-le leta 1996, katerega so uporabljali za raziskovanje bioloških molekul.
Ko sta leta 1953 Watson in Crick, prvič objavila teorijo o svojem odkritju – dvojni heliks DNA verige – so se pričele množične raziskave in odkritja na področju biotehnologije. Leta 1977 sta Sanger in Gilbert prvič razbrala genski kod (navodilo za sintezo proteina). To odkritje je razjasnilo marsikatero vprašanje, na katere si v tistem času niso znali odgovoriti. Npr.: kako hibridizacija posamezne komplementarne oligonukleotidne skupine vpliva na občutljivost osnovne DNA verige.
Veliki napredki v biotehnologiji in polprevodniški tehnologiji so se začeli kazati v osemdesetih letih prejšnjega stoletja in so bili odskočna deska za odkritje v devetdesetih letih, saj je takrat ameriško podjetje Affymetrix razvilo prvi biočip. Affymetrix je pionir v iznajdbah biočipa in ima veliko zaslug, da je biotehnologija pripeljala do genetske revolucije.

Čip, imenovan "GeneChip", je vseboval senzorje za prepoznavanje posameznih DNA fragmentov in odčital nepravilnosti na posameznem fragmentu ali pa prepoznal modifikacije enega nukleotida, npr.: '''p53''' – tumor suspresorski protein, '''BRCA1''' in '''BRCA2''' – gen raka dojke. Biočipi so izdelani s pomočjo mikrolitografskih tehnik, ki delujejo na podlagi '''integriranega vezja'''.

Dandanes biočipe uporabljamo predvsem v '''diagnostiki onkogenih bolezni'''.

== Biočip kot vsadek – Biochip implant ==

Danes se biočipi uporabljajo tudi kot vsadki, katere vstavijo pod kožo in služijo v identifikacijske namene. Vsadki v velikosti riževega zrna [[http://www.specialsol.com/electr11.jpg slika4]], ki delujejo kot majhen mikro računalnik. Mikro računlnik je sestavljen iz dveh komponent – '''transporder''' (telekomunikacijski del) in '''skener''' oziroma bralec. Transporder je tisti del sistema, ki ga vstavimo pod kožo in deluje na pasivni ravni. Transponder je sestavljen iz štirih delov – računalniškega mikročipa, zvite antene, kondenzatorja in majhne steklene kapule, kamor spravimo vse prej naštete dele. V pasivnem stanju ostane toliko časa, dokler mu skener ne pošlje energijo v obliki nizkih električnih signalov. Ko jo ta prejme, se aktivira bralec, ki skenira/bere rezultate. Komunikacija med biočip vsadkom in bralcem poteka po nizko frekvenčnih radijskih valovih. Biočip, ravno zaradi pasivnega delovanja lahko "preživi" kar 99 let.

== Viri in literatura: ==
* Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005
* http://www.av1611.org/666/biochip.html
* http://en.wikipedia.org/wiki/Biochip
* slika1: http://www.vbc-genomics.com/en/ISAC-Images/ISAC_Flyer.jpg
* slika2: http://www.es.anl.gov/Energy_systems/Archived_Highlights/2006/Biochip_Technologies/061117_biochip_assay-hirez.jpg
* slika3: http://willson.cm.utexas.edu/Research/Sub_Files/Biochip/Images/biochip.jpg
* slika4: http://www.specialsol.com/electr11.jpg

Biočipi

2009-11-05T07:59:03Z

Alenka Mikuž:

'''Biočip''' je le nekaj kvadratnih centimetrov velika silicijeva ploščica [[http://www.vbc-genomics.com/en/ISAC-Images/ISAC_Flyer.jpg slika1]], ki so jo razvili z združitvijo nekaterih znanosti, kot so: mikroelektronika, mikrosistemi in biologija. Biočipe danes uporabljamo za vzporedno raziskovanje DNA fragmentov in proteinov, encimskih reakcij, za raziskovanje posameznih procesov znotraj ene same celice in za raziskovanje odnosa med geni in boleznijo, kjer dobljene rezultate uporabimo za zdravljenje posameznika.
Pri nas poznamo novo tehnologijo pod različnimi imeni, kot so '''analiza s pomočjo mikromrež''', '''DNA-čipi''', '''genske mreže''' in '''genomski čipi'''.

Vzorci DNA ali '''fragmenti DNA''' na genski mreži predstavljajo urejene skupine, ki jih pritrdi robot na ločenih točkah [[http://www.es.anl.gov/Energy_systems/Archived_Highlights/2006/Biochip_Technologies/061117_biochip_assay-hirez.jpg slika2]]. Za vsak vzorec ali fragment, ki ga je robot nanesel na ploščico vemo točno zaporedje, dostikrat pa znamo zaporedje povezati s proteinom in njegovo vlogo v celici. Ko nosilec z DNA inkubiramo s heterogenimi vzorci '''DNA''' in '''RNA''' iz celic, ki nas zanimajo, bo na osnovi pravil parjenja baz – '''A-T''', '''G-C''' pri DNA in '''A-U''', '''G-C''' pri RNA – prišlo do nastanka '''hibridov''' med komplementarnimi nukleinskimi zaporedji. Proučevano DNA ali RNA iz celic predhodno obarvamo z fluorescentnimi barvili, kjer po nastanku hibrida zaznamo '''fluorescentni signal''' na točno določenem mestu na ploščici. Barva ali svetlost predstavljata relativno množino hibrida, kot prikazuje naslednja [[http://willson.cm.utexas.edu/Research/Sub_Files/Biochip/Images/biochip.jpg slika3]]

Ko vemo kje na ploščici je prišlo do vezave in v kakšni meri, lahko iz teh podatkov razberemo, katera zaporedja so bila prisotna v preiskovanih celicah in tudi v kakšni množini. Na ta način ugotavljamo dvoje: identificiramo sparjena zaporedja komplementarne DNA in mRNA ter določimo raven izražanja genov.

== Zgodovina ==

Sam razvoj biočipa se prične že v začetku devetnajstega stoletja, ko so se začele razvijati osnovne aparature na podlagi občutljivosti. Vendar pa se prvi biosenzor pojavi še-le leta 1996, katerega so uporabljali za raziskovanje bioloških molekul.
Ko sta leta 1953 Watson in Crick, prvič objavila teorijo o svojem odkritju – dvojni heliks DNA verige – so se pričele množične raziskave in odkritja na področju biotehnologije. Leta 1977 sta Sanger in Gilbert prvič razbrala genski kod (navodilo za sintezo proteina). To odkritje je razjasnilo marsikatero vprašanje, na katere si v tistem času niso znali odgovoriti. Npr.: kako hibridizacija posamezne komplementarne oligonukleotidne skupine vpliva na občutljivost osnovne DNA verige.
Veliki napredki v biotehnologiji in polprevodniški tehnologiji so se začeli kazati v osemdesetih letih prejšnjega stoletja in so bili odskočna deska za odkritje v devetdesetih letih, saj je takrat ameriško podjetje Affymetrix razvilo prvi biočip. Affymetrix je pionir v iznajdbah biočipa in ima veliko zaslug, da je biotehnologija pripeljala do genetske revolucije.

Čip, imenovan "GeneChip", je vseboval senzorje za prepoznavanje posameznih DNA fragmentov in odčital nepravilnosti na posameznem fragmentu ali pa prepoznal modifikacije enega nukleotida, npr.: '''p53''' – tumor suspresorski protein, '''BRCA1''' in '''BRCA2''' – gen raka dojke. Biočipi so izdelani s pomočjo mikrolitografskih tehnik, ki delujejo na podlagi '''integriranega vezja'''.

Dandanes biočipe uporabljamo predvsem v '''diagnostiki onkogenih bolezni'''.

== Biočip kot vsadek – Biochip implant ==

Danes se biočipi uporabljajo tudi kot vsadki, katere vstavijo pod kožo in služijo v identifikacijske namene. Vsadki v velikosti riževega zrna [[http://www.specialsol.com/electr11.jpg slika4]], ki delujejo kot majhen mikro računalnik. Mikro računlnik je sestavljen iz dveh komponent – '''transporder''' (telekomunikacijski del) in '''skener''' oziroma bralec. Transporder je tisti del sistema, ki ga vstavimo pod kožo in deluje na pasivni ravni. Transponder je sestavljen iz štirih delov – računalniškega mikročipa, zvite antene, kondenzatorja in majhne steklene kapule, kamor spravimo vse prej naštete dele. V pasivnem stanju ostane toliko časa, dokler mu skener ne pošlje energijo v obliki nizkih električnih signalov. Ko jo ta prejme, se aktivira bralec, ki skenira/bere rezultate. Komunikacija med biočip vsadkom in bralcem poteka po nizko frekvenčnih radijskih valovih. Biočip, ravno zaradi pasivnega delovanja lahko "preživi" kar 99 let.

== Viri in literatura ==
* Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005
* http://www.av1611.org/666/biochip.html
* http://en.wikipedia.org/wiki/Biochip
* slika1: http://www.vbc-genomics.com/en/ISAC-Images/ISAC_Flyer.jpg
* slika2: http://www.es.anl.gov/Energy_systems/Archived_Highlights/2006/Biochip_Technologies/061117_biochip_assay-hirez.jpg
* slika3: http://willson.cm.utexas.edu/Research/Sub_Files/Biochip/Images/biochip.jpg
* slika4: http://www.specialsol.com/electr11.jpg

Biočipi

2009-11-05T07:54:16Z

Alenka Mikuž:

'''Biočip''' je le nekaj kvadratnih centimetrov velika silicijeva ploščica, ki so jo razvili z združitvijo nekaterih znanosti, kot so: mikroelektronika, mikrosistemi in biologija. Biočipe danes uporabljamo za vzporedno raziskovanje DNA fragmentov in proteinov, encimskih reakcij, za raziskovanje posameznih procesov znotraj ene same celice in za raziskovanje odnosa med geni in boleznijo, kjer dobljene rezultate uporabimo za zdravljenje posameznika.
Pri nas poznamo novo tehnologijo pod različnimi imeni, kot so '''analiza s pomočjo mikromrež''', '''DNA-čipi''', '''genske mreže''' in '''genomski čipi'''.

Vzorci DNA ali '''fragmenti DNA''' na genski mreži predstavljajo urejene skupine, ki jih pritrdi robot na ločenih točkah [[http://www.es.anl.gov/Energy_systems/Archived_Highlights/2006/Biochip_Technologies/061117_biochip_assay-hirez.jpg slika1]]. Za vsak vzorec ali fragment, ki ga je robot nanesel na ploščico vemo točno zaporedje, dostikrat pa znamo zaporedje povezati s proteinom in njegovo vlogo v celici. Ko nosilec z DNA inkubiramo s heterogenimi vzorci '''DNA''' in '''RNA''' iz celic, ki nas zanimajo, bo na osnovi pravil parjenja baz – '''A-T''', '''G-C''' pri DNA in '''A-U''', '''G-C''' pri RNA – prišlo do nastanka '''hibridov''' med komplementarnimi nukleinskimi zaporedji. Proučevano DNA ali RNA iz celic predhodno obarvamo z fluorescentnimi barvili, kjer po nastanku hibrida zaznamo '''fluorescentni signal''' na točno določenem mestu na ploščici. Barva ali svetlost predstavljata relativno množino hibrida, kot prikazuje naslednja [[http://willson.cm.utexas.edu/Research/Sub_Files/Biochip/Images/biochip.jpg slika2]]

Ko vemo kje na ploščici je prišlo do vezave in v kakšni meri, lahko iz teh podatkov razberemo, katera zaporedja so bila prisotna v preiskovanih celicah in tudi v kakšni množini. Na ta način ugotavljamo dvoje: identificiramo sparjena zaporedja komplementarne DNA in mRNA ter določimo raven izražanja genov.

== Zgodovina ==

Sam razvoj biočipa se prične že v začetku devetnajstega stoletja, ko so se začele razvijati osnovne aparature na podlagi občutljivosti. Vendar pa se prvi biosenzor pojavi še-le leta 1996, katerega so uporabljali za raziskovanje bioloških molekul.
Ko sta leta 1953 Watson in Crick, prvič objavila teorijo o svojem odkritju – dvojni heliks DNA verige – so se pričele množične raziskave in odkritja na področju biotehnologije. Leta 1977 sta Sanger in Gilbert prvič razbrala genski kod (navodilo za sintezo proteina). To odkritje je razjasnilo marsikatero vprašanje, na katere si v tistem času niso znali odgovoriti. Npr.: kako hibridizacija posamezne komplementarne oligonukleotidne skupine vpliva na občutljivost osnovne DNA verige.
Veliki napredki v biotehnologiji in polprevodniški tehnologiji so se začeli kazati v osemdesetih letih prejšnjega stoletja in so bili odskočna deska za odkritje v devetdesetih letih, saj je takrat ameriško podjetje Affymetrix razvilo prvi biočip. Affymetrix je pionir v iznajdbah biočipa in ima veliko zaslug, da je biotehnologija pripeljala do genetske revolucije.

Čip, imenovan "GeneChip", je vseboval senzorje za prepoznavanje posameznih DNA fragmentov in odčital nepravilnosti na posameznem fragmentu ali pa prepoznal modifikacije enega nukleotida, npr.: '''p53''' – tumor suspresorski protein, '''BRCA1''' in '''BRCA2''' – gen raka dojke. Biočipi so izdelani s pomočjo mikrolitografskih tehnik, ki delujejo na podlagi '''integriranega vezja'''.

Dandanes biočipe uporabljamo predvsem v '''diagnostiki onkogenih bolezni'''.

== Biočip kot vsadek – Biochip implant ==

Danes se biočipi uporabljajo tudi kot vsadki, katere vstavijo pod kožo in služijo v identifikacijske namene. Vsadki v velikosti riževega zrna [[http://www.specialsol.com/electr11.jpg slika3]], ki delujejo kot majhen mikro računalnik. Mikro računlnik je sestavljen iz dveh komponent – '''transporder''' (telekomunikacijski del) in '''skener''' oziroma bralec. Transporder je tisti del sistema, ki ga vstavimo pod kožo in deluje na pasivni ravni. Transponder je sestavljen iz štirih delov – računalniškega mikročipa, zvite antene, kondenzatorja in majhne steklene kapule, kamor spravimo vse prej naštete dele. V pasivnem stanju ostane toliko časa, dokler mu skener ne pošlje energijo v obliki nizkih električnih signalov. Ko jo ta prejme, se aktivira bralec, ki skenira/bere rezultate. Komunikacija med biočip vsadkom in bralcem poteka po nizko frekvenčnih radijskih valovih. Biočip, ravno zaradi pasivnega delovanja lahko "preživi" kar 99 let.

== Viri in literatura ==
* Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005
* http://www.av1611.org/666/biochip.html
* http://en.wikipedia.org/wiki/Biochip
* slika1: http://www.es.anl.gov/Energy_systems/Archived_Highlights/2006/Biochip_Technologies/061117_biochip_assay-hirez.jpg
* slika2: http://willson.cm.utexas.edu/Research/Sub_Files/Biochip/Images/biochip.jpg
* slika3: http://www.specialsol.com/electr11.jpg

Biočipi

2009-11-05T07:30:09Z

Alenka Mikuž:

'''Biočip''' je le nekaj kvadratnih centimetrov velika silicijeva ploščica, ki so jo razvili z združitvijo nekaterih znanosti, kot so: mikroelektronika, mikrosistemi in biologija. Biočipe danes uporabljamo za vzporedno raziskovanje DNA fragmentov in proteinov, encimskih reakcij, za raziskovanje posameznih procesov znotraj ene same celice in za raziskovanje odnosa med geni in boleznijo, kjer dobljene rezultate uporabimo za zdravljenje posameznika.
Pri nas poznamo novo tehnologijo pod različnimi imeni, kot so '''analiza s pomočjo mikromrež''', '''DNA-čipi''', '''genske mreže''' in '''genomski čipi'''.

Vzorci DNA ali '''fragmenti DNA''' na genski mreži predstavljajo urejene skupine, ki jih pritrdi robot na ločenih točkah. Za vsak vzorec ali fragment, ki ga je robot nanesel na ploščico vemo točno zaporedje, dostikrat pa znamo zaporedje povezati s proteinom in njegovo vlogo v celici. Ko nosilec z DNA inkubiramo s heterogenimi vzorci '''DNA''' in '''RNA''' iz celic, ki nas zanimajo, bo na osnovi pravil parjenja baz – '''A-T''', '''G-C''' pri DNA in '''A-U''', '''G-C''' pri RNA – prišlo do nastanka '''hibridov''' med komplementarnimi nukleinskimi zaporedji. Proučevano DNA ali RNA iz celic predhodno obarvamo z fluorescentnimi barvili, kjer po nastanku hibrida zaznamo '''fluorescentni signal''' na točno določenem mestu na ploščici. Barva ali svetlost predstavljata relativno množino hibrida.

Ko vemo kje na ploščici je prišlo do vezave in v kakšni meri, lahko iz teh podatkov razberemo, katera zaporedja so bila prisotna v preiskovanih celicah in tudi v kakšni množini. Na ta način ugotavljamo dvoje: identificiramo sparjena zaporedja komplementarne DNA in mRNA ter določimo raven izražanja genov.

== Zgodovina ==

Sam razvoj biočipa se prične že v začetku devetnajstega stoletja, ko so se začele razvijati osnovne aparature na podlagi občutljivosti. Vendar pa se prvi biosenzor pojavi še-le leta 1996, katerega so uporabljali za raziskovanje bioloških molekul.
Ko sta leta 1953 Watson in Crick, prvič objavila teorijo o svojem odkritju – dvojni heliks DNA verige – so se pričele množične raziskave in odkritja na področju biotehnologije. Leta 1977 sta Sanger in Gilbert prvič razbrala genski kod (navodilo za sintezo proteina). To odkritje je razjasnilo marsikatero vprašanje, na katere si v tistem času niso znali odgovoriti. Npr.: kako hibridizacija posamezne komplementarne oligonukleotidne skupine vpliva na občutljivost osnovne DNA verige.
Veliki napredki v biotehnologiji in polprevodniški tehnologiji so se začeli kazati v osemdesetih letih prejšnjega stoletja in so bili odskočna deska za odkritje v devetdesetih letih, saj je takrat ameriško podjetje Affymetrix razvilo prvi biočip. Affymetrix je pionir v iznajdbah biočipa in ima veliko zaslug, da je biotehnologija pripeljala do genetske revolucije.

Čip, imenovan "GeneChip", je vseboval senzorje za prepoznavanje posameznih DNA fragmentov in odčital nepravilnosti na posameznem fragmentu ali pa prepoznal modifikacije enega nukleotida, npr.: '''p53''' – tumor suspresorski protein, '''BRCA1''' in '''BRCA2''' – gen raka dojke. Biočipi so izdelani s pomočjo mikrolitografskih tehnik, ki delujejo na podlagi '''integriranega vezja'''.

Dandanes biočipe uporabljamo predvsem v '''diagnostiki onkogenih bolezni'''.

== Biočip kot vsadek – Biochip implant ==

Danes se biočipi uporabljajo tudi kot vsadki, katere vstavijo pod kožo in služijo v identifikacijske namene. Kot lahko vidimo na tej [[http://www.specialsol.com/electr11.jpg sliki]], so vsadki v velikosti riževega zrna, ki delujejo kot majhen mikro računalnik. Mikro računlnik je sestavljen iz dveh komponent – '''transporder''' (telekomunikacijski del) in '''skener''' oziroma bralec. Transporder je tisti del sistema, ki ga vstavimo pod kožo in deluje na pasivni ravni. Transponder je sestavljen iz štirih delov – računalniškega mikročipa, zvite antene, kondenzatorja in majhne steklene kapule, kamor spravimo vse prej naštete dele. V pasivnem stanju ostane toliko časa, dokler mu skener ne pošlje energijo v obliki nizkih električnih signalov. Ko jo ta prejme, se aktivira bralec, ki skenira/bere rezultate. Komunikacija med biočip vsadkom in bralcem poteka po nizko frekvenčnih radijskih valovih. Biočip, ravno zaradi pasivnega delovanja lahko "preživi" kar 99 let.

== Viri in literatura ==
* Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005
* http://www.av1611.org/666/biochip.html
* http://en.wikipedia.org/wiki/Biochip
* Slika: http://willson.cm.utexas.edu/Research/Sub_Files/Biochip/Images/biochip.jpg

Biočipi

2009-11-04T09:17:06Z

Alenka Mikuž:

'''Biočip''' je le nekaj kvadratnih centimetrov velika silicijeva ploščica, ki so jo razvili z združitvijo nekaterih znanosti, kot so: mikroelektronika, mikrosistemi in biologija. Biočipe danes uporabljamo za vzporedno raziskovanje DNA fragmentov in proteinov, encimskih reakcij, za raziskovanje posameznih procesov znotraj ene same celice in za raziskovanje odnosa med geni in boleznijo, kjer dobljene rezultate uporabimo za zdravljenje posameznika.
Pri nas poznamo novo tehnologijo pod različnimi imeni, kot so '''analiza s pomočjo mikromrež''', '''DNA-čipi''', '''genske mreže''' in '''genomski čipi'''.

Vzorci DNA ali '''fragmenti DNA''' na genski mreži predstavljajo urejene skupine, ki jih pritrdi robot na ločenih točkah. Za vsak vzorec ali fragment, ki ga je robot nanesel na ploščico vemo točno zaporedje, dostikrat pa znamo zaporedje povezati s proteinom in njegovo vlogo v celici. Ko nosilec z DNA inkubiramo s heterogenimi vzorci '''DNA''' in '''RNA''' iz celic, ki nas zanimajo, bo na osnovi pravil parjenja baz – '''A-T''', '''G-C''' pri DNA in '''A-U''', '''G-C''' pri RNA – prišlo do nastanka '''hibridov''' med komplementarnimi nukleinskimi zaporedji. Proučevano DNA ali RNA iz celic predhodno obarvamo z fluorescentnimi barvili, kjer po nastanku hibrida zaznamo '''fluorescentni signal''' na točno določenem mestu na ploščici. Barva ali svetlost predstavljata relativno množino hibrida.

Ko vemo kje na ploščici je prišlo do vezave in v kakšni meri, lahko iz teh podatkov razberemo, katera zaporedja so bila prisotna v preiskovanih celicah in tudi v kakšni množini. Na ta način ugotavljamo dvoje: identificiramo sparjena zaporedja komplementarne DNA in mRNA ter določimo raven izražanja genov.

== Zgodovina ==

Sam razvoj biočipa se prične že v začetku devetnajstega stoletja, ko so se začele razvijati osnovne aparature na podlagi občutljivosti. Vendar pa se prvi biosenzor pojavi še-le leta 1996, katerega so uporabljali za raziskovanje bioloških molekul.
Ko sta leta 1953 Watson in Crick, prvič objavila teorijo o svojem odkritju – dvojni heliks DNA verige – so se pričele množične raziskave in odkritja na področju biotehnologije. Leta 1977 sta Sanger in Gilbert prvič razbrala genski kod (navodilo za sintezo proteina). To odkritje je razjasnilo marsikatero vprašanje, na katere si v tistem času niso znali odgovoriti. Npr.: kako hibridizacija posamezne komplementarne oligonukleotidne skupine vpliva na občutljivost osnovne DNA verige.
Veliki napredki v biotehnologiji in polprevodniški tehnologiji so se začeli kazati v osemdesetih letih prejšnjega stoletja in so bili odskočna deska za odkritje v devetdesetih letih, saj je takrat ameriško podjetje Affymetrix razvilo prvi biočip. Affymetrix je pionir v iznajdbah biočipa in ima veliko zaslug, da je biotehnologija pripeljala do genetske revolucije.

Čip, imenovan "GeneChip", je vseboval senzorje za prepoznavanje posameznih DNA fragmentov in odčital nepravilnosti na posameznem fragmentu ali pa prepoznal modifikacije enega nukleotida, npr.: '''p53''' – tumor suspresorski protein, '''BRCA1''' in '''BRCA2''' – gen raka dojke. Biočipi so izdelani s pomočjo mikrolitografskih tehnik, ki delujejo na podlagi '''integriranega vezja'''.

Dandanes biočipe uporabljamo predvsem v '''diagnostiki onkogenih bolezni'''.

== Biočip kot vsadek – Biochip implant ==

Danes se biočipi uporabljajo tudi kot vsadki, katere vstavijo pod kožo in služijo v identifikacijske namene. Vsadki so v velikosti riževega zrna, ki delujejo kot majhen mikro računalnik. Mikro računlnik je sestavljen iz dveh komponent – '''transporder''' (telekomunikacijski del) in '''skener''' oziroma bralec. Transporder je tisti del sistema, ki ga vstavimo pod kožo in deluje na pasivni ravni. Transponder je sestavljen iz štirih delov – računalniškega mikročipa, zvite antene, kondenzatorja in majhne steklene kapule, kamor spravimo vse prej naštete dele. V pasivnem stanju ostane toliko časa, dokler mu skener ne pošlje energijo v obliki nizkih električnih signalov. Ko jo ta prejme, se aktivira bralec, ki skenira/bere rezultate. Komunikacija med biočip vsadkom in bralcem poteka po nizko frekvenčnih radijskih valovih. Biočip, ravno zaradi pasivnega delovanja lahko "preživi" kar 99 let.

== Viri in literatura ==
* Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005
* http://www.av1611.org/666/biochip.html
* http://en.wikipedia.org/wiki/Biochip
* Slika: http://willson.cm.utexas.edu/Research/Sub_Files/Biochip/Images/biochip.jpg

[[Image:biočip vsadek.jpg|thumb|200px|biočip vsadek]]

Slika:biočip vsadek

2009-11-04T09:16:03Z

Alenka Mikuž: New page: bičip vsadek

[[Image:biočip vsadek.jpg|thumb|200px|bičip vsadek]]

Biočipi

2009-11-04T09:08:46Z

Alenka Mikuž:

'''Biočip''' je le nekaj kvadratnih centimetrov velika silicijeva ploščica, ki so jo razvili z združitvijo nekaterih znanosti, kot so: mikroelektronika, mikrosistemi in biologija. Biočipe danes uporabljamo za vzporedno raziskovanje DNA fragmentov in proteinov, encimskih reakcij, za raziskovanje posameznih procesov znotraj ene same celice in za raziskovanje odnosa med geni in boleznijo, kjer dobljene rezultate uporabimo za zdravljenje posameznika.
Pri nas poznamo novo tehnologijo pod različnimi imeni, kot so '''analiza s pomočjo mikromrež''', '''DNA-čipi''', '''genske mreže''' in '''genomski čipi'''.

Vzorci DNA ali '''fragmenti DNA''' na genski mreži predstavljajo urejene skupine, ki jih pritrdi robot na ločenih točkah. Za vsak vzorec ali fragment, ki ga je robot nanesel na ploščico vemo točno zaporedje, dostikrat pa znamo zaporedje povezati s proteinom in njegovo vlogo v celici. Ko nosilec z DNA inkubiramo s heterogenimi vzorci '''DNA''' in '''RNA''' iz celic, ki nas zanimajo, bo na osnovi pravil parjenja baz – '''A-T''', '''G-C''' pri DNA in '''A-U''', '''G-C''' pri RNA – prišlo do nastanka '''hibridov''' med komplementarnimi nukleinskimi zaporedji. Proučevano DNA ali RNA iz celic predhodno obarvamo z fluorescentnimi barvili, kjer po nastanku hibrida zaznamo '''fluorescentni signal''' na točno določenem mestu na ploščici. Barva ali svetlost predstavljata relativno množino hibrida.

Ko vemo kje na ploščici je prišlo do vezave in v kakšni meri, lahko iz teh podatkov razberemo, katera zaporedja so bila prisotna v preiskovanih celicah in tudi v kakšni množini. Na ta način ugotavljamo dvoje: identificiramo sparjena zaporedja komplementarne DNA in mRNA ter določimo raven izražanja genov.

== Zgodovina ==

Sam razvoj biočipa se prične že v začetku devetnajstega stoletja, ko so se začele razvijati osnovne aparature na podlagi občutljivosti. Vendar pa se prvi biosenzor pojavi še-le leta 1996, katerega so uporabljali za raziskovanje bioloških molekul.
Ko sta leta 1953 Watson in Crick, prvič objavila teorijo o svojem odkritju – dvojni heliks DNA verige – so se pričele množične raziskave in odkritja na področju biotehnologije. Leta 1977 sta Sanger in Gilbert prvič razbrala genski kod (navodilo za sintezo proteina). To odkritje je razjasnilo marsikatero vprašanje, na katere si v tistem času niso znali odgovoriti. Npr.: kako hibridizacija posamezne komplementarne oligonukleotidne skupine vpliva na občutljivost osnovne DNA verige.
Veliki napredki v biotehnologiji in polprevodniški tehnologiji so se začeli kazati v osemdesetih letih prejšnjega stoletja in so bili odskočna deska za odkritje v devetdesetih letih, saj je takrat ameriško podjetje Affymetrix razvilo prvi biočip. Affymetrix je pionir v iznajdbah biočipa in ima veliko zaslug, da je biotehnologija pripeljala do genetske revolucije.

Čip, imenovan "GeneChip", je vseboval senzorje za prepoznavanje posameznih DNA fragmentov in odčital nepravilnosti na posameznem fragmentu ali pa prepoznal modifikacije enega nukleotida, npr.: '''p53''' – tumor suspresorski protein, '''BRCA1''' in '''BRCA2''' – gen raka dojke. Biočipi so izdelani s pomočjo mikrolitografskih tehnik, ki delujejo na podlagi '''integriranega vezja'''.

Dandanes biočipe uporabljamo predvsem v '''diagnostiki onkogenih bolezni'''.

== Biočip kot vsadek – Biochip implant ==

Danes se biočipi uporabljajo tudi kot vsadki, katere vstavijo pod kožo in služijo v identifikacijske namene. Vsadki so v velikosti riževega zrna, ki delujejo kot majhen mikro računalnik. Mikro računlnik je sestavljen iz dveh komponent – '''transporder''' (telekomunikacijski del) in '''skener''' oziroma bralec. Transporder je tisti del sistema, ki ga vstavimo pod kožo in deluje na pasivni ravni. Transponder je sestavljen iz štirih delov – računalniškega mikročipa, zvite antene, kondenzatorja in majhne steklene kapule, kamor spravimo vse prej naštete dele. V pasivnem stanju ostane toliko časa, dokler mu skener ne pošlje energijo v obliki nizkih električnih signalov. Ko jo ta prejme, se aktivira bralec, ki skenira/bere rezultate. Komunikacija med biočip vsadkom in bralcem poteka po nizko frekvenčnih radijskih valovih. Biočip, ravno zaradi pasivnega delovanja lahko "preživi" kar 99 let.

== Viri in literatura ==
* Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005
* http://www.av1611.org/666/biochip.html
* http://en.wikipedia.org/wiki/Biochip
* Slika: http://willson.cm.utexas.edu/Research/Sub_Files/Biochip/Images/biochip.jpg