Wiki FKKT - User contributions [en]

Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij

2018-01-21T22:10:26Z

AnaCirnski:

[http://www.pnas.org/content/104/36/14283.full?sid=e70f2b9d-809b-4d58-aa08-3132a5390051/ A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function]

Ana Cirnski

Bazične in aplicirane biološke in biotehnološke raziskave so omejene z našo sposobnostjo vnosa informacij v žive sisteme in pridobivanja informacij iz njih. Omejujoči dejavniki v inženiringu bioloških sistemov so poročanje, odzivanje in nadzor nad znotrajceličnimi komponentami v teh sistemih.

V ta namen so želeli skonstruirati in izdelati prenosno in razširljivo platformo za zanesljivo konstrukcijo komunikacijskih in kontrolnih sistemov v različnih organizmih.

Cilj raziskave je bil

• predstaviti mehanizem, ki omogoča zanesljivo in modularno sestavljanje funkcionalnih sintetičnih RNA komponent in standardiziran prenos informacije med njimi

• izdelati platformo, ki se odziva na različne vhodne signale in nanje odgovori z regulacijo izražanja genov

• vsestranskost platforme pri izvajanju specifičnih kontrolnih procesov za regulacijo celične rasti z malimi molekulami

Izdelali so RNA ogrodje - ribocimsko stikalo, ki vsebuje dve domeni, in sicer senzor (aptamer) in sprožilec (ribocim v obliki kladiva).

==UVOD==
'''Ribocimi''' so molekule RNA s katalitično vlogo. V naravi jih najdemo v obliki intronov I. skupine (''Tetrahymena''), RNaze P, ribocim virusa hepatitis delta, ribocima v obliki lasnice in ribocima v obliki kladiva (ang. ''hammerhead''). Ta je ponavadi dolg 40 ali več baz (konstrukt v članku okoli 50) in deluje tako, da cepi samega sebe (ang. ''cis acting''). Kot pri encimih je tudi tu za delovanje pomembna tri dimenzionalna struktura ribocima. Njegova pomanjkljivost pa je, da v resnici ni pravi katalizator, saj se ne more povrniti v osnovno stanje, potem ko se je že cepil.

'''Aptameri''' so sintetični oligonukleotidi, ki se tesno vežejo na specifično molekulsko tarčo. Izberemo jih iz knjižnice oligonukleotidov v postopku imenovanem SELEX (ang. ''systematic evolution of ligands by exponential enrichment'').

'''Ribocimska stikala''' kontrolirajo izražanje genov v odgovor na prisotnost specifičnih ligandov. V naravi so našli že več kot 20 razredov ribostikal, ki vplivajo na izražanje različnih genov. Tu se stikalo nanaša na molekulo RNA, ki lahko obstaja v dveh različnih konformacijah, ki različno vplivata na izražanje bližnjega gena.

==SPECIFIKACIJA KOMPONENT IN DIZAJN OGRODJA==
Za zaznavanje vhodnih signalov so uporabili RNA aptamer, kot regulatorni element pa ribocim v obliki kladiva. Aptamere so izbrali s pomočjo metode SELEX - na ta način se da generirati aptamere, ki se odzivajo na različne ligande (male molekule, peptide, proteine). Prav tako pa je mogoče s selekcijo vplivati na specifičnost in afiniteto aptamera.
Ribocim je uporaben, ker je majhen, lahko ga je načrtovati in je hiter. Deluje podobno pri različnih organizmih.

Najprej so vstavili zaporedje ribocima v 3’ UTR regijo tarčnega gena. S tem so izolirali specifično delovanje ribocima (cepitev transkripta) od nespecifičnih stukturnih vplivov na iniciacijo translacije (sekundarne strukture v 5’ UTR zavirajo učinkovito translacijo). Poleg tega je cepitev v 3’ UTR regiji univerzalen mehanizem za destabilizacijo transkriptov tako pri prokariontih kot pri evkariontih.
Vsak ribocimski konstrukt je na vsaki strani obdan z distančnikom, ki ga varuje pred zaporedjem okrog ribocima, ki bi lahko zavrlo njegovo delovanje prek porušenja njegove strukture.
Z vsem tem so dosegli, da je ta sistem prenosljiv med organizmi in ga lahko kombiniramo z različnimi kodirnimi regijami.
Da bi sistem deloval tudi ''in vivo'', so ribocim povezali z aptamerom, ki so ga pripeli na eno izmed zank, kar omogoča terciarne interakcije (te interakcije naj bi bile pomembne za stabilizacijo katalitično aktivne konformacije v fizioloških pogojih).
Za karakterizacijo ribostikal so naredili in uporabili vektor pRzS. Ribocimske konstrukte so naredili s PCR. Vse ribocime so klonirali tri nukleotide navzdol od '''yEGFP''' (ang. ''yeast enhanced GFP'') stop kodona in navzgor od terminatorja ADH1. S plazmidi so transformirali kompetentne celice ''E. coli'', zaporedja konstruktov so potrdili s sekveniranjem. Ustrezne plazmide so nato prenesli v celice ''S. cerevisiae''. Pred in po dodatku vhodnega signala so merili relativne vrednosti fluorescence, hkrati pa so kvantificirali še količino celičnega transktripta.

==DELOVANJE SISTEMA==
Za prenos signala med domenama (iz senzorja na sprožilec) obstajata dva mehanizma - '''zamenjava verige''' (ang. ''strand displacement'') in '''drsenje vijačnice''' (ang. ''helix slipping'').
Za mehanizem zamenjave verige so naredili dve zaporedji (preklopno in tekmovalno zaporedje – ang. ''switching in competing strand'') na ribocimu, ki tekmujeta za vezavo na bazo aptamera. Tako so naredili stikalo, ki omogoča regulacijo izražanja gena v odgovor na naraščajočo koncentracijo efektorske molekule (vhodni signal). Mehanizem deluje na principu prehajanja med dvema konformacijskima stanjema.
'''ON*''' stikalo deluje tako, da se pri dodatku efektorja poruši struktura katalitičnega jedra ribocima. Pri tem se v aptameru izoblikuje vezavni žep za ligand ('''teofilin'''), tekmovalno zaporedje pa zamenja preklopnega.
Pri '''OFF''' stikalu je katalitično jedro v začetku deformirano, ker je tekmovalno zaporedje povezano s 5’ koncem aptamera (baza, ki je vezana na ribocim). Po dodatku efektorske molekule se zopet vzpostavi vezavni žep, pri tem pa se struktura katalitičnega jedra obnovi.
Pri mehanizmu drsenja vijačnice baza aptamera služi kot komunikacijski modul. Ob prisotnosti efektorja pride do zamika nukleotidov v bazi aptamera, kar vodi v majhne konformacijske spremembe ribocima - struktura je lahko bodisi obnovljena ali pa porušena (podobno kot pri prvem načinu).

<nowiki>*</nowiki> izraza ON in OFF se nanašata na izražanje gena, ne na delovanje ribocima (ta dva sta v obratnem sorazmerju)

==REZULTATI==
===Modularnost komponent in specifičnost delovanja===
Za testiranje modularnosti in specifičnosti delovanja so zamenjali aptamer (namesto teofilinskega zdaj '''tetraciklinski'''). Prenos informacije med obema domenama je še vedno potekal na enak način, s čimer so dokazali možnost modularnega sestavljanja platforme. Specifičnost so testirali tako, da so namesto teofilina oz. tetraciklina kot efektor dodali kofein in doksiciklin, ki sta njuna molekularna analoga. Ugotovili so, da se sistem na analoge ''in vitro'' in ''in vivo'' ne odziva. Pomembna je predvsem specifičnost ''in vivo'', saj to pomeni, da sistem lahko deluje v kompleksnih okoljih.

===Regulacija celične rasti z majhnimi molekulami===
Namesto reporterskega proteina (yEGFP), so pred ribocim vstavili gen ''his5'', ki sodeluje pri biosintezi histidina v kvasovkah. Kvasovke so gojili v gojišču brez histidina. Dodali so kompetitivni inhibitor 3-amino-triazol (3AT), ki inhibira produkt gena ''his5''. S tem so dodatno obremenili ta gen, saj so za uspešno rast celice morale narediti več primarnega transkripta. Po dodatku efektorske molekule (teofilina) so spremljali spremembe v rasti celic (OD600). Celice so ob prisotnosti efektorja rasle počasneje, ko je bil uporabljen OFF konstrukt in hitreje, ko so uporabili ON konstrukt.

===Ribocimi kot ''in vivo'' senzorji za kopičenje metabolitov===
Ugotovili so, da ima teofilinski aptamer tudi majhno vezavno sposobnost za '''ksantin'''. V gojišče so zato celicam dodali ksantozin, ki so ga pretvorile v ksantin. Uporabili so ON konstrukt, vstavljen za zapis za yEGFP, in po dodatku ksantozina spremljali količino nastalega GFP. Več kot je nastalo ksantina, višja je bila fluorescenca.

==DISKUSIJA==
Oba mehanizma delovanja izkazujeta prednosti in pomanjkljivosti pri standardiziranem prenosu informacije iz aptamera na ribocim - samo 7 od 26 testiranih modulov je imelo regulatorno aktivnost. Konstrukt na osnovi mehanizma zamenjave verige je modularno sestavljiv, celoten kompleks lahko naredimo z racionalnim de novo dizajnom, njegov odgovor pa je reprogramabilen. Drugi mehanizem (drsenje vijačnice) se ne odziva dobro na menjavanje domen, se pa ga lahko uporabi pri generaciji novih ribostikal z ''in vivo'' pregledovanjem (ang. ''screening'') takih elementov, ki delujejo z novimi zaporedji aptamerov, imajo različna regulatorna območja in prilagodljive regulatorne profile. Taka strategija je uporabna, ko racionalen dizajn elementov odpove.
Ravni transkriptov v prisotnosti in odsotnosti efektorja se ujemajo z odgovarjajočimi količinami fluorescence, kar kaže na to, da cepitev gena v 3' UTR regiji vodi v razkroj in inaktivacijo tarčnega transkripta. Nivo transkriptov upade kmalu po dodatku efektorske molekule, kar nakazuje na hiter odgovor vstavljenega konstrukta.

==ZAKLJUČEK==
Pomen njihovega dela je predvsem v tem, da so uspeli narediti univerzalen sistem, ki je prenosljiv med organizmi, modularno sestavljiv in se odziva na specifični efektor. Sistem se lahko uporabi pri konstrukciji transgenih regulatornih sistemov za kontrolo izražanja genov, ki se odzivajo na molekule iz okolja, ki prehajajo celično membrano. S pomočjo tega mehanizma lahko reprogramiramo celični odgovor na spremembe v okolju. Pri vstavitvi konstrukta za reporterski protein, lahko spremljamo časovno in prostorsko odvisnost odgovora celice na različne vhodne molekule (efektorje). Zaradi splošne primernosti se te platforme lahko uporablja v sintezni biologiji, biotehnologiji in medicini.

==VIRI==
• M. N. Win in C. D. Smolke: A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function. PNAS 2007, 104 (36), 14283-14288.

• D. Voet in J. G. Voet: Biochemistry (4. izd.). Hoboken: John Wiley and sons, Inc. 2011.

• D. L. Nelson in M. M. Cox:. Lehninger Principles of Biochemistry (5. Izd.). New York: W. H. Freeman and Company 2008.

• http://academic.brooklyn.cuny.edu/chem/zhuang/QD/toppage1.htm (21.1.2018)

Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij

2018-01-21T21:49:54Z

AnaCirnski:

[http://www.pnas.org/content/104/36/14283.full?sid=e70f2b9d-809b-4d58-aa08-3132a5390051/ A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function]

Ana Cirnski

Bazične in aplicirane biološke in biotehnološke raziskave so omejene z našo sposobnostjo vnosa informacij v žive sisteme in pridobivanja informacij iz njih. Omejujoči dejavniki v inženiringu bioloških sistemov so poročanje, odzivanje in nadzor nad znotrajceličnimi komponentami v teh sistemih.

V ta namen so želeli skonstruirati in izdelati prenosno in razširljivo platformo za zanesljivo konstrukcijo komunikacijskih in kontrolnih sistemov v različnih organizmih.

Cilj raziskave je bil

• predstaviti mehanizem, ki omogoča zanesljivo in modularno sestavljanje funkcionalnih sintetičnih RNA komponent in standardiziran prenos informacije med njimi

• izdelati platformo, ki se odziva na različne vhodne signale in nanje odgovori z regulacijo izražanja genov

• vsestranskost platforme pri izvajanju specifičnih kontrolnih procesov za regulacijo celične rasti z malimi molekulami

Izdelali so RNA ogrodje - ribocimsko stikalo, ki vsebuje dve domeni, in sicer senzor (aptamer) in sprožilec (ribocim v obliki kladiva).

==UVOD==
'''Ribocimi''' so molekule RNA s katalitično vlogo. V naravi jih najdemo v obliki intronov I. skupine (''Tetrahymena''), RNaze P, ribocim virusa hepatitis delta, ribocima v obliki lasnice in ribocima v obliki kladiva (ang. ''hammerhead''). Ta je ponavadi dolg 40 ali več baz (konstrukt v članku okoli 50) in deluje tako, da cepi samega sebe (ang. ''cis acting''). Kot pri encimih je tudi tu za delovanje pomembna tri dimenzionalna struktura ribocima. Njegova pomanjkljivost pa je, da v resnici ni pravi katalizator, saj se ne more povrniti v osnovno stanje, potem ko se je že cepil.

'''Aptameri''' so sintetični oligonukleotidi, ki se tesno vežejo na specifično molekulsko tarčo. Izberemo jih iz knjižnice oligonukleotidov v postopku imenovanem SELEX (ang. ''systematic evolution of ligands by exponential enrichment'').

'''Ribocimska stikala''' kontrolirajo izražanje genov v odgovor na prisotnost specifičnih ligandov. V naravi so našli že več kot 20 razredov ribostikal, ki vplivajo na izražanje različnih genov. Tu se stikalo nanaša na molekulo RNA, ki lahko obstaja v dveh različnih konformacijah, ki različno vplivata na izražanje bližnjega gena.

==SPECIFIKACIJA KOMPONENT IN DIZAJN OGRODJA==
Za zaznavanje vhodnih signalov so uporabili RNA aptamer, kot regulatorni element pa ribocim v obliki kladiva. Aptamere so izbrali s pomočjo metode SELEX - na ta način se da generirati aptamere, ki se odzivajo na različne ligande (male molekule, peptide, proteine). Prav tako pa je mogoče s selekcijo vplivati na specifičnost in afiniteto aptamera.
Ribocim je uporaben, ker je majhen, lahko ga je načrtovati in je hiter. Deluje podobno pri različnih organizmih.

Najprej so vstavili zaporedje ribocima v 3’ UTR regijo tarčnega gena. S tem so izolirali specifično delovanje ribocima (cepitev transkripta) od nespecifičnih stukturnih vplivov na iniciacijo translacije (sekundarne strukture v 5’ UTR zavirajo učinkovito translacijo). Poleg tega je cepitev v 3’ UTR regiji univerzalen mehanizem za destabilizacijo transkriptov tako pri prokariontih kot pri evkariontih.
Vsak ribocimski konstrukt je na vsaki strani obdan z distančnikom, ki ga varuje pred zaporedjem okrog ribocima, ki bi lahko zavrlo njegovo delovanje prek porušenja njegove strukture.
Z vsem tem so dosegli, da je ta sistem prenosljiv med organizmi in ga lahko kombiniramo z različnimi kodirnimi regijami.
Da bi sistem deloval tudi ''in vivo'', so ribocim povezali z aptamerom, ki so ga pripeli na eno izmed zank, kar omogoča terciarne interakcije (te interakcije naj bi bile pomembne za stabilizacijo katalitično aktivne konformacije v fizioloških pogojih).
Za karakterizacijo ribostikal so naredili in uporabili vektor pRzS. Ribocimske konstrukte so naredili s PCR. Vse ribocime so klonirali tri nukleotide navzdol od '''yEGFP''' (ang. ''yeast enhanced GFP'') stop kodona in navzgor od terminatorja ADH1. S plazmidi so transformirali kompetentne celice ''E. coli'', zaporedja konstruktov so potrdili s sekveniranjem. Ustrezne plazmide so nato prenesli v celice ''S. cerevisiae''. Pred in po dodatku vhodnega signala so merili relativne vrednosti fluorescence, hkrati pa so kvantificirali še količino celičnega transktripta.

==DELOVANJE SISTEMA==
Za prenos signala med domenama (iz senzorja na sprožilec) obstajata dva mehanizma - '''zamenjava verige''' (ang. ''strand displacement'') in '''drsenje vijačnice''' (ang. ''helix slipping'').
Za mehanizem zamenjave verige so naredili dve zaporedji (preklopno in tekmovalno zaporedje – ang. ''switching in competing strand'') na ribocimu, ki tekmujeta za vezavo na bazo aptamera. Tako so naredili stikalo, ki omogoča regulacijo izražanja gena v odgovor na naraščajočo koncentracijo efektorske molekule (vhodni signal). Mehanizem deluje na principu prehajanja med dvema konformacijskima stanjema.
'''ON*''' stikalo deluje tako, da se pri dodatku efektorja poruši struktura katalitičnega jedra ribocima. Pri tem se v aptameru izoblikuje vezavni žep za ligand ('''teofilin'''), tekmovalno zaporedje pa zamenja preklopnega.
Pri '''OFF''' stikalu je katalitično jedro v začetku deformirano, ker je tekmovalno zaporedje povezano s 5’ koncem aptamera (baza, ki je vezana na ribocim). Po dodatku efektorske molekule se zopet vzpostavi vezavni žep, pri tem pa se struktura katalitičnega jedra obnovi.
Pri mehanizmu drsenja vijačnice baza aptamera služi kot komunikacijski modul. Ob prisotnosti efektorja pride do zamika nukleotidov v bazi aptamera, kar vodi v majhne konformacijske spremembe ribocima - struktura je lahko bodisi obnovljena ali pa porušena (podobno kot pri prvem načinu).

<nowiki>*</nowiki> izraza ON in OFF se nanašata na izražanje gena, ne na delovanje ribocima (ta dva sta v obratnem sorazmerju)

==REZULTATI==
===Modularnost komponent in specifičnost delovanja===
Za testiranje modularnosti in specifičnosti delovanja so zamenjali aptamer (namesto teofilinskega zdaj '''tetraciklinski'''). Prenos informacije med obema domenama je še vedno potekal na enak način, s čimer so dokazali možnost modularnega sestavljanja platforme. Specifičnost so testirali tako, da so namesto teofilina oz. tetraciklina kot efektor dodali kofein in doksiciklin, ki sta njuna molekularna analoga. Ugotovili so, da se sistem na analoge ''in vitro'' in ''in vivo'' ne odziva. Pomembna je predvsem specifičnost ''in vivo'', saj to pomeni, da sistem lahko deluje v kompleksnih okoljih.

===Regulacija celične rasti z majhnimi molekulami===
Namesto reporterskega proteina (yEGFP), so pred ribocim vstavili gen ''his5'', ki sodeluje pri biosintezi histidina v kvasovkah. Kvasovke so gojili v gojišču brez histidina. Dodali so kompetitivni inhibitor 3-amino-triazol (3AT), ki inhibira produkt gena ''his5''. S tem so dodatno obremenili ta gen, saj so za uspešno rast celice morale narediti več primarnega transkripta. Po dodatku efektorske molekule (teofilina) so spremljali spremembe v rasti celic (OD600). Celice so ob prisotnosti efektorja rasle počasneje, ko je bil uporabljen OFF konstrukt in hitreje, ko so uporabili ON konstrukt.

===Ribocimi kot in vivo senzorji za kopičenje metabolitov===
Ugotovili so, da ima teofilinski aptamer tudi majhno vezavno sposobnost za '''ksantin'''. V gojišče so zato celicam dodali ksantozin, ki so ga pretvorile v ksantin. Uporabili so ON konstrukt, vstavljen za zapis za yEGFP, in po dodatku ksantozina spremljali količino nastalega GFP. Več kot je nastalo ksantina, višja je bila fluorescenca.

==DISKUSIJA==
Oba mehanizma delovanja izkazujeta prednosti in pomanjkljivosti pri standardiziranem prenosu informacije iz aptamera na ribocim - samo 7 od 26 testiranih modulov je imelo regulatorno aktivnost. Konstrukt na osnovi mehanizma zamenjave verige je modularno sestavljiv, celoten kompleks lahko naredimo z racionalnim de novo dizajnom, njegov odgovor pa je reprogramabilen. Drugi mehanizem (drsenje vijačnice) se ne odziva dobro na menjavanje domen, se pa ga lahko uporabi pri generaciji novih ribostikal z ''in vivo'' pregledovanjem (ang. ''screening'') takih elementov, ki delujejo z novimi zaporedji aptamerov, imajo različna regulatorna območja in prilagodljive regulatorne profile. Taka strategija je uporabna, ko racionalen dizajn elementov odpove.
Ravni transkriptov v prisotnosti in odsotnosti efektorja se ujemajo z odgovarjajočimi količinami fluorescence, kar kaže na to, da cepitev gena v 3' UTR regiji vodi v razkroj in inaktivacijo tarčnega transkripta. Nivo transkriptov upade kmalu po dodatku efektorske molekule, kar nakazuje na hiter odgovor vstavljenega konstrukta.

==ZAKLJUČEK==
Pomen njihovega dela je predvsem v tem, da so uspeli narediti univerzalen sistem, ki je prenosljiv med organizmi, modularno sestavljiv in se odziva na specifični efektor. Sistem se lahko uporabi pri konstrukciji transgenih regulatornih sistemov za kontrolo izražanja genov, ki se odzivajo na molekule iz okolja, ki prehajajo celično membrano. S pomočjo tega mehanizma lahko reprogramiramo celični odgovor na spremembe v okolju. Pri vstavitvi konstrukta za reporterski protein, lahko spremljamo časovno in prostorsko odvisnost odgovora celice na različne vhodne molekule (efektorje). Zaradi splošne primernosti se te platforme lahko uporablja v sintezni biologiji, biotehnologiji in medicini.

==VIRI==
• M. N. Win in C. D. Smolke: A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function. PNAS 2007, 104 (36), 14283-14288.

• D. Voet in J. G. Voet: Biochemistry (4. izd.). Hoboken: John Wiley and sons, Inc. 2011.

• D. L. Nelson in M. M. Cox:. Lehninger Principles of Biochemistry (5. Izd.). New York: W. H. Freeman and Company 2008.

• http://academic.brooklyn.cuny.edu/chem/zhuang/QD/toppage1.htm (21.1.2018)

Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij

2018-01-21T17:12:47Z

AnaCirnski:

[http://www.pnas.org/content/104/36/14283.full?sid=e70f2b9d-809b-4d58-aa08-3132a5390051/ A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function]

Ana Cirnski

Bazične in aplicirane biološke in biotehnološke raziskave so omejene z našo sposobnostjo vnosa informacij v žive sisteme in pridobivanja informacij iz njih. Omejujoči dejavniki v inženiringu bioloških sistemov so poročanje, odzivanje in nadzor nad znotrajceličnimi komponentami v teh sistemih.

V ta namen so želeli skonstruirati in izdelati prenosno in razširljivo platformo za zanesljivo konstrukcijo komunikacijskih in kontrolnih sistemov v različnih organizmih.

Cilj raziskave je bil

• predstaviti mehanizem, ki omogoča zanesljivo in modularno sestavljanje funkcionalnih sintetičnih RNA komponent in standardiziran prenos informacije med njimi

• izdelati platformo, ki se odziva na različne vhodne signale in nanje odgovori z regulacijo izražanja genov

• vsestranskost platforme pri izvajanju specifičnih kontrolnih procesov za regulacijo celične rasti z malimi molekulami

Izdelali so RNA ogrodje - ribocimsko stikalo, ki vsebuje dve domeni, in sicer senzor (aptamer) in sprožilec (ribocim v obliki kladiva).

==UVOD==
'''Ribocimi''' so molekule RNA s katalitično vlogo. V naravi jih najdemo v obliki intronov I. skupine (''Tetrahymena''), RNaze P, ribocim virusa hepatitis delta, ribocima v obliki lasnice in ribocima v obliki kladiva (ang. ''hammerhead''). Ta je ponavadi dolg 40 ali več baz (konstrukt v članku okoli 50) in deluje tako, da cepi samega sebe (ang. ''cis acting''). Kot pri encimih je tudi tu za delovanje pomembna tri dimenzionalna struktura ribocima. Njegova pomanjkljivost pa je, da v resnici ni pravi katalizator, saj se ne more povrniti v osnovno stanje, potem ko se je že cepil.

'''Aptameri''' so sintetični oligonukleotidi, ki se tesno vežejo na specifično molekulsko tarčo. Izberemo jih iz knjižnice oligonukleotidov v postopku imenovanem SELEX (ang. ''systematic evolution of ligands by exponential enrichment'').

'''Ribocimska stikala''' kontrolirajo izražanje genov v odgovor na prisotnost specifičnih ligandov. V naravi so našli že več kot 20 razredov ribostikal, ki vplivajo na izražanje različnih genov. Tu se stikalo nanaša na molekulo RNA, ki lahko obstaja v dveh različnih konformacijah, ki različno vplivata na izražanje bližnjega gena.

==SPECIFIKACIJA KOMPONENT IN DIZAJN OGRODJA==
Za zaznavanje vhodnih signalov so uporabili RNA aptamer, kot regulatorni element pa ribocim v obliki kladiva. Aptamere so izbrali s pomočjo metode SELEX - na ta način se da generirati aptamere, ki se odzivajo na različne ligande (male molekule, peptide, proteine). Prav tako pa je mogoče s selekcijo vplivati na specifičnost in afiniteto aptamera.
Ribocim je uporaben, ker je majhen, lahko ga je načrtovati in je hiter. Deluje podobno pri različnih organizmih.

Najprej so vstavili zaporedje ribocima v 3’ UTR regijo tarčnega gena. S tem so izolirali specifično delovanje ribocima (cepitev transkripta) od nespecifičnih stukturnih vplivov na iniciacijo translacije (sekundarne strukture v 5’ UTR zavirajo učinkovito translacijo). Poleg tega je cepitev v 3’ UTR regiji univerzalen mehanizem za destabilizacijo transkriptov tako pri prokariontih kot pri evkariontih.
Vsak ribocimski konstrukt je na vsaki strani obdan z distančnikom, ki ga varuje pred zaporedjem okrog ribocima, ki bi lahko zavrlo njegovo delovanje prek porušenja njegove strukture.
Z vsem tem so dosegli, da je ta sistem prenosljiv med organizmi in ga lahko kombiniramo z različnimi kodirnimi regijami.
Da bi sistem deloval tudi ''in vivo'', so ribocim povezali z aptamerom, ki so ga pripeli na eno izmed zank, kar omogoča terciarne interakcije (te interakcije naj bi bile pomembne za stabilizacijo katalitično aktivne konformacije v fizioloških pogojih).
Za karakterizacijo ribostikal so naredili in uporabili vektor pRzS. Ribocimske konstrukte so naredili s PCR. Vse ribocime so klonirali tri nukleotide navzdol od '''yEGFP''' (ang. ''yeast enhanced GFP'') stop kodona in navzgor od terminatorja ADH1. S plazmidi so transformirali kompetentne celice ''E. coli'', zaporedja konstruktov so potrdili s sekveniranjem. Ustrezne plazmide so nato prenesli v celice ''S. cerevisiae''. Pred in po dodatku vhodnega signala so merili relativne vrednosti fluorescence, hkrati pa so kvantificirali še količino celičnega transktripta.

==DELOVANJE SISTEMA==
Za prenos signala med domenama (iz senzorja na sprožilec) obstajata dva mehanizma - '''zamenjava verige''' (ang. ''strand displacement'') in '''drsenje vijačnice''' (ang. ''helix slipping'').
Za mehanizem zamenjave verige so naredili dve zaporedji (preklopno in tekmovalno zaporedje – ang. ''switching in competing strand'') na ribocimu, ki tekmujeta za vezavo na bazo aptamera. Tako so naredili stikalo, ki omogoča regulacijo izražanja gena v odgovor na naraščajočo koncentracijo efektorske molekule (vhodni signal). Mehanizem deluje na principu prehajanja med dvema konformacijskima stanjema.
'''ON*''' stikalo deluje tako, da se pri dodatku efektorja poruši struktura katalitičnega jedra ribocima. Pri tem se v aptameru izoblikuje vezavni žep za ligand ('''teofilin'''), tekmovalno zaporedje pa zamenja preklopnega.
Pri '''OFF''' stikalu je katalitično jedro v začetku deformirano, ker je tekmovalno zaporedje povezano s 5’ koncem aptamera (baza, ki je vezana na ribocim). Po dodatku efektorske molekule se zopet vzpostavi vezavni žep, pri tem pa se struktura katalitičnega jedra obnovi.
Pri mehanizmu drsenja vijačnice baza aptamera služi kot komunikacijski modul. Ob prisotnosti efektorja pride do zamika nukleotidov v bazi aptamera, kar vodi v majhne konformacijske spremembe ribocima - struktura je lahko bodisi obnovljena ali pa porušena (podobno kot pri prvem načinu).

<nowiki>*</nowiki> izraza ON in OFF se nanašata na izražanje gena, ne na delovanje ribocima (ta dva sta v obratnem sorazmerju)

==REZULTATI==
===Modularnost komponent in specifičnost delovanja===
Za testiranje modularnosti in specifičnosti delovanja so zamenjali aptamer (namesto teofilinskega zdaj '''tetraciklinski'''). Prenos informacije med obema domenama je še vedno potekal na enak način, s čimer so dokazali možnost modularnega sestavljanja platforme. Specifičnost so testirali tako, da so namesto teofilina oz. tetraciklina kot efektor dodali kofein in doksiciklin, ki sta njuna molekularna analoga. Ugotovili so, da se sistem na analoge ''in vitro'' in ''in vivo'' ne odziva. Pomembna je predvsem specifičnost ''in vivo'', saj to pomeni, da sistem lahko deluje v kompleksnih okoljih.

===Regulacija celične rasti z majhnimi molekulami===
Namesto reporterskega proteina (yEGFP), so pred ribocim vstavili gen his5, ki sodeluje pri biosintezi histidina v kvasovkah. Kvasovke so gojili v gojišču brez histidina. Dodali so kompetitivni inhibitor 3-amino-triazol (3AT), ki inhibira produkt gena his5. S tem so dodatno obremenili ta gen, saj so za uspešno rast celice morale narediti več primarnega transkripta. Po dodatku efektorske molekule (teofilina) so spremljali spremembe v rasti celic (OD600). Celice so ob prisotnosti efektorja rasle počasneje, ko je bil uporabljen OFF konstrukt in hitreje, ko so uporabili ON konstrukt.

===Ribocimi kot in vivo senzorji za kopičenje metabolitov===
Ugotovili so, da ima teofilinski aptamer tudi majhno vezavno sposobnost za '''ksantin'''. V gojišče so zato celicam dodali ksantozin, ki so ga pretvorile v ksantin. Uporabili so ON konstrukt, vstavljen za zapis za yEGFP, in po dodatku ksantozina spremljali količino nastalega GFP. Več kot je nastalo ksantina, višja je bila fluorescenca.

==DISKUSIJA==
Oba mehanizma delovanja izkazujeta prednosti in pomanjkljivosti pri standardiziranem prenosu informacije iz aptamera na ribocim - samo 7 od 26 testiranih modulov je imelo regulatorno aktivnost. Konstrukt na osnovi mehanizma zamenjave verige je modularno sestavljiv, celoten kompleks lahko naredimo z racionalnim de novo dizajnom, njegov odgovor pa je reprogramabilen. Drugi mehanizem (drsenje vijačnice) se ne odziva dobro na menjavanje domen, se pa ga lahko uporabi pri generaciji novih ribostikal z ''in vivo'' pregledovanjem (ang. ''screening'') takih elementov, ki delujejo z novimi zaporedji aptamerov, imajo različna regulatorna območja in prilagodljive regulatorne profile. Taka strategija je uporabna, ko racionalen dizajn elementov odpove.
Ravni transkriptov v prisotnosti in odsotnosti efektorja se ujemajo z odgovarjajočimi količinami fluorescence, kar kaže na to, da cepitev gena v 3' UTR regiji vodi v razkroj in inaktivacijo tarčnega transkripta. Nivo transkriptov upade kmalu po dodatku efektorske molekule, kar nakazuje na hiter odgovor vstavljenega konstrukta.

==ZAKLJUČEK==
Pomen njihovega dela je predvsem v tem, da so uspeli narediti univerzalen sistem, ki je prenosljiv med organizmi, modularno sestavljiv in se odziva na specifični efektor. Sistem se lahko uporabi pri konstrukciji transgenih regulatornih sistemov za kontrolo izražanja genov, ki se odzivajo na molekule iz okolja, ki prehajajo celično membrano. S pomočjo tega mehanizma lahko reprogramiramo celični odgovor na spremembe v okolju. Pri vstavitvi konstrukta za reporterski protein, lahko spremljamo časovno in prostorsko odvisnost odgovora celice na različne vhodne molekule (efektorje). Zaradi splošne primernosti se te platforme lahko uporablja v sintezni biologiji, biotehnologiji in medicini.

==VIRI==
• M. N. Win in C. D. Smolke: A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function. PNAS 2007, 104 (36), 14283-14288.

• D. Voet in J. G. Voet: Biochemistry (4. izd.). Hoboken: John Wiley and sons, Inc. 2011.

• D. L. Nelson in M. M. Cox:. Lehninger Principles of Biochemistry (5. Izd.). New York: W. H. Freeman and Company 2008.

• http://academic.brooklyn.cuny.edu/chem/zhuang/QD/toppage1.htm (21.1.2018)

Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij

2018-01-21T15:03:11Z

AnaCirnski:

[http://www.pnas.org/content/104/36/14283.full?sid=e70f2b9d-809b-4d58-aa08-3132a5390051/ A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function]

Ana Cirnski

Bazične in aplicirane biološke in biotehnološke raziskave so omejene z našo sposobnostjo vnosa informacij v žive sisteme in pridobivanja informacij iz njih. Omejujoči dejavniki v inženiringu bioloških sistemov so poročanje, odzivanje in nadzor nad znotrajceličnimi komponentami v teh sistemih.

V ta namen so želeli skonstruirati in izdelati prenosno in razširljivo platformo za zanesljivo konstrukcijo komunikacijskih in kontrolnih sistemov v različnih organizmih.

Cilj raziskave je bil

• predstaviti mehanizem, ki omogoča zanesljivo in modularno sestavljanje funkcionalnih sintetičnih RNA komponent in standardiziran prenos informacije med njimi

• izdelati platformo, ki se odziva na različne vhodne signale in nanje odgovori z regulacijo izražanja genov

• vsestranskost platforme pri izvajanju specifičnih kontrolnih sistemov za regulacijo celične rasti z malimi molekulami

Izdelali so RNA ogrodje - ribocimsko stikalo, ki vsebuje dve domeni, in sicer senzor (aptamer) in sprožilec (ribocim v obliki kladiva).

==UVOD==
'''Ribocimi''' so molekule RNA s katalitično vlogo. V naravi jih najdemo v obliki intronov I. skupine (''Tetrahymena''), RNaze P, ribocim virusa hepatitis delta, ribocima v obliki lasnice in ribocima v obliki kladiva (ang. ''hammerhead''). Ta je ponavadi dolg 40 ali več baz (konstrukt v članku okoli 50) in deluje tako, da cepi samega sebe (ang. ''cis acting''). Kot pri encimih je tudi tu za delovanje pomembna tri dimenzionalna struktura ribocima. Njegova pomanjkljivost pa je, da v resnici ni pravi katalizator, saj se ne more povrniti v osnovno stanje, potem ko se je že cepil.

'''Aptameri''' so sintetični oligonukleotidi, ki se tesno vežejo na specifično molekulsko tarčo. Izberemo jih iz knjižnice oligonukleotidov v postopku imenovanem SELEX (ang. ''systematic evolution of ligands by exponential enrichment'').

'''Ribocimska stikala''' kontrolirajo izražanje genov v odgovor na prisotnost specifičnih ligandov. V naravi so našli že več kot 20 razredov ribostikal, ki vplivajo na izražanje različnih genov. Tu se stikalo nanaša na molekulo RNA, ki lahko obstaja v dveh različnih konformacijah, ki različno vplivata na izražanje bližnjega gena.

==SPECIFIKACIJA KOMPONENT IN DIZAJN OGRODJA==
Za zaznavanje vhodnih signalov so uporabili RNA aptamer, kot regulatorni element pa ribocim v obliki kladiva. Aptamere so izbrali s pomočjo metode SELEX - na ta način se da generirati aptamere, ki se odzivajo na različne ligande (male molekule, peptide, proteine). Prav tako pa je mogoče s selekcijo vplivati na specifičnost in afiniteto aptamera.
Ribocim je uporaben, ker je majhen, lahko ga je načrtovati in je hiter. Deluje podobno pri različnih organizmih.

Najprej so vstavili zaporedje ribocima v 3’ UTR regijo tarčnega gena. S tem so izolirali specifično delovanje ribocima (cepitev transkripta) od nespecifičnih stukturnih vplivov na iniciacijo translacije (sekundarne strukture v 5’ UTR zavirajo učinkovito translacijo). Poleg tega je cepitev v 3’ UTR regiji univerzalen mehanizem za destabilizacijo transkriptov tako pri prokariontih kot pri evkariontih.
Vsak ribocimski konstrukt je na vsaki strani obdan z distančnikom, ki ga varuje pred zaporedjem okrog ribocima, ki bi lahko zavrlo njegovo delovanje prek porušenja njegove strukture.
Z vsem tem so dosegli, da je ta sistem prenosljiv med organizmi in ga lahko kombiniramo z različnimi kodirnimi regijami.
Da bi sistem deloval tudi ''in vivo'', so ribocim povezali z aptamerom, ki so ga pripeli na eno izmed zank, kar omogoča terciarne interakcije (te interakcije naj bi bile pomembne za stabilizacijo katalitično aktivne konformacije v fizioloških pogojih).
Za karakterizacijo ribostikal so naredili in uporabili vektor pRzS. Ribocimske konstrukte so naredili s PCR. Vse ribocime so klonirali tri nukleotide navzdol od '''yEGFP''' (ang. ''yeast enhanced GFP'') stop kodona in navzgor od terminatorja ADH1. S plazmidi so transformirali kompetentne celice ''E. coli'', zaporedja konstruktov so potrdili s sekveniranjem. Ustrezne plazmide so nato prenesli v celice ''S. cerevisiae''. Pred in po dodatku vhodnega signala so merili relativne vrednosti fluorescence, hkrati pa so kvantificirali še količino celičnega transktripta.

==DELOVANJE SISTEMA==
Za prenos signala med domenama (iz senzorja na sprožilec) obstajata dva mehanizma - '''zamenjava verige''' (ang. ''strand displacement'') in '''drsenje vijačnice''' (ang. ''helix slipping'').
Za mehanizem zamenjave verige so naredili dve zaporedji (preklopno in tekmovalno zaporedje – ang. ''switching in competing strand'') na ribocimu, ki tekmujeta za vezavo na bazo aptamera. Tako so naredili stikalo, ki omogoča regulacijo izražanja gena v odgovor na naraščajočo koncentracijo efektorske molekule (vhodni signal). Mehanizem deluje na principu prehajanja med dvema konformacijskima stanjema.
'''ON*''' stikalo deluje tako, da se pri dodatku efektorja poruši struktura katalitičnega jedra ribocima. Pri tem se v aptameru izoblikuje vezavni žep za ligand ('''teofilin'''), tekmovalno zaporedje pa zamenja preklopnega.
Pri '''OFF''' stikalu je katalitično jedro v začetku deformirano, ker je tekmovalno zaporedje povezano s 5’ koncem aptamera (baza, ki je vezana na ribocim). Po dodatku efektorske molekule se zopet vzpostavi vezavni žep, pri tem pa se struktura katalitičnega jedra obnovi.
Pri mehanizmu drsenja vijačnice baza aptamera služi kot komunikacijski modul. Ob prisotnosti efektorja pride do zamika nukleotidov v bazi aptamera, kar vodi v majhne konformacijske spremembe ribocima - struktura je lahko bodisi obnovljena ali pa porušena (podobno kot pri prvem načinu).

<nowiki>*</nowiki> izraza ON in OFF se nanašata na izražanje gena, ne na delovanje ribocima (ta dva sta v obratnem sorazmerju)

==REZULTATI==
===Modularnost komponent in specifičnost delovanja===
Za testiranje modularnosti in specifičnosti delovanja so zamenjali aptamer (namesto teofilinskega zdaj '''tetraciklinski'''). Prenos informacije med obema domenama je še vedno potekal na enak način, s čimer so dokazali možnost modularnega sestavljanja platforme. Specifičnost so testirali tako, da so namesto teofilina oz. tetraciklina kot efektor dodali kofein in doksiciklin, ki sta njuna molekularna analoga. Ugotovili so, da se sistem na analoge ''in vitro'' in ''in vivo'' ne odziva. Pomembna je predvsem specifičnost ''in vivo'', saj to pomeni, da sistem lahko deluje v kompleksnih okoljih.

===Regulacija celične rasti z majhnimi molekulami===
Namesto reporterskega proteina (yEGFP), so pred ribocim vstavili gen his5, ki sodeluje pri biosintezi histidina v kvasovkah. Kvasovke so gojili v gojišču brez histidina. Dodali so kompetitivni inhibitor 3-amino-triazol (3AT), ki inhibira produkt gena his5. S tem so dodatno obremenili ta gen, saj so za uspešno rast celice morale narediti več primarnega transkripta. Po dodatku efektorske molekule (teofilina) so spremljali spremembe v rasti celic (OD600). Celice so ob prisotnosti efektorja rasle počasneje, ko je bil uporabljen OFF konstrukt in hitreje, ko so uporabili ON konstrukt.

===Ribocimi kot in vivo senzorji za kopičenje metabolitov===
Ugotovili so, da ima teofilinski aptamer tudi majhno vezavno sposobnost za '''ksantin'''. V gojišče so zato celicam dodali ksantozin, ki so ga pretvorile v ksantin. Uporabili so ON konstrukt, vstavljen za zapis za yEGFP, in po dodatku ksantozina spremljali količino nastalega GFP. Več kot je nastalo ksantina, višja je bila fluorescenca.

==DISKUSIJA==
Oba mehanizma delovanja izkazujeta prednosti in pomanjkljivosti pri standardiziranem prenosu informacije iz aptamera na ribocim - samo 7 od 26 testiranih modulov je imelo regulatorno aktivnost. Konstrukt na osnovi mehanizma zamenjave verige je modularno sestavljiv, celoten kompleks lahko naredimo z racionalnim de novo dizajnom, njegov odgovor pa je reprogramabilen. Drugi mehanizem (drsenje vijačnice) se ne odziva dobro na menjavanje domen, se pa ga lahko uporabi pri generaciji novih ribostikal z ''in vivo'' pregledovanjem (ang. ''screening'') takih elementov, ki delujejo z novimi zaporedji aptamerov, imajo različna regulatorna območja in prilagodljive regulatorne profile. Taka strategija je uporabna, ko racionalen dizajn elementov odpove.
Ravni transkriptov v prisotnosti in odsotnosti efektorja se ujemajo z odgovarjajočimi količinami fluorescence, kar kaže na to, da cepitev gena v 3' UTR regiji vodi v razkroj in inaktivacijo tarčnega transkripta. Nivo transkriptov upade kmalu po dodatku efektorske molekule, kar nakazuje na hiter odgovor vstavljenega konstrukta.

==ZAKLJUČEK==
Pomen njihovega dela je predvsem v tem, da so uspeli narediti univerzalen sistem, ki je prenosljiv med organizmi, modularno sestavljiv in se odziva na specifični efektor. Sistem se lahko uporabi pri konstrukciji transgenih regulatornih sistemov za kontrolo izražanja genov, ki se odzivajo na molekule iz okolja, ki prehajajo celično membrano. S pomočjo tega mehanizma lahko reprogramiramo celični odgovor na spremembe v okolju. Pri vstavitvi konstrukta za reporterski protein, lahko spremljamo časovno in prostorsko odvisnost odgovora celice na različne vhodne molekule (efektorje). Zaradi splošne primernosti se te platforme lahko uporablja v sintezni biologiji, biotehnologiji in medicini.

==VIRI==
• M. N. Win in C. D. Smolke: A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function. PNAS 2007, 104 (36), 14283-14288.

• D. Voet in J. G. Voet: Biochemistry (4. izd.). Hoboken: John Wiley and sons, Inc. 2011.

• D. L. Nelson in M. M. Cox:. Lehninger Principles of Biochemistry (5. Izd.). New York: W. H. Freeman and Company 2008.

• http://academic.brooklyn.cuny.edu/chem/zhuang/QD/toppage1.htm (21.1.2018)

Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij

2018-01-21T15:01:47Z

AnaCirnski:

[http://www.pnas.org/content/104/36/14283.full?sid=e70f2b9d-809b-4d58-aa08-3132a5390051/ A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function]

Ana Cirnski

Bazične in aplicirane biološke in biotehnološke raziskave so omejene z našo sposobnostjo vnosa informacij v žive sisteme in pridobivanja informacij iz njih. Omejujoči dejavniki v inženiringu bioloških sistemov so poročanje, odzivanje in nadzor nad znotrajceličnimi komponentami v teh sistemih.

V ta namen so želeli skonstruirati in izdelati prenosno in razširljivo platformo za zanesljivo konstrukcijo komunikacijskih in kontrolnih sistemov v različnih organizmih.

Cilj raziskave je bil

• predstaviti mehanizem, ki omogoča zanesljivo in modularno sestavljanje funkcionalnih sintetičnih RNA komponent in standardiziran prenos informacije med njimi

• izdelati platformo, ki se odziva na različne vhodne signale in nanje odgovori z regulacijo izražanja genov

• vsestranskost platforme pri izvajanju specifičnih kontrolnih sistemov za regulacijo celične rasti z malimi molekulami

Izdelali so RNA ogrodje - ribocimsko stikalo, ki vsebuje dve domeni, in sicer senzor (aptamer) in sprožilec (ribocim v obliki kladiva).

==UVOD==
'''Ribocimi''' so molekule RNA s katalitično vlogo. V naravi jih najdemo v obliki intronov I. skupine (''Tetrahymena''), RNaze P, ribocim virusa hepatitis delta, ribocima v obliki lasnice in ribocima v obliki kladiva (ang. ''hammerhead''). Ta je ponavadi dolg 40 ali več baz (konstrukt v članku okoli 50) in deluje tako, da cepi samega sebe (ang. ''cis acting''). Kot pri encimih je tudi tu za delovanje pomembna tri dimenzionalna struktura ribocima. Njegova pomanjkljivost pa je, da v resnici ni pravi katalizator, saj se ne more povrniti v osnovno stanje, potem ko se je že cepil.

'''Aptameri''' so sintetični oligonukleotidi, ki se tesno vežejo na specifično molekulsko tarčo. Izberemo jih iz knjižnice oligonukleotidov v postopku imenovanem SELEX (ang. ''systematic evolution of ligands by exponential enrichment'').

'''Ribocimska stikala''' kontrolirajo izražanje genov v odgovor na prisotnost specifičnih ligandov. V naravi so našli že več kot 20 razredov ribostikal, ki vplivajo na izražanje različnih genov. Tu se stikalo nanaša na molekulo RNA, ki lahko obstaja v dveh različnih konformacijah, ki različno vplivata na izražanje bližnjega gena.

==SPECIFIKACIJA KOMPONENT IN DIZAJN OGRODJA==
Za zaznavanje vhodnih signalov so uporabili RNA aptamer, kot regulatorni element pa ribocim v obliki kladiva. Aptamere so izbrali s pomočjo metode SELEX - na ta način se da generirati aptamere, ki se odzivajo na različne ligande (male molekule, peptide, proteine). Prav tako pa je mogoče s selekcijo vplivati na specifičnost in afiniteto aptamera.
Ribocim je uporaben, ker je majhen, lahko ga je načrtovati in je hiter. Deluje podobno pri različnih organizmih.

Najprej so vstavili zaporedje ribocima v 3’ UTR regijo tarčnega gena. S tem so izolirali specifično delovanje ribocima (cepitev transkripta) od nespecifičnih stukturnih vplivov na iniciacijo translacije (sekundarne strukture v 5’ UTR zavirajo učinkovito translacijo). Poleg tega je cepitev v 3’ UTR regiji univerzalen mehanizem za destabilizacijo transkriptov tako pri prokariontih kot pri evkariontih.
Vsak ribocimski konstrukt je na vsaki strani obdan z distančnikom, ki ga varuje pred zaporedjem okrog ribocima, ki bi lahko zavrlo njegovo delovanje prek porušenja njegove strukture.
Z vsem tem so dosegli, da je ta sistem prenosljiv med organizmi in ga lahko kombiniramo z različnimi kodirnimi regijami.
Da bi sistem deloval tudi ''in vivo'', so ribocim povezali z aptamerom, ki so ga pripeli na eno izmed zank, kar omogoča terciarne interakcije (te interakcije naj bi bile pomembne za stabilizacijo katalitično aktivne konformacije v fizioloških pogojih).
Za karakterizacijo ribostikal so naredili in uporabili vektor pRzS. Ribocimske konstrukte so naredili s PCR. Vse ribocime so klonirali tri nukleotide navzdol od yEGFP (ang. ''yeast enhanced GFP'') stop kodona in navzgor od terminatorja ADH1. S plazmidi so transformirali kompetentne celice ''E. coli'', zaporedja konstruktov so potrdili s sekveniranjem. Ustrezne plazmide so nato prenesli v celice ''S. cerevisiae''. Pred in po dodatku vhodnega signala so merili relativne vrednosti fluorescence, hkrati pa so kvantificirali še količino celičnega transktripta.

==DELOVANJE SISTEMA==
Za prenos signala med domenama (iz senzorja na sprožilec) obstajata dva mehanizma - '''zamenjava verige''' (ang. ''strand displacement'') in '''drsenje vijačnice''' (ang. ''helix slipping'').
Za mehanizem zamenjave verige so naredili dve zaporedji (preklopno in tekmovalno zaporedje – ang. ''switching in competing strand'') na ribocimu, ki tekmujeta za vezavo na bazo aptamera. Tako so naredili stikalo, ki omogoča regulacijo izražanja gena v odgovor na naraščajočo koncentracijo efektorske molekule (vhodni signal). Mehanizem deluje na principu prehajanja med dvema konformacijskima stanjema.
'''ON*''' stikalo deluje tako, da se pri dodatku efektorja poruši struktura katalitičnega jedra ribocima. Pri tem se v aptameru izoblikuje vezavni žep za ligand ('''teofilin'''), tekmovalno zaporedje pa zamenja preklopnega.
Pri '''OFF''' stikalu je katalitično jedro v začetku deformirano, ker je tekmovalno zaporedje povezano s 5’ koncem aptamera (baza, ki je vezana na ribocim). Po dodatku efektorske molekule se zopet vzpostavi vezavni žep, pri tem pa se struktura katalitičnega jedra obnovi.
Pri mehanizmu drsenja vijačnice baza aptamera služi kot komunikacijski modul. Ob prisotnosti efektorja pride do zamika nukleotidov v bazi aptamera, kar vodi v majhne konformacijske spremembe ribocima - struktura je lahko bodisi obnovljena ali pa porušena (podobno kot pri prvem načinu).

<nowiki>*</nowiki> izraza ON in OFF se nanašata na izražanje gena, ne na delovanje ribocima (ta dva sta v obratnem sorazmerju)

==REZULTATI==
===Modularnost komponent in specifičnost delovanja===
Za testiranje modularnosti in specifičnosti delovanja so zamenjali aptamer (namesto teofilinskega zdaj '''tetraciklinski'''). Prenos informacije med obema domenama je še vedno potekal na enak način, s čimer so dokazali možnost modularnega sestavljanja platforme. Specifičnost so testirali tako, da so namesto teofilina oz. tetraciklina kot efektor dodali kofein in doksiciklin, ki sta njuna molekularna analoga. Ugotovili so, da se sistem na analoge ''in vitro'' in ''in vivo'' ne odziva. Pomembna je predvsem specifičnost ''in vivo'', saj to pomeni, da sistem lahko deluje v kompleksnih okoljih.

===Regulacija celične rasti z majhnimi molekulami===
Namesto reporterskega proteina (yEGFP), so pred ribocim vstavili gen his5, ki sodeluje pri biosintezi histidina v kvasovkah. Kvasovke so gojili v gojišču brez histidina. Dodali so kompetitivni inhibitor 3-amino-triazol (3AT), ki inhibira produkt gena his5. S tem so dodatno obremenili ta gen, saj so za uspešno rast celice morale narediti več primarnega transkripta. Po dodatku efektorske molekule (teofilina) so spremljali spremembe v rasti celic (OD600). Celice so ob prisotnosti efektorja rasle počasneje, ko je bil uporabljen OFF konstrukt in hitreje, ko so uporabili ON konstrukt.

===Ribocimi kot in vivo senzorji za kopičenje metabolitov===
Ugotovili so, da ima teofilinski aptamer tudi majhno vezavno sposobnost za '''ksantin'''. V gojišče so zato celicam dodali ksantozin, ki so ga pretvorile v ksantin. Uporabili so ON konstrukt, vstavljen za zapis za yEGFP, in po dodatku ksantozina spremljali količino nastalega GFP. Več kot je nastalo ksantina, višja je bila fluorescenca.

==DISKUSIJA==
Oba mehanizma delovanja izkazujeta prednosti in pomanjkljivosti pri standardiziranem prenosu informacije iz aptamera na ribocim - samo 7 od 26 testiranih modulov je imelo regulatorno aktivnost. Konstrukt na osnovi mehanizma zamenjave verige je modularno sestavljiv, celoten kompleks lahko naredimo z racionalnim de novo dizajnom, njegov odgovor pa je reprogramabilen. Drugi mehanizem (drsenje vijačnice) se ne odziva dobro na menjavanje domen, se pa ga lahko uporabi pri generaciji novih ribostikal z ''in vivo'' pregledovanjem (ang. ''screening'') takih elementov, ki delujejo z novimi zaporedji aptamerov, imajo različna regulatorna območja in prilagodljive regulatorne profile. Taka strategija je uporabna, ko racionalen dizajn elementov odpove.
Ravni transkriptov v prisotnosti in odsotnosti efektorja se ujemajo z odgovarjajočimi količinami fluorescence, kar kaže na to, da cepitev gena v 3' UTR regiji vodi v razkroj in inaktivacijo tarčnega transkripta. Nivo transkriptov upade kmalu po dodatku efektorske molekule, kar nakazuje na hiter odgovor vstavljenega konstrukta.

==ZAKLJUČEK==
Pomen njihovega dela je predvsem v tem, da so uspeli narediti univerzalen sistem, ki je prenosljiv med organizmi, modularno sestavljiv in se odziva na specifični efektor. Sistem se lahko uporabi pri konstrukciji transgenih regulatornih sistemov za kontrolo izražanja genov, ki se odzivajo na molekule iz okolja, ki prehajajo celično membrano. S pomočjo tega mehanizma lahko reprogramiramo celični odgovor na spremembe v okolju. Pri vstavitvi konstrukta za reporterski protein, lahko spremljamo časovno in prostorsko odvisnost odgovora celice na različne vhodne molekule (efektorje). Zaradi splošne primernosti se te platforme lahko uporablja v sintezni biologiji, biotehnologiji in medicini.

==VIRI==
• M. N. Win in C. D. Smolke: A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function. PNAS 2007, 104 (36), 14283-14288.

• D. Voet in J. G. Voet: Biochemistry (4. izd.). Hoboken: John Wiley and sons, Inc. 2011.

• D. L. Nelson in M. M. Cox:. Lehninger Principles of Biochemistry (5. Izd.). New York: W. H. Freeman and Company 2008.

• http://academic.brooklyn.cuny.edu/chem/zhuang/QD/toppage1.htm (21.1.2018)

Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij

2018-01-21T14:52:28Z

AnaCirnski:

[http://www.pnas.org/content/104/36/14283.full?sid=e70f2b9d-809b-4d58-aa08-3132a5390051/ A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function]

Ana Cirnski

Bazične in aplicirane biološke in biotehnološke raziskave so omejene z našo sposobnostjo vnosa informacij v žive sisteme in pridobivanja informacij iz njih. Omejujoči dejavniki v inženiringu bioloških sistemov so poročanje, odzivanje in nadzor nad znotrajceličnimi komponentami v teh sistemih.

V ta namen so želeli skonstruirati in izdelati prenosno in razširljivo platformo za zanesljivo konstrukcijo komunikacijskih in kontrolnih sistemov v različnih organizmih.

Cilj raziskave je bil

• predstaviti mehanizem, ki omogoča zanesljivo in modularno sestavljanje funkcionalnih sintetičnih RNA komponent in standardiziran prenos informacije med njimi

• izdelati platformo, ki se odziva na različne vhodne signale in nanje odgovori z regulacijo izražanja genov

• vsestranskost platforme pri izvajanju specifičnih kontrolnih sistemov za regulacijo celične rasti z malimi molekulami

Izdelali so RNA ogrodje - ribocimsko stikalo, ki vsebuje dve domeni, in sicer senzor (aptamer) in sprožilec (ribocim v obliki kladiva).

==UVOD==
Ribocimi so molekule RNA s katalitično vlogo. V naravi jih najdemo v obliki intronov I. skupine (Tetrahymena), RNaze P, ribocim virusa hepatitis delta, ribocima v obliki lasnice in ribocima v obliki kladiva (hammerhead). Ta je ponavadi dolg 40+ baz (konstrukt v članku okoli 50) in deluje tako, da cepi samega sebe (ang. cis acting). Kot pri encimih je tudi tu za delovanje pomembna tri dimenzionalna struktura ribocima. Njegova pomanjkljivost pa je, da v resnici ni pravi katalizator, saj se ne more povrniti v osnovno stanje, potem ko se je že cepil.

Aptameri so sintetični oligonukleotidi, ki se tesno vežejo na specifično molekulsko tarčo. Izberemo jih iz knjižnice oligonukleotidov v postopku imenovanem SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment).

Ribocimska stikala kontrolirajo izražanje genov v odgovor na prisotnost specifičnih ligandov. V naravi so našli že več kot 20 razredov ribostikal, ki vplivajo na izražanje različnih genov. Tu se stikalo nanaša na molekulo RNA, ki lahko obstaja v dveh različnih konformacijah, ki različno vplivata na izražanje bližnjega gena.

==SPECIFIKACIJA KOMPONENT IN DIZAJN OGRODJA==
Za zaznavanje vhodnih signalov so uporabili RNA aptamer, kot regulatorni element pa ribocim v obliki kladiva. Aptamere so izbrali s pomočjo metode SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment) - na ta način se da generirati aptamere, ki se odzivajo na različne ligande (male molekule, peptide, proteine). Prav tako pa je mogoče s selekcijo vplivati na specifičnost in afiniteto aptamera.
Ribocim je uporaben, ker je majhen, lahko ga je načrtovati in je hiter. Deluje podobno pri različnih organizmih.

Najprej so vstavili zaporedje ribocima v 3’ UTR regijo tarčnega gena. S tem so izolirali specifično delovanje ribocima (cepitev transkripta) od nespecifičnih stukturnih vplivov na iniciacijo translacije (sekundarne strukture v 5’ UTR zavirajo učinkovito translacijo). Poleg tega je cepitev v 3’ UTR regiji univerzalen mehanizem za destabilizacijo transkriptov tako pri prokariontih kot pri evkariontih.
Vsak ribocimski konstrukt je na vsaki strani obdan z distančnikom, ki ga varuje pred zaporedjem okrog ribocima, ki bi lahko zavrlo njegovo delovanje prek porušenja njegove strukture.
Z vsem tem so dosegli, da je ta sistem prenosljiv med organizmi in ga lahko kombiniramo z različnimi kodirnimi regijami.
Da bi sistem deloval tudi in vivo, so ribocim povezali z aptamerom, ki so ga pripeli na eno izmed zank, kar omogoča terciarne interakcije (te interakcije naj bi bile pomembne za stabilizacijo katalitično aktivne konformacije v fizioloških pogojih).
Za karakterizacijo ribostikal so naredili in uporabili vektor pRzS. Ribocimske konstrukte so naredili s PCR. Vse ribocime so klonirali tri nukleotide navzdol od yEGFP (yeast enhanced GFP) stop kodona in navzgor od terminatorja ADH1. S plazmidi so transformirali kompetentne celice E. coli, zaporedja konstruktov so potrdili s sekveniranjem. Ustrezne plazmide so nato prenesli v celice S. cerevisiae. Pred in po dodatku vhodnega signala so merili relativne vrednosti fluorescence, hkrati pa so kvantificirali še količino celičnega transktripta.

==DELOVANJE SISTEMA==
Za prenos signala med domenama (iz senzorja na sprožilec) obstajata dva mehanizma - zamenjava verige (strand displacement) in drsenje vijačnice (helix slipping).
Za mehanizem zamenjave verige so naredili dve zaporedji (preklopno in tekmovalno zaporedje – ang. switching in competing strand) na ribocimu, ki tekmujeta za vezavo na bazo aptamera. Tako so naredili stikalo, ki omogoča regulacijo izražanja gena v odgovor na naraščajočo koncentracijo efektorske molekule (vhodni signal). Mehanizem deluje na principu prehajanja med dvema konformacijskima stanjema.
ON* stikalo deluje tako, da se pri dodatku efektorja poruši struktura katalitičnega jedra ribocima. Pri tem se v aptameru izoblikuje vezavni žep za ligand (teofilin), tekmovalno zaporedje pa zamenja preklopnega.
Pri OFF stikalu je katalitično jedro v začetku deformirano, ker je tekmovalno zaporedje povezano s 5’ koncem aptamera (baza, ki je vezana na ribocim). Po dodatku efektorske molekule se zopet vzpostavi vezavni žep, pri tem pa se struktura katalitičnega jedra obnovi.
Pri mehanizmu drsenja vijačnice baza aptamera služi kot komunikacijski modul. Ob prisotnosti efektorja pride do zamika nukleotidov v bazi aptamera, kar vodi v majhne konformacijske spremembe ribocima - struktura je lahko bodisi obnovljena ali pa porušena (podobno kot pri prvem načinu).

<nowiki>*</nowiki> izraza ON in OFF se nanašata na izražanje gena, ne na delovanje ribocima (ta dva sta v obratnem sorazmerju)

==REZULTATI==
===Modularnost komponent in specifičnost delovanja===
Za testiranje modularnosti in specifičnosti delovanja so zamenjali aptamer (namesto teofilinskega zdaj tetraciklinski). Prenos informacije med obema domenama je še vedno potekal na enak način, s čimer so dokazali možnost modularnega sestavljanja platforme. Specifičnost so testirali tako, da so namesto teofilina oz. tetraciklina kot efektor dodali kofein in doksiciklin, ki sta njuna molekularna analoga. Ugotovili so, da se sistem na analoge in vitro in in vivo ne odziva. Pomembna je predvsem specifičnost in vivo, saj to pomeni, da sistem lahko deluje v kompleksnih okoljih.

===Regulacija celične rasti z majhnimi molekulami===
Namesto reporterskega proteina (yEGFP), so pred ribocim vstavili gen his5, ki sodeluje pri biosintezi histidina v kvasovkah. Kvasovke so gojili v gojišču brez histidina. Dodali so kompetitivni inhibitor 3-amino-triazol (3AT), ki inhibira produkt gena his5. S tem so dodatno obremenili ta gen, saj so za uspešno rast celice morale narediti več primarnega transkripta. Po dodatku efektorske molekule (teofilina) so spremljali spremembe v rasti celic (OD600). Celice so ob prisotnosti efektorja rasle počasneje, ko je bil uporabljen OFF konstrukt in hitreje, ko so uporabili ON konstrukt.

===Ribocimi kot in vivo senzorji za kopičenje metabolitov===
Ugotovili so, da ima teofilinski aptamer tudi majhno vezavno sposobnost za ksantin. V gojišče so zato celicam dodali ksantozin, ki so ga pretvorile v ksantin. Uporabili so ON konstrukt, vstavljen za zapis za yEGFP, in po dodatku ksantozina spremljali količino nastalega GFP. Več kot je nastalo ksantina, višja je bila fluorescenca.

==DISKUSIJA==
Oba mehanizma delovanja izkazujeta prednosti in pomanjkljivosti pri standardiziranem prenosu informacije iz aptamera na ribocim - samo 7 od 26 testiranih modulov je imelo regulatorno aktivnost. Konstrukt na osnovi mehanizma zamenjave verige je modularno sestavljiv, celoten kompleks lahko naredimo z racionalnim de novo dizajnom, njegov odgovor pa je reprogramabilen. Drugi mehanizem (drsenje vijačnice) se ne odziva dobro na menjavanje domen, se pa ga lahko uporabi pri generaciji novih ribostikal z in vivo pregledom (ang. screening) takih elementov, ki delujejo z novimi zaporedji aptamerov, imajo različna regulatorna območja in prilagodljive regulatorne profile. Taka strategija je uporabna, ko racionalen dizajn elementov odpove.
Ravni transkriptov v prisotnosti in odsotnosti efektorja se ujemajo z odgovarjajočimi količinami fluorescence, kar kaže na to, da cepitev gena v 3' UTR regiji vodi v razkroj in inaktivacijo tarčnega transkripta. Nivo transkriptov upade kmalu po dodatku efektorske molekule, kar nakazuje na hiter odgovor vstavljenega konstrukta.

==ZAKLJUČEK==
Pomen njihovega dela je predvsem v tem, da so uspeli narediti univerzalen sistem, ki je prenosljiv med organizmi, modularno sestavljiv in se odziva na specifični efektor. Sistem se lahko uporabi pri konstrukciji transgenih regulatornih sistemov za kontrolo izražanja genov, ki se odzivajo na molekule iz okolja, ki prehajajo celično membrano. S pomočjo tega mehanizma lahko reprogramiramo celični odgovor na spremembe v okolju. Pri vstavitvi konstrukta za reporterski protein, lahko spremljamo časovno in prostorsko odvisnost odgovora celice na različne vhodne molekule (efektorje). Zaradi splošne primernosti se te platforme lahko uporablja v sintezni biologiji, biotehnologiji in medicini.

==VIRI==
• M. N. Win in C. D. Smolke: A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function. PNAS 2007, 104 (36), 14283-14288.

• D. Voet in J. G. Voet: Biochemistry (4. izd.). Hoboken: John Wiley and sons, Inc. 2011.

• D. L. Nelson in M. M. Cox:. Lehninger Principles of Biochemistry (5. Izd.). New York: W. H. Freeman and Company 2008.

• http://academic.brooklyn.cuny.edu/chem/zhuang/QD/toppage1.htm (21.1.2018)

Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij

2018-01-21T14:37:44Z

AnaCirnski:

[http://www.pnas.org/content/104/36/14283.full?sid=e70f2b9d-809b-4d58-aa08-3132a5390051/ A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function]

Ana Cirnski

Bazične in aplicirane biološke in biotehnološke raziskave so omejene z našo sposobnostjo vnosa informacij v žive sisteme in pridobivanja informacij iz njih. Omejujoči dejavniki v inženiringu bioloških sistemov so poročanje, odzivanje in nadzor nad znotrajceličnimi komponentami v teh sistemih.

V ta namen so želeli skonstruirati in izdelati prenosno in razširljivo platformo za zanesljivo konstrukcijo komunikacijskih in kontrolnih sistemov v različnih organizmih.

Cilj raziskave je bil
•predstaviti mehanizem, ki omogoča zanesljivo in modularno sestavljanje funkcionalnih sintetičnih RNA komponent in standardiziran prenos informacije med njimi
•izdelati platformo, ki se odziva na različne vhodne signale in nanje odgovori z regulacijo izražanja genov
•vsestranskost platforme pri izvajanju specifičnih kontrolnih sistemov za regulacijo celične rasti z malimi molekulami

Izdelali so RNA ogrodje - ribocimsko stikalo, ki vsebuje dve domeni, in sicer senzor (aptamer) in sprožilec (ribocim v obliki kladiva).

==UVOD==
Ribocimi so molekule RNA s katalitično vlogo. V naravi jih najdemo v obliki intronov I. skupine (Tetrahymena), RNaze P, ribocim virusa hepatitis delta, ribocima v obliki lasnice in ribocima v obliki kladiva (hammerhead). Ta je ponavadi dolg 40+ baz (konstrukt v članku okoli 50) in deluje tako, da cepi samega sebe (ang. cis acting). Kot pri encimih je tudi tu za delovanje pomembna tri dimenzionalna struktura ribocima. Njegova pomanjkljivost pa je, da v resnici ni pravi katalizator, saj se ne more povrniti v osnovno stanje, potem ko se je že cepil.

Aptameri so sintetični oligonukleotidi, ki se tesno vežejo na specifično molekulsko tarčo. Izberemo jih iz knjižnice oligonukleotidov v postopku imenovanem SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment).

Ribocimska stikala kontrolirajo izražanje genov v odgovor na prisotnost specifičnih ligandov. V naravi so našli že več kot 20 razredov ribostikal, ki vplivajo na izražanje različnih genov. Tu se stikalo nanaša na molekulo RNA, ki lahko obstaja v dveh različnih konformacijah, ki različno vplivata na izražanje bližnjega gena.

==SPECIFIKACIJA KOMPONENT IN DIZAJN OGRODJA==
Za zaznavanje vhodnih signalov so uporabili RNA aptamer, kot regulatorni element pa ribocim v obliki kladiva. Aptamere so izbrali s pomočjo metode SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment) - na ta način se da generirati aptamere, ki se odzivajo na različne ligande (male molekule, peptide, proteine). Prav tako pa je mogoče s selekcijo vplivati na specifičnost in afiniteto aptamera.
Ribocim je uporaben, ker je majhen, lahko ga je načrtovati in je hiter. Deluje podobno pri različnih organizmih.

Najprej so vstavili zaporedje ribocima v 3’ UTR regijo tarčnega gena. S tem so izolirali specifično delovanje ribocima (cepitev transkripta) od nespecifičnih stukturnih vplivov na iniciacijo translacije (sekundarne strukture v 5’ UTR zavirajo učinkovito translacijo). Poleg tega je cepitev v 3’ UTR regiji univerzalen mehanizem za destabilizacijo transkriptov tako pri prokariontih kot pri evkariontih.
Vsak ribocimski konstrukt je na vsaki strani obdan z distančnikom, ki ga varuje pred zaporedjem okrog ribocima, ki bi lahko zavrlo njegovo delovanje prek porušenja njegove strukture.
Z vsem tem so dosegli, da je ta sistem prenosljiv med organizmi in ga lahko kombiniramo z različnimi kodirnimi regijami.
Da bi sistem deloval tudi in vivo, so ribocim povezali z aptamerom, ki so ga pripeli na eno izmed zank, kar omogoča terciarne interakcije (te interakcije naj bi bile pomembne za stabilizacijo katalitično aktivne konformacije v fizioloških pogojih).
Za karakterizacijo ribostikal so naredili in uporabili vektor pRzS. Ribocimske konstrukte so naredili s PCR. Vse ribocime so klonirali tri nukleotide navzdol od yEGFP (yeast enhanced GFP) stop kodona in navzgor od terminatorja ADH1. S plazmidi so transformirali kompetentne celice E. coli, zaporedja konstruktov so potrdili s sekveniranjem. Ustrezne plazmide so nato prenesli v celice S. cerevisiae. Pred in po dodatku vhodnega signala so merili relativne vrednosti fluorescence, hkrati pa so kvantificirali še količino celičnega transktripta.

==DELOVANJE SISTEMA==
Za prenos signala med domenama (iz senzorja na sprožilec) obstajata dva mehanizma - zamenjava verige (strand displacement) in drsenje vijačnice (helix slipping).
Za mehanizem zamenjave verige so naredili dve zaporedji (preklopno in tekmovalno zaporedje – ang. switching in competing strand) na ribocimu, ki tekmujeta za vezavo na bazo aptamera. Tako so naredili stikalo, ki omogoča regulacijo izražanja gena v odgovor na naraščajočo koncentracijo efektorske molekule (vhodni signal). Mehanizem deluje na principu prehajanja med dvema konformacijskima stanjema.
ON* stikalo deluje tako, da se pri dodatku efektorja poruši struktura katalitičnega jedra ribocima. Pri tem se v aptameru izoblikuje vezavni žep za ligand (teofilin), tekmovalno zaporedje pa zamenja preklopnega.
Pri OFF stikalu je katalitično jedro v začetku deformirano, ker je tekmovalno zaporedje povezano s 5’ koncem aptamera (baza, ki je vezana na ribocim). Po dodatku efektorske molekule se zopet vzpostavi vezavni žep, pri tem pa se struktura katalitičnega jedra obnovi.
Pri mehanizmu drsenja vijačnice baza aptamera služi kot komunikacijski modul. Ob prisotnosti efektorja pride do zamika nukleotidov v bazi aptamera, kar vodi v majhne konformacijske spremembe ribocima - struktura je lahko bodisi obnovljena ali pa porušena (podobno kot pri prvem načinu).

* izraza ON in OFF se nanašata na izražanje gena, ne na delovanje ribocima (ta dva sta v obratnem sorazmerju)

==REZULTATI==
===Modularnost komponent in specifičnost delovanja===
Za testiranje modularnosti in specifičnosti delovanja so zamenjali aptamer (namesto teofilinskega zdaj tetraciklinski). Prenos informacije med obema domenama je še vedno potekal na enak način, s čimer so dokazali možnost modularnega sestavljanja platforme. Specifičnost so testirali tako, da so namesto teofilina oz. tetraciklina kot efektor dodali kofein in doksiciklin, ki sta njuna molekularna analoga. Ugotovili so, da se sistem na analoge in vitro in in vivo ne odziva. Pomembna je predvsem specifičnost in vivo, saj to pomeni, da sistem lahko deluje v kompleksnih okoljih.

===Regulacija celične rasti z majhnimi molekulami===
Namesto reporterskega proteina (yEGFP), so pred ribocim vstavili gen his5, ki sodeluje pri biosintezi histidina v kvasovkah. Kvasovke so gojili v gojišču brez histidina. Dodali so kompetitivni inhibitor 3-amino-triazol (3AT), ki inhibira produkt gena his5. S tem so dodatno obremenili ta gen, saj so za uspešno rast celice morale narediti več primarnega transkripta. Po dodatku efektorske molekule (teofilina) so spremljali spremembe v rasti celic (OD600). Celice so ob prisotnosti efektorja rasle počasneje, ko je bil uporabljen OFF konstrukt in hitreje, ko so uporabili ON konstrukt.

===Ribocimi kot in vivo senzorji za kopičenje metabolitov===
Ugotovili so, da ima teofilinski aptamer tudi majhno vezavno sposobnost za ksantin. V gojišče so zato celicam dodali ksantozin, ki so ga pretvorile v ksantin. Uporabili so ON konstrukt, vstavljen za zapis za yEGFP, in po dodatku ksantozina spremljali količino nastalega GFP. Več kot je nastalo ksantina, višja je bila fluorescenca.

==DISKUSIJA==
Oba mehanizma delovanja izkazujeta prednosti in pomanjkljivosti pri standardiziranem prenosu informacije iz aptamera na ribocim - samo 7 od 26 testiranih modulov je imelo regulatorno aktivnost. Konstrukt na osnovi mehanizma zamenjave verige je modularno sestavljiv, celoten kompleks lahko naredimo z racionalnim de novo dizajnom, njegov odgovor pa je reprogramabilen. Drugi mehanizem (drsenje vijačnice) se ne odziva dobro na menjavanje domen, se pa ga lahko uporabi pri generaciji novih ribostikal z in vivo pregledom (ang. screening) takih elementov, ki delujejo z novimi zaporedji aptamerov, imajo različna regulatorna območja in prilagodljive regulatorne profile. Taka strategija je uporabna, ko racionalen dizajn elementov odpove.
Ravni transkriptov v prisotnosti in odsotnosti efektorja se ujemajo z odgovarjajočimi količinami fluorescence, kar kaže na to, da cepitev gena v 3' UTR regiji vodi v razkroj in inaktivacijo tarčnega transkripta. Nivo transkriptov upade kmalu po dodatku efektorske molekule, kar nakazuje na hiter odgovor vstavljenega konstrukta.

==ZAKLJUČEK==
Pomen njihovega dela je predvsem v tem, da so uspeli narediti univerzalen sistem, ki je prenosljiv med organizmi, modularno sestavljiv in se odziva na specifični efektor. Sistem se lahko uporabi pri konstrukciji transgenih regulatornih sistemov za kontrolo izražanja genov, ki se odzivajo na molekule iz okolja, ki prehajajo celično membrano. S pomočjo tega mehanizma lahko reprogramiramo celični odgovor na spremembe v okolju. Pri vstavitvi konstrukta za reporterski protein, lahko spremljamo časovno in prostorsko odvisnost odgovora celice na različne vhodne molekule (efektorje). Zaradi splošne primernosti se te platforme lahko uporablja v sintezni biologiji, biotehnologiji in medicini.

==VIRI==
•M. N. Win in C. D. Smolke: A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function. PNAS 2007, 104 (36), 14283-14288.

•D. Voet in J. G. Voet: Biochemistry (4. izd.). Hoboken: John Wiley and sons, Inc. 2011.

•D. L. Nelson in M. M. Cox:. Lehninger Principles of Biochemistry (5. Izd.). New York: W. H. Freeman and Company 2008.

•http://academic.brooklyn.cuny.edu/chem/zhuang/QD/toppage1.htm (21.1.2018)

Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij

2018-01-21T11:33:55Z

AnaCirnski:

[http://www.pnas.org/content/104/36/14283.full?sid=e70f2b9d-809b-4d58-aa08-3132a5390051/ A modular and extensible RNA-based gene-regulatory platform for engineering cellular function]

Ana Cirnski

Bazične in aplicirane biološke in biotehnološke raziskave so omejene z našo sposobnostjo vnosa informacij v žive sisteme in pridobivanja informacij iz njih. Omejujoči dejavniki v inženiringu bioloških sistemov so poročanje, odzivanje in nadzor nad znotrajceličnimi komponentami v teh sistemih.

V ta namen so želeli skonstruirati in izdelati prenosno in razširljivo platformo za zanesljivo konstrukcijo komunikacijskih in kontrolnih sistemov v različnih organizmih.

Cilj raziskave je bil
•predstaviti mehanizem, ki omogoča zanesljivo in modularno sestavljanje funkcionalnih sintetičnih RNA komponent in standardiziran prenos informacije med njimi
•izdelati platformo, ki se odziva na različne vhodne signale in nanje odgovori z regulacijo izražanja genov
•vsestranskost platforme pri izvajanju specifičnih kontrolnih sistemov za regulacijo celične rasti z malimi molekulami

Izdelali so RNA ogrodje - ribocimsko stikalo, ki vsebuje dve domeni, in sicer senzor (aptamer) in sprožilec (ribocim v obliki kladiva).

==UVOD==
Ribocimi so molekule RNA s katalitično vlogo. V naravi jih najdemo v obliki intronov I. skupine (Tetrahymena), RNaze P, ribocim virusa hepatitis delta, ribocima v obliki lasnice in ribocima v obliki kladiva (hammerhead). Ta je ponavadi dolg 40+ baz (konstrukt v članku okoli 50) in deluje tako, da cepi samega sebe (ang. cis acting). Kot pri encimih je tudi tu za delovanje pomembna tri dimenzionalna struktura ribocima. Njegova pomanjkljivost pa je, da v resnici ni pravi katalizator, saj se ne more povrniti v osnovno stanje, potem ko se je že cepil.

Aptameri so sintetični oligonukleotidi, ki se tesno vežejo na specifično molekulsko tarčo. Izberemo jih iz knjižnice oligonukleotidov v postopku imenovanem SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment).

Ribocimska stikala kontrolirajo izražanje genov v odgovor na prisotnost specifičnih ligandov. V naravi so našli že več kot 20 razredov ribostikal, ki vplivajo na izražanje različnih genov. Tu se stikalo nanaša na molekulo RNA, ki lahko obstaja v dveh različnih konformacijah, ki različno vplivata na izražanje bližnjega gena.

==SPECIFIKACIJA KOMPONENT IN DIZAJN OGRODJA==
Za zaznavanje vhodnih signalov so uporabili RNA aptamer, kot regulatorni element pa ribocim v obliki kladiva. Aptamere so izbrali s pomočjo metode SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment) - na ta način se da generirati aptamere, ki se odzivajo na različne ligande (male molekule, peptide, proteine). Prav tako pa je mogoče s selekcijo vplivati na specifičnost in afiniteto aptamera.
Ribocim je uporaben, ker je majhen, lahko ga je načrtovati in je hiter. Deluje podobno pri različnih organizmih.

Najprej so vstavili zaporedje ribocima v 3’ UTR regijo tarčnega gena. S tem so izolirali specifično delovanje ribocima (cepitev transkripta) od nespecifičnih stukturnih vplivov na iniciacijo translacije (sekundarne strukture v 5’ UTR zavirajo učinkovito translacijo). Poleg tega je cepitev v 3’ UTR regiji univerzalen mehanizem za destabilizacijo transkriptov tako pri prokariontih kot pri evkariontih.
Vsak ribocimski konstrukt je na vsaki strani obdan z distančnikom, ki ga varuje pred zaporedjem okrog ribocima, ki bi lahko zavrlo njegovo delovanje prek porušenja njegove strukture.
Z vsem tem so dosegli, da je ta sistem prenosljiv med organizmi in ga lahko kombiniramo z različnimi kodirnimi regijami.
Da bi sistem deloval tudi in vivo, so ribocim povezali z aptamerom, ki so ga pripeli na eno izmed zank, kar omogoča terciarne interakcije (te interakcije naj bi bile pomembne za stabilizacijo katalitično aktivne konformacije v fizioloških pogojih).
Za karakterizacijo ribostikal so naredili in uporabili vektor pRzS. Ribocimske konstrukte so naredili s PCR. Vse ribocime so klonirali med dve restrikcijski mesti (AvrII in XhoI), tri nukleotide navzdol od yEGFP (yeast enhanced GFP) stop kodona in navzgor od terminatorja ADH1. S plazmidi so transformirali kompetentne celice E. coli (sev DH10B), zaporedja konstruktov so potrdili s sekveniranjem. Ustrezne plazmide so nato prenesli v celice S. cerevisiae (sev W303 MATa his3-11,15 trp1-1 leu2-3 ura3-1 ade2-1). Pred in po dodatku vhodnega signala so merili relativne vrednosti fluorescence, hkrati pa so kvantificirali še količino celičnega transktripta.

==DELOVANJE SISTEMA==
Za prenos signala med domenama (iz senzorja na sprožilec) obstajata dva mehanizma - zamenjava verige (strand displacement) in drsenje vijačnice (helix slipping).
Za mehanizem zamenjave verige so naredili dve zaporedji (preklopno in tekmovalno zaporedje – ang. switching in competing strand) na ribocimu, ki tekmujeta za vezavo na bazo aptamera. Tako so naredili stikalo, ki omogoča regulacijo izražanja gena v odgovor na naraščajočo koncentracijo efektorske molekule (vhodni signal). Mehanizem deluje na principu prehajanja med dvema konformacijskima stanjema.
ON* stikalo deluje tako, da se pri dodatku efektorja poruši struktura katalitičnega jedra ribocima. Pri tem se v aptameru izoblikuje vezavni žep za ligand (teofilin), tekmovalno zaporedje pa zamenja preklopnega.
Pri OFF stikalu je katalitično jedro v začetku deformirano, ker je tekmovalno zaporedje povezano s 5’ koncem aptamera (baza, ki je vezana na ribocim). Po dodatku efektorske molekule se zopet vzpostavi vezavni žep, pri tem pa se struktura katalitičnega jedra obnovi.
Pri mehanizmu drsenja vijačnice baza aptamera služi kot komunikacijski modul. Ob prisotnosti efektorja pride do zamika nukleotidov v bazi aptamera, kar vodi v majhne konformacijske spremembe ribocima - struktura je lahko bodisi obnovljena ali pa porušena (podobno kot pri prvem načinu).

* izraza ON in OFF se nanašata na izražanje gena, ne na delovanje ribocima (ta dva sta v obratnem sorazmerju)

==REZULTATI==
===Modularnost komponent in specifičnost delovanja===
Za testiranje modularnosti in specifičnosti delovanja so zamenjali aptamer (namesto teofilinskega zdaj tetraciklinski). Prenos informacije med obema domenama je še vedno potekal na enak način, s čimer so dokazali možnost modularnega sestavljanja platforme. Specifičnost so testirali tako, da so namesto teofilina oz. tetraciklina kot efektor dodali kofein in doksiciklin, ki sta njuna molekularna analoga. Ugotovili so, da se sistem na analoge in vitro in in vivo ne odziva. Pomembna je predvsem specifičnost in vivo, saj to pomeni, da sistem lahko deluje v kompleksnih okoljih.

===Regulacija celične rasti z majhnimi molekulami===
Namesto reporterskega proteina (yEGFP), so pred ribocim vstavili gen his5, ki sodeluje pri biosintezi histidina v kvasovkah. Kvasovke so gojili v gojišču brez histidina. Dodali so kompetitivni inhibitor 3-amino-triazol (3AT), ki inhibira produkt gena his5. S tem so dodatno obremenili ta gen, saj so za uspešno rast celice morale narediti več primarnega transkripta. Po dodatku efektorske molekule (teofilina) so spremljali spremembe v rasti celic (OD600). Celice so ob prisotnosti efektorja rasle počasneje, ko je bil uporabljen OFF konstrukt in hitreje, ko so uporabili ON konstrukt.

===Ribocimi kot in vivo senzorji za kopičenje metabolitov===
Ugotovili so, da ima teofilinski aptamer tudi majhno vezavno sposobnost za ksantin. V gojišče so zato celicam dodali ksantozin, ki so ga pretvorile v ksantin. Uporabili so ON konstrukt, vstavljen za zapis za yEGFP, in po dodatku ksantozina spremljali količino nastalega GFP. Več kot je nastalo ksantina, višja je bila fluorescenca.

==DISKUSIJA==
Oba mehanizma delovanja izkazujeta prednosti in pomanjkljivosti pri standardiziranem prenosu informacije iz aptamera na ribocim - samo 7 od 26 testiranih modulov je imelo regulatorno aktivnost. Konstrukt na osnovi mehanizma zamenjave verige je modularno sestavljiv, celoten kompleks lahko naredimo z racionalnim de novo dizajnom, njegov odgovor pa je reprogramabilen. Drugi mehanizem (drsenje vijačnice) se ne odziva dobro na menjavanje domen, se pa ga lahko uporabi pri generaciji novih ribostikal z in vivo pregledom (ang. screening) takih elementov, ki delujejo z novimi zaporedji aptamerov, imajo različna regulatorna območja in prilagodljive regulatorne profile. Taka strategija je uporabna, ko racionalen dizajn elementov odpove.
Ravni transkriptov v prisotnosti in odsotnosti efektorja se ujemajo z odgovarjajočimi količinami fluorescence, kar kaže na to, da cepitev gena v 3' UTR regiji vodi v razkroj in inaktivacijo tarčnega transkripta. Nivo transkriptov upade kmalu po dodatku efektorske molekule, kar nakazuje na hiter odgovor vstavljenega konstrukta.

==ZAKLJUČEK==
Pomen njihovega dela je predvsem v tem, da so uspeli narediti univerzalen sistem, ki je prenosljiv med organizmi, modularno sestavljiv in se odziva na specifični efektor. Sistem se lahko uporabi pri konstrukciji transgenih regulatornih sistemov za kontrolo izražanja genov, ki se odzivajo na molekule iz okolja, ki prehajajo celično membrano. S pomočjo tega mehanizma lahko reprogramiramo celični odgovor na spremembe v okolju. Pri vstavitvi konstrukta za reporterski protein, lahko spremljamo časovno in prostorsko odvisnost odgovora celice na različne vhodne molekule (efektorje). Zaradi splošne primernosti se te platforme lahko uporablja v sintezni biologiji, biotehnologiji in medicini.

==VIRI==

Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij

2018-01-21T11:32:16Z

AnaCirnski: New page: [http://www.pnas.org/content/104/36/14283.full?sid=e70f2b9d-809b-4d58-aa08-3132a5390051] Ana Cirnski Bazične in aplicirane biološke in biotehnološke raziskave so omejene z našo spos...

[http://www.pnas.org/content/104/36/14283.full?sid=e70f2b9d-809b-4d58-aa08-3132a5390051]

Ana Cirnski

Bazične in aplicirane biološke in biotehnološke raziskave so omejene z našo sposobnostjo vnosa informacij v žive sisteme in pridobivanja informacij iz njih. Omejujoči dejavniki v inženiringu bioloških sistemov so poročanje, odzivanje in nadzor nad znotrajceličnimi komponentami v teh sistemih.

V ta namen so želeli skonstruirati in izdelati prenosno in razširljivo platformo za zanesljivo konstrukcijo komunikacijskih in kontrolnih sistemov v različnih organizmih.

Cilj raziskave je bil
•predstaviti mehanizem, ki omogoča zanesljivo in modularno sestavljanje funkcionalnih sintetičnih RNA komponent in standardiziran prenos informacije med njimi
•izdelati platformo, ki se odziva na različne vhodne signale in nanje odgovori z regulacijo izražanja genov
•vsestranskost platforme pri izvajanju specifičnih kontrolnih sistemov za regulacijo celične rasti z malimi molekulami

Izdelali so RNA ogrodje - ribocimsko stikalo, ki vsebuje dve domeni, in sicer senzor (aptamer) in sprožilec (ribocim v obliki kladiva).

==UVOD==
Ribocimi so molekule RNA s katalitično vlogo. V naravi jih najdemo v obliki intronov I. skupine (Tetrahymena), RNaze P, ribocim virusa hepatitis delta, ribocima v obliki lasnice in ribocima v obliki kladiva (hammerhead). Ta je ponavadi dolg 40+ baz (konstrukt v članku okoli 50) in deluje tako, da cepi samega sebe (ang. cis acting). Kot pri encimih je tudi tu za delovanje pomembna tri dimenzionalna struktura ribocima. Njegova pomanjkljivost pa je, da v resnici ni pravi katalizator, saj se ne more povrniti v osnovno stanje, potem ko se je že cepil.
Aptameri so sintetični oligonukleotidi, ki se tesno vežejo na specifično molekulsko tarčo. Izberemo jih iz knjižnice oligonukleotidov v postopku imenovanem SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment).
Ribocimska stikala kontrolirajo izražanje genov v odgovor na prisotnost specifičnih ligandov. V naravi so našli že več kot 20 razredov ribostikal, ki vplivajo na izražanje različnih genov. Tu se stikalo nanaša na molekulo RNA, ki lahko obstaja v dveh različnih konformacijah, ki različno vplivata na izražanje bližnjega gena.

==SPECIFIKACIJA KOMPONENT IN DIZAJN OGRODJA==
Za zaznavanje vhodnih signalov so uporabili RNA aptamer, kot regulatorni element pa ribocim v obliki kladiva. Aptamere so izbrali s pomočjo metode SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment) - na ta način se da generirati aptamere, ki se odzivajo na različne ligande (male molekule, peptide, proteine). Prav tako pa je mogoče s selekcijo vplivati na specifičnost in afiniteto aptamera.
Ribocim je uporaben, ker je majhen, lahko ga je načrtovati in je hiter. Deluje podobno pri različnih organizmih.

Najprej so vstavili zaporedje ribocima v 3’ UTR regijo tarčnega gena. S tem so izolirali specifično delovanje ribocima (cepitev transkripta) od nespecifičnih stukturnih vplivov na iniciacijo translacije (sekundarne strukture v 5’ UTR zavirajo učinkovito translacijo). Poleg tega je cepitev v 3’ UTR regiji univerzalen mehanizem za destabilizacijo transkriptov tako pri prokariontih kot pri evkariontih.
Vsak ribocimski konstrukt je na vsaki strani obdan z distančnikom, ki ga varuje pred zaporedjem okrog ribocima, ki bi lahko zavrlo njegovo delovanje prek porušenja njegove strukture.
Z vsem tem so dosegli, da je ta sistem prenosljiv med organizmi in ga lahko kombiniramo z različnimi kodirnimi regijami.
Da bi sistem deloval tudi in vivo, so ribocim povezali z aptamerom, ki so ga pripeli na eno izmed zank, kar omogoča terciarne interakcije (te interakcije naj bi bile pomembne za stabilizacijo katalitično aktivne konformacije v fizioloških pogojih).
Za karakterizacijo ribostikal so naredili in uporabili vektor pRzS. Ribocimske konstrukte so naredili s PCR. Vse ribocime so klonirali med dve restrikcijski mesti (AvrII in XhoI), tri nukleotide navzdol od yEGFP (yeast enhanced GFP) stop kodona in navzgor od terminatorja ADH1. S plazmidi so transformirali kompetentne celice E. coli (sev DH10B), zaporedja konstruktov so potrdili s sekveniranjem. Ustrezne plazmide so nato prenesli v celice S. cerevisiae (sev W303 MATa his3-11,15 trp1-1 leu2-3 ura3-1 ade2-1). Pred in po dodatku vhodnega signala so merili relativne vrednosti fluorescence, hkrati pa so kvantificirali še količino celičnega transktripta.

==DELOVANJE SISTEMA==
Za prenos signala med domenama (iz senzorja na sprožilec) obstajata dva mehanizma - zamenjava verige (strand displacement) in drsenje vijačnice (helix slipping).
Za mehanizem zamenjave verige so naredili dve zaporedji (preklopno in tekmovalno zaporedje – ang. switching in competing strand) na ribocimu, ki tekmujeta za vezavo na bazo aptamera. Tako so naredili stikalo, ki omogoča regulacijo izražanja gena v odgovor na naraščajočo koncentracijo efektorske molekule (vhodni signal). Mehanizem deluje na principu prehajanja med dvema konformacijskima stanjema.
ON* stikalo deluje tako, da se pri dodatku efektorja poruši struktura katalitičnega jedra ribocima. Pri tem se v aptameru izoblikuje vezavni žep za ligand (teofilin), tekmovalno zaporedje pa zamenja preklopnega.
Pri OFF stikalu je katalitično jedro v začetku deformirano, ker je tekmovalno zaporedje povezano s 5’ koncem aptamera (baza, ki je vezana na ribocim). Po dodatku efektorske molekule se zopet vzpostavi vezavni žep, pri tem pa se struktura katalitičnega jedra obnovi.
Pri mehanizmu drsenja vijačnice baza aptamera služi kot komunikacijski modul. Ob prisotnosti efektorja pride do zamika nukleotidov v bazi aptamera, kar vodi v majhne konformacijske spremembe ribocima - struktura je lahko bodisi obnovljena ali pa porušena (podobno kot pri prvem načinu).

* izraza ON in OFF se nanašata na izražanje gena, ne na delovanje ribocima (ta dva sta v obratnem sorazmerju)

==REZULTATI==
===Modularnost komponent in specifičnost delovanja===
Za testiranje modularnosti in specifičnosti delovanja so zamenjali aptamer (namesto teofilinskega zdaj tetraciklinski). Prenos informacije med obema domenama je še vedno potekal na enak način, s čimer so dokazali možnost modularnega sestavljanja platforme. Specifičnost so testirali tako, da so namesto teofilina oz. tetraciklina kot efektor dodali kofein in doksiciklin, ki sta njuna molekularna analoga. Ugotovili so, da se sistem na analoge in vitro in in vivo ne odziva. Pomembna je predvsem specifičnost in vivo, saj to pomeni, da sistem lahko deluje v kompleksnih okoljih.

===Regulacija celične rasti z majhnimi molekulami===
Namesto reporterskega proteina (yEGFP), so pred ribocim vstavili gen his5, ki sodeluje pri biosintezi histidina v kvasovkah. Kvasovke so gojili v gojišču brez histidina. Dodali so kompetitivni inhibitor 3-amino-triazol (3AT), ki inhibira produkt gena his5. S tem so dodatno obremenili ta gen, saj so za uspešno rast celice morale narediti več primarnega transkripta. Po dodatku efektorske molekule (teofilina) so spremljali spremembe v rasti celic (OD600). Celice so ob prisotnosti efektorja rasle počasneje, ko je bil uporabljen OFF konstrukt in hitreje, ko so uporabili ON konstrukt.

===Ribocimi kot in vivo senzorji za kopičenje metabolitov===
Ugotovili so, da ima teofilinski aptamer tudi majhno vezavno sposobnost za ksantin. V gojišče so zato celicam dodali ksantozin, ki so ga pretvorile v ksantin. Uporabili so ON konstrukt, vstavljen za zapis za yEGFP, in po dodatku ksantozina spremljali količino nastalega GFP. Več kot je nastalo ksantina, višja je bila fluorescenca.

==DISKUSIJA==
Oba mehanizma delovanja izkazujeta prednosti in pomanjkljivosti pri standardiziranem prenosu informacije iz aptamera na ribocim - samo 7 od 26 testiranih modulov je imelo regulatorno aktivnost. Konstrukt na osnovi mehanizma zamenjave verige je modularno sestavljiv, celoten kompleks lahko naredimo z racionalnim de novo dizajnom, njegov odgovor pa je reprogramabilen. Drugi mehanizem (drsenje vijačnice) se ne odziva dobro na menjavanje domen, se pa ga lahko uporabi pri generaciji novih ribostikal z in vivo pregledom (ang. screening) takih elementov, ki delujejo z novimi zaporedji aptamerov, imajo različna regulatorna območja in prilagodljive regulatorne profile. Taka strategija je uporabna, ko racionalen dizajn elementov odpove.
Ravni transkriptov v prisotnosti in odsotnosti efektorja se ujemajo z odgovarjajočimi količinami fluorescence, kar kaže na to, da cepitev gena v 3' UTR regiji vodi v razkroj in inaktivacijo tarčnega transkripta. Nivo transkriptov upade kmalu po dodatku efektorske molekule, kar nakazuje na hiter odgovor vstavljenega konstrukta.

==ZAKLJUČEK==
Pomen njihovega dela je predvsem v tem, da so uspeli narediti univerzalen sistem, ki je prenosljiv med organizmi, modularno sestavljiv in se odziva na specifični efektor. Sistem se lahko uporabi pri konstrukciji transgenih regulatornih sistemov za kontrolo izražanja genov, ki se odzivajo na molekule iz okolja, ki prehajajo celično membrano. S pomočjo tega mehanizma lahko reprogramiramo celični odgovor na spremembe v okolju. Pri vstavitvi konstrukta za reporterski protein, lahko spremljamo časovno in prostorsko odvisnost odgovora celice na različne vhodne molekule (efektorje). Zaradi splošne primernosti se te platforme lahko uporablja v sintezni biologiji, biotehnologiji in medicini.

* izraza ON in OFF se nanašata na izražanje gena, ne na delovanje ribocima (ta dva sta v obratnem sorazmerju)

==VIRI==

Seminarji SB 2017/18

2018-01-21T10:44:53Z

AnaCirnski:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularna_in_razširljiva_platforma_na_osnovi_regulacije_izražanja_genov_z_RNA_za_inženiring_celičnih_funkcij Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij] - Ana Cirnski 

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Enkabcillus_-_to_je_past%21 Enkabcillus - to je past!] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Solni_trezor Solni trezor] 

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] 
2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] 

5.12. 
1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] 
4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] 

12.12. 
1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] 
2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] 
3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] 
4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] 

19.12. 
1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] 
2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] 
3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] 

9.1. 
1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] 
2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 
3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] 
4 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Super_tobak Super tobak] 
2 Marija Kisilak - [[Enkabcillus - to je past!]] 
3 Nataša Traven - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] 
4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Solni_trezor Solni trezor] 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/H2ydroGEM_-_%C4%8Cista_energija_za_prihodnost H2ydroGEM - Čista energija za prihodnost] 

23.1. 
1 Ana Cirnski - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularna_in_razširljiva_platforma_na_osnovi_regulacije_izražanja_genov_z_RNA_za_inženiring_celičnih_funkcij Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij] 
2 Rok Ferenc 
3 Barbara Lipovšek 
4

Seminarji SB 2017/18

2018-01-21T10:38:28Z

AnaCirnski:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RNA_platforma Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij] - Ana Cirnski 

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Enkabcillus_-_to_je_past%21 Enkabcillus - to je past!] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Solni_trezor Solni trezor] 

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] 
2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] 

5.12. 
1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] 
4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] 

12.12. 
1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] 
2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] 
3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] 
4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] 

19.12. 
1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] 
2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] 
3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] 

9.1. 
1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] 
2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 
3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] 
4 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Super_tobak Super tobak] 
2 Marija Kisilak - [[Enkabcillus - to je past!]] 
3 Nataša Traven - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] 
4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Solni_trezor Solni trezor] 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/H2ydroGEM_-_%C4%8Cista_energija_za_prihodnost H2ydroGEM - Čista energija za prihodnost] 

23.1. 
1 Ana Cirnski - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RNA_platforma Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij] 
2 Rok Ferenc 
3 Barbara Lipovšek 
4

Seminarji SB 2017/18

2018-01-21T10:37:12Z

AnaCirnski:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Enkabcillus_-_to_je_past%21 Enkabcillus - to je past!] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Solni_trezor Solni trezor] 

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] 
2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] 

5.12. 
1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] 
4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] 

12.12. 
1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] 
2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] 
3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] 
4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] 

19.12. 
1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] 
2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] 
3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] 

9.1. 
1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] 
2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 
3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] 
4 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Super_tobak Super tobak] 
2 Marija Kisilak - [[Enkabcillus - to je past!]] 
3 Nataša Traven - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] 
4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Solni_trezor Solni trezor] 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/H2ydroGEM_-_%C4%8Cista_energija_za_prihodnost H2ydroGEM - Čista energija za prihodnost] 

23.1. 
1 Ana Cirnski - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RNA_platforma Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij] 
2 Rok Ferenc 
3 Barbara Lipovšek 
4

Seminarji SB 2017/18

2017-11-26T10:01:46Z

AnaCirnski:

Seminarji SB 2017/18

2017-11-26T10:01:18Z

AnaCirnski:

Seminarji SB 2017/18

2017-11-16T17:13:18Z

AnaCirnski:

Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola

2017-03-19T18:29:16Z

AnaCirnski:

[http://www.nature.com/articles/srep40130#s1 '''Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification''']

Triklorofenoli imajo protimikrobne lastnosti in se uporabljajo za podaljšanje obstojnosti lesa, barv, usnja in zelenjave ter pri proizvodnji herbicidov, fungicidov, pesticidov, insekticidov in dezinfekcijskih sredstev. Težko jih je odstraniti iz okolja, ker niso biorazgradljivi in ker prihajajo iz različnih virov. Za ljudi so izjemno škodljivi, saj imajo karcinogene, mutagene, teratogene lastnosti, delujejo tudi kot endokrini motilci, izpostavljeni pa smo jim preko zraka, vode in hrane.

Raziskovalci so želeli s pomočjo fitoremediacije odstraniti TCP (2,4,6,-triklorofenol) iz okolja. Opazili so, da se ob izpostavljenosti TCP poveča izražanje ''AtPDIL1-2''.
Ideja: povečati izražanje ''AtPDIL1-2'' v rastlinah, da bodo odstranjevale TCP iz okolja (zemlje). Absorbiran TCP bi ostal v ER in se tam razgradil na neškodljive spojine.

==Iskanje genov, ki se povečano izražajo v prisotnosti TCP==
Za remediacijo in degradacijo TCP so preiskali transkriptom navadnega repnjakovca (''A. thaliana'') ob odzivu na stres, povzročen s TCP. Vzgojili so sadike v prisotnosti in odsotnosti TCP. Iz rastlin so izolirali mRNA, z RT-PCR so dobili cDNA, cDNA pa so analizirali na cDNA mikromreži. Ugotovili so, da se povišano izraža 13 genov, ki zapisujejo za PDIL, najbolj pa gen, ki zapisuje za PDIL1-2 (za 2.39-krat).

==Prekomerno izražanje ''AtPDIL1-2'' v ''E. coli''==
Celotno RNA so z RT-PCR prepisali v cDNA. Fragment ''PDIL1-2'' so pomnožili (oligonukleotidi z restikcijskima mestoma za ''Bam''HI in ''Sac''I). Po restrikciji so cDNA za PDIL1-2 vstavili v vektor pBluescript. Gen za PDIL1-2 so izrezali in vstavili v ekspresijski vektor pET-32a. S tem plazmidom so transformirali kompetentne celice ''E. coli'' DH5α[BL21]. Izražanje ''PDIL1-2'' so inducirali z IPTG.
Izmerili so aktivnost očiščenega rekombinantnega proteina – ugotavljali so, v kakšni meri ponovno zvije denaturirano RNazo A. Ob dodatku PDIL1-2 se je aktivnost RNaze A povečala.
Inhibicija rasti ''E. coli'' ob prisotnosti TCP, ki je sicer toksičen za bakterije, se je zmanjšala, ko so bakterije prekomerno izražale ''AtPDIL1-2''.

==Analiza vezavnih lastnosti rekombinantnega proteina==
Za določevanje vezavnosti so očiščen rekombinantni PDIL1-2 inkubirali z TCP in s HPLC določili koncentracijo preostalega TCP. Ugotovili so, da se je količina prostega TCP zelo zmanjšala. Ugotovili so tudi, da PDIL1-2 ob prisotnosti TCP ni mogel ponovno zviti RNaze A, iz česar so sklepali, da vezava TCP na PDIL1-2 okvari njegovo funkcijo. Funkcija AtPDIL1-2 se kompenzira s prekomernim izražanjem v E. coli in v tobaku.

==Prekomerno izražanje rekombinantnega proteina v tobaku==
Fragment ''ATPDIL1-2'' so izrezali z ''Bam''HI in ''Sac''I in ga vstavili v rastlinski ekspresijski vektor pCAMBIA-1301 pod kontrolo promotorja 35S CaMV. Te konstrukte so z elektroporacijo vnesli v ''Agrobacterium tumefaciens'' LBA4404 in z bakterijo okužili tobak (''Nicotiana tabacum'' cv ''Xanthi'') z metodo listnih diskov. Poganjke so gojili na mediju s higromicinom, nato pa so jih prenesli v zemljo.
Da bi ugotovili, ali je AtPDIL1-2 odporen na TCP, so spremljali rast transgenskih rastlin, ki so stabilno izražale rekombinantni protein, na plošči, v epruveti in v zemlji. Po 10 dnevih so opazili, da imajo transgenske rastline širše liste in daljše korenine v primerjavi z divjim tipom. Bile so tudi večje kot rastline divjega tipa. Po škropljenju rastlin s TCP po listih so rastline divjega tipa izkazovale klorozo, transgenske rastline pa ne. Povezali so tudi nivo izražanja ''AtPDIL1-2'' z odpornostjo na TCP.

==Fitoremediacija TCP s transgenskimi rastlinami==
S pomočjo HPLC so določili preostalo količino TCP v mediju. Prav tako so analizirali ''in vivo'' akumulacijo TCP v sadikah tobaka. Količina TCP v mediju se je pri transgenskih rastlinah močno zmanjšala v primerjavi z divjim tipom. Transgenske rastline so tudi bolj uspešno razgradile TCP, ki so ga privzele iz medija.

==Pomen raziskave==
To je nov način bioremediacije TCP iz okolja. Prednost te metode je, da prekomerno izražanje ''AtPDIL1-2'' ne samo odstrani prosti TCP v rastlini, ampak tudi izboljša splošni odgovor rastline na stres preko disulfid izomerazne aktivnosti.

Pojdi nazaj na [[MBT seminarji 2017]].

Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola

2017-03-18T19:56:56Z

AnaCirnski: New page: [http://www.nature.com/articles/srep40130#s1 '''Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification'''] Triklorofenoli imajo protimik...

[http://www.nature.com/articles/srep40130#s1 '''Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification''']

Triklorofenoli imajo protimikrobne lastnosti in se uporabljajo za podaljšanje obstojnosti lesa, barv, usnja in zelenjave ter pri proizvodnji herbicidov, fungicidov, pesticidov, insekticidov in dezinfekcijskih sredstev. Težko jih je odstraniti iz okolja, ker niso biorazgradljivi in ker prihajajo iz različnih virov. Za ljudi so izjemno škodljivi, saj imajo karcinogene, mutagene, teratogene lastnosti, delujejo tudi kot endokrini motilci, izpostavljeni pa smo jim preko zraka, vode in hrane.

Raziskovalci so želeli s pomočjo fitoremediacije odstraniti TCP (2,4,6,-triklorofenol) iz okolja. Opazili so, da se ob izpostavljenosti TCP poveča izražanje ''AtPDIL1-2''.
Ideja: povečati izražanje ''AtPDIL1-2'' v rastlinah, da bodo odstranjevale TCP iz okolja (zemlje). Absorbiran TCP bi ostal v ER in se tam razgradil na neškodljive spojine.

==Iskanje genov, ki se povečano izražajo v prisotnosti TCP==
Za remediacijo in degradacijo TCP so preiskali transkriptom navadnega repnjakovca (''A. thaliana'') ob odzivu na stres, povzročen s TCP. Vzgojili so sadike v prisotnosti in odsotnosti TCP. Iz rastlin so izolirali mRNA, z RT-PCR so dobili cDNA, cDNA pa so analizirali na cDNA mikromreži. Ugotovili so, da se povišano izraža 13 genov, ki zapisujejo za PDIL, najbolj pa gen, ki zapisuje za PDIL1-2 (za 2.39-krat).

==Prekomerno izražanje ''AtPDIL1-2'' v ''E. coli''==
Celotno RNA so z RT-PCR prepisali v cDNA. Fragment ''PDIL1-2'' so pomnožili (oligonukleotidi z restikcijskima mestoma za ''Bam''HI in ''Sac''I). Po restrikciji so cDNA za PDIL1-2 vstavili v vektor pBluescript. Gen za PDIL1-2 so izrezali in vstavili v ekspresijski vektor pET-32a. S tem plazmidom so transformirali kompetentne celice ''E. coli'' DH5α[BL21]. Izražanje ''PDIL1-2'' so inducirali z IPTG.
Izmerili so aktivnost očiščenega rekombinantnega proteina – ugotavljali so, v kakšni meri ponovno zvije denaturirano RNazo A. Ob dodatku PDIL1-2 se je aktivnost RNaze A povečala.
Inhibicija rasti ''E. coli'' ob prisotnosti TCP, ki je sicer toksičen za bakterije, se je zmanjšala, ko so bakterije prekomerno izražale ''AtPDIL1-2''.

==Analiza vezavnih lastnosti rekombinantnega proteina==
Za določevanje vezavnosti so očiščen rekombinantni PDIL1-2 inkubirali z TCP in s HPLC določili koncentracijo rezidualnega TCP. Ugotovili so, da se je količina prostega TCP zelo zmanjšala. Ugotovili so tudi, da PDIL1-2 ob prisotnosti TCP ni mogel ponovno zviti RNaze A, iz česar so sklepali, da vezava TCP na PDIL1-2 okvari njegovo funkcijo. Funkcija AtPDIL1-2 se kompenzira s prekomernim izražanjem v E. coli in v tobaku.

==Prekomerno izražanje rekombinantnega proteina v tobaku==
Fragment ''ATPDIL1-2'' so izrezali z ''Bam''HI in ''Sac''I in ga vstavili v rastlinski ekspresijski vektor pCAMBIA-1301 pod kontrolo promotorja 35S CaMV. Te konstrukte so z elektroporacijo vnesli v ''Agrobacterium tumefaciens'' LBA4404 in z bakterijo okužili tobak (''Nicotiana tabacum'' cv ''Xanthi'') z metodo listnih diskov. Poganjke so gojili na mediju s higromicinom, nato pa so jih prenesli v zemljo.
Da bi ugotovili, ali je AtPDIL1-2 odporen na TCP, so spremljali rast transgenskih rastlin, ki so stabilno izražale rekombinantni protein, na plošči, v epruveti in v zemlji. Po 10 dnevih so opazili, da imajo transgenske rastline širše liste in daljše korenine v primerjavi z divjim tipom. Bile so tudi večje kot rastline divjega tipa. Po škropljenju rastlin s TCP po listih so rastline divjega tipa izkazovale klorozo, transgenske rastline pa ne. Povezali so tudi nivo izražanja ''AtPDIL1-2'' z odpornostjo na TCP.

==Fitoremediacija TCP s transgenskimi rastlinami==
S pomočjo HPLC so določili rezidualno količino TCP v mediju. Prav tako so analizirali ''in vivo'' akumulacijo TCP v sadikah tobaka. Količina TCP v mediju se je pri transgenskih rastlinah močno zmanjšala v primerjavi z divjim tipom. Transgenske rastline so tudi bolj uspešno razgradile TCP, ki so ga privzele iz medija.

==Pomen raziskave==
To je nov način bioremediacije TCP iz okolja. Prednost te metode je, da prekomerno izražanje ''AtPDIL1-2'' ne samo odstrani prosti TCP v rastlini, ampak tudi izboljša splošni odgovor rastline na stres preko disulfid izomerazne aktivnosti.

Pojdi nazaj na [[MBT seminarji 2017]].

MBT seminarji 2017

2017-03-08T22:44:03Z

AnaCirnski:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

[[Link title]]

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Jerneja Kocutar
# Tjaša Lapanja
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) Urška Černe

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) Okrasitev veziklov zunanje membrane z organofosforno hidrolazo in celuloza vezavno domeno za razgradnjo organofosfatnih pesticidov. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja iz sline transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) Mechano rastni faktor-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za inženirstvo tkiva ligamentov. Peter Prezelj, 29. marca 2017
#Domen Klofutar

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Ema Guštin <3
# Jan Rozman
# Alja Zgonc

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Tjaša Košir
# Petra Vivod
# Marija Kisilak

'''Cepiva''' (19. april) 
#Tomaž Rozmarič
#Amadeja Lapornik
#Mojca Hunski

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
#Vid Jazbec <3 <3
#Zala Gluhić
#Katja Malovrh

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola. Petra Tavčar,3. marec 2017
# Tim Božič
# Tajda Buh

'''Encimi''' (10. maj) 
# Nataša Traven
# Bine Tršavec
#

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Inge Sotlar
# Anja Herceg
#

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# Barbara Dušak
# Tjaša Grum
# Sara Kimm Fuhrmann

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017
#

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij) 
#
#
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2017

2017-02-28T22:59:55Z

AnaCirnski:

Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen

2014-04-20T16:26:48Z

AnaCirnski:

==Uvod==
Metilacije DNA so pomemben mehanizem dinamičnosti kromatina in uravnavanja transkripcije. Poleg razumevanja, kaj se dogaja na molekulski ravni, kako se te spremembe dedujejo in kako vplivajo na delovanje organizmov, je pomembno tudi zavedanje, da lahko napake v metilaciji (prekomerna metilacija ali izostanek le-te) vodijo do različnih kliničnih stanj.

==Metilacija in njen vpliv na izražanje genov==
Metilacije večinoma potekajo na citozinu (C), za katerim stoji gvanin (G). Taka mesta se imenujejo CpG, kar pomeni, da je pred G fosfatna skupina (torej je C bližje 5' koncu). Tak zapis tudi označuje, da sta oba nukleotida eden zraven drugega v isti vijačnici (ne mešajmo s parom CG, ki povezuje obe vijačnici DNA). Včasih pa metilacija lahko poteče tudi na adeninu (A). Najpogosteje se metilna skupina doda na mesto 5 na C (označimo 5mC). Lahko se doda tudi na mesto 4 na C (4mC) ali 6 na A (6mA). Najbolj je raziskan mehanizem nastanka 5mC.

Metilacija je encimsko katalizirana reakcija. Poznamo tri tipe encimov, ki sodelujejo bodisi pri metilaciji bodisi pri demetilaciji.

===Writers (pisci)===
Sem spadajo encimi iz družine DNA metiltransferaz (Dnmts). Ti katalizirajo reakcijo prenosa metilne skupine iz S-adenil metionina (SAM) na citozinski ostanek (nastane 5mC). Najpomembnejši so Dnmt1, ter Dnmt3a in Dnmt3b. Čeprav so si encimi strukturno podobni (imajo veliko N-terminalno regulatorno domeno in C-terminalno katalitično domeno), imajo različne funkcije in vzorce izražanja.
Dnmt1 metilira hemimetilirano DNA (metilna skupina je samo na eni vijačnici); metilno skupino doda na komplementarno verigo diagonalno od že obstoječega 5mC.
Dnmt3a in Dnmt3b lahko metilirata t.i. golo DNA (brez 5mC). Med seboj se razlikujeta v izražanju (a se izraža v vseh tkivih, b pa se nahaja predvsem v ščitnici, modih in kostnem mozgu). Kako poiščeta mesta metilacije, za zdaj še ni znano. Ena izmed teorij predlaga, da de novo metilacijo regulirajo transkripcijski faktorji, ki lahko Dnmts ali rekrutirajo na promotorje ali pa Dnmts metilirajo vsa CpG mesta, na katerih transkripcijskih faktorjev ni, torej s svojo vezavo na promotor preprečujejo metilacijo DNA.
Obstaja še četrti član Dnmts, in sicer Dnmt3L, ki pa nima katalitične domene, kot jo imajo ostali trije, ampak se povezuje z Dnmt3a in Dnmt 3b in stimulira njuno metiltransferazno aktivnost. Izraža se v možganih med razvojem zarodka, postnatalno pa ni več prisoten. Dnmt3L je potreben za starševsko genomsko vtisnjenje (tako materino kot očetovo), metilacijo transpozonov in za zgoščevanje X kromosoma.

===Erasers (brisalci)===
Sodelujejo pri demetilaciji. Ta je lahko pasivna (sledi vsaki celični delitvi, ko se celotna raven metilacije zniža zaradi inhibicije Dnmt1) ali aktivna (lahko poteka v delečih in ne delečih se celicah), ki je encimsko vodena in poteka v več zaporednih reakcijah (deaminacije in oksidacije). Aminska skupina 5mC se lahko deaminira do karboksilne skupine z AID/APOBEC kompleksom (activation-induced cytidine deaminase/apolipoprotein B mRNA-editing enzyme complex); tako nastane timin. Tet encimi (ten-eleven translocation) na metilno skupino dodajo hidroksilno skupino (nastane 5hmC). 5hmC lahko Tet oksidirajo do 5-karboksi-citozina ali pa jih AID/APOBEC deaminirajo do 5-hidroksimetil-uracila.
Mehanizem za popravljanje baz z izrezovanjem (base excision repair pathway) nato s pomočjo encima timin DNA glikozilaza (TDG) te produkte zamenja s citozinom. Ta encim je ključen za demetilacijo in je potreben za normalen razvoj osebka. Aktiven TDG naj bi tudi ščitil vtisnjene gene pred spontano de novo metilacijo.

Metilacija ima vlogo tudi pri nastanku prepisno zavrtega heterokromatina. Geni, kjer so promotorji metilirani, so namreč utišani.
Približno 70% CpG ponovitev je metiliranih. Znanstveniki predvidevajo, da so metilacije pripomogle k zmanjšanju števila CpG dinukleotidov, saj lahko popravljalni mehanizmi namesto T popravijo G (nastane TA par). Promotorske regije vsebujejo velik delež CpG; pravimo jim CpG otočki. Ni še jasno, zakaj in kako te regije ostajajo nemetilirane. Hipermetilacija teh regij lahko privede do raka, saj lahko pride do utišanja tumorsupresorskih genov in genov, ki sodelujejo pri celičnem ciklu in proliferaciji.

===Readers (bralci)===
Bralci vplivajo na izražanje genov. Vežejo se na 5mC in preprečujejo vezavo transkripcijskih faktorjev. Metilacijska mesta prepoznavajo MBD proteini (najbolj poznan MeCP2), ki vsebujejo metil-CpG vezavno domeno, večina pa še domeno za represijo transkripcije (TRD), s katero se vežejo v represorski kompleks in tako preprečujejo transkripcijo. MeCP2 ima tudi vlogo pri vzdrževanju metilacije DNA, saj se lahko s TRD domeno veže na Dnmt1 in ga rekrutira na hemimetilirano DNA.

DNA metilacija je povezana s posttranslacijsko modifikacijo histonov. Dnmts reagirajo z encimi, ki regulirajo modifikacijo histonov pri represiji izražanja genov; vežejo se na histonske deacetilaze in pomagajo DNA tesno naviti na histone. Prav tako modifikacije histonov vplivajo na metilacijske vzorce na DNA.

==Dedovanje==

==Vloga DNA metilacije pri nevroloških in duševnih motnjah==
Metilacijski vzorci DNA, ki se ustvarijo med razvojem, se lahko modulirajo z nevronsko aktivnostjo, da bi lahko izvajali proces učenja in pomnjenja. Ko so mehanizmi, ki ustvarijo in prepoznajo te vzorce, okvarjeni, nastanejo težave pri izvajanju kognitivnih veščin.
===MeCP2 in Rettov sindrom===
Eden od najpogostejših oblik duševne zaostalosti je Rettov sindrom, ki nastane zaradi mutacije metil CpG vezavnega proteina MeCP2. Čeprav se ta protein izraža v večini celic, je še posebej pomemben za normalno funkcijo živčevja.
Pri miših izguba MeCP2 v nevronih vodi do nastanka Rettovega sindroma oz. povzroči večino simptomov te bolezni. Fenotip MeCP2-mutirane miši se lahko povrne v prejšnje stanje z obnovitvijo tega gena v postmitotskih nevronih.
MeCP2 je reguliran z nevronsko aktivnostjo in uravnava izražaje BDNF (Brain-derived neurotrophic factor). Prekomerno delovanje tega proteina v postmitotskih nevronih MeCP2-mutirane miši izboljša njihov fenotip, kar pomeni, a je MeCP2 pomemben za regulacijo genov, kot je BDNF, ti so pa regulirani z nevronsko aktivnostjo in so esencialni za normalne kognitivne veščine.
===Sindromi v povezavi s FMR1===
Nepravilna metilacija enega samega gena ali alela ima lahko znatne posledice v možganih. Sindrom krhkega X kromosoma (Fragile X Syndrome, FXS) nastane zaradi metilacije abnormalne ekspanzije CGG ponovitve (200 – 1000-krat, kar naredi to območje gena nestabilno) na FMR1 genu, ki se nahaja na X kromosomu in je pogosta oblika duševne zaostalosti. Hipermetilacija v tem primeru vpliva na utišanje transkripcije. Translacija FMR1 je regulirana z nevronsko aktivnostjo in njen proteinski produkt (FMRP) ima vlogo v sintezi proteinov v sinapsah. Na podoben način nastaneta tudi Prader-Willi-jev in Angelmanov sindrom.
===Vpliv drog===
Metilacija DNA se lahko spremeni tudi s ponavljajočo modulacijo mikrookolja možganov, npr. z električno stimulacijo. Po enakem principu delujejo tudi droge – uživanje kokaina zviša izražanje MeCP2. Ena od posledic so tudi postranslacijske modifikacije komponent, ki sodelujejo pri metilacijah.
===Psihološki dejavniki===
Spremenjeni metilacijski vzorci DNA so povezani z mnogimi psihološkimi motnjami, npr. s stresom v rani mladosti. Materino zanemarjanje je bil dovolj velik razlog za spremembo v stopnji metilacije DNA pri glodalcih. Povišala se je metilacija znotraj promotorja glukokortikoidnih receptorjev in s tem se je reduciralo njihovo izražanje. Ta vzorec se je ohranil še v odrasli dobi, kar je vodilo v večji odziv na stres. Enako se odzivajo tudi ljudje, ki so bili izpostavljeni nasilju v otroštvu.
===Bipolarna motnja===
Je bolezen, ki jo spremljajo epizode hude depresije in neobvladljive manije. Farmakološke študije kažejo na morebitno vlogo DNA metilacije na patofiziologijo te bolezni. Natrijev valproat je zdravilo, ki deluje kot inhibitor histon deacetilaze. Acetilacija histonov je povezana z metilacijo DNA in igra vlogo v epigenetski regulaciji ter izražanju genov.

Poleg tega je S-adenozil metionin (SAM) znan kot učinkovito sredstvo v boju proti tej bolezni. SAM oskrbuje metilna mesta na DNA in okrepi metilacijo le-te in vitro.

==Zaključek==
Metilacije (predvsem citozina) DNA spadajo med epigenetske spremembe. Diferencirane celice razvijejo stabilne in edinstvene metilacijske vzorce, ki v povezavi s transkripcijskimi faktorji in represorji regulirajo izražanje genov. Metilacije sodelujejo pri utišanju retrovirusnih elementov, regulaciji tkivno specifičnega izražanja genov, genomskem vtisnjenju in inaktivaciji X kromosoma. Natančna regulacija metilacije DNA poteka skozi vse življenje, je esencialna za normalen kognitivni razvoj zarodka, zato že manjše napake v tem mehanizmu vodijo v nevropsihološke motnje.

==Viri==
*Moore, L. D., Le, T., and Fan, G. (2012). DNA Methylation and Its Basic Function. Neuropsychopharmacology.
*Phillips, T. (2008). The Role of Methylation in Gene Expression. Nature Education 1, 1-5.
*Rountree, M. R., Bachman, K. E., Herman, J. G., and Baylin, S. B. (2001). DNA methylation, chromatin inheritance, and cancer. Oncogene 20, 3156-3165.
*Grayson, D. R., and Guidotti, A. (2013). The dynamics of DNA methylation in schizophrenia and related psychiatric disorders. Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology 38, 138-66.
*Kuratomi, G., Iwamoto, K., Bundo, M., Kusumi, I., Kato, N., Iwata, N., Ozaki, N., and Kato, T. (2008). Aberrant DNA methylation associated with bipolar disorder identified from discordant monozygotic twins. Molecular psychiatry 13, 429-441.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen

2014-04-20T16:24:14Z

AnaCirnski: /* Viri */

==Uvod==
Metilacije DNA so pomemben mehanizem dinamičnosti kromatina in uravnavanja transkripcije. Poleg razumevanja, kaj se dogaja na molekulski ravni, kako se te spremembe dedujejo in kako vplivajo na delovanje organizmov, je pomembno tudi zavedanje, da lahko napake v metilaciji (prekomerna metilacija ali izostanek le-te) vodijo do različnih kliničnih stanj.

==1. Metilacija in njen vpliv na izražanje genov==
Metilacije večinoma potekajo na citozinu (C), za katerim stoji gvanin (G). Taka mesta se imenujejo CpG, kar pomeni, da je pred G fosfatna skupina (torej je C bližje 5' koncu). Tak zapis tudi označuje, da sta oba nukleotida eden zraven drugega v isti vijačnici (ne mešajmo s parom CG, ki povezuje obe vijačnici DNA). Včasih pa metilacija lahko poteče tudi na adeninu (A). Najpogosteje se metilna skupina doda na mesto 5 na C (označimo 5mC). Lahko se doda tudi na mesto 4 na C (4mC) ali 6 na A (6mA). Najbolj je raziskan mehanizem nastanka 5mC.

Metilacija je encimsko katalizirana reakcija. Poznamo tri tipe encimov, ki sodelujejo bodisi pri metilaciji bodisi pri demetilaciji.

===Writers (pisci)===
Sem spadajo encimi iz družine DNA metiltransferaz (Dnmts). Ti katalizirajo reakcijo prenosa metilne skupine iz S-adenil metionina (SAM) na citozinski ostanek (nastane 5mC). Najpomembnejši so Dnmt1, ter Dnmt3a in Dnmt3b. Čeprav so si encimi strukturno podobni (imajo veliko N-terminalno regulatorno domeno in C-terminalno katalitično domeno), imajo različne funkcije in vzorce izražanja.
Dnmt1 metilira hemimetilirano DNA (metilna skupina je samo na eni vijačnici); metilno skupino doda na komplementarno verigo diagonalno od že obstoječega 5mC.
Dnmt3a in Dnmt3b lahko metilirata t.i. golo DNA (brez 5mC). Med seboj se razlikujeta v izražanju (a se izraža v vseh tkivih, b pa se nahaja predvsem v ščitnici, modih in kostnem mozgu). Kako poiščeta mesta metilacije, za zdaj še ni znano. Ena izmed teorij predlaga, da de novo metilacijo regulirajo transkripcijski faktorji, ki lahko Dnmts ali rekrutirajo na promotorje ali pa Dnmts metilirajo vsa CpG mesta, na katerih transkripcijskih faktorjev ni, torej s svojo vezavo na promotor preprečujejo metilacijo DNA.
Obstaja še četrti član Dnmts, in sicer Dnmt3L, ki pa nima katalitične domene, kot jo imajo ostali trije, ampak se povezuje z Dnmt3a in Dnmt 3b in stimulira njuno metiltransferazno aktivnost. Izraža se v možganih med razvojem zarodka, postnatalno pa ni več prisoten. Dnmt3L je potreben za starševsko genomsko vtisnjenje (tako materino kot očetovo), metilacijo transpozonov in za zgoščevanje X kromosoma.

===Erasers (brisalci)===
Sodelujejo pri demetilaciji. Ta je lahko pasivna (sledi vsaki celični delitvi, ko se celotna raven metilacije zniža zaradi inhibicije Dnmt1) ali aktivna (lahko poteka v delečih in ne delečih se celicah), ki je encimsko vodena in poteka v več zaporednih reakcijah (deaminacije in oksidacije). Aminska skupina 5mC se lahko deaminira do karboksilne skupine z AID/APOBEC kompleksom (activation-induced cytidine deaminase/apolipoprotein B mRNA-editing enzyme complex); tako nastane timin. Tet encimi (ten-eleven translocation) na metilno skupino dodajo hidroksilno skupino (nastane 5hmC). 5hmC lahko Tet oksidirajo do 5-karboksi-citozina ali pa jih AID/APOBEC deaminirajo do 5-hidroksimetil-uracila.
Mehanizem za popravljanje baz z izrezovanjem (base excision repair pathway) nato s pomočjo encima timin DNA glikozilaza (TDG) te produkte zamenja s citozinom. Ta encim je ključen za demetilacijo in je potreben za normalen razvoj osebka. Aktiven TDG naj bi tudi ščitil vtisnjene gene pred spontano de novo metilacijo.

Metilacija ima vlogo tudi pri nastanku prepisno zavrtega heterokromatina. Geni, kjer so promotorji metilirani, so namreč utišani.
Približno 70% CpG ponovitev je metiliranih. Znanstveniki predvidevajo, da so metilacije pripomogle k zmanjšanju števila CpG dinukleotidov, saj lahko popravljalni mehanizmi namesto T popravijo G (nastane TA par). Promotorske regije vsebujejo velik delež CpG; pravimo jim CpG otočki. Ni še jasno, zakaj in kako te regije ostajajo nemetilirane. Hipermetilacija teh regij lahko privede do raka, saj lahko pride do utišanja tumorsupresorskih genov in genov, ki sodelujejo pri celičnem ciklu in proliferaciji.

===Readers (bralci)===
Bralci vplivajo na izražanje genov. Vežejo se na 5mC in preprečujejo vezavo transkripcijskih faktorjev. Metilacijska mesta prepoznavajo MBD proteini (najbolj poznan MeCP2), ki vsebujejo metil-CpG vezavno domeno, večina pa še domeno za represijo transkripcije (TRD), s katero se vežejo v represorski kompleks in tako preprečujejo transkripcijo. MeCP2 ima tudi vlogo pri vzdrževanju metilacije DNA, saj se lahko s TRD domeno veže na Dnmt1 in ga rekrutira na hemimetilirano DNA.

DNA metilacija je povezana s posttranslacijsko modifikacijo histonov. Dnmts reagirajo z encimi, ki regulirajo modifikacijo histonov pri represiji izražanja genov; vežejo se na histonske deacetilaze in pomagajo DNA tesno naviti na histone. Prav tako modifikacije histonov vplivajo na metilacijske vzorce na DNA.

==2. Dedovanje==

==3. Vloga DNA metilacije pri nevroloških in duševnih motnjah==
Metilacijski vzorci DNA, ki se ustvarijo med razvojem, se lahko modulirajo z nevronsko aktivnostjo, da bi lahko izvajali proces učenja in pomnjenja. Ko so mehanizmi, ki ustvarijo in prepoznajo te vzorce, okvarjeni, nastanejo težave pri izvajanju kognitivnih veščin.
===MeCP2 in Rettov sindrom===
Eden od najpogostejših oblik duševne zaostalosti je Rettov sindrom, ki nastane zaradi mutacije metil CpG vezavnega proteina MeCP2. Čeprav se ta protein izraža v večini celic, je še posebej pomemben za normalno funkcijo živčevja.
Pri miših izguba MeCP2 v nevronih vodi do nastanka Rettovega sindroma oz. povzroči večino simptomov te bolezni. Fenotip MeCP2-mutirane miši se lahko povrne v prejšnje stanje z obnovitvijo tega gena v postmitotskih nevronih.
MeCP2 je reguliran z nevronsko aktivnostjo in uravnava izražaje BDNF (Brain-derived neurotrophic factor). Prekomerno delovanje tega proteina v postmitotskih nevronih MeCP2-mutirane miši izboljša njihov fenotip, kar pomeni, a je MeCP2 pomemben za regulacijo genov, kot je BDNF, ti so pa regulirani z nevronsko aktivnostjo in so esencialni za normalne kognitivne veščine.
===Sindromi v povezavi s FMR1===
Nepravilna metilacija enega samega gena ali alela ima lahko znatne posledice v možganih. Sindrom krhkega X kromosoma (Fragile X Syndrome, FXS) nastane zaradi metilacije abnormalne ekspanzije CGG ponovitve (200 – 1000-krat, kar naredi to območje gena nestabilno) na FMR1 genu, ki se nahaja na X kromosomu in je pogosta oblika duševne zaostalosti. Hipermetilacija v tem primeru vpliva na utišanje transkripcije. Translacija FMR1 je regulirana z nevronsko aktivnostjo in njen proteinski produkt (FMRP) ima vlogo v sintezi proteinov v sinapsah. Na podoben način nastaneta tudi Prader-Willi-jev in Angelmanov sindrom.
===Vpliv drog===
Metilacija DNA se lahko spremeni tudi s ponavljajočo modulacijo mikrookolja možganov, npr. z električno stimulacijo. Po enakem principu delujejo tudi droge – uživanje kokaina zviša izražanje MeCP2. Ena od posledic so tudi postranslacijske modifikacije komponent, ki sodelujejo pri metilacijah.
===Psihološki dejavniki===
Spremenjeni metilacijski vzorci DNA so povezani z mnogimi psihološkimi motnjami, npr. s stresom v rani mladosti. Materino zanemarjanje je bil dovolj velik razlog za spremembo v stopnji metilacije DNA pri glodalcih. Povišala se je metilacija znotraj promotorja glukokortikoidnih receptorjev in s tem se je reduciralo njihovo izražanje. Ta vzorec se je ohranil še v odrasli dobi, kar je vodilo v večji odziv na stres. Enako se odzivajo tudi ljudje, ki so bili izpostavljeni nasilju v otroštvu.
===Bipolarna motnja===
Je bolezen, ki jo spremljajo epizode hude depresije in neobvladljive manije. Farmakološke študije kažejo na morebitno vlogo DNA metilacije na patofiziologijo te bolezni. Natrijev valproat je zdravilo, ki deluje kot inhibitor histon deacetilaze. Acetilacija histonov je povezana z metilacijo DNA in igra vlogo v epigenetski regulaciji ter izražanju genov.

Poleg tega je S-adenozil metionin (SAM) znan kot učinkovito sredstvo v boju proti tej bolezni. SAM oskrbuje metilna mesta na DNA in okrepi metilacijo le-te in vitro.

==Zaključek==
Metilacije (predvsem citozina) DNA spadajo med epigenetske spremembe. Diferencirane celice razvijejo stabilne in edinstvene metilacijske vzorce, ki v povezavi s transkripcijskimi faktorji in represorji regulirajo izražanje genov. Metilacije sodelujejo pri utišanju retrovirusnih elementov, regulaciji tkivno specifičnega izražanja genov, genomskem vtisnjenju in inaktivaciji X kromosoma. Natančna regulacija metilacije DNA poteka skozi vse življenje, je esencialna za normalen kognitivni razvoj zarodka, zato že manjše napake v tem mehanizmu vodijo v nevropsihološke motnje.

==Viri==
*Moore, L. D., Le, T., and Fan, G. (2012). DNA Methylation and Its Basic Function. Neuropsychopharmacology.
*Phillips, T. (2008). The Role of Methylation in Gene Expression. Nature Education 1, 1-5.
*Rountree, M. R., Bachman, K. E., Herman, J. G., and Baylin, S. B. (2001). DNA methylation, chromatin inheritance, and cancer. Oncogene 20, 3156-3165.
*Grayson, D. R., and Guidotti, A. (2013). The dynamics of DNA methylation in schizophrenia and related psychiatric disorders. Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology 38, 138-66.
*Kuratomi, G., Iwamoto, K., Bundo, M., Kusumi, I., Kato, N., Iwata, N., Ozaki, N., and Kato, T. (2008). Aberrant DNA methylation associated with bipolar disorder identified from discordant monozygotic twins. Molecular psychiatry 13, 429-441.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen

2014-04-20T16:22:15Z

AnaCirnski: /* 1. Metilacija, demetilacija in njun vpliv na izražanje genov */

==Uvod==
Metilacije DNA so pomemben mehanizem dinamičnosti kromatina in uravnavanja transkripcije. Poleg razumevanja, kaj se dogaja na molekulski ravni, kako se te spremembe dedujejo in kako vplivajo na delovanje organizmov, je pomembno tudi zavedanje, da lahko napake v metilaciji (prekomerna metilacija ali izostanek le-te) vodijo do različnih kliničnih stanj.

==1. Metilacija in njen vpliv na izražanje genov==
Metilacije večinoma potekajo na citozinu (C), za katerim stoji gvanin (G). Taka mesta se imenujejo CpG, kar pomeni, da je pred G fosfatna skupina (torej je C bližje 5' koncu). Tak zapis tudi označuje, da sta oba nukleotida eden zraven drugega v isti vijačnici (ne mešajmo s parom CG, ki povezuje obe vijačnici DNA). Včasih pa metilacija lahko poteče tudi na adeninu (A). Najpogosteje se metilna skupina doda na mesto 5 na C (označimo 5mC). Lahko se doda tudi na mesto 4 na C (4mC) ali 6 na A (6mA). Najbolj je raziskan mehanizem nastanka 5mC.

Metilacija je encimsko katalizirana reakcija. Poznamo tri tipe encimov, ki sodelujejo bodisi pri metilaciji bodisi pri demetilaciji.

===Writers (pisci)===
Sem spadajo encimi iz družine DNA metiltransferaz (Dnmts). Ti katalizirajo reakcijo prenosa metilne skupine iz S-adenil metionina (SAM) na citozinski ostanek (nastane 5mC). Najpomembnejši so Dnmt1, ter Dnmt3a in Dnmt3b. Čeprav so si encimi strukturno podobni (imajo veliko N-terminalno regulatorno domeno in C-terminalno katalitično domeno), imajo različne funkcije in vzorce izražanja.
Dnmt1 metilira hemimetilirano DNA (metilna skupina je samo na eni vijačnici); metilno skupino doda na komplementarno verigo diagonalno od že obstoječega 5mC.
Dnmt3a in Dnmt3b lahko metilirata t.i. golo DNA (brez 5mC). Med seboj se razlikujeta v izražanju (a se izraža v vseh tkivih, b pa se nahaja predvsem v ščitnici, modih in kostnem mozgu). Kako poiščeta mesta metilacije, za zdaj še ni znano. Ena izmed teorij predlaga, da de novo metilacijo regulirajo transkripcijski faktorji, ki lahko Dnmts ali rekrutirajo na promotorje ali pa Dnmts metilirajo vsa CpG mesta, na katerih transkripcijskih faktorjev ni, torej s svojo vezavo na promotor preprečujejo metilacijo DNA.
Obstaja še četrti član Dnmts, in sicer Dnmt3L, ki pa nima katalitične domene, kot jo imajo ostali trije, ampak se povezuje z Dnmt3a in Dnmt 3b in stimulira njuno metiltransferazno aktivnost. Izraža se v možganih med razvojem zarodka, postnatalno pa ni več prisoten. Dnmt3L je potreben za starševsko genomsko vtisnjenje (tako materino kot očetovo), metilacijo transpozonov in za zgoščevanje X kromosoma.

===Erasers (brisalci)===
Sodelujejo pri demetilaciji. Ta je lahko pasivna (sledi vsaki celični delitvi, ko se celotna raven metilacije zniža zaradi inhibicije Dnmt1) ali aktivna (lahko poteka v delečih in ne delečih se celicah), ki je encimsko vodena in poteka v več zaporednih reakcijah (deaminacije in oksidacije). Aminska skupina 5mC se lahko deaminira do karboksilne skupine z AID/APOBEC kompleksom (activation-induced cytidine deaminase/apolipoprotein B mRNA-editing enzyme complex); tako nastane timin. Tet encimi (ten-eleven translocation) na metilno skupino dodajo hidroksilno skupino (nastane 5hmC). 5hmC lahko Tet oksidirajo do 5-karboksi-citozina ali pa jih AID/APOBEC deaminirajo do 5-hidroksimetil-uracila.
Mehanizem za popravljanje baz z izrezovanjem (base excision repair pathway) nato s pomočjo encima timin DNA glikozilaza (TDG) te produkte zamenja s citozinom. Ta encim je ključen za demetilacijo in je potreben za normalen razvoj osebka. Aktiven TDG naj bi tudi ščitil vtisnjene gene pred spontano de novo metilacijo.

Metilacija ima vlogo tudi pri nastanku prepisno zavrtega heterokromatina. Geni, kjer so promotorji metilirani, so namreč utišani.
Približno 70% CpG ponovitev je metiliranih. Znanstveniki predvidevajo, da so metilacije pripomogle k zmanjšanju števila CpG dinukleotidov, saj lahko popravljalni mehanizmi namesto T popravijo G (nastane TA par). Promotorske regije vsebujejo velik delež CpG; pravimo jim CpG otočki. Ni še jasno, zakaj in kako te regije ostajajo nemetilirane. Hipermetilacija teh regij lahko privede do raka, saj lahko pride do utišanja tumorsupresorskih genov in genov, ki sodelujejo pri celičnem ciklu in proliferaciji.

===Readers (bralci)===
Bralci vplivajo na izražanje genov. Vežejo se na 5mC in preprečujejo vezavo transkripcijskih faktorjev. Metilacijska mesta prepoznavajo MBD proteini (najbolj poznan MeCP2), ki vsebujejo metil-CpG vezavno domeno, večina pa še domeno za represijo transkripcije (TRD), s katero se vežejo v represorski kompleks in tako preprečujejo transkripcijo. MeCP2 ima tudi vlogo pri vzdrževanju metilacije DNA, saj se lahko s TRD domeno veže na Dnmt1 in ga rekrutira na hemimetilirano DNA.

DNA metilacija je povezana s posttranslacijsko modifikacijo histonov. Dnmts reagirajo z encimi, ki regulirajo modifikacijo histonov pri represiji izražanja genov; vežejo se na histonske deacetilaze in pomagajo DNA tesno naviti na histone. Prav tako modifikacije histonov vplivajo na metilacijske vzorce na DNA.

==2. Dedovanje==

==3. Vloga DNA metilacije pri nevroloških in duševnih motnjah==
Metilacijski vzorci DNA, ki se ustvarijo med razvojem, se lahko modulirajo z nevronsko aktivnostjo, da bi lahko izvajali proces učenja in pomnjenja. Ko so mehanizmi, ki ustvarijo in prepoznajo te vzorce, okvarjeni, nastanejo težave pri izvajanju kognitivnih veščin.
===MeCP2 in Rettov sindrom===
Eden od najpogostejših oblik duševne zaostalosti je Rettov sindrom, ki nastane zaradi mutacije metil CpG vezavnega proteina MeCP2. Čeprav se ta protein izraža v večini celic, je še posebej pomemben za normalno funkcijo živčevja.
Pri miših izguba MeCP2 v nevronih vodi do nastanka Rettovega sindroma oz. povzroči večino simptomov te bolezni. Fenotip MeCP2-mutirane miši se lahko povrne v prejšnje stanje z obnovitvijo tega gena v postmitotskih nevronih.
MeCP2 je reguliran z nevronsko aktivnostjo in uravnava izražaje BDNF (Brain-derived neurotrophic factor). Prekomerno delovanje tega proteina v postmitotskih nevronih MeCP2-mutirane miši izboljša njihov fenotip, kar pomeni, a je MeCP2 pomemben za regulacijo genov, kot je BDNF, ti so pa regulirani z nevronsko aktivnostjo in so esencialni za normalne kognitivne veščine.
===Sindromi v povezavi s FMR1===
Nepravilna metilacija enega samega gena ali alela ima lahko znatne posledice v možganih. Sindrom krhkega X kromosoma (Fragile X Syndrome, FXS) nastane zaradi metilacije abnormalne ekspanzije CGG ponovitve (200 – 1000-krat, kar naredi to območje gena nestabilno) na FMR1 genu, ki se nahaja na X kromosomu in je pogosta oblika duševne zaostalosti. Hipermetilacija v tem primeru vpliva na utišanje transkripcije. Translacija FMR1 je regulirana z nevronsko aktivnostjo in njen proteinski produkt (FMRP) ima vlogo v sintezi proteinov v sinapsah. Na podoben način nastaneta tudi Prader-Willi-jev in Angelmanov sindrom.
===Vpliv drog===
Metilacija DNA se lahko spremeni tudi s ponavljajočo modulacijo mikrookolja možganov, npr. z električno stimulacijo. Po enakem principu delujejo tudi droge – uživanje kokaina zviša izražanje MeCP2. Ena od posledic so tudi postranslacijske modifikacije komponent, ki sodelujejo pri metilacijah.
===Psihološki dejavniki===
Spremenjeni metilacijski vzorci DNA so povezani z mnogimi psihološkimi motnjami, npr. s stresom v rani mladosti. Materino zanemarjanje je bil dovolj velik razlog za spremembo v stopnji metilacije DNA pri glodalcih. Povišala se je metilacija znotraj promotorja glukokortikoidnih receptorjev in s tem se je reduciralo njihovo izražanje. Ta vzorec se je ohranil še v odrasli dobi, kar je vodilo v večji odziv na stres. Enako se odzivajo tudi ljudje, ki so bili izpostavljeni nasilju v otroštvu.
===Bipolarna motnja===
Je bolezen, ki jo spremljajo epizode hude depresije in neobvladljive manije. Farmakološke študije kažejo na morebitno vlogo DNA metilacije na patofiziologijo te bolezni. Natrijev valproat je zdravilo, ki deluje kot inhibitor histon deacetilaze. Acetilacija histonov je povezana z metilacijo DNA in igra vlogo v epigenetski regulaciji ter izražanju genov.

Poleg tega je S-adenozil metionin (SAM) znan kot učinkovito sredstvo v boju proti tej bolezni. SAM oskrbuje metilna mesta na DNA in okrepi metilacijo le-te in vitro.

==Zaključek==
Metilacije (predvsem citozina) DNA spadajo med epigenetske spremembe. Diferencirane celice razvijejo stabilne in edinstvene metilacijske vzorce, ki v povezavi s transkripcijskimi faktorji in represorji regulirajo izražanje genov. Metilacije sodelujejo pri utišanju retrovirusnih elementov, regulaciji tkivno specifičnega izražanja genov, genomskem vtisnjenju in inaktivaciji X kromosoma. Natančna regulacija metilacije DNA poteka skozi vse življenje, je esencialna za normalen kognitivni razvoj zarodka, zato že manjše napake v tem mehanizmu vodijo v nevropsihološke motnje.

==Viri==
*Moore, L. D., Le, T., and Fan, G. (2012). DNA Methylation and Its Basic Function. Neuropsychopharmacology.
*Phillips, T. (2008). The Role of Methylation in Gene Expression. Nature Education 1, 1-5.
*Rountree, M. R., Bachman, K. E., Herman, J. G., and Baylin, S. B. (2001). DNA methylation, chromatin inheritance, and cancer. Oncogene 20, 3156-3165.
*Grayson, D. R., and Guidotti, A. (2013). The dynamics of DNA methylation in schizophrenia and related psychiatric disorders. Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology 38, 138-66.
*Kuratomi, G., Iwamoto, K., Bundo, M., Kusumi, I., Kato, N., Iwata, N., Ozaki, N., and Kato, T. (2008). Aberrant DNA methylation associated with bipolar disorder identified from discordant monozygotic twins. Molecular psychiatry 13, 429-441.

Talk:Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen

2014-04-20T16:21:27Z

AnaCirnski:

#nastanek in uvod napisala Ana Cirnski
#dedovanje napisal Rok Ferenc
#pomen in zaključek napisala Vesna Radić

Stran smo skupaj uredili.

Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen

2014-04-20T16:14:42Z

AnaCirnski: /* 1. Nastanek */

==Uvod==
Metilacije DNA so pomemben mehanizem dinamičnosti kromatina in uravnavanja transkripcije. Poleg razumevanja, kaj se dogaja na molekulski ravni, kako se te spremembe dedujejo in kako vplivajo na delovanje organizmov, je pomembno tudi zavedanje, da lahko napake v metilaciji (prekomerna metilacija ali izostanek le-te) vodijo do različnih kliničnih stanj.

==1. Metilacija, demetilacija in njun vpliv na izražanje genov==
Metilacije večinoma potekajo na citozinu (C), za katerim stoji gvanin (G). Taka mesta se imenujejo CpG, kar pomeni, da je pred G fosfatna skupina (torej je C bližje 5' koncu). Tak zapis tudi označuje, da sta oba nukleotida eden zraven drugega v isti vijačnici (ne mešajmo s parom CG, ki povezuje obe vijačnici DNA). Včasih pa metilacija lahko poteče tudi na adeninu (A). Najpogosteje se metilna skupina doda na mesto 5 na C (označimo 5mC). Lahko se doda tudi na mesto 4 na C (4mC) ali 6 na A (6mA). Najbolj je raziskan mehanizem nastanka 5mC.

Metilacija je encimsko katalizirana reakcija. Poznamo tri tipe encimov, ki sodelujejo bodisi pri metilaciji bodisi pri demetilaciji.

===Writers (pisci)===
Sem spadajo encimi iz družine DNA metiltransferaz (Dnmts). Ti katalizirajo reakcijo prenosa metilne skupine iz S-adenil metionina (SAM) na citozinski ostanek (nastane 5mC). Najpomembnejši so Dnmt1, ter Dnmt3a in Dnmt3b. Čeprav so si encimi strukturno podobni (imajo veliko N-terminalno regulatorno domeno in C-terminalno katalitično domeno), imajo različne funkcije in vzorce izražanja.
Dnmt1 metilira hemimetilirano DNA (metilna skupina je samo na eni vijačnici); metilno skupino doda na komplementarno verigo diagonalno od že obstoječega 5mC.
Dnmt3a in Dnmt3b lahko metilirata t.i. golo DNA (brez 5mC). Med seboj se razlikujeta v izražanju (a se izraža v vseh tkivih, b pa se nahaja predvsem v ščitnici, modih in kostnem mozgu). Kako poiščeta mesta metilacije, za zdaj še ni znano. Ena izmed teorij predlaga, da de novo metilacijo regulirajo transkripcijski faktorji, ki lahko Dnmts ali rekrutirajo na promotorje ali pa Dnmts metilirajo vsa CpG mesta, na katerih transkripcijskih faktorjev ni, torej s svojo vezavo na promotor preprečujejo metilacijo DNA.
Obstaja še četrti član Dnmts, in sicer Dnmt3L, ki pa nima katalitične domene, kot jo imajo ostali trije, ampak se povezuje z Dnmt3a in Dnmt 3b in stimulira njuno metiltransferazno aktivnost. Izraža se v možganih med razvojem zarodka, postnatalno pa ni več prisoten. Dnmt3L je potreben za starševsko genomsko vtisnjenje (tako materino kot očetovo), metilacijo transpozonov in za zgoščevanje X kromosoma.

===Erasers (brisalci)===
Sodelujejo pri demetilaciji. Ta je lahko pasivna (sledi vsaki celični delitvi, ko se celotna raven metilacije zniža zaradi inhibicije Dnmt1) ali aktivna (lahko poteka v delečih in ne delečih se celicah), ki je encimsko vodena in poteka v več zaporednih reakcijah (deaminacije in oksidacije). Aminska skupina 5mC se lahko deaminira do karboksilne skupine z AID/APOBEC kompleksom (activation-induced cytidine deaminase/apolipoprotein B mRNA-editing enzyme complex); tako nastane timin. Tet encimi (ten-eleven translocation) na metilno skupino dodajo hidroksilno skupino (nastane 5hmC). 5hmC lahko Tet oksidirajo do 5-karboksi-citozina ali pa jih AID/APOBEC deaminirajo do 5-hidroksimetil-uracila.
Mehanizem za popravljanje baz z izrezovanjem (base excision repair pathway) nato s pomočjo encima timin DNA glikozilaza (TDG) te produkte zamenja s citozinom. Ta encim je ključen za demetilacijo in je potreben za normalen razvoj osebka. Aktiven TDG naj bi tudi ščitil vtisnjene gene pred spontano de novo metilacijo.

Metilacija ima vlogo tudi pri nastanku prepisno zavrtega heterokromatina. Geni, kjer so promotorji metilirani, so namreč utišani.
Približno 70% CpG ponovitev je metiliranih. Znanstveniki predvidevajo, da so metilacije pripomogle k zmanjšanju števila CpG dinukleotidov, saj lahko popravljalni mehanizmi namesto T popravijo G (nastane TA par). Promotorske regije vsebujejo velik delež CpG; pravimo jim CpG otočki. Ni še jasno, zakaj in kako te regije ostajajo nemetilirane. Hipermetilacija teh regij lahko privede do raka, saj lahko pride do utišanja tumorsupresorskih genov in genov, ki sodelujejo pri celičnem ciklu in proliferaciji.

===Readers (bralci)===
Bralci vplivajo na izražanje genov. Vežejo se na 5mC in preprečujejo vezavo transkripcijskih faktorjev. Metilacijska mesta prepoznavajo MBD proteini (najbolj poznan MeCP2), ki vsebujejo metil-CpG vezavno domeno, večina pa še domeno za represijo transkripcije (TRD), s katero se vežejo v represorski kompleks in tako preprečujejo transkripcijo. MeCP2 ima tudi vlogo pri vzdrževanju metilacije DNA, saj se lahko s TRD domeno veže na Dnmt1 in ga rekrutira na hemimetilirano DNA.

DNA metilacija je povezana s posttranslacijsko modifikacijo histonov. Dnmts reagirajo z encimi, ki regulirajo modifikacijo histonov pri represiji izražanja genov; vežejo se na histonske deacetilaze in pomagajo DNA tesno naviti na histone. Prav tako modifikacije histonov vplivajo na metilacijske vzorce na DNA.

==2. Dedovanje==

==3. Vloga DNA metilacije pri nevroloških in duševnih motnjah==
Metilacijski vzorci DNA, ki se ustvarijo med razvojem, se lahko modulirajo z nevronsko aktivnostjo, da bi lahko izvajali proces učenja in pomnjenja. Ko so mehanizmi, ki ustvarijo in prepoznajo te vzorce, okvarjeni, nastanejo težave pri izvajanju kognitivnih veščin.
===MeCP2 in Rettov sindrom===
Eden od najpogostejših oblik duševne zaostalosti je Rettov sindrom, ki nastane zaradi mutacije metil CpG vezavnega proteina MeCP2. Čeprav se ta protein izraža v večini celic, je še posebej pomemben za normalno funkcijo živčevja.
Pri miših izguba MeCP2 v nevronih vodi do nastanka Rettovega sindroma oz. povzroči večino simptomov te bolezni. Fenotip MeCP2-mutirane miši se lahko povrne v prejšnje stanje z obnovitvijo tega gena v postmitotskih nevronih.
MeCP2 je reguliran z nevronsko aktivnostjo in uravnava izražaje BDNF (Brain-derived neurotrophic factor). Prekomerno delovanje tega proteina v postmitotskih nevronih MeCP2-mutirane miši izboljša njihov fenotip, kar pomeni, a je MeCP2 pomemben za regulacijo genov, kot je BDNF, ti so pa regulirani z nevronsko aktivnostjo in so esencialni za normalne kognitivne veščine.
===Sindromi v povezavi s FMR1===
Nepravilna metilacija enega samega gena ali alela ima lahko znatne posledice v možganih. Sindrom krhkega X kromosoma (Fragile X Syndrome, FXS) nastane zaradi metilacije abnormalne ekspanzije CGG ponovitve (200 – 1000-krat, kar naredi to območje gena nestabilno) na FMR1 genu, ki se nahaja na X kromosomu in je pogosta oblika duševne zaostalosti. Hipermetilacija v tem primeru vpliva na utišanje transkripcije. Translacija FMR1 je regulirana z nevronsko aktivnostjo in njen proteinski produkt (FMRP) ima vlogo v sintezi proteinov v sinapsah. Na podoben način nastaneta tudi Prader-Willi-jev in Angelmanov sindrom.
===Vpliv drog===
Metilacija DNA se lahko spremeni tudi s ponavljajočo modulacijo mikrookolja možganov, npr. z električno stimulacijo. Po enakem principu delujejo tudi droge – uživanje kokaina zviša izražanje MeCP2. Ena od posledic so tudi postranslacijske modifikacije komponent, ki sodelujejo pri metilacijah.
===Psihološki dejavniki===
Spremenjeni metilacijski vzorci DNA so povezani z mnogimi psihološkimi motnjami, npr. s stresom v rani mladosti. Materino zanemarjanje je bil dovolj velik razlog za spremembo v stopnji metilacije DNA pri glodalcih. Povišala se je metilacija znotraj promotorja glukokortikoidnih receptorjev in s tem se je reduciralo njihovo izražanje. Ta vzorec se je ohranil še v odrasli dobi, kar je vodilo v večji odziv na stres. Enako se odzivajo tudi ljudje, ki so bili izpostavljeni nasilju v otroštvu.
===Bipolarna motnja===
Je bolezen, ki jo spremljajo epizode hude depresije in neobvladljive manije. Farmakološke študije kažejo na morebitno vlogo DNA metilacije na patofiziologijo te bolezni. Natrijev valproat je zdravilo, ki deluje kot inhibitor histon deacetilaze. Acetilacija histonov je povezana z metilacijo DNA in igra vlogo v epigenetski regulaciji ter izražanju genov.

Poleg tega je S-adenozil metionin (SAM) znan kot učinkovito sredstvo v boju proti tej bolezni. SAM oskrbuje metilna mesta na DNA in okrepi metilacijo le-te in vitro.

==Zaključek==
Metilacije (predvsem citozina) DNA spadajo med epigenetske spremembe. Diferencirane celice razvijejo stabilne in edinstvene metilacijske vzorce, ki v povezavi s transkripcijskimi faktorji in represorji regulirajo izražanje genov. Metilacije sodelujejo pri utišanju retrovirusnih elementov, regulaciji tkivno specifičnega izražanja genov, genomskem vtisnjenju in inaktivaciji X kromosoma. Natančna regulacija metilacije DNA poteka skozi vse življenje, je esencialna za normalen kognitivni razvoj zarodka, zato že manjše napake v tem mehanizmu vodijo v nevropsihološke motnje.

==Viri==
*Moore, L. D., Le, T., and Fan, G. (2012). DNA Methylation and Its Basic Function. Neuropsychopharmacology.
*Phillips, T. (2008). The Role of Methylation in Gene Expression. Nature Education 1, 1-5.
*Rountree, M. R., Bachman, K. E., Herman, J. G., and Baylin, S. B. (2001). DNA methylation, chromatin inheritance, and cancer. Oncogene 20, 3156-3165.
*Grayson, D. R., and Guidotti, A. (2013). The dynamics of DNA methylation in schizophrenia and related psychiatric disorders. Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology 38, 138-66.
*Kuratomi, G., Iwamoto, K., Bundo, M., Kusumi, I., Kato, N., Iwata, N., Ozaki, N., and Kato, T. (2008). Aberrant DNA methylation associated with bipolar disorder identified from discordant monozygotic twins. Molecular psychiatry 13, 429-441.

Talk:Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen

2014-04-20T16:14:16Z

AnaCirnski: New page: #nastanek napisala Ana Cirnski #dedovanje napisal Rok Ferenc #pomen napisala Vesna Radić Uvod in zaključek smo napisali skupaj. Skupaj smo stran tudi uredili.

#nastanek napisala Ana Cirnski
#dedovanje napisal Rok Ferenc
#pomen napisala Vesna Radić

Uvod in zaključek smo napisali skupaj. Skupaj smo stran tudi uredili.

Struktura kromatina

2014-04-20T16:03:20Z

AnaCirnski: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2013/14 namenjeni obravnavi strukture kromosomov oziroma kromatina, od strukturnih do regulatornih tem. Čeprav osnovno strukturo kromosomov že poznate, je sodobna molekularna biologija ves čas na sledi novim spoznanjem, ki nam omogočajo bolj podroben vpogled v delovanje in fleksibilnost kromatina.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli predvidoma konec aprila in v začetku maja. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Čeprav tema do neke mere sega na področje celične biologije, je predvsem molekularnobiološka. Zato izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere biološke molekule sodelujejo pri vzpostavljanju strukture kromatina, njegovi plastičnosti (kondenzacija, dekondenzacija) in dinamičnosti (aktivni/neaktivni kromatin) ter uravnavanju transkripcije. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili. Izhodišče, ki ga ni treba ponovno razlagati, je nukleosomska struktura evkariontskega kromatina ter osnovne stopnje kompaktiranja kromatina in razumevanje osnov dodatnega zvitja pri bakterijskem kromosomu.

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje '''20.4.''' opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 23.4., 5 - 8 25.4., 9 - 12 7.5. in 13 - 16 9.5.2014. Vsaka skupina ima za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

# Značilnosti bakterijskih kromosomov
# Medmolekulske interakcije znotraj nukleosomov
# Značilnosti kromosomskih ogrodij
# Kompaktiranje kromosomov
# Proteini, ki stabilizirajo kondenzirane kromosome
# Biokemijska struktura centromerov in njihove interakcije
# Biokemijska struktura telomerov
# Telomeraze
# Kromatin in replikacija genoma / nukleosomi med replikacijo
# Kromosomske domene in kontrolne regije lokusov (LCR)
# Posttranslacijske modifikacije histonov in njihov pomen
# Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen
# Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov
# Ponavljajoča se zaporedja v genomu
# Organizacija genov v kromatinu
# Posebnosti kromosomov X in Y / bolezni, povezane s tema dvema kromosomoma

===Skupine===

Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (skupine oblikujte do 31.3. opolnoči - imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 1. Biokemijske značilnosti bakterijskih kromosomov (Janez Gorenc, Petra Novak)

# Značilnosti bakterijskih kromosomov (Matic Kovačič, Marjeta Horvat, Rok Ipšek)
# [[Medmolekulske interakcije znotraj nukleosomov]] (Boštjan Petrič, Vita Vidmar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zna%C4%8Dilnosti_kromosomskih_ogrodij Značilnosti kromosomskih ogrodij] (Aneja Tahirovič, Aljaž Omahna, Luka Krmpotić)
# Kompaktiranje kromosomov (Tajda Buh, Maruša Prolič-Kalinšek)
# Proteini, ki stabilizirajo kondenzirane kromosome (Toni Nagode, Simon Bolta, Tjaša Bensa)
# Biokemijska struktura centromerov in njihove interakcije (Maja Zupančič, Alja Zgonc)
# Biokemijska struktura telomerov (Tim Božič, Ema Guštin, Luka Kavčič)
# Telomeraze (Urša Kapš, Mojca Kostanjevec, Katjuša Triplat)
# Kromatin in replikacija genoma / nukleosomi med replikacijo (Jure Fabjan, Vid Jazbec, Mojca Juteršek)
# Kromosomske domene in kontrolne regije lokusov (LCR) (Jakob Rupert, Jan Rozman, Domen Klofutar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Posttranslacijske_modifikacije_histonov_in_njihov_pomen#METILACIJA Posttranslacijske modifikacije histonov in njihov pomen] (Peter Prezelj, Filip Mihalič, Eva Oblak Zvonar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metilacijski_vzorci_na_DNA:_nastanek%2C_dedovanje_in_pomen Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen] (Rok Ferenc, Ana Cirnski, Vesna Radić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sestava_in_zna%C4%8Dilnosti_preurejevalnih_stroj%C4%8Dkov Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov] (Petra Tavčar, Helena Jakše, Nika Strašek)
# Ponavljajoča se zaporedja v genomu (Eva Vidak)
# Organizacija genov v kromatinu (Jan Taškar)
# Posebnosti kromosomov X in Y / bolezni, povezane s tema dvema kromosomoma (Sara Košenina, Ana Krišelj, Sabina Štukelj)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki:
<nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Reprogramiranje celic]].

Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen

2014-04-20T16:00:46Z

AnaCirnski:

==Uvod==
Metilacije DNA so pomemben mehanizem dinamičnosti kromatina in uravnavanja transkripcije. Poleg razumevanja, kaj se dogaja na molekulski ravni, kako se te spremembe dedujejo in kako vplivajo na delovanje organizmov, je pomembno tudi zavedanje, da lahko napake v metilaciji (prekomerna metilacija ali izostanek le-te) vodijo do različnih kliničnih stanj.

==1. Nastanek==
Metilacije večinoma potekajo na citozinu (C), za katerim stoji gvanin (G). Taka mesta se imenujejo CpG, kar pomeni, da je pred G fosfatna skupina (torej je C bližje 5' koncu). Tak zapis tudi označuje, da sta oba nukleotida eden zraven drugega v isti vijačnici (ne mešajmo s parom CG, ki povezuje obe vijačnici DNA). Včasih pa metilacija lahko poteče tudi na adeninu (A). Najpogosteje se metilna skupina doda na mesto 5 na C (označimo 5mC). Lahko se doda tudi na mesto 4 na C (4mC) ali 6 na A (6mA). Najbolj je raziskan mehanizem nastanka 5mC.

Metilacija je encimsko katalizirana reakcija. Poznamo tri tipe encimov, ki sodelujejo bodisi pri metilaciji bodisi pri demetilaciji.

===Writers (pisci)===
Sem spadajo encimi iz družine DNA metiltransferaz (Dnmts). Ti katalizirajo reakcijo prenosa metilne skupine iz S-adenil metionina (SAM) na citozinski ostanek (nastane 5mC). Najpomembnejši so Dnmt1, ter Dnmt3a in Dnmt3b. Čeprav so si encimi strukturno podobni (imajo veliko N-terminalno regulatorno domeno in C-terminalno katalitično domeno), imajo različne funkcije in vzorce izražanja.
Dnmt1 metilira hemimetilirano DNA (metilna skupina je samo na eni vijačnici); metilno skupino doda na komplementarno verigo diagonalno od že obstoječega 5mC.
Dnmt3a in Dnmt3b lahko metilirata t.i. golo DNA (brez 5mC). Med seboj se razlikujeta v izražanju (a se izraža v vseh tkivih, b pa se nahaja predvsem v ščitnici, modih in kostnem mozgu). Kako poiščeta mesta metilacije, za zdaj še ni znano. Ena izmed teorij predlaga, da de novo metilacijo regulirajo transkripcijski faktorji, ki lahko Dnmts ali rekrutirajo na promotorje ali pa Dnmts metilirajo vsa CpG mesta, na katerih transkripcijskih faktorjev ni, torej s svojo vezavo na promotor preprečujejo metilacijo DNA.
Obstaja še četrti član Dnmts, in sicer Dnmt3L, ki pa nima katalitične domene, kot jo imajo ostali trije, ampak se povezuje z Dnmt3a in Dnmt 3b in stimulira njuno metiltransferazno aktivnost. Izraža se v možganih med razvojem zarodka, postnatalno pa ni več prisoten. Dnmt3L je potreben za starševsko genomsko vtisnjenje (tako materino kot očetovo), metilacijo transpozonov in za zgoščevanje X kromosoma.

===Erasers (brisalci)===
Sodelujejo pri demetilaciji. Ta je lahko pasivna (sledi vsaki celični delitvi, ko se celotna raven metilacije zniža zaradi inhibicije Dnmt1) ali aktivna (lahko poteka v delečih in ne delečih se celicah), ki je encimsko vodena in poteka v več zaporednih reakcijah (deaminacije in oksidacije). Aminska skupina 5mC se lahko deaminira do karboksilne skupine z AID/APOBEC kompleksom (activation-induced cytidine deaminase/apolipoprotein B mRNA-editing enzyme complex); tako nastane timin. Tet encimi (ten-eleven translocation) na metilno skupino dodajo hidroksilno skupino (nastane 5hmC). 5hmC lahko Tet oksidirajo do 5-karboksi-citozina ali pa jih AID/APOBEC deaminirajo do 5-hidroksimetil-uracila.
Mehanizem za popravljanje baz z izrezovanjem (base excision repair pathway) nato s pomočjo encima timin DNA glikozilaza (TDG) te produkte zamenja s citozinom. Ta encim je ključen za demetilacijo in je potreben za normalen razvoj osebka. Aktiven TDG naj bi tudi ščitil vtisnjene gene pred spontano de novo metilacijo.

Metilacija ima vlogo tudi pri nastanku prepisno zavrtega heterokromatina. Geni, kjer so promotorji metilirani, so namreč utišani.
Približno 70% CpG ponovitev je metiliranih. Znanstveniki predvidevajo, da so metilacije pripomogle k zmanjšanju števila CpG dinukleotidov, saj lahko popravljalni mehanizmi namesto T popravijo G (nastane TA par). Promotorske regije vsebujejo velik delež CpG; pravimo jim CpG otočki. Ni še jasno, zakaj in kako te regije ostajajo nemetilirane. Hipermetilacija teh regij lahko privede do raka, saj lahko pride do utišanja tumorsupresorskih genov in genov, ki sodelujejo pri celičnem ciklu in proliferaciji.

===Readers (bralci)===
Bralci vplivajo na izražanje genov. Vežejo se na 5mC in preprečujejo vezavo transkripcijskih faktorjev. Metilacijska mesta prepoznavajo MBD proteini (najbolj poznan MeCP2), ki vsebujejo metil-CpG vezavno domeno, večina pa še domeno za represijo transkripcije (TRD), s katero se vežejo v represorski kompleks in tako preprečujejo transkripcijo. MeCP2 ima tudi vlogo pri vzdrževanju metilacije DNA, saj se lahko s TRD domeno veže na Dnmt1 in ga rekrutira na hemimetilirano DNA.

DNA metilacija je povezana s posttranslacijsko modifikacijo histonov. Dnmts reagirajo z encimi, ki regulirajo modifikacijo histonov pri represiji izražanja genov; vežejo se na histonske deacetilaze in pomagajo DNA tesno naviti na histone. Prav tako modifikacije histonov vplivajo na metilacijske vzorce na DNA.

==2. Dedovanje==

==3. Vloga DNA metilacije pri nevroloških in duševnih motnjah==
Metilacijski vzorci DNA, ki se ustvarijo med razvojem, se lahko modulirajo z nevronsko aktivnostjo, da bi lahko izvajali proces učenja in pomnjenja. Ko so mehanizmi, ki ustvarijo in prepoznajo te vzorce, okvarjeni, nastanejo težave pri izvajanju kognitivnih veščin.
===MeCP2 in Rettov sindrom===
Eden od najpogostejših oblik duševne zaostalosti je Rettov sindrom, ki nastane zaradi mutacije metil CpG vezavnega proteina MeCP2. Čeprav se ta protein izraža v večini celic, je še posebej pomemben za normalno funkcijo živčevja.
Pri miših izguba MeCP2 v nevronih vodi do nastanka Rettovega sindroma oz. povzroči večino simptomov te bolezni. Fenotip MeCP2-mutirane miši se lahko povrne v prejšnje stanje z obnovitvijo tega gena v postmitotskih nevronih.
MeCP2 je reguliran z nevronsko aktivnostjo in uravnava izražaje BDNF (Brain-derived neurotrophic factor). Prekomerno delovanje tega proteina v postmitotskih nevronih MeCP2-mutirane miši izboljša njihov fenotip, kar pomeni, a je MeCP2 pomemben za regulacijo genov, kot je BDNF, ti so pa regulirani z nevronsko aktivnostjo in so esencialni za normalne kognitivne veščine.
===Sindromi v povezavi s FMR1===
Nepravilna metilacija enega samega gena ali alela ima lahko znatne posledice v možganih. Sindrom krhkega X kromosoma (Fragile X Syndrome, FXS) nastane zaradi metilacije abnormalne ekspanzije CGG ponovitve (200 – 1000-krat, kar naredi to območje gena nestabilno) na FMR1 genu, ki se nahaja na X kromosomu in je pogosta oblika duševne zaostalosti. Hipermetilacija v tem primeru vpliva na utišanje transkripcije. Translacija FMR1 je regulirana z nevronsko aktivnostjo in njen proteinski produkt (FMRP) ima vlogo v sintezi proteinov v sinapsah. Na podoben način nastaneta tudi Prader-Willi-jev in Angelmanov sindrom.
===Vpliv drog===
Metilacija DNA se lahko spremeni tudi s ponavljajočo modulacijo mikrookolja možganov, npr. z električno stimulacijo. Po enakem principu delujejo tudi droge – uživanje kokaina zviša izražanje MeCP2. Ena od posledic so tudi postranslacijske modifikacije komponent, ki sodelujejo pri metilacijah.
===Psihološki dejavniki===
Spremenjeni metilacijski vzorci DNA so povezani z mnogimi psihološkimi motnjami, npr. s stresom v rani mladosti. Materino zanemarjanje je bil dovolj velik razlog za spremembo v stopnji metilacije DNA pri glodalcih. Povišala se je metilacija znotraj promotorja glukokortikoidnih receptorjev in s tem se je reduciralo njihovo izražanje. Ta vzorec se je ohranil še v odrasli dobi, kar je vodilo v večji odziv na stres. Enako se odzivajo tudi ljudje, ki so bili izpostavljeni nasilju v otroštvu.
===Bipolarna motnja===
Je bolezen, ki jo spremljajo epizode hude depresije in neobvladljive manije. Farmakološke študije kažejo na morebitno vlogo DNA metilacije na patofiziologijo te bolezni. Natrijev valproat je zdravilo, ki deluje kot inhibitor histon deacetilaze. Acetilacija histonov je povezana z metilacijo DNA in igra vlogo v epigenetski regulaciji ter izražanju genov.

Poleg tega je S-adenozil metionin (SAM) znan kot učinkovito sredstvo v boju proti tej bolezni. SAM oskrbuje metilna mesta na DNA in okrepi metilacijo le-te in vitro.

==Zaključek==
Metilacije (predvsem citozina) DNA spadajo med epigenetske spremembe. Diferencirane celice razvijejo stabilne in edinstvene metilacijske vzorce, ki v povezavi s transkripcijskimi faktorji in represorji regulirajo izražanje genov. Metilacije sodelujejo pri utišanju retrovirusnih elementov, regulaciji tkivno specifičnega izražanja genov, genomskem vtisnjenju in inaktivaciji X kromosoma. Natančna regulacija metilacije DNA poteka skozi vse življenje, je esencialna za normalen kognitivni razvoj zarodka, zato že manjše napake v tem mehanizmu vodijo v nevropsihološke motnje.

==Viri==
*Moore, L. D., Le, T., and Fan, G. (2012). DNA Methylation and Its Basic Function. Neuropsychopharmacology.
*Phillips, T. (2008). The Role of Methylation in Gene Expression. Nature Education 1, 1-5.
*Rountree, M. R., Bachman, K. E., Herman, J. G., and Baylin, S. B. (2001). DNA methylation, chromatin inheritance, and cancer. Oncogene 20, 3156-3165.
*Grayson, D. R., and Guidotti, A. (2013). The dynamics of DNA methylation in schizophrenia and related psychiatric disorders. Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology 38, 138-66.
*Kuratomi, G., Iwamoto, K., Bundo, M., Kusumi, I., Kato, N., Iwata, N., Ozaki, N., and Kato, T. (2008). Aberrant DNA methylation associated with bipolar disorder identified from discordant monozygotic twins. Molecular psychiatry 13, 429-441.

Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen

2014-04-20T15:58:05Z

AnaCirnski:

==Uvod==
Metilacije DNA so pomemben mehanizem dinamičnosti kromatina in uravnavanja transkripcije. Poleg razumevanja, kaj se dogaja na molekulski ravni, kako se te spremembe dedujejo in kako vplivajo na delovanje organizmov, je pomembno tudi zavedanje, da lahko napake v metilaciji (prekomerna metilacija ali izostanek le-te) vodijo do različnih kliničnih stanj.

==1. Nastanek==
Metilacije večinoma potekajo na citozinu (C), za katerim stoji gvanin (G). Taka mesta se imenujejo CpG, kar pomeni, da je pred G fosfatna skupina (torej je C bližje 5' koncu). Tak zapis tudi označuje, da sta oba nukleotida eden zraven drugega v isti vijačnici (ne mešajmo s parom CG, ki povezuje obe vijačnici DNA). Včasih pa metilacija lahko poteče tudi na adeninu (A). Najpogosteje se metilna skupina doda na mesto 5 na C (označimo 5mC). Lahko se doda tudi na mesto 4 na C (4mC) ali 6 na A (6mA). Najbolj je raziskan mehanizem nastanka 5mC.

Metilacija je encimsko katalizirana reakcija. Poznamo tri tipe encimov, ki sodelujejo bodisi pri metilaciji bodisi pri demetilaciji.

===Writers (pisci)===
Sem spadajo encimi iz družine DNA metiltransferaz (Dnmts). Ti katalizirajo reakcijo prenosa metilne skupine iz S-adenil metionina (SAM) na citozinski ostanek (nastane 5mC). Najpomembnejši so Dnmt1, ter Dnmt3a in Dnmt3b. Čeprav so si encimi strukturno podobni (imajo veliko N-terminalno regulatorno domeno in C-terminalno katalitično domeno), imajo različne funkcije in vzorce izražanja.
Dnmt1 metilira hemimetilirano DNA (metilna skupina je samo na eni vijačnici); metilno skupino doda na komplementarno verigo diagonalno od že obstoječega 5mC.
Dnmt3a in Dnmt3b lahko metilirata t.i. golo DNA (brez 5mC). Med seboj se razlikujeta v izražanju (a se izraža v vseh tkivih, b pa se nahaja predvsem v ščitnici, modih in kostnem mozgu). Kako poiščeta mesta metilacije, za zdaj še ni znano. Ena izmed teorij predlaga, da de novo metilacijo regulirajo transkripcijski faktorji, ki lahko Dnmts ali rekrutirajo na promotorje ali pa Dnmts metilirajo vsa CpG mesta, na katerih transkripcijskih faktorjev ni, torej s svojo vezavo na promotor preprečujejo metilacijo DNA.
Obstaja še četrti član Dnmts, in sicer Dnmt3L, ki pa nima katalitične domene, kot jo imajo ostali trije, ampak se povezuje z Dnmt3a in Dnmt 3b in stimulira njuno metiltransferazno aktivnost. Izraža se v možganih med razvojem zarodka, postnatalno pa ni več prisoten. Dnmt3L je potreben za starševsko genomsko vtisnjenje (tako materino kot očetovo), metilacijo transpozonov in za zgoščevanje X kromosoma.

===Erasers (brisalci)===
Sodelujejo pri demetilaciji. Ta je lahko pasivna (sledi vsaki celični delitvi, ko se celotna raven metilacije zniža zaradi inhibicije Dnmt1) ali aktivna (lahko poteka v delečih in ne delečih se celicah), ki je encimsko vodena in poteka v več zaporednih reakcijah (deaminacije in oksidacije). Aminska skupina 5mC se lahko deaminira do karboksilne skupine z AID/APOBEC kompleksom (activation-induced cytidine deaminase/apolipoprotein B mRNA-editing enzyme complex); tako nastane timin. Tet encimi (ten-eleven translocation) na metilno skupino dodajo hidroksilno skupino (nastane 5hmC). 5hmC lahko Tet oksidirajo do 5-karboksi-citozina ali pa jih AID/APOBEC deaminirajo do 5-hidroksimetil-uracila.
Mehanizem za popravljanje baz z izrezovanjem (base excision repair pathway) nato s pomočjo encima timin DNA glikozilaza (TDG) te produkte zamenja s citozinom. Ta encim je ključen za demetilacijo in je potreben za normalen razvoj osebka. Aktiven TDG naj bi tudi ščitil vtisnjene gene pred spontano de novo metilacijo.

Metilacija ima vlogo tudi pri nastanku prepisno zavrtega heterokromatina. Geni, kjer so promotorji metilirani, so namreč utišani.
Približno 70% CpG ponovitev je metiliranih. Znanstveniki predvidevajo, da so metilacije pripomogle k zmanjšanju števila CpG dinukleotidov, saj lahko popravljalni mehanizmi namesto T popravijo G (nastane TA par). Promotorske regije vsebujejo velik delež CpG; pravimo jim CpG otočki. Ni še jasno, zakaj in kako te regije ostajajo nemetilirane. Hipermetilacija teh regij lahko privede do raka, saj lahko pride do utišanja tumorsupresorskih genov in genov, ki sodelujejo pri celičnem ciklu in proliferaciji.

===Readers (bralci)===
Bralci vplivajo na izražanje genov. Vežejo se na 5mC in preprečujejo vezavo transkripcijskih faktorjev. Metilacijska mesta prepoznavajo MBD proteini (najbolj poznan MeCP2), ki vsebujejo metil-CpG vezavno domeno, večina pa še domeno za represijo transkripcije (TRD), s katero se vežejo v represorski kompleks in tako preprečujejo transkripcijo. MeCP2 ima tudi vlogo pri vzdrževanju metilacije DNA, saj se lahko s TRD domeno veže na Dnmt1 in ga rekrutira na hemimetilirano DNA.

DNA metilacija je povezana s posttranslacijsko modifikacijo histonov. Dnmts reagirajo z encimi, ki regulirajo modifikacijo histonov pri represiji izražanja genov; vežejo se na histonske deacetilaze in pomagajo DNA tesno naviti na histone. Prav tako modifikacije histonov vplivajo na metilacijske vzorce na DNA.

==2. Dedovanje==

==3. Vloga DNA metilacije pri nevroloških in duševnih motnjah==
Metilacijski vzorci DNA, ki se ustvarijo med razvojem, se lahko modulirajo z nevronsko aktivnostjo, da bi lahko izvajali proces učenja in pomnjenja. Ko so mehanizmi, ki ustvarijo in prepoznajo te vzorce, okvarjeni, nastanejo težave pri izvajanju kognitivnih veščin.
===MeCP2 in Rettov sindrom===
Eden od najpogostejših oblik duševne zaostalosti je Rettov sindrom, ki nastane zaradi mutacije metil CpG vezavnega proteina MeCP2. Čeprav se ta protein izraža v večini celic, je še posebej pomemben za normalno funkcijo živčevja.
Pri miših izguba MeCP2 v nevronih vodi do nastanka Rettovega sindroma oz. povzroči večino simptomov te bolezni. Fenotip MeCP2-mutirane miši se lahko povrne v prejšnje stanje z obnovitvijo tega gena v postmitotskih nevronih.
MeCP2 je reguliran z nevronsko aktivnostjo in uravnava izražaje BDNF (Brain-derived neurotrophic factor). Prekomerno delovanje tega proteina v postmitotskih nevronih MeCP2-mutirane miši izboljša njihov fenotip, kar pomeni, a je MeCP2 pomemben za regulacijo genov, kot je BDNF, ti so pa regulirani z nevronsko aktivnostjo in so esencialni za normalne kognitivne veščine.
===Sindromi v povezavi s FMR1===
Nepravilna metilacija enega samega gena ali alela ima lahko znatne posledice v možganih. Sindrom krhkega X kromosoma (Fragile X Syndrome, FXS) nastane zaradi metilacije abnormalne ekspanzije CGG ponovitve (200 – 1000-krat, kar naredi to območje gena nestabilno) na FMR1 genu, ki se nahaja na X kromosomu in je pogosta oblika duševne zaostalosti. Hipermetilacija v tem primeru vpliva na utišanje transkripcije. Translacija FMR1 je regulirana z nevronsko aktivnostjo in njen proteinski produkt (FMRP) ima vlogo v sintezi proteinov v sinapsah. Na podoben način nastaneta tudi Prader-Willi-jev in Angelmanov sindrom.
===Vpliv drog===
Metilacija DNA se lahko spremeni tudi s ponavljajočo modulacijo mikrookolja možganov, npr. z električno stimulacijo. Po enakem principu delujejo tudi droge – uživanje kokaina zviša izražanje MeCP2. Ena od posledic so tudi postranslacijske modifikacije komponent, ki sodelujejo pri metilacijah.
===Psihološki dejavniki===
Spremenjeni metilacijski vzorci DNA so povezani z mnogimi psihološkimi motnjami, npr. s stresom v rani mladosti. Materino zanemarjanje je bil dovolj velik razlog za spremembo v stopnji metilacije DNA pri glodalcih. Povišala se je metilacija znotraj promotorja glukokortikoidnih receptorjev in s tem se je reduciralo njihovo izražanje. Ta vzorec se je ohranil še v odrasli dobi, kar je vodilo v večji odziv na stres. Enako se odzivajo tudi ljudje, ki so bili izpostavljeni nasilju v otroštvu.
===Bipolarna motnja===
Je bolezen, ki jo spremljajo epizode hude depresije in neobvladljive manije. Farmakološke študije kažejo na morebitno vlogo DNA metilacije na patofiziologijo te bolezni. Natrijev valproat je zdravilo, ki deluje kot inhibitor histon deacetilaze. Acetilacija histonov je povezana z metilacijo DNA in igra vlogo v epigenetski regulaciji ter izražanju genov.

Poleg tega je S-adenozil metionin (SAM) znan kot učinkovito sredstvo v boju proti tej bolezni. SAM oskrbuje metilna mesta na DNA in okrepi metilacijo le-te in vitro.

==Zaključek==
Metilacije (predvsem citozina) DNA spadajo med epigenetske spremembe. Diferencirane celice razvijejo stabilne in edinstvene metilacijske vzorce, ki v povezavi s transkripcijskimi faktorji in represorji regulirajo izražanje genov. Metilacije sodelujejo pri utišanju retrovirusnih elementov, regulaciji tkivno specifičnega izražanja genov, genomskem vtisnjenju in inaktivaciji X kromosoma. Natančna regulacija metilacije DNA poteka skozi vse življenje, je esencialna za normalen kognitivni razvoj zarodka, zato že manjše napake v tem mehanizmu vodijo v nevropsihološke motnje.

==Viri==

Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen

2014-04-20T15:47:17Z

AnaCirnski: New page: ==Uvod== Metilacije DNA so pomemben mehanizem dinamičnosti kromatina in uravnavanja transkripcije. Poleg razumevanja, kaj se dogaja na molekulski ravni, kako se te spremembe dedujejo in k...

Struktura kromatina

2014-03-21T12:10:31Z

AnaCirnski: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2013/14 namenjeni obravnavi strukture kromosomov oziroma kromatina, od strukturnih do regulatornih tem. Čeprav osnovno strukturo kromosomov že poznate, je sodobna molekularna biologija ves čas na sledi novim spoznanjem, ki nam omogočajo bolj podroben vpogled v delovanje in fleksibilnost kromatina.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli predvidoma konec aprila in v začetku maja. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Čeprav tema do neke mere sega na področje celične biologije, je predvsem molekularnobiološka. Zato izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere biološke molekule sodelujejo pri vzpostavljanju strukture kromatina, njegovi plastičnosti (kondenzacija, dekondenzacija) in dinamičnosti (aktivni/neaktivni kromatin) ter uravnavanju transkripcije. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili. Izhodišče, ki ga ni treba ponovno razlagati, je nukleosomska struktura evkariontskega kromatina ter osnovne stopnje kompaktiranja kromatina in razumevanje osnov dodatnega zvitja pri bakterijskem kromosomu.

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 17.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 23.4., 5 - 8 25.4., 9 - 12 7.5. in 13 - 16 9.5.2014. Vsaka skupina ima za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

# Značilnosti bakterijskih kromosomov
# Medmolekulske interakcije znotraj nukleosomov
# Značilnosti kromosomskih ogrodij
# Kompaktiranje kromosomov
# Proteini, ki stabilizirajo kondenzirane kromosome
# Biokemijska struktura centromerov in njihove interakcije
# Biokemijska struktura telomerov
# Telomeraze
# Kromatin in replikacija genoma / nukleosomi med replikacijo
# Kromosomske domene in kontrolne regije lokusov (LCR)
# Posttranslacijske modifikacije histonov in njihov pomen
# Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen
# Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov
# Ponavljajoča se zaporedja v genomu
# Organizacija genov v kromatinu
# Posebnosti kromosomov X in Y / bolezni, povezane s tema dvema kromosomoma

===Skupine===

Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (skupine oblikujte do 31.3. opolnoči - imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 1. Biokemijske značilnosti bakterijskih kromosomov (Janez Gorenc, Petra Novak)

# Značilnosti bakterijskih kromosomov
# Medmolekulske interakcije znotraj nukleosomov
# Značilnosti kromosomskih ogrodij
# Kompaktiranje kromosomov
# Proteini, ki stabilizirajo kondenzirane kromosome
# Biokemijska struktura centromerov in njihove interakcije
# Biokemijska struktura telomerov (Tim Božič, Ema Guštin, Luka Kavčič)
# Telomeraze
# Kromatin in replikacija genoma / nukleosomi med replikacijo (Jure Fabjan, Vid Jazbec, Mojca Juteršek)
# Kromosomske domene in kontrolne regije lokusov (LCR)
# Posttranslacijske modifikacije histonov in njihov pomen (Peter Prezelj, Filip Mihalič)
# Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen (Rok Ferenc, Ana Cirnski, Vesna Radić)
# Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov
# Ponavljajoča se zaporedja v genomu
# Organizacija genov v kromatinu
# Posebnosti kromosomov X in Y / bolezni, povezane s tema dvema kromosomoma (Sara Košenina, Ana Krišelj, Sabina Štukelj)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Reprogramiranje celic]].

BIO2 Povzetki seminarjev 2012

2012-11-17T23:42:17Z

AnaCirnski: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2012/2013 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2012/2013 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2012 stran]

===Griša Prinčič: Vpliv T3SS sekretov na odziv gostiteljske celice ===

S pomočjo EM je bilo mogoče podrobneje prepoznati in opisati tip III sekrecijski sistem in njegove komponente. Identificirali so vsaj pet različnih strukturnih komponent, njihovo proteinsko sestavo in delovanje.Več kot 20 različnih proteinov (YopD, YopB, YscF, YscP, YscR, YscS, YscT, YscU, YscV...) je potrebnih za učinkovito funkcioniranje T3SS-a, od katerih jih veliko kaže sekvenčno podobnost pri različnih vrstah. T3SS je sestavljen iz: igelnega dela , ki sestoji iz sekvenčno različnega proteina in tvori zvonasto ali filamentozno strukturo, zunajmembranskega kompleksa, znotrajmembranskega kompleksa in regulatornih komponent.

Efektorji, ki jih bakterija »dostavi« v celico modulirajo različne signalne poti. Blokirajo lahko MAPK in MAPKK (ospF, YopJ), kar zavre imunski odziv celice in prepreči vnetne procese. Pospešijo ali upočasnijo ubiquitinacijo (Cif in CHBP), za kar koristnost in učinkovitost še ni znana. Blokirajo majhne GTP-aze (IbpA), kar povzroči spremembe v aktinskem citoskeletu in moten membranski transport. Nekatere bakterije se v gostiteljski celisi razmnožujejo s pomočjo vakuol. SifA in SseJ sta bakterijska proteina, ki omogočata učinkovito tvorjenje tovrstnih struktur. Nekateri efektorji motijo tudi sintezo maščobnih kislin, nekateri poškodujejo pomembne celične strukture kot je na primer golgijev aparat. Vsi bakterijski efektorji delujejo na principu kovalentne modifikacije, torej trajno spremenijo strukturo in s tem inaktivirajo proteine – preprečijo kaskadno verigo.

===Erik Janežič: Hippo signalna pot in matične celice ===

Hippo signalna pot je ena glavnih regulatornih sistemov, ki preprečujejo tumorogenezo, nadzorujejo rast organov in sodelujejo pri diferneciaciji in vzdrževanju stalne gostote zarodnih celic. Hippo, drugače imenovana tudi Salvador/warts/hippo (SWH), je dobila takšno ime, ker mutacije v mehanizmu peljejo do preraščanja tkiva, kar lahko s tujko imenujemo »Hippopotamus «like phenotype. Prvič je bila opazovana v vinski mušici Drosophilia in večina ključnih raziskav je potekala prav na tem modelnem organizmu. Znanje pridobljeno z opazovanjem mehanizma mušic pa lahko direktno prenesemo tudi na lastnosti Hippo signalizacije sesalcev. Študije so namreč pokazale, da imajo vse ključne komponente pri mušici direktne ortologe v sesalcih in drugih organizmih. Smiselen se zdi sklep, da je bila Hippo signalna pot v veliki meri takšna kakor jo poznamo danes, prisotna že v prvih večceličnih organizmih,kar je tudi logično saj je pravilna diferenciacija in usmerjanje celic ključnega pomena za nastanke funkcionalnih celičnih enot (organov).
V preteklem desetletju s številne raziskave s Hippo področja zagotovile dobro poznavanje osrednje kinazne kaskade, katere funkcija je inaktivacija oziroma aktivacija YAP/TAZ transkripcijskih kofaktorjev proteinov družine TEA. Pri Hippo signalizaciji poleg osrednje kaskade sodelujejo tudi številni membranski in citoskeletni proteini, ki imajo veliko funkcij tudi pri kontaktni inhibiciji. Ogromno eksperimentalnih dokazov kaže neposredno povezanost nepravilnega delovanja Hippo signalizacije in nastankom raka, kar je verjetno razlog za intenzivne raziskave na tem področju v današnjem času.

===Dejan Marjanovič: Vpliv in delovanje vimentina v celični signalizaciji in pomen poznavanja teh mehanizmov===

Vimentina, glavni predstavnik intermediarnih filamentov (IF) , je izražen v normalnih mezenhimskih celicah, in je znano, da ohrani celovitost celic in zagotavlja odpornost proti stresu. Povečano koncentracijo vimentina, so poročali v različnih rakavih epitelih, vključno raka prostate, tumorjev prebavil, tumorjev centralnega živčnega sistema, raka dojke, pljučnega raka in druge vrste raka. Prekomerno izražanje vimentina v raku je povezano tudi z večjo rastjo tumorja, vendar je vloga vimentina v napredovanju raka še vedno nejasna.
Na podlagi njegovega prekomernega izražanja v rakavih obolenjih in njegovo vlogo pri posredovanju v različnih tumorgenih dogodkih, vimentin služi kot privlačen cilj za zdravljenje raka. Poleg tega naj bi raziskave, usmerjene k pojasnjevanju vloge vimentina v različnih signalnih poteh, odpirale številne nove pristope za razvoj obetavnih zdravil za zdravljenje.

Ker pa je moje širše področje signalizacija,se bom bolj podrobno usmeril za signalizacijske poti, razjasnitev številnih mehanizmov in vmesnih sodelujočih proteinov, encimov itd. Vimentin je znan po tem, da interagira z velikim številom proteinov in sodeluje v različnih celičnih funkcijah. Poleg tega vimentin sodeluje tudi v številnih drugih procesih, ki vključujejo oblikovanje kompleksov z več signalnimi molekulami in drugimi proteini.

Iz te študije je razvidno, da vimentin ne deluje le kot ogrodni protein, temveč tudi posreduje pri večih poteh sporočanja in v celičnih procesih. Prav tako bi bilo zanimivo izvedeti, druge funkcije vimentina v jedru in morebitne vloge pri posredovanju v procesih celičnega cikla. Poleg tega bi lahko zunajcelični vimentin sodeloval pri posredovanje pri več signalnih procesih z vezavo na specifične receptorje, ki jih je treba še raziskati.

===Estera Merljak: Vpliv PKM2 na rakave celice===

Piruvat kinaza M2 (PKM2) ima zelo pomembno vlogo pri rakavih celicah. je ena izmed oblik piruvat kinaze, ki katalizira pretvorbo fosfoenolpiruvata (PEP) v piruvat, pri čemer se fosfatna skupina iz PEP prenese na ADP ter s tem dobimo ATP. PKM2 je v izražena v celicah, ki se hitro delijo, kot so zarodne in rakave celice. Izražanje omogoča veliko transkripcijskih faktrojev, posebno pomembni pa so transkripcijski faktorji iz družine heterogenih jedernih ribonukleoproteinov (hnRNPs), ki dajejo prednost sintezi PKM2 z neposrednim vplivanjem na mRNA.
Vpliv PKM2 na celičen metabolizem je zelo pomembna, saj lahko v celici prehaja med neaktivno dimerno obliko in aktivno tetramerno obliko, kar privede do različnih produktov. Aktivnost PKM2 je regulirana s strani mnogih snovi, med drugim intermediatov glikolize, ki lahko povečajo ali zmanjšajo aktivnost piruvat kinaze M2. Prav tako na aktivnost vplivajo razne post-translacijske spremembe aminokislin v samem proteinu, ki so rezultat kompleksnih reakcij v celici. S takimi procesi celica regulira sintezo energije in sintezo drugih prekurzorjev za množitev celic.
Poznavanje teh procesov ima velik medicinski pomen, saj lahko pripelje do oznajdbe specifičnih zdravil za zdravljenje raka, ki bi napadale in uničile le rakave celice, zdravih pa ne.

===Maja Kostanjevec: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah===

Glukoza je pomemben vir energije, ki ureja marsikatero metabolno pot. Njena vloga se razlikuje od celice do celice glede na to, kakšne naloge opravlja. Posledično so se v evoluciji razvili različni mehanizmi njenega zaznavanja in prenosa signalov.

Preučevanje zaznavnih mehanizmov glukoze je zapleteno, saj ima poleg hranilne vloge tudi signalno, ki pa jo včasih težko ločimo od ostalih procesov, v katerih sodeluje. Trenutno so najbolj raziskani mehanizmi v kvasovkah, saj gre za najenostavnejše evkarionte. V njih so odkrili štiri različne signalne poti: glavno represivno pot, cAMP pot ter inducirani poti, ki sta odvisni od senzorjev Snf3 in Rgt2 oz. od fosforilacije.

Veliko bolj zahtevna je regulacija glukoze v rastlinah. V njih skrbi za izražanje različnih genov, ki urejajo procese fotosinteze, metabolizma, rasti… V modelni rastlini Arabidopisis thaliana so bili raziskani trije različni mehanizmi zaznavanja. Prvi je odvisen od heksokinaze in represira fotosintetske gene, drugi je od heksokinaze neodvisen in vsebuje še neznan receptor ter tretji, ki temelji na procesu glikolize in njenih vmesnih produktov.

Zaznavanje glukoze pri sesalcih ima posebne lastnosti, ki se razlikujejo tako od tistih v kvasovkah kot v rastlinah. Ti mehanizmi so najbolje preučeni v beta celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke, ki skrbijo za izločanje inzulina. Znano je, da je pri tem potreben obsežen metabolizem glukoze, kot glavni mediator pa nastopa ATP.

===Julija Mazej: Metabolizem glukoze v živčnih celicah===

Glukoza je preferenčno gorivo za možganske celice. Čeprav možgani predstavljajo le 2% celotne telesne mase, za svoje delovanje porabijo kar 25% zaužite glukoze. Možganske celice lahko kot energijski substrat uporabijo tudi: laktat, piruvat, glutamin in glutamat. Kakršnakoli ovira pri energijski oskrbi, je zelo rizična in se lahko konča z nezavestjo ali celo komo v manj kot 10 sekundah. V izogib takšnemu izidu so nekatere celice sposobne nadomestiti primanjkljaj energije oz. ATP z intenzivnejšo glikolizo. To velja za nevroglijalne celice, ki z glikolizo proizvajajo laktat. Vendar pa povišana glikoliza nima enakega vpliva na vse živčne celice. Nevroni zaradi povišane glikolize manj glukoze oksidirajo po pentoza-fosfatni poti, ki tam sicer poteka v normalnih razmerah. Ta metabolična pot je za nevrone zelo pomembna, ker se pri pretvorbi glukoza-6-fosfata v ribozo-5-fosfat regenerira NADPH. To je pomemben antioksidant, ki regenerira reduciran glutation in tako varuje nevrone pred poškodbami, zaradi reaktivnih kisikovih spojin. Glikolizo v nevro celicah stimulirajo hipoksični pogoji, nevrotoksične snovi, mutacije v respiratorni verigi.. Anomalije v metabolizmu glukoze so prisotne v mnogih nevrodegenerativnih boleznih, npr. Alzheimerjevi, Parkinsonovi, Huntingtonovi bolezni. Tu se kaže aplikativen pomen raziskav povezanih z metabolizmom glukoze v možganih. Velik problem pri razumevanju metabolizma v živčnih celicah predstavljajo nepojasnjene interakcije med glija celicami in nevroni .

===Jernej Pušnik: Uravnavanje metabolizma z acetilacijo proteinov===

V svoji seminarski nalogi bom predstavil pomen posttranslacijske modifikacije-acetilacije pri uravnavanju celotnega celičnega metabolizma. Kot že verjetno vsi veste, je večina reakcij, ki so del neke metabolne poti, kataliziranih z encimi. Ti pa so v osnovi proteinske makromolekule, sestavljene iz dvajsetih različnih aminokislin. Ena izmed teh aminokislin je lizin in vsebuje dve amino skupini. S prvo se povezuje v peptidno vez, druga, ki se nahaja na koncu ogljikovodikove verige pa je tarča acetilacije. Ko se acetilna skupina enkrat veže na lizinski ostanek, to povzroči določene spremembe v strukturi proteinske molekule, s tem pa se tudi spremeni encimska aktivnost. Na ta način so regulirani skoraj vsi encimi metabolizma. V seminarju sem opisal kako pride do same acetilacije in deacetilacije, da je pri tem potrebna prisotnost določenih encimov, kako se spremeni delovanje encimov delujočih v glikolizi, glukoneogenezi, citratnem ciklu, oksidaciji maščobnih kislin, oksidaciji aminokislin in ciklu sečnine. Ker je acetilacija tako razširjena modifikacija pri nadzorovanju metabolizma, imajo raziskave na tem področju velik potencial za odkritje novih terapevtskih pristopov k zdravljenju bolezni srca in ožilja, diabetesa, debelosti, itd.

===Rok Razpotnik: Metabolizem rakastih celic in njegova regulacija===

V dani seminarski nalogi bom predstavil osnovne lastnosti rakavih celic, tipe celic, ki se nahajajo v tumorskem mikrookolju, ter podrobneje predstavil nekatere osnovne lastnosti metabolizma rakastih celic ter njene regulacije. Mutacije onkogenov in tumor supresorskih genov povzročijo spremembe v signalizacijskih poteh, katere povzročijo spremembe metabolizma rakastega tkiva. Metabolizem deluje v prid celični rasti, intenzivni celični delitvi, zaviranju apoptoze itd. Sam metabolizem rakastih celicah temelji na treh osnovnih temeljih: povečani produkciji energije, zadostni biosintezi potrebnih makromolekul in vzdrževanju redoks stanja. Da izpolnjujejo vse tri pogoje se rakaste celice poslužujejo mnogih regulacij metabolizma, z različnimi strateškimi potmi, npr. proteoliza skeletnih mišic, lipoliza maščobnega tkiva, intratumorna simbioza med laktat-proizvajajočimi in laktat-porabnimi celicami, upočasnevanje glikolize in usmerjanje intermediatov v pentoza fosfatno pot itd. Ker pa je mikrookolje, ki obkroža rakasto tkivo zelo dinamično, je za rakaste celice značilna metabolična fleksibilnost. Raziskave in razumevanje metabolične fleksibilnosti bi doprinesle k novim možnim strategijam zdravljenja. Učinek na reguliran metabolizem rakastega tkiva, bi imel ogromen vpliv na viabilnost rakastega tkiva, saj je metabolizem sklopljen s številnimi lastnostmi rakastih celic.

===Ajda Rojc: Metabolizem skeletnih mišic===

Mišice so največji porabnik energije v telesu, saj nam omogočajo vrsto različnih dejavnosti pri katerih se porablja energija. V našem telesu potekata dva različna sistema metabolizma – anaerobni in aerobni. Pri anaerobnem metabolizmu imata pomembno vlogo kreatin fosfat in glikogen. Zaloge ATP je v mišicah zelo malo, zato takoj nastopi cepitev visokoenergetskih vezi v kreatin fosfatu. Po porabi te energije se v glikolizi razgradi glikogen, ki se pri pomanjkanju kisika v mišicah namesto v piruvat, pretvori v laktat in to povzroča bolečine v mišicah. Druga vrsta metabolizma pa deluje kadar je kisika dovolj in to je aerobni metabolizem. Poleg glukoze se pri tej vrsti presnove razgrajujejo tudi maščobne kisline, ki se v β-oksidaciji reducirajo do vodika in acetil-CoA, ta pa vstopi v Krebsov cikel, kjer se proizvede energija ATP. Večja razpoložljivost maščobnih kislin vpliva na nalaganje znotrajmišičnega prostega Pi in AMP med vadbo. Pi in AMP sta odgovorna za regulacijo encima glikogen fosforilaze, ki cepi glikogen. Torej, če se njune koncentracije znižajo pride do manjšega števila cepitev glikogena na glukozo. Pri znatnem povišanju dostopnosti maščobnih kislin je glikogen fosforilaza inhibirana. To je le eden od načinov regulacije substratov v mišičnem metabolizmu. Domnevajo, da je oksidacija maščob regulirana s podobnimi faktorji (npr. adrenalin, Ca2+, ADP, AMP, Pi; AMPK, pH, acetil-CoA) kot razgradnja ogljikovih hidratov, vendar je glede tega, kako te faktorji vplivajo na regulacijo maščobnih kislin in oksidacijo maščob ter kaj je njihova vloga še veliko nejasnosti.

===Janez Meden: NADH-fumarat reduktaza - primerna tarča za zdravljenje s kemoterapijo===

Celično dihanje je sestavljeno iz glikolize, citratnega ciklusa in verige za prenos elektronov. Večina energije nastane, v obliki ATP pri zadnji stopnji celičnega dihanja, torej pri prenosu elektronov skozi komplekse I, II, III, IV in nastanku ATP-ja v kompleksu V – ATP-sintazi. Zadnja stopnja pa je mogoča le v prisotnosti O2.
Pa vendar življenje obstaja tudi v hipoksičnem okolju. Posebna oblika energijskega metabolizma, ki je značilno za nekatere bakterije, notranje zajedavce in školjke ter celo rakave celice je fumaratsko dihanje. Ta način metabolizma omogoča nekoliko boljši izkoristek energije. Pri njem sodelujeta le dva kompleksa I in II. Kompleks II je povezan s citratnim ciklusom – TCA in verigo za prenos elektronov. Prenašalec med kompleksoma je kvinon z nizkim redoks potencialom, kot je npr. rodokvinon pri A. suum, ali pa menakvinon, znan kot vitamin K.
Z razumevanjem mehanizma fumaratskega dihanja bi lahko razvili zdravila, ki bi inhibirala ali celo onemogočila delovanje tega mehanizma. Primerna tarča novih zdravil bi lahko bila Fp podenota kompleksa II ali pa bi zdravilo lahko delovalo tudi kot kompetitivni inhibitor kvinona.

===Ana Kunšek: Večfunkcionalnost akonitaze===

Akonitaza je protein, ki katalizira drugo stopnjo Krebsovega cikla, torej pretvorbo citrata v izocitrat. Vendar je tudi eden izmed "moonlighting" proteinov, torej proteinov, ki imajo poleg glavne tudi druge funkcije. Prav zato, ker ima toliko funkcij je njena vloga v celici še toliko bolj pomembna, nepravilno delovanje pa lahko pripelje tudi do pojava diabetesa in miopatije.

Akonitaza poleg kataliziranja omenjene pretvorbe citrata v izocitrat pomaga tudi pri uravnavanju koncentracije železa v celici, stabilizaciji oz. destabilizaciji mitohondrijske DNA ter pri odgovoru na oksidativni stres. Pri uravnavanju koncentracije železa se veže na mRNA in s tem zaustavi sintezo feritina (proteina, ki veže železo) ter s tem pomaga pri uravnavanju homeostaze. Mitohondrijsko DNA destabilizira, kar ji pomaga za lažje podvojevanje, pri oksidativnem stresu pa je ključni faktor pri uravnavanju pravilnega pH-ja v celici, brez katerega encimi ne morejo pravilni delovati.

Že samo s temi funkcijami smo ugotovili, da je akonitaza zelo pomembna v našem življenju, vendar verjetno še vedno ne poznamo vseh njenih funkcij, saj je odkrivanje "moonlighting" proteinov in njihovih ostalih funkcij zelo težko in zahteva veliko eksperimentalnega dela. Vendar bi lahko z vedenjem vseh funkcij proteinov iznašli tudi takšna zdravila, ki stranskih učinkov ne bi imela, saj bi zablokirala ali pospešila sintezo le tistega proteina, za katerega je to potrebno in ne bi s tem vplivala tudi na ostale funkcije proteina v organizmu.

===Tomaž Rozmarič: Warburg in Crabtree efekt===

Znanstveniki so ugotovili, da rakave celice, kljub prisotnosti kisika, ne izvajajo aerobnih procesov. Namesto tega so se usmerile v glikolizo. Temu se reče Warburg efekt. Kaj so rakave celice s tem pridobile, še ni čisto raziskano. Obstajajo pa hipoteze, da so zaradi tega veliko bolj invazivne, se sposobne deliti pri nizkih koncentracijah kisika in se izogniti apoptozi. Warburgov efekt je reguliran na večih stopnjah metabolne poti, s prekomerno izraženimi in prekomerno aktivnimi encimi, ki vzpodbujajo glikolizo ter inhibicijo proteinov, ki spodbujajo aerobni metabolizem.
Zraven Warburgovega efekta poznamo še Crabtree efekt. Ta mehanizem rakavi celici omogoča preklop na aerobni metabolizem pri pomanjkanju glukoze in obratno pri velikih koncentracijah. Brez poznavanja obeh mehanizmov in prekinitvi obeh hkrati je uspešnost zdravljenja raka zelo majhna.
Znanstveniki so našli vrsto kvasovke, ki ima skoraj identični metabolizem, kot ga ima rakava in je Crabtree pozitivna. Pri nizkih koncentracijah glukoze izvaja anaerobni metabolizem, v prisotnosti visoke koncentracije pa aerobni. Zaradi navedenih lastnosti je idealna za študijo rakavih celic.
Ko bodo znanstveniki natančno proučili Warburg in Crabtree efekt, se bodo lahko razvila tarčna zdravila, katera bi bistveno izboljšala kakovost našega življenja.

===Erik Mršnik: Adrenolevkodistrofija===

X-vezana adrenolevkodistrofija je precej redka bolezen, ki pa ima zelo hude posledice. Te v večini primerov vodijo v zgodnjo smrt. Z razumevanjem biokemijskega in genetskega ozadja te bolezni so v zadnjih letih naredili velik korak naprej v odkrivanju in preprečevanju te bolezni.
V osnovi gre za napako (mutacije so v večini primerov dedne - 90 %) na genu ABCD1, kar se odraža na ALDP (adrenolevkodistrofični protein), ki je peroksisomalni transportni protein. Če ne deluje, je otežena oziroma onemogočena β-oksidacija VLCFAs (dolgih maščobnih kislin), ki se nabirajo v tkivih in povzročajo velike težave v delovanju možganov in živčevja ter nadledvične žleze. Bolezen se odraža v različnih fenotipih, ki prizadenejo predvsem moške (otroke in moške srednjih let), ženske so navadno le prenašalke, lahko pa se tudi pri njih izrazijo blažji simptomi. Če se bolezen odkrije že v zgodnji fazi, je možnost pomoči večja. Predvsem uspešna je presaditev krvotvronih matičnih celic. Velikokrat pregledajo že dojenčke (t.i. newborn screening), za katere vejo (zaradi dednosti), da so podvrženi tej bolezni, kar bistveno pripomore k pravilnemu pristopu pri izbiri terapije.

===Katja Leben: Tia-maščobne kisline===

Tia-maščobne kisline so umetno sintetizirane nasičene maščobne kisline, ki se od ostalih razlikujejo po vsebnosti heterogenega žveplovega atoma. Zaradi posebnega metabolizma – žveplov atom preprečuje za maščobe običajno β-oksidacijo – in zadostnih podobnosti z naravnimi maščobnimi kislinami so nekatere tia-maščobne kisline široko farmakološko uporabne, saj imajo veliko različnih aplikativnih vplivov na bio sisteme.

Katabolizem tia-maščobnih kislin do β-oksidacije poteka običajno, ko pa se žveplov atom približa aktivnemu mestu se proces ustavi. Pri 4-tiamaščobnih kislinah pride do inhibicije drugega encima v obratu β-oksidacije, kar negativno vpliva na metabolizem maščobnih kislin, med tem, ko 3-tia-maščobne kisline sploh ne morejo vstopiti v β-oksidacijo in se razgradijo po ω-oksidativni poti. Vse sode nasičene tia-maščobne kisline se po nekaj obratih β pretvorijo v 4-tia-maščobne kisline, zato tudi reagirajo enako, vse lihe nasičene tia-maščobne kisline pa se z β-oksidacijo lahko pretvorijo v 3-tia-maščobne kisline in nato reagirajo enako.
Zaradi posebnega metabolizma so tia-maščobne kisline uporabili tudi za proučevanje delovanja in regulacijie različnih celičnih procesov povezanih z metabolizmom lipidov. Njihov vpliv je močno odvisen od lege žveplovega atoma v ogljikovem skeletu. Tako 4-tia-maščobne kisline zavirajo oksidacijo maščobnih kislin, 3-tia-maščobne kisline pa jo pospešujejo, kar je zaželjeno pri regulaciji bolezenskih stanj, ko je v celici povečana količina maščobnih kislin.

Biološki odzivi na tia-maščobne kisline obsegajo vpliv na transkripcijski faktor PPARα (peroksisom proliferator aktiviran receptor), mitohondrijsko proliferacijo, antiadipoznost, antioksidativne lastnosti, zmanjšanje proliferacije hitro delečih se celic in celično diferenciacijo. Zadnje raziskave kažejo, da tia-maščobne kisline niso škodljive za naš organizem tudi ob dolgotrajnem uživanju in bi se torej lahko uporabljale kot zdravila.

===Ana Cirnski: Peroksisomalna razgradnja maščobnih kislin===

Maščobne kisline se razgrajujejo do enostavnejših snovi v procesu, imenovanem β-oksidacija. Ta poteka v mitohondriju, pa tudi v peroksisomu. Peroksisomalna in mitohondrijska β-oksidacija se poleg kraja, kjer poteka razgradnja, razlikujeta še v encimih, ki reakcije katalizirajo in v substratih, ki se oksidirajo.

Rastline razgrajujejo tudi take maščobne kisline, ki jih živali in ljudje ne moremo. Za razliko od nas, lahko maščobne kisline popolnoma razgradijo (saj so peroksisomi edino mesto razgradnje), mi pa v peroksisomih razgrajujemo le zelo dolge maščobne kisline do ustreznih intermediatov, ki se dokončno razgradijo v mitohondriju.

Oksidacija nenasičenih maščobnih kislin v višje razvitih rastlinah je pomembna za proizvodnjo mnogih spojin, med njimi so bioaktivne molekule, imenovane oksilipini. Mednje spadajo tudi jasmonska kislina in njeni derivati, ki so pomembne signalne molekule in sodelujejo pri obrambi, komunikaciji, signalizaciji in odgovoru na različne biotske in abiotske stresorje. Povzročajo tudi staranje rastline in odpadanje listov.

Jasmonska kislina se sintetizira v oktadekanojski poti iz α-linolenske kisline (18:3). Pretvorba se začne v kloroplastu, kjer se pretvori v 12-okso-fitodienojsko kislino (OPDA). Ta potuje v peroksisom, kjer nastane oksofitoenojska kislina (OPC:8), ki vstopi v β-oksidacijo in se oksidira v jasmonsko kislino.

Danes se jasmonska kislina in njeni derivati že uporabljajo v aplikativni znanosti.

BIO2 Seminar 2012

2012-11-15T09:53:42Z

AnaCirnski: /* Seznam seminarjev */

== Novice za študente ==
[https://www.google.com/calendar/embed?src=94r835uhlqu6sornlvmnldb5d0%40group.calendar.google.com&ctz=Europe/Belgrade Razpored izpitnih rokov in kolokvijev ter nekaterih kolokvijev iz vaj]

= Biokemijski seminar =
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak petek od 9:00 do 12:00.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Erik Kristian Janežič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0962892412000694 Hippo signalna pot in matične celice ]||Filip Mihalič||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Dejan Marjanovič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0014482707001450 Vpliv in delovanje vimentina v celični signalizaciji in pomen poznavanja teh mehanizmov]||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Griša Prinčič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000411001149 Vpliv T3SS sekretov na odziv gostiteljske celice]||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||Ajda Rojc||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Maja Kostanjevec||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000401018059# Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah]||Sara Lorbek||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Julija Mazej||14||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002072 Metabolizem glukoze v živčnih celicah]||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||Ana Kunšek||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Estera Merljak||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S096800041200059X Vloga PKM2 v rakavih celicah]||Suzana Semič||Monika Biasizzo||Janez Meden||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Jernej Pušnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410001702 Uravnavanje metabolnih poti z acetilacijo proteinov]||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Rok Razpotnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304419X12000534 Metabolizem rakastih celic in njegova regulacija]||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||Erik Mršnik||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Ajda Rojc||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001448271000282X Metabolizem skeletnih mišic]||Ana Grom||Matej Vrhovnik||Katja Leben||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Tomaž Rozmarič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810006869 Crabtree in Warburg efekt: izvor energije rakavih celic]||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||Matic Kovačič||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Kunšek||16||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000406000843 Večfunkcionalnost akonitaze]||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Janez Meden||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304416511003059 NADH-fumarat reduktaza - primerna tarča za zdravljenje s kemoterapijo]||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Cirnski||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0163782701000224 Peroksisomalna razgradnja maščobnih kislin]||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||Nastja Pirman||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Erik Mršnik||17||[http://www.nature.com/nrneurol/journal/v3/n3/full/ncpneuro0421.html Adrenolevkodistrofija]||Julija Mazej||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Katja Leben||17||[http://journals.lww.com/co-lipidology/Abstract/2002/06000/Metabolic_effects_of_thia_fatty_acids.10.aspx Tio maščobne kisline]||Estera Merljak||Suzana Semič||Monika Biasizzo||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Matic Kovačič||18||Moj izbrani naslov||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Zala Gluhić||18||Moj izbrani naslov||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Bojana Lazović||18||Moj izbrani naslov||Ajda Rojc||Ana Grom||Matej Vrhovnik||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Nastja Pirman||19||Moj izbrani naslov||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Špela Tomaž||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001085450700183X Inhibicija fotosinteze]||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Monika Biasizzo||19||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002138 Mitohondrijski razklopni proteini]||Janez Meden||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||20||Moj izbrani naslov||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Barbara Dušak||20||Moj izbrani naslov||Erik Mršnik||Julija Mazej||Ellen Malovrh||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Matej Vrhovnik||20||Moj izbrani naslov||Katja Leben||Estera Merljak||Suzana Semič||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Filip Mihalič||21||Moj izbrani naslov||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Samo Zakotnik||21||Moj izbrani naslov||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Mirjana Malnar||21||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409001418 Adipokini - vpliv na metabolizem lipidov in PPAR]||Bojana Lazović||Ajda Rojc||Ana Grom||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Sara Lorbek||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410000915 Glutaminska odvisnost rakavih celic]||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Ellen Malovrh||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000407002150 Biosinteza hema v plazmodiju]||Špela Tomaž||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Suzana Semič||22||Moj izbrani naslov||Monika Biasizzo||Janez Meden||Griša Prinčič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Katarina Tolar||23||Moj izbrani naslov||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Aleksander Benčič||23||Moj izbrani naslov||Barbara Dušak||Erik Mršnik||Julija Mazej||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Ana Grom||23||Moj izbrani naslov||Matej Vrhovnik||Katja Leben||Estera Merljak||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju (peta izdaja), v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti članek iz revije [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS], če tam ne najdete primerne teme, lahko izberete tudi pregledni članek iz kakšne druge revije, ki ima faktor vpliva nad 5. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2012|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte avtorju in Gunčarju.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dHc2d2pCbDBWNzl5VHZaQUk1SG1HeVE6MA recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDZZOVVFNkwxb0JMeUFaMGltOVQ4aHc6MA mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2012

2012-11-12T11:51:15Z

AnaCirnski: /* Seznam seminarjev */

== Novice za študente ==
[https://www.google.com/calendar/embed?src=94r835uhlqu6sornlvmnldb5d0%40group.calendar.google.com&ctz=Europe/Belgrade Razpored izpitnih rokov in kolokvijev ter nekaterih kolokvijev iz vaj]

= Biokemijski seminar =
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak petek od 9:00 do 12:00.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Erik Kristian Janežič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0962892412000694 Hippo signalna pot in matične celice ]||Filip Mihalič||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Dejan Marjanovič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0014482707001450 Vpliv in delovanje vimentina v celični signalizaciji in pomen poznavanja teh mehanizmov]||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Griša Prinčič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000411001149 Vpliv T3SS sekretov na odziv gostiteljske celice]||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||Ajda Rojc||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Maja Kostanjevec||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000401018059# Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah]||Sara Lorbek||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Julija Mazej||14||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002072 Metabolizem glukoze v živčnih celicah]||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||Ana Kunšek||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Estera Merljak||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S096800041200059X Vloga PKM2 v rakavih celicah]||Suzana Semič||Monika Biasizzo||Janez Meden||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Jernej Pušnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410001702 Uravnavanje metabolnih poti z acetilacijo proteinov]||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Rok Razpotnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304419X12000534 Metabolizem rakastih celic in njegova regulacija]||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||Erik Mršnik||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Ajda Rojc||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001448271000282X Metabolizem skeletnih mišic]||Ana Grom||Matej Vrhovnik||Katja Leben||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Tomaž Rozmarič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810006869 Crabtree in Warburg efekt: izvor energije rakavih celic]||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||Matic Kovačič||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Kunšek||16||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000406000843 Večfunkcionalnost akonitaze]||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Janez Meden||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304416511003059 NADH-fumarat reduktaza - primerna tarča za zdravljenje s kemoterapijo]||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Cirnski||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0981942808002404 Peroksisomalna razgradnja maščobnih kislin]||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||Nastja Pirman||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Erik Mršnik||17||[http://www.nature.com/nrneurol/journal/v3/n3/full/ncpneuro0421.html Adrenolevkodistrofija]||Julija Mazej||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Katja Leben||17||[http://journals.lww.com/co-lipidology/Abstract/2002/06000/Metabolic_effects_of_thia_fatty_acids.10.aspx Tio maščobne kisline]||Estera Merljak||Suzana Semič||Monika Biasizzo||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Matic Kovačič||18||Moj izbrani naslov||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Zala Gluhić||18||Moj izbrani naslov||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Bojana Lazović||18||Moj izbrani naslov||Ajda Rojc||Ana Grom||Matej Vrhovnik||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Nastja Pirman||19||Moj izbrani naslov||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Špela Tomaž||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001085450700183X Inhibicija fotosinteze]||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Monika Biasizzo||19||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002138 Mitohondrijski razklopni proteini]||Janez Meden||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||20||Moj izbrani naslov||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Barbara Dušak||20||Moj izbrani naslov||Erik Mršnik||Julija Mazej||Ellen Malovrh||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Matej Vrhovnik||20||Moj izbrani naslov||Katja Leben||Estera Merljak||Suzana Semič||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Filip Mihalič||21||Moj izbrani naslov||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Samo Zakotnik||21||Moj izbrani naslov||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Mirjana Malnar||21||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409001418 Adipokini - vpliv na metabolizem lipidov in PPAR]||Bojana Lazović||Ajda Rojc||Ana Grom||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Sara Lorbek||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410000915 Glutaminska odvisnost rakavih celic]||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Ellen Malovrh||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000407002150 Biosinteza hema v plazmodiju]||Špela Tomaž||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Suzana Semič||22||Moj izbrani naslov||Monika Biasizzo||Janez Meden||Griša Prinčič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Katarina Tolar||23||Moj izbrani naslov||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Aleksander Benčič||23||Moj izbrani naslov||Barbara Dušak||Erik Mršnik||Julija Mazej||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Ana Grom||23||Moj izbrani naslov||Matej Vrhovnik||Katja Leben||Estera Merljak||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju (peta izdaja), v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti članek iz revije [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS], če tam ne najdete primerne teme, lahko izberete tudi pregledni članek iz kakšne druge revije, ki ima faktor vpliva nad 5. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2012|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte avtorju in Gunčarju.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dHc2d2pCbDBWNzl5VHZaQUk1SG1HeVE6MA recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDZZOVVFNkwxb0JMeUFaMGltOVQ4aHc6MA mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2012

2012-11-08T13:46:07Z

AnaCirnski: /* Seznam seminarjev */

== Novice za študente ==
[https://www.google.com/calendar/embed?src=94r835uhlqu6sornlvmnldb5d0%40group.calendar.google.com&ctz=Europe/Belgrade Razpored izpitnih rokov in kolokvijev ter nekaterih kolokvijev iz vaj]

= Biokemijski seminar =
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak petek od 9:00 do 12:00.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Erik Kristian Janežič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0962892412000694 Hippo signalna pot in matične celice ]||Filip Mihalič||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Dejan Marjanovič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0014482707001450 Vpliv in delovanje vimentina v celični signalizaciji in pomen poznavanja teh mehanizmov]||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Griša Prinčič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000411001149 Vpliv T3SS sekretov na odziv gostiteljske celice]||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||Ajda Rojc||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Maja Kostanjevec||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000401018059# Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah]||Sara Lorbek||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Julija Mazej||14||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002072 Metabolizem glukoze v živčnih celicah]||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||Ana Kunšek||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Estera Merljak||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S096800041200059X Vloga PKM2 v rakavih celicah]||Suzana Semič||Monika Biasizzo||Janez Meden||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Jernej Pušnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410001702 Uravnavanje metabolnih poti z acetilacijo proteinov]||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Rok Razpotnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304419X12000534 Metabolizem rakastih celic in njegova regulacija]||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||Erik Mršnik||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Ajda Rojc||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001448271000282X Metabolizem skeletnih mišic]||Ana Grom||Matej Vrhovnik||Katja Leben||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Tomaž Rozmarič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810006869 Crabtree in Warburg efekt: izvor energije rakavih celic]||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||Matic Kovačič||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Kunšek||16||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000406000843 Večfunkcionalnost akonitaze]||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Janez Meden||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304416511003059 NADH-fumarat reduktaza - primerna tarča za zdravljenje s kemoterapijo]||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Cirnski||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0981942808002404 Oksilipini]||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||Nastja Pirman||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Erik Mršnik||17||[http://www.nature.com/nrneurol/journal/v3/n3/full/ncpneuro0421.html Adrenolevkodistrofija]||Julija Mazej||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Katja Leben||17||[http://journals.lww.com/co-lipidology/Abstract/2002/06000/Metabolic_effects_of_thia_fatty_acids.10.aspx Tio maščobne kisline]||Estera Merljak||Suzana Semič||Monika Biasizzo||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Matic Kovačič||18||Moj izbrani naslov||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Zala Gluhić||18||Moj izbrani naslov||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Bojana Lazović||18||Moj izbrani naslov||Ajda Rojc||Ana Grom||Matej Vrhovnik||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Nastja Pirman||19||Moj izbrani naslov||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Špela Tomaž||19||Moj izbrani naslov||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Monika Biasizzo||19||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002138 Mitohondrijski razklopni proteini]||Janez Meden||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||20||Moj izbrani naslov||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Barbara Dušak||20||Moj izbrani naslov||Erik Mršnik||Julija Mazej||Ellen Malovrh||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Matej Vrhovnik||20||Moj izbrani naslov||Katja Leben||Estera Merljak||Suzana Semič||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Filip Mihalič||21||Moj izbrani naslov||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Samo Zakotnik||21||Moj izbrani naslov||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Mirjana Malnar||21||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409001418 Adipokini - vpliv na metabolizem lipidov]||Bojana Lazović||Ajda Rojc||Ana Grom||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Sara Lorbek||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410000915 Glutaminska odvisnost rakavih celic]||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Ellen Malovrh||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000407002150 Biosinteza hema v plazmodiju]||Špela Tomaž||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Suzana Semič||22||Moj izbrani naslov||Monika Biasizzo||Janez Meden||Griša Prinčič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Katarina Tolar||23||Moj izbrani naslov||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Aleksander Benčič||23||Moj izbrani naslov||Barbara Dušak||Erik Mršnik||Julija Mazej||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Ana Grom||23||Moj izbrani naslov||Matej Vrhovnik||Katja Leben||Estera Merljak||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju (peta izdaja), v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti članek iz revije [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS], če tam ne najdete primerne teme, lahko izberete tudi pregledni članek iz kakšne druge revije, ki ima faktor vpliva nad 5. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2012|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte avtorju in Gunčarju.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dHc2d2pCbDBWNzl5VHZaQUk1SG1HeVE6MA recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDZZOVVFNkwxb0JMeUFaMGltOVQ4aHc6MA mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar-2012

2012-03-01T16:52:44Z

AnaCirnski: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||TAL efektorji - proteini za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matic Urlep
|-
| Ana Grom||Protein TFF3 in rak na dojkah||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216094917.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Moj naslov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152819.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Mikrobna produkcija biogoriv||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/09/110927134254.htm povezava]||21.03.||26.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Matic Urlep||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Ajda Rojc||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Zdravljenje raka s siRNA in njena dostava do celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matej Vrhovnik
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1 Povzetki seminarjev

2012-03-01T16:50:47Z

AnaCirnski: /* Ana Cirnski: TAL efektorji - proteini, ki urejajo gene */

== Gregor Gunčar: Sintetični DNA vezavni proteini ==
Povzetek- 200 besed
ejksfjksadnfjkdsaf adhsk fhdsajklf kjldsah fsadh fhjklsadh jfkhads jklfhads jkfaljkfh jklsdahf jkdsah fljkdsah fjklsadh fjkhdsa jkflhasd ljfhk

== Ana Cirnski: TAL efektorji - proteini, ki urejajo gene ==
TAL (transcription activator – like) efektorji so regulatorni proteini, ki vplivajo na delovanje RNA polimeraze pri prepisovanju DNA. Z vezavnimi domenami se vežejo na specifična zaporedja baz na dvojni vijačnici in tako uravnavajo hitrost sinteze proteinov. Najbolj znani regulatorni proteini so motiv cinkovega prsta, motiv levcinske zadrge in motiv vijačnica – obrat – vijačnica.

TAL efektorje so odkrili v bakteriji vrste Xanthomonas, ki jih je uporabljala za reprogramiranje gostiteljskih celic, tako da so te sintetizirale proteine, ki so ustrezali bakteriji.

Domena TAL efektorja, ki se veže na DNA vsebuje 1-35 TAL ponovitev. Vsaka ponovitev je specifična za en bazni par na DNA in vsebuje 33-35 aminokislin (zadnja je okrnjena na 20 aminokislin), ki so vedno na istem mestu. Izjema sta mesti 12 in 13, znani tudi kot RVD mesti (repeat variable diresidues), ki določata specifičnost med efektorjem in DNA verigo.

TAL efektorji se med seboj ločijo po aminokislinskem zaporedju in številu njihovih ponovitev. Od teh lastnosti je odvisna specifičnost efektorja.
Za prepoznavo specifičnih mest na DNA sta odgovorni RVD mesti, ki določata, kam se bo efektor vezal. Obstaja tudi posebna koda po kateri se en par aminokislin veže na določen nukleotid. TAL ponovitve nimajo medsebojnega vpliva zato jih je lažje sestavljati in tako spremeniti efektor.
Uporabljajo se lahko kot umetni restrikcijski encimi (TALEN) za dvoverižne prekinitve DNA (DSB – [double–strand breaks]), kar povzroči v celici popravljalne mehanizme in vodi do sprememb v genskem zapisu. Lahko pa tudi kot transkripcijski faktor (dTALE) za vklapljanje in izklapljanje genov.

Čeprav je o TAL efektorjih še veliko neznanega, kažejo možnosti za široko uporabo na področju biotehnologije in genetike za izboljševanje lastnosti živil in zdravljenje nekaterih bolezni (HIV).

BIO1 Povzetki seminarjev

2012-03-01T16:50:00Z

AnaCirnski: /* Ime in priimek: Naslov seminarja */

== Gregor Gunčar: Sintetični DNA vezavni proteini ==
Povzetek- 200 besed
ejksfjksadnfjkdsaf adhsk fhdsajklf kjldsah fsadh fhjklsadh jfkhads jklfhads jkfaljkfh jklsdahf jkdsah fljkdsah fjklsadh fjkhdsa jkflhasd ljfhk

== Ana Cirnski: TAL efektorji - proteini, ki urejajo gene ==
TAL (transcription activator – like) efektorji so regulatorni proteini, ki vplivajo na delovanje RNA polimeraze pri prepisovanju DNA. Z vezavnimi domenami se vežejo na specifična zaporedja baz na dvojni vijačnici in tako uravnavajo hitrost sinteze proteinov. Najbolj znani regulatorni proteini so motiv cinkovega prsta, motiv levcinske zadrge in motiv vijačnica – obrat – vijačnica.

TAL efektorje so odkrili v bakteriji vrste Xanthomonas, ki jih je uporabljala za reprogramiranje gostiteljskih celic, tako da so te sintetizirale proteine, ki so ustrezali bakteriji.

Domena TAL efektorja, ki se veže na DNA vsebuje 1-35 TAL ponovitev. Vsaka ponovitev je specifična za en bazni par na DNA in vsebuje 33-35 aminokislin (zadnja je okrnjena na 20 aminokislin), ki so vedno na istem mestu. Izjema sta mesti 12 in 13, znani tudi kot RVD mesti (repeat variable diresidues), ki določata specifičnost med efektorjem in DNA verigo.

TAL efektorji se med seboj ločijo po aminokislinskem zaporedju in številu njihovih ponovitev. Od teh lastnosti je odvisna specifičnost efektorja.
Za prepoznavo specifičnih mest na DNA sta odgovorni RVD mesti, ki določata, kam se bo efektor vezal. Obstaja tudi posebna koda po kateri se en par aminokislin veže na določen nukleotid. TAL ponovitve nimajo medsebojnega vpliva zato jih je lažje sestavljati in tako spremeniti efektor.
Uporabljajo se lahko kot umetni restrikcijski encimi (TALEN) za dvoverižne prekinitve DNA (DSB – double – strand breaks), kar povzroči v celici popravljalne mehanizme in vodi do sprememb v genskem zapisu. Lahko pa tudi kot transkripcijski faktor (dTALE) za vklapljanje in izklapljanje genov.

Čeprav je o TAL efektorjih še veliko neznanega, kažejo možnosti za široko uporabo na področju biotehnologije in genetike za izboljševanje lastnosti živil in zdravljenje nekaterih bolezni (HIV).

BIO1-seminar-2012

2012-02-28T17:37:39Z

AnaCirnski: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||Struktura proteina za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matej Vrhovnik
|-
| Ana Grom||Protein TFF3 in rak na dojkah||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216094917.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Mikrobna produkcija biogoriv||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/09/110927134254.htm povezava]||21.03.||26.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Ajda Rojc||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Matic Urlep||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matic Urlep
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar-2012

2012-02-28T17:35:12Z

AnaCirnski: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||Struktura proteina za urejanje genov||[http://http://http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matej Vrhovnik
|-
| Ana Grom||Protein TFF3 in rak na dojkah||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216094917.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Mikrobna produkcija biogoriv||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/09/110927134254.htm povezava]||21.03.||26.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Ajda Rojc||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Matic Urlep||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matic Urlep
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar-2012

2012-02-28T17:34:13Z

AnaCirnski: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||Struktura proteina za urejanje genov||[http://http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matej Vrhovnik
|-
| Ana Grom||Protein TFF3 in rak na dojkah||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216094917.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Mikrobna produkcija biogoriv||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/09/110927134254.htm povezava]||21.03.||26.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Ajda Rojc||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Matic Urlep||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matic Urlep
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar-2012

2012-02-22T19:00:40Z

AnaCirnski: /* Seznam seminarjev */