Wiki FKKT - User contributions [en]

Tumorigenost iPSC

2013-05-31T14:34:41Z

AnaRemžgar: /* Pristopi ki bi naredili terapije z izvornimi celicami bolj varne */

Zarodne matične celice in zarodne kancerogene celice sta dva zelo podobna tipa celic. Prve so bile odkrite kancerogene celice, odkritje le teh pa je spodbudilo znanstvenike k nadaljnji raziskavi in kmalu so odkrili tudi zarodne matične celice. Tukaj lahko vidimo prvo povezavo med matičnimi in tumornimi celicami, saj so nujne podobne lastnosti najverjetneje pripeljale do podobnih odkritji. Prav tako vidimo korelacijo med pluripotentnostjo matičnih in tumorigenostjo kancerogenih celic.

==Ali sta pluripotentnost in tumorigenost združena?==
Nedavne študije kažejo, da so pri obeh tipih celic na delu podobni transkripcijski elementi. Povezavo med pluripotentnostjo in tumorigenostjo ponazarja dejstvo, da so geni, ki se uporabljajo za produkcijo IPSC (induced pluripotent stem cells) nedvoumno onkogeni Myc in KLF4 ali pa so bili povezani s tumorigenostjo kot na primer Sox2, Nanog in Oct3. Odkrito je bilo, da koktajl jedrnih pluripotentnih faktorjev in izbranih izraznih faktorjev (npr. Myc in Lin28), lahko reprogramirajo diferencirano celico v zarodno matično celico in to poudari jasno vlogo transpripcijskih faktorjev ter nakaže usodo celice.

==Molekularna osnova tumorigenosti in zarodnih matičnih celic==
Izražanje Myc gena močno poveča tvorjenje induciranih pluripotentnih celic, vendar ni nepogrešljiv član pluripotentne mreže. Myc torej zasede veliko več tarčnih genov kot jedrni faktorji. Ti geni so večinoma udeleženi pri celičnem metabolizmu, ciklu in proteinski sintezni poti, medtem ko so jedrni faktorji povezani z razvojem in transkripcijsko povezanimi procesi. Vendar pa je splošno gensko izražanje zarodnih matičnih celic najverjetneje sestavljeno iz manjših setov podznačilnosti oz. modululov, ki vsebujejo razdeljene pluripotentne faktorje na Core (jedrni) modul, Polycomb modul (kompleksni faktorji) in Myc modul (sorodni faktorji). Najprej odkrita Myc-centralna mreža v zarodnih matičnih celicah je močno neodvisna od jedrne mreže pluripotentnosti zarodnih celic. Core modul oziroma jedrni vezavni faktorji so heterodimerni transkripcijski faktorji, ki regulirajo gensko transkripcijo genov, primarno za celično diferenciacijo in cikel. Polycombna skupina proteinov je družina proteinov, prvotno odkritih v sadni muhi (fruit flies), ki lahko preoblikujejo kromatin tako, da epigenetsko utišane gene izrazijo. Myc protein je regulatorni gen, ki poseduje zapis za transkripcijski faktor. V človeškem genomu se Myc nahaja na osmem kromosomu in naj bi reguliral ekspresijo 15 % vseh genov. Regulacija poteka tako, da se Myc veže na E-škatle (E-boxes) in aktivira histon acetiltransferazo. Ugotovili so tudi, da so promotorji, ki so zasedeni z Myc transkripcijskim regulatorjem, močno soodvisnost s histonom H3 lizin 4 trimetilno (H3K4me3) in obratno soodvisnost s histonom H3 lizin 27 trimetiliranim (H3K27me3), kar pokaže jasno povezavo med Myc in epigenetsko regulacijo. Opazno je, da ima H3K4me3 pozitivno koleracijo med aktivnimi geni in odprto kromosomsko strukturo. Študije ne-zarodnih celic (non-embryonic cells) pa kažejo, da Myc reagira s histon aciltransferazo. Izboljšane IPSC generacije celic imajo torej za boljšo učinkovitost dodane histonske deacetilazne inhibitorje, kar namiguje na to, da so globalne spremembe v epigenetskih značilnostih nujno potrebne za somatsko celično reprogramiranje. Ti moduli so med seboj neodvisni pri zarodnih matičnih celicah, prav tako pri reprogramiranju somatskih celic. Z opazovanjem in analiziranjem aktivnosti teh modulov lahko povzamemo, da si zarodne matične celice in kancerogene celice delijo aktivnost Myc modula ne pa tudi aktivnost Core modula. Torej imajo zarodne in kancerogene celice prevladujoč značaj in povezavo predvsem z Myc regulatorno mrežo oz. modulom. Ker obdržijo svojo pluripotentnost, so zarodne matične celice zmožne neskončnega obnavljanja. Glavni značilnosti zarodnih matičnih celic, IPSC in prav tako rakavih celic pa sta preprečena diferenciacija in zmožnost neskončnega obnavljanja.

==Ali bodo negenetske metode za pridobivanje IPSC zmanjšale verjetnost tumorjev?==
Bolj kot je celica izvorna večja je možnost da bo povzročila tumor, kar razloži zakaj so IPSC po naravi dosti bolj tumorigene od neizvornih celic. Najbolj zaskrbljujoče je, da skoraj vsa izdana dela dokazujejo, da skoraj vse IPSC povzročajo teratom. Genetske spremembe, ki so neločljivo povezane z IPSC generacijskim procesom, lahko povečajo možnost tumorigeneze preko induciranih genov in tudi preko potencialnih sprememb na integracijskih mestih.
Področje IPSC se počasi oddaljuje od induciranih metod, ki temeljijo na genetskih spremembah. Taki postopki so sicer še v začetnih fazah z obetajočimi rezultati, ki napovedujejo, da bi taka metoda morala generalno zmanjšati tumorigenezo. Vendar se še vedno ne ve, če bo kdaj mogoče narediti IPSC brez genetskih sprememb? Bodo lahko IPSC kdaj neodvisne od Myc, KLF4 in drugih onkogenov? Čeprav se zdi da lahko in, da se opušča Myc, vendar take IPSC še vedno povzročajo teratome.

==Pristopi, ki bi naredili terapije z izvornimi celicami bolj varne==
*'''Presaditev matičnih celic'''
Normalne izvorne celice kot so ESC lahko še vedno povzročajo tumorje. Pojavljajo se opažanja, da teratokarcinom in teratom lahko vsebujeta izvorne celice. Te tumorne izvorne celice so zelo podobne normalnim izvornim celicam, vendar je njihova pluripotentnost omejena. Eden od verjetno enostavnejših načinov, kako upočasniti tumorigenost normalnih izvornih celic pred presaditvijo, leži v njihovem naravnem zapornem sistemu. Pri pluripotentnosti parcialno diferenciranih celic in njihovih prednicah. Ideja je, da se uporabi izvorne celice za proizvajanje "prednikov"in nato transplantirati samo prednike.
Tak pristop so odobrili januarja 2009, ki je temeljil na človeških ESC pridobljenih iz oligodendrocitov. Da se transpalntira samo prednike je treba vzorec očistiti. Čiščenje je lahko pozitivno (uporaba markerjev, ki prepoznajo prednike) ali pa negativno (uporaba markerjev, ki eliminirajo izvorne celice). Vendar v praksi nikoli ne deluje vse prav in ostane v vzorcu še nekaj izvornih celic. Preostale izvorne celice so unikatne in predstavljajo večjo verjetnost za pojav tumorjev, saj so pobegnile diferenciaciji in oslabile pluripotentnost, kar jih privede bližje k tumorigenemu fenotipu.
Najbolj praktičen pristop bi bil verjetno kombinacija diferenciacije in sortiranja.
*'''Samomorilski gen'''
Stabilna uvedba samomorilskega gena, kot je timidin kinaza (tk) v izvorne celice je tudi ena od možnosti. Bila naj bi učinkovita v povezavi z Gan zdravljenjem. Z Gen terapijo se ubije tudi vse diferencirane celice teratoma. Relativno enostavna modifikacija, kot je uporaba oct3 ali nanog promotorja bi privedla do ekspresije tk in bi bolj specifično ubila samo človeške ESC, ki so pobegnile diferenciaciji.
Velik problem je pristop s samomorilskim genom, ki gensko spremeni izvorne celice, kar lahko poveča verjetnost tumorigeneze že na začetku.
*'''Ubiti izvorne celice z metodo ki ni genetska'''
Če se bo izkazalo, da je pristop s samomorilskim genom neuporaben, se bo moralo najti kakšno drugo metodo, da se eliminira ostale izvorne celice. Čeprav je mogoče, da bi pacienti dobili kemoterapevtike širokega spektra in tako ubili izvorne celice, bi bilo za mnoge to preveč toksično. Nejasno pa je tudi kako efektivno bi bilo to pri izvornih celicah, ki so trenutno v mirovanju. Čeprav bi morale biti človeške ESC in IPSC uničene s kemoterapijo, bi se lahko in vivo izkazalo drugače in bi bil transplantant IPSC odporen na kemoterapijo. Želeno je najti metodo, ki bi bolj specifično ubila izvorne celice. Obetaven pristop se zdi z uporabo ubijalskih protiteles, ki bi zaznala antigene na površini človeških ESC. Tak primer je SSEA-4. Odkriti so bili tudi novi antigen, kot je podocalyxinlike protein-1, ki deluje obetavno, še posebej pri nediferenciranih človeških ESC. Problem je v tem, da se še ne ve točno njegova specifičnost in stranski učinki zdravljenja s protitelesi.
*'''Uporaba izvornih celic za transplantacijo, vendar bi se prej eliminiralo z negenetsko metodo tiste, ki so potencialno tumorigene'''
To je v teoriji najenostavnejši pristop, vendar danes seveda še ne obstaja, saj so človeške ESC nagnjene k tvorbi teratoma.

Še vedno ostaja upanje da se bo razvil pristop ki bo lahko ločil tumorigeno populacijo od netumorigene, ali pa da se bo selektivno targetirala tumorigena populacija. Upanje ostaja in odkriva se vse več molekulskih mehanizmov o izvornih in tumorskih celicah. Nekoč se bo našla razlika ki bo lahko eliminirala tumorigenost in ohranila pluripotentnost.

==Viri==
* Knoepfler Paul. 2009. Deconstructing Stem Cell Tumorigenicity: A Roadmap to Safe Regenerative Medicine. Stem cells, Volume 27, 12 February 2009, Pages 1050–1056
* Jonghwan Kim, Andrew J. Woo, Jianlin Chu, Jonathan W. Snow, Yuko Fujiwara, Chul Geun Kim, Alan B. Cantor, Stuart H. Orkin. 2010. A Myc Network Accounts for Similarities between Embryonic Stem and Cancer Cell Transcription Programs. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 313-324
* Michael E. Rothenberg, Michael F. Clarke, Maximilian Diehn. 2010. The Myc Connection: ES Cells and Cancer. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 184–186
* National Library of Medicine. 27.5.13. http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2011/MB_cgi?mode=&term=Core+Binding+Factors
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Polycomb-group_proteins
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Myc

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Tumorigenost iPSC

2013-05-31T14:32:02Z

AnaRemžgar: /* Ali bodo negentske metode za pridobivanje IPSC zmanjšale verjetnost tumorjev? */

Zarodne matične celice in zarodne kancerogene celice sta dva zelo podobna tipa celic. Prve so bile odkrite kancerogene celice, odkritje le teh pa je spodbudilo znanstvenike k nadaljnji raziskavi in kmalu so odkrili tudi zarodne matične celice. Tukaj lahko vidimo prvo povezavo med matičnimi in tumornimi celicami, saj so nujne podobne lastnosti najverjetneje pripeljale do podobnih odkritji. Prav tako vidimo korelacijo med pluripotentnostjo matičnih in tumorigenostjo kancerogenih celic.

==Ali sta pluripotentnost in tumorigenost združena?==
Nedavne študije kažejo, da so pri obeh tipih celic na delu podobni transkripcijski elementi. Povezavo med pluripotentnostjo in tumorigenostjo ponazarja dejstvo, da so geni, ki se uporabljajo za produkcijo IPSC (induced pluripotent stem cells) nedvoumno onkogeni Myc in KLF4 ali pa so bili povezani s tumorigenostjo kot na primer Sox2, Nanog in Oct3. Odkrito je bilo, da koktajl jedrnih pluripotentnih faktorjev in izbranih izraznih faktorjev (npr. Myc in Lin28), lahko reprogramirajo diferencirano celico v zarodno matično celico in to poudari jasno vlogo transpripcijskih faktorjev ter nakaže usodo celice.

==Molekularna osnova tumorigenosti in zarodnih matičnih celic==
Izražanje Myc gena močno poveča tvorjenje induciranih pluripotentnih celic, vendar ni nepogrešljiv član pluripotentne mreže. Myc torej zasede veliko več tarčnih genov kot jedrni faktorji. Ti geni so večinoma udeleženi pri celičnem metabolizmu, ciklu in proteinski sintezni poti, medtem ko so jedrni faktorji povezani z razvojem in transkripcijsko povezanimi procesi. Vendar pa je splošno gensko izražanje zarodnih matičnih celic najverjetneje sestavljeno iz manjših setov podznačilnosti oz. modululov, ki vsebujejo razdeljene pluripotentne faktorje na Core (jedrni) modul, Polycomb modul (kompleksni faktorji) in Myc modul (sorodni faktorji). Najprej odkrita Myc-centralna mreža v zarodnih matičnih celicah je močno neodvisna od jedrne mreže pluripotentnosti zarodnih celic. Core modul oziroma jedrni vezavni faktorji so heterodimerni transkripcijski faktorji, ki regulirajo gensko transkripcijo genov, primarno za celično diferenciacijo in cikel. Polycombna skupina proteinov je družina proteinov, prvotno odkritih v sadni muhi (fruit flies), ki lahko preoblikujejo kromatin tako, da epigenetsko utišane gene izrazijo. Myc protein je regulatorni gen, ki poseduje zapis za transkripcijski faktor. V človeškem genomu se Myc nahaja na osmem kromosomu in naj bi reguliral ekspresijo 15 % vseh genov. Regulacija poteka tako, da se Myc veže na E-škatle (E-boxes) in aktivira histon acetiltransferazo. Ugotovili so tudi, da so promotorji, ki so zasedeni z Myc transkripcijskim regulatorjem, močno soodvisnost s histonom H3 lizin 4 trimetilno (H3K4me3) in obratno soodvisnost s histonom H3 lizin 27 trimetiliranim (H3K27me3), kar pokaže jasno povezavo med Myc in epigenetsko regulacijo. Opazno je, da ima H3K4me3 pozitivno koleracijo med aktivnimi geni in odprto kromosomsko strukturo. Študije ne-zarodnih celic (non-embryonic cells) pa kažejo, da Myc reagira s histon aciltransferazo. Izboljšane IPSC generacije celic imajo torej za boljšo učinkovitost dodane histonske deacetilazne inhibitorje, kar namiguje na to, da so globalne spremembe v epigenetskih značilnostih nujno potrebne za somatsko celično reprogramiranje. Ti moduli so med seboj neodvisni pri zarodnih matičnih celicah, prav tako pri reprogramiranju somatskih celic. Z opazovanjem in analiziranjem aktivnosti teh modulov lahko povzamemo, da si zarodne matične celice in kancerogene celice delijo aktivnost Myc modula ne pa tudi aktivnost Core modula. Torej imajo zarodne in kancerogene celice prevladujoč značaj in povezavo predvsem z Myc regulatorno mrežo oz. modulom. Ker obdržijo svojo pluripotentnost, so zarodne matične celice zmožne neskončnega obnavljanja. Glavni značilnosti zarodnih matičnih celic, IPSC in prav tako rakavih celic pa sta preprečena diferenciacija in zmožnost neskončnega obnavljanja.

==Ali bodo negenetske metode za pridobivanje IPSC zmanjšale verjetnost tumorjev?==
Bolj kot je celica izvorna večja je možnost da bo povzročila tumor, kar razloži zakaj so IPSC po naravi dosti bolj tumorigene od neizvornih celic. Najbolj zaskrbljujoče je, da skoraj vsa izdana dela dokazujejo, da skoraj vse IPSC povzročajo teratom. Genetske spremembe, ki so neločljivo povezane z IPSC generacijskim procesom, lahko povečajo možnost tumorigeneze preko induciranih genov in tudi preko potencialnih sprememb na integracijskih mestih.
Področje IPSC se počasi oddaljuje od induciranih metod, ki temeljijo na genetskih spremembah. Taki postopki so sicer še v začetnih fazah z obetajočimi rezultati, ki napovedujejo, da bi taka metoda morala generalno zmanjšati tumorigenezo. Vendar se še vedno ne ve, če bo kdaj mogoče narediti IPSC brez genetskih sprememb? Bodo lahko IPSC kdaj neodvisne od Myc, KLF4 in drugih onkogenov? Čeprav se zdi da lahko in, da se opušča Myc, vendar take IPSC še vedno povzročajo teratome.

==Pristopi ki bi naredili terapije z izvornimi celicami bolj varne==
*'''Presaditev matičnih celic'''
Normalne izvorne celice kot so ESC lahko še vedno povzročajo tumorje. Pojavljajo se opažanja, da teratokarcinom in teratom lahko vsebujeta izvorne celice. Te tumorne izvorne celice so zelo podobne normalnim izvornim celicam, vendar je njihova pluripotentnost omejena. Eden od verjetno enostavnejših načinov, kako upočasniti tumorigenost normalnih izvornih celic pred presaditvijo, leži v njihovem naravnem zapornem sistemu. Pri pluripotentnosti parcialno diferenciranih celic in njihovih prednicah. Ideja je, da se uporabi izvorne celice za proizvajanje "prednikov"in nato transplantirati samo prednike.
Tak pristop so odobrili januarja 2009, ki je temeljil na človeških ESC pridobljenih iz oligodendrocitov. Da se transpalntira samo prednike je treba vzorec očistiti. Čiščenje je lahko pozitivno (uporaba markerjev, ki prepoznajo prednike) ali pa negativno (uporaba markerjev, ki eliminirajo izvorne celice). Vendar v praksi nikoli ne deluje vse prav in ostane v vzorcu še nekaj izvornih celic. Preostale izvorne celice so unikatne in predstavljajo večjo verjetnost za pojav tumorjev, saj so pobegnile diferenciaciji in oslabile pluripotentnost, kar jih privede bližje k tumorigenemu fenotipu.
Najbolj praktičen pristop bi bil verjetno kombinacija diferenciacije in sortiranja.
*'''Samomorilski gen'''
Stabilna uvedba samomorilskega gena, kot je timidin kinaza (tk) v izvorne celice je tudi ena od možnosti. Bila naj bi učinkovita v povezavi z Gan zdravljenjem. Z Gen terapijo se ubije tudi vse diferencirane celice teratoma. Relativno enostavna modifikacija, kot je uporaba oct3 ali nanog promotorja bi privedla do ekspresije tk in bi bolj specifično ubila samo človeške ESC, ki so pobegnile diferenciaciji.
Velik problem je pristop s samomorilskim genom, ki gensko spremeni izvorne celice, kar lahko poveča verjetnost tumorigeneze že na začetku.
*'''Ubiti izvorne celice z metodo ki ni genetska'''
Če se bo izkazalo, da je pristop s samomorilskim genom neuporaben, se bo moralo najti kakšno drugo metodo, da se eliminira ostale izvorne celice. Čeprav je mogoče, da bi pacienti dobili kemoterapevtike širokega spektra in tako ubili izvorne celice, bi bilo za mnoge to preveč toksično. Nejasno pa je tudi kako efektivno bi bilo to pri izvornih celicah, ki so trenutno v mirovanju. Čeprav bi morale biti človeške ESC in IPSC uničene s kemoterapijo, bi se lahko in vivo izkazalo drugače in bi bil transplantant IPSC odporen na kemoterapijo. Želeno je najti metodo, ki bi bolj specifično ubila izvorne celice. Obetaven pristop se zdi z uporabo ubijalskih protiteles, ki bi zaznala antigene na površini človeških ESC. Tak primer je SSEA-4. Odkriti so bili tudi novi antigen, kot je podocalyxinlike protein-1, ki deluje obetavno, še posebej pri nediferenciranih človeških ESC. Problem je v tem, da se še ne ve točno njegova specifičnost in stranski učinki zdravljenja s protitelesi.
*'''Uporaba izvornih celic za transplantacijo, vendar bi se prej eliminiralo z negenetsko metodo tiste, ki so potencialno tumorigene'''
To je v teoriji najenostavnejši pristop, vendar danes seveda še ne obstaja, saj so človeške ESC nagnjene k tvorbi teratoma.

Še vedno ostaja upanje da se bo razvil pristop ki bo lahko ločil tumorigeno populacijo od netumorigene, ali pa da se bo selektivno targetirala tumorigena populacija. Upanje ostaja in odkriva se vse več molekulskih mehanizmov o izvornih in tumorskih celicah. Nekoč se bo našla razlika ki bo lahko eliminirala tumorigenost in ohranila pluripotentnost.
==Viri==
* Knoepfler Paul. 2009. Deconstructing Stem Cell Tumorigenicity: A Roadmap to Safe Regenerative Medicine. Stem cells, Volume 27, 12 February 2009, Pages 1050–1056
* Jonghwan Kim, Andrew J. Woo, Jianlin Chu, Jonathan W. Snow, Yuko Fujiwara, Chul Geun Kim, Alan B. Cantor, Stuart H. Orkin. 2010. A Myc Network Accounts for Similarities between Embryonic Stem and Cancer Cell Transcription Programs. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 313-324
* Michael E. Rothenberg, Michael F. Clarke, Maximilian Diehn. 2010. The Myc Connection: ES Cells and Cancer. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 184–186
* National Library of Medicine. 27.5.13. http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2011/MB_cgi?mode=&term=Core+Binding+Factors
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Polycomb-group_proteins
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Myc

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Tumorigenost iPSC

2013-05-27T21:23:39Z

AnaRemžgar:

Zarodne matične celice in zarodne kancerogene celice sta dva zelo podobna tipa celic. Prve so bile odkrite kancerogene celice, odkritje le teh pa je spodbudilo znanstvenike k nadaljnji raziskavi in kmalu so odkrili tudi zarodne matične celice. Tukaj lahko vidimo prvo povezavo med matičnimi in tumornimi celicami, saj so nujne podobne lastnosti najverjetneje pripeljale do podobnih odkritji. Prav tako vidimo korelacijo med pluripotentnostjo matičnih in tumorigenostjo kancerogenih celic.

==Ali sta pluripotentnost in tumorigenost združena?==
Nedavne študije kažejo, da so pri obeh tipih celic na delu podobni transkripcijski elementi. Povezavo med pluripotentnostjo in tumorigenostjo ponazarja dejstvo, da so geni, ki se uporabljajo za produkcijo IPSC (induced pluripotent stem cells) nedvoumno onkogeni Myc in KLF4 ali pa so bili povezani s tumorigenostjo kot na primer Sox2, Nanog in Oct3. Odkrito je bilo, da koktajl jedrnih pluripotentnih faktorjev in izbranih izraznih faktorjev (npr. Myc in Lin28), lahko reprogramirajo diferencirano celico v zarodno matično celico in to poudari jasno vlogo transpripcijskih faktorjev ter nakaže usodo celice.

==Molekularna osnova tumorigenosti in zarodnih matičnih celic==
Izražanje Myc gena močno poveča tvorjenje induciranih pluripotentnih celic, vendar ni nepogrešljiv član pluripotentne mreže. Myc torej zasede veliko več tarčnih genov kot jedrni faktorji. Ti geni so večinoma udeleženi pri celičnem metabolizmu, ciklu in proteinski sintezni poti, medtem ko so jedrni faktorji povezani z razvojem in transkripcijsko povezanimi procesi. Vendar pa je splošno gensko izražanje zarodnih matičnih celic najverjetneje sestavljeno iz manjših setov podznačilnosti oz. modululov, ki vsebujejo razdeljene pluripotentne faktorje na Core (jedrni) modul, Polycomb modul (kompleksni faktorji) in Myc modul (sorodni faktorji). Najprej odkrita Myc-centralna mreža v zarodnih matičnih celicah je močno neodvisna od jedrne mreže pluripotentnosti zarodnih celic. Core modul oziroma jedrni vezavni faktorji so heterodimerni transkripcijski faktorji, ki regulirajo gensko transkripcijo genov, primarno za celično diferenciacijo in cikel. Polycombna skupina proteinov je družina proteinov, prvotno odkritih v sadni muhi (fruit flies), ki lahko preoblikujejo kromatin tako, da epigenetsko utišane gene izrazijo. Myc protein je regulatorni gen, ki poseduje zapis za transkripcijski faktor. V človeškem genomu se Myc nahaja na osmem kromosomu in naj bi reguliral ekspresijo 15 % vseh genov. Regulacija poteka tako, da se Myc veže na E-škatle (E-boxes) in aktivira histon acetiltransferazo. Ugotovili so tudi, da so promotorji, ki so zasedeni z Myc transkripcijskim regulatorjem, močno soodvisnost s histonom H3 lizin 4 trimetilno (H3K4me3) in obratno soodvisnost s histonom H3 lizin 27 trimetiliranim (H3K27me3), kar pokaže jasno povezavo med Myc in epigenetsko regulacijo. Opazno je, da ima H3K4me3 pozitivno koleracijo med aktivnimi geni in odprto kromosomsko strukturo. Študije ne-zarodnih celic (non-embryonic cells) pa kažejo, da Myc reagira s histon aciltransferazo. Izboljšane IPSC generacije celic imajo torej za boljšo učinkovitost dodane histonske deacetilazne inhibitorje, kar namiguje na to, da so globalne spremembe v epigenetskih značilnostih nujno potrebne za somatsko celično reprogramiranje. Ti moduli so med seboj neodvisni pri zarodnih matičnih celicah, prav tako pri reprogramiranju somatskih celic. Z opazovanjem in analiziranjem aktivnosti teh modulov lahko povzamemo, da si zarodne matične celice in kancerogene celice delijo aktivnost Myc modula ne pa tudi aktivnost Core modula. Torej imajo zarodne in kancerogene celice prevladujoč značaj in povezavo predvsem z Myc regulatorno mrežo oz. modulom. Ker obdržijo svojo pluripotentnost, so zarodne matične celice zmožne neskončnega obnavljanja. Glavni značilnosti zarodnih matičnih celic, IPSC in prav tako rakavih celic pa sta preprečena diferenciacija in zmožnost neskončnega obnavljanja.

==Ali bodo negentske metode za pridobivanje IPSC zmanjšale verjetnost tumorjev?==
Bolj kot je celica izvorna večja je možnost da bo povzročila tumor, kar razloži zakaj so IPSC po naravi dosti bolj tumorigene od neizvornih celic. Najbolj zaskrbljujoče je, da skoraj vsa izdana dela dokazujejo, da skoraj vse IPSC povzročajo teratom. Genetske spremembe, ki so neločljivo povezane z IPSC generacijskim procesom, lahko povečajo možnost tumorigeneze preko induciranih genov in tudi preko potencialnih sprememb na integracijskih mestih.
Področje IPSC se počasi oddaljuje od induciranih metod, ki temeljijo na genetskih spremembah. Taki postopki so sicer še v začetnih fazah z obetajočimi rezultati, ki napovedujejo, da bi taka metoda morala generalno zmanjšati tumorigenezo. Vendar se še vedno ne ve, če bo kdaj mogoče narediti IPSC brez genetskih sprememb? Bodo lahko IPSC kdaj neodvisne od Myc, KLF4 in drugih onkogenov? Čeprav se zdi da lahko in, da se opušča Myc, vendar take IPSC še vedno povzročajo teratome.

==Pristopi ki bi naredili terapije z izvornimi celicami bolj varne==
*'''Presaditev matičnih celic'''
Normalne izvorne celice kot so ESC lahko še vedno povzročajo tumorje. Pojavljajo se opažanja, da teratokarcinom in teratom lahko vsebujeta izvorne celice. Te tumorne izvorne celice so zelo podobne normalnim izvornim celicam, vendar je njihova pluripotentnost omejena. Eden od verjetno enostavnejših načinov, kako upočasniti tumorigenost normalnih izvornih celic pred presaditvijo, leži v njihovem naravnem zapornem sistemu. Pri pluripotentnosti parcialno diferenciranih celic in njihovih prednicah. Ideja je, da se uporabi izvorne celice za proizvajanje "prednikov"in nato transplantirati samo prednike.
Tak pristop so odobrili januarja 2009, ki je temeljil na človeških ESC pridobljenih iz oligodendrocitov. Da se transpalntira samo prednike je treba vzorec očistiti. Čiščenje je lahko pozitivno (uporaba markerjev, ki prepoznajo prednike) ali pa negativno (uporaba markerjev, ki eliminirajo izvorne celice). Vendar v praksi nikoli ne deluje vse prav in ostane v vzorcu še nekaj izvornih celic. Preostale izvorne celice so unikatne in predstavljajo večjo verjetnost za pojav tumorjev, saj so pobegnile diferenciaciji in oslabile pluripotentnost, kar jih privede bližje k tumorigenemu fenotipu.
Najbolj praktičen pristop bi bil verjetno kombinacija diferenciacije in sortiranja.
*'''Samomorilski gen'''
Stabilna uvedba samomorilskega gena, kot je timidin kinaza (tk) v izvorne celice je tudi ena od možnosti. Bila naj bi učinkovita v povezavi z Gan zdravljenjem. Z Gen terapijo se ubije tudi vse diferencirane celice teratoma. Relativno enostavna modifikacija, kot je uporaba oct3 ali nanog promotorja bi privedla do ekspresije tk in bi bolj specifično ubila samo človeške ESC, ki so pobegnile diferenciaciji.
Velik problem je pristop s samomorilskim genom, ki gensko spremeni izvorne celice, kar lahko poveča verjetnost tumorigeneze že na začetku.
*'''Ubiti izvorne celice z metodo ki ni genetska'''
Če se bo izkazalo, da je pristop s samomorilskim genom neuporaben, se bo moralo najti kakšno drugo metodo, da se eliminira ostale izvorne celice. Čeprav je mogoče, da bi pacienti dobili kemoterapevtike širokega spektra in tako ubili izvorne celice, bi bilo za mnoge to preveč toksično. Nejasno pa je tudi kako efektivno bi bilo to pri izvornih celicah, ki so trenutno v mirovanju. Čeprav bi morale biti človeške ESC in IPSC uničene s kemoterapijo, bi se lahko in vivo izkazalo drugače in bi bil transplantant IPSC odporen na kemoterapijo. Želeno je najti metodo, ki bi bolj specifično ubila izvorne celice. Obetaven pristop se zdi z uporabo ubijalskih protiteles, ki bi zaznala antigene na površini človeških ESC. Tak primer je SSEA-4. Odkriti so bili tudi novi antigen, kot je podocalyxinlike protein-1, ki deluje obetavno, še posebej pri nediferenciranih človeških ESC. Problem je v tem, da se še ne ve točno njegova specifičnost in stranski učinki zdravljenja s protitelesi.
*'''Uporaba izvornih celic za transplantacijo, vendar bi se prej eliminiralo z negenetsko metodo tiste, ki so potencialno tumorigene'''
To je v teoriji najenostavnejši pristop, vendar danes seveda še ne obstaja, saj so človeške ESC nagnjene k tvorbi teratoma.

Še vedno ostaja upanje da se bo razvil pristop ki bo lahko ločil tumorigeno populacijo od netumorigene, ali pa da se bo selektivno targetirala tumorigena populacija. Upanje ostaja in odkriva se vse več molekulskih mehanizmov o izvornih in tumorskih celicah. Nekoč se bo našla razlika ki bo lahko eliminirala tumorigenost in ohranila pluripotentnost.
==Viri==
* Knoepfler Paul. 2009. Deconstructing Stem Cell Tumorigenicity: A Roadmap to Safe Regenerative Medicine. Stem cells, Volume 27, 12 February 2009, Pages 1050–1056
* Jonghwan Kim, Andrew J. Woo, Jianlin Chu, Jonathan W. Snow, Yuko Fujiwara, Chul Geun Kim, Alan B. Cantor, Stuart H. Orkin. 2010. A Myc Network Accounts for Similarities between Embryonic Stem and Cancer Cell Transcription Programs. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 313-324
* Michael E. Rothenberg, Michael F. Clarke, Maximilian Diehn. 2010. The Myc Connection: ES Cells and Cancer. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 184–186
* National Library of Medicine. 27.5.13. http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2011/MB_cgi?mode=&term=Core+Binding+Factors
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Polycomb-group_proteins
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Myc

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Tumorigenost iPSC

2013-05-27T21:08:24Z

AnaRemžgar:

Zarodne matične celice in zarodne kancerogene celice sta dva zelo podobna tipa celic. Prve so bile odkrite kancerogene celice, odkritje le teh pa je spodbudilo znanstvenike k nadaljnji raziskavi in kmalu so odkrili tudi zarodne matične celice. Tukaj lahko vidimo prvo povezavo med matičnimi in tumornimi celicami, saj so nujne podobne lastnosti najverjetneje pripeljale do podobnih odkritji. Prav tako vidimo korelacijo med pluripotentnostjo matičnih in tumorogenostjo kancerogenih celic.

==Ali sta pluripotentnost in tumorogenost združena?==
Nedavne študije kažejo, da so pri obeh tipih celic na delu podobni transkripcijski elementi. Povezavo med pluripotentnostjo in tumorogenostjo ponazarja dejstvo, da so geni, ki se uporabljajo za produkcijo IPSC (induced pluripotent stem cells) nedvoumno onkogeni Myc in KLF4 ali pa so bili povezani s tumorogenostjo kot na primer Sox2, Nanog in Oct3. Odkrito je bilo, da koktajl jedrnih pluripotentnih faktorjev in izbranih izraznih faktorjev (npr. Myc in Lin28), lahko reprogramirajo diferencirano celico v zarodno matično celico in to poudari jasno vlogo transpripcijskih faktorjev ter nakaže usodo celice.

==Molekularna osnova tumorogenosti in zarodnih matičnih celic==
Izražanje Myc gena močno poveča tvorjenje induciranih pluripotentnih celic, vendar ni nepogrešljiv član pluripotentne mreže. Myc torej zasede veliko več tarčnih genov kot jedrni faktorji. Ti geni so večinoma udeleženi pri celičnem metabolizmu, ciklu in proteinski sintezni poti, medtem ko so jedrni faktorji povezani z razvojem in transkripcijsko povezanimi procesi. Vendar pa je splošno gensko izražanje zarodnih matičnih celic najverjetneje sestavljeno iz manjših setov podznačilnosti oz. modululov, ki vsebujejo razdeljene pluripotentne faktorje na Core (jedrni) modul, Polycomb modul (kompleksni faktorji) in Myc modul (sorodni faktorji). Najprej odkrita Myc-centralna mreža v zarodnih matičnih celicah je močno neodvisna od jedrne mreže pluripotentnosti zarodnih celic. Core modul oziroma jedrni vezavni faktorji so heterodimerni transkripcijski faktorji, ki regulirajo gensko transkripcijo genov, primarno za celično diferenciacijo in cikel. Polycombna skupina proteinov je družina proteinov, prvotno odkritih v sadni muhi (fruit flies), ki lahko preoblikujejo kromatin tako, da epigenetsko utišane gene izrazijo. Myc protein je regulatorni gen, ki poseduje zapis za transkripcijski faktor. V človeškem genomu se Myc nahaja na osmem kromosomu in naj bi reguliral ekspresijo 15 % vseh genov. Regulacija poteka tako, da se Myc veže na E-škatle (E-boxes) in aktivira histon acetiltransferazo. Ugotovili so tudi, da so promotorji, ki so zasedeni z Myc transkripcijskim regulatorjem, močno soodvisnost s histonom H3 lizin 4 trimetilno (H3K4me3) in obratno soodvisnost s histonom H3 lizin 27 trimetiliranim (H3K27me3), kar pokaže jasno povezavo med Myc in epigenetsko regulacijo. Opazno je, da ima H3K4me3 pozitivno koleracijo med aktivnimi geni in odprto kromosomsko strukturo. Študije ne-zarodnih celic (non-embryonic cells) pa kažejo, da Myc reagira s histon aciltransferazo. Izboljšane IPSC generacije celic imajo torej za boljšo učinkovitost dodane histonske deacetilazne inhibitorje, kar namiguje na to, da so globalne spremembe v epigenetskih značilnostih nujno potrebne za somatsko celično reprogramiranje. Ti moduli so med seboj neodvisni pri zarodnih matičnih celicah, prav tako pri reprogramiranju somatskih celic. Z opazovanjem in analiziranjem aktivnosti teh modulov lahko povzamemo, da si zarodne matične celice in kancerogene celice delijo aktivnost Myc modula ne pa tudi aktivnost Core modula. Torej imajo zarodne in kancerogene celice prevladujoč značaj in povezavo predvsem z Myc regulatorno mrežo oz. modulom. Ker obdržijo svojo pluripotentnost, so zarodne matične celice zmožne neskončnega obnavljanja. Glavni značilnosti zarodnih matičnih celic, IPSC in prav tako rakavih celic pa sta preprečena diferenciacija in zmožnost neskončnega obnavljanja.

==Ali bodo negentske metode za pridobivanje IPSC zmanjšale verjetnost tumorjev?==
Bolj kot je celica izvorna večja je možnost da bo povzročila tumor, kar razloži zakaj so IPSC po naravi dosti bolj tumorogene od neizvornih celic. Najbolj zaskrbljujoče je, da skoraj vsa izdana dela dokazujejo, da skoraj vse IPSC povzročajo teratom. Genetske spremembe, ki so neločljivo povezane z IPSC generacijskim procesom, lahko povečajo možnost tumorogeneze preko induciranih genov in tudi preko potencialnih sprememb na integracijskih mestih.
Področje IPSC se počasi oddaljuje od induciranih metod, ki temeljijo na genetskih spremembah. Taki postopki so sicer še v začetnih fazah z obetajočimi rezultati, ki napovedujejo, da bi taka metoda morala generalno zmanjšati tumorogenezo. Vendar se še vedno ne ve, če bo kdaj mogoče narediti IPSC brez genetskih sprememb? Bodo lahko IPSC kdaj neodvisne od Myc, KLF4 in drugih onkogenov? Čeprav se zdi da lahko in, da se opušča Myc, vendar take IPSC še vedno povzročajo teratome.

==Pristopi ki bi naredili terapije z izvornimi celicami bolj varne==
*'''Presaditev matičnih celic'''
Normalne izvorne celice kot so ESC lahko še vedno povzročajo tumorje. Pojavljajo se opažanja, da teratokarcinom in teratom lahko vsebujeta izvorne celice. Te tumorne izvorne celice so zelo podobne normalnim izvornim celicam, vendar je njihova pluripotentnost omejena. Eden od verjetno enostavnejših načinov, kako upočasniti tumorogenost normalnih izvornih celic pred presaditvijo, leži v njihovem naravnem zapornem sistemu. Pri pluripotentnosti parcialno diferenciranih celic in njihovih prednicah. Ideja je, da se uporabi izvorne celice za proizvajanje "prednikov"in nato transplantirati samo prednike.
Tak pristop so odobrili januarja 2009, ki je temeljil na človeških ESC pridobljenih iz oligodendrocitov. Da se transpalntira samo prednike je treba vzorec očistiti. Čiščenje je lahko pozitivno (uporaba markerjev, ki prepoznajo prednike) ali pa negativno (uporaba markerjev, ki eliminirajo izvorne celice). Vendar v praksi nikoli ne deluje vse prav in ostane v vzorcu še nekaj izvornih celic. Preostale izvorne celice so unikatne in predstavljajo večjo verjetnost za pojav tumorjev, saj so pobegnile diferenciaciji in oslabile pluripotentnost, kar jih privede bližje k tumorogenemu fenotipu.
Najbolj praktičen pristop bi bil verjetno kombinacija diferenciacije in sortiranja.
*'''Samomorilski gen'''
Stabilna uvedba samomorilskega gena, kot je timidin kinaza (tk) v izvorne celice je tudi ena od možnosti. Bila naj bi učinkovita v povezavi z Gan zdravljenjem. Z Gen terapijo se ubije tudi vse diferencirane celice teratoma. Relativno enostavna modifikacija, kot je uporaba oct3 ali nanog promotorja bi privedla do ekspresije tk in bi bolj specifično ubila samo človeške ESC, ki so pobegnile diferenciaciji.
Velik problem je pristop s samomorilskim genom, ki gensko spremeni izvorne celice, kar lahko poveča verjetnost tumorogeneze že na začetku.
*'''Ubiti izvorne celice z metodo ki ni genetska'''
Če se bo izkazalo, da je pristop s samomorilskim genom neuporaben, se bo moralo najti kakšno drugo metodo, da se eliminira ostale izvorne celice. Čeprav je mogoče, da bi pacienti dobili kemoterapevtike širokega spektra in tako ubili izvorne celice, bi bilo za mnoge to preveč toksično. Nejasno pa je tudi kako efektivno bi bilo to pri izvornih celicah, ki so trenutno v mirovanju. Čeprav bi morale biti človeške ESC in IPSC uničene s kemoterapijo, bi se lahko in vivo izkazalo drugače in bi bil transplantant IPSC odporen na kemoterapijo. Želeno je najti metodo, ki bi bolj specifično ubila izvorne celice. Obetaven pristop se zdi z uporabo ubijalskih protiteles, ki bi zaznala antigene na površini človeških ESC. Tak primer je SSEA-4. Odkriti so bili tudi novi antigen, kot je podocalyxinlike protein-1, ki deluje obetavno, še posebej pri nediferenciranih človeških ESC. Problem je v tem, da se še ne ve točno njegova specifičnost in stranski učinki zdravljenja s protitelesi.
*'''Uporaba izvornih celic za transplantacijo, vendar bi se prej eliminiralo z negenetsko metodo tiste, ki so potencialno tumorogene'''
To je v teoriji najenostavnejši pristop, vendar danes seveda še ne obstaja, saj so človeške ESC nagnjene k tvorbi teratoma.

Še vedno ostaja upanje da se bo razvil pristop ki bo lahko ločil tumorogeno populacijo od netumorogene, ali pa da se bo selektivno targetirala tumorogena populacija. Upanje ostaja in odkriva se vse več molekulskih mehanizmov o izvornih in tumorskih celicah. Nekoč se bo našla razlika ki bo lahko eliminirala tumorogenost in ohranila pluripotentnost.
==Viri==
* Knoepfler Paul. 2009. Deconstructing Stem Cell Tumorigenicity: A Roadmap to Safe Regenerative Medicine. Stem cells, Volume 27, 12 February 2009, Pages 1050–1056
* Jonghwan Kim, Andrew J. Woo, Jianlin Chu, Jonathan W. Snow, Yuko Fujiwara, Chul Geun Kim, Alan B. Cantor, Stuart H. Orkin. 2010. A Myc Network Accounts for Similarities between Embryonic Stem and Cancer Cell Transcription Programs. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 313-324
* Michael E. Rothenberg, Michael F. Clarke, Maximilian Diehn. 2010. The Myc Connection: ES Cells and Cancer. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 184–186
* National Library of Medicine. 27.5.13. http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2011/MB_cgi?mode=&term=Core+Binding+Factors
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Polycomb-group_proteins
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Myc

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Tumorigenost iPSC

2013-05-27T20:49:41Z

AnaRemžgar:

Zarodne matične celice in zarodne kancerogene celice sta dva zelo podobna tipa celic. Prve so bile odkrite kancerogene celice, odkritje le teh pa je spodbudilo znanstvenike k nadaljnji raziskavi in kmalu so odkrili tudi zarodne matične celice. Tukaj lahko vidimo prvo povezavo med matičnimi in tumornimi celicami, saj so nujne podobne lastnosti najverjetneje pripeljale do podobnih odkritji. Prav tako vidimo korelacijo med pluripotentnostjo matičnih in tumorogenostjo kancerogenih celic.

Nedavne študije kažejo, da so pri obeh tipih celic na delu podobni transkripcijski elementi. Povezavo med pluripotentnostjo in tumorogenostjo ponazarja dejstvo, da so geni, ki se uporabljajo za produkcijo IPSC (induced pluripotent stem cells) nedvoumno onkogeni Myc in KLF4 ali pa so bili povezani s tumorogenostjo kot na primer Sox2, Nanog in Oct3. Odkrito je bilo, da koktajl jedrnih pluripotentnih faktorjev in izbranih izraznih faktorjev (npr. Myc in Lin28), lahko reprogramirajo diferencirano celico v zarodno matično celico in to poudari jasno vlogo transpripcijskih faktorjev ter nakaže usodo celice. Izražanje Myc gena močno poveča tvorjenje induciranih pluripotentnih celic, vendar ni nepogrešljiv član pluripotentne mreže. Myc torej zasede veliko več tarčnih genov kot jedrni faktorji. Ti geni so večinoma udeleženi pri celičnem metabolizmu, ciklu in proteinski sintezni poti, medtem ko so jedrni faktorji povezani z razvojem in transkripcijsko povezanimi procesi. Vendar pa je splošno gensko izražanje zarodnih matičnih celic najverjetneje sestavljeno iz manjših setov podznačilnosti oz. modululov, ki vsebujejo razdeljene pluripotentne faktorje na Core (jedrni) modul, Polycomb modul (kompleksni faktorji) in Myc modul (sorodni faktorji). Najprej odkrita Myc-centralna mreža v zarodnih matičnih celicah je močno neodvisna od jedrne mreže pluripotentnosti zarodnih celic. Core modul oziroma jedrni vezavni faktorji so heterodimerni transkripcijski faktorji, ki regulirajo gensko transkripcijo genov, primarno za celično diferenciacijo in cikel. Polycombna skupina proteinov je družina proteinov, prvotno odkritih v sadni muhi (fruit flies), ki lahko preoblikujejo kromatin tako, da epigenetsko utišane gene izrazijo. Myc protein je regulatorni gen, ki poseduje zapis za transkripcijski faktor. V človeškem genomu se Myc nahaja na osmem kromosomu in naj bi reguliral ekspresijo 15 % vseh genov. Regulacija poteka tako, da se Myc veže na E-škatle (E-boxes) in aktivira histon acetiltransferazo. Ugotovili so tudi, da so promotorji, ki so zasedeni z Myc transkripcijskim regulatorjem, močno soodvisnost s histonom H3 lizin 4 trimetilno (H3K4me3) in obratno soodvisnost s histonom H3 lizin 27 trimetiliranim (H3K27me3), kar pokaže jasno povezavo med Myc in epigenetsko regulacijo. Opazno je, da ima H3K4me3 pozitivno koleracijo med aktivnimi geni in odprto kromosomsko strukturo. Študije ne-zarodnih celic (non-embryonic cells) pa kažejo, da Myc reagira s histon aciltransferazo. Izboljšane IPSC generacije celic imajo torej za boljšo učinkovitost dodane histonske deacetilazne inhibitorje, kar namiguje na to, da so globalne spremembe v epigenetskih značilnostih nujno potrebne za somatsko celično reprogramiranje. Ti moduli so med seboj neodvisni pri zarodnih matičnih celicah, prav tako pri reprogramiranju somatskih celic. Z opazovanjem in analiziranjem aktivnosti teh modulov lahko povzamemo, da si zarodne matične celice in kancerogene celice delijo aktivnost Myc modula ne pa tudi aktivnost Core modula. Torej imajo zarodne in kancerogene celice prevladujoč značaj in povezavo predvsem z Myc regulatorno mrežo oz. modulom. Ker obdržijo svojo pluripotentnost, so zarodne matične celice zmožne neskončnega obnavljanja. Glavni značilnosti zarodnih matičnih celic, IPSC in prav tako rakavih celic pa sta preprečena diferenciacija in zmožnost neskončnega obnavljanja.

==Ali bodo negentske metode za pridobivanje IPSC zmanjšale verjetnost tumorjev?==
Bolj kot je celica izvorna večja je možnost da bo povzročila tumor, kar razloži zakaj so IPSC po naravi dosti bolj tumorogene od neizvornih celic. Najbolj zaskrbljujoče je, da skoraj vsa izdana dela dokazujejo, da skoraj vse IPSC povzročajo teratom. Genetske spremembe, ki so neločljivo povezane z IPSC generacijskim procesom, lahko povečajo možnost tumorogeneze preko induciranih genov in tudi preko potencialnih sprememb na integracijskih mestih.
Področje IPSC se počasi oddaljuje od induciranih metod, ki temeljijo na genetskih spremembah. Taki postopki so sicer še v začetnih fazah z obetajočimi rezultati, ki napovedujejo, da bi taka metoda morala generalno zmanjšati tumorogenezo. Vendar se še vedno ne ve, če bo kdaj mogoče narediti IPSC brez genetskih sprememb? Bodo lahko IPSC kdaj neodvisne od Myc, KLF4 in drugih onkogenov? Čeprav se zdi da lahko in, da se opušča Myc, vendar take IPSC še vedno povzročajo teratome.

==Pristopi ki bi naredili terapije z izvornimi celicami bolj varne==
*'''Presaditev matičnih celic'''
Normalne izvorne celice kot so ESC lahko še vedno povzročajo tumorje. Pojavljajo se opažanja, da teratokarcinom in teratom lahko vsebujeta izvorne celice. Te tumorne izvorne celice so zelo podobne normalnim izvornim celicam, vendar je njihova pluripotentnost omejena. Eden od verjetno enostavnejših načinov, kako upočasniti tumorogenost normalnih izvornih celic pred presaditvijo, leži v njihovem naravnem zapornem sistemu. Pri pluripotentnosti parcialno diferenciranih celic in njihovih prednicah. Ideja je, da se uporabi izvorne celice za proizvajanje "prednikov"in nato transplantirati samo prednike.
Tak pristop so odobrili januarja 2009, ki je temeljil na človeških ESC pridobljenih iz oligodendrocitov. Da se transpalntira samo prednike je treba vzorec očistiti. Čiščenje je lahko pozitivno (uporaba markerjev, ki prepoznajo prednike) ali pa negativno (uporaba markerjev, ki eliminirajo izvorne celice). Vendar v praksi nikoli ne deluje vse prav in ostane v vzorcu še nekaj izvornih celic. Preostale izvorne celice so unikatne in predstavljajo večjo verjetnost za pojav tumorjev, saj so pobegnile diferenciaciji in oslabile pluripotentnost, kar jih privede bližje k tumorogenemu fenotipu.
Najbolj praktičen pristop bi bil verjetno kombinacija diferenciacije in sortiranja.
*'''Samomorilski gen'''
Stabilna uvedba samomorilskega gena, kot je timidin kinaza (tk) v izvorne celice je tudi ena od možnosti. Bila naj bi učinkovita v povezavi z Gan zdravljenjem. Z Gen terapijo se ubije tudi vse diferencirane celice teratoma. Relativno enostavna modifikacija, kot je uporaba oct3 ali nanog promotorja bi privedla do ekspresije tk in bi bolj specifično ubila samo človeške ESC, ki so pobegnile diferenciaciji.
Velik problem je pristop s samomorilskim genom, ki gensko spremeni izvorne celice, kar lahko poveča verjetnost tumorogeneze že na začetku.
*'''Ubiti izvorne celice z metodo ki ni genetska'''
Če se bo izkazalo, da je pristop s samomorilskim genom neuporaben, se bo moralo najti kakšno drugo metodo, da se eliminira ostale izvorne celice. Čeprav je mogoče, da bi pacienti dobili kemoterapevtike širokega spektra in tako ubili izvorne celice, bi bilo za mnoge to preveč toksično. Nejasno pa je tudi kako efektivno bi bilo to pri izvornih celicah, ki so trenutno v mirovanju. Čeprav bi morale biti človeške ESC in IPSC uničene s kemoterapijo, bi se lahko in vivo izkazalo drugače in bi bil transplantant IPSC odporen na kemoterapijo. Želeno je najti metodo, ki bi bolj specifično ubila izvorne celice. Obetaven pristop se zdi z uporabo ubijalskih protiteles, ki bi zaznala antigene na površini človeških ESC. Tak primer je SSEA-4. Odkriti so bili tudi novi antigen, kot je podocalyxinlike protein-1, ki deluje obetavno, še posebej pri nediferenciranih človeških ESC. Problem je v tem, da se še ne ve točno njegova specifičnost in stranski učinki zdravljenja s protitelesi.
*'''Uporaba izvornih celic za transplantacijo, vendar bi se prej eliminiralo z negenetsko metodo tiste, ki so potencialno tumorogene'''
To je v teoriji najenostavnejši pristop, vendar danes seveda še ne obstaja, saj so človeške ESC nagnjene k tvorbi teratoma.

Še vedno ostaja upanje da se bo razvil pristop ki bo lahko ločil tumorogeno populacijo od netumorogene, ali pa da se bo selektivno targetirala tumorogena populacija. Upanje ostaja in odkriva se vse več molekulskih mehanizmov o izvornih in tumorskih celicah. Nekoč se bo našla razlika ki bo lahko eliminirala tumorogenost in ohranila pluripotentnost.
==Viri==
* Knoepfler Paul. 2009. Deconstructing Stem Cell Tumorigenicity: A Roadmap to Safe Regenerative Medicine. Stem cells, Volume 27, 12 February 2009, Pages 1050–1056
* Jonghwan Kim, Andrew J. Woo, Jianlin Chu, Jonathan W. Snow, Yuko Fujiwara, Chul Geun Kim, Alan B. Cantor, Stuart H. Orkin. 2010. A Myc Network Accounts for Similarities between Embryonic Stem and Cancer Cell Transcription Programs. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 313-324
* Michael E. Rothenberg, Michael F. Clarke, Maximilian Diehn. 2010. The Myc Connection: ES Cells and Cancer. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 184–186
* National Library of Medicine. 27.5.13. http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2011/MB_cgi?mode=&term=Core+Binding+Factors
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Polycomb-group_proteins
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Myc

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Tumorigenost iPSC

2013-05-27T20:44:38Z

AnaRemžgar:

Zarodne matične celice in zarodne kancerogene celice sta dva zelo podobna tipa celic. Prve so bile odkrite kancerogene celice, odkritje le teh pa je spodbudilo znanstvenike k nadaljnji raziskavi in kmalu so odkrili tudi zarodne matične celice. Tukaj lahko vidimo prvo povezavo med matičnimi in tumornimi celicami, saj so nujne podobne lastnosti najverjetneje pripeljale do podobnih odkritji. Prav tako vidimo korelacijo med pluripotentnostjo matičnih in tumorogenostjo kancerogenih celic.

Nedavne študije kažejo, da so pri obeh tipih celic na delu podobni transkripcijski elementi. Povezavo med pluripotentnostjo in tumorogenostjo ponazarja dejstvo, da so geni, ki se uporabljajo za produkcijo IPSC (induced pluripotent stem cells) nedvoumno onkogeni Myc in KLF4 ali pa so bili povezani s tumorogenostjo kot na primer Sox2, Nanog in Oct3. Odkrito je bilo, da koktajl jedrnih pluripotentnih faktorjev in izbranih izraznih faktorjev (npr. Myc in Lin28), lahko reprogramirajo diferencirano celico v zarodno matično celico in to poudari jasno vlogo transpripcijskih faktorjev ter nakaže usodo celice. Izražanje Myc gena močno poveča tvorjenje induciranih pluripotentnih celic, vendar ni nepogrešljiv član pluripotentne mreže. Myc torej zasede veliko več tarčnih genov kot jedrni faktorji. Ti geni so večinoma udeleženi pri celičnem metabolizmu, ciklu in proteinski sintezni poti, medtem ko so jedrni faktorji povezani z razvojem in transkripcijsko povezanimi procesi. Vendar pa je splošno gensko izražanje zarodnih matičnih celic najverjetneje sestavljeno iz manjših setov podznačilnosti oz. modululov, ki vsebujejo razdeljene pluripotentne faktorje na Core (jedrni) modul, Polycomb modul (kompleksni faktorji) in Myc modul (sorodni faktorji). Najprej odkrita Myc-centralna mreža v zarodnih matičnih celicah je močno neodvisna od jedrne mreže pluripotentnosti zarodnih celic. Core modul oziroma jedrni vezavni faktorji so heterodimerni transkripcijski faktorji, ki regulirajo gensko transkripcijo genov, primarno za celično diferenciacijo in cikel. Polycombna skupina proteinov je družina proteinov, prvotno odkritih v sadni muhi (fruit flies), ki lahko preoblikujejo kromatin tako, da epigenetsko utišane gene izrazijo. Myc protein je regulatorni gen, ki poseduje zapis za transkripcijski faktor. V človeškem genomu se Myc nahaja na osmem kromosomu in naj bi reguliral ekspresijo 15 % vseh genov. Regulacija poteka tako, da se Myc veže na E-škatle (E-boxes) in aktivira histon acetiltransferazo. Ugotovili so tudi, da so promotorji, ki so zasedeni z Myc transkripcijskim regulatorjem, močno soodvisnost s histonom H3 lizin 4 trimetilno (H3K4me3) in obratno soodvisnost s histonom H3 lizin 27 trimetiliranim (H3K27me3), kar pokaže jasno povezavo med Myc in epigenetsko regulacijo. Opazno je, da ima H3K4me3 pozitivno koleracijo med aktivnimi geni in odprto kromosomsko strukturo. Študije ne-zarodnih celic (non-embryonic cells) pa kažejo, da Myc reagira s histon aciltransferazo. Izboljšane IPSC generacije celic imajo torej za boljšo učinkovitost dodane histonske deacetilazne inhibitorje, kar namiguje na to, da so globalne spremembe v epigenetskih značilnostih nujno potrebne za somatsko celično reprogramiranje. Ti moduli so med seboj neodvisni pri zarodnih matičnih celicah, prav tako pri reprogramiranju somatskih celic. Z opazovanjem in analiziranjem aktivnosti teh modulov lahko povzamemo, da si zarodne matične celice in kancerogene celice delijo aktivnost Myc modula ne pa tudi aktivnost Core modula. Torej imajo zarodne in kancerogene celice prevladujoč značaj in povezavo predvsem z Myc regulatorno mrežo oz. modulom. Ker obdržijo svojo pluripotentnost, so zarodne matične celice zmožne neskončnega obnavljanja. Glavni značilnosti zarodnih matičnih celic, IPSC in prav tako rakavih celic pa sta preprečena diferenciacija in zmožnost neskončnega obnavljanja.

==Ali bodo negentske metode za pridobivanje IPSC zmanjšale verjetnost tumorjev?==
Bolj kot je celica izvorna večja je možnost da bo povzročila tumor, kar razloži zakaj so IPSC po naravi dosti bolj tumorogene od neizvornih celic. Najbolj zaskrbljujoče je, da skoraj vsa izdana dela dokazujejo, da skoraj vse IPSC povzročajo teratom. Genetske spremembe, ki so neločljivo povezane z IPSC generacijskim procesom, lahko povečajo možnost tumorogeneze preko induciranih genov in tudi preko potencialnih sprememb na integracijskih mestih.
Področje IPSC se počasi oddaljuje od induciranih metod, ki temeljijo na genetskih spremembah. Taki postopki so sicer še v začetnih fazah z obetajočimi rezultati, ki napovedujejo, da bi taka metoda morala generalno zmanjšati tumorogenezo. Vendar se še vedno ne ve, če bo kdaj mogoče narediti IPSC brez genetskih sprememb? Bodo lahko IPSC kdaj neodvisne od Myc, KLF4 in drugih onkogenov? Čeprav se zdi da lahko in, da se opušča Myc, vendar take IPSC še vedno povzročajo teratome.

==Pristopi ki bi naredili terapije z izvornimi celicami bolj varne==
*'''Presaditev matičnih celic'''
Normalne izvorne celice kot so ESC lahko še vedno povzročajo tumorje. Pojavljajo se opažanja, da teratokarcinom in teratom lahko vsebujeta izvorne celice. Te tumorne izvorne celice so zelo podobne normalnim izvornim celicam, vendar je njihova pluripotentnost omejena. Eden od verjetno enostavnejših načinov, kako upočasniti tumorogenost normalnih izvornih celic pred presaditvijo, leži v njihovem naravnem zapornem sistemu. Pri pluripotentnosti parcialno diferenciranih celic in njihovih prednicah. Ideja je, da se uporabi izvorne celice za proizvajanje "prednikov"in nato transplantirati samo prednike.
Tak pristop so odobrili januarja 2009, ki je temeljil na človeških ESC pridobljenih iz oligodendrocitov. Da se transpalntira samo prednike je treba vzorec očistiti. Čiščenje je lahko pozitivno (uporaba markerjev, ki prepoznajo prednike) ali pa negativno (uporaba markerjev, ki eliminirajo izvorne celice). Vendar v praksi nikoli ne deluje vse prav in ostane v vzorcu še nekaj izvornih celic. Preostale izvorne celice so unikatne in predstavljajo večjo verjetnost za pojav tumorjev, saj so pobegnile diferenciaciji in oslabile pluripotentnost, kar jih privede bližje k tumorogenemu fenotipu.
Najbolj praktičen pristop bi bil verjetno kombinacija diferenciacije in sortiranja.
*'''Samomorilski gen'''
Stabilna uvedba samomorilskega gena, kot je timidin kinaza (tk) v izvorne celice je tudi ena od možnosti. Bila naj bi učinkovita v povezavi z Gan zdravljenjem. Z Gen terapijo se ubije tudi vse diferencirane celice teratoma. Relativno enostavna modifikacija, kot je uporaba oct3 ali nanog promotorja bi privedla do ekspresije tk in bi bolj specifično ubila samo človeške ESC, ki so pobegnile diferenciaciji.
Velik problem je pristop s samomorilskim genom, ki gensko spremeni izvorne celice, kar lahko poveča verjetnost tumorogeneze že na začetku.
*'''Ubiti izvorne celice z metodo ki ni genetska'''
Če se bo izkazalo, da je pristop s samomorilskim genom neuporaben, se bo moralo najti kakšno drugo metodo, da se eliminira ostale izvorne celice. Čeprav je mogoče, da bi pacienti dobili kemoterapevtike širokega spektra in tako ubili izvorne celice, bi bilo za mnoge to preveč toksično. Nejasno pa je tudi kako efektivno bi bilo to pri izvornih celicah, ki so trenutno v mirovanju. Čeprav bi morale biti človeške ESC in IPSC uničene s kemoterapijo, bi se lahko in vivo izkazalo drugače in bi bil transplantant IPSC odporen na kemoterapijo. Želeno je najti metodo, ki bi bolj specifično ubila izvorne celice. Obetaven pristop se zdi z uporabo ubijalskih protiteles, ki bi zaznala antigene na površini človeških ESC. Tak primer je SSEA-4. Odkriti so bili tudi novi antigen, kot je podocalyxinlike protein-1, ki deluje obetavno, še posebej pri nediferenciranih človeških ESC. Problem je v tem, da se še ne ve točno njegova specifičnost in stranski učinki zdravljenja s protitelesi.
*'''Uporaba izvornih celic za transplantacijo, vendar bi se prej eliminiralo z negenetsko metodo tiste, ki so potencialno tumorogene'''
To je v teoriji najenostavnejši pristop, vendar danes seveda še ne obstaja, saj so človeške ESC nagnjene k tvorbi teratoma.

Še vedno ostaja upanje da se bo razvil pristop ki bo lahko ločil tumorogeno populacijo od netumorogene, ali pa da se bo selektivno targetirala tumorogena populacija. Upanje ostaja in odkriva se vse več molekulskih mehanizmov o izvornih in tumorskih celicah. Nekoč se bo našla razlika ki bo lahko eliminirala tumorogenost in ohranila pluripotentnost.
==Viri==
* Knoepfler Paul. 2009. Deconstructing Stem Cell Tumorigenicity: A Roadmap to Safe Regenerative Medicine. Stem cells, Volume 27, 12 February 2009, Pages 1050–1056
* Jonghwan Kim, Andrew J. Woo, Jianlin Chu, Jonathan W. Snow, Yuko Fujiwara, Chul Geun Kim, Alan B. Cantor, Stuart H. Orkin. 2010. A Myc Network Accounts for Similarities between Embryonic Stem and Cancer Cell Transcription Programs. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 313-324
* Michael E. Rothenberg, Michael F. Clarke, Maximilian Diehn. 2010. The Myc Connection: ES Cells and Cancer. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 184–186
* National Library of Medicine. 27.5.13. http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2011/MB_cgi?mode=&term=Core+Binding+Factors
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Polycomb-group_proteins
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Myc

Reprogramiranje celic

2013-05-27T20:29:06Z

AnaRemžgar: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2012/13 povezani s temo Reprogramiranje celic. Pri tem ne bomo obravnavali (samo) izbrisa metilacijskih vzorcev na DNA, kar je reprogramiranje v osnovi pomenilo, pač pa se bomo ukvarjali s pripravo induciranih pluripotentnih celic. Pogosto postopek imenujejo dediferenciacija. Pri tem odraslo, diferencirano somatsko celico z biokemijskimi in molekularnobiološkimi pristopi spremenimo na tak način, da postane zelo podobna izvornim celicam. Pridobi torej sposobnost, da se ponovno diferencira v veliko različnih tipov odraslih celic. Za osnovne raziskave na tem področju so podelili Nobelovo nagrado za fiziologijo oz. medicino za leto 2012 japonskemu raziskovalcu Šinju Jamanaku, ki je prve take celice pripravil leta 2006. Gre torej za precej novo področje v celični molekularni biologiji.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli ob koncu semestra. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Tema je v osnovi precej celičnobiološko naravnana. Vseeno pa izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere so ključne biološke molekule, ki so potrebne, da procesi tečejo v smeri dediferenciacije, s katerimi drugimi molekulami interagirajo, katere molekularnobiološke tehnike so uporabili raziskovalci, kako delujejo transkripcijski faktorji ipd. V seznamu tem so (razen pri prvih dveh) navedeni članki, ki naj vam služijo kot izhodišče za pripravo. Članki so pisani zelo strokovno, zato si boste morali pomagati še z drugimi viri, ki jih poiščite sami.

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 27.5. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 29.5., 5 - 8 31.5., 9 - 12 5.6. in 13 - 15 7.6.2013. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

# Biokemijske značilnosti izvornih celic - pregled
# Epigenetsko reprogramiranje - pregled
# Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami (Science 2005) - http://www.sciencemag.org/content/309/5739/1369
# Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov (Cell 2006) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867406009767
# Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice (Nature 2007) - http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05934.html in http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05944.html /tema za 3 študente/
# Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Science 2007) - http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1920
# Prve človeške inducirane pluripotentne celice (Cell in Science 2007) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867407014717 in http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1917 /tema za 3 študente/
# Brezvirusni način priprave iPSC (Science 2008) - http://www.sciencemag.org/content/322/5903/945 in http://www.sciencemag.org/content/322/5903/949 /tema za 3 študente/
# Reprogramiranje z dvema faktorjema (Nature 2008) - http://www.nature.com/nature/journal/v454/n7204/full/nature07061.html
# Reprogramiranje s transpozicijo (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v458/n7239/full/nature07863.html
# Kloniranje miši iz iPSC (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08267.html in http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08310.html /za 3 študente/
# Tumorigenost iPSC (Stem Cells 2009) - http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/stem.37/full
# Reprogramiranje z miRNA (Cell Stem Cell 2011) - http://download.cell.com/cell-stem-cell/pdf/PIIS1934590911002219.pdf
# Alternativni pristopi za pripravo iPSC (Nature Rev. Gen. 2011) - https://www.salk.edu/labs/belmonte/pubs/2011/2011-216-nrg.gonzalez.pdf /za 1-2 študenta/
# Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC (Curr. Opinion Gen. Develop. 2012) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959437X12001037 /za 1-2 študenta/

== Skupine ==

Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biokemijske_zna%C4%8Dilnosti_izvornih_celic Biokemijske značilnosti izvornih celic](Urška Rode)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Epigenetsko_reprogramiranje_celic Epigenetsko reprogramiranje] (Karmen Belšak, Maša Mohar)
# Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami (Erik Janežič, Tomaž Rozmarič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inducirane_pluripotentne_celice_iz_mišjih_fibroblastov Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov ](Ana Kunšek, Nastja Pirman)
# Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice /za 3 študente/ (Julija Mazej, Bojana Lazović, Maja Kostanjevec)
# Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Špela Tomaž, Zala Gluhić, Ajda Rojc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prve_človeške_inducirane_pluripotentne_celice Prve človeške inducirane pluripotentne celice](Dejan Marjanovič, Suzana Semič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezvirusni_na%C4%8Din_priprave_iPSC Brezvirusni način priprave iPSC](Griša Prinčič, Erik Mršnik, Jakob Gašper Lavrenčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_dvema_faktorjema Reprogramiranje z dvema faktorjema](Samo Zakotnik, Ana Grom, Mirjana Malnar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_s_transpozicijo Reprogramiranje s transpozicijo] (Barbara Dušak, Sara Lorbek)
# Kloniranje miši iz iPSC /za 3 študente/ (Ellen Malovrh, Ana Potočnik, Rok Razpotnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Tumorigenost_iPSC Tumorigenost iPSC](Urška Navodnik, Ana Remžgar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_miRNA Reprogramiranje z miRNA] (Monika Biasizzo, Katja Leben, Estera Merljak)
# Alternativni pristopi za pripravo iPSC /za 1-2 študenta/
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pregled_in_prihodnost_postopkov_za_pripravo_iPSC Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC] / (Aleksander Benčič, Jernej Pušnik)
# Kombiniranje tehnologije induciranih pluripotentnih matičnih celic in genskih modifikacij pri zdravljenju mišične distrofije (Urška Rauter)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[RNA-interferenca]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.

Tumorigenost iPSC

2013-05-27T20:22:48Z

AnaRemžgar:

Zarodne matične celice in zarodne kancerogene celice sta dva zelo podobna tipa celic. Prve so bile odkrite kancerogene celice, odkritje le teh pa je spodbudilo znanstvenike k nadaljnji raziskavi in kmalu so odkrili tudi zarodne matične celice. Tukaj lahko vidimo prvo povezavo med matičnimi in tumornimi celicami, saj so nujne podobne lastnosti najverjetneje pripeljale do podobnih odkritji. Prav tako vidimo korelacijo med pluripotentnostjo matičnih in tumorogenostjo kancerogenih celic.

Nedavne študije kažejo, da so pri obeh tipih celic na delu podobni transkripcijski elementi. Povezavo med pluripotentnostjo in tumorogenostjo ponazarja dejstvo, da so geni, ki se uporabljajo za produkcijo IPSC (induced pluripotent stem cells) nedvoumno onkogeni Myc in KLF4 ali pa so bili povezani s tumorogenostjo kot na primer Sox2, Nanog in Oct3. Odkrito je bilo, da koktajl jedrnih pluripotentnih faktorjev in izbranih izraznih faktorjev (npr. Myc in Lin28), lahko reprogramirajo diferencirano celico v zarodno matično celico in to poudari jasno vlogo transpripcijskih faktorjev ter nakaže usodo celice. Izražanje Myc gena močno poveča tvorjenje induciranih pluripotentnih celic, vendar ni nepogrešljiv član pluripotentne mreže. Myc torej zasede veliko več tarčnih genov kot jedrni faktorji. Ti geni so večinoma udeleženi pri celičnem metabolizmu, ciklu in proteinski sintezni poti, medtem ko so jedrni faktorji povezani z razvojem in transkripcijsko povezanimi procesi. Vendar pa je splošno gensko izražanje zarodnih matičnih celic najverjetneje sestavljeno iz manjših setov podznačilnosti oz. modululov, ki vsebujejo razdeljene pluripotentne faktorje na Core (jedrni) modul, Polycomb modul (kompleksni faktorji) in Myc modul (sorodni faktorji). Najprej odkrita Myc-centralna mreža v zarodnih matičnih celicah je močno neodvisna od jedrne mreže pluripotentnosti zarodnih celic. Core modul oziroma jedrni vezavni faktorji so heterodimerni transkripcijski faktorji, ki regulirajo gensko transkripcijo genov, primarno za celično diferenciacijo in cikel. Polycombna skupina proteinov je družina proteinov, prvotno odkritih v sadni muhi (fruit flies), ki lahko preoblikujejo kromatin tako, da epigenetsko utišane gene izrazijo. Myc protein je regulatorni gen, ki poseduje zapis za transkripcijski faktor. V človeškem genomu se Myc nahaja na osmem kromosomu in naj bi reguliral ekspresijo 15 % vseh genov. Regulacija poteka tako, da se Myc veže na E-škatle (E-boxes) in aktivira histon acetiltransferazo. Ugotovili so tudi, da so promotorji, ki so zasedeni z Myc transkripcijskim regulatorjem, močno soodvisnost s histonom H3 lizin 4 trimetilno (H3K4me3) in obratno soodvisnost s histonom H3 lizin 27 trimetiliranim (H3K27me3), kar pokaže jasno povezavo med Myc in epigenetsko regulacijo. Opazno je, da ima H3K4me3 pozitivno koleracijo med aktivnimi geni in odprto kromosomsko strukturo. Študije ne-zarodnih celic (non-embryonic cells) pa kažejo, da Myc reagira s histon aciltransferazo. Izboljšane IPSC generacije celic imajo torej za boljšo učinkovitost dodane histonske deacetilazne inhibitorje, kar namiguje na to, da so globalne spremembe v epigenetskih značilnostih nujno potrebne za somatsko celično reprogramiranje. Ti moduli so med seboj neodvisni pri zarodnih matičnih celicah, prav tako pri reprogramiranju somatskih celic. Z opazovanjem in analiziranjem aktivnosti teh modulov lahko povzamemo, da si zarodne matične celice in kancerogene celice delijo aktivnost Myc modula ne pa tudi aktivnost Core modula. Torej imajo zarodne in kancerogene celice prevladujoč značaj in povezavo predvsem z Myc regulatorno mrežo oz. modulom. Ker obdržijo svojo pluripotentnost, so zarodne matične celice zmožne neskončnega obnavljanja. Glavni značilnosti zarodnih matičnih celic, IPSC in prav tako rakavih celic pa sta preprečena diferenciacija in zmožnost neskončnega obnavljanja.

== Ali bodo negentske metode za pridobivanje IPSC zmanjšale verjetnost tumorjev? ==
Bolj kot je celica izvorna večja je možnost da bo povzročila tumor, kar razloži zakaj so IPSC po naravi dosti bolj tumorogene od neizvornih celic. Najbolj zaskrbljujoče je, da skoraj vsa izdana dela dokazujejo, da skoraj vse IPSC povzročajo teratom. Genetske spremembe, ki so neločljivo povezane z IPSC generacijskim procesom, lahko povečajo možnost tumorogeneze preko induciranih genov in tudi preko potencialnih sprememb na integracijskih mestih.
Področje IPSC se počasi oddaljuje od induciranih metod, ki temeljijo na genetskih spremembah. Taki postopki so sicer še v začetnih fazah z obetajočimi rezultati, ki napovedujejo, da bi taka metoda morala generalno zmanjšati tumorogenezo. Vendar se še vedno ne ve, če bo kdaj mogoče narediti IPSC brez genetskih sprememb? Bodo lahko IPSC kdaj neodvisne od Myc, KLF4 in drugih onkogenov? Čeprav se zdi da lahko in, da se opušča Myc, vendar take IPSC še vedno povzročajo teratome.

== Pristopi ki bi naredili terapije z izvornimi celicami bolj varne ==
* '''Presaditev matičnih celic'''
Normalne izvorne celice kot so ESC lahko še vedno povzročajo tumorje. Pojavljajo se opažanja, da teratokarcinom in teratom lahko vsebujeta izvorne celice. Te tumorne izvorne celice so zelo podobne normalnim izvornim celicam, vendar je njihova pluripotentnost omejena. Eden od verjetno enostavnejših načinov, kako upočasniti tumorogenost normalnih izvornih celic pred presaditvijo, leži v njihovem naravnem zapornem sistemu. Pri pluripotentnosti parcialno diferenciranih celic in njihovih prednicah. Ideja je, da se uporabi izvorne celice za proizvajanje "prednikov"in nato transplantirati samo prednike.
Tak pristop so odobrili januarja 2009, ki je temeljil na človeških ESC pridobljenih iz oligodendrocitov. Da se transpalntira samo prednike je treba vzorec očistiti. Čiščenje je lahko pozitivno (uporaba markerjev, ki prepoznajo prednike) ali pa negativno (uporaba markerjev, ki eliminirajo izvorne celice). Vendar v praksi nikoli ne deluje vse prav in ostane v vzorcu še nekaj izvornih celic. Preostale izvorne celice so unikatne in predstavljajo večjo verjetnost za pojav tumorjev, saj so pobegnile diferenciaciji in oslabile pluripotentnost, kar jih privede bližje k tumorogenemu fenotipu.
Najbolj praktičen pristop bi bil verjetno kombinacija diferenciacije in sortiranja.
* '''Samomorilski gen'''
Stabilna uvedba samomorilskega gena, kot je timidin kinaza (tk) v izvorne celice je tudi ena od možnosti. Bila naj bi učinkovita v povezavi z Gan zdravljenjem. Z Gen terapijo se ubije tudi vse diferencirane celice teratoma. Relativno enostavna modifikacija, kot je uporaba oct3 ali nanog promotorja bi privedla do ekspresije tk in bi bolj specifično ubila samo človeške ESC, ki so pobegnile diferenciaciji.
Velik problem je pristop s samomorilskim genom, ki gensko spremeni izvorne celice, kar lahko poveča verjetnost tumorogeneze že na začetku.
* '''Ubiti izvorne celice z metodo ki ni genetska'''
Če se bo izkazalo, da je pristop s samomorilskim genom neuporaben, se bo moralo najti kakšno drugo metodo, da se eliminira ostale izvorne celice. Čeprav je mogoče, da bi pacienti dobili kemoterapevtike širokega spektra in tako ubili izvorne celice, bi bilo za mnoge to preveč toksično. Nejasno pa je tudi kako efektivno bi bilo to pri izvornih celicah, ki so trenutno v mirovanju. Čeprav bi morale biti človeške ESC in IPSC uničene s kemoterapijo, bi se lahko in vivo izkazalo drugače in bi bil transplantant IPSC odporen na kemoterapijo. Želeno je najti metodo, ki bi bolj specifično ubila izvorne celice. Obetaven pristop se zdi z uporabo ubijalskih protiteles, ki bi zaznala antigene na površini človeških ESC. Tak primer je SSEA-4. Odkriti so bili tudi novi antigen, kot je podocalyxinlike protein-1, ki deluje obetavno, še posebej pri nediferenciranih človeških ESC. Problem je v tem, da se še ne ve točno njegova specifičnost in stranski učinki zdravljenja s protitelesi.
* '''Uporaba izvornih celic za transplantacijo, vendar bi se prej eliminiralo z negenetsko metodo tiste, ki so potencialno tumorogene'''
To je v teoriji najenostavnejši pristop, vendar danes seveda še ne obstaja, saj so človeške ESC nagnjene k tvorbi teratoma.

Še vedno ostaja upanje da se bo razvil pristop ki bo lahko ločil tumorogeno populacijo od netumorogene, ali pa da se bo selektivno targetirala tumorogena populacija. Upanje ostaja in odkriva se vse več molekulskih mehanizmov o izvornih in tumorskih celicah. Nekoč se bo našla razlika ki bo lahko eliminirala tumorogenost in ohranila pluripotentnost.
== Viri ==
* Knoepfler Paul. 2009. Deconstructing Stem Cell Tumorigenicity: A Roadmap to Safe Regenerative Medicine. Stem cells, Volume 27, 12 February 2009, Pages 1050–1056
* Jonghwan Kim, Andrew J. Woo, Jianlin Chu, Jonathan W. Snow, Yuko Fujiwara, Chul Geun Kim, Alan B. Cantor, Stuart H. Orkin. 2010. A Myc Network Accounts for Similarities between Embryonic Stem and Cancer Cell Transcription Programs. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 313-324
* Michael E. Rothenberg, Michael F. Clarke, Maximilian Diehn. 2010. The Myc Connection: ES Cells and Cancer. Cell, Volume 143, Issue 2, 15 October 2010, Pages 184–186
* National Library of Medicine. 27.5.13. http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2011/MB_cgi?mode=&term=Core+Binding+Factors
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Polycomb-group_proteins
* Wikipedia, the free encyclopedia. 27.5.13. http://en.wikipedia.org/wiki/Myc

Tumorigenost iPSC

2013-05-27T20:07:45Z

AnaRemžgar: New page: Zarodne matične celice in zarodne kancerogene celice sta dva zelo podobna tipa celic. Prve so bile odkrite kancerogene celice, odkritje le teh pa je spodbudilo znanstvenike k nadaljnji ra...

Reprogramiranje celic

2013-03-23T23:07:43Z

AnaRemžgar: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2012/13 povezani s temo Reprogramiranje celic. Pri tem ne bomo obravnavali (samo) izbrisa metilacijskih vzorcev na DNA, kar je reprogramiranje v osnovi pomenilo, pač pa se bomo ukvarjali s pripravo induciranih pluripotentnih celic. Pogosto postopek imenujejo dediferenciacija. Pri tem odraslo, diferencirano somatsko celico z biokemijskimi in molekularnobiološkimi pristopi spremenimo na tak način, da postane zelo podobna izvornim celicam. Pridobi torej sposobnost, da se ponovno diferencira v veliko različnih tipov odraslih celic. Za osnovne raziskave na tem področju so podelili Nobelovo nagrado za fiziologijo oz. medicino za leto 2012 japonskemu raziskovalcu Šinju Jamanaku, ki je prve take celice pripravil leta 2006. Gre torej za precej novo področje v celični molekularni biologiji.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli ob koncu semestra. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min.

Tema je v osnovi precej celičnobiološko naravnana. Vseeno pa izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere so ključne biološke molekule, ki so potrebne, da procesi tečejo v smeri dediferenciacije, s katerimi drugimi molekulami interagirajo, katere molekularnobiološke tehnike so uporabili raziskovalci, kako delujejo transkripcijski faktorji ipd. V seznamu tem so (razen pri prvih dveh) navedeni članki, ki naj vam služijo kot izhodišče za pripravo. Članki so pisani zelo strokovno, zato si boste morali pomagati še z drugimi viri, ki jih poiščite sami.

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 27.5. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 29.5., 5 - 8 31.5., 9 - 12 5.6. in 13 - 15 7.6.2013. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

# Biokemijske značilnosti izvornih celic - pregled
# Epigenetsko reprogramiranje - pregled
# Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami (Science 2005) - http://www.sciencemag.org/content/309/5739/1369
# Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov (Cell 2006) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867406009767
# Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice (Nature 2007) - http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05934.html in http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05944.html /tema za 3 študente/
# Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Science 2007) - http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1920
# Prve človeške inducirane pluripotentne celice (Cell in Science 2007) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867407014717 in http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1917 /tema za 3 študente/
# Brezvirusni način priprave iPSC (Science 2008) - http://www.sciencemag.org/content/322/5903/945 in http://www.sciencemag.org/content/322/5903/949 /tema za 3 študente/
# Reprogramiranje z dvema faktorjema (Nature 2008) - http://www.nature.com/nature/journal/v454/n7204/full/nature07061.html
# Reprogramiranje s transpozicijo (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v458/n7239/full/nature07863.html
# Kloniranje miši iz iPSC (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08267.html in http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08310.html /za 3 študente/
# Tumorigenost iPSC (Stem Cells 2009) - http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/stem.37/full
# Reprogramiranje z miRNA (Cell Stem Cell 2011) - http://download.cell.com/cell-stem-cell/pdf/PIIS1934590911002219.pdf
# Alternativni pristopi za pripravo iPSC (Nature Rev. Gen. 2011) - https://www.salk.edu/labs/belmonte/pubs/2011/2011-216-nrg.gonzalez.pdf /za 1-2 študenta/
# Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC (Curr. Opinion Gen. Develop. 2012) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959437X12001037 /za 1-2 študenta/

== Skupine ==

Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

# Biokemijske značilnosti izvornih celic
# Epigenetsko reprogramiranje (Karmen Belšak, Maša Mohar)
# Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami
# Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov
# Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice /za 3 študente/
# Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Špela, Zala, Ajda)
# Prve človeške inducirane pluripotentne celice (Dejan Marjanovič, Suzana Semič)
# Brezvirusni način priprave iPSC /za 3 študente/
# Reprogramiranje z dvema faktorjema (Samo Zakotnik)
# Reprogramiranje s transpozicijo (Barbara Dušak, Sara Lorbek)
# Kloniranje miši iz iPSC /za 3 študente/ (Ellen Malovrh, Ana Potočnik, Rok Razpotnik)
# Tumorigenost iPSC (Urška Navodnik, Ana Remžgar)
# Reprogramiranje z miRNA (Monika Biasizzo, Katja Leben, Estera Merljak)
# Alternativni pristopi za pripravo iPSC /za 1-2 študenta/ (Urška Rauter)
# Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC /za 1-2 študenta/

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[RNA-interferenca]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.

Reprogramiranje celic

2013-03-20T12:52:17Z

AnaRemžgar: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2012/13 povezani s temo Reprogramiranje celic. Pri tem ne bomo obravnavali (samo) izbrisa metilacijskih vzorcev na DNA, kar je reprogramiranje v osnovi pomenilo, pač pa se bomo ukvarjali s pripravo induciranih pluripotentnih celic. Pogosto postopek imenujejo dediferenciacija. Pri tem odraslo, diferencirano somatsko celico z biokemijskimi in molekularnobiološkimi pristopi spremenimo na tak način, da postane zelo podobna izvornim celicam. Pridobi torej sposobnost, da se ponovno diferencira v veliko različnih tipov odraslih celic. Za osnovne raziskave na tem področju so podelili Nobelovo nagrado za fiziologijo oz. medicino za leto 2012 japonskemu raziskovalcu Šinju Jamanaku, ki je prve take celice pripravil leta 2006. Gre torej za precej novo področje v celični molekularni biologiji.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli ob koncu semestra. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min.

Tema je v osnovi precej celičnobiološko naravnana. Vseeno pa izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere so ključne biološke molekule, ki so potrebne, da procesi tečejo v smeri dediferenciacije, s katerimi drugimi molekulami interagirajo, katere molekularnobiološke tehnike so uporabili raziskovalci, kako delujejo transkripcijski faktorji ipd. V seznamu tem so (razen pri prvih dveh) navedeni članki, ki naj vam služijo kot izhodišče za pripravo. Članki so pisani zelo strokovno, zato si boste morali pomagati še z drugimi viri, ki jih poiščite sami.

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 27.5. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 29.5., 5 - 8 31.5., 9 - 12 5.6. in 13 - 15 7.6.2013. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

# Biokemijske značilnosti izvornih celic - pregled
# Epigenetsko reprogramiranje - pregled
# Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami (Science 2005) - http://www.sciencemag.org/content/309/5739/1369
# Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov (Cell 2006) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867406009767
# Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice (Nature 2007) - http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05934.html in http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05944.html /tema za 3 študente/
# Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Science 2007) - http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1920
# Prve človeške inducirane pluripotentne celice (Cell in Science 2007) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867407014717 in http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1917 /tema za 3 študente/
# Brezvirusni način priprave iPSC (Science 2008) - http://www.sciencemag.org/content/322/5903/945 in http://www.sciencemag.org/content/322/5903/949 /tema za 3 študente/
# Reprogramiranje z dvema faktorjema (Nature 2008) - http://www.nature.com/nature/journal/v454/n7204/full/nature07061.html
# Reprogramiranje s transpozicijo (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v458/n7239/full/nature07863.html
# Kloniranje miši iz iPSC (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08267.html in http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08310.html /za 3 študente/
# Tumorigenost iPSC (Stem Cells 2009) - http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/stem.37/full
# Reprogramiranje z miRNA (Cell Stem Cell 2011) - http://download.cell.com/cell-stem-cell/pdf/PIIS1934590911002219.pdf
# Alternativni pristopi za pripravo iPSC (Nature Rev. Gen. 2011) - https://www.salk.edu/labs/belmonte/pubs/2011/2011-216-nrg.gonzalez.pdf /za 1-2 študenta/
# Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC (Curr. Opinion Gen. Develop. 2012) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959437X12001037 /za 1-2 študenta/

== Skupine ==

Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

# Biokemijske značilnosti izvornih celic
# Epigenetsko reprogramiranje
# Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami
# Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov (Cell 2006)
# Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice /za 3 študente/
# Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Špela, Zala, Ajda)
# Prve človeške inducirane pluripotentne celice /za 3 študente/
# Brezvirusni način priprave iPSC /za 3 študente/
# Reprogramiranje z dvema faktorjema
# Reprogramiranje s transpozicijo
# Kloniranje miši iz iPSC /za 3 študente/ (Ellen Malovrh, Ana Potočnik, Rok Razpotnik)
# Tumorigenost iPSC (Urška Navodnik, Ana Remžgar)
# Reprogramiranje z miRNA (Monika Biasizzo, Katja Leben, Estera Merljak)
# Alternativni pristopi za pripravo iPSC /za 1-2 študenta/
# Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC /za 1-2 študenta/

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[RNA-interferenca]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.

BIO2 Povzetki seminarjev 2011

2011-11-26T01:27:48Z

AnaRemžgar: /* Maja Remškar: Okulokutani albinizem tipa II in P protein */

== Sara Draščič: On the spur of a whim ==

Serotonin ali 5-hidroksitriptamin (5-HT) spada v skupino heterogenih biokemičnih snovi, ki prenašajo informacije po živčnem sistemu in ki jim rečemo nevrotransmiterji. Ima pomembno vlogo pri veliko najrazličnejših reakcijah v telesu. Njegovo nepravilno delovanje vpliva na počutje, apetit, slabost, spanje, telesno temperaturo, staranje, bolečino, anksioznost, agresijo, spomin, migrene in na številne druge procese v organizmu. Večina serotonina se sintetizira v prebavnem traktu, preostali del pa v centralnem živčnem sistemu in trombocitih. Kljub temu, da se sintetizira le v določenih delih telesa, je prisoten povsod. Dokaz za njegovo prisotnost pa so serotoninski receptorji. Serotonin ima veliko receptorjev, ki so jih organizirali v sedem skupin glede na njihove fiziološke in strukturne razlike. Ravno zaradi tako velikega števila raznoraznih receptorjev, je serotonin pomemben pri tolikih različnih procesih, saj je njegovo delovanje, v veliki meri, odvisno od tega, na kateri receptor se bo vezal. Veliki pomen pri delovanju serotonina ima tudi njegov transporter. To je protein, katerega struktura še ni znana, vendar vemo kje in na katerem kromosomu se nahaja. Transporter je tudi glavna tarča raznih antidepresivov in drog kot so ecstasy, kokain in LSD.

== Ula Štok: Neuregulin 1 ==

Neuregulin-1 je član proteinov iz družine neuregulinov in je kodiran s strani gena NRG1. Obstaja veliko tipov Neuregulina-1, ki se razlikujejo po funkcionalnosti ter mestu v telesu na katerem delujejo. Najpogosteje delujejo v živčnem sistemu, kjer lahko z nepravilnim delovanjem med drugimi povzročajo tudi zelo razširjeno bolezen - shizofrenijo. Delujejo pa tudi na ostalih tkivih in organih (na primer: srce, pljuča, oprsje in želodec). Generalno obstajata dve poti signaliziranja Neuregulina-1, in sicer: Običajna ter neobičajna pot. Pri običajni poti je ErbB receptor aktiviran direktno, v enem koraku z vezavo Neuregulina-1. To najpogosteje povzroči dimerizacijo ali heterodimerizacijo ErbB receptorja. Dimerizacija ali heterodimerizacija sicer nista nujno potrebni, a vendar do njiju pride na skoraj vseh receptorjih ErbB. Ta združitev povzroči avto- in trans-fosforilacijo intracelularnih domen tega receptorja, kar aktivira vse nadaljnje poti signaliziranja. V končni fazi pa NRG1/ErbB signaliziranje vpliva direktno na transkripcijo. Pri neobičajni poti je postopek podoben, a vendar poteka začetna stopnja malo drugače. Na začetku namreč sodeluje JMa oblika receptorja ErbB4, ki se pod vplivom TACE cepi. Del receptorja (ErbB4-CTF) se odcepi v notranjost celice. Ta peptid je velik približno 80 kD in ima specifično izoblikovano vezavno mesto za Neuregulin-1. Nadaljnji procesi pa potekajo zelo podobno kot pri običajni signalni poti. Neuregulin-1 lahko povzroča shizofrenijo na različne načine, saj sodeluje pri zelo pomembnih procesih, kot so: tvorba sinaps, mielinizacija aksonov, razvoj oligodendrocit itd. Shizofrenija je zelo razširjena bolezen in nihče še ni odkril direktnega postopka k popolni odpravi te bolezni. A vendar, v letu 2009 se je zgodila neke vrste prelomnica v študiju shizofrenije. Odkrili so namreč, da posamezniki, ki so imeli gen za shizofrenijo niso zboleli. Še več! Napaka se jim je odrazila kot zvišanje kreativnih sposobnosti na znanstvenem ali umetniškem področju, odvisno od posameznika. Ob tem se je pojavilo mnogo vprašanj, saj bi na ta način mogoče lahko poiskali pot, da bi shizofrenija postala popolnoma ozdravljiva. A vendar, je to področje še raziskano, saj znanstveniki ne vedo po kakšnih poteh pride do tega, da te mutacije na NRG1 genu ne izrazijo v bolezenskem stanju.

== Maša Mirković: Proteinski produkti genov za disleksijo in z disleksijo povezane motnje ==

Disleksija je motnja, ki se kaže v nesposobnosti branja oziroma razumevanja prebranega, ter napakah in težavah pri izgovarjanju besed. Disleksiki,kot imenujemo posameznike, ki trpijo za disleksijo, imajo kljub normalnim intelektualnim sposobnostim, znanjem in izobrazbo, moteni veščini pisanja in branja s tendenco, da pomešajo med seboj črke ali besede med branjem ali pisanjem. V zadnjih letih, so uspeli ugotoviti mesta na kromosomih, povezana z dovzetnostjo za disleksijo. DYX1C1,KIAA0319,DCDC2 in ROBO1, so bili označeni kot kandidati, z dovzetnostjo za disleksijo. Najbolj obetaven je protein KIAA0319. Je transmembranski protein iz desetih transmembranskih vijačnic, najden v plazemski membrani nevronov. Njegov C-terminalni konec gleda v ekstracelularni matriks, manjši N-terminalni konec pa prehaja v citoplazmo nevrona. C-terminalni konec je visoko glikoziliran in nosi 5 PKD(polycystyc kidney desease) domene in eno MANEC(motif at the N terminus with eight cysteines) domeno. KIAA0319 igra vlogo pri rasti možganov in njihovi migraciji med razvojem možganov-iz tega je razvidno, da je disleksija problem v razvoju nevronov že v zgodnjih letih. Posamezniki z disleksijo nosijo izoobliko tega proteina, ki povzroči nižjo izraženost le tega. Spremembe so v 5'-regiji, ki kodira izoobliko proteina. Najopaznejše povezave z disleksijo se kažejo v 2,3 kb regiji, ki zavzema promotor, prvi nepreveden ekson in del prvega introna – odprti kromatin. Te ugotovitve vodijo, da je 5'-regija KIAA0319 gena tista lokacija alelov, ki največ prispeva k motnji branja.

== Katra Koman: INZULIN ==

Inzulin je peptidni hormon, ki sodeluje v uravnavanju ravni glukoze v krvi. Sintetizira in skladišči se v β-celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke. Sinteza poteka od prekurzorske molekule preproinzulina preko proinzulina do dokončne zrele molekule inzulina, ki se shrani v skladiščnih veziklih. Ob povišanju ravni glukoze v krvi, na primer po obroku, glukoza, ki je tudi glavni stimulator sekrecije inzulina, iz krvi preide v β-celice skozi GLUT2 transporter. Tam se fosforilira v glukozo-6-fosfat, saj tako fosforilirana ne more več iz celice, lahko pa vstopi v proces glikolize, ki mu sledita še Krebsov cikel in oksidativna fosforilacija, ki povzroči pretvorbo ADP v ATP molekule. ATP molekula stimulira zaprtje kalijevih kanalčkov, kar privede do depolarizacije celične membrane, to pa sproži na odprtje kalcijevih kanalčkov in vdor Ca2+ ionov. Povišana koncentracija kalcijevih Ca2+ ionov v celici stimulira prenos in zlitje skladiščnih veziklov z inzulinom z membrano. Inzulin se tako sprosti v krvni obtok in potuje do tarčnih celic, ki imajo na površini izražene inzulinske receptorje. Ko se veže nanj, prenese signal o povišanju ravni glukoze v krvi v celico. To povzroči kaskado reakcij znotraj celice, ki pa na koncu privedejo do translokacije veziklov z GLUT4 transporterjev na površino celice. Število teh transporterjev za glukozo se na površini celične membrane poveča in glukoza lahko prehaja v celico, posledično pa pade raven glukoze v krvi. Razgradnja inzulina poteka v jetrih in ledvicah. Okvare na katerikoli stopnji poti inzulina se odražajo v diabetesu ali drugih boleznih.

== Rok Štemberger: Protein GABAA (gama aminomaslena kislina A) - zgradba, vloga in zanimivosti ==

V svoji seminarski nalogi sem raziskoval vlogo, pomen in zanimivosti proteina GABAA (gama-aminomaslena kislina A). To je receptor, ki se nahaja predvsem v centralnem živčnem sistemu in je zadolžen zato, da opravlja funkcijo inhibitorja. Lociran je na površini nevrotičnih sinaps in prekinja elektrokemični signal, tako da omogoči prehod kloridnih ionov znotraj celice. To se zgodi takrat ko se ustrezen ligand Gama veže na aktivno mesto tega receptorja. Konformacija podenot se spremeni in to omogoči aktivacijo receptorja. Znanstveniki so ugotovili, da obstaja več vrst GABAA receptorjev, kar pa je odvisno od sestave podenot. Najbolj pogoste podenote so alfa beta in gama v razmerju 2:2:1. V primeru da do prekinitve ne pride se lahko pojavijo epileptični napadi, psihiatrične motnje itd. Stres lahko v dobi odraščanja močno vpliva na GABAA receptorje in jih tudi permanentno strukturno spremeni, kar pa lahko kasneje v našem življenju vpliva predvsem na naš spanec in njegovo kvaliteto. Absint je bila v preteklosti prepovedana pijača, saj je povzročala razna obolenja zaradi substance imenovane tujon. Le ta se je vezala na GABAA receptorje in tako onemogočila njegovo delovanje, zato ker je preprečevala prehod kloridnih ionov v membrano. Sedaj potekajo raziskave teh receptorjev, saj je ključnega pomena čim boljša ozdravitev bolezni, ki nastanejo zaradi nepravilnega delovanja GABAA receptorja.

== Veronika Jarc: Perforin ==

Perforin je protein, ki nastane iz citotoksičnih limfocitov T. S pomočjo grancimov napade tarčno celico in jo uniči. Rečemo lahko, da je pomemben člen pri imunskem odzivu in sodeluje s NK celicami. Sestavljen je iz 555 aminokislin, njegova molekulska masa pa je 62-67 kD. Sestavljen je iz dveh pomembnih domen, domene MACPF in domene C2. Za domeno C2 je značilno, da ima afiniteto do Ca2+ ionov. Saj se na lipidni dvosloj veže le ob prisotnosti kalcija. Drugače obstajata dva različna tipa C2 domene, ki sta bila izolirana iz različnih organizmov. Lahko rečemo, da sta oba tipa zelo podobna v tem, da sta pri tipu 1 N-konec in C-konec obrnjena na vrh domene, kar je nasprotno kot pri tipu 2. Poznamo tri MACPF domene: Plu-MACPF, C8a MACPF in lipokalin C8g. Vse te domene primerjamo z skupino proteinov citolizinov in ugotovimo nekaj podobnosti in nekaj razlik. Na splošno, pa lahko rečemo, da je evolucija poskrbela tako, da so sta si domena MACPF in citolizini raszlični le v nekaj aminokislinah. Poznamo tri mehanizme kako perforin preide v tarčno celico in pri tem pomaga gramcimom B uničit to celico. Prvi mehanizem je prehajanje preko perforinske pore in sicer s pomočjo veziklov preide v celico. Naslednji mehanizem je endosomolitični model, pri katerem je pomemben kompleks s pomočjo katerega prehaja v celico. Kot zadnji mehanizem pa je model prehodne perforinske pore, ki pove, da perforin tvori kanalčke s pomočjo katerih grancimi B preidejo direktno v celico. Grancimi B so serinske proteaze, ki se sintetizirajo v citotoksičnih limfocitih T in NK celicah.

== Taja Karner: Glavoboli in migrene ==

Zaradi stresnega in hitrega tempa življenja, vse več ljudi trpi za občasnimi glavoboli, ki so najpogosteje posledica utrujenosti. Prav tako je vedno več ljudi, ki trpijo za močnejšimi oblikami glavobolov imenovanih migrene. V hujših oblikah migrene lahko glavobol traja do dva dni, močno migreno lahko spremljajo še drugi simptomi kot so slabost, bruhanje, občutljivost na svetlobo in močan zvok, depresija ter nespečnost. Mutacija, ki je največji krivec za nastanek bolezni se pojavlja na kromosomu 10 na genu KCNK18. Ta zapisuje protein TRESK, ki se nahaja v hrbtenjači in deluje kot kalijev kanalček. Mutacija povzroči, da ne pride do izmenjavanja ionov, kar povzroči hude glavobole. V raziskavah so odkrili zanimivo povezavo z anestetikom. Ta namreč ne glede na mutacijo ponovno aktivira kanal. To bi lahko učinkovito pozdravilo migrene, če bi ga le uspeli spraviti v primerno obliko. Ugotovili so tudi, da zdravila, ki vsebujejo citosporin in takrolimus v večini primerov povzročajo migrene v zdravstvu pa jih še vseeno pogosto uporabljajo. Odkritje te mutacije predstavlja revolucijo v zdravstvu in verjamem, da bo kmalu vodilo do odkritja učinkovitega zdravila proti migrenam.

== Ana Dolinar: Univerzalna kri – prihodnost transfuzijske medicine? ==

α-galaktozidaza (AGAL_HUMAN) je glikozil-hidrolazni encim. Spada v GH27-D (klan D, 27. družina) in ima aktivno mesto v obliki (β/α)8 sodčka. Encim zapisuje gen GLA, ki se nahaja na kromosomu X.

Ideja o univerzalni krvi, ki bi bila primerna za transfuzijo, ne glede na krvno skupino pacienta, je med znanstveniki prisotna že približno trideset let.
Razvili so tri metode za pretvorbo različnih antigenov v antigen 0 (po sistemu AB0), ki je primeren za transfuzijo v vse krvne skupine.
:#Encimska razgradnja antigenov A in B do antigena 0. Za antigene A so uporabili α-N-acetilgalaktozaminidazo, vendar so antigeni preveč kompleksni in metoda ni bila uspešna. Pri antigenih B so dosegli popolno pretvorbo v antigen 0 z uporabo α-galaktozidaze iz bakterije ''Streptomyces griseoplanus''.
:#Prekrivanje površine eritrocitov z maleimidofenil-polietilen-glikolom (Mal-Phe-PEG). Prekrije vse antigene, ne samo A ali B, vendar metoda ni uspešna, ker polietilen-glikol povzroča imunski odziv.
:#Pridobivanje univerzalnih rdečih krvnih celic iz pluripotentnih matičnih celic. Uspeli so pridobiti zrele eritrocite, ki so popolnoma funkcionalni.
Uporaba univerzalne krvi bi zmanjšala ali celo izničila imunski odziv ob transfuziji, prav tako ne bi bilo možnosti za transfuzijo napačne krvne skupne zaradi človeške napake. Metode trenutno niso dovolj izpopolnjene, da bi bilo možno pričakovati njeno uporabo v bližnji prihodnosti.

== Maša Mohar: Moški ali ženska to je sedaj vprašanje?(SRY - faktor za določitev spola) ==

SRY gen kodira Sry protein ki je član družine Sox (Sry related HMG box) transkripcijskih faktorjev. Poznamo jih okoli 20 pri človeku in miškah ter še mnogo drugih. Sox proteini imajo zelo različne vloge v embriogenezi in pri razvoju mnogih drugih organov. Tipično delujejo tako kot nekakšna stikala v diferenciaciji celic- sprožijo razvoj določenih celic. Sry je prav tako kot ostali člani te družine karakteriziran po HMG( high mobility group). HMG je drugače skupina specifičnih transkripcijskih faktorjev, ki imajo ~ 80 AK dolge strukturalno podobne domene za vezavo na DNA. Te domene oz. domena če je samo ena se veže na zaporedje (A/T)ACAA(T/A) v majhni žleb DNA. S tem ustvari zvitje DNA za približno 60- 85 stopinj. S tem ko se DNA zvije se razkrijejo mesta za izražanje drugih genov, recimo Sox9, ki kodira Sox9 protein ki pomaga pri diferenciaciji Sertoli celic in tako pri oblikovanju testisov, s tem pa determinira moški spol. Ugotovili smo tudi da obstaja veliko genskih bolezni povezanih s Sry genom in da lahko obstaja tudi ženska z XY spolnima kromosomoma, ker se pri njej zaradi mutacij Sry protein ne izrazi, prav tako pa obstajajo tudi moški z XX spolnima koromosomoma, kjer se enem od X kromosomov lahko izrazi SRY gen ob nepravilnostih pri očetovem delu zapisa. V bistvu sem prišla do zaključka da je zelo tanka meja med moškim in ženskim oblikovanjem spola, ena majhna mutacija oz. ena majhna razlika lahko privede do nastanka ženske ali moškega.

== Urška Rauter: A Green Glow: zgradba in funkcija encima luciferaze ==
Luciferaza je encim odvisen od ATP in magnezijevih ionov. Proces bioluminiscence se začne z vezavo na substrat luciferin, tvori se adenilatni intermediat in ob prisotnosti molekularnega kisika izhaja svetloba. Luciferaza je zgrajena iz dveh ločenih domen, večja se nahaja na N-koncu in manjša na C-koncu molekule, večja domena pa ima tudi svoje poddomene. Domeni sta med seboj ločeni z razpoko, kjer naj bi se po domnevanjih nahajalo tudi aktivno mesto encima. Luciferaza predstavlja tudi nov način mehanizma tvorbe adenilatnega intermediata med encimi in ponuja razlago za marsikatero metabolično pot.
Velika dilema, ki me med znanstveniki ostaja pa je razlika v barvi svetlobe, ki jo proces oksidacije luciferina emitira. Najverjetneje je za to odločilna keto tavtomerna oblika oksiluciferina in tudi resnonančna stabilizacija njegovega fenolatnega aniona, čeprav so znanstveniki odkrili tudi veliko drugih možnih vzrokov za različne barve (različne aminokisline, polarnost okolja, pH, ...).
Luciferaza se veliko uporablja v medicini, kjer služi kot marker molekul v telesu in tako pripomore k boljšem razumevanju različnih bolezni in infekcij, kot tudi sami strukturi celic in njenih organelov.

== Mirjam Kmetič: Mint condition (limonen-3-hidroksilaza in limonen-6-hidroksilaza) ==

Klasasta meta vsebuje encim limonen-6-hidroksilazo, ki sodeluje pri pridobivanju karvona. Poprova meta pa vsebuje limonen-3-hidroksilazo, ki je udeležena pri proizvodnji mentola. Obe hidroksilazi pripadata družini citokromov P450, njeni predstavniki pomembno sodelujejo pri proizvajanju različnih oksidiranih monoterpenov, ki so vir arom eteričnih olj. Karvon in mentol sta končna produkta hidroksilacije limonena. Ta encima sta si zelo podobna in njuni vezavni mesti za substrat sta zelo omejeni. Velja pravilo, da za spremembo aktivnosti v družini citokromov P450 potrebujemo določeno število mutacij, vendar je za modifikacijo vezavne aktivnosti limonenovih hidroksilaz potrebna samo ena. Ta fenilalanin v izolevcin mutacija povzroči, da se limonen-6-hidroksilaza spremeni v limonen-3-hidroksilazo! Mutiran encim je tako sposoben sinteze mentola tako kot encim v poprovi meti! Taka mutacija kaže, da sta prav ti dve aminokislini ne le nujni, temveč tudi prav zagotovo vpleteni pri orientaciji limonena v aktivnem mestu tako, da se ta hidroksilizira na ali C3 ali C6 poziciji. Posamične mutacije, ki lahko drastično spremenijo funkcijo proteina, so znanstveno zanimive. Nakazujejo ne le na zelo specifične manjše regije v sekvenici proteina, temveč so tudi ključne za razumevanje področij, kot so vezava in orientacija substrata, funkcija encima, metabolična pot in struktura vezavnega mesta.

== Sandi Botonjić: Kokain esteraza ==

Znanstveniki so v rizosferi kokinih plantaž (Erythroxylum coca) našli sev MB1, gram pozitivne bakterije Rhodococcus sp.. Tej bakteriji kokain predstavlja glavni vir ogljika in dušika in zato so znanstveniki izolirali osrednji encim njenega metabolizma tj. kokain esterazo (v nadaljevanju cocE). Encim je sestavljen iz treh domen: DOM1, ki vsebuje nabor kanoničnih α-vijačnic in β-ploskev; DOM2 - domena le z α-vijačnicami; in DOM3 je roladi podobna struktura z β-ploskvami. CocE je serinska esteraza, katere aktivno mesto se nahaja na stičišču vseh treh domen. Ta hidrolizira kokain na ekgonil metil ester in benzojsko kislino, ki nimata psihoaktivnih učinkov. CocE je pravi Ferrari v primerjavi z drugimi esterazami, saj lahko razgradi enako količino kokaina 1000 krat hitreje. Tako lahko postane neprecenljiva pri nujnih intervencijah v primeru prevelikega odmerka, saj bi intravenozni vbrizg cocE močno zmanjšal razpolovni čas kokaina. CocE je predmet številnih raziskav, v katerih znanstveniki proučujejo njeno termostabilnost in njenih mutiranih oblik, saj njen razpolovni čas pri fiziološki temperaturi traja le nekaj minut. Znanstveniki pa na podlagi ugotovitev iz raziskav cocE razvijajo tudi učinkovita protitelesa z vsaj podobnimi katalitičnimi parametri, ki bi brez imunskega odziva odlično delovala v bioloških sistemih.

==Tjaša Flis: Parkinsonizem in Parkin protein==

Parkinsonova bolezen je vse pogostejša bolezen pri starostnikih, njeni simptomi pa so tresavica, mišična otrdelost in upočasnjena motorika. Vzrok se skriva v propadu dopamnergičnih nevronskih celic. Bolezen je lahko avtosomno dominantno dedovana, kar pomeni, da pacienti podedujejo eno normalno in eno mutirano kopijo gena. Slednja prevladuje in se deduje naprej. Pri Parkinsonovi bolezni se mutacija zgodi v Park2 genu, ki kodira Parkin protein ali E3 ubikvitin ligazo. Parkin na poškodovane ali na preveč izražene proteine pripne ubikvitin (označevalni protein), ki jih nato usmeri v proteasom, to je velik razgradni kompleks v celicah.
Če mutacija poškoduje Parkin, je pot razgradnje onemogočena, to pa pomeni, da se v celici akumulirajo odvečni proteini. Tvorijo se Lewy-eva telesca polna teh proteinov, ki nadomestijo celične organele v nevronskih celicah, kar vodi do prenehanja njihovega delovanja. Ker pa ima Parkin več kot samo en substrat ki ga ubikvitinira, je točen mehanizem bolezni še dandanes uganka.
Eden izmed najbolj poznanih substratov je transmembranski protein Pael-R. Zvitje tega proteina poteka ob prisotnosti šaperonov. Prevelika koncentracija tega receptorja lahko izzove stres v endoplazmatskem retikulumu situiranem v nevronskih celicah. V primeru da je Parkin neaktiven, Pael-R povzroči celično smrt. Vendar to je le ena izmed možnih rešitev, substratov je namreč vsaj še dvajset, raziskave pa se nadaljujejo.

== Matja Zalar: Vloga SRK in SCR proteinov pri preprečevanju incestnega razmnoževanja cvetočih rastlin ==

Rastline so za zaščito pred samooplojevanjem razvile več vrst mehanizmov prepoznavanja lastnega peloda na molekularni ravni. Pri cvetočih rastlinah je najpogostejši mehanizem tipa SSI ali sporofitične lastne inkompatibilnosti. Pri družini ''Brassicaceae'' je za aktivacijo SSI ključna interakcija med transmembranskim proteinom SRK, ki predstavlja žensko determinanto odziva, in njenim ligandom - proteinom SCR, drugače imenovanim tudi moška determinanta odziva na lastno inkompatibilnost. Specifičnost vezave je zagotovljena s polimorfizmom alel obeh determinant. V posameznih vrstah je možno najti tudi do 100 različnih S-haplotipov genov za determinanti.
Vezava liganda na receptor bo uspešna le, če oba izhajata iz istega S-haplotipa. Vezava SCR na zunajcelično, N-glikolizirano domeno SRK povzroči nastanek kompleksa treh proteinov, ki s svojo aktivnostjo sproži kaksado reakcij, kar v končni fazi pripelje do preprečitve samooploditve.
Na neugodne življenske pogoje, ki so onemogočali medsebojno opraševanje, so se nekatere rastline prilagodile s favorizacijo samooplojevanja. Pri njih so mutacije S-lokusa, ki nosi zapis za SRK in SCR, povzročile nepravilno delovanje SI ali njegovo popolno odpoved. To pa seveda vodi v neprepoznavanje lastnega peloda in rastlina se samooprašuje. Najbolj znan primer take rastline je ''Arabidopsis thaliana'', ki se zaradi svojih specifičnih lastnosti uporablja kot modelni organizem v številnih študijah lastne inkompatibilnosti.

== Matevž Ambrožič: BSX protein in debelost ==

Za primeren občutek sitosti ali lakote glede na stanje energetskih zalog v telesu in odgovarjajoč vnos hrane ter porabo energije je odgovorna zapletena pot sporočanja. Začne se s tremi hormoni: inzulin, leptin in grelin. Leptin in inzulin se sprostita, ko so maščobne in hidratne zaloge v telesu polne in morata do možganov prenesti signal za prenehanje hranjenja, grelin pa ravno nasprotno. Vsi po krvi potujejo do hipotalamusa, predela možganov, ki je odgovoren za energijsko ravnovesje. V hipotalamusu sta dva tipa živčnih celic: oreksigene in anoreksigene. Prve sproščajo NPY in AgRP, nevropeptida, ki spodbujata hranjenje in zmanjšata porabo energije, druge pa α-MSH in CART, katerih učinek je nasproten. Našteti nevropeptidi se iz nevronov sprostijo po vezavi ustreznega izmed treh hormonov in prenesejo signal naprej, do končne spremembe v vnosu ali porabi energije. Glavni protein seminarja, BSX (brain specific homeobox) protein je transkripcijski faktor, ki spodbudi ekspresijo genov za AgRP in NPY, hkrati pa je odgovoren za premik organizma v iskanju hrane. Če v opisanem sistemu pride do napake, so pojavi nepotreben občutek lakote, kar je vzrok mnogih primerov debelosti. V boju z bolezensko debelostjo so ključne raziskave na BSX proteinu, saj je osrednji člen poti, ki v možgane prenese (včasih lažen) občutek lakote.

== Kaja Javoršek: A grey matter ==

Mikrocefalin je protein, ki ga kodira enakoimenski gen. Mikrocefalin naj bi kontroliral poliferacijo in diferenciacijo nevroblastov med nevrogenezo. Odkritje, da je mikrocefalin odločilen regulator velikosti možganov, je sprožilo hipotezo, da je igral vlogo v evoluciji možganov.
Razen v možganih najdemo mikrocefalin tudi v ledvicah, srcu, pljučih, vranici in skeletnih mišicah. Vendar pomen mikrocefalina v teh organih še ni znan.
Mutacije na genu mikrocefalina vodijo do nastanka mikrocefalije. To je bolezen razvoja živčnega sistema in je definirana kot resno zmanjšana velikost možganov. Pri odraslih je normalen volumen možganov od 1200 cm3 do 1600 cm3, pri odraslih s primarno mikocefalijo pa okoli 400 cm3 . Poleg mirocefalina pa povzročajo mikrocefalijo še mutacije petih genih (ASPM, MCPH2, CDK5RAP2, MCPH4, CENPJ)
Mikrocefalin ima tri BRCT domene na C – koncu. BRCT domene so prisotne v veliko ključnih proteinih, ki kontrolirajo delitev celice. Zato predvidevajo da mikrocefalija nastane, ker je ovirana normalna regulacija delitve celic v možganih.
Ugotovili so, da je protein mikrocefalin dol 835 aminokislin. Zaradi mutacije na genu mikrocefalina se ta protein skrajša na 25 aminokislin.
Znanstveniki so izvedli raziskavo ali gena mikrocefalin in ASPM vplivata na inteligenco. Na podlagi treh raziskav so zaključili, da inteligenca ni povezana z dominantnimi aleli ASPM – ja ali mikrocefalina.

== Rok Vene: A mind astray ==

Alzheimerjeva bolezen postaja vedno bolj aktualna tematika. Trenutno je na svetu več kot 26 milijonov ljudi s to obliko demence. Zaradi daljše življenjske dobe pa pričakujemo, da bo število obolelih samo še naraščalo. Alzheimerjeva bolezen prizadene centralni živčni sistem, v možganih se nalagajo snovi, ki povzročijo propad živčnih celic. Ena izmed snovi, ki se nalagajo v možganih so nefunkcionalni Tau proteini. Tau proteini sodijo v družino proteinov imenovanih microtubule-associated proteins (MAP), njihova naloga pa je je stabilizacija mikrotubulov. To dosežejo tako, da se na mikrotubule vežejo. Poleg tega predvidevajo, da imajo Tau proteini še eno nalogo. Sodelovali naj bi v kompleksu za uravnavanje vzdražnosti živčnih celic. Nefunkcionalnost Tau proteinov povezujejo z različnimi boleznimi, ki jih poznamo pod skupnim imenom tauopatije. V primeru Alzheimerjeve bolezni je Tau protein nefunkcionalen, zato ker je hiperfosforiliran, kar mu onemogoča vezavo na mikrotubule. Tau proteini zato tvorijo netopne agregate – nevrofibrilarne pentlje, ki najbrž povzročijo odmiranje živčnih celic. Pri iskanju učinkovin proti hiperfosforilaciji in agregaciji Tau proteina, so znanstveniki raziskali protein FKBP52. Ta protein ima več funkcij. Osredotočili so se predvsem na njegove šaperonske lastnosti. Ugotovili so, da se FKBP52 veže na hiperfosforiliran Tau protein, in tako prepreči agregacijo Tau proteina, ki je odgovorna za odmiranje nevronov.

== Ines Šterbal: LTP1 ==

Protein LTP1, izoliran iz ječmenovega zrna, spada v družino lipidnih prenašalnih proteinov (lipid transfer protein –LTP). Je dobro topen protein, ki se nahaja v alevronski plasti ječmenovega semena. Sestavljen je iz štirih heliksov, ki so povezani z disulfidnimi mostički. Ima dobro definiran C-terminalni konec. V razmerah in vivo je globularni protein, s stožčastim hidrofobnim jedrom, ki se razteza od enega konca molekule do drugega. Sposoben je vezati različne lipide, kot so maščobne kisline ali acetil-koencim A. LTP1 proteini so na površini aktivni proteini, so stabilni, denaturirajo šele okrog 100 °C. Vloga LTP1 proteina in vivo še ni znana. In vitro je glavni protein pri penjenju piva. Opravlja pa še številne druge funkcije, odvisno od tega, kateri ligand ima vezan. LTP1 proteini so verjetno vključeni v prenos lipidov preko membrane in celo v nastanek membrane, lahko bi imeli vlogo v transportu monomera Cutin, vlogo naj bi igrali tudi v obrambnem mehanizmu rastlin. Lipidi, ki so vezani na LTP1 bi naj imeli antibakterijsko aktivnost za bakterije in glive.
Vsi podatki kažejo, da so povezave med sladkorji in proteini, ki nastanejo kot produkt Milardove reakcije, prvi korak do nastanka pivovske pene. Kaže, da je kontrola glikacije LTP1 proteinov med slajenjem in varjenjem piva, nujna za optimalno penjenje piva.

== Mitja Crček: DSIP in spanje ==

Pred 2000 leti so ljudje verjeli, da postanemo zaspani zaradi nekakšnih želodčnih hlapov, ki gredo v možgane, se tam kondenzirajo, zamašijo pore in posledično povzročajo zaspanost. Kasneje so seveda ugotovili da temu ni tako, leta 1977 pa so odkrili majhne peptide, ki naj bi nas uspavali in jih poimenovali Delta Sleep-Inducing peptide (DSIP). DSIP je majhen peptid, sestavljen iz devetih aminokislinskih ostankov in maso 850 daltonov, prvič pa so ga odkrili pri zajcih. Sodeloval naj bi tako pri endokrini regulaciji kot pri fizioloških procesih (poveča učinkovitost oksidativne fosforilacije), pomembno vlogo pa naj bi imel tudi v medicini in pri zdravljenju bolezni. Ker naj bi podaljševal REM fazo, bi ga lahko uporabljali tudi kot dodatek pri zdravljenju alkoholizma ali ga dodajali antidepresivom in pomirjevalom, ki skrajšujejo REM fazo. Raziskave so spremljale tudi vpliv DSIP-ja na nespečnost. Ugotovili so, da DSIP rahlo povečuje kvaliteto spanja in skrajšuje latenco uspavanja, na trajanje budnosti in druge parametre pa ne vpliva, zato so si strokovnjaki enotni, da ima DSIP le rahle terapevtske učinke na nespečnost. Delovanje peptida pa še vedno ni povsem razjasnjeno in le želimo si lahko, da bodo novejše raziskave prinesle nove informacije, saj ima DSIP vsekakor velik potencial v medicini.

== Dominik Kert: FOXP2, govoreči protein ==

Ljudje in živali se razlikujejo. Za znanstvenike 19. stoletja je bilo zelo fascinantno to, da mi lahko govorimo, se sporazumevamo in pomnimo besede, medtem ko živali ne morejo. Ko se je pojavila družina KE na koncu 90. let prejšnjega stoletja, so znanstveniki ugotovili, da obstaja gen, ki kodira FOXP2. Družina KE je slovi po tem, da ima polovica njenih članov težave z govorom. Tako so ugotovili, da se mutacija prenaša avtosomno in dominantno. In verjetno na to vpliva mutacija FOXP2, FOXP2 protein pa je po vsej verjetnosti odločilen faktor pri govoru.
FOXP2 protein je sestavljen iz 715 aminokislin in spada med družino transkripcijskih faktorjev, ki se imenuje FOX (zaradi 'forkhead box' domene). Zanimivo je, da se ta gen razlikuje od gena opic (šimpanz, gorila, makaki) le za dve in od miši le za tri aminokisline. To se znanstvenikom zdi zelo zanimivo, ker je verjetno zaradi teh dve sprememb v aminokislinskem zaporedju prišlo do sprememb pri sporazumevanju. Zaradi teh dejstev so se naprej usmerili na to, ali je bil gen res pod vplivom naravne selekcije in ugotovili so, da je bil res.
FOXP2 na te spremembe vpliva v možganih, je pa prisoten tudi v pljučih, drobovju in srcu. Vendar njegova funkcija tam še ni znana.

== Petra Malavašič: Ureaza bakterije Helicobacter pylori ==

Bakterija Helicobacter pylori spada med patogene mikrobe. Znanstvenika Warren in Marshall sta leta 1987 odkrila to bakterijo ter ugotovila, da je s to bakterijo povezana razjeda na želodcu. Leta 2005 sta prejela Nobelovo nagrado. Že vsak drugi človek je okužen s to bakterijo. Naseljena je na želodčni sluznici in povzroča kronično vnetje želodčne sluznice. Bakterija se lahko naseli in se razmnožuje v prisotnosti želodčne kisline, kjer je pH okoli 2. Posebni obrambni mehanizmi omogočajo bakteriji, da lahko preživi v kislem okolju. Encim ureaza je pri tem najpomembnejši. Ureaza je encim, ki katalizira hidrolizo uree, pri čemer nastane amoniak, ki se v končni fazi veže z molekulami vode v amonijev hidroksid, ki poveča pH v neposredni okolici bakterije. Encim ureaza se nahaja v citoplazmi bakterijske celice in na njeni površini. Sam encim je zgrajen zelo kompleksno in omogoča bakteriji preživetje. Posebna kompleksna zgradba encima onemogoči, da bi kislina želodčnega soka denaturirala encim. Encim sestavljata dva kompleksa (αβ) štirih prostorsko razporejenih (αβ)3 enot.

== Matevž Merljak: CEM15, VIF in infektivnost retrovirusov ==

Ena izmed komponent obrambnega mehanizma pred retrovirusi v nekaterih človeških celicah je citidinska deaminaza CEM15 (APOBEC3G). V celicah, ki jo izražajo, se retrovirusi brez posebnega proteina (VIF, “viral infectivity factor”) ne morejo uspešno množiti, zato takim celicam pravimo “nepermisivne” celice.

CEM15 deluje tako, da med procesom reverzne transkripcije v novonastali “minus” DNA verigi številne citidinske baze pretvori v uridinske, ter s tem povzroči tako zmanjšano obstojnost z uracilom bogate DNA verige, kot tudi zamenjave gvanozinskih baz z adenozinskimi v kodirajoči (“plus”) verigi DNA. Čeprav takšna hipermutacija za nadaljno infektivnost virusa ni vedno usodna (torej lahko tako mutirana DNA v nekaterih primerih še vedno tvori funkcionalne viruse), je običajno dovolj obsežna, da onemogoči uspešno reprodukcijo virusa.

Raziskave kažejo, da CEM15 ne napade nastajajoče DNA kot lasten celični odgovor na infekcijo, pač pa se med izgradnjo novih virusov vgradi v le-te ter po infekciji nove celice povzroči omenjene spremembe v nastajajoči DNA verigi.

Že omenjen faktor VIF izhaja iz virusa HIV-1, ki primarno napada sicer nepermisivne limfocite T. Naloga VIF je preprečitev vgradnje CEM15 v nastajajoče viruse, to pa doseže tako z oteževanjem njene translacije, kot tudi z indukcijo razgradnje CEM15 v proteasomu.

== Eva Knapič: TSH3 - Kaj novorojenčkom omogoča zadihati? ==

Kaj novorojenčkom omogoča zadihati? Raziskave so pokazale, da ima eno izmed vodilnih vlog pri začetku dihanja protein teashirt homolog 3 (TSH3). To je protein, ki ga uvrščamo med transkripcijske faktorje. Po strukturi spada v družino cinkovih prstov, kjer so sekundarne strukture koordinirane s cinkovim ionom. TSH3 ima pet tako urejenih struktur in vse spadajo v Cys2His2 skupino – cinkov ion koordinira dva cisteinska in dva histidinska ostanka ßßα podenote.
Organizem brez zapisa za teashirt 3 protein se v času embrionalnega razvoja navidezno ne razlikuje od organizmov, ki ta zapis imajo. Vendar so podrobnejše raziskave pokazale, da se brez prisotnosti proteina teashirt 3 dokončno ne oblikujejo pljučni mešički, ki so funkcionalna enota pljuč, saj tam poteka izmenjava plinov. Odsotnost proteina povzroča povečano apoptozo nevronov motoričnega jedra v možganskem deblu, s tem so proteinu pripisali zmožnost inhibicije apoptoze nevronov. Prav tako so nezmožnost odziva organizma na pH spremembe okolja pripisali pomanjkanju proteina TSH3.
Iz vseh teh pomanjkljivostih, ki jih povzroča TSH3 so raziskovalci prišli do zaključka, da novorojenček brez zapisa za protein ni zmožen zadihati, ker ni sposoben odziva na spremembo okolja, predvsem pH in tako ne more vzdrževati homeostaze, ki je potreba na preživetje.

== Tjaša Goričan: Vpliv Nogo proteina na regeneracijo živčnega sistema ==

Nevroni vsebujejo mielin, ki je sestavni del mielinske ovojnice aksona in ima nalogo zagotavljanja stalnega prenosa električnih signalov. Poleg tega pa mu je dodeljena tudi nenavadna lastnost. Vsebuje namreč proteine Nogo-A, ki delujejo kot inhibirotji za rast poškodovanih aksonov. Posledično se diferencirani nevroni niso sposobni deliti. Problem se pojavi pri poškodbi živčnega sistema, saj se ni sposoben regenerirati. Bolezni, ki so povezane s poškodbami živčevja so: Poškodbe hrbtenjače, Alzheimerjeva bolezen, možganska kap, shizofrenija itd.

Nogo-A protein spada v družino proteinov retikulonov in je ena od oblik Nogo proteinov. Je transmembranski protein, ki se z domeno Nogo-66 uspešno veže na receptor in povzroči razgradnjo mikrotubulov v aksonu, kar privede do preureditve citoskeleta in posledično zaustavitve rasti aksona. Največ Nogo-A se nahaja na oligodendrocitih. Oligodendrociti so celice, ki spadajo med nevroglio in tvorijo mielinski ovoj nevronov v centralnem živčnem sistemu. Veliko več ga najdemo v centralnem živčnem sistemu v primerjavi s perifernim.

Čeprav je še veliko neznanega na področju živčnega sistema, je znanost že dosegla uspehe glede boja proti boleznimi, povezanimi z regeneracijo živčnega sistema. S protitelesi se da inhibirati protein Nogo-A in s tem preprečiti inhibicijo rasti poškodovanih nevronov.

== Marko Radojković: Fluoroscentni proteini in njihova uporaba v živčnem sistemu ==

Fluoroscentni proteini so členi družine homologih proteinov, ki se delijo skupno lastnost da svetlijo zaradi formiranja kromoforma znotraj lastnega polipeptidnega zaporedja. Prvi odkrit takšen protein je bil zeleni fluoroscentni protein ali GFP. Od tedaj do danes so kreirani različni mutanti, ki žarijo skoraj vse barve človeškega vidnega spektra. Izkazalo se je da so zelo uporabni v mnogih bioloških disciplinah, predvsem pa so popularni v spremljanju dinamike proteinov, genske ekspresije, in tudi posledično na viši ravni, dinamike organelov ter gibanja celic znotraj tkiva.

Ne tako dolgo nazaj, tim znanstvenikov je uspel skombinirati različne barvne variante GFP-ja s sofisticiranim Cre/Lox sistemom genske rekombinacije in tako omogočil njihovo izražanje v samih možganih. Tale tehnika omogoča da se vsaki posamezni nevron obarva drugače in tako loči od sosednjih, kar omogoča detajlno analizo živčnega vezja. Brainbow strategija, kakor so jo poimenovali, daje upanje znanstvenikom da z ustvarjanem celotnega ''zemljevida'' možganov, lahko izpeljejo pomembne
informacije o nevronskih povezavah in njihov nadaljni vpliv na vedenje in delovanje organizma.

== Tamara Marić: MikroRNA ==
MikroRNA je mala molekula, ki je prepisana z DNA na tak način kot mRNA. Zapis za miRNA se lahko nahaja v intronskih regijah, kodirajočih ali nekodirajočih genov. Osnovna funkcija je utišanje genov na nivoju sinteze proteinov. Da pa lahko opravi svojo nalogo mora dozoreti. Biogeneza miRNA se začne v samem jedru, kjer se 1000 nukleotidov dolg transkript s pomočjo encimskega kompleksa (Drosha-DGCR8)skrajša na 60-70 nukleotidov dolg pre-miRNA.Z eksportinom-5 se prenese iz jedra v citoplazmo do naslednjega kompleksa. Dicer veže pre-miRNA in jo skrajša na 22 nukleotidov. Nastane miRNA dupleks. Ena izmed verig prevzame vodilno funkcijo in se vmesti v kompleks istega encima v povezavi z drugimi proteini. Kompleks pripelje do komplamentarne verige mRNA in povzroči translacijsko represijo. Znanstveniki se ukvarjajo predvsem z vprašanjem,kako se miRNA izraža v številnih boleznih. Natančneje sem si pogledala proces resorpcije in obnove kosti in kako miRNA vpliva na regulacijo teh dveh procesov.

== Maja Remškar: Okulokutani albinizem tipa II in P protein ==

Melanin je pigment, ki je nujno potreben za zaščito kože in las pred pripekajočim soncem ter za normalno delovanje oči. Glavna sestavina za njegovo sintezo je aminokislina tirozin, ki je osnova evmelanina (črni pigment), ob dodatku cisteina pa dobimo še feomelanin (rdeče-rumen). Za običajno delovanje biosinteze melanina je potrebno kislo okolje v melanosomih, kjer se sinteza izvaja. Za vzdrževanje kislosti sta potrebna dva proteina – anionski kanalček in ATP črpalka. Anioni tu delujejo kot vaba za protone, kjučne za kisel pH. P protein naj bi deloval kot anionski transporter. Torej v njegovi odsotnosti v melanosom ne morejo dostopati anioni in posledično se v celico ne prečrpavajo protoni, kar pomeni da ni kislega pH ugodnega za sintezo melanina.
Okulokutani albinizem tipa II ali OCA2 nastane zaradi pomanjkanja količine melanina v očeh, koži in laseh. Za kožo to pomeni večjo občutljivost na UV žarke in povečano možnost za kožnega raka. Zaradi nepigmentiranih optičnih vlaken pa se pojavijo še težave z očmi, kot so škiljenje, fotofobija, nistagmus, degeneracijo rumene pege, pride pa tudi do izgube biokularnega vida. OCA2 je dedna bolezen, ki se deduje recesivno. Človek le z enim okvarjenim alelom je torej prenašalec gena. Ugotovili so, da OCA2 povzroča mutacija gena P, in sicer najpogostejša je delecija 7 eksona.

== Ana Remžgar: Bacillus subtilis ==

Bacillus subtilis je grampozitivna paličasta bakterija. Ko ima v okolju dovolj hranil, se simetrično deli in vegetativno raste. Ko pa v okolju začne hranil primanjkovati, B. subtilis uvede različne mehanizme, da lahko preživi. Del populacije postane kompetenten in sprejme tujo DNA. Del populacije pa s pomočjo zapletenega sistema aktivacije proteina Spo0A vstopi v proces sporulacije. Sporulacija je počasen in energijsko potraten postopek, ki traja v idelanih razmerah vsaj 7 ur. Na koncu nastane spora, ki lahko preživi tudi več desetletji v neugodnih življenjskih razmerah. Ko celica vstopi v cikel sporulacije, začne v okolje izločati razne toksične snovi, med njimi sta najbolj učinkovita Skf in Sdp. Ko celica izloči ti dva proteina v okolje, ubije sosednje bakterijske celice Bacillis subtilisa. Zaradi njunih lasnosti, ta dva proteina pogosto zato imenujemo kanibalistična faktorja. Vendar mora celica paziti, da pri tem ne ubije še sebe. Pri tem ji pomaga medmembranski protein SdpI.
Bakterija Bacillus subtilis si tako s kanibalizmom pomaga, da celice ki vstopajo v sporulacijo dobijo dovolj hranil za dokončanje spore.

BIO2 Seminar 2011

2011-10-18T20:23:16Z

AnaRemžgar: /* Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! Če sem koga razporedil za recenzenta v rok, ko bo odsoten, naj mi prosim pošlje mail */

= Biokemijski seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! Če sem koga razporedil za recenzenta v rok, ko bo odsoten, naj mi prosim pošlje mail ==
Vpišite svoj izbrani naslov!!!
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''
|-
| Ula Štok||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Tipping the mind]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič
|-
| Maša Mirković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 The twisted way of things]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković
|-
| Sara Draščič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 On the spur of a whim ]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc
|-
| Katra Koman||Protein of the 20th century||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc
|-
| Ana Dolinar||The juice of life||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš
|-
| Urška Rauter||A green glow||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić
|-
| Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić
|-
| Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik
|-
| Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin
|-
| Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič
|-
| Mirjam Kmetič||Mint condition||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič
|-
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Veronika Jarc||Ana Dolinar
|-
| Tjaša Flis||Life's tremors||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven
|-
| Sandi Botonjić||Nature\'s junkie||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž
|-
| Kaja Javoršek||A grey matter||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Andrej Vrankar||Tjaša Flis
|-
| Rok Vene||A mind astray||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar
|-
| Ines Šterbal||One beer please||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene
|-
| Matja Zalar||Do it yourself||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak
|-
| Matevž Ambrožič||Of fidgets and food||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič
|-
| Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik
|-
| Mitja Crček||When your day draws to an end||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Dominik Kert
|-
| Dominik Kert||Talking heads||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek
|-
| Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček
|-
| Eva Knapič||Life\'s first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar
|-
| Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode
|-
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal
|-
| Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter
|-
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger
|-
| Ana Remžgar||I'll have you for supper||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič
|-
| Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak
|-
| Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič
|-
| Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat
|-
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič
|-
| Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris
|-
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman
|-
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden
|-
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik
|-
| Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar
|-
| Karmen Hrovat||The thread of life||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner
|-
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar
|-
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar
|-
| Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković
|-
| Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič
|-
| Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič
|-
| Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar
|-
| Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan
|-
| Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok
|-
| Urška Rode||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel
|-
| Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||
|-
| Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||
|}

== Gradivo za seminarje ==
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:

* sekvenca proteina in [http://www.uniprot.org/ UniProt] oznaka proteina
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1 Povzetki seminarjev 2011

2011-03-21T20:12:02Z

AnaRemžgar:

== Alja Zottel: Vloga imunskega sistema pri nastanku ateroskleroze ==
Glavni vzrok nastanka ateroskleroze je imunski odgovor na lipoproteine majhne gostote oz LDL, ki se kopiči pod endotelom arterijskih žil. Apolipoprotein B100, ki je komponenta LDL, se veže na proteoglikane zunajceličnega matriksa in se pod vplivom različnih radikalov oksidira. OxLDL nato aktivira endotelijske celice, da začnejo proizvajati adhezijske beljakovine, kot sta E-selektin in VCAM-1. Te beljakovine skupaj s kemokini povlečejo monocite, T limfocite in in dendritske celice v endotelijsko plast žile. Monociti se nato pod vplivom M-CSF citokina diferencirajo v makrofage. Makrofagi nato začnejo proizvajati odstranjevalne receptorje. Ti tako lahko prepoznajo oxLDL in ga z endocitozo vsrkajo. Makrofagi se zato napihnejo in spremenijo v »foam cell«. Te celice so najštevilčnejše celice v aterosklerotskih plakih. Dejavniki, ki pospešujejo nastanej ateroskleroze so signalni proteini PRR, T levkociti in proteini CRP. T celice pomagalke izločajo interferon gama, ki privlači monocite. Protein CRP se veže na navadni LDL in tako ga lahko makrofagi, ki imajo receptorje za CRP vsrkajo. Dejavniki, ki preprečujejo nastanek ateroskleroze so B limfociti in protein PPAR. PPAR je receptorski protein oz. transkripcijski faktor, ki preprečuje nastanek »foam cell« celic in vsrkavanje LDL v makrofage. Preprečuje tudi razvoj T celic in povečuje količino HDL v krvi.

== Veronika Jarc: Hepatitis C ==
Hepatitis C(HCV) je nalezljiva bolezen, ki napade ljudi, šimpanze ter nekatere majhne modelne živali. HCV spada med RNA viruse z ovojnico.Razvrščen pa je v rod hepacivirus ter družino flaviviridae. Sestavljen je iz 6 genotipov (1-6), ki se razlikujejo v nukleotidni sekvenci od 30-35%, sedmega pa so odkrili leta 2008 (Gottwein et al., 2008). HCV vsebuje pozitiven trak gena (9,6 kb), ki je sestavljen iz 5´-NCR( non-coding region), 3´- NCR in IRES( internal ribosome entry side). IRES vsebuje odprto bralno ogrodje, ki šifrira strukturne in ne strukturne proteine. Med strukturne proteine spadajo proteinsko jedro, virusna RNA ter dva glikoproteina E1 in E2. Sestavni deli ne strukturnih proteinov pa so hidrofoben protein p7, NS2-3 proteaza, NS3 serin proteaza, NS4A polipeptid, NS4B protein, NS5A protein in NS5B RNA odvisna RNA polimeraza (RdRp).
S pomočjo različnih odkritij, kot so HCVpp(sestavljen iz lipidne ovojnice z E1-E2 proteini, na retrovirusni nukleokapsidi), izoliranje kloniranega gena 2a ter s pomočjo tega gena HCVcc( cell-culture produced HCV), so znanstveniki začeli preučevati življenski cikel in celično strukturo hepatitisa C. To so dosegli z preučevanjem različnih eksperimentalnih modelov kot so imunski odzivi, NK celice in dendritske celice.
Poznamo tudi proteine, ki jih HCv sreča v hepatocitski celici in ti so in tegrin RGE/RGD, LDL receptor, HDL receptor, klaudin okludin in tetraspanin CD81.

== Matja Zalar: Protein p53 ==
Protein p53, včasih imenovan tudi varuh genoma, kodira gen TP53 na sedemnajstem kromosomu. Je eden izmed tako imenovanih tumor-supresorskih proteinov, ki, kot to sporoča že samo ime, zavirajo nastanek in rast tumorjev. Na področju razumevanja delovanja, vloge in strukture proteina p53 in njegovih mutantov se izvaja veliko raziskav. Trenutno je p53 najbolj raziskan tumor-supresorski protein, še zdaleč pa ni edini. Gre za protein, ki se kopiči v jedru in z vezavo na DNA v obliki teramera nadzoruje in regulira procese kot so apoptoza, zaustavitev celičnega cikla in popravljanje poškodovane DNA. Za raziskovalce je še posebno zanimiv zaradi dejstva, da v nemutirani obliki zavira nastanek in rast tumojev, njegove GOF mutirane oblike pa pripomorejo k nenadzorovani delitvi celic in nastanku rakastih tkiv. Veliko raziskav se ukvarjaja z iskanjem snovi, ki bi obnovile osnovno obliko p53, oziroma uničile mutantske oblike p53 v rakastih celicah ter s tem uničile tumor. To pa bi lahko bistveno izboljšalo tehnike zdravljenja rakavih obolenj in odziv človeškega organizma na ta zdravljenja. Odkrili so že kar nekaj takšnih snovi (RITA, PRIMA, nutlin3), ki pa jih še vedno testirajo in še niso v redni uporabi pri zdravljenju rakavih obolenj.

== Andrej Vrankar: Androgena alopecija ==
Na podlagi raziskav, ki so jih znanstveniki izvedli na celičnih vzorcih posameznikov z androgeno alopecijo, so ugotovili, da je bila domneva, da je za nastanek AGA kriv propad matičnih celic v lasnem mešičku oziroma, propad samega lasnega mešička napačna. Raziskave so pokazale ravno nasprotno in sicer, da se matične celice tudi v plešastem lasišču posameznika z AGA ohranjajo in da lasni mešički ne propadejo, vendar se le zelo skrčijo. So pa ugotovili, da se število celic imenovanih predniške celice v plešastem lasišču močno zmanjša, kar je eden od glavnih vzrokov za nastanek AGA, saj so prav predniške celice tiste, ki so zaslužene za rast las. Čeprav se dednost smatra kot glavni vzrok za nastanek AGA, pa tudi hormoni igrajo pomembno vlogo. Pri moških je to moški hormon testosteron, ki se s pomočjo encima 5-α-reduktaze v lasno mešičnih celicah pretvarja v svojo bolj aktivno obliko dihidrotestosteron (DHT). Ta se se nato s posebno vezjo veže na androgene receptorje v lasnih mešičkih, kar sproži posebne procese, ki skrajšajo anageno fazo celičnega cikla. Zaradi skrajšanja te faze las prej prestopi v telogeno fazo in izpade. Kako občutljivi so lasni mešički na androgene pa je seveda gensko pogojeno.

== Sandi Botonjić: Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom ==
Kisikovi radikali, ki povzročajo oksidativni stres lahko v skrajnem primeru poškodujejo DNA in tako povzročijo nenadzorovano delitev celic, kar pomeni nastanek raka v organizmu. Hkrati pa je raven kisikovih radikalov v rakastih celicah višja, kot v zdravih, in sicer zaradi onkogenih stimulacij, povečane presnovne aktivnosti ter okvare mitohondrijev. Toda rakave celice imajo, kot protiutež tudi močan antioksidantni mehanizem s katerim zavirajo programirano celično smrt.

Raziskovalci so tekom analiziranja večih tkiv, ki so obolela z različnimi vrstami raka ugotovili, da je pri vseh povečana raven [http://www.thesgc.org/structures/structure_images/2WZ9_400x400.png tioredoksinu podobnega proteina - TXNL2]. Zatem so izvajali poskuse na miših tako, da so jim vbrizgali kancerogene eritrocite in ko so se pojavili simptomi tumorja – so jim vbrizgali še protein TXNL2. Ugotovili so, da protein TXNL2 zavira rast rakavih celic. Proučevali so tudi vpliv proteina TXNL2 v mišjih zarodkih. Prišli so do zaključka, da protein TXNL2 regulira raven kisikovih radikalov tako pri živečih organizmih, kot med embriogenezo.

Znanstveniki so prepričani, da je protein TXNL2 potencialna tarča bioloških zdravil v prihodnosti. Namreč monoklonska protitelesa (med katere spade tudi TXNL2) za zdravljenje raka z vezavo na receptorje za rastne dejavnike blokirajo celično rast in diferenciacijo ter tako zaustavijo rast tumorja. Zaustavijo lahko tudi rast tumorskega ožilja in s tem posredno onemogočajo rast tumorjev in metastaziranje. Med mehanizme delovanja monoklonskih protiteles, spada tudi ciljanje drugih efektorskih molekul na mesta delovanja - kot so npr. kisikovi radikali. Raziskave so potrdile, da to velja tudi za protein TXNL2.

== Ana Dolinar: Prilagojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk ==
Naravne celice ubijalke (NK celice) so vrsta levkocitov. V človeškem telesu so zadolžene za uničevanje patogenih organizmov s pomočjo za celice strupenih snovi. Na površini imajo pet skupin receptorjev: aktivacijske, inhibitorne, kemotaksične in citokine ter adhezijske receptorje.

Njihova aktivacija je odvisna od vezave ligandov na površinske receptorje NK celice. Če je vezanih več inhibitornih ligandov kot aktivacijskih, potem se NK celica ne aktivira, ker inhibitorni ligandi zavrejo delovanje NK celice. V primeru, da se veže več aktivacijskih kot inhibitornih ligandov ali pa se slednji sploh ne vežejo, se NK celica aktivira ([http://www.georg-speyer-haus.de/agkoch/research/subframe_en.htm aktivirana NK celica-rumeno, tarčna celica-rdeče]). Vezava kemotaksičnih ligandov vpliva na gibanje molekule zaradi kemičnih signalov, vezava citokinov spodbuja rast celic ali sintezo snovi, ki jih potrebuje imunski sistem, vezava adhezijskih ligandov pa omogoča pritrjanje NK celice na tarčno celico.

Raziskovalci se trudijo, da bi našli optimalno imunoterapijo, pri kateri bi sodelovale NK celice. Te terapije bi bile uporabne predvsem pri rakavih obolenjih, vendar so možnosti tudi pri obolenjih z virusom HIV ali z virusom hepatitisa C. Ta način imunoterapije je mogoč, ker večina tumorskih celic in virusov ne izraža MHC tipa 1, pomembnega inhibitorskega liganda za NK celice. [http://media.wiley.com/CurrentProtocols/IM/ima01n/ima01n-fig-0004-1-full.gif Zgradba MHC-1 molekule, prikazana z Ribbonovim diagramom in vezanim peptidom (A) ter površinska struktura molekule z vezanim peptidom (C). Slika B prikazuje molekulo MHC-2 z vezanim peptidom.]

== Urška Rauter: Razvojne vloge Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike pri orientaciji epidermalnega vretena ==
Mehanizem nastajanja polariziranega epidermalnega sloja, ki s procesoma stratifikacije in diferenciacije tvori kožo, regulira več različnih med seboj v komplekse povezanih bioloških molekul. Trije najbolj osnovni procesi so delovanje proteinov aktina, orientacija vretena in sistem celične signalizacije. Znanstveniki pa so v obširni raziskavi potrdili tudi pomembno vlogo t. i. Srf proteina (serum response factor protein), transkripcijskega dejavnika, katerega pomembna vloga je regulacija celične diferenciacije.

Srf je transkripcijski dejavnik, ki se veže na določen, njemu ustrezen receptorski element; Sre (serum response element), to so predvsem geni v zgodnjem razvoju, geni za razvoj nevronov in mišična gena (proteina) aktin in miozin. Ker je njegova primarna funkcija regulacija ekspresije naštetih genov, odločilno vpliva na celično rast in diferenciacijo, prenos med nevroni in razvoj mišic.

Namen raziskave je obširen. Rezultati obetajoči. Dokazali so pomembno vlogo Srf proteina pri marsikaterem mehanizmu/procesu v embrionalnem razvoju. Tako recimo Srf odločilno vpliva na diferenciacijo celic, saj izguba le-tega povzroči kaotično deljenje in diferenciacijo celic med več plastmi epidermisa. Nadalje vpliva tudi na pravilno vzpostavitev polarnosti bazalne lamine in še najbolj ključno na tvorbo aktinsko-miozinskega skeleta, ki je nujen za pravilno mitozo, posledično za obliko in trdnost celice. Orientacija vretena in asimetrično dedovanje sta po zadnjih raziskavah osrednja mehanizma, ki omogočata matičnim celicam samostojno obnovi in diferenciacijo v pravilni smeri. Rezultati kažejo, da lahko takšne signale pošiljamo preko Srf proteina in aktinsko-miozinskega skeleta, za pravilno tvorbo in nadzirano regulacijo orientacije vretena, asimetrične celične delitve in nasploh usodo posamezne celice. Rezultati razkrivajo nove pojasnitve bioloških procesov, ki sodelujejo pri tvorbi morfologije epidermisa.

== Špela Pohleven: Prioni ==

Prioni so patogeni proteini, ki se od svojih nepatogenih, normalnih, v zaporedju aminokislin enakih dvojnikov, razlikujejo v 3D strukturi – imajo večji del β ploskev. Poznamo več vrst prionov, toda običajno govorimo le o proteinu PrP, ki je prisoten pri ljudeh in živalih. Ostali so namreč značilni za glive, ki so tako primerne za razne raziskave.
Za prione je značilno povezovanje v nitaste polimere, ki jih imenjujemo amiloidi. Znanstveniki domnevajo, da je prav njihova urejena struktura tista, zaradi katere so slabo topni v detergentih in odporni na proteaze.
Najbolj nenavadna lastnost prionov pa je njihova zmožnost širjenja brez potrebe po DNA in RNA. V zvezi s tem potekajo številne raziskave, saj prioni povzročajo številne smrtne bolezni, kot so Creutzfeldt-Jakobova bolezen, smrtonosna družinska nespečnost in druge. Z informacijami, ki jih tako pridobivajo, je možnost za odkritje zdravila večja.
Pri eni od nedavnih raziskav so tako ugotovili, da obstajata dve prionski obliki proteina PrP – infektivna in toksična. Za raziskave so uporabili miši z različnim izražanjem gena PRNP za PrP protein. Vse so okužili s prioni praskavca (ena od prionskih bolezni). Vse so dosegle enak prag infektivnosti, toda smrt ni nastopila istočasno. Iz meritev so znanstveniki prišli do zaključka, da morata obstajati dve različni obliki. To pa je le izhodišče za nove raziskave.

== Maša Mohar: Sladkorna bolezen, kot bolezen imunskega sistema ==

Diabetes mellitus je kronična motnja metabolizma beljakovin, lipidov in ogljikovih hidratov. Nastane zaradi zmanjšane funkcije proizvajanja insulina v telesu. Njen vzrok pa je lahko studi zmanjšana sposobnost telesnih celic za pravilno izkoriščanje insulina. Tip 2 je od insulina neodvisen diabetes (NIDDM). Ta tip ima 80-90% vseh pacientov in se pojavi v odraslem obdobju življenja, spodbudijo ga lahko različni mehanizmi, in za nekatere se še ne ve točno kako pride do tega, je pa res da k temu veliko pripomore nezdrav način življenja in seveda dednost. Prav tako se diabetes tipa 2 deli v dve skupini in sicer na debeli tip, ki ga ima približno 80% vse populacije in na ne debeli tip.
Da je T2D bolezen imunskega sistema pa ugotovimo s tem ko vidimo kako se telo odzovena določene mehanizme, ki sprožijo to bolezen. To so oksidativni stres, stres ER( endoplazemski retikel), lipotoksičnost in glukotoksičnost. Prav tako je potrebno poudariti, da ima diabetes tipa 2 svoje metabolne karakteristike in skupaj s temi patogenimi mehanizmi tvori formulo za nastanek bolezni. Seveda lahko pri T2D pride tudi do dolgoročnih komplikacij, kot so makro in mikro- vaskularne bolezni, problemi z ledvicami, očmi in živci. Te pa so glavni dejavniki za povzročitev hujšega bolezenskega stanja in ne nazadnje tudi smrti zaradi diabetesa.

== Mirjam Kmetič: Regulacija celičnega metabolizma železa ==

Železo je pomemben mikroelement, ki ga vezanega na proteine, vsebujejo skoraj vsa živa bitja. Celice sesalcev potrebujejo zadostno količino železa, da zadovoljijo metabolne potrebe ali dosežejo specializirane funkcije. Vsekakor pa je železo potencialno strupeno, še posebej v obliki Fe2+ ionov, ki katalizirajo pretvorbo vodikovega peroksida v proste radikale, ti pa poškodujejo veliko celičnih struktur (DNA, proteine, lipide...) in posledično celica lahko celo odmre. Vse oblike življenja se temu izognejo tako, da vežejo železove ione na proteine in tako hkrati izkoristijo njegove ugodnosti. Železo se prenaša v tkivo ob pomoči kroženja transferina, prenašalca, ki veže železo v plazmi, katerega predvsem sproščajo črevesne resice in retikuloendotelni makrofagi. Z železom bogat transferin se veže na membranski transferin receptor 1, kar se odraža z endocitozo in sprejemom te kovine. Sprejeto železo se prenese do mitohondrija za sintezo hema ali železo-žveplovih proteinov, ki so bistveni deli mnogih metaloproteinov. Presežno železo se skladišči in detoksificira v feritinu, ki je v citosolu. Metabolizem železa je nadzorovan na različnih nivojih in z raznovrstnimi mehanizmi. Pri uravnavanju je zelo pomemben sistem IRE (iron-responsive element)/IRP (iron-regulatory protein), dobro poznano post-transkripcijsko regulatorno vezje, ki ne le vzdržuje homeostazo v različnih tipih celic, ampak tudi prispeva k sistemskemu ravnovesju železa.

== Lea Kepic: Agonisti adrenoreceptorjev β2 ==

Vloga receptorjev v organizmih je zelo pomembna saj prenaša vse potrebne informacije za delovanje. Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Največja skupina metabotropnih receptorjev pripada receptorjem, ki so sklopljeni s proteinom G. Mednje spadajo tudi adrenergični receptorji ali adrenoreceptorji. Adrenoreceptorji so tarčni za katekolamine (fight or flight hormoni) med katere spadajo adrenalin, noradrenalin in dopamin. V svojem seminarju sem se posvetila predvsem podskupini β2 (β2-AR) in njihovim agonistom. Agonisti so spojine, ki se selektivno vežejo na specifične receptorje, ki sprožijo nadaljnji odziv. Njegova naloga je posnemanje naravno obstoječih (endogenih) molekul, kot so na primer hormoni. Najbolj pogost in učinkovit agonist za β2-AR je izoprenalin, med hormoni pa je najboljši adrenalin. S pomočjo eksperimentov znanstveniki raziskujejo posebnosti v zgradbi predvsem kristalnih struktur, tvorbo vezi z različnimi spojinami, konformacijske spremembe, vpliv inhibitorjev, ravnotežna stanja ter energijska pretvarjanja. Rezultati teh raziskav so izhodišče za praktično uporabnost agonistov. Zaradi njihovih lastnosti jih vedno več uporabljamo v medicini za zdravnjenje plujčnih bolezni; predvsem astme in bronhitisa. To področje za enkrat še ni do dobra raziskano zato jih navadno uporabljamo le kot dodatke drugim zdravilom. Raziskani pa so že tudi nekateri negativni učinki na telo.

== Iza Ogris: Zakaj imajo možgani glikogen? ==

Glikogen se v možganih nahaja v precej manjših koncentracijah kot v jetrih in mišicah.Pojavi se vprašanje o njegovi vlogi v možganih in kje se nahaja. Glikogen vsebujejo astrocite- glia celice, ki obdajajo nevrone in skbijo za koncentracijo ionov v izvenceličnem prostoru ter dovajanje določenih snovi nevronom. Ko se med aktivnostjo nevronov v izvenceličnem prostoru kopičijo kalijevi ioni, jih astrocite začnejo privzemati z K/Na ATPazo. Posledično se v astrocitah zviša nivo AMP, kar stimulira delovanje encima glikogen fosforilaze (razgradnja glikogena). Astrocite med nevronsko aktivnostjo privzemajo tudi živnčni prenašalec glutamat iz sinaps, ki tudi posredno povzroča padec energije v astrocitah. Ko se nivo glukoze v dejavnih nevronih znižuje, se medtem v astrocitih povečuje. Koncentracija glukoze je nato v astrocitih večja kot v izvencelični tekočini in nevronih, zato se ustvari koncentracijski gradient kar omogoči pot glukoze iz astrocitov v nevrone. Pri vzdrževanju glukoze se tako razgradnja glikogena izkaže za bolj učinkovito kot le privzem glukoze iz krvi. Razkriva se izvor in usoda glukozne rezerve.

== Ines Kerin: Kanabinoidi za zdravljenje shizofrenije? Uravnotežena nevrokemična sestava za škodljive in terapevtske učinke uživanja konoplje ==

Že desetletja velja prepričanje, da je uživanje konoplje eden pomembnih dejavnikov za nastanek in razvoj shizofrenije. Vendar so v novejših raziskavah odkrili, da naj bi kanabinoidi, psihoaktivne substance v konoplji, izboljšali nevropsihološke učinke in negativne simptome, ter imeli antipsihotične lastnosti pri ljudeh s shizofrenijo. Shizofrenija je huda duševna bolezen iz skupine psihoz. Simptome shizofrenije povzroča spremenjena količina določenih snovi v možganih, in sicer živčnih prenašalcev, ki omogočajo medsebojno komunikacijo možganskih celic. Motnje v komunikaciji pa povzročajo spremembo v delovanju možganov. Pomembno vlogo ima pri bolezni dopamin, ki lahko s prevelikim sproščanjem izzove nekatere simptome.
Shizofrenijo zdravijo s pomočjo antipsihotikov, ki imajo podobne lastnosti kot kanabinoidi v konoplji. Vendar se učinki konoplje od učinkov antipsihotikov nekoliko razlikujejo. Pri negativnih simptomih konoplja, tako kot antipsihotiki, spodbuja sproščanje in delovanje dopamina. Manj znano pa je, ali zavira ali spodbuja delovanje ostalih petih nevrotransmiterjev (serotonina, acetilholina, noradrenalina, glutamina in GABA). Na pozitivne simptome ima konoplja, kot je vidno v tabeli lahko tako koristne kot nekosristne učinke. Simptome lahko izboljša z zaviranjem sproščanja serotonina, acetilholina in noradrenalina. V primeru dopamina, glutamata in GABA ima konopla negative učinke, saj v nasprotju z antipsihotiki, poveča sproščanje dopamina in zavira delovanje glutamata in GABA. Obstajajo dokazi, da imajo kanabinoidi zdravilne učinke na pozitivne in negativne simptome pri shizofreniji. Vendar to poglavje še ni zaključeno in se izvajajo še nadalnje raziskave v tej smeri.

== Eva Knapič: Kako virusi vodijo delovanje celice. ==
Virusi so geni obdani z zaščitno proteinsko ovojnico. Za izražanje teh genov, da lahko naredijo proteine in podvojijo kromosome, je potrebno, da vstopijo v celico in uporabijo celične mehanizme, saj sami tega niso zmožni. Poznamo več vrst virusov. Posebnost evkariontskih virusov je sposobnost posnemanja kratkih linearnih motivov proteinov poznanih pod kratico SLiMs. To so deli proteinov, ki so odgovorni za posredovanje med nekaterimi celičnimi funkcijami. So zelo kratki, večinoma nekje od 3 do 10 aminokislin. Motivi sodelujejo pri vezavi proteinih, pri prepoznavanju post-translacijske modifikacije encimov, pri usmerjanju proteinov v celične razdelke in pa so prisotni na cepitvenih mestih proteina. S posnemanjem različnih motivov lahko virusi prevzamejo nadzor nad celico. Najpogostejši mehanizmi prevzema nadzora so uporaba celičnega transporta, manipuliranje signalnega transporta, nadzor proteinov v celici, regulacija prepisovanja, sprememba modifikacije gostiteljevega proteina in usmerjanje modifikacije proteinov.
Uporaba proteinskih motivov v celici in lahko posnemanje le teh predstavlja šibkost v celični organiziranosti, saj virusi s pridom izkoriščajo to v svojo korist. Posnemanje motivov virusom omogoča, da sami vodijo delovanje celice in se sami s pomočjo celičnih mehanizmov enostavno razmnožujejo in tako hitro okužijo celoten organizem.
V nadalje bodo potekale raziskave za izkoriščanje posnemanja motivov v namene zdravljenja virusnih okužb.
== Katra Koman: Pomen dendritskih celic (DCs) in celic ubijalk (NK) v imunskem odzivu na okužbo z virusom HIV-1 ==
Dendritske celice (DCs - dendritic cells) in celice ubijalke (NK – natural killer cells) sta dva tipa celic prirojenega imunskega sistema, ki imata zelo pomembno vlogo pri protivirusni odpornosti. Tako dendritske celice, kot tudi celice ubijalke so sicer pomemben del (nespecifičnega) prirojenega imunskega sistema, a hkrati vplivajo tudi na učinkovit razvoj (specifičnega) prilagojenega imunskega odziva. DC so ključnega pomena za aktiviranje za virus specifičnih T celic, kar pa je močno odvisno od prejšnjega, prirojenega imunskega odziva. NK celice pa ovirajo zgodnje širjenje virusov, tako da proizvajajo citokine in s fagocitozo neposredno uničujejo okužene celice. Razumevanje delovanja in funkcije teh celic pa ima pomemben vpliv na razvijanje nove strategije cepiva proti virusu HIV-1, katere uspeh bo odvisen od primernega razumevanja delovanja teh celic.

== Jana Verbančič: Apoptozi podobna smrt v bakterijah, ki jo povzroča HAMLET, lipidno-proteinski kompleks v človeškem mleku ==
Apoptoza oz. programirana celična smrt je eden najpomembnejših procesov v evkariontskih celicah. Organizem je z apoptozo sposoben sam uravnavati število živih celic. Uniči jih lahko, ker so poškodovane, stare ali ker ne opravljajo več svoje naloge, lahko pa uniči tudi popolnoma zdrave celice, ki jih ne potrebuje več (npr. pri embrionalnem razvoju). Pomemben dejavnik pri apoptozi so encimi kaspaze, ki cepijo in aktivirajo druge proteine, vse skupaj pa lahko poteka po dveh poteh. Prva je notranja in vključuje mitohondrije in citokrom c, ki deluje kot signalna molekula v apoptotskem ciklu ter tako sproži delovanje kaspaz in posledično apoptozo. Druga pot je zunanja in vključuje aktivacijo proteinskih receptorjev (t. i. receptorjev smrti) na zunanji strani membrane. Oblikuje se kompleks iz receptorja, adaptorskega proteina in vezane kaspaze (DISC), ki povzroča cepljenje in aktivacijo nadaljnjih kaspaz; to pa spet vodi v apoptozo. V mehanizme so lahko vključeni mnogi drugi proteini ali neproteinski signali.
Programirane celične smrti pa nimajo samo evkarionti, ampak so dokazali, da so tudi prokarionti sposobni procesov, ki so zelo podobni apoptozi. Raziskave so delali na streptokokih in tumorskih celicah, ki so jim dodali kompleks HAMLET (human alpha-lactalbumin made lethal to tumor cells), ki ga lahko najdemo v človeškem mleku. Kompleks je deloval kot signalna molekula za začetek apoptoze v tumorskih celicah oz. za začetek apoptozi podobnega procesa v bakterijah.

== Ana Remžgar: Črevesna absorpcija vitamina D ne poteka le s pasivno difuzijo: dokazi za vpletenost enakih transporterjev kot pri holesterolu ==
Vitamin D je hormon, ki ga telo lahko proizvede samo s pomočjo obsevanja kože z ultravijolično svetlobo, vendar je hipovitaminoza D razširjena v mnogih državah in je pomemben svetovni zdravstveni problem. Vitamin D je nujno potreben za uravnavanje ravnovesja med kalcijem in fosfati v telesu ter za normalno rast kosti.

Dolgo časa je veljalo, da se v črevesju vitamin D absorbira le s pomočjo pasivne difuzije. Znanstveniki so kulturi človeških embrionalnih ledvičnih (HEK) celic dodali vsaj enega od teh membranskih proteinov (SR-BI, CD36, NPC1L1). Ti trije proteini so pomembni pri absorpciji holesterola. Zaradi podobne zgradbe holesterola in vitamina D, so znanstveniki sklepali, da so lahko ti trije proteini pomembni tudi pri absorpciji vitamina D. Ko so HEK celicam dodali te proteine, se je absorpcija vitamina D opazno povečala. Ko pa so HEK celicam dodali poleg proteinov še njihove inhibitorje, se je absorpcija močno zmanjšala.
Vpliv SR-BI so opazovali tudi in vivo. Uporabili so wild type miši ter miši z mnogo bolj izraženim Scavenger receptorjem razreda B tipa I (SR-BI). Tudi tu se je pri SR-BI miših povečala absorpcija vitamina D.

Ti rezultati nam prvič pokažejo, da se vitamin D v črevesju ne absorbira le preko pasivne difuzije vendar je v ta proces vključenih kar nekaj transporterjev.

BIO1-seminar 2011

2011-03-20T19:23:27Z

AnaRemžgar: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Slovenski naslov članka'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Faktor vpliva revije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| BOTONJIĆ SANDI||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Sandi_Botonji.C4.87:_Tioredoksinu_podoben_protein_.28TXNL2.29_.C5.A1.C4.8Diti_kancerogene_celice_pred_oksidativnim_stresom Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom]
||15.387||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA
|-
| VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA
|-
| ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA
|-
| ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||31.434||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN
|-
| DOLINAR ANA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Ana_Dolinar:_Prilagojena_ali_prilagodljiva_imunost.3F_Primer_naravnih_celic_ubijalk Prirojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk]||28||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA
|-
| RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA
|-
| MOHAR MAŠA||Sladkorna bolezen tipa 2 kot bolezen imunskega sistema||30,006||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA
|-
| POHLEVEN ŠPELA||Prioni||34||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA
|-
| KEPIC LEA||Agonisti adrenoreceptorjev β2||34.48||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ
|-
| KMETIČ MIRJAM||Celična regulacija metabolizma železa||5,371||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA
|-
| JARC VERONIKA||Eksperimentalni modeli za študijo imunobiologije hepatitisa C||3.26||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA
|-
| KOMAN KATRA||Pomen dendritskih celic (DCs) in celic ubijalk (NK) v imunskem odzivu na okužbo z virusom HIV-1||32.245||21.03.||25.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM
|-
| OGRIS IZA||Zakaj imajo možgani glikogen?||5,125||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ
|-
| KERIN INES||Kanabinoidi za zdravljenje shizofrenije? Uravnotežena nevrokemična sestava za škodljive in terapevtske učinke uživanja konoplje||4.458||14.03.||21.03.||28.03.||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK
|-
| VERBANČIČ JANA||Apoptozi podobna smrt v bakterijah, ki jo povzroča HAMLET, človeški mlečni lipidno-proteinski kompleks||4.351||21.03.||28.03.||04.04.||KARNER TAJA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA
|-
| KNAPIČ EVA||Kako virusi vodijo delovanje celice.||14.101||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA
|-
| REMŽGAR ANA||Črevesna absorpcija vitamina D ne poteka le s pasivno difuzijo: dokazi za vpletenost enakih transporterjev kot pri holesterolu||4.356||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA
|-
| GRDADOLNIK MAJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK
|-
| JAVORŠEK KAJA||Potencial matične celice pri Parkinsonovi bolezni in molekularni faktorji za tvorbo dopaminergičnih nevronov||4.139||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO
|-
| BRATOVŠ ANDREJA||Vloga GPCR v patologiji Alzheimerjeve bolezni||26||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA
|-
| CRČEK MITJA||Matične celice||7.365||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA
|-
| MARIĆ TAMARA||ciljanje kemokinskih receptorjev ob alergijskih obolenjih||5.155||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA
|-
| ŠTEMBERGER ROK||povečano izražanje in imunogenosti HIV proteinov po inaktivaciji encimske aktivnosti||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI
|-
| LORBEK SARA||Interakcije maščobna kislina - gen, adipokini in debelost||3.072||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK
|-
| REMŠKAR MAJA||Proteaze kot zdravilo||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA
|-
| ČUPOVIĆ VANA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA
|-
| RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA
|-
| RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA
|-
| VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA
|-
| FRANKO NIK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO
|-
| HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA
|-
| AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA
|-
| NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK
|-
| BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA
|-
| KARNER TAJA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA
|-
| KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA
|-
| MUSTAR JERNEJ||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA
|-
| GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ
|-
| GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA
|-
| BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA
|-
| ŠTOK ULA||Mutacija mitohondrijske DNA v povezavi z rakom debelega črevesa kot posledica abnormalnega delovanja citokroma c oksidaze||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES
|-
| nihce ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR
* osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar 2011

2011-03-20T13:03:52Z

AnaRemžgar: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Slovenski naslov članka'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Faktor vpliva revije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| BOTONJIĆ SANDI||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Sandi_Botonji.C4.87:_Tioredoksinu_podoben_protein_.28TXNL2.29_.C5.A1.C4.8Diti_kancerogene_celice_pred_oksidativnim_stresom Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom]
||15.387||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA
|-
| VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA
|-
| ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA
|-
| ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||31.434||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN
|-
| DOLINAR ANA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Ana_Dolinar:_Prilagojena_ali_prilagodljiva_imunost.3F_Primer_naravnih_celic_ubijalk Prirojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk]||28||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA
|-
| RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA
|-
| MOHAR MAŠA||Sladkorna bolezen tipa 2 kot bolezen imunskega sistema||30,006||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA
|-
| POHLEVEN ŠPELA||Prioni||34||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA
|-
| KEPIC LEA||Agonisti adrenoreceptorjev β2||34.48||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ
|-
| KMETIČ MIRJAM||Celična regulacija metabolizma železa||5,371||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA
|-
| JARC VERONIKA||Eksperimentalni modeli za študijo imunobiologije hepatitisa C||3.26||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA
|-
| KOMAN KATRA||naslov||32.245||21.03.||25.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM
|-
| OGRIS IZA||Zakaj imajo možgani glikogen?||5,125||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ
|-
| KERIN INES||Kanabinoidi za zdravljenje shizofrenije? Uravnotežena nevrokemična sestava za škodljive in terapevtske učinke uživanja konoplje||4.458||14.03.||21.03.||28.03.||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK
|-
| VERBANČIČ JANA||Apoptozi podobna smrt v bakterijah, ki jo povzroča HAMLET, človeški mlečni lipidno-proteinski kompleks||4.351||21.03.||28.03.||04.04.||KARNER TAJA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA
|-
| KNAPIČ EVA||Kako virusi vodijo delovanje celice.||14.101||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA
|-
| REMŽGAR ANA||Črevesna absorbcija vitamina D ne poteka le s pasivno difuzijo: dokazi za vpletenost enakih transporterjev kot pri holesterolu||4.356||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA
|-
| GRDADOLNIK MAJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK
|-
| JAVORŠEK KAJA||Potencial matične celice pri Parkinsonovi bolezni in molekularni faktorji za tvorbo dopaminergičnih nevronov||4.139||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO
|-
| BRATOVŠ ANDREJA||Vloga GPCR v patologiji Alzheimerjeve bolezni||26||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA
|-
| CRČEK MITJA||Matične celice||7.365||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA
|-
| MARIĆ TAMARA||ciljanje kemokinskih receptorjev ob alergijskih obolenjih||5.155||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA
|-
| ŠTEMBERGER ROK||povečano izražanje in imunogenosti HIV proteinov po inaktivaciji encimske aktivnosti||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI
|-
| LORBEK SARA||Interakcije maščobna kislina - gen, adipokini in debelost||3.072||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK
|-
| REMŠKAR MAJA||Proteaze kot zdravilo||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA
|-
| ČUPOVIĆ VANA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA
|-
| RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA
|-
| RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA
|-
| VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA
|-
| FRANKO NIK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO
|-
| HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA
|-
| AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA
|-
| NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK
|-
| BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA
|-
| KARNER TAJA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA
|-
| KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA
|-
| MUSTAR JERNEJ||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA
|-
| GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ
|-
| GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA
|-
| BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA
|-
| ŠTOK ULA||Mutacija mitohondrijske DNA v povezavi z rakom debelega črevesa kot posledica abnormalnega delovanja citokroma c oksidaze||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES
|-
| nihce ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR
* osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar 2011

2011-02-22T17:29:05Z

AnaRemžgar: /* Seznam seminarjev */