Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz Rhodosporidium toruloides

2023-04-01T22:16:44Z

Anababnik: /* Optimizacija biosintezne poti linolne kisline */

''Povzeto po članku: X. Guo, Z. Bai, Y. Zhang, H. Zhao, S. Shi: Mining and application of constitutive promoters from Rhodosporidium toruloides. AMB Express 2023, 13, 1–12.''

== Uvod ==

''Rhodosporidium toruloides'' je kvasovka rdeče barve, ki sodi med oljnate mikroorganizme. Za njih je značilno, da lipidi predstavljajo vsaj 20% njihove suhe mase. ''R. toruloides'' lahko v večjih količinah sintetizira lipide, maščobne alkohole, metile in etilne estre maščobnih kislin in karotenoidov. [1]

Zaradi zmožnosti biosinteze raznovrstnih produktov, visoke odpornosti na stres in rasti v različnih gojiščih je perspektiven kandidat za uporabo v industriji. [2] Uporaba kvasovke za biosintezo raznovrstnih produktov bi bilo iz ekonomskega stališča tudi ugodno, zaradi zmožnosti pretvorbe lignocelulozne biomase v biogoriva. [3] Za industrijsko aplikacijo je potrebna optimizacija metabolne poti, za kar je nujno predhodno poznavanje večjega nabora različno močnih konstitutivnih promotorjev. Za nemodelni organizem je bilo do sedaj odkritih 31 promotorjev, ki so v večini povezani s hišnimi geni ali geni, ki regulirajo akumulacijo lipidov. Eden izmed prvih karakteriziranih močnih konstitutivnih promotorjev je bil PGPD1, ki je promotor gena za gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenazo. Moči ostalih do sedaj znanih promotorjev so bile določene relativno na moč PGPD1 in se gibljejo med 0,2-11-kratno močjo PGPD1. [1]

S pomočjo poznavanja večjega števila promotorjev in njihovih značilnosti je optimizacija biosinteznih poti maščobnih kislin lažja. V rastlinah poteka pretvorba stearinske kisline (nasičene maščobne kisline z 18 C atomi) v linolno kislino v dveh korakih z uvedbo dveh dvojnih vezi. Prvi encim je Δ9 desaturaza, ki med 9. in 10. C-atom v stearinski kislini uvede dvojno vez, pri čemer nastane oleinska kislina. Drugi encim Δ12 desaturaza pa uvede dvojno vez med 12. in 13. C atom, da nastane linolna kislina. [4] Za optimizacijo poti linolne kisline je torej potrebno optimizirati izražanje genov FAD9 in FAD12 za desaturazi.

== Iskanje in karakterizacija promotorjev ==
'''Gojenje kvasovk in analiza transkriptoma'''

''R. toruloides'' so gojili v različnih gojiščih za gojenje kvasovk kot so YPD (yeast peptone dextrose), YPX (yeast peptone xylose), popolno gojišče in minimalno gojišče. Naredili so analizo transkriptoma z določanjem nukleotidnega zaporedja RNA kvasovk, ki so rasle v različnih medijih, in na podlagi najpogosteje izraženih genov določili potencialne kandidate za močne konstitutivne promotorje. [1]

'''Priprava plazmidov za karakterizacijo promotorjev'''

Za analizo moči promotorjev so pripravili plazmide pKOCAR2 s kaseto reporterskega gena EGFP, ki je vsebovala zapise za različne promotorje, EGFP in terminator 35S. Kvasovke so transformirali z metodo z ''Agrobacterium tumefaciens'' posedovanje transformacije (ATMT), pri kateri je prišlo do vstavitve kasete v CAR2 gen preko homolognih regij. Pri vstavljanju kasete v CAR2 je prišlo do delecije gena za karoten ciklazo, zaradi česar so bile kolonije bele barve. Transformiranih celicam so izmerili fluorescenco v eksponentni in stacionarni fazi rasti in jo normalizirali na število celic. [1]

'''Rezultati'''

Z analizo transkriptoma ''R. toruloides'' v 4 gojiščih in 2 fazah rasti (8 različnih pogojev) so odkrili povprečno 8233 transkriptov pri vsakem od pogojev rasti. Na podlagi 15 najpogosteje izraženih genov pri vsakem pogoju so določili 49 potencialno močnih promotorjev. Kot pozitivno kontrolo so uporabili do sedaj že poznane močne konstitutivne promotorje iz R. toruloides - GDP1 (gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza), FAS1 (beta podenota sintaze maščobnih kislin) in TPI (trioza fosfat izomeraza).

Po transformaciji so pod mikroskopom kvalitativno ocenili seve, ki so imeli močno fluorescenco. Poleg kontrolnih sevov je 31 od 49 sevov izražalo močno fluorescenco. Vsem sevom pri različnih pogojih so nato določili relativno fluorescenco glede na fluorescenco promotorja PGPD1, ki je bila 0,1-19,0-kratna. Z določanjem nukleotidnega zaporedja promotorjem so odkrili s pirimidini bogati regiji na mestih -90 in -10, ki sta bili skupni vsem promotorjem. Kot zelo močna promotorja pri vseh pogojih sta se izkazala RT12 in RT14, medtem ko je bila moč nekaterih drugih promotorjev kot sta RT2 in RT5 zelo odvisna od tipa gojišča. Opažena je bila tudi povezava med fazo rasti in močjo promotorja. Promotorja RT12 ter RT14 sta bila močnejša v eksponentni fazi rasti, medtem ko sta bila promotorja RT2 ter RT5 močnejša v stacionarni fazi rasti. [1]

== Optimizacija biosintezne poti linolne kisline ==

'''Priprava plazmidov in analiza hitrosti rasti in sinteze maščobnih kislin'''

Za optimizacijo sintezne poti linolne kisline so uporabili promotorje RT12, RT14, RT46 in GPD1, gena FAD9 in FAD12, ki zapisujeta za Δ9 in Δ12 desaturazo, in terminatorja SV40 in 35S. Pripravili so vektorje pKOCAR2, ki so vsebovali omenjena gena pod različnimi kombinacijami promotorjev. Transformirane kvasovke so gojili v različnih gojiščih in z merjenjem OD600 določili hitrost rasti. Količino proizvedenih lipidov in metilnih estrov maščobnih kislin so določili s plinsko kromatografijo sklopljeno z masno spektrometrijo (GC-MS). Za določanje količine sladkorjev v gojišču z dodanim hidrolizatom koruznih storžev so uporabili tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti (HPLC). [1]

'''Rezultati'''

Za optimizacijo biosintezne poti linolne kisline so uporabili zelo močna promotorja RT12 in RT14 in močna promotorja RT46 in GPD1. Promotorji so uravnavali izražanje genov za Δ9 in Δ12 desaturazo. Pri spremljanju hitrosti rasti in sintezi maščobnih kislin so opazili, da so vsi transformirani sevi rastli malo hitreje in proizvajali več linolne kisline kot starševski sev ''R. toruloides'' NCYC 1585. Za najboljši sev se je izkazal sev 56, ki je vseboval promotorja RT12 in R14. Sinteza linolne kisline se je povečala za 2,13× glede na starševski sev v gojišču YPD (iz 164,3 mg/L na 350,3 mg/L) in 3,14× (iz 79,08 mg/L na 248,5 mg/L) v minimalnem gojišču.

Rast in sintezo maščobnih kislin so preizkusili tudi v gojišču s hidrolizatom koruznih storžev. Hidrolizat predstavlja poceni vir sladkorjev kot so ksiloza, glukoza in arabinoza. Vsi sevi so dobro rastli v omenjenem gojišču, za najboljšega pa se je izkazal sev 59, ki je vseboval gena za desaturazi pod dvema promotorjema RT46. Domneva se, da je RT46 povezan z boljšim izražanjem genov v gojišču, kjer je prisotnih več vrst sladkorjev.

Vsi sevi so bili sposobni porabiti več kot 80% prisotnih sladkorjev v 30 urah rasti. V hidrolizatu je bila koncentracija ksiloze višja od glukoze, vendar se je prva porabila ravno glukoza. [1]

== Zaključek ==

''R. toruloides'' sodi med nemodelne organizme, ki so sposobni shraniti lipide v količinah do 70% suhe mase. Do sedaj je bilo v kvasovki uspešno sintetiziranih že več maščobnih kislin in etilnih estrov maščobnih kislin z uvedbo različnih metabolnih poti. Z identifikacijo in karakterizacijo novih promotorjev je bila uspešno optimizirana biosintezna pot linolne kisline v različnih gojiščih.

Z merjenjem fluorescence EGFP je bila določena moč novih 31 promotorjev, ki variira med 0,1 do 19,0-kratno močjo promotorja GPD1. Najšibkejši promotor je RT45 v minimalnem gojišču, najmočnejši pa je RT5 v gojišču YPX. Omenjen promotor se je v tem naboru izkazal kot srednje močen. Najmočnejša promotorja pri različnih pogojih sta RT12 in RT14. Izbrani promotorji so povezani z raznovrstnimi geni za izražanje metabolnih encimov, transporterjev, proteinov povezanih s translacijo in hišnih proteinov. Do sedaj je bilo opravljenih že več raziskav za identifikacijo močnih konstitutivnih promotorjev v R. toruloides. Nekateri promotorji v tej in drugih raziskavah so asociirani z enakimi geni, vendar nukleotidno zaporedje promotorjev ni enako, zaradi različno definiranih promotorskih regij.

Pričakovano je, da bo z novo identificiranimi promotorji, ki imajo širši red velikosti moči, optimizacija ostalih sinteznih poti v nadaljnje lažja.

Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz Rhodosporidium toruloides

2023-04-01T22:15:26Z

Anababnik: /* Iskanje in karakterizacija promotorjev */

''Povzeto po članku: X. Guo, Z. Bai, Y. Zhang, H. Zhao, S. Shi: Mining and application of constitutive promoters from Rhodosporidium toruloides. AMB Express 2023, 13, 1–12.''

== Uvod ==

''Rhodosporidium toruloides'' je kvasovka rdeče barve, ki sodi med oljnate mikroorganizme. Za njih je značilno, da lipidi predstavljajo vsaj 20% njihove suhe mase. ''R. toruloides'' lahko v večjih količinah sintetizira lipide, maščobne alkohole, metile in etilne estre maščobnih kislin in karotenoidov. [1]

Zaradi zmožnosti biosinteze raznovrstnih produktov, visoke odpornosti na stres in rasti v različnih gojiščih je perspektiven kandidat za uporabo v industriji. [2] Uporaba kvasovke za biosintezo raznovrstnih produktov bi bilo iz ekonomskega stališča tudi ugodno, zaradi zmožnosti pretvorbe lignocelulozne biomase v biogoriva. [3] Za industrijsko aplikacijo je potrebna optimizacija metabolne poti, za kar je nujno predhodno poznavanje večjega nabora različno močnih konstitutivnih promotorjev. Za nemodelni organizem je bilo do sedaj odkritih 31 promotorjev, ki so v večini povezani s hišnimi geni ali geni, ki regulirajo akumulacijo lipidov. Eden izmed prvih karakteriziranih močnih konstitutivnih promotorjev je bil PGPD1, ki je promotor gena za gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenazo. Moči ostalih do sedaj znanih promotorjev so bile določene relativno na moč PGPD1 in se gibljejo med 0,2-11-kratno močjo PGPD1. [1]

S pomočjo poznavanja večjega števila promotorjev in njihovih značilnosti je optimizacija biosinteznih poti maščobnih kislin lažja. V rastlinah poteka pretvorba stearinske kisline (nasičene maščobne kisline z 18 C atomi) v linolno kislino v dveh korakih z uvedbo dveh dvojnih vezi. Prvi encim je Δ9 desaturaza, ki med 9. in 10. C-atom v stearinski kislini uvede dvojno vez, pri čemer nastane oleinska kislina. Drugi encim Δ12 desaturaza pa uvede dvojno vez med 12. in 13. C atom, da nastane linolna kislina. [4] Za optimizacijo poti linolne kisline je torej potrebno optimizirati izražanje genov FAD9 in FAD12 za desaturazi.

== Iskanje in karakterizacija promotorjev ==
'''Gojenje kvasovk in analiza transkriptoma'''

''R. toruloides'' so gojili v različnih gojiščih za gojenje kvasovk kot so YPD (yeast peptone dextrose), YPX (yeast peptone xylose), popolno gojišče in minimalno gojišče. Naredili so analizo transkriptoma z določanjem nukleotidnega zaporedja RNA kvasovk, ki so rasle v različnih medijih, in na podlagi najpogosteje izraženih genov določili potencialne kandidate za močne konstitutivne promotorje. [1]

'''Priprava plazmidov za karakterizacijo promotorjev'''

Za analizo moči promotorjev so pripravili plazmide pKOCAR2 s kaseto reporterskega gena EGFP, ki je vsebovala zapise za različne promotorje, EGFP in terminator 35S. Kvasovke so transformirali z metodo z ''Agrobacterium tumefaciens'' posedovanje transformacije (ATMT), pri kateri je prišlo do vstavitve kasete v CAR2 gen preko homolognih regij. Pri vstavljanju kasete v CAR2 je prišlo do delecije gena za karoten ciklazo, zaradi česar so bile kolonije bele barve. Transformiranih celicam so izmerili fluorescenco v eksponentni in stacionarni fazi rasti in jo normalizirali na število celic. [1]

'''Rezultati'''

Z analizo transkriptoma ''R. toruloides'' v 4 gojiščih in 2 fazah rasti (8 različnih pogojev) so odkrili povprečno 8233 transkriptov pri vsakem od pogojev rasti. Na podlagi 15 najpogosteje izraženih genov pri vsakem pogoju so določili 49 potencialno močnih promotorjev. Kot pozitivno kontrolo so uporabili do sedaj že poznane močne konstitutivne promotorje iz R. toruloides - GDP1 (gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza), FAS1 (beta podenota sintaze maščobnih kislin) in TPI (trioza fosfat izomeraza).

Po transformaciji so pod mikroskopom kvalitativno ocenili seve, ki so imeli močno fluorescenco. Poleg kontrolnih sevov je 31 od 49 sevov izražalo močno fluorescenco. Vsem sevom pri različnih pogojih so nato določili relativno fluorescenco glede na fluorescenco promotorja PGPD1, ki je bila 0,1-19,0-kratna. Z določanjem nukleotidnega zaporedja promotorjem so odkrili s pirimidini bogati regiji na mestih -90 in -10, ki sta bili skupni vsem promotorjem. Kot zelo močna promotorja pri vseh pogojih sta se izkazala RT12 in RT14, medtem ko je bila moč nekaterih drugih promotorjev kot sta RT2 in RT5 zelo odvisna od tipa gojišča. Opažena je bila tudi povezava med fazo rasti in močjo promotorja. Promotorja RT12 ter RT14 sta bila močnejša v eksponentni fazi rasti, medtem ko sta bila promotorja RT2 ter RT5 močnejša v stacionarni fazi rasti. [1]

== Optimizacija biosintezne poti linolne kisline ==

'''Priprava plazmidov in analiza hitrosti rasti in sinteze maščobnih kislin'''

Za optimizacijo sintezne poti linolne kisline so uporabili promotorje RT12, RT14, RT46 in GPD1, gena FAD9 in FAD12, ki zapisujeta za Δ9 in Δ12 desaturazo, in terminatorja SV40 in 35S. Pripravili so vektorje pKOCAR2, ki so vsebovali omenjena gena pod različnimi kombinacijami promotorjev. Transformirane kvasovke so gojili v različnih gojiščih in z merjenjem OD600 določili hitrost rasti. Količino proizvedenih lipidov in metilnih estrov maščobnih kislin so določili s plinsko kromatografijo sklopljeno z masno spektrometrijo (GC-MS). Za določanje količine sladkorjev v gojišču z dodanim hidrolizatom koruznih storžev so uporabili tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti (HPLC).

'''Rezultati'''

Za optimizacijo biosintezne poti linolne kisline so uporabili zelo močna promotorja RT12 in RT14 in močna promotorja RT46 in GPD1. Promotorji so uravnavali izražanje genov za Δ9 in Δ12 desaturazo. Pri spremljanju hitrosti rasti in sintezi maščobnih kislin so opazili, da so vsi transformirani sevi rastli malo hitreje in proizvajali več linolne kisline kot starševski sev R. toruloides NCYC 1585. Za najboljši sev se je izkazal sev 56, ki je vseboval promotorja RT12 in R14. Sinteza linolne kisline se je povečala za 2,13× glede na starševski sev v gojišču YPD (iz 164,3 mg/L na 350,3 mg/L) in 3,14× (iz 79,08 mg/L na 248,5 mg/L) v minimalnem gojišču.

Rast in sintezo maščobnih kislin so preizkusili tudi v gojišču s hidrolizatom koruznih storžev. Hidrolizat predstavlja poceni vir sladkorjev kot so ksiloza, glukoza in arabinoza. Vsi sevi so dobro rastli v omenjenem gojišču, za najboljšega pa se je izkazal sev 59, ki je vseboval gena za desaturazi pod dvema promotorjema RT46. Domneva se, da je RT46 povezan z boljšim izražanjem genov v gojišču, kjer je prisotnih več vrst sladkorjev.

Vsi sevi so bili sposobni porabiti več kot 80% prisotnih sladkorjev v 30 urah rasti. V hidrolizatu je bila koncentracija ksiloze višja od glukoze, vendar se je prva porabila ravno glukoza.

== Zaključek ==

''R. toruloides'' sodi med nemodelne organizme, ki so sposobni shraniti lipide v količinah do 70% suhe mase. Do sedaj je bilo v kvasovki uspešno sintetiziranih že več maščobnih kislin in etilnih estrov maščobnih kislin z uvedbo različnih metabolnih poti. Z identifikacijo in karakterizacijo novih promotorjev je bila uspešno optimizirana biosintezna pot linolne kisline v različnih gojiščih.

Z merjenjem fluorescence EGFP je bila določena moč novih 31 promotorjev, ki variira med 0,1 do 19,0-kratno močjo promotorja GPD1. Najšibkejši promotor je RT45 v minimalnem gojišču, najmočnejši pa je RT5 v gojišču YPX. Omenjen promotor se je v tem naboru izkazal kot srednje močen. Najmočnejša promotorja pri različnih pogojih sta RT12 in RT14. Izbrani promotorji so povezani z raznovrstnimi geni za izražanje metabolnih encimov, transporterjev, proteinov povezanih s translacijo in hišnih proteinov. Do sedaj je bilo opravljenih že več raziskav za identifikacijo močnih konstitutivnih promotorjev v R. toruloides. Nekateri promotorji v tej in drugih raziskavah so asociirani z enakimi geni, vendar nukleotidno zaporedje promotorjev ni enako, zaradi različno definiranih promotorskih regij.

Pričakovano je, da bo z novo identificiranimi promotorji, ki imajo širši red velikosti moči, optimizacija ostalih sinteznih poti v nadaljnje lažja.

Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz Rhodosporidium toruloides

2023-04-01T22:14:02Z

Anababnik: /* Uvod */

''Povzeto po članku: X. Guo, Z. Bai, Y. Zhang, H. Zhao, S. Shi: Mining and application of constitutive promoters from Rhodosporidium toruloides. AMB Express 2023, 13, 1–12.''

== Uvod ==

''Rhodosporidium toruloides'' je kvasovka rdeče barve, ki sodi med oljnate mikroorganizme. Za njih je značilno, da lipidi predstavljajo vsaj 20% njihove suhe mase. ''R. toruloides'' lahko v večjih količinah sintetizira lipide, maščobne alkohole, metile in etilne estre maščobnih kislin in karotenoidov. [1]

Zaradi zmožnosti biosinteze raznovrstnih produktov, visoke odpornosti na stres in rasti v različnih gojiščih je perspektiven kandidat za uporabo v industriji. [2] Uporaba kvasovke za biosintezo raznovrstnih produktov bi bilo iz ekonomskega stališča tudi ugodno, zaradi zmožnosti pretvorbe lignocelulozne biomase v biogoriva. [3] Za industrijsko aplikacijo je potrebna optimizacija metabolne poti, za kar je nujno predhodno poznavanje večjega nabora različno močnih konstitutivnih promotorjev. Za nemodelni organizem je bilo do sedaj odkritih 31 promotorjev, ki so v večini povezani s hišnimi geni ali geni, ki regulirajo akumulacijo lipidov. Eden izmed prvih karakteriziranih močnih konstitutivnih promotorjev je bil PGPD1, ki je promotor gena za gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenazo. Moči ostalih do sedaj znanih promotorjev so bile določene relativno na moč PGPD1 in se gibljejo med 0,2-11-kratno močjo PGPD1. [1]

S pomočjo poznavanja večjega števila promotorjev in njihovih značilnosti je optimizacija biosinteznih poti maščobnih kislin lažja. V rastlinah poteka pretvorba stearinske kisline (nasičene maščobne kisline z 18 C atomi) v linolno kislino v dveh korakih z uvedbo dveh dvojnih vezi. Prvi encim je Δ9 desaturaza, ki med 9. in 10. C-atom v stearinski kislini uvede dvojno vez, pri čemer nastane oleinska kislina. Drugi encim Δ12 desaturaza pa uvede dvojno vez med 12. in 13. C atom, da nastane linolna kislina. [4] Za optimizacijo poti linolne kisline je torej potrebno optimizirati izražanje genov FAD9 in FAD12 za desaturazi.

== Iskanje in karakterizacija promotorjev ==
'''Gojenje kvasovk in analiza transkriptoma'''

''R. toruloides'' so gojili v različnih gojiščih za gojenje kvasovk kot so YPD (yeast peptone dextrose), YPX (yeast peptone xylose), popolno gojišče in minimalno gojišče. Naredili so analizo transkriptoma z določanjem nukleotidnega zaporedja RNA kvasovk, ki so rasle v različnih medijih, in na podlagi najpogosteje izraženih genov določili potencialne kandidate za močne konstitutivne promotorje.

'''Priprava plazmidov za karakterizacijo promotorjev'''

Za analizo moči promotorjev so pripravili plazmide pKOCAR2 s kaseto reporterskega gena EGFP, ki je vsebovala zapise za različne promotorje, EGFP in terminator 35S. Kvasovke so transformirali z metodo z ''Agrobacterium tumefaciens'' posedovanje transformacije (ATMT), pri kateri je prišlo do vstavitve kasete v CAR2 gen preko homolognih regij. Pri vstavljanju kasete v CAR2 je prišlo do delecije gena za karoten ciklazo, zaradi česar so bile kolonije bele barve. Transformiranih celicam so izmerili fluorescenco v eksponentni in stacionarni fazi rasti in jo normalizirali na število celic.

'''Rezultati'''

Z analizo transkriptoma ''R. toruloides'' v 4 gojiščih in 2 fazah rasti (8 različnih pogojev) so odkrili povprečno 8233 transkriptov pri vsakem od pogojev rasti. Na podlagi 15 najpogosteje izraženih genov pri vsakem pogoju so določili 49 potencialno močnih promotorjev. Kot pozitivno kontrolo so uporabili do sedaj že poznane močne konstitutivne promotorje iz R. toruloides - GDP1 (gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza), FAS1 (beta podenota sintaze maščobnih kislin) in TPI (trioza fosfat izomeraza).

Po transformaciji so pod mikroskopom kvalitativno ocenili seve, ki so imeli močno fluorescenco. Poleg kontrolnih sevov je 31 od 49 sevov izražalo močno fluorescenco. Vsem sevom pri različnih pogojih so nato določili relativno fluorescenco glede na fluorescenco promotorja PGPD1, ki je bila 0,1-19,0-kratna. Z določanjem nukleotidnega zaporedja promotorjem so odkrili s pirimidini bogati regiji na mestih -90 in -10, ki sta bili skupni vsem promotorjem. Kot zelo močna promotorja pri vseh pogojih sta se izkazala RT12 in RT14, medtem ko je bila moč nekaterih drugih promotorjev kot sta RT2 in RT5 zelo odvisna od tipa gojišča. Opažena je bila tudi povezava med fazo rasti in močjo promotorja. Promotorja RT12 ter RT14 sta bila močnejša v eksponentni fazi rasti, medtem ko sta bila promotorja RT2 ter RT5 močnejša v stacionarni fazi rasti.

== Optimizacija biosintezne poti linolne kisline ==

'''Priprava plazmidov in analiza hitrosti rasti in sinteze maščobnih kislin'''

Za optimizacijo sintezne poti linolne kisline so uporabili promotorje RT12, RT14, RT46 in GPD1, gena FAD9 in FAD12, ki zapisujeta za Δ9 in Δ12 desaturazo, in terminatorja SV40 in 35S. Pripravili so vektorje pKOCAR2, ki so vsebovali omenjena gena pod različnimi kombinacijami promotorjev. Transformirane kvasovke so gojili v različnih gojiščih in z merjenjem OD600 določili hitrost rasti. Količino proizvedenih lipidov in metilnih estrov maščobnih kislin so določili s plinsko kromatografijo sklopljeno z masno spektrometrijo (GC-MS). Za določanje količine sladkorjev v gojišču z dodanim hidrolizatom koruznih storžev so uporabili tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti (HPLC).

'''Rezultati'''

Za optimizacijo biosintezne poti linolne kisline so uporabili zelo močna promotorja RT12 in RT14 in močna promotorja RT46 in GPD1. Promotorji so uravnavali izražanje genov za Δ9 in Δ12 desaturazo. Pri spremljanju hitrosti rasti in sintezi maščobnih kislin so opazili, da so vsi transformirani sevi rastli malo hitreje in proizvajali več linolne kisline kot starševski sev R. toruloides NCYC 1585. Za najboljši sev se je izkazal sev 56, ki je vseboval promotorja RT12 in R14. Sinteza linolne kisline se je povečala za 2,13× glede na starševski sev v gojišču YPD (iz 164,3 mg/L na 350,3 mg/L) in 3,14× (iz 79,08 mg/L na 248,5 mg/L) v minimalnem gojišču.

Rast in sintezo maščobnih kislin so preizkusili tudi v gojišču s hidrolizatom koruznih storžev. Hidrolizat predstavlja poceni vir sladkorjev kot so ksiloza, glukoza in arabinoza. Vsi sevi so dobro rastli v omenjenem gojišču, za najboljšega pa se je izkazal sev 59, ki je vseboval gena za desaturazi pod dvema promotorjema RT46. Domneva se, da je RT46 povezan z boljšim izražanjem genov v gojišču, kjer je prisotnih več vrst sladkorjev.

Vsi sevi so bili sposobni porabiti več kot 80% prisotnih sladkorjev v 30 urah rasti. V hidrolizatu je bila koncentracija ksiloze višja od glukoze, vendar se je prva porabila ravno glukoza.

== Zaključek ==

''R. toruloides'' sodi med nemodelne organizme, ki so sposobni shraniti lipide v količinah do 70% suhe mase. Do sedaj je bilo v kvasovki uspešno sintetiziranih že več maščobnih kislin in etilnih estrov maščobnih kislin z uvedbo različnih metabolnih poti. Z identifikacijo in karakterizacijo novih promotorjev je bila uspešno optimizirana biosintezna pot linolne kisline v različnih gojiščih.

Z merjenjem fluorescence EGFP je bila določena moč novih 31 promotorjev, ki variira med 0,1 do 19,0-kratno močjo promotorja GPD1. Najšibkejši promotor je RT45 v minimalnem gojišču, najmočnejši pa je RT5 v gojišču YPX. Omenjen promotor se je v tem naboru izkazal kot srednje močen. Najmočnejša promotorja pri različnih pogojih sta RT12 in RT14. Izbrani promotorji so povezani z raznovrstnimi geni za izražanje metabolnih encimov, transporterjev, proteinov povezanih s translacijo in hišnih proteinov. Do sedaj je bilo opravljenih že več raziskav za identifikacijo močnih konstitutivnih promotorjev v R. toruloides. Nekateri promotorji v tej in drugih raziskavah so asociirani z enakimi geni, vendar nukleotidno zaporedje promotorjev ni enako, zaradi različno definiranih promotorskih regij.

Pričakovano je, da bo z novo identificiranimi promotorji, ki imajo širši red velikosti moči, optimizacija ostalih sinteznih poti v nadaljnje lažja.

Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz Rhodosporidium toruloides

2023-04-01T22:03:59Z

Anababnik: /* Optimizacija biosintezne poti linolne kisline */

''Povzeto po članku: X. Guo, Z. Bai, Y. Zhang, H. Zhao, S. Shi: Mining and application of constitutive promoters from Rhodosporidium toruloides. AMB Express 2023, 13, 1–12.''

== Uvod ==

''Rhodosporidium toruloides'' je kvasovka rdeče barve, ki sodi med oljnate mikroorganizme. Za njih je značilno, da lipidi predstavljajo vsaj 20% njihove suhe mase.'' R. toruloides'' lahko v večjih količinah sintetizira lipide, maščobne alkohole, metile in etilne estre maščobnih kislin in karotenoidov.

Zaradi zmožnosti biosinteze raznovrstnih produktov, visoke odpornosti na stres in rasti v različnih gojiščih je perspektiven kandidat za uporabo v industriji. Za industrijsko aplikacijo je potrebna optimizacija metabolne poti, za kar je nujno predhodno poznavanje večjega nabora različno močnih konstitutivnih promotorjev. Za nemodelni organizem je bilo do sedaj odkritih 31 promotorjev, ki so v večini povezani s hišnimi geni ali geni, ki regulirajo akumulacijo lipidov. Eden izmed prvih karakteriziranih močnih konstitutivnih promotorjev je bil PGPD1, ki je promotor gena za gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenazo. Moči ostalih do sedaj znanih promotorjev so bile določene relativno na moč PGPD1 in se gibljejo 0,2-11,0-kratno močjo PGPD1.

S pomočjo poznavanja večjega števila promotorjev in njihovih značilnosti je optimizacija biosinteznih poti maščobnih kislin lažja. V rastlinah poteka pretvorba stearinske kisline (nasičene maščobne kisline z 18 C atomi) v linolno kislino v dveh korakih z uvedbo dveh dvojnih vezi. Prvi encim je Δ9 desaturaza, ki med 9. in 10. C atom v stearinski kislini uvede dvojno vez, pri čemer nastane oleinska kislina. Drugi encim Δ12 desaturaza pa uvede dvojno vez med 12. in 13. C atom, da nastane linolna kislina. Za optimizacijo poti linolne kisline je torej potrebno optimizirati izražanje genov FAD9 in FAD12 za desaturazi.

== Iskanje in karakterizacija promotorjev ==
'''Gojenje kvasovk in analiza transkriptoma'''

''R. toruloides'' so gojili v različnih gojiščih za gojenje kvasovk kot so YPD (yeast peptone dextrose), YPX (yeast peptone xylose), popolno gojišče in minimalno gojišče. Naredili so analizo transkriptoma z določanjem nukleotidnega zaporedja RNA kvasovk, ki so rasle v različnih medijih, in na podlagi najpogosteje izraženih genov določili potencialne kandidate za močne konstitutivne promotorje.

'''Priprava plazmidov za karakterizacijo promotorjev'''

Za analizo moči promotorjev so pripravili plazmide pKOCAR2 s kaseto reporterskega gena EGFP, ki je vsebovala zapise za različne promotorje, EGFP in terminator 35S. Kvasovke so transformirali z metodo z ''Agrobacterium tumefaciens'' posedovanje transformacije (ATMT), pri kateri je prišlo do vstavitve kasete v CAR2 gen preko homolognih regij. Pri vstavljanju kasete v CAR2 je prišlo do delecije gena za karoten ciklazo, zaradi česar so bile kolonije bele barve. Transformiranih celicam so izmerili fluorescenco v eksponentni in stacionarni fazi rasti in jo normalizirali na število celic.

'''Rezultati'''

Z analizo transkriptoma ''R. toruloides'' v 4 gojiščih in 2 fazah rasti (8 različnih pogojev) so odkrili povprečno 8233 transkriptov pri vsakem od pogojev rasti. Na podlagi 15 najpogosteje izraženih genov pri vsakem pogoju so določili 49 potencialno močnih promotorjev. Kot pozitivno kontrolo so uporabili do sedaj že poznane močne konstitutivne promotorje iz R. toruloides - GDP1 (gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza), FAS1 (beta podenota sintaze maščobnih kislin) in TPI (trioza fosfat izomeraza).

Po transformaciji so pod mikroskopom kvalitativno ocenili seve, ki so imeli močno fluorescenco. Poleg kontrolnih sevov je 31 od 49 sevov izražalo močno fluorescenco. Vsem sevom pri različnih pogojih so nato določili relativno fluorescenco glede na fluorescenco promotorja PGPD1, ki je bila 0,1-19,0-kratna. Z določanjem nukleotidnega zaporedja promotorjem so odkrili s pirimidini bogati regiji na mestih -90 in -10, ki sta bili skupni vsem promotorjem. Kot zelo močna promotorja pri vseh pogojih sta se izkazala RT12 in RT14, medtem ko je bila moč nekaterih drugih promotorjev kot sta RT2 in RT5 zelo odvisna od tipa gojišča. Opažena je bila tudi povezava med fazo rasti in močjo promotorja. Promotorja RT12 ter RT14 sta bila močnejša v eksponentni fazi rasti, medtem ko sta bila promotorja RT2 ter RT5 močnejša v stacionarni fazi rasti.

== Optimizacija biosintezne poti linolne kisline ==

'''Priprava plazmidov in analiza hitrosti rasti in sinteze maščobnih kislin'''

Za optimizacijo sintezne poti linolne kisline so uporabili promotorje RT12, RT14, RT46 in GPD1, gena FAD9 in FAD12, ki zapisujeta za Δ9 in Δ12 desaturazo, in terminatorja SV40 in 35S. Pripravili so vektorje pKOCAR2, ki so vsebovali omenjena gena pod različnimi kombinacijami promotorjev. Transformirane kvasovke so gojili v različnih gojiščih in z merjenjem OD600 določili hitrost rasti. Količino proizvedenih lipidov in metilnih estrov maščobnih kislin so določili s plinsko kromatografijo sklopljeno z masno spektrometrijo (GC-MS). Za določanje količine sladkorjev v gojišču z dodanim hidrolizatom koruznih storžev so uporabili tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti (HPLC).

'''Rezultati'''

Za optimizacijo biosintezne poti linolne kisline so uporabili zelo močna promotorja RT12 in RT14 in močna promotorja RT46 in GPD1. Promotorji so uravnavali izražanje genov za Δ9 in Δ12 desaturazo. Pri spremljanju hitrosti rasti in sintezi maščobnih kislin so opazili, da so vsi transformirani sevi rastli malo hitreje in proizvajali več linolne kisline kot starševski sev R. toruloides NCYC 1585. Za najboljši sev se je izkazal sev 56, ki je vseboval promotorja RT12 in R14. Sinteza linolne kisline se je povečala za 2,13× glede na starševski sev v gojišču YPD (iz 164,3 mg/L na 350,3 mg/L) in 3,14× (iz 79,08 mg/L na 248,5 mg/L) v minimalnem gojišču.

Rast in sintezo maščobnih kislin so preizkusili tudi v gojišču s hidrolizatom koruznih storžev. Hidrolizat predstavlja poceni vir sladkorjev kot so ksiloza, glukoza in arabinoza. Vsi sevi so dobro rastli v omenjenem gojišču, za najboljšega pa se je izkazal sev 59, ki je vseboval gena za desaturazi pod dvema promotorjema RT46. Domneva se, da je RT46 povezan z boljšim izražanjem genov v gojišču, kjer je prisotnih več vrst sladkorjev.

Vsi sevi so bili sposobni porabiti več kot 80% prisotnih sladkorjev v 30 urah rasti. V hidrolizatu je bila koncentracija ksiloze višja od glukoze, vendar se je prva porabila ravno glukoza.

== Zaključek ==

''R. toruloides'' sodi med nemodelne organizme, ki so sposobni shraniti lipide v količinah do 70% suhe mase. Do sedaj je bilo v kvasovki uspešno sintetiziranih že več maščobnih kislin in etilnih estrov maščobnih kislin z uvedbo različnih metabolnih poti. Z identifikacijo in karakterizacijo novih promotorjev je bila uspešno optimizirana biosintezna pot linolne kisline v različnih gojiščih.

Z merjenjem fluorescence EGFP je bila določena moč novih 31 promotorjev, ki variira med 0,1 do 19,0-kratno močjo promotorja GPD1. Najšibkejši promotor je RT45 v minimalnem gojišču, najmočnejši pa je RT5 v gojišču YPX. Omenjen promotor se je v tem naboru izkazal kot srednje močen. Najmočnejša promotorja pri različnih pogojih sta RT12 in RT14. Izbrani promotorji so povezani z raznovrstnimi geni za izražanje metabolnih encimov, transporterjev, proteinov povezanih s translacijo in hišnih proteinov. Do sedaj je bilo opravljenih že več raziskav za identifikacijo močnih konstitutivnih promotorjev v R. toruloides. Nekateri promotorji v tej in drugih raziskavah so asociirani z enakimi geni, vendar nukleotidno zaporedje promotorjev ni enako, zaradi različno definiranih promotorskih regij.

Pričakovano je, da bo z novo identificiranimi promotorji, ki imajo širši red velikosti moči, optimizacija ostalih sinteznih poti v nadaljnje lažja.

Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz Rhodosporidium toruloides

2023-04-01T21:49:11Z

Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave

2020-05-04T17:13:48Z

Anababnik:

2019-03-04T18:47:36Z

Anababnik: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Maša Andoljšek||Zrele človeške celice lahko spremenijo svojo funkcijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190213132309.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Isidora Stevanoska|| Tina Arnšek|| Lena Trnovec
|-
| Maja Trifkovič||naslov||povezava do novice||21.02.||22.02.||25.02.|| Manca Osolin|| Tadej Uršič|| Ana Vičič
|-
| Teo Nograšek||Kako se proteini vgradijo v celično membrano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Ajda Košorok|| Ana Potočnik|| Maša Gabrič
|-
| Maja Kolar||Pomen velikosti aksonskih mitohondrijev v možganih||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181127110959.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Hana Zajc|| Mateja Milošević|| Laura Unuk
|-
| Nina Varda||Kompleksne molekule, ki se zvijajo kot proteini, lahko nastanejo spontano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117110824.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Katja Benčuk|| Nastja Feguš|| Sašo Jakob
|-
| Anja Konjc||Nanodelci v boju proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117092550.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Tina Logonder|| Maja Mahorič|| Alliana Kolar
|-
| Timotej Zgonik||Vijačna struktura v biomolekulah se lahko razvije na dokaj preprost način||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190124095112.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Špela Sotlar|| Nika Banovšek|| Nika Ramšak
|-
| Ela Sabadin||Genska terapija lahko ozdravi prirojeno gluhost pri miši ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190219111643.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maša Andoljšek|| Greta Junger|| Tim Nograšek
|-
| Kim Glavič||Prevelika količina popravljene DNK lahko poškoduje tkiva||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190212141409.htm||05.03||08.03.||11.03.|| Maja Trifkovič|| Isidora Stevanoska|| Žan Fortuna
|-
| Oskar Nemec||Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090911.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Teo Nograšek|| Manca Osolin|| Jure Povšin
|-
| Vivian Nemanič||Zmanjšanje posledic kemoterapije z absorpcijsko napravo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090930.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maja Kolar|| Ajda Košorok|| Jernej Kastelic
|-
| Srna Anastasovska||||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214153159.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Nina Varda|| Hana Zajc|| Tina Arnšek
|-
| Karmen Ferjan||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Anja Konjc|| Katja Benčuk|| Tadej Uršič
|-
| Ana Babnik||Kako nas določena vrsta bakterij okuži?||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190225075613.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Timotej Zgonik|| Tina Logonder|| Ana Potočnik
|-
| Aleksandra Rauter||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Ela Sabadin|| Špela Sotlar|| Mateja Milošević
|-
| Nika Vegelj||New details of HIV life cycle||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181005111453.htm||19.03.||22.03.||25.03.|| Kim Glavič|| Maša Andoljšek|| Nastja Feguš
|-
| Adela Šajn||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Oskar Nemec|| Maja Trifkovič|| Maja Mahorič
|-
| Michelle Oletič||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Vivian Nemanič|| Teo Nograšek|| Nika Banovšek
|-
| Tevž Levstek||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Srna Anastasovska|| Maja Kolar|| Greta Junger
|-
| Matevž Drnovšek||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Karmen Ferjan|| Nina Varda|| Isidora Stevanoska
|-
| Marjeta Milostnik||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Ana Babnik|| Anja Konjc|| Manca Osolin
|-
| Lena Trnovec||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Aleksandra Rauter|| Timotej Zgonik|| Ajda Košorok
|-
| Ana Vičič||Great white shark genome decoded|| https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190218153238.htm ||26.03.||29.03.||01.04.|| Nika Vegelj|| Ela Sabadin|| Hana Zajc
|-
| Maša Gabrič||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Adela Šajn|| Kim Glavič|| Katja Benčuk
|-
| Laura Unuk||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Michelle Oletič|| Oskar Nemec|| Tina Logonder
|-
| Sašo Jakob||Terapija pljučnih bolezni z vdihavanjem mRNA ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190104104032.htm||02.04.||05.04.||08.04.|| Tevž Levstek|| Vivian Nemanič|| Špela Sotlar
|-
| Alliana Kolar||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Matevž Drnovšek|| Srna Anastasovska|| Maša Andoljšek
|-
| Nika Ramšak||Merjenje celične obremenjenosti s fluorescenčno molekulo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/08/180827110828.htm||09.04.||12.04.||15.04.|| Marjeta Milostnik|| Karmen Ferjan|| Maja Trifkovič
|-
| Tim Nograšek||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Lena Trnovec|| Ana Babnik|| Teo Nograšek
|-
| Žan Fortuna||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Ana Vičič|| Aleksandra Rauter|| Maja Kolar
|-
| Jure Povšin||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Maša Gabrič|| Nika Vegelj|| Nina Varda
|-
| Jernej Kastelic||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Laura Unuk|| Adela Šajn|| Anja Konjc
|-
| Tina Arnšek||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Sašo Jakob|| Michelle Oletič|| Timotej Zgonik
|-
| Tadej Uršič||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Alliana Kolar|| Tevž Levstek|| Ela Sabadin
|-
| Ana Potočnik||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Nika Ramšak|| Matevž Drnovšek|| Kim Glavič
|-
| Mateja Milošević||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Tim Nograšek|| Marjeta Milostnik|| Oskar Nemec
|-
| Nastja Feguš||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Žan Fortuna|| Lena Trnovec|| Vivian Nemanič
|-
| Maja Mahorič||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jure Povšin|| Ana Vičič|| Srna Anastasovska
|-
| Nika Banovšek||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jernej Kastelic|| Maša Gabrič|| Karmen Ferjan
|-
| Greta Junger||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tina Arnšek|| Laura Unuk|| Ana Babnik
|-
| Isidora Stevanoska||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tadej Uršič|| Sašo Jakob|| Aleksandra Rauter
|-
| Manca Osolin||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Ana Potočnik|| Alliana Kolar|| Nika Vegelj
|-
| Ajda Košorok||New pill can deliver insulin through the stomach||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190207142206.htm||07.05.||10.05.||13.05.|| Mateja Milošević|| Nika Ramšak|| Adela Šajn
|-
| Hana Zajc||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nastja Feguš|| Tim Nograšek|| Michelle Oletič
|-
| Katja Benčuk||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Maja Mahorič|| Žan Fortuna|| Tevž Levstek
|-
| Tina Logonder||RNA-vezavni protein Pum2 je tarča v boju proti staranju||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190110141826.htm||14.05.||17.05.||20.05.|| Nika Banovšek|| Jure Povšin|| Matevž Drnovšek
|-
| Špela Sotlar||Vpogled v mehanizem, ki nadzira poškodbe DNA||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190226112344.htm||14.05.||17.05.||20.05.|| Greta Junger|| Jernej Kastelic|| Marjeta Milostnik

|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2019 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2019_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2019_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2019_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2019_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2019_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2019_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2019-seminar

2019-02-25T18:07:28Z

Anababnik: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Maša Andoljšek||Zrele človeške celice lahko spremenijo svojo funkcijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190213132309.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Isidora Stevanoska|| Tina Arnšek|| Lena Trnovec
|-
| Maja Trifkovič||naslov||povezava do novice||21.02.||22.02.||25.02.|| Manca Osolin|| Tadej Uršič|| Ana Vičič
|-
| Teo Nograšek||Kako se proteini vgradijo v celično membrano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Ajda Košorok|| Ana Potočnik|| Maša Gabrič
|-
| Maja Kolar||Pomen velikosti aksonskih mitohondrijev v možganih||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181127110959.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Hana Zajc|| Mateja Milošević|| Laura Unuk
|-
| Nina Varda||Kompleksne molekule, ki se zvijajo kot proteini, lahko nastanejo spontano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117110824.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Katja Benčuk|| Nastja Feguš|| Sašo Jakob
|-
| Anja Konjc||Nanodelci v boju proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117092550.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Tina Logonder|| Maja Mahorič|| Alliana Kolar
|-
| Timotej Zgonik||Vijačna struktura v biomolekulah se lahko razvije na dokaj preprost način||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190124095112.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Špela Sotlar|| Nika Banovšek|| Nika Ramšak
|-
| Ela Sabadin||||||05.03.||08.03.||11.03.|| Maša Andoljšek|| Greta Junger|| Tim Nograšek
|-
| Kim Glavič||Kemikalija dodana potrošniškim produktom oslabi delovanje antibiotikov||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190221172048.htm||05.03||08.03.||11.03.|| Maja Trifkovič|| Isidora Stevanoska|| Žan Fortuna
|-
| Oskar Nemec||Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090911.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Teo Nograšek|| Manca Osolin|| Jure Povšin
|-
| Vivian Nemanič||Zmanjšanje posledic kemoterapije||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090930.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maja Kolar|| Ajda Košorok|| Jernej Kastelic
|-
| Srna Anastasovska||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Nina Varda|| Hana Zajc|| Tina Arnšek
|-
| Karmen Ferjan||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Anja Konjc|| Katja Benčuk|| Tadej Uršič
|-
| Ana Babnik||||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190225075613.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Timotej Zgonik|| Tina Logonder|| Ana Potočnik
|-
| Aleksandra Rauter||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Ela Sabadin|| Špela Sotlar|| Mateja Milošević
|-
| Nika Vegelj||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Kim Glavič|| Maša Andoljšek|| Nastja Feguš
|-
| Adela Šajn||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Oskar Nemec|| Maja Trifkovič|| Maja Mahorič
|-
| Michelle Oletič||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Vivian Nemanič|| Teo Nograšek|| Nika Banovšek
|-
| Tevž Levstek||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Srna Anastasovska|| Maja Kolar|| Greta Junger
|-
| Matevž Drnovšek||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Karmen Ferjan|| Nina Varda|| Isidora Stevanoska
|-
| Marjeta Milostnik||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Ana Babnik|| Anja Konjc|| Manca Osolin
|-
| Lena Trnovec||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Aleksandra Rauter|| Timotej Zgonik|| Ajda Košorok
|-
| Ana Vičič||Great white shark genome decoded|| https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190218153238.htm ||26.03.||29.03.||01.04.|| Nika Vegelj|| Ela Sabadin|| Hana Zajc
|-
| Maša Gabrič||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Adela Šajn|| Kim Glavič|| Katja Benčuk
|-
| Laura Unuk||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Michelle Oletič|| Oskar Nemec|| Tina Logonder
|-
| Sašo Jakob||Terapija pljučnih bolezni z vdihavanjem mRNA ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190104104032.htm||02.04.||05.04.||08.04.|| Tevž Levstek|| Vivian Nemanič|| Špela Sotlar
|-
| Alliana Kolar||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Matevž Drnovšek|| Srna Anastasovska|| Maša Andoljšek
|-
| Nika Ramšak||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Marjeta Milostnik|| Karmen Ferjan|| Maja Trifkovič
|-
| Tim Nograšek||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Lena Trnovec|| Ana Babnik|| Teo Nograšek
|-
| Žan Fortuna||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Ana Vičič|| Aleksandra Rauter|| Maja Kolar
|-
| Jure Povšin||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Maša Gabrič|| Nika Vegelj|| Nina Varda
|-
| Jernej Kastelic||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Laura Unuk|| Adela Šajn|| Anja Konjc
|-
| Tina Arnšek||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Sašo Jakob|| Michelle Oletič|| Timotej Zgonik
|-
| Tadej Uršič||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Alliana Kolar|| Tevž Levstek|| Ela Sabadin
|-
| Ana Potočnik||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Nika Ramšak|| Matevž Drnovšek|| Kim Glavič
|-
| Mateja Milošević||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Tim Nograšek|| Marjeta Milostnik|| Oskar Nemec
|-
| Nastja Feguš||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Žan Fortuna|| Lena Trnovec|| Vivian Nemanič
|-
| Maja Mahorič||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jure Povšin|| Ana Vičič|| Srna Anastasovska
|-
| Nika Banovšek||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jernej Kastelic|| Maša Gabrič|| Karmen Ferjan
|-
| Greta Junger||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tina Arnšek|| Laura Unuk|| Ana Babnik
|-
| Isidora Stevanoska||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tadej Uršič|| Sašo Jakob|| Aleksandra Rauter
|-
| Manca Osolin||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Ana Potočnik|| Alliana Kolar|| Nika Vegelj
|-
| Ajda Košorok||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Mateja Milošević|| Nika Ramšak|| Adela Šajn
|-
| Hana Zajc||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nastja Feguš|| Tim Nograšek|| Michelle Oletič
|-
| Katja Benčuk||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Maja Mahorič|| Žan Fortuna|| Tevž Levstek
|-
| Tina Logonder||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nika Banovšek|| Jure Povšin|| Matevž Drnovšek
|-
| Špela Sotlar||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Greta Junger|| Jernej Kastelic|| Marjeta Milostnik

|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2019_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2019_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2019_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2019_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2019_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2019_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.