Wiki FKKT - User contributions [en]

2015-bionano-seminar

2015-05-10T07:05:53Z

Anita Kustec:

= Bionanotehnologija- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Avtor 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Avtor 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
|-
| Anže Prašnikar||Monika Praznik ||||29.03.||31.03.||Aneja Tuljak||Angelika Vižintin
|-
| Varja Božič||Eva Knapič||Razgradljivi kondomi s protimikrobno zaščito||29.03.||31.03.||Eva Udovič||Maja Grdadolnik
|-
| Belkisa Velagić||Aleksander Benčič||Avtomobilski encimski katalizator||29.03.||31.03.||Nika Kurinčič||Tjaša Goričan
|-
| Naja Vrankar||Valter Bergant||||31.03.||02.04.||Nataša Žigante||Luka Smole
|-
| Tilen Volčanšek||Veronika Jarc||||31.03.||02.04.||Anže Prašnikar||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Tanja Lipec||Iza Ogris||Test občutljivosti na gluten z neprebavljivo kapsulo||31.03.||02.04.||Varja Božič||Klara Tereza Novoselc
|-
| Katja Lovrin||Mitja Crček||Uporaba nitrifikacijskih encimov pri kmetovanju||05.04.||07.04.||Belkisa Velagić||Monika Praznik
|-
| Saša Balažic||Urban Javoršek ||||05.04.||07.04.||Naja Vrankar||Eva Knapič
|-
| Urban Borštnik||Sara Primec||||05.04.||07.04.||Tilen Volčanšek||Aleksander Benčič
|-
| Nives Ahlin||Kim Kos||||12.04.||14.04.||Tanja Lipec||Valter Bergant
|-
| Matic Bevec||Estera Merljak||Antimaček®||12.04.||14.04.||Katja Lovrin||Veronika Jarc
|-
| Vida Špindler||Jernej Pušnik||||12.04.||14.04.||Saša Balažic||Iza Ogris
|-
| Jasmina Sedmak||Maxi Sagmeister||Brezžični zobni nanobiosenzor ||19.04.||21.04.||Urban Borštnik||Mitja Crček
|-
| Sanja Popović||Benjamin Bajželj||||19.04.||21.04.||Nives Ahlin||Urban Javoršek
|-
| Blaž Komar||Alja Zottel||||19.04.||21.04.||Matic Bevec||Sara Primec
|-
| Blaž Perič||Katarina Uršič||Biorazgradljivi žvečilni gumi z antibakterijskimi lastnostmi||03.05.||05.05.||Simon Preložnik||Kim Kos
|-
| Simon Preložnik||Maja Remškar||Preprost dostavni sistem za omega-3 maščobne kisline||03.05.||05.05.||Jasmina Sedmak||Estera Merljak
|-
| Aneja Tuljak||Tina Gregorič||Stekleničke z biosenzorjem za detekcijo ''E.coli''||03.05.||05.05.||Sanja Popović||Jernej Pušnik
|-
| Damir Hamulić||Anita Kustec||Pretvorba CO2 v uporabne proizvode s pomočjo umetne fotosinteze||10.05.||12.05.||Blaž Komar||Maxi Sagmeister
|-
| Janja Fortin||Tina Snoj|| Zaviralec nadležnih posledic komarjevega pika (Antikomarin) ||10.05.||12.05.||Blaž Perič||Benjamin Bajželj
|-
| Rajko Vnuk||Mojca Banič||||10.05.||12.05.||Vida Špindler||Alja Zottel
|-
| Rok Grm||Ajda Rojc||||17.05.||19.05.||Kaja Javoršek||Katarina Uršič
|-
| Kristina Gavranić||Barbara Žužek||Protimikrobni žvečilni gumi s hidroksiapatitnimi nanodelci za remineralizacijo zobne sklenine||17.05.||19.05.||Damir Hamulić||Maja Remškar
|-
| Urška Mohorič||Griša Prinčič||||17.05.||19.05.||Janja Fortin||Tina Gregorič
|-
| Maja Ramić||Nejc Petrišič||||24.05.||26.05.||Rajko Vnuk||Anita Kustec
|-
| Barbara Jeras||Tamara Marić||||24.05.||26.05.||Rok Grm||Tina Snoj
|-
| Matic Urlep||Samo Zakotnik||||24.05.||26.05.||Kristina Gavranić||Mojca Banič
|-
| Urban Verbič||Angelika Vižintin||||31.05.||02.06.||Urška Mohorič||Ajda Rojc
|-
| Nataša Žigante||Maja Grdadolnik||||31.05.||02.06.||Maja Ramić||Barbara Žužek
|-
| Kaja Javoršek||Tjaša Goričan||||31.05.||02.06.||Barbara Jeras||Griša Prinčič
|-
| Eva Udovič||Luka Smole||||07.06.||09.06.||Matic Urlep||Nejc Petrišič
|-
| Nika Kurinčič||Jakob Gašper Lavrenčič||||07.06.||09.06.||Urban Verbič||Tamara Marić
|-
| Klara Tereza Novoselc||||||07.06.||09.06.||Samo Zakotnik||
|}

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja najdete v [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

==Naloga==
'''Vaša naloga je: '''
Po dva študenta skupaj pripravita projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.
Predlagana struktura:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 1500 do 2000 besed . Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut, predstavitev pa ne sme biti krajša od 15 minut (popust :-)). Nalogo predstavita oba študenta (razdelita si čas). Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo pripombe k projektu in postavijo po dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1WdCXoXo1zkRrVlLKIcEV1z_MyhavU-3ERBm9n2oiawI/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do predstavitve seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1ToLPn78T9W3G6Hm5hV0mLseFYghiLQMlRPGb0J5zft8/viewform mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Nova "priming-boosting" strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu

2015-05-05T15:16:03Z

Anita Kustec:

UVOD

Rak materničnega vratu je posledica okužbe s humanim papiloma virusom (HPV). Vsako leto je na svetu na novo odkritih 470.000 primerov raka na materničnem vratu, od katerih se približno polovica konča s smrtnim izidom. Od vseh odkritih onkogenih HPV, sta najbolj pogosta serotipa 16 (HPV16) in 18 (HPV18). V današnjem času se uporablja preventivno HPV cepivo, ki zaščiti paciente pred prvo okužbo s HPV. Težava nastopi, ker obstoječe cepivo ne pomaga pri okužbah, ki že obstajajo. Zaradi tega je nujno potrebno terapevtsko cepivo, s katerim bi lahko okužbe pozdravili.
Terapevtska cepiva, ki so jih razvili do zdaj, so delovala na HPV onkogene, E6 in E7. Problem teh cepiv je bil v tem, da niso mogla v celoti izkoreniniti lezij. Največ pozornosti v zadnjem času posvečajo onkogenu E5. E5 transformira mišje fibroblaste v tkivni kulturi in je vključen v celično proliferacijo. Velja torej, da HPV izraža tri ključne onkoproteine, E5, E6 in E7, ki lahko transformirajo celice in vitro in so povezani s karcinogenezo raka na materničnem vratu in vivo. Peptidno cepivo je najbolj uporabno antigen specifično cepivo. Je varno in enostavno za proizvesti, vendar je njegova imunogenost šibka in hitro metabolizira. V zadnjem času preizkušanju dolgi-peptid cepivo (long-peptide, LP), ki ga je enostavno pripraviti, je varno za uporabo in ima več epitopov, kar da cepivu močno imunogenost. V tej študiji so poskušati sestaviti dve vrsti LP cepiva, optimizirati imunizacijsko tehniko in testirati učinkovitost cepiv za induciranje dolgotrajnega imunskega spominskega odgovora v miših.

POSTOPEK DELA IN REZULATATI

Pripravili so dve LP cepivi z več epitopi, ki so jih dobili iz HPV16 onkogenov E5, E6 in E7. Učinkovitost cepiv so testirali na celičnemu modelu in vitro in na induciranih tumorskih celicah na mišjem modelu in vivo. Najprej so sintetizirali relativno kratek peptid, ki je ciljal HPV16 E6 in E7 epitope. Kot naslednje pa so oblikovali dve vrsti LP cepiva. Eno od teh je bilo short-term LP (ST-LP) in je vsebovalo HPV16 E5, E6 in E7 epitope. Skupaj s ST-LP cepivom so injicirali imunski adjuvant CpG-oligodeoksinukleotid (ODN). Nemetilirani CpG motiv lahko aktivira B celice, aktivira monocite in inducira produkcijo citokina Th1. Predvidevali so, da novo ST-LP cepivo cilja več ključnih HPV karcinogenih antigen-epitopov kot kratki-peptid cepivo. To vodi do imunološke tolerance. Drugo LP cepivo so oblikovali z namenom izboljšanja imunogenosti. To so poskušali narediti s fuzijo s rAAV. RAAv vektor razširi in podaljša učinek cepiva. Ko so injicirali virusne delce v miši, so z virusom okužene celice persistentno proizvajale peptid cepivo. Na koncu so oblikovali novo strategijo, imenovano "priming-boosting", pri kateri so ST-LP cepivo injicirali večkrat, da so pripravili sistem. Nato so injicirali LT-LP, ki je ojačilo in podaljšalo dolgotrajni imunski odgovor.
Za napoved epitopov so uporabili štiri različne podatkovne baze, BIMAS, Epitope-Prediction, TAPPred in ProPred. Izbrali so štiri najvišje uvrščene H-2D2 vezavne epitope. V študiji so uporabljali C57BL/6 miši ženskega spola, ki so bile stare od 6 do 8 tednov. HPV16 E5/E6/E7 gene so ločeno pridobili iz plazmida PBR322-HPV16 s pomočjo reakcije PCR. Pri PCR reakciji so uporabili različne oligonukleotidne začetnike. Izolirane PCR produkte so klonirali v pGEM-Teasy vektorju. Zaporedja so nato subklonirali v plazmid, rpAAV-MCS. RpAAV-MSC so modificirali z vnosom zaporedja EGFP (green fluorescent protein) med BamHI in BgIII restrikcijski mesti.
Za pripravo rpAAV-HPV16E5, E6 in E7 virusov so kotransficirali rpAAV-HPV16E5, E6 ali E7 z pAAV-RC in pHelper v 293 celic. Za pripravo rpAAV-HPV16 E5+E6+E7, kombiniranega zaporedja, so najprej sintetizirali DNA zaporedje, nato pa so na oba konca dodali restrikcijska mesta za EcoRI in BamHI. To zaporedje so potem klonirali v plazmidu, rpAAV-MCS.
Število specifičnih celic T je bilo veliko večje pri miših, ki so jih cepili s LP+CpG kot pri miškah, ki so jih injicirali E5+CpG ali E6+E7+CpG. LP+CpG cepivo ustvari večjo citotoksičnost proti rTC-1 tumorskim celicam. Od časa odvisen in vivo eksperiment kaže, daje LP+CpG cepivo inhibiralo rTC-1 rast tumorja. Ti rezultati kažejo, da lahko LP+CpG cepivo specifično cilja več HPV epitopov. To se kaže v grobi, specifični, celično posredovani imunosti, sposobni napadanja in odpravljanja tumorjev.

ZAKLJUČEK

Antigen specifična cepiva so klasificirana kot DNA cepiva, peptidna cepiva in proteinska cepiva. Dobra stran je ta, da je DNA cepivo enostavno pripraviti. Peptidno cepivo je varno in lahko za proizvesti, vendar ima slabe imunogene lastnosti. Proteinsko cepivo pa ima dobro imunogenost, vendar ga je težko pripraviti in ni tako varno. Koncept cepiva dolgi peptid, "long-peptide", pa združuje prednosti obeh, peptidnih in proteinskih cepiv. Dolgi peptidi lahko vsebujejo več epitopov, specifičnih za različne MHC-molekule.
Študija je pokazala uspešen sistem, kjer so imunski sistem sprožili s ST-LP in ga ojačili s LT-LP, da so dobili močan, podaljšan imunski odgovor. LP ima torej velik potencial za zdravljenje okužb s HPV16.

Nova "priming-boosting" strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu

2015-05-05T15:14:08Z

Anita Kustec:

UVOD

Rak materničnega vratu je posledica okužbe s humanim papiloma virusom (HPV). Vsako leto je na svetu na novo odkritih 470.000 primerov raka na materničnem vratu, od katerih se približno polovica konča s smrtnim izidom. Od vseh odkritih onkogenih HPV, sta najbolj pogosta serotipa 16 (HPV16) in 18 (HPV18). V današnjem času se uporablja preventivno HPV cepivo, ki zaščiti paciente pred prvo okužbo s HPV. Težava nastopi, ker obstoječe cepivo ne pomaga pri okužbah, ki že obstajajo. Zaradi tega je nujno potrebno terapevtsko cepivo, s katerim bi lahko okužbe pozdravili.
Terapevtska cepiva, ki so jih razvili do zdaj, so delovala na HPV onkogene, E6 in E7. Problem teh cepiv je bil v tem, da niso mogla v celoti izkoreniniti lezij. Največ pozornosti v zadnjem času posvečajo onkogenu E5. E5 transformira mišje fibroblaste v tkivni kulturi in je vključen v celično proliferacijo. Velja torej, da HPV izraža tri ključne onkoproteine, E5, E6 in E7, ki lahko transformirajo celice in vitro in so povezani s karcinogenezo raka na materničnem vratu in vivo. Peptidno cepivo je najbolj uporabno antigen specifično cepivo. Je varno in enostavno za proizvesti, vendar je njegova imunogenost šibka in hitro metabolizira. V zadnjem času preizkušanju dolgi-peptid cepivo (long-peptide, LP), ki ga je enostavno pripraviti, je varno za uporabo in ima več epitopov, kar da cepivu močno imunogenost. V tej študiji so poskušati sestaviti dve vrsti LP cepiva, optimizirati imunizacijsko tehniko in testirati učinkovitost cepiv za induciranje dolgotrajnega imunskega spominskega odgovora v miših.

POSTOPEK DELA IN REZULATATI

Pripravili so dve LP cepivi z več epitopi, ki so jih dobili iz HPV16 onkogenov E5, E6 in E7. Učinkovitost cepiv so testirali na celičnemu modelu in vitro in na induciranih tumorskih celicah na mišjem modelu in vivo. Najprej so sintetizirali relativno kratek peptid, ki je ciljal HPV16 E6 in E7 epitope. Kot naslednje pa so oblikovali dve vrsti LP cepiva. Eno od teh je bilo short-term LP (ST-LP) in je vsebovalo HPV16 E5, E6 in E7 epitope. Skupaj s ST-LP cepivom so injicirali imunski adjuvant CpG-oligodeoksinukleotid (ODN). Nemetilirani CpG motiv lahko aktivira B celice, aktivira monocite in inducira produkcijo citokina Th1. Predvidevali so, da novo ST-LP cepivo cilja več ključnih HPV karcinogenih antigen-epitopov kot kratki-peptid cepivo. To vodi do imunološke tolerance. Drugo LP cepivo so oblikovali z namenom izboljšanja imunogenosti. To so poskušali narediti s fuzijo s rAAV. RAAv vektor razširi in podaljša učinek cepiva. Ko so injicirali virusne delce v miši, so z virusom okužene celice persistentno proizvajale peptid cepivo. Na koncu so oblikovali novo strategijo, imenovano "priming-boosting", pri kateri so ST-LP cepivo injicirali večkrat, da so pripravili sistem. Nato so injicirali LT-LP, ki je ojačilo in podaljšalo dolgotrajni imunski odgovor.
Za napoved epitopov so uporabili štiri različne podatkovne baze, BIMAS, Epitope-Prediction, TAPPred in ProPred. Izbrali so štiri najvišje uvrščene H-2D2 vezavne epitope. V študiji so uporabljali C57BL/6 miši ženskega spola, ki so bile stare od 6 do 8 tednov. HPV16 E5/E6/E7 gene so ločeno pridobili iz plazmida PBR322-HPV16 s pomočjo reakcije PCR. Pri PCR reakciji so uporabili različne oligonukleotidne začetnike. Izolirane PCR produkte so klonirali v pGEM-Teasy vektorju. Zaporedja so nato subklonirali v plazmid, rpAAV-MCS. RpAAV-MSC so modificirali z vnosom zaporedja EGFP (green fluorescent protein) med BamHI in BgIII restrikcijski mesti.
Za pripravo rpAAV-HPV16E5, E6 in E7 virusov so kotransficirali rpAAV-HPV16E5, E6 ali E7 z pAAV-RC in pHelper v 293 celic. Za pripravo rpAAV-HPV16 E5+E6+E7, kombiniranega zaporedja, so najprej sintetizirali DNA zaporedje, nato pa so na oba konca dodali restrikcijska mesta za EcoRI in BamHI. To zaporedje so potem klonirali v plazmidu, rpAAV-MCS.
Število specifičnih celic T je bilo veliko večje pri miših, ki so jih cepili s LP+CpG kot pri miškah, ki so jih injicirali E5+CpG ali E6+E7+CpG. LP+CpG cepivo ustvari večjo citotoksičnost protu rTC_1 tumorskim celicam. Od časa odvisen in vivo eksperiment kaže, daje LP+CpG cepivo inhibiralo rTC-1 rast tumorja. Ti rezultati kažejo, da lahko LP+CpG cepivo specifično cilja več HPV epitopov. To se kaže v grobi, specifični, celično posredovani imunosti, sposobni napadanja in odpravljanja tumorjev

ZAKLJUČEK

Antigen specifična cepiva so klasificirana kot DNA cepiva, peptidna cepiva in proteinska cepiva. Dobra stran je ta, da je DNA cepivo enostavno pripraviti. Peptidno cepivo je varno in lahko za proizvesti, vendar ima slabe imunogene lastnosti. Proteinsko cepivo pa ima dobro imunogenost, vendar ga je težko pripraviti in ni tako varno. Koncept cepiva dolgi peptid, "long-peptide", pa združuje prednosti obeh, peptidnih in proteinskih cepiv. Dolgi peptidi lahko vsebujejo več epitopov, specifičnih za različne MHC-molekule.
Študija je pokazala uspešen sistem, kjer so imunski sistem sprožili s ST-LP in ga ojačili s LT-LP, da so dobili močan, podaljšan imunski odgovor. LP ima torej velik potencial za zdravljenje okužb s HPV16.

Nova "priming-boosting" strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu

2015-05-05T15:13:45Z

Anita Kustec: New page: UVOD Rak materničnega vratu je posledica okužbe s humanim papiloma virusom (HPV). Vsako leto je na svetu na novo odkritih 470.000 primerov raka na materničnem vratu, od katerih se pribl...

UVOD
Rak materničnega vratu je posledica okužbe s humanim papiloma virusom (HPV). Vsako leto je na svetu na novo odkritih 470.000 primerov raka na materničnem vratu, od katerih se približno polovica konča s smrtnim izidom. Od vseh odkritih onkogenih HPV, sta najbolj pogosta serotipa 16 (HPV16) in 18 (HPV18). V današnjem času se uporablja preventivno HPV cepivo, ki zaščiti paciente pred prvo okužbo s HPV. Težava nastopi, ker obstoječe cepivo ne pomaga pri okužbah, ki že obstajajo. Zaradi tega je nujno potrebno terapevtsko cepivo, s katerim bi lahko okužbe pozdravili.
Terapevtska cepiva, ki so jih razvili do zdaj, so delovala na HPV onkogene, E6 in E7. Problem teh cepiv je bil v tem, da niso mogla v celoti izkoreniniti lezij. Največ pozornosti v zadnjem času posvečajo onkogenu E5. E5 transformira mišje fibroblaste v tkivni kulturi in je vključen v celično proliferacijo. Velja torej, da HPV izraža tri ključne onkoproteine, E5, E6 in E7, ki lahko transformirajo celice in vitro in so povezani s karcinogenezo raka na materničnem vratu in vivo. Peptidno cepivo je najbolj uporabno antigen specifično cepivo. Je varno in enostavno za proizvesti, vendar je njegova imunogenost šibka in hitro metabolizira. V zadnjem času preizkušanju dolgi-peptid cepivo (long-peptide, LP), ki ga je enostavno pripraviti, je varno za uporabo in ima več epitopov, kar da cepivu močno imunogenost. V tej študiji so poskušati sestaviti dve vrsti LP cepiva, optimizirati imunizacijsko tehniko in testirati učinkovitost cepiv za induciranje dolgotrajnega imunskega spominskega odgovora v miših.
POSTOPEK DELA IN REZULATATI
Pripravili so dve LP cepivi z več epitopi, ki so jih dobili iz HPV16 onkogenov E5, E6 in E7. Učinkovitost cepiv so testirali na celičnemu modelu in vitro in na induciranih tumorskih celicah na mišjem modelu in vivo. Najprej so sintetizirali relativno kratek peptid, ki je ciljal HPV16 E6 in E7 epitope. Kot naslednje pa so oblikovali dve vrsti LP cepiva. Eno od teh je bilo short-term LP (ST-LP) in je vsebovalo HPV16 E5, E6 in E7 epitope. Skupaj s ST-LP cepivom so injicirali imunski adjuvant CpG-oligodeoksinukleotid (ODN). Nemetilirani CpG motiv lahko aktivira B celice, aktivira monocite in inducira produkcijo citokina Th1. Predvidevali so, da novo ST-LP cepivo cilja več ključnih HPV karcinogenih antigen-epitopov kot kratki-peptid cepivo. To vodi do imunološke tolerance. Drugo LP cepivo so oblikovali z namenom izboljšanja imunogenosti. To so poskušali narediti s fuzijo s rAAV. RAAv vektor razširi in podaljša učinek cepiva. Ko so injicirali virusne delce v miši, so z virusom okužene celice persistentno proizvajale peptid cepivo. Na koncu so oblikovali novo strategijo, imenovano "priming-boosting", pri kateri so ST-LP cepivo injicirali večkrat, da so pripravili sistem. Nato so injicirali LT-LP, ki je ojačilo in podaljšalo dolgotrajni imunski odgovor.
Za napoved epitopov so uporabili štiri različne podatkovne baze, BIMAS, Epitope-Prediction, TAPPred in ProPred. Izbrali so štiri najvišje uvrščene H-2D2 vezavne epitope. V študiji so uporabljali C57BL/6 miši ženskega spola, ki so bile stare od 6 do 8 tednov. HPV16 E5/E6/E7 gene so ločeno pridobili iz plazmida PBR322-HPV16 s pomočjo reakcije PCR. Pri PCR reakciji so uporabili različne oligonukleotidne začetnike. Izolirane PCR produkte so klonirali v pGEM-Teasy vektorju. Zaporedja so nato subklonirali v plazmid, rpAAV-MCS. RpAAV-MSC so modificirali z vnosom zaporedja EGFP (green fluorescent protein) med BamHI in BgIII restrikcijski mesti.
Za pripravo rpAAV-HPV16E5, E6 in E7 virusov so kotransficirali rpAAV-HPV16E5, E6 ali E7 z pAAV-RC in pHelper v 293 celic. Za pripravo rpAAV-HPV16 E5+E6+E7, kombiniranega zaporedja, so najprej sintetizirali DNA zaporedje, nato pa so na oba konca dodali restrikcijska mesta za EcoRI in BamHI. To zaporedje so potem klonirali v plazmidu, rpAAV-MCS.
Število specifičnih celic T je bilo veliko večje pri miših, ki so jih cepili s LP+CpG kot pri miškah, ki so jih injicirali E5+CpG ali E6+E7+CpG. LP+CpG cepivo ustvari večjo citotoksičnost protu rTC_1 tumorskim celicam. Od časa odvisen in vivo eksperiment kaže, daje LP+CpG cepivo inhibiralo rTC-1 rast tumorja. Ti rezultati kažejo, da lahko LP+CpG cepivo specifično cilja več HPV epitopov. To se kaže v grobi, specifični, celično posredovani imunosti, sposobni napadanja in odpravljanja tumorjev
ZAKLJUČEK
Antigen specifična cepiva so klasificirana kot DNA cepiva, peptidna cepiva in proteinska cepiva. Dobra stran je ta, da je DNA cepivo enostavno pripraviti. Peptidno cepivo je varno in lahko za proizvesti, vendar ima slabe imunogene lastnosti. Proteinsko cepivo pa ima dobro imunogenost, vendar ga je težko pripraviti in ni tako varno. Koncept cepiva dolgi peptid, "long-peptide", pa združuje prednosti obeh, peptidnih in proteinskih cepiv. Dolgi peptidi lahko vsebujejo več epitopov, specifičnih za različne MHC-molekule.
Študija je pokazala uspešen sistem, kjer so imunski sistem sprožili s ST-LP in ga ojačili s LT-LP, da so dobili močan, podaljšan imunski odgovor. LP ima torej velik potencial za zdravljenje okužb s HPV16.

MBT seminarji 2015

2015-05-05T15:12:46Z

Anita Kustec:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''

Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' 
# Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015
#A simpliﬁed and accurate detection of the genetically modiﬁed wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015

'''Gensko spremenjene živali''' 
# [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)
# Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015

'''Okolje''' 
# Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015
# Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015

'''Terapevtiki''' 
# Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila
# Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila

'''Encimi''' 
# Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015
# Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015
# Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015

'''Protitelesa''' 
# Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015
# Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015
# Functional mutations in and characterization of VHH against ''Helicobacter pylori'' urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). [[Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi Helicobacter pylori]]. Marko Radojković, 7. maja 2015

'''Cepiva''' 
# Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. [[Razvoj pegiliranih lipopleksov proti E6 za aplikacijo na sluznico pri predrakavih spremembah materničnega vratu]]. Tanja Korpar, 7. maja 2015
# A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. [[Nova "priming-boosting" strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu]]. Anita Kustec, 8. maja 2015
# Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena. Daša Pavc, 8. maja 2015

'''Male molekule in polimeri''' 
# Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015
# Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015
# Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases (Citorik RJ. ''et al''; Nature Biotechnology 32, 1141-1145, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n11/full/nbt.3011.html). [[Sekven%C4%8Dno specifi%C4%8Dni antimikrobiki z uporabo RNA-usmerjenih nukleaz]] Iza Ogris, 15. maja 2015
# Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije ''Lactococcus lactis'' izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline. Maja Grdadolnik, 15. maja 2015

'''Pretvorba biomase''' 
# Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015
# Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y. Nives Naraglav, 22. maja 2015
# Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436. Griša Prinčič, 22. maja 2015

'''Metabolično inženirstvo''' 
# Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166. Andreja Bratovš, 28. maja 2015
# Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). Metabolično inženirstvo ''Saccharomyces cerevisiae'' za proizvodnjo derivatov maščobnih kislin, ki so primerni za biogorivo in kemikalije. Dominik Kert, 29. maja 2015
# Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline. Jure Zabret, 29. maja 2015

'''Biološki viri energije''' 
# Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015
# Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. Jernej Pušnik, 4. junija 2015
# Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015
# Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. Jana Verbančič, 5. junija 2015

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' 
# Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija
# How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija
# Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015

MBT seminarji 2015

2015-03-11T12:31:12Z

Anita Kustec: