Wiki FKKT - User contributions [en]

DNA assembler

2017-12-03T22:26:36Z

Anja Tanšek:

[https://academic.oup.com/nar/article/37/2/e16/2410275'''DNA assembler, an ''in vivo'' genetic method for rapid construction of biochemical pathways ''']

(Anja Tanšek)

==Uvod==
Z metodo DNA združevanja (''angl. DNA assembler'') je možno združiti fragmente rekombinantne DNA, tako da sestavimo celotno funkcionalno biokemijsko pot, v enem koraku z izkoriščanjem in vivo homologne rekombinacije v kvasovki Saccharomyces cerevisiae.

Metodo so uspešno uporabili pri pripravi biokemijske sintezne poti D-ksiloze, ki jo sestavljajo 3 geni, kar predstavlja približno 9 kb DNA, in biosintezne poti zeaksantina, za katero je potrebnih 5 genov, kar predstavlja približno 11 kb DNA. Prav tako so združili obe sintezni poti, tako D-ksiloze in zeaksantina, kar pomeni, da so uspešno združili 8 genov, kar predstavlja približno 19 kb DNA. Učinkovitost tako pripravljenih biokemijskih poti je bila od 70-odstotna do 100-odstotna, ne glede na to, ali so celotno pot združili na plazmidu ali integrirali v kromosom kvasovk.

==Materiali in metode==
Pri delu so uporabili kvasovko ''S. cerevisiae'' YSG50, ki so jo gojili v mediju YPAD.

Za pripravo posameznih ekspresijskih kaset so uporabili promotorje in terminatorje, ki so jih pomnožili s PCR, iz izoliranje genomske DNA kvasovke S. cerevisiae YSG50. Uporabili so strukturne gene ksiloza reduktaza (XR), ksilitol dehidrogenaza (XDH), ksilulokinaza (XKS), CrtE, CrtB, CrtI, CrtY in CrtZ. HisG in δ2 sta bila pomnožena iz δ-integracijskega vektorja pdδUB.

Vsaka posamezna ekspresijska kaseta je bila pripravljena s PCR s podaljševanjem prekrivnih koncev (OE-PCR, ''angl. overlap extension PCR''), sledilo je čiščenje produktov z agarozno gelsko elektroforezo in izolacija posameznih fragmentov iz gela. Vsako individualno kaseto so zmešali z lineariziranim plazmidom pRS426m ali pRS416m in DNA precipitirali z etanolom. Pridobljeni DNA pelet so posušili in resuspendirali v vodi ter to zmes uporabili za transformacijo ''S. cerevisiae''. Za izvedbo integracije v enem koraku, ciljno na δ mesta na kromosom ''S. cerevisiae'', so pripravili DNA mešanice posameznih kaset skupaj s fragmentom ''δ1-hisG-ura3-hisG'', ki so jih uporabili za trasformacijo ''S. cerevisiae''.

Transformacijo kvasovk ''S. cerevisiae'' so izvedli z elektroporacijo. Selekcijo so izvedli na trdnem gojišču SC-Ura. Izbrali so naključne kolonije, jih gojili v tekočem gojišču SC-Ura, izolirali plazmidno ali genomsko DNA ter opravili PCR analizo. Za vsako pot so izvedli PCR amplifikacijo vsake genske kasete iz izolirane plazmidne ali genomske DNA, tako so preverili vsebnost in pravilno združitev konstruktov.

Opravili so tudi fizikalno karakterizacijo rekombinantnih klonov. Z izoliranimi plazmidi iz kvasovk so transformirali sev ''E. coli'' BW25141, to gojili, izolirali plazmide, opravili restrikcijo z ''Bam''HI in ''Eco''RI, nanesli na agarozni gel in s tem preverili pravilnost restrikcijskega vzorca z agarozno gelsko elektroforezo.

Naredili so tudi funkcionalno analizo sestavljenih biosinteznih poti. Rekombinantno ''S. cerevisiae'', z D-ksilozno biosintezno potjo so analizirali s spremljanjem celične rasti v SC-Ura tekočem mediju z 2 % vsebnostjo D-ksiloze v mediju (SC-Ura + D-ksiloza), ki je predstavljala edini vir ogljika. Zeaksantin so izolirali z acetonom iz ''S. cerevisiae'' s sintezno potjo s petimi ali osmimi geni ali kontrole s praznim vektorjem ter pridobljene vzorce analizirali na HPLC.

==Osnove metode DNA združevanja==
Da so dokazali, da koncept metode DNA združevanja deluje, so sestavili dve različni biosintezni poti iz več genov. Za vsak posamezen gen v sintezni poti so pripravili ekspresijske kasete, ki so vključevale promotor, strukturni gen in terminator. Vsaka kaseta je bila pomnožena s PCR in pripravljena z OE-PCR. 5'-konec prve ekspresijske kasete je bil dizajniran tako, da se je prekrival z vektorjem (ali pomožnim fragmentom, ki je nosil selekcijski marker in zaporedje potrebno za homologno rekombinacijo na tarčno δ mesto kromosoma, za integracijo), med tem ko so bili 3'-konci dizajnirani, da so se prekrivali z naslednjo kaseto. Vsaka naslednja kaseta je bila načrtovana tako, da se je prekrivala s konci prejšnje in naslednje kasete, 3'-konec zadnje kasete se je prekrival z vektorjem (ali tarčnim lokusom kromosoma za intergracijo). Vsi prekrivajoči konci so bili načrtovani tako, da so se prekrivali v vsaj 40 bp za učinkovito in vivo homologno rekombinacijo. Tako načrtovane kasete so hkrati transformirali v ''S. cerevisiae'' z lineariziranim vektorjem (ali pomožnim fragmentom) z elektroporacijo, kar je omogočilo, da so se vse kasete združile v vektor ali integrirale v kromosom.

==Konstrukcija biosintezne poti D-ksiloze==
D-ksilozno biosintezno pot so konstruirali z encimi ksiloza reduktazo (XR), ksilitol dehidrogenazo (XDH) in ksilulokinazo (XKS). Posamezne kasete ''hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t'' in ''PYK1p-XKS-ADH2t-δ2'' so ustrezno pripravili z OE-PCR ter produkte reakcije očistili z agarozno gelsko elektroforezo. Vse tri kasete so zmešali z lineariziranim vektorjem, precipitirali z etanolom in dobljeni pelet resuspendirali v vodi. S to mešanico so transformirali ''S. cerevisiae'' z elektroporacijo in kasneje selekcionirali.

Vzporedno so transformirali ''S. cerevisiae'' tudi z mešanico kaset ''hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t'' ter ''PYK1p-XKS-ADH2t-δ2'' in fragmentom ''δ1-hisG-ura3-hisG'', ki nosi zapis za selekcijski marker ''ura3'' in δ sekvenco, ki je homologna delni sekvenci δ mesta na kromosomu ''S. cerevisiae''. Dve ponovljeni ''hisG'' sekvenci v ''δ1-hisG-ura3-hisG'' fragmentu se lahko uporabijo za izrez ''ura3'' iz kromosoma in se tako reciklira marker z uporabo 5-fluoroorotske kisline.

Za oboje, tako za plazmidno konstrukcijo, kot za kromosomsko integracijo sintezne poti so določili 80-odstotno do 100-odstotno učinkovitost metode DNA združevanja. Učinkovitost D-ksilozne poti so potrdili z rastjo kvasovk v gojišču brez glukoze, ki je kot edini vir ogljika predstavljala dodana D-ksiloza. Kvasovke, ki so imele vstavljene te tri gene sintezne poti D-ksiloze, so bile sposobne uporabiti D-ksilozo kot vir ogljika in so uspešno rastle. Kvasovke s praznim plazmidom, ki so služile kot kontrola, niso rastle, saj niso mogle uporabiti D-ksiloze.

==Konstrukcija biosintezne poti zeaksantina==
Za konstrukcijo biosintezne poti zeaksantina so pripravili posamezne kasete ''hisG-TEF1p-CrtE-PGIt, HXT7p-CrtB-TPI1t, TEF2p-CrtI-FBA1t, FBA1p-CrtY-ENO2t'' in ''PDC1p-CrtZ-THD2t-δ2'' z OE-PCR. Vseh pet kaset so združili v pRS426m ali kromosom ''S. cerevisiae''.

Učinkovitost metode je bila visoka od 60-odstotna do 80-odstotna. Kvasovke, ki so vsebovale zeaksantinsko biosintezno pot so gojili v gojišču SC-Ura, da so uporabile vstavljeno biosintezno pot proizvodnje zeaksantina. Vsebnost zeaksantina v kvasovkah so dokazali tako, da so naredili izolacijo zeaksantina iz kvasovk z acetonom, vzorce so posušili in večkrat ponovili korak izolacije z acetonom. Tako pridobljene, suhe izolate so resuspendirali v metanolu in analizirali s tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti (HPLC). Dobljene rezultate HPLC so primerjali s čisto spojino zeaksantina, ki je služila kot standard, pri čemer so dobili enak vrh pri enakem času, med tem ko tega pika pri celičnem ekstraktu kontrol (kvasovka s praznim plazmidom pRS426) niso opazili.

==Konstrukcija kombinirane biosintezne poti D-ksiloze in zeaksantina==
Da je s to metodo mogoče sestaviti tudi večje sintezne poti, so ponazorili z združitvijo obeh biosinteznih poti v eno celoto. Združili so osem kaset ''hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t, PYK1p-XKS-ADH2t, TEF1p-CrtE-PGIt, HXT7p-CrtB-TPI1t, TEF2p-CrtI-FBA1t, FBA1p-CrtY-ENO2t'' in ''PDC1p-CrtZ-TDH2t-δ2'', ki so jih ustrezno pripravili z OE-PCR. ''S. cerevisiae'' so transformirali z mešanico vseh osmih kaset in lineariziranim vektorjem ali ''δ1-hisG-ura3-hisG'' fragmentom.

Učinkovitost metode je bila odvisna od dolžine prekrivajočih se koncev, pri približno 50 bp je bila učinkovitost od 10-odstotna do 20-odstotna, pri 125 bp ali več pa je bila učinkovitost višja, od 40-odstotna do 70-odstotna. Izkazalo se je, da je učinkovitost metode DNA združevanja pri daljših sinteznih poteh pri katerih transformiramo v kvasovke z več DNA fragmenti, odvisna od dolžine prekrivajočih se koncev.

Kvasovke so uspešno gojili v mediju z D-ksilozo, kot edinim virom ogljika in s tem dokazali učinkovanje biosintezne poti D-ksiloze. Ravno tako so s HPLC detektirali zeaksantin, kar nakazuje na funkcionalno biosintezno pot zeaksantina.

==Zaključek==
Za izvedbo te metode je samo potrebno pripraviti ustrezne fragmente DNA in transformirati kvasovke z mešanico teh skrbno načrtovanih fragmentov DNA. DNA združevanje predstavlja močno orodje za konstrukcijo biokemijskih poti v sintezni biologiji, metaboličnem inženirstvu in pri študijah funkcionalne genomike.

==Vir==
Z. Shao, H. Zhao in H. Zhao: DNA assembler, an ''in vivo'' genetic method for rapid construction of biochemical pathways. Nucleic Acids Research. 2009, 37, 2, e16.

DNA assembler

2017-12-03T22:25:26Z

Anja Tanšek:

[https://academic.oup.com/nar/article/37/2/e16/2410275'''DNA assembler, an ''in vivo'' genetic method for rapid construction of biochemical pathways ''']

(Anja Tanšek)

==Uvod==
Z metodo DNA združevanja (''angl. DNA assembler'') je možno združiti fragmente rekombinantne DNA, tako da sestavimo celotno funkcionalno biokemijsko pot, v enem koraku z izkoriščanjem in vivo homologne rekombinacije v kvasovki Saccharomyces cerevisiae.

Metodo so uspešno uporabili pri pripravi biokemijske sintezne poti D-ksiloze, ki jo sestavljajo 3 geni, kar predstavlja približno 9 kb DNA, in biosintezne poti zeaksantina, za katero je potrebnih 5 genov, kar predstavlja približno 11 kb DNA. Prav tako so združili obe sintezni poti, tako D-ksiloze in zeaksantina, kar pomeni, da so uspešno združili 8 genov, kar predstavlja približno 19 kb DNA. Učinkovitost tako pripravljenih biokemijskih poti je bila od 70-odstotna do 100-odstotna, ne glede na to, ali so celotno pot združili na plazmidu ali integrirali v kromosom kvasovk.

Za izvedbo te metode je samo potrebno pripraviti ustrezne fragmente DNA in transformirati kvasovke z mešanico teh skrbno načrtovanih fragmentov DNA. DNA združevanje predstavlja močno orodje za konstrukcijo biokemijskih poti v sintezni biologiji, metaboličnem inženirstvu in pri študijah funkcionalne genomike.

==Materiali in metode==
Pri delu so uporabili kvasovko ''S. cerevisiae'' YSG50, ki so jo gojili v mediju YPAD.

Za pripravo posameznih ekspresijskih kaset so uporabili promotorje in terminatorje, ki so jih pomnožili s PCR, iz izoliranje genomske DNA kvasovke S. cerevisiae YSG50. Uporabili so strukturne gene ksiloza reduktaza (XR), ksilitol dehidrogenaza (XDH), ksilulokinaza (XKS), CrtE, CrtB, CrtI, CrtY in CrtZ. HisG in δ2 sta bila pomnožena iz δ-integracijskega vektorja pdδUB.

Vsaka posamezna ekspresijska kaseta je bila pripravljena s PCR s podaljševanjem prekrivnih koncev (OE-PCR, ''angl. overlap extension PCR''), sledilo je čiščenje produktov z agarozno gelsko elektroforezo in izolacija posameznih fragmentov iz gela. Vsako individualno kaseto so zmešali z lineariziranim plazmidom pRS426m ali pRS416m in DNA precipitirali z etanolom. Pridobljeni DNA pelet so posušili in resuspendirali v vodi ter to zmes uporabili za transformacijo ''S. cerevisiae''. Za izvedbo integracije v enem koraku, ciljno na δ mesta na kromosom ''S. cerevisiae'', so pripravili DNA mešanice posameznih kaset skupaj s fragmentom ''δ1-hisG-ura3-hisG'', ki so jih uporabili za trasformacijo ''S. cerevisiae''.

Transformacijo kvasovk ''S. cerevisiae'' so izvedli z elektroporacijo. Selekcijo so izvedli na trdnem gojišču SC-Ura. Izbrali so naključne kolonije, jih gojili v tekočem gojišču SC-Ura, izolirali plazmidno ali genomsko DNA ter opravili PCR analizo. Za vsako pot so izvedli PCR amplifikacijo vsake genske kasete iz izolirane plazmidne ali genomske DNA, tako so preverili vsebnost in pravilno združitev konstruktov.

Opravili so tudi fizikalno karakterizacijo rekombinantnih klonov. Z izoliranimi plazmidi iz kvasovk so transformirali sev ''E. coli'' BW25141, to gojili, izolirali plazmide, opravili restrikcijo z ''Bam''HI in ''Eco''RI, nanesli na agarozni gel in s tem preverili pravilnost restrikcijskega vzorca z agarozno gelsko elektroforezo.

Naredili so tudi funkcionalno analizo sestavljenih biosinteznih poti. Rekombinantno ''S. cerevisiae'', z D-ksilozno biosintezno potjo so analizirali s spremljanjem celične rasti v SC-Ura tekočem mediju z 2 % vsebnostjo D-ksiloze v mediju (SC-Ura + D-ksiloza), ki je predstavljala edini vir ogljika. Zeaksantin so izolirali z acetonom iz ''S. cerevisiae'' s sintezno potjo s petimi ali osmimi geni ali kontrole s praznim vektorjem ter pridobljene vzorce analizirali na HPLC.

==Osnove metode DNA združevanja==
Da so dokazali, da koncept metode DNA združevanja deluje, so sestavili dve različni biosintezni poti iz več genov. Za vsak posamezen gen v sintezni poti so pripravili ekspresijske kasete, ki so vključevale promotor, strukturni gen in terminator. Vsaka kaseta je bila pomnožena s PCR in pripravljena z OE-PCR. 5'-konec prve ekspresijske kasete je bil dizajniran tako, da se je prekrival z vektorjem (ali pomožnim fragmentom, ki je nosil selekcijski marker in zaporedje potrebno za homologno rekombinacijo na tarčno δ mesto kromosoma, za integracijo), med tem ko so bili 3'-konci dizajnirani, da so se prekrivali z naslednjo kaseto. Vsaka naslednja kaseta je bila načrtovana tako, da se je prekrivala s konci prejšnje in naslednje kasete, 3'-konec zadnje kasete se je prekrival z vektorjem (ali tarčnim lokusom kromosoma za intergracijo). Vsi prekrivajoči konci so bili načrtovani tako, da so se prekrivali v vsaj 40 bp za učinkovito in vivo homologno rekombinacijo. Tako načrtovane kasete so hkrati transformirali v ''S. cerevisiae'' z lineariziranim vektorjem (ali pomožnim fragmentom) z elektroporacijo, kar je omogočilo, da so se vse kasete združile v vektor ali integrirale v kromosom.

==Konstrukcija biosintezne poti D-ksiloze==
D-ksilozno biosintezno pot so konstruirali z encimi ksiloza reduktazo (XR), ksilitol dehidrogenazo (XDH) in ksilulokinazo (XKS). Posamezne kasete ''hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t'' in ''PYK1p-XKS-ADH2t-δ2'' so ustrezno pripravili z OE-PCR ter produkte reakcije očistili z agarozno gelsko elektroforezo. Vse tri kasete so zmešali z lineariziranim vektorjem, precipitirali z etanolom in dobljeni pelet resuspendirali v vodi. S to mešanico so transformirali ''S. cerevisiae'' z elektroporacijo in kasneje selekcionirali.

Vzporedno so transformirali ''S. cerevisiae'' tudi z mešanico kaset ''hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t'' ter ''PYK1p-XKS-ADH2t-δ2'' in fragmentom ''δ1-hisG-ura3-hisG'', ki nosi zapis za selekcijski marker ''ura3'' in δ sekvenco, ki je homologna delni sekvenci δ mesta na kromosomu ''S. cerevisiae''. Dve ponovljeni ''hisG'' sekvenci v ''δ1-hisG-ura3-hisG'' fragmentu se lahko uporabijo za izrez ''ura3'' iz kromosoma in se tako reciklira marker z uporabo 5-fluoroorotske kisline.

Za oboje, tako za plazmidno konstrukcijo, kot za kromosomsko integracijo sintezne poti so določili 80-odstotno do 100-odstotno učinkovitost metode DNA združevanja. Učinkovitost D-ksilozne poti so potrdili z rastjo kvasovk v gojišču brez glukoze, ki je kot edini vir ogljika predstavljala dodana D-ksiloza. Kvasovke, ki so imele vstavljene te tri gene sintezne poti D-ksiloze, so bile sposobne uporabiti D-ksilozo kot vir ogljika in so uspešno rastle. Kvasovke s praznim plazmidom, ki so služile kot kontrola, niso rastle, saj niso mogle uporabiti D-ksiloze.

==Konstrukcija biosintezne poti zeaksantina==
Za konstrukcijo biosintezne poti zeaksantina so pripravili posamezne kasete ''hisG-TEF1p-CrtE-PGIt, HXT7p-CrtB-TPI1t, TEF2p-CrtI-FBA1t, FBA1p-CrtY-ENO2t'' in ''PDC1p-CrtZ-THD2t-δ2'' z OE-PCR. Vseh pet kaset so združili v pRS426m ali kromosom ''S. cerevisiae''.

Učinkovitost metode je bila visoka od 60-odstotna do 80-odstotna. Kvasovke, ki so vsebovale zeaksantinsko biosintezno pot so gojili v gojišču SC-Ura, da so uporabile vstavljeno biosintezno pot proizvodnje zeaksantina. Vsebnost zeaksantina v kvasovkah so dokazali tako, da so naredili izolacijo zeaksantina iz kvasovk z acetonom, vzorce so posušili in večkrat ponovili korak izolacije z acetonom. Tako pridobljene, suhe izolate so resuspendirali v metanolu in analizirali s tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti (HPLC). Dobljene rezultate HPLC so primerjali s čisto spojino zeaksantina, ki je služila kot standard, pri čemer so dobili enak vrh pri enakem času, med tem ko tega pika pri celičnem ekstraktu kontrol (kvasovka s praznim plazmidom pRS426) niso opazili.

==Konstrukcija kombinirane biosintezne poti D-ksiloze in zeaksantina==
Da je s to metodo mogoče sestaviti tudi večje sintezne poti, so ponazorili z združitvijo obeh biosinteznih poti v eno celoto. Združili so osem kaset ''hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t, PYK1p-XKS-ADH2t, TEF1p-CrtE-PGIt, HXT7p-CrtB-TPI1t, TEF2p-CrtI-FBA1t, FBA1p-CrtY-ENO2t'' in ''PDC1p-CrtZ-TDH2t-δ2'', ki so jih ustrezno pripravili z OE-PCR. ''S. cerevisiae'' so transformirali z mešanico vseh osmih kaset in lineariziranim vektorjem ali ''δ1-hisG-ura3-hisG'' fragmentom.

Učinkovitost metode je bila odvisna od dolžine prekrivajočih se koncev, pri približno 50 bp je bila učinkovitost od 10-odstotna do 20-odstotna, pri 125 bp ali več pa je bila učinkovitost višja, od 40-odstotna do 70-odstotna. Izkazalo se je, da je učinkovitost metode DNA združevanja pri daljših sinteznih poteh pri katerih transformiramo v kvasovke z več DNA fragmenti, odvisna od dolžine prekrivajočih se koncev.

Kvasovke so uspešno gojili v mediju z D-ksilozo, kot edinim virom ogljika in s tem dokazali učinkovanje biosintezne poti D-ksiloze. Ravno tako so s HPLC detektirali zeaksantin, kar nakazuje na funkcionalno biosintezno pot zeaksantina.

==Vir==
Z. Shao, H. Zhao in H. Zhao: DNA assembler, an ''in vivo'' genetic method for rapid construction of biochemical pathways. Nucleic Acids Research. 2009, 37, 2, e16.

DNA assembler

2017-12-03T22:10:43Z

Anja Tanšek:

[https://academic.oup.com/nar/article/37/2/e16/2410275'''DNA assembler, an ''in vivo'' genetic method for rapid construction of biochemical pathways ''']

(Anja Tanšek)

==Uvod==
Z metodo DNA združevanja (angl. DNA assembler) je možno združiti fragmente rekombinantne DNA, tako da sestavimo celotno funkcionalno biokemijsko pot, v enem koraku z izkoriščanjem in vivo homologne rekombinacije v kvasovki Saccharomyces cerevisiae .
Metodo so uspešno uporabili pri pripravi biokemijske sintezne poti D-ksiloze, ki jo sestavljajo 3 geni, kar predstavlja približno 9 kb DNA, in biosintezne poti zeaksantina, za katero je potrebnih 5 genov, kar predstavlja približno 11 kb DNA. Prav tako so združili obe sintezni poti, tako D-ksiloze in zeaksantina, kar pomeni, da so uspešno združili 8 genov, kar predstavlja približno 19 kb DNA. Učinkovitost tako pripravljenih biokemijskih poti je bila od 70 % do 100 %, ne glede na to, ali so celotno pot združili na plazmidu ali integrirali v kromosom kvasovk.

Za izvedbo te metode je samo potrebno pripraviti ustrezne fragmente DNA in transformirati kvasovke z mešanico teh skrbno načrtovanih fragmentov DNA. DNA združevanje predstavlja močno orodje za konstrukcijo biokemijskih poti v sintezni biologiji, metaboličnem inženirstvu in pri študijah funkcionalne genomike.

==Materiali in metode==
Pri delu so uporabili kvasovko S. cerevisiae YSG50, ki so jo gojili v mediju YPAD.
Za pripravo posameznih ekspresijskih kaset so uporabili promotorje in terminatorje, ki so jih pomnožili s PCR, iz izoliranje genomske DNA kvasovke S. cerevisiae YSG50. Uporabili so strukturne gene ksiloza reduktaza (XR), ksilitol dehidrogenaza (XDH), ksilulokinaza (XKS), CrtE, CrtB, CrtI, CrtY in CrtZ. HisG in δ2 sta bila pomnožena iz δ-integracijskega vektorja pdδUB.

Vsaka posamezna ekspresijska kaseta je bila pripravljena s PCR s podaljševanjem prekrivnih koncev (OE-PCR, angl. overlap extension PCR), sledilo je čiščenje produktov z agarozno gelsko elektroforezo in izolacija posameznih fragmentov iz gela. Vsako individualno kaseto so zmešali z lineariziranim plazmidom pRS426m ali pRS416m in DNA precipitirali z etanolom. Pridobljeni DNA pelet so posušili in resuspendirali v vodi ter to zmes uporabili za transformacijo S. cerevisiae. Za izvedbo integracije v enem koraku, ciljno na δ mesta na kromosom S. cerevisiae, so pripravili DNA mešanice posameznih kaset skupaj s fragmentom δ1-hisG-ura3-hisG, ki so jih uporabili za trasformacijo S. cerevisiae.

Transformacijo kvasovk S. cerevisiae so izvedli z elektroporacijo. Selekcijo so izvedli na trdnem gojišču SC-Ura. Izbrali so naključne kolonije, jih gojili v tekočem gojišču SC-Ura, izolirali plazmidno ali genomsko DNA ter opravili PCR analizo. Za vsako pot so izvedli PCR amplifikacijo vsake genske kasete iz izolirane plazmidne ali genomske DNA, tako so preverili vsebnost in pravilno združitev konstruktov.

Opravili so tudi fizikalno karakterizacijo rekombinantnih klonov. Z izoliranimi plazmidi iz kvasovk so transformirali sev E. coli BW25141, to gojili, izolirali plazmide, opravili restrikcijo z BamHI in EcoRI, nanesli na agarozni gel in s tem preverili pravilnost restrikcijskega vzorca z agarozno gelsko elektroforezo.
Naredili so tudi funkcionalno analizo sestavljenih biosinteznih poti. Rekombinantno S. cerevisiae, z D-ksilozno biosintezno potjo so analizirali s spremljanjem celične rasti v SC-Ura tekočem mediju z 2 % vsebnostjo D-ksiloze v mediju (SC-Ura + ksiloza), ki je predstavljala edini vir ogljika. Zeaksantin so izolirali z acetonom iz S. cerevisiae s sintezno potjo s petimi ali osmimi geni ali kontrole s praznim vektorjem ter pridobljene vzorce analizirali na HPLC.

==Osnove metode DNA združevanja==
Da so dokazali, da koncept metode DNA združevanja deluje, so sestavili dve različni biosintezni poti iz več genov. Za vsak posamezen gen v sintezni poti so pripravili ekspresijske kasete, ki so vključevale promotor, strukturni gen in terminator. Vsaka kaseta je bila pomnožena s PCR in pripravljena z OE-PCR. 5'-konec prve ekspresijske kasete je bil dizajniran tako, da se je prekrival z vektorjem (ali pomožnim fragmentom, ki je nosil selekcijski marker in zaporedje potrebno za homologno rekombinacijo na tarčno δ mesto kromosoma, za integracijo), med tem ko so bili 3'-konci dizajnirani, da so se prekrivali z naslednjo kaseto. Vsaka naslednja kaseta je bila načrtovana tako, da se je prekrivala s konci prejšnje in naslednje kasete, 3'-konec zadnje kasete se je prekrival z vektorjem (ali tarčnim lokusom kromosoma za intergracijo). Vsi prekrivajoči konci so bili načrtovani tako, da so se prekrivali v vsaj 40 bp za učinkovito in vivo homologno rekombinacijo. Tako načrtovane kasete so hkrati transformirali v S. cerevisiae z lineariziranim vektorjem (ali pomožnim fragmentom) z elektroporacijo, kar je omogočilo, da so se vse kasete združile v vektor ali integrirale v kromosom.

==Konstrukcija biosintezne poti D-ksiloze==
D-ksilozno biosintezno pot so konstruirali z encimi ksiloza reduktazo (XR), ksilitol dehidrogenazo (XDH) in ksilulokinazo (XKS). Posamezne kasete hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t in PYK1p-XKS-ADH2t-δ2 so ustrezno pripravili z OE-PCR ter produkte reakcije očistili z agarozno gelsko elektroforezo. Vse tri kasete so zmešali z lineariziranim vektorjem, precipitirali z etanolom in dobljeni pelet resuspendirali v vodi. S to mešanico so transformirali S. cerevisiae z elektroporacijo in kasneje selekcionirali.
Vzporedno so transformirali S. cerevisiae tudi z mešanico kaset hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t ter PYK1p-XKS-ADH2t-δ2 in fragmentom δ1-hisG-ura3-hisG, ki nosi zapis za selekcijski marker ura3 in δ sekvenco, ki je homologna delni sekvenci δ mesta na kromosomu S. cerevisiae. Dve ponovljeni hisG sekvenci v δ1-hisG-ura3-hisG fragmentu se lahko uporabijo za izrez ura3 iz kromosoma in se tako reciklira marker z uporabo 5-fluoroorotske kisline.

Za oboje, tako za plazmidno konstrukcijo, kot za kromosomsko integracijo sintezne poti so določili 80 % do 100 % učinkovitost metode DNA združevanja. Učinkovitost D-ksilozne poti so potrdili z rastjo kvasovk v gojišču brez glukoze, ki je kot edini vir ogljika predstavljala dodana D-ksiloza. Kvasovke, ki so imele vstavljene te tri gene sintezne poti D-ksiloze, so bile sposobne uporabiti D-ksilozo kot vir ogljika in so uspešno rastle. Kvasovke s praznim plazmidom, ki so služile kot kontrola, niso rastle, saj niso mogle uporabiti D-ksiloze.

==Konstrukcija biosintezne poti zeaksantina==
Za konstrukcijo biosintezne poti zeaksantina so pripravili posamezne kasete hisG-TEF1p-CrtE-PGIt, HXT7p-CrtB-TPI1t, TEF2p-CrtI-FBA1t, FBA1p-CrtY-ENO2t in PDC1p-CrtZ-THD2t-δ2 z OE-PCR. Vseh pet kaset so združili v pRS426m ali kromosom S. cerevisiae.

Učinkovitost metode je bila visoka od 60 % do 80 %. Kvasovke, ki so vsebovale zeaksantinsko biosintezno pot so gojili v gojišču SC-Ura, da so uporabile vstavljeno biosintezno pot proizvodnje zeaksantina. Vsebnost zeaksantina v kvasovkah so dokazali tako, da so naredili izolacijo zeaksantina iz kvasovk z acetonom, vzorce so posušili in večkrat ponovili korak izolacije z acetonom. Tako pridobljene, suhe izolate so resuspendirali v metanolu in analizirali s tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti (HPLC). Dobljene rezultate HPLC so primerjali s čisto spojino zeaksantina, ki je služila kot standard, pri čemer so dobili enak vrh pri enakem času, med tem ko tega pika pri celičnem ekstraktu kontrol (kvasovka s praznim plazmidom pRS426) niso opazili.

==Konstrukcija kombinirane biosintezne poti D-ksiloze in zeaksantina==
Da je s to metodo mogoče sestaviti tudi večje sintezne poti, so ponazorili z združitvijo obeh biosinteznih poti v eno celoto. Združili so osem kaset hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t, PYK1p-XKS-ADH2t, TEF1p-CrtE-PGIt, HXT7p-CrtB-TPI1t, TEF2p-CrtI-FBA1t, FBA1p-CrtY-ENO2t in PDC1p-CrtZ-TDH2t-δ2, ki so jih ustrezno pripravili z OE-PCR. S. cerevisiae so transformirali z mešanico vseh osmih kaset in lineariziranim vektorjem ali δ1-hisG-ura3-hisG fragmentom. Učinkovitost metode je bila odvisna od dolžine prekrivajočih se koncev, pri približno 50 bp je bila učinkovitost 10 % do 20 %, pri 125 bp ali več pa je bila učinkovitost višja, od 40 % do 70 %. Izkazalo se je, da je učinkovitost metode DNA združevanja pri daljših sinteznih poteh pri katerih transformiramo v kvasovke z več DNA fragmenti, odvisna od dolžine prekrivajočih se koncev.
Kvasovke so uspešno gojili v mediju z D-ksilozo, kot edinim virom ogljika in s tem dokazali učinkovanje biosintezne poti D-ksiloze. Ravno tako so s HPLC detektirali zeaksantin, kar nakazuje na funkcionalno biosintezno pot zeaksantina.

==Vir==
Z. Shao, H. Zhao in H. Zhao: DNA assembler, an in vivo genetic method for rapid construction of biochemical pathways. Nucleic Acids Research. 2009, 37, 2.

DNA assembler

2017-12-03T22:03:14Z

Anja Tanšek:

==Uvod==
Z metodo DNA združevanja (angl. DNA assembler) je možno združiti fragmente rekombinantne DNA, tako da sestavimo celotno funkcionalno biokemijsko pot, v enem koraku z izkoriščanjem in vivo homologne rekombinacije v kvasovki Saccharomyces cerevisiae .
Metodo so uspešno uporabili pri pripravi biokemijske sintezne poti D-ksiloze, ki jo sestavljajo 3 geni, kar predstavlja približno 9 kb DNA, in biosintezne poti zeaksantina, za katero je potrebnih 5 genov, kar predstavlja približno 11 kb DNA. Prav tako so združili obe sintezni poti, tako D-ksiloze in zeaksantina, kar pomeni, da so uspešno združili 8 genov, kar predstavlja približno 19 kb DNA. Učinkovitost tako pripravljenih biokemijskih poti je bila od 70 % do 100 %, ne glede na to, ali so celotno pot združili na plazmidu ali integrirali v kromosom kvasovk.

Za izvedbo te metode je samo potrebno pripraviti ustrezne fragmente DNA in transformirati kvasovke z mešanico teh skrbno načrtovanih fragmentov DNA. DNA združevanje predstavlja močno orodje za konstrukcijo biokemijskih poti v sintezni biologiji, metaboličnem inženirstvu in pri študijah funkcionalne genomike.

==Materiali in metode==
Pri delu so uporabili kvasovko S. cerevisiae YSG50, ki so jo gojili v mediju YPAD.
Za pripravo posameznih ekspresijskih kaset so uporabili promotorje in terminatorje, ki so jih pomnožili s PCR, iz izoliranje genomske DNA kvasovke S. cerevisiae YSG50. Uporabili so strukturne gene ksiloza reduktaza (XR), ksilitol dehidrogenaza (XDH), ksilulokinaza (XKS), CrtE, CrtB, CrtI, CrtY in CrtZ. HisG in δ2 sta bila pomnožena iz δ-integracijskega vektorja pdδUB.

Vsaka posamezna ekspresijska kaseta je bila pripravljena s PCR s podaljševanjem prekrivnih koncev (OE-PCR, angl. overlap extension PCR), sledilo je čiščenje produktov z agarozno gelsko elektroforezo in izolacija posameznih fragmentov iz gela. Vsako individualno kaseto so zmešali z lineariziranim plazmidom pRS426m ali pRS416m in DNA precipitirali z etanolom. Pridobljeni DNA pelet so posušili in resuspendirali v vodi ter to zmes uporabili za transformacijo S. cerevisiae. Za izvedbo integracije v enem koraku, ciljno na δ mesta na kromosom S. cerevisiae, so pripravili DNA mešanice posameznih kaset skupaj s fragmentom δ1-hisG-ura3-hisG, ki so jih uporabili za trasformacijo S. cerevisiae.

Transformacijo kvasovk S. cerevisiae so izvedli z elektroporacijo. Selekcijo so izvedli na trdnem gojišču SC-Ura. Izbrali so naključne kolonije, jih gojili v tekočem gojišču SC-Ura, izolirali plazmidno ali genomsko DNA ter opravili PCR analizo. Za vsako pot so izvedli PCR amplifikacijo vsake genske kasete iz izolirane plazmidne ali genomske DNA, tako so preverili vsebnost in pravilno združitev konstruktov.

Opravili so tudi fizikalno karakterizacijo rekombinantnih klonov. Z izoliranimi plazmidi iz kvasovk so transformirali sev E. coli BW25141, to gojili, izolirali plazmide, opravili restrikcijo z BamHI in EcoRI, nanesli na agarozni gel in s tem preverili pravilnost restrikcijskega vzorca z agarozno gelsko elektroforezo.
Naredili so tudi funkcionalno analizo sestavljenih biosinteznih poti. Rekombinantno S. cerevisiae, z D-ksilozno biosintezno potjo so analizirali s spremljanjem celične rasti v SC-Ura tekočem mediju z 2 % vsebnostjo D-ksiloze v mediju (SC-Ura + ksiloza), ki je predstavljala edini vir ogljika. Zeaksantin so izolirali z acetonom iz S. cerevisiae s sintezno potjo s petimi ali osmimi geni ali kontrole s praznim vektorjem ter pridobljene vzorce analizirali na HPLC.

==Osnove metode DNA združevanja==
Da so dokazali, da koncept metode DNA združevanja deluje, so sestavili dve različni biosintezni poti iz več genov. Za vsak posamezen gen v sintezni poti so pripravili ekspresijske kasete, ki so vključevale promotor, strukturni gen in terminator. Vsaka kaseta je bila pomnožena s PCR in pripravljena z OE-PCR. 5'-konec prve ekspresijske kasete je bil dizajniran tako, da se je prekrival z vektorjem (ali pomožnim fragmentom, ki je nosil selekcijski marker in zaporedje potrebno za homologno rekombinacijo na tarčno δ mesto kromosoma, za integracijo), med tem ko so bili 3'-konci dizajnirani, da so se prekrivali z naslednjo kaseto. Vsaka naslednja kaseta je bila načrtovana tako, da se je prekrivala s konci prejšnje in naslednje kasete, 3'-konec zadnje kasete se je prekrival z vektorjem (ali tarčnim lokusom kromosoma za intergracijo). Vsi prekrivajoči konci so bili načrtovani tako, da so se prekrivali v vsaj 40 bp za učinkovito in vivo homologno rekombinacijo. Tako načrtovane kasete so hkrati transformirali v S. cerevisiae z lineariziranim vektorjem (ali pomožnim fragmentom) z elektroporacijo, kar je omogočilo, da so se vse kasete združile v vektor ali integrirale v kromosom.

==Konstrukcija biosintezne poti D-ksiloze==
D-ksilozno biosintezno pot so konstruirali z encimi ksiloza reduktazo (XR), ksilitol dehidrogenazo (XDH) in ksilulokinazo (XKS). Posamezne kasete hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t in PYK1p-XKS-ADH2t-δ2 so ustrezno pripravili z OE-PCR ter produkte reakcije očistili z agarozno gelsko elektroforezo. Vse tri kasete so zmešali z lineariziranim vektorjem, precipitirali z etanolom in dobljeni pelet resuspendirali v vodi. S to mešanico so transformirali S. cerevisiae z elektroporacijo in kasneje selekcionirali.
Vzporedno so transformirali S. cerevisiae tudi z mešanico kaset hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t ter PYK1p-XKS-ADH2t-δ2 in fragmentom δ1-hisG-ura3-hisG, ki nosi zapis za selekcijski marker ura3 in δ sekvenco, ki je homologna delni sekvenci δ mesta na kromosomu S. cerevisiae. Dve ponovljeni hisG sekvenci v δ1-hisG-ura3-hisG fragmentu se lahko uporabijo za izrez ura3 iz kromosoma in se tako reciklira marker z uporabo 5-fluoroorotske kisline.

Za oboje, tako za plazmidno konstrukcijo, kot za kromosomsko integracijo sintezne poti so določili 80 % do 100 % učinkovitost metode DNA združevanja. Učinkovitost D-ksilozne poti so potrdili z rastjo kvasovk v gojišču brez glukoze, ki je kot edini vir ogljika predstavljala dodana D-ksiloza. Kvasovke, ki so imele vstavljene te tri gene sintezne poti D-ksiloze, so bile sposobne uporabiti D-ksilozo kot vir ogljika in so uspešno rastle. Kvasovke s praznim plazmidom, ki so služile kot kontrola, niso rastle, saj niso mogle uporabiti D-ksiloze.

==Konstrukcija biosintezne poti zeaksantina==
Za konstrukcijo biosintezne poti zeaksantina so pripravili posamezne kasete hisG-TEF1p-CrtE-PGIt, HXT7p-CrtB-TPI1t, TEF2p-CrtI-FBA1t, FBA1p-CrtY-ENO2t in PDC1p-CrtZ-THD2t-δ2 z OE-PCR. Vseh pet kaset so združili v pRS426m ali kromosom S. cerevisiae.

Učinkovitost metode je bila visoka od 60 % do 80 %. Kvasovke, ki so vsebovale zeaksantinsko biosintezno pot so gojili v gojišču SC-Ura, da so uporabile vstavljeno biosintezno pot proizvodnje zeaksantina. Vsebnost zeaksantina v kvasovkah so dokazali tako, da so naredili izolacijo zeaksantina iz kvasovk z acetonom, vzorce so posušili in večkrat ponovili korak izolacije z acetonom. Tako pridobljene, suhe izolate so resuspendirali v metanolu in analizirali s tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti (HPLC). Dobljene rezultate HPLC so primerjali s čisto spojino zeaksantina, ki je služila kot standard, pri čemer so dobili enak vrh pri enakem času, med tem ko tega pika pri celičnem ekstraktu kontrol (kvasovka s praznim plazmidom pRS426) niso opazili.

==Konstrukcija kombinirane biosintezne poti D-ksiloze in zeaksantina==
Da je s to metodo mogoče sestaviti tudi večje sintezne poti, so ponazorili z združitvijo obeh biosinteznih poti v eno celoto. Združili so osem kaset hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t, PYK1p-XKS-ADH2t, TEF1p-CrtE-PGIt, HXT7p-CrtB-TPI1t, TEF2p-CrtI-FBA1t, FBA1p-CrtY-ENO2t in PDC1p-CrtZ-TDH2t-δ2, ki so jih ustrezno pripravili z OE-PCR. S. cerevisiae so transformirali z mešanico vseh osmih kaset in lineariziranim vektorjem ali δ1-hisG-ura3-hisG fragmentom. Učinkovitost metode je bila odvisna od dolžine prekrivajočih se koncev, pri približno 50 bp je bila učinkovitost 10 % do 20 %, pri 125 bp ali več pa je bila učinkovitost višja, od 40 % do 70 %. Izkazalo se je, da je učinkovitost metode DNA združevanja pri daljših sinteznih poteh pri katerih transformiramo v kvasovke z več DNA fragmenti, odvisna od dolžine prekrivajočih se koncev.
Kvasovke so uspešno gojili v mediju z D-ksilozo, kot edinim virom ogljika in s tem dokazali učinkovanje biosintezne poti D-ksiloze. Ravno tako so s HPLC detektirali zeaksantin, kar nakazuje na funkcionalno biosintezno pot zeaksantina.

==Vir==
Z. Shao, H. Zhao in H. Zhao: DNA assembler, an in vivo genetic method for rapid construction of biochemical pathways. Nucleic Acids Research. 2009, 37, 2.

DNA assembler

2017-12-03T22:00:42Z

Anja Tanšek: New page: UVOD Z metodo DNA združevanja (angl. DNA assembler) je možno združiti fragmente rekombinantne DNA, tako da sestavimo celotno funkcionalno biokemijsko pot, v enem koraku z izkoriščanje...

UVOD
Z metodo DNA združevanja (angl. DNA assembler) je možno združiti fragmente rekombinantne DNA, tako da sestavimo celotno funkcionalno biokemijsko pot, v enem koraku z izkoriščanjem in vivo homologne rekombinacije v kvasovki Saccharomyces cerevisiae .
Metodo so uspešno uporabili pri pripravi biokemijske sintezne poti D-ksiloze, ki jo sestavljajo 3 geni, kar predstavlja približno 9 kb DNA, in biosintezne poti zeaksantina, za katero je potrebnih 5 genov, kar predstavlja približno 11 kb DNA. Prav tako so združili obe sintezni poti, tako D-ksiloze in zeaksantina, kar pomeni, da so uspešno združili 8 genov, kar predstavlja približno 19 kb DNA. Učinkovitost tako pripravljenih biokemijskih poti je bila od 70 % do 100 %, ne glede na to, ali so celotno pot združili na plazmidu ali integrirali v kromosom kvasovk.
Za izvedbo te metode je samo potrebno pripraviti ustrezne fragmente DNA in transformirati kvasovke z mešanico teh skrbno načrtovanih fragmentov DNA. DNA združevanje predstavlja močno orodje za konstrukcijo biokemijskih poti v sintezni biologiji, metaboličnem inženirstvu in pri študijah funkcionalne genomike.
MATERIALI IN METODE
Pri delu so uporabili kvasovko S. cerevisiae YSG50, ki so jo gojili v mediju YPAD.
Za pripravo posameznih ekspresijskih kaset so uporabili promotorje in terminatorje, ki so jih pomnožili s PCR, iz izoliranje genomske DNA kvasovke S. cerevisiae YSG50. Uporabili so strukturne gene ksiloza reduktaza (XR), ksilitol dehidrogenaza (XDH), ksilulokinaza (XKS), CrtE, CrtB, CrtI, CrtY in CrtZ. HisG in δ2 sta bila pomnožena iz δ-integracijskega vektorja pdδUB.
Vsaka posamezna ekspresijska kaseta je bila pripravljena s PCR s podaljševanjem prekrivnih koncev (OE-PCR, angl. overlap extension PCR), sledilo je čiščenje produktov z agarozno gelsko elektroforezo in izolacija posameznih fragmentov iz gela. Vsako individualno kaseto so zmešali z lineariziranim plazmidom pRS426m ali pRS416m in DNA precipitirali z etanolom. Pridobljeni DNA pelet so posušili in resuspendirali v vodi ter to zmes uporabili za transformacijo S. cerevisiae. Za izvedbo integracije v enem koraku, ciljno na δ mesta na kromosom S. cerevisiae, so pripravili DNA mešanice posameznih kaset skupaj s fragmentom δ1-hisG-ura3-hisG, ki so jih uporabili za trasformacijo S. cerevisiae.
Transformacijo kvasovk S. cerevisiae so izvedli z elektroporacijo. Selekcijo so izvedli na trdnem gojišču SC-Ura. Izbrali so naključne kolonije, jih gojili v tekočem gojišču SC-Ura, izolirali plazmidno ali genomsko DNA ter opravili PCR analizo. Za vsako pot so izvedli PCR amplifikacijo vsake genske kasete iz izolirane plazmidne ali genomske DNA, tako so preverili vsebnost in pravilno združitev konstruktov.
Opravili so tudi fizikalno karakterizacijo rekombinantnih klonov. Z izoliranimi plazmidi iz kvasovk so transformirali sev E. coli BW25141, to gojili, izolirali plazmide, opravili restrikcijo z BamHI in EcoRI, nanesli na agarozni gel in s tem preverili pravilnost restrikcijskega vzorca z agarozno gelsko elektroforezo.
Naredili so tudi funkcionalno analizo sestavljenih biosinteznih poti. Rekombinantno S. cerevisiae, z D-ksilozno biosintezno potjo so analizirali s spremljanjem celične rasti v SC-Ura tekočem mediju z 2 % vsebnostjo D-ksiloze v mediju (SC-Ura + ksiloza), ki je predstavljala edini vir ogljika. Zeaksantin so izolirali z acetonom iz S. cerevisiae s sintezno potjo s petimi ali osmimi geni ali kontrole s praznim vektorjem ter pridobljene vzorce analizirali na HPLC.
REZULTATI
Osnove metode DNA združevanja
Da so dokazali, da koncept metode DNA združevanja deluje, so sestavili dve različni biosintezni poti iz več genov. Za vsak posamezen gen v sintezni poti so pripravili ekspresijske kasete, ki so vključevale promotor, strukturni gen in terminator. Vsaka kaseta je bila pomnožena s PCR in pripravljena z OE-PCR. 5'-konec prve ekspresijske kasete je bil dizajniran tako, da se je prekrival z vektorjem (ali pomožnim fragmentom, ki je nosil selekcijski marker in zaporedje potrebno za homologno rekombinacijo na tarčno δ mesto kromosoma, za integracijo), med tem ko so bili 3'-konci dizajnirani, da so se prekrivali z naslednjo kaseto. Vsaka naslednja kaseta je bila načrtovana tako, da se je prekrivala s konci prejšnje in naslednje kasete, 3'-konec zadnje kasete se je prekrival z vektorjem (ali tarčnim lokusom kromosoma za intergracijo). Vsi prekrivajoči konci so bili načrtovani tako, da so se prekrivali v vsaj 40 bp za učinkovito in vivo homologno rekombinacijo. Tako načrtovane kasete so hkrati transformirali v S. cerevisiae z lineariziranim vektorjem (ali pomožnim fragmentom) z elektroporacijo, kar je omogočilo, da so se vse kasete združile v vektor ali integrirale v kromosom.
Konstrukcija biosintezne poti D-ksiloze
D-ksilozno biosintezno pot so konstruirali z encimi ksiloza reduktazo (XR), ksilitol dehidrogenazo (XDH) in ksilulokinazo (XKS). Posamezne kasete hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t in PYK1p-XKS-ADH2t-δ2 so ustrezno pripravili z OE-PCR ter produkte reakcije očistili z agarozno gelsko elektroforezo. Vse tri kasete so zmešali z lineariziranim vektorjem, precipitirali z etanolom in dobljeni pelet resuspendirali v vodi. S to mešanico so transformirali S. cerevisiae z elektroporacijo in kasneje selekcionirali.
Vzporedno so transformirali S. cerevisiae tudi z mešanico kaset hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t ter PYK1p-XKS-ADH2t-δ2 in fragmentom δ1-hisG-ura3-hisG, ki nosi zapis za selekcijski marker ura3 in δ sekvenco, ki je homologna delni sekvenci δ mesta na kromosomu S. cerevisiae. Dve ponovljeni hisG sekvenci v δ1-hisG-ura3-hisG fragmentu se lahko uporabijo za izrez ura3 iz kromosoma in se tako reciklira marker z uporabo 5-fluoroorotske kisline.
Za oboje, tako za plazmidno konstrukcijo, kot za kromosomsko integracijo sintezne poti so določili 80 % do 100 % učinkovitost metode DNA združevanja. Učinkovitost D-ksilozne poti so potrdili z rastjo kvasovk v gojišču brez glukoze, ki je kot edini vir ogljika predstavljala dodana D-ksiloza. Kvasovke, ki so imele vstavljene te tri gene sintezne poti D-ksiloze, so bile sposobne uporabiti D-ksilozo kot vir ogljika in so uspešno rastle. Kvasovke s praznim plazmidom, ki so služile kot kontrola, niso rastle, saj niso mogle uporabiti D-ksiloze.
Konstrukcija biosintezne poti zeaksantina
Za konstrukcijo biosintezne poti zeaksantina so pripravili posamezne kasete hisG-TEF1p-CrtE-PGIt, HXT7p-CrtB-TPI1t, TEF2p-CrtI-FBA1t, FBA1p-CrtY-ENO2t in PDC1p-CrtZ-THD2t-δ2 z OE-PCR. Vseh pet kaset so združili v pRS426m ali kromosom S. cerevisiae.
Učinkovitost metode je bila visoka od 60 % do 80 %. Kvasovke, ki so vsebovale zeaksantinsko biosintezno pot so gojili v gojišču SC-Ura, da so uporabile vstavljeno biosintezno pot proizvodnje zeaksantina. Vsebnost zeaksantina v kvasovkah so dokazali tako, da so naredili izolacijo zeaksantina iz kvasovk z acetonom, vzorce so posušili in večkrat ponovili korak izolacije z acetonom. Tako pridobljene, suhe izolate so resuspendirali v metanolu in analizirali s tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti (HPLC). Dobljene rezultate HPLC so primerjali s čisto spojino zeaksantina, ki je služila kot standard, pri čemer so dobili enak vrh pri enakem času, med tem ko tega pika pri celičnem ekstraktu kontrol (kvasovka s praznim plazmidom pRS426) niso opazili.
KONSTRUKCIJA KOMBINIRANE BIOSINTEZNE POTI D-KSILOZE IN ZEAKSANTINA
Da je s to metodo mogoče sestaviti tudi večje sintezne poti, so ponazorili z združitvijo obeh biosinteznih poti v eno celoto. Združili so osem kaset hisG-ADH1p-XR-ADH1t, PGK1p-XDH-CYC1t, PYK1p-XKS-ADH2t, TEF1p-CrtE-PGIt, HXT7p-CrtB-TPI1t, TEF2p-CrtI-FBA1t, FBA1p-CrtY-ENO2t in PDC1p-CrtZ-TDH2t-δ2, ki so jih ustrezno pripravili z OE-PCR. S. cerevisiae so transformirali z mešanico vseh osmih kaset in lineariziranim vektorjem ali δ1-hisG-ura3-hisG fragmentom. Učinkovitost metode je bila odvisna od dolžine prekrivajočih se koncev, pri približno 50 bp je bila učinkovitost 10 % do 20 %, pri 125 bp ali več pa je bila učinkovitost višja, od 40 % do 70 %. Izkazalo se je, da je učinkovitost metode DNA združevanja pri daljših sinteznih poteh pri katerih transformiramo v kvasovke z več DNA fragmenti, odvisna od dolžine prekrivajočih se koncev.
Kvasovke so uspešno gojili v mediju z D-ksilozo, kot edinim virom ogljika in s tem dokazali učinkovanje biosintezne poti D-ksiloze. Ravno tako so s HPLC detektirali zeaksantin, kar nakazuje na funkcionalno biosintezno pot zeaksantina.
Viri
Z. Shao, H. Zhao in H. Zhao: DNA assembler, an in vivo genetic method for rapid construction of biochemical pathways. Nucleic Acids Research. 2009, 37, 2.

Seminarji SB 2017/18

2017-12-03T21:59:48Z

Anja Tanšek:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] 
2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] 

5.12. 
1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
2 Tina Lekan 
3 Katja Malovrh 
4 Jernej Vidmar 

12.12. 
1 Helena Jakše 
2 Tjaša Bensa 
3 Sabina Štukelj 
4 Amadeja Lapornik 

19.12. 
1 Ana Krišelj 
2 Vanna Imširović 
3 Dominik Dekleva 
4 Neža Gaube 

9.1. 
1 Nastja Marondini 
2 Elizabeta Jevnikar 
3 Nina Roštan 
4 Barbara Lipovšek 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar 
2 Marija Kisilak 
3 Nataša Traven 
4 Tina Šimunović 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert 

23.1. 
1 Ana Cirnski 
2 
3 
4

Seminarji SB 2017/18

2017-11-17T09:57:07Z

Anja Tanšek:

Litična polisaharid monooksigenaza PaLPMO9H, iz glive Podospora anserina, katalizira oksidativno cepitev raznolikih matričnih glikanov celične stene rastlin

2017-05-15T18:06:00Z

Anja Tanšek: New page: [https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5 The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase ''Pa''LPMO9H catalyzes oxidative cleava...

[https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5 The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase ''Pa''LPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans]

Uporaba rastlinske biomase predstavlja eno izmed možnih alternativ fosilnim tehnologijam za produkcijo visoko cenovnih kemikalij. V naravi filamentozne glive proizvajajo encime, ki jim omogočajo razgradnjo rastlinske biomase. Različni tipi mehanizmov za razgradnjo rastlinskih celičnih sten so bili opisani pri saprotrofičnih glivah, vendar je bilo sodelovanje oksidativnih encimov močno podcenjeno. Nedavno odkritje novega razreda oksidativnih encimov, poimenovanih litične polisaharid monooksigenaze (LPMO, angl. lytic polysaccharide monooxygenases), je dramatično razširila koncept encimske razgradnje polisaharidov rastlinskih celičnih sten. LPMO predstavljajo ključne celulolitične encime, ki delujejo na površini vlaken, kjer posredujejo pri oksidativni cepitvi polisaharidnih verig. V industriji, dodatek LPMO k celulolitičnim mešanicam vodi do zmanjšanja količine encimov potrebne za učinkovito saharifikacijo celulozne biomase.

<h2>Litične polisaharid monooksigenaze</h2>

Znane LPMO so razvrščene v družine AA9, AA10, AA11 in AA13. LPMO imajo v svoji strukturi koordiniran bakrov ion, ki sodeluje pri oksidativni cepitvi substrata. Večina LPMO iz družine AA9 je sposobna razgraditi celulozo. Encime iz družine AA9 lahko najdemo v nekaterih glivah. Koprofilna gliva Podospora anserina ima 33 genov, ki zapisujejo za encime LPMO iz družine AA9, eden izmed njih je PaLPMO9H. Te LPMO so sposobne oksidativno cepiti celulozo na različnih regijah.

<h2>Testirani substrati</h2>

Želeli so določiti razgradnje produkte in mesta cepitev encima PaLPMO9H pri likenanu (mahovem škrobu), ječmenovih mešano-vezanih glukanih (MLG), glukomananu (GM) in ksiloglukanu (XyG). Te polisaharide lahko najdemo v celičnih stenah različnih rastlin. Podobno kot celuloza, vsi vsebujejo vsaj nekaj β-D-glukoznih ostankov, povezanih preko (14)-glikozidnih vezi. Likenan in MLG sta linearna polimera β-D-glikozidnih ostankov, ki so med sabo povezani preko (14)- in (13)-glikozidnih vezi. GM sestavljajo enote β-D-glukoze in β -D-manozne, povezane preko (14)-glikozidnih vezi. XyG je razvejan polisaharid z ogrodjem iz β-D-glukoznih ostankov, povezanih preko (14)-glikozidne vezi, kjer ima večina enot ogrodja substitucijo z α-D-ksilozo in s tem pride do nastanka stranskih verig preko (16)-glikozidne vezi, ki se ponekod razširjajo naprej z (12)-povezanimi β-D-galaktoznimi ostanki, ki so vezani na α-D-ksilozo.

<h2>Metode dela</h2>
Encim PaLPMO9H iz glive Podospora anserina so izražali v kvasovki Pichia pastoris. 

Vse teste encimske razgradnje so izvedli v 300 μl reakcijskih mešanicah, ki so vsebovale 4,4 μM PaLPMO9H. Po 24-ih urah inkubacije, na 40 °C, so ustavili reakcijo s filtracijo preko membrane, ki je prepuščala samo delce manjše od 10 kDa. Topne produkte v filtratu, ki so se sprostili pri razgradnji, so analizirali. 

Filtrate so analizirali na dva načina, pri prvem so opravili analizo z masnim spektrometrom, pri drugem načinu pa so najprej ločili med sabo morebitne izomere s pomočjo ionskega mobilnega spektrometra, ki je bil direktno sklopljen z masnim spektrometrom. 

<h2>Rezultati</h2>
Ugotovili so, da encim PaLPMO9H cepi β-(14)-povezane glukane, tako linearne polimere, kot tudi tiste z razvejanimi stranskimi verigami, saj je prišlo do razgradnje vseh štirih substratov. Prišlo je do oksidativne cepitve β-(14)- in β-(14; 13)-povezanih glukozidnih substratov. PaLPMO9H oksidativno cepi likenan in MLG, produkti cepitve so ketoni in gem-dioli na nereducirajočih koncih glikozidnih ostankov. Dokazali so tudi aktivnost encima na β-(14)-povezanih heteropolisaharidih, natančneje na XyG. 

Sposobnost encima PaLPMO9H, da razgrajuje polisaharide, ki se razlikujejo od celuloze v glikozidni vezi med monosaharidnimi enotami, glikozidni sestavi in/ali prisotnosti stranskih verig, bi lahko predstavljala prednost za glivo pri njenem katabolizmu visoko variabilnih polisaharidov in ravno tako za človeka, pri razvoju optimalnih encimskih mešanic za uporabo v biorafinerijah.

[[MBT seminarji 2017]]

MBT seminarji 2017

2017-05-15T18:03:47Z

Anja Tanšek:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Diagnostic value of recombinant Tp0821 protein in serodiagnosis for syphilis (Yafeng, ''et al''; Letters in applied microbiology, 2016, 62.4: 336-343; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26853900)[[Diagnostična vrednost rekombinantnega proteina Tp0821 v serodiagnostiki sifilisa]]. Tjaša Košir, 19. april 2017.
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april
# A novel staphylococcal enterotoxin B subunit vaccine candidate elicits protective immune response in a mouse model (J. Y. Choi ''et al''; Toxicon 131, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010117301071) [[Novo cepivo proti stafilokoknem enterotoksinu B izzove zaščitni imunski odziv pri miši]]. Amadeja Lapornik, 19. april 2017
#Protective efficacy of six immunogenic recombinant proteins of ''Vibrio anguillarum'' and evaluation them as vaccine candidate for flounder (''Paralichthys olivaceus'') (J. Xing ''et al''; Microbial Pathogenesis 107, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401017301857) [[Ovrednotenje šestih imunogenih rekombinantnih proteinov bakterije Vibrio Anguillarum kot kandidatna cepiva za ribo Paralichthys olivaceus]]. Mojca Hunski, 19. aprila 2017

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
# Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001, [[Strukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v Mycobacterium tuberculosis ]], Vid Jazbec
# Transcriptome analysis of the two unrelated fungal β-lactam producers Acremonium chrysogenum and Penicillium chrysogenum: Velvet-regulated genes are major targets during conventional strain improvement programs https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3663-0,[[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]] , Zala Gluhić
# Biosynthesis of indigo in Escherichia coli expressing self-sufficient CYP102A from ''Streptomyces cattleya'' (H. J. Kim »et al«; Dyes and Pigments, maj 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143720817300700) [[Biosinteza indiga v E. coli s CYP102A iz Streptomyces cattleya]]. Katja Malovrh, 26. april 2017

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEeniring_mikrobne_kokulture_dveh_sevov_Escherichia_coli_za_biosintezo_resveratrola Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola]. Petra Tavčar, 3. maj 2017
# Engineering ''S. equi'' subsp. ''zooepidemicus'' towards concurrent production of hyaluronic acid and chondroitin biopolymers of biomedical interest (Donatella Cimini ''et al''; AMB Express 7(61), 2017; https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-017-0364-7) [[Inženiring Streptococcus zooepidemicus za sočasno proizvodnjo biomedicinsko zanimive hialuronske kisline in hondroitinskih biopolimerov]]. Tim Božič, 3. maj 2017
# CRISPRi-mediated metabolic engineering of ''E. coli'' for O-methylated anthocyanin production (Brady F. Cress ''et al''; Microbal Cell factories 16(10), 2017; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0623-3) [[Metabolni inženiring E. coli za produkcijo O-metiliranih antocianinov z uporabo CRISPRi]]. Tajda Buh, 3. maj 2017

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900)[[ Proizvodnja ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalizator s potencialno uporabo v živilski industriji ]]. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Optimized production and characterization of a detergent-stable protease from ''Lysinibacillus fusiformis'' C250R (S. Mechri ''et al''; International journal of biological macromolecules 101, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813017302805) [[Izboljšana produkcija in karakterizacija na detergent odporne proteaze iz bakterije Lysinobasillus fusiformis C250R]]. Bine Tršavec, 10. maj 2017
# Investigating the impact of α-amylase, α-glucosidase and glucoamylase action on yeast-mediated bread dough fermentation and bread sugar levels (Struyf Nore ''et al''; Journal of cereal science 75, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0733521016304775) [[Vpliv dodajanja amilaze, glikozidaze in glukoamilaze na kvasno fermentacijo krušnega testa in raven sladkorja v kruhu]]. Simon Bolta, 10. maj 2017

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Enhancing digestibility and ethanol yield of ''Populus'' wood via expression of an engineered monolignol 4-O-methyltransferase (Y. Cai ''et al''; Nature Communications 7, 2016; http://www.nature.com/articles/ncomms11989) [[Povečana razgradnja biomase in večji izkoristek etanola z izražanjem gensko spremenjene monolignol 4-O-metiltransferaze v lesu rastlin rodu Populus]]. Inge Sotlar, 17. maj 2017
#
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5) [[Litična polisaharid monooksigenaza PaLPMO9H, iz glive Podospora anserina, katalizira oksidativno cepitev raznolikih matričnih glikanov celične stene rastlin]]. Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# In vitro metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 Barbara Dušak
# Metabolic engineering of ''Saccharomyces cerevisiae'' for ''de novo'' production of dihydrochalcones with known antioxidant, antidiabetic, and sweet tasting properties (M. Eichenberger in sodelavci; Metabolic Engineering 39, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301859) Metabolno inženirstvo kvasovke ''Saccharomyces cerevisiae ''za namen ''de novo'' proizvodnje dihidrohalkonov z znanimi antioksidantnimi in antidiabetičnimi učinki ter s sladkim okusom. Tjaša Grum, 24. maj 2017
# Sara Kimm Fuhrmann

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017
# Anja Herceg

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (7. junij) 
# Matjaž Ivanuša
# Danijela Jošić
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2017

2017-05-15T18:03:14Z

Anja Tanšek:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Diagnostic value of recombinant Tp0821 protein in serodiagnosis for syphilis (Yafeng, ''et al''; Letters in applied microbiology, 2016, 62.4: 336-343; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26853900)[[Diagnostična vrednost rekombinantnega proteina Tp0821 v serodiagnostiki sifilisa]]. Tjaša Košir, 19. april 2017.
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april
# A novel staphylococcal enterotoxin B subunit vaccine candidate elicits protective immune response in a mouse model (J. Y. Choi ''et al''; Toxicon 131, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010117301071) [[Novo cepivo proti stafilokoknem enterotoksinu B izzove zaščitni imunski odziv pri miši]]. Amadeja Lapornik, 19. april 2017
#Protective efficacy of six immunogenic recombinant proteins of ''Vibrio anguillarum'' and evaluation them as vaccine candidate for flounder (''Paralichthys olivaceus'') (J. Xing ''et al''; Microbial Pathogenesis 107, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401017301857) [[Ovrednotenje šestih imunogenih rekombinantnih proteinov bakterije Vibrio Anguillarum kot kandidatna cepiva za ribo Paralichthys olivaceus]]. Mojca Hunski, 19. aprila 2017

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
# Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001, [[Strukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v Mycobacterium tuberculosis ]], Vid Jazbec
# Transcriptome analysis of the two unrelated fungal β-lactam producers Acremonium chrysogenum and Penicillium chrysogenum: Velvet-regulated genes are major targets during conventional strain improvement programs https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3663-0,[[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]] , Zala Gluhić
# Biosynthesis of indigo in Escherichia coli expressing self-sufficient CYP102A from ''Streptomyces cattleya'' (H. J. Kim »et al«; Dyes and Pigments, maj 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143720817300700) [[Biosinteza indiga v E. coli s CYP102A iz Streptomyces cattleya]]. Katja Malovrh, 26. april 2017

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEeniring_mikrobne_kokulture_dveh_sevov_Escherichia_coli_za_biosintezo_resveratrola Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola]. Petra Tavčar, 3. maj 2017
# Engineering ''S. equi'' subsp. ''zooepidemicus'' towards concurrent production of hyaluronic acid and chondroitin biopolymers of biomedical interest (Donatella Cimini ''et al''; AMB Express 7(61), 2017; https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-017-0364-7) [[Inženiring Streptococcus zooepidemicus za sočasno proizvodnjo biomedicinsko zanimive hialuronske kisline in hondroitinskih biopolimerov]]. Tim Božič, 3. maj 2017
# CRISPRi-mediated metabolic engineering of ''E. coli'' for O-methylated anthocyanin production (Brady F. Cress ''et al''; Microbal Cell factories 16(10), 2017; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0623-3) [[Metabolni inženiring E. coli za produkcijo O-metiliranih antocianinov z uporabo CRISPRi]]. Tajda Buh, 3. maj 2017

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900)[[ Proizvodnja ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalizator s potencialno uporabo v živilski industriji ]]. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Optimized production and characterization of a detergent-stable protease from ''Lysinibacillus fusiformis'' C250R (S. Mechri ''et al''; International journal of biological macromolecules 101, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813017302805) [[Izboljšana produkcija in karakterizacija na detergent odporne proteaze iz bakterije Lysinobasillus fusiformis C250R]]. Bine Tršavec, 10. maj 2017
# Investigating the impact of α-amylase, α-glucosidase and glucoamylase action on yeast-mediated bread dough fermentation and bread sugar levels (Struyf Nore ''et al''; Journal of cereal science 75, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0733521016304775) [[Vpliv dodajanja amilaze, glikozidaze in glukoamilaze na kvasno fermentacijo krušnega testa in raven sladkorja v kruhu]]. Simon Bolta, 10. maj 2017

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Enhancing digestibility and ethanol yield of ''Populus'' wood via expression of an engineered monolignol 4-O-methyltransferase (Y. Cai ''et al''; Nature Communications 7, 2016; http://www.nature.com/articles/ncomms11989) [[Povečana razgradnja biomase in večji izkoristek etanola z izražanjem gensko spremenjene monolignol 4-O-metiltransferaze v lesu rastlin rodu Populus]]. Inge Sotlar, 17. maj 2017
#
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5) [[Litična polisaharid monooksigenaza, PaLPMO9H, iz glive Podospora anserina, katalizira oksidativno cepitev raznolikih matričnih glikanov celične stene rastlin]]. Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# In vitro metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 Barbara Dušak
# Metabolic engineering of ''Saccharomyces cerevisiae'' for ''de novo'' production of dihydrochalcones with known antioxidant, antidiabetic, and sweet tasting properties (M. Eichenberger in sodelavci; Metabolic Engineering 39, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301859) Metabolno inženirstvo kvasovke ''Saccharomyces cerevisiae ''za namen ''de novo'' proizvodnje dihidrohalkonov z znanimi antioksidantnimi in antidiabetičnimi učinki ter s sladkim okusom. Tjaša Grum, 24. maj 2017
# Sara Kimm Fuhrmann

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017
# Anja Herceg

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (7. junij) 
# Matjaž Ivanuša
# Danijela Jošić
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2017

2017-05-15T18:02:31Z

Anja Tanšek:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Diagnostic value of recombinant Tp0821 protein in serodiagnosis for syphilis (Yafeng, ''et al''; Letters in applied microbiology, 2016, 62.4: 336-343; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26853900)[[Diagnostična vrednost rekombinantnega proteina Tp0821 v serodiagnostiki sifilisa]]. Tjaša Košir, 19. april 2017.
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april
# A novel staphylococcal enterotoxin B subunit vaccine candidate elicits protective immune response in a mouse model (J. Y. Choi ''et al''; Toxicon 131, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010117301071) [[Novo cepivo proti stafilokoknem enterotoksinu B izzove zaščitni imunski odziv pri miši]]. Amadeja Lapornik, 19. april 2017
#Protective efficacy of six immunogenic recombinant proteins of ''Vibrio anguillarum'' and evaluation them as vaccine candidate for flounder (''Paralichthys olivaceus'') (J. Xing ''et al''; Microbial Pathogenesis 107, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401017301857) [[Ovrednotenje šestih imunogenih rekombinantnih proteinov bakterije Vibrio Anguillarum kot kandidatna cepiva za ribo Paralichthys olivaceus]]. Mojca Hunski, 19. aprila 2017

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
# Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001, [[Strukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v Mycobacterium tuberculosis ]], Vid Jazbec
# Transcriptome analysis of the two unrelated fungal β-lactam producers Acremonium chrysogenum and Penicillium chrysogenum: Velvet-regulated genes are major targets during conventional strain improvement programs https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3663-0,[[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]] , Zala Gluhić
# Biosynthesis of indigo in Escherichia coli expressing self-sufficient CYP102A from ''Streptomyces cattleya'' (H. J. Kim »et al«; Dyes and Pigments, maj 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143720817300700) [[Biosinteza indiga v E. coli s CYP102A iz Streptomyces cattleya]]. Katja Malovrh, 26. april 2017

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEeniring_mikrobne_kokulture_dveh_sevov_Escherichia_coli_za_biosintezo_resveratrola Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola]. Petra Tavčar, 3. maj 2017
# Engineering ''S. equi'' subsp. ''zooepidemicus'' towards concurrent production of hyaluronic acid and chondroitin biopolymers of biomedical interest (Donatella Cimini ''et al''; AMB Express 7(61), 2017; https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-017-0364-7) [[Inženiring Streptococcus zooepidemicus za sočasno proizvodnjo biomedicinsko zanimive hialuronske kisline in hondroitinskih biopolimerov]]. Tim Božič, 3. maj 2017
# CRISPRi-mediated metabolic engineering of ''E. coli'' for O-methylated anthocyanin production (Brady F. Cress ''et al''; Microbal Cell factories 16(10), 2017; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0623-3) [[Metabolni inženiring E. coli za produkcijo O-metiliranih antocianinov z uporabo CRISPRi]]. Tajda Buh, 3. maj 2017

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900)[[ Proizvodnja ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalizator s potencialno uporabo v živilski industriji ]]. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Optimized production and characterization of a detergent-stable protease from ''Lysinibacillus fusiformis'' C250R (S. Mechri ''et al''; International journal of biological macromolecules 101, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813017302805) [[Izboljšana produkcija in karakterizacija na detergent odporne proteaze iz bakterije Lysinobasillus fusiformis C250R]]. Bine Tršavec, 10. maj 2017
# Investigating the impact of α-amylase, α-glucosidase and glucoamylase action on yeast-mediated bread dough fermentation and bread sugar levels (Struyf Nore ''et al''; Journal of cereal science 75, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0733521016304775) [[Vpliv dodajanja amilaze, glikozidaze in glukoamilaze na kvasno fermentacijo krušnega testa in raven sladkorja v kruhu]]. Simon Bolta, 10. maj 2017

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Enhancing digestibility and ethanol yield of ''Populus'' wood via expression of an engineered monolignol 4-O-methyltransferase (Y. Cai ''et al''; Nature Communications 7, 2016; http://www.nature.com/articles/ncomms11989) [[Povečana razgradnja biomase in večji izkoristek etanola z izražanjem gensko spremenjene monolignol 4-O-metiltransferaze v lesu rastlin rodu Populus]]. Inge Sotlar, 17. maj 2017
#
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5) [[Litična polisaharid monooksigenaza PaLPMO9H, iz glive ''Podospora anserina'', katalizira oksidativno cepitev raznolikih matričnih glikanov celične stene rastlin]]. Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# In vitro metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 Barbara Dušak
# Metabolic engineering of ''Saccharomyces cerevisiae'' for ''de novo'' production of dihydrochalcones with known antioxidant, antidiabetic, and sweet tasting properties (M. Eichenberger in sodelavci; Metabolic Engineering 39, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301859) Metabolno inženirstvo kvasovke ''Saccharomyces cerevisiae ''za namen ''de novo'' proizvodnje dihidrohalkonov z znanimi antioksidantnimi in antidiabetičnimi učinki ter s sladkim okusom. Tjaša Grum, 24. maj 2017
# Sara Kimm Fuhrmann

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017
# Anja Herceg

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (7. junij) 
# Matjaž Ivanuša
# Danijela Jošić
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2017

2017-05-15T17:59:30Z

Anja Tanšek:

Litična polisaharid monooksigenaza, PaLPMO9H, iz glive Podospora anserina, katalizira oksidativno cepitev raznolikih matričnih glikanov celične stene rastlin

2017-05-15T17:58:13Z

Anja Tanšek: New page: Uporaba rastlinske biomase predstavlja eno izmed možnih alternativ fosilnim tehnologijam za produkcijo visoko cenovnih kemikalij. V naravi filamentozne glive proizvajajo encime, ki jim om...

Uporaba rastlinske biomase predstavlja eno izmed možnih alternativ fosilnim tehnologijam za produkcijo visoko cenovnih kemikalij. V naravi filamentozne glive proizvajajo encime, ki jim omogočajo razgradnjo rastlinske biomase. Različni tipi mehanizmov za razgradnjo rastlinskih celičnih sten so bili opisani pri saprotrofičnih glivah, vendar je bilo sodelovanje oksidativnih encimov močno podcenjeno. Nedavno odkritje novega razreda oksidativnih encimov, poimenovanih litične polisaharid monooksigenaze (LPMO, angl. lytic polysaccharide monooxygenases), je dramatično razširila koncept encimske razgradnje polisaharidov rastlinskih celičnih sten. LPMO predstavljajo ključne celulolitične encime, ki delujejo na površini vlaken, kjer posredujejo pri oksidativni cepitvi polisaharidnih verig. V industriji, dodatek LPMO k celulolitičnim mešanicam vodi do zmanjšanja količine encimov potrebne za učinkovito saharifikacijo celulozne biomase.

<h2>Litične polisaharid monooksigenaze</h2>

Znane LPMO so razvrščene v družine AA9, AA10, AA11 in AA13. LPMO imajo v svoji strukturi koordiniran bakrov ion, ki sodeluje pri oksidativni cepitvi substrata. Večina LPMO iz družine AA9 je sposobna razgraditi celulozo. Encime iz družine AA9 lahko najdemo v nekaterih glivah. Koprofilna gliva Podospora anserina ima 33 genov, ki zapisujejo za encime LPMO iz družine AA9, eden izmed njih je PaLPMO9H. Te LPMO so sposobne oksidativno cepiti celulozo na različnih regijah.

<h2>Testirani substrati</h2>

Želeli so določiti razgradnje produkte in mesta cepitev encima PaLPMO9H pri likenanu (mahovem škrobu), ječmenovih mešano-vezanih glukanih (MLG), glukomananu (GM) in ksiloglukanu (XyG). Te polisaharide lahko najdemo v celičnih stenah različnih rastlin. Podobno kot celuloza, vsi vsebujejo vsaj nekaj β-D-glukoznih ostankov, povezanih preko (14)-glikozidnih vezi. Likenan in MLG sta linearna polimera β-D-glikozidnih ostankov, ki so med sabo povezani preko (14)- in (13)-glikozidnih vezi. GM sestavljajo enote β-D-glukoze in β -D-manozne, povezane preko (14)-glikozidnih vezi. XyG je razvejan polisaharid z ogrodjem iz β-D-glukoznih ostankov, povezanih preko (14)-glikozidne vezi, kjer ima večina enot ogrodja substitucijo z α-D-ksilozo in s tem pride do nastanka stranskih verig preko (16)-glikozidne vezi, ki se ponekod razširjajo naprej z (12)-povezanimi β-D-galaktoznimi ostanki, ki so vezani na α-D-ksilozo.

<h2>Metode dela</h2>
Encim PaLPMO9H iz glive Podospora anserina so izražali v kvasovki Pichia pastoris. 

Vse teste encimske razgradnje so izvedli v 300 μl reakcijskih mešanicah, ki so vsebovale 4,4 μM PaLPMO9H. Po 24-ih urah inkubacije, na 40 °C, so ustavili reakcijo s filtracijo preko membrane, ki je prepuščala samo delce manjše od 10 kDa. Topne produkte v filtratu, ki so se sprostili pri razgradnji, so analizirali. 

Filtrate so analizirali na dva načina, pri prvem so opravili analizo z masnim spektrometrom, pri drugem načinu pa so najprej ločili med sabo morebitne izomere s pomočjo ionskega mobilnega spektrometra, ki je bil direktno sklopljen z masnim spektrometrom. 

<h2>Rezultati</h2>
Ugotovili so, da encim PaLPMO9H cepi β-(14)-povezane glukane, tako linearne polimere, kot tudi tiste z razvejanimi stranskimi verigami, saj je prišlo do razgradnje vseh štirih substratov. Prišlo je do oksidativne cepitve β-(14)- in β-(14; 13)-povezanih glukozidnih substratov. PaLPMO9H oksidativno cepi likenan in MLG, produkti cepitve so ketoni in gem-dioli na nereducirajočih koncih glikozidnih ostankov. Dokazali so tudi aktivnost encima na β-(14)-povezanih heteropolisaharidih, natančneje na XyG. 

Sposobnost encima PaLPMO9H, da razgrajuje polisaharide, ki se razlikujejo od celuloze v glikozidni vezi med monosaharidnimi enotami, glikozidni sestavi in/ali prisotnosti stranskih verig, bi lahko predstavljala prednost za glivo pri njenem katabolizmu visoko variabilnih polisaharidov in ravno tako za človeka, pri razvoju optimalnih encimskih mešanic za uporabo v biorafinerijah.

MBT seminarji 2017

2017-05-15T17:53:00Z

Anja Tanšek:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Diagnostic value of recombinant Tp0821 protein in serodiagnosis for syphilis (Yafeng, ''et al''; Letters in applied microbiology, 2016, 62.4: 336-343; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26853900)[[Diagnostična vrednost rekombinantnega proteina Tp0821 v serodiagnostiki sifilisa]]. Tjaša Košir, 19. april 2017.
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april
# A novel staphylococcal enterotoxin B subunit vaccine candidate elicits protective immune response in a mouse model (J. Y. Choi ''et al''; Toxicon 131, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010117301071) [[Novo cepivo proti stafilokoknem enterotoksinu B izzove zaščitni imunski odziv pri miši]]. Amadeja Lapornik, 19. april 2017
#Protective efficacy of six immunogenic recombinant proteins of ''Vibrio anguillarum'' and evaluation them as vaccine candidate for flounder (''Paralichthys olivaceus'') (J. Xing ''et al''; Microbial Pathogenesis 107, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401017301857) [[Ovrednotenje šestih imunogenih rekombinantnih proteinov bakterije Vibrio Anguillarum kot kandidatna cepiva za ribo Paralichthys olivaceus]]. Mojca Hunski, 19. aprila 2017

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
# Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001, [[Strukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v Mycobacterium tuberculosis ]], Vid Jazbec
# Transcriptome analysis of the two unrelated fungal β-lactam producers Acremonium chrysogenum and Penicillium chrysogenum: Velvet-regulated genes are major targets during conventional strain improvement programs https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3663-0,[[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]] , Zala Gluhić
# Biosynthesis of indigo in Escherichia coli expressing self-sufficient CYP102A from ''Streptomyces cattleya'' (H. J. Kim »et al«; Dyes and Pigments, maj 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143720817300700) [[Biosinteza indiga v E. coli s CYP102A iz Streptomyces cattleya]]. Katja Malovrh, 26. april 2017

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEeniring_mikrobne_kokulture_dveh_sevov_Escherichia_coli_za_biosintezo_resveratrola Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola]. Petra Tavčar, 3. maj 2017
# Engineering ''S. equi'' subsp. ''zooepidemicus'' towards concurrent production of hyaluronic acid and chondroitin biopolymers of biomedical interest (Donatella Cimini ''et al''; AMB Express 7(61), 2017; https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-017-0364-7) [[Inženiring Streptococcus zooepidemicus za sočasno proizvodnjo biomedicinsko zanimive hialuronske kisline in hondroitinskih biopolimerov]]. Tim Božič, 3. maj 2017
# CRISPRi-mediated metabolic engineering of ''E. coli'' for O-methylated anthocyanin production (Brady F. Cress ''et al''; Microbal Cell factories 16(10), 2017; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0623-3) [[Metabolni inženiring E. coli za produkcijo O-metiliranih antocianinov z uporabo CRISPRi]]. Tajda Buh, 3. maj 2017

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900)[[ Proizvodnja ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalizator s potencialno uporabo v živilski industriji ]]. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Optimized production and characterization of a detergent-stable protease from ''Lysinibacillus fusiformis'' C250R (S. Mechri ''et al''; International journal of biological macromolecules 101, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813017302805) [[Izboljšana produkcija in karakterizacija na detergent odporne proteaze iz bakterije Lysinobasillus fusiformis C250R]]. Bine Tršavec, 10. maj 2017
# Investigating the impact of α-amylase, α-glucosidase and glucoamylase action on yeast-mediated bread dough fermentation and bread sugar levels (Struyf Nore ''et al''; Journal of cereal science 75, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0733521016304775) [[Vpliv dodajanja amilaze, glikozidaze in glukoamilaze na kvasno fermentacijo krušnega testa in raven sladkorja v kruhu]]. Simon Bolta, 10. maj 2017

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Enhancing digestibility and ethanol yield of ''Populus'' wood via expression of an engineered monolignol 4-O-methyltransferase (Y. Cai ''et al''; Nature Communications 7, 2016; http://www.nature.com/articles/ncomms11989) [[Povečana razgradnja biomase in večji izkoristek etanola z izražanjem gensko spremenjene monolignol 4-O-metiltransferaze v lesu rastlin rodu Populus]]. Inge Sotlar, 17. maj 2017
#
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5) [[Litična polisaharid monooksigenaza, PaLPMO9H, iz glive Podospora anserina, katalizira oksidativno cepitev raznolikih matričnih glikanov celične stene rastlin]]. Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# In vitro metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 Barbara Dušak
# Metabolic engineering of ''Saccharomyces cerevisiae'' for ''de novo'' production of dihydrochalcones with known antioxidant, antidiabetic, and sweet tasting properties (M. Eichenberger in sodelavci; Metabolic Engineering 39, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301859) Metabolno inženirstvo kvasovke ''Saccharomyces cerevisiae ''za namen ''de novo'' proizvodnje dihidrohalkonov z znanimi antioksidantnimi in antidiabetičnimi učinki ter s sladkim okusom. Tjaša Grum, 24. maj 2017
# Sara Kimm Fuhrmann

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017
# Anja Herceg

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (7. junij) 
# Matjaž Ivanuša
# Danijela Jošić
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2017

2017-03-16T22:07:37Z

Anja Tanšek:

MBT seminarji 2017

2017-03-09T20:27:36Z

Anja Tanšek:

Talk:Povečano izražanje genov na kromosomu X

2015-05-23T16:12:07Z

Anja Tanšek: New page: *Nuša Kelhar: Uvod, Ohnova ali 2R hipoteza, *Inge Sotlar: Kompenzacija doze (3. odstavek), Mehanizmi povečanega izražanja genov (uvod) in Mehanizem povečane regulacije pri ''Drosophil...

*Nuša Kelhar: Uvod, Ohnova ali 2R hipoteza,
*Inge Sotlar: Kompenzacija doze (3. odstavek), Mehanizmi povečanega izražanja genov (uvod) in Mehanizem povečane regulacije pri ''Drosophila''
*Anja Tanšek: Povečano izražanje pri placentalnih sesalcih, Kompenzacija doze pri ''Caenorhabditis elegans'', Kompenzacija doze pri pticah

Povečano izražanje genov na kromosomu X

2015-05-18T21:57:31Z

Anja Tanšek:

Človeški genom je sestavljen iz več kromosomov, avtosomnih in spolnih kromosomov. Tako imamo vretenčarji diploidne celice, kar pomeni, da so v njih po dve kopiji vsakega kromosoma. Oba kromosoma v paru nosita enake gene, ki pa se lahko nekoliko razlikujejo med seboj v specifičnih lastnostih, tako pravimo, da imamo po dva alela za gene. Ker se v celici nek gen lahko prepisuje iz obeh kromosomov (alelov), to vpliva na količino izraženega gena v obliki RNA transkripta ali proteina.

Spolni kromosomi se razlikujejo od avtosomnih kromosomov. Kot smo izvedeli v seminarju [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucija_spolnih_kromosomov# Evolucija spolnih kromosomov] je Y kromosom degeneriran, je veliko manjši od kromosoma X. Če bi se geni izražali iz obeh kromosomov enako intenzivno, bi ženske imele več genske informacije. Da se temu izognemo se pri ženskah en kromosom X inaktivira (več v seminarju [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_X-inaktivacije# Mehanizem X-inaktivacije]). Pojavi se tudi povečano izražanje genov iz aktivnega kromosoma X pri ženskah in pri moških zato, ker kromosom X vsebuje tudi nekatere avtosomne gene, ki niso povezani s spolom.

==Ohnova ali 2R hipoteza==
Za evolucijo je značilna divergenca genov, lahko pa najdemo regije oz. družine genov, ki so do neke mere ohranjene med različnimi rodovi organizmov in ta paralogna območja lahko primerjamo med seboj. Japonski znanstvenik, Susumu Ohno, je postavil teorijo, ki jo imenujemo Ohnova hipoteza ali 2R hipoteza (angl. 2-rund hypothesis). Pravi, da je v evoluciji, na stopnji med plaščarji in vretenčarji prišlo do tetraploidne evolucije, celoten genom naj bi se podvojil dvakrat, kar ustvari več genoma in s tem več možnosti za mutacije in evolucijo. Ta teorija je bila sprva sporna, saj so znanstveniki uporabljali različne pristope, da bi jo dokazali ali ovrgli, vendar je dandanes sprejeto, da teorija najverjetneje drži.

==Kompenzacija doze==
Gene, ki se izražajo iz več kromosomov ali pa so potrebni v točno določenih količinah, imenujemo na dozo občutljivi geni in jih lahko razvrstimo na podlagi mehanizmov, ki so vključeni v povišano izražanje kromosoma X. Ti geni sodelujejo med seboj in pri tem tvorijo proteinske kompleks. Izražanje genov mora biti usklajeno tako, da je raven izražanja v ravnovesju.

Ugotavljali so, kakšno je razmerje med izražanjem genov iz kromosoma X proti avtosomom (razmerje X:A). Če se zgodi kompenzacija doze so pričakovali, da bo razmerje okoli 1, v skladu s tem, da se izražanje iz kromosoma X podvoji. V somatskih celicah se izražanje iz kromosoma X podvoji, saj je razmerje okoli 1. V celicah možganov obeh spolov, v jajčnikih in maternici je število večje od 1, kar nam pove, da se izražanje iz kromosoma X poveča za malo več kot dvakrat, kar nam pove, da so geni, ki so na njem zapisani posebno pomembni za ta tkiva. V oocitah opazimo, da izražanje ni povečano, kar se sklada s tem, da so spolne celice haploidne in je tako izražanje uravnoteženo z avtosomi. V spermatocitih opazimo, da je izražanje iz kromosoma X močno utišano, kar je v skladu s tem, da se utišajo geni za ženski spol. Po oploditvi se pri ženskih embrijih že na ravni dveh ali štirih celic blastociste zgodi inaktivacija kromosoma X, zato se mora izražanje iz aktivnega X zopet povečati.

Pri sesalcih se lahko kompenzacija doze uravnava z naključno inaktivacijo kromosoma X v somatskih celicah samic, kjer se večina genov na enem od kromosomov X utiša. Druga oblika uravnavanja kompenzacije doze pa je z uravnoteženim izražanjem med geni avtosomnih kromosomov, in geni na kromosomu X. Pri obeh spolih pride posledično do prekomernega izražanja na aktivnem kromosomu X. Analize transkriptomov so sprva pokazale, da se geni povečano izražajo le pri vinskih mušicah. Kasnejše raziskave RNA zaporedij pa so dokazale prisotnost povečanega izražanja tako pri ''Drosophila'', kakor tudi sesalcih in ''C. elegans''.

==Mehanizmi povečanega izražanja genov==
Opazili so dva različna mehanizma, ki povečata izražanje genov na kromosomu X in se lahko zgodita na transkripcijskem ali posttranskripcijskem nivoju. Pri nekaterih genih so opazili povečanje iniciacije transkripcije, kjer je ključnega pomena histon acetiltransferaza, pri drugih pa je bil opažen povišan razpolovni čas RNA.

===Mehanizem povečane regulacije pri ''Drosophila''===
V 10-ih letih so znanstveniki opravili ogromno raziskav, da bi razumeli, kako je kompenzacija doze kontrolirana pri vinskih mušicah. Na podlagi rezultatov so lahko bolje razložili mehanizem pri sesalcih. Najpomembnejša ugotovitev je bila, da se pri ''Drosophila'' kompenzacija doseže s podvojitvijo števila transkriptov genov s kromosoma X, a le pri samcih. Samci imajo namreč le en kromosom X, medtem ko imajo samice dva.

Pri samcih so našli posebne gene, ki kodirajo za pet različnih proteinov, in jih skupno poimenovali ''msl'' (angl. male-specific lethal) geni: ''msl-1'', ''msl-2'' in ''msl-3'', ''mle'' (maleless) ter ''mof'' (angl. male absent on the first). V to skupino genov nekateri prištevajo še dva dodatna gena, ''roX1'' in ''roX2'', ki zapisujeta za nekodirajočo RNA na kromosomu X, t.i. roX RNA. Vsi produkti omenjenih genov se nato združijo v velik proteinski MSL kompleks, poznan tudi kot DCC (angl. dosage compensation complex) kompleks ali kompenzasom. Ti kompleksi so razporejeni vzdolž celotnega kromosoma X in so ključni za epigenetske spremembe oz. za spreminjanje strukture kromatina. Za oblikovanje in pravilno delovanje kompenzasoma morajo biti prisotni vsi proteini MSL in vsaj ena roX RNA (roX1 ali 2), ki se na kompleks pripne s pomočjo MLE, RNA helikaze. Pri samicah se MSL kompleks ne more oblikovati, saj ne pride do izražanja MSL2 proteina, ki je glavni pri združevanju proteinov v kompleks.

Mehanizem, s katerim kompleks spremeni strukturo kromatina, je preko modifikacije histonov. Na mestih, kjer se je nahajal kompenzasom, so našli povečano število acetiliranih histonov H4, natančneje na lizinu 16 (H4K16ac). Za to naj bi bil zaslužna histon acetiltransferaza MOF, znana tudi pod imenom KAT8. Acetilacija s KAT8 povzroči, da se kromatin razrahlja in na tistem mestu se izražanje genov poveča. Nekateri menijo, da je v kompenzacijo doze vključena še modifikacija histona H3. Tu sodeluje kinaza JIL-1, ki fosforilira H3 na serinu 10. S tem so dokazali, da so modifikacije histonov ključnega pomena pri ohranjanju enakega števila genov.

Drugi mehanizem, do katerega lahko pride pri povečanju izražanja genov, je večja stabilnost RNA. Vzroki, zakaj pride do povišanega razpolovnega časa RNA, pa še niso znani.

===Povečano izražanje pri placentalnih sesalcih===
Natančen čas povečanja regulacije X-kromosoma ni znan. Postopno zviševanje izražanja genov z X-kromosoma lahko opazimo v embrionalnih matičnih celicah, pri obeh spolih. Opazimo lahko tudi molekularne razlike med aktivnim kromosomom X in avtosomi. Pri miših so prav tako dokazali večjo prisotnost RNA polimeraz II (PolII) na 5` koncu izraženih genov iz X-kromosoma v primerjavi z avtosomi.

===Kompenzacija doze pri ''Caenorhabditis elegans''===
Spol pri ''C. elegans'', glistah, določijo tako, da primerjajo razmerje med X-kromosomi in avtosomi. Samci so X0 in hermafroditi XX. Povečano izražanje je bilo dokumentirano v somatskih celicah, vendar mehanizem ni poznan.

===Kompenzacija doze pri pticah===
Za razliko od sesalcev, so pri pticah samice heterogamete (ZW). Ko primerjamo razmerje izražanja genov med Z-kromosomom in avtosomi opazimo, da ni 0.5 (0.6 – 0.8), kar dokazuje delno kompenzacijo doze. Kompenzirani geni v eni vrsti ptičev so pogosto enaki geni v drugih vrstah, kar nakazuje na skupino genov občutljivih na kompenzacijo doze. Delna kompenzacija doze pri pticah bi lahko bila zaradi razdrobljenega povečanja izražanja genov z Z kromosoma, še posebno pri samicah. Pri samcih pa lahko opazimo naključno izključitev enega izmed Z-kromosomov.

Zanimivo je dejstvo, da skupina genov iz Z kromosoma pri kokoših sodeluje z nekodirajočo MHM (angl. male hypermethylated) RNA in rekrutira H4K16 acetilacijo za povečano izražanje genov Z kromosoma pri samicah. Tako H4K16 najverjetneje ni vpleten samo v povečano izražanje genov pri ''Drosophila'', ampak tudi pri pticah.

==Viri==
# Deng, X., Berletch, J.B., Nguyen, D.K., Disteche, C.M. X chromosome regulation: diverse patterns in development, tissues and disease. Nature, 2014, letn. 15, str. 367-378.
# Deng, X., Berletch, J.B., Ma, W., Nguyen, D.K., Noble, W.S., Shendure, J., Disteche, C.M. Upregulation of the mammalian X chromosome is associated with enhanced transcription initiation, MOF-mediated H4K16 acetylation, and longer RNA half-life. Dev Cell, 2013, letn. 25, str. 55–68.
# Conrad, T. in Akhtar A. Dosage compensation in ''Drosophila melanogaster'': epigenetic fine-tuning of chromosome-wide transcription. Nature Reviews Genetics, 2012, letn. 13, str. 123-134.
# Disteche, M. C. Dosage Compensation of the Sex Chromosomes. Annual Review of genetics, 2012, letn. 46, str. 537-560.

Povečano izražanje genov na kromosomu X

2015-05-18T21:55:21Z

Anja Tanšek:

Človeški genom je sestavljen iz več kromosomov, avtosomnih in spolnih kromosomov. Tako imamo vretenčarji diploidne celice, kar pomeni, da so v njih po dve kopiji vsakega kromosoma. Oba kromosoma v paru nosita enake gene, ki pa se lahko nekoliko razlikujejo med seboj v specifičnih lastnostih, tako pravimo, da imamo po dva alela za gene. Ker se v celici nek gen lahko prepisuje iz obeh kromosomov (alelov), to vpliva na količino izraženega gena v obliki RNA transkripta ali proteina.

Spolni kromosomi se razlikujejo od avtosomnih kromosomov. Kot smo izvedeli v seminarju [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucija_spolnih_kromosomov# Evolucija spolnih kromosomov] je Y kromosom degeneriran, je veliko manjši od kromosoma X. Če bi se geni izražali iz obeh kromosomov enako intenzivno, bi ženske imele več genske informacije. Da se temu izognemo se pri ženskah en kromosom X inaktivira (več v seminarju [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_X-inaktivacije# Mehanizem X-inaktivacije]). Pojavi se tudi povečano izražanje genov iz aktivnega kromosoma X pri ženskah in pri moških zato, ker kromosom X vsebuje tudi nekatere avtosomne gene, ki niso povezani s spolom.

==Ohnova ali 2R hipoteza==
Za evolucijo je značilna divergenca genov, lahko pa najdemo regije oz. družine genov, ki so do neke mere ohranjene med različnimi rodovi organizmov in ta paralogna območja lahko primerjamo med seboj. Japonski znanstvenik, Susumu Ohno, je postavil teorijo, ki jo imenujemo Ohnova hipoteza ali 2R hipoteza (angl. 2-rund hypothesis). Pravi, da je v evoluciji, na stopnji med plaščarji in vretenčarji prišlo do tetraploidne evolucije, celoten genom naj bi se podvojil dvakrat, kar ustvari več genoma in s tem več možnosti za mutacije in evolucijo. Ta teorija je bila sprva sporna, saj so znanstveniki uporabljali različne pristope, da bi jo dokazali ali ovrgli, vendar je dandanes sprejeto, da teorija najverjetneje drži.

==Kompenzacija doze==
Gene, ki se izražajo iz več kromosomov ali pa so potrebni v točno določenih količinah, imenujemo na dozo občutljivi geni in jih lahko razvrstimo na podlagi mehanizmov, ki so vključeni v povišano izražanje kromosoma X. Ti geni sodelujejo med seboj in pri tem tvorijo proteinske kompleks. Izražanje genov mora biti usklajeno tako, da je raven izražanja v ravnovesju.

Ugotavljali so, kakšno je razmerje med izražanjem genov iz kromosoma X proti avtosomom (razmerje X:A). Če se zgodi kompenzacija doze so pričakovali, da bo razmerje okoli 1, v skladu s tem, da se izražanje iz kromosoma X podvoji. V somatskih celicah se izražanje iz kromosoma X podvoji, saj je razmerje okoli 1. V celicah možganov obeh spolov, v jajčnikih in maternici je število večje od 1, kar nam pove, da se izražanje iz kromosoma X poveča za malo več kot dvakrat, kar nam pove, da so geni, ki so na njem zapisani posebno pomembni za ta tkiva. V oocitah opazimo, da izražanje ni povečano, kar se sklada s tem, da so spolne celice haploidne in je tako izražanje uravnoteženo z avtosomi. V spermatocitih opazimo, da je izražanje iz kromosoma X močno utišano, kar je v skladu s tem, da se utišajo geni za ženski spol. Po oploditvi se pri ženskih embrijih že na ravni dveh ali štirih celic blastociste zgodi inaktivacija kromosoma X, zato se mora izražanje iz aktivnega X zopet povečati.

Pri sesalcih se lahko kompenzacija doze uravnava z naključno inaktivacijo kromosoma X v somatskih celicah samic, kjer se večina genov na enem od kromosomov X utiša. Druga oblika uravnavanja kompenzacije doze pa je z uravnoteženim izražanjem med geni avtosomnih kromosomov, in geni na kromosomu X. Pri obeh spolih pride posledično do prekomernega izražanja na aktivnem kromosomu X. Analize transkriptomov so sprva pokazale, da se geni povečano izražajo le pri vinskih mušicah. Kasnejše raziskave RNA zaporedij pa so dokazale prisotnost povečanega izražanja tako pri ''Drosophila'', kakor tudi sesalcih in ''C. elegans''.

==Mehanizmi povečanega izražanja genov==
Opazili so dva različna mehanizma, ki povečata izražanje genov na kromosomu X in se lahko zgodita na transkripcijskem ali posttranskripcijskem nivoju. Pri nekaterih genih so opazili povečanje iniciacije transkripcije, kjer je ključnega pomena histon acetiltransferaza, pri drugih pa je bil opažen povišan razpolovni čas RNA.

==Mehanizem povečane regulacije pri ''Drosophila''==
V 10-ih letih so znanstveniki opravili ogromno raziskav, da bi razumeli, kako je kompenzacija doze kontrolirana pri vinskih mušicah. Na podlagi rezultatov so lahko bolje razložili mehanizem pri sesalcih. Najpomembnejša ugotovitev je bila, da se pri ''Drosophila'' kompenzacija doseže s podvojitvijo števila transkriptov genov s kromosoma X, a le pri samcih. Samci imajo namreč le en kromosom X, medtem ko imajo samice dva.

Pri samcih so našli posebne gene, ki kodirajo za pet različnih proteinov, in jih skupno poimenovali ''msl'' (angl. male-specific lethal) geni: ''msl-1'', ''msl-2'' in ''msl-3'', ''mle'' (maleless) ter ''mof'' (angl. male absent on the first). V to skupino genov nekateri prištevajo še dva dodatna gena, ''roX1'' in ''roX2'', ki zapisujeta za nekodirajočo RNA na kromosomu X, t.i. roX RNA. Vsi produkti omenjenih genov se nato združijo v velik proteinski MSL kompleks, poznan tudi kot DCC (angl. dosage compensation complex) kompleks ali kompenzasom. Ti kompleksi so razporejeni vzdolž celotnega kromosoma X in so ključni za epigenetske spremembe oz. za spreminjanje strukture kromatina. Za oblikovanje in pravilno delovanje kompenzasoma morajo biti prisotni vsi proteini MSL in vsaj ena roX RNA (roX1 ali 2), ki se na kompleks pripne s pomočjo MLE, RNA helikaze. Pri samicah se MSL kompleks ne more oblikovati, saj ne pride do izražanja MSL2 proteina, ki je glavni pri združevanju proteinov v kompleks.

Mehanizem, s katerim kompleks spremeni strukturo kromatina, je preko modifikacije histonov. Na mestih, kjer se je nahajal kompenzasom, so našli povečano število acetiliranih histonov H4, natančneje na lizinu 16 (H4K16ac). Za to naj bi bil zaslužna histon acetiltransferaza MOF, znana tudi pod imenom KAT8. Acetilacija s KAT8 povzroči, da se kromatin razrahlja in na tistem mestu se izražanje genov poveča. Nekateri menijo, da je v kompenzacijo doze vključena še modifikacija histona H3. Tu sodeluje kinaza JIL-1, ki fosforilira H3 na serinu 10. S tem so dokazali, da so modifikacije histonov ključnega pomena pri ohranjanju enakega števila genov.

Drugi mehanizem, do katerega lahko pride pri povečanju izražanja genov, je večja stabilnost RNA. Vzroki, zakaj pride do povišanega razpolovnega časa RNA, pa še niso znani.

==Povečano izražanje pri placentalnih sesalcih==
Natančen čas povečanja regulacije X-kromosoma ni znan. Postopno zviševanje izražanja genov z X-kromosoma lahko opazimo v embrionalnih matičnih celicah, pri obeh spolih. Opazimo lahko tudi molekularne razlike med aktivnim kromosomom X in avtosomi. Pri miših so prav tako dokazali večjo prisotnost RNA polimeraz II (PolII) na 5` koncu izraženih genov iz X-kromosoma v primerjavi z avtosomi.

==Kompenzacija doze pri ''Caenorhabditis elegans''==
Spol pri ''C. elegans'', glistah, določijo tako, da primerjajo razmerje med X-kromosomi in avtosomi. Samci so X0 in hermafroditi XX. Povečano izražanje je bilo dokumentirano v somatskih celicah, vendar mehanizem ni poznan.

==Kompenzacija doze pri pticah==
Za razliko od sesalcev, so pri pticah samice heterogamete (ZW). Ko primerjamo razmerje izražanja genov med Z-kromosomom in avtosomi opazimo, da ni 0.5 (0.6 – 0.8), kar dokazuje delno kompenzacijo doze. Kompenzirani geni v eni vrsti ptičev so pogosto enaki geni v drugih vrstah, kar nakazuje na skupino genov občutljivih na kompenzacijo doze. Delna kompenzacija doze pri pticah bi lahko bila zaradi razdrobljenega povečanja izražanja genov z Z kromosoma, še posebno pri samicah. Pri samcih pa lahko opazimo naključno izključitev enega izmed Z-kromosomov.

Zanimivo je dejstvo, da skupina genov iz Z kromosoma pri kokoših sodeluje z nekodirajočo MHM (angl. male hypermethylated) RNA in rekrutira H4K16 acetilacijo za povečano izražanje genov Z kromosoma pri samicah. Tako H4K16 najverjetneje ni vpleten samo v povečano izražanje genov pri ''Drosophila'', ampak tudi pri pticah.

==Viri==
# Deng, X., Berletch, J.B., Nguyen, D.K., Disteche, C.M. X chromosome regulation: diverse patterns in development, tissues and disease. Nature, 2014, letn. 15, str. 367-378.
# Deng, X., Berletch, J.B., Ma, W., Nguyen, D.K., Noble, W.S., Shendure, J., Disteche, C.M. Upregulation of the mammalian X chromosome is associated with enhanced transcription initiation, MOF-mediated H4K16 acetylation, and longer RNA half-life. Dev Cell, 2013, letn. 25, str. 55–68.
# Conrad, T. in Akhtar A. Dosage compensation in ''Drosophila melanogaster'': epigenetic fine-tuning of chromosome-wide transcription. Nature Reviews Genetics, 2012, letn. 13, str. 123-134.
# Disteche, M. C. Dosage Compensation of the Sex Chromosomes. Annual Review of genetics, 2012, letn. 46, str. 537-560.

Povečano izražanje genov na kromosomu X

2015-05-18T21:53:52Z

Anja Tanšek:

Človeški genom je sestavljen iz več kromosomov, avtosomnih in spolnih kromosomov. Tako imamo vretenčarji diploidne celice, kar pomeni, da so v njih po dve kopiji vsakega kromosoma. Oba kromosoma v paru nosita enake gene, ki pa se lahko nekoliko razlikujejo med seboj v specifičnih lastnostih, tako pravimo, da imamo po dva alela za gene. Ker se v celici nek gen lahko prepisuje iz obeh kromosomov (alelov), to vpliva na količino izraženega gena v obliki RNA transkripta ali proteina.

Spolni kromosomi se razlikujejo od avtosomnih kromosomov. Kot smo izvedeli v seminarju [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucija_spolnih_kromosomov# Evolucija spolnih kromosomov] je Y kromosom degeneriran, je veliko manjši od kromosoma X. Če bi se geni izražali iz obeh kromosomov enako intenzivno, bi ženske imele več genske informacije. Da se temu izognemo se pri ženskah en kromosom X inaktivira (več v seminarju [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_X-inaktivacije# Mehanizem X-inaktivacije]). Pojavi se tudi povečano izražanje genov iz aktivnega kromosoma X pri ženskah in pri moških zato, ker kromosom X vsebuje tudi nekatere avtosomne gene, ki niso povezani s spolom.

==Ohnova ali 2R hipoteza==
Za evolucijo je značilna divergenca genov, lahko pa najdemo regije oz. družine genov, ki so do neke mere ohranjene med različnimi rodovi organizmov in ta paralogna območja lahko primerjamo med seboj. Japonski znanstvenik, Susumu Ohno, je postavil teorijo, ki jo imenujemo Ohnova hipoteza ali 2R hipoteza (angl. 2-rund hypothesis). Pravi, da je v evoluciji, na stopnji med plaščarji in vretenčarji prišlo do tetraploidne evolucije, celoten genom naj bi se podvojil dvakrat, kar ustvari več genoma in s tem več možnosti za mutacije in evolucijo. Ta teorija je bila sprva sporna, saj so znanstveniki uporabljali različne pristope, da bi jo dokazali ali ovrgli, vendar je dandanes sprejeto, da teorija najverjetneje drži.

==Kompenzacija doze==
Gene, ki se izražajo iz več kromosomov ali pa so potrebni v točno določenih količinah, imenujemo na dozo občutljivi geni in jih lahko razvrstimo na podlagi mehanizmov, ki so vključeni v povišano izražanje kromosoma X. Ti geni sodelujejo med seboj in pri tem tvorijo proteinske kompleks. Izražanje genov mora biti usklajeno tako, da je raven izražanja v ravnovesju.

Ugotavljali so, kakšno je razmerje med izražanjem genov iz kromosoma X proti avtosomom (razmerje X:A). Če se zgodi kompenzacija doze so pričakovali, da bo razmerje okoli 1, v skladu s tem, da se izražanje iz kromosoma X podvoji. V somatskih celicah se izražanje iz kromosoma X podvoji, saj je razmerje okoli 1. V celicah možganov obeh spolov, v jajčnikih in maternici je število večje od 1, kar nam pove, da se izražanje iz kromosoma X poveča za malo več kot dvakrat, kar nam pove, da so geni, ki so na njem zapisani posebno pomembni za ta tkiva. V oocitah opazimo, da izražanje ni povečano, kar se sklada s tem, da so spolne celice haploidne in je tako izražanje uravnoteženo z avtosomi. V spermatocitih opazimo, da je izražanje iz kromosoma X močno utišano, kar je v skladu s tem, da se utišajo geni za ženski spol. Po oploditvi se pri ženskih embrijih že na ravni dveh ali štirih celic blastociste zgodi inaktivacija kromosoma X, zato se mora izražanje iz aktivnega X zopet povečati.

Poskusi, s katerimi so preverjali, ali pride do kompenzacije s povečanim izražanjem v sesalčjih celicah različnih tkiv, so pokazali, da se regulacija izražanja genov iz kromosoma X dogaja pri obeh spolih v mnogih tkivih.
Pri sesalcih se lahko kompenzacija doze uravnava z naključno inaktivacijo kromosoma X v somatskih celicah samic, kjer se večina genov na enem od kromosomov X utiša. Druga oblika uravnavanja kompenzacije doze pa je z uravnoteženim izražanjem med geni avtosomnih kromosomov, in geni na kromosomu X. Pri obeh spolih pride posledično do prekomernega izražanja na aktivnem kromosomu X. Analize transkriptomov so sprva pokazale, da se geni povečano izražajo le pri vinskih mušicah. Kasnejše raziskave RNA zaporedij pa so dokazale prisotnost povečanega izražanja tako pri ''Drosophila'', kakor tudi sesalcih in ''C. elegans''.

==Mehanizmi povečanega izražanja genov==
Opazili so dva različna mehanizma, ki povečata izražanje genov na kromosomu X in se lahko zgodita na transkripcijskem ali posttranskripcijskem nivoju. Pri nekaterih genih so opazili povečanje iniciacije transkripcije, kjer je ključnega pomena histon acetiltransferaza, pri drugih pa je bil opažen povišan razpolovni čas RNA.

==Mehanizem povečane regulacije pri ''Drosophila''==
V 10-ih letih so znanstveniki opravili ogromno raziskav, da bi razumeli, kako je kompenzacija doze kontrolirana pri vinskih mušicah. Na podlagi rezultatov so lahko bolje razložili mehanizem pri sesalcih. Najpomembnejša ugotovitev je bila, da se pri ''Drosophila'' kompenzacija doseže s podvojitvijo števila transkriptov genov s kromosoma X, a le pri samcih. Samci imajo namreč le en kromosom X, medtem ko imajo samice dva.

Pri samcih so našli posebne gene, ki kodirajo za pet različnih proteinov, in jih skupno poimenovali ''msl'' (angl. male-specific lethal) geni: ''msl-1'', ''msl-2'' in ''msl-3'', ''mle'' (maleless) ter ''mof'' (angl. male absent on the first). V to skupino genov nekateri prištevajo še dva dodatna gena, ''roX1'' in ''roX2'', ki zapisujeta za nekodirajočo RNA na kromosomu X, t.i. roX RNA. Vsi produkti omenjenih genov se nato združijo v velik proteinski MSL kompleks, poznan tudi kot DCC (angl. dosage compensation complex) kompleks ali kompenzasom. Ti kompleksi so razporejeni vzdolž celotnega kromosoma X in so ključni za epigenetske spremembe oz. za spreminjanje strukture kromatina. Za oblikovanje in pravilno delovanje kompenzasoma morajo biti prisotni vsi proteini MSL in vsaj ena roX RNA (roX1 ali 2), ki se na kompleks pripne s pomočjo MLE, RNA helikaze. Pri samicah se MSL kompleks ne more oblikovati, saj ne pride do izražanja MSL2 proteina, ki je glavni pri združevanju proteinov v kompleks.

Mehanizem, s katerim kompleks spremeni strukturo kromatina, je preko modifikacije histonov. Na mestih, kjer se je nahajal kompenzasom, so našli povečano število acetiliranih histonov H4, natančneje na lizinu 16 (H4K16ac). Za to naj bi bil zaslužna histon acetiltransferaza MOF, znana tudi pod imenom KAT8. Acetilacija s KAT8 povzroči, da se kromatin razrahlja in na tistem mestu se izražanje genov poveča. Nekateri menijo, da je v kompenzacijo doze vključena še modifikacija histona H3. Tu sodeluje kinaza JIL-1, ki fosforilira H3 na serinu 10. S tem so dokazali, da so modifikacije histonov ključnega pomena pri ohranjanju enakega števila genov.

Drugi mehanizem, do katerega lahko pride pri povečanju izražanja genov, je večja stabilnost RNA. Vzroki, zakaj pride do povišanega razpolovnega časa RNA, pa še niso znani.

==Povečano izražanje pri placentalnih sesalcih==
Natančen čas povečanja regulacije X-kromosoma ni znan. Postopno zviševanje izražanja genov z X-kromosoma lahko opazimo v embrionalnih matičnih celicah, pri obeh spolih. Opazimo lahko tudi molekularne razlike med aktivnim kromosomom X in avtosomi. Pri miših so prav tako dokazali večjo prisotnost RNA polimeraz II (PolII) na 5` koncu izraženih genov iz X-kromosoma v primerjavi z avtosomi.

==Kompenzacija doze pri ''Caenorhabditis elegans''==
Spol pri ''C. elegans'', glistah, določijo tako, da primerjajo razmerje med X-kromosomi in avtosomi. Samci so X0 in hermafroditi XX. Povečano izražanje je bilo dokumentirano v somatskih celicah, vendar mehanizem ni poznan.

==Kompenzacija doze pri pticah==
Za razliko od sesalcev, so pri pticah samice heterogamete (ZW). Ko primerjamo razmerje izražanja genov med Z-kromosomom in avtosomi opazimo, da ni 0.5 (0.6 – 0.8), kar dokazuje delno kompenzacijo doze. Kompenzirani geni v eni vrsti ptičev so pogosto enaki geni v drugih vrstah, kar nakazuje na skupino genov občutljivih na kompenzacijo doze. Delna kompenzacija doze pri pticah bi lahko bila zaradi razdrobljenega povečanja izražanja genov z Z kromosoma, še posebno pri samicah. Pri samcih pa lahko opazimo naključno izključitev enega izmed Z-kromosomov.

Zanimivo je dejstvo, da skupina genov iz Z kromosoma pri kokoših sodeluje z nekodirajočo MHM (angl. male hypermethylated) RNA in rekrutira H4K16 acetilacijo za povečano izražanje genov Z kromosoma pri samicah. Tako H4K16 najverjetneje ni vpleten samo v povečano izražanje genov pri ''Drosophila'', ampak tudi pri pticah.

==Viri==
# Deng, X., Berletch, J.B., Nguyen, D.K., Disteche, C.M. X chromosome regulation: diverse patterns in development, tissues and disease. Nature, 2014, letn. 15, str. 367-378.
# Deng, X., Berletch, J.B., Ma, W., Nguyen, D.K., Noble, W.S., Shendure, J., Disteche, C.M. Upregulation of the mammalian X chromosome is associated with enhanced transcription initiation, MOF-mediated H4K16 acetylation, and longer RNA half-life. Dev Cell, 2013, letn. 25, str. 55–68.
# Conrad, T. in Akhtar A. Dosage compensation in ''Drosophila melanogaster'': epigenetic fine-tuning of chromosome-wide transcription. Nature Reviews Genetics, 2012, letn. 13, str. 123-134.
# Disteche, M. C. Dosage Compensation of the Sex Chromosomes. Annual Review of genetics, 2012, letn. 46, str. 537-560.

Povečano izražanje genov na kromosomu X

2015-05-18T21:53:19Z

Anja Tanšek:

Človeški genom je sestavljen iz več kromosomov, avtosomnih in spolnih kromosomov. Nekateri geni, ki sodelujejo med seboj (npr. tvorijo proteinske komplekse) se nahajajo na različnih kromosomih in zato mora biti izražanje genov usklajeno tako, da je raven izražanja v ravnovesju.

Za evolucijo je značilna divergenca genov, lahko pa najdemo regije oz. družine genov, ki so do neke mere ohranjene med različnimi rodovi organizmov in ta paralogna območja lahko primerjamo med seboj. Japonski znanstvenik, Susumu Ohno, je postavil teorijo, ki jo imenujemo Ohnova hipoteza ali 2R hipoteza (angl. 2-rund hypothesis). Pravi, da je v evoluciji, na stopnji med plaščarji in vretenčarji prišlo do tetraploidne evolucije, celoten genom naj bi se podvojil dvakrat, kar ustvari več genoma in s tem več možnosti za mutacije in evolucijo. Ta teorija je bila sprva sporna, saj so znanstveniki uporabljali različne pristope, da bi jo dokazali ali ovrgli, vendar je dandanes sprejeto, da teorija najverjetneje drži.

Tako imamo vretenčarji diploidne celice, kar pomeni, da so v njih po dve kopiji vsakega kromosoma. Oba kromosoma v paru nosita enake gene, ki pa se lahko nekoliko razlikujejo med seboj v specifičnih lastnostih, tako pravimo, da imamo po dva alela za gene. Ker se v celici nek gen lahko prepisuje iz obeh kromosomov (alelov), to vpliva na količino izraženega gena v obliki RNA transkripta ali proteina.

Spolni kromosomi se razlikujejo od avtosomnih kromosomov. Kot smo izvedeli v seminarju [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucija_spolnih_kromosomov# Evolucija spolnih kromosomov] je Y kromosom degeneriran, je veliko manjši od kromosoma X. Če bi se geni izražali iz obeh kromosomov enako intenzivno, bi ženske imele več genske informacije. Da se temu izognemo se pri ženskah en kromosom X inaktivira (več v seminarju [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_X-inaktivacije# Mehanizem X-inaktivacije]). Pojavi se tudi povečano izražanje genov iz aktivnega kromosoma X pri ženskah in pri moških zato, ker kromosom X vsebuje tudi nekatere avtosomne gene, ki niso povezani s spolom.
Ta pojav so opazili pri vinski mušici (Drosophila melanogaster), ki majo tudi X in Y spolne gene. Pri samicah se inaktivacija X kromosoma ne zgodi, zato se mora pri samcu, zaradi kompenzacije doze, povečati izražanje genov iz kromosoma X.

Poskusi, s katerimi so preverjali, ali pride do kompenzacije s povečanim izražanjem v sesalčjih celicah različnih tkiv, so pokazali, da se regulacija izražanja genov iz kromosoma X dogaja pri obeh spolih v mnogih tkivih. Pri sesalcih se lahko kompenzacija doze uravnava z naključno inaktivacijo kromosoma X v somatskih celicah samic, kjer se večina genov na enem od kromosomov X utiša. Druga oblika uravnavanja kompenzacije doze pa je z uravnoteženim izražanjem med geni avtosomnih kromosomov, in geni na kromosomu X. Pri obeh spolih pride posledično do prekomernega izražanja na aktivnem kromosomu X. Analize transkriptomov so sprva pokazale, da se geni povečano izražajo le pri vinskih mušicah (Drosophila). Kasnejše raziskave RNA zaporedij pa so dokazale prisotnost povečanega izražanja tako pri Drosophila, kakor tudi sesalcih in C. elegans.

Gene, ki se izražajo iz več kromosomov ali pa so potrebni v točno določenih količinah imenujemo na dozo občutljivi geni in jih lahko razvrstimo na podlagi mehanizmov, ki so vključeni v povišano izražanje kromosoma X. Opazili so dva različna mehanizma, ki povečata izražanje genov na kromosomu X in se lahko zgodita na transkripcijskem ali posttranskripcijskem nivoju. Pri nekaterih genih so opazili povečanje iniciacije transkripcije, kjer je ključnega pomena histon acetiltransferaza, pri drugih pa je bil opažen povišan razpolovni čas RNA.

Ugotavljali so, kakšno je razmerje med izražanjem genov iz kromosoma X proti avtosomom (razmerje X:A). Če se zgodi kompenzacija doze so pričakovali, da bo razmerje okoli 1, v skladu s tem, da se izražanje iz kromosoma X podvoji. V somatskih celicah se izražanje iz kromosoma X podvoji, saj je razmerje okoli 1. V celicah možganov obeh spolov, v jajčnikih in maternici je število večje od 1, kar nam pove, da se izražanje iz kromosoma X poveča za malo več kot dvakrat, kar nam pove, da so geni, ki so na njem zapisani posebno pomembni za ta tkiva. V oocitah opazimo, da izražanje ni povečano, kar se sklada s tem, da so spolne celice haploidne in je tako izražanje uravnoteženo z avtosomi. V spermatocitih opazimo, da je izražanje iz kromosoma X močno utišano, kar je v skladu s tem, da se utišajo geni za ženski spol. Po oploditvi se pri ženskih embrijih že na ravni dveh ali štirih celic blastociste zgodi inaktivacija kromosoma X, zato se mora izražanje iz aktivnega X zopet povečati.

==Mehanizem povečane regulacije pri Drosophila==
V 10-ih letih so znanstveniki opravili ogromno raziskav, da bi razumeli, kako je kompenzacija doze kontrolirana pri vinskih mušicah. Na podlagi rezultatov so lahko bolje razložili mehanizem pri sesalcih. Najpomembnejša ugotovitev je bila, da se pri Drosophila kompenzacija doseže s podvojitvijo števila transkriptov genov s kromosoma X, a le pri samcih. Samci imajo namreč le en kromosom X, medtem ko imajo samice dva.

Pri samcih so našli posebne gene, ki kodirajo za pet različnih proteinov, in jih skupno poimenovali msl (angl. male-specific lethal) geni: msl-1, msl-2 in msl-3, mle (maleless) ter mof (angl. male absent on the first). V to skupino genov nekateri prištevajo še dva dodatna gena, roX1 in roX2, ki zapisujeta za nekodirajočo RNA na kromosomu X, t.i. roX RNA. Vsi produkti omenjenih genov se nato združijo v velik proteinski MSL kompleks, poznan tudi kot DCC (angl. dosage compensation complex) kompleks ali kompenzasom. Ti kompleksi so razporejeni vzdolž celotnega kromosoma X in so ključni za epigenetske spremembe oz. za spreminjanje strukture kromatina. Za oblikovanje in pravilno delovanje kompenzasoma morajo biti prisotni vsi proteini MSL in vsaj ena roX RNA (roX1 ali 2), ki se na kompleks pripne s pomočjo MLE, RNA helikaze. Pri samicah se MSL kompleks ne more oblikovati, saj ne pride do izražanja MSL2 proteina, ki je glavni pri združevanju proteinov v kompleks.

Mehanizem, s katerim kompleks spremeni strukturo kromatina, je preko modifikacije histonov. Na mestih, kjer se je nahajal kompenzasom, so našli povečano število acetiliranih histonov H4, natančneje na lizinu 16 (H4K16ac). Za to naj bi bil zaslužna histon acetiltransferaza MOF, znana tudi pod imenom KAT8. Acetilacija s KAT8 povzroči, da se kromatin razrahlja in na tistem mestu se izražanje genov poveča. Nekateri menijo, da je v kompenzacijo doze vključena še modifikacija histona H3. Tu sodeluje kinaza JIL-1, ki fosforilira H3 na ser10. S tem so dokazali, da so modifikacije histonov ključnega pomena pri ohranjanju enakega števila genov.

Drugi mehanizem, do katerega lahko pride pri povečanju izražanja genov, je večja stabilnost RNA. Vzroki, zakaj pride do povišanega razpolovnega časa RNA, pa še niso znani.

==Povečano izražanje pri sesalcih s posteljico==
Natančen čas povečanja regulacije X-kromosoma ni znan. Postopno zviševanje izražanja genov z X-kromosoma lahko opazimo v embrionalnih matičnih celicah, pri obeh spolih.
Opazimo lahko tudi molekularne razlike med aktivnim kromosomom X in avtosomi. Dokazali so večjo prisotnost RNA polimeraz II (PolII) na 5` koncu izraženih genov iz X-kromosoma v primerjavi z avtosomi, v miših.

==Kompenzacija doze pri Caenorhabditis elegans==
Spol pri C. elegans (glista) določijo tako, da primerjajo razmerje med X-kromosomi in avtosomi. Samci so X0 in hermafroditi XX. Povečano izražanje je bilo dokumentirano v somatskih celicah, vendar mehanizem ni poznan.

==Kompenzacija doze pri pticah==
Za razliko od sesalcev, so pri pticah samice heterogamete (ZW). Ko primerjamo razmerje izražanja genov med Z-kromosomom in avtosomi opazimo, da ni 0.5 (0.6 – 0.8), kar dokazuje delno kompenzacijo doze. Kompenzirani geni v eni vrsti ptičev so pogosto enaki geni v drugih vrstah, kar nakazuje na skupino genov občutljivih na kompenzacijo doze.

Delna kompenzacija doze pri pticah bi lahko bila zaradi razdrobljenega (po kosih) povečanja izražanja genov z Z-kromosoma, še posebej pri samicah. Pri samcih pa lahko opazimo naključno izključitev enega izmed Z-kromosomov.

Zanimivo je dejstvo, da skupina genov iz Z-kromosoma pri kokoših (vendar ne pri ščinkavcih) sodeluje z nekodirajočo RNA MHM (angl. male hypermethylated) in rekrutira H4K16 acetilacijo za povečano izražanje genov Z-kromosoma pri samicah. Tako H4K16 najverjetneje ni vpleten samo v povečano izražanje genov pri Drosophila, ampak tudi pri pticah.

==Viri==
* Deng, X., Berletch, J.B., Nguyen, D.K., Disteche, C.M. X chromosome regulation: diverse patterns in development, tissues and disease. Nature, 2014, letn. 15, str. 367-378.
* Deng, X., Berletch, J.B., Ma, W., Nguyen, D.K., Noble, W.S., Shendure, J., Disteche, C.M. Upregulation of the mammalian X chromosome is associated with enhanced transcription initiation, MOF-mediated H4K16 acetylation, and longer RNA half-life. Dev Cell, 2013, letn. 25, str. 55–68.
* Conrad, T. in Akhtar A. Dosage compensation in Drosophila melanogaster: epigenetic fine-tuning of chromosome-wide transcription. Nature Reviews Genetics, 2012, letn. 13, str. 123-134.
* Disteche, M. C. Dosage Compensation of the Sex Chromosomes. Annual Review of genetics, 2012, letn. 46, str. 537-560.
* Yildirim, E., Sadryev, I. R., Pinter, F. S. in Lee, T. J. X-chromosome hyperactivation in mammals via nonlinear relationships between chromatin states and transcription. Nature Structural & Molecular Biology, 2011, letn. 19, str. 56-61.

Povečano izražanje genov na kromosomu X

2015-05-18T21:28:38Z

Anja Tanšek:

Človeški genom je sestavljen iz več kromosomov, avtosomnih in spolnih kromosomov. Nekateri geni, ki sodelujejo med seboj (npr. tvorijo proteinske komplekse) se nahajajo na različnih kromosomih in zato mora biti izražanje genov usklajeno tako, da je raven izražanja v ravnovesju.

Za evolucijo je značilna divergenca genov, lahko pa najdemo regije oz. družine genov, ki so do neke mere ohranjene med različnimi rodovi organizmov in ta paralogna območja lahko primerjamo med seboj. Japonski znanstvenik, Susumu Ohno, je postavil teorijo, ki jo imenujemo Ohnova hipoteza ali 2R hipoteza (angl. 2-rund hypothesis). Pravi, da je v evoluciji, na stopnji med plaščarji in vretenčarji prišlo do tetraploidne evolucije, celoten genom naj bi se podvojil dvakrat, kar ustvari več genoma in s tem več možnosti za mutacije in evolucijo. Ta teorija je bila sprva sporna, saj so znanstveniki uporabljali različne pristope, da bi jo dokazali ali ovrgli, vendar je dandanes sprejeto, da teorija najverjetneje drži.

Tako imamo vretenčarji diploidne celice, kar pomeni, da so v njih po dve kopiji vsakega kromosoma. Oba kromosoma v paru nosita enake gene, ki pa se lahko nekoliko razlikujejo med seboj v specifičnih lastnostih, tako pravimo, da imamo po dva alela za gene. Ker se v celici nek gen lahko prepisuje iz obeh kromosomov (alelov), to vpliva na količino izraženega gena v obliki RNA transkripta ali proteina.

Spolni kromosomi se razlikujejo od avtosomnih kromosomov. Kot smo izvedeli v seminarju [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucija_spolnih_kromosomov# Evolucija spolnih kromosomov] je Y kromosom degeneriran, je veliko manjši od kromosoma X. Če bi se geni izražali iz obeh kromosomov enako intenzivno, bi ženske imele več genske informacije. Da se temu izognemo se pri ženskah en kromosom X inaktivira (več v seminarju [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_X-inaktivacije# Mehanizem X-inaktivacije]). Pojavi se tudi povečano izražanje genov iz aktivnega kromosoma X pri ženskah in pri moških zato, ker kromosom X vsebuje tudi nekatere avtosomne gene, ki niso povezani s spolom.
Ta pojav so opazili pri vinski mušici (Drosophila melanogaster), ki majo tudi X in Y spolne gene. Pri samicah se inaktivacija X kromosoma ne zgodi, zato se mora pri samcu, zaradi kompenzacije doze, povečati izražanje genov iz kromosoma X.

Poskusi, s katerimi so preverjali, ali pride do kompenzacije s povečanim izražanjem v sesalčjih celicah različnih tkiv, so pokazali, da se regulacija izražanja genov iz kromosoma X dogaja pri obeh spolih v mnogih tkivih. Pri sesalcih se lahko kompenzacija doze uravnava z naključno inaktivacijo kromosoma X v somatskih celicah samic, kjer se večina genov na enem od kromosomov X utiša. Druga oblika uravnavanja kompenzacije doze pa je z uravnoteženim izražanjem med geni avtosomnih kromosomov, in geni na kromosomu X. Pri obeh spolih pride posledično do prekomernega izražanja na aktivnem kromosomu X. Analize transkriptomov so sprva pokazale, da se geni povečano izražajo le pri vinskih mušicah (Drosophila). Kasnejše raziskave RNA zaporedij pa so dokazale prisotnost povečanega izražanja tako pri Drosophila, kakor tudi sesalcih in C. elegans.

Gene, ki se izražajo iz več kromosomov ali pa so potrebni v točno določenih količinah imenujemo na dozo občutljivi geni in jih lahko razvrstimo na podlagi mehanizmov, ki so vključeni v povišano izražanje kromosoma X. Opazili so dva različna mehanizma, ki povečata izražanje genov na kromosomu X in se lahko zgodita na transkripcijskem ali posttranskripcijskem nivoju. Pri nekaterih genih so opazili povečanje iniciacije transkripcije, kjer je ključnega pomena histon acetiltransferaza, pri drugih pa je bil opažen povišan razpolovni čas RNA.

Ugotavljali so, kakšno je razmerje med izražanjem genov iz kromosoma X proti avtosomom (razmerje X:A). Če se zgodi kompenzacija doze so pričakovali, da bo razmerje okoli 1, v skladu s tem, da se izražanje iz kromosoma X podvoji. V somatskih celicah se izražanje iz kromosoma X podvoji, saj je razmerje okoli 1. V celicah možganov obeh spolov, v jajčnikih in maternici je število večje od 1, kar nam pove, da se izražanje iz kromosoma X poveča za malo več kot dvakrat, kar nam pove, da so geni, ki so na njem zapisani posebno pomembni za ta tkiva. V oocitah opazimo, da izražanje ni povečano, kar se sklada s tem, da so spolne celice haploidne in je tako izražanje uravnoteženo z avtosomi. V spermatocitih opazimo, da je izražanje iz kromosoma X močno utišano, kar je v skladu s tem, da se utišajo geni za ženski spol. Po oploditvi se pri ženskih embrijih že na ravni dveh ali štirih celic blastociste zgodi inaktivacija kromosoma X, zato se mora izražanje iz aktivnega X zopet povečati.

==Mehanizem povečane regulacije pri Drosophila==
V 10-ih letih so znanstveniki opravili ogromno raziskav, da bi razumeli, kako je kompenzacija doze kontrolirana pri vinskih mušicah. Na podlagi rezultatov so lahko bolje razložili mehanizem pri sesalcih. Najpomembnejša ugotovitev je bila, da se pri Drosophila kompenzacija doseže s podvojitvijo števila transkriptov genov s kromosoma X, a le pri samcih. Samci imajo namreč le en kromosom X, medtem ko imajo samice dva.

Pri samcih so našli posebne gene, ki kodirajo za pet različnih proteinov, in jih skupno poimenovali msl (angl. male-specific lethal) geni: msl-1, msl-2 in msl-3, mle (maleless) ter mof (angl. male absent on the first). V to skupino genov nekateri prištevajo še dva dodatna gena, roX1 in roX2, ki zapisujeta za nekodirajočo RNA na kromosomu X, t.i. roX RNA. Vsi produkti omenjenih genov se nato združijo v velik proteinski MSL kompleks, poznan tudi kot DCC (angl. dosage compensation complex) kompleks ali kompenzasom. Ti kompleksi so razporejeni vzdolž celotnega kromosoma X in so ključni za epigenetske spremembe oz. za spreminjanje strukture kromatina. Za oblikovanje in pravilno delovanje kompenzasoma morajo biti prisotni vsi proteini MSL in vsaj ena roX RNA (roX1 ali 2), ki se na kompleks pripne s pomočjo MLE, RNA helikaze. Pri samicah se MSL kompleks ne more oblikovati, saj ne pride do izražanja MSL2 proteina, ki je glavni pri združevanju proteinov v kompleks.

Mehanizem, s katerim kompleks spremeni strukturo kromatina, je preko modifikacije histonov. Na mestih, kjer se je nahajal kompenzasom, so našli povečano število acetiliranih histonov H4, natančneje na lizinu 16 (H4K16ac). Za to naj bi bil zaslužna histon acetiltransferaza MOF, znana tudi pod imenom KAT8. Acetilacija s KAT8 povzroči, da se kromatin razrahlja in na tistem mestu se izražanje genov poveča. Nekateri menijo, da je v kompenzacijo doze vključena še modifikacija histona H3. Tu sodeluje kinaza JIL-1, ki fosforilira H3 na ser10. S tem so dokazali, da so modifikacije histonov ključnega pomena pri ohranjanju enakega števila genov.

Drugi mehanizem, do katerega lahko pride pri povečanju izražanja genov, je večja stabilnost RNA. Vzroki, zakaj pride do povišanega razpolovnega časa RNA, pa še niso znani.

==Povečano izražanje pri sesalcih s posteljico==
Natančen čas povečanja regulacije X-kromosoma ni znan. Postopno zviševanje izražanja genov z X-kromosoma lahko opazimo v embrionalnih matičnih celicah, pri obeh spolih.
Opazimo lahko tudi molekularne razlike med aktivnim kromosomom X in avtosomi. Dokazali so večjo prisotnost RNA polimeraz II (PolII) na 5` koncu izraženih genov iz X-kromosoma v primerjavi z avtosomi, v miših.

==Kompenzacija doze pri Caenorhabditis elegans==
Spol pri C. elegans (glista) določijo tako, da primerjajo razmerje med X-kromosomi in avtosomi. Samci so X0 in hermafroditi XX. Povečano izražanje je bilo dokumentirano v somatskih celicah, vendar mehanizem ni poznan.

==Kompenzacija doze pri pticah==
Za razliko od sesalcev, so pri pticah samice heterogamete (ZW). Ko primerjamo razmerje izražanja genov med Z-kromosomom in avtosomi opazimo, da ni 0.5 (0.6 – 0.8), kar dokazuje delno kompenzacijo doze. Kompenzirani geni v eni vrsti ptičev so pogosto enaki geni v drugih vrstah, kar nakazuje na skupino genov občutljivih na kompenzacijo doze.

Delna kompenzacija doze pri pticah bi lahko bila zaradi razdrobljenega (po kosih) povečanja izražanja genov z Z-kromosoma, še posebej pri samicah. Pri samcih pa lahko opazimo naključno izključitev enega izmed Z-kromosomov.

Zanimivo je dejstvo, da skupina genov iz Z-kromosoma pri kokoših (vendar ne pri ščinkavcih) sodeluje z nekodirajočo RNA MHM (angl. male hypermethylated) in rekrutira H4K16 acetilacijo za povečano izražanje genov Z-kromosoma pri samicah. Tako H4K16 najverjetneje ni vpleten samo v povečano izražanje genov pri Drosophila, ampak tudi pri pticah.

==Viri==
# Deng, X., Berletch, J.B., Nguyen, D.K., Disteche, C.M. X chromosome regulation: diverse patterns in development, tissues and disease. Nature, 2014, letn. 15, str. 367-378.
# Deng, X., Berletch, J.B., Ma, W., Nguyen, D.K., Noble, W.S., Shendure, J., Disteche, C.M. Upregulation of the mammalian X chromosome is associated with enhanced transcription initiation, MOF-mediated H4K16 acetylation, and longer RNA half-life. Dev Cell, 2013, letn. 25, str. 55–68.
# Conrad, T. in Akhtar A. Dosage compensation in Drosophila melanogaster: epigenetic fine-tuning of chromosome-wide transcription. Nature Reviews Genetics, 2012, letn. 13, str. 123-134.
# Disteche, M. C. Dosage Compensation of the Sex Chromosomes. Annual Review of genetics, 2012, letn. 46, str. 537-560.

Povečano izražanje genov na kromosomu X

2015-05-18T21:12:07Z

Anja Tanšek:

Povečano izražanje genov na kromosomu X

2015-05-18T21:03:19Z

Anja Tanšek: New page: Človeški genom je sestavljen iz več kromosomov, avtosomnih in spolnih kromosomov. Nekateri geni, ki sodelujejo med seboj (npr. tvorijo proteinske komplekse) se nahajajo na različnih kr...

Človeški genom je sestavljen iz več kromosomov, avtosomnih in spolnih kromosomov. Nekateri geni, ki sodelujejo med seboj (npr. tvorijo proteinske komplekse) se nahajajo na različnih kromosomih in zato mora biti izražanje genov usklajeno tako, da je raven izražanja v ravnovesju.

Za evolucijo je značilna divergenca genov, lahko pa najdemo regije oz. družine genov, ki so do neke mere ohranjene med različnimi rodovi organizmov in ta paralogna območja lahko primerjamo med seboj. Japonski znanstvenik, Susumu Ohno, je postavil teorijo, ki jo imenujemo Ohnova hipoteza ali 2R hipoteza (angl. 2-rund hypothesis). Pravi, da je v evoluciji, na stopnji med plaščarji in vretenčarji prišlo do tetraploidne evolucije, celoten genom naj bi se podvojil dvakrat, kar ustvari več genoma in s tem več možnosti za mutacije in evolucijo. Ta teorija je bila sprva sporna, saj so znanstveniki uporabljali različne pristope, da bi jo dokazali ali ovrgli, vendar je dandanes sprejeto, da teorija najverjetneje drži.

Tako imamo vretenčarji diploidne celice, kar pomeni, da so v njih po dve kopiji vsakega kromosoma. Oba kromosoma v paru nosita enake gene, ki pa se lahko nekoliko razlikujejo med seboj v specifičnih lastnostih, tako pravimo, da imamo po dva alela za gene. Ker se v celici nek gen lahko prepisuje iz obeh kromosomov (alelov), to vpliva na količino izraženega gena v obliki RNA transkripta ali proteina.

Spolni kromosomi se razlikujejo od avtosomnih kromosomov. Kot smo izvedeli v seminarju Evolucija spolnih kromosomov je Y kromosom degeneriran, je veliko manjši od kromosoma X. Če bi se geni izražali iz obeh kromosomov enako intenzivno, bi ženske imele več genske informacije. Da se temu izognemo se pri ženskah en kromosom X inaktivira (več v seminarju Mehanizem X-inaktivacije). Pojavi se tudi povečano izražanje genov iz aktivnega kromosoma X pri ženskah in pri moških zato, ker kromosom X vsebuje tudi nekatere avtosomne gene, ki niso povezani s spolom.
Ta pojav so opazili pri vinski mušici (Drosophila melanogaster), ki majo tudi X in Y spolne gene. Pri samicah se inaktivacija X kromosoma ne zgodi, zato se mora pri samcu, zaradi kompenzacije doze, povečati izražanje genov iz kromosoma X.

Poskusi, s katerimi so preverjali, ali pride do kompenzacije s povečanim izražanjem v sesalčjih celicah različnih tkiv, so pokazali, da se regulacija izražanja genov iz kromosoma X dogaja pri obeh spolih v mnogih tkivih. Pri sesalcih se lahko kompenzacija doze uravnava z naključno inaktivacijo kromosoma X v somatskih celicah samic, kjer se večina genov na enem od kromosomov X utiša. Druga oblika uravnavanja kompenzacije doze pa je z uravnoteženim izražanjem med geni avtosomnih kromosomov, in geni na kromosomu X. Pri obeh spolih pride posledično do prekomernega izražanja na aktivnem kromosomu X. Analize transkriptomov so sprva pokazale, da se geni povečano izražajo le pri vinskih mušicah (Drosophila). Kasnejše raziskave RNA zaporedij pa so dokazale prisotnost povečanega izražanja tako pri Drosophila, kakor tudi sesalcih in C. elegans.

Gene, ki se izražajo iz več kromosomov ali pa so potrebni v točno določenih količinah imenujemo na dozo občutljivi geni in jih lahko razvrstimo na podlagi mehanizmov, ki so vključeni v povišano izražanje kromosoma X. Opazili so dva različna mehanizma, ki povečata izražanje genov na kromosomu X in se lahko zgodita na transkripcijskem ali posttranskripcijskem nivoju. Pri nekaterih genih so opazili povečanje iniciacije transkripcije, kjer je ključnega pomena histon acetiltransferaza, pri drugih pa je bil opažen povišan razpolovni čas RNA.

Ugotavljali so, kakšno je razmerje med izražanjem genov iz kromosoma X proti avtosomom (razmerje X:A). Če se zgodi kompenzacija doze so pričakovali, da bo razmerje okoli 1, v skladu s tem, da se izražanje iz kromosoma X podvoji. V somatskih celicah se izražanje iz kromosoma X podvoji, saj je razmerje okoli 1. V celicah možganov obeh spolov, v jajčnikih in maternici je število večje od 1, kar nam pove, da se izražanje iz kromosoma X poveča za malo več kot dvakrat, kar nam pove, da so geni, ki so na njem zapisani posebno pomembni za ta tkiva. V oocitah opazimo, da izražanje ni povečano, kar se sklada s tem, da so spolne celice haploidne in je tako izražanje uravnoteženo z avtosomi. V spermatocitih opazimo, da je izražanje iz kromosoma X močno utišano, kar je v skladu s tem, da se utišajo geni za ženski spol. Po oploditvi se pri ženskih embrijih že na ravni dveh ali štirih celic blastociste zgodi inaktivacija kromosoma X, zato se mora izražanje iz aktivnega X zopet povečati.

==Mehanizem povečane regulacije pri Drosophila==
V 10-ih letih so znanstveniki opravili ogromno raziskav, da bi razumeli, kako je kompenzacija doze kontrolirana pri vinskih mušicah. Na podlagi rezultatov so lahko bolje razložili mehanizem pri sesalcih. Najpomembnejša ugotovitev je bila, da se pri Drosophila kompenzacija doseže s podvojitvijo števila transkriptov genov s kromosoma X, a le pri samcih. Samci imajo namreč le en kromosom X, medtem ko imajo samice dva.

Pri samcih so našli posebne gene, ki kodirajo za pet različnih proteinov, in jih skupno poimenovali msl (angl. male-specific lethal) geni: msl-1, msl-2 in msl-3, mle (maleless) ter mof (angl. male absent on the first). V to skupino genov nekateri prištevajo še dva dodatna gena, roX1 in roX2, ki zapisujeta za nekodirajočo RNA na kromosomu X, t.i. roX RNA. Vsi produkti omenjenih genov se nato združijo v velik proteinski MSL kompleks, poznan tudi kot DCC (angl. dosage compensation complex) kompleks ali kompenzasom. Ti kompleksi so razporejeni vzdolž celotnega kromosoma X in so ključni za epigenetske spremembe oz. za spreminjanje strukture kromatina. Za oblikovanje in pravilno delovanje kompenzasoma morajo biti prisotni vsi proteini MSL in vsaj ena roX RNA (roX1 ali 2), ki se na kompleks pripne s pomočjo MLE, RNA helikaze. Pri samicah se MSL kompleks ne more oblikovati, saj ne pride do izražanja MSL2 proteina, ki je glavni pri združevanju proteinov v kompleks.

Mehanizem, s katerim kompleks spremeni strukturo kromatina, je preko modifikacije histonov. Na mestih, kjer se je nahajal kompenzasom, so našli povečano število acetiliranih histonov H4, natančneje na lizinu 16 (H4K16ac). Za to naj bi bil zaslužna histon acetiltransferaza MOF, znana tudi pod imenom KAT8. Acetilacija s KAT8 povzroči, da se kromatin razrahlja in na tistem mestu se izražanje genov poveča. Nekateri menijo, da je v kompenzacijo doze vključena še modifikacija histona H3. Tu sodeluje kinaza JIL-1, ki fosforilira H3 na ser10. S tem so dokazali, da so modifikacije histonov ključnega pomena pri ohranjanju enakega števila genov.

Drugi mehanizem, do katerega lahko pride pri povečanju izražanja genov, je večja stabilnost RNA. Vzroki, zakaj pride do povišanega razpolovnega časa RNA, pa še niso znani.

==Povečano izražanje pri sesalcih s posteljico==
Natančen čas povečanja regulacije X-kromosoma ni znan. Postopno zviševanje izražanja genov z X-kromosoma lahko opazimo v embrionalnih matičnih celicah, pri obeh spolih.
Opazimo lahko tudi molekularne razlike med aktivnim kromosomom X in avtosomi. Dokazali so večjo prisotnost RNA polimeraz II (PolII) na 5` koncu izraženih genov iz X-kromosoma v primerjavi z avtosomi, v miših.

==Kompenzacija doze pri Caenorhabditis elegans==
Spol pri C. elegans (glista) določijo tako, da primerjajo razmerje med X-kromosomi in avtosomi. Samci so X0 in hermafroditi XX. Povečano izražanje je bilo dokumentirano v somatskih celicah, vendar mehanizem ni poznan.

==Kompenzacija doze pri pticah==
Za razliko od sesalcev, so pri pticah samice heterogamete (ZW). Ko primerjamo razmerje izražanja genov med Z-kromosomom in avtosomi opazimo, da ni 0.5 (0.6 – 0.8), kar dokazuje delno kompenzacijo doze. Kompenzirani geni v eni vrsti ptičev so pogosto enaki geni v drugih vrstah, kar nakazuje na skupino genov občutljivih na kompenzacijo doze.

Delna kompenzacija doze pri pticah bi lahko bila zaradi razdrobljenega (po kosih) povečanja izražanja genov z Z-kromosoma, še posebej pri samicah. Pri samcih pa lahko opazimo naključno izključitev enega izmed Z-kromosomov.

Zanimivo je dejstvo, da skupina genov iz Z-kromosoma pri kokoših (vendar ne pri ščinkavcih) sodeluje z nekodirajočo RNA MHM (angl. male hypermethylated) in rekrutira H4K16 acetilacijo za povečano izražanje genov Z-kromosoma pri samicah. Tako H4K16 najverjetneje ni vpleten samo v povečano izražanje genov pri Drosophila, ampak tudi pri pticah.

==Viri==

Inaktivacija kromosoma X

2015-05-18T18:49:08Z

Anja Tanšek: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija so v študijskem letu 2014/15 namenjeni posebnemu fenomenu v genetiki, inaktivaciji kromosoma X. Pri samicah živali namreč praviloma obstajata dve kopiji kromosoma X, pri samcih pa samo ena kopija. Glede na prisotnost dvojnega števila genov pri samicah, bi teoretično pričakovali tudi dvakratno koncentracijo mRNA in proteinov, kar pa se v resnici ne zgodi. En kromosom se utiša po posebnem mehanizmu, ki ga na kratko imenujemo tudi X-inaktivacija. V zadnjih letih je postalo znanega marsikaj, o čemer smo prej le domnevali, še vedno pa mehanizma X-inaktivacije še ne poznamo v celoti.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli v maju in začetku junija. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanj med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Letošnja tema je na stičišču več ved: genetike, embriologije, celične biologije, biokemije in molekularne biologije. Izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski in molekularnobiološki, nikakor pa ne opisujte na široko poteka raznih bolezni, ki so posledica napak pri inaktivaciji kromosoma X. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje dva dni pred predstavitvijo (do polnoči). Predstavitve seminarjev 1 in 2 bodo 6. maja, 3 in 4 11. maja, 5 in 6 13. maja, 7 in 8 18. maja, 9 in 10 pa 20. maja 2015. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').

Seznam naslovov tem in izhodiščnih virov:

# Evolucija spolnih kromosomov: http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.0060080
# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov: poglavje Functional diversity of X-linked genes v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA: http://www.sciencemag.org/content/319/5871/1787.long in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3858397/
# Mehanizem X-inaktivacije – to je ključni referat celotne letošnje serije in lahko pričakujete kakšno vprašanje na izpitu iz tega seminarja: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3771680/
# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X14011425
# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih: poglavje Variable XCI initiation and mosaic X expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Pobeg iz X-inaktivacije: poglavje Sex bias in gene expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/ ter http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3136209/
# Ponovna aktivacija kromosoma X: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3293375/
# Povečano izražanje genov na kromosomu X: poglavje Diverse mechanisms of X upregulation v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih: poglavje X chromosome regulation and disease v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/

== Skupine ==

Skupine za projektno nalogo oblikujte do 10.aprila (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 0. Evolucija mitohondrijskih genomov (Janez Gorenc, Petra Novak, Anja Dolenc)

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucija_spolnih_kromosomov# Evolucija spolnih kromosomov] (Amadeja Lapornik, Jerneja Kocutar, Katja Malovrh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Značilnosti_s_kromosomom_X_povezanih_geni# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov] (Neža Brezovar, Tina Šimunović)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Dolge_in_kratke_nekodirajoče_RNA# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA] (Ernest Šprager, Gašper Marinšek, Bine Tršavec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_X-inaktivacije# Mehanizem X-inaktivacije] (Dominik Dekleva, Luka Dejanović, Matej Vrhovnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Primer_X-inaktiviranega_gena:_O-GlcNAc_transferaza# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza] Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza (Primož Tič, Tadej Ulčnik, Tomaž Žagar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Iniciacija_X-aktivacije_pri_mi%C5%A1ih_in_drugih_sesalcih# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih] (Jerneja Ovčar, Tjaša Sorčan, Urška Kašnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pobeg_iz_X-inaktivacije# Pobeg iz X-inaktivacije] (Živa Moravec, Monika Pepelnjak, Enja Kokalj)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Ponovna_aktivacija_kromosoma_X# Ponovna_aktivacija_kromosoma_X] (Vesna Podgrajšek, Marija Srnko, Urška Černe)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Povečano_izražanje_genov_na_kromosomu_X# Povečano izražanje genov na kromosomu X] (Inge Sotlar, Anja Tanšek, Nuša Kelhar)
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih (Luka Lavrič, Nina Mavec, Jernej Vidmar)

BIO2 Seminar 2014

2014-12-03T23:00:31Z

Anja Tanšek: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Naida Hajdarević||14-15||[http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7506/full/nature13270.html Skrivnost metformina končno odkrita?]||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Transport maščobnih kislin skozi človeško placento]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Tjaša Sorčan||17||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24615175 Ketonska dopolnila zmanjšajo preživetje tumorskih celic]||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Nina Mavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090118 Katabolizem triptofana in rak]||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Bine Tršavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18819805 Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze]||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Peter Pečan||19||[http://dmm.biologists.org/content/7/11/1287.long Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije]||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Luka Dejanović||19||[http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(12)00019-9 Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev]||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jernej Vidmar||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810007024 Oksidativna fosforilacija v rakavih celicah]||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Inge Sotlar||20||[http://www.plantphysiol.org/content/155/1/171.long Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene] ||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jerneja Ovčar||20||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3676498/pdf/psb-8-e23316.pdf/ Saharozna signalizacija v rastlinah]||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||25.11.2014||03.12.2014||09.12.2014
|-
| Valentina Levak||20||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3091114/ Regulacija sinteze škroba v odvisnosti od spreminjajočega se okolja]||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||03.12.2014||09.12.2014
|-
| Gašper Marinšek||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2962793/ Eikozanoidi citokrom P450 poti in rak]||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||03.12.2014||09.12.2014
|-
| Urška Černe||21||[http://www.pubfacts.com/fulltext_frame.php?PMID=25220377&title=The%20UPS%20and%20downs%20of%20cholesterol%20homeostasis./ Kontrola homeostaze holesterola preko ubikvitin-proteasomskega sistema]||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||03.12.2014||09.12.2014
|-
| Živa Moravec||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3390254/#!po=36.6667 Moj izbrani naslov]||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||03.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Anja Tanšek||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Heterocyst+differentiation%3A+from+single+mutants+to+global+approaches. Zaščita nitrogenaznega kompleksa]||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||03.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Monika Pepelnjak||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3806315/ Metabolizem serina in glicina v rakavih celicah]||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||03.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Liza Otorepec ||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3625782/ Asparagin sintetaza in akutna limfoblastna levkemija]||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||03.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Tomaž Žagar||23||Moj izbrani naslov||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Jerneja Kocutar||23||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9796811/ Moj izbrani naslov]||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Amadeja Lapornik||23||[http://www.nature.com/kisup/journal/v1/n4/abs/kisup201130a.html Moj izbrani naslov]||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Poprava==
Če ste več kot 50% seminarja prepisali iz istega članka ali kateregakoli drugega vira, stavek za stavkom (izpuščeni stavki ne štejejo za prekinitev te kontinuitete- pobarvajte ga), potem imate možnost, da seminar popravite. To storite tako, da do 16.12.2014 oddate [http://goo.gl/forms/2fTXu8ubgw prijavo] za popravljanje seminarja. S tem pridobite še eno možnost, napaka pa ne bo vplivala na oceno. Če se ne boste prijavili, vaš seminar pa je prepisan, kot je definirano zgoraj, seminarja ne boste opravili. Brez opravljenega seminarja to leto ne boste mogli opraviti izpita, ker je opravljen seminar pogoj za prijavo na izpit.Če ste se prijavili za popravo, lahko obdržite isto temo le, če ste za osnovo izbrali pregledni članek. Drugače lahko sami v obrazcu predlagate novo temo in pregledni članek, ki ste ga izbrali za osnovo. Teme morajo soditi v teme predavanj. Če teme ne boste obdržali ali je predlagali sami, jo bom določil jaz.

Če seminarja niste prepisali, želite pa ga izboljšati, lahko to storite tako, da popravljeno verzijo seminarja oddate do 14.1.2015 preko elektronskega obrazca za oddajo seminarjev. V tem primeru se za popravo ne prijavljajte. Za ime datoteke glejte spodaj.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši
* 116_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, ki je napisan na novo in je bil prijavljen v shemo 50%

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev 2014

2014-12-03T22:57:23Z

Anja Tanšek: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2014 stran]

=== Tadej Ulčnik: Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju ===

Transkripcijski faktorji so proteini, ki se specifično vežejo na DNA ter s tem omogočijo vezavo RNA polimeraze. Delujejo kot regulatorji izražanja genov. Primer transkripcijskih faktorjev so jedrni steroidni receptorji. Steroidni receptorji se nahajajo v citosolu in se aktivirajo ob vezavi steroidnih hormonov. Določeni vsebujejo med sabo podobno domeno, s katero se lahko več različnih receptorjev veže na isto zaporedje na promotorju. Še vedno ni znano kaj vse vpliva na potek translacije, tudi sami mehanizmi delovanja ostajajo še skrivnost. Primerjava aktivnosti in dinamike dveh podobnih steroidnih receptorjev, androgenega in glukokortikoidnega, ki imata v celici vlogo transkripcijskih faktorjev, je pokazala, da čeprav sta si receptorja podobna, to ne velja za njuno delovanje. Na promotorju nista bila ves čas prisotna v enaki količini, tudi količina prepisanega gena je bila različna. Ob dodatku inhibitorjev sta ta različno uspešno preprečevala transkripcijo, kar se je poznalo pri številu vezanih polimeraz in pri količini prepisanih mRNA. Za ta konkretni primer je bilo dokazano, da čeprav sta oba receptorja vplivala na izražanje gena, nista delovala na enak način in v enaki meri. Kaj vse je vplivalo na to je težko določiti, tako da to ostaja predmet nadaljnjih raziskav.

=== Dominik Dekleva: Aktivacija GPCR-jev v povezavi z vodo ===

Pomanjkljivosti do sedaj znanih metod za preučevanje proteinov, kot sta NMR- spektroskopija in rentgenska difrakcija, se kažejo, med drugim, pri preučevanju različnih proteinov in receptorjev, udeleženih v biosignalnih poti na atomarnem nivoju. Statične strukture nam ne povedo veliko o reorganizaciji vezi in dinamiki spreminjajočih se interakcij v proteinih, ki so ključne pri signalizacijskih poteh v celicah. Z uporabo nove metode, molekularnih dinamičnih (MD) simulacij, za katero stoji precej statistične matematike, lahko modele makromolekul opazujemo na atomarnem nivoju ter v mikrosekundnem časovnem oknu. Uporabnost omenjene metode se je dobro obnesla tudi v primeru švicarskih znanstvenikov iz Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, ki so preiskovali vlogo vode pri aktivaciji treh prototipskih GPCR-jev: adenozin A2A R, β2-adrenergični receptor in rodopsin, kar bom povzel v nadaljevanju. Dokazali so, da se z vezavo liganda znotraj sedmih α-vijačnic GPCR vzpostavi urejen vodni tunel, ki močno vpliva na spremembo konformacije proteina GPCR-ja, ki se zgodi zaradi reorganizacije številnih vodikovih vezi v notranjosti proteina GPCR. Ob vezavi liganda na molekulo GPCR se torej ustvari vodni tunel v molekuli, kar omogoča nadaljnjo signalizacijo in ustrezen odziv celice na primarni sporočevalec.

=== Nuša Kelhar: Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja ===
Celična membrana ali plazmalema je nekakšen ovoj celice, ki služi predvsem kot selektivna pregrada med celično zunanjostjo in notranjostjo. Sestavljena je iz lipidnega dvosloja in številnih proteinov, ki so povezani z membrano ali so vezani nanjo. Celične membrane se stalno spreminjajo zaradi odcepljanja in zlivanja veziklov ter zaradi interakcij z dinamičnim citoskeletom. Površina in oblika membrane močno vplivata na učinkovitost njene signalne aktivnosti. Ker reakcije pri prenosu signalov vključujejo tudi membranske komponente in vplivajo na citoskeletsko dinamiko, se s tem spreminja oblika membrane in oblika celice. Če poznamo odvisnost signalizacije od teh mehanizmov lahko že iz oblike celice napovemo, kakšne signale je prenesla ali prejela pred kratkim in prepoznamo nekatere znake nepravilnega delovanja signalnih poti, kar je pomembno pri identifikaciji rakavih celic in zdravljenju. Pomembni mehanizmi, s katerimi membrana sodeluje pri sporočanju so redukcija dimenzij, kjer se spremeni prostor gibanja delcev, ukrivljanje zaradi prostorskih gradientov receptorjev, kjer se receptorji združujejo na membranskih izboklinah in nato lateralno prehajajo, in sodelovanje s citoskeletom, ki izbokline stabilizira in omogoča, da delujejo kot nekakšna tipala. Pogledali si bomo tudi primere delovanja nekaterih načinov sporočanja med celicami in reakcije na določene signale, nekaj pa bomo povedali še o tem, kako njihovo nepravilno delovanje vpliva na razvoj rakavih celic.

=== Luka Lavrič: Glikoliza - Metabolizem v možganih ===
V svoji seminarski nalogi, sem se osredotočil na metabolizem v možganih. Za osnovni članek, sem si izbral temo, ki preučuje kakšni so vplivi na nevrone in astrocite, živčne celice, ki se nahajajo v možganih. Opisal sem raziskave in odzive astrocitov in nevronov na dušikov oksid, ki so jih izvedli na miših. Zaradi dušikovega oksida pride do zaviranja mitohondričnega dihanja, zaradi katerega nevroni hitro umrejo, medtem, ko astrociti izkoriščajo glikolizo-tipično-generirano ATP za povečanje svoje potencialne mitohondrijske membrane, s čimer postajajo vse bolj odporni na pro-apoptotične dražljaje. Nevroni ne morejo povečati glikolize zaradi pomanjkanja aktivnosti-glikolizne spodbude encima 6-fosfofrukto-2-kinaza / fruktoza 2,6-bisfosfatna izooblika 3 (PFKFB3), ki je pomemben za aktivacijo 6-fosfofrukto-1-kinaze (PFK1), ki je glavni regluator glikolize. V nevronih, se PFKFB3 neprestano razgrajuje preko E3 ubikvitin ligaze, ki spodbuja kompleksne/cyclosome (APC / C) - CDH1. Metabolizem glukoze v nevronih je usmerjen predvsem po poti pentoze-fosfata, ki vodi do regeneracije glutationa, ki je za nas zelo pomemben. Regulacija aktivnosti PFKFB3 s APC/C-CDH1 sistemom proteasoma je pomembna za razumevanje presnove glukoze, bioenergetsko oskrbo in po možnosti odziva na stres v delujočih možganih. Pri nevronih je visoka aktivnost regulatornega sistema APC/C-CDH1 vključena v preusmeritev presnove glukoze v smeri regeneracije reduciranega glutationa.

=== Primož Tič: Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze ===
Citratni cikel je pomemben člen metabolizma, saj njegovi intermediati vstopajo v mnoge anabolne poti. Zato so vsakršne napake v njegovem delovanju lahko usodne za organizem. Zelo pomemben encim citratnega cikla je piruvat karboksilaza, ki spremeni piruvat v oksaloacetat. Oksaloacetat je pomemben intermediat, saj lahko vstopi npr. v cikel glukoneogeneze in tako prepreči laktatno acidozo, ki je skupni simptom te metabolne okvare. Ker je cilj metabolizma proizvodnja energije v obliki molekul ATP, se celica na moteno delovanje metabolizma odzove s senzornimi proteini AMPK (''AMP-activated protein kinase''). Proteini spodbudijo katabolne procese, kjer nastajajo molekule ATP in zavirajo neesencialne anabolne procese, kjer se ATP porablja. Obratno deluje protein mTOR (''mammalian target of rapamycin''), ki spodbuja sintezo maščobnih kislin, proteinov in ogljikovih hidratov. Poznamo tri tipe bolezni: tip A, tip B in tip C. Najhujša oblika je tip B, kjer oseba umre v roku treh mesecev po rojstvu. Zaenkrat se bolezen še ne da zdraviti, jo pa lahko blažimo npr. z anaplerotično dieto. Anaplerotične reackije nadomeščajo intermediate npr. v citratnem ciklu, ko jih je malo. Anaplerotična dieta izkorišča alternativne intermediate, ki lahko zaobidejo nedelujoče encime in poteka metabolizem normalno. Tako se vsaj približno vzpostavi homeostaza celice. Primer takšnega intermediata je triglicerid triheptanoin, ki se lahko vključi v citratni cikel. V prihodnosti bi lahko takšne in podobne okvare zdravili z gensko terapijo.

=== Naida Hajdarević: Skrivnost metformina končno odkrita? ===
Metformin je eno najučinkovitejših zdravil za zdravljenje diabetesa tipa 2, saj zmanjša hepatično glukoneogenezo brez povečanja izločanja inzulina, povečanja telesne teže ali tveganja za razvoj hipoglikemije. Kljub temu, da se pacientom z diabetesom tipa 2 predpisuje že več kot pol stoletja, je njegov mehanizem delovanja prava uganka.
Raziskav na to temo je malo morje, z vsako so bili znanstveniki korak bližje odkritju skrivnosti metformina. Tako so leta 2000 v eni izmed raziskav prišli do prvega pravega zaključka: terapija z metforminom pri diabetikih zniža stopnjo proizvodnje glukoze preko inhibicije glukoneogeneze. Odgovoru, kako metformin inhibira glukoneogenezo, je bila bližje naslednja skupina raziskovalcev, ki je ugotovila, da je primarno mesto njegovega delovanja preko direktne inhibicije kompleksa I dihalne verige. Tako smo korak za korakom prišli do zadnjih raziskav, ki so mehanizem delovanja metformina razložile še natančneje – pokazale so, da metformin nekompetativno inhibira encim glicerol-3-fosfat dehidrogenazo, kar zmanjša pretvorbo laktata in glicerola ter zmanjša hepatično glukoneogenezo.

=== Marija Srnko: Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja ===

Rak-bolezen sodobne družbe. V večini primerov se njegova rast prične iz neznanih vzrokov. Neznan dražljaj v telesu sproži spremembe v genih in kot posledica se pojavi nenadzorovana in hitra rast spremenjenih celic. Določen delež obolenj pa je tudi dedno pogojen. Torej se mutacija genov prenaša iz generacije v generacijo. Že samo zdrav življenjski slog pa lahko pripomore k manjšemu tveganju za njegov razvoj. S hitrejšo rastjo oziroma poliferacijo celic pa pride do sprememba v metabolizmu. Bistvena razlika v primerjavi z metabolizmom normalnih celic je povečana potreba po glukozi. Kar bi lahko povezali s povečano potrebo makromolekul, potrebnih za pospešeno rast celic. Dosedanje najučinkovitejše zdravljenje temelji na kemoterapiji. Vendar si znanstveniki prizadevajo odkritje za organizem manj škodljivih snovi in procesov zdravljenja. V dani nalogi sem se posvetila zbiranju podatkov iz raziskav, ki temeljijo na inhibiranju glikoliznih reakcij. Izpostaviti sem žele encime oz reakcija na katerih je bilo do sedaj izvedenih največ poskusov in dejansko pomujajo možnosti za razvoj pacientu prijaznejšega zdravljenja. Zanimalo me je kakšen vpliv bi imela redukcija določenih reakcij na druga tkiva. Nekaj pozornosti pa sem namenila tudi razvoju nanotehnologije, ki bo kljub odkritju mehanizma inhibicije igrala pomembno vlogo pri transportu substratov do prizadetega tkiva.

=== Vesna Podgrajšek: Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ===
Toxoplasma gondii je znotrajcelična pražival in povzroča bolezen toksoplazmozo. Toxoplasma gondii pospešeno raste znotraj gostiteljevih vakuol, kjer se za svojo rast in replikacijo zanaša na gostiteljev ogljik in hranila. Ena izmed oblik parazita je tahizoit, kateri so se sposobni razmnoževati in napadati v vsakršni gostiteljski celici z jedrom. Proučevali in primerjali so metabolno pot ogljika v znotrajcelični in sproščeni oz. zunajcelični stopnji parazita. Ugotovili so, da toxoplasma gondii v znotrajcelični stopnji, aktivno katabolizira gostiteljevo glukozo preko cikla citronske kisline (TCA). Te stopnje tudi katabolizirajo glutamin preko TCA cikla in poti γ-aminobuturične kisline (GABA), ki generira molekule, ki vstopijo v TCA cikel. Mehanizem preoblikovanja piruvata v acetil-CoA še obstaja nepojasnjen, saj jim manjka PDH kompleks, ki povezuje glikolizo s TCA ciklom. Kemiča inhibicija (NaFAc) TCA cikla popolnoma prepreči znotrajcelično replikacijo parazita, kar pomeni da je potrebna popolna aktivnost TCA cikla. Paraziti, ki jim manjka GABA pot, imajo zavrto rast in niso sposobni ohraniti drsno motiliteto pod razmerami, kjer so hranila omejena (npr. zunaj celice), kar nakazuje, da ima GABA funkcijo kratkotrajne rezerve energije. Zatorej ima toxoplasma gondii tahizoiti metabolno fleksebilnost, ki najverjetneje dovoljuje zajedalcem inficiranje različnih tipov celic.

=== Ernest Šprager: Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov ===
Z razgradnjo maščob, ki predstavljajo estre glicerola in treh maščobnih kislin, pridobimo do 40 % vse energije. Maščobne kisline se, preden vstopijo v celice tankega črevesa, protonirajo in s tem postanejo nepolarne. Kljub temu, da se jih večina absorbira kar s pasivno difuzijo, membrane celic tankega črevesa vsebuje ogromno proteinov, ki imajo zelo različne funkcije. Nekateri med njimi olajšajo pasivno difuzijo preko ohranjanja kontracijskega gradienta maščobnih kislin, spet drugi uravnavajo število in velikost hilomikronov, s katerimi se maščobe prenesejo iz tankega črevesa v kri. Za nastanek hilomikrona se morajo v lumnu endoplazemskega retikuluma s pomočjo mikrosomalnega triglicerid transfer proteina okoli apolipoproteinskega jedra povezati triacilgliceridi skupaj z fosfolipidi. Celotna pot maščob od njihove absorbcije v tankem črevesu do sprostitve iz hilomikronov je natančno regulirana. Pomembno vlogo ima protein CD36, ki med drugim deluje kot nekakšen senzor, ki sporoča celicam količino maščob v tankem črevesu. Signalizacija deluje tako, da lahko CD36, kadar je povezan k maščobno kislino, fosforilira ostale encime, ti pa nato lahko vplivajo število hilomikronov, njihovo velikost in s tem tudi količino triacilgliceridov. Prav povišana količina triacilgliceridov v krvi je povezana z kardiovaskularnimi boleznimi, odpornostjo na inzulin in debelost, zato je boljše razumevanje sprejema maščob in njihovo pakiranje v hilomikrone pomembno.

=== Katja Malovrh: Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem ===
Citratni cikel je niz kemijskih reakcij, ki v aerobnih organizmih potekajo v mitohondrijih. Cikel je na prvem mestu reguliran s količino piruvata, pretvorjenega v Acetil-CoA, ki vanj lahko vstopi. V nadaljevanju procesa pa pri regulaciji sodelujejo tudi številni encimi, ki pretvarjajo intermediate iz ene oblike v drugo. Tako striktna regulacija procesa je izrednega pomena, saj bi brez nje lahko prišlo do prekomerne sinteze ATP, kar bi povzročilo velike izgube energije in mnoge zdravju škodljive spremembe. Kako pa se encimi citratnega cikla spreminjajo s staranjem? Raziskovalci so ugotovili, da se škoda, povzročena s strani prostih radikalov, ki nastajajo kot stranski produkti številnih reakcij, s staranjem močno povečuje. Škodljivi radikali povzročajo poškodbe vsepovsod v celici, najobičajnejša tarča pa so mitohondriji. Mitohondrijska DNA, ki prosto plava po matriksu je zaradi nezaščitenosti dovzetna za številne napade radikalov, ki povzročajo mutacije. Pri translaciji tako dobimo napačno zaporedje na mRNA, posledično nastajajo neaktivni oziroma predrugačeni proteini, ki ne opravljajo svojih nalog. V raziskavi, so znanstveniki ugotavljali če se kateri od encimov, vključenih v citratni cikel s staranjem spremeni, kako se spremeni in kakšne škodljive posledice imajo take spremembe za živi organizem. Ugotovili so, da se encimi spremenijo, da to povzroči nepopolno delovanje citratnega cikla in posledično slabšo proizvodnjo intermediatov, ki so za celice vitalnega pomena.

=== Urška Kašnik: Transport maščobnih kislin skozi človeško placento ===
Esencialne maščobne kisline in njihovi derivati dolgih verig večkrat nenasičenih maščobnih kislin (20c) kot sta dokosaheksaenoična kislina (DHA) in arahidonska kislina so bistvenega pomena za pravilno rast in razvoj zarodka. Vnos s hrano kot tudi presnova teh maščobnih kislin, ter njihov nadaljnji prenos iz matere na plod so zato pomembni rekviziti za razvoj plodu. Posteljica je ključni organ, prek katerega hranilne snovi, kot so te maščobne kisline, odtekajo iz matere na plod. Celični privzem (cellular uptake) in translokacija dolgih verig maščobnih kislin (LCFAs) v različnih tkivih se doseže s povezavo soobstoječih mehanizmov. Čeprav lahko LCFA vstopi v celico s pasivno difuzijo, nastajajoča poročila kažejo, da je vnos LCFA nadzorovan z membranskimi transportnimi/vezavnimi proteini kot so maščobnokislinska translokaza (FAT/CD36), plazmatski maščobnokislinski povezovalni protein (FABPpm), maščobnokislinski transportni protein (FATP) in znotrajcelični FABPs v številnih tkivih vključno z človeško posteljico. Za z maščobnimi kislinami aktivirane transkripcijske faktorje (PPARs, LXR, RXR in SREBP-1) je bilo pokazano, da regulirajo te maščobnokislinske transportne/povezovalne proteine in funkcije posteljice. Materinske maščobne kisline lahko tako morda same uravnavajo svoj transport skozi posteljico, kakor tudi funkcije posteljice preko z maščobnimi kislinami aktiviranih transkripcijskih faktorjev. V svoji seminarski nalogi sem povzela nedavni razvoj na področju transporta in metabolizma maščobnih kislin posteljice in vlogo regulacije omenjenih proteinov v teh procesih.

=== Tjaša Sorčan: Ketonska dopolnila zmanjšujejo preživetje tumorskih celic ===
Tumorske celice imajo zaradi genetskih mutacij in mitohondrijske disfunkcije povečano porabo glukoze. Rakave celice se zanašajo na presežek glukoze za uspešno proliferacijo in rast, a je to hkrati njihova največja pomanjkljivost, kar nam pokaže tudI Warburgov učinek. Otto Warburg, po katerem se ta učinek tudi imenuje, predvideva, da naj bi bil glavni vzrok za nastanek rakastih obolenj preklop pri nastajanja energije v obliki ATP iz aerobne kemiosmotske sklopitve v anaerobno glikolizo. Tumorske celice so nezmožne uporabiti ketonska telesa za proizvodnjo energije, zato obstaja hipoteza, da naj bi ketonska telesa zavirala rast tumorskih celic. To so skušali ugotoviti s poskusi na miših, ki so jim vbrizgali VM-M3 kulture, ki so močno metastatske ob dodatku oziroma odsotnosti beta-hidroksibutirata (ketonsko telo). Podoben poskus izvedejo tudi s štirimi mišmi, katerim so bile v hrano dodna različna ketonska dopolnila – 1,3-butadiol (BD) ali keton ester (KE). Rast tumorja so spremljali z bioluminiscenco in vivo. Merili so čas preživetja, rast tumorja, glukozo v krvi, beta-hidroksibutirat v krvi in telesno težo. Ketonska dopolnila so znižala proliferacijo in življenjsko dobo rakavih celic tudi v prisotnosti visoke koncentracije glukoze. BD in KE sta povišala življenjsko dobo miši za 51% oziroma celo 69% v miših z metastatskim rakom. Ketonska dopolnila torej zavirajo rast rakavih celic, neodvisno od koncentracije glukoze ali omejitve kalorij.

=== Bine Tršavec: Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze ===
Glutamat dehidrogenaza (GDH) je eden izmed encimov potrebnih pri metabolizmu aminokislin. Kot nam pove ime, je njegova naloga, da dehidrogenira glutamat, kar vodi do oksidativne deaminacije glutamata v α-ketoglutarat. Brez encima ta reakcija ne bi potekala, ker je sprememba gibbsonove proste energije za reakcijo pozitivna. α-ketoglutarat se potem prenese v Krebsov cikel, kjer se na koncu pretvori v energijo v obliki ATP. Encim je prisoten pri vseh živih bitjih, saj omogoča povezavo med razgradnjo aminokislin in energijskimi potrebami celice. Zaradi različnih potreb po regulaciji obstaja več vrst tega encima. Zaradi njene naloge se glutamat dehidrogenaza pri evkariontih nahaja v mitohondrijih (kjer poteka tudi Krebsov cikel), v manjši količini pa tudi v endoplazmatskem retiklu (kjer se sintetizira). Lokacija v celici je bila dokazana z vezavo GFP-ja. V nekaterih primerih lahko predstavlja kar 10% vseh mitohondrijskih proteinov. Regulacija encima je zelo kompleksna. Nanj delujejo številni alostreični regulatorji, ki z vezavo naredijo mehanske ovire in zmanjšajo njegovo aktivnost. Najnovejše raziskave dokazujejo, da pri tem pomagajo tudi sirtuini. Dolga leta so znanstveniki preučevali natančno zgradbo in delovanje GDH, ter pri tem naleteli na kar nekaj težav. Po 50 letih raziskav tako boljše razumemo pomen in evolucijski razvoj tega pomembnega encima. V mojem seminarju sem se osredotočil na zgradbo in reguliranje encima.

=== Nina Mavec: Katabolizem triptofana in rak ===
Ker je rak v sodobnem svetu ena izmed bolezni, ki povzročijo največ smrti, se v zadnjem času izvaja vse več raziskav o samih vzrokih in mehanizmih za nastanek te nevarne bolezni v upanju, da bi s pomočjo ugotovitev lahko razvili, nove, boljše metode zdravljenja. Že nekaj časa je znano, da metabolizem triptofana vpliva na rast in maligni razvoj tumorjev, tako da oslabi imunski odziv celice. Pri katabolizmu te esencialne aminokisline je pomembna kinureninska pot, preko katere se katalizira večina triptofana, nastajajo pa razni metaboliti, med katerimi je tudi kinurenin. Obstajajo trije encimi, ki katalizirajo prvo stopnjo te reakcije, to so indolamin 2,3-dioksigenaza (IDO), triptofan 2,3-dioksigenaza (TDO) in indolamin 2,3-dioksigenaza 2 (IDO2). Ob povečanem katabolizmu triptofana v tumorskem tkivu se vzpostavi imunosupresivno okolje, ki tumorjem omogoča, da se izognejo imunskemu odzivu organizma. To se zgodi preko dveh mehanizmov, ki pa oba prispevata k vzpostavitvi take imunosupresije. Zmanjšana količina triptofana preko protein-kinaze GCN2 povzroči apoptozo limfocitov T. Več kinurenina, ki pri katabolizmu triptofana nastaja, pa preko transkripcijskega faktorja AhR povzroči diferenciacijo regulatornih limfocitov T, ki tumorju omogočajo imunsko toleranco. Inhibitorji teh treh encimov, ki omogočajo katabolizem triptofana, so torej privlačno potencialno zdravilo in raziskave v tej smeri že potekajo.

=== Enja Kokalj: Toksičnost amonijaka za možgane ===
Amonijak nastane v metabolizmu aminokislin. V serumu je v fizioloških pogojih večinoma prisoten v obliki amonijevega iona NH4+. Cikel sečnine, ki se odvija v jetrih, služi pretvorbi NH4+ v sečnino, ki se nato izloči iz organizma, saj je koncentracija NH4+ v krvi regulirana. Kljub temu, da možgani ne morejo sintetizirati uree iz NH4+, je njegova koncentracija v centralnem živčnem sistemu prav tako regulirana. Presežek NH4+ je za centralni živčni sistem toksičen. Pri odraslih ponavadi pride do hiperamonemije zaradi odpovedi jeter, pri otrocih pa zaradi motenj v ciklusu sečnine, ta pa vodi do hepatične encefalopatije, ki povzroči motje zavesti, v skrajnih primerih pa tudi komo. Stopnja ireverzibilne škode, ki jo možgani utrpijo, je odvisna od stopnje razvitosti možganov ter tudi intenzivnosti in dolžine izpostavitve visokim koncentracijam NH4+. Ker se vsa bolezenska stanja, ki nastopijo, odražajo na možganih, ti tudi predstavljajo osrednji predmet vseh spekulacij o mehanizmih toksičnosti amonijaka. Večja količina NH4+ v krvi vpliva na koncentracije številnih aminokislin, še posebej glutamina, glutamata in arginina, ovira normalno delovanje nevronov in s tem tudi prenos živčnih signalov ter onemogoča optimalno sintezo dušikovega oksida. Vse te motnje vzdrževanja celične homeostaze imajo lahko ireverzibilen vpliv na naše možganske celice, v primeru, da stanja ne zdravimo, pa lahko pride celo do smrti.

=== Inge Sotlar: Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene ===
Rastlinsko tkivo gradijo rastlinske celice, ki se od živalskih razlikujejo po tem, da poleg tipičnih organelov vsebujejo še plastide, vakuolo in celično steno. Debelejša in dokaj trdna celična stena je zelo dinamičen del celice. Njene osnovne naloge so, da vzdržuje osmotski tlak in obliko celice ter jo ščiti pred vplivi okolja. Glavni gradnik celične stene rastlin je celuloza, polisaharid iz več sto ali tisoč enot glukoze, ki se nahaja v obliki kristaliničnih mikrofibril. Vsako posamezno celulozno mikrofibrilo sintetizira transmembranski proteinski kompleks na plazmalemi, sintaza celuloze. Pod mikroskopom so sintaze vidne kot strukture, podobne rozeti, ki se vzdolž plazmaleme premikajo s pomočjo obodnih mikrotubulov in tudi aktinskih filamentov. Rozeta je heksamer, sestavljen iz 36 proteinov, ki sintetizirajo celulozo (CesA proteinov). Dva sosednja CesA proteina se povežeta preko cinkovega prsta in tvorita kompleks, kateri izgradi posamezno verigo celuloze. Na katalitsko domeno encima se veže substrat UDP-glukoza, ki se sintetizira s pomočjo sintaze sukroze ali pirofosforilaze UDP-glukoze. V naslednjem koraku se UDP-glukoza, donor glikozilne skupine, prenese na rastočo verigo. Zaradi steričnih ovir se na glavno verigo ne dodajajo monomeri glukoze, temveč celobioza – disaharid glukoze. Drugi polisaharid, ki tvori steno, je hemiceluloza. Verige hemiceluloze so krajše in za razliko od celuloze ne kristalizirajo. S celulozo se prepletajo v t.i. matriksu pektina, ki je tretja glavna sestavina celične stene. Če se razvije sekundarna celična stena, se v matriks vgradi še lignin in poveča trdnost.

=== Peter Pečan: Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije ===
Nealkoholna maščobna bolezen jeter (NAFLD) je izraz, ki predstavlja širok spekter bolezni jeter. Spada med najpogostejše kronične bolezni jeter v razvitem svetu, pojavlja pa se predvsem pri ljudeh s prekomerno telesno težo, ki ne uživajo prevelikih količin alkohola (ta lahko namreč povzroči enake oz. zelo podobne okvare). Najverjetnejši model razvoja bolezni predpostavlja delovanje v dveh stopnjah. V prvi stopnji pride do zvišane odpornosti na insulin, hiperglikemije, hiperlipidemije in nabiranja trigliceridov v jetrih, v drugi pa do oksidativnega stresa. V obeh stopnjah lahko pride do okvare mitohondrijev. Do napak naj bi prišlo, ker so mitohondriji ključni pri procesu β-oksidacije prostih maščobnih kislin (FFA). Te reakcije so namreč največji vir reaktivnih kisikovih spojin (ang. reactive oxygen species, ROS), ki sicer niso vedno škodljive, vendar lahko v povečanih količinah pripeljejo do močnega oksidativnega stresa. V predhodnjih raziskavah so dokazali, da ROS negativno vplivajo na procese oksidativne fosforilacije. Tako je pri osebah, ki imajo povečan vnos maščob, njihova oksidacija povečana, koncentracija ATP molekul pa posledično manjša kot običajno. Antioksidanti in antiperoksinitriti preprečijo takšne spremembe v oksidativni fosforilaciji, iz česar lahko z veliko gotovostjo sklepamo, da oksidativni stres res igra ključno vlogo pri patogenezi teh sprememb. Uporaba teh antioksidantov bi zato morda lahko bila uporabljena tudi za zdravljenje NAFLD pri ljudeh.

=== Jernej Vidmar: Oksidatvina fosforilacija v rakavih celicah ===
Mitohondriji so ključni celični organeli, ki sodelujejo v metabolizmu, igrajo ključno vlogo pri celični smrti in signalnih poteh. Za sintezo ATP preko oksidativne fosforilacije mitohondriji porabijo večino kisika, ki ga celica prejme, pri tem pa kot stranski produkt proizvede večino reaktivnih kisikovih spojin. Reaktivne kisikove spojine igrajo pomembno vlogo pri karcinogenezi, saj zaradi svoje oksidativnosti povzročajo poškodbe na celičnih makromolekulah. Povezanost mitohondrijskih funkcij z rakom še ni razvozlana, vendar je potrjena velika vpletenost, saj mitohondriji, poleg tega da igrajo ključno vlogo pri proizvodnji energije in regulirajo reaktivne kisikove spojine, nadzirajo celično življenje in smrt. To je zelo pomembno, saj lahko tumorske celice razvijejo odpornost na apoptozo na številne načine, med drugim preko mitohondrijskih nepravilnosti, izražanju protiapoptotskih proteinov ali negativni regulaciji ali mutaciji proapoptotskih proteinov. Rakave celice morajo svoj metabolizem prilagoditi, tako da proizvedejo molekule in energijo potrebno za rast tumorja in za morebitno spremembo okolja kjer preživijo. V rakavih celicah je veliko posebnosti, ki se tičejo oksidativne fosforilacije-nepravilnosti v kompleksih dihalne verige, posebna regulacija memebranskega potenciala, mutacije mitohondrijske DNA in mutacije genov v jedru, ki vplivajo na oksidativno fosforilacijo. Odkrivanje mehanizmov delovanja nekaterih molekul, katerih nepravilnosti v izražanju povzročajo rakave celice, bo v prihodnje pripomoglo k diagnostriciranju in zdravljenju raka.

=== Luka Dejanović: Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev ===
Mitohondrij je eden od organelov v evkariontski celici. Ima dve membrani zunanjo in notranjo. Notranja membrana je močno nagubana, saj tako omogoča povečanje površine za potek dihalne verige (RC). Njegova glavna naloga je proizvodnja ATP. V mitohondriju poteka ogromno število reakcij. Včasih se zgodi, da se kakšna tudi zalomi. Tako lahko npr. iz enega od citokromov (RC) uide elektron, ki pa lahko reagira s kisikom v bližini. Nastanejo reaktivni oksidativni intermediati (ROS). Te lahko reagirajo z bližnjimi biomolekulami in jih poškoduje. Prav zaradi takih situacij so celice razvile sistem ki stalno nadzoruje delovanje mitohondrija in ga ohranja funkcionalnega. Prav te sistemi so osnova za to seminarsko nalogo. Delijo se v 3 večje skupine glede na nivo delovanja: molekularni, na nivoju organelov in celični. Najbolj raziskan je sistem za lovljenje ROS, v mitohondriju imamo encime, ki so sposobni ROS spremeniti v vodikov peroksid, ta se kasneje razgradi na vodo in kisik. Naprej poznamo še sistem, ki lahko popravlja mitohondrijsko DNA. Več sistemov, ki popravljajo proteine in jih zvijajo nazaj v nativne konformacije. Poznamo pa tudi take mehanizme, ki mitohondrij vodijo v mitofagijo. Najbolj skrajni sistem deluje na celičnem nivoju in lahko sproži apoptozo. Toda tudi te mehanizmi niso vsemogočni, torej se naši mitohondriji vseeno kvarijo in jih je potrebno obnavljati.

=== Gašper Marinšek: Eikozanoidi citokrom P450 poti in rak ===
Eikozanoidi so družina zelo pomembnih bioloških molekul, ki igrajo v našem telesu osrednjo vlogo pri nastanku vnetij in ohranjanju homeostaze tkiv. Uvrščamo jih med lipide in so produkt metabolizma arahidonske kisline. Mednje spadajo tudi metaboliti citokrom P450 poti. Te so v preteklosti sicer že raziskovali in pri tem tudi ugotovili, da imajo sposobnost širjenja oz. krčenja žil-na ta način lahko uravnavajo krvni pritisk v našem telesu, a so do nedavnega ostali v senci drugih eikozanoidov, predvsem »razvpitih« vnetnih prostaglandinov. Šele pred kratkim pa so nekatere raziskave nakazale možnost povezave med eikozanoidi citokrom P450 poti in rakom. Predlaganih je bilo več možnosti povezave: spodbujanje rasti tumorskih celic, vnetne reakcije in pospeševanje angiogeneze, ki je ključna za normalno prehranjenost tumorskih celic in njihovo preživetje. Žal je bilo do tega trenutka izvedenih premalo raziskav, da bi lahko z gotovostjo govorili o eikozanoidih citokrom P450 poti kot o nedvomnih spodbujevalcih raka. Težava je tudi v tem, da so določeni poskusi dali nasprotujoče si rezultate. V prihodnosti bo tako potrebno izvesti še veliko poskusov in ugotoviti, ali so eikozanoidi citokrom P450 poti res primerne tarčne molekule za zdravljenje raka.

=== Urška Černe: Kontrola homeostaze holesterola preko ubikvitin-proteasomskega sistema ===
Ob nenehnem opozarjanju kako škodljiv je holesterol za naše telo, včasih pozabimo, da je to ena izmed bolj pomembnih molekul v našem organizmu. Je sestavni del bioloških membran in prekurzor pri biosintezi steroidnih hormonov, žolčnih kislin ter vitamina D. Zaradi vseh teh nalog holesterola, mora biti njegova koncentracija v celicah in na splošno v organizmu, dobro uravnana. Ob pomanjkanju ali preveliki količini le-tega lahko pride do številnih bolezni, na celični ravni pa nakopičenje holesterola lahko privede do apoptoze mitohondrijev. Pomembno vlogo pri regulaciji homeostaze holesterola ima UPS (angl. ubiquitin-proteasome system) ubikvitin-proteasomski sistem. Ta nadzira poti, ki primarno vplivajo na koncentracijo holesterola. Tako nadzira sintezo, absorpcijo in izločanje holesterola preko receptorjev za LDL (angl. low –density lipoprotein), transkripcijskih faktorjev (SREBP), preko encimov, ki sodelujejo v sintezi holesterola (HMG-CoA reduktaza), in preko membranskih transporterjev za holesterol. Poleg lizosomske razgradnje predstavlja UPS glavno pot v razgradnji znotraj celičnih proteinov. V seminarju bom na kratko razložila metabolizem holesterola in se osredotočila na to kako UPS vpliva na samo homeostazo, kaj to pomeni za celico in nakazala morebitne načine za zdravljenje bolezni, ki so povezane z nenormalnimi koncentracijami holesterola.

=== Jerneja Ovčar: Saharozna signalizacija v rastlinah ===
Saharoza je vrsta ogljikov hidratov in spada med nereducirajoče disaharide. Je spojina fruktoze in glukoze. Sinteza ogljikovih hidratov pri rastlinah poteka s fotosintezo v listih. V listih se shranjujejo kot škrob, v druge dele rastline pa potujejo v obliki saharoze, ki je glavna transportna oblika ogljikovih hidratov v rastlini. Saharoza ima v rastlini več vlog. Vloga saharoze kot signalizacijske molekule v rastlinah je bila predstavljena že pred desetletji. Saharozni signali lahko nadzirajo veliko število razvojnih procesov v življenjskem ciklu rastline. Med drugim je saharozno signaliziranje povezano z ogljikovo in dušikovo asimilacijo ter transportom v rastlini. Ugotovili so, da je v naravi verjetno saharoza tista molekula, ki sproži signalne kaskade, ki vodijo do indukcije fruktanskih sinteznih proteinov, ki nato sprožijo sintezo fruktana v rastlinah (polimer fruktoze). Kot saharozni senzor v rastlinah je znan protein SUT2. Transporterji SUT2 so energijsko odvisni saharozni/H+ transporterji, ki so lahko spremljevalci drugih celic ali pa se nahajajo direktno v sitastih celicah floema v rastlini. Tip transporterjev SUT2 je poseben, ker vsebuje N-terminalne in centralne razširitvene zanke, ki so sestavljene iz 40-60 aminokislin. Takšne zanke v drugih saharoznih transporterjih niso prisotne in to je vzrok, da imajo ti proteini v rastlinah tudi senzorno vlogo.

=== Valentina Levak: Sinteza škroba in regulacija slednje ===
Škrob je rezervni rastlinski polisaharid in tako kot saharoza nastaja iz intermediata Calvinovega cikla - gliceraldehid 3-fosfata. V času fotosinteze nastaja v granulah v kloroplastih, v času, ko fotosinteze ni, pa se granule izpraznijo, škrob se porabi za rast rastline, celično dihanje ali pa se nalaga v skladiščnih heterotrofnih tkivih. V večini tkiv je glavna kontrola sinteze škroba usmerjena na zadnjo reakcijo pred dejansko sintezo, in sicer na reakcijo z ADP-glukoza pirofosforilazo (AGP-azo), ki aktivira glukozo 1-fosfat, da lahko vstopi v reakcijo polimerizacije na škrob sintazi. Kontrolo izvajajo alosterični efektorji, ki so metabolni intermediati, oksidoreduktaze (npr. tioredoksin) ter transkripcijski regulatorji glede na jakost fotosinteze in koncentracijo sladkorjev. Podenote heterotetramera AGP-aze so kodirane na več mestih v DNA, kar kaže na specifične izooblike encima glede na tkivo, v katerem deluje, in različno občutljivost na posamezne efektorje.
V heterotrofnih tkivih se škrob skladišči v amiloplastih, ki imajo genetsko določeno število granul, ki lahko zrastejo v njih. Tudi velikosti granul se močno razlikujejo od rastline do rastline. 3D-struktura granul kaže, kako sta organizirana amilopektin in amiloza ter vzrok za semikristalinsko strukturo. Tu je še posebej pomembna navzočnost ne le AGP-aze, temveč tudi različnih škrob sintaz, razvejilnih in klestilnih encimov, saj mora biti prostor za dolgoročnejše skladiščenje škroba (gomolji, endoderm semen) čim bolje izkoriščen.

=== Monika Pepelnjak: Biosinteza serina in njen pomen ===
Serin je neesencialna aminokislina, ki jo lahko naše telo dobi na štiri različne načine: vnos z hrano, z razgradnjo proteinov in lipidov, iz glicina z reverzibilno reakcijo ali pa preko biosintetske poti iz metabolita glikolize – 3-fosfoglicerata. Serin ni pomemben samo za izgradnjo proteinov ampak je tudi prekurzor za druge pomembne molekule. Iz glicina nastaneta aminokislini glicin in cistein. Ob pretvorbi serina v glicin, serin odcepi eno ogljikovo skupino, ki se prenese na tetrahidrofolat. Tetrahidrofolat služi kot pomemben prenašalec te metilne skupine. V ciklu enega ogljika se pretvarja ter omogoča izgradnjo purinskih in pirimidinskih obročev. Odcepljena oglikova skupina se porabi tudi za metilacijo DNA, RNA in proteinov. Zaradi vsega tega je ključnega pomena, da je biosinteza serina natančno uravnana. Biosintetska pot je v začetku razvoja bolj aktivna, potem pa se zmanjša in ostane aktivna samo v tkivih, ki se hitro delijo. Aktivnost te poti je izrednega pomena pri razvoju možganskih celic, saj je serin prekurzor tudi za nevromodulatorja glicin in D-serin ter za gradnike mielinske ovojnice. Povišano koncentracijo encimov biosinteze serina so zasledili v rakavih tkivih, kjer povečana sinteza serina prispeva višjo količino a-ketoglutarata v citratni cikel. Tako omogoča povečanje anabolnih poti v celici. Zaradi tega raziskujejo nove možnosti zdravljenja, ki bi vplivale na biosintezo serina.

=== Liza Otorepec: Asparagin sintetaza in akutna limfoblastna levkemija ===
Asparagin sintetaza je encim, ki katalizira sintezo asparagina in glutamata. Pri reakciji se aspartat in glutamin pretvorita v asparagin in glutamat, pri tem nastaja tudi ATP. Asparagin je neesencialna aminokislina, kar pomeni, da jo telo samo sintetizira. Poznani sta dve vrsti asparagin sintetaze: prva uporablja za donor dušika amonijak (AS-A), pri drugi pa je donor dušika glutamin (AS-B). Prekomerno izražanje proteina asparagin sintetaze vpliva na odpornost do terapije, ki temelji na uporabi asparagina za zdravljenje akutne limfoblastne levkemije. Prav tako pa lahko prekomerno izražanje napove tudi občutljivost na zdravila za zdravljenje tumorjev. Otroci z akutno limfoblastno levkemijo so zdravljeni s kombinacijo večih zdravil, ki vsebujejo encim L-asparaginazo. Terapija z asparagin sintetazo temelji na izčrpavanju asparagina, takoj ko pride asparagin sintetaza v krvno plazmo. Prav tako je uničen tudi celični asparagin, zato se asparagin izčrpa iz vseh celic v telesu. Celice akutne limfoblastne levkemije izražajo zelo nizek nivo asparagin sintetaze, zato je zdravljenje z asparagin sintetazo zelo učnkovito, saj le ta zavira rast malignih celic pri levkemiji. Kljub temu da novejši načini zdravljenja pripomorejo k 80-procentnem izboljšanju, sta ponovljivost bolezni in odpornost proti zdravilom še vedno velik problem. Znanstveniki zato zdaj odkrivajo inhibitorje asparagin sintetaze, s katerimi bi lahko razložili nastanek teh stranskih učinkov.

=== Anja Tanšek: Zaščita nitrogenaznega kompleksa ===
Za življenje je nujno potreben dušik, saj ga vsak živeč organizem potrebuje. Največje količine dušika lahko najdemo v zraku, vendar se pojavi problem, saj se nahaja v zelo nereaktivni obliki. Dva atoma dušika sta povezana s tremi močnimi kovalentnimi vezmi, ki jih ne gre tako zlahka pretrgati. Večina živih bitij porablja dušik v obliki nitritov, nitratov ali amonijevega iona. Poraja se vprašanje kako se atmosferski dušik pretvori v uporabno obliko, ki jo večina organizmov potrebuje. Znanstveniki že dolgo vedo, da to počnejo nekatere bakterije in cianobakterije, vendar popolnoma natančen mehanizem še ni poznan. Bakterije, ki se naselijo na koreninah rastlin, predvsem stročnic, fiksirajo dušik iz zraka. Odgovorni encimski kompleks za te reakcije je nitrogenazni kompleks. Ta je sestavljen iz dveh komponent: dinitrogenaze-reduktaze in dinitrogenaze. Aktivnost encima je močno odvisna od pogojev. Najbolj problematična je prisotnost kisika, saj povzroči trajno deformacijo encima. Ta problem so rešile rastline, saj so bakterije, ki živijo v njihovih koreninah zaščitile z leghemoglobinom. Ta protein ima zelo veliko afiniteto do kisika in tako veže ves kisik preden bi sploh prišel do bakterij. Fiksacijo dušika opravljajo tudi cianobakterije, ki živijo v vodi. Pri njih se pojavi še dodatna težave, saj so same fotosintetski organizmi in kot vemo je stranski produkt fotosinteze kisik. Potrebna je še učinkovitejša zaščita pred kisikom. Razvileso se posebne celice heterociste, kjer se nahajajo nitrogenazni kompleksi.

BIO2 Seminar 2014

2014-11-13T17:42:02Z

Anja Tanšek: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Naida Hajdarević||14-15||[http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7506/full/nature13270.html Skrivnost metformina končno odkrita?]||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Transport maščobnih kislin skozi človeško placento]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Tjaša Sorčan||17||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24615175 Ketonska dopolnila zmanjšajo preživetje tumorskih celic]||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Nina Mavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090118 Katabolizem triptofana in rak]||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Bine Tršavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18819805 Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze]||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Peter Pečan||19||[http://dmm.biologists.org/content/7/11/1287.long Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije]||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Luka Dejanović||19||[http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(12)00019-9 Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev]||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jernej Vidmar||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810007024 Oksidativna fosforilacija v rakavih celicah]||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Inge Sotlar||20||[http://www.plantphysiol.org/content/155/1/171.long Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene] ||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jerneja Ovčar||20||Moj izbrani naslov||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Valentina Levak||20||Moj izbrani naslov||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Gašper Marinšek||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2962793/ Moj izbrani naslov]||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Urška Černe||21||[http://www.pubfacts.com/fulltext_frame.php?PMID=25220377&title=The%20UPS%20and%20downs%20of%20cholesterol%20homeostasis./ Kontrola homeostaze holesterola preko ubikvitin-proteasomskega sistema]||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Živa Moravec||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3390254/#!po=36.6667 Moj izbrani naslov]||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Anja Tanšek||22||Fiksacija dušika||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Monika Pepelnjak||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3806315/ Metabolizem serina in glicina v rakavih celicah]||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Liza Otorepec ||22||Moj izbrani naslov||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Tomaž Žagar||23||Moj izbrani naslov||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Jerneja Kocutar||23||Moj izbrani naslov||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Amadeja Lapornik||23||Moj izbrani naslov||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-03-24T21:22:08Z

Anja Tanšek: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-03-24T21:21:04Z

Anja Tanšek: /* 31.3. */

[[TBK2014-seminar|Nazaj na osnovno stran]]

== 10.3. ==

=== Črt Kovač: Naslov v slovenščini ===
To je povzetek. Nam ut gravida tellus, in ultricies ipsum. Integer blandit feugiat nunc, vel vehicula tortor viverra sit amet. Suspendisse non bibendum dui, in iaculis nibh. Sed sed tempus nunc, at adipiscing metus. Pellentesque vel imperdiet odio. Mauris aliquet urna erat, a tempor purus pellentesque ut. Pellentesque id velit varius, porta leo eu, sollicitudin magna. Vestibulum facilisis eleifend quam ut bibendum. Maecenas aliquet vulputate nisl, vel pulvinar purus iaculis eget. Praesent porttitor turpis velit, ut dignissim sapien commodo in. Aenean et consequat nisi. Aenean dictum, quam nec elementum accumsan, purus massa rutrum sem, ac hendrerit enim orci non felis.

=== Jernej Vidmar: Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem ===
Rentgenska fluorescenčna metoda je zelo priročna za določevanje elementov v našem biološkem vzorcu. Za odkrivanje elementov je zelo pomembna fluorescenca, ki jo povzročijo rentgenski žarki na elementih. Z uporabo posebnih zbiralnih leč lahko mikroskopi dosežejo ločljivost do 20 nanometrov. Z elektronskim mikroskopom je nemogoče opazovati živ vzorec, zato je potrebno za mikroskopiranje uporabiti rentgenski mikroskop, ki pa nima tako dobre ločljivosti kot elektronski. Opazovani preparat ni priporočljivo dodatno hidratirati, saj pri obstreljevanju z rentgenskimi žarki povzročimo hirolizo vode in razgradnjo pomembnih organskih molekul, prav tako pa ni priporočljiva dehiracija, saj se skupaj z vodo iz celice izločijo difuzivni ioni, kar pomeni smrt za celico, pri obeh primerih pa po koncu mikroskopiranja dobimo nenatančne slike vzorca. Ameriškim znanstvenikom je uspelo narediti bionanosondo, ki z obstreljevanjem zamrznjenega preparata z rentgenskimi žarki prikaže tridimenzionalno sliko fluoresciranih elementov v vzorcu. Vzorec postavimo v vakuumsko komoro, kjer ga obstreljujejo z rentgenskimi žarki. Fluorescenčni signali se zibrajo na detektorju, ki se glede na izvirni žarek nahaja pod pravim kotom. S preprosto analizo lahko ugotovimo za katere elemente gre, saj vsak oddaja barvo različnih valovnih dolžin. Metoda je in bo zelo uporabna pri načrtovanju in odkrivanju novih zdravil.

=== Bine Tršavec: Stikalo, ki pove, da je čas za spanje ===
Znanstveniki so v drugi polovici prejšnjega stoletja začeli raziskovati spanec. Odkrili so, da je zanj odgovorna skupina nevronov v možganih, in da poznamo dva mehanizma, ki ga uravnavata. To sta cirkadiadni in homeostatični ritem. Cirkadiadni ritem je odgovoren za to, da postanemo zaspani vsakih 24 ur, kar je posledica zunanjih sprememb zaradi vrtenja Zemlje okoli svoje osi(dan in noč), medtem ko homeostatični ritem skrbi, da postanemo zaspani zaradi naporov in si s spancem povrnemo moči. Na oba mehanizma naj bi vplivala ista skupina nevronov, saj ni mogoče povsem ločiti enega mehanizma od drugega. Raziskave, ki so potekale na vinskih mušicah, so pokazale, da lahko motnje spanca nastanejo zaradi mutacij, nastalih na crossveinless-c (cv-c) alelu. Mutacije namreč povzročijo napako v sintezi Rho-GAP proteina, ki je, kot kaže, zelo pomemben za pravilno regulacijo spanca. S številnimi eksperimenti so dokazali vpliv alela na predel možganov mušic, imenovan Fan shaped body (FB) in njegov pomen pri spancu. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se ob povečani utrujenosti poveča električna vzdražnost membran nevronov v dorzalnem delu FB, kar je pokazalo njihov pomen in potrdilo hipotezo. S tem so znansteniki stopili korak bližje odkritju, ki bi lahko rešilo težave povezane s spancem.

=== Ernest Šprager: Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev ===
Z procesom RNA interference, ki velja za eno najpomembnejših odkritij na medicinskem področju zadnjih let, lahko utišamo poljuben gen v genomu. RNA interferenca je zato uporabna za preučevanje funkcije posameznih genov in nam tudi ponuja potencialno nove načine zdravljenja bolezni, ki so posledica nepravilnega genskega izražanja. Ocenjujejo, da je več kot 4000 jetrnih bolezni posledica genetskih napak, zato je zdravljenje z RNA interferenco na tem področju veliko. Seveda je varna in selektivna dostava siRNA molekul v jetrne celice glavni izziv preden lahko pride do široke uporabe zdravljenja z RNA interferenco. Na podlagi strukture lipoproteinov so raziskovalci razvili lipopeptidne nanodelce, sestavljene iz sintetičnih lipopeptidov, fospolipidov, holesterolnih molekul, PEG-lipidov in siRNA. V članku so predstavljeni oblika, sinteza in biološko vrednotenje lipopeptidnih molekul, ki tvorijo takšne nanodelce. Sintetične lipopeptidne molekule so bile tvorjene z reakcijo lizina, njegovih dipeptidnih ali polipeptidnih derivatov z različno dolgimi aldehidi, akrilati in eposkidi. Raziskovalci so nato z različno zasnovanimi analizami med drugim merili tudi sposobnost utišanja faktorja VII, ki skrbi za strjevanje krvi. Od vseh sintetiziranih lipopetidov se je najbolje odrezal cKK-E12. Ugotovljeno je bilo, da bi takšen lipopeptidni nanodelec pripeljal siRNA proti določenem genu samo do jetrnih celic, s čimer bi bili stranski efekti minimizirani.

== 17.3. ==

=== Andrej Žulič: Prva umetna celica z delujočimi organeli ===

Prvič v zgodovini je znanstvenikom na nizozemski univerzu Radboud v Nijmegenu uspelo ustvariti umetno celico z delujočimi organeli, ki lahko v večih korakih, kemičnih reakcijah, reagent preko raznih vmesnih stopenj privedejo do končnega produkta, rezorufina, ki je fluorescenten in se ga zato na koncu reakcije lažje opazi. Te organele so ustvarili tako, da so majhne polimerosome narejene iz PS-b-PIAT polprepustnega polimera napolnili z encimi in jih potem vnesli v miniskulno kapljico vode, ki je vsebovala še proste encime in substrate, in to kapljico še enkrat obdali s lipidnim slojem – celično steno narejeno iz PB-b-PEO hidrofobnega polimera. Zaradi fluorescence produkta so lahko preverili, da se predvidene reakcije resnično dogajajo po korakih v polimerosomnih nanoreaktorjih ali organelih. Produkti posameznih organelov lahko prestopijo steno organela v celično plazmo od koder najdejo pot v druge celične organele, kjer se izvršujejo posledični koraki te ''kaskadne'' reakcije. Obstaja več načinov kako zgraditi strukture podobne celicam. Poleg opisanega, ki kombinira več pristopov, se lahko umetne celice gradi iz majhnih kapljic tekočine podobne citoplazmi, iz polimerov ali maščobnih kislin. Naslednjih korak je nedvomno narediti umetno celico, ki lahko sama proizvaja svojo energijo. S preučevanjem tega področja lahko biokemiki vedno bolje razumemo kaj se dogaja na celičnem nivoju in kako to uporabiti v nadaljnih raziskavah.

=== Urška Černe: Boj imunskega sistema proti malariji ===
Malarijo povzroča infekcija z parazitom, vrste Plasmodium falciparum, ki se prenese na človeka z pikom okuženega komarja mrzličarja. Ko piči človeka, se trosi prenesejo v njegovo kri in se začnejo množiti v jetrih. Nastanejo merozoiti, ki vstopajo v rdeča krvna telesca (eritrocite), kjer se nadalje delijo, dokler eritrocit ne poči. P. falciparum je specifični gostitelj, kar predstavlja težavo pri izvedbi človeške infekcije na laboratorijskih živalih kot so miši. Za premagovanje tega izziva so raziskovalci razvili miš z človeškimi eritrociti in jim dodali človeške imunske celice (miš RICH). Imunski sistem ima pri obvladovanju okužbe ključno vlogo. Študije na miših z uporabo človeških sevov Plasmodium so pokazale, da imunske celice (naravne celice ubijalke = celice NK, T celice in celice B) prispevajo k antiparazitski imunosti, pri čemer so bistvenega pomena celice NK. Te reagirajo z okuženimi eritrociti in jih tudi eliminirajo. Okuženi eritrociti postanejo sploščeni, kar kaže na uhajanje celične vsebine in izgubo volumna celice. Celični receptor LFA-1 je vključen v interakcijo celic NK z okuženimi eritrociti in njihov pomor. Pojasnitev molekularne narave vseh teh interakcij je bistveno za razumevanje mehanizma odzivanja naravnih celic ubijalk na infekcijo s P. falciparum.

=== Jerneja Kocutar: Odziv celic na stresne situacije ===
Kadar so celice izpostavljene stresnim pogojem, ki ogrozajo njihovo prezivetje se v njih aktivira stresni odziv, da bi čimprej spet vzpostavile homeostazo. Tak odziv je univerzalen in ga lahko najdemo v vseh organizmih in v vseh vrstah celic. Celice proizvajajo stresne proteine, ki izpolnjujejo razlicne naloge npr. preprečujejo tvorbo agregatov in neaktivnih intermediatov, odstranjujejo že poškodovane proteine, varujejo celične strukture, reorganizirajo celično oskrbo z energijo...Preden pa celica začne tvoriti proteine se aktivirajo transkripcijski receptrorji, od katerih je najpomembnejši HSF1. Aktivni HSF1 je trimer in ima dolčcene skupine fosolizirane. Regulacija stresnega odziva je odvisna od več celičnih procesov in organelov, najpomembnejši pa so procesi v jedru. Za uravnavanje stresnega odziva imamo 55 pozitivnih in 14 negativnih modulatorjev, ki so locirani v jedru, citoplazmi ali organelih. Pozitivni stresni odziv podaljšujejo in preprečujejo agregacijo proteinov, negativni pa odziv zavirajo. Vsi modulatorji so zelo tesno povezani med seboj, saj opazimo veliko več povezav kot med nakljičnim proteini. Kot najpomembnejši modulator je bila spoznana acetiltransferaza EP300, ki z acetiliranjem lizinov uravnava delovanje HSF1. V prihodnosti bi stresni odziv lahko uporabili tudi za zdravljenje bolezni pri katerih je problem obsežno propadanje celic. S tarčno aktivacijo stresnega odziva bi lahko reducirali poškodbe na celicah.

=== Tadej Ulčnik: Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice ===
Vzorec izražanja razklopnih proteinov med diferenciacijo matičnih celic daje nov namig o njihovii vlogi. Izmed družine petih razklopnih proteinov je znana le vloga razklopnega proteina UCP1, funkcija ostalih štirih pa še vedno ni znana. Znanstveniki so na podlagi rezultatov več analiz domnevali, da vzorec izražanja UPC proteinov sovpada s specifičnimi celicami, ki imajo podoben metabolizem, in se spremeni, če se celice same spremenijo. Analizirali so izražanje UCP2 v mišjih embrionalnih matičnih celicah pred in po diferenciaciji v nevrone. Dokazali so, da je samo UCP2 prisoten v nediferenciranih matičnih celicah in izgine takoj, ko se te začnejo diferencirati v nevrone. Nasprotno od tega se istočasno poviša raven izražanja UCP4 in tipičnih nevralnih označevalnih proteinov. Prisotnost proteina UCP2 v matičnih, rakavih in imunskih celicah, kaže na to, da je UCP2 prisoten v celicah z veliko zmožnostjo razmnoževanja, za katere je tudi značilen metabolizem, ki temelji na glikolizi. Protein UCP4 pa je prisoten samo v diferenciranih živčnih celicah, ki se niso sposobne deliti. Odkrili so da se UCP2 izraža tudi v nevroblastomih, katerih metabolizem je podoben rakavim celicam, ne izraža pa se UCP4. Te ugotovitve bi lahko pripomogle k hitrejšem odkrivanju rakavih celic, ki se od ostalih razlikujejo v metabolizmu in nekaterih proteinih.

== 24.3. ==

=== Hrvoje Malkoč: Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev ===

Da bi razumeli demielizacijske bolezni moramo najprej vedeti, kako pride do njih. Zato so znanstveniki iz Kalifornijske univerze Santa Barbara izvedli poskus s katerim so preverjali sestavo in lastnosti mielinskih dvoslojev. Mielin je več lipidnih dvoslojev skupaj, ki morajo biti kompaktni in med seboj vsebovati čim manjše količine vode. Že majhna sprememba v zgradbi mielinske ovojnice lahko povzroči težave pri izolaciji aksona in s tem povzroči različne motnje ali celo to, da impulz ne prispe na cilj. Posledice so lahko bolezni, kot je multipla skleroza, vzroki pa so lahko avtoimunski odzivi, infekcije, izpostavljenost določenim kemikalijam, pa tudi genetika. Opravljene so bile raziskave o adsorbciji mielinskega bazičnega proteina (MBP) na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev in njihov vpliv na strukturo, ravnovesni razmik in adhezijske sile med njima. Znanstveniki so na obe strani aparata površinskih sil postavili lipidni dvosloj, ga dali v pufersko raztopino z MBP-jem in jih približali da so se zlepili. Nato so jih dali narazen in merili adhezijo in debelino filma. Ugotovili so, da je zdrav mielin veliko bolj kompakten in vsebuje manj vode med membranami, pa tudi ima močnejšo adhezijo, in se bolj prijema na nasprotnega. Ta raziskava se razlikuje od drugih po tem, da ima molekularen pristop za razliko od drugih in bi zato lahko omogočila napredek v raziskavi demielizacijskih bolezni.

=== Janja Krapež: Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane ===

Celice obdaja lipidni dvosloj, ki je polprepusten in loči zunanjost celice od notranjosti (vse snovi torej ne morejo v celico). Prehod molekul je v veliki meri odvisen od transmebranskih proteinov, ki omogočajo transport snovi, ki ne morejo direktno skozi lipidni dvosloj, to so ioni in druge večje molekule. Nekateri proteini pa v neki drugi celici povzročijo majhne pore – nanopore. Pri tem ioni in molekule prosto prehajajo, kar privede do celične smrti, ker prehod snovi ni več nadzorovan. Raziskovalci želijo skozi take nanopore spraviti tudi DNA ali proteine. Težava je le v tem, da je težko nadzorovati prehode molekul skozi nanopore. Raziskovalci namreč ne želijo, da bi skozi nanopre lahko v celico vstopale vse molekule. Vstopale naj bi le tiste molekule, ki imajo za to pravo gensko informacijo. Profesorju Maglia in njegovi ekipi je uspelo sestaviti nanoporo, ki deluje kot cikel in prepušča DNA. Točno določeni deli DNA v raztopini hibridizirajo in se transportirajo skozi DNA poro. Na nasprotni strani pore pa je druga DNA, ki izpusti iskano genetsko zaporedje iz pore v celico. Ta prenos se zgodi vsakokrat, ko ima DNA, ki želi skozi membrano, pravilno zaporedje. Ta prehod poteka spontano in deluje kot tekoči trak. DNA vijačnico so združili z vrhom proteinske nanopore. Tako so dobili membranski sistem, ki je omogočil transport specifične DNA molekule skozi nanoporo.

== 31.3. ==

=== Monika Pepelnjak: Odpornost tumorjev na kemoterapijo ===

Rak debelega črevesja in danke je drugi najpogostejši rak v Sloveniji. Kadar bolezen ni odkrita dovolj hitro, je za zdravljenje poleg kirurške odstranitve malignega tumorja potrebno tudi zdravljenje s citostatiki (kemoterapija). Najpogosteje uporabljen citostatik pri kolorektalnem raku je oksaliplatin, ki poškoduje DNA zaporedje in tako prepreči delovanje in hitro delitev celic. Velik problem pri zdravljenju pa povzročata primarna in pridobljena odpornost na oksaliplatin. Odpornost je lahko posledica več različnih dejavnikov, eden izmed njih so tudi epigenetske spremembe. Raziskovalci so odkrivali razloge za odpornost z epigenetskega vidika in primerjali metilacije različnih genov v odpornih in odzivnih celicah. Ugotovili do, da se največje razlike pojavljajo v metilaciji SRBC gena, ki je znan kot interaktor s produktom gena BRCA1. Dokazali so, da je metilacija tega gena, in s tem njegovo utišanje, resnično odgovorna za zmanjšano odzivnost celic na oksaliplatin. Epigenetska inaktivacija SRBC gena se je pojavila pri 29.8% pacientov, povezali pa so tudi utišanje tega gena in krajše obdobje preživetja brez nadaljevanja bolezni pri pacientih, ki so se zdravili z oksaliplatinom, vendar jim metastaz kirurško niso mogli odstraniti. Rezultati postavljajo osnovo za nadaljne študije, kjer bi lahko metilacijo gena SRBC uporabili kot predhodnji pokazatelj odpornosti na oksaliplatin.

=== Anja Tanšek: Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze ===

V celicah sesalcev je endocitoza, posredovana s klatrinom (CME), glavna pot za vstop večjih molekul skozi membrano preko različnih receptorjev. Mehanizem CME se zaustavi kmalu po tem, ko celica vstopi v profazo in začne ponovno delovati v pozni anafazi, kjer je potreben za membransko dinamiko pri citokinezi. Predlagana sta bila dva glavna mehanizma, ki bi lahko povzročila inhibicijo CME. Prva hipoteza pravi, da direktna mitotska fosforilacija CME sistema zmanjša njegovo aktivnost. V podporo tej predpostavki so številni endocitozni proteini, ki so fosforilirani med mitozo, vendar vpliv teh modifikacij na CME ni jasen, niti dokazan. Druga hipoteza pravi, da povečana membranska napetost mitotskih celic prepreči nastanek jamice in izoblikovanje v vezikel med CME. Celicam, ki so v fazi mitoze, se membranska napetost poveča. Posledično se poveča tudi potreba po aktinskem citoskeletu, ker se formira celični korteks. Zato aktinski citoskelet ni na voljo mehanizmu CME za premagovanje povečane obremenitve zaradi membranske napetosti in se endocitoza v celici ustavi. V tej študiji so raziskovalci dokazali, da je za zaviranje CME v času mitoze odgovorno pomanjkanje aktina. Dokazali so, da lahko CME poteka tudi v mitotskih celicah, kljub visoki membranski napetosti, tako da so omogočili delovanje aktina pri CME. Mitotska fosforilacija endocitoznih proteinov je bila prisotna tudi v celicah s ponovno vzpostavljeno CME, kar kaže, da direktna fosforilacija CME mehanizma ni odgovorna za njegovo inhibicijo.

TBK2014-seminar

2014-03-22T09:29:23Z

Anja Tanšek: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131018132203.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-03-18T22:57:46Z

Anja Tanšek: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131018132203.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313092712.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-03-17T21:05:43Z

Anja Tanšek: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/09/130923092601.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-03-17T21:03:33Z

Anja Tanšek: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/09/130923092601.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-03-17T21:02:10Z

Anja Tanšek: /* 24.3. */

TBK2014-seminar

2014-03-13T18:44:35Z

Anja Tanšek: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/09/130923092601.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-03-12T20:08:57Z

Anja Tanšek: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||||||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/09/130923092601.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.