Wiki FKKT - User contributions [en]

2015-bionano-seminar

2015-05-04T16:01:08Z

Barbara.Zuzek:

= Bionanotehnologija- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Avtor 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Avtor 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
|-
| Anže Prašnikar||Monika Praznik ||||29.03.||31.03.||Aneja Tuljak||Angelika Vižintin
|-
| Varja Božič||Eva Knapič||Razgradljivi kondomi s protimikrobno zaščito||29.03.||31.03.||Eva Udovič||Maja Grdadolnik
|-
| Belkisa Velagić||Aleksander Benčič||Avtomobilski encimski katalizator||29.03.||31.03.||Nika Kurinčič||Tjaša Goričan
|-
| Naja Vrankar||Valter Bergant||||31.03.||02.04.||Nataša Žigante||Luka Smole
|-
| Tilen Volčanšek||Veronika Jarc||||31.03.||02.04.||Anže Prašnikar||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Tanja Lipec||Iza Ogris||Test občutljivosti na gluten z neprebavljivo kapsulo||31.03.||02.04.||Varja Božič||Klara Tereza Novoselc
|-
| Katja Lovrin||Mitja Crček||Uporaba nitrifikacijskih encimov pri kmetovanju||05.04.||07.04.||Belkisa Velagić||Monika Praznik
|-
| Saša Balažic||Urban Javoršek ||||05.04.||07.04.||Naja Vrankar||Eva Knapič
|-
| Urban Borštnik||Sara Primec||||05.04.||07.04.||Tilen Volčanšek||Aleksander Benčič
|-
| Nives Ahlin||Kim Kos||||12.04.||14.04.||Tanja Lipec||Valter Bergant
|-
| Matic Bevec||Estera Merljak||Antimaček®||12.04.||14.04.||Katja Lovrin||Veronika Jarc
|-
| Vida Špindler||Jernej Pušnik||||12.04.||14.04.||Saša Balažic||Iza Ogris
|-
| Jasmina Sedmak||Maxi Sagmeister||Brezžični zobni nanobiosenzor ||19.04.||21.04.||Urban Borštnik||Mitja Crček
|-
| Sanja Popović||Benjamin Bajželj||||19.04.||21.04.||Nives Ahlin||Urban Javoršek
|-
| Blaž Komar||Alja Zottel||||19.04.||21.04.||Matic Bevec||Sara Primec
|-
| Blaž Perič||Katarina Uršič||Biorazgradljivi žvečilni gumi z antibakterijskimi lastnostmi||03.05.||05.05.||Simon Preložnik||Kim Kos
|-
| Simon Preložnik||Maja Remškar||Preprost dostavni sistem za omega-3 maščobne kisline||03.05.||05.05.||Jasmina Sedmak||Estera Merljak
|-
| Aneja Tuljak||Tina Gregorič||Stekleničke z biosenzorjem za detekcijo ''E.coli''||03.05.||05.05.||Sanja Popović||Jernej Pušnik
|-
| Damir Hamulić||Anita Kustec||||10.05.||12.05.||Blaž Komar||Maxi Sagmeister
|-
| Janja Fortin||Tina Snoj||||10.05.||12.05.||Blaž Perič||Benjamin Bajželj
|-
| Rajko Vnuk||Mojca Banič||||10.05.||12.05.||Vida Špindler||Alja Zottel
|-
| Rok Grm||Ajda Rojc||||17.05.||19.05.||Kaja Javoršek||Katarina Uršič
|-
| Kristina Gavranić||Barbara Žužek||Protimikrobni žvečilni gumi s hidroksiapatitnimi nanodelci za remineralizacijo zobne sklenine||17.05.||19.05.||Damir Hamulić||Maja Remškar
|-
| Urška Mohorič||Griša Prinčič||||17.05.||19.05.||Janja Fortin||Tina Gregorič
|-
| Maja Ramić||Nejc Petrišič||||24.05.||26.05.||Rajko Vnuk||Anita Kustec
|-
| Barbara Jeras||Tamara Marić||||24.05.||26.05.||Rok Grm||Tina Snoj
|-
| Matic Urlep||Samo Zakotnik||||24.05.||26.05.||Kristina Gavranić||Mojca Banič
|-
| Urban Verbič||Angelika Vižintin||||31.05.||02.06.||Urška Mohorič||Ajda Rojc
|-
| Nataša Žigante||Maja Grdadolnik||||31.05.||02.06.||Maja Ramić||Barbara Žužek
|-
| Kaja Javoršek||Tjaša Goričan||||31.05.||02.06.||Barbara Jeras||Griša Prinčič
|-
| Eva Udovič||Luka Smole||||07.06.||09.06.||Matic Urlep||Nejc Petrišič
|-
| Nika Kurinčič||Jakob Gašper Lavrenčič||||07.06.||09.06.||Urban Verbič||Tamara Marić
|-
| Klara Tereza Novoselc||||||07.06.||09.06.||Samo Zakotnik||
|}

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja najdete v [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

==Naloga==
'''Vaša naloga je: '''
Po dva študenta skupaj pripravita projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.
Predlagana struktura:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 1500 do 2000 besed . Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut, predstavitev pa ne sme biti krajša od 15 minut (popust :-)). Nalogo predstavita oba študenta (razdelita si čas). Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo pripombe k projektu in postavijo po dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1WdCXoXo1zkRrVlLKIcEV1z_MyhavU-3ERBm9n2oiawI/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do predstavitve seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1ToLPn78T9W3G6Hm5hV0mLseFYghiLQMlRPGb0J5zft8/viewform mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

ZVIŠEVANJE OCENE

2013-12-19T08:36:23Z

Barbara.Zuzek:

30017949

30017952

ZVIŠEVANJE OCENE

2013-12-19T08:35:54Z

Barbara.Zuzek:

30017949
30017952

YTH s knjižnico celic HeLa

2013-10-25T16:55:22Z

Barbara.Zuzek:

'''Interakcija proteina 14-3-3σ s proteinom KCMF1 zavira proliferacijo in nastajanje kolonij v humanih izvornih celicah raka na črevesju'''

'''UVOD'''
Proteini iz družine14-3-3 so eni najštevilčnejših v celici in so zelo konzervativni. V človeški celici obstaja 7 izotipov, vsi imajo ključno vlogo pri mnogih regulatornih procesih v celici, kot so vzdrževanje kontrolnih točk in popravljanje DNA, preprečevanje apoptoze, spodbujanje celične diferenciacije, usmerjajo celično adhezijo in gibanje. Izmed 14-3-3 proteinov je izoforma 14-3-3σ najbolj neposredno povezana z rakom. Obstaja kar nekaj dokazov, da ima protein vlogo tumorskega supresorja, njegova inaktivacija olajša nastanek tumorja. Podrobnejše študije so pokazale, da je 14-3-3σ ključni regulator translacije med mitozo, prav tako ima vlogo pri zaključevanju mitoze in citokinezi. V predhodnih študijah raka na črevesju so ugotovili, da je v izvornih celicah raka ekspresija proteina veliko večja kot v diferenciranih celicah raka.
Za boljše razumevanje vloge 14-3-3σ v tumorigenezi izvornih celic, so uporabili dvohibridni sistem kvasovk, s katerim bi našli nove proteine, ki z njim interagirajo.

'''DVOHIBRIDNI SISTEM'''

V študiji so za detekcijo interakcije uporabili protein kvasovke GAL 4, ki je transkripcijski faktor. GAL 4 sestavljata dve domeni, ena se veže na DNA (DNA-binding domain - DBD), druga pa deluje kot transkripcijski aktivator (activating domain - AD). Domeni se lahko izražata tudi kot ločeni peptidni verigi. Za GAL4 je značilno, da lahko obdrži funkcijo transaktivacije, četudi se njegovi domeni ne moreta povezati direktno med seboj- DBD in AD se povežeta preko dveh interagirajočih heterolognih proteinov, kar vodi v ekpresijo reporterskega gena.

'''KONSTRUKCIJA PLAZMIDA- VABE'''

Izolirali so človeške izvorne celice raka na črevesju in iz njih izolirali celotno RNA. Z RT-PCR so pomnožili gen 14-3-3σ, preverili njegovo sekvenco, nato pa so insert vstavili v ekspresijski plazmid pGBKT7 z zapisom za DBD. S plazmidom so transfecirali kvasovke seva AH109.

'''SCREENING HeLa cDNA KNJIŽNICE Z DVOHIBRIDNIM SISTEMOM KVASOVK'''

Po končani ekspresiji fuzijskega proteina 14-3-3σ- DNA-BD v kvasovki AH109, so izvedli metodo dvohibridnega sistema s HeLa cDNA knjižnico. Tako so poskušali najti proteine, ki interagirajo s proteinom 14-3-3σ.
Iz humanih HeLa celic so izolirali totalno RNA, iz katere so z reverzno transkripcijo napravili cDNA knjižnico. Uporabili so pACT2 vektor, ki nosi zapis za AD, ter z njim transfecirali kasovke seva Y187.
Kulturi kvasovk so parili, po nanosu na gojišče so zrastle modre kolonije, kar pomeni, da je 14-3-3σ inetragiral z neznanim proteinom iz HeLa. Iz pozitivnih kolonij so izolirali plazmide ter jih sekvencirali, da bi identificirali proteine. Ti proteini so bili: KCMF1, HIBADH in NQO2.

Za potrditev interakcij so ponovili metodo dvohibridnega sistema še v sesalskih celicah. S pozitivnimi rezultati so dokazali, da so interakcije med proteini v kvasovkah reproducibilne tudi v sesalskih celicah.

'''siRNA metoda'''

Da bi preverili delovanje kompleksa proteinov KCMF1 in 14-3-3σ v izvornih celicah raka na črevesju so uporabili metodo utišanja genov z siRNA.
siRNA je 20-25 nukleotidov dolga dvoverižna RNA. Udeležena je na RNAi (interferenca RNA) poti, saj z vezavo na mRNA povzroči njeno razgradnjo na določenih mestih in s tem utišanje gena.
Vnos siRNA v sesalsko kultivirano celico je lahko direkten ali pa posreden z shRNA. siRNA pridobimo na več načinov: s kemijsko sintezo, z in vitro transkripcijo, z in vitro razgradnjo dsRNA, z ekspresijo iz plazmida, iz shRNA itd.
S pomočjo programa za iskanje ustreznih siRNA so izbrali takšni, ki ciljata humano KCMF1 in 14-3-3σ mRNA. Smiselno verigo siRNA so vnesli v siRNA ekspresijske vektorje, s katerimi so nato transfecirali v izvorne celice raka na črevesju, kar je povzročilo utišanje KCMF1 in 14-3-3σ genov.
Spremljali so razlike v rasti med transfeciranimi in netransfeciranimi celicami. Transfecirane celice so rastle počasi v primerjavi s kontrolo, po štirih tednih jr bila rast inhibirana.

'''ZAKLJUČEK'''
Rezultati študije kažejo, da protein 14-3-3σ interagira s KCMF1. Utišanje ekspresije teh dveh proteinov je signifikantno zaviralo celično proliferacijo in nastajanje rakavih celic. Da pa bi bolje razumeli, kako interakcije med proteinoma vplivajo na celično delitev in na rakave celice v črevesju, bodo potrebne še nadaljnje študije.

VIR: Jian Zou, Lin Mi, Xiao-Feng Yu, Jie Dong; Interaction of 14-3-3σ with KCMF1 suppresses the
proliferation and colony formation of human colon cancerstem cells; World J Gastroenterol 2013 June 28; 19(24): 3770-3780

YTH s knjižnico celic HeLa

2013-10-25T16:54:24Z

Barbara.Zuzek: New page: '''Interakcija proteina 14-3-3σ s proteinom KCMF1 zavira proliferacijo in nastajanje kolonij v humanih izvornih celicah raka na črevesju''' UVOD Proteini iz družine14-3-3 so eni najš...

'''Interakcija proteina 14-3-3σ s proteinom KCMF1 zavira proliferacijo in nastajanje kolonij v humanih izvornih celicah raka na črevesju'''

UVOD
Proteini iz družine14-3-3 so eni najštevilčnejših v celici in so zelo konzervativni. V človeški celici obstaja 7 izotipov, vsi imajo ključno vlogo pri mnogih regulatornih procesih v celici, kot so vzdrževanje kontrolnih točk in popravljanje DNA, preprečevanje apoptoze, spodbujanje celične diferenciacije, usmerjajo celično adhezijo in gibanje. Izmed 14-3-3 proteinov je izoforma 14-3-3σ najbolj neposredno povezana z rakom. Obstaja kar nekaj dokazov, da ima protein vlogo tumorskega supresorja, njegova inaktivacija olajša nastanek tumorja. Podrobnejše študije so pokazale, da je 14-3-3σ ključni regulator translacije med mitozo, prav tako ima vlogo pri zaključevanju mitoze in citokinezi. V predhodnih študijah raka na črevesju so ugotovili, da je v izvornih celicah raka ekspresija proteina veliko večja kot v diferenciranih celicah raka.
Za boljše razumevanje vloge 14-3-3σ v tumorigenezi izvornih celic, so uporabili dvohibridni sistem kvasovk, s katerim bi našli nove proteine, ki z njim interagirajo.

DVOHIBRIDNI SISTEM

V študiji so za detekcijo interakcije uporabili protein kvasovke GAL 4, ki je transkripcijski faktor. GAL 4 sestavljata dve domeni, ena se veže na DNA (DNA-binding domain - DBD), druga pa deluje kot transkripcijski aktivator (activating domain - AD). Domeni se lahko izražata tudi kot ločeni peptidni verigi. Za GAL4 je značilno, da lahko obdrži funkcijo transaktivacije, četudi se njegovi domeni ne moreta povezati direktno med seboj- DBD in AD se povežeta preko dveh interagirajočih heterolognih proteinov, kar vodi v ekpresijo reporterskega gena.

KONSTRUKCIJA PLAZMIDA- VABE

Izolirali so človeške izvorne celice raka na črevesju in iz njih izolirali celotno RNA. Z RT-PCR so pomnožili gen 14-3-3σ, preverili njegovo sekvenco, nato pa so insert vstavili v ekspresijski plazmid pGBKT7 z zapisom za DBD. S plazmidom so transfecirali kvasovke seva AH109.

SCREENING HeLa cDNA KNJIŽNICE Z DVOHIBRIDNIM SISTEMOM KVASOVK

Po končani ekspresiji fuzijskega proteina 14-3-3σ- DNA-BD v kvasovki AH109, so izvedli metodo dvohibridnega sistema s HeLa cDNA knjižnico. Tako so poskušali najti proteine, ki interagirajo s proteinom 14-3-3σ.
Iz humanih HeLa celic so izolirali totalno RNA, iz katere so z reverzno transkripcijo napravili cDNA knjižnico. Uporabili so pACT2 vektor, ki nosi zapis za AD, ter z njim transfecirali kasovke seva Y187.
Kulturi kvasovk so parili, po nanosu na gojišče so zrastle modre kolonije, kar pomeni, da je 14-3-3σ inetragiral z neznanim proteinom iz HeLa. Iz pozitivnih kolonij so izolirali plazmide ter jih sekvencirali, da bi identificirali proteine. Ti proteini so bili: KCMF1, HIBADH in NQO2.

Za potrditev interakcij so ponovili metodo dvohibridnega sistema še v sesalskih celicah. S pozitivnimi rezultati so dokazali, da so interakcije med proteini v kvasovkah reproducibilne tudi v sesalskih celicah.

siRNA metoda

Da bi preverili delovanje kompleksa proteinov KCMF1 in 14-3-3σ v izvornih celicah raka na črevesju so uporabili metodo utišanja genov z siRNA.
siRNA je 20-25 nukleotidov dolga dvoverižna RNA. Udeležena je na RNAi (interferenca RNA) poti, saj z vezavo na mRNA povzroči njeno razgradnjo na določenih mestih in s tem utišanje gena.
Vnos siRNA v sesalsko kultivirano celico je lahko direkten ali pa posreden z shRNA. siRNA pridobimo na več načinov: s kemijsko sintezo, z in vitro transkripcijo, z in vitro razgradnjo dsRNA, z ekspresijo iz plazmida, iz shRNA itd.
S pomočjo programa za iskanje ustreznih siRNA so izbrali takšni, ki ciljata humano KCMF1 in 14-3-3σ mRNA. Smiselno verigo siRNA so vnesli v siRNA ekspresijske vektorje, s katerimi so nato transfecirali v izvorne celice raka na črevesju, kar je povzročilo utišanje KCMF1 in 14-3-3σ genov.
Spremljali so razlike v rasti med transfeciranimi in netransfeciranimi celicami. Transfecirane celice so rastle počasi v primerjavi s kontrolo, po štirih tednih jr bila rast inhibirana.

ZAKLJUČEK
Rezultati študije kažejo, da protein 14-3-3σ interagira s KCMF1. Utišanje ekspresije teh dveh proteinov je signifikantno zaviralo celično proliferacijo in nastajanje rakavih celic. Da pa bi bolje razumeli, kako interakcije med proteinoma vplivajo na celično delitev in na rakave celice v črevesju, bodo potrebne še nadaljnje študije.

VIR: Jian Zou, Lin Mi, Xiao-Feng Yu, Jie Dong; Interaction of 14-3-3σ with KCMF1 suppresses the
proliferation and colony formation of human colon cancerstem cells; World J Gastroenterol 2013 June 28; 19(24): 3770-3780