Wiki FKKT - User contributions [en]

Metabolno inženirstvo in vitro za proizvodnjo bioelektrike preko popolne oksidacije glukoze

2017-05-20T08:59:43Z

BarbaraDusak: /* Zaključek */

[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 ''In vitro'' metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose]

== Uvod ==
Potencialne prednosti metabolnega inženirstva ''in vitro'' so hitrejši potek reakcij, višji izkoristki, manj specifični reakcijski pogoji, večja toleranca na različne reaktante v sistemu in lažja izolacija produkta. Pridobivanje elektrike iz organskih molekul i nekoč lahko postalo zelo čist in učinkovit vir pridobivanje energije v obliki biobaterij in bi tako lahko predstavljalo alternativo zgolj sežiganju biogoriv. Kot osnovna organska molekula za pridobivanje bioelektrike se lahko uporabi glukoza, saharoza ali etanol in njim ustrezne oksidaze. Reakcije potekajo v posebnih encimskih gorivnih celicah, vendar je razvoj tovrstnih metabolnih poti še na začetku in encimske gorivne celice imajo zaenkrat slab izkoristek. Slab izkoristek je posledica tega, da je v sistemu običajno prisoten le en encim za oksidacijo organske molekule. Da bi učinkovitost tovrstnih sistemov izboljšali, bi bilo v torej potrebno uvesti več encimov, kar so sicer storili že v nekaterih predhodnih raziskavah, a so bili rezultati teh raziskav pomanjkljivi in nezanesljivi.

== Umetna metabolna pot ==
V predstavljeni raziskavi pa so konstruirali ciklično metabolno pot dvanajstih encimov, in sicer za aktivacijo glukoze, oksidacijo ter regeneracijo. Aktivacijo glukoze katalizira polifosfat glukokinaza. Nato kaskadna encima glukoza-6-fosfat-dehidrogenaza (G6PDH) in 6-fosfoglukonat dehidrogenaza (6GPDH) oksidirata glukozo do ribuloza-5-fosfata. Na koncu poteče še regeneracija ribuloze-5-fosfata nazaj do glukoze z encimi pentoza-fosfatne poti in glukoneogeneze. Ko se cikel obrne šestkrat, je bilo porabljenih 24 elektronov, torej ena molekula glukoze.

== Metode in materiali ==
Uporabljeni encimi so izvirali iz različnih arhej. Rekombinatne proteine so izrazili v sevu E. Coli BL21, in jih izolirali z različnimi tehnikami, in sicer Ni-kelatno kromatografijo, toplotno precipitacijo in afinitetno adsorbcijo. Po izolaciji in čiščenju so preverili njihovo aktivnost.
Oksidacija glukoze je potekala v encimski gorivni celici, pri kateri je anodo predstavljal ogljikov papir in nanocevke v raztopini z encimi. Tudi katoda je bila izdelana iz ogljika, prevlečenega s plastjo platine, ki je bil izpostavljen zraku. Katoda in anoda sta bili ločeni z membrano. Iz encimske raztopine so s prepihovanjem odstranili kisik.v katero so dodali 15 ml raztopine encimov, dodali še glukozo do koncentracijo 2 mM, nato pa z amperometrom merili nastali tok. Po končani meritvi so določili, koliko glukoze je ostalo v gorivni celici in izračunali, koliko naboja se je generiralo na časovno enoto in kakšen je bil izkoristek proizvedenega naboja glede na celotno količino dostopnih elektronov.

== Rezultati ==
Že prve meritve so pokazale, da je izkoristek tovrstne gorivne celice višji kot v dosedanjih primerih. Sprva je bila gostota izmerjenega toka 2,9 mA/cm2. Nastajanje toka so nato dodatno ojačali s tem, da so enega izmed encimov zamenjali z aktivnejšo različico, ter v mešanico dodali še dodaten encim, da bi pospešil eno izmed pretvorb, ki je bila sicer spontana. Končna gostota toka je bil 6,9 mA/cm2.

== Razprava ==
Encimske gorivne celice imajo večjo proizvodno moč od mikrobnih. Ta se namreč giblje v območju nekaj do nekaj sto µW/cm2, medtem ko opisana encimska gorivna celica zlahka doseže moč v rangu mW/cm2. Raziskovalci menijo, da bi bile encimske gorivne celice uporabne kot biobaterije, medtem ko bi mikrobne gorivne celice lahko uporabili za proizvodnjo elektrike kot stranskega produkta odpadnih voda. Raziskovalci so tudi mnenja, da bi biobaterije v prihpdnsoti lahko nadomestile baterije na osnovi kovin, kakršne uporabljamo danes.

== Zaključek==
Raziskovalna skupina je uspešno sestavila umetno metabolno pot ''in vitro'', ki je omogočala popolno oksidacijo glukoze za pridobivanje električne energije.

[[MBT seminarji 2017]]

Metabolno inženirstvo in vitro za proizvodnjo bioelektrike preko popolne oksidacije glukoze

2017-05-20T08:59:16Z

BarbaraDusak: /* Metode in materiali */

[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 ''In vitro'' metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose]

== Uvod ==
Potencialne prednosti metabolnega inženirstva ''in vitro'' so hitrejši potek reakcij, višji izkoristki, manj specifični reakcijski pogoji, večja toleranca na različne reaktante v sistemu in lažja izolacija produkta. Pridobivanje elektrike iz organskih molekul i nekoč lahko postalo zelo čist in učinkovit vir pridobivanje energije v obliki biobaterij in bi tako lahko predstavljalo alternativo zgolj sežiganju biogoriv. Kot osnovna organska molekula za pridobivanje bioelektrike se lahko uporabi glukoza, saharoza ali etanol in njim ustrezne oksidaze. Reakcije potekajo v posebnih encimskih gorivnih celicah, vendar je razvoj tovrstnih metabolnih poti še na začetku in encimske gorivne celice imajo zaenkrat slab izkoristek. Slab izkoristek je posledica tega, da je v sistemu običajno prisoten le en encim za oksidacijo organske molekule. Da bi učinkovitost tovrstnih sistemov izboljšali, bi bilo v torej potrebno uvesti več encimov, kar so sicer storili že v nekaterih predhodnih raziskavah, a so bili rezultati teh raziskav pomanjkljivi in nezanesljivi.

== Umetna metabolna pot ==
V predstavljeni raziskavi pa so konstruirali ciklično metabolno pot dvanajstih encimov, in sicer za aktivacijo glukoze, oksidacijo ter regeneracijo. Aktivacijo glukoze katalizira polifosfat glukokinaza. Nato kaskadna encima glukoza-6-fosfat-dehidrogenaza (G6PDH) in 6-fosfoglukonat dehidrogenaza (6GPDH) oksidirata glukozo do ribuloza-5-fosfata. Na koncu poteče še regeneracija ribuloze-5-fosfata nazaj do glukoze z encimi pentoza-fosfatne poti in glukoneogeneze. Ko se cikel obrne šestkrat, je bilo porabljenih 24 elektronov, torej ena molekula glukoze.

== Metode in materiali ==
Uporabljeni encimi so izvirali iz različnih arhej. Rekombinatne proteine so izrazili v sevu E. Coli BL21, in jih izolirali z različnimi tehnikami, in sicer Ni-kelatno kromatografijo, toplotno precipitacijo in afinitetno adsorbcijo. Po izolaciji in čiščenju so preverili njihovo aktivnost.
Oksidacija glukoze je potekala v encimski gorivni celici, pri kateri je anodo predstavljal ogljikov papir in nanocevke v raztopini z encimi. Tudi katoda je bila izdelana iz ogljika, prevlečenega s plastjo platine, ki je bil izpostavljen zraku. Katoda in anoda sta bili ločeni z membrano. Iz encimske raztopine so s prepihovanjem odstranili kisik.v katero so dodali 15 ml raztopine encimov, dodali še glukozo do koncentracijo 2 mM, nato pa z amperometrom merili nastali tok. Po končani meritvi so določili, koliko glukoze je ostalo v gorivni celici in izračunali, koliko naboja se je generiralo na časovno enoto in kakšen je bil izkoristek proizvedenega naboja glede na celotno količino dostopnih elektronov.

== Rezultati ==
Že prve meritve so pokazale, da je izkoristek tovrstne gorivne celice višji kot v dosedanjih primerih. Sprva je bila gostota izmerjenega toka 2,9 mA/cm2. Nastajanje toka so nato dodatno ojačali s tem, da so enega izmed encimov zamenjali z aktivnejšo različico, ter v mešanico dodali še dodaten encim, da bi pospešil eno izmed pretvorb, ki je bila sicer spontana. Končna gostota toka je bil 6,9 mA/cm2.

== Razprava ==
Encimske gorivne celice imajo večjo proizvodno moč od mikrobnih. Ta se namreč giblje v območju nekaj do nekaj sto µW/cm2, medtem ko opisana encimska gorivna celica zlahka doseže moč v rangu mW/cm2. Raziskovalci menijo, da bi bile encimske gorivne celice uporabne kot biobaterije, medtem ko bi mikrobne gorivne celice lahko uporabili za proizvodnjo elektrike kot stranskega produkta odpadnih voda. Raziskovalci so tudi mnenja, da bi biobaterije v prihpdnsoti lahko nadomestile baterije na osnovi kovin, kakršne uporabljamo danes.

== Zaključek==
Raziskovalna skupina je uspešno sestavila umetno metabolno pot ''in vitro'', ki je omogočila popolno oksidacijo glukoze za pridobivanje električne energije.

[[MBT seminarji 2017]]

Metabolno inženirstvo in vitro za proizvodnjo bioelektrike preko popolne oksidacije glukoze

2017-05-20T08:48:20Z

BarbaraDusak:

[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 ''In vitro'' metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose]

== Uvod ==
Potencialne prednosti metabolnega inženirstva ''in vitro'' so hitrejši potek reakcij, višji izkoristki, manj specifični reakcijski pogoji, večja toleranca na različne reaktante v sistemu in lažja izolacija produkta. Pridobivanje elektrike iz organskih molekul i nekoč lahko postalo zelo čist in učinkovit vir pridobivanje energije v obliki biobaterij in bi tako lahko predstavljalo alternativo zgolj sežiganju biogoriv. Kot osnovna organska molekula za pridobivanje bioelektrike se lahko uporabi glukoza, saharoza ali etanol in njim ustrezne oksidaze. Reakcije potekajo v posebnih encimskih gorivnih celicah, vendar je razvoj tovrstnih metabolnih poti še na začetku in encimske gorivne celice imajo zaenkrat slab izkoristek. Slab izkoristek je posledica tega, da je v sistemu običajno prisoten le en encim za oksidacijo organske molekule. Da bi učinkovitost tovrstnih sistemov izboljšali, bi bilo v torej potrebno uvesti več encimov, kar so sicer storili že v nekaterih predhodnih raziskavah, a so bili rezultati teh raziskav pomanjkljivi in nezanesljivi.

== Umetna metabolna pot ==
V predstavljeni raziskavi pa so konstruirali ciklično metabolno pot dvanajstih encimov, in sicer za aktivacijo glukoze, oksidacijo ter regeneracijo. Aktivacijo glukoze katalizira polifosfat glukokinaza. Nato kaskadna encima glukoza-6-fosfat-dehidrogenaza (G6PDH) in 6-fosfoglukonat dehidrogenaza (6GPDH) oksidirata glukozo do ribuloza-5-fosfata. Na koncu poteče še regeneracija ribuloze-5-fosfata nazaj do glukoze z encimi pentoza-fosfatne poti in glukoneogeneze. Ko se cikel obrne šestkrat, je bilo porabljenih 24 elektronov, torej ena molekula glukoze.

== Metode in materiali ==
Uporabljeni encimi so izvirali iz različnih arhej. Rekombinatne proteine so izrazili v sevu E. Coli BL21, in jih izolirali z različnimi tehnikami, kot si Ni-kelatna kromatografija, toplotna precipitacija in afinitetna adsorbcija. Po izolaciji in čiščenju so preverili njihovo aktivnost.
Oksidacija glukoze je potekala v encimski gorivnicelici, pri kateri je anodo predstavljal ogljikov papir in nanocevke v raztopini z encimi. Tudi katoda je bila izdelana iz ogljika, prevlečenega s plastjo platine, ki je bil izpostavljen zraku. Katoda in anoda sta bili ločeni z membrano. Iz encimske raztopine so s prepihovanjem odstranili kisik.v katero so dodali 15 ml raztopine encimov, dodali še glukozo do koncentracijo 2 mM, nato pa z amperometrom merili nastali tok. Po končani meritvi so določili, koliko glukoze je ostalo v gorivni celici in izračunali, koliko naboja se je generiralo na časovno enoto in kakšen je bil izkoristek proizvedenega naboja glede na celotno količino dostopnih elektronov.

== Rezultati ==
Že prve meritve so pokazale, da je izkoristek tovrstne gorivne celice višji kot v dosedanjih primerih. Sprva je bila gostota izmerjenega toka 2,9 mA/cm2. Nastajanje toka so nato dodatno ojačali s tem, da so enega izmed encimov zamenjali z aktivnejšo različico, ter v mešanico dodali še dodaten encim, da bi pospešil eno izmed pretvorb, ki je bila sicer spontana. Končna gostota toka je bil 6,9 mA/cm2.

== Razprava ==
Encimske gorivne celice imajo večjo proizvodno moč od mikrobnih. Ta se namreč giblje v območju nekaj do nekaj sto µW/cm2, medtem ko opisana encimska gorivna celica zlahka doseže moč v rangu mW/cm2. Raziskovalci menijo, da bi bile encimske gorivne celice uporabne kot biobaterije, medtem ko bi mikrobne gorivne celice lahko uporabili za proizvodnjo elektrike kot stranskega produkta odpadnih voda. Raziskovalci so tudi mnenja, da bi biobaterije v prihpdnsoti lahko nadomestile baterije na osnovi kovin, kakršne uporabljamo danes.

== Zaključek==
Raziskovalna skupina je uspešno sestavila umetno metabolno pot ''in vitro'', ki je omogočila popolno oksidacijo glukoze za pridobivanje električne energije.

[[MBT seminarji 2017]]

Metabolno inženirstvo in vitro za proizvodnjo bioelektrike preko popolne oksidacije glukoze

2017-05-20T08:47:55Z

BarbaraDusak: /* Uvod */

[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 ''In vitro'' metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose]

== Uvod ==
Potencialne prednosti metabolnega inženirstva ''in vitro'' so hitrejši potek reakcij, višji izkoristki, manj specifični reakcijski pogoji, večja toleranca na različne reaktante v sistemu in lažja izolacija produkta. Pridobivanje elektrike iz organskih molekul i nekoč lahko postalo zelo čist in učinkovit vir pridobivanje energije v obliki biobaterij in bi tako lahko predstavljalo alternativo zgolj sežiganju biogoriv. Kot osnovna organska molekula za pridobivanje bioelektrike se lahko uporabi glukoza, saharoza ali etanol in njim ustrezne oksidaze. Reakcije potekajo v posebnih encimskih gorivnih celicah, vendar je razvoj tovrstnih metabolnih poti še na začetku in encimske gorivne celice imajo zaenkrat slab izkoristek. Slab izkoristek je posledica tega, da je v sistemu običajno prisoten le en encim za oksidacijo organske molekule. Da bi učinkovitost tovrstnih sistemov izboljšali, bi bilo v torej potrebno uvesti več encimov, kar so sicer storili že v nekaterih predhodnih raziskavah, a so bili rezultati teh raziskav pomanjkljivi in nezanesljivi.
Umetna metabolna pot
V predstavljeni raziskavi pa so konstruirali ciklično metabolno pot dvanajstih encimov, in sicer za aktivacijo glukoze, oksidacijo ter regeneracijo. Aktivacijo glukoze katalizira polifosfat glukokinaza. Nato kaskadna encima glukoza-6-fosfat-dehidrogenaza (G6PDH) in 6-fosfoglukonat dehidrogenaza (6GPDH) oksidirata glukozo do ribuloza-5-fosfata. Na koncu poteče še regeneracija ribuloze-5-fosfata nazaj do glukoze z encimi pentoza-fosfatne poti in glukoneogeneze. Ko se cikel obrne šestkrat, je bilo porabljenih 24 elektronov, torej ena molekula glukoze.

== Metode in materiali ==
Uporabljeni encimi so izvirali iz različnih arhej. Rekombinatne proteine so izrazili v sevu E. Coli BL21, in jih izolirali z različnimi tehnikami, kot si Ni-kelatna kromatografija, toplotna precipitacija in afinitetna adsorbcija. Po izolaciji in čiščenju so preverili njihovo aktivnost.
Oksidacija glukoze je potekala v encimski gorivnicelici, pri kateri je anodo predstavljal ogljikov papir in nanocevke v raztopini z encimi. Tudi katoda je bila izdelana iz ogljika, prevlečenega s plastjo platine, ki je bil izpostavljen zraku. Katoda in anoda sta bili ločeni z membrano. Iz encimske raztopine so s prepihovanjem odstranili kisik.v katero so dodali 15 ml raztopine encimov, dodali še glukozo do koncentracijo 2 mM, nato pa z amperometrom merili nastali tok. Po končani meritvi so določili, koliko glukoze je ostalo v gorivni celici in izračunali, koliko naboja se je generiralo na časovno enoto in kakšen je bil izkoristek proizvedenega naboja glede na celotno količino dostopnih elektronov.

== Rezultati ==
Že prve meritve so pokazale, da je izkoristek tovrstne gorivne celice višji kot v dosedanjih primerih. Sprva je bila gostota izmerjenega toka 2,9 mA/cm2. Nastajanje toka so nato dodatno ojačali s tem, da so enega izmed encimov zamenjali z aktivnejšo različico, ter v mešanico dodali še dodaten encim, da bi pospešil eno izmed pretvorb, ki je bila sicer spontana. Končna gostota toka je bil 6,9 mA/cm2.

== Razprava ==
Encimske gorivne celice imajo večjo proizvodno moč od mikrobnih. Ta se namreč giblje v območju nekaj do nekaj sto µW/cm2, medtem ko opisana encimska gorivna celica zlahka doseže moč v rangu mW/cm2. Raziskovalci menijo, da bi bile encimske gorivne celice uporabne kot biobaterije, medtem ko bi mikrobne gorivne celice lahko uporabili za proizvodnjo elektrike kot stranskega produkta odpadnih voda. Raziskovalci so tudi mnenja, da bi biobaterije v prihpdnsoti lahko nadomestile baterije na osnovi kovin, kakršne uporabljamo danes.

== Zaključek==
Raziskovalna skupina je uspešno sestavila umetno metabolno pot ''in vitro'', ki je omogočila popolno oksidacijo glukoze za pridobivanje električne energije.

[[MBT seminarji 2017]]

Metabolno inženirstvo in vitro za proizvodnjo bioelektrike preko popolne oksidacije glukoze

2017-05-20T08:42:21Z

BarbaraDusak:

[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 ''In vitro'' metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose]

== Uvod ==
Potencialne prednosti metabolnega inženirstva ''in vitro'' so hitrejši potek reakcij, višji izkoristki, manj specifični reakcijski pogoji, večja toleranca na različne reaktante v sistemu in lažja izolacija produkta. Pridobivanje elektrike iz organskih molekul v obliki biobaterij pa se prav tako zdi dobra alternativa uporabi biogoriv, saj gre za zelo čist in, učinkovit vir energije. Kot osnovna organska molekulo se lahko uporabi glukoza, saharoza ali etanol in ustrezne oksidaze. Reakcije potekajo v posebnih encimskih gorivnih celicah, vendar pa je razvoj tovrstnih metabolnih poti še na začetku in encimske gorivne celice imajo te zaenkrat še slab izkoristek. Slab izkoristek je posledica tega, da je v sistemu običajno prisoten le en encim za oksidacijo organske molekule. Da bi učinkovitost tovrstnih sistemov izboljšali, bi bilo v torej potrebno uvesti več encimov, kar so sicer storili že v nekaterih predhodnih raziskavah, a so bili rezultati teh raziskav pomanjkljivi in nezanesljivi.
Umetna metabolna pot
V predstavljeni raziskavi pa so konstruirali ciklično metabolno pot dvanajstih encimov, in sicer za aktivacijo glukoze, oksidacijo ter regeneracijo. Aktivacijo glukoze katalizira polifosfat glukokinaza. Nato kaskadna encima glukoza-6-fosfat-dehidrogenaza (G6PDH) in 6-fosfoglukonat dehidrogenaza (6GPDH) oksidirata glukozo do ribuloza-5-fosfata. Na koncu poteče še regeneracija ribuloze-5-fosfata nazaj do glukoze z encimi pentoza-fosfatne poti in glukoneogeneze. Ko se cikel obrne šestkrat, je bilo porabljenih 24 elektronov, torej ena molekula glukoze.

== Metode in materiali ==
Uporabljeni encimi so izvirali iz različnih arhej. Rekombinatne proteine so izrazili v sevu E. Coli BL21, in jih izolirali z različnimi tehnikami, kot si Ni-kelatna kromatografija, toplotna precipitacija in afinitetna adsorbcija. Po izolaciji in čiščenju so preverili njihovo aktivnost.
Oksidacija glukoze je potekala v encimski gorivnicelici, pri kateri je anodo predstavljal ogljikov papir in nanocevke v raztopini z encimi. Tudi katoda je bila izdelana iz ogljika, prevlečenega s plastjo platine, ki je bil izpostavljen zraku. Katoda in anoda sta bili ločeni z membrano. Iz encimske raztopine so s prepihovanjem odstranili kisik.v katero so dodali 15 ml raztopine encimov, dodali še glukozo do koncentracijo 2 mM, nato pa z amperometrom merili nastali tok. Po končani meritvi so določili, koliko glukoze je ostalo v gorivni celici in izračunali, koliko naboja se je generiralo na časovno enoto in kakšen je bil izkoristek proizvedenega naboja glede na celotno količino dostopnih elektronov.

== Rezultati ==
Že prve meritve so pokazale, da je izkoristek tovrstne gorivne celice višji kot v dosedanjih primerih. Sprva je bila gostota izmerjenega toka 2,9 mA/cm2. Nastajanje toka so nato dodatno ojačali s tem, da so enega izmed encimov zamenjali z aktivnejšo različico, ter v mešanico dodali še dodaten encim, da bi pospešil eno izmed pretvorb, ki je bila sicer spontana. Končna gostota toka je bil 6,9 mA/cm2.

== Razprava ==
Encimske gorivne celice imajo večjo proizvodno moč od mikrobnih. Ta se namreč giblje v območju nekaj do nekaj sto µW/cm2, medtem ko opisana encimska gorivna celica zlahka doseže moč v rangu mW/cm2. Raziskovalci menijo, da bi bile encimske gorivne celice uporabne kot biobaterije, medtem ko bi mikrobne gorivne celice lahko uporabili za proizvodnjo elektrike kot stranskega produkta odpadnih voda. Raziskovalci so tudi mnenja, da bi biobaterije v prihpdnsoti lahko nadomestile baterije na osnovi kovin, kakršne uporabljamo danes.

== Zaključek==
Raziskovalna skupina je uspešno sestavila umetno metabolno pot ''in vitro'', ki je omogočila popolno oksidacijo glukoze za pridobivanje električne energije.

[[MBT seminarji 2017]]

Metabolno inženirstvo in vitro za proizvodnjo bioelektrike preko popolne oksidacije glukoze

2017-05-20T08:40:56Z

BarbaraDusak: New page: [lhttp://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161] == Uvod == Potencialne prednosti metabolnega inženirstva ''in vitro'' so hitrejši potek reakcij, višji izkoristki,...

[lhttp://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161]

== Uvod ==
Potencialne prednosti metabolnega inženirstva ''in vitro'' so hitrejši potek reakcij, višji izkoristki, manj specifični reakcijski pogoji, večja toleranca na različne reaktante v sistemu in lažja izolacija produkta. Pridobivanje elektrike iz organskih molekul v obliki biobaterij pa se prav tako zdi dobra alternativa uporabi biogoriv, saj gre za zelo čist in, učinkovit vir energije. Kot osnovna organska molekulo se lahko uporabi glukoza, saharoza ali etanol in ustrezne oksidaze. Reakcije potekajo v posebnih encimskih gorivnih celicah, vendar pa je razvoj tovrstnih metabolnih poti še na začetku in encimske gorivne celice imajo te zaenkrat še slab izkoristek. Slab izkoristek je posledica tega, da je v sistemu običajno prisoten le en encim za oksidacijo organske molekule. Da bi učinkovitost tovrstnih sistemov izboljšali, bi bilo v torej potrebno uvesti več encimov, kar so sicer storili že v nekaterih predhodnih raziskavah, a so bili rezultati teh raziskav pomanjkljivi in nezanesljivi.
Umetna metabolna pot
V predstavljeni raziskavi pa so konstruirali ciklično metabolno pot dvanajstih encimov, in sicer za aktivacijo glukoze, oksidacijo ter regeneracijo. Aktivacijo glukoze katalizira polifosfat glukokinaza. Nato kaskadna encima glukoza-6-fosfat-dehidrogenaza (G6PDH) in 6-fosfoglukonat dehidrogenaza (6GPDH) oksidirata glukozo do ribuloza-5-fosfata. Na koncu poteče še regeneracija ribuloze-5-fosfata nazaj do glukoze z encimi pentoza-fosfatne poti in glukoneogeneze. Ko se cikel obrne šestkrat, je bilo porabljenih 24 elektronov, torej ena molekula glukoze.

== Metode in materiali ==
Uporabljeni encimi so izvirali iz različnih arhej. Rekombinatne proteine so izrazili v sevu E. Coli BL21, in jih izolirali z različnimi tehnikami, kot si Ni-kelatna kromatografija, toplotna precipitacija in afinitetna adsorbcija. Po izolaciji in čiščenju so preverili njihovo aktivnost.
Oksidacija glukoze je potekala v encimski gorivnicelici, pri kateri je anodo predstavljal ogljikov papir in nanocevke v raztopini z encimi. Tudi katoda je bila izdelana iz ogljika, prevlečenega s plastjo platine, ki je bil izpostavljen zraku. Katoda in anoda sta bili ločeni z membrano. Iz encimske raztopine so s prepihovanjem odstranili kisik.v katero so dodali 15 ml raztopine encimov, dodali še glukozo do koncentracijo 2 mM, nato pa z amperometrom merili nastali tok. Po končani meritvi so določili, koliko glukoze je ostalo v gorivni celici in izračunali, koliko naboja se je generiralo na časovno enoto in kakšen je bil izkoristek proizvedenega naboja glede na celotno količino dostopnih elektronov.

== Rezultati ==
Že prve meritve so pokazale, da je izkoristek tovrstne gorivne celice višji kot v dosedanjih primerih. Sprva je bila gostota izmerjenega toka 2,9 mA/cm2. Nastajanje toka so nato dodatno ojačali s tem, da so enega izmed encimov zamenjali z aktivnejšo različico, ter v mešanico dodali še dodaten encim, da bi pospešil eno izmed pretvorb, ki je bila sicer spontana. Končna gostota toka je bil 6,9 mA/cm2.

== Razprava ==
Encimske gorivne celice imajo večjo proizvodno moč od mikrobnih. Ta se namreč giblje v območju nekaj do nekaj sto µW/cm2, medtem ko opisana encimska gorivna celica zlahka doseže moč v rangu mW/cm2. Raziskovalci menijo, da bi bile encimske gorivne celice uporabne kot biobaterije, medtem ko bi mikrobne gorivne celice lahko uporabili za proizvodnjo elektrike kot stranskega produkta odpadnih voda. Raziskovalci so tudi mnenja, da bi biobaterije v prihpdnsoti lahko nadomestile baterije na osnovi kovin, kakršne uporabljamo danes.

== Zaključek==
Raziskovalna skupina je uspešno sestavila umetno metabolno pot ''in vitro'', ki je omogočila popolno oksidacijo glukoze za pridobivanje električne energije.

[[MBT seminarji 2017]]

MBT seminarji 2017

2017-05-20T08:35:15Z

BarbaraDusak:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Diagnostic value of recombinant Tp0821 protein in serodiagnosis for syphilis (Yafeng, ''et al''; Letters in applied microbiology, 2016, 62.4: 336-343; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26853900)[[Diagnostična vrednost rekombinantnega proteina Tp0821 v serodiagnostiki sifilisa]]. Tjaša Košir, 19. april 2017.
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april
# A novel staphylococcal enterotoxin B subunit vaccine candidate elicits protective immune response in a mouse model (J. Y. Choi ''et al''; Toxicon 131, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010117301071) [[Novo cepivo proti stafilokoknem enterotoksinu B izzove zaščitni imunski odziv pri miši]]. Amadeja Lapornik, 19. april 2017
#Protective efficacy of six immunogenic recombinant proteins of ''Vibrio anguillarum'' and evaluation them as vaccine candidate for flounder (''Paralichthys olivaceus'') (J. Xing ''et al''; Microbial Pathogenesis 107, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401017301857) [[Ovrednotenje šestih imunogenih rekombinantnih proteinov bakterije Vibrio Anguillarum kot kandidatna cepiva za ribo Paralichthys olivaceus]]. Mojca Hunski, 19. aprila 2017

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
# Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001, [[Strukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v Mycobacterium tuberculosis ]], Vid Jazbec
# Transcriptome analysis of the two unrelated fungal β-lactam producers Acremonium chrysogenum and Penicillium chrysogenum: Velvet-regulated genes are major targets during conventional strain improvement programs https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3663-0,[[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]] , Zala Gluhić
# Biosynthesis of indigo in Escherichia coli expressing self-sufficient CYP102A from ''Streptomyces cattleya'' (H. J. Kim »et al«; Dyes and Pigments, maj 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143720817300700) [[Biosinteza indiga v E. coli s CYP102A iz Streptomyces cattleya]]. Katja Malovrh, 26. april 2017

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEeniring_mikrobne_kokulture_dveh_sevov_Escherichia_coli_za_biosintezo_resveratrola Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola]. Petra Tavčar, 3. maj 2017
# Engineering ''S. equi'' subsp. ''zooepidemicus'' towards concurrent production of hyaluronic acid and chondroitin biopolymers of biomedical interest (Donatella Cimini ''et al''; AMB Express 7(61), 2017; https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-017-0364-7) [[Inženiring Streptococcus zooepidemicus za sočasno proizvodnjo biomedicinsko zanimive hialuronske kisline in hondroitinskih biopolimerov]]. Tim Božič, 3. maj 2017
# CRISPRi-mediated metabolic engineering of ''E. coli'' for O-methylated anthocyanin production (Brady F. Cress ''et al''; Microbal Cell factories 16(10), 2017; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0623-3) [[Metabolni inženiring E. coli za produkcijo O-metiliranih antocianinov z uporabo CRISPRi]]. Tajda Buh, 3. maj 2017

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900)[[ Proizvodnja ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalizator s potencialno uporabo v živilski industriji ]]. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Optimized production and characterization of a detergent-stable protease from ''Lysinibacillus fusiformis'' C250R (S. Mechri ''et al''; International journal of biological macromolecules 101, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813017302805) [[Izboljšana produkcija in karakterizacija na detergent odporne proteaze iz bakterije Lysinobasillus fusiformis C250R]]. Bine Tršavec, 10. maj 2017
# Investigating the impact of α-amylase, α-glucosidase and glucoamylase action on yeast-mediated bread dough fermentation and bread sugar levels (Struyf Nore ''et al''; Journal of cereal science 75, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0733521016304775) [[Vpliv dodajanja amilaze, glikozidaze in glukoamilaze na kvasno fermentacijo krušnega testa in raven sladkorja v kruhu]]. Simon Bolta, 10. maj 2017

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Enhancing digestibility and ethanol yield of ''Populus'' wood via expression of an engineered monolignol 4-O-methyltransferase (Y. Cai ''et al''; Nature Communications 7, 2016; http://www.nature.com/articles/ncomms11989) [[Povečana razgradnja biomase in večji izkoristek etanola z izražanjem mutirane monolignol 4-O-metiltransferaze v lesu rastlin rodu Populus]]. Inge Sotlar, 17. maj 2017
#
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5) [[Litična polisaharid monooksigenaza PaLPMO9H, iz glive Podospora anserina, katalizira oksidativno cepitev raznolikih matričnih glikanov celične stene rastlin]]. Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# In vitro metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 [[Metabolno inženirstvo in vitro za proizvodnjo bioelektrike preko popolne oksidacije glukoze]] Barbara Dušak
# Metabolic engineering of ''Saccharomyces cerevisiae'' for ''de novo'' production of dihydrochalcones with known antioxidant, antidiabetic, and sweet tasting properties (M. Eichenberger in sodelavci; Metabolic Engineering 39, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301859) Metabolno inženirstvo kvasovke ''Saccharomyces cerevisiae ''za namen ''de novo'' proizvodnje dihidrohalkonov z znanimi antioksidantnimi in antidiabetičnimi učinki ter s sladkim okusom. Tjaša Grum, 24. maj 2017
# Sara Kimm Fuhrmann

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017
# Anja Herceg

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (7. junij) 
# Matjaž Ivanuša
# Danijela Jošić
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2017

2017-05-05T16:45:52Z

BarbaraDusak:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Diagnostic value of recombinant Tp0821 protein in serodiagnosis for syphilis (Yafeng, ''et al''; Letters in applied microbiology, 2016, 62.4: 336-343; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26853900)[[Diagnostična vrednost rekombinantnega proteina Tp0821 v serodiagnostiki sifilisa]]. Tjaša Košir, 19. april 2017.
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april
# A novel staphylococcal enterotoxin B subunit vaccine candidate elicits protective immune response in a mouse model (J. Y. Choi ''et al''; Toxicon 131, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010117301071) [[Novo cepivo proti stafilokoknem enterotoksinu B izzove zaščitni imunski odziv pri miši]]. Amadeja Lapornik, 19. april 2017
#Protective efficacy of six immunogenic recombinant proteins of ''Vibrio anguillarum'' and evaluation them as vaccine candidate for flounder (''Paralichthys olivaceus'') (J. Xing ''et al''; Microbial Pathogenesis 107, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401017301857) [[Ovrednotenje šestih imunogenih rekombinantnih proteinov bakterije Vibrio Anguillarum kot kandidatna cepiva za ribo Paralichthys olivaceus]]. Mojca Hunski, 19. aprila 2017

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
# Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001, [[Strukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v Mycobacterium tuberculosis ]], Vid Jazbec
# Transcriptome analysis of the two unrelated fungal β-lactam producers Acremonium chrysogenum and Penicillium chrysogenum: Velvet-regulated genes are major targets during conventional strain improvement programs https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3663-0,[[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]] , Zala Gluhić
# Biosynthesis of indigo in Escherichia coli expressing self-sufficient CYP102A from ''Streptomyces cattleya'' (H. J. Kim »et al«; Dyes and Pigments, maj 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143720817300700) [[Biosinteza indiga v E. coli s CYP102A iz Streptomyces cattleya]]. Katja Malovrh, 26. april 2017

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEeniring_mikrobne_kokulture_dveh_sevov_Escherichia_coli_za_biosintezo_resveratrola Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola]. Petra Tavčar, 3. maj 2017
# Engineering ''S. equi'' subsp. ''zooepidemicus'' towards concurrent production of hyaluronic acid and chondroitin biopolymers of biomedical interest (Donatella Cimini ''et al''; AMB Express 7(61), 2017; https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-017-0364-7) [[Inženiring Streptococcus zooepidemicus za sočasno proizvodnjo biomedicinsko zanimive hialuronske kisline in hondroitinskih biopolimerov]]. Tim Božič, 3. maj 2017
# CRISPRi-mediated metabolic engineering of ''E. coli'' for O-methylated anthocyanin production (Brady F. Cress ''et al''; Microbal Cell factories 16(10), 2017; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0623-3) [[Metabolni inženiring E. coli za produkcijo O-metiliranih antocianinov z uporabo CRISPRi]]. Tajda Buh, 3. maj 2017

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900) Proizvodnja obnovljive ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalist s potencialno uporabo v industriji hrane. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Bine Tršavec
# Simon Bolta

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Inge Sotlar
# Anja Herceg
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5). Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# In vitro metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 Barbara Dušak
# Tjaša Grum
# Sara Kimm Fuhrmann

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017
#

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij) 
# Matjaž Ivanuša
#
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2017

2017-05-05T16:45:09Z

BarbaraDusak:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Diagnostic value of recombinant Tp0821 protein in serodiagnosis for syphilis (Yafeng, ''et al''; Letters in applied microbiology, 2016, 62.4: 336-343; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26853900)[[Diagnostična vrednost rekombinantnega proteina Tp0821 v serodiagnostiki sifilisa]]. Tjaša Košir, 19. april 2017.
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april
# A novel staphylococcal enterotoxin B subunit vaccine candidate elicits protective immune response in a mouse model (J. Y. Choi ''et al''; Toxicon 131, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010117301071) [[Novo cepivo proti stafilokoknem enterotoksinu B izzove zaščitni imunski odziv pri miši]]. Amadeja Lapornik, 19. april 2017
#Protective efficacy of six immunogenic recombinant proteins of ''Vibrio anguillarum'' and evaluation them as vaccine candidate for flounder (''Paralichthys olivaceus'') (J. Xing ''et al''; Microbial Pathogenesis 107, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401017301857) [[Ovrednotenje šestih imunogenih rekombinantnih proteinov bakterije Vibrio Anguillarum kot kandidatna cepiva za ribo Paralichthys olivaceus]]. Mojca Hunski, 19. aprila 2017

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
# Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001, [[Strukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v Mycobacterium tuberculosis ]], Vid Jazbec
# Transcriptome analysis of the two unrelated fungal β-lactam producers Acremonium chrysogenum and Penicillium chrysogenum: Velvet-regulated genes are major targets during conventional strain improvement programs https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3663-0,[[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]] , Zala Gluhić
# Biosynthesis of indigo in Escherichia coli expressing self-sufficient CYP102A from ''Streptomyces cattleya'' (H. J. Kim »et al«; Dyes and Pigments, maj 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143720817300700) [[Biosinteza indiga v E. coli s CYP102A iz Streptomyces cattleya]]. Katja Malovrh, 26. april 2017

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEeniring_mikrobne_kokulture_dveh_sevov_Escherichia_coli_za_biosintezo_resveratrola Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola]. Petra Tavčar, 3. maj 2017
# Engineering ''S. equi'' subsp. ''zooepidemicus'' towards concurrent production of hyaluronic acid and chondroitin biopolymers of biomedical interest (Donatella Cimini ''et al''; AMB Express 7(61), 2017; https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-017-0364-7) [[Inženiring Streptococcus zooepidemicus za sočasno proizvodnjo biomedicinsko zanimive hialuronske kisline in hondroitinskih biopolimerov]]. Tim Božič, 3. maj 2017
# CRISPRi-mediated metabolic engineering of ''E. coli'' for O-methylated anthocyanin production (Brady F. Cress ''et al''; Microbal Cell factories 16(10), 2017; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0623-3) [[Metabolni inženiring E. coli za produkcijo O-metiliranih antocianinov z uporabo CRISPRi]]. Tajda Buh, 3. maj 2017

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900) Proizvodnja obnovljive ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalist s potencialno uporabo v industriji hrane. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Bine Tršavec
# Simon Bolta

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Inge Sotlar
# Anja Herceg
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5). Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# Barbara Dušak In vitro metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161
# Tjaša Grum
# Sara Kimm Fuhrmann

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017
#

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij) 
# Matjaž Ivanuša
#
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

Obliž iz biorazgradljive plastike, proteinov pajkove svile in bakteriocinov

2017-01-09T20:40:23Z

BarbaraDusak:

<h2>Uvod</h2>

Cilj danske ekipe z University of Southern Denmark je bil izdelati obliž, ki bi bil sestavljen iz biorazgradljive plastike in proteinov pajkove mreže, na katere bi bili vezani antimikrobni peptide, ki bi zagotavljali zaščito pred infekcijami. Biorazgradljiva plastika vrste poli-β-hidroksibutirat (PHB) zadržuje vlago, proteini pajkove svile so se v predhodnih raziskavah že izkazali kot snovi, ki ugodno vplivajo na celjenje ran, bakteriocini pa bi lahko nadomestili antibiotike-.

Projekt so razdelili na tri glavne dele.
1. Testiranje antimikrobnih efektov nekaterih baktericidnih peptidov na patogene bakterije.
2. Priprava konstrukta za sintezo proteinov pajkove mreže v bakterijah
3. Optimizacija proizvodnje PHB (poli-β-hidroksibutirata), uporaba PHB kot materiala za 3d-tiskanje

<h2>1. Testiranje antimikrobnih efektov nekaterih baktericidnih peptidov na patogene bakterije</h2>

Bakteriocini so antimikrobni peptidi, katere izdelujejo nekatere vrste Gram-pozitivnih in Gram-negativnih bakterij. Lahko so širokega ali ozkega spektra, lahko imajo bakteriostatičen ali bakteriociden učinek. Delujejo tako, da se vežejo na določene receptorje na površini bakterijske celice in s tem povzročijo nastanek por na celični membrani, preko katere iz bakterijske celice uhajajo hranilne snovi.
Člani ekipe so zapise za bakteriocine najprej vstavili v vektor pXTB1 in jih izrazili v celicah E. coli, nato pa jih izolirali in očistili. Vektor pXTB1 vsebuje zapis za hitin-vezavno domeno, kar omogoča preprosto izolacijo z afinitetno kromatografijo. Tako so izrazili in očistili bakteriocine laterosporulin, turicinS, lakticinQ, piocinS5 ter fuziji laterosporulin-turicinS in lakticinQ-lakticinZ. S temi bakteriocini so izvedli teste minimalne inhibitorne koncentracije (MIC) na bakterije vrst S. aureus seva MRSA:CC398 (sev, odporen na tetraciklin in meticilin) in USA300, ter Hetero-VISA in P. aureginosa:PAO1.
Rezultati so bili primerljavi z delovanjem antibiotikov. Za najbolj učinkovitega se je izkazal hibrid lakticinQ-lakticinZ, s tem da je bil bolj učinkovit proti sevom S. aureus kot P. aureginosa. Nato so sestavili še biokocke z zapisi za omenjene bakteriocine.

<h2>2. Priprava konstrukta za sintezo proteinov pajkove mreže v bakterijah</h2>

Po definiciji je svila proteinski polimer, ki se združuje v vlakna, pri organizmih kot so pajki, metulji, itd. Za tovrstne strukture je značilno, da se primarno zaporedje ponavlja in je zato tudi sekundarna struktura homogena, značilni so npr. trojni heliksi ali beta ploskve. Znano je tudi, da imajo komponente svile pozitiven učinek na celjenje ran. Pri projektu so za pripravo konstrukta za sintezo pajkove svile želeli uporabiti kodirajoče zaporedje genov MaSP1 in MaSP2, ki sta komponenti pajkove svile pri vrsti zlati mrežar (Nephila clavipes). MaSP gen sestoji iz 25 ponovitev polialaninskih in poliglicinskih zaporedij. Ker je vstavljanje ponavljajočih se sekvenc samo po sebi težavna naloga, so poskusili z uporabo protokola, s katerim je ekipa UCLA leta 2015 uspela proizvesti proteine pajkove svile v bakterijah.
Uporabili so fragmente genov MaSP, posamezen fragment je predstavljal eno poanvljajoče se zaporedje. Vsak fragment so ligirali v svoj plazmid pSBIC3, uspešnost ligacije in transformacije bakterij so potrdili s colonyPCR-om.
Za sestavljanje fragmentov genov MaSp pa so uporabili metodo ICA (iterative capped assembly), ki je uporabna zlasti za sestavljanje konstruktov ponavljajočih se zaporedij. Princip te metode je, da fragmente, ki jih želimo zlepiti in ki vsebujejo ustrezne štrleče konce, v reakcijsko mešanico dodajamo enega za drugim in postopno izvajamo ligacijo. Kot nosilce uporabimo magnetne kroglice, kar omogoča preprosto izolacijo in čiščenje vmesnih produktov. Na nosilec je vezan streptavidin, začetni oligonukleotid pa je na 5'-koncu biotiniliran in je preko povezave med streptavidinom in biotinom imobiliziran na nosilec. Temu imobiliziranemu začetnemu oligonukleotidu, ki ima na 3'-koncu štrleč konec, v reakcijsko mešanico dodamo fragment, ki ima na svojemu 5'-koncu štrleč konec, ki se ujema s tistim na začetnemu oligonukleotidu, in izvedemo ligacijo. Nato z magnetom nosilec odstranimo iz mešanice, ga očistimo in ponovimo ligacijo z naslednjim fragmentom. Na koncu dodamo še terminatorsko regijo z ustreznimi lepljivimi konci, ki omogoča ligacijo v želeni vektor. Poleg nizanja repetitivnih fragmentov je možno vmes vstaviti tudi fragmente drugih genov. Na ta način je ekipa želela sestaviti konstrukte, ki bi vsebovali niz genskih fragmentov pajkove svile in bakteriocinov,
Pripravili so fragmente z ustreznimi štrlečimi konci. Najprej jim je z metodo ICA uspelo povezati po dva fragmenta, nato pa še par fragmentov v četvorček. Nadaljnje ligacije žal niso uspešne in tako niso dosegli svojega cilja, ki je bil ustvariti monomere 12 fragmentov in jih povezati še z bakteriocini, ki so jih tudi pripravili v obliki fragmentov s konci, ki bi se morali prekrivati s fragmenti MaSP. Izkazalo se je, da so bili poskusi najverjetneje neuspešni, ker je magnetom z nosilcem že potekel rok trajanja in na njih ni bilo vezanega skoraj nič streptavidina več.

<h2>3. Optimizacije sinteze PHB</h2>

Poli-β-hidroksibutirat, na kratko PHB, je poliester, ki ga proizvajajo nekatere vrste bakterij, katerim služi kot vir ogljika in je torej biorazgradljiv. Ima podobne lastnosti kot polivinilklorid in polietilen, ki se uporabljata proizvodnjo obližev in bi zato bil primerno nadomestilo. Za sintezo PHB v celicah so odgovorni produkti genov operona phaCAB, to so encimi β-ketotiolaza, acetoacetil-CoA reduktaza in PHB-sintaza. Biosinteza PHB poteka tako, da najprej β-ketotiolaza katalizira kondenzacijo dveh molekul acetil-CoA in nastane acetoaceti-CoA. Acetoacetil-Coa reduktaza ga reducira v hidroksibutiril-CoA, PHB-sintaza pa katalizira nastanek estrske vezi med dvema hidroksibutiril- skupinama, odcepi se HS-Coa..
Ekipa je optimizirala proces pridobivanje PHB v E. coli v več korakih. Najprej so pripravili konstrukte, ki so vsebovali dodaten promotor in RBS, ter primerjali, katera kombinacija je najbolj učinkovita. Količino proizvedenega PHB v celicah so ocenili tako, da so celice barvali z barvilom nilsko rdeče in s pretočnim citometrom določili intenziteto obarvanja. Izkazalo se je, da sam dodatni promotor nima posebnega vpliva na količino PHB, pač pa, da dodatek srednje močnega RBS močno vpliva na količino fluorescence, torej količino PHB v celici.
Proizvodnjo PHB so poskusili povečati še tako, da so konstruktom dodali zapis za encim pantotenat kinazo II, na kratko panK. PanK je prvi encim v biosintezni poti koencima A, ki je substrat za sintezo PHB, torej bi celice s tem konstruktom morale proizvajati več koencima A, posledično več PHB. Izvedli so analizo proteoma celic, ki so vsebovale ta konstrukt in izkazalo se je, da se ob prisotnosti panK v celici dvigne koncentracija trioza fosfat izomeraze, fosfoglicerat kinaze in piruvat kinaze, torej treh proteinov, udeleženih v glikolizo, vpliva pa še na nekatere druge metabolne proteine. Povečana koncentracija teh proteinov nakazuje na povečanje porabe energije v celici, ki jo sproži pantotenat kinaza.
Nato so preizkusili več metod za ekstrakcijo PHB, in sicer razgradnjo celic s hipokloritom, s hipokloritom ob dodatku tritona X-100. V tem primeru hipoklorit uniči celične komponente, PHB pa ostane. Poskusili so še ekstrakcijo z dvema topiloma, v katerih je PHB topen in sicer z etil acetatom in s kloroformom. Izkoristek ekstrakcij so ocenili tako, da so s plinsko kromatografijo določili količino PHB v celicah. Izkazalo se je, da je največji izkoristek dala izolacija s hipokloritom. S protonskim NMR so preverili, pri katerem postopku je bil produkt najbolj čist. Najbolj čist produkt so izolirali s kloroformom, vendar je bil optimalen način vendarle ekstrakcija s hipokloritom, saj je bil izkoristek velik, nečistoč pa je bilo malo.
Zaradi lažje ekstrakcije in čiščenja pa so se nato namenili pripraviti sistem, ki bi omogočal izločanje PHB v okolico. Pri tem so se poslužili poti izločanja toksina hemolizina. Hemolizin A je toksin, ki se iz celic izloča s pomočjo transmembranskih proteinov hemolizina B in D. Da pa bi hemolizin A lahko iz celice odvajal PHB, so pripravili fuzijo hemolizina A in fazina, ki se veže na PHB in regulira dolžino polimerov. Sistem je deloval, saj so bili skupki PHB vidni na gojišču s prostim očesom. Želeli so ugotoviti, ali celice s konstruktom s hemolizinom lahko proizvedejo več PHB, vendar so bili rezultati teh poskusov nekonsistentni.
Končni konstrukt je torej vseboval hibridni promotor, operon phaCAB, hemolizinski sistem ter pantotenat kinazo.
Primerjali so še hitrost rasti celic z vstavljenimi konstrukti v različnih gojiščih ter poiskali tistega, v katerem celice niso rasle prehitro. Za najprimernejšega se je izkazalo gojišče TB.
PHB, ki so ga proizvedli, so s pomočjo naprave FilaStruder oblikovali v niti, ki so jih lahko uporabili za 3D-tisk.

<h2>Povzetek</h2>

Če torej na kratko povzamemo projekt danske ekipe: ovrednotili so MIC različnih bakteriocinov in pripravili biokocke z zapisi za te bakteriocine, sestavili so konstrukt za optimizirano proizvodnjo PHB v celicah, ni pa jim uspelo sestaviti proteinov pajkove svile z vgrajenimi bakteriocini.

<h2>Viri</h2>
Bacto-Aid (dne 09.01.2017) http://2016.igem.org/Team:SDU-Denmark

Obliž iz biorazgradljive plastike, proteinov oajkove svile in bakteriocinov

2017-01-09T20:33:15Z

BarbaraDusak: Removing all content from page

Obliž iz biorazgradljive plastike, proteinov pajkove svile in bakteriocinov

2017-01-09T20:31:29Z

BarbaraDusak: New page: '''Uvod''' Cilj danske ekipe z University of Southern Denmark je bil izdelati obliž, ki bi bil sestavljen iz biorazgradljive plastike in proteinov pajkove mreže, na katere bi bili vezan...

'''Uvod'''

Cilj danske ekipe z University of Southern Denmark je bil izdelati obliž, ki bi bil sestavljen iz biorazgradljive plastike in proteinov pajkove mreže, na katere bi bili vezani antimikrobni peptide, ki bi zagotavljali zaščito pred infekcijami. Biorazgradljiva plastika vrste poli-β-hidroksibutirat (PHB) zadržuje vlago, proteini pajkove svile so se v predhodnih raziskavah že izkazali kot snovi, ki ugodno vplivajo na celjenje ran, bakteriocini pa bi lahko nadomestili antibiotike-.

Projekt so razdelili na tri glavne dele.
1. Testiranje antimikrobnih efektov nekaterih baktericidnih peptidov na patogene bakterije.
2. Priprava konstrukta za sintezo proteinov pajkove mreže v bakterijah
3. Optimizacija proizvodnje PHB (poli-β-hidroksibutirata), uporaba PHB kot materiala za 3d-tiskanje

'''1. Testiranje antimikrobnih efektov nekaterih baktericidnih peptidov na patogene bakterije'''

Bakteriocini so antimikrobni peptidi, katere izdelujejo nekatere vrste Gram-pozitivnih in Gram-negativnih bakterij. Lahko so širokega ali ozkega spektra, lahko imajo bakteriostatičen ali bakteriociden učinek. Delujejo tako, da se vežejo na določene receptorje na površini bakterijske celice in s tem povzročijo nastanek por na celični membrani, preko katere iz bakterijske celice uhajajo hranilne snovi.
Člani ekipe so zapise za bakteriocine najprej vstavili v vektor pXTB1 in jih izrazili v celicah E. coli, nato pa jih izolirali in očistili. Vektor pXTB1 vsebuje zapis za hitin-vezavno domeno, kar omogoča preprosto izolacijo z afinitetno kromatografijo. Tako so izrazili in očistili bakteriocine laterosporulin, turicinS, lakticinQ, piocinS5 ter fuziji laterosporulin-turicinS in lakticinQ-lakticinZ. S temi bakteriocini so izvedli teste minimalne inhibitorne koncentracije (MIC) na bakterije vrst S. aureus seva MRSA:CC398 (sev, odporen na tetraciklin in meticilin) in USA300, ter Hetero-VISA in P. aureginosa:PAO1.
Rezultati so bili primerljavi z delovanjem antibiotikov. Za najbolj učinkovitega se je izkazal hibrid lakticinQ-lakticinZ, s tem da je bil bolj učinkovit proti sevom S. aureus kot P. aureginosa. Nato so sestavili še biokocke z zapisi za omenjene bakteriocine.

'''2. Priprava konstrukta za sintezo pajkove svile v bakterijskih celicah'''

Po definiciji je svila proteinski polimer, ki se združuje v vlakna, pri organizmih kot so pajki, metulji, itd. Za tovrstne strukture je značilno, da se primarno zaporedje ponavlja in je zato tudi sekundarna struktura homogena, značilni so npr. trojni heliksi ali beta ploskve. Znano je tudi, da imajo komponente svile pozitiven učinek na celjenje ran. Pri projektu so za pripravo konstrukta za sintezo pajkove svile želeli uporabiti kodirajoče zaporedje genov MaSP1 in MaSP2, ki sta komponenti pajkove svile pri vrsti zlati mrežar (Nephila clavipes). MaSP gen sestoji iz 25 ponovitev polialaninskih in poliglicinskih zaporedij. Ker je vstavljanje ponavljajočih se sekvenc samo po sebi težavna naloga, so poskusili z uporabo protokola, s katerim je ekipa UCLA leta 2015 uspela proizvesti proteine pajkove svile v bakterijah.
Uporabili so fragmente genov MaSP, posamezen fragment je predstavljal eno poanvljajoče se zaporedje. Vsak fragment so ligirali v svoj plazmid pSBIC3, uspešnost ligacije in transformacije bakterij so potrdili s colonyPCR-om.
Za sestavljanje fragmentov genov MaSp pa so uporabili metodo ICA (iterative capped assembly), ki je uporabna zlasti za sestavljanje konstruktov ponavljajočih se zaporedij. Princip te metode je, da fragmente, ki jih želimo zlepiti in ki vsebujejo ustrezne štrleče konce, v reakcijsko mešanico dodajamo enega za drugim in postopno izvajamo ligacijo. Kot nosilce uporabimo magnetne kroglice, kar omogoča preprosto izolacijo in čiščenje vmesnih produktov. Na nosilec je vezan streptavidin, začetni oligonukleotid pa je na 5'-koncu biotiniliran in je preko povezave med streptavidinom in biotinom imobiliziran na nosilec. Temu imobiliziranemu začetnemu oligonukleotidu, ki ima na 3'-koncu štrleč konec, v reakcijsko mešanico dodamo fragment, ki ima na svojemu 5'-koncu štrleč konec, ki se ujema s tistim na začetnemu oligonukleotidu, in izvedemo ligacijo. Nato z magnetom nosilec odstranimo iz mešanice, ga očistimo in ponovimo ligacijo z naslednjim fragmentom. Na koncu dodamo še terminatorsko regijo z ustreznimi lepljivimi konci, ki omogoča ligacijo v želeni vektor. Poleg nizanja repetitivnih fragmentov je možno vmes vstaviti tudi fragmente drugih genov. Na ta način je ekipa želela sestaviti konstrukte, ki bi vsebovali niz genskih fragmentov pajkove svile in bakteriocinov,
Pripravili so fragmente z ustreznimi štrlečimi konci. Najprej jim je z metodo ICA uspelo povezati po dva fragmenta, nato pa še par fragmentov v četvorček. Nadaljnje ligacije žal niso uspešne in tako niso dosegli svojega cilja, ki je bil ustvariti monomere 12 fragmentov in jih povezati še z bakteriocini, ki so jih tudi pripravili v obliki fragmentov s konci, ki bi se morali prekrivati s fragmenti MaSP. Izkazalo se je, da so bili poskusi najverjetneje neuspešni, ker je magnetom z nosilcem že potekel rok trajanja in na njih ni bilo vezanega skoraj nič streptavidina več.

'''3.Optimizacija sinteze PHB-ja'''

Poli-β-hidroksibutirat, na kratko PHB, je poliester, ki ga proizvajajo nekatere vrste bakterij, katerim služi kot vir ogljika in je torej biorazgradljiv. Ima podobne lastnosti kot polivinilklorid in polietilen, ki se uporabljata proizvodnjo obližev in bi zato bil primerno nadomestilo. Za sintezo PHB v celicah so odgovorni produkti genov operona phaCAB, to so encimi β-ketotiolaza, acetoacetil-CoA reduktaza in PHB-sintaza. Biosinteza PHB poteka tako, da najprej β-ketotiolaza katalizira kondenzacijo dveh molekul acetil-CoA in nastane acetoaceti-CoA. Acetoacetil-Coa reduktaza ga reducira v hidroksibutiril-CoA, PHB-sintaza pa katalizira nastanek estrske vezi med dvema hidroksibutiril- skupinama, odcepi se HS-Coa..
Ekipa je optimizirala proces pridobivanje PHB v E. coli v več korakih. Najprej so pripravili konstrukte, ki so vsebovali dodaten promotor in RBS, ter primerjali, katera kombinacija je najbolj učinkovita. Količino proizvedenega PHB v celicah so ocenili tako, da so celice barvali z barvilom nilsko rdeče in s pretočnim citometrom določili intenziteto obarvanja. Izkazalo se je, da sam dodatni promotor nima posebnega vpliva na količino PHB, pač pa, da dodatek srednje močnega RBS močno vpliva na količino fluorescence, torej količino PHB v celici.
Proizvodnjo PHB so poskusili povečati še tako, da so konstruktom dodali zapis za encim pantotenat kinazo II, na kratko panK. PanK je prvi encim v biosintezni poti koencima A, ki je substrat za sintezo PHB, torej bi celice s tem konstruktom morale proizvajati več koencima A, posledično več PHB. Izvedli so analizo proteoma celic, ki so vsebovale ta konstrukt in izkazalo se je, da se ob prisotnosti panK v celici dvigne koncentracija trioza fosfat izomeraze, fosfoglicerat kinaze in piruvat kinaze, torej treh proteinov, udeleženih v glikolizo, vpliva pa še na nekatere druge metabolne proteine. Povečana koncentracija teh proteinov nakazuje na povečanje porabe energije v celici, ki jo sproži pantotenat kinaza.
Nato so preizkusili več metod za ekstrakcijo PHB, in sicer razgradnjo celic s hipokloritom, s hipokloritom ob dodatku tritona X-100. V tem primeru hipoklorit uniči celične komponente, PHB pa ostane. Poskusili so še ekstrakcijo z dvema topiloma, v katerih je PHB topen in sicer z etil acetatom in s kloroformom. Izkoristek ekstrakcij so ocenili tako, da so s plinsko kromatografijo določili količino PHB v celicah. Izkazalo se je, da je največji izkoristek dala izolacija s hipokloritom. S protonskim NMR so preverili, pri katerem postopku je bil produkt najbolj čist. Najbolj čist produkt so izolirali s kloroformom, vendar je bil optimalen način vendarle ekstrakcija s hipokloritom, saj je bil izkoristek velik, nečistoč pa je bilo malo.
Zaradi lažje ekstrakcije in čiščenja pa so se nato namenili pripraviti sistem, ki bi omogočal izločanje PHB v okolico. Pri tem so se poslužili poti izločanja toksina hemolizina. Hemolizin A je toksin, ki se iz celic izloča s pomočjo transmembranskih proteinov hemolizina B in D. Da pa bi hemolizin A lahko iz celice odvajal PHB, so pripravili fuzijo hemolizina A in fazina, ki se veže na PHB in regulira dolžino polimerov. Sistem je deloval, saj so bili skupki PHB vidni na gojišču s prostim očesom. Želeli so ugotoviti, ali celice s konstruktom s hemolizinom lahko proizvedejo več PHB, vendar so bili rezultati teh poskusov nekonsistentni.
Končni konstrukt je torej vseboval hibridni promotor, operon phaCAB, hemolizinski sistem ter pantotenat kinazo.
Primerjali so še hitrost rasti celic z vstavljenimi konstrukti v različnih gojiščih ter poiskali tistega, v katerem celice niso rasle prehitro. Za najprimernejšega se je izkazalo gojišče TB.
PHB, ki so ga proizvedli, so s pomočjo naprave FilaStruder oblikovali v niti, ki so jih lahko uporabili za 3D-tisk.

'''Povzetek'''

Če torej na kratko povzamemo projekt danske ekipe: ovrednotili so MIC različnih bakteriocinov in pripravili biokocke z zapisi za te bakteriocine, sestavili so konstrukt za optimizirano proizvodnjo PHB v celicah, ni pa jim uspelo sestaviti proteinov pajkove svile z vgrajenimi bakteriocini.

Obliž iz biorazgradljive plastike, proteinov oajkove svile in bakteriocinov

2017-01-09T20:28:13Z

Talk:Seminarji SB 2016/17

2017-01-09T20:25:27Z

BarbaraDusak:

Uvod

Cilj danske ekipe z University of Southern Denmark je bil izdelati obliž, ki bi bil sestavljen iz biorazgradljive plastike in proteinov pajkove mreže, na katere bi bili vezani antimikrobni peptide, ki bi zagotavljali zaščito pred infekcijami. Biorazgradljiva plastika vrste poli-β-hidroksibutirat (PHB) zadržuje vlago, proteini pajkove svile so se v predhodnih raziskavah že izkazali kot snovi, ki ugodno vplivajo na celjenje ran, bakteriocini pa bi lahko nadomestili antibiotike-.

Projekt so razdelili na tri glavne dele.
1. Testiranje antimikrobnih efektov nekaterih baktericidnih peptidov na patogene bakterije.
2. Priprava konstrukta za sintezo proteinov pajkove mreže v bakterijah
3. Optimizacija proizvodnje PHB (poli-β-hidroksibutirata), uporaba PHB kot materiala za 3d-tiskanje

1. Testiranje antimikrobnih efektov nekaterih baktericidnih peptidov na patogene bakterije

Bakteriocini so antimikrobni peptidi, katere izdelujejo nekatere vrste Gram-pozitivnih in Gram-negativnih bakterij. Lahko so širokega ali ozkega spektra, lahko imajo bakteriostatičen ali bakteriociden učinek. Delujejo tako, da se vežejo na določene receptorje na površini bakterijske celice in s tem povzročijo nastanek por na celični membrani, preko katere iz bakterijske celice uhajajo hranilne snovi.
Člani ekipe so zapise za bakteriocine najprej vstavili v vektor pXTB1 in jih izrazili v celicah E. coli, nato pa jih izolirali in očistili. Vektor pXTB1 vsebuje zapis za hitin-vezavno domeno, kar omogoča preprosto izolacijo z afinitetno kromatografijo. Tako so izrazili in očistili bakteriocine laterosporulin, turicinS, lakticinQ, piocinS5 ter fuziji laterosporulin-turicinS in lakticinQ-lakticinZ. S temi bakteriocini so izvedli teste minimalne inhibitorne koncentracije (MIC) na bakterije vrst S. aureus seva MRSA:CC398 (sev, odporen na tetraciklin in meticilin) in USA300, ter Hetero-VISA in P. aureginosa:PAO1.
Rezultati so bili primerljavi z delovanjem antibiotikov. Za najbolj učinkovitega se je izkazal hibrid lakticinQ-lakticinZ, s tem da je bil bolj učinkovit proti sevom S. aureus kot P. aureginosa. Nato so sestavili še biokocke z zapisi za omenjene bakteriocine.

2. Priprava konstrukta za sintezo pajkove svile v bakterijskih celicah

Po definiciji je svila proteinski polimer, ki se združuje v vlakna, pri organizmih kot so pajki, metulji, itd. Za tovrstne strukture je značilno, da se primarno zaporedje ponavlja in je zato tudi sekundarna struktura homogena, značilni so npr. trojni heliksi ali beta ploskve. Znano je tudi, da imajo komponente svile pozitiven učinek na celjenje ran. Pri projektu so za pripravo konstrukta za sintezo pajkove svile želeli uporabiti kodirajoče zaporedje genov MaSP1 in MaSP2, ki sta komponenti pajkove svile pri vrsti zlati mrežar (Nephila clavipes). MaSP gen sestoji iz 25 ponovitev polialaninskih in poliglicinskih zaporedij. Ker je vstavljanje ponavljajočih se sekvenc samo po sebi težavna naloga, so poskusili z uporabo protokola, s katerim je ekipa UCLA leta 2015 uspela proizvesti proteine pajkove svile v bakterijah.
Uporabili so fragmente genov MaSP, posamezen fragment je predstavljal eno poanvljajoče se zaporedje. Vsak fragment so ligirali v svoj plazmid pSBIC3, uspešnost ligacije in transformacije bakterij so potrdili s colonyPCR-om.
Za sestavljanje fragmentov genov MaSp pa so uporabili metodo ICA (iterative capped assembly), ki je uporabna zlasti za sestavljanje konstruktov ponavljajočih se zaporedij. Princip te metode je, da fragmente, ki jih želimo zlepiti in ki vsebujejo ustrezne štrleče konce, v reakcijsko mešanico dodajamo enega za drugim in postopno izvajamo ligacijo. Kot nosilce uporabimo magnetne kroglice, kar omogoča preprosto izolacijo in čiščenje vmesnih produktov. Na nosilec je vezan streptavidin, začetni oligonukleotid pa je na 5'-koncu biotiniliran in je preko povezave med streptavidinom in biotinom imobiliziran na nosilec. Temu imobiliziranemu začetnemu oligonukleotidu, ki ima na 3'-koncu štrleč konec, v reakcijsko mešanico dodamo fragment, ki ima na svojemu 5'-koncu štrleč konec, ki se ujema s tistim na začetnemu oligonukleotidu, in izvedemo ligacijo. Nato z magnetom nosilec odstranimo iz mešanice, ga očistimo in ponovimo ligacijo z naslednjim fragmentom. Na koncu dodamo še terminatorsko regijo z ustreznimi lepljivimi konci, ki omogoča ligacijo v želeni vektor. Poleg nizanja repetitivnih fragmentov je možno vmes vstaviti tudi fragmente drugih genov. Na ta način je ekipa želela sestaviti konstrukte, ki bi vsebovali niz genskih fragmentov pajkove svile in bakteriocinov,
Pripravili so fragmente z ustreznimi štrlečimi konci. Najprej jim je z metodo ICA uspelo povezati po dva fragmenta, nato pa še par fragmentov v četvorček. Nadaljnje ligacije žal niso uspešne in tako niso dosegli svojega cilja, ki je bil ustvariti monomere 12 fragmentov in jih povezati še z bakteriocini, ki so jih tudi pripravili v obliki fragmentov s konci, ki bi se morali prekrivati s fragmenti MaSP. Izkazalo se je, da so bili poskusi najverjetneje neuspešni, ker je magnetom z nosilcem že potekel rok trajanja in na njih ni bilo vezanega skoraj nič streptavidina več.

3.Optimizacija sinteze PHB-ja

Poli-β-hidroksibutirat, na kratko PHB, je poliester, ki ga proizvajajo nekatere vrste bakterij, katerim služi kot vir ogljika in je torej biorazgradljiv. Ima podobne lastnosti kot polivinilklorid in polietilen, ki se uporabljata proizvodnjo obližev in bi zato bil primerno nadomestilo. Za sintezo PHB v celicah so odgovorni produkti genov operona phaCAB, to so encimi β-ketotiolaza, acetoacetil-CoA reduktaza in PHB-sintaza. Biosinteza PHB poteka tako, da najprej β-ketotiolaza katalizira kondenzacijo dveh molekul acetil-CoA in nastane acetoaceti-CoA. Acetoacetil-Coa reduktaza ga reducira v hidroksibutiril-CoA, PHB-sintaza pa katalizira nastanek estrske vezi med dvema hidroksibutiril- skupinama, odcepi se HS-Coa..
Ekipa je optimizirala proces pridobivanje PHB v E. coli v več korakih. Najprej so pripravili konstrukte, ki so vsebovali dodaten promotor in RBS, ter primerjali, katera kombinacija je najbolj učinkovita. Količino proizvedenega PHB v celicah so ocenili tako, da so celice barvali z barvilom nilsko rdeče in s pretočnim citometrom določili intenziteto obarvanja. Izkazalo se je, da sam dodatni promotor nima posebnega vpliva na količino PHB, pač pa, da dodatek srednje močnega RBS močno vpliva na količino fluorescence, torej količino PHB v celici.
Proizvodnjo PHB so poskusili povečati še tako, da so konstruktom dodali zapis za encim pantotenat kinazo II, na kratko panK. PanK je prvi encim v biosintezni poti koencima A, ki je substrat za sintezo PHB, torej bi celice s tem konstruktom morale proizvajati več koencima A, posledično več PHB. Izvedli so analizo proteoma celic, ki so vsebovale ta konstrukt in izkazalo se je, da se ob prisotnosti panK v celici dvigne koncentracija trioza fosfat izomeraze, fosfoglicerat kinaze in piruvat kinaze, torej treh proteinov, udeleženih v glikolizo, vpliva pa še na nekatere druge metabolne proteine. Povečana koncentracija teh proteinov nakazuje na povečanje porabe energije v celici, ki jo sproži pantotenat kinaza.
Nato so preizkusili več metod za ekstrakcijo PHB, in sicer razgradnjo celic s hipokloritom, s hipokloritom ob dodatku tritona X-100. V tem primeru hipoklorit uniči celične komponente, PHB pa ostane. Poskusili so še ekstrakcijo z dvema topiloma, v katerih je PHB topen in sicer z etil acetatom in s kloroformom. Izkoristek ekstrakcij so ocenili tako, da so s plinsko kromatografijo določili količino PHB v celicah. Izkazalo se je, da je največji izkoristek dala izolacija s hipokloritom. S protonskim NMR so preverili, pri katerem postopku je bil produkt najbolj čist. Najbolj čist produkt so izolirali s kloroformom, vendar je bil optimalen način vendarle ekstrakcija s hipokloritom, saj je bil izkoristek velik, nečistoč pa je bilo malo.
Zaradi lažje ekstrakcije in čiščenja pa so se nato namenili pripraviti sistem, ki bi omogočal izločanje PHB v okolico. Pri tem so se poslužili poti izločanja toksina hemolizina. Hemolizin A je toksin, ki se iz celic izloča s pomočjo transmembranskih proteinov hemolizina B in D. Da pa bi hemolizin A lahko iz celice odvajal PHB, so pripravili fuzijo hemolizina A in fazina, ki se veže na PHB in regulira dolžino polimerov. Sistem je deloval, saj so bili skupki PHB vidni na gojišču s prostim očesom. Želeli so ugotoviti, ali celice s konstruktom s hemolizinom lahko proizvedejo več PHB, vendar so bili rezultati teh poskusov nekonsistentni.
Končni konstrukt je torej vseboval hibridni promotor, operon phaCAB, hemolizinski sistem ter pantotenat kinazo.
Primerjali so še hitrost rasti celic z vstavljenimi konstrukti v različnih gojiščih ter poiskali tistega, v katerem celice niso rasle prehitro. Za najprimernejšega se je izkazalo gojišče TB.
PHB, ki so ga proizvedli, so s pomočjo naprave FilaStruder oblikovali v niti, ki so jih lahko uporabili za 3D-tisk.

Povzetek

Če torej na kratko povzamemo projekt danske ekipe: ovrednotili so MIC različnih bakteriocinov in pripravili biokocke z zapisi za te bakteriocine, sestavili so konstrukt za optimizirano proizvodnjo PHB v celicah, ni pa jim uspelo sestaviti proteinov pajkove svile z vgrajenimi bakteriocini.

Obliž iz biorazgradljive plastike, proteinov pajkove svile in bakteriocinov

Talk:Seminarji SB 2016/17

2017-01-09T20:23:02Z

BarbaraDusak: New page: Uvod Cilj danske ekipe z University of Southern Denmark je bil izdelati obliž, ki bi bil sestavljen iz biorazgradljive plastike in proteinov pajkove mreže, na katere bi bili vezani anti...

Seminarji SB 2016/17

2017-01-09T20:21:33Z

BarbaraDusak:

V študijskem letu 2016/17 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI 
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [[Učinkovito ciljanje izraženih in utišanih genov v človeških zarodnih in induciranih pluripotentnih celicah z nukleazami z motivi cinkovih prstov]]. Angelika Vižintin (22. 11. 2016)
# [[Izdelava sintetičnega genoma s pristopom sestavljanja celotnega genoma: Bakteriofag φX174 iz sintetičnih oligonukleotidov]]. Darja Božič (22.11.2016)
# [[Modeliranje sintetične večcelične ure: Represilatorji, sklopljeni z zaznavanjem celične gostote]]. Vita Vidmar (22. 11. 2016)
# [[Začetki uporabe CRISPR-Cas9 sistema]]. Tomaž Rozmarič (6.12.2016)
# [[Robusten oscilator sinteznih genov z različnimi nastavitvami periode]]. Domen Klofutar (13.12.2016)
# [[Sestavljanje TALEN-ov z metodo FLASH za visoko zmogljivostno urejanje genomov]]. Petra Tavčar (13.12.2016)
# [[Procesiranje celičnih informacij s sintetičnimi RNA napravami]]. Tim Božič (20.12.2016)
# [[Usklajeno delovanje sinteznobioloških ur z zaznavanjem celične gostote]]. Luka Kavčič (20.12.2016)
# [[Časovni in prostorski nadzor celičnega signaliziranja prek s svetlobo sprožene interakcije proteinov]]. Boštjan Petrič (3. 1. 2017)
# [[Programiranje celic s ponavljajočim večmestnim modeliranjem genoma in pospešeno evolucijo]] Jan Rozman (3. 1. 2017)
# [[Emergentne lastnosti zmanjšanega genoma E. coli]]. Eva Korošec (10. 1. 2017)
# [[Encimsko združevanje DNA molekul dolgih več sto kilobaz]] Maruša Prolič-Kalinšek (10.1.2017)
NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI 
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
#[[Mezenhimske matične celice nove generacije]]. Danijela Jošić (22.11.2016)
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bakterije%2C_ki_kelirajo_bakrove_ione%2C_v_boju_proti_Wilsonovi_bolezni Bakterije, ki kelirajo bakrove ione, v boju proti Wilsonovi bolezni. Simon Bolta (22. 11. 2016)]
#[["Training protein" - PETaze]]. Urša Kapš (29.11.2016)
#[[Plasticure: rešitev za učinkovitejšo razgradnjo plastike]]. Marjeta Horvat (29. 11. 2016)
#[[Quantifly]]. Ema Guštin (29. 11. 2016)
#[[Ecolibrium – razvoj ogrodja za inženiring mešanih kultur]]. Mojca Juteršek (29. 11. 2016)
#[[BeeT Beehave]]. Maja Svetličič (29.11.2016)
#[[BiotINK - nov pristop k biotiskanju tkiva]]. Mateja Cigoj (6. 12. 2016)
#[[InstaCHLAM – orodje za inženiring kloroplastov]]. Alja Zgonc (6. 12. 2016)
#[[Mos(kit)o]]. Judita Avbelj (6. 12. 2016)
#[[BioSynthAge - Kvalitetno staranje]]. Tina Kuhar (6.12.2016)
#[[PC SQUAD-Inženiring novih sistemov tarčne dostave zdravil]]. Tajda Buh (13.12.2016)
#[[Biomaterial za privzemanje urana iz okolja - "žetveni stroj" urana]]. Anja Herceg (13.12.2016)
#[[Biosenzor etilena]]. Toni Nagode (13.12.2016)
#[[aSTARice – biosinteza astaksantina v rižu]]. Eva Vidak (20. 12. 2016)
#[[PANTIDE - nov kmetijski sistem, ki ciljano uničuje določene škodljivce]]. Mirjam Kmetič (20.12.2016)
#[[Razvoj novega dostavnega sistema za gensko zdravljenje cistične fibroze]]. Bojana Lazović (20.12.2016)
#[[Z majhnimi molekulami regulirani ogrodni proteini]]. Mojca Kostanjevec (3. 1. 2017)
#[[Biobalon]] Iza Ogris (3. 1. 2017)
#[[Proizvodnja bioloških leč in laserjev za izboljšave v mikroskopiji]]. Julija Mazej (3. 1. 2017)
#[[Senzor za detekcijo spolno prenosljivih okužb]]. Nika Strašek (10.1.2017)
#[[Obliž iz biorazgradljive plastike, proteinov pajkove svile in bakteriocinov]]. Barbara Dušak (10.1.2017)
Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 12 minut (10-14). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

Reprogramiranje s transpozicijo

2013-06-03T13:43:16Z

BarbaraDusak: /* Reprogramiranje sekundarnih fibroblastov */

==Uvod==
Transpozoni so mobilni genetski elementi, glede na mehanizem transpozicije jih delimo v dve večji skupini:
*'''Retrotranspozoni''': mobilnost dosežejo s prepisom v RNA, ki omogoči integracijo prepisane DNA na drugo mesto v genomu.
*'''DNA transpozoni''': uporabljajo mehanizem »izreži – prilepi«, pri katerem ne pride do prepisa v RNA, zato je tudi zgradba tovrstnega transpozona drugačna od zgradbe retrotranspozona: zapis za protein transpozazo je na obeh koncih obdan z inverznima ponovitvama, ki služita kot vezavni mesti za transpozazo. Slednja izreže element in ga prenese na novo mesto v DNA. Ta proces lahko nadzorujemo z ločitvijo zapisa za transpozazo- namesto katerega lahko vključimo kako drugo (željeno) zaporedje DNA, ki se bo v procesu preneslo- od končnih inverznih ponovitev (ITR- inverted terminal repeats), s čimer ustvarimo neavtonomni element. Ta se lahko prenese le, če zagotovimo dodatni vir proteina transpozaze. Tak dvokomponentni sistem se je med drugim izkazal kot zelo uporaben tudi za reprogramiranje somatskih celic.

==Transpozoni kot orodje za vstavljanje genov==
Osnovni kriteriji, ki jih moramo upoštevati pri izbiranju DNA transpozona in konstruiranju transgenov za manipulacijo celic in organizmov, so:
*'''ustrezna stopnja aktivnosti transpozona v izbrani vrsti''',
*'''izogib mobilizaciji transpozonov, ki so naravno prisotni v tarčnem genomu''',
*'''kapaciteta transpozona'''- transgeni konstrukti pogosto presežejo velikost večih kilobaznih parov, saj poleg željenih kodirajočih regij največkrat vključujejo tudi transkripcijske regulatorne elemente. Kapacitete različnih DNA transpozonov se med seboj močno razlikujejo, piggyBac in Tol2 skupini transpozonov sta se do zdaj izkazali za najbolj kapacitivni. To raziskovalcem omogoča vključitev kompleksnih transgenov med inverzni ponovitvi, pri čemer ne trpi učinkovitost transpozicije.
*'''Priljubljeno mesto integracije'''- večina transpozonov ima za tarčo neko specifično zaporedje DNA, dolgo nekaj baznih parov, za katerim se lahko »prilepi«. Tarča piggyBac transpozona so TTAA zaporedja, izraža tudi preferenco do integracije v bižino mest začetka transkripcije in v introne znotraj genov. DNA transpozoni iz družine Tc1/mariner se vključujejo za dinukleotidi TA; najbolj preučen pripadnik te družine je transpozon Sleeping Beauty, zanj je značilna integracija znotraj palindromskih AT ponovitev. Nekateri transpozoni nimajo priljubljenih integracijskih mest, temveč se navidez naključno vključujejo v gostiteljski genom; tak primer so Tol2 DNA transpozoni in dobro raziskani retrotranspozoni L1.
*'''»Lokalno hopsanje«'''-(lokalno skakanje)- izraz opisuje fenomen transpozicije na kromosomu; zanjo je značilno, da se veliko pogosteje pojavlja na cis-mestih v bližini donorskega lokusa: transpozon se izreže iz donorskega mesta na kromosomu in se prilepi nekam v bližino, najpogosteje pristane znotraj iste verige DNA glede na donorsko mesto. Lokalno hopsanje omeji dostopna mesta za transpozon, saj le-ta, razen izjemoma, ne more skočiti izven določene kromosomske regije, kar je uporabno pri povzročanju nasičenja z mutacijami znotraj omejenih kromosomskih regij in s tem ugotavljanja lokacij genov ter njihovih funkcij. Za oba, PiggyBac (PB) in Sleeping Beauty (SB), je značilno lokalno hopsanje, toda pri PB lahko opazimo bolj naključen integracijski vzorec kot pri SB; to je eden izmed primerov, ki dokazujejo specifičnost vzorca poskakovanja za posamezen tip transpozona. Ta vzorec je različen tudi pri različnih vrstah organizmov in je celo odvisen od donorskega lokusa transpozona na kromosomu. Pri retrotranspozonih ni opaziti težnje po lokalnem hopsanju, kar je najverjetneje povezano z njihovim »življenjskim ciklom«, ki se povsem razlikuje od cikla DNA transpozonov. Le-ti po izrezu ostanejo v jedru, RNA molekula pa, ki je nastala s prepisom retrotranspozona, mora najprej priti v citoplazmo, kjer se prevede v potrebne proteine, ki nato izvršijo transpozicijo, slednja je zato povsem neodvisna od donorskega mesta.

==Prednosti uporabe transpozonov v vlogi vektorjev==
Klasične metode, ki se uporabljajo za prepričevanje celic v izražanje tujih genov (npr. mikroinjekcija DNA v notranjost manipulirane celice), se večinoma soočajo z dvema večjima ovirama, ki ju z uporabo transpozona uspešno premagamo: transpozonsko posredovana dostava genov poveča '''učinkovitost integracije''' DNA v kromosome in povzroči '''vključitev »osamljenih« kopij''' namesto konkatemerov (več združenih, v sosledju nanizanih zaporedij, ki jih dostavljamo v celico). Samostojne enote zaporedij so manj podvržene utišanju kot konkatemerni transgeni, ki se pogosto pojavijo ob uporabi klasičnih metod. Poleg tega se lahko pojavijo težave pri prenosu transgena iz klične celične linije(t.j. iz spolne celice) na naslednjo generacijo, kar pogosto povzroči '''transgeno mozaičnost organizmov''' (vse celice organizma, ki se razvije iz oocita s prehodno injeciranim transgenom, se ne izkažejo pozitivne na transgen- nekatere celice vsebujejo in izražajo vstavljeni gen, druge pa ne). Vzrok tovrstni mozaičnosti je integracija transgena relativno pozno v fazi embrionalnega razvoja, z uporabo transpozona v vlogi vektorja pa lahko integracijo transgena pospešimo: če hkrati s transpozonom, ki smo mu med inverzni 5' ter 3' ponovitvi vstavili željeni gen, injeciramo mRNA, ki kodira transpozazo, zagotovimo hitrejšo dostavo transpozaze in posledično hitrejšo transpozicijo na kromosome tarčnih celic. Eksperimenti potrjujejo, da se s tem poviša odstotek prenosa transgena iz zarodnih celic v naslednjo generacijo, mozaičnost zarodkov pa se znatno zmanjša.

Pogosto je pri eksperimentalnem delu pomembno je tudi, da se v vsako celico vključi zadostno število transpozonov, ki nosijo zapis za gen, ki ga želimo izraziti. To število je zelo majhno, če uporabimo zgolj običajno metodo transfekcije, plazmidi se namreč izjemno na redko integrirajo. Če pa poleg donorskega plazmida (tega, ki nosi željene gene), dodamo še ustrezno količino plazmida, ki kodira transpozazo (pomožni plazmid), se število integracij v celični genom ustrezno zviša- % zvišanja je odvisen od količine obeh dodanih plazmidov. Ta sistem omogoča tudi zelo dober '''nadzor nad številom kopij vstavljenih genov'''.
Z eksperimenti so raziskovalci sicer potrdili, da je reprogramiranje učinkovito tudi z insercijo ene same kopije ustrezno sestavljene reprogramacijske kasete (vektorja z geni potrebnimi za reprogramiranje), hkrati pa s tovrstno insercijo '''minimiziramo spremembe na genomu iPS celice'''.

Večinoma so celice uspešno reprogramirali z uporabo virusnih vektorjev, ki so omogočili izraženje določenih, za pluripotentne celice značilnih faktorjev. Slabost te metode je veliko število integriranih virusnih vektorjev v induciranih pluripotentnih matičnih celicah. Za reprogramiranje je zelo zaželjena uporaba metode, ki hkrati '''omogoči tudi popolno eliminacijo eksogenih faktorjev''', ki bi se v nasprotnem primeru lahko nenadzorovano reaktivirali in povzročili displazijo, tvorbo tumorjev,... Z uporabo transpozonskega sistema za dostavo željenih genov piggyBac lahko po uspešno izvedenem reprogramiranju transgene ter sam PB zlahka odstranimo iz genoma.

Ena izmed zanesljivih metod za odstranitev reprogramacijskih faktorjev je uporaba Cre rekombinaze. Gen Cre s transfekcijo spravimo v iPS celice, sintetizirana rekombinaza pa nato izreže repogramacijsko kaseto, ki smo jo že na začetku sestavili tako, da vsebuje tudi mesto lox, na katerega Cre lahko deluje. Za izrez genov vstavljenih z uporabo PB transpozonskega sistema opisanega načina ne potrebujemo, kajti za popolno odstranitev ITR in transgenov zadostuje, da v celice prehodno dovedemo ustrezno količino plazmida z zapisom za transpozazo (ta naj bo pod nadzorom ustreznega promotorja). PB transpozon se je pri tem in podobnih eksperimentih izkazal kot popolnoma obvladljiv, saj ga lahko brez kakršnihkoli nastalih sprememb na originalnem celičnem genomu izrežemo z opisanim postopkom. PB transpozonski sistem za dostavo genov torej omogoča '''indukcijo genetsko nespremenjenih človeških iPS celic''', kar je izjemno izhodišče za napredek regenerativne medicine.

==Transpozicija in reprogramiranje v praksi==
Ekspresija štirih transkripcijskih faktorjev (c-Myc, Klf4, Oct4 in Sox2; MKOS) zadostuje za uspešno reprogramiranje somatskih celic v pluripotentne matične (iPS celice). Le-te so po lastnostih in potencialu za diferenciacijo v odrasle tipe celic podobne embrionalnim matičnim celicam (ES). Obetavna in učinkovita strategija reprogramiranja je uporaba PB transpozon/transpozaza sistema, ki je neodvisen od vrste gostitelja oz. tipa celic, zahteva zgolj konstrukcijo plazmida s transgeni, obdanimi z inverznimi terminalnimi zaporedji, in prehodno ekspresijo encima transpozaze, ki katalizira insercijo-pa tudi izrez- plazmidnega konstrukta. Woltjen in sod. so opisali uspešno reprogramiranje mišjih in človeških embrionalnih fibroblastov z uporabo doksiciklina, ki je omogočil indukcijo transkripcijskih faktorjev MKOS, v celice dovedenih s PB transpozonskim sistemom. Stabilne iPS so izražale karakteristične markerje pluripotentnosti in so se bile sposobne diferencirati v kompleksna funkcionalna tkiva. Dokazali so tudi, da je posamezne integracije PB možno brez morbidnih preostalih sledi odstraniti iz iPS celic.

===Iniciacija reprogramiranja===
Gene MKOS so vključili v PB-TET transpozonski plazmid (PB-TET-mFx, slika 1a), katerega transkripcija je bila pod nadzorom tetraciklina/doksiciklina; katerikoli izmed obeh antibiotikov je lahko z vplivanjem na promotor povzročil indukcijo transgenov MKOS, intenzivnost izražanja je bila s tem odvisna od koncentracije tet./doks., ki jo je v laboratoriju enostavno regulirati. Promotor in MKOS so bili povezani z βgeo (fuzija β-galaktozidaznega gena in gena za odpornost proti neomicinu) preko IRES sekvence, da so lahko zasledovali kako uspešno oz. tesno doksiciklin regulira izražanje transgenov in kasneje ugotavljali sposobnost celic za vzdrževanje pluripotentnosti kljub odtegnitvi eksogenih faktorjev. Mišje embrionalne fibroblaste, ki so vsebovali odzivni protein za doksiciklin, so podvrgli transfekciji s krožnim plazmidnim konstruktom PB-TET-mFx in pomožnim plazmidom z zapisom za PB transpozazo. Celice so gojili v mediju primernem za ES celične kulture, ki je vseboval doksiciklin in v kratkem so fibroblasti začeli tvoriti ES celičnim kolonijam podobne strukture.

===Vzpostavitev in potrditev pluripotentnosti===
Opisanemu je sledil nastanek celičnih linij, ki so imele sposobnost samoobnavljanja in so izražale ključne lastnosti reprogramiranih celic. Število kolonij reprogramiranih celic se je razlikovalo pri različnih koncentracijah doksiciklina- nad standardno koncentracijo (1,5μg/ml) je bilo kolonij znatno več, pod standardno pa drastično manj. Tak rezultat potrjuje, da '''stopnja izražanja štirih faktorjev določa učinkovitost reprogramacije'''. V ekstremnem primeru, ko raziskovalci v gojišče doksiciklina niso dodali, se nobena celica ni reprogramirala, kajti transgeni se niso mogli izraziti. V treh tednih gojenja je večina celic (89%) postala neodvisnih od prisotnosti doksiciklina; celice so bile sposobne avtonomno vzdrževati reprogramirano stanje.

Če je na opisan način doseženo reprogramirano stanje stabilno, bi se v nekaj tednih morali v celicah postopno pojaviti '''značilni markerji''' (sicer naravno prisotni v embrionalnih izvornih celicah); testi so potrdili prisotnost naslednjih (slika 1b): stabilne celice so aktivirale alkalno fosfatazo, SSEA1 je bil prisoten na njihovi površini, Nanog protein (transkripcijski faktor s poglavitno funkcijo vzdrževanja matičnosti celic) je bil prisoten v jedru; aktivni so bili tudi markerji pluripotentnosti Dax1, Eras, Fbxo, Foxd3, Rex1 in Zfp296; v večini celic so bili prisotni tudi proteinski produkti štirih dovedenih transgenov. Z uporabo RT-PCR in preko aktivnosti LacZ (vključen v βgeo reporterski gen na plazmidu) so določili stopnjo izražanja posameznih transgenov v prisotnosti in odsotnosti doksiciklina; po pričakovanju je bilo izražanje (obarvanje) veliko bolj intenzivno v prisotnosti antibiotika (slika 1d). Z metodo so detektirali povprečne aktivnosti transgenov MKOS v posameznih reprogramiranih celičnih populacijah, niso pa zaznali mozaičnih vzorcev izražanja (mozaicizma celic- npr. nekatere celice so izražale minimalno ali celo nič c-Myc, druge celice so ga izražale več).
Povprečno ugotovljeno število integracij PB transpozona (število kopij) je bilo 9 na celico.

===Odstranitev transgenov in celično samoohranjanje pluripotentnosti===
Da bi odstranili transgene iz genoma po uspešnem reprogramiranju, so raziskovalci v celice prehodno dodali večjo količino transpozaze. Pogostost izreza se je pri različnih klonih celic zelo razlikovala, kar nakazuje, da je uspešnost izreza transpozona odvisna od mesta njegove integracije. Z nekaj dodatnimi postopki je raziskovalcem uspelo izolirati 10 kolonij, v katerih ni bilo prisotne nikakršne sledi integracije transpozona. Kljub tovrstni odstranitvi prvotno vstavljenih transgenov, so celice avtonomno izražale gene potrebne za pluripotentnost.

===Dokaz uspešnega reprogramiranja mišjih fibroblastov===
Pluripotentnost s PB reprogramiranih celic je potrdila njihova '''sposobnost razvoja v himerne miške''', zatem ko so jih vbrizgali v blastociste (slika 3a). Dokazali so tudi '''prisotnost LacZ gena''' v vseh treh zarodnih plasteh himernih embrijev, kar je dokaz za pluripotentnost s transpozonom obdelanih fibroblastov (slika 3b). Zarodki pridobljeni izključno iz induciranih pluripotentnih matičnih celic so '''vsebovali tkiva vseh treh zarodnih plasti''', razvili so tudi '''spolne (germinalne) celice'''- njihov nastanek v embrijih je potrdila prisotnost Vasa proteina, ki se specifično izraža v liniji germinalnih celic, samo v ovariju in testisih (slika 3c). '''Tvorba teratomov'''- tumorjev, ki vsebujejo celice vseh treh zarodnih plasti- je dodaten dokaz inducirane pluripotentnosti celic; če namreč pluripotentne matične celice vbrizgamo v imunokompromitirane miške, se razvijejo v teratom, kar je dokaz pluripotentnosti s transpozicijo reprogramiranih fibroblastov.

Dejstvo, da so se bile iz iPS celic sposobne razviti žive himerne miške (slika 3d), potrjuje popolno reprogramiranje fibroblastov z uporabo PB-transpozonskega sistema, ki je sposoben zagotoviti razvoj specializiranih celic, ki tvorijo funkcionalna tkiva.

Povezava do slik: http://www.nature.com/nature/journal/v458/n7239/full/nature07863.html

==Reprogramiranje človeških fibroblastov==
Transpozon PB-CAG-rtTA skupaj s PB-TET-mFx za regulacijo reprogramiranja z doksiciklinom so uspešno uporabili tudi za reprogramiranje človeških embrionalnih fibroblastov. Kolonije induciranih pluripotentnih celic so izbrali med 14 in 28 dnevi starosti. Štiri od petih, ki so dale pozitiven test na alkalno fosfatazo (markerski encim za pluripotentne celice), so po enem tednu postale neodvisne od doksiciklina, torej so ostale pluripotentne tudi po odstranitvi le-tega iz medija. Ekspresija genov za transkripcijske faktorje in markerskih genov za pluripotenco je dosegla tako visoke ravni kot v embrionalnih matičnih celicah. Po odstranitvi bFGF-ja (basic fibroblast growth factor) je v kolonijah prišlo do tvorbe cističnih embrioidnih telesc (skupkov pluripotentnih celic) in do spontane diferenciacije v endodermalne, ektodermalne in mezodermalne celice. Kot kaže, se torej mišje transkripcijske faktorje da uporabiti tudi za reprogramiranje človeških celic.

==Reprogramiranje sekundarnih fibroblastov==
Iz diploidnih himernih (himera – organizem, ki je sestavljen iz celic dveh ali več genetsko različnih osebkov, v tem primeru mišk) induciranih pluripotentnih celičnih linij so pridobili sekundarne fibroblaste in jih poskušali reprogramirati na enak način kot primarne. Od treh celičnih linij fibroblastov, katere so poskusili ponovno preobraziti v pluripotentne, se je ena slabo odzvala na poskus indukcije, drugi dve pa dobro.
Rezultati so pokazali hitro odzivanje le-teh na faktorje in doksiciklin v mediju, veliko hitrejše kot pri poskusih, ki so za indukcijo uporabili lentivirusne sisteme. Test na alkalno fosfatazo je bil pozitiven že drugi dan inkubacije, celice so se tudi intenzivneje delile in 29% posameznih celic je bilo sposobnih tvoriti kolonije.

==Zaključek==
Na splošno se je reprogramiranje s transpozoni izkazalo za uspešno, ima veliko prednosti in pomeni znaten napredek za transfekcijske tehnike vstavljanja genov, in potencialen način za pridobivanje IPC v prihodnosti. Kot prvo omogoča tehnično enostaven in bolj cenovno dostopen način reprogramiranja, saj potrebujemo le plazmidno DNA in komercialne pripomočke za transfekcijo. Ker ne piotrebujemo virusov, ki lahko napadejo samo določene tipe celic, se poveča tudi rang somatskih celic, ki jih lahko uporabimo za indukcijo. Vstavljanje genov s PB-transpozonom tudi omogoča produkcijo induciranih pluripotentnih celic, ki ne vsebujejo ksenobiotikov (substance, ki jih organizem sam ne proizvaja, a so v njem prisotne). In ko celice reprogramiramo lahko z aktivacijo transpozaze tudi odstranimo transpozon.
Poleg samega reprogramiranja celic, ki ima velik potencial v regenerativni medicini, je transpozicija uporabna za preučevanje funkcije genov, lahko bi bila uporabna tudi pri genski terapiji in preprečevanju rasti tumoerjev.

==PiggyBac transpozon==
Prvič so ga našli v mutiranih baculovirusih, ki so okužili celice TN-368 (izvirajo iz vešče vrste Trichoplusia ni). V nekaterih mutantih so opazili del gostiteljske DNA, za katero se je izkazalo, da gre za transpozon.
Ime izvira iz besede piggybacking, izraza, ki pomeni prenašanje čkoveka na hrbtu, s tem da skovanka vsebuje velik B in je brez k-ja, kar označuje povezanost z baculovirusi. Najprej je PB transpozon dobil nezveneče ime IFP2, kasneje pa ga je njegov odkritelj, Malcom J. Fraser, spremenil v piggyBac, da bi tako pritegnil več pozornosti.

==Prilagoditev PB za delo s sesalskimi celicami==
PiggyBac je do nedavnega veljal za uporabnega samo za delo z določenimi rodovi insektov, šele pred kratkim so ga prilagodili za tranpozicijo v sesalskih celicah, natančneje mišjih.
Pri rekonstrukciji PB za mišje celice je bilo potrebno prilagoditi več lastnosti transpozona: sam genetski zapis za transpozazo, terminalna zaporedja in poskrbeti za nadzor nad frekvenco transpozicije.
Najprej so optimizirali nukleotidno zaporedje za PB transpozazo, da je vsebovalo tiste kodone, ki jih pri translaciji preferira mišja celica. S tem so dosegli večjo ekspresijo transpozaze in tako tudi večjo pogostost transpozicije.
Frekvenco transpozicije so poskušali povečati tudi s spreminjanjem terminalnih zaporedij PB transpozona. Zanj je značilno 13 bp dolgo obrnjeno zapoedje na obeh straneh in še dodatna 19 bp dolga obrnjena zaporedja, ki pa so razporejena asimetrično. Eksperiment je pokazal, da je originalna oblika najprimernejša tudi za transpozicijo v mišjih celicah.
Potrebno pa je bilo še poskrbeti za nadzor nad transpozicijo. Zato so na PB transpozon vstavili še gen za ERT2 in tako naredili fuzijski protein PB transpozaze in ERT2. ERT2 je modificirana domena receptorja za estrogen, ki veže ligand in omogoča regulacijo aktivnosti proteina z molekulo 4-hidroksitamoksifen (4-OHT).

==Viri==
*Woltjen, K. in sod. piggyBac transposition reprograms fibroblasts to induced pluripotent stem cells. Nature, 2009, vol. 458, str. 766-770.
*Kaji, K. in sod. Virus-free induction of pluripotency and subsequent excision of reprogramming factors. Nature, 2009, vol. 458, str. 771-775.
*Ivics, Z. in sod. Transposon-mediated Genome Manipulations in Vertebrates. Nat Methods, 2009, štev. 6, str. 415-422.
*Cadiñanos, J.; Bradley, A. Generation of an inducible and optimized piggyBac transposon system. Nuclei Acids Research, 2007, vol.35(12), e87
*piggyBac [online] [citirano 24.5.2013 ob 17:40] Dostopno na spletnem naslovu: http://piggybac.bio.nd.edu /

BIO2 Povzetki seminarjev 2012

2012-12-07T11:15:44Z

BarbaraDusak: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2012/2013 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2012/2013 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2012 stran]

===Griša Prinčič: Vpliv T3SS sekretov na odziv gostiteljske celice ===

S pomočjo EM je bilo mogoče podrobneje prepoznati in opisati tip III sekrecijski sistem in njegove komponente. Identificirali so vsaj pet različnih strukturnih komponent, njihovo proteinsko sestavo in delovanje.Več kot 20 različnih proteinov (YopD, YopB, YscF, YscP, YscR, YscS, YscT, YscU, YscV...) je potrebnih za učinkovito funkcioniranje T3SS-a, od katerih jih veliko kaže sekvenčno podobnost pri različnih vrstah. T3SS je sestavljen iz: igelnega dela , ki sestoji iz sekvenčno različnega proteina in tvori zvonasto ali filamentozno strukturo, zunajmembranskega kompleksa, znotrajmembranskega kompleksa in regulatornih komponent.

Efektorji, ki jih bakterija »dostavi« v celico modulirajo različne signalne poti. Blokirajo lahko MAPK in MAPKK (ospF, YopJ), kar zavre imunski odziv celice in prepreči vnetne procese. Pospešijo ali upočasnijo ubiquitinacijo (Cif in CHBP), za kar koristnost in učinkovitost še ni znana. Blokirajo majhne GTP-aze (IbpA), kar povzroči spremembe v aktinskem citoskeletu in moten membranski transport. Nekatere bakterije se v gostiteljski celisi razmnožujejo s pomočjo vakuol. SifA in SseJ sta bakterijska proteina, ki omogočata učinkovito tvorjenje tovrstnih struktur. Nekateri efektorji motijo tudi sintezo maščobnih kislin, nekateri poškodujejo pomembne celične strukture kot je na primer golgijev aparat. Vsi bakterijski efektorji delujejo na principu kovalentne modifikacije, torej trajno spremenijo strukturo in s tem inaktivirajo proteine – preprečijo kaskadno verigo.

===Erik Janežič: Hippo signalna pot in matične celice ===

Hippo signalna pot je ena glavnih regulatornih sistemov, ki preprečujejo tumorogenezo, nadzorujejo rast organov in sodelujejo pri diferneciaciji in vzdrževanju stalne gostote zarodnih celic. Hippo, drugače imenovana tudi Salvador/warts/hippo (SWH), je dobila takšno ime, ker mutacije v mehanizmu peljejo do preraščanja tkiva, kar lahko s tujko imenujemo »Hippopotamus «like phenotype. Prvič je bila opazovana v vinski mušici Drosophilia in večina ključnih raziskav je potekala prav na tem modelnem organizmu. Znanje pridobljeno z opazovanjem mehanizma mušic pa lahko direktno prenesemo tudi na lastnosti Hippo signalizacije sesalcev. Študije so namreč pokazale, da imajo vse ključne komponente pri mušici direktne ortologe v sesalcih in drugih organizmih. Smiselen se zdi sklep, da je bila Hippo signalna pot v veliki meri takšna kakor jo poznamo danes, prisotna že v prvih večceličnih organizmih,kar je tudi logično saj je pravilna diferenciacija in usmerjanje celic ključnega pomena za nastanke funkcionalnih celičnih enot (organov).
V preteklem desetletju s številne raziskave s Hippo področja zagotovile dobro poznavanje osrednje kinazne kaskade, katere funkcija je inaktivacija oziroma aktivacija YAP/TAZ transkripcijskih kofaktorjev proteinov družine TEA. Pri Hippo signalizaciji poleg osrednje kaskade sodelujejo tudi številni membranski in citoskeletni proteini, ki imajo veliko funkcij tudi pri kontaktni inhibiciji. Ogromno eksperimentalnih dokazov kaže neposredno povezanost nepravilnega delovanja Hippo signalizacije in nastankom raka, kar je verjetno razlog za intenzivne raziskave na tem področju v današnjem času.

===Dejan Marjanovič: Vpliv in delovanje vimentina v celični signalizaciji in pomen poznavanja teh mehanizmov===

Vimentina, glavni predstavnik intermediarnih filamentov (IF) , je izražen v normalnih mezenhimskih celicah, in je znano, da ohrani celovitost celic in zagotavlja odpornost proti stresu. Povečano koncentracijo vimentina, so poročali v različnih rakavih epitelih, vključno raka prostate, tumorjev prebavil, tumorjev centralnega živčnega sistema, raka dojke, pljučnega raka in druge vrste raka. Prekomerno izražanje vimentina v raku je povezano tudi z večjo rastjo tumorja, vendar je vloga vimentina v napredovanju raka še vedno nejasna.
Na podlagi njegovega prekomernega izražanja v rakavih obolenjih in njegovo vlogo pri posredovanju v različnih tumorgenih dogodkih, vimentin služi kot privlačen cilj za zdravljenje raka. Poleg tega naj bi raziskave, usmerjene k pojasnjevanju vloge vimentina v različnih signalnih poteh, odpirale številne nove pristope za razvoj obetavnih zdravil za zdravljenje.

Ker pa je moje širše področje signalizacija,se bom bolj podrobno usmeril za signalizacijske poti, razjasnitev številnih mehanizmov in vmesnih sodelujočih proteinov, encimov itd. Vimentin je znan po tem, da interagira z velikim številom proteinov in sodeluje v različnih celičnih funkcijah. Poleg tega vimentin sodeluje tudi v številnih drugih procesih, ki vključujejo oblikovanje kompleksov z več signalnimi molekulami in drugimi proteini.

Iz te študije je razvidno, da vimentin ne deluje le kot ogrodni protein, temveč tudi posreduje pri večih poteh sporočanja in v celičnih procesih. Prav tako bi bilo zanimivo izvedeti, druge funkcije vimentina v jedru in morebitne vloge pri posredovanju v procesih celičnega cikla. Poleg tega bi lahko zunajcelični vimentin sodeloval pri posredovanje pri več signalnih procesih z vezavo na specifične receptorje, ki jih je treba še raziskati.

===Estera Merljak: Vpliv PKM2 na rakave celice===

Piruvat kinaza M2 (PKM2) ima zelo pomembno vlogo pri rakavih celicah. je ena izmed oblik piruvat kinaze, ki katalizira pretvorbo fosfoenolpiruvata (PEP) v piruvat, pri čemer se fosfatna skupina iz PEP prenese na ADP ter s tem dobimo ATP. PKM2 je v izražena v celicah, ki se hitro delijo, kot so zarodne in rakave celice. Izražanje omogoča veliko transkripcijskih faktrojev, posebno pomembni pa so transkripcijski faktorji iz družine heterogenih jedernih ribonukleoproteinov (hnRNPs), ki dajejo prednost sintezi PKM2 z neposrednim vplivanjem na mRNA.
Vpliv PKM2 na celičen metabolizem je zelo pomembna, saj lahko v celici prehaja med neaktivno dimerno obliko in aktivno tetramerno obliko, kar privede do različnih produktov. Aktivnost PKM2 je regulirana s strani mnogih snovi, med drugim intermediatov glikolize, ki lahko povečajo ali zmanjšajo aktivnost piruvat kinaze M2. Prav tako na aktivnost vplivajo razne post-translacijske spremembe aminokislin v samem proteinu, ki so rezultat kompleksnih reakcij v celici. S takimi procesi celica regulira sintezo energije in sintezo drugih prekurzorjev za množitev celic.
Poznavanje teh procesov ima velik medicinski pomen, saj lahko pripelje do oznajdbe specifičnih zdravil za zdravljenje raka, ki bi napadale in uničile le rakave celice, zdravih pa ne.

===Maja Kostanjevec: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah===

Glukoza je pomemben vir energije, ki ureja marsikatero metabolno pot. Njena vloga se razlikuje od celice do celice glede na to, kakšne naloge opravlja. Posledično so se v evoluciji razvili različni mehanizmi njenega zaznavanja in prenosa signalov.

Preučevanje zaznavnih mehanizmov glukoze je zapleteno, saj ima poleg hranilne vloge tudi signalno, ki pa jo včasih težko ločimo od ostalih procesov, v katerih sodeluje. Trenutno so najbolj raziskani mehanizmi v kvasovkah, saj gre za najenostavnejše evkarionte. V njih so odkrili štiri različne signalne poti: glavno represivno pot, cAMP pot ter inducirani poti, ki sta odvisni od senzorjev Snf3 in Rgt2 oz. od fosforilacije.

Veliko bolj zahtevna je regulacija glukoze v rastlinah. V njih skrbi za izražanje različnih genov, ki urejajo procese fotosinteze, metabolizma, rasti… V modelni rastlini Arabidopisis thaliana so bili raziskani trije različni mehanizmi zaznavanja. Prvi je odvisen od heksokinaze in represira fotosintetske gene, drugi je od heksokinaze neodvisen in vsebuje še neznan receptor ter tretji, ki temelji na procesu glikolize in njenih vmesnih produktov.

Zaznavanje glukoze pri sesalcih ima posebne lastnosti, ki se razlikujejo tako od tistih v kvasovkah kot v rastlinah. Ti mehanizmi so najbolje preučeni v beta celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke, ki skrbijo za izločanje inzulina. Znano je, da je pri tem potreben obsežen metabolizem glukoze, kot glavni mediator pa nastopa ATP.

===Julija Mazej: Metabolizem glukoze v živčnih celicah===

Glukoza je preferenčno gorivo za možganske celice. Čeprav možgani predstavljajo le 2% celotne telesne mase, za svoje delovanje porabijo kar 25% zaužite glukoze. Možganske celice lahko kot energijski substrat uporabijo tudi: laktat, piruvat, glutamin in glutamat. Kakršnakoli ovira pri energijski oskrbi, je zelo rizična in se lahko konča z nezavestjo ali celo komo v manj kot 10 sekundah. V izogib takšnemu izidu so nekatere celice sposobne nadomestiti primanjkljaj energije oz. ATP z intenzivnejšo glikolizo. To velja za nevroglijalne celice, ki z glikolizo proizvajajo laktat. Vendar pa povišana glikoliza nima enakega vpliva na vse živčne celice. Nevroni zaradi povišane glikolize manj glukoze oksidirajo po pentoza-fosfatni poti, ki tam sicer poteka v normalnih razmerah. Ta metabolična pot je za nevrone zelo pomembna, ker se pri pretvorbi glukoza-6-fosfata v ribozo-5-fosfat regenerira NADPH. To je pomemben antioksidant, ki regenerira reduciran glutation in tako varuje nevrone pred poškodbami, zaradi reaktivnih kisikovih spojin. Glikolizo v nevro celicah stimulirajo hipoksični pogoji, nevrotoksične snovi, mutacije v respiratorni verigi.. Anomalije v metabolizmu glukoze so prisotne v mnogih nevrodegenerativnih boleznih, npr. Alzheimerjevi, Parkinsonovi, Huntingtonovi bolezni. Tu se kaže aplikativen pomen raziskav povezanih z metabolizmom glukoze v možganih. Velik problem pri razumevanju metabolizma v živčnih celicah predstavljajo nepojasnjene interakcije med glija celicami in nevroni .

===Jernej Pušnik: Uravnavanje metabolizma z acetilacijo proteinov===

V svoji seminarski nalogi bom predstavil pomen posttranslacijske modifikacije-acetilacije pri uravnavanju celotnega celičnega metabolizma. Kot že verjetno vsi veste, je večina reakcij, ki so del neke metabolne poti, kataliziranih z encimi. Ti pa so v osnovi proteinske makromolekule, sestavljene iz dvajsetih različnih aminokislin. Ena izmed teh aminokislin je lizin in vsebuje dve amino skupini. S prvo se povezuje v peptidno vez, druga, ki se nahaja na koncu ogljikovodikove verige pa je tarča acetilacije. Ko se acetilna skupina enkrat veže na lizinski ostanek, to povzroči določene spremembe v strukturi proteinske molekule, s tem pa se tudi spremeni encimska aktivnost. Na ta način so regulirani skoraj vsi encimi metabolizma. V seminarju sem opisal kako pride do same acetilacije in deacetilacije, da je pri tem potrebna prisotnost določenih encimov, kako se spremeni delovanje encimov delujočih v glikolizi, glukoneogenezi, citratnem ciklu, oksidaciji maščobnih kislin, oksidaciji aminokislin in ciklu sečnine. Ker je acetilacija tako razširjena modifikacija pri nadzorovanju metabolizma, imajo raziskave na tem področju velik potencial za odkritje novih terapevtskih pristopov k zdravljenju bolezni srca in ožilja, diabetesa, debelosti, itd.

===Rok Razpotnik: Metabolizem rakastih celic in njegova regulacija===

V dani seminarski nalogi bom predstavil osnovne lastnosti rakavih celic, tipe celic, ki se nahajajo v tumorskem mikrookolju, ter podrobneje predstavil nekatere osnovne lastnosti metabolizma rakastih celic ter njene regulacije. Mutacije onkogenov in tumor supresorskih genov povzročijo spremembe v signalizacijskih poteh, katere povzročijo spremembe metabolizma rakastega tkiva. Metabolizem deluje v prid celični rasti, intenzivni celični delitvi, zaviranju apoptoze itd. Sam metabolizem rakastih celicah temelji na treh osnovnih temeljih: povečani produkciji energije, zadostni biosintezi potrebnih makromolekul in vzdrževanju redoks stanja. Da izpolnjujejo vse tri pogoje se rakaste celice poslužujejo mnogih regulacij metabolizma, z različnimi strateškimi potmi, npr. proteoliza skeletnih mišic, lipoliza maščobnega tkiva, intratumorna simbioza med laktat-proizvajajočimi in laktat-porabnimi celicami, upočasnevanje glikolize in usmerjanje intermediatov v pentoza fosfatno pot itd. Ker pa je mikrookolje, ki obkroža rakasto tkivo zelo dinamično, je za rakaste celice značilna metabolična fleksibilnost. Raziskave in razumevanje metabolične fleksibilnosti bi doprinesle k novim možnim strategijam zdravljenja. Učinek na reguliran metabolizem rakastega tkiva, bi imel ogromen vpliv na viabilnost rakastega tkiva, saj je metabolizem sklopljen s številnimi lastnostmi rakastih celic.

===Ajda Rojc: Metabolizem skeletnih mišic===

Mišice so največji porabnik energije v telesu, saj nam omogočajo vrsto različnih dejavnosti pri katerih se porablja energija. V našem telesu potekata dva različna sistema metabolizma – anaerobni in aerobni. Pri anaerobnem metabolizmu imata pomembno vlogo kreatin fosfat in glikogen. Zaloge ATP je v mišicah zelo malo, zato takoj nastopi cepitev visokoenergetskih vezi v kreatin fosfatu. Po porabi te energije se v glikolizi razgradi glikogen, ki se pri pomanjkanju kisika v mišicah namesto v piruvat, pretvori v laktat in to povzroča bolečine v mišicah. Druga vrsta metabolizma pa deluje kadar je kisika dovolj in to je aerobni metabolizem. Poleg glukoze se pri tej vrsti presnove razgrajujejo tudi maščobne kisline, ki se v β-oksidaciji reducirajo do vodika in acetil-CoA, ta pa vstopi v Krebsov cikel, kjer se proizvede energija ATP. Večja razpoložljivost maščobnih kislin vpliva na nalaganje znotrajmišičnega prostega Pi in AMP med vadbo. Pi in AMP sta odgovorna za regulacijo encima glikogen fosforilaze, ki cepi glikogen. Torej, če se njune koncentracije znižajo pride do manjšega števila cepitev glikogena na glukozo. Pri znatnem povišanju dostopnosti maščobnih kislin je glikogen fosforilaza inhibirana. To je le eden od načinov regulacije substratov v mišičnem metabolizmu. Domnevajo, da je oksidacija maščob regulirana s podobnimi faktorji (npr. adrenalin, Ca2+, ADP, AMP, Pi; AMPK, pH, acetil-CoA) kot razgradnja ogljikovih hidratov, vendar je glede tega, kako te faktorji vplivajo na regulacijo maščobnih kislin in oksidacijo maščob ter kaj je njihova vloga še veliko nejasnosti.

===Janez Meden: NADH-fumarat reduktaza - primerna tarča za zdravljenje s kemoterapijo===

Celično dihanje je sestavljeno iz glikolize, citratnega ciklusa in verige za prenos elektronov. Večina energije nastane, v obliki ATP pri zadnji stopnji celičnega dihanja, torej pri prenosu elektronov skozi komplekse I, II, III, IV in nastanku ATP-ja v kompleksu V – ATP-sintazi. Zadnja stopnja pa je mogoča le v prisotnosti O2.
Pa vendar življenje obstaja tudi v hipoksičnem okolju. Posebna oblika energijskega metabolizma, ki je značilno za nekatere bakterije, notranje zajedavce in školjke ter celo rakave celice je fumaratsko dihanje. Ta način metabolizma omogoča nekoliko boljši izkoristek energije. Pri njem sodelujeta le dva kompleksa I in II. Kompleks II je povezan s citratnim ciklusom – TCA in verigo za prenos elektronov. Prenašalec med kompleksoma je kvinon z nizkim redoks potencialom, kot je npr. rodokvinon pri A. suum, ali pa menakvinon, znan kot vitamin K.
Z razumevanjem mehanizma fumaratskega dihanja bi lahko razvili zdravila, ki bi inhibirala ali celo onemogočila delovanje tega mehanizma. Primerna tarča novih zdravil bi lahko bila Fp podenota kompleksa II ali pa bi zdravilo lahko delovalo tudi kot kompetitivni inhibitor kvinona.

===Ana Kunšek: Večfunkcionalnost akonitaze===

Akonitaza je protein, ki katalizira drugo stopnjo Krebsovega cikla, torej pretvorbo citrata v izocitrat. Vendar je tudi eden izmed "moonlighting" proteinov, torej proteinov, ki imajo poleg glavne tudi druge funkcije. Prav zato, ker ima toliko funkcij je njena vloga v celici še toliko bolj pomembna, nepravilno delovanje pa lahko pripelje tudi do pojava diabetesa in miopatije.

Akonitaza poleg kataliziranja omenjene pretvorbe citrata v izocitrat pomaga tudi pri uravnavanju koncentracije železa v celici, stabilizaciji oz. destabilizaciji mitohondrijske DNA ter pri odgovoru na oksidativni stres. Pri uravnavanju koncentracije železa se veže na mRNA in s tem zaustavi sintezo feritina (proteina, ki veže železo) ter s tem pomaga pri uravnavanju homeostaze. Mitohondrijsko DNA destabilizira, kar ji pomaga za lažje podvojevanje, pri oksidativnem stresu pa je ključni faktor pri uravnavanju pravilnega pH-ja v celici, brez katerega encimi ne morejo pravilni delovati.

Že samo s temi funkcijami smo ugotovili, da je akonitaza zelo pomembna v našem življenju, vendar verjetno še vedno ne poznamo vseh njenih funkcij, saj je odkrivanje "moonlighting" proteinov in njihovih ostalih funkcij zelo težko in zahteva veliko eksperimentalnega dela. Vendar bi lahko z vedenjem vseh funkcij proteinov iznašli tudi takšna zdravila, ki stranskih učinkov ne bi imela, saj bi zablokirala ali pospešila sintezo le tistega proteina, za katerega je to potrebno in ne bi s tem vplivala tudi na ostale funkcije proteina v organizmu.

===Tomaž Rozmarič: Warburg in Crabtree efekt===

Znanstveniki so ugotovili, da rakave celice, kljub prisotnosti kisika, ne izvajajo aerobnih procesov. Namesto tega so se usmerile v glikolizo. Temu se reče Warburg efekt. Kaj so rakave celice s tem pridobile, še ni čisto raziskano. Obstajajo pa hipoteze, da so zaradi tega veliko bolj invazivne, se sposobne deliti pri nizkih koncentracijah kisika in se izogniti apoptozi. Warburgov efekt je reguliran na večih stopnjah metabolne poti, s prekomerno izraženimi in prekomerno aktivnimi encimi, ki vzpodbujajo glikolizo ter inhibicijo proteinov, ki spodbujajo aerobni metabolizem.
Zraven Warburgovega efekta poznamo še Crabtree efekt. Ta mehanizem rakavi celici omogoča preklop na aerobni metabolizem pri pomanjkanju glukoze in obratno pri velikih koncentracijah. Brez poznavanja obeh mehanizmov in prekinitvi obeh hkrati je uspešnost zdravljenja raka zelo majhna.
Znanstveniki so našli vrsto kvasovke, ki ima skoraj identični metabolizem, kot ga ima rakava in je Crabtree pozitivna. Pri nizkih koncentracijah glukoze izvaja anaerobni metabolizem, v prisotnosti visoke koncentracije pa aerobni. Zaradi navedenih lastnosti je idealna za študijo rakavih celic.
Ko bodo znanstveniki natančno proučili Warburg in Crabtree efekt, se bodo lahko razvila tarčna zdravila, katera bi bistveno izboljšala kakovost našega življenja.

===Erik Mršnik: Adrenolevkodistrofija===

X-vezana adrenolevkodistrofija je precej redka bolezen, ki pa ima zelo hude posledice. Te v večini primerov vodijo v zgodnjo smrt. Z razumevanjem biokemijskega in genetskega ozadja te bolezni so v zadnjih letih naredili velik korak naprej v odkrivanju in preprečevanju te bolezni.
V osnovi gre za napako (mutacije so v večini primerov dedne - 90 %) na genu ABCD1, kar se odraža na ALDP (adrenolevkodistrofični protein), ki je peroksisomalni transportni protein. Če ne deluje, je otežena oziroma onemogočena β-oksidacija VLCFAs (dolgih maščobnih kislin), ki se nabirajo v tkivih in povzročajo velike težave v delovanju možganov in živčevja ter nadledvične žleze. Bolezen se odraža v različnih fenotipih, ki prizadenejo predvsem moške (otroke in moške srednjih let), ženske so navadno le prenašalke, lahko pa se tudi pri njih izrazijo blažji simptomi. Če se bolezen odkrije že v zgodnji fazi, je možnost pomoči večja. Predvsem uspešna je presaditev krvotvronih matičnih celic. Velikokrat pregledajo že dojenčke (t.i. newborn screening), za katere vejo (zaradi dednosti), da so podvrženi tej bolezni, kar bistveno pripomore k pravilnemu pristopu pri izbiri terapije.

===Katja Leben: Tia-maščobne kisline===

Tia-maščobne kisline so umetno sintetizirane nasičene maščobne kisline, ki se od ostalih razlikujejo po vsebnosti heterogenega žveplovega atoma. Zaradi posebnega metabolizma – žveplov atom preprečuje za maščobe običajno β-oksidacijo – in zadostnih podobnosti z naravnimi maščobnimi kislinami so nekatere tia-maščobne kisline široko farmakološko uporabne, saj imajo veliko različnih aplikativnih vplivov na bio sisteme.

Katabolizem tia-maščobnih kislin do β-oksidacije poteka običajno, ko pa se žveplov atom približa aktivnemu mestu se proces ustavi. Pri 4-tiamaščobnih kislinah pride do inhibicije drugega encima v obratu β-oksidacije, kar negativno vpliva na metabolizem maščobnih kislin, med tem, ko 3-tia-maščobne kisline sploh ne morejo vstopiti v β-oksidacijo in se razgradijo po ω-oksidativni poti. Vse sode nasičene tia-maščobne kisline se po nekaj obratih β pretvorijo v 4-tia-maščobne kisline, zato tudi reagirajo enako, vse lihe nasičene tia-maščobne kisline pa se z β-oksidacijo lahko pretvorijo v 3-tia-maščobne kisline in nato reagirajo enako.
Zaradi posebnega metabolizma so tia-maščobne kisline uporabili tudi za proučevanje delovanja in regulacijie različnih celičnih procesov povezanih z metabolizmom lipidov. Njihov vpliv je močno odvisen od lege žveplovega atoma v ogljikovem skeletu. Tako 4-tia-maščobne kisline zavirajo oksidacijo maščobnih kislin, 3-tia-maščobne kisline pa jo pospešujejo, kar je zaželjeno pri regulaciji bolezenskih stanj, ko je v celici povečana količina maščobnih kislin.

Biološki odzivi na tia-maščobne kisline obsegajo vpliv na transkripcijski faktor PPARα (peroksisom proliferator aktiviran receptor), mitohondrijsko proliferacijo, antiadipoznost, antioksidativne lastnosti, zmanjšanje proliferacije hitro delečih se celic in celično diferenciacijo. Zadnje raziskave kažejo, da tia-maščobne kisline niso škodljive za naš organizem tudi ob dolgotrajnem uživanju in bi se torej lahko uporabljale kot zdravila.

===Ana Cirnski: Peroksisomalna razgradnja maščobnih kislin===

Maščobne kisline se razgrajujejo do enostavnejših snovi v procesu, imenovanem β-oksidacija. Ta poteka v mitohondriju, pa tudi v peroksisomu. Peroksisomalna in mitohondrijska β-oksidacija se poleg kraja, kjer poteka razgradnja, razlikujeta še v encimih, ki reakcije katalizirajo in v substratih, ki se oksidirajo.

Rastline razgrajujejo tudi take maščobne kisline, ki jih živali in ljudje ne moremo. Za razliko od nas, lahko maščobne kisline popolnoma razgradijo (saj so peroksisomi edino mesto razgradnje), mi pa v peroksisomih razgrajujemo le zelo dolge maščobne kisline do ustreznih intermediatov, ki se dokončno razgradijo v mitohondriju.

Oksidacija nenasičenih maščobnih kislin v višje razvitih rastlinah je pomembna za proizvodnjo mnogih spojin, med njimi so bioaktivne molekule, imenovane oksilipini. Mednje spadajo tudi jasmonska kislina in njeni derivati, ki so pomembne signalne molekule in sodelujejo pri obrambi, komunikaciji, signalizaciji in odgovoru na različne biotske in abiotske stresorje. Povzročajo tudi staranje rastline in odpadanje listov.

Jasmonska kislina se sintetizira v oktadekanojski poti iz α-linolenske kisline (18:3). Pretvorba se začne v kloroplastu, kjer se pretvori v 12-okso-fitodienojsko kislino (OPDA). Ta potuje v peroksisom, kjer nastane oksofitoenojska kislina (OPC:8), ki vstopi v β-oksidacijo in se oksidira v jasmonsko kislino.

Danes se jasmonska kislina in njeni derivati že uporabljajo v aplikativni znanosti.

===Zala Gluhić : Hiperamoniemija===

Hiperamoniemija je povišana koncentracija v krvi raztopljenega amoniaka. Lahko je posledica motene presnove v ciklu sečnine (na primer zaradi nepravilnega delovanja katerega izmed encimov) – ali pa gre za pridobljeno motnjo zaradi jetrnih bolezni (npr. jetrna odpoved).
Amoniak je še posebno škodljiv za možgane. V krvi raztopljen amoniak prestopa možgansko-žilno pregrado in kadar je njegova koncentracija previsoka, lahko pride do nepopravljive škode pri razvoju centralnega živčnega sistema ali do možganskega edema. Ker v možganih ni vseh za cikel sečnine potrebnih encimov, imajo glavo nalogo pri odstranjevanju odvečnega amoniaka astrociti, vrsta nevroglijskih celic. Koncentracije uravnavajo s pomočjo sinteze glutamina. V primeru hiperamoniemije pride v njih do številnih morfoloških sprememb in sprememb v izražanju različnih proteinov (npr. spremembe v aktivnosti prenašalcev EAAT1 in 2, izražanju GFAP proteinov itd.). Prekomerno sintezo glutamina je mogoče uravnavati z MSO (metionin sulfoksimidom).

===Bojana Lazović : Novi farmakološki šaperoni za zdravljenje fenilketonurije===

Fenilketonurija (PKU) je redka avtosomno recesivna genska bolezen do katere pride, če je okvarjen jetrni encim fenilalanin-4-hidroksilaza (PAH), ki je odgovoren za pretvorbo fenilalanina v tirozin. Ker tako ne more prihajati do razgradnje fenilalanina, se le ta akumulira v telesu in spremeni v fenilpiruvat. To ima toksičen učinek na telo, posebej možgane, saj se pri teh bolnikih lahko razvije težka umska zaostalost. Bolniki se lahko temu izognejo tako, da se že od rojstva držijo stroge diete, po kateri se lahko prehranjujejo le z nebeljakovinsko hrano (sadje in zelenjava). Ostale esencialne aminokisline dobijo v obliki praška, ki vsebuje vse AK razen fenilalanina. Toda raziskave kažejo, da taka dieta pogosto vodi v podhranjenost in psihološke težave bolnikov. Pred nekaj leti je na tržišče prišlo zdravilo Kuvan oz. sintetični naravni kofaktor encima PAH, katerega pomanjkanje je lahko razlog bolezni. Njegova draga sinteza in pri določenih genotipih PKU, slaba učinkovitost, pa je znanstvenike spodbudila k iskanju novih sintetičnih kofaktorjev encima PAH, ki hkrati delujejo kot farmakološki šaperoni. V raziskavi, ki jo opisujem so odkrili dva nova farmakološka šaperona primerna za zdravljenje PKU.

===Matic Kovačič : Sirtuin 3 ob dieti spodbuja cikel sečnine in oksidacijo maščobnih kislin ===
Pri dieti ali stradanju pridobimo s hrano veliko manj ali nič energije, zato mora telo dobiti iz svojih zalo, kar naredi z metabolizmom aminokislin in maščobnih kislin. Pri oksidaciji aminokislin dobimo amoniak, ki se mora zaradi svoje toksičnosti v ciklu sečnine pretvoriti v sečnino. V seminarski nalogi bom predstavil vpliv proteina Sirtuin 3 (Sirt3) na povečano delovanje cikla sečnine in metabolizma maščobnih kislin. Sirt3 je encim deacetilaza, ki se nahaja v mitohondriju in s svojim delovanjem vpliva na veliko mitohondrijskih encimov. Mutacije ali odsotnost tega proteina ima za organizem smrtne posledice, zaradi nepravilnega delovanja cikla sečnine in tudi drugih procesov. Povedal bom še nekaj o napaki cikla sečnine, ki jo povzroči pomanjkanje encima ornitin transkarbamoilaze in kakšne posledice ima lahko to na organizem.

===Špela Tomaž: Inhibicija fotosinteze===
Čeprav je svetloba bistvena za reakcije fotosinteze, ima nanje tudi uničujoče učinke. Predvsem sta inhibiciji fotosinteze izpostavljena fotosistema II in I, pri katerih lahko intenzivne osvetlitve povzročijo strukturne in funkcijske okvare. Ena izmed aktualnih hipotez o mehanizmu fotoinhibicije fotosistema II (PSII) predvideva dvostopenjski sistem. V prvem koraku je udeležen kompleks, ki v fotosintezi cepi vodo (OEC) – z absorpcijo svetlobe nizkih valovnih dolžin pride do njegovih poškodb, ki omogočijo drugi korak inhibicije. V tem delu se inhibira reakcijski center fotosistema, na kar vpliva svetloba daljših valovnih dolžin. Posledično se tvorijo škodljive reaktivne kisikove spojine (ROS). Proces svetlobnega delovanja sproži popravljalne mehanizme poškodovanih struktur. Fotoinhibicija PSII je pogosta, saj so fototrofi čez dan razmeroma konstantno osvetljeni. Popravljalni cikel PSII je tako pogosto aktiviran in skrbi za to, da ne pride do ustavitve fotosinteze. ROS zavirajo obnovitev aparatov in so na nek način glavni krivci okvar zaradi fotoinhibicije. Sodelujejo tudi v inhibiciji fotosistema I (PSI), ki pa je dosti redkejša in je pogojena s posebnimi razmerami. Njegova regeneracija ni najbolj učinkovita, zato je njegova okvara toliko bolj usodna. Seveda pa so fototrofi razvili mnoge mehanizme različnih oblik, ki fotosisteme ščitijo. Fotoinhibicija je regulirana tudi z mnogimi zunanjimi in notranjimi vplivi na organizem.

===Monika Biasizzo: Mitohondrijski razklopni proteini===
Oksidativna fosforilacija je sklopljen proces prenosa protonov skozi notranjo mitohondrijsko membrano (ob prenosu elektronov po dihalni verigi) in sintezo ATP. Mitohondrijski razklopni protein pa ta proces razklopijo s prenosom protonov nazaj v mitohondrijski matriks in s tem znižajo protonski gradient. Poznamo več različnih razklopnih proteinov (UCP), ki so si med seboj bolj ali manj podobni. Prvi odkriti je bil UCP1 – termogenin, ki ima pomembno vlogo v termogenezi in s tem pri vzdrževanju stalne telesne temperature pri sesalcih. UCP2 in UCP3 sta 60-70% homologna UCP1, vendar v celici ne opravljata funkcije termogeneze.

Mehanizem prenosa protonov skozi notranjo mitohondrijsko membrano s pomočjo UCP še ni pojasnjen, vendar obstajajo trije predlagani modeli: flip-flop model, model s kofaktorjem in kompetetivni model.

UCP2 ima pomembno vlogo pri zmanjševanju nastanka reaktivnih kisikovih spojin (ROS). Nastanek ROS je eksponentno odvisen od protonskega gradienta. UCP2 z blago razklopitvijo nekoliko zmanjša protonski gradient, tako da sinteza ATP še vedno nemoteno poteka in s tem tudi zmanjša nastanek ROS. UCP3 je pristonem predvsem v skeletnih mišicah, kjer ima prav tako kot UCP2 pomembno vlogo pri zmanjševanju nastanka ROS, še posebej med športno aktivnostjo.

Regulacija UCP poteka na več različnih nivojih. Aktivnost UCP je regulirana z manjšimi molekulami, kot no di- in trinukleotidi (npr. GDP), ki inhibirajo UCP in maščobnimi kislinami, ki UCP aktivirajo. Regulacija pa poteka tudi na nivoju razgradnje, za katero predvidevajo, da poteka s citosolnim proteosomom, vendar mehanizem še ni pojasnjen.

===Nastja Pirman: Mitohondrij, center celične apoptoze===
Mitohondrij je organel vrvohodec, ki izvaja tako življenske kot smrtne funkcije. Njegova najpomembnejša lastnost je membranska prepustnost, ki odloča, ali se bodo procesi pričeli izvajati v korist ali škodo celice. Na mitohondrijevo odločitev vplivajo inter- in intracelularni faktorji in kot njihova podmnožica tudi stresi.
Ko stres preseže mejo, se sproži eden od treh tipov programirane smrti: apoptoza, avtofagija (ki ne vodi nujno do smrti) in nekroza. Osredotočimo se na človeško apoptozo, kjer družina Bcl-2 proteinov z značilnim BH zaporedjem prejema z apoptozo povezane signale. Deli se na antiapoptotske in proapoptoske proteine, ki z medsebojno kombinacijo in z multimerizacijo posredujejo sporočilo mitohondrijskim ionskim kanalom.
Če signal narekuje apoptozo, se bosta z apoptozo povezana kanala MAC in mPTP široko odprla, spustila Cyt c v citosol in depolarizirala membrano. Koncentracija kalcija sodeluje s procesom. V tem kjučnem koraku se porušita membranski potencial in metabolizem.
Kaspaze-9 v kompleksu z Apaf1 in izpuščenim Cyt c (apoptosom) tačas v citosolu začnejo s kaskadno proteolitsko aktivacijo citosolnih proteinov.
Apoptotski mehanizem ni popoln. Napake povzročijo raka ali bolezenska stanja, ki jih ne bomo mogli zavreti z učinkovinami, dokler ne poznamo vseh povezav med deli mehanizma.

===Barbara Dušak: Sinteza bakterijske celične stene ===
Bakterijske celična stena je sestavljene iz peptidoglkianskih verig, ki se med seboj povezujejo s kratkimi peptidi. Peptidoglikan je veriga N-acetilglukozamina in N-acetilmuramične kisline, povezanih z β(1,4)-glikozidno vezjo, N-acetilmuraminska kislina pa ima vezan še peptid.

Sinteza stene je kompleksen proces, ki poteka v treh delih. Najprej se v citosolu sintetizirajo osnovne komponente stene, reakcije katalizirajoi encimi družine Mur. Nato pride do vezave komponent na undekaprenil fosfat in transporta preko membrane, na koncu pa še do sinteze peptidoglikana in vgradnje v že obstoječo celično stene. Verige nastajajo v procesu transglikozilacije, peptidne povezave pa v procesu transpeptidacije. Ta dva procesa katalizirajo encimi družine PBP (penicillin binding proteins), ki se delijo v več razredov glede na katiltično aktivnost in velikost.
Za vgradnjo nove verige v celično steno, se morajo nekatere vezi tudi razcepiti, za kar so potrebne še dodatne hidrolaze, rast celične stene pa poleg vseh teh encimov uravnava tudi citoskelet, ki določa obliko celice. Obstaja tudi več teorij, kako naj bi vgradnja potekala, temlejiijo pa na tem, da se trdnost stene med samim procesom ne sme zmanjšati.

BIO2 Seminar 2012

2012-11-17T16:22:25Z

BarbaraDusak: /* Seznam seminarjev */

== Novice za študente ==
[https://www.google.com/calendar/embed?src=94r835uhlqu6sornlvmnldb5d0%40group.calendar.google.com&ctz=Europe/Belgrade Razpored izpitnih rokov in kolokvijev ter nekaterih kolokvijev iz vaj]

= Biokemijski seminar =
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak petek od 9:00 do 12:00.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Erik Kristian Janežič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0962892412000694 Hippo signalna pot in matične celice ]||Filip Mihalič||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Dejan Marjanovič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0014482707001450 Vpliv in delovanje vimentina v celični signalizaciji in pomen poznavanja teh mehanizmov]||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Griša Prinčič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000411001149 Vpliv T3SS sekretov na odziv gostiteljske celice]||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||Ajda Rojc||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Maja Kostanjevec||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000401018059# Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah]||Sara Lorbek||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Julija Mazej||14||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002072 Metabolizem glukoze v živčnih celicah]||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||Ana Kunšek||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Estera Merljak||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S096800041200059X Vloga PKM2 v rakavih celicah]||Suzana Semič||Monika Biasizzo||Janez Meden||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Jernej Pušnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410001702 Uravnavanje metabolnih poti z acetilacijo proteinov]||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Rok Razpotnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304419X12000534 Metabolizem rakastih celic in njegova regulacija]||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||Erik Mršnik||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Ajda Rojc||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001448271000282X Metabolizem skeletnih mišic]||Ana Grom||Matej Vrhovnik||Katja Leben||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Tomaž Rozmarič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810006869 Crabtree in Warburg efekt: izvor energije rakavih celic]||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||Matic Kovačič||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Kunšek||16||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000406000843 Večfunkcionalnost akonitaze]||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Janez Meden||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304416511003059 NADH-fumarat reduktaza - primerna tarča za zdravljenje s kemoterapijo]||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Cirnski||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0163782701000224 Peroksisomalna razgradnja maščobnih kislin]||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||Nastja Pirman||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Erik Mršnik||17||[http://www.nature.com/nrneurol/journal/v3/n3/full/ncpneuro0421.html Adrenolevkodistrofija]||Julija Mazej||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Katja Leben||17||[http://journals.lww.com/co-lipidology/Abstract/2002/06000/Metabolic_effects_of_thia_fatty_acids.10.aspx Tio maščobne kisline]||Estera Merljak||Suzana Semič||Monika Biasizzo||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Matic Kovačič||18||Moj izbrani naslov||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Zala Gluhić||18||Moj izbrani naslov||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Bojana Lazović||18||Moj izbrani naslov||Ajda Rojc||Ana Grom||Matej Vrhovnik||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Nastja Pirman||19||Moj izbrani naslov||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Špela Tomaž||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001085450700183X Inhibicija fotosinteze]||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Monika Biasizzo||19||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002138 Mitohondrijski razklopni proteini]||Janez Meden||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||20||Moj izbrani naslov||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Barbara Dušak||20||[http://mmbr.asm.org/content/69/4/585.full Sinteza bakterijske celične stene]||Erik Mršnik||Julija Mazej||Ellen Malovrh||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Matej Vrhovnik||20||Moj izbrani naslov||Katja Leben||Estera Merljak||Suzana Semič||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Filip Mihalič||21||Moj izbrani naslov||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Samo Zakotnik||21||Moj izbrani naslov||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Mirjana Malnar||21||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409001418 Adipokini - vpliv na metabolizem lipidov in PPAR]||Bojana Lazović||Ajda Rojc||Ana Grom||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Sara Lorbek||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410000915 Glutaminska odvisnost rakavih celic]||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Ellen Malovrh||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000407002150 Biosinteza hema v plazmodiju]||Špela Tomaž||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Suzana Semič||22||Moj izbrani naslov||Monika Biasizzo||Janez Meden||Griša Prinčič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Katarina Tolar||23||Moj izbrani naslov||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Aleksander Benčič||23||Moj izbrani naslov||Barbara Dušak||Erik Mršnik||Julija Mazej||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Ana Grom||23||Moj izbrani naslov||Matej Vrhovnik||Katja Leben||Estera Merljak||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju (peta izdaja), v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti članek iz revije [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS], če tam ne najdete primerne teme, lahko izberete tudi pregledni članek iz kakšne druge revije, ki ima faktor vpliva nad 5. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2012|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte avtorju in Gunčarju.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dHc2d2pCbDBWNzl5VHZaQUk1SG1HeVE6MA recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDZZOVVFNkwxb0JMeUFaMGltOVQ4aHc6MA mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1 Povzetki seminarjev

2012-03-31T11:58:12Z

BarbaraDusak:

== Gregor Gunčar: Sintetični DNA vezavni proteini ==
Povzetek- 200 besed
ejksfjksadnfjkdsaf adhsk fhdsajklf kjldsah fsadh fhjklsadh jfkhads jklfhads jkfaljkfh jklsdahf jkdsah fljkdsah fjklsadh fjkhdsa jkflhasd ljfhk

== Ana Cirnski: TAL efektorji - proteini, ki urejajo gene ==
TAL (transcription activator – like) efektorji so regulatorni proteini, ki vplivajo na delovanje RNA polimeraze pri prepisovanju DNA. Z vezavnimi domenami se vežejo na specifična zaporedja baz na dvojni vijačnici in tako uravnavajo hitrost sinteze proteinov. Najbolj znani regulatorni proteini so motiv cinkovega prsta, motiv levcinske zadrge in motiv vijačnica – obrat – vijačnica.

TAL efektorje so odkrili v bakteriji vrste Xanthomonas, ki jih je uporabljala za reprogramiranje gostiteljskih celic, tako da so te sintetizirale proteine, ki so ustrezali bakteriji.

Domena TAL efektorja, ki se veže na DNA vsebuje 1-35 TAL ponovitev. Vsaka ponovitev je specifična za en bazni par na DNA in vsebuje 33-35 aminokislin (zadnja je okrnjena na 20 aminokislin), ki so vedno na istem mestu. Izjema sta mesti 12 in 13, znani tudi kot RVD mesti (repeat variable diresidues), ki določata specifičnost med efektorjem in DNA verigo.

TAL efektorji se med seboj ločijo po aminokislinskem zaporedju in številu njihovih ponovitev. Od teh lastnosti je odvisna specifičnost efektorja.
Za prepoznavo specifičnih mest na DNA sta odgovorni RVD mesti, ki določata, kam se bo efektor vezal. Obstaja tudi posebna koda po kateri se en par aminokislin veže na določen nukleotid. TAL ponovitve nimajo medsebojnega vpliva zato jih je lažje sestavljati in tako spremeniti efektor.
Uporabljajo se lahko kot umetni restrikcijski encimi (TALEN) za dvoverižne prekinitve DNA (DSB – [double–strand breaks]), kar povzroči v celici popravljalne mehanizme in vodi do sprememb v genskem zapisu. Lahko pa tudi kot transkripcijski faktor (dTALE) za vklapljanje in izklapljanje genov.

Čeprav je o TAL efektorjih še veliko neznanega, kažejo možnosti za široko uporabo na področju biotehnologije in genetike za izboljševanje lastnosti živil in zdravljenje nekaterih bolezni (HIV).

== Griša Prinčič: DNK nanotehnologija ==
Nanotehnologija je ustvarjanje in inženiring funkcionalnih sistemov na atomskem in molekularnem nivoju. DNK nanotehnologija je veja nanotehnologije, ki izkorišča strukturne in kemijske lastnosti DNK molekule ter iz nje sestavlja strukture, ki ne nosijo informacijskega zapisa in so v velikosti do nekaj 100 nanometrov. Najpomembnejši del pri sintezi DNK makromolekul je optimizirano zaporedje nukleinskih kislin. Sekundarno strukturo lahko tvori več različnih zaporedij baz, vendar bo velika večina teh zaporedij imela tudi negativne medsebojne interakcije, kar bi lahko privedlo do spremembe v obliki sekundarne strukture. DNK molekula ima sposobnost samosestavljanja (self-assembly). Pod določenimi pogoji lahko enotno daljšo verigo DNK pripravimo do zvijanja (folding) oz. tvorbe določene (želene) strukture.

V seminarski nalogi se bom osredotočil predvsem na razvoj tako imenovanih nanorobotov, ki služijo kot specializiran dostavni sistem signalnih molekul do celic v človeškem telesu. Ob aktivaciji receptorja se kapsula odpre in na mesto dostavi signalne ali druge molekule.

Pripravljeni so bili nanoroboti v obliki heksagonalnega »soda«, ki so sposobni prepoznati okvarjene ali rakaste celice s pomočjo aptamernega receptorja, ki služi tudi kot »ključavnični mehanizem«. Učinkovitost prepoznavanja celic in »ključavničnega mehanizma« je bila preizkušena na šestih vrstah rakastih celic. Celic Burkitt-ovega limfoma nanoroboti niso prepoznali (se niso aktivirali), pri ostalih petih vzorcih je bila aktivacija potrjena.

== Bojana Lazović: Vloga prionov pri preživetju divjih kvasovk ==
Kvasovke imajo pomembno vlogo pri odkrivanju in spoznavanju lastnosti prionov. Raziskave na njih lahko močno pomagajo tudi pri razumevanju prionskih bolezni, ki se pojavljajo pri ljudeh.
Znano je, da je velika posebnost prionov ta, da se lahko razmnožujejo brez DNK zapisa. Znanstveniki so pri raziskavah na laboratorijskih kulturah kvasovk prišli do pomembnih ugotovitev, glede vloge prionov pri dedovanju v kvasovkah. Razne konformacije proteinov v teh celicah imajo pomembno vlogo pri epigenetskem dedovanju, to je dedovanju, ki ni odvisno od zapisa na DNK verigi. S svojim delovanjem ustvarjajo dedne fenotipske lastnosti, njihova raznolikost pa spodbuja preživetje v spreminjajočih se okoljih in vpliva na razvoj novih lastnosti. Toda te lastnosti so potrdili le v laboratorijskih kulturah. Zato se je porajalo vprašanje, če enako velja tudi v naravi oz. za »divje« vrste kvasovk ali so ugotovljene značilnosti le umetno vzpodbujene v laboratoriju. Iz tega razloga so biokemično testirali okoli 700 različnih sevov vrste kvasovk Saccharomyce, da bi ugotovili če imajo prisotne prione. Rezultati so potrdili prejšnje raziskave. Tako so potrdili tezo, da prioni v splošnem urejajo nekatere dedne lastnosti v naravi, na način ki korenito poveča sposobnost prilagajanja.

== Vesna Radić: Odziv imunskega sistema z IFN-λ ==
Imunost je sposobnost obrambe telesa pred tujimi oz. škodljivimi snovmi, ki jih imenujemo tudi antigeni. Ko se ti pojavijo v telesu, jih imunski sistem prepozna in se odzove tako, da jih skuša uničiti na različne načine.
IFN lambda že dolgo veljajo kot pomembno orožje v imunskem sistemu v obrambi proti virusom, bakterija, parazitom in tudi tumorom. So namreč interferoni, saj so zmožni posegati v razmnoževanje in delovanje patogenov. Interferoni so celične beljakovine sposobne komuniciranja med celicami in tako na razne načine sprožitve delovanja imunskega sistema. IFN-λ so del razreda II citokinov. Lambda je podoben α, saj oba delujeta proti virusom. Razlika med njima je ta, da IFN-α lahko proizvedejo vse celice, ki imajo jedro, IFN-λ pa le nekaj določenih celic. Makrofagi proizvajajo IFN-λ za odziv na virusne in/ali bakterijske okužbe. Citokin IFN lambda se ustvari predvsem iz limfocita CD8+ T – spominske celice. T celice se aktivirajo ob prisotnosti že znanega antigena če ne pa živijo v neaktivnem stanju, ko se pa znova srečajo z že znanim antigenom, sprostijo IFN-λ.
Regulacija sproščanja IFN-λ še ni povsem znana; na podlagi novih študij izvemo, da se lahko sprostijo tudi brez aktivacije pri kontaktu z antigeni. Prav tako so odkrili tudi, da imajo ti interferoni pomembno vlogo pri zdravljenju hepatitisa B in C, astme in raka.
== Julija Mazej: Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule ==
Lipoproteini so raznovrstni delci, sestavljeni iz proteinskega in holesterolnega dela. Na podlagi deleža proteinov in holesterola v posameznem delcu ločimo 5 vrst lipoproteinov: hilomikrone, LDL,HDL,VLDL in IDS. V seminarju se bom omejila na dva, ki imata še posebej veliko vlogo pri transportu holesterola po krvni plazmi. HDL je lipoprotein visoke gostote in ima prevladujoč proteinski del. Znan je tudi kot dober holesterol, saj prenaša presežni holesterol iz celic do jeter, kjer poteče razgradnja. LDL pa je lipoprotein, ki prenaša holesterol v obratni smeri. V kolikor ima celica dovolj holesterola, se prične ta kopičiti na stenah žil, kar vodi do kardiovaskularnih bolezni. Pred kratkim so znanstveniki odkrili mehanizem pretvorbe dobrega holesterola v slab holesterol, preko majhne molekule CETP. Molekula deluje kot most med obema lipoproteinoma in prečrpa holesterol iz HDL v LDL. To odkritje daje nove perspektive na področju zdravljenja kardiovaskularnih bolezni, ki so glavni vzrok bolezni in prezgodnje smrti v Evropski Uniji in razvitem svetu. Učinkovito zdravilo, bi torej moralo inhibirati delovanje CETP molekule. Po rezultatih raziskave medicinske univerze na Dunaju, pa takšno zdravilo nebi pomagalo pacientom z ledvično odpovedjo. Pri nekaterih pacientih na dializi so namreč izsledili nefunkcionalen HDL. Spregovorila bom tudi o nastanku "ultra slabega" LDL, pri starejših in obolelih za diabetesom tipa 2.

== Ana Grom: Visokotehnološko odkrivanje rakavih celic dojk ==
Rak na dojkah je v današnjem svetu kar velik problem pri ženskah. Metode, ki se uporabljajo za zaznavo le tega, pa niso dovršene. Vsaka od njih (mamografija, ultrazvok, magnetna resonanca in druge) ima kakšno slabo lastnost. Metode, ki bi bila zdravju popolnoma neškodljiva, nezmotljiva, kratkotrajna in cenovno lahko dostopna še ni odkrita. Zato so znanstveniki prišli na idejo, da bi poizkusili z nanodelci detektirati rakave celice. Najprej so si izbrali Her2 protein (Human epidermal growth factor receptor 2), ki bo tarča teh nanodelcev. Za protein so predhodno vedeli, da se v 30% rakavih celic dojk čezmerno izraža. Da bi se magnetni nanodelci usmerili proti rakavim celicam in nanje tudi vezali, so ustvarili nanodelce povezane s protitelesi za Her2 protein. Nato, ko bi se nanodelci vezali na celice, pa bi s posebnimi občutljivimi napravami zaznavali te nanodelce in s tem tudi rakave celice v telesu. Poskusi, ki so jih izvedli, da bi potrdili svoja predvidevanja so bili zelo spodbudni. Uspelo jim je dokazati, da se nanodelci resnično v večji meri vežejo na celice, ki imajo več Her2 receptorjev (rakave celice). Nekaj izmed metod, s katerimi so prišli do teh rezultatov, bom tudi sama predstavila.

== Robert Berger: Svetlobno stikalo za bolečino ==
S podaljševanjem življenjske dobe in vse bolj tveganimi življenjskimi slogi v današnjem času ne moremo mimo bolečin, pa naj bodo akutne ali kronične, zato si medicina prizadeva, da bi jih, če jih že ne more odpraviti, vsaj lajšala. Vendar pri analgetikih in anastetikih pogosto naletimo na sistemske stranske učinke in odvisnosti, zato je odkrivanje novih vrst anastetikov in analgetikov eden pomembnejših ciljev farmacevtske industrije. Quaternary ammonium – azobenzene – quaternary ammonium oziroma QAQ je ena izmed možnih rešitev pri nadzoru bolečine. Sicer obstajajo optogenetske metode za uravnavanje aktivnosti nociceptorjev (bolečinskih receptorjev), vendar so pogosto preveč invazivne, saj zahtevajo spremembo DNK in lahko vodijo v trajne genetske spremembe, kar pa ni vedno zaželeno. QAQ s svojo strukturo omogoča blokado ionskih kanalov v nociceptorjih in tako prepreči bolečinski signal. Njegova posebnost pa je v njegovi strukturi, saj ga lahko z določenimi valovnimi dolžinami svetlobe (380 in 500 nm) spreminjamo med cis in trans izomerom, pri čemer cis izomer dovoljuje nemoten pretok Na+ in Ca2+ ionov, trans izomer pa zapre ionski kanal. Tako lahko prostorsko in tudi časovno nadzorujemo njegovo aktivnost. Pri podobnih anastetikih, kot so npr lidokain, ki deluje na podoben način kot QAQ izomerizacija in s tem tudi časovni nadzor nista možna.

== Erik Janežič:Raziskave golih krtovskih podgan (GKP) ==
Tekom zgodovine je velika večina tehnoloških iznajdb našla navdih v živalskem svetu. Danes pa morda prav živali kot so gole krtovske podgane, skrivajo odgovera na nekatera največja vprašanja človeštva kot sta zdravljenje raka in staranje. Gole krtovske podgane niso pritegnile posebne pozornosti med zannstveniki, dokler ni bil v 2. trtjini 20. stoletja pri njih odkrit eusocialen način življenja. Do danes so bile odkrite izjemna lasttnosti golih krtovskih podgan kot naprimer; odpornost na raka, na hipooksično okolje, neobčutljivost na iritacijo s kislinami ter izredno dolga življenska doba v primerjavi z drugimi glodalci. V seminarski nalogi vam bom predstavil nekaj splošnih značilnosti golih krtovskih podgan in njihove odpornosti na rakava obolenja, podrobneje pa bom predstavil raziskavo, ki se je ukvarjala z opazovanjem intracelularnega kalcija pri izpostavitvi možganskih celic GKP hipooksičnem okolju. Povečane koncentracije intracelularnega kalcija v možganskih celicah je namreč glavni razlog, da celice odmrejo oziroma imajo trajne poškodbe strukture in funkcije.

== Špela Tomaž: Specifično gibanje motornega proteina dineina ==
Za normalno delovanje celic in potek celičnih procesov, so med drugim izredno pomembne funkcije transporta, organizacije ter gibanja celičnih delov in organelov. Nalogo opravljajo tako imenovani motorni proteini, ki aktivno prenašajo tovor z enega dela celice na drugega, s svojim gibanjem omogočijo delovanje bičkov ter migetalk in so odgovorni tudi za gibanje mišic. Posebej zanimiva je mehanika njihovega premikanja, saj zaradi sprememb v konformaciji njihovih sestavnih proteinov dobesedno korakajo po svoji bazi (mikrotubuli ali aktinski filamenti). Medtem ko je kinetika gibalnih proteinov miozinov in kinezinov že raziskana, pa je premikanje tretje vrste, dineinov, še vedno slabo poznano. Dineini se v mnogih strukturnih lastnostih od ostalih vrst razlikujejo, kar posledično vpliva tudi na njihovo korakanje, ki ni urejeno in periodično, tako kot pri miozinih in kinezinih. Sposobni so različno dolgih korakov, ne le naprej in nazaj, temveč tudi vstran pod različnimi koti. Izmenično preklapljajo med koordiniranim in nekoordiniranim gibanjem in so nepredvidljivi ter dinamični, kar bi jim predvidoma lahko prinašalo mnoge ugodnosti in boljše sposobnosti prilagoditve. V seminarski nalogi bom opisala nekatere ugotovitve nedavnih raziskav ter predstavila nekatere odkrite značilnosti gibanja dineina.

== Samo Zakotnik: Telomeri in nesmrtnost celic ==

Človeštvo že odkar obstaja sanja o nesmrtnosti, o večnem življenju. Medicina je skozi človeško zgodovino uspešno podaljševala življenja z odkrivanjem vedno novih zdravil in zdi se, da je v prihodnosti možno doseči nesmrtnost, toda le, če bomo premagali staranje. Starost samih celic pa je močno povezana z dolžino telomerov. Telomer je ponavljajoče se zaporedje nukleotidov, ki ščitijo kromosome pred poškodbami. Premajhna dolžina telomerov naj bi vodila v razvoj škodljivih mutacij in razvoju onkogenov, ki vodijo v nastanek raka. Da bi lahko preprečili škodljivo krajšanje telomerov moramo podrobno preučiti mehanizme, ki zagotavljajo ohranjanje dolžin telomerov v okvirjih, ki niso potencialno škodljivi, ali celo omogočajo obnavljanje telomerov in njihovo podaljševanje, kar bi vodilo do celične nesmrtnosti. Vse to je povezano s samo zgradbo telomerov in delovanjem telomeraze, encima, ki skrbi za podaljševanje telomerov.
V drugem delu seminarja pa bom predstavil mehanizme somatskega obnavljanja telomerov in posledice inhibicije telomeraze na primeru ploskih črvov vrste Schmidtea mediterranea. Vrsta je predmet preučevanja že več kot 200 let zaradi izjemnih sposobnosti regeneracije, v sedanjem času pa postaja vse pomembnejši modelni organizem za preučevanje telomer in delovanja telomeraz. Leta 2010 so podelili Nobelovo nagrado za medicino in fizlologijo prav za odkritje, kako so konci kromosomov zaščiteni s telomeri in za odkritje encima telomeraze.

== Zala Gluhić: Rubisco aktivaza ==

Rubisco je encim, ki v temotnih reakcijah fotosinteze katalizira pretvorbo sladkorja ribuloza-1,5-bifosfat v molekuli 3-fosfoglicerata, iz katerih se nato lahko tvori glukoza. Vezava ribuloze-1,5-bifosfata na nekarboksiliran encim Rubisco inhibira. Za nemoten potek fotosinteze je potrebno sladkor odstraniti, kar v rastlinah poteka s pomočjo ATP odvisnega procesa z encimom Rubisco aktivaza. Rubisco aktivaze delimo na zeleni in rdeči tip. Struktura pri zelenem tipu je bila pojasnjena s pomočjo Rubisco aktivaze, poimenovane Rca, pri vrsti tobakovca N. tabacum. Pri rdečem tipu so bili izolirani kristali kompleksa iz rdeče alge R. sphaeroides (Rubisco aktivazo so poimenovali Cbbx). Pri obeh proteinih so odkrili podobno zgradbo. Sestavljena sta iz dveh domen - α/β poddomene ter α-vijačnica poddomene. Za svoje delovanje potrebujeta ATP, tvorita heksamerne obročaste strukture, na sredini katerih se nahaja pora. Zaenkrat mehanizem njunega delovanja še ni pojasnjen. Sklepajo, da gre pri Rca za premestitev Rubisca do centralne pore, kjer zanke destabilizirajo Rubiscovo aktivno mesto. Pri Cbbx pa verjetno sodeluje podaljšan C-konec Rubisca, ki ga aktivaza potegne v poro in s tem sprosti zanko, ki na Rubiscu veže sladkor, zato se sladkor lahko odcepi in Rubisco spet normalno deluje naprej.

== Katarina Tolar: Razvoj plastidov (kloroplastov) in Paulinella ==

Endosimbioza in posledično razvoj organelov je še vedno dokaj nepojasnjena. Čeprav je čedalje več rezultatov raziskav, ki endosimbiotsko teorijo potrjujejo in razlagajo. Najprimernejši in najuporabnejši organizem za raziskovanje in preučevanje tega dela evolucije je organizem Paulinella chromatophora. Ta organizem je najprimernejši, ker znanstveniki verjamejo, da je to najbolj izvoren še živeč fotosintetski protist. P. chromatophora naj bi bil en prvih organizmov, ki je vključil cianobakterije. Plastidi, ki so vključeni v različnih vrstah protistov se med seboj razlikujejo. Ugotovili so, da je genom plastida močno reduciran, v nekaterih vrstah plastidov bolj, v drugih manj. Vendar so med njimi velike podobnosti. Prav tako so dokazali, da so se plastidi res razvili iz cianobakterij, saj obstaja ogromna podobnost med genomi cianobakterij in genomi plastidov. Ker je genom plastidov močno zreduciran, so posledično plastidi močno odvisni od jedra. Zato so plastidi in gostiteljska celica razvili Tic in Toc premestitven sistem, ki omogoča prenos proteinov, ki so pomembni za gradnjo in razvoj plastidov iz citoplazme v sam plastid. Ta premestitveni sistem se je razvijal skupaj z rastlinami. Vendar je ohranjal tudi cianobakterijske lastnosti. To je še en dokaz, ki potrjuje endosimbiotsko teorijo.

== Barbara Dušak: Funkcionalne posledice spremenjenih podenot v RNA polimerazah ==

RNA polimeraze so encimi, ki usmerjajo transkripcijo DNA in sodelujejo pri genski regulaciji. V vseh evkariontskih organizmih so prisotne tri različne RNA polimeraze (I, II, III), rastline pa imajo še dve dodatni polimerazi RNA (IV in V). Polimeraze RNA II, IV in V so sestavljene iz 12 različnih podenot, ki imajo različne vloge. Izbrana raziskava se je osredotočila na delovanje devete podenote, ki ima dve različici, 9a in 9b, v Pol II, IV in V pri rastlini Arabidopsis thaliana. Izkazalo se je, da imata nefunkcionalni podenoti različne posledice na delovanje polimeraz. Raziskave so izvajali s križanjem rastlin divjega tipa z mutantkami 9a-1 in 9b-1, nato pa opazovali spremembe v organizmu. Heterozigoti 9a-1 niso kazali nobenih sprememb, 9b-1 pa so se fenotipsko razlikovali od divjega tipa. Homozigoti za mutirani različici obeh genov se sploh niso razvili.
Predstavila bom spremembe, ki so se pojavile na molekularnem nivoju, v povezavi s tem, kar je že znano o delovanju polimeraz RNA.

BIO1-seminar-2012

2012-03-22T17:55:00Z

BarbaraDusak: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||TAL efektorji - proteini za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matic Urlep
|-
| Ana Grom||Visokotehnološko zaznavanje rakavih celic dojk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/10/111028082715.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Svetlobno stikalo za bolečino|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120222093506.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Kako lizocimi v solzah uničijo nevarne bakterije||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120119143332.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Telomeri in nesmrtnost celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152612.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Specifično gibanje motornega proteina Dineina||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120113210652.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Razvoj plastidov in Paulinella||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152819.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Rubisco aktivaza|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111108104620.htm povezava] ||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Aktinidni kelatorji||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120306181212.htm povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Funkcionalne posledice spremenjenih podenot v RNA polimerazah|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120301143743.htm povezava] ||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Botulinum toksin v kompleksu z NTNHA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223142628.htm]||23.03.||28.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Sintetični protein Oct4 amplificira gene matičnih celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216133922.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Možganski parazit Toxoplasma gondii in njegov vpliv na "možgansko kemijo"||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111104102125.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Matic Urlep||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Pridobivanje elektrike s stratosferskimi bakterijami||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221212614.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Ajda Rojc||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Staranje celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120123101831.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matej Vrhovnik
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Proteini za zaznavanje bolečine||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120219143049.htm povezava]||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Odpiranje ionskih kanalčkov s pomočjo svetlobe||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120228101710.htm povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Poprava DNA pri oskidativni škodi||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/12/111227153752.htm]||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar-2012

2012-03-07T18:24:49Z

BarbaraDusak: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||TAL efektorji - proteini za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matic Urlep
|-
| Ana Grom||Merjenje koncentracije sladkorja preko solz||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111109111532.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Moj naslov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152819.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Kako encimi RNA polimeraze regulirajo ekspresijo genov|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120301143743.htm povezava] ||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Mikrobna produkcija biogoriv||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/09/110927134254.htm povezava]||21.03.||26.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Možganski parazit Toxoplasma gondii in njegov vpliv na "možgansko kemijo"||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111104102125.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Matic Urlep||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Pridobivanje elektrike s stratosferskimi bakterijami||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221212614.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Ajda Rojc||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Zdravljenje raka s siRNA in njena dostava do celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matej Vrhovnik
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Odpiranje ionskih kanalčkov s pomočjo svetlobe||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120228101710.htm povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.