https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Ekozole 2026-04-15T17:40:30Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularni_biosenzor_za_zaznavanje_kaspaze-3_in_detekcijo_apoptoze&diff=21607 2023-02-21T12:49:59Z

<p>Ekozole: /* Karakerizacija biosenzorja za kaspazo-3 */</p> <hr /> <div>Izhodiščni članek: [https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-021-1986-7 A switch-on molecular biosensor for detection of caspase-3 and imaging of apoptosis of cells]<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Eden pomembnejših fizioloških procesov za živalske celice je zagotovo kontrolirana celična smrt ali apoptoza, ki sodeluje pri rasti, delitvi in diferenciaciji celic ter povzroča številne spremembe v morfologiji in presnovi. V nasprotju z nekrozo, tj. patološka celična smrt, je apoptoza kontrolirana in ne privede do vnetnega odziva. Gre torej za uravnan proces, ki je potreben, saj se s tem odstranjujejo celice iz organizma, ki so potencialno okužene, imajo poškodovano DNA, so rakasto spremenjene ali pa so organizmu odvečne. Disregulacija apoptoze lahko povzroči številne bolezni, kot so Alzheimerjeva bolezen, Huntingtonova bolezen in še vrsto drugih avtoimunih bolezni. Pomembno je torej razumeti sam fiziološki mehanizem apoptoze z namenom, da bi v nadaljevanju pravočasno odkrili in zdravili določene bolezni. <br /> <br /> Kot nam je že vsem znano lahko apoptoza poteka na dva različna načina. Poznamo intrinzično in ekstrinzično pot. Kaspaza-3 ima zelo pomembno vlogo pri apoptozi, saj gre za efektorsko kaspazo, ki razgrajuje in vrši proces apoptoze. Signalizacija obeh poti poteka preko kaspaze-3, zato predstavlja dobro tarčo za raziskovalne namene [1].<br /> <br /> ==Koncept zasnove biosenzorja==<br /> Običajno se za odkrivanje apoptoze uporabljajo morfološke in biokemične metode, ki pa niso zadostne in dovolj natančne, da bi odražale realno stanje kakšni so apoptotski mehanizmi. S pomočjo danes dobro razvite proteomike bi lahko identificirali kaspazne substrate, vednar gre za precej zamuden in kompleksen proces. Tekom raziskovanja so raziskovalci ugotovili, da so kaspaze zelo močno povezane s celično apoptozo. Med njimi je kaspaza-3 najpogostejša, lahko bi rekli tudi glavna spodnja efektorska molekula, ki lahko prenaša in ojača apoptotične signale in se zato uporablja kot tarča z namenom analitičnega prepoznavanja apoptoze. Da bi torej lahko v celicah zaznali koncentracijo efektorske kaspaze-3, so oblikovali biosenzor s hidrolitično aktivnostjo kratkega peptida DEVD, ki ga je le-ta sposobna prepoznati.<br /> <br /> Da bi bolje razumeli koncept zasnove biosenzorja se moramo seznati še z enim posebnim fizikalnim pojavom imenovanim Försterjev prenos resonančne energije (angl. Förster resonance energy transfer, FRET). Gre za pojav, pri katerem pride do energijskega prenosa med dvema svetlobno občutljivima molekulama, na primer kromoforjema. Sam proces prenosa energije poteka tako, da kromofor, ki je donor, v vzbujenem stanju prenese svojo energijo na drugi kromofor, v tem primeru je to akceptor, preko dipol-dipol interakcije [2]. Ideja je torej zasnovana na dveh kromoforjih (cyan-modro flurescirajoči protein (CFP) in rumeni flurescirajoči protein (YFP)), ki sta medseboj kovalentno povezana z linkerjem DEVD. V primeru, da je linker intakten, lahko eksitacija CFP vzbudi YFP pri valovni dolžini 525 nm. Če pa linker cepi kaspaza-3, se FRET izgubi in dobili bomo samo emisijo CFP pri 475 nm. V članku je bilo opisanih še nekaj drugih primerov proteinskih kompleksov, pri katerih se potem spremenijo same osnovne funkcijske lastnosti zaradi cepitve kaspapaze-3.<br /> <br /> Drugi primeri proteinskih kompleksov: <br /> <br /> - CA-GFP, ki je v osnovnem stanju neaktiven, ko pride do cepitve peptida DEVD, se povrne prvotna fluorescenca,<br /> <br /> - Ciklizirana luciferaza z vključkom DnaE inteina in zaporednja DEVD na različnih koncih -&gt; cepitev kaspaze-3 je povrnila encimsko aktivnost.<br /> <br /> Razviti so bili tudi drugi fluorescenčni senzorji, ki temeljijo na prostorski translokaciji ali pa na samosestavljanju. Vse izmed omenjenih metod so bile uporabljene za preučevanje apoptoze, vendar pa ob tem kažejo nekatere pomankljivosti, ki otežujejo razumevanje samega biološkega procesa. Pri testu z luciferazo je za ustvarjanje katalitične fluorescence potreben eksogen dodatek encima, kar je za sistem neugodno. Ne glede na to, da dobimo na koncu precej visok signal ob dodatku encima, lahko to predstavlja potencialno tveganje za natanek motenj fiziološkega stanja. Na drugi strani pa imamo endogene genetsko kodirane fluorescenčne proteinske biosenzorje, ki nimajo omenjenih težav, nastopajo pa druge omejitve, kot na primer nizka občutljivost in zapozneli čas odziva, kar je posledica daljšega zorenja fluorescence [1][3].<br /> <br /> ==mNeoGreen2==<br /> Ker je apoptoza skrajno pomemben proces, preko katerega lahko dobimo informacije o posameznih patoloških stanjih, so se odločili, da bodo do sedaj pridobljeno znanje združili in ustvarili nov biološki multikompeks mNeoGreen2. Gre za senzorični element, ki je občutljiv na cepitev s kaspazo-3 in katerega fluorescenca je 1,5-3 krat večja od GFP ali YFP. Primarno je protein fuziran s cepitvenim mestom za kaspazo (DEVD) in cikliziran preko regije Npu DnaE iz organizma Nostoc punctifrome z namenom, da se prepreči fluorescenca. Če je prisotna kaspaza-3, bo ta cepila mesto DEVD in omogočila linearizacijo proteina. Protein se bo potem konformacijsko spremenil tako, da se tvori osnovna struktura beta sodčka, s čimer se potem povrne aktivnost fluorescence. Za zmanjšanje fluorescence ozadja, je zaporedju dodana še PEST sekvenca, ki služi kot proteolitični signal [1].<br /> <br /> ==Optimiziranje biosenzorja==<br /> Tako kot pri vsakem procesu, so tudi tukaj želeli celoten sistem optimizirati do točke, kjer jim je to biosenzor omogočal. Do sedaj so že ugotovili, da je ciklični fluorescenčni protein mNeoGreen2 izgubil svojo aktivnost na račun popačenja strukture. Ena od stvari, ki jih je tudi zanimala je to, ali lahko s spreminjanjem dolžine razcepljenega proteina vplivamo na fluorescenco biosenzorja. V ta namen so potem na novo ustvarili N- in C-terminalne konstrukte in jih razcepili pri ostankih T144/ Y145, D158/K159 in N173/G174 z dodanimi fragmenti DnaE. <br /> <br /> Transfekcijo so izvedli v celicah HEK293T, ki so jih najprej gojili 18 ur, potem pa so jih stimulirali s staurosporinom (STS; reagent, ki inducira apoptozo). Slike celic so pridobili in analizirali z uporabo inststrumenta Cytation-3 vsake 2 uri. Ugotovili so, da so bili najbolj zadovoljivi rezultati pri konstruktu D158/K159, saj je ta potreboval najkrajši čas, da so lahko zaznali fluorescenco.<br /> V nadaljevanju so naredili še nekaj poskusov, kjer so ugotavljali, ali se bo morda funkcija biosenzorja spremenila tudi ob skrajšanju N- oziroma C-konca zaporedja. Ugotovili so, da skrajšanje na C-koncu zaporedja ne vpliva signifikantno na aktivnost biosenzorja, medtem ko skrajšanje na N-koncu zaporedja precej vpliva na intenziteto in čas zorenja fluorescence. Ugotovljeno je bilo, da je vzorec D2 najprimernejši, ker je imel najkrajši odzivni čas in prisotne je bilo zelo malo fluorescence ozadja [1].<br /> <br /> ==Karakterizacija biosenzorja za kaspazo-3==<br /> Tako kot pri vseh eksperimentih in poskusih, ki jih delamo, so tudi tukaj raziskovalci naredili za primerjavo negativno kontrolo, ki so jo poimenovali CK biosezor. Ta se od glavnega biosenzorja za zaznavanje kaspaze-3 razlikuje v tem, da ima drugačno cepitveno mesto, GSGC, katerega kaspaza-3 ne more cepiti. Ponovno so transfekcijo izvedli v celicah HEK293T, katere so potem stimulirali z dodatkom STS ali Z-VAD-fmk, ki je inhibitor kaspaze-3 ali pa z obema reagentoma. Ugotovljeno je bilo, da celice fluorescirajo tudi brez dodatka STS, kar je pričakovano, saj je apoptoza spontan in normalen proces. Dodatek STS povzroči močno fluorescenco, če dodamo Z-VAD-fmk pa popolnoma inhibiramo apoptozo. Zamenjava zaporednja iz DEVD v GSGC, ki predstavlja cepitveno mesto za kaspazo-3, ne daje fluorescence, zato lahko sklepamo, da kaspaza-3 ni delovala. Eksperimentalni podatki so pokazali tudi, da se fluorescenca pojavi že po 20 minutah, ko se pričnejo začetni procesi apoptoze. To dejstvo torej dokazuje, da lahko s pomočjo tega biosenzorja merimo apoptozo še preden so inducira nastanek apoptotskih telesc [1].<br /> <br /> ==Razširjena uporaba biosenzorja==<br /> Ker so študijo želeli razširiti še na realne vzorce, so biosenzor mNeoGreen2 uporabili za namen indikacije tumorskih celic po stimulaciji z TNF-α, po zdravljenju s kemoterapevtiki in za namen presejalnih testov v primeru virusa Zika. Najprej so biosenzor skušali stabilno izraziti v celicah HeLa in MCF-7 , kjer so želeli preveriti ali se aktivnost biosenzorja povrne ob dodatku TNF-α. Celicam so dodali tudi določeno koncentracijo cikloheksimida. Rezultati so pokazali, da so celice, ki niso bile stimuirane z TNF-α, imele zanemarljivo fluorescenco v primerjavi s tistimi, katerim je bil dodan TNF-α, kar je bilo za pričakovati. Uspeli so dokazati tudi, da lahko opazujejo apoptozo v celicah MCF-7, ki nimajo prisotne kaspaze-3, imajo pa prisotno kaspazo-7, ki spada v družino podobnim kaspazam-3. <br /> <br /> Povezavo med apoptozo in kemoterapevtiki so testirali s tremi protitumorskimi zdravili: 5-fluorouracil (5-FU), ki vpliva na sintezo nukleinskih kislin, docetaksel, ki moti sintezo proteinov in doksorubicin, ki inhibira sintezo RNA in DNA. Preučevali so torej potencial treh zdravil kako vpliva na induciranje apoptoze. Pri 5-FU so ugotovili, da inducira apoptozo pri HeLa celicah, na MCF-7 celice pa nima nobenega vpliva. Podoben trend učinka so zaznali pri doksorubicinu, večji vpliv je imel na celice HeLa. Precej zanimivo pa je bilo dejstvo, da je docetaksel imel obraten učinek na vrsto celic, večji učinek je bil na celice MCF-7. Iz ugotovitev in eksperimentov lahko sklepamo, da je apoptoza celic HeLa in MCF-7 precej odvisna od tipa celic in same koncentracije zdravila. <br /> <br /> Tudi pri virusu Zika so prišli do končnega sklepa, kjer so ugotovili, da lahko virus inducira apoptozo HeLa celic, hkrati pa pri tem biosenzor zagotavlja zelo dober način zaznave fiziološkega procesa na katerem bodo lahko bazirale sodobne tehnike fluorescenčnega aktivnega sortiranja celic (FACS) [1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> [1] R. Gong, D. Wang, G. Abbas, S. Li, Q. Liu, M. Cui, X. E. Zhang: A Switch-on Molecular Biosensor for Detection of Caspase-3 and Imaging of Apoptosis of Cells. Sci. China Life Sci. 2022, 65, 540–549.<br /> <br /> [2] Förster resonance energy transfer - Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Förster_resonance_energy_transfer (accessed May 23, 2022).<br /> <br /> [3] S. J. Martin: Caspases: Executioners of Apoptosis. Pathobiol. Hum. Dis. A Dyn. Encycl. Dis. Mech. 2014, 16, 145–152.</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularni_biosenzor_za_zaznavanje_kaspaze-3_in_detekcijo_apoptoze&diff=20965 2022-06-10T08:07:15Z

<p>Ekozole: </p> <hr /> <div>Izhodiščni članek: [https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-021-1986-7 A switch-on molecular biosensor for detection of caspase-3 and imaging of apoptosis of cells]<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Eden pomembnejših fizioloških procesov za živalske celice je zagotovo kontrolirana celična smrt ali apoptoza, ki sodeluje pri rasti, delitvi in diferenciaciji celic ter povzroča številne spremembe v morfologiji in presnovi. V nasprotju z nekrozo, tj. patološka celična smrt, je apoptoza kontrolirana in ne privede do vnetnega odziva. Gre torej za uravnan proces, ki je potreben, saj se s tem odstranjujejo celice iz organizma, ki so potencialno okužene, imajo poškodovano DNA, so rakasto spremenjene ali pa so organizmu odvečne. Disregulacija apoptoze lahko povzroči številne bolezni, kot so Alzheimerjeva bolezen, Huntingtonova bolezen in še vrsto drugih avtoimunih bolezni. Pomembno je torej razumeti sam fiziološki mehanizem apoptoze z namenom, da bi v nadaljevanju pravočasno odkrili in zdravili določene bolezni. <br /> <br /> Kot nam je že vsem znano lahko apoptoza poteka na dva različna načina. Poznamo intrinzično in ekstrinzično pot. Kaspaza-3 ima zelo pomembno vlogo pri apoptozi, saj gre za efektorsko kaspazo, ki razgrajuje in vrši proces apoptoze. Signalizacija obeh poti poteka preko kaspaze-3, zato predstavlja dobro tarčo za raziskovalne namene [1].<br /> <br /> ==Koncept zasnove biosenzorja==<br /> Običajno se za odkrivanje apoptoze uporabljajo morfološke in biokemične metode, ki pa niso zadostne in dovolj natančne, da bi odražale realno stanje kakšni so apoptotski mehanizmi. S pomočjo danes dobro razvite proteomike bi lahko identificirali kaspazne substrate, vednar gre za precej zamuden in kompleksen proces. Tekom raziskovanja so raziskovalci ugotovili, da so kaspaze zelo močno povezane s celično apoptozo. Med njimi je kaspaza-3 najpogostejša, lahko bi rekli tudi glavna spodnja efektorska molekula, ki lahko prenaša in ojača apoptotične signale in se zato uporablja kot tarča z namenom analitičnega prepoznavanja apoptoze. Da bi torej lahko v celicah zaznali koncentracijo efektorske kaspaze-3, so oblikovali biosenzor s hidrolitično aktivnostjo kratkega peptida DEVD, ki ga je le-ta sposobna prepoznati.<br /> <br /> Da bi bolje razumeli koncept zasnove biosenzorja se moramo seznati še z enim posebnim fizikalnim pojavom imenovanim Försterjev prenos resonančne energije (angl. Förster resonance energy transfer, FRET). Gre za pojav, pri katerem pride do energijskega prenosa med dvema svetlobno občutljivima molekulama, na primer kromoforjema. Sam proces prenosa energije poteka tako, da kromofor, ki je donor, v vzbujenem stanju prenese svojo energijo na drugi kromofor, v tem primeru je to akceptor, preko dipol-dipol interakcije [2]. Ideja je torej zasnovana na dveh kromoforjih (cyan-modro flurescirajoči protein (CFP) in rumeni flurescirajoči protein (YFP)), ki sta medseboj kovalentno povezana z linkerjem DEVD. V primeru, da je linker intakten, lahko eksitacija CFP vzbudi YFP pri valovni dolžini 525 nm. Če pa linker cepi kaspaza-3, se FRET izgubi in dobili bomo samo emisijo CFP pri 475 nm. V članku je bilo opisanih še nekaj drugih primerov proteinskih kompleksov, pri katerih se potem spremenijo same osnovne funkcijske lastnosti zaradi cepitve kaspapaze-3.<br /> <br /> Drugi primeri proteinskih kompleksov: <br /> <br /> - CA-GFP, ki je v osnovnem stanju neaktiven, ko pride do cepitve peptida DEVD, se povrne prvotna fluorescenca,<br /> <br /> - Ciklizirana luciferaza z vključkom DnaE inteina in zaporednja DEVD na različnih koncih -&gt; cepitev kaspaze-3 je povrnila encimsko aktivnost.<br /> <br /> Razviti so bili tudi drugi fluorescenčni senzorji, ki temeljijo na prostorski translokaciji ali pa na samosestavljanju. Vse izmed omenjenih metod so bile uporabljene za preučevanje apoptoze, vendar pa ob tem kažejo nekatere pomankljivosti, ki otežujejo razumevanje samega biološkega procesa. Pri testu z luciferazo je za ustvarjanje katalitične fluorescence potreben eksogen dodatek encima, kar je za sistem neugodno. Ne glede na to, da dobimo na koncu precej visok signal ob dodatku encima, lahko to predstavlja potencialno tveganje za natanek motenj fiziološkega stanja. Na drugi strani pa imamo endogene genetsko kodirane fluorescenčne proteinske biosenzorje, ki nimajo omenjenih težav, nastopajo pa druge omejitve, kot na primer nizka občutljivost in zapozneli čas odziva, kar je posledica daljšega zorenja fluorescence [1][3].<br /> <br /> ==mNeoGreen2==<br /> Ker je apoptoza skrajno pomemben proces, preko katerega lahko dobimo informacije o posameznih patoloških stanjih, so se odločili, da bodo do sedaj pridobljeno znanje združili in ustvarili nov biološki multikompeks mNeoGreen2. Gre za senzorični element, ki je občutljiv na cepitev s kaspazo-3 in katerega fluorescenca je 1,5-3 krat večja od GFP ali YFP. Primarno je protein fuziran s cepitvenim mestom za kaspazo (DEVD) in cikliziran preko regije Npu DnaE iz organizma Nostoc punctifrome z namenom, da se prepreči fluorescenca. Če je prisotna kaspaza-3, bo ta cepila mesto DEVD in omogočila linearizacijo proteina. Protein se bo potem konformacijsko spremenil tako, da se tvori osnovna struktura beta sodčka, s čimer se potem povrne aktivnost fluorescence. Za zmanjšanje fluorescence ozadja, je zaporedju dodana še PEST sekvenca, ki služi kot proteolitični signal [1].<br /> <br /> ==Optimiziranje biosenzorja==<br /> Tako kot pri vsakem procesu, so tudi tukaj želeli celoten sistem optimizirati do točke, kjer jim je to biosenzor omogočal. Do sedaj so že ugotovili, da je ciklični fluorescenčni protein mNeoGreen2 izgubil svojo aktivnost na račun popačenja strukture. Ena od stvari, ki jih je tudi zanimala je to, ali lahko s spreminjanjem dolžine razcepljenega proteina vplivamo na fluorescenco biosenzorja. V ta namen so potem na novo ustvarili N- in C-terminalne konstrukte in jih razcepili pri ostankih T144/ Y145, D158/K159 in N173/G174 z dodanimi fragmenti DnaE. <br /> <br /> Transfekcijo so izvedli v celicah HEK293T, ki so jih najprej gojili 18 ur, potem pa so jih stimulirali s staurosporinom (STS; reagent, ki inducira apoptozo). Slike celic so pridobili in analizirali z uporabo inststrumenta Cytation-3 vsake 2 uri. Ugotovili so, da so bili najbolj zadovoljivi rezultati pri konstruktu D158/K159, saj je ta potreboval najkrajši čas, da so lahko zaznali fluorescenco.<br /> V nadaljevanju so naredili še nekaj poskusov, kjer so ugotavljali, ali se bo morda funkcija biosenzorja spremenila tudi ob skrajšanju N- oziroma C-konca zaporedja. Ugotovili so, da skrajšanje na C-koncu zaporedja ne vpliva signifikantno na aktivnost biosenzorja, medtem ko skrajšanje na N-koncu zaporedja precej vpliva na intenziteto in čas zorenja fluorescence. Ugotovljeno je bilo, da je vzorec D2 najprimernejši, ker je imel najkrajši odzivni čas in prisotne je bilo zelo malo fluorescence ozadja [1].<br /> <br /> ==Karakerizacija biosenzorja za kaspazo-3==<br /> Tako kot pri vseh eksperimentih in poskusih, ki jih delamo, so tudi tukaj raziskovalci naredili za primerjavo negativno kontrolo, ki so jo poimenovali CK biosezor. Ta se od glavnega biosenzorja za zaznavanje kaspaze-3 razlikuje v tem, da ima drugačno cepitveno mesto, GSGC, katerega kaspaza-3 ne more cepiti. Ponovno so transfekcijo izvedli v celicah HEK293T, katere so potem stimulirali z dodatkom STS ali Z-VAD-fmk, ki je inhibitor kaspaze-3 ali pa z obema reagentoma. Ugotovljeno je bilo, da celice fluorescirajo tudi brez dodatka STS, kar je pričakovano, saj je apoptoza spontan in normalen proces. Dodatek STS povzroči močno fluorescenco, če dodamo Z-VAD-fmk pa popolnoma inhibiramo apoptozo. Zamenjava zaporednja iz DEVD v GSGC, ki predstavlja cepitveno mesto za kaspazo-3, ne daje fluorescence, zato lahko sklepamo, da kaspaza-3 ni delovala. Eksperimentalni podatki so pokazali tudi, da se fluorescenca pojavi že po 20 minutah, ko se pričnejo začetni procesi apoptoze. To dejstvo torej dokazuje, da lahko s pomočjo tega biosenzorja merimo apoptozo še preden so inducira nastanek apoptotskih telesc [1].<br /> <br /> ==Razširjena uporaba biosenzorja==<br /> Ker so študijo želeli razširiti še na realne vzorce, so biosenzor mNeoGreen2 uporabili za namen indikacije tumorskih celic po stimulaciji z TNF-α, po zdravljenju s kemoterapevtiki in za namen presejalnih testov v primeru virusa Zika. Najprej so biosenzor skušali stabilno izraziti v celicah HeLa in MCF-7 , kjer so želeli preveriti ali se aktivnost biosenzorja povrne ob dodatku TNF-α. Celicam so dodali tudi določeno koncentracijo cikloheksimida. Rezultati so pokazali, da so celice, ki niso bile stimuirane z TNF-α, imele zanemarljivo fluorescenco v primerjavi s tistimi, katerim je bil dodan TNF-α, kar je bilo za pričakovati. Uspeli so dokazati tudi, da lahko opazujejo apoptozo v celicah MCF-7, ki nimajo prisotne kaspaze-3, imajo pa prisotno kaspazo-7, ki spada v družino podobnim kaspazam-3. <br /> <br /> Povezavo med apoptozo in kemoterapevtiki so testirali s tremi protitumorskimi zdravili: 5-fluorouracil (5-FU), ki vpliva na sintezo nukleinskih kislin, docetaksel, ki moti sintezo proteinov in doksorubicin, ki inhibira sintezo RNA in DNA. Preučevali so torej potencial treh zdravil kako vpliva na induciranje apoptoze. Pri 5-FU so ugotovili, da inducira apoptozo pri HeLa celicah, na MCF-7 celice pa nima nobenega vpliva. Podoben trend učinka so zaznali pri doksorubicinu, večji vpliv je imel na celice HeLa. Precej zanimivo pa je bilo dejstvo, da je docetaksel imel obraten učinek na vrsto celic, večji učinek je bil na celice MCF-7. Iz ugotovitev in eksperimentov lahko sklepamo, da je apoptoza celic HeLa in MCF-7 precej odvisna od tipa celic in same koncentracije zdravila. <br /> <br /> Tudi pri virusu Zika so prišli do končnega sklepa, kjer so ugotovili, da lahko virus inducira apoptozo HeLa celic, hkrati pa pri tem biosenzor zagotavlja zelo dober način zaznave fiziološkega procesa na katerem bodo lahko bazirale sodobne tehnike fluorescenčnega aktivnega sortiranja celic (FACS) [1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> [1] R. Gong, D. Wang, G. Abbas, S. Li, Q. Liu, M. Cui, X. E. Zhang: A Switch-on Molecular Biosensor for Detection of Caspase-3 and Imaging of Apoptosis of Cells. Sci. China Life Sci. 2022, 65, 540–549.<br /> <br /> [2] Förster resonance energy transfer - Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Förster_resonance_energy_transfer (accessed May 23, 2022).<br /> <br /> [3] S. J. Martin: Caspases: Executioners of Apoptosis. Pathobiol. Hum. Dis. A Dyn. Encycl. Dis. Mech. 2014, 16, 145–152.</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularni_biosenzor_za_zaznavanje_kaspaze-3_in_detekcijo_apoptoze&diff=20957 2022-05-24T09:16:22Z

<p>Ekozole: </p> <hr /> <div>Izhodiščni članek:[https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-021-1986-7 A switch-on molecular biosensor for detection of caspase-3 and imaging of apoptosis of cells]<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Eden pomembnejših fizioloških procesov za živalske celice je zagotovo kontrolirana celična smrt ali apoptoza, ki sodeluje pri rasti, delitvi in diferenciaciji celic ter povzroča številne spremembe v morfologiji in presnovi. V nasprotju z nekrozo, tj. patološka celična smrt, je apoptoza kontrolirana in ne privede do vnetnega odziva. Gre torej za uravnan proces, ki je potreben, saj se s tem odstranjujejo celice iz organizma, ki so potencialno okužene, imajo poškodovano DNA, so rakasto spremenjene ali pa so organizmu odvečne. Disregulacija apoptoze lahko povzroči številne bolezni, kot so Alzheimerjeva bolezen, Huntingtonova bolezen in še vrsto drugih avtoimunih bolezni. Pomembno je torej razumeti sam fiziološki mehanizem apoptoze z namenom, da bi v nadaljevanju pravočasno odkrili in zdravili določene bolezni. <br /> <br /> Kot nam je že vsem znano lahko apoptoza poteka na dva različna načina. Poznamo intrinzično in ekstrinzično pot. Kaspaza-3 ima zelo pomembno vlogo pri apoptozi, saj gre za efektorsko kaspazo, ki razgrajuje in vrši proces apoptoze. Signalizacija obeh poti poteka preko kaspaze-3, zato predstavlja dobro tarčo za raziskovalne namene [1].<br /> <br /> ==Koncept zasnove biosenzorja==<br /> Običajno se za odkrivanje apoptoze uporabljajo morfološke in biokemične metode, ki pa niso zadostne in dovolj natančne, da bi odražale realno stanje kakšni so apoptotski mehanizmi. S pomočjo danes dobro razvite proteomike bi lahko identificirali kaspazne substrate, vednar gre za precej zamuden in kompleksen proces. Tekom raziskovanja so raziskovalci ugotovili, da so kaspaze zelo močno povezane s celično apoptozo. Med njimi je kaspaza-3 najpogostejša, lahko bi rekli tudi glavna spodnja efektorska molekula, ki lahko prenaša in ojača apoptotične signale in se zato uporablja kot tarča z namenom analitičnega prepoznavanja apoptoze. Da bi torej lahko v celicah zaznali koncentracijo efektorske kaspaze-3, so oblikovali biosenzor s hidrolitično aktivnostjo kratkega peptida DEVD, ki ga je le-ta sposobna prepoznati.<br /> <br /> Da bi bolje razumeli koncept zasnove biosenzorja se moramo seznati še z enim posebnim fizikalnim pojavom imenovanim Försterjev prenos resonančne energije (angl. Förster resonance energy transfer, FRET). Gre za pojav, pri katerem pride do energijskega prenosa med dvema svetlobno občutljivima molekulama, na primer kromoforjema. Sam proces prenosa energije poteka tako, da kromofor, ki je donor, v vzbujenem stanju prenese svojo energijo na drugi kromofor, v tem primeru je to akceptor, preko dipol-dipol interakcije [2]. Ideja je torej zasnovana na dveh kromoforjih (cyan-modro flurescirajoči protein (CFP) in rumeni flurescirajoči protein (YFP)), ki sta medseboj kovalentno povezana z linkerjem DEVD. V primeru, da je linker intakten, lahko eksitacija CFP vzbudi YFP pri valovni dolžini 525 nm. Če pa linker cepi kaspaza-3, se FRET izgubi in dobili bomo samo emisijo CFP pri 475 nm. V članku je bilo opisanih še nekaj drugih primerov proteinskih kompleksov, pri katerih se potem spremenijo same osnovne funkcijske lastnosti zaradi cepitve kaspapaze-3.<br /> <br /> Drugi primeri proteinskih kompleksov: <br /> <br /> - CA-GFP, ki je v osnovnem stanju neaktiven, ko pride do cepitve peptida DEVD, se povrne prvotna fluorescenca,<br /> <br /> - Ciklizirana luciferaza z vključkom DnaE inteina in zaporednja DEVD na različnih koncih -&gt; cepitev kaspaze-3 je povrnila encimsko aktivnost.<br /> <br /> Razviti so bili tudi drugi fluorescenčni senzorji, ki temeljijo na prostorski translokaciji ali pa na samosestavljanju. Vse izmed omenjenih metod so bile uporabljene za preučevanje apoptoze, vendar pa ob tem kažejo nekatere pomankljivosti, ki otežujejo razumevanje samega biološkega procesa. Pri testu z luciferazo je za ustvarjanje katalitične fluorescence potreben eksogen dodatek encima, kar je za sistem neugodno. Ne glede na to, da dobimo na koncu precej visok signal ob dodatku encima, lahko to predstavlja potencialno tveganje za natanek motenj fiziološkega stanja. Na drugi strani pa imamo endogene genetsko kodirane fluorescenčne proteinske biosenzorje, ki nimajo omenjenih težav, nastopajo pa druge omejitve, kot na primer nizka občutljivost in zapozneli čas odziva, kar je posledica daljšega zorenja fluorescence [1][3].<br /> <br /> ==mNeoGreen2==<br /> Ker je apoptoza skrajno pomemben proces, preko katerega lahko dobimo informacije o posameznih patoloških stanjih, so se odločili, da bodo do sedaj pridobljeno znanje združili in ustvarili nov biološki multikompeks mNeoGreen2. Gre za senzorični element, ki je občutljiv na cepitev s kaspazo-3 in katerega fluorescenca je 1,5-3 krat večja od GFP ali YFP. Primarno je protein fuziran s cepitvenim mestom za kaspazo (DEVD) in cikliziran preko regije Npu DnaE iz organizma Nostoc punctifrome z namenom, da se prepreči fluorescenca. Če je prisotna kaspaza-3, bo ta cepila mesto DEVD in omogočila linearizacijo proteina. Protein se bo potem konformacijsko spremenil tako, da se tvori osnovna struktura beta sodčka, s čimer se potem povrne aktivnost fluorescence. Za zmanjšanje fluorescence ozadja, je zaporedju dodana še PEST sekvenca, ki služi kot proteolitični signal [1].<br /> <br /> ==Optimiziranje biosenzorja==<br /> Tako kot pri vsakem procesu, so tudi tukaj želeli celoten sistem optimizirati do točke, kjer jim je to biosenzor omogočal. Do sedaj so že ugotovili, da je ciklični fluorescenčni protein mNeoGreen2 izgubil svojo aktivnost na račun popačenja strukture. Ena od stvari, ki jih je tudi zanimala je to, ali lahko s spreminjanjem dolžine razcepljenega proteina vplivamo na fluorescenco biosenzorja. V ta namen so potem na novo ustvarili N- in C-terminalne konstrukte in jih razcepili pri ostankih T144/ Y145, D158/K159 in N173/G174 z dodanimi fragmenti DnaE. <br /> <br /> Transfekcijo so izvedli v celicah HEK293T, ki so jih najprej gojili 18 ur, potem pa so jih stimulirali s staurosporinom (STS; reagent, ki inducira apoptozo). Slike celic so pridobili in analizirali z uporabo inststrumenta Cytation-3 vsake 2 uri. Ugotovili so, da so bili najbolj zadovoljivi rezultati pri konstruktu D158/K159, saj je ta potreboval najkrajši čas, da so lahko zaznali fluorescenco.<br /> V nadaljevanju so naredili še nekaj poskusov, kjer so ugotavljali, ali se bo morda funkcija biosenzorja spremenila tudi ob skrajšanju N- oziroma C-konca zaporedja. Ugotovili so, da skrajšanje na C-koncu zaporedja ne vpliva signifikantno na aktivnost biosenzorja, medtem ko skrajšanje na N-koncu zaporedja precej vpliva na intenziteto in čas zorenja fluorescence. Ugotovljeno je bilo, da je vzorec D2 najprimernejši, ker je imel najkrajši odzivni čas in prisotne je bilo zelo malo fluorescence ozadja [1].<br /> <br /> ==Karakerizacija biosenzorja za kaspazo-3==<br /> Tako kot pri vseh eksperimentih in poskusih, ki jih delamo, so tudi tukaj raziskovalci naredili za primerjavo negativno kontrolo, ki so jo poimenovali CK biosezor. Ta se od glavnega biosenzorja za zaznavanje kaspaze-3 razlikuje v tem, da ima drugačno cepitveno mesto, GSGC, katerega kaspaza-3 ne more cepiti. Ponovno so transfekcijo izvedli v celicah HEK293T, katere so potem stimulirali z dodatkom STS ali Z-VAD-fmk, ki je inhibitor kaspaze-3 ali pa z obema reagentoma. Ugotovljeno je bilo, da celice fluorescirajo tudi brez dodatka STS, kar je pričakovano, saj je apoptoza spontan in normalen proces. Dodatek STS povzroči močno fluorescenco, če dodamo Z-VAD-fmk pa popolnoma inhibiramo apoptozo. Zamenjava zaporednja iz DEVD v GSGC, ki predstavlja cepitveno mesto za kaspazo-3, ne daje fluorescence, zato lahko sklepamo, da kaspaza-3 ni delovala. Eksperimentalni podatki so pokazali tudi, da se fluorescenca pojavi že po 20 minutah, ko se pričnejo začetni procesi apoptoze. To dejstvo torej dokazuje, da lahko s pomočjo tega biosenzorja merimo apoptozo še preden so inducira nastanek apoptotskih telesc [1].<br /> <br /> ==Razširjena uporaba biosenzorja==<br /> Ker so študijo želeli razširiti še na realne vzorce, so biosenzor mNeoGreen2 uporabili za namen indikacije tumorskih celic po stimulaciji z TNF-α, po zdravljenju s kemoterapevtiki in za namen presejalnih testov v primeru virusa Zika. Najprej so biosenzor skušali stabilno izraziti v celicah HeLa in MCF-7 , kjer so želeli preveriti ali se aktivnost biosenzorja povrne ob dodatku TNF-α. Celicam so dodali tudi določeno koncentracijo cikloheksimida. Rezultati so pokazali, da so celice, ki niso bile stimuirane z TNF-α, imele zanemarljivo fluorescenco v primerjavi s tistimi, katerim je bil dodan TNF-α, kar je bilo za pričakovati. Uspeli so dokazati tudi, da lahko opazujejo apoptozo v celicah MCF-7, ki nimajo prisotne kaspaze-3, imajo pa prisotno kaspazo-7, ki spada v družino podobnim kaspazam-3. <br /> <br /> Povezavo med apoptozo in kemoterapevtiki so testirali s tremi protitumorskimi zdravili: 5-fluorouracil (5-FU), ki vpliva na sintezo nukleinskih kislin, docetaksel, ki moti sintezo proteinov in doksorubicin, ki inhibira sintezo RNA in DNA. Preučevali so torej potencial treh zdravil kako vpliva na induciranje apoptoze. Pri 5-FU so ugotovili, da inducira apoptozo pri HeLa celicah, na MCF-7 celice pa nima nobenega vpliva. Podoben trend učinka so zaznali pri doksorubicinu, večji vpliv je imel na celice HeLa. Precej zanimivo pa je bilo dejstvo, da je docetaksel imel obraten učinek na vrsto celic, večji učinek je bil na celice MCF-7. Iz ugotovitev in eksperimentov lahko sklepamo, da je apoptoza celic HeLa in MCF-7 precej odvisna od tipa celic in same koncentracije zdravila. <br /> <br /> Tudi pri virusu Zika so prišli do končnega sklepa, kjer so ugotovili, da lahko virus inducira apoptozo HeLa celic, hkrati pa pri tem biosenzor zagotavlja zelo dober način zaznave fiziološkega procesa na katerem bodo lahko bazirale sodobne tehnike fluorescenčnega aktivnega sortiranja celic (FACS) [1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> [1] R. Gong, D. Wang, G. Abbas, S. Li, Q. Liu, M. Cui, X. E. Zhang: A Switch-on Molecular Biosensor for Detection of Caspase-3 and Imaging of Apoptosis of Cells. Sci. China Life Sci. 2022, 65, 540–549.<br /> <br /> [2] Förster resonance energy transfer - Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Förster_resonance_energy_transfer (accessed May 23, 2022).<br /> <br /> [3] S. J. Martin: Caspases: Executioners of Apoptosis. Pathobiol. Hum. Dis. A Dyn. Encycl. Dis. Mech. 2014, 16, 145–152.</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularni_biosenzor_za_zaznavanje_kaspaze-3_in_detekcijo_apoptoze&diff=20956 2022-05-24T09:15:54Z

<p>Ekozole: </p> <hr /> <div>Izhodiščni članek:[https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-021-1986-7 A switch-on molecular biosensor for detection of caspase-3 and imaging of apoptosis of cells]<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Eden pomembnejših fizioloških procesov za živalske celice je zagotovo kontrolirana celična smrt ali apoptoza, ki sodeluje pri rasti, delitvi in diferenciaciji celic ter povzroča številne spremembe v morfologiji in presnovi. V nasprotju z nekrozo, tj. patološka celična smrt, je apoptoza kontrolirana in ne privede do vnetnega odziva. Gre torej za uravnan proces, ki je potreben, saj se s tem odstranjujejo celice iz organizma, ki so potencialno okužene, imajo poškodovano DNA, so rakasto spremenjene ali pa so organizmu odvečne. Disregulacija apoptoze lahko povzroči številne bolezni, kot so Alzheimerjeva bolezen, Huntingtonova bolezen in še vrsto drugih avtoimunih bolezni. Pomembno je torej razumeti sam fiziološki mehanizem apoptoze z namenom, da bi v nadaljevanju pravočasno odkrili in zdravili določene bolezni. <br /> <br /> Kot nam je že vsem znano lahko apoptoza poteka na dva različna načina. Poznamo intrinzično in ekstrinzično pot. Kaspaza-3 ima zelo pomembno vlogo pri apoptozi, saj gre za efektorsko kaspazo, ki razgrajuje in vrši proces apoptoze. Signalizacija obeh poti poteka preko kaspaze-3, zato predstavlja dobro tarčo za raziskovalne namene [1].<br /> <br /> ==Koncept zasnove biosenzorja==<br /> Običajno se za odkrivanje apoptoze uporabljajo morfološke in biokemične metode, ki pa niso zadostne in dovolj natančne, da bi odražale realno stanje kakšni so apoptotski mehanizmi. S pomočjo danes dobro razvite proteomike bi lahko identificirali kaspazne substrate, vednar gre za precej zamuden in kompleksen proces. Tekom raziskovanja so raziskovalci ugotovili, da so kaspaze zelo močno povezane s celično apoptozo. Med njimi je kaspaza-3 najpogostejša, lahko bi rekli tudi glavna spodnja efektorska molekula, ki lahko prenaša in ojača apoptotične signale in se zato uporablja kot tarča z namenom analitičnega prepoznavanja apoptoze. Da bi torej lahko v celicah zaznali koncentracijo efektorske kaspaze-3, so oblikovali biosenzor s hidrolitično aktivnostjo kratkega peptida DEVD, ki ga je le-ta sposobna prepoznati.<br /> <br /> Da bi bolje razumeli koncept zasnove biosenzorja se moramo seznati še z enim posebnim fizikalnim pojavom imenovanim Försterjev prenos resonančne energije (angl. Förster resonance energy transfer, FRET). Gre za pojav, pri katerem pride do energijskega prenosa med dvema svetlobno občutljivima molekulama, na primer kromoforjema. Sam proces prenosa energije poteka tako, da kromofor, ki je donor, v vzbujenem stanju prenese svojo energijo na drugi kromofor, v tem primeru je to akceptor, preko dipol-dipol interakcije [2]. Ideja je torej zasnovana na dveh kromoforjih (cyan-modro flurescirajoči protein (CFP) in rumeni flurescirajoči protein (YFP)), ki sta medseboj kovalentno povezana z linkerjem DEVD. V primeru, da je linker intakten, lahko eksitacija CFP vzbudi YFP pri valovni dolžini 525 nm. Če pa linker cepi kaspaza-3, se FRET izgubi in dobili bomo samo emisijo CFP pri 475 nm. V članku je bilo opisanih še nekaj drugih primerov proteinskih kompleksov, pri katerih se potem spremenijo same osnovne funkcijske lastnosti zaradi cepitve kaspapaze-3.<br /> <br /> Drugi primeri proteinskih kompleksov: <br /> <br /> - CA-GFP, ki je v osnovnem stanju neaktiven, ko pride do cepitve peptida DEVD, se povrne prvotna fluorescenca,<br /> <br /> - Ciklizirana luciferaza z vključkom DnaE inteina in zaporednja DEVD na različnih koncih -&gt; cepitev kaspaze-3 je povrnila encimsko aktivnost.<br /> <br /> Razviti so bili tudi drugi fluorescenčni senzorji, ki temeljijo na prostorski translokaciji ali pa na samosestavljanju. Vse izmed omenjenih metod so bile uporabljene za preučevanje apoptoze, vendar pa ob tem kažejo nekatere pomankljivosti, ki otežujejo razumevanje samega biološkega procesa. Pri testu z luciferazo je za ustvarjanje katalitične fluorescence potreben eksogen dodatek encima, kar je za sistem neugodno. Ne glede na to, da dobimo na koncu precej visok signal ob dodatku encima, lahko to predstavlja potencialno tveganje za natanek motenj fiziološkega stanja. Na drugi strani pa imamo endogene genetsko kodirane fluorescenčne proteinske biosenzorje, ki nimajo omenjenih težav, nastopajo pa druge omejitve, kot na primer nizka občutljivost in zapozneli čas odziva, kar je posledica daljšega zorenja fluorescence [1][3].<br /> <br /> ==mNeoGreen2==<br /> Ker je apoptoza skrajno pomemben proces, preko katerega lahko dobimo informacije o posameznih patoloških stanjih, so se odločili, da bodo do sedaj pridobljeno znanje združili in ustvarili nov biološki multikompeks mNeoGreen2. Gre za senzorični element, ki je občutljiv na cepitev s kaspazo-3 in katerega fluorescenca je 1,5-3 krat večja od GFP ali YFP. Primarno je protein fuziran s cepitvenim mestom za kaspazo (DEVD) in cikliziran preko regije Npu DnaE iz organizma Nostoc punctifrome z namenom, da se prepreči fluorescenca. Če je prisotna kaspaza-3, bo ta cepila mesto DEVD in omogočila linearizacijo proteina. Protein se bo potem konformacijsko spremenil tako, da se tvori osnovna struktura beta sodčka, s čimer se potem povrne aktivnost fluorescence. Za zmanjšanje fluorescence ozadja, je zaporedju dodana še PEST sekvenca, ki služi kot proteolitični signal [1].<br /> <br /> ==Optimiziranje biosenzorja==<br /> Tako kot pri vsakem procesu, so tudi tukaj želeli celoten sistem optimizirati do točke, kjer jim je to biosenzor omogočal. Do sedaj so že ugotovili, da je ciklični fluorescenčni protein mNeoGreen2 izgubil svojo aktivnost na račun popačenja strukture. Ena od stvari, ki jih je tudi zanimala je to, ali lahko s spreminjanjem dolžine razceplenega proteina vplivamo na fluorescenco biosenzorja. V ta namen so potem na novo ustvarili N- in C-terminalne konstrukte in jih razcepili pri ostankih T144/ Y145, D158/K159 in N173/G174 z dodanimi fragmenti DnaE. <br /> <br /> Transfekcijo so izvedli v celicah HEK293T, ki so jih najprej gojili 18 ur, potem pa so jih stimulirali s staurosporinom (STS; reagent, ki inducira apoptozo). Slike celic so pridobili in analizirali z uporabo inststrumenta Cytation-3 vsake 2 uri. Ugotovili so, da so bili najbolj zadovoljivi rezultati pri konstruktu D158/K159, saj je ta potreboval najkrajši čas, da so lahko zaznali fluorescenco.<br /> V nadaljevanju so naredili še nekaj poskusov, kjer so ugotavljali, ali se bo morda funkcija biosenzorja spremenila tudi ob skrajšanju N- oziroma C-konca zaporedja. Ugotovili so, da skrajšanje na C-koncu zaporedja ne vpliva signifikantno na aktivnost biosenzorja, medtem ko skrajšanje na N-koncu zaporedja precej vpliva na intenziteto in čas zorenja fluorescence. Ugotovljeno je bilo, da je vzorec D2 najprimernejši, ker je imel najkrajši odzivni čas in prisotne je bilo zelo malo fluorescence ozadja [1].<br /> <br /> ==Karakerizacija biosenzorja za kaspazo-3==<br /> Tako kot pri vseh eksperimentih in poskusih, ki jih delamo, so tudi tukaj raziskovalci naredili za primerjavo negativno kontrolo, ki so jo poimenovali CK biosezor. Ta se od glavnega biosenzorja za zaznavanje kaspaze-3 razlikuje v tem, da ima drugačno cepitveno mesto, GSGC, katerega kaspaza-3 ne more cepiti. Ponovno so transfekcijo izvedli v celicah HEK293T, katere so potem stimulirali z dodatkom STS ali Z-VAD-fmk, ki je inhibitor kaspaze-3 ali pa z obema reagentoma. Ugotovljeno je bilo, da celice fluorescirajo tudi brez dodatka STS, kar je pričakovano, saj je apoptoza spontan in normalen proces. Dodatek STS povzroči močno fluorescenco, če dodamo Z-VAD-fmk pa popolnoma inhibiramo apoptozo. Zamenjava zaporednja iz DEVD v GSGC, ki predstavlja cepitveno mesto za kaspazo-3, ne daje fluorescence, zato lahko sklepamo, da kaspaza-3 ni delovala. Eksperimentalni podatki so pokazali tudi, da se fluorescenca pojavi že po 20 minutah, ko se pričnejo začetni procesi apoptoze. To dejstvo torej dokazuje, da lahko s pomočjo tega biosenzorja merimo apoptozo še preden so inducira nastanek apoptotskih telesc [1].<br /> <br /> ==Razširjena uporaba biosenzorja==<br /> Ker so študijo želeli razširiti še na realne vzorce, so biosenzor mNeoGreen2 uporabili za namen indikacije tumorskih celic po stimulaciji z TNF-α, po zdravljenju s kemoterapevtiki in za namen presejalnih testov v primeru virusa Zika. Najprej so biosenzor skušali stabilno izraziti v celicah HeLa in MCF-7 , kjer so želeli preveriti ali se aktivnost biosenzorja povrne ob dodatku TNF-α. Celicam so dodali tudi določeno koncentracijo cikloheksimida. Rezultati so pokazali, da so celice, ki niso bile stimuirane z TNF-α, imele zanemarljivo fluorescenco v primerjavi s tistimi, katerim je bil dodan TNF-α, kar je bilo za pričakovati. Uspeli so dokazati tudi, da lahko opazujejo apoptozo v celicah MCF-7, ki nimajo prisotne kaspaze-3, imajo pa prisotno kaspazo-7, ki spada v družino podobnim kaspazam-3. <br /> <br /> Povezavo med apoptozo in kemoterapevtiki so testirali s tremi protitumorskimi zdravili: 5-fluorouracil (5-FU), ki vpliva na sintezo nukleinskih kislin, docetaksel, ki moti sintezo proteinov in doksorubicin, ki inhibira sintezo RNA in DNA. Preučevali so torej potencial treh zdravil kako vpliva na induciranje apoptoze. Pri 5-FU so ugotovili, da inducira apoptozo pri HeLa celicah, na MCF-7 celice pa nima nobenega vpliva. Podoben trend učinka so zaznali pri doksorubicinu, večji vpliv je imel na celice HeLa. Precej zanimivo pa je bilo dejstvo, da je docetaksel imel obraten učinek na vrsto celic, večji učinek je bil na celice MCF-7. Iz ugotovitev in eksperimentov lahko sklepamo, da je apoptoza celic HeLa in MCF-7 precej odvisna od tipa celic in same koncentracije zdravila. <br /> <br /> Tudi pri virusu Zika so prišli do končnega sklepa, kjer so ugotovili, da lahko virus inducira apoptozo HeLa celic, hkrati pa pri tem biosenzor zagotavlja zelo dober način zaznave fiziološkega procesa na katerem bodo lahko bazirale sodobne tehnike fluorescenčnega aktivnega sortiranja celic (FACS) [1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> [1] R. Gong, D. Wang, G. Abbas, S. Li, Q. Liu, M. Cui, X. E. Zhang: A Switch-on Molecular Biosensor for Detection of Caspase-3 and Imaging of Apoptosis of Cells. Sci. China Life Sci. 2022, 65, 540–549.<br /> <br /> [2] Förster resonance energy transfer - Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Förster_resonance_energy_transfer (accessed May 23, 2022).<br /> <br /> [3] S. J. Martin: Caspases: Executioners of Apoptosis. Pathobiol. Hum. Dis. A Dyn. Encycl. Dis. Mech. 2014, 16, 145–152.</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularni_biosenzor_za_zaznavanje_kaspaze-3_in_detekcijo_apoptoze&diff=20955 2022-05-23T20:02:08Z

<p>Ekozole: </p> <hr /> <div>Izhodiščni članek:[https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-021-1986-7 A switch-on molecular biosensor for detection of caspase-3 and imaging of apoptosis of cells]<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Eden pomembnejših fizioloških procesov za živalske celice je zagotovo kontrolirana celična smrt ali apoptoza, ki sodeluje pri rasti, delitvi in diferenciaciji celic ter povzroča številne spremembe v morfologiji in presnovi. V nasprotju z nekrozo, tj. patološka celična smrt, je apoptoza kontrolirana in ne privede do vnetnega odziva. Gre torej za uravnan proces, ki je potreben, saj se s tem odstranjujejo celice iz organizma, ki so potencialno okužene, imajo poškodovano DNA, so rakasto spremenjene ali pa so organizmu odvečne. Disregulacija apoptoze lahko povzroči številne bolezni, kot so Alzheimerjeva bolezen, Huntingtonova bolezen in še vrsto drugih avtoimunih bolezni. Pomembno je torej razumeti sam fiziološki mehanizem apoptoze z namenom, da bi v nadaljevanju pravočasno odkrili in zdravili določene bolezni. <br /> <br /> Kot nam je že vsem znano lahko apoptoza poteka na dva različna načina. Poznamo intrinzično in ekstrinzično pot. Kaspaza-3 ima zelo pomembno vlogo pri apoptozi, saj gre za efektorsko kaspazo, ki razgrajuje in vrši proces apoptoze. Signalizacija obeh poti poteka preko kaspaze-3, zato predstavlja dobro tarčo za raziskovalne namene [1].<br /> <br /> ==Koncept zasnove biosenzorja==<br /> Običajno se za odkrivanje apoptoze uporabljajo morfološke in biokemične metode, ki pa niso zadostne in dovolj natančne, da bi odražale realno stanje kakšni so apoptotski mehanizmi. S pomočjo danes dobro razvite proteomike bi lahko identificirali kaspazne substrate, vednar gre za precej zamuden in kompleksen proces. Tekom raziskovanja so raziskovalci ugotovili, da so kaspaze zelo močno povezane s celično apoptozo. Med njimi je kaspaza-3 najpogostejša, lahko bi rekli tudi glavna spodnja efektorska molekula, ki lahko prenaša in ojača apoptotične signale in se zato uporablja kot tarča z namenom analitičnega prepoznavanja apoptoze. Da bi torej lahko v celicah zaznali koncentracijo efektorske kaspaze-3, so oblikovali biosenzor s hidrolitično aktivnostjo kratkega peptida DEVD, ki ga je le-ta sposobna prepoznati.<br /> <br /> Da bi bolje razumeli koncept zasnove biosenzorja se moramo seznati še z enim posebnim fizikalnim pojavom imenovanim Försterjev prenos resonančne energije (angl. Förster resonance energy transfer, FRET). Gre za pojav, pri katerem pride do energijskega prenosa med dvema svetlobno občutljivima molekulama, na primer kromoforjema. Sam proces prenosa energije poteka tako, da kromofor, ki je donor, v vzbujenem stanju prenese svojo energijo na drugi kromofor, v tem primeru je to akceptor, preko dipol-dipol interakcije [2]. Ideja je torej zasnovana na dveh kromoforjih (cyan-modro flurescirajoči protein (CFP) in rumeni flurescirajoči protein (YFP)), ki sta medseboj kovalentno povezana z linkerjem DEVD. V primeru, da je linker intakten, lahko eksitacija CFP vzbudi YFP pri valovni dolžini 525 nm. Če pa linker cepi kaspaza-3, se FRET izgubi in dobili bomo samo emisijo CFP pri 475 nm. V članku je bilo opisanih še nekaj drugih primerov proteinskih kompleksov, pri katerih se potem spremenijo same osnovne funkcijske lastnosti zaradi cepitve kaspapaze-3.<br /> <br /> Drugi primeri proteinskih kompleksov: <br /> <br /> - CA-GFP, ki je v osnovnem stanju neaktiven, ko pride do cepitve peptida DEVD, se povrne prvotna fluorescenca,<br /> <br /> - Ciklizirana luciferaza z vključkom DnaE inteina in zaporednja DEVD na različnih koncih -&gt; cepitev kaspaze-3 je povrnila encimsko aktivnost.<br /> <br /> Razviti so bili tudi drugi fluorescenčni senzorji, ki temeljijo na prostorski translokaciji ali pa na samosestavljanju. Vse izmed omenjenih metod so bile uporabljene za preučevanje apoptoze, vendar pa ob tem kažejo nekatere pomankljivosti, ki otežujejo razumevanje samega biološkega procesa. Pri testu z luciferazo je za ustvarjanje katalitične fluorescence potreben eksogen dodatek encima, kar je za sistem neugodno. Ne glede na to, da dobimo na koncu precej visok signal ob dodatku encima, lahko to predstavlja potencialno tveganje za natanek motenj fiziološkega stanja. Na drugi strani pa imamo endogene genetsko kodirane fluorescenčne proteinske biosenzorje, ki nimajo omenjenih težav, nastopajo pa druge omejitve, kot na primer nizka občutljivost in zapozneli čas odziva, kar je posledica daljšega zorenja fluorescence [1][3].<br /> <br /> ==mNeoGreen2==<br /> Ker je apoptoza skrajno pomemben proces, preko katerega lahko dobimo informacije o posameznih patoloških stanjih, so se odločili, da bodo do sedaj pridobljeno znanje združili in ustvarili nov biološki multikompeks mNeoGreen2. Gre za senzorični element, ki je občutljiv na cepitev s kaspazo-3 in katerega fluorescenca je 1,5-3 krat večja od GFP ali YFP. Primarno je protein fuziran s cepitvenim mestom za kaspazo (DEVD) in cikliziran preko regije Npu DnaE iz organizma Nostoc punctifrome z namenom, da se prepreči fluorescenca. Če je prisotna kaspaza-3, bo ta cepila mesto DEVD in omogočila linearizacijo proteina. Protein se bo potem konformacijsko spremenil tako, da se tvori osnovna struktura beta sodčka, s čimer se potem povrne aktivnost fluorescence. Za zmanjšanje fluorescence ozadja, je zaporedju dodana še PEST sekvenca, ki služi kot proteolitični signal [1].<br /> <br /> ==Optimiziranje biosenzorja==<br /> Tako kot pri vsakem procesu, so tudi tukaj želeli celoten sistem optimizirati do točke, kjer jim je to biosenzor omogočal. Do sedaj so že ugotovili, da je ciklični fluorescenčni protein mNeoGreen2 izgubil svojo aktivnost na račun popačenja strukture. Ena od stvari, ki jih je tudi zanimala je to, ali lahko s spreminjanjem dolžine proteina vplivamo na fluorescenco biosenzorja. V ta namen so potem na novo ustvarili N- in C-terminalne konstrukte in jih razcepili pri ostankih T144/ Y145, D158/K159 in N173/G174 z dodanimi fragmenti DnaE. <br /> <br /> Transfekcijo so izvedli v celicah HEK293T, ki so jih najprej gojili 18 ur, potem pa so jih stimulirali s staurosporinom (STS; reagent, ki inducira apoptozo). Slike celic so pridobili in analizirali z uporabo inststrumenta Cytation-3 vsake 2 uri. Ugotovili so, da so bili najbolj zadovoljivi rezultati pri konstruktu D158/K159, saj je ta potreboval najkrajši čas, da so lahko zaznali fluorescenco.<br /> V nadaljevanju so naredili še nekaj poskusov, kjer so ugotavljali, ali se bo morda funkcija biosenzorja spremenila tudi ob skrajšanju N- oziroma C-konca zaporedja. Ugotovili so, da skrajšanje na C-koncu zaporedja ne vpliva signifikantno na aktivnost biosenzorja, medtem ko skrajšanje na N-koncu zaporedja precej vpliva na intenziteto in čas zorenja fluorescence. Ugotovljeno je bilo, da je vzorec D2 najprimernejši, ker je imel najkrajši odzivni čas in prisotne je bilo zelo malo fluorescence ozadja [1].<br /> <br /> ==Karakerizacija biosenzorja za kaspazo-3==<br /> Tako kot pri vseh eksperimentih in poskusih, ki jih delamo, so tudi tukaj raziskovalci naredili za primerjavo negativno kontrolo, ki so jo poimenovali CK biosezor. Ta se od glavnega biosenzorja za zaznavanje kaspaze-3 razlikuje v tem, da ima drugačno cepitveno mesto, GSGC, katerega kaspaza-3 ne more cepiti. Ponovno so transfekcijo izvedli v celicah HEK293T, katere so potem stimulirali z dodatkom STS ali Z-VAD-fmk, ki je inhibitor kaspaze-3 ali pa z obema reagentoma. Ugotovljeno je bilo, da celice fluorescirajo tudi brez dodatka STS, kar je pričakovano, saj je apoptoza spontan in normalen proces. Dodatek STS povzroči močno fluorescenco, če dodamo Z-VAD-fmk pa popolnoma inhibiramo apoptozo. Zamenjava zaporednja iz DEVD v GSGC, ki predstavlja cepitveno mesto za kaspazo-3, ne daje fluorescence, zato lahko sklepamo, da kaspaza-3 ni delovala. Eksperimentalni podatki so pokazali tudi, da se fluorescenca pojavi že po 20 minutah, ko se pričnejo začetni procesi apoptoze. To dejstvo torej dokazuje, da lahko s pomočjo tega biosenzorja merimo apoptozo še preden so inducira nastanek apoptotskih telesc [1].<br /> <br /> ==Razširjena uporaba biosenzorja==<br /> Ker so študijo želeli razširiti še na realne vzorce, so biosenzor mNeoGreen2 uporabili za namen indikacije tumorskih celic po stimulaciji z TNF-α, po zdravljenju s kemoterapevtiki in za namen presejalnih testov v primeru virusa Zika. Najprej so biosenzor skušali stabilno izraziti v celicah HeLa in MCF-7 , kjer so želeli preveriti ali se aktivnost biosenzorja povrne ob dodatku TNF-α. Celicam so dodali tudi določeno koncentracijo cikloheksimida. Rezultati so pokazali, da so celice, ki niso bile stimuirane z TNF-α, imele zanemarljivo fluorescenco v primerjavi s tistimi, katerim je bil dodan TNF-α, kar je bilo za pričakovati. Uspeli so dokazati tudi, da lahko opazujejo apoptozo v celicah MCF-7, ki nimajo prisotne kaspaze-3, imajo pa prisotno kaspazo-7, ki spada v družino podobnim kaspazam-3. <br /> <br /> Povezavo med apoptozo in kemoterapevtiki so testirali s tremi protitumorskimi zdravili: 5-fluorouracil (5-FU), ki vpliva na sintezo nukleinskih kislin, docetaksel, ki moti sintezo proteinov in doksorubicin, ki inhibira sintezo RNA in DNA. Preučevali so torej potencial treh zdravil kako vpliva na induciranje apoptoze. Pri 5-FU so ugotovili, da inducira apoptozo pri HeLa celicah, na MCF-7 celice pa nima nobenega vpliva. Podoben trend učinka so zaznali pri doksorubicinu, večji vpliv je imel na celice HeLa. Precej zanimivo pa je bilo dejstvo, da je docetaksel imel obraten učinek na vrsto celic, večji učinek je bil na celice MCF-7. Iz ugotovitev in eksperimentov lahko sklepamo, da je apoptoza celic HeLa in MCF-7 precej odvisna od tipa celic in same koncentracije zdravila. <br /> <br /> Tudi pri virusu Zika so prišli do končnega sklepa, kjer so ugotovili, da lahko virus inducira apoptozo HeLa celic, hkrati pa pri tem biosenzor zagotavlja zelo dober način zaznave fiziološkega procesa na katerem bodo lahko bazirale sodobne tehnike fluorescenčnega aktivnega sortiranja celic (FACS) [1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> [1] R. Gong, D. Wang, G. Abbas, S. Li, Q. Liu, M. Cui, X. E. Zhang: A Switch-on Molecular Biosensor for Detection of Caspase-3 and Imaging of Apoptosis of Cells. Sci. China Life Sci. 2022, 65, 540–549.<br /> <br /> [2] Förster resonance energy transfer - Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Förster_resonance_energy_transfer (accessed May 23, 2022).<br /> <br /> [3] S. J. Martin: Caspases: Executioners of Apoptosis. Pathobiol. Hum. Dis. A Dyn. Encycl. Dis. Mech. 2014, 16, 145–152.</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularni_biosenzor_za_zaznavanje_kaspaze-3_in_detekcijo_apoptoze&diff=20954 2022-05-23T20:01:29Z

<p>Ekozole: </p> <hr /> <div>Izhodiščni članek:[https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-021-1986-7 A switch-on molecular biosensor for detection of caspase-3 and imaging of apoptosis of cells]<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Eden pomembnejših fizioloških procesov za živalske celice je zagotovo kontrolirana celična smrt ali apoptoza, ki sodeluje pri rasti, delitvi in diferenciaciji celic ter povzroča številne spremembe v morfologiji in presnovi. V nasprotju z nekrozo, tj. patološka celična smrt, je apoptoza kontrolirana in ne privede do vnetnega odziva. Gre torej za uravnan proces, ki je potreben, saj se s tem odstranjujejo celice iz organizma, ki so potencialno okužene, imajo poškodovano DNA, so rakasto spremenjene ali pa so organizmu odvečne. Disregulacija apoptoze lahko povzroči številne bolezni, kot so Alzheimerjeva bolezen, Huntingtonova bolezen in še vrsto drugih avtoimunih bolezni. Pomembno je torej razumeti sam fiziološki mehanizem apoptoze z namenom, da bi v nadaljevanju pravočasno odkrili in zdravili določene bolezni. <br /> <br /> Kot nam je že vsem znano lahko apoptoza poteka na dva različna načina. Poznamo intrinzično in ekstrinzično pot. Kaspaza-3 ima zelo pomembno vlogo pri apoptozi, saj gre za efektorsko kaspazo, ki razgrajuje in vrši proces apoptoze. Signalizacija obeh poti poteka preko kaspaze-3, zato predstavlja dobro tarčo za raziskovalne namene[1].<br /> <br /> ==Koncept zasnove biosenzorja==<br /> Običajno se za odkrivanje apoptoze uporabljajo morfološke in biokemične metode, ki pa niso zadostne in dovolj natančne, da bi odražale realno stanje kakšni so apoptotski mehanizmi. S pomočjo danes dobro razvite proteomike bi lahko identificirali kaspazne substrate, vednar gre za precej zamuden in kompleksen proces. Tekom raziskovanja so raziskovalci ugotovili, da so kaspaze zelo močno povezane s celično apoptozo. Med njimi je kaspaza-3 najpogostejša, lahko bi rekli tudi glavna spodnja efektorska molekula, ki lahko prenaša in ojača apoptotične signale in se zato uporablja kot tarča z namenom analitičnega prepoznavanja apoptoze. Da bi torej lahko v celicah zaznali koncentracijo efektorske kaspaze-3, so oblikovali biosenzor s hidrolitično aktivnostjo kratkega peptida DEVD, ki ga je le-ta sposobna prepoznati.<br /> <br /> Da bi bolje razumeli koncept zasnove biosenzorja se moramo seznati še z enim posebnim fizikalnim pojavom imenovanim Försterjev prenos resonančne energije (angl. Förster resonance energy transfer, FRET). Gre za pojav, pri katerem pride do energijskega prenosa med dvema svetlobno občutljivima molekulama, na primer kromoforjema. Sam proces prenosa energije poteka tako, da kromofor, ki je donor, v vzbujenem stanju prenese svojo energijo na drugi kromofor, v tem primeru je to akceptor, preko dipol-dipol interakcije [2]. Ideja je torej zasnovana na dveh kromoforjih (cyan-modro flurescirajoči protein (CFP) in rumeni flurescirajoči protein (YFP)), ki sta medseboj kovalentno povezana z linkerjem DEVD. V primeru, da je linker intakten, lahko eksitacija CFP vzbudi YFP pri valovni dolžini 525 nm. Če pa linker cepi kaspaza-3, se FRET izgubi in dobili bomo samo emisijo CFP pri 475 nm. V članku je bilo opisanih še nekaj drugih primerov proteinskih kompleksov, pri katerih se potem spremenijo same osnovne funkcijske lastnosti zaradi cepitve kaspapaze-3.<br /> <br /> Drugi primeri proteinskih kompleksov: <br /> <br /> - CA-GFP, ki je v osnovnem stanju neaktiven, ko pride do cepitve peptida DEVD, se povrne prvotna fluorescenca,<br /> <br /> - Ciklizirana luciferaza z vključkom DnaE inteina in zaporednja DEVD na različnih koncih -&gt; cepitev kaspaze-3 je povrnila encimsko aktivnost.<br /> <br /> Razviti so bili tudi drugi fluorescenčni senzorji, ki temeljijo na prostorski translokaciji ali pa na samosestavljanju. Vse izmed omenjenih metod so bile uporabljene za preučevanje apoptoze, vendar pa ob tem kažejo nekatere pomankljivosti, ki otežujejo razumevanje samega biološkega procesa. Pri testu z luciferazo je za ustvarjanje katalitične fluorescence potreben eksogen dodatek encima, kar je za sistem neugodno. Ne glede na to, da dobimo na koncu precej visok signal ob dodatku encima, lahko to predstavlja potencialno tveganje za natanek motenj fiziološkega stanja. Na drugi strani pa imamo endogene genetsko kodirane fluorescenčne proteinske biosenzorje, ki nimajo omenjenih težav, nastopajo pa druge omejitve, kot na primer nizka občutljivost in zapozneli čas odziva, kar je posledica daljšega zorenja fluorescence[1][3].<br /> <br /> ==mNeoGreen2==<br /> Ker je apoptoza skrajno pomemben proces, preko katerega lahko dobimo informacije o posameznih patoloških stanjih, so se odločili, da bodo do sedaj pridobljeno znanje združili in ustvarili nov biološki multikompeks mNeoGreen2. Gre za senzorični element, ki je občutljiv na cepitev s kaspazo-3 in katerega fluorescenca je 1,5-3 krat večja od GFP ali YFP. Primarno je protein fuziran s cepitvenim mestom za kaspazo (DEVD) in cikliziran preko regije Npu DnaE iz organizma Nostoc punctifrome z namenom, da se prepreči fluorescenca. Če je prisotna kaspaza-3, bo ta cepila mesto DEVD in omogočila linearizacijo proteina. Protein se bo potem konformacijsko spremenil tako, da se tvori osnovna struktura beta sodčka, s čimer se potem povrne aktivnost fluorescence. Za zmanjšanje fluorescence ozadja, je zaporedju dodana še PEST sekvenca, ki služi kot proteolitični signal[1].<br /> <br /> ==Optimiziranje biosenzorja==<br /> Tako kot pri vsakem procesu, so tudi tukaj želeli celoten sistem optimizirati do točke, kjer jim je to biosenzor omogočal. Do sedaj so že ugotovili, da je ciklični fluorescenčni protein mNeoGreen2 izgubil svojo aktivnost na račun popačenja strukture. Ena od stvari, ki jih je tudi zanimala je to, ali lahko s spreminjanjem dolžine proteina vplivamo na fluorescenco biosenzorja. V ta namen so potem na novo ustvarili N- in C-terminalne konstrukte in jih razcepili pri ostankih T144/ Y145, D158/K159 in N173/G174 z dodanimi fragmenti DnaE. <br /> <br /> Transfekcijo so izvedli v celicah HEK293T, ki so jih najprej gojili 18 ur, potem pa so jih stimulirali s staurosporinom (STS; reagent, ki inducira apoptozo). Slike celic so pridobili in analizirali z uporabo inststrumenta Cytation-3 vsake 2 uri. Ugotovili so, da so bili najbolj zadovoljivi rezultati pri konstruktu D158/K159, saj je ta potreboval najkrajši čas, da so lahko zaznali fluorescenco.<br /> V nadaljevanju so naredili še nekaj poskusov, kjer so ugotavljali, ali se bo morda funkcija biosenzorja spremenila tudi ob skrajšanju N- oziroma C-konca zaporedja. Ugotovili so, da skrajšanje na C-koncu zaporedja ne vpliva signifikantno na aktivnost biosenzorja, medtem ko skrajšanje na N-koncu zaporedja precej vpliva na intenziteto in čas zorenja fluorescence. Ugotovljeno je bilo, da je vzorec D2 najprimernejši, ker je imel najkrajši odzivni čas in prisotne je bilo zelo malo fluorescence ozadja[1].<br /> <br /> ==Karakerizacija biosenzorja za kaspazo-3==<br /> Tako kot pri vseh eksperimentih in poskusih, ki jih delamo, so tudi tukaj raziskovalci naredili za primerjavo negativno kontrolo, ki so jo poimenovali CK biosezor. Ta se od glavnega biosenzorja za zaznavanje kaspaze-3 razlikuje v tem, da ima drugačno cepitveno mesto, GSGC, katerega kaspaza-3 ne more cepiti. Ponovno so transfekcijo izvedli v celicah HEK293T, katere so potem stimulirali z dodatkom STS ali Z-VAD-fmk, ki je inhibitor kaspaze-3 ali pa z obema reagentoma. Ugotovljeno je bilo, da celice fluorescirajo tudi brez dodatka STS, kar je pričakovano, saj je apoptoza spontan in normalen proces. Dodatek STS povzroči močno fluorescenco, če dodamo Z-VAD-fmk pa popolnoma inhibiramo apoptozo. Zamenjava zaporednja iz DEVD v GSGC, ki predstavlja cepitveno mesto za kaspazo-3, ne daje fluorescence, zato lahko sklepamo, da kaspaza-3 ni delovala. Eksperimentalni podatki so pokazali tudi, da se fluorescenca pojavi že po 20 minutah, ko se pričnejo začetni procesi apoptoze. To dejstvo torej dokazuje, da lahko s pomočjo tega biosenzorja merimo apoptozo še preden so inducira nastanek apoptotskih telesc[1].<br /> <br /> ==Razširjena uporaba biosenzorja==<br /> Ker so študijo želeli razširiti še na realne vzorce, so biosenzor mNeoGreen2 uporabili za namen indikacije tumorskih celic po stimulaciji z TNF-α, po zdravljenju s kemoterapevtiki in za namen presejalnih testov v primeru virusa Zika. Najprej so biosenzor skušali stabilno izraziti v celicah HeLa in MCF-7 , kjer so želeli preveriti ali se aktivnost biosenzorja povrne ob dodatku TNF-α. Celicam so dodali tudi določeno koncentracijo cikloheksimida. Rezultati so pokazali, da so celice, ki niso bile stimuirane z TNF-α, imele zanemarljivo fluorescenco v primerjavi s tistimi, katerim je bil dodan TNF-α, kar je bilo za pričakovati. Uspeli so dokazati tudi, da lahko opazujejo apoptozo v celicah MCF-7, ki nimajo prisotne kaspaze-3, imajo pa prisotno kaspazo-7, ki spada v družino podobnim kaspazam-3. <br /> <br /> Povezavo med apoptozo in kemoterapevtiki so testirali s tremi protitumorskimi zdravili: 5-fluorouracil (5-FU), ki vpliva na sintezo nukleinskih kislin, docetaksel, ki moti sintezo proteinov in doksorubicin, ki inhibira sintezo RNA in DNA. Preučevali so torej potencial treh zdravil kako vpliva na induciranje apoptoze. Pri 5-FU so ugotovili, da inducira apoptozo pri HeLa celicah, na MCF-7 celice pa nima nobenega vpliva. Podoben trend učinka so zaznali pri doksorubicinu, večji vpliv je imel na celice HeLa. Precej zanimivo pa je bilo dejstvo, da je docetaksel imel obraten učinek na vrsto celic, večji učinek je bil na celice MCF-7. Iz ugotovitev in eksperimentov lahko sklepamo, da je apoptoza celic HeLa in MCF-7 precej odvisna od tipa celic in same koncentracije zdravila. <br /> <br /> Tudi pri virusu Zika so prišli do končnega sklepa, kjer so ugotovili, da lahko virus inducira apoptozo HeLa celic, hkrati pa pri tem biosenzor zagotavlja zelo dober način zaznave fiziološkega procesa na katerem bodo lahko bazirale sodobne tehnike fluorescenčnega aktivnega sortiranja celic (FACS)[1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> [1] R. Gong, D. Wang, G. Abbas, S. Li, Q. Liu, M. Cui, X. E. Zhang: A Switch-on Molecular Biosensor for Detection of Caspase-3 and Imaging of Apoptosis of Cells. Sci. China Life Sci. 2022, 65, 540–549.<br /> <br /> [2] Förster resonance energy transfer - Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Förster_resonance_energy_transfer (accessed May 23, 2022).<br /> <br /> [3] S. J. Martin: Caspases: Executioners of Apoptosis. Pathobiol. Hum. Dis. A Dyn. Encycl. Dis. Mech. 2014, 16, 145–152.</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularni_biosenzor_za_zaznavanje_kaspaze-3_in_detekcijo_apoptoze&diff=20953 2022-05-23T20:00:37Z

<p>Ekozole: </p> <hr /> <div>Izhodiščni članek:[https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-021-1986-7 A switch-on molecular biosensor for detection of caspase-3 and imaging of apoptosis of cells]<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Eden pomembnejših fizioloških procesov za živalske celice je zagotovo kontrolirana celična smrt ali apoptoza, ki sodeluje pri rasti, delitvi in diferenciaciji celic ter povzroča številne spremembe v morfologiji in presnovi. V nasprotju z nekrozo, tj. patološka celična smrt, je apoptoza kontrolirana in ne privede do vnetnega odziva. Gre torej za uravnan proces, ki je potreben, saj se s tem odstranjujejo celice iz organizma, ki so potencialno okužene, imajo poškodovano DNA, so rakasto spremenjene ali pa so organizmu odvečne. Disregulacija apoptoze lahko povzroči številne bolezni, kot so Alzheimerjeva bolezen, Huntingtonova bolezen in še vrsto drugih avtoimunih bolezni. Pomembno je torej razumeti sam fiziološki mehanizem apoptoze z namenom, da bi v nadaljevanju pravočasno odkrili in zdravili določene bolezni. <br /> <br /> Kot nam je že vsem znano lahko apoptoza poteka na dva različna načina. Poznamo intrinzično in ekstrinzično pot. Kaspaza-3 ima zelo pomembno vlogo pri apoptozi, saj gre za efektorsko kaspazo, ki razgrajuje in vrši proces apoptoze. Signalizacija obeh poti poteka preko kaspaze-3, zato predstavlja dobro tarčo za raziskovalne namene[1].<br /> <br /> ==Koncept zasnove biosenzorja==<br /> Običajno se za odkrivanje apoptoze uporabljajo morfološke in biokemične metode, ki pa niso zadostne in dovolj natančne, da bi odražale realno stanje kakšni so apoptotski mehanizmi. S pomočjo danes dobro razvite proteomike bi lahko identificirali kaspazne substrate, vednar gre za precej zamuden in kompleksen proces. Tekom raziskovanja so raziskovalci ugotovili, da so kaspaze zelo močno povezane s celično apoptozo. Med njimi je kaspaza-3 najpogostejša, lahko bi rekli tudi glavna spodnja efektorska molekula, ki lahko prenaša in ojača apoptotične signale in se zato uporablja kot tarča z namenom analitičnega prepoznavanja apoptoze. Da bi torej lahko v celicah zaznali koncentracijo efektorske kaspaze-3, so oblikovali biosenzor s hidrolitično aktivnostjo kratkega peptida DEVD, ki ga je le-ta sposobna prepoznati.<br /> <br /> Da bi bolje razumeli koncept zasnove biosenzorja se moramo seznati še z enim posebnim fizikalnim pojavom imenovanim Försterjev prenos resonančne energije (angl. Förster resonance energy transfer, FRET). Gre za pojav, pri katerem pride do energijskega prenosa med dvema svetlobno občutljivima molekulama, na primer kromoforjema. Sam proces prenosa energije poteka tako, da kromofor, ki je donor, v vzbujenem stanju prenese svojo energijo na drugi kromofor, v tem primeru je to akceptor, preko dipol-dipol interakcije[2]. Ideja je torej zasnovana na dveh kromoforjih (cyan-modro flurescirajoči protein (CFP) in rumeni flurescirajoči protein (YFP)), ki sta medseboj kovalentno povezana z linkerjem DEVD. V primeru, da je linker intakten, lahko eksitacija CFP vzbudi YFP pri valovni dolžini 525 nm. Če pa linker cepi kaspaza-3, se FRET izgubi in dobili bomo samo emisijo CFP pri 475 nm. V članku je bilo opisanih še nekaj drugih primerov proteinskih kompleksov, pri katerih se potem spremenijo same osnovne funkcijske lastnosti zaradi cepitve kaspapaze-3.<br /> <br /> Drugi primeri proteinskih kompleksov: <br /> <br /> - CA-GFP, ki je v osnovnem stanju neaktiven, ko pride do cepitve peptida DEVD, se povrne prvotna fluorescenca,<br /> <br /> - Ciklizirana luciferaza z vključkom DnaE inteina in zaporednja DEVD na različnih koncih -&gt; cepitev kaspaze-3 je povrnila encimsko aktivnost.<br /> <br /> Razviti so bili tudi drugi fluorescenčni senzorji, ki temeljijo na prostorski translokaciji ali pa na samosestavljanju. Vse izmed omenjenih metod so bile uporabljene za preučevanje apoptoze, vendar pa ob tem kažejo nekatere pomankljivosti, ki otežujejo razumevanje samega biološkega procesa. Pri testu z luciferazo je za ustvarjanje katalitične fluorescence potreben eksogen dodatek encima, kar je za sistem neugodno. Ne glede na to, da dobimo na koncu precej visok signal ob dodatku encima, lahko to predstavlja potencialno tveganje za natanek motenj fiziološkega stanja. Na drugi strani pa imamo endogene genetsko kodirane fluorescenčne proteinske biosenzorje, ki nimajo omenjenih težav, nastopajo pa druge omejitve, kot na primer nizka občutljivost in zapozneli čas odziva, kar je posledica daljšega zorenja fluorescence[1][3].<br /> <br /> ==mNeoGreen2==<br /> Ker je apoptoza skrajno pomemben proces, preko katerega lahko dobimo informacije o posameznih patoloških stanjih, so se odločili, da bodo do sedaj pridobljeno znanje združili in ustvarili nov biološki multikompeks mNeoGreen2. Gre za senzorični element, ki je občutljiv na cepitev s kaspazo-3 in katerega fluorescenca je 1,5-3 krat večja od GFP ali YFP. Primarno je protein fuziran s cepitvenim mestom za kaspazo (DEVD) in cikliziran preko regije Npu DnaE iz organizma Nostoc punctifrome z namenom, da se prepreči fluorescenca. Če je prisotna kaspaza-3, bo ta cepila mesto DEVD in omogočila linearizacijo proteina. Protein se bo potem konformacijsko spremenil tako, da se tvori osnovna struktura beta sodčka, s čimer se potem povrne aktivnost fluorescence. Za zmanjšanje fluorescence ozadja, je zaporedju dodana še PEST sekvenca, ki služi kot proteolitični signal[1].<br /> <br /> ==Optimiziranje biosenzorja==<br /> Tako kot pri vsakem procesu, so tudi tukaj želeli celoten sistem optimizirati do točke, kjer jim je to biosenzor omogočal. Do sedaj so že ugotovili, da je ciklični fluorescenčni protein mNeoGreen2 izgubil svojo aktivnost na račun popačenja strukture. Ena od stvari, ki jih je tudi zanimala je to, ali lahko s spreminjanjem dolžine proteina vplivamo na fluorescenco biosenzorja. V ta namen so potem na novo ustvarili N- in C-terminalne konstrukte in jih razcepili pri ostankih T144/ Y145, D158/K159 in N173/G174 z dodanimi fragmenti DnaE. <br /> <br /> Transfekcijo so izvedli v celicah HEK293T, ki so jih najprej gojili 18 ur, potem pa so jih stimulirali s staurosporinom (STS; reagent, ki inducira apoptozo). Slike celic so pridobili in analizirali z uporabo inststrumenta Cytation-3 vsake 2 uri. Ugotovili so, da so bili najbolj zadovoljivi rezultati pri konstruktu D158/K159, saj je ta potreboval najkrajši čas, da so lahko zaznali fluorescenco.<br /> V nadaljevanju so naredili še nekaj poskusov, kjer so ugotavljali, ali se bo morda funkcija biosenzorja spremenila tudi ob skrajšanju N- oziroma C-konca zaporedja. Ugotovili so, da skrajšanje na C-koncu zaporedja ne vpliva signifikantno na aktivnost biosenzorja, medtem ko skrajšanje na N-koncu zaporedja precej vpliva na intenziteto in čas zorenja fluorescence. Ugotovljeno je bilo, da je vzorec D2 najprimernejši, ker je imel najkrajši odzivni čas in prisotne je bilo zelo malo fluorescence ozadja[1].<br /> <br /> ==Karakerizacija biosenzorja za kaspazo-3==<br /> Tako kot pri vseh eksperimentih in poskusih, ki jih delamo, so tudi tukaj raziskovalci naredili za primerjavo negativno kontrolo, ki so jo poimenovali CK biosezor. Ta se od glavnega biosenzorja za zaznavanje kaspaze-3 razlikuje v tem, da ima drugačno cepitveno mesto, GSGC, katerega kaspaza-3 ne more cepiti. Ponovno so transfekcijo izvedli v celicah HEK293T, katere so potem stimulirali z dodatkom STS ali Z-VAD-fmk, ki je inhibitor kaspaze-3 ali pa z obema reagentoma. Ugotovljeno je bilo, da celice fluorescirajo tudi brez dodatka STS, kar je pričakovano, saj je apoptoza spontan in normalen proces. Dodatek STS povzroči močno fluorescenco, če dodamo Z-VAD-fmk pa popolnoma inhibiramo apoptozo. Zamenjava zaporednja iz DEVD v GSGC, ki predstavlja cepitveno mesto za kaspazo-3, ne daje fluorescence, zato lahko sklepamo, da kaspaza-3 ni delovala. Eksperimentalni podatki so pokazali tudi, da se fluorescenca pojavi že po 20 minutah, ko se pričnejo začetni procesi apoptoze. To dejstvo torej dokazuje, da lahko s pomočjo tega biosenzorja merimo apoptozo še preden so inducira nastanek apoptotskih telesc[1].<br /> <br /> ==Razširjena uporaba biosenzorja==<br /> Ker so študijo želeli razširiti še na realne vzorce, so biosenzor mNeoGreen2 uporabili za namen indikacije tumorskih celic po stimulaciji z TNF-α, po zdravljenju s kemoterapevtiki in za namen presejalnih testov v primeru virusa Zika. Najprej so biosenzor skušali stabilno izraziti v celicah HeLa in MCF-7 , kjer so želeli preveriti ali se aktivnost biosenzorja povrne ob dodatku TNF-α. Celicam so dodali tudi določeno koncentracijo cikloheksimida. Rezultati so pokazali, da so celice, ki niso bile stimuirane z TNF-α, imele zanemarljivo fluorescenco v primerjavi s tistimi, katerim je bil dodan TNF-α, kar je bilo za pričakovati. Uspeli so dokazati tudi, da lahko opazujejo apoptozo v celicah MCF-7, ki nimajo prisotne kaspaze-3, imajo pa prisotno kaspazo-7, ki spada v družino podobnim kaspazam-3. <br /> <br /> Povezavo med apoptozo in kemoterapevtiki so testirali s tremi protitumorskimi zdravili: 5-fluorouracil (5-FU), ki vpliva na sintezo nukleinskih kislin, docetaksel, ki moti sintezo proteinov in doksorubicin, ki inhibira sintezo RNA in DNA. Preučevali so torej potencial treh zdravil kako vpliva na induciranje apoptoze. Pri 5-FU so ugotovili, da inducira apoptozo pri HeLa celicah, na MCF-7 celice pa nima nobenega vpliva. Podoben trend učinka so zaznali pri doksorubicinu, večji vpliv je imel na celice HeLa. Precej zanimivo pa je bilo dejstvo, da je docetaksel imel obraten učinek na vrsto celic, večji učinek je bil na celice MCF-7. Iz ugotovitev in eksperimentov lahko sklepamo, da je apoptoza celic HeLa in MCF-7 precej odvisna od tipa celic in same koncentracije zdravila. <br /> <br /> Tudi pri virusu Zika so prišli do končnega sklepa, kjer so ugotovili, da lahko virus inducira apoptozo HeLa celic, hkrati pa pri tem biosenzor zagotavlja zelo dober način zaznave fiziološkega procesa na katerem bodo lahko bazirale sodobne tehnike fluorescenčnega aktivnega sortiranja celic (FACS)[1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> [1] R. Gong, D. Wang, G. Abbas, S. Li, Q. Liu, M. Cui, X. E. Zhang: A Switch-on Molecular Biosensor for Detection of Caspase-3 and Imaging of Apoptosis of Cells. Sci. China Life Sci. 2022, 65, 540–549.<br /> <br /> [2] Förster resonance energy transfer - Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Förster_resonance_energy_transfer (accessed May 23, 2022).<br /> <br /> [3] S. J. Martin: Caspases: Executioners of Apoptosis. Pathobiol. Hum. Dis. A Dyn. Encycl. Dis. Mech. 2014, 16, 145–152.</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2021/22&diff=20952 2022-05-23T19:58:26Z

<p>Ekozole: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2021/22 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatori%C4%8Dni_pristopi_pri_na%C4%8Drtovanju_medproteinskih_interakcij%2C_uravnavanih_s_svetlobnimi_stikali Kombinatorični pristopi pri načrtovanju medproteinskih interakcij, uravnavanih s svetlobnimi stikali] (Neža Žerjav)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/De_novo_na%C4%8Drtovanje_transkripcijskega_faktorja_za_uporabo_v_progesteronskem_biosenzorju ''De novo'' načrtovanje transkripcijskega faktorja za uporabo v progesteronskem biosenzorju] (Polona Skrt)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prozdravila_na_osnovi_siRNA%2C_ki_aktivirajo_RNA-interferenco_kot_odziv_na_prisotnost_specifi%C4%8Dnega_RNA-biomarkerja Prozdravila na osnovi siRNA, ki aktivirajo RNA-interferenco kot odziv na prisotnost specifičnega RNA-biomarkerja] (Tina Zavodnik)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bifunkcionalno_optogenetsko_stikalo_za_izboljšanje_proizvodnje_šikimske_kisline_v_E._coli Bifunkcionalno optogenetsko stikalo za izboljšanje proizvodnje šikimske kisline v ''E. coli''] (Meta Kodrič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inžiniring_in_izkoriščanje_sintetične_alosterije_luciferaze_NanoLuc Inžiniring in izkoriščanje sintetične alosterije luciferaze NanoLuc] (Rebeka Dajčman)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularen_RNA_interferenčni_sistem_za_regulacijo_multipleksnih_genov Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov] (Marko Pavleković)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Označevanje_bioloških_celic_za_zanesljivo_celično_inženirstvo Označevanje bioloških celic za zanesljivo celično inženirstvo] (Neža Blaznik)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_biosenzorjem_usmerjen_inžiniring_Cupriavidus_necator_H16_za_avtotrofno_proizvodnjo_manitola Z biosenzorjem usmerjen inženiring ''Cupriavidus necator'' H16 za avtotrofno proizvodnjo manitola] (Teo Nograšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CelloSelect_%E2%80%93_sinteti%C4%8Dna_celobiozna_presnovna_pot_za_izbor_stabilnih_transgenih_celi%C4%8Dnih_linij_CHO CelloSelect – sintetična celobiozna presnovna pot za izbor stabilnih transgenih celičnih linij CHO] (Nika Vegelj)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hipersensitiven_genetsko_kodiran_fluorescen%C4%8Dni_indikator_%28roGFP2-Prx1%29_za_kontinuirno_merjenje_znotrajceli%C4%8Dnega_H2O2_med_mikro-kultivacijo_celic#Literatura Hipersensitiven genetsko kodiran fluorescenčni indikator (roGFP2-Prx1) za kontinuirno merjenje znotrajceličnega H2O2 med mikro-kultivacijo celic] (Eva Kanalec)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zasnova_in_karakterizacija_s_salicilno_kislino_induciranega_genskega_ekspresijskega_sistema_za_celice_Jurkat Zasnova in karakterizacija s salicilno kislino induciranega genskega ekspresijskega sistema za celice Jurkat] (Tina Arnšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularni_sinteti%C4%8Dni_kromosomi_kot_novo_orodje_za_in%C5%BEenirstvo_metabolizma Modularni sintetični kromosomi kot novo orodje za inženirstvo metabolizma] (Špela Kladnik)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteti%C4%8Dni_mikrobni_konzorcij_za_biosintezo_2-keto-L-glukonske_kisline_%282-KLG%29 Sintetični mikrobni konzorcij za biosintezo 2-keto-L-glukonske kisline (2-KLG)] (Anastasija Nechevska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Računalništvo_znotraj_bakterij:_Programiranje_bakterijskega_obnašanja_s_pomočjo_plazmida,_ki_kodira_perceptronsko_nevronsko_mrežo Računalništvo znotraj bakterij: Programiranje bakterijskega obnašanja s pomočjo plazmida, ki kodira perceptronsko nevronsko mrežo] (Tevž Levstek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Genetsko_vezje_na_osnovi_rekombinaze_za_spremljanje_težkih_kovin Genetsko vezje na osnovi rekombinaze za spremljanje težkih kovin] (Mija Šulin)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_biosenzor_za_zaznavanje_kaspaze-3_in_detekcijo_apoptoze Molekularni biosenzor za zaznavanje kaspaze-3 in detekcijo apoptoze] (Evgen Kozole)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) &lt;br&gt;<br /> <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MIBOM_-_biokompatibilni_material_iz_školjk MIBOM - biokompatibilni material iz školjk] (Manca Osolin) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BOOM_V_-_bakterijski_membranski_vezikli_za_zaščito_rastlin_pred_patogeni BOOM V - bakterijski membranski vezikli za zaščito rastlin pred patogeni] (Eva Gartner) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LET.IT.BEE_-_paradižnik,_katerega_cvetovi_razgradijo_insekticid LET.IT.BEE - paradižnik, katerega cvetovi razgradijo insekticid] (Barbara Jaklič) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kissed_by_light_-_sistem_proti_oku%C5%BEbi_opeklin Kissed by light - sistem proti okužbi opeklin] (Nina Varda)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gutail_Floractory_-_probiotične_bakterije_za_zaščito_črevesja_pred_vnetji Gutail Floractory - probiotične bakterije za zaščito črevesja pred vnetji] (Karmen Mlinar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/AptaVita_-_diagnostika_pomanjkanja_vitaminov_z_aptacimi AptaVita - diagnostika pomanjkanja vitaminov z aptacimi] (Valeriya Musina)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/P.L.A.N.T._-_rastlinski_detekcijski_sistem_za_bojne_strupe P.L.A.N.T. - rastlinski detekcijski sistem za bojne strupe] (Tina Logonder)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kolorimetrični_sistem_za_zaznavanje_virusov_na_podlagi_G_-_kvadrupleksov Kolorimetrični sistem za zaznavanje virusov na podlagi G-kvadrupleksov] (Nastja Feguš)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aprifreeze Aprifreeze - zaščita marelic pred spomladanskimi pozebami] (Laura Gašperšič) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OpenPlast_-_kloroplastni_brezcelični_sistemi_za_hitrejšo_karakterizacijo_genetskih_delov OpenPlast - kloroplastni brezcelični sistemi za hitrejšo karakterizacijo genetskih delov] (Kim Glavič) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PHEAST_-_P._pastoris_za_odstranjevanje_metana PHEAST - ''P. pastoris'' za odstranjevanje metana] (Ana Potočnik) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ELIXIO_-Mikrobni_konzorcij_za_vonj_po_vijolicah ELIXIO Mikrobni konzorcij za vonj po vijolicah] (Ajda Godec) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Agrobactory_593_-_Modularna_bakterijska_platforma_za_pripravo_biopesticidov Agrobactory 593 - Modularna bakterijska platforma za pripravo biopesticidev] (Tim Nograšek) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CyaSalt_-_metoda_za_razsoljevanje_morskih_voda] (Michelle Oletič) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PRYSM_-_s svetlobo regulirane kvasovke PRYSM_-_s svetlobo regulirane kvasovke] (Nika Malečkar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Remi,_du_et!_-_bioremediacija_razlitij_nafte Remi, du et! - bioremediacija razlitij nafte] (Jošt Hren)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Minicelice_kot_proizvodna_platforma Minicelice kot proizvodna platforma] (Mladen Davidovikj)<br /> ----<br /> <br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularni_biosenzor_za_zaznavanje_kaspaze-3_in_detekcijo_apoptoze&diff=20951 2022-05-23T19:57:00Z

<p>Ekozole: New page: Izhodiščni članek:[https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-021-1986-7 A switch-on molecular biosensor for detection of caspase-3 and imaging of apoptosis of cells] ==Uvod== Ed...</p> <hr /> <div>Izhodiščni članek:[https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-021-1986-7 A switch-on molecular biosensor for detection of caspase-3 and imaging of apoptosis of cells]<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Eden pomembnejših fizioloških procesov za živalske celice je zagotovo kontrolirana celična smrt ali apoptoza, ki sodeluje pri rasti, delitvi in diferenciaciji celic ter povzroča številne spremembe v morfologiji in presnovi. V nasprotju z nekrozo, tj. patološka celična smrt, je apoptoza kontrolirana in ne privede do vnetnega odziva. Gre torej za uravnan proces, ki je potreben, saj se s tem odstranjujejo celice iz organizma, ki so potencialno okužene, imajo poškodovano DNA, so rakasto spremenjene ali pa so organizmu odvečne. Disregulacija apoptoze lahko povzroči številne bolezni, kot so Alzheimerjeva bolezen, Huntingtonova bolezen in še vrsto drugih avtoimunih bolezni. Pomembno je torej razumeti sam fiziološki mehanizem apoptoze z namenom, da bi v nadaljevanju pravočasno odkrili in zdravili določene bolezni. <br /> <br /> Kot nam je že vsem znano lahko apoptoza poteka na dva različna načina. Poznamo intrinzično in ekstrinzično pot. Kaspaza-3 ima zelo pomembno vlogo pri apoptozi, saj gre za efektorsko kaspazo, ki razgrajuje in vrši proces apoptoze. Signalizacija obeh poti poteka preko kaspaze-3, zato predstavlja dobro tarčo za raziskovalne namene[1].<br /> <br /> ==Koncept zasnove biosenzorja==<br /> Običajno se za odkrivanje apoptoze uporabljajo morfološke in biokemične metode, ki pa niso zadostne in dovolj natančne, da bi odražale realno stanje kakšni so apoptotski mehanizmi. S pomočjo danes dobro razvite proteomike bi lahko identificirali kaspazne substrate, vednar gre za precej zamuden in kompleksen proces. Tekom raziskovanja so raziskovalci ugotovili, da so kaspaze zelo močno povezane s celično apoptozo. Med njimi je kaspaza-3 najpogostejša, lahko bi rekli tudi glavna spodnja efektorska molekula, ki lahko prenaša in ojača apoptotične signale in se zato uporablja kot tarča z namenom analitičnega prepoznavanja apoptoze. Da bi torej lahko v celicah zaznali koncentracijo efektorske kaspaze-3, so oblikovali biosenzor s hidrolitično aktivnostjo kratkega peptida DEVD, ki ga je le-ta sposobna prepoznati.<br /> <br /> Da bi bolje razumeli koncept zasnove biosenzorja se moramo seznati še z enim posebnim fizikalnim pojavom imenovanim Försterjev prenos resonančne energije (angl. Förster resonance energy transfer, FRET). Gre za pojav, pri katerem pride do energijskega prenosa med dvema svetlobno občutljivima molekulama, na primer kromoforjema. Sam proces prenosa energije poteka tako, da kromofor, ki je donor, v vzbujenem stanju prenese svojo energijo na drugi kromofor, v tem primeru je to akceptor, preko dipol-dipol interakcije[2]. Ideja je torej zasnovana na dveh kromoforjih (cyan-modro flurescirajoči protein (CFP) in rumeni flurescirajoči protein (YFP)), ki sta medseboj kovalentno povezana z linkerjem DEVD. V primeru, da je linker intakten, lahko eksitacija CFP vzbudi YFP pri valovni dolžini 525 nm. Če pa linker cepi kaspaza-3, se FRET izgubi in dobili bomo samo emisijo CFP pri 475 nm. V članku je bilo opisanih še nekaj drugih primerov proteinskih kompleksov, pri katerih se potem spremenijo same osnovne funkcijske lastnosti zaradi cepitve kaspapaze-3.<br /> <br /> Drugi primeri proteinskih kompleksov: <br /> - CA-GFP, ki je v osnovnem stanju neaktiven, ko pride do cepitve peptida DEVD, se povrne prvotna fluorescenca, <br /> - Ciklizirana luciferaza z vključkom DnaE inteina in zaporednja DEVD na različnih koncih -&gt; cepitev kaspaze-3 je povrnila encimsko aktivnost.<br /> <br /> Razviti so bili tudi drugi fluorescenčni senzorji, ki temeljijo na prostorski translokaciji ali pa na samosestavljanju. Vse izmed omenjenih metod so bile uporabljene za preučevanje apoptoze, vendar pa ob tem kažejo nekatere pomankljivosti, ki otežujejo razumevanje samega biološkega procesa. Pri testu z luciferazo je za ustvarjanje katalitične fluorescence potreben eksogen dodatek encima, kar je za sistem neugodno. Ne glede na to, da dobimo na koncu precej visok signal ob dodatku encima, lahko to predstavlja potencialno tveganje za natanek motenj fiziološkega stanja. Na drugi strani pa imamo endogene genetsko kodirane fluorescenčne proteinske biosenzorje, ki nimajo omenjenih težav, nastopajo pa druge omejitve, kot na primer nizka občutljivost in zapozneli čas odziva, kar je posledica daljšega zorenja fluorescence[1][3].<br /> <br /> ==mNeoGreen2==<br /> Ker je apoptoza skrajno pomemben proces, preko katerega lahko dobimo informacije o posameznih patoloških stanjih, so se odločili, da bodo do sedaj pridobljeno znanje združili in ustvarili nov biološki multikompeks mNeoGreen2. Gre za senzorični element, ki je občutljiv na cepitev s kaspazo-3 in katerega fluorescenca je 1,5-3 krat večja od GFP ali YFP. Primarno je protein fuziran s cepitvenim mestom za kaspazo (DEVD) in cikliziran preko regije Npu DnaE iz organizma Nostoc punctifrome z namenom, da se prepreči fluorescenca. Če je prisotna kaspaza-3, bo ta cepila mesto DEVD in omogočila linearizacijo proteina. Protein se bo potem konformacijsko spremenil tako, da se tvori osnovna struktura beta sodčka, s čimer se potem povrne aktivnost fluorescence. Za zmanjšanje fluorescence ozadja, je zaporedju dodana še PEST sekvenca, ki služi kot proteolitični signal[1].<br /> <br /> ==Optimiziranje biosenzorja==<br /> Tako kot pri vsakem procesu, so tudi tukaj želeli celoten sistem optimizirati do točke, kjer jim je to biosenzor omogočal. Do sedaj so že ugotovili, da je ciklični fluorescenčni protein mNeoGreen2 izgubil svojo aktivnost na račun popačenja strukture. Ena od stvari, ki jih je tudi zanimala je to, ali lahko s spreminjanjem dolžine proteina vplivamo na fluorescenco biosenzorja. V ta namen so potem na novo ustvarili N- in C-terminalne konstrukte in jih razcepili pri ostankih T144/ Y145, D158/K159 in N173/G174 z dodanimi fragmenti DnaE. <br /> <br /> Transfekcijo so izvedli v celicah HEK293T, ki so jih najprej gojili 18 ur, potem pa so jih stimulirali s staurosporinom (STS; reagent, ki inducira apoptozo). Slike celic so pridobili in analizirali z uporabo inststrumenta Cytation-3 vsake 2 uri. Ugotovili so, da so bili najbolj zadovoljivi rezultati pri konstruktu D158/K159, saj je ta potreboval najkrajši čas, da so lahko zaznali fluorescenco.<br /> V nadaljevanju so naredili še nekaj poskusov, kjer so ugotavljali, ali se bo morda funkcija biosenzorja spremenila tudi ob skrajšanju N- oziroma C-konca zaporedja. Ugotovili so, da skrajšanje na C-koncu zaporedja ne vpliva signifikantno na aktivnost biosenzorja, medtem ko skrajšanje na N-koncu zaporedja precej vpliva na intenziteto in čas zorenja fluorescence. Ugotovljeno je bilo, da je vzorec D2 najprimernejši, ker je imel najkrajši odzivni čas in prisotne je bilo zelo malo fluorescence ozadja[1].<br /> <br /> ==Karakerizacija biosenzorja za kaspazo-3==<br /> Tako kot pri vseh eksperimentih in poskusih, ki jih delamo, so tudi tukaj raziskovalci naredili za primerjavo negativno kontrolo, ki so jo poimenovali CK biosezor. Ta se od glavnega biosenzorja za zaznavanje kaspaze-3 razlikuje v tem, da ima drugačno cepitveno mesto, GSGC, katerega kaspaza-3 ne more cepiti. Ponovno so transfekcijo izvedli v celicah HEK293T, katere so potem stimulirali z dodatkom STS ali Z-VAD-fmk, ki je inhibitor kaspaze-3 ali pa z obema reagentoma. Ugotovljeno je bilo, da celice fluorescirajo tudi brez dodatka STS, kar je pričakovano, saj je apoptoza spontan in normalen proces. Dodatek STS povzroči močno fluorescenco, če dodamo Z-VAD-fmk pa popolnoma inhibiramo apoptozo. Zamenjava zaporednja iz DEVD v GSGC, ki predstavlja cepitveno mesto za kaspazo-3, ne daje fluorescence, zato lahko sklepamo, da kaspaza-3 ni delovala. Eksperimentalni podatki so pokazali tudi, da se fluorescenca pojavi že po 20 minutah, ko se pričnejo začetni procesi apoptoze. To dejstvo torej dokazuje, da lahko s pomočjo tega biosenzorja merimo apoptozo še preden so inducira nastanek apoptotskih telesc[1].<br /> <br /> ==Razširjena uporaba biosenzorja==<br /> Ker so študijo želeli razširiti še na realne vzorce, so biosenzor mNeoGreen2 uporabili za namen indikacije tumorskih celic po stimulaciji z TNF-α, po zdravljenju s kemoterapevtiki in za namen presejalnih testov v primeru virusa Zika. Najprej so biosenzor skušali stabilno izraziti v celicah HeLa in MCF-7 , kjer so želeli preveriti ali se aktivnost biosenzorja povrne ob dodatku TNF-α. Celicam so dodali tudi določeno koncentracijo cikloheksimida. Rezultati so pokazali, da so celice, ki niso bile stimuirane z TNF-α, imele zanemarljivo fluorescenco v primerjavi s tistimi, katerim je bil dodan TNF-α, kar je bilo za pričakovati. Uspeli so dokazati tudi, da lahko opazujejo apoptozo v celicah MCF-7, ki nimajo prisotne kaspaze-3, imajo pa prisotno kaspazo-7, ki spada v družino podobnim kaspazam-3. <br /> <br /> Povezavo med apoptozo in kemoterapevtiki so testirali s tremi protitumorskimi zdravili: 5-fluorouracil (5-FU), ki vpliva na sintezo nukleinskih kislin, docetaksel, ki moti sintezo proteinov in doksorubicin, ki inhibira sintezo RNA in DNA. Preučevali so torej potencial treh zdravil kako vpliva na induciranje apoptoze. Pri 5-FU so ugotovili, da inducira apoptozo pri HeLa celicah, na MCF-7 celice pa nima nobenega vpliva. Podoben trend učinka so zaznali pri doksorubicinu, večji vpliv je imel na celice HeLa. Precej zanimivo pa je bilo dejstvo, da je docetaksel imel obraten učinek na vrsto celic, večji učinek je bil na celice MCF-7. Iz ugotovitev in eksperimentov lahko sklepamo, da je apoptoza celic HeLa in MCF-7 precej odvisna od tipa celic in same koncentracije zdravila. <br /> <br /> Tudi pri virusu Zika so prišli do končnega sklepa, kjer so ugotovili, da lahko virus inducira apoptozo HeLa celic, hkrati pa pri tem biosenzor zagotavlja zelo dober način zaznave fiziološkega procesa na katerem bodo lahko bazirale sodobne tehnike fluorescenčnega aktivnega sortiranja celic (FACS)[1].<br /> <br /> ==Literatura==<br /> [1] R. Gong, D. Wang, G. Abbas, S. Li, Q. Liu, M. Cui, X. E. Zhang: A Switch-on Molecular Biosensor for Detection of Caspase-3 and Imaging of Apoptosis of Cells. Sci. China Life Sci. 2022, 65, 540–549.<br /> <br /> [2] Förster resonance energy transfer - Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Förster_resonance_energy_transfer (accessed May 23, 2022).<br /> <br /> [3] S. J. Martin: Caspases: Executioners of Apoptosis. Pathobiol. Hum. Dis. A Dyn. Encycl. Dis. Mech. 2014, 16, 145–152.</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Natan%C4%8Dnost_replikacije_koronavirusne_RNA&diff=19451 2021-07-23T08:14:42Z

<p>Ekozole: </p> <hr /> <div>==Uvod==<br /> Bistvo vsakega virusa, katerega lahko uvrstimo med parazitske organizme, je da si najde ustrezen gostiteljski organizem, kjer se bo lahko uspešno razmnoževal in širil naprej. Takšni virusi so zagotovo tudi koronavirusi, ki so veliki RNA virusi z ovojnico in spadajo v večjo naddružino imenovano ''Nidovirales''. Pri ljudeh povzročajo številne bolezni, kot so akutni respiratorni sindrom (SARS) in druge okužbe dihal in prebavil. Koronavirusi zapisujejo v svojem genomu 16 nestrukturnih proteinov. Odkrili so, da nestrukturni protein 14 (nsp14) koronavirusov vsebuje oziroma zapisuje 3'- 5' eksoribonukelanzo aktivnost ali ExoN na kratko. ExoN akivnost je encimska aktivnost, ki vpliva na razgradnjo RNA tako, da poteče cepitev na 3' koncu. Pri tem se odcepijo posamezni nukleotidi. <br /> <br /> ==Značilnosti koronavirusne RNA==<br /> Struktura koronavirusnega genoma je za vse predstavnike te družine podobna, gre za viruse z pozitivno usmerjeno enoverižno RNA, katera je nesegmentirana in dolga 27-32 kb. Če govorimo specifično o strukturi SARS-CoV-2 je sestavljena iz gena 1, ki kodira vse proteine pomembne za replikacijo in transkripcijo. Geni 2-9 pa zapisujejo strukturne in pomožne proteine, ki se prepisujejo ločeno iz subgenomskih mRNA (sgRNA). <br /> <br /> RNA virusi zaradi visoke stopnje napak pri razmnoževanju obstajajo kot »kvazivrste«, ki jih opredeljujemo kot »vrste sorodnih genotipov«. Dokazano je, da prihaja tekom evolucije večkrat do mutacij v kvazivrstah kot v primarnih oziroma originalnih genomih, zato je tako zelo različnih patogenih učinkov. <br /> <br /> ==Podvojevanje, prepisovanje in prevajanje koronavirusne RNA==<br /> Konceptualno ločimo dva dela sinteze koronavirusne RNA: replikacija (podvojevanje) genoma in subgenomska RNA transkripcija (prepisovanje). Pri genomski replikaciji je pozitivno usmerjena RNA veriga prepisana v negativno usmerjeno RNA verigo, saj se na ta način doseže večje število na novo podvojenih pozitivnih verig iz predhodno nastale negativne verige. Posebnost koronavirusov je, da lahko poleg na novo sintetiziranega genoma ustvarijo tudi nekakšen 3' ugnezden niz subgenomskih mRNA iz katerih se potem sintetizirajo strukturni in pomožni proteini. Vsaka subgenomska mRNA vebuje približno 70 začetnih nukletotidov , ki so del 5' vodilnega zaporedja.<br /> <br /> ===TRS===<br /> Med transkripcijo, ko se prepisuje negativno usmerjena veriga, virusna RdRp prepozna za virus specifična ohranjena zaporedja, ki se imenujejo transkripcijska regulatorna zaporedja ali TRS, ta se nahajajo navzgor od vsakega odprtega bralnega okvirja subgenomske mRNA. Na tej točki polimeraza bodisi prebere skozi do naslednjega TRS-ja ali pa bodisi disociira iz predloge verige in se nato ponovno poveže z vodilnim TRS ( ta se nahaja v 5'UTR) in zaključi sintezo subgenomske RNA negativne verige, ki vsebujejo antileader RNA (po velikosti ekvivalentne vsaki virusni mRNA). Te subgenomske negativne verižne RNA nato delujejo kot glavne predloge za proizvodnjo subgenomskih mRNA, ki so 3'-koterminalne in imajo vse vodilno zaporedje iz približno 70 začetnih nukleotidov iz 5' vodilnega zaporedja. Zaradi tega transkripcijskega mehanizma lahko spremembe v zaporedjih TRS tudi vplivajo na učinkovitost replikacije virusa. <br /> ===RdRp===<br /> Od RNA odvisna RNA polimeraza ali RdRp, ki jo zapisuje nestrukturni protein12, predstavlja centralno komponento replikacijsko-transkripcijskega kompleksa ali RTC. Ta je primarno odgovoren za podvojevanje virusne RNA. Njegova druga naloga pa je prepisovanje subgenomskih mRNA, katere zapisujejo strukturne in podporne proteine. Nsp12 ne deluje samostojno ampak potrebuje še zraven nsp7 in nsp8, ki delujeta kot kofaktorja. Strukturo trimernega kompleksa (nsp12-nsp7-nsp8) so določili s pomočjo krioelektronske mikroskopije. <br /> Če se osredotočimo na nsp12 SARS-Cov2. Zabeleženo je bilo, da ima RdRp domeno, ki je podobna strukturi nekakšne »desne roke«, kar je značilno za polimeraze. Poleg tega motiva je bil v strukturi prisoten tudi nekakšen podaljšek na N-končni domeni, ki pa je značilnost za ''Nidoviruse'' z nukleotidiltransferazno aktivnostjo.<br /> <br /> ===Nsp14-ExoN===<br /> Koronavirusni nestrukturni protein 14 (nsp14) je večnamenski protein z aktivnostmi eksoribonukleaze in metiltransferaze.<br /> Bioinformatična napoved domnevne eksoribonukleaze (ExoN), kodirane v replikaznem nsp14 vseh koronavirusov, je privedla do ugibanj, da ExoN deluje pri lektoriranju med razmnoževanjem. Ta pridobljen ExoN s predhodnim virusom je ključnega pomena za širitev in vzdrževanje velikega števila koronavirusnih genomov. <br /> Amino-terminalna polovica (59-kDa) nsp14 vključuje 3′-do-5′ ExoN motive I (DE), II (D) in III (D), ki so bili prvotno identificirani v celičnih encimih superdružine DEDD, vključno s tistimi, ki katalizirajo lektoriranje DNA. Dokazano je, da ima bakterijsko izraženi SARS-CoV nestrukturni protein 14 3'- do 5' ExoN aktivnost in vitro. Alaninska substitucija ostankov DE-DD pa močno poslabša ali odpravi to dejavnost. Znotrajcelična RNA cilja na dejavnost ExoN-a, verjetno pa vključuje tudi vmesne virusne RNA. Pomembno je omeniti, da lahko vključuje tudi celične mRNA, nekodirajoče RNA in/ali mikroRNA, ki kodirajo ali uravnavajo kritične protivirusne aktivnosti med okužbo. Karboksi-terminalna polovica nsp14 ima tudi metiltransferazno aktivnost (kodira novo funkcijo N7-metiltransferaze) ter neodvisne funkcije pri sintezi RNA in virulence pri živalih.<br /> <br /> ==Nsp14-ExoN je potreben za natančnost replikacije==<br /> V laboratorijskih raziskavah z mišjim virusom hepatitisa MHV (M-ExoN) in SARS-CoV (S-ExoN) so zamenjali alanin pri DE motivu I kar je omogočilo obnovitev mutantov s skromnimi replikacijskimi napakami v primerjavi z divjimi oblikami teh virusov. To je pokazalo, da funkcionalna ExoN aktivnost ni nujno potrebna za replikacijo v kulturi. Sekvenciranje je pokazalo 12- do 20-kratno povečanje frekvence mutacije in do 14-kratno povečanje hitrosti mutacije kot primerljivo izolirani in zaporedni divji tip MHV ali SARS-CoV. M-ExoN in S -ExoN imata podobne mutatorske fenotipe na visoki ravni, od 5 do 20-krat večje od tistih, ki so jih opazili pri drugih virusih RNA pri istih pogojih.<br /> <br /> M-ExoN ima ocenjeno stopnjo mutacije, podobno kot drugi znani virusi RNK divjega tipa, medtem ko ima divji tip MHV v resnici 15-krat manjšo stopnjo mutacije kot drugi virusi RNK, kar kaže na to, da ExoN podvaja replikacijo genoma CoV v zelo visoki meri. Ta rezultat je bil v skladu s predvidevanji, da bo za stabilnost velikih genov RNA morda potreben ExoN. Da bi preverili, ali bi te ugotovitve lahko uporabili v različnih koronavirusih, so bile študije opravljene tudi s S-ExoN. Rezultati so pokazali 21-kratno povečanje frekvence mutacije in 14-kratno povečanje hitrosti mutacije med genomi S-ExoN v primerjavi z maso SARS-CoV. Tako za S-ExoN kot za M-ExoN so bile mutacije porazdeljene po genomih brez statistične pristranskosti za regije genoma, za vrsto mutacije (položaj kodona, transverzija, prehod) ali za sinonimne, nesinonimne ali nekodirajoče mutacije. Analiza je bila izvedena le na populacijah, ki so sposobne za replikacijo in je zato izključila smrtonosne ali globoko škodljive posamezne ali kombinirane mutacije. Tako rezultati verjetno predstavljajo zelo malo število vseh možnih mutacij, ki bi jih zaznali pri analizi celotnih virusnih genov.<br /> <br /> ==ExoN: Stroj za lektoriranje RNA?==<br /> Vse raziskave trdijo k dejstvu, da nsp14-ExoN neposredno posreduje ali sodeluje pri preprečevanju ali popravljanju mutacij.<br /> Mogoče je, da je vključitev nsp14-ExoN v koronaviruse omogočila razširitev genoma in je bila potem potrebna za vzdrževanje velikega in kompleksnega genoma. <br /> <br /> V tem primeru ostaja osrednje neodgovorjeno raziskovalno vprašanje: &lt;u&gt;s kakšnim mehanizmom nsp14 povečuje zvestobo replikacije?&lt;/u&gt; Obstaja več možnih modelov, vsak se lahko pojavi sam ali v kombinaciji kot funkcije nsp14 ali z drugimi replikaznimi proteini. <br /> <br /> '''(1)''' Nsp14 ExoN lahko neposredno posreduje lektoriranje RNA. To bi bilo analogno lektoriranju DNA, kadar eksonukleazno aktivnost pogosto zagotavlja podenota, ki se razlikuje od aktivnosti polimeraze. V zvezi s tem je opazno, da tudi eksonukleaze za lektoriranje DNA spadajo v naddružino DE-D-D. <br /> <br /> '''(2)''' Nsp14 bi lahko spodbudil lastno domnevno 3'-do-5 'ExoN aktivnost RdRp. To bi bilo podobno lektoriranju RNA med celično transkripcijo z evkariontsko RNA pol II in bakterijskim RNAP.<br /> <br /> '''(3)''' Nsp14 bi lahko povečalo zvestobo RdRp z alosteričnim učinkom, ki bi preko RdRp prenašal konformacijske spremembe. Čeprav precedenčni primer v lektoriranju DNA ali RNA ni očiten, obstajajo številni primeri alostrije kofaktor-encim. <br /> <br /> '''(4)''' Nsp14-ExoN bi lahko sodeloval pri popravilu z rekombinacijo RNA. Glede na to, da je visokofrekvenčna homologna rekombinacija v obliki diskontinuirane transkripcije osrednjega pomena za izražanje genov za nidovirus in da so mutanti ExoN človeškega CoV-229E spremenili podgenomska razmerja mRNA in motnje gibljivosti, je smiselno predlagati, da se subgenomska transkripcija in rekombinacija morda razvila pri koronavirusih in da je nestrukturni protein 14- ExoN ključen pri tem procesu. <br /> <br /> Najverjetnejši model je, da nsp14 sodeluje z drugimi encimi koronavirusa in s tem tvori kompleks, ki sodeluje pri prepoznavanju in popravljanju napak. Čeprav je bilo doslej samo nsp14 dokazano, da hidrolizira nukleotide le na 3' koncu RNA, bi zaporedno delovanje nsp15-EndoU in nsp14-ExoN teoretično omogočilo odstranitev notranjih, neusklajenih nukleotidov. Torej, medtem ko lahko nsp14 olajša korekcijo ostankov le na naraščajočem koncu rajajoče se verige RNA, bi lahko medsebojna interakcija nsp15 in nsp14 olajšala korekcijo ostankov na drugih mestih in verjetno v molekulah polne dolžine, ki ne nastajajo več. Končno, koronavirusi šifrirajo metiltransferazo (nsp16), ki posebej sodeluje z nsp14 za metilacijo kapice in bi lahko sodelovala tudi pri zvestobi ali drugih modifikacijah RNA katere omogočajo širitev genoma koronavirusa.<br /> <br /> ==Viri in literatura==<br /> * M. R. Denison, R. L. Graham, E. F.Donaldson, L. D. Eckerle, E. S. Baric: Coronaviruses: An RNA proofreading machine regulates replication fidelity and diversity. RNA Biology. 2011. 2. str. 270-279.<br /> * E. Wit, N. Doremalen, D. Falzarano, V. J. Munster: SARS and MERS: recent insights into emerging coronaviruses. Nature Reviews Microbiology. 2016. 14. str. 523-534.<br /> * E. Minskaia, T. Hertzig, A. E. Gorbalenya, V. Campanacci, C. Cambillau, B. Canard, J. Ziebuhr: Discovery of an RNA virus 3'-5' exoribonuclease that is critically involved in coronavirus RNA synthesis. National Academy of Sciences. 2006. vol. 103, no. 13, str. 5108-5113.<br /> * Y. Gao, L. Yan, Y. Huang, F. Liu, Y. Zhao, L. Cao, T. Wang in sodelavci. Structure of the RNA-dependent RNA polymerase from COVID-19 virus. Science 10.1126/science.abb7498 (2020)<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Natan%C4%8Dnost_replikacije_koronavirusne_RNA&diff=19450 2021-07-23T08:06:33Z

<p>Ekozole: </p> <hr /> <div>==Uvod==<br /> Bistvo vsakega virusa, katerega lahko uvrstimo med parazitske organizme, je da si najde ustrezen gostiteljski organizem, kjer se bo lahko uspešno razmnoževal in širil naprej. Takšni virusi so zagotovo tudi koronavirusi, ki so veliki RNA virusi z ovojnico in spadajo v večjo naddružino imenovano ''Nidovirales''. Pri ljudeh povzročajo številne bolezni, kot so akutni respiratorni sindrom (SARS) in druge okužbe dihal in prebavil. Koronavirusi zapisujejo v svojem genomu 16 nestrukturnih proteinov. Odkrili so, da nestrukturni protein 14 (nsp14) koronavirusov vsebuje oziroma zapisuje 3'- 5' eksoribonukelanzo aktivnost ali ExoN na kratko. ExoN akivnost je encimska aktivnost, ki vpliva na razgradnjo RNA tako, da poteče cepitev na 3' koncu. Pri tem se odcepijo posamezni nukleotidi. <br /> <br /> ==Značilnosti koronavirusne RNA==<br /> Struktura koronavirusnega genoma je za vse predstavnike te družine podobna, gre za viruse z pozitivno usmerjeno enoverižno RNA, katera je nesegmentirana in dolga 27-32 kb. Če govorimo specifično o strukturi SARS-CoV-2 je sestavljena iz gena 1, ki kodira vse proteine pomembne za replikacijo in transkripcijo. Geni 2-9 pa zapisujejo strukturne in pomožne proteine, ki se prepisujejo ločeno iz subgenomskih mRNA (sgRNA). <br /> <br /> RNA virusi zaradi visoke stopnje napak pri razmnoževanju obstajajo kot »kvazivrste«, ki jih opredeljujemo kot »vrste sorodnih genotipov«. Dokazano je, da prihaja tekom evolucije večkrat do mutacij v kvazivrstah kot v primarnih oziroma originalnih genomih, zato je tako zelo različnih patogenih učinkov. <br /> <br /> ==Podvojevanje, prepisovanje in prevajanje koronavirusne RNA==<br /> Konceptualno ločimo dva dela sinteze koronavirusne RNA: replikacija (podvojevanje) genoma in subgenomska RNA transkripcija (prepisovanje). Pri genomski replikaciji je pozitivno usmerjena RNA veriga prepisana v negativno usmerjeno RNA verigo, saj se na ta način doseže večje število na novo podvojenih pozitivnih verig iz predhodno nastale negativne verige. Posebnost koronavirusov je, da lahko poleg na novo sintetiziranega genoma ustvarijo tudi nekakšen 3' ugnezden niz subgenomskih mRNA iz katerih se potem sintetizirajo strukturni in pomožni proteini. Vsaka subgenomska mRNA vebuje približno 70 začetnih nukletotidov , ki so del 5' vodilnega zaporedja.<br /> <br /> ===TRS===<br /> Med transkripcijo, ko se prepisuje negativno usmerjena veriga, virusna RdRp prepozna za virus specifična ohranjena zaporedja, ki se imenujejo transkripcijska regulatorna zaporedja ali TRS, ta se nahajajo navzgor od vsakega odprtega bralnega okvirja subgenomske mRNA. Na tej točki polimeraza bodisi prebere skozi do naslednjega TRS-ja ali pa bodisi disociira iz predloge verige in se nato ponovno poveže z vodilnim TRS ( ta se nahaja v 5'UTR) in zaključi sintezo subgenomske RNA negativne verige, ki vsebujejo antileader RNA (po velikosti ekvivalentne vsaki virusni mRNA). Te subgenomske negativne verižne RNA nato delujejo kot glavne predloge za proizvodnjo subgenomskih mRNA, ki so 3'-koterminalne in imajo vse vodilno zaporedje iz približno 70 začetnih nukleotidov iz 5' vodilnega zaporedja. Zaradi tega transkripcijskega mehanizma lahko spremembe v zaporedjih TRS tudi vplivajo na učinkovitost replikacije virusa. <br /> ===RdRp===<br /> Od RNA odvisna RNA polimeraza ali RdRp, ki jo zapisuje nestrukturni protein12, predstavlja centralno komponento replikacijsko-transkripcijskega kompleksa ali RTC. Ta je primarno odgovoren za podvojevanje virusne RNA. Njegova druga naloga pa je prepisovanje subgenomskih mRNA, katere zapisujejo strukturne in podporne proteine. Nsp12 ne deluje samostojno ampak potrebuje še zraven nsp7 in nsp8, ki delujeta kot kofaktorja. Strukturo trimernega kompleksa (nsp12-nsp7-nsp8) so določili s pomočjo krioelektroskopske mikroskopije. <br /> Če se osredotočimo na nsp12 SARS-Cov2. Zabeleženo je bilo, da ima RdRp domeno, ki je podobna strukturi nekakšne »desne roke«, kar je značilno za polimeraze. Poleg tega motiva je bil v strukturi prisoten tudi nekakšen podaljšek na N-končni domeni, ki pa je značilnost za ''Nidoviruse'' z nukleotidiltransferazno aktivnostjo.<br /> <br /> ===Nsp14-ExoN===<br /> Koronavirusni nestrukturni protein 14 (nsp14) je večnamenski protein z aktivnostmi eksoribonukleaze in metiltransferaze.<br /> Bioinformatična napoved domnevne eksoribonukleaze (ExoN), kodirane v replikaznem nsp14 vseh koronavirusov, je privedla do ugibanj, da ExoN deluje pri lektoriranju med razmnoževanjem. Ta pridobljen ExoN s predhodnim virusom je ključnega pomena za širitev in vzdrževanje velikega števila koronavirusnih genomov. <br /> Amino-terminalna polovica (59-kDa) nsp14 vključuje 3′-do-5′ ExoN motive I (DE), II (D) in III (D), ki so bili prvotno identificirani v celičnih encimih superdružine DEDD, vključno s tistimi, ki katalizirajo lektoriranje DNA. Dokazano je, da ima bakterijsko izraženi SARS-CoV nestrukturni protein 14 3'- do 5' ExoN aktivnost in vitro. Alaninska substitucija ostankov DE-DD pa močno poslabša ali odpravi to dejavnost. Znotrajcelična RNA cilja na dejavnost ExoN-a, verjetno pa vključuje tudi vmesne virusne RNA. Pomembno je omeniti, da lahko vključuje tudi celične mRNA, nekodirajoče RNA in/ali mikroRNA, ki kodirajo ali uravnavajo kritične protivirusne aktivnosti med okužbo. Karboksi-terminalna polovica nsp14 ima tudi metiltransferazno aktivnost (kodira novo funkcijo N7-metiltransferaze) ter neodvisne funkcije pri sintezi RNA in virulence pri živalih.<br /> <br /> ==Nsp14-ExoN je potreben za natančnost replikacije==<br /> V laboratorijskih raziskavah z mišjim virusom hepatitisa MHV (M-ExoN) in SARS-CoV (S-ExoN) so zamenjali alanin pri DE motivu I kar je omogočilo obnovitev mutantov s skromnimi replikacijskimi napakami v primerjavi z divjimi oblikami teh virusov. To je pokazalo, da funkcionalna ExoN aktivnost ni nujno potrebna za replikacijo v kulturi. Sekvenciranje je pokazalo 12- do 20-kratno povečanje frekvence mutacije in do 14-kratno povečanje hitrosti mutacije kot primerljivo izolirani in zaporedni divji tip MHV ali SARS-CoV. M-ExoN in S -ExoN imata podobne mutatorske fenotipe na visoki ravni, od 5 do 20-krat večje od tistih, ki so jih opazili pri drugih virusih RNA pri istih pogojih.<br /> <br /> M-ExoN ima ocenjeno stopnjo mutacije, podobno kot drugi znani virusi RNK divjega tipa, medtem ko ima divji tip MHV v resnici 15-krat manjšo stopnjo mutacije kot drugi virusi RNK, kar kaže na to, da ExoN podvaja replikacijo genoma CoV v zelo visoki meri. Ta rezultat je bil v skladu s predvidevanji, da bo za stabilnost velikih genov RNA morda potreben ExoN. Da bi preverili, ali bi te ugotovitve lahko uporabili v različnih koronavirusih, so bile študije opravljene tudi s S-ExoN. Rezultati so pokazali 21-kratno povečanje frekvence mutacije in 14-kratno povečanje hitrosti mutacije med genomi S-ExoN v primerjavi z maso SARS-CoV. Tako za S-ExoN kot za M-ExoN so bile mutacije porazdeljene po genomih brez statistične pristranskosti za regije genoma, za vrsto mutacije (položaj kodona, transverzija, prehod) ali za sinonimne, nesinonimne ali nekodirajoče mutacije. Analiza je bila izvedena le na populacijah, ki so sposobne za replikacijo in je zato izključila smrtonosne ali globoko škodljive posamezne ali kombinirane mutacije. Tako rezultati verjetno predstavljajo zelo malo število vseh možnih mutacij, ki bi jih zaznali pri analizi celotnih virusnih genov.<br /> <br /> ==ExoN: Stroj za lektoriranje RNA?==<br /> Vse raziskave trdijo k dejstvu, da nsp14-ExoN neposredno posreduje ali sodeluje pri preprečevanju ali popravljanju mutacij.<br /> Mogoče je, da je vključitev nsp14-ExoN v koronaviruse omogočila razširitev genoma in je bila potem potrebna za vzdrževanje velikega in kompleksnega genoma. <br /> <br /> V tem primeru ostaja osrednje neodgovorjeno raziskovalno vprašanje: &lt;u&gt;s kakšnim mehanizmom nsp14 povečuje zvestobo replikacije?&lt;/u&gt; Obstaja več možnih modelov, vsak se lahko pojavi sam ali v kombinaciji kot funkcije nsp14 ali z drugimi replikaznimi proteini. <br /> <br /> '''(1)''' Nsp14 ExoN lahko neposredno posreduje lektoriranje RNA. To bi bilo analogno lektoriranju DNA, kadar eksonukleazno aktivnost pogosto zagotavlja podenota, ki se razlikuje od aktivnosti polimeraze. V zvezi s tem je opazno, da tudi eksonukleaze za lektoriranje DNA spadajo v naddružino DE-D-D. <br /> <br /> '''(2)''' Nsp14 bi lahko spodbudil lastno domnevno 3'-do-5 'ExoN aktivnost RdRp. To bi bilo podobno lektoriranju RNA med celično transkripcijo z evkariontsko RNA pol II in bakterijskim RNAP.<br /> <br /> '''(3)''' Nsp14 bi lahko povečalo zvestobo RdRp z alosteričnim učinkom, ki bi preko RdRp prenašal konformacijske spremembe. Čeprav precedenčni primer v lektoriranju DNA ali RNA ni očiten, obstajajo številni primeri alostrije kofaktor-encim. <br /> <br /> '''(4)''' Nsp14-ExoN bi lahko sodeloval pri popravilu z rekombinacijo RNA. Glede na to, da je visokofrekvenčna homologna rekombinacija v obliki diskontinuirane transkripcije osrednjega pomena za izražanje genov za nidovirus in da so mutanti ExoN človeškega CoV-229E spremenili podgenomska razmerja mRNA in motnje gibljivosti, je smiselno predlagati, da se subgenomska transkripcija in rekombinacija morda razvila pri koronavirusih in da je nestrukturni protein 14- ExoN ključen pri tem procesu. <br /> <br /> Najverjetnejši model je, da nsp14 sodeluje z drugimi encimi koronavirusa in s tem tvori kompleks, ki sodeluje pri prepoznavanju in popravljanju napak. Čeprav je bilo doslej samo nsp14 dokazano, da hidrolizira nukleotide le na 3' koncu RNA, bi zaporedno delovanje nsp15-EndoU in nsp14-ExoN teoretično omogočilo odstranitev notranjih, neusklajenih nukleotidov. Torej, medtem ko lahko nsp14 olajša korekcijo ostankov le na naraščajočem koncu rajajoče se verige RNA, bi lahko medsebojna interakcija nsp15 in nsp14 olajšala korekcijo ostankov na drugih mestih in verjetno v molekulah polne dolžine, ki ne nastajajo več. Končno, koronavirusi šifrirajo metiltransferazo (nsp16), ki posebej sodeluje z nsp14 za metilacijo kapice in bi lahko sodelovala tudi pri zvestobi ali drugih modifikacijah RNA katere omogočajo širitev genoma koronavirusa.<br /> <br /> ==Viri in literatura==<br /> * M. R. Denison, R. L. Graham, E. F.Donaldson, L. D. Eckerle, E. S. Baric: Coronaviruses: An RNA proofreading machine regulates replication fidelity and diversity. RNA Biology. 2011. 2. str. 270-279.<br /> * E. Wit, N. Doremalen, D. Falzarano, V. J. Munster: SARS and MERS: recent insights into emerging coronaviruses. Nature Reviews Microbiology. 2016. 14. str. 523-534.<br /> * E. Minskaia, T. Hertzig, A. E. Gorbalenya, V. Campanacci, C. Cambillau, B. Canard, J. Ziebuhr: Discovery of an RNA virus 3'-5' exoribonuclease that is critically involved in coronavirus RNA synthesis. National Academy of Sciences. 2006. vol. 103, no. 13, str. 5108-5113.<br /> * Y. Gao, L. Yan, Y. Huang, F. Liu, Y. Zhao, L. Cao, T. Wang in sodelavci. Structure of the RNA-dependent RNA polymerase from COVID-19 virus. Science 10.1126/science.abb7498 (2020)<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularna_biologija_koronavirusov&diff=18105 2021-03-26T09:53:07Z

<p>Ekozole: </p> <hr /> <div>Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2020/21 obravnavajo sorazmerno ozko področje koronavirusov, kar je glede na pandemijo virusa SARS-CoV-2 zelo aktualna tema. Za seminarje sem določil 15 ožjih področij, ki temeljijo na vsaj enem preglednem članku, objavljenem od leta 2015 naprej. Ti članki naj vam bodo izhodišče za pripravo, dopolnite pa jih z novejšimi podatki, predvsem glede povzročitelja bolezni kovid-19.<br /> <br /> Vsako poglavje obdelajo praviloma trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja v obsegu 1200-1500 besed in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200 besed), ki ste jih uporabili. <br /> <br /> Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.<br /> <br /> Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-22 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov! Glede vsebine predstavitve se posvetujte s kolegi, ki bodo predstavljali sorodna poglavja, tako da bo čim manj prekrivanj.<br /> <br /> Seminarji se bodo začeli 4.5.2021 po razporedu, ki bo objavljen v spletni učilnici. <br /> <br /> Vsebina seminarjev je izpitna snov. Odgovori na vprašanja iz snovi seminarjev predstavljajo ~10 % končnih točk izpita (2-3 vprašanja od ~30). <br /> <br /> Poglavja za seminarje so:<br /> # Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/) (Nikola Janakievski, Stefanija Ivanova, )<br /> # Molekularni vidiki koronavirusov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32661197/) (Neža Leskovar, Iva Matić)<br /> # Način pakiranja RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31505321/) (Timotej Sotosek, Erik Putar, Eva Vene)<br /> # Struktura in funkcija končnih zaporedij koronavirusne genomske RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25736566/)(Luka Šegota, Maruša Sernc, Luka StankoviĆ)<br /> # Struktura genoma in replikacija RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31967327/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32833200/) (Špela Kladnik, Nika Malečkar, Eva Kanalec)<br /> # Kontinuirna in diskontinuirna sinteza RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26958916/) (Jakob Tomšič, Ana Pervanja, Zala Perko)<br /> # Vloga gostiteljskih faktorjev pri replikaciji koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28643204/) (Tinkara Božič, Nika Bedrač, Maja Kobal)<br /> # Natančnost replikacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21593585/) (Evgen Kozole, Petra Sintič in David Verdel)<br /> # Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26847650/) (Nika Perko, Gregor Strniša, Nika Tomsič)<br /> # Translacijski procesi pri sintezi koronavirusnih proteinov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22535777/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712623/) (Aljaž Simonič, Bor Krajnik,)<br /> # Odgovor na stres in uravnavanje translacije pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27384577/) (Aleksandra Rauter, Nika Banovšek)<br /> # RNA-elementi s cis-regulacijsko aktivnostjo pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712622/) (Jan Bregar, Ajda Beltram)<br /> # Vloga nestrukturnega proteina 1 pri izražanju genov ob okužbi s koronavirusom (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25432065/<br /> Srna Anastasovska, Mateja Milosevic)<br /> # Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29307596/) (Rebeka Jerina, Ela Bizjak, Veronika Bračič)<br /> # Mehanizem fuzije koronavirusne membrane kot tarča za protivirusna zdravila (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32272173/) (Vid Dobrovoljc, Manca Pirc)</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2020&diff=17748 2021-01-06T16:32:47Z

<p>Ekozole: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Ajda Beltram||12||Zgradba in dinamika signalnih kompleksov GPCR||Luka Hafner||Tinkara Božič||16/10/20||19/10/20||21/10/20<br /> |-<br /> | Jan Bregar||12||Protein retinoblastoma||Nika Bedrač||Martin Stanonik||16/10/20||19/10/20||21/10/20<br /> |-<br /> | Anja Moškrič||12|| Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmiterjev||Srna Anastasovska||Luka Stanković||16/10/20||19/10/20||21/10/20<br /> |-<br /> | Gregor Strniša||12||Načini aktivacije GPCR||Manca Pirc||Ana Pervanja||23/10/20||26/10/20||28/10/20<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc||12||Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti||Maruša Sernc||Nika Banovšek||23/10/20||26/10/20||28/10/20<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski||12||Selective androgen receptor modulators||Ajda Beltram||Aljaž Simonič||23/10/20||26/10/20||28/10/20<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina||12||Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev||Jan Bregar||Luka Hafner||30/10/20||02/11/20||04/11/20<br /> |-<br /> | Eva Vene||12||Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1||Anja Moškrič||Nika Bedrač||30/10/20||02/11/20||04/11/20<br /> |-<br /> | Zala Perko||12||Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice||Gregor Strniša||Srna Anastasovska||30/10/20||02/11/20||04/11/20<br /> |-<br /> | Erik Putar||14-15||AMPK: senzor glukoze in celičnega energijskega stanja||Nikola Janakievski||Manca Pirc||06/11/20||09/11/20||11/11/20<br /> |-<br /> | Iva Matić||14-15||||Rebeka Jerina||Maruša Sernc||06/11/20||09/11/20||13/01/21<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek||14-15||Regulacija mišičnega glikogena: granula in njeni proteini||Eva Vene||Ajda Beltram||06/11/20||09/11/20||11/11/20<br /> |-<br /> | Nika Tomsič||16||Acetil-CoA: glavni metabolit in sekundarni obveščevalec||Zala Perko||Jan Bregar||13/11/20||16/11/20||18/11/20<br /> |-<br /> | Andrej Špenko||16||||Erik Putar||Anja Moškrič||13/11/20||16/11/20||18/11/20<br /> |-<br /> | Aleksandra Rauter||16||Vloga intermediatov Krebsovega cikla v makrofagih||Iva Matić||Gregor Strniša||13/11/20||16/11/20||18/11/20<br /> |-<br /> | Laura Unuk||17||Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin in karnitinskega transporta||Timotej Sotošek||Nikola Janakievski||20/11/20||23/11/20||25/11/20<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova||17||Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc||Nika Tomsič||Rebeka Jerina||20/11/20||23/11/20||25/11/20<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič||17||Funkcije ketonskih telesc v centralnem živčevju||Andrej Špenko||Eva Vene||20/11/20||23/11/20||25/11/20<br /> |-<br /> | Neža Leskovar||18||Urea transporterji in regulacija skoncentriranosti urina||Aleksandra Rauter||Zala Perko||27/11/20||30/11/20||02/12/20<br /> |-<br /> | Luka Šegota||18||||Laura Unuk||Erik Putar||27/11/20||30/11/20||02/12/20<br /> |-<br /> | Nika Perko||18||Encim karbamoil fosfat sintetaza 1||Stefanija Ivanova||Iva Matić||27/11/20||30/11/20||02/12/20<br /> |-<br /> | Ela Bizjak||19||Mutacije mitohondrijske DNA, heterogenost in mitohondrijske bolezni||Jakob Tomšič||Timotej Sotošek||04/12/20||07/12/20||09/12/20<br /> |-<br /> | Bor Krajnik||19||Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri regulaciji celične proliferacije||Neža Leskovar||Nika Tomsič||04/12/20||07/12/20||09/12/20<br /> |-<br /> | Maja Kobal||19||Od UCP1 odvisna in neodvisna termogeneza||Luka Šegota||Vid Dobrovoljc||04/12/20||07/12/20||09/12/20<br /> |-<br /> | Mateja Milošević||20||CAM tip fotosinteze: Crassualacean Acid Metabolism||Nika Perko||Andrej Špenko||11/12/20||14/12/20||16/12/20<br /> |-<br /> | Tinkara Božič||20||Pomen saharoze in njenega metabolizma za rastline||Ela Bizjak||Aleksandra Rauter||11/12/20||14/12/20||16/12/20<br /> |-<br /> | Martin Stanonik||20||Ekofiziologija obstoječih fototrofov in vplivi na evolucijo oksigene fotosinteze||Bor Krajnik||Laura Unuk||11/12/20||14/12/20||16/12/20<br /> |-<br /> | Luka Stanković||21||Nastanek, struktura in zorenje lipidnih kapelj v organizmu||Maja Kobal||Stefanija Ivanova||18/12/20||21/12/20||23/12/20<br /> |-<br /> | Ana Pervanja||21||Vpliv cirkadianega ritma na biosintezo lipidov||Mateja Milošević||Jakob Tomšič||18/12/20||21/12/20||23/12/20<br /> |-<br /> | Nika Banovšek||21||Regulacija mlečnih lipidov preko hrane in transkripcijskih faktorjev ter vpliv mleka na novorojenčka||Tinkara Božič||Neža Leskovar||18/12/20||21/12/20||23/12/20<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič||22||Inhibitorji sinteze nukleotidov kot protivirusna zdravila širokega spektra||Martin Stanonik||Luka Šegota||23/12/20||28/12/20||30/12/20<br /> |-<br /> | Luka Hafner||22||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2020#Luka_Hafner_-_GABA_in_njeni_receptorji_v_.C4.8Dlove.C5.A1kih_mo.C5.BEganih GABA in njeni receptorji v človeških možganih]|||Luka Stanković||Ana Žagar||23/12/20||28/12/20||30/12/20<br /> |-<br /> | Ana Žagar||22||||Vid Dobrovoljc||Nika Perko||23/12/20||28/12/20||30/12/20<br /> |-<br /> | Nika Bedrač||23|||Vpliv estrogena in estrogenskih receptorjev na skeletne mišice ||Ana Pervanja||Ela Bizjak||30/12/20||04/01/21||06/01/21<br /> |-<br /> | Srna Anastasovska||23||Ghrelin in njegove funkcije v organizmu||Nika Banovšek||Bor Krajnik||30/12/20||04/01/21||06/01/21<br /> |-<br /> | Manca Pirc||23||Galanin, spexin in kisspeptin||Aljaž Simonič||Maja Kobal||30/12/20||04/01/21||06/01/21<br /> |-<br /> | Maruša Sernc||23||Učinki uporabe kreatina v športu in medicini||Ana Žagar||Mateja Milošević||08/01/21||11/01/21||13/01/21<br /> |-<br /> | Lea Nicouleau||any chapter||||||||06/01/21||11/01/21||13/01/21<br /> |-<br /> | Marjorie Leaud||any chapter||||||||06/01/21||11/01/21||13/01/21<br /> |-<br /> | Evgen Kozole||||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2020#Evgen_Kozole_-_Sirtuini_in_njihova_vloga_v_organizmu Sirtuini in njihova vloga v organizmu]||||||||||<br /> |-<br /> | Eva Kanalec||||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2020#Eva_Kanalec_-_Oksitocin_in_njegova_vloga_v_telesu Oksitocin in njegova vloga v telesu]||||||||||<br /> |-<br /> | Špela Kladnik||||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2020#.C5.A0pela_Kladnik_-_Leptin_in_njegova_potencialna_vloga_biomarkerja_za_debelost Leptin in njegova potencialna vloga biomarkerja]||||||||||<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim,da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2020|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2020&diff=17747 2021-01-06T16:27:59Z

<p>Ekozole: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21 */</p> <hr /> <div>= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21 =<br /> <br /> <br /> ==Jan Bregar - Protein retinoblastoma==<br /> <br /> Protein retinoblastoma (pRb) je eden ključnih proteinov, ki regulirajo celični cikel in njegova inaktivacija lahko povzroči različna bolezenska stanja. Ta protein regulira ključni prehod iz G1 v S fazo celičnega cikla s pomočjo interakcij z družino E2F, ki je vrsta transkripcijskih faktorjev celičnega cikla. Retinoblastoma protein (pRb) nadzoruje tudi izstop celice iz celičnega cikla. Njeno aktivnost regulira več mehanizmov, ki zaznavajo znotraj- in zunajcelične signale, ki blokirajo ali dovoljujejo fosforilacijo. pRb fosforilirajo od ciklina odvisne kinaze (Cdk-ji) in s tem protein Rb bodisi inaktivirajo ali pa rahlo spremenijo njegove lastnosti, protein pa vseeno ohrani svojo funkcijo. Odkrili so tudi, da pRb regulira apoptozo s pomočjo enakih interakcij s transkripcijskimi faktorji E2F. To, da je pRb vpleten pri apoptozi, popolno dopolnjuje pRb kot pomemben določevalec usode celice. Med trajanjem celičenga cikla je pRb inaktiviran, kar povzroči, da je celica bolj občutljiva na apoptotske stimuluse. Regulacijo apoptoze lahko onesposobijo nekateri virusi, ki s svojimi onkoproteini povzročijo napake v delovanju proteina Rb, kar lahko predstavlja tveganje za organizem. pRb – E2F kompleksi imajo pomembno vlogo pri regulaciji transkripcije genov, ki so vključeni v diferenciaciji in razvoju.<br /> <br /> ==Ajda Beltram - Struktura in dinamika signalnih komplekov GPCR==<br /> <br /> Receptorji sklopljeni z G-proteinom (GPCR) so transmembranski proteini, ki kot odgovor na ligande regulirajo veliko signalnih poti preko heterotrimernih G-proteinov ali pa preko fosforilacije receptorja s kinazo GRK in arestinov. Vendar ti proteini ne obstajajo le v aktivirani ali neaktivirani obliki, pač pa imajo veliko konformacijskih stanj, ki vsaka sproži svojo signalno pot. Mene je zanimala podrobna razlaga konformacijskih sprememb, ki se zgodijo med prenosom signala. Za aktivacijo G-proteinov je potrebna zamenjava GDP z GTP, kjer igra ključno vlogo razcep domen podenote α G-proteina in destabilizacija vezavnega mesta za nukleotid na Ras-domeni podenote α, kar so posledice konformacijskih sprememb, ki jih povzroči vezava na receptor. Različni ligandi, ki se vežejo na receptorje, pa lahko vplivajo tudi na afiniteto G-proteina do GDP. Kompleksi receptor-G-protein, ki nastanejo z vezavo popolnih agonistov, imajo manjšo afiniteto do GDP, kot tisti, ki so nastali z vezavo delnih agonistov. Pri arestinih pa so prav tako prišli do novega spoznanja. Aktivacija arestinov je večinoma prikazana kot proces iz dveh delov in sicer vezave na fosforiliran C-rep receptorja in nato vezave na jedro receptorja, vendar pa so odkrili, da lahko obe vezavi posebej aktivirata arestin. To nakazuje na to, da verjetno obstaja veliko različnih kompleksov arestina in receptorja, ki regulirajo vsak svojo signalno pot.<br /> <br /> <br /> ==Anja Moškrič - Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmitorjev==<br /> <br /> Signalizacija živčnih celic med drugim poteka s prenosom nevrotransmitorjev preko sinaps. Pri kemični sinapsi gre za pretvarjanje električnih impulzov v eksocitotsko sprostitev nevrotransmitorja (npr. glutamat, GABA, epinefrin, norepinefrin). Pri pretvarjanju signala imajo ključno vlogo napetostno uravnavani kalcijevi ionski kanalčki (Cav), v presinaptičnem predelu. Ti, kot odgovor na depolarizacijo nevrona, usmerjajo kalcijeve ione v notranjost celice in posledično sprožijo fuzijo mešička (z nevrotransmitorjem) s presinaptično membrano. Zgrajeni so iz več podenot, od teh je glavna α1, ki tvori poro za pretok ionov. Podenoti α2δ in β pa regulirata lastnosti. Kanalčke glede na obliko glavne podenote klasificiramo v 3 večje skupine: Cav1, Cav2 in Cav3. V večini sinaps so prisotni kanalčki iz družine Cav2. Da eksocitoza lahko poteče hitro in učinkovito, morajo biti Cav locirani znotraj aktivne regije presinaptične membrane, v bližini mesta eksocitoze. Slednjo kalcijevi kanalčki regulirajo preko različnih proteinov. Pomembnejši predstavnik je družina proteinov RIM (z rab3 vezavne molekule). Ti se na kanalček vežejo z RIM vezavnimi proteini (RBP). Z njimi asociira tudi protein munc13, ki je v membrani vezikla in nevrona vezani s proteini SNARE. Ti so mediatorji pri fuziji membran. Delovanje kanalčka inaktivirajo procesi, kot sta od napetosti odvisni mehanizem in od kalcija odvisen mehanizem, ki je povezan s kalmodulinom.<br /> <br /> <br /> ==Gregor Strniša - Načini aktivacije GPCR==<br /> <br /> GPCR, oziroma z G proteinom sklopljeni receptorji, so transmembranski proteini, ki s svojim delovanjem vplivajo na dogajanje v celici. Zaradi vezave liganda na njihovo zunajcelično stran se jim spremeni konformacija in omogoči prenos signala preko različnih signalnih molekul. Signal se preko različnih G proteinov in β-arrestinov prenaša do drugih proteinov v celici. Kmalu po odkritju GPCR se je izkazalo, da vsi ne delujejo po istem principu. Nove raziskovalne metode so omogočile napredek na področju vizualizacije molekul in njihovega sledenja v celici. Tako so znanstveniki prišli do odkritja petih novih metod aktivacije GPCR, ki lažje razložijo delovanje receptorjev. Med seboj so si različne, a se lahko pogosto prekrivajo in dopolnjujejo. GPCR omogočijo več možnosti odgovora na določen ligand in njegovo koncentracijo. Načini aktivacije, predstavljeni v moji seminarski nalogi, so pristranska aktivacija, znotrajcelična aktivacija, dimerizacijska aktivacija, transaktivacija in dvofazna aktivacija. Posamezen receptor navadno deluje na več načinov. Ob posameznem načinu so podani primeri receptorjev in njihovega delovanja. Z razumevanjem načinov njihove aktivacije se odprejo nove možnosti razvoja zdravil, ki bi delovale preko GPCR, ali vplivale na njihove signalne poti.<br /> <br /> ==Nikola Janakievski - Selective Androgen Receptor Modulators==<br /> <br /> Selective Androgen Receptors Modulators or better known as SARMs, were discovered 30 years ago, as a potential replacement to steroid therapy. SARMs are a type of Selective Receptor Modulators (SRM), compounds which can act both as agonists and antagonists in androgen receptors (ARs) (as a non-steroid replacement), according to the tissue they are in. The main idea behind SARMs, is improving the hormone therapies we have currently, which use synthetic steroids. An ideal SARM could have all the benefits of steroid hormones, without the side effects. The potential benefits and safety of SARMs is yet to be determined, there are numerous ongoing studies for various applications. It is important to have a summary of all these potential application and past examples of studies. In this seminar, we aim to do just that, by comparing all past studies and future potential applications related to SARMs. We conclude that, SARMs are a viable alternative, possibly an improvement to synthetic steroids, although much more research and clinical trials are required for SARMs to become truly applicable.<br /> <br /> ==Vid Dobrovoljc - Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti==<br /> <br /> Preučevanje součinkovanja med signalnimi potmi v celici je zelo zanimivo področje, vendar dokaj težko za raziskovanje. S seminarjem sem poizkusil predstaviti sovplivanje inzulinske(RTK) in β-adrenergične (GCPR) poti v srcu. . Inzulin na β-adrenergične (βAR) poti vpliva s fosforilacijo receptorja z različnimi kinazami, na primer protein kinazo A (PKA) G-protein kinazo (GRK2) in celo sam inzulinskim receptorjem (INSR), kar vodi do desenzitacije in včasih tudi internalizacije receptorja z vezavo β-arestina. Drug način vplivanja je z delovanjem na nižje člene v signalni poti, na primer na koncentracijo cAMP s fosfodiesterazami (PDE). Inzulin lahko tudi s pomočjo fosforilacije uporabi β-adrenergično pot za krepitev svojega signala. Zelo pomembna točka obeh signalnih poti je GRK2, ki po naravi deluje inhibirajoče na obe signalni poti, po zadnjih rezultatih pa jo poleg tega inzulin uporablja za še dodatno inhibicijo GPCR poti. Vplivanje βAR poti na inzulinsko pot je manj jasno, vendar kaže, da lahko βAR na sprejem glukoze v odvisnosti od situacije vpliva tako pozitivno kot negativno, dokaj pomembno vlogo pri tem pa ima PKB. Domnevam, da bo v prihodnosti vedno več raziskav na temo povezav med signalnimi potmi, saj bodo razvite nove opazovalne tehnike, poleg tega pa je razumevanje povezav koristno tako pri razvoju novih tehnik zdravljenja, kot pri samem študiju razvoja celične signalizacije<br /> <br /> ==Rebeka Jerina - Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev== <br /> <br /> Veliko ljudi po svetu pije kavo, čaj ali kokakolo. Vsem naštetim pijačam je skupen kofein, najpogosteje zaužit psihostimulant na svetu. Kofein povzroča veliko učinkov, med katerimi je najbolj znan vpliv na budnost. Zanima me ali vemo kako in zakaj jo povzroči. Kofein je antagonist adenozinskih receptorjev (ARs). Ima podobno strukturo kot adenozin, zato lahko zaseda njegova vezavna mesta. Adenozinski receptorji so izraženi v mnogih tkivih, veliko pa jih najdemo v centralnem živčnem sistemu (CNS). Raziskala sem, da kofein večinoma vpliva na adenozinska receptorja podtipa A1 in A2A. Te dva podtipa adenozinskih receptorjev (ARs) vplivata na regulacijo mnogih fizioloških funkcij kot so spanje, kognicija, motivacija in čustva. Kofein tako z antagonizmom adenozinskih receptorjev (ARs) prepreči signalno kaskado, ki bi spodbudila zaspanost in posledično ohranja budnost. Adenozinski receptorji (ARs) spadajo pod receptorje povezane z G-proteini. Zgradba A1AR in A2AAR se nekoliko razlikuje, zato je tudi mehanizem delovanja teh dveh podtipov nekoliko drugačen. Signalizacija adenozinskih receptorjev (ARs) lahko poteka po več različnih signalnih poteh. Kofein bi zaradi pozitivnih okrepitvenih učinkov, pojava različnih duševnih motenj in pojava negativnih simptomov po prenehanju uživanja lahko prištevali med droge. Raziskave so pokazale, da se z antagonizmom adenozinskih receptorjev da uspešno zdraviti tudi številne bolezni. Glede na učinke in uporabo kofeina bi lahko rekli, da velja za hranilo, zdravilo ali drogo.<br /> <br /> ==Zala Perko - Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice== <br /> <br /> Fotoreceptorji v membrani celic očesne mrežnice so značilni predstavniki z G-proteinom sklopljenih receptorjev. Njihova naloga je absorpcija svetlobe določene valovne dolžine in prenos signala preko G-proteina na citoplazemsko stran, kjer poteče veriga encimsko kataliziranih reakcij. Aktiviran fotoreceptor mora v procesu regeneracije ponovno zavzeti neaktivno konformacijo in vezati naravni ligand 11-cis-retinal. Barvni fotoreceptorji jodopsini zahtevajo učinkovit regeneracijski mehanizem, ker morajo stalno procesirati veliko količino svetlobnih signalov. Aktivna konformacija jodopsina razpade veliko hitreje v primerjavi z rodopsinom in tudi sam potek regeneracije je pri jodopsinih hitrejši. Vzrok za to bi lahko bila različna usoda desenzibiliziranih receptorjev. Nedavno so odkrili možnost, da pri regeneraciji jodopsinov pride do preusmeritve signalne poti. Namesto, da se receptor deaktivira preko internalizacije z arestinom, ostane v membrani in veže ligand glede na prehodno konformacijsko stanje v katerem se nahaja. Na različen potek regeneracije jodopsinov bi lahko vplivala tudi vezava druge molekule retinala v alosterično mesto, ki je posledica konformacijskih sprememb. Povezava med interakcijo retinala in njegovih analogov z določenim konformacijskim intermediatom ima pomembno vlogo tudi s terapevtskega vidika, saj GPCR-ji v splošnem predstavljajo terapevtske tarče za zdravljenje mnogih obolenj. Uporaba analogov 11-cis-retinala, kot sta 9CR in 6mr, ki se vežeta v aktivno ali eno od alosteričnih mest, bi lahko predstavljala učinkovit pristop pri zdravljenju prirojenih mutacij v fotoreceptorjih.<br /> <br /> ==Eva Vene - Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1==<br /> <br /> Družina TRP kanalčkov pri živalih združuje devet manjših skupin kationskih prenašalcev, ki odločilno vplivajo na pravilno delovanje organizma. Eden od tovrstnih kanalčkov je tudi TRPV1 z angleškim imenom »transient receptor potential vanilloid 1«. Tega najdemo v mnogih organih in organskih sistemih, natančneje pa se v tem seminarju osredotočamo na njegovo vlogo v perifernem živčevju. TRPV1 vsebuje okoli polovica vseh somatskih in visceralnih senzoričnih nevronov, zato je pomemben mediator pri nocicepciji oziroma zaznavanju možno nevarnih stimulov ter njihovim prevodom v akcijskih potencial. Njegovo delovanje, poleg nekaterih drugih dražljajev, lahko vzbudi organska molekula, imenovana kapsaicin. Slednjega najdemo v sadežih rastlin rodu Capsicum in ga pojmujemo kot eno odločilnih molekul za pekoč okus teh plodov. Ob vezavi kapsaicina na TRPV1 v celico vdrejo kationi, ki spodbudijo različne celične procese, ključne za oblikovanje in prenos živčnega signala do možganov ter pojav vnetja. Posebej zanimive so dvolične posledice vezave kapsaicina, ki sicer vodijo do bolečine, draženja in vnetja, a omogočijo tudi refrakcijsko dobo kanalčka, ki predstavlja čas, ko slednjega ne moremo aktivirati ter desenzitacijo in degradacijo živčnih vlaken, kar povezujemo z analgetičnim učinkom te molekule. Ob redni daljši izpostavitvi kapsaicinu, ki ga lahko administriramo transdermalno ali injiciramo, se tako uspešno uporablja pri lajšanju kroničnih bolečin.<br /> <br /> ==Erik Putar - AMPK: senzor glukoze ter celičnega energijskega stanja ==<br /> <br /> Celica uporablja z AMP aktivirano protein kinazo (AMPK) kot senzor celičnega energijskega stanja in glukoze. Njen glavni aktivator je AMP, ki promovira fosforilacijo Thr172 na AMPK, inhibira defosforilacijo fosforiliranega Thr172 ter alosterično aktivira AMPK. Aktivacija AMPK poteče že ob majhem energijskem deficitu in sproži regulatorni odgovor, ki preusmeri celični metabolizem iz anabolizma v katabolizem. Fosforilacija Thr172 poteče preko kinaze LKB1, medtem ko sta glikogen sintaza in acetil koencim A karboksilaza (ACC) dve tarči izmed mnogih kinazne aktivnosti AMPK. AMPK je heterotrimer sestavljen iz podenot α, β in γ. V α podenoti je prisotno kinazno aktivno mesto ter Thr172, medtem ko so na γ podenoti prisotna vezavna mesta za adenin nukleotide. β podenota je miristilirana na svojem N koncu, kar je ključnega pomena za delovanje glukoznega senzorja. Ta mehanizem poteka na lizosomih in sicer s tvorbo velikega kompleksa, ki vsebuje aldolazo, v-ATPazo, Ragulator, AXIN, LKB1 ter AMPK. Aldolaza je sicer tista, ki čuti prisotnost glukoze in to preko fruktoze 1,6-bisfosfata (FBP): odsotnost FBP v njenem aktivnem mestu aktivira AMPK neodvisno od razmerja koncentracijah adenin nukleotidov in tako preusmeri celico iz glikolitične v alternativne oksidativne poti.<br /> <br /> ==Timotej Sotošek - Regulacija mišičnega glikogena: granule in njeni proteini ==<br /> <br /> Glikogen je primarna oblika shranjevanja glukoze, ki je hitra in dostopna oblika energije. Kljub njegovi pomembnosti pa procesi regulacije glikogena še vedno niso popolnoma jasni. Metabolizem glikogena je zelo reguliran, hkrati pa dinamičen. Kako se bo metabolizem glikogena usmeril, je odvisno od mnogih dejavnikov. Zaloge glikogena v skeletnih mišicah so razdeljena na tri območja: podsarkomerno, intermiofibrilarno in intramiofibrilarno. Vsako od teh območij ima drugačno funkcijo v celici in temu primerno vsaka zase regulira sintezo in razgradnjo glikogenskih granul. Vsaka granula glikogena pa je sposobna tudi samostojnega izvajanja regulacije, pri kateri sodelujejo različni proteini. Eden pomembnejših je protein fosfataza 1 (PP1), ki nadzoruje aktivnost ključnih encimov, kot so glikogen sintaza (GS) in glikogen fosforilaza (GP), pri tem pa mu pomaga glikogen tarčni protein (PTG), ki deluje kot ogrodni protein med PP1 in drugimi proteini. Ta proces je reguliran preko kompleksa laforin-malin, ki prekine povezavo med PP1 in PTG. V seminarju so predstavljene naloge in lastnosti glikogena v treh oddelkih znotraj skeletnih mišic. Predstavljen bo vpliv, ki ga imajo našteti proteini na sintezo glikogena, podrobnejši opis naloge, zgradbe proteinov laforina in malina, kako kompleks laforin-malin inhibira glikogen sintezo ter kakšne so posledice nedelovanja tega proteinskega kompleksa.<br /> <br /> ==Nika Tomsič - Acetil-CoA: glavni metabolit in sekundarni obveščevalec ==<br /> <br /> Acetil-CoA je eden glavnih metabolitov. Deluje kot mejna točka med glikolizo in Krebsovim ciklom. Poleg tega so pomembne tudi njegove naloge kot sekundarni obveščevalec. Nadzoruje ključne celične procese, vključno z energetsko presnovo, mitozo in avtofagijo, tako neposredno kot preko regulacije ekspresije genov. Acetil-CoA običajno nastane v mitohondrijskem matriksu iz piruvata ali kot posledica β-oksidacije dolge verige maščobnih kislin. Lahko pa nastane tudi v citosolu z oksidacijo aminokislin, etanola ali z delovanjem acetil-CoA sintetaze, ki združuje dve glavni komponenti: acetil in koencim A. Razmerje med koncentracijama v mitohondrijskem matriksu in v citosolu je vedno enako. Govorimo torej o nekem dinamičnem ravnotežju, ki ga omogočajo številni prenašalci. Mitohondrijska memebrana je sicer neprepustna za acetil-CoA, zato mora najprej zreagirati v drugo obliko, da lahko vstopa ali iztopa iz mitohondrija. V mitohondrij vstopa piruvat s pomočjo citrat – piruvatnih prenašalcev. Tu piruvat dehidrogenazni kompleks katalizira reakcijo v acetil-CoA. Ko pa je v mitohondriju preveč acetil-CoA, se lahko ta prenese v citosol ali jedro v obliki acetilkarnitina preko karnitinskega prenašalca. V citosolu se spet povrne v acetil-CoA in je lahko vir anabolizma maščobnih kislin ali aminokislin, v jedru pa je njegova funkcija acetiliranje histonov. To omogoči prepisovanje genskega materiala. Lahko pa tudi nadaljuje svojo pot v mitohondriju in vstopi v citratni cikel, kjer je prvi korak pretvorba v citrat preko citratnega sinteznega kompleksa.<br /> <br /> ==Aleksandra Rauter - Vloga intermediatov Krebsovega cikla v makrofagih==<br /> <br /> Makrofagi so nepogrešljive komponente imunskega sistema, ki izhajajo iz matičnih celic kostnega mozga in nastajajo v procesu hematopoeze. Glavne funkcije, ki jih opravljajo so fagocitoza, izločanje citokinov in sodelovanje pri humoralnem imunskem odzivu skupaj z limfociti. Njihovo aktivacijo povzroči prisotnost različnih citokinov, ki se vežejo na specifične TLR receptorje. Najpogostejši ligand klasične aktivacije je lipopolisaharid (LPS), strukturna komponenta celičnih sten bakterij. Zaznava vezanega liganda preko adapterskih proteinov, signalne kaskade, transkripcijskih faktorjev vodi do razvoja enega od dveh fenotipov makrofagov. M1 fenotip ima baktericidno in fagocitno delovanje, M2 pa sodeluje predvsem pri reparaciji tkiv. Točni mehanizmi, ki to povzročijo, še niso poznani. M1 makrofag ima reprogramiran Krebsov cikel, kar povzroči akumulacijo različnih intermediatov v mitohondriju. Ti se lahko prenesejo v citosol preko specifičnih transporterjev in sodelujejo pri različnih regulatornih mehanizmih. Sukcinat povzroči povečano izločanje vnetnih citokinov preko stabilizacije transkripcijskega faktorja HIF-1α, povečanja količine mROS, posttranslacijskih modifikacij proteinov in signalizacije preko z GPCR. Spremenjen Krebsov cikel povzroči akumulacijo citrata, ki je perkurzor itakonata. Ta preko transkripcijske regulacije in inhibicije določenih encimov regulira protivnetni in protimikrobni odziv. Fumarat in α-ketoglutarat sodelujeta pri epigenetski regulaciji celičnih procesov.<br /> <br /> ==Jakob Tomšič - Funkcije ketonskih telesc v centralnem živčevju ==<br /> <br /> Acetoacetat, β-hidroksibutirat in aceton, drugače imenovani tudi ketonska telesca, so produkti našega metabolizma, ki ob pomankanju hranil možgansko tkivo, srce in skeletne mišice oskrbujejo z energijo. Ketogeneze pa danes ne povezujemo le s stanjem pomankanja hranil, ampak jo lahko spodbudimo tudi s tako imenovano ketogeno dieto, ki ji pripisujejo mnoge pozitivne učinke. Vloga ketogene diete pri epilepsiji in drugih nevroloških boleznih je poznana že skoraj stoletje, vendar so bili mehanizmi za antiepileptično delovanje vedno uganka. Trenutno poznamo več funkcij ketonskih telesc, ki presegajo njihovo osnovno metabolno vlogo. Ketonska telesca imajo epigenetski vpliv in lahko spodbujajo izražanje antioksidativnih genov. Prav tako je viden vpliv na vezikularni transport glutamatata z VGLUT v nevronih in zaviranje prenosa signala z GABA nevrotransmiterji. Ketonska telesca izražajo nevrozaščitno in protivnetno vlogo z vplivom na imunski sistem, z vezavo na HCA2 receptor, ki spodbuja nastanek prostagladina D2, in inhibicijo NLRP3 inflamasoma. Nevrološke motnje, kot je epilepsija, imajo več vzrokov, med katerimi sta neizpodbitno prevelika vzburjenost nevronov ter vnetno stanje tkiva. Vedno več dokazov kaže na vlogo ketonskih telesc pri nadziranju in manjšanju števila epileptičnih napadov pri bolnikih. Kljub vsem dokazom in povezavam pa še vedno obstajajo dvomi, da so ravno ketonska telesca tista, ki imajo antiepileptične funkcijo.<br /> <br /> ==Laura Unuk - Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin in karnitinskega transporta ==<br /> <br /> Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin (lcFAOD) so dedne avtosomske recesivne bolezni, ki onemogočajo metabolizem maščobnih kislin. Gre za mutacije genov, ki kodirajo encime oksidacije in karnitinskega transporta. Pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin (12-18 C-atomov) sodeluje več kot 15 encimov, vendar le motnja enega lahko pripelje do kliničnih simptomov, kot so šibkost mišic, odpoved jeter, odpoved srca, itd. Glavni encimi, ki katalizirajo karnitinski transport so OCTN2 (organski-kationski-transporter-novel-2), CPT1 (karnitin-palmitoil-transferaza-tipa-1A), CPT2 (karnitin-palmitoil-transferaza-tipa-2) in CACT (karnitin-acilkarnitin-translokaza); encimi, ki pa katalizirajo oksidacijo so VLCAD (zelo-dolgoverižna-acil-CoA-dehidrogenaza), MTP (mitohondrijski-trifunkcijski-protein), LCHAD (dolgoverižna-3-hidroksiacil-CoA-dehidrogenaza) in LCKAT (dolgoverižna-3-ketoacil-CoA-tiolaza). Karnitin je pomembna molekula za prenos dolgoverižnih maščobnih kislin skozi membrano mitohondrija, saj dolgoverižna maščobna kislina lahko vstopi v mitohondrij le v obliki acil-karnitin estra. Najpogostejša motnja pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin pa je motnja VLCAD encima, ki katalizira reakcije odcepa dveh ogljikovih atomov iz maščobne kisline na CoA. Nastali acil-CoA lahko nato vstopi v cikel citronske kisline, kjer nastane ATP. Ob nedelovanju VLCAD pride do pomanjkanja ATP v celici in posledično kliničnih simptomov. Zaznavanje napake enega od encimov je izvedena preko profila acilkarnitina v krvi, plazmi ali DBS. Z metodo NBS ('newborn screening') lahko kmalu po rojstvu že zaznajo motnjo in tako s hitrim zdravljenjem preprečijo neprijetno napredovanje bolezni. Poleg trenutnega zdravljenja so v razvoju različne terapije za zdravljenje motenj, ki pa imajo velik potencial.<br /> <br /> ==Stefanija Ivanova - Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc ==<br /> <br /> Ketonska telesca predstavljajo alternativno energijo za možgane, srce in skeletne mišice pod določenimi pogoji, kot so stradanje, intenzivna vadba, nenadzorovan diabetes ali po zaužitju ketonskih dodatkov. Zanimanje za delovanje ketonskih telesc se je povečalo predvsem pri športnikih. Ker ima uživanje eksogenih ketonov dramatične učinke na metabolizem skeletnih mišic med vadbo, imajo lahko športniki od tega koristi. Pomembna premisleka sta, kako športniki tolerirajo vnos ketonskih estrov med vadbo in ali dodatek ogroža ali vpliva na vnos ogljikovih hidratov. Zaužitje ketonskih dodatkov lahko hitro poveča koncentracijo ketonskih telesc, v primerjavi s ketogeno prehrano ali stradanjem, ki potrebujeta vsaj nekaj dni. Dodatek eksogenih ketonov predstavlja vir energije in ima lahko učinke pri varčevanju zalog ogljikovih hidratov med treningom v času nizke razpoložljivosti ogljikovih hidratov. Varčevanje zalog endogenih ogljikovih hidratov bi teoretično povzročilo večjo zmogljivost med ključnimi deli, med katerim so ogljikovi hidrati prevladujoči substrat. Dokler niso metabolne interakcije dodatkov ketonskih estrov s skeletnimi mišicami med vadbo popolnoma razjasnjene, vse predlagane ergogene lastnosti ostanejo teoretične. Glavni razlog za utemeljevanje eksogenih dodatkov ketonov morajo biti ugotovitve, da se ketoliza med vadbo poveča in pomembno prispeva k oskrbi z energijo. Čeprav obstajajo predlogi, da so dodatki ketonskih telesc koristni za športnike, je trenutno premalo informacij o učinkih dodatkov na metabolizem ketonskih telesc med vadbo. Na številna vprašanja je še treba odgovoriti.<br /> <br /> ==Nika Perko - Encim karbamoil fosfat sintetaza 1 ==<br /> <br /> Karbamoil fosfat sintetaza 1 (CPS1) je limitni encim cikla uree, ker katalizira njeno prvo tristopenjsko reakcijo. Nahaja se v matriksu mitohondrija v celicah jeter, ledvic in tankega črevesa. Sestavljen je iz šestih domen: interakcijske, glutaminazne, integracijske, alosterične in dveh katalitskih. Encim je lahko v neaktivni ali aktivni obliki. Alosterično ga aktivira N-acetil-L-glutamat. Encim se lahko pozitivno regulira s proteinom Sirtuin 5 in glukagonom, negativno pa z mikro RNA miR-19b in od ATP odvisno kinazo (AMPK). Napačno delovanje kateregakoli od petih encimov ali transporterjev cikla uree vodi v zelo redko bolezen – motnje cikla sečnine. Prav motnja v delovanju encima CPS1 povzročajo najhujšo obliko te bolezni. Izrazi se lahko tako v neonatalni dobi kot tudi kasneje, določi pa se jo preko encimske ali genske analize. Simptomi so lahko letargija, bruhanje, encefalopatija in koma. Mutacije tega in tudi preostalih encimov ciklusa povzročijo hiperamoniemijo, ki se jo zdravi s hemodializo in raznimi zdravili, kot so L-arginin hidroklorid, natrijev benzoat in natrijev fenilbutirat. Bolniki se morajo držati stroge diete, bogate z ogljikovimi hidrati in maščobami. Poleg omenjenih zdravil lahko uživajo tudi N-karbamil-L-glutamat, ki deluje kot šaperon, stabilizator in aktivator. Trenutno je edina trajna in učinkovita rešitev transplantacija jeter, v prihodnosti pa bo morda učinkovita tudi genska terapija.<br /> <br /> ==Neža Leskovar - Urea transporterji in regulacija skoncentriranosti urina ==<br /> <br /> Urea je vodotopna polarna molekula, ki lahko počasi prehaja čez celične membrane z difuzijo, hiter in učinkovit transport pa ji omogočajo urea transporterji UT-A in UT-B. Ti sodelujejo pri izločanju odvečnega dušika iz telesa, koncentriranju urina in s tem pri regulaciji tekočinskega ravnovesja ter ponovni uporabi dušika vezanega v urei s pomočjo črevesnih bakterij. Transporterji so v osnovi sestavljeni iz dveh hidrofobnih transmembranskih domen in velike ekstracelularne povezovalne zanke, razen UT-A1, ki je rezultat podvojene osnovne strukture. So N-glikozilirani in imajo znotrajcelični aminski in karboksilni konec. UT-A transporterji se večinoma nahajajo v ledvicah. UT-A1 najdemo v spodnjem predelu ledvičnega zbiralca, v apikalnih delih celic, kjer omogoča prehod uree iz zbiralca v epitelne celice. UT-A3 se prav tako nahaja v spodnjem predelu ledvičnega zbiralca, le da v bazalnih delih celic in omogoča prehod uree nazaj v telesni obtok. UT-A2 se nahaja v Henlejevi zanki in skrbi za prehod uree iz ledvične sredice nazaj v Henlejevo zanko. UT-A4 je bil najden v ledvicah podgan, UT-A5 so našli v testisih miši in UT-A6 v človeškem črevesju. UT-B transporterji se nahajajo v ledvičnih kapilarah, najdemo jih tudi v različnih tkivih. Transport uree je dobro reguliran z vazopresinom, hiperosmolarnostjo, ubikvinacijo in drugimi načini.<br /> <br /> ==Ela Bizjak - Mutacije mitohondrijske DNA, heterogenost in mitohondrijske bolezni==<br /> <br /> Mutacije mitohondrijske DNA so del mitohondriju lastnega dednega zapisa. Mitohondrijska DNA je krožna molekula, ki je stabilizirana z zvitjem v nukleoide. Najpogosteje mutacije nastanejo med replikacijo, saj je po predvidenih mehanizmih takrat DNA dolgo izpostavljena in enoverižna, prav tako pa je podvajanje pogosto. Poleg tega, da ima mitohondrijska polimeraza šibko eksonukleazno aktivnost, se v bližini dednega materiala nahaja tudi respiratorna veriga, ki proizvaja reaktivne kisikove radikale. Mutacije se širijo glede na njihovo vrsto. Delecije imajo pri podvajanju prednost, ker so manjše kot nemutirane molekule, zato v organelu hitro prevladujejo, dedni prenos delecij pa je zelo redek. Točkovne mutacije se širijo s sproščeno replikacijo, delitvami in fisijami mitohondrijev. Če so prisotne v spolnih celicah matere, jih podedujejo vsi njeni potomci. Heteroplazmija se lahko med tkivi osebka razlikuje. Te razlike so opazne v nepravilnostih na proteinskih superkompleksih, oblikah krist, sestavi mitohondrijske membrane, napetostnem potencialu in okvarah respiratorne verige. S sledenjem mutacijam ali različnim haploskupinam lahko sledimo tudi migracijam populacij. Nekatere dedne mutacije so odgovorne tudi za bolezenska stanja, če je nosilka mutacij mati. Najpogosteje prizadenejo živčevje, pojavijo pa se lahko ob rojstvu ali kasneje med 20. in 40. letom.<br /> <br /> ==Bor Krajnik - Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri regulaciji celične proliferacije ==<br /> <br /> Kisikove reaktivne zvrsti ali krajše ROS so zelo reaktivne zvrsti, ki nastajajo pri redukciji molekularnega kisika, med seboj pa se pretvarjajo spontano ali s pomočjo encimov. V celici sta najpomembnejša predstavnika vodikov peroksid in superoksidni anion. Glaven vir ROS v celici so mitohondriji, kjer nastajajo kot produkt preobremenjenih elektronskih prenašalnih verig. Sprva se je njihova pristnost v organizmih smatrala za izključno škodljivo, ampak danes vemo, da imajo v človeškem organizmu več funkcij. V celici igrajo pomembno vlogo v določenih signalnih poteh, kar dosežejo z oksidacijo predvsem cisteinskih ostankov. Ob hipoksiji so ROS pomembne pri stabilizaciji ene od podenot hipoksija inducibilnih faktorjev (HIF), to so transkripcijski fakorji, ki regulirajo ekspresijo genov in so pomembni za angiogenezo in celično proliferacijo. Prav tako so pomemben člen signalne poti preko katere hormon angiotenzin II spodbuja delitev celic gladkih mišic v žilah. Regulirajo aktivacijo T-celic, kar privede do njihove proliferacije. ROS so vpletene tudi v proliferacijo rakastih celic, v katerih visoki nivoji ROS pomagajo pri angiogenezi, ki je potrebna zaradi hitre rasti tumorja kar vodi v hipoksijo. Zaradi tega so bile preizkušene kot potencialna tarča pri zdravljenju raka vendar so rezultati mešani.<br /> <br /> ==Maja Kobal - Od UCP1 odvisna in neodvisna termogeneza==<br /> <br /> Termogeneza je proces nastajanja toplote in je eden od mehanizmov termoregulacije. Glavni regulator adaptivne nedrgetajoče termogeneze je protein UCP1, imenovan tudi termogenin. To je razklopitveni (ang. uncoupling) protein, ki se nahaja v notranji mitohondrijski membrani rjavih in bež adipocitov (maščobne celice), kjer razklaplja protonski gradient, ki se ustvari med procesom dihalne verige. Gradient protonov preusmeri nazaj v matriks mitohondrija, namesto da bi ta šel preko ATP-sintaze. Tako torej ne nastane ATP, ampak sprosti se toplota, ki segreje celico in pomaga ohranjati stalno telesno temperaturo. Glavni regulatorji delovanja UCP1 so maščobne kisline in purinski nukleotidi; prvi delujejo kot aktivatorji, slednji pa kot inhibitorji. Novejše raziskave pa so pokazale mehanizme in termogene regulatorje v adipocitih, ki so neodvisni od UCP1. Ti mehanizmi so kroženje kalcijevih ionov preko mehanizma SERCA, kreatin-substratni cikel, kroženje lipidov, transport glicerol-3-fosfata in razklop preko N-acil aminokislin. Natančno poznavanje mehanizmov termogeneze bi ponudilo številne nove možnosti za zdravljenje debelosti in sladkorne bolezni tipa 2. Znanje o UCP1 neodvisnih mehanizmih termogeneze bi bilo zelo uporabno za zdravljenje predebelih in starejših ljudi, ki nimajo UCP1-pozitivnih adipocitov. Čeprav že več desetletij potekajo raziskave o termogenezi, je znanje na tem področju pomanjkljivo, tako da bodo potrebne še številne raziskave.<br /> <br /> ==Martin Stanonik - Ekofiziologija obstoječih fototrofov in vplivi na evolucijo oksigene fotosinteze==<br /> <br /> Oksigena fotosinteza je pomemben mikrobiološki proces, ki je omogočil dvig atmosferske koncentracije kisika in posledični razvoj večceličnih organizmov. Pred tem procesom so že obstajali mehanizmi, ki so proizvajali energijo. Za to so potrebovali molekule bogate z elektroni, kot H2S. Vendar ti procesi niso proizvajali kisika, kot stranskega produkta. Zato je sprememba kompozicije atmosfere, ali GOE (Great Oxidation Event) povzročila smrt mnogih organizmov kake 2.5 milijarde let nazaj. Tisti, ki pa so preživeli, so pa razvili obrambne mehanizme proti radikalnimi molekulami (ROS), ki so nastale iz kisika, ali pa so se umaknili v globje predele takratnih oceanov, kjer so še zmeraj prevladovali pogoji pred GOE. Kljub temu znanju natančen pojav in razvoj teh procesov še ni poznan. Danes še obstajajo organizmi, ki izvajajo te procese, nekateri lahko celo oba, vendar je to odvisno od okolja. To, vključno z fosili in filogenetskimi raziskavami, bi nam lahko pomagalo razumeti kako se je razvilo življenje na Zemlji. Organizmi z oskigeno fotosintezo so pomemben vir kisika v okoljih. Oksigena fotosinteza vključuje mnoge dele, kot reaktivne centre (RCI in RCII) in fotosisteme PSI in PSII ter OEC, ki je sistem ,ki tvori stranski produkt kisik. Pojav teh mehanizmov tudi še ni natančno poznan zato bodo potrebne še številne raziskave.<br /> <br /> ==Tinkara Božič - Pomen saharoze in njenega metabolizma za rastline==<br /> Saharoza je pomemben disaharid, ki vpliva na rast rastlin, njihov razvoj, reprodukcijo in obrambne odgovore. Višek trioza fosfata, ki nastane iz ogljika med aktivno fotosintezo, se v citoplazmi pretvori v saharozo. Z delovanjem saharoze je tesno povezana še trehaloza, oligosaharid iz dveh molekul glukoze, ki ima v celicah regulatorno vlogo. Saharoza je pomembna predvsem zaradi cepitve na heksozi glukozo in fruktozo, kar poteka na dva načina – lahko jo cepi saharozna sintaza ali jo hidrolizirajo invertaze. Slednje encime inhibirajo posebni proteini, imenovani invertazni inhibitorji. Saharozna pot se v rastlinah začne v fotosintetskih tkivih, nadaljuje z nalaganjem v floem, zaključi pa se z odlaganjem iz floema v ponore oz. nefotosintetska tkiva. Invertaze so treh vrst in jih klasificiramo glede na njihov pH ter mesto v celici – poznamo invertaze celične stene, vakuolne invertaze in citoplazemske invertaze. Nastopijo v celicah ponora, ko je potrebna cepitev saharoze na njeni sestavni molekuli. Invertaze celične stene pa sodelujejo še pri obrambnih odgovorih celice na napad patogenih organizmov, ko jo ti izkoriščajo za sladkorje. Če pa patogeni v navezo s celicami prinašajo hranila, ki jih gostitelji potrebujejo, to povezavo imenujemo mikoriza. Ta hranila so v glavnem fosfati, sladkor, ki ga od rastlin prejemajo patogeni organizmi, pa je glukoza.<br /> <br /> ==Mateja Milošević - CAM tip fotosinteze: Crassulacean Acid Metabolism==<br /> CAM tip fotosinteze je evolucijska prilagoditev določenih vrst rastlin na ekstremne okoljske razmere, kot je pomanjkanje vode in zelo visoke temperature – tipičen primer takih rastlin so kaktusi v puščavi, ali kot prilagoditev ko rastlina ne more privoščiti si dovolj CO₂ čez dan. Takšen tip fotosinteze se od običajnega C3 tipa razlikuje po tem, da vsebuje dodaten encim t. j. fosfoenolpiruvat karboksilaza (PEPC). Ta skupaj z encimom RuBisCO pomaga asimilirati zunanji CO₂. Delovanje teh dveh encimov je časovno ločeno, in prav po tem se CAM fotosinteza razlikuje od še enega tipa fotosinteze – tipa C4. Asimilacija zunanjega CO₂ je ločena po fazah. Da se rastlina izogne prekomerni izgubi vode, čez dan svoje posebne listne pore - stome - zapre, uporablja pa v sebi shranjene energijsko bogate molekule. Ko pride do spremembe v okolici, npr. nastopi noč, rastlina svoje stome odpre in tako sprejme zunanji CO₂. Pomemben intermediat je malat2-, ki nastaja z obdelavo zunanjega CO₂ in se shranjuje v vakuoli v obliki malatne kisline. Ko se malat dekarboksilira, iz njega nastaneta piruvat in CO₂. Ta dva v nadaljnih metabolnih procesih doprineseta energijo in pomembne intermediate..<br /> <br /> ==Nika Banovšek - Regulacija mlečnih lipidov preko hrane in transkripcijskih faktorjev ter vpliv mleka na novorojenčka==<br /> Mleko je edina, in zato glavna prehrana novorojenčka, ki je v začetnih fazah svojega obstoja zelo ranljiv. V materinih mlečnih žlezah nastajajo primerne sestavine, ki so pomembne tako za periferni kot za centralni razvoj mladiča. Mlečni lipidi so glavna komponenta mleka. Nastajajo preko različnih substratov; med glavne štejemo maščobe kisline, glukozo in glicerol. V citosolu mlečnih epitelnih celic se iz slednjih tvorijo predvsem srednje dolge verige mašobnih kislin, ki igrajo pomembno vlogo v telesu novorojenčka, saj mu prinašajo tako hranilne vrednosti in energijo kakor tudi nekatere signalne molekule. Triacilgliceroli nastajajo v endoplazmatskem retikulumu, kjer se nato zapakirajo kot mehurčki in se iz mlečne epitelne celice izločajo v obliki mleka. Na sestavo mleka in regulacijo njegovih sestavin vplivajo številni dejavniki. Med ključne štejemo transkripcijske faktorje, kot sta, npr. SREBP-1 in PPARγ, in samo prehrano. Če imajo matere novorojenčkov genetske okvare ali slabe prehranske navade, se v celici zgodijo napačne regulacije v sintezi mlečnih lipidov ter pride do tvorbe in izločanja »toksičnega« mleka v alveolih mlečnih žlez. Takšno mleko lahko povzroči velike nepravilnosti v telesu novorojenčka, saj ta zaužije sebi škodljive snovi, ki vodijo do raznih notranjih vnetij. Zaužitje takšne vrste mleka se lahko odraža tudi v dolgoročnem razvoju otroka v obliki različnih bolezni.<br /> <br /> ==Luka Stanković - LIPIDNE KAPLJE: nastanek, struktura in zorenje lipidnih kapelj==<br /> Lipidne kaplje so bile prvič odkrite pred več kot 100 leti. Kljub temu, se jim do nedavnega ni posvečalo večje pozornosti in pripisovalo znatnejše vloge v delovanju organizma. Danes odkrivamo, da ne gre le za celično strukturo, ki shranjuje lipide, temveč gre za nadvse pomemben organel, ki ga najdemo v vseh evkariontskih celicah. Ne le, da so kaplje nadvse pomembne za metabolne procese, temveč imajo tudi pomembno vlogo pri zaščiti pred lipotoksičnostjo, poškodbi mitohondrijev, obnavljanju homeostaze, zadnje čase pa se odkriva tudi njihov pomen v signalnih poteh. Kljub številnim funkcijam, med katerimi je še veliko neraziskanega, se v seminarju posvečamo predvsem nastanku kapelj, njihovi strukturi in njihovem zorenju. Nastanek lipidne kaplje začnemo z nastankom maščobnih kislin iz acetil CoA. Le-te se v ER skupaj z glicerolom s pomočjo kompleksa encimov pretežno pretvorijo v di- in triacilgliceride. Naraščanje njihove koncentracije znotraj membrane ER povzroči nastanek in odcep kaplje iz membrane. V večini primerov gre za reguliran odcep v citosol. Celoten proces in kasnejšo zorenje uravnava cela kopica proteinov, katerih natančni mehanizmi ali pa celo vloge v nekaterih primerih še niso popolnoma jasni. Napake v delovanju slednjih pa lahko povzročajo hujše zdravstvene zaplete kot so debelost, inzulinska odpornost in posledično diabetis.<br /> <br /> == Ana Pervanja - Vpliv cirkadianega cikla na biosintezo lipidov==<br /> Cirkadiani ritem oz. cikel je mehanizem, ki na podlagi zunanjih dražljajev vpliva na delovanje organizma. Proces poteka na osnovi zaznave svetlobe v fotosenzitivnih ganglijskih celicah, ki pošljejo signal v hipotalamus, kjer se nahaja glavna »ura«. Ta nato uskladi ostale organe po telesu. Posledica tega je nihanje regulatornih molekul (oscilatorjev) v perifernih celicah, ki preko glavnih regulatornih encimov vplivajo na metabolizem. Na biosintezo lipidov vplivata dve od cirkadianega cikla odvisni molekuli: transkripcijski faktor SREPB, ki sodeluje pri sintezi maščobnih kislin in sterolov, in jedrni receptor PPARγ, ki vpliva na sintezo maščobnih kislin z zelo dolgimi verigami. V primeru motenj cirkadianega cikla, ki so lahko posledica nepravilnega delovanja regulatornih molekul ali neusklajenosti glavne in perifernih »ur«, pride do disregulacije metabolizma. To lahko vodi do razvoja debelosti, sladkorne bolezni tipa II, ateroskleroze, možganske in srčne kapi idr.<br /> <br /> == Aljaž Simonič - Inhibitorji sinteze nukleotidov kot protivirusna zdravila širokega spektra ==<br /> Virusi so parazitski biološki delci, ki v svojih gostiteljih povzročajo bolezni. Večina do sedaj uporabljanih protivirusnih zdravil deluje na virusne proteine, vendar ta pristop ne omogoča zdravljenja več virusov z enim zdravilom in je občutljiv na mutacije virusa. Različne na gostitelja delujoče učinkovine bi lahko kljub hujšim stranskim učinkom delovale kot širokospektralna protivirusna zdravila. Med takšnimi spojinami so obetavni tudi inhibitorji biosinteze nukleotidov, sistema kompleksnih metabolnih poti, ki tvorijo nove purinske in pirimidinske nukleotide ali reciklirajo delno razgrajene. Inhibicija teh poti virusom odvzame molekule, ki jih za replikacijo neizogibno potrebujejo v količinah, ki močno presegajo potrebe ter zaloge zdravih celic in v okuženih celicah zato tudi spodbujajo njihove sintezne poti ali alternativno zavirajo njihovo razgradnjo, ter jih tako prizadanejo bolj kot zdrave celice. V klinični rabi kot protivirusno zdravilo je ribavirin, inhibitor sinteze gvanozina, ki deluje tudi kot mutagen. Za različne druge bolezni se uporabljajo tudi inhibitorji de novo sinteze pirimidinov, vendar zaradi učinkovite reciklaže in visoke koncentracije uridina v krvni plazmi sami po sebi niso uspešni proti virusnim okužbam. To bi lahko popravilo dodajanje inhibitorja reciklažne poti.<br /> <br /> == Luka Hafner - GABA in njeni receptorji v človeških možganih ==<br /> GABA ali 4-aminobutanojska kislina je neproteinogena aminokislina, ki je prisotna v večini organizmov . Sprva je bilo mišljeno, da je le sekundarni metabolit v rastlinah in mikroorganizmih. Komaj leta 1950 je bila odkrita tudi v centralnem živčnem sistemu sesalcev in 1967 je bila prepoznana kot nevrotransmiter. Pri sesalcih je prisotna skoraj v vseh tkivih in deluje kot signalna molekula z vrsto vlog. Nastaja v kratki metabolni poti &quot;GABA shunt&quot;, in sicer preko glutamat dekarboksilaze, v manjši meri pa pri razgradnji putrescina. V centralnem živčnem sistemu deluje kot inhibitorni nevrotransmiter. Veže se na GABAA in GABAB receptorje. GABAA receptorji so kloridni kanalčki, ki imajo poleg GABA vezavnega mesta številna alosterična vezavna mesta. GABAB receptorji so GPCR receptorji, ki posredno odpirajo kalijeve kanalčke in inhibirajo kalcijeve kanalčke in adenilil ciklazo. Z aktivacijo receptorjev se nevron hiperpolarizira in tako se prepreči prenos signala. GABA ima zelo pomembno vlogo pri prenatalnem razvoju živčnega sistema, kjer vpliva na proliferacijo, migracijo in diferenciacijo živčnih celic. Ker ima GABA tako pomembno vlogo pri uravnavanju delovanja centralnega živčnega sistema, lahko nepravilnosti pri GABA signalizaciji privedejo do številnih nevroloških in psiholoških obolenj.<br /> <br /> == Nika Bedrač - Vpliv estrogena in njegovih receptorjev na skeletne mišice ==<br /> Estrogeni so steroidni hormoni, glavni predstavniki pa so 17β -estradiol, estron in estriol. Pri ženskah uravnavajo funkcijo reproduktivnega sistema, rast in razvoj spolnih organov, ohranitev sekundarnih spolnih znakov, imajo pa tudi vpliv na kostno gostoto, delovanje skeletnih mišic, delovanje možganov itd. So male lipofilne molekule, ki lahko direktno prehajajo membrano in se na citosolni strani vežejo na estrogenske receptorje. Od tam se lahko translocirajo v jedro in interagirajo z jedrno DNA, ob enem pa lahko tudi regulirajo transkripcijo in replikacijo mitohondrijske DNA. Glavna estrogenska receptorja sta ER-α in ER-β , razlika med njima je v tem, kateri gen ju kodira in v katerih organih sta prisotna.<br /> Koncentracije estrogena pomembno vplivajo na telesno vzdržljivost in na izbiro substrata, ki ga celica med samo aktivnostjo oksidira. Raziskave so pokazale, da so pri glodavcih samice bile bolj telesno vzdržljive in so kot primarni substrat porabljale maščobne kisline – do podobnih ugotovitev so prišli tudi pri ljudeh. Koncentracija estrogena v telesu pri ženskah bistveno fluktuira in je odvisne od obdobja menstrualnega cikla. <br /> S starostjo se koncentracija estrogena (predvsem pri ženskah) zmanjša, kar pa se lahko odraža v upadu mišične mase in kostne gostote. Za zdravljenje se uporabljajo hormonske nadomestne terapije.<br /> <br /> == Srna Anastasovska - Grelin in njegove funkcije v organizmu ==<br /> Grelin je hormon ki je bil odkrit kot endogeni ligand ki se veže na GHS receptor in s tem stimulira sekrecijo GH hormona. Sestavljen je iz 28 aminokislin, kjer je Ser 3 oktaniliran, kar je bistveno za biološko aktivnost hormona. Ta reakcija oktaniliranja katalizira ghrelin O-acil transferaza (GOAT) in je med prvimi peptidni hormoni ki ima takšno modifikacijo. V telesu so prisotni več oblik grelina: acilirane, deacilirane itd. Hormon je identificiran pri mnogih sesalcih in ima podobno funkcijo pri vseh. Grelin ima več funkcij v organizmu: stimulira sproščanje rastnega hormona (GH), signalizira možganom kadar potrebuje vnos hrane tako da aktivira celice v hipotalamusu in hipofizi, vključno z NPY nevroni ki stimulirajo apetit, regulira metabolizem glukoze, poboljša učenje in spomin, regulira metabolizem energije. Ko je želodec prazen, v zgornji regiji sintetizira grelin ki potem po kri ali vagusnem sistemu signalizira in aktivira regije v hipotalamusu (arkuatno jedro) ki nato stimulirajo apetit. Številne funkcije grelina in njegova sposobnost širjenja v številna tkiva omogočajo široko uporabo v medicini pri zdravljenju različnih bolezni ali stanj kot so anemija, bulimija, deficit rastnega hormona, odpoved srca, postoperativnega ileusa, in ima tudi pozitiven učinek na kardiovaskularnem sistemu. Odkritje grelina je omogočilo znanstvenikom vpogled v nove mehanizme regulacije in razumevanje hranjenja.<br /> <br /> == Manca Pirc - Galanin, spexin in kisspeptin ==<br /> Hormoni in nevrotransmitorji so ene ključnih molekul za vzdrževanje homeostaze v telesu. Med njih uvrščamo tudi tri sorodne biološke aktivne peptide, in sicer galanin, kisspeptin in spexin. Galanin so odkrili leta 1978 v prašičjem prebavnem traktu, kisspeptin so odkrili leta 1996 v rakavih celicah, ki niso bile zmožne metastaze. Obstoj spexina so leta 2007 potrdili s pomočjo bioinformacijskih študij in tako potrdili njegov obstoj še pred samo izolacijo peptida. Galanin in spexin povzročita odziv v celici preko vezave na receptorje tipa 1 – 3 za galanin (GALR1-3), medtem ko se kisspeptin veže na receptor za kisspeptin (KISS1R ali GPR-54). Spexin specifičnega receptorja pa še niso prepoznali. Njihova biološka vloga še ni popolnoma raziskana, vseeno vemo, da so pomembni pri homeostazi glukoze, vzdrževanju telesne teže, izražanju spolnih hormonov. V nadaljevanju seminarja si bomo pogledali, kakšno vlogo imajo pri homeostazi glukoze, izražanju spolnih hormonov in kako vplivajo na razvoj rakavih obolenj. Spexin, galanin in kisspeptin imajo vsi pozitivne učinke na uravnavanje koncentracije glukoze v krvi, kisspeptin je izredno pomemben sporočevalec za izražanje gnRH (gonadotropin sproščujoči hormon), ki spodbudi izločanje ostalih spolnih hormonov; kisspeptin pa je bil sprva prepoznam kot supresor metastaze.<br /> <br /> == Nika Malečkar - Reaktivne kisikove spojine, koencim Q in njuna vloga v glavkomu ==<br /> Glavkom je nevrodegenerativna bolezen očesnega živca, kjer je poškodovan vidni živec na mestu izhoda iz očesa. V Evropi prizadene približno 2 na 100 ljudi, starejših od 40 let. Zaradi velikega odstotka ljudi, ki zaradi neuspešnega zdravljenja oslepi, so se strokovnjaki obrnili k iskanju vzrokov in preprečevanju razvoja bolezni. Kot rezultat velike porabe kisika mrežnih celic, so le-te ranljive na vpliv oksidativnega stresa, ki nastane kot posledica previsokih koncentracij reaktivnih kisikovih spojin. To so prosti radikali, ki vplivajo na nepravilno delovanje mitohondrijev, oksidacijo encimov, motnje prenosa signalov in posledično povzročajo apoptozo celic. Njihov škodljivi učinek preprečujejo antioksidanti, med njimi tudi koencim Q10, ki ima vitaminu podobne funkcije. Nahaja se v večjih ali manjših koncentracijah povsod po telesu, je ključen dejavnik prenosa elektronov v ATP sintezi ter pomemben zaradi svoje antioksidantske in obnovitvene sposobnosti. Uporabljamo ga lahko kot prehransko dopolnilo, kremo ali zdravilo pri nevrodegenerativnih boleznih, med drugim tudi v glavkomu. Koencim Q inhibira apoptozo, ohranja morfologijo mitohondrija in pravilno izražanje mitohondrijske DNA ter deluje kot pufer pri porušeni homeostazi kalcija. V tej seminarski nalogi bom bolj natančno predstavila delovanje in vpliv reaktivnih kisikovih spojin ter koencima Q in opisala njuno vlogo v glavkomu.<br /> <br /> == Evgen Kozole - Sirtuini in njihova vloga v organizmu ==<br /> Vsak posameznik bi si v današnjem času želel, da bi dočakal dolgo življenjsko dobo in bil pri tem tudi zdrav. V organizmu obstajajo molekule, ki s svojim delovanjem neposredno vplivajo na proces staranja in druge biološke procese, kot na primer transkripcijo genov, apoptozo, metabolizem in popravljanje DNA. Gre za tako imenovane sirtuine. Sirtuini so družina proteinov, ki imajo encimsko aktivnost, ki je v večini primerov odvisna od NAD+ deacetilaze, preko katere vplivajo na transkripcijo genov, nekateri pa imajo tudi ADP-ribozilazno aktivnost. V človeškem organizmu lahko najdemo sedem različnih sirtuinov (SirT1-7), ki se predvsem razlikujejo po tem, kje v celici se nahajajo in kakšne so njihove vloge. Lastnost, ki je skupna večini sirtuinov je uravnavanje metabolizma in transkripcija genov. Njihovo delovanje v organizmu je skrajno pomembno, saj regulirajo procese, ki so življenjskega pomena, kot na primer izločanje inzulina, glikolizo, uravnavanje reaktivnih kisikovih zvrti in še mnoge druge. Nekateri sirtuini vplivajo tudi na potek kroničnih bolezni in so zadolženi za odziv imunskega sistema. V določenih primerih lahko izboljšajo potek kroničnih bolezni in odziv imunskega sistema, lahko pa tudi poslabšajo situacijo v primeru, da pride do mutacije gena in organizem izloča preveliko količino določenega sirtuina.<br /> <br /> == Petra Sintič - Triptofan in njegova vloga v telesu ==<br /> Triptofan (simbol Trp) je ena od osmih esencialnih aminokislin, ki jih v človeškem telesu ni mogoče sintetizirati in jih je treba dovajati s hrano, predvsem iz živalskih ali rastlinskih virov. Čeprav ima nižjo koncentracijo v človeškem telesu glede na ostale primarne aminokisline, je triptofan ključna sestavina številnih presnovnih funkcij. Pomemben je za presnovo proteinov in je predhodnik nekaterih zelo pomembnih snovi v telesu, kot so nevrotransmitor serotonin, hormon melatonin in eden najbolj pomembnih B-kompleksov, niacin. Serotonin, ki ga imenujemo tudi hormon sreče nam daje občutek zadovoljstva in dobrega počutja. Melatonin ima pa glavno vlogo pri uravnavanju dnevno-nočnega cikla. Sposobnost spreminjanja hitrosti sinteze serotonina v možganih z manipulacijo koncentracije triptofana je temelj številnih raziskav, zlasti na temo pomanjkanja ali izčrpavanja L-triptofana in posledic le tega. Poleg tega so klinični testi zagotovili nekaj začetnih dokazov o učinkovitosti triptofana za zdravljenje psihiatričnih motenj, preprečevanje agresije, motenj spanca, sezonsko efektivnih motenj, zlasti kadar se uporablja v kombinaciji z drugimi terapevtskimi sredstvi. Vendar so rezultati teh raziskav za enkrat še vedno preveč neodločni in ne konsistentni in so na to temo potrebne še nadaljne raziskave in preskušnje.<br /> <br /> == Eva Kanalec - Oksitocin in njegova vloga v telesu ==<br /> Oksitocin je peptidni hormon, sestavljen iz devetih aminokislin. Prvih šest aminokislin ima ciklično strukturo, ki je posledica disulfidne vezi med cisteinoma, zadnje tri aminokisline pa imajo linearno strukturo. Njegova sinteza poteka v hipotalamusu, skladišči se v zadnjem režnju hipofize oziroma v nevrohipofizi, od koder se tudi sprošča v krvni obtok. V telesu se veže na oksitocinske receptorje, ki jih najdemo v maternici, hipofizi, ledvicah in v ventromedialnem nukleusu hipotalamusa. Receptor je sestavljen iz sedmih transmembranskih domen, ki so na notranji strani membrane sklopljeni z G-proteinom, ta poskrbi za prenos signala naprej po celici. Receptor je specifičen za vezavo oksitocina, saj bi se nanj lahko vezali oksitocinu podobni hormoni kot je na primer vazopresin. Oksitocin ima v telesu pomembno vlogo pri porodu, kjer skrbi za krčenje gladkih mišic maternice. Pomembno vlogo pa naj bi imel tudi pri vplivu na apetit in izbor hrane. Vlogo ima tudi pri navezovanju socialnih stikov, kot je stik med materjo in dojenčkom, ter stik med partnerjema. Dokazano je bilo, da imajo socialni stiki vpliv na povečano raven oksitocina v telesu. V zdravstvu se antagoniste oksitocinskih receptorjev uporablja za zaviranje prezgodnjih porodov, oksitocin pa se uporablja za sprožitev poroda. Potencial za razvoj novih terapij, ki bi temeljile na tarčenju oksitocinskega receptorja ali uporabljale oksitocin, je zelo velik. <br /> <br /> == Špela Kladnik - Leptin in njegova potencialna vloga biomarkerja za debelost ==<br /> Debelost je bolezen modernega časa. Statistični podatki nakazujejo, da je debelih vedno več ljudi, debelost pa se v veliko primerih začne pojavljati že v zgodnjih letih. Prekomerna telesna teža ni vedno posledica napačnega prehranjevanja in nezdravega načina življenja. Pojavi se lahko tudi zaradi morebitnih genskih napak in, kakor je bilo raziskano, tudi zaradi motenj v delovanju hormona leptina, ki je eden od hormonov za regulacijo hranjenja. Leptin nastaja v maščobnih celicah in z delovanjem na hipotalamus uravnava vnos hrane in apetit. Je polipeptid, sestavljen iz štirih antiparalelnih α-vijačnic, ki se veže na receptor preko signalne poti JAK-STAT. V telesu imamo več oblik leptinskih receptorjev, ki se razlikujejo v dolžini znotrajcelične domene. Najbolj sta raziskani obliki Ob-Rb, ki je glavna za prenos signala, in (s)Ob-Re, ki je topni leptinski receptor. Določanje koncentracije prostega, vezanega in celotnega leptina ter koncentracije topnih leptinskih receptorjev ima pomembno vlogo pri razumevanju pojava debelosti. Pri vitkih osebah se leptin večinoma nahaja vezan na receptor, medtem ko se pri debelih ljudeh večinoma nahaja v prosti obliki. Zmanjšanje koncentracije topnega leptinskega receptorja lahko nakazuje na manjše število delujočih receptorjev, zato se lahko leptin že v zgodnjih letih uporablja kot biomarker za napovedovanje in zdravljenje debelosti.</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2020&diff=17745 2021-01-04T20:10:20Z

<p>Ekozole: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Ajda Beltram||12||Zgradba in dinamika signalnih kompleksov GPCR||Luka Hafner||Tinkara Božič||16/10/20||19/10/20||21/10/20<br /> |-<br /> | Jan Bregar||12||Protein retinoblastoma||Nika Bedrač||Martin Stanonik||16/10/20||19/10/20||21/10/20<br /> |-<br /> | Anja Moškrič||12|| Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmiterjev||Srna Anastasovska||Luka Stanković||16/10/20||19/10/20||21/10/20<br /> |-<br /> | Gregor Strniša||12||Načini aktivacije GPCR||Manca Pirc||Ana Pervanja||23/10/20||26/10/20||28/10/20<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc||12||Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti||Maruša Sernc||Nika Banovšek||23/10/20||26/10/20||28/10/20<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski||12||Selective androgen receptor modulators||Ajda Beltram||Aljaž Simonič||23/10/20||26/10/20||28/10/20<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina||12||Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev||Jan Bregar||Luka Hafner||30/10/20||02/11/20||04/11/20<br /> |-<br /> | Eva Vene||12||Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1||Anja Moškrič||Nika Bedrač||30/10/20||02/11/20||04/11/20<br /> |-<br /> | Zala Perko||12||Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice||Gregor Strniša||Srna Anastasovska||30/10/20||02/11/20||04/11/20<br /> |-<br /> | Erik Putar||14-15||AMPK: senzor glukoze in celičnega energijskega stanja||Nikola Janakievski||Manca Pirc||06/11/20||09/11/20||11/11/20<br /> |-<br /> | Iva Matić||14-15||||Rebeka Jerina||Maruša Sernc||06/11/20||09/11/20||13/01/21<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek||14-15||Regulacija mišičnega glikogena: granula in njeni proteini||Eva Vene||Ajda Beltram||06/11/20||09/11/20||11/11/20<br /> |-<br /> | Nika Tomsič||16||Acetil-CoA: glavni metabolit in sekundarni obveščevalec||Zala Perko||Jan Bregar||13/11/20||16/11/20||18/11/20<br /> |-<br /> | Andrej Špenko||16||||Erik Putar||Anja Moškrič||13/11/20||16/11/20||18/11/20<br /> |-<br /> | Aleksandra Rauter||16||Vloga intermediatov Krebsovega cikla v makrofagih||Iva Matić||Gregor Strniša||13/11/20||16/11/20||18/11/20<br /> |-<br /> | Laura Unuk||17||Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin in karnitinskega transporta||Timotej Sotošek||Nikola Janakievski||20/11/20||23/11/20||25/11/20<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova||17||Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc||Nika Tomsič||Rebeka Jerina||20/11/20||23/11/20||25/11/20<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič||17||Funkcije ketonskih telesc v centralnem živčevju||Andrej Špenko||Eva Vene||20/11/20||23/11/20||25/11/20<br /> |-<br /> | Neža Leskovar||18||Urea transporterji in regulacija skoncentriranosti urina||Aleksandra Rauter||Zala Perko||27/11/20||30/11/20||02/12/20<br /> |-<br /> | Luka Šegota||18||||Laura Unuk||Erik Putar||27/11/20||30/11/20||02/12/20<br /> |-<br /> | Nika Perko||18||Encim karbamoil fosfat sintetaza 1||Stefanija Ivanova||Iva Matić||27/11/20||30/11/20||02/12/20<br /> |-<br /> | Ela Bizjak||19||Mutacije mitohondrijske DNA, heterogenost in mitohondrijske bolezni||Jakob Tomšič||Timotej Sotošek||04/12/20||07/12/20||09/12/20<br /> |-<br /> | Bor Krajnik||19||Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri regulaciji celične proliferacije||Neža Leskovar||Nika Tomsič||04/12/20||07/12/20||09/12/20<br /> |-<br /> | Maja Kobal||19||Od UCP1 odvisna in neodvisna termogeneza||Luka Šegota||Vid Dobrovoljc||04/12/20||07/12/20||09/12/20<br /> |-<br /> | Mateja Milošević||20||CAM tip fotosinteze: Crassualacean Acid Metabolism||Nika Perko||Andrej Špenko||11/12/20||14/12/20||16/12/20<br /> |-<br /> | Tinkara Božič||20||Pomen saharoze in njenega metabolizma za rastline||Ela Bizjak||Aleksandra Rauter||11/12/20||14/12/20||16/12/20<br /> |-<br /> | Martin Stanonik||20||Ekofiziologija obstoječih fototrofov in vplivi na evolucijo oksigene fotosinteze||Bor Krajnik||Laura Unuk||11/12/20||14/12/20||16/12/20<br /> |-<br /> | Luka Stanković||21||Nastanek, struktura in zorenje lipidnih kapelj v organizmu||Maja Kobal||Stefanija Ivanova||18/12/20||21/12/20||23/12/20<br /> |-<br /> | Ana Pervanja||21||Vpliv cirkadianega ritma na biosintezo lipidov||Mateja Milošević||Jakob Tomšič||18/12/20||21/12/20||23/12/20<br /> |-<br /> | Nika Banovšek||21||Regulacija mlečnih lipidov preko hrane in transkripcijskih faktorjev ter vpliv mleka na novorojenčka||Tinkara Božič||Neža Leskovar||18/12/20||21/12/20||23/12/20<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič||22||Inhibitorji sinteze nukleotidov kot protivirusna zdravila širokega spektra||Martin Stanonik||Luka Šegota||23/12/20||28/12/20||30/12/20<br /> |-<br /> | Luka Hafner||22||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2020#Luka_Hafner_-_GABA_in_njeni_receptorji_v_.C4.8Dlove.C5.A1kih_mo.C5.BEganih GABA in njeni receptorji v človeških možganih]|||Luka Stanković||Ana Žagar||23/12/20||28/12/20||30/12/20<br /> |-<br /> | Ana Žagar||22||||Vid Dobrovoljc||Nika Perko||23/12/20||28/12/20||30/12/20<br /> |-<br /> | Nika Bedrač||23|||Vpliv estrogena in estrogenskih receptorjev na skeletne mišice ||Ana Pervanja||Ela Bizjak||30/12/20||04/01/21||06/01/21<br /> |-<br /> | Srna Anastasovska||23||Ghrelin in njegove funkcije v organizmu||Nika Banovšek||Bor Krajnik||30/12/20||04/01/21||06/01/21<br /> |-<br /> | Manca Pirc||23||Galanin, spexin in kisspeptin||Aljaž Simonič||Maja Kobal||30/12/20||04/01/21||06/01/21<br /> |-<br /> | Maruša Sernc||23||Učinki uporabe kreatina v športu in medicini||Ana Žagar||Mateja Milošević||08/01/21||11/01/21||13/01/21<br /> |-<br /> | Lea Nicouleau||any chapter||||||||06/01/21||11/01/21||13/01/21<br /> |-<br /> | Marjorie Leaud||any chapter||||||||06/01/21||11/01/21||13/01/21<br /> |-<br /> | Evgen Kozole||||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2020#Evgen_Kozole_-_Sirtuini_in_njihova_vloga_v_organizmu Sirtuini in njihova vloga v organizmu]||||||||||<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim,da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2020|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Ekozole https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2020&diff=17744 2021-01-04T20:01:47Z

<p>Ekozole: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21 */</p> <hr /> <div>= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21 =<br /> <br /> <br /> ==Jan Bregar - Protein retinoblastoma==<br /> <br /> Protein retinoblastoma (pRb) je eden ključnih proteinov, ki regulirajo celični cikel in njegova inaktivacija lahko povzroči različna bolezenska stanja. Ta protein regulira ključni prehod iz G1 v S fazo celičnega cikla s pomočjo interakcij z družino E2F, ki je vrsta transkripcijskih faktorjev celičnega cikla. Retinoblastoma protein (pRb) nadzoruje tudi izstop celice iz celičnega cikla. Njeno aktivnost regulira več mehanizmov, ki zaznavajo znotraj- in zunajcelične signale, ki blokirajo ali dovoljujejo fosforilacijo. pRb fosforilirajo od ciklina odvisne kinaze (Cdk-ji) in s tem protein Rb bodisi inaktivirajo ali pa rahlo spremenijo njegove lastnosti, protein pa vseeno ohrani svojo funkcijo. Odkrili so tudi, da pRb regulira apoptozo s pomočjo enakih interakcij s transkripcijskimi faktorji E2F. To, da je pRb vpleten pri apoptozi, popolno dopolnjuje pRb kot pomemben določevalec usode celice. Med trajanjem celičenga cikla je pRb inaktiviran, kar povzroči, da je celica bolj občutljiva na apoptotske stimuluse. Regulacijo apoptoze lahko onesposobijo nekateri virusi, ki s svojimi onkoproteini povzročijo napake v delovanju proteina Rb, kar lahko predstavlja tveganje za organizem. pRb – E2F kompleksi imajo pomembno vlogo pri regulaciji transkripcije genov, ki so vključeni v diferenciaciji in razvoju.<br /> <br /> ==Ajda Beltram - Struktura in dinamika signalnih komplekov GPCR==<br /> <br /> Receptorji sklopljeni z G-proteinom (GPCR) so transmembranski proteini, ki kot odgovor na ligande regulirajo veliko signalnih poti preko heterotrimernih G-proteinov ali pa preko fosforilacije receptorja s kinazo GRK in arestinov. Vendar ti proteini ne obstajajo le v aktivirani ali neaktivirani obliki, pač pa imajo veliko konformacijskih stanj, ki vsaka sproži svojo signalno pot. Mene je zanimala podrobna razlaga konformacijskih sprememb, ki se zgodijo med prenosom signala. Za aktivacijo G-proteinov je potrebna zamenjava GDP z GTP, kjer igra ključno vlogo razcep domen podenote α G-proteina in destabilizacija vezavnega mesta za nukleotid na Ras-domeni podenote α, kar so posledice konformacijskih sprememb, ki jih povzroči vezava na receptor. Različni ligandi, ki se vežejo na receptorje, pa lahko vplivajo tudi na afiniteto G-proteina do GDP. Kompleksi receptor-G-protein, ki nastanejo z vezavo popolnih agonistov, imajo manjšo afiniteto do GDP, kot tisti, ki so nastali z vezavo delnih agonistov. Pri arestinih pa so prav tako prišli do novega spoznanja. Aktivacija arestinov je večinoma prikazana kot proces iz dveh delov in sicer vezave na fosforiliran C-rep receptorja in nato vezave na jedro receptorja, vendar pa so odkrili, da lahko obe vezavi posebej aktivirata arestin. To nakazuje na to, da verjetno obstaja veliko različnih kompleksov arestina in receptorja, ki regulirajo vsak svojo signalno pot.<br /> <br /> <br /> ==Anja Moškrič - Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmitorjev==<br /> <br /> Signalizacija živčnih celic med drugim poteka s prenosom nevrotransmitorjev preko sinaps. Pri kemični sinapsi gre za pretvarjanje električnih impulzov v eksocitotsko sprostitev nevrotransmitorja (npr. glutamat, GABA, epinefrin, norepinefrin). Pri pretvarjanju signala imajo ključno vlogo napetostno uravnavani kalcijevi ionski kanalčki (Cav), v presinaptičnem predelu. Ti, kot odgovor na depolarizacijo nevrona, usmerjajo kalcijeve ione v notranjost celice in posledično sprožijo fuzijo mešička (z nevrotransmitorjem) s presinaptično membrano. Zgrajeni so iz več podenot, od teh je glavna α1, ki tvori poro za pretok ionov. Podenoti α2δ in β pa regulirata lastnosti. Kanalčke glede na obliko glavne podenote klasificiramo v 3 večje skupine: Cav1, Cav2 in Cav3. V večini sinaps so prisotni kanalčki iz družine Cav2. Da eksocitoza lahko poteče hitro in učinkovito, morajo biti Cav locirani znotraj aktivne regije presinaptične membrane, v bližini mesta eksocitoze. Slednjo kalcijevi kanalčki regulirajo preko različnih proteinov. Pomembnejši predstavnik je družina proteinov RIM (z rab3 vezavne molekule). Ti se na kanalček vežejo z RIM vezavnimi proteini (RBP). Z njimi asociira tudi protein munc13, ki je v membrani vezikla in nevrona vezani s proteini SNARE. Ti so mediatorji pri fuziji membran. Delovanje kanalčka inaktivirajo procesi, kot sta od napetosti odvisni mehanizem in od kalcija odvisen mehanizem, ki je povezan s kalmodulinom.<br /> <br /> <br /> ==Gregor Strniša - Načini aktivacije GPCR==<br /> <br /> GPCR, oziroma z G proteinom sklopljeni receptorji, so transmembranski proteini, ki s svojim delovanjem vplivajo na dogajanje v celici. Zaradi vezave liganda na njihovo zunajcelično stran se jim spremeni konformacija in omogoči prenos signala preko različnih signalnih molekul. Signal se preko različnih G proteinov in β-arrestinov prenaša do drugih proteinov v celici. Kmalu po odkritju GPCR se je izkazalo, da vsi ne delujejo po istem principu. Nove raziskovalne metode so omogočile napredek na področju vizualizacije molekul in njihovega sledenja v celici. Tako so znanstveniki prišli do odkritja petih novih metod aktivacije GPCR, ki lažje razložijo delovanje receptorjev. Med seboj so si različne, a se lahko pogosto prekrivajo in dopolnjujejo. GPCR omogočijo več možnosti odgovora na določen ligand in njegovo koncentracijo. Načini aktivacije, predstavljeni v moji seminarski nalogi, so pristranska aktivacija, znotrajcelična aktivacija, dimerizacijska aktivacija, transaktivacija in dvofazna aktivacija. Posamezen receptor navadno deluje na več načinov. Ob posameznem načinu so podani primeri receptorjev in njihovega delovanja. Z razumevanjem načinov njihove aktivacije se odprejo nove možnosti razvoja zdravil, ki bi delovale preko GPCR, ali vplivale na njihove signalne poti.<br /> <br /> ==Nikola Janakievski - Selective Androgen Receptor Modulators==<br /> <br /> Selective Androgen Receptors Modulators or better known as SARMs, were discovered 30 years ago, as a potential replacement to steroid therapy. SARMs are a type of Selective Receptor Modulators (SRM), compounds which can act both as agonists and antagonists in androgen receptors (ARs) (as a non-steroid replacement), according to the tissue they are in. The main idea behind SARMs, is improving the hormone therapies we have currently, which use synthetic steroids. An ideal SARM could have all the benefits of steroid hormones, without the side effects. The potential benefits and safety of SARMs is yet to be determined, there are numerous ongoing studies for various applications. It is important to have a summary of all these potential application and past examples of studies. In this seminar, we aim to do just that, by comparing all past studies and future potential applications related to SARMs. We conclude that, SARMs are a viable alternative, possibly an improvement to synthetic steroids, although much more research and clinical trials are required for SARMs to become truly applicable.<br /> <br /> ==Vid Dobrovoljc - Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti==<br /> <br /> Preučevanje součinkovanja med signalnimi potmi v celici je zelo zanimivo področje, vendar dokaj težko za raziskovanje. S seminarjem sem poizkusil predstaviti sovplivanje inzulinske(RTK) in β-adrenergične (GCPR) poti v srcu. . Inzulin na β-adrenergične (βAR) poti vpliva s fosforilacijo receptorja z različnimi kinazami, na primer protein kinazo A (PKA) G-protein kinazo (GRK2) in celo sam inzulinskim receptorjem (INSR), kar vodi do desenzitacije in včasih tudi internalizacije receptorja z vezavo β-arestina. Drug način vplivanja je z delovanjem na nižje člene v signalni poti, na primer na koncentracijo cAMP s fosfodiesterazami (PDE). Inzulin lahko tudi s pomočjo fosforilacije uporabi β-adrenergično pot za krepitev svojega signala. Zelo pomembna točka obeh signalnih poti je GRK2, ki po naravi deluje inhibirajoče na obe signalni poti, po zadnjih rezultatih pa jo poleg tega inzulin uporablja za še dodatno inhibicijo GPCR poti. Vplivanje βAR poti na inzulinsko pot je manj jasno, vendar kaže, da lahko βAR na sprejem glukoze v odvisnosti od situacije vpliva tako pozitivno kot negativno, dokaj pomembno vlogo pri tem pa ima PKB. Domnevam, da bo v prihodnosti vedno več raziskav na temo povezav med signalnimi potmi, saj bodo razvite nove opazovalne tehnike, poleg tega pa je razumevanje povezav koristno tako pri razvoju novih tehnik zdravljenja, kot pri samem študiju razvoja celične signalizacije<br /> <br /> ==Rebeka Jerina - Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev== <br /> <br /> Veliko ljudi po svetu pije kavo, čaj ali kokakolo. Vsem naštetim pijačam je skupen kofein, najpogosteje zaužit psihostimulant na svetu. Kofein povzroča veliko učinkov, med katerimi je najbolj znan vpliv na budnost. Zanima me ali vemo kako in zakaj jo povzroči. Kofein je antagonist adenozinskih receptorjev (ARs). Ima podobno strukturo kot adenozin, zato lahko zaseda njegova vezavna mesta. Adenozinski receptorji so izraženi v mnogih tkivih, veliko pa jih najdemo v centralnem živčnem sistemu (CNS). Raziskala sem, da kofein večinoma vpliva na adenozinska receptorja podtipa A1 in A2A. Te dva podtipa adenozinskih receptorjev (ARs) vplivata na regulacijo mnogih fizioloških funkcij kot so spanje, kognicija, motivacija in čustva. Kofein tako z antagonizmom adenozinskih receptorjev (ARs) prepreči signalno kaskado, ki bi spodbudila zaspanost in posledično ohranja budnost. Adenozinski receptorji (ARs) spadajo pod receptorje povezane z G-proteini. Zgradba A1AR in A2AAR se nekoliko razlikuje, zato je tudi mehanizem delovanja teh dveh podtipov nekoliko drugačen. Signalizacija adenozinskih receptorjev (ARs) lahko poteka po več različnih signalnih poteh. Kofein bi zaradi pozitivnih okrepitvenih učinkov, pojava različnih duševnih motenj in pojava negativnih simptomov po prenehanju uživanja lahko prištevali med droge. Raziskave so pokazale, da se z antagonizmom adenozinskih receptorjev da uspešno zdraviti tudi številne bolezni. Glede na učinke in uporabo kofeina bi lahko rekli, da velja za hranilo, zdravilo ali drogo.<br /> <br /> ==Zala Perko - Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice== <br /> <br /> Fotoreceptorji v membrani celic očesne mrežnice so značilni predstavniki z G-proteinom sklopljenih receptorjev. Njihova naloga je absorpcija svetlobe določene valovne dolžine in prenos signala preko G-proteina na citoplazemsko stran, kjer poteče veriga encimsko kataliziranih reakcij. Aktiviran fotoreceptor mora v procesu regeneracije ponovno zavzeti neaktivno konformacijo in vezati naravni ligand 11-cis-retinal. Barvni fotoreceptorji jodopsini zahtevajo učinkovit regeneracijski mehanizem, ker morajo stalno procesirati veliko količino svetlobnih signalov. Aktivna konformacija jodopsina razpade veliko hitreje v primerjavi z rodopsinom in tudi sam potek regeneracije je pri jodopsinih hitrejši. Vzrok za to bi lahko bila različna usoda desenzibiliziranih receptorjev. Nedavno so odkrili možnost, da pri regeneraciji jodopsinov pride do preusmeritve signalne poti. Namesto, da se receptor deaktivira preko internalizacije z arestinom, ostane v membrani in veže ligand glede na prehodno konformacijsko stanje v katerem se nahaja. Na različen potek regeneracije jodopsinov bi lahko vplivala tudi vezava druge molekule retinala v alosterično mesto, ki je posledica konformacijskih sprememb. Povezava med interakcijo retinala in njegovih analogov z določenim konformacijskim intermediatom ima pomembno vlogo tudi s terapevtskega vidika, saj GPCR-ji v splošnem predstavljajo terapevtske tarče za zdravljenje mnogih obolenj. Uporaba analogov 11-cis-retinala, kot sta 9CR in 6mr, ki se vežeta v aktivno ali eno od alosteričnih mest, bi lahko predstavljala učinkovit pristop pri zdravljenju prirojenih mutacij v fotoreceptorjih.<br /> <br /> ==Eva Vene - Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1==<br /> <br /> Družina TRP kanalčkov pri živalih združuje devet manjših skupin kationskih prenašalcev, ki odločilno vplivajo na pravilno delovanje organizma. Eden od tovrstnih kanalčkov je tudi TRPV1 z angleškim imenom »transient receptor potential vanilloid 1«. Tega najdemo v mnogih organih in organskih sistemih, natančneje pa se v tem seminarju osredotočamo na njegovo vlogo v perifernem živčevju. TRPV1 vsebuje okoli polovica vseh somatskih in visceralnih senzoričnih nevronov, zato je pomemben mediator pri nocicepciji oziroma zaznavanju možno nevarnih stimulov ter njihovim prevodom v akcijskih potencial. Njegovo delovanje, poleg nekaterih drugih dražljajev, lahko vzbudi organska molekula, imenovana kapsaicin. Slednjega najdemo v sadežih rastlin rodu Capsicum in ga pojmujemo kot eno odločilnih molekul za pekoč okus teh plodov. Ob vezavi kapsaicina na TRPV1 v celico vdrejo kationi, ki spodbudijo različne celične procese, ključne za oblikovanje in prenos živčnega signala do možganov ter pojav vnetja. Posebej zanimive so dvolične posledice vezave kapsaicina, ki sicer vodijo do bolečine, draženja in vnetja, a omogočijo tudi refrakcijsko dobo kanalčka, ki predstavlja čas, ko slednjega ne moremo aktivirati ter desenzitacijo in degradacijo živčnih vlaken, kar povezujemo z analgetičnim učinkom te molekule. Ob redni daljši izpostavitvi kapsaicinu, ki ga lahko administriramo transdermalno ali injiciramo, se tako uspešno uporablja pri lajšanju kroničnih bolečin.<br /> <br /> ==Erik Putar - AMPK: senzor glukoze ter celičnega energijskega stanja ==<br /> <br /> Celica uporablja z AMP aktivirano protein kinazo (AMPK) kot senzor celičnega energijskega stanja in glukoze. Njen glavni aktivator je AMP, ki promovira fosforilacijo Thr172 na AMPK, inhibira defosforilacijo fosforiliranega Thr172 ter alosterično aktivira AMPK. Aktivacija AMPK poteče že ob majhem energijskem deficitu in sproži regulatorni odgovor, ki preusmeri celični metabolizem iz anabolizma v katabolizem. Fosforilacija Thr172 poteče preko kinaze LKB1, medtem ko sta glikogen sintaza in acetil koencim A karboksilaza (ACC) dve tarči izmed mnogih kinazne aktivnosti AMPK. AMPK je heterotrimer sestavljen iz podenot α, β in γ. V α podenoti je prisotno kinazno aktivno mesto ter Thr172, medtem ko so na γ podenoti prisotna vezavna mesta za adenin nukleotide. β podenota je miristilirana na svojem N koncu, kar je ključnega pomena za delovanje glukoznega senzorja. Ta mehanizem poteka na lizosomih in sicer s tvorbo velikega kompleksa, ki vsebuje aldolazo, v-ATPazo, Ragulator, AXIN, LKB1 ter AMPK. Aldolaza je sicer tista, ki čuti prisotnost glukoze in to preko fruktoze 1,6-bisfosfata (FBP): odsotnost FBP v njenem aktivnem mestu aktivira AMPK neodvisno od razmerja koncentracijah adenin nukleotidov in tako preusmeri celico iz glikolitične v alternativne oksidativne poti.<br /> <br /> ==Timotej Sotošek - Regulacija mišičnega glikogena: granule in njeni proteini ==<br /> <br /> Glikogen je primarna oblika shranjevanja glukoze, ki je hitra in dostopna oblika energije. Kljub njegovi pomembnosti pa procesi regulacije glikogena še vedno niso popolnoma jasni. Metabolizem glikogena je zelo reguliran, hkrati pa dinamičen. Kako se bo metabolizem glikogena usmeril, je odvisno od mnogih dejavnikov. Zaloge glikogena v skeletnih mišicah so razdeljena na tri območja: podsarkomerno, intermiofibrilarno in intramiofibrilarno. Vsako od teh območij ima drugačno funkcijo v celici in temu primerno vsaka zase regulira sintezo in razgradnjo glikogenskih granul. Vsaka granula glikogena pa je sposobna tudi samostojnega izvajanja regulacije, pri kateri sodelujejo različni proteini. Eden pomembnejših je protein fosfataza 1 (PP1), ki nadzoruje aktivnost ključnih encimov, kot so glikogen sintaza (GS) in glikogen fosforilaza (GP), pri tem pa mu pomaga glikogen tarčni protein (PTG), ki deluje kot ogrodni protein med PP1 in drugimi proteini. Ta proces je reguliran preko kompleksa laforin-malin, ki prekine povezavo med PP1 in PTG. V seminarju so predstavljene naloge in lastnosti glikogena v treh oddelkih znotraj skeletnih mišic. Predstavljen bo vpliv, ki ga imajo našteti proteini na sintezo glikogena, podrobnejši opis naloge, zgradbe proteinov laforina in malina, kako kompleks laforin-malin inhibira glikogen sintezo ter kakšne so posledice nedelovanja tega proteinskega kompleksa.<br /> <br /> ==Nika Tomsič - Acetil-CoA: glavni metabolit in sekundarni obveščevalec ==<br /> <br /> Acetil-CoA je eden glavnih metabolitov. Deluje kot mejna točka med glikolizo in Krebsovim ciklom. Poleg tega so pomembne tudi njegove naloge kot sekundarni obveščevalec. Nadzoruje ključne celične procese, vključno z energetsko presnovo, mitozo in avtofagijo, tako neposredno kot preko regulacije ekspresije genov. Acetil-CoA običajno nastane v mitohondrijskem matriksu iz piruvata ali kot posledica β-oksidacije dolge verige maščobnih kislin. Lahko pa nastane tudi v citosolu z oksidacijo aminokislin, etanola ali z delovanjem acetil-CoA sintetaze, ki združuje dve glavni komponenti: acetil in koencim A. Razmerje med koncentracijama v mitohondrijskem matriksu in v citosolu je vedno enako. Govorimo torej o nekem dinamičnem ravnotežju, ki ga omogočajo številni prenašalci. Mitohondrijska memebrana je sicer neprepustna za acetil-CoA, zato mora najprej zreagirati v drugo obliko, da lahko vstopa ali iztopa iz mitohondrija. V mitohondrij vstopa piruvat s pomočjo citrat – piruvatnih prenašalcev. Tu piruvat dehidrogenazni kompleks katalizira reakcijo v acetil-CoA. Ko pa je v mitohondriju preveč acetil-CoA, se lahko ta prenese v citosol ali jedro v obliki acetilkarnitina preko karnitinskega prenašalca. V citosolu se spet povrne v acetil-CoA in je lahko vir anabolizma maščobnih kislin ali aminokislin, v jedru pa je njegova funkcija acetiliranje histonov. To omogoči prepisovanje genskega materiala. Lahko pa tudi nadaljuje svojo pot v mitohondriju in vstopi v citratni cikel, kjer je prvi korak pretvorba v citrat preko citratnega sinteznega kompleksa.<br /> <br /> ==Aleksandra Rauter - Vloga intermediatov Krebsovega cikla v makrofagih==<br /> <br /> Makrofagi so nepogrešljive komponente imunskega sistema, ki izhajajo iz matičnih celic kostnega mozga in nastajajo v procesu hematopoeze. Glavne funkcije, ki jih opravljajo so fagocitoza, izločanje citokinov in sodelovanje pri humoralnem imunskem odzivu skupaj z limfociti. Njihovo aktivacijo povzroči prisotnost različnih citokinov, ki se vežejo na specifične TLR receptorje. Najpogostejši ligand klasične aktivacije je lipopolisaharid (LPS), strukturna komponenta celičnih sten bakterij. Zaznava vezanega liganda preko adapterskih proteinov, signalne kaskade, transkripcijskih faktorjev vodi do razvoja enega od dveh fenotipov makrofagov. M1 fenotip ima baktericidno in fagocitno delovanje, M2 pa sodeluje predvsem pri reparaciji tkiv. Točni mehanizmi, ki to povzročijo, še niso poznani. M1 makrofag ima reprogramiran Krebsov cikel, kar povzroči akumulacijo različnih intermediatov v mitohondriju. Ti se lahko prenesejo v citosol preko specifičnih transporterjev in sodelujejo pri različnih regulatornih mehanizmih. Sukcinat povzroči povečano izločanje vnetnih citokinov preko stabilizacije transkripcijskega faktorja HIF-1α, povečanja količine mROS, posttranslacijskih modifikacij proteinov in signalizacije preko z GPCR. Spremenjen Krebsov cikel povzroči akumulacijo citrata, ki je perkurzor itakonata. Ta preko transkripcijske regulacije in inhibicije določenih encimov regulira protivnetni in protimikrobni odziv. Fumarat in α-ketoglutarat sodelujeta pri epigenetski regulaciji celičnih procesov.<br /> <br /> ==Jakob Tomšič - Funkcije ketonskih telesc v centralnem živčevju ==<br /> <br /> Acetoacetat, β-hidroksibutirat in aceton, drugače imenovani tudi ketonska telesca, so produkti našega metabolizma, ki ob pomankanju hranil možgansko tkivo, srce in skeletne mišice oskrbujejo z energijo. Ketogeneze pa danes ne povezujemo le s stanjem pomankanja hranil, ampak jo lahko spodbudimo tudi s tako imenovano ketogeno dieto, ki ji pripisujejo mnoge pozitivne učinke. Vloga ketogene diete pri epilepsiji in drugih nevroloških boleznih je poznana že skoraj stoletje, vendar so bili mehanizmi za antiepileptično delovanje vedno uganka. Trenutno poznamo več funkcij ketonskih telesc, ki presegajo njihovo osnovno metabolno vlogo. Ketonska telesca imajo epigenetski vpliv in lahko spodbujajo izražanje antioksidativnih genov. Prav tako je viden vpliv na vezikularni transport glutamatata z VGLUT v nevronih in zaviranje prenosa signala z GABA nevrotransmiterji. Ketonska telesca izražajo nevrozaščitno in protivnetno vlogo z vplivom na imunski sistem, z vezavo na HCA2 receptor, ki spodbuja nastanek prostagladina D2, in inhibicijo NLRP3 inflamasoma. Nevrološke motnje, kot je epilepsija, imajo več vzrokov, med katerimi sta neizpodbitno prevelika vzburjenost nevronov ter vnetno stanje tkiva. Vedno več dokazov kaže na vlogo ketonskih telesc pri nadziranju in manjšanju števila epileptičnih napadov pri bolnikih. Kljub vsem dokazom in povezavam pa še vedno obstajajo dvomi, da so ravno ketonska telesca tista, ki imajo antiepileptične funkcijo.<br /> <br /> ==Laura Unuk - Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin in karnitinskega transporta ==<br /> <br /> Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin (lcFAOD) so dedne avtosomske recesivne bolezni, ki onemogočajo metabolizem maščobnih kislin. Gre za mutacije genov, ki kodirajo encime oksidacije in karnitinskega transporta. Pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin (12-18 C-atomov) sodeluje več kot 15 encimov, vendar le motnja enega lahko pripelje do kliničnih simptomov, kot so šibkost mišic, odpoved jeter, odpoved srca, itd. Glavni encimi, ki katalizirajo karnitinski transport so OCTN2 (organski-kationski-transporter-novel-2), CPT1 (karnitin-palmitoil-transferaza-tipa-1A), CPT2 (karnitin-palmitoil-transferaza-tipa-2) in CACT (karnitin-acilkarnitin-translokaza); encimi, ki pa katalizirajo oksidacijo so VLCAD (zelo-dolgoverižna-acil-CoA-dehidrogenaza), MTP (mitohondrijski-trifunkcijski-protein), LCHAD (dolgoverižna-3-hidroksiacil-CoA-dehidrogenaza) in LCKAT (dolgoverižna-3-ketoacil-CoA-tiolaza). Karnitin je pomembna molekula za prenos dolgoverižnih maščobnih kislin skozi membrano mitohondrija, saj dolgoverižna maščobna kislina lahko vstopi v mitohondrij le v obliki acil-karnitin estra. Najpogostejša motnja pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin pa je motnja VLCAD encima, ki katalizira reakcije odcepa dveh ogljikovih atomov iz maščobne kisline na CoA. Nastali acil-CoA lahko nato vstopi v cikel citronske kisline, kjer nastane ATP. Ob nedelovanju VLCAD pride do pomanjkanja ATP v celici in posledično kliničnih simptomov. Zaznavanje napake enega od encimov je izvedena preko profila acilkarnitina v krvi, plazmi ali DBS. Z metodo NBS ('newborn screening') lahko kmalu po rojstvu že zaznajo motnjo in tako s hitrim zdravljenjem preprečijo neprijetno napredovanje bolezni. Poleg trenutnega zdravljenja so v razvoju različne terapije za zdravljenje motenj, ki pa imajo velik potencial.<br /> <br /> ==Stefanija Ivanova - Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc ==<br /> <br /> Ketonska telesca predstavljajo alternativno energijo za možgane, srce in skeletne mišice pod določenimi pogoji, kot so stradanje, intenzivna vadba, nenadzorovan diabetes ali po zaužitju ketonskih dodatkov. Zanimanje za delovanje ketonskih telesc se je povečalo predvsem pri športnikih. Ker ima uživanje eksogenih ketonov dramatične učinke na metabolizem skeletnih mišic med vadbo, imajo lahko športniki od tega koristi. Pomembna premisleka sta, kako športniki tolerirajo vnos ketonskih estrov med vadbo in ali dodatek ogroža ali vpliva na vnos ogljikovih hidratov. Zaužitje ketonskih dodatkov lahko hitro poveča koncentracijo ketonskih telesc, v primerjavi s ketogeno prehrano ali stradanjem, ki potrebujeta vsaj nekaj dni. Dodatek eksogenih ketonov predstavlja vir energije in ima lahko učinke pri varčevanju zalog ogljikovih hidratov med treningom v času nizke razpoložljivosti ogljikovih hidratov. Varčevanje zalog endogenih ogljikovih hidratov bi teoretično povzročilo večjo zmogljivost med ključnimi deli, med katerim so ogljikovi hidrati prevladujoči substrat. Dokler niso metabolne interakcije dodatkov ketonskih estrov s skeletnimi mišicami med vadbo popolnoma razjasnjene, vse predlagane ergogene lastnosti ostanejo teoretične. Glavni razlog za utemeljevanje eksogenih dodatkov ketonov morajo biti ugotovitve, da se ketoliza med vadbo poveča in pomembno prispeva k oskrbi z energijo. Čeprav obstajajo predlogi, da so dodatki ketonskih telesc koristni za športnike, je trenutno premalo informacij o učinkih dodatkov na metabolizem ketonskih telesc med vadbo. Na številna vprašanja je še treba odgovoriti.<br /> <br /> ==Nika Perko - Encim karbamoil fosfat sintetaza 1 ==<br /> <br /> Karbamoil fosfat sintetaza 1 (CPS1) je limitni encim cikla uree, ker katalizira njeno prvo tristopenjsko reakcijo. Nahaja se v matriksu mitohondrija v celicah jeter, ledvic in tankega črevesa. Sestavljen je iz šestih domen: interakcijske, glutaminazne, integracijske, alosterične in dveh katalitskih. Encim je lahko v neaktivni ali aktivni obliki. Alosterično ga aktivira N-acetil-L-glutamat. Encim se lahko pozitivno regulira s proteinom Sirtuin 5 in glukagonom, negativno pa z mikro RNA miR-19b in od ATP odvisno kinazo (AMPK). Napačno delovanje kateregakoli od petih encimov ali transporterjev cikla uree vodi v zelo redko bolezen – motnje cikla sečnine. Prav motnja v delovanju encima CPS1 povzročajo najhujšo obliko te bolezni. Izrazi se lahko tako v neonatalni dobi kot tudi kasneje, določi pa se jo preko encimske ali genske analize. Simptomi so lahko letargija, bruhanje, encefalopatija in koma. Mutacije tega in tudi preostalih encimov ciklusa povzročijo hiperamoniemijo, ki se jo zdravi s hemodializo in raznimi zdravili, kot so L-arginin hidroklorid, natrijev benzoat in natrijev fenilbutirat. Bolniki se morajo držati stroge diete, bogate z ogljikovimi hidrati in maščobami. Poleg omenjenih zdravil lahko uživajo tudi N-karbamil-L-glutamat, ki deluje kot šaperon, stabilizator in aktivator. Trenutno je edina trajna in učinkovita rešitev transplantacija jeter, v prihodnosti pa bo morda učinkovita tudi genska terapija.<br /> <br /> ==Neža Leskovar - Urea transporterji in regulacija skoncentriranosti urina ==<br /> <br /> Urea je vodotopna polarna molekula, ki lahko počasi prehaja čez celične membrane z difuzijo, hiter in učinkovit transport pa ji omogočajo urea transporterji UT-A in UT-B. Ti sodelujejo pri izločanju odvečnega dušika iz telesa, koncentriranju urina in s tem pri regulaciji tekočinskega ravnovesja ter ponovni uporabi dušika vezanega v urei s pomočjo črevesnih bakterij. Transporterji so v osnovi sestavljeni iz dveh hidrofobnih transmembranskih domen in velike ekstracelularne povezovalne zanke, razen UT-A1, ki je rezultat podvojene osnovne strukture. So N-glikozilirani in imajo znotrajcelični aminski in karboksilni konec. UT-A transporterji se večinoma nahajajo v ledvicah. UT-A1 najdemo v spodnjem predelu ledvičnega zbiralca, v apikalnih delih celic, kjer omogoča prehod uree iz zbiralca v epitelne celice. UT-A3 se prav tako nahaja v spodnjem predelu ledvičnega zbiralca, le da v bazalnih delih celic in omogoča prehod uree nazaj v telesni obtok. UT-A2 se nahaja v Henlejevi zanki in skrbi za prehod uree iz ledvične sredice nazaj v Henlejevo zanko. UT-A4 je bil najden v ledvicah podgan, UT-A5 so našli v testisih miši in UT-A6 v človeškem črevesju. UT-B transporterji se nahajajo v ledvičnih kapilarah, najdemo jih tudi v različnih tkivih. Transport uree je dobro reguliran z vazopresinom, hiperosmolarnostjo, ubikvinacijo in drugimi načini.<br /> <br /> ==Ela Bizjak - Mutacije mitohondrijske DNA, heterogenost in mitohondrijske bolezni==<br /> <br /> Mutacije mitohondrijske DNA so del mitohondriju lastnega dednega zapisa. Mitohondrijska DNA je krožna molekula, ki je stabilizirana z zvitjem v nukleoide. Najpogosteje mutacije nastanejo med replikacijo, saj je po predvidenih mehanizmih takrat DNA dolgo izpostavljena in enoverižna, prav tako pa je podvajanje pogosto. Poleg tega, da ima mitohondrijska polimeraza šibko eksonukleazno aktivnost, se v bližini dednega materiala nahaja tudi respiratorna veriga, ki proizvaja reaktivne kisikove radikale. Mutacije se širijo glede na njihovo vrsto. Delecije imajo pri podvajanju prednost, ker so manjše kot nemutirane molekule, zato v organelu hitro prevladujejo, dedni prenos delecij pa je zelo redek. Točkovne mutacije se širijo s sproščeno replikacijo, delitvami in fisijami mitohondrijev. Če so prisotne v spolnih celicah matere, jih podedujejo vsi njeni potomci. Heteroplazmija se lahko med tkivi osebka razlikuje. Te razlike so opazne v nepravilnostih na proteinskih superkompleksih, oblikah krist, sestavi mitohondrijske membrane, napetostnem potencialu in okvarah respiratorne verige. S sledenjem mutacijam ali različnim haploskupinam lahko sledimo tudi migracijam populacij. Nekatere dedne mutacije so odgovorne tudi za bolezenska stanja, če je nosilka mutacij mati. Najpogosteje prizadenejo živčevje, pojavijo pa se lahko ob rojstvu ali kasneje med 20. in 40. letom.<br /> <br /> ==Bor Krajnik - Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri regulaciji celične proliferacije ==<br /> <br /> Kisikove reaktivne zvrsti ali krajše ROS so zelo reaktivne zvrsti, ki nastajajo pri redukciji molekularnega kisika, med seboj pa se pretvarjajo spontano ali s pomočjo encimov. V celici sta najpomembnejša predstavnika vodikov peroksid in superoksidni anion. Glaven vir ROS v celici so mitohondriji, kjer nastajajo kot produkt preobremenjenih elektronskih prenašalnih verig. Sprva se je njihova pristnost v organizmih smatrala za izključno škodljivo, ampak danes vemo, da imajo v človeškem organizmu več funkcij. V celici igrajo pomembno vlogo v določenih signalnih poteh, kar dosežejo z oksidacijo predvsem cisteinskih ostankov. Ob hipoksiji so ROS pomembne pri stabilizaciji ene od podenot hipoksija inducibilnih faktorjev (HIF), to so transkripcijski fakorji, ki regulirajo ekspresijo genov in so pomembni za angiogenezo in celično proliferacijo. Prav tako so pomemben člen signalne poti preko katere hormon angiotenzin II spodbuja delitev celic gladkih mišic v žilah. Regulirajo aktivacijo T-celic, kar privede do njihove proliferacije. ROS so vpletene tudi v proliferacijo rakastih celic, v katerih visoki nivoji ROS pomagajo pri angiogenezi, ki je potrebna zaradi hitre rasti tumorja kar vodi v hipoksijo. Zaradi tega so bile preizkušene kot potencialna tarča pri zdravljenju raka vendar so rezultati mešani.<br /> <br /> ==Maja Kobal - Od UCP1 odvisna in neodvisna termogeneza==<br /> <br /> Termogeneza je proces nastajanja toplote in je eden od mehanizmov termoregulacije. Glavni regulator adaptivne nedrgetajoče termogeneze je protein UCP1, imenovan tudi termogenin. To je razklopitveni (ang. uncoupling) protein, ki se nahaja v notranji mitohondrijski membrani rjavih in bež adipocitov (maščobne celice), kjer razklaplja protonski gradient, ki se ustvari med procesom dihalne verige. Gradient protonov preusmeri nazaj v matriks mitohondrija, namesto da bi ta šel preko ATP-sintaze. Tako torej ne nastane ATP, ampak sprosti se toplota, ki segreje celico in pomaga ohranjati stalno telesno temperaturo. Glavni regulatorji delovanja UCP1 so maščobne kisline in purinski nukleotidi; prvi delujejo kot aktivatorji, slednji pa kot inhibitorji. Novejše raziskave pa so pokazale mehanizme in termogene regulatorje v adipocitih, ki so neodvisni od UCP1. Ti mehanizmi so kroženje kalcijevih ionov preko mehanizma SERCA, kreatin-substratni cikel, kroženje lipidov, transport glicerol-3-fosfata in razklop preko N-acil aminokislin. Natančno poznavanje mehanizmov termogeneze bi ponudilo številne nove možnosti za zdravljenje debelosti in sladkorne bolezni tipa 2. Znanje o UCP1 neodvisnih mehanizmih termogeneze bi bilo zelo uporabno za zdravljenje predebelih in starejših ljudi, ki nimajo UCP1-pozitivnih adipocitov. Čeprav že več desetletij potekajo raziskave o termogenezi, je znanje na tem področju pomanjkljivo, tako da bodo potrebne še številne raziskave.<br /> <br /> ==Martin Stanonik - Ekofiziologija obstoječih fototrofov in vplivi na evolucijo oksigene fotosinteze==<br /> <br /> Oksigena fotosinteza je pomemben mikrobiološki proces, ki je omogočil dvig atmosferske koncentracije kisika in posledični razvoj večceličnih organizmov. Pred tem procesom so že obstajali mehanizmi, ki so proizvajali energijo. Za to so potrebovali molekule bogate z elektroni, kot H2S. Vendar ti procesi niso proizvajali kisika, kot stranskega produkta. Zato je sprememba kompozicije atmosfere, ali GOE (Great Oxidation Event) povzročila smrt mnogih organizmov kake 2.5 milijarde let nazaj. Tisti, ki pa so preživeli, so pa razvili obrambne mehanizme proti radikalnimi molekulami (ROS), ki so nastale iz kisika, ali pa so se umaknili v globje predele takratnih oceanov, kjer so še zmeraj prevladovali pogoji pred GOE. Kljub temu znanju natančen pojav in razvoj teh procesov še ni poznan. Danes še obstajajo organizmi, ki izvajajo te procese, nekateri lahko celo oba, vendar je to odvisno od okolja. To, vključno z fosili in filogenetskimi raziskavami, bi nam lahko pomagalo razumeti kako se je razvilo življenje na Zemlji. Organizmi z oskigeno fotosintezo so pomemben vir kisika v okoljih. Oksigena fotosinteza vključuje mnoge dele, kot reaktivne centre (RCI in RCII) in fotosisteme PSI in PSII ter OEC, ki je sistem ,ki tvori stranski produkt kisik. Pojav teh mehanizmov tudi še ni natančno poznan zato bodo potrebne še številne raziskave.<br /> <br /> ==Tinkara Božič - Pomen saharoze in njenega metabolizma za rastline==<br /> Saharoza je pomemben disaharid, ki vpliva na rast rastlin, njihov razvoj, reprodukcijo in obrambne odgovore. Višek trioza fosfata, ki nastane iz ogljika med aktivno fotosintezo, se v citoplazmi pretvori v saharozo. Z delovanjem saharoze je tesno povezana še trehaloza, oligosaharid iz dveh molekul glukoze, ki ima v celicah regulatorno vlogo. Saharoza je pomembna predvsem zaradi cepitve na heksozi glukozo in fruktozo, kar poteka na dva načina – lahko jo cepi saharozna sintaza ali jo hidrolizirajo invertaze. Slednje encime inhibirajo posebni proteini, imenovani invertazni inhibitorji. Saharozna pot se v rastlinah začne v fotosintetskih tkivih, nadaljuje z nalaganjem v floem, zaključi pa se z odlaganjem iz floema v ponore oz. nefotosintetska tkiva. Invertaze so treh vrst in jih klasificiramo glede na njihov pH ter mesto v celici – poznamo invertaze celične stene, vakuolne invertaze in citoplazemske invertaze. Nastopijo v celicah ponora, ko je potrebna cepitev saharoze na njeni sestavni molekuli. Invertaze celične stene pa sodelujejo še pri obrambnih odgovorih celice na napad patogenih organizmov, ko jo ti izkoriščajo za sladkorje. Če pa patogeni v navezo s celicami prinašajo hranila, ki jih gostitelji potrebujejo, to povezavo imenujemo mikoriza. Ta hranila so v glavnem fosfati, sladkor, ki ga od rastlin prejemajo patogeni organizmi, pa je glukoza.<br /> <br /> ==Mateja Milošević - CAM tip fotosinteze: Crassulacean Acid Metabolism==<br /> CAM tip fotosinteze je evolucijska prilagoditev določenih vrst rastlin na ekstremne okoljske razmere, kot je pomanjkanje vode in zelo visoke temperature – tipičen primer takih rastlin so kaktusi v puščavi, ali kot prilagoditev ko rastlina ne more privoščiti si dovolj CO₂ čez dan. Takšen tip fotosinteze se od običajnega C3 tipa razlikuje po tem, da vsebuje dodaten encim t. j. fosfoenolpiruvat karboksilaza (PEPC). Ta skupaj z encimom RuBisCO pomaga asimilirati zunanji CO₂. Delovanje teh dveh encimov je časovno ločeno, in prav po tem se CAM fotosinteza razlikuje od še enega tipa fotosinteze – tipa C4. Asimilacija zunanjega CO₂ je ločena po fazah. Da se rastlina izogne prekomerni izgubi vode, čez dan svoje posebne listne pore - stome - zapre, uporablja pa v sebi shranjene energijsko bogate molekule. Ko pride do spremembe v okolici, npr. nastopi noč, rastlina svoje stome odpre in tako sprejme zunanji CO₂. Pomemben intermediat je malat2-, ki nastaja z obdelavo zunanjega CO₂ in se shranjuje v vakuoli v obliki malatne kisline. Ko se malat dekarboksilira, iz njega nastaneta piruvat in CO₂. Ta dva v nadaljnih metabolnih procesih doprineseta energijo in pomembne intermediate..<br /> <br /> ==Nika Banovšek - Regulacija mlečnih lipidov preko hrane in transkripcijskih faktorjev ter vpliv mleka na novorojenčka==<br /> Mleko je edina, in zato glavna prehrana novorojenčka, ki je v začetnih fazah svojega obstoja zelo ranljiv. V materinih mlečnih žlezah nastajajo primerne sestavine, ki so pomembne tako za periferni kot za centralni razvoj mladiča. Mlečni lipidi so glavna komponenta mleka. Nastajajo preko različnih substratov; med glavne štejemo maščobe kisline, glukozo in glicerol. V citosolu mlečnih epitelnih celic se iz slednjih tvorijo predvsem srednje dolge verige mašobnih kislin, ki igrajo pomembno vlogo v telesu novorojenčka, saj mu prinašajo tako hranilne vrednosti in energijo kakor tudi nekatere signalne molekule. Triacilgliceroli nastajajo v endoplazmatskem retikulumu, kjer se nato zapakirajo kot mehurčki in se iz mlečne epitelne celice izločajo v obliki mleka. Na sestavo mleka in regulacijo njegovih sestavin vplivajo številni dejavniki. Med ključne štejemo transkripcijske faktorje, kot sta, npr. SREBP-1 in PPARγ, in samo prehrano. Če imajo matere novorojenčkov genetske okvare ali slabe prehranske navade, se v celici zgodijo napačne regulacije v sintezi mlečnih lipidov ter pride do tvorbe in izločanja »toksičnega« mleka v alveolih mlečnih žlez. Takšno mleko lahko povzroči velike nepravilnosti v telesu novorojenčka, saj ta zaužije sebi škodljive snovi, ki vodijo do raznih notranjih vnetij. Zaužitje takšne vrste mleka se lahko odraža tudi v dolgoročnem razvoju otroka v obliki različnih bolezni.<br /> <br /> ==Luka Stanković - LIPIDNE KAPLJE: nastanek, struktura in zorenje lipidnih kapelj==<br /> Lipidne kaplje so bile prvič odkrite pred več kot 100 leti. Kljub temu, se jim do nedavnega ni posvečalo večje pozornosti in pripisovalo znatnejše vloge v delovanju organizma. Danes odkrivamo, da ne gre le za celično strukturo, ki shranjuje lipide, temveč gre za nadvse pomemben organel, ki ga najdemo v vseh evkariontskih celicah. Ne le, da so kaplje nadvse pomembne za metabolne procese, temveč imajo tudi pomembno vlogo pri zaščiti pred lipotoksičnostjo, poškodbi mitohondrijev, obnavljanju homeostaze, zadnje čase pa se odkriva tudi njihov pomen v signalnih poteh. Kljub številnim funkcijam, med katerimi je še veliko neraziskanega, se v seminarju posvečamo predvsem nastanku kapelj, njihovi strukturi in njihovem zorenju. Nastanek lipidne kaplje začnemo z nastankom maščobnih kislin iz acetil CoA. Le-te se v ER skupaj z glicerolom s pomočjo kompleksa encimov pretežno pretvorijo v di- in triacilgliceride. Naraščanje njihove koncentracije znotraj membrane ER povzroči nastanek in odcep kaplje iz membrane. V večini primerov gre za reguliran odcep v citosol. Celoten proces in kasnejšo zorenje uravnava cela kopica proteinov, katerih natančni mehanizmi ali pa celo vloge v nekaterih primerih še niso popolnoma jasni. Napake v delovanju slednjih pa lahko povzročajo hujše zdravstvene zaplete kot so debelost, inzulinska odpornost in posledično diabetis.<br /> <br /> == Ana Pervanja - Vpliv cirkadianega cikla na biosintezo lipidov==<br /> Cirkadiani ritem oz. cikel je mehanizem, ki na podlagi zunanjih dražljajev vpliva na delovanje organizma. Proces poteka na osnovi zaznave svetlobe v fotosenzitivnih ganglijskih celicah, ki pošljejo signal v hipotalamus, kjer se nahaja glavna »ura«. Ta nato uskladi ostale organe po telesu. Posledica tega je nihanje regulatornih molekul (oscilatorjev) v perifernih celicah, ki preko glavnih regulatornih encimov vplivajo na metabolizem. Na biosintezo lipidov vplivata dve od cirkadianega cikla odvisni molekuli: transkripcijski faktor SREPB, ki sodeluje pri sintezi maščobnih kislin in sterolov, in jedrni receptor PPARγ, ki vpliva na sintezo maščobnih kislin z zelo dolgimi verigami. V primeru motenj cirkadianega cikla, ki so lahko posledica nepravilnega delovanja regulatornih molekul ali neusklajenosti glavne in perifernih »ur«, pride do disregulacije metabolizma. To lahko vodi do razvoja debelosti, sladkorne bolezni tipa II, ateroskleroze, možganske in srčne kapi idr.<br /> <br /> == Aljaž Simonič - Inhibitorji sinteze nukleotidov kot protivirusna zdravila širokega spektra ==<br /> Virusi so parazitski biološki delci, ki v svojih gostiteljih povzročajo bolezni. Večina do sedaj uporabljanih protivirusnih zdravil deluje na virusne proteine, vendar ta pristop ne omogoča zdravljenja več virusov z enim zdravilom in je občutljiv na mutacije virusa. Različne na gostitelja delujoče učinkovine bi lahko kljub hujšim stranskim učinkom delovale kot širokospektralna protivirusna zdravila. Med takšnimi spojinami so obetavni tudi inhibitorji biosinteze nukleotidov, sistema kompleksnih metabolnih poti, ki tvorijo nove purinske in pirimidinske nukleotide ali reciklirajo delno razgrajene. Inhibicija teh poti virusom odvzame molekule, ki jih za replikacijo neizogibno potrebujejo v količinah, ki močno presegajo potrebe ter zaloge zdravih celic in v okuženih celicah zato tudi spodbujajo njihove sintezne poti ali alternativno zavirajo njihovo razgradnjo, ter jih tako prizadanejo bolj kot zdrave celice. V klinični rabi kot protivirusno zdravilo je ribavirin, inhibitor sinteze gvanozina, ki deluje tudi kot mutagen. Za različne druge bolezni se uporabljajo tudi inhibitorji de novo sinteze pirimidinov, vendar zaradi učinkovite reciklaže in visoke koncentracije uridina v krvni plazmi sami po sebi niso uspešni proti virusnim okužbam. To bi lahko popravilo dodajanje inhibitorja reciklažne poti.<br /> <br /> == Luka Hafner - GABA in njeni receptorji v človeških možganih ==<br /> GABA ali 4-aminobutanojska kislina je neproteinogena aminokislina, ki je prisotna v večini organizmov . Sprva je bilo mišljeno, da je le sekundarni metabolit v rastlinah in mikroorganizmih. Komaj leta 1950 je bila odkrita tudi v centralnem živčnem sistemu sesalcev in 1967 je bila prepoznana kot nevrotransmiter. Pri sesalcih je prisotna skoraj v vseh tkivih in deluje kot signalna molekula z vrsto vlog. Nastaja v kratki metabolni poti &quot;GABA shunt&quot;, in sicer preko glutamat dekarboksilaze, v manjši meri pa pri razgradnji putrescina. V centralnem živčnem sistemu deluje kot inhibitorni nevrotransmiter. Veže se na GABAA in GABAB receptorje. GABAA receptorji so kloridni kanalčki, ki imajo poleg GABA vezavnega mesta številna alosterična vezavna mesta. GABAB receptorji so GPCR receptorji, ki posredno odpirajo kalijeve kanalčke in inhibirajo kalcijeve kanalčke in adenilil ciklazo. Z aktivacijo receptorjev se nevron hiperpolarizira in tako se prepreči prenos signala. GABA ima zelo pomembno vlogo pri prenatalnem razvoju živčnega sistema, kjer vpliva na proliferacijo, migracijo in diferenciacijo živčnih celic. Ker ima GABA tako pomembno vlogo pri uravnavanju delovanja centralnega živčnega sistema, lahko nepravilnosti pri GABA signalizaciji privedejo do številnih nevroloških in psiholoških obolenj.<br /> <br /> == Nika Bedrač - Vpliv estrogena in njegovih receptorjev na skeletne mišice ==<br /> Estrogeni so steroidni hormoni, glavni predstavniki pa so 17β -estradiol, estron in estriol. Pri ženskah uravnavajo funkcijo reproduktivnega sistema, rast in razvoj spolnih organov, ohranitev sekundarnih spolnih znakov, imajo pa tudi vpliv na kostno gostoto, delovanje skeletnih mišic, delovanje možganov itd. So male lipofilne molekule, ki lahko direktno prehajajo membrano in se na citosolni strani vežejo na estrogenske receptorje. Od tam se lahko translocirajo v jedro in interagirajo z jedrno DNA, ob enem pa lahko tudi regulirajo transkripcijo in replikacijo mitohondrijske DNA. Glavna estrogenska receptorja sta ER-α in ER-β , razlika med njima je v tem, kateri gen ju kodira in v katerih organih sta prisotna.<br /> Koncentracije estrogena pomembno vplivajo na telesno vzdržljivost in na izbiro substrata, ki ga celica med samo aktivnostjo oksidira. Raziskave so pokazale, da so pri glodavcih samice bile bolj telesno vzdržljive in so kot primarni substrat porabljale maščobne kisline – do podobnih ugotovitev so prišli tudi pri ljudeh. Koncentracija estrogena v telesu pri ženskah bistveno fluktuira in je odvisne od obdobja menstrualnega cikla. <br /> S starostjo se koncentracija estrogena (predvsem pri ženskah) zmanjša, kar pa se lahko odraža v upadu mišične mase in kostne gostote. Za zdravljenje se uporabljajo hormonske nadomestne terapije.<br /> <br /> == Srna Anastasovska - Grelin in njegove funkcije v organizmu ==<br /> Grelin je hormon ki je bil odkrit kot endogeni ligand ki se veže na GHS receptor in s tem stimulira sekrecijo GH hormona. Sestavljen je iz 28 aminokislin, kjer je Ser 3 oktaniliran, kar je bistveno za biološko aktivnost hormona. Ta reakcija oktaniliranja katalizira ghrelin O-acil transferaza (GOAT) in je med prvimi peptidni hormoni ki ima takšno modifikacijo. V telesu so prisotni več oblik grelina: acilirane, deacilirane itd. Hormon je identificiran pri mnogih sesalcih in ima podobno funkcijo pri vseh. Grelin ima več funkcij v organizmu: stimulira sproščanje rastnega hormona (GH), signalizira možganom kadar potrebuje vnos hrane tako da aktivira celice v hipotalamusu in hipofizi, vključno z NPY nevroni ki stimulirajo apetit, regulira metabolizem glukoze, poboljša učenje in spomin, regulira metabolizem energije. Ko je želodec prazen, v zgornji regiji sintetizira grelin ki potem po kri ali vagusnem sistemu signalizira in aktivira regije v hipotalamusu (arkuatno jedro) ki nato stimulirajo apetit. Številne funkcije grelina in njegova sposobnost širjenja v številna tkiva omogočajo široko uporabo v medicini pri zdravljenju različnih bolezni ali stanj kot so anemija, bulimija, deficit rastnega hormona, odpoved srca, postoperativnega ileusa, in ima tudi pozitiven učinek na kardiovaskularnem sistemu. Odkritje grelina je omogočilo znanstvenikom vpogled v nove mehanizme regulacije in razumevanje hranjenja.<br /> <br /> == Manca Pirc - Galanin, spexin in kisspeptin ==<br /> Hormoni in nevrotransmitorji so ene ključnih molekul za vzdrževanje homeostaze v telesu. Med njih uvrščamo tudi tri sorodne biološke aktivne peptide, in sicer galanin, kisspeptin in spexin. Galanin so odkrili leta 1978 v prašičjem prebavnem traktu, kisspeptin so odkrili leta 1996 v rakavih celicah, ki niso bile zmožne metastaze. Obstoj spexina so leta 2007 potrdili s pomočjo bioinformacijskih študij in tako potrdili njegov obstoj še pred samo izolacijo peptida. Galanin in spexin povzročita odziv v celici preko vezave na receptorje tipa 1 – 3 za galanin (GALR1-3), medtem ko se kisspeptin veže na receptor za kisspeptin (KISS1R ali GPR-54). Spexin specifičnega receptorja pa še niso prepoznali. Njihova biološka vloga še ni popolnoma raziskana, vseeno vemo, da so pomembni pri homeostazi glukoze, vzdrževanju telesne teže, izražanju spolnih hormonov. V nadaljevanju seminarja si bomo pogledali, kakšno vlogo imajo pri homeostazi glukoze, izražanju spolnih hormonov in kako vplivajo na razvoj rakavih obolenj. Spexin, galanin in kisspeptin imajo vsi pozitivne učinke na uravnavanje koncentracije glukoze v krvi, kisspeptin je izredno pomemben sporočevalec za izražanje gnRH (gonadotropin sproščujoči hormon), ki spodbudi izločanje ostalih spolnih hormonov; kisspeptin pa je bil sprva prepoznam kot supresor metastaze.<br /> <br /> == Nika Malečkar - Reaktivne kisikove spojine, koencim Q in njuna vloga v glavkomu ==<br /> Glavkom je nevrodegenerativna bolezen očesnega živca, kjer je poškodovan vidni živec na mestu izhoda iz očesa. V Evropi prizadene približno 2 na 100 ljudi, starejših od 40 let. Zaradi velikega odstotka ljudi, ki zaradi neuspešnega zdravljenja oslepi, so se strokovnjaki obrnili k iskanju vzrokov in preprečevanju razvoja bolezni. Kot rezultat velike porabe kisika mrežnih celic, so le-te ranljive na vpliv oksidativnega stresa, ki nastane kot posledica previsokih koncentracij reaktivnih kisikovih spojin. To so prosti radikali, ki vplivajo na nepravilno delovanje mitohondrijev, oksidacijo encimov, motnje prenosa signalov in posledično povzročajo apoptozo celic. Njihov škodljivi učinek preprečujejo antioksidanti, med njimi tudi koencim Q10, ki ima vitaminu podobne funkcije. Nahaja se v večjih ali manjših koncentracijah povsod po telesu, je ključen dejavnik prenosa elektronov v ATP sintezi ter pomemben zaradi svoje antioksidantske in obnovitvene sposobnosti. Uporabljamo ga lahko kot prehransko dopolnilo, kremo ali zdravilo pri nevrodegenerativnih boleznih, med drugim tudi v glavkomu. Koencim Q inhibira apoptozo, ohranja morfologijo mitohondrija in pravilno izražanje mitohondrijske DNA ter deluje kot pufer pri porušeni homeostazi kalcija. V tej seminarski nalogi bom bolj natančno predstavila delovanje in vpliv reaktivnih kisikovih spojin ter koencima Q in opisala njuno vlogo v glavkomu.<br /> <br /> == Evgen Kozole - Sirtuini in njihova vloga v organizmu ==<br /> Vsak posameznik bi si v današnjem času želel, da bi dočakal dolgo življenjsko dobo in bil pri tem tudi zdrav. V organizmu obstajajo molekule, ki s svojim delovanjem neposredno vplivajo na proces staranja in druge biološke procese, kot na primer transkripcijo genov, apoptozo, metabolizem in popravljanje DNA. Gre za tako imenovane sirtuine. Sirtuini so družina proteinov, ki imajo encimsko aktivnost, ki je v večini primerov odvisna od NAD+ deacetilaze, preko katere vplivajo na transkripcijo genov, nekateri pa imajo tudi ADP-ribozilazno aktivnost. V človeškem organizmu lahko najdemo sedem različnih sirtuinov (SirT1-7), ki se predvsem razlikujejo po tem, kje v celici se nahajajo in kakšne so njihove vloge. Lastnost, ki je skupna večini sirtuinov je uravnavanje metabolizma in transkripcija genov. Njihovo delovanje v organizmu je skrajno pomembno, saj regulirajo procese, ki so življenjskega pomena, kot na primer izločanje inzulina, glikolizo, uravnavanje reaktivnih kisikovih zvrti in še mnoge druge. Nekateri sirtuini vplivajo tudi na potek kroničnih bolezni in so zadolženi za odziv imunskega sistema. V določenih primerih lahko izboljšajo potek kroničnih bolezni in odziv imunskega sistema, lahko pa tudi poslabšajo situacijo v primeru, da pride do mutacije gena in organizem izloča preveliko količino določenega sirtuina.</div>

Ekozole