Wiki FKKT - User contributions [en]

Vloga tsRNA pri regulaciji celične smrti in razvoju bolezni

2025-05-04T13:42:29Z

Ema Mataln Smehov: /* Vloga tsRNA pri razvoju in zatiranju raka */

=='''Uvod'''==
tsRNA so majhni nekodirajoči fragmenti RNA, ki nastanejo s cepitvijo tRNA. tsRNA lahko najdemo tako v virusih, arhejah in bakterijah kot tudi v evkariontih, kar nakazuje, da imajo pomembno vlogo v različnih celičnih procesih. Količina tsRNA se v celici poveča ob celičnem stresu iz česar lahko sklepamo, da tsRNA omogoča hiter odziv celic na stresne situacije in je ključna pri ohranjanju ravnovesja v celicah. Ugotovili so, da tsRNA sodeluje pri utišanju genov, transkripciji in translaciji, epigenetskih procesih in celični smrti. Poznavanje vpliva tsRNA na programirano celično smrt in njeno vlogo v boleznih je ključno za odkrivanje potencialnih zdravil za raka ter kardiovaskularne in nevrodegenerativne bolezni.

=='''Biosinteza tsRNA'''==
tsRNA nastane s cepitvijo tRNA s specifičnimi endonukleazami na različnih mestih, odvisno od tkiva. tsRNA delimo v dve skupini: tiRNA in tRF. tiRNA so velike od 30 do 40 nukleotidov in nastanejo ob celičnem stresu z ribonukleazno cepitvijo zrele tRNA v antikodonski zanki. tRF so dolgi od 14 do 30 nukleotidov in nastanejo s cepitvijo koncev tRNA.
Na sintezo tsRNA vplivajo modifikacije tRNA, ki lahko preprečijo delovanje ribonukleaz ali pa vplivajo na stabilnost tRNA.
tRNA se lahko tudi sestavi nazaj iz dveh tsRNA. To se zgodi v bakterijah, če jedrni encim cepi tRNA na dve polovici. Polinukleotidna kinaza fosfataza sestavi tsRNA v tRNA/Hen 1 heteroteramer, cepitveno mesto pa se ojača z metilacijo.

=='''Delovanje tsRNA'''==
Odkrili so nov mehanizem utišanja genov, ki temelji na od Dicer-ja odvisnem tRF (količina tRF je manjša, če v celicah ni prisotnega encima Dicer). tsRNA se lahko veže na protein AGO2 in s parjenjem baz prepozna tarčno RNA. AGO2 cepi RNA in prepreči njeno translacijo. To se zgodi v jedru in ne vpliva na transkripcijo genov. Sintetična tsRNA bi lahko bila uporabna v terapiji za raka, saj lahko utiša več proto-onkogenih genov v rakavih celicah. Lahko bi jo uporabili tudi v zdravljenju osteoartritisa: interlevkin 1 beta spodbuja hondrocite, da proizvajajo tRF3003a, ki zavira ekspresijo gena JAK3 tako, da se veže na kompleks AGO2-GW182. Zmanjšana količina proteina JAK (tirozinska kinaza) povzroči nižjo ekspresijo provnetnega citokina interlevkina 6, s čimer bi lahko upočasnili napredovanje osteoartritisa.
tsRNA lahko tudi upočasni iniciacijsko fazo translacije. Nekatere tsRNA lahko sprostijo iniciacijske faktorje z mRNA in tako inhibirajo translacijo. Prav tako lahko spodbujajo fosforilacijo iniciacijskih faktorjev kar povzroči oblikovanje stresnih granul in zastoj v translaciji.
tsRNA se lahko povežejo tudi z ribosomalnimi podenotami na podoben način kot zrela tRNA.
tRF lahko veže RNA-vezavne proteine, s čimer vpliva na stabilnost RNA. Tudi ta mehanizem bi lahko izrabili v zdravljenju raka – z uporabo tRF bi lahko inhibirali transkripcijo proto-onkogenov in s tem preprečili rast raka.
Na interakcije med tsRNA in AGO proteini ali RNA-vezavnimi proteini vpliva več faktorjev: vrsta in izvor tsRNA, celično okolje in pogoji (v stresnih pogojih se tsRNA pogosteje vežejo z RNA-vezavnimi proteini in vplivajo na translacijo, medtem ko se v procesih utišanja genov tsRNA pogosteje vežejo z AGO proteini) ter lastnosti tarčne mRNA.

=='''Vloga tsRNA pri reguliranju celične smrti'''==

'''Apoptoza'''

tsRNA, predvsem tiRNA, igrajo pomembno vlogo pri uravnavanju apoptoze. Ob celičnem stresu encim angiogenin cepi tRNA, kar vodi v kopičenje tiRNA. Ti fragmenti se lahko vežejo na sproščeni citokrom c iz mitohondrijev ter preprečijo njegovo vezavo na apoptotski proteazni aktivacijski faktor 1 (APAF1). S tem zavirajo tvorbo apoptotskega kompleksa, preprečijo aktivacijo kaspaz ter tako zavirajo celično smrt. Na ta način tsRNA pomembno prispevajo k preživetju celic v stresnih pogojih.

'''Piroptoza'''

Piroptoza je oblika programirane celične smrti, ki se sproži v odgovor na okužbe ali poškodbe in je povezana z močnim vnetjem. Eden izmed fragmentov tsRNA, imenovan tRF3-Thr-AGT, vpliva na potek piroptoze pri akutnem pankreatitisu. Pri tej bolezni je raven tega fragmenta zmanjšana. Ko pa se raven tRF3-Thr-AGT umetno poveča, ta fragment zmanjša količino Z-DNA-vezavnega proteina 1 (ZBP1), ki sicer spodbuja vnetje. S tem se prepreči aktivacija inflamasoma NLRP3, zmanjša se aktivnost kaspaze-1, sprosti se manj vnetnih molekul in posledično pride do manjše piroptotske smrti celic.

'''Feroptoza'''

Feroptoza je oblika programirane celične smrti, odvisna od železa, ki povzroča lipidno peroksidacijo. Regulacija vključuje tako negativne (glutation peroksidaza 4) kot pozitivne regulatorje (NADPH), ki omejijo ali povečajo produkcijo reaktivnih kisikovih zvrsti. Vse več raziskav kaže, da pri tem sodelujejo tudi tsRNA, ki lahko spodbujajo ali zavirajo feroptozo. Primer tsRNA, ki spodbuja feroptozo, je tsRNA-5008a v srčnem tkivu. Po drugi strani tiRNA-Lys-CTT-003 zavira feroptozo in ima zato zaščitno vlogo pri poškodbi ledvic, povzročeni s cisplatinom. Vse te ugotovitve kažejo, da tsRNA pomembno prispevajo k uravnavanju feroptoze, saj imajo vlogo tako pri zdravju kot tudi pri napredovanju bolezni in zato predstavljajo potencialne terapevtske tarče.

'''Avtofagija'''

Avtofagija je glavni celični proces za razgradnjo in recikliranje znotrajceličnih komponent v lizosomih. Nekatere tsRNA, kot je tRNA-Cys-GCA, je pri gliomih znižana in regulira avtofagijo prek vezave na protoonkogen. Čeprav ima avtofagija zaščitno vlogo, lahko njena pretirana aktivnost poslabša nekatere bolezni, kot je travmatska poškodba možganov (TBI). Pri TBI fragment tRF zavira avtofagijo tako, da se veže na protein Rnf6, kar zmanjša poškodbo tkiva. Poleg tega se tsRNA lahko prenašajo v zunajceličnih veziklih. Primer je tsRNA-5006c, ki se prek veziklov prenese v celice aortne zaklopke in preko različnih signalnih poti modulira avtofagijo.

=='''Vloga tsRNA pri razvoju in zatiranju raka'''==

Raziskovalci so odkrili, da imajo tsRNA več bioloških funkcij pri diagnozi in nadaljnjem razvoju raka. Kot prvo, tsRNA lahko služijo kot biomarkerji. Zaradi svoje stabilnosti v telesnih tekočinah (npr. krvi, plazmi) in specifičnih sprememb v izražanju pri raku omogočajo zgodnje odkrivanje bolezni, prognozo in spremljanje učinkovitosti zdravljenja. Ugotovljeno je bilo, da tsRNA sodelujejo v ključnih tumorskih procesih (maligna proliferacija, metastaze, angiogeneza, metabolično reprogramiranje), zato so njihove ravni povezane s kliničnim stanjem bolnikov.

tsRNA, predvsem tRF, imajo pomembno vlogo ne le pri zgodnjem odkrivanju raka, temveč tudi pri njegovem razvoju in napredovanju. Nekateri tRF zavirajo rast in širjenje rakavih celic s tem, da tvorijo kompleks za utišanje RNA (RISC) skupaj proteinom argonaute 2 (AGO2), s katerim zavirajo tumorske signalne poti. Drugi tRF delujejo tako, da neposredno ciljajo onkogene in tako zavirajo rast tumorjev. Prav tako lahko tRF tekmujejo za vezavo na RNA-vezavne proteine (RBP), kar zmanjša stabilnost mRNA onkogenov in zavira širjenje rakavih celic. Nasprotno pa nekateri tRF spodbujajo rast tumorjev tako, da prek interakcije z AGO2 zmanjšujejo izražanje tumor supresorskih genov, kar poveča invazivnost rakavih celic. Prav tako lahko s podobnim mehanizmom zmanjšujejo izražanje drugih genov, ki zavirajo širjenje tumorjev, in tako prispevajo k razvoju bolezni. Poleg tega lahko s sodelovanjem s proteini, kot so HSPB1 (protein toplotnega šoka) preko sprememb v histonskih modifikacijah povečajo izražanje transkripcijskih faktorjev, kar spodbuja proliferacijo in razvoj tumorjev. Zaradi podobnosti z miRNA in zaradi naštetih mehanizmov predstavljajo tsRNA obetavne tarče za razvoj novih pristopov k zdravljenju raka.

=='''Vloga tsRNA v nevrodegenerativnih boleznih'''==

Pri nevrodegenterativnih boleznih pride do poškodb nevronov in razpada nevronskih mrež, pri čemer je nenormalna ekspresija nekaterih proteinov, kot so Tau, amiloid-ß, TDP-4, eden glavnih dejavnikov za začetek nevrodegenerativnih bolezni.
Študije so pokazale, da tsRNA niso le naključni razpadni produkti, ampak imajo pomembno vlogo pri razvoju in napredovanju bolezni. Pri bolnikih s Parkinsonovo boleznijo so opazili posebne vzorce izražanja tsRNA v možgansko-hrbtenjačni tekočini, prefrontalni skorji in krvnem serumu, ki se razlikujejo od vzorcev izražanja zdravih oseb. V raziskavi, kjer so primerjali miške odporne in neodporne na senescenco, so ugotovili, da se več tRF-jev povezanih s formacijo sinaps izraža drugače. Ugotovili so tudi, da tDR deluje z inhibitorjem encima CaMKII in tako vpliva na vezavo encima na NMDAR receptorje in na regulacijo procesa LTP (long-term potentation), ki je v možganih ključen za učenje in spomin. Druga oblika tDR, se veže na mRNA za protein RPSA (ribosomal protein SA), in tako spodbuja sintezo nevrotoksičnega amiloid-ß peptida. Odkrili so tudi dve molekuli tiRNA, ki naj bi upočasnili razvoj bolezni ALS (amiotrofična lateralna skleroza). Molekuli tvorita g-kvadruplekse, ki se vežejo na protein YB-1, ki sodeluje pri organizaciji RNA, transkripciji in stabilizaciji mRNA. Posledično se zmanjša translacija, kar pomaga pri zaščiti nevronov.

=='''Vloga tsRNA pri srčno žilnih obolenjih'''==

Raziskave so potrdile, da so tsRNA vključene v razvoju številnih srčno-žilnih bolezni, kot so: ateroskleroza, srčna hipertrofija, srčno popuščanje, atrijska fibrilacija…
Srčna ishemija se pojavi zaradi zmanjšanja pretoka krvi v koronarnih arterijah in pomeni, da srčna mišica ne dobiva dovolj krvi. Ko se kri ponovno vrne v srčno tkivo, nastane reperfuzijska poškodba, ki vpliva na metabolizem celice, disfunkcijo mitohondrijev in spremembe v citoskeletu, kar lahko vodi v celično smrt. Odkrili so, da molekula HC83, ki je tRF, pozitivno vpliva na funkcijo celic srčne mišice. HC83 se veže na dolgo nekodirajočo molekulo RNA, MIAT (angl. Myocardial Infarction Associated Transcript), ki zavira translacijo gena VEGFA (ang. Vascular Endothelial Growth Factor A) z vezavo na mRNA. S tem se upočasni proces obnove žil in poškodbe srca so večje. HC83 zmanjša izražanje MIAT, posledično se izraža VEGFA, kar poveča obnovo žil, zmanjšuje poškodbe tkiva in zmanjšuje smrt srčnih celic.
Pri srčni hipertrofiji pride do zadebelitev ali hipertrofije vlaken in zmanjša se pretok krvi v srce. Vpliv tsRNA so opazovali v celicah, kjer so z izoproterenolom povzročili hipertrofijo. V tistih celicah je bilo izražanje tRF1 in tRF2 povišano, prav tako pa je bilo povišano izražanje markerjev hipertrofije. Dodaten test je potrdil da se je tRF1 vezal na 3' UTR regijo gena za protein Timp3, ki ima pomembno vlogo pri omejevanju rasti srčnih celic. V tem primeru tRF pripomore k prekomerni rasti celic. Pri hipertrofiji povzročeni z angiotenzinom II so opazili več tsRNA molekul, ki so imele zmanjšano ekspresijo, najučinkovitejša pri ublažitvi hipertrofije, pa naj bi bila tRF-21-NB8PLML3E. Raziskovalci še nimajo dovolj dokazov, da bi potrdili točno določen gen kot tarčo tRF-21-NB8PLML3E, predvidevajo pa, da sodeluje pri procesiranju ribosomov, s čimer se zmanjša nepravilna sinteza proteinov, ki bi spodbujali hipertrofijo.
V primeru srčnega popuščanja so raziskovali vpliv tRF-Tyr-GTA-010 in tRF-Tyr-GTA-011. Ti dve molekuli ščitita srčne celice, saj ciljata gene povezane z transportom kalcijevih ionov, regulirata adrenergične in sfingolipidne signalne poti.
tsRNA sodelujejo pri uravnavanju atrijske fibrilacije. Na primer, tsRNA-5008a spodbuja nastanek atrijske fibrilacije. Njena raven se poviša po indukciji z angiotenzinom II, kar dodatno pospeši razvoj bolezni. Deluje tako, da se s pomočjo proteina AGO2 veže na gen SLC7A11, ki je povezan s procesom feroptoze. Znižanje izražanja tsRNA-5008a zmanjša feroptozo, kar posledično zavira razvoj atrijske fibrilacije in vivo in in vitro.

=='''Zaključek'''==

tsRNA so šele v zadnjem času dobile vlogo pomembne regulatorne molekule, ki ima vpliv na razvoj številnih bolezni. Zaradi njihovega specifičnega izražanja pri posamezni bolezni, so obetavni biomarkerji in potencialne terapevtske tarče. Kljub velikemu napredku v zadnjem času pa ostajajo mehanizmi njihovega delovanja in regulacije precej neraziskani, kar nam odpira prostor za nadaljnje raziskave.

=='''Viri'''==

1.) Guo J, Chen X, Ren J, Wang Y, Wang K, Yang S. The Role of tRNA-Derived Small RNAs (tsRNAs) in Regulating Cell Death of Cardiovascular Diseases. Biology. 2025;14: 218. doi:10.3390/biology14020218

2.) Di Fazio, A.; Schlackow, M.; Pong, S. K.; Alagia, A.; Gullerova, M. Dicer Dependent tRNA Derived Small RNAs Promote Nascent RNA Silencing. Nucleic Acids Research 2022, 50 (3), 1734–1752. https://doi.org/10.1093/nar/gkac022.

3.)Chen, Q.; Zhang, X.; Shi, J.; Yan, M.; Zhou, T. Origins and Evolving Functionalities of tRNA-Derived Small RNAs. Trends in Biochemical Sciences 2021, 46 (10), 790–804. https://doi.org/10.1016/j.tibs.2021.05.001.

4.) Zhou M, He X, Zhang J, Mei C, Zhong B, Ou C. tRNA-derived small RNAs in human cancers: roles, mechanisms, and clinical application. Mol Cancer. 2024;23: 76. doi:10.1186/s12943-024-01992-2

5.) Wang K, Liu C-Y, Fang B, Li B, Li Y-H, Xia Q-Q, et al. The function and therapeutic potential of transfer RNA-derived small RNAs in cardiovascular diseases: A review. Pharmacological Research. 2024;206: 107279. doi:10.1016/j.phrs.2024.107279

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Vloga tsRNA pri regulaciji celične smrti in razvoju bolezni

2025-05-04T08:03:04Z

Ema Mataln Smehov: /* Vloga tsRNA pri srčno žilnih obolenjih */

=='''Uvod'''==
tsRNA so majhni nekodirajoči fragmenti RNA, ki nastanejo s cepitvijo tRNA. tsRNA lahko najdemo tako v virusih, arhejah in bakterijah kot tudi v evkariontih, kar nakazuje, da imajo pomembno vlogo v različnih celičnih procesih. Količina tsRNA se v celici poveča ob celičnem stresu iz česar lahko sklepamo, da tsRNA omogoča hiter odziv celic na stresne situacije in je ključna pri ohranjanju ravnovesja v celicah. Ugotovili so, da tsRNA sodeluje pri utišanju genov, transkripciji in translaciji, epigenetskih procesih in celični smrti. Poznavanje vpliva tsRNA na programirano celično smrt in njeno vlogo v boleznih je ključno za odkrivanje potencialnih zdravil za raka ter kardiovaskularne in nevrodegenerativne bolezni.

=='''Biosinteza tsRNA'''==
tsRNA nastane s cepitvijo tRNA s specifičnimi endonukleazami na različnih mestih, odvisno od tkiva. tsRNA delimo v dve skupini: tiRNA in tRF. tiRNA so velike od 30 do 40 nukleotidov in nastanejo ob celičnem stresu z ribonukleazno cepitvijo zrele tRNA v antikodonski zanki. tRF so dolgi od 14 do 30 nukleotidov in nastanejo s cepitvijo koncev tRNA.
Na sintezo tsRNA vplivajo modifikacije tRNA, ki lahko preprečijo delovanje ribonukleaz ali pa vplivajo na stabilnost tRNA.
tRNA se lahko tudi sestavi nazaj iz dveh tsRNA. To se zgodi v bakterijah, če jedrni encim cepi tRNA na dve polovici. Polinukleotidna kinaza fosfataza sestavi tsRNA v tRNA/Hen 1 heteroteramer, cepitveno mesto pa se ojača z metilacijo.

=='''Delovanje tsRNA'''==
Odkrili so nov mehanizem utišanja genov, ki temelji na od Dicer-ja odvisnem tRF (količina tRF je manjša, če v celicah ni prisotnega encima Dicer). tsRNA se lahko veže na protein AGO2 in s parjenjem baz prepozna tarčno RNA. AGO2 cepi RNA in prepreči njeno translacijo. To se zgodi v jedru in ne vpliva na transkripcijo genov. Sintetična tsRNA bi lahko bila uporabna v terapiji za raka, saj lahko utiša več proto-onkogenih genov v rakavih celicah. Lahko bi jo uporabili tudi v zdravljenju osteoartritisa: interlevkin 1 beta spodbuja hondrocite, da proizvajajo tRF3003a, ki zavira ekspresijo gena JAK3 tako, da se veže na kompleks AGO2-GW182. Zmanjšana količina proteina JAK (tirozinska kinaza) povzroči nižjo ekspresijo provnetnega citokina interlevkina 6, s čimer bi lahko upočasnili napredovanje osteoartritisa.
tsRNA lahko tudi upočasni iniciacijsko fazo translacije. Nekatere tsRNA lahko sprostijo iniciacijske faktorje z mRNA in tako inhibirajo translacijo. Prav tako lahko spodbujajo fosforilacijo iniciacijskih faktorjev kar povzroči oblikovanje stresnih granul in zastoj v translaciji.
tsRNA se lahko povežejo tudi z ribosomalnimi podenotami na podoben način kot zrela tRNA.
tRF lahko veže RNA-vezavne proteine, s čimer vpliva na stabilnost RNA. Tudi ta mehanizem bi lahko izrabili v zdravljenju raka – z uporabo tRF bi lahko inhibirali transkripcijo proto-onkogenov in s tem preprečili rast raka.
Na interakcije med tsRNA in AGO proteini ali RNA-vezavnimi proteini vpliva več faktorjev: vrsta in izvor tsRNA, celično okolje in pogoji (v stresnih pogojih se tsRNA pogosteje vežejo z RNA-vezavnimi proteini in vplivajo na translacijo, medtem ko se v procesih utišanja genov tsRNA pogosteje vežejo z AGO proteini) ter lastnosti tarčne mRNA.

=='''Vloga tsRNA pri reguliranju celične smrti'''==

'''Apoptoza'''

tsRNA, predvsem tiRNA, igrajo pomembno vlogo pri uravnavanju apoptoze. Ob celičnem stresu encim angiogenin cepi tRNA, kar vodi v kopičenje tiRNA. Ti fragmenti se lahko vežejo na sproščeni citokrom c iz mitohondrijev ter preprečijo njegovo vezavo na apoptotski proteazni aktivacijski faktor 1 (APAF1). S tem zavirajo tvorbo apoptotskega kompleksa, preprečijo aktivacijo kaspaz ter tako zavirajo celično smrt. Na ta način tsRNA pomembno prispevajo k preživetju celic v stresnih pogojih.

'''Piroptoza'''

Piroptoza je oblika programirane celične smrti, ki se sproži v odgovor na okužbe ali poškodbe in je povezana z močnim vnetjem. Eden izmed fragmentov tsRNA, imenovan tRF3-Thr-AGT, vpliva na potek piroptoze pri akutnem pankreatitisu. Pri tej bolezni je raven tega fragmenta zmanjšana. Ko pa se raven tRF3-Thr-AGT umetno poveča, ta fragment zmanjša količino Z-DNA-vezavnega proteina 1 (ZBP1), ki sicer spodbuja vnetje. S tem se prepreči aktivacija inflamasoma NLRP3, zmanjša se aktivnost kaspaze-1, sprosti se manj vnetnih molekul in posledično pride do manjše piroptotske smrti celic.

'''Feroptoza'''

Feroptoza je oblika programirane celične smrti, odvisna od železa, ki povzroča lipidno peroksidacijo. Regulacija vključuje tako negativne (glutation peroksidaza 4) kot pozitivne regulatorje (NADPH), ki omejijo ali povečajo produkcijo reaktivnih kisikovih zvrsti. Vse več raziskav kaže, da pri tem sodelujejo tudi tsRNA, ki lahko spodbujajo ali zavirajo feroptozo. Primer tsRNA, ki spodbuja feroptozo, je tsRNA-5008a v srčnem tkivu. Po drugi strani tiRNA-Lys-CTT-003 zavira feroptozo in ima zato zaščitno vlogo pri poškodbi ledvic, povzročeni s cisplatinom. Vse te ugotovitve kažejo, da tsRNA pomembno prispevajo k uravnavanju feroptoze, saj imajo vlogo tako pri zdravju kot tudi pri napredovanju bolezni in zato predstavljajo potencialne terapevtske tarče.

'''Avtofagija'''

Avtofagija je glavni celični proces za razgradnjo in recikliranje znotrajceličnih komponent v lizosomih. Nekatere tsRNA, kot je tRNA-Cys-GCA, je pri gliomih znižana in regulira avtofagijo prek vezave na protoonkogen. Čeprav ima avtofagija zaščitno vlogo, lahko njena pretirana aktivnost poslabša nekatere bolezni, kot je travmatska poškodba možganov (TBI). Pri TBI fragment tRF zavira avtofagijo tako, da se veže na protein Rnf6, kar zmanjša poškodbo tkiva. Poleg tega se tsRNA lahko prenašajo v zunajceličnih veziklih. Primer je tsRNA-5006c, ki se prek veziklov prenese v celice aortne zaklopke in preko različnih signalnih poti modulira avtofagijo.

=='''Vloga tsRNA pri razvoju in zatiranju raka'''==

Raziskovalci so odkrili, da imajo tsRNA več bioloških funkcij pri diagnozi in nadaljnjem razvoju raka. Kot prvo, tsRNA lahko služijo kot biomarkerji. Zaradi svoje stabilnosti v telesnih tekočinah (npr. krvi, plazmi) in specifičnih sprememb v izražanju pri raku omogočajo zgodnje odkrivanje bolezni, prognozo in spremljanje učinkovitosti zdravljenja. Ugotovljeno je bilo, da tsRNA sodelujejo v ključnih tumorskih procesih (maligna proliferacija, metastaze, angiogeneza, metabolično reprogramiranje), zato so njihove ravni povezane s kliničnim stanjem bolnikov.

tsRNA, predvsem tRF, imajo pomembno vlogo ne le pri zgodnjem odkrivanju raka, temveč tudi pri njegovem razvoju in napredovanju. Nekateri tRF zavirajo rast in širjenje rakavih celic s tem, da tvorijo kompleks za utišanje RNA (RISC) skupaj proteinom argonaute 2 (AGO2), s katerim zavirajo tumorske signalne poti. Drugi tRF delujejo tako, da neposredno ciljajo onkogene in tako zavirajo rast tumorjev. Prav tako lahko tRF tekmujejo za vezavo na RNA-vezavne proteine (RBP), kar zmanjša stabilnost mRNA onkogenov in zavira širjenje rakavih celic. Nekateri tRF zavirajo tudi translacijo tumor supresorskih genov, kot je p53, ali uravnavajo izražanje tarčnih genov, kot je GPR78. Nasprotno pa nekateri tRF spodbujajo rast tumorjev tako, da prek interakcije z AGO2 zmanjšujejo izražanje tumor supresorskih genov, kar poveča invazivnost rakavih celic. Prav tako lahko s podobnim mehanizmom zmanjšujejo izražanje drugih genov, ki zavirajo širjenje tumorjev, in tako prispevajo k razvoju bolezni. Poleg tega lahko s sodelovanjem s proteini, kot so HSPB1 (protein toplotnega šoka) preko sprememb v histonskih modifikacijah povečajo izražanje transkripcijskih faktorjev, kar spodbuja proliferacijo in razvoj tumorjev. Zaradi podobnosti z miRNA in zaradi naštetih mehanizmov predstavljajo tsRNA obetavne tarče za razvoj novih pristopov k zdravljenju raka.

=='''Vloga tsRNA v nevrodegenerativnih boleznih'''==

Pri nevrodegenterativnih boleznih pride do poškodb nevronov in razpada nevronskih mrež, pri čemer je nenormalna ekspresija nekaterih proteinov, kot so Tau, amiloid-ß, TDP-4, eden glavnih dejavnikov za začetek nevrodegenerativnih bolezni.
Študije so pokazale, da tsRNA niso le naključni razpadni produkti, ampak imajo pomembno vlogo pri razvoju in napredovanju bolezni. Pri bolnikih s Parkinsonovo boleznijo so opazili posebne vzorce izražanja tsRNA v možgansko-hrbtenjačni tekočini, prefrontalni skorji in krvnem serumu, ki se razlikujejo od vzorcev izražanja zdravih oseb. V raziskavi, kjer so primerjali miške odporne in neodporne na senescenco, so ugotovili, da se več tRF-jev povezanih s formacijo sinaps izraža drugače. Ugotovili so tudi, da tDR deluje z inhibitorjem encima CaMKII in tako vpliva na vezavo encima na NMDAR receptorje in na regulacijo procesa LTP (long-term potentation), ki je v možganih ključen za učenje in spomin. Druga oblika tDR, se veže na mRNA za protein RPSA (ribosomal protein SA), in tako spodbuja sintezo nevrotoksičnega amiloid-ß peptida. Odkrili so tudi dve molekuli tiRNA, ki naj bi upočasnili razvoj bolezni ALS (amiotrofična lateralna skleroza). Molekuli tvorita g-kvadruplekse, ki se vežejo na protein YB-1, ki sodeluje pri organizaciji RNA, transkripciji in stabilizaciji mRNA. Posledično se zmanjša translacija, kar pomaga pri zaščiti nevronov.

=='''Vloga tsRNA pri srčno žilnih obolenjih'''==

Raziskave so potrdile, da so tsRNA vključene v razvoju številnih srčno-žilnih bolezni, kot so: ateroskleroza, srčna hipertrofija, srčno popuščanje, atrijska fibrilacija…
Srčna ishemija se pojavi zaradi zmanjšanja pretoka krvi v koronarnih arterijah in pomeni, da srčna mišica ne dobiva dovolj krvi. Ko se kri ponovno vrne v srčno tkivo, nastane reperfuzijska poškodba, ki vpliva na metabolizem celice, disfunkcijo mitohondrijev in spremembe v citoskeletu, kar lahko vodi v celično smrt. Odkrili so, da molekula HC83, ki je tRF, pozitivno vpliva na funkcijo celic srčne mišice. HC83 se veže na dolgo nekodirajočo molekulo RNA, MIAT (angl. Myocardial Infarction Associated Transcript), ki zavira translacijo gena VEGFA (ang. Vascular Endothelial Growth Factor A) z vezavo na mRNA. S tem se upočasni proces obnove žil in poškodbe srca so večje. HC83 zmanjša izražanje MIAT, posledično se izraža VEGFA, kar poveča obnovo žil, zmanjšuje poškodbe tkiva in zmanjšuje smrt srčnih celic.
Pri srčni hipertrofiji pride do zadebelitev ali hipertrofije vlaken in zmanjša se pretok krvi v srce. Vpliv tsRNA so opazovali v celicah, kjer so z izoproterenolom povzročili hipertrofijo. V tistih celicah je bilo izražanje tRF1 in tRF2 povišano, prav tako pa je bilo povišano izražanje markerjev hipertrofije. Dodaten test je potrdil da se je tRF1 vezal na 3' UTR regijo gena za protein Timp3, ki ima pomembno vlogo pri omejevanju rasti srčnih celic. V tem primeru tRF pripomore k prekomerni rasti celic. Pri hipertrofiji povzročeni z angiotenzinom II so opazili več tsRNA molekul, ki so imele zmanjšano ekspresijo, najučinkovitejša pri ublažitvi hipertrofije, pa naj bi bila tRF-21-NB8PLML3E. Raziskovalci še nimajo dovolj dokazov, da bi potrdili točno določen gen kot tarčo tRF-21-NB8PLML3E, predvidevajo pa, da sodeluje pri procesiranju ribosomov, s čimer se zmanjša nepravilna sinteza proteinov, ki bi spodbujali hipertrofijo.
V primeru srčnega popuščanja so raziskovali vpliv tRF-Tyr-GTA-010 in tRF-Tyr-GTA-011. Ti dve molekuli ščitita srčne celice, saj ciljata gene povezane z transportom kalcijevih ionov, regulirata adrenergične in sfingolipidne signalne poti.
tsRNA sodelujejo pri uravnavanju atrijske fibrilacije. Na primer, tsRNA-5008a spodbuja nastanek atrijske fibrilacije. Raven tsRNA-5008a se poviša po indukciji z angiotenzinom II, kar še pospeši razvoj bolezni. tsRNA deluje na gen SLC7A11, zraven pa sodeluje še protein AGO2. Tako se upočasni razvoj atrijske fibrilacije in vivo in in vitro.

=='''Zaključek'''==

tsRNA so šele v zadnjem času dobile vlogo pomembne regulatorne molekule, ki ima vpliv na razvoj številnih bolezni. Zaradi njihovega specifičnega izražanja pri posamezni bolezni, so obetavni biomarkerji in potencialne terapevtske tarče. Kljub velikemu napredku v zadnjem času pa ostajajo mehanizmi njihovega delovanja in regulacije precej neraziskani, kar nam odpira prostor za nadaljnje raziskave.

=='''Viri'''==

1.) Guo J, Chen X, Ren J, Wang Y, Wang K, Yang S. The Role of tRNA-Derived Small RNAs (tsRNAs) in Regulating Cell Death of Cardiovascular Diseases. Biology. 2025;14: 218. doi:10.3390/biology14020218

2.) Di Fazio, A.; Schlackow, M.; Pong, S. K.; Alagia, A.; Gullerova, M. Dicer Dependent tRNA Derived Small RNAs Promote Nascent RNA Silencing. Nucleic Acids Research 2022, 50 (3), 1734–1752. https://doi.org/10.1093/nar/gkac022.

3.)Chen, Q.; Zhang, X.; Shi, J.; Yan, M.; Zhou, T. Origins and Evolving Functionalities of tRNA-Derived Small RNAs. Trends in Biochemical Sciences 2021, 46 (10), 790–804. https://doi.org/10.1016/j.tibs.2021.05.001.

4.) Zhou M, He X, Zhang J, Mei C, Zhong B, Ou C. tRNA-derived small RNAs in human cancers: roles, mechanisms, and clinical application. Mol Cancer. 2024;23: 76. doi:10.1186/s12943-024-01992-2

5.) Wang K, Liu C-Y, Fang B, Li B, Li Y-H, Xia Q-Q, et al. The function and therapeutic potential of transfer RNA-derived small RNAs in cardiovascular diseases: A review. Pharmacological Research. 2024;206: 107279. doi:10.1016/j.phrs.2024.107279

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

BIO2 Povzetki seminarjev 2024

2024-10-29T15:26:26Z

Ema Mataln Smehov:

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2024/25 =
==Ime Priimek - Naslov seminarja==
Za pisanje znanstvenega povzetka je ključno, da bralcu na kratko predstavite bistvo raziskave, brez nepotrebnih podrobnosti. Povzetek naj obsega glavni cilj raziskave, uporabljene metode, ključne rezultate ter zaključke. Uvodno poved začnite s pojasnilom, zakaj je tema raziskave pomembna in kaj ste želeli raziskati. Nato na kratko opišite metode, ki ste jih uporabili, da ste prišli do rezultatov, vendar brez podrobnosti o postopkih ali tehničnih specifikacijah. Osredotočite se na ključne ugotovitve – kaj ste odkrili, in poudarite najpomembnejše rezultate, ki jih podpirajo podatki. Na koncu navedite, kakšne so implikacije teh ugotovitev za nadaljnje raziskave ali praktično uporabo. Pazite, da povzetek ostane kratek, običajno med 150 in 250 besedami, ter da ne vključuje tabel, grafik ali citatov. Znanstveni povzetek mora biti jedrnat, razumljiv in samostojen, kar pomeni, da mora bralcu dati dovolj informacij za razumevanje celotne raziskave, tudi če ne prebere celotnega članka. Na koncu ga še enkrat preberite in preverite, da je skladen, jasen ter ustreza zahtevam znanstvene pisave.

==Lan Tanko - Proteaze kot nepogrešljivi členi umetnih signalnih poti==
Virusne proteaze zaradi svoje visoke specifičnosti predstavljajo ključen člen umetnih signalnih poti, saj omogočajo natančen in ireverzibilen prenos informacij na tarčni protein, ki ga lahko s cepitvijo vezi bodisi aktivirajo ali inhibirajo. Za potek proteolitske cepitve tarčne sekvence mora proteaza vsebovati vse funkcionalne domene in biti v bližnjem ter neoviranem stiku z zaporedjem, ki ga cepi. Sintetične signalne poti za svoje delovanje tako temeljijo na medproteinskih interakcijah. Gre lahko za relativno preproste interakcije, ki izhajajo iz biokemijskih lastnostih proteinov, ali pa za bolj kompleksne operacije, ki se na inovativen način poslužujejo še logične algebre. Signalne poti so sposobne zaznati tako endogene kot eksogene signale ter zanje prirediti odgovor. Izhodna informacija lahko zgolj posreduje informacijo o aktivaciji receptorja preko sprostitve inertnega transkripcijskega faktorja, ki promovira ekspresijo fluorescenčnega markerja, ali pa sprosti protein, ki bo vplival na potek endogenih procesov. Tako je moč ustvariti najrazličnejše sintetične poti – take, ki ponujajo nove metode zaznavanja celičnih procesov, kot tudi take, ki bodo prepoznavale onkogeno obnašanje celice ter inducirale celično smrt. Zaradi svoje modularnosti in posledično variabilnosti v funkciji so umetne signalne poti tema mnogih raziskav s področji biokemijskih tehnologij, skozi katere se trudijo optimizirati ustvarjene poti za aplikativno rabo.

==Tadej Kranjc - Pomembnost mTORC1 v fitnesu: Njegova funkcija in delovanje==
Ste se kdaj spraševali, kako vaše telo postane močnejše in bolj definirano? V tej seminarski vam bom na podrobneje opisal to prav natančno uglašeno signalno pot, ki nadzoruje rast in regeneracijo mišic v našem telesu. Mehanizem mTORC1 (mehanistična tarča rapamicina kompleks 1) je pomemben za vse športnike, ki želijo izboljšati svojo telesno pripravljenost, saj ureja procese, kot sta sinteza beljakovin in zavira proces avtofagije. Sama aktivacija te poti se sproži ob zadostni količini aminokislin, predvsem levcin, zadostne hranilne energije v obliki glukoze in ob sprostitvi hormonov ter mehanskega napora na skeletne mišice. Aktivacija mTORC1 se zgodi ob translokaciji in lokalizaciji na membrani lizosoma, kjer se ob prisotnosti zadosti aminokislin in rastnih hormonov aktivirata beljakovini Rheb in kompleks Rag GTPaza. Aktiviran mTORC1 je pomemben pri športnikih, ki zrejo k povečanju mišične mase. Pri hipertrofiji pomaga s sintezo beljakovin, ki zacelijo mikroskopske poškodbe na skeletnih mišicah in zavira postopek avtofagije, kar pospeši postopek mišične rasti in hitrejše doseganje naših ciljev.

==Manja Drobne - Stranski produkti glikolize in njihovo odstranjevanje==
Glikolizo si običajno predstavljamo kot urejen sklop desetih reakcij, ki v celici poteka nemoteno. Vendar med procesom zaradi fizioloških razmer v celici prihaja tudi do napak. Pri tem imamo v mislih stranske toksične metabolite, ki našemu telesu povzročajo nevarnost. Nastanejo zaradi napake metaboličnih encimov, ki namesto pravega substrata katalizirajo pretvorbe analogov oziroma na substratu izvedejo napačno reakcijo. Redko nekanonični metabolit nastane spontano. Nekanonski metaboliti običajno niso del metaboličnih poti, kar v celici povzroča veliko težav. Ker niso primarni substrati, se kopičijo v celici in lahko inhibirajo metabolične encime ali celo izpodrinejo osnovne produkte iz metaboličnih poti. Zato je ključnega pomena, da imamo v celici metabolične popravljlne encime, ki te produkte odtranjujejo. Nekateri jih pretvorijo v neškodljive snovi, ki se pogosto vračajo v metabolne poti, drugi pa posredno z zmanjšanjem koncentracije njihovih predhodnikov onemogočijo njihov nastanek. V seminarju sem se osredotočila na stranske produkte, ki nastanejo med glikolizo in pretvorbo piruvata v laktat. Mesta, na katerih prihaja do napak in kjer delujejo popravni encimi, sem tako razdelila na devet skupin in opisala delovanje naslednjih encimov: G6PC3, G6PT, PGP, ACYP1, NAXD, NAXE, L2HGDH, sedoheptuloza-1,7-bisfosfataza, GLO, FN3K, MDP1, AXGHT, GRHPR in HAO1/2.

==Vita Škarabot - Signalizacija sladkega okusa: signalne poti in regulatorni mehanizmi==
Okušanje organizmom omogoča, da ocenijo kemijsko sestavo hrane, še preden jo zaužijejo in jih obvaruje pred vnosom potencialno škodljivih snovi. Sladke molekule pri organizmih vzbudijo pozitiven odziv, kar je povezano z visoko energijsko vrednostjo številnih v naravi pojavljajočih se sladkih snovi. Signalne poti povezane z okušanjem sladkega aktivirajo naravni sladkorji, različna naravna ali umetna sladila ter nekatere D-aminokisline, vendar ne vsi po enakem mehanizmu. Glavna signalna pot pri okušanju sladkega je odvisna od heterodimerskega receptorja sestavljenega iz GPCR-jev Tas1R2 in Tas1R3, ki aktivira G-protein gustducin, ki je precej podoben transducinu. Signalna pot poteka preko fosfolipaze C in vključuje povišanje znotrajcelične koncentracije kalcija, ki povzroči depolarizacijo membrane in sproščanje živčnega prenašalca. Poleg te signalne poti pa obstajajo še nekatere od GPCR-jev neodvisne poti, v katerih sodelujejo membranski kanalčki SGLT1 ali GLUT1 in GLUT2. Opisana signalizacija je kompleksna, saj se signalne poti med sabo prepletajo, različne sladke molekule pa lahko sprožijo tako prekrivajoče se, kot tudi popolnoma različne signalne poti. Njihova regulacija poteka preko mehanizmov, kot so desenzitizacija in endocitoza receptorjev, preko povezovanja z različnimi G-proteini in s pomočjo pomožnih proteinov. Raziskovanje signalnih poti okušanja je pomembno za razvoj novih umetnih sladil, ki bi bolje posnemala naravne sladkorje, za lažje uravnavanje kaloričnega vnosa in vzdrževanje homeostaze glukoze ter celo za razvoj nekaterih zdravil za bolezni, kot je diabetes.

==Ema Mataln Smehov - Vloga encima PFKFB3 in povečane glikolitične aktivnosti pri sepsi==
Sepsa nastane zaradi pretiranega imunskega odziva na okužbo in je lahko tudi življenjsko nevarna. Povečana glikolitična aktivnost v imunskih celicah, kot so makrofagi in nevtrofilci, zagotavlja hitro energijo za intenziven imunski odziv. Encim PFKFB3 pospešuje glikolizo z uravnavanjem fruktoze-2,6-bifosfata, kar pospeši vnetne procese. Vendar pa lahko prekomerna aktivnost glikolize hitro postane škodljiva. Ob prekomerni aktivnosti glikolize v imunskih celicah pride do hitrejšega pridobivanja energije, kar podpira intenziven vnetni odziv. Vendar pa se ob tem kopičijo vnetni mediatorji, kot so citokini, ki povečujejo poškodbe tkiv in povzročijo zakisanje tkiva zaradi višje koncentracije mlečne kisline. To zakisanje lahko dodatno obremeni organe in vodi v organske odpovedi, še posebej pri hudih oblikah sepse. Podobno se tudi v neimunskih celicah, kot so endotelijske celice in pljučni fibroblasti, prekomerna aktivnost glikolize povezuje s škodljivimi učinki. V endotelijskih celicah visoka aktivnost PFKFB3 spodbuja privlačenje imunskih celic in migracijo na mesta vnetja, kar poslabša vnetne procese in prispeva k motnjam v prepustnosti tkiv. Pri fibroblastih, še posebej pljučnih, poveča aktivacijo in sintezo kolagena, kar lahko vodi v fibrozo in brazgotinjenje tkiva. Zaradi teh učinkov je zaviranje PFKFB3 izjemno pomembno, saj lahko omili intenzivnost vnetnega odziva in prepreči trajne poškodbe tkiv. Zaradi tega je ključnega pomena, da raziskovalci preučujejo in iščejo nove inhibitorje PFKFB3, ki pomagajo zmanjšati aktivacijo celic in preprečiti prekomerno aktivnost glikolize.

BIO2 Seminar 2024

2024-10-28T14:48:37Z

Ema Mataln Smehov: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve
|-
| Markun, Maša || 12 || || Šinkovec, Jedrt || Kranjc, Lana || 14/10/2024 || 15/10/2024 || 16/10/2024
|-
| Kafol, Ema || 12 || || Kos, Aljaž || Kranjc, David || 14/10/2024 || 15/10/2024 || 16/10/2024
|-
| Špegel, Art || 12 || || Prodan, Neja || Zajc, Blaž || 14/10/2024 || 15/10/2024 || 16/10/2024
|-
| Kolbl, Katarina || 12 || || Volovšek, Samo || Vince, Sara || 14/10/2024 || 15/10/2024 || 16/10/2024
|-
| Škarabot, Vita || 12 || || Planinc, Luka || Schrader, Katja || 14/10/2024 || 15/10/2024 || 16/10/2024
|-
| Mramor, Zoja || 12 || || Traven, Lana || Šinkovec, Jedrt || 21/10/2024 || 22/10/2024 || 23/10/2024
|-
| Tanko, Lan || 12 || Proteaze kot nepogrešljivi členi umetnih signalnih poti || Sušnik, Rok || Kos, Aljaž || 21/10/2024 || 22/10/2024 || 23/10/2024
|-
| Kadunc, Nika || 12 || || Šuštar, David || Prodan, Neja || 21/10/2024 || 22/10/2024 || 23/10/2024
|-
| Krašna, Matic || 12 || || Škerjanc, Žana || Volovšek, Samo || 21/10/2024 || 22/10/2024 || 23/10/2024
|-
| Kranjc, Tadej || 12 || Pomembnost mTORC1 v fitnesu: Njegova funkcija in delovanje || Šavli, Vita || Planinc, Luka || 21/10/2024 || 22/10/2024 || 23/10/2024
|-
| Mataln Smehov, Ema Agrafena || 14-15 || Vloga encima PFKFB3 in povečane glikolitične aktivnosti pri sepsi || Markun, Maša || Traven, Lana || 28/10/2024 || 29/10/2024 || 30/10/2024
|-
| Drobne, Manja || 14-15 || Stranski produkti glikolize in njihovo odstranjevanje || Kafol, Ema || Sušnik, Rok || 28/10/2024 || 29/10/2024 || 30/10/2024
|-
| Turk, Tjaša || 14-15 || || Špegel, Art || Šuštar, David || 28/10/2024 || 29/10/2024 || 30/10/2024
|-
| Savič, Laura || 14-15 || || Kolbl, Katarina || Škerjanc, Žana || 28/10/2024 || 29/10/2024 || 30/10/2024
|-
| Kokalovikj, Nina || 14-15 || || Škarabot, Vita || Šavli, Vita || 28/10/2024 || 29/10/2024 || 30/10/2024
|-
| Rozina, Anamarija || 16 || || Mramor, Zoja || Markun, Maša || 04/11/2024 || 05/11/2024 || 06/11/2024
|-
| Hočevar, Toni || 16 || || Tanko, Lan || Kafol, Ema || 04/11/2024 || 05/11/2024 || 06/11/2024
|-
| Štrekelj Istinič, Veronika || 16 || || Kadunc, Nika || Špegel, Art || 04/11/2024 || 05/11/2024 || 06/11/2024
|-
| Kovačič, Nejc || 16 || || Krašna, Matic || Kolbl, Katarina || 04/11/2024 || 05/11/2024 || 06/11/2024
|-
| Plantan, Mia || 16 || || Kranjc, Tadej || Škarabot, Vita || 04/11/2024 || 05/11/2024 || 06/11/2024
|-
| Ilievska, Lola || 17 || || Mataln Smehov, Ema Agrafena || Mramor, Zoja || 11/11/2024 || 12/11/2024 || 13/11/2024
|-
| Rotar, Loti || 17 || || Drobne, Manja || Tanko, Lan || 11/11/2024 || 12/11/2024 || 13/11/2024
|-
| Habič, Nika || 17 || || Turk, Tjaša || Kadunc, Nika || 11/11/2024 || 12/11/2024 || 13/11/2024
|-
| Kek, Zala || 17 || || Savič, Laura || Krašna, Matic || 11/11/2024 || 12/11/2024 || 13/11/2024
|-
| Žerovnik, Klara || 17 || || Kokalovikj, Nina || Kranjc, Tadej || 11/11/2024 || 12/11/2024 || 13/11/2024
|-
| Marovt, Hana || 18 || || Rozina, Anamarija || Mataln Smehov, Ema Agrafena || 18/11/2024 || 19/11/2024 || 20/11/2024
|-
| xy || 18 || || Hočevar, Toni || Drobne, Manja || 18/11/2024 || 19/11/2024 || 20/11/2024
|-
| Dolinšek, Julija || 18 || || Štrekelj Istinič, Veronika || Turk, Tjaša || 18/11/2024 || 19/11/2024 || 20/11/2024
|-
| Likar Ivanov, Jana || 18 || || Kovačič, Nejc || Savič, Laura || 18/11/2024 || 19/11/2024 || 20/11/2024
|-
| Vozelj, Hana || 18 || || Plantan, Mia || Kokalovikj, Nina || 18/11/2024 || 19/11/2024 || 20/11/2024
|-
| Kos, Žan || 19 || || Ilievska, Lola || Rozina, Anamarija || 25/11/2024 || 26/11/2024 || 27/11/2024
|-
| Lenart, David || 19 || || Rotar, Loti || Hočevar, Toni || 25/11/2024 || 26/11/2024 || 27/11/2024
|-
| Kragelj, Sara || 19 || || Habič, Nika || Štrekelj Istinič, Veronika || 25/11/2024 || 26/11/2024 || 27/11/2024
|-
| Črv, Urban || 19 || || Kek, Zala || Kovačič, Nejc || 25/11/2024 || 26/11/2024 || 27/11/2024
|-
| Funa, Hana || 19 || || Žerovnik, Klara || Plantan, Mia || 25/11/2024 || 26/11/2024 || 27/11/2024
|-
| Velkavrh, Tjaša || 20 || || Marovt, Hana || Ilievska, Lola || 02/12/2024 || 03/12/2024 || 04/12/2024
|-
| Ljubič, Nejc || 20 || || xy || Rotar, Loti || 02/12/2024 || 03/12/2024 || 04/12/2024
|-
| Pintar, Manca || 20 || || Dolinšek, Julija || Habič, Nika || 02/12/2024 || 03/12/2024 || 04/12/2024
|-
| Pepelnjak, Tinkara || 20 || || Likar Ivanov, Jana || Kek, Zala || 02/12/2024 || 03/12/2024 || 04/12/2024
|-
| Gajanović, Sanja || 20 || || Vozelj, Hana || Žerovnik, Klara || 02/12/2024 || 03/12/2024 || 04/12/2024
|-
| Kovačič, Maša || 21 || || Kos, Žan || Marovt, Hana || 21/12/2023 || 22/12/2023 || 11/12/2024
|-
| Marinko, David || 21 || || Lenart, David || xy || 21/12/2023 || 22/12/2023 || 11/12/2024
|-
| Žavcer, Saška || 21 || || Kragelj, Sara || Dolinšek, Julija || 21/12/2023 || 22/12/2023 || 11/12/2024
|-
| Tepuš, Taja || 21 || || Črv, Urban || Likar Ivanov, Jana || 21/12/2023 || 22/12/2023 || 11/12/2024
|-
| Pajnič, Neja || 21 || || Funa, Hana || Vozelj, Hana || 21/12/2023 || 22/12/2023 || 11/12/2024
|-
| Kranjc, Lana || 22 || || Velkavrh, Tjaša || Kos, Žan || 16/12/2024 || 17/12/2024 || 18/12/2024
|-
| Kranjc, David || 22 || || Ljubič, Nejc || Lenart, David || 16/12/2024 || 17/12/2024 || 18/12/2024
|-
| Zajc, Blaž || 22 || || Pintar, Manca || Kragelj, Sara || 16/12/2024 || 17/12/2024 || 18/12/2024
|-
| Vince, Sara || 22 || || Pepelnjak, Tinkara || Črv, Urban || 16/12/2024 || 17/12/2024 || 18/12/2024
|-
| Schrader, Katja || 22 || || Gajanović, Sanja || Funa, Hana || 16/12/2024 || 17/12/2024 || 18/12/2024
|-
| Šinkovec, Jedrt || 23 || || Kovačič, Maša || Velkavrh, Tjaša || 06/01/2025 || 07/01/2025 || 08/01/2025
|-
| Kos, Aljaž || 23 || || Marinko, David || Ljubič, Nejc || 06/01/2025 || 07/01/2025 || 08/01/2025
|-
| Prodan, Neja || 23 || || Žavcer, Saška || Pintar, Manca || 06/01/2025 || 07/01/2025 || 08/01/2025
|-
| Volovšek, Samo || 23 || || Tepuš, Taja || Pepelnjak, Tinkara || 06/01/2025 || 07/01/2025 || 08/01/2025
|-
| Planinc, Luka || 23 || || Pajnič, Neja || Gajanović, Sanja || 06/01/2025 || 07/01/2025 || 08/01/2025
|-
| Traven, Lana || 23 || || Kranjc, Lana || Kovačič, Maša || 13/01/2025 || 14/01/2025 || 15/01/2025
|-
| Sušnik, Rok || 23 || || Kranjc, David || Marinko, David || 13/01/2025 || 14/01/2025 || 15/01/2025
|-
| Šuštar, David || 23 || || Zajc, Blaž || Žavcer, Saška || 13/01/2025 || 14/01/2025 || 15/01/2025
|-
| Škerjanc, Žana || 23 || || Vince, Sara || Tepuš, Taja || 13/01/2025 || 14/01/2025 || 15/01/2025
|-
| Šavli, Vita || 23 || || Schrader, Katja || Pajnič, Neja || 13/01/2025 || 14/01/2025 || 15/01/2025
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2024|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
V seminarskih nalogah uporabljajte način citiranja, ki je predpisan za [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/datoteke/1-O_fakulteti/3-Pravilniki__akti/2_stopnja_Pravilnik_Priloge/Navodila_za_izdelavo_dipl_mag_dela_PB3.pdf diplomska in magistrska dela na FKKT].
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.