Seminar na osnovi iGEM projekta: [https://2023.igem.wiki/dtu-denmark/index.html]

=Uvod=
==Problematika PFAS==
Per- in polifluorinirane alkil snovi, ki jih poznamo pod kratico PFAS, so pestra skupina sintetičnih kemikalij, ki se uporabljajo za proizvodnjo produktov s fluoropolimernimi premazi približno od leta 1950 - od posode proti prijemanju, dežnih plaščev do ognjevarnih pen.
So dolgotrajni okoljski onesnaževalci, ki lahko povzročajo izgubo biodiverzitete, rakava obolenja in neplodnost. Gre za skupino ti. »večnih kemikalij« oziroma forever chemicals, ki so močno ali popolnoma fluorirane. Zaradi vezi C-F so zelo stabilne, kar je v določenih primerih izredno uporabna lastnost, a obenem predstavlja veliko breme za okolje – same od sebe namreč ne razpadejo, za razgradnjo večinoma potrebujejo temperature višje od 1100 oC, mikroorganizmi jih načeloma ne morejo razgraditi. Znani so tudi kot bioakumulanti in imajo za človeka številne negativne posledice [1-3].

==Določanje PFAS==

Zaenkrat se za določanje PFAS v vzorcih odpadne vode uporabljajo:
**kromatografske metode:
***LC-MS (tekočinska kromatografija in masna spektrometrija)
***GC-MS
**semi-kvantitativne metode:
***TOP (total oxidizable precursor)
***TOF (total organic fluorine)
**terenske metode:
***kolori/fluorimetrične
***elektorkemični senzorji
Najpogosteje se za določanje PFAS uporabljajo kromatografske metode, predvsem LC-MS. Slednja ima sicer nizek nivo detekcije (1 ng/L) za mnoge PFAS, a je draga in zaradi potovanja vzorca do laboratorija lahko traja dlje. Tako se pojavlja potreba po načinu določanja PFAS, ki je hitro, zanesljivo in učinkovito [3,4].

===Inovativna ideja FluoroLoop===

Ideja projekta FluoroLoop je izgradnja biosenzorja na osnovi aptamerov, ki bi omogočal hitro in zanesljivo testiranje PFAS v vodi. Biosenzor je osnovan na tRNA-posnemajočih strukturah (TMS) z aptamerom, specifičnim za perfluorooktanojsko kislino (PFOA). TMS so regulatorji izražanja proteinov – ti. RNA-stikala, ki bi jih lahko uporabljali tudi za zaznavo drugih problematičnih okoljskih onesnaževalcev. Prednost TMS pred drugimi podobnimi regulatorji je v njihovi raznolikosti in modularnosti – omogočajo pester nabor sprememb ter tako prilagodljivost na nabor različnih vhodnih signalov (RNA, majhne molekule, proteini)[3].

==TMS (ang. "tRNA-mimicking structures")==

TMS oziroma tRNA-posnemajoče strukture predstavljajo novo možnost regulacije izražanja proteinov – temeljijo na metazojski mitohondrijski tRNA in v strukturi vsebujejo tri module (za projekt sta pomembni predvsem zanka D in represorska domena). V principu delujejo tako, da se vežejo na začetek in konec zaporedja RBS na mRNA, s čimer onemogočijo vezavo ribosoma in s tem translacijo. Z dodatkom aptamernih zaporedij v zanko D vezavo TMS na mRNA povežemo s prisotnostjo določenega liganda, kar je tudi osnovna ideja projekta. Zanka D je namreč pomembna za ustrezno 3D strukturo molekule – ob vezavi liganda se ta struktura poruši in TMS ni več sposobna vezave na mRNA, kar omogoči izražanje proteina. Inhibicija delovanja TMS je odvisna od koncentracije prisotnega liganda. Sistem omogoča zlahka prilagodljivo potencialno biokocko, ki lahko detektira vsako molekulo, za katero obstaja aptamer [3,5].

=Izvedba projekta FluoroLoop=
Projekt so začeli z validacijo TMS, kjer so – poleg začetnih eksperimentov – testirali nekatere že poznane aptamere – specifično dve verziji manganovega aptamera in dve verziji teofilinskega aptamera, s čimer so preverjali odvisnost delovanja TMS od liganda. Predhodno odkrite, PFOA specifične aptamere so poskušali optimizirati ter karakterizirati, a pri delu niso bili uspešni. Za namen projekta so tako uporabili aptamer iz referenčnega članka [6]. Optimizirali so njegovo dolžino ter ohranili zgolj nujni del za vstavitev v zanko D izbrane TMS – osrednji del pripravljenega biosenzorja.
Poleg in vitro validacije, si je ekipa zadala tudi oblikovanje bioinformatskega orodja, ki bi omogočalo načrtovanje in optimizacijo aptamerov s povezovanjem različnih orodij za molekulsko modeliranje [3].

==Validacija regulacijskega sistema TMS==
Za potrebe testa PFOA je morala skupina najprej vzpostaviti biosenzor. TMS iz članka, ki je prvotno definiral možnost uporabe TMS za regulacijo izražanja [5] so povezali z izražanjem fluorescirajočega proteina – v njihovem primeru GFP ter mCherry. Slednja omogočata preprosto detekcijo brez dodatnih korakov celične lize. Ustrezne plazmide za prenos v celice je ekipa zgradila s kloniranjem USER (Uracil Specific Excision Reagent). Slednje je osnovano na metodi PCR in tehnologiji kloniranja brez ligacije, ki omogoča sintezo plazmida z več inserti v enem koraku. Najprej željene dele pomnožimo s PCR, pri katerem uporabljamo posebej oblikovane začetne oligonukleotide, ki na 5' koncu dodajo podaljše z enim dU – delo poteka z uracil kompatibilno polimerazo (npr. X7). Produkte PCR očistimo in obdelamo z reagentom USER. Reakcija vključuje izrez podaljškov z uracilom s sledečo hibridizacijo specifičnih lepljivih koncev – slednji so lahko oblikovani različno, kar omogoča kreacijo različnih komplementarnih previsov. Skupina je pridobljene produkte klonirala v DH5alfa E. coli. Po propagaciji v bakterijah, čiščenju in validaciji s PCR ter Sanger sekvenciranju, so plazmide kotransformirali v E. coli BL21(DE3) za izražanje proteina. Sev je bil izbran zaradi vsebnosti IPTG inducibilne T7 polimeraze. Seve so inkubirali preko noči, reinokulirali in inducirali v pozni fazi log. 5 ur po indukciji so izmerili fluorescenco in z rezultati ugotvaljali uspešnost represije fluorescirajočega proteina – mCherry [3,7].
Za zmanjšanje tveganja, da bo manj molekul TMS kot transkriptov za utišanje, je skupina izražala regulator TMS v plazmidu z velikim številom kopij, medtem ko so bili reporterski geni vstavljeni v plazmid z majhnim številom kopij. Posledično so dobili veliko večje število represorjev kot mRNA za utišanje, kar je izboljšalo puščanje sistema [3].
Za validacijo so izvedli dva sklopa eksperimentov, opisana v nadaljevanju.

Opravili so dva sklopa eksperimentov.

===Izražanje mCherry v odvisnosti od GFP===

Sistem potrebuje tri komponente, od katerih je vsaka inducibilno regulirana – izražanje GFP, ki bo deloval kot ligand za TMS, ki bi se sicer vezala na mRNA zapis za protein mCherry. GFP je bil induciran z anhidrotetraciklinom, mCherry z L-arabinozo in TMS z IPTG. Brez izražanja GFP bi TMS zavrla izražanje mCherry – ne bi opazili fluorescence. Ob izražanju GFP se bi ta povezal s TMS, spremenil njegovo strukturo in onemogočil vezavo na transkript mRNA. Opaziti bi morali fluorescenco, kar so uspešno potrdili tudi rezultati skupine [3].

===Izražanje mCherry v odvisnosti od drugih ligandov===

Prvotni eksperiment z GFP in mCherry so modificirali za testiranje prilagoditve odvisnosti liganda z zamenjavo aptamera. Tako so v dano TMS vstavili že znana aptamerna zaporedja za mangan (dve zaporedji) in teofilin (dve zaporedji). Metoda bi morala še vedno delovati po istem načelu: v kolikor ni prisotnega vezanega liganda, se TMS poveže okoli RBS in prepreči izražanje mCherry. Ob prisotnosti ustreznega liganda TMS zaradi strukturnih ovir ni sposobna vezave in protein se prosto izraža. Rezultati so sledili postavljeni hipotezi, ob večjih koncentracijah liganda so zaznali manjšo fluorescenco [3].

==Karakterizacija aptamera PFOA==
V letu 2022 je bil obljavljen članek, ki je določil ssDNA aptamer z zmožnostjo vezave PFOA. Določili so ga z uporabo metode SELEX, kjer so pridobili deset različnih ssDNA z zmožnostjo vezave PFOA – in silico so analizirali sekundarne strukture zaporedij in odkrili tri regije ohranjene med več aptameri. S testom fluorescence so ocenili vezavne afinitete aptamerov z vezavo fluorofora na aptamer in utiševalca na vezavno verigo. Najboljši aptamer je PFOA vezal z disociacijsko konstanto KD 5,5 uM v čisti raztopini in 7,4 uM v odpadni vodi. Končna verzija aptamera je imela nivo detekcije 0,17 uM v vodi. Ker je delo s ssDNA zahtevno, je skupina testirala potencialno preoblikovanje v ssRNA, ob čemer so testirali vezavno afiniteto PFOA na več verzij aptamerov [6].
Za izvedbo eksperimenta so predvideli dve možnosti: ITC (ang. »Isothermal Titration Calorimetry«) in SPR (ang. »Surface Plasmon Resonance«). Obe metodi se uporabljata za določitev vezavne afinitete, a ITC potrebuje obiširne eksperimente za določitev ustreznih reakcijskih pogojev. SPR je za izvedbo prav tako zahtevna tehnika, ki jo je skupina izvedla v sodelovanju s Centrom za diagnostiko. Prvotni eksperimenti so generirali večje število lažnih pozitivnih rezultatov, za kar so ponudili več razlogov: vezava PFOA na ploščo, koagulacija PFOA ali neustrezna regeneracija plošče po vsakem testu. Tako aptamerov, specifičnih za PFOA, (zaenkrat) niso karakterizirali in/ali optimizirali. Za potrebe nadaljevanja projekta so uporabili najbolj usrezni aptamer, določen v članku [6].

==Konstrukcija PFOA-odzivnega sistema TMS==

Iz izhodiščnega TMS so pripravili tri variacije različnimi dolžinami debel. Glede na predvideno sekundarno strukturo osnovnega aptamera – ohranene dele in dele pomembne za vezavo fluoroforjev – so iterativno odstranjevali dele zaporedja, s čimer so testirali efekt debel. Najprej so odstranili nukleotide, potrebne za vezavo fluoroforjev, nato neohranjene regije. Pripravljena zaporedja vstavili v TMS. Testirali so jih za od PFOA odvisno inhibicijo izražanja reporterja ter nazadnje obdržali zgolj ohranjene regije z ohranjenimi zankastimi strukturami, ki predstavljajo zgolj 19 bp prvotnega aptamera. Sicer so rezultati za vse aptamere pokazali zmanjšanje fluorescence [3].

==Perspektiva za prihodnost==

Biokocka TMS, pripravljena v sklopu projekta, kaže od liganda odvisno inhibicijo translacije proteinov, kar nakazuje na nov mehanistični model struktur TMS. Pripravljene TMS kažejo od koncentracije odvisno inhibitorno odvisnost, katere specifičnost je odnisna od vstavljenega aptamernega zaporedja [3].
Molekula liganda se veže na zanko D v TMS, nato se celoten kompleks skupaj veže na reportersko mRNA. Prisotnost liganda med translacijo vodi v zmanjšanje fluorescence. Biosistem ima potencial za modularnost in tarčenje tudi drugih okoljskih onesnaževalcev [3].
Čeprav je bila stvaritev različnih od liganda odvisnih TMS v osnovi uspešna, se opazovani TMS ne obnašajo v skladu s prvotnimi pričakovanji. Faktorji, ki bi lahko dodatno vplivali na reproduktibilnost so pH, raztopljeni ioni in spremembe v površinski napetosti. Za natančno določitev mehanizma delovanja TMS so potrebni nadaljnji poskusi [3].

=Programska opera AptaLoop=

Običajno aptamere pridobivamo z zahtevnim in časovno potratnim procesom SELEX, ki poleg že naštetih slabosti ne zagotavlja najdbe najbolj ustreznega aptamera. Metodo bi lahko izboljšali z vzpostavitvijo orodij predvidevanja, ki bi z racionalnim pristopom določili najbolj efektivno aptamerno sekvenco za dani ligand. Predhodne skupine iGEM so že vzpostavile metodi za tvorbo aptamerov brez SELEX (MAWS) leta 2015 z optimizacijo 2017. MAWS uporablja kriterij entropije za progresivno selekcijo baz za in silico predvidevanje aptamerov. Naše razumevanje konformacijskih sprememb aptamera ob vezavi liganda je še vedno omejeno, a ključno za koherentno karakterizacijo obnašanja znotrajceličnih aptamerov in izboljšanje modelov [3].
Cilj ekipe je bil združiti glavne metode in silico aptamerne dinamike, kot so zlaganje, sidranje ter molekulska dinamika, v en, uporabniku prijazen program. Prav tako so želeli izboljšati software MAWS z posodobitvijo kode ter dodatkom novih funkcij [3].
AptaLoop sestavljajo štirje moduli, ki uporabniku omogočajo oblikovanje DNA ali RNA aptamerov za targetiranje specifične molekule, predvidevanje sekundarne ali terciarne strukture aptamera, predikcijo položaja interakcije med dvema molekulama in simulacijo molekulske dinamike. Uporabnik ima dve možnosti za uporabo AptaLoop, glede na to, ali že ima aptamerno sekvenco ali ne, ki se nekoliko razlikujeta po zaporedju korakov [3].

=Literatura=

[1] National Institute of Environmental Health Sciences: Perfluoroalkyl and Polyfluoroalkyl Substances (PFAS). https://www.niehs.nih.gov/health/topics/agents/pfc.
[2] Per- and Polyfluorinated Substances (PFAS) Factsheet | National Biomonitoring Program | CDC. https://www.cdc.gov/biomonitoring/PFAS_FactSheet.html.
[3] FluoroLoop | DTU-Denmark. https://2023.igem.wiki/dtu-denmark/index.html.
[4] Rehman, A. U., Crimi, M. & Andreescu, S. Current and emerging analytical techniques for the determination of PFAS in environmental samples. Trends in Environmental Analytical Chemistry 37, e00198 (2023).
[5] Paul, A., Warszawik, E. M., Loznik, M., Boersma, A. J. & Herrmann, A. Modular and Versatile Trans-Encoded Genetic Switches. Angewandte Chemie International Edition 59, 20328–20332 (2020).
[6] Park, J., Yang, K. A., Choi, Y. & Choe, J. K. Novel ssDNA aptamer-based fluorescence sensor for perfluorooctanoic acid detection in water. Environ Int 158, 107000 (2022).
[7] USER® Cloning | NEB. https://www.neb.com/en/applications/cloning-and-synthetic-biology/user-cloning.

FluoroLoop

2024-05-12T15:04:42Z

Eva Vene:

Seminar na osnovi iGEM project [https://2023.igem.wiki/dtu-denmark/index.html]

=Uvod=
==Problematika PFAS==
Per- in polifluorinirane alkil snovi, ki jih poznamo pod kratico PFAS, so pestra skupina sintetičnih kemikalij, ki se uporabljajo za proizvodnjo produktov s fluoropolimernimi premazi približno od leta 1950 - od posode proti prijemanju, dežnih plaščev do ognjevarnih pen.
So dolgotrajni okoljski onesnaževalci, ki lahko povzročajo izgubo biodiverzitete, rakava obolenja in neplodnost. Gre za skupino ti. »večnih kemikalij« oziroma forever chemicals, ki so močno ali popolnoma fluorirane. Zaradi vezi C-F so zelo stabilne, kar je v določenih primerih izredno uporabna lastnost, a obenem predstavlja veliko breme za okolje – same od sebe namreč ne razpadejo, za razgradnjo večinoma potrebujejo temperature višje od 1100 oC, mikroorganizmi jih načeloma ne morejo razgraditi. Znani so tudi kot bioakumulanti in imajo za človeka številne negativne posledice [1-3].

==Določanje PFAS==

Zaenkrat se za določanje PFAS v vzorcih odpadne vode uporabljajo:
**kromatografske metode:
***LC-MS (tekočinska kromatografija in masna spektrometrija)
***GC-MS
**semi-kvantitativne metode:
***TOP (total oxidizable precursor)
***TOF (total organic fluorine)
**terenske metode:
***kolori/fluorimetrične
***elektorkemični senzorji
Najpogosteje se za določanje PFAS uporabljajo kromatografske metode, predvsem LC-MS. Slednja ima sicer nizek nivo detekcije (1 ng/L) za mnoge PFAS, a je draga in zaradi potovanja vzorca do laboratorija lahko traja dlje. Tako se pojavlja potreba po načinu določanja PFAS, ki je hitro, zanesljivo in učinkovito [3,4].

===Inovativna ideja FluoroLoop===

Ideja projekta FluoroLoop je izgradnja biosenzorja na osnovi aptamerov, ki bi omogočal hitro in zanesljivo testiranje PFAS v vodi. Biosenzor je osnovan na tRNA-posnemajočih strukturah (TMS) z aptamerom, specifičnim za perfluorooktanojsko kislino (PFOA). TMS so regulatorji izražanja proteinov – ti. RNA-stikala, ki bi jih lahko uporabljali tudi za zaznavo drugih problematičnih okoljskih onesnaževalcev. Prednost TMS pred drugimi podobnimi regulatorji je v njihovi raznolikosti in modularnosti – omogočajo pester nabor sprememb ter tako prilagodljivost na nabor različnih vhodnih signalov (RNA, majhne molekule, proteini)[3].

==TMS (ang. "tRNA-mimicking structures")==

TMS oziroma tRNA-posnemajoče strukture predstavljajo novo možnost regulacije izražanja proteinov – temeljijo na metazojski mitohondrijski tRNA in v strukturi vsebujejo tri module (za projekt sta pomembni predvsem zanka D in represorska domena). V principu delujejo tako, da se vežejo na začetek in konec zaporedja RBS na mRNA, s čimer onemogočijo vezavo ribosoma in s tem translacijo. Z dodatkom aptamernih zaporedij v zanko D vezavo TMS na mRNA povežemo s prisotnostjo določenega liganda, kar je tudi osnovna ideja projekta. Zanka D je namreč pomembna za ustrezno 3D strukturo molekule – ob vezavi liganda se ta struktura poruši in TMS ni več sposobna vezave na mRNA, kar omogoči izražanje proteina. Inhibicija delovanja TMS je odvisna od koncentracije prisotnega liganda. Sistem omogoča zlahka prilagodljivo potencialno biokocko, ki lahko detektira vsako molekulo, za katero obstaja aptamer [3,5].

=Izvedba projekta FluoroLoop=
Projekt so začeli z validacijo TMS, kjer so – poleg začetnih eksperimentov – testirali nekatere že poznane aptamere – specifično dve verziji manganovega aptamera in dve verziji teofilinskega aptamera, s čimer so preverjali odvisnost delovanja TMS od liganda. Predhodno odkrite, PFOA specifične aptamere so poskušali optimizirati ter karakterizirati, a pri delu niso bili uspešni. Za namen projekta so tako uporabili aptamer iz referenčnega članka [6]. Optimizirali so njegovo dolžino ter ohranili zgolj nujni del za vstavitev v zanko D izbrane TMS – osrednji del pripravljenega biosenzorja.
Poleg in vitro validacije, si je ekipa zadala tudi oblikovanje bioinformatskega orodja, ki bi omogočalo načrtovanje in optimizacijo aptamerov s povezovanjem različnih orodij za molekulsko modeliranje [3].

==Validacija regulacijskega sistema TMS==
Za potrebe testa PFOA je morala skupina najprej vzpostaviti biosenzor. TMS iz članka, ki je prvotno definiral možnost uporabe TMS za regulacijo izražanja [5] so povezali z izražanjem fluorescirajočega proteina – v njihovem primeru GFP ter mCherry. Slednja omogočata preprosto detekcijo brez dodatnih korakov celične lize. Ustrezne plazmide za prenos v celice je ekipa zgradila s kloniranjem USER (Uracil Specific Excision Reagent). Slednje je osnovano na metodi PCR in tehnologiji kloniranja brez ligacije, ki omogoča sintezo plazmida z več inserti v enem koraku. Najprej željene dele pomnožimo s PCR, pri katerem uporabljamo posebej oblikovane začetne oligonukleotide, ki na 5' koncu dodajo podaljše z enim dU – delo poteka z uracil kompatibilno polimerazo (npr. X7). Produkte PCR očistimo in obdelamo z reagentom USER. Reakcija vključuje izrez podaljškov z uracilom s sledečo hibridizacijo specifičnih lepljivih koncev – slednji so lahko oblikovani različno, kar omogoča kreacijo različnih komplementarnih previsov. Skupina je pridobljene produkte klonirala v DH5alfa E. coli. Po propagaciji v bakterijah, čiščenju in validaciji s PCR ter Sanger sekvenciranju, so plazmide kotransformirali v E. coli BL21(DE3) za izražanje proteina. Sev je bil izbran zaradi vsebnosti IPTG inducibilne T7 polimeraze. Seve so inkubirali preko noči, reinokulirali in inducirali v pozni fazi log. 5 ur po indukciji so izmerili fluorescenco in z rezultati ugotvaljali uspešnost represije fluorescirajočega proteina – mCherry [3,7].
Za zmanjšanje tveganja, da bo manj molekul TMS kot transkriptov za utišanje, je skupina izražala regulator TMS v plazmidu z velikim številom kopij, medtem ko so bili reporterski geni vstavljeni v plazmid z majhnim številom kopij. Posledično so dobili veliko večje število represorjev kot mRNA za utišanje, kar je izboljšalo puščanje sistema [3].
Za validacijo so izvedli dva sklopa eksperimentov, opisana v nadaljevanju.

Opravili so dva sklopa eksperimentov.

===Izražanje mCherry v odvisnosti od GFP===

Sistem potrebuje tri komponente, od katerih je vsaka inducibilno regulirana – izražanje GFP, ki bo deloval kot ligand za TMS, ki bi se sicer vezala na mRNA zapis za protein mCherry. GFP je bil induciran z anhidrotetraciklinom, mCherry z L-arabinozo in TMS z IPTG. Brez izražanja GFP bi TMS zavrla izražanje mCherry – ne bi opazili fluorescence. Ob izražanju GFP se bi ta povezal s TMS, spremenil njegovo strukturo in onemogočil vezavo na transkript mRNA. Opaziti bi morali fluorescenco, kar so uspešno potrdili tudi rezultati skupine [3].

===Izražanje mCherry v odvisnosti od drugih ligandov===

Prvotni eksperiment z GFP in mCherry so modificirali za testiranje prilagoditve odvisnosti liganda z zamenjavo aptamera. Tako so v dano TMS vstavili že znana aptamerna zaporedja za mangan (dve zaporedji) in teofilin (dve zaporedji). Metoda bi morala še vedno delovati po istem načelu: v kolikor ni prisotnega vezanega liganda, se TMS poveže okoli RBS in prepreči izražanje mCherry. Ob prisotnosti ustreznega liganda TMS zaradi strukturnih ovir ni sposobna vezave in protein se prosto izraža. Rezultati so sledili postavljeni hipotezi, ob večjih koncentracijah liganda so zaznali manjšo fluorescenco [3].

==Karakterizacija aptamera PFOA==
V letu 2022 je bil obljavljen članek, ki je določil ssDNA aptamer z zmožnostjo vezave PFOA. Določili so ga z uporabo metode SELEX, kjer so pridobili deset različnih ssDNA z zmožnostjo vezave PFOA – in silico so analizirali sekundarne strukture zaporedij in odkrili tri regije ohranjene med več aptameri. S testom fluorescence so ocenili vezavne afinitete aptamerov z vezavo fluorofora na aptamer in utiševalca na vezavno verigo. Najboljši aptamer je PFOA vezal z disociacijsko konstanto KD 5,5 uM v čisti raztopini in 7,4 uM v odpadni vodi. Končna verzija aptamera je imela nivo detekcije 0,17 uM v vodi. Ker je delo s ssDNA zahtevno, je skupina testirala potencialno preoblikovanje v ssRNA, ob čemer so testirali vezavno afiniteto PFOA na več verzij aptamerov [6].
Za izvedbo eksperimenta so predvideli dve možnosti: ITC (ang. »Isothermal Titration Calorimetry«) in SPR (ang. »Surface Plasmon Resonance«). Obe metodi se uporabljata za določitev vezavne afinitete, a ITC potrebuje obiširne eksperimente za določitev ustreznih reakcijskih pogojev. SPR je za izvedbo prav tako zahtevna tehnika, ki jo je skupina izvedla v sodelovanju s Centrom za diagnostiko. Prvotni eksperimenti so generirali večje število lažnih pozitivnih rezultatov, za kar so ponudili več razlogov: vezava PFOA na ploščo, koagulacija PFOA ali neustrezna regeneracija plošče po vsakem testu. Tako aptamerov, specifičnih za PFOA, (zaenkrat) niso karakterizirali in/ali optimizirali. Za potrebe nadaljevanja projekta so uporabili najbolj usrezni aptamer, določen v članku [6].

==Konstrukcija PFOA-odzivnega sistema TMS==

Iz izhodiščnega TMS so pripravili tri variacije različnimi dolžinami debel. Glede na predvideno sekundarno strukturo osnovnega aptamera – ohranene dele in dele pomembne za vezavo fluoroforjev – so iterativno odstranjevali dele zaporedja, s čimer so testirali efekt debel. Najprej so odstranili nukleotide, potrebne za vezavo fluoroforjev, nato neohranjene regije. Pripravljena zaporedja vstavili v TMS. Testirali so jih za od PFOA odvisno inhibicijo izražanja reporterja ter nazadnje obdržali zgolj ohranjene regije z ohranjenimi zankastimi strukturami, ki predstavljajo zgolj 19 bp prvotnega aptamera. Sicer so rezultati za vse aptamere pokazali zmanjšanje fluorescence [3].

==Perspektiva za prihodnost==

Biokocka TMS, pripravljena v sklopu projekta, kaže od liganda odvisno inhibicijo translacije proteinov, kar nakazuje na nov mehanistični model struktur TMS. Pripravljene TMS kažejo od koncentracije odvisno inhibitorno odvisnost, katere specifičnost je odnisna od vstavljenega aptamernega zaporedja [3].
Molekula liganda se veže na zanko D v TMS, nato se celoten kompleks skupaj veže na reportersko mRNA. Prisotnost liganda med translacijo vodi v zmanjšanje fluorescence. Biosistem ima potencial za modularnost in tarčenje tudi drugih okoljskih onesnaževalcev [3].
Čeprav je bila stvaritev različnih od liganda odvisnih TMS v osnovi uspešna, se opazovani TMS ne obnašajo v skladu s prvotnimi pričakovanji. Faktorji, ki bi lahko dodatno vplivali na reproduktibilnost so pH, raztopljeni ioni in spremembe v površinski napetosti. Za natančno določitev mehanizma delovanja TMS so potrebni nadaljnji poskusi [3].

=Programska opera AptaLoop==

Običajno aptamere pridobivamo z zahtevnim in časovno potratnim procesom SELEX, ki poleg že naštetih slabosti ne zagotavlja najdbe najbolj ustreznega aptamera. Metodo bi lahko izboljšali z vzpostavitvijo orodij predvidevanja, ki bi z racionalnim pristopom določili najbolj efektivno aptamerno sekvenco za dani ligand. Predhodne skupine iGEM so že vzpostavile metodi za tvorbo aptamerov brez SELEX (MAWS) leta 2015 z optimizacijo 2017. MAWS uporablja kriterij entropije za progresivno selekcijo baz za in silico predvidevanje aptamerov. Naše razumevanje konformacijskih sprememb aptamera ob vezavi liganda je še vedno omejeno, a ključno za koherentno karakterizacijo obnašanja znotrajceličnih aptamerov in izboljšanje modelov [3].
Cilj ekipe je bil združiti glavne metode in silico aptamerne dinamike, kot so zlaganje, sidranje ter molekulska dinamika, v en, uporabniku prijazen program. Prav tako so želeli izboljšati software MAWS z posodobitvijo kode ter dodatkom novih funkcij [3].
AptaLoop sestavljajo štirje moduli, ki uporabniku omogočajo oblikovanje DNA ali RNA aptamerov za targetiranje specifične molekule, predvidevanje sekundarne ali terciarne strukture aptamera, predikcijo položaja interakcije med dvema molekulama in simulacijo molekulske dinamike. Uporabnik ima dve možnosti za uporabo AptaLoop, glede na to, ali že ima aptamerno sekvenco ali ne, ki se nekoliko razlikujeta po zaporedju korakov [3].

=Literatura=

[1] National Institute of Environmental Health Sciences: Perfluoroalkyl and Polyfluoroalkyl Substances (PFAS). https://www.niehs.nih.gov/health/topics/agents/pfc.
[2] Per- and Polyfluorinated Substances (PFAS) Factsheet | National Biomonitoring Program | CDC. https://www.cdc.gov/biomonitoring/PFAS_FactSheet.html.
[3] FluoroLoop | DTU-Denmark. https://2023.igem.wiki/dtu-denmark/index.html.
[4] Rehman, A. U., Crimi, M. & Andreescu, S. Current and emerging analytical techniques for the determination of PFAS in environmental samples. Trends in Environmental Analytical Chemistry 37, e00198 (2023).
[5] Paul, A., Warszawik, E. M., Loznik, M., Boersma, A. J. & Herrmann, A. Modular and Versatile Trans-Encoded Genetic Switches. Angewandte Chemie International Edition 59, 20328–20332 (2020).
[6] Park, J., Yang, K. A., Choi, Y. & Choe, J. K. Novel ssDNA aptamer-based fluorescence sensor for perfluorooctanoic acid detection in water. Environ Int 158, 107000 (2022).
[7] USER® Cloning | NEB. https://www.neb.com/en/applications/cloning-and-synthetic-biology/user-cloning.

2020-03-07T12:17:51Z

Eva Vene: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Imunoterapija – kako kombinacija anti-VEGFA/Ang2/CD40 protiteles izboljša uspešnost zdravljenja || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Lažne komunikacije med celicami vode v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Kvasovke z inkapsuliranimi esencialnimi olji ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Zaviranje koronavirusne polimeraze z Remdesivirjem(RDV) || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Anja Moškrič || Povezava med usmerjanjem temperiranih bakteriofagov in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch
|-
| Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc
|-
| Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač
|-
| Maja Deutsch || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Zakaj so virusi, ki jih prenašajo netopirji, tako smrtonosni? || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200210144854.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak
|-
| Jan Kogovšek || Preoblikovanje glia celic izboljša kratkoročni spomin in učenje || https://jneuroinflammation.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12974-020-1729-4 || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih s sintetičnim protitelesom || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos beljakovin niža tveganje za razvoj kardiovaskularnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.