Wiki FKKT - User contributions [en]

2017-bionano-seminar

2017-05-21T21:11:29Z

Eva Vidak:

= Bionanotehnologija- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent/ka 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent/ka 2'''
|-
| Peter Prezelj||22.03.17||Spreminjanje vsebnosti in karakteristik hranilnih snovi v živilih in pripravljeni hrani z uporabo kovalentnih modifikacij, prečnega povezovanja in encimov||Vita Vidmar||Zala Gluhić
|-
| Boštjan Petrič||22.03.17||Reverzibilno tiskanje s peptidnimi /proteinskimi pigmenti, kovalentno vezanimi na celulozo prek amidne vezi||Luka Kavčič||Judita Avbelj
|-
| Ema Guštin||22.03.17||Nanoprevleka hrustanca za preprečitev osteoartritisa||Mojca Juteršek||Vid Jazbec
|-
| Tjaša Lapanja||29.03.17||Modificirana CHO celična linija prilagojena za ultrazvočno indukcijo izražanja proteinov v industrijskih bioreaktorjih||Bojana Lazović||Vita Vidmar
|-
| Maruša Prolič Kalinšek||29.03.17||Senzor za detekcijo Legionella bakterij na osnovi polidiacetilena||Eva Korošec||Luka Kavčič
|-
| Domen Klofutar||29.03.17||Novi načini prenosa informacij z izrabo kapacitet DNA: Prenos šifrirne in/ali steganografske DNA v ustni votlini preko naravno prisotnih gostiteljev Lactobacillus Casei in Veillonella Parvula||Tajda Buh||Mojca Juteršek
|-
| Simon Bolta||05.04.17||Z vezavo zunajceličnega kalcija do zmanjšanja bolečine v mišicah po treningu||Peter Prezelj||Bojana Lazović
|-
| Tomaž Rozmarič||05.04.17||Korekcija vida s pomočjo nano robotov||Boštjan Petrič||Eva Korošec
|-
| Urša Kapš||05.04.17||Nanodelci za strjevanje krvi||Ema Guštin||Tajda Buh
|-
| Julija Mazej||12.04.17||kapsule za vzpostavitev ravnovesja crevesne mikrobiote||Tjaša Lapanja||Peter Prezelj
|-
| Nataša Žigante||12.04.17||opis teme ali naslov||Maruša Prolič Kalinšek||Boštjan Petrič
|-
| Anja Herceg||12.04.17||Boj proti koroziji s pomočjo superhidrofobnega sol-gela z enkapsuliranimi zaščitnimi bakterijami||Domen Klofutar||Ema Guštin
|-
| Mirjam Kmetič||19.04.17||Nanoprotistrup na osnovi nanodelcev, ki vsebujejo inhibitor varespladib||Simon Bolta||Tjaša Lapanja
|-
| Mojca Kostanjevec||19.04.17||Nanodiski - dostavni sistem za tarčno ciljanje EpCAM na površini rakavih epitelijskih celic||Tomaž Rozmarič||Maruša Prolič Kalinšek
|-
| Jan Rozman||19.04.17||Sinteza nealergenega rekombinantnega kazeina za jedilno / biorazgradljivo embalažo||Urša Kapš||Domen Klofutar
|-
| Barbara Dušak||03.05.17||Izboljšava gojenja mesa n vitro||Julija Mazej||Simon Bolta
|-
| Mateja Cigoj||03.05.17||Probiotik z dodatkom nanodelcev za zdravljenje celiakije. Uporaba probiotičnih bakterij, ki izločajo peptidaze za razgradnjo glutena do neimunogenih fragmentov, in nanodelcev, ki vsebujejo modificirane naravne glutenske peptide specifične za HLA-DQ2 receptorje na limfocitih T, ki zavrejo Th1 posredovan avtoimunski odziv na gluten.||Nataša Žigante||Tomaž Rozmarič
|-
| Toni Nagode||03.05.17||Reverzibilno pritrjevanje predmetov na osnovi nanoslojev iz biotina in avidina||Anja Herceg||Urša Kapš
|-
| Tim Božič||10.05.17||Optimizacija pigmentov povodnega konja za proizvodnjo sončne kreme||Mirjam Kmetič||Julija Mazej
|-
| Darja Božič||10.05.17||Kontaktne leče iz proteinsko vtisnjenega polimera za zmanjšanje verjetnosti pojava proteinskih depozitov in okužb||Mojca Kostanjevec||Nataša Žigante
|-
| Petra Tavčar||10.05.17||Odstranjevalec škodljivih E-jev in BPA iz kupljenih pijač na osnovi kovalentno pritrjenih protiteles in aptamerov||Jan Rozman||Anja Herceg
|-
| Marjeta Horvat||17.05.17||FeO nanodelci za učinkovitejše odpravljanje zobnega kariesa||Barbara Dušak||Mirjam Kmetič
|-
| Danijela Jošić||17.05.17||Gensko spremenjen Lactobacillus s spermicidnim in protimikrobnim delovanjem za dolgotrajno zaščito pred zanositvijo in spolno prenosljivimi boleznimi.||Mateja Cigoj||Mojca Kostanjevec
|-
| Tina Kuhar||17.05.17||Cigareti z gensko spremenjenim tobakom in izboljšanim filtrom za lažje odvajanje od kajenja||Toni Nagode||Jan Rozman
|-
| Nika Strašek||24.05.17||Uporabniku dostopen diagnostični test za zaznavo okužbe s boreliozo in klopnim meningitisom||Tim Božič||Barbara Dušak
|-
| Eva Vidak||24.05.17||Biosenzor za CO na osnovi transkripcijskega aktivatorja CooA iz bakterije ''Rhodospirillum rubrum''||Darja Božič||Mateja Cigoj
|-
| Alja Zgonc||24.05.17||Senzor za zaznavanje miRNA v urinu za diagnozo nevrodegenerativnih bolezni||Petra Tavčar||Toni Nagode
|-
| Zala Gluhić||31.05.17||Varnejše uživanje alkohola z uporabo odorant-binding proteina LUSH.||Marjeta Horvat||Tim Božič
|-
| Judita Avbelj||31.05.17||Nanonaprava iz bioloških delov, ki z absorbcijo in razgradnjo delcev iz zraka preprečuje različne alergijske reakcije.||Danijela Jošić||Darja Božič
|-
| Vid Jazbec||31.05.17||Gensko spremenjene čebele odporne na insekticide.||Tina Kuhar||Petra Tavčar
|-
| Vita Vidmar||31.05.17||'Hot start' transglutaminaza za popravljanje razcepljenih lasnih konic||Nika Strašek||Marjeta Horvat
|-
| Luka Kavčič||31.05.17||Senzor za zaznavo natančne glikozilacije proteinov (npr. eritropoetina)||Eva Vidak||Danijela Jošić
|-
| Mojca Juteršek||31.05.17||Senzor za zaznavo natančne glikozilacije proteinov (npr. eritropoetina)||Alja Zgonc||Tina Kuhar
|-
| Bojana Lazović||07.06.17||Poenostavljen pristop k razvoju novih senzorjev FRET (Förster resonance energy transfer)||Zala Gluhić||Nika Strašek
|-
| Eva Korošec||07.06.17||Tattoo biosenzor za raven alkohola v krvi na osnovi alkohol oksidaze, povezan s pametnim telefonom, računalnikom ali avtomobilskimi ključi.||Judita Avbelj||Eva Vidak
|-
| Tajda Buh||07.06.17||opis teme ali naslov||Vid Jazbec||Alja Zgonc
|}

==Naloga==
'''Vaša naloga je: '''
Študent pripravi projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.
Predlagana struktura:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo od 2000 do 2500 besed (vključno z literaturo). Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte '''dva dneva pred datumom predstavitve''', ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Vsak recenzent predlaga izboljšavo projekta.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik dva dneva pred predstavitvijo do polnoči.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

2017-bionano-seminar

2017-05-15T21:36:06Z

Eva Vidak:

= Bionanotehnologija- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent/ka 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent/ka 2'''
|-
| Peter Prezelj||22.03.17||Spreminjanje vsebnosti in karakteristik hranilnih snovi v živilih in pripravljeni hrani z uporabo kovalentnih modifikacij, prečnega povezovanja in encimov||Vita Vidmar||Zala Gluhić
|-
| Boštjan Petrič||22.03.17||Reverzibilno tiskanje s peptidnimi /proteinskimi pigmenti, kovalentno vezanimi na celulozo prek amidne vezi||Luka Kavčič||Judita Avbelj
|-
| Ema Guštin||22.03.17||Nanoprevleka hrustanca za preprečitev osteoartritisa||Mojca Juteršek||Vid Jazbec
|-
| Tjaša Lapanja||29.03.17||Modificirana CHO celična linija prilagojena za ultrazvočno indukcijo izražanja proteinov v industrijskih bioreaktorjih||Bojana Lazović||Vita Vidmar
|-
| Maruša Prolič Kalinšek||29.03.17||Senzor za detekcijo Legionella bakterij na osnovi polidiacetilena||Eva Korošec||Luka Kavčič
|-
| Domen Klofutar||29.03.17||Novi načini prenosa informacij z izrabo kapacitet DNA: Prenos šifrirne in/ali steganografske DNA v ustni votlini preko naravno prisotnih gostiteljev Lactobacillus Casei in Veillonella Parvula||Tajda Buh||Mojca Juteršek
|-
| Simon Bolta||05.04.17||Z vezavo zunajceličnega kalcija do zmanjšanja bolečine v mišicah po treningu||Peter Prezelj||Bojana Lazović
|-
| Tomaž Rozmarič||05.04.17||Korekcija vida s pomočjo nano robotov||Boštjan Petrič||Eva Korošec
|-
| Urša Kapš||05.04.17||Nanodelci za strjevanje krvi||Ema Guštin||Tajda Buh
|-
| Julija Mazej||12.04.17||kapsule za vzpostavitev ravnovesja crevesne mikrobiote||Tjaša Lapanja||Peter Prezelj
|-
| Nataša Žigante||12.04.17||opis teme ali naslov||Maruša Prolič Kalinšek||Boštjan Petrič
|-
| Anja Herceg||12.04.17||Boj proti koroziji s pomočjo superhidrofobnega sol-gela z enkapsuliranimi zaščitnimi bakterijami||Domen Klofutar||Ema Guštin
|-
| Mirjam Kmetič||19.04.17||Nanoprotistrup na osnovi nanodelcev, ki vsebujejo inhibitor varespladib||Simon Bolta||Tjaša Lapanja
|-
| Mojca Kostanjevec||19.04.17||Nanodiski - dostavni sistem za tarčno ciljanje EpCAM na površini rakavih epitelijskih celic||Tomaž Rozmarič||Maruša Prolič Kalinšek
|-
| Jan Rozman||19.04.17||Sinteza nealergenega rekombinantnega kazeina za jedilno / biorazgradljivo embalažo||Urša Kapš||Domen Klofutar
|-
| Barbara Dušak||03.05.17||Izboljšava gojenja mesa n vitro||Julija Mazej||Simon Bolta
|-
| Mateja Cigoj||03.05.17||Probiotik z dodatkom nanodelcev za zdravljenje celiakije. Uporaba probiotičnih bakterij, ki izločajo peptidaze za razgradnjo glutena do neimunogenih fragmentov, in nanodelcev, ki vsebujejo modificirane naravne glutenske peptide specifične za HLA-DQ2 receptorje na limfocitih T, ki zavrejo Th1 posredovan avtoimunski odziv na gluten.||Nataša Žigante||Tomaž Rozmarič
|-
| Toni Nagode||03.05.17||Reverzibilno pritrjevanje predmetov na osnovi nanoslojev iz biotina in avidina||Anja Herceg||Urša Kapš
|-
| Tim Božič||10.05.17||Optimizacija pigmentov povodnega konja za proizvodnjo sončne kreme||Mirjam Kmetič||Julija Mazej
|-
| Darja Božič||10.05.17||Kontaktne leče iz proteinsko vtisnjenega polimera za zmanjšanje verjetnosti pojava proteinskih depozitov in okužb||Mojca Kostanjevec||Nataša Žigante
|-
| Petra Tavčar||10.05.17||Odstranjevalec škodljivih E-jev in BPA iz kupljenih pijač na osnovi kovalentno pritrjenih protiteles in aptamerov||Jan Rozman||Anja Herceg
|-
| Marjeta Horvat||17.05.17||FeO nanodelci za učinkovitejše odpravljanje zobnega kariesa||Barbara Dušak||Mirjam Kmetič
|-
| Danijela Jošić||17.05.17||Gensko spremenjen Lactobacillus s spermicidnim in protimikrobnim delovanjem za dolgotrajno zaščito pred zanositvijo in spolno prenosljivimi boleznimi.||Mateja Cigoj||Mojca Kostanjevec
|-
| Tina Kuhar||17.05.17||Gensko spremenjen tobak, ki pomaga pri odvanjanju od kajenja||Toni Nagode||Jan Rozman
|-
| Nika Strašek||24.05.17||Uporabniku dostopen diagnostični test za zaznavo okužbe s boreliozo in klopnim meningitisom||Tim Božič||Barbara Dušak
|-
| Eva Vidak||24.05.17||Biosenzor za CO na osnovi transkripcijskega faktorja CooA iz bakterije ''Rhodospirillum rubrum''||Darja Božič||Mateja Cigoj
|-
| Alja Zgonc||24.05.17||Senzor za zaznavanje miRNA v urinu za diagnozo nevrodegenerativnih bolezni||Petra Tavčar||Toni Nagode
|-
| Zala Gluhić||31.05.17||Varnejše uživanje alkohola z uporabo odorant-binding proteina LUSH.||Marjeta Horvat||Tim Božič
|-
| Judita Avbelj||31.05.17||Nanonaprava iz bioloških delov, ki z absorbcijo in razgradnjo delcev iz zraka preprečuje različne alergijske reakcije.||Danijela Jošić||Darja Božič
|-
| Vid Jazbec||31.05.17||Gensko spremenjene čebele odporne na insekticide.||Tina Kuhar||Petra Tavčar
|-
| Vita Vidmar||31.05.17||'Hot start' transglutaminaza za popravljanje razcepljenih lasnih konic||Nika Strašek||Marjeta Horvat
|-
| Luka Kavčič||31.05.17||Senzor za zaznavo natančne glikozilacije proteinov (npr. eritropoetina)||Eva Vidak||Danijela Jošić
|-
| Mojca Juteršek||31.05.17||Senzor za zaznavo natančne glikozilacije proteinov (npr. eritropoetina)||Alja Zgonc||Tina Kuhar
|-
| Bojana Lazović||07.06.17||Poenostavljen pristop k razvoju novih senzorjev FRET (Förster resonance energy transfer)||Zala Gluhić||Nika Strašek
|-
| Eva Korošec||07.06.17||Tattoo biosenzor za raven alkohola v krvi na osnovi alkohol oksidaze, povezan s pametnim telefonom, računalnikom ali avtomobilskimi ključi.||Judita Avbelj||Eva Vidak
|-
| Tajda Buh||07.06.17||opis teme ali naslov||Vid Jazbec||Alja Zgonc
|}

==Naloga==
'''Vaša naloga je: '''
Študent pripravi projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.
Predlagana struktura:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo od 2000 do 2500 besed (vključno z literaturo). Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte '''dva dneva pred datumom predstavitve''', ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Vsak recenzent predlaga izboljšavo projekta.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik dva dneva pred predstavitvijo do polnoči.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

2017-bionano-seminar

2017-03-15T20:05:48Z

Eva Vidak:

= Bionanotehnologija- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
! Ime in priimek !! Datum predstavitve !! Tema seminarja
|-
! Peter Prezelj
| 22.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Boštjan Petrič
| 22.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Ema Guštin
| 22.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Tjaša Lapanja
| 29.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Maruša Prolič Kalinšek
| 29.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Domen Klofutar
| 29.03.17 || Novi načini prenosa informacij z izrabo kapacitet DNA: Prenos šifrirne in/ali steganografske DNA v ustni votlini preko naravno prisotnih gostiteljev Lactobacillus Casei in Veillonella Parvula
|-
! Simon Bolta
| 05.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Tomaž Rozmarič
| 05.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Urša Kapš
| 05.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Julija Mazej
| 12.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Nataša Žigante
| 12.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Anja Herceg
| 12.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Mirjam Kmetič
| 19.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Mojca Kostanjevec
| 19.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Jan Rozman
| 19.04.17 || Sinteza nealergenega rekombinantnega kazeina za jedilno / biorazgradljivo embalažo
|-
! Barbara Dušak
| 03.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Mateja Cigoj
| 03.05.17 || Probiotik z dodatkom nanodelcev za zdravljenje celiakije. Uporaba probiotičnih bakterij, ki izločajo peptidaze za razgradnjo glutena do neimunogenih fragmentov, in nanodelcev, ki vsebujejo modificirane naravne glutenske peptide specifične za HLA-DQ2 receptorje na limfocitih T, ki zavrejo Th1 posredovan avtoimunski odziv na gluten.
|-
! Toni Nagode
| 03.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Tim Božič
| 10.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Darja Božič
| 10.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Petra Tavčar
| 10.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Marjeta Horvat
| 17.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Danijela Jošić
| 17.05.17 || Gensko spremenjen Lactobacillus, ki izloča nanodelce z spermicidnim in protimikrobnim delovanjem za dolgotrajno zaščito pred zanositvijo in spolno prenosljivimi boleznimi.
|-
! Tina Kuhar
| 17.05.17 || Flaška za vodo z bionanosenzorjem za takojšnjo zaznavo kvalitete oziroma pitnosti nalite vode.
|-
! Nika Strašek
| 24.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Eva Vidak
| 24.05.17 || Biosenzor za CO na osnovi transkripcijskega faktorja CooA iz bakterije ''Rhodospirillum rubrum''
|-
! Alja Zgonc
| 24.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Zala Gluhić
| 31.05.17 || Varnejše uživanje alkohola z uporabo odorant-binding proteina LUSH.
|-
! Judita Avbelj
| 31.05.17 || Nanonaprava iz bioloških delov, ki z absorbcijo in razgradnjo delcev iz zraka preprečuje različne alergijske reakcije.
|-
! Vid Jazbec
| 31.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Vita Vidmar
| 07.06.17 || 'Hot start' transglutaminaza za popravljanje razcepljenih lasnih konic
|-
! Luka Kavčič
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Mojca Juteršek
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Bojana Lazović
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Eva Korošec
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Tajda Buh
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|}

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja najdete v [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

==Naloga==
'''Vaša naloga je: '''
Študent pripravi projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.
Predlagana struktura:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo od 2000 do 2500 besed (vključno z literaturo). Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo pripombe k projektu in postavijo po dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik en dan pred predstavitvijo do polnoči.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1WdCXoXo1zkRrVlLKIcEV1z_MyhavU-3ERBm9n2oiawI/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do predstavitve seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1ToLPn78T9W3G6Hm5hV0mLseFYghiLQMlRPGb0J5zft8/viewform mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.
Na [http://bit.ly/bntmnenja tej strani] lahko preverite, če ste svoje mnenje za določen seminar že oddali in če je bil oddan pravočasno.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii

2017-03-08T21:07:41Z

Eva Vidak:

[http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'']

V zadnjih letih postaja odpornost patogenih bakterij na antibiotike vedno bolj pereč problem, zato spada razvoj novih antibakterijskih učinkovin med pomembnejše cilje zdravstvenih organizacij. Primer antibakterijskih proteinov so tudi endolizini, ki jih proizvajajo bakteriofagi v času litičnega cikla. Ti protein cepijo točno določene vezi v peptidoglikanih, ki tvorijo celično steno bakterij. Trenutno je njihova uporabnost omejena na po Gramu pozitivne bakterije, saj pri le-teh delujejo kot eksolizini in povzročijo lizo bakterije, saj napadejo izpostavljeni peptidoglikanski sloj. Pri po Gramu negativnih bakterijah pa peptidoglikanski sloj ni izpostavljen zunanjemu okolju, zato naravni endolizini ne morejo povzročiti lize celice. Prednost endolizinov pred klasičnimi antibiotiki je tudi v tem, da gre za visoko specifične antibakterijske encime, ki ne poškodujejo bakterij, ki so del človeške mikrobiote. Zaradi tega je pomembno, da razvijemo proizvodni sistem, ki bo omogočal poceni proizvodnjo rekombinantnih endolizinov, ki bodo hkrati ustrezali vsem varnostnim predpisom. V ta namen so raziskovalci iz Velike Britanije razvili transgene linije mikroalge ''Chlamydomonas reinhardtii'', ki v kloroplastih izražajo endolizina Pal in Cpl-1. Za izražanje v kloroplastih so se odločili, ker njihovo okolje posnema bakterijsko okolje v katerem se naravno izražajo endolizini s to razliko, da v kloroplastih ni elementov celične stene bakterij, ki jo napadajo endolizini.

== Priprava brezmarkerskih transgenih linij ''C. reinhardtii'' ==

V kloroplastno DNA so vnesli gena za endolizina Pal in Cpl-1, ki delujeta antibakterijsko proti patogeni bakteriji ''Streptococcus pneumoniae''. Oba gena so sintetizirali ''de novo'', pri čemer so predhodno optimizirali kodon za izražanje v kloroplastih izbrane mikroalge. Za lažjo detekcijo so na oba sintetična gena dodali tudi hemaglutininsko (HA) oznako. Gena so vnesli v dva različna vektorja, ki omogočata izražanje v kloroplastih pod kontrolo dveh različnih promotorjev. Oba vektorja omogočata integracijo ekspresijske kasete na nevtralno mesto v kloroplastnem genomu, ki se nahaja navzdol od gena ''psbH'', ki zapisuje za esencialno komponento fotosistema II. Transformirali so linijo ''C. reinhardtii'', ki ima okvarjen gen ''psbH'', in v primeru uspešne integracije v genom so to zaznali preko ponovne vzpostavitve fototrofije. Pravilno vstavitev v genom in homoplastičnost so potrdili s PCR in s prenosom po Southernu.

== Akumulacija Pal in Cpl-1 v kloroplastih ==

Prisotnost rekombinantnih proteinov v celičnih ekstraktih so potrdili s prenosom western, pri čemer so uporabili protitelesa proti HA-oznaki. Ugotovili so, da sta oba endolizina stabilna, se uspešno izražata in da njuno izražanje nima negativnega vpliva na rast C. reinhardtii. Poleg tega so primerjali tudi vpliv promotorjev na raven izražanja obeh endolizinov. Za nadaljnjo analizo so izbrali transgenske linije, ki so izražale endolizina pod vplivom promotorja ''psaA-1''/5'-UTR, saj so pri teh linijah zaznali višji nivo izražanja.

== Izolacija in kvantifikacija Pal in Cpl-1 ==

Za izolacijo endolizinov iz celičnih ekstraktov so najprej uporabili ultracentifugiranje in nato so nadaljnjo izolacijo izvedli s kromatografijo za katero so uporabili šibek anionski izmenjevalec (DEAE celuloza) in holin kot eluent. Tako so očistili oba endolizina in nato so optimizirali še celoten proces izražanja, da so dosegli čim boljši donos. Največji donos so dosegli z izražanjem pod miksotrofnimi pogoji v zaključku logaritmske faze rasti. Kvantifikacijo so nato izvedli s prenosom western in ugotovili, da oba endolizina predstavljata približno 1 % vseh topnih proteinov kar ustreza približno 1,3 mg obeh proteinov na gram suhe mase alg.

== Antibakterijska aktivnost Pal in Cpl-1 ==

Antibakterijsko aktivnost so analizirali z merjenjem optične gostote suspenzije celic in z določanjem kolonijskih enot ''S. pneumoniae''. Oba endolizina sta povzročila lizo bakterijskih celic, kar so zaznali kot znižanje optične gostote pri 595 nm (OD595). Učinkovitost endolizinov so preverili z različnimi serotipi ''S. pneumoniae'' in tako ugotovili, da sta učinkovita tudi proti serotipom, ki so odporni na določene antibiotike. Pokazali so tudi, da sta endolizina visoko specifična, saj nista vplivala na druge vrste bakterij.

[[MBT seminarji 2017]]

Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii

2017-03-07T18:52:19Z

Eva Vidak:

[http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'']

V zadnjih letih postaja odpornost patogenih bakterij na antibiotike vedno bolj pereč problem, zato spada razvoj novih antibakterijskih učinkovin med pomembnejše cilje zdravstvenih organizacij. Primer antibakterijskih proteinov so tudi endolizini, ki jih proizvajajo bakteriofagi v času litičnega cikla. Ti protein cepijo točno določene vezi v peptidoglikanih, ki tvorijo celično steno bakterij. Trenutno je njihova uporabnost omejena na po Gramu pozitivne bakterije, saj pri le-teh delujejo kot eksolizini in povzročijo lizo bakterije, saj napadejo izpostavljeni peptidoglikanski sloj. Pri po Gramu negativnih bakterijah pa peptidoglikanski sloj ni izpostavljen zunanjemu okolju, zato naravni endolizini ne morejo povzročiti lize celice. Prednost endolizinov pred klasičnimi antibiotiki je tudi v tem, da gre za visoko specifične antibakterijske encime, ki ne poškodujejo bakterij, ki so del človeške mikrobiote. Zaradi tega je pomembno, da razvijemo proizvodni sistem, ki bo omogočal poceni proizvodnjo rekombinantnih endolizinov, ki bodo hkrati ustrezali vsem varnostnim predpisom. V ta namen so raziskovalci iz Velike Britanije razvili transgene linije mikroalge ''Chlamydomonas reinhardtii'', ki v kloroplastih izražajo endolizina Pal in Cpl-1. Za izražanje v kloroplastih so se odločili, ker njihovo okolje posnema bakterijsko okolje v katerem se naravno izražajo endolizini s to razliko, da v kloroplastih ni elementov celične stene bakterij, ki jo napadajo endolizini.

== Priprava brezmarkerskih transgenih linij ''C. reinhardtii'' ==

V kloroplastno DNA so vnesli gena za endolizina Pal in Cpl-1, ki delujeta antibakterijsko proti patogeni bakteriji ''Streptococcus pneumoniae''. Oba gena so sintetizirali de novo, pri čemer so predhodno optimizirali kodon za izražanje v kloroplastih izbrane mikroalge. Za lažjo detekcijo so na oba sintetična gena dodali tudi hemaglutininsko (HA) oznako. Gena so vnesli v dva različna vektorja, ki omogočata izražanje v kloroplastih pod kontrolo dveh različnih promotorjev. Oba vektorja omogočata integracijo ekspresijske kasete na nevtralno mesto v kloroplastnem genomu, ki se nahaja navzdol od gena ''psbH'', ki zapisuje za esencialno komponento fotosistema II. Transformirali so linijo ''C. reinhardtii'', ki ima okvarjen gen ''psbH'', in v primeru uspešne integracije v genom so to zaznali preko ponovne vzpostavitve fototrofije. Pravilno vstavitev v genom in homoplastičnost so potrdili s PCR in s prenosom po Southernu.

== Akumulacija Pal in Cpl-1 v kloroplastih ==

Prisotnost rekombinantnih proteinov v celičnih ekstraktih so potrdili s prenosom western, pri čemer so uporabili protitelesa proti HA-oznaki. Ugotovili so, da sta oba endolizina stabilna, se uspešno izražata in da njuno izražanje nima negativnega vpliva na rast C. reinhardtii. Poleg tega so primerjali tudi vpliv promotorjev na raven izražanja obeh endolizinov. Za nadaljnjo analizo so izbrali transgenske linije, ki so izražale endolizina pod vplivom promotorja ''psaA-1''/5'-UTR, saj so pri teh linijah zaznali višji nivo izražanja.

== Izolacija in kvantifikacija Pal in Cpl-1 ==

Za izolacijo endolizinov iz celičnih ekstraktov so najprej uporabili ultracentifugiranje in nato so nadaljnjo izolacijo izvedli s kromatografijo za katero so uporabili šibek anionski izmenjevalec (DEAE celuloza) in holin kot eluent. Tako so očistili oba endolizina in nato so optimizirali še celoten proces izražanja, da so dosegli čim boljši donos. Največji donos so dosegli z izražanjem pod miksotrofnimi pogoji v zaključku logaritmske faze rasti. Kvantifikacijo so nato izvedli s prenosom western in ugotovili, da oba endolizina predstavljata približno 1 % vseh topnih proteinov kar ustreza približno 1,3 mg obeh proteinov na gram suhe mase alg.

== Antibakterijska aktivnost Pal in Cpl-1 ==

Antibakterijsko aktivnost so analizirali z merjenjem optične gostote suspenzije celic in z določanjem kolonijskih enot ''S. pneumoniae''. Oba endolizina sta povzročila lizo bakterijskih celic, kar so zaznali kot znižanje optične gostote pri 595 nm (OD595). Učinkovitost endolizinov so preverili z različnimi serotipi ''S. pneumoniae'' in tako ugotovili, da sta učinkovita tudi proti serotipom, ki so odporni na določene antibiotike. Pokazali so tudi, da sta endolizina visoko specifična, saj nista vplivala na druge vrste bakterij.

[[MBT seminarji 2017]]

Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii

2017-03-07T18:48:06Z

Eva Vidak:

[http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'']

V zadnjih letih postaja odpornost patogenih bakterij na antibiotike vedno bolj pereč problem, zato spada razvoj novih antibakterijskih učinkovin med pomembnejše cilje zdravstvenih organizacij. Primer antibakterijskih proteinov so tudi endolizini, ki jih proizvajajo bakteriofagi v času litičnega cikla. Ti protein cepijo točno določene vezi v peptidoglikanih, ki tvorijo celično steno bakterij. Trenutno je njihova uporabnost omejena na Gram pozitivne bakterije, saj pri le-teh delujejo kot eksolizini in povzročijo lizo bakterije, saj napadejo izpostavljeni peptidoglikanski sloj. Pri Gram negativnih bakterijah pa peptidoglikanski sloj ni izpostavljen zunanjemu okolju, zato naravni endolizini ne morejo povzročiti lize celice. Prednost endolizinov pred klasičnimi antibiotiki je tudi v tem, da gre za visoko specifične antibakterijske encime, ki ne poškodujejo bakterij, ki so del človeške mikrobiote. Zaradi tega je pomembno, da razvijemo proizvodni sistem, ki bo omogočal poceni proizvodnjo rekombinantnih endolizinov, ki bodo hkrati ustrezali vsem varnostnim predpisom. V ta namen so raziskovalci iz Velike Britanije razvili transgene linije mikroalge ''Chlamydomonas reinhardtii'', ki v kloroplastih izražajo endolizina Pal in Cpl-1. Za izražanje v kloroplastih so se odločili, ker njihovo okolje posnema bakterijsko okolje v katerem se naravno izražajo endolizini s to razliko, da v kloroplastih ni elementov celične stene bakterij, ki jo napadajo endolizini.

== Priprava brezmarkerskih transgenih linij ''C. reinhardtii'' ==

V kloroplastno DNA so vnesli gena za endolizina Pal in Cpl-1, ki delujeta antibakterijsko proti patogeni bakteriji ''Streptococcus pneumoniae''. Oba gena so sintetizirali de novo, pri čemer so predhodno optimizirali kodon za izražanje v kloroplastih izbrane mikroalge. Za lažjo detekcijo so na oba sintetična gena dodali tudi hemaglutininsko (HA) oznako. Gena so vnesli v dva različna vektorja, ki omogočata izražanje v kloroplastih pod kontrolo dveh različnih promotorjev. Oba vektorja omogočata integracijo ekspresijske kasete na nevtralno mesto v kloroplastnem genomu, ki se nahaja navzdol od gena ''psbH'', ki zapisuje za esencialno komponento fotosistema II. Transformirali so linijo ''C. reinhardtii'', ki ima okvarjen gen ''psbH'', in v primeru uspešne integracije v genom so to zaznali preko ponovne vzpostavitve fototrofije. Pravilno vstavitev v genom in homoplastičnost so potrdili s PCR in s prenosom po Southernu.

== Akumulacija Pal in Cpl-1 v kloroplastih ==

Prisotnost rekombinantnih proteinov v celičnih ekstraktih so potrdili s prenosom western, pri čemer so uporabili protitelesa proti HA-oznaki. Ugotovili so, da sta oba endolizina stabilna, se uspešno izražata in da njuno izražanje nima negativnega vpliva na rast C. reinhardtii. Poleg tega so primerjali tudi vpliv promotorjev na raven izražanja obeh endolizinov. Za nadaljnjo analizo so izbrali transgenske linije, ki so izražale endolizina pod vplivom promotorja ''psaA-1''/5'-UTR, saj so pri teh linijah zaznali višji nivo izražanja.

== Izolacija in kvantifikacija Pal in Cpl-1 ==

Za izolacijo endolizinov iz celičnih ekstraktov so najprej uporabili ultracentifugiranje in nato so nadaljnjo izolacijo izvedli s kromatografijo za katero so uporabili šibek anionski izmenjevalec (DEAE celuloza) in holin kot eluent. Tako so očistili oba endolizina in nato so optimizirali še celoten proces izražanja, da so dosegli čim boljši donos. Največji donos so dosegli z izražanjem pod miksotrofnimi pogoji v zaključku logaritmske faze rasti. Kvantifikacijo so nato izvedli s prenosom western in ugotovili, da oba endolizina predstavljata približno 1 % vseh topnih proteinov kar ustreza približno 1,3 mg obeh proteinov na gram suhe mase alg.

== Antibakterijska aktivnost Pal in Cpl-1 ==

Antibakterijsko aktivnost so analizirali z merjenjem optične gostote suspenzije celic in z določanjem kolonijskih enot ''S. pneumoniae''. Oba endolizina sta povzročila lizo bakterijskih celic, kar so zaznali kot znižanje optične gostote pri 595 nm (OD595). Učinkovitost endolizinov so preverili z različnimi serotipi ''S. pneumoniae'' in tako ugotovili, da sta učinkovita tudi proti serotipom, ki so odporni na določene antibiotike. Pokazali so tudi, da sta endolizina visoko specifična, saj nista vplivala na druge vrste bakterij.

[[MBT seminarji 2017]]

Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii

2017-03-07T18:47:27Z

Eva Vidak:

[http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'']

V zadnjih letih postaja odpornost patogenih bakterij na antibiotike vedno bolj pereč problem, zato spada razvoj novih antibakterijskih učinkovin med pomembnejše cilje. Primer antibakterijskih proteinov so tudi endolizini, ki jih proizvajajo bakteriofagi v času litičnega cikla. Ti protein cepijo točno določene vezi v peptidoglikanih, ki tvorijo celično steno bakterij. Trenutno je njihova uporabnost omejena na Gram pozitivne bakterije, saj pri le-teh delujejo kot eksolizini in povzročijo lizo bakterije, saj napadejo izpostavljeni peptidoglikanski sloj. Pri Gram negativnih bakterijah pa peptidoglikanski sloj ni izpostavljen zunanjemu okolju, zato naravni endolizini ne morejo povzročiti lize celice. Prednost endolizinov pred klasičnimi antibiotiki je tudi v tem, da gre za visoko specifične antibakterijske encime, ki ne poškodujejo bakterij, ki so del človeške mikrobiote. Zaradi tega je pomembno, da razvijemo proizvodni sistem, ki bo omogočal poceni proizvodnjo rekombinantnih endolizinov, ki bodo hkrati ustrezali vsem varnostnim predpisom. V ta namen so raziskovalci iz Velike Britanije razvili transgene linije mikroalge ''Chlamydomonas reinhardtii'', ki v kloroplastih izražajo endolizina Pal in Cpl-1. Za izražanje v kloroplastih so se odločili, ker njihovo okolje posnema bakterijsko okolje v katerem se naravno izražajo endolizini s to razliko, da v kloroplastih ni elementov celične stene bakterij, ki jo napadajo endolizini.

== Priprava brezmarkerskih transgenih linij ''C. reinhardtii'' ==

V kloroplastno DNA so vnesli gena za endolizina Pal in Cpl-1, ki delujeta antibakterijsko proti patogeni bakteriji ''Streptococcus pneumoniae''. Oba gena so sintetizirali de novo, pri čemer so predhodno optimizirali kodon za izražanje v kloroplastih izbrane mikroalge. Za lažjo detekcijo so na oba sintetična gena dodali tudi hemaglutininsko (HA) oznako. Gena so vnesli v dva različna vektorja, ki omogočata izražanje v kloroplastih pod kontrolo dveh različnih promotorjev. Oba vektorja omogočata integracijo ekspresijske kasete na nevtralno mesto v kloroplastnem genomu, ki se nahaja navzdol od gena ''psbH'', ki zapisuje za esencialno komponento fotosistema II. Transformirali so linijo ''C. reinhardtii'', ki ima okvarjen gen ''psbH'', in v primeru uspešne integracije v genom so to zaznali preko ponovne vzpostavitve fototrofije. Pravilno vstavitev v genom in homoplastičnost so potrdili s PCR in s prenosom po Southernu.

== Akumulacija Pal in Cpl-1 v kloroplastih ==

Prisotnost rekombinantnih proteinov v celičnih ekstraktih so potrdili s prenosom western, pri čemer so uporabili protitelesa proti HA-oznaki. Ugotovili so, da sta oba endolizina stabilna, se uspešno izražata in da njuno izražanje nima negativnega vpliva na rast C. reinhardtii. Poleg tega so primerjali tudi vpliv promotorjev na raven izražanja obeh endolizinov. Za nadaljnjo analizo so izbrali transgenske linije, ki so izražale endolizina pod vplivom promotorja ''psaA-1''/5'-UTR, saj so pri teh linijah zaznali višji nivo izražanja.

== Izolacija in kvantifikacija Pal in Cpl-1 ==

Za izolacijo endolizinov iz celičnih ekstraktov so najprej uporabili ultracentifugiranje in nato so nadaljnjo izolacijo izvedli s kromatografijo za katero so uporabili šibek anionski izmenjevalec (DEAE celuloza) in holin kot eluent. Tako so očistili oba endolizina in nato so optimizirali še celoten proces izražanja, da so dosegli čim boljši donos. Največji donos so dosegli z izražanjem pod miksotrofnimi pogoji v zaključku logaritmske faze rasti. Kvantifikacijo so nato izvedli s prenosom western in ugotovili, da oba endolizina predstavljata približno 1 % vseh topnih proteinov kar ustreza približno 1,3 mg obeh proteinov na gram suhe mase alg.

== Antibakterijska aktivnost Pal in Cpl-1 ==

Antibakterijsko aktivnost so analizirali z merjenjem optične gostote suspenzije celic in z določanjem kolonijskih enot ''S. pneumoniae''. Oba endolizina sta povzročila lizo bakterijskih celic, kar so zaznali kot znižanje optične gostote pri 595 nm (OD595). Učinkovitost endolizinov so preverili z različnimi serotipi ''S. pneumoniae'' in tako ugotovili, da sta učinkovita tudi proti serotipom, ki so odporni na določene antibiotike. Pokazali so tudi, da sta endolizina visoko specifična, saj nista vplivala na druge vrste bakterij.

[[MBT seminarji 2017]]

Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii

2017-03-05T18:19:17Z

Eva Vidak:

[http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'']

V zadnjih letih postaja odpornost patogenih bakterij na antibiotike vedno bolj pereč problem. Zaradi tega spada razvoj novih antibakterijskih učinkovin med pomembnejše cilje. Primer antibakterijskih proteinov so tudi endolizini, ki jih proizvajajo bakteriofagi v času litičnega cikla. Ti protein cepijo točno določene vezi v peptidoglikanih, ki tvorijo celično steno bakterij. Trenutno je njihova uporabnost omejena na Gram pozitivne bakterije, saj pri le-teh delujejo kot eksolizini in povzročijo lizo bakterije, saj napadejo izpostavljeni peptidoglikanski sloj. Pri Gram negativnih bakterijah pa peptidoglikanski sloj ni izpostavljen zunanjemu okolju, zato naravni endolizini ne morejo povzročiti lize celice. Prednost endolizinov pred klasičnimi antibiotiki je tudi v tem, da gre za visoko specifične antibakterijske encime, ki ne poškodujejo bakterij, ki so del človeške mikrobiote. Zaradi tega je pomembno, da razvijemo proizvodni sistem, ki bo omogočal poceni proizvodnjo rekombinantnih endolizinov, ki bodo hkrati ustrezali vsem varnostnim predpisom. V ta namen so raziskovalci iz Velike Britanije razvili transgene linije mikroalge ''Chlamydomonas reinhardtii'', ki v kloroplastih izražajo endolizina Pal in Cpl-1. Za izražanje v kloroplastih so se odločili, ker njihovo okolje posnema bakterijsko okolje v katerem se naravno izražajo endolizini s to razliko, da v kloroplastih ni elementov celične stene bakterij, ki jo napadajo endolizini.

== Priprava brezmarkerskih transgenih linij ''C. reinhardtii'' ==

V kloroplastno DNA so vnesli gena za endolizina Pal in Cpl-1, ki delujeta antibakterijsko proti patogeni bakteriji ''Streptococcus pneumoniae''. Oba gena so sintetizirali de novo, pri čemer so predhodno optimizirali kodon za izražanje v kloroplastih izbrane mikroalge. Za lažjo detekcijo so na oba sintetična gena dodali tudi hemaglutininsko (HA) oznako. Gena so vnesli v dva različna vektorja, ki omogočata izražanje v kloroplastih pod kontrolo dveh različnih promotorjev. Oba vektorja omogočata integracijo ekspresijske kasete na nevtralno mesto v kloroplastnem genomu, ki se nahaja navzdol od gena ''psbH'', ki zapisuje za esencialno komponento fotosistema II. Transformirali so linijo ''C. reinhardtii'', ki ima okvarjen gen ''psbH'', in v primeru uspešne integracije v genom so to zaznali preko ponovne vzpostavitve fototrofije. Pravilno vstavitev v genom in homoplastičnost so potrdili s PCR in s prenosom po Southernu.

== Akumulacija Pal in Cpl-1 v kloroplastih ==

Prisotnost rekombinantnih proteinov v celičnih ekstraktih so potrdili s prenosom western, pri čemer so uporabili protitelesa proti HA-oznaki. Ugotovili so, da sta oba endolizina stabilna, se uspešno izražata in da njuno izražanje nima negativnega vpliva na rast C. reinhardtii. Poleg tega so primerjali tudi vpliv promotorjev na raven izražanja obeh endolizinov. Za nadaljnjo analizo so izbrali transgenske linije, ki so izražale endolizina pod vplivom promotorja ''psaA-1''/5'-UTR, saj so pri teh linijah zaznali višji nivo izražanja.

== Izolacija in kvantifikacija Pal in Cpl-1 ==

Za izolacijo endolizinov iz celičnih ekstraktov so najprej uporabili ultracentifugiranje in nato so nadaljnjo izolacijo izvedli s kromatografijo za katero so uporabili šibek anionski izmenjevalec (DEAE celuloza) in holin kot eluent. Tako so očistili oba endolizina in nato so optimizirali še celoten proces izražanja, da so dosegli čim boljši donos. Največji donos so dosegli z izražanjem pod miksotrofnimi pogoji v zaključku logaritmske faze rasti. Kvantifikacijo so nato izvedli s prenosom western in ugotovili, da oba endolizina predstavljata približno 1 % vseh topnih proteinov kar ustreza približno 1,3 mg obeh proteinov na gram suhe mase alg.

== Antibakterijska aktivnost Pal in Cpl-1 ==

Antibakterijsko aktivnost so analizirali z merjenjem optične gostote suspenzije celic in z določanjem kolonijskih enot ''S. pneumoniae''. Oba endolizina sta povzročila lizo bakterijskih celic, kar so zaznali kot znižanje optične gostote pri 595 nm (OD595). Učinkovitost endolizinov so preverili z različnimi serotipi ''S. pneumoniae'' in tako ugotovili, da sta učinkovita tudi proti serotipom, ki so odporni na določene antibiotike. Pokazali so tudi, da sta endolizina visoko specifična, saj nista vplivala na druge vrste bakterij.

[[MBT seminarji 2017]]

MBT seminarji 2017

2017-03-05T18:18:25Z

Eva Vidak:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

[[Link title]]

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsium frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Jerneja Kocutar
# Tjaša Lapanja
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) Urška Černe

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) Okrasitev veziklov zunanje membrane z organofosforno hidrolazo in celuloza vezavno domeno za razgradnjo organofosfatnih pesticidov. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Ana Cirnski

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja iz sline transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) Mechano rastni faktor-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za inženirstvo tkiva ligamentov. Peter Prezelj, 29. marca 2017
#Domen Klofutar

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Ema Guštin <3
# Jan Rozman
# Alja Zgonc

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Tjaša Košir
# Petra Vivod
#

'''Cepiva''' (19. april) 
#Tomaž Rozmarič
#Amadeja Lapornik
#Mojca Hunski

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
#Vid Jazbec <3 <3
#Zala Gluhić
#

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola. Petra Tavčar,3. marec 2017
# Tim Božič
# Tajda Buh

'''Encimi''' (10. maj) 
#
#
#

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Inge Sotlar
#
#

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# Barbara Dušak
# Tjaša Grum
# Sara Kimm Fuhrmann

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017
#

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij) 
#
#
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii

2017-03-05T18:13:53Z

Eva Vidak: New page: [http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'...

[http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'']

V zadnjih letih postaja odpornost patogenih bakterij na antibiotike vedno bolj pereč problem. Zaradi tega spada razvoj novih antibakterijskih učinkovin med pomembnejše cilje. Primer antibakterijskih proteinov so tudi endolizini, ki jih proizvajajo bakteriofagi v času litičnega cikla. Ti protein cepijo točno določene vezi v peptidoglikanih, ki tvorijo celično steno bakterij. Trenutno je njihova uporabnost omejena na Gram pozitivne bakterije, saj pri le-teh delujejo kot eksolizini in povzročijo lizo bakterije, saj napadejo izpostavljeni peptidoglikanski sloj. Pri Gram negativnih bakterijah pa peptidoglikanski sloj ni izpostavljen zunanjemu okolju, zato naravni endolizini ne morejo povzročiti lize celice. Prednost endolizinov pred klasičnimi antibiotiki je tudi v tem, da gre za visoko specifične antibakterijske encime, ki ne poškodujejo bakterij, ki so del človeške mikrobiote. Zaradi tega je pomembno, da razvijemo proizvodni sistem, ki bo omogočal poceni proizvodnjo rekombinantnih endolizinov, ki bodo hkrati ustrezali vsem varnostnim predpisom. V ta namen so raziskovalci iz Velike Britanije razvili transgene linije mikroalge ''Chlamydomonas reinhardtii'', ki v kloroplastih izražajo endolizina Pal in Cpl-1. Za izražanje v kloroplastih so se odločili, ker njihovo okolje posnema bakterijsko okolje v katerem se naravno izražajo endolizini s to razliko, da v kloroplastih ni elementov celične stene bakterij, ki jo napadajo endolizini.

== Priprava brezmarkerskih transgenih linij ''C. reinhardtii'' ==

V kloroplastno DNA so vnesli gena za endolizina Pal in Cpl-1, ki delujeta antibakterijsko proti patogeni bakteriji ''Streptococcus pneumoniae''. Oba gena so sintetizirali de novo, pri čemer so predhodno optimizirali kodon za izražanje v kloroplastih izbrane mikroalge. Za lažjo detekcijo so na oba sintetična gena dodali tudi hemaglutininsko (HA) oznako. Gena so vnesli v dva različna vektorja, ki omogočata izražanje v kloroplastih pod kontrolo dveh različnih promotorjev. Oba vektorja omogočata integracijo ekspresijske kasete na nevtralno mesto v kloroplastnem genomu, ki se nahaja navzdol od gena ''psbH'', ki zapisuje za esencialno komponento fotosistema II. Transformirali so linijo ''C. reinhardtii'', ki ima okvarjen gen ''psbH'', in v primeru uspešne integracije v genom so to zaznali preko ponovne vzpostavitve fototrofije. Pravilno vstavitev v genom in homoplastičnost so potrdili s PCR in s prenosom po Southernu.

== Akumulacija Pal in Cpl-1 v kloroplastih ==

Prisotnost rekombinantnih proteinov v celičnih ekstraktih so potrdili s prenosom western, pri čemer so uporabili protitelesa proti HA-oznaki. Ugotovili so, da sta oba endolizina stabilna, se uspešno izražata in da njuno izražanje nima negativnega vpliva na rast C. reinhardtii. Poleg tega so primerjali tudi vpliv promotorjev na raven izražanja obeh endolizinov. Za nadaljnjo analizo so izbrali transgenske linije, ki so izražale endolizina pod vplivom promotorja ''psaA-1''/5'-UTR, saj so pri teh linijah zaznali višji nivo izražanja.

== Izolacija in kvantifikacija Pal in Cpl-1 ==

Za izolacijo endolizinov iz celičnih ekstraktov so najprej uporabili ultracentifugiranje in nato so nadaljnjo izolacijo izvedli s kromatografijo za katero so uporabili šibek anionski izmenjevalec (DEAE celuloza) in holin kot eluent. Tako so očistili oba endolizina in nato so optimizirali še celoten proces izražanja, da so dosegli čim boljši donos. Največji donos so dosegli z izražanjem pod miksotrofnimi pogoji v zaključku logaritmske faze rasti. Kvantifikacijo so nato izvedli s prenosom western in ugotovili, da oba endolizina predstavljata približno 1 % vseh topnih proteinov kar ustreza približno 1,3 mg obeh proteinov na gram suhe mase alg.

== Antibakterijska aktivnost Pal in Cpl-1 ==

Antibakterijsko aktivnost so analizirali z merjenjem optične gostote suspenzije celic in z določanjem kolonijskih enot ''S. pneumoniae''. Oba endolizina sta povzročila lizo bakterijskih celic, kar so zaznali kot znižanje optične gostote pri 595 nm (OD595). Učinkovitost endolizinov so preverili z različnimi serotipi ''S. pneumoniae'' in tako ugotovili, da sta učinkovita tudi proti serotipom, ki so odporni na določene antibiotike. Pokazali so tudi, da sta endolizina visoko specifična, saj nista vplivala na druge vrste bakterij.

MBT seminarji 2017

2017-02-27T16:07:06Z

Eva Vidak:

ASTARice – biosinteza astaksantina v rižu

2016-12-20T07:35:39Z

Eva Vidak:

[http://2016.igem.org/Team:SCAU-China# aSTARice biosynthesizes astaxanthin in rice - South China Agricultural University]

Projekt aSTARice je pripravila skupina SCAU-China, ki se je osredotočila na možnost biosinteze astaksantina v rižu. Astaksantin je naravni keto-karotenoid, ki daje značilno rdeče obarvanje nekateri mikroalgam, kozicam in lososu. Ti organizmi ne sintetizirajo astaksantina, ampak ga pridobijo s hrano. Biosinteze so sposobne le določene zelene alge (''Haematococcus pluvialis'') in rdeče kvasovke (''Phaffia'' ''rhodozyma''), zato trenutno na trgu prevladuje sintetično pridobljen astaksantin, ki ga je precej težko primerno očistiti za morebitno uporabo kot prehransko dopolnilo. Dodatno čiščenje otežuje tudi njegova topnost, saj je netopen v vodi in topen v organskih topilih, ki so večinoma neprimerna za morebitno uporabo v prehrani. S tržnega vidika je zato možnost biosinteze zelo zanimiva, saj astaksantin deluje kot antioksidant in naj bi preprečeval kardiovaskularne bolezni, okužbe s ''Helycobacter pylori'', nastanek katarakte ter izboljšal imunski sistem.

== '''Biosintetska pot''' ==

Biosintetska pot astaksantina poteka preko zeaksantina, ki ga lahko sintetizirajo nekatere višje rastline kot na primer koruza. Nadaljnja pretvorba do astaksantina pa zahteva encim β-karoten ketolazo, ki ni prisoten v teh rastlinah. Za sam projekt niso izbrali koruze ampak riž, pri katerem bi za celotno pretvorbo od piruvata do astaksantna potrebovali več kot deset različnih encimov. Na osnovi poskusov s katerimi so pripravili Zlati riž, so ugotovili, da so ključni štirje encimi. Pri tem so se osredotočili na sintezo v endospermu riža. Ključni encimi so:
*'''fitoen sintaza''' (gen ''PSY''), ki so jo pridobili iz koruze (''Zea mays''), katalizira pretvorbo geranilgeranil pirofosfata v fitoen;
*'''fitoen desaturaza''' (gen ''CrtI''), ki so jo pridobili iz bakterije ''Erwinia uredovora'', zaključi katalitični process pretvorbe fitoena v likopen;
*'''β-karoten hidroksilaza''' (gen ''BHY''), ki so jo pridobili iz zelene alge ''Haematococcus pluvialis'', katalizira pretvorbo β-karotena v zeaksantin;
*'''β-karoten ketolaza''' (gen ''BKT''), ki so jo pridobili iz zelene alge ''Chlamydomonas reinhardtii'', pa katalizira končno pretvorbo zeaksantina v astaksantin.
Poleg tega je v endospermu riža že naravno prisoten encim '''β-likopen ciklaza''' (gen ''β-LCY''), ki omogoča sintezo β-karotena, če sta prisotna tudi gena ''PSY'' in ''CrtI''. Ta encim torej katalizira vmesni korak med likopenom in β-karotenom. V endospermu riža je naravno prisoten tudi gen ''BHY'', vendar se praktično ne izraža, zato so v okviru projekta vnesli tudi gen ''BHY''.

== '''Izbira bioreaktorja''' ==

Za projekt so izbrali riž (''Oryza sativa'') kot bioreaktor, ker ima mnoge prednosti pred ostalimi višjimi rastlinami. Riž je kmetijska rastlina, ki omogoča cenovno ugodno gojenje, ima velik donos in velja za zelo varno rastlino s stališča genskega spreminjanja. Poleg tege je njegov endosperm primerna oblika biomase za shranjevanje astaksantina, saj njegovo nalaganje v semenih ne moti rasti celotne rastline. Za riž so se odločili tudi zato, ker so se pri pripravi lahko opirali na raziskave, ki jih je izvedla skupina dr. Potrykuse, ko so pripravljali riž z večjo vsebnostjo β-karotena.

== '''Priprava ustreznega vektorja''' ==

Na začetku projekta so pri vseh izbranih genih izvedli optimizacijo kodona in nato so zaporedja pripravili z direktno sintezo. Pripravljene zapise so vnesli v ustrezne ekspresijske kasete, ki omogočajo specifično izražanje le v endospermu, pri čemer so za vsak zapis uporabili drugačen tkivno specifičen promotor. Te kasete so vstavili v oba donorska vektorja (pYL332-d1 in pYL332-d2), ki so ju nato uporabili za pripravo končnega vektorja, ki je poleg vseh štirih kaset vseboval še selekcijski marker. Za sestavljanje vektorja so uporabili sistem “TransGene Stacking II”, ki temelji na uporabi akceptorskega TAC-vektorja (pYLTAC380GW) in dveh donorskih vektorjev. TAC-vektor je umetno pripravljen in transformacijsko kompetenten ter po zasnovi temelji na strukturi kromosomov. Za vnos različnih genov v ta vektor se uporablja rekombinacijski sistem Cre/loxP, pri čemer sta dva para mest ''loxP'' mutirana. Mutirana para sta prisotna na donorskih vektorjih, zaradi česar poteče ireverzibilna rekombinacija s katero se izbrana kaseta vnese v TAC-vektor. Vnos vseh štirih kaset poteče v več ciklih z alternirajočo uporabo obeh donorskih vektorjev. V vsakem cilku se vnese ena ekspresijska kaseta, ki vsebuje zapis za izbran encim pod ustreznim tkivno specifičnim promotorjem. Po vnosu vseh štirih ekspresijskih kaset so s klonirnim sistemom “Gateway” med dve ''loxP'' mesti vnesli še ekspresijsko kaseto za higromicin fosfotransferazo (gen ''HPT''), ki omogoča rezistenco na antibiotik higromicin in služi kot selekcijski marker, ter inducibilno ekspresijsko kaseto za gen ''cre''. Gen ''cre'' so vnesli pod kontrolo promotorja, ki je specifičen za prašnice, kar je pri nadaljnjem delu omogočilo izbris selekcijskega markerja. Končno obliko vektorja so imenovali pYLTAC380MF-BBPC pri čemer MF označuje, da je končna transgena rastlina “marker-free”, črke BBPC pa označujejo vse štiri ekspresijske kasete za sintezo ustreznih encimov.

=== '''Preverjanje uspešnosti kloniranja''' ===

Uspešnost priprave vektorja so preverili z restrikcijsko analizo, saj so vsako kaseto vstavili med dve restrikcijski mesti za restriktazo NotI. Tako so omogočili, da se pri restrikcijski analizi izreže celotna ekspresijska kaseta, saj se vse štiri kasete razlikujejo po velikosti. Test so opravili na vsaki stopnji priprave in tako preverili vnos vsake kasete posebej. Preko NotI restrikcijskih mest so lahko izrezali tudi ekspresijsko kaseto za higromicin fosfotransferazo in tako preverili ali so uspešno vstavili tudi selekcijski marker. Opravljeni poskusi so pokazali, da so uspešno pripravili ustrezni vektor.

== '''Priprava transgenega riža''' ==

S pripravljenim vektorjem, ki je vseboval vse zapise in selekcijski marker so z elektroporacijo transformirali sev EHA105 bakterije ''Agrobacterium tumefaciens'' in jo uporabili za okužbo riževega kalusa. Pripravili so kokulturo transformirane bakterije in riževega kalusa ter izvedli selekcijo v prisotnosti higromicina, saj so bili nanj odporni le okuženi kalusi. Z ustreznim medijem so nato povzročili diferenciacijo okuženih kalusov in gojenje nadaljevali v rastlinjaku. Dobili so prvo generacijo transgenega riža pri kateri je med tvorbo prašnikov prišlo do izbrisa selekcijskega markerja. Takrat se je začela izražati rekombinaza Cre, ki je izbrisala lastno ekspresijsko kaseto in ekspresijsko kaseto za selekcijski marker, ki sta se nahajali med mestoma ''loxP''. Po uspešni oprašitvi in tvorbi semen so dobili semena brez selekcijskega markerja, ki so jih označili kot “marker-free”.

=== Analiza transgenega riža ===

Pridobili so več linij kalusov, ki so bili odporni na higromicin, zato so opravili nadaljnjo analizo. Iz rastočih rastlin so izolirali DNA in z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) so preverili ali sta na DNA prisotna gena ''HPT'' in ''cre''. Pri pozitivnih linijah so nato s PCR analizirali še prisotnost ostalih vnešenih genov. Geni za vse encime so bili uspešno vgrajeni v genom transgenega riža, zato so preverili še raven izražanja teh genov . Izolirali so RNA iz semen transgenega riža in z reverzno transkriptazo pripravili ustrezno cDNA. Vsi štirje geni, so se izražali, vendar je bila njihova raven izražanja različna, zato so rezultate normalizirali glede na ekspresijo gena ''osActin1''.

=== HPLC-analiza vsebnosti astaksantina ===

Že sam fenotip trensgenih semen je kazal prisotnost astaksantina, saj so bila semena oranžnordeče barve, ki je značilna zanj. Dodatno so njegovo prisotnost potrdili tako, da so z metanolom pripravili ekstrakte transgenih semen in semen divjega tipa ter jih analizirali s tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti. V transgenih semenih je bil astaksantin dominanten karotenoid, medtem ko v divjem tipu ni bil prisoten.

=== Uspešnost izbrisa selekcijskega markerja ===

S PCR so analizirali kasnejše generacije aSTARice in tako preverili ali je res prišlo do izbrisa selekcijskega markerja. V primeru uspešnega izbrisa so namreč dobili le eno liso ustrezne velikosti in tako so identificirali homozigotne linije brez selekcijskega markerja. Glede na prikazane rezultate je izbris selekcijskega markerja le redko uspel, saj so večinoma dobili dve lisi, ki kažeta na heterozigotni genotip. Večinoma je torej do izbrisa prišlo le na eni aleli, medtem ko je ena alela ohranila selekcijski marker.

== '''Zaključek''' ==

Kitajska ekipa je uspešno pripravila transgeni riž, ki je v endospermu sintetiziral astaksantin in ga tam tudi shranjeval. Nadaljnje analize pa so pokazale tudi določene pomanjkljivosti, ki bi jih še lahko popravili. V kasnejših generacijah so zaznali zelo različne koncentracije astaksantina, saj je prišlo do velikih razlik v izražanju vnešenih genov. Predvsem se je precej znižala raven izražanja gena ''BHY'', kar je koreliralo z znižanjem koncentracije sintetiziranega astaksantina. Poleg tega so pokazali, da je največja pozitivna korelacija med koncentracijo astaksantina in relativno ekspresijo prisotna ravno pri genu ''BHY'', kar kaže, da gre za omejujočo stopnjo biosinteze. V primeru nadaljnjih raziskav bi morali izboljšati ekspresijo gena ''BHY'' in čim bolj standardizirati koncentracijo sintetiziranega astaksantina. Hkrati bi bilo dobro tudi izboljšati učinkovitost izbrisa selekcijskega markerja, saj prikazani rezultati kažejo, da so večinoma dobili heterozigotni genotip. Kljub določenim pomanjkljivostim je ekipa na tekmovanju zasedla skupno 3. mesto v kategoriji dodiplomskih študentov.

==''' Viri''' ==

*Team:SCAU-China. http://2016.igem.org/Team:SCAU-China
*I. Higuera-Ciapara, L. Felix-Vanezuela, F. M. Goycoolea. Astaxanthin: a review of its chemistry and applications. Crit Rev Food Sci Nutr. 2006, 42(2), 185-196. http://dx.doi.org/10.1080/10408690590957188

[[Seminarji SB 2016/17]]

ASTARice – biosinteza astaksantina v rižu

2016-12-19T21:37:38Z

Eva Vidak:

[http://2016.igem.org/Team:SCAU-China# aSTARice biosynthesizes astaxanthin in rice - South China Agricultural University]

Projekt aSTARice je pripravila skupina SCAU-China, ki se je osredotočila na možnost biosinteze astaksantina v rižu. Astaksantin je naravni keto-kartenoid, ki daje značilno rdeče obarvanje nekateri mikroalgam, kozicam in lososu. Ti organizmi ne sintetizirajo astaksantina, ampak ga pridobijo s hrano. Biosinteze so sposobne le določene zelene alge (''Haematococcus pluvialis'') in rdeče kvasovke (''Phaffia'' ''rhodozyma''), zato trenutno na trgu prevladuje sintetično pridobljen astaksantin, ki ga je precej težko primerno očistiti za morebitno uporabo kot prehransko dopolnilo. Dodatno čiščenje otežuje tudi njegova topnost, saj je netopen v vodi in topen v organskih topilih, ki so večinoma neprimerna za morebitno uporabo v prehrani. S tržnega vidika je zato možnost biosinteze zelo zanimiva, saj astaksantin deluje kot antioksidant in naj bi preprečeval kardiovaskularne bolezni, okužbe s ''Helycobacter pylori'', nastanek katarakte ter izboljšal imunski sistem.

== '''Biosintetska pot''' ==

Biosintetska pot astaksantina poteka preko zeaksantina, ki ga lahko sintetizirajo nekatere višje rastline kot na primer koruza. Nadaljnja pretvorba do astaksantina pa zahteva encim β-karoten ketolazo, ki ni prisoten v teh rastlinah. Za sam projekt niso izbrali koruze ampak riž, pri katerem bi za celotno pretvorbo od piruvata do astaksantna potrebovali več kot deset različnih encimov. Na osnovi poskusov s katerimi so pripravili Zlati riž, so ugotovili, da so ključni štirje encimi. Pri tem so se osredotočili na sintezo v endospermu riža. Ključni encimi so:
*'''fitoen sintaza''' (gen ''PSY''), ki so jo pridobili iz koruze (''Zea mays''), katalizira pretvorbo geranilgeranil pirofosfata v fitoen;
*'''fitoen desaturaza''' (gen ''CrtI''), ki so jo pridobili iz bakterije ''Erwinia uredovora'', zaključi katalitični process pretvorbe fitoena v likopen;
*'''β-karoten hidroksilaza''' (gen ''BHY''), ki so jo pridobili iz zelene alge ''Haematococcus pluvialis'', katalizira pretvorbo β-karotena v zeaksantin;
*'''β-karoten ketolaza''' (gen ''BKT''), ki so jo pridobili iz zelene alge ''Chlamydomonas reinhardtii'', pa katalizira končno pretvorbo zeaksantina v astaksantin.
Poleg tega je v endospermu riža že naravno prisoten encim '''β-likopen ciklaza''' (gen ''β-LCY''), ki omogoča sintezo β-karotena, če sta prisotna tudi gena ''PSY'' in ''CrtI''. Ta encim torej katalizira vmesni korak med likopenom in β-karotenom. V endospermu riža je naravno prisoten tudi gen ''BHY'', vendar se praktično ne izraža, zato so v okviru projekta vnesli tudi gen ''BHY''.

== '''Izbira bioreaktorja''' ==

Za projekt so izbrali riž (''Oryza sativa'') kot bioreaktor, ker ima mnoge prednosti pred ostalimi višjimi rastlinami. Riž je kmetijska rastlina, ki omogoča cenovno ugodno gojenje, ima velik donos in velja za zelo varno rastlino s stališča genskega spreminjanja. Poleg tege je njegov endosperm primerna oblika biomase za shranjevanje astaksantina, saj njegovo nalaganje v semenih ne moti rasti celotne rastline. Za riž so se odločili tudi zato, ker so se pri pripravi lahko opirali na raziskave, ki jih je izvedla skupina dr. Potrykuse, ko so pripravljali riž z večjo vsebnostjo β-karotena.

== '''Priprava ustreznega vektorja''' ==

Na začetku projekta so pri vseh izbranih genih izvedli optimizacijo kodona in nato so zaporedja pripravili z direktno sintezo. Pripravljene zapise so vnesli v ustrezne ekspresijske kasete, ki omogočajo specifično izražanje le v endospermu, pri čemer so za vsak zapis uporabili drugačen tkivno specifičen promotor. Te kasete so vstavili v oba donorska vektorja (pYL332-d1 in pYL332-d2), ki so ju nato uporabili za pripravo končnega vektorja, ki je poleg vseh štirih kaset vseboval še selekcijski marker. Za sestavljanje vektorja so uporabili sistem “TransGene Stacking II”, ki temelji na uporabi akceptorskega TAC-vektorja (pYLTAC380GW) in dveh donorskih vektorjev. TAC-vektor je umetno pripravljen in transformacijsko kompetenten ter po zasnovi temelji na strukturi kromosomov. Za vnos različnih genov v ta vektor se uporablja rekombinacijski sistem Cre/loxP, pri čemer sta dva para mest ''loxP'' mutirana. Mutirana para sta prisotna na donorskih vektorjih, zaradi česar poteče ireverzibilna rekombinacija s katero se izbrana kaseta vnese v TAC-vektor. Vnos vseh štirih kaset poteče v več ciklih z alternirajočo uporabo obeh donorskih vektorjev. V vsakem cilku se vnese ena ekspresijska kaseta, ki vsebuje zapis za izbran encim pod ustreznim tkivno specifičnim promotorjem. Po vnosu vseh štirih ekspresijskih kaset so s klonirnim sistemom “Gateway” med dve ''loxP'' mesti vnesli še ekspresijsko kaseto za higromicin fosfotransferazo (gen ''HPT''), ki omogoča rezistenco na antibiotik higromicin in služi kot selekcijski marker, ter inducibilno ekspresijsko kaseto za gen ''cre''. Gen ''cre'' so vnesli pod kontrolo promotorja, ki je specifičen za prašnice, kar je pri nadaljnjem delu omogočilo izbris selekcijskega markerja. Končno obliko vektorja so imenovali pYLTAC380MF-BBPC pri čemer MF označuje, da je končna transgena rastlina “marker-free”, črke BBPC pa označujejo vse štiri ekspresijske kasete za sintezo ustreznih encimov.

=== '''Preverjanje uspešnosti kloniranja''' ===

Uspešnost priprave vektorja so preverili z restrikcijsko analizo, saj so vsako kaseto vstavili med dve restrikcijski mesti za restriktazo NotI. Tako so omogočili, da se pri restrikcijski analizi izreže celotna ekspresijska kaseta, saj se vse štiri kasete razlikujejo po velikosti. Test so opravili na vsaki stopnji priprave in tako preverili vnos vsake kasete posebej. Preko NotI restrikcijskih mest so lahko izrezali tudi ekspresijsko kaseto za higromicin fosfotransferazo in tako preverili ali so uspešno vstavili tudi selekcijski marker. Opravljeni poskusi so pokazali, da so uspešno pripravili ustrezni vektor.

== '''Priprava transgenega riža''' ==

S pripravljenim vektorjem, ki je vseboval vse zapise in selekcijski marker so z elektroporacijo transformirali sev EHA105 bakterije ''Agrobacterium tumefaciens'' in jo uporabili za okužbo riževega kalusa. Pripravili so kokulturo transformirane bakterije in riževega kalusa ter izvedli selekcijo v prisotnosti higromicina, saj so bili nanj odporni le okuženi kalusi. Z ustreznim medijem so nato povzročili diferenciacijo okuženih kalusov in gojenje nadaljevali v rastlinjaku. Dobili so prvo generacijo transgenega riža pri kateri je med tvorbo prašnikov prišlo do izbrisa selekcijskega markerja. Takrat se je začela izražati rekombinaza Cre, ki je izbrisala lastno ekspresijsko kaseto in ekspresijsko kaseto za selekcijski marker, ki sta se nahajali med mestoma ''loxP''. Po uspešni oprašitvi in tvorbi semen so dobili semena brez selekcijskega markerja, ki so jih označili kot “marker-free”.

=== Analiza transgenega riža ===

Pridobili so več linij kalusov, ki so bili odporni na higromicin, zato so opravili nadaljnjo analizo. Iz rastočih rastlin so izolirali DNA in z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) so preverili ali sta na DNA prisotna gena ''HPT'' in ''cre''. Pri pozitivnih linijah so nato s PCR analizirali še prisotnost ostalih vnešenih genov. Geni za vse encime so bili uspešno vgrajeni v genom transgenega riža, zato so preverili še raven izražanja teh genov . Izolirali so RNA iz semen transgenega riža in z reverzno transkriptazo pripravili ustrezno cDNA. Vsi štirje geni, so se izražali, vendar je bila njihova raven izražanja različna, zato so rezultate normalizirali glede na ekspresijo gena ''osActin1''.

=== HPLC-analiza vsebnosti astaksantina ===

Že sam fenotip trensgenih semen je kazal prisotnost astaksantina, saj so bila semena oranžnordeče barve, ki je značilna zanj. Dodatno so njegovo prisotnost potrdili tako, da so z metanolom pripravili ekstrakte transgenih semen in semen divjega tipa ter jih analizirali s tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti. V transgenih semenih je bil astaksantin dominanten karotenoid, medtem ko v divjem tipu ni bil prisoten.

=== Uspešnost izbrisa selekcijskega markerja ===

S PCR so analizirali kasnejše generacije aSTARice in tako preverili ali je res prišlo do izbrisa selekcijskega markerja. V primeru uspešnega izbrisa so namreč dobili le eno liso ustrezne velikosti in tako so identificirali homozigotne linije brez selekcijskega markerja. Glede na prikazane rezultate je izbris selekcijskega markerja le redko uspel, saj so večinoma dobili dve lisi, ki kažeta na heterozigotni genotip. Večinoma je torej do izbrisa prišlo le na eni aleli, medtem ko je ena alela ohranila selekcijski marker.

== '''Zaključek''' ==

Kitajska ekipa je uspešno pripravila transgeni riž, ki je v endospermu sintetiziral astaksantin in ga tam tudi shranjeval. Nadaljnje analize pa so pokazale tudi določene pomanjkljivosti, ki bi jih še lahko popravili. V kasnejših generacijah so zaznali zelo različne koncentracije astaksantina, saj je prišlo do velikih razlik v izražanju vnešenih genov. Predvsem se je precej znižala raven izražanja gena ''BHY'', kar je koreliralo z znižanjem koncentracije sintetiziranega astaksantina. Poleg tega so pokazali, da je največja pozitivna korelacija med koncentracijo astaksantina in relativno ekspresijo prisotna ravno pri genu ''BHY'', kar kaže, da gre za omejujočo stopnjo biosinteze. V primeru nadaljnjih raziskav bi morali izboljšati ekspresijo gena ''BHY'' in čim bolj standardizirati koncentracijo sintetiziranega astaksantina. Hkrati bi bilo dobro tudi izboljšati učinkovitost izbrisa selekcijskega markerja, saj prikazani rezultati kažejo, da so večinoma dobili heterozigotni genotip. Kljub določenim pomanjkljivostim je ekipa na tekmovanju zasedla skupno 3. mesto v kategoriji dodiplomskih študentov.

==''' Viri''' ==

*Team:SCAU-China. http://2016.igem.org/Team:SCAU-China
*I. Higuera-Ciapara, L. Felix-Vanezuela, F. M. Goycoolea. Astaxanthin: a review of its chemistry and applications. Crit Rev Food Sci Nutr. 2006, 42(2), 185-196. http://dx.doi.org/10.1080/10408690590957188

[[Seminarji SB 2016/17]]

ASTARice – biosinteza astaksantina v rižu

2016-12-19T19:29:00Z

Eva Vidak:

[http://2016.igem.org/Team:SCAU-China# aSTARice biosynthesizes astaxanthin in rice - South China Agricultural University]

Projekt aSTARice je pripravila skupina SCAU-China, ki se je osredotočila na možnost biosinteze astaksantina v rižu. Astaksantin je naravni keto-kartenoid, ki daje značilno rdeče obarvanje nekateri mikroalgam, kozicam in lososu. Ti organizmi ne sintetizirajo astaksantina, ampak ga pridobijo s hrano. Biosinteze so sposobne le določene zelene alge (''Haematococcus pluvialis'') in rdeče kvasovke (''Phaffia'' ''rhodozyma''), zato trenutno na trgu prevladuje sintetično pridobljen astaksantin, ki ga je precej težko primerno očistiti za morebitno uporabo kot prehransko dopolnilo. Dodatno čiščenje otežuje tudi njegova topnost, saj je netopen v vodi in topen v organskih topilih, ki so večinoma neprimerna za morebitno uporabo v prehrani. S tržnega vidika je zato možnost biosinteze zelo zanimiva, saj astaksantin deluje kot antioksidant in naj bi preprečeval kardivaskularne bolezni, okužbe s ''Helycobacter pylori'', nastanek katarakte ter izboljšal imunski sistem.

== '''Biosintetska pot''' ==

Biosintetska pot astaksantina poteka preko zeaksantina, ki ga lahko sintetizirajo nekatere višje rastline kot na primer koruza. Nadaljnja pretvorba do astaksantina pa zahteva encim β-karoten ketolazo, ki ni prisoten v teh rastlinah. Za sam projekt niso izbrali koruze ampak riž, pri katerem bi za celotno pretvorbo od piruvata do astaksantna potrebovali več kot deset različnih encimov. Na osnovi poskusov s katerimi so pripravili Zlati riž, so ugotovili, da so ključni štirje encimi. Pri tem so se osredotočili na sintezo v endospermu riža. Ključni encimi so:
*'''fitoen sintaza''' (gen ''PSY''), ki so jo pridobili iz koruze (''Zea mays''), katalizira pretvorbo geranilgeranil pirofosfata v fitoen;
*'''fitoen desaturaza''' (gen ''CrtI''), ki so jo pridobili iz bakterije ''Erwinia uredovora'', zaključi katalitični process pretvorbe fitoena v likopen;
*'''β-karoten hidroksilaza''' (gen ''BHY''), ki so jo pridobili iz zelene alge ''Haematococcus pluvialis'', katalizira pretvorbo β-karotena v zeaksantin;
*'''β-karoten ketolaza''' (gen ''BKT''), ki so jo pridobili iz zelene alge ''Chlamydomonas reinhardtii'', pa katalizira končno pretvorbo zeaksantina v astaksantin.
Poleg tega je v endospermu riža že naravno prisoten encim '''β-likopen ciklaza''' (gen ''β-LCY''), ki omogoča sintezo β-karotena, če sta prisotna tudi gena ''PSY'' in ''CrtI''. Ta encim torej katalizira vmesni korak med likopenom in β-karotenom. V endospermu riža je naravno prisoten tudi gen ''BHY'', vendar se praktično ne izraža, zato so v okviru projekta vnesli tudi gen ''BHY''.

== '''Izbira bioreaktorja''' ==

Za projekt so izbrali riž (''Oryza sativa'') kot bioreaktor, ker ima mnoge prednosti pred ostalimi višjimi rastlinami. Riž je kmetijska rastlina, ki omogoča cenovno ugodno gojenje, ima velik donos in velja za zelo varno rastlino s stališča genskega spreminjanja. Poleg tege je njegov endosperm primerna oblika biomase za shranjevanje astaksantina, saj njegovo nalaganje v semenih ne moti rasti celotne rastline. Za riž so se odločili tudi zato, ker so se pri pripravi lahko opirali na raziskave, ki jih je izvedla skupina dr. Potrykuse, ko so pripravljali riž z večjo vsebnostjo β-karotena.

== '''Priprava ustreznega vektorja''' ==

Na začetku projekta so pri vseh izbranih genih izvedli optimizacijo kodona in nato so zaporedja pripravili z direktno sintezo. Pripravljene zapise so vnesli v ustrezne ekspresijske kasete, ki omogočajo specifično izražanje le v endospermu, pri čemer so za vsak zapis uporabili drugačen tkivno specifičen promotor. Te kasete so vstavili v oba donorska vektorja (pYL332-d1 in pYL332-d2), ki so ju nato uporabili za pripravo končnega vektorja, ki je poleg vseh štirih kaset vseboval še selekcijski marker. Za sestavljanje vektorja so uporabili sistem “TransGene Stacking II”, ki temelji na uporabi akceptorskega TAC-vektorja (pYLTAC380GW) in dveh donorskih vektorjev. TAC-vektor je umetno pripravljen in transformacijsko kompetenten ter po zasnovi temelji na strukturi kromosomov. Za vnos različnih genov v ta vektor se uporablja rekombinacijski sistem Cre/loxP, pri čemer sta dva para mest ''loxP'' mutirana. Mutirana para sta prisotna na donorskih vektorjih, zaradi česar poteče ireverzibilna rekombinacija s katero se izbrana kaseta vnese v TAC-vektor. Vnos vseh štirih kaset poteče v več ciklih z alternirajočo uporabo obeh donorskih vektorjev. V vsakem cilku se vnese ena ekspresijska kaseta, ki vsebuje zapis za izbran encim pod ustreznim tkivno specifičnim promotorjem. Po vnosu vseh štirih ekspresijskih kaset so s klonirnim sistemom “Gateway” med dve ''loxP'' mesti vnesli še ekspresijsko kaseto za higromicin fosfotransferazo (gen ''HPT''), ki omogoča rezistenco na antibiotik higromicin in služi kot selekcijski marker, ter inducibilno ekspresijsko kaseto za gen ''cre''. Gen ''cre'' so vnesli pod kontrolo promotorja, ki je specifičen za prašnice, kar je pri nadaljnjem delu omogočilo izbris selekcijskega markerja. Končno obliko vektorja so imenovali pYLTAC380MF-BBPC pri čemer MF označuje, da je končna transgena rastlina “marker-free”, črke BBPC pa označujejo vse štiri ekspresijske kasete za sintezo ustreznih encimov.

=== '''Preverjanje uspešnosti kloniranja''' ===

Uspešnost priprave vektorja so preverili z restrikcijsko analizo, saj so vsako kaseto vstavili med dve restrikcijski mesti za restriktazo NotI. Tako so omogočili, da se pri restrikcijski analizi izreže celotna ekspresijska kaseta, saj se vse štiri kasete razlikujejo po velikosti. Test so opravili na vsaki stopnji priprave in tako preverili vnos vsake kasete posebej. Preko NotI restrikcijskih mest so lahko izrezali tudi ekspresijsko kaseto za higromicin fosfotransferazo in tako preverili ali so uspešno vstavili tudi selekcijski marker. Opravljeni poskusi so pokazali, da so uspešno pripravili ustrezni vektor.

== '''Priprava transgenega riža''' ==

S pripravljenim vektorjem, ki je vseboval vse zapise in selekcijski marker so z elektroporacijo transformirali sev EHA105 bakterije ''Agrobacterium tumefaciens'' in jo uporabili za okužbo riževega kalusa. Pripravili so kokulturo transformirane bakterije in riževega kalusa ter izvedli selekcijo v prisotnosti higromicina, saj so bili nanj odporni le okuženi kalusi. Z ustreznim medijem so nato povzročili diferenciacijo okuženih kalusov in gojenje nadaljevali v rastlinjaku. Dobili so prvo generacijo transgenega riža pri kateri je med tvorbo prašnikov prišlo do izbrisa selekcijskega markerja. Takrat se je začela izražati rekombinaza Cre, ki je izbrisala lastno ekspresijsko kaseto in ekspresijsko kaseto za selekcijski marker, ki sta se nahajali med mestoma ''loxP''. Po uspešni oprašitvi in tvorbi semen so dobili semena brez selekcijskega markerja, ki so jih označili kot “marker-free”.

=== Analiza transgenega riža ===

Pridobili so več linij kalusov, ki so bili odporni na higromicin, zato so opravili nadaljnjo analizo. Iz rastočih rastlin so izolirali DNA in z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) so preverili ali sta na DNA prisotna gena ''HPT'' in ''cre''. Pri pozitivnih linijah so nato s PCR analizirali še prisotnost ostalih vnešenih genov. Geni za vse encime so bili uspešno vgrajeni v genom transgenega riža, zato so preverili še raven izražanja teh genov . Izolirali so RNA iz semen transgenega riža in z reverzno transkriptazo pripravili ustrezno cDNA. Vsi štirje geni, so se izražali, vendar je bila njihova raven izražanja različna, zato so rezultate normalizirali glede na ekspresijo gena ''osActin1''.

=== HPLC-analiza vsebnosti astaksantina ===

Že sam fenotip trensgenih semen je kazal prisotnost astaksantina, saj so bila semena oranžnordeče barve, ki je značilna zanj. Dodatno so njegovo prisotnost potrdili tako, da so z metanolom pripravili ekstrakte transgenih semen in semen divjega tipa ter jih analizirali s tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti. V transgenih semenih je bil astaksantin dominanten karotenoid, medtem ko v divjem tipu ni bil prisoten.

=== Uspešnost izbrisa selekcijskega markerja ===

S PCR so analizirali kasnejše generacije aSTARice in tako preverili ali je res prišlo do izbrisa selekcijskega markerja. V primeru uspešnega izbrisa so namreč dobili le eno liso ustrezne velikosti in tako so identificirali homozigotne linije brez selekcijskega markerja. Glede na prikazane rezultate je izbris selekcijskega markerja le redko uspel, saj so večinoma dobili dve lisi, ki kažeta na heterozigotni genotip. Večinoma je torej do izbrisa prišlo le na eni aleli, medtem ko je ena alela ohranila selekcijski marker.

== '''Zaključek''' ==

Kitajska ekipa je uspešno pripravila transgeni riž, ki je v endospermu sintetiziral astaksantin in ga tam tudi shranjeval. Nadaljnje analize pa so pokazale tudi določene pomanjkljivosti, ki bi jih še lahko popravili. V kasnejših generacijah so zaznali zelo različne koncentracije astaksantina, saj je prišlo do velikih razlik v izražanju vnešenih genov. Predvsem se je precej znižala raven izražanja gena ''BHY'', kar je koreliralo z znižanjem koncentracije sintetiziranega astaksantina. Poleg tega so pokazali, da je največja pozitivna korelacija med koncentracijo astaksantina in relativno ekspresijo prisotna ravno pri genu ''BHY'', kar kaže, da gre za omejujočo stopnjo biosinteze. V primeru nadaljnjih raziskav bi morali izboljšati ekspresijo gena ''BHY'' in čim bolj standardizirati koncentracijo sintetiziranega astaksantina. Hkrati bi bilo dobro tudi izboljšati učinkovitost izbrisa selekcijskega markerja, saj prikazani rezultati kažejo, da so večinoma dobili heterozigotni genotip. Kljub določenim pomanjkljivostim je ekipa na tekmovanju zasedla skupno 3. mesto v kategoriji dodiplomskih študentov.

==''' Viri''' ==

*Team:SCAU-China. http://2016.igem.org/Team:SCAU-China
*I. Higuera-Ciapara, L. Felix-Vanezuela, F. M. Goycoolea. Astaxanthin: a review of its chemistry and applications. Crit Rev Food Sci Nutr. 2006, 42(2), 185-196. http://dx.doi.org/10.1080/10408690590957188

[[Seminarji SB 2016/17]]

Seminarji SB 2016/17

2016-12-18T22:50:14Z

Eva Vidak:

V študijskem letu 2016/17 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI 
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [[Učinkovito ciljanje izraženih in utišanih genov v človeških zarodnih in induciranih pluripotentnih celicah z nukleazami z motivi cinkovih prstov]]. Angelika Vižintin (22. 11. 2016)
# [[Izdelava sintetičnega genoma s pristopom sestavljanja celotnega genoma: Bakteriofag φX174 iz sintetičnih oligonukleotidov]]. Darja Božič (22.11.2016)
# [[Modeliranje sintetične večcelične ure: Represilatorji, sklopljeni z zaznavanjem celične gostote]]. Vita Vidmar (22. 11. 2016)
# [[Začetki uporabe CRISPR-Cas9 sistema]]. Tomaž Rozmarič (6.12.2016)
# [[Robusten oscilator sinteznih genov z različnimi nastavitvami periode]]. Domen Klofutar (13.12.2016)
# [[Sestavljanje TALEN-ov z metodo FLASH za visoko zmogljivostno urejanje genomov]]. Petra Tavčar (13.12.2016)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI 
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
#[[Mezenhimske matične celice nove generacije]]. Danijela Jošić (22.11.2016)
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bakterije%2C_ki_kelirajo_bakrove_ione%2C_v_boju_proti_Wilsonovi_bolezni Bakterije, ki kelirajo bakrove ione, v boju proti Wilsonovi bolezni. Simon Bolta (22. 11. 2016)]
#[["Training protein" - PETaze]]. Urša Kapš (29.11.2016)
#[[Plasticure: rešitev za učinkovitejšo razgradnjo plastike]]. Marjeta Horvat (29. 11. 2016)
#[[Quantifly]]. Ema Guštin (29. 11. 2016)
#[[Ecolibrium – razvoj ogrodja za inženiring mešanih kultur]]. Mojca Juteršek (29. 11. 2016)
#[[BeeT Beehave]]. Maja Svetličič (29.11.2016)
#[[BiotINK - nov pristop k biotiskanju tkiva]]. Mateja Cigoj (6. 12. 2016)
#[[InstaCHLAM – orodje za inženiring kloroplastov]]. Alja Zgonc (6. 12. 2016)
#[[Mos(kit)o]]. Judita Avbelj (6. 12. 2016)
#[[BioSynthAge - Kvalitetno staranje]]. Tina Kuhar (6.12.2016)
#[[PC SQUAD-Inženiring novih sistemov tarčne dostave zdravil]]. Tajda Buh (13.12.2016)
#[[Biomaterial za privzemanje urana iz okolja - "žetveni stroj" urana]]. Anja Herceg (13.12.2016)
#[[Biosenzor etilena]]. Toni Nagode (13.12.2016)
#[[aSTARice – biosinteza astaksantina v rižu]]. Eva Vidak (20. 12. 2016)
Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 12 minut (10-14). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

ASTARice – biosinteza astaksantina v rižu

2016-12-18T22:48:48Z

Eva Vidak:

[http://2016.igem.org/Team:SCAU-China# aSTARice biosynthesizes astaxanthin in rice - South China Agricultural University]

Projekt aSTARice je pripravila skupina SCAU-China, ki se je osredotočila na možnost biosinteze astaksantina v rižu. Astaksantin je naravni keto-kartenoid, ki daje značilno rdeče obarvanje nekateri mikroalgam, kozicam in lososu. Ti organizmi ne sintetizirajo astaksantina, ampak ga pridobijo s hrano. Biosinteze so sposobne le določene zelene alge (''Haematococcus pluvialis'') in rdeče kvasovke (''Phaffia'' ''rhodozyma''), zato trenutno na trgu prevladuje sintetično pridobljen astaksantin, ki ga je precej težko primerno očistiti za morebitno uporabo kot prehransko dopolnilo. Dodatno čiščenje otežuje tudi njegova topnost, saj je netopen v vodi in topen v organskih topilih, ki so večinoma neprimerna za morebitno uporabo v prehrani. S tržnega vidika je zato možnost biosinteze zelo zanimiva, saj astaksantin deluje kot antioksidant in naj bi preprečeval kardivaskularne bolezni, okužbe s ''Helycobacter pylori'', nastanek katarakte ter izboljšal imunski sistem.

== '''Biosintetska pot''' ==

Biosintetska pot astaksantina poteka preko zeaksantina, ki ga lahko sintetizirajo nekatere višje rastline kot na primer koruza. Nadaljnja pretvorba do astaksantina pa zahteva encim β-karoten ketolazo, ki ni prisoten v teh rastlinah. Za sam projekt niso izbrali koruze ampak riž, pri katerem bi za celotno pretvorbo od piruvata do astaksantna potrebovali več kot deset različnih encimov. Na osnovi poskusov s katerimi so pripravili Zlati riž, so ugotovili, da so ključni štirje encimi. Pri tem so se osredotočili na sintezo v endospermu riža. Ključni encimi so:
*'''fitoen sintaza''' (gen ''PSY''), ki so jo pridobili iz koruze (''Zea mays''), katalizira pretvorbo geranilgeranil pirofosfata v fitoen;
*'''fitoen desaturaza''' (gen ''CrtI''), ki so jo pridobili iz bakterije ''Erwinia uredovora'', zaključi katalitični process pretvorbe fitoena v likopen;
*'''β-karoten hidroksilaza''' (gen ''BHY''), ki so jo pridobili iz zelene alge ''Haematococcus pluvialis'', katalizira pretvorbo β-karotena v zeaksantin;
*'''β-karoten ketolaza''' (gen ''BKT''), ki so jo pridobili iz zelene alge ''Chlamydomonas reinhardtii'', pa katalizira končno pretvorbo zeaksantina v astaksantin.
Poleg tega je v endospermu riža že naravno prisoten encim '''β-likopen ciklaza''' (gen ''β-LCY''), ki omogoča sintezo β-karotena, če sta prisotna tudi gena ''PSY'' in ''CrtI''. Ta encim torej katalizira vmesni korak med likopenom in β-karotenom. V endospermu riža je naravno prisoten tudi gen ''BHY'', vendar se praktično ne izraža, zato so v okviru projekta vnesli tudi gen ''BHY''.

== '''Izbira bioreaktorja''' ==

Za projekt so izbrali riž (''Oryza sativa'') kot bioreaktor, ker ima mnoge prednosti pred ostalimi višjimi rastlinami. Riž je kmetijska rastlina, ki omogoča cenovno ugodno gojenje, ima visok izkoristek in velja za zelo varno rastlino s stališča genskega spreminjanja. Poleg tege je njegov endosperm primerna oblika biomase za shranjevanje astaksantina, saj njegovo nalaganje v semenih ne moti rasti celotne rastline. Za riž so se odločili tudi zato, ker so se pri pripravi lahko opirali na raziskave, ki jih je izvedla skupina dr. Potrykuse, ko so pripravljali riž z večjo vsebnostjo β-karotena.

== '''Priprava ustreznega vektorja''' ==

Na začetku projekta so pri vseh izbranih genih izvedli optimizacijo kodona in nato so zaporedja pripravili z direktno sintezo. Pripravljene zapise so vnesli v ustrezne ekspresijske kasete, ki omogočajo specifično izražanje le v endospermu, pri čemer so za vsak zapis uporabili drugačen tkivno specifičen promotor. Te kasete so vstavili v oba donorska vektorja (pYL332-d1 in pYL332-d2), ki so ju nato uporabili za pripravo končnega vektorja, ki je poleg vseh štirih kaset vseboval še selekcijski marker. Za sestavljanje vektorja so uporabili sistem “TransGene Stacking II”, ki temelji na uporabi akceptorskega TAC-vektorja (pYLTAC380GW) in dveh donorskih vektorjev. TAC-vektor je umetno pripravljen in transformacijsko kompetenten ter po zasnovi temelji na strukturi kromosomov. Za vnos različnih genov v ta vektor se uporablja rekombinacijski sistem Cre/loxP, pri čemer sta dva para mest ''loxP'' mutirana. Mutirana para sta prisotna na donorskih vektorjih, zaradi česar poteče ireverzibilna rekombinacija s katero se izbrana kaseta vnese v TAC-vektor. Vnos vseh štirih kaset poteče v več ciklih z alternirajočo uporabo obeh donorskih vektorjev. V vsakem cilku se vnese ena ekspresijska kaseta, ki vsebuje zapis za izbran encim pod ustreznim tkivno specifičnim promotorjem. Po vnosu vseh štirih ekspresijskih kaset so s klonirnim sistemom “Gateway” med dve ''loxP'' mesti vnesli še ekspresijsko kaseto za higromicin fosfotransferazo (gen ''HPT''), ki omogoča rezistenco na antibiotik higromicin in služi kot selekcijski marker, ter inducibilno ekspresijsko kaseto za gen ''cre''. Gen ''cre'' so vnesli pod kontrolo promotorja, ki je specifičen za prašnice, kar je pri nadaljnjem delu omogočilo izbris selekcijskega markerja. Končno obliko vektorja so imenovali pYLTAC380MF-BBPC pri čemer MF označuje, da je končna transgena rastlina “marker-free”, črke BBPC pa označujejo vse štiri ekspresijske kasete za sintezo ustreznih encimov.

=== '''Preverjanje uspešnosti kloniranja''' ===

Uspešnost priprave vektorja so preverili z restrikcijsko analizo, saj so vsako kaseto vstavili med dve restrikcijski mesti za restriktazo NotI. Tako so omogočili, da se pri restrikcijski analizi izreže celotna ekspresijska kaseta, saj se vse štiri kasete razlikujejo po velikosti. Test so opravili na vsaki stopnji priprave in tako preverili vnos vsake kasete posebej. Preko NotI restrikcijskih mest so lahko izrezali tudi ekspresijsko kaseto za higromicin fosfotransferazo in tako preverili ali so uspešno vstavili tudi selekcijski marker. Opravljeni poskusi so pokazali, da so uspešno pripravili ustrezni vektor.

== '''Priprava transgenega riža''' ==

S pripravljenim vektorjem, ki je vseboval vse zapise in selekcijski marker so z elektroporacijo transformirali sev EHA105 bakterije ''Agrobacterium tumefaciens'' in jo uporabili za okužbo riževega kalusa. Pripravili so kokulturo transformirane bakterije in riževega kalusa ter izvedli selekcijo v prisotnosti higromicina, saj so bili nanj odporni le okuženi kalusi. Z ustreznim medijem so nato povzročili diferenciacijo okuženih kalusov in gojenje nadaljevali v rastlinjaku. Dobili so prvo generacijo transgenega riža pri kateri je med tvorbo prašnikov prišlo do izbrisa selekcijskega markerja. Takrat se je začela izražati rekombinaza Cre, ki je izbrisala lastno ekspresijsko kaseto in ekspresijsko kaseto za selekcijski marker, ki sta se nahajali med mestoma ''loxP''. Po uspešni oprašitvi in tvorbi semen so dobili semena brez selekcijskega markerja, ki so jih označili kot “marker-free”.

=== Analiza transgenega riža ===

Pridobili so več linij kalusov, ki so bili odporni na higromicin, zato so opravili nadaljnjo analizo. Iz rastočih rastlin so izolirali DNA in z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) so preverili ali sta na DNA prisotna gena ''HPT'' in ''cre''. Pri pozitivnih linijah so nato s PCR analizirali še prisotnost ostalih vnešenih genov. Geni za vse encime so bili uspešno vgrajeni v genom transgenega riža, zato so preverili še raven izražanja teh genov . Izolirali so RNA iz semen transgenega riža in z reverzno transkriptazo pripravili ustrezno cDNA. Vsi štirje geni, so se izražali, vendar je bila njihova raven izražanja različna, zato so rezultate normalizirali glede na ekspresijo gena ''osActin1''.

=== HPLC-analiza vsebnosti astaksantina ===

Že sam fenotip trensgenih semen je kazal prisotnost astaksantina, saj so bila semena oranžnordeče barve, ki je značilna zanj. Dodatno so njegovo prisotnost potrdili tako, da so z metanolom pripravili ekstrakte transgenih semen in semen divjega tipa ter jih analizirali s tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti. V transgenih semenih je bil astaksantin dominanten karotenoid, medtem ko v divjem tipu ni bil prisoten.

=== Uspešnost izbrisa selekcijskega markerja ===

S PCR so analizirali kasnejše generacije aSTARice in tako preverili ali je res prišlo do izbrisa selekcijskega markerja. V primeru uspešnega izbrisa so namreč dobili le eno liso ustrezne velikosti in tako so identificirali homozigotne linije brez selekcijskega markerja. Glede na prikazane rezultate je izbris selekcijskega markerja le redko uspel, saj so večinoma dobili dve lisi, ki kažeta na heterozigotni genotip. Večinoma je torej do izbrisa prišlo le na eni aleli, medtem ko je ena alela ohranila selekcijski marker.

== '''Zaključek''' ==

Kitajska ekipa je uspešno pripravila transgeni riž, ki je v endospermu sintetiziral astaksantin in ga tam tudi shranjeval. Nadaljnje analize pa so pokazale tudi določene pomanjkljivosti, ki bi jih še lahko popravili. V kasnejših generacijah so zaznali zelo različne koncentracije astaksantina, saj je prišlo do velikih razlik v izražanju vnešenih genov. Predvsem se je precej znižala raven izražanja gena ''BHY'', kar je koreliralo z znižanjem koncentracije sintetiziranega astaksantina. Poleg tega so pokazali, da je največja pozitivna korelacija med koncentracijo astaksantina in relativno ekspresijo prisotna ravno pri genu ''BHY'', kar kaže, da gre za omejujočo stopnjo biosinteze. V primeru nadaljnjih raziskav bi morali izboljšati ekspresijo gena ''BHY'' in čim bolj standardizirati koncentracijo sintetiziranega astaksantina. Hkrati bi bilo dobro tudi izboljšati učinkovitost izbrisa selekcijskega markerja, saj prikazani rezultati kažejo, da so večinoma dobili heterozigotni genotip. Kljub določenim pomanjkljivostim je ekipa na tekmovanju zasedla skupno 3. mesto v kategoriji dodiplomskih študentov.

==''' Viri''' ==

*Team:SCAU-China. http://2016.igem.org/Team:SCAU-China
*I. Higuera-Ciapara, L. Felix-Vanezuela, F. M. Goycoolea. Astaxanthin: a review of its chemistry and applications. Crit Rev Food Sci Nutr. 2006, 42(2), 185-196. http://dx.doi.org/10.1080/10408690590957188

[[Seminarji SB 2016/17]]

ASTARice – biosinteza astaksantina v rižu

2016-12-18T22:47:34Z

Eva Vidak: Removing all content from page

ASTARice – biosinteza astaksantina v rižu

2016-12-18T22:44:54Z

Eva Vidak: New page: [http://2016.igem.org/Team:SCAU-China# aSTARice biosynthesizes astaxanthin in rice - South China Agricultural University] Projekt aSTARice je pripravila skupina SCAU-China, ki se je osred...

[http://2016.igem.org/Team:SCAU-China# aSTARice biosynthesizes astaxanthin in rice - South China Agricultural University]

Projekt aSTARice je pripravila skupina SCAU-China, ki se je osredotočila na možnost biosinteze astaksantina v rižu. Astaksantin je naravni keto-kartenoid, ki daje značilno rdeče obarvanje nekateri mikroalgam, kozicam in lososu. Ti organizmi ne sintetizirajo astaksantina, ampak ga pridobijo s hrano. Biosinteze so sposobne le določene zelene alge (''Haematococcus pluvialis'') in rdeče kvasovke (''Phaffia'' ''rhodozyma''), zato trenutno na trgu prevladuje sintetično pridobljen astaksantin, ki ga je precej težko primerno očistiti za morebitno uporabo kot prehransko dopolnilo. Dodatno čiščenje otežuje tudi njegova topnost, saj je netopen v vodi in topen v organskih topilih, ki so večinoma neprimerna za morebitno uporabo v prehrani. S tržnega vidika je zato možnost biosinteze zelo zanimiva, saj astaksantin deluje kot antioksidant in naj bi preprečeval kardivaskularne bolezni, okužbe s ''Helycobacter pylori'', nastanek katarakte ter izboljšal imunski sistem.

== '''Biosintetska pot''' ==

Biosintetska pot astaksantina poteka preko zeaksantina, ki ga lahko sintetizirajo nekatere višje rastline kot na primer koruza. Nadaljnja pretvorba do astaksantina pa zahteva encim β-karoten ketolazo, ki ni prisoten v teh rastlinah. Za sam projekt niso izbrali koruze ampak riž, pri katerem bi za celotno pretvorbo od piruvata do astaksantna potrebovali več kot deset različnih encimov. Na osnovi poskusov s katerimi so pripravili Zlati riž, so ugotovili, da so ključni štirje encimi. Pri tem so se osredotočili na sintezo v endospermu riža. Ključni encimi so:
*'''fitoen sintaza''' (gen ''PSY''), ki so jo pridobili iz koruze (''Zea mays''), katalizira pretvorbo geranilgeranil pirofosfata v fitoen;
*'''fitoen desaturaza''' (gen ''CrtI''), ki so jo pridobili iz bakterije ''Erwinia uredovora'', zaključi katalitični process pretvorbe fitoena v likopen;
*'''β-karoten hidroksilaza''' (gen ''BHY''), ki so jo pridobili iz zelene alge ''Haematococcus pluvialis'', katalizira pretvorbo β-karotena v zeaksantin;
*'''β-karoten ketolaza''' (gen ''BKT''), ki so jo pridobili iz zelene alge ''Chlamydomonas reinhardtii'', pa katalizira končno pretvorbo zeaksantina v astaksantin.
Poleg tega je v endospermu riža že naravno prisoten encim '''β-likopen ciklaza''' (gen ''β-LCY''), ki omogoča sintezo β-karotena, če sta prisotna tudi gena ''PSY'' in ''CrtI''. Ta encim torej katalizira vmesni korak med likopenom in β-karotenom. V endospermu riža je naravno prisoten tudi gen ''BHY'', vendar se praktično ne izraža, zato so v okviru projekta vnesli tudi gen ''BHY''.

== '''Izbira bioreaktorja''' ==

Za projekt so izbrali riž (''Oryza sativa'') kot bioreaktor, ker ima mnoge prednosti pred ostalimi višjimi rastlinami. Riž je kmetijska rastlina, ki omogoča cenovno ugodno gojenje, ima visok izkoristek in velja za zelo varno rastlino s stališča genskega spreminjanja. Poleg tege je njegov endosperm primerna oblika biomase za shranjevanje astaksantina, saj njegovo nalaganje v semenih ne moti rasti celotne rastline. Za riž so se odločili tudi zato, ker so se pri pripravi lahko opirali na raziskave, ki jih je izvedla skupina dr. Potrykuse, ko so pripravljali riž z večjo vsebnostjo β-karotena.

== '''Priprava ustreznega vektorja''' ==

Na začetku projekta so pri vseh izbranih genih izvedli optimizacijo kodona in nato so zaporedja pripravili z direktno sintezo. Pripravljene zapise so vnesli v ustrezne ekspresijske kasete, ki omogočajo specifično izražanje le v endospermu, pri čemer so za vsak zapis uporabili drugačen tkivno specifičen promotor. Te kasete so vstavili v oba donorska vektorja (pYL332-d1 in pYL332-d2), ki so ju nato uporabili za pripravo končnega vektorja, ki je poleg vseh štirih kaset vseboval še selekcijski marker. Za sestavljanje vektorja so uporabili sistem “TransGene Stacking II”, ki temelji na uporabi akceptorskega TAC-vektorja (pYLTAC380GW) in dveh donorskih vektorjev. TAC-vektor je umetno pripravljen in transformacijsko kompetenten ter po zasnovi temelji na strukturi kromosomov. Za vnos različnih genov v ta vektor se uporablja rekombinacijski sistem Cre/loxP, pri čemer sta dva para mest ''loxP'' mutirana. Mutirana para sta prisotna na donorskih vektorjih, zaradi česar poteče ireverzibilna rekombinacija s katero se izbrana kaseta vnese v TAC-vektor. Vnos vseh štirih kaset poteče v več ciklih z alternirajočo uporabo obeh donorskih vektorjev. V vsakem cilku se vnese ena ekspresijska kaseta, ki vsebuje zapis za izbran encim pod ustreznim tkivno specifičnim promotorjem. Po vnosu vseh štirih ekspresijskih kaset so s klonirnim sistemom “Gateway” med dve ''loxP'' mesti vnesli še ekspresijsko kaseto za higromicin fosfotransferazo (gen ''HPT''), ki omogoča rezistenco na antibiotik higromicin in služi kot selekcijski marker, ter inducibilno ekspresijsko kaseto za gen ''cre''. Gen ''cre'' so vnesli pod kontrolo promotorja, ki je specifičen za prašnice, kar je pri nadaljnjem delu omogočilo izbris selekcijskega markerja. Končno obliko vektorja so imenovali pYLTAC380MF-BBPC pri čemer MF označuje, da je končna transgena rastlina “marker-free”, črke BBPC pa označujejo vse štiri ekspresijske kasete za sintezo ustreznih encimov.

=== '''Preverjanje uspešnosti kloniranja''' ===

Uspešnost priprave vektorja so preverili z restrikcijsko analizo, saj so vsako kaseto vstavili med dve restrikcijski mesti za restriktazo NotI. Tako so omogočili, da se pri restrikcijski analizi izreže celotna ekspresijska kaseta, saj se vse štiri kasete razlikujejo po velikosti. Test so opravili na vsaki stopnji priprave in tako preverili vnos vsake kasete posebej. Preko NotI restrikcijskih mest so lahko izrezali tudi ekspresijsko kaseto za higromicin fosfotransferazo in tako preverili ali so uspešno vstavili tudi selekcijski marker. Opravljeni poskusi so pokazali, da so uspešno pripravili ustrezni vektor.

== '''Priprava transgenega riža''' ==

S pripravljenim vektorjem, ki je vseboval vse zapise in selekcijski marker so z elektroporacijo transformirali sev EHA105 bakterije ''Agrobacterium tumefaciens'' in jo uporabili za okužbo riževega kalusa. Pripravili so kokulturo transformirane bakterije in riževega kalusa ter izvedli selekcijo v prisotnosti higromicina, saj so bili nanj odporni le okuženi kalusi. Z ustreznim medijem so nato povzročili diferenciacijo okuženih kalusov in gojenje nadaljevali v rastlinjaku. Dobili so prvo generacijo transgenega riža pri kateri je med tvorbo prašnikov prišlo do izbrisa selekcijskega markerja. Takrat se je začela izražati rekombinaza Cre, ki je izbrisala lastno ekspresijsko kaseto in ekspresijsko kaseto za selekcijski marker, ki sta se nahajali med mestoma ''loxP''. Po uspešni oprašitvi in tvorbi semen so dobili semena brez selekcijskega markerja, ki so jih označili kot “marker-free”.

=== Analiza transgenega riža ===

Pridobili so več linij kalusov, ki so bili odporni na higromicin, zato so opravili nadaljnjo analizo. Iz rastočih rastlin so izolirali DNA in z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) so preverili ali sta na DNA prisotna gena ''HPT'' in ''cre''. Pri pozitivnih linijah so nato s PCR analizirali še prisotnost ostalih vnešenih genov. Geni za vse encime so bili uspešno vgrajeni v genom transgenega riža, zato so preverili še raven izražanja teh genov . Izolirali so RNA iz semen transgenega riža in z reverzno transkriptazo pripravili ustrezno cDNA. Vsi štirje geni, so se izražali, vendar je bila njihova raven izražanja različna, zato so rezultate normalizirali glede na ekspresijo gena ''osActin1''.

=== HPLC-analiza vsebnosti astaksantina ===

Že sam fenotip trensgenih semen je kazal prisotnost astaksantina, saj so bila semena oranžnordeče barve, ki je značilna zanj. Dodatno so njegovo prisotnost potrdili tako, da so z metanolom pripravili ekstrakte transgenih semen in semen divjega tipa ter jih analizirali s tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti. V transgenih semenih je bil astaksantin dominanten karotenoid, medtem ko v divjem tipu ni bil prisoten.

=== Uspešnost izbrisa selekcijskega markerja ===

S PCR so analizirali kasnejše generacije aSTARice in tako preverili ali je res prišlo do izbrisa selekcijskega markerja. V primeru uspešnega izbrisa so namreč dobili le eno liso ustrezne velikosti in tako so identificirali homozigotne linije brez selekcijskega markerja. Glede na prikazane rezultate je izbris selekcijskega markerja le redko uspel, saj so večinoma dobili dve lisi, ki kažeta na heterozigotni genotip. Večinoma je torej do izbrisa prišlo le na eni aleli, medtem ko je ena alela ohranila selekcijski marker.

== '''Zaključek''' ==

Kitajska ekipa je uspešno pripravila transgeni riž, ki je v endospermu sintetiziral astaksantin in ga tam tudi shranjeval. Nadaljnje analize pa so pokazale tudi določene pomanjkljivosti, ki bi jih še lahko popravili. V kasnejših generacijah so zaznali zelo različne koncentracije astaksantina, saj je prišlo do velikih razlik v izražanju vnešenih genov. Predvsem se je precej znižala raven izražanja gena ''BHY'', kar je koreliralo z znižanjem koncentracije sintetiziranega astaksantina. Poleg tega so pokazali, da je največja pozitivna korelacija med koncentracijo astaksantina in relativno ekspresijo prisotna ravno pri genu ''BHY'', kar kaže, da gre za omejujočo stopnjo biosinteze. V primeru nadaljnjih raziskav bi morali izboljšati ekspresijo gena ''BHY'' in čim bolj standardizirati koncentracijo sintetiziranega astaksantina. Hkrati bi bilo dobro tudi izboljšati učinkovitost izbrisa selekcijskega markerja, saj prikazani rezultati kažejo, da so večinoma dobili heterozigotni genotip. Kljub določenim pomanjkljivostim je ekipa na tekmovanju zasedla skupno 3. mesto v kategoriji dodiplomskih študentov.

==''' Viri''' ==

*Team:SCAU-China. http://2016.igem.org/Team:SCAU-China
*I. Higuera-Ciapara, L. Felix-Vanezuela, F. M. Goycoolea. Astaxanthin: a review of its chemistry and applications. Crit Rev Food Sci Nutr. 2006, 42(2), 185-196. http://dx.doi.org/10.1080/10408690590957188

[[Seminarji SB 2016/17]]

Ponavljajoča se zaporedja v genomu

2014-10-17T20:37:21Z

Eva Vidak: /* Ponavljajoča se zaporedja pri prokariontih */

=='''Uvod'''==

Že v 80. letih prejšnjega stoletja so znanstveniki ugotovili, da DNA ni sestavljen le iz kodirajočih sekvenc, ampak da vsebuje tudi ponavljajoča se zaporedja. Takšna zaporedja se pojavljajo tako pri prokariontih kot pri evkariontih. Pri človeškem genomu na primer predstavljajo približno 45% celotnega genoma.

Vsa ta ponavljajoča se zaporedja sta Orgel in Crick pomenljivo poimenovala z angleškim izrazom “junk” DNA, pogost pa je tudi izraz parazitska DNA. Danes pa dokazi nakazujejo, da ta zaporedja niso v genomu le za okras, ampak imajo tudi pomembno arhitekturno vlogo pri urejanju strukture kromatina. Prav tako se ta zaporedja uporablja tudi pri določenih identifikacijskih testih, kot na primer pri testu očetovstva. Vseeno pa ta zaporedja ne predstavljajo le evolucijske prednosti za genom, ampak so povezana tudi z določenimi boleznimi (npr. Huntingtonova bolezen, povečano tveganje za raka, povezava z Alzheimerjevo boleznijo, itd.).

=='''Ponavljajoča se zaporedja pri prokariontih'''==

Za prokariontski genom je dolgo veljalo, da je zelo organiziran in vsebuje le kodirajoče regije. Danes pa je že dokazano, da tudi prokariontska DNA vsebuje določene ponavljajoče se regije, ki so velikokrat tudi vrstno specifične. Analiza 613 vrst prokariontov je namreč pokazala, da ima kar 97% vseh teh vrst vsaj eno vrstno specifično ponavljajoče se zaporedje, ki je daljše od 85 bp in se od zaporedij v ostalih vrstah razlikuje za vsaj 40%. Bolj splošno pa pri prokariontih ločimo 2 veliki skupini ponavljajočih se zaporedij:

*'''dolge ponovitve''' večinoma predstavljajo insercijska zaporedja (IS; ang: “Insertion Sequences”), ki so dolga med 0,8 in 2 kbp in vsebujejo terminalne obrnjene ponovitve (TIR; ang: “Terminal Inverted Repeats”) ter zapisujejo za endonukleaze, ki interagirajo s TIR in omogočajo premike IS;
*'''kratke ponovitve''' so dolge med 20 in 300 bp ter imajo različno strukturo, zato jih lahko ločimo v več skupin:
**''tandemsko urejene ponovitve'' predstavljajo kratke palindromske ponovitve, ki so združene v klastre (CRISPR; ang: “Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) in so dolge med 24 in 48 bp. Njihova funkcija je analogna funkciji interferenčne RNA pri evkariontih, saj omogočajo prepoznavanje in utišanje eksogenih elementov v genomu.
**''ponavljajoči izvengenski palindromi'' (REP; ang: “Repetitive Extragenic Palindromes”) so od 20 do 40 bp dolga palindromska zaporedja, ki so za razliko od CRISPR povsem simetrična. Navadno se v genomu pojavljajo posamično ali v klastrih, ki jih označimo kot ''bakterijske razpršene mozaične elemente'' (BIMEs; ang: “Bacterial Interspersed Mosaic Elements”). Predvideva se, da ta zaporedja vplivajo na dodatno zvitje DNA, na terminacijo transkripcije in na stabilizacijo mRNA. V določenih vrstah prokariontov ti palindromi vplivajo tudi na strukturo DNA, saj delujejo kot tarče za vstavitev IS. Za REP je značilno tudi, da se večinoma zaključijo z zaporedjem GTAG ali pa malo redkeje z zaporedjem CGTC.
**''miniaturne obrnjene ponovitve transpozicijskih elementov'' (MITEs; ang: “Miniature Inverted-repeat Transposable Elements) in so dolge med 70 in 300 bp. Podobne so IS, saj vsebujejo 15-30 bp dolge TIR, ampak za razliko od IS nimajo kodirajoče kapacitete. MITE so pogosto vstavljene blizu kodirajočih zaporedij in po transkripciji vplivajo na izražanje sosednjih genov, saj se zvijejo v robustne sekundarne strukture, ki lahko stabilizirajo mRNA ali pa povzročijo njeno hitrejšo razgradnjo. Premike teh elementov omogočajo transpozaze, ki prepoznajo njihova TIR zaporedja.

Ponavljajoča se zaporedja v prokariontskem genomu so najverjetneje posledica zdrsa polimeraze in nepravilnega parjenja sosednjih ponovitev med matrično verigo in hčerinsko verigo. Zaradi zdrsa namreč nekaj ponavljajočih se enot izstopi in tvori zanko, ki se pri naslednjem ciklu vgradijo v DNA ali pa se v določenih primerih iz DNA odstranijo. Če pride do izstopa na matrični verigi, se ponavljajoče se zaporedje skrajša za toliko enot, kolikor jih je izstopilo. Lahko pa pride do izstopa na hčerinski verigi in takrat pride v naslednjem ciklu do podaljšanja ponavljajočega se zaporedja.

=='''Ponavljajoča se zaporedja pri evkariontih'''==

Pri evkariontih je ponavljajočih se zaporedij več, saj je evkariontski genom kompleksnejši od prokariontskega. Tako kot pri prokariontih je njihov nastanek povezan z napakami pri procesu replikacije DNA, in sicer predvsem s procesom zdrsa polimeraze. S tem procesom je povezano predvsem podvojevanje kratkih ponavljajočih se elementov, medtem ko je za daljša ponavljajoča se zaporedja značilno neenakovredno prekrižanje oz. “crossing-over”. Pri evkariontih se pojem ponavljajočih se zaporedij pogosto enači s pojmom transpozicijski elementi (TE; ang: “Transposable Elements”), saj se večina ponavljajočih se zaporedij lahko s transpozoni premika po genomu, vendar mobilnost ni značilna za vsa ponavljajoča se zaporedja. Glavna skupna značilnost transpozicijskih elementov je, da se lahko podvajajo in prestavljajo neodvisno od celičnega cikla.

==='''Razvrstitev'''===

Tako kot pri prokariontih tudi pri evkariontih razdelimo ponavljajoča se zaporedja v več skupin. Te skupine se razlikujejo predvsem v dolžini zaporedij in v njihovi mobilnosti. V grobem ločimo tri velike skupine:

*'''retroelementi''' so elementi, ki se prestavljajo po genomu z vmesno pretvorbo v RNA intermediat. Element se torej najprej prepiše kot RNA intermediat in se med transpozicijo ne izreže iz donorske DNA. Zaradi tega vsaka transpozicija privede do večjega števila ponovitev v genomu, kar predstavlja mehanizem kopiraj in prilepi. Retroelemente razdelimo na 3 podskupine:
**''dolgi razpršeni jedrni elementi'' (LINE; “Long Interspersed Nuclear Elements”) predstavljajo pri človeku približno 17% genoma. Vsebujejo dve kodirajoči regiji, ki kodirata proteine, ki so potrebni za transpozicijo. Transpozicijo omogoči endonukleaza, ki zareže v eno verigo DNA in to verigo nato reverzna transkriptaza uporabi kot matrico za tvorbo RNA intermediata. Takšen način retrotranspozicije naj bi bil odločilen za večino aktivnosti reverzne transkriptaze v genomu.
**''kratki razpršeni jedrni elementi'' (SINE; ang: “Short Interspersed Nuclear Elements”) so med 100 in 400 bp dolga zaporedja, ki se prav tako prestavljajo po genomu preko retrotranspozicije. Vsebujejo promotor za polimerazo III in ne kodirajo nobenih proteinov, zato spadajo med neavtonomne transpozone ter uporabljajo proteine, ki jih kodirajo LINE. Večina teh zaporedij izhaja iz tRNA zaporedij, pri čemer so izjema Alu elementi, ki izhajajo iz 7SL komponente SRP (ribonukleoprotein, ki prepozna signalno zaporedje proteinske molekule in jo usmerja na SRP receptor). Ti Alu elementi predstavljajo približno 11% človeškega genoma in vsebujejo prepoznavno mesto za restrikcijski encim AluI.
**''dolgi terminalni ponavljajoči se retrotranspozoni'' (LTR retrotranspozoni; ang: “Long Terminal Repeat retrotransposons”) so podobni retrovirusom in so obdani z dolgimi terminalnimi ponovitvami, ki vsebujejo transkripcijske regulatorne elemente, ki poganjajo izražanje vsaj dveh odprtih bralnih okvirjev. Ta bralna okvirja vsebujeta zaporedji, ki sta podobni gag (geni za skupinsko specifične antigene pri retrovirusih) in pol (geni za encime pri retrovirusih) genom. Pri človeku LTR transpozoni predstavljaj približno 8% genoma in se prestavljajo preko reverzne transkripcije retrotranspozonske RNA in integracije nastale cDNA na novo mesto v genomu s pomočjo encima integraze.
*'''DNA transpozoni''' so prav tako transpozicijski elementi, ki pa se prestavljajo s pomočjo bolj konservativnega izreži in prilepi mehanizma. Pri tem mehanizmu pride do izreza zaporedja iz donorske molekule DNA, zato vstavitev na drugo mesto v genomu ne privede do povečanja števila ponovitev v genomu. Najpreprostejši DNA transpozoni so sestavljeni iz zaporedja, ki ga obdaja gen za transpozazo, ki katalizira mehanizem izreži in prilepi. Pri človeku predstavljajo ti transpozoni 2-3% celotnega genoma in poskusi kažejo, da so zelo neaktivni, saj ni nikakršnih indikatorjev njihove aktivnosti v zadnjih 50 milijonih let.
*'''tandemske ponovitve DNA''' so edina oblika ponavljajočih se zaporedij, ki ni sposobna premestitve po genomu. Te tandemske ponovitve sestavljajo satelitna DNA, ki je pomembna za organizacijo centromer in konstitutivnega heterokromatina, minisateliti in krajši mikrosateliti, ki se oboji uporabljajo kot genski markerji pri iskanju prstnih odtisov DNA. Termin tandemska ponovitev pomeni, da ponovitve, ponavljajoče se enote zaporedja, ostanejo povezane med seboj znotraj genoma.

==='''Vloga'''===

Ponavljajoča se zaporedja naj bi imela pomembno vlogo v organizmu pri vzpostavljanju centromer in konstitutivnega heterokromatina. S ponavljajočimi se zaporedji oziroma natančneje s transpozicijskimi elementi naj bi bili povezani tudi zelo veliki genomi (večji od 20 Gb). Pri teh genomih je transpozicijskih elementov sicer veliko, vendar je skozi leta potekla njihova akomodacija preko inaktivacije in razpada, zato je danes te elemente težko natančno določiti, saj so skozi proces akomodacije postali zelo divergentni. Poleg tega zadnje raziskave kažejo, da so ta zaporedja pomembna tudi pri procesu podaljševanja intronov v genomu. V splošnem njihova vloga sicer ni ključna, saj podaljševanje intronov ostaja konstantno tudi brez ponavljajočih se zaporedij, lahko pa njihova prisotnost podaljševanje pospeši. Manj pomembna je satelitna DNA, saj je zelo kratka in njena vstavitev ne vpliva ključno na velikost intronov. Na velikost intronov veliko bolj vplivajo LINE in LTR retrotranspozoni, ki so veliko daljši od satelitne DNA. Pomembna vloga ponavljajočih se zaporedij je tudi pri regulaciji transkripcije, saj novejše študije kažejo, da so se skozi proces evolucije določeni transpozicijski elementi preoblikovali v cis regulatorne elemente. Transpozicijska zaporedja torej tvorijo določene promotorje, ojačevalce, inzulatorje in so tudi vir novih vezavnih mest za transkripcijske faktorje. Ker je njihova pojavnost v teh regulatornih elementih posledica naključnih mutacij, so tudi pomemben faktor za nastanek novih regulatornih regij.

Kljub vsemu pa ponavljajoča se zaporedja ne predstavljajo le prednosti za genom, ampak so povezana tudi z določenimi boleznimi. Ker je večina teh zaporedij sposobna avtonomnega premikanja po genomu, ki poteče neodvisno od celičnega cikla, lahko to vodi v nestabilnost genoma, kar je povezano tudi s pojavljanjem raka. Poleg tega določene študije kažejo, da so v povezavi z epigenetiko, ta zaporedja pomembna tudi pri Alzheimerjevi bolezni, saj je bila pri bolnikih s to boleznijo zmanjšana metilacija LINE zaporedij glede na kontrolno skupino. Najbolj znana bolezen, ki je neposredno povezana s ponavljajočimi se zaporedji, pa je Huntingtonova bolezen pri kateri gre za ponovitve zaporedja CAG (kodira glutamin) v genu za protein hungtingtin. Poleg te bolezni gre za ponovitev trinukleotidnega zaporedja tudi pri miotonični distrofiji, ko pride do ponovitev elementa CTG na 3’-koncu neprevedljive regije gena za protein DMPK (distrofična miotonična protein kinaza; ang: “Dystrophia Myotonica Protein Kinase”) na kromosomu 19. Določene raziskave pa se osredotočajo tudi na potencialno regulatorno vlogo minisatelitov, saj naj bi bila različna dolžina teh elementov znotraj gena za inzulinski promotor povezana z različnimi tipi diabetesa.

=='''Zaključek'''==

Od prvega opisa transpozicijskih elementov leta 1940 smo v 70 letih dosegli pomembne premike v razumevanju njihove vloge. Čeprav so sprva veljali, skupaj z ostalimi ponavljajočimi zaporedji, le za parazitsko DNA, ki porablja prostor na genomu in ne opravlja nobene funkcije, danes vemo, da je njihova vloga zelo raznolika in predstavlja tako evolucijske prednosti kot slabosti. Še vedno obstaja velik potencial na področju ponavljajočih se zaporedij, še posebej glede njihove povezave s pojavljanjem različnih oblik raka.

=='''Viri'''==

*Di Nocera, P. P. in drugi. GTAG- and CGTC-tagged palindromic DNA repeats in prokaryotes. BMC Genomics, 2013, letn. 14, str. 522 – 543
*Van Belkum, A. in drugi. Short-Sequence DNA Repeats in Prokaryotic Genomes. Microbiology and Molecular Biology Reviews, 1998, letn. 6, str. 275 – 293
*Ivics, Z. in Izsvák, Z. Editorial: Repetitive elements and genome instability. Seminars in Cancer Biology, 2010, letn. 20, str. 197 – 199
*De Souza, F. S. J. in drugi. Exaptation of Transposable Elements into Novel Cis-Regulatory Elements: Is the Evidence Always Strong? Molecular Biology and Evolution, 2013, letn. 30, str.1239–1251
*Metcalfe, C. J. in Casane, D. Accommodating the load: The transposable element content of very large genomes. Mobile Genetic Elements, 2013, letn. 3, str. 4 – 11

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Ponavljajoča se zaporedja v genomu

2014-05-08T15:43:22Z

Eva Vidak: /* Ponavljajoča se zaporedja pri prokariontih */

=='''Uvod'''==

Že v 80. letih prejšnjega stoletja so znanstveniki ugotovili, da DNA ni sestavljen le iz kodirajočih sekvenc, ampak da vsebuje tudi ponavljajoča se zaporedja. Takšna zaporedja se pojavljajo tako pri prokariontih kot pri evkariontih. Pri človeškem genomu na primer predstavljajo približno 45% celotnega genoma.

Vsa ta ponavljajoča se zaporedja sta Orgel in Crick pomenljivo poimenovala z angleškim izrazom “junk” DNA, pogost pa je tudi izraz parazitska DNA. Danes pa dokazi nakazujejo, da ta zaporedja niso v genomu le za okras, ampak imajo tudi pomembno arhitekturno vlogo pri urejanju strukture kromatina. Prav tako se ta zaporedja uporablja tudi pri določenih identifikacijskih testih, kot na primer pri testu očetovstva. Vseeno pa ta zaporedja ne predstavljajo le evolucijske prednosti za genom, ampak so povezana tudi z določenimi boleznimi (npr. Huntingtonova bolezen, povečano tveganje za raka, povezava z Alzheimerjevo boleznijo, itd.).

=='''Ponavljajoča se zaporedja pri prokariontih'''==

Za prokariontski genom je dolgo veljalo, da je zelo organiziran in vsebuje le kodirajoče regije. Danes pa je že dokazano, da tudi prokariontska DNA vsebuje določene ponavljajoče se regije, ki so velikokrat tudi vrstno specifične. Analiza 613 vrst prokariontov je namreč pokazala, da ima kar 97% vseh teh vrst vsaj eno vrstno specifično ponavljajoče se zaporedje, ki je daljše od 85 bp in se od zaporedij v ostalih vrstah razlikuje za vsaj 40%. Bolj splošno pa pri prokariontih ločimo 2 veliki skupini ponavljajočih se zaporedij:

*'''dolge ponovitve''' večinoma predstavljajo vstavitvena zaporedja (IS; ang: “Insertion Sequences”), ki so dolga med 0,8 in 2 kbp in vsebujejo terminalne obrnjene ponovitve (TIR; ang: “Terminal Inverted Repeats”) ter zapisujejo za endonukleaze, ki interagirajo s TIR in omogočajo premike IS;
*'''kratke ponovitve''' so dolge med 20 in 300 bp ter imajo različno strukturo, zato jih lahko ločimo v več skupin:
**''tandemsko urejene ponovitve'' predstavljajo kratke palindromske ponovitve, ki so združene v klastre (CRISPR; ang: “Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) in so dolge med 24 in 48 bp. Njihova funkcija je analogna funkciji interferenčne RNA pri evkariontih, saj omogočajo prepoznavanje in utišanje eksogenih elementov v genomu.
**''ponavljajoči izvengenski palindromi'' (REP; ang: “Repetitive Extragenic Palindromes”) so od 20 do 40 bp dolga palindromska zaporedja, ki so za razliko od CRISPR povsem simetrična. Navadno se v genomu pojavljajo posamično ali v klastrih, ki jih označimo kot ''bakterijske razpršene mozaične elemente'' (BIMEs; ang: “Bacterial Interspersed Mosaic Elements”). Predvideva se, da ta zaporedja vplivajo na dodatno zvitje DNA, na terminacijo transkripcije in na stabilizacijo mRNA. V določenih vrstah prokariontov ti palindromi vplivajo tudi na strukturo DNA, saj delujejo kot tarče za vstavitev IS. Za REP je značilno tudi, da se večinoma zaključijo z zaporedjem GTAG ali pa malo redkeje z zaporedjem CGTC.
**''miniaturne obrnjene ponovitve transpozicijskih elementov'' (MITEs; ang: “Miniature Inverted-repeat Transposable Elements) in so dolge med 70 in 300 bp. Podobne so IS, saj vsebujejo 15-30 bp dolge TIR, ampak za razliko od IS nimajo kodirajoče kapacitete. MITE so pogosto vstavljene blizu kodirajočih zaporedij in po transkripciji vplivajo na izražanje sosednjih genov, saj se zvijejo v robustne sekundarne strukture, ki lahko stabilizirajo mRNA ali pa povzročijo njeno hitrejšo razgradnjo. Premike teh elementov omogočajo transpozaze, ki prepoznajo njihova TIR zaporedja.

Ponavljajoča se zaporedja v prokariontskem genomu so najverjetneje posledica zdrsa polimeraze in nepravilnega parjenja sosednjih ponovitev med matrično verigo in hčerinsko verigo. Zaradi zdrsa namreč nekaj ponavljajočih se enot izstopi in tvori zanko, ki se pri naslednjem ciklu vgradijo v DNA ali pa se v določenih primerih iz DNA odstranijo. Če pride do izstopa na matrični verigi, se ponavljajoče se zaporedje skrajša za toliko enot, kolikor jih je izstopilo. Lahko pa pride do izstopa na hčerinski verigi in takrat pride v naslednjem ciklu do podaljšanja ponavljajočega se zaporedja.

=='''Ponavljajoča se zaporedja pri evkariontih'''==

Pri evkariontih je ponavljajočih se zaporedij več, saj je evkariontski genom kompleksnejši od prokariontskega. Tako kot pri prokariontih je njihov nastanek povezan z napakami pri procesu replikacije DNA, in sicer predvsem s procesom zdrsa polimeraze. S tem procesom je povezano predvsem podvojevanje kratkih ponavljajočih se elementov, medtem ko je za daljša ponavljajoča se zaporedja značilno neenakovredno prekrižanje oz. “crossing-over”. Pri evkariontih se pojem ponavljajočih se zaporedij pogosto enači s pojmom transpozicijski elementi (TE; ang: “Transposable Elements”), saj se večina ponavljajočih se zaporedij lahko s transpozoni premika po genomu, vendar mobilnost ni značilna za vsa ponavljajoča se zaporedja. Glavna skupna značilnost transpozicijskih elementov je, da se lahko podvajajo in prestavljajo neodvisno od celičnega cikla.

==='''Razvrstitev'''===

Tako kot pri prokariontih tudi pri evkariontih razdelimo ponavljajoča se zaporedja v več skupin. Te skupine se razlikujejo predvsem v dolžini zaporedij in v njihovi mobilnosti. V grobem ločimo tri velike skupine:

*'''retroelementi''' so elementi, ki se prestavljajo po genomu z vmesno pretvorbo v RNA intermediat. Element se torej najprej prepiše kot RNA intermediat in se med transpozicijo ne izreže iz donorske DNA. Zaradi tega vsaka transpozicija privede do večjega števila ponovitev v genomu, kar predstavlja mehanizem kopiraj in prilepi. Retroelemente razdelimo na 3 podskupine:
**''dolgi razpršeni jedrni elementi'' (LINE; “Long Interspersed Nuclear Elements”) predstavljajo pri človeku približno 17% genoma. Vsebujejo dve kodirajoči regiji, ki kodirata proteine, ki so potrebni za transpozicijo. Transpozicijo omogoči endonukleaza, ki zareže v eno verigo DNA in to verigo nato reverzna transkriptaza uporabi kot matrico za tvorbo RNA intermediata. Takšen način retrotranspozicije naj bi bil odločilen za večino aktivnosti reverzne transkriptaze v genomu.
**''kratki razpršeni jedrni elementi'' (SINE; ang: “Short Interspersed Nuclear Elements”) so med 100 in 400 bp dolga zaporedja, ki se prav tako prestavljajo po genomu preko retrotranspozicije. Vsebujejo promotor za polimerazo III in ne kodirajo nobenih proteinov, zato spadajo med neavtonomne transpozone ter uporabljajo proteine, ki jih kodirajo LINE. Večina teh zaporedij izhaja iz tRNA zaporedij, pri čemer so izjema Alu elementi, ki izhajajo iz 7SL komponente SRP (ribonukleoprotein, ki prepozna signalno zaporedje proteinske molekule in jo usmerja na SRP receptor). Ti Alu elementi predstavljajo približno 11% človeškega genoma in vsebujejo prepoznavno mesto za restrikcijski encim AluI.
**''dolgi terminalni ponavljajoči se retrotranspozoni'' (LTR retrotranspozoni; ang: “Long Terminal Repeat retrotransposons”) so podobni retrovirusom in so obdani z dolgimi terminalnimi ponovitvami, ki vsebujejo transkripcijske regulatorne elemente, ki poganjajo izražanje vsaj dveh odprtih bralnih okvirjev. Ta bralna okvirja vsebujeta zaporedji, ki sta podobni gag (geni za skupinsko specifične antigene pri retrovirusih) in pol (geni za encime pri retrovirusih) genom. Pri človeku LTR transpozoni predstavljaj približno 8% genoma in se prestavljajo preko reverzne transkripcije retrotranspozonske RNA in integracije nastale cDNA na novo mesto v genomu s pomočjo encima integraze.
*'''DNA transpozoni''' so prav tako transpozicijski elementi, ki pa se prestavljajo s pomočjo bolj konservativnega izreži in prilepi mehanizma. Pri tem mehanizmu pride do izreza zaporedja iz donorske molekule DNA, zato vstavitev na drugo mesto v genomu ne privede do povečanja števila ponovitev v genomu. Najpreprostejši DNA transpozoni so sestavljeni iz zaporedja, ki ga obdaja gen za transpozazo, ki katalizira mehanizem izreži in prilepi. Pri človeku predstavljajo ti transpozoni 2-3% celotnega genoma in poskusi kažejo, da so zelo neaktivni, saj ni nikakršnih indikatorjev njihove aktivnosti v zadnjih 50 milijonih let.
*'''tandemske ponovitve DNA''' so edina oblika ponavljajočih se zaporedij, ki ni sposobna premestitve po genomu. Te tandemske ponovitve sestavljajo satelitna DNA, ki je pomembna za organizacijo centromer in konstitutivnega heterokromatina, minisateliti in krajši mikrosateliti, ki se oboji uporabljajo kot genski markerji pri iskanju prstnih odtisov DNA. Termin tandemska ponovitev pomeni, da ponovitve, ponavljajoče se enote zaporedja, ostanejo povezane med seboj znotraj genoma.

==='''Vloga'''===

Ponavljajoča se zaporedja naj bi imela pomembno vlogo v organizmu pri vzpostavljanju centromer in konstitutivnega heterokromatina. S ponavljajočimi se zaporedji oziroma natančneje s transpozicijskimi elementi naj bi bili povezani tudi zelo veliki genomi (večji od 20 Gb). Pri teh genomih je transpozicijskih elementov sicer veliko, vendar je skozi leta potekla njihova akomodacija preko inaktivacije in razpada, zato je danes te elemente težko natančno določiti, saj so skozi proces akomodacije postali zelo divergentni. Poleg tega zadnje raziskave kažejo, da so ta zaporedja pomembna tudi pri procesu podaljševanja intronov v genomu. V splošnem njihova vloga sicer ni ključna, saj podaljševanje intronov ostaja konstantno tudi brez ponavljajočih se zaporedij, lahko pa njihova prisotnost podaljševanje pospeši. Manj pomembna je satelitna DNA, saj je zelo kratka in njena vstavitev ne vpliva ključno na velikost intronov. Na velikost intronov veliko bolj vplivajo LINE in LTR retrotranspozoni, ki so veliko daljši od satelitne DNA. Pomembna vloga ponavljajočih se zaporedij je tudi pri regulaciji transkripcije, saj novejše študije kažejo, da so se skozi proces evolucije določeni transpozicijski elementi preoblikovali v cis regulatorne elemente. Transpozicijska zaporedja torej tvorijo določene promotorje, ojačevalce, inzulatorje in so tudi vir novih vezavnih mest za transkripcijske faktorje. Ker je njihova pojavnost v teh regulatornih elementih posledica naključnih mutacij, so tudi pomemben faktor za nastanek novih regulatornih regij.

Kljub vsemu pa ponavljajoča se zaporedja ne predstavljajo le prednosti za genom, ampak so povezana tudi z določenimi boleznimi. Ker je večina teh zaporedij sposobna avtonomnega premikanja po genomu, ki poteče neodvisno od celičnega cikla, lahko to vodi v nestabilnost genoma, kar je povezano tudi s pojavljanjem raka. Poleg tega določene študije kažejo, da so v povezavi z epigenetiko, ta zaporedja pomembna tudi pri Alzheimerjevi bolezni, saj je bila pri bolnikih s to boleznijo zmanjšana metilacija LINE zaporedij glede na kontrolno skupino. Najbolj znana bolezen, ki je neposredno povezana s ponavljajočimi se zaporedji, pa je Huntingtonova bolezen pri kateri gre za ponovitve zaporedja CAG (kodira glutamin) v genu za protein hungtingtin. Poleg te bolezni gre za ponovitev trinukleotidnega zaporedja tudi pri miotonični distrofiji, ko pride do ponovitev elementa CTG na 3’-koncu neprevedljive regije gena za protein DMPK (distrofična miotonična protein kinaza; ang: “Dystrophia Myotonica Protein Kinase”) na kromosomu 19. Določene raziskave pa se osredotočajo tudi na potencialno regulatorno vlogo minisatelitov, saj naj bi bila različna dolžina teh elementov znotraj gena za inzulinski promotor povezana z različnimi tipi diabetesa.

=='''Zaključek'''==

Od prvega opisa transpozicijskih elementov leta 1940 smo v 70 letih dosegli pomembne premike v razumevanju njihove vloge. Čeprav so sprva veljali, skupaj z ostalimi ponavljajočimi zaporedji, le za parazitsko DNA, ki porablja prostor na genomu in ne opravlja nobene funkcije, danes vemo, da je njihova vloga zelo raznolika in predstavlja tako evolucijske prednosti kot slabosti. Še vedno obstaja velik potencial na področju ponavljajočih se zaporedij, še posebej glede njihove povezave s pojavljanjem različnih oblik raka.

=='''Viri'''==

*Di Nocera, P. P. in drugi. GTAG- and CGTC-tagged palindromic DNA repeats in prokaryotes. BMC Genomics, 2013, letn. 14, str. 522 – 543
*Van Belkum, A. in drugi. Short-Sequence DNA Repeats in Prokaryotic Genomes. Microbiology and Molecular Biology Reviews, 1998, letn. 6, str. 275 – 293
*Ivics, Z. in Izsvák, Z. Editorial: Repetitive elements and genome instability. Seminars in Cancer Biology, 2010, letn. 20, str. 197 – 199
*De Souza, F. S. J. in drugi. Exaptation of Transposable Elements into Novel Cis-Regulatory Elements: Is the Evidence Always Strong? Molecular Biology and Evolution, 2013, letn. 30, str.1239–1251
*Metcalfe, C. J. in Casane, D. Accommodating the load: The transposable element content of very large genomes. Mobile Genetic Elements, 2013, letn. 3, str. 4 – 11

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Struktura kromatina

2014-04-20T17:36:31Z

Eva Vidak: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2013/14 namenjeni obravnavi strukture kromosomov oziroma kromatina, od strukturnih do regulatornih tem. Čeprav osnovno strukturo kromosomov že poznate, je sodobna molekularna biologija ves čas na sledi novim spoznanjem, ki nam omogočajo bolj podroben vpogled v delovanje in fleksibilnost kromatina.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli predvidoma konec aprila in v začetku maja. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Čeprav tema do neke mere sega na področje celične biologije, je predvsem molekularnobiološka. Zato izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere biološke molekule sodelujejo pri vzpostavljanju strukture kromatina, njegovi plastičnosti (kondenzacija, dekondenzacija) in dinamičnosti (aktivni/neaktivni kromatin) ter uravnavanju transkripcije. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili. Izhodišče, ki ga ni treba ponovno razlagati, je nukleosomska struktura evkariontskega kromatina ter osnovne stopnje kompaktiranja kromatina in razumevanje osnov dodatnega zvitja pri bakterijskem kromosomu.

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje '''20.4.''' opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 23.4., 5 - 8 25.4., 9 - 12 7.5. in 13 - 16 9.5.2014. Vsaka skupina ima za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

# Značilnosti bakterijskih kromosomov
# Medmolekulske interakcije znotraj nukleosomov
# Značilnosti kromosomskih ogrodij
# Kompaktiranje kromosomov
# Proteini, ki stabilizirajo kondenzirane kromosome
# Biokemijska struktura centromerov in njihove interakcije
# Biokemijska struktura telomerov
# Telomeraze
# Kromatin in replikacija genoma / nukleosomi med replikacijo
# Kromosomske domene in kontrolne regije lokusov (LCR)
# Posttranslacijske modifikacije histonov in njihov pomen
# Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen
# Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov
# Ponavljajoča se zaporedja v genomu
# Organizacija genov v kromatinu
# Posebnosti kromosomov X in Y / bolezni, povezane s tema dvema kromosomoma

===Skupine===

Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (skupine oblikujte do 31.3. opolnoči - imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 1. Biokemijske značilnosti bakterijskih kromosomov (Janez Gorenc, Petra Novak)

# Značilnosti bakterijskih kromosomov (Matic Kovačič, Marjeta Horvat, Rok Ipšek)
# [[Medmolekulske interakcije znotraj nukleosomov]] (Boštjan Petrič, Vita Vidmar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zna%C4%8Dilnosti_kromosomskih_ogrodij Značilnosti kromosomskih ogrodij] (Aneja Tahirovič, Aljaž Omahna, Luka Krmpotić)
# Kompaktiranje kromosomov (Tajda Buh, Maruša Prolič-Kalinšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteini%2C_ki_stabilizirajo_kondenzirane_kromosome Proteini, ki stabilizirajo kondenzirane kromosome] (Toni Nagode, Simon Bolta, Tjaša Bensa)
# Biokemijska struktura centromerov in njihove interakcije (Maja Zupančič, Alja Zgonc)
# Biokemijska struktura telomerov (Tim Božič, Ema Guštin, Luka Kavčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Telomeraze Telomeraze] (Urša Kapš, Mojca Kostanjevec, Katjuša Triplat)
# Kromatin in replikacija genoma / nukleosomi med replikacijo (Jure Fabjan, Vid Jazbec, Mojca Juteršek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kromosomske_domene_in_kontrolne_regije_lokusov_(LCR) Kromosomske domene in kontrolne regije lokusov (LCR)] (Jakob Rupert, Jan Rozman, Domen Klofutar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Posttranslacijske_modifikacije_histonov_in_njihov_pomen#METILACIJA Posttranslacijske modifikacije histonov in njihov pomen] (Peter Prezelj, Filip Mihalič, Eva Oblak Zvonar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metilacijski_vzorci_na_DNA:_nastanek%2C_dedovanje_in_pomen Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen] (Rok Ferenc, Ana Cirnski, Vesna Radić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sestava_in_zna%C4%8Dilnosti_preurejevalnih_stroj%C4%8Dkov Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov] (Petra Tavčar, Helena Jakše, Nika Strašek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Ponavljajo%C4%8Da_se_zaporedja_v_genomu Ponavljajoča se zaporedja v genomu] (Eva Vidak)
# Organizacija genov v kromatinu (Jan Taškar)
# Posebnosti kromosomov X in Y / bolezni, povezane s tema dvema kromosomoma (Sara Košenina, Ana Krišelj, Sabina Štukelj)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki:
<nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Reprogramiranje celic]].

Ponavljajoča se zaporedja v genomu

2014-04-20T17:33:26Z

Eva Vidak: New page: =='''Uvod'''== Že v 80. letih prejšnjega stoletja so znanstveniki ugotovili, da DNA ni sestavljen le iz kodirajočih sekvenc, ampak da vsebuje tudi ponavljajoča se zaporedja. Takšna z...

=='''Uvod'''==

Že v 80. letih prejšnjega stoletja so znanstveniki ugotovili, da DNA ni sestavljen le iz kodirajočih sekvenc, ampak da vsebuje tudi ponavljajoča se zaporedja. Takšna zaporedja se pojavljajo tako pri prokariontih kot pri evkariontih. Pri človeškem genomu na primer predstavljajo približno 45% celotnega genoma.

Vsa ta ponavljajoča se zaporedja sta Orgel in Crick pomenljivo poimenovala z angleškim izrazom “junk” DNA, pogost pa je tudi izraz parazitska DNA. Danes pa dokazi nakazujejo, da ta zaporedja niso v genomu le za okras, ampak imajo tudi pomembno arhitekturno vlogo pri urejanju strukture kromatina. Prav tako se ta zaporedja uporablja tudi pri določenih identifikacijskih testih, kot na primer pri testu očetovstva. Vseeno pa ta zaporedja ne predstavljajo le evolucijske prednosti za genom, ampak so povezana tudi z določenimi boleznimi (npr. Huntingtonova bolezen, povečano tveganje za raka, povezava z Alzheimerjevo boleznijo, itd.).

=='''Ponavljajoča se zaporedja pri prokariontih'''==

Za prokariontski genom je dolgo veljalo, da je zelo organiziran in vsebuje le kodirajoče regije. Danes pa je že dokazano, da tudi prokariontska DNA vsebuje določene ponavljajoče se regije, ki so velikokrat tudi vrstno specifične. Analiza 613 vrst prokariontov je namreč pokazala, da ima kar 97% vseh teh vrst vsaj eno vrstno specifično ponavljajoče se zaporedje, ki je daljše od 85 bp in se od zaporedij v ostalih vrstah razlikuje za vsaj 40%. Bolj splošno pa pri prokariontih ločimo 3 velike skupine ponavljajočih se zaporedij:

*'''dolge ponovitve''' večinoma predstavljajo vstavitvena zaporedja (IS; ang: “Insertion Sequences”), ki so dolga med 0,8 in 2 kbp in vsebujejo terminalne obrnjene ponovitve (TIR; ang: “Terminal Inverted Repeats”) ter zapisujejo za endonukleaze, ki interagirajo s TIR in omogočajo premike IS;
*'''kratke ponovitve''' so dolge med 20 in 300 bp ter imajo različno strukturo, zato jih lahko ločimo v več skupin:
**''tandemsko urejene ponovitve'' predstavljajo kratke palindromske ponovitve, ki so združene v klastre (CRISPR; ang: “Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) in so dolge med 24 in 48 bp. Njihova funkcija je analogna funkciji interferenčne RNA pri evkariontih, saj omogočajo prepoznavanje in utišanje eksogenih elementov v genomu.
**''ponavljajoči izvengenski palindromi'' (REP; ang: “Repetitive Extragenic Palindromes”) so od 20 do 40 bp dolga palindromska zaporedja, ki so za razliko od CRISPR povsem simetrična. Navadno se v genomu pojavljajo posamično ali v klastrih, ki jih označimo kot ''bakterijske razpršene mozaične elemente'' (BIMEs; ang: “Bacterial Interspersed Mosaic Elements”). Predvideva se, da ta zaporedja vplivajo na dodatno zvitje DNA, na terminacijo transkripcije in na stabilizacijo mRNA. V določenih vrstah prokariontov ti palindromi vplivajo tudi na strukturo DNA, saj delujejo kot tarče za vstavitev IS. Za REP je značilno tudi, da se večinoma zaključijo z zaporedjem GTAG ali pa malo redkeje z zaporedjem CGTC.
**''miniaturne obrnjene ponovitve transpozicijskih elementov'' (MITEs; ang: “Miniature Inverted-repeat Transposable Elements) in so dolge med 70 in 300 bp. Podobne so IS, saj vsebujejo 15-30 bp dolge TIR, ampak za razliko od IS nimajo kodirajoče kapacitete. MITE so pogosto vstavljene blizu kodirajočih zaporedij in po transkripciji vplivajo na izražanje sosednjih genov, saj se zvijejo v robustne sekundarne strukture, ki lahko stabilizirajo mRNA ali pa povzročijo njeno hitrejšo razgradnjo. Premike teh elementov omogočajo transpozaze, ki prepoznajo njihova TIR zaporedja.

Ponavljajoča se zaporedja v prokariontskem genomu so najverjetneje posledica zdrsa polimeraze in nepravilnega parjenja sosednjih ponovitev med matrično verigo in hčerinsko verigo. Zaradi zdrsa namreč nekaj ponavljajočih se enot izstopi in tvori zanko, ki se pri naslednjem ciklu vgradijo v DNA ali pa se v določenih primerih iz DNA odstranijo. Če pride do izstopa na matrični verigi, se ponavljajoče se zaporedje skrajša za toliko enot, kolikor jih je izstopilo. Lahko pa pride do izstopa na hčerinski verigi in takrat pride v naslednjem ciklu do podaljšanja ponavljajočega se zaporedja.

=='''Ponavljajoča se zaporedja pri evkariontih'''==

Pri evkariontih je ponavljajočih se zaporedij več, saj je evkariontski genom kompleksnejši od prokariontskega. Tako kot pri prokariontih je njihov nastanek povezan z napakami pri procesu replikacije DNA, in sicer predvsem s procesom zdrsa polimeraze. S tem procesom je povezano predvsem podvojevanje kratkih ponavljajočih se elementov, medtem ko je za daljša ponavljajoča se zaporedja značilno neenakovredno prekrižanje oz. “crossing-over”. Pri evkariontih se pojem ponavljajočih se zaporedij pogosto enači s pojmom transpozicijski elementi (TE; ang: “Transposable Elements”), saj se večina ponavljajočih se zaporedij lahko s transpozoni premika po genomu, vendar mobilnost ni značilna za vsa ponavljajoča se zaporedja. Glavna skupna značilnost transpozicijskih elementov je, da se lahko podvajajo in prestavljajo neodvisno od celičnega cikla.

==='''Razvrstitev'''===

Tako kot pri prokariontih tudi pri evkariontih razdelimo ponavljajoča se zaporedja v več skupin. Te skupine se razlikujejo predvsem v dolžini zaporedij in v njihovi mobilnosti. V grobem ločimo tri velike skupine:

*'''retroelementi''' so elementi, ki se prestavljajo po genomu z vmesno pretvorbo v RNA intermediat. Element se torej najprej prepiše kot RNA intermediat in se med transpozicijo ne izreže iz donorske DNA. Zaradi tega vsaka transpozicija privede do večjega števila ponovitev v genomu, kar predstavlja mehanizem kopiraj in prilepi. Retroelemente razdelimo na 3 podskupine:
**''dolgi razpršeni jedrni elementi'' (LINE; “Long Interspersed Nuclear Elements”) predstavljajo pri človeku približno 17% genoma. Vsebujejo dve kodirajoči regiji, ki kodirata proteine, ki so potrebni za transpozicijo. Transpozicijo omogoči endonukleaza, ki zareže v eno verigo DNA in to verigo nato reverzna transkriptaza uporabi kot matrico za tvorbo RNA intermediata. Takšen način retrotranspozicije naj bi bil odločilen za večino aktivnosti reverzne transkriptaze v genomu.
**''kratki razpršeni jedrni elementi'' (SINE; ang: “Short Interspersed Nuclear Elements”) so med 100 in 400 bp dolga zaporedja, ki se prav tako prestavljajo po genomu preko retrotranspozicije. Vsebujejo promotor za polimerazo III in ne kodirajo nobenih proteinov, zato spadajo med neavtonomne transpozone ter uporabljajo proteine, ki jih kodirajo LINE. Večina teh zaporedij izhaja iz tRNA zaporedij, pri čemer so izjema Alu elementi, ki izhajajo iz 7SL komponente SRP (ribonukleoprotein, ki prepozna signalno zaporedje proteinske molekule in jo usmerja na SRP receptor). Ti Alu elementi predstavljajo približno 11% človeškega genoma in vsebujejo prepoznavno mesto za restrikcijski encim AluI.
**''dolgi terminalni ponavljajoči se retrotranspozoni'' (LTR retrotranspozoni; ang: “Long Terminal Repeat retrotransposons”) so podobni retrovirusom in so obdani z dolgimi terminalnimi ponovitvami, ki vsebujejo transkripcijske regulatorne elemente, ki poganjajo izražanje vsaj dveh odprtih bralnih okvirjev. Ta bralna okvirja vsebujeta zaporedji, ki sta podobni gag (geni za skupinsko specifične antigene pri retrovirusih) in pol (geni za encime pri retrovirusih) genom. Pri človeku LTR transpozoni predstavljaj približno 8% genoma in se prestavljajo preko reverzne transkripcije retrotranspozonske RNA in integracije nastale cDNA na novo mesto v genomu s pomočjo encima integraze.
*'''DNA transpozoni''' so prav tako transpozicijski elementi, ki pa se prestavljajo s pomočjo bolj konservativnega izreži in prilepi mehanizma. Pri tem mehanizmu pride do izreza zaporedja iz donorske molekule DNA, zato vstavitev na drugo mesto v genomu ne privede do povečanja števila ponovitev v genomu. Najpreprostejši DNA transpozoni so sestavljeni iz zaporedja, ki ga obdaja gen za transpozazo, ki katalizira mehanizem izreži in prilepi. Pri človeku predstavljajo ti transpozoni 2-3% celotnega genoma in poskusi kažejo, da so zelo neaktivni, saj ni nikakršnih indikatorjev njihove aktivnosti v zadnjih 50 milijonih let.
*'''tandemske ponovitve DNA''' so edina oblika ponavljajočih se zaporedij, ki ni sposobna premestitve po genomu. Te tandemske ponovitve sestavljajo satelitna DNA, ki je pomembna za organizacijo centromer in konstitutivnega heterokromatina, minisateliti in krajši mikrosateliti, ki se oboji uporabljajo kot genski markerji pri iskanju prstnih odtisov DNA. Termin tandemska ponovitev pomeni, da ponovitve, ponavljajoče se enote zaporedja, ostanejo povezane med seboj znotraj genoma.

==='''Vloga'''===

Ponavljajoča se zaporedja naj bi imela pomembno vlogo v organizmu pri vzpostavljanju centromer in konstitutivnega heterokromatina. S ponavljajočimi se zaporedji oziroma natančneje s transpozicijskimi elementi naj bi bili povezani tudi zelo veliki genomi (večji od 20 Gb). Pri teh genomih je transpozicijskih elementov sicer veliko, vendar je skozi leta potekla njihova akomodacija preko inaktivacije in razpada, zato je danes te elemente težko natančno določiti, saj so skozi proces akomodacije postali zelo divergentni. Poleg tega zadnje raziskave kažejo, da so ta zaporedja pomembna tudi pri procesu podaljševanja intronov v genomu. V splošnem njihova vloga sicer ni ključna, saj podaljševanje intronov ostaja konstantno tudi brez ponavljajočih se zaporedij, lahko pa njihova prisotnost podaljševanje pospeši. Manj pomembna je satelitna DNA, saj je zelo kratka in njena vstavitev ne vpliva ključno na velikost intronov. Na velikost intronov veliko bolj vplivajo LINE in LTR retrotranspozoni, ki so veliko daljši od satelitne DNA. Pomembna vloga ponavljajočih se zaporedij je tudi pri regulaciji transkripcije, saj novejše študije kažejo, da so se skozi proces evolucije določeni transpozicijski elementi preoblikovali v cis regulatorne elemente. Transpozicijska zaporedja torej tvorijo določene promotorje, ojačevalce, inzulatorje in so tudi vir novih vezavnih mest za transkripcijske faktorje. Ker je njihova pojavnost v teh regulatornih elementih posledica naključnih mutacij, so tudi pomemben faktor za nastanek novih regulatornih regij.

Kljub vsemu pa ponavljajoča se zaporedja ne predstavljajo le prednosti za genom, ampak so povezana tudi z določenimi boleznimi. Ker je večina teh zaporedij sposobna avtonomnega premikanja po genomu, ki poteče neodvisno od celičnega cikla, lahko to vodi v nestabilnost genoma, kar je povezano tudi s pojavljanjem raka. Poleg tega določene študije kažejo, da so v povezavi z epigenetiko, ta zaporedja pomembna tudi pri Alzheimerjevi bolezni, saj je bila pri bolnikih s to boleznijo zmanjšana metilacija LINE zaporedij glede na kontrolno skupino. Najbolj znana bolezen, ki je neposredno povezana s ponavljajočimi se zaporedji, pa je Huntingtonova bolezen pri kateri gre za ponovitve zaporedja CAG (kodira glutamin) v genu za protein hungtingtin. Poleg te bolezni gre za ponovitev trinukleotidnega zaporedja tudi pri miotonični distrofiji, ko pride do ponovitev elementa CTG na 3’-koncu neprevedljive regije gena za protein DMPK (distrofična miotonična protein kinaza; ang: “Dystrophia Myotonica Protein Kinase”) na kromosomu 19. Določene raziskave pa se osredotočajo tudi na potencialno regulatorno vlogo minisatelitov, saj naj bi bila različna dolžina teh elementov znotraj gena za inzulinski promotor povezana z različnimi tipi diabetesa.

=='''Zaključek'''==

Od prvega opisa transpozicijskih elementov leta 1940 smo v 70 letih dosegli pomembne premike v razumevanju njihove vloge. Čeprav so sprva veljali, skupaj z ostalimi ponavljajočimi zaporedji, le za parazitsko DNA, ki porablja prostor na genomu in ne opravlja nobene funkcije, danes vemo, da je njihova vloga zelo raznolika in predstavlja tako evolucijske prednosti kot slabosti. Še vedno obstaja velik potencial na področju ponavljajočih se zaporedij, še posebej glede njihove povezave s pojavljanjem različnih oblik raka.

=='''Viri'''==

*Di Nocera, P. P. in drugi. GTAG- and CGTC-tagged palindromic DNA repeats in prokaryotes. BMC Genomics, 2013, letn. 14, str. 522 – 543
*Van Belkum, A. in drugi. Short-Sequence DNA Repeats in Prokaryotic Genomes. Microbiology and Molecular Biology Reviews, 1998, letn. 6, str. 275 – 293
*Ivics, Z. in Izsvák, Z. Editorial: Repetitive elements and genome instability. Seminars in Cancer Biology, 2010, letn. 20, str. 197 – 199
*De Souza, F. S. J. in drugi. Exaptation of Transposable Elements into Novel Cis-Regulatory Elements: Is the Evidence Always Strong? Molecular Biology and Evolution, 2013, letn. 30, str.1239–1251
*Metcalfe, C. J. in Casane, D. Accommodating the load: The transposable element content of very large genomes. Mobile Genetic Elements, 2013, letn. 3, str. 4 – 11

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Struktura kromatina

2014-03-21T20:48:45Z

Eva Vidak: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2013/14 namenjeni obravnavi strukture kromosomov oziroma kromatina, od strukturnih do regulatornih tem. Čeprav osnovno strukturo kromosomov že poznate, je sodobna molekularna biologija ves čas na sledi novim spoznanjem, ki nam omogočajo bolj podroben vpogled v delovanje in fleksibilnost kromatina.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli predvidoma konec aprila in v začetku maja. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Čeprav tema do neke mere sega na področje celične biologije, je predvsem molekularnobiološka. Zato izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere biološke molekule sodelujejo pri vzpostavljanju strukture kromatina, njegovi plastičnosti (kondenzacija, dekondenzacija) in dinamičnosti (aktivni/neaktivni kromatin) ter uravnavanju transkripcije. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili. Izhodišče, ki ga ni treba ponovno razlagati, je nukleosomska struktura evkariontskega kromatina ter osnovne stopnje kompaktiranja kromatina in razumevanje osnov dodatnega zvitja pri bakterijskem kromosomu.

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 17.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 23.4., 5 - 8 25.4., 9 - 12 7.5. in 13 - 16 9.5.2014. Vsaka skupina ima za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

# Značilnosti bakterijskih kromosomov
# Medmolekulske interakcije znotraj nukleosomov
# Značilnosti kromosomskih ogrodij
# Kompaktiranje kromosomov
# Proteini, ki stabilizirajo kondenzirane kromosome
# Biokemijska struktura centromerov in njihove interakcije
# Biokemijska struktura telomerov
# Telomeraze
# Kromatin in replikacija genoma / nukleosomi med replikacijo
# Kromosomske domene in kontrolne regije lokusov (LCR)
# Posttranslacijske modifikacije histonov in njihov pomen
# Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen
# Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov
# Ponavljajoča se zaporedja v genomu
# Organizacija genov v kromatinu
# Posebnosti kromosomov X in Y / bolezni, povezane s tema dvema kromosomoma

===Skupine===

Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (skupine oblikujte do 31.3. opolnoči - imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 1. Biokemijske značilnosti bakterijskih kromosomov (Janez Gorenc, Petra Novak)

# Značilnosti bakterijskih kromosomov
# Medmolekulske interakcije znotraj nukleosomov
# Značilnosti kromosomskih ogrodij
# Kompaktiranje kromosomov
# Proteini, ki stabilizirajo kondenzirane kromosome (Toni Nagode, Simon Bolta)
# Biokemijska struktura centromerov in njihove interakcije (Maja Zupančič, Alja Zgonc)
# Biokemijska struktura telomerov (Tim Božič, Ema Guštin, Luka Kavčič)
# Telomeraze (Urša Kapš, Mojca Kostanjevec, Katjuša Triplat)
# Kromatin in replikacija genoma / nukleosomi med replikacijo (Jure Fabjan, Vid Jazbec, Mojca Juteršek)
# Kromosomske domene in kontrolne regije lokusov (LCR)
# Posttranslacijske modifikacije histonov in njihov pomen (Peter Prezelj, Filip Mihalič)
# Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen (Rok Ferenc, Ana Cirnski, Vesna Radić)
# Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov
# Ponavljajoča se zaporedja v genomu (Eva Vidak)
# Organizacija genov v kromatinu
# Posebnosti kromosomov X in Y / bolezni, povezane s tema dvema kromosomoma (Sara Košenina, Ana Krišelj, Sabina Štukelj)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Reprogramiranje celic]].

BIO2 Povzetki seminarjev 2013

2013-11-29T22:19:56Z

Eva Vidak: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2013/2014 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2013/2014 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2013 stran]

===Mojca Kostanjevec: Mitohondrijske reaktivne kisikove spojine===

Mitohondrij je celični organel, v katerem potekajo poglavitni metabolični procesi v celici. Med celično oksidacijo molekul elektroni v elektronski prenašalni verigi omogočajo prenos protonov skozi proteinske komplekse, ta pa zagotavlja ATP sintezo in redukcijo molekularnega kisika v vodo. Med temi procesi pa nastajajo tudi stranski produkti – reaktivne kisikove spojine. To so visoko reaktivni prosti radikali, ki vsebujejo kisikove ione ali perokside. Te spojine so dolgo časa veljale le za škodljive in toksične, novejše raziskave pa dokazujejo, da so ob primerno visokih koncentracijah v celici lahko tudi pomembni intermediati in signalne molekule. Med okoljskim stresom ali preko zunanjih dejavnikov (npr. ionizirajoče sevanje) koncentracije teh spojin močno narastejo. To povzroči obsežne poškodbe celičnih struktur – tovrstno stanje imenujemo oksidativni stres, kar pa lahko vodi v celično smrt oziroma apoptozo. Toda reaktivne kisikove spojine kljub vsemu še vedno ostajajo nepogrešljiv del mnogih celičnih funkcij. V primeru hipoksije so npr. ravno te kisikove spojine tiste, ki v največji meri regulirajo primeren celični odziv. Reaktivne kisikove spojine inhibirajo aktivnost encima PHD2, kar omogoča stabilizacijo HIF-α podenot in ustrezno transkripcijsko aktivacijo. Te spojine obenem nadzorujejo tudi aktivnost AMPK. AMPK fosforilira enega izmed največjih porabnikov energije v celici – Na/K črpalko, to pa v vodi v endocitozo in deaktivacijo omenjenega proteinskega kompleksa. S tem se posledično zmanjša poraba energije v celici. Reaktivne kisikove spojine, ki nastajajo v mitohondrijih, tako na različne načine prispevajo k metabolizmu celic.

===Tajda Buh: Mutacije izocitrat dehidrogenaze 1 in 2 pri raku===

IDH sodeluje pri pomembnih presnovnih poteh. IDH je asimetričen homodimer, ki lahko prehaja iz neaktivne odprte v aktivno zaprto konformacijo. Poznamo tri vrste izocitrat dehidrogenaz. IDH3 se nahaja v mitohondriju in katalizira prehod izocitrata v α-ketoglutarat, hkrati poteče redukcija NAD+ v NADH. IDH2 se prav tako nahaja v mitohondriju, IDH1 pa najdemo v citosolu in peroksisomih. Obliki 1 in 2 reducirata NADP+ v NADPH. Mutacije se pojavljajo samo pri IDH1/2, ne pa tudi pri IDH3. Mutirana IDH lahko pridobi novo aktivnost, to je kataliziranje pretvorbe α-ketoglutarata v 2-hidroksiglutarat, aktivnost encima pa se lahko tudi močno zmanjša. Nova aktivnost povzroči prekomerno sintezo 2-hidroksiglutarata. Povečanje koncentracije slednjega pa vpliva na α-ketoglutaratno odvisne presnovne encime, kot sta prolil hidroksilaza in histonska demetilaza. Študije so do tega trenutka potrdile prisotnost mutirane IDH1 in IDH2 v nižjih stopnjah glioma, v sekundarnem glioblastomu in v akutni mieloični levkemiji.

===Vid Jazbec: Vpliv mašobnih kislin na rakave celice===

Celice ob tvorbi rakastega obolenja spremenijo svoje delovanje. Predvsem je to vidno v metabolizmu, ki je v rakastih celicah spremenjen. Novejše raziskave dokazujejo, da je odvisnost metabolima odvisna od maščobnih kislin v večji meri, kot je bilo domnevano do sedaj. Metabolizem maščobnih kislin, predvsem beta oksidacijo, rakave celice izkoristijo ob pomanjkanju ATP, kot je pokazano pri celicah z igubo stika t izvenceličnim matriksom. Proces beta oksidacije je prav tako pomemben tudi kot proces, ki vodi v nastanek NADPH, ki se potrebuje za soočanje celice z metabolnim stresom reaktivnih kisikovih zvrsti ter rast in razvoj. Za v uvodu naštete značilnosti rakavih celic pa so poleg samega procea beta oksidacije in produktov tega procesa pomembni tudi proteini, ki spremljajo ta proces. Ti so ob nastopu rakavega obolenja deregulirani in večinoma preprečujejo prehod obolele celice v apoptozo.
Raziskave pa so pokazale tudi problem dosedajšnje dogme, pri kateri sta beta oksidacija maščobnih kislin in njihova sinteza med seboj izključujoča procesa odvisna od ACC. To zavračajo raziskave rakavih celic, pri katerih se oba procesa vršita istočasno in sta enako pomemba za delovaje in ravoj celice.
Nove raziskave na področju rakavih obolenj pa so pomembne predvsem za zdravljenje bolezni.

===Rok Ferenc: Medsebojne fizične povezave encimov TCA cikla v Bacillus subtilis===

Večina proteinov živih celic deluje v kompleksih, ne posamično. Poleg stalnih proteinskih kompleksov znanstveniki po zaslugi naprednejših eksperimentalnih tehnik odkrivajo tudi medproteinske interakcije bolj prehodne narave, značilne predvsem za metabolične poti. V raziskavi se osredotočijo na formacijo metabolona (skupka proteinov) v citratnem ciklu Bacillus subtilis, ki je zelo pomemben modelni organizem in vir proizvodnje vitaminov in encimov za pralne praške. Ta bi pripomogel k organiziranosti metabolnih poti v sicer kaotični notranjosti prokariontskih celic brez organelov.
Dokazan je bil obstoj metabolona v ciklu trikarboksilnih kislin, v katerega se povezuje tudi nekaj encimov anabolizma, katerih substrati so intermediati TCA cikla (citratni cikel). V metabolonu obstaja jedro iz treh encimov: citrat sintetaze, malat dehidrogenaze in izocitrat dehidrogenaze. Interakcija med encimi glukoneogeneze, bolj natančno med malat dehidrogenazo in fosfoenol piruvat karboksikinazo je uravnavana s strani razlik v koncentracijah intermediatov glikolize in TCA cikla, torej za formacijo metabolona ni potreben noben zunanji signal, le povečana koncentracija ustreznih substratov.

===Sara Košenina: Zdravljenje hipoksije in z njo povezanega nastanka raka preko citratnega cikla===

Hipoksija je stanje, ko celice in tkiva ne dobijo dovolj kisika, zato pride do motenj v delovanju organa ali pa celo celotnega organizma. Ljudje smo za prilagoditev na hipoksijo razvili mehanizem, ki je reguliran preko heterodimernega proteinskega kompleksa HIF-1. Glavna podenota je HIF-1α, saj je občutljiva na kisik. Aktivnost HIF-1 je regulirana z različnimi mehanizmi, eni so odvisni od hipoksije, drugi pa so od nje neodvisni. Slednji so pomembni pri razvoju in napredovanju tomorjev. Eden od hipoksije neodvisnih regulatorjev je tudi piruvat, ki je začetni substrat cikla citronske kisline. V hipoksičnih pogojih pride do motenj v elektronskem transportu, zato je proizvodnja ROS (reaktivnega kisika) povečana. To je kompenzira z uravnavanjem piruvat dehidrogenaznega kompleksa (PDH) s piruvat dehidrogenazo kinazo (PDK1). Raziskave so pokazale, da etil piruvat poveča stabilnost HIF-1 s stimulacijo proizvodnje ROS v mitohondriju in blokira s pVHL regulirano razgradnjo HIF-1. Indukcija HIF-1 z etil piruvatom je povezana s pospeševanjem citratnega cikla. Etil piruvat pospeši tako citratni cikel kot tudi proizvodnjo ROS v mitohondriju. Rezultati raziskav podpirajo obstoj regulatornega mehanizma za prilagoditev na hipoksijo, pri katerem PDK1 deaktivira PDH kompleks in inhibira cikel citronske kisline in na ta način zmanjša proizvodnjo ROS. Vse te ugotovitve bi lahko pripomogle k zdravljenju hipoksije in z njo povezanega razvoja raka. Potrebnih bo še veliko raziskav, preden se bo lahko etil piruvat uporabljalo v klinične namene.

===Tjaša Bensa: α-ketoglutarat dehidrogenazni kompleks in nevrodegenerativne bolezni===

α-ketoglutarat dehidrogenazni kompleks (KGDHC) je en izmed encimov v Krebsovem ciklu. V procesu oksidativne dekarboksilacije katalizira reakcijo α-ketoglutarat + NAD+ + CoA-SH -> sukcinil-CoA + NADH + H+ + CO2.
Sestavljen je iz 3 podenot: α -ketoglutarat dehidrogenaze (E1), dihidrolipoil sukcinil transferaze (E2) in dihidrolipoil dehidrogenaze (E3). E3 podenota oksidira NADH v NAD+.
Reaktivne kisikove spojine oziroma reaktivne kisikove zvrsti (ROS) so zelo reaktivni prosti radikali, snovi ali molekule s kisikom. Najpogostejši ROS sta O2- (superoksid) in H2O2 (vodikov peroksid). ROS lahko reagirajo s sestavinami celice, zelo radi pa napadejo tudi KGDHC. Oksidativni stres se pojavi v našem telesu zaradi povečane koncentracije ROS. Povzroča različne bolezni, naprimer Alzheimerjevo bolezen, Parkinsonovo bolezen, diabetes, revmatoidni artritis in nevrodegeneracijo. Po drugi strani pa tudi sam KGDHC proizvaja kisikove spojine in tako se ustvari začarn krog. Ker je vse regulirano, že ob najmanjši spremembi v metabolizmu pride do proizvodnje ROS in povzročitve oksidativnega stresa.

===Filip Mihalič: Pomen MicroRNA molekul v metabolizmu in metabolnih nepravilnostih===

MicroRNA molekule, so vrsta nekodirajočih RNA molekul dolgih približno 22 nukleotidov, in imajo celo vrsto zelo pomembnih funkcij za razvoj organizma, ter za ohranjanje metabolne homeostaze v le tem. Primarno delujejo kot zaviralec transkripcije mRNA, s tem da se nanjo vežejo, in s tem ribosomu ne pustijo prepisovanja v proteine. Prve miRNA molekule so odkrili okoli leta 1990 v glisti Caenorhabditis elegans vendar njihove vloge kot enega pomembnejših metabolnih regulatorjev niso prepoznali do začetka dvajsetega stoletja. Najdemo jih v skoraj vseh bioloških procesih povezanih z ekspresijo mRNA, od metabolizma lipidov in holesterola do inzulinske signalizacije. Njihov vpliv je velikokrat povezan z transkripcijskimi faktorji, s katerimi sodelujejo v težnji po ravno pravšnji ekspresiji genov. So dokaj pred kratkim odkrita skupina molekul, zato še niso dobro raziskane, in mehanizmi njihovega delovanja še niso povsem pojasnjeni. Najbolje sta raziskana prav vpliva na lipidno in inzulinsko homeostazo, na kateri se bom osredotočil v seminarju. Do sedanje raziskave miRNA pa so predlagale njihovo veliko uporabnost v farmaciji ter kasneje medicini, saj njihovo nepravilno delovanje privede do bolezni kot so huda predebelost, inzulinska neodzivnost (diabetes tipa 2), zamaščena jetra itd.

===Vita Vidmar: Vloga pentozafosfatne poti v metabolizmu rakavih celic===

Pentozafosfatna pot v celicah zagotavlja NADPH, ki je potreben za ohranjanje redukcijskega okolja v celici in za redukcijske biosinteze, ter riboza 5-fosfat, ki je prekurzor za sintezo nukleotidov in se po potrebi lahko reciklira nazaj v glukoza 6-fosftat. Ta v celicah poteka v majhnem obsegu, saj je skrbno regulirana, predvsem z negativnimi regulatorji.
V rakavo spremenjenih celicah zaradi poslabšane regulacije pentozafosfatna pot poteka v povečanem obsegu, kar jim omogoča pomembne prednosti. Ker proizvedejo velike količine NADPH in riboza 5-fosfata, jim to omogoča preživetje in hitrejše razmnoževanje, vpliva pa tudi na širjenje metastaz in angiogenezo (rast novih krvnih žil proti tumorju).
Poznavanje vloge pentozafosfatne poti v metabolizmu rakavih celic lahko pripomore k odkritju učinkovitejšega načina zdravljenja rakavih obolenj.

===Gregor Gunčar: Do what you want, but post your abstract here!===

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Suspendisse sed justo congue, faucibus metus in, sodales tellus. Nulla nec erat in mauris condimentum rutrum. Maecenas vel scelerisque velit, at tincidunt massa. Praesent molestie euismod diam quis iaculis. Etiam non diam malesuada, pellentesque massa id, feugiat nulla. Integer eget euismod purus. Sed dignissim lectus quis fermentum ultrices. Nunc quis scelerisque ligula, nec laoreet justo. Morbi vitae felis in nibh commodo iaculis quis ac turpis. Nam feugiat a dui a faucibus.

Cras et elementum urna. Proin vel tortor sit amet urna facilisis ultrices lobortis sit amet neque. Sed luctus convallis urna, pulvinar ullamcorper sem adipiscing sit amet. Nullam fringilla ante est. Praesent viverra tortor vel felis convallis, non placerat enim condimentum. Suspendisse rutrum fermentum odio, in molestie risus consectetur ac. Sed interdum neque ultricies, fermentum tortor quis, consequat est. Sed vel faucibus felis.

===Ema Guštin: Warburgov efekt in možnosti za zdravljenje raka===

Otto Heinrich Warburg je bil začetnik kvantitativnih raziskav metabolizma rakavih celic, ukvarjal pa se je tudi s fotosintezo in s celičnim dihanjem. Okoli leta 1920 je s sodelavci pokazal, da v aerobnih pogojih tumorska tkiva v mlečno kislino oz. laktat pretvorijo približno desetkrat več glukoze kot celice normalnega tkiva. Ta pojav danes imenujemo Warburgov efekt. Vendar pa je za to povečanje aerobne glikolize v rakavih celicah pogosto napačno mišljeno, da se zgodi namesto mitohondrijskega dihanja, in je bilo napačno interpretirano kot dokaz za poškodbe dihanja, čeprav gre v resnici za poškodbe v regulaciji glikolize. Pravzaprav mnoge vrste rakov kažejo Warburgov efekt in pri tem ohranijo mitohondrijsko dihanje. Warburgova opažanja v povezavi s sedanjimi koncepti metabolizma raka tesno povezujejo s spremembami na mitohondrijski DNK, onkogeni in zaviralci tumorjev, torej bi njegovo hipotezo lahko izkoristili za zdravljenje raka.

===Maja Zupančič: Menin: ogrodni protein, ki nadzoruje eksoresijo genov in celično signalizacijo===

Z razrešitvijo kristalne strukture proteina menina, sta Huang in Murai ugotovila, da spada v skupino ogrodnih proteinov. Nahaja se v jedru, v manjših koncentracijah pa ga lahko najdemo tudi v citoplami, izražen pa je v vseh tkivih. Kristalno strukturo jedrnega proteina menina lahko opišemo z obliko zavite leve roke, kjer N-domena predstavlja β-lasnično zanko, zgornja domena palec in osrednja domena predstavlja dlan. Ko menin reagira z peptidom MLL1 ali transkripcijskim faktorjem JunD, se povežeta v globoki žep, ki ga oblikuje struktura menina. Menin reagira s številnimi proteini (JunD, MLL1, TGFβ, SUMO, β-katenin,…) in tako vpliva na espresijo genov in celično signalizacijo. Menin sodeluje tudi pri številnih signalnih poteh,, kot so signalna pot transformirajočega rastnega faktorja β, kostnega morfogenetskega proteina, kanonične poti Wnt in signalizacija jedrnega receptorja. Pri ljudeh je protein menin kodiran z genom MEN1. Če pride do mutacije tega gena, se pojavi dedna bolezen multipla endokrina neoplazija ali Wermerjev sindrom, za katerim vsako leto zboli 1 na 30 000 ljudi. Pri multipli endokrini neoplaziji pride do tvorbe številnih tumorjev v različnih endokrinih organih. Bolezen ni ozdravljiva, lahko pa zdravimo tumorje, ki nastanejo. Z zgodnjim odkritjem bolezni in primernim ter efektivnim zdravljenjem, se prognoza lahko izboljša.

===Vesna Radić: Vloga betatrofina pri zdravljenju diabetesa===

Uveljavljen način zdravljenja sladkorne bolezni tipa 2 je dnevni vnos inzulina v telo z injekcijami in do nedavnega je prevladovalo mnenje, da alternative temu ni. Nova študija o delovanju beta celic trebušne slinavke pod vplivom hormona betatrofina namiguje, da so temu šteti dnevi.
Na Harvard Stem Cell Institute so z uporabo peptida, ki se veže na inzulinske receptorje spodbudili odpornost na inzulin in tako identificirali hormon betatrofin. Je peptidni hormon, najden v jetrih in maščevju miši, pri človeku pa le v jetrih. Pri ljudeh se ga da izslediti z metodo western blottinga. Posredno naj bi zvišal stopnjo razmnoževanja beta celic pankreasa v procesu celične delitve.
Za ugotovitev, ali betatrofin res vpliva na stopnjo razmnoževanja beta celic, so uporabili injekcijo v veno repa, da bi prenesli izražanje betatrofina v jetra – eno od običajnih mest njegovega delovanja - povišana stopnja pomnoževanja je bila tako drastična, da so lahko zlahka prepoznali otočke in beta celice pri majhni povečavi
Pomembna lastnost zdravljenja s tem hormonom je ta, da je betatrofin zelo specifičen; ne vpliva na druga tkiva in tako bi prišlo do manj zapletov, saj bi telo proizvajalo lasten inzulin. Poleg tega prednost tudi ta, da je ta študija podlaga za razvoj klinično uporabnih celic z reprogramiranjem odraslih beta celic trebušne slinavke brez uporabe izvornih celic.

===Luka Kavčič: Vloga glikolitičnega regulatornega encima PKM2 v metabolizmu rakave celice===

Piruvat kinaza (PK) je encim, ki katalizira zadnjo stopnjo glikolize, pretvorbo fosfoenolpiruvata (PEP) v piruvat in s tem fosforilacijo ADP v ATP. Izocimska oblika M2 je pomembna v metabolizmu rakavih celic, saj zaradi manjše aktivnosti v primerjavi z M1 obliko omogoča manjši pretok skozi glikolizo ob enaki absorpciji glukoze iz krvi, kar vodi do akumulacije glikoliznih intermediatov. Ti so tako bolj dostopni biosinteznim potem v celici, kar ji omogoča hitro celično delitev ter razvoj tumorja. Prav tako je pomemben pri odzivu na oksidativni stres, saj z svojo oksidacijo posredno omogoča aktivacijo pentoza-fosfate poti, v kateri nastaja NADPH, kar predstavlja zadosten redukcijski potencial za vzpostavitev homeostaze.
Pod določenimi pogoji se lahko PKM2 translocira v jedro, kjer deluje kot transkripcijski regulator s svojo protein kinazno aktivnostjo ter fosforilira transkripcijske faktorje, kot so Stat3, histon 1 in histon 3. Ugotovljeno je bilo, da lahko fosforilacijo proteinov izvaja le v dimerni obliki, katera je najbolj zastopana oligomerna oblika PKM2 v jedru. Zaradi svoje prisotnosti v skoraj vseh rakavih celicah, je PKM2 atraktivna tarča zdravljenja. Zadnje raziskave kažejo na testiranje različnih aktivatorjev, ki bi z povečano aktivnostjo encima preprečile kopičenje surovin za izgradnjo ter s tem zmanjšale rast tumorja.

===Ana Krišelj: Signalna pot sfingozin-1-fosfata in njegova vloga v boleznih===

Sfingozin-1-fosfat (S1P) je signalna molekula, ključna za regulacijo mnogih celičnih procesov, med katere spadajo tudi celična rast in diferenciacija, apoptoza, migracija celic in mitoza. Nastane s fosforilacijo sfingozina, proces pa je reguliran preko sfingozin kinaze (SK), ki v celicah nastopa v dveh izooblikah – SK1 in SK2.
S1P lahko deluje znotraj ali zunajcelično - lahko se veže na proteine v celicah (HDAC1/2, TRAF2..) ali na membranske receptorje S1PR1-5, ki spadajo v družino z G-proteini sklopljenih receptorjev. Zaradi kompleksne regulacije je S1P možen povzročitelj bolezni, ki se kot le-te izrazijo zaradi napak v mehanizmu delovanja same signalne poti, bodisi zaradi SK ali S1PR receptorjev. Napake se izrazijo kot vrsta kardiovaskularnih (ateroskleroza), vnetnih (astma, multipla skleroza), rakavih in nekaterih drugih obolenjih (diabetes, ishemija).
Vloga S1P in razumevanje molekularnega mehanizma teh bolezni torej ponuja nova področja in možnost raziskovanja v smeri odkrivanja potencialnih zdravil.

===Katjuša Triplat:Signalizacija s člani TGF –ß pri žilni morfogenezi in boleznih===
TGF-β je vrsta citokina, ki uravnava proliferacijo, celično diferenciacijo in druge funkcije v večini celic. Transformirajoči rastni faktor – ß (TGF–ß) naddružina je velika skupina beljakovin, ki jo sestavlja 33 različnih članov, ki vključujejo: TGFß – proteine, kostne morfogenetične proteine (BMP), rastne diferenciacijske faktorje (GDF), aktivine, inhibine, nodalne in »lefty« proteine ter Müllerjevo inhibitorno substanco (MIS). Člani družine transformirajočih rastnih faktorjev – ß (TGF–ß) igrajo pomembno vlogo pri razvoju zarodka, homeostazi odraslega in pri različnih boleznih. Ti citokini izzovejo svoje učinke na celice preko specifičnih serin/treonin kinaznih receptorjev tipa I in II ter intracelularnih transkripcijskih foktorjev Smad in s tem povzročijo signalno kaskado. Prenos signalov lahko poteka po Smad – odvisni ali Smad – neodvisni poti. TGF-ß signalna pot kontrolira celično proliferacijo, prepoznavanje, diferenciacijo, apoptozo in specifikacijo razvojne usode med embriogenezo in v zrelih tkivih. Inaktivacija te poti tako prispeva k tumorogenezi. Genetske študije na miših in ljudeh so pokazale pomembno vlogo TGF-β signalnih elementov v žilni morfogenezi in njeni disfunkciji. Izguba TGF-β signalnih elementov privede, zaradi nepravilnega nastanka kapilar ali okvarjene diferenciacije in pridobivanja gladko mišičnih celic, do nenormalnega nastanka primitivnega žilnega pleteža in zmanjšane integritete žilnih sten.

===Urša Kapš: Uravnavanje maščob: lipidi in človeške bolezni===

Za življenje je pomembno uravnavanje metabolične energije. V mnogih organizmih so celične lipidne kapljice in trigliceridi največji shranjevalci energije. Preobilica zalog ali pomanjkanje tvorjenja in obnavljanja maščob vodijo do številnih človeških bolezni, kot so lipodistrofija (genetske okvare v lipidnih zalogah), rakava kaheksija (kompleksen metabolični sindrom, povezan z nenadno izgubo zaloge lipidov), prekomerna debelost, steatoza jeter (bolezen zamaščenih jeter) in kardiovaskularne bolezni (bolezni srca in ožilja, najpogostejša je ateroskleroza = poapnenje žil). Nevaren je tudi nastanek penastih celic (makrofagi, ki imajo nakopičeno veliko količino holesterolnih estrov), ki zamašijo žilo. Maščoba je shranjena v lipidnih kapljicah, vendar je, kljub njihovi pomembnosti za celico in fiziologijo organizma, relativno malo znano o njihovih mnogih osnovnih procesih v različnih tkivih. Pomembni proteini, ki regulirajo zalogo lipidov in številni geni, ki kodirajo proteine lipidnih kapljic, ki so povezani z metaboličnimi boleznimi, so že identificirani. Na primer BSCL2 so geni, ki kodirajo transmembranski protein seipin, katerega funkcija je izražena v lipidni biosintetski poti. V zadnjem času se je zanimanje in število raziskav na področju zalog lipidov, raznih novih pristopov za zdravljenje bolezni, povezanih s premalo ali preveliko zalogo maščob, drastično povečalo, kar nas bo pripeljalo do novih dognanj in boljšega znanja na tem področju znanosti.

===Tim Božič: Motorični protein z regulacijo serotoninskega receptorja vpliva na razpoloženje ===

Hormon serotonin nastane iz triptofana s pomočjo triptofan hidroksilaze in aktivira serotoninske receptorje, ki se nahajajo v živčnih celicah. Aktivirani, regulirajo številne druge nevrotransmitorje in hormone, ki vplivajo na naše razpoloženje. Serotoninski receptorji pravilno funkcionirajo le, kadar so izraženi na površini živčnih celic. Površinsko izražanje teh je pogojeno z motoričnimi proteini, kinezini, ki so sestavljeni iz glave, pecljatega dela in repa. Ti najprej vežejo vezikel serotoninskih receptorjev na svojo FHA domeno, nato pa se s tristopenjskim procesom, pri katerem je potrebna energija (v obliki ATP), pomikajo po mikrotubulih do plazmaleme. V primeru okvare kinezinskih transporterjev se vezikli s serotoninskimi receptorji akumulirajo v citoplazmi. Posledica je abnormalno vedenje osebkov, ki kaže na simptome tesnobe. Simptome je mogoče zdraviti z antidepresivi SSRI, kot so Prozac, Celexa, Luvox, Zoloft, Paxil, Lexapro in drugi. Ti z vezanjem na serotoninski transporter povečajo raven serotonina izven celice. Kljub temu mehanizem delovanja SSRI antidepresivov v celoti še ni poznan.

===Domen Klofutar: Lipoliza - reguliran multiencimski kompleks, ki vpliva na katabolizem zalog maščobe===

Maščobne kisline, ki v našem telesu služijo kot zaloga energije, se s pomočjo različnih encimov in transporterjev prenesejo do maščobnega tkiva, kjer se shranijo v obliki maščobnih kapljic. Maščobne kapljice so strukture obdane z enojnim lipidnim slojem, v katerih so shranjeni trigliceridi. Ko telo prejme signal, da primanjkuje energije, se njihove zaloge začnejo sproščati iz maščobnih kapljic v kri, nato pa se s serumskim albuminom prenesejo do oksidativnih tkiv, kjer se z β-oksidacijo pretvorijo v acetil CoA. Proces razgradnje trigliceridov in njihovo skladiščenje je močno reguliran proces. Njihovo razgradnjo katalizirajo različni encimi. Najpomembnejši so maščobna triglicerid lipaza, od hormonov odvisna lipaza in monoglicerid lipaza. Maščobna triglicerid lipaza ATGL je regulirana z aktivatorjem CGI-58 in inhibitorjem G0S2, aktivnost od hormonov odvisne lipaze HSL pa se uravnava s fosforilacijo. Monoglicerid lipaza MGL ima vlogo v katabolizmu trigliceridov in tudi pri endokanabinoidni signalizaciji. Če v telesu nastopi kakršnakoli okvara tega regulatornega sistema lipaz, nastopijo različne bolezni. Te bolezni so posledica kopičenja trigliceridov v celicah oziroma pomanjkanja prostih maščobnih kislin, ki se lahko prenesejo v kri.

===Aneja Tahirovič: Omega-3 maščobne kisline in njihov vpliv na človeško telo===

Esencialne maščobne kisline so tiste, ki so za telo pomembne, vendar jih ni sposobno sintetizirati samo. Mednje spadajo tudi omega-3 maščobne kisline in omega-6 maščobne kisline.
Omega-3 maščobne kisline se nahajajo v morskih živalih, školjkah in nekaterih suho-zemnih rastlinah.
Omega-6 maščobne kisline pa najdemo v oljih in hrani živalskega izvora. Pomembno je uravnavanje ravnotežja, obeh maščobnih kislin, v telesu.
V primeru presežka omega-6 maščobnih kislin, pride do sinteze eikozanoidov, ki na telo delujejo provnetno. V tem primeru pride do večjega tveganja za razvoj bolezni, kot so rak, kardiovaskularne in avtoimunske bolezni.
Ob presežku omega-3 maščobnih kislin pa pride do sinteze eikozanoidov, ki na telo delujejo protivnetno in zavirajo bolezenske procese. Ugotovljeno je bilo, da omega-3 maščobne kisline dobro delujejo kot preventiva za nastanek srčno-žilnih bolezni, rakavih obolenj, za preprečitev razvoja Alzheimerjeve bolezni ter drugih nevrodegenerativnih bolezni, zmanjšajo možnost za razvoj depresije ter povečajo absorbcijo kalcija in s tem zmanjšajo možnosti za nastanek revmatoidnega artritisa in parodontitisa.
Kolikšna količina omega-3 maščobnih kislin je za telo zdrava, je odvisno od starosti. Novorojenčki in otroci do prvega leta starosti, maščobnih kislin omega-3 še ne smejo uživati, zato je pomembno, da jih toliko več, uživajo matere že med nosečnostjo.

===Jure Fabjan: Oksidativni in nitrozativni stres v nevrotoksičnosti amonijaka===

Hiperamoniemija je stanje povišane koncentracije amonijaka v krvi. Korelacija med koncentracijo amonijaka v krvi in stopnjo HA ni dobro raziskana, saj so simptomi pri obolelih z isto koncentracijo amonijaka različni. Zdravi se jo z različnimi zdravili, odvisno od njenega vzroka. Zdravljenje deluje na principu omejevanja vnosa amonijaka ter povečanja njegovega izločanja. HA lahko nato preide v možganski edem ali hepatično encefalopatijo. Hepatična encefalopatija se zdravi z antibiotiki, intermediati cikla uree in drugimi substancami, vendar so zdravila bodisi dokaj neučinkovita, ali pa imajo stranske učinke. Pri bolnikih, katerih hepatična encefalopatija je posledica akutne odpovedi jeter, je že v začetnih stopnjah potrebna presaditev jeter.
Kakšne so poti na molekulski ravni, ki vodijo do takih posledic, je še vedno v veliki meri misterij, vendar je sedaj vsaj znano, da povišana koncentracija amonijaka povzroči tvorbo reaktivnih kisikovih in dušikovih zvrsti, te pa v veliki meri povzročajo simptome, ki so enaki simptomom hepatične encefalopatije.

===Maruša Prolič-Kalinšek: Vloga PPAR pri razgradnji maščobnih kislin===

Receptorji aktivirani s proliferatorjem periksosomov ( PPARs ) so del družine z ligandom aktiviranimi transkripcijskimi faktorji. Prvotno so jih identifirali kot receptorje, ki inducirajo proliferacijo peroksisomov v celici, od tod tudi ime. PPARs imajo pomembno vlogo pri regulaciji celične diferenciacije, razvoja, metabolizma ( maščob, ogljikovih hidratov in proteinov ), karcinogeneze in vnetja. Njihovi naravno nastopajoi ligandi so maščobne kislini in razni derivati maščobnih kislin, obstaja pa tudi že več sintetičnih ligandov. Poznamo PPAR alfa, PPAR beta in PPAR gama in imajo enak osnoven mehanizem delovanja, so aktivirani z maščobnimi kislinami in njihovimi derivati ter si delijo veliko tarčnih genov. V jedru reagirajo tako, da tvorijo heterodimerje z drugimi jedrnimi receptorji RXR ( retinoid X receptor ) in se nato vežejo na regulatorne regije DNA v bližini genov, katerim potem spremenijo hitrost transkripicije ( povečajo ali zmanjšajo ). Podtipi PPARs se razlikujejo v in vivo funkcijah. PPAR gama je največ v adipocitnem tkivu in jetrih. Ima vlogo pri vklopitvi genov potrebnih za diferenciacijo adipocitov in genov za proteine, ki so potrebni pri sintezi in shrambi lipidov. PPAR alfa je izražen v jetrih, ledvicah, srcu, skeletni mišici in BAT. V jetrih PPAR vklopi gene za vnos in beta oksidacijo maščobnih kislin ter formacijo ketonskih telesc med stradanjem. PPAR beta se odziva na spremembe v prehranskih lipidih. PPAR beta je aktiven v jetrih in mišicah in stimulira veliko genov, ki kodirajo proteine za beta oksidacijo. Povzroči kurjenje maščob, izgubo teže in termogenezo.

===Jan Rozman: Proteini - alternativni vir energije rastlin ob pomanjkanju ogljikovih hidratov===

Ker je celica najmanjša gradbena enota, ki kaže znake življenja, morajo biti procesi znotraj nje kar najbolj optimizirani in dobro regulirani. Poleg tega, mora celica ves čas izvajati regulacijo procesov glede na stanje metabolitov v njej sami in glede na okolje, hranila, ki jih pridobiva iz njega. Za množico teh procesov skrbi TOR omrežje. Običajno je vir energije glukoza, ki jo rastlina proizvede s fotosintezo, a če nastopi obdobje, ko je ni, se mora celica zateči k alternativnim substratom. V tem seminarju sem se najbolj osredotočil na proteine, sicer pa so lahko nadomestek še lipidi in klorofil. Proteini se lahko razgradijo na dva načina, z avtofagijo ali v proteosomu. S tem celica pridobi aminokisline, ki jih lahko porabi za sintezo novih proteinov, ali pa jih razgradi v mitohondriju in na ta način pridobi elektrone za dihalno verigo in energijo v obliki ATP. V primerjavi z energijo, ki se jo lahko pridobi z razkrojem saharoze, je ta pri degradaciji proteinov pičla, a zadostuje, da celica in z njo rastlina preživi temno obdobje, ko primanjkuje ogljika v obliki CO2 iz zraka.

===Peter Prezelj: Aminokisline in regulacija proteinske sinteze v skeletnem mišičnem tkivu===

Proteinska sinteza v skeletni muskulaturi je reguliran kompleksen proces, katerega natančne signalne poti se še vedno raziskuje. Termin proteinska sinteza v mišičnem tkivu, oz. mišična proteinska Sinteza opredeljuje nastanek (novih) kontraktilnih proteinov v sarkomerah, najmanjših krčjivih enotah prečno progastega mišičevja. Na to sintezo vplivajo trije pomembni faktorji: mehanski stres (predvsem v smislu dela ali treninga z obremenitvijo), rastni faktorji oz. hormoni ter aminokisline. V seminarju sem se dodeljenemu poglavju ustrezno osredotočil na aminokisline kot tip primarnega sporočevalca, ki signalizira zagon mišične proteinske sinteze. Že zaradi samih človeških kapacitet sinteze aminokislin, je logično, da so pomembne predvsem esencialne aminokisline. Človeška prebavila ter jetra sta pr imetabolzimu beljakovin kot dva selektivna filtra, ki določata kakšna količinska sestava aminokislin bo prispela do mišičnega tkiva, in esencialne, posebej razvejane aminokisline, so tu dominantne. Študije so pokazale, da je za mišično proteinsko sintezo najpomembnejša aminokislina levcin, saj izven- ter znotrajcelična koncentracija le-te aminokisline pozitivno regulira sintezo novih kontraktilnih proteinov. Kar precej raziskav je odkrilo, da levcin stimulira proteinsko sintezo v skeletnem mišičevju prek celičnega kompleksa mTOR, h kateremu konvergirajo tudi drugi signali. Raziskave ne mTOR singalizacijski poti pa kažejo precej potenciala pri preprečevanju mišične atrofije pri starejših ter obolelih.

===Simon Bolta: C4 fotosinteza===

V splošnem poznamo 3 različne fotosintetske poti, ki potekajo v različnih rastlinah. To so C3, C4 in CAM fotosinteza. Najbolj razširjena je C3 fotosinteza. Pri tej se pojavi problem zaradi nespecifičnosti encima rubisko. Ta načeloma veže CO2 na ribulozo-1,5-bisfosfat. Zaradi svoje nespecifičnosti pa lahko namesto CO2 veže O2. Posledično ne pride do fiksacije ogljika, produkt 2-fosfoglikolat pa je škodljiv za celico, in je metabolni odpadek. Temu procesu pravimo fotorespiracija. Tako prihaja do velikih energetskih izgub, prav tako pa tudi do manjše učinkovitosti izrabe dušika ter vode. Zato se je razvila C4 fotosinteza. Pri tej je vzpostavljen mehanizem, preko katerega je CO2 zelo koncentriran ob rubisku. To učinkovito zavira fotorespiracijo, ter izboljšuje efektivnost rastlin pri fiksaciji dušika in porabi vode. Dandanes so je vse večja problematika glede prehrane svetovnega prebivalstva. Če bi nam uspelo inducirati C4 fotosintezo v C3 rastlinah, bi to povečalo hektarski donos, zato se v zadnjih letih precej dela na tovrstnem inženiringu. Poleg tega bi bila zadeva koristna za uporabo biogoriv. Zaenkrat znanstveniki še niso uspeli ugotoviti uspešne metode, preko katerih bi lahko potem ustvarili korist za širše množice ljudi.

===Aljaž Omahna: Sinteza melanina v celicah===

Melanin je vrsta polimernih spojin, ki da koži, lasem in očem barvo, najdemo pa ga tudi v možganih. Melanin se v tvori v posebnih celicah imenovanih melanociti. Poznamo več tipov melanina to so evmelanin, fevmelanin in nevromelanin. Evmelanin in fevmelanin nastajata v lizosomskih veziklih poimenovanih melanosomi. Med seboj se razlikujeta po strukturi. Evmelanin je izgrajen le iz aminokisline tirozin, fevmelanin pa je poleg tirozina izgrajen tudi iz cisteina. Tvorba spojin melanina pa je katalizirana preko encima tirozinaze, ki je ključna za nastanek teh pigmentov, tirozinazi sorodnem encimu (TRYP1) in dopakrom tavtomeraza (DCT). Melaninski pigmenti ščitijo celice bazalne plasti kože pred poškodbami in mutacijami. Melanom je kožna oblika raka, ki lahko nastaja v katerem koli melanocitu. Za to obliko raka umre največ ljudi, ki trpi za kožnim rakom. Albinizem je genska bolezen ali motnja, pri kateri gre za pomanjkanje pigmenta melanina. Največkrat je okvarjen genski zapis za encim tirozinazo, ki je glavni encim pri sintezi melanina.

===Taškar Jan: Zgodnje napake pri oksidativni fosforilaciji v odpovedujočem človeškem srcu===

V današnji dobi je odpoved srca eden najpogostejših vzrokov smrti. Do odpovedi pride ko srce ni več zmožno dovolj dobro črpati kri po telesu za zadostovanje metaboličnih potreb organizma. Srce za svoje nemoteno delovanje stalno potrebuje ogromne količine ATP-ja, ki služi kot vir energije v našem telesu. Delovanje srca lahko ovirajo kardiovaskularne bolezni, virusne okužbe ali zloraba drog in alkohola, saj onemogočijo srčnim celicam, da bi proizvajale dovolj velike količine ATP molekul, kar privede do oslabitve srčnih funkcij in sčasoma do njegovega zastoja. Raziskave v preteklosti so že pokazale kakšne so posledice na procese oksidativne fosforilacije v srcih, ki so že odpovedala. Nova raziskava pa želi spremljati stanja srčnih celih v različnih stopnjah srčnih bolezni, da bi odkrili in razumeli kje se začnejo napake pri oksidativni fosforilaciji in zakaj, ter s tem mogoče nudili nove opcije za zdravljenje ali lajšanje srčnih obolenj.

===Mojca Juteršek: Regulacija sinteze peptidoglikanske celične stene===

Peptidoglikanska celična stena bakterij, imenovana tudi mureinski sakulus, obdaja plazmalemo Gram negativnih in pozitivnih bakterij. Pri Gram negativnih bakterijah celično steno obdaja še zunanja membrana. Sinteza celične stene poteka v treh stopnjah, pri teh reakcijah sodelujejo PBP (penicillin binding proteins). Ker je celična stena toga struktura, a mora hkrati omogočati celično rast, delitev in specifično oblikovanost, mora biti sinteza časovno in prostorsko regulirana. Posledično se je pojavila hipoteza, da obstajajo multiencimski kompleksi, ki združujejo PBP z encimi, ki sintetizirajo lipid II, encimi, ki razgrajujejo celično steno in drugimi regulatorji. Znano je, da citoskeletna polimera proteinov FtsZ in MreB združujeta proteine v takšne komplekse s citoplazemske strani in tako regulirata lokalizacijo teh kompleksov v celici. V zadnjem času, pa so se pojavili dokazi, da regulacija v Gram negativnih bakterijah poteka tudi iz zunanje membrane preko dveh lipoproteinskih kofaktorjev LpoA in LpoB, ki regulirata PBP1A in PBP1B, ter s tem predstavljata nove potencialne tarče za antibiotike.

===Luka Krmpotić: Vpliv Ca2+ na metabolično homeostazo===
Celica vzdržuje konstantno koncentracijo ATP, ADP, Pi, kljub spremembam v porabi energije, kar imenujemo metabolična homeostaza. Ker je kalcijev ion signalna molekula pri mnogih energijsko (ATP) potrošnih procesih (e.g. skrčitev mišic, nevrosignalizacija) postane kanditat za regulatorja metabolične homeostaze. Saj bi lahko ob signalizaciji za proces ki porablja energijo, hkrati dal, predvidoma v mitohondriju, posredni signal za sintezo ATP-ja in tako prispeval k vzdrževanju metabolične homeostaze. To hipotezo podpira dejsto velikega Ca2+ gradienta na notranji mitohondrijski membrani, kar omogoča hitro signalizacijo potrebno za ohranitev ravnotežja; pozitivni vpliv Ca2+ na sposobnost PDC-ja (piruvat dehidrogenaznega kompleksa, encim katabolizma) da pretvori piruvat v acetil-CoA [pozitivno vpliva tudi na druge dehidrogenaze NAD-IDH (NAD vodena izocitrat dehidrogenaza), alpha-KDH (alpha-ketoglutarat DH)]... to so kazale prve raziskave. Ampak regulacija dehidrogenaz ni edin način Ca2+ prispevka k metabolični homeostazi. Razne metode ki so podrobneje opazovala razmere v celici so pokazale še druge prispevke kalcije k homeostazi, med drugim njegov vpliv na F1FO-ATPazo.

===Eva Vidak: Fotosintetska plastičnost CAM fotosinteze: evolucijska novost za trajnostno proizvodnjo===
Rastline so avtotrofni organizmi, torej so sposobne fiksirati atmosferski CO2 in ga uporabiti kot vir ogljika za sintezo glukoze. To lahko počnejo s C3 ali C4 karboksilacijo. Nekatere rastline pa lahko uporabijo tudi CAM (ang. crassulacean acid metabolism) fotosintezo, ki je veliko bolj varčna pri porabi vode kot ostali dve karboksilaciji. Poleg tega CAM fotosinteza, s slovensko sopomenko kisli metabolizem tolstičevk, izraža veliko fotosintetsko plastičnost in se zlahka prilagaja na spremenljive razmere v okolju. To je posledica tega, da obstaja več tipov CAM fotosinteze in da je njen potek razčlenjen v 4 faze, ki se lahko krajšajo ali podaljšujejo v odvisnosti od okoljskih razmer. Ravno zaradi varčne porabe vode in zaradi velike prilagodljivosti lahko CAM-rastline uspevajo tudi na degradiranih tleh ali celo puščavskih tleh. Njihove prednost,i v primerjavi s C3- in C4-rastlinami, ponekod po svetu že izkoriščajo predvsem za pogozditev in za izboljšanje degradirane zemlje. Poleg tega dodatne raziskave kažejo, da bi njihovo prilagodljivost lahko izkoristili tudi za pridelavo teh rastlin na bolj severnih območjih, kjer zaradi omejene osvetlitve v naravi ne morejo uspevati. CAM-rastline bi torej lahko postale pomemben vir za pridelavo bioenergije v času vse pogostejših suš in vse težjih okoljskih razmer.

BIO2 Seminar 2013

2013-11-13T19:05:09Z

Eva Vidak: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak petek od 13:00 do 16:00.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Triplat Katjuša||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0962892410001212 Signalizacija s člani TGF – β pri žilni morfogenezi in boleznih]||Ipšek Rok||Štukelj Sabina||Krmpotić Luka||04.11.2013||06.11.2013||08.11.2013
|-
| Krišelj Ana||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0962892411001772 Signalna pot sfingozin-1-fosfata in njegova vloga v boleznih] ||Tavčar Petra||Zgonc Alja||Petrič Boštjan||04.11.2013||06.11.2013||08.11.2013
|-
| Zupančič Maja||12||[http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences//retrieve/pii/S0968000413000911?showall%3Dtrue&_returnURL=http%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0968000413000911%3Fshowall%3Dtrue Menin: ogrodni protein, ki nadzoruje ekspresijo genov in celično signalizacijo]||Guštin Ema||Jakše Helena||Bolta Simon||04.11.2013||06.11.2013||08.11.2013
|-
| Božič Tim||12||[http://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247%2813%2900021-1 Motorični protein z regulacijo serotoninskega receptorja vpliva na razpoloženje]||Oblak Zvonar Eva||Strašek Nika||Juteršek Mojca||04.11.2013||06.11.2013||08.11.2013
|-
| Vidmar Vita||14||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2013#Vita_Vidmar:_Vloga_pentozafosfatne_poti_v_metabolizmu_rakavih_celic Vloga pentozafosfatne poti v metabolizmu rakavih celic]||Rupert Jakob||Nagode Toni||Vidak Eva||04.11.2013||06.11.2013||08.11.2013
|-
| Radić Vesna||14||[http://www.nature.com/news/liver-hormone-offers-hope-for-diabetes-treatment-1.12878 Vloga betatrofina pri zdravljenju diabetesa]||Triplat Katjuša||Ipšek Rok||Štukelj Sabina||04.11.2013||08.11.2013||15.11.2013
|-
| Guštin Ema||14||[http://www.nature.com/nrc/journal/v11/n5/full/nrc3038.html Warburgov efekt in možnosti za zdravljenje raka]||Krišelj Ana||Tavčar Petra||Zgonc Alja||04.11.2013||08.11.2013||15.11.2013
|-
| Kapš Urša||15||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3721468/ Uravnavanje maščob: lipidi in človeške bolezni]||Zupančič Maja||Guštin Ema||Jakše Helena||04.11.2013||08.11.2013||15.11.2013
|-
| Kavčič Luka||15||[http://www.cell.com/trends/endocrinology-metabolism//retrieve/pii/S1043276012001166?_returnURL=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1043276012001166?showall=true Vloga glikolitičnega regulatornega encima PKM2 v metabolizmu rakave celice]||Božič Tim||Oblak Zvonar Eva||Strašek Nika||04.11.2013||08.11.2013||15.11.2013
|-
| Mihalič Filip||15||[http://www.nature.com/nrm/journal/v13/n4/full/nrm3313.html Pomen microRNA molekul v metabolizmu in metabolnih nepravilnostih]||Vidmar Vita||Rupert Jakob||Nagode Toni||04.11.2013||08.11.2013||15.11.2013
|-
| Košenina Sara||16||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0304383510001436? Zdravljenje hipoksije in z njo povezanega nastanka raka preko citratnega cikla]||Radić Vesna||Triplat Katjuša||Ipšek Rok||08.11.2013||15.11.2013||22.11.2013
|-
| Bensa Tjaša||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0925443909001926 α-ketoglutarat dehidrogenazni kompleks in nevrodegenerativne bolezni]||Horvat Marjeta||Krišelj Ana||Tavčar Petra||08.11.2013||15.11.2013||22.11.2013
|-
| Ferenc Rok||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717610000868 Medsebojne fizične povezave encimov TCA cikla v Bacillus subtilis]||Kapš Urša||Zupančič Maja||Guštin Ema||08.11.2013||15.11.2013||22.11.2013
|-
| Buh Tajda||16||[http://jnci.oxfordjournals.org/content/102/13/932.long Mutacije izocitrat dehidrogenaze 1 in 2 pri raku]||Kavčič Luka||Božič Tim||Oblak Zvonar Eva||08.11.2013||15.11.2013||22.11.2013
|-
| Jazbec Vid||17||[http://www.nature.com/nrc/journal/v13/n4/full/nrc3483.html Vpliv maščobnih kislin na rakave celice]||Mihalič Filip||Vidmar Vita||Rupert Jakob||08.11.2013||15.11.2013||22.11.2013
|-
| Tahirović Aneja||17||[http://www.nature.com/news/fish-oil-supplement-research-remains-murky-1.11484 Omega - 3 maščobne kisline in njihov vpliv na človeško telo]||Košenina Sara||Radić Vesna||Triplat Katjuša||15.11.2013||22.11.2013||29.11.2013
|-
| Klofutar Domen||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0163782710000524 Lipoliza - reguliran multiencimski kompleks, ki vpliva na katabolizem zalog maščobe]||Bensa Tjaša||Horvat Marjeta||Krišelj Ana||15.11.2013||22.11.2013||29.11.2013
|-
| Prolič - Kalinšek Maruša||17||[http://www.nature.com/cr/journal/v20/n2/abs/cr201013a.html Vloga PPAR pri razgradnji maščobnih kislin]||Ferenc Rok||Kapš Urša||Zupančič Maja||15.11.2013||22.11.2013||29.11.2013
|-
| Fabjan Jure||18||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0197018612003506 Oksidativni in nitrozativni stres v nevrotoksičnosti amoniaka]||Buh Tajda||Kavčič Luka||Božič Tim||15.11.2013||22.11.2013||29.11.2013
|-
| Rozman Jan||18||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1360138511001063 Proteini - Alternativni vir energije rastlin ob pomanjkanju ogljikovih hidratov]||Jazbec Vid||Mihalič Filip||Vidmar Vita||15.11.2013||22.11.2013||29.11.2013
|-
| Prezelj Peter||18||[http://ajcn.nutrition.org/content/83/2/500S.abstract?sid=e4e3425c-566d-4249-a604-0cfc846f1972 Aminokisline in regulacija proteinske sinteze v skeletnem mišičnem tkivu]||Tahirović Aneja||Košenina Sara||Radić Vesna||22.11.2013||29.11.2013||06.12.2013
|-
| Omahna Aljaž||18||Moj izbrani naslov||Klofutar Domen||Bensa Tjaša||Horvat Marjeta||22.11.2013||29.11.2013||06.12.2013
|-
| Taškar Jan||19||Moj izbrani naslov||Prolič - Kalinšek Maruša||Ferenc Rok||Kapš Urša||22.11.2013||29.11.2013||06.12.2013
|-
| Kašnik Urška||19||Moj izbrani naslov||Fabjan Jure||Buh Tajda||Kavčič Luka||22.11.2013||29.11.2013||06.12.2013
|-
| Kostanjevec Mojca||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S096800041000071X Mitohondrijske reaktivne kisikove spojine]||Rozman Jan||Jazbec Vid||Mihalič Filip||22.11.2013||29.11.2013||06.12.2013
|-
| Krmpotić Luka||19||Moj izbrani naslov||Prezelj Peter||Tahirović Aneja||Košenina Sara||29.11.2013||06.12.2013||13.12.2013
|-
| Petrič Boštjan||19||Moj izbrani naslov||Omahna Aljaž||Klofutar Domen||Bensa Tjaša||29.11.2013||06.12.2013||13.12.2013
|-
| Bolta Simon||20||Moj izbrani naslov||Taškar Jan||Prolič - Kalinšek Maruša||Ferenc Rok||29.11.2013||06.12.2013||13.12.2013
|-
| Juteršek Mojca||20||Moj izbrani naslov||Kašnik Urška||Fabjan Jure||Buh Tajda||29.11.2013||06.12.2013||13.12.2013
|-
| Vidak Eva||20||[http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1469-8137.2011.03781.x/abstract Fotosintetska plastičnost CAM fotosinteze: evolucijska novost za trajnostno proizvodnjo]||Kostanjevec Mojca||Rozman Jan||Jazbec Vid||29.11.2013||06.12.2013||13.12.2013
|-
| Štukelj Sabina||21||Moj izbrani naslov||Krmpotić Luka||Prezelj Peter||Tahirović Aneja||20.12.2013||24.12.2013||03.01.2014
|-
| Zgonc Alja||21||Moj izbrani naslov||Petrič Boštjan||Omahna Aljaž||Klofutar Domen||20.12.2013||24.12.2013||03.01.2014
|-
| Jakše Helena||21||Moj izbrani naslov||Bolta Simon||Taškar Jan||Prolič - Kalinšek Maruša||20.12.2013||24.12.2013||03.01.2014
|-
| Strašek Nika||22||[http://bloodjournal.hematologylibrary.org/content/120/23/4496.short Porfirija: napredek v diagnostiki in zdravljenju]||Juteršek Mojca||Kašnik Urška||Fabjan Jure||20.12.2013||24.12.2013||03.01.2014
|-
| Nagode Toni||22||Moj izbrani naslov||Vidak Eva||Kostanjevec Mojca||Rozman Jan||20.12.2013||24.12.2013||03.01.2014
|-
| Ipšek Rok||22||Moj izbrani naslov||Štukelj Sabina||Krmpotić Luka||Prezelj Peter||24.12.2013||03.01.2014||10.01.2014
|-
| Tavčar Petra||23||Moj izbrani naslov||Zgonc Alja||Petrič Boštjan||Omahna Aljaž||24.12.2013||03.01.2014||10.01.2014
|-
| Horvat Marjeta||23||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S009286741000718X Uravnavanje metabolizma železa pri sesalcih] ||Jakše Helena||Bolta Simon||Taškar Jan||24.12.2013||03.01.2014||10.01.2014
|-
| Oblak Zvonar Eva||23||Moj izbrani naslov||Strašek Nika||Juteršek Mojca||Kovačič Matic||24.12.2013||03.01.2014||10.01.2014
|-
| Rupert Jakob||23||Moj izbrani naslov||Nagode Toni||Vidak Eva||Kostanjevec Mojca||24.12.2013||03.01.2014||10.01.2014
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju (peta izdaja), v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2013|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dHc2d2pCbDBWNzl5VHZaQUk1SG1HeVE6MA recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDZZOVVFNkwxb0JMeUFaMGltOVQ4aHc6MA mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2013 Povzetki seminarjev

2013-04-22T18:48:51Z

Eva Vidak:

== Eva Vidak: Antigenska subverzija - nov mehanizem s katerim se virus Ebole izogne imunskemu odzivu gostitelja ==

Ebolavirusi so skupina virusov iz družine Filoviridae in so večinoma patogeni za človeka. Najpogostejši med njimi je virus Ebole (EBOV), katerega sevi lahko imajo tudi do 90% smrtnost. Ugotovljeno je bilo, da prvi stik gostiteljskih celic z EBOV poteka preko glikoproteina GP1,2, ki tvori pritrditvene bodice na površini virusa. Poleg tega glikoproteina okužene celice sintetizirajo tudi velike količine njegove izooblike sGP, ki še ni imela točno definirane funkcije. Obravnavana raziskava je razkrila, da je funkcija sGP povezana z mehanizmom, s katerim se virus izogne imunskemu sistemu gostitelja. Ta mehanizem so poimenovali antigenska subverzija in nanjo pomembno vpliva višja koncentracija sGP oblike, ki jo okužena celica sintetizira v 80%. Posledično obstaja večja verjetnost da limfociti B srečajo sGP obliko in začnejo tvoriti protitelesa, ki delujejo proti sGP in so neučinkovita proti GP1,2, čeprav si obe obliki delita približno 95% linearne sekvence. Ugotovitve raziskave predstavljajo nove prepreke pri razvoju cepiva, saj so znanstveniki dokazali, da lahko sGP spremeni tudi že vzpostavljen imunski odziv in s tem prepreči nevtralizacijo virusa.

== Ema Guštin: Vloga regulacije kompleksov Vps34 pri avtofagiji ==

Avtofagija je reguliran proces razgradnje poškodovanih ali odvečnih sestavin celice s pomočjo lizosomov, ki ima ključno vlogo pri ohranjanju homeostaze. S tem procesom lahko celica različne organske molekule ponovno uporabi. Gre za tvorbo avtofagosoma, znotraj katerega lizosomski encimi razgradijo organele oz. proteine na ponovno uporabne monomere. Sprožijo jo lahko tako znotrajcelični (kopičenje poškodovanih organelov in odvečnih beljakovin v citosolu) kot tudi zunajcelični signali (pomanjkanje hranil ali kisika, zvišanje temperature, okužba z mikrobi).
Raziskava, ki sem se ji posvetila, temelji na drugi izmed šestih funkcionalnih enot, ki regulirajo proces avtofagije. Pri tem ima osrednjo vlogo razred encimov Vps34. Vps34 pri sesalcih obstaja v obliki različnih kompleksov, ki sodelujejo pri običajnem transportu celičnih veziklov ali so vključeni v avtofagijo. Pri čem bodo sodelovali kompleksi Vps34, je odvisno od regulacije le-teh z AMPK. AMPK je encim, ki pod nadzorom podenot, specifičnih za avtofagijo (npr. Atg14L) neposredno fosforilira Vps34 in Beclin1 na točno določenih mestih in s tem doseže regulacijo avtofagnega in neavtofagnega kompleksa Vps34. V raziskavi je bil natančno preučen mehanizem te regulacije in vloge različnih kompleksov Vps34 za njo.

== Toni Nagode: Makromolekulski uničevalec RNA ==

V celicah poteka nenehen proces prepisovanja informacij, ki se preko molekul RNA sintetizirajo kot novo nastali proteini. Pri tem morajo biti mehanizmi prepisovanja zelo natančni, saj lahko v primeru napak pride do sinteze nefunkcionalnih ali škodljivih proteinov. Takšnim produktom je treba nemudoma onemogočiti nadaljnjo delovanje, zato celice uporabljajo mehanizme za razgradnjo odvečnih in neobičajnih makromolekul. Eksosom je glavni nukleazni kompleks, ki sodeluje pri procesu razgradnje praktično skoraj vseh vrst RNA. Eksosomski kompleksi so prisotni v celicah evkariontov in arhej, medtem ko pri baterijah podobno vlogo opravlja enostavnejši kompleks imenovan degradosom. Nahajajo se v celični citoplazmi in jedru, kjer se združujejo z različnimi proteini in na ta način regulirajo substratno specifičnost, potrebno v določenem prostoru celice. Nedavni podatki o strukturi in funkcionalnosti eksosomskega kompleksa ter njegovih številnih kofaktorjih, so razkrili različne biokemijske lastnosti in mehanizme obdelave ter razgradnje RNA molekul.

==Sara Košenina: Zdravljenje Alzheimerjeve bolezni z grelinom==
Alzheimerjeva bolezen je kronična nevrodegenerativna bolezen in je najpogostejši vzrok demence. Močno poslabša kognitivne sposobnosti bolnikov in spremeni njihove značajske lastnosti ter vedenje. Vodi do popolne odvisnosti bolnika od drugih ljudi in se konča s smrtjo. Zdravila zanjo zaenkrat še ni, zdravi in lajša se le simptome bolezni, s čimer pa lahko nekoliko zaustavijo bolezen in podaljšajo življenje bolnika. V razpravah o nastanku bolezni prevladuje hipoteza amiloidne kaskade, ki pravi, da odlaganje amiloida v bližini nevrona spodbuja nevron k sintezi transmembranskega β-amiloid prekurzorskega proteina, ki se z aksonskim transportom prenaša v aksonske končiče. Tam se izloči amiloid β, ki toksično deluje na bližnje nevrone.

V raziskavi so z grelinovim agonistom LY444711 preverjali hipotezo, da lahko lakota v odsotnosti kalorične omejitve preprečuje Alzheimerjevo bolezen in upad kognitivnih sposobnosti na mišjem modelu Alzheimerjeve bolezni. Lakota namreč povzroča blagi stres, ki bi preko metabolnih signalnih poti preprečil uničenje nevronov. Poskus so izvedli na 36 miših, ki so jih razdelili v 3 skupine. Prva je bila kontrolna in je bila normalno hranjena, druga je prejemala zdravilo in je bila normalno hranjena, tretja pa je imela kalorične omejitve. Ugotovitve so pokazale, da zdravljenje z grelinovim agonistom zadostuje za zmanjšanje kognitivnih poslabšanj in sprememb v možganih, ki jih povzroča Alzheimerjeva bolezen, potrebne pa bodo še raziskave, ki nam bodo pomagale razumeti, kako lahko »lakota« brez zmanjšanega vnosa kalorij preloži ali celo zaustavi Alzheimerjevo bolezen.

==Vid Jazbec:Interakcije seratoninskih in glutamatskih ter steratoninskih in dopaminskih receptorjev ter vpliv na psihoze==
Shizofrenija je duševna motnja, ki prizadane okrog 1% prebivalstva. Njeni vzroki so v popolnosti saj je shizofrenija multigenska bolezen odvisna močno od okolja. Z mikroskopskega stališča so zanjo pomembni predvsem nevrotransmiterji seratonin, dopain in glutamat, ki povzročajo vse tri vrste simptomov. Predvsem dopamin v mezolimbičnem sistemu je dobro poznan povzročitelj halucinacij, ki jih inducirajo prishoaktivne halucinogene druga ali psihotična stanja.

V preteklosti so bili za zdravljenje psihoz uporabljeni tipični antipsihotiki, ki so zavirali delovanje dopaminskih recceptorjev. Raziskave pa so pokazale, da za simptome niso krivi le ti, temveč so simtomi povezani tudi z drugima dvema. Predvsem seratoninski receptorji 5HT2A tvorijo heteromere tako z dopaminskimi D2, kot tudi s glutamatskimi receptorji mGluR2. Pri prvih heteromerih povezava med receptorjema povzroči večjo regulacijo obeh sistemov, medtem ko pri drugem heteromeru oba receptorja dobita novo funkcijo. Vsekakor pa je pomembno, da na te heteromerne komplekse ne delujejo regulatorno dopamin, seratonin ali glutamat, temveč protagonisti in antagonisti teh receptorjev. Ti so lahko halucinogene droge ali pa antipsihotiki.
Poleg receptorskih interakci so za molekularno psihotsko stanje odgovorne tudi interakcie teh receptorjev z ogrodnimi proteini. Ti uravnavajo prenašanje seratoninskih receptorjev po membrani in celici, hkrati pa njihovo ekspresijo uravnavajo prav dopaminski receptorji.

==Helena Šneberger: Nova imunološka terapija zdravljenja alergije na jajca==
Število ljudi, ki imajo diagnosticirano alergijo se povečuje. Danes je že kar 20 % svetovnega prebivalstva in četrtina vseh mladih boleha za eno od vrst alergij. Alergijo na hrano ima 3 % odraslega prebivalstva, pri otrocih in mladostnikih pa je odstotek višji- med 6 % in 8 %. Najbolj razširjena je alergija na mleko, sledi pa ji alergija na jajca. V Združenih državah Amerika, kjer je izbrana raziskava potekala, odstotek obolelih odraslih in otrok oziroma mladostnikov odstopa in znaša 0,2 % (pri odraslih) in 4 %(pri otrocih). Alergijo na jajca ima 2,6 % otrok starosti do 2 let in pol.
Zdravilo za alergijo na hrano, natančneje za alergijo na jajca, še ni poznano. Edini način preprečevanja simptomov je izogibanje alergenu, ki ga telo zaznava kot tujek, kar lahko poslabša kakovost življenja obolelega.
V raziskavi, ki je opisana v članku Oral Immunotherapy for Treatment of Egg Allergy in Children, so znanstveniki oblikovali in preizkusili nov način zdravljenja alergije na jajca pri otrocih.

==Rok Ipšek: Delovanje alfa hidroksi kislin kot eksfoliantov==
Ostati večno mlad - cilj, ali pa vsaj tiha želja večine ljudi. V zadnjih letih nas od vsepovsod bombardirajo z izdelki, ki naj bi omogočali upočasnitev procesov staranja, med njimi so eksfolianti (pilingi), ki pospešijo luščenje odmrlih celic s površja kože (epidermisa) in tako odkrijejo svežo, novejšo plast.

Pilingi so mehanski ali kemični, slednji so učinkovitejši. Najblažja oblika kemičnih pilingov so alfa hidroksi kisline (AHA-ji). Najmanjša in zato precej učinkovita je glikolna kislina, katere učinek na kožo in mehanizem delovanja so preučevali v izbrani raziskavi. Raziskovalna ekipa se je osredotočila na študijo ionskega kanalčka, prepustnega za kalcij, TRPV3, v celičnih membranah keratinocitov, celic z zunanje plasti kože. Ta kanalček ima pomembno vlogo pri občutljivosti na temperaturo okoli 33 °C in normalni fiziologiji kože.
Pri svojem delu so uporabili nesmrtne človeške keratinocite HaCaT in celice HEK-293 z izraženim genom TRPV3. Tega so v obliki cDNA s transfekcijo vstavili v preučevane celične linije HEK in jih označili. Napravili so serijo poskusov s t. i. tehniko vpete krpice, ki omogoča študijo enega ali več ionskih kanalčkov.

Iz rezultatov so sestavili model delovanja. Glikolna kislina povzroča dvig koncentracije znotrajceličnih protonov, kar aktivira kanalčke TRPV3, ti prepustijo preveč kalcija in hkrati še dodatne protone s strani zunaj celice, to pa vodi v celično smrt. Na tak način se keratinociti odluščijo in koža je posledično mehkejša.

==Vita Vidmar: Posttranskripcijska regulacija cirkadianega ritma pri Synechococcus elongatus==
Cirkadiani ritem je endogeni dnevno-nočni ritem značilen za evkarionte, imajo pa ga tudi nekateri prokarionti, predvsem cianobakterije, kamor spada tudi Synechococcus elongatus. Značilnosti cirkadianega ritma so približno 24-urna perioda, prilagoditev lokalnemu času (pod vplivom svetlobe) in vzdrževanje ritma v mejah fizioloških temperatur. Omenjeni ritem je na molekularni ravni uravnan s cirkadiano uro. To pri S. elongatus sestavljajo trije proteini imenovani KaiA, KaiB in KaiC. KaiA sprejema signale iz okolja prek drugih molekul in stimulira fosforilacijo KaiC. KaiB se lahko veže na hiperfosforilirano obliko KaiC in sproži defosforilacijo. Ritmična fosforilacija in defosforilacija proteina KaiC je ključnega pomena za delovanje cirkadiane ure. Ko se KaiC defosforilira, lahko KaiA ponovno začne cikel. Hitrost teh reakcij je uravnana tako, da en cikel cirkadiane ure poteče približno v 24 urah. Genska ekspresija KaiB in KaiC je regulirana z negativno povratno zanko, saj visoka koncentracija proteina KaiC zavira prepisovanje genov za KaiB in KaiC. Njuno ekspresijo pa uravnava tudi KaiA, ki pri veliki koncentraciji stimulira prepisovanje teh genov. Večina aminokislin je v genskem kodu določenih z več različnimi kodoni. Vsi organizmi lahko enako interpretirajo kodone, se pa med seboj razlikujejo po tem, da nekatere kodone lažje 'berejo' kot druge, zato je za organizem ugodnejša uporaba optimalnih kodonov. Raziskovalci pa so ugotovili, da sta KaiB in KaiC kodirana z velikim deležem neoptimalnih kodonov in odkrili, da je to posttranslacijski prilagoditveni mehanizem, s katerim lahko S. elongatus 'preklopi' med cirkadiano in necirkadiano regulacijo genske ekspresije.

== Nika Strašek: Zdravljenje avtizma s suraminom ==
Avtizem oz. spektroavtistična motnja (SAM) prizadene približno stotino svetovnega prebivalstva, simptomi se kažejo predvsem v težavah s socialno komunikacijo, interakcijo in pa s fleksibilnostjo mišljenja. Vzroki te bolezni so še zelo slabo raziskani, zagotovo je le da na razvoj bolezni vplivajo tako okoljski (izpostavljenost škodljivim snovem) kot genetski dejavniki (sindrom drobljivega kromosoma X, nevrofibromatoza). K nastanku bolezni pripomore tudi oksidativni stres in imunske motnje matere v zgodnji nosečnosti.
Avtorji objavljene raziskave so sklepali, da vse nepravilnosti delovanja pri SAM izvirajo iz metaboličnega stanja, ko se celice želijo zaščititi pred nevarnostmi, aktivirajo obrambni mehanizem in komunikacija med celicami se ustavi, kar vpliva na razvoj možganov in njihovo funkcijo. Poenostavljeno povedano, ko celice nehajo komunicirati med seboj, tudi otroci nehajo govoriti.
Mitohondrij ima pomembno vlogo pri oksidacijskem stresu, prirojeni imunosti in vnetjih in zato so avtorji članka iskali signalizacijski sistem v telesu, ki je povezan z mitohondriji in ima pomembno vlogo pri prirojeni imunosti. Našli so ga pri mitokinih, signalizacijskih molekulah, ki nastanejo v mitohondriju. Taka molekula je npr. ATP, ki zunaj celice deluje kot signalna molekula za nevarnost. Kot agonist se veže na purinergične receptorje. Skupaj ti receptorji upravljajo z obsežnim rangom bioloških karakterizacij, ki so povezane z avtizmom.
Antipurinerigična terapija zdravljenja s suraminom, ki deluje kot inhibitor purinergičnega signaliziranja je v miših z SAM izboljšala ali popolnoma odpravila kar 16 simptomov te bolezni.

== Sabina Štukelj: Struktura in pomen antifreeze proteinov ==
Antifreeze proteini so prisotni v telesnih tekočinah mnogih organizmov, ki živijo v hladnih razmerah in jih ščitijo pred zamrznitvijo. Glavna značilnost teh proteinov je vezava ledenih kristalov in s tem omejevanje rasti kristalov. V naravi obstaja velika diverziteta AFP (antifreeze) molekul, k njej pa prispeva led s svojimi številnimi različnimi površinami z drugačno geometrijsko razporeditvijo kisikovih atomov. Da se AFP molekule učinkovito vežejo na gornji sloj ledu so predvsem zaslužne vodikove vezi, ki nastanejo med kisikovimi atomi in stranskimi skupinami z vodikom. Poznamo več tipov AFP-jev, raziskovani pa so bili predvsem pri ribah, zato tu ločimo 5 znanih tipov: AFGP-ji, AFP I, AFP II, AFP III in AFP IV. Klasificirani so kot hiperaktivni ali zmerno aktivni, odvisno od aktivnosti njihove zamrzovalne histereze (FH). Znanstvena raziskava, ki je opisana v seminarju podaja neposredne dokaze, da je vezava hiperaktivne TmAFP molekule na ledene kristale nepovratna in da je FH aktivnost neodvisna od koncentracije AFP molekul v raztopini, kar pa so najnovejša odkritja na področju antifreeze proteinov in nasprotujejo dotedanjim teorijam. Rezultati raziskav njihovih lastnosti in zgradbe niso pomembni le za razumevanje interakcij z ledom in za tvorbo veznih domen na drugih proteinih, temveč tudi v praksi, saj se uporabljajo na področjih medicine, biotehnologije in prehrambene industrije kot sredstvo proti zamrzovanju.

== Simon Bolta: Vloga rjavega maščobnega tkiva pri termogenezi ==
Rjavo maščobno tkivo je v telesu ključno za regulacijo termogeneze. To je pridobivanje toplote za potrebe telesa. Za termogenezo se porablja energija, ki jo vnesemo v telo s hrano. Jasno je torej, da bolj kot termogeneza teče, višja je poraba energije. Zato se je tu hitro pokazala potencialna možnost za zdravljenje debelosti in z njo povezanih bolezni. Raziskave so sicer še precej na začetku, a določeni mehanizmi so nam že poznani. Nedavno je bila odkrita vloga proteina BMP-7. Najpomemneje pa je, da obe vrsti rjave maščobe, cBAT in rBAT komunicirata med sabo preko simpatičnega živčnega sistema. V kolikor je cBAT-a zelo malo, se to kompenzira z tvorbo več rBAT-a. Zaenkrat ni znano še niti, ali imamo tudi ljudje obe vrsti rjave maščobe, in ravno to je področje, ki bo v prihodnosti deležno še veliko raziskav, saj se kaže možnost zdravljenja raznih bolezni in jasno s tem povezani tudi zaslužki.

== Jakob Rupert: Vplivi na citotoksičnost Aβ oligomerov v povezavi z nepatogenimi prioni PrPc in vpliv na pojav Alzheimerjeve bolezni ==
Alzheimerjeva bolezen (AD) je progresivna nevrodegenerativna bolezen osrednjega živčevja, ki prizadane predvsem možgane. Simptomi so izguba spomina, motnje zavesti, oteženo gibanje in drugo. Je neozdravljiva in se vedno konča s smrtjo. V zadnjem času veliko raziskujejo povezavo med AD in nepatogenimi prioni PrPC in ugotovitve kažejo, da se amiloidni-β oligomeri radi vežejo na PrPC, z njim tvorijo komplekse, ki se nato endocitirajo v nevron in povzročijo propad celice in tvorbo značilnih amiloidnih plak v možganih, predvsem v predelih hipokampusa in pa cerebralnega korteksa. Vendar na vezavo AβO na PrPc vpliva še nekatere druge molecule, v zadnjem času pa so odkrili tudi dve molekuli. To sta ekstrakta iz rdečega vina (resveratrol) in predvsem EGCG iz zelenega čaja. Oba zmanjšata vpliv amiloidnih plak s tem da strukturno spremenita AβO, ki se mu s tem skoraj izniči toksičnost. To prinaša novo upanje za domnevnih več kot 37 milijonov bolnikov z AD po svetu. Bolezen sicer prizadane večinoma starejše od 65 let, takih pa je v starajoči družbi vedno več, zato so raziskave možnih vzrokov in zdravil za AD ene najbolj aktualnih tudi iz ekonomskega vidika.

== Helena Jakše: Resveratrol-preventiva proti raku ==
Že vrsto let preiskujejo zdravilne učinke rdečega vina in s tem povezane pomembne spojine-resveratrola. Ta se v naravi nahaja v groznih peškah in koži grozdnih jagod, v nekaterih robidnicah in še v mnogih drugih rastlinskih virih. Resveratrol vpliva na vse stopnje karcinogeneze (nastanek rakastih celic) od začetka do napredovanja raka z vplivom na signalne poti, ki kontrolirajo razvoj in rast celic, programirano celično smrt (apoptozo), metastazo in angiogenezo (nastanek novih žil v tumorjih). Mnoge študije so pokazale, da resveratrol zavira širjenje človeškega tumorja in vitro. Ta spoznanja so vodile v nove raziskave, ki so ocenile resveratrolov potencial za zdravljenje raka. In vitro raziskave so pokazale, da resveratrol vzpostavlja interakcije z večimi tarčnimi molekulami in s poškodovanimi celicami kože, dojk, prostate, trebušne slinavke, želodca, debelega črevesa in požiralnika.

Z reguliranjem več signalnih poti (NF-kB, Akt, CD95, Wnt) resveratrol aktivira signale za programirano celično smrt predrakavih in rakastih celic, brez da bi pri tem negativno vplival na zdrave celice.

Učinkovitost resveratrola v živalskih rakavih modelih je omejena zaradi njegove biološke razpoložljivosti po vstopu v organizem. Največji vpliv proti raku je bil zabeležen za tiste tumorje, s katerimi je bil resveratrol v direktnem stiku, na primer koža in prebavni trakt.

==Lenka Tomešová:Key to Controlling Toxicity of Huntington's Disease Protein May Be Cell Contents ==
Huntington‘s disease (HD) belongs to the group of neurogenerative diseases and unfortunately there are no effective therapies for these serious illnesess. HD is caused by an expansion of a CAG (cytosin-adanin-guanin - CAG is the code for an amino acid-glutamine) repeat coding for a polyglutamine in the huntingtin protein, resulting in aggragation of respective proteins. It is caused by mutation of only one gen. It is one of the reason why is HD one of the most tested diseases.
New researches suggest that the toxicity of Huntingtin protein on cell is not caused just by the lenght of the proteins expansions, but there could play an important role also other proteins which are in the cells.
In this experiment were used yest cells. Human huntingtin protein was placed into yest cells and researchers found toxicity differences due to presence of other protein aggregates which are called prions. Data showed that mechanism of polyglutamine toxicity depends on the prion composition of the cell. Polyglutamine is not the toxic reagent itself, but rather enhances the effects of the prion aggregates by sequestering them and making them more rigid. Data showed for the first time that aggresome (an internal compartment of expanded huntingting clumps) is not always protective. Now scientists have a new approach that through characterization of pre-existing proteins in the cell they can identify potencional therapeutic targets.

== Domen Klofutar: MICU1 kot esencialen regulator koncentracije Ca2+ v mitohondrijih ==
V celičnem organelu mitohondriju se odvija oksidativna fosforilacija oziroma tvorba molekul ATP, ki jih telo porablja kot energijo. Za stimuliranje omenjenega procesa je potrebna zadostna koncentracija kalcijevih dvovalentnih kationov. Molekula MICU1 je periferni membranski protein, ki v povezavi z uniporterjem, katerega del je tudi protein MCU, sestavlja enega izmed proteinskih kompleksov na notranji membrani mitohondrija. Protein MICU1 v času mirovanja pri majhnih koncentracijah kalcijevih kationov v citosolu zavira prehod kalcija skozi uniporter. Prevelika koncentracija kalcija v matriksu mitohondrija bi povzročila nastajanje reaktivnih kisikovih zvrsti, ki bi zavrle proces oksidativne fosforilacije in sprožile začetek apoptoze – vrste programirane celične smrti. Prevelika koncentracija kalcija v matriksu pa lahko povzroči tudi depolarizacijo notranje membrane mitohondrija, ki škodi delovanju tega organela. MICU1 pri visoki koncentraciji kalcija v citosolu na pretok kationov skozi uniporter nima vpliva. Prav tako ne vpliva na kinetiko procesov v mitohondriju. Vsebuje dve EF domeni, ki sta sestavljeni vsaka iz dveh regularnih struktur α-heliks, ki sta pravokotni ena na drugo. Domeni sta obrnjeni proti matriksu in specifično vežeta kalcij. S tem protein uravnava koncentracijo kalcija v mitohondriju. Vsakršna mutacija na kateri koli izmed domen poruši proces delovanja proteina, saj ena domena zaznava višje koncentracije kalcija, druga pa nižje.
== Urška Kašnik: ''Propionibacterium acnes'' - bakterija, ki povzroča akne ==

Bakterija P. acnes je je del kožne flore, torej je prisotna na koži skoraj vseh zdravih odraslih ljudi. Živi na maščobnih kislinah v loju, ki ga sintetizirajo žleze lojnice v lasnih mešičkih. Povezana je z nastankom aken.

Akne so pogosta bolezen kože oz. žlez lojnic, katerih funkcija je izločanje loja (poltekoča mešanica maščobnih kislin, trigliceridov, voskov in holesterola), kar preprečuje prekomerno izsuševanje in pokanje kože. Najpogosteje se pojavlja v času pubertete.

Aken je več vrst. Med blažjimi oblikami sta zaprt komedo (beli ogrc), ki zgleda kot mala bela bunkica, in odprt komedo (črn ogrc), ki mu daje barvo pigment melanin. Med vnetne oblike spadajo papule, pustule, nodule in ciste.

Raziskava UCLA je odkrila, da vse P. acnes bakterije ne povzročajo mozoljev – nekateri sevi lahko dejansko pomagajo ohraniti zdravo kožo. Ugotovitve, dognane s to raziskavo, bi lahko vodile do razvoja novih terapij za preprečevanje in zdravljenje težav s kožo. Upajo, da bodo njihove ugotovitve pomagale razviti nove strategije, ki bodo preprečile napake na koži, že predenj bodo te nastale.

== Maruša Prolič-Kalinšek: Živčni strupi in butirilholinesteraza ==
Živčni strupi so organofosforjeve spojine, ki inhibirajo acetilholinesterazo, kar povzroči nalaganje nevrotransmitorja acetilholina v živčno sinapso in nevromišični stik. Povzročijo odpoved živčnega in respiratornega sistema. Ena izmed snovi, ki lahko nudi zaščito pred živčnimi strupi je butirilholinesteraza (BChE). To je globularen protein, ki se sintetizira v jetrih. BChE veže večino antiholinesteraz, zato ga lahko uporabimo za odstranjevanje organofosforjevih živčnih strupov. V zadnjih 10 letih je bilo razvitih več metod pridobivanja tega encima npr. iz mleka transgenih živali pridobljen BChE, z uporabo adenovirusa. V nedavni raziskavi so s kemično polisialilacijo modificirali rekombinanten BChE. Da bi izbrali najugodnejši ekspresijski vektor so zato uporabili tri. Kot najbolj učinkovit se je izkazal pBudCE/EF/BCHE. Transfekcija tega v CHO-K1 celice, je povzročila produkcijo do 3 mg/L BChE. Po optimizaciji ekspresijskih pogojev so dosegli proizvodnjo 35 mg/L rBChE. Ker je analiza pokazala da je bil encim večinoma v monomerni obliki, so dodali tetramerizacijski peptid. Nato so izvedli modifikacija z oksidirano polisialična kislino. S tem so pridobili encim, ki je imel dolg razpolovni čas, je obdržal večino svoje aktivnosti, je bil bolj stabilen in je miši obvaroval pred učinki žuvčnega strupa VR.

== Mojca Juteršek: Sekrecijski sistem tipa III pri Pseudomonas aeruginosa in vpliv metabolizma na njegovo izražanje ==
Pseudomonas aeruginosa je oportunistična Gram-negativna bakterija, ki veliko težav povzroča predvsem bolnikom s cistično fibrozo. Svojo virulentnost izraža preko sekrecijskega sistema tipa III, ki ji omogoča direkten prenos eksotoksinov v gostiteljsko celico. Ta mehanizem je dobro reguliran preko regulatornih molekul, že nekaj časa pa je znano, da na izražanje sekrecijskega sistema tipa III vplivata tudi metabolizem in omejena količina kisika v okolju. V nedavni raziskavi so ti dve dejstvi povezali in raziskali vpliv metabolizma na izražanje sekrecijskega sistema tipa III pri bakterijah, gojenih v okolju z omejeno količino kisika, kar je še posebno pomembno za bolnike s cistično fibrozo, saj so v njihovih pljučih ravno takšne razmere. Znanstvenikom je uspelo dokazati, da ima pomembno vlogo pri regulaciji izražanja sekrecijskega sistema tipa III v razmerah z omejeno količino kisika encim izocitrat-liaza, ki je pomben encim v metabolnih poteh teh bakterij. Hkrati so odkrili, da ima omenjen mehanizme vpliv tudi na količino biofilma, ki ga bakterije tvorijo, ta pa je pomemben obrambni sistem bakterij pred delovanjem antibiotikov. To odkritje tako obljublja nove možnosti v preprečevanju okužb s P. aeruginosa.

== Tjaša Bensa: Sulforafan kot potencialni kandidat za zdravljenje levkemije ==
Sulforafan spada med izotiocianate in ga najdemo v križnicah zelenjave, kot so brokoli, cvetača, ohrovt ... Znastveniki so odkrili, da sulforafan varuje pred rakom na požiralniku, želodcu, debelem črevesu, na prostati, dojkah, jajčnikih, pred rakom na materničnem vratu in tudi proti levkemiji.
Levkemija je krvni rak, za katerega je značilno nenadzorovano razraščanje rakavih belih krvničk v kostnem mozgu. Poznamo več vrst levkemije, pri otrocih pa se najpogosteje pojavlja akutna limfoblastna levkemija (ALL). Pri ALL so lahko celice pre-B ALL ali pa T-ALL. Zaenkrat še ne poznamo terapije, ki bi popolnoma ozdravila bolnike, saj imamo slabo razumevanje o diagnozi bolezni ALL.

Znastveniki na Baylor College of Medicine so naredili vrsto poskusov, da so dokazali pozitiven učinek sulforafana na levkemične celice. Sulforafan je sprožil apoptozo v celicah pre-B ALL (Nalm-6, REH, RS-4) in T-ALL celicah (Jurkat, RPMI, DND41, KOPTK1), v zdravih celicah pa ne. Ko so zdravim celicam dodali sulforafan, so bile te bolj odporne na njegovo citotoksičnost, kot pa levkemične celice.

Poskuse so naredili tudi na miših. Z bioluminiscenčnim slikanjem so dokazali, da je po treh tednih sulforafan zmanjšal število levkemičnih celic. Tudi pri miših s tumorjem je sulforafan po sedmih dnevih zdravljenja zmanjšal obseg tumorja.

Akutna limfoblastna levkemija predstavlja najpogostejšo vrsto levkemije pri otrocih, saj zanjo zboli kar 80 % otrok z levkemijo. Če bi sulforafan postal nova terapija za zdravljenje levkemije, bi to tako pomenil velik preobrat v zdravstvu in medicini.

== Petra Tavčar: Zdravljenje Huntingtonove bolezni s proteini s cinkovimi prsti ==
Huntingtonova bolezen je monogenska dedna bolezen, ki se razvije zaradi prekomernega ponavljanja zaporedja nukleotidov CAG na genu, ki nosi zapis za protein huntingtin. Pri obolelih se zaporedje ponovi od 36 do 121-krat (normalno: 10 do 29-krat). Protein huntingtin je odgovoren za zdrav embrionalni razvoj ter razvijanje in ohranjanje nevronov pri odraslih ljudeh. Pri bolnikih nastaja protein z daljšo verigo poliglutamina, ki se z ostalimi mutiranimi huntingtin proteini združuje v proteinske agregate. Le-ti tvorijo inkluzijska telesca, ki se nalagajo na aksonih, dendritih in v jedrih nekaterih možganskih živčnih celic ter motijo normalno delovanje celic. To privede do sprememb v obnašanju, demence in horee (sunkovitih nehotenih gibov).

Trenutno še ne poznamo načina, s katerim bi zdravili ali preprečevali to bolezen. V razvoju pa je zdravljenje s proteini s cinkovimi prsti. To so regulatorni proteini, ki vsebujejo motiv cinkovega prsta. Prepoznavajo in se vežejo na določene odseke DNA in s tem regulirajo izražanje gena, na katerega se vežejo. Ker je oblikovanje proteinov s cinkovimi prsti enostavno, lahko izdelamo različne proteine, ki se vežejo na različne odseke DNA. Prav tako lahko nanje pripnemo poljubne regulacijske molekule ali vezavne elemente, kar omogoča specifično vezavo na želeni mutiran gen in preprečuje represijo nemutiranih genov.

Oblikovali so protein z enajstimi cinkovimi prsti, ki prepozna in se veže na poli 5´- GC(A/T) -3´. Sposoben je prepoznati poli-CAG ter poli-GCA, poli-GCT DNA del. Z raziskavo so dokazali, da represorji s cinkovimi prsti lahko povzročijo redukcijo na nivoju RNA in na nivoju proteinov v možganih miši, kar vodi do izboljšanja v fenotipu obolelih miši. Kombiniranje represorjev s cinkovimi prsti in promotorjev CAG in WPRE lahko omogoči selektivno represijo mutiranega gena, zmanjšano količino škodljivih proteinskih agregatov in blažitev simptomov Huntingtonove bolezni.

== Rok Ferenc: Nov način zdravljenja Androgenic alopecia ==
Androgenic alopecia oz. bolj splošno "plešavost" je bolezen, sicer značilna za moške, vendar prizadene tudi ženske in najstnike. Čeprav je izjemno razširjenja in bi uspešno zdravilo nedvomno ponovilo globalni uspeh in razvpitost modre tabletke, saj ima plešavost velike psihološke učinke na prizadetega, so do sedaj znana zdravila bodisi neučinkovita, bodisi zaradi stranskih učinkov nezaželena. Nedavno odkritje kapljic za oči, ki pospešijo rast trepalnic, je znanstvenike pripeljalo do novih raziskav, ki predvsem temeljijo na novo odkriti snovi - bimatoprost, ki bi hipotetično prek receptorjev lokalno lahko vplival na lasne folikle in pospešeno rast las. Slednje jim je uspelo potrditi. Najprej so izločili zunanji vpliv na rast dlak z gojenjem foliklov v kulturi, s poskusi na miših so teorijo prenesli na žive organizme, z opazovanjem delovanja antagonista za bimatoprost pa so dokončno potrdili obstoj receptorjev. Receptorje so z gelsko elektroforezo dokazali tudi v človeku ter jih s posebnimi tehnikami locirali v dermalni pupili, ki naprej stimulacijsko vpliva na celice, ki proizvajajo pigment in keratin. Svet je tako korak bliže k zdravljenju plešavosti in hkrati dvig ogromnega bremena z ramen marsikaterega moškega... pa tudi ženske.

== Tim Božič: HCMV z vezavo glikoproteina UL141 na smrtne receptorje TRAIL spodnese imunski odziv ==
Človeški citomegalovirus spada med herpes viruse in je zaradi različnih načinov prenašanja zelo razširjen. Zdravi ljudje sprva ne kažejo posebnih znakov okužbe, saj virus postane latenten, v daljšem časovnem obdobju pa lahko povzroči maligne bolezni. Posebno nevaren je za ljudi s šibkim imunskim sistemom (HIV pozitivni, starejši, novorojenčki) in nosečnicah, saj slednjim pusti trajne okvare vida, sluha ali pa celo vpliva na mentalni razvoj. Virus ima vsaj 3 mehanizme patogeneze in v vsakem prekine signalizacijo okuženih celic s protitelesi, torej prepreči imunski odziv. Razvoj cepiva je torej nujno potreben, saj ni omejen glede na socialni razred in geografijo.

== Jan Rozman: Ciljanje kronično levkemičnih celic z monoklonskim protitelesom specifičnim za CD44 ==
Življenja mnogih ljudi prizadane levkemija, zato si znanstveniki že dolgo časa prizadevajo najti sdravilo zanjo. Ali je znanost z raziskavo, ki sem si jo izbral naredila nov korak v boju proti tej bolezni?
CD44 je antigen vezan na B celicah levkocitov, na katerega se veže protitelo RG7356. To protitelo se veže na vse CD44, ne glede na to ali gre za zdravo B celico ali pa za CLL celico (kronično limfocitno levkemično celico), a na zdravi celici ne sproži apoptoze, na CLL celici pa jo, če ima težka veriga antigena CD44 nemutiran variabilni del, ali če je izražen protein ZAP-70. Če se na CD44 antigen CLL celice veže hialuronska kislina se v celici začnejo tvoriti antiapoptotični proteini, iz česar vidimo, da ima hialuronska kislina neželjeno delovanje (nasprotno RG7356), glede na to, da je cilj levkemične celice odstraniti in ne ohraniti. In vivo del eksperimenta je potekal v peritonealni votlini miši z knockoutiranim genom Rag2, zaradi česar te miši niso imele B in T celic ter naravnih celic ubijalk. Kljub temu je ob dodatku RG7356 prišlo do zmanjšane viabilnosti pri ZAP-70 pozitivnih in negativnih CLL celicah. Z dodatnim poskusom je bilo dokazano, da so za to odgovorni makrofagi, prisotni v peritonealni votlini teh miši.

Vabljeni na seminar, ki bo v ponedeljek 22.4.2013.

== Dominik Dekleva: Encimsko mapiranje proteinov v celici ==
Ideja o celičnem zemljevidu proteinov ni nič novega v svetu biokemije. Da bi bolje razumeli kaj se dogaja v celici, moramo dokumentirati lokacije na tisoče proteinov. Do sedaj so za dokumentiranje proteinov znanstveniki uporabljali fluorescentno ali elektronsko mikroskopijo ter masno spektrometrijo, ki pa imata v ta namen veliko pomankljivosti. Biokemiki iz MIT-a so razvili novo metodo detekcije proteinov v določenem predelu celice, ki se je izvrstno obnesla. Preizkus nove metode so izvedli na mitohondrijskem matriksu HEK (human embryonic kidney) celic. Te pogosto uporabljajo v celični biologiji, saj so enostavne za gojenje ter brez večjih problemov sprejmejo inducirane nukleinske kisline. Nova metoda izkorišča znanje o encimih, označevanju proteinov z biotinom ter mikrozrncih.

BIO1-seminar

2013-04-15T18:18:39Z

Eva Vidak: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/
username: tbk
password: samozameDD

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Rok Ferenc||Nov način zdravljenja Androgenic alopecia||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/10/121026125127.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Jure Fabjan||Marjeta Horvat||Tadej Rozman
|-
| Mojca Juteršek||Sekrecijski sistem tipa III pri Pseudomonas aeruginosa in vpliv metabolizma na njegovo izražanje||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130130083017.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Boštjan Petrič||Maja Zupančič||Milena Jovanov
|-
| Tjaša Bensa||Sulforafan kot potencialni kandidat za zdravljenje levkemije||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121212205602.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Peter Prezelj||Luka Kavčič||Nina Pirih
|-
| Petra Tavčar||Zdravljenje Huntingtonove bolezni s proteini s cinkovimi prsti||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/10/121010131358.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Ana Krišelj||Alja Zgonc||Urša Kapš
|-
| Tilen Komel||||||11.03.||14.03.||18.03.||Rok Ferenc||Jure Fabjan||Marjeta Horvat
|-
| Urška Kašnik||Propionibacterium acnes - bakterija, ki povzroča akne||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130228080135.htm||11.03.||14.03.||18.03.||Mojca Juteršek||Boštjan Petrič||Maja Zupančič
|-
| David Pignar||||||11.03.||14.03.||18.03.||Tjaša Bensa||Peter Prezelj||Luka Kavčič
|-
| Maruša Prolič - Kalinšek||Živčni strupi in butirilholinesteraza||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130111101450.htm||11.03.||14.03.||18.03.||Petra Tavčar||Ana Krišelj||Alja Zgonc
|-
| Domen Klofutar||MICU1 kot regulator koncentracije Ca2+ v mitohondrijih||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/11/121127130025.htm||18.03.||21.03.||25.03.||Tilen Komel||Rok Ferenc||Jure Fabjan
|-
| Jakob Rupert||Vplivi na vezavo Aβ-oligomerov na nepatogene prione PrPC in povezava z nastankom Alzheimerjeve bolezni||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130205200241.htm||18.03.||21.03.||25.03.||Urška Kašnik||Mojca Juteršek||Boštjan Petrič
|-
| Helena Jakše|| Resveratrol kot preventiva proti raku||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121205084419.htm||18.03.||21.03.||25.03.||David Pignar||Tjaša Bensa||Peter Prezelj
|-
| Lenka Tomešová||Key to Controlling Toxicity of Huntington's Disease Protein May Be Cell Contents
||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/06/120606092537.htm||18.03.||21.03.||25.03.||Maruša Prolič - Kalinšek||Petra Tavčar||Ana Krišelj
|-
| Simon Bolta||Vloga rjavega maščobnega tkiva pri termogenezi||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313160754.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Domen Klofutar||Tilen Komel||Rok Ferenc
|-
| Vita Vidmar||Posttranskripcijska regulacija cirkadianega ritma pri Synechococcus elongatus||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130217134246.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Jakob Rupert||Urška Kašnik||Mojca Juteršek
|-
| Sabina Štukelj||Struktura in pomen antifreeze proteinov||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130218092501.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Helena Jakše||David Pignar||Tjaša Bensa
|-
| Nika Strašek||Zdravljenje avtizma s suraminom||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313182019.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Lenka Tomešová||Maruša Prolič - Kalinšek||Petra Tavčar
|-
| Vid Jazbec||Interakcije seratoninskih in glutamatskih ter steratoninskih in dopaminskih receptorjev ter vpliv na psihoze||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130307145720.htm||08.04.||11.04.||15.04.||Simon Bolta||Domen Klofutar||Tilen Komel
|-
| Aneta Atanasova||||||08.04.||11.04.||15.04.||Vita Vidmar||Jakob Rupert||Urška Kašnik
|-
| Rok Ipšek||Delovanje alfa hidroksi kislin kot eksfoliantov||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/08/120813155644.htm||08.04.||11.04.||15.04.||Sabina Štukelj||Helena Jakše||David Pignar
|-
| Helena Šneberger||Nova imunološka terapija zdravljenja alergije na jajca
||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/07/120718192044.htm||08.04.||11.04.||15.04.||Nika Strašek||Lenka Tomešová||Maruša Prolič - Kalinšek
|-
| Tim Božič||HMCV z vezavo glikoproteina UL141 na smrtne receptorje TRAIL spodnese imunski odziv||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313123504.htm||15.04.||18.04.||22.04.||Vid Jazbec||Simon Bolta||Domen Klofutar
|-
| Sara Košenina||Zdravljenje Alzheimerjeve bolezni z grelinom||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/04/130402182457.htm||15.04.||18.04.||22.04.||Aneta Atanasova||Vita Vidmar||Jakob Rupert
|-
| Eva Krivec||||||15.04.||18.04.||22.04.||Rok Ipšek||Sabina Štukelj||Helena Jakše
|-
| Jan Rozman||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130325160234.htm||15.04.||18.04.||22.04.||Helena Šneberger||Nika Strašek||Lenka Tomešová
|-
| Eva Vidak||Antigenska subverzija - nov mehanizem s katerim se virus Ebole izogne imunskemu odzivu gostitelja||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121213172300.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Tim Božič||Vid Jazbec||Simon Bolta
|-
| Toni Nagode||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130204094606.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Sara Košenina||Aneta Atanasova||Vita Vidmar
|-
| Ema Guštin||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130117132921.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Eva Krivec||Rok Ipšek||Sabina Štukelj
|-
| Dominik Dekleva||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130212210009.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Jan Rozman||Helena Šneberger||Nika Strašek
|-
| Mojca Kostanjevec||||||06.05.||09.05.||13.05.||Eva Vidak||Tim Božič||Vid Jazbec
|-
| Eva Oblak Zvonar||||||06.05.||09.05.||13.05.||Toni Nagode||Sara Košenina||Aneta Atanasova
|-
| Barbara Sopčić||||||06.05.||09.05.||13.05.||Ema Guštin||Eva Krivec||Rok Ipšek
|-
| Tadej Rozman||||||06.05.||09.05.||13.05.||Dominik Dekleva||Jan Rozman||Helena Šneberger
|-
| Milena Jovanov||||||13.05.||16.05.||20.05.||Mojca Kostanjevec||Eva Vidak||Tim Božič
|-
| Nina Pirih||||||13.05.||16.05.||20.05.||Eva Oblak Zvonar||Toni Nagode||Sara Košenina
|-
| Urša Kapš||||||13.05.||16.05.||20.05.||Barbara Sopčić||Ema Guštin||Eva Krivec
|-
| Marjeta Horvat||||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/09/120924080253.htm||13.05.||16.05.||20.05.||Tadej Rozman||Dominik Dekleva||Jan Rozman
|-
| Maja Zupančič||||||20.05.||23.05.||27.05.||Milena Jovanov||Mojca Kostanjevec||Eva Vidak
|-
| Luka Kavčič||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130311173913.htm||20.05.||23.05.||27.05.||Nina Pirih||Eva Oblak Zvonar||Toni Nagode
|-
| Alja Zgonc||||||20.05.||23.05.||27.05.||Urša Kapš||Barbara Sopčić||Ema Guštin
|-
| Jure Fabjan||||||20.05.||23.05.||27.05.||Marjeta Horvat||Tadej Rozman||Dominik Dekleva
|-
| Boštjan Petrič||||||27.05.||30.05.||03.06.||Maja Zupančič||Milena Jovanov||Mojca Kostanjevec
|-
| Peter Prezelj||||||27.05.||30.05.||03.06.||Luka Kavčič||Nina Pirih||Eva Oblak Zvonar
|-
| Ana Krišelj||||||27.05.||30.05.||03.06.||Alja Zgonc||Urša Kapš||Barbara Sopčić
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2012. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2013 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 16 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava- 6 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2013 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2013-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1aMGp5bXFlQm9SMFU0X0lOaHZpQlE6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDhwMmlUUWpVRHByNUozdXVfRV9Henc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar

2013-04-14T22:07:18Z

Eva Vidak: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/
username: tbk
password: samozameDD

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Rok Ferenc||Nov način zdravljenja Androgenic alopecia||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/10/121026125127.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Jure Fabjan||Marjeta Horvat||Tadej Rozman
|-
| Mojca Juteršek||Sekrecijski sistem tipa III pri Pseudomonas aeruginosa in vpliv metabolizma na njegovo izražanje||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130130083017.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Boštjan Petrič||Maja Zupančič||Milena Jovanov
|-
| Tjaša Bensa||Sulforafan kot potencialni kandidat za zdravljenje levkemije||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121212205602.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Peter Prezelj||Luka Kavčič||Nina Pirih
|-
| Petra Tavčar||Zdravljenje Huntingtonove bolezni s proteini s cinkovimi prsti||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/10/121010131358.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Ana Krišelj||Alja Zgonc||Urša Kapš
|-
| Tilen Komel||||||11.03.||14.03.||18.03.||Rok Ferenc||Jure Fabjan||Marjeta Horvat
|-
| Urška Kašnik||Propionibacterium acnes - bakterija, ki povzroča akne||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130228080135.htm||11.03.||14.03.||18.03.||Mojca Juteršek||Boštjan Petrič||Maja Zupančič
|-
| David Pignar||||||11.03.||14.03.||18.03.||Tjaša Bensa||Peter Prezelj||Luka Kavčič
|-
| Maruša Prolič - Kalinšek||Živčni strupi in butirilholinesteraza||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130111101450.htm||11.03.||14.03.||18.03.||Petra Tavčar||Ana Krišelj||Alja Zgonc
|-
| Domen Klofutar||MICU1 kot regulator koncentracije Ca2+ v mitohondrijih||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/11/121127130025.htm||18.03.||21.03.||25.03.||Tilen Komel||Rok Ferenc||Jure Fabjan
|-
| Jakob Rupert||Vplivi na vezavo Aβ-oligomerov na nepatogene prione PrPC in povezava z nastankom Alzheimerjeve bolezni||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130205200241.htm||18.03.||21.03.||25.03.||Urška Kašnik||Mojca Juteršek||Boštjan Petrič
|-
| Helena Jakše|| Resveratrol kot preventiva proti raku||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121205084419.htm||18.03.||21.03.||25.03.||David Pignar||Tjaša Bensa||Peter Prezelj
|-
| Lenka Tomešová||Key to Controlling Toxicity of Huntington's Disease Protein May Be Cell Contents
||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/06/120606092537.htm||18.03.||21.03.||25.03.||Maruša Prolič - Kalinšek||Petra Tavčar||Ana Krišelj
|-
| Simon Bolta||Vloga rjavega maščobnega tkiva pri termogenezi||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313160754.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Domen Klofutar||Tilen Komel||Rok Ferenc
|-
| Vita Vidmar||Posttranskripcijska regulacija cirkadianega ritma pri Synechococcus elongatus||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130217134246.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Jakob Rupert||Urška Kašnik||Mojca Juteršek
|-
| Sabina Štukelj||Struktura in pomen antifreeze proteinov||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130218092501.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Helena Jakše||David Pignar||Tjaša Bensa
|-
| Nika Strašek||Zdravljenje avtizma s suraminom||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313182019.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Lenka Tomešová||Maruša Prolič - Kalinšek||Petra Tavčar
|-
| Vid Jazbec||Interakcije seratoninskih in glutamatskih ter steratoninskih in dopaminskih receptorjev ter vpliv na psihoze||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130307145720.htm||08.04.||11.04.||15.04.||Simon Bolta||Domen Klofutar||Tilen Komel
|-
| Aneta Atanasova||||||08.04.||11.04.||15.04.||Vita Vidmar||Jakob Rupert||Urška Kašnik
|-
| Rok Ipšek||Delovanje alfa hidroksi kislin kot eksfoliantov||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/08/120813155644.htm||08.04.||11.04.||15.04.||Sabina Štukelj||Helena Jakše||David Pignar
|-
| Helena Šneberger||Nova imunološka terapija zdravljenja alergije na jajca
||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/07/120718192044.htm||08.04.||11.04.||15.04.||Nika Strašek||Lenka Tomešová||Maruša Prolič - Kalinšek
|-
| Tim Božič||HMCV z vezavo glikoproteina UL141 na smrtne receptorje TRAIL spodnese imunski odziv||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313123504.htm||15.04.||18.04.||22.04.||Vid Jazbec||Simon Bolta||Domen Klofutar
|-
| Sara Košenina||Zdravljenje Alzheimerjeve bolezni z grelinom||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/04/130402182457.htm||15.04.||18.04.||22.04.||Aneta Atanasova||Vita Vidmar||Jakob Rupert
|-
| Eva Krivec||||||15.04.||18.04.||22.04.||Rok Ipšek||Sabina Štukelj||Helena Jakše
|-
| Jan Rozman||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130325160234.htm||15.04.||18.04.||22.04.||Helena Šneberger||Nika Strašek||Lenka Tomešová
|-
| Eva Vidak||||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121213172300.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Tim Božič||Vid Jazbec||Simon Bolta
|-
| Toni Nagode||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130204094606.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Sara Košenina||Aneta Atanasova||Vita Vidmar
|-
| Ema Guštin||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130117132921.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Eva Krivec||Rok Ipšek||Sabina Štukelj
|-
| Dominik Dekleva||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130212210009.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Jan Rozman||Helena Šneberger||Nika Strašek
|-
| Mojca Kostanjevec||||||06.05.||09.05.||13.05.||Eva Vidak||Tim Božič||Vid Jazbec
|-
| Eva Oblak Zvonar||||||06.05.||09.05.||13.05.||Toni Nagode||Sara Košenina||Aneta Atanasova
|-
| Barbara Sopčić||||||06.05.||09.05.||13.05.||Ema Guštin||Eva Krivec||Rok Ipšek
|-
| Tadej Rozman||||||06.05.||09.05.||13.05.||Dominik Dekleva||Jan Rozman||Helena Šneberger
|-
| Milena Jovanov||||||13.05.||16.05.||20.05.||Mojca Kostanjevec||Eva Vidak||Tim Božič
|-
| Nina Pirih||||||13.05.||16.05.||20.05.||Eva Oblak Zvonar||Toni Nagode||Sara Košenina
|-
| Urša Kapš||||||13.05.||16.05.||20.05.||Barbara Sopčić||Ema Guštin||Eva Krivec
|-
| Marjeta Horvat||||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/09/120924080253.htm||13.05.||16.05.||20.05.||Tadej Rozman||Dominik Dekleva||Jan Rozman
|-
| Maja Zupančič||||||20.05.||23.05.||27.05.||Milena Jovanov||Mojca Kostanjevec||Eva Vidak
|-
| Luka Kavčič||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130311173913.htm||20.05.||23.05.||27.05.||Nina Pirih||Eva Oblak Zvonar||Toni Nagode
|-
| Alja Zgonc||||||20.05.||23.05.||27.05.||Urša Kapš||Barbara Sopčić||Ema Guštin
|-
| Jure Fabjan||||||20.05.||23.05.||27.05.||Marjeta Horvat||Tadej Rozman||Dominik Dekleva
|-
| Boštjan Petrič||||||27.05.||30.05.||03.06.||Maja Zupančič||Milena Jovanov||Mojca Kostanjevec
|-
| Peter Prezelj||||||27.05.||30.05.||03.06.||Luka Kavčič||Nina Pirih||Eva Oblak Zvonar
|-
| Ana Krišelj||||||27.05.||30.05.||03.06.||Alja Zgonc||Urša Kapš||Barbara Sopčić
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2012. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2013 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 16 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava- 6 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2013 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2013-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1aMGp5bXFlQm9SMFU0X0lOaHZpQlE6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDhwMmlUUWpVRHByNUozdXVfRV9Henc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.