Wiki FKKT - User contributions [en]

Izvencelična lipaza iz Amycolatopsis Mediterannei je kutinaza z možnostjo razgradnje plastike.

2021-05-24T15:18:36Z

Eva.Keber: New page: ==Uvod== Članek se osredotoča na izvencelično lipazo iz ''Amycolatopsis Mediterannei'', ki je bila pred kratkih klonirana in pregledana v laboratoriju. S primerjalnim modeliranjem je bi...

==Uvod==
Članek se osredotoča na izvencelično lipazo iz ''Amycolatopsis Mediterannei'', ki je bila pred kratkih klonirana in pregledana v laboratoriju. S primerjalnim modeliranjem je bila določena 3D struktura. Odkrili so, da lipaza ne vsebuje domene podobne pokrovu, ki zakrije aktivno mesto in da je strukturno zelo podobna encimom, ki razgrajujejo plastiko. Tako je bilo hitro jasno, da je encim potencialno uporaben za bioremediacijo plastike.
Preko BlastP iskanja v PDB bazi podatkov, jim je uspelo sestaviti filogenetsko drevo proteinov, ki so evolucijsko najbližje AML. Odkrili so, da je AML v kar 75% podobna Streptomyces exfoliatus in zato so ravno ta protein uporabili kot model.
Poravnava sekvenc s modelom, katalitično triado in AML so bili identificirani ostanki, ki izoblikujejo oksianion – ti ostanki so Ser178, Asp224, His256, Phe110 in Met179. Ser178, Asp224 IN His256 je triada, ki je ključna za hidrolizo acetilne skupine. Amidno ogrodje Phe110 in Met179 pomagajo stabilizirati encim-substrat intermediat preko vodikove vezi s karbonilnim kisikom substrata. Katalitična triada in ostanki oksianiona izoblikujejo del žepka, ki veže substrat. Preko poravnave so odkrili tudi, da encim ne vsebuje domene podobne pokrovu. Pomanjkanje domene podobne pokrovu pa je bilo zaznavo pri velikem številu kutinaz, ki razgrajujejo plastiko.
V AML modelu lahko vidimo tipično α/β hidrolazno strukturo. Ima centralno β ploskev obdano z α vijačnicami. Najdena je bila tudi disulfidna vez, pod β ploskvijo pa se nahajajo ostanki, ki sestavljajo žepek za vezavo substrata. Eksperimentalno so določili preferenco AML za vezavo srednje dolgih maščobnih kislin, kar se tudi ujema s preferenco kutinaz. To nakazuje na dejstvo, da so AML bližje kutinaznim vrst lipaz, kakor pa esteraznih oz. pravih lipaz.

==Sposobnost razgradnje plastike==
Odkrili so, da je AML homologna različnih kutinazam, ki razgrajujejo plastiko. AML lahko razgrajuje več vrst plastik:
Alifatski plastični poliestri: PLAji so sestavljeni iz monomerov mlečne kisline, je zelo široko uporabljena plastika in najhitreje rastoči trg za bioplastiko. Znano je, da je močno odporna proti razgradnji v naravi. AML ni uspešna pri razgradnji PLA plastike, a lahko razgrajuje polikaprolaktone. Polikaprolaktoni so tudi vrsta bioplastike, ki se jo veliko uporablja v enkapsulaciji zdravil. AML pa je bil najuspešnejši pri razgradnji poli(1,4-butilen sukcinatu), ki je podaljšan s 1,6-diisocianatoheksanom oz. na krajše PBSc-D.
Strukturna in sekvenčna analiza za predikcijo razgradnje PLA
Iz baze podatkov so raziskovalci uporabili sekvenco kutinaze Est119 iz Thermobifida alba, ki je zelo podobna AML. Zanimalo jih je, zakaj AML ni sposobna razgradnje PLA, tako so AML primerjali s kutinazo Est119, ki pa je sposobna razgradnje PLA. Sekvenci so poravnali in opazovali razlike. Našli so prekrivanje ključnih ostankov v obeh encimih. Opazovali so še kristalno strukturo Est119 z vezanim etil acetatom in mlečno kislino, ki sta analoga PLA. S PyMOL sta bili strukturi poravnani, da bi preverili katalitično in vezavno mesto za substrat za razgradnjo PLA.
Med obema aktivnima mestoma pa so našli tudi razlike. Tako je Tyr99 v Est119 poravnan s Phe110 iz AML in Ile217 s Val226. ti dve razliki igrata pomembno vlogo pri dejstvu, da AML ni sposoben razgraditi PLA.

==Razgradnja aromatskih plastik==
Da bi preverili, ali AML lahko razgradi PET so opravili HPLC analizo. Preverjali so vsebnost TPA in BHET, ki se sprostita po razgradnji PET. Determinirali so, da AML ne more razgrajevati PET, a odkrili so, da kutinaze, ki so zmožne razgrajevati PET imajo veliko strukturnih podobnosti s AML.
AML sekvenco so poravnali z dvema sekvencama encimov, ki sta sposobna razgrajevati PET. Sledila je bioinformatska analize, kjer so primerjali ostanke na specifičnih mestih in odkrili, da so si vse sekvence med sabo podobne. Tudi ostanki v aktivnem mestu so si med seboj zelo podobni, najdene so bile le manjše razlike. AML so primerjali tudi s TfCut2, ki je kutinaza iz T. fusca. Oba encima si delita 77% podobnost. TfCut2 je encim, ki je sposoben razgrajevati PET. Po poravnavi sekvenc so odkrili visoko podobnost med katalitičnimi ostanki. Pri obeh encimih so zelo zaznali enako katalitično triado. Najpomembnejši ostanek je fenilalanin na mestu 110 v AML, ki je pri encimih PETaze spremenjen v tirozin, slednji naj bi pripomogel k stabilizaciji intermediata. Ta fenilalanin na mestu 110 je bil opažen tudi pri poravnavi za razgradnjo PLA, zato so raziskovalci sklepali, da ta ostanek igra pomembno vlogo tako pri razgradnji in vezavi PET kot PLA.

==Viri==
1. An extracellular lipase from Amycolatopsis mediterannei is a cutinase with plastic degrading activity (T. Yeqi; Computational and Structural Biotechnology Journal 19; 2021,

MBT seminarji 2021

2021-05-24T15:15:42Z

Eva.Keber:

Seminarji iz Molekularne biotehnologije so letos organizirani tako, da vsak študent (praviloma v paru, lahko pa tudi samostojno) obdela temo s področja cepiv proti virusu SARS-CoV-2 in o tem pripravi kratek poljudno napisan povzetek. Ta del seminarjev je predstavljen na [[protikovidna cepiva|ločeni strani]].
V drugem delu vsak študent predstavi nek raziskovalni dosežek s širšega področja molekularne biotehnologije. Seznam tem in predstavitev za študijsko leto 2020/21 je predstavljen tu.

Povzetke morate objaviti do torka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v četrtek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak (28.2.) 
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

----

Naslovi odobrenih člankov po temah:

'''Farmacevtsko pomembni proteini''' 
# Development of Antibody-Fragment-Producing Rice for Neutralization of Human Norovirus (A. Sasou ''et. al''; Frontiers in Plant Science 12, 2021; https://doi.org/10.3389/fpls.2021.639953). [[Proizvodnja riža za sintezo fragmentov protiteles proti humanemu norovirusu.]] Mateja Žvipelj (11.3.)
# A New Plant Expression System for Producing Pharmaceutical Proteins (N. Abd-Aziz ''et. al''; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://doi.org/10.1007/s12033-020-00242-2). [[Razvoj ekspresijskega sistema za proizvodnjo farmacevtskih proteinov v rastlini Mucuna bracteata]]. Jernej Imperl (18.3.)
# Development of a Recombinant Monospecific Anti-PLGF Bivalent Nanobody and Evaluation of it in Angiogenesis Modulation (A. Nikooharf "et all"; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://link.springer.com/article/10.1007/s12033-020-00275-7#additional-information) [[Razvoj rekombinantnih monospecifičnih bivalentnih nanoteles proti PLGF-u]]. Nika Zaveršek (18.3.)

'''Cepiva''' 
# Development of a DNA Vaccine for Melanoma Metastasis by Inhalation Based on an Analysis of Transgene Expression Characteristics of Naked pDNA and a Ternary Complex in Mouse Lung Tissues (Kodama ''et.al'';Pharmaceutics 12,2020; https://www.mdpi.com/1999-4923/12/6/540#framed_div_cited_count) [[ Razvoj DNA cepiva proti metastazam melanoma z vdihavanjem na podlagi analize značilnosti transgene ekspresije gole pDNA in trojni kompleks v mišjem pljučnem tkivu]]. Paula Horvat (25.3.) 
# An AMA1/MSP119 Adjuvanted Malaria Transplastomic Plant‑Based Vaccine Induces Immune Responses in Test Animals (Evelia M. Milán‑Noris ''et. al''; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://doi.org/10.1007/s12033-020-00271-x) [[V rastlinah proizvedeno transplastomsko antimalarijsko cepivo z AMA1/MSP119 in dodanim adjuvansom inducira imunski odziv v testnih živalih]]. Neža Pavko (25.3.) 

'''Gensko spremenjene rastline''' 
# A wheat cysteine-rich receptor-like kinase confers broad-spectrum resistance against Septoria tritici blotch (C. Saintenac ''et al.''; Nat. Commun. 12, 2021, https://doi.org/10.1038/s41467-020-20685-0). [[Receptorju podobna kinaza bogata s cisteini, pšenici daje odpornost proti širokemu spektru pegavosti Septoria tritici]]. Andrej Race (7.4.)
# RNAi silenced ζ-carotene desaturase developed variegated tomato transformants with increased phytoene content (M. A. Babu ''et. al''; Plant Growth Regul. 93, 2021; https://doi.org/10.1007/s10725-020-00678-1). [[Vpliv utišanja ζ-karoten desaturaze na vsebnost karotenoidov v gensko spremenjenih paradižnikih]]. Peter Škrinjar (7.4.)

'''Gensko spremenjene živali in celične linije''' 
# Engineering carotenoid production in mammalian cells for nutritionally enhanced cell-cultured foods (A. J. Stout "et. al"; Metabolic Engineering 62, 2020; https://doi.org/10.1016/j.ymben.2020.07.011). [[Razvoj proizvodnje karotenoidov v sesalskih celicah za prehransko izboljšano celično pridobljeno meso]]. Urša Lovše (8.4.)
# Efficient photoactivatable Dre recombinase for cell type-specific spatiotemporal control of genome engineering in the mouse (H. Li ''et. al''; Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 117(52), 2021; https://doi.org/10.1073/pnas.2003991117). [[Priprava fotoinducibilne rekombinaze Dre kot orodje za prostorsko in časovno odvisno urejanje genoma v specifičnih mišjih celicah.]] Matija Ruparčič (8.4.)

'''Nizkomolekularni biotehnološki produkti''' 
# Fermentative N-Methylanthranilate Production by Engineered ''Corynebacterium glutamicum''. (T. Walter ''et. al.''; Microorganisms 8(6), 2020; https://doi.org/10.3390/microorganisms8060866). [[Fermentativna proizvodnja N-metilantranilata z inženirsko spremenjeno Corynebacterium glutamicum]]. Saša Slabe (14.4.)
# Efficient Biosynthesis of Vanillin from Isoeugenol by Recombinant Isoeugenol Monooxygenase from ''Pseudomonas nitroreducens'' Jin1. (Wang Q, Wu X, Lu X, He Y, Ma B, Xu Y. Efficient Biosynthesis of Vanillin from Isoeugenol by Recombinant Isoeugenol Monooxygenase from Pseudomonas nitroreducens Jin1. Appl Biochem Biotechnol. 2021:1116-1128. doi:10.1007/s12010-020-03478-5). [[Učinkovita biosinteza vanilina iz izoevgenola z uporabo rekombinantne izoevgenol monooksigenaze Jin1 iz bakterije Pseudomonas nitroreducens]]. Luka Gnidovec (15.4.)
# One-pot production of butyl butyrate from glucose using a cognate “diamond-shaped” ''E. coli'' consortium (J. P. Sinumvayo "et. al"; Bioresources and Bioprocessing 8, 2021; https://bioresourcesbioprocessing.springeropen.com/articles/10.1186/s40643-021-00372-8#Sec9). [[Proizvodnja butil butirata iz glukoze z uporabo "diamantnega" konzorcija E. coli]] Liza Ulčakar (15.4.)

'''Biotehnološki polimeri''' 
# Biotechnologically produced fucosylated oligosaccharides inhibit the binding of human noroviruses to their natural receptors (S. M. Derya et al., “Biotechnologically produced fucosylated oligosaccharides inhibit the binding of human noroviruses to their natural receptors,” ''J. Biotechnol.'', vol. 318, no. April, pp. 31–38, 2020, doi: 10.1016/j.jbiotec.2020.05.001). [[Inhibicija vezave humanega norovirusa na naravni receptor z biotehnološko proizvedenimi fukoziliranimi oligosaharidi]] Anže Karlek (21.4.)
# Complete biosynthesis of a sulfated chondroitin in ''Escherichia coli'' (Badri, A., ''et al''; Nature communications 12 (2021); https://doi.org/10.1038/s41467-021-21692-5). [[Popolna biosinteza hondroitin sulfata v E. coli]] Ana Maklin (22.4.)
# Optimization of cultivation medium and cyclic fed-batch fermentation strategy for enhanced polyhydroxyalkanoate production by Bacillus thuringiensis using a glucose-rich hydrolyzate (Singh et al. Bioresour. Bioprocess. (2021) 8:11, https://doi.org/10.1186/s40643-021-00361-x) [[Optimizacija fermentacijske proizvodnje PHA-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati]] Urban Hribar (22.4.)

'''Biotehnološko pridobljeni encimi''' 
# Engineering a carboxypeptidase from ''Aspergillus niger'' M00988 by mutation to increase its ability in high Fischer ratio oligopeptide preparation (Xiong K., Liu J., Wang X., Sun B., Zhang Y., Zhao Z., Pei P., & Li X.; Journal of Biotechnology, 330, 1–8, 2021, https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2021.02.015). [[Priprava karboksipeptidaze iz glive Aspergillus niger M00988 za izboljšanje priprave oligopeptidov z visokim Fischerjevim razmerjem]] Urška Fajdiga (5.5.)
# Cell-Based High-Throughput Screening Protocol for Discovering Antiviral Inhibitors Against SARS-COV-2 Main Protease (3CLpro) (Rothan, H.A., Teoh, T.C; Mol Biotechnol 63, 240–248 (2021); https://doi.org/10.1007/s12033-021-00299-7) [[Visoko zmogljiv presejalni protokol na osnovi celic za raziskovanje antivirusnih inhibitorjev proti Sars-Cov-2 glavni proteazi (3CLpro)]] Mirsad Mešić (6.5.)
# A novel cold-active type I pullulanase from a hot-spring metagenome for effective debranching and production of resistant starch (M. Thakur ''et al''.; Bioresource Technology 320, 2021; https://doi.org/10.1016/j.biortech.2020.124288). [[Pri nizkih temperaturah aktivna pululanaza tipa I iz metagenoma vročih vrelcev omogoča učinkovito klestenje in proizvodnjo odpornega škroba]] Martina Lokar (6.5.)

'''Metabolno inženirstvo v biotehnologiji''' 
# Production of Tyrian purple indigoid dye from tryptophan in ''Escherichia coli'' (J. Lee ''et al.''; Nat. Chem. Biol. 17, 2021; https://doi.org/10.1038/s41589-020-00684-4). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_%C5%A1krlatnega_indigoidnega_barvila_iz_triptofana_v_bakteriji_Escherichia_coli Proizvodnja škrlatnega indigoidnega barvila iz triptofana v bakteriji ''Escherichia coli''] Jerneja Nimac (12.5.)
# Development of ''Pseudomonas asiatica'' as a host for the production of 3-hydroxypropionic acid from glycerol (T. Thi Nguyen et al., Bioresource Technology, vol. 329, 2021; https://doi.org/10.1016/j.biortech.2021.124867). [[Razvoj gostiteljskega organizma Pseudomonas asiatica za proizvodnjo 3-hidroksipropionske kisline iz glicerola]] Urška Pečarič Strnad (12.5.)
# Generation of an engineered food-grade ''Lactococcus lactis'' strain for production of an antimicrobial peptide: ''in vitro'' and ''in silico'' evaluation (A. Tanhaeian ''et. al''; BMC Biotechnol. 20(1), 2020; https://doi.org/10.1186/s12896-020-00612-3). [[Priprava in ovrednotenje novega seva bakterij Lactococcus lactis za proizvodnjo protimikrobnega peptida]]. Klementina Polanec (13.5.)
# Metabolic engineering of ''E. coli'' for producing phloroglucinol from acetate (S. Yu et. al; Applied Microbiology and Biotechnology. 2020; https://doi.org/10.1007/s00253-020-10591-2). [[Metabolno inženirstvo bakterije Escherichia coli za pridobivanje floroglucinola iz acetata]]. Ernestina Lavrih (13.5.)

'''Biomasa in biogoriva''' 
# Green Deep Eutectic Solvents for ''Microwave-Assisted Biomass'' Delignification and Valorisation (Grillo G. ''et al.''; Molecules 2021; https://www.mdpi.com/1420-3049/26/4/798/htm) [[Zelena globoka evtektična topila za delignifikacijo in valorizacijo biomase s pomočjo mikrovalov]]. Željka Erić (19.5.)
# Incorporating a molecular antenna in diatom microalgae cells enhances photosynthesis (Leone, G., De la Cruz Valbuena, G., Cicco, S.R. ''et al.''; Sci Rep 11, 2021; https://www.nature.com/articles/s41598-021-84690-z#Sec10) [[Vključevanje molekularne antene v celice mikroskopsko majhnih kremenastih alg (diatomej) za izboljšanje fotosintetske učinkovitosti]]. Karin Dobravc Škof (20.5.)
# Integrated cascade biorefinery processes for the production of single cell oil by ''Lipomyces starkeyi'' from ''Arundo donax L.'' hydrolysates (Di Fidio N ''et al.''; ''Bioresour. Tecnhol.'', vol.325, p.124635, Apr. 2021.; https://doi.org/10.1016/j.biortech.2020.124635). [[Integrirana procesa biorafinerijske proizvodnje znotrajceličnih založnih lipidov iz Arundo donax L. v Lipomyces starkeyi]] . Katja Doberšek (20.5.)

'''Okoljski vidiki biotehnologije in bioremediacija''' 
# Almina Tahirović (26.5.)
# An extracellular lipase from Amycolatopsis mediterannei is a cutinase with plastic degrading activity (T. Yeqi; Computational and Structural Biotechnology Journal 19; 2021, https://doi.org/10.1016/j.csbj.2021.01.019 ) [[ Izvencelična lipaza iz Amycolatopsis Mediterannei je kutinaza z možnostjo razgradnje plastike.]] Eva Keber (27.05.)
# Nina Lukančič (27.5.)

Ponovno določanje specifičnosti izven citoplazme aktivnih sigma faktorjev

2021-05-05T08:22:51Z

Eva.Keber:

Izhodiščni članek: [https://www.pnas.org/content/117/52/33496 H. Todor, H. Osadnik, E. A. Campbell, K. S. Myers, H. Li, T. J. Donohue, C. A. Gross: Rewiring the specificity of extracytoplasmic function sigma factors, PNAS, December 2020, 117 (52) 33496-33506]
==UVOD==
Transkripcijski regulatorji vplivajo na ekspresijo bakterijskih genov. Za veliko genov pa še ni znano, kateri regulatorji vplivajo na njihovo izražanje. Ko govorimo o regulaciji transkripcije pri bakterijah, moramo omeniti sigma faktorje. Sigma faktorji so proteini, ki so potrebni za iniciacijo transkripcije pri bakterijah. Omogočajo specifično vezavo RNA polimeraze na promotorje. Tako ob združitvi sigma faktorja in RNA polimeraze nastane holoencim. Velika večina sigma faktorjev spada v družino σ70, znotraj katere najdemo 4 skupine. Skupina 1 zajema housekeeping sigma faktorje, slednji so zelo ohranjeni in esencialni za celico. Skupini 2 in 3 sta aktivni med specifičnimi okoljskimi in rastnimi pogoji. Največja in najbolj raznolika pa je skupina 4, kjer najdemo izvencitoplazemske sigma faktorje oz. ECF sigma faktorji. Regulirajo gene, ki so udeleženi v diferenciaciji, kovinsko homeostazo, integriteto zunanje membrane in mnogih drugih procesih. ECF sigma faktorji so majhni proteini (okoli 200 AK) in vsebujejo dve dobro ohranjeni globularni domeni – sigma 4 in sigma 2, slednji se vežeta na -35 in -10 regijo promotorjev. ECF sigma faktorji potrebujejo zelo specifične sekvence promotorja, da se lahko nanj uspešno vežejo in velikokrat aktivirajo svoj lastni promotor. Raziskava se je osredotočila na ECF sigma faktorje, saj je večina slednjih slabo okarakterizirana in ni bilo še razvitih nobenih metod za ugotavljanje genov in regulonov, ki so pod vplivom ECF sigma faktorjev. 1

==PREDSTAVITEV PROBLEMA==
Bakterijski genomi so vse pogosteje sekvencirani, a uporabnost teh sekvenc je omejena zaradi naše nezmožnosti pri razreševanju bakterijskih transkripcijskih vezij. V biologiji se že dolgo ukvarjajo z možnostjo napovedi interakcije regulatornih genov na osnovi njihovega aminokislinskega zaporedja. Znati moramo torej napovedati specifičnosti sekvence nekega novega regulatorja in specifične interakcije, ki bodo pri tem nastale. V tej raziskavi so se znanstveniki osredotočili na de novo napoved bioloških tarč. Raziskava je rešila problem DNA-specifičnosti za ECF sigma faktorje in razvila postopek za konstrukcijo statistično signifikantnih domnevnih regulonov za 67% bakterijskih ECF sigma faktorjev. Torej s to metodo lahko na osnovi aminokislinskega zaporedja ECF sigma faktorjev napovemo, na katera zaporedja se bo sigma faktor vezal. S tem lahko de novo napovedujemo interakcije.1

==POSTOPEK IN REZULTATI==
Iz baze podatkov so raziskovalci zbrali zaporedja ECF sigma faktorjev in določili njihov domneven avtoregulatorni promotor. Naredili so medsebojno analizo informacij oz. MI, s čimer so določili ali je prihajalo do sočasnih variacij specifičnih aminokislin s specifičnimi pozicijami nukleotidov skozi evolucijski čas.
Na osnovi proteinskega zaporedja so vse ECF sigma faktorje razdelili v gruče in iskali pogoste motive, ki se pojavljajo v njihovih avtoregulatornih promotorjih. Ob koncu analize so dobili poravnavo vseh domnevnih avtoregulatornih promotorjev s ujemajočimi ECF sigma faktorji. Sledila je MI analiza dobljene kolekcije, s katero so identificirali interagirajoče aminokisline in nukleotidne. MI analiza predpostavlja, da mutacije v aminokislinah, ki determinirajo specifičnost, so nadomeščene z mutacijami na enakovrednem mestu v sorodnem promotorju in obratno. To vodi v visoko kovariacijo in posledično visoko vrednost MI. Iz rezultatov so ugotovili, da imajo samo nekatere AK na specifičnih mestih visoko vrednost MI in ravno ta mesta so najpomembnejša za specifičnost vezave. To se je ujemalo tudi z raziskavami, ki so bile že predhodno narejene, kjer so opazovali interakcijo kristalnih struktur treh divergentnih ECF sigma faktorjih; RpoE iz E. coli in SigL pa SigH iz M. tuberculosis. Prišli so do zaključka, da je mehanizem interakcije med ECF sigma faktorjem in promotorjem dobro ohranjen pri večini ECF sigma faktorjih. To pa pomeni, da vsebnosti ključnih aminokislin na specifičnih pozicijah odloča o specifičnosti promotorja. S tem znanjem so lahko napovedali, kako močno se bo določen sigma faktor vezal na promotor. Specifičnost ECF sigma faktorjev lahko precizno napovemo, v kolikor poznamo ostanke na ključnih mestih.
Tako je MI analiza nakazala, da vsebnost aminokislin na ključnih pozicijah mora imeti napovedljiv efekt na specifičnostjo promotorja nekega ECF sigma faktorja. S tem lahko napovemo zaporedja promotorjev naravnih sigma faktorjev in nam daje tudi možnost načrtovanja novih ECF sigma faktorjev z določeno specifičnostjo.
Glede na vrednost MI so bila najdena tri ključna mesta, ki determinirajo specifičnost. Za model so vzeli promotor za gen RpoE iz E. coli in na teh treh mestih naredili substitucijo z vsemi preostalimi 19 aminokislinami. Te substitucije so bile narejene na Ser172, Arg171 in Asn84. Pokazali so, da vsaka mutacija močno spremeni specifičnost vezave sigma faktorjev na njihov avtoregulatoren promotor. 1
Vsi ti rezultati so nakazali, da obstaja možnost de novo predikcije specifičnosti promotorja, v kolikor poznamo primarno zaporedje ECF sigma faktorja. Za predikcijo te specifičnosti sigma faktorjev, so najprej izbrali eno ali dve aminokislinski poziciji, ki so najboljše korelirane z nukleotidi na pozicijah v promotorju z največjo vrednostjo MI. Sestavili so domneven -35 in -10 PWMs. PWM je kratica za position weight matrix in ga prikazujemo v posebnem diagramu. Predstavlja najverjetnejše nukleotide na neki poziciji. Te računalniško določene preferenčne nukleotide so primerjali s preferenčnimi nukleotidi naravnih sigma faktorjev. Tako so ustvarili sistem za napoved specifičnosti posameznega sigma faktorja na osnovi njegove primarne strukture. 1
Sledilo je določanje domnevnih regulonov vseh ECF sigma faktorjev, ki so bili zajeti v raziskavo. Uporabili so pristop filogenetskega odtisa. Filogenetski odtis določi prava vezavna mesta za ECF sigma faktorje preko primerjale teh sigma faktorjev s sigma faktorji iz ortolognih sekvenc druge bakterijske vrste. 1

==GLOBALNI IN LOKALNI REGULATORJI==
Različne študije so pokazale, da lahko sigma faktorji delujejo kot globalni ali lokalni regulatorji. Razlikujejo se med sabo v številu reguliranih genov, ohranjenosti zaporedij in diverziteti pogojev, kjer delujejo regulatorno. Da bi izvedeli, ali ECF sigma faktorji delujejo kot globalni regulatorji, so najprej kvantificirali število promotorjev, ki jih regulirajo in potem raziskali ali vsebujejo značilnosti globalnih in lokalnih regulatorjev. Skoraj polovica ECF sigma faktorjev regulira tri ali manj promotorjev. Skušali so povezati tudi informacijo, da ECF sigma faktorji, ki nadzirajo več kot tri domnevne promotorje, vplivajo na več procesov v celici. Torej več regulonov kot ima en sigma faktor, na več procesov se odziva in regulira. Dodatna pomembna karakteristika globalnih regulatorjev je njihova ohranjenost znotraj kladov – to je taksonomska skupina, ki obsega skupnega prednika in vse njegove potomce, to so torej monofiletske skupine. Cilj je bil dokazati, da ECF sigma faktorji, katerim so napovedali velike regulone, so bolj ohranjeni kot tisti, s majhnimi napovedanimi reguloni. Tako so ECF sigma faktorje dali v skupine glede na njihovo eggNOG ortologijo in prišli do rezultata, da so sigma faktorji z domnevnimi velikimi reguloni bolj ohranjeni znotraj kladov kot tisti sigma faktorji, ki nadzorujejo majhne regulone. Sigma faktorji z velikimi reguloni so bili prisotni v 28% vseh genomov, sigma faktorji z majhnimi reguloni pa so bili najdeni v 16,9% vseh genomov. Ugotovili so, da je razporeditev ECF sigma faktorji z majhnimi reguloni med različnimi vrstami bakterij znotraj klada bolj neenakomerna kot razporeditev ECF sigma faktorjev z velikim regulonom. Domnevali so, da je to posledica horizontalnega prenosa sigma faktorjev z majhnim regulonom. 1
==ZAKLJUČEK==
Vse informacije napovedanih regulonov ECF sigma faktorjev med kladi so zbrali in ustvarili podatkovno bazo. Znotraj baze si je mogoče ogledati potencialne povezave in druge najdene korelacije. Rezultati tega članka so tako dostopni na tej strani in se lahko uporabijo pri različnih raziskavah. Študija naj bi tako pomagala bodočim raziskovalcev pri svojem delu, saj lahko slednji uporabijo metode, ki jih je raziskava sestavila in s tem dalje raziskujejo ECF sigma faktorje, njihovo delovanje in vpliv na celico. 1
==VIRI==
1. H. Todor, H. Osadnik, E. A. Campbell, K. S. Myers, H. Li, T. J. Donohue, C. A. Gross: Rewiring the specificity of extracytoplasmic function sigma factors, PNAS, December 2020, 117 (52) 33496-33506
2. T. Wecke P. Halang, A. Staron, Extracytoplasmic function σ factors of the widely distributed group ECF41 contain a fused regulatory domain, MicrobiologyOpen 1, 194–213, 2012.
3. J. D. Sharp, A. K. Singh, S. T. Park, Comprehensive definition of the SigH regulon of Mycobacterium tuberculosis reveals transcriptional control of diverse stress responses. PLoS One 11, 2016
4. Feklístov, A., Sharon, B. D., Darst, S. A., & Gross, C. A., Bacterial Sigma Factors: A Historical, Structural, and Genomic Perspective. Annual Review of Microbiology, 68(1), 2013

User talk:Eva.Keber

2021-05-03T08:19:14Z

Eva.Keber: Removing all content from page

Ponovno določanje specifičnosti izven citoplazme aktivnih sigma faktorjev

2021-05-03T08:17:54Z

Eva.Keber: New page: Izhodiščni članek: [https://www.pnas.org/content/117/52/33496 H. Todor, H. Osadnik, E. A. Campbell, K. S. Myers, H. Li, T. J. Donohue, C. A. Gross: Rewiring the specificity of extracyto...

Seminarji SB 2020/21

2021-05-03T08:17:13Z

Eva.Keber:

V študijskem letu 2020/21 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_1,3-propandiola_iz_različnih_ogljikovodikov_po_nenaravni_poti_preko_3-hidroksipropanojske_kisline Proizvodnja 1,3-propandiola iz različnih ogljikovodikov po nenaravni poti preko 3-hidroksipropanojske kisline]
(Liza Ulčakar) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Doseganje_asimetri%C4%8Dnosti_in_asimetri%C4%8Dne_delitve_pri_E._coli Doseganje asimetričnosti in asimetrične delitve pri E. coli] (Aljaž Bratina) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zmanj%C5%A1ana_procesivnost_ribosomov_v_sistemu_PURE Zmanjšana procesivnost ribosomov v sistemu PURE] (Tina Kolenc Milavec) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Na%C4%8Drtovana_pot_zvijanja_proteinskih_origamijev Načrtovana pot zvijanja proteinskih origamijev] (Anamarija Agnič) 
5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/U%C4%8Dinkovita_svetlobno_inducibilna_Dre_rekombinaza_za_%C4%8Dasovno_in_prostorsko_celi%C4%8Dno_specifi%C4%8Dno_urejanje_genoma_v_mi%C5%A1jih_modelih#VIRI Učinkovita svetlobno inducibilna Dre rekombinaza za časovno in prostorsko celično specifično urejanje genoma v mišjih modelih] (Nika Mikulič Vernik) 
6 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vzpostavitev_termometra_tRNA_za_dolo%C4%8Danje_temperature_optimalne_rasti_mikroorganizmov Vzpostavitev termometra tRNA za določanje temperature optimalne rasti mikroorganizmov] (Urša Štrancar) 
7 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Racionalna_zasnova_minimalnih_sinteti%C4%8Dnih_promotorjev_za_rastline#Construction_of_plasmids Racionalna zasnova minimalnih sintetičnih promotorjev za rastline] (Almina Tahirović) 
8 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reverzibilna_toplotna_regulacija_za_bifunkcionalno_dinamično_uravnavanje_izražanja_genov_v_E._coli Reverzibilna toplotna regulacija za bifunkcionalno dinamično uravnavanje izražanja genov v E. coli] (Urška Fajdiga) 
9 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteti%C4%8Dna_optogenetska_naprava_na_osnovi_BRET_za_pulzirajo%C4%8Do_ekspresijo_transgena%2C_ki_omogo%C4%8Da_glukozno_homeostazo_pri_mi%C5%A1ih Sintetična optogenetska naprava na osnovi BRET za pulzirajočo ekspresijo transgena, ki omogoča glukozno homeostazo pri miših] (Paula Horvat) 
10 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hkratna_karakterizacija_več_različnih_racionalno_načrtovanih_promotorskih_arhitektur Vpogled v kombinatorno logiko z IPTG induciranih sistemov] (Urška Zagorc) 
11 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Ponovno_določanje_specifičnosti_izven_citoplazme_aktivnih_sigma_faktorjev Ponovno določanje specifičnosti izven citoplazme aktivnih sigma faktorjev] (Eva Keber)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RESHAPE_-_spreminjanje_morfologije_nitastih_gliv RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv]
(Špela Supej) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_Chlamy_Cleaner:_razgradnja_pesticida_z_zeleno_algo The Chlamy Cleaner: razgradnja pesticida z zeleno algo] (Doroteja Armič) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TheraPUFA:_nazalni_probiotik_proti_okužbam_in_vnetjem TheraPUFA- nazalni probiotik proti okužbam in vnetjem] (Barbara Slapnik) 
4 [[S-POP: Modularni biosenzor za zaznavanje obstojnih organskih onesnaževal v okoljskih vodah]] (Tadej Medved) 
5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MARS-magnetni_sistem_za_recikliranje_ATP MARS-magnetni sistem za recikliranje ATP] (David Miškić) 
6 [[B.O.T.: Bakterijska oscilacijska terapija za zdravljenje kolorektalnega raka]] (Neža Pavko) 
7 [[Rapidemic razvoj novega kompleta za hitro diagnostiko na mestu oskrbe]] (Mirsad Mešić) 
8 [[iGEMINI: Kvasovke kot prehransko dopolnilo v vesolju]] (Klementina Polanec) 
9 [[Antea-Glyphosate: Detekcija in razgradnja glifosata]] (Jernej Imperl) 
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

Seminarji SB 2020/21

2021-05-03T07:43:14Z

Eva.Keber:

V študijskem letu 2020/21 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_1,3-propandiola_iz_različnih_ogljikovodikov_po_nenaravni_poti_preko_3-hidroksipropanojske_kisline Proizvodnja 1,3-propandiola iz različnih ogljikovodikov po nenaravni poti preko 3-hidroksipropanojske kisline]
(Liza Ulčakar) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Doseganje_asimetri%C4%8Dnosti_in_asimetri%C4%8Dne_delitve_pri_E._coli Doseganje asimetričnosti in asimetrične delitve pri E. coli] (Aljaž Bratina) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zmanj%C5%A1ana_procesivnost_ribosomov_v_sistemu_PURE Zmanjšana procesivnost ribosomov v sistemu PURE] (Tina Kolenc Milavec) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Na%C4%8Drtovana_pot_zvijanja_proteinskih_origamijev Načrtovana pot zvijanja proteinskih origamijev] (Anamarija Agnič) 
5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/U%C4%8Dinkovita_svetlobno_inducibilna_Dre_rekombinaza_za_%C4%8Dasovno_in_prostorsko_celi%C4%8Dno_specifi%C4%8Dno_urejanje_genoma_v_mi%C5%A1jih_modelih#VIRI Učinkovita svetlobno inducibilna Dre rekombinaza za časovno in prostorsko celično specifično urejanje genoma v mišjih modelih] (Nika Mikulič Vernik) 
6 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vzpostavitev_termometra_tRNA_za_dolo%C4%8Danje_temperature_optimalne_rasti_mikroorganizmov Vzpostavitev termometra tRNA za določanje temperature optimalne rasti mikroorganizmov] (Urša Štrancar) 
7 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Racionalna_zasnova_minimalnih_sinteti%C4%8Dnih_promotorjev_za_rastline#Construction_of_plasmids Racionalna zasnova minimalnih sintetičnih promotorjev za rastline] (Almina Tahirović) 
8 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reverzibilna_toplotna_regulacija_za_bifunkcionalno_dinamično_uravnavanje_izražanja_genov_v_E._coli Reverzibilna toplotna regulacija za bifunkcionalno dinamično uravnavanje izražanja genov v E. coli] (Urška Fajdiga) 
9 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteti%C4%8Dna_optogenetska_naprava_na_osnovi_BRET_za_pulzirajo%C4%8Do_ekspresijo_transgena%2C_ki_omogo%C4%8Da_glukozno_homeostazo_pri_mi%C5%A1ih Sintetična optogenetska naprava na osnovi BRET za pulzirajočo ekspresijo transgena, ki omogoča glukozno homeostazo pri miših] (Paula Horvat) 
10 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hkratna_karakterizacija_več_različnih_racionalno_načrtovanih_promotorskih_arhitektur Vpogled v kombinatorno logiko z IPTG induciranih sistemov] (Urška Zagorc) 
11 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User_talk:Eva.Keber Ponovno določanje specifičnosti izven citoplazme aktivnih sigma faktorjev] (Eva Keber)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RESHAPE_-_spreminjanje_morfologije_nitastih_gliv RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv]
(Špela Supej) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_Chlamy_Cleaner:_razgradnja_pesticida_z_zeleno_algo The Chlamy Cleaner: razgradnja pesticida z zeleno algo] (Doroteja Armič) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TheraPUFA:_nazalni_probiotik_proti_okužbam_in_vnetjem TheraPUFA- nazalni probiotik proti okužbam in vnetjem] (Barbara Slapnik) 
4 [[S-POP: Modularni biosenzor za zaznavanje obstojnih organskih onesnaževal v okoljskih vodah]] (Tadej Medved) 
5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MARS-magnetni_sistem_za_recikliranje_ATP MARS-magnetni sistem za recikliranje ATP] (David Miškić) 
6 [[B.O.T.: Bakterijska oscilacijska terapija za zdravljenje kolorektalnega raka]] (Neža Pavko) 
7 [[Rapidemic razvoj novega kompleta za hitro diagnostiko na mestu oskrbe]] (Mirsad Mešić) 
8 [[iGEMINI: Kvasovke kot prehransko dopolnilo v vesolju]] (Klementina Polanec) 
9 [[Antea-Glyphosate: Detekcija in razgradnja glifosata]] (Jernej Imperl) 
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

Seminarji SB 2020/21

2021-05-03T07:42:24Z

Eva.Keber:

V študijskem letu 2020/21 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_1,3-propandiola_iz_različnih_ogljikovodikov_po_nenaravni_poti_preko_3-hidroksipropanojske_kisline Proizvodnja 1,3-propandiola iz različnih ogljikovodikov po nenaravni poti preko 3-hidroksipropanojske kisline]
(Liza Ulčakar) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Doseganje_asimetri%C4%8Dnosti_in_asimetri%C4%8Dne_delitve_pri_E._coli Doseganje asimetričnosti in asimetrične delitve pri E. coli] (Aljaž Bratina) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zmanj%C5%A1ana_procesivnost_ribosomov_v_sistemu_PURE Zmanjšana procesivnost ribosomov v sistemu PURE] (Tina Kolenc Milavec) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Na%C4%8Drtovana_pot_zvijanja_proteinskih_origamijev Načrtovana pot zvijanja proteinskih origamijev] (Anamarija Agnič) 
5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/U%C4%8Dinkovita_svetlobno_inducibilna_Dre_rekombinaza_za_%C4%8Dasovno_in_prostorsko_celi%C4%8Dno_specifi%C4%8Dno_urejanje_genoma_v_mi%C5%A1jih_modelih#VIRI Učinkovita svetlobno inducibilna Dre rekombinaza za časovno in prostorsko celično specifično urejanje genoma v mišjih modelih] (Nika Mikulič Vernik) 
6 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vzpostavitev_termometra_tRNA_za_dolo%C4%8Danje_temperature_optimalne_rasti_mikroorganizmov Vzpostavitev termometra tRNA za določanje temperature optimalne rasti mikroorganizmov] (Urša Štrancar) 
7 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Racionalna_zasnova_minimalnih_sinteti%C4%8Dnih_promotorjev_za_rastline#Construction_of_plasmids Racionalna zasnova minimalnih sintetičnih promotorjev za rastline] (Almina Tahirović) 
8 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reverzibilna_toplotna_regulacija_za_bifunkcionalno_dinamično_uravnavanje_izražanja_genov_v_E._coli Reverzibilna toplotna regulacija za bifunkcionalno dinamično uravnavanje izražanja genov v E. coli] (Urška Fajdiga) 
9 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteti%C4%8Dna_optogenetska_naprava_na_osnovi_BRET_za_pulzirajo%C4%8Do_ekspresijo_transgena%2C_ki_omogo%C4%8Da_glukozno_homeostazo_pri_mi%C5%A1ih Sintetična optogenetska naprava na osnovi BRET za pulzirajočo ekspresijo transgena, ki omogoča glukozno homeostazo pri miših] (Paula Horvat) 
10 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hkratna_karakterizacija_več_različnih_racionalno_načrtovanih_promotorskih_arhitektur Vpogled v kombinatorno logiko z IPTG induciranih sistemov] (Urška Zagorc) 
11 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User_talk:Eva.Keber Ponovno določanje specifičnosti izven citoplazme aktivnih sigma faktorjev (Eva Keber)]

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RESHAPE_-_spreminjanje_morfologije_nitastih_gliv RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv]
(Špela Supej) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_Chlamy_Cleaner:_razgradnja_pesticida_z_zeleno_algo The Chlamy Cleaner: razgradnja pesticida z zeleno algo] (Doroteja Armič) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TheraPUFA:_nazalni_probiotik_proti_okužbam_in_vnetjem TheraPUFA- nazalni probiotik proti okužbam in vnetjem] (Barbara Slapnik) 
4 [[S-POP: Modularni biosenzor za zaznavanje obstojnih organskih onesnaževal v okoljskih vodah]] (Tadej Medved) 
5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MARS-magnetni_sistem_za_recikliranje_ATP MARS-magnetni sistem za recikliranje ATP] (David Miškić) 
6 [[B.O.T.: Bakterijska oscilacijska terapija za zdravljenje kolorektalnega raka]] (Neža Pavko) 
7 [[Rapidemic razvoj novega kompleta za hitro diagnostiko na mestu oskrbe]] (Mirsad Mešić) 
8 [[iGEMINI: Kvasovke kot prehransko dopolnilo v vesolju]] (Klementina Polanec) 
9 [[Antea-Glyphosate: Detekcija in razgradnja glifosata]] (Jernej Imperl) 
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

Seminarji SB 2020/21

2021-05-03T07:40:37Z

Eva.Keber:

V študijskem letu 2020/21 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_1,3-propandiola_iz_različnih_ogljikovodikov_po_nenaravni_poti_preko_3-hidroksipropanojske_kisline Proizvodnja 1,3-propandiola iz različnih ogljikovodikov po nenaravni poti preko 3-hidroksipropanojske kisline]
(Liza Ulčakar) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Doseganje_asimetri%C4%8Dnosti_in_asimetri%C4%8Dne_delitve_pri_E._coli Doseganje asimetričnosti in asimetrične delitve pri E. coli] (Aljaž Bratina) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zmanj%C5%A1ana_procesivnost_ribosomov_v_sistemu_PURE Zmanjšana procesivnost ribosomov v sistemu PURE] (Tina Kolenc Milavec) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Na%C4%8Drtovana_pot_zvijanja_proteinskih_origamijev Načrtovana pot zvijanja proteinskih origamijev] (Anamarija Agnič) 
5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/U%C4%8Dinkovita_svetlobno_inducibilna_Dre_rekombinaza_za_%C4%8Dasovno_in_prostorsko_celi%C4%8Dno_specifi%C4%8Dno_urejanje_genoma_v_mi%C5%A1jih_modelih#VIRI Učinkovita svetlobno inducibilna Dre rekombinaza za časovno in prostorsko celično specifično urejanje genoma v mišjih modelih] (Nika Mikulič Vernik) 
6 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vzpostavitev_termometra_tRNA_za_dolo%C4%8Danje_temperature_optimalne_rasti_mikroorganizmov Vzpostavitev termometra tRNA za določanje temperature optimalne rasti mikroorganizmov] (Urša Štrancar) 
7 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Racionalna_zasnova_minimalnih_sinteti%C4%8Dnih_promotorjev_za_rastline#Construction_of_plasmids Racionalna zasnova minimalnih sintetičnih promotorjev za rastline] (Almina Tahirović) 
8 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reverzibilna_toplotna_regulacija_za_bifunkcionalno_dinamično_uravnavanje_izražanja_genov_v_E._coli Reverzibilna toplotna regulacija za bifunkcionalno dinamično uravnavanje izražanja genov v E. coli] (Urška Fajdiga) 
9 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteti%C4%8Dna_optogenetska_naprava_na_osnovi_BRET_za_pulzirajo%C4%8Do_ekspresijo_transgena%2C_ki_omogo%C4%8Da_glukozno_homeostazo_pri_mi%C5%A1ih Sintetična optogenetska naprava na osnovi BRET za pulzirajočo ekspresijo transgena, ki omogoča glukozno homeostazo pri miših] (Paula Horvat) 
10 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hkratna_karakterizacija_več_različnih_racionalno_načrtovanih_promotorskih_arhitektur Vpogled v kombinatorno logiko z IPTG induciranih sistemov] (Urška Zagorc) 
11 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User_talk:Eva.Keber Ponovno določanje specifičnosti izven citoplazme aktivnih sigma faktorjev]

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RESHAPE_-_spreminjanje_morfologije_nitastih_gliv RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv]
(Špela Supej) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_Chlamy_Cleaner:_razgradnja_pesticida_z_zeleno_algo The Chlamy Cleaner: razgradnja pesticida z zeleno algo] (Doroteja Armič) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TheraPUFA:_nazalni_probiotik_proti_okužbam_in_vnetjem TheraPUFA- nazalni probiotik proti okužbam in vnetjem] (Barbara Slapnik) 
4 [[S-POP: Modularni biosenzor za zaznavanje obstojnih organskih onesnaževal v okoljskih vodah]] (Tadej Medved) 
5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MARS-magnetni_sistem_za_recikliranje_ATP MARS-magnetni sistem za recikliranje ATP] (David Miškić) 
6 [[B.O.T.: Bakterijska oscilacijska terapija za zdravljenje kolorektalnega raka]] (Neža Pavko) 
7 [[Rapidemic razvoj novega kompleta za hitro diagnostiko na mestu oskrbe]] (Mirsad Mešić) 
8 [[iGEMINI: Kvasovke kot prehransko dopolnilo v vesolju]] (Klementina Polanec) 
9 [[Antea-Glyphosate: Detekcija in razgradnja glifosata]] (Jernej Imperl) 
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

User talk:Eva.Keber

2021-05-03T07:37:16Z

BNT-seminar

2021-03-15T17:10:28Z

Eva.Keber:

= Bionanotehnologija 2021- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Vpisna številka'''
30170005 
30019058 
30170022 
30200303 
30019363 
30200310 
30019057 
30170131 
30170078 
30019040 
30170177 
30200324 
30200315 
30019063 
30200312 
30170002 
30170103 
30200319 
30200309 
30200320 
30019056 
30200311 
30200306 
30170243 
30019051 
30170141 
30170061 
30019035 
30200316 
30170222 
30200317 
30170193 
30200307 
30200321 
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
16.3.2021 
16.3.2021 
16.3.2021 
23.3.2021 
23.3.2021 
23.3.2021 
30.3.2021 
6.4.2021 
6.4.2021 
6.4.2021 
13.4.2021 
13.4.2021 
13.4.2021 
20.4.2021 
20.4.2021 
4.5.2021 
4.5.2021 
23.3.2021 
20.4.2020 
6.4.2021 
4.5.2021 
11.5.2021 
18.5.2021 
4.5.2021 
11.5.2021 
11.5.2021 
4.5.2021 
11.5.2021 
18.5.2021 
30.3.2021 
13.4.2021 
11.5.2021 
18.5.2021 
18.5.2021 
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent1'''
Anamarija Agnič 
Aljaž Bratina 
Matija Ruparčič 
Urban Hribar 
Sabina Sladič Oblak 
Irma Zeljković 
Barbara Slapnik 
Tina Kolenc Milavec 
Klementina Polanec 
Ajda Godec 
Martin Špendl 
Tjaša Mlakar 
Urša Lovše 
Sara Laznik 
Neža Pvko 
Doroteja Armič 
Martina Lokar 
Martin Špendl 
Saša Slabe 
Mateja Žvipelj 
Špela Supej 
Urška Fajdiga 
Ernestina Lavrih 
Nika Mikulič Vernik 
Liza Ulčakar 
Urša Štrancar 
Tadej Medved 
Urška Zagorc 
Nina Lukančič 
Urška Pečarič Strnad 
Anže Karlek 
Luka Gnidovec 
Almina Tahirović 
Mirsad Mešić 
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent2'''
Urška Pečarič Strnad 
Urška Zagorc 
Ernestina Lavrih 
Liza Ulčakar 
Urša Štrancar 
Paula Horvat 
Sara Laznik 
Luka Gnidovec 
Irma Zeljković 
Eva Keber 
Jernej Imperl 
Barbara Slapnik 
Mirsad Mešić 
Urša Lovše 
Anamarija Agnič 
Neža Pavko 
Mateja Žvipelj 
Almina Tahirović 
Nika Mikulič Vernik 
Urška Fajdiga 
Saša Slabe 
Klementina Polanec 
Tjaša Mlakar 
Ajda Godec 
Jernej Imperl 
Špela Supej 
Aljaž Bratina 
Nina Lukančič 
Matija Ruparčič 
Anže Karlek 
Sabina S. Oblak 
Urban Hribar 
Tina Kolenc Milavec 
Tadej Medved 
|}

==Naloga==
Pripravite projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt, ki pa mora biti takšen, da pritegne investitorje. Ker je pomembno tudi kako boste to naredili, morate predstaviti tudi metodo in ne samo ideje. Natančno morate vedeti, kako boste projekt izvedli.

Predlagana struktura teksta:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Elektronska verzija seminarja: avtor, naslov projekta, razširjeni povzetek projekta- 350-400 besed (brez literature) in grafični povzetek (čez približno pol strani). Vse naj bo na maksimalno dveh straneh, a ne sme vsebovati manj kot 350 besed (sem se ne šteje literatura).
* Elektronsko verzijo seminarja oddajte en dan pred predstavitvijo, kasneje pa boste vsebino še prekopirali na za to določeno spletno stran, predstavitev pa eno uro pred seminarjem na [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ strežnik].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo XY minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenta morate predlagati vsaj eno izboljšavo predstavljenega projekta.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem modelu:
* 20_nano_Priimek.doc za seminar, npr. 20_nano_Craik_Venter.doc
* 20_nano_Priimek.ppt za prezentacijo, npr. 20_nano_Craik_Venter.ppt

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

MBT seminarji 2021

2021-03-10T17:19:19Z

Eva.Keber: