https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Ga%C5%A1per 2026-08-05T18:08:06Z User contributions MediaWiki 1.45.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2018/19&diff=14715 2019-01-02T09:26:11Z

<p>Gašper: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2018/19 študentje predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MoClo:_modularni_klonirni_sistem_za_standardizirano_sestavljanje_ve%C4%8Dgenskih_konstruktov MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov] (Valentina Levak)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RNA-stikala_tipa_%C2%BBToehold%C2%AB:_de_novo_oblikovani_regulatorji_izra%C5%BEanja_genov RNA-stikala tipa Toehold: de novo oblikovani regulatorji izražanja genov] (Špela Malenšek)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Raznoliko_in_modelno_zasnovana_priprava_sinteti%C4%8Dnih_genskih_vezij_s_predvidenimi_lastnostmi Raznoliko in modelno zasnovana priprava sintetičnih genskih vezij s predvidenimi lastnostmi] (Matej Kolarič)<br /> <br /> [[Dispersing biofilms with engineered enzymatic bacteriophage]] (Fran Krstanović)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nekaj_pogledov_na_sistemsko_biologijo_kvasovke Nekaj pogledov na sistemsko biologijo kvasovke] (Gašper Žun)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Organizacija_znotrajceli%C4%8Dnih_reakcij_z_razumsko_na%C4%8Drtovanimi_RNA_sestavi#Na.C4.8Drtovanje_in_sestavljanje_RNA_sestavov Organizacija znotrajceličnih reakcij z razumsko načrtovanimi RNA sestavi] (Urška Jelenovec)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biolo%C5%A1ko_vezje_na_osnovi_RNA-interference_za_identifikacijo_specifi%C4%8Dnih_rakavih_celic Biološko vezje na osnovi RNA-interference za identifikacijo specifičnih rakavih celic] (Gašper Marinšek)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kontrola_hitrosti_translacije_preko_pomožnega_mesta_5’-UTR:_energijski_kompromis_med_dostopnostjo%2C_selektivnim_razvijanjem_RNA-struktur_in_drsenjem_30S_ribosomske_podenote_po_RNA-strukturah Kontrola hitrosti translacije preko pomožnega mesta 5’-UTR: energijski kompromis med dostopnostjo, selektivnim razvijanjem RNA-struktur in drsenjem 30S ribosomske podenote po RNA-strukturah] (Neža Koritnik)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preoblikovanje_genskega_skupka_za_fiksacijo_dušika_bakterije_Klebsiella_oxytoca Preoblikovanje genskega skupka za fiksacijo dušika bakterije ''Klebsiella oxytoca''] (Gašper Virant)<br /> <br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) &lt;br&gt;<br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Phactory:_proizvodnja_bakteriofagov_za_precizno_zdravljenje Phactory: proizvodnja bakteriofagov za precizno zdravljenje] (Rok Miklavčič)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Canditect:_hitra_detekcija_vaginalne_infekcije_s_Candido_albicans_z_uporabo_sistema_CRISPR/dCas9 Canditect – hitra detekcija vaginalne infekcije s Candido albicans z uporabo sistema CRISPR/dCas9] (Jerneja Ovčar)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAPOEIRA_-_razvoj_personaliziranega_cepiva_proti_raku_in_sistema_za_spremljanje_odziva_na_zdravljenje CAPOEIRA – razvoj personaliziranega cepiva proti raku in sistema za spremljanje odziva na zdravljenje] (Anamarija Habič)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biotic_Blue_-_encimska_razgradnja_zdravilnih_u%C4%8Dinkovin_v_odpadnih_vodah#BIOTIC_BLUE BIOTIC BLUE - encimska razgradnja zdravilnih učinkovin v odpadnih vodah] (Tina Požun)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Of_CO2urse_-_sistem_za_zmanj%C5%A1evanje_izpustov_ogljikovega_dioksida_v_industriji Of CO&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;urse - sistem za zmanjševanje izpustov ogljikovega dioksida v industriji] (Kity Požek)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cockroach_terminator Cockroach terminator]] (Roberta Mulac)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MiBiome_-_probioti%C4%8Dna_bakterija_za_zdravljenje_kroni%C4%8Dne_vnetne_%C4%8Drevesne_bolezni MiBiome - probiotična bakterija za zdravljenje kronične vnetne črevesne bolezni] (Ernest Šprager)<br /> <br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut. <br /> <br /> ----<br /> <br /> <br /> Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom): <br /> <br /> 22.11.&lt;br&gt; <br /> 1 &lt;br&gt;<br /> 2 Valentina Levak &lt;br&gt;<br /> <br /> 27.11.&lt;br&gt;<br /> 1 &lt;br&gt;<br /> 2 &lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 29.11.&lt;br&gt;<br /> 1 Matej Kolarič&lt;br&gt;<br /> 2 Špela Malenšek&lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 4.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Gašper Žun&lt;br&gt;<br /> 2 Fran Krstanovic&lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 6.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Urška Jelenovec&lt;br&gt;<br /> 2 Rok Miklavčič &lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 11.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Jerneja Ovčar&lt;br&gt;<br /> 2 Neža Koritnik&lt;br&gt;<br /> 3 Gašper Virant&lt;br&gt;<br /> 4 Gašper Marinšek&lt;br&gt;<br /> <br /> 18.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Tina Požun&lt;br&gt;<br /> 2 Anamarija Habič&lt;br&gt;<br /> 3 Roberta Mulac&lt;br&gt;<br /> 4 Kity Požek&lt;br&gt;<br /> <br /> 3.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Nina Mavec&lt;br&gt;<br /> 2 Primož Tič&lt;br&gt;<br /> 3 Ernest Šprager&lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 8.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Marija Atanasova&lt;br&gt;<br /> 2 Bine Tršavec&lt;br&gt;<br /> 3 Peter Pečan&lt;br&gt;<br /> 4 Tjaša Sorčan&lt;br&gt;<br /> <br /> 10.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Špela Koren&lt;br&gt;<br /> 2 Natalija Pucihar&lt;br&gt;<br /> 3 Karmen Žbogar&lt;br&gt;<br /> 4 Uroš Zavrtanik&lt;br&gt;<br /> <br /> 15.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Jerneja Kocutar&lt;br&gt;<br /> 2 Blaž Lebar&lt;br&gt;<br /> 3 Tadej Satler&lt;br&gt;<br /> 4 Miha Koprivnikar Krajnc&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 17.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Milena Stojkovska&lt;br&gt;<br /> 2 Urška Kašnik&lt;br&gt;</div>

Gašper https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MiBiome_-_probioti%C4%8Dna_bakterija_za_zdravljenje_kroni%C4%8Dne_vnetne_%C4%8Drevesne_bolezni&diff=14714 2019-01-01T21:54:42Z

<p>Gašper: </p> <hr /> <div>miBiome (http://2018.igem.org/Team:Oxford) je projekt študentske skupine iz Oxforda, ki je bil nagrajen za najboljši dodiplomski terapevtski projekt na tekmovanju iGEM 2018. <br /> <br /> Avtor povzetka: Ernest Šprager <br /> <br /> == Kronična vnetna črevesna bolezen ==<br /> <br /> Med kronične vnetne črevesne bolezni (KVČB) uvrščamo Crohnovo bolezen in ulcerozni kolitis. Za ti avtoimunski obolenji je značilno vnetje črevesne sluznice, ki vodi v diarejo, pojavijo pa se bolečine v trebuhu. Prizadeneta 0,3 % populacije, njuna incidenca pa se povečuje predvsem v državah v razvoju. Zdravimo ju simptomatsko s kortikosteroidi, kar pa je po navadi drago in zamudno. Patofiziološko je za KVČB značilno porušeno razmerje populacij celic med Th17 (celice T pomagalke 17) in Treg (regulatornimi limfociti T) v prid prvih. iGEM skupina z Oxforda je poskušala razviti probiotični bakterijski sev, ki bi ponovno vzpostavil zdravo razmerje med obema populacijama in bi omogočal kurativno zdravljenje&lt;ref name=&quot;prvi&quot;&gt;2018 iGEM Oxford, MiBiome. Prosto dostopno na: http://2018.igem.org/Team:Oxford [28. 12. 2018]&lt;/ref&gt;.<br /> <br /> === Imunološko ozadje ===<br /> <br /> Sprožilec vnetja je največkrat poškodba črevesnih epitelijskih celic (npr. zaradi patogene bakterije), stik s sproščenimi intracelularnimi snovmi (človeku lastni antigeni) pa nato povzroči abnormalen imunski odziv. Diferenciacijo naivnih celic T v Th17 ali Treg sprožijo številne molekule, smer diferenciacije pa je odvisna od ravni koncentracij prisotnih molekul&lt;ref name=&quot;prvi&quot; /&gt;&lt;ref name=&quot;drugi&quot;&gt;J. Gálvez, „Role of Th17 Cells in the Pathogenesis of Human IBD“, ISRN Inflamm., let. 2014, str. 1–14, 2014&lt;/ref&gt;. Npr. nizka raven TGFβ favorizira diferenciacijo v Th17, med tem ko je pri višjih koncentracijah in ob odsotnosti nekaterih drugih vnetnih citokinov diferenciacija v Treg večja. Th17 nato z različnimi provnetnimi citokini (IL-17) privlačijo in aktivirajo granulacite ter makrofage in v epitelijskih ter fibroblastnih celicah povzročijo izločanje dodatnih provnetnih molekul. Na drugi strani Treg delujejo imunosupresivno s preprečevanjem produkcije citokinov in zaviranjem aktivacije Th in citotoksičnih limfocitov T&lt;ref name=&quot;drugi&quot; /&gt;.<br /> <br /> == Zasnova naprave == <br /> <br /> Vsako vplivanje na populacijo limfocitov T pa lahko vodi v stanje imunske pomanjkljivosti (tj. stanje, kjer se telo ne more uspešno braniti pred infekcijami). To je še posebej problematično v regijah s slabo sanitarno higieno, kjer so infekcije pogostejše. Skupina iz Oxforda je ta problem elegantno rešila z razvojem sistema, ki posredno spremlja velikosti populacij Th17 in Th ter na podlagi odstopanja od idealnega stanja izzove aktivacijo enih ali drugih, da se ponovno vzpostavi normalno ravnotežje med njima. Zamišljena probiotična bakterija vsebuje več elementov: sistem za izločanje IL-10 (stimulacija celične diferenciacije v Treg v odvisnosti od NO), RNA̶ stikalo (regulacija izločanja IL-10 v odvisnosti od adenozina) in stikalo za uničenje (biološko varna uporaba). Prednost adenozina in NO kot nizko molekularnih metabolnih markerjev aktivnosti Treg oziroma Th17 v primerjavi z interlevkini je v neprepustnosti bakterijske membrane za slednje&lt;ref name=&quot;prvi&quot; /&gt;.<br /> <br /> === Izločanje IL-10 kot odziv na povišano raven NO === <br /> <br /> Do izločanja IL-10 pride v prisotnosti NO in odsotnosti povečane koncentracije ekstracelularnega adenozina. Pravijo, da so se za uporabo NO odločili tudi zato, ker so ga uporabili že druge skupine (Stanford 2009: sklopili so ga z sintezo retinojske kisline&lt;ref name=&quot;tretji&quot;&gt;2009 iGEM Stanford, Project. Prosto dostopno na: http://2009.igem.org/Team:Stanford/ProjectPage [28. 12. 2018]&lt;/ref&gt;, Brazilija 2011: prav tako sinteza IL-10&lt;ref name=&quot;četrti&quot;&gt;2011 iGEM UNICAMP-EMSE, Prosto dostopno na: http://2011.igem.org/Team:UNICAMP-EMSE_Brazil [28. 12. 2018]&lt;/ref&gt;). Ta sistem vsebuje transkripcijski faktor SoxR (angl. superoxide stress response), ki se konstitutivno izraža in SoxS promoter, kamor se veže. SoxR je dimerni protein, ki ga aktivira reverzibilna oksidacija vsebujočega klastra [2Fe-2S] z NO (lahko tudi superoksidni anion), s čimer pride do konformacijske spremembe in vezave na promotor SoxS in s tem pričetka transkripcije zapisa za IL-10&lt;ref name=&quot;prvi&quot; /&gt;&lt;ref name=&quot;peti&quot;&gt;S. Watanabe, A. Kita, K. Kobayashi, in K. Miki, „Crystal structure of the [2Fe-2S] oxidative-stress sensor SoxR bound to DNA“, Proc. Natl. Acad. Sci., let. 105, št. 11, str. 4121–4126, mar. 2008&lt;/ref&gt;. Za zapisom za IL-10 so dodali še zapis za C-terminalno oznako HylA (50-60 ak), ki omogoča izločanje IL-10 iz celice s hemolizinskim transportnim sistemom. Ta je sestavljen iz proteinov HlyB (ABC transporter – prenos skozi notranjo membrano v periplazmo), HlyD (sklopitev prenosa z notranje do zunanje membrane) in TolC (tvorba kanala v zunanji membrani)&lt;ref name=&quot;četrti&quot; /&gt;. Zapise za IL-10 in kompleks HlyD/HlyB/TolC so združili v en operon pod kontrolo promotorja SoxS, tako da pride do hkratne produkcije in izločanja iz celice samo takrat, ko je NO prisoten&lt;ref name=&quot;prvi&quot; /&gt;. <br /> <br /> === Negativna povratna zanka Izločanje IL-10 kot odziv na povišano raven adenina z RNA-stikalom ===<br /> <br /> Med poškodbo ali celičnim stresom se iz celic sprosti ATP, ki se pretvori v AMP in nato v adenozin z membranskimi encimi Treg. Ekstracelularen adenozin ima imunoregulatorno vlogo saj zavre aktivacijo efektorskih T celicah, poveča sproščanje IL-10 iz zrelih dendritičnih celic in tako prepreči prekomerni imunski odziv&lt;ref name=»&quot;šesti&gt;A. Ohta in M. Sitkovsky, „Extracellular Adenosine-Mediated Modulation of Regulatory T Cells“, Front. Immunol., let. 5, jul. 2014&lt;/ref&gt;. Prevelika količina adenozina bi zato lahko pomenila prekomerno število oz. aktivnost Treg, kar bi lahko vodilo v imunsko pomanjkljivost. Skupina je zamišljeno probiotično bakterijo opremila z membransko adenozinsko hidrolazo, ki ekstracelularen adenozin pretvori v adenin. Ta oddifundira v citoplazmo in zavira sproščanje IL-10 (negativna povratna zanka). Izbira pretvorbe na membrani je ključna, saj bi adenozin v periplazmi tam prisotna deaminiza pretvorila v inozin, ki pa se ne more vezati na RNA-stikalo, vnos citoplazemske hidrolaze pa bi lahko porušil metabolno homeostazo bakterije. Za prenos hidrolaze na membrano so uporabili bakterijski sekrecijski sitem tipa II (C-teminalna sekrecijska oznaka) in dodali skrajšano zaporedje membranskega proteina YiaT, s katerim so encim zasidrali na membrano. Ker je hidrolaza aktivna le v dimerni obliki, s tem sistemom pa lahko transportiramo le monomerne oblike, so hidrolazi povezali med sabo z dolgim povezovalni zaporedjem, ki je omogočal tvorbo dimerov na površini celice&lt;ref name=&quot;prvi&quot; /&gt;. <br /> <br /> Za utišanje izražanja IL-10 si je skupina zamislila konstrukt sestavljen iz RNA-stikala PbuE, ribocima HDV (angl. Hepatitis delta virus) in sRNA (angl. small regulatory RNA). Adenin se v citoplazmi bakterije veže na aptamerno domeno RNA-stikala PbuE v mRNA konstrukta, s čimer se ob vezavi poruši terminatorska zanka in transkripcija lahko poteče do konca – prepišeta se še ribocim HDV in sRNA&lt;ref name=&quot;prvi&quot; /&gt;. Slednje vsebuje zaporedje komplementarno IL-10 mRNA (veže se na regijo iniciacije translacije) in skrajšano zaporedje nekodirajoče RNA MicC (ti. scaffold zaporedje), kamor se veže protein Hfq. Slednji protein promovira hibridizacijo RNA (deluje kot RNA šaperon) in rekrutira degredacijski kompleks (vsebuje Rnazo E), ki razgradi mRNA IL-10 ter s tem utiša njegovo izražanje&lt;ref name=&quot;sedmi&quot;&gt;N. De Lay, D. J. Schu, in S. Gottesman, „Bacterial Small RNA-based Negative Regulation: Hfq and Its Accomplices“, J. Biol. Chem., let. 288, št. 12, str. 7996–8003, mar. 2013&lt;/ref&gt;. Ker sRNA za svojo aktivnost ne sme imeti dodatnih zaporedij, je skupina dodala še ribocim, ki povzroči cepitev sRNA s prvotne mRNA kontrukta&lt;ref name=&quot;prvi&quot; /&gt;. <br /> <br /> === Inducibilno stikalo za uničenje ===<br /> <br /> Zadnji element probiotične bakterije je inducibilno stikalo za uničenje, ki omogoča njeno uporabo v zdravljenju na biološko varni način (npr. ob primeru, da se pojavijo neželjeni učinki). Stikalo, ki ga je skupina dizajnirala je vsebovalo zapis za artilizin Art-175 (modificirani antimikrobni endolizin iz bakteriofagov&lt;ref name=&quot;osmi&quot;&gt;Part:BBa_K1659000, Prosto dostopno na: http://parts.igem.org/Part:BBa_K1659000 [28. 12. 2018]&lt;/ref&gt;), zapis za oznako DsbA (sekrecija v periplazmo), oboje pod kontrolo inducibilnega tetraciklinskega promotorja pTet&lt;ref name=&quot;prvi&quot; /&gt; . Po dodatku induktorja represorskega proteina TetR, se ta sprosti z promotorja, prepiše se zapis za artilizin, ki ko se izrazi, razgradi peptidoglikanski sloj in povzroči osmotsko lizo bakterije&lt;ref name=&quot;četrti&quot; /&gt;. Ker ta sistem deluje le v bakterijskih sevih z endogenim TetR, je skupina pripravila dvosmerni pTet, kjer je v eni smeri dodan še zapis za TetR brez tetraciklinskega operatorja&lt;ref name=&quot;prvi&quot; /&gt;. <br /> <br /> == Rezultati ==<br /> <br /> Skupini ni uspelo v celoti karakterizirati naprave v predvidenem časovnem okvirju ampak samo nekaj posameznih elementov. Izmerili so odzivnost RNA-stikala na vrednost adenina, tako da so pred (kontrola) in za njegovim zapisom dali zapis za eCFP (angl. enhanched cyan fluorescent protein), in ugotovili, da se flourescenca povečuje z naraščanjem koncentracije adenina. Validirali so odločitev vključitve ribocima za utišanje izražanja s sRNA na primeru sfGFP (angl. superfolder GFP). Z uporabo človeškega hammerhead ribocima so dosegli 75-odstotno zmanjšanje fluorescence sfGFP v primerjavi s kontrolo (sRNA brez ribocima). Karakterizirali so moč dvosmernega pTeT promotorja z merjenjem produkcije sfGFP in ugotovili, da je promotor odziven na induktor med 1 in 20 nM koncentracijo (nad to vrednostjo pride do nasičenja). Promotor pTet so nato uporabili pri karakterizaciji ubijalskega stikala, tako da so merili optično gostoto pri 600 nm v odvisnosti od koncentraciji induktorja. Bistveno je bilo spoznanje, da je puščanja promotorja dovolj nizko, da ne pride do neželene celične smrti, zato bo takšna bakterija lahko kolonizirala črevesje. Potrebno bo še poiskati drug induktor kot ATC z manjšim antibakterijskim delovanjem in večjo vezavno afiniteto, da se zmanjša vpliv na črevesni mikrobiom&lt;ref name=&quot;prvi&quot; /&gt;.<br /> <br /> == Nadaljnji eksperimenti ==<br /> <br /> Skupina priznava, da je projekt preobsežen, da bi ga lahko v dokončali v zastavljenem času. V prihodnosti bo potrebno natančneje karakterizirati posamezne elemente in nato celotno napravo. Optimizirati bo potrebno sproščanje Il-10: izbrati ustrezno hidrolazo (membransko/periplazemsko), sRNA in prilagoditi dolžino sRNA za optimalno utišanje izražanja IL-10. Napravo bi potem lahko testirali na biočipih (npr. z t. i. „gut on a chip“) in kasneje na živalskih modelih. Zadnja stopnjo predstavlja prenos sistema v Lactococcus lactis&lt;ref name=&quot;prvi&quot; /&gt;.<br /> <br /> == Viri ==<br /> <br /> &lt;references/&gt;</div>

Gašper https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MiBiome_-_probioti%C4%8Dna_bakterija_za_zdravljenje_kroni%C4%8Dne_vnetne_%C4%8Drevesne_bolezni&diff=14713 2019-01-01T20:29:50Z

<p>Gašper: New page: miBiome je projekt študentke skupine iz Oxforda, ki je bil nagrajen za najboljši dodiplomski terapevtski projekt na tekmovanju iGEM 2018. Avtor povzetka: Ernest Šprager == Kronična ...</p> <hr /> <div>miBiome je projekt študentke skupine iz Oxforda, ki je bil nagrajen za najboljši dodiplomski terapevtski projekt na tekmovanju iGEM 2018. <br /> Avtor povzetka: Ernest Šprager <br /> <br /> == Kronična vnetna črevesna bolezen ==</div>

Gašper https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biolo%C5%A1ko_vezje_na_osnovi_RNA-interference_za_identifikacijo_specifi%C4%8Dnih_rakavih_celic&diff=14563 2018-12-08T22:31:46Z

<p>Gašper: </p> <hr /> <div>Izhodiščni članek: [http://science.sciencemag.org/content/333/6047/1307.long Z. Xie, L. Wroblewska, L. Prochazka, R. Weiss, Y. Benenson. Multi-input RNAi-based logic circuit for identification of specific cancer cells. Science. 2011, 333, 1307–1311]<br /> <br /> == UVOD ==<br /> <br /> Sinteznobiološki sistemi, ki integrirajo vhodne podatke, jih procesirajo in na osnovi tega sprožijo točno določen celični odziv, so zelo uporabni. Med drugim bi jih lahko izkoristili v protirakave namene.<br /> <br /> == VEZJE: CELIČNI »RAZVRŠČEVALEC« ==<br /> <br /> V osnovi gre za biološko vezje, ki integrira informacije več različnih bioloških markerjev, specifičnih za raka (tj. lahko promotor, miRNA, mRNA ali protein). Na ta način vezje določi, v kakšnem stanju se nahaja celica in po potrebi sproži izražanje ustreznega proteinskega izhodnega signala.<br /> <br /> Skupina raziskovalcev več prestižnih univerz je razvila regulatorno vezje, t.i. celični »razvrščevalec« (ang. cell-type »classifier«), ki zaznava ravni izražanja šestih endogenih miRNA in ugotavlja, ali nivo izražanja le-teh ustreza vnaprej določenemu profilu izražanja (v celicah HeLa). Če pride do ujemanja profila izražanja, vezje sproži apoptozo, sicer pa se ne zgodi nič.<br /> <br /> == REFERENČNI PROFIL IZRAŽANJA ==<br /> <br /> Pri določitvi referenčnega profila izražanja, ki pogojuje sprožitev apoptoze, so raziskovalci izbrali kombinacijo markerjev (miRNA) z visokimi in nizkimi ravnmi izražanja v celicah HeLa. Pri tem so pazili, da je izražanje istih miRNA v drugih celicah drugačno.<br /> <br /> &lt;h3&gt;I. miRNA Z VISOKIMI RAVNMI IZRAŽANJA&lt;/h3&gt;<br /> <br /> V primeru miRNA z visokimi ravnmi izražanji v celicah HeLa so načrtali senzorni motiv, t.i. modul dvojnega obrata (ang. »double-inversion« module), ki dovoljuje izražanje izhodnega signala samo v primeru, da se specifično določena miRNA izraža v zadostni meri. <br /> <br /> Modul, ki so ga uporabili pri tej raziskavi, sestoji iz sledečih komponent: <br /> * gena za reverzni tetraciklinski transaktivator (rtTA)* pod kontrolo citomegalovirusnega (CMV) promotorja. <br /> * gena za Lac represor (LacI) pod kontrolo pTRE promotorja, ki vsebuje odzivni element za tetraciklin (TRE) in<br /> * gena za izhodni protein pod kontrolo CAGop promotorja (gre za hibridni promotor, ki vsebuje operatorski mesti LacO v intronu)<br /> <br /> ''Pri rtTA gre za mutirano obliko tetraciklinskega represorja (rTetR), zaradi česar se rtTA obnaša nasprotno kot tetraciklinski transaktivator tTA. Na TRE se rtTA veže samo v prisotnosti tetraciklina (ali analoga doksiciklina), zato tak sistem imenujemo tudi sistem tetraciklin ON.''<br /> <br /> Gena za rtTA in LacI so načrtali tako, da so v 3' neprevedeno regijo (3'UTR) obeh genov dodali po štiri ponovitve, ki na osnovi komplementarnosti omogočajo vezavo miRNA na mRNA obeh genov.<br /> <br /> Delovanje modula je odvisno od ravni izražanja specifično določene miRNA.<br /> ''Nizke ravni ustrezne miRNA'': rtTA se konstitutivno izraža in se veže na TRE ob sočasni prisotnosti tetraciklina (oz. njegovega analoga doksiciklina). Na ta način pride do izražanja LacI, ki se veže na operatorski mesti LacO v CAGop promotorju. Izhodni protein se zato ne izraža.<br /> ''Visoke ravni ustrezne miRNA:'' miRNA se veže na komplementarne ponovitve v mRNA za rtTA in LacI, kar povzroči RNA-interferenco (RNA-i). Ker ne pride do translacije rtTA in LacI, se izhodni protein lahko izraža.<br /> <br /> &lt;h3&gt;II. miRNA Z NIZKIMI RAVNMI IZRAŽANJA&lt;/h3&gt;<br /> <br /> V tem primeru je senzor enostavnejši. V gen za izhodni protein (isti gen kot pri modulu »dvojnega obrata«) so v 3'UTR dodali po štiri ponovitve, ki predstavljajo komplementarno regijo za vezavo ustrezne miRNA na mRNA izhodnega proteina. Tu gre za miRNA z nizkimi ravnmi izražanja.<br /> <br /> == NABOR VSEH miRNA ==<br /> <br /> Nabor vseh miRNA (z visokim in nizkim izražanjem) so določili z uporabo matematičnega modela, ki je temeljil na eksperimentalno pridobljenih odzivih v posameznih tipih celic. Ugotovili so, da sta za miRNA z visokimi ravnmi izražanja najprimernejši miR-21 ter kombinacija miR-17 in miR-30a (miR-17-30a). Izražanje omenjenih miRNA je bilo vsaj 5-krat večje v celicah HeLa kot v veliki večini drugih celic. <br /> <br /> Za določitev miRNA z nizkimi ravnmi izražanja so poiskali take miRNA, ki se v celicah, ki bi lahko dale lažno pozitivne rezultate, precej izražajo, v celicah HeLa pa ne. Tako so v vezje dodali naslednje miRNA: miR-141, miR-142(3p) in miR-146a.<br /> <br /> Celotno vezje lahko tako zapišemo z uporabo parametrov IN-NE kot:<br /> <br /> miR-21 IN miR-17-30a<br /> <br /> IN NE miR-141<br /> <br /> IN NE miR-142(3p)<br /> <br /> IN NE miR-146a<br /> <br /> == VALIDACIJA VEZJA ==<br /> <br /> Pred testiranjem vezja so v celicah HeLa ovrednotili vse možne kombinacije vhodnih signalov miRNA (skupaj 25 = 32). To so naredili tako, da so pripravili različne konstrukte. Da bi ovrednotili stanje, kjer se miR-21 in/ali miR-17-30a nizko izražata, so v ustreznih konstruktih zbrisali ponovitve za vezavo teh miRNA. Visoke ravni izražanja miR-141, miR-142(3p) in miR-146a, ki se v celicah HeLa ne izražajo, so dosegli s transfekcijo celic HeLa z ustrezno kombinacijo teh treh miRNA. <br /> Kot izhodni signal so uporabili zapis za rdeč fluorescenčni protein DsRed. S primerjavo ravni izražanja DsRed med različnimi konstrukti so ugotovili, da se vezje ustrezno odziva na vhodne signale. V nekaterih primerih (kjer je bila miR-21 ali miR-17-30a na OFF) je prišlo do puščanja, zato so vezje nekoliko optimizirali. V modul »dvojnega obrata« so dodali zapis za dodatno miRNA (miR-FF4), in sicer tako, da se le-ta izraža skupaj z LacI. S tem so pridobili dodaten nivo regulacije izražanja reporterskega proteina DsRed, razmerje ON-OFF pa so izboljšali za 4- do 10-krat.<br /> <br /> == TESTIRANJE VEZJA ==<br /> <br /> Celotno vezje so testirali na skupno sedmih različnih celičnih linijah, in sicer na celicah HeLa, DAOY, HEK293, MCF-7, SH-SY5Y, SKBR3 in T47D. Z izjemo celic HEK293 gre za rakave celične linije. Pri testiranju so uporabili vezje z zapisom za DsRed, kasneje pa še enako vezje z zapisom za hBax.<br /> <br /> &lt;h3&gt;I. DsRed&lt;/h3&gt;<br /> <br /> Pričakovano so ugotovili, da je po transfekciji celic z vezjem izražanje DsRed precej višje v celicah HeLa kot v ostalih celicah (tako glede na absolutno kot relativno vrednost fluorescence). Vrednosti fluorescence DsRed so bile normalizirane glede na različno izražanje le-tega v različnih celicah pod nereprimiranim CAGop promotorjem.<br /> <br /> &lt;h3&gt;II. hBax&lt;/h3&gt;<br /> <br /> Raziskovalce je zanimalo, ali lahko tako vezje selektivno sproži apoptozo. V vezju so zato gen za DsRed zamenjali z genom za hBax (človeški Bcl-2 protein, povezan z X kromosomom). Protein hBax kot aktivator apoptoze deluje na mitohondrijske anionske kanalčke, in sicer tako, da poveča njihovo odprtje. To vodi v sproščanje citokroma c iz mitohondrija in začetek intrinzične poti apoptoze.<br /> <br /> Ker izražanje hBax učinkovito pobije samo celice HeLa in HEK293, so teste sprožitve apoptoze izvajali na teh dveh tipih celic. Celice so kotransfecirali z vezjem z zapisom za hBax (več različnih plazmidov) in plazmidom z zapisom za ciani fluorescenčni protein (AmCyan), ki je služil kot preživetveni reporter. Delež celic, ki so po kotransfekciji preživele, je bil višji pri celicah HEK293, kar kaže na selektivnost vezja pri sprožitvi apoptoze.<br /> Uspešnost vezja so testirali tudi v kokulturi celic HeLa in HEK293. Za razlikovanje med celicami so pripravili ustrezne fluorescenčne celice, in sicer HeLa-EYFP (HeLa, ki izražajo rumen fluorescenčni protein) in HEK293-Cerulean (HEK293, ki izražajo ciani fluorescenčni protein), kar je omogočilo kasnejše ločevanje z ločevalnikom fluorescenčno označenih celic (ang. FACS). Celice so kotransfecirali z vezjem z zapisom za hBax (več plazmidov) in plazmidom z zapisom za DsRed, ki je služil kot transfekcijski marker. V celicah HeLa je prišlo do močnejšega izražanja hBax in posledično več apoptoze. To je precej zmanjšalo število celic HeLa, ki so izražale DsRed, v primerjavi s celicami HEK293. <br /> <br /> == MOŽNOSTI UPORABE VEZJA ==<br /> <br /> Rezultati testiranja omenjenega vezja kažejo, da lahko sinteznobiološki sistemi uspešno zaznavajo stanje v celicah in sprožajo ustrezne celične odzive. Take sisteme bi lahko uporabljali v in vitro aplikacijah, kot je npr. presejanje zdravil. V prihodnosti bi jih lahko izkoristili tudi v terapevtske namene, vendar je predpogoj za to razvoj metod za uspešno in vivo dostavo konstruktov DNA v celice. <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> [1] Z. Xie, L. Wroblewska, L. Prochazka, R. Weiss, Y. Benenson. Multi-input RNAi-based logic circuit for identification of specific cancer cells. Science. 2011, 333, 1307–1311.<br /> <br /> [2] Z. Xie, L. Wroblewska, L. Prochazka, R. Weiss, Y. Benenson. Supporting Online Material for: Multi-Input RNAi-Based Logic Circuit for Identification of Specific Cancer Cells.<br /> <br /> [3] BAX BCL2 associated X, apoptosis regulator [ Homo sapiens (human) ]. Dostopno na naslovu: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/581.<br /> <br /> [4] Tetracycline (Tet) Inducible Expression. Dostopno na naslovu: https://www.addgene.org/tetracycline/.</div>

Gašper https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2018/19&diff=14562 2018-12-08T16:58:59Z

<p>Gašper: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2018/19 študentje predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MoClo:_modularni_klonirni_sistem_za_standardizirano_sestavljanje_ve%C4%8Dgenskih_konstruktov MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov] (Valentina Levak)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RNA-stikala_tipa_%C2%BBToehold%C2%AB:_de_novo_oblikovani_regulatorji_izra%C5%BEanja_genov RNA-stikala tipa Toehold: de novo oblikovani regulatorji izražanja genov] (Špela Malenšek)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Raznoliko_in_modelno_zasnovana_priprava_sinteti%C4%8Dnih_genskih_vezij_s_predvidenimi_lastnostmi Raznoliko in modelno zasnovana priprava sintetičnih genskih vezij s predvidenimi lastnostmi] (Matej Kolarič)<br /> <br /> [[Dispersing biofilms with engineered enzymatic bacteriophage]] (Fran Krstanović)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nekaj_pogledov_na_sistemsko_biologijo_kvasovke Nekaj pogledov na sistemsko biologijo kvasovke] (Gašper Žun)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Organizacija_znotrajceli%C4%8Dnih_reakcij_z_razumsko_na%C4%8Drtovanimi_RNA_sestavi#Na.C4.8Drtovanje_in_sestavljanje_RNA_sestavov Organizacija znotrajceličnih reakcij z razumsko načrtovanimi RNA sestavi] (Urška Jelenovec)<br /> <br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biolo%C5%A1ko_vezje_na_osnovi_RNA-interference_za_identifikacijo_specifi%C4%8Dnih_rakavih_celic Biološko vezje na osnovi RNA-interference za identifikacijo specifičnih rakavih celic] (Gašper Marinšek)<br /> <br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) &lt;br&gt;<br /> [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Phactory:_proizvodnja_bakteriofagov_za_precizno_zdravljenje Phactory: proizvodnja bakteriofagov za precizno zdravljenje] (Rok Miklavčič)<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut. <br /> <br /> ----<br /> <br /> <br /> Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom): <br /> <br /> 22.11.&lt;br&gt; <br /> 1 &lt;br&gt;<br /> 2 Valentina Levak &lt;br&gt;<br /> <br /> 27.11.&lt;br&gt;<br /> 1 &lt;br&gt;<br /> 2 &lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 29.11.&lt;br&gt;<br /> 1 Matej Kolarič&lt;br&gt;<br /> 2 Špela Malenšek&lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 4.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Gašper Žun&lt;br&gt;<br /> 2 Fran Krstanovic&lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 6.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Urška Jelenovec&lt;br&gt;<br /> 2 Rok Miklavčič &lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 11.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Jerneja Ovčar&lt;br&gt;<br /> 2 Neža Koritnik&lt;br&gt;<br /> 3 Gašper Virant&lt;br&gt;<br /> 4 Gašper Marinšek&lt;br&gt;<br /> <br /> 18.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Tina Požun&lt;br&gt;<br /> 2 Anamarija Habič&lt;br&gt;<br /> 3 Roberta Mulac&lt;br&gt;<br /> 4 Kity Požek&lt;br&gt;<br /> <br /> 3.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Urška Kašnik&lt;br&gt;<br /> 2 Nina Mavec&lt;br&gt;<br /> 3 Primož Tič&lt;br&gt;<br /> 4 Ernest Šprager&lt;br&gt;<br /> <br /> 8.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Marija Atanasova&lt;br&gt;<br /> 2 Bine Tršavec&lt;br&gt;<br /> 3 Peter Pečan&lt;br&gt;<br /> 4 Tjaša Sorčan&lt;br&gt;<br /> <br /> 10.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Špela Koren&lt;br&gt;<br /> 2 Natalija Pucihar&lt;br&gt;<br /> 3 Karmen Žbogar&lt;br&gt;<br /> 4 Uroš Zavrtanik&lt;br&gt;<br /> <br /> 15.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Jerneja Kocutar&lt;br&gt;<br /> 2 Blaž Lebar&lt;br&gt;<br /> 3 Tadej Satler&lt;br&gt;<br /> 4 Miha Koprivnikar Krajnc&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 17.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Milena Stojkovska&lt;br&gt;<br /> 2</div>

Gašper https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biolo%C5%A1ko_vezje_na_osnovi_RNA-interference_za_identifikacijo_specifi%C4%8Dnih_rakavih_celic&diff=14561 2018-12-08T16:54:59Z

<p>Gašper: New page: Izhodiščni članek: [http://science.sciencemag.org/content/333/6047/1307.long Z. Xie, L. Wroblewska, L. Prochazka, R. Weiss, Y. Benenson. Multi-input RNAi-based logic circuit for identif...</p> <hr /> <div>Izhodiščni članek: [http://science.sciencemag.org/content/333/6047/1307.long Z. Xie, L. Wroblewska, L. Prochazka, R. Weiss, Y. Benenson. Multi-input RNAi-based logic circuit for identification of specific cancer cells. Science. 2011, 333, 1307–1311]<br /> <br /> == UVOD ==<br /> <br /> Sinteznobiološki sistemi, ki integrirajo vhodne podatke, jih procesirajo in na osnovi tega sprožijo točno določen celični odziv, so zelo uporabni. Med drugim bi jih lahko izkoristili v protirakave namene.<br /> <br /> == VEZJE: CELIČNI »RAZVRŠČEVALEC« ==<br /> <br /> V osnovi gre za biološko vezje, ki integrira informacije več različnih bioloških markerjev, specifičnih za raka (tj. lahko promotor, miRNA, mRNA ali protein). Na ta način vezje določi, v kakšnem stanju se nahaja celica in po potrebi sproži izražanje ustreznega proteinskega izhodnega signala.<br /> <br /> Skupina raziskovalcev več prestižnih univerz je razvila regulatorno vezje, t.i. celični »razvrščevalec« (ang. cell-type »classifier«), ki zaznava ravni izražanja šestih endogenih miRNA in ugotavlja, ali nivo izražanja le-teh ustreza vnaprej določenemu profilu izražanja (v celicah HeLa). Če pride do ujemanja profila izražanja, vezje sproži apoptozo, sicer pa se ne zgodi nič.<br /> <br /> == REFERENČNI PROFIL IZRAŽANJA ==<br /> <br /> Pri določitvi referenčnega profila izražanja, ki pogojuje sprožitev apoptoze, so raziskovalci izbrali kombinacijo markerjev (miRNA) z visokimi in nizkimi ravnmi izražanja v celicah HeLa. Pri tem so pazili, da je izražanje istih miRNA v drugih celicah drugačno.<br /> <br /> &lt;h3&gt;I. miRNA Z VISOKIMI RAVNMI IZRAŽANJA&lt;/h3&gt;<br /> <br /> V primeru miRNA z visokimi ravnmi izražanji v celicah HeLa so načrtali senzorni motiv, t.i. modul dvojnega obrata (ang. »double-inversion« module), ki dovoljuje izražanje izhodnega signala samo v primeru, da se specifično določena miRNA izraža v zadostni meri. <br /> <br /> Modul, ki so ga uporabili pri tej raziskavi, sestoji iz sledečih komponent: <br /> * gena za reverzni tetraciklinski transaktivator (rtTA)* pod kontrolo citomegalovirusnega (CMV) promotorja. <br /> * gena za Lac represor (LacI) pod kontrolo pTRE promotorja, ki vsebuje odzivni element za tetraciklin (TRE) in<br /> * gena za izhodni protein pod kontrolo CAGop promotorja (gre za hibridni promotor, ki vsebuje operatorski mesti LacO v intronu)<br /> <br /> ''Pri rtTA gre za mutirano obliko tetraciklinskega represorja (rTetR), zaradi česar se rtTA obnaša nasprotno kot tetraciklinski transaktivator tTA. Na TRE se rtTA veže samo v prisotnosti tetraciklina (ali analoga doksiciklina), zato tak sistem imenujemo tudi sistem tetraciklin ON.''<br /> <br /> Gena za rtTA in LacI so načrtali tako, da so v 3' neprevedeno regijo (3'UTR) obeh genov dodali po štiri ponovitve, ki na osnovi komplementarnosti omogočajo vezavo miRNA na mRNA obeh genov.<br /> <br /> Delovanje modula je odvisno od ravni izražanja specifično določene miRNA.<br /> ''Nizke ravni ustrezne miRNA'': rtTA se konstitutivno izraža in se veže na TRE ob sočasni prisotnosti tetraciklina (oz. njegovega analoga doksiciklina). Na ta način pride do izražanja LacI, ki se veže na operatorski mesti LacO v CAGop promotorju. Izhodni protein se zato ne izraža.<br /> ''Visoke ravni ustrezne miRNA:'' miRNA se veže na komplementarne ponovitve v mRNA za rtTA in LacI, kar povzroči RNA-interferenco (RNA-i). Ker ne pride do translacije rtTA in LacI, se izhodni protein lahko izraža.<br /> <br /> &lt;h3&gt;II. miRNA Z NIZKIMI RAVNMI IZRAŽANJA&lt;/h3&gt;<br /> <br /> V tem primeru je senzor enostavnejši. V gen za izhodni protein (isti gen kot pri modulu »dvojnega obrata«) so v 3'UTR dodali po štiri ponovitve, ki predstavljajo komplementarno regijo za vezavo ustrezne miRNA na mRNA izhodnega proteina. Tu gre za miRNA z nizkimi ravnmi izražanja.<br /> <br /> == NABOR VSEH miRNA ==<br /> <br /> Nabor vseh miRNA (z visokim in nizkim izražanjem) so določili z uporabo matematičnega modela, ki je temeljil na eksperimentalno pridobljenih odzivih v posameznih tipih celic. Ugotovili so, da sta za miRNA z visokimi ravnmi izražanja najprimernejši miR-21 ter kombinacija miR-17 in miR-30a (miR-17-30a). Izražanje omenjenih miRNA je bilo vsaj 5-krat večje v celicah HeLa kot v veliki večini drugih celic. <br /> <br /> Za določitev miRNA z nizkimi ravnmi izražanja so poiskali take miRNA, ki se v celicah, ki bi lahko dale lažno pozitivne rezultate, precej izražajo, v celicah HeLa pa ne. Tako so v vezje dodali naslednje miRNA: miR-141, miR-142(3p) in miR-146a.<br /> <br /> Celotno vezje lahko tako zapišemo z uporabo parametrov IN-NE kot:<br /> <br /> miR-21 IN miR-17-30a<br /> <br /> IN NE miR-141<br /> <br /> IN NE miR-142(3p)<br /> <br /> IN NE miR-146a<br /> <br /> == VALIDACIJA VEZJA ==<br /> <br /> Pred testiranjem vezja so v celicah HeLa ovrednotili vse možne kombinacije vhodnih signalov miRNA (skupaj 25 = 32). To so naredili tako, da so pripravili različne konstrukte. Da bi ovrednotili stanje, kjer se miR-21 in/ali miR-17-30a nizko izražata, so v ustreznih konstruktih zbrisali ponovitve za vezavo teh miRNA. Visoke ravni izražanja miR-141, miR-142(3p) in miR-146a, ki se v celicah HeLa ne izražajo, so dosegli s transfekcijo celic HeLa z ustrezno kombinacijo teh treh miRNA. <br /> Kot izhodni signal so uporabili zapis za rdeč fluorescenčni protein DsRed. S primerjavo ravni izražanja DsRed med različnimi konstrukti so ugotovili, da se vezje ustrezno odziva na vhodne signale. V nekaterih primerih (kjer je bila miR-21 ali miR-17-30a na OFF) je prišlo do puščanja, zato so vezje nekoliko optimizirali. V modul »dvojnega obrata« so dodali zapis za dodatno miRNA (miR-FF4), in sicer tako, da se le-ta izraža skupaj z LacI. S tem so pridobili dodaten nivo regulacije izražanja reporterskega proteina DsRed, razmerje ON-OFF pa so izboljšali za 4- do 10-krat.<br /> <br /> == TESTIRANJE VEZJA ==<br /> <br /> Celotno vezje so testirali na skupno šestih različnih celičnih linijah, in sicer na celicah HeLa, DAOY, HEK293, MCF-7, SH-SY5Y, SKBR3 in T47D. Z izjemo celic HEK293 gre za rakave celične linije. Pri testiranju so uporabili vezje z zapisom za DsRed, kasneje pa še enako vezje z zapisom za hBax.<br /> <br /> &lt;h3&gt;I. DsRed&lt;/h3&gt;<br /> <br /> Pričakovano so ugotovili, da je po transfekciji celic z vezjem izražanje DsRed precej višje v celicah HeLa kot v ostalih celicah (tako glede na absolutno kot relativno vrednost fluorescence). Vrednosti fluorescence DsRed so bile normalizirane glede na različno izražanje le-tega v različnih celicah pod nereprimiranim CAGop promotorjem.<br /> <br /> &lt;h3&gt;II. hBax&lt;/h3&gt;<br /> <br /> Raziskovalce je zanimalo, ali lahko tako vezje selektivno sproži apoptozo. V vezju so zato gen za DsRed zamenjali z genom za hBax (človeški Bcl-2 protein, povezan z X kromosomom). Protein hBax kot aktivator apoptoze deluje na mitohondrijske anionske kanalčke, in sicer tako, da poveča njihovo odprtje. To vodi v sproščanje citokroma c iz mitohondrija in začetek intrinzične poti apoptoze.<br /> <br /> Ker izražanje hBax učinkovito pobije samo celice HeLa in HEK293, so teste sprožitve apoptoze izvajali na teh dveh tipih celic. Celice so kotransfecirali z vezjem z zapisom za hBax (več različnih plazmidov) in plazmidom z zapisom za ciani fluorescenčni protein (AmCyan), ki je služil kot preživetveni reporter. Delež celic, ki so po kotransfekciji preživele, je bil višji pri celicah HEK293, kar kaže na selektivnost vezja pri sprožitvi apoptoze.<br /> Uspešnost vezja so testirali tudi v kokulturi celic HeLa in HEK293. Za razlikovanje med celicami so pripravili ustrezne fluorescenčne celice, in sicer HeLa-EYFP (HeLa, ki izražajo rumen fluorescenčni protein) in HEK293-Cerulean (HEK293, ki izražajo ciani fluorescenčni protein), kar je omogočilo kasnejše ločevanje z ločevalnikom fluorescenčno označenih celic (ang. FACS). Celice so kotransfecirali z vezjem z zapisom za hBax (več plazmidov) in plazmidom z zapisom za DsRed, ki je služil kot transfekcijski marker. V celicah HeLa je prišlo do močnejšega izražanja hBax in posledično več apoptoze. To je precej zmanjšalo število celic HeLa, ki so izražale DsRed, v primerjavi s celicami HEK293. <br /> <br /> == MOŽNOSTI UPORABE VEZJA ==<br /> <br /> Rezultati testiranja omenjenega vezja kažejo, da lahko sinteznobiološki sistemi uspešno zaznavajo stanje v celicah in sprožajo ustrezne celične odzive. Take sisteme bi lahko uporabljali v in vitro aplikacijah, kot je npr. presejanje zdravil. V prihodnosti bi jih lahko izkoristili tudi v terapevtske namene, vendar je predpogoj za to razvoj metod za uspešno in vivo dostavo konstruktov DNA v celice. <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> [1] Z. Xie, L. Wroblewska, L. Prochazka, R. Weiss, Y. Benenson. Multi-input RNAi-based logic circuit for identification of specific cancer cells. Science. 2011, 333, 1307–1311.<br /> <br /> [2] Z. Xie, L. Wroblewska, L. Prochazka, R. Weiss, Y. Benenson. Supporting Online Material for: Multi-Input RNAi-Based Logic Circuit for Identification of Specific Cancer Cells.<br /> <br /> [3] BAX BCL2 associated X, apoptosis regulator [ Homo sapiens (human) ]. Dostopno na naslovu: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/581.<br /> <br /> [4] Tetracycline (Tet) Inducible Expression. Dostopno na naslovu: https://www.addgene.org/tetracycline/.</div>

Gašper https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2018/19&diff=14426 2018-11-15T11:21:05Z

<p>Gašper: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2018/19 študentje predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut. <br /> <br /> ----<br /> <br /> <br /> Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom): <br /> <br /> 22.11.&lt;br&gt; <br /> 1 &lt;br&gt;<br /> 2 Valentina Levak &lt;br&gt;<br /> <br /> 27.11.&lt;br&gt;<br /> 1 &lt;br&gt;<br /> 2 &lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 29.11.&lt;br&gt;<br /> 1 Rok Miklavčič &lt;br&gt;<br /> 2 Špela Malenšek<br /> <br /> 4.12.&lt;br&gt;<br /> 1 &lt;br&gt;<br /> 2 Fran Krstanovic&lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 6.12.&lt;br&gt;<br /> 1 &lt;br&gt;<br /> 2 Ernest Šprager&lt;br&gt;<br /> <br /> 11.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Jerneja Ovčar&lt;br&gt;<br /> 2 &lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 Gašper Marinšek&lt;br&gt;<br /> <br /> 18.12.&lt;br&gt;<br /> 1 &lt;br&gt;<br /> 2 &lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 3.1.&lt;br&gt;<br /> 1 &lt;br&gt;<br /> 2 &lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 Milena Stojkovska&lt;br&gt;<br /> <br /> 8.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Peter Pečan&lt;br&gt;<br /> 2 Tjaša Sorčan&lt;br&gt;<br /> 3 Marija Atanasova&lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> 10.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Natalija Pucihar&lt;br&gt;<br /> 2 &lt;br&gt;<br /> <br /> 15.1.&lt;br&gt;<br /> 1 &lt;br&gt;<br /> 2 &lt;br&gt;<br /> 3 &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;</div>

Gašper https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2014&diff=9657 2014-11-23T16:53:49Z

<p>Gašper: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 */</p> <hr /> <div>== Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 ==<br /> Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2014 stran]<br /> <br /> === Tadej Ulčnik: Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju ===<br /> <br /> <br /> Transkripcijski faktorji so proteini, ki se specifično vežejo na DNA ter s tem omogočijo vezavo RNA polimeraze. Delujejo kot regulatorji izražanja genov. Primer transkripcijskih faktorjev so jedrni steroidni receptorji. Steroidni receptorji se nahajajo v citosolu in se aktivirajo ob vezavi steroidnih hormonov. Določeni vsebujejo med sabo podobno domeno, s katero se lahko več različnih receptorjev veže na isto zaporedje na promotorju. Še vedno ni znano kaj vse vpliva na potek translacije, tudi sami mehanizmi delovanja ostajajo še skrivnost. Primerjava aktivnosti in dinamike dveh podobnih steroidnih receptorjev, androgenega in glukokortikoidnega, ki imata v celici vlogo transkripcijskih faktorjev, je pokazala, da čeprav sta si receptorja podobna, to ne velja za njuno delovanje. Na promotorju nista bila ves čas prisotna v enaki količini, tudi količina prepisanega gena je bila različna. Ob dodatku inhibitorjev sta ta različno uspešno preprečevala transkripcijo, kar se je poznalo pri številu vezanih polimeraz in pri količini prepisanih mRNA. Za ta konkretni primer je bilo dokazano, da čeprav sta oba receptorja vplivala na izražanje gena, nista delovala na enak način in v enaki meri. Kaj vse je vplivalo na to je težko določiti, tako da to ostaja predmet nadaljnjih raziskav.<br /> <br /> === Dominik Dekleva: Aktivacija GPCR-jev v povezavi z vodo ===<br /> <br /> <br /> Pomanjkljivosti do sedaj znanih metod za preučevanje proteinov, kot sta NMR- spektroskopija in rentgenska difrakcija, se kažejo, med drugim, pri preučevanju različnih proteinov in receptorjev, udeleženih v biosignalnih poti na atomarnem nivoju. Statične strukture nam ne povedo veliko o reorganizaciji vezi in dinamiki spreminjajočih se interakcij v proteinih, ki so ključne pri signalizacijskih poteh v celicah. Z uporabo nove metode, molekularnih dinamičnih (MD) simulacij, za katero stoji precej statistične matematike, lahko modele makromolekul opazujemo na atomarnem nivoju ter v mikrosekundnem časovnem oknu. Uporabnost omenjene metode se je dobro obnesla tudi v primeru švicarskih znanstvenikov iz Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, ki so preiskovali vlogo vode pri aktivaciji treh prototipskih GPCR-jev: adenozin A2A R, β2-adrenergični receptor in rodopsin, kar bom povzel v nadaljevanju. Dokazali so, da se z vezavo liganda znotraj sedmih α-vijačnic GPCR vzpostavi urejen vodni tunel, ki močno vpliva na spremembo konformacije proteina GPCR-ja, ki se zgodi zaradi reorganizacije številnih vodikovih vezi v notranjosti proteina GPCR. Ob vezavi liganda na molekulo GPCR se torej ustvari vodni tunel v molekuli, kar omogoča nadaljnjo signalizacijo in ustrezen odziv celice na primarni sporočevalec.<br /> <br /> === Nuša Kelhar: Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja ===<br /> Celična membrana ali plazmalema je nekakšen ovoj celice, ki služi predvsem kot selektivna pregrada med celično zunanjostjo in notranjostjo. Sestavljena je iz lipidnega dvosloja in številnih proteinov, ki so povezani z membrano ali so vezani nanjo. Celične membrane se stalno spreminjajo zaradi odcepljanja in zlivanja veziklov ter zaradi interakcij z dinamičnim citoskeletom. Površina in oblika membrane močno vplivata na učinkovitost njene signalne aktivnosti. Ker reakcije pri prenosu signalov vključujejo tudi membranske komponente in vplivajo na citoskeletsko dinamiko, se s tem spreminja oblika membrane in oblika celice. Če poznamo odvisnost signalizacije od teh mehanizmov lahko že iz oblike celice napovemo, kakšne signale je prenesla ali prejela pred kratkim in prepoznamo nekatere znake nepravilnega delovanja signalnih poti, kar je pomembno pri identifikaciji rakavih celic in zdravljenju. Pomembni mehanizmi, s katerimi membrana sodeluje pri sporočanju so redukcija dimenzij, kjer se spremeni prostor gibanja delcev, ukrivljanje zaradi prostorskih gradientov receptorjev, kjer se receptorji združujejo na membranskih izboklinah in nato lateralno prehajajo, in sodelovanje s citoskeletom, ki izbokline stabilizira in omogoča, da delujejo kot nekakšna tipala. Pogledali si bomo tudi primere delovanja nekaterih načinov sporočanja med celicami in reakcije na določene signale, nekaj pa bomo povedali še o tem, kako njihovo nepravilno delovanje vpliva na razvoj rakavih celic.<br /> <br /> === Luka Lavrič: Glikoliza - Metabolizem v možganih ===<br /> V svoji seminarski nalogi, sem se osredotočil na metabolizem v možganih. Za osnovni članek, sem si izbral temo, ki preučuje kakšni so vplivi na nevrone in astrocite, živčne celice, ki se nahajajo v možganih. Opisal sem raziskave in odzive astrocitov in nevronov na dušikov oksid, ki so jih izvedli na miših. Zaradi dušikovega oksida pride do zaviranja mitohondričnega dihanja, zaradi katerega nevroni hitro umrejo, medtem, ko astrociti izkoriščajo glikolizo-tipično-generirano ATP za povečanje svoje potencialne mitohondrijske membrane, s čimer postajajo vse bolj odporni na pro-apoptotične dražljaje. Nevroni ne morejo povečati glikolize zaradi pomanjkanja aktivnosti-glikolizne spodbude encima 6-fosfofrukto-2-kinaza / fruktoza 2,6-bisfosfatna izooblika 3 (PFKFB3), ki je pomemben za aktivacijo 6-fosfofrukto-1-kinaze (PFK1), ki je glavni regluator glikolize. V nevronih, se PFKFB3 neprestano razgrajuje preko E3 ubikvitin ligaze, ki spodbuja kompleksne/cyclosome (APC / C) - CDH1. Metabolizem glukoze v nevronih je usmerjen predvsem po poti pentoze-fosfata, ki vodi do regeneracije glutationa, ki je za nas zelo pomemben. Regulacija aktivnosti PFKFB3 s APC/C-CDH1 sistemom proteasoma je pomembna za razumevanje presnove glukoze, bioenergetsko oskrbo in po možnosti odziva na stres v delujočih možganih. Pri nevronih je visoka aktivnost regulatornega sistema APC/C-CDH1 vključena v preusmeritev presnove glukoze v smeri regeneracije reduciranega glutationa.<br /> <br /> === Primož Tič: Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze ===<br /> Citratni cikel je pomemben člen metabolizma, saj njegovi intermediati vstopajo v mnoge anabolne poti. Zato so vsakršne napake v njegovem delovanju lahko usodne za organizem. Zelo pomemben encim citratnega cikla je piruvat karboksilaza, ki spremeni piruvat v oksaloacetat. Oksaloacetat je pomemben intermediat, saj lahko vstopi npr. v cikel glukoneogeneze in tako prepreči laktatno acidozo, ki je skupni simptom te metabolne okvare. Ker je cilj metabolizma proizvodnja energije v obliki molekul ATP, se celica na moteno delovanje metabolizma odzove s senzornimi proteini AMPK (''AMP-activated protein kinase''). Proteini spodbudijo katabolne procese, kjer nastajajo molekule ATP in zavirajo neesencialne anabolne procese, kjer se ATP porablja. Obratno deluje protein mTOR (''mammalian target of rapamycin''), ki spodbuja sintezo maščobnih kislin, proteinov in ogljikovih hidratov. Poznamo tri tipe bolezni: tip A, tip B in tip C. Najhujša oblika je tip B, kjer oseba umre v roku treh mesecev po rojstvu. Zaenkrat se bolezen še ne da zdraviti, jo pa lahko blažimo npr. z anaplerotično dieto. Anaplerotične reackije nadomeščajo intermediate npr. v citratnem ciklu, ko jih je malo. Anaplerotična dieta izkorišča alternativne intermediate, ki lahko zaobidejo nedelujoče encime in poteka metabolizem normalno. Tako se vsaj približno vzpostavi homeostaza celice. Primer takšnega intermediata je triglicerid triheptanoin, ki se lahko vključi v citratni cikel. V prihodnosti bi lahko takšne in podobne okvare zdravili z gensko terapijo.<br /> <br /> === Naida Hajdarević: Skrivnost metformina končno odkrita? ===<br /> Metformin je eno najučinkovitejših zdravil za zdravljenje diabetesa tipa 2, saj zmanjša hepatično glukoneogenezo brez povečanja izločanja inzulina, povečanja telesne teže ali tveganja za razvoj hipoglikemije. Kljub temu, da se pacientom z diabetesom tipa 2 predpisuje že več kot pol stoletja, je njegov mehanizem delovanja prava uganka.<br /> Raziskav na to temo je malo morje, z vsako so bili znanstveniki korak bližje odkritju skrivnosti metformina. Tako so leta 2000 v eni izmed raziskav prišli do prvega pravega zaključka: terapija z metforminom pri diabetikih zniža stopnjo proizvodnje glukoze preko inhibicije glukoneogeneze. Odgovoru, kako metformin inhibira glukoneogenezo, je bila bližje naslednja skupina raziskovalcev, ki je ugotovila, da je primarno mesto njegovega delovanja preko direktne inhibicije kompleksa I dihalne verige. Tako smo korak za korakom prišli do zadnjih raziskav, ki so mehanizem delovanja metformina razložile še natančneje – pokazale so, da metformin nekompetativno inhibira encim glicerol-3-fosfat dehidrogenazo, kar zmanjša pretvorbo laktata in glicerola ter zmanjša hepatično glukoneogenezo.<br /> <br /> === Marija Srnko: Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja ===<br /> <br /> Rak-bolezen sodobne družbe. V večini primerov se njegova rast prične iz neznanih vzrokov. Neznan dražljaj v telesu sproži spremembe v genih in kot posledica se pojavi nenadzorovana in hitra rast spremenjenih celic. Določen delež obolenj pa je tudi dedno pogojen. Torej se mutacija genov prenaša iz generacije v generacijo. Že samo zdrav življenjski slog pa lahko pripomore k manjšemu tveganju za njegov razvoj. S hitrejšo rastjo oziroma poliferacijo celic pa pride do sprememba v metabolizmu. Bistvena razlika v primerjavi z metabolizmom normalnih celic je povečana potreba po glukozi. Kar bi lahko povezali s povečano potrebo makromolekul, potrebnih za pospešeno rast celic. Dosedanje najučinkovitejše zdravljenje temelji na kemoterapiji. Vendar si znanstveniki prizadevajo odkritje za organizem manj škodljivih snovi in procesov zdravljenja. V dani nalogi sem se posvetila zbiranju podatkov iz raziskav, ki temeljijo na inhibiranju glikoliznih reakcij. Izpostaviti sem žele encime oz reakcija na katerih je bilo do sedaj izvedenih največ poskusov in dejansko pomujajo možnosti za razvoj pacientu prijaznejšega zdravljenja. Zanimalo me je kakšen vpliv bi imela redukcija določenih reakcij na druga tkiva. Nekaj pozornosti pa sem namenila tudi razvoju nanotehnologije, ki bo kljub odkritju mehanizma inhibicije igrala pomembno vlogo pri transportu substratov do prizadetega tkiva.<br /> <br /> === Vesna Podgrajšek: Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ===<br /> Toxoplasma gondii je znotrajcelična pražival in povzroča bolezen toksoplazmozo. Toxoplasma gondii pospešeno raste znotraj gostiteljevih vakuol, kjer se za svojo rast in replikacijo zanaša na gostiteljev ogljik in hranila. Ena izmed oblik parazita je tahizoit, kateri so se sposobni razmnoževati in napadati v vsakršni gostiteljski celici z jedrom. Proučevali in primerjali so metabolno pot ogljika v znotrajcelični in sproščeni oz. zunajcelični stopnji parazita. Ugotovili so, da toxoplasma gondii v znotrajcelični stopnji, aktivno katabolizira gostiteljevo glukozo preko cikla citronske kisline (TCA). Te stopnje tudi katabolizirajo glutamin preko TCA cikla in poti γ-aminobuturične kisline (GABA), ki generira molekule, ki vstopijo v TCA cikel. Mehanizem preoblikovanja piruvata v acetil-CoA še obstaja nepojasnjen, saj jim manjka PDH kompleks, ki povezuje glikolizo s TCA ciklom. Kemiča inhibicija (NaFAc) TCA cikla popolnoma prepreči znotrajcelično replikacijo parazita, kar pomeni da je potrebna popolna aktivnost TCA cikla. Paraziti, ki jim manjka GABA pot, imajo zavrto rast in niso sposobni ohraniti drsno motiliteto pod razmerami, kjer so hranila omejena (npr. zunaj celice), kar nakazuje, da ima GABA funkcijo kratkotrajne rezerve energije. Zatorej ima toxoplasma gondii tahizoiti metabolno fleksebilnost, ki najverjetneje dovoljuje zajedalcem inficiranje različnih tipov celic.<br /> <br /> === Ernest Šprager: Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov ===<br /> Z razgradnjo maščob, ki predstavljajo estre glicerola in treh maščobnih kislin, pridobimo do 40 % vse energije. Maščobne kisline se, preden vstopijo v celice tankega črevesa, protonirajo in s tem postanejo nepolarne. Kljub temu, da se jih večina absorbira kar s pasivno difuzijo, membrane celic tankega črevesa vsebuje ogromno proteinov, ki imajo zelo različne funkcije. Nekateri med njimi olajšajo pasivno difuzijo preko ohranjanja kontracijskega gradienta maščobnih kislin, spet drugi uravnavajo število in velikost hilomikronov, s katerimi se maščobe prenesejo iz tankega črevesa v kri. Za nastanek hilomikrona se morajo v lumnu endoplazemskega retikuluma s pomočjo mikrosomalnega triglicerid transfer proteina okoli apolipoproteinskega jedra povezati triacilgliceridi skupaj z fosfolipidi. Celotna pot maščob od njihove absorbcije v tankem črevesu do sprostitve iz hilomikronov je natančno regulirana. Pomembno vlogo ima protein CD36, ki med drugim deluje kot nekakšen senzor, ki sporoča celicam količino maščob v tankem črevesu. Signalizacija deluje tako, da lahko CD36, kadar je povezan k maščobno kislino, fosforilira ostale encime, ti pa nato lahko vplivajo število hilomikronov, njihovo velikost in s tem tudi količino triacilgliceridov. Prav povišana količina triacilgliceridov v krvi je povezana z kardiovaskularnimi boleznimi, odpornostjo na inzulin in debelost, zato je boljše razumevanje sprejema maščob in njihovo pakiranje v hilomikrone pomembno.<br /> <br /> === Katja Malovrh: Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem ===<br /> Citratni cikel je niz kemijskih reakcij, ki v aerobnih organizmih potekajo v mitohondrijih. Cikel je na prvem mestu reguliran s količino piruvata, pretvorjenega v Acetil-CoA, ki vanj lahko vstopi. V nadaljevanju procesa pa pri regulaciji sodelujejo tudi številni encimi, ki pretvarjajo intermediate iz ene oblike v drugo. Tako striktna regulacija procesa je izrednega pomena, saj bi brez nje lahko prišlo do prekomerne sinteze ATP, kar bi povzročilo velike izgube energije in mnoge zdravju škodljive spremembe. Kako pa se encimi citratnega cikla spreminjajo s staranjem? Raziskovalci so ugotovili, da se škoda, povzročena s strani prostih radikalov, ki nastajajo kot stranski produkti številnih reakcij, s staranjem močno povečuje. Škodljivi radikali povzročajo poškodbe vsepovsod v celici, najobičajnejša tarča pa so mitohondriji. Mitohondrijska DNA, ki prosto plava po matriksu je zaradi nezaščitenosti dovzetna za številne napade radikalov, ki povzročajo mutacije. Pri translaciji tako dobimo napačno zaporedje na mRNA, posledično nastajajo neaktivni oziroma predrugačeni proteini, ki ne opravljajo svojih nalog. V raziskavi, so znanstveniki ugotavljali če se kateri od encimov, vključenih v citratni cikel s staranjem spremeni, kako se spremeni in kakšne škodljive posledice imajo take spremembe za živi organizem. Ugotovili so, da se encimi spremenijo, da to povzroči nepopolno delovanje citratnega cikla in posledično slabšo proizvodnjo intermediatov, ki so za celice vitalnega pomena.<br /> <br /> === Urška Kašnik: Transport maščobnih kislin skozi človeško placento ===<br /> Esencialne maščobne kisline in njihovi derivati dolgih verig večkrat nenasičenih maščobnih kislin (20c) kot sta dokosaheksaenoična kislina (DHA) in arahidonska kislina so bistvenega pomena za pravilno rast in razvoj zarodka. Vnos s hrano kot tudi presnova teh maščobnih kislin, ter njihov nadaljnji prenos iz matere na plod so zato pomembni rekviziti za razvoj plodu. Posteljica je ključni organ, prek katerega hranilne snovi, kot so te maščobne kisline, odtekajo iz matere na plod. Celični privzem (cellular uptake) in translokacija dolgih verig maščobnih kislin (LCFAs) v različnih tkivih se doseže s povezavo soobstoječih mehanizmov. Čeprav lahko LCFA vstopi v celico s pasivno difuzijo, nastajajoča poročila kažejo, da je vnos LCFA nadzorovan z membranskimi transportnimi/vezavnimi proteini kot so maščobnokislinska translokaza (FAT/CD36), plazmatski maščobnokislinski povezovalni protein (FABPpm), maščobnokislinski transportni protein (FATP) in znotrajcelični FABPs v številnih tkivih vključno z človeško posteljico. Za z maščobnimi kislinami aktivirane transkripcijske faktorje (PPARs, LXR, RXR in SREBP-1) je bilo pokazano, da regulirajo te maščobnokislinske transportne/povezovalne proteine in funkcije posteljice. Materinske maščobne kisline lahko tako morda same uravnavajo svoj transport skozi posteljico, kakor tudi funkcije posteljice preko z maščobnimi kislinami aktiviranih transkripcijskih faktorjev. V svoji seminarski nalogi sem povzela nedavni razvoj na področju transporta in metabolizma maščobnih kislin posteljice in vlogo regulacije omenjenih proteinov v teh procesih.<br /> <br /> === Tjaša Sorčan: Ketonska dopolnila zmanjšujejo preživetje tumorskih celic ===<br /> Tumorske celice imajo zaradi genetskih mutacij in mitohondrijske disfunkcije povečano porabo glukoze. Rakave celice se zanašajo na presežek glukoze za uspešno proliferacijo in rast, a je to hkrati njihova največja pomanjkljivost, kar nam pokaže tudI Warburgov učinek. Otto Warburg, po katerem se ta učinek tudi imenuje, predvideva, da naj bi bil glavni vzrok za nastanek rakastih obolenj preklop pri nastajanja energije v obliki ATP iz aerobne kemiosmotske sklopitve v anaerobno glikolizo. Tumorske celice so nezmožne uporabiti ketonska telesa za proizvodnjo energije, zato obstaja hipoteza, da naj bi ketonska telesa zavirala rast tumorskih celic. To so skušali ugotoviti s poskusi na miših, ki so jim vbrizgali VM-M3 kulture, ki so močno metastatske ob dodatku oziroma odsotnosti beta-hidroksibutirata (ketonsko telo). Podoben poskus izvedejo tudi s štirimi mišmi, katerim so bile v hrano dodna različna ketonska dopolnila – 1,3-butadiol (BD) ali keton ester (KE). Rast tumorja so spremljali z bioluminiscenco in vivo. Merili so čas preživetja, rast tumorja, glukozo v krvi, beta-hidroksibutirat v krvi in telesno težo. Ketonska dopolnila so znižala proliferacijo in življenjsko dobo rakavih celic tudi v prisotnosti visoke koncentracije glukoze. BD in KE sta povišala življenjsko dobo miši za 51% oziroma celo 69% v miših z metastatskim rakom. Ketonska dopolnila torej zavirajo rast rakavih celic, neodvisno od koncentracije glukoze ali omejitve kalorij. <br /> <br /> === Bine Tršavec: Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze ===<br /> Glutamat dehidrogenaza (GDH) je eden izmed encimov potrebnih pri metabolizmu aminokislin. Kot nam pove ime, je njegova naloga, da dehidrogenira glutamat, kar vodi do oksidativne deaminacije glutamata v α-ketoglutarat. Brez encima ta reakcija ne bi potekala, ker je sprememba gibbsonove proste energije za reakcijo pozitivna. α-ketoglutarat se potem prenese v Krebsov cikel, kjer se na koncu pretvori v energijo v obliki ATP. Encim je prisoten pri vseh živih bitjih, saj omogoča povezavo med razgradnjo aminokislin in energijskimi potrebami celice. Zaradi različnih potreb po regulaciji obstaja več vrst tega encima. Zaradi njene naloge se glutamat dehidrogenaza pri evkariontih nahaja v mitohondrijih (kjer poteka tudi Krebsov cikel), v manjši količini pa tudi v endoplazmatskem retiklu (kjer se sintetizira). Lokacija v celici je bila dokazana z vezavo GFP-ja. V nekaterih primerih lahko predstavlja kar 10% vseh mitohondrijskih proteinov. Regulacija encima je zelo kompleksna. Nanj delujejo številni alostreični regulatorji, ki z vezavo naredijo mehanske ovire in zmanjšajo njegovo aktivnost. Najnovejše raziskave dokazujejo, da pri tem pomagajo tudi sirtuini. Dolga leta so znanstveniki preučevali natančno zgradbo in delovanje GDH, ter pri tem naleteli na kar nekaj težav. Po 50 letih raziskav tako boljše razumemo pomen in evolucijski razvoj tega pomembnega encima. V mojem seminarju sem se osredotočil na zgradbo in reguliranje encima.<br /> <br /> === Nina Mavec: Katabolizem triptofana in rak ===<br /> Ker je rak v sodobnem svetu ena izmed bolezni, ki povzročijo največ smrti, se v zadnjem času izvaja vse več raziskav o samih vzrokih in mehanizmih za nastanek te nevarne bolezni v upanju, da bi s pomočjo ugotovitev lahko razvili, nove, boljše metode zdravljenja. Že nekaj časa je znano, da metabolizem triptofana vpliva na rast in maligni razvoj tumorjev, tako da oslabi imunski odziv celice. Pri katabolizmu te esencialne aminokisline je pomembna kinureninska pot, preko katere se katalizira večina triptofana, nastajajo pa razni metaboliti, med katerimi je tudi kinurenin. Obstajajo trije encimi, ki katalizirajo prvo stopnjo te reakcije, to so indolamin 2,3-dioksigenaza (IDO), triptofan 2,3-dioksigenaza (TDO) in indolamin 2,3-dioksigenaza 2 (IDO2). Ob povečanem katabolizmu triptofana v tumorskem tkivu se vzpostavi imunosupresivno okolje, ki tumorjem omogoča, da se izognejo imunskemu odzivu organizma. To se zgodi preko dveh mehanizmov, ki pa oba prispevata k vzpostavitvi take imunosupresije. Zmanjšana količina triptofana preko protein-kinaze GCN2 povzroči apoptozo limfocitov T. Več kinurenina, ki pri katabolizmu triptofana nastaja, pa preko transkripcijskega faktorja AhR povzroči diferenciacijo regulatornih limfocitov T, ki tumorju omogočajo imunsko toleranco. Inhibitorji teh treh encimov, ki omogočajo katabolizem triptofana, so torej privlačno potencialno zdravilo in raziskave v tej smeri že potekajo.<br /> <br /> === Enja Kokalj: Toksičnost amonijaka za možgane ===<br /> Amonijak nastane v metabolizmu aminokislin. V serumu je v fizioloških pogojih večinoma prisoten v obliki amonijevega iona NH4+. Cikel sečnine, ki se odvija v jetrih, služi pretvorbi NH4+ v sečnino, ki se nato izloči iz organizma, saj je koncentracija NH4+ v krvi regulirana. Kljub temu, da možgani ne morejo sintetizirati uree iz NH4+, je njegova koncentracija v centralnem živčnem sistemu prav tako regulirana. Presežek NH4+ je za centralni živčni sistem toksičen. Pri odraslih ponavadi pride do hiperamonemije zaradi odpovedi jeter, pri otrocih pa zaradi motenj v ciklusu sečnine, ta pa vodi do hepatične encefalopatije, ki povzroči motje zavesti, v skrajnih primerih pa tudi komo. Stopnja ireverzibilne škode, ki jo možgani utrpijo, je odvisna od stopnje razvitosti možganov ter tudi intenzivnosti in dolžine izpostavitve visokim koncentracijam NH4+. Ker se vsa bolezenska stanja, ki nastopijo, odražajo na možganih, ti tudi predstavljajo osrednji predmet vseh spekulacij o mehanizmih toksičnosti amonijaka. Večja količina NH4+ v krvi vpliva na koncentracije številnih aminokislin, še posebej glutamina, glutamata in arginina, ovira normalno delovanje nevronov in s tem tudi prenos živčnih signalov ter onemogoča optimalno sintezo dušikovega oksida. Vse te motnje vzdrževanja celične homeostaze imajo lahko ireverzibilen vpliv na naše možganske celice, v primeru, da stanja ne zdravimo, pa lahko pride celo do smrti.<br /> <br /> === Inge Sotlar: Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene ===<br /> Rastlinsko tkivo gradijo rastlinske celice, ki se od živalskih razlikujejo po tem, da poleg tipičnih organelov vsebujejo še plastide, vakuolo in celično steno. Debelejša in dokaj trdna celična stena je zelo dinamičen del celice. Njene osnovne naloge so, da vzdržuje osmotski tlak in obliko celice ter jo ščiti pred vplivi okolja. Glavni gradnik celične stene rastlin je celuloza, polisaharid iz več sto ali tisoč enot glukoze, ki se nahaja v obliki kristaliničnih mikrofibril. Vsako posamezno celulozno mikrofibrilo sintetizira transmembranski proteinski kompleks na plazmalemi, sintaza celuloze. Pod mikroskopom so sintaze vidne kot strukture, podobne rozeti, ki se vzdolž plazmaleme premikajo s pomočjo obodnih mikrotubulov in tudi aktinskih filamentov. Rozeta je heksamer, sestavljen iz 36 proteinov, ki sintetizirajo celulozo (CesA proteinov). Dva sosednja CesA proteina se povežeta preko cinkovega prsta in tvorita kompleks, kateri izgradi posamezno verigo celuloze. Na katalitsko domeno encima se veže substrat UDP-glukoza, ki se sintetizira s pomočjo sintaze sukroze ali pirofosforilaze UDP-glukoze. V naslednjem koraku se UDP-glukoza, donor glikozilne skupine, prenese na rastočo verigo. Zaradi steričnih ovir se na glavno verigo ne dodajajo monomeri glukoze, temveč celobioza – disaharid glukoze. Drugi polisaharid, ki tvori steno, je hemiceluloza. Verige hemiceluloze so krajše in za razliko od celuloze ne kristalizirajo. S celulozo se prepletajo v t.i. matriksu pektina, ki je tretja glavna sestavina celične stene. Če se razvije sekundarna celična stena, se v matriks vgradi še lignin in poveča trdnost.<br /> <br /> === Peter Pečan: Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije ===<br /> Nealkoholna maščobna bolezen jeter (NAFLD) je izraz, ki predstavlja širok spekter bolezni jeter. Spada med najpogostejše kronične bolezni jeter v razvitem svetu, pojavlja pa se predvsem pri ljudeh s prekomerno telesno težo, ki ne uživajo prevelikih količin alkohola (ta lahko namreč povzroči enake oz. zelo podobne okvare). Najverjetnejši model razvoja bolezni predpostavlja delovanje v dveh stopnjah. V prvi stopnji pride do zvišane odpornosti na insulin, hiperglikemije, hiperlipidemije in nabiranja trigliceridov v jetrih, v drugi pa do oksidativnega stresa. V obeh stopnjah lahko pride do okvare mitohondrijev. Do napak naj bi prišlo, ker so mitohondriji ključni pri procesu β-oksidacije prostih maščobnih kislin (FFA). Te reakcije so namreč največji vir reaktivnih kisikovih spojin (ang. reactive oxygen species, ROS), ki sicer niso vedno škodljive, vendar lahko v povečanih količinah pripeljejo do močnega oksidativnega stresa. V predhodnjih raziskavah so dokazali, da ROS negativno vplivajo na procese oksidativne fosforilacije. Tako je pri osebah, ki imajo povečan vnos maščob, njihova oksidacija povečana, koncentracija ATP molekul pa posledično manjša kot običajno. Antioksidanti in antiperoksinitriti preprečijo takšne spremembe v oksidativni fosforilaciji, iz česar lahko z veliko gotovostjo sklepamo, da oksidativni stres res igra ključno vlogo pri patogenezi teh sprememb. Uporaba teh antioksidantov bi zato morda lahko bila uporabljena tudi za zdravljenje NAFLD pri ljudeh.<br /> <br /> === Jernej Vidmar: Oksidatvina fosforilacija v rakavih celicah ===<br /> Mitohondriji so ključni celični organeli, ki sodelujejo v metabolizmu, igrajo ključno vlogo pri celični smrti in signalnih poteh. Za sintezo ATP preko oksidativne fosforilacije mitohondriji porabijo večino kisika, ki ga celica prejme, pri tem pa kot stranski produkt proizvede večino reaktivnih kisikovih spojin. Reaktivne kisikove spojine igrajo pomembno vlogo pri karcinogenezi, saj zaradi svoje oksidativnosti povzročajo poškodbe na celičnih makromolekulah. Povezanost mitohondrijskih funkcij z rakom še ni razvozlana, vendar je potrjena velika vpletenost, saj mitohondriji, poleg tega da igrajo ključno vlogo pri proizvodnji energije in regulirajo reaktivne kisikove spojine, nadzirajo celično življenje in smrt. To je zelo pomembno, saj lahko tumorske celice razvijejo odpornost na apoptozo na številne načine, med drugim preko mitohondrijskih nepravilnosti, izražanju protiapoptotskih proteinov ali negativni regulaciji ali mutaciji proapoptotskih proteinov. Rakave celice morajo svoj metabolizem prilagoditi, tako da proizvedejo molekule in energijo potrebno za rast tumorja in za morebitno spremembo okolja kjer preživijo. V rakavih celicah je veliko posebnosti, ki se tičejo oksidativne fosforilacije-nepravilnosti v kompleksih dihalne verige, posebna regulacija memebranskega potenciala, mutacije mitohondrijske DNA in mutacije genov v jedru, ki vplivajo na oksidativno fosforilacijo. Odkrivanje mehanizmov delovanja nekaterih molekul, katerih nepravilnosti v izražanju povzročajo rakave celice, bo v prihodnje pripomoglo k diagnostriciranju in zdravljenju raka.<br /> <br /> === Luka Dejanović: Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev ===<br /> Mitohondrij je eden od organelov v evkariontski celici. Ima dve membrani zunanjo in notranjo. Notranja membrana je močno nagubana, saj tako omogoča povečanje površine za potek dihalne verige (RC). Njegova glavna naloga je proizvodnja ATP. V mitohondriju poteka ogromno število reakcij. Včasih se zgodi, da se kakšna tudi zalomi. Tako lahko npr. iz enega od citokromov (RC) uide elektron, ki pa lahko reagira s kisikom v bližini. Nastanejo reaktivni oksidativni intermediati (ROS). Te lahko reagirajo z bližnjimi biomolekulami in jih poškoduje. Prav zaradi takih situacij so celice razvile sistem ki stalno nadzoruje delovanje mitohondrija in ga ohranja funkcionalnega. Prav te sistemi so osnova za to seminarsko nalogo. Delijo se v 3 večje skupine glede na nivo delovanja: molekularni, na nivoju organelov in celični. Najbolj raziskan je sistem za lovljenje ROS, v mitohondriju imamo encime, ki so sposobni ROS spremeniti v vodikov peroksid, ta se kasneje razgradi na vodo in kisik. Naprej poznamo še sistem, ki lahko popravlja mitohondrijsko DNA. Več sistemov, ki popravljajo proteine in jih zvijajo nazaj v nativne konformacije. Poznamo pa tudi take mehanizme, ki mitohondrij vodijo v mitofagijo. Najbolj skrajni sistem deluje na celičnem nivoju in lahko sproži apoptozo. Toda tudi te mehanizmi niso vsemogočni, torej se naši mitohondriji vseeno kvarijo in jih je potrebno obnavljati.<br /> <br /> === Gašper Marinšek: Eikozanoidi citokrom P450 poti in rak ===<br /> Eikozanoidi so družina zelo pomembnih bioloških molekul, ki igrajo v našem telesu osrednjo vlogo pri nastanku vnetij in ohranjanju homeostaze tkiv. Uvrščamo jih med lipide in so produkt metabolizma arahidonske kisline. Mednje spadajo tudi metaboliti citokrom P450 poti. Te so v preteklosti sicer že raziskovali in pri tem tudi ugotovili, da imajo sposobnost širjenja oz. krčenja žil-na ta način lahko uravnavajo krvni pritisk v našem telesu, a so do nedavnega ostali v senci drugih eikozanoidov, predvsem »razvpitih« vnetnih prostaglandinov. Šele pred kratkim pa so nekatere raziskave nakazale možnost povezave med eikozanoidi citokrom P450 poti in rakom. Predlaganih je bilo več možnosti povezave: spodbujanje rasti tumorskih celic, vnetne reakcije in pospeševanje angiogeneze, ki je ključna za normalno prehranjenost tumorskih celic in njihovo preživetje. Žal je bilo do tega trenutka izvedenih premalo raziskav, da bi lahko z gotovostjo govorili o eikozanoidih citokrom P450 poti kot o nedvomnih spodbujevalcih raka. Težava je tudi v tem, da so določeni poskusi dali nasprotujoče si rezultate. V prihodnosti bo tako potrebno izvesti še veliko poskusov in ugotoviti, ali so eikozanoidi citokrom P450 poti res primerne tarčne molekule za zdravljenje raka.</div>

Gašper https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2014&diff=9656 2014-11-23T16:20:59Z

<p>Gašper: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime Priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Tema*'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014<br /> |-<br /> | Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014<br /> |-<br /> | Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014<br /> |-<br /> | Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014<br /> |-<br /> | Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014<br /> |-<br /> | Naida Hajdarević||14-15||[http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7506/full/nature13270.html Skrivnost metformina končno odkrita?]||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014<br /> |-<br /> | Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014<br /> |-<br /> | Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014<br /> |-<br /> | Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014<br /> |-<br /> | Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Transport maščobnih kislin skozi človeško placento]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014<br /> |-<br /> | Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014<br /> |-<br /> | Tjaša Sorčan||17||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24615175 Ketonska dopolnila zmanjšajo preživetje tumorskih celic]||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014<br /> |-<br /> | Nina Mavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090118 Katabolizem triptofana in rak]||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014<br /> |-<br /> | Bine Tršavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18819805 Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze]||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014<br /> |-<br /> | Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014<br /> |-<br /> | Peter Pečan||19||[http://dmm.biologists.org/content/7/11/1287.long Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije]||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014<br /> |-<br /> | Luka Dejanović||19||[http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(12)00019-9 Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev]||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014<br /> |-<br /> | Jernej Vidmar||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810007024 Oksidativna fosforilacija v rakavih celicah]||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014<br /> |-<br /> | Inge Sotlar||20||[http://www.plantphysiol.org/content/155/1/171.long Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene] ||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014<br /> |-<br /> | Jerneja Ovčar||20||Moj izbrani naslov||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014<br /> |-<br /> | Valentina Levak||20||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3091114/ Regulacija sinteze škroba v odvisnosti od spreminjajočega se okolja]||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014<br /> |-<br /> | Gašper Marinšek||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2962793/ Eikozanoidi citokrom P450 poti in rak]||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014<br /> |-<br /> | Urška Černe||21||[http://www.pubfacts.com/fulltext_frame.php?PMID=25220377&amp;title=The%20UPS%20and%20downs%20of%20cholesterol%20homeostasis./ Kontrola homeostaze holesterola preko ubikvitin-proteasomskega sistema]||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014<br /> |-<br /> | Živa Moravec||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3390254/#!po=36.6667 Moj izbrani naslov]||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014<br /> |-<br /> | Anja Tanšek||22||Fiksacija dušika||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014<br /> |-<br /> | Monika Pepelnjak||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3806315/ Metabolizem serina in glicina v rakavih celicah]||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014<br /> |-<br /> | Liza Otorepec ||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3625782/ Moj izbrani naslov]||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014<br /> |-<br /> | Tomaž Žagar||23||Moj izbrani naslov||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015<br /> |-<br /> | Jerneja Kocutar||23||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9796811/ Moj izbrani naslov]||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015<br /> |-<br /> | Amadeja Lapornik||23||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3982071/ Moj izbrani naslov]||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015<br /> |-<br /> | ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. &lt;font color=red&gt;Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Gašper https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2014&diff=9627 2014-11-08T13:12:40Z

<p>Gašper: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime Priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Tema*'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014<br /> |-<br /> | Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014<br /> |-<br /> | Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014<br /> |-<br /> | Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014<br /> |-<br /> | Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014<br /> |-<br /> | Naida Hajdarević||14-15||[http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7506/full/nature13270.html Skrivnost metformina končno odkrita?]||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014<br /> |-<br /> | Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014<br /> |-<br /> | Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014<br /> |-<br /> | Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014<br /> |-<br /> | Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Transport maščobnih kislin skozi človeško placento]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014<br /> |-<br /> | Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014<br /> |-<br /> | Tjaša Sorčan||17||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24615175 Ketonska dopolnila zmanjšajo preživetje tumorskih celic]||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014<br /> |-<br /> | Nina Mavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090118 Katabolizem triptofana in rak]||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014<br /> |-<br /> | Bine Tršavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18819805 Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze]||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014<br /> |-<br /> | Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014<br /> |-<br /> | Peter Pečan||19||[http://dmm.biologists.org/content/7/11/1287.long Moj izbrani naslov]||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014<br /> |-<br /> | Luka Dejanović||19||Moj izbrani naslov||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014<br /> |-<br /> | Jernej Vidmar||19||Moj izbrani naslov||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014<br /> |-<br /> | Inge Sotlar||20||[http://www.plantphysiol.org/content/155/1/171.long Moj izbrani naslov] ||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014<br /> |-<br /> | Jerneja Ovčar||20||Moj izbrani naslov||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014<br /> |-<br /> | Valentina Levak||20||Moj izbrani naslov||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014<br /> |-<br /> | Gašper Marinšek||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2962793/ Moj izbrani naslov]||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014<br /> |-<br /> | Urška Černe||21||Moj izbrani naslov||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014<br /> |-<br /> | Živa Moravec||21||Moj izbrani naslov||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014<br /> |-<br /> | Anja Tanšek||22||Moj izbrani naslov||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014<br /> |-<br /> | Monika Pepelnjak||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3806315/ Metabolizem serina in glicina v rakavih celicah]||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014<br /> |-<br /> | Liza Otorepec ||22||Moj izbrani naslov||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014<br /> |-<br /> | Tomaž Žagar||23||Moj izbrani naslov||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015<br /> |-<br /> | Jerneja Kocutar||23||Moj izbrani naslov||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015<br /> |-<br /> | Amadeja Lapornik||23||Moj izbrani naslov||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015<br /> |-<br /> | ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. &lt;font color=red&gt;Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Gašper