Wiki FKKT - User contributions [en]

TBK2017-seminar

2017-02-22T19:49:15Z

Griša:

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Nina Mezgec Mrzlikar || Nevroprotein regulira gen povezan s shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova
|-
| Tina Turel || naslov || link || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek
|-
| Sonja Gabrijelčič || || || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan
|-
| Patrik Levačić || Prehrambeni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih bonbonih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race
|-
| Nika Goršek || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir
|-
| Dragana Savković || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl
|-
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik
|-
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved
|-
| Urška Zagorc || || || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar
|-
| Anja Černe || || || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern
|-
| Barbara Slapnik || || || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej
|-
| Jerneja Nimac || || || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez
|-
| Gašper Anton Komatar || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič
|-
| Nadja Škafar || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina
|-
| Anže Jenko || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar
|-
| Špela Deučman || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec
|-
| Luka Gregorič || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski
|-
| Jana Kotnik || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek
|-
| Andrej Špenko || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič
|-
| Ana Maklin || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč
|-
| Emilija Bogatinova || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn
|-
| Nika Zaveršek || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković
|-
| Tanja Zupan || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec
|-
| Andrej Race || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič
|-
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar
|-
| Martin Špendl || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel
|-
| Nika Mikulič Vernik || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič
|-
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić
|-
| Urban Hribar || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek
|-
| Uroš Prešern || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković
|-
| Špela Supej || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman
|-
| Lea Knez || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva
|-
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc
|-
| Luka Fratina || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe
|-
| Anja Tavčar || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik
|-
| Maja Vrabec || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac
|-
| Vesna Dimitrovski || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar
|-
| Katja Doberšek || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar
|-
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko
|-
| Ajda Krč || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman
|-
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič
|-
| Milica Janković || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik
|-
| Ajda Godec || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko
|-
| Andreja Habič || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Main Page

2016-01-31T17:50:53Z

Griša:

== Wiki Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo Univerze v Ljubljani ==

Dobrodošli na glavni strani wikija [http://www.fkkt.uni-lj.si/ FKKT UL]!

Namen tega [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wiki wikija] je, da učiteljem in študentom omogoči interaktivno sodelovanje pri vsebinah, ki sodijo v sklop kemije, biokemije, kemijskega inženirstva in tehnologije. Wiki lahko uporabljate za opise študijskih predmetov in vsebin, za leksikone posameznih področij, za opise tehnik in tehnologij, za laboratorijske priročnike in dnevnike in še marsikaj drugega.

Za vpisovanje novih podatkov in ustvarjanje novih strani se morate najprej [[Registracija|registrirati]]. Registracija je ročna, vpisane registracijske podatke pa [mailto:wiki.sysop@fkkt.uni-lj.si administrator] preverja.

Wiki FKKT UL poganja [http://en.wikipedia.org/wiki/MediaWiki Mediawiki], ki je verjetno najbolj znano programje v svetu wikijev in ki ga uporablja tudi [http://sl.wikipedia.org/wiki/Glavna_stran Wikipedija]. O njegovi uporabi boste zlahka našli vse tiste informacije, ki so potrebne za osnovno delo z wikijem; nekaj jih je zbranih na strani [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Help:Contents Pomoč].

Želimo vam veliko veselja z uporabo novega wikija!

== Povezave do kazal po področjih: ==

* [[Kazalo KEM|Kemija]]
* [[Kazalo BMB|Biokemija in molekularna biologija]]
* [[Kazalo KIT|Kemijsko inženirstvo in tehnologija]]
* [[Kazalo TEV|Tehniška varnost]]

== Uporabno ==
* [[Leksikon KEM|(Bio)kemijski leksikon]]
* [[Tabela odpornosti materialov]] (proti kemikalijam, avtoklaviranje, mikrovalovi)
* [http://delloyd.50megs.com/moreinfo/buffers2.html Priprava pufrskih raztopin] (tabele, recepti)

IPBK Seminarji

2016-01-31T17:46:25Z

Griša: New page: ==test== Razvoj rezistence na antibiotike je globalen problem modernega sveta na kar so opozorile že mnoge vodilne zdravstvene organizacije; tako je leta 2014 WHO objavila »Report of G...

==test==

Razvoj rezistence na antibiotike je globalen problem modernega sveta na kar so opozorile že mnoge vodilne zdravstvene organizacije; tako je leta 2014 WHO objavila »Report of Global Antimicrobial Resistance«, v katerem je opozorila na naraščajočo rezistenco pri tistih bakterijah, ki povzročajo najbolj pogoste infekcije. Zaskrbljenost so izrazile tudi organizacije kot sta na primer Wellcome Trust in CDC

Main Page

2016-01-31T17:45:26Z

Griša:

== Wiki Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo Univerze v Ljubljani ==

Dobrodošli na glavni strani wikija [http://www.fkkt.uni-lj.si/ FKKT UL]!

Namen tega [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wiki wikija] je, da učiteljem in študentom omogoči interaktivno sodelovanje pri vsebinah, ki sodijo v sklop kemije, biokemije, kemijskega inženirstva in tehnologije. Wiki lahko uporabljate za opise študijskih predmetov in vsebin, za leksikone posameznih področij, za opise tehnik in tehnologij, za laboratorijske priročnike in dnevnike in še marsikaj drugega.

Za vpisovanje novih podatkov in ustvarjanje novih strani se morate najprej [[Registracija|registrirati]]. Registracija je ročna, vpisane registracijske podatke pa [mailto:wiki.sysop@fkkt.uni-lj.si administrator] preverja.

Wiki FKKT UL poganja [http://en.wikipedia.org/wiki/MediaWiki Mediawiki], ki je verjetno najbolj znano programje v svetu wikijev in ki ga uporablja tudi [http://sl.wikipedia.org/wiki/Glavna_stran Wikipedija]. O njegovi uporabi boste zlahka našli vse tiste informacije, ki so potrebne za osnovno delo z wikijem; nekaj jih je zbranih na strani [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Help:Contents Pomoč].

Želimo vam veliko veselja z uporabo novega wikija!

== Povezave do kazal po področjih: ==

* [[Kazalo KEM|Kemija]]
* [[Kazalo BMB|Biokemija in molekularna biologija]]
* [[Kazalo KIT|Kemijsko inženirstvo in tehnologija]]
* [[Kazalo TEV|Tehniška varnost]]
* [[IPBK Seminarji]]

== Uporabno ==
* [[Leksikon KEM|(Bio)kemijski leksikon]]
* [[Tabela odpornosti materialov]] (proti kemikalijam, avtoklaviranje, mikrovalovi)
* [http://delloyd.50megs.com/moreinfo/buffers2.html Priprava pufrskih raztopin] (tabele, recepti)

Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum

2015-12-13T15:18:34Z

Griša:

==Namen==
Karotenoidi so naravni pigmenti z barvnim spektrom od rumene do rdeče. Spadajo v skupino terpenoidov in imajo, poleg pomembne vloge v organizmu, ki jih proizvaja, tudi pozitivne učinke na človekovo zdravje. Posebej so zanimivi prehrambeni industriji za barvanje pijač in hrane ter kot dodatek v obliki vitaminov (Downham in Collins, 2000; Gassel et al., 2013). Letno jih proizvedejo nekaj tisoč ton zato je biološka in okolju prijazna produkcija še posebej zanimiva. Ena izmed metod za povečano mikrobno produkcijo je optimizacija sinteznih poti za prekursorje in prekomerno izražanje genov te sintezne poti.
==Karotenoidi==
Karotenoidi so naravni pigmenti, ki so prisotni v kloroplastih rastlin in nekaterih drugih bakterij in gljiv. Razdeljeni so v dve osnovni skupini, ksantofili in karoteni. Prvi vsebujejo v molekuli strukturni kisik, drugi so čisti ogljikovodiki. Karotenoidi so tetraterpenoidi saj se v biosintetski poti sintetizirajo iz osmih izoprenskih enot in so na koncu sestavljeni iz 40 ogljikovih atomov. V rastlinah in algah imajo poglavitno vlogo absorpcije svetlobe v fotosintetskih proteinih in zaščite klorofila pred svetlobno razgradnjo. Sinteza v organizmih poteka iz dveh osnovnih molekul, IPP in njegovega izomera DMAPP, ki pa se sintetizirata po dveh različnih poteh: mevalonatni (MVA), ki kot vir ogljikove verige uporablja acetil-CoA in jo uporabljajo evkarionti, ter 2-metileritritol 4-fosfatni (MEP) poti, ki kot precursor IPP in DMAPP porablja gliceraldehid-3-fosfat in piruvat.
Raziskave so pokazale, da so ljudje, ki zaužijejo velike količine naravnih terpenoidov iz sadja in zelenjave, bolj zdravi in imajo izkazujejo manjšo umrljivost zaradi kroničnih bolezni (A. T. Diplock in J. L. Charleux, 1998). Prav tako imajo ljudje, ki zaužijejo velike količine β-karotena statististično manjše možnosti za raka debelega črevesa in pljučnega raka (Miller in Sinder, 2012).
Poti sinteze karotenoidov so še posebej zanimive s stališča razvoja novih antibiotokov. Sesalci genov za sintezo karotenoidov po MEP poti nimamjo, zato bi lahko bile inhibotrske molekule MEP poti učinkoviti antibiotiki. Fosmidomycin je antibiotik, ki je strukturni analog prehodnega stanja 2-metileritritol-4-fosfata in inhibira encim DXP reduktoizomerazo, ki je ključen v sintezni poti izoprenoidov po ne mevalonatni poti (MEP).
==Konstrukcija seva in optimizacija sinteznih poti==
MEP pot sinteze prekursorjev karotenoidov je sestavljena iz devet reakcij, ki jih katalizira osem encimov. Sinteza se začne s prenosom acetaldehidne skupine s piruvata na gliceraldehid-3-fosfat, ki ga katalizira DXP sintaza. Produkt reakcije je DXP (1-deoksi-D-ksiluloza-5-fosfat). DXP je prav tako prekursorska molekula v sintezi tiamina (vitamin B1) in piridoksina (vitamin B6). Encim DXP reduktoizomeraza zato pretvori DXP v MEP (NADH kot kofaktor), ki pa se nato v trostopenski reakciji s cikličnim intermediatom pretvori v IPP in njegov izomer DMAPP s pomočjo dveh železo-žveplovih proteinov IspG in IspH (Rohdich in sod., 2004). IPP in DMAPP se ne sintetizirata v enakem razmerju, zato je potrebna IPP:DMAPP-izomeraza, ki omogoča olajšano izomerizacija IPP v DMAPP.
Corinebacterium glutamicum je gram-pozitivna, močno obarvana bakterija, ki jo že vrsto let uporabljajo v prehrambeni industriji za fermentativno proizvodnjo aminokislin kot sta glutamat in lizin. Letno se s pomočjo C. glutamicum proizvede približno 1,95 milijona ton lizina (Ajinomoto, 2014). Poleg aminokislin pa s spomočjo C. glutamicum proizvejajo tudi industrijsko in sintetzno pomembna diamina kadaverin in putrescin ter alkohola etanol in izobutanol. V zadnjih letih pa so se z odkritjem in karakterizacijo genov za sintezo C40 in C50 karotenoidov odple nove možnosti za biosintezno proizvodnjo prekursorjev, vitaminov in barvil (Heider in sod., 2014).
Za produkcijo karotenoidov so karakterizirali dve reakciji, ki predstavljata »ozko grlo« sinteze končnih produktov. Prvo je encim DXP sintaza, ki katalizira prvo stopnjo v kaskadi sinteze IPP in DMAPP (Springer in sod., 1997) ter prekomerno izražanje encima Idi, ki pa sicer ni esencialni ecim v MEP poti produkcije karotenoidov (Hahn in sod., 1999).
V raziskavi so avtorji skonstruirali dva sintetična operona (ispDFE in dxr-ispGH) pod kontrolo močnega promotorja Ptuf elongacijskega faktorja EF-Tu bakterije C. glutamicum. Operon 1 (Op1) je bil konstruiran z namen, da poveča izražanje ispDF, operon 2 (Op2) pa je predstavljal fuzijo genov za dxs, ispG in ispH pod kontrolo Ptuf promotorja in RBS. Prav tako so z menjavo promotorja gena dxs (DXS sintaza) povzročili prekomerno izražanje produkta tega gena. Prekomerno izražanje idi gena so dosegli z IPTG inducibilnim plazmidom. Sev, ki je prekomerno izražal vseh osem proteinov MEP poti se je izkazal primeren za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in nekaterih astaksantinov.

==Materiali in metode==
''Corinebacterium glutamicum'', sev ATCC13032 je bil uporabljen kot vir genov, operonov in promotorjev. Za metabolno inžinirstvo je bil uporabljen sev ''C. glutamicum'' MB001, ki ima izbrisane ostanke fagnih genov (Baumgart is sod., 2013). Gojili so jih v osnevnem LB mediju z glukozo pri 30 °C.
Plazmidi so bili skonstruirani in pomnoženi v ''E.coli'' DH5α s PCR generiranimi fragmenti, stanndardne reakcije restrikcije in ligacije so bile izvedene po Gibsonovi metodi ( Gibson in sod., 2001). Transformacije so bile izvedene z elektroporacijo pri 2,5 kV (Van der Rest in sod., 1999).
Delecije genov so bile izvedene s samomorilskimi plazmidi pK19mobsacB in njegovimi konstrukti (Schafer in sod., 1994). PCR konstrukti so bili očiščeni in povezani s crossover PCR in vstavljeni v vektor (pK19''mobsac''B-δ''crt''YEb). Delecije so bile izvedene z metodo dvojne homologne rekombinacije in selekcije v vsakem koraku (Eggling., 2005). Na enak način so zamenjali tudi promotorsko regijo dxs gena in jo nadomestili s promotorsko regijo tuf gena.
Ekstrakcijo karotenoidov iz peleta bakterijskih celic so naredili z mešanico metanola in acetona ( 7:3). Koncentracijo so izmerili spektrofotometrično pri 470 nm, karakterizacijo posameznih karetenoidov pa s HPLC analizo. Aktivnost DXS encima so izmerili posredno z meritvijo koncentracije preostalega piruvata v reakcijski mešanici z encimom piruvat- dehidrogenaza in merjenjem absorbcije NADH, ki se med reakcijo porablja.
== Rezultati==
Prekomerno izražanje DXS (LYC-Ptuf) je izboljšalo donos likopena na gram suhe celične mase. Sev LYC3 (divji tip) je proizvajal v povprečju 0,04 mg/g, LYC3-Ptufdxs pa 0,08 mg/g suhe celične mase. V primeru dodanih sintetičnih operonov, ki so ju inkorporirali v kromosome, pa se je produkcija likopena povečala na 0,1 mg/g suhe celične mase le v primeru vstavljenih obeh (Op1 in Op2) operonov hkrati (LYC-Op1Op2). Celice vseh tipov (LYC-Ptuf,, LYC-Op1Op2) pa so rastle počasneje kot divji tip LYC3. To je najverjetneje rezultat velike porabe vira ogljika za produkcijo IPP. V ta namen so kot vir ogljika preizkusili tudi glycerol, ker pa celice glicerola kot samostojnega vira ogljika ne morejo uporabljati so bakterije transformirali s plazmidom pVWEx1-glpFKD, ki je imel zapis za encim, ki pretvarja glycerol v gliceraldehid-3-fosfat. Rast bakterij je bila kljub vključitvi plazmida še zmeraj zmanjšana, količina produciranega likopena pa se je podvojila. Predpostavljajo tudi, da je rast zmanjšana zaradi ne optimalnega razmerja med IPP in DMAPP. Sevi so prav tako proizvajali večje količine ostalih karotenoidov kot je β-katoreten, zeaksantin in astaksantin.
==Zaljuček==
Pripravljeni so bili rekombinantni sevi bakterije C. glutamicum, ki lahko proizvajajo različne derivate likopena in terpenoide. Z enžiniringom MEP poti sinteze lahko povečamo izražanje encimov sinteze in s tem produkcijo karotenoidov. S prekomernim izražanjem gena dxs in njegovega produkta encima DXS sintaze se je povečala sinteza prekursorjev karotenoidov IPP. Prav tako je bila sinteza karotenov večja v primeru kromosomskega izražanja in ne v primeru izražanja s plazmida v velikem številu kopij. Povečano izražanje so dosegli z menjavo nativnega promotorja gena dxs za promotor elongacijskega faktorja EF-Tu (Ptuf). Produkcija likopena se je prav tako povečala v primeru prekomernega izražanja gena idi (IPP izomeraza). V primeru prekomerne ekspresije obeh genov (''idi'' in ''dxs'') pa se produkcija ni drastično povečala, zmanjšala se je hitrost rasti bakterij v gojišču. Najvišja vsebnost likopena je bila izmerjena v primeru prekomernega izražanja dxs gena v divjem tipu z deletiranim genom crtEb (pretvarja likopen v nadalne produkte; karotenoid ε-ciklaza).

Seminarji SB 2015/16

2015-12-13T15:15:40Z

Griša:

Seminarji iz Sintezne biologije v študijskem letu 2015/16 so:

Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/2866/synthetic-biology-engineering-complexity-and-refactoring-cell-capabilities SYNTHETIC BIOLOGY: ENGINEERING COMPLEXITY AND REFACTORING CELL CAPABILITIES]

* Production of fatty acid-derived valuable chemicals in synthetic microbes (Maja Grdadolnik) 
* Optimization of the IPP precursor supply for the production of lycopene, decaprenoxanthin and astaxanthin by Corynebacterium glutamicum ([[Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum]]) (Griša Prinčič) 
* Engineering sugar utilization and microbial tolerance toward lignocellulose conversion (Kim Potočnik) 
* Cofactor engineering for enhancing the flux of metabolic pathways (Nastja Štemberger) 
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354409/ Can the natural diversity of quorum-sensing advance synthetic biology?] ([[Ali lahko naravna diverziteta quorum sensinga pripomore k napredku v sintezni biologiji?]]) (Tina Snoj) 
* [http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fbioe.2015.00093/full Signal-to-noise ratio measures efficacy of biological computing devices and circuits] ([[Določanje učinkovitosti bioloških naprav in vezij z razmerjem signal-šum]]) (Jakob G. Lavrenčič) 
* A sense of balance: experimental investigation and modeling of a malonyl-CoA sensor in Escherichia coli (Ajda Rojc) 
* New transposon tools tailored for metabolic engineering of Gram-negative microbial cell factories (Rok Razpotnik) 

Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/455/synthetic-biology-applications-in-industrial-microbiology SYNTHETIC BIOLOGY APPLICATIONS IN INDUSTRIAL MICROBIOLOGY]

* Recent Progress in Synthetic Biology for Microbial Production of C3–C10 Alcohols (Urška Rauter)
* Visualizing Evolution in Real-Time Method for Strain Engineering (Samo Zakotnik)
* Engineering Microbial Consortia to Enhance Biomining and Bioremediation (Maja Kostanjevec)
* Engineering Microbial Chemical Factories to Produce Renewable “Biomonomers” (Nastja Pirman)
* Application of Synthetic Biology in Cyanobacteria and Algae (Špela Tomaž)
* Synthetic Feedback Loop Model for Increasing Microbial Biofuel Production Using a Biosensor (Jernej Pušnik)
* Balance of XYL1 and XYL2 Expression in Different Yeast Chassis for Improved xylose Fermentation (Monika Praznik)
* Design and Development of Synthetic Microbial Platform Cells for Bioenergy (Erik Mršnik)
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3616241/ Microbial Production of Isoprenoids Enabled by Synthetic Biology] ([[Mikrobna produkcija izoprenoidov s sintezno biologijo]]) (Dominik Kert)
* Chemical synthetic biology: a mini-review (Anka Hotko)

Seminarji iz preglednih člankov:

* Towards engineering biological systems in a broader context (Aleksander Benčič)
* Synthetic biology: Novel approaches for microbiology (Daša Janeš)
* Tools and principles for microbial gene circuit engineering (Marko Radojković)
* Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways (Katja Leben)
* Chassis optimization as a cornerstone for the application of synthetic biology based strategies in microbial secondary metabolism (Jure Zabret)
* Recent advances and opportunities in synthetic logic gates engineering in living cells (Monika Biasizzo)
* Programmable genetic circuits for pathway engineering (Urban Javoršek)
* Better together: engineering and application of microbial symbioses (Nejc Petrišič)
* Synthetic biology for microbial production of lipid-based biofuels (Urška Pevec)
* Engineering Biosynthesis Mechanisms for Diversifying Polyhydroxyalkanoates (Mojca Banič)
* Synthetic biology of fungal natural products (Estera Merljak)
* Synthetic biology and biomimetic chemistry as converging technologies fostering a new generation of smart biosensors (Benjamin Bajželj)
* How Synthetic Biology Would Reconsider Natural Bioluminescence and its Application (Ana Grom & Ana Unkovič)
* Synthetic Biology-Toward Therapeutic Solutions (Tanja Korpar)
* Synthetically modified mRNA for efficient and fast human iPS cell generation and direct transdifferentiation to myoblasts (Mirjana Malnar)
* Mammalian synthetic biology: emerging medical applications (Maša Mirkovič)
* Synthetic biology devices and circuits for RNA-based ‘smart vaccines’: a propositional review (Monika Škrjanc)

Seminarji SB 2015/16

2015-12-13T15:15:07Z

Griša:

Seminarji iz Sintezne biologije v študijskem letu 2015/16 so:

Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/2866/synthetic-biology-engineering-complexity-and-refactoring-cell-capabilities SYNTHETIC BIOLOGY: ENGINEERING COMPLEXITY AND REFACTORING CELL CAPABILITIES]

* Production of fatty acid-derived valuable chemicals in synthetic microbes (Maja Grdadolnik) 
* Optimization of the IPP precursor supply for the production of lycopene, decaprenoxanthin and astaxanthin by Corynebacterium glutamicum ([[Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v ''Corynebacterium glutamicum'']]) (Griša Prinčič) 
* Engineering sugar utilization and microbial tolerance toward lignocellulose conversion (Kim Potočnik) 
* Cofactor engineering for enhancing the flux of metabolic pathways (Nastja Štemberger) 
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354409/ Can the natural diversity of quorum-sensing advance synthetic biology?] ([[Ali lahko naravna diverziteta quorum sensinga pripomore k napredku v sintezni biologiji?]]) (Tina Snoj) 
* [http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fbioe.2015.00093/full Signal-to-noise ratio measures efficacy of biological computing devices and circuits] ([[Določanje učinkovitosti bioloških naprav in vezij z razmerjem signal-šum]]) (Jakob G. Lavrenčič) 
* A sense of balance: experimental investigation and modeling of a malonyl-CoA sensor in Escherichia coli (Ajda Rojc) 
* New transposon tools tailored for metabolic engineering of Gram-negative microbial cell factories (Rok Razpotnik) 

Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/455/synthetic-biology-applications-in-industrial-microbiology SYNTHETIC BIOLOGY APPLICATIONS IN INDUSTRIAL MICROBIOLOGY]

* Recent Progress in Synthetic Biology for Microbial Production of C3–C10 Alcohols (Urška Rauter)
* Visualizing Evolution in Real-Time Method for Strain Engineering (Samo Zakotnik)
* Engineering Microbial Consortia to Enhance Biomining and Bioremediation (Maja Kostanjevec)
* Engineering Microbial Chemical Factories to Produce Renewable “Biomonomers” (Nastja Pirman)
* Application of Synthetic Biology in Cyanobacteria and Algae (Špela Tomaž)
* Synthetic Feedback Loop Model for Increasing Microbial Biofuel Production Using a Biosensor (Jernej Pušnik)
* Balance of XYL1 and XYL2 Expression in Different Yeast Chassis for Improved xylose Fermentation (Monika Praznik)
* Design and Development of Synthetic Microbial Platform Cells for Bioenergy (Erik Mršnik)
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3616241/ Microbial Production of Isoprenoids Enabled by Synthetic Biology] ([[Mikrobna produkcija izoprenoidov s sintezno biologijo]]) (Dominik Kert)
* Chemical synthetic biology: a mini-review (Anka Hotko)

Seminarji iz preglednih člankov:

* Towards engineering biological systems in a broader context (Aleksander Benčič)
* Synthetic biology: Novel approaches for microbiology (Daša Janeš)
* Tools and principles for microbial gene circuit engineering (Marko Radojković)
* Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways (Katja Leben)
* Chassis optimization as a cornerstone for the application of synthetic biology based strategies in microbial secondary metabolism (Jure Zabret)
* Recent advances and opportunities in synthetic logic gates engineering in living cells (Monika Biasizzo)
* Programmable genetic circuits for pathway engineering (Urban Javoršek)
* Better together: engineering and application of microbial symbioses (Nejc Petrišič)
* Synthetic biology for microbial production of lipid-based biofuels (Urška Pevec)
* Engineering Biosynthesis Mechanisms for Diversifying Polyhydroxyalkanoates (Mojca Banič)
* Synthetic biology of fungal natural products (Estera Merljak)
* Synthetic biology and biomimetic chemistry as converging technologies fostering a new generation of smart biosensors (Benjamin Bajželj)
* How Synthetic Biology Would Reconsider Natural Bioluminescence and its Application (Ana Grom & Ana Unkovič)
* Synthetic Biology-Toward Therapeutic Solutions (Tanja Korpar)
* Synthetically modified mRNA for efficient and fast human iPS cell generation and direct transdifferentiation to myoblasts (Mirjana Malnar)
* Mammalian synthetic biology: emerging medical applications (Maša Mirkovič)
* Synthetic biology devices and circuits for RNA-based ‘smart vaccines’: a propositional review (Monika Škrjanc)

Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum

2015-12-13T15:14:30Z

Griša:

==Namen==
Karotenoidi so naravni pigmenti z barvnim spektrom od rumene do rdeče. Spadajo v skupino terpenoidov in imajo, poleg pomembne vloge v organizmu, ki jih proizvaja, tudi pozitivne učinke na človekovo zdravje. Posebej so zanimivi prehrambeni industriji za barvanje pijač in hrane ter kot dodatek v obliki vitaminov (Downham in Collins, 2000; Gassel et al., 2013). Letno jih proizvedejo nekaj tisoč ton zato je biološka in okolju prijazna produkcija še posebej zanimiva. Ena izmed metod za povečano mikrobno produkcijo je optimizacija sinteznih poti za prekursorje in prekomerno izražanje genov te sintezne poti.
==Karotenoidi==
Karotenoidi so naravni pigmenti, ki so prisotni v kloroplastih rastlin in nekaterih drugih bakterij in gljiv. Razdeljeni so v dve osnovni skupini, ksantofili in karoteni. Prvi vsebujejo v molekuli strukturni kisik, drugi so čisti ogljikovodiki. Karotenoidi so tetraterpenoidi saj se v biosintetski poti sintetizirajo iz osmih izoprenskih enot in so na koncu sestavljeni iz 40 ogljikovih atomov. V rastlinah in algah imajo poglavitno vlogo absorpcije svetlobe v fotosintetskih proteinih in zaščite klorofila pred svetlobno razgradnjo. Sinteza v organizmih poteka iz dveh osnovnih molekul, IPP in njegovega izomera DMAPP, ki pa se sintetizirata po dveh različnih poteh: mevalonatni (MVA), ki kot vir ogljikove verige uporablja acetil-CoA in jo uporabljajo evkarionti, ter 2-metileritritol 4-fosfatni (MEP) poti, ki kot precursor IPP in DMAPP porablja gliceraldehid-3-fosfat in piruvat.
Raziskave so pokazale, da so ljudje, ki zaužijejo velike količine naravnih terpenoidov iz sadja in zelenjave, bolj zdravi in imajo izkazujejo manjšo umrljivost zaradi kroničnih bolezni (A. T. Diplock in J. L. Charleux, 1998). Prav tako imajo ljudje, ki zaužijejo velike količine β-karotena statististično manjše možnosti za raka debelega črevesa in pljučnega raka ( Miller in Sinder, 2012).
Poti sinteze karotenoidov so še posebej zanimive s stališča razvoja novih antibiotokov. Sesalci genov za sintezo karotenoidov po MEP poti nimamjo, zato bi lahko bile inhibotrske molekule MEP poti učinkoviti antibiotiki. Fosmidomycin je antibiotik, ki je strukturni analog prehodnega stanja 2-metileritritol-4-fosfata in inhibira encim DXP reduktoizomerazo, ki je ključen v sintezni poti izoprenoidov po ne mevalonatni poti (MEP).
==Konstrukcija seva in optimizacija sinteznih poti==
MEP pot sinteze prekursorjev karotenoidov je sestavljena iz devet reakcij, ki jih katalizira osem encimov. Sinteza se začne s prenosom acetaldehidne skupine s piruvata na gliceraldehid-3-fosfat, ki ga katalizira DXP sintaza. Produkt reakcije je DXP (1-deoksi-D-ksiluloza-5-fosfat). DXP je prav tako prekursorska molekula v sintezi tiamina (vitamin B1) in piridoksina (vitamin B6). Encim DXP reduktoizomeraza zato pretvori DXP v MEP (NADH kot kofaktor), ki pa se nato v trostopenski reakciji s cikličnim intermediatom pretvori v IPP in njegov izomer DMAPP s pomočjo dveh železo-žveplovih proteinov IspG in IspH (Rohdich in sod., 2004). IPP in DMAPP se ne sintetizirata v enakem razmerju, zato je potrebna IPP:DMAPP-izomeraza, ki omogoča olajšano izomerizacija IPP v DMAPP.
Corinebacterium glutamicum je gram-pozitivna, močno obarvana bakterija, ki jo že vrsto let uporabljajo v prehrambeni industriji za fermentativno proizvodnjo aminokislin kot sta glutamat in lizin. Letno se s pomočjo C. glutamicum proizvede približno 1,95 milijona ton lizina (Ajinomoto, 2014). Poleg aminokislin pa s spomočjo C. glutamicum proizvejajo tudi industrijsko in sintetzno pomembna diamina kadaverin in putrescin ter alkohola etanol in izobutanol. V zadnjih letih pa so se z odkritjem in karakterizacijo genov za sintezo C40 in C50 karotenoidov odple nove možnosti za biosintezno proizvodnjo prekursorjev, vitaminov in barvil (Heider in sod., 2014).
Za produkcijo karotenoidov so karakterizirali dve reakciji, ki predstavljata »ozko grlo« sinteze končnih produktov. Prvo je encim DXP sintaza, ki katalizira prvo stopnjo v kaskadi sinteze IPP in DMAPP (Springer in sod., 1997) ter prekomerno izražanje encima Idi, ki pa sicer ni esencialni ecim v MEP poti produkcije karotenoidov (Hahn in sod., 1999).
V raziskavi so avtorji skonstruirali dva sintetična operona (ispDFE in dxr-ispGH) pod kontrolo močnega promotorja Ptuf elongacijskega faktorja EF-Tu bakterije C. glutamicum. Operon 1 (Op1) je bil konstruiran z namen, da poveča izražanje ispDF, operon 2 (Op2) pa je predstavljal fuzijo genov za dxs, ispG in ispH pod kontrolo Ptuf promotorja in RBS. Prav tako so z menjavo promotorja gena dxs (DXS sintaza) povzročili prekomerno izražanje produkta tega gena. Prekomerno izražanje idi gena so dosegli z IPTG inducibilnim plazmidom. Sev, ki je prekomerno izražal vseh osem proteinov MEP poti se je izkazal primeren za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in nekaterih astaksantinov.

==Materiali in metode==
Corinebacterium glutamicum, sev ATCC13032 je bil uporabljen kot vir genov, operonov in promotorjev. Za metabolno inžinirstvo je bil uporabljen sev C. glutamicum MB001, ki ima izbrisane ostanke fagnih genov (Baumgart is sod., 2013). Gojili so jih v osnevnem LB mediju z glukozo pri 30 °C.
Plazmidi so bili skonstruirani in pomnoženi v E.coli DH5α s PCR generiranimi fragmenti, stanndardne reakcije restrikcije in ligacije so bile izvedene po Gibsonovi metodi ( Gibson in sod., 2001). Transformacije so bile izvedene z elektroporacijo pri 2,5 kV (Van der Rest in sod., 1999).
Delecije genov so bile izvedene s samomorilskimi plazmidi pK19mobsacB in njegovimi konstrukti (Schafer in sod., 1994). PCR konstrukti so bili očiščeni in povezani s crossover PCR in vstavljeni v vektor (pK19mobsacB-δcrtYEb). Delecije so bile izvedene z metodo dvojne homologne rekombinacije in selekcije v vsakem koraku (Eggling., 2005). Na enak način so zamenjali tudi promotorsko regijo dxs gena in jo nadomestili s promotorsko regijo tuf gena.
Ekstrakcijo karotenoidov iz peleta bakterijskih celic so naredili z mešanico metanola in acetona ( 7:3). Koncentracijo so izmerili spektrofotometrično pri 470 nm, karakterizacijo posameznih karetenoidov pa s HPLC analizo. Aktivnost DXS encima so izmerili posredno z meritvijo koncentracije preostalega piruvata v reakcijski mešanici z encimom piruvat- dehidrogenaza in merjenjem absorbcije NADH, ki se med reakcijo porablja.
== Rezultati==
Prekomerno izražanje DXS (LYC-Ptuf) je izboljšalo donos likopena na gram suhe celične mase. Sev LYC3 (divji tip) je proizvajal v povprečju 0,04 mg/g, LYC3-Ptufdxs pa 0,08 mg/g suhe celične mase. V primeru dodanih sintetičnih operonov, ki so ju inkorporirali v kromosome, pa se je produkcija likopena povečala na 0,1 mg/g suhe celične mase le v primeru vstavljenih obeh (Op1 in Op2) operonov hkrati (LYC-Op1Op2). Celice vseh tipov (LYC-Ptuf,, LYC-Op1Op2) pa so rastle počasneje kot divji tip LYC3. To je najverjetneje rezultat velike porabe vira ogljika za produkcijo IPP. V ta namen so kot vir ogljika preizkusili tudi glycerol, ker pa celice glicerola kot samostojnega vira ogljika ne morejo uporabljati so bakterije transformirali s plazmidom pVWEx1-glpFKD, ki je imel zapis za encim, ki pretvarja glycerol v gliceraldehid-3-fosfat. Rast bakterij je bila kljub vključitvi plazmida še zmeraj zmanjšana, količina produciranega likopena pa se je podvojila. Predpostavljajo tudi, da je rast zmanjšana zaradi ne optimalnega razmerja med IPP in DMAPP. Sevi so prav tako proizvajali večje količine ostalih karotenoidov kot je β-katoreten, zeaksantin in astaksantin.
==Zaljuček==
Pripravljeni so bili rekombinantni sevi bakterije C. glutamicum, ki lahko proizvajajo različne derivate likopena in terpenoide. Z enžiniringom MEP poti sinteze lahko povečamo izražanje encimov sinteze in s tem produkcijo karotenoidov. S prekomernim izražanjem gena dxs in njegovega produkta encima DXS sintaze se je povečala sinteza prekursorjev karotenoidov IPP. Prav tako je bila sinteza karotenov večja v primeru kromosomskega izražanja in ne v primeru izražanja s plazmida v velikem številu kopij. Povečano izražanje so dosegli z menjavo nativnega promotorja gena dxs za promotor elongacijskega faktorja EF-Tu (Ptuf). Produkcija likopena se je prav tako povečala v primeru prekomernega izražanja gena idi (IPP izomeraza). V primeru prekomerne ekspresije obeh genov (idi in dxs) pa se produkcija ni drastično povečala, zmanjšala se je hitrost rasti bakterij v gojišču. Najvišja vsebnost likopena je bila izmerjena v primeru prekomernega izražanja dxs gena v divjem tipu z deletiranim genom crtEb (pretvarja likopen v nadalne produkte; karotenoid ε-ciklaza).

Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum

2015-12-13T15:10:48Z

Griša: New page: ==Namen== Karotenoidi so naravni pigmenti z barvnim spektrom od rumene do rdeče. Spadajo v skupino terpenoidov in imajo, poleg pomembne vloge v organizmu, ki jih proizvaja, tudi pozitivn...

==Namen==
Karotenoidi so naravni pigmenti z barvnim spektrom od rumene do rdeče. Spadajo v skupino terpenoidov in imajo, poleg pomembne vloge v organizmu, ki jih proizvaja, tudi pozitivne učinke na človekovo zdravje. Posebej so zanimivi prehrambeni industriji za barvanje pijač in hrane ter kot dodatek v obliki vitaminov (Downham in Collins, 2000; Gassel et al., 2013). Letno jih proizvedejo nekaj tisoč ton zato je biološka in okolju prijazna produkcija še posebej zanimiva. Ena izmed metod za povečano mikrobno produkcijo je optimizacija sinteznih poti za prekursorje in prekomerno izražanje genov te sintezne poti.
==Karotenoidi==
Karotenoidi so naravni pigmenti, ki so prisotni v kloroplastih rastlin in nekaterih drugih bakterij in gljiv. Razdeljeni so v dve osnovni skupini, ksantofili in karoteni. Prvi vsebujejo v molekuli strukturni kisik, drugi so čisti ogljikovodiki. Karotenoidi so tetraterpenoidi saj se v biosintetski poti sintetizirajo iz osmih izoprenskih enot in so na koncu sestavljeni iz 40 ogljikovih atomov. V rastlinah in algah imajo poglavitno vlogo absorpcije svetlobe v fotosintetskih proteinih in zaščite klorofila pred svetlobno razgradnjo. Sinteza v organizmih poteka iz dveh osnovnih molekul, IPP in njegovega izomera DMAPP, ki pa se sintetizirata po dveh različnih poteh: mevalonatni (MVA), ki kot vir ogljikove verige uporablja acetil-CoA in jo uporabljajo evkarionti, ter 2-metileritritol 4-fosfatni (MEP) poti, ki kot precursor IPP in DMAPP porablja gliceraldehid-3-fosfat in piruvat.
Raziskave so pokazale, da so ljudje, ki zaužijejo velike količine naravnih terpenoidov iz sadja in zelenjave, bolj zdravi in imajo izkazujejo manjšo umrljivost zaradi kroničnih bolezni (A. T. Diplock in J. L. Charleux, 1998). Prav tako imajo ljudje, ki zaužijejo velike količine β-karotena statististično manjše možnosti za raka debelega črevesa in pljučnega raka ( Miller in Sinder, 2012).
Poti sinteze karotenoidov so še posebej zanimive s stališča razvoja novih antibiotokov. Sesalci genov za sintezo karotenoidov po MEP poti nimamjo, zato bi lahko bile inhibotrske molekule MEP poti učinkoviti antibiotiki. Fosmidomycin je antibiotik, ki je strukturni analog prehodnega stanja 2-metileritritol-4-fosfata in inhibira encim DXP reduktoizomerazo, ki je ključen v sintezni poti izoprenoidov po ne mevalonatni poti (MEP).
==Uvod==
MEP pot sinteze prekursorjev karotenoidov je sestavljena iz devet reakcij, ki jih katalizira osem encimov. Sinteza se začne s prenosom acetaldehidne skupine s piruvata na gliceraldehid-3-fosfat, ki ga katalizira DXP sintaza. Produkt reakcije je DXP (1-deoksi-D-ksiluloza-5-fosfat). DXP je prav tako prekursorska molekula v sintezi tiamina (vitamin B1) in piridoksina (vitamin B6). Encim DXP reduktoizomeraza zato pretvori DXP v MEP (NADH kot kofaktor), ki pa se nato v trostopenski reakciji s cikličnim intermediatom pretvori v IPP in njegov izomer DMAPP s pomočjo dveh železo-žveplovih proteinov IspG in IspH (Rohdich in sod., 2004). IPP in DMAPP se ne sintetizirata v enakem razmerju, zato je potrebna IPP:DMAPP-izomeraza, ki omogoča olajšano izomerizacija IPP v DMAPP.
Corinebacterium glutamicum je gram-pozitivna, močno obarvana bakterija, ki jo že vrsto let uporabljajo v prehrambeni industriji za fermentativno proizvodnjo aminokislin kot sta glutamat in lizin. Letno se s pomočjo C. glutamicum proizvede približno 1,95 milijona ton lizina (Ajinomoto, 2014). Poleg aminokislin pa s spomočjo C. glutamicum proizvejajo tudi industrijsko in sintetzno pomembna diamina kadaverin in putrescin ter alkohola etanol in izobutanol. V zadnjih letih pa so se z odkritjem in karakterizacijo genov za sintezo C40 in C50 karotenoidov odple nove možnosti za biosintezno proizvodnjo prekursorjev, vitaminov in barvil (Heider in sod., 2014).
Za produkcijo karotenoidov so karakterizirali dve reakciji, ki predstavljata »ozko grlo« sinteze končnih produktov. Prvo je encim DXP sintaza, ki katalizira prvo stopnjo v kaskadi sinteze IPP in DMAPP (Springer in sod., 1997) ter prekomerno izražanje encima Idi, ki pa sicer ni esencialni ecim v MEP poti produkcije karotenoidov (Hahn in sod., 1999).
V raziskavi so avtorji skonstruirali dva sintetična operona (ispDFE in dxr-ispGH) pod kontrolo močnega promotorja Ptuf elongacijskega faktorja EF-Tu bakterije C. glutamicum. Operon 1 (Op1) je bil konstruiran z namen, da poveča izražanje ispDF, operon 2 (Op2) pa je predstavljal fuzijo genov za dxs, ispG in ispH pod kontrolo Ptuf promotorja in RBS. Prav tako so z menjavo promotorja gena dxs (DXS sintaza) povzročili prekomerno izražanje produkta tega gena. Prekomerno izražanje idi gena so dosegli z IPTG inducibilnim plazmidom. Sev, ki je prekomerno izražal vseh osem proteinov MEP poti se je izkazal primeren za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in nekaterih astaksantinov.

==Materiali in metode==
Corinebacterium glutamicum, sev ATCC13032 je bil uporabljen kot vir genov, operonov in promotorjev. Za metabolno inžinirstvo je bil uporabljen sev C. glutamicum MB001, ki ima izbrisane ostanke fagnih genov (Baumgart is sod., 2013). Gojili so jih v osnevnem LB mediju z glukozo pri 30 °C.
Plazmidi so bili skonstruirani in pomnoženi v E.coli DH5α s PCR generiranimi fragmenti, stanndardne reakcije restrikcije in ligacije so bile izvedene po Gibsonovi metodi ( Gibson in sod., 2001). Transformacije so bile izvedene z elektroporacijo pri 2,5 kV (Van der Rest in sod., 1999).
Delecije genov so bile izvedene s samomorilskimi plazmidi pK19mobsacB in njegovimi konstrukti (Schafer in sod., 1994). PCR konstrukti so bili očiščeni in povezani s crossover PCR in vstavljeni v vektor (pK19mobsacB-δcrtYEb). Delecije so bile izvedene z metodo dvojne homologne rekombinacije in selekcije v vsakem koraku (Eggling., 2005). Na enak način so zamenjali tudi promotorsko regijo dxs gena in jo nadomestili s promotorsko regijo tuf gena.
Ekstrakcijo karotenoidov iz peleta bakterijskih celic so naredili z mešanico metanola in acetona ( 7:3). Koncentracijo so izmerili spektrofotometrično pri 470 nm, karakterizacijo posameznih karetenoidov pa s HPLC analizo. Aktivnost DXS encima so izmerili posredno z meritvijo koncentracije preostalega piruvata v reakcijski mešanici z encimom piruvat- dehidrogenaza in merjenjem absorbcije NADH, ki se med reakcijo porablja.
== Rezultati==
Prekomerno izražanje DXS (LYC-Ptuf) je izboljšalo donos likopena na gram suhe celične mase. Sev LYC3 (divji tip) je proizvajal v povprečju 0,04 mg/g, LYC3-Ptufdxs pa 0,08 mg/g suhe celične mase. V primeru dodanih sintetičnih operonov, ki so ju inkorporirali v kromosome, pa se je produkcija likopena povečala na 0,1 mg/g suhe celične mase le v primeru vstavljenih obeh (Op1 in Op2) operonov hkrati (LYC-Op1Op2). Celice vseh tipov (LYC-Ptuf,, LYC-Op1Op2) pa so rastle počasneje kot divji tip LYC3. To je najverjetneje rezultat velike porabe vira ogljika za produkcijo IPP. V ta namen so kot vir ogljika preizkusili tudi glycerol, ker pa celice glicerola kot samostojnega vira ogljika ne morejo uporabljati so bakterije transformirali s plazmidom pVWEx1-glpFKD, ki je imel zapis za encim, ki pretvarja glycerol v gliceraldehid-3-fosfat. Rast bakterij je bila kljub vključitvi plazmida še zmeraj zmanjšana, količina produciranega likopena pa se je podvojila. Predpostavljajo tudi, da je rast zmanjšana zaradi ne optimalnega razmerja med IPP in DMAPP. Sevi so prav tako proizvajali večje količine ostalih karotenoidov kot je β-katoreten, zeaksantin in astaksantin.
==Zaljuček==
Pripravljeni so bili rekombinantni sevi bakterije C. glutamicum, ki lahko proizvajajo različne derivate likopena in terpenoide. Z enžiniringom MEP poti sinteze lahko povečamo izražanje encimov sinteze in s tem produkcijo karotenoidov. S prekomernim izražanjem gena dxs in njegovega produkta encima DXS sintaze se je povečala sinteza prekursorjev karotenoidov IPP. Prav tako je bila sinteza karotenov večja v primeru kromosomskega izražanja in ne v primeru izražanja s plazmida v velikem številu kopij. Povečano izražanje so dosegli z menjavo nativnega promotorja gena dxs za promotor elongacijskega faktorja EF-Tu (Ptuf). Produkcija likopena se je prav tako povečala v primeru prekomernega izražanja gena idi (IPP izomeraza). V primeru prekomerne ekspresije obeh genov (idi in dxs) pa se produkcija ni drastično povečala, zmanjšala se je hitrost rasti bakterij v gojišču. Najvišja vsebnost likopena je bila izmerjena v primeru prekomernega izražanja dxs gena v divjem tipu z deletiranim genom crtEb (pretvarja likopen v nadalne produkte; karotenoid ε-ciklaza).

Seminarji SB 2015/16

2015-12-13T15:06:01Z

Griša:

Seminarji SB 2015/16

2015-12-13T10:13:20Z

Griša:

Seminarji iz Sintezne biologije v študijskem letu 2015/16 so:

Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/2866/synthetic-biology-engineering-complexity-and-refactoring-cell-capabilities SYNTHETIC BIOLOGY: ENGINEERING COMPLEXITY AND REFACTORING CELL CAPABILITIES]

* Production of fatty acid-derived valuable chemicals in synthetic microbes (Maja Grdadolnik) 
* Optimization of the IPP precursor supply for the production of lycopene, decaprenoxanthin and astaxanthin by Corynebacterium glutamicum ([Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum]) (Griša Prinčič) 
* Engineering sugar utilization and microbial tolerance toward lignocellulose conversion (Kim Potočnik) 
* Cofactor engineering for enhancing the flux of metabolic pathways (Nastja Štemberger) 
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354409/ Can the natural diversity of quorum-sensing advance synthetic biology?] ([[Ali lahko naravna diverziteta quorum sensinga pripomore k napredku v sintezni biologiji?]]) (Tina Snoj) 
* Signal-to-noise ratio measures efficacy of biological computing devices and circuits (Jakob G. Lavrenčič) 
* A sense of balance: experimental investigation and modeling of a malonyl-CoA sensor in Escherichia coli (Ajda Rojc) 
* New transposon tools tailored for metabolic engineering of Gram-negative microbial cell factories (Rok Razpotnik) 

Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/455/synthetic-biology-applications-in-industrial-microbiology SYNTHETIC BIOLOGY APPLICATIONS IN INDUSTRIAL MICROBIOLOGY]

* Recent Progress in Synthetic Biology for Microbial Production of C3–C10 Alcohols (Urška Rauter)
* Visualizing Evolution in Real-Time Method for Strain Engineering (Samo Zakotnik)
* Engineering Microbial Consortia to Enhance Biomining and Bioremediation (Maja Kostanjevec)
* Engineering Microbial Chemical Factories to Produce Renewable “Biomonomers” (Nastja Pirman)
* Application of Synthetic Biology in Cyanobacteria and Algae (Špela Tomaž)
* Synthetic Feedback Loop Model for Increasing Microbial Biofuel Production Using a Biosensor (Jernej Pušnik)
* Balance of XYL1 and XYL2 Expression in Different Yeast Chassis for Improved xylose Fermentation (Monika Praznik)
* Design and Development of Synthetic Microbial Platform Cells for Bioenergy (Erik Mršnik)
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3616241/ Microbial Production of Isoprenoids Enabled by Synthetic Biology] ([[Mikrobna produkcija izoprenoidov s sintezno biologijo]]) (Dominik Kert)
* Chemical synthetic biology: a mini-review (Anka Hotko)

Seminarji iz preglednih člankov:

* Towards engineering biological systems in a broader context (Aleksander Benčič)
* Synthetic biology: Novel approaches for microbiology (Daša Janeš)
* Tools and principles for microbial gene circuit engineering (Marko Radojković)
* Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways (Katja Leben)
* Chassis optimization as a cornerstone for the application of synthetic biology based strategies in microbial secondary metabolism (Jure Zabret)
* Recent advances and opportunities in synthetic logic gates engineering in living cells (Monika Biasizzo)
* Programmable genetic circuits for pathway engineering (Urban Javoršek)
* Better together: engineering and application of microbial symbioses (Nejc Petrišič)
* Synthetic biology for microbial production of lipid-based biofuels (Urška Pevec)
* Engineering Biosynthesis Mechanisms for Diversifying Polyhydroxyalkanoates (Mojca Banič)
* Synthetic biology of fungal natural products (Estera Merljak)
* Synthetic biology and biomimetic chemistry as converging technologies fostering a new generation of smart biosensors (Benjamin Bajželj)
* How Synthetic Biology Would Reconsider Natural Bioluminescence and its Application (Ana Grom & Ana Unkovič)
* Synthetic Biology-Toward Therapeutic Solutions (Tanja Korpar)
* Synthetically modified mRNA for efficient and fast human iPS cell generation and direct transdifferentiation to myoblasts (Mirjana Malnar)
* Mammalian synthetic biology: emerging medical applications (Maša Mirkovič)
* Synthetic biology devices and circuits for RNA-based ‘smart vaccines’: a propositional review (Monika Škrjanc)

Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline

2015-05-26T18:11:49Z

Griša:

==UVOD==

==MOJA ŽAGA IMA TAK MOTOR, DA PREŽAGA CELI ŠTOR==

Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala

2015-05-20T16:31:41Z

Griša:

==UVOD==
Lignocelulozni material, ki je stranski produkt kmetijske ali lesne industrije je pomemben vir obnovljive energije, predvsem iz stališča ogljikove nevtralnosti. Tovrstna sredstva so neodvisna od geografske destinacije in podnebja. Vsekakor pa so lignocelulozni materali kompleksno zgrajeni ter za razgradnjo v enostavnejše in uporabne produkte potrebujejo rafinirne postopeke. Le-ti se razvijajo s trani podjetij papirne in lesarske industrije in so že dokaj izpopolnjeni. Večinoma so sestavljeni iz dveh korakov; raztapljanje in rušenje strukture lignin-celuloza ter hidroliza celuloze v (mono, poli) saharidne enote.
==NAMEN RAZISKAVE==
Nepredelana biomasa in ostanki lesnih in kmetijskih industrij so pomemben vir nevtralne ogljikove energije, zato so postopki za predelevo in pretvorbo industrijko pomembni. Namen raziskave je izboljšanje encimske predelave biomase s pomočjo dvovijačnega ekstruderja in karekterizacija učinkovitosti. Najpomembnejši produkti predelave so mono in polisaharidi. V raziskavi so ugotavljali učinkovitost encimske mešanice pri različnih pogojih; čas zadrževanja v ekstruderju, vrsta vijačnega elementa, ki mehansko obdeluje pulpo. Spremenjen postopek so primerjali z dosedaj že znanimi postopki mehanske, kemične in encimske razgradnje biomase.
==METODE==
Za predelavo biomase so uporabili dva ključna postopka; mehansko-kemična obdelava z ekstruderjem ter encimska razgradnja. Ekstruder je naprava, ki temelji na mehanski obdelavi materiala s pomočjo strižnih sil. Par vijakov z navojem, ki se vrtita v isti smeri potiskata mešanico vode in organske biomase po kanalu ter rahljata nitasto celulozno ligninsko strukturo vlaken. Kanal ekstruderja je razdeljen v predele, ki lahko imajo različne pogoje mehanske in kemične obdelave, odvisno od particije v kateri se material nahaja.
Mehanske lastnosti obdelave reguliramo z lastnostjo (naklon, gostota spirale, globina spirale) vijaka in hitrostjo vrtenja, kemične lastnosti pa z dodajanjem različnih snovi v particije ekstruderja. V raziskavi so uporabljali dve vrsti ekstruderja (dve napravi z različnima tipoma vijaka) BC45 in BC21. Prvi ekstruder je bil razdeljen v tri dele; (i) kemična obdelava z raztopino NaOH, (ii) nevtralizacija NaOH z H3PO4 ter (iii) filtracijski predel. Druga naprava ima le eno particijo namenjeno encimski hidrolizi. V obeh napravah je bila temperatura 50 °C. Za encimsko razgradnjo so uporabljali Saccharised C6 mešanico firme Advanced Enzyme Technologies. Mešanica je imela 5 FPU/ml celulozne aktivnosti, 1940 nkat/ml endoglukanazne aktivnosti, 16900 nkat/ml ksilanazne aktivnosti ter 310 nkat/ml beta-glukozidazne aktivnosti.
Količine produktov razgradnje so merili s HPLC po različnih časih obdelave.

==REZULTATI IN ZAKLJUČKI==
Alkalno tretiranje v prvem delu postopka (ekstruder BC45, predel 1) je namenjeno povečanju topnosti celuloznega materiala. OH- ioni tvorijo vodikove vezi s hidroksilnimi skupinami sladkornih podenot v celulozi s tem podrejo prej obstoječe vezi z ligninomm kar razrahlja strukturo s tem pa poveča dostopnost encimom v zadnjem koraku predelave. Sledi nevtralizacijski korak s kislino, ki zagotovi encimom primeren pH, ter filtracija, ki zmanjša vsebnost vode in s tem volumen potrebne tekočine (manjši stroški).
V drugem koraku (ekstruder BC21) so dodali encimsko mešanico in spremljali koncentracijo in stopnjo polimerizacije produktov. Ugotovili so, da je optimalen čas zadrževanja biomase v ekstruderju 70 min, kar ustreza 7 prehodom skozi napravo. Koncentracija celokupnih sladkorjev je dosegla v tem času ~13 % suhe mase, v primerjavi s toplotno obdelavo (brez encimov) ~1,75 % suhe mase. Z meritvijo viskoznosti so potrdili učinek encimov na celulozno biomaso. Posneli so slike vlaken biomase (pred obdelavo, po alkalni obdelavi in po encimski obdelavi) z elektronskim mikroskopom in prav tako potrdili učinek encimske razgradnje.

==VIRI==
Vandenbossche V., Brault J., Vilarem G., Rigal L. Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products. 2015. Industrial Crops and Products. 67/ 239 – 248.

Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala

2015-05-20T16:29:50Z

Griša:

==UVOD==
Lignocelulozni material, ki je stranski produkt kmetijske ali lesne industrije je pomemben vir obnovljive energije, predvsem iz stališča ogljikove nevtralnosti. Tovrstna sredstva so neodvisna od geografske destinacije in podnebja. Vsekakor pa so lignocelulozni materali kompleksno zgrajeni ter za razgradnjo v enostavnejše in uporabne produkte potrebujejo rafinirne postopeke. Le-ti se razvijajo s trani podjetij papirne in lesarske industrije in so že dokaj izpopolnjeni. Večinoma so sestavljeni iz dveh korakov; raztapljanje in rušenje strukture lignin-celuloza ter hidroliza celuloze v (mono, poli) saharidne enote.
==NAMEN RAZISKAVE==
Nepredelana biomasa in ostanki lesnih in kmetijskih industrij so pomemben vir nevtralne ogljikove energije, zato so postopki za predelevo in pretvorbo industrijko pomembni. Namen raziskave je izboljšanje encimske predelave biomase s pomočjo dvovijačnega ekstruderja in karekterizacija učinkovitosti. Najpomembnejši produkti predelave so mono in polisaharidi. V raziskavi so ugotavljali učinkovitost encimske mešanice pri različnih pogojih; čas zadrževanja v ekstruderju, vrsta vijačnega elementa, ki mehansko obdeluje pulpo. Spremenjen postopek so primerjali z dosedaj že znanimi postopki mehanske, kemične in encimske razgradnje biomase.
==METODE==
Za predelavo biomase so uporabili dva ključna postopka; mehansko-kemična obdelava z ekstruderjem ter encimska razgradnja. Ekstruder je naprava, ki temelji na mehanski obdelavi materiala s pomočjo strižnih sil. Par vijakov z navojem, ki se vrtita v isti smeri potiskata mešanico vode in organske biomase po kanalu ter rahljata nitasto celulozno ligninsko strukturo vlaken. Kanal ekstruderja je razdeljen v predele, ki lahko imajo različne pogoje mehanske in kemične obdelave, odvisno od particije v kateri se material nahaja.
Mehanske lastnosti obdelave reguliramo z lastnostjo (naklon, gostota spirale, globina spirale) vijaka in hitrostjo vrtenja, kemične lastnosti pa z dodajanjem različnih snovi v particije ekstruderja. V raziskavi so uporabljali dve vrsti ekstruderja (dve napravi z različnima tipoma vijaka) BC45 in BC21. Prvi ekstruder je bil razdeljen v tri dele; (i) kemična obdelava z raztopino NaOH, (ii) nevtralizacija NaOH z H3PO4 ter (iii) filtracijski predel. Druga naprava ima le eno particijo namenjeno encimski hidrolizi. V obeh napravah je bila temperatura 50 °C. Za encimsko razgradnjo so uporabljali Saccharised C6 mešanico firme Advanced Enzyme Technologies. mešanica je imela 5 FPU/ml celulozne aktivnosti, 1940 nkat/ml endoglukanazne aktivnosti, 16900 nkat/ml ksilanazne aktivnosti ter 310 nkat/ml beta-glukozidazne aktivnosti.
Količine produktov razgradnje so merili s HPLC po različnih časih obdelave.

==REZULTATI IN ZAKLJUČKI==
Alkalno tretiranje v prvem delu postopka (ekstruder BC45, predel 1) je namenjeno povečanju topnosti celuloznega materiala. OH- ioni tvorijo vodikove vezi s hidroksilnimi skupinami sladkornih podenot v celulozi s tem podrejo prej obstoječe vezi z ligninomm kar razrahlja strukturo s tem pa poveča dostopnost encimom v zadnjem koraku predelave. Sledi nevtralizacijski korak s kislino, ki zagotovi encimom primeren pH, ter filtracija, ki zmanjša vsebnost vode in s tem volumen potrebne tekočine (manjši stroški).
V drugem koraku (ekstruder BC21) so dodali encimsko mešanico in spremljali koncentracijo in stopnjo polimerizacije produktov. Ugotovili so, da je optimalen čas zadrževanja biomase v ekstruderju 70 min, kar ustreza 7 prehodom skozi napravo. Koncentracija celokupnih sladkorjev je dosegla v tem času ~13 % suhe mase, v primerjavi s toplotno obdelavo (brez encimov) ~1,75 % suhe mase. Z meritvijo viskoznosti so potrdili učinek encimov na celulozno biomaso. Posneli so slike vlaken biomase (pred obdelavo, po alkalni obdelavi in po encimski obdelavi) z elektronskim mikroskopom in prav tako potrdili učinek encimske razgradnje.

==VIRI==
Vandenbossche V., Brault J., Vilarem G., Rigal L. Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products. 2015. Industrial Crops and Products. 67/ 239 – 248.

Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala

2015-05-20T16:19:18Z

Griša:

==UVOD==
Lignocelulozni material, ki je stranski produkt kmetijske ali lesne industrije je pomemben vir obnovljive energije, predvsem iz stališča ogljikove nevtralnosti. Tovrstna sredstva so neodvisna od geografske destinacije in podnebja. Vsekakor pa so lignocelulozni materali kompleksno zgrajeni ter za razgradnjo v enostavnejše in uporabne produkte potrebujejo rafinirne postopeke. Le-ti se razvijajo s trani podjetij papirne in lesarske industrije in so že dokaj izpopolnjeni. Večinoma so sestavljeni iz dveh korakov; raztapljanje in rušenje strukture lignin-celuloza ter hidroliza celuloze v (mono, poli) saharidne enote.
==NAMEN RAZISKAVE==
Nepredelana biomasa in ostanki lesnih in kmetijskih industrij so pomemben vir nevtralne ogljikove energije, zato so postopki za predelevo in pretvorbo industrijko pomembni. Namen raziskave je izboljšanje encimske predelave biomase s pomočjo dvovijačnega ekstruderja in karekterizacija učinkovitosti. Najpomembnejši produkti predelave so mono in polisaharidi. V raziskavi so ugotavljali učinkovitost encimske mešanice pri različnih pogojih; čas zadrževanja v ekstruderju, vrsta vijačnega elementa, ki mehansko obdeluje pulpo. Spremenjen postopek so primerjali z dosedaj že znanimi postopki mehanske, kemične in encimske razgradnje biomase.
==METODE==
Za predelavo biomase so uporabili dva ključna postopka; mehansko-kemična obdelava z ekstruderjem ter encimska razgradnja. Ekstruder je naprava, ki temelji na mehanski obdelavi materiala s pomočjo strižnih sil. Par vijakov z navojem, ki se vrtita v isti smeri potiskata mešanico vode in organske biomase po kanalu ter rahljata nitasto celulozno ligninsko strukturo vlaken. Kanal ekstruderja je razdeljen v predele, ki lahko imajo različne pogoje mehanske in kemične obdelave, odvisno od particije v kateri se material nahaja.
Mehanske lastnosti obdelave reguliramo z lastnostjo (naklon, gostota spirale, globina spirale) vijaka in hitrostjo vrtenja, kemične lastnosti pa z dodajanjem različnih snovi v particije ekstruderja. V raziskavi so uporabljali dve vrsti ekstruderja (dve napravi z različnima tipoma vijaka) BC45 in BC21. Prvi ekstruder je bil razdeljen v tri dele; (i) kemična obdelava z raztopino NaOH, (ii) nevtralizacija NaOH z H3PO4 ter (iii) filtracijski predel. Druga naprava ima le eno particijo namenjeno encimski hidrolizi. V obeh napravah je bila temperatura 50 °C.
Količine produktov razgradnje so merili s HPLC po različnih časih obdelave.

==REZULTATI IN ZAKLJUČKI==
Alkalno tretiranje v prvem delu postopka (ekstruder BC45, predel 1) je namenjeno povečanju topnosti celuloznega materiala. OH- ioni tvorijo vodikove vezi s hidroksilnimi skupinami sladkornih podenot v celulozi s tem podrejo prej obstoječe vezi z ligninomm kar razrahlja strukturo s tem pa poveča dostopnost encimom v zadnjem koraku predelave. Sledi nevtralizacijski korak s kislino, ki zagotovi encimom primeren pH, ter filtracija, ki zmanjša vsebnost vode in s tem volumen potrebne tekočine (manjši stroški).
V drugem koraku (ekstruder BC21) so dodali encimsko mešanico in spremljali koncentracijo in stopnjo polimerizacije produktov. Ugotovili so, da je optimalen čas zadrževanja biomase v ekstruderju 70 min, kar ustreza 7 prehodom skozi napravo. Koncentracija celokupnih sladkorjev je dosegla v tem času ~13 % suhe mase, v primerjavi s toplotno obdelavo (brez encimov) ~1,75 % suhe mase. Z meritvijo viskoznosti so potrdili učinek encimov na celulozno biomaso. Posneli so slike vlaken biomase (pred obdelavo, po alkalni obdelavi in po encimski obdelavi) z elektronskim mikroskopom in prav tako potrdili učinek encimske razgradnje.

==VIRI==
Vandenbossche V., Brault J., Vilarem G., Rigal L. Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products. 2015. Industrial Crops and Products. 67/ 239 – 248.

Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala

2015-05-20T16:14:28Z

Griša:

==UVOD==
Lignocelulozni material, ki je stranski produkt kmetijske ali lesne industrije je pomemben vir obnovljive energije, predvsem iz stališča ogljikove nevtralnosti. Tovrstna sredstva so neodvisna od geografske destinacije in podnebja. Vsekakor pa so lignocelulozni materali kompleksno zgrajeni ter za razgradnjo v enostavnejše in uporabne produkte potrebujejo rafinirne postopeke. Le-ti se razvijajo s trani podjetij papirne in lesarske industrije in so že dokaj izpopolnjeni. Večinoma so sestavljeni iz dveh korakov; raztapljanje in rušenje strukture lignin-celuloza ter hidroliza celuloze v (mono, poli) saharidne enote.
==NAMEN RAZISKAVE==
Nepredelana biomasa in ostanki lesnih in kmetijskih industrij so pomemben vir nevtralne ogljikove energije, zato so postopki za predelevo in pretvorbo industrijko pomembni. Namen raziskave je izboljšanje encimske predelave biomase s pomočjo dvovijačnega ekstruderja in karekterizacija učinkovitosti. Najpomembnejši produkti predelave so mono in polisaharidi. V raziskavi so ugotavljali učinkovitost encimske mešanice pri različnih pogojih; čas zadrževanja v ekstruderju, vrsta vijačnega elementa, ki mehansko obdeluje pulpo. Spremenjen postopek so primerjali z dosedaj že znanimi postopki mehanske, kemične in encimske razgradnje biomase.
==METODE==
Za predelavo biomase so uporabili dva ključna postopka; mehansko-kemična obdelava z ekstruderjem ter encimska razgradnja. Ekstruder je naprava, ki temelji na mehanski obdelavi materiala s pomočjo strižnih sil. Par vijakov z navojem, ki se vrtita v isti smeri potiskata mešanico vode in organske biomase po kanalu ter rahljata nitasto celulozno ligninsko strukturo vlaken. Kanal ekstruderja je razdeljen v predele, ki imajo lahko različne pogoje mehanske in kemične obdelave, odvisno od particije v kateri se material nahaja.
Mehanske lastnosti obdelave reguliramo z lastnostjo (naklon, gostota spirale, globina spirale) vijaka in hitrostjo vrtenja, kemične lastnosti pa z dodajanjem različnih snovi v particije ekstruderja. V raziskavi so uporabljali dve vrsti ekstruderja (dve napravi z različnima tipoma vijaka) BC45 in BC21. Prvi ekstruder je bil razdeljen v tri dele; (i) kemična obdelava z raztopino NaOH, (ii) nevtralizacija NaOH z H3PO4 ter (iii) filtracijski predel. Druga naprava ima le eno particijo namenjeno encimski hidrolizi. V obeh napravah je bila temperatura 50 °C.
Količine produktov razgradnje so merili s HPLC po različnih časih obdelave.

==REZULTATI IN ZAKLJUČKI==
Alkalno tretiranje v prvem delu postopka (ekstruder BC45, predel 1) je namnjeno povečanju topnosti celuloznega materiala. OH- ioni tvorijo vodikove vezi s hidroksilnimi skupinami sladkornih podenot v celulozi s tem podrejo prej obstoječe vezi z ligninomm kar razrahlja strukturo s tem pa poveča dostopnost encimom v zadnjem koraku predelave. Sledi mu nevtralizacijski korak s kislino, ki zagotovi encimom primeren pH, ter filtracija, ki zmanjša vsebnost vode in s tem volumen potrebne tekočine (manjši stroški).
V drugem koraku (ekstruder BC21) so dodali encimsko mešanico in spremljali koncentracijo in stopnjo polimerazicije produktov. Ugotovili so, da je optimalen čas zadrževanja biomase v ekstruderju 70 min, kar ustreza 7 prehodom skozi napravo. Koncentracija celokupnih sladkorjev je dosegla v tem času ~13 % suhe mase, v primerjavi s toplotno obdelavo (brez encimov) ~1,75 % suhe mase. Z meritvijo viskoznosti so potrdili učinek encimov na celulozno biomaso. Posneli so slike vlaken biomase (pred obdelavo, po alkalni obdelavi in po encimski obdelavi) z elektronskim mikroskopom in prav tako potrdili učinek encimske razgradnje.

==VIRI==
Vandenbossche V., Brault J., Vilarem G., Rigal L. Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products. 2015. Industrial Crops and Products. 67/ 239 – 248.

Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala

2015-05-20T16:13:42Z

Griša:

==UVOD==
Lignocelulozni material, ki je stranski produkt kmetijske ali lesne industrije je pomemben vir obnovljive energije, predvsem iz stališča ogljikove nevtralnosti. Tovrstna sredstva so neodvisna od geografske destinacije in podnebja. Vsekakor pa so lignocelulozni materali kompleksno zgrajeni ter za razgradnjo v enostavnejše in uporabne produkte potrebujejo rafinirne postopeke. Le-ti se razvijajo s s trani podjetij papirne in lesarske industrije in so že dokaj izpopolnjeni. Večinoma so sestavljeni iz dveh korakov; raztapljanje in rušenje strukture lignin-celuloza ter hidroliza celuloze v (mono, poli) saharidne enote.
==NAMEN RAZISKAVE==
Nepredelana biomasa in ostanki lesnih in kmetijskih industrij so pomemben vir nevtralne ogljikove energije, zato so postopki za predelevo in pretvorbo industrijko pomembni. Namen raziskave je izboljšanje encimske predelave biomase s pomočjo dvovijačnega ekstruderja in karekterizacija učinkovitosti. Najpomembnejši produkti predelave so mono in polisaharidi. V raziskavi so ugotavljali učinkovitost encimske mešanice pri različnih pogojih; čas zadrževanja v ekstruderju, vrsta vijačnega elementa, ki mehansko obdeluje pulpo. Spremenjen postopek so primerjali z dosedaj že znanimi postopki mehanske, kemične in encimske razgradnje biomase.
==METODE==
Za predelavo biomase so uporabili dva ključna postopka; mehansko-kemična obdelava z ekstruderjem ter encimska razgradnja. Ekstruder je naprava, ki temelji na mehanski obdelavi materiala s pomočjo strižnih sil. Par vijakov z navojem, ki se vrtita v isti smeri potiskata mešanico vode in organske biomase po kanalu ter rahljata nitasto celulozno ligninsko strukturo vlaken. Kanal ekstruderja je razdeljen v predele, ki imajo lahko različne pogoje mehanske in kemične obdelave, odvisno od particije v kateri se material nahaja.
Mehanske lastnosti obdelave reguliramo z lastnostjo (naklon, gostota spirale, globina spirale) vijaka in hitrostjo vrtenja, kemične lastnosti pa z dodajanjem različnih snovi v particije ekstruderja. V raziskavi so uporabljali dve vrsti ekstruderja (dve napravi z različnima tipoma vijaka) BC45 in BC21. Prvi ekstruder je bil razdeljen v tri dele; (i) kemična obdelava z raztopino NaOH, (ii) nevtralizacija NaOH z H3PO4 ter (iii) filtracijski predel. Druga naprava ima le eno particijo namenjeno encimski hidrolizi. V obeh napravah je bila temperatura 50 °C.
Količine produktov razgradnje so merili s HPLC po različnih časih obdelave.

==REZULTATI IN ZAKLJUČKI==
Alkalno tretiranje v prvem delu postopka (ekstruder BC45, predel 1) je namnjeno povečanju topnosti celuloznega materiala. OH- ioni tvorijo vodikove vezi s hidroksilnimi skupinami sladkornih podenot v celulozi s tem podrejo prej obstoječe vezi z ligninomm kar razrahlja strukturo s tem pa poveča dostopnost encimom v zadnjem koraku predelave. Sledi mu nevtralizacijski korak s kislino, ki zagotovi encimom primeren pH, ter filtracija, ki zmanjša vsebnost vode in s tem volumen potrebne tekočine (manjši stroški).
V drugem koraku (ekstruder BC21) so dodali encimsko mešanico in spremljali koncentracijo in stopnjo polimerazicije produktov. Ugotovili so, da je optimalen čas zadrževanja biomase v ekstruderju 70 min, kar ustreza 7 prehodom skozi napravo. Koncentracija celokupnih sladkorjev je dosegla v tem času ~13 % suhe mase, v primerjavi s toplotno obdelavo (brez encimov) ~1,75 % suhe mase. Z meritvijo viskoznosti so potrdili učinek encimov na celulozno biomaso. Posneli so slike vlaken biomase (pred obdelavo, po alkalni obdelavi in po encimski obdelavi) z elektronskim mikroskopom in prav tako potrdili učinek encimske razgradnje.

==VIRI==
Vandenbossche V., Brault J., Vilarem G., Rigal L. Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products. 2015. Industrial Crops and Products. 67/ 239 – 248.

Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala

2015-05-20T16:06:26Z

Griša:

==UVOD==
Lignocelulozni material, ki je stranski produkt kmetijske ali lesne industrije je pomemben vir obnovljive energije, predvsem iz stališča ogljikove nevtralnosti. Tovrstna sredstva so neodvisna od geografske destinacije in podnebja. Vsekakor pa so lignocelulozni materali kompleksno zgrajeni ter za razgradnjo v enostavnejše in uporabne produkte potrebujejo rafinirne postopeke. Le-ti se razvijajo s s trani podjetij papirne in lesarske industrije in so že dokaj izpopolnjeni. Večinoma so sestavljeni iz dveh korakov; raztapljanje in rušenje strukture lignin-celuloza ter hidroliza celuloze v (mono, poli) saharidne enote.
==NAMEN RAZISKAVE==
Nepredelana biomasa in ostanki lesnih in kmetijskih industrij so pomemben vir nevtralne ogljikove energije, zato so postopki za predelevo in pretvorbo industrijko pomembni. Namen raziskave je izboljšanje encimske predelave biomase s pomočjo dvovijačnega ekstruderja in karekterizacija učinkovitosti. Najpomembnejši produkti predelave so mono in polisaharidi. V raziskavi so ugotavljali učinkovitost encimske mešanice pri različnih pogojih; čas zadrževanja v ekstruderju, vrsta vijačnega elementa, ki mehansko obdeluje pulpo. Spremenjen postopek so primerjali z dosedaj že znanimi postopki mehanske, kemične in encimske razgradnje biomase.
==METODE==
Za predelavo biomase so uporabili dva ključna postopka; mehansko-kemična obdelava z ekstruderjem ter encimska razgradnja. Ekstruder je naprava, ki temelji na mehanski obdelavi materiala s pomočjo strižnih sil. Par vijakov z navojem, ki se vrtita v isti smeri potiskata mešanico vode in organske biomase po kanalu ter rahljata nitasto celulozno ligninsko strukturo vlaken. Kanal ekstruderja je razdeljen v predele, ki imajo lahko različne pogoje mehanske in kemične obdelave, odvisno od particije v kateri se material nahaja.
Mehanske lastnosti obdelave reguliramo z lastnostjo (naklon, gostota spirale, globina spirale) vijaka in hitrostjo vrtenja, kemične lastnosti pa z dodajanjem različnih snovi v particije ekstruderja. V raziskavi so uporabljali dve vrsti ekstruderja (dve napravi z različnima tipoma vijaka) BC45 in BC21. Prvi ekstruder je bil razdeljen v tri dele; (i) kemična obdelava z raztopino NaOH, (ii) nevtralizacija NaOH z H3PO4 ter (iii) filtracijski predel. Druga naprava ima le eno particijo namenjeno encimski hidrolizi. V obeh napravah je bila temperatura 50 °C.
Količine produktov razgradnje so merili s HPLC po različnih časih obdelave.

==REZULTATI IN ZAKLJUČKI==
Alkalno tretiranje v prvem delu postopka (ekstruder BC45, predel 1) je namnjeno povečanju topnosti celuloznega materiala. OH- ioni tvorijo vodikove vezi s hidroksilnimi skupinami sladkornih podenot v celulozi s tem podrejo prej obstoječe vezi z ligninomm kar razrahlja strukturo s tem pa poveča dostopnost encimom v zadnjem koraku predelave. Sledi mu nevtralizacijski korak s kislino, ki zagotovi encimom primeren pH, ter filtracija, ki zmanjša vsebnost vode in s tem volumen potrebne tekočine (manjši stroški).
V drugem koraku (ekstruder BC21) so dodali encimsko mešanico in spremljali koncentracijo in stopnjo polimerazicije produktov. Ugotovili so, da je optimalen čas zadrževanja biomase v ekstruderju 70 min, kar ustreza 7 prehodom skozi napravo. Koncentracija celokupnih sladkorjev je dosegla v tem času ~13 % suhe mase, v primerjavi s toplotno obdelavo (brez encimov) ~1,75 % suhe mase. Z meritvijo viskoznosti so potrdili učinek encimov na celulozno biomaso. Posneli so slike vlaken biomase (pred obdelavo, po alkalni obdelavi in po encimski obdelavi) z elektronskim mikroskopom in prav tako potrdili učinek encimske razgradnje.

==VIRI==

Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala

2015-05-20T15:16:56Z

Griša: New page: ==UVOD== Lignocelulozni material, ki je stranski produkt kmetijske ali lesne industrije je pomemben vir obnovljive energije, predvsem iz stališča ogljikove nevtralnosti. Tovrstna sredstv...

MBT seminarji 2015

2015-05-20T15:02:19Z

Griša:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''

Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' 
# Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015
#A simpliﬁed and accurate detection of the genetically modiﬁed wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015

'''Gensko spremenjene živali''' 
# [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)
# Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015

'''Okolje''' 
# Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015
# Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015

'''Terapevtiki''' 
# Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila
# Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila

'''Encimi''' 
# Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015
# Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015
# Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015

'''Protitelesa''' 
# Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015
# Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015
# Functional mutations in and characterization of VHH against ''Helicobacter pylori'' urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). [[Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi Helicobacter pylori]]. Marko Radojković, 7. maja 2015

'''Cepiva''' 
# Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. [[Razvoj pegiliranih lipopleksov proti E6 za aplikacijo na sluznico pri predrakavih spremembah materničnega vratu]]. Tanja Korpar, 7. maja 2015
# A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. [[Nova "priming-boosting" strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu]]. Anita Kustec, 8. maja 2015
# Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) [[Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena.]] Daša Pavc, 8. maja 2015

'''Male molekule in polimeri''' 
# Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. [[Z metanolom inducirana terminacija polimerizacije poli(3-hidroksibutiratnih) polimerov: Vpliv na molekulsko maso]]. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015
# Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015
# Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases (Citorik RJ. ''et al''; Nature Biotechnology 32, 1141-1145, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n11/full/nbt.3011.html). [[Sekven%C4%8Dno specifi%C4%8Dna protimikrobna sredstva]] Iza Ogris, 15. maja 2015
# Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) [[Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije Lactococcus lactis izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline]] Maja Grdadolnik, 15. maja 2015

'''Pretvorba biomase''' 
# Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse (L. Jia ''et al''; Bioresource Technology 185, 2015; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114) [[Vpliv metod predobdelave na sinergizem celulaze in ksilanaze pri hidrolizi bagase]]. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015
# Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y. Nives Naraglav, 22. maja 2015
# Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436 [[Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala]]. Griša Prinčič, 22. maja 2015

'''Metabolično inženirstvo''' 
# Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166. Andreja Bratovš, 28. maja 2015
# Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). Metabolično inženirstvo ''Saccharomyces cerevisiae'' za proizvodnjo derivatov maščobnih kislin, ki so primerni za biogorivo in kemikalije. Dominik Kert, 29. maja 2015
# Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline. Jure Zabret, 29. maja 2015

'''Biološki viri energije''' 
# Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015
# Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. Jernej Pušnik, 4. junija 2015
# Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015
# Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. Jana Verbančič, 5. junija 2015

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' 
# Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija
# How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija
# Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015

2015-bionano-seminar

2015-05-18T08:10:36Z

Griša: /* Seznam seminarjev */

= Bionanotehnologija- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Avtor 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Avtor 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
|-
| Anže Prašnikar||Monika Praznik ||||29.03.||31.03.||Aneja Tuljak||Angelika Vižintin
|-
| Varja Božič||Eva Knapič||Razgradljivi kondomi s protimikrobno zaščito||29.03.||31.03.||Eva Udovič||Maja Grdadolnik
|-
| Belkisa Velagić||Aleksander Benčič||Avtomobilski encimski katalizator||29.03.||31.03.||Nika Kurinčič||Tjaša Goričan
|-
| Naja Vrankar||Valter Bergant||||31.03.||02.04.||Nataša Žigante||Luka Smole
|-
| Tilen Volčanšek||Veronika Jarc||||31.03.||02.04.||Anže Prašnikar||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Tanja Lipec||Iza Ogris||Test občutljivosti na gluten z neprebavljivo kapsulo||31.03.||02.04.||Varja Božič||Klara Tereza Novoselc
|-
| Katja Lovrin||Mitja Crček||Uporaba nitrifikacijskih encimov pri kmetovanju||05.04.||07.04.||Belkisa Velagić||Monika Praznik
|-
| Saša Balažic||Urban Javoršek ||||05.04.||07.04.||Naja Vrankar||Eva Knapič
|-
| Urban Borštnik||Sara Primec||||05.04.||07.04.||Tilen Volčanšek||Aleksander Benčič
|-
| Nives Ahlin||Kim Kos||||12.04.||14.04.||Tanja Lipec||Valter Bergant
|-
| Matic Bevec||Estera Merljak||Antimaček®||12.04.||14.04.||Katja Lovrin||Veronika Jarc
|-
| Vida Špindler||Jernej Pušnik||||12.04.||14.04.||Saša Balažic||Iza Ogris
|-
| Jasmina Sedmak||Maxi Sagmeister||Brezžični zobni nanobiosenzor ||19.04.||21.04.||Urban Borštnik||Mitja Crček
|-
| Sanja Popović||Benjamin Bajželj||||19.04.||21.04.||Nives Ahlin||Urban Javoršek
|-
| Blaž Komar||Alja Zottel||||19.04.||21.04.||Matic Bevec||Sara Primec
|-
| Blaž Perič||Katarina Uršič||Biorazgradljivi žvečilni gumi z antibakterijskimi lastnostmi||03.05.||05.05.||Simon Preložnik||Kim Kos
|-
| Simon Preložnik||Maja Remškar||Preprost dostavni sistem za omega-3 maščobne kisline||03.05.||05.05.||Jasmina Sedmak||Estera Merljak
|-
| Aneja Tuljak||Tina Gregorič||Stekleničke z biosenzorjem za detekcijo ''E.coli''||03.05.||05.05.||Sanja Popović||Jernej Pušnik
|-
| Damir Hamulić||Anita Kustec||Pretvorba CO2 v uporabne proizvode s pomočjo umetne fotosinteze||10.05.||12.05.||Blaž Komar||Maxi Sagmeister
|-
| Janja Fortin||Tina Snoj|| Zaviralec nadležnih posledic komarjevega pika (Antikomarin) ||10.05.||12.05.||Blaž Perič||Benjamin Bajželj
|-
| Rajko Vnuk||Mojca Banič||||10.05.||12.05.||Vida Špindler||Alja Zottel
|-
| Rok Grm||Ajda Rojc||||17.05.||19.05.||Kaja Javoršek||Katarina Uršič
|-
| Kristina Gavranić||Barbara Žužek||Protimikrobni žvečilni gumi s hidroksiapatitnimi nanodelci za remineralizacijo zobne sklenine||17.05.||19.05.||Damir Hamulić||Maja Remškar
|-
| Urška Mohorič||Griša Prinčič||Verižna reakcija s polimerazo na osnovi denaturacije z magnetnimi nanodelci||17.05.||19.05.||Janja Fortin||Tina Gregorič
|-
| Maja Ramić||Nejc Petrišič||||24.05.||26.05.||Rajko Vnuk||Anita Kustec
|-
| Barbara Jeras||Tamara Marić||||24.05.||26.05.||Rok Grm||Tina Snoj
|-
| Matic Urlep||Samo Zakotnik||Uporaba optogenetike za lajšanje simptomov Parkinsonove bolezni||24.05.||26.05.||Kristina Gavranić||Mojca Banič
|-
| Urban Verbič||Angelika Vižintin||||31.05.||02.06.||Urška Mohorič||Ajda Rojc
|-
| Nataša Žigante||Maja Grdadolnik||||31.05.||02.06.||Maja Ramić||Barbara Žužek
|-
| Kaja Javoršek||Tjaša Goričan||||31.05.||02.06.||Barbara Jeras||Griša Prinčič
|-
| Eva Udovič||Luka Smole||||07.06.||09.06.||Matic Urlep||Nejc Petrišič
|-
| Nika Kurinčič||Jakob Gašper Lavrenčič||||07.06.||09.06.||Urban Verbič||Tamara Marić
|-
| Klara Tereza Novoselc||||||07.06.||09.06.||Samo Zakotnik||
|}

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja najdete v [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

==Naloga==
'''Vaša naloga je: '''
Po dva študenta skupaj pripravita projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.
Predlagana struktura:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 1500 do 2000 besed . Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut, predstavitev pa ne sme biti krajša od 15 minut (popust :-)). Nalogo predstavita oba študenta (razdelita si čas). Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo pripombe k projektu in postavijo po dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1WdCXoXo1zkRrVlLKIcEV1z_MyhavU-3ERBm9n2oiawI/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do predstavitve seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1ToLPn78T9W3G6Hm5hV0mLseFYghiLQMlRPGb0J5zft8/viewform mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Reprogramiranje celic

2013-03-25T11:21:47Z

Griša: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2012/13 povezani s temo Reprogramiranje celic. Pri tem ne bomo obravnavali (samo) izbrisa metilacijskih vzorcev na DNA, kar je reprogramiranje v osnovi pomenilo, pač pa se bomo ukvarjali s pripravo induciranih pluripotentnih celic. Pogosto postopek imenujejo dediferenciacija. Pri tem odraslo, diferencirano somatsko celico z biokemijskimi in molekularnobiološkimi pristopi spremenimo na tak način, da postane zelo podobna izvornim celicam. Pridobi torej sposobnost, da se ponovno diferencira v veliko različnih tipov odraslih celic. Za osnovne raziskave na tem področju so podelili Nobelovo nagrado za fiziologijo oz. medicino za leto 2012 japonskemu raziskovalcu Šinju Jamanaku, ki je prve take celice pripravil leta 2006. Gre torej za precej novo področje v celični molekularni biologiji.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli ob koncu semestra. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min.

Tema je v osnovi precej celičnobiološko naravnana. Vseeno pa izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere so ključne biološke molekule, ki so potrebne, da procesi tečejo v smeri dediferenciacije, s katerimi drugimi molekulami interagirajo, katere molekularnobiološke tehnike so uporabili raziskovalci, kako delujejo transkripcijski faktorji ipd. V seznamu tem so (razen pri prvih dveh) navedeni članki, ki naj vam služijo kot izhodišče za pripravo. Članki so pisani zelo strokovno, zato si boste morali pomagati še z drugimi viri, ki jih poiščite sami.

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 27.5. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 29.5., 5 - 8 31.5., 9 - 12 5.6. in 13 - 15 7.6.2013. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

# Biokemijske značilnosti izvornih celic - pregled
# Epigenetsko reprogramiranje - pregled
# Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami (Science 2005) - http://www.sciencemag.org/content/309/5739/1369
# Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov (Cell 2006) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867406009767
# Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice (Nature 2007) - http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05934.html in http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05944.html /tema za 3 študente/
# Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Science 2007) - http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1920
# Prve človeške inducirane pluripotentne celice (Cell in Science 2007) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867407014717 in http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1917 /tema za 3 študente/
# Brezvirusni način priprave iPSC (Science 2008) - http://www.sciencemag.org/content/322/5903/945 in http://www.sciencemag.org/content/322/5903/949 /tema za 3 študente/
# Reprogramiranje z dvema faktorjema (Nature 2008) - http://www.nature.com/nature/journal/v454/n7204/full/nature07061.html
# Reprogramiranje s transpozicijo (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v458/n7239/full/nature07863.html
# Kloniranje miši iz iPSC (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08267.html in http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08310.html /za 3 študente/
# Tumorigenost iPSC (Stem Cells 2009) - http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/stem.37/full
# Reprogramiranje z miRNA (Cell Stem Cell 2011) - http://download.cell.com/cell-stem-cell/pdf/PIIS1934590911002219.pdf
# Alternativni pristopi za pripravo iPSC (Nature Rev. Gen. 2011) - https://www.salk.edu/labs/belmonte/pubs/2011/2011-216-nrg.gonzalez.pdf /za 1-2 študenta/
# Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC (Curr. Opinion Gen. Develop. 2012) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959437X12001037 /za 1-2 študenta/

== Skupine ==

Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

# Biokemijske značilnosti izvornih celic
# Epigenetsko reprogramiranje (Karmen Belšak, Maša Mohar)
# Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami
# Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov
# Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice /za 3 študente/
# Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Špela Tomaž, Zala Gluhić, Ajda Rojc)
# Prve človeške inducirane pluripotentne celice (Dejan Marjanovič, Suzana Semič)
# Brezvirusni način priprave iPSC /za 3 študente/(Griša Prinčič, Erik Mršnik)
# Reprogramiranje z dvema faktorjema (Samo Zakotnik)
# Reprogramiranje s transpozicijo (Barbara Dušak, Sara Lorbek)
# Kloniranje miši iz iPSC /za 3 študente/ (Ellen Malovrh, Ana Potočnik, Rok Razpotnik)
# Tumorigenost iPSC (Urška Navodnik, Ana Remžgar)
# Reprogramiranje z miRNA (Monika Biasizzo, Katja Leben, Estera Merljak)
# Alternativni pristopi za pripravo iPSC /za 1-2 študenta/ (Urška Rauter)
# Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC /za 1-2 študenta/

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[RNA-interferenca]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.

BIO2 Povzetki seminarjev 2012

2012-10-19T19:53:09Z

Griša: New page: S pomočjo EM je bilo mogoče podrobneje prepoznati in opisati tip III sekrecijski sistem in njegove komponente. Identificirali so vsaj pet različnih strukturnih komponent, njihovo protei...

S pomočjo EM je bilo mogoče podrobneje prepoznati in opisati tip III sekrecijski sistem in njegove komponente. Identificirali so vsaj pet različnih strukturnih komponent, njihovo proteinsko sestavo in delovanje.Več kot 20 različnih proteinov (YopD, YopB, YscF, YscP, YscR, YscS, YscT, YscU, YscV...) je potrebnih za učinkovito funkcioniranje T3SS-a, od katerih jih veliko kaže sekvenčno podobnost pri različnih vrstah. T3SS je sestavljen iz: igelnega dela , ki sestoji iz sekvenčno različnega proteina in tvori zvonasto ali filamentozno strukturo, zunajmembranskega kompleksa, znotrajmembranskega kompleksa in regulatornih komponent.

Efektorji, ki jih bakterija »dostavi« v celico modulirajo različne signalne poti. Blokirajo lahko MAPK in MAPKK (ospF, YopJ), kar zavre imunski odziv celice in prepreči vnetne procese. Pospešijo ali upočasnijo ubiquitinacijo (Cif in CHBP), za kar koristnost in učinkovitost še ni znana. Blokirajo majhne GTP-aze (IbpA), kar povzroči spremembe v aktinskem citoskeletu in moten membranski transport. Nekatere bakterije se v gostiteljski celisi razmnožujejo s pomočjo vakuol. SifA in SseJ sta bakterijska proteina, ki omogočata učinkovito tvorjenje tovrstnih struktur. Nekateri efektorji motijo tudi sintezo maščobnih kislin, nekateri poškodujejo pomembne celične strukture kot je na primer golgijev aparat. Vsi bakterijski efektorji delujejo na principu kovalentne modifikacije, torej trajno spremenijo strukturo in s tem inaktivirajo proteine – preprečijo kaskadno verigo.

BIO2 Seminar 2012

2012-10-19T19:35:48Z

Griša: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Erik Kristian Janežič||12||[http://jeb.biologists.org/content/206/12/2049.short Heksokinaza blablabla izbrani]||Filip Mihalič||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Dejan Marjanovič||12||http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0014482707001450||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Griša Prinčič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000411001149 Vpliv T3SS sekretov na odziv gostiteljske celice]||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||Ajda Rojc||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Maja Kostanjevec||14||Moj izbrani naslov||Sara Lorbek||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Julija Mazej||14||http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002072||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||Ana Kunšek||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Estera Merljak||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S096800041200059X Vloga PKM2 v rakavih celicah]||Suzana Semič||Monika Biasizzo||Janez Meden||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Jernej Pušnik||15||Moj izbrani naslov||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Rok Razpotnik||15||Moj izbrani naslov||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||Erik Mršnik||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Ajda Rojc||15||Skeletal muscle metabolism||Ana Grom||Matej Vrhovnik||Katja Leben||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Tomaž Rozmarič||16||Moj izbrani naslov||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||Matic Kovačič||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Kunšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410000745]||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Janez Meden||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304416511003059]||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Cirnski||17||Moj izbrani naslov||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||Nastja Pirman||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Erik Mršnik||17||Moj izbrani naslov||Julija Mazej||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Katja Leben||17||Moj izbrani naslov||Estera Merljak||Suzana Semič||Monika Biasizzo||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Matic Kovačič||18||Moj izbrani naslov||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Zala Gluhić||18||Moj izbrani naslov||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Bojana Lazov
ić||18||Moj izbrani naslov||Ajda Rojc||Ana Grom||Matej Vrhovnik||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Nastja Pirman||19||Moj izbrani naslov||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Špela Tomaž||19||Moj izbrani naslov||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Monika Biasizzo||19||Moj izbrani naslov||Janez Meden||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||20||Moj izbrani naslov||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Barbara Dušak||20||Moj izbrani naslov||Erik Mršnik||Julija Mazej||Ellen Malovrh||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Matej Vrhovnik||20||Moj izbrani naslov||Katja Leben||Estera Merljak||Suzana Semič||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Filip Mihalič||21||Moj izbrani naslov||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Samo Zakotnik||21||Moj izbrani naslov||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Mirjana Malnar||21||Moj izbrani naslov||Bojana Lazović||Ajda Rojc||Ana Grom||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Sara Lorbek||22||Moj izbrani naslov||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Ellen Malovrh||22||Moj izbrani naslov||Špela Tomaž||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Suzana Semič||22||Moj izbrani naslov||Monika Biasizzo||Janez Meden||Griša Prinčič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Katarina Tolar||23||Moj izbrani naslov||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Aleksander Benčič||23||Moj izbrani naslov||Barbara Dušak||Erik Mršnik||Julija Mazej||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Ana Grom||23||Moj izbrani naslov||Matej Vrhovnik||Katja Leben||Estera Merljak||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju (peta izdaja), v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti članek iz revije [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS], če tam ne najdete primerne teme, lahko izberete tudi pregledni članek iz kakšne druge revije, ki ima faktor vpliva nad 5. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2012|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dHc2d2pCbDBWNzl5VHZaQUk1SG1HeVE6MA recenzentsko poročilo] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDZZOVVFNkwxb0JMeUFaMGltOVQ4aHc6MA mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1 Povzetki seminarjev

2012-03-02T20:42:39Z

Griša: /* Ana Cirnski: TAL efektorji - proteini, ki urejajo gene */

== Gregor Gunčar: Sintetični DNA vezavni proteini ==
Povzetek- 200 besed
ejksfjksadnfjkdsaf adhsk fhdsajklf kjldsah fsadh fhjklsadh jfkhads jklfhads jkfaljkfh jklsdahf jkdsah fljkdsah fjklsadh fjkhdsa jkflhasd ljfhk

== Ana Cirnski: TAL efektorji - proteini, ki urejajo gene ==
TAL (transcription activator – like) efektorji so regulatorni proteini, ki vplivajo na delovanje RNA polimeraze pri prepisovanju DNA. Z vezavnimi domenami se vežejo na specifična zaporedja baz na dvojni vijačnici in tako uravnavajo hitrost sinteze proteinov. Najbolj znani regulatorni proteini so motiv cinkovega prsta, motiv levcinske zadrge in motiv vijačnica – obrat – vijačnica.

TAL efektorje so odkrili v bakteriji vrste Xanthomonas, ki jih je uporabljala za reprogramiranje gostiteljskih celic, tako da so te sintetizirale proteine, ki so ustrezali bakteriji.

Domena TAL efektorja, ki se veže na DNA vsebuje 1-35 TAL ponovitev. Vsaka ponovitev je specifična za en bazni par na DNA in vsebuje 33-35 aminokislin (zadnja je okrnjena na 20 aminokislin), ki so vedno na istem mestu. Izjema sta mesti 12 in 13, znani tudi kot RVD mesti (repeat variable diresidues), ki določata specifičnost med efektorjem in DNA verigo.

TAL efektorji se med seboj ločijo po aminokislinskem zaporedju in številu njihovih ponovitev. Od teh lastnosti je odvisna specifičnost efektorja.
Za prepoznavo specifičnih mest na DNA sta odgovorni RVD mesti, ki določata, kam se bo efektor vezal. Obstaja tudi posebna koda po kateri se en par aminokislin veže na določen nukleotid. TAL ponovitve nimajo medsebojnega vpliva zato jih je lažje sestavljati in tako spremeniti efektor.
Uporabljajo se lahko kot umetni restrikcijski encimi (TALEN) za dvoverižne prekinitve DNA (DSB – [double–strand breaks]), kar povzroči v celici popravljalne mehanizme in vodi do sprememb v genskem zapisu. Lahko pa tudi kot transkripcijski faktor (dTALE) za vklapljanje in izklapljanje genov.

Čeprav je o TAL efektorjih še veliko neznanega, kažejo možnosti za široko uporabo na področju biotehnologije in genetike za izboljševanje lastnosti živil in zdravljenje nekaterih bolezni (HIV).

== Griša Prinčič: DNK nanotehnologija ==
Nanotehnologija je ustvarjanje in inženiring funkcionalnih sistemov na atomskem in molekularnem nivoju. DNK nanotehnologija je veja nanotehnologije, ki izkorišča strukturne in kemijske lastnosti DNK molekule ter iz nje sestavlja strukture, ki ne nosijo informacijskega zapisa in so v velikosti do nekaj 100 nanometrov. Najpomembnejši del pri sintezi DNK makromolekul je optimizirano zaporedje nukleinskih kislin. Sekundarno strukturo lahko tvori več različnih zaporedij baz, vendar bo velika večina teh zaporedij imela tudi negativne medsebojne interakcije, kar bi lahko privedlo do spremembe v obliki sekundarne strukture. DNK molekula ima sposobnost samosestavljanja (self-assembly). Pod določenimi pogoji lahko enotno daljšo verigo DNK pripravimo do zvijanja (folding) oz. tvorbe določene (želene) strukture.

V seminarski nalogi se bom osredotočil predvsem na razvoj tako imenovanih nanorobotov, ki služijo kot specializiran dostavni sistem signalnih molekul do celic v človeškem telesu. Ob aktivaciji receptorja se kapsula odpre in na mesto dostavi signalne ali druge molekule.

Pripravljeni so bili nanoroboti v obliki heksagonalnega »soda«, ki so sposobni prepoznati okvarjene ali rakaste celice s pomočjo aptamernega receptorja, ki služi tudi kot »ključavnični mehanizem«. Učinkovitost prepoznavanja celic in »ključavničnega mehanizma« je bila preizkušena na šestih vrstah rakastih celic. Celic Burkitt-ovega limfoma nanoroboti niso prepoznali (se niso aktivirali), pri ostalih petih vzorcih je bila aktivacija potrjena.

BIO1-seminar-2012

2012-02-25T11:48:28Z

Griša: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||Struktura proteina za urejanje genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105175830.htm||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Moj naslov||povezava||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matej Vrhovnik
|-
| Ana Grom||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 7 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TB-seminar in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TB-2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.