https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Hanaglavnik 2026-06-20T11:54:19Z User contributions MediaWiki 1.45.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Li%2Bon_Switch&diff=23772 2024-05-20T19:37:09Z

<p>Hanaglavnik: </p> <hr /> <div>==Projekt Li+on Switch - diagnostični sistem za samostojno merjenje koncentracije litija v sistemu==<br /> <br /> Skupina TU Braunschweig je v letu 2023 sodelovala na iGEM tekmovanju, kjer so prejeli nagrado za najboljši diagnostični projekt (Overgrad), se uvrstili med 10 najboljših overgradskih projektov ter bili nominirani za kategorijo Najboljši sestavljeni del (Overgrad) in osvojili zlato medaljo.<br /> <br /> Več o njihovem projektu najdemo na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description<br /> <br /> Avtorica povzetka: Hana Glavnik<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Biopolarna motnja je ena izmed mentalnih bolezni, ki močno vpliva na življenje posameznika. Po podatkih Nemškega združenja za bipolarno motnjo (DBGS) je v Nemčiji 2,5 miljona ljudi, ki imajo diagnosticirano bipolarno motnjo. Zanjo so značilne epizode manije in depresije v izmenljivih se intervalih, te epizode pa močno vplivajo na bolnikovo vsakdanje življenje. Najboljša opcija nadzorovanja simptomov so trenutno litijeve spojine, ki delujejo kot stabilizatorji razpoloženja [1]. Že več kot 60 let se uporabljajo za zdravljenje bipolarne motnje. Z raziskavami je bilo ugotovljeno, da je litij učinkovit pri obvladovanju maničnih in depresivnih epizod in pomaga zmanjšati tveganje pojava samomorilnega vedenja. V telesu sodeluje pri signalizaciji, posredovani z nevrostransmiterji in receptorji, pri regulaciji hormonov, cirkadianega ritma ter prenosu ionov in izražanju genov. Povezujejo ga z aktivacijo nevrotrofičnih poti, ki so vključene v patofiziologijo bolezni [2]. <br /> <br /> Terapija z litijevimi spojinami povzroča kar nekaj neželenih stranskih učinkov. Vpliva lahko na prebavila, delovanje srca, ledvic in na kognitivne sposobnosti posameznika [3]. Poleg naštetih stranskih učinkov lahko pride tudi do zastrupitve z litijem. Raven litija, ki je potrebna za učinkovito terapijo in njegova citotoksična raven sta po podatkih zelo blizu, zato je predvsem pomembno, da se njegovo koncentracijo v telesu skrbno nadzoruje. Z začetkom terapije je nadzorovanje potrebno izvajati tedensko, zato morajo obstajati metode, ki natančno in zanesljivo merijo njegovo koncentracijo. Trenutno pa je to možno le preko laboratorijske analize krvi [1].<br /> <br /> ==Cilji projekta==<br /> Cilj skupine je bilo zasnovanje sistema za testiranje ravni litija na domu z uporabo RNA-stikala, ki se odziva na koncentracije litijevih ionov. S takšnim sistemom bi si pacient lahko sam izmeril koncentracijo litija, s tem pa se izognil obiskom zdravnika in laboratorijskim analizam vzorcev krvi. Prav tako bi s tem lahko preprečili možnost zastrupitve z litijem [1].<br /> <br /> ==Zasnova RNA-stikal==<br /> Za zasnovo učinkovitega in natančnega sistema za merjenje koncentracije litija so uporabili pred kratkim odkrito RNA-stikalo Li+II. Za natančno in zanesljivo merjenje koncentracije ionov je nujno, da lahko ta sistem zagotavlja zaznavo terapevtskih koncentracij litija (0,6 do 1,2 mM) in toksičnih koncentracij višjih od 1,5 mM [1]. RNA-stikalo je strukturna nekodirajoča domena RNA, ki jo uporabljajo številne bakterije za regulacijo koncentracij ciljnih ligandov in izražanja genov. Ponavadi se nahajajo v regiji na 5'-koncu mRNA, ki se ne prevaja (UTR), tam pa tvori aptamerno strukturno domeno, ki je sposobna vezave liganda [4]. <br /> Uporabljeno RNA-stikalo nhaAII spada v skupino translacijskih RNA-stikal in je velikokrat asociirano z geni nhaA v bakterijah. Po transkripciji se na ravni mRNA tvori sekundarna struktura, ki zakriva vezavno mesto za ribosom (RBS). Ob vezavi liganda v aptamerno strukturo stikala se razkrije RBS, kar omogoči nemoten potek translacije. Pri pripravi takšnega sistema so želeli preko RNA-stikala in signala ustreznega reporterskega proteina kvantitativno zaznati koncentracijo litija. Za čim bolj natančno kvantifikacijo koncentracij litija so preizkušali 4 reporterske proteine, in sicer LacZ/β-galaktozidaza, sfGFP, NanoLuc ter mScarlet-13. Vse skupaj so pripravili 20 različnih konstruktov ter preverjali njihovo delovanje, konstrukte pa so klonirali s pomočjo metode Golden Gate Assembly (GGA) [1].<br /> <br /> ===Zasnova prvotnega konstrukta R1===<br /> Prvotni konstrukt (R1) je vseboval promotor T7, distančnik, RNA-stikalo nhaA-II, temu je sledilo zaporedje distančnika s predvidenim RBS, nato pa še zaporedje gena nhaA ter zaporedje reporterskega proteina. Promotor T7 so izbrali zaradi enega ključnega razloga, in sicer zaradi visoke translacijske učinkovitosti pri delovanju v kombinaciji s T7 RNA-polimerazo. Prav tako so poudarili pomen zgradbe konstrukta, saj so želeli ohraniti naravno okolje stikala, da bi se ta pravilno zvil in opravljal svojo funkcijo [1].<br /> <br /> ===Zasnova ostalih konstruktov R2, R3, R4 in R5===<br /> Konstrukt R2 je bil zasnovan z razlogom, da bi preverili, kako odsotnost distančnika med promotorjem in RNA-stikalom vpliva na zvitje stikala in občutljivost na litijeve ione. S tem bi dobili konstrukt, ki bi ga uporabili, če bi bil konstrukt R1 preobčutljiv [1].<br /> Konstrukt R3 je bil po svoji zgradbi enak prvotnemu, vendar so v zaporedju distančnika med RNA-stikalom in nhaA genom, predviden RBS nadomestili s Shine Dalgarnovim zaporedjem. Ta konstrukt bi jim pomagal pri povečanju občutljivost, saj bi izboljšali izražanje reporterskega gena [1].<br /> Konstrukt R4 se je od R1 in R3 razlikoval le v tem, da je imel vstavljeno zaporedje g10T7 RBS, ki je bilo pridobljeno iz bakteriofaga T7. S to zamenjavo so želeli preveriti, če bi lahko izražanje reporterskega gena izboljšali z močnejšim vezavnim mestom za ribosom [1].<br /> Konstrukt R5 je služil kot kontrola in je vseboval le promotor T7 in reporterski protein [1].<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ===Kloniranje konstruktov in preverjanje uspešnosti===<br /> Uspešnost kloniranja so preverjali s pomočjo sekvenciranja, samo kloniranje pa so izvedli z metodo Golden Gate assembly (GGA). Po natančno izvedenih eksperimentih so odkrili, da so le pri konstruktu R1 ter kontrolnemu konstruktu R5 dobili zanesljive rezultate [1].<br /> <br /> ===Ugotavljanje najboljših pogojev za rast bakterij===<br /> Na začetku so vse celične teste izvajali v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ in pH 9. To vrednost so izbrali z razlogom, ker bakterije v bolj bazičnem okolju vnašajo večje koncentracije litijevih ionov. Vendar so hitro prišli do spoznanja, da je rast bakterij v takšnem okolju močno inhibirana. Za izvajanje nadaljnih eksperimentov pri optimalnih pogojih, so rast testirali v različnih medijih z različno vsebnostjo hranil in vrednostjo pH. Uporabili so konstrukt pozitivne kontrole, kjer je bil sfGFP pod kontrolo z raminozo inducibilnega promotorja T7. Iz rezultatov so ugotovili, da je bilo izražanje sfGFP v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ največje, vendar je bila rast bakterij najpočasnejša. Tudi v mediju TB, ki je imelo najboljše razmerje hranil, je bila ekspresija sfGFP nepričakovano nizka. Iz tega so sklepali na negativen vpliv koncentracije soli v mediju na meritve. Pri visokih vrednostih pH je bila rast bakterij močno inhibirana, zato so se odločili uporabiti medij z nevtralno vrednostjo pH [1].<br /> <br /> <br /> ===Identifikacija najbolj uspešnega konstrukta za testni sistem===<br /> Zaradi različnih kombinacij konstruktov so najprej vse testirali v celičnem okolju in nekaj kombinacij uspeli izločiti še preden bi eksperimente začeli izvajati v cenovno dražjih brezceličnih sistemih. Izražanje konstruktov so pri vseh eksperimentih inducirali z dodatkom raminoze.<br /> Pri testiranju konstruktov s sfGFP so identificirali le en najbolj primeren konstrukt, in sicer konstrukt 1G. Za razliko od konstruktov 2G, 3G, in 4G, se ta uspešno odziva na koncentracijo Li+ ionov s spreminjanjem konformacije (odprta ali zaprta). Prav tako so pozitivne rezultate dobili pri kontrolnem konstruktu 5G. Naknadno so pri kontruktu 1G preverili še odziv na različne koncentracije Li+ ionov in dokazali natančno in zanesljivo zaznavanje tako terapevtskih koncentracij kot razlikovanje med toksično in netoksično koncentracijo litija.<br /> <br /> Konstrukte, ki so vsebovali reporter mScarlet-13 so izločili, saj konstrukt 1M ni razlikoval med različnimi koncentracijami Li+ ionov, najverjetneje zaradi nepravilnega zvitja RNA-stikala.<br /> <br /> Vsi celični testi s konstrukti, ki so vsebovali LacZ so se izvajali v bakterijah E.coli KRX, pri teh pa so naleteli na kar nekaj težav. Težave so imeli že pri sami sintezi LacZ zaporedja, nato so pri testiranju z X-Gal dobili binarne rezultate, zato s tem substratom niso izvajali kvalitativnih meritev. Pri testu substrata ONPG so imeli težave s toksičnimi kemikalijami (β merkaptoetanol, kloroform), zato je bilo potrebno te izvajati v digestoriju. Med testiranjem z različnimi koncentracijami Li+ ionov pri OD420 so dobili precej slabše rezultate kot pričakovano, kar pa je na koncu vodilo v zavrnitev teh konstruktov. <br /> <br /> Testiranja za reporter NanoLuc so izvajali v sevih E.coli KRX in BL21(D3), te kulture pa so različno redčili zaradi intenzitete signala, ki je odvisna tako od encima kot tudi od substrata (Furimazin). Najprej so razvoj in intenziteto signala merili le s kontrolo (konstrukt R5), da bi se izognili vplivom litijevih ionov. Za sev KRX so določili optimalno redčitev kulture 1:100, za BL21(D3) pa 1:1000. Nato so testirali še odziv stikala na prisotnost litija. Pri sevu BL21(D3) se je samo konstrukt 2N odzval s signifikantno višjo intenziteto signala, medtem ko se je pri sevu KRX najboljše odzval 1N konstrukt, rezultati za konstrukt 2N pa so bili tukaj slabši [1]. <br /> <br /> ===Testiranje sistema v brezceličnem okolju===<br /> Za izražanje proteinov v brezceličnem okolju so uporabili biotechrabbit RTS E. coli HY kit, s katerim so testirali le konstrukta 1G in 1N. Pridobljeni rezultati so pokazali uspešno zasnovo testnega sistema, saj so s konstruktoma uspešno detektirali litijeve ione. Pri konstruktu 1G niso testirali odziva na različne koncentracije Li+ ionov, vendar samo na prisotnost ali odsotnost ionov. Pri konstruktu N1 pa so izvedli test odziva na različne koncentracije litijevih ionov in ugotovili, da je izražanje proteina NanoLuc povišano ob prisotnosti litija. Tukaj signal pri višjih koncentracijah ni naraščal kot so pričakovali, temveč je upadal. Trdijo, da bi lahko bili rezultati nezanesljivi, saj eksperimenta niso ponovili, hkrati pa bi lahko bila problematična prehitra poraba substrata [1].<br /> <br /> ==Cilji za prihodnost==<br /> Za izboljšanje njihovega testnega sistema LI+on Switch bi v prihodnosti potrebovali optimizirati konstrukte 1N in 1G za boljšo kvantifikacijo Li+. Prav tako bi bilo potrebno testirati odziv konstrukta 1G pri različnih koncentracijah litijevih ionov, pri konstruktu 1N pa izvesti več meritev [1].<br /> <br /> ==Literatura== <br /> [1] Project Description | TU-Braunschweig - iGEM 2023 https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description (accessed May 16, 2024).<br /> <br /> [2] R. Machado-Vieira, H. K. Manji, C. A. Zarate: The role of lithium in the treatment of bipolar disorder: convergent evidence for neurotrophic effects as a unifying hypothesis. Bipolar Disord 2009, 11, 92.<br /> <br /> [3] C. Volkmann, T. Bschor, S. Köhler: Lithium Treatment Over the Lifespan in Bipolar Disorders. Front Psychiatry 2020, 11.<br /> <br /> [4] K. Kavita, R. R. Breaker: Discovering riboswitches: the past and the future. Trends Biochem Sci 2023, 48, 119.</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Li%2Bon_Switch&diff=23754 2024-05-20T16:16:13Z

<p>Hanaglavnik: </p> <hr /> <div>==Projekt Li+on Switch - diagnostični sistem za samostojno merjenje koncentracije litija v sistemu==<br /> <br /> Skupina TU Braunschweig je v letu 2023 sodelovala na iGEM tekmovanju, kjer so prejeli nagrado za najboljši diagnostični projekt (Overgrad), se uvrstili med 10 najboljših overgradskih projektov ter bili nominirani za kategorijo Najboljši sestavljeni del (Overgrad) in osvojili zlato medaljo.<br /> <br /> Več o njihovem projektu najdemo na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description<br /> <br /> Avtorica povzetka: Hana Glavnik<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Biopolarna motnja je ena izmed mentalnih bolezni, ki močno vpliva na življenje posameznika. Po podatkih Nemškega združenja za bipolarno motnjo (DBGS) je v Nemčiji 2,5 miljona ljudi, ki imajo diagnosticirano bipolarno motnjo. Zanjo so značilne epizode manije in depresije v izmenljivih se intervalih, te epizode pa močno vplivajo na bolnikovo vsakdanje življenje. Najboljša opcija nadzorovanja simptomov so trenutno litijeve spojine, ki delujejo kot stabilizatorji razpoloženja [1]. Že več kot 60 let se uporabljajo za zdravljenje bipolarne motnje. Z raziskavami je bilo ugotovljeno, da je litij učinkovit pri obvladovanju maničnih in depresivnih epizod in pomaga zmanjšati tveganje pojava samomorilnega vedenja. V telesu sodeluje pri signalizaciji, posredovani z nevrostransmiterji in receptorji, pri regulaciji hormonov, cirkadianega ritma ter prenosu ionov in izražanju genov. Povezujejo ga z aktivacijo nevrotrofičnih poti, ki so vključene v patofiziologijo bolezni [2]. <br /> <br /> Terapija z litijevimi spojinami povzroča kar nekaj neželenih stranskih učinkov. Vpliva lahko na prebavila, delovanje srca, ledvic in na kognitivne sposobnosti posameznika [3]. Poleg naštetih stranskih učinkov lahko pride tudi do zastrupitve z litijem. Raven litija, ki je potrebna za učinkovito terapijo in njegova citotoksična raven sta po podatkih zelo blizu, zato je predvsem pomembno, da se njegovo koncentracijo v telesu skrbno nadzoruje. Z začetkom terapije je nadzorovanje potrebno izvajati tedensko, zato morajo obstajati metode, ki natančno in zanesljivo merijo njegovo koncentracijo. Trenutno pa je to možno le preko laboratorijske analize krvi [1].<br /> <br /> ==Cilji projekta==<br /> Cilj skupine je bilo zasnovanje sistema za testiranje ravni litija na domu z uporabo RNA-stikala, ki se odziva na koncentracije litijevih ionov. S takšnim sistemom bi si pacient lahko sam izmeril koncentracijo litija, s tem pa se izognil obiskom zdravnika in laboratorijskim analizam vzorcev krvi. Prav tako bi s tem lahko preprečili možnost zastrupitve z litijem [1].<br /> <br /> ==Zasnova RNA-stikal==<br /> Za zasnovo učinkovitega in natančnega sistema za merjenje koncentracije litija so uporabili pred kratkim odkrito RNA-stikalo Li+II. Za natančno in zanesljivo merjenje koncentracije ionov je nujno, da lahko ta sistem zagotavlja zaznavo terapevtskih koncentracij litija (0,6 do 1,2 mM) in toksičnih koncentracij višjih od 1,5 mM [1]. RNA-stikalo je strukturna nekodirajoča domena RNA, ki jo uporabljajo številne bakterije za regulacijo koncentracij ciljnih ligandov in izražanja genov. Ponavadi se nahajajo v regiji na 5'-koncu mRNA, ki se ne prevaja (UTR), tam pa tvori aptamerno strukturno domeno, ki je sposobna vezave liganda [4]. <br /> Uporabljeno RNA-stikalo nhaAII spada v skupino translacijskih RNA-stikal in je velikokrat asociirano z geni nhaA v bakterijah. Po transkripciji se na ravni mRNA tvori sekundarna struktura, ki zakriva vezavno mesto za ribosom (RBS). Ob vezavi liganda v aptamerno strukturo stikala se razkrije RBS, kar omogoči nemoten potek translacije. Pri pripravi takšnega sistema so želeli preko RNA-stikala in signala ustreznega reporterskega proteina kvantitativno zaznati koncentracijo litija. Za čim bolj natančno kvantifikacijo koncentracij litija so preizkušali 4 reporterske proteine, in sicer LacZ/β-galaktozidaza, sfGFP, NanoLuc ter mScarlet-13. Vse skupaj so pripravili 20 različnih konstruktov ter preverjali njihovo delovanje, konstrukte pa so klonirali s pomočjo metode Golden Gate Assembly (GGA) [1].<br /> <br /> ===Zasnova prvotnega konstrukta R1===<br /> Prvotni konstrukt (R1) je vseboval promotor T7, distančnik, RNA-stikalo nhaA-II, temu je sledilo zaporedje distančnika s predvidenim RBS, nato pa še zaporedje gena nhaA ter zaporedje reporterskega proteina. Promotor T7 so izbrali zaradi enega ključnega razloga, in sicer zaradi visoke translacijske učinkovitosti pri delovanju v kombinaciji s T7 RNA-polimerazo. Prav tako so poudarili pomen zgradbe konstrukta, saj so želeli ohraniti naravno okolje stikala, da bi se ta pravilno zvil in opravljal svojo funkcijo [1].<br /> <br /> ===Zasnova ostalih konstruktov R2, R3, R4 in R5===<br /> Konstrukt R2 je bil zasnovan z razlogom, da bi preverili, kako odsotnost distančnika med promotorjem in RNA-stikalom vpliva na zvitje stikala in občutljivost na litijeve ione. S tem bi dobili konstrukt, ki bi ga uporabili, če bi bil konstrukt R1 preobčutljiv [1].<br /> Konstrukt R3 je bil po svoji zgradbi enak prvotnemu, vendar so v zaporedju distančnika med RNA-stikalom in nhaA genom, predviden RBS nadomestili s Shine Dalgarnovim zaporedjem. Ta konstrukt bi jim pomagal pri povečanju občutljivost, saj bi izboljšali izražanje reporterskega gena [1].<br /> Konstrukt R4 se je od R1 in R3 razlikoval le v tem, da je imel vstavljeno zaporedje g10T7 RBS, ki je bilo pridobljeno iz bakteriofaga T7. S to zamenjavo so želeli preveriti, če bi lahko izražanje reporterskega gena izboljšali z močnejšim vezavnim mestom za ribosom [1].<br /> Konstrukt R5 je služil kot kontrola in je vseboval le promotor T7 in reporterski protein [1].<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ===Kloniranje konstruktov in preverjanje uspešnosti===<br /> Uspešnost kloniranja so preverjali s pomočjo sekvenciranja, samo kloniranje pa so izvedli z metodo Golden Gate assembly (GGA). Po natančno izvedenih eksperimentih so odkrili, da so le pri konstruktu R1 ter kontrolnemu konstruktu R5 dobili zanesljive rezultate [1].<br /> <br /> ===Ugotavljanje najboljših pogojev za rast bakterij===<br /> Na začetku so vse celične teste izvajali v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ in pH 9. To vrednost so izbrali z razlogom, ker bakterije v bolj bazičnem okolju vnašajo večje koncentracije litijevih ionov. Vendar so hitro prišli do spoznanja, da je rast bakterij v takšnem okolju močno inhibirana. Za izvajanje nadaljnih eksperimentov pri optimalnih pogojih, so rast testirali v različnih medijih z različno vsebnostjo hranil in vrednostjo pH. Uporabili so konstrukt pozitivne kontrole, kjer je bil sfGFP pod kontrolo z raminozo inducibilnega promotorja T7. Iz rezultatov so ugotovili, da je bilo izražanje sfGFP v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ največje, vendar je bila rast bakterij najpočasnejša. Tudi v mediju TB, ki je imelo najboljše razmerje hranil, je bila ekspresija sfGFP nepričakovano nizka. Iz tega so sklepali na negativen vpliv koncentracije soli v mediju na meritve. Pri visokih vrednostih pH je bila rast bakterij močno inhibirana, zato so se odločili uporabiti medij z nevtralno vrednostjo pH [1].<br /> <br /> <br /> ===Identifikacija najbolj uspešnega konstrukta za testni sistem===<br /> Zaradi različnih kombinacij konstruktov so najprej vse testirali v celičnem okolju in nekaj kombinacij uspeli izločiti še preden bi eksperimente začeli izvajati v cenovno dražjih brezceličnih sistemih. Izražanje konstruktov so pri vseh eksperimentih inducirali z dodatkom raminoze.<br /> Pri testiranju konstruktov s sfGFP so identificirali le en najbolj primeren konstrukt, in sicer konstrukt 1G. Za razliko od konstruktov 2G, 3G, in 4G, se ta uspešno odziva na koncentracijo Li+ ionov s spreminjanjem konformacije (odprta ali zaprta). Prav tako so pozitivne rezultate dobili pri kontrolnem konstruktu 5G. Naknadno so pri kontruktu 1G preverili še odziv na različne koncentracije Li+ ionov in dokazali natančno in zanesljivo zaznavanje tako terapevtskih koncentracij kot razlikovanje med toksično in netoksično koncentracijo litija.<br /> <br /> Konstrukte, ki so vsebovali reporter mScarlet-13 so izločili, saj konstrukt 1M ni razlikoval med različnimi koncentracijami Li+ ionov, najverjetneje zaradi nepravilnega zvitja RNA-stikala.<br /> <br /> Vsi celični testi s konstrukti, ki so vsebovali LacZ so se izvajali v bakterijah E.coli KRX, pri teh pa so naleteli na kar nekaj težav. Težave so imeli že pri sami sintezi LacZ zaporedja, nato so pri testiranju z X-Gal dobili binarne rezultate, zato s tem substratom niso izvajali kvalitativnih meritev. Pri testu substrata ONPG so imeli težave s toksičnimi kemikalijami (β merkaptoetanol, kloroform), zato je bilo potrebno te izvajati v digestoriju. Med testiranjem z različnimi koncentracijami Li+ ionov pri OD420 so dobili precej slabše rezultate kot pričakovano, kar pa je na koncu vodilo v zavrnitev teh konstruktov. <br /> <br /> Testiranja za reporter NanoLuc so izvajali v sevih E.coli KRX in BL21(D3), te kulture pa so različno redčili zaradi intenzitete signala, ki je odvisna tako od encima kot tudi od substrata (Furimazin). Najprej so razvoj in intenziteto signala merili le s kontrolo (konstrukt R5), da bi se izognili vplivom litijevih ionov. Za sev KRX so določili optimalno redčitev kulture 1:100, za BL21(D3) pa 1:1000. Nato so testirali še odziv stikala na prisotnost litija. Pri sevu BL21(D3) se je samo konstrukt N2 odzval s signifikantno višjo intenziteto signala, medtem ko se je pri sevu KRX najboljše odzval N1 konstrukt, rezultati za konstrukt N2 pa so bili tukaj slabši [1]. <br /> <br /> ===Testiranje sistema v brezceličnem okolju===<br /> Za izražanje proteinov v brezceličnem okolju so uporabili biotechrabbit RTS E. coli HY kit, s katerim so testirali le konstrukta G1 in N1. Pridobljeni rezultati so pokazali uspešno zasnovo testnega sistema, saj so s konstruktoma uspešno detektirali litijeve ione. Pri konstruktu 1G niso testirali odziva na različne koncentracije Li+ ionov, vendar samo na prisotnost ali odsotnost ionov. Pri konstruktu N1 pa so izvedli test odziva na različne koncentracije litijevih ionov in ugotovili, da je izražanje proteina NanoLuc povišano ob prisotnosti litija. Tukaj signal pri višjih koncentracijah ni naraščal kot so pričakovali, temveč je upadal. Trdijo, da bi lahko bili rezultati nezanesljivi, saj eksperimenta niso ponovili, hkrati pa bi lahko bila problematična prehitra poraba substrata [1].<br /> <br /> ==Cilji za prihodnost==<br /> Za izboljšanje njihovega testnega sistema LI+on Switch bi v prihodnosti potrebovali optimizirati konstrukte 1N in 1G za boljšo kvantifikacijo Li+. Prav tako bi bilo potrebno testirati odziv konstrukta 1G pri različnih koncentracijah litijevih ionov, pri konstruktu 1N pa izvesti več meritev [1].<br /> <br /> ==Literatura== <br /> [1] Project Description | TU-Braunschweig - iGEM 2023 https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description (accessed May 16, 2024).<br /> <br /> [2] R. Machado-Vieira, H. K. Manji, C. A. Zarate: The role of lithium in the treatment of bipolar disorder: convergent evidence for neurotrophic effects as a unifying hypothesis. Bipolar Disord 2009, 11, 92.<br /> <br /> [3] C. Volkmann, T. Bschor, S. Köhler: Lithium Treatment Over the Lifespan in Bipolar Disorders. Front Psychiatry 2020, 11.<br /> <br /> [4] K. Kavita, R. R. Breaker: Discovering riboswitches: the past and the future. Trends Biochem Sci 2023, 48, 119.</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Li%2Bon_Switch&diff=23753 2024-05-20T15:35:21Z

<p>Hanaglavnik: </p> <hr /> <div>==Projekt Li+on Switch - diagnostični sistem za samostojno merjenje koncentracije litija v sistemu==<br /> <br /> Skupina TU Braunschweig je v letu 2023 sodelovala na iGEM tekmovanju, kjer so prejeli nagrado za najboljši diagnostični projekt (Overgrad), se uvrstili med 10 najboljših overgradskih projektov ter bili nominirani za kategorijo Najboljši sestavljeni del (Overgrad) in osvojili zlato medaljo.<br /> <br /> Več o njihovem projektu najdemo na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description<br /> <br /> Avtorica povzetka: Hana Glavnik<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Biopolarna motnja je ena izmed mentalnih bolezni, ki močno vpliva na življenje posameznika. Po podatkih Nemškega združenja za bipolarno motnjo (DBGS) je v Nemčiji 2,5 miljona ljudi, ki imajo diagnosticirano bipolarno motnjo. Zanjo so značilne epizode manije in depresije v izmenljivih se intervalih, te epizode pa močno vplivajo na bolnikovo vsakdanje življenje. Najboljša opcija nadzorovanja simptomov so trenutno litijeve spojine, ki delujejo kot stabilizatorji razpoloženja [1]. Že več kot 60 let se uporabljajo za zdravljenje bipolarne motnje. Z raziskavami je bilo ugotovljeno, da je litij učinkovit pri obvladovanju maničnih in depresivnih epizod in pomaga zmanjšati tveganje pojava samomorilnega vedenja. V telesu sodeluje pri signalizaciji, posredovani z nevrostransmiterji in receptorji, pri regulaciji hormonov, cirkadianega ritma ter prenosu ionov in izražanju genov. Povezujejo ga z aktivacijo nevrotrofičnih poti, ki so vključene v patofiziologijo bolezni [2]. <br /> <br /> Terapija z litijevimi spojinami povzroča kar nekaj neželenih stranskih učinkov. Vpliva lahko na prebavila, delovanje srca, ledvic in na kognitivne sposobnosti posameznika [3]. Poleg naštetih stranskih učinkov lahko pride tudi do zastrupitve z litijem. Raven litija, ki je potrebna za učinkovito terapijo in njegova citotoksična raven sta po podatkih zelo blizu, zato je predvsem pomembno, da se njegovo koncentracijo v telesu skrbno nadzoruje. Z začetkom terapije je nadzorovanje potrebno izvajati tedensko, zato morajo obstajati metode, ki natančno in zanesljivo merijo njegovo koncentracijo. Trenutno pa je to možno le preko laboratorijske analize krvi [1].<br /> <br /> ==Cilji projekta==<br /> Cilj skupine je bilo zasnovanje sistema za testiranje ravni litija na domu z uporabo RNA-stikala, ki se odziva na koncentracije litijevih ionov. S takšnim sistemom bi si pacient lahko sam izmeril koncentracijo litija, s tem pa se izognil obiskom zdravnika in laboratorijskim analizam vzorcev krvi. Prav tako bi s tem lahko preprečili možnost zastrupitve z litijem [1].<br /> <br /> ==Zasnova RNA-stikal==<br /> Za zasnovo učinkovitega in natančnega sistema za merjenje koncentracije litija so uporabili pred kratkim odkrito RNA-stikalo Li+II. Za natančno in zanesljivo merjenje koncentracije ionov je nujno, da lahko ta sistem zagotavlja zaznavo terapevtskih koncentracij litija (0,6 do 1,2 mM) in toksičnih koncentracij višjih od 1,5 mM [1]. RNA-stikalo je strukturna nekodirajoča domena RNA, ki jo uporabljajo številne bakterije za regulacijo koncentracij ciljnih ligandov in izražanja genov. Ponavadi se nahajajo v regiji na 5'-koncu mRNA, ki se ne prevaja (UTR), tam pa tvori aptamerno strukturno domeno, ki je sposobna vezave liganda [4]. <br /> Uporabljeno RNA-stikalo nhaAII spada v skupino translacijskih RNA-stikal in je velikokrat asociirano z nhaA geni v bakterijah. Po transkripciji se na ravni mRNA tvori sekundarna struktura, ki zakriva vezavno mesto za ribosom (RBS). Ob vezavi liganda v aptamerno strukturo stikala se razkrije RBS, kar omogoči nemoten potek translacije. Pri pripravi takšnega sistema so želeli preko RNA-stikala in signala ustreznega reporterskega proteina kvantitativno zaznati koncentracijo litija. Za čim bolj natančno kvantifikacijo koncentracij litija so preizkušali 4 reporterske proteine, in sicer LacZ/β-galaktozidaza, sfGFP, NanoLuc ter mScarlet-13. Vse skupaj so pripravili 20 različnih konstruktov ter preverjali njihovo delovanje, konstrukte pa so klonirali s pomočjo metode Golden Gate Assembly (GGA) [1].<br /> <br /> ===Zasnova prvotnega konstrukta R1===<br /> Prvotni konstrukt (R1) je vseboval promotor T7, distančnik, RNA-stikalo nhaA-II, temu je sledilo zaporedje distančnika s predvidenim RBS, nato pa še zaporedje gena nhaA ter zaporedje reporterskega proteina. Promotor T7 so izbrali zaradi enega ključnega razloga, in sicer zaradi visoke translacijske učinkovitosti pri delovanju v kombinaciji s T7 RNA-polimerazo. Prav tako so poudarili pomen zgradbe konstrukta, saj so želeli ohraniti naravno okolje stikala, da bi se ta pravilno zvil in opravljal svojo funkcijo [1].<br /> <br /> ===Zasnova ostalih konstruktov R2, R3, R4 in R5===<br /> Konstrukt R2 je bil zasnovan z razlogom, da bi preverili, kako odsotnost distančnika med promotorjem in RNA-stikalom vpliva na zvitje stikala in občutljivost na litijeve ione. S tem bi dobili konstrukt, ki bi ga uporabili, če bi bil konstrukt R1 preobčutljiv [1].<br /> Konstrukt R3 je bil po svoji zgradbi enak prvotnemu, vendar so v zaporedju distančnika med RNA-stikalom in nhaA genom, predviden RBS nadomestili s Shine Dalgarnovim zaporedjem. Ta konstrukt bi jim pomagal pri povečanju občutljivost, saj bi izboljšali izražanje reporterskega gena [1].<br /> Konstrukt R4 se je od R1 in R3 razlikoval le v tem, da je imel vstavljeno zaporedje g10T7 RBS, ki je bilo pridobljeno iz bakteriofaga T7. S to zamenjavo so želeli preveriti, če bi lahko izražanje reporterskega gena izboljšali z močnejšim vezavnim mestom za ribosom [1].<br /> Konstrukt R5 je služil kot kontrola in je vseboval le promotor T7 in reporterski protein [1].<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ===Kloniranje konstruktov in preverjanje uspešnosti===<br /> Uspešnost kloniranja so preverjali s pomočjo sekvenciranja, samo kloniranje pa so izvedli z metodo Golden Gate assembly (GGA). Po natančno izvedenih eksperimentih so odkrili, da so le pri konstruktu R1 ter kontrolnemu konstruktu R5 dobili zanesljive rezultate [1].<br /> <br /> ===Ugotavljanje najboljših pogojev za rast bakterij===<br /> Na začetku so vse celične teste izvajali v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ in pH 9. To vrednost so izbrali z razlogom, ker bakterije v bolj bazičnem okolju vnašajo večje koncentracije litijevih ionov. Vendar so hitro prišli do spoznanja, da je rast bakterij v takšnem okolju močno inhibirana. Za izvajanje nadaljnih eksperimentov pri optimalnih pogojih, so rast testirali v različnih medijih z različno vsebnostjo hranil in vrednostjo pH. Uporabili so konstrukt pozitivne kontrole, kjer je bil sfGFP pod kontrolo z raminozo inducibilnega promotorja T7. Iz rezultatov so ugotovili, da je bilo izražanje sfGFP v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ največje, vendar je bila rast bakterij najpočasnejša. Tudi v mediju TB, ki je imelo najboljše razmerje hranil, je bila ekspresija sfGFP nepričakovano nizka. Iz tega so sklepali na negativen vpliv koncentracije soli v mediju na meritve. Pri visokih vrednostih pH je bila rast bakterij močno inhibirana, zato so se odločili uporabiti medij z nevtralno vrednostjo pH [1].<br /> <br /> <br /> ===Identifikacija najbolj uspešnega konstrukta za testni sistem===<br /> Zaradi različnih kombinacij konstruktov so najprej vse testirali v celičnem okolju in nekaj kombinacij uspeli izločiti še preden bi eksperimente začeli izvajati v cenovno dražjih brezceličnih sistemih. Izražanje konstruktov so pri vseh eksperimentih inducirali z dodatkom raminoze.<br /> Pri testiranju konstruktov s sfGFP so identificirali le en najbolj primeren konstrukt, in sicer konstrukt 1G. Za razliko od konstruktov 2G, 3G, in 4G, se ta uspešno odziva na koncentracijo Li+ ionov s spreminjanjem konformacije (odprta ali zaprta). Prav tako so pozitivne rezultate dobili pri kontrolnem konstruktu 5G. Naknadno so pri kontruktu 1G preverili še odziv na različne koncentracije Li+ ionov in dokazali natančno in zanesljivo zaznavanje tako terapevtskih koncentracij kot razlikovanje med toksično in netoksično koncentracijo litija.<br /> <br /> Konstrukte, ki so vsebovali reporter mScarlet-13 so izločili, saj konstrukt 1M ni razlikoval med različnimi koncentracijami Li+ ionov, najverjetneje zaradi nepravilnega zvitja RNA-stikala.<br /> <br /> Vsi celični testi s konstrukti, ki so vsebovali LacZ so se izvajali v bakterijah E.coli KRX, pri teh pa so naleteli na kar nekaj težav. Težave so imeli že pri sami sintezi LacZ zaporedja, nato so pri testiranju z X-Gal dobili binarne rezultate, zato s tem substratom niso izvajali kvalitativnih meritev. Pri testu substrata ONPG so imeli težave s toksičnimi kemikalijami (β merkaptoetanol, kloroform), zato je bilo potrebno te izvajati v digestoriju. Med testiranjem z različnimi koncentracijami Li+ ionov pri OD420 so dobili precej slabše rezultate kot pričakovano, kar pa je na koncu vodilo v zavrnitev teh konstruktov. <br /> <br /> Testiranja za reporter NanoLuc so izvajali v sevih E.coli KRX in BL21(D3), te kulture pa so različno redčili zaradi intenzitete signala, ki je odvisna tako od encima kot tudi od substrata (Furimazin). Najprej so razvoj in intenziteto signala merili le s kontrolo (konstrukt R5), da bi se izognili vplivom litijevih ionov. Za sev KRX so določili optimalno redčitev kulture 1:100, za BL21(D3) pa 1:1000. Nato so testirali še odziv stikala na prisotnost litija. Pri sevu BL21(D3) se je samo konstrukt N2 odzval s signifikantno višjo intenziteto signala, medtem ko se je pri sevu KRX najboljše odzval N1 konstrukt, rezultati za konstrukt N2 pa so bili tukaj slabši [1]. <br /> <br /> ===Testiranje sistema v brezceličnem okolju===<br /> Za izražanje proteinov v brezceličnem okolju so uporabili biotechrabbit RTS E. coli HY kit, s katerim so testirali le konstrukta 1G in 1N. Pridobljeni rezultati so pokazali uspešno zasnovo testnega sistema, saj so s konstruktoma uspešno detektirali litijeve ione. Pri konstruktu 1G niso testirali odziva na različne koncentracije Li+ ionov, vendar samo na prisotnost ali odsotnost ionov. Pri konstruktu 1N pa so izvedli test odziva na različne koncentracije litijevih ionov in ugotovili, da je izražanje proteina NanoLuc povišano ob prisotnosti litija. Tukaj signal pri višjih koncentracijah ni naraščal kot so pričakovali, temveč je upadal. Trdijo, da bi lahko bili rezultati nezanesljivi, saj eksperimenta niso ponovili, hkrati pa bi lahko bila problematična prehitra poraba substrata [1].<br /> <br /> ==Cilji za prihodnost==<br /> Za izboljšanje njihovega testnega sistema LI+on Switch bi v prihodnosti potrebovali optimizirati konstrukte 1N in 1G za boljšo kvantifikacijo Li+. Prav tako bi bilo potrebno testirati odziv konstrukta 1G pri različnih koncentracijah litijevih ionov, pri konstruktu 1N pa izvesti več meritev [1].<br /> <br /> ==Literatura== <br /> [1] Project Description | TU-Braunschweig - iGEM 2023 https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description (accessed May 16, 2024).<br /> <br /> [2] R. Machado-Vieira, H. K. Manji, C. A. Zarate: The role of lithium in the treatment of bipolar disorder: convergent evidence for neurotrophic effects as a unifying hypothesis. Bipolar Disord 2009, 11, 92.<br /> <br /> [3] C. Volkmann, T. Bschor, S. Köhler: Lithium Treatment Over the Lifespan in Bipolar Disorders. Front Psychiatry 2020, 11.<br /> <br /> [4] K. Kavita, R. R. Breaker: Discovering riboswitches: the past and the future. Trends Biochem Sci 2023, 48, 119.</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Li%2Bon_Switch&diff=23752 2024-05-20T15:13:24Z

<p>Hanaglavnik: </p> <hr /> <div>==Projekt Li+on Switch - diagnostični sistem za samostojno merjenje koncentracije litija v sistemu==<br /> <br /> Skupina TU Braunschweig je v letu 2023 sodelovala na iGEM tekmovanju, kjer so prejeli nagrado za najboljši diagnostični projekt (Overgrad), se uvrstili med 10 najboljših overgradskih projektov ter bili nominirani za kategorijo Najboljši sestavljeni del (Overgrad) in osvojili zlato medaljo.<br /> <br /> Več o njihovem projektu najdemo na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description<br /> <br /> Avtorica povzetka: Hana Glavnik<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Biopolarna motnja je ena izmed mentalnih bolezni, ki močno vpliva na življenje posameznika. Po podatkih Nemškega združenja za bipolarno motnjo (DBGS) je v Nemčiji 2,5 miljona ljudi, ki imajo diagnosticirano bipolarno motnjo. Zanjo so značilne epizode manije in depresije v izmenljivih se intervalih, te epizode pa močno vplivajo na bolnikovo vsakdanje življenje. Najboljša opcija nadzorovanja simptomov so trenutno litijeve spojine, ki delujejo kot stabilizatorji razpoloženja [1]. Že več kot 60 let se uporabljajo za zdravljenje bipolarne motnje. Z raziskavami je bilo ugotovljeno, da je litij učinkovit pri obvladovanju maničnih in depresivnih epizod in pomaga zmanjšati tveganje pojava samomorilnega vedenja. V telesu sodeluje pri signalizaciji, posredovani z nevrostransmiterji in receptorji, pri regulaciji hormonov, cirkadianega ritma ter prenosu ionov in izražanju genov. Povezujejo ga z aktivacijo nevrotrofičnih poti, ki so vključene v patofiziologijo bolezni [2]. <br /> <br /> Terapija z litijevimi spojinami povzroča kar nekaj neželenih stranskih učinkov. Vpliva lahko na prebavila, delovanje srca, ledvic in na kognitivne sposobnosti posameznika [3]. Poleg naštetih stranskih učinkov lahko pride tudi do zastrupitve z litijem. Raven litija, ki je potrebna za učinkovito terapijo in njegova citotoksična raven sta po podatkih zelo blizu, zato je predvsem pomembno, da se njegovo koncentracijo v telesu skrbno nadzoruje. Z začetkom terapije je nadzorovanje potrebno izvajati tedensko, zato morajo obstajati metode, ki natančno in zanesljivo merijo njegovo koncentracijo. Trenutno pa je to možno le preko laboratorijske analize krvi [1].<br /> <br /> ==Cilji projekta==<br /> Cilj skupine je bilo zasnovanje sistema za testiranje ravni litija na domu z uporabo RNA-stikala, ki se odziva na koncentracije litijevih ionov. S takšnim sistemom bi si pacient lahko sam izmeril koncentracijo litija, s tem pa se izognil obiskom zdravnika in laboratorijskim analizam vzorcev krvi. Prav tako bi s tem lahko preprečili možnost zastrupitve z litijem [1].<br /> <br /> ==Zasnova RNA-stikal==<br /> Za zasnovo učinkovitega in natančnega sistema za merjenje koncentracije litija so uporabili pred kratkim odkrito RNA-stikalo Li+II. Za natančno in zanesljivo merjenje koncentracije ionov je nujno, da lahko ta sistem zagotavlja zaznavo terapevtskih koncentracij litija (0,6 do 1,2 mM) in toksičnih koncentracij višjih od 1,5 mM [1]. RNA-stikalo je strukturna nekodirajoča domena RNA, ki jo uporabljajo številne bakterije za regulacijo koncentracij ciljnih ligandov in izražanja genov. Ponavadi se nahajajo v regiji na 5'-koncu mRNA, ki se ne prevaja (UTR), tam pa tvori aptamerno strukturno domeno, ki je sposobna vezave liganda [4]. <br /> Uporabljeno RNA-stikalo nhaAII spada v skupino translacijskih RNA-stikal in je velikokrat asociirano z nhaA geni v bakterijah. Po transkripciji se na ravni mRNA tvori sekundarna struktura, ki zakriva vezavno mesto za ribosom (RBS). Ob vezavi liganda v aptamerno strukturo stikala se razkrije RBS, kar omogoči nemoten potek translacije. Pri pripravi takšnega sistema so želeli preko RNA-stikala in signala ustreznega reporterskega proteina kvantitativno zaznati koncentracijo litija. Za čim bolj natančno kvantifikacijo koncentracij litija so preizkušali 4 reporterske proteine, in sicer LacZ/β-galaktozidaza, sfGFP, NanoLuc ter mScarlet-13. Vse skupaj so pripravili 20 različnih konstruktov ter preverjali njihovo delovanje, konstrukte pa so klonirali s pomočjo metode Golden Gate Assembly (GGA) [1].<br /> <br /> ===Zasnova prvotnega konstrukta R1===<br /> Prvotni konstrukt (R1) je vseboval promotor T7, distančnik, RNA-stikalo nhaA-II, temu je sledilo zaporedje distančnika s predvidenim RBS, nato pa še zaporedje gena nhaA ter zaporedje reporterskega proteina. Promotor T7 so izbrali zaradi enega ključnega razloga, in sicer zaradi visoke translacijske učinkovitosti pri delovanju v kombinaciji s T7 RNA-polimerazo. Prav tako so poudarili pomen zgradbe konstrukta, saj so želeli ohraniti naravno okolje stikala, da bi se ta pravilno zvil in opravljal svojo funkcijo [1].<br /> <br /> ===Zasnova ostalih konstruktov R2, R3, R4 in R5===<br /> Konstrukt R2 je bil zasnovan z razlogom, da bi preverili, kako odsotnost distančnika med promotorjem in RNA-stikalom vpliva na zvitje stikala in občutljivost na litijeve ione. S tem bi dobili konstrukt, ki bi ga uporabili, če bi bil konstrukt R1 preobčutljiv [1].<br /> Konstrukt R3 je bil po svoji zgradbi enak prvotnemu, vendar so v zaporedju distančnika med RNA-stikalom in nhaA genom, predviden RBS nadomestili s Shine Dalgarnovim zaporedjem. Ta konstrukt bi jim pomagal pri povečanju občutljivost, saj bi izboljšali izražanje reporterskega gena [1].<br /> Konstrukt R4 se je od R1 in R3 razlikoval le v tem, da je imel vstavljeno zaporedje g10T7 RBS, ki je bilo pridobljeno iz bakteriofaga T7. S to zamenjavo so želeli preveriti, če bi lahko izražanje reporterskega gena izboljšali z močnejšim vezavnim mestom za ribosom [1].<br /> Konstrukt R5 je služil kot kontrola in je vseboval le promotor T7 in reporterski protein [1].<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ===Kloniranje konstruktov in preverjanje uspešnosti===<br /> Uspešnost kloniranja so preverjali s pomočjo sekvenciranja, samo kloniranje pa so izvedli z metodo Golden Gate assembly (GGA). Po natančno izvedenih eksperimentih so odkrili, da so le pri konstruktu R1 ter kontrolnemu konstruktu R5 dobili zanesljive rezultate [1].<br /> <br /> ===Ugotavljanje najboljših pogojev za rast bakterij===<br /> Na začetku so vse celične teste izvajali v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ in pH 9. To vrednost so izbrali z razlogom, ker bakterije v bolj bazičnem okolju vnašajo večje koncentracije litijevih ionov. Vendar so hitro prišli do spoznanja, da je rast bakterij v takšnem okolju močno inhibirana. Za izvajanje nadaljnih eksperimentov pri optimalnih pogojih, so rast testirali v različnih medijih z različno vsebnostjo hranil in vrednostjo pH. Uporabili so konstrukt pozitivne kontrole, kjer je bil sfGFP pod kontrolo z raminozo inducibilnega promotorja T7. Iz rezultatov so ugotovili, da je bilo izražanje sfGFP v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ največje, vendar je bila rast bakterij najpočasnejša. Tudi v mediju TB, ki je imelo najboljše razmerje hranil, je bila ekspresija sfGFP nepričakovano nizka. Iz tega so sklepali na negativen vpliv koncentracije soli v mediju na meritve. Pri visokih vrednostih pH je bila rast bakterij močno inhibirana, zato so se odločili uporabiti medij z nevtralno vrednostjo pH [1].<br /> <br /> <br /> ===Identifikacija najbolj uspešnega konstrukta za testni sistem===<br /> Zaradi različnih kombinacij konstruktov so najprej vse testirali v celičnem okolju in nekaj kombinacij uspeli izločiti še preden bi eksperimente začeli izvajati v cenovno dražjih brezceličnih sistemih. Izražanje konstruktov so pri vseh eksperimentih inducirali z dodatkom raminoze.<br /> Pri testiranju konstruktov s sfGFP so identificirali le en najbolj primeren konstrukt, in sicer konstrukt 1G. Za razliko od konstruktov 2G, 3G, in 4G, se ta uspešno odziva na koncentracijo Li+ ionov s spreminjanjem konformacije (odprta ali zaprta). Prav tako so pozitivne rezultate dobili pri kontrolnem konstruktu 5G. Naknadno so pri kontruktu 1G preverili še odziv na različne koncentracije Li+ ionov in dokazali natančno in zanesljivo zaznavanje tako terapevtskih koncentracij kot razlikovanje med toksično in netoksično koncentracijo litija.<br /> <br /> Konstrukte, ki so vsebovali reporter mScarlet-13 so izločili, saj konstrukt 1M ni razlikoval med različnimi koncentracijami Li+ ionov, najverjetneje zaradi nepravilnega zvitja RNA-stikala.<br /> <br /> Vsi celični testi s konstrukti, ki so vsebovali LacZ so se izvajali v bakterijah E.coli KRX, pri teh pa so naleteli na kar nekaj težav. Težave so imeli že pri sami sintezi LacZ zaporedja, nato so pri testiranju z X-Gal dobili binarne rezultate, zato s tem substratom niso izvajali kvalitativnih meritev. Pri testu substrata ONPG so imeli težave s toksičnimi kemikalijami (β merkaptoetanol, kloroform), zato je bilo potrebno te izvajati v digestoriju. Med testiranjem z različnimi koncentracijami Li+ ionov pri OD420 so dobili precej slabše rezultate kot pričakovano, kar pa je na koncu vodilo v zavrnitev teh konstruktov. <br /> <br /> Testiranja za reporter NanoLuc so izvajali v sevih E.coli KRX in BL21(D3), te kulture pa so različno redčili zaradi intenzitete signala, ki je odvisna tako od encima kot tudi od substrata (Furimazin). Najprej so razvoj in intenziteto signala merili le s kontrolo (konstrukt R5), da bi se izognili vplivom litijevih ionov. Za sev KRX so določili optimalno redčitev kulture 1:100, za BL21(D3) pa 1:1000. Nato so testirali še odziv stikala na prisotnost litija. Pri sevu BL21(D3) se je samo konstrukt 2N odzval s signifikantno višjo intenziteto signala, medtem ko se je pri sevu KRX najboljše odzval 1N konstrukt, rezultati za konstrukt 2N pa so bili tukaj slabši [1]. <br /> <br /> ===Testiranje sistema v brezceličnem okolju===<br /> Za izražanje proteinov v brezceličnem okolju so uporabili biotechrabbit RTS E. coli HY kit, s katerim so testirali le konstrukta 1G in 1N. Pridobljeni rezultati so pokazali uspešno zasnovo testnega sistema, saj so s konstruktoma uspešno detektirali litijeve ione. Pri konstruktu 1G niso testirali odziva na različne koncentracije Li+ ionov, vendar samo na prisotnost ali odsotnost ionov. Pri konstruktu 1N pa so izvedli test odziva na različne koncentracije litijevih ionov in ugotovili, da je izražanje proteina NanoLuc povišano ob prisotnosti litija. Tukaj signal pri višjih koncentracijah ni naraščal kot so pričakovali, temveč je upadal. Trdijo, da bi lahko bili rezultati nezanesljivi, saj eksperimenta niso ponovili, hkrati pa bi lahko bila problematična prehitra poraba substrata [1].<br /> <br /> ==Cilji za prihodnost==<br /> Za izboljšanje njihovega testnega sistema LI+on Switch bi v prihodnosti potrebovali optimizirati konstrukte 1N in 1G za boljšo kvantifikacijo Li+. Prav tako bi bilo potrebno testirati odziv konstrukta 1G pri različnih koncentracijah litijevih ionov, pri konstruktu 1N pa izvesti več meritev [1].<br /> <br /> ==Literatura== <br /> [1] Project Description | TU-Braunschweig - iGEM 2023 https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description (accessed May 16, 2024).<br /> <br /> [2] R. Machado-Vieira, H. K. Manji, C. A. Zarate: The role of lithium in the treatment of bipolar disorder: convergent evidence for neurotrophic effects as a unifying hypothesis. Bipolar Disord 2009, 11, 92.<br /> <br /> [3] C. Volkmann, T. Bschor, S. Köhler: Lithium Treatment Over the Lifespan in Bipolar Disorders. Front Psychiatry 2020, 11.<br /> <br /> [4] K. Kavita, R. R. Breaker: Discovering riboswitches: the past and the future. Trends Biochem Sci 2023, 48, 119.</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Li%2Bon_Switch&diff=23751 2024-05-20T15:00:47Z

<p>Hanaglavnik: </p> <hr /> <div>==Projekt Li+on Switch - diagnostični sistem za samostojno merjenje koncentracije litija v sistemu==<br /> <br /> Skupina TU Braunschweig je v letu 2023 sodelovala na iGEM tekmovanju, kjer so prejeli nagrado za najboljši diagnostični projekt (Overgrad), se uvrstili med 10 najboljših overgradskih projektov ter bili nominirani za kategorijo Najboljši sestavljeni del (Overgrad) in osvojili zlato medaljo.<br /> <br /> Več o njihovem projektu najdemo na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description<br /> <br /> Avtorica povzetka: Hana Glavnik<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Biopolarna motnja je ena izmed mentalnih bolezni, ki močno vpliva na življenje posameznika. Po podatkih Nemškega združenja za bipolarno motnjo (DBGS) je v Nemčiji 2,5 miljona ljudi, ki imajo diagnosticirano bipolarno motnjo. Zanjo so značilne epizode manije in depresije v izmenljivih se intervalih, te epizode pa močno vplivajo na bolnikovo vsakdanje življenje. Najboljša opcija nadzorovanja simptomov so trenutno litijeve spojine, ki delujejo kot stabilizatorji razpoloženja [1]. Že več kot 60 let se uporabljajo za zdravljenje bipolarne motnje. Z raziskavami je bilo ugotovljeno, da je litij učinkovit pri obvladovanju maničnih in depresivnih epizod in pomaga zmanjšati tveganje pojava samomorilnega vedenja. V telesu sodeluje pri signalizaciji, posredovani z nevrostransmiterji in receptorji, pri regulaciji hormonov, cirkadianega ritma ter prenosu ionov in izražanju genov. Povezujejo ga z aktivacijo nevrotrofičnih poti, ki so vključene v patofiziologijo bolezni [2]. <br /> <br /> Terapija z litijevimi spojinami povzroča kar nekaj neželenih stranskih učinkov. Vpliva lahko na prebavila, delovanje srca, ledvic in na kognitivne sposobnosti posameznika [3]. Poleg naštetih stranskih učinkov lahko pride tudi do zastrupitve z litijem. Raven litija, ki je potrebna za učinkovito terapijo in njegova citotoksična raven sta po podatkih zelo blizu, zato je predvsem pomembno, da se njegovo koncentracijo v telesu skrbno nadzoruje. Z začetkom terapije je nadzorovanje potrebno izvajati tedensko, zato morajo obstajati metode, ki natančno in zanesljivo merijo njegovo koncentracijo. Trenutno pa je to možno le preko laboratorijske analize krvi [1].<br /> <br /> ==Cilji projekta==<br /> Cilj skupine je bilo zasnovanje sistema za testiranje ravni litija na domu z uporabo RNA-stikala, ki se odziva na koncentracije litijevih ionov. S takšnim sistemom bi si pacient lahko sam izmeril koncentracijo litija, s tem pa se izognil obiskom zdravnika in laboratorijskim analizam vzorcev krvi. Prav tako bi s tem lahko preprečili možnost zastrupitve z litijem [1].<br /> <br /> ==Zasnova RNA-stikal==<br /> Za zasnovo učinkovitega in natančnega sistema za merjenje koncentracije litija so uporabili pred kratkim odkrito RNA-stikalo Li+II. Za natančno in zanesljivo merjenje koncentracije ionov je nujno, da lahko ta sistem zagotavlja zaznavo terapevtskih koncentracij litija (0,6 do 1,2 mM) in toksičnih koncentracij višjih od 1,5 mM [1]. RNA-stikalo je strukturna nekodirajoča domena RNA, ki jo uporabljajo številne bakterije za regulacijo koncentracij ciljnih ligandov in izražanja genov. Ponavadi se nahajajo v regiji na 5'-koncu mRNA, ki se ne prevaja (UTR), tam pa tvori aptamerno strukturno domeno, ki je sposobna vezave liganda [4]. <br /> Uporabljeno RNA-stikalo nhaAII spada v skupino translacijskih RNA-stikal in je velikokrat asociirano z nhaA geni v bakterijah. Po transkripciji se na ravni mRNA tvori sekundarna struktura, ki zakriva vezavno mesto za ribosom (RBS). Ob vezavi liganda v aptamerno strukturo stikala se razkrije RBS, kar omogoči nemoten potek translacije. Pri pripravi takšnega sistema so želeli preko RNA-stikala in signala ustreznega reporterskega proteina kvantitativno zaznati koncentracijo litija. Za čim bolj natančno kvantifikacijo koncentracij litija so preizkušali 4 reporterske proteine, in sicer LacZ/β-galaktozidaza, sfGFP, NanoLuc ter mScarlet-13. Vse skupaj so pripravili 20 različnih konstruktov ter preverjali njihovo delovanje, konstrukte pa so klonirali s pomočjo metode Golden Gate Assembly (GGA) [1].<br /> <br /> ===Zasnova prvotnega konstrukta R1===<br /> Prvotni konstrukt (R1) je vseboval promotor T7, distančnik, RNA-stikalo nhaA-II, temu je sledilo zaporedje distančnika s predvidenim RBS, nato pa še zaporedje gena nhaA ter zaporedje reporterskega proteina. Promotor T7 so izbrali zaradi enega ključnega razloga, in sicer zaradi visoke translacijske učinkovitosti pri delovanju v kombinaciji s T7 RNA-polimerazo. Prav tako so poudarili pomen zgradbe konstrukta, saj so želeli ohraniti naravno okolje stikala, da bi se ta pravilno zvil in opravljal svojo funkcijo [1].<br /> <br /> ===Zasnova ostalih konstruktov R2, R3, R4 in R5===<br /> Konstrukt R2 je bil zasnovan z razlogom, da bi preverili, kako odsotnost distančnika med promotorjem in RNA-stikalom vpliva na zvitje stikala in občutljivost na litijeve ione. S tem bi dobili konstrukt, ki bi ga uporabili, če bi bil konstrukt R1 preobčutljiv [1].<br /> Konstrukt R3 je bil po svoji zgradbi enak prvotnemu, vendar so v zaporedju distančnika med RNA-stikalom in nhaA genom, predviden RBS nadomestili s Shine Dalgarnovim zaporedjem. Ta konstrukt bi jim pomagal pri povečanju občutljivost, saj bi izboljšali izražanje reporterskega gena [1].<br /> Konstrukt R4 se je od R1 in R3 razlikoval le v tem, da je imel vstavljeno zaporedje g10T7 RBS, ki je bilo pridobljeno iz bakteriofaga T7. S to zamenjavo so želeli preveriti, če bi lahko izražanje reporterskega gena izboljšali z močnejšim vezavnim mestom za ribosom [1].<br /> Konstrukt R5 je služil kot kontrola in je vseboval le promotor T7 in reporterski protein [1].<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ===Kloniranje konstruktov in preverjanje uspešnosti===<br /> Uspešnost kloniranja so preverjali s pomočjo sekvenciranja, samo kloniranje pa so izvedli z metodo Golden Gate assembly (GGA). Po natančno izvedenih eksperimentih so odkrili, da so le pri konstruktu R1 ter kontrolnemu konstruktu R5 dobili zanesljive rezultate [1].<br /> <br /> ===Ugotavljanje najboljših pogojev za rast bakterij===<br /> Na začetku so vse celične teste izvajali v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ in pH 9. To vrednost so izbrali z razlogom, ker bakterije v bolj bazičnem okolju vnašajo večje koncentracije litijevih ionov. Vendar so hitro prišli do spoznanja, da je rast bakterij v takšnem okolju močno inhibirana. Za izvajanje nadaljnih eksperimentov pri optimalnih pogojih, so rast testirali v različnih medijih z različno vsebnostjo hranil in vrednostjo pH. Uporabili so konstrukt pozitivne kontrole, kjer je bil sfGFP pod kontrolo z raminozo inducibilnega promotorja T7. Iz rezultatov so ugotovili, da je bilo izražanje sfGFP v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ največje, vendar je bila rast bakterij najpočasnejša. Tudi v mediju TB, ki je imelo najboljše razmerje hranil, je bila ekspresija sfGFP nepričakovano nizka. Iz tega so sklepali na negativen vpliv koncentracije soli v mediju na meritve. Pri visokih vrednostih pH je bila rast bakterij močno inhibirana, zato so se odločili uporabiti medij z nevtralno vrednostjo pH [1].<br /> <br /> <br /> ===Identifikacija najbolj uspešnega konstrukta za testni sistem===<br /> Zaradi različnih kombinacij konstruktov so najprej vse testirali v celičnem okolju in nekaj kombinacij uspeli izločiti še preden bi eksperimente začeli izvajati v cenovno dražjih brezceličnih sistemih. Izražanje konstruktov so pri vseh eksperimentih inducirali z dodatkom raminoze.<br /> Pri testiranju konstruktov s sfGFP so identificirali le en najbolj primeren konstrukt, in sicer konstrukt 1G. Za razliko od konstruktov 2G, 3G, in 4G, se ta uspešno odziva na koncentracijo Li+ ionov s spreminjanjem konformacije (odprta ali zaprta). Prav tako so pozitivne rezultate dobili pri kontrolnem konstruktu 5G. Naknadno so pri kontruktu 1G preverili še odziv na različne koncentracije Li+ ionov in dokazali natančno in zanesljivo zaznavanje tako terapevtskih koncentracij kot razlikovanje med toksično in netoksično koncentracijo litija.<br /> Kontrukte, ki so vsebovali reporter mScarlet-13 so izločili, saj konstrukt 1M ni razlikoval med različnimi koncentracijami Li+ ionov, najverjetneje zaradi nepravilnega zvitja RNA-stikala.<br /> Vsi celični testi s konstrukti, ki so vsebovali LacZ so se izvajali v bakterijah E.coli KRX, pri teh pa so naleteli na kar nekaj težav. Težave so imeli že pri sami sintezi LacZ zaporedja, nato so pri testiranju z X-Gal dobili binarne rezultate, zato s tem substratom niso izvajali kvalitativnih meritev. Pri testu substrata ONPG so imeli težave s toksičnimi kemikalijami (β merkaptoetanol, kloroform), zato je bilo potrebno te izvajati v digestoriju. Med testiranjem z različnimi koncentracijami Li+ ionov pri OD420 so dobili precej slabše rezultate kot pričakovano, kar pa je na koncu vodilo v zavrnitev teh konstruktov. <br /> Testiranja za reporter NanoLuc so izvajali v sevih E.coli KRX in BL21(D3), te kulture pa so različno redčili zaradi intenzitete signala, ki je odvisna tako od encima kot tudi od substrata (Furimazin). Najprej so razvoj in intenziteto signala merili le s kontrolo (konstrukt R5), da bi se izognili vplivom litijevih ionov. Za sev KRX so določili optimalno redčitev kulture 1:100, za BL21(D3) pa 1:1000. Nato so testirali še odziv stikala na prisotnost litija. Pri sevu BL21(D3) se je samo konstrukt 2N odzval s signifikantno višjo intenziteto signala, medtem ko se je pri sevu KRX najboljše odzval 1N konstrukt, rezultati za konstrukt 2N pa so bili tukaj slabši [1]. <br /> <br /> ===Testiranje sistema v brezceličnem okolju===<br /> Za izražanje proteinov v brezceličnem okolju so uporabili biotechrabbit RTS E. coli HY kit, s katerim so testirali le konstrukta 1G in 1N. Pridobljeni rezultati so pokazali uspešno zasnovo testnega sistema, saj so s konstruktoma uspešno detektirali litijeve ione. Pri konstruktu 1G niso testirali odziva na različne koncentracije Li+ ionov, vendar samo na prisotnost ali odsotnost ionov. Pri konstruktu 1N pa so izvedli test odziva na različne koncentracije litijevih ionov in ugotovili, da je izražanje proteina NanoLuc povišano ob prisotnosti litija. Tukaj signal pri višjih koncentracijah ni naraščal kot so pričakovali, temveč je upadal. Trdijo, da bi lahko bili rezultati nezanesljivi, saj eksperimenta niso ponovili, hkrati pa bi lahko bila problematična prehitra poraba substrata [1].<br /> <br /> ==Cilji za prihodnost==<br /> Za izboljšanje njihovega testnega sistema LI+on Switch bi v prihodnosti potrebovali optimizirati konstrukte 1N in 1G za boljšo kvantifikacijo Li+. Prav tako bi bilo potrebno testirati odziv konstrukta 1G pri različnih koncentracijah litijevih ionov, pri konstruktu 1N pa izvesti več meritev [1].<br /> <br /> ==Literatura== <br /> [1] Project Description | TU-Braunschweig - iGEM 2023 https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description (accessed May 16, 2024).<br /> <br /> [2] R. Machado-Vieira, H. K. Manji, C. A. Zarate: The role of lithium in the treatment of bipolar disorder: convergent evidence for neurotrophic effects as a unifying hypothesis. Bipolar Disord 2009, 11, 92.<br /> <br /> [3] C. Volkmann, T. Bschor, S. Köhler: Lithium Treatment Over the Lifespan in Bipolar Disorders. Front Psychiatry 2020, 11.<br /> <br /> [4] K. Kavita, R. R. Breaker: Discovering riboswitches: the past and the future. Trends Biochem Sci 2023, 48, 119.</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Li%2Bon_Switch&diff=23728 2024-05-19T18:03:39Z

<p>Hanaglavnik: </p> <hr /> <div>==Projekt Li+on Switch - diagnostični sistem za samostojno merjenje koncentracije litija v sistemu==<br /> <br /> Skupina TU Braunschweig je v letu 2023 sodelovala na iGEM tekmovanju, kjer so prejeli nagrado za najboljši diagnostični projekt (Overgrad), se uvrstili med 10 najboljših overgradskih projektov ter bili nominirani za kategorijo Najboljši sestavljeni del (Overgrad) in osvojili zlato medaljo.<br /> <br /> Več o njihovem projektu najdemo na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description<br /> <br /> Avtorica povzetka: Hana Glavnik<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Biopolarna motnja je ena izmed mentalnih bolezni, ki močno vpliva na življenje posameznika. Po podatkih Nemškega združenja za bipolarno motnjo (DBGS) je v Nemčiji 2,5 miljona ljudi, ki imajo diagnosticirano bipolarno motnjo. Zanjo so značilne epizode manije in depresije v izmenljivih se intervalih, te epizode pa močno vplivajo na bolnikovo vsakdanje življenje. Najboljša opcija nadzorovanja simptomov so trenutno litijeve spojine, ki delujejo kot stabilizatorji razpoloženja [1]. Že več kot 60 let se uporabljajo za zdravljenje bipolarne motnje. Z raziskavami je bilo ugotovljeno, da je litij učinkovit pri obvladovanju maničnih in depresivnih epizod in pomaga zmanjšati tveganje pojava samomorilnega vedenja. V telesu sodeluje pri signalizaciji, posredovani z nevrostransmiterji in receptorji, pri regulaciji hormonov, cirkadianega ritma ter prenosu ionov in izražanju genov. Povezujejo ga z aktivacijo nevrotrofičnih poti, ki so vključene v patofiziologijo bolezni [2]. <br /> <br /> Terapija z litijevimi spojinami povzroča kar nekaj neželenih stranskih učinkov. Vpliva lahko na prebavila, delovanje srca, ledvic in na kognitivne sposobnosti posameznika [3]. Poleg naštetih stranskih učinkov lahko pride tudi do zastrupitve z litijem. Raven litija, ki je potrebna za učinkovito terapijo in njegova citotoksična raven sta po podatkih zelo blizu, zato je predvsem pomembno, da se njegovo koncentracijo v telesu skrbno nadzoruje. Z začetkom terapije je nadzorovanje potrebno izvajati tedensko, zato morajo obstajati metode, ki natančno in zanesljivo merijo njegovo koncentracijo. Trenutno pa je to možno le preko laboratorijske analize krvi [1].<br /> <br /> ==Cilji projekta==<br /> Cilj skupine je bilo zasnovanje sistema za testiranje ravni litija na domu z uporabo RNA-stikala, ki se odziva na koncentracije litijevih ionov. S takšnim sistemom bi si pacient lahko sam izmeril koncentracijo litija, s tem pa se izognil obiskom zdravnika in laboratorijskim analizam vzorcev krvi. Prav tako bi s tem lahko preprečili možnost zastrupitve z litijem [1].<br /> <br /> ==Zasnova RNA-stikal==<br /> Za zasnovo učinkovitega in natančnega sistema za merjenje koncentracije litija so uporabili pred kratkim odkrito RNA-stikalo Li+II. Za natančno in zanesljivo merjenje koncentracije ionov je nujno, da lahko ta sistem zagotavlja zaznavo terapevtskih koncentracij litija (0,6 do 1,2 mM) in toksičnih koncentracij višjih od 1,5 mM [1]. RNA-stikalo je strukturna nekodirajoča domena RNA, ki jo uporabljajo številne bakterije za regulacijo koncentracij ciljnih ligandov in izražanja genov. Ponavadi se nahajajo v regiji na 5'-koncu mRNA, ki se ne prevaja (UTR), tam pa tvori aptamerno strukturno domeno, ki je sposobna vezave liganda [4]. <br /> Uporabljeno RNA-stikalo nhaAII spada v skupino translacijskih RNA-stikal in je velikokrat asociirano z nhaA geni v bakterijah. Po transkripciji se na ravni mRNA tvori sekundarna struktura, ki zakriva vezavno mesto za ribosom (RBS). Ob vezavi liganda v aptamerno strukturo stikala se razkrije RBS, kar omogoči nemoten potek translacije. Pri pripravi takšnega sistema so želeli preko RNA-stikala in signala ustreznega reporterskega proteina kvantitativno zaznati koncentracijo litija. Za čim bolj natančno kvantifikacijo koncentracij litija so preizkušali 4 reporterske proteine, in sicer LacZ/β-galaktozidaza, sfGFP, NanoLuc ter mScarlet-13. Vse skupaj so pripravili 20 različnih konstruktov ter preverjali njihovo delovanje, konstrukte pa so klonirali s pomočjo metode Golden Gate Assembly (GGA) [1].<br /> <br /> ===Zasnova prvotnega konstrukta R1===<br /> Prvotni konstrukt (R1) je vseboval T7 promotor, distančnik, RNA-stikalo nhaA-II, temu je sledilo zaporedje distančnika s predvidenim RBS, nato pa še zaporedje gena nhaA ter zaporedje reporterskega proteina. T7 promotor so izbrali zaradi enega ključnega razloga, in sicer zaradi visoke translacijske učinkovitosti pri delovanju v kombinaciji s T7 RNA polimerazo. Prav tako so poudarili pomen zgradbe konstrukta, saj so želeli ohraniti naravno okolje stikala, da bi se ta pravilno zvil in opravljal svojo funkcijo [1].<br /> <br /> ===Zasnova ostalih konstruktov R2, R3, R4 in R5===<br /> Konstrukt R2 je bil zasnovan z razlogom, da bi preverili, kako odsotnost distančnika med promotorjem in RNA-stikalom vpliva na zvitje stikala in občutljivost na litijeve ione. S tem bi dobili konstrukt, ki bi ga uporabili, če bi bil konstrukt R1 preobčutljiv [1].<br /> Konstrukt R3 je bil po svoji zgradbi enak prvotnemu, vendar so v zaporedju distančnika med RNA-stikalom in nhaA genom, predviden RBS nadomestili s Shine Dalgarnovim zaporedjem. Ta konstrukt bi jim pomagal pri povečanju občutljivost, saj bi izboljšali izražanje reporterskega gena [1].<br /> Konstrukt R4 se je od R1 in R3 razlikoval le v tem, da je imel vstavljeno zaporedje g10T7 RBS, ki je bilo pridobljeno iz bakteriofaga T7. S to zamenjavo so želeli preveriti, če bi lahko izražanje reporterskega gena izboljšali z močnejšim vezavnim mestom za ribosom [1].<br /> Konstrukt R5 je služil kot kontrola in je vseboval le promotor T7 in reporterski protein [1].<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ===Kloniranje konstruktov in preverjanje uspešnosti===<br /> Uspešnost kloniranja so preverjali s pomočjo sekvenciranja, samo kloniranje pa so izvedli z metodo Golden Gate assembly (GGA). Po natančno izvedenih eksperimentih so odkrili, da so le pri konstruktu R1 ter kontrolnemu konstruktu R5 dobili zanesljive rezultate [1].<br /> <br /> ===Ugotavljanje najboljših pogojev za rast bakterij===<br /> Na začetku so vse celične teste izvajali v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ in pH 9. To vrednost so izbrali z razlogom, ker bakterije v bolj bazičnem okolju vnašajo večje koncentracije litijevih ionov. Vendar so hitro prišli do spoznanja, da je rast bakterij v takšnem okolju močno inhibirana. Za izvajanje nadaljnih eksperimentov pri optimalnih pogojih, so rast testirali v različnih medijih z različno vsebnostjo hranil in vrednostjo pH. Uporabili so konstrukt pozitivne kontrole, kjer je bil sfGFP pod kontrolo z raminozo inducibilnega T7 promotorja. Iz rezultatov so ugotovili, da je bilo izražanje sfGFP v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ največje, vendar je bila rast bakterij najpočasnejša. Tudi v mediju TB, ki je imelo najboljše razmerje hranil, je bila ekspresija sfGFP nepričakovano nizka. Iz tega so sklepali na negativen vpliv koncentracije soli v mediju na meritve. Pri visokih vrednostih pH je bila rast bakterij močno inhibirana, zato so se odločili uporabiti medij z nevtralno vrrednostjo pH [1].<br /> <br /> <br /> ===Identifikacija najbolj uspešnega konstrukta za testni sistem===<br /> Zaradi različnih kombinacij konstruktov so najprej vse testirali v celičnem okolju in nekaj kombinacij uspeli izločiti še preden bi eksperimente začeli izvajati v cenovno dražjih brezceličnih sistemih. Izražanje konstruktov so pri vseh eksperimentih inducirali z dodatkom raminoze.<br /> Pri testiranju konstruktov s sfGFP so identificirali le en najbolj primeren konstrukt, in sicer konstrukt 1G. Za razliko od konstruktov 2G, 3G, in 4G, se ta uspešno odziva na koncentracijo Li+ ionov s spreminjanjem konformacije (odprta ali zaprta). Prav tako so pozitivne rezultate dobili pri kontrolnem konstruktu 5G. Naknadno so pri kontruktu 1G preverili še odziv na različne koncentracije Li+ ionov in dokazali natančno in zanesljivo zaznavanje tako terapevtskih koncentracij kot razlikovanje med toksično in netoksično koncentracijo litija.<br /> Kontrukte, ki so vsebovali reporter mScarlet-13 so izločili, saj konstrukt 1M ni razlikoval med različnimi koncentracijami Li+ ionov, najverjetneje zaradi nepravilnega zvitja RNA-stikala.<br /> Vsi celični testi s konstrukti, ki so vsebovali LacZ so se izvajali v bakterijah E.coli KRX, pri teh pa so naleteli na kar nekaj težav. Težave so imeli že pri sami sintezi LacZ zaporedja, nato so pri testiranju z X-Gal dobili binarne rezultate, zato s tem substratom niso izvajali kvalitativnih meritev. Pri testu substrata ONPG so imeli težave s toksičnimi kemikalijami (β merkaptoetanol, kloroform), zato je bilo potrebno te izvajati v digestoriju. Med testiranjem z različnimi koncentracijami Li+ ionov pri OD420 so dobili precej slabše rezultate kot pričakovano, kar pa je na koncu vodilo v zavrnitev teh konstruktov. <br /> Testiranja za reporter NanoLuc so izvajali v sevih E.coli KRX in BL21(D3), te kulture pa so različno redčili zaradi intenzitete signala, ki je odvisna tako od encima kot tudi od substrata (Furimazin). Najprej so razvoj in intenziteto signala merili le s kontrolo (konstrukt R5), da bi se izognili vplivom litijevih ionov. Za sev KRX so določili optimalno redčitev kulture 1:100, za BL21(D3) pa 1:1000. Nato so testirali še odziv stikala na prisotnost litija. Pri sevu BL21(D3) se je samo konstrukt 2N odzval s signifikantno višjo intenziteto signala, medtem ko se je pri sevu KRX najboljše odzval 1N konstrukt, rezultati za konstrukt 2N pa so bili tukaj slabši [1]. <br /> <br /> ===Testiranje sistema v brezceličnem okolju===<br /> Za izražanje proteinov v brezceličnem okolju so uporabili biotechrabbit RTS E. coli HY kit, s katerim so testirali le konstrukta 1G in 1N. Pridobljeni rezultati so pokazali uspešno zasnovo testnega sistema, saj so s konstruktoma uspešno detektirali litijeve ione. Pri konstruktu 1G niso testirali odziva na različne koncentracije Li+ ionov, vendar samo na prisotnost ali odsotnost ionov. Pri konstruktu 1N pa so izvedli test odziva na različne koncentracije litijevih ionov in ugotovili, da je izražanje proteina NanoLuc povišano ob prisotnosti litija. Tukaj signal pri višjih koncentracijah ni naraščal kot so pričakovali, temveč je upadal. Trdijo, da bi lahko bili rezultati nezanesljivi, saj eksperimenta niso ponovili, hkrati pa bi lahko bila problematična prehitra poraba substrata [1].<br /> <br /> ==Cilji za prihodnost==<br /> Za izboljšanje njihovega testnega sistema LI+on Switch bi v prihodnosti potrebovali optimizirati konstrukte 1N in 1G za boljšo kvantifikacijo Li+. Prav tako bi bilo potrebno testirati odziv konstrukta 1G pri različnih koncentracijah litijevih ionov, pri konstruktu 1N pa izvesti več meritev [1].<br /> <br /> ==Literatura== <br /> [1] Project Description | TU-Braunschweig - iGEM 2023 https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description (accessed May 16, 2024).<br /> <br /> [2] R. Machado-Vieira, H. K. Manji, C. A. Zarate: The role of lithium in the treatment of bipolar disorder: convergent evidence for neurotrophic effects as a unifying hypothesis. Bipolar Disord 2009, 11, 92.<br /> <br /> [3] C. Volkmann, T. Bschor, S. Köhler: Lithium Treatment Over the Lifespan in Bipolar Disorders. Front Psychiatry 2020, 11.<br /> <br /> [4] K. Kavita, R. R. Breaker: Discovering riboswitches: the past and the future. Trends Biochem Sci 2023, 48, 119.</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Li%2Bon_Switch&diff=23727 2024-05-19T17:57:49Z

<p>Hanaglavnik: Created page with &quot;==Projekt Li+on Switch - diagnostični sistem za samostojno merjenje koncentracije litija v sistemu== Skupina TU Braunschweig je v letu 2023 sodelovala na iGEM tekmovanju, kjer so prejeli nagrado za najboljši diagnostični projekt (Overgrad), se uvrstili med 10 najboljših overgradskih projektov ter bili nominirani za kategorijo Najboljši sestavljeni del (Overgrad) in osvojili zlato medaljo. Več o njihovem projektu najdemo na naslednji povezavi: https://2023.igem.wi...&quot;</p> <hr /> <div>==Projekt Li+on Switch - diagnostični sistem za samostojno merjenje koncentracije litija v sistemu==<br /> <br /> Skupina TU Braunschweig je v letu 2023 sodelovala na iGEM tekmovanju, kjer so prejeli nagrado za najboljši diagnostični projekt (Overgrad), se uvrstili med 10 najboljših overgradskih projektov ter bili nominirani za kategorijo Najboljši sestavljeni del (Overgrad) in osvojili zlato medaljo.<br /> <br /> Več o njihovem projektu najdemo na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description<br /> <br /> Avtorica povzetka: Hana Glavnik<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Biopolarna motnja je ena izmed mentalnih bolezni, ki močno vpliva na življenje posameznika. Po podatkih Nemškega združenja za bipolarno motnjo (DBGS) je v Nemčiji 2,5 miljona ljudi, ki imajo diagnosticirano bipolarno motnjo. Zanjo so značilne epizode manije in depresije v izmenljivih se intervalih, te epizode pa močno vplivajo na bolnikovo vsakdanje življenje. Najboljša opcija nadzorovanja simptomov so trenutno litijeve spojine, ki delujejo kot stabilizatorji razpoloženja [1]. Že več kot 60 let se uporabljajo za zdravljenje bipolarne motnje. Z raziskavami je bilo ugotovljeno, da je litij učinkovit pri obvladovanju maničnih in depresivnih epizod in pomaga zmanjšati tveganje pojava samomorilnega vedenja. V telesu sodeluje pri signalizaciji, posredovani z nevrostransmiterji in receptorji, pri regulaciji hormonov, cirkadianega ritma ter prenosu ionov in izražanju genov. Povezujejo ga z aktivacijo nevrotrofičnih poti, ki so vključene v patofiziologijo bolezni [2]. <br /> <br /> Terapija z litijevimi spojinami povzroča kar nekaj neželenih stranskih učinkov. Vpliva lahko na prebavila, delovanje srca, ledvic in na kognitivne sposobnosti posameznika [3]. Poleg naštetih stranskih učinkov lahko pride tudi do zastrupitve z litijem. Raven litija, ki je potrebna za učinkovito terapijo in njegova citotoksična raven sta po podatkih zelo blizu, zato je predvsem pomembno, da se njegovo koncentracijo v telesu skrbno nadzoruje. Z začetkom terapije je nadzorovanje potrebno izvajati tedensko, zato morajo obstajati metode, ki natančno in zanesljivo merijo njegovo koncentracijo. Trenutno pa je to možno le preko laboratorijske analize krvi [1].<br /> <br /> ==Cilji projekta==<br /> Cilj skupine je bilo zasnovanje sistema za testiranje ravni litija na domu z uporabo RNA-stikala, ki se odziva na koncentracije litijevih ionov. S takšnim sistemom bi si pacient lahko sam izmeril koncentracijo litija, s tem pa se izognil obiskom zdravnika in laboratorijskim analizam vzorcev krvi. Prav tako bi s tem lahko preprečili možnost zastrupitve z litijem [1].<br /> <br /> ==Zasnova RNA-stikal==<br /> Za zasnovo učinkovitega in natančnega sistema za merjenje koncentracije litija so uporabili pred kratkim odkrito RNA-stikalo Li+II. Za natančno in zanesljivo merjenje koncentracije ionov je nujno, da lahko ta sistem zagotavlja zaznavo terapevtskih koncentracij litija (0,6 do 1,2 mM) in toksičnih koncentracij višjih od 1,5 mM [1]. RNA-stikalo je strukturna nekodirajoča domena RNA, ki jo uporabljajo številne bakterije za regulacijo koncentracij ciljnih ligandov in izražanja genov. Ponavadi se nahajajo v regiji na 5'-koncu mRNA, ki se ne prevaja (UTR), tam pa tvori aptamerno strukturno domeno, ki je sposobna vezave liganda [4]. <br /> Uporabljeno RNA-stikalo nhaAII spada v skupino translacijskih RNA-stikal in je velikokrat asociirano z nhaA geni v bakterijah. Po transkripciji se na ravni mRNA tvori sekundarna struktura, ki zakriva vezavno mesto za ribosom (RBS). Ob vezavi liganda v aptamerno strukturo stikala se razkrije RBS, kar omogoči nemoten potek translacije. Pri pripravi takšnega sistema so želeli preko RNA-stikala in signala ustreznega reporterskega proteina kvantitativno zaznati koncentracijo litija. Za čim bolj natančno kvantifikacijo koncentracij litija so preizkušali 4 reporterske proteine, in sicer LacZ/β-galaktozidaza, sfGFP, NanoLuc ter mScarlet-13. Vse skupaj so pripravili 20 različnih konstruktov ter preverjali njihovo delovanje, konstrukte pa so klonirali s pomočjo metode Golden Gate Assembly (GGA) [1].<br /> <br /> ===Zasnova prvotnega konstrukta R1===<br /> Prvotni konstrukt (R1) je vseboval T7 promotor, distančnik, RNA-stikalo nhaA-II, temu je sledilo zaporedje distančnika s predvidenim RBS, nato pa še zaporedje gena nhaA ter zaporedje reporterskega proteina. T7 promotor so izbrali zaradi enega ključnega razloga, in sicer zaradi visoke translacijske učinkovitosti pri delovanju v kombinaciji s T7 RNA polimerazo. Prav tako so poudarili pomen zgradbe konstrukta, saj so želeli ohraniti naravno okolje stikala, da bi se ta pravilno zvil in opravljal svojo funkcijo [1].<br /> <br /> ===Zasnova ostalih konstruktov R2, R3, R4 in R5===<br /> Konstrukt R2 je bil zasnovan z razlogom, da bi preverili, kako odsotnost distančnika med promotorjem in RNA-stikalom vpliva na zvitje stikala in občutljivost na litijeve ione. S tem bi dobili konstrukt, ki bi ga uporabili, če bi bil konstrukt R1 preobčutljiv [1].<br /> Konstrukt R3 je bil po svoji zgradbi enak prvotnemu, vendar so v zaporedju distančnika med RNA-stikalom in nhaA genom, predviden RBS nadomestili s Shine Dalgarnovim zaporedjem. Ta konstrukt bi jim pomagal pri povečanju občutljivost, saj bi izboljšali izražanje reporterskega gena [1].<br /> Konstrukt R4 se je od R1 in R3 razlikoval le v tem, da je imel vstavljeno zaporedje g10T7 RBS, ki je bilo pridobljeno iz bakteriofaga T7. S to zamenjavo so želeli preveriti, če bi lahko izražanje reporterskega gena izboljšali z močnejšim vezavnim mestom za ribosom [1].<br /> Konstrukt R5 je služil kot kontrola in je vseboval le promotor T7 in reporterski protein [1].<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ===Kloniranje konstruktov in preverjanje uspešnosti===<br /> Uspešnost kloniranja so preverjali s pomočjo sekvenciranja, samo kloniranje pa so izvedli z metodo Golden Gate assembly (GGA). Po natančno izvedenih eksperimentih so odkrili, da so le pri konstruktu R1 ter kontrolnemu konstruktu R5 dobili zanesljive rezultate [1].<br /> <br /> ===Ugotavljanje najboljših pogojev za rast bakterij===<br /> Na začetku so vse celične teste izvajali v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ in pH 9. To vrednost so izbrali z razlogom, ker bakterije v bolj bazičnem okolju vnašajo večje koncentracije litijevih ionov. Vendar so hitro prišli do spoznanja, da je rast bakterij v takšnem okolju močno inhibirana. Za izvajanje nadaljnih eksperimentov pri optimalnih pogojih, so rast testirali v različnih medijih z različno vsebnostjo hranil in vrednostjo pH. Uporabili so konstrukt pozitivne kontrole, kjer je bil sfGFP pod kontrolo z raminozo inducibilnega T7 promotorja. Iz rezultatov so ugotovili, da je bilo izražanje sfGFP v mediju LB z nizko koncentracijo Na+ največje, vendar je bila rast bakterij najpočasnejša. Tudi v mediju TB, ki je imelo najboljše razmerje hranil, je bila ekspresija sfGFP nepričakovano nizka. Iz tega so sklepali na negativen vpliv koncentracije soli v mediju na meritve. Pri visokih vrednostih pH je bila rast bakterij močno inhibirana, zato so se odločili uporabiti medij z nevtralno vrrednostjo pH [1].<br /> <br /> <br /> ===Identifikacija najbolj uspešnega konstrukta za testni sistem===<br /> Zaradi različnih kombinacij konstruktov so najprej vse testirali v celičnem okolju in nekaj kombinacij uspeli izločiti še preden bi eksperimente začeli izvajati v cenovno dražjih brezceličnih sistemih. Izražanje konstruktov so pri vseh eksperimentih inducirali z dodatkom raminoze.<br /> Pri testiranju konstruktov s sfGFP so identificirali le en najbolj primeren konstrukt, in sicer konstrukt 1G. Za razliko od konstruktov 2G, 3G, in 4G, se ta uspešno odziva na koncentracijo Li+ ionov s spreminjanjem konformacije (odprta ali zaprta). Prav tako so pozitivne rezultate dobili pri kontrolnem konstruktu 5G. Naknadno so pri kontruktu 1G preverili še odziv na različne koncentracije Li+ ionov in dokazali natančno in zanesljivo zaznavanje tako terapevtskih koncentracij kot razlikovanje med toksično in netoksično koncentracijo litija.<br /> Kontrukte, ki so vsebovali reporter mScarlet-13 so izločili, saj konstrukt 1M ni razlikoval med različnimi koncentracijami Li+ ionov, najverjetneje zaradi nepravilnega zvitja RNA-stikala.<br /> Vsi celični testi s konstrukti, ki so vsebovali LacZ so se izvajali v bakterijah E.coli KRX, pri teh pa so naleteli na kar nekaj težav. Težave so imeli že pri sami sintezi LacZ zaporedja, nato so pri testiranju z X-Gal dobili binarne rezultate, zato s tem substratom niso izvajali kvalitativnih meritev. Pri testu substrata ONPG so imeli težave s toksičnimi kemikalijami (β merkaptoetanol, kloroform), zato je bilo potrebno te izvajati v digestoriju. Med testiranjem z različnimi koncentracijami Li+ ionov pri OD420 so dobili precej slabše rezultate kot pričakovano, kar pa je na koncu vodilo v zavrnitev teh konstruktov. <br /> Testiranja za reporter NanoLuc so izvajali v sevih E.coli KRX in BL21(D3), te kulture pa so različno redčili zaradi intenzitete signala, ki je odvisna tako od encima kot tudi od substrata (Furimazin). Najprej so razvoj in intenziteto signala merili le s kontrolo (konstrukt R5), da bi se izognili vplivom litijevih ionov. Za sev KRX so določili optimalno redčitev kulture 1:100, za BL21(D3) pa 1:1000. Nato so testirali še odziv stikala na prisotnost litija. Pri sevu BL21(D3) se je samo konstrukt 2N odzval s signifikantno višjo intenziteto signala, medtem ko se je pri sevu KRX najboljše odzval 1N konstrukt, rezultati za konstrukt 2N pa so bili tukaj slabši [1]. <br /> <br /> ===Testiranje sistema v brezceličnem okolju===<br /> Za izražanje proteinov v brezceličnem okolju so uporabili biotechrabbit RTS E. coli HY kit, s katerim so testirali le konstrukta 1G in 1N. Pridobljeni rezultati so pokazali uspešno zasnovo testnega sistema, saj so s konstruktoma uspešno detektirali litijeve ione. Pri konstruktu 1G niso testirali odziva na različne koncentracije Li+ ionov, vendar samo na prisotnost ali odsotnost ionov. Pri konstruktu 1N pa so izvedli test odziva na različne koncentracije litijevih ionov in ugotovili, da je izražanje proteina NanoLuc povišano ob prisotnosti litija. Tukaj signal pri višjih koncentracijah ni naraščal kot so pričakovali, temveč je upadal. Trdijo, da bi lahko bili rezultati nezanesljivi, saj eksperimenta niso ponovili, hkrati pa bi lahko bila problematična prehitra poraba substrata [1].<br /> <br /> ==Cilji za prihodnost==<br /> Za izboljšanje njihovega testnega sistema LI+on Switch bi v prihodnosti potrebovali optimizirati konstrukte 1N in 1G za boljšo kvantifikacijo Li+. Prav tako bi bilo potrebno testirati odziv konstrukta 1G pri različnih koncentracijah litijevih ionov, pri konstruktu 1N pa izvesti več meritev [1].<br /> <br /> ==Literatura== <br /> [1] Project Description | TU-Braunschweig - iGEM 2023 https://2023.igem.wiki/tu-braunschweig/description (accessed May 16, 2024).<br /> [2] R. Machado-Vieira, H. K. Manji, C. A. Zarate: The role of lithium in the treatment of bipolar disorder: convergent evidence for neurotrophic effects as a unifying hypothesis. Bipolar Disord 2009, 11, 92.<br /> [3] C. Volkmann, T. Bschor, S. Köhler: Lithium Treatment Over the Lifespan in Bipolar Disorders. Front Psychiatry 2020, 11.<br /> [4] K. Kavita, R. R. Breaker: Discovering riboswitches: the past and the future. Trends Biochem Sci 2023, 48, 119.</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23726 2024-05-19T17:40:39Z

<p>Hanaglavnik: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2021&diff=19485 2021-10-31T13:55:52Z

<p>Hanaglavnik: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 */</p> <hr /> <div>= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 =<br /> <br /> <br /> ==Urša Štefan - Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji==<br /> <br /> Pojav dvovijačne DNA v citosolu je v celici največkrat pokazatelj celične abnormalnosti – virusne okužbe, poškodbe dednega materiala, oksidativnega stresa ali rakave transformacije. Celice so zato razvile načine zaznavanja prisotnosti DNA v citosolu. Eden izmed takšnih je signalna pot STING. Protein ciklična GMP-AMP sintetaza po vezavi z DNA sintetizira cGAMP, ki aktivira protein STING, vezan v membrani endoplazmatskega retikuluma. Ta se transportira do Golgijevega aparata, kjer mu vezava kinaze TBK1 omogoča aktivacijo transkripcijskih faktorjev IRF3 in NF-κB za citokine. Poleg odziva na citosolno DNA protein STING sodeluje tudi v regulaciji celičnega metabolizma, celičnega cikla, pri indukciji avtofagije, regulaciji ravni kalcija in kot senzor poškodb DNA. Zaradi svojega velikega obsega delovanja je signalna pot STING tarča razvoja številnih zdravil, ki pa je do zdaj bil le delno uspešen. Članek opiše signalno pot STING, njene funkcije v celici in na kratko povzame vlogo signalne poti pri zdravljenju rakavih obolenj.<br /> <br /> ==Hana Glavnik - S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida==<br /> <br /> S-glutationilacija proteinov ima v celici pomembno vlogo. Ob zvišanju koncentracije reaktivnih kisikovih spojin (ROS), se v celici vzpostavi stanje oksidativnega stresa. Ker so za celico te spojine toksične, je razvila mehanizme, ki ji pomagajo uravnavati njihovo koncentracijo in zaščitijo ostale spojine v celici pred ireverzibilno oksidacijo. Najbolj pomembna spojina med ROS je vodikov peroksid, ki ima poleg toksičnih vplivov tudi lastnosti sekundarnega sporočevalca. Ob nastopu oksidativnega stresa v celici in povišane koncentracije vodikovega peroksida, zaznata signale encima GRX1 in GRX2, ki glutationilirata proteine z vezavo glutationa (GSH) na tiolne skupine cisteinov (-SH) in jih tako zaščitita pred poškodbami. Hkrati se s potekom S-glutationilacije aktivirajo tiste metabolične poti, pri katerih nastajajo antioksidanti, največkrat NADPH, ki pomagajo razgraditi vodikov peroksid in ostale ROS spojine. Tiste poti, pri katerih nastajajo ROS spojine so inhibirane s strani S-glutationilacije, dokler ne pride do signala, ki ga sprejmeta GRX1/2. To sproži njune deglutationilacijske aktivnosti in z deglutationilacijo encimov se stanje v celici se normalizira in metabolične poti lahko potekajo nemoteno.</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2021&diff=19480 2021-10-30T16:55:46Z

<p>Hanaglavnik: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''priimek, ime'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Valte, David||12||Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov||Mitkov, Kostadin||Brdnik, Nuša||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Kolar, Alliana||12||Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji||Vukšinić, Ivana||Premrl, Petja||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Glavnik, Hana||12||S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida||Kovač, Ela||Kavčič, Ema||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Štefan, Urša||12||Evolucija signalizacije STING in njena povezava z rakavimi obolenji||Vujović, Nataša||Zajec, Tina||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Butara, Tinkara||12||Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih||Sotlar, Špela||Žnidar, Žan||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Špehar, Pia||12||Integrini in njihove funkcije||Trošt, Pia||Rus, Metka||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Urh, Tina||12||Nevrotransmiterji kot bodoče tarče pri zdravljenju raka||Maučec, Ana||Loborec, Mark||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Rotar, Andraž||12||Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih||Priveršek, Maj||Kastelic, Ana||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Starc, Gaja||12||Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres||Spruk, Teja||Možina, Gašper||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Resnik, Katja||12||Signalna omrežja, ki povzročajo raka||Deutsch, Maja||Sotlar, Pia||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Bohte, Janja||14-15||||Valte, David||Mitkov, Kostadin||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Miklošič, Maja||14-15||||Kolar, Alliana||Vukšinić, Ivana||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kovačić, Marko||14-15||||Glavnik, Hana||Kovač, Ela||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kolbl, Karidia||14-15||||Štefan, Urša||Vujović, Nataša||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kos Thaler, Nuša||14-15||||Butara, Tinkara||Sotlar, Špela||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Ažbe, Klara||16||||Špehar, Pia||Trošt, Pia||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Jerič, Sara||16||||Urh, Tina||Maučec, Ana||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Mencin, Pia||16||||Rotar, Andraž||Priveršek, Maj||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Weingerl, Zarja||16||||Starc, Gaja||Spruk, Teja||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Kartal, Ena||16||||Resnik, Katja||Deutsch, Maja||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Struna, Gašper||17||||Bohte, Janja||Valte, David||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Špenko, Andrej||17||||Miklošič, Maja||Kolar, Alliana||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Zevnik, Urša||17||||Kovačić, Marko||Glavnik, Hana||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Peternel, Neža||17||||Kolbl, Karidia||Štefan, Urša||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Vidmar, Nik||17||||Kos Thaler, Nuša||Butara, Tinkara||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Trebušak, Jan||18||||Ažbe, Klara||Špehar, Pia||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Kores, Lana||18||||Jerič, Sara||Urh, Tina||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Razdevšek, Miha||18||||Mencin, Pia||Rotar, Andraž||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Javeršek, Tina||18||||Weingerl, Zarja||Starc, Gaja||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Kočman, Klara||18||||Kartal, Ena||Resnik, Katja||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Jošt, Lev||19||||Struna, Gašper||Bohte, Janja||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Razboršek, Klara||19||||Špenko, Andrej||Miklošič, Maja||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Rapuš, Špela||19||||Zevnik, Urša||Kovačić, Marko||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Mencigar, Maša||19||Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih||Peternel, Neža||Kolbl, Karidia||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Ivošević, Vanja||19||||Vidmar, Nik||Kos Thaler, Nuša||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Kogovšek, Jan||20||||Trebušak, Jan||Ažbe, Klara||||||<br /> |-<br /> | Brdnik, Nuša||20||||Kores, Lana||Jerič, Sara||||||<br /> |-<br /> | Premrl, Petja||20||||Razdevšek, Miha||Mencin, Pia||||||<br /> |-<br /> | Kavčič, Ema||20||||Javeršek, Tina||Weingerl, Zarja||||||<br /> |-<br /> | Zajec, Tina||20||||Kočman, Klara||Kartal, Ena||||||<br /> |-<br /> | Žnidar, Žan||21||||Jošt, Lev||Struna, Gašper||||||<br /> |-<br /> | Rus, Metka||21||||Razboršek, Klara||Špenko, Andrej||||||<br /> |-<br /> | Loborec, Mark||21||||Rapuš, Špela||Zevnik, Urša||||||<br /> |-<br /> | Kastelic, Ana||21||||Mencigar, Maša||Peternel, Neža||||||<br /> |-<br /> | Možina, Gašper||21||||Ivošević, Vanja||Vidmar, Nik||||||<br /> |-<br /> | Sotlar, Pia||22||||Kogovšek, Jan||Trebušak, Jan||||||<br /> |-<br /> | Mitkov, Kostadin||22||||Brdnik, Nuša||Kores, Lana||||||<br /> |-<br /> | Vukšinić, Ivana||22||||Premrl, Petja||Razdevšek, Miha||||||<br /> |-<br /> | Kovač, Ela||22||||Kavčič, Ema||Javeršek, Tina||||||<br /> |-<br /> | Vujović, Nataša||22||||Zajec, Tina||Kočman, Klara||||||<br /> |-<br /> | Sotlar, Špela||23||||Žnidar, Žan||Jošt, Lev||||||<br /> |-<br /> | Trošt, Pia||23||||Rus, Metka||Razboršek, Klara||||||<br /> |-<br /> | Maučec, Ana||23||||Loborec, Mark||Rapuš, Špela||||||<br /> |-<br /> | Priveršek, Maj||23||||Kastelic, Ana||Mencigar, Maša||||||<br /> |-<br /> | Spruk, Teja||23||||Možina, Gašper||Ivošević, Vanja||||||<br /> |-<br /> | Deutsch, Maja||23||||Sotlar, Pia||Kogovšek, Jan||||||<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2020|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2021&diff=19479 2021-10-30T16:55:20Z

<p>Hanaglavnik: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''priimek, ime'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Valte, David||12||Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov||Mitkov, Kostadin||Brdnik, Nuša||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Kolar, Alliana||12||Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji||Vukšinić, Ivana||Premrl, Petja||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Glavnik, Hana||12||S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti na signalov vodikovega peroksida||Kovač, Ela||Kavčič, Ema||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Štefan, Urša||12||Evolucija signalizacije STING in njena povezava z rakavimi obolenji||Vujović, Nataša||Zajec, Tina||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Butara, Tinkara||12||Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih||Sotlar, Špela||Žnidar, Žan||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Špehar, Pia||12||Integrini in njihove funkcije||Trošt, Pia||Rus, Metka||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Urh, Tina||12||Nevrotransmiterji kot bodoče tarče pri zdravljenju raka||Maučec, Ana||Loborec, Mark||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Rotar, Andraž||12||Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih||Priveršek, Maj||Kastelic, Ana||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Starc, Gaja||12||Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres||Spruk, Teja||Možina, Gašper||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Resnik, Katja||12||Signalna omrežja, ki povzročajo raka||Deutsch, Maja||Sotlar, Pia||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Bohte, Janja||14-15||||Valte, David||Mitkov, Kostadin||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Miklošič, Maja||14-15||||Kolar, Alliana||Vukšinić, Ivana||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kovačić, Marko||14-15||||Glavnik, Hana||Kovač, Ela||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kolbl, Karidia||14-15||||Štefan, Urša||Vujović, Nataša||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kos Thaler, Nuša||14-15||||Butara, Tinkara||Sotlar, Špela||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Ažbe, Klara||16||||Špehar, Pia||Trošt, Pia||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Jerič, Sara||16||||Urh, Tina||Maučec, Ana||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Mencin, Pia||16||||Rotar, Andraž||Priveršek, Maj||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Weingerl, Zarja||16||||Starc, Gaja||Spruk, Teja||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Kartal, Ena||16||||Resnik, Katja||Deutsch, Maja||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Struna, Gašper||17||||Bohte, Janja||Valte, David||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Špenko, Andrej||17||||Miklošič, Maja||Kolar, Alliana||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Zevnik, Urša||17||||Kovačić, Marko||Glavnik, Hana||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Peternel, Neža||17||||Kolbl, Karidia||Štefan, Urša||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Vidmar, Nik||17||||Kos Thaler, Nuša||Butara, Tinkara||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Trebušak, Jan||18||||Ažbe, Klara||Špehar, Pia||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Kores, Lana||18||||Jerič, Sara||Urh, Tina||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Razdevšek, Miha||18||||Mencin, Pia||Rotar, Andraž||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Javeršek, Tina||18||||Weingerl, Zarja||Starc, Gaja||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Kočman, Klara||18||||Kartal, Ena||Resnik, Katja||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Jošt, Lev||19||||Struna, Gašper||Bohte, Janja||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Razboršek, Klara||19||||Špenko, Andrej||Miklošič, Maja||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Rapuš, Špela||19||||Zevnik, Urša||Kovačić, Marko||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Mencigar, Maša||19||Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih||Peternel, Neža||Kolbl, Karidia||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Ivošević, Vanja||19||||Vidmar, Nik||Kos Thaler, Nuša||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Kogovšek, Jan||20||||Trebušak, Jan||Ažbe, Klara||||||<br /> |-<br /> | Brdnik, Nuša||20||||Kores, Lana||Jerič, Sara||||||<br /> |-<br /> | Premrl, Petja||20||||Razdevšek, Miha||Mencin, Pia||||||<br /> |-<br /> | Kavčič, Ema||20||||Javeršek, Tina||Weingerl, Zarja||||||<br /> |-<br /> | Zajec, Tina||20||||Kočman, Klara||Kartal, Ena||||||<br /> |-<br /> | Žnidar, Žan||21||||Jošt, Lev||Struna, Gašper||||||<br /> |-<br /> | Rus, Metka||21||||Razboršek, Klara||Špenko, Andrej||||||<br /> |-<br /> | Loborec, Mark||21||||Rapuš, Špela||Zevnik, Urša||||||<br /> |-<br /> | Kastelic, Ana||21||||Mencigar, Maša||Peternel, Neža||||||<br /> |-<br /> | Možina, Gašper||21||||Ivošević, Vanja||Vidmar, Nik||||||<br /> |-<br /> | Sotlar, Pia||22||||Kogovšek, Jan||Trebušak, Jan||||||<br /> |-<br /> | Mitkov, Kostadin||22||||Brdnik, Nuša||Kores, Lana||||||<br /> |-<br /> | Vukšinić, Ivana||22||||Premrl, Petja||Razdevšek, Miha||||||<br /> |-<br /> | Kovač, Ela||22||||Kavčič, Ema||Javeršek, Tina||||||<br /> |-<br /> | Vujović, Nataša||22||||Zajec, Tina||Kočman, Klara||||||<br /> |-<br /> | Sotlar, Špela||23||||Žnidar, Žan||Jošt, Lev||||||<br /> |-<br /> | Trošt, Pia||23||||Rus, Metka||Razboršek, Klara||||||<br /> |-<br /> | Maučec, Ana||23||||Loborec, Mark||Rapuš, Špela||||||<br /> |-<br /> | Priveršek, Maj||23||||Kastelic, Ana||Mencigar, Maša||||||<br /> |-<br /> | Spruk, Teja||23||||Možina, Gašper||Ivošević, Vanja||||||<br /> |-<br /> | Deutsch, Maja||23||||Sotlar, Pia||Kogovšek, Jan||||||<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2020|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2021&diff=19466 2021-10-22T09:50:13Z

<p>Hanaglavnik: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''priimek, ime'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Valte, David||12||||Mitkov, Kostadin||Brdnik, Nuša||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Kolar, Alliana||12||||Vukšinić, Ivana||Premrl, Petja||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Glavnik, Hana||12||Reakcije S-glutationilacije proteinov kot globalni inhibitorji celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti na signale vodikovega peroksida||Kovač, Ela||Kavčič, Ema||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Štefan, Urša||12||||Vujović, Nataša||Zajec, Tina||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Butara, Tinkara||12||Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih||Sotlar, Špela||Žnidar, Žan||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Špehar, Pia||12||||Trošt, Pia||Rus, Metka||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Urh, Tina||12||||Maučec, Ana||Loborec, Mark||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Rotar, Andraž||12||||Priveršek, Maj||Kastelic, Ana||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Starc, Gaja||12||||Spruk, Teja||Možina, Gašper||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Resnik, Katja||12||||Deutsch, Maja||Sotlar, Pia||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Bohte, Janja||14-15||||Valte, David||Mitkov, Kostadin||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Miklošič, Maja||14-15||||Kolar, Alliana||Vukšinić, Ivana||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kovačić, Marko||14-15||||Glavnik, Hana||Kovač, Ela||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kolbl, Karidia||14-15||||Štefan, Urša||Vujović, Nataša||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kos Thaler, Nuša||14-15||||Butara, Tinkara||Sotlar, Špela||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Ažbe, Klara||16||||Špehar, Pia||Trošt, Pia||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Jerič, Sara||16||||Urh, Tina||Maučec, Ana||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Mencin, Pia||16||||Rotar, Andraž||Priveršek, Maj||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Weingerl, Zarja||16||||Starc, Gaja||Spruk, Teja||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Kartal, Ena||16||||Resnik, Katja||Deutsch, Maja||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Struna, Gašper||17||||Bohte, Janja||Valte, David||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Špenko, Andrej||17||||Miklošič, Maja||Kolar, Alliana||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Zevnik, Urša||17||||Kovačić, Marko||Glavnik, Hana||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Peternel, Neža||17||||Kolbl, Karidia||Štefan, Urša||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Vidmar, Nik||17||||Kos Thaler, Nuša||Butara, Tinkara||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Trebušak, Jan||18||||Ažbe, Klara||Špehar, Pia||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Kores, Lana||18||||Jerič, Sara||Urh, Tina||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Razdevšek, Miha||18||||Mencin, Pia||Rotar, Andraž||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Javeršek, Tina||18||||Weingerl, Zarja||Starc, Gaja||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Kočman, Klara||18||||Kartal, Ena||Resnik, Katja||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Jošt, Lev||19||||Struna, Gašper||Bohte, Janja||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Razboršek, Klara||19||||Špenko, Andrej||Miklošič, Maja||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Rapuš, Špela||19||||Zevnik, Urša||Kovačić, Marko||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Mencigar, Maša||19||||Peternel, Neža||Kolbl, Karidia||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Ivošević, Vanja||19||||Vidmar, Nik||Kos Thaler, Nuša||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Kogovšek, Jan||20||||Trebušak, Jan||Ažbe, Klara||||||<br /> |-<br /> | Brdnik, Nuša||20||||Kores, Lana||Jerič, Sara||||||<br /> |-<br /> | Premrl, Petja||20||||Razdevšek, Miha||Mencin, Pia||||||<br /> |-<br /> | Kavčič, Ema||20||||Javeršek, Tina||Weingerl, Zarja||||||<br /> |-<br /> | Zajec, Tina||20||||Kočman, Klara||Kartal, Ena||||||<br /> |-<br /> | Žnidar, Žan||21||||Jošt, Lev||Struna, Gašper||||||<br /> |-<br /> | Rus, Metka||21||||Razboršek, Klara||Špenko, Andrej||||||<br /> |-<br /> | Loborec, Mark||21||||Rapuš, Špela||Zevnik, Urša||||||<br /> |-<br /> | Kastelic, Ana||21||||Mencigar, Maša||Peternel, Neža||||||<br /> |-<br /> | Možina, Gašper||21||||Ivošević, Vanja||Vidmar, Nik||||||<br /> |-<br /> | Sotlar, Pia||22||||Kogovšek, Jan||Trebušak, Jan||||||<br /> |-<br /> | Mitkov, Kostadin||22||||Brdnik, Nuša||Kores, Lana||||||<br /> |-<br /> | Vukšinić, Ivana||22||||Premrl, Petja||Razdevšek, Miha||||||<br /> |-<br /> | Kovač, Ela||22||||Kavčič, Ema||Javeršek, Tina||||||<br /> |-<br /> | Vujović, Nataša||22||||Zajec, Tina||Kočman, Klara||||||<br /> |-<br /> | Sotlar, Špela||23||||Žnidar, Žan||Jošt, Lev||||||<br /> |-<br /> | Trošt, Pia||23||||Rus, Metka||Razboršek, Klara||||||<br /> |-<br /> | Maučec, Ana||23||||Loborec, Mark||Rapuš, Špela||||||<br /> |-<br /> | Priveršek, Maj||23||||Kastelic, Ana||Mencigar, Maša||||||<br /> |-<br /> | Spruk, Teja||23||||Možina, Gašper||Ivošević, Vanja||||||<br /> |-<br /> | Deutsch, Maja||23||||Sotlar, Pia||Kogovšek, Jan||||||<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2020|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020_Povzetki_seminarjev&diff=16256 2020-03-22T11:50:14Z

<p>Hanaglavnik: /* Hana Glavnik: Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo */</p> <hr /> <div>=== Anna Scott: Notting Hill ===<br /> William Thacker (Hugh Grant) is a London bookstore owner whose humdrum existence is thrown into romantic turmoil when famous American actress Anna Scott (Julia Roberts) appears in his shop. A chance encounter over spilled orange juice leads to a kiss that blossoms into a full-blown affair. As the average bloke and glamorous movie star draw closer and closer together, they struggle to reconcile their radically different lifestyles in the name of love.<br /> <br /> === Sara Golob: Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni ===<br /> <br /> Pri Alzheimerjevi bolezni pride do padca kognitivnih funkcij, kot so spomin, govor, pozornost, učenje, itd. Razvije se zaradi različnih dejavnikov, ki so lahko dedni ali okoljski. Eden od okoljskih dejavnikov je okužba z virusom Herpes simpleks tip 1. Ta povzroči večje izražanje ε4 alela apolipoproteina E, ki povzroča nalaganje Tau proteina in amiloida beta, ki sestavljata senilne plake pri Alzheimerjevi bolezni. To povezavo so odkrili s protitelesi proti virusu Herpes simpleks tipa 1 ter preko lizosomske okvare, zaradi katere pride do nalaganja amiloida beta v možganih. Dokazana je bila tudi povezava med Alzheimerjevo boleznijo in drugimi boleznimi (epilepsija, demenca, shizofrenija, fibromialgija, demenca), pri katerih je opazna kognitivna disfunkcija. Pri bolnikih z epilepsijo so odkrili amiloidne plake, ki so značilni za Alzheimerjevo bolezen, zaradi česar je večja verjetnost, da oboleli za epilepsijo zbolijo še za Alzheimerjevo boleznijo in obratno. Herpes simpleks virus redko povzroča tudi akutni encefalitis, katerega posledica so epileptični napadi, izguba spomina in spremembe v vedenju. Zato znanstveniki menijo, da je povezava med epilepsijo in Alzheimerjevo boleznijo tudi v apolipoproteinu E.<br /> <br /> === Ena Kartal: Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije ===<br /> Čeprav je bila vzpostavljena povezava med kroničnim vnetjem in nevrodegenerativnimi boleznimi, je bilo veliko odprtih vprašanj v zvezi s tem, kako celično staranje, proces, pri katerem celice, ki se nehajo deliti pod stresom, izločijo mešanico vnetnih beljakovin, vplivajo na te patologije. Raziskovalci poročajo, da staranje v astrocitih, ki je najbolj razširjena vrsta celic v možganih, vodi do škodljive '' ekscitotoksičnosti '' na kortikalnih nevronih, ki so vključeni v spomin.In pri tem pride do Alzheimerjeve bolezni,ki je najpogostejši vzrok demence pri starejših, je nepopravljiva, napredujoča možganska motnja, ki ubija možganske celice in postopoma uničuje spomin.<br /> <br /> === Lenka Stanković: Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 ===<br /> <br /> Karakteristika raka je njegova sposobnost spodbujanja angiogeneze, oziroma tvorba novih krvnih žil. Angiogeneza prispeva k rasti in napredovanju tumorja z induciranjem in vzdrževanjem kislega / hipoksičnega in imunosupresivnega okolja. Krvne žile v rakih so pogosto nefunkcionalne in omejujejo promet s T-celicami. Odkritje angiogenih zaviralcev naj bi pripomoglo k zmanjšanju umrljivosti zaradi karcinomov. Tukaj prikazujemo, da imunoterapija proti CD40 poveča tumorsko infiltracijo CD8+T, vendar regresijo tumorja dosežemo močneje, če anti-CD40 kombinirano z dvojno blokado Ang2 in VEGFA. Kombinacija anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonističkih protiteles proti anti-CD40 omogoča zavrnitev tumorjev pri sintetičnih modelih tumorjev. Proučevali so odzive tumorjev na anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonistična protitelesa proti CD40 v različnih modelih mišjega raka. V raziskavi so pokazali, da kombinacija agonističnih protiteles CD40 z dvojno blokado VEGFA/Ang2 povečuje protitumorski odziv v modelnih raka miši s pomočjo sinergistične regulacije genov in indukcije imunskega permisivnega mikrookruženja tumorja, za katero je značilno provnetno (M1 podobno) aktivacijo makrofagov, vaskularno normalizacija ter izboljšanja infiltracije in prostorska lokalizacija efektorskih T-celic. T-celice pošljejo signale drugim vrstam imunskih celic, vključno s citotoksičnimi T celicami CD8+. Citotoksične T-celice, znane tudi kot CD8 + T-celice, izražajo svoje TCR, ki jih spremlja glikoprotein CD8. CD8 + T-celice so povezane z učinkovitim ubijanjem rakavih celic: med antigensko specifično aktivacijo afiniteta med CD8 glikoproteinom, izraženim s celico CD8 + T, in molekulo MHC razreda I, izraženo z rakavo celico, ohranja obe vrsti celic skupaj. Tesna vezava T celic in rakavih celic skozi kompleks CD8 / TCR in kompleks antigen / MHC-I povzroči, da celice CD8 + T izločajo perforin in grancime, kar vodi v lizo rakavih celic.<br /> <br /> === Nika Tomsič: Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije ===<br /> Po oceni World Health Organisation- World malaria report 2019 je v letu 2018 bilo 228 milijonov primerov malarije. Sladkor je glavni vir energije parazita, zato je razumevanje presnove sladkorjev pomembna tema, ki bi lahko predstavljala pomoč pri sestavljanju zdravil in izrivanju tega parazita. Glavna razlika v presnovi sladkorjev med parazitom in drugimi organizmi je prenašalec, ki sladkorje prenaša v celico. Za to je odgovoren šeskotni prenašalec PfHT1, ki je sposoben transportirati bodisi glukozo kot fruktozo. Strukturno pa je zelo podoben prenašalcem človeške celice GLUT. Prenašalec obsega 12 transmembranskih vijačnic, ki tvorijo osrednjo pot za vstop glukoze. Ključni del proteina pa predstavljajo izrastki ki delujejo kot receptorji za sladkorje. Sladkorne prenašalce še nadaljnjo stabilizirajo solne medcelične povezave. Druga velika razlika med PfHT1 in drugimi prenašalci je brez dvoma način odpiranja in zapiranja prenašalca, saj ni sestavljenen samo iz treh običajnih stanj (odprto navznoter, zaprto, odprto navznoter), temveč ga zaznamujejo še dve vmesni stanji (zaprto navznoter in zaprto navzven, angl. inward–occluded in outward-occluded). Nadaljnjo raziskovanje bi torej lahko omogočilo razvoja novih antimalaričnih zdravil, ki blokirajo uvoz sladkorja in zastrašujejo parazita do smrti oz. razvoja novih zaviralcev, ki so bolj specifični za blokiranje funkcije PfHT1, ne da bi pri tem vplivali na transport sladkorja v človeških celicah.<br /> <br /> === Maša Mencigar: Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem ===<br /> Apoptotske celice v telesu lahko nadzorujejo imunski sistem in preprečijo nezaželene imunske odzive na telesu lastna tkiva oziroma celice. Avtoimune bolezni so kronične, neozdravljive in predstavlajo velik zdravstven problem, saj bolniki trpijo, hkrati pa povzročajo velike stroške. Znanstveniki iz nemškega centra za raziskave rakavih bolezni (DKFZ - Deutsches Krebsforschungszentrum; angl: German Cancer Research Center) so našli receptor na imunskih celicah miši, ki aktivira ta zaščitni mehanizem in prepreči nevarne avtoimunske reakcije. Ta receptor se imenuje dektin-1, ki ima dvojno vlogo, saj veže beta-glukane in aksin proteine. Pomankanje dektina-1 vodi do simptomov avtoimunih bolezni šele proti koncu življenske dobe. Ključna pa je povezava med encimom NAHPH oksidazo-2 in dektinom-1, zato imajo ljudje, ki nimajo tega encima avtoimune bolezni.<br /> <br /> === Ema Kovačič: Izpostavljenost ploda materini mikrobioti ===<br /> Študija o prehodu materine mikrobiote skozi placento pri otrocih, ki so se rodili s carskim rezom prezgodaj in normalno. Mamam so vzeli brise iz različnih delov telesa, otrokom pa takoj po rojstvu vzorce iz ustne votline in mekonija. Imunski sistem pri otrocih se razvije že v prenatalnem obdobju. Našli so DNK nekaterih bakterij v posteljici, plodovnici in mekoniju, kar kaže, da se zarodek spopade z bakterijami že v prenatalnem obdobju. Odkritje bakterijskih zapisov v materničnem okolju nakazuje na koesistenco mehanizmov za kontorolo izpostavljenosti pri plodu in materini mikrobioti.<br /> <br /> === Zala Puklavec: Globoko učenje void do odkritja novih antibiotikov===<br /> Zaradi naglega pojava bakterij, ki so odporne na antibiotike, raste potreba po odkritju novih antibiotikov. Zato so naučili globoko nevronsko mrežo napovedati molekule, ki imajo antibakterijske lastnosti. S tem računalniškim modelom so odkrili, da ima halicin (c-Jun N-terminal kinase inhibitor SU3327) zelo močne antibakterijske lastnosti. Nadaljni eksperimenti so pokazali, da deluje na drugačen način kot večina antibiotikov. Za razliko od ostalih je halicin proti E.coli bakteriociden, ne le bakteriostatski. Testirali so ga tudi na bakterijah, za katere po mnenju Svetovne zdravstvene organizacije najnujneje potrebujemo neko obliko zdravljenja, in proti veliki večini je deloval zelo uspešno. Z daljšo izpostavljenostjo E.coli halicinu so poskušali izolirati mutantske celice, ki so razvile odpornost nanj, vendar jim ni uspelo, kar kaže na to, da te odpornosti ni možno ali pa se vsaj veliko težje razvije. Z še nekaj eksperimenti pa so prišli do zaključka, da halicin disipatira transmembranski pH potencial in najverjetneje veže Fe3+ pred pH disipacijo in povezavo z membrano.<br /> <br /> === Martin Stanonik: De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc===<br /> Odkrivamo vedno več proteinov, ki so nastali iz de novo genov. To pomeni, da so se kodirali iz nekodirajočih delov DNA, kar velja za redek proces. V laboratorijskih poskusih je preveliko izražanje teh nastajajočih genov omogočalo boljše delovanje celice v primerjavi z prevelikim izražanjem že vzpostavljenih genov in motenje tega procesa ni vplivalo na delovanje celice. za osebek so uporabili kvas, saj glive kvasovke vsebujejo najboljše lastnosti za izražanje genov.To prikazuje velik potencial, še posebej za timinsko bogate sekvence za izdelavo transmembranskih proteinov. Iz kombinacij različnih analiz je bil predlagan nov model genskega nastanka. Ta odkritja, bi lahko omogočala nov način izdelave polipeptidov, ki nastanejo iz teh, de novo, delov DNA.<br /> <br /> === Klara Kočman: Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 ===<br /> Koronavirusi so veliki, pozitivni RNA virusi. Okuženost z virusom lahko opazimo z značilni simptomi kot so vročina, kašelj in pomanjkanje zraka. Najnovejši tip koronavirusa, SARS-CoV-2, tudi 2019-nCoV, se je prvič pojavil 31. decembra 2019 v mestu Wuhan na Kitajskem. Transport virusa s človeka na človeka je pogost pri telesnih stikih z bolnikom. SARS-CoV-2 primerjajo z virusama MERS-CoV in SARS-CoV. Na podlagi celotne analize genoma in proteinov je virus bližje SARS­-CoV kot MERS-CoV, saj obstaja več kot 90% genetska podobnost s SARS-CoV, medtem kot je s MERS-CoV-jem neznatna. Genom virusa SARS-CoV-2 je sestavljen iz približno 30 kilobaz, ki jih kodira več strukturnih in nestrukturnih proteinov. S SARS-CoV si je podoben po dolžini genoma ter podobnem mehanizmu vstopa v celico ter uporabi celičnih receptorjev (ACE2). Glikoprotein ACE2 se nahaja na površini membrane in je pomemben za vezavo receptorjev gostiteljskih celic in gostitelja. Transmembranski proteini virusa se vežejo na človeško celico preko receptorjev ACE2 (encim za pretvorbo angiotenzina 2). Med 120 sekvencami virusa SARS-CoV-2 ni bila zanana niti ena mutacija, zato lahko s ciljenjem slednjih nudimo zaščito. Znanstveniki z opazovanjem odziva na protitelesa pri miših raziskujejo cepivo.<br /> <br /> ===Timotej Sotošek: Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje Vzhodni respiratorni sindrom koronavirusa===<br /> Zdravilo remdesivir (bolj natančno Remdesivir trifosfat) je preiskovalna spojina, ki je bilo sprva ustvarjeno za zdravit Ebolo. Ima širok spektrum protivirusnih aktivnosti proti RNA virusih kot na primer koronavirusi , Filovirusi,… Njegova tarča je multi-podenotni RNA sintezni kompleks znan pod imenom RNA-odvisna RNA polimeraza na katerem s pomočjo drugih proteinov poteka sinteza virusne RNA verige. Remdesivir je nukleotidni analog ATP-ja s katerim tekmuje za vezavo v nastajajočo se virusno RNA verigo po tem, ko je virus že okuži celico. V primeru, da se Remdesivir uspe vezat v virusno RNA verigo bo ta prenehala rast in tako postala ne uporabna. To pomeni, da je Remdesivir le inhibitor, ki upočasnjuje oz. preprečuje nadaljno širjenje virusa. Raziskave so preiskovale mehanizem inhibicije na virusu Srednje Vzhodni respiratorni sindrom(MERS-CoV) in ga primerjali kako je učinkovit v primerjavi inhibicije virusa Ebola, ter na splošno kako zelo je njegov mehanizem učinkovit. Ker sta si MERS-CoV in SARS-CoV-2 sorodna virusa bi lahko zdravilo Remdesivir pomagal ozdravit obolele z SARS-CoV-2 koronavirusom.<br /> <br /> ===Nika Perko: Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk===<br /> Komarji vrste Aedes aegypti so eni glavnih povzročiteljev bolezni kot so denga, rumena mrzlica, zika in čikungunja. Najdemo jih v tropskem in subtropskem pasu ter celo v Evropi. Znanstveniki Univerze Nove Mehike so poiskali način, kako preprečiti širitev omenjenih bolezni. Ustvarili so naraven insekticid, ki prepreči razvoj komarjev, ko so ti še v stopnji ličinke. Larvicid je sestavljen iz enostavnih komponent: eteričnega olja pomarančevca Citrus sinensis in gliv kvasovk vrste Saccharomyces cervevisiae. Sintetiziran je bil s postopkom enkapsulacije eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk. Med korake tega procesa so vpeljali še enega novega. Z njim so odstranili odvečno eterično olje, ki je ostalo na zunanji strani celic. To je bilo izredno pomembno, saj je odvečno olje delovalo kot repelent. Z različnimi analizami in primerjavami so ugotovili, da struktura celične stene, membrane in oljnih kapljic ostane po enkapsulaciji nespremenjena. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se kvasovke po enkapsulaciji niso mogle več razmnoževat. Testi efektivnosti so bili vzpodbudni, saj je bil larvicid učinkovit pri vseh ličinkah. Najbolj pa je bil učinkovit pri začetni razvojni stopnji ličink. Novi larvicid ima kar nekaj dobrih lastnosti: je naraven, ne more se nenadzorovano širit in tako škodit vodnemu okolju, izdelava je relativno poceni, je neškodljiv za ljudi, dolgo učinkuje…<br /> <br /> === Anja Moškrič: Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR-Cas tipa I ===<br /> Sistem CRISPR-Cas je imunski mehanizem, ki je značilen za veliko prokariontov in arhej. Gre za gruče enakomerno prekinjenih palindromskih ponovitev, ki nosijo zapis za obrambo proti vdoru tujega dednega materiala (virusov in plazmidov). Kratica Cas pa predstavlja s CRISPR povezane gene, ki kodirajo zapis za nekatere encime, ki cepijo DNA. CRISPR lokus je sestavljen iz ponavljajočih CRISPR genov, med katerimi so vmesniki. Na teh pa je shranjena kopija dela zapisa virusa oz. plazmida. S študijo so želeli izvedeti vpliv infekcije bakterije Pseudomonas aeruginosa, s temperiranim oziroma lizogenim bakteriofagom (DMS3), ki se v obliki profaga vključi v dedni material gostiteljske celice. Izbrana bakterijska vrsta vrši sistem CRISPR-Cas tipa I-F. Za primerjavo so za eksperimente uporabljali tudi nekatere mutirane vrste bakterij,ki so imele napako v CRISPR lokusu. Eksperimenti so pokazali, da ob infekciji z nemutiranimi bakteriofagi bakterije niso sposobne uspešno odstranit le-teh. Iz zbranih rezultatov so ugotovili, da je v tem primeru imunski mehanizem slabo prilagojen celicam, saj povzroča imunopatološki efekt (avtoimunost). Do tega pride zaradi nepopolnega ujemanja zapisa na CRISPR vmesnikih s profagi. Če bakteriofagi ne kodirajo zapisa za acr gene (anti-CRISPR geni, ki zatirajo omenjen mehanizem), lahko to privede do izgube sistema CRISPR-Cas skozi evolucijo. <br /> <br /> ===Maja Deutsch: Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline===<br /> Med vsemi mnogoceličarji in njihovimi mikrobiomi se pojavijo številne medsebojne kemične interakcije. Številne molekule, za katere je znano, da jih proizvaja mikrobiom, izrazito vplivajo na ravnovesje med zdravjem in boleznijo. Z uporabo masne spektrometrije in vizualizacije podatkov so bili ocenjeni učinki mikrobioma na celotno kemijo sesalca s primerjavo podatkov metabolomike pri aseptičnih miši in specifičnih-mikroorganizmov-prostih miši. Ugotovljeno je bilo, da mikrobiota vpliva na kemijo vseh organov. To je vključevalo aminokislinske konjugacije žolčnih kislin, ki so bile uporabljene za proizvodnjo fenilalanoholne kisline, tirozoholne kisline in levcoholne kisline, ki prej še niso bile identificirane, kljub obsežnim raziskavam kemije žolčnih kislin. Ti konjugati žolčne kisline so bili najdeni tudi pri ljudeh, vendar so bile bolj pogoste pri bolnikih z vnetnimi črevesnimi boleznmi, cistično fibrozo in pri dojenčkih. Te spojine so agonizirale farnezodini receptor X (FXR) in miši, ki so imele na novo odkrite kisline, so pokazale zmanjšano izražanje genov za sintezo žolčne kisline. Potrebne pa so nadaljnje raziskave, da se ugotovi, ali imajo te spojine fiziološko vlogo v sesalcih in ali prispevajo k črevesnim boleznim, ki so povezane z mikrobiomsko disbiozo.<br /> <br /> === Hana Glavnik: Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo ===<br /> Pri raziskovanju malarije so znanstveniki odkrili pojav, ki so ga poimenovali rozeta. Rozeta je skupek neokuženih rdečih krvnih celic, ki s pomočjo proteinov, ki jih sintetizira parazit obkolijo okuženo rdečo krvno celico. Parazit se tako zaščiti pred gostiteljevim imunskim sistemom, saj ga monocite tako obkoljenega težje zaznajo. Raziskovali so tvorjenje rozet pri različnih pogojih. Izoliranim parazitom so dodali različne vrste monocitov in opazovali njihovo reakcijo. S tem so odkrili tudi protein IGFBP7, ki inducira tvorjenje rozet, vendar le ob prisotnosti dodatnih serumskih faktorjev. Odkritje proteina IGFBP7 je vodilo v odkritje novega načina tvorjenja rozet, tako imenovanega tipa II, saj za razliko od prvotnega tipa I, ta ne poteče spontano. Nato so pod drobnogled vzeli tvorjenje rozet s proteinom IGFBP7. Z namenom, da bi lahko razložili ta pojav, so eritrocite zdravili z encimom Heparinaza in jih nato izpostavili pogojem, ugodnim za nastanek rozet ter opazovali dobljene rezultate. IGFBP7 opozori parazite na prihod monocitov, nato parazit ta protein uporabi kot most, ki se poveže še z dvema človeškima proteinoma na zdravem eritrocitu in tako pomaga pri tvorjenju.<br /> <br /> === Eva Ratajc: Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika ===<br /> Virus Zahodnega Nila (WNV) je glavni povzročitelj virusnega encefalitisa v Združenih državah Amerike. Tudi okužbe z virusom zika (ZIKV) povzročajo resne nevrološke bolezni in prirojene napake. Znano je, da ima pri sproženju imunskega odziva pomembno vlogo Z-DNA vezavni protein 1 (ZBP1). Z-DNA vezavni protein (ZPB1) je citoplazmatski DNA-senzor, ki služi kot receptor za prepoznavanje molekularnih vzorcev. Ob okužbi telesa z virusom zika in virusom Zahodnega Nila se poveča izražanje ZBP1 v mišjih možganih. Zaradi tega so raziskovalci želeli raziskati vlogo ZBP1 pri omejitvi patogeneze pri osebkih, okuženih z navedenima virusoma. Pri miših z izbitim genom za ZBP1 −/− so zaznali višjo stopnjo okužb in višjo smrtnost po okužbi tako s smrtonosno kot z nesmrtonosno obliko virusa Zahodnega Nila kot pri miših divjega tipa (WT). Raziskovalci so ugotovili, da ima ZBP1 ključno vlogo pri omejitvi patogeneze pri miših. ZBP1 prepreči širjenje okužbe WNV in ZIKV v primarnih mišjih celicah in je pomemben za preživetje osebkov z boleznimi, ki ju povzročata omenjena virusa. Pomanjkanje ZBP1 je povzročilo večje količine virusa v serumu in možganih pri ZBP1−/− miših v primerjavi z divjim tipom. Pri ZBP1−/− miših so zaznali tudi višje virusne titre, ki so jih povezali z znižanimi leveli protivirusnih citokinov in kemokinov. <br /> <br /> === Lana Kores: Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona ===<br /> Ionski kanalček TRPA1 (znan tudi kot wasabi receptor) je receptor za dražilce, ki povzročajo akutno bolečino in nevrogeno vnetje. Toksin za wasabi receptor WaTx je toksin avstralskega škorpijona, ki s pasivno difuzijo preide čez membrano celice in se nato veže na TRPA1. WaTx deluje na podoben način kot elektofilni dražilci receptorja, le da v nasprotju z njimi kanalčka ne odpre direktno, ampak le stabilizira njegovo odprto stanje in tako zmanjša prepustnost za Ca2+ ione. Koncentracija Ca2+ ionov je zato zadostna, da povzroči akutno bolečino, ne pa dovolj velika, da bi prišlo do nevrogenega vnetja, kot npr. pri elektrofilnem dražilcu AITC.<br /> <br /> Konec klepeta<br /> Napiši sporočilo ...</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020-seminar&diff=16241 2020-03-18T18:54:43Z

<p>Hanaglavnik: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> {| border=&quot;1&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3<br /> |-<br /> | Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković<br /> |-<br /> | Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar<br /> |-<br /> | Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner<br /> |-<br /> | Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj<br /> |-<br /> | Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina<br /> |-<br /> | Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko<br /> |-<br /> | Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar<br /> |-<br /> | Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak<br /> |-<br /> | Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič<br /> |-<br /> | Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal<br /> |-<br /> | Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić<br /> |-<br /> | Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski<br /> |-<br /> | Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 05.05. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch<br /> |-<br /> | Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc<br /> |-<br /> | Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač<br /> |-<br /> | Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska<br /> |-<br /> | Eva Ratajc || Z-DNA vezni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik<br /> |-<br /> | Lana Kores || Preučevanje kronične bolečine s pomočjo toksina avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar<br /> |-<br /> | Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak<br /> |-<br /> | Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković<br /> |-<br /> | Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal<br /> |-<br /> | Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič<br /> |-<br /> | Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič<br /> |-<br /> | Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih, ki izražajo sintetično protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob<br /> |-<br /> | Ajda Beltram || Razvoj cepiva za COVID-19 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec<br /> |-<br /> | Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik<br /> |-<br /> | Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič<br /> |-<br /> | Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar<br /> |-<br /> | Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić<br /> |-<br /> | Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko<br /> |-<br /> | Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik<br /> |-<br /> | Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman<br /> |-<br /> | Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik<br /> |-<br /> | Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović<br /> |-<br /> | Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc<br /> |-<br /> | Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores<br /> |-<br /> | Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek<br /> |-<br /> | Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek<br /> |-<br /> | Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar<br /> |-<br /> | Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter<br /> |-<br /> | Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene<br /> |-<br /> | Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram<br /> |-<br /> | Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak<br /> |-<br /> | Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša<br /> |-<br /> | Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor<br /> |-<br /> | Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar<br /> |-<br /> | Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič<br /> |-<br /> | Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov<br /> |-<br /> | Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič<br /> |-<br /> | Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban<br /> |-<br /> | Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova<br /> |-<br /> | Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković<br /> |-<br /> | Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020_Povzetki_seminarjev&diff=16229 2020-03-16T19:55:28Z

<p>Hanaglavnik: </p> <hr /> <div>=== Anna Scott: Notting Hill ===<br /> William Thacker (Hugh Grant) is a London bookstore owner whose humdrum existence is thrown into romantic turmoil when famous American actress Anna Scott (Julia Roberts) appears in his shop. A chance encounter over spilled orange juice leads to a kiss that blossoms into a full-blown affair. As the average bloke and glamorous movie star draw closer and closer together, they struggle to reconcile their radically different lifestyles in the name of love.<br /> <br /> === Sara Golob: Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni ===<br /> <br /> Pri Alzheimerjevi bolezni pride do padca kognitivnih funkcij, kot so spomin, govor, pozornost, učenje, itd. Razvije se zaradi različnih dejavnikov, ki so lahko dedni ali okoljski. Eden od okoljskih dejavnikov je okužba z virusom Herpes simpleks tip 1. Ta povzroči večje izražanje ε4 alela apolipoproteina E, ki povzroča nalaganje Tau proteina in amiloida beta, ki sestavljata senilne plake pri Alzheimerjevi bolezni. To povezavo so odkrili s protitelesi proti virusu Herpes simpleks tipa 1 ter preko lizosomske okvare, zaradi katere pride do nalaganja amiloida beta v možganih. Dokazana je bila tudi povezava med Alzheimerjevo boleznijo in drugimi boleznimi (epilepsija, demenca, shizofrenija, fibromialgija, demenca), pri katerih je opazna kognitivna disfunkcija. Pri bolnikih z epilepsijo so odkrili amiloidne plake, ki so značilni za Alzheimerjevo bolezen, zaradi česar je večja verjetnost, da oboleli za epilepsijo zbolijo še za Alzheimerjevo boleznijo in obratno. Herpes simpleks virus redko povzroča tudi akutni encefalitis, katerega posledica so epileptični napadi, izguba spomina in spremembe v vedenju. Zato znanstveniki menijo, da je povezava med epilepsijo in Alzheimerjevo boleznijo tudi v apolipoproteinu E.<br /> <br /> === Ena Kartal: Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije ===<br /> Čeprav je bila vzpostavljena povezava med kroničnim vnetjem in nevrodegenerativnimi boleznimi, je bilo veliko odprtih vprašanj v zvezi s tem, kako celično staranje, proces, pri katerem celice, ki se nehajo deliti pod stresom, izločijo mešanico vnetnih beljakovin, vplivajo na te patologije. Raziskovalci poročajo, da staranje v astrocitih, ki je najbolj razširjena vrsta celic v možganih, vodi do škodljive '' ekscitotoksičnosti '' na kortikalnih nevronih, ki so vključeni v spomin.In pri tem pride do Alzheimerjeve bolezni,ki je najpogostejši vzrok demence pri starejših, je nepopravljiva, napredujoča možganska motnja, ki ubija možganske celice in postopoma uničuje spomin.<br /> <br /> === Lenka Stanković: Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 ===<br /> <br /> Karakteristika raka je njegova sposobnost spodbujanja angiogeneze, oziroma tvorba novih krvnih žil. Angiogeneza prispeva k rasti in napredovanju tumorja z induciranjem in vzdrževanjem kislega / hipoksičnega in imunosupresivnega okolja. Krvne žile v rakih so pogosto nefunkcionalne in omejujejo promet s T-celicami. Odkritje angiogenih zaviralcev naj bi pripomoglo k zmanjšanju umrljivosti zaradi karcinomov. Tukaj prikazujemo, da imunoterapija proti CD40 poveča tumorsko infiltracijo CD8+T, vendar regresijo tumorja dosežemo močneje, če anti-CD40 kombinirano z dvojno blokado Ang2 in VEGFA. Kombinacija anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonističkih protiteles proti anti-CD40 omogoča zavrnitev tumorjev pri sintetičnih modelih tumorjev. Proučevali so odzive tumorjev na anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonistična protitelesa proti CD40 v različnih modelih mišjega raka. V raziskavi so pokazali, da kombinacija agonističnih protiteles CD40 z dvojno blokado VEGFA/Ang2 povečuje protitumorski odziv v modelnih raka miši s pomočjo sinergistične regulacije genov in indukcije imunskega permisivnega mikrookruženja tumorja, za katero je značilno provnetno (M1 podobno) aktivacijo makrofagov, vaskularno normalizacija ter izboljšanja infiltracije in prostorska lokalizacija efektorskih T-celic. T-celice pošljejo signale drugim vrstam imunskih celic, vključno s citotoksičnimi T celicami CD8+. Citotoksične T-celice, znane tudi kot CD8 + T-celice, izražajo svoje TCR, ki jih spremlja glikoprotein CD8. CD8 + T-celice so povezane z učinkovitim ubijanjem rakavih celic: med antigensko specifično aktivacijo afiniteta med CD8 glikoproteinom, izraženim s celico CD8 + T, in molekulo MHC razreda I, izraženo z rakavo celico, ohranja obe vrsti celic skupaj. Tesna vezava T celic in rakavih celic skozi kompleks CD8 / TCR in kompleks antigen / MHC-I povzroči, da celice CD8 + T izločajo perforin in grancime, kar vodi v lizo rakavih celic.<br /> <br /> === Nika Tomsič: Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije ===<br /> Po oceni World Health Organisation- World malaria report 2019 je v letu 2018 bilo 228 milijonov primerov malarije. Sladkor je glavni vir energije parazita, zato je razumevanje presnove sladkorjev pomembna tema, ki bi lahko predstavljala pomoč pri sestavljanju zdravil in izrivanju tega parazita. Glavna razlika v presnovi sladkorjev med parazitom in drugimi organizmi je prenašalec, ki sladkorje prenaša v celico. Za to je odgovoren šeskotni prenašalec PfHT1, ki je sposoben transportirati bodisi glukozo kot fruktozo. Strukturno pa je zelo podoben prenašalcem človeške celice GLUT. Prenašalec obsega 12 transmembranskih vijačnic, ki tvorijo osrednjo pot za vstop glukoze. Ključni del proteina pa predstavljajo izrastki ki delujejo kot receptorji za sladkorje. Sladkorne prenašalce še nadaljnjo stabilizirajo solne medcelične povezave. Druga velika razlika med PfHT1 in drugimi prenašalci je brez dvoma način odpiranja in zapiranja prenašalca, saj ni sestavljenen samo iz treh običajnih stanj (odprto navznoter, zaprto, odprto navznoter), temveč ga zaznamujejo še dve vmesni stanji (zaprto navznoter in zaprto navzven, angl. inward–occluded in outward-occluded). Nadaljnjo raziskovanje bi torej lahko omogočilo razvoja novih antimalaričnih zdravil, ki blokirajo uvoz sladkorja in zastrašujejo parazita do smrti oz. razvoja novih zaviralcev, ki so bolj specifični za blokiranje funkcije PfHT1, ne da bi pri tem vplivali na transport sladkorja v človeških celicah.<br /> <br /> === Maša Mencigar: Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem ===<br /> Apoptotske celice v telesu lahko nadzorujejo imunski sistem in preprečijo nezaželene imunske odzive na telesu lastna tkiva oziroma celice. Avtoimune bolezni so kronične, neozdravljive in predstavlajo velik zdravstven problem, saj bolniki trpijo, hkrati pa povzročajo velike stroške. Znanstveniki iz nemškega centra za raziskave rakavih bolezni (DKFZ - Deutsches Krebsforschungszentrum; angl: German Cancer Research Center) so našli receptor na imunskih celicah miši, ki aktivira ta zaščitni mehanizem in prepreči nevarne avtoimunske reakcije. Ta receptor se imenuje dektin-1, ki ima dvojno vlogo, saj veže beta-glukane in aksin proteine. Pomankanje dektina-1 vodi do simptomov avtoimunih bolezni šele proti koncu življenske dobe. Ključna pa je povezava med encimom NAHPH oksidazo-2 in dektinom-1, zato imajo ljudje, ki nimajo tega encima avtoimune bolezni.<br /> <br /> === Ema Kovačič: Izpostavljenost ploda materini mikrobioti ===<br /> Študija o prehodu materine mikrobiote skozi placento pri otrocih, ki so se rodili s carskim rezom prezgodaj in normalno. Mamam so vzeli brise iz različnih delov telesa, otrokom pa takoj po rojstvu vzorce iz ustne votline in mekonija. Imunski sistem pri otrocih se razvije že v prenatalnem obdobju. Našli so DNK nekaterih bakterij v posteljici, plodovnici in mekoniju, kar kaže, da se zarodek spopade z bakterijami že v prenatalnem obdobju. Odkritje bakterijskih zapisov v materničnem okolju nakazuje na koesistenco mehanizmov za kontorolo izpostavljenosti pri plodu in materini mikrobioti.<br /> <br /> === Zala Puklavec: Globoko učenje void do odkritja novih antibiotikov===<br /> Zaradi naglega pojava bakterij, ki so odporne na antibiotike, raste potreba po odkritju novih antibiotikov. Zato so naučili globoko nevronsko mrežo napovedati molekule, ki imajo antibakterijske lastnosti. S tem računalniškim modelom so odkrili, da ima halicin (c-Jun N-terminal kinase inhibitor SU3327) zelo močne antibakterijske lastnosti. Nadaljni eksperimenti so pokazali, da deluje na drugačen način kot večina antibiotikov. Za razliko od ostalih je halicin proti E.coli bakteriociden, ne le bakteriostatski. Testirali so ga tudi na bakterijah, za katere po mnenju Svetovne zdravstvene organizacije najnujneje potrebujemo neko obliko zdravljenja, in proti veliki večini je deloval zelo uspešno. Z daljšo izpostavljenostjo E.coli halicinu so poskušali izolirati mutantske celice, ki so razvile odpornost nanj, vendar jim ni uspelo, kar kaže na to, da te odpornosti ni možno ali pa se vsaj veliko težje razvije. Z še nekaj eksperimenti pa so prišli do zaključka, da halicin disipatira transmembranski pH potencial in najverjetneje veže Fe3+ pred pH disipacijo in povezavo z membrano.<br /> <br /> === Martin Stanonik: De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc===<br /> Odkrivamo vedno več proteinov, ki so nastali iz de novo genov. To pomeni, da so se kodirali iz nekodirajočih delov DNA, kar velja za redek proces. V laboratorijskih poskusih je preveliko izražanje teh nastajajočih genov omogočalo boljše delovanje celice v primerjavi z prevelikim izražanjem že vzpostavljenih genov in motenje tega procesa ni vplivalo na delovanje celice. za osebek so uporabili kvas, saj glive kvasovke vsebujejo najboljše lastnosti za izražanje genov.To prikazuje velik potencial, še posebej za timinsko bogate sekvence za izdelavo transmembranskih proteinov. Iz kombinacij različnih analiz je bil predlagan nov model genskega nastanka. Ta odkritja, bi lahko omogočala nov način izdelave polipeptidov, ki nastanejo iz teh, de novo, delov DNA.<br /> <br /> === Klara Kočman: Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 ===<br /> Koronavirusi so veliki, pozitivni RNA virusi. Okuženost z virusom lahko opazimo z značilni simptomi kot so vročina, kašelj in pomanjkanje zraka. Najnovejši tip koronavirusa, SARS-CoV-2, tudi 2019-nCoV, se je prvič pojavil 31. decembra 2019 v mestu Wuhan na Kitajskem. Transport virusa s človeka na človeka je pogost pri telesnih stikih z bolnikom. SARS-CoV-2 primerjajo z virusama MERS-CoV in SARS-CoV. Na podlagi celotne analize genoma in proteinov je virus bližje SARS­-CoV kot MERS-CoV, saj obstaja več kot 90% genetska podobnost s SARS-CoV, medtem kot je s MERS-CoV-jem neznatna. Genom virusa SARS-CoV-2 je sestavljen iz približno 30 kilobaz, ki jih kodira več strukturnih in nestrukturnih proteinov. S SARS-CoV si je podoben po dolžini genoma ter podobnem mehanizmu vstopa v celico ter uporabi celičnih receptorjev (ACE2). Glikoprotein ACE2 se nahaja na površini membrane in je pomemben za vezavo receptorjev gostiteljskih celic in gostitelja. Transmembranski proteini virusa se vežejo na človeško celico preko receptorjev ACE2 (encim za pretvorbo angiotenzina 2). Med 120 sekvencami virusa SARS-CoV-2 ni bila zanana niti ena mutacija, zato lahko s ciljenjem slednjih nudimo zaščito. Znanstveniki z opazovanjem odziva na protitelesa pri miših raziskujejo cepivo.<br /> <br /> ===Timotej Sotošek: Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje Vzhodni respiratorni sindrom koronavirusa===<br /> Zdravilo remdesivir (bolj natančno Remdesivir trifosfat) je preiskovalna spojina, ki je bilo sprva ustvarjeno za zdravit Ebolo. Ima širok spektrum protivirusnih aktivnosti proti RNA virusih kot na primer koronavirusi , Filovirusi,… Njegova tarča je multi-podenotni RNA sintezni kompleks znan pod imenom RNA-odvisna RNA polimeraza na katerem s pomočjo drugih proteinov poteka sinteza virusne RNA verige. Remdesivir je nukleotidni analog ATP-ja s katerim tekmuje za vezavo v nastajajočo se virusno RNA verigo po tem, ko je virus že okuži celico. V primeru, da se Remdesivir uspe vezat v virusno RNA verigo bo ta prenehala rast in tako postala ne uporabna. To pomeni, da je Remdesivir le inhibitor, ki upočasnjuje oz. preprečuje nadaljno širjenje virusa. Raziskave so preiskovale mehanizem inhibicije na virusu Srednje Vzhodni respiratorni sindrom(MERS-CoV) in ga primerjali kako je učinkovit v primerjavi inhibicije virusa Ebola, ter na splošno kako zelo je njegov mehanizem učinkovit. Ker sta si MERS-CoV in SARS-CoV-2 sorodna virusa bi lahko zdravilo Remdesivir pomagal ozdravit obolele z SARS-CoV-2 koronavirusom.<br /> <br /> ===Nika Perko: Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk===<br /> Komarji vrste Aedes aegypti so eni glavnih povzročiteljev bolezni kot so denga, rumena mrzlica, zika in čikungunja. Najdemo jih v tropskem in subtropskem pasu ter celo v Evropi. Znanstveniki Univerze Nove Mehike so poiskali način, kako preprečiti širitev omenjenih bolezni. Ustvarili so naraven insekticid, ki prepreči razvoj komarjev, ko so ti še v stopnji ličinke. Larvicid je sestavljen iz enostavnih komponent: eteričnega olja pomarančevca Citrus sinensis in gliv kvasovk vrste Saccharomyces cervevisiae. Sintetiziran je bil s postopkom enkapsulacije eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk. Med korake tega procesa so vpeljali še enega novega. Z njim so odstranili odvečno eterično olje, ki je ostalo na zunanji strani celic. To je bilo izredno pomembno, saj je odvečno olje delovalo kot repelent. Z različnimi analizami in primerjavami so ugotovili, da struktura celične stene, membrane in oljnih kapljic ostane po enkapsulaciji nespremenjena. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se kvasovke po enkapsulaciji niso mogle več razmnoževat. Testi efektivnosti so bili vzpodbudni, saj je bil larvicid učinkovit pri vseh ličinkah. Najbolj pa je bil učinkovit pri začetni razvojni stopnji ličink. Novi larvicid ima kar nekaj dobrih lastnosti: je naraven, ne more se nenadzorovano širit in tako škodit vodnemu okolju, izdelava je relativno poceni, je neškodljiv za ljudi, dolgo učinkuje…<br /> <br /> === Anja Moškrič: Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR-Cas tipa I ===<br /> Sistem CRISPR-Cas je imunski mehanizem, ki je značilen za veliko prokariontov in arhej. Gre za gruče enakomerno prekinjenih palindromskih ponovitev, ki nosijo zapis za obrambo proti vdoru tujega dednega materiala (virusov in plazmidov). Kratica Cas pa predstavlja s CRISPR povezane gene, ki kodirajo zapis za nekatere encime, ki cepijo DNA. CRISPR lokus je sestavljen iz ponavljajočih CRISPR genov, med katerimi so vmesniki. Na teh pa je shranjena kopija dela zapisa virusa oz. plazmida. S študijo so želeli izvedeti vpliv infekcije bakterije Pseudomonas aeruginosa, s temperiranim oziroma lizogenim bakteriofagom (DMS3), ki se v obliki profaga vključi v dedni material gostiteljske celice. Izbrana bakterijska vrsta vrši sistem CRISPR-Cas tipa I-F. Za primerjavo so za eksperimente uporabljali tudi nekatere mutirane vrste bakterij,ki so imele napako v CRISPR lokusu. Eksperimenti so pokazali, da ob infekciji z nemutiranimi bakteriofagi bakterije niso sposobne uspešno odstranit le-teh. Iz zbranih rezultatov so ugotovili, da je v tem primeru imunski mehanizem slabo prilagojen celicam, saj povzroča imunopatološki efekt (avtoimunost). Do tega pride zaradi nepopolnega ujemanja zapisa na CRISPR vmesnikih s profagi. Če bakteriofagi ne kodirajo zapisa za acr gene (anti-CRISPR geni, ki zatirajo omenjen mehanizem), lahko to privede do izgube sistema CRISPR-Cas skozi evolucijo. <br /> <br /> ===Maja Deutsch: Globalni kemični učinki mikrobioma prinašajo nove konjugacije žolčne kisline===<br /> Med vsemi mnogoceličarji in njihovimi mikrobiomi se pojavijo številne medsebojne kemične interakcije. Številne molekule, za katere je znano, da jih proizvaja mikrobiom, izrazito vplivajo na ravnovesje med zdravjem in boleznijo. Z uporabo masne spektrometrije in vizualizacije podatkov so bili ocenjeni učinki mikrobioma na celotno kemijo sesalca s primerjavo podatkov metabolomike pri aseptičnih miši in specifičnih-mikroorganizmov-prostih miši. Ugotovljeno je bilo, da mikrobiota vpliva na kemijo vseh organov. To je vključevalo aminokislinske konjugacije žolčnih kislin, ki so bile uporabljene za proizvodnjo fenilalanoholne kisline, tirozoholne kisline in levcoholne kisline, ki prej še niso bile identificirane, kljub obsežnim raziskavam kemije žolčnih kislin. Ti konjugati žolčne kisline so bili najdeni tudi pri ljudeh, vendar so bile bolj pogoste pri bolnikih z vnetnimi črevesnimi boleznmi, cistično fibrozo in pri dojenčkih. Te spojine so agonizirale farnezodini receptor X (FXR) in miši, ki so imele na novo odkrite kisline, so pokazale zmanjšano izražanje genov za sintezo žolčne kisline. Potrebne pa so nadaljnje raziskave, da se ugotovi, ali imajo te spojine fiziološko vlogo v sesalcih in ali prispevajo k črevesnim boleznim, ki so povezane z mikrobiomsko disbiozo.<br /> <br /> === Hana Glavnik: Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo ===<br /> Pri raziskovanju malarije so znanstveniki odkrili pojav, ki so ga poimenovali rozeta. Rozeta je skupek neokuženih rdečih krvnih celic, ki s pomočjo proteinov, ki jih sintetizira parazit obkolijo okuženo rdečo krvno celico. Parazit se tako zaščiti pred gostiteljevim imunskim sistemom, saj ga monocite tako obkoljenega težje zaznajo. Raziskovali so tvorjenje rozet pri različnih pogojih. Izoliranim parazitom so dodali različne vrste monocitov in opazovali njihovo reakcijo. S tem so odkrili tudi protein IGFBT7, ki inducira tvorjenje rozet, vendar le ob prisotnosti dodatnih serumskih faktorjev. Odkritje proteina IGFBT7 je vodilo v odkritje novega načina tvorjenja rozet, tako imenovanega tipa II, saj za razliko od prvotnega tipa I, ta ne poteče spontano. Nato so pod drobnogled vzeli tvorjenje rozet s proteinom IGFBT7. Z namenom, da bi lahko razložili ta pojav, so eritrocite zdravili z encimom Heparinaza in jih nato izpostavili pogojem, ugodnim za nastanek rozet ter opazovali dobljene rezultate. IGFBP7 opozori parazite na prihod monocitov, nato parazit ta protein uporabi kot most, ki se poveže še z dvema človeškima proteinoma na zdravem eritrocitu in tako pomaga pri tvorjenju. <br /> <br /> Konec klepeta<br /> Napiši sporočilo ...</div>

Hanaglavnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020-seminar&diff=16112 2020-02-27T16:50:07Z

<p>Hanaglavnik: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> {| border=&quot;1&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3<br /> |-<br /> | Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković<br /> |-<br /> | Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar<br /> |-<br /> | Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner<br /> |-<br /> | Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj<br /> |-<br /> | Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina<br /> |-<br /> | Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko<br /> |-<br /> | Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar<br /> |-<br /> | Klara Kočman || Receptorji koronavirusa: SARS-CoV in SARS-CoV-2 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak<br /> |-<br /> | Maša Mencigar || Izumrle celice preprečijo nezaželene imunske odzive || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič<br /> |-<br /> | Nevena Ješić || Lažne komunikacije med celicami vode v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal<br /> |-<br /> | Nika Perko ||Kvasovke z inkapsuliranimi esencialnimi olji - naravi prijazen larvicid ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić<br /> |-<br /> | Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski<br /> |-<br /> | Anja Moškrič || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch<br /> |-<br /> | Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc<br /> |-<br /> | Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska<br /> |-<br /> | Eva Ratajc || Zakaj so virusi, ki jih prenašajo netopirji, tako smrtonosni? || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200210144854.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik<br /> |-<br /> | Lana Kores || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar<br /> |-<br /> | Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak<br /> |-<br /> | Jan Kogovšek || Preoblikovanje glia celic izboljša kratkoročni spomin in učenje || https://jneuroinflammation.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12974-020-1729-4 || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković<br /> |-<br /> | Nina Žgajnar || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal<br /> |-<br /> | Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič<br /> |-<br /> | Luka Šegota || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič<br /> |-<br /> | Eva Vene || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob<br /> |-<br /> | Ajda Beltram || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec<br /> |-<br /> | Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik<br /> |-<br /> | Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič<br /> |-<br /> | Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar<br /> |-<br /> | Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić<br /> |-<br /> | Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko<br /> |-<br /> | Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik<br /> |-<br /> | Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman<br /> |-<br /> | Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik<br /> |-<br /> | Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović<br /> |-<br /> | Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc<br /> |-<br /> | Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores<br /> |-<br /> | Ana Pervanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek<br /> |-<br /> | Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek<br /> |-<br /> | Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar<br /> |-<br /> | Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter<br /> |-<br /> | Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene<br /> |-<br /> | Zala Perko || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram<br /> |-<br /> | Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak<br /> |-<br /> | Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša<br /> |-<br /> | Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor<br /> |-<br /> | Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar<br /> |-<br /> | Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc<br /> |-<br /> | Maja Deutsch || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič<br /> |-<br /> | Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov<br /> |-<br /> | Nika Bedrač || Nižji vnos beljakovin niža tveganje za razvoj kardiovaskularnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič<br /> |-<br /> | Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban<br /> |-<br /> | Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova<br /> |-<br /> | Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković<br /> |-<br /> | Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Hanaglavnik