https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=IzaOgris 2026-04-18T17:27:20Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2016/17&diff=12144 2017-01-02T18:33:04Z

<p>IzaOgris: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2016/17 študentje predstavljajo naslednje teme:<br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI&lt;br&gt;<br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)<br /> # [[Učinkovito ciljanje izraženih in utišanih genov v človeških zarodnih in induciranih pluripotentnih celicah z nukleazami z motivi cinkovih prstov]]. Angelika Vižintin (22. 11. 2016)<br /> # [[Izdelava sintetičnega genoma s pristopom sestavljanja celotnega genoma: Bakteriofag φX174 iz sintetičnih oligonukleotidov]]. Darja Božič (22.11.2016)<br /> # [[Modeliranje sintetične večcelične ure: Represilatorji, sklopljeni z zaznavanjem celične gostote]]. Vita Vidmar (22. 11. 2016)<br /> # [[Začetki uporabe CRISPR-Cas9 sistema]]. Tomaž Rozmarič (6.12.2016)<br /> # [[Robusten oscilator sinteznih genov z različnimi nastavitvami periode]]. Domen Klofutar (13.12.2016)<br /> # [[Sestavljanje TALEN-ov z metodo FLASH za visoko zmogljivostno urejanje genomov]]. Petra Tavčar (13.12.2016)<br /> # [[Procesiranje celičnih informacij s sintetičnimi RNA napravami]]. Tim Božič (20.12.2016)<br /> # [[Usklajeno delovanje sinteznobioloških ur z zaznavanjem celične gostote]]. Luka Kavčič (20.12.2016)<br /> # [[Časovni in prostorski nadzor celičnega signaliziranja prek s svetlobo sprožene interakcije proteinov]]. Boštjan Petrič (3. 1. 2017)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI&lt;br&gt;<br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> #[[Mezenhimske matične celice nove generacije]]. Danijela Jošić (22.11.2016)<br /> #[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bakterije%2C_ki_kelirajo_bakrove_ione%2C_v_boju_proti_Wilsonovi_bolezni Bakterije, ki kelirajo bakrove ione, v boju proti Wilsonovi bolezni. Simon Bolta (22. 11. 2016)]<br /> #[[&quot;Training protein&quot; - PETaze]]. Urša Kapš (29.11.2016)<br /> #[[Plasticure: rešitev za učinkovitejšo razgradnjo plastike]]. Marjeta Horvat (29. 11. 2016)<br /> #[[Quantifly]]. Ema Guštin (29. 11. 2016)<br /> #[[Ecolibrium – razvoj ogrodja za inženiring mešanih kultur]]. Mojca Juteršek (29. 11. 2016)<br /> #[[BeeT Beehave]]. Maja Svetličič (29.11.2016)<br /> #[[BiotINK - nov pristop k biotiskanju tkiva]]. Mateja Cigoj (6. 12. 2016)<br /> #[[InstaCHLAM – orodje za inženiring kloroplastov]]. Alja Zgonc (6. 12. 2016)<br /> #[[Mos(kit)o]]. Judita Avbelj (6. 12. 2016)<br /> #[[BioSynthAge - Kvalitetno staranje]]. Tina Kuhar (6.12.2016)<br /> #[[PC SQUAD-Inženiring novih sistemov tarčne dostave zdravil]]. Tajda Buh (13.12.2016)<br /> #[[Biomaterial za privzemanje urana iz okolja - &quot;žetveni stroj&quot; urana]]. Anja Herceg (13.12.2016)<br /> #[[Biosenzor etilena]]. Toni Nagode (13.12.2016)<br /> #[[aSTARice – biosinteza astaksantina v rižu]]. Eva Vidak (20. 12. 2016)<br /> #[[PANTIDE - nov kmetijski sistem, ki ciljano uničuje določene škodljivce]]. Mirjam Kmetič (20.12.2016)<br /> #[[Razvoj novega dostavnega sistema za gensko zdravljenje cistične fibroze]]. Bojana Lazović (20.12.2016)<br /> #[[Z majhnimi molekulami regulirani ogrodni proteini]]. Mojca Kostanjevec (3. 1. 2017)<br /> # [[Biobalon]] Iza Ogris (3. 1. 2017)<br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 12 minut (10-14). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2016/17&diff=12143 2017-01-02T18:32:48Z

<p>IzaOgris: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2016/17 študentje predstavljajo naslednje teme:<br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI&lt;br&gt;<br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)<br /> # [[Učinkovito ciljanje izraženih in utišanih genov v človeških zarodnih in induciranih pluripotentnih celicah z nukleazami z motivi cinkovih prstov]]. Angelika Vižintin (22. 11. 2016)<br /> # [[Izdelava sintetičnega genoma s pristopom sestavljanja celotnega genoma: Bakteriofag φX174 iz sintetičnih oligonukleotidov]]. Darja Božič (22.11.2016)<br /> # [[Modeliranje sintetične večcelične ure: Represilatorji, sklopljeni z zaznavanjem celične gostote]]. Vita Vidmar (22. 11. 2016)<br /> # [[Začetki uporabe CRISPR-Cas9 sistema]]. Tomaž Rozmarič (6.12.2016)<br /> # [[Robusten oscilator sinteznih genov z različnimi nastavitvami periode]]. Domen Klofutar (13.12.2016)<br /> # [[Sestavljanje TALEN-ov z metodo FLASH za visoko zmogljivostno urejanje genomov]]. Petra Tavčar (13.12.2016)<br /> # [[Procesiranje celičnih informacij s sintetičnimi RNA napravami]]. Tim Božič (20.12.2016)<br /> # [[Usklajeno delovanje sinteznobioloških ur z zaznavanjem celične gostote]]. Luka Kavčič (20.12.2016)<br /> # [[Časovni in prostorski nadzor celičnega signaliziranja prek s svetlobo sprožene interakcije proteinov]]. Boštjan Petrič (3. 1. 2017)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI&lt;br&gt;<br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> #[[Mezenhimske matične celice nove generacije]]. Danijela Jošić (22.11.2016)<br /> #[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bakterije%2C_ki_kelirajo_bakrove_ione%2C_v_boju_proti_Wilsonovi_bolezni Bakterije, ki kelirajo bakrove ione, v boju proti Wilsonovi bolezni. Simon Bolta (22. 11. 2016)]<br /> #[[&quot;Training protein&quot; - PETaze]]. Urša Kapš (29.11.2016)<br /> #[[Plasticure: rešitev za učinkovitejšo razgradnjo plastike]]. Marjeta Horvat (29. 11. 2016)<br /> #[[Quantifly]]. Ema Guštin (29. 11. 2016)<br /> #[[Ecolibrium – razvoj ogrodja za inženiring mešanih kultur]]. Mojca Juteršek (29. 11. 2016)<br /> #[[BeeT Beehave]]. Maja Svetličič (29.11.2016)<br /> #[[BiotINK - nov pristop k biotiskanju tkiva]]. Mateja Cigoj (6. 12. 2016)<br /> #[[InstaCHLAM – orodje za inženiring kloroplastov]]. Alja Zgonc (6. 12. 2016)<br /> #[[Mos(kit)o]]. Judita Avbelj (6. 12. 2016)<br /> #[[BioSynthAge - Kvalitetno staranje]]. Tina Kuhar (6.12.2016)<br /> #[[PC SQUAD-Inženiring novih sistemov tarčne dostave zdravil]]. Tajda Buh (13.12.2016)<br /> #[[Biomaterial za privzemanje urana iz okolja - &quot;žetveni stroj&quot; urana]]. Anja Herceg (13.12.2016)<br /> #[[Biosenzor etilena]]. Toni Nagode (13.12.2016)<br /> #[[aSTARice – biosinteza astaksantina v rižu]]. Eva Vidak (20. 12. 2016)<br /> #[[PANTIDE - nov kmetijski sistem, ki ciljano uničuje določene škodljivce]]. Mirjam Kmetič (20.12.2016)<br /> #[[Razvoj novega dostavnega sistema za gensko zdravljenje cistične fibroze]]. Bojana Lazović (20.12.2016)<br /> #[[Z majhnimi molekulami regulirani ogrodni proteini]]. Mojca Kostanjevec (3. 1. 2017)<br /> # [[Biobalon]] Iza Ogris (3. 1. 2016)<br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 12 minut (10-14). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biobalon&diff=12142 2017-01-02T18:30:49Z

<p>IzaOgris: Stanford-Brown iGEM 2016</p> <hr /> <div> <br /> Stanford-Brown iGEM 2016: Bioballon [http://2016.igem.org/Team:Stanford-Brown]<br /> <br /> == Uvod ==<br /> <br /> Skupina Stanford-Brown je želela s svojim projektom prispevati k raziskovanju planetov. Transport tovora v vesolje je zelo finančno potratno. Namreč, pri zadnjem vesoljskem letu z letalom Dragon, ki ga je podjetje SpaceX poslalo na mednarodno vesoljsko postajo, je cena poslanega tovora znašala okoli 18200 $ na kilogram. S pomočjo sintezne biologije bi lahko na Mars namesto robustnih materialov poslali mikrobe, ki bi proizvajali komponente za izgradnjo različnih orodij in struktur. Uporabno orodje, ki ga je skupina želela izdelati, je biobalon, s katerim bi raziskovali lastnosti atmosfere na Marsu. Z manipulacijo bakterij so želeli izdelati polimere za izgradnjo membrane balona in z algami proizvajati vodik, ki bi napolnil balon. Biosenzor na biobalonu bi bil biološki termometer pritrjen na membrano. <br /> <br /> == Biomembrane ==<br /> <br /> Funkcionalnost balona določa tako zmožnost dviga kot tudi vzdržljivost membrane. Vzdržati mora sile raztezanja in kompresije pri nizkih tlakih, kot tudi temperaturne spremembe. Za vzdrževanje plina je skupina želela izvesti biološko proizvodnjo tako umetnih kot naravnih membran, ki bi zadrževale vodik. Za fleksibilnost membrane so izbrali lateks; elastin in kolagen zaradi viskoelastičnih lastnosti kot npr. v steni aorte; polimer kevlar za ojačanje membrane proti stresu iz p-akrilamidnih vlaken in za odpornost na sevanje bakterijski melanin.<br /> <br /> === Kolagen ===<br /> <br /> Ker je sinteza človeškega kolagena zelo zahtevna, so ga poskusili nadomestiti z mimetiki kolagena izdelanih v bakterijah. Na podlagi predhodnih raziskav so osnovali kolagenske konstrukte, ki so vsebovali domene za njihovo trimerizacijo, prečno povezovanje in podaljševanje. Na N-koncu mimetika so bakterijskemu kolagenu dodali domeno, ki omogoča tvorbo zvite vijačnice homotrimerov in se ohrani pri 90 °C [1]. Za heterotrimerizacijo so to domeno zamenjali s heterotrimerno domeno [2]. Za prečno povezovanje, ki je ključno za mehanske lastnosti kolagena, so uporabili eksona 21 in 23 človeškega tropoelastina. Skupaj so sestavili tudi konstrukte treh zaporednih heterotrimernih domen z bakterijskim kolagenom s prečno-vezavnimi domenami. Nalaganje konstruktov s prečno-vezavnimi domenami bi omogočila nastajanje lepljivih koncev in s tem tvorbo kolagenskih vlaken. <br /> <br /> === UV zaščita ===<br /> <br /> Raziskali so absorpcijske lastnosti melanina in razvili nov mehanizem za vključevanje melanina v materiale. S pomočjo obstoječega dela MI Chavez-Bejar [3] so želeli povečati proizvodnjo L-tirozina v ''Escherichia coli'', iz katerega nastaja dopakvinon z encimom tirozinazo. Dopakvinon nato preko oksidacije in polimerizacije tvori evmelanin. Endogena pot za nastajanje L-tirozina se začne s pretvorbo fosfoenolpiruvične kisline (PEP) in eritroza-4-fosfata (E4P) v DAHP, kar katalizira DAHP-sintaza, ki deluje po principu negativne povratne zanke - inhibicije s produktom. Z usmerjeno mutagenezo so ustvarili DAHP-sintazo AroG z zamenjavami aminokislin Pro150Lev in Lev175Asp. Ti zamenjavi povzročita rezistenco encima na inhibicijo s produktom. Zaporedje so vstavili v vektor pSB1C3 s konstitativnim promotorjem, močnim RBS mestom in dvojnim terminatorskim mestom. Transformirali so T7 ekspresijske celice ''E. coli''.<br /> Iskali so tudi način, s katerim bi melanin lahko vključili direktno v materiale in ne le pripeli na balon. Želeli so ustvariti vezavne proteine, ki bi vezali velike količine melanina, tako da bi ustvarili dekapeptide 4B4 in heptapeptide 4D z afiniteto do melanina. Ker so genski konstrukt z dolgo verigo ponovitev zahtevni za manipulacijo, so manjšim fragmentom DNA, ki so kodirali za posamezni deka ali hepta peptid, dodali podaljške s šestimi nukleotidi enoverižne DNA na 3' in 5' koncu [4]. Po ligaciji so uspeli ustvariti segmente s 30 ponovljenimi fragmenti. Iz gela so uspeli izolirati 4D segmente in jih nato vstavili v vektor pSB1C3 s konstitativnim promotorjem in močnim RBS mestom. Dodali so tudi domeno za vezavo celuloze (CBD ''angl.'' cellulose binding domain), oznake FLAG, lumino in histag za karakterizacijo in izolacijo proteinov. Za preverjanje učinkovitosti so proteine nato inkubirali skupaj z melaninom v etanolu in nato nanesli na celulozni papir, kjer so se tudi uspešno pritrdili skupaj z melaninom. <br /> <br /> === Lateks ===<br /> <br /> Z metabolnim inženirstvom ''E. coli'' so uspeli sintetizirati primarni gradnik lateksa cis-1,4-poliizopren preko manipulacije endogene poti MEP/DOXP in transformacije genov za proizvodnjo gume iz drevesa ''Hevea brasiliensis''. Poleg uspešne modifikacije organizma, je bila proizvodnja izvedena v enostavnem mediju in v velikem donosu.<br /> Sintezo cis-1,4-poliizoprena v drevesih, kot je ''H. brasiliensis'', omogoča encim cis-prenil-transferaza. Ta povezuje posamezne izoprenske monomere v polimer. Primarno uporabljen monomer v cis-1,4-poliizoprenu je izopentil pirofosfat (IPP), ki je tudi izomer bolj reaktivnega dimetil alil pirofosfata (DMAPP). Encim za svoje delovanje potrebuje Mg2+ ione in koencim SRPP (''angl.'' small rubber particle protein) [5]. Sinteza IPP in DMAPP v E. coli obstaja kot endogena metabolna pot - MEP/DOXP pot. Gre za 6 stopenjski proces pretvorbe glukoze, ki se začne s pretvorbo piruvata in gliceraldehid-3-fosfata (G3P). Za premik ravnotežja v smer produkta so pot optimizirali. Ker je prva stopnja tista, ki omejuje hitrost celotne MEP/DOXP poti, so za optimizacijo izvedli prekomerno izražanje DXP-sintaze. Za kontrolo izražanja so gen za DXP-sintazo vstavili v vektor pod inducibilnim IPTG promotorjem. Dodali so še oznake FLAG, tetracistein in heksahistidin za izolacijo in karakterizacijo, ter dve terminatorski mesti. Ker je bil konstrukt prevelik, da bi ga sintetizirali v enem delu, so uporabili metodo Gibsonovega sestavljanja (angl. Gibson assembly) za vstavljanje v linearni plazmid pSB1A3 z rezistenco na ampicilin. S plazmidom so transformirali T7 ''E. coli'' ekspresijske celice. Z dodajanjem IPTG v medij je bil donos IPP in DMAPP večji kot v odsotnosti indukcije izražanja DXP-sintaze.<br /> Za izdelavo polimera so izbrali prenil-transferazi HRT1 in HRT2 in gena vstavili v plazmid pSB1C3. Ker prenil-transferazi za delovanje potrebujeta kofaktor SRPP, so zaporedje za SRPP vključili v isti operon, pred genoma za HRT1 in HRT2 za večje izražanje. Operon je pod kontrolo IPTG inducibilnim promotorjem. Za čiščenje in karakterizacijo so dodali oznake FLAG, tretracistein in heksahistidin, ter s plazmidom transformirali T7 ekspresijske celice. Združevanje plazmidov v enem gostitelju so omogočili z različnimi rezistenčnimi markerji na obeh plazmidih. Alternativno so gen za DXS-sintazo vstavili še v vektor pUC19, saj bi med vektorjema pSB1C3 in pSB1A3, ki imata enako mesto ori, lahko prišlo do homologne rekombinacije v isti gostujoči celici. <br /> Za indukcijo proizvodnje lateksa so gojišču dodali IPTG, glukozo in MgSO4. Po izražanju so lateks ekstrahirali iz 350 ml medija in celic. Po centrifugiranju so pelet s celicami lizirali v nepolarnem topilu kloroformu, ki raztaplja poliizopren [6]. Po filtraciji so kloroformu dodali metanol za precipitacijo lateksa in pridobili 1,5 ml belega polimera. Za test karakterizacije so polimer posušili in zažgali, kar je povzročilo nastajanje vonja po zažgani gumi in črnega gostega dima, ki je značilen za gorečo gumo. Ekstrakt je bil tudi kompresibilen in elastičen.<br /> <br /> == Biosenzor: merjenje temperature ==<br /> <br /> Z meritvami termostabilnosti kromoproteinov so dokazali, da se različni kromoproteini odzivajo na različne temperaturne spremembe z izgubo ali menjavo barve. Te lastnosti kromoproteinov so jim omogočile izgradnjo biosenzorja za zaznavanje temperaturnih sprememb. <br /> Najprej so test termostabilnosti izvedli v zaprtem sistemu. V PCR-epice so dodali celični lizat in EDTA. PCR-epice so nato segreli za 5 minut pri začetni temperaturi 40 °C, nato odstranili iz termostata, fotografirali in vrnili v termostat za nadaljnjih 5 min na 5 °C višji temperaturi. Proces so ponavljali do 100 °C. Kromoproteini so izgubili barvo pri določenih temperaturah. Z rezultati eksperimenta so izdelali prototip termometra izbranih skupin kromoproteinov. S testiranjem termostabilnosti v odprtem sistemu so želeli preveriti vpliv vode na stabilnost kromoproteinov. Osnovna struktura kromoproteinov sta beta-sodček in kromofor, ki ga sodček stabilizira. Obliko beta-sodčka stabilizirajo vodne molekule preko interakcij s stranskimi verigami aminokislin, zato so ključne pri ohranjanju njegove strukture. Pri visoki temperaturi se vodne molekule sprostijo iz sodčka, zato se sodček sesede in kromofor ni več stabiliziran dovolj, da bi povzročil obarvanost [7]. Testirali so 12 kromoproteinov na enakomerno segreti petrijevki, ter jih nato rehidrirali. Nekateri kromoproteini so ponovno pridobili barvo, vendar drugačno od začetne. Test so izvedli še z liofilizatorjem, pri konstanti temperaturi, kjer so kromoproteini po rehidraciji pridobili prvotno barvo.<br /> Prototip z izoliranim kromoproteinom AE Blue z domeno CBD so testirali tudi na terenu. Prototip so zaščitili še z UV-zaščitnim steklom. Balon s prototipom je dosegel višino 3 km, kjer je protein spremenil svojo barvo iz modre v vijolično. Sprememba barve se je ohranila še 6 ur.<br /> <br /> == Proizvodnja plina ==<br /> <br /> Za plin, ki bi hipotetično napolnil biobalon, so izbrali vodik in za proizvajalca plina algo ''Chlamydomonas reinhardtii''. Zelene alge lahko proizvajajo vodik namesto kisika v procesu biofotolize, kjer encim hidrogenaza katalizira reakcijo med fotosistemom II in ferodoksinom. Pri fotosistemu II poteče cepitev vode, kar ustvari elektrone, ki v ferodoksinu skupaj z vodikovimi protoni v mediju ustvarijo H2. Uporabili so optimiziran protokol za proizvodnjo H2 v ''C. reinhardtii'' [8], pri katerem lahko alge proizvajajo 2 ml H2 na 10 ml kulture alg po 96 urah. Ključno pri protokolu je pomanjkanje žvepla v gojišču. Stekleničko z algami v gojišču BG-11 so za 12 h izpostavili svetlobi pri 21 W/m2 in jo nato ovili v aluminijasto folijo. Po nekaj dneh so proizvajanje vodika dokazali s preprostim pokalnim testom, pri čemer so ustju stekleničke približali gorečo vžigalico. V kontaktu s vžigalico je počilo in ugasnilo plamen, kar je dokazalo prisotnost vodika. <br /> <br /> == Zaključek ==<br /> <br /> Rdeča nit projekta je raziskovanje zunajzemeljskega sveta s pomočjo biobalona, ki pa posamezne podprojekte ne omejuje tudi za druge namene. Nov način proizvodnje lateksa lahko pripomore k globalni proizvodnji gume, saj sintetična proizvodnja z leti narašča v ceni in škoduje okolju, zmanjševanje gozdov pa zmanjšuje letni donos zasajenih dreves za proizvodnjo naravne gume. <br /> <br /> == Viri ==<br /> <br /> 1. Yamauchi M, Sricholpech M (2012) Lysine post-translational modifications of collagen. Essays Biochem. 52: 113–133.<br /> <br /> 2. Nautiyal S, Woolfson DN, King DS, Alber T. Biochemistry 1995;34:11645−11651<br /> <br /> 3. María I Chávez-Béjar, Metabolic engineering of Escherichia coli to optimize melanin synthesis from glucose. Microbial Cell Factories, 2013 Nov 13;12:108.<br /> <br /> 4. Fujishima, K., Venter, C., Wang, K., Ferreira, R., &amp; Rothschild, L. (2015). An overhang-based DNA block shuffling method for creating a customized random library. Sci. Rep., 5, 9740.<br /> <br /> 5. Epping, J. et al. A rubber transferase activator is necessary for natural rubber biosynthesis in dandelion. NPLANTS Nature Plants 1, 15048 (2015).<br /> <br /> 6. Liengprayoon, S., Bonfils, F., Sainte-Beuve, J., Sriroth, K., Dubreucq, E. and Vaysse, L. (2008), Development of a new procedure for lipid extraction from Hevea brasiliensis natural rubber. Eur. J. Lipid Sci. Technol., 110: 563–569.<br /> <br /> 7. Langan, P.s., D.w. Close, L. Coates, R.c. Rocha, K. Ghosh, C. Kiss, G. Waldo, J. Freyer, A. Kovalevsky, and A.r.m. Bradbury. &quot;Corrigendum to “Evolution and Characterization of a New Reversibly Photoswitching Chromogenic Protein, Dathail” [J. Mol. Biol., 428, (2016), 1776–89].&quot; Journal of Molecular Biology 428.20 (2016): 4244.<br /> <br /> 8. Jo, J., Lee, D., &amp; Park, J. (2006). Modeling and Optimization of Photosynthetic Hydrogen Gas Production by Green Alga Chlamydomonas reinhardtii in Sulfur-Deprived Circumstance. Biotechnol. Prog., 22(2), 431-437.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2016/17&diff=12141 2017-01-02T17:50:58Z

<p>IzaOgris: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2016/17 študentje predstavljajo naslednje teme:<br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI&lt;br&gt;<br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)<br /> # [[Učinkovito ciljanje izraženih in utišanih genov v človeških zarodnih in induciranih pluripotentnih celicah z nukleazami z motivi cinkovih prstov]]. Angelika Vižintin (22. 11. 2016)<br /> # [[Izdelava sintetičnega genoma s pristopom sestavljanja celotnega genoma: Bakteriofag φX174 iz sintetičnih oligonukleotidov]]. Darja Božič (22.11.2016)<br /> # [[Modeliranje sintetične večcelične ure: Represilatorji, sklopljeni z zaznavanjem celične gostote]]. Vita Vidmar (22. 11. 2016)<br /> # [[Začetki uporabe CRISPR-Cas9 sistema]]. Tomaž Rozmarič (6.12.2016)<br /> # [[Robusten oscilator sinteznih genov z različnimi nastavitvami periode]]. Domen Klofutar (13.12.2016)<br /> # [[Sestavljanje TALEN-ov z metodo FLASH za visoko zmogljivostno urejanje genomov]]. Petra Tavčar (13.12.2016)<br /> # [[Procesiranje celičnih informacij s sintetičnimi RNA napravami]]. Tim Božič (20.12.2016)<br /> # [[Usklajeno delovanje sinteznobioloških ur z zaznavanjem celične gostote]]. Luka Kavčič (20.12.2016)<br /> # [[Časovni in prostorski nadzor celičnega signaliziranja prek s svetlobo sprožene interakcije proteinov]]. Boštjan Petrič (3. 1. 2017)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI&lt;br&gt;<br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> #[[Mezenhimske matične celice nove generacije]]. Danijela Jošić (22.11.2016)<br /> #[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bakterije%2C_ki_kelirajo_bakrove_ione%2C_v_boju_proti_Wilsonovi_bolezni Bakterije, ki kelirajo bakrove ione, v boju proti Wilsonovi bolezni. Simon Bolta (22. 11. 2016)]<br /> #[[&quot;Training protein&quot; - PETaze]]. Urša Kapš (29.11.2016)<br /> #[[Plasticure: rešitev za učinkovitejšo razgradnjo plastike]]. Marjeta Horvat (29. 11. 2016)<br /> #[[Quantifly]]. Ema Guštin (29. 11. 2016)<br /> #[[Ecolibrium – razvoj ogrodja za inženiring mešanih kultur]]. Mojca Juteršek (29. 11. 2016)<br /> #[[BeeT Beehave]]. Maja Svetličič (29.11.2016)<br /> #[[BiotINK - nov pristop k biotiskanju tkiva]]. Mateja Cigoj (6. 12. 2016)<br /> #[[InstaCHLAM – orodje za inženiring kloroplastov]]. Alja Zgonc (6. 12. 2016)<br /> #[[Mos(kit)o]]. Judita Avbelj (6. 12. 2016)<br /> #[[BioSynthAge - Kvalitetno staranje]]. Tina Kuhar (6.12.2016)<br /> #[[PC SQUAD-Inženiring novih sistemov tarčne dostave zdravil]]. Tajda Buh (13.12.2016)<br /> #[[Biomaterial za privzemanje urana iz okolja - &quot;žetveni stroj&quot; urana]]. Anja Herceg (13.12.2016)<br /> #[[Biosenzor etilena]]. Toni Nagode (13.12.2016)<br /> #[[aSTARice – biosinteza astaksantina v rižu]]. Eva Vidak (20. 12. 2016)<br /> #[[PANTIDE - nov kmetijski sistem, ki ciljano uničuje določene škodljivce]]. Mirjam Kmetič (20.12.2016)<br /> #[[Razvoj novega dostavnega sistema za gensko zdravljenje cistične fibroze]]. Bojana Lazović (20.12.2016)<br /> #[[Z majhnimi molekulami regulirani ogrodni proteini]]. Mojca Kostanjevec (3. 1. 2017)<br /> # Biobalon Iza Ogris (3. 1. 2016)<br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 12 minut (10-14). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10513 2015-05-12T23:17:23Z

<p>IzaOgris: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br /> <br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> # Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015<br /> #A simplified and accurate detection of the genetically modified wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali'''&lt;br&gt;<br /> # [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)<br /> # Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015<br /> <br /> '''Okolje'''&lt;br&gt;<br /> # Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015<br /> # Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015 <br /> <br /> '''Terapevtiki'''&lt;br&gt;<br /> # Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila <br /> # Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila<br /> <br /> '''Encimi'''&lt;br&gt;<br /> # Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015<br /> # Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015<br /> # Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015<br /> <br /> '''Protitelesa'''&lt;br&gt; <br /> # Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015<br /> # Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015<br /> # Functional mutations in and characterization of VHH against ''Helicobacter pylori'' urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). [[Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi Helicobacter pylori]]. Marko Radojković, 7. maja 2015<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> # Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. [[Razvoj pegiliranih lipopleksov proti E6 za aplikacijo na sluznico pri predrakavih spremembah materničnega vratu]]. Tanja Korpar, 7. maja 2015<br /> # A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. [[Nova &quot;priming-boosting&quot; strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu]]. Anita Kustec, 8. maja 2015<br /> # Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) [[Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena.]] Daša Pavc, 8. maja 2015<br /> <br /> '''Male molekule in polimeri'''&lt;br&gt;<br /> # Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015<br /> # Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015<br /> # Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases (Citorik RJ. ''et al''; Nature Biotechnology 32, 1141-1145, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n11/full/nbt.3011.html). [[Sekven%C4%8Dno specifi%C4%8Dna protimikrobna sredstva]] Iza Ogris, 15. maja 2015<br /> # Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) [[Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije Lactococcus lactis izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline]] Maja Grdadolnik, 15. maja 2015<br /> <br /> '''Pretvorba biomase'''&lt;br&gt;<br /> # Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015<br /> # Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y. Nives Naraglav, 22. maja 2015<br /> # Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436. Griša Prinčič, 22. maja 2015<br /> <br /> '''Metabolično inženirstvo'''&lt;br&gt;<br /> # Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166. Andreja Bratovš, 28. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). Metabolično inženirstvo ''Saccharomyces cerevisiae'' za proizvodnjo derivatov maščobnih kislin, ki so primerni za biogorivo in kemikalije. Dominik Kert, 29. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline. Jure Zabret, 29. maja 2015<br /> <br /> '''Biološki viri energije'''&lt;br&gt;<br /> # Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015<br /> # Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. Jernej Pušnik, 4. junija 2015<br /> # Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015<br /> # Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. Jana Verbančič, 5. junija 2015<br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji'''&lt;br&gt;<br /> # Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija<br /> # How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija<br /> # Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sekven%C4%8Dno_specifi%C4%8Dni_antimikrobiki_z_uporabo_RNA-usmerjenih_nukleaz&diff=10509 2015-05-12T19:59:49Z

<p>IzaOgris: Sekvenčno specifični antimikrobiki z uporabo RNA-usmerjenih nukleaz moved to Sekvenčno specifična protimikrobna sredstva</p> <hr /> <div>#REDIRECT [[Sekvenčno specifična protimikrobna sredstva]]</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sekven%C4%8Dno_specifi%C4%8Dna_protimikrobna_sredstva&diff=10508 2015-05-12T19:59:49Z

<p>IzaOgris: Sekvenčno specifični antimikrobiki z uporabo RNA-usmerjenih nukleaz moved to Sekvenčno specifična protimikrobna sredstva</p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> <br /> Z večanjem števila bakterij odpornih na antibiotike, se manjša število možnosti zdravljenja bakterijskih okužb. Med antibiotike, ki jih imenujemo tudi »last resort« antibiotiki, spadajo karbapenemi – β-laktamski antibiotiki za okužbe z gram-negativnimi bakterijami. S širitvijo širokega spektra β-laktamaz med bakterijami, se je povečala potreba po uporabi karbapenov, širila pa se je tudi odpornost bakterij na karbapene z β-laktamazami. Ena izmed teh je New-Delhi metallo-β-laktamaza 1 (NDM-1), ki se hitro širi med enterobakterijami. Odpornost bakterij proti antibiotikom je zelo raznolika in otežuje zdravljenje. S CRISPR-Cas metodo bi lahko specifično odstranili neželjene gene, ki povzročajo odpornost na antibiotike.<br /> <br /> == Sistem CRISPR-Cas ==<br /> <br /> Uporabili so CRISPR-Cas sistem tipa II, ki je značilen za bakterije Streptococcus pyogenes. Naravno Sistem CRISPR uporabljajo nekatere bakterije in arheje kot obrambo proti tujim plazmidom in fagom. V primeru CRISPR-Cas tipa II gre za RNA-usmerjeno nukleazo RGN (angl. RNA-guided nuclease), ki jo sestavlja endonukleaza Cas9, crRNA (angl. CRISPR RNA) in tracrRNA (angl. Trans-activating crRNA). Zapis za tarčno sekvenco je nosi crRNA, ki je zapisan na vmesnikih na CRISPR lokusu. Z manipulacijo tega zapisa lahko ustvarimo specifične endonukleaze, ki cepijo dsDNA na željenem mestu. V primeru odpornosti na antibiotike, lahko v bakterije vstavimo konstrukte z zapisi za Cas9, tracrRNA in crRNA, ki je usmerjena v gene odgovorne za pojav odpornosti. Konstrukt, ki ga vnesemo in s tem cepitev DNA, lahko deluje na bakterijski kromosom ali plazmid, odvisno od mesta gena za odpornost, medtem ko cepitev lahko vodi v izgubo plazmida ali citotoksičnost.<br /> <br /> == Specifičnost RGN ==<br /> <br /> Ustvarili so RGN, ki so usmerjene v blaSHV-18 in blaNDM-1. Plazmide pRGNndm-1, pRGNshv-18, pRGNndm-1 ∆tracrRNA in pRGNndm-1Cas9D10A so transformirali v bakterije E.coli EMG2 divjega tipa in EMG2 z rezistencami SHV-18 in NDM-1 na kromosomih. Na gojišču s kloramfenikolom (Cm) so naredili selekcijo za transformante. V primeru manjšega števila preživetih bakterij glede na divji tip, je transformacija bakterij povzročila apoptozo. Transformacija v tarčnih celicah je povzročila 1000-kratno zmanjšanje preživelih glede na divji tip. Naredili so tudi analizo mutant, ki so ne glede na prejeti plazmid in tarčno sekvenco preživele. Toleranca je bila posledica mutiranih konstruktov. V primeru mutirane Cas9D10A ni bilo učinka na zmanjšanje bakterij.<br /> <br /> == Učinkovitost RGN na plazmide v visokem številu kopij ==<br /> <br /> Dokazali so učinkovitost RGN v primeru plazmidov, ki se v celicah pojavljajo v visokem številu kopij. Uporabili so bakterije, v katere so transformirali vektorje z rezistenčnim markerjem (blaz in ndm-1). Vektorji so vsebovali ori mesto ColE1, ki omogoča vsebnost 50-70 plazmidov v bakteriji, in reporter GFP. Bakterije z GFP-ColE1 vektorji so transformirali s plazmidi CRISPR-Cas konstruktov za blandm-1. Transformacija s pblandm-1 v bakterijah s pZEblandm-1-GFP je bila 1000-krat manjša v primerjavi s kontrolnimi bakterijami z odpornostjo blaz. Sistem je učinkovit, saj so prav geni za odpornost na antibiotike pogosto prisotni na velikih plazmidih v visokem številu kopij.<br /> <br /> == Konstrukt usmerjen v spremembo enega nukleotida ==<br /> <br /> Pogosta tarča za antibiotike kvinole je DNA-giraza A, odpornost na kvinole pa je posledica kromosomske mutacije DNA-giraze A na posameznem nukleotidu (D87G). Preverili so, če je sistem CRISPR-Cas dovolj občutljiv za tako subtilno mutacijo. Uporabili so seve E.coli EMG2 z mutirano girazo in bakteriofage s konstrukti RGNgyrAD87G. Bakteriofagi so bili za seve z mutacijo citotoksični, medtem ko na seve divjega tipa niso imeli učinka.<br /> GFP reporter pod SOS regulacijo<br /> Celice se na cepitev DNA z RGN odzovejo z ekspresijo SOS genov. Učinek so preverili z reporterskimi plazmidi pZA3LG, ki so imeli za promotorjem PL SOS genov sklopljen reporterski protein GFP. Uporabili so seve s plazmidno odpornostjo blaNDM-1 in kromosomsko gyrAD87G in bakteriofags s skladnimi RGN. V psimeru cepitve DNA se je sprožil mehanizem SOS in s tem ekspresija GFP. Večje izražanje GFP pri bakterijah z gyrAD87G je posledica lokacije na kromosomu, katere cepitev povzroči močnejši SOS odziv. Metoda ima potencial za uporabo v zaznavanju specifičnih genov ali sekvenc, tudi na nivoju posameznega nukleotida.<br /> <br /> == Vpliv toksin-antitoksin sistema na izzid episomalnega delovanja RGN ==<br /> <br /> Cepitev na mestu tarčne sekvence, ki se nahaja na plazmidu, ima dva možna izzida. Lahko sproži citotoksičnost in apoptozo celice ali pa samo izgubo plazmida in s tem tudi izgubo odpornosti. Bakteriofag RGNndm-1 je v bakterijah, ki so imele plazmid z NDM-1 izoliran iz naravno odpornih celic, povzročil citotoksičnost, medtem ko je v bakterijah, ki so imele umetno konstruiran plazmid pZA-NDM-1-GFP, povzročil samo izgubo plazmida in s tem občutljivost na antibiotik. Citotoksičnost naravnih plazmidov je posledica toksin-antitoksin (TA) sistema, ki bakterijam omogoča ohranitev hčerinskih celic s plazmidom in smrt hčerinskih celic brez plazmida. TA sistem je sestavljen iz labilnega antitoksina, ki inhibira delovanje stabilnega toksina. Zaradi različne stabilnosti se po izgubi plazmida koncentracija antitoksina zmanjša hitreje kot toksina. Dominanca toksina povzroči citotoksičnost. Po sekvenciranju plazmida pSHV-18 so odkril prisotnost TA sistema pemIK.<br /> V bakterije s plazmidom pSHV-18 so dodali še plazmid z antitoksinom pZA31-pemI (antitoksin pemI in toksin PemK) in kontrolni vektor pZA31-GFP. Po transdukciji RGN z bakteriofagi v primeru z dodanim antitoksinom celice niso umrle, ampak so bile ponovno občutljive na antibiotik. PemI je inaktiviral PemK, kar je izgubo plazmida pSHV-18 brez citotoksičnosti. TA sistemi so odličilni na izzid bakteriofagne RGN aktivnosti na episomalne tarče.<br /> <br /> == Vpliv na populacijo bakterij z RGN ==<br /> <br /> Probiotiki, prebiotiki in druga zdravila, ki vplivajo na človeški mikrobiom sicer ublažijo določena bolezenska stanja, vendar so njihovi stranski učinki in specifični mehanizmi delovanja slabo karakterizirani. Z RGN lahko specifično odstanimo bakterije z neželjenimi geni (rezistenca na antibiotike, virulenčni lokusi, vpliv na metabolne). Ustvarili so umetno populacijo treh sevov E.coli z odpornostjo na različne antibiotike. Sev EMG2 pNDM-1, ki nosi odpornost na B-laktamske antibiotike, sev RFS289 (mutacija DNA giraze D87G), ki nosi odpornost na kvinolon, in kontrolni sev CJ236 odporen na kloramfenikol. Z bakteriofagi RGNndm-1 so več kot 400-krat zmanjšali število bakterij EMG2 glede na kontrolni sev, z bakteriofagi RGNgyrAD87G pa so število bakterij RFS289 zmanjšali 20000-krat glede na kontrolni sev. RGN omogočajo selektivno uničenje bakterij s tarčno sekvenco DNA in s tem dominacijo netarčnih bakterij. In vivo bi to lahko dosegli z uporabo bakteriofagov, ki so dovzetni za širok nabor gostiteljev, mešanico bakteriofagov, konjugacijskimi plazmidi. Pristop je primeren tudi za študij bakterijskih populacij v povezavi z boleznimi.<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> <br /> Za CRISPR-Cas sistem, ki bo lahko deloval tudi na druge odporne seve, vključno z multi-odpornimi sevi, je potreben nadaljnji razvoj v izolaciji in optimizaciji. Potrebno bo tudi soočenje z razvojem fagnih dostavnih sistemov, ki imajo širok nabor gostiteljev, odpornostjo bakterij na bakteriofage in vpliv na imunski odziv.<br /> <br /> == Viri ==<br /> <br /> Citorik RJ et al. Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases. Nature Biotechnology, 32: 1141-1145, 2014.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10507 2015-05-12T19:57:21Z

<p>IzaOgris: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br /> <br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> # Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015<br /> #A simplified and accurate detection of the genetically modified wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali'''&lt;br&gt;<br /> # [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)<br /> # Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015<br /> <br /> '''Okolje'''&lt;br&gt;<br /> # Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015<br /> # Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015 <br /> <br /> '''Terapevtiki'''&lt;br&gt;<br /> # Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila <br /> # Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila<br /> <br /> '''Encimi'''&lt;br&gt;<br /> # Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015<br /> # Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015<br /> # Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015<br /> <br /> '''Protitelesa'''&lt;br&gt; <br /> # Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015<br /> # Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015<br /> # Functional mutations in and characterization of VHH against ''Helicobacter pylori'' urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). [[Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi Helicobacter pylori]]. Marko Radojković, 7. maja 2015<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> # Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. [[Razvoj pegiliranih lipopleksov proti E6 za aplikacijo na sluznico pri predrakavih spremembah materničnega vratu]]. Tanja Korpar, 7. maja 2015<br /> # A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. [[Nova &quot;priming-boosting&quot; strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu]]. Anita Kustec, 8. maja 2015<br /> # Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) [[Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena.]] Daša Pavc, 8. maja 2015<br /> <br /> '''Male molekule in polimeri'''&lt;br&gt;<br /> # Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015<br /> # Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015<br /> # Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases (Citorik RJ. ''et al''; Nature Biotechnology 32, 1141-1145, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n11/full/nbt.3011.html). [[Sekven%C4%8Dno specifi%C4%8Dna protimikrobna sredstva]] Iza Ogris, 15. maja 2015<br /> # Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije ''Lactococcus lactis'' izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline. Maja Grdadolnik, 15. maja 2015<br /> <br /> '''Pretvorba biomase'''&lt;br&gt;<br /> # Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015<br /> # Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y. Nives Naraglav, 22. maja 2015<br /> # Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436. Griša Prinčič, 22. maja 2015<br /> <br /> '''Metabolično inženirstvo'''&lt;br&gt;<br /> # Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166. Andreja Bratovš, 28. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). Metabolično inženirstvo ''Saccharomyces cerevisiae'' za proizvodnjo derivatov maščobnih kislin, ki so primerni za biogorivo in kemikalije. Dominik Kert, 29. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline. Jure Zabret, 29. maja 2015<br /> <br /> '''Biološki viri energije'''&lt;br&gt;<br /> # Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015<br /> # Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. Jernej Pušnik, 4. junija 2015<br /> # Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015<br /> # Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. Jana Verbančič, 5. junija 2015<br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji'''&lt;br&gt;<br /> # Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija<br /> # How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija<br /> # Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10401 2015-05-01T12:39:23Z

<p>IzaOgris: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br /> <br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> # Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015<br /> #A simplified and accurate detection of the genetically modified wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali'''&lt;br&gt;<br /> # [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)<br /> # Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015<br /> <br /> '''Okolje'''&lt;br&gt;<br /> # Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015<br /> # Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015 <br /> <br /> '''Terapevtiki'''&lt;br&gt;<br /> # Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila <br /> # Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila<br /> <br /> '''Encimi'''&lt;br&gt;<br /> # Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015<br /> # Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015<br /> # Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015<br /> <br /> '''Protitelesa'''&lt;br&gt; <br /> # Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015<br /> # Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015<br /> # Functional mutations in and characterization of VHH against ''Helicobacter pylori'' urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). [[Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi Helicobacter pylori]]. Marko Radojković, 7. maja 2015<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> # Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. [[Razvoj pegiliranih lipopleksov proti E6 za aplikacijo na sluznico pri predrakavih spremembah materničnega vratu]]. Tanja Korpar, 7. maja 2015<br /> # A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. Nova &quot;priming-boosting&quot; strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu. Anita Kustec, 8. maja 2015<br /> # Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena. Daša Pavc, 8. maja 2015<br /> <br /> '''Male molekule in polimeri'''&lt;br&gt;<br /> # Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015<br /> # Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015<br /> # Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases (Citorik RJ. ''et al''; Nature Biotechnology 32, 1141-1145, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n11/full/nbt.3011.html). [[Sekven%C4%8Dno specifi%C4%8Dni antimikrobiki z uporabo RNA-usmerjenih nukleaz]] Iza Ogris, 15. maja 2015<br /> # Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije ''Lactococcus lactis'' izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline. Maja Grdadolnik, 15. maja 2015<br /> <br /> '''Pretvorba biomase'''&lt;br&gt;<br /> # Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015<br /> # Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y. Nives Naraglav, 22. maja 2015<br /> # Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436. Griša Prinčič, 22. maja 2015<br /> <br /> '''Metabolično inženirstvo'''&lt;br&gt;<br /> # Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166. Andreja Bratovš, 28. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). Metabolično inženirstvo ''Saccharomyces cerevisiae'' za proizvodnjo derivatov maščobnih kislin, ki so primerni za biogorivo in kemikalije. Dominik Kert, 29. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline. Jure Zabret, 29. maja 2015<br /> <br /> '''Biološki viri energije'''&lt;br&gt;<br /> # Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015<br /> # Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. Jernej Pušnik, 4. junija 2015<br /> # Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015<br /> # Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. Jana Verbančič, 5. junija 2015<br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji'''&lt;br&gt;<br /> # Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija<br /> # How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija<br /> # Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sekven%C4%8Dno_specifi%C4%8Dna_protimikrobna_sredstva&diff=10400 2015-05-01T12:28:42Z

<p>IzaOgris: New page: == Uvod == Z večanjem števila bakterij odpornih na antibiotike, se manjša število možnosti zdravljenja bakterijskih okužb. Med antibiotike, ki jih imenujemo tudi »last resort« ant...</p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> <br /> Z večanjem števila bakterij odpornih na antibiotike, se manjša število možnosti zdravljenja bakterijskih okužb. Med antibiotike, ki jih imenujemo tudi »last resort« antibiotiki, spadajo karbapenemi – β-laktamski antibiotiki za okužbe z gram-negativnimi bakterijami. S širitvijo širokega spektra β-laktamaz med bakterijami, se je povečala potreba po uporabi karbapenov, širila pa se je tudi odpornost bakterij na karbapene z β-laktamazami. Ena izmed teh je New-Delhi metallo-β-laktamaza 1 (NDM-1), ki se hitro širi med enterobakterijami. Odpornost bakterij proti antibiotikom je zelo raznolika in otežuje zdravljenje. S CRISPR-Cas metodo bi lahko specifično odstranili neželjene gene, ki povzročajo odpornost na antibiotike.<br /> <br /> == Sistem CRISPR-Cas ==<br /> <br /> Uporabili so CRISPR-Cas sistem tipa II, ki je značilen za bakterije Streptococcus pyogenes. Naravno Sistem CRISPR uporabljajo nekatere bakterije in arheje kot obrambo proti tujim plazmidom in fagom. V primeru CRISPR-Cas tipa II gre za RNA-usmerjeno nukleazo RGN (angl. RNA-guided nuclease), ki jo sestavlja endonukleaza Cas9, crRNA (angl. CRISPR RNA) in tracrRNA (angl. Trans-activating crRNA). Zapis za tarčno sekvenco je nosi crRNA, ki je zapisan na vmesnikih na CRISPR lokusu. Z manipulacijo tega zapisa lahko ustvarimo specifične endonukleaze, ki cepijo dsDNA na željenem mestu. V primeru odpornosti na antibiotike, lahko v bakterije vstavimo konstrukte z zapisi za Cas9, tracrRNA in crRNA, ki je usmerjena v gene odgovorne za pojav odpornosti. Konstrukt, ki ga vnesemo in s tem cepitev DNA, lahko deluje na bakterijski kromosom ali plazmid, odvisno od mesta gena za odpornost, medtem ko cepitev lahko vodi v izgubo plazmida ali citotoksičnost.<br /> <br /> == Specifičnost RGN ==<br /> <br /> Ustvarili so RGN, ki so usmerjene v blaSHV-18 in blaNDM-1. Plazmide pRGNndm-1, pRGNshv-18, pRGNndm-1 ∆tracrRNA in pRGNndm-1Cas9D10A so transformirali v bakterije E.coli EMG2 divjega tipa in EMG2 z rezistencami SHV-18 in NDM-1 na kromosomih. Na gojišču s kloramfenikolom (Cm) so naredili selekcijo za transformante. V primeru manjšega števila preživetih bakterij glede na divji tip, je transformacija bakterij povzročila apoptozo. Transformacija v tarčnih celicah je povzročila 1000-kratno zmanjšanje preživelih glede na divji tip. Naredili so tudi analizo mutant, ki so ne glede na prejeti plazmid in tarčno sekvenco preživele. Toleranca je bila posledica mutiranih konstruktov. V primeru mutirane Cas9D10A ni bilo učinka na zmanjšanje bakterij.<br /> <br /> == Učinkovitost RGN na plazmide v visokem številu kopij ==<br /> <br /> Dokazali so učinkovitost RGN v primeru plazmidov, ki se v celicah pojavljajo v visokem številu kopij. Uporabili so bakterije, v katere so transformirali vektorje z rezistenčnim markerjem (blaz in ndm-1). Vektorji so vsebovali ori mesto ColE1, ki omogoča vsebnost 50-70 plazmidov v bakteriji, in reporter GFP. Bakterije z GFP-ColE1 vektorji so transformirali s plazmidi CRISPR-Cas konstruktov za blandm-1. Transformacija s pblandm-1 v bakterijah s pZEblandm-1-GFP je bila 1000-krat manjša v primerjavi s kontrolnimi bakterijami z odpornostjo blaz. Sistem je učinkovit, saj so prav geni za odpornost na antibiotike pogosto prisotni na velikih plazmidih v visokem številu kopij.<br /> <br /> == Konstrukt usmerjen v spremembo enega nukleotida ==<br /> <br /> Pogosta tarča za antibiotike kvinole je DNA-giraza A, odpornost na kvinole pa je posledica kromosomske mutacije DNA-giraze A na posameznem nukleotidu (D87G). Preverili so, če je sistem CRISPR-Cas dovolj občutljiv za tako subtilno mutacijo. Uporabili so seve E.coli EMG2 z mutirano girazo in bakteriofage s konstrukti RGNgyrAD87G. Bakteriofagi so bili za seve z mutacijo citotoksični, medtem ko na seve divjega tipa niso imeli učinka.<br /> GFP reporter pod SOS regulacijo<br /> Celice se na cepitev DNA z RGN odzovejo z ekspresijo SOS genov. Učinek so preverili z reporterskimi plazmidi pZA3LG, ki so imeli za promotorjem PL SOS genov sklopljen reporterski protein GFP. Uporabili so seve s plazmidno odpornostjo blaNDM-1 in kromosomsko gyrAD87G in bakteriofags s skladnimi RGN. V psimeru cepitve DNA se je sprožil mehanizem SOS in s tem ekspresija GFP. Večje izražanje GFP pri bakterijah z gyrAD87G je posledica lokacije na kromosomu, katere cepitev povzroči močnejši SOS odziv. Metoda ima potencial za uporabo v zaznavanju specifičnih genov ali sekvenc, tudi na nivoju posameznega nukleotida.<br /> <br /> == Vpliv toksin-antitoksin sistema na izzid episomalnega delovanja RGN ==<br /> <br /> Cepitev na mestu tarčne sekvence, ki se nahaja na plazmidu, ima dva možna izzida. Lahko sproži citotoksičnost in apoptozo celice ali pa samo izgubo plazmida in s tem tudi izgubo odpornosti. Bakteriofag RGNndm-1 je v bakterijah, ki so imele plazmid z NDM-1 izoliran iz naravno odpornih celic, povzročil citotoksičnost, medtem ko je v bakterijah, ki so imele umetno konstruiran plazmid pZA-NDM-1-GFP, povzročil samo izgubo plazmida in s tem občutljivost na antibiotik. Citotoksičnost naravnih plazmidov je posledica toksin-antitoksin (TA) sistema, ki bakterijam omogoča ohranitev hčerinskih celic s plazmidom in smrt hčerinskih celic brez plazmida. TA sistem je sestavljen iz labilnega antitoksina, ki inhibira delovanje stabilnega toksina. Zaradi različne stabilnosti se po izgubi plazmida koncentracija antitoksina zmanjša hitreje kot toksina. Dominanca toksina povzroči citotoksičnost. Po sekvenciranju plazmida pSHV-18 so odkril prisotnost TA sistema pemIK.<br /> V bakterije s plazmidom pSHV-18 so dodali še plazmid z antitoksinom pZA31-pemI (antitoksin pemI in toksin PemK) in kontrolni vektor pZA31-GFP. Po transdukciji RGN z bakteriofagi v primeru z dodanim antitoksinom celice niso umrle, ampak so bile ponovno občutljive na antibiotik. PemI je inaktiviral PemK, kar je izgubo plazmida pSHV-18 brez citotoksičnosti. TA sistemi so odličilni na izzid bakteriofagne RGN aktivnosti na episomalne tarče.<br /> <br /> == Vpliv na populacijo bakterij z RGN ==<br /> <br /> Probiotiki, prebiotiki in druga zdravila, ki vplivajo na človeški mikrobiom sicer ublažijo določena bolezenska stanja, vendar so njihovi stranski učinki in specifični mehanizmi delovanja slabo karakterizirani. Z RGN lahko specifično odstanimo bakterije z neželjenimi geni (rezistenca na antibiotike, virulenčni lokusi, vpliv na metabolne). Ustvarili so umetno populacijo treh sevov E.coli z odpornostjo na različne antibiotike. Sev EMG2 pNDM-1, ki nosi odpornost na B-laktamske antibiotike, sev RFS289 (mutacija DNA giraze D87G), ki nosi odpornost na kvinolon, in kontrolni sev CJ236 odporen na kloramfenikol. Z bakteriofagi RGNndm-1 so več kot 400-krat zmanjšali število bakterij EMG2 glede na kontrolni sev, z bakteriofagi RGNgyrAD87G pa so število bakterij RFS289 zmanjšali 20000-krat glede na kontrolni sev. RGN omogočajo selektivno uničenje bakterij s tarčno sekvenco DNA in s tem dominacijo netarčnih bakterij. In vivo bi to lahko dosegli z uporabo bakteriofagov, ki so dovzetni za širok nabor gostiteljev, mešanico bakteriofagov, konjugacijskimi plazmidi. Pristop je primeren tudi za študij bakterijskih populacij v povezavi z boleznimi.<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> <br /> Za CRISPR-Cas sistem, ki bo lahko deloval tudi na druge odporne seve, vključno z multi-odpornimi sevi, je potreben nadaljnji razvoj v izolaciji in optimizaciji. Potrebno bo tudi soočenje z razvojem fagnih dostavnih sistemov, ki imajo širok nabor gostiteljev, odpornostjo bakterij na bakteriofage in vpliv na imunski odziv.<br /> <br /> == Viri ==<br /> <br /> Citorik RJ et al. Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases. Nature Biotechnology, 32: 1141-1145, 2014.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10399 2015-05-01T12:13:43Z

<p>IzaOgris: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br /> <br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> # Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015<br /> #A simplified and accurate detection of the genetically modified wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali'''&lt;br&gt;<br /> # [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)<br /> # Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015<br /> <br /> '''Okolje'''&lt;br&gt;<br /> # Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015<br /> # Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015 <br /> <br /> '''Terapevtiki'''&lt;br&gt;<br /> # Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila <br /> # Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila<br /> <br /> '''Encimi'''&lt;br&gt;<br /> # Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015<br /> # Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015<br /> # Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015<br /> <br /> '''Protitelesa'''&lt;br&gt; <br /> # Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015<br /> # Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015<br /> # Functional mutations in and characterization of VHH against ''Helicobacter pylori'' urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). [[Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi Helicobacter pylori]]. Marko Radojković, 7. maja 2015<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> # Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. [[Razvoj pegiliranih lipopleksov proti E6 za aplikacijo na sluznico pri predrakavih spremembah materničnega vratu]]. Tanja Korpar, 7. maja 2015<br /> # A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. Nova &quot;priming-boosting&quot; strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu. Anita Kustec, 8. maja 2015<br /> # Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena. Daša Pavc, 8. maja 2015<br /> <br /> '''Male molekule in polimeri'''&lt;br&gt;<br /> # Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015<br /> # Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015<br /> # Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases (Citorik RJ. Et al; Nature Biotechnology 32, 1141-1145, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n11/full/nbt.3011.html). Sekvenčno specifični antimikrobiki z uporabo RNA-usmerjenih nukleaz. Iza Ogris, 15. maja 2015<br /> # Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije ''Lactococcus lactis'' izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline. Maja Grdadolnik, 15. maja 2015<br /> <br /> '''Pretvorba biomase'''&lt;br&gt;<br /> # Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015<br /> # Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y. Nives Naraglav, 22. maja 2015<br /> # Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436. Griša Prinčič, 22. maja 2015<br /> <br /> '''Metabolično inženirstvo'''&lt;br&gt;<br /> # Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166. Andreja Bratovš, 28. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). Metabolično inženirstvo ''Saccharomyces cerevisiae'' za proizvodnjo derivatov maščobnih kislin, ki so primerni za biogorivo in kemikalije. Dominik Kert, 29. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline. Jure Zabret, 29. maja 2015<br /> <br /> '''Biološki viri energije'''&lt;br&gt;<br /> # Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015<br /> # Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. Jernej Pušnik, 4. junija 2015<br /> # Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015<br /> # Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. Jana Verbančič, 5. junija 2015<br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji'''&lt;br&gt;<br /> # Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija<br /> # How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija<br /> # Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=2015-bionano-seminar&diff=10333 2015-04-13T10:23:40Z

<p>IzaOgris: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Bionanotehnologija- seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Avtor 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Avtor 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> |-<br /> | Anže Prašnikar||Monika Praznik ||||29.03.||31.03.||Aneja Tuljak||Angelika Vižintin<br /> |-<br /> | Varja Božič||Eva Knapič||Razgradljivi kondomi s protimikrobno zaščito||29.03.||31.03.||Eva Udovič||Maja Grdadolnik<br /> |-<br /> | Belkisa Velagić||Aleksander Benčič||Avtomobilski encimski katalizator||29.03.||31.03.||Nika Kurinčič||Tjaša Goričan<br /> |-<br /> | Naja Vrankar||Valter Bergant||||31.03.||02.04.||Nataša Žigante||Luka Smole<br /> |-<br /> | Tilen Volčanšek||Veronika Jarc||||31.03.||02.04.||Anže Prašnikar||Jakob Gašper Lavrenčič<br /> |-<br /> | Tanja Lipec||Iza Ogris||Test občutljivosti na gluten z neprebavljivo kapsulo||31.03.||02.04.||Varja Božič||Klara Tereza Novoselc<br /> |-<br /> | Katja Lovrin||Mitja Crček||Uporaba nitrifikacijskih encimov pri kmetovanju||05.04.||07.04.||Belkisa Velagić||Monika Praznik <br /> |-<br /> | Saša Balažic||Urban Javoršek ||||05.04.||07.04.||Naja Vrankar||Eva Knapič<br /> |-<br /> | Urban Borštnik||Sara Primec||||05.04.||07.04.||Tilen Volčanšek||Aleksander Benčič<br /> |-<br /> | Nives Ahlin||Kim Kos||||12.04.||14.04.||Tanja Lipec||Valter Bergant<br /> |-<br /> | Matic Bevec||Estera Merljak||Antimaček®||12.04.||14.04.||Katja Lovrin||Veronika Jarc<br /> |-<br /> | Vida Špindler||Jernej Pušnik||||12.04.||14.04.||Saša Balažic||Iza Ogris<br /> |-<br /> | Jasmina Sedmak||Maxi Sagmeister||||19.04.||21.04.||Urban Borštnik||Mitja Crček<br /> |-<br /> | Sanja Popović||Benjamin Bajželj||||19.04.||21.04.||Nives Ahlin||Urban Javoršek <br /> |-<br /> | Blaž Komar||Alja Zottel||||19.04.||21.04.||Matic Bevec||Sara Primec<br /> |-<br /> | Blaž Perič||Katarina Uršič||||03.05.||05.05.||Simon Preložnik||Kim Kos<br /> |-<br /> | Simon Preložnik||Maja Remškar||||03.05.||05.05.||Jasmina Sedmak||Estera Merljak<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||Tina Gregorič||||03.05.||05.05.||Sanja Popović||Jernej Pušnik<br /> |-<br /> | Damir Hamulić||Anita Kustec||||10.05.||12.05.||Blaž Komar||Maxi Sagmeister<br /> |-<br /> | Janja Fortin||Tina Snoj||||10.05.||12.05.||Blaž Perič||Benjamin Bajželj<br /> |-<br /> | Rajko Vnuk||Mojca Banič||||10.05.||12.05.||Vida Špindler||Alja Zottel<br /> |-<br /> | Rok Grm||Ajda Rojc||||17.05.||19.05.||Kaja Javoršek||Katarina Uršič<br /> |-<br /> | Kristina Gavranić||Barbara Žužek||||17.05.||19.05.||Damir Hamulić||Maja Remškar<br /> |-<br /> | Urška Mohorič||Griša Prinčič||||17.05.||19.05.||Janja Fortin||Tina Gregorič<br /> |-<br /> | Maja Ramić||Nejc Petrišič||||24.05.||26.05.||Rajko Vnuk||Anita Kustec<br /> |-<br /> | Barbara Jeras||Tamara Marić||||24.05.||26.05.||Rok Grm||Tina Snoj<br /> |-<br /> | Matic Urlep||Samo Zakotnik||||24.05.||26.05.||Kristina Gavranić||Mojca Banič<br /> |-<br /> | Urban Verbič||Angelika Vižintin||||31.05.||02.06.||Urška Mohorič||Ajda Rojc<br /> |-<br /> | Nataša Žigante||Maja Grdadolnik||||31.05.||02.06.||Maja Ramić||Barbara Žužek<br /> |-<br /> | Aneja Tuljak||Tjaša Goričan||||31.05.||02.06.||Barbara Jeras||Griša Prinčič<br /> |-<br /> | Eva Udovič||Luka Smole||||07.06.||09.06.||Matic Urlep||Nejc Petrišič<br /> |-<br /> | Nika Kurinčič||Jakob Gašper Lavrenčič||||07.06.||09.06.||Urban Verbič||Tamara Marić<br /> |-<br /> | Klara Tereza Novoselc||||||07.06.||09.06.||Samo Zakotnik||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja najdete v [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga je:&lt;br&gt;'''<br /> Po dva študenta skupaj pripravita projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.<br /> Predlagana struktura:<br /> * Uvod<br /> * Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji<br /> * Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze<br /> * Literatura<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od &lt;font color=red&gt;1500 do 2000 besed &lt;/font&gt;. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. &lt;font color=red&gt; Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut, predstavitev pa ne sme biti krajša od 15 minut (popust :-)). Nalogo predstavita oba študenta (razdelita si čas). Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo pripombe k projektu in postavijo po dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx<br /> * 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1WdCXoXo1zkRrVlLKIcEV1z_MyhavU-3ERBm9n2oiawI/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do predstavitve seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1ToLPn78T9W3G6Hm5hV0mLseFYghiLQMlRPGb0J5zft8/viewform mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_encima_%27dicer%27&diff=7048 2012-04-02T20:57:50Z

<p>IzaOgris: /* Delovanje */</p> <hr /> <div>Encim Dicer je endoribonukleaza iz družine Rnaz-III in je ključen v procesu utišanja genov. Odkrila in poimenovala ga je Emily Bernstein s sodelavci leta 2001. Njegova naloga je cepitev vezi dvojnovijačne RNA (dsRNA), ki je zunanjega izvora, v kratke interferenčne RNA (siRNA) in vezi pre-mikroRNA, ki nastane v jedru celice, v miRNA. Nahaja se v citosolu in je velik skoraj 250kDa. Praktično skoraj ni organizma, ki ne bi vseboval encima Dicer, saj ga najdemo takorekoč v preprostih protozojih kot tudi v kompleksnejših metazojih. Genom sesalcev kodira samo en Dicer protein, insekti (vinska mušica) in glive dva Dicerja, nekatere rastline pa kodirajo štiri Dicerju podobne proteine.<br /> <br /> == Delovanje ==<br /> <br /> SiRNA so dolge od 21-25 nukleotidov, medtem ko sta na 3' koncu dva prosta nukleotida. SiRNA se po delovanju Dicerja vežejo v multikompleks RISC (RNA-induced silencing complex), kjer se RNA cepi do enoverižne vodilne RNA. Kompleks RISC lahko z vodilno RNA prepozna določeno mesto na mRNA in jo cepi. Dolžina siRNA je pri protozojih za 4 nt daljša kot pri večceličarjih. Dicer je na površini nabit naključno - ponekod pozitivno drugje negativno in nevtralno, na površini kanala, kjer se veže negativno nabita dsRNA, pa je pretežno pozitivno nabit. Deluje tako, da se DsRNA vsidra v kanal, ki je med bazo in glavo, in sega od domene PAZ (prosti konec) do domene Rnaze-III, kjer jo tudi prereže. Ti domeni sta oddaljeni za 65A, kar je sorazmerno s številom odrezanih nukleotidov. Vezava dsRNA ni specifična glede na določeno zaporedje, saj ima Dicer večjo afiniteto do neponavljajočih se zaporedij. Veže se na konec dsRNA, cepi v predelu noge in zapusti dsRNA vključno z siRNA, ki jo prenese do kompleksa RISC. Eno dsRNA cepi več Dicerjev in kot po vrsti se novi Dicer veže na novi prosti konec takoj, ko nastane.<br /> Na delovanje Dicera v celicah vplivajo proteini dsRBP (dsRNA binding proteins) in predstavljajo kofaktorje RNA vezavnih domen. Prvi odkriti je bil pri C. Elegans RDE-4 dimerni protein, ki ima visoko afiniteto le do dolge dsRNA zunanjega izvora. V vinski mušici so zaznali protein R2D2, njegova funkcija v Dicer-2/R2D2 kompleksu pa je prenos siRNA do kompleksa RISC. Pri sesalcih so odkrili dva proteina, TRBP, ki verjetno deluje podobno kot R2D2, in PACT.<br /> <br /> ----<br /> [http://www.youtube.com/watch?v=RdxtoTRkHSk] Animacija delovanja Dicerja<br /> <br /> == Struktura ==<br /> <br /> Trenutno razumevanje njegove strukture je še dokaj omejeno na preprostejše organizme, zgradba kompleksnejših pa je v večini primerjana s preprostejšimi ali posameznimi izoliranimi domenami, še vedno pa ostaja velika uganka, katero skušajo znanstveniki na vso moč razrešiti. V seminarju se bomo omejili na človeški Dicer, katerega gen se nahaja na 14 kromosomu. Encim vsebuje ligande za vezavo kovinskih, magnezijevih, manganovih ionov, nukleotidov in RNA. Najnovejša dognanja pridobljena na nivoju elektronske mikroskopije nakazujejo na sledečo asimetrično strukturo poenostavljeno ponazorjeno v obliki črke L. L oblikovani encim opredelimo na več regij, in sicer glavo, telo, bazo in roko encima. Encim je sestavljen iz večih poddomen, vsaka izmed njih pa ima svoj namen. Na sprednjem delu glave najdemo PAZ domeno, ki prepozna konce dvovijačne RNA. V telesu encima se nahajata Rnaza IIIa in Rnaza IIIb domeni . Predstavljata ključna vlogo encima, saj cepita dvovijačno RNA na manjše segmente, ki potem kot smo že omenili zgoraj vplivajo na utišanje genov. Med PAZ in Rnazno domeno je »platform domena«, vendar le-ta ne leži direktno med obema domenama, ampak ju fizično povezuje manjša »ruler domena«. PAZ domena in katalitična stran Rnazne III domene sta tako ločeni. Razdalja med obema domenama tudi pojasnjuje dolžino nastalih segmentov. Ena izmed domen je tudi N-terminalna helikaza, katero delimo na tri globularne domene: HEL1, HEL2i in HEL2, ki tvorijo strukturo podobno sponki. Prilegajo se Rnaznem III aktivnem mestu . Umeščamo jih znotraj roke, dokazi pa potrjujejo, da se raztezajo tudi čez celotno bazo encima. Jedro helikaze tvori C-oblikovan notranji kanal. O funkciji, ki jo opravljajo helikazne domene, se dolgo ni vedelo nič, sedaj pa je znano, da olajšujejo prepoznavanje pre-miRNA zank oziroma translokacijo dolge dvovijačne RNA. Za razliko od večine Dicerjev, človeški Dicer za svoje delovanje ne potrebuje ATP.<br /> Vemo, da je pre-mRNA še precej nedodelana oblika, kar bi po vsej logiki otežilo delovanje encima, kljub temu pa fleksibilnost encima omogoči, da ta prilagodi obliko substratu in na ta način dovoli, da od idealne RNA odstopajoča pre-mRNA deluje nemoteno kot nepopoln kompleks.<br /> <br /> == Metode odkrivanja ==<br /> <br /> Znanstveniki so odkrili, da je pri živalskih celicah prisotno samo post-transkripcijsko utišanje genov. Kompleks, ki pri tem sodeluje, deluje kot efektorska nukleaza in se imenuje RISC. Pri nadaljnjem raziskovanju le-tega so posledično naleteli na 20-25 nukleotidov dolgo zaporedje, ki služi kot začetno oz. uvodno zaporedje pri nizu reakcij utišanja genov. Po navadi gre za 22-nukleotidno RNA, ki je komplementarna mRNA substrata. Postavilo se jim je vprašanje, če je za nastanek 22-nukleotidne RNA zaslužen že znan RISC, ali gre za nov encim. <br /> Da bi raziskali dilemo, so izolirali RISC iz celic Drosophila S2. Celice S2 je celična linija mušice Drosophila melanogaster; iz primarne celične kulture izolirajo 20-24 ur stare celice zarodka. Nato so s centrifugiranjem pri 100,000g za eno uro ločili supernatant in usedlino (pelet). V usedlini so odkrili večji del kompleksa RISC, medtem ko se je v supernatantu pojavila 22-nukleotidna sekvenca. Tako so prišli do spoznanja, da je za cepitev 22-nukleotidne RNA iz mRNA odgovoren še neraziskan encim. <br /> Nov encim je imel podobno strukturo kot Drosha: vseboval je dva RNAzna III motiva in N-terminalno helikazno domeno, zato so ga uvrstili v družino RNAze III. Zaradi podobnosti z Drosho so njegovo funkcijo določevali primerjalno. Raziskave so najprej opravili in vitro, po začetnih obetavnih rezultatih pa tudi in vivo.<br /> Da bi preverili delovanje RNAznih III motivov, so označili Drosho in CG4792 (kasneje Dicer 1) s T7 epitopom. Encima sta bila izražena v transficiranih S2 celicah in izolirana s postopkom imunoprecipitacije, pri kateri so uporabili agarozo prepojeno s protitelesi. Metoda imunoprecipitacije je metoda obarjanja antigena proteina v raztopini s protitelesi, ki so specifična za nek antigen. Metoda je zelo primerna za ugotavljanje mest vezave proteinov na DNA ali RNA. <br /> Zopet se je pojavila 22 nukleotidov dolga sekvenca. Oborili so se antigeni za CG4792, rezultati za Drosho pa so bili negativni. Zaključili so, da lahko CG4792 cepi poljubno sekvenco mRNA in ustvari začetni korak pri utišanju genov – začetno sekvenco. Zaradi njegove funkcije rezanja mRNA so CG7492 poimenovali splošno Dicer (CG7492=Dicer 1). Prisotnost Dicer-ja je bila potrjena pri celicah zarodka vrste Drosophila melanogaster, pri Drosophila S2 celicah in tudi pri odraslih celicah mušice D. melanogaster. V nekatere poskuse so vključili tudi C. elegans, kjer je bilo prav tako ugotovljeno delovanje Dicer-ja. <br /> Pri poskusih so prišli do ugotovitve, da je za delovanje encima potreben ATP. Ob izčrpanju energije v obliki ATP, se je cepitev mRNA na 22-nukleotidno RNA močno upočasnila. <br /> Znanstveniki so se odločili preveriti, kako specifičen mora biti substrat, da ga Dicer cepi na krajše segmente. Za preiskovani organizem so vzeli C. elegans in D. melanogaster. Izkazalo se je, da Dicer cepi zgolj dvovijačno mRNA in da raje cepi daljša nukleotidna zaporedja. Sicer reže tudi krajša zaporedja, vendar odločilno vlogo igra dvojna vijačnica. Pri enovijačni mRNA z dolgim nukleotidnim zaporedjem je bil namreč Dicer neaktiven. <br /> Preiskovali so tudi delovanje encima in vivo. Ko so ustavili aktivnost Dicer-ja, se je utišanje genov močno zmanjšalo, vendar ne popolnoma. To nakazuje na možnost slabšega zatrtja delovanja Dicerja ali pa celo na prisotnost drugih mehanizmov, ki lahko utišajo gene. <br /> <br /> == Viri ==<br /> <br /> 1. Jaskiewicz L., Filipovicz W., Role of Dicer in Posttranscriptional RNA Silencing; Nature, 2008,<br /> ----<br /> <br /> 2. Voet &amp; Voet: Biochemistry, 3. izdaja. Wiley, 2004,<br /> ----<br /> <br /> 3. Pick - Wei, L., et al. The molecular architecture of human Dicer. Nature structural &amp; molecular biology. 2012, str. 1-6,<br /> ----<br /> <br /> 4. Bernstein E. et al.: Role for bidentate ribonuclease in the initiation step od RNA interference. Nature, 2001, št. 409, str. 363-366.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=RNA-interferenca&diff=7047 2012-04-02T20:56:32Z

<p>IzaOgris: /* Skupine */</p> <hr /> <div>== Predstavitev seminarja 2011/12 ==<br /> Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)<br /> # Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)<br /> # Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)<br /> # Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)<br /> # Evolucijski pomen RNAi (2006-)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah<br /> # Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi<br /> <br /> Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web]. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> <br /> === Skupine ===<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Raziskave%2C_ki_so_privedle_do_odkritja_RNA-interference_(1995-1998) Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference] (Andrej Vrankar,Jernej Mustar,Dominik Kert)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_interferen%C4%8Dne_RNA_%28siRNA%29 Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)] (Tanja Korpar, Ines Šterbal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_encima_%27dicer%27#Delovanje Odkritje encima 'dicer'] (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_mikro_RNA_%28miRNA%29 Odkritje mikro-RNA (miRNA)] (Mitja Crček, Rok Štemberger, Tjaša Flis)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_lasni%C4%8Dne_RNA_%28shRNA%29 Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA)] (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha Odkritje in delovanje nukleaze Drosha] (Ines Kerin, Petra Malavašič)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (Katra Koman, Matevž Ambrožič, Matevž Merljak)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucijski_pomen_RNAi Evolucijski pomen RNAi] (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC(Ula Štok, Sara Primec, Maša Mirkovič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/11.Pomen_RNAi_kot_obramba_pred_virusi_in_transpozoni Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni](Veronika Jarc, Tjaša Goričan, Kaja Javoršek)<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah(Tina Gregorič, Sara Draščič, Teja Banič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Klini%C4%8Dni_preizkusi_z_u%C4%8Dinkovinami_na_osnovi_RNAi Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi] (Maja Remškar, Monika Škrjanc)<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi (Marko Radojković, Sandi Botonjić)<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)<br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;<br /> <br /> Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_encima_%27dicer%27&diff=7045 2012-04-02T20:49:13Z

<p>IzaOgris: /* Delovanje */</p> <hr /> <div>Encim Dicer je endoribonukleaza iz družine Rnaz-III in je ključen v procesu utišanja genov. Odkrila in poimenovala ga je Emily Bernstein s sodelavci leta 2001. Njegova naloga je cepitev vezi dvojnovijačne RNA (dsRNA), ki je zunanjega izvora, v kratke interferenčne RNA (siRNA) in vezi pre-mikroRNA, ki nastane v jedru celice, v miRNA. Nahaja se v citosolu in je velik skoraj 250kDa. Praktično skoraj ni organizma, ki ne bi vseboval encima Dicer, saj ga najdemo takorekoč v preprostih protozojih kot tudi v kompleksnejših metazojih. Genom sesalcev kodira samo en Dicer protein, insekti (vinska mušica) in glive dva Dicerja, nekatere rastline pa kodirajo štiri Dicerju podobne proteine.<br /> <br /> == Delovanje ==<br /> <br /> SiRNA so dolge od 21-25 nukleotidov, medtem ko sta na 3' koncu dva prosta nukleotida. SiRNA se po delovanju Dicerja vežejo v multikompleks RISC (RNA-induced silencing complex), kjer se RNA cepi do enoverižne vodilne RNA. Kompleks RISC lahko z vodilno RNA prepozna določeno mesto na mRNA in jo cepi. Dolžina siRNA je pri protozojih za 4 nt daljša kot pri večceličarjih. Dicer je na površini nabit naključno - ponekod pozitivno drugje negativno in nevtralno, na površini kanala, kjer se veže negativno nabita dsRNA, pa je pretežno pozitivno nabit. Deluje tako, da se DsRNA vsidra v kanal, ki je med bazo in glavo, in sega od domene PAZ (prosti konec) do domene Rnaze-III, kjer jo tudi prereže. Ti domeni sta oddaljeni za 65A, kar je sorazmerno s številom odrezanih nukleotidov. Vezava dsRNA ni specifična glede na določeno zaporedje, saj ima Dicer večjo afiniteto do neponavljajočih se zaporedij. Veže se na konec dsRNA, cepi v predelu noge in zapusti dsRNA vključno z siRNA, ki jo prenese do kompleksa RISC. Eno dsRNA cepi več Dicerjev in kot po vrsti se novi Dicer veže na novi prosti konec takoj, ko nastane.<br /> Na delovanje Dicera v celicah vplivajo proteini dsRBP (dsRNA binding proteins) in predstavljajo kofaktorje RNA vezavnih domen. Prvi odkriti je bil pri C. Elegans RDE-4 dimerni protein, ki ima visoko afiniteto le do dolge dsRNA zunanjega izvora. V vinski mušici so zaznali protein R2D2, njegova funkcija v Dicer-2/R2D2 kompleksu pa je prenos siRNA do kompleksa RISC. Pri sesalcih so odkrili dva proteina, TRBP, ki verjetno deluje podobno kot R2D2, in PACT.<br /> <br /> ----<br /> [[http://www.youtube.com/watch?v=RdxtoTRkHSk]]<br /> Animacija delovanja Dicerja<br /> <br /> == Struktura ==<br /> <br /> Trenutno razumevanje njegove strukture je še dokaj omejeno na preprostejše organizme, zgradba kompleksnejših pa je v večini primerjana s preprostejšimi ali posameznimi izoliranimi domenami, še vedno pa ostaja velika uganka, katero skušajo znanstveniki na vso moč razrešiti. V seminarju se bomo omejili na človeški Dicer, katerega gen se nahaja na 14 kromosomu. Encim vsebuje ligande za vezavo kovinskih, magnezijevih, manganovih ionov, nukleotidov in RNA. Najnovejša dognanja pridobljena na nivoju elektronske mikroskopije nakazujejo na sledečo asimetrično strukturo poenostavljeno ponazorjeno v obliki črke L. L oblikovani encim opredelimo na več regij, in sicer glavo, telo, bazo in roko encima. Encim je sestavljen iz večih poddomen, vsaka izmed njih pa ima svoj namen. Na sprednjem delu glave najdemo PAZ domeno, ki prepozna konce dvovijačne RNA. V telesu encima se nahajata Rnaza IIIa in Rnaza IIIb domeni . Predstavljata ključna vlogo encima, saj cepita dvovijačno RNA na manjše segmente, ki potem kot smo že omenili zgoraj vplivajo na utišanje genov. Med PAZ in Rnazno domeno je »platform domena«, vendar le-ta ne leži direktno med obema domenama, ampak ju fizično povezuje manjša »ruler domena«. PAZ domena in katalitična stran Rnazne III domene sta tako ločeni. Razdalja med obema domenama tudi pojasnjuje dolžino nastalih segmentov. Ena izmed domen je tudi N-terminalna helikaza, katero delimo na tri globularne domene: HEL1, HEL2i in HEL2, ki tvorijo strukturo podobno sponki. Prilegajo se Rnaznem III aktivnem mestu . Umeščamo jih znotraj roke, dokazi pa potrjujejo, da se raztezajo tudi čez celotno bazo encima. Jedro helikaze tvori C-oblikovan notranji kanal. O funkciji, ki jo opravljajo helikazne domene, se dolgo ni vedelo nič, sedaj pa je znano, da olajšujejo prepoznavanje pre-miRNA zank oziroma translokacijo dolge dvovijačne RNA. Za razliko od večine Dicerjev, človeški Dicer za svoje delovanje ne potrebuje ATP.<br /> Vemo, da je pre-mRNA še precej nedodelana oblika, kar bi po vsej logiki otežilo delovanje encima, kljub temu pa fleksibilnost encima omogoči, da ta prilagodi obliko substratu in na ta način dovoli, da od idealne RNA odstopajoča pre-mRNA deluje nemoteno kot nepopoln kompleks.<br /> <br /> == Metode odkrivanja ==<br /> <br /> Znanstveniki so odkrili, da je pri živalskih celicah prisotno samo post-transkripcijsko utišanje genov. Kompleks, ki pri tem sodeluje, deluje kot efektorska nukleaza in se imenuje RISC. Pri nadaljnjem raziskovanju le-tega so posledično naleteli na 20-25 nukleotidov dolgo zaporedje, ki služi kot začetno oz. uvodno zaporedje pri nizu reakcij utišanja genov. Po navadi gre za 22-nukleotidno RNA, ki je komplementarna mRNA substrata. Postavilo se jim je vprašanje, če je za nastanek 22-nukleotidne RNA zaslužen že znan RISC, ali gre za nov encim. <br /> Da bi raziskali dilemo, so izolirali RISC iz celic Drosophila S2. Celice S2 je celična linija mušice Drosophila melanogaster; iz primarne celične kulture izolirajo 20-24 ur stare celice zarodka. Nato so s centrifugiranjem pri 100,000g za eno uro ločili supernatant in usedlino (pelet). V usedlini so odkrili večji del kompleksa RISC, medtem ko se je v supernatantu pojavila 22-nukleotidna sekvenca. Tako so prišli do spoznanja, da je za cepitev 22-nukleotidne RNA iz mRNA odgovoren še neraziskan encim. <br /> Nov encim je imel podobno strukturo kot Drosha: vseboval je dva RNAzna III motiva in N-terminalno helikazno domeno, zato so ga uvrstili v družino RNAze III. Zaradi podobnosti z Drosho so njegovo funkcijo določevali primerjalno. Raziskave so najprej opravili in vitro, po začetnih obetavnih rezultatih pa tudi in vivo.<br /> Da bi preverili delovanje RNAznih III motivov, so označili Drosho in CG4792 (kasneje Dicer 1) s T7 epitopom. Encima sta bila izražena v transficiranih S2 celicah in izolirana s postopkom imunoprecipitacije, pri kateri so uporabili agarozo prepojeno s protitelesi. Metoda imunoprecipitacije je metoda obarjanja antigena proteina v raztopini s protitelesi, ki so specifična za nek antigen. Metoda je zelo primerna za ugotavljanje mest vezave proteinov na DNA ali RNA. <br /> Zopet se je pojavila 22 nukleotidov dolga sekvenca. Oborili so se antigeni za CG4792, rezultati za Drosho pa so bili negativni. Zaključili so, da lahko CG4792 cepi poljubno sekvenco mRNA in ustvari začetni korak pri utišanju genov – začetno sekvenco. Zaradi njegove funkcije rezanja mRNA so CG7492 poimenovali splošno Dicer (CG7492=Dicer 1). Prisotnost Dicer-ja je bila potrjena pri celicah zarodka vrste Drosophila melanogaster, pri Drosophila S2 celicah in tudi pri odraslih celicah mušice D. melanogaster. V nekatere poskuse so vključili tudi C. elegans, kjer je bilo prav tako ugotovljeno delovanje Dicer-ja. <br /> Pri poskusih so prišli do ugotovitve, da je za delovanje encima potreben ATP. Ob izčrpanju energije v obliki ATP, se je cepitev mRNA na 22-nukleotidno RNA močno upočasnila. <br /> Znanstveniki so se odločili preveriti, kako specifičen mora biti substrat, da ga Dicer cepi na krajše segmente. Za preiskovani organizem so vzeli C. elegans in D. melanogaster. Izkazalo se je, da Dicer cepi zgolj dvovijačno mRNA in da raje cepi daljša nukleotidna zaporedja. Sicer reže tudi krajša zaporedja, vendar odločilno vlogo igra dvojna vijačnica. Pri enovijačni mRNA z dolgim nukleotidnim zaporedjem je bil namreč Dicer neaktiven. <br /> Preiskovali so tudi delovanje encima in vivo. Ko so ustavili aktivnost Dicer-ja, se je utišanje genov močno zmanjšalo, vendar ne popolnoma. To nakazuje na možnost slabšega zatrtja delovanja Dicerja ali pa celo na prisotnost drugih mehanizmov, ki lahko utišajo gene. <br /> <br /> == Viri ==<br /> <br /> 1. Jaskiewicz L., Filipovicz W., Role of Dicer in Posttranscriptional RNA Silencing; Nature, 2008,<br /> ----<br /> <br /> 2. Voet &amp; Voet: Biochemistry, 3. izdaja. Wiley, 2004,<br /> ----<br /> <br /> 3. Pick - Wei, L., et al. The molecular architecture of human Dicer. Nature structural &amp; molecular biology. 2012, str. 1-6,<br /> ----<br /> <br /> 4. Bernstein E. et al.: Role for bidentate ribonuclease in the initiation step od RNA interference. Nature, 2001, št. 409, str. 363-366.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_encima_%27dicer%27&diff=7044 2012-04-02T20:48:56Z

<p>IzaOgris: /* Struktura */</p> <hr /> <div>Encim Dicer je endoribonukleaza iz družine Rnaz-III in je ključen v procesu utišanja genov. Odkrila in poimenovala ga je Emily Bernstein s sodelavci leta 2001. Njegova naloga je cepitev vezi dvojnovijačne RNA (dsRNA), ki je zunanjega izvora, v kratke interferenčne RNA (siRNA) in vezi pre-mikroRNA, ki nastane v jedru celice, v miRNA. Nahaja se v citosolu in je velik skoraj 250kDa. Praktično skoraj ni organizma, ki ne bi vseboval encima Dicer, saj ga najdemo takorekoč v preprostih protozojih kot tudi v kompleksnejših metazojih. Genom sesalcev kodira samo en Dicer protein, insekti (vinska mušica) in glive dva Dicerja, nekatere rastline pa kodirajo štiri Dicerju podobne proteine.<br /> <br /> == Delovanje ==<br /> <br /> SiRNA so dolge od 21-25 nukleotidov, medtem ko sta na 3' koncu dva prosta nukleotida. SiRNA se po delovanju Dicerja vežejo v multikompleks RISC (RNA-induced silencing complex), kjer se RNA cepi do enoverižne vodilne RNA. Kompleks RISC lahko z vodilno RNA prepozna določeno mesto na mRNA in jo cepi. Dolžina siRNA je pri protozojih za 4 nt daljša kot pri večceličarjih. Dicer je na površini nabit naključno - ponekod pozitivno drugje negativno in nevtralno, na površini kanala, kjer se veže negativno nabita dsRNA, pa je pretežno pozitivno nabit. Deluje tako, da se DsRNA vsidra v kanal, ki je med bazo in glavo, in sega od domene PAZ (prosti konec) do domene Rnaze-III, kjer jo tudi prereže. Ti domeni sta oddaljeni za 65A, kar je sorazmerno s številom odrezanih nukleotidov. Vezava dsRNA ni specifična glede na določeno zaporedje, saj ima Dicer večjo afiniteto do neponavljajočih se zaporedij. Veže se na konec dsRNA, cepi v predelu noge in zapusti dsRNA vključno z siRNA, ki jo prenese do kompleksa RISC. Eno dsRNA cepi več Dicerjev in kot po vrsti se novi Dicer veže na novi prosti konec takoj, ko nastane.<br /> Na delovanje Dicera v celicah vplivajo proteini dsRBP (dsRNA binding proteins) in predstavljajo kofaktorje RNA vezavnih domen. Prvi odkriti je bil pri C. Elegans RDE-4 dimerni protein, ki ima visoko afiniteto le do dolge dsRNA zunanjega izvora. V vinski mušici so zaznali protein R2D2, njegova funkcija v Dicer-2/R2D2 kompleksu pa je prenos siRNA do kompleksa RISC. Pri sesalcih so odkrili dva proteina, TRBP, ki verjetno deluje podobno kot R2D2, in PACT.<br /> <br /> == Struktura ==<br /> <br /> Trenutno razumevanje njegove strukture je še dokaj omejeno na preprostejše organizme, zgradba kompleksnejših pa je v večini primerjana s preprostejšimi ali posameznimi izoliranimi domenami, še vedno pa ostaja velika uganka, katero skušajo znanstveniki na vso moč razrešiti. V seminarju se bomo omejili na človeški Dicer, katerega gen se nahaja na 14 kromosomu. Encim vsebuje ligande za vezavo kovinskih, magnezijevih, manganovih ionov, nukleotidov in RNA. Najnovejša dognanja pridobljena na nivoju elektronske mikroskopije nakazujejo na sledečo asimetrično strukturo poenostavljeno ponazorjeno v obliki črke L. L oblikovani encim opredelimo na več regij, in sicer glavo, telo, bazo in roko encima. Encim je sestavljen iz večih poddomen, vsaka izmed njih pa ima svoj namen. Na sprednjem delu glave najdemo PAZ domeno, ki prepozna konce dvovijačne RNA. V telesu encima se nahajata Rnaza IIIa in Rnaza IIIb domeni . Predstavljata ključna vlogo encima, saj cepita dvovijačno RNA na manjše segmente, ki potem kot smo že omenili zgoraj vplivajo na utišanje genov. Med PAZ in Rnazno domeno je »platform domena«, vendar le-ta ne leži direktno med obema domenama, ampak ju fizično povezuje manjša »ruler domena«. PAZ domena in katalitična stran Rnazne III domene sta tako ločeni. Razdalja med obema domenama tudi pojasnjuje dolžino nastalih segmentov. Ena izmed domen je tudi N-terminalna helikaza, katero delimo na tri globularne domene: HEL1, HEL2i in HEL2, ki tvorijo strukturo podobno sponki. Prilegajo se Rnaznem III aktivnem mestu . Umeščamo jih znotraj roke, dokazi pa potrjujejo, da se raztezajo tudi čez celotno bazo encima. Jedro helikaze tvori C-oblikovan notranji kanal. O funkciji, ki jo opravljajo helikazne domene, se dolgo ni vedelo nič, sedaj pa je znano, da olajšujejo prepoznavanje pre-miRNA zank oziroma translokacijo dolge dvovijačne RNA. Za razliko od večine Dicerjev, človeški Dicer za svoje delovanje ne potrebuje ATP.<br /> Vemo, da je pre-mRNA še precej nedodelana oblika, kar bi po vsej logiki otežilo delovanje encima, kljub temu pa fleksibilnost encima omogoči, da ta prilagodi obliko substratu in na ta način dovoli, da od idealne RNA odstopajoča pre-mRNA deluje nemoteno kot nepopoln kompleks.<br /> <br /> == Metode odkrivanja ==<br /> <br /> Znanstveniki so odkrili, da je pri živalskih celicah prisotno samo post-transkripcijsko utišanje genov. Kompleks, ki pri tem sodeluje, deluje kot efektorska nukleaza in se imenuje RISC. Pri nadaljnjem raziskovanju le-tega so posledično naleteli na 20-25 nukleotidov dolgo zaporedje, ki služi kot začetno oz. uvodno zaporedje pri nizu reakcij utišanja genov. Po navadi gre za 22-nukleotidno RNA, ki je komplementarna mRNA substrata. Postavilo se jim je vprašanje, če je za nastanek 22-nukleotidne RNA zaslužen že znan RISC, ali gre za nov encim. <br /> Da bi raziskali dilemo, so izolirali RISC iz celic Drosophila S2. Celice S2 je celična linija mušice Drosophila melanogaster; iz primarne celične kulture izolirajo 20-24 ur stare celice zarodka. Nato so s centrifugiranjem pri 100,000g za eno uro ločili supernatant in usedlino (pelet). V usedlini so odkrili večji del kompleksa RISC, medtem ko se je v supernatantu pojavila 22-nukleotidna sekvenca. Tako so prišli do spoznanja, da je za cepitev 22-nukleotidne RNA iz mRNA odgovoren še neraziskan encim. <br /> Nov encim je imel podobno strukturo kot Drosha: vseboval je dva RNAzna III motiva in N-terminalno helikazno domeno, zato so ga uvrstili v družino RNAze III. Zaradi podobnosti z Drosho so njegovo funkcijo določevali primerjalno. Raziskave so najprej opravili in vitro, po začetnih obetavnih rezultatih pa tudi in vivo.<br /> Da bi preverili delovanje RNAznih III motivov, so označili Drosho in CG4792 (kasneje Dicer 1) s T7 epitopom. Encima sta bila izražena v transficiranih S2 celicah in izolirana s postopkom imunoprecipitacije, pri kateri so uporabili agarozo prepojeno s protitelesi. Metoda imunoprecipitacije je metoda obarjanja antigena proteina v raztopini s protitelesi, ki so specifična za nek antigen. Metoda je zelo primerna za ugotavljanje mest vezave proteinov na DNA ali RNA. <br /> Zopet se je pojavila 22 nukleotidov dolga sekvenca. Oborili so se antigeni za CG4792, rezultati za Drosho pa so bili negativni. Zaključili so, da lahko CG4792 cepi poljubno sekvenco mRNA in ustvari začetni korak pri utišanju genov – začetno sekvenco. Zaradi njegove funkcije rezanja mRNA so CG7492 poimenovali splošno Dicer (CG7492=Dicer 1). Prisotnost Dicer-ja je bila potrjena pri celicah zarodka vrste Drosophila melanogaster, pri Drosophila S2 celicah in tudi pri odraslih celicah mušice D. melanogaster. V nekatere poskuse so vključili tudi C. elegans, kjer je bilo prav tako ugotovljeno delovanje Dicer-ja. <br /> Pri poskusih so prišli do ugotovitve, da je za delovanje encima potreben ATP. Ob izčrpanju energije v obliki ATP, se je cepitev mRNA na 22-nukleotidno RNA močno upočasnila. <br /> Znanstveniki so se odločili preveriti, kako specifičen mora biti substrat, da ga Dicer cepi na krajše segmente. Za preiskovani organizem so vzeli C. elegans in D. melanogaster. Izkazalo se je, da Dicer cepi zgolj dvovijačno mRNA in da raje cepi daljša nukleotidna zaporedja. Sicer reže tudi krajša zaporedja, vendar odločilno vlogo igra dvojna vijačnica. Pri enovijačni mRNA z dolgim nukleotidnim zaporedjem je bil namreč Dicer neaktiven. <br /> Preiskovali so tudi delovanje encima in vivo. Ko so ustavili aktivnost Dicer-ja, se je utišanje genov močno zmanjšalo, vendar ne popolnoma. To nakazuje na možnost slabšega zatrtja delovanja Dicerja ali pa celo na prisotnost drugih mehanizmov, ki lahko utišajo gene. <br /> <br /> == Viri ==<br /> <br /> 1. Jaskiewicz L., Filipovicz W., Role of Dicer in Posttranscriptional RNA Silencing; Nature, 2008,<br /> ----<br /> <br /> 2. Voet &amp; Voet: Biochemistry, 3. izdaja. Wiley, 2004,<br /> ----<br /> <br /> 3. Pick - Wei, L., et al. The molecular architecture of human Dicer. Nature structural &amp; molecular biology. 2012, str. 1-6,<br /> ----<br /> <br /> 4. Bernstein E. et al.: Role for bidentate ribonuclease in the initiation step od RNA interference. Nature, 2001, št. 409, str. 363-366.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_encima_%27dicer%27&diff=7043 2012-04-02T20:48:14Z

<p>IzaOgris: /* Struktura */</p> <hr /> <div>Encim Dicer je endoribonukleaza iz družine Rnaz-III in je ključen v procesu utišanja genov. Odkrila in poimenovala ga je Emily Bernstein s sodelavci leta 2001. Njegova naloga je cepitev vezi dvojnovijačne RNA (dsRNA), ki je zunanjega izvora, v kratke interferenčne RNA (siRNA) in vezi pre-mikroRNA, ki nastane v jedru celice, v miRNA. Nahaja se v citosolu in je velik skoraj 250kDa. Praktično skoraj ni organizma, ki ne bi vseboval encima Dicer, saj ga najdemo takorekoč v preprostih protozojih kot tudi v kompleksnejših metazojih. Genom sesalcev kodira samo en Dicer protein, insekti (vinska mušica) in glive dva Dicerja, nekatere rastline pa kodirajo štiri Dicerju podobne proteine.<br /> <br /> == Delovanje ==<br /> <br /> SiRNA so dolge od 21-25 nukleotidov, medtem ko sta na 3' koncu dva prosta nukleotida. SiRNA se po delovanju Dicerja vežejo v multikompleks RISC (RNA-induced silencing complex), kjer se RNA cepi do enoverižne vodilne RNA. Kompleks RISC lahko z vodilno RNA prepozna določeno mesto na mRNA in jo cepi. Dolžina siRNA je pri protozojih za 4 nt daljša kot pri večceličarjih. Dicer je na površini nabit naključno - ponekod pozitivno drugje negativno in nevtralno, na površini kanala, kjer se veže negativno nabita dsRNA, pa je pretežno pozitivno nabit. Deluje tako, da se DsRNA vsidra v kanal, ki je med bazo in glavo, in sega od domene PAZ (prosti konec) do domene Rnaze-III, kjer jo tudi prereže. Ti domeni sta oddaljeni za 65A, kar je sorazmerno s številom odrezanih nukleotidov. Vezava dsRNA ni specifična glede na določeno zaporedje, saj ima Dicer večjo afiniteto do neponavljajočih se zaporedij. Veže se na konec dsRNA, cepi v predelu noge in zapusti dsRNA vključno z siRNA, ki jo prenese do kompleksa RISC. Eno dsRNA cepi več Dicerjev in kot po vrsti se novi Dicer veže na novi prosti konec takoj, ko nastane.<br /> Na delovanje Dicera v celicah vplivajo proteini dsRBP (dsRNA binding proteins) in predstavljajo kofaktorje RNA vezavnih domen. Prvi odkriti je bil pri C. Elegans RDE-4 dimerni protein, ki ima visoko afiniteto le do dolge dsRNA zunanjega izvora. V vinski mušici so zaznali protein R2D2, njegova funkcija v Dicer-2/R2D2 kompleksu pa je prenos siRNA do kompleksa RISC. Pri sesalcih so odkrili dva proteina, TRBP, ki verjetno deluje podobno kot R2D2, in PACT.<br /> <br /> == Struktura ==<br /> <br /> Trenutno razumevanje njegove strukture je še dokaj omejeno na preprostejše organizme, zgradba kompleksnejših pa je v večini primerjana s preprostejšimi ali posameznimi izoliranimi domenami, še vedno pa ostaja velika uganka, katero skušajo znanstveniki na vso moč razrešiti. V seminarju se bomo omejili na človeški Dicer, katerega gen se nahaja na 14 kromosomu. Encim vsebuje ligande za vezavo kovinskih, magnezijevih, manganovih ionov, nukleotidov in RNA. Najnovejša dognanja pridobljena na nivoju elektronske mikroskopije nakazujejo na sledečo asimetrično strukturo poenostavljeno ponazorjeno v obliki črke L. L oblikovani encim opredelimo na več regij, in sicer glavo, telo, bazo in roko encima. Encim je sestavljen iz večih poddomen, vsaka izmed njih pa ima svoj namen. Na sprednjem delu glave najdemo PAZ domeno, ki prepozna konce dvovijačne RNA. V telesu encima se nahajata Rnaza IIIa in Rnaza IIIb domeni . Predstavljata ključna vlogo encima, saj cepita dvovijačno RNA na manjše segmente, ki potem kot smo že omenili zgoraj vplivajo na utišanje genov. Med PAZ in Rnazno domeno je »platform domena«, vendar le-ta ne leži direktno med obema domenama, ampak ju fizično povezuje manjša »ruler domena«. PAZ domena in katalitična stran Rnazne III domene sta tako ločeni. Razdalja med obema domenama tudi pojasnjuje dolžino nastalih segmentov. Ena izmed domen je tudi N-terminalna helikaza, katero delimo na tri globularne domene: HEL1, HEL2i in HEL2, ki tvorijo strukturo podobno sponki. Prilegajo se Rnaznem III aktivnem mestu . Umeščamo jih znotraj roke, dokazi pa potrjujejo, da se raztezajo tudi čez celotno bazo encima. Jedro helikaze tvori C-oblikovan notranji kanal. O funkciji, ki jo opravljajo helikazne domene, se dolgo ni vedelo nič, sedaj pa je znano, da olajšujejo prepoznavanje pre-miRNA zank oziroma translokacijo dolge dvovijačne RNA. Za razliko od večine Dicerjev, človeški Dicer za svoje delovanje ne potrebuje ATP.<br /> Vemo, da je pre-mRNA še precej nedodelana oblika, kar bi po vsej logiki otežilo delovanje encima, kljub temu pa fleksibilnost encima omogoči, da ta prilagodi obliko substratu in na ta način dovoli, da od idealne RNA odstopajoča pre-mRNA deluje nemoteno kot nepopoln kompleks.<br /> <br /> ----<br /> [[http://www.youtube.com/watch?v=RdxtoTRkHSk]]<br /> Animacija delovanja Dicerja<br /> <br /> == Metode odkrivanja ==<br /> <br /> Znanstveniki so odkrili, da je pri živalskih celicah prisotno samo post-transkripcijsko utišanje genov. Kompleks, ki pri tem sodeluje, deluje kot efektorska nukleaza in se imenuje RISC. Pri nadaljnjem raziskovanju le-tega so posledično naleteli na 20-25 nukleotidov dolgo zaporedje, ki služi kot začetno oz. uvodno zaporedje pri nizu reakcij utišanja genov. Po navadi gre za 22-nukleotidno RNA, ki je komplementarna mRNA substrata. Postavilo se jim je vprašanje, če je za nastanek 22-nukleotidne RNA zaslužen že znan RISC, ali gre za nov encim. <br /> Da bi raziskali dilemo, so izolirali RISC iz celic Drosophila S2. Celice S2 je celična linija mušice Drosophila melanogaster; iz primarne celične kulture izolirajo 20-24 ur stare celice zarodka. Nato so s centrifugiranjem pri 100,000g za eno uro ločili supernatant in usedlino (pelet). V usedlini so odkrili večji del kompleksa RISC, medtem ko se je v supernatantu pojavila 22-nukleotidna sekvenca. Tako so prišli do spoznanja, da je za cepitev 22-nukleotidne RNA iz mRNA odgovoren še neraziskan encim. <br /> Nov encim je imel podobno strukturo kot Drosha: vseboval je dva RNAzna III motiva in N-terminalno helikazno domeno, zato so ga uvrstili v družino RNAze III. Zaradi podobnosti z Drosho so njegovo funkcijo določevali primerjalno. Raziskave so najprej opravili in vitro, po začetnih obetavnih rezultatih pa tudi in vivo.<br /> Da bi preverili delovanje RNAznih III motivov, so označili Drosho in CG4792 (kasneje Dicer 1) s T7 epitopom. Encima sta bila izražena v transficiranih S2 celicah in izolirana s postopkom imunoprecipitacije, pri kateri so uporabili agarozo prepojeno s protitelesi. Metoda imunoprecipitacije je metoda obarjanja antigena proteina v raztopini s protitelesi, ki so specifična za nek antigen. Metoda je zelo primerna za ugotavljanje mest vezave proteinov na DNA ali RNA. <br /> Zopet se je pojavila 22 nukleotidov dolga sekvenca. Oborili so se antigeni za CG4792, rezultati za Drosho pa so bili negativni. Zaključili so, da lahko CG4792 cepi poljubno sekvenco mRNA in ustvari začetni korak pri utišanju genov – začetno sekvenco. Zaradi njegove funkcije rezanja mRNA so CG7492 poimenovali splošno Dicer (CG7492=Dicer 1). Prisotnost Dicer-ja je bila potrjena pri celicah zarodka vrste Drosophila melanogaster, pri Drosophila S2 celicah in tudi pri odraslih celicah mušice D. melanogaster. V nekatere poskuse so vključili tudi C. elegans, kjer je bilo prav tako ugotovljeno delovanje Dicer-ja. <br /> Pri poskusih so prišli do ugotovitve, da je za delovanje encima potreben ATP. Ob izčrpanju energije v obliki ATP, se je cepitev mRNA na 22-nukleotidno RNA močno upočasnila. <br /> Znanstveniki so se odločili preveriti, kako specifičen mora biti substrat, da ga Dicer cepi na krajše segmente. Za preiskovani organizem so vzeli C. elegans in D. melanogaster. Izkazalo se je, da Dicer cepi zgolj dvovijačno mRNA in da raje cepi daljša nukleotidna zaporedja. Sicer reže tudi krajša zaporedja, vendar odločilno vlogo igra dvojna vijačnica. Pri enovijačni mRNA z dolgim nukleotidnim zaporedjem je bil namreč Dicer neaktiven. <br /> Preiskovali so tudi delovanje encima in vivo. Ko so ustavili aktivnost Dicer-ja, se je utišanje genov močno zmanjšalo, vendar ne popolnoma. To nakazuje na možnost slabšega zatrtja delovanja Dicerja ali pa celo na prisotnost drugih mehanizmov, ki lahko utišajo gene. <br /> <br /> == Viri ==<br /> <br /> 1. Jaskiewicz L., Filipovicz W., Role of Dicer in Posttranscriptional RNA Silencing; Nature, 2008,<br /> ----<br /> <br /> 2. Voet &amp; Voet: Biochemistry, 3. izdaja. Wiley, 2004,<br /> ----<br /> <br /> 3. Pick - Wei, L., et al. The molecular architecture of human Dicer. Nature structural &amp; molecular biology. 2012, str. 1-6,<br /> ----<br /> <br /> 4. Bernstein E. et al.: Role for bidentate ribonuclease in the initiation step od RNA interference. Nature, 2001, št. 409, str. 363-366.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_encima_%27dicer%27&diff=7041 2012-04-02T20:42:33Z

<p>IzaOgris: /* Viri */</p> <hr /> <div>Encim Dicer je endoribonukleaza iz družine Rnaz-III in je ključen v procesu utišanja genov. Odkrila in poimenovala ga je Emily Bernstein s sodelavci leta 2001. Njegova naloga je cepitev vezi dvojnovijačne RNA (dsRNA), ki je zunanjega izvora, v kratke interferenčne RNA (siRNA) in vezi pre-mikroRNA, ki nastane v jedru celice, v miRNA. Nahaja se v citosolu in je velik skoraj 250kDa. Praktično skoraj ni organizma, ki ne bi vseboval encima Dicer, saj ga najdemo takorekoč v preprostih protozojih kot tudi v kompleksnejših metazojih. Genom sesalcev kodira samo en Dicer protein, insekti (vinska mušica) in glive dva Dicerja, nekatere rastline pa kodirajo štiri Dicerju podobne proteine.<br /> <br /> == Delovanje ==<br /> <br /> SiRNA so dolge od 21-25 nukleotidov, medtem ko sta na 3' koncu dva prosta nukleotida. SiRNA se po delovanju Dicerja vežejo v multikompleks RISC (RNA-induced silencing complex), kjer se RNA cepi do enoverižne vodilne RNA. Kompleks RISC lahko z vodilno RNA prepozna določeno mesto na mRNA in jo cepi. Dolžina siRNA je pri protozojih za 4 nt daljša kot pri večceličarjih. Dicer je na površini nabit naključno - ponekod pozitivno drugje negativno in nevtralno, na površini kanala, kjer se veže negativno nabita dsRNA, pa je pretežno pozitivno nabit. Deluje tako, da se DsRNA vsidra v kanal, ki je med bazo in glavo, in sega od domene PAZ (prosti konec) do domene Rnaze-III, kjer jo tudi prereže. Ti domeni sta oddaljeni za 65A, kar je sorazmerno s številom odrezanih nukleotidov. Vezava dsRNA ni specifična glede na določeno zaporedje, saj ima Dicer večjo afiniteto do neponavljajočih se zaporedij. Veže se na konec dsRNA, cepi v predelu noge in zapusti dsRNA vključno z siRNA, ki jo prenese do kompleksa RISC. Eno dsRNA cepi več Dicerjev in kot po vrsti se novi Dicer veže na novi prosti konec takoj, ko nastane.<br /> Na delovanje Dicera v celicah vplivajo proteini dsRBP (dsRNA binding proteins) in predstavljajo kofaktorje RNA vezavnih domen. Prvi odkriti je bil pri C. Elegans RDE-4 dimerni protein, ki ima visoko afiniteto le do dolge dsRNA zunanjega izvora. V vinski mušici so zaznali protein R2D2, njegova funkcija v Dicer-2/R2D2 kompleksu pa je prenos siRNA do kompleksa RISC. Pri sesalcih so odkrili dva proteina, TRBP, ki verjetno deluje podobno kot R2D2, in PACT.<br /> <br /> == Struktura ==<br /> <br /> Trenutno razumevanje njegove strukture je še dokaj omejeno na preprostejše organizme, zgradba kompleksnejših pa je v večini primerjana s preprostejšimi ali posameznimi izoliranimi domenami, še vedno pa ostaja velika uganka, katero skušajo znanstveniki na vso moč razrešiti. V seminarju se bomo omejili na človeški Dicer, katerega gen se nahaja na 14 kromosomu. Encim vsebuje ligande za vezavo kovinskih, magnezijevih, manganovih ionov, nukleotidov in RNA. Najnovejša dognanja pridobljena na nivoju elektronske mikroskopije nakazujejo na sledečo asimetrično strukturo poenostavljeno ponazorjeno v obliki črke L. L oblikovani encim opredelimo na več regij, in sicer glavo, telo, bazo in roko encima. Encim je sestavljen iz večih poddomen, vsaka izmed njih pa ima svoj namen. Na sprednjem delu glave najdemo PAZ domeno, ki prepozna konce dvovijačne RNA. V telesu encima se nahajata Rnaza IIIa in Rnaza IIIb domeni . Predstavljata ključna vlogo encima, saj cepita dvovijačno RNA na manjše segmente, ki potem kot smo že omenili zgoraj vplivajo na utišanje genov. Med PAZ in Rnazno domeno je »platform domena«, vendar le-ta ne leži direktno med obema domenama, ampak ju fizično povezuje manjša »ruler domena«. PAZ domena in katalitična stran Rnazne III domene sta tako ločeni. Razdalja med obema domenama tudi pojasnjuje dolžino nastalih segmentov. Ena izmed domen je tudi N-terminalna helikaza, katero delimo na tri globularne domene: HEL1, HEL2i in HEL2, ki tvorijo strukturo podobno sponki. Prilegajo se Rnaznem III aktivnem mestu . Umeščamo jih znotraj roke, dokazi pa potrjujejo, da se raztezajo tudi čez celotno bazo encima. Jedro helikaze tvori C-oblikovan notranji kanal. O funkciji, ki jo opravljajo helikazne domene, se dolgo ni vedelo nič, sedaj pa je znano, da olajšujejo prepoznavanje pre-miRNA zank oziroma translokacijo dolge dvovijačne RNA. Za razliko od večine Dicerjev, človeški Dicer za svoje delovanje ne potrebuje ATP.<br /> Vemo, da je pre-mRNA še precej nedodelana oblika, kar bi po vsej logiki otežilo delovanje encima, kljub temu pa fleksibilnost encima omogoči, da ta prilagodi obliko substratu in na ta način dovoli, da od idealne RNA odstopajoča pre-mRNA deluje nemoteno kot nepopoln kompleks.<br /> <br /> == Metode odkrivanja ==<br /> <br /> Znanstveniki so odkrili, da je pri živalskih celicah prisotno samo post-transkripcijsko utišanje genov. Kompleks, ki pri tem sodeluje, deluje kot efektorska nukleaza in se imenuje RISC. Pri nadaljnjem raziskovanju le-tega so posledično naleteli na 20-25 nukleotidov dolgo zaporedje, ki služi kot začetno oz. uvodno zaporedje pri nizu reakcij utišanja genov. Po navadi gre za 22-nukleotidno RNA, ki je komplementarna mRNA substrata. Postavilo se jim je vprašanje, če je za nastanek 22-nukleotidne RNA zaslužen že znan RISC, ali gre za nov encim. <br /> Da bi raziskali dilemo, so izolirali RISC iz celic Drosophila S2. Celice S2 je celična linija mušice Drosophila melanogaster; iz primarne celične kulture izolirajo 20-24 ur stare celice zarodka. Nato so s centrifugiranjem pri 100,000g za eno uro ločili supernatant in usedlino (pelet). V usedlini so odkrili večji del kompleksa RISC, medtem ko se je v supernatantu pojavila 22-nukleotidna sekvenca. Tako so prišli do spoznanja, da je za cepitev 22-nukleotidne RNA iz mRNA odgovoren še neraziskan encim. <br /> Nov encim je imel podobno strukturo kot Drosha: vseboval je dva RNAzna III motiva in N-terminalno helikazno domeno, zato so ga uvrstili v družino RNAze III. Zaradi podobnosti z Drosho so njegovo funkcijo določevali primerjalno. Raziskave so najprej opravili in vitro, po začetnih obetavnih rezultatih pa tudi in vivo.<br /> Da bi preverili delovanje RNAznih III motivov, so označili Drosho in CG4792 (kasneje Dicer 1) s T7 epitopom. Encima sta bila izražena v transficiranih S2 celicah in izolirana s postopkom imunoprecipitacije, pri kateri so uporabili agarozo prepojeno s protitelesi. Metoda imunoprecipitacije je metoda obarjanja antigena proteina v raztopini s protitelesi, ki so specifična za nek antigen. Metoda je zelo primerna za ugotavljanje mest vezave proteinov na DNA ali RNA. <br /> Zopet se je pojavila 22 nukleotidov dolga sekvenca. Oborili so se antigeni za CG4792, rezultati za Drosho pa so bili negativni. Zaključili so, da lahko CG4792 cepi poljubno sekvenco mRNA in ustvari začetni korak pri utišanju genov – začetno sekvenco. Zaradi njegove funkcije rezanja mRNA so CG7492 poimenovali splošno Dicer (CG7492=Dicer 1). Prisotnost Dicer-ja je bila potrjena pri celicah zarodka vrste Drosophila melanogaster, pri Drosophila S2 celicah in tudi pri odraslih celicah mušice D. melanogaster. V nekatere poskuse so vključili tudi C. elegans, kjer je bilo prav tako ugotovljeno delovanje Dicer-ja. <br /> Pri poskusih so prišli do ugotovitve, da je za delovanje encima potreben ATP. Ob izčrpanju energije v obliki ATP, se je cepitev mRNA na 22-nukleotidno RNA močno upočasnila. <br /> Znanstveniki so se odločili preveriti, kako specifičen mora biti substrat, da ga Dicer cepi na krajše segmente. Za preiskovani organizem so vzeli C. elegans in D. melanogaster. Izkazalo se je, da Dicer cepi zgolj dvovijačno mRNA in da raje cepi daljša nukleotidna zaporedja. Sicer reže tudi krajša zaporedja, vendar odločilno vlogo igra dvojna vijačnica. Pri enovijačni mRNA z dolgim nukleotidnim zaporedjem je bil namreč Dicer neaktiven. <br /> Preiskovali so tudi delovanje encima in vivo. Ko so ustavili aktivnost Dicer-ja, se je utišanje genov močno zmanjšalo, vendar ne popolnoma. To nakazuje na možnost slabšega zatrtja delovanja Dicerja ali pa celo na prisotnost drugih mehanizmov, ki lahko utišajo gene. <br /> <br /> == Viri ==<br /> <br /> 1. Jaskiewicz L., Filipovicz W., Role of Dicer in Posttranscriptional RNA Silencing; Nature, 2008,<br /> ----<br /> <br /> 2. Voet &amp; Voet: Biochemistry, 3. izdaja. Wiley, 2004,<br /> ----<br /> <br /> 3. Pick - Wei, L., et al. The molecular architecture of human Dicer. Nature structural &amp; molecular biology. 2012, str. 1-6,<br /> ----<br /> <br /> 4. Bernstein E. et al.: Role for bidentate ribonuclease in the initiation step od RNA interference. Nature, 2001, št. 409, str. 363-366.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Odkritje_encima_%27dicer%27&diff=7040 2012-04-02T20:39:13Z

<p>IzaOgris: </p> <hr /> <div>Uvod in delovanje encima Dicer - Iza Ogris,<br /> struktura - Karmen Hrovat,<br /> metode odkrivanja - Maja Grdadolnik.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Odkritje_encima_%27dicer%27&diff=7039 2012-04-02T20:38:56Z

<p>IzaOgris: </p> <hr /> <div>Uvod in delovanje encima Dicer - Iza Ogris,<br /> Struktura - Karmen Hrovat,<br /> Metode odkrivanja - Maja Grdadolnik.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Odkritje_encima_%27dicer%27&diff=7036 2012-04-02T20:38:10Z

<p>IzaOgris: New page: Uvod in delovanje encima Dicer - Iza Ogris Struktura - Karmen Hrovat Metode odkrivanja - Maja Grdadolnik</p> <hr /> <div>Uvod in delovanje encima Dicer - Iza Ogris<br /> Struktura - Karmen Hrovat<br /> Metode odkrivanja - Maja Grdadolnik</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_encima_%27dicer%27&diff=7035 2012-04-02T20:36:59Z

<p>IzaOgris: New page: Encim Dicer je endoribonukleaza iz družine Rnaz-III in je ključen v procesu utišanja genov. Odkrila in poimenovala ga je Emily Bernstein s sodelavci leta 2001. Njegova naloga je cepitev...</p> <hr /> <div>Encim Dicer je endoribonukleaza iz družine Rnaz-III in je ključen v procesu utišanja genov. Odkrila in poimenovala ga je Emily Bernstein s sodelavci leta 2001. Njegova naloga je cepitev vezi dvojnovijačne RNA (dsRNA), ki je zunanjega izvora, v kratke interferenčne RNA (siRNA) in vezi pre-mikroRNA, ki nastane v jedru celice, v miRNA. Nahaja se v citosolu in je velik skoraj 250kDa. Praktično skoraj ni organizma, ki ne bi vseboval encima Dicer, saj ga najdemo takorekoč v preprostih protozojih kot tudi v kompleksnejših metazojih. Genom sesalcev kodira samo en Dicer protein, insekti (vinska mušica) in glive dva Dicerja, nekatere rastline pa kodirajo štiri Dicerju podobne proteine.<br /> <br /> == Delovanje ==<br /> <br /> SiRNA so dolge od 21-25 nukleotidov, medtem ko sta na 3' koncu dva prosta nukleotida. SiRNA se po delovanju Dicerja vežejo v multikompleks RISC (RNA-induced silencing complex), kjer se RNA cepi do enoverižne vodilne RNA. Kompleks RISC lahko z vodilno RNA prepozna določeno mesto na mRNA in jo cepi. Dolžina siRNA je pri protozojih za 4 nt daljša kot pri večceličarjih. Dicer je na površini nabit naključno - ponekod pozitivno drugje negativno in nevtralno, na površini kanala, kjer se veže negativno nabita dsRNA, pa je pretežno pozitivno nabit. Deluje tako, da se DsRNA vsidra v kanal, ki je med bazo in glavo, in sega od domene PAZ (prosti konec) do domene Rnaze-III, kjer jo tudi prereže. Ti domeni sta oddaljeni za 65A, kar je sorazmerno s številom odrezanih nukleotidov. Vezava dsRNA ni specifična glede na določeno zaporedje, saj ima Dicer večjo afiniteto do neponavljajočih se zaporedij. Veže se na konec dsRNA, cepi v predelu noge in zapusti dsRNA vključno z siRNA, ki jo prenese do kompleksa RISC. Eno dsRNA cepi več Dicerjev in kot po vrsti se novi Dicer veže na novi prosti konec takoj, ko nastane.<br /> Na delovanje Dicera v celicah vplivajo proteini dsRBP (dsRNA binding proteins) in predstavljajo kofaktorje RNA vezavnih domen. Prvi odkriti je bil pri C. Elegans RDE-4 dimerni protein, ki ima visoko afiniteto le do dolge dsRNA zunanjega izvora. V vinski mušici so zaznali protein R2D2, njegova funkcija v Dicer-2/R2D2 kompleksu pa je prenos siRNA do kompleksa RISC. Pri sesalcih so odkrili dva proteina, TRBP, ki verjetno deluje podobno kot R2D2, in PACT.<br /> <br /> == Struktura ==<br /> <br /> Trenutno razumevanje njegove strukture je še dokaj omejeno na preprostejše organizme, zgradba kompleksnejših pa je v večini primerjana s preprostejšimi ali posameznimi izoliranimi domenami, še vedno pa ostaja velika uganka, katero skušajo znanstveniki na vso moč razrešiti. V seminarju se bomo omejili na človeški Dicer, katerega gen se nahaja na 14 kromosomu. Encim vsebuje ligande za vezavo kovinskih, magnezijevih, manganovih ionov, nukleotidov in RNA. Najnovejša dognanja pridobljena na nivoju elektronske mikroskopije nakazujejo na sledečo asimetrično strukturo poenostavljeno ponazorjeno v obliki črke L. L oblikovani encim opredelimo na več regij, in sicer glavo, telo, bazo in roko encima. Encim je sestavljen iz večih poddomen, vsaka izmed njih pa ima svoj namen. Na sprednjem delu glave najdemo PAZ domeno, ki prepozna konce dvovijačne RNA. V telesu encima se nahajata Rnaza IIIa in Rnaza IIIb domeni . Predstavljata ključna vlogo encima, saj cepita dvovijačno RNA na manjše segmente, ki potem kot smo že omenili zgoraj vplivajo na utišanje genov. Med PAZ in Rnazno domeno je »platform domena«, vendar le-ta ne leži direktno med obema domenama, ampak ju fizično povezuje manjša »ruler domena«. PAZ domena in katalitična stran Rnazne III domene sta tako ločeni. Razdalja med obema domenama tudi pojasnjuje dolžino nastalih segmentov. Ena izmed domen je tudi N-terminalna helikaza, katero delimo na tri globularne domene: HEL1, HEL2i in HEL2, ki tvorijo strukturo podobno sponki. Prilegajo se Rnaznem III aktivnem mestu . Umeščamo jih znotraj roke, dokazi pa potrjujejo, da se raztezajo tudi čez celotno bazo encima. Jedro helikaze tvori C-oblikovan notranji kanal. O funkciji, ki jo opravljajo helikazne domene, se dolgo ni vedelo nič, sedaj pa je znano, da olajšujejo prepoznavanje pre-miRNA zank oziroma translokacijo dolge dvovijačne RNA. Za razliko od večine Dicerjev, človeški Dicer za svoje delovanje ne potrebuje ATP.<br /> Vemo, da je pre-mRNA še precej nedodelana oblika, kar bi po vsej logiki otežilo delovanje encima, kljub temu pa fleksibilnost encima omogoči, da ta prilagodi obliko substratu in na ta način dovoli, da od idealne RNA odstopajoča pre-mRNA deluje nemoteno kot nepopoln kompleks.<br /> <br /> == Metode odkrivanja ==<br /> <br /> Znanstveniki so odkrili, da je pri živalskih celicah prisotno samo post-transkripcijsko utišanje genov. Kompleks, ki pri tem sodeluje, deluje kot efektorska nukleaza in se imenuje RISC. Pri nadaljnjem raziskovanju le-tega so posledično naleteli na 20-25 nukleotidov dolgo zaporedje, ki služi kot začetno oz. uvodno zaporedje pri nizu reakcij utišanja genov. Po navadi gre za 22-nukleotidno RNA, ki je komplementarna mRNA substrata. Postavilo se jim je vprašanje, če je za nastanek 22-nukleotidne RNA zaslužen že znan RISC, ali gre za nov encim. <br /> Da bi raziskali dilemo, so izolirali RISC iz celic Drosophila S2. Celice S2 je celična linija mušice Drosophila melanogaster; iz primarne celične kulture izolirajo 20-24 ur stare celice zarodka. Nato so s centrifugiranjem pri 100,000g za eno uro ločili supernatant in usedlino (pelet). V usedlini so odkrili večji del kompleksa RISC, medtem ko se je v supernatantu pojavila 22-nukleotidna sekvenca. Tako so prišli do spoznanja, da je za cepitev 22-nukleotidne RNA iz mRNA odgovoren še neraziskan encim. <br /> Nov encim je imel podobno strukturo kot Drosha: vseboval je dva RNAzna III motiva in N-terminalno helikazno domeno, zato so ga uvrstili v družino RNAze III. Zaradi podobnosti z Drosho so njegovo funkcijo določevali primerjalno. Raziskave so najprej opravili in vitro, po začetnih obetavnih rezultatih pa tudi in vivo.<br /> Da bi preverili delovanje RNAznih III motivov, so označili Drosho in CG4792 (kasneje Dicer 1) s T7 epitopom. Encima sta bila izražena v transficiranih S2 celicah in izolirana s postopkom imunoprecipitacije, pri kateri so uporabili agarozo prepojeno s protitelesi. Metoda imunoprecipitacije je metoda obarjanja antigena proteina v raztopini s protitelesi, ki so specifična za nek antigen. Metoda je zelo primerna za ugotavljanje mest vezave proteinov na DNA ali RNA. <br /> Zopet se je pojavila 22 nukleotidov dolga sekvenca. Oborili so se antigeni za CG4792, rezultati za Drosho pa so bili negativni. Zaključili so, da lahko CG4792 cepi poljubno sekvenco mRNA in ustvari začetni korak pri utišanju genov – začetno sekvenco. Zaradi njegove funkcije rezanja mRNA so CG7492 poimenovali splošno Dicer (CG7492=Dicer 1). Prisotnost Dicer-ja je bila potrjena pri celicah zarodka vrste Drosophila melanogaster, pri Drosophila S2 celicah in tudi pri odraslih celicah mušice D. melanogaster. V nekatere poskuse so vključili tudi C. elegans, kjer je bilo prav tako ugotovljeno delovanje Dicer-ja. <br /> Pri poskusih so prišli do ugotovitve, da je za delovanje encima potreben ATP. Ob izčrpanju energije v obliki ATP, se je cepitev mRNA na 22-nukleotidno RNA močno upočasnila. <br /> Znanstveniki so se odločili preveriti, kako specifičen mora biti substrat, da ga Dicer cepi na krajše segmente. Za preiskovani organizem so vzeli C. elegans in D. melanogaster. Izkazalo se je, da Dicer cepi zgolj dvovijačno mRNA in da raje cepi daljša nukleotidna zaporedja. Sicer reže tudi krajša zaporedja, vendar odločilno vlogo igra dvojna vijačnica. Pri enovijačni mRNA z dolgim nukleotidnim zaporedjem je bil namreč Dicer neaktiven. <br /> Preiskovali so tudi delovanje encima in vivo. Ko so ustavili aktivnost Dicer-ja, se je utišanje genov močno zmanjšalo, vendar ne popolnoma. To nakazuje na možnost slabšega zatrtja delovanja Dicerja ali pa celo na prisotnost drugih mehanizmov, ki lahko utišajo gene. <br /> <br /> == Viri ==<br /> <br /> 1. Jaskiewicz L., Filipovicz W., Role of Dicer in Posttranscriptional RNA Silencing; Nature, 2008<br /> 2. Voet &amp; Voet: Biochemistry, 3. izdaja. Wiley, 2004<br /> 3.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=RNA-interferenca&diff=6852 2012-02-29T11:00:44Z

<p>IzaOgris: /* Skupine */</p> <hr /> <div>== Predstavitev seminarja 2011/12 ==<br /> Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)<br /> # Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)<br /> # Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)<br /> # Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)<br /> # Evolucijski pomen RNAi (2006-)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah<br /> # Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi<br /> <br /> Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web]. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> <br /> === Skupine ===<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference<br /> # Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)<br /> # Odkritje m<br /> ikro-RNA (miRNA)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)<br /> # Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (Ines Kerin, Petra Malavasic)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa)<br /> # Evolucijski pomen RNAi <br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah(Tina G., Sara D., Teja B.)<br /> # Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)<br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;<br /> <br /> Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2011&diff=6602 2011-12-27T12:47:03Z

<p>IzaOgris: </p> <hr /> <div>== Ula Štok: Neuregulin 1 ==<br /> <br /> Neuregulin-1 je član proteinov iz družine neuregulinov in je kodiran s strani gena NRG1. Obstaja veliko tipov Neuregulina-1, ki se razlikujejo po funkcionalnosti ter mestu v telesu na katerem delujejo. Najpogosteje delujejo v živčnem sistemu, kjer lahko z nepravilnim delovanjem med drugimi povzročajo tudi zelo razširjeno bolezen - shizofrenijo. Delujejo pa tudi na ostalih tkivih in organih (na primer: srce, pljuča, oprsje in želodec). Generalno obstajata dve poti signaliziranja Neuregulina-1, in sicer: Običajna ter neobičajna pot. Pri običajni poti je ErbB receptor aktiviran direktno, v enem koraku z vezavo Neuregulina-1. To najpogosteje povzroči dimerizacijo ali heterodimerizacijo ErbB receptorja. Dimerizacija ali heterodimerizacija sicer nista nujno potrebni, a vendar do njiju pride na skoraj vseh receptorjih ErbB. Ta združitev povzroči avto- in trans-fosforilacijo intracelularnih domen tega receptorja, kar aktivira vse nadaljnje poti signaliziranja. V končni fazi pa NRG1/ErbB signaliziranje vpliva direktno na transkripcijo. Pri neobičajni poti je postopek podoben, a vendar poteka začetna stopnja malo drugače. Na začetku namreč sodeluje JMa oblika receptorja ErbB4, ki se pod vplivom TACE cepi. Del receptorja (ErbB4-CTF) se odcepi v notranjost celice. Ta peptid je velik približno 80 kD in ima specifično izoblikovano vezavno mesto za Neuregulin-1. Nadaljnji procesi pa potekajo zelo podobno kot pri običajni signalni poti. Neuregulin-1 lahko povzroča shizofrenijo na različne načine, saj sodeluje pri zelo pomembnih procesih, kot so: tvorba sinaps, mielinizacija aksonov, razvoj oligodendrocit itd. Shizofrenija je zelo razširjena bolezen in nihče še ni odkril direktnega postopka k popolni odpravi te bolezni. A vendar, v letu 2009 se je zgodila neke vrste prelomnica v študiju shizofrenije. Odkrili so namreč, da posamezniki, ki so imeli gen za shizofrenijo niso zboleli. Še več! Napaka se jim je odrazila kot zvišanje kreativnih sposobnosti na znanstvenem ali umetniškem področju, odvisno od posameznika. Ob tem se je pojavilo mnogo vprašanj, saj bi na ta način mogoče lahko poiskali pot, da bi shizofrenija postala popolnoma ozdravljiva. A vendar, je to področje še raziskano, saj znanstveniki ne vedo po kakšnih poteh pride do tega, da te mutacije na NRG1 genu ne izrazijo v bolezenskem stanju.<br /> <br /> == Maša Mirković: Proteinski produkti genov za disleksijo in z disleksijo povezane motnje ==<br /> <br /> Disleksija je motnja, ki se kaže v nesposobnosti branja oziroma razumevanja prebranega, ter napakah in težavah pri izgovarjanju besed. Disleksiki,kot imenujemo posameznike, ki trpijo za disleksijo, imajo kljub normalnim intelektualnim sposobnostim, znanjem in izobrazbo, moteni veščini pisanja in branja s tendenco, da pomešajo med seboj črke ali besede med branjem ali pisanjem. V zadnjih letih, so uspeli ugotoviti mesta na kromosomih, povezana z dovzetnostjo za disleksijo. DYX1C1,KIAA0319,DCDC2 in ROBO1, so bili označeni kot kandidati, z dovzetnostjo za disleksijo. Najbolj obetaven je protein KIAA0319. Je transmembranski protein iz desetih transmembranskih vijačnic, najden v plazemski membrani nevronov. Njegov C-terminalni konec gleda v ekstracelularni matriks, manjši N-terminalni konec pa prehaja v citoplazmo nevrona. C-terminalni konec je visoko glikoziliran in nosi 5 PKD(polycystyc kidney desease) domene in eno MANEC(motif at the N terminus with eight cysteines) domeno. KIAA0319 igra vlogo pri rasti možganov in njihovi migraciji med razvojem možganov-iz tega je razvidno, da je disleksija problem v razvoju nevronov že v zgodnjih letih. Posamezniki z disleksijo nosijo izoobliko tega proteina, ki povzroči nižjo izraženost le tega. Spremembe so v 5'-regiji, ki kodira izoobliko proteina. Najopaznejše povezave z disleksijo se kažejo v 2,3 kb regiji, ki zavzema promotor, prvi nepreveden ekson in del prvega introna – odprti kromatin. Te ugotovitve vodijo, da je 5'-regija KIAA0319 gena tista lokacija alelov, ki največ prispeva k motnji branja.<br /> <br /> == Katra Koman: INZULIN ==<br /> <br /> Inzulin je peptidni hormon, ki sodeluje v uravnavanju ravni glukoze v krvi. Sintetizira in skladišči se v β-celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke. Sinteza poteka od prekurzorske molekule preproinzulina preko proinzulina do dokončne zrele molekule inzulina, ki se shrani v skladiščnih veziklih. Ob povišanju ravni glukoze v krvi, na primer po obroku, glukoza, ki je tudi glavni stimulator sekrecije inzulina, iz krvi preide v β-celice skozi GLUT2 transporter. Tam se fosforilira v glukozo-6-fosfat, saj tako fosforilirana ne more več iz celice, lahko pa vstopi v proces glikolize, ki mu sledita še Krebsov cikel in oksidativna fosforilacija, ki povzroči pretvorbo ADP v ATP molekule. ATP molekula stimulira zaprtje kalijevih kanalčkov, kar privede do depolarizacije celične membrane, to pa sproži na odprtje kalcijevih kanalčkov in vdor Ca2+ ionov. Povišana koncentracija kalcijevih Ca2+ ionov v celici stimulira prenos in zlitje skladiščnih veziklov z inzulinom z membrano. Inzulin se tako sprosti v krvni obtok in potuje do tarčnih celic, ki imajo na površini izražene inzulinske receptorje. Ko se veže nanj, prenese signal o povišanju ravni glukoze v krvi v celico. To povzroči kaskado reakcij znotraj celice, ki pa na koncu privedejo do translokacije veziklov z GLUT4 transporterjev na površino celice. Število teh transporterjev za glukozo se na površini celične membrane poveča in glukoza lahko prehaja v celico, posledično pa pade raven glukoze v krvi. Razgradnja inzulina poteka v jetrih in ledvicah. Okvare na katerikoli stopnji poti inzulina se odražajo v diabetesu ali drugih boleznih.<br /> <br /> == Rok Štemberger: Protein GABAA (gama aminomaslena kislina A) - zgradba, vloga in zanimivosti ==<br /> <br /> V svoji seminarski nalogi sem raziskoval vlogo, pomen in zanimivosti proteina GABAA (gama-aminomaslena kislina A). To je receptor, ki se nahaja predvsem v centralnem živčnem sistemu in je zadolžen zato, da opravlja funkcijo inhibitorja. Lociran je na površini nevrotičnih sinaps in prekinja elektrokemični signal, tako da omogoči prehod kloridnih ionov znotraj celice. To se zgodi takrat ko se ustrezen ligand Gama veže na aktivno mesto tega receptorja. Konformacija podenot se spremeni in to omogoči aktivacijo receptorja. Znanstveniki so ugotovili, da obstaja več vrst GABAA receptorjev, kar pa je odvisno od sestave podenot. Najbolj pogoste podenote so alfa beta in gama v razmerju 2:2:1. V primeru da do prekinitve ne pride se lahko pojavijo epileptični napadi, psihiatrične motnje itd. Stres lahko v dobi odraščanja močno vpliva na GABAA receptorje in jih tudi permanentno strukturno spremeni, kar pa lahko kasneje v našem življenju vpliva predvsem na naš spanec in njegovo kvaliteto. Absint je bila v preteklosti prepovedana pijača, saj je povzročala razna obolenja zaradi substance imenovane tujon. Le ta se je vezala na GABAA receptorje in tako onemogočila njegovo delovanje, zato ker je preprečevala prehod kloridnih ionov v membrano. Sedaj potekajo raziskave teh receptorjev, saj je ključnega pomena čim boljša ozdravitev bolezni, ki nastanejo zaradi nepravilnega delovanja GABAA receptorja.<br /> <br /> == Veronika Jarc: Perforin ==<br /> <br /> Perforin je protein, ki nastane iz citotoksičnih limfocitov T. S pomočjo grancimov napade tarčno celico in jo uniči. Rečemo lahko, da je pomemben člen pri imunskem odzivu in sodeluje s NK celicami. Sestavljen je iz 555 aminokislin, njegova molekulska masa pa je 62-67 kD. Sestavljen je iz dveh pomembnih domen, domene MACPF in domene C2. Za domeno C2 je značilno, da ima afiniteto do Ca2+ ionov. Saj se na lipidni dvosloj veže le ob prisotnosti kalcija. Drugače obstajata dva različna tipa C2 domene, ki sta bila izolirana iz različnih organizmov. Lahko rečemo, da sta oba tipa zelo podobna v tem, da sta pri tipu 1 N-konec in C-konec obrnjena na vrh domene, kar je nasprotno kot pri tipu 2. Poznamo tri MACPF domene: Plu-MACPF, C8a MACPF in lipokalin C8g. Vse te domene primerjamo z skupino proteinov citolizinov in ugotovimo nekaj podobnosti in nekaj razlik. Na splošno, pa lahko rečemo, da je evolucija poskrbela tako, da so sta si domena MACPF in citolizini raszlični le v nekaj aminokislinah. Poznamo tri mehanizme kako perforin preide v tarčno celico in pri tem pomaga gramcimom B uničit to celico. Prvi mehanizem je prehajanje preko perforinske pore in sicer s pomočjo veziklov preide v celico. Naslednji mehanizem je endosomolitični model, pri katerem je pomemben kompleks s pomočjo katerega prehaja v celico. Kot zadnji mehanizem pa je model prehodne perforinske pore, ki pove, da perforin tvori kanalčke s pomočjo katerih grancimi B preidejo direktno v celico. Grancimi B so serinske proteaze, ki se sintetizirajo v citotoksičnih limfocitih T in NK celicah.<br /> <br /> == Taja Karner: Glavoboli in migrene ==<br /> <br /> Zaradi stresnega in hitrega tempa življenja, vse več ljudi trpi za občasnimi glavoboli, ki so najpogosteje posledica utrujenosti. Prav tako je vedno več ljudi, ki trpijo za močnejšimi oblikami glavobolov imenovanih migrene. V hujših oblikah migrene lahko glavobol traja do dva dni, močno migreno lahko spremljajo še drugi simptomi kot so slabost, bruhanje, občutljivost na svetlobo in močan zvok, depresija ter nespečnost. Mutacija, ki je največji krivec za nastanek bolezni se pojavlja na kromosomu 10 na genu KCNK18. Ta zapisuje protein TRESK, ki se nahaja v hrbtenjači in deluje kot kalijev kanalček. Mutacija povzroči, da ne pride do izmenjavanja ionov, kar povzroči hude glavobole. V raziskavah so odkrili zanimivo povezavo z anestetikom. Ta namreč ne glede na mutacijo ponovno aktivira kanal. To bi lahko učinkovito pozdravilo migrene, če bi ga le uspeli spraviti v primerno obliko. Ugotovili so tudi, da zdravila, ki vsebujejo citosporin in takrolimus v večini primerov povzročajo migrene v zdravstvu pa jih še vseeno pogosto uporabljajo. Odkritje te mutacije predstavlja revolucijo v zdravstvu in verjamem, da bo kmalu vodilo do odkritja učinkovitega zdravila proti migrenam.<br /> <br /> == Ana Dolinar: Univerzalna kri – prihodnost transfuzijske medicine? ==<br /> <br /> α-galaktozidaza (AGAL_HUMAN) je glikozil-hidrolazni encim. Spada v GH27-D (klan D, 27. družina) in ima aktivno mesto v obliki (β/α)8 sodčka. Encim zapisuje gen GLA, ki se nahaja na kromosomu X. <br /> <br /> Ideja o univerzalni krvi, ki bi bila primerna za transfuzijo, ne glede na krvno skupino pacienta, je med znanstveniki prisotna že približno trideset let. <br /> Razvili so tri metode za pretvorbo različnih antigenov v antigen 0 (po sistemu AB0), ki je primeren za transfuzijo v vse krvne skupine.<br /> :#Encimska razgradnja antigenov A in B do antigena 0. Za antigene A so uporabili α-N-acetilgalaktozaminidazo, vendar so antigeni preveč kompleksni in metoda ni bila uspešna. Pri antigenih B so dosegli popolno pretvorbo v antigen 0 z uporabo α-galaktozidaze iz bakterije ''Streptomyces griseoplanus''.<br /> :#Prekrivanje površine eritrocitov z maleimidofenil-polietilen-glikolom (Mal-Phe-PEG). Prekrije vse antigene, ne samo A ali B, vendar metoda ni uspešna, ker polietilen-glikol povzroča imunski odziv.<br /> :#Pridobivanje univerzalnih rdečih krvnih celic iz pluripotentnih matičnih celic. Uspeli so pridobiti zrele eritrocite, ki so popolnoma funkcionalni.<br /> Uporaba univerzalne krvi bi zmanjšala ali celo izničila imunski odziv ob transfuziji, prav tako ne bi bilo možnosti za transfuzijo napačne krvne skupne zaradi človeške napake. Metode trenutno niso dovolj izpopolnjene, da bi bilo možno pričakovati njeno uporabo v bližnji prihodnosti.<br /> <br /> == Maša Mohar: Moški ali ženska to je sedaj vprašanje?(SRY - faktor za določitev spola) ==<br /> <br /> SRY gen kodira Sry protein ki je član družine Sox (Sry related HMG box) transkripcijskih faktorjev. Poznamo jih okoli 20 pri človeku in miškah ter še mnogo drugih. Sox proteini imajo zelo različne vloge v embriogenezi in pri razvoju mnogih drugih organov. Tipično delujejo tako kot nekakšna stikala v diferenciaciji celic- sprožijo razvoj določenih celic. Sry je prav tako kot ostali člani te družine karakteriziran po HMG( high mobility group). HMG je drugače skupina specifičnih transkripcijskih faktorjev, ki imajo ~ 80 AK dolge strukturalno podobne domene za vezavo na DNA. Te domene oz. domena če je samo ena se veže na zaporedje (A/T)ACAA(T/A) v majhni žleb DNA. S tem ustvari zvitje DNA za približno 60- 85 stopinj. S tem ko se DNA zvije se razkrijejo mesta za izražanje drugih genov, recimo Sox9, ki kodira Sox9 protein ki pomaga pri diferenciaciji Sertoli celic in tako pri oblikovanju testisov, s tem pa determinira moški spol. Ugotovili smo tudi da obstaja veliko genskih bolezni povezanih s Sry genom in da lahko obstaja tudi ženska z XY spolnima kromosomoma, ker se pri njej zaradi mutacij Sry protein ne izrazi, prav tako pa obstajajo tudi moški z XX spolnima koromosomoma, kjer se enem od X kromosomov lahko izrazi SRY gen ob nepravilnostih pri očetovem delu zapisa. V bistvu sem prišla do zaključka da je zelo tanka meja med moškim in ženskim oblikovanjem spola, ena majhna mutacija oz. ena majhna razlika lahko privede do nastanka ženske ali moškega.<br /> <br /> <br /> == Urška Rauter: A Green Glow: zgradba in funkcija encima luciferaze ==<br /> Luciferaza je encim odvisen od ATP in magnezijevih ionov. Proces bioluminiscence se začne z vezavo na substrat luciferin, tvori se adenilatni intermediat in ob prisotnosti molekularnega kisika izhaja svetloba. Luciferaza je zgrajena iz dveh ločenih domen, večja se nahaja na N-koncu in manjša na C-koncu molekule, večja domena pa ima tudi svoje poddomene. Domeni sta med seboj ločeni z razpoko, kjer naj bi se po domnevanjih nahajalo tudi aktivno mesto encima. Luciferaza predstavlja tudi nov način mehanizma tvorbe adenilatnega intermediata med encimi in ponuja razlago za marsikatero metabolično pot.<br /> Velika dilema, ki me med znanstveniki ostaja pa je razlika v barvi svetlobe, ki jo proces oksidacije luciferina emitira. Najverjetneje je za to odločilna keto tavtomerna oblika oksiluciferina in tudi resnonančna stabilizacija njegovega fenolatnega aniona, čeprav so znanstveniki odkrili tudi veliko drugih možnih vzrokov za različne barve (različne aminokisline, polarnost okolja, pH, ...).<br /> Luciferaza se veliko uporablja v medicini, kjer služi kot marker molekul v telesu in tako pripomore k boljšem razumevanju različnih bolezni in infekcij, kot tudi sami strukturi celic in njenih organelov.<br /> <br /> == Mirjam Kmetič: Mint condition (limonen-3-hidroksilaza in limonen-6-hidroksilaza) ==<br /> <br /> Klasasta meta vsebuje encim limonen-6-hidroksilazo, ki sodeluje pri pridobivanju karvona. Poprova meta pa vsebuje limonen-3-hidroksilazo, ki je udeležena pri proizvodnji mentola. Obe hidroksilazi pripadata družini citokromov P450, njeni predstavniki pomembno sodelujejo pri proizvajanju različnih oksidiranih monoterpenov, ki so vir arom eteričnih olj. Karvon in mentol sta končna produkta hidroksilacije limonena. Ta encima sta si zelo podobna in njuni vezavni mesti za substrat sta zelo omejeni. Velja pravilo, da za spremembo aktivnosti v družini citokromov P450 potrebujemo določeno število mutacij, vendar je za modifikacijo vezavne aktivnosti limonenovih hidroksilaz potrebna samo ena. Ta fenilalanin v izolevcin mutacija povzroči, da se limonen-6-hidroksilaza spremeni v limonen-3-hidroksilazo! Mutiran encim je tako sposoben sinteze mentola tako kot encim v poprovi meti! Taka mutacija kaže, da sta prav ti dve aminokislini ne le nujni, temveč tudi prav zagotovo vpleteni pri orientaciji limonena v aktivnem mestu tako, da se ta hidroksilizira na ali C3 ali C6 poziciji. Posamične mutacije, ki lahko drastično spremenijo funkcijo proteina, so znanstveno zanimive. Nakazujejo ne le na zelo specifične manjše regije v sekvenici proteina, temveč so tudi ključne za razumevanje področij, kot so vezava in orientacija substrata, funkcija encima, metabolična pot in struktura vezavnega mesta.<br /> <br /> == Sandi Botonjić: Kokain esteraza ==<br /> <br /> Znanstveniki so v rizosferi kokinih plantaž (Erythroxylum coca) našli sev MB1, gram pozitivne bakterije Rhodococcus sp.. Tej bakteriji kokain predstavlja glavni vir ogljika in dušika in zato so znanstveniki izolirali osrednji encim njenega metabolizma tj. kokain esterazo (v nadaljevanju cocE). Encim je sestavljen iz treh domen: DOM1, ki vsebuje nabor kanoničnih α-vijačnic in β-ploskev; DOM2 - domena le z α-vijačnicami; in DOM3 je roladi podobna struktura z β-ploskvami. CocE je serinska esteraza, katere aktivno mesto se nahaja na stičišču vseh treh domen. Ta hidrolizira kokain na ekgonil metil ester in benzojsko kislino, ki nimata psihoaktivnih učinkov. CocE je pravi Ferrari v primerjavi z drugimi esterazami, saj lahko razgradi enako količino kokaina 1000 krat hitreje. Tako lahko postane neprecenljiva pri nujnih intervencijah v primeru prevelikega odmerka, saj bi intravenozni vbrizg cocE močno zmanjšal razpolovni čas kokaina. CocE je predmet številnih raziskav, v katerih znanstveniki proučujejo njeno termostabilnost in njenih mutiranih oblik, saj njen razpolovni čas pri fiziološki temperaturi traja le nekaj minut. Znanstveniki pa na podlagi ugotovitev iz raziskav cocE razvijajo tudi učinkovita protitelesa z vsaj podobnimi katalitičnimi parametri, ki bi brez imunskega odziva odlično delovala v bioloških sistemih.<br /> <br /> ==Tjaša Flis: Parkinsonizem in Parkin protein==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je vse pogostejša bolezen pri starostnikih, njeni simptomi pa so tresavica, mišična otrdelost in upočasnjena motorika. Vzrok se skriva v propadu dopamnergičnih nevronskih celic. Bolezen je lahko avtosomno dominantno dedovana, kar pomeni, da pacienti podedujejo eno normalno in eno mutirano kopijo gena. Slednja prevladuje in se deduje naprej. Pri Parkinsonovi bolezni se mutacija zgodi v Park2 genu, ki kodira Parkin protein ali E3 ubikvitin ligazo. Parkin na poškodovane ali na preveč izražene proteine pripne ubikvitin (označevalni protein), ki jih nato usmeri v proteasom, to je velik razgradni kompleks v celicah.<br /> Če mutacija poškoduje Parkin, je pot razgradnje onemogočena, to pa pomeni, da se v celici akumulirajo odvečni proteini. Tvorijo se Lewy-eva telesca polna teh proteinov, ki nadomestijo celične organele v nevronskih celicah, kar vodi do prenehanja njihovega delovanja. Ker pa ima Parkin več kot samo en substrat ki ga ubikvitinira, je točen mehanizem bolezni še dandanes uganka.<br /> Eden izmed najbolj poznanih substratov je transmembranski protein Pael-R. Zvitje tega proteina poteka ob prisotnosti šaperonov. Prevelika koncentracija tega receptorja lahko izzove stres v endoplazmatskem retikulumu situiranem v nevronskih celicah. V primeru da je Parkin neaktiven, Pael-R povzroči celično smrt. Vendar to je le ena izmed možnih rešitev, substratov je namreč vsaj še dvajset, raziskave pa se nadaljujejo.<br /> <br /> == Matja Zalar: Vloga SRK in SCR proteinov pri preprečevanju incestnega razmnoževanja cvetočih rastlin ==<br /> <br /> Rastline so za zaščito pred samooplojevanjem razvile več vrst mehanizmov prepoznavanja lastnega peloda na molekularni ravni. Pri cvetočih rastlinah je najpogostejši mehanizem tipa SSI ali sporofitične lastne inkompatibilnosti. Pri družini ''Brassicaceae'' je za aktivacijo SSI ključna interakcija med transmembranskim proteinom SRK, ki predstavlja žensko determinanto odziva, in njenim ligandom - proteinom SCR, drugače imenovanim tudi moška determinanta odziva na lastno inkompatibilnost. Specifičnost vezave je zagotovljena s polimorfizmom alel obeh determinant. V posameznih vrstah je možno najti tudi do 100 različnih S-haplotipov genov za determinanti. <br /> Vezava liganda na receptor bo uspešna le, če oba izhajata iz istega S-haplotipa. Vezava SCR na zunajcelično, N-glikolizirano domeno SRK povzroči nastanek kompleksa treh proteinov, ki s svojo aktivnostjo sproži kaksado reakcij, kar v končni fazi pripelje do preprečitve samooploditve. <br /> Na neugodne življenske pogoje, ki so onemogočali medsebojno opraševanje, so se nekatere rastline prilagodile s favorizacijo samooplojevanja. Pri njih so mutacije S-lokusa, ki nosi zapis za SRK in SCR, povzročile nepravilno delovanje SI ali njegovo popolno odpoved. To pa seveda vodi v neprepoznavanje lastnega peloda in rastlina se samooprašuje. Najbolj znan primer take rastline je ''Arabidopsis thaliana'', ki se zaradi svojih specifičnih lastnosti uporablja kot modelni organizem v številnih študijah lastne inkompatibilnosti.<br /> <br /> == Matevž Ambrožič: BSX protein in debelost ==<br /> <br /> Za primeren občutek sitosti ali lakote glede na stanje energetskih zalog v telesu in odgovarjajoč vnos hrane ter porabo energije je odgovorna zapletena pot sporočanja. Začne se s tremi hormoni: inzulin, leptin in grelin. Leptin in inzulin se sprostita, ko so maščobne in hidratne zaloge v telesu polne in morata do možganov prenesti signal za prenehanje hranjenja, grelin pa ravno nasprotno. Vsi po krvi potujejo do hipotalamusa, predela možganov, ki je odgovoren za energijsko ravnovesje. V hipotalamusu sta dva tipa živčnih celic: oreksigene in anoreksigene. Prve sproščajo NPY in AgRP, nevropeptida, ki spodbujata hranjenje in zmanjšata porabo energije, druge pa α-MSH in CART, katerih učinek je nasproten. Našteti nevropeptidi se iz nevronov sprostijo po vezavi ustreznega izmed treh hormonov in prenesejo signal naprej, do končne spremembe v vnosu ali porabi energije. Glavni protein seminarja, BSX (brain specific homeobox) protein je transkripcijski faktor, ki spodbudi ekspresijo genov za AgRP in NPY, hkrati pa je odgovoren za premik organizma v iskanju hrane. Če v opisanem sistemu pride do napake, so pojavi nepotreben občutek lakote, kar je vzrok mnogih primerov debelosti. V boju z bolezensko debelostjo so ključne raziskave na BSX proteinu, saj je osrednji člen poti, ki v možgane prenese (včasih lažen) občutek lakote.<br /> <br /> == Kaja Javoršek: A grey matter ==<br /> <br /> Mikrocefalin je protein, ki ga kodira enakoimenski gen. Mikrocefalin naj bi kontroliral poliferacijo in diferenciacijo nevroblastov med nevrogenezo. Odkritje, da je mikrocefalin odločilen regulator velikosti možganov, je sprožilo hipotezo, da je igral vlogo v evoluciji možganov. <br /> Razen v možganih najdemo mikrocefalin tudi v ledvicah, srcu, pljučih, vranici in skeletnih mišicah. Vendar pomen mikrocefalina v teh organih še ni znan. <br /> Mutacije na genu mikrocefalina vodijo do nastanka mikrocefalije. To je bolezen razvoja živčnega sistema in je definirana kot resno zmanjšana velikost možganov. Pri odraslih je normalen volumen možganov od 1200 cm3 do 1600 cm3, pri odraslih s primarno mikocefalijo pa okoli 400 cm3 . Poleg mirocefalina pa povzročajo mikrocefalijo še mutacije petih genih (ASPM, MCPH2, CDK5RAP2, MCPH4, CENPJ)<br /> Mikrocefalin ima tri BRCT domene na C – koncu. BRCT domene so prisotne v veliko ključnih proteinih, ki kontrolirajo delitev celice. Zato predvidevajo da mikrocefalija nastane, ker je ovirana normalna regulacija delitve celic v možganih. <br /> Ugotovili so, da je protein mikrocefalin dol 835 aminokislin. Zaradi mutacije na genu mikrocefalina se ta protein skrajša na 25 aminokislin. <br /> Znanstveniki so izvedli raziskavo ali gena mikrocefalin in ASPM vplivata na inteligenco. Na podlagi treh raziskav so zaključili, da inteligenca ni povezana z dominantnimi aleli ASPM – ja ali mikrocefalina.<br /> <br /> <br /> == Rok Vene: A mind astray ==<br /> <br /> Alzheimerjeva bolezen postaja vedno bolj aktualna tematika. Trenutno je na svetu več kot 26 milijonov ljudi s to obliko demence. Zaradi daljše življenjske dobe pa pričakujemo, da bo število obolelih samo še naraščalo. Alzheimerjeva bolezen prizadene centralni živčni sistem, v možganih se nalagajo snovi, ki povzročijo propad živčnih celic. Ena izmed snovi, ki se nalagajo v možganih so nefunkcionalni Tau proteini. Tau proteini sodijo v družino proteinov imenovanih microtubule-associated proteins (MAP), njihova naloga pa je je stabilizacija mikrotubulov. To dosežejo tako, da se na mikrotubule vežejo. Poleg tega predvidevajo, da imajo Tau proteini še eno nalogo. Sodelovali naj bi v kompleksu za uravnavanje vzdražnosti živčnih celic. Nefunkcionalnost Tau proteinov povezujejo z različnimi boleznimi, ki jih poznamo pod skupnim imenom tauopatije. V primeru Alzheimerjeve bolezni je Tau protein nefunkcionalen, zato ker je hiperfosforiliran, kar mu onemogoča vezavo na mikrotubule. Tau proteini zato tvorijo netopne agregate – nevrofibrilarne pentlje, ki najbrž povzročijo odmiranje živčnih celic. Pri iskanju učinkovin proti hiperfosforilaciji in agregaciji Tau proteina, so znanstveniki raziskali protein FKBP52. Ta protein ima več funkcij. Osredotočili so se predvsem na njegove šaperonske lastnosti. Ugotovili so, da se FKBP52 veže na hiperfosforiliran Tau protein, in tako prepreči agregacijo Tau proteina, ki je odgovorna za odmiranje nevronov.<br /> <br /> <br /> == Ines Šterbal: LTP1 ==<br /> <br /> Protein LTP1, izoliran iz ječmenovega zrna, spada v družino lipidnih prenašalnih proteinov (lipid transfer protein –LTP). Je dobro topen protein, ki se nahaja v alevronski plasti ječmenovega semena. Sestavljen je iz štirih heliksov, ki so povezani z disulfidnimi mostički. Ima dobro definiran C-terminalni konec. V razmerah in vivo je globularni protein, s stožčastim hidrofobnim jedrom, ki se razteza od enega konca molekule do drugega. Sposoben je vezati različne lipide, kot so maščobne kisline ali acetil-koencim A. LTP1 proteini so na površini aktivni proteini, so stabilni, denaturirajo šele okrog 100 °C. Vloga LTP1 proteina in vivo še ni znana. In vitro je glavni protein pri penjenju piva. Opravlja pa še številne druge funkcije, odvisno od tega, kateri ligand ima vezan. LTP1 proteini so verjetno vključeni v prenos lipidov preko membrane in celo v nastanek membrane, lahko bi imeli vlogo v transportu monomera Cutin, vlogo naj bi igrali tudi v obrambnem mehanizmu rastlin. Lipidi, ki so vezani na LTP1 bi naj imeli antibakterijsko aktivnost za bakterije in glive. <br /> Vsi podatki kažejo, da so povezave med sladkorji in proteini, ki nastanejo kot produkt Milardove reakcije, prvi korak do nastanka pivovske pene. Kaže, da je kontrola glikacije LTP1 proteinov med slajenjem in varjenjem piva, nujna za optimalno penjenje piva.<br /> <br /> <br /> == Mitja Crček: DSIP in spanje ==<br /> <br /> Pred 2000 leti so ljudje verjeli, da postanemo zaspani zaradi nekakšnih želodčnih hlapov, ki gredo v možgane, se tam kondenzirajo, zamašijo pore in posledično povzročajo zaspanost. Kasneje so seveda ugotovili da temu ni tako, leta 1977 pa so odkrili majhne peptide, ki naj bi nas uspavali in jih poimenovali Delta Sleep-Inducing peptide (DSIP). DSIP je majhen peptid, sestavljen iz devetih aminokislinskih ostankov in maso 850 daltonov, prvič pa so ga odkrili pri zajcih. Sodeloval naj bi tako pri endokrini regulaciji kot pri fizioloških procesih (poveča učinkovitost oksidativne fosforilacije), pomembno vlogo pa naj bi imel tudi v medicini in pri zdravljenju bolezni. Ker naj bi podaljševal REM fazo, bi ga lahko uporabljali tudi kot dodatek pri zdravljenju alkoholizma ali ga dodajali antidepresivom in pomirjevalom, ki skrajšujejo REM fazo. Raziskave so spremljale tudi vpliv DSIP-ja na nespečnost. Ugotovili so, da DSIP rahlo povečuje kvaliteto spanja in skrajšuje latenco uspavanja, na trajanje budnosti in druge parametre pa ne vpliva, zato so si strokovnjaki enotni, da ima DSIP le rahle terapevtske učinke na nespečnost. Delovanje peptida pa še vedno ni povsem razjasnjeno in le želimo si lahko, da bodo novejše raziskave prinesle nove informacije, saj ima DSIP vsekakor velik potencial v medicini.<br /> <br /> == Dominik Kert: FOXP2, govoreči protein ==<br /> <br /> Ljudje in živali se razlikujejo. Za znanstvenike 19. stoletja je bilo zelo fascinantno to, da mi lahko govorimo, se sporazumevamo in pomnimo besede, medtem ko živali ne morejo. Ko se je pojavila družina KE na koncu 90. let prejšnjega stoletja, so znanstveniki ugotovili, da obstaja gen, ki kodira FOXP2. Družina KE je slovi po tem, da ima polovica njenih članov težave z govorom. Tako so ugotovili, da se mutacija prenaša avtosomno in dominantno. In verjetno na to vpliva mutacija FOXP2, FOXP2 protein pa je po vsej verjetnosti odločilen faktor pri govoru.<br /> FOXP2 protein je sestavljen iz 715 aminokislin in spada med družino transkripcijskih faktorjev, ki se imenuje FOX (zaradi 'forkhead box' domene). Zanimivo je, da se ta gen razlikuje od gena opic (šimpanz, gorila, makaki) le za dve in od miši le za tri aminokisline. To se znanstvenikom zdi zelo zanimivo, ker je verjetno zaradi teh dve sprememb v aminokislinskem zaporedju prišlo do sprememb pri sporazumevanju. Zaradi teh dejstev so se naprej usmerili na to, ali je bil gen res pod vplivom naravne selekcije in ugotovili so, da je bil res.<br /> FOXP2 na te spremembe vpliva v možganih, je pa prisoten tudi v pljučih, drobovju in srcu. Vendar njegova funkcija tam še ni znana.<br /> <br /> == Petra Malavašič: Ureaza bakterije Helicobacter pylori ==<br /> <br /> Bakterija Helicobacter pylori spada med patogene mikrobe. Znanstvenika Warren in Marshall sta leta 1987 odkrila to bakterijo ter ugotovila, da je s to bakterijo povezana razjeda na želodcu. Leta 2005 sta prejela Nobelovo nagrado. Že vsak drugi človek je okužen s to bakterijo. Naseljena je na želodčni sluznici in povzroča kronično vnetje želodčne sluznice. Bakterija se lahko naseli in se razmnožuje v prisotnosti želodčne kisline, kjer je pH okoli 2. Posebni obrambni mehanizmi omogočajo bakteriji, da lahko preživi v kislem okolju. Encim ureaza je pri tem najpomembnejši. Ureaza je encim, ki katalizira hidrolizo uree, pri čemer nastane amoniak, ki se v končni fazi veže z molekulami vode v amonijev hidroksid, ki poveča pH v neposredni okolici bakterije. Encim ureaza se nahaja v citoplazmi bakterijske celice in na njeni površini. Sam encim je zgrajen zelo kompleksno in omogoča bakteriji preživetje. Posebna kompleksna zgradba encima onemogoči, da bi kislina želodčnega soka denaturirala encim. Encim sestavljata dva kompleksa (αβ) štirih prostorsko razporejenih (αβ)3 enot.<br /> <br /> == Matevž Merljak: CEM15, VIF in infektivnost retrovirusov ==<br /> <br /> Ena izmed komponent obrambnega mehanizma pred retrovirusi v nekaterih človeških celicah je citidinska deaminaza CEM15 (APOBEC3G). V celicah, ki jo izražajo, se retrovirusi brez posebnega proteina (VIF, “viral infectivity factor”) ne morejo uspešno množiti, zato takim celicam pravimo “nepermisivne” celice.<br /> <br /> CEM15 deluje tako, da med procesom reverzne transkripcije v novonastali “minus” DNA verigi številne citidinske baze pretvori v uridinske, ter s tem povzroči tako zmanjšano obstojnost z uracilom bogate DNA verige, kot tudi zamenjave gvanozinskih baz z adenozinskimi v kodirajoči (“plus”) verigi DNA. Čeprav takšna hipermutacija za nadaljno infektivnost virusa ni vedno usodna (torej lahko tako mutirana DNA v nekaterih primerih še vedno tvori funkcionalne viruse), je običajno dovolj obsežna, da onemogoči uspešno reprodukcijo virusa.<br /> <br /> Raziskave kažejo, da CEM15 ne napade nastajajoče DNA kot lasten celični odgovor na infekcijo, pač pa se med izgradnjo novih virusov vgradi v le-te ter po infekciji nove celice povzroči omenjene spremembe v nastajajoči DNA verigi.<br /> <br /> Že omenjen faktor VIF izhaja iz virusa HIV-1, ki primarno napada sicer nepermisivne limfocite T. Naloga VIF je preprečitev vgradnje CEM15 v nastajajoče viruse, to pa doseže tako z oteževanjem njene translacije, kot tudi z indukcijo razgradnje CEM15 v proteasomu.<br /> <br /> == Eva Knapič: TSH3 - Kaj novorojenčkom omogoča zadihati? ==<br /> <br /> Kaj novorojenčkom omogoča zadihati? Raziskave so pokazale, da ima eno izmed vodilnih vlog pri začetku dihanja protein teashirt homolog 3 (TSH3). To je protein, ki ga uvrščamo med transkripcijske faktorje. Po strukturi spada v družino cinkovih prstov, kjer so sekundarne strukture koordinirane s cinkovim ionom. TSH3 ima pet tako urejenih struktur in vse spadajo v Cys2His2 skupino – cinkov ion koordinira dva cisteinska in dva histidinska ostanka ßßα podenote.<br /> Organizem brez zapisa za teashirt 3 protein se v času embrionalnega razvoja navidezno ne razlikuje od organizmov, ki ta zapis imajo. Vendar so podrobnejše raziskave pokazale, da se brez prisotnosti proteina teashirt 3 dokončno ne oblikujejo pljučni mešički, ki so funkcionalna enota pljuč, saj tam poteka izmenjava plinov. Odsotnost proteina povzroča povečano apoptozo nevronov motoričnega jedra v možganskem deblu, s tem so proteinu pripisali zmožnost inhibicije apoptoze nevronov. Prav tako so nezmožnost odziva organizma na pH spremembe okolja pripisali pomanjkanju proteina TSH3.<br /> Iz vseh teh pomanjkljivostih, ki jih povzroča TSH3 so raziskovalci prišli do zaključka, da novorojenček brez zapisa za protein ni zmožen zadihati, ker ni sposoben odziva na spremembo okolja, predvsem pH in tako ne more vzdrževati homeostaze, ki je potreba na preživetje.<br /> <br /> == Tjaša Goričan: Vpliv Nogo proteina na regeneracijo živčnega sistema ==<br /> <br /> Nevroni vsebujejo mielin, ki je sestavni del mielinske ovojnice aksona in ima nalogo zagotavljanja stalnega prenosa električnih signalov. Poleg tega pa mu je dodeljena tudi nenavadna lastnost. Vsebuje namreč proteine Nogo-A, ki delujejo kot inhibirotji za rast poškodovanih aksonov. Posledično se diferencirani nevroni niso sposobni deliti. Problem se pojavi pri poškodbi živčnega sistema, saj se ni sposoben regenerirati. Bolezni, ki so povezane s poškodbami živčevja so: Poškodbe hrbtenjače, Alzheimerjeva bolezen, možganska kap, shizofrenija itd.<br /> <br /> Nogo-A protein spada v družino proteinov retikulonov in je ena od oblik Nogo proteinov. Je transmembranski protein, ki se z domeno Nogo-66 uspešno veže na receptor in povzroči razgradnjo mikrotubulov v aksonu, kar privede do preureditve citoskeleta in posledično zaustavitve rasti aksona. Največ Nogo-A se nahaja na oligodendrocitih. Oligodendrociti so celice, ki spadajo med nevroglio in tvorijo mielinski ovoj nevronov v centralnem živčnem sistemu. Veliko več ga najdemo v centralnem živčnem sistemu v primerjavi s perifernim.<br /> <br /> Čeprav je še veliko neznanega na področju živčnega sistema, je znanost že dosegla uspehe glede boja proti boleznimi, povezanimi z regeneracijo živčnega sistema. S protitelesi se da inhibirati protein Nogo-A in s tem preprečiti inhibicijo rasti poškodovanih nevronov.<br /> <br /> == Marko Radojković: Fluorescentni proteini in njihova uporaba v živčnem sistemu ==<br /> <br /> Fluorescentni proteini so členi družine homologih proteinov, ki se delijo skupno lastnost da svetlijo zaradi formiranja kromoforma znotraj lastnega polipeptidnega zaporedja. Prvi odkrit takšen protein je bil zeleni fluorescentni protein ali GFP. Od tedaj do danes so kreirani različni mutanti, ki žarijo skoraj vse barve človeškega vidnega spektra. Izkazalo se je da so zelo uporabni v mnogih bioloških disciplinah, predvsem pa so popularni v spremljanju dinamike proteinov, genske ekspresije, in tudi posledično na viši ravni, dinamike organelov ter gibanja celic znotraj tkiva.<br /> <br /> Ne tako dolgo nazaj, je tim znanstvenikov uspel skombinirati različne barvne variante GFP-ja s sofisticiranim Cre/Lox sistemom genske rekombinacije in tako omogočil njihovo izražanje v samih možganih. Tale tehnika omogoča da se vsaki posamezni nevron obarva drugače in tako loči od sosednjih, kar omogoča detajlno analizo živčnega vezja. Brainbow strategija, kakor so jo poimenovali, daje upanje znanstvenikom da z ustvarjanem celotnega ''zemljevida'' možganov, lahko izpeljejo pomembne informacije o nevronskih povezavah in njihov nadaljni vpliv na vedenje in delovanje organizma.<br /> <br /> == Tamara Marić: MikroRNA ==<br /> MikroRNA je mala molekula, ki je prepisana z DNA na tak način kot mRNA. Zapis za miRNA se lahko nahaja v intronskih regijah, kodirajočih ali nekodirajočih genov. Osnovna funkcija je utišanje genov na nivoju sinteze proteinov. Da pa lahko opravi svojo nalogo mora dozoreti. Biogeneza miRNA se začne v samem jedru, kjer se 1000 nukleotidov dolg transkript s pomočjo encimskega kompleksa (Drosha-DGCR8)skrajša na 60-70 nukleotidov dolg pre-miRNA.Z eksportinom-5 se prenese iz jedra v citoplazmo do naslednjega kompleksa. Dicer veže pre-miRNA in jo skrajša na 22 nukleotidov. Nastane miRNA dupleks. Ena izmed verig prevzame vodilno funkcijo in se vmesti v kompleks istega encima v povezavi z drugimi proteini. Kompleks pripelje do komplamentarne verige mRNA in povzroči translacijsko represijo. Znanstveniki se ukvarjajo predvsem z vprašanjem,kako se miRNA izraža v številnih boleznih. Natančneje sem si pogledala proces resorpcije in obnove kosti in kako miRNA vpliva na regulacijo teh dveh procesov.<br /> <br /> == Maja Remškar: Okulokutani albinizem tipa II in P protein ==<br /> <br /> Melanin je pigment, ki je nujno potreben za zaščito kože pred pripekajočim soncem ter za normalno delovanje oči. Glavna sestavina za njegovo sintezo je aminokislina tirozin, ki je osnova evmelanina (črni pigment), ob dodatku cisteina pa dobimo še feomelanin (rdeče-rumen). Za običajno delovanje biosinteze melanina je potrebno kislo okolje v melanosomih, kjer se sinteza izvaja. Za vzdrževanje kislosti sta potrebna dva proteina – anionski kanalček in ATP črpalka. Anioni tu delujejo kot vaba za protone, kjučne za kisel pH. P protein naj bi deloval kot anionski transporter. Torej v njegovi odsotnosti v melanosom ne morejo dostopati anioni in posledično se v celico ne prečrpavajo protoni, kar pomeni da ni kislega pH ugodnega za sintezo melanina. <br /> Okulokutani albinizem tipa II ali OCA2 nastane zaradi pomanjkanja količine melanina v očeh, koži in laseh. Za kožo to pomeni večjo občutljivost na UV žarke in povečano možnost za kožnega raka. Zaradi nepigmentiranih optičnih vlaken pa se pojavijo še težave z očmi, kot so škiljenje, fotofobija, nistagmus, degeneracija rumene pege, pride pa tudi do izgube biokularnega vida. OCA2 je dedna bolezen, ki se deduje recesivno. Človek le z enim okvarjenim alelom je torej prenašalec gena. Ugotovili so, da OCA2 povzroča mutacija gena P, in sicer najpogostejša je delecija 7 eksona.<br /> <br /> == Ana Remžgar: Bacillus subtilis ==<br /> <br /> Bacillus subtilis je grampozitivna paličasta bakterija. Ko ima v okolju dovolj hranil, se simetrično deli in vegetativno raste. Ko pa v okolju začne hranil primanjkovati, B. subtilis uvede različne mehanizme, da lahko preživi. Del populacije postane kompetenten in sprejme tujo DNA. Del populacije pa s pomočjo zapletenega sistema aktivacije proteina Spo0A vstopi v proces sporulacije. Sporulacija je počasen in energijsko potraten postopek, ki traja v idelanih razmerah vsaj 7 ur. Na koncu nastane spora, ki lahko preživi tudi več desetletji v neugodnih življenjskih razmerah. Ko celica vstopi v cikel sporulacije, začne v okolje izločati razne toksične snovi, med njimi sta najbolj učinkovita Skf in Sdp. Ko celica izloči ti dva proteina v okolje, ubije sosednje bakterijske celice Bacillis subtilisa. Zaradi njunih lasnosti, ta dva proteina pogosto zato imenujemo kanibalistična faktorja. Vendar mora celica paziti, da pri tem ne ubije še sebe. Pri tem ji pomaga medmembranski protein SdpI. <br /> Bakterija Bacillus subtilis si tako s kanibalizmom pomaga, da celice ki vstopajo v sporulacijo dobijo dovolj hranil za dokončanje spore.<br /> <br /> == Tina Gregorič: Grelin - hormon lakote ==<br /> <br /> Občutek lakote je odvisen od številnih dejavnikov, med katere spadajo telesna sestava in teža, vrsta hrane, ki jo vsak dan uživamo, količina spanja in psihološki dejavniki. Večina ljudi postane lačnih, ko je čas za obrok: zajtrk, kosilo, malica, večerja. Znanstveniki so leta 1999 odkrili hormon, ki sodeluje pri nastanku lakote in poveča apetit. Imenuje se grelin, ki je poznan tudi pod imenom hormon lakote. Gen, ki kodira transkripcijo grelina, je sestavljen iz 117 aminokislin in se ob aktivaciji razcepi na 5 manjših podenot, med katerimi sta najpomembnejša grelin in obestatin. Grelin je sprva neaktiven hormon, sestavljen iz 28 aminokislin. Po esterifikaciji na serinu (Ser3) postane aktiven. Sprosti se v kri in po krvi potuje do hipofize v možganih, kjer se nahajajo grelinski receptorji, imenovani GHRS-1a receptorji. Natančna vezava grelina na receptor zaenkrat še ni znana. Grelin ni edini hormon, ki vpliva na to, kdaj nas bo zajela želja po hranjenju in kdaj nas bo minila. V telesu imamo več kot 40 snovi, ki spodbujajo in zavirajo občutek lakote. Odkritje grelina in raziskovanje njegove vloge v človeškem metabolizmu je odprlo vrata številnim raziskavam in študijam na področju debelosti in motenj, ki so povezane s prehranjevanjem. Hormon grelin je povezan z različnimi obolenji kot so anoreksija, kahesija, SW sindrom in na koncu tudi prekomerna telesna teža, vendar se njegova funkcija od bolezni do bolezni spreminja.<br /> <br /> == Andreja Bratovš: Bolečina in njen receptor - TRPA1 ==<br /> <br /> Ko začutimo bolečino, je to ponavadi znak, da lahko pride ali pa je že prišlo do poškodbe na ali v našem telesu – opozorilo za nas, naj ukrepamo. V zaznavanje bolečine je vpletenih veliko zapletenih mehanizmov, eno zanimivejših odkritij pa je gotovo receptor TRPA1. TRPA1 je receptorski ionski kanalček, prepusten za različne katione. Aktivirajo ga različni dražljaji: nizka temperatura, oksidativni stres in različne dražilne snovi. Med kemijskimi aktivatorji so zanimivi predvsem: alil izotiocianat (snov, ki daje pekoč okus gorčici, hrenu in wasabiju), alicin (spojina iz česna) ter akrolein (sestavina solzivca). Zanimivo je, da aktivacija TRPA1 poteka preko kovalentne vezave liganda na receptor.<br /> TRPA1 se nahaja v nociceptorjih – to so prosti živčni končiči, ki zaznavajo bolečino – njegova funkcija pa je zaznavanje bolečine, ki jo povzročijo prej navedeni dražljaji. Udeležen je tudi pri občutenju bolečine pri vnetju tkiva, kjer deluje v povezavi z bradikininom – mediatorjem vnetja.<br /> TRPA1 in tudi drugi TRP kanalčki so zanimive tarče za nove vrste analgetikov. Cilj novih zdravil je delovanje le na začetek poti prenosa bolečine in ne centralno na ves živčni sistem, kot je značilno za dosedanja zdravila proti bolečinam. Tako delovanje bi namreč zmanjšalo stranske učinke pri jemanju analgetikov, kot so na primer omotičnost in zaspanost.<br /> <br /> == Jernej Mustar: Na+ kanalček Nav1.7 in bolečina ==<br /> <br /> Prva asociacija ob besedi bolečina pri nobenem ob nas ni pozitivna. Toda če malo bolj razmislimo, kaj bi bilo brez nje, kmalu pridemo do spoznanj, ki so v nasprotju z prvo asociacijo. Bolečina ima več prednosti kot slabosti v našem življenju, je namreč izjemnega pomena za naše preživetje. Obstajajo ljudje, ki jim je pred tem globalno negativnim občutkom prizanešeno. Bolj konkretno, gre za točkovno &quot;nonsense&quot; mutacijo na genu SCN9A, ki povzroči nepravilno izražanje alfa podenote tipa 9 Nav1.7 proteina. Ta podenota je ključna komponenta, ki skupaj z beta podenotami sestavlja natrijev kanalček Nav1.7. Slednji je v večji količini izražen v perifernem živčevju in igra pomembno vlogo pri čutenju bolečine. <br /> Za boljše poznavanje Nav1.7 so raziskovanje začeli na miših. Uporabili so tako imenovano &quot;knock-out&quot; metodo, s katero izbijejo določen gen in opazujejo posledice. Če so izbili gena SCN9A na obeh alelih (homozigoti), je to rezultiralo v poginu mišk takoj po skotitvi. Pri heterozigotih, kjer je bil odstranjen samo gen na enem alelu, do pogina ni prišlo, a je bilo opaženo zmanjšeno dojemanje bolečine. Zanimivo je dejstvo, da miške ob globalnem pomanjkanju Nav1.7 takoj poginejo, ljudje pa so popolnoma normalni, če odmislimo nesposobnost čutenja bolečine. Razlago za to najdete v moji seminarski, poleg tega pa so predstavljena tudi še druge mutacije Nav1.7 pri ljudjeh, ki rezultirajo v povečani aktivnosti le tega in posledično ojačenem čutenju bolečine.<br /> <br /> == Ines Kerin: Royalactin ==<br /> <br /> Čebele so znane po svoji pridnosti in usklajenemu delovanju v skupnosti. Da je to delovanje res usklajeno, si morajo med seboj razdeliti naloge. To jim omogoča protein, ki ga imenujemo royalactin.<br /> Čebele se delijo v dve skupini, na matice, katerih naloga je razmnoževanje, in čebele delavke, ki nabirajo pelod, stražijo in skrbijo za razvoj ličink. Takemu pojavu pravimo dimorfizem, ki pa ni odvisen od genetske raznolikosti, temveč od načina prehrane. Čebele delavke namreč izločajo matični mleček, ki vsebuje royalactin, odgovoren za diferenciacijo ličinke v matico. Je monomerni protein iz družine MRJP's (major royal jelly proteins), in sicer MRJP1. Odkril ga je japonski biotehnološki raziskovalec Masaki Kamakura, ko je proučeval vsebnost proteinov v matičnem mlečku. Izvedel je preproste eksperimente, ki so temeljili predvsem na obstojnosti različnih proteinov v matičnem mlečku, hranjenem pri 40°C 7, 14, 21 in 30 dni. Z njimi je dokazal, da je royalactin tisti protein, ki vpliva na pospešeno rast in razvoj matic. <br /> Royalactin ima delovanje podobno rastnim faktorjem. Veže se direktno ali nedirektno (preko liganda) na EGFR (epidermal growth factor receptor) in tako vpliva na potek 3 različnih poti. Ena pot poteka preko PI3K/TOR/S6K poti, kjer se sprošča sekundarni prenašalec (zaenkrat še neznan), ki vpliva na pospešeno rast. Druga pot poteka preko Ras/Raf/MAPK poti, vpliva na endokrini žlezi, da sproščata ekdisone, ki vplivajo na krajši razvojni čas. Tretja pot še ni povsem raziskana. Kaskada reakcij, ki zaenkrat še ni znana, vpliva na žlezo na dnu možganov (Corpus allata), da izloča juvenilne hormone. Ti spodbudijo yolk protein, da vpliva na razvoj spolnih žlez. <br /> Podatkov o royalactinu danes še ni veliko, saj je tema novejša in potekajo še nadaljnje raziskave.<br /> <br /> <br /> == Urška Navodnik: Laktaza ==<br /> <br /> Laktozno intoleranco so diagnosticirali in poznali že mnogo let nazaj. Je bolezensko stanje, kjer osebek ne more presnavljati laktaze. Laktaza je encim, nujno potreben za razgradnjo disaharida laktoze. Razgradnje se zgodi v tankem črevesju. Obsežnost laktozne intolerance se razlikuje po populacijah, predvsem iz razloga, da večina ljudstev ne pozna tradicionalnega kmetijstva oz. ga pozna v zelo majhni meri. Taka ljudstva so Afričani, J Američani itd. Razvila se je genska raznolikost – kar nam pove da se genski set Afričana razlikuje od S Američana ali Evropejca. Le – ti lahko v večini presnavljajo laktozo. Obstaja tudi oblika, ki ni pogojena gensko ampak z bolezenskim stanjem na tankem črevesju. Bolezen je smrtno nevarna samo, če ima dojenček prirojeno laktozno intoleranco (dogaja se predvsem na Finskem). Pri zaužitju laktoze lahko bolnik s to boleznijo občuti bolečine v trebuhu, slabost, drisko …. Dandanes obstajajo nadomestki oz. hrana z odvzeto laktozo(od mleka, jogurtov, sira …). Obstaja tudi laktaza v kapsulah. Le – ta je lahko odličen nadomestek naše laktaze. Ob dodatku laktaze (ki je proizvedena s pomočjo kvasovk) lahko človek z laktozno intoleranco zaužije katerokoli živilo, ki vsebuje laktozo. Gene za presnavljanje laktozne intolerance dobimo od svojih staršev. Vendar pa se v raziskavah kažejo ugotovitve, da na aktivnost laktaze vplivajo tudi drugi dejavniki.<br /> <br /> <br /> == Alja Zottel: Sleepless protein in regulacija spanja ==<br /> <br /> Spanje predstavlja pomemben del našega življenja in je za naš organizem nujno potreben. Znanstveniki sicer ne vedo natančno čemu, ve pa se, da spanje pozitivno vpliva na imunski sistem, spomin.... Med spanjem se poveča plastičnost možganov- ohranijo se tiste sinapse, ki so pomembne, odvečne pa se eliminirajo. Posledic pomanjkanja spanja je kar nekaj: duševne motnje, nastanek sladkorne in kardiovaskularnih bolezni, zmanjšana sposobnost spomina itd. Celotno spanje je regulirano homeostatsko in cirkadijsko. Cirkadijko se regulira čas spanja in bedenja glede na svetlobo, medtem ko se homeostatsko regulirajo vsebina spanja, dolžina in potreba po spanju, ko spimo premalo. Eden izmed mehanizmov homeostatske regulacije je tudi shaker-sleepless interakcija. Shaker protein je ionski kanalček za kalijeve ione in zmanjša vzdražljivost določenih nevronov. Protein za svoje delovanje potrebuje še sleepless protein s katerim verjetno tvori kompleks. Sleepless protein pospeši aktivnost shaker proteina in ga ustrezno lokalizira. Ti mehanizmi še niso natančno pojasnjeni. Moteno delovanje shaker proteina povzroči ekstremno zmanjšano dolžino spanca brez večjih fizioloških in psiholoških posledic. Do nepravilnega delovanja lahko pride zaradi mutacije shaker ali sleepless gena. Če bi nam uspelo te mutacije izvesti na ljudeh, bi to pomenilo, da bi lahko spali zelo malo, ampak bi se vseeno počutili spočiti. Dejstvo je, da bi s tem trajno ozdravili nespečnost in povečali našo učinkovitost. Vseeno obstajajo etični pomisleki, zakaj natančno bi želeli to storiti in kakšen vpliv bi to imelo na naše življenje in življenje drugih.<br /> <br /> == Alenka Mikuž: ZP3 (Zona pellucida sperm-binding protein 3) in njegova vloga pri oploditvi jajčeca ==<br /> <br /> Oploditev je dogodek, ki poteka v skoraj vseh večceličnih organizmih in je temeljnega pomena za ohranjanje življenja. Uspešna oploditev pri sesalcih, ki poteka v več korakih, pomeni združitev spermija in jajčeca. Oploditev pravzaprav niti ni tako enostaven proces. Spermij mora najprej dozoreti in se uspešno vezati na jajčece. Vezava poteka preko glikoproteina ZP3 v matriksu ''Zona Pellucida'', ki obdaja neoplojeno jajčece. Uspe le enemu spermiju, saj se takoj po oploditvi zgodi modifikacija glikoproteinov v ''Zona Pellucida'' in vezava ni več mogoča. ZP3 je glikoprotein sestavljen iz dveh anitiparalelno orientiranih homodimernih enot, ki ju gradijo 4 domene, ZP-C1, ZP-C2, ZP-N1 in ZP-N2. Znotraj ZP-C sta tudi hidrofobni EHP in IHP. ZP3 spada v družino proteinov z ZP domeno kamor spadajo tudi glikoproteini ZP1, ZP2 in ZP4, ki prav tako gradijo ''Zona Pellucida'' in/ali sodelujejo pri vezavi spermija. Vendar pa naj bi bil prav ZP3 ključen za uspešno vezavo. Zaradi te lastnosti so začeli razvijati kontracepcijsko cepivo. S protitelesi nastrojenimi proti ZP3 se prepreči vezava spermija na jajčece in oploditev ni možna. Nov način kontracepcije bi lahko uporabili pri nadzoru populacije živali, ki je od današnjih načinov bolj prijazna do živali.<br /> <br /> == Jana Verbančič: A balanced mind, RGS14 in sinaptična plastičnost ==<br /> <br /> RGS14 je protein, ki sodi v skupino regulatorjev signalizacije G proteinov, kar pomeni, da uravnava njihovo aktivnost. To je zelo pomembno, saj se katerakoli signalizacija more čez nekaj časa prekiniti, če ne lahko pride do različnih bolezenskih stanj. RGS14 so našli predvsem v CA2 piramidalnih nevronih hipokampusa, kar je nakazovalo na njegov vpliv v zvezi s prostorskim spominom in spominom prepoznavanja različnih objektov. V različnih poskusih so enim miškam odvzeli gen RGS14, drugi skupini pa so povečali njegovo izražanje v delu vizualnega korteksa. V prvem primeru sinaptična plastičnost ni bila več tako zavrta kot pred odvzemom gena RGS14 in miške so si lahko zapomnile več. Spremembe so bile opazne predvsem v povečani prostorski orientaciji brez opaznih stranskih učinkov. V drugem primeru je povečana ekspresija v vizualnem korteksu hkrati povečala tudi pretvorbo kratkoročnega v dolgoročni spomin, tako da so si miške neko določeno informacijo zapomnile za veliko daljši čas. RGS14 bi tako lahko bil ključen protein pri zdravljenju določenih bolezni povezanih z izgubo spomina (demenca, Alzheimerjeva bolezen itd.), a do tega je še dolga pot. Problem leži predvsem v tem, da v ljudeh RGS14 verjetno vpliva na še veliko drugih signalnih poti in bi bilo možno, da bi z delecijo genov dosegli morebitne neželene učinke.<br /> <br /> == Maja Grdadolnik: Ear of Stone; Otopetrin 1 in regulacija kalcija pri sintezi statokonijev ==<br /> <br /> Ravnotežje je ključen dejavnik našega življenja. Pogled na svet, stanje na realnih tleh in celo zaznavanje gravitacije je odvisno od majhnih kristalnih zrnc, ki se nahajajo v skritem delu notranjega ušesa. Gre za statokonije, tvorbe iz kristalov in proteinov, ki skupaj z dlačicami zaznavajo vsakršne premike, in nato signale prenesejo preko živcev, ki so povezane z dlačicami. Sinteza statokonijev je odvisna od proteina Otopetrina 1. Gre za transmembranski protein z 12imi transmembranskimi domenami, ki so se skozi evolucijo vretenčarjev dodobra ohranile. Prav zaradi majhnih sprememb v sestavi predvidevajo, da gre za funkcionalne enote proteina. Aktivno mesto proteina žal še ni raziskano. Otopetrin 1 je pomemben regulator Ca2+ ionov v celico, ki so osnova za tvorjenje statokonijev. Inhibira delovanje P2Y receptorjev, ki praznijo znotrajcelične zaloge Ca2+ ionov, hkrati pa je sprožilec odprtja kationskih kanalčkov, ki jim pravimo tudi P2X receptorji. Zadostna količina zunajcelične koncentracije Ca2+ ionov je ključnega pomena za aktivacijo Otop1 in hkrati uspešno sintezo statokonijev. Napake in nepravilne tvorbe statokonijev znanstveniki že raziskujejo, saj jim poskus z morskimi prašički in njihovo uspešno regeneracijo statokonijev daje zagon za raziskovanje človeških statokonijev.<br /> <br /> == Špela Pohleven: The making of crooked- Spastin ==<br /> <br /> Spastin spada v družino AAA proteinov (ATPases associated with diverse cellular activities). Kot mnogi proteini iz te družine, je tudi spastin aktiven v obliki oligomera, in sicer homoheksamera. Nahaja se tako v jedru kot v citoplazmi celic. Vloga v jedru še ni znana, v citoplazmi pa ima pomembno vlogo v dinamiki mikrotubulov. S tem ima vpliv na mnoge procese, kot so npr. mitoza, citokineza in znotrajcelični transport. V sklopu te vloge ima dve nasprotujoči si funkciji, in sicer omogoča vezavo tubulina v mikrotubule (brez ATPazne aktivnosti) in hkrati razbija to strukturo nazaj v tubulin (ATPazna aktivnost). Druga pomembna naloga spastina je sodelovanje pri transportu snovi v posamezne kompartmente celice. Pri tem je znana vezava s proteinom CHMP1B, povezanim z ESCRT-III kompleksom, ki ima vlogo razporejanja snovi v ustrezne predele celic. Predvidevajo, da ima spastin tudi druge vloge, vendar do sedaj še niso znane. Raziskave so nujne tudi na področju njegove strukture, ki še ni razjasnjena, ter seveda na področju mehanizma bolezni dedne spastične paraplegije. Ta ima mnogo oblik, ampak je večina primerov posledica mutacije spastina. Kaže se v spastičnosti, oslabelosti spodnjih udov, motnjah vibracije na spodnjih udih, nevrogenem mehurju, kognitivnih motnjah, bolečinah v križu…Zdravljenje je simptomatsko.<br /> <br /> == Andrej Vrankar: The things we forget ==<br /> <br /> PP1 je protein, ki igra zelo pomembno vlogo pri številnih procesih v našem telesu. Njegovo vlogo so najprej odkrili pri regulaciji metabolizma glikogena, nato pa so odkrili še njegov pomemben vpliv na krčenje mišic, celično delitev, sintezo proteinov in na zadnje še njegovo vlogo pri ionski prevodnosti in trajni deformaciji sinaps imenovani sinaptična plastičnost, ki je osrednja tema te seminarske naloge. Kako nastaja spomin in kaj vpliva na to kaj si zapomnimo in zakaj pozabljamo so bila dolga leta vprašanja tako psihologov, kot tudi drugih znanstvenikov. Seveda smo še zelo daleč od pravega poznavanja vseh procesov, ki se dogajajo v našem najkompleksnejšem delu telesa, to je v možganih. Nedavna odkritja pa kažejo, da memoriziranje temelji na različni ekspresiji genov, kar privede do sinteze proteinov, ki bodo za vedno spremenili velikost, obliko in očutljivost sinapse. Kot sem že omenil, zelo pomembno vlogo v tem procesu pripisujejo proteinu PP1, za katerega so ugotovili da upliva na to kaj, koliko in za koliko časa si bomo zapomnili ter tudi na brisanje spominov, ki jih ne uporabljamo pogosto oziroma se zdijo našim možganom nepomembni. V raziskavah so znanstveniki ugotovili, da je pri miših enako kot pri ljudeh in sicer, da se učijo bolje če je učenje razdeljeno na več intervalov s 15 minutami premora, kot če opravijo enako število enako dolgih intervalov s 5 minutami premora med intervali in seveda če med učenjem sploh ni nobenega premora. Najpomembnejše dognanje pa je, da če mišim med učenjem inhibiramo delovanje PP1 pa je učenje brez premorov enako efektivno kot učenje z dolgimi premori med intervali. To nakazuje na pomembno funkcijo tega proteina pri formiranju spomina.<br /> <br /> == Teja Banič: Cool news ==<br /> Ribe, ki živijo na območju Antarktike se ne morejo izogniti požiranju ledenih delcev, zato imajo v krvnem obtoku protitzmrzovalne proteine, ki se tvorijo v trebušni slinavki ter želodcu, nato pa preko tankega črevesa preidejo v kri. Protizmrzovalni proteini organizem ščitijo pred zamrznitvijo ter mu omogočajo življenje v razmerah z nizkimi temperaturami, brez da bi se pri tem poškodovalo ali celo uničilo tkivo. <br /> Ločimo štiri različne molekule proti zmrzovanju in sicer AFP I, AFP II, AFP III in AFGP. Vse štiri molekule vsebujejo protein proti zmrzovanju, ki je sestavljen iz ponavljajočega trojčka (Alanin-Alanin-Treonin) in disaharida, kateri je pritrjen na hidroksilne skupine treoninskih ostankov. Vsi tipi protizmrzovalnih proteinov kljub velikim strukturnim razlikam delujejo na enak način. Njihova naloga je, da se vežejo na prizmo del kristala ledu in s tem zavirajo njegovo rast. <br /> Najbolj pogost in raziskan je AFP I, ki ga razpoznamo po α-vijačnici, zanj pa je značilna tudi amfifilnost in to, da se na kristale veže prednostno, kar je posledica interakcij med vijačnico in vodnimi molekulami v mreži ledu. <br /> Protizmrzovalne proteine so opisali tudi pri različnih družinah žuželk, za katere je znano le to, da so bogati s cisteinom. Srečamo jih tudi pri rastlinah, zato že v veliki meri potekajo raziskave na področju genskega spreminjanja rastlin, saj naj bi imele rastline s protizmrzovalnimi proteini poleg odpornosti na mraz tudi daljšo obstojnost in boljšo učinkovitost <br /> Pomembno vlogo imajo tudi v svetu medicine, saj številne raziskave potekajo na področju shranjevanja človeških celic, tkiv in organov z zamrzovanjem.<br /> <br /> == Karmen Hrovat: The thread of life ==<br /> S staranjem se telo počasi izčrpa in v obdobju starosti je tako podvrženo k večjemu tveganju nastanka kroničnih bolezni kot so ateroskleroza in osteoporoza. Znanstveniki so pred leti odkrili protein Klotho in ga razglasili za potencialnega represorja staranja. Klotho se nahaja v ledvicah, možganih, srcu in obščitničnih žlezah. Sestavljajo ga tri domene: zunajcelična, transmembranska in znotrajcelična. Zunajcelična domena se lahko sprosti v kri, kjer opravlja svoje funkcije.Torej Klotho lahko obstaja v dveh oblikah, vezani v membrano ali prosti. Membranski Klotho z receptorji fibroblastnega rastnega faktorja- 23 tvori kompleks, ki omogoči specifično vezavo FGF23. Spoznali so da, FGF23 posredno skupaj s hormonoma PTH in kalcitriolom vpliva na regulacijo fosforja v krvi. Brez Klotha pa le ta ni sposoben opravljati svoje funkcije. Motnje vseh treh hormonov se izražajo tudi v kroničnih boleznih ledvic. &quot;Prosti&quot; Klotho vpliva na mnoge procese. Lahko deluje kot supresor različnih ionskih kanalčkov, številni rastnih faktorjev. Mednje uvrščamo tudi inzulin in Wnt signalizacije. Domnevajo, da Klotho inhibira inzulin, vendar stvari še niso prišli do dna. Klotho prav tako posredno vpliva na oksidativni stres in ga zmanjšuje. Vsi procesi na katere vpliva Klotho so na nek način povezani s staranjem in tako Klotho s svojo dejavnostjo omiljuje proces staranja, kar so dodatno potrdili s poskusom v katerem se je življenjska doba mišk podaljšalo celo za tretjino. Ne dolgo nazaj so odkrili še dva proteina, ki sta sorodna Klothu. Njuna zgradba naj bi bila zelo podobna Klothu, oba po prisostvujeta pri reguliranju določenih fibroblastnih rastnih faktorjev.<br /> <br /> == Karmen Belšak: Laktat ==<br /> Laktat in mlečna kislina nista ista spojina. Mlečna kislina je kislina, ki je pri fiziološkem pH disociira na laktatni anion (La-) in vodikov proton (H+). Dolgo časa je veljalo, da je zakisanje, in s tem pekoč občutek, ki ga dobimo po naporni telesni vadbi, posledica nabiranja laktata oziroma mlečne kisline v mišicah. Danes vemo, da je razlog, da se pH v mišicah spusti pod 7.0, povišana koncentracija protonov ter, da je produkcija laktata posledica celične zakisanosti in ne razlog zanjo. Še več, laktat dejansko zavira zakisanje – je nekakšen začasni nevtralizator. Med telesno vadbo aktivne mišice izgubljajo K+. To vodi k akumulaciji iona izven mišične celice, kar lahko potencialno ogrozi njihovo vzdražnost. Rezultati razikav predlagajo, da laktat, ki se izloči v kri iz aktivne mišice med telesno vadbo, potuje do vseh mišic, ne glede na njihovo aktivnost. Pri tem služi kot sistemski signal, ki povzroči povečanje vzdražnosti manj aktivne mišice v telesu, ter tako zagotavlja zgodnjo zaščito mišične vzdražnosti pred zvišano koncentracijo ekstracelularnega K+. Iz tega sledi sklep, da dodatek laktata pri koncentracijah 5-20mmol lahko inhibira ClC-1 Cl- kanalčke in izrazito poveča vzdražnost in zmožnost krčenja hitro- in počasi-trzajočih mišic pri miših.<br /> <br /> == Iza Ogris: Čudovita maščoba ==<br /> Maščoba je gorivo, ki se v našem telesu shranjuje v specializiranih celicah imenovanih adipociti. Lipidne kapljice v adipocitih so zaloga triacilgliceridov, obdane s fosfolipidnim dvoslojem in proteini. Eden izmed proteinov je perilipin, katerega funkcija je dvojna: preprečevanje lipolize, ko je vezan v kompleksu s CGI-58 ter omogočanje lipolize, po fosforilaciji s protein kinazo A. Glavni encimi lipolize so ATGL, HSL in MGL. Vloga perilipina je pomembna tudi pri tvorbi lipidnih kapljic in diferenciaciji adipocitov. V procesu adipogeneze nastajajo celice iz mezenhimskih matičnih celic, do preadipocit in nato adipocit. Maščobno tkivo se nalaga na različnih delih telesa, loči se tudi po svoji vlogi. Mutacije določenih genov pa lahko povzročijo lipodistrofijo in posredno tudi bolezni kardiovaskularnega sistema ter diabetes tipa 2. Pri lipodistrofiji se maščoba ne more nalagati v adipocite, zato se nalaga v druga tkiva kot so npr. mišice in jetra.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6599 2011-12-20T21:02:02Z

<p>IzaOgris: /* Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! ==<br /> Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Tipping the mind]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič<br /> |-<br /> | Maša Mirković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 The twisted way of things]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković<br /> |-<br /> | Sara Draščič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 On the spur of a whim ]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc<br /> |-<br /> | Katra Koman||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Katra_Koman:_INZULIN Protein of the 20th century]||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ana_Dolinar:_Univerzalna_kri_.E2.80.93_prihodnost_transfuzijske_medicine.3F The juice of life]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš<br /> |-<br /> | Urška Rauter||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ur.C5.A1ka_Rauter:_A_Green_Glow:_zgradba_in_funkcija_encima_luciferaze A green glow]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić<br /> |-<br /> | Taja Karner||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Taja_Karner:_Glavoboli_in_migrene Throb]||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Rok_.C5.A0temberger:_Protein_GABAA_.28gama_aminomaslena_kislina_A.29_-_zgradba.2C_vloga_in_zanimivosti Forbidden fruit]||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik<br /> |-<br /> | Maša Mohar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ma.C5.A1a_Mohar:_Mo.C5.A1ki_ali_.C5.BEenska_to_je_sedaj_vpra.C5.A1anje.3F.28SRY_-_faktor_za_dolo.C4.8Ditev_spola.29 The tenuous nature of sex]||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Veronika_Jarc:_Perforin Our hollow architecture]||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mirjam_Kmeti.C4.8D:_Mint_condition_.28limonen-3-hidroksilaza_in_limonen-6-hidroksilaza.29 Mint condition]||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič<br /> |-<br /> | Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||01.12.11||20.1.12||Veronika Jarc||Ana Dolinar<br /> |-<br /> | Tjaša Flis||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Life's tremors]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Nature's junkie]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Kaja_Javor.C5.A1ek:_A_grey_matter A grey matter]||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Dominik Kert||Tjaša Flis<br /> |-<br /> | Rok Vene||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Rok_Vene:_A_mind_astray A mind astray]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar<br /> |-<br /> | Ines Šterbal||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 LTP1]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene<br /> |-<br /> | Matja Zalar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matja_Zalar:_Vloga_SRK_in_SCR_proteinov_pri_prepre.C4.8Devanju_incestnega_razmno.C5.BEevanja_c Do it yourself]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak<br /> |-<br /> | Matevž Ambrožič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Ambro.C5.BEi.C4.8D:_BSX_protein_in_debelost Of fidgets and food]||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič<br /> |-<br /> | Matevž Merljak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Merljak:_CEM15.2C_VIF_in_infektivnost_retrovirusov Protein wars]||12.12.11||19.12.11||20.1.12||Teja Banič||Urška Navodnik<br /> |-<br /> | Mitja Crček||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mijta_Cr.C4.8Dek:_DSIP_in_spanje When your day draws to an end]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Andrej Vrankar <br /> |-<br /> | Dominik Kert||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Dominik_Kert:_FOXP2.2C_govore.C4.8Di_protein FOXP2, govoreči protein]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek<br /> |-<br /> | Petra Malavašič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Petra_Malava.C5.A1i.C4.8D:_Ureaza_bakterije_Helicobacter_pylori Going unnoticed]||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček<br /> |-<br /> | Eva Knapič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Eva_Knapi.C4.8D:_TSH3_-_Kaj_novorojen.C4.8Dkom_omogo.C4.8Da_zadihati? Life's first breath]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar<br /> |-<br /> | Marko Radojković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Marko_Radojkovi.C4.87:_Fluoroscentni_proteini_in_njihova_uporaba_v_.C5.BEiv.C4.8Dnem_sistemu Paint my thoughts]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode<br /> |-<br /> | Tjaša Goričan||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Tja.C5.A1a_Gori.C4.8Dan:_Vpliv_Nogo_proteina_na_regeneracijo_.C5.BEiv.C4.8Dnega_sistema Nerve regrowth: nipped by a no-go]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal<br /> |-<br /> | Tina Gregorič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Grelin - hormon lakote]||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter<br /> |-<br /> | Tamara Marić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Tamara_Mari.C4.87:_MikroRNA The dark side of RNA]||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ana_Rem.C5.BEgar:_Bacillus_subtilis I'll have you for supper]||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič<br /> |-<br /> | Maja Remškar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Maja_Rem.C5.A1kar:_Okulokutani_albinizem_tipa_II_in_P_protein Questioning Colour]||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Andreja_Bratov.C5.A1:_Bole.C4.8Dina_in_njen_receptor_-_TRPA1 The power behind pain]||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič<br /> |-<br /> | Urška Navodnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ur.C5.A1ka_Navodnik:_Laktaza Darwin's dessert]||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat<br /> |-<br /> | Jernej Mustar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Jernej_Mustar:_Na.2B_kanal.C4.8Dek_Nav1.7_in_bole.C4.8Dina Silent pain]||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič<br /> |-<br /> | Ines Kerin||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 A queen's dinner]||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris<br /> |-<br /> | Alja Zottel||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Sleepless nights]||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman<br /> |-<br /> | Alenka Mikuž||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 ZP3 in njegova vloga pri oploditvi jajčeca]||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Maja_Grdadolnik:_Ear_of_Stone.3B_Otopetrin_1_in_regulacija_kalcija_pri_sintezi_statokonijev Otopetrin1 in regulacija kalcija pri sintezi statokonijev]||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Jana_Verban.C4.8Di.C4.8D:_A_balanced_mind.2C_RGS14_in_sinapti.C4.8Dna_plasti.C4.8Dnost A balanced mind]||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar<br /> |-<br /> | Karmen Hrovat||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Karmen_Hrovat:_The_thread_of_life]The thread of life||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner<br /> |-<br /> | Andrej Vrankar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Andrej_Vrankar:_The_things_we_forget The things we forget]||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar<br /> |-<br /> | Teja Banič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Teja_Bani.C4.8D:_Cool_news Cool news]||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar<br /> |-<br /> | Špela Pohleven||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#.C5.A0pela_Pohleven:_The_making_of_crooked-_Spastin The making of crooked]||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković<br /> |-<br /> | Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič<br /> |-<br /> | Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Fat, wonderful fat.||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar<br /> |-<br /> | Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan<br /> |-<br /> | Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok<br /> |-<br /> | Urška Rode||Smart sweat||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> <br /> V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:<br /> <br /> * sekvenca proteina in [http://www.uniprot.org/ UniProt] oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFNXUDBCRVBaVExvOFVxakpJUHRnOEE6MA mnenje] najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6374 2011-10-10T17:32:24Z

<p>IzaOgris: /* Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek==<br /> Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mirković||Naslov seminarja||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Katra Koman||Naslov seminarja||18.10.11||23.10.11||26.10.11||||<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Love,love, love...||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Urška Rauter||A green glow||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||Naslov seminarja||26.10.11||02.11.11||09.11.11||||<br /> |-<br /> | Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness<br /> ||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Flis||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||Naslov seminarja||02.11.11||09.11.11||16.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Ines Šterbal||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||The power behind pain||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Ambrožič||Naslov seminarja||09.11.11||16.11.11||23.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Mitja Crček||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Dominik Kert||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||||<br /> |-<br /> | Eva Knapič||Life's first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tina Gregorič||Naslov seminarja||23.11.11||30.11.11||07.12.11||||<br /> |-<br /> | Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||The juice of life||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Matja Zalar||Do it yourself||30.11.11||07.12.11||14.12.11||||<br /> |-<br /> | Urška Navodnik||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Ines Kerin||A queen's dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||||<br /> |-<br /> | Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||Hidden power||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Petra Gorečan||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Hrovat||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Špela Pohleven||Naslov seminarja||21.12.11||04.01.12||11.01.12||||<br /> |-<br /> | Sabina Mavretič ||A short story||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Belšak ||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.01.12||11.01.12||18.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br /> * sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1_Povzetki_seminarjev_2011&diff=5654 2011-03-14T21:31:10Z

<p>IzaOgris: </p> <hr /> <div>== Alja Zottel: Vloga imunskega sistema pri nastanku ateroskleroze ==<br /> Glavni vzrok nastanka ateroskleroze je imunski odgovor na lipoproteine majhne gostote oz LDL, ki se kopiči pod endotelom arterijskih žil. Apolipoprotein B100, ki je komponenta LDL, se veže na proteoglikane zunajceličnega matriksa in se pod vplivom različnih radikalov oksidira. OxLDL nato aktivira endotelijske celice, da začnejo proizvajati adhezijske beljakovine, kot sta E-selektin in VCAM-1. Te beljakovine skupaj s kemokini povlečejo monocite, T limfocite in in dendritske celice v endotelijsko plast žile. Monociti se nato pod vplivom M-CSF citokina diferencirajo v makrofage. Makrofagi nato začnejo proizvajati odstranjevalne receptorje. Ti tako lahko prepoznajo oxLDL in ga z endocitozo vsrkajo. Makrofagi se zato napihnejo in spremenijo v »foam cell«. Te celice so najštevilčnejše celice v aterosklerotskih plakih. Dejavniki, ki pospešujejo nastanej ateroskleroze so signalni proteini PRR, T levkociti in proteini CRP. T celice pomagalke izločajo interferon gama, ki privlači monocite. Protein CRP se veže na navadni LDL in tako ga lahko makrofagi, ki imajo receptorje za CRP vsrkajo. Dejavniki, ki preprečujejo nastanek ateroskleroze so B limfociti in protein PPAR. PPAR je receptorski protein oz. transkripcijski faktor, ki preprečuje nastanek »foam cell« celic in vsrkavanje LDL v makrofage. Preprečuje tudi razvoj T celic in povečuje količino HDL v krvi.<br /> <br /> == Veronika Jarc: Hepatitis C ==<br /> Hepatitis C(HCV) je nalezljiva bolezen, ki napade ljudi, šimpanze ter nekatere majhne modelne živali. HCV spada med RNA viruse z ovojnico.Razvrščen pa je v rod hepacivirus ter družino flaviviridae. Sestavljen je iz 6 genotipov (1-6), ki se razlikujejo v nukleotidni sekvenci od 30-35%, sedmega pa so odkrili leta 2008 (Gottwein et al., 2008). HCV vsebuje pozitiven trak gena (9,6 kb), ki je sestavljen iz 5´-NCR( non-coding region), 3´- NCR in IRES( internal ribosome entry side). IRES vsebuje odprto bralno ogrodje, ki šifrira strukturne in ne strukturne proteine. Med strukturne proteine spadajo proteinsko jedro, virusna RNA ter dva glikoproteina E1 in E2. Sestavni deli ne strukturnih proteinov pa so hidrofoben protein p7, NS2-3 proteaza, NS3 serin proteaza, NS4A polipeptid, NS4B protein, NS5A protein in NS5B RNA odvisna RNA polimeraza (RdRp). <br /> S pomočjo različnih odkritij, kot so HCVpp(sestavljen iz lipidne ovojnice z E1-E2 proteini, na retrovirusni nukleokapsidi), izoliranje kloniranega gena 2a ter s pomočjo tega gena HCVcc( cell-culture produced HCV), so znanstveniki začeli preučevati življenski cikel in celično strukturo hepatitisa C. To so dosegli z preučevanjem različnih eksperimentalnih modelov kot so imunski odzivi, NK celice in dendritske celice.<br /> Poznamo tudi proteine, ki jih HCv sreča v hepatocitski celici in ti so in tegrin RGE/RGD, LDL receptor, HDL receptor, klaudin okludin in tetraspanin CD81.<br /> <br /> == Matja Zalar: Protein p53 ==<br /> Protein p53, včasih imenovan tudi varuh genoma, kodira gen TP53 na sedemnajstem kromosomu. Je eden izmed tako imenovanih tumor-supresorskih proteinov, ki, kot to sporoča že samo ime, zavirajo nastanek in rast tumorjev. Na področju razumevanja delovanja, vloge in strukture proteina p53 in njegovih mutantov se izvaja veliko raziskav. Trenutno je p53 najbolj raziskan tumor-supresorski protein, še zdaleč pa ni edini. Gre za protein, ki se kopiči v jedru in z vezavo na DNA v obliki teramera nadzoruje in regulira procese kot so apoptoza, zaustavitev celičnega cikla in popravljanje poškodovane DNA. Za raziskovalce je še posebno zanimiv zaradi dejstva, da v nemutirani obliki zavira nastanek in rast tumojev, njegove GOF mutirane oblike pa pripomorejo k nenadzorovani delitvi celic in nastanku rakastih tkiv. Veliko raziskav se ukvarjaja z iskanjem snovi, ki bi obnovile osnovno obliko p53, oziroma uničile mutantske oblike p53 v rakastih celicah ter s tem uničile tumor. To pa bi lahko bistveno izboljšalo tehnike zdravljenja rakavih obolenj in odziv človeškega organizma na ta zdravljenja. Odkrili so že kar nekaj takšnih snovi (RITA, PRIMA, nutlin3), ki pa jih še vedno testirajo in še niso v redni uporabi pri zdravljenju rakavih obolenj.<br /> <br /> == Andrej Vrankar: Androgena alopecija ==<br /> Na podlagi raziskav, ki so jih znanstveniki izvedli na celičnih vzorcih posameznikov z androgeno alopecijo, so ugotovili, da je bila domneva, da je za nastanek AGA kriv propad matičnih celic v lasnem mešičku oziroma, propad samega lasnega mešička napačna. Raziskave so pokazale ravno nasprotno in sicer, da se matične celice tudi v plešastem lasišču posameznika z AGA ohranjajo in da lasni mešički ne propadejo, vendar se le zelo skrčijo. So pa ugotovili, da se število celic imenovanih predniške celice v plešastem lasišču močno zmanjša, kar je eden od glavnih vzrokov za nastanek AGA, saj so prav predniške celice tiste, ki so zaslužene za rast las. Čeprav se dednost smatra kot glavni vzrok za nastanek AGA, pa tudi hormoni igrajo pomembno vlogo. Pri moških je to moški hormon testosteron, ki se s pomočjo encima 5-α-reduktaze v lasno mešičnih celicah pretvarja v svojo bolj aktivno obliko dihidrotestosteron (DHT). Ta se se nato s posebno vezjo veže na androgene receptorje v lasnih mešičkih, kar sproži posebne procese, ki skrajšajo anageno fazo celičnega cikla. Zaradi skrajšanja te faze las prej prestopi v telogeno fazo in izpade. Kako občutljivi so lasni mešički na androgene pa je seveda gensko pogojeno.<br /> <br /> == Sandi Botonjić: Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom ==<br /> Kisikovi radikali, ki povzročajo oksidativni stres lahko v skrajnem primeru poškodujejo DNA in tako povzročijo nenadzorovano delitev celic, kar pomeni nastanek raka v organizmu. Hkrati pa je raven kisikovih radikalov v rakastih celicah višja, kot v zdravih, in sicer zaradi onkogenih stimulacij, povečane presnovne aktivnosti ter okvare mitohondrijev. Toda rakave celice imajo, kot protiutež tudi močan antioksidantni mehanizem s katerim zavirajo programirano celično smrt.<br /> <br /> Raziskovalci so tekom analiziranja večih tkiv, ki so obolela z različnimi vrstami raka ugotovili, da je pri vseh povečana raven [http://www.thesgc.org/structures/structure_images/2WZ9_400x400.png tioredoksinu podobnega proteina - TXNL2]. Zatem so izvajali poskuse na miših tako, da so jim vbrizgali kancerogene eritrocite in ko so se pojavili simptomi tumorja – so jim vbrizgali še protein TXNL2. Ugotovili so, da protein TXNL2 zavira rast rakavih celic. Proučevali so tudi vpliv proteina TXNL2 v mišjih zarodkih. Prišli so do zaključka, da protein TXNL2 regulira raven kisikovih radikalov tako pri živečih organizmih, kot med embriogenezo.<br /> <br /> Znanstveniki so prepričani, da je protein TXNL2 potencialna tarča bioloških zdravil v prihodnosti. Namreč monoklonska protitelesa (med katere spade tudi TXNL2) za zdravljenje raka z vezavo na receptorje za rastne dejavnike blokirajo celično rast in diferenciacijo ter tako zaustavijo rast tumorja. Zaustavijo lahko tudi rast tumorskega ožilja in s tem posredno onemogočajo rast tumorjev in metastaziranje. Med mehanizme delovanja monoklonskih protiteles, spada tudi ciljanje drugih efektorskih molekul na mesta delovanja - kot so npr. kisikovi radikali. Raziskave so potrdile, da to velja tudi za protein TXNL2.<br /> <br /> == Ana Dolinar: Prilagojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk ==<br /> Naravne celice ubijalke (NK celice) so vrsta levkocitov. V človeškem telesu so zadolžene za uničevanje patogenih organizmov s pomočjo za celice strupenih snovi. Na površini imajo pet skupin receptorjev: aktivacijske, inhibitorne, kemotaksične in citokine ter adhezijske receptorje. <br /> <br /> Njihova aktivacija je odvisna od vezave ligandov na površinske receptorje NK celice. Če je vezanih več inhibitornih ligandov kot aktivacijskih, potem se NK celica ne aktivira, ker inhibitorni ligandi zavrejo delovanje NK celice. V primeru, da se veže več aktivacijskih kot inhibitornih ligandov ali pa se slednji sploh ne vežejo, se NK celica aktivira ([http://www.georg-speyer-haus.de/agkoch/research/subframe_en.htm aktivirana NK celica-rumeno, tarčna celica-rdeče]). Vezava kemotaksičnih ligandov vpliva na gibanje molekule zaradi kemičnih signalov, vezava citokinov spodbuja rast celic ali sintezo snovi, ki jih potrebuje imunski sistem, vezava adhezijskih ligandov pa omogoča pritrjanje NK celice na tarčno celico. <br /> <br /> Raziskovalci se trudijo, da bi našli optimalno imunoterapijo, pri kateri bi sodelovale NK celice. Te terapije bi bile uporabne predvsem pri rakavih obolenjih, vendar so možnosti tudi pri obolenjih z virusom HIV ali z virusom hepatitisa C. Ta način imunoterapije je mogoč, ker večina tumorskih celic in virusov ne izraža MHC tipa 1, pomembnega inhibitorskega liganda za NK celice. [http://media.wiley.com/CurrentProtocols/IM/ima01n/ima01n-fig-0004-1-full.gif Zgradba MHC-1 molekule, prikazana z Ribbonovim diagramom in vezanim peptidom (A) ter površinska struktura molekule z vezanim peptidom (C). Slika B prikazuje molekulo MHC-2 z vezanim peptidom.]<br /> <br /> == Urška Rauter: Razvojne vloge Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike pri orientaciji epidermalnega vretena ==<br /> Mehanizem nastajanja polariziranega epidermalnega sloja, ki s procesoma stratifikacije in diferenciacije tvori kožo, regulira več različnih med seboj v komplekse povezanih bioloških molekul. Trije najbolj osnovni procesi so delovanje proteinov aktina, orientacija vretena in sistem celične signalizacije. Znanstveniki pa so v obširni raziskavi potrdili tudi pomembno vlogo t. i. Srf proteina (serum response factor protein), transkripcijskega dejavnika, katerega pomembna vloga je regulacija celične diferenciacije. <br /> <br /> Srf je transkripcijski dejavnik, ki se veže na določen, njemu ustrezen receptorski element; Sre (serum response element), to so predvsem geni v zgodnjem razvoju, geni za razvoj nevronov in mišična gena (proteina) aktin in miozin. Ker je njegova primarna funkcija regulacija ekspresije naštetih genov, odločilno vpliva na celično rast in diferenciacijo, prenos med nevroni in razvoj mišic. <br /> <br /> Namen raziskave je obširen. Rezultati obetajoči. Dokazali so pomembno vlogo Srf proteina pri marsikaterem mehanizmu/procesu v embrionalnem razvoju. Tako recimo Srf odločilno vpliva na diferenciacijo celic, saj izguba le-tega povzroči kaotično deljenje in diferenciacijo celic med več plastmi epidermisa. Nadalje vpliva tudi na pravilno vzpostavitev polarnosti bazalne lamine in še najbolj ključno na tvorbo aktinsko-miozinskega skeleta, ki je nujen za pravilno mitozo, posledično za obliko in trdnost celice. Orientacija vretena in asimetrično dedovanje sta po zadnjih raziskavah osrednja mehanizma, ki omogočata matičnim celicam samostojno obnovi in diferenciacijo v pravilni smeri. Rezultati kažejo, da lahko takšne signale pošiljamo preko Srf proteina in aktinsko-miozinskega skeleta, za pravilno tvorbo in nadzirano regulacijo orientacije vretena, asimetrične celične delitve in nasploh usodo posamezne celice. Rezultati razkrivajo nove pojasnitve bioloških procesov, ki sodelujejo pri tvorbi morfologije epidermisa.<br /> <br /> == Špela Pohleven: Prioni ==<br /> <br /> Prioni so patogeni proteini, ki se od svojih nepatogenih, normalnih, v zaporedju aminokislin enakih dvojnikov, razlikujejo v 3D strukturi – imajo večji del β ploskev. Poznamo več vrst prionov, toda običajno govorimo le o proteinu PrP, ki je prisoten pri ljudeh in živalih. Ostali so namreč značilni za glive, ki so tako primerne za razne raziskave.<br /> Za prione je značilno povezovanje v nitaste polimere, ki jih imenjujemo amiloidi. Znanstveniki domnevajo, da je prav njihova urejena struktura tista, zaradi katere so slabo topni v detergentih in odporni na proteaze. <br /> Najbolj nenavadna lastnost prionov pa je njihova zmožnost širjenja brez potrebe po DNA in RNA. V zvezi s tem potekajo številne raziskave, saj prioni povzročajo številne smrtne bolezni, kot so Creutzfeldt-Jakobova bolezen, smrtonosna družinska nespečnost in druge. Z informacijami, ki jih tako pridobivajo, je možnost za odkritje zdravila večja. <br /> Pri eni od nedavnih raziskav so tako ugotovili, da obstajata dve prionski obliki proteina PrP – infektivna in toksična. Za raziskave so uporabili miši z različnim izražanjem gena PRNP za PrP protein. Vse so okužili s prioni praskavca (ena od prionskih bolezni). Vse so dosegle enak prag infektivnosti, toda smrt ni nastopila istočasno. Iz meritev so znanstveniki prišli do zaključka, da morata obstajati dve različni obliki. To pa je le izhodišče za nove raziskave.<br /> <br /> == Maša Mohar: Sladkorna bolezen, kot bolezen imunskega sistema ==<br /> <br /> Diabetes mellitus je kronična motnja metabolizma beljakovin, lipidov in ogljikovih hidratov. Nastane zaradi zmanjšane funkcije proizvajanja insulina v telesu. Njen vzrok pa je lahko studi zmanjšana sposobnost telesnih celic za pravilno izkoriščanje insulina. Tip 2 je od insulina neodvisen diabetes (NIDDM). Ta tip ima 80-90% vseh pacientov in se pojavi v odraslem obdobju življenja, spodbudijo ga lahko različni mehanizmi, in za nekatere se še ne ve točno kako pride do tega, je pa res da k temu veliko pripomore nezdrav način življenja in seveda dednost. Prav tako se diabetes tipa 2 deli v dve skupini in sicer na debeli tip, ki ga ima približno 80% vse populacije in na ne debeli tip.<br /> Da je T2D bolezen imunskega sistema pa ugotovimo s tem ko vidimo kako se telo odzovena določene mehanizme, ki sprožijo to bolezen. To so oksidativni stres, stres ER( endoplazemski retikel), lipotoksičnost in glukotoksičnost. Prav tako je potrebno poudariti, da ima diabetes tipa 2 svoje metabolne karakteristike in skupaj s temi patogenimi mehanizmi tvori formulo za nastanek bolezni. Seveda lahko pri T2D pride tudi do dolgoročnih komplikacij, kot so makro in mikro- vaskularne bolezni, problemi z ledvicami, očmi in živci. Te pa so glavni dejavniki za povzročitev hujšega bolezenskega stanja in ne nazadnje tudi smrti zaradi diabetesa.<br /> <br /> == Mirjam Kmetič: Regulacija celičnega metabolizma železa ==<br /> <br /> Železo je pomemben mikroelement, ki ga vezanega na proteine, vsebujejo skoraj vsa živa bitja. Celice sesalcev potrebujejo zadostno količino železa, da zadovoljijo metabolne potrebe ali dosežejo specializirane funkcije. Vsekakor pa je železo potencialno strupeno, še posebej v obliki Fe2+ ionov, ki katalizirajo pretvorbo vodikovega peroksida v proste radikale, ti pa poškodujejo veliko celičnih struktur (DNA, proteine, lipide...) in posledično celica lahko celo odmre. Vse oblike življenja se temu izognejo tako, da vežejo železove ione na proteine in tako hkrati izkoristijo njegove ugodnosti. Železo se prenaša v tkivo ob pomoči kroženja transferina, prenašalca, ki veže železo v plazmi, katerega predvsem sproščajo črevesne resice in retikuloendotelni makrofagi. Z železom bogat transferin se veže na membranski transferin receptor 1, kar se odraža z endocitozo in sprejemom te kovine. Sprejeto železo se prenese do mitohondrija za sintezo hema ali železo-žveplovih proteinov, ki so bistveni deli mnogih metaloproteinov. Presežno železo se skladišči in detoksificira v feritinu, ki je v citosolu. Metabolizem železa je nadzorovan na različnih nivojih in z raznovrstnimi mehanizmi. Pri uravnavanju je zelo pomemben sistem IRE (iron-responsive element)/IRP (iron-regulatory protein), dobro poznano post-transkripcijsko regulatorno vezje, ki ne le vzdržuje homeostazo v različnih tipih celic, ampak tudi prispeva k sistemskemu ravnovesju železa.<br /> <br /> == Lea Kepic: Agonisti adrenoreceptorjev β2 ==<br /> <br /> Vloga receptorjev v organizmih je zelo pomembna saj prenaša vse potrebne informacije za delovanje. Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Največja skupina metabotropnih receptorjev pripada receptorjem, ki so sklopljeni s proteinom G. Mednje spadajo tudi adrenergični receptorji ali adrenoreceptorji. Adrenoreceptorji so tarčni za katekolamine (fight or flight hormoni) med katere spadajo adrenalin, noradrenalin in dopamin. V svojem seminarju sem se posvetila predvsem podskupini β2 (β2-AR) in njihovim agonistom. Agonisti so spojine, ki se selektivno vežejo na specifične receptorje, ki sprožijo nadaljnji odziv. Njegova naloga je posnemanje naravno obstoječih (endogenih) molekul, kot so na primer hormoni. Najbolj pogost in učinkovit agonist za β2-AR je izoprenalin, med hormoni pa je najboljši adrenalin. S pomočjo eksperimentov znanstveniki raziskujejo posebnosti v zgradbi predvsem kristalnih struktur, tvorbo vezi z različnimi spojinami, konformacijske spremembe, vpliv inhibitorjev, ravnotežna stanja ter energijska pretvarjanja. Rezultati teh raziskav so izhodišče za praktično uporabnost agonistov. Zaradi njihovih lastnosti jih vedno več uporabljamo v medicini za zdravnjenje plujčnih bolezni; predvsem astme in bronhitisa. To področje za enkrat še ni do dobra raziskano zato jih navadno uporabljamo le kot dodatke drugim zdravilom. Raziskani pa so že tudi nekateri negativni učinki na telo.<br /> <br /> == Iza Ogris: Zakaj imajo možgani glikogen? ==<br /> <br /> Glikogen se v možganih nahaja v precej manjših koncentracijah kot v jetrih in mišicah.Pojavi se vprašanje o njegovi vlogi v možganih in kje se nahaja. Glikogen vsebujejo astrocite- glia celice, ki obdajajo nevrone in skbijo za koncentracijo ionov v izvenceličnem prostoru ter dovajanje določenih snovi nevronom. Ko se med aktivnostjo nevronov v izvenceličnem prostoru kopičijo kalijevi ioni, jih astrocite začnejo privzemati z K/Na ATPazo. Posledično se v astrocitah zviša nivo AMP, kar stimulira delovanje encima glikogen fosforilaze (razgradnja glikogena). Astrocite med nevronsko aktivnostjo privzemajo tudi živnčni prenašalec glutamat iz sinaps, ki tudi posredno povzroča padec energije v astrocitah. Ko se nivo glukoze v dejavnih nevronih znižuje, se medtem v astrocitih povečuje. Koncentracija glukoze je nato v astrocitih večja kot v izvencelični tekočini in nevronih, zato se ustvari koncentracijski gradient kar omogoči pot glukoze iz astrocitov v nevrone. Pri vzdrževanju glukoze se tako razgradnja glikogena izkaže za bolj učinkovito kot le privzem glukoze iz krvi. Razkriva se izvor in usoda glukozne rezerve.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1-seminar_2011&diff=5647 2011-03-14T17:26:32Z

<p>IzaOgris: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Slovenski naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Faktor vpliva revije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | BOTONJIĆ SANDI||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Sandi_Botonji.C4.87:_Tioredoksinu_podoben_protein_.28TXNL2.29_.C5.A1.C4.8Diti_kancerogene_celice_pred_oksidativnim_stresom Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom]<br /> ||15.387||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA<br /> |-<br /> | VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA<br /> |-<br /> | ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA<br /> |-<br /> | ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||31.434||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN<br /> |-<br /> | DOLINAR ANA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Ana_Dolinar:_Prilagojena_ali_prilagodljiva_imunost.3F_Primer_naravnih_celic_ubijalk Prirojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk]||28||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA<br /> |-<br /> | RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA<br /> |-<br /> | MOHAR MAŠA||Sladkorna bolezen tipa 2 kot bolezen imunskega sistema||30,006||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA<br /> |-<br /> | POHLEVEN ŠPELA||Prioni||34||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA<br /> |-<br /> | KEPIC LEA||Agonisti adrenoreceptorjev β2||34.48||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ<br /> |-<br /> | KMETIČ MIRJAM||Celična regulacija metabolizma železa||5,371||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA<br /> |-<br /> | JARC VERONIKA||Eksperimentalni modeli za študijo imunobiologije hepatitisa C||3.26||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA<br /> |-<br /> | KOMAN KATRA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM<br /> |-<br /> | OGRIS IZA||Zakaj imajo možgani glikogen?||5,125||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ<br /> |-<br /> | KERIN INES||Kanabinoidi za zdravljenje shizofrenije? Uravnotežena nevrokemična sestava za škodljive in terapevtske učinke uživanja konoplje||4.458||14.03.||21.03.||28.03.||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK<br /> |-<br /> | VERBANČIČ JANA||Apoptozi podobna smrt v bakterijah, ki ji povzroča HAMLET, človeški mlečni lipidno-proteinski kompleks||4.351||21.03.||28.03.||04.04.||KARNER TAJA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA<br /> |-<br /> | KNAPIČ EVA||Kako virusi vodijo delovanje celice.||14.101||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA<br /> |-<br /> | REMŽGAR ANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA<br /> |-<br /> | GRDADOLNIK MAJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK<br /> |-<br /> | JAVORŠEK KAJA||Potencial matične celice pri Parkinsonovi bolezni in molekularni faktorji za tvorbo dopaminergičnih nevronov||4.139||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO<br /> |-<br /> | BRATOVŠ ANDREJA||Vloga GPCR v patologiji Alzheimerjeve bolezni||26||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA<br /> |-<br /> | CRČEK MITJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA<br /> |-<br /> | MARIĆ TAMARA||ciljanje kemokinskih receptorjev ob alergijskih obolenjih||5.155||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA<br /> |-<br /> | ŠTEMBERGER ROK||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI<br /> |-<br /> | LORBEK SARA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK<br /> |-<br /> | REMŠKAR MAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA<br /> |-<br /> | ČUPOVIĆ VANA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA<br /> |-<br /> | RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA<br /> |-<br /> | RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA<br /> |-<br /> | VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA<br /> |-<br /> | FRANKO NIK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO<br /> |-<br /> | HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA<br /> |-<br /> | AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA<br /> |-<br /> | NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK<br /> |-<br /> | BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA<br /> |-<br /> | KARNER TAJA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA<br /> |-<br /> | KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA<br /> |-<br /> | MUSTAR JERNEJ||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA<br /> |-<br /> | GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ<br /> |-<br /> | GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA<br /> |-<br /> | BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA<br /> |-<br /> | ŠTOK ULA||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES<br /> |-<br /> | nihce ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR<br /> * osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!<br /> * [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1-seminar_2011&diff=5563 2011-03-03T15:09:32Z

<p>IzaOgris: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Slovenski naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Faktor vpliva revije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | BOTONJIĆ SANDI||Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom||||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA<br /> |-<br /> | VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA<br /> |-<br /> | ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA<br /> |-<br /> | ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||31.434||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN<br /> |-<br /> | DOLINAR ANA||Prirojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk||28||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA<br /> |-<br /> | RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA<br /> |-<br /> | MOHAR MAŠA||Sladkorna bolezen tipa 2 kot vnetna bolezen||30,006||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA<br /> |-<br /> | POHLEVEN ŠPELA||jhfjsdf sdh fjhds v||12||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA<br /> |-<br /> | KEPIC LEA||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ<br /> |-<br /> | KMETIČ MIRJAM||Celična regulacija metabolizma železa||5,371||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA<br /> |-<br /> | JARC VERONIKA||Hepatitis C||||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA<br /> |-<br /> | KOMAN KATRA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM<br /> |-<br /> | OGRIS IZA||Zakaj imajo možgani glikogen?||||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ<br /> |-<br /> | KERIN INES||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK<br /> |-<br /> | VERBANČIČ JANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||KARNER TAJA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA<br /> |-<br /> | KNAPIČ EVA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA<br /> |-<br /> | REMŽGAR ANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA<br /> |-<br /> | POVŠE KATJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK<br /> |-<br /> | JAVORŠEK KAJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO<br /> |-<br /> | BRATOVŠ ANDREJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA<br /> |-<br /> | CRČEK MITJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA<br /> |-<br /> | MARIĆ TAMARA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA<br /> |-<br /> | ŠTEMBERGER ROK||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI<br /> |-<br /> | LORBEK SARA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK<br /> |-<br /> | REMŠKAR MAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA<br /> |-<br /> | ČUPOVIĆ VANA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA<br /> |-<br /> | RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA<br /> |-<br /> | RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA<br /> |-<br /> | VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA<br /> |-<br /> | FRANKO NIK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO<br /> |-<br /> | HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA<br /> |-<br /> | AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA<br /> |-<br /> | NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK<br /> |-<br /> | BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA<br /> |-<br /> | KARNER TAJA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA<br /> |-<br /> | KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA<br /> |-<br /> | GRDADOLNIK MAJA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA<br /> |-<br /> | GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ<br /> |-<br /> | GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA<br /> |-<br /> | BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA<br /> |-<br /> | ŠTOK ULA||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES<br /> |-<br /> | MUSTAR JERNEJ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR<br /> * osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!<br /> * [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1-seminar_2011&diff=5544 2011-03-01T19:09:46Z

<p>IzaOgris: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Slovenski naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Faktor vpliva revije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | BOTONJIĆ SANDI||Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom.||||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA<br /> |-<br /> | VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA<br /> |-<br /> | ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA<br /> |-<br /> | ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN<br /> |-<br /> | DOLINAR ANA||Prirojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk||28||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA<br /> |-<br /> | RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA<br /> |-<br /> | MOHAR MAŠA||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA<br /> |-<br /> | POHLEVEN ŠPELA||jhfjsdf sdh fjhds v||12||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA<br /> |-<br /> | KEPIC LEA||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ<br /> |-<br /> | KMETIČ MIRJAM||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA<br /> |-<br /> | JARC VERONIKA||Hepatitis C||||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA<br /> |-<br /> | KOMAN KATRA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM<br /> |-<br /> | OGRIS IZA||Mišice in miokineze||||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ<br /> |-<br /> | KERIN INES||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||KARNER TAJA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK<br /> |-<br /> | VERBANČIČ JANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||ŠTOK ULA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA<br /> |-<br /> | KNAPIČ EVA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA<br /> |-<br /> | REMŽGAR ANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA<br /> |-<br /> | GRDADOLNIK MAJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK<br /> |-<br /> | JAVORŠEK KAJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO<br /> |-<br /> | BRATOVŠ ANDREJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA<br /> |-<br /> | CRČEK MITJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA<br /> |-<br /> | MARIĆ TAMARA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA<br /> |-<br /> | ŠTEMBERGER ROK||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI<br /> |-<br /> | LORBEK SARA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK<br /> |-<br /> | REMŠKAR MAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA<br /> |-<br /> | KARNER TAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA<br /> |-<br /> | RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA<br /> |-<br /> | RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA<br /> |-<br /> | VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA<br /> |-<br /> | AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO<br /> |-<br /> | HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA<br /> |-<br /> | FRANKO NIK||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA<br /> |-<br /> | NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK<br /> |-<br /> | BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA<br /> |-<br /> | ČUPOVIĆ VANA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA<br /> |-<br /> | KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA<br /> |-<br /> | POVŠE KATJA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA<br /> |-<br /> | GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ<br /> |-<br /> | GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA<br /> |-<br /> | BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA<br /> |-<br /> | ŠTOK ULA||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES<br /> |-<br /> | MUSTAR JERNEJ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR<br /> * osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!<br /> * [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1-seminar_2011&diff=5453 2011-02-27T16:11:50Z

<p>IzaOgris: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|''' Slovenski naslov članka '''<br /> | align=&quot;right&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent3'''<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||Protein thioredoxin-like 2 (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom || 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Alja Zottel||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||celice ubijalke (NK cells)|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Urška Rauter||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Maša Mohar||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |- <br /> | Špela Pohleven ||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Lea Kepic||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Katra Koman||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Vpiši slovenski naslov članka||21.03.||24.03.||28.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ines Kerin||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Eva Knapič||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Mitja Crček||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Tamara Marič||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||Vpiši slovenski naslov članka||21.03||24.03||28.03||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Sara Lorbek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Maja Remškar||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Taja Karner||Vpiši slovenski naslov članka||21.03.||24.03.||28.03||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Urška Rode||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Marko Radojković||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 4 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR<br /> * osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov tudi vpišete v tabelo.<br /> * [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

IzaOgris https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1-seminar_2011&diff=5409 2011-02-21T16:30:26Z

<p>IzaOgris: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|''' Slovenski naslov članka '''<br /> | align=&quot;right&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent3'''<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |- <br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR<br /> * osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov tudi vpišete v tabelo.<br /> * [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

IzaOgris