https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Jan+Trebu%C5%A1ak 2026-04-15T16:57:56Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23840 2024-05-26T20:48:38Z

<p>Jan Trebušak: /* Prednosti projekta cELPro */</p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> <br /> Dodatne informacije so dostopne na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba telesne teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske in glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].<br /> ===Trenutne terapije za IBS===<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme za zdravstvo, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)n. `<br /> <br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevesu lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell counting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidaze, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravenoznim vnosom IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] “What is inflammatory bowel disease (IBD)? | IBD.” https://www.cdc.gov/ibd/what-is-IBD.htm 25.5.2024<br /> <br /> [2] R. Wang, Z. Li, S. Liu, and D. Zhang, “Global, regional and national burden of inflammatory bowel disease in 204 countries and territories from 1990 to <br /> 2019: a systematic analysis based on the Global Burden of Disease Study 2019,” BMJ Open, vol. 13, no. 3, p. e065186, Mar. 2023, doi: 10.1136/BMJOPEN-2022-065186.<br /> <br /> [3] G. Locke, R. Choung, “Epidemiology of IBS”, Gastroenterology Clinics of North America, vol. 40, no 1, p 1-10, 2011, doi: 10.1016/j.gtc.2010.12.006.<br /> <br /> [4] “Understanding and Preventing the Global Increase of Inflammatory Bowel Disease,” 2017, doi: 10.1053/j.gastro.2016.10.020.<br /> <br /> [5]. H. Hadji and K. Bouchemal, “Advances in the treatment of inflammatory bowel disease: Focus on polysaccharide nanoparticulate drug delivery systems,” Adv. Drug Deliv. Rev., vol. 181, p. 114101, 2022, doi: 10.1016/j.addr.2021.114101.<br /> <br /> [6] “Diet, lifestyle and medicines - Irritable bowel syndrome (IBS)” https://www.nhs.uk/conditions/irritable-bowel-syndrome-ibs/diet-lifestyle-and-medicines/ 25.5.2024<br /> <br /> [7] G. Roda, B. Jharap, N. Neeraj, and J. F. Colombel, “Loss of Response to Anti-TNFs: Definition, Epidemiology, and Management,” Clin. Transl. Gastroenterol., vol. 7, no. 1, p. e135, Jan. 2016, doi: 10.1038/CTG.2015.63.<br /> <br /> [8] B. B. Rao et al., “The Cost of Crohn’s Disease: Varied Health Care Expenditure Patterns Across Distinct Disease Trajectories,” Inflamm. Bowel Dis., vol. 23, no. 1, pp. 107–115, Jan. 2017, doi: 10.1097/MIB.0000000000000977.<br /> <br /> [9] E. L. Foltz, J. W. West, I. H. Breslow, and H. Wallick, “Clinical pharmacology of pivampicillin.,” Antimicrob. Agents Chemother., vol. 10, no. 3, pp. 442–454, 1970, doi: 10.47363/jprsr/2022(3)129.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23839 2024-05-26T20:47:47Z

<p>Jan Trebušak: /* Preverjanje viabilnosti celic */</p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> <br /> Dodatne informacije so dostopne na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba telesne teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske in glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].<br /> ===Trenutne terapije za IBS===<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme za zdravstvo, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)n. `<br /> <br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevesu lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell counting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidaze, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] “What is inflammatory bowel disease (IBD)? | IBD.” https://www.cdc.gov/ibd/what-is-IBD.htm 25.5.2024<br /> <br /> [2] R. Wang, Z. Li, S. Liu, and D. Zhang, “Global, regional and national burden of inflammatory bowel disease in 204 countries and territories from 1990 to <br /> 2019: a systematic analysis based on the Global Burden of Disease Study 2019,” BMJ Open, vol. 13, no. 3, p. e065186, Mar. 2023, doi: 10.1136/BMJOPEN-2022-065186.<br /> <br /> [3] G. Locke, R. Choung, “Epidemiology of IBS”, Gastroenterology Clinics of North America, vol. 40, no 1, p 1-10, 2011, doi: 10.1016/j.gtc.2010.12.006.<br /> <br /> [4] “Understanding and Preventing the Global Increase of Inflammatory Bowel Disease,” 2017, doi: 10.1053/j.gastro.2016.10.020.<br /> <br /> [5]. H. Hadji and K. Bouchemal, “Advances in the treatment of inflammatory bowel disease: Focus on polysaccharide nanoparticulate drug delivery systems,” Adv. Drug Deliv. Rev., vol. 181, p. 114101, 2022, doi: 10.1016/j.addr.2021.114101.<br /> <br /> [6] “Diet, lifestyle and medicines - Irritable bowel syndrome (IBS)” https://www.nhs.uk/conditions/irritable-bowel-syndrome-ibs/diet-lifestyle-and-medicines/ 25.5.2024<br /> <br /> [7] G. Roda, B. Jharap, N. Neeraj, and J. F. Colombel, “Loss of Response to Anti-TNFs: Definition, Epidemiology, and Management,” Clin. Transl. Gastroenterol., vol. 7, no. 1, p. e135, Jan. 2016, doi: 10.1038/CTG.2015.63.<br /> <br /> [8] B. B. Rao et al., “The Cost of Crohn’s Disease: Varied Health Care Expenditure Patterns Across Distinct Disease Trajectories,” Inflamm. Bowel Dis., vol. 23, no. 1, pp. 107–115, Jan. 2017, doi: 10.1097/MIB.0000000000000977.<br /> <br /> [9] E. L. Foltz, J. W. West, I. H. Breslow, and H. Wallick, “Clinical pharmacology of pivampicillin.,” Antimicrob. Agents Chemother., vol. 10, no. 3, pp. 442–454, 1970, doi: 10.47363/jprsr/2022(3)129.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23838 2024-05-26T20:46:56Z

<p>Jan Trebušak: /* IL-10 */</p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> <br /> Dodatne informacije so dostopne na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba telesne teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske in glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].<br /> ===Trenutne terapije za IBS===<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme za zdravstvo, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)n. `<br /> <br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevesu lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell clunting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidase, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] “What is inflammatory bowel disease (IBD)? | IBD.” https://www.cdc.gov/ibd/what-is-IBD.htm 25.5.2024<br /> <br /> [2] R. Wang, Z. Li, S. Liu, and D. Zhang, “Global, regional and national burden of inflammatory bowel disease in 204 countries and territories from 1990 to <br /> 2019: a systematic analysis based on the Global Burden of Disease Study 2019,” BMJ Open, vol. 13, no. 3, p. e065186, Mar. 2023, doi: 10.1136/BMJOPEN-2022-065186.<br /> <br /> [3] G. Locke, R. Choung, “Epidemiology of IBS”, Gastroenterology Clinics of North America, vol. 40, no 1, p 1-10, 2011, doi: 10.1016/j.gtc.2010.12.006.<br /> <br /> [4] “Understanding and Preventing the Global Increase of Inflammatory Bowel Disease,” 2017, doi: 10.1053/j.gastro.2016.10.020.<br /> <br /> [5]. H. Hadji and K. Bouchemal, “Advances in the treatment of inflammatory bowel disease: Focus on polysaccharide nanoparticulate drug delivery systems,” Adv. Drug Deliv. Rev., vol. 181, p. 114101, 2022, doi: 10.1016/j.addr.2021.114101.<br /> <br /> [6] “Diet, lifestyle and medicines - Irritable bowel syndrome (IBS)” https://www.nhs.uk/conditions/irritable-bowel-syndrome-ibs/diet-lifestyle-and-medicines/ 25.5.2024<br /> <br /> [7] G. Roda, B. Jharap, N. Neeraj, and J. F. Colombel, “Loss of Response to Anti-TNFs: Definition, Epidemiology, and Management,” Clin. Transl. Gastroenterol., vol. 7, no. 1, p. e135, Jan. 2016, doi: 10.1038/CTG.2015.63.<br /> <br /> [8] B. B. Rao et al., “The Cost of Crohn’s Disease: Varied Health Care Expenditure Patterns Across Distinct Disease Trajectories,” Inflamm. Bowel Dis., vol. 23, no. 1, pp. 107–115, Jan. 2017, doi: 10.1097/MIB.0000000000000977.<br /> <br /> [9] E. L. Foltz, J. W. West, I. H. Breslow, and H. Wallick, “Clinical pharmacology of pivampicillin.,” Antimicrob. Agents Chemother., vol. 10, no. 3, pp. 442–454, 1970, doi: 10.47363/jprsr/2022(3)129.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23837 2024-05-26T20:46:30Z

<p>Jan Trebušak: /* ELP */</p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> <br /> Dodatne informacije so dostopne na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba telesne teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske in glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].<br /> ===Trenutne terapije za IBS===<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme za zdravstvo, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)n. `<br /> <br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevo lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell clunting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidase, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] “What is inflammatory bowel disease (IBD)? | IBD.” https://www.cdc.gov/ibd/what-is-IBD.htm 25.5.2024<br /> <br /> [2] R. Wang, Z. Li, S. Liu, and D. Zhang, “Global, regional and national burden of inflammatory bowel disease in 204 countries and territories from 1990 to <br /> 2019: a systematic analysis based on the Global Burden of Disease Study 2019,” BMJ Open, vol. 13, no. 3, p. e065186, Mar. 2023, doi: 10.1136/BMJOPEN-2022-065186.<br /> <br /> [3] G. Locke, R. Choung, “Epidemiology of IBS”, Gastroenterology Clinics of North America, vol. 40, no 1, p 1-10, 2011, doi: 10.1016/j.gtc.2010.12.006.<br /> <br /> [4] “Understanding and Preventing the Global Increase of Inflammatory Bowel Disease,” 2017, doi: 10.1053/j.gastro.2016.10.020.<br /> <br /> [5]. H. Hadji and K. Bouchemal, “Advances in the treatment of inflammatory bowel disease: Focus on polysaccharide nanoparticulate drug delivery systems,” Adv. Drug Deliv. Rev., vol. 181, p. 114101, 2022, doi: 10.1016/j.addr.2021.114101.<br /> <br /> [6] “Diet, lifestyle and medicines - Irritable bowel syndrome (IBS)” https://www.nhs.uk/conditions/irritable-bowel-syndrome-ibs/diet-lifestyle-and-medicines/ 25.5.2024<br /> <br /> [7] G. Roda, B. Jharap, N. Neeraj, and J. F. Colombel, “Loss of Response to Anti-TNFs: Definition, Epidemiology, and Management,” Clin. Transl. Gastroenterol., vol. 7, no. 1, p. e135, Jan. 2016, doi: 10.1038/CTG.2015.63.<br /> <br /> [8] B. B. Rao et al., “The Cost of Crohn’s Disease: Varied Health Care Expenditure Patterns Across Distinct Disease Trajectories,” Inflamm. Bowel Dis., vol. 23, no. 1, pp. 107–115, Jan. 2017, doi: 10.1097/MIB.0000000000000977.<br /> <br /> [9] E. L. Foltz, J. W. West, I. H. Breslow, and H. Wallick, “Clinical pharmacology of pivampicillin.,” Antimicrob. Agents Chemother., vol. 10, no. 3, pp. 442–454, 1970, doi: 10.47363/jprsr/2022(3)129.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23836 2024-05-26T20:45:22Z

<p>Jan Trebušak: /* Trenutne terapije za IBS */</p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> <br /> Dodatne informacije so dostopne na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba telesne teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske in glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].<br /> ===Trenutne terapije za IBS===<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme za zdravstvo, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)^n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)^n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)^n. `<br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevo lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell clunting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidase, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] “What is inflammatory bowel disease (IBD)? | IBD.” https://www.cdc.gov/ibd/what-is-IBD.htm 25.5.2024<br /> <br /> [2] R. Wang, Z. Li, S. Liu, and D. Zhang, “Global, regional and national burden of inflammatory bowel disease in 204 countries and territories from 1990 to <br /> 2019: a systematic analysis based on the Global Burden of Disease Study 2019,” BMJ Open, vol. 13, no. 3, p. e065186, Mar. 2023, doi: 10.1136/BMJOPEN-2022-065186.<br /> <br /> [3] G. Locke, R. Choung, “Epidemiology of IBS”, Gastroenterology Clinics of North America, vol. 40, no 1, p 1-10, 2011, doi: 10.1016/j.gtc.2010.12.006.<br /> <br /> [4] “Understanding and Preventing the Global Increase of Inflammatory Bowel Disease,” 2017, doi: 10.1053/j.gastro.2016.10.020.<br /> <br /> [5]. H. Hadji and K. Bouchemal, “Advances in the treatment of inflammatory bowel disease: Focus on polysaccharide nanoparticulate drug delivery systems,” Adv. Drug Deliv. Rev., vol. 181, p. 114101, 2022, doi: 10.1016/j.addr.2021.114101.<br /> <br /> [6] “Diet, lifestyle and medicines - Irritable bowel syndrome (IBS)” https://www.nhs.uk/conditions/irritable-bowel-syndrome-ibs/diet-lifestyle-and-medicines/ 25.5.2024<br /> <br /> [7] G. Roda, B. Jharap, N. Neeraj, and J. F. Colombel, “Loss of Response to Anti-TNFs: Definition, Epidemiology, and Management,” Clin. Transl. Gastroenterol., vol. 7, no. 1, p. e135, Jan. 2016, doi: 10.1038/CTG.2015.63.<br /> <br /> [8] B. B. Rao et al., “The Cost of Crohn’s Disease: Varied Health Care Expenditure Patterns Across Distinct Disease Trajectories,” Inflamm. Bowel Dis., vol. 23, no. 1, pp. 107–115, Jan. 2017, doi: 10.1097/MIB.0000000000000977.<br /> <br /> [9] E. L. Foltz, J. W. West, I. H. Breslow, and H. Wallick, “Clinical pharmacology of pivampicillin.,” Antimicrob. Agents Chemother., vol. 10, no. 3, pp. 442–454, 1970, doi: 10.47363/jprsr/2022(3)129.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23835 2024-05-26T20:44:35Z

<p>Jan Trebušak: /* Uvod */</p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> <br /> Dodatne informacije so dostopne na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba telesne teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske in glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].<br /> ===Trenutne terapije za IBS===<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)^n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)^n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)^n. `<br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevo lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell clunting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidase, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] “What is inflammatory bowel disease (IBD)? | IBD.” https://www.cdc.gov/ibd/what-is-IBD.htm 25.5.2024<br /> <br /> [2] R. Wang, Z. Li, S. Liu, and D. Zhang, “Global, regional and national burden of inflammatory bowel disease in 204 countries and territories from 1990 to <br /> 2019: a systematic analysis based on the Global Burden of Disease Study 2019,” BMJ Open, vol. 13, no. 3, p. e065186, Mar. 2023, doi: 10.1136/BMJOPEN-2022-065186.<br /> <br /> [3] G. Locke, R. Choung, “Epidemiology of IBS”, Gastroenterology Clinics of North America, vol. 40, no 1, p 1-10, 2011, doi: 10.1016/j.gtc.2010.12.006.<br /> <br /> [4] “Understanding and Preventing the Global Increase of Inflammatory Bowel Disease,” 2017, doi: 10.1053/j.gastro.2016.10.020.<br /> <br /> [5]. H. Hadji and K. Bouchemal, “Advances in the treatment of inflammatory bowel disease: Focus on polysaccharide nanoparticulate drug delivery systems,” Adv. Drug Deliv. Rev., vol. 181, p. 114101, 2022, doi: 10.1016/j.addr.2021.114101.<br /> <br /> [6] “Diet, lifestyle and medicines - Irritable bowel syndrome (IBS)” https://www.nhs.uk/conditions/irritable-bowel-syndrome-ibs/diet-lifestyle-and-medicines/ 25.5.2024<br /> <br /> [7] G. Roda, B. Jharap, N. Neeraj, and J. F. Colombel, “Loss of Response to Anti-TNFs: Definition, Epidemiology, and Management,” Clin. Transl. Gastroenterol., vol. 7, no. 1, p. e135, Jan. 2016, doi: 10.1038/CTG.2015.63.<br /> <br /> [8] B. B. Rao et al., “The Cost of Crohn’s Disease: Varied Health Care Expenditure Patterns Across Distinct Disease Trajectories,” Inflamm. Bowel Dis., vol. 23, no. 1, pp. 107–115, Jan. 2017, doi: 10.1097/MIB.0000000000000977.<br /> <br /> [9] E. L. Foltz, J. W. West, I. H. Breslow, and H. Wallick, “Clinical pharmacology of pivampicillin.,” Antimicrob. Agents Chemother., vol. 10, no. 3, pp. 442–454, 1970, doi: 10.47363/jprsr/2022(3)129.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23834 2024-05-26T20:44:03Z

<p>Jan Trebušak: /* Uvod */</p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> <br /> Dodatne informacije so dostopne na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba telesne teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske in glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].Trenutne terapije za IBS<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)^n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)^n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)^n. `<br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevo lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell clunting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidase, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] “What is inflammatory bowel disease (IBD)? | IBD.” https://www.cdc.gov/ibd/what-is-IBD.htm 25.5.2024<br /> <br /> [2] R. Wang, Z. Li, S. Liu, and D. Zhang, “Global, regional and national burden of inflammatory bowel disease in 204 countries and territories from 1990 to <br /> 2019: a systematic analysis based on the Global Burden of Disease Study 2019,” BMJ Open, vol. 13, no. 3, p. e065186, Mar. 2023, doi: 10.1136/BMJOPEN-2022-065186.<br /> <br /> [3] G. Locke, R. Choung, “Epidemiology of IBS”, Gastroenterology Clinics of North America, vol. 40, no 1, p 1-10, 2011, doi: 10.1016/j.gtc.2010.12.006.<br /> <br /> [4] “Understanding and Preventing the Global Increase of Inflammatory Bowel Disease,” 2017, doi: 10.1053/j.gastro.2016.10.020.<br /> <br /> [5]. H. Hadji and K. Bouchemal, “Advances in the treatment of inflammatory bowel disease: Focus on polysaccharide nanoparticulate drug delivery systems,” Adv. Drug Deliv. Rev., vol. 181, p. 114101, 2022, doi: 10.1016/j.addr.2021.114101.<br /> <br /> [6] “Diet, lifestyle and medicines - Irritable bowel syndrome (IBS)” https://www.nhs.uk/conditions/irritable-bowel-syndrome-ibs/diet-lifestyle-and-medicines/ 25.5.2024<br /> <br /> [7] G. Roda, B. Jharap, N. Neeraj, and J. F. Colombel, “Loss of Response to Anti-TNFs: Definition, Epidemiology, and Management,” Clin. Transl. Gastroenterol., vol. 7, no. 1, p. e135, Jan. 2016, doi: 10.1038/CTG.2015.63.<br /> <br /> [8] B. B. Rao et al., “The Cost of Crohn’s Disease: Varied Health Care Expenditure Patterns Across Distinct Disease Trajectories,” Inflamm. Bowel Dis., vol. 23, no. 1, pp. 107–115, Jan. 2017, doi: 10.1097/MIB.0000000000000977.<br /> <br /> [9] E. L. Foltz, J. W. West, I. H. Breslow, and H. Wallick, “Clinical pharmacology of pivampicillin.,” Antimicrob. Agents Chemother., vol. 10, no. 3, pp. 442–454, 1970, doi: 10.47363/jprsr/2022(3)129.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23833 2024-05-26T20:43:39Z

<p>Jan Trebušak: /* Uvod */</p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> <br /> Dodatne informacije so dostopne na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba telesne teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske ali glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].Trenutne terapije za IBS<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)^n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)^n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)^n. `<br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevo lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell clunting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidase, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] “What is inflammatory bowel disease (IBD)? | IBD.” https://www.cdc.gov/ibd/what-is-IBD.htm 25.5.2024<br /> <br /> [2] R. Wang, Z. Li, S. Liu, and D. Zhang, “Global, regional and national burden of inflammatory bowel disease in 204 countries and territories from 1990 to <br /> 2019: a systematic analysis based on the Global Burden of Disease Study 2019,” BMJ Open, vol. 13, no. 3, p. e065186, Mar. 2023, doi: 10.1136/BMJOPEN-2022-065186.<br /> <br /> [3] G. Locke, R. Choung, “Epidemiology of IBS”, Gastroenterology Clinics of North America, vol. 40, no 1, p 1-10, 2011, doi: 10.1016/j.gtc.2010.12.006.<br /> <br /> [4] “Understanding and Preventing the Global Increase of Inflammatory Bowel Disease,” 2017, doi: 10.1053/j.gastro.2016.10.020.<br /> <br /> [5]. H. Hadji and K. Bouchemal, “Advances in the treatment of inflammatory bowel disease: Focus on polysaccharide nanoparticulate drug delivery systems,” Adv. Drug Deliv. Rev., vol. 181, p. 114101, 2022, doi: 10.1016/j.addr.2021.114101.<br /> <br /> [6] “Diet, lifestyle and medicines - Irritable bowel syndrome (IBS)” https://www.nhs.uk/conditions/irritable-bowel-syndrome-ibs/diet-lifestyle-and-medicines/ 25.5.2024<br /> <br /> [7] G. Roda, B. Jharap, N. Neeraj, and J. F. Colombel, “Loss of Response to Anti-TNFs: Definition, Epidemiology, and Management,” Clin. Transl. Gastroenterol., vol. 7, no. 1, p. e135, Jan. 2016, doi: 10.1038/CTG.2015.63.<br /> <br /> [8] B. B. Rao et al., “The Cost of Crohn’s Disease: Varied Health Care Expenditure Patterns Across Distinct Disease Trajectories,” Inflamm. Bowel Dis., vol. 23, no. 1, pp. 107–115, Jan. 2017, doi: 10.1097/MIB.0000000000000977.<br /> <br /> [9] E. L. Foltz, J. W. West, I. H. Breslow, and H. Wallick, “Clinical pharmacology of pivampicillin.,” Antimicrob. Agents Chemother., vol. 10, no. 3, pp. 442–454, 1970, doi: 10.47363/jprsr/2022(3)129.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23832 2024-05-26T20:43:07Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> <br /> Dodatne informacije so dostopne na naslednji povezavi: https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske ali glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].Trenutne terapije za IBS<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)^n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)^n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)^n. `<br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevo lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell clunting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidase, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] “What is inflammatory bowel disease (IBD)? | IBD.” https://www.cdc.gov/ibd/what-is-IBD.htm 25.5.2024<br /> <br /> [2] R. Wang, Z. Li, S. Liu, and D. Zhang, “Global, regional and national burden of inflammatory bowel disease in 204 countries and territories from 1990 to <br /> 2019: a systematic analysis based on the Global Burden of Disease Study 2019,” BMJ Open, vol. 13, no. 3, p. e065186, Mar. 2023, doi: 10.1136/BMJOPEN-2022-065186.<br /> <br /> [3] G. Locke, R. Choung, “Epidemiology of IBS”, Gastroenterology Clinics of North America, vol. 40, no 1, p 1-10, 2011, doi: 10.1016/j.gtc.2010.12.006.<br /> <br /> [4] “Understanding and Preventing the Global Increase of Inflammatory Bowel Disease,” 2017, doi: 10.1053/j.gastro.2016.10.020.<br /> <br /> [5]. H. Hadji and K. Bouchemal, “Advances in the treatment of inflammatory bowel disease: Focus on polysaccharide nanoparticulate drug delivery systems,” Adv. Drug Deliv. Rev., vol. 181, p. 114101, 2022, doi: 10.1016/j.addr.2021.114101.<br /> <br /> [6] “Diet, lifestyle and medicines - Irritable bowel syndrome (IBS)” https://www.nhs.uk/conditions/irritable-bowel-syndrome-ibs/diet-lifestyle-and-medicines/ 25.5.2024<br /> <br /> [7] G. Roda, B. Jharap, N. Neeraj, and J. F. Colombel, “Loss of Response to Anti-TNFs: Definition, Epidemiology, and Management,” Clin. Transl. Gastroenterol., vol. 7, no. 1, p. e135, Jan. 2016, doi: 10.1038/CTG.2015.63.<br /> <br /> [8] B. B. Rao et al., “The Cost of Crohn’s Disease: Varied Health Care Expenditure Patterns Across Distinct Disease Trajectories,” Inflamm. Bowel Dis., vol. 23, no. 1, pp. 107–115, Jan. 2017, doi: 10.1097/MIB.0000000000000977.<br /> <br /> [9] E. L. Foltz, J. W. West, I. H. Breslow, and H. Wallick, “Clinical pharmacology of pivampicillin.,” Antimicrob. Agents Chemother., vol. 10, no. 3, pp. 442–454, 1970, doi: 10.47363/jprsr/2022(3)129.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23831 2024-05-26T14:18:21Z

<p>Jan Trebušak: /* Viri */</p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske ali glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].Trenutne terapije za IBS<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)^n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)^n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)^n. `<br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevo lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell clunting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidase, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] “What is inflammatory bowel disease (IBD)? | IBD.” https://www.cdc.gov/ibd/what-is-IBD.htm 25.5.2024<br /> <br /> [2] R. Wang, Z. Li, S. Liu, and D. Zhang, “Global, regional and national burden of inflammatory bowel disease in 204 countries and territories from 1990 to <br /> 2019: a systematic analysis based on the Global Burden of Disease Study 2019,” BMJ Open, vol. 13, no. 3, p. e065186, Mar. 2023, doi: 10.1136/BMJOPEN-2022-065186.<br /> <br /> [3] G. Locke, R. Choung, “Epidemiology of IBS”, Gastroenterology Clinics of North America, vol. 40, no 1, p 1-10, 2011, doi: 10.1016/j.gtc.2010.12.006.<br /> <br /> [4] “Understanding and Preventing the Global Increase of Inflammatory Bowel Disease,” 2017, doi: 10.1053/j.gastro.2016.10.020.<br /> <br /> [5]. H. Hadji and K. Bouchemal, “Advances in the treatment of inflammatory bowel disease: Focus on polysaccharide nanoparticulate drug delivery systems,” Adv. Drug Deliv. Rev., vol. 181, p. 114101, 2022, doi: 10.1016/j.addr.2021.114101.<br /> <br /> [6] “Diet, lifestyle and medicines - Irritable bowel syndrome (IBS)” https://www.nhs.uk/conditions/irritable-bowel-syndrome-ibs/diet-lifestyle-and-medicines/ 25.5.2024<br /> <br /> [7] G. Roda, B. Jharap, N. Neeraj, and J. F. Colombel, “Loss of Response to Anti-TNFs: Definition, Epidemiology, and Management,” Clin. Transl. Gastroenterol., vol. 7, no. 1, p. e135, Jan. 2016, doi: 10.1038/CTG.2015.63.<br /> <br /> [8] B. B. Rao et al., “The Cost of Crohn’s Disease: Varied Health Care Expenditure Patterns Across Distinct Disease Trajectories,” Inflamm. Bowel Dis., vol. 23, no. 1, pp. 107–115, Jan. 2017, doi: 10.1097/MIB.0000000000000977.<br /> <br /> [9] E. L. Foltz, J. W. West, I. H. Breslow, and H. Wallick, “Clinical pharmacology of pivampicillin.,” Antimicrob. Agents Chemother., vol. 10, no. 3, pp. 442–454, 1970, doi: 10.47363/jprsr/2022(3)129.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23830 2024-05-26T14:18:02Z

<p>Jan Trebušak: /* Viri */</p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske ali glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].Trenutne terapije za IBS<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)^n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)^n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)^n. `<br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevo lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell clunting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidase, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] “What is inflammatory bowel disease (IBD)? | IBD.” https://www.cdc.gov/ibd/what-is-IBD.htm 25.5.2024<br /> <br /> [2] R. Wang, Z. Li, S. Liu, and D. Zhang, “Global, regional and national burden of inflammatory bowel disease in 204 countries and territories from 1990 to <br /> 2019: a systematic analysis based on the Global Burden of Disease Study 2019,” BMJ Open, vol. 13, no. 3, p. e065186, Mar. 2023, doi: 10.1136/BMJOPEN-2022-065186.<br /> [3] G. Locke, R. Choung, “Epidemiology of IBS”, Gastroenterology Clinics of North America, vol. 40, no 1, p 1-10, 2011, doi: 10.1016/j.gtc.2010.12.006.<br /> <br /> [4] “Understanding and Preventing the Global Increase of Inflammatory Bowel Disease,” 2017, doi: 10.1053/j.gastro.2016.10.020.<br /> <br /> [5]. H. Hadji and K. Bouchemal, “Advances in the treatment of inflammatory bowel disease: Focus on polysaccharide nanoparticulate drug delivery systems,” Adv. Drug Deliv. Rev., vol. 181, p. 114101, 2022, doi: 10.1016/j.addr.2021.114101.<br /> <br /> [6] “Diet, lifestyle and medicines - Irritable bowel syndrome (IBS)” https://www.nhs.uk/conditions/irritable-bowel-syndrome-ibs/diet-lifestyle-and-medicines/ 25.5.2024<br /> <br /> [7] G. Roda, B. Jharap, N. Neeraj, and J. F. Colombel, “Loss of Response to Anti-TNFs: Definition, Epidemiology, and Management,” Clin. Transl. Gastroenterol., vol. 7, no. 1, p. e135, Jan. 2016, doi: 10.1038/CTG.2015.63.<br /> <br /> [8] B. B. Rao et al., “The Cost of Crohn’s Disease: Varied Health Care Expenditure Patterns Across Distinct Disease Trajectories,” Inflamm. Bowel Dis., vol. 23, no. 1, pp. 107–115, Jan. 2017, doi: 10.1097/MIB.0000000000000977.<br /> <br /> [9] E. L. Foltz, J. W. West, I. H. Breslow, and H. Wallick, “Clinical pharmacology of pivampicillin.,” Antimicrob. Agents Chemother., vol. 10, no. 3, pp. 442–454, 1970, doi: 10.47363/jprsr/2022(3)129.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23829 2024-05-26T14:17:16Z

<p>Jan Trebušak: /* Viri */</p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske ali glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].Trenutne terapije za IBS<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)^n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)^n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)^n. `<br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevo lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell clunting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidase, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] “What is inflammatory bowel disease (IBD)? | IBD.” https://www.cdc.gov/ibd/what-is-IBD.htm 25.5.2024<br /> [2] R. Wang, Z. Li, S. Liu, and D. Zhang, “Global, regional and national burden of inflammatory bowel disease in 204 countries and territories from 1990 to 2019: a systematic analysis based on the Global Burden of Disease Study 2019,” BMJ Open, vol. 13, no. 3, p. e065186, Mar. 2023, doi: 10.1136/BMJOPEN-2022-065186.<br /> [3] G. Locke, R. Choung, “Epidemiology of IBS”, Gastroenterology Clinics of North America, vol. 40, no 1, p 1-10, 2011, doi: 10.1016/j.gtc.2010.12.006.<br /> [4] “Understanding and Preventing the Global Increase of Inflammatory Bowel Disease,” 2017, doi: 10.1053/j.gastro.2016.10.020.<br /> [5]. H. Hadji and K. Bouchemal, “Advances in the treatment of inflammatory bowel disease: Focus on polysaccharide nanoparticulate drug delivery systems,” Adv. Drug Deliv. Rev., vol. 181, p. 114101, 2022, doi: 10.1016/j.addr.2021.114101.<br /> [6] “Diet, lifestyle and medicines - Irritable bowel syndrome (IBS)” https://www.nhs.uk/conditions/irritable-bowel-syndrome-ibs/diet-lifestyle-and-medicines/ 25.5.2024<br /> [7] G. Roda, B. Jharap, N. Neeraj, and J. F. Colombel, “Loss of Response to Anti-TNFs: Definition, Epidemiology, and Management,” Clin. Transl. Gastroenterol., vol. 7, no. 1, p. e135, Jan. 2016, doi: 10.1038/CTG.2015.63.<br /> [8] B. B. Rao et al., “The Cost of Crohn’s Disease: Varied Health Care Expenditure Patterns Across Distinct Disease Trajectories,” Inflamm. Bowel Dis., vol. 23, no. 1, pp. 107–115, Jan. 2017, doi: 10.1097/MIB.0000000000000977.<br /> [9] [5] E. L. Foltz, J. W. West, I. H. Breslow, and H. Wallick, “Clinical pharmacology of pivampicillin.,” Antimicrob. Agents Chemother., vol. 10, no. 3, pp. 442–454, 1970, doi: 10.47363/jprsr/2022(3)129.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23828 2024-05-26T14:11:15Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske ali glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].Trenutne terapije za IBS<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)^n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)^n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)^n. `<br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevo lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell clunting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidase, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.<br /> <br /> ==Viri==</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23827 2024-05-26T14:10:57Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske ali glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].Trenutne terapije za IBS<br /> Trenutno se IBD zdravi, ko nastopi izbruh bolezni. Zdravljenje je predvsem simptomatsko, preventivno zdravljenje ne obstaja. Največkrat se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in kortikosteroidov. Redkeje se uporablja kombinacija 5-aminosalicilne kisline in protiteles proti faktorju tumorske nekroze alfa. V primeru, da je IBD povzročila bakterijska okužba se za zdravljenje uporabljajo antibiotiki v kombinaciji z imunomodulatorji [5].<br /> Pacinetom se v izogib izbruhom oz. za blažje izbruhe priporoča tudi dieta bogata z vlakninami [6]. Tudi najboljše terapije, ki so trenutno na voljo so uspešne pri zgolj 50 % pacientov. Pogosto jih spremljajo tudi številni neželeni stranski učinki [7]. IBS poleg vpliva na kvaliteto življenja pacientov predstavlja tudi veliko finančno breme, ocene letne zdravstvene oskrbe enega pacienta v ZDA se gibljejo v okolici 26.000 dolarjev [8].<br /> <br /> ==Projekt cELPro==<br /> Načini zdravljenja IBS, ki so na voljo trenutno so dragi, pogosto neučinkoviti in imajo veliko stranskih učinkov. Prav tako pa ne preprečujejo izbruhov. Raziskovalna ekipa iz univerze v Eindhovnu na Nizozemskem je zato razvila alternativen pristop k zdravljenju. Pripravili so gensko spremenjene celice bakterij Escherichia coli, s čemer so jih spremenili v probiotik. V celice so vstavili dva različna plazmida. Prvi nosi zapis za elastinu podoben polimer (ELP), drugi pa nosi zapis za interlevkin 10 (IL-10). ELP v celici spontano polimerizira, kar omeji bakterijsko rast. Sproščanje interlevkina v črevesju pa ublaži vnetje v črevesju. Zdravilo je pripravljeno v obliki capsule, ki vsebuje liofilizirane gensko spremenjene bakterijske celice. Kapsula je odporna na kisle pogoje v želodcu, kar omogoča, da bakterije črevesje dosežejo nepoškodovane. <br /> <br /> ===ELP===<br /> ELP so proteinski polimeri izpeljani iz človeškega tropoelastina. Njihova ključna lastnost je, sponatana, od temperature odvisna polimerizacija. Afiniteto do polimerizacije so povečali tako, da so na N- in C-konca ELP dodali levcinski zadrgi.<br /> Vzorci ostajajo topni do temperatue prehoda in, ko je ta dosežena tvorijo micele, ki v nadaljevnaju tvorijo sferične agregate. Polimeri niso imunogeni, razgraditi pa jih je mogoče s proteolizo. Splošno aminokislinsko zaporedje polimerov ELP je (VPGXG)^n. Pri tem je X variabilna aminokislina, ki vpliva na lastnosti polimera, kot so stabilnost in temperature prehoda. Skupine TU-Eindhoven je uporabila polimere z zaporedjei (VPGIG)^n in ((VPGAG)3(VPGGG)2)^n. `<br /> ===IL-10===<br /> IL-10 je protivnetni citokin, ki gra proizvaja večina imunskih celic. Omejuje prekomerno delovanje imunskega sistema med okužbami, alergijskimi reakcijami in avtoimunimi obolenji. Prevelika količina IL-10 v organizmu lahko vodi v razvoj kroničih okužb, kar je glavni razlog, da se sistemski vnos IL-10 ne uporablja za zdravljenje IBD. Poleg povečanega tveganja za razvoj oportunističnih okužb pa se pri sistemskem vnosu IL-10 v črevo lokalizira premajhna količina interlevkina, da bi dosegel terapevtski učinek.<br /> <br /> ==Laboratorijsko delo==<br /> ===Kloniranje konstruktov in izražanje ELP===<br /> Pripravili so konstrukte DNA, ki so zapisovali za ELP, z Leu zadrgama na obeh koncih. Tako pripravljen gen so z ligacijo vstavili v prazen vektor pET24a(+) in ga s procesom transforacije vstavili v celice E. coli seva BL21(DE3). Viabilnost bakterijskih celic po zamreženju gela v citoplazmi so pokazali tako, da so pripravili vektorkski konstrukt, protein v obliki fuzije med ELP in reportejem nNeonGreen. <br /> <br /> ===Preverjanje viabilnosti celic===<br /> Raziskovalci so želeli preveriti pri kakšnem deležu celic v kulturi pride do upočasnjene delitve po znotrajcelični polimerizaciji. V ta namen so uporabili Cell clunting kit 8 (CCK8), s katerim lahko določamo število viabilnih celic v vzorcu. Test so izvajali v kombinaciji s prisotnostjo ampicilina. Raziskali so tudi vpliv zamrzovnaja v tekočem dušiku in liofilizacije na viabilnost celic. Ampicilin je ireverzibilni inhibitor encima transpeptidase, ki je ključna za tvorbo celične stene in tako ubija bakterije samo ko se delijo [9]. Hipoteza raziskovalcev je bila, da v primeru, če znotrajcelicno zamrezenje res ustavi delitev bi moral preživeti večji delež bakterijskih celic, kot pri kontrolah, kjer do zamreženja ni prišlo. Ugotovili so, da v kulturah kjer niso inducirali izražanja ELP, odmre večji delež celic, kot v kulturah, kjer so izražanje inducirali. Celice z izraženim in polimeriziranim ELP so še vedno odmirale, kar pomeni, da zamreženje upočasni delitev, vendar je ne zaustavi popolnoma.<br /> <br /> ===Priprava IL-10===<br /> Kot terapevtsko sredstvo so izbrali protivnetni interlevkin IL-10. Glavna težava na katero naletimo pri izražanju tega proteina v bakterijskih celicah je, da vsebuje disulfidne mostičke. Protein je zato potrebno izraziti v periplazemskem prostoru. Kot lokalizacijaki signal, ki je usmerjal rekombinantni IL-10 v periplazmo so uporabili zaporedje Ompf, konstrukt so z ligacijo vnesli v vektor pBAD. Plazmid so procesom transformacije vnesli v celice E. coli (DE3). Izolirano frakcijo iz periplazme so analizirali z Na-DS PAGE, vendar niso opazili pričakovane lise pri velikosti 18.3 kDa. Izvedli so še imunodetekcijo, ki je bolj občutljiva metoda. Zaznali so razliko med kontrolami in vzorci izoliranimi iz periplazme, vendar iz pridobljenih rezultatov niso mogli določiti koncentracije izraženega IL-10. Tako so zaključili, da je najverjetneje prišlo do izražanja IL-10, vendar v tako majhni količini, da ga s klasičnimi metodami niso uspeli zaznati. Izražanje v tako majhnem obsegu najverjetneje nebi imelo nobenega terapevtskega učinka. <br /> <br /> ==Prednosti projekta cELPro==<br /> Prednost metode zdravljenja IBS, ki so ga razvili v sklopu tega projekta je, dostava zdravila na tarčno mesto. Tega z intravnoznim dodajanjem IL-10 ni mogoče doseči. Druga prednost je, da se lahko pacient zdravi v udobju lastnega doma, kar razbremeni bolnišnice. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> IBD močno vpliva na kvaliteto življenja pacientov, trenutni načini zdravljenja so precej nezanesljivi. Razvoj novih načinov zdravljenja, ki so bolj učinkoviti in imajo manj stranskih učinkov je tako ključnega pomena. Ekipa iz Eindhovna je razvila obetavno metodo zdravljenja, ki vključuje celice E. coli, ki izražajo protivnetni IL-10. Prekomerno rast celic pa so omejili tako, da so v celicah poleg IL-10 izrazili še ELP, ki znotraj celice spontano polimerizira in tako upočasni delitev celic, hkrati pa celice ostanejo viabilne. Glavna prednost tega dostavnega sistema je, da se IL-10 sprošča lokalno, ker pomeni da je za učinkovito delovanje potrebna manjša koncentracija, potencialni stranski učinki pa so minimizirani. Ostaja še nekaj prostora za izboljšavo oziroma optimizacijo izdelka. Zaradi časovnih omejitev niso uspeli dodelati sistema za izražanje IL-10, kar je ključnega pomena za učinkovitost.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23826 2024-05-26T14:01:38Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske ali glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CELPro&diff=23825 2024-05-26T14:01:27Z

<p>Jan Trebušak: Created page with &quot;Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description ==Uvod== Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. S...&quot;</p> <hr /> <div>Projekt cELPro je inovativna oblika zdravljenja kronične vnetne bolezni prebavil znane kot sindrom razdražljivega črevesja, ki ga je za tekmovanje iGEM razvila ekipa iz Eindhovna na Nizozemskem. Za svoj projekt so na tekmovanju leta 2023 prejeli zlato medalijo. <br /> https://2023.igem.wiki/tu-eindhoven/description<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Približno 4,9 milijona ljudi po svetu trpi za sindromom razdražljivega crevesja (IBD). Gre za kronično vnetno bolezen gastrointestinalnega trakta. Spekter simptomov je širok in pri različnih pacientih nekoliko različen, največkrat gre za bolečine v predelu trebuha, kri v blatu, nenadna izguba teže in izčrpanost, ki lahko traja več dni [1,2]. Vzroki za nastanek IBS niso poznani, trenutno prevladuje mnenje, da gre za okvaro v osi možgani-prebavila. Bolezen lahko sprožijo bakterijske ali glivne okužbe ali kronično pomanjkanje vitamina D. Obstajajo dokazi, da je IBS vsaj deloma pogojen tudi genetsko [3]. Število bolnikov iz leta v leto narašča, porast je izrazit predvsem v zahodnih, industrializiranih državah. Pacienti so največkrat mlajši, bolezen se pogosteje pojavlja pri ženskah [4],</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=AureoBos&diff=23824 2024-05-24T20:48:50Z

<p>Jan Trebušak: Blanked the page</p> <hr /> <div></div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=AureoBos&diff=23823 2024-05-24T20:48:26Z

<p>Jan Trebušak: Created page with &quot;oihdfg ==kjndfiengf== aiodsfj ===kdngig===&quot;</p> <hr /> <div>oihdfg<br /> <br /> <br /> ==kjndfiengf==<br /> aiodsfj<br /> <br /> ===kdngig===</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23822 2024-05-24T20:47:53Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/A_flexible_,_modular_and_versatile_part_assembly_toolkit_for_gene_cluster_engineering_in_Streptomyces A flexible, modular and versatile part assembly toolkit for gene cluster engineering in Streptomyces] (Damjan Pop Stefanija)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME B.HOME] (Luša Karner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Methanivore Methanivore] (Anja Moškrič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/cELPro cELPro] (Jan Trebušak)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/AureoBos AureoBos] (Tina Javeršek)<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23821 2024-05-24T20:47:33Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/A_flexible_,_modular_and_versatile_part_assembly_toolkit_for_gene_cluster_engineering_in_Streptomyces A flexible, modular and versatile part assembly toolkit for gene cluster engineering in Streptomyces] (Damjan Pop Stefanija)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME B.HOME] (Luša Karner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Methanivore Methanivore] (Anja Moškrič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/cELPro cELPro] (Jan Trebušak)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/AureoBos AureoBos] (Tina Javeršček)<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23804 2024-05-21T13:59:22Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/A_flexible_,_modular_and_versatile_part_assembly_toolkit_for_gene_cluster_engineering_in_Streptomyces A flexible, modular and versatile part assembly toolkit for gene cluster engineering in Streptomyces] (Damjan Pop Stefanija)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME B.HOME] (Luša Karner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Methanivore Methanivore] (Anja Moškrič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/cELPro cELPro] (Jan Trebušak)<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23803 2024-05-21T13:58:09Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/A_flexible_,_modular_and_versatile_part_assembly_toolkit_for_gene_cluster_engineering_in_Streptomyces A flexible, modular and versatile part assembly toolkit for gene cluster engineering in Streptomyces] (Damjan Pop Stefanija)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME B.HOME] (Luša Karner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Methanivore Methanivore] (Anja Moškrič)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23802 2024-05-21T13:57:34Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/A_flexible_,_modular_and_versatile_part_assembly_toolkit_for_gene_cluster_engineering_in_Streptomyces A flexible, modular and versatile part assembly toolkit for gene cluster engineering in Streptomyces] (Damjan Pop Stefanija)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME]<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Methanivore Methanivore] (Anja Moškrič)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23801 2024-05-21T13:57:22Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/A_flexible_,_modular_and_versatile_part_assembly_toolkit_for_gene_cluster_engineering_in_Streptomyces A flexible, modular and versatile part assembly toolkit for gene cluster engineering in Streptomyces] (Damjan Pop Stefanija)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Methanivore Methanivore] (Anja Moškrič)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23800 2024-05-21T13:56:59Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/A_flexible_,_modular_and_versatile_part_assembly_toolkit_for_gene_cluster_engineering_in_Streptomyces A flexible, modular and versatile part assembly toolkit for gene cluster engineering in Streptomyces] (Damjan Pop Stefanija)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B] (Luša Karner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Methanivore Methanivore] (Anja Moškrič)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23799 2024-05-21T13:56:36Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/A_flexible_,_modular_and_versatile_part_assembly_toolkit_for_gene_cluster_engineering_in_Streptomyces A flexible, modular and versatile part assembly toolkit for gene cluster engineering in Streptomyces] (Damjan Pop Stefanija)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME] (Luša Karner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Methanivore Methanivore] (Anja Moškrič)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23771 2024-05-20T18:02:36Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME (Luša Karner)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23770 2024-05-20T18:02:18Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME(Luša Karner)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23769 2024-05-20T18:01:58Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME - JN (Luša Karner)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23768 2024-05-20T18:01:17Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME (Luša Karner)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23767 2024-05-20T18:00:31Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME B.HOME (Luša Karner)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23766 2024-05-20T18:00:00Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME B.HOME (Biofilm Harnessing for Offworld Mankind Establishment) (Luša Karner)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=B.HOME&diff=23765 2024-05-20T17:58:42Z

<p>Jan Trebušak: /* EPS modul */</p> <hr /> <div>B. Home je projekt ekipe iz Fudana, ki je leta 2023 tekmovala na iGEM sinteznem tekmovanju. Razvili so biofilm, ki posnema simbiotski odnos med cianobakterijami in Escherichio coli, ter ga prilagodili, da prenese hude pogoje na Marsu. S tem bi spremenili kamnine na Marsu v rodovitno zemljo, kar bi pripomoglo k ustvarjanju življenjskega habitata za človeštvo [1].<br /> Predstavitev projekta je dostopna na povezavi: https://2023.igem.wiki/fudan/<br /> <br /> Avtorica povzetka: Luša Karner<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Z naraščajočimi ekološkimi in demografskimi krizami, kolonizacija planetov predstavlja eno izmed rešitev za prihodnost človeštva. Mars izstopa kot najbolj obetaven kandidat, saj so njegove značilnosti najbolj podobne tistim na Zemlji. Vendar pa je površje Marsa večinoma pusta pokrajina, prekrita z raznimi kamninami, zato mora najprej doživeti preobrazbo tal skozi postopek teraformiranja [1]. Lišaji, sestavljeni iz simbiotskih gliv in zelenih alg ali cianobakterij, so pogosto pionirska vrsta v nekem okolju. Talus lišaja raste v globino in črpa hranila. Ob tem prihaja do kemijskega in fizikalnega preperevanja kamnin. Vrh ki prepereva je narejen iz mineralnih delcev in talusa samega lišaja. Gre za organomineralen kompleks, ki razpade na majhne delce kjer se lahko pridružijo višje strukture [2].<br /> Presajanje lišajev na Mars pa je zapleteno, predvsem zaradi izrazitih razlik v sestavi skorje in atmosferskih pogojih med dvema planetoma [1].<br /> <br /> ==Problematika==<br /> Neprijazni pogoji Marsa zahtevajo, da biofilm prenese močno UV sevanje, zelo nizke temperature in sušo. Ti okoljski pogoji poganjajo tudi globalne cikle zračnih tokov in prašne nevihte, zato mora biti biofilm tudi izjemno oprijemljiv in imeti dobro strukturiran matriks. Za rast se mora zanašati na sončno energijo in atmosferske elemente. Biofilm mora imeti sposobnost izločanja snovi, ki povzročajo raztapljanje in preperevanje silikatnih in sulfatnih kamnin Marsa [1].<br /> <br /> ==Rešitev==<br /> Rešitev združuje štiri medsebojno odvisne sisteme in sicer sistem za preživetje, simbiozo, tvorbo biofilma in sistem za preoblikovanje terena. V sistemu za preživetje so vpeljali modul proti UV-žarkom, modul proti zmrzali in modul proti izsušitvi. V sistemu za simbiozo so vzpostavili simbiotičen odnos med E. coli in avtotrofnimi cianobakterijami. Sistem za preoblikovanje terena pa vključitve modul EPS in modul oksalne kisline.<br /> <br /> ==Sistemi za preživetje==<br /> ===Modul proti UV-sevanju===<br /> Da bi povečali odpornost proti UV-sevanju in omilili poškodbe biomolekul, ki jih povzroča sevanje so povečali izražanje proteinov, kot sta na primer FEN1 in XRCC1. Ti proteini delujejo tako, da pomagajo pri popravljanju napak DNA ali se vežejo na DNA, s čimer jo ščitijo pred hidroksilnimi radikali, ki jih povzroča UV-sevanje. Eksperimentalni rezultati so pokazali, da so tako modificirane E. coli pokazale višjo stopnjo preživetja kot bakterije divjega tipa, kar kaže na izboljšano UV toleranco<br /> E. coli so prav tako dodali sposobnost izločanja Mycosporine-like amino acids (MAAs), ki absorbirajo UV-žarke in deluje kot zaščita. <br /> <br /> ===Modul proti zmrzali===<br /> Protein proti zmrzovanju Ammopiptanthus nanus (AnAFP) so dodali v E. coli, da bi zaščitil stabilnost membranskih struktur v hladnih razmerah, saj preprečuje strjevanje makromolekul in ima regulatorno vlogo z vezavo na kalcijeve ione.<br /> E. coli, ki izraža AnAFP, je pokazala višjo stopnjo preživetja, kar kaže, da izražanje AnAFP omogoča protizmrzovalno sposobnost in preživetje pri 0 stopinjah za daljši čas.<br /> <br /> ===Modul proti izsušitvi===<br /> Da bo sistem bolj odporen na pomanjkanje vode, so dodali zapis za izražanje dveh ključnih proteinov in sicer SAHS in mtSSB. SAHS 33020 ali znan tudi kot tardigrade intrinsically disordered protein (TDP), ki ob izsušitvi tvori nekristalinično amorfneo trdno matriko, ki je sposobna zaščititi druge občutljive biološke komponente. <br /> Hypsibius exemplaris mtSSB je mitohondrijski protein, ki se nespecifično veže na enoverižno DNA. Tako ovita DNA je fizično zaščitena pred poškodbami. V težkih pogojih, kot so izsušitev, vročina in sevanje, lahko ohranja stabilnost DNA in poveča stopnjo preživetja organizmov v neugodnih okoljih.<br /> Ko sta H. ex mtSSB in SAHS sočasno izražena, E. coli kaže višjo stopnjo preživetja med izsušitvijo v primerjavi z E. coli, ki izraža ta dva proteina posamično.<br /> <br /> ===Simbiotičen sistem===<br /> V simbiotičnem sistemu delujejo cianobakterije Synechococcus elongates kot fiksatorji ogljika, gensko modificirane E.coli pa imajo vlogo potrošnika in nosilca omenjenih funkcij. V cianobakterije so vključili gen saharozne permeaze (CscB), ki kodira kanal za boljše izločanje saharoze. V E. coli so pa vključili encim fruktofuranozidazo (SacC), ki spodbudi hidrolizo saharoze v fruktozo in glukozo. S tem se izboljša absorpcija in izkoriščanje saharoze kot ogljikovega vira. E. coli, ki izraža SacC, je pokazala podobne rastne vzorce kot E. Coli divjega tipa, ki kot vir ogljika izrablja glukozo, kar kaže na njihovo učinkovito izrabo saharoze.<br /> <br /> ===Sistem za tvorbo biofilma===<br /> Cilj sistema je vzpostaviti močan fizični stik med cianobakterijami in E. coli, ustvariti stabilno podlogo ter dodatno okrepiti odpornost proti okoljskim dejavnikom. Oblikovali so sistem z dvema ključnima komponentama. Prva vključuje izražanje antigena in nanotelesa (Ag/Nb) na zunanji membrani preko intimina, kar povzroča spontano adhezijo sevov E. coli med seboj. Druga komponenta vključuje specifičen lektin LCA, ki povzroča fuzijo intimina in lektina ter adhezijo med cianobakterijami in E. coli. <br /> Rezultati eksperimentov so pokazali zmanjšano število prisotnih bakterij v supernatantu po določenem času, zato lahko sklepamo da ta sistem posreduje specifično vezavo med E. coli in cianobakterijami ter s tem spodbuja proces nastajanja biofilma.<br /> <br /> ==Terraforming sistem==<br /> ===EPS modul===<br /> Eksopolisaharidi (EPS) povečajo površinsko adhezijo preko interakcij med funkcionalnimi skupinami. Spodbujanja agregacijo in stabilizacijo prahu na površini Marsa, kar prispeva k izboljšani stabilnosti in plodnosti tal. Pri tem so morali optimizirati izražanje ključnih encimov galU in pgmA v biosintetični poti za povečanje proizvodnje EPS. Bakterije, ki izražajo EPS so postale &quot;težje&quot; in &quot;bolj lepljive&quot;, kar je posledično spodbudilo tvorbo skupkov.<br /> <br /> ===Modul oksalne kisline===<br /> Oksalna kislina, ki jo izločajo pionirske rastline, kot so lišaji, igra ključno vlogo v geokemičnem procesu razpadanja kamnin in tvorbi zemlje. Ta kislina tvori kation-organske komplekse z mineralnimi kationi, kar povzroči prenos gostote elektronov, s čimer pospešuje mineralno hidrolizo.ObcA je eden od genov, potrebnih za sintezo oksalne kisline, ki lahko skupaj z ObcB katalizira oksaloocetno kislino (OAA) in citronsko kislino, da nastane oksalna kislina (OA).<br /> <br /> ==Delovanje==<br /> Biofilm bi razpršili na površje Marsa. Ta se bo hitro razširil z razmnoževanjem bakterij in prekril gole skale. Cianobakterije bodo izkoristile atmosferski CO2 za vir energije in s fotosintezo bodo proizvajale organske snovi. Zaradi tega bi biofilm lahko stalno rasel na Marsu brez dodatne podpore.<br /> Zaradi hude suše na površju Marsa pa je za uspešno naselitev biofilma potreben vir vode. Za to bi zbrali obilne količine ledu na Marsu, ga raztopili s pomočjo grelnikov in nato razpršili vodo po biofilmu.<br /> Približno 24 ur po zagotovitvi vodnega vira bi pričele E. coli stimulirati funkcijo lišajev s sekrecijo oksalne kisline in zunajceličnih polisaharidov (EPS). Gole skale na površju Marsa bi se postopoma razgradile v majhne koščke gramoza in nato v prah. Z EPS se bo prah zgostil in na koncu oblikoval rodovitna tla.<br /> <br /> ==Implementacija sistema==<br /> Kljub temu da je bil produkt zasnovan za pospešitev preoblikovanja površja Marsa, ima poleg tega tudi potencialne aplikacije na Zemlji in s tem okoljsko in komercialno vrednost.<br /> Proizvodnja oksalne kisline bi lahko bila uporabljena za reševanje salinizacije tal in bi postopoma izboljšala slana tla. Uporaba mikrobnega EPS za izboljšanje tal lahko naredi tla bolj zračna in prepustna, kar bo koristno za pridelavo poljščin. Nizke temperature lahko povzročijo, da poljščine utrpijo škodo zaradi mraza, zato bi biološka zaščita pred mrazom lahko bila koristna. Protein proti izsušitvi lahko poveča zadrževanje vode in močno izboljša okrevanje po suši, kar bi lahko izboljšalo pridelavo poljščin v sušnih območjih. Na UV-odporne snovi MAAs, pridobljene iz bioloških virov, bi lahko odprle pot za proizvodnjo okolju prijaznih krem za zaščito pred UV-žarki.<br /> <br /> ==Oblikovanje sistema==<br /> Za izrezovanje policistronskih mRNA so uporabili ribocim hammerhead in na podlagi te funkcionalnosti izdelali sistem za policistronsko koekspresijo, ki ga podpira ribocim: pRAP.<br /> Glavni problem policistronskih vektorjev, ki vsebujejo dva ali več ciljnih genov pod enim promotorjem je bistveno nižja ekspresija spodnjih genov v primerjavi z genom poleg promotorja. V sistemu pRAP se RNA zaporedje ribocima samo razcepi, kar povzroči, da se policistronski mRNA transkript posttranskripcijsko pretvori v posamezne monocistrone in vivo. V sistemu pRAP sta dva regulatorna elementa: RBS in lasnična zanka. RBS vpliva na hitrost začetka prevajanja , saj vpliva na vezavo ribosoma na mRNA, kar posledično vpliva na koncentracijo proteina. Lasnična zanka vpliva na koncentracijo proteina z uravnavanjem hitrosti razgradnje mRNA. Z uravnavanjem teh dveh regulatornih elementov lahko nadzorujemo ekspresijo proteinov. Poleg tega so razvili programsko orodje za kvantitativno načrtovanje pRAP sistema, ki pokriva vse možne regulatorne elemente in v celoti podpira cikel Načrtuj-Zgradi-Testiraj-Nauči (DBTL).<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Ustvarjen biofilm kaže izjemno odpornost na ekstremne pogoje, kar vključuje UV-sevanje, zmrzovanje in izsušitev. Dosegel je avtotrofno preživetje, kar zagotavlja temelj za trajnostne ekosisteme. Poleg tega vzpostavi trden fizični okvir, ki spodbuja izmenjavo hranil in olajša širjenje, kar je ključno za preoblikovanja terena. Ima tudi sposobnost sinteze oksalne kisline, ki pospešuje geološko razpadanje kamnin. Trdno se prilepi na marsovsko površje preko EPS, kar izboljša njegovo stabilnost in funkcionalnost. Za vpeljavo heterolognih genov v E. coli so uporabili ribocim, ki se je izkazal za zelo učinkovitega. To je ključnega pomena pri doseganju vseh zgoraj omenjenih funkcionalnosti. <br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] https://2023.igem.wiki/fudan/description/#inspiration<br /> <br /> [2] https://sl.wikipedia.org/wiki/Li%C5%A1aj</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=B.HOME&diff=23764 2024-05-20T17:58:20Z

<p>Jan Trebušak: /* Viri */</p> <hr /> <div>B. Home je projekt ekipe iz Fudana, ki je leta 2023 tekmovala na iGEM sinteznem tekmovanju. Razvili so biofilm, ki posnema simbiotski odnos med cianobakterijami in Escherichio coli, ter ga prilagodili, da prenese hude pogoje na Marsu. S tem bi spremenili kamnine na Marsu v rodovitno zemljo, kar bi pripomoglo k ustvarjanju življenjskega habitata za človeštvo [1].<br /> Predstavitev projekta je dostopna na povezavi: https://2023.igem.wiki/fudan/<br /> <br /> Avtorica povzetka: Luša Karner<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Z naraščajočimi ekološkimi in demografskimi krizami, kolonizacija planetov predstavlja eno izmed rešitev za prihodnost človeštva. Mars izstopa kot najbolj obetaven kandidat, saj so njegove značilnosti najbolj podobne tistim na Zemlji. Vendar pa je površje Marsa večinoma pusta pokrajina, prekrita z raznimi kamninami, zato mora najprej doživeti preobrazbo tal skozi postopek teraformiranja [1]. Lišaji, sestavljeni iz simbiotskih gliv in zelenih alg ali cianobakterij, so pogosto pionirska vrsta v nekem okolju. Talus lišaja raste v globino in črpa hranila. Ob tem prihaja do kemijskega in fizikalnega preperevanja kamnin. Vrh ki prepereva je narejen iz mineralnih delcev in talusa samega lišaja. Gre za organomineralen kompleks, ki razpade na majhne delce kjer se lahko pridružijo višje strukture [2].<br /> Presajanje lišajev na Mars pa je zapleteno, predvsem zaradi izrazitih razlik v sestavi skorje in atmosferskih pogojih med dvema planetoma [1].<br /> <br /> ==Problematika==<br /> Neprijazni pogoji Marsa zahtevajo, da biofilm prenese močno UV sevanje, zelo nizke temperature in sušo. Ti okoljski pogoji poganjajo tudi globalne cikle zračnih tokov in prašne nevihte, zato mora biti biofilm tudi izjemno oprijemljiv in imeti dobro strukturiran matriks. Za rast se mora zanašati na sončno energijo in atmosferske elemente. Biofilm mora imeti sposobnost izločanja snovi, ki povzročajo raztapljanje in preperevanje silikatnih in sulfatnih kamnin Marsa [1].<br /> <br /> ==Rešitev==<br /> Rešitev združuje štiri medsebojno odvisne sisteme in sicer sistem za preživetje, simbiozo, tvorbo biofilma in sistem za preoblikovanje terena. V sistemu za preživetje so vpeljali modul proti UV-žarkom, modul proti zmrzali in modul proti izsušitvi. V sistemu za simbiozo so vzpostavili simbiotičen odnos med E. coli in avtotrofnimi cianobakterijami. Sistem za preoblikovanje terena pa vključitve modul EPS in modul oksalne kisline.<br /> <br /> ==Sistemi za preživetje==<br /> ===Modul proti UV-sevanju===<br /> Da bi povečali odpornost proti UV-sevanju in omilili poškodbe biomolekul, ki jih povzroča sevanje so povečali izražanje proteinov, kot sta na primer FEN1 in XRCC1. Ti proteini delujejo tako, da pomagajo pri popravljanju napak DNA ali se vežejo na DNA, s čimer jo ščitijo pred hidroksilnimi radikali, ki jih povzroča UV-sevanje. Eksperimentalni rezultati so pokazali, da so tako modificirane E. coli pokazale višjo stopnjo preživetja kot bakterije divjega tipa, kar kaže na izboljšano UV toleranco<br /> E. coli so prav tako dodali sposobnost izločanja Mycosporine-like amino acids (MAAs), ki absorbirajo UV-žarke in deluje kot zaščita. <br /> <br /> ===Modul proti zmrzali===<br /> Protein proti zmrzovanju Ammopiptanthus nanus (AnAFP) so dodali v E. coli, da bi zaščitil stabilnost membranskih struktur v hladnih razmerah, saj preprečuje strjevanje makromolekul in ima regulatorno vlogo z vezavo na kalcijeve ione.<br /> E. coli, ki izraža AnAFP, je pokazala višjo stopnjo preživetja, kar kaže, da izražanje AnAFP omogoča protizmrzovalno sposobnost in preživetje pri 0 stopinjah za daljši čas.<br /> <br /> ===Modul proti izsušitvi===<br /> Da bo sistem bolj odporen na pomanjkanje vode, so dodali zapis za izražanje dveh ključnih proteinov in sicer SAHS in mtSSB. SAHS 33020 ali znan tudi kot tardigrade intrinsically disordered protein (TDP), ki ob izsušitvi tvori nekristalinično amorfneo trdno matriko, ki je sposobna zaščititi druge občutljive biološke komponente. <br /> Hypsibius exemplaris mtSSB je mitohondrijski protein, ki se nespecifično veže na enoverižno DNA. Tako ovita DNA je fizično zaščitena pred poškodbami. V težkih pogojih, kot so izsušitev, vročina in sevanje, lahko ohranja stabilnost DNA in poveča stopnjo preživetja organizmov v neugodnih okoljih.<br /> Ko sta H. ex mtSSB in SAHS sočasno izražena, E. coli kaže višjo stopnjo preživetja med izsušitvijo v primerjavi z E. coli, ki izraža ta dva proteina posamično.<br /> <br /> ===Simbiotičen sistem===<br /> V simbiotičnem sistemu delujejo cianobakterije Synechococcus elongates kot fiksatorji ogljika, gensko modificirane E.coli pa imajo vlogo potrošnika in nosilca omenjenih funkcij. V cianobakterije so vključili gen saharozne permeaze (CscB), ki kodira kanal za boljše izločanje saharoze. V E. coli so pa vključili encim fruktofuranozidazo (SacC), ki spodbudi hidrolizo saharoze v fruktozo in glukozo. S tem se izboljša absorpcija in izkoriščanje saharoze kot ogljikovega vira. E. coli, ki izraža SacC, je pokazala podobne rastne vzorce kot E. Coli divjega tipa, ki kot vir ogljika izrablja glukozo, kar kaže na njihovo učinkovito izrabo saharoze.<br /> <br /> ===Sistem za tvorbo biofilma===<br /> Cilj sistema je vzpostaviti močan fizični stik med cianobakterijami in E. coli, ustvariti stabilno podlogo ter dodatno okrepiti odpornost proti okoljskim dejavnikom. Oblikovali so sistem z dvema ključnima komponentama. Prva vključuje izražanje antigena in nanotelesa (Ag/Nb) na zunanji membrani preko intimina, kar povzroča spontano adhezijo sevov E. coli med seboj. Druga komponenta vključuje specifičen lektin LCA, ki povzroča fuzijo intimina in lektina ter adhezijo med cianobakterijami in E. coli. <br /> Rezultati eksperimentov so pokazali zmanjšano število prisotnih bakterij v supernatantu po določenem času, zato lahko sklepamo da ta sistem posreduje specifično vezavo med E. coli in cianobakterijami ter s tem spodbuja proces nastajanja biofilma.<br /> <br /> ==Terraforming sistem==<br /> ==EPS modul==<br /> Eksopolisaharidi (EPS) povečajo površinsko adhezijo preko interakcij med funkcionalnimi skupinami. Spodbujanja agregacijo in stabilizacijo prahu na površini Marsa, kar prispeva k izboljšani stabilnosti in plodnosti tal. Pri tem so morali optimizirati izražanje ključnih encimov galU in pgmA v biosintetični poti za povečanje proizvodnje EPS. Bakterije, ki izražajo EPS so postale &quot;težje&quot; in &quot;bolj lepljive&quot;, kar je posledično spodbudilo tvorbo skupkov.<br /> <br /> ===Modul oksalne kisline===<br /> Oksalna kislina, ki jo izločajo pionirske rastline, kot so lišaji, igra ključno vlogo v geokemičnem procesu razpadanja kamnin in tvorbi zemlje. Ta kislina tvori kation-organske komplekse z mineralnimi kationi, kar povzroči prenos gostote elektronov, s čimer pospešuje mineralno hidrolizo.ObcA je eden od genov, potrebnih za sintezo oksalne kisline, ki lahko skupaj z ObcB katalizira oksaloocetno kislino (OAA) in citronsko kislino, da nastane oksalna kislina (OA). <br /> <br /> ==Delovanje==<br /> Biofilm bi razpršili na površje Marsa. Ta se bo hitro razširil z razmnoževanjem bakterij in prekril gole skale. Cianobakterije bodo izkoristile atmosferski CO2 za vir energije in s fotosintezo bodo proizvajale organske snovi. Zaradi tega bi biofilm lahko stalno rasel na Marsu brez dodatne podpore.<br /> Zaradi hude suše na površju Marsa pa je za uspešno naselitev biofilma potreben vir vode. Za to bi zbrali obilne količine ledu na Marsu, ga raztopili s pomočjo grelnikov in nato razpršili vodo po biofilmu.<br /> Približno 24 ur po zagotovitvi vodnega vira bi pričele E. coli stimulirati funkcijo lišajev s sekrecijo oksalne kisline in zunajceličnih polisaharidov (EPS). Gole skale na površju Marsa bi se postopoma razgradile v majhne koščke gramoza in nato v prah. Z EPS se bo prah zgostil in na koncu oblikoval rodovitna tla.<br /> <br /> ==Implementacija sistema==<br /> Kljub temu da je bil produkt zasnovan za pospešitev preoblikovanja površja Marsa, ima poleg tega tudi potencialne aplikacije na Zemlji in s tem okoljsko in komercialno vrednost.<br /> Proizvodnja oksalne kisline bi lahko bila uporabljena za reševanje salinizacije tal in bi postopoma izboljšala slana tla. Uporaba mikrobnega EPS za izboljšanje tal lahko naredi tla bolj zračna in prepustna, kar bo koristno za pridelavo poljščin. Nizke temperature lahko povzročijo, da poljščine utrpijo škodo zaradi mraza, zato bi biološka zaščita pred mrazom lahko bila koristna. Protein proti izsušitvi lahko poveča zadrževanje vode in močno izboljša okrevanje po suši, kar bi lahko izboljšalo pridelavo poljščin v sušnih območjih. Na UV-odporne snovi MAAs, pridobljene iz bioloških virov, bi lahko odprle pot za proizvodnjo okolju prijaznih krem za zaščito pred UV-žarki.<br /> <br /> ==Oblikovanje sistema==<br /> Za izrezovanje policistronskih mRNA so uporabili ribocim hammerhead in na podlagi te funkcionalnosti izdelali sistem za policistronsko koekspresijo, ki ga podpira ribocim: pRAP.<br /> Glavni problem policistronskih vektorjev, ki vsebujejo dva ali več ciljnih genov pod enim promotorjem je bistveno nižja ekspresija spodnjih genov v primerjavi z genom poleg promotorja. V sistemu pRAP se RNA zaporedje ribocima samo razcepi, kar povzroči, da se policistronski mRNA transkript posttranskripcijsko pretvori v posamezne monocistrone in vivo. V sistemu pRAP sta dva regulatorna elementa: RBS in lasnična zanka. RBS vpliva na hitrost začetka prevajanja , saj vpliva na vezavo ribosoma na mRNA, kar posledično vpliva na koncentracijo proteina. Lasnična zanka vpliva na koncentracijo proteina z uravnavanjem hitrosti razgradnje mRNA. Z uravnavanjem teh dveh regulatornih elementov lahko nadzorujemo ekspresijo proteinov. Poleg tega so razvili programsko orodje za kvantitativno načrtovanje pRAP sistema, ki pokriva vse možne regulatorne elemente in v celoti podpira cikel Načrtuj-Zgradi-Testiraj-Nauči (DBTL).<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Ustvarjen biofilm kaže izjemno odpornost na ekstremne pogoje, kar vključuje UV-sevanje, zmrzovanje in izsušitev. Dosegel je avtotrofno preživetje, kar zagotavlja temelj za trajnostne ekosisteme. Poleg tega vzpostavi trden fizični okvir, ki spodbuja izmenjavo hranil in olajša širjenje, kar je ključno za preoblikovanja terena. Ima tudi sposobnost sinteze oksalne kisline, ki pospešuje geološko razpadanje kamnin. Trdno se prilepi na marsovsko površje preko EPS, kar izboljša njegovo stabilnost in funkcionalnost. Za vpeljavo heterolognih genov v E. coli so uporabili ribocim, ki se je izkazal za zelo učinkovitega. To je ključnega pomena pri doseganju vseh zgoraj omenjenih funkcionalnosti. <br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] https://2023.igem.wiki/fudan/description/#inspiration<br /> <br /> [2] https://sl.wikipedia.org/wiki/Li%C5%A1aj</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=B.HOME&diff=23763 2024-05-20T17:57:19Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>B. Home je projekt ekipe iz Fudana, ki je leta 2023 tekmovala na iGEM sinteznem tekmovanju. Razvili so biofilm, ki posnema simbiotski odnos med cianobakterijami in Escherichio coli, ter ga prilagodili, da prenese hude pogoje na Marsu. S tem bi spremenili kamnine na Marsu v rodovitno zemljo, kar bi pripomoglo k ustvarjanju življenjskega habitata za človeštvo [1].<br /> Predstavitev projekta je dostopna na povezavi: https://2023.igem.wiki/fudan/<br /> <br /> Avtorica povzetka: Luša Karner<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Z naraščajočimi ekološkimi in demografskimi krizami, kolonizacija planetov predstavlja eno izmed rešitev za prihodnost človeštva. Mars izstopa kot najbolj obetaven kandidat, saj so njegove značilnosti najbolj podobne tistim na Zemlji. Vendar pa je površje Marsa večinoma pusta pokrajina, prekrita z raznimi kamninami, zato mora najprej doživeti preobrazbo tal skozi postopek teraformiranja [1]. Lišaji, sestavljeni iz simbiotskih gliv in zelenih alg ali cianobakterij, so pogosto pionirska vrsta v nekem okolju. Talus lišaja raste v globino in črpa hranila. Ob tem prihaja do kemijskega in fizikalnega preperevanja kamnin. Vrh ki prepereva je narejen iz mineralnih delcev in talusa samega lišaja. Gre za organomineralen kompleks, ki razpade na majhne delce kjer se lahko pridružijo višje strukture [2].<br /> Presajanje lišajev na Mars pa je zapleteno, predvsem zaradi izrazitih razlik v sestavi skorje in atmosferskih pogojih med dvema planetoma [1].<br /> <br /> ==Problematika==<br /> Neprijazni pogoji Marsa zahtevajo, da biofilm prenese močno UV sevanje, zelo nizke temperature in sušo. Ti okoljski pogoji poganjajo tudi globalne cikle zračnih tokov in prašne nevihte, zato mora biti biofilm tudi izjemno oprijemljiv in imeti dobro strukturiran matriks. Za rast se mora zanašati na sončno energijo in atmosferske elemente. Biofilm mora imeti sposobnost izločanja snovi, ki povzročajo raztapljanje in preperevanje silikatnih in sulfatnih kamnin Marsa [1].<br /> <br /> ==Rešitev==<br /> Rešitev združuje štiri medsebojno odvisne sisteme in sicer sistem za preživetje, simbiozo, tvorbo biofilma in sistem za preoblikovanje terena. V sistemu za preživetje so vpeljali modul proti UV-žarkom, modul proti zmrzali in modul proti izsušitvi. V sistemu za simbiozo so vzpostavili simbiotičen odnos med E. coli in avtotrofnimi cianobakterijami. Sistem za preoblikovanje terena pa vključitve modul EPS in modul oksalne kisline.<br /> <br /> ==Sistemi za preživetje==<br /> ===Modul proti UV-sevanju===<br /> Da bi povečali odpornost proti UV-sevanju in omilili poškodbe biomolekul, ki jih povzroča sevanje so povečali izražanje proteinov, kot sta na primer FEN1 in XRCC1. Ti proteini delujejo tako, da pomagajo pri popravljanju napak DNA ali se vežejo na DNA, s čimer jo ščitijo pred hidroksilnimi radikali, ki jih povzroča UV-sevanje. Eksperimentalni rezultati so pokazali, da so tako modificirane E. coli pokazale višjo stopnjo preživetja kot bakterije divjega tipa, kar kaže na izboljšano UV toleranco<br /> E. coli so prav tako dodali sposobnost izločanja Mycosporine-like amino acids (MAAs), ki absorbirajo UV-žarke in deluje kot zaščita. <br /> <br /> ===Modul proti zmrzali===<br /> Protein proti zmrzovanju Ammopiptanthus nanus (AnAFP) so dodali v E. coli, da bi zaščitil stabilnost membranskih struktur v hladnih razmerah, saj preprečuje strjevanje makromolekul in ima regulatorno vlogo z vezavo na kalcijeve ione.<br /> E. coli, ki izraža AnAFP, je pokazala višjo stopnjo preživetja, kar kaže, da izražanje AnAFP omogoča protizmrzovalno sposobnost in preživetje pri 0 stopinjah za daljši čas.<br /> <br /> ===Modul proti izsušitvi===<br /> Da bo sistem bolj odporen na pomanjkanje vode, so dodali zapis za izražanje dveh ključnih proteinov in sicer SAHS in mtSSB. SAHS 33020 ali znan tudi kot tardigrade intrinsically disordered protein (TDP), ki ob izsušitvi tvori nekristalinično amorfneo trdno matriko, ki je sposobna zaščititi druge občutljive biološke komponente. <br /> Hypsibius exemplaris mtSSB je mitohondrijski protein, ki se nespecifično veže na enoverižno DNA. Tako ovita DNA je fizično zaščitena pred poškodbami. V težkih pogojih, kot so izsušitev, vročina in sevanje, lahko ohranja stabilnost DNA in poveča stopnjo preživetja organizmov v neugodnih okoljih.<br /> Ko sta H. ex mtSSB in SAHS sočasno izražena, E. coli kaže višjo stopnjo preživetja med izsušitvijo v primerjavi z E. coli, ki izraža ta dva proteina posamično.<br /> <br /> ===Simbiotičen sistem===<br /> V simbiotičnem sistemu delujejo cianobakterije Synechococcus elongates kot fiksatorji ogljika, gensko modificirane E.coli pa imajo vlogo potrošnika in nosilca omenjenih funkcij. V cianobakterije so vključili gen saharozne permeaze (CscB), ki kodira kanal za boljše izločanje saharoze. V E. coli so pa vključili encim fruktofuranozidazo (SacC), ki spodbudi hidrolizo saharoze v fruktozo in glukozo. S tem se izboljša absorpcija in izkoriščanje saharoze kot ogljikovega vira. E. coli, ki izraža SacC, je pokazala podobne rastne vzorce kot E. Coli divjega tipa, ki kot vir ogljika izrablja glukozo, kar kaže na njihovo učinkovito izrabo saharoze.<br /> <br /> ===Sistem za tvorbo biofilma===<br /> Cilj sistema je vzpostaviti močan fizični stik med cianobakterijami in E. coli, ustvariti stabilno podlogo ter dodatno okrepiti odpornost proti okoljskim dejavnikom. Oblikovali so sistem z dvema ključnima komponentama. Prva vključuje izražanje antigena in nanotelesa (Ag/Nb) na zunanji membrani preko intimina, kar povzroča spontano adhezijo sevov E. coli med seboj. Druga komponenta vključuje specifičen lektin LCA, ki povzroča fuzijo intimina in lektina ter adhezijo med cianobakterijami in E. coli. <br /> Rezultati eksperimentov so pokazali zmanjšano število prisotnih bakterij v supernatantu po določenem času, zato lahko sklepamo da ta sistem posreduje specifično vezavo med E. coli in cianobakterijami ter s tem spodbuja proces nastajanja biofilma.<br /> <br /> ==Terraforming sistem==<br /> ==EPS modul==<br /> Eksopolisaharidi (EPS) povečajo površinsko adhezijo preko interakcij med funkcionalnimi skupinami. Spodbujanja agregacijo in stabilizacijo prahu na površini Marsa, kar prispeva k izboljšani stabilnosti in plodnosti tal. Pri tem so morali optimizirati izražanje ključnih encimov galU in pgmA v biosintetični poti za povečanje proizvodnje EPS. Bakterije, ki izražajo EPS so postale &quot;težje&quot; in &quot;bolj lepljive&quot;, kar je posledično spodbudilo tvorbo skupkov.<br /> <br /> ===Modul oksalne kisline===<br /> Oksalna kislina, ki jo izločajo pionirske rastline, kot so lišaji, igra ključno vlogo v geokemičnem procesu razpadanja kamnin in tvorbi zemlje. Ta kislina tvori kation-organske komplekse z mineralnimi kationi, kar povzroči prenos gostote elektronov, s čimer pospešuje mineralno hidrolizo.ObcA je eden od genov, potrebnih za sintezo oksalne kisline, ki lahko skupaj z ObcB katalizira oksaloocetno kislino (OAA) in citronsko kislino, da nastane oksalna kislina (OA). <br /> <br /> ==Delovanje==<br /> Biofilm bi razpršili na površje Marsa. Ta se bo hitro razširil z razmnoževanjem bakterij in prekril gole skale. Cianobakterije bodo izkoristile atmosferski CO2 za vir energije in s fotosintezo bodo proizvajale organske snovi. Zaradi tega bi biofilm lahko stalno rasel na Marsu brez dodatne podpore.<br /> Zaradi hude suše na površju Marsa pa je za uspešno naselitev biofilma potreben vir vode. Za to bi zbrali obilne količine ledu na Marsu, ga raztopili s pomočjo grelnikov in nato razpršili vodo po biofilmu.<br /> Približno 24 ur po zagotovitvi vodnega vira bi pričele E. coli stimulirati funkcijo lišajev s sekrecijo oksalne kisline in zunajceličnih polisaharidov (EPS). Gole skale na površju Marsa bi se postopoma razgradile v majhne koščke gramoza in nato v prah. Z EPS se bo prah zgostil in na koncu oblikoval rodovitna tla.<br /> <br /> ==Implementacija sistema==<br /> Kljub temu da je bil produkt zasnovan za pospešitev preoblikovanja površja Marsa, ima poleg tega tudi potencialne aplikacije na Zemlji in s tem okoljsko in komercialno vrednost.<br /> Proizvodnja oksalne kisline bi lahko bila uporabljena za reševanje salinizacije tal in bi postopoma izboljšala slana tla. Uporaba mikrobnega EPS za izboljšanje tal lahko naredi tla bolj zračna in prepustna, kar bo koristno za pridelavo poljščin. Nizke temperature lahko povzročijo, da poljščine utrpijo škodo zaradi mraza, zato bi biološka zaščita pred mrazom lahko bila koristna. Protein proti izsušitvi lahko poveča zadrževanje vode in močno izboljša okrevanje po suši, kar bi lahko izboljšalo pridelavo poljščin v sušnih območjih. Na UV-odporne snovi MAAs, pridobljene iz bioloških virov, bi lahko odprle pot za proizvodnjo okolju prijaznih krem za zaščito pred UV-žarki.<br /> <br /> ==Oblikovanje sistema==<br /> Za izrezovanje policistronskih mRNA so uporabili ribocim hammerhead in na podlagi te funkcionalnosti izdelali sistem za policistronsko koekspresijo, ki ga podpira ribocim: pRAP.<br /> Glavni problem policistronskih vektorjev, ki vsebujejo dva ali več ciljnih genov pod enim promotorjem je bistveno nižja ekspresija spodnjih genov v primerjavi z genom poleg promotorja. V sistemu pRAP se RNA zaporedje ribocima samo razcepi, kar povzroči, da se policistronski mRNA transkript posttranskripcijsko pretvori v posamezne monocistrone in vivo. V sistemu pRAP sta dva regulatorna elementa: RBS in lasnična zanka. RBS vpliva na hitrost začetka prevajanja , saj vpliva na vezavo ribosoma na mRNA, kar posledično vpliva na koncentracijo proteina. Lasnična zanka vpliva na koncentracijo proteina z uravnavanjem hitrosti razgradnje mRNA. Z uravnavanjem teh dveh regulatornih elementov lahko nadzorujemo ekspresijo proteinov. Poleg tega so razvili programsko orodje za kvantitativno načrtovanje pRAP sistema, ki pokriva vse možne regulatorne elemente in v celoti podpira cikel Načrtuj-Zgradi-Testiraj-Nauči (DBTL).<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Ustvarjen biofilm kaže izjemno odpornost na ekstremne pogoje, kar vključuje UV-sevanje, zmrzovanje in izsušitev. Dosegel je avtotrofno preživetje, kar zagotavlja temelj za trajnostne ekosisteme. Poleg tega vzpostavi trden fizični okvir, ki spodbuja izmenjavo hranil in olajša širjenje, kar je ključno za preoblikovanja terena. Ima tudi sposobnost sinteze oksalne kisline, ki pospešuje geološko razpadanje kamnin. Trdno se prilepi na marsovsko površje preko EPS, kar izboljša njegovo stabilnost in funkcionalnost. Za vpeljavo heterolognih genov v E. coli so uporabili ribocim, ki se je izkazal za zelo učinkovitega. To je ključnega pomena pri doseganju vseh zgoraj omenjenih funkcionalnosti. <br /> <br /> ==Viri==<br /> (1) https://2023.igem.wiki/fudan/description/#inspiration<br /> (2) https://sl.wikipedia.org/wiki/Li%C5%A1aj</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=B.HOME&diff=23762 2024-05-20T17:51:03Z

<p>Jan Trebušak: Created page with &quot;B. Home je projekt ekipe iz Fudana, ki je leta 2023 tekmovala na iGEM sinteznem tekmovanju. Razvili so biofilm, ki posnema simbiotski odnos med cianobakterijami in Escherichio coli, ter ga prilagodili, da prenese hude pogoje na Marsu. S tem bi spremenili kamnine na Marsu v rodovitno zemljo, kar bi pripomoglo k ustvarjanju življenjskega habitata za človeštvo [1]. Predstavitev projekta je dostopna na povezavi: https://2023.igem.wiki/fudan/ Avtorica povzetka: Luša Karn...&quot;</p> <hr /> <div>B. Home je projekt ekipe iz Fudana, ki je leta 2023 tekmovala na iGEM sinteznem tekmovanju. Razvili so biofilm, ki posnema simbiotski odnos med cianobakterijami in Escherichio coli, ter ga prilagodili, da prenese hude pogoje na Marsu. S tem bi spremenili kamnine na Marsu v rodovitno zemljo, kar bi pripomoglo k ustvarjanju življenjskega habitata za človeštvo [1].<br /> Predstavitev projekta je dostopna na povezavi: https://2023.igem.wiki/fudan/<br /> <br /> Avtorica povzetka: Luša Karner<br /> <br /> ==Uvod==<br /> Z naraščajočimi ekološkimi in demografskimi krizami, kolonizacija planetov predstavlja eno izmed rešitev za prihodnost človeštva. Mars izstopa kot najbolj obetaven kandidat, saj so njegove značilnosti najbolj podobne tistim na Zemlji. Vendar pa je površje Marsa večinoma pusta pokrajina, prekrita z raznimi kamninami, zato mora najprej doživeti preobrazbo tal skozi postopek teraformiranja [1]. Lišaji, sestavljeni iz simbiotskih gliv in zelenih alg ali cianobakterij, so pogosto pionirska vrsta v nekem okolju. Talus lišaja raste v globino in črpa hranila. Ob tem prihaja do kemijskega in fizikalnega preperevanja kamnin. Vrh ki prepereva je narejen iz mineralnih delcev in talusa samega lišaja. Gre za organomineralen kompleks, ki razpade na majhne delce kjer se lahko pridružijo višje strukture [2].<br /> Presajanje lišajev na Mars pa je zapleteno, predvsem zaradi izrazitih razlik v sestavi skorje in atmosferskih pogojih med dvema planetoma [1].<br /> <br /> ==Problematika==<br /> Neprijazni pogoji Marsa zahtevajo, da biofilm prenese močno UV sevanje, zelo nizke temperature in sušo. Ti okoljski pogoji poganjajo tudi globalne cikle zračnih tokov in prašne nevihte, zato mora biti biofilm tudi izjemno oprijemljiv in imeti dobro strukturiran matriks. Za rast se mora zanašati na sončno energijo in atmosferske elemente. Biofilm mora imeti sposobnost izločanja snovi, ki povzročajo raztapljanje in preperevanje silikatnih in sulfatnih kamnin Marsa [1].<br /> <br /> ==Rešitev==<br /> Rešitev združuje štiri medsebojno odvisne sisteme in sicer sistem za preživetje, simbiozo, tvorbo biofilma in sistem za preoblikovanje terena. V sistemu za preživetje so vpeljali modul proti UV-žarkom, modul proti zmrzali in modul proti izsušitvi. V sistemu za simbiozo so vzpostavili simbiotičen odnos med E. coli in avtotrofnimi cianobakterijami. Sistem za preoblikovanje terena pa vključitve modul EPS in modul oksalne kisline.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23761 2024-05-20T17:47:53Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/B.HOME (Biofilm Harnessing for Offworld Mankind Establishment) (Luša Karner)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23760 2024-05-20T17:46:09Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/nova stran (Biofilm Harnessing for Offworld Mankind Establishment) (Luša Karner)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23759 2024-05-20T17:40:57Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ - new (Biofilm Harnessing for Offworld Mankind Establishment) (Luša Karner)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23758 2024-05-20T17:38:29Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP - B. HOME (Biofilm Harnessing for Offworld Mankind Establishment) (Luša Karner)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23757 2024-05-20T17:37:54Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Luša Karner)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23756 2024-05-20T17:36:31Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # (Luša Karner)<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2023/24&diff=23755 2024-05-20T17:35:37Z

<p>Jan Trebušak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_novih_binarnih_ekspresijskih_sistemov_za_sintezno_biologijo_rastlin Razvoj novih binarnih ekspresijskih sistemov za sintezno biologijo rastlin] (Alliana Kolar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatorična_biosinteza_terpenoidov_v_kvasovkah Kombinatorična biosinteza terpenoidov v kvasovkah] (Jan Kogovšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Identifikacija_genov,_ki_se_odzivajo_na_stres_kislega_okolja_in_inženiring_odpornosti_na_kislo_okolje_v_cianobakteriji_Synechococcus_elongatus_PCC_7942 Identifikacija genov, ki se odzivajo na stres kislega okolja in inženiring odpornosti na kislo okolje v cianobakteriji ''Synechococcus elongatus'' PCC 7942] (Ela Kovač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vse_v_enem-IQ_preklopna_stikala_z_veliko_vsestranskostjo_za_natančno_nastavitev_izražanja_transgenov_v_sesalskih_celicah_in_tkivih Vse v enem-IQ preklopna stikala z veliko vsestranskostjo za natančno nastavitev izražanja transgenov v sesalskih celicah in tkivih] (Ena Kartal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Podenote_E3_ligaznega_kompleksa_kot_degroni_za_učinkovito_degradacijo_citosolnih,_jedrnih_in_membranskih_proteinov Podenote E3 ligaznega kompleksa kot degroni za učinkovito degradacijo citosolnih, jedrnih in membranskih proteinov] (David Valte)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_robustnega_sistema_genetskega_biozadrževanja_kvasovk_s_stikalom_za_stabilnost_proteinov Razvoj robustnega sistema genetskega biozadrževanja kvasovk s stikalom za stabilnost proteinov] (Mark Loborec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_doksiciklinom_inducibilnega_genskega_stikala_za_bakterijsko_posredovano_terapijo Reprogramiranje z doksiciklinom inducibilnega genskega stikala za bakterijsko posredovano terapijo] (Špela Sotlar)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sublimestone Sublimestone - uporaba bakterij za ohranjanje kulturne dediščine] (Ana Maučec)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LAMPS LAMPS - sistem svetlečih alg] (Rebeka Jerina) <br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FluoroLoop#Problematika_PFAS FluoroLoop] (Eva Vene)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OASYS OASYS - Diagnostični pripomoček za klinično depresijo] (Ajda Dedič)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OTTER OTTER - Optimizirana tehnika za načrtovanje in karakterizacijo RNA-stikal] (Luka Hafner)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Li+on_Switch Li+on Switch] (Hana Glavnik)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DRIP DRIP] (Klara Ažbe)<br /> # Luša<br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2021&diff=19595 2021-12-03T20:40:15Z

<p>Jan Trebušak: /* Jan Trebušak - Valoga Karbamoil Fosfat Sintetaze 1 */</p> <hr /> <div>= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 =<br /> <br /> ==Klara Ažbe - Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni==<br /> <br /> Mitohondrij je celični organel, ki pomembno prispeva k delovanju celice. Njegova glavna naloga je proizvodnja energije, poleg tega pa ne smemo zanemariti vloge stranskih produktov, ki ob proizvodnji energije nastanejo. Pri pridobivanje energije ima pomembno vlogo Krebsov cikel, v katerem nastane kar nekaj metabolitov. Njihova pomembnost je bila prvotno prepoznana pri sintezi makromolekul (nukleotidov, proteinov, lipidov), kasneje pa se je izkazalo, da so tudi zelo pomembne signalne molekule, ki nadzorujejo modifikacije kromatina, hipoksični odziv, metilacije DNA in imunski odziv. Količina posameznega intermediata je v celici natančno regulirana, vendar pa se lahko zgodi, da pride do določene mutacije, na primer mutacije encima za razgradnjo metabolita, posledično pa se ta metabolit začne kopičiti v celici. To lahko privede do sprememb v fiziologiji celice in do različnih bolezni, kakšne bodo te spremembe in bolezni pa je odvisno od vrste metabolita. Med bolj vplivne metabolite spadajo acetil-CoA, α-ketoglutarat, sukcinat in fumarat, pomemben je tudi 2-hidroksiglutarat, ki sicer ni intermediat cikla TCA, vendar pa je povezan s ciklom tako, da se sintetizira iz α-ketoglutarata. Ugotovitve, kako povečane količine metabolitov vplivajo na celico in posledično na organizem ter bolezni, so pomembne predvsem za zdravljenje bolezni, zato se za prihodnost pričakuje, da bo še večja količina znanja na tem področju prenesena v klinično uporabo.<br /> <br /> ==Pia Mencin - Akonitaza in njena vloga v celici==<br /> <br /> Načeloma pripisujemo določenemu proteinu eno funkcijo, poznamo pa tudi proteine, ki imajo dve popolnoma različni nalogi v celici. To so tako imenovani »moonlighting proteins« oziroma večnamenski proteini. Tak večnamenski protein je tudi citosolna akonitaza (cAcn). Ko je nanj vezana prostetična skupina: Fe-S kletka, deluje kot katalizator pretvorbe citrata v izocitrat. Ob razdružitvi Fe-S kletke deluje kot IRP1 (odzivni protein za železo). Ta ima zmožnost vezave na mRNA proteinov, ki sodelujejo pri metabolizmu železa, ter tako zagotavlja homeostazo železa v celici. Ob razdružitvi kletke cAcn in nastanku apoencima znanega kot IRP1 pride do konformacijskih sprememb v proteinu pri katerih nastane mesto za vezavo na IRE (odzivni element za železo), to je reža, ki na novo nastane med domenama 3 in 4 cAcn.<br /> Poleg citosolne poznamo tudi mitohondrijsko akonitazo (mAcn), ki je njena izooblika. Sodeluje v TCA ciklu, in sicer katalizira pretvorbo citrata v izocitrat, ter ščiti mtDNA pred oksidativnimi poškodbami. <br /> Proteina sta tarča ROS, ti ju poškodujejo (oksidirajo) in inaktivirajo. mAcn ob inaktivaciji z ROS posredno inhibira nastanek ROS v mitohondriju in tako deluje kot regulator oksidativnega stresa. Za preprečevanje kopičenja oksidirane mAcn v mitohondriju poskrbi Lon proteaza. <br /> Izocima mAcn ter cAcn sta še en izmed mnogih dokazov kako natančno nadzorovano in prepleteno je delovanje procesov v celici.<br /> <br /> ==Marko Kovačić - Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo==<br /> <br /> Citokini so proteini z majhno molekulsko maso (približno 5-25 kDa), ki so pomembni v celičnem signaliziranju. Delujejo tako, da se vežejo na specifične membranske receptorje in s tem regulirajo transkripcijo genov ali njihovih transkripcijskih faktorjev. Tako sprožijo imunski odziv na vnetje, infekcijo ali na druga stanja. S svojimi signalnimi mehanizmi kontrolirajo rast in aktivnost drugih celic imunskega sistema ter krvnih celic. Interlevkini so skupina citokinov, ki imajo različne funkcije, predvsem so pomembni pri komunikaciji med celicami imunskega sistema, pri vnetnih in imunomodulatornih procesih. Citokini IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 so zelo pomembni člani družine interlevkinov interlevkin-1 (IL-1). Številne raziskave so pokazale, da je ta poddružina interlevkinov pomembna pri regulaciji glikolize, tj. poti, ki je pomembna za pridobivanje energije v obliki ATP. Glikolizo lahko regulirajo na nivoju vnosa glukoze v celice ali pa na nivoju reguliranja glikolitičnih encimov, ker se njihove signalne poti prepletajo s signalnimi potmi, ki so ključne pri regulaciji glikolize. Disregulacija glikolize lahko vodi do številnih bolezni (rak, diabetes tipa 2, reumatoidni artritis, osteoartritis, astma), poddružina IL-1 pa z regulacijo glikolize lahko vpliva na potek le-teh. Vpliv na delovanje citokinov IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 tako daje številne možnosti pri zdravljenju z glikolizo povezanih bolezni in prav to je predmet številnih raziskav.<br />  <br /> ==Janja Bohte - Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu==<br /> <br /> Rak jeter je šesta najpogostejša oblika raka na svetu. Kar 90% primarnih rakov jeter predstavlja hepatocelularni karcinom (HCC). Za zdravljenje te bolezni se med drugim uporabljalo zdravila za zaviranje specifičnih signalnih poti, ki so odgovorne za rast tumorja. Tako zdravilo je sorafenib, zaviralec tirozin kinaze, na katerega organizem zaradi povečane aerobne glikolize v nekem časovnem obdobju razvije odpornost. Aerobna glikoliza oziroma Warburgov učinek je pojav, ko tumorske celice pretvarjajo glukozo v laktat kljub zadostni količini kisika. Prehod z metabolične poti oksidativne fosforilacije na pot glikolize pri HCC spodbuja celično proliferacijo ter ponuja ugodno mikrookolje za napredovanje tumorja. Odgovorna je za regulacijo invazije, metastaze, angiogeneze in odpornosti na zdravila pri HCC. Mehanizem Warburgovega učinka je kompleksen, pomembno vlogo pa imajo trije encimi, ki sodelujejo v sami presnovi glukoze: heksokinaza 2 (HK2), fosfofruktokinaza 1 (PFK1) in piruvat kinaza tipa M2 (PKM2). Ti so regulirani na več načinov in s številnimi transkripcijskimi faktorji ter metaboličnimi potmi, kot so AMPK, PI3K/Akt metabolična pot, HIF-1α, c-Myc ter nekodirajoče RNA. Zaradi pomembne vloge glikolize pri napredovanju tumorja, je usmerjanje na glavne dejavnike na tej poti, kot je inhibicija HK2, PFK ali PKM2, ključnega pomena za razvoj novih terapevtskih pristopov za zdravljenje HCC.<br /> <br /> ==Urša Štefan - Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji==<br /> <br /> Pojav dvovijačne DNA v citosolu je v celici največkrat pokazatelj celične abnormalnosti – virusne okužbe, poškodbe dednega materiala, oksidativnega stresa ali rakave transformacije. Celice so zato razvile načine zaznavanja prisotnosti DNA v citosolu. Eden izmed takšnih je signalna pot STING. Protein ciklična GMP-AMP sintetaza po vezavi z DNA sintetizira cGAMP, ki aktivira protein STING, vezan v membrani endoplazmatskega retikuluma. Ta se transportira do Golgijevega aparata, kjer mu vezava kinaze TBK1 omogoča aktivacijo transkripcijskih faktorjev IRF3 in NF-κB za citokine. Poleg odziva na citosolno DNA protein STING sodeluje tudi v regulaciji celičnega metabolizma, celičnega cikla, pri indukciji avtofagije, regulaciji ravni kalcija in kot senzor poškodb DNA. Zaradi svojega velikega obsega delovanja je signalna pot STING tarča razvoja številnih zdravil, ki pa je do zdaj bil le delno uspešen. Članek opiše signalno pot STING, njene funkcije v celici in na kratko povzame vlogo signalne poti pri zdravljenju rakavih obolenj.<br /> <br /> ==Hana Glavnik - S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida==<br /> <br /> S-glutationilacija proteinov ima v celici pomembno vlogo. Ob zvišanju koncentracije reaktivnih kisikovih spojin (ROS), se v celici vzpostavi stanje oksidativnega stresa. Ker so za celico te spojine toksične, je razvila mehanizme, ki ji pomagajo uravnavati njihovo koncentracijo in zaščitijo ostale spojine v celici pred ireverzibilno oksidacijo. Najbolj pomembna spojina med ROS je vodikov peroksid, ki ima poleg toksičnih vplivov tudi lastnosti sekundarnega sporočevalca. Ob nastopu oksidativnega stresa v celici in povišane koncentracije vodikovega peroksida, zaznata signale encima GRX1 in GRX2, ki glutationilirata proteine z vezavo glutationa (GSH) na tiolne skupine cisteinov (-SH) in jih tako zaščitita pred poškodbami. Hkrati se s potekom S-glutationilacije aktivirajo tiste metabolične poti, pri katerih nastajajo antioksidanti, največkrat NADPH, ki pomagajo razgraditi vodikov peroksid in ostale ROS spojine. Tiste poti, pri katerih nastajajo ROS spojine so inhibirane s strani S-glutationilacije, dokler ne pride do signala, ki ga sprejmeta GRX1/2. To sproži njune deglutationilacijske aktivnosti in z deglutationilacijo encimov se stanje v celici se normalizira in metabolične poti lahko potekajo nemoteno.<br /> <br /> ==Tinkara Butara - Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih==<br /> Kemotaksija je oblika gibanja, kjer se organizem giba k ugodnemu kemijskemu gradientu ali stran od toksičnega oziroma neugodnega. Oblika gibanja je značilna za premikajoče se bakterije in arheje. Kemotaksija igra pomembno vlogo pri iskanju hrane, oblikovanju biofilma in tudi pri patogenezi. Takšno gibanje, s prepoznavanjem različnih kemijskih zvrsti, nadzorujejo kemoreceptorji. To so transmembranski proteini, ki vežejo snovi iz okolice in tako sprožijo nadaljnjo signalizacijo znotraj celice, ta pa vodi do spremembe v rotaciji bička. Vezava ugodne signalne molekule vodi do konformacijskih sprememb v kemoreceptorju, ki preprečijo avtofosforilacijo kinaze CheA, ki omogoča fosforilacijo proteina CheY. Fosforiliran CheY se namreč veže na motor bička in tako spremeni njegovo rotacijo iz nasprotne smeri urinega kazalca v smer urinega kazalca. Ko biček rotira v smeri urinega kazalca, to spodbudi naključno gibanje v prostoru, ki na novo orientira bakterijsko celico. Če biček rotira v nasprotni smeri urinega kazalca, pa se celica giba naravnost proti ugodnemu kemijskemu gradientu. Prilagoditev na signal nadzorujejo regulatorni proteini (CheR, CheB, za zaključek signala pa je pomemben protein CheZ, ki hidrolizira CheY-P. Kemoreceptorji se nahajajo na polih bakterijske celice in se združujejo v skupke, kar predstavlja dodatno možnost prilagoditve na kemijski signal.<br /> <br /> ==David Valte - Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov==<br /> <br /> Jedrni hormonski receptorji (NHR) so poleg g-proteinov, receptorjev z encimsko aktivnostjo in ionskih kanalčkov le še eden od načinov biosignalizacije, ki pa se po načinu delovanja od drugih precej razlikuje. Jedrni hormonski receptorji neposredno vplivajo na transkripcijo in tako posledično tudi na izražanje genov. Z vezavo ligandov, kot so na primer vitamin d, retinoidni hormoni, tiroidni hormoni in steroidi, na receptor, pride na hormonskih receptorjih do konformacijskih sprememb. Spremembe v konformaciji receptorja pa omogočajo interakcije receptorja s specifičnimi sekvencami DNA. Te sekvence imenujemo hormonski odzivni elementi HRE/HREs, HRE se ponavadi nahajajo znotraj promotorja tarčnega gena, na teh mestih NHR delujejo kot aktivatorji transkripcije DNA. Transkripcija DNA povzroči nastanek mRNA z zapisom za nastanek proteinov, katere celica potrebuje, preko teh pa se lahko odzove na zunanje motnje. Prepoznavo zaporedij HRE in vezavo na DNA omogoča specifična sestava jedrnih receptorjev. Te so sestavljeni iz večih domen, vsaka od teh ima specifično funkcijo brez katere delovanje NR ni mogoče. Posebne domene omogočajo prepoznavo HRE, vezavo na DNA in dimerizacijo z drugimi NR. Na hormonske odzivne elemente se lahko NHR vežejo v obliki monomerov, lahko pa se NHR-ji vežejo drug z drugim, tako nastajajo dimeri. Dimeri omogočajo drugačne afinitete za vezavo z DNA.<br /> <br /> ==Alliana Kolar - Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji==<br /> Abscizinska kislina (ABA) je naravno prisoten rastlinski hormon, katerega koncentracija se poviša, ko je rastlina pod vplivom stresa in se na stres tudi odzove. Igra vlogo pri zapiranju listnih rež, ko rastlini primanjkuje vode, inhibira kalitev, spodbuja dormanco, vpliva na cvetenje, staranje listov, zorenju plodov ipd. Ker je sintetična ABA nestabilna in ob zunanjem nanosu ne pokaže vpliva na rastlino, je potrebno z modeliranjem antagonistov oziroma agonistov sintetizirati analoge, ki bi bodisi promovirali/oponašali ali zavirali njeno delovanje. Z njimi bi agronomi lahko manipulirali na delovanje rastline in imeli nadzor nad njim, kar bi posledično prineslo večji donos zaradi večje količine in kakovosti proizvodov. Za to pa je potrebno dobro poznati molekulo in njeno biokemijsko delovanje ob signalizaciji in tudi druge spojine, s katerimi regulira procese v rastlini. Ker pa je to področje še dokaj neraziskano in nepojasnjeno, je zelo težko najti prave analoge in dodatno sintetizirati še boljše. Vendar pa po odkritju sintetične molekule pirabaktin, ki je delovala kot primeren agonist, so odkrili še 14 receptorjev ABA, imenovanih PYR (Pyrabactin Resistance)/PYR-like/(RCARs)Regulatory Components of ABA Receptors in s tem še boljše razumeli delovanje ABA in njene signalizacije.<br /> <br /> == Gaja Starc - Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres==<br /> <br /> Vse daljša sušna obdobja, visoke temperature in nizka vlažnost, od pritrjenih organizmov zahtevajo prilagoditve, s katerimi lahko izboljšajo uporabo energije in kemijskih virov v raznovrstnih razmerah. Kot mehanizem, ki omogoča nadzor nad ravnotežjem med izgubo vode in izmenjavo plinov, so rastline v krovnih tkivih razvile aktivno regulirane odprtine – reže. Reže so ključne za fiksacijo atmosferskega ogljika pri fotosintezi, hkrati pa rastline zaradi rež izgubijo 95 % vode v ozračje. Regulacija premikanja listnih rež je ključna za uspešno rast in razvoj rastline. Premikanje rež je tesno povezano z zaporedjem kompleksnih procesov zaznavanja, prenosa in uravnavanja signalov v celicah zapiralkah. Vodikov sulfid (H2S) uravnava premikanje celic zapiralk in sodeluje pri uravnavanju in prenosu signalov v organizmih ter tako sodeluje pri prilagajanju rastline na spremembe v okolju in odzivih na abiotski oziroma biotski stres. Novejše študije pri navadnem repnjakovcu (''Arabidopsis thaliana'') so pokazale, da zunanji H2S spodbuja zapiranje listnih rež, pri čemer sodeluje s fitohormoni in signalnimi molekulami. Glavna signalna pot, pri kateri sodeluje, je persulfidacija proteinov – post-translacijska modifikacija pri kateri so tiolne skupine cisteinskih ostankov modificirane v persulfidne. Sodeluje tudi pri uravnavanju aktivnosti ionskih kanalčkov v celicah zapiralkah, ki so ključni pri nadzoru premikanja listnih rež in pomaga omiliti oksidativni stres z vplivom na koncentracijo reaktivnih kisikovih zvrsti v celicah zapiralkah.<br /> <br /> == Andraž Rotar - Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih==<br /> Signalna pot kinaze janus (angl. janus kinase-JAK) in signalnega prenašalca in aktivatorja transkripcije (angl. signal transducer and activator of transcription-STAT), krajše JAK/STAT, je prisotna v večini večceličnih organizmih. Mehanizem poti je eleganten in presenetljivo preprost način, s katerim zunajcelični faktorji povzročijo gensko izražanje. Prepisani geni so nujni pri bioloških procesih kot so celična rast, diferenciacija, apoptoza in imunskem odzivu. Signalizacija JAK/STAT je v celici močno regulirana. Primarni regulatorji spadajo v tri skupine, in sicer med zaviralce citokinske signalizacije (angl. suppressor of cytokine signaling-SOCS), proteinske inhibitorje aktiviranih STAT (angl. protein inhibitors of activated STAT-PIAS) in protein tirozinske fosfataze (angl. protein tyrosine phosphatase-PTP). Če se v organizmu pojavi okvara signalne poti ali njene regulacije to privede do raznih avtoimunih bolezni kot so revmatoidni artritis, Parkinsonova bolezen ter multipla skleroza. Ker pa pot nadzira tudi celični cikel, lahko mutacije genov, odgovornih za sintezo sestavnih delov poti, privedejo do rakavih obolenj. Da bi se z temi patološkimi stanji lahko spopadali, raziskovalci z veliko vnemo iščejo nove vedno boljše inhibitorje signale poti. Do ne daljnega smo poznali le inhibitorje za JAK, sedaj pa jih razvijajo tudi za STAT. V seminarski nalogi so predstavljeni vsi zgoraj našteti proteini, patološka stanja povezana z JAK/STAT, ter inhibitorji za njihovo zdravljenje.<br /> <br /> == Pia Špehar - Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu==<br /> Integrini so adhezijski receptorski proteini, zgrajeni iz dveh podenot. Imajo mnogo različnih funkcij, in sicer povezujejo citoskelet in zunajcelični matriks, s tem posledično povežejo notranjost celice z njeno okolico. Delujejo kot prenašalci signalov in spodbujevalci celične proliferacije in preživetja. Sodelujejo pri imunskem odzivu, apoptozi, celični diferenciaciji, mnoge raziskave pa so pokazale, da so ključni tudi pri signalizaciji in regulaciji vezikularnega transporta. Ključno vlogo imajo pri eksocitozi biosintetskih in sekretornih veziklov, saj nase vežejo mikrotubule in preko njih usmerjajo vezikle do celične površine. Sodelujejo tudi pri procesu degranulacije v trombocitih in levkocitih, pri agregaciji trombocitov in posledično pri hemostazi, ki je prva stopnja celjenja ran. V citotoksičnih limfocitih prepoznava antigena na tarčni celici povzroči sidranje mikrotubulov na integrine. Ti se nato povežejo z medcelično adhezijsko molekulo in tako sprožijo prenos signala za celično smrt tarčne celice. V trombocitih pa integrin-posredovana degranulacija α-granul omogoči agregacijo trombocitov in s tem nastanek krvnega strdka, ki zaustavi krvavitev. Integrini sodelujejo tudi pri endocitozi, in sicer pri vnosu virusov in zunajceličnih veziklov v celico. V celico se lahko prenese virus, vsebina veziklov ali pa samo signal, ki sproži nadaljnje procese znotraj celice. Pomembni so tudi za prenos signalov pri endocitotskem recikliranju receptorjev tirozin kinaz (RTK).<br /> <br /> ==Tina Urh - Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti receptorjev kot tarča zdravljenja==<br /> Nevrotransmiterji acetilholin, norepinefrin, dopamin, serotonin, subtanca P, GABA in glutamat posredujejo stimulatorne ali inhibitorne živčne funkcije preko vezave na specifične receptorje. Izločajo se iz avtonomnih živcev, ganglijev, nadledvične žleze, rakavih celic in celic imunskega sistema. Spremenjena komunikacija med živčnim in imunskim sistemom in uporaba receptorskih agonistov/antagonistov je vedno pogosteje tarča zdravljenja nevrodegenerativnih, imunopatoloških in avtoimunskih bolezni. E in NE sta stresna hormona in interagirata z α in β adrenergičnimi receptorji; aktivacija β2-AR (agonist izoprotenerol) spoodbuja rast tumorja. Blokira jo antagonist propranolol. GABA je pomirjevalo in antidiabetično sredstvo, stimulira rakavo proliferacijo preko GABAA; A receptorski agonist je muscimol. Vendar pa je vpliv GABA odvisen od tipa raka in receptorja. Serotonin (5-HT) ima vlogo vazokonstriktorja; proizvajajo ga imunske celice. Antagonisti 5-HT2AR imajo antipsihotične in antidepresivne lastnosti. Povečanje števila receptorjev 5-HT1A kaže na zaviranje izločanja serotonina in posledično povečano depresivnost. Dopamin oz. agonisti DA receptorjev izkazujejo inhibitorni efekt na rast tumorja. Neselektivni agonisti so učinkoviti za zdravljenje bolezni CŽS. Tudi vloge dopamin receptorjev so specifične glede na tip tumorja. Substanca P spada v družino nevropeptidov in spodbuja razvoj raka. Inhibicija receptorja NK-1 s specifičnimi antagonisti povzroči antitumorske učinke. Glutagonski agonisti lahko sprožijo smrt T celic, odvečni Glu vpliva na razvoj epilepsije in raka. Za zdravljenje bi se lahko uporabljalo inhibitorje mGluR1.<br /> <br /> == Katja Resnik - Signalna omrežja, ki povzročajo raka ==<br /> Normalno delovanje vsake posamezne celice in posledično organizma kot celote nam omogočajo številni procesi, kjer je ključnega pomena njihova regulacija. Tako lahko spremenjene signalne poti, ki v naših celicah uravnavajo predvsem procese celične proliferacije, diferenciacije, apoptoze in na splošno celičnega cikla privedejo do številnih bolezni, med drugim tudi do razvoja raka. Dve ključni poti, ki sta pri večini človeških oblik raka napačno regulirani sta signalni poti RAS in APC. RAS proteini so vrsta G proteinov, ki regulirajo normalen potek celičnega cikla preko povezovanja z efektorskimi proteini. Onkogene oblike RAS proteinov, ki so posledica mutacij, povzročijo njihovo nenehno aktivnost, kar vodi v transformacijo signalne poti. Ta se odraža v izražanju genov, ki se sicer naj ne bi izražali, kar lahko vodi v nenehno spodbujanje celične proliferacije. Po drugi strani pa do podobnega učinka pride tudi zaradi napak v signalni poti APC, ko okvarjen protein APC ne more več opravljati funkcije zmanjševanja koncentracije ključnega proteina za regulacijo in prehod iz faze celične proliferacije v fazo diferenciacije in staranja celic. Proučevanje takšnih signalnih poti nam omogoča spoznavanje vplivov določenih mutacij na posamezne procese in njihovo prispevanje k razvoju raka. Pomembno je le, da na signalne poti gledamo kot na prepletena omrežja, kar lahko ključno prispeva k razvoju uspešnih zdravil in metod zdravljenja omenjene bolezni.<br /> <br /> == Nuša Kos Thaler - Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice ==<br /> Glikogen je makromolekula, sestavljena iz enot glukoze, ki jo najdemo predvsem v jetrih in mišicah. Njegov metabolizem je ključnega pomena za pridobivanje in shranjevanje energije v človeškem telesu. Če ne deluje pravilno, lahko povzroča različne bolezni, ki jim s skupnim imenom rečemo bolezni kopičenja glikogena (glycogen storage diseases – GSD). Te so praviloma genetske in povezane z mutacijami genov, ki kodirajo encime za sintezo, razgradnjo ali regulacijo dolžine glikogenskih verig. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa I je mutiran encim α-glukoza-6-fosfataza, ki katalizira pretvorbo iz glukoze-6-fosfata v glukozo, kar lahko povzroči hipoglikemijo pacientov. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa II je mutiran encim za razgradnjo glikogena v lizosomu (kisla α-glukozidaza). Zaradi neaktivnosti encima se glikogen ne more razgraditi in se nalaga v lizosomih. Če ti počijo, lahko poškodujejo celico, kar privede do mnogih okvar v telesu, predvsem do progresivne mišične oslabelosti. Zelo poseben tip bolezni je Laforina bolezen, kjer se pokaže pomembnost glikogena še v drugih organih, možganih. Pri njej se zgodijo mutacije na genih za laforin in malin, ki skupaj regulirata dolžine stranskih verig glikogena. Pogosta posledica so epileptični napadi. Kljub mnogim raziskavam na tem področju najučinkovitejših rešitev za zdravljenje omenjenih bolezni še nismo odkrili.<br /> <br /> == Karidia Kolbl - Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom ==<br /> Povezava med funkcijo spanja in nevropsihiatričnimi boleznimi, kot je depresija, ter nevrološkimi motnjami v obliki migren, je danes raziskovano a precej neopredeljeno področje. Nedavne študije so pokazale, da med spancem obnavljamo zaloge glikogena, ki jih med budnostjo porabimo. Kasneje pa so ugotovili, da pomanjkanje spanca povzroča povišano količino možganskega glikogena, kar opisuje “glikogenetska” hipoteza. Ta pravi, da sinteza in poraba glikogena potekata med budnostjo so časno, medtem ko upad prenosa vzdražnostnih signalov med nevroni v stanju spanja ustvarja neravnovesje. Zmanjšana aktivnost se odraža v kopičenju glikogena med spanjem. Njegova vloga je namreč energijsko zalagati celice, še posebej med aktivno nevrološko signalizacijo (sinaptične povezave) in s tem vzpostavljati koncentracijo kalija in glutamata. Pri osebkih, ki pa jim spanca primanjkuje, prihaja do transkripcijskih sprememb, kar lahko povzroča migrene. Njihova raven možganskega glikogena je namreč znatno manjša in so posledično nezmožni ohranjati ustrezne količine kalija in glutamata znotraj in zunaj celic. To se odraža v kortikalni depolarizaciji, ki se širi po možganski skorji med živčnimi vlakni in se elektrofiziološko gledano povezuje z avro (drugo fazo) migrene. Namen seminarske naloge je torej pregled nekaterih ugotovitev in domnev v zvezi z glikogenezo in glikogenolizo, ter posledicami njune aktivnosti.<br /> <br /> ==Zarja Weingerl - Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu==<br /> Sukcinat ima v Krebsovem ciklu vlogo enega od intermediatov. Gre za dianion dikarboksilne kisline, torej se od sukcinske kisline razlikuje le v številu dveh H atomov na karboksilnih skupinah. Njegova vloga v metabolizmu pa ni omejena le na Krebsov cikel. Je namreč pomemben medcelični komunikator ter vpliva na vnetni odziv organizma. Veže se na receptor GPR91, ki je eden od regulatornih modulatorjev pri različnih podskupinah celic, in sodeluje pri regulaciji krvnega tlaka. Sukcinat je lahko eden od vzrokov za nastanek psevdohipoksičnega stanja, ki nastane zaradi aktivacije hipoksijske signalne poti kljub zadostni meri kisika. Deluje lahko kot kemoatraktant (snov, ki inducira premike). Zaradi njegove povezave z GABA šantom (poteka tudi v anaerobnih pogojih) pa sinteza sukcinata ni odvisna le od anaerobnih pogojev, ki so potrebni za delovanje Krebsovega cikla. Sukcinat deluje kot promotor metilacije DNA, ter vpliva na potek sukcinilacije. Sukcinilacija je posttranslacijska modifikacija pri kateri pride do vezave sukcinilnih skupin na lizinske ostanke. Da je zmožen opravljati vse te in še mnoge druge naloge igra pomembno vlogo njegov transport. Transportira se lahko preko obeh membran mitohondrija, ter tako prispe v citosol, možen pa je tudi njegov transport v medcelični prostor.<br /> <br /> ==Ena Kartal - Metabolizem lipojske kisline in mitohondrijska redoks regulacija==<br /> Lipojska kislina je kofaktor mitohondrijskih multiencimskih kompleksov, ki vsebuje žveplo, in je kovalentno vezan z encimom preko lizina. Prav zaradi tega, ker se nahaja v vsaki celici v našemu organizmu in kot kofaktor sodeluje pri nastanku energije organizma, je predmet različnih raziskav. Ključna njegova funkcionalna lastnost je, da se lahko podvrže redoks reakcijam. Po vsaki reakciji kjer sodeluje lipoilni kofaktor z svojo disulfidno obliko, ki deluje kot akceptor elektronov, mora potekati reoksidacija dihidrolipoamida, ki jo katalizira flavoencim lipoamid dehidrogenaza. Do danes je lipojska kislina spregledan kofaktor mitohondrijskih multiencimskih kompleksov. Ko so jo prvič izolirali iz živalskih jeter, so jo primerjali z vitaminom, ker je povezana z biosintezo maščobnih kislin, SAM (ki sodelujejo pri biosintezi biotina) in biosintezo železo-žveplovega žepka z oksidativno sposobnostjo cikla trikarboksilnih kislin. Danes se uporablja tudi kot prehransko dopolnilo. Pomanjkanje LA kofaktora vodi do disfunkcije bistvenih encimskih kompleksov, ki sodelujejo v mitohondrijskem metabolizmu, kar provzroča različne bolezni. Za zdravljenje bolzni, ki nastajajo zaradi pomanjkanja regulacije lipoilacije encimov, so še vedno potrebne dodatne raziskave, ker še obstajajo neodgovorjena vprašanja glede ''reciklažne poti'' pri biosintezi LA pri ljudeh.<br /> <br /> ==Sara Jerič - Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na metiliranje histonov in DNA ter posledično na proces staranja==<br /> Intermediati cikla citronske kisline imajo pomembno vlogo pri regulaciji epigenetskih in neepigenetskih sprememb. Pri tem so najbolj pomembni 2-oksoglutarat, sukcinat in fumarat, ki z aktivacijo oz. inhibicijo vplivajo na veliko družino encimov dioksidaz, ki so odvisne od 2-oksoglutarata (2-OGDO). Ti encimi pri regulaciji neepigenetskih sprememb vplivajo na sintezo kolagena in nadzorujejo količino kisika v celici (npr. Sprožijo primeren odziv, če pride do hipoksije). Pri regulaciji epigenetskih sprememb pa 2-OGDO encimi vplivajo na metilacijo DNA in histonov ter posledično transkripcijo in izražanjem genov. Metilacija DNA poteka z encimoma DNA metiltranferaza in DNA demetilaza, metilacija histonov pa z encimoma histon metiltransferaza in histon demetilaza. Spremembe pri metilaciji DNA in histonov povzročijo tudi spremembe pri kromatinu, kar pa povezujemo s procesom staranja. S staranjem se torej zmanjša količina obnovitvenih procesov (npr. ob staranju matične celice zmanjšajo količino popravil poškodb tkiv). Proces staranja ni točno programiran v celici, temveč je naključen degradirajoč proces, ki so ga sprožile epigenetske spremembe. Intermediati Krebsovega cikla pa lahko povzročijo tudi epigenetske spremembe, ki se kažejo pri boleznih povezanih s staranjem, npr. Alzheimerjeva bolezen. Čeprav vloga intermediatov Krebsovega cikla in njihov mehanizem pri procesu staranja še ni točno določen, lahko zagotovimo, da predstavljajo enega kjučnih regulatorjev epigenetskih sprememb, ki pa vplivajo na proces staranja.<br /> <br /> ==Nik Vidmar - Presnova, učinki ter bolezenska stanja kot posledica povišanih koncentracij ketonskih telesc==<br /> Ketonska telesca nastajajo v jetrih v okoliščinah, ko je prisotnost glukoze prenizka za normalno delovanje organov, kot so na primer možgani. Predstavljajo jih molekule acetoacetata, ki nastaja pri presnovi maščobnih kislin ob pomankanju glukoze, 3-β-hidroksibutirata, ki nastaja v mitohondrijih jetrnih celic in acetona. Najpomembnejša med ketonskimi telesci sta acetoacetat in 3-β-hidroksibutirat, saj se transportirata kot vir energije iz jeter v druga tkiva. Tretje ketonsko telo aceton ni zelo pomembno, saj se ne porablja kot vir energije in se preko pljuč izloča iz telesa. Ketonska telesca so pomembna zato, ker pripomorejo k varčevanju glukoze in zmanjšujejo proteolizo v času, ko je glukoze v telesu premalo, kar pomaga pri ohranjanju zdravja in funkcionalnosti telesa. Nekateri organi, kot so možgani, niso zmožni uporabiti maščobnih kislin kot vir energije, zato uporabijo ketonska telesca, ki so alternativni vir energije v primeru daljše lakote ali posta. Uravnavajo tudi nivo sproščanja inzulina in povzročijo peroksidacijo lipidov. V nižjih koncentracijah se v krvi neprestano nahajajo pri zdravih ljudeh. Njihove koncentracije se delno povečajo pri dolgi telovadbi in postu. Povišana koncentracija ketonskih telesc je lahko posledica zastrupitve, na primer z alkoholom, kar vodi do alkoholne ketoacidoze. V primeru diabetesa pa lahko povišana koncentracija vodi do diabetične ketoacidoze. Tako stanje je zelo nevarno in lahko, če ga ne zdravimo, privede do smrti.<br /> <br /> ==Gašper Struna - Oksidacija maščobnih kislin v peroksisomih==<br /> Oksidacija maščobnih kislin je pomemben proces, ki je vključen tako v anabolne kot katabolne metabolične poti. Ta proces poteka v mitohondrijih, kjer ima predvsem katabolno vlogo, ter v peroksisomih, kjer pa ima bolj anabolno vlogo. β-oksidaciji maščobnih kislin sta v obeh organelih zelo podobni. Obstajajo pa tudi mnoge razlike. Geni za encime, ki sodelujejo pri oksidaciji v posameznem organelu, so različni. V prenosu maščobnih kislin skozi membrano sodelujeta različna transporterja. V prvem koraku β-oksidacije se peroksisomski FADH2 takoj oksidira nazaj, pri tem pa elektrone sprejme kisik, medtem ko pri mitohondriju vstopi v elektronsko prenašalno verigo. Multifunkcijski protein (MP) pri peroksisomu za razliko od mitohondrijskega ne vsebuje tiolazne aktivnosti; ima pa peroksisom dva MP, pri čemer eden lahko reagira tudi z D-izomeri β-hidroksiacil-CoA.<br /> V peroksisomu se maščobne kisline le delno oksidirajo, dokončna oksidacija poteče v mitohondriju, lahko pa oksidacija maščobnih kislin v peroksisomu služi le skrajševanju verige v anabolnih poteh, na primer pri biosintezi nekaterih lipidov. Peroksisomska oksidacija je predvsem pomembna pri oksidaciji dolgoverižnih in razvejanih maščobnih kislin. Veliko podrobnosti o oksidaciji v tem organelu pa je še vedno nepojasnjenih ali pa za njih obstajajo le modeli kot na primer pri načinu reoksidacije NADH in transportu acil-CoA skozi membrano. Pomembnost tega procesa pa nakazujejo tudi številne bolezni povezane s peroksisomsko β-oksidacijo, zaradi česar je razumevanje tega procesa zelo pomembno.<br /> <br /> ==Neža Peternel - Uravnavanje oksidacije maščobnih kislin v skeletnih mišicah s prehrano in telesno vadbo==<br /> Maščobe poleg ogljikovih hidratov predstavljajo pomemben vir energije za delovanje naših organizmov. Maščobne kisline (MK) se v mišicah oksidirajo in vodijo do nastanka ATP molekul. Poznavanje mehanizma oksidacije MK omogoča lažje razumevanje regulacije procesa pod vplivom različnih zunanjih dejavnikov. Med pomembnejše regulatorne proteine štejemo maščobno-kislinsko translokazo CD36, ki se nahaja v sarkolemi in regulira vnos MK v mišične celice, in karnitin-aciltransferaze (CPT1, CPT2 in CACT), ki nadzirajo vnos MK v mitohondrij. Pri procesu β-oksidacije maščobnih kislin je pomemben encim β-hidroksi-acil-CoA dehidrogenaza, ki omejuje hitrost reakcije. Dokazali so, da vzdržljivostna zmerna vadba in povečan vnos maščob pozitivno vplivata na regulacijo proteinov, ki so vključeni v proces oksidacije. Maščobne kisline in krčenje skeletnih mišic v tem primeru delujejo kot signali, ki navidezno inducirajo izražanje beljakovin v metabolnih poteh lipidov in s tem povečajo presnovno sposobnost maščobnih kislin. Pomembni signalni receptorji so jedrni transkripcijski faktorji PPAR, ki vplivajo na izražanje genov za regulatorne proteine. <br /> V zadnjem času se zelo razvija farmacevtsko področje vadbene mimetike (ang. exercise mimetics). Z različnimi zdravili in prehranskimi dodatki želijo posnemati pozitivne učinke vadbe na organizem in tako olajšati poteke določenih bolezni ter zmanjšati delež ljudi s prekomerno telesno težo. Hkrati pa z razvojem takšnih zdravil prihaja tudi do dopinških zlorab v vrhunskem športu.<br /> <br /> == Urša Zevnik - Genetske napake mitohondrijske oksidacije maščobnih kislin in karnitinskega transporta==<br /> Mitohondrijska oksidacija maščobnih kislin je ključen metabolni proces za zagotavljanje energije, ko se izpraznijo zaloge glikogena, za nekatere procese pa predstavlja preferenčni vir energije tudi, ko je glukoze dovolj. Za skoraj vse proteine, ki sodelujejo v procesu β-oksidacije maščobnih kislin ali karnitinskemu transportu le teh v mitohondrij, so znane genetske napake, ki povzročijo pomanjkanje ali zmanjšano aktivnost teh proteinov. Popolna odsotnost večinoma vodi v smrt v prvih dneh življenja, za delno pomanjkanje pa so značilna srčna, mišična in ledvična obolenja ter pogoste hipoglikemije. Simptomi so odvisni od posameznika, stopnje pomanjkanja in vrste okvarjenega proteina. So posledica porušene energijske homeostaze in nabiranja toksičnih metabolitov. Trajno zdravilo ne obstaja, zdravljenje pa temelji na preprečevanju katabolizma z izogibanjem postenja ali naporne fizične aktivnosti in na dieti z manjšim deležem maščob. Na voljo so tudi zdravila, ki na različne načine, na primer z obnavljanjem metabolitov cikla citronske kisline ali spodbujanjem transkripcije encimov β-oksidacije lahko omilijo simptome, vendar je njihova učinkovitost omejena. Kljub zanesljivim metodam diagnostike in presejalnim testiranjem novorojenčkov smrtnost zaradi teh bolezni ostaja visoka.<br /> <br /> == Tina Javeršek - Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije==<br /> Hiperamoniemija (HA) je stanje povišane koncentracije amonijaka v krvi, ko pride do neravnovesja med količino nastalega in odstranjenega amonijaka. Ta se v naravi nahaja predvsem v reducirani obliki kot amonijev ion NH₄⁺. Vzroka za nastanek HA sta največkrat prekomerno nastajanje odvečnega amonijaka v debelem črevesu in nezadostno razstrupljanje pri motnjah v ciklu uree. Razlikujemo med primarno in sekundarno (pridobljeno) HA. Za zdravljenje se uporablja predvsem laktuloza, sintetični disaharid, ki se v našem telesu ne presnavlja. Pogosto je tudi zdravljenje z antibiotikom rifaksiminom, ki inhibira sintezo bakterijske RNA in tako preprečuje rast bakterij, ki proizvajajo encim urezo. Ta katalizira hidrolizo sečnine, pri tem pa nastajajo amonijevi ioni. Pri visokih koncentracijah imajo toksične učinke in lahko povzročijo ireverzibilne okvare centralnega živčnega sistema. Natrijev benzoat in fenilacetat nase vežeta glicin in glutamin, nastala hipurat in fenilacetilglutamin pa se izločata z urinom. Kot sredstva za zdravljenje hiperamoniemije se uporabljajo še aminokisline z razvejano verigo, L- arginin, L-citrulin in karglumova kislina. Ob akutnem povišanju koncentracij amonijaka v krvi se ta odstranjuje s hemodializo, s čimer v najkrajšem možnem času dosežemo znižanje njegovih koncentracij. Genska in celična terapija obljubljata učinkovit pristop pri zdravljenju, vendar so potrebne še številne raziskave na tem področju.<br /> <br /> == Klara Kočman - Bowman-Birkov inhibitor ==<br /> Bowman-Birkov inhibitor, inhibira tako tripsin kot tudi α-kimotripsin. Z njima tvori kompleks 1:1 oz. 1:1:1 ko sta na inhibitor vezana oba encima. Reakcijsko mesto za inhibicijo tripsina se nahaja na mestu Lys 16–Ser 17, za inhibicijo kimotripsina pa na mestu Leu 42–Ser 44. Naloga tripsina in kimotripsina je cepitev večjih peptidov na manjše peptide v trebušni slinavki. Bowman-Birkov inhibitor najdemo v nekaterih travniških rastlinah in vseh stročnicah, predvsem v soji. Uživanje surove soje lahko vodi do hipertrofije trebušne slinavke pri živalih. Je tudi zelo učinkovit pri preprečevanju karcinogeneze, zato iščejo način kaki bi lahko z Bowman-Birkovim inhibitorjem preventivno preprečevali raka brez toksičnosti za maligne celice in vitro. V soji pa najdemo tudi Bowman-Birkovem inhibitorju podoben Kunitzov inhibitor. Znanstveniki so ugotovili, da sta Bowman-Birkovemu inhibitorju v določenih sekvencah podobna tudi inhibitor limskega ter vrtnega fižola. Bowman-Birkov inhibitor se lahko zaradi svojih sedmih disulfidnih vezi cepi na več različnih peptidov, ki ohranijo svojo inhibitorno aktivnost. Inhibitor se v raztopinah z visoko koncentracijo inhibitorja med seboj reverzibilno poveže v dimere in trimere, kar lahko vidimo tudi pri inhibitorju, izoliranem iz soje, ki je v obliki trimera.<br /> <br /> == Miha Razdevšek - Motnje razgradnje glicina in njihove posledice ==<br /> <br /> Glicin je najmanjša aminokislina, ki se razgrajuje po treh poteh. Pri ljudeh je najpogostejša razgradnja z glicin cepitvenim encimom (glycine cleavage enzyme, GCE). Ta encim je sestavljen iz štirih proteinov, ki glicin pretvarjajo v CO2 in NH4+. Ko pride do mutacij GCE, se glicin po tej poti ne more več razgrajevati in se posledično kopiči v celici. To stanje imenujemo neketotska hiperglicinemija (nonkertotic hyperglicemia, NKH). V eni izmed metabolnih poti, ki se pri takšnih pogojih aktivirajo nastane zelo reaktivna molekula metilglioksal (MGO). MGO se kovalentno poveže s proteini in DNA, kar imenujemo glikacija. Produkte, ki pri tem nastanejo pa končni produkti napredovane glikacije (advanced glycation end products, AGE). Primarno se MGO poveže z argininom na proteinih in deoksigvanozinom na DNA. Glikacija proteinov vpliva na izgubo njihove funkcije in povezavo ekstracelularnih ter intracelularnih proteinov. Reakcija z DNA pa predstavlja nevarnosti povezane z genomsko nestabilnostjo. Povišane vrednosti MGO se povezuje z boleznimi staranja, diabetesom, debelostjo, rakom in nevrodegenerativnimi boleznimi. Izziv predstavlja predvsem razumevanje pomena MGO pri normalnem fiziološkem stanju, koncentracija, pri kateri postane MGO toksičen in možnost uporabe MGO za specifično diagnostiko bolezni.<br /> <br /> == Jan Trebušak - Vloga Karbamoil Fosfat Sintetaze 1 ==<br /> <br /> Karbamoil fosfat sintetaza 1 (CPS1) je kompleksen, večdomenski ter evolucijsko konservativen encim, ki katalizira prvo reakcijo v ciklu uree. Encim je sestavljen iz okoli 1500 aminokislin in ima dve katalitični mesti na katerih poteka fosforilacija substratov, njegov alosterični efektor pa je N-acetil-L-glutamat (NAG). Ker reakcije na CSP1 predstavljajo ‘vstopni’ korak v cikel uree ima vsakršna okvara lahko hude posledice. Najočitnejši simptom je akutna hiperamonemija oz. povišanje koncentracije amoniaka v krvi, ki lahko ob kronični izpostavitvi vodi v nevrodegenerativna obolenja. Čeprav je hiperamonemija glavni in najbolj akutni zaplet pri okvari CSP1, pa ni edini. Raziskave so pokazale, da ima CSP1 vpliv tudi na nastanek in rast raka, razvoj kardiovaskularnih obolenj in tudi zmožnost posameznikov za vzdrževanje konstantne telesne mase. Trenutne oblike zdravljenja vključujejo strogo izogibanje aminokislinam v prehrani in uživanje dodatkov, ki nase vežejo dušik iz organizma. Naprednejše oblike zdravljenja, kot so genska terapija in jemanje analogov NAG, ki bi spodbudili delovanje tudi nepravilno delujoče CSP1 so v začetnih fazah kliničnih testiranj. Pri genskem zdravljenju predstavlja težavo tudi to, da je večina inaktivirajočih mutacij na CSP1 specifičnih za posamezne družine ali majhne populacije, kar pomeni, da vsaka od the potrebuje posebaj prilagojeno zdravljenje. Na tem področju je potrebno opraviti še veliko raziskav, da bi odkrili zdravilo za nedelujočo CSP1.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2021&diff=19594 2021-12-03T20:39:12Z

<p>Jan Trebušak: /* Jan Trebušak - Valoga Karbamoik Fosfat Sintetaze 1 */</p> <hr /> <div>= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 =<br /> <br /> ==Klara Ažbe - Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni==<br /> <br /> Mitohondrij je celični organel, ki pomembno prispeva k delovanju celice. Njegova glavna naloga je proizvodnja energije, poleg tega pa ne smemo zanemariti vloge stranskih produktov, ki ob proizvodnji energije nastanejo. Pri pridobivanje energije ima pomembno vlogo Krebsov cikel, v katerem nastane kar nekaj metabolitov. Njihova pomembnost je bila prvotno prepoznana pri sintezi makromolekul (nukleotidov, proteinov, lipidov), kasneje pa se je izkazalo, da so tudi zelo pomembne signalne molekule, ki nadzorujejo modifikacije kromatina, hipoksični odziv, metilacije DNA in imunski odziv. Količina posameznega intermediata je v celici natančno regulirana, vendar pa se lahko zgodi, da pride do določene mutacije, na primer mutacije encima za razgradnjo metabolita, posledično pa se ta metabolit začne kopičiti v celici. To lahko privede do sprememb v fiziologiji celice in do različnih bolezni, kakšne bodo te spremembe in bolezni pa je odvisno od vrste metabolita. Med bolj vplivne metabolite spadajo acetil-CoA, α-ketoglutarat, sukcinat in fumarat, pomemben je tudi 2-hidroksiglutarat, ki sicer ni intermediat cikla TCA, vendar pa je povezan s ciklom tako, da se sintetizira iz α-ketoglutarata. Ugotovitve, kako povečane količine metabolitov vplivajo na celico in posledično na organizem ter bolezni, so pomembne predvsem za zdravljenje bolezni, zato se za prihodnost pričakuje, da bo še večja količina znanja na tem področju prenesena v klinično uporabo.<br /> <br /> ==Pia Mencin - Akonitaza in njena vloga v celici==<br /> <br /> Načeloma pripisujemo določenemu proteinu eno funkcijo, poznamo pa tudi proteine, ki imajo dve popolnoma različni nalogi v celici. To so tako imenovani »moonlighting proteins« oziroma večnamenski proteini. Tak večnamenski protein je tudi citosolna akonitaza (cAcn). Ko je nanj vezana prostetična skupina: Fe-S kletka, deluje kot katalizator pretvorbe citrata v izocitrat. Ob razdružitvi Fe-S kletke deluje kot IRP1 (odzivni protein za železo). Ta ima zmožnost vezave na mRNA proteinov, ki sodelujejo pri metabolizmu železa, ter tako zagotavlja homeostazo železa v celici. Ob razdružitvi kletke cAcn in nastanku apoencima znanega kot IRP1 pride do konformacijskih sprememb v proteinu pri katerih nastane mesto za vezavo na IRE (odzivni element za železo), to je reža, ki na novo nastane med domenama 3 in 4 cAcn.<br /> Poleg citosolne poznamo tudi mitohondrijsko akonitazo (mAcn), ki je njena izooblika. Sodeluje v TCA ciklu, in sicer katalizira pretvorbo citrata v izocitrat, ter ščiti mtDNA pred oksidativnimi poškodbami. <br /> Proteina sta tarča ROS, ti ju poškodujejo (oksidirajo) in inaktivirajo. mAcn ob inaktivaciji z ROS posredno inhibira nastanek ROS v mitohondriju in tako deluje kot regulator oksidativnega stresa. Za preprečevanje kopičenja oksidirane mAcn v mitohondriju poskrbi Lon proteaza. <br /> Izocima mAcn ter cAcn sta še en izmed mnogih dokazov kako natančno nadzorovano in prepleteno je delovanje procesov v celici.<br /> <br /> ==Marko Kovačić - Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo==<br /> <br /> Citokini so proteini z majhno molekulsko maso (približno 5-25 kDa), ki so pomembni v celičnem signaliziranju. Delujejo tako, da se vežejo na specifične membranske receptorje in s tem regulirajo transkripcijo genov ali njihovih transkripcijskih faktorjev. Tako sprožijo imunski odziv na vnetje, infekcijo ali na druga stanja. S svojimi signalnimi mehanizmi kontrolirajo rast in aktivnost drugih celic imunskega sistema ter krvnih celic. Interlevkini so skupina citokinov, ki imajo različne funkcije, predvsem so pomembni pri komunikaciji med celicami imunskega sistema, pri vnetnih in imunomodulatornih procesih. Citokini IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 so zelo pomembni člani družine interlevkinov interlevkin-1 (IL-1). Številne raziskave so pokazale, da je ta poddružina interlevkinov pomembna pri regulaciji glikolize, tj. poti, ki je pomembna za pridobivanje energije v obliki ATP. Glikolizo lahko regulirajo na nivoju vnosa glukoze v celice ali pa na nivoju reguliranja glikolitičnih encimov, ker se njihove signalne poti prepletajo s signalnimi potmi, ki so ključne pri regulaciji glikolize. Disregulacija glikolize lahko vodi do številnih bolezni (rak, diabetes tipa 2, reumatoidni artritis, osteoartritis, astma), poddružina IL-1 pa z regulacijo glikolize lahko vpliva na potek le-teh. Vpliv na delovanje citokinov IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 tako daje številne možnosti pri zdravljenju z glikolizo povezanih bolezni in prav to je predmet številnih raziskav.<br />  <br /> ==Janja Bohte - Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu==<br /> <br /> Rak jeter je šesta najpogostejša oblika raka na svetu. Kar 90% primarnih rakov jeter predstavlja hepatocelularni karcinom (HCC). Za zdravljenje te bolezni se med drugim uporabljalo zdravila za zaviranje specifičnih signalnih poti, ki so odgovorne za rast tumorja. Tako zdravilo je sorafenib, zaviralec tirozin kinaze, na katerega organizem zaradi povečane aerobne glikolize v nekem časovnem obdobju razvije odpornost. Aerobna glikoliza oziroma Warburgov učinek je pojav, ko tumorske celice pretvarjajo glukozo v laktat kljub zadostni količini kisika. Prehod z metabolične poti oksidativne fosforilacije na pot glikolize pri HCC spodbuja celično proliferacijo ter ponuja ugodno mikrookolje za napredovanje tumorja. Odgovorna je za regulacijo invazije, metastaze, angiogeneze in odpornosti na zdravila pri HCC. Mehanizem Warburgovega učinka je kompleksen, pomembno vlogo pa imajo trije encimi, ki sodelujejo v sami presnovi glukoze: heksokinaza 2 (HK2), fosfofruktokinaza 1 (PFK1) in piruvat kinaza tipa M2 (PKM2). Ti so regulirani na več načinov in s številnimi transkripcijskimi faktorji ter metaboličnimi potmi, kot so AMPK, PI3K/Akt metabolična pot, HIF-1α, c-Myc ter nekodirajoče RNA. Zaradi pomembne vloge glikolize pri napredovanju tumorja, je usmerjanje na glavne dejavnike na tej poti, kot je inhibicija HK2, PFK ali PKM2, ključnega pomena za razvoj novih terapevtskih pristopov za zdravljenje HCC.<br /> <br /> ==Urša Štefan - Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji==<br /> <br /> Pojav dvovijačne DNA v citosolu je v celici največkrat pokazatelj celične abnormalnosti – virusne okužbe, poškodbe dednega materiala, oksidativnega stresa ali rakave transformacije. Celice so zato razvile načine zaznavanja prisotnosti DNA v citosolu. Eden izmed takšnih je signalna pot STING. Protein ciklična GMP-AMP sintetaza po vezavi z DNA sintetizira cGAMP, ki aktivira protein STING, vezan v membrani endoplazmatskega retikuluma. Ta se transportira do Golgijevega aparata, kjer mu vezava kinaze TBK1 omogoča aktivacijo transkripcijskih faktorjev IRF3 in NF-κB za citokine. Poleg odziva na citosolno DNA protein STING sodeluje tudi v regulaciji celičnega metabolizma, celičnega cikla, pri indukciji avtofagije, regulaciji ravni kalcija in kot senzor poškodb DNA. Zaradi svojega velikega obsega delovanja je signalna pot STING tarča razvoja številnih zdravil, ki pa je do zdaj bil le delno uspešen. Članek opiše signalno pot STING, njene funkcije v celici in na kratko povzame vlogo signalne poti pri zdravljenju rakavih obolenj.<br /> <br /> ==Hana Glavnik - S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida==<br /> <br /> S-glutationilacija proteinov ima v celici pomembno vlogo. Ob zvišanju koncentracije reaktivnih kisikovih spojin (ROS), se v celici vzpostavi stanje oksidativnega stresa. Ker so za celico te spojine toksične, je razvila mehanizme, ki ji pomagajo uravnavati njihovo koncentracijo in zaščitijo ostale spojine v celici pred ireverzibilno oksidacijo. Najbolj pomembna spojina med ROS je vodikov peroksid, ki ima poleg toksičnih vplivov tudi lastnosti sekundarnega sporočevalca. Ob nastopu oksidativnega stresa v celici in povišane koncentracije vodikovega peroksida, zaznata signale encima GRX1 in GRX2, ki glutationilirata proteine z vezavo glutationa (GSH) na tiolne skupine cisteinov (-SH) in jih tako zaščitita pred poškodbami. Hkrati se s potekom S-glutationilacije aktivirajo tiste metabolične poti, pri katerih nastajajo antioksidanti, največkrat NADPH, ki pomagajo razgraditi vodikov peroksid in ostale ROS spojine. Tiste poti, pri katerih nastajajo ROS spojine so inhibirane s strani S-glutationilacije, dokler ne pride do signala, ki ga sprejmeta GRX1/2. To sproži njune deglutationilacijske aktivnosti in z deglutationilacijo encimov se stanje v celici se normalizira in metabolične poti lahko potekajo nemoteno.<br /> <br /> ==Tinkara Butara - Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih==<br /> Kemotaksija je oblika gibanja, kjer se organizem giba k ugodnemu kemijskemu gradientu ali stran od toksičnega oziroma neugodnega. Oblika gibanja je značilna za premikajoče se bakterije in arheje. Kemotaksija igra pomembno vlogo pri iskanju hrane, oblikovanju biofilma in tudi pri patogenezi. Takšno gibanje, s prepoznavanjem različnih kemijskih zvrsti, nadzorujejo kemoreceptorji. To so transmembranski proteini, ki vežejo snovi iz okolice in tako sprožijo nadaljnjo signalizacijo znotraj celice, ta pa vodi do spremembe v rotaciji bička. Vezava ugodne signalne molekule vodi do konformacijskih sprememb v kemoreceptorju, ki preprečijo avtofosforilacijo kinaze CheA, ki omogoča fosforilacijo proteina CheY. Fosforiliran CheY se namreč veže na motor bička in tako spremeni njegovo rotacijo iz nasprotne smeri urinega kazalca v smer urinega kazalca. Ko biček rotira v smeri urinega kazalca, to spodbudi naključno gibanje v prostoru, ki na novo orientira bakterijsko celico. Če biček rotira v nasprotni smeri urinega kazalca, pa se celica giba naravnost proti ugodnemu kemijskemu gradientu. Prilagoditev na signal nadzorujejo regulatorni proteini (CheR, CheB, za zaključek signala pa je pomemben protein CheZ, ki hidrolizira CheY-P. Kemoreceptorji se nahajajo na polih bakterijske celice in se združujejo v skupke, kar predstavlja dodatno možnost prilagoditve na kemijski signal.<br /> <br /> ==David Valte - Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov==<br /> <br /> Jedrni hormonski receptorji (NHR) so poleg g-proteinov, receptorjev z encimsko aktivnostjo in ionskih kanalčkov le še eden od načinov biosignalizacije, ki pa se po načinu delovanja od drugih precej razlikuje. Jedrni hormonski receptorji neposredno vplivajo na transkripcijo in tako posledično tudi na izražanje genov. Z vezavo ligandov, kot so na primer vitamin d, retinoidni hormoni, tiroidni hormoni in steroidi, na receptor, pride na hormonskih receptorjih do konformacijskih sprememb. Spremembe v konformaciji receptorja pa omogočajo interakcije receptorja s specifičnimi sekvencami DNA. Te sekvence imenujemo hormonski odzivni elementi HRE/HREs, HRE se ponavadi nahajajo znotraj promotorja tarčnega gena, na teh mestih NHR delujejo kot aktivatorji transkripcije DNA. Transkripcija DNA povzroči nastanek mRNA z zapisom za nastanek proteinov, katere celica potrebuje, preko teh pa se lahko odzove na zunanje motnje. Prepoznavo zaporedij HRE in vezavo na DNA omogoča specifična sestava jedrnih receptorjev. Te so sestavljeni iz večih domen, vsaka od teh ima specifično funkcijo brez katere delovanje NR ni mogoče. Posebne domene omogočajo prepoznavo HRE, vezavo na DNA in dimerizacijo z drugimi NR. Na hormonske odzivne elemente se lahko NHR vežejo v obliki monomerov, lahko pa se NHR-ji vežejo drug z drugim, tako nastajajo dimeri. Dimeri omogočajo drugačne afinitete za vezavo z DNA.<br /> <br /> ==Alliana Kolar - Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji==<br /> Abscizinska kislina (ABA) je naravno prisoten rastlinski hormon, katerega koncentracija se poviša, ko je rastlina pod vplivom stresa in se na stres tudi odzove. Igra vlogo pri zapiranju listnih rež, ko rastlini primanjkuje vode, inhibira kalitev, spodbuja dormanco, vpliva na cvetenje, staranje listov, zorenju plodov ipd. Ker je sintetična ABA nestabilna in ob zunanjem nanosu ne pokaže vpliva na rastlino, je potrebno z modeliranjem antagonistov oziroma agonistov sintetizirati analoge, ki bi bodisi promovirali/oponašali ali zavirali njeno delovanje. Z njimi bi agronomi lahko manipulirali na delovanje rastline in imeli nadzor nad njim, kar bi posledično prineslo večji donos zaradi večje količine in kakovosti proizvodov. Za to pa je potrebno dobro poznati molekulo in njeno biokemijsko delovanje ob signalizaciji in tudi druge spojine, s katerimi regulira procese v rastlini. Ker pa je to področje še dokaj neraziskano in nepojasnjeno, je zelo težko najti prave analoge in dodatno sintetizirati še boljše. Vendar pa po odkritju sintetične molekule pirabaktin, ki je delovala kot primeren agonist, so odkrili še 14 receptorjev ABA, imenovanih PYR (Pyrabactin Resistance)/PYR-like/(RCARs)Regulatory Components of ABA Receptors in s tem še boljše razumeli delovanje ABA in njene signalizacije.<br /> <br /> == Gaja Starc - Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres==<br /> <br /> Vse daljša sušna obdobja, visoke temperature in nizka vlažnost, od pritrjenih organizmov zahtevajo prilagoditve, s katerimi lahko izboljšajo uporabo energije in kemijskih virov v raznovrstnih razmerah. Kot mehanizem, ki omogoča nadzor nad ravnotežjem med izgubo vode in izmenjavo plinov, so rastline v krovnih tkivih razvile aktivno regulirane odprtine – reže. Reže so ključne za fiksacijo atmosferskega ogljika pri fotosintezi, hkrati pa rastline zaradi rež izgubijo 95 % vode v ozračje. Regulacija premikanja listnih rež je ključna za uspešno rast in razvoj rastline. Premikanje rež je tesno povezano z zaporedjem kompleksnih procesov zaznavanja, prenosa in uravnavanja signalov v celicah zapiralkah. Vodikov sulfid (H2S) uravnava premikanje celic zapiralk in sodeluje pri uravnavanju in prenosu signalov v organizmih ter tako sodeluje pri prilagajanju rastline na spremembe v okolju in odzivih na abiotski oziroma biotski stres. Novejše študije pri navadnem repnjakovcu (''Arabidopsis thaliana'') so pokazale, da zunanji H2S spodbuja zapiranje listnih rež, pri čemer sodeluje s fitohormoni in signalnimi molekulami. Glavna signalna pot, pri kateri sodeluje, je persulfidacija proteinov – post-translacijska modifikacija pri kateri so tiolne skupine cisteinskih ostankov modificirane v persulfidne. Sodeluje tudi pri uravnavanju aktivnosti ionskih kanalčkov v celicah zapiralkah, ki so ključni pri nadzoru premikanja listnih rež in pomaga omiliti oksidativni stres z vplivom na koncentracijo reaktivnih kisikovih zvrsti v celicah zapiralkah.<br /> <br /> == Andraž Rotar - Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih==<br /> Signalna pot kinaze janus (angl. janus kinase-JAK) in signalnega prenašalca in aktivatorja transkripcije (angl. signal transducer and activator of transcription-STAT), krajše JAK/STAT, je prisotna v večini večceličnih organizmih. Mehanizem poti je eleganten in presenetljivo preprost način, s katerim zunajcelični faktorji povzročijo gensko izražanje. Prepisani geni so nujni pri bioloških procesih kot so celična rast, diferenciacija, apoptoza in imunskem odzivu. Signalizacija JAK/STAT je v celici močno regulirana. Primarni regulatorji spadajo v tri skupine, in sicer med zaviralce citokinske signalizacije (angl. suppressor of cytokine signaling-SOCS), proteinske inhibitorje aktiviranih STAT (angl. protein inhibitors of activated STAT-PIAS) in protein tirozinske fosfataze (angl. protein tyrosine phosphatase-PTP). Če se v organizmu pojavi okvara signalne poti ali njene regulacije to privede do raznih avtoimunih bolezni kot so revmatoidni artritis, Parkinsonova bolezen ter multipla skleroza. Ker pa pot nadzira tudi celični cikel, lahko mutacije genov, odgovornih za sintezo sestavnih delov poti, privedejo do rakavih obolenj. Da bi se z temi patološkimi stanji lahko spopadali, raziskovalci z veliko vnemo iščejo nove vedno boljše inhibitorje signale poti. Do ne daljnega smo poznali le inhibitorje za JAK, sedaj pa jih razvijajo tudi za STAT. V seminarski nalogi so predstavljeni vsi zgoraj našteti proteini, patološka stanja povezana z JAK/STAT, ter inhibitorji za njihovo zdravljenje.<br /> <br /> == Pia Špehar - Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu==<br /> Integrini so adhezijski receptorski proteini, zgrajeni iz dveh podenot. Imajo mnogo različnih funkcij, in sicer povezujejo citoskelet in zunajcelični matriks, s tem posledično povežejo notranjost celice z njeno okolico. Delujejo kot prenašalci signalov in spodbujevalci celične proliferacije in preživetja. Sodelujejo pri imunskem odzivu, apoptozi, celični diferenciaciji, mnoge raziskave pa so pokazale, da so ključni tudi pri signalizaciji in regulaciji vezikularnega transporta. Ključno vlogo imajo pri eksocitozi biosintetskih in sekretornih veziklov, saj nase vežejo mikrotubule in preko njih usmerjajo vezikle do celične površine. Sodelujejo tudi pri procesu degranulacije v trombocitih in levkocitih, pri agregaciji trombocitov in posledično pri hemostazi, ki je prva stopnja celjenja ran. V citotoksičnih limfocitih prepoznava antigena na tarčni celici povzroči sidranje mikrotubulov na integrine. Ti se nato povežejo z medcelično adhezijsko molekulo in tako sprožijo prenos signala za celično smrt tarčne celice. V trombocitih pa integrin-posredovana degranulacija α-granul omogoči agregacijo trombocitov in s tem nastanek krvnega strdka, ki zaustavi krvavitev. Integrini sodelujejo tudi pri endocitozi, in sicer pri vnosu virusov in zunajceličnih veziklov v celico. V celico se lahko prenese virus, vsebina veziklov ali pa samo signal, ki sproži nadaljnje procese znotraj celice. Pomembni so tudi za prenos signalov pri endocitotskem recikliranju receptorjev tirozin kinaz (RTK).<br /> <br /> ==Tina Urh - Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti receptorjev kot tarča zdravljenja==<br /> Nevrotransmiterji acetilholin, norepinefrin, dopamin, serotonin, subtanca P, GABA in glutamat posredujejo stimulatorne ali inhibitorne živčne funkcije preko vezave na specifične receptorje. Izločajo se iz avtonomnih živcev, ganglijev, nadledvične žleze, rakavih celic in celic imunskega sistema. Spremenjena komunikacija med živčnim in imunskim sistemom in uporaba receptorskih agonistov/antagonistov je vedno pogosteje tarča zdravljenja nevrodegenerativnih, imunopatoloških in avtoimunskih bolezni. E in NE sta stresna hormona in interagirata z α in β adrenergičnimi receptorji; aktivacija β2-AR (agonist izoprotenerol) spoodbuja rast tumorja. Blokira jo antagonist propranolol. GABA je pomirjevalo in antidiabetično sredstvo, stimulira rakavo proliferacijo preko GABAA; A receptorski agonist je muscimol. Vendar pa je vpliv GABA odvisen od tipa raka in receptorja. Serotonin (5-HT) ima vlogo vazokonstriktorja; proizvajajo ga imunske celice. Antagonisti 5-HT2AR imajo antipsihotične in antidepresivne lastnosti. Povečanje števila receptorjev 5-HT1A kaže na zaviranje izločanja serotonina in posledično povečano depresivnost. Dopamin oz. agonisti DA receptorjev izkazujejo inhibitorni efekt na rast tumorja. Neselektivni agonisti so učinkoviti za zdravljenje bolezni CŽS. Tudi vloge dopamin receptorjev so specifične glede na tip tumorja. Substanca P spada v družino nevropeptidov in spodbuja razvoj raka. Inhibicija receptorja NK-1 s specifičnimi antagonisti povzroči antitumorske učinke. Glutagonski agonisti lahko sprožijo smrt T celic, odvečni Glu vpliva na razvoj epilepsije in raka. Za zdravljenje bi se lahko uporabljalo inhibitorje mGluR1.<br /> <br /> == Katja Resnik - Signalna omrežja, ki povzročajo raka ==<br /> Normalno delovanje vsake posamezne celice in posledično organizma kot celote nam omogočajo številni procesi, kjer je ključnega pomena njihova regulacija. Tako lahko spremenjene signalne poti, ki v naših celicah uravnavajo predvsem procese celične proliferacije, diferenciacije, apoptoze in na splošno celičnega cikla privedejo do številnih bolezni, med drugim tudi do razvoja raka. Dve ključni poti, ki sta pri večini človeških oblik raka napačno regulirani sta signalni poti RAS in APC. RAS proteini so vrsta G proteinov, ki regulirajo normalen potek celičnega cikla preko povezovanja z efektorskimi proteini. Onkogene oblike RAS proteinov, ki so posledica mutacij, povzročijo njihovo nenehno aktivnost, kar vodi v transformacijo signalne poti. Ta se odraža v izražanju genov, ki se sicer naj ne bi izražali, kar lahko vodi v nenehno spodbujanje celične proliferacije. Po drugi strani pa do podobnega učinka pride tudi zaradi napak v signalni poti APC, ko okvarjen protein APC ne more več opravljati funkcije zmanjševanja koncentracije ključnega proteina za regulacijo in prehod iz faze celične proliferacije v fazo diferenciacije in staranja celic. Proučevanje takšnih signalnih poti nam omogoča spoznavanje vplivov določenih mutacij na posamezne procese in njihovo prispevanje k razvoju raka. Pomembno je le, da na signalne poti gledamo kot na prepletena omrežja, kar lahko ključno prispeva k razvoju uspešnih zdravil in metod zdravljenja omenjene bolezni.<br /> <br /> == Nuša Kos Thaler - Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice ==<br /> Glikogen je makromolekula, sestavljena iz enot glukoze, ki jo najdemo predvsem v jetrih in mišicah. Njegov metabolizem je ključnega pomena za pridobivanje in shranjevanje energije v človeškem telesu. Če ne deluje pravilno, lahko povzroča različne bolezni, ki jim s skupnim imenom rečemo bolezni kopičenja glikogena (glycogen storage diseases – GSD). Te so praviloma genetske in povezane z mutacijami genov, ki kodirajo encime za sintezo, razgradnjo ali regulacijo dolžine glikogenskih verig. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa I je mutiran encim α-glukoza-6-fosfataza, ki katalizira pretvorbo iz glukoze-6-fosfata v glukozo, kar lahko povzroči hipoglikemijo pacientov. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa II je mutiran encim za razgradnjo glikogena v lizosomu (kisla α-glukozidaza). Zaradi neaktivnosti encima se glikogen ne more razgraditi in se nalaga v lizosomih. Če ti počijo, lahko poškodujejo celico, kar privede do mnogih okvar v telesu, predvsem do progresivne mišične oslabelosti. Zelo poseben tip bolezni je Laforina bolezen, kjer se pokaže pomembnost glikogena še v drugih organih, možganih. Pri njej se zgodijo mutacije na genih za laforin in malin, ki skupaj regulirata dolžine stranskih verig glikogena. Pogosta posledica so epileptični napadi. Kljub mnogim raziskavam na tem področju najučinkovitejših rešitev za zdravljenje omenjenih bolezni še nismo odkrili.<br /> <br /> == Karidia Kolbl - Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom ==<br /> Povezava med funkcijo spanja in nevropsihiatričnimi boleznimi, kot je depresija, ter nevrološkimi motnjami v obliki migren, je danes raziskovano a precej neopredeljeno področje. Nedavne študije so pokazale, da med spancem obnavljamo zaloge glikogena, ki jih med budnostjo porabimo. Kasneje pa so ugotovili, da pomanjkanje spanca povzroča povišano količino možganskega glikogena, kar opisuje “glikogenetska” hipoteza. Ta pravi, da sinteza in poraba glikogena potekata med budnostjo so časno, medtem ko upad prenosa vzdražnostnih signalov med nevroni v stanju spanja ustvarja neravnovesje. Zmanjšana aktivnost se odraža v kopičenju glikogena med spanjem. Njegova vloga je namreč energijsko zalagati celice, še posebej med aktivno nevrološko signalizacijo (sinaptične povezave) in s tem vzpostavljati koncentracijo kalija in glutamata. Pri osebkih, ki pa jim spanca primanjkuje, prihaja do transkripcijskih sprememb, kar lahko povzroča migrene. Njihova raven možganskega glikogena je namreč znatno manjša in so posledično nezmožni ohranjati ustrezne količine kalija in glutamata znotraj in zunaj celic. To se odraža v kortikalni depolarizaciji, ki se širi po možganski skorji med živčnimi vlakni in se elektrofiziološko gledano povezuje z avro (drugo fazo) migrene. Namen seminarske naloge je torej pregled nekaterih ugotovitev in domnev v zvezi z glikogenezo in glikogenolizo, ter posledicami njune aktivnosti.<br /> <br /> ==Zarja Weingerl - Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu==<br /> Sukcinat ima v Krebsovem ciklu vlogo enega od intermediatov. Gre za dianion dikarboksilne kisline, torej se od sukcinske kisline razlikuje le v številu dveh H atomov na karboksilnih skupinah. Njegova vloga v metabolizmu pa ni omejena le na Krebsov cikel. Je namreč pomemben medcelični komunikator ter vpliva na vnetni odziv organizma. Veže se na receptor GPR91, ki je eden od regulatornih modulatorjev pri različnih podskupinah celic, in sodeluje pri regulaciji krvnega tlaka. Sukcinat je lahko eden od vzrokov za nastanek psevdohipoksičnega stanja, ki nastane zaradi aktivacije hipoksijske signalne poti kljub zadostni meri kisika. Deluje lahko kot kemoatraktant (snov, ki inducira premike). Zaradi njegove povezave z GABA šantom (poteka tudi v anaerobnih pogojih) pa sinteza sukcinata ni odvisna le od anaerobnih pogojev, ki so potrebni za delovanje Krebsovega cikla. Sukcinat deluje kot promotor metilacije DNA, ter vpliva na potek sukcinilacije. Sukcinilacija je posttranslacijska modifikacija pri kateri pride do vezave sukcinilnih skupin na lizinske ostanke. Da je zmožen opravljati vse te in še mnoge druge naloge igra pomembno vlogo njegov transport. Transportira se lahko preko obeh membran mitohondrija, ter tako prispe v citosol, možen pa je tudi njegov transport v medcelični prostor.<br /> <br /> ==Ena Kartal - Metabolizem lipojske kisline in mitohondrijska redoks regulacija==<br /> Lipojska kislina je kofaktor mitohondrijskih multiencimskih kompleksov, ki vsebuje žveplo, in je kovalentno vezan z encimom preko lizina. Prav zaradi tega, ker se nahaja v vsaki celici v našemu organizmu in kot kofaktor sodeluje pri nastanku energije organizma, je predmet različnih raziskav. Ključna njegova funkcionalna lastnost je, da se lahko podvrže redoks reakcijam. Po vsaki reakciji kjer sodeluje lipoilni kofaktor z svojo disulfidno obliko, ki deluje kot akceptor elektronov, mora potekati reoksidacija dihidrolipoamida, ki jo katalizira flavoencim lipoamid dehidrogenaza. Do danes je lipojska kislina spregledan kofaktor mitohondrijskih multiencimskih kompleksov. Ko so jo prvič izolirali iz živalskih jeter, so jo primerjali z vitaminom, ker je povezana z biosintezo maščobnih kislin, SAM (ki sodelujejo pri biosintezi biotina) in biosintezo železo-žveplovega žepka z oksidativno sposobnostjo cikla trikarboksilnih kislin. Danes se uporablja tudi kot prehransko dopolnilo. Pomanjkanje LA kofaktora vodi do disfunkcije bistvenih encimskih kompleksov, ki sodelujejo v mitohondrijskem metabolizmu, kar provzroča različne bolezni. Za zdravljenje bolzni, ki nastajajo zaradi pomanjkanja regulacije lipoilacije encimov, so še vedno potrebne dodatne raziskave, ker še obstajajo neodgovorjena vprašanja glede ''reciklažne poti'' pri biosintezi LA pri ljudeh.<br /> <br /> ==Sara Jerič - Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na metiliranje histonov in DNA ter posledično na proces staranja==<br /> Intermediati cikla citronske kisline imajo pomembno vlogo pri regulaciji epigenetskih in neepigenetskih sprememb. Pri tem so najbolj pomembni 2-oksoglutarat, sukcinat in fumarat, ki z aktivacijo oz. inhibicijo vplivajo na veliko družino encimov dioksidaz, ki so odvisne od 2-oksoglutarata (2-OGDO). Ti encimi pri regulaciji neepigenetskih sprememb vplivajo na sintezo kolagena in nadzorujejo količino kisika v celici (npr. Sprožijo primeren odziv, če pride do hipoksije). Pri regulaciji epigenetskih sprememb pa 2-OGDO encimi vplivajo na metilacijo DNA in histonov ter posledično transkripcijo in izražanjem genov. Metilacija DNA poteka z encimoma DNA metiltranferaza in DNA demetilaza, metilacija histonov pa z encimoma histon metiltransferaza in histon demetilaza. Spremembe pri metilaciji DNA in histonov povzročijo tudi spremembe pri kromatinu, kar pa povezujemo s procesom staranja. S staranjem se torej zmanjša količina obnovitvenih procesov (npr. ob staranju matične celice zmanjšajo količino popravil poškodb tkiv). Proces staranja ni točno programiran v celici, temveč je naključen degradirajoč proces, ki so ga sprožile epigenetske spremembe. Intermediati Krebsovega cikla pa lahko povzročijo tudi epigenetske spremembe, ki se kažejo pri boleznih povezanih s staranjem, npr. Alzheimerjeva bolezen. Čeprav vloga intermediatov Krebsovega cikla in njihov mehanizem pri procesu staranja še ni točno določen, lahko zagotovimo, da predstavljajo enega kjučnih regulatorjev epigenetskih sprememb, ki pa vplivajo na proces staranja.<br /> <br /> ==Nik Vidmar - Presnova, učinki ter bolezenska stanja kot posledica povišanih koncentracij ketonskih telesc==<br /> Ketonska telesca nastajajo v jetrih v okoliščinah, ko je prisotnost glukoze prenizka za normalno delovanje organov, kot so na primer možgani. Predstavljajo jih molekule acetoacetata, ki nastaja pri presnovi maščobnih kislin ob pomankanju glukoze, 3-β-hidroksibutirata, ki nastaja v mitohondrijih jetrnih celic in acetona. Najpomembnejša med ketonskimi telesci sta acetoacetat in 3-β-hidroksibutirat, saj se transportirata kot vir energije iz jeter v druga tkiva. Tretje ketonsko telo aceton ni zelo pomembno, saj se ne porablja kot vir energije in se preko pljuč izloča iz telesa. Ketonska telesca so pomembna zato, ker pripomorejo k varčevanju glukoze in zmanjšujejo proteolizo v času, ko je glukoze v telesu premalo, kar pomaga pri ohranjanju zdravja in funkcionalnosti telesa. Nekateri organi, kot so možgani, niso zmožni uporabiti maščobnih kislin kot vir energije, zato uporabijo ketonska telesca, ki so alternativni vir energije v primeru daljše lakote ali posta. Uravnavajo tudi nivo sproščanja inzulina in povzročijo peroksidacijo lipidov. V nižjih koncentracijah se v krvi neprestano nahajajo pri zdravih ljudeh. Njihove koncentracije se delno povečajo pri dolgi telovadbi in postu. Povišana koncentracija ketonskih telesc je lahko posledica zastrupitve, na primer z alkoholom, kar vodi do alkoholne ketoacidoze. V primeru diabetesa pa lahko povišana koncentracija vodi do diabetične ketoacidoze. Tako stanje je zelo nevarno in lahko, če ga ne zdravimo, privede do smrti.<br /> <br /> ==Gašper Struna - Oksidacija maščobnih kislin v peroksisomih==<br /> Oksidacija maščobnih kislin je pomemben proces, ki je vključen tako v anabolne kot katabolne metabolične poti. Ta proces poteka v mitohondrijih, kjer ima predvsem katabolno vlogo, ter v peroksisomih, kjer pa ima bolj anabolno vlogo. β-oksidaciji maščobnih kislin sta v obeh organelih zelo podobni. Obstajajo pa tudi mnoge razlike. Geni za encime, ki sodelujejo pri oksidaciji v posameznem organelu, so različni. V prenosu maščobnih kislin skozi membrano sodelujeta različna transporterja. V prvem koraku β-oksidacije se peroksisomski FADH2 takoj oksidira nazaj, pri tem pa elektrone sprejme kisik, medtem ko pri mitohondriju vstopi v elektronsko prenašalno verigo. Multifunkcijski protein (MP) pri peroksisomu za razliko od mitohondrijskega ne vsebuje tiolazne aktivnosti; ima pa peroksisom dva MP, pri čemer eden lahko reagira tudi z D-izomeri β-hidroksiacil-CoA.<br /> V peroksisomu se maščobne kisline le delno oksidirajo, dokončna oksidacija poteče v mitohondriju, lahko pa oksidacija maščobnih kislin v peroksisomu služi le skrajševanju verige v anabolnih poteh, na primer pri biosintezi nekaterih lipidov. Peroksisomska oksidacija je predvsem pomembna pri oksidaciji dolgoverižnih in razvejanih maščobnih kislin. Veliko podrobnosti o oksidaciji v tem organelu pa je še vedno nepojasnjenih ali pa za njih obstajajo le modeli kot na primer pri načinu reoksidacije NADH in transportu acil-CoA skozi membrano. Pomembnost tega procesa pa nakazujejo tudi številne bolezni povezane s peroksisomsko β-oksidacijo, zaradi česar je razumevanje tega procesa zelo pomembno.<br /> <br /> ==Neža Peternel - Uravnavanje oksidacije maščobnih kislin v skeletnih mišicah s prehrano in telesno vadbo==<br /> Maščobe poleg ogljikovih hidratov predstavljajo pomemben vir energije za delovanje naših organizmov. Maščobne kisline (MK) se v mišicah oksidirajo in vodijo do nastanka ATP molekul. Poznavanje mehanizma oksidacije MK omogoča lažje razumevanje regulacije procesa pod vplivom različnih zunanjih dejavnikov. Med pomembnejše regulatorne proteine štejemo maščobno-kislinsko translokazo CD36, ki se nahaja v sarkolemi in regulira vnos MK v mišične celice, in karnitin-aciltransferaze (CPT1, CPT2 in CACT), ki nadzirajo vnos MK v mitohondrij. Pri procesu β-oksidacije maščobnih kislin je pomemben encim β-hidroksi-acil-CoA dehidrogenaza, ki omejuje hitrost reakcije. Dokazali so, da vzdržljivostna zmerna vadba in povečan vnos maščob pozitivno vplivata na regulacijo proteinov, ki so vključeni v proces oksidacije. Maščobne kisline in krčenje skeletnih mišic v tem primeru delujejo kot signali, ki navidezno inducirajo izražanje beljakovin v metabolnih poteh lipidov in s tem povečajo presnovno sposobnost maščobnih kislin. Pomembni signalni receptorji so jedrni transkripcijski faktorji PPAR, ki vplivajo na izražanje genov za regulatorne proteine. <br /> V zadnjem času se zelo razvija farmacevtsko področje vadbene mimetike (ang. exercise mimetics). Z različnimi zdravili in prehranskimi dodatki želijo posnemati pozitivne učinke vadbe na organizem in tako olajšati poteke določenih bolezni ter zmanjšati delež ljudi s prekomerno telesno težo. Hkrati pa z razvojem takšnih zdravil prihaja tudi do dopinških zlorab v vrhunskem športu.<br /> <br /> == Urša Zevnik - Genetske napake mitohondrijske oksidacije maščobnih kislin in karnitinskega transporta==<br /> Mitohondrijska oksidacija maščobnih kislin je ključen metabolni proces za zagotavljanje energije, ko se izpraznijo zaloge glikogena, za nekatere procese pa predstavlja preferenčni vir energije tudi, ko je glukoze dovolj. Za skoraj vse proteine, ki sodelujejo v procesu β-oksidacije maščobnih kislin ali karnitinskemu transportu le teh v mitohondrij, so znane genetske napake, ki povzročijo pomanjkanje ali zmanjšano aktivnost teh proteinov. Popolna odsotnost večinoma vodi v smrt v prvih dneh življenja, za delno pomanjkanje pa so značilna srčna, mišična in ledvična obolenja ter pogoste hipoglikemije. Simptomi so odvisni od posameznika, stopnje pomanjkanja in vrste okvarjenega proteina. So posledica porušene energijske homeostaze in nabiranja toksičnih metabolitov. Trajno zdravilo ne obstaja, zdravljenje pa temelji na preprečevanju katabolizma z izogibanjem postenja ali naporne fizične aktivnosti in na dieti z manjšim deležem maščob. Na voljo so tudi zdravila, ki na različne načine, na primer z obnavljanjem metabolitov cikla citronske kisline ali spodbujanjem transkripcije encimov β-oksidacije lahko omilijo simptome, vendar je njihova učinkovitost omejena. Kljub zanesljivim metodam diagnostike in presejalnim testiranjem novorojenčkov smrtnost zaradi teh bolezni ostaja visoka.<br /> <br /> == Tina Javeršek - Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije==<br /> Hiperamoniemija (HA) je stanje povišane koncentracije amonijaka v krvi, ko pride do neravnovesja med količino nastalega in odstranjenega amonijaka. Ta se v naravi nahaja predvsem v reducirani obliki kot amonijev ion NH₄⁺. Vzroka za nastanek HA sta največkrat prekomerno nastajanje odvečnega amonijaka v debelem črevesu in nezadostno razstrupljanje pri motnjah v ciklu uree. Razlikujemo med primarno in sekundarno (pridobljeno) HA. Za zdravljenje se uporablja predvsem laktuloza, sintetični disaharid, ki se v našem telesu ne presnavlja. Pogosto je tudi zdravljenje z antibiotikom rifaksiminom, ki inhibira sintezo bakterijske RNA in tako preprečuje rast bakterij, ki proizvajajo encim urezo. Ta katalizira hidrolizo sečnine, pri tem pa nastajajo amonijevi ioni. Pri visokih koncentracijah imajo toksične učinke in lahko povzročijo ireverzibilne okvare centralnega živčnega sistema. Natrijev benzoat in fenilacetat nase vežeta glicin in glutamin, nastala hipurat in fenilacetilglutamin pa se izločata z urinom. Kot sredstva za zdravljenje hiperamoniemije se uporabljajo še aminokisline z razvejano verigo, L- arginin, L-citrulin in karglumova kislina. Ob akutnem povišanju koncentracij amonijaka v krvi se ta odstranjuje s hemodializo, s čimer v najkrajšem možnem času dosežemo znižanje njegovih koncentracij. Genska in celična terapija obljubljata učinkovit pristop pri zdravljenju, vendar so potrebne še številne raziskave na tem področju.<br /> <br /> == Klara Kočman - Bowman-Birkov inhibitor ==<br /> Bowman-Birkov inhibitor, inhibira tako tripsin kot tudi α-kimotripsin. Z njima tvori kompleks 1:1 oz. 1:1:1 ko sta na inhibitor vezana oba encima. Reakcijsko mesto za inhibicijo tripsina se nahaja na mestu Lys 16–Ser 17, za inhibicijo kimotripsina pa na mestu Leu 42–Ser 44. Naloga tripsina in kimotripsina je cepitev večjih peptidov na manjše peptide v trebušni slinavki. Bowman-Birkov inhibitor najdemo v nekaterih travniških rastlinah in vseh stročnicah, predvsem v soji. Uživanje surove soje lahko vodi do hipertrofije trebušne slinavke pri živalih. Je tudi zelo učinkovit pri preprečevanju karcinogeneze, zato iščejo način kaki bi lahko z Bowman-Birkovim inhibitorjem preventivno preprečevali raka brez toksičnosti za maligne celice in vitro. V soji pa najdemo tudi Bowman-Birkovem inhibitorju podoben Kunitzov inhibitor. Znanstveniki so ugotovili, da sta Bowman-Birkovemu inhibitorju v določenih sekvencah podobna tudi inhibitor limskega ter vrtnega fižola. Bowman-Birkov inhibitor se lahko zaradi svojih sedmih disulfidnih vezi cepi na več različnih peptidov, ki ohranijo svojo inhibitorno aktivnost. Inhibitor se v raztopinah z visoko koncentracijo inhibitorja med seboj reverzibilno poveže v dimere in trimere, kar lahko vidimo tudi pri inhibitorju, izoliranem iz soje, ki je v obliki trimera.<br /> <br /> == Miha Razdevšek - Motnje razgradnje glicina in njihove posledice ==<br /> <br /> Glicin je najmanjša aminokislina, ki se razgrajuje po treh poteh. Pri ljudeh je najpogostejša razgradnja z glicin cepitvenim encimom (glycine cleavage enzyme, GCE). Ta encim je sestavljen iz štirih proteinov, ki glicin pretvarjajo v CO2 in NH4+. Ko pride do mutacij GCE, se glicin po tej poti ne more več razgrajevati in se posledično kopiči v celici. To stanje imenujemo neketotska hiperglicinemija (nonkertotic hyperglicemia, NKH). V eni izmed metabolnih poti, ki se pri takšnih pogojih aktivirajo nastane zelo reaktivna molekula metilglioksal (MGO). MGO se kovalentno poveže s proteini in DNA, kar imenujemo glikacija. Produkte, ki pri tem nastanejo pa končni produkti napredovane glikacije (advanced glycation end products, AGE). Primarno se MGO poveže z argininom na proteinih in deoksigvanozinom na DNA. Glikacija proteinov vpliva na izgubo njihove funkcije in povezavo ekstracelularnih ter intracelularnih proteinov. Reakcija z DNA pa predstavlja nevarnosti povezane z genomsko nestabilnostjo. Povišane vrednosti MGO se povezuje z boleznimi staranja, diabetesom, debelostjo, rakom in nevrodegenerativnimi boleznimi. Izziv predstavlja predvsem razumevanje pomena MGO pri normalnem fiziološkem stanju, koncentracija, pri kateri postane MGO toksičen in možnost uporabe MGO za specifično diagnostiko bolezni.<br /> <br /> == Jan Trebušak - Valoga Karbamoil Fosfat Sintetaze 1 ==<br /> <br /> Karbamoil fosfat sintetaza 1 (CPS1) je kompleksen, večdomenski ter evolucijsko konservativen encim, ki katalizira prvo reakcijo v ciklu uree. Encim je sestavljen iz okoli 1500 aminokislin in ima dve katalitični mesti na katerih poteka fosforilacija substratov, njegov alosterični efektor pa je N-acetil-L-glutamat (NAG). Ker reakcije na CSP1 predstavljajo ‘vstopni’ korak v cikel uree ima vsakršna okvara lahko hude posledice. Najočitnejši simptom je akutna hiperamonemija oz. povišanje koncentracije amoniaka v krvi, ki lahko ob kronični izpostavitvi vodi v nevrodegenerativna obolenja. Čeprav je hiperamonemija glavni in najbolj akutni zaplet pri okvari CSP1, pa ni edini. Raziskave so pokazale, da ima CSP1 vpliv tudi na nastanek in rast raka, razvoj kardiovaskularnih obolenj in tudi zmožnost posameznikov za vzdrževanje konstantne telesne mase. Trenutne oblike zdravljenja vključujejo strogo izogibanje aminokislinam v prehrani in uživanje dodatkov, ki nase vežejo dušik iz organizma. Naprednejše oblike zdravljenja, kot so genska terapija in jemanje analogov NAG, ki bi spodbudili delovanje tudi nepravilno delujoče CSP1 so v začetnih fazah kliničnih testiranj. Pri genskem zdravljenju predstavlja težavo tudi to, da je večina inaktivirajočih mutacij na CSP1 specifičnih za posamezne družine ali majhne populacije, kar pomeni, da vsaka od the potrebuje posebaj prilagojeno zdravljenje. Na tem področju je potrebno opraviti še veliko raziskav, da bi odkrili zdravilo za nedelujočo CSP1.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2021&diff=19593 2021-12-03T20:38:33Z

<p>Jan Trebušak: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 */</p> <hr /> <div>= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 =<br /> <br /> ==Klara Ažbe - Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni==<br /> <br /> Mitohondrij je celični organel, ki pomembno prispeva k delovanju celice. Njegova glavna naloga je proizvodnja energije, poleg tega pa ne smemo zanemariti vloge stranskih produktov, ki ob proizvodnji energije nastanejo. Pri pridobivanje energije ima pomembno vlogo Krebsov cikel, v katerem nastane kar nekaj metabolitov. Njihova pomembnost je bila prvotno prepoznana pri sintezi makromolekul (nukleotidov, proteinov, lipidov), kasneje pa se je izkazalo, da so tudi zelo pomembne signalne molekule, ki nadzorujejo modifikacije kromatina, hipoksični odziv, metilacije DNA in imunski odziv. Količina posameznega intermediata je v celici natančno regulirana, vendar pa se lahko zgodi, da pride do določene mutacije, na primer mutacije encima za razgradnjo metabolita, posledično pa se ta metabolit začne kopičiti v celici. To lahko privede do sprememb v fiziologiji celice in do različnih bolezni, kakšne bodo te spremembe in bolezni pa je odvisno od vrste metabolita. Med bolj vplivne metabolite spadajo acetil-CoA, α-ketoglutarat, sukcinat in fumarat, pomemben je tudi 2-hidroksiglutarat, ki sicer ni intermediat cikla TCA, vendar pa je povezan s ciklom tako, da se sintetizira iz α-ketoglutarata. Ugotovitve, kako povečane količine metabolitov vplivajo na celico in posledično na organizem ter bolezni, so pomembne predvsem za zdravljenje bolezni, zato se za prihodnost pričakuje, da bo še večja količina znanja na tem področju prenesena v klinično uporabo.<br /> <br /> ==Pia Mencin - Akonitaza in njena vloga v celici==<br /> <br /> Načeloma pripisujemo določenemu proteinu eno funkcijo, poznamo pa tudi proteine, ki imajo dve popolnoma različni nalogi v celici. To so tako imenovani »moonlighting proteins« oziroma večnamenski proteini. Tak večnamenski protein je tudi citosolna akonitaza (cAcn). Ko je nanj vezana prostetična skupina: Fe-S kletka, deluje kot katalizator pretvorbe citrata v izocitrat. Ob razdružitvi Fe-S kletke deluje kot IRP1 (odzivni protein za železo). Ta ima zmožnost vezave na mRNA proteinov, ki sodelujejo pri metabolizmu železa, ter tako zagotavlja homeostazo železa v celici. Ob razdružitvi kletke cAcn in nastanku apoencima znanega kot IRP1 pride do konformacijskih sprememb v proteinu pri katerih nastane mesto za vezavo na IRE (odzivni element za železo), to je reža, ki na novo nastane med domenama 3 in 4 cAcn.<br /> Poleg citosolne poznamo tudi mitohondrijsko akonitazo (mAcn), ki je njena izooblika. Sodeluje v TCA ciklu, in sicer katalizira pretvorbo citrata v izocitrat, ter ščiti mtDNA pred oksidativnimi poškodbami. <br /> Proteina sta tarča ROS, ti ju poškodujejo (oksidirajo) in inaktivirajo. mAcn ob inaktivaciji z ROS posredno inhibira nastanek ROS v mitohondriju in tako deluje kot regulator oksidativnega stresa. Za preprečevanje kopičenja oksidirane mAcn v mitohondriju poskrbi Lon proteaza. <br /> Izocima mAcn ter cAcn sta še en izmed mnogih dokazov kako natančno nadzorovano in prepleteno je delovanje procesov v celici.<br /> <br /> ==Marko Kovačić - Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo==<br /> <br /> Citokini so proteini z majhno molekulsko maso (približno 5-25 kDa), ki so pomembni v celičnem signaliziranju. Delujejo tako, da se vežejo na specifične membranske receptorje in s tem regulirajo transkripcijo genov ali njihovih transkripcijskih faktorjev. Tako sprožijo imunski odziv na vnetje, infekcijo ali na druga stanja. S svojimi signalnimi mehanizmi kontrolirajo rast in aktivnost drugih celic imunskega sistema ter krvnih celic. Interlevkini so skupina citokinov, ki imajo različne funkcije, predvsem so pomembni pri komunikaciji med celicami imunskega sistema, pri vnetnih in imunomodulatornih procesih. Citokini IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 so zelo pomembni člani družine interlevkinov interlevkin-1 (IL-1). Številne raziskave so pokazale, da je ta poddružina interlevkinov pomembna pri regulaciji glikolize, tj. poti, ki je pomembna za pridobivanje energije v obliki ATP. Glikolizo lahko regulirajo na nivoju vnosa glukoze v celice ali pa na nivoju reguliranja glikolitičnih encimov, ker se njihove signalne poti prepletajo s signalnimi potmi, ki so ključne pri regulaciji glikolize. Disregulacija glikolize lahko vodi do številnih bolezni (rak, diabetes tipa 2, reumatoidni artritis, osteoartritis, astma), poddružina IL-1 pa z regulacijo glikolize lahko vpliva na potek le-teh. Vpliv na delovanje citokinov IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 tako daje številne možnosti pri zdravljenju z glikolizo povezanih bolezni in prav to je predmet številnih raziskav.<br />  <br /> ==Janja Bohte - Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu==<br /> <br /> Rak jeter je šesta najpogostejša oblika raka na svetu. Kar 90% primarnih rakov jeter predstavlja hepatocelularni karcinom (HCC). Za zdravljenje te bolezni se med drugim uporabljalo zdravila za zaviranje specifičnih signalnih poti, ki so odgovorne za rast tumorja. Tako zdravilo je sorafenib, zaviralec tirozin kinaze, na katerega organizem zaradi povečane aerobne glikolize v nekem časovnem obdobju razvije odpornost. Aerobna glikoliza oziroma Warburgov učinek je pojav, ko tumorske celice pretvarjajo glukozo v laktat kljub zadostni količini kisika. Prehod z metabolične poti oksidativne fosforilacije na pot glikolize pri HCC spodbuja celično proliferacijo ter ponuja ugodno mikrookolje za napredovanje tumorja. Odgovorna je za regulacijo invazije, metastaze, angiogeneze in odpornosti na zdravila pri HCC. Mehanizem Warburgovega učinka je kompleksen, pomembno vlogo pa imajo trije encimi, ki sodelujejo v sami presnovi glukoze: heksokinaza 2 (HK2), fosfofruktokinaza 1 (PFK1) in piruvat kinaza tipa M2 (PKM2). Ti so regulirani na več načinov in s številnimi transkripcijskimi faktorji ter metaboličnimi potmi, kot so AMPK, PI3K/Akt metabolična pot, HIF-1α, c-Myc ter nekodirajoče RNA. Zaradi pomembne vloge glikolize pri napredovanju tumorja, je usmerjanje na glavne dejavnike na tej poti, kot je inhibicija HK2, PFK ali PKM2, ključnega pomena za razvoj novih terapevtskih pristopov za zdravljenje HCC.<br /> <br /> ==Urša Štefan - Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji==<br /> <br /> Pojav dvovijačne DNA v citosolu je v celici največkrat pokazatelj celične abnormalnosti – virusne okužbe, poškodbe dednega materiala, oksidativnega stresa ali rakave transformacije. Celice so zato razvile načine zaznavanja prisotnosti DNA v citosolu. Eden izmed takšnih je signalna pot STING. Protein ciklična GMP-AMP sintetaza po vezavi z DNA sintetizira cGAMP, ki aktivira protein STING, vezan v membrani endoplazmatskega retikuluma. Ta se transportira do Golgijevega aparata, kjer mu vezava kinaze TBK1 omogoča aktivacijo transkripcijskih faktorjev IRF3 in NF-κB za citokine. Poleg odziva na citosolno DNA protein STING sodeluje tudi v regulaciji celičnega metabolizma, celičnega cikla, pri indukciji avtofagije, regulaciji ravni kalcija in kot senzor poškodb DNA. Zaradi svojega velikega obsega delovanja je signalna pot STING tarča razvoja številnih zdravil, ki pa je do zdaj bil le delno uspešen. Članek opiše signalno pot STING, njene funkcije v celici in na kratko povzame vlogo signalne poti pri zdravljenju rakavih obolenj.<br /> <br /> ==Hana Glavnik - S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida==<br /> <br /> S-glutationilacija proteinov ima v celici pomembno vlogo. Ob zvišanju koncentracije reaktivnih kisikovih spojin (ROS), se v celici vzpostavi stanje oksidativnega stresa. Ker so za celico te spojine toksične, je razvila mehanizme, ki ji pomagajo uravnavati njihovo koncentracijo in zaščitijo ostale spojine v celici pred ireverzibilno oksidacijo. Najbolj pomembna spojina med ROS je vodikov peroksid, ki ima poleg toksičnih vplivov tudi lastnosti sekundarnega sporočevalca. Ob nastopu oksidativnega stresa v celici in povišane koncentracije vodikovega peroksida, zaznata signale encima GRX1 in GRX2, ki glutationilirata proteine z vezavo glutationa (GSH) na tiolne skupine cisteinov (-SH) in jih tako zaščitita pred poškodbami. Hkrati se s potekom S-glutationilacije aktivirajo tiste metabolične poti, pri katerih nastajajo antioksidanti, največkrat NADPH, ki pomagajo razgraditi vodikov peroksid in ostale ROS spojine. Tiste poti, pri katerih nastajajo ROS spojine so inhibirane s strani S-glutationilacije, dokler ne pride do signala, ki ga sprejmeta GRX1/2. To sproži njune deglutationilacijske aktivnosti in z deglutationilacijo encimov se stanje v celici se normalizira in metabolične poti lahko potekajo nemoteno.<br /> <br /> ==Tinkara Butara - Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih==<br /> Kemotaksija je oblika gibanja, kjer se organizem giba k ugodnemu kemijskemu gradientu ali stran od toksičnega oziroma neugodnega. Oblika gibanja je značilna za premikajoče se bakterije in arheje. Kemotaksija igra pomembno vlogo pri iskanju hrane, oblikovanju biofilma in tudi pri patogenezi. Takšno gibanje, s prepoznavanjem različnih kemijskih zvrsti, nadzorujejo kemoreceptorji. To so transmembranski proteini, ki vežejo snovi iz okolice in tako sprožijo nadaljnjo signalizacijo znotraj celice, ta pa vodi do spremembe v rotaciji bička. Vezava ugodne signalne molekule vodi do konformacijskih sprememb v kemoreceptorju, ki preprečijo avtofosforilacijo kinaze CheA, ki omogoča fosforilacijo proteina CheY. Fosforiliran CheY se namreč veže na motor bička in tako spremeni njegovo rotacijo iz nasprotne smeri urinega kazalca v smer urinega kazalca. Ko biček rotira v smeri urinega kazalca, to spodbudi naključno gibanje v prostoru, ki na novo orientira bakterijsko celico. Če biček rotira v nasprotni smeri urinega kazalca, pa se celica giba naravnost proti ugodnemu kemijskemu gradientu. Prilagoditev na signal nadzorujejo regulatorni proteini (CheR, CheB, za zaključek signala pa je pomemben protein CheZ, ki hidrolizira CheY-P. Kemoreceptorji se nahajajo na polih bakterijske celice in se združujejo v skupke, kar predstavlja dodatno možnost prilagoditve na kemijski signal.<br /> <br /> ==David Valte - Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov==<br /> <br /> Jedrni hormonski receptorji (NHR) so poleg g-proteinov, receptorjev z encimsko aktivnostjo in ionskih kanalčkov le še eden od načinov biosignalizacije, ki pa se po načinu delovanja od drugih precej razlikuje. Jedrni hormonski receptorji neposredno vplivajo na transkripcijo in tako posledično tudi na izražanje genov. Z vezavo ligandov, kot so na primer vitamin d, retinoidni hormoni, tiroidni hormoni in steroidi, na receptor, pride na hormonskih receptorjih do konformacijskih sprememb. Spremembe v konformaciji receptorja pa omogočajo interakcije receptorja s specifičnimi sekvencami DNA. Te sekvence imenujemo hormonski odzivni elementi HRE/HREs, HRE se ponavadi nahajajo znotraj promotorja tarčnega gena, na teh mestih NHR delujejo kot aktivatorji transkripcije DNA. Transkripcija DNA povzroči nastanek mRNA z zapisom za nastanek proteinov, katere celica potrebuje, preko teh pa se lahko odzove na zunanje motnje. Prepoznavo zaporedij HRE in vezavo na DNA omogoča specifična sestava jedrnih receptorjev. Te so sestavljeni iz večih domen, vsaka od teh ima specifično funkcijo brez katere delovanje NR ni mogoče. Posebne domene omogočajo prepoznavo HRE, vezavo na DNA in dimerizacijo z drugimi NR. Na hormonske odzivne elemente se lahko NHR vežejo v obliki monomerov, lahko pa se NHR-ji vežejo drug z drugim, tako nastajajo dimeri. Dimeri omogočajo drugačne afinitete za vezavo z DNA.<br /> <br /> ==Alliana Kolar - Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji==<br /> Abscizinska kislina (ABA) je naravno prisoten rastlinski hormon, katerega koncentracija se poviša, ko je rastlina pod vplivom stresa in se na stres tudi odzove. Igra vlogo pri zapiranju listnih rež, ko rastlini primanjkuje vode, inhibira kalitev, spodbuja dormanco, vpliva na cvetenje, staranje listov, zorenju plodov ipd. Ker je sintetična ABA nestabilna in ob zunanjem nanosu ne pokaže vpliva na rastlino, je potrebno z modeliranjem antagonistov oziroma agonistov sintetizirati analoge, ki bi bodisi promovirali/oponašali ali zavirali njeno delovanje. Z njimi bi agronomi lahko manipulirali na delovanje rastline in imeli nadzor nad njim, kar bi posledično prineslo večji donos zaradi večje količine in kakovosti proizvodov. Za to pa je potrebno dobro poznati molekulo in njeno biokemijsko delovanje ob signalizaciji in tudi druge spojine, s katerimi regulira procese v rastlini. Ker pa je to področje še dokaj neraziskano in nepojasnjeno, je zelo težko najti prave analoge in dodatno sintetizirati še boljše. Vendar pa po odkritju sintetične molekule pirabaktin, ki je delovala kot primeren agonist, so odkrili še 14 receptorjev ABA, imenovanih PYR (Pyrabactin Resistance)/PYR-like/(RCARs)Regulatory Components of ABA Receptors in s tem še boljše razumeli delovanje ABA in njene signalizacije.<br /> <br /> == Gaja Starc - Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres==<br /> <br /> Vse daljša sušna obdobja, visoke temperature in nizka vlažnost, od pritrjenih organizmov zahtevajo prilagoditve, s katerimi lahko izboljšajo uporabo energije in kemijskih virov v raznovrstnih razmerah. Kot mehanizem, ki omogoča nadzor nad ravnotežjem med izgubo vode in izmenjavo plinov, so rastline v krovnih tkivih razvile aktivno regulirane odprtine – reže. Reže so ključne za fiksacijo atmosferskega ogljika pri fotosintezi, hkrati pa rastline zaradi rež izgubijo 95 % vode v ozračje. Regulacija premikanja listnih rež je ključna za uspešno rast in razvoj rastline. Premikanje rež je tesno povezano z zaporedjem kompleksnih procesov zaznavanja, prenosa in uravnavanja signalov v celicah zapiralkah. Vodikov sulfid (H2S) uravnava premikanje celic zapiralk in sodeluje pri uravnavanju in prenosu signalov v organizmih ter tako sodeluje pri prilagajanju rastline na spremembe v okolju in odzivih na abiotski oziroma biotski stres. Novejše študije pri navadnem repnjakovcu (''Arabidopsis thaliana'') so pokazale, da zunanji H2S spodbuja zapiranje listnih rež, pri čemer sodeluje s fitohormoni in signalnimi molekulami. Glavna signalna pot, pri kateri sodeluje, je persulfidacija proteinov – post-translacijska modifikacija pri kateri so tiolne skupine cisteinskih ostankov modificirane v persulfidne. Sodeluje tudi pri uravnavanju aktivnosti ionskih kanalčkov v celicah zapiralkah, ki so ključni pri nadzoru premikanja listnih rež in pomaga omiliti oksidativni stres z vplivom na koncentracijo reaktivnih kisikovih zvrsti v celicah zapiralkah.<br /> <br /> == Andraž Rotar - Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih==<br /> Signalna pot kinaze janus (angl. janus kinase-JAK) in signalnega prenašalca in aktivatorja transkripcije (angl. signal transducer and activator of transcription-STAT), krajše JAK/STAT, je prisotna v večini večceličnih organizmih. Mehanizem poti je eleganten in presenetljivo preprost način, s katerim zunajcelični faktorji povzročijo gensko izražanje. Prepisani geni so nujni pri bioloških procesih kot so celična rast, diferenciacija, apoptoza in imunskem odzivu. Signalizacija JAK/STAT je v celici močno regulirana. Primarni regulatorji spadajo v tri skupine, in sicer med zaviralce citokinske signalizacije (angl. suppressor of cytokine signaling-SOCS), proteinske inhibitorje aktiviranih STAT (angl. protein inhibitors of activated STAT-PIAS) in protein tirozinske fosfataze (angl. protein tyrosine phosphatase-PTP). Če se v organizmu pojavi okvara signalne poti ali njene regulacije to privede do raznih avtoimunih bolezni kot so revmatoidni artritis, Parkinsonova bolezen ter multipla skleroza. Ker pa pot nadzira tudi celični cikel, lahko mutacije genov, odgovornih za sintezo sestavnih delov poti, privedejo do rakavih obolenj. Da bi se z temi patološkimi stanji lahko spopadali, raziskovalci z veliko vnemo iščejo nove vedno boljše inhibitorje signale poti. Do ne daljnega smo poznali le inhibitorje za JAK, sedaj pa jih razvijajo tudi za STAT. V seminarski nalogi so predstavljeni vsi zgoraj našteti proteini, patološka stanja povezana z JAK/STAT, ter inhibitorji za njihovo zdravljenje.<br /> <br /> == Pia Špehar - Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu==<br /> Integrini so adhezijski receptorski proteini, zgrajeni iz dveh podenot. Imajo mnogo različnih funkcij, in sicer povezujejo citoskelet in zunajcelični matriks, s tem posledično povežejo notranjost celice z njeno okolico. Delujejo kot prenašalci signalov in spodbujevalci celične proliferacije in preživetja. Sodelujejo pri imunskem odzivu, apoptozi, celični diferenciaciji, mnoge raziskave pa so pokazale, da so ključni tudi pri signalizaciji in regulaciji vezikularnega transporta. Ključno vlogo imajo pri eksocitozi biosintetskih in sekretornih veziklov, saj nase vežejo mikrotubule in preko njih usmerjajo vezikle do celične površine. Sodelujejo tudi pri procesu degranulacije v trombocitih in levkocitih, pri agregaciji trombocitov in posledično pri hemostazi, ki je prva stopnja celjenja ran. V citotoksičnih limfocitih prepoznava antigena na tarčni celici povzroči sidranje mikrotubulov na integrine. Ti se nato povežejo z medcelično adhezijsko molekulo in tako sprožijo prenos signala za celično smrt tarčne celice. V trombocitih pa integrin-posredovana degranulacija α-granul omogoči agregacijo trombocitov in s tem nastanek krvnega strdka, ki zaustavi krvavitev. Integrini sodelujejo tudi pri endocitozi, in sicer pri vnosu virusov in zunajceličnih veziklov v celico. V celico se lahko prenese virus, vsebina veziklov ali pa samo signal, ki sproži nadaljnje procese znotraj celice. Pomembni so tudi za prenos signalov pri endocitotskem recikliranju receptorjev tirozin kinaz (RTK).<br /> <br /> ==Tina Urh - Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti receptorjev kot tarča zdravljenja==<br /> Nevrotransmiterji acetilholin, norepinefrin, dopamin, serotonin, subtanca P, GABA in glutamat posredujejo stimulatorne ali inhibitorne živčne funkcije preko vezave na specifične receptorje. Izločajo se iz avtonomnih živcev, ganglijev, nadledvične žleze, rakavih celic in celic imunskega sistema. Spremenjena komunikacija med živčnim in imunskim sistemom in uporaba receptorskih agonistov/antagonistov je vedno pogosteje tarča zdravljenja nevrodegenerativnih, imunopatoloških in avtoimunskih bolezni. E in NE sta stresna hormona in interagirata z α in β adrenergičnimi receptorji; aktivacija β2-AR (agonist izoprotenerol) spoodbuja rast tumorja. Blokira jo antagonist propranolol. GABA je pomirjevalo in antidiabetično sredstvo, stimulira rakavo proliferacijo preko GABAA; A receptorski agonist je muscimol. Vendar pa je vpliv GABA odvisen od tipa raka in receptorja. Serotonin (5-HT) ima vlogo vazokonstriktorja; proizvajajo ga imunske celice. Antagonisti 5-HT2AR imajo antipsihotične in antidepresivne lastnosti. Povečanje števila receptorjev 5-HT1A kaže na zaviranje izločanja serotonina in posledično povečano depresivnost. Dopamin oz. agonisti DA receptorjev izkazujejo inhibitorni efekt na rast tumorja. Neselektivni agonisti so učinkoviti za zdravljenje bolezni CŽS. Tudi vloge dopamin receptorjev so specifične glede na tip tumorja. Substanca P spada v družino nevropeptidov in spodbuja razvoj raka. Inhibicija receptorja NK-1 s specifičnimi antagonisti povzroči antitumorske učinke. Glutagonski agonisti lahko sprožijo smrt T celic, odvečni Glu vpliva na razvoj epilepsije in raka. Za zdravljenje bi se lahko uporabljalo inhibitorje mGluR1.<br /> <br /> == Katja Resnik - Signalna omrežja, ki povzročajo raka ==<br /> Normalno delovanje vsake posamezne celice in posledično organizma kot celote nam omogočajo številni procesi, kjer je ključnega pomena njihova regulacija. Tako lahko spremenjene signalne poti, ki v naših celicah uravnavajo predvsem procese celične proliferacije, diferenciacije, apoptoze in na splošno celičnega cikla privedejo do številnih bolezni, med drugim tudi do razvoja raka. Dve ključni poti, ki sta pri večini človeških oblik raka napačno regulirani sta signalni poti RAS in APC. RAS proteini so vrsta G proteinov, ki regulirajo normalen potek celičnega cikla preko povezovanja z efektorskimi proteini. Onkogene oblike RAS proteinov, ki so posledica mutacij, povzročijo njihovo nenehno aktivnost, kar vodi v transformacijo signalne poti. Ta se odraža v izražanju genov, ki se sicer naj ne bi izražali, kar lahko vodi v nenehno spodbujanje celične proliferacije. Po drugi strani pa do podobnega učinka pride tudi zaradi napak v signalni poti APC, ko okvarjen protein APC ne more več opravljati funkcije zmanjševanja koncentracije ključnega proteina za regulacijo in prehod iz faze celične proliferacije v fazo diferenciacije in staranja celic. Proučevanje takšnih signalnih poti nam omogoča spoznavanje vplivov določenih mutacij na posamezne procese in njihovo prispevanje k razvoju raka. Pomembno je le, da na signalne poti gledamo kot na prepletena omrežja, kar lahko ključno prispeva k razvoju uspešnih zdravil in metod zdravljenja omenjene bolezni.<br /> <br /> == Nuša Kos Thaler - Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice ==<br /> Glikogen je makromolekula, sestavljena iz enot glukoze, ki jo najdemo predvsem v jetrih in mišicah. Njegov metabolizem je ključnega pomena za pridobivanje in shranjevanje energije v človeškem telesu. Če ne deluje pravilno, lahko povzroča različne bolezni, ki jim s skupnim imenom rečemo bolezni kopičenja glikogena (glycogen storage diseases – GSD). Te so praviloma genetske in povezane z mutacijami genov, ki kodirajo encime za sintezo, razgradnjo ali regulacijo dolžine glikogenskih verig. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa I je mutiran encim α-glukoza-6-fosfataza, ki katalizira pretvorbo iz glukoze-6-fosfata v glukozo, kar lahko povzroči hipoglikemijo pacientov. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa II je mutiran encim za razgradnjo glikogena v lizosomu (kisla α-glukozidaza). Zaradi neaktivnosti encima se glikogen ne more razgraditi in se nalaga v lizosomih. Če ti počijo, lahko poškodujejo celico, kar privede do mnogih okvar v telesu, predvsem do progresivne mišične oslabelosti. Zelo poseben tip bolezni je Laforina bolezen, kjer se pokaže pomembnost glikogena še v drugih organih, možganih. Pri njej se zgodijo mutacije na genih za laforin in malin, ki skupaj regulirata dolžine stranskih verig glikogena. Pogosta posledica so epileptični napadi. Kljub mnogim raziskavam na tem področju najučinkovitejših rešitev za zdravljenje omenjenih bolezni še nismo odkrili.<br /> <br /> == Karidia Kolbl - Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom ==<br /> Povezava med funkcijo spanja in nevropsihiatričnimi boleznimi, kot je depresija, ter nevrološkimi motnjami v obliki migren, je danes raziskovano a precej neopredeljeno področje. Nedavne študije so pokazale, da med spancem obnavljamo zaloge glikogena, ki jih med budnostjo porabimo. Kasneje pa so ugotovili, da pomanjkanje spanca povzroča povišano količino možganskega glikogena, kar opisuje “glikogenetska” hipoteza. Ta pravi, da sinteza in poraba glikogena potekata med budnostjo so časno, medtem ko upad prenosa vzdražnostnih signalov med nevroni v stanju spanja ustvarja neravnovesje. Zmanjšana aktivnost se odraža v kopičenju glikogena med spanjem. Njegova vloga je namreč energijsko zalagati celice, še posebej med aktivno nevrološko signalizacijo (sinaptične povezave) in s tem vzpostavljati koncentracijo kalija in glutamata. Pri osebkih, ki pa jim spanca primanjkuje, prihaja do transkripcijskih sprememb, kar lahko povzroča migrene. Njihova raven možganskega glikogena je namreč znatno manjša in so posledično nezmožni ohranjati ustrezne količine kalija in glutamata znotraj in zunaj celic. To se odraža v kortikalni depolarizaciji, ki se širi po možganski skorji med živčnimi vlakni in se elektrofiziološko gledano povezuje z avro (drugo fazo) migrene. Namen seminarske naloge je torej pregled nekaterih ugotovitev in domnev v zvezi z glikogenezo in glikogenolizo, ter posledicami njune aktivnosti.<br /> <br /> ==Zarja Weingerl - Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu==<br /> Sukcinat ima v Krebsovem ciklu vlogo enega od intermediatov. Gre za dianion dikarboksilne kisline, torej se od sukcinske kisline razlikuje le v številu dveh H atomov na karboksilnih skupinah. Njegova vloga v metabolizmu pa ni omejena le na Krebsov cikel. Je namreč pomemben medcelični komunikator ter vpliva na vnetni odziv organizma. Veže se na receptor GPR91, ki je eden od regulatornih modulatorjev pri različnih podskupinah celic, in sodeluje pri regulaciji krvnega tlaka. Sukcinat je lahko eden od vzrokov za nastanek psevdohipoksičnega stanja, ki nastane zaradi aktivacije hipoksijske signalne poti kljub zadostni meri kisika. Deluje lahko kot kemoatraktant (snov, ki inducira premike). Zaradi njegove povezave z GABA šantom (poteka tudi v anaerobnih pogojih) pa sinteza sukcinata ni odvisna le od anaerobnih pogojev, ki so potrebni za delovanje Krebsovega cikla. Sukcinat deluje kot promotor metilacije DNA, ter vpliva na potek sukcinilacije. Sukcinilacija je posttranslacijska modifikacija pri kateri pride do vezave sukcinilnih skupin na lizinske ostanke. Da je zmožen opravljati vse te in še mnoge druge naloge igra pomembno vlogo njegov transport. Transportira se lahko preko obeh membran mitohondrija, ter tako prispe v citosol, možen pa je tudi njegov transport v medcelični prostor.<br /> <br /> ==Ena Kartal - Metabolizem lipojske kisline in mitohondrijska redoks regulacija==<br /> Lipojska kislina je kofaktor mitohondrijskih multiencimskih kompleksov, ki vsebuje žveplo, in je kovalentno vezan z encimom preko lizina. Prav zaradi tega, ker se nahaja v vsaki celici v našemu organizmu in kot kofaktor sodeluje pri nastanku energije organizma, je predmet različnih raziskav. Ključna njegova funkcionalna lastnost je, da se lahko podvrže redoks reakcijam. Po vsaki reakciji kjer sodeluje lipoilni kofaktor z svojo disulfidno obliko, ki deluje kot akceptor elektronov, mora potekati reoksidacija dihidrolipoamida, ki jo katalizira flavoencim lipoamid dehidrogenaza. Do danes je lipojska kislina spregledan kofaktor mitohondrijskih multiencimskih kompleksov. Ko so jo prvič izolirali iz živalskih jeter, so jo primerjali z vitaminom, ker je povezana z biosintezo maščobnih kislin, SAM (ki sodelujejo pri biosintezi biotina) in biosintezo železo-žveplovega žepka z oksidativno sposobnostjo cikla trikarboksilnih kislin. Danes se uporablja tudi kot prehransko dopolnilo. Pomanjkanje LA kofaktora vodi do disfunkcije bistvenih encimskih kompleksov, ki sodelujejo v mitohondrijskem metabolizmu, kar provzroča različne bolezni. Za zdravljenje bolzni, ki nastajajo zaradi pomanjkanja regulacije lipoilacije encimov, so še vedno potrebne dodatne raziskave, ker še obstajajo neodgovorjena vprašanja glede ''reciklažne poti'' pri biosintezi LA pri ljudeh.<br /> <br /> ==Sara Jerič - Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na metiliranje histonov in DNA ter posledično na proces staranja==<br /> Intermediati cikla citronske kisline imajo pomembno vlogo pri regulaciji epigenetskih in neepigenetskih sprememb. Pri tem so najbolj pomembni 2-oksoglutarat, sukcinat in fumarat, ki z aktivacijo oz. inhibicijo vplivajo na veliko družino encimov dioksidaz, ki so odvisne od 2-oksoglutarata (2-OGDO). Ti encimi pri regulaciji neepigenetskih sprememb vplivajo na sintezo kolagena in nadzorujejo količino kisika v celici (npr. Sprožijo primeren odziv, če pride do hipoksije). Pri regulaciji epigenetskih sprememb pa 2-OGDO encimi vplivajo na metilacijo DNA in histonov ter posledično transkripcijo in izražanjem genov. Metilacija DNA poteka z encimoma DNA metiltranferaza in DNA demetilaza, metilacija histonov pa z encimoma histon metiltransferaza in histon demetilaza. Spremembe pri metilaciji DNA in histonov povzročijo tudi spremembe pri kromatinu, kar pa povezujemo s procesom staranja. S staranjem se torej zmanjša količina obnovitvenih procesov (npr. ob staranju matične celice zmanjšajo količino popravil poškodb tkiv). Proces staranja ni točno programiran v celici, temveč je naključen degradirajoč proces, ki so ga sprožile epigenetske spremembe. Intermediati Krebsovega cikla pa lahko povzročijo tudi epigenetske spremembe, ki se kažejo pri boleznih povezanih s staranjem, npr. Alzheimerjeva bolezen. Čeprav vloga intermediatov Krebsovega cikla in njihov mehanizem pri procesu staranja še ni točno določen, lahko zagotovimo, da predstavljajo enega kjučnih regulatorjev epigenetskih sprememb, ki pa vplivajo na proces staranja.<br /> <br /> ==Nik Vidmar - Presnova, učinki ter bolezenska stanja kot posledica povišanih koncentracij ketonskih telesc==<br /> Ketonska telesca nastajajo v jetrih v okoliščinah, ko je prisotnost glukoze prenizka za normalno delovanje organov, kot so na primer možgani. Predstavljajo jih molekule acetoacetata, ki nastaja pri presnovi maščobnih kislin ob pomankanju glukoze, 3-β-hidroksibutirata, ki nastaja v mitohondrijih jetrnih celic in acetona. Najpomembnejša med ketonskimi telesci sta acetoacetat in 3-β-hidroksibutirat, saj se transportirata kot vir energije iz jeter v druga tkiva. Tretje ketonsko telo aceton ni zelo pomembno, saj se ne porablja kot vir energije in se preko pljuč izloča iz telesa. Ketonska telesca so pomembna zato, ker pripomorejo k varčevanju glukoze in zmanjšujejo proteolizo v času, ko je glukoze v telesu premalo, kar pomaga pri ohranjanju zdravja in funkcionalnosti telesa. Nekateri organi, kot so možgani, niso zmožni uporabiti maščobnih kislin kot vir energije, zato uporabijo ketonska telesca, ki so alternativni vir energije v primeru daljše lakote ali posta. Uravnavajo tudi nivo sproščanja inzulina in povzročijo peroksidacijo lipidov. V nižjih koncentracijah se v krvi neprestano nahajajo pri zdravih ljudeh. Njihove koncentracije se delno povečajo pri dolgi telovadbi in postu. Povišana koncentracija ketonskih telesc je lahko posledica zastrupitve, na primer z alkoholom, kar vodi do alkoholne ketoacidoze. V primeru diabetesa pa lahko povišana koncentracija vodi do diabetične ketoacidoze. Tako stanje je zelo nevarno in lahko, če ga ne zdravimo, privede do smrti.<br /> <br /> ==Gašper Struna - Oksidacija maščobnih kislin v peroksisomih==<br /> Oksidacija maščobnih kislin je pomemben proces, ki je vključen tako v anabolne kot katabolne metabolične poti. Ta proces poteka v mitohondrijih, kjer ima predvsem katabolno vlogo, ter v peroksisomih, kjer pa ima bolj anabolno vlogo. β-oksidaciji maščobnih kislin sta v obeh organelih zelo podobni. Obstajajo pa tudi mnoge razlike. Geni za encime, ki sodelujejo pri oksidaciji v posameznem organelu, so različni. V prenosu maščobnih kislin skozi membrano sodelujeta različna transporterja. V prvem koraku β-oksidacije se peroksisomski FADH2 takoj oksidira nazaj, pri tem pa elektrone sprejme kisik, medtem ko pri mitohondriju vstopi v elektronsko prenašalno verigo. Multifunkcijski protein (MP) pri peroksisomu za razliko od mitohondrijskega ne vsebuje tiolazne aktivnosti; ima pa peroksisom dva MP, pri čemer eden lahko reagira tudi z D-izomeri β-hidroksiacil-CoA.<br /> V peroksisomu se maščobne kisline le delno oksidirajo, dokončna oksidacija poteče v mitohondriju, lahko pa oksidacija maščobnih kislin v peroksisomu služi le skrajševanju verige v anabolnih poteh, na primer pri biosintezi nekaterih lipidov. Peroksisomska oksidacija je predvsem pomembna pri oksidaciji dolgoverižnih in razvejanih maščobnih kislin. Veliko podrobnosti o oksidaciji v tem organelu pa je še vedno nepojasnjenih ali pa za njih obstajajo le modeli kot na primer pri načinu reoksidacije NADH in transportu acil-CoA skozi membrano. Pomembnost tega procesa pa nakazujejo tudi številne bolezni povezane s peroksisomsko β-oksidacijo, zaradi česar je razumevanje tega procesa zelo pomembno.<br /> <br /> ==Neža Peternel - Uravnavanje oksidacije maščobnih kislin v skeletnih mišicah s prehrano in telesno vadbo==<br /> Maščobe poleg ogljikovih hidratov predstavljajo pomemben vir energije za delovanje naših organizmov. Maščobne kisline (MK) se v mišicah oksidirajo in vodijo do nastanka ATP molekul. Poznavanje mehanizma oksidacije MK omogoča lažje razumevanje regulacije procesa pod vplivom različnih zunanjih dejavnikov. Med pomembnejše regulatorne proteine štejemo maščobno-kislinsko translokazo CD36, ki se nahaja v sarkolemi in regulira vnos MK v mišične celice, in karnitin-aciltransferaze (CPT1, CPT2 in CACT), ki nadzirajo vnos MK v mitohondrij. Pri procesu β-oksidacije maščobnih kislin je pomemben encim β-hidroksi-acil-CoA dehidrogenaza, ki omejuje hitrost reakcije. Dokazali so, da vzdržljivostna zmerna vadba in povečan vnos maščob pozitivno vplivata na regulacijo proteinov, ki so vključeni v proces oksidacije. Maščobne kisline in krčenje skeletnih mišic v tem primeru delujejo kot signali, ki navidezno inducirajo izražanje beljakovin v metabolnih poteh lipidov in s tem povečajo presnovno sposobnost maščobnih kislin. Pomembni signalni receptorji so jedrni transkripcijski faktorji PPAR, ki vplivajo na izražanje genov za regulatorne proteine. <br /> V zadnjem času se zelo razvija farmacevtsko področje vadbene mimetike (ang. exercise mimetics). Z različnimi zdravili in prehranskimi dodatki želijo posnemati pozitivne učinke vadbe na organizem in tako olajšati poteke določenih bolezni ter zmanjšati delež ljudi s prekomerno telesno težo. Hkrati pa z razvojem takšnih zdravil prihaja tudi do dopinških zlorab v vrhunskem športu.<br /> <br /> == Urša Zevnik - Genetske napake mitohondrijske oksidacije maščobnih kislin in karnitinskega transporta==<br /> Mitohondrijska oksidacija maščobnih kislin je ključen metabolni proces za zagotavljanje energije, ko se izpraznijo zaloge glikogena, za nekatere procese pa predstavlja preferenčni vir energije tudi, ko je glukoze dovolj. Za skoraj vse proteine, ki sodelujejo v procesu β-oksidacije maščobnih kislin ali karnitinskemu transportu le teh v mitohondrij, so znane genetske napake, ki povzročijo pomanjkanje ali zmanjšano aktivnost teh proteinov. Popolna odsotnost večinoma vodi v smrt v prvih dneh življenja, za delno pomanjkanje pa so značilna srčna, mišična in ledvična obolenja ter pogoste hipoglikemije. Simptomi so odvisni od posameznika, stopnje pomanjkanja in vrste okvarjenega proteina. So posledica porušene energijske homeostaze in nabiranja toksičnih metabolitov. Trajno zdravilo ne obstaja, zdravljenje pa temelji na preprečevanju katabolizma z izogibanjem postenja ali naporne fizične aktivnosti in na dieti z manjšim deležem maščob. Na voljo so tudi zdravila, ki na različne načine, na primer z obnavljanjem metabolitov cikla citronske kisline ali spodbujanjem transkripcije encimov β-oksidacije lahko omilijo simptome, vendar je njihova učinkovitost omejena. Kljub zanesljivim metodam diagnostike in presejalnim testiranjem novorojenčkov smrtnost zaradi teh bolezni ostaja visoka.<br /> <br /> == Tina Javeršek - Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije==<br /> Hiperamoniemija (HA) je stanje povišane koncentracije amonijaka v krvi, ko pride do neravnovesja med količino nastalega in odstranjenega amonijaka. Ta se v naravi nahaja predvsem v reducirani obliki kot amonijev ion NH₄⁺. Vzroka za nastanek HA sta največkrat prekomerno nastajanje odvečnega amonijaka v debelem črevesu in nezadostno razstrupljanje pri motnjah v ciklu uree. Razlikujemo med primarno in sekundarno (pridobljeno) HA. Za zdravljenje se uporablja predvsem laktuloza, sintetični disaharid, ki se v našem telesu ne presnavlja. Pogosto je tudi zdravljenje z antibiotikom rifaksiminom, ki inhibira sintezo bakterijske RNA in tako preprečuje rast bakterij, ki proizvajajo encim urezo. Ta katalizira hidrolizo sečnine, pri tem pa nastajajo amonijevi ioni. Pri visokih koncentracijah imajo toksične učinke in lahko povzročijo ireverzibilne okvare centralnega živčnega sistema. Natrijev benzoat in fenilacetat nase vežeta glicin in glutamin, nastala hipurat in fenilacetilglutamin pa se izločata z urinom. Kot sredstva za zdravljenje hiperamoniemije se uporabljajo še aminokisline z razvejano verigo, L- arginin, L-citrulin in karglumova kislina. Ob akutnem povišanju koncentracij amonijaka v krvi se ta odstranjuje s hemodializo, s čimer v najkrajšem možnem času dosežemo znižanje njegovih koncentracij. Genska in celična terapija obljubljata učinkovit pristop pri zdravljenju, vendar so potrebne še številne raziskave na tem področju.<br /> <br /> == Klara Kočman - Bowman-Birkov inhibitor ==<br /> Bowman-Birkov inhibitor, inhibira tako tripsin kot tudi α-kimotripsin. Z njima tvori kompleks 1:1 oz. 1:1:1 ko sta na inhibitor vezana oba encima. Reakcijsko mesto za inhibicijo tripsina se nahaja na mestu Lys 16–Ser 17, za inhibicijo kimotripsina pa na mestu Leu 42–Ser 44. Naloga tripsina in kimotripsina je cepitev večjih peptidov na manjše peptide v trebušni slinavki. Bowman-Birkov inhibitor najdemo v nekaterih travniških rastlinah in vseh stročnicah, predvsem v soji. Uživanje surove soje lahko vodi do hipertrofije trebušne slinavke pri živalih. Je tudi zelo učinkovit pri preprečevanju karcinogeneze, zato iščejo način kaki bi lahko z Bowman-Birkovim inhibitorjem preventivno preprečevali raka brez toksičnosti za maligne celice in vitro. V soji pa najdemo tudi Bowman-Birkovem inhibitorju podoben Kunitzov inhibitor. Znanstveniki so ugotovili, da sta Bowman-Birkovemu inhibitorju v določenih sekvencah podobna tudi inhibitor limskega ter vrtnega fižola. Bowman-Birkov inhibitor se lahko zaradi svojih sedmih disulfidnih vezi cepi na več različnih peptidov, ki ohranijo svojo inhibitorno aktivnost. Inhibitor se v raztopinah z visoko koncentracijo inhibitorja med seboj reverzibilno poveže v dimere in trimere, kar lahko vidimo tudi pri inhibitorju, izoliranem iz soje, ki je v obliki trimera.<br /> <br /> == Miha Razdevšek - Motnje razgradnje glicina in njihove posledice ==<br /> <br /> Glicin je najmanjša aminokislina, ki se razgrajuje po treh poteh. Pri ljudeh je najpogostejša razgradnja z glicin cepitvenim encimom (glycine cleavage enzyme, GCE). Ta encim je sestavljen iz štirih proteinov, ki glicin pretvarjajo v CO2 in NH4+. Ko pride do mutacij GCE, se glicin po tej poti ne more več razgrajevati in se posledično kopiči v celici. To stanje imenujemo neketotska hiperglicinemija (nonkertotic hyperglicemia, NKH). V eni izmed metabolnih poti, ki se pri takšnih pogojih aktivirajo nastane zelo reaktivna molekula metilglioksal (MGO). MGO se kovalentno poveže s proteini in DNA, kar imenujemo glikacija. Produkte, ki pri tem nastanejo pa končni produkti napredovane glikacije (advanced glycation end products, AGE). Primarno se MGO poveže z argininom na proteinih in deoksigvanozinom na DNA. Glikacija proteinov vpliva na izgubo njihove funkcije in povezavo ekstracelularnih ter intracelularnih proteinov. Reakcija z DNA pa predstavlja nevarnosti povezane z genomsko nestabilnostjo. Povišane vrednosti MGO se povezuje z boleznimi staranja, diabetesom, debelostjo, rakom in nevrodegenerativnimi boleznimi. Izziv predstavlja predvsem razumevanje pomena MGO pri normalnem fiziološkem stanju, koncentracija, pri kateri postane MGO toksičen in možnost uporabe MGO za specifično diagnostiko bolezni.<br /> <br /> == Jan Trebušak - Valoga Karbamoik Fosfat Sintetaze 1 ==<br /> <br /> Karbamoil fosfat sintetaza 1 (CPS1) je kompleksen, večdomenski ter evolucijsko konservativen encim, ki katalizira prvo reakcijo v ciklu uree. Encim je sestavljen iz okoli 1500 aminokislin in ima dve katalitični mesti na katerih poteka fosforilacija substratov, njegov alosterični efektor pa je N-acetil-L-glutamat (NAG). Ker reakcije na CSP1 predstavljajo ‘vstopni’ korak v cikel uree ima vsakršna okvara lahko hude posledice. Najočitnejši simptom je akutna hiperamonemija oz. povišanje koncentracije amoniaka v krvi, ki lahko ob kronični izpostavitvi vodi v nevrodegenerativna obolenja. Čeprav je hiperamonemija glavni in najbolj akutni zaplet pri okvari CSP1, pa ni edini. Raziskave so pokazale, da ima CSP1 vpliv tudi na nastanek in rast raka, razvoj kardiovaskularnih obolenj in tudi zmožnost posameznikov za vzdrževanje konstantne telesne mase. Trenutne oblike zdravljenja vključujejo strogo izogibanje aminokislinam v prehrani in uživanje dodatkov, ki nase vežejo dušik iz organizma. Naprednejše oblike zdravljenja, kot so genska terapija in jemanje analogov NAG, ki bi spodbudili delovanje tudi nepravilno delujoče CSP1 so v začetnih fazah kliničnih testiranj. Pri genskem zdravljenju predstavlja težavo tudi to, da je večina inaktivirajočih mutacij na CSP1 specifičnih za posamezne družine ali majhne populacije, kar pomeni, da vsaka od the potrebuje posebaj prilagojeno zdravljenje. Na tem področju je potrebno opraviti še veliko raziskav, da bi odkrili zdravilo za nedelujočo CSP1.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2021&diff=19556 2021-11-19T16:45:09Z

<p>Jan Trebušak: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''priimek, ime'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Valte, David||12||Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov||Mitkov, Kostadin||Brdnik, Nuša||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Kolar, Alliana||12||Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji||Vukšinić, Ivana||Premrl, Petja||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Glavnik, Hana||12||S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida||Kovač, Ela||Kavčič, Ema||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Štefan, Urša||12||Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji||Vujović, Nataša||Zajec, Tina||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Butara, Tinkara||12||Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih||Sotlar, Špela||Žnidar, Žan||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Špehar, Pia||12||Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu||Trošt, Pia||Rus, Metka||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Urh, Tina||12|| Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti kot tarča zdravljenja ||Maučec, Ana||Loborec, Mark||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Rotar, Andraž||12||Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih||Priveršek, Maj||Kastelic, Ana||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Starc, Gaja||12||Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres||Spruk, Teja||Možina, Gašper||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Resnik, Katja||12||Signalna omrežja, ki povzročajo raka||Deutsch, Maja||Sotlar, Pia||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Bohte, Janja||14-15||Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu||Valte, David||Mitkov, Kostadin||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Miklošič, Maja||14-15||ni opravila||Kolar, Alliana||Vukšinić, Ivana||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kovačić, Marko||14-15||Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo||Glavnik, Hana||Kovač, Ela||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kolbl, Karidia||14-15||Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom||Štefan, Urša||Vujović, Nataša||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kos Thaler, Nuša||14-15||Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice||Butara, Tinkara||Sotlar, Špela||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Ažbe, Klara||16||Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni||Špehar, Pia||Trošt, Pia||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Jerič, Sara||16||||Urh, Tina||Maučec, Ana||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Mencin, Pia||16||Akonitaza in njena vloga v celici||Rotar, Andraž||Priveršek, Maj||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Weingerl, Zarja||16||Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu||Starc, Gaja||Spruk, Teja||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Kartal, Ena||16||Metabolizem lipoične kisline in mitohondrijska redoks regulacija||Resnik, Katja||Deutsch, Maja||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Struna, Gašper||17||||Bohte, Janja||Valte, David||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Špenko, Andrej||17||||Miklošič, Maja||Kolar, Alliana||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Zevnik, Urša||17||Genetske napake mitohondrijske oksidacije maščobnih kislin in karnitinskega transporta||Kovačić, Marko||Glavnik, Hana||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Peternel, Neža||17||Uravnavanje oksidacije maščobnih kislin s prehrano in telesno vadbo||Kolbl, Karidia||Štefan, Urša||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Vidmar, Nik||17||Delovanje in pomen ketonskih telesc||Kos Thaler, Nuša||Butara, Tinkara||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Trebušak, Jan||18||Vloga karbamoil fosfat sintetaze||Ažbe, Klara||Špehar, Pia||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Kores, Lana||18||Urinska bolezen javorjevega sirupa (MSUD)||Jerič, Sara||Urh, Tina||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Razdevšek, Miha||18||Motnje katabolizma glicina||Mencin, Pia||Rotar, Andraž||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Javeršek, Tina||18||Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije||Weingerl, Zarja||Starc, Gaja||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Kočman, Klara||18||||Kartal, Ena||Resnik, Katja||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Jošt, Lev||19||||Struna, Gašper||Bohte, Janja||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Razboršek, Klara||19||Regulacija apoptoze v zdravju in bolezni: uravnoteženo delovanje BCL-2 proteinov ||Špenko, Andrej||Miklošič, Maja||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Rapuš, Špela||19||||Zevnik, Urša||Kovačić, Marko||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Mencigar, Maša||19||Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih||Peternel, Neža||Kolbl, Karidia||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Ivošević, Vanja*gg||19||||Vidmar, Nik||Kos Thaler, Nuša||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Kogovšek, Jan||20||Karbonska anhidraza in molekularna evolucija C4 fotosinteze||Trebušak, Jan||Ažbe, Klara||||||<br /> |-<br /> | Brdnik, Nuša||20||Mehanizmi šaperonov encima Rubisco||Kores, Lana||Jerič, Sara||||||<br /> |-<br /> | Premrl, Petja||20||||Razdevšek, Miha||Mencin, Pia||||||<br /> |-<br /> | Kavčič, Ema||20||Zaloga ogljika in regulacija sinteze celične stene||Javeršek, Tina||Weingerl, Zarja||||||<br /> |-<br /> | Zajec, Tina||20||Morski organizmi - načini avtotrofne fiksacije ogljika razen Calvinovega cikla||Kočman, Klara||Kartal, Ena||||||<br /> |-<br /> | Žnidar, Žan||21||||Jošt, Lev||Struna, Gašper||||||<br /> |-<br /> | Rus, Metka||21||||Razboršek, Klara||Špenko, Andrej||||||<br /> |-<br /> | Loborec, Mark||21||||Rapuš, Špela||Zevnik, Urša||||||<br /> |-<br /> | Kastelic, Ana||21||||Mencigar, Maša||Peternel, Neža||||||<br /> |-<br /> | Možina, Gašper||21||||Ivošević, Vanja||Vidmar, Nik||||||<br /> |-<br /> | Sotlar, Pia||22||||Kogovšek, Jan||Trebušak, Jan||||||<br /> |-<br /> | Mitkov, Kostadin||22||||Brdnik, Nuša||Kores, Lana||||||<br /> |-<br /> | Vukšinić, Ivana||22||||Premrl, Petja||Razdevšek, Miha||||||<br /> |-<br /> | Kovač, Ela||22||Aminokislinska regulacija skeletnih mišic||Kavčič, Ema||Javeršek, Tina||||||<br /> |-<br /> | Vujović, Nataša||22||||Zajec, Tina||Kočman, Klara||||||<br /> |-<br /> | Sotlar, Špela||23||||Žnidar, Žan||Jošt, Lev||||||<br /> |-<br /> | Trošt, Pia||23||||Rus, Metka||Razboršek, Klara||||||<br /> |-<br /> | Maučec, Ana||23||Vloga tiroidnih hormonov v kraniofacialnem razvoju||Loborec, Mark||Rapuš, Špela||||||<br /> |-<br /> | Priveršek, Maj||23||||Kastelic, Ana||Mencigar, Maša||||||<br /> |-<br /> | Spruk, Teja||23||||Možina, Gašper||Ivošević, Vanja||||||<br /> |-<br /> | Deutsch, Maja||23||||Sotlar, Pia||Kogovšek, Jan||||||<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020-seminar&diff=16371 2020-04-06T09:17:21Z

<p>Jan Trebušak: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> {| border=&quot;1&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3<br /> |-<br /> | Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković<br /> |-<br /> | Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar<br /> |-<br /> | Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner<br /> |-<br /> | Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj<br /> |-<br /> | Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina<br /> |-<br /> | Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko<br /> |-<br /> | Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar<br /> |-<br /> | Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak<br /> |-<br /> | Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič<br /> |-<br /> | Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal<br /> |-<br /> | Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa|| || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić<br /> |-<br /> | Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski<br /> |-<br /> | Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska<br /> |-<br /> | Eva Ratajc || Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik<br /> |-<br /> | Lana Kores || Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar<br /> |-<br /> | Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković<br /> |-<br /> | Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal<br /> |-<br /> | Erika Rihter || Mikrobiomska analiza krvi in tkiv kot pristop k diagnosticiranju rakavih obolenj || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311123302.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič<br /> |-<br /> | Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič<br /> |-<br /> | Eva Vene ||Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob<br /> |-<br /> | Ajda Beltram || Identifikacija potencialnih komponent cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec<br /> |-<br /> | Jan Trebušak ||Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190820130938.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik<br /> |-<br /> | Jan Bregar || Prehodno neintegrativno izražanje reprogramirnih faktorjev v jedru spodbuja večplastno izboljšanje starih človeških celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324090007.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič<br /> |-<br /> | Gregor Strniša || Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200211103721.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar<br /> |-<br /> | Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić<br /> |-<br /> | Nadja Dolničar || V boj proti raku z adenovirusi ||https://www.spandidos-publications.com/10.3892/or.2018.6865 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko<br /> |-<br /> | Tina Javeršek || || https://www.nature.com/articles/s41598-020-59636-6 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik<br /> |-<br /> | Tinkara Božič ||Atomske strukture zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkrivajo transportni mehanizem gripe tipa B ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman<br /> |-<br /> | Kostadin Mitkov ||Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116112548.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik<br /> |-<br /> | Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović<br /> |-<br /> | Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova || New defensive behaviour of the false coral snake || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200323085220.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc<br /> |-<br /> | Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores<br /> |-<br /> | Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek<br /> |-<br /> | Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek<br /> |-<br /> | Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar<br /> |-<br /> | Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter<br /> |-<br /> | Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene<br /> |-<br /> | Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram<br /> |-<br /> | Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak<br /> |-<br /> | Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218182202.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša<br /> |-<br /> | Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor<br /> |-<br /> |Erika Rihter || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar<br /> |-<br /> | Jasmina Bešić || Kako matične celice popravijo škodo zaradi srčnih napadov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200313112144.htm || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič<br /> |-<br /> | Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov<br /> |-<br /> | Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič<br /> |-<br /> | Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban<br /> |-<br /> | Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova<br /> |-<br /> | Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković<br /> |-<br /> | Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020_Povzetki_seminarjev&diff=16362 2020-04-05T07:15:10Z

<p>Jan Trebušak: /* Anna Scott: Notting Hill */</p> <hr /> <div>=== Jan Trebušak:Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti.===<br /> Alergije, ki jih pri ljudeh sproži vbod klopa so bile zaradi zakasnelih simptomov diagnosticirane šele pred kratkim, predstavljajo pa naraščujočo grožnjo javnemu zdravju. Sindrom alfa-gal je alergija, ki se lahko pojavi, ko gostitelj ob vbodu pride v stik z molekulami galaktoze-alfa-1,3-galaktoze iz klopove sline, to je krvni antigen, ki v klopa pride s pitjem krvi svojega gostitelja. V takih primerih postane oseba alergična na vse vrste mesa, ki vsebujejo omenjeni ogljikov hidrat t.j vse rdeče meso, razen meso višjih primatov in ljudi. Alergija na rdeče meso je ena izmed redkih alergij na hrano, ki lahko sproži hude kožne, gastrointestinalne in respiratorne reakcije, oziroma anafilakso, buren odziv telesa najverjetneje sprožijo specifična protitelesa IgE. Ker so mehanizmi po katerih pride do alergij na hrano slabo poznani, je bil cilj študije razviti mišji model alergijske senzitizacija ob dermalni izpostavitvi klopom, ki bi ga potencialno lahko uporabili za identifikacijo mehanizmov, ki nazdorujejo sprožitev IgE protiteles povezanih z boleznimi, ki jih prenašajo klop.<br /> <br /> === Sara Golob: Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni ===<br /> <br /> Pri Alzheimerjevi bolezni pride do padca kognitivnih funkcij, kot so spomin, govor, pozornost, učenje, itd. Razvije se zaradi različnih dejavnikov, ki so lahko dedni ali okoljski. Eden od okoljskih dejavnikov je okužba z virusom Herpes simpleks tip 1. Ta povzroči večje izražanje ε4 alela apolipoproteina E, ki povzroča nalaganje Tau proteina in amiloida beta, ki sestavljata senilne plake pri Alzheimerjevi bolezni. To povezavo so odkrili s protitelesi proti virusu Herpes simpleks tipa 1 ter preko lizosomske okvare, zaradi katere pride do nalaganja amiloida beta v možganih. Dokazana je bila tudi povezava med Alzheimerjevo boleznijo in drugimi boleznimi (epilepsija, demenca, shizofrenija, fibromialgija, demenca), pri katerih je opazna kognitivna disfunkcija. Pri bolnikih z epilepsijo so odkrili amiloidne plake, ki so značilni za Alzheimerjevo bolezen, zaradi česar je večja verjetnost, da oboleli za epilepsijo zbolijo še za Alzheimerjevo boleznijo in obratno. Herpes simpleks virus redko povzroča tudi akutni encefalitis, katerega posledica so epileptični napadi, izguba spomina in spremembe v vedenju. Zato znanstveniki menijo, da je povezava med epilepsijo in Alzheimerjevo boleznijo tudi v apolipoproteinu E.<br /> <br /> === Ena Kartal: Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije ===<br /> Čeprav je bila vzpostavljena povezava med kroničnim vnetjem in nevrodegenerativnimi boleznimi, je bilo veliko odprtih vprašanj v zvezi s tem, kako celično staranje, proces, pri katerem celice, ki se nehajo deliti pod stresom, izločijo mešanico vnetnih beljakovin, vplivajo na te patologije. Raziskovalci poročajo, da staranje v astrocitih, ki je najbolj razširjena vrsta celic v možganih, vodi do škodljive '' ekscitotoksičnosti '' na kortikalnih nevronih, ki so vključeni v spomin.In pri tem pride do Alzheimerjeve bolezni,ki je najpogostejši vzrok demence pri starejših, je nepopravljiva, napredujoča možganska motnja, ki ubija možganske celice in postopoma uničuje spomin.<br /> <br /> === Lenka Stanković: Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 ===<br /> <br /> Karakteristika raka je njegova sposobnost spodbujanja angiogeneze, oziroma tvorba novih krvnih žil. Angiogeneza prispeva k rasti in napredovanju tumorja z induciranjem in vzdrževanjem kislega / hipoksičnega in imunosupresivnega okolja. Krvne žile v rakih so pogosto nefunkcionalne in omejujejo promet s T-celicami. Odkritje angiogenih zaviralcev naj bi pripomoglo k zmanjšanju umrljivosti zaradi karcinomov. Tukaj prikazujemo, da imunoterapija proti CD40 poveča tumorsko infiltracijo CD8+T, vendar regresijo tumorja dosežemo močneje, če anti-CD40 kombinirano z dvojno blokado Ang2 in VEGFA. Kombinacija anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonističkih protiteles proti anti-CD40 omogoča zavrnitev tumorjev pri sintetičnih modelih tumorjev. Proučevali so odzive tumorjev na anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonistična protitelesa proti CD40 v različnih modelih mišjega raka. V raziskavi so pokazali, da kombinacija agonističnih protiteles CD40 z dvojno blokado VEGFA/Ang2 povečuje protitumorski odziv v modelnih raka miši s pomočjo sinergistične regulacije genov in indukcije imunskega permisivnega mikrookruženja tumorja, za katero je značilno provnetno (M1 podobno) aktivacijo makrofagov, vaskularno normalizacija ter izboljšanja infiltracije in prostorska lokalizacija efektorskih T-celic. T-celice pošljejo signale drugim vrstam imunskih celic, vključno s citotoksičnimi T celicami CD8+. Citotoksične T-celice, znane tudi kot CD8 + T-celice, izražajo svoje TCR, ki jih spremlja glikoprotein CD8. CD8 + T-celice so povezane z učinkovitim ubijanjem rakavih celic: med antigensko specifično aktivacijo afiniteta med CD8 glikoproteinom, izraženim s celico CD8 + T, in molekulo MHC razreda I, izraženo z rakavo celico, ohranja obe vrsti celic skupaj. Tesna vezava T celic in rakavih celic skozi kompleks CD8 / TCR in kompleks antigen / MHC-I povzroči, da celice CD8 + T izločajo perforin in grancime, kar vodi v lizo rakavih celic.<br /> <br /> === Nika Tomsič: Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije ===<br /> Po oceni World Health Organisation- World malaria report 2019 je v letu 2018 bilo 228 milijonov primerov malarije. Sladkor je glavni vir energije parazita, zato je razumevanje presnove sladkorjev pomembna tema, ki bi lahko predstavljala pomoč pri sestavljanju zdravil in izrivanju tega parazita. Glavna razlika v presnovi sladkorjev med parazitom in drugimi organizmi je prenašalec, ki sladkorje prenaša v celico. Za to je odgovoren šeskotni prenašalec PfHT1, ki je sposoben transportirati bodisi glukozo kot fruktozo. Strukturno pa je zelo podoben prenašalcem človeške celice GLUT. Prenašalec obsega 12 transmembranskih vijačnic, ki tvorijo osrednjo pot za vstop glukoze. Ključni del proteina pa predstavljajo izrastki ki delujejo kot receptorji za sladkorje. Sladkorne prenašalce še nadaljnjo stabilizirajo solne medcelične povezave. Druga velika razlika med PfHT1 in drugimi prenašalci je brez dvoma način odpiranja in zapiranja prenašalca, saj ni sestavljenen samo iz treh običajnih stanj (odprto navznoter, zaprto, odprto navznoter), temveč ga zaznamujejo še dve vmesni stanji (zaprto navznoter in zaprto navzven, angl. inward–occluded in outward-occluded). Nadaljnjo raziskovanje bi torej lahko omogočilo razvoja novih antimalaričnih zdravil, ki blokirajo uvoz sladkorja in zastrašujejo parazita do smrti oz. razvoja novih zaviralcev, ki so bolj specifični za blokiranje funkcije PfHT1, ne da bi pri tem vplivali na transport sladkorja v človeških celicah.<br /> <br /> === Maša Mencigar: Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem ===<br /> Apoptotske celice v telesu lahko nadzorujejo imunski sistem in preprečijo nezaželene imunske odzive na telesu lastna tkiva oziroma celice. Avtoimune bolezni so kronične, neozdravljive in predstavlajo velik zdravstven problem, saj bolniki trpijo, hkrati pa povzročajo velike stroške. Znanstveniki iz nemškega centra za raziskave rakavih bolezni (DKFZ - Deutsches Krebsforschungszentrum; angl: German Cancer Research Center) so našli receptor na imunskih celicah miši, ki aktivira ta zaščitni mehanizem in prepreči nevarne avtoimunske reakcije. Ta receptor se imenuje dektin-1, ki ima dvojno vlogo, saj veže beta-glukane in aksin proteine. Pomankanje dektina-1 vodi do simptomov avtoimunih bolezni šele proti koncu življenske dobe. Ključna pa je povezava med encimom NAHPH oksidazo-2 in dektinom-1, zato imajo ljudje, ki nimajo tega encima avtoimune bolezni.<br /> <br /> === Ema Kovačič: Izpostavljenost ploda materini mikrobioti ===<br /> Študija o prehodu materine mikrobiote skozi placento pri otrocih, ki so se rodili s carskim rezom prezgodaj in normalno. Mamam so vzeli brise iz različnih delov telesa, otrokom pa takoj po rojstvu vzorce iz ustne votline in mekonija. Imunski sistem pri otrocih se razvije že v prenatalnem obdobju. Našli so DNK nekaterih bakterij v posteljici, plodovnici in mekoniju, kar kaže, da se zarodek spopade z bakterijami že v prenatalnem obdobju. Odkritje bakterijskih zapisov v materničnem okolju nakazuje na koesistenco mehanizmov za kontorolo izpostavljenosti pri plodu in materini mikrobioti.<br /> <br /> === Zala Puklavec: Globoko učenje void do odkritja novih antibiotikov===<br /> Zaradi naglega pojava bakterij, ki so odporne na antibiotike, raste potreba po odkritju novih antibiotikov. Zato so naučili globoko nevronsko mrežo napovedati molekule, ki imajo antibakterijske lastnosti. S tem računalniškim modelom so odkrili, da ima halicin (c-Jun N-terminal kinase inhibitor SU3327) zelo močne antibakterijske lastnosti. Nadaljni eksperimenti so pokazali, da deluje na drugačen način kot večina antibiotikov. Za razliko od ostalih je halicin proti E.coli bakteriociden, ne le bakteriostatski. Testirali so ga tudi na bakterijah, za katere po mnenju Svetovne zdravstvene organizacije najnujneje potrebujemo neko obliko zdravljenja, in proti veliki večini je deloval zelo uspešno. Z daljšo izpostavljenostjo E.coli halicinu so poskušali izolirati mutantske celice, ki so razvile odpornost nanj, vendar jim ni uspelo, kar kaže na to, da te odpornosti ni možno ali pa se vsaj veliko težje razvije. Z še nekaj eksperimenti pa so prišli do zaključka, da halicin disipatira transmembranski pH potencial in najverjetneje veže Fe3+ pred pH disipacijo in povezavo z membrano.<br /> <br /> === Martin Stanonik: De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc===<br /> Odkrivamo vedno več proteinov, ki so nastali iz de novo genov. To pomeni, da so se kodirali iz nekodirajočih delov DNA, kar velja za redek proces. V laboratorijskih poskusih je preveliko izražanje teh nastajajočih genov omogočalo boljše delovanje celice v primerjavi z prevelikim izražanjem že vzpostavljenih genov in motenje tega procesa ni vplivalo na delovanje celice. za osebek so uporabili kvas, saj glive kvasovke vsebujejo najboljše lastnosti za izražanje genov.To prikazuje velik potencial, še posebej za timinsko bogate sekvence za izdelavo transmembranskih proteinov. Iz kombinacij različnih analiz je bil predlagan nov model genskega nastanka. Ta odkritja, bi lahko omogočala nov način izdelave polipeptidov, ki nastanejo iz teh, de novo, delov DNA.<br /> <br /> === Klara Kočman: Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 ===<br /> Koronavirusi so veliki, pozitivni RNA virusi. Okuženost z virusom lahko opazimo z značilni simptomi kot so vročina, kašelj in pomanjkanje zraka. Najnovejši tip koronavirusa, SARS-CoV-2, tudi 2019-nCoV, se je prvič pojavil 31. decembra 2019 v mestu Wuhan na Kitajskem. Transport virusa s človeka na človeka je pogost pri telesnih stikih z bolnikom. SARS-CoV-2 primerjajo z virusama MERS-CoV in SARS-CoV. Na podlagi celotne analize genoma in proteinov je virus bližje SARS­-CoV kot MERS-CoV, saj obstaja več kot 90% genetska podobnost s SARS-CoV, medtem kot je s MERS-CoV-jem neznatna. Genom virusa SARS-CoV-2 je sestavljen iz približno 30 kilobaz, ki jih kodira več strukturnih in nestrukturnih proteinov. S SARS-CoV si je podoben po dolžini genoma ter podobnem mehanizmu vstopa v celico ter uporabi celičnih receptorjev (ACE2). Glikoprotein ACE2 se nahaja na površini membrane in je pomemben za vezavo receptorjev gostiteljskih celic in gostitelja. Transmembranski proteini virusa se vežejo na človeško celico preko receptorjev ACE2 (encim za pretvorbo angiotenzina 2). Med 120 sekvencami virusa SARS-CoV-2 ni bila zanana niti ena mutacija, zato lahko s ciljenjem slednjih nudimo zaščito. Znanstveniki z opazovanjem odziva na protitelesa pri miših raziskujejo cepivo.<br /> <br /> ===Timotej Sotošek: Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje Vzhodni respiratorni sindrom koronavirusa===<br /> Zdravilo remdesivir (bolj natančno Remdesivir trifosfat) je preiskovalna spojina, ki je bilo sprva ustvarjeno za zdravit Ebolo. Ima širok spektrum protivirusnih aktivnosti proti RNA virusih kot na primer koronavirusi , Filovirusi,… Njegova tarča je multi-podenotni RNA sintezni kompleks znan pod imenom RNA-odvisna RNA polimeraza na katerem s pomočjo drugih proteinov poteka sinteza virusne RNA verige. Remdesivir je nukleotidni analog ATP-ja s katerim tekmuje za vezavo v nastajajočo se virusno RNA verigo po tem, ko je virus že okuži celico. V primeru, da se Remdesivir uspe vezat v virusno RNA verigo bo ta prenehala rast in tako postala ne uporabna. To pomeni, da je Remdesivir le inhibitor, ki upočasnjuje oz. preprečuje nadaljno širjenje virusa. Raziskave so preiskovale mehanizem inhibicije na virusu Srednje Vzhodni respiratorni sindrom(MERS-CoV) in ga primerjali kako je učinkovit v primerjavi inhibicije virusa Ebola, ter na splošno kako zelo je njegov mehanizem učinkovit. Ker sta si MERS-CoV in SARS-CoV-2 sorodna virusa bi lahko zdravilo Remdesivir pomagal ozdravit obolele z SARS-CoV-2 koronavirusom.<br /> <br /> ===Nika Perko: Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk===<br /> Komarji vrste Aedes aegypti so eni glavnih povzročiteljev bolezni kot so denga, rumena mrzlica, zika in čikungunja. Najdemo jih v tropskem in subtropskem pasu ter celo v Evropi. Znanstveniki Univerze Nove Mehike so poiskali način, kako preprečiti širitev omenjenih bolezni. Ustvarili so naraven insekticid, ki prepreči razvoj komarjev, ko so ti še v stopnji ličinke. Larvicid je sestavljen iz enostavnih komponent: eteričnega olja pomarančevca Citrus sinensis in gliv kvasovk vrste Saccharomyces cervevisiae. Sintetiziran je bil s postopkom enkapsulacije eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk. Med korake tega procesa so vpeljali še enega novega. Z njim so odstranili odvečno eterično olje, ki je ostalo na zunanji strani celic. To je bilo izredno pomembno, saj je odvečno olje delovalo kot repelent. Z različnimi analizami in primerjavami so ugotovili, da struktura celične stene, membrane in oljnih kapljic ostane po enkapsulaciji nespremenjena. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se kvasovke po enkapsulaciji niso mogle več razmnoževat. Testi efektivnosti so bili vzpodbudni, saj je bil larvicid učinkovit pri vseh ličinkah. Najbolj pa je bil učinkovit pri začetni razvojni stopnji ličink. Novi larvicid ima kar nekaj dobrih lastnosti: je naraven, ne more se nenadzorovano širit in tako škodit vodnemu okolju, izdelava je relativno poceni, je neškodljiv za ljudi, dolgo učinkuje…<br /> <br /> === Anja Moškrič: Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR-Cas tipa I ===<br /> Sistem CRISPR-Cas je imunski mehanizem, ki je značilen za veliko prokariontov in arhej. Gre za gruče enakomerno prekinjenih palindromskih ponovitev, ki nosijo zapis za obrambo proti vdoru tujega dednega materiala (virusov in plazmidov). Kratica Cas pa predstavlja s CRISPR povezane gene, ki kodirajo zapis za nekatere encime, ki cepijo DNA. CRISPR lokus je sestavljen iz ponavljajočih CRISPR genov, med katerimi so vmesniki. Na teh pa je shranjena kopija dela zapisa virusa oz. plazmida. S študijo so želeli izvedeti vpliv infekcije bakterije Pseudomonas aeruginosa, s temperiranim oziroma lizogenim bakteriofagom (DMS3), ki se v obliki profaga vključi v dedni material gostiteljske celice. Izbrana bakterijska vrsta vrši sistem CRISPR-Cas tipa I-F. Za primerjavo so za eksperimente uporabljali tudi nekatere mutirane vrste bakterij,ki so imele napako v CRISPR lokusu. Eksperimenti so pokazali, da ob infekciji z nemutiranimi bakteriofagi bakterije niso sposobne uspešno odstranit le-teh. Iz zbranih rezultatov so ugotovili, da je v tem primeru imunski mehanizem slabo prilagojen celicam, saj povzroča imunopatološki efekt (avtoimunost). Do tega pride zaradi nepopolnega ujemanja zapisa na CRISPR vmesnikih s profagi. Če bakteriofagi ne kodirajo zapisa za acr gene (anti-CRISPR geni, ki zatirajo omenjen mehanizem), lahko to privede do izgube sistema CRISPR-Cas skozi evolucijo. <br /> <br /> ===Maja Deutsch: Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline===<br /> Med vsemi mnogoceličarji in njihovimi mikrobiomi se pojavijo številne medsebojne kemične interakcije. Številne molekule, za katere je znano, da jih proizvaja mikrobiom, izrazito vplivajo na ravnovesje med zdravjem in boleznijo. Z uporabo masne spektrometrije in vizualizacije podatkov so bili ocenjeni učinki mikrobioma na celotno kemijo sesalca s primerjavo podatkov metabolomike pri aseptičnih miši in specifičnih-mikroorganizmov-prostih miši. Ugotovljeno je bilo, da mikrobiota vpliva na kemijo vseh organov. To je vključevalo aminokislinske konjugacije žolčnih kislin, ki so bile uporabljene za proizvodnjo fenilalanoholne kisline, tirozoholne kisline in levcoholne kisline, ki prej še niso bile identificirane, kljub obsežnim raziskavam kemije žolčnih kislin. Ti konjugati žolčne kisline so bili najdeni tudi pri ljudeh, vendar so bile bolj pogoste pri bolnikih z vnetnimi črevesnimi boleznmi, cistično fibrozo in pri dojenčkih. Te spojine so agonizirale farnezodini receptor X (FXR) in miši, ki so imele na novo odkrite kisline, so pokazale zmanjšano izražanje genov za sintezo žolčne kisline. Potrebne pa so nadaljnje raziskave, da se ugotovi, ali imajo te spojine fiziološko vlogo v sesalcih in ali prispevajo k črevesnim boleznim, ki so povezane z mikrobiomsko disbiozo.<br /> <br /> === Hana Glavnik: Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo ===<br /> Pri raziskovanju malarije so znanstveniki odkrili pojav, ki so ga poimenovali rozeta. Rozeta je skupek neokuženih rdečih krvnih celic, ki s pomočjo proteinov, ki jih sintetizira parazit obkolijo okuženo rdečo krvno celico. Parazit se tako zaščiti pred gostiteljevim imunskim sistemom, saj ga monocite tako obkoljenega težje zaznajo. Raziskovali so tvorjenje rozet pri različnih pogojih. Izoliranim parazitom so dodali različne vrste monocitov in opazovali njihovo reakcijo. S tem so odkrili tudi protein IGFBP7, ki inducira tvorjenje rozet, vendar le ob prisotnosti dodatnih serumskih faktorjev. Odkritje proteina IGFBP7 je vodilo v odkritje novega načina tvorjenja rozet, tako imenovanega tipa II, saj za razliko od prvotnega tipa I, ta ne poteče spontano. Nato so pod drobnogled vzeli tvorjenje rozet s proteinom IGFBP7. Z namenom, da bi lahko razložili ta pojav, so eritrocite zdravili z encimom Heparinaza in jih nato izpostavili pogojem, ugodnim za nastanek rozet ter opazovali dobljene rezultate. IGFBP7 opozori parazite na prihod monocitov, nato parazit ta protein uporabi kot most, ki se poveže še z dvema človeškima proteinoma na zdravem eritrocitu in tako pomaga pri tvorjenju.<br /> <br /> === Eva Ratajc: Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika ===<br /> Virus Zahodnega Nila (WNV) je glavni povzročitelj virusnega encefalitisa v Združenih državah Amerike. Tudi okužbe z virusom zika (ZIKV) povzročajo resne nevrološke bolezni in prirojene napake. Znano je, da ima pri sproženju imunskega odziva pomembno vlogo Z-DNA vezavni protein 1 (ZBP1). Z-DNA vezavni protein (ZBP1) je citoplazmatski DNA-senzor, ki služi kot receptor za prepoznavanje molekularnih vzorcev. Ob okužbi telesa z virusom zika in virusom Zahodnega Nila se poveča izražanje ZBP1 v mišjih možganih. Zaradi tega so raziskovalci želeli raziskati vlogo ZBP1 pri omejitvi patogeneze pri osebkih, okuženih z navedenima virusoma. Pri miših z izbitim genom za ZBP1 −/− so zaznali višjo stopnjo okužb in višjo smrtnost po okužbi tako s smrtonosno kot z nesmrtonosno obliko virusa Zahodnega Nila kot pri miših divjega tipa (WT). Raziskovalci so ugotovili, da ima ZBP1 ključno vlogo pri omejitvi patogeneze pri miših. ZBP1 prepreči širjenje okužbe WNV in ZIKV v primarnih mišjih celicah in je pomemben za preživetje osebkov z boleznimi, ki ju povzročata omenjena virusa. Pomanjkanje ZBP1 je povzročilo večje količine virusa v serumu in možganih pri ZBP1−/− miših v primerjavi z divjim tipom. Pri ZBP1−/− miših so zaznali tudi višje virusne titre, ki so jih povezali z znižanimi leveli protivirusnih citokinov in kemokinov.<br /> <br /> === Lana Kores: Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona ===<br /> Ionski kanalček TRPA1 (znan tudi kot wasabi receptor) je receptor za dražilce, ki povzročajo akutno bolečino in nevrogeno vnetje. Toksin za wasabi receptor WaTx je toksin avstralskega škorpijona, ki s pasivno difuzijo preide čez membrano celice in se nato veže na TRPA1. WaTx deluje na podoben način kot elektofilni dražilci receptorja, le da v nasprotju z njimi kanalčka ne odpre direktno, ampak le stabilizira njegovo odprto stanje in tako zmanjša prepustnost za Ca2+ ione. Koncentracija Ca2+ ionov je zato zadostna, da povzroči akutno bolečino, ne pa dovolj velika, da bi prišlo do nevrogenega vnetja, kot npr. pri elektrofilnem dražilcu AITC.<br /> <br /> === Eva Vene: Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo ===<br /> Neuspešnost cepiva ter dejstvo, da je, zaradi širjenja življenjskega prostora A. aegypti, ogroženih 50% svetovnega prebivalstva, je vodilo v nadaljnje raziskave, ki bi omogočile zaustavitev širjenja virusa z restrikcijo slednjega že v samih prenašalcih. Možnost za uspeh obetajo protitelesa s širokim spektrom nevtralizacije (ang. broadly neutralizing antibodies), saj so slednja uspešna proti antigensko različnim virusom. Zaenkrat tovrstna protitelesa kot možnost zatiranja širjenja bolezni še niso bila uporabljena proti katerikoli vrsti virusa, njihova upešnost pa se je pokazala pri drugi veji mikroorganizmov.<br /> Za raziskave so uporabili človeško protitelo 1C19, katerega uspešnost proti serotipom DENV je bila znana že iz prejšnjih let. V genom transgenih komarjev je bil dodan modificiran gen za scFv 1C19 (človeško protitelo, ki deluje proti DENV) in fluorescenčni označevalec, ki se sintetizira za protitelesom, tipa tdTomato. V komarje je bil določen serotip virusa vnešen z okuženo krvjo. Določili so dva možna izida okužbe: ponekod je DENV prosto prehajal čez srednje črevo – komarji so postali prenašalci virusa; v drugem primeru pa so izražena protitelesa nevtralizirala serotip virusa in s tem preprečila prenos okužbe naprej. <br /> <br /> === Nina Žgajnar: In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov ===<br /> Konvencionalne metode genskega inženirstva za reševanje zapletenih problemov se običajno osredotočajo na prilagajanje enega ali več genov. Sintezna biologija pa k tem težavam pristopa z novega vidika: ukvarja se z večjimi spremembami obstoječih celičnih struktur in z izgradnjo bolj zapletenih sistemov. Sinteza kemičnega sistema, ki je sposoben razmnoževanja in razvoja, je glavni cilj sintezne biologije. To bi lahko dosegli z in vitro rekonstrukcijo minimalno samozadostne centralne dogme. Znanstveniki so ustvarili sistem in vitro translacije, ki omogoča samostojno podvajanje in izražanje večjih genomov. Demonstrirali so samostojno podvojevanje genoma iz več kot 116 kilobaz, ki zajema celoten niz translacijskih faktorjev E. coli, vse tri ribosomske RNA, sistem za obnavljanje energije ter RNA in DNA polimeraze. Vzporedno z replikacijo DNA sistem omogoča sintezo vsaj 30 kodiranih translacijskih faktorjev, od katerih je polovica izražena v enakih ali večjih količinah od njihovih vhodnih nivojev. Vprašanje, kaj vse lahko dosežemo s samosestavljanjem kemijskih spojin, velja za eno izmed pomembnejših vprašanj v znanosti. Sintezna biologija tukaj postavlja nov cilj: sestaviti organizem izključno iz majhnih molekul. Potencialno bi tako lahko ustvarili organizme, ki bi čistili nevarne odpadke na nedostopnih mestih, rastline, ki bi zaznavale določene kemikalije in se nanje ustrezno odzvale, proizvedli čisto gorivo na učinkovit in trajnosten način ali prepoznavali in uničevali tumorje.<br /> <br /> === Jan Kogovšek: Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije ===<br /> Parazit Plasmodium falciparum je najpogostejši povzročitelj malarije pri ljudeh. S to boleznijo zboli več milijonov ljudi, umre pa jih približno 400 000 vsako leto. Antimalariki, ki so v uporabi, počasi izgubljajo svojo moč, kajti parazit je postal rezistenten na do sedaj najbolj učinkovito terapijo, imenovano artemisinin combination therapy (ATC). Znanstveniki so v ta namen odkrili tri nove zdravilne učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji plazmepsina IX in plazmepsina X, ki ju izloča Plasmodium. Odkrili so, da inhibitorji zavrejo izločanje dodatnih proteinov iz celic, ki parazitu omogočajo vstop v eritrocite. S testi so ugotovili, da WM4 in WM5, ki sta prva na novo odkrita inhibitorja, delujeta na isti princip, vendar ne vplivata na dozorevanje in širjenje oocist parazita. WM382, naknadno odkrit inhibitor, pa poleg istih mehanizmov, kot jih imata WM4 in WM5, deluje tudi na dozorevanje oocist v fazi rasti parazita v jetrih. Za vse tri učinkovine so tudi dokazali specifično delovanje na oba plazmepsina. S tem ko WM382 zavira rast in zorenje oocist parazita, se tudi zmanjša prenašanje parazita na komarje in možnost prenosa rezistence na že obstoječe antimalarike.<br /> <br /> === Kostadin Mitkov: Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ===<br /> Maintenance of protein homeostasis is essential for the cell viability and growth. The cells in the human body are constantly exposed to environmental stress factors, which tend to disturb that protein homeostasis maintenance. For the first time, research shows that the contacts between cells, known as cell adhesion, are essential for cells to survive stress and maintain protein homeostasis. Cell adhesion is relied on heat shock factors (HSFs). HSFs mediate their protective functions through diverse genetic programs, which are composed of genes encoding molecular chaperones and other genes crucial for cell survival. Scientists have found that HSF2 is critical for cell survival during prolonged proteotoxicity, and their RNA sequencing (RNA-seq) analyses revealed that cells that lack HSF2 have weakened viability which is not caused by inadequate induction of molecular chaperones but is due to marked downregulation of cadherin superfamily genes. They demonstrated that maintenance of cadherin-mediated cell-cell adhesion is dependent on HSF2 and it is also required for protection against stress induced by proteasome inhibition. This study identifies HSF2 as a key regulator of cadherin superfamily genes and defines cell-cell adhesion as a determinant of proteotoxic stress resistance. <br /> <br /> === Ajda Beltram: Potencialne komponente cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV ===<br /> Cilj te raziskave je pomoč pri izdelavi cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV, saj sta si virusa genetske zelo podobna. Dokazali so veliko podobnost med posameznimi strukturnimi proteini SARS-CoV-2 in SARS-CoV, ter nekoliko manjšo med SARS-CoV-2 in MERS-CoV. Primerjali so tudi eksperimentalno določene epitope celic T in B strukturnih proteinov (S in N) SARS-CoV s strukturnimi proteini SARS-CoV-2. Epitope celic T so dobili na podlagi pozitivnega odziva celic T na epitope ali pozitivne vezave MHC na epitope, epitope celic B pa s pozitivno vezavo celic B na epitope. Ugotovili so, da se 23 % epitopov celic T in 16 % epitopov celic B SARS-CoV popolnoma ujema s SARS-CoV-2 in so tudi brez mutacij. Velik potencial predstavljajo predvsem epitopi celic T, saj je bilo dokazano pri SARS-CoV, da omogočajo dolgotrajno zaščito. Pri celicah B pa imajo za sprožitev imunskega odziva s protitelesi za SARS-CoV-2 več potenciala linearni epitopi celic B podenote S2 proteina S, saj se jih veliko popolnoma ujema s SARS-CoV-2. Zaradi vsega tega so najverjetneje cepiva, ki spodbudijo odziv celic T, in cepiva, ki poskušajo izzvati protitelesa, ki se vežejo na linearne epitope podenote S2, efektivna in bi morala biti v prihodnje še bolj raziskana.<br /> <br /> Konec klepeta<br /> Napiši sporočilo ...</div>

Jan Trebušak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2020-seminar&diff=16361 2020-04-05T00:00:51Z

<p>Jan Trebušak: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> {| border=&quot;1&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3<br /> |-<br /> | Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković<br /> |-<br /> | Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar<br /> |-<br /> | Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner<br /> |-<br /> | Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj<br /> |-<br /> | Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina<br /> |-<br /> | Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko<br /> |-<br /> | Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar<br /> |-<br /> | Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak<br /> |-<br /> | Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič<br /> |-<br /> | Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal<br /> |-<br /> | Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler<br /> |-<br /> | Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa|| || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić<br /> |-<br /> | Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski<br /> |-<br /> | Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska<br /> |-<br /> | Eva Ratajc || Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik<br /> |-<br /> | Lana Kores || Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar<br /> |-<br /> | Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković<br /> |-<br /> | Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal<br /> |-<br /> | Erika Rihter || Mikrobiomska analiza krvi in tkiv kot pristop k diagnosticiranju rakavih obolenj || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311123302.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič<br /> |-<br /> | Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič<br /> |-<br /> | Eva Vene ||Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob<br /> |-<br /> | Ajda Beltram || Potencialne komponente cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav Sars-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec<br /> |-<br /> | Jan Trebušak ||Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti.||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190820130938.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik<br /> |-<br /> | Jan Bregar || Prehodno neintegrativno izražanje reprogramirnih faktorjev v jedru spodbuja večplastno izboljšanje starih človeških celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324090007.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič<br /> |-<br /> | Gregor Strniša || Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200211103721.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar<br /> |-<br /> | Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić<br /> |-<br /> | Nadja Dolničar || || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30229-4?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420302294%3Fshowall%3Dtrue || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko<br /> |-<br /> | Tina Javeršek || || https://www.nature.com/articles/s41598-020-59636-6 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek<br /> |-<br /> | Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik<br /> |-<br /> | Tinkara Božič ||Atomske strukture zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkrivajo transportni mehanizem gripe tipa B ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman<br /> |-<br /> | Kostadin Mitkov ||Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116112548.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik<br /> |-<br /> | Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović<br /> |-<br /> | Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič<br /> |-<br /> | Stefanija Ivanova || New defensive behaviour of the false coral snake || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200323085220.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc<br /> |-<br /> | Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores<br /> |-<br /> | Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek<br /> |-<br /> | Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek<br /> |-<br /> | Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar<br /> |-<br /> | Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter<br /> |-<br /> | Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota<br /> |-<br /> | Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene<br /> |-<br /> | Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram<br /> |-<br /> | Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak<br /> |-<br /> | Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar<br /> |-<br /> | Jakob Tomšič || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218182202.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša<br /> |-<br /> | Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor<br /> |-<br /> |Erika Rihter || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar<br /> |-<br /> | Jasmina Bešić || Kako matične celice popravijo škodo zaradi srčnih napadov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200313112144.htm || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek<br /> |-<br /> | Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc<br /> |-<br /> | Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič<br /> |-<br /> | Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov<br /> |-<br /> | Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič<br /> |-<br /> | Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban<br /> |-<br /> | Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova<br /> |-<br /> | Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković<br /> |-<br /> | Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Jan Trebušak