https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=JanaVerban%C4%8Di%C4%8D 2026-04-30T20:49:22Z User contributions MediaWiki 1.45.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Celuloliti%C4%8Dni_encimi_talne_glive_Penicillium_sp._TG2_in_njihov_potencial_pri_proizvodnji_etanola.&diff=10645 2015-06-04T21:10:58Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>(Članek: Ree Y, Min J, Heo S, et al. Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus ''Penicillium'' sp . TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production. Renew Energy. 2015;76:66-71) <br /> <br /> == UVOD ==<br /> Iskanje novih virov celulolitičnih encimov, ki bi bili sposobni razgradnje različnih celuloznih materialov postaja vedno bolj pomembno. Uporaba sladkornega trsa, škrobnatih rastlin in rastlinskih olj je manj primerna, saj s tem porabljamo vire prehrane, zato bi bilo smiselno najti čim več virov biomase, ki niso hranljivi za človeka. Eden takšnih virov so šopi praznih palmovih plodov (ang. EFB – empty palm fruit bunches). To so lahko dostopni stranski produkti oljne industrije, ki so sestavljeni iz 39,5 % celuloze, 17,3 % hemiceluloze, 28,8 % lignina, 10,3 % ekstraktov in 3,8 % pepela. Slabost lignocelulozne biomase je, da so v nasprotju s škrobnatimi in sladkornimi viri biomase potrebni bolj zapleteni fizikalni, kemijski in biološki procesi za njegovo pripravo. Za encimsko katalizirano razgradnjo celuloznih materialov do fermentabilnih sladkorjev so najprimernejši celulolitični encimi. To so encimi, ki povzročajo hidrolizo celuloze oziroma saharifikacijo in jih skupno imenujemo celulaze. Med njih spadajo endoglukanaza, ki cepi β-1,4 vezi znotraj celuloznih polimerov, eksoglukanaza, ki cepi verige celuloze iz nereducirajočega konca in β-glukozidaza oziroma celobiaza, ki odceplja glukozo, celobiozo in celotriozo (sladkorje, sestavljene iz dveh oziroma treh glukoz) z nereducirajočega konca predhodno načete verige. Med celulaze uvrščamo še celobiohidrolazo, ki pa je v članku ne omenjajo. Da je biološka razgradnja učinkovitejša, biomaso predhodno delno razgradijo z natrijevim hidroksidom pri povišani temperaturi. <br /> V članku opisujejo najdbo novega glivnega seva, ki so ga poimenovali ''Penicillium'' sp. TG2 in lastnosti celulolitičnih encimov, ki ga le-ta proizvaja.<br /> <br /> == MATERIALI IN METODE ==<br /> Na novo izoliran sev ''Penicillium'' sp. TG2 so v članku primerjali z glivo ''Trichoderma reesei'' RUT-C30, ki je znan vir celulolitičnih encimov. Za fermentacijo v etanol so izbrali kvasovko ''Kluyveromyces marxianus'' CBS1555.<br /> Za ugotavljanje splošne celulazne aktivnosti so celice ''Penicillium'' sp. TG2 in ''T. reesei'' RUT-C30 najprej gojili na trdnem gojišču z 0,2 % deležem celuloznega materiala, ki je deloval kot substrat, nato pa so uporabili Gramovo jodno raztopino in merili razgrajeno površino. Iz te so nato določili delež razgrajenega območja tako da so premer razgrajenega območja delili s premerom kolonije (večji delež pomeni boljše delovanje encimov).<br /> Nato so pri obeh glivnih sevih po gojenju izolirali izločene zunajcelične encime in jih testirali glede na njihovo celulazno aktivnost. Pri tem so uporabili metodi DNS in pNPG. <br /> Pri določevanju endoglukanazne aktivnosti so uporabili metodo DNS. Kot substrat so uporabili karboksimetil celulozno natrijevo sol (CMC) in ji dodali encimsko raztopino, razredčeno s pufrom. Po 30 minutah so dodali 3, 5-dinitrosalicilno kislino (DNS), ki se v prisotnosti reducirajočih sladkorjev pretvori v 3-amino-5-nitrosalicilno kislino. To so lahko zaznali z merjenjem emitirane svetlobe pri 540 nm. <br /> Eksoglukanazno aktivnost so prav tako določevali z metodo DNS, le da so pri tem uporabili celulozni substrat Avicel.<br /> β-glukanazno aktivnost so določevali s substratom pNPG (p-nitrofenil-β-D-glukopiranozid), ki so mu dodali encimsko raztopino s pufrom. Po inkubaciji in dodatku raztopine Na2CO3 se je odcepil p-nitrofenol in raztopina se je obarvala rdeče. Cepitev so zaznali z merjenjem absorbance pri 405 nm. Celotno koncentracijo proteinov so merili z Bradfordovo metodo, kjer so kot standard uporabili goveji serumski albumin (BSA).<br /> Pri vseh testih je ena enota encimske aktivnosti (1 U) definirana kot količina encima, ki je potreben, da proizvede oziroma sprosti 1 µmol reducirajočega sladkorja/glukoze/p-nitrofenola na minuto pod pogoji encimskega testa.<br /> Na koncu so določili še FPazno (»filter-papirno«) aktivnost teh encimov z uporabo metode DNS in filter papirjem kot substratom. Ena internacionalna enota FPazne aktivnosti je količina encima, ki sprosti 1 µmol glukoze ali drugih reducirajočih sladkorjev na minuto med hidrolizno reakcijo.<br /> Pred saharifikacijo so šope praznih palmovih plodov (EFB) obdelali z 1 M NaOH pri 121 °C za 15 minut. Bazo so sprali z vodo in biomaso posušili. Nato so takšne EFB izpostavili celulaznim encimom in količine sproščenih sladkorjev, ki so jih pridobili z encimsko saharifikacijo, izmerili s tekočinsko kromatografijo (HPLC). Izvedli so še hkratno saharifikacijo in fermentacijo EFB tako, da so encimom dodali celice ''K. marxianus''.<br /> <br /> == REZULTATI IN DISKUSIJA ==<br /> S presejalnimi testi (rast celic na trdnem gojišču s celuloznim materialom kot virom ogljika) so našli glivni sev, ki je imel 2-krat višjo endoglukanazno, 1,7-krat višjo eksoglukanazno in 4-krat višjo β-glukozidazno aktivnost kot referenčni sev ''T. reesei'' RUT-C30. Določili so optimalni pH vseh encimov (pH 5) in optimalno temperaturo delovanja (50 °C), pri katerih so dokazali visoko stopnjo hidrolize EFB. Hkratna saharifikacija in fermentacija EFB v etanol ni uspela, saj je imel prvi korak znatno slabši izkoristek. V članku sklepajo, da se je to zgodilo zaradi prisotnosti lignina v industrijskem celuloznem materialu in da je komercialni sev imel boljše izkoristke zaradi dodatka aditivov (npr. hidrofobina).<br /> Celulolitični encimi novoodkritega seva ''Penicillium'' sp. TG2 imajo v primerjavi s komercialnim sevom ''T. reesei'' RUT-C30 podobno aktivnost na lignoceluloznem materialu, zato imajo potencial. Sev bi lahko izboljšali za izdelavo komercialne mešanice celulolitičnih encimov.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Celuloliti%C4%8Dni_encimi_talne_glive_Penicillium_sp._TG2_in_njihov_potencial_pri_proizvodnji_etanola.&diff=10644 2015-06-04T17:54:45Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>(Članek: Ree Y, Min J, Heo S, et al. Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus ''Penicillium'' sp . TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production. Renew Energy. 2015;76:66-71) <br /> <br /> == UVOD ==<br /> Iskanje novih virov celulolitičnih encimov, ki bi bili sposobni razgradnje različnih celuloznih materialov postaja vedno bolj pomembno. Uporaba sladkornega trsa, škrobnatih rastlin in rastlinskih olj je manj primerna, saj s tem porabljamo vire prehrane, zato bi bilo smiselno najti čim več virov biomase, ki niso hranljivi za človeka. Eden takšnih virov so šopi praznih palmovih plodov (ang. EFB – empty palm fruit bunches). To so lahko dostopni stranski produkti oljne industrije, ki so sestavljeni iz 39,5 % celuloze, 17,3 % hemiceluloze, 28,8 % lignina, 10,3 % ekstraktov in 3,8 % pepela. Slabost lignocelulozne biomase je, da so v nasprotju s škrobnatimi in sladkornimi viri biomase potrebni bolj zapleteni fizikalni, kemijski in biološki procesi za njegovo pripravo. Za encimsko katalizirano razgradnjo celuloznih materialov do fermentabilnih sladkorjev so najprimernejši celulolitični encimi. To so encimi, ki povzročajo hidrolizo celuloze oziroma saharifikacijo in jih skupno imenujemo celulaze. Med njih spadajo endoglukanaza, ki cepi β-1,4 vezi znotraj celuloznih polimerov, eksoglukanaza, ki cepi verige celuloze iz nereducirajočega konca in β-glukozidaza oziroma celobiaza, ki odceplja glukozo, celobiozo in celotriozo (sladkorje, sestavljene iz dveh oziroma treh glukoz) z nereducirajočega konca predhodno načete verige. Med celulaze uvrščamo še celobiohidrolazo, ki pa je v članku ne omenjajo. Da je biološka razgradnja učinkovitejša, biomaso predhodno delno razgradijo z natrijevim hidroksidom pri povišani temperaturi. <br /> V članku opisujejo najdbo novega glivnega seva, ki so ga poimenovali ''Penicillium'' sp. TG2 in lastnosti celulolitičnih encimov, ki ga le-ta proizvaja.<br /> <br /> == MATERIALI IN METODE ==<br /> Na novo izoliran sev ''Penicillium'' sp. TG2 so v članku primerjali z glivo ''Trichoderma reesei'' RUT-C30, ki je znan vir celulolitičnih encimov. Za fermentacijo v etanol so izbrali kvasovko ''Kluyveromyces marxianus'' CBS1555.<br /> Za ugotavljanje splošne celulazne aktivnosti so celice ''Penicillium'' sp. TG2 in ''T. reesei'' RUT-C30 najprej gojili na trdnem gojišču z 0,2 % deležem celuloznega materiala, ki je deloval kot substrat, nato pa so uporabili Gramovo jodno raztopino in merili razgrajeno površino. Iz te so nato določili delež razgrajenega območja tako da so premer razgrajenega območja delili s premerom kolonije (večji delež pomeni boljše delovanje encimov).<br /> Nato so pri obeh glivnih sevih po gojenju izolirali izločene zunajcelične encime in jih testirali glede na njihovo celulazno aktivnost. Pri tem so uporabili metodi DNS in pNPG. <br /> Pri določevanju endoglukanazne aktivnosti so uporabili metodo DNS. Kot substrat so uporabili karboksimetil celulozno natrijevo sol (CMC) in ji dodali encimsko raztopino, razredčeno s pufrom. Po 30 minutah so dodali 3, 5-dinitrosalicilno kislino (DNS), ki v prisotnosti reducirajočih sladkorjev pretvori v 3-amino-5-nitrosalicilno kislino. To so lahko zaznali z merjenjem emitirane svetlobe pri 540 nm. <br /> Eksoglukanazno aktivnost so prav tako določevali z metodo DNS, le da so pri tem uporabili celulozni substrat Avicel.<br /> β-glukanazno aktivnost so določevali s substratom pNPG (p-nitrofenil-β-D-glukopiranozid), ki so mu dodali encimsko raztopino s pufrom. Po inkubaciji in dodatku raztopine Na2CO3 se je odcepil p-nitrofenol in raztopina se je obarvala rdeče. Cepitev so zaznali z merjenjem absorbance pri 405 nm. Celotno koncentracijo proteinov so merili z Bradfordovo metodo, kjer so kot standard uporabili goveji serumski albumin (BSA).<br /> Pri vseh testih je ena enota encimske aktivnosti (1 U) definirana kot količina encima, ki je potreben, da proizvede oziroma sprosti 1 µmol reducirajočega sladkorja/glukoze/p-nitrofenola na minuto pod pogoji encimskega testa.<br /> Na koncu so določili še FPazno (»filter-papirno«) aktivnost teh encimov z uporabo metode DNS in filter papirjem kot substratom. Ena internacionalna enota FPazne aktivnosti je količina encima, ki sprosti 1 µmol glukoze ali drugih reducirajočih sladkorjev na minuto med hidrolizno reakcijo.<br /> Pred saharifikacijo so šope praznih palmovih plodov (EFB) obdelali z 1 M NaOH pri 121 °C za 15 minut. Bazo so sprali z vodo in biomaso posušili. Nato so takšne EFB izpostavili celulaznim encimom in količine sproščenih sladkorjev, ki so jih pridobili z encimsko saharifikacijo, izmerili s tekočinsko kromatografijo (HPLC). Izvedli so še hkratno saharifikacijo in fermentacijo EFB tako, da so encimom dodali celice ''K. marxianus''.<br /> <br /> == REZULTATI IN DISKUSIJA ==<br /> S presejalnimi testi (rast celic na trdnem gojišču s celuloznim materialom kot virom ogljika) so našli glivni sev, ki je imel 2-krat višjo endoglukanazno, 1,7-krat višjo eksoglukanazno in 4-krat višjo β-glukozidazno aktivnost kot referenčni sev ''T. reesei'' RUT-C30. Določili so optimalni pH vseh encimov (pH 5) in optimalno temperaturo delovanja (50 °C), pri katerih so dokazali visoko stopnjo hidrolize EFB. Hkratna saharifikacija in fermentacija EFB v etanol ni uspela, saj je imel prvi korak znatno slabši izkoristek. V članku sklepajo, da se je to zgodilo zaradi prisotnosti lignina v industrijskem celuloznem materialu in da je komercialni sev imel boljše izkoristke zaradi dodatka aditivov (npr. hidrofobina).<br /> Celulolitični encimi novoodkritega seva ''Penicillium'' sp. TG2 imajo v primerjavi s komercialnim sevom ''T. reesei'' RUT-C30 podobno aktivnost na lignoceluloznem materialu, zato imajo potencial. Sev bi lahko izboljšali za izdelavo komercialne mešanice celulolitičnih encimov.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10635 2015-06-02T00:34:24Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br /> <br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> # Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015<br /> #A simplified and accurate detection of the genetically modified wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali'''&lt;br&gt;<br /> # [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)<br /> # Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015<br /> <br /> '''Okolje'''&lt;br&gt;<br /> # Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015<br /> # Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015 <br /> <br /> '''Terapevtiki'''&lt;br&gt;<br /> # Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila <br /> # Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila<br /> <br /> '''Encimi'''&lt;br&gt;<br /> # Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015<br /> # Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015<br /> # Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015<br /> <br /> '''Protitelesa'''&lt;br&gt; <br /> # Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015<br /> # Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015<br /> # Functional mutations in and characterization of VHH against ''Helicobacter pylori'' urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). [[Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi Helicobacter pylori]]. Marko Radojković, 7. maja 2015<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> # Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. [[Razvoj pegiliranih lipopleksov proti E6 za aplikacijo na sluznico pri predrakavih spremembah materničnega vratu]]. Tanja Korpar, 7. maja 2015<br /> # A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. [[Nova &quot;priming-boosting&quot; strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu]]. Anita Kustec, 8. maja 2015<br /> # Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) [[Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena.]] Daša Pavc, 8. maja 2015<br /> <br /> '''Male molekule in polimeri'''&lt;br&gt;<br /> # Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. [[Z metanolom inducirana terminacija polimerizacije poli(3-hidroksibutiratnih) polimerov: Vpliv na molekulsko maso]]. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015<br /> # Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015<br /> # Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases (Citorik RJ. ''et al''; Nature Biotechnology 32, 1141-1145, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n11/full/nbt.3011.html). [[Sekven%C4%8Dno specifi%C4%8Dna protimikrobna sredstva]] Iza Ogris, 15. maja 2015<br /> # Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) [[Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije Lactococcus lactis izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline]] Maja Grdadolnik, 15. maja 2015<br /> <br /> '''Pretvorba biomase'''&lt;br&gt;<br /> # Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse (L. Jia ''et al''; Bioresource Technology 185, 2015; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114) [[Vpliv metod predobdelave na sinergizem celulaze in ksilanaze pri hidrolizi bagase]]. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015<br /> # Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y [[Tretja generacija proizvodnje biovodika s pomočjo, z mikroalgami Scenedesmus obliquus hranjenimi bakterijami Clostridium butyricum in mešanico prilagojenih mikroorganizmov]] Nives Naraglav, 22. maja 2015<br /> # Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436 [[Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala]]. Griša Prinčič, 22. maja 2015<br /> <br /> '''Metabolično inženirstvo'''&lt;br&gt;<br /> # Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica (K. Qiao ''et al.''; Metabolic Engineering 29, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166) [[Povečanje proizvodnje lipidov v kvasovki Yarrowia lipolytica]]. Andreja Bratovš, 28. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). [[Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za proizvodnjo biogoriva in kemikalij iz maščobnih kislin]]. Dominik Kert, 29. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). [[Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline]]. Jure Zabret, 29. maja 2015<br /> <br /> '''Biološki viri energije'''&lt;br&gt;<br /> # Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015<br /> # Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. [[Kombinacija temne fermentacije v trdnem stanju in mehanske obdelave za razgradnjo lignoceluloze: Inovativen pristop za proizvodnjo biogoriv in hlapnih organskih kislin.]] Jernej Pušnik, 4. junija 2015<br /> # Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015<br /> # Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. [[Celulolitični encimi talne glive Penicillium sp. TG2 in njihov potencial pri proizvodnji etanola.]] Jana Verbančič, 5. junija 2015<br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji'''&lt;br&gt;<br /> # Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija<br /> # How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija<br /> # Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10634 2015-06-02T00:33:57Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br /> <br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> # Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015<br /> #A simplified and accurate detection of the genetically modified wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali'''&lt;br&gt;<br /> # [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)<br /> # Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015<br /> <br /> '''Okolje'''&lt;br&gt;<br /> # Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015<br /> # Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015 <br /> <br /> '''Terapevtiki'''&lt;br&gt;<br /> # Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila <br /> # Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila<br /> <br /> '''Encimi'''&lt;br&gt;<br /> # Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015<br /> # Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015<br /> # Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015<br /> <br /> '''Protitelesa'''&lt;br&gt; <br /> # Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015<br /> # Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015<br /> # Functional mutations in and characterization of VHH against ''Helicobacter pylori'' urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). [[Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi Helicobacter pylori]]. Marko Radojković, 7. maja 2015<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> # Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. [[Razvoj pegiliranih lipopleksov proti E6 za aplikacijo na sluznico pri predrakavih spremembah materničnega vratu]]. Tanja Korpar, 7. maja 2015<br /> # A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. [[Nova &quot;priming-boosting&quot; strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu]]. Anita Kustec, 8. maja 2015<br /> # Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) [[Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena.]] Daša Pavc, 8. maja 2015<br /> <br /> '''Male molekule in polimeri'''&lt;br&gt;<br /> # Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. [[Z metanolom inducirana terminacija polimerizacije poli(3-hidroksibutiratnih) polimerov: Vpliv na molekulsko maso]]. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015<br /> # Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015<br /> # Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases (Citorik RJ. ''et al''; Nature Biotechnology 32, 1141-1145, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n11/full/nbt.3011.html). [[Sekven%C4%8Dno specifi%C4%8Dna protimikrobna sredstva]] Iza Ogris, 15. maja 2015<br /> # Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) [[Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije Lactococcus lactis izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline]] Maja Grdadolnik, 15. maja 2015<br /> <br /> '''Pretvorba biomase'''&lt;br&gt;<br /> # Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse (L. Jia ''et al''; Bioresource Technology 185, 2015; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114) [[Vpliv metod predobdelave na sinergizem celulaze in ksilanaze pri hidrolizi bagase]]. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015<br /> # Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y [[Tretja generacija proizvodnje biovodika s pomočjo, z mikroalgami Scenedesmus obliquus hranjenimi bakterijami Clostridium butyricum in mešanico prilagojenih mikroorganizmov]] Nives Naraglav, 22. maja 2015<br /> # Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436 [[Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala]]. Griša Prinčič, 22. maja 2015<br /> <br /> '''Metabolično inženirstvo'''&lt;br&gt;<br /> # Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica (K. Qiao ''et al.''; Metabolic Engineering 29, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166) [[Povečanje proizvodnje lipidov v kvasovki Yarrowia lipolytica]]. Andreja Bratovš, 28. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). [[Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za proizvodnjo biogoriva in kemikalij iz maščobnih kislin]]. Dominik Kert, 29. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). [[Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline]]. Jure Zabret, 29. maja 2015<br /> <br /> '''Biološki viri energije'''&lt;br&gt;<br /> # Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015<br /> # Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. [[Kombinacija temne fermentacije v trdnem stanju in mehanske obdelave za razgradnjo lignoceluloze: Inovativen pristop za proizvodnjo biogoriv in hlapnih organskih kislin.]] Jernej Pušnik, 4. junija 2015<br /> # Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015<br /> # Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. [[Celulolitični encimi talne glive ''Penicillium'' sp. TG2 in njihov potencial pri proizvodnji etanola.]] Jana Verbančič, 5. junija 2015<br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji'''&lt;br&gt;<br /> # Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija<br /> # How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija<br /> # Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10633 2015-06-02T00:33:22Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br /> <br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> # Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015<br /> #A simplified and accurate detection of the genetically modified wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali'''&lt;br&gt;<br /> # [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)<br /> # Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015<br /> <br /> '''Okolje'''&lt;br&gt;<br /> # Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015<br /> # Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015 <br /> <br /> '''Terapevtiki'''&lt;br&gt;<br /> # Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila <br /> # Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila<br /> <br /> '''Encimi'''&lt;br&gt;<br /> # Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015<br /> # Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015<br /> # Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015<br /> <br /> '''Protitelesa'''&lt;br&gt; <br /> # Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015<br /> # Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015<br /> # Functional mutations in and characterization of VHH against ''Helicobacter pylori'' urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). [[Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi Helicobacter pylori]]. Marko Radojković, 7. maja 2015<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> # Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. [[Razvoj pegiliranih lipopleksov proti E6 za aplikacijo na sluznico pri predrakavih spremembah materničnega vratu]]. Tanja Korpar, 7. maja 2015<br /> # A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. [[Nova &quot;priming-boosting&quot; strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu]]. Anita Kustec, 8. maja 2015<br /> # Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) [[Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena.]] Daša Pavc, 8. maja 2015<br /> <br /> '''Male molekule in polimeri'''&lt;br&gt;<br /> # Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. [[Z metanolom inducirana terminacija polimerizacije poli(3-hidroksibutiratnih) polimerov: Vpliv na molekulsko maso]]. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015<br /> # Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015<br /> # Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases (Citorik RJ. ''et al''; Nature Biotechnology 32, 1141-1145, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n11/full/nbt.3011.html). [[Sekven%C4%8Dno specifi%C4%8Dna protimikrobna sredstva]] Iza Ogris, 15. maja 2015<br /> # Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) [[Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije Lactococcus lactis izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline]] Maja Grdadolnik, 15. maja 2015<br /> <br /> '''Pretvorba biomase'''&lt;br&gt;<br /> # Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse (L. Jia ''et al''; Bioresource Technology 185, 2015; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114) [[Vpliv metod predobdelave na sinergizem celulaze in ksilanaze pri hidrolizi bagase]]. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015<br /> # Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y [[Tretja generacija proizvodnje biovodika s pomočjo, z mikroalgami Scenedesmus obliquus hranjenimi bakterijami Clostridium butyricum in mešanico prilagojenih mikroorganizmov]] Nives Naraglav, 22. maja 2015<br /> # Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436 [[Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala]]. Griša Prinčič, 22. maja 2015<br /> <br /> '''Metabolično inženirstvo'''&lt;br&gt;<br /> # Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica (K. Qiao ''et al.''; Metabolic Engineering 29, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166) [[Povečanje proizvodnje lipidov v kvasovki Yarrowia lipolytica]]. Andreja Bratovš, 28. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). [[Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za proizvodnjo biogoriva in kemikalij iz maščobnih kislin]]. Dominik Kert, 29. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). [[Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline]]. Jure Zabret, 29. maja 2015<br /> <br /> '''Biološki viri energije'''&lt;br&gt;<br /> # Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015<br /> # Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. [[Kombinacija temne fermentacije v trdnem stanju in mehanske obdelave za razgradnjo lignoceluloze: Inovativen pristop za proizvodnjo biogoriv in hlapnih organskih kislin.]] Jernej Pušnik, 4. junija 2015<br /> # Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015<br /> # Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. [[ Celulolitični encimi talne glive ''Penicillium'' sp. TG2 in njihov potencial pri proizvodnji etanola. ]] Jana Verbančič, 5. junija 2015<br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji'''&lt;br&gt;<br /> # Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija<br /> # How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija<br /> # Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Celuloliti%C4%8Dni_encimi_talne_glive_Penicillium_sp._TG2_in_njihov_potencial_pri_proizvodnji_etanola.&diff=10632 2015-06-02T00:31:42Z

<p>JanaVerbančič: New page: (Članek: Ree Y, Min J, Heo S, et al. Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus &#039;&#039;Penicillium&#039;&#039; sp . TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production. Renew...</p> <hr /> <div><br /> (Članek: Ree Y, Min J, Heo S, et al. Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus ''Penicillium'' sp . TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production. Renew Energy. 2015;76:66-71) <br /> <br /> == UVOD ==<br /> Iskanje novih virov celulolitičnih encimov, ki bi bili sposobni razgradnje različnih celuloznih materialov postaja vedno bolj pomembno. Uporaba sladkornega trsa, škrobnatih rastlin in rastlinskih olj je manj primerna, saj s tem porabljamo vire prehrane, zato bi bilo smiselno najti čim več virov biomase, ki niso hranljivi za človeka. Eden takšnih virov so šopi praznih palmovih plodov (ang. EFB – empty palm fruit bunches). To so lahko dostopni stranski produkti oljne industrije, ki so sestavljeni iz 39,5 % celuloze, 17,3 % hemiceluloze, 28,8 % lignina, 10,3 % ekstraktov in 3,8 % pepela. Slabost lignocelulozne biomase je, da so v nasprotju s škrobnatimi in sladkornimi viri biomase potrebni bolj zapleteni fizikalni, kemijski in biološki procesi za njegovo pripravo. Za encimsko katalizirano razgradnjo celuloznih materialov do fermentabilnih sladkorjev so najprimernejši celulolitični encimi. To so encimi, ki povzročajo hidrolizo celuloze oziroma saharifikacijo in jih skupno imenujemo celulaze. Med njih spadajo endoglukanaza, ki cepi β-1,4 vezi znotraj celuloznih polimerov, eksoglukanaza, ki cepi verige celuloze iz nereducirajočega konca in β-glukozidaza oziroma celobiaza, ki cepi celobiozo in celotriozo (sladkorje, sestavljene iz dveh oziroma treh glukoz) do glukoznih enot. Med celulaze uvrščamo še celobiohidrolazo, ki pa je v članku ne omenjajo. Da je biološka razgradnja učinkovitejša, biomaso predhodno delno razgradijo z natrijevim hidroksidom pri povišani temperaturi. <br /> V članku opisujejo najdbo novega glivnega seva, ki so ga poimenovali ''Penicillium'' sp. TG2 in lastnosti celulolitičnih encimov, ki ga le-ta proizvaja.<br /> <br /> == MATERIALI IN METODE ==<br /> Na novo izoliran sev ''Penicillium'' sp. TG2 so v članku primerjali z glivo ''Trichoderma reesei'' RUT-C30, ki je znan vir celulolitičnih encimov. Za fermentacijo v etanol so izbrali kvasovko ''Kluyveromyces marxianus'' CBS1555.<br /> Za ugotavljanje splošne celulazne aktivnosti so celice ''Penicillium'' sp. TG2 in ''T. reesei'' RUT-C30 najprej gojili na trdnem gojišču z 0,2 % deležem celuloznega materiala, ki je deloval kot substrat, nato pa so uporabili Gramovo jodno raztopino in merili razgrajeno površino. Iz te so nato določili delež razgrajenega območja tako da so premer razgrajenega območja delili s premerom kolonije (večji delež pomeni boljše delovanje encimov).<br /> Nato so pri obeh glivnih sevih po gojenju izolirali izločene zunajcelične encime in jih testirali glede na njihovo celulazno aktivnost. Pri tem so uporabili metodi DNS in pNPG. <br /> Pri določevanju endoglukanazne aktivnosti so uporabili metodo DNS. Kot substrat so uporabili karboksimetil celulozno natrijevo sol (CMC) in ji dodali encimsko raztopino, razredčeno s pufrom. Po 30 minutah so dodali 3, 5-dinitrosalicilno kislino (DNS), ki v prisotnosti reducirajočih sladkorjev pretvori v 3-amino-5-nitrosalicilno kislino. To so lahko zaznali z merjenjem emitirane svetlobe pri 540 nm. <br /> Eksoglukanazno aktivnost so prav tako določevali z metodo DNS, le da so pri tem uporabili celulozni substrat Avicel.<br /> β-glukanazno aktivnost so določevali s substratom pNPG (p-nitrofenil-β-D-glukopiranozid), ki so mu dodali encimsko raztopino s pufrom. Po inkubaciji in dodatku raztopine Na2CO3 se je odcepil p-nitrofenol in raztopina se je obarvala rdeče. Cepitev so zaznali z merjenjem absorbance pri 405 nm. Celotno koncentracijo proteinov so merili z Bradfordovo metodo, kjer so kot standard uporabili goveji serumski albumin (BSA).<br /> Pri vseh testih je ena enota encimske aktivnosti (1 U) definirana kot količina encima, ki je potreben, da proizvede oziroma sprosti 1 µmol reducirajočega sladkorja/glukoze/p-nitrofenola na minuto pod pogoji encimskega testa.<br /> Na koncu so določili še FPazno (»filter-papirno«) aktivnost teh encimov z uporabo metode DNS in filter papirjem kot substratom. Ena internacionalna enota FPazne aktivnosti je količina encima, ki sprosti 1 µmol glukoze ali drugih reducirajočih sladkorjev na minuto med hidrolizno reakcijo.<br /> Pred saharifikacijo so šope praznih palmovih plodov (EFB) obdelali z 1 M NaOH pri 121 °C za 15 minut. Bazo so sprali z vodo in biomaso posušili. Nato so takšne EFB izpostavili celulaznim encimom in količine sproščenih sladkorjev, ki so jih pridobili z encimsko saharifikacijo, izmerili s tekočinsko kromatografijo (HPLC). Izvedli so še hkratno saharifikacijo in fermentacijo EFB tako, da so encimom dodali celice ''K. marxianus''.<br /> <br /> == REZULTATI IN DISKUSIJA ==<br /> S presejalnimi testi (rast celic na trdnem gojišču s celuloznim materialom kot virom ogljika) so našli glivni sev, ki je imel 2-krat višjo endoglukanazno, 1,7-krat višjo eksoglukanazno in 4-krat višjo β-glukozidazno aktivnost kot referenčni sev ''T. reesei'' RUT-C30. Določili so optimalni pH vseh encimov (pH 5) in optimalno temperaturo delovanja (50 °C), pri katerih so dokazali visoko stopnjo hidrolize EFB. Hkratna saharifikacija in fermentacija EFB v etanol ni uspela, saj je imel prvi korak znatno slabši izkoristek. V članku sklepajo, da se je to zgodilo zaradi prisotnosti lignina v industrijskem celuloznem materialu in da je komercialni sev imel boljše izkoristke zaradi dodatka aditivov (npr. hidrofobina).<br /> Celulolitični encimi novoodkritega seva ''Penicillium'' sp. TG2 imajo v primerjavi s komercialnim sevom ''T. reesei'' RUT-C30 podobno aktivnost na lignoceluloznem materialu, zato imajo potencial. Sev bi lahko izboljšali za izdelavo komercialne mešanice celulolitičnih encimov.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10631 2015-06-02T00:25:05Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br /> <br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> # Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015<br /> #A simplified and accurate detection of the genetically modified wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali'''&lt;br&gt;<br /> # [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)<br /> # Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015<br /> <br /> '''Okolje'''&lt;br&gt;<br /> # Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015<br /> # Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015 <br /> <br /> '''Terapevtiki'''&lt;br&gt;<br /> # Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila <br /> # Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila<br /> <br /> '''Encimi'''&lt;br&gt;<br /> # Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015<br /> # Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015<br /> # Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015<br /> <br /> '''Protitelesa'''&lt;br&gt; <br /> # Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015<br /> # Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015<br /> # Functional mutations in and characterization of VHH against ''Helicobacter pylori'' urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). [[Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi Helicobacter pylori]]. Marko Radojković, 7. maja 2015<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> # Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. [[Razvoj pegiliranih lipopleksov proti E6 za aplikacijo na sluznico pri predrakavih spremembah materničnega vratu]]. Tanja Korpar, 7. maja 2015<br /> # A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. [[Nova &quot;priming-boosting&quot; strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu]]. Anita Kustec, 8. maja 2015<br /> # Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) [[Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena.]] Daša Pavc, 8. maja 2015<br /> <br /> '''Male molekule in polimeri'''&lt;br&gt;<br /> # Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. [[Z metanolom inducirana terminacija polimerizacije poli(3-hidroksibutiratnih) polimerov: Vpliv na molekulsko maso]]. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015<br /> # Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015<br /> # Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases (Citorik RJ. ''et al''; Nature Biotechnology 32, 1141-1145, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n11/full/nbt.3011.html). [[Sekven%C4%8Dno specifi%C4%8Dna protimikrobna sredstva]] Iza Ogris, 15. maja 2015<br /> # Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) [[Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije Lactococcus lactis izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline]] Maja Grdadolnik, 15. maja 2015<br /> <br /> '''Pretvorba biomase'''&lt;br&gt;<br /> # Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse (L. Jia ''et al''; Bioresource Technology 185, 2015; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114) [[Vpliv metod predobdelave na sinergizem celulaze in ksilanaze pri hidrolizi bagase]]. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015<br /> # Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y [[Tretja generacija proizvodnje biovodika s pomočjo, z mikroalgami Scenedesmus obliquus hranjenimi bakterijami Clostridium butyricum in mešanico prilagojenih mikroorganizmov]] Nives Naraglav, 22. maja 2015<br /> # Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436 [[Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala]]. Griša Prinčič, 22. maja 2015<br /> <br /> '''Metabolično inženirstvo'''&lt;br&gt;<br /> # Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica (K. Qiao ''et al.''; Metabolic Engineering 29, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166) [[Povečanje proizvodnje lipidov v kvasovki Yarrowia lipolytica]]. Andreja Bratovš, 28. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). [[Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za proizvodnjo biogoriva in kemikalij iz maščobnih kislin]]. Dominik Kert, 29. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). [[Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline]]. Jure Zabret, 29. maja 2015<br /> <br /> '''Biološki viri energije'''&lt;br&gt;<br /> # Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015<br /> # Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. [[Kombinacija temne fermentacije v trdnem stanju in mehanske obdelave za razgradnjo lignoceluloze: Inovativen pristop za proizvodnjo biogoriv in hlapnih organskih kislin.]] Jernej Pušnik, 4. junija 2015<br /> # Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015<br /> # Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. [[ Celulolitični encimi talne glive Penicillium sp. TG2 in njihov potencial pri proizvodnji etanola. ]] Jana Verbančič, 5. junija 2015<br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji'''&lt;br&gt;<br /> # Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija<br /> # How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija<br /> # Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10630 2015-06-02T00:24:35Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br /> <br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> # Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015<br /> #A simplified and accurate detection of the genetically modified wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali'''&lt;br&gt;<br /> # [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)<br /> # Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015<br /> <br /> '''Okolje'''&lt;br&gt;<br /> # Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015<br /> # Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015 <br /> <br /> '''Terapevtiki'''&lt;br&gt;<br /> # Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila <br /> # Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila<br /> <br /> '''Encimi'''&lt;br&gt;<br /> # Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015<br /> # Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015<br /> # Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015<br /> <br /> '''Protitelesa'''&lt;br&gt; <br /> # Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015<br /> # Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015<br /> # Functional mutations in and characterization of VHH against ''Helicobacter pylori'' urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). [[Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi Helicobacter pylori]]. Marko Radojković, 7. maja 2015<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> # Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. [[Razvoj pegiliranih lipopleksov proti E6 za aplikacijo na sluznico pri predrakavih spremembah materničnega vratu]]. Tanja Korpar, 7. maja 2015<br /> # A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. [[Nova &quot;priming-boosting&quot; strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu]]. Anita Kustec, 8. maja 2015<br /> # Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) [[Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena.]] Daša Pavc, 8. maja 2015<br /> <br /> '''Male molekule in polimeri'''&lt;br&gt;<br /> # Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. [[Z metanolom inducirana terminacija polimerizacije poli(3-hidroksibutiratnih) polimerov: Vpliv na molekulsko maso]]. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015<br /> # Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015<br /> # Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases (Citorik RJ. ''et al''; Nature Biotechnology 32, 1141-1145, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n11/full/nbt.3011.html). [[Sekven%C4%8Dno specifi%C4%8Dna protimikrobna sredstva]] Iza Ogris, 15. maja 2015<br /> # Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) [[Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije Lactococcus lactis izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline]] Maja Grdadolnik, 15. maja 2015<br /> <br /> '''Pretvorba biomase'''&lt;br&gt;<br /> # Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse (L. Jia ''et al''; Bioresource Technology 185, 2015; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114) [[Vpliv metod predobdelave na sinergizem celulaze in ksilanaze pri hidrolizi bagase]]. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015<br /> # Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y [[Tretja generacija proizvodnje biovodika s pomočjo, z mikroalgami Scenedesmus obliquus hranjenimi bakterijami Clostridium butyricum in mešanico prilagojenih mikroorganizmov]] Nives Naraglav, 22. maja 2015<br /> # Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436 [[Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala]]. Griša Prinčič, 22. maja 2015<br /> <br /> '''Metabolično inženirstvo'''&lt;br&gt;<br /> # Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica (K. Qiao ''et al.''; Metabolic Engineering 29, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166) [[Povečanje proizvodnje lipidov v kvasovki Yarrowia lipolytica]]. Andreja Bratovš, 28. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). [[Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za proizvodnjo biogoriva in kemikalij iz maščobnih kislin]]. Dominik Kert, 29. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). [[Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline]]. Jure Zabret, 29. maja 2015<br /> <br /> '''Biološki viri energije'''&lt;br&gt;<br /> # Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015<br /> # Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. [[Kombinacija temne fermentacije v trdnem stanju in mehanske obdelave za razgradnjo lignoceluloze: Inovativen pristop za proizvodnjo biogoriv in hlapnih organskih kislin.]] Jernej Pušnik, 4. junija 2015<br /> # Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015<br /> # Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. [[ Celulolitični encimi talne glive Penicillium sp. TG2 in njihov potencial pri proizvodnji etanola ]] Jana Verbančič, 5. junija 2015<br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji'''&lt;br&gt;<br /> # Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija<br /> # How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija<br /> # Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Long-term_monitoring_of_bacteria_undergoing_programmed_population_control_in_a_microchemostat&diff=9999 2015-01-18T20:08:00Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>(Jana Verbančič)<br /> <br /> F. K. Balagaddé, L. You, C. L. Hansen, F. H. Arnold, and S. R. Quake, [http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137.full; “Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat.”], Science, vol. 309, pp. 137–140, 2005.<br /> <br /> In this scientific paper Frederick K. Balagaddé and his colleagues implemented a microfluidic bioreactor or »microchemostat« that enables long-term culture and monitoring of extremely small populations of bacteria. They used the bioreactor, that operates at a working volume of 16 nL, to observe two strains of ''E. coli'' cells which contained a synthetic population control circuit that regulates cell density through a mechanism based on quorum sensing. The microchemostat enabled monitoring of sustained oscillations in cell density over hundreds of hours [1].<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> == Introduction ==<br /> <br /> === Quorum sensing ===<br /> <br /> Quorum sensing (QS) is a communication system that regulates the expression of genes and is based on population density. It is used by most bacteria and also other species. Because of fluctuations in cell-population density they produce and release chemical signal molecules called autoinducers to coordinate the behaviour in the group [2]. This types of molecules are different in every microorganism species and are therefore specific. In general, there are some common classes of molecules, used for signaling. Gram-negative bacteria use acylated homoserine lactones (AHL), gram-positive bacteria use processed oligopeptides, and autoinducer-2 (AI-2) is used for interspecies communications. At low cell densities this substances are in low concentrations, while at high cell densities this substances accumulate to the critical concentration required for activation of several genes [3].<br /> Some of the best-known examples of quorum sensing come from studies of bacteria. They use quorum sensing to coordinate certain behaviours such as antibiotic resistance/production, biofilm formation, virulence, symbiosis, competence, conjugation, motility and sporulation. But quorum sensing was discovered and first described over 35 years ago in two luminous marine bacterial species, ''Vibrio fischeri'' and ''Vibrio harveyi'', that use QS for light emission. In both species the enzymes responsible for light production are encoded by the luciferase structural operon ''luxCDABE'' and light emission was determined to occur only at high cell-population density in response to the accumulation of secreted autoinducer signaling molecules. Individual species of bacteria use several signals to communicate and they can be used to differentiate between species in consortia. This communication both within and between species is very important for bacterial survival and interaction in natural habitats [2]. Most quorum-sensing-controlled processes are unproductive when undertaken by an individual bacterium acting alone but become beneficial when carried out simultaneously by a large number of cells. With this quality quorum sensing enables bacteria to act as multicellular organisms [4].<br /> <br /> ==== Gram-negative bacteria: the LuxI/LuxR system ====<br /> <br /> For better understanding of the circuit used in the article it is very important to know, how the LuxI/LuxR-type quorum sensing of the bioluminiscent bacterium Vibrio fischeri works. This system is also considered as the paradigm for quorum sensing in most gram-negative bacteria [4]. <br /> ''Vibrio fischeri'' inhabits a special light organ in the squid's (''Euprymna scolopes'') mantle. The bacteria are in symbiosis with the squid and can grow to large populations, reaching 10˄11 cells per ml, since there is a solution, full of sugars, amino acids and other nutrients in the light organ. In turn, the squid gets protected from predators, due to the emitted bioluminiscence. The light hides it's silhouette when viewed from below by matching the amount of light hitting the top of the mantle. This phenomenon is called counter-illumination [2]. ''V. fischeri'' also lives in symbiotic association with other eukaryotic hosts to serve various purposes, but the system by which the bioluminiscence is achieved is always the same. <br /> The expression of the luciferase operon (''luxICDABE''), required for the light production, is controlled by the proteins LuxI and LuxR. LuxI produces the signalling molecule 3OC6-homoserine lactone (acyl-homoserine lactone; AHL) and is therefore the autoinducer synthase. LuxR is the cytoplasmic autoinducer receptor and simultaneously a DNA-binding transcriptional activator [4]. The diffusible AHL accumulates in the surrounding environment during growth [3]. It increases in concentration with increasing cell density and when the signal reaches a critical threshold concentration in the cytoplasm (about 10 nM), it is bound by LuxR . This LuxR-AHL complex then binds to the luciferase operon and activates transcription. Notably, the complex also induces expression of ''luxI'', which is encoded in the operon and therefore more AHL is produced with this positive feedback loop. Because of the abundancy of signal the entire population of cells switches into the quorum-sensing mode and produces light [4].<br /> The LuxR proteins possess specific acyl-binding pockets that allow each LuxR to bind and be activated only by its corresponding signal. Therefore, in a mixed-species environment, where multiple AHL signals are present, each species can distinguish and respond only to higher concentrations of its own signalling molecule. It is known that bacteria have more than one LuxIR quorum-sensing system, therefore they can respond to several signals present in the environment [4].<br /> <br /> === Biofilm formation ===<br /> <br /> For a mechanic device that measures the density of cells it is critical to prevent biofilm formation. In this section I will shortly explain why.<br /> Biofilms are communities of microorganisms attached to a surface. The adherent cells are embedded within a self-produced matrix of extracellular polymeric substance (EPS), which is composed of extracellular DNA, proteins and polysaccharides. The problem is, when cells switch from planctonic (free-swimming) to the biofilm mode of growth (a surface-attached community), they undergo a phenotypic shift in behaviour where a lot of genes get differetially regulated. It comes to a change in genes and regulatory circuits important for initial cell-surface interactions, biofilm maturation and the return of biofilm microorganisms to a planctonic mode of growth. These changes occur in response to a variety of environmental signals [5]. Microbial biofilms interfere with continuous bioreactor operation, because the changed bacteria shed their progeny into bulk culture and create mixed cultures. The prevention of biofim formation is therefore essential, as it could come to changes and mutations in the synthetic circuit that Balagaddé and his coworkers included in ''E. coli'' cells and subsequently to the disruption of the cell density oscillation that they wanted to achieve with the circuit. <br /> <br /> === Chemostat ===<br /> <br /> The term »chemostat« (from »Chemical environment is static.«) was first described by Novick and Szilard in the 1950 paper »Description of the Chemostat.« As described from Paul Waltman in »The theory of the Chemostat«, »The chemostat is the best laboratory idealization of nature for population studies. It is a dynamic system with continuous material imputs and outputs, thus modeling the open system character and temporal continuity of nature. The input and removal of nutrient analogs mimics the continuous turnover of nutrients in nature. The washout of organisms is equivalent to non-age specific death, predation or emigration which always occurs in nature.«<br /> Thus, a chemostat is a bioreactor, where fresh medium with nutrients is continuously added and »old« culture liquid is continuously removed from the reactor [6]. This way, the microorganisms can be grown in a steady state, where growth occurs at a constant rate and the culture parameters like pH, culture volume, nutrient and product concentrations, temperature, cell density and dissolved oxygen concentration also remain constant. The conditions can be easily controlled. The steady state of growth is maintained with the limiting factor – when there is a low amount of cells in the bioreactor, the cells can grow at high grow rates, but when there is a high amount of cells, the growth is limited by the limiting nutrient, which is essential for growth. At a high cell concentration, the amount of cells, that are removed from the bioreactor cannot be replenished by growth as the addition of the limiting nutrient is insufficient and this results in a steady state [7]. <br /> A very important factor of the chemostat is that it allows control of the growth rate of bacteria and that is achieved by controlling the dilution or washout rate (D). At steady state the specific growth rate of bacteria equals the dilution rate, which is defined as the volumetric flow rate of nutrient supplied to the reactor divided by the volume of the culture. Initially, the rate of cell production increases as dilution rate increases. When Dmax is reached, the rate of cell production is at a maximum. This is the point where cells will not grow any faster. D = μ (dilution rate = specific growth rate) is also established at this point, where the steady-state equilibrium is reached. The concentration of cells starts to decrease once the dilution rate exceeds the Dmax. The cell concentration will continue to decrease until it reaches a point where all cells are washed out. At this stage, there will be a steep increase in substrate concentration because fewer and fewer cells are present to consume the substrate [8].<br /> Some problems that may occur are foaming (thus the volume is not constant), contamination of the sterile medium, fragile or vulnerable cells can be ruptured during mixing and aeration, cells may form biofilms by adhering to surfaces or mixing may not be uniform. The continuous bioreactor has a requirement for large quantities of growth media and reagents. This and other challenges have pushed the research toward miniaturization and chip-based control [1].<br /> <br /> == Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat ==<br /> <br /> === The microchemostat ===<br /> <br /> While chemostats exist in volumes from a few mililitres to a few litres, microchemostats work in microliter or even in nanoliter volumes and have to face other complications in functioning. Balagaddé and his colleagues created a very small chip-based bioreactor that uses microfluidic plumbing networks to actively prevent biofilm formation. The bioreactor is composed of six separate 16 nL (nanoliter) reactors, called »microchemostats«, that enable semicontinuous and planktonic growth of bacteria with no observable wall growth which points to an effective biofilm prevention. The cultures can be monitored in the microchemostats by optical microscopy with single-cell resolution and such measurements of cell density and morphology are automated, in real-time and noninvasive [1].<br /> Description of the appearance and functioning of the microchemostat used in the main article experiments: each of the six reactors on the chip is made of a growth chamber with an integrated peristaltic pump, supply channels, input/output ports and a series of micromechanical valves to add fresh medium, remove waste (the so called wash out) and recover cells. The growth loop is divided into 16 separate segments, which can be individually maintained ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F1.large.jpg; Figure 1A and 1B]). The microchemostat can work in one of two alternating states – one state is continuous circulation and the other is cleaning and dilution. When the microchemostat is in the continuous circulation state, the peristaltic pump pushes the microculture around the growth loop. With the ajdustment of pressure the researchers could set the linear velocity of moving the microculture around the loop to approximatelly 250 µm/s ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F1.large.jpg; Figure 1C]). During the ceaning and dilution phase in one of the 16 segments the mixing with medium is paused. The segment gets isolated from the rest of the reactor with micromechanical valves, so that other parts don't get involved. Then, a lysis buffer is flushed through the segment to expel the cells it contains and all the cells that may adhere to the segment's wall ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F1.large.jpg; Figure 1D]). At last, the segment is rinsed out with sterile medium and then filled with it. The micromechanical valves open and the segment gets joined with the growth loop. At this point the continuous circulation resumes and this alternating process is repeated sequentially on different growth loop segments. In such way the formation of biofilm gets interrupted in its early phase and the microchemostat can work pseudocontinuous. The treatment of microfluidic surfaces just with nonadhesive surface coatings proved innefective and biofims populated the channels within 48 hours ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/suppl/DC1; Figure S2 in the online supplementary materials]).<br /> <br /> === The synthetic population control circuit ===<br /> <br /> First, to test the microchemostat Balagaddé and his coworkers performed many experiments with ''Escherichia coli'' MG1655 cells (genotype: ''F-, λ-, rph-1''; phenotype: reduced growth rate in minimal media due to reduced levels of PyrE) using a variety of growth media at 21 °C and 32 °C.<br /> Next, to demonstrate the ability of the microchemostat to facilitate analysis of complex growth dynamics, they performed experiments with ''E. coli'' MC4100Z1 cells (a casette containing ''lacIq, tetR'' and ''spect(R)'' genes was inserted int the chromosome of the MC4100 strain, genotype: ''araD139 Δ(argF-lac)205 flb-5301 pstF25 rpsL150 deoC1 relA1'') and Top10F' cells (genotype: ''F´{lacIq, Tn10(TetR)} mcrA Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC) Φ80lacZΔM15 ΔlacX74 recA1 araD139 Δ(ara leu) 7697 galU galK rpsL (StrR) endA1 nupG'') with the integrated population control circuit, which autonomously regulates the cell density through a negative feedback system based on quorum sensing [1], [2], [9]. <br /> The population control circuit (pPopCtrl1) is based on a plasmid, that contains a p15A origin, kanamycinR, ''pluxI-lacZα-ccdB'' (''lacZα-ccdB'' is the killer gene; CcdB is a toxin targeting the DNA girase in ''E. coli''), ''luxR, luxI'' and a synthetic promoter ''plac/ara-1'', that is inducible with isopropyl-β-ᴅ-thiogalactopyranoside or IPTG ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/suppl/DC1; Figure S1 in the online supplementary materials]). To activate the circuit, 1 mM IPTG was used, but under this condition, the circuit in MC4100Z1 is only partially induced due to the presence of the AraC repressor, which binds to the araO sites in the synthetic promoter. Further inducing of the promoter with arabinose would be toxic for the cells. Because TopF10' cells do not produce AraC, 1 mM IPTG could fully induce circuit function.<br /> The induction of the synthetic promoter (''plac/ara-1'') starts with addition of IPTG and the circuit is in its ON state. The constant synthesis and sensing of the signaling molecule or autoinducer acyl-homoserine lactone (AHL) gives the information about the cell density (an increased concentration of AHL means increased cell density) and also modulates the expression of the ''lacZα-ccdB'' gene. At an increased cell density a lot of AHL accumulates in the cells and in the experimental medium. At a high enough concentration AHL can bind and activate the transcriptional regulator LuxR (it's production was induced with IPTG) that dimerizes. The C-terminal domain of activated LuxR relieves the repression exerted by H-NS nucleoid proteins that bind to the promotor (''pluxI'') and the trancsription of the ''lacZα-ccdB'' gene begins ([http://www.nature.com/nature/journal/v428/n6985/fig_tab/nature02491_F1.html#figure-title; Figure 1a]), [9]. This killer gene regulates cell density by controlling the cell death rate.<br /> <br /> === Results ===<br /> <br /> ====Growth experiments with ''E. coli'' MH1655 cells====<br /> <br /> The testing of the microchemostat began with more than 40 growth experiments with ''E. coli'' MH1655 cells in five different chips. There were several different conditions: variation in growth media (MOPS EZ Rich and LB broth with different concentrations of glucose (0.11 M, 1.1 M) and bacto-tryptone (0.1 g/L, 0.5 g/L, 3 g/L)), temperatures (21 °C and 32 °C) and dilution rates (0,24/h, 0.30/h, 0.34/h, 0.37/h) . In most cases, on the begining there was a short lag phase, followed by a exponential growth (log) phase and at a certain cell density a steady state where the same amount of cells that grew also died. The noticeable difference was in the steady-state cell concentrations. They decreased with the increasing dilution rate (at high dilution rates wash-out was observed) and increased with the increasing nutrient concentration ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F2.large.jpg; Figure 2A and 2B]). <br /> <br /> ====Growth experiments with ''E. coli'' MC4100Z1 and Top10F' cells carrying a synthetic population control circuit====<br /> <br /> Balagaddé and coworkers first tested ''E. coli'' MC4100Z1 cells to establish the growth dynamics with and without the synthetic circuit. Six simoultaneus experiments could be performed on a single microchemostat chip. The dilution rate was kept constant at 0,16/h. In reactors 1, 2 and 3 were cultures with the circuit and they were induced with IPTG (»circuit ON«). Reactor 4 contained populations without the circuit (negative control) and in reactors 5 and 6 were populations with the circuit but were not induced (»circuit OFF«). At the cultures without the circuit and the negative control cells (4, 5 and 6) the growth was similar to the MH1655 cells in the previous expreriments – the exponential phase that gave way to a steady-state regime and reached density of approximately 3,5 cells/pL after 6 h. The circuit ON populations (1, 2 and 3) had oscillatory dynamics that went on for almost 125 h ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F3.large.jpg; Figure 3A]). As seen in ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F3.large.jpg; Figure 3B]) the cleaning and dilution phases had almost no effect compared to the overall population fluctuations. Interestingly, the oscillations in cell density were associated with specific cell morphologies as seen in Figure 3A, a-e. On the micrograph a of the culture in reactor 3 there were healthy, cylindrical cells, because the population was small and not a lot of the killer protein was produced. In pannel b the density of cells got higher because of the exponential growth. The cells were generally healthy, but then the increased AHL concentration led to increased expression of the killer protein as seen in pannel c. Some cells changed their morphology and became filamented because of the toxin and the cell density began to decrease. The degradation process increased, as seen in pannel d, and the cell death intensified. Cells became more filamented. Further decrease in cell density led to a decrease in the killer protein concentration. The step of cleaning and dilution washed out all dead cells (pannel e) and the cells were again at the beginning of the cycle. After 6 oscillation cycles (~186 h) culture 3 went into steady state. The authors suggested it spontaneously escaped circuit regulation.<br /> In the ''E. coli'' strain Top10F' another cell growth dynamic and stronger growth regulation was expected, considering the more complete induction with IPTG. Because of that the authors tried to induce and halt the circuit (switching between ON and OFF states) during the experiment ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F4.large.jpg; Figure 4]). The dilution rate was also kept at 0.16/h. All six cultures were with the circuit. At start, the cultures 1, 2 and 3 were induced (circuit ON) and cultures 4, 5 and 6 were not (circuit OFF). After 44 hours (point A), cultures 2 and 3 were turned OFF, then grew exponentially and went to steady state. When switched ON again after a period (point B, at 96 hours), they only shortly demonstrated circuit activation and then again went to steady state. Cultures 4, 5 and 6 were switched ON after 96 hours (point B) and only culture 4 established oscillations that were similar to cultures 1, 2 and 3 before switching OFF, the other two went into steady state after sharp decreasing in cell density. It was unusual that during the oscillations the morphology stayed the same as in circuit OFF cells. <br /> <br /> === Discussion ===<br /> <br /> In the article they compared the results of the microchemostat to results they got in macroscale batch cultures (values are listed in the Supporting Online Materials, Figures S3, S4 and S5). The circuit was more stable in the microchemostats, because cultures lost regulation much later. In the macroscale experiments the cultures with circuits ON lost regulation after 70 (MC4100Z1 cells) and 48 hours (Top10F' cells), compared to the chemostat where population control could be maintained over 200 or even 500 hours ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F5.large.jpg; Figure 5]). The theory is that in smaller populations there is a smaller rate at which mutations occur and change cell regulation (~10˄2 to ~10˄4 cells compared to ~10˄9 cells in microscale cultures), so a prolonged monitoring of genetically homogenous populations could take place. But then the oscillations in the misrochemostat would last longer than in the article results, so the exact reason is unknown. Also, there were different amplitudes of oscillations in the two ''E. coli'' strains. The reason may be circuit regulation or the circuit interacting with the continuous culture mechanism. Nonetheless, the oscillations in cell densiti were controllable and they occured only by adding IPTG (»circuit ON« state). The active approach to prevent biofilms showed good results and enabled the use of very small microfluidic channels that were used in the microchemostat. <br /> <br /> == Concluding remarks ==<br /> <br /> The authors were able to make a microbioreactor with the working volume of only 16 nL. It was more than 300 times smaller as the smallest previous microfermentor and that alone was a big success. Along with it they managed to perform several experiments with different ''E. coli'' strains, where they succesfully prevented biofilm formation and simoultaneously monitored individual cells to look for specific morphologies. The authors suggested, that the measurements could be extended to some dynamic properties, such as gene expression dynamics and distributions reported by luminiscence or flourescence and that this could enable analysis of the phenotypisal caracteristics of different cell strains and networks.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> <br /> [1] F. K. Balagaddé, L. You, C. L. Hansen, F. H. Arnold, and S. R. Quake, “Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat.,” Science, vol. 309, pp. 137–140, 2005.<br /> <br /> [2] M. B. Miller and B. L. Bassler, “Quorum sensing in bacteria.,” Annu. Rev. Microbiol., vol. 55, pp. 165–199, 2001.<br /> <br /> [3] W. C. Fuqua, S. C. Winans, and E. P. Greenberg, “Quorum sensing in bacteria: The LuxR-LuxI family of cell density- responsive transcriptional regulators,” J. Bacteriol., vol. 176, no. 2, pp. 269–275, 1994.<br /> <br /> [4] C. M. Waters and B. L. Bassler, “Quorum sensing: cell-to-cell communication in bacteria.,” Annu. Rev. Cell Dev. Biol., vol. 21, pp. 319–346, 2005.<br /> <br /> [5] G. O’Toole, H. B. Kaplan, and R. Kolter, “Biofilm formation as microbial development,” Annu. Rev. Microbiol., vol. 54, pp. 49–79, 2000.<br /> <br /> [6] S. L. Novick A., “Description of the chemostat,” Science (80-. )., vol. 112, no. 2920, pp. 715–716, 1950.<br /> <br /> [7] T. R. Herbert D, Elsworth R, “‘The continuous culture of bacteria; a Theoretical and Experimental study,’” J. Gen. Microbiol, vol. 14, no. 3, pp. 601–622, 1956.<br /> <br /> [8] H. Smith and P. Waltman, “The Theory of the Chemostat.,” Cambridge University, Cambridge, UK. 1995.<br /> <br /> [9] L. You, R. S. Cox, R. Weiss, and F. H. Arnold, “Programmed population control by cell-cell communication and regulated killing.,” Nature, vol. 428, no. April, pp. 868–871, 2004.<br /> <br /> <br /> <br /> [[SB students resources]]</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Long-term_monitoring_of_bacteria_undergoing_programmed_population_control_in_a_microchemostat&diff=9998 2015-01-18T20:06:36Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>(Jana Verbančič)<br /> <br /> F. K. Balagaddé, L. You, C. L. Hansen, F. H. Arnold, and S. R. Quake, [http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137.full; “Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat.”], Science, vol. 309, pp. 137–140, 2005.<br /> <br /> In this scientific paper Frederick K. Balagaddé and his colleagues implemented a microfluidic bioreactor or »microchemostat« that enables long-term culture and monitoring of extremely small populations of bacteria. They used the bioreactor, that operates at a working volume of 16 nL, to observe two strains of ''E. coli'' cells which contained a synthetic population control circuit that regulates cell density through a mechanism based on quorum sensing. The microchemostat enabled monitoring of sustained oscillations in cell density over hundreds of hours [1].<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> == Introduction ==<br /> <br /> === Quorum sensing ===<br /> <br /> Quorum sensing (QS) is a communication system that regulates the expression of genes and is based on population density. It is used by most bacteria and also other species. Because of fluctuations in cell-population density they produce and release chemical signal molecules called autoinducers to coordinate the behaviour in the group [2]. This types of molecules are different in every microorganism species and are therefore specific. In general, there are some common classes of molecules, used for signaling. Gram-negative bacteria use acylated homoserine lactones (AHL), gram-positive bacteria use processed oligopeptides, and autoinducer-2 (AI-2) is used for interspecies communications. At low cell densities this substances are in low concentrations, while at high cell densities this substances accumulate to the critical concentration required for activation of several genes [3].<br /> Some of the best-known examples of quorum sensing come from studies of bacteria. They use quorum sensing to coordinate certain behaviours such as antibiotic resistance/production, biofilm formation, virulence, symbiosis, competence, conjugation, motility and sporulation. But quorum sensing was discovered and first described over 35 years ago in two luminous marine bacterial species, ''Vibrio fischeri'' and ''Vibrio harveyi'', that use QS for light emission. In both species the enzymes responsible for light production are encoded by the luciferase structural operon ''luxCDABE'' and light emission was determined to occur only at high cell-population density in response to the accumulation of secreted autoinducer signaling molecules. Individual species of bacteria use several signals to communicate and they can be used to differentiate between species in consortia. This communication both within and between species is very important for bacterial survival and interaction in natural habitats [2]. Most quorum-sensing-controlled processes are unproductive when undertaken by an individual bacterium acting alone but become beneficial when carried out simultaneously by a large number of cells. With this quality quorum sensing enables bacteria to act as multicellular organisms [4].<br /> <br /> ==== Gram-negative bacteria: the LuxI/LuxR system ====<br /> <br /> For better understanding of the circuit used in the article it is very important to know, how the LuxI/LuxR-type quorum sensing of the bioluminiscent bacterium Vibrio fischeri works. This system is also considered as the paradigm for quorum sensing in most gram-negative bacteria [4]. <br /> ''Vibrio fischeri'' inhabits a special light organ in the squid's (''Euprymna scolopes'') mantle. The bacteria are in symbiosis with the squid and can grow to large populations, reaching 10˄11 cells per ml, since there is a solution, full of sugars, amino acids and other nutrients in the light organ. In turn, the squid gets protected from predators, due to the emitted bioluminiscence. The light hides it's silhouette when viewed from below by matching the amount of light hitting the top of the mantle. This phenomenon is called counter-illumination [2]. ''V. fischeri'' also lives in symbiotic association with other eukaryotic hosts to serve various purposes, but the system by which the bioluminiscence is achieved is always the same. <br /> The expression of the luciferase operon (''luxICDABE''), required for the light production, is controlled by the proteins LuxI and LuxR. LuxI produces the signalling molecule 3OC6-homoserine lactone (acyl-homoserine lactone; AHL) and is therefore the autoinducer synthase. LuxR is the cytoplasmic autoinducer receptor and simultaneously a DNA-binding transcriptional activator [4]. The diffusible AHL accumulates in the surrounding environment during growth [3]. It increases in concentration with increasing cell density and when the signal reaches a critical threshold concentration in the cytoplasm (about 10 nM), it is bound by LuxR . This LuxR-AHL complex then binds to the luciferase operon and activates transcription. Notably, the complex also induces expression of ''luxI'', which is encoded in the operon and therefore more AHL is produced with this positive feedback loop. Because of the abundancy of signal the entire population of cells switches into the quorum-sensing mode and produces light [4].<br /> The LuxR proteins possess specific acyl-binding pockets that allow each LuxR to bind and be activated only by its corresponding signal. Therefore, in a mixed-species environment, where multiple AHL signals are present, each species can distinguish and respond only to higher concentrations of its own signalling molecule. It is known that bacteria have more than one LuxIR quorum-sensing system, therefore they can respond to several signals present in the environment [4].<br /> <br /> === Biofilm formation ===<br /> <br /> For a mechanic device that measures the density of cells it is critical to prevent biofilm formation. In this section I will shortly explain why.<br /> Biofilms are communities of microorganisms attached to a surface. The adherent cells are embedded within a self-produced matrix of extracellular polymeric substance (EPS), which is composed of extracellular DNA, proteins and polysaccharides. The problem is, when cells switch from planctonic (free-swimming) to the biofilm mode of growth (a surface-attached community), they undergo a phenotypic shift in behaviour where a lot of genes get differetially regulated. It comes to a change in genes and regulatory circuits important for initial cell-surface interactions, biofilm maturation and the return of biofilm microorganisms to a planctonic mode of growth. These changes occur in response to a variety of environmental signals [5]. Microbial biofilms interfere with continuous bioreactor operation, because the changed bacteria shed their progeny into bulk culture and create mixed cultures. The prevention of biofim formation is therefore essential, as it could come to changes and mutations in the synthetic circuit that Balagaddé and his coworkers included in ''E. coli'' cells and subsequently to the disruption of the cell density oscillation that they wanted to achieve with the circuit. <br /> <br /> === Chemostat ===<br /> <br /> The term »chemostat« (from »Chemical environment is static.«) was first described by Novick and Szilard in the 1950 paper »Description of the Chemostat.« As described from Paul Waltman in »The theory of the Chemostat«, »The chemostat is the best laboratory idealization of nature for population studies. It is a dynamic system with continuous material imputs and outputs, thus modeling the open system character and temporal continuity of nature. The input and removal of nutrient analogs mimics the continuous turnover of nutrients in nature. The washout of organisms is equivalent to non-age specific death, predation or emigration which always occurs in nature.«<br /> Thus, a chemostat is a bioreactor, where fresh medium with nutrients is continuously added and »old« culture liquid is continuously removed from the reactor [6]. This way, the microorganisms can be grown in a steady state, where growth occurs at a constant rate and the culture parameters like pH, culture volume, nutrient and product concentrations, temperature, cell density and dissolved oxygen concentration also remain constant. The conditions can be easily controlled. The steady state of growth is maintained with the limiting factor – when there is a low amount of cells in the bioreactor, the cells can grow at high grow rates, but when there is a high amount of cells, the growth is limited by the limiting nutrient, which is essential for growth. At a high cell concentration, the amount of cells, that are removed from the bioreactor cannot be replenished by growth as the addition of the limiting nutrient is insufficient and this results in a steady state [7]. <br /> A very important factor of the chemostat is that it allows control of the growth rate of bacteria and that is achieved by controlling the dilution or washout rate (D). At steady state the specific growth rate of bacteria equals the dilution rate, which is defined as the volumetric flow rate of nutrient supplied to the reactor divided by the volume of the culture. Initially, the rate of cell production increases as dilution rate increases. When Dmax is reached, the rate of cell production is at a maximum. This is the point where cells will not grow any faster. D = μ (dilution rate = specific growth rate) is also established at this point, where the steady-state equilibrium is reached. The concentration of cells starts to decrease once the dilution rate exceeds the Dmax. The cell concentration will continue to decrease until it reaches a point where all cells are washed out. At this stage, there will be a steep increase in substrate concentration because fewer and fewer cells are present to consume the substrate [8].<br /> Some problems that may occur are foaming (thus the volume is not constant), contamination of the sterile medium, fragile or vulnerable cells can be ruptured during mixing and aeration, cells may form biofilms by adhering to surfaces or mixing may not be uniform. The continuous bioreactor has a requirement for large quantities of growth media and reagents. This and other challenges have pushed the research toward miniaturization and chip-based control [1].<br /> <br /> == Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat ==<br /> <br /> === The microchemostat ===<br /> <br /> While chemostats exist in volumes from a few mililitres to a few litres, microchemostats work in microliter or even in nanoliter volumes and have to face other complications in functioning. Balagaddé and his colleagues created a very small chip-based bioreactor that uses microfluidic plumbing networks to actively prevent biofilm formation. The bioreactor is composed of six separate 16 nL (nanoliter) reactors, called »microchemostats«, that enable semicontinuous and planktonic growth of bacteria with no observable wall growth which points to an effective biofilm prevention. The cultures can be monitored in the microchemostats by optical microscopy with single-cell resolution and such measurements of cell density and morphology are automated, in real-time and noninvasive [1].<br /> Description of the appearance and functioning of the microchemostat used in the main article experiments: each of the six reactors on the chip is made of a growth chamber with an integrated peristaltic pump, supply channels, input/output ports and a series of micromechanical valves to add fresh medium, remove waste (the so called wash out) and recover cells. The growth loop is divided into 16 separate segments, which can be individually maintained ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F1.large.jpg; Figure 1A and 1B]). The microchemostat can work in one of two alternating states – one state is continuous circulation and the other is cleaning and dilution. When the microchemostat is in the continuous circulation state, the peristaltic pump pushes the microculture around the growth loop. With the ajdustment of pressure the researchers could set the linear velocity of moving the microculture around the loop to approximatelly 250 µm/s ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F1.large.jpg; Figure 1C]). During the ceaning and dilution phase in one of the 16 segments the mixing with medium is paused. The segment gets isolated from the rest of the reactor with micromechanical valves, so that other parts don't get involved. Then, a lysis buffer is flushed through the segment to expel the cells it contains and all the cells that may adhere to the segment's wall ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F1.large.jpg; Figure 1D]). At last, the segment is rinsed out with sterile medium and then filled with it. The micromechanical valves open and the segment gets joined with the growth loop. At this point the continuous circulation resumes and this alternating process is repeated sequentially on different growth loop segments. In such way the formation of biofilm gets interrupted in its early phase and the microchemostat can work pseudocontinuous. The treatment of microfluidic surfaces just with nonadhesive surface coatings proved innefective and biofims populated the channels within 48 hours ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/suppl/DC1; Figure S2 in the online supplementary materials]).<br /> <br /> === The synthetic population control circuit ===<br /> <br /> First, to test the microchemostat Balagaddé and his coworkers performed many experiments with ''Escherichia coli'' MG1655 cells (genotype: ''F-, λ-, rph-1''; phenotype: reduced growth rate in minimal media due to reduced levels of PyrE) using a variety of growth media at 21 °C and 32 °C.<br /> Next, to demonstrate the ability of the microchemostat to facilitate analysis of complex growth dynamics, they performed experiments with ''E. coli'' MC4100Z1 cells (a casette containing ''lacIq, tetR'' and ''spect(R)'' genes was inserted int the chromosome of the MC4100 strain, genotype: ''araD139 Δ(argF-lac)205 flb-5301 pstF25 rpsL150 deoC1 relA1'') and Top10F' cells (genotype: ''F´{lacIq, Tn10(TetR)} mcrA Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC) Φ80lacZΔM15 ΔlacX74 recA1 araD139 Δ(ara leu) 7697 galU galK rpsL (StrR) endA1 nupG'') with the integrated population control circuit, which autonomously regulates the cell density through a negative feedback system based on quorum sensing [1], [2], [9]. <br /> The population control circuit (pPopCtrl1) is based on a plasmid, that contains a p15A origin, kanamycinR, ''pluxI-lacZα-ccdB'' (''lacZα-ccdB'' is the killer gene; CcdB is a toxin targeting the DNA girase in ''E. coli''), ''luxR, luxI'' and a synthetic promoter ''plac/ara-1'', that is inducible with isopropyl-β-ᴅ-thiogalactopyranoside or IPTG ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/suppl/DC1; Figure S1 in the online supplementary materials]). To activate the circuit, 1 mM IPTG was used, but under this condition, the circuit in MC4100Z1 is only partially induced due to the presence of the AraC repressor, which binds to the araO sites in the synthetic promoter. Further inducing of the promoter with arabinose would be toxic for the cells. Because TopF10' cells do not produce AraC, 1 mM IPTG could fully induce circuit function.<br /> The induction of the synthetic promoter (''plac/ara-1'') starts with addition of IPTG and the circuit is in its ON state. The constant synthesis and sensing of the signaling molecule or autoinducer acyl-homoserine lactone (AHL) gives the information about the cell density (an increased concentration of AHL means increased cell density) and also modulates the expression of the ''lacZα-ccdB'' gene. At an increased cell density a lot of AHL accumulates in the cells and in the experimental medium. At a high enough concentration AHL can bind and activate the transcriptional regulator LuxR (it's production was induced with IPTG) that dimerizes. The C-terminal domain of activated LuxR relieves the repression exerted by H-NS nucleoid proteins that bind to the promotor (''pluxI'') and the trancsription of the ''lacZα-ccdB'' gene begins ([http://www.nature.com/nature/journal/v428/n6985/fig_tab/nature02491_F1.html#figure-title; Figure 1a]), [9]. This killer gene regulates cell density by controlling the cell death rate.<br /> <br /> === Results ===<br /> <br /> ====Growth experiments with ''E. coli'' MH1655 cells====<br /> <br /> The testing of the microchemostat began with more than 40 growth experiments with ''E. coli'' MH1655 cells in five different chips. There were several different conditions: variation in growth media (MOPS EZ Rich and LB broth with different concentrations of glucose (0.11 M, 1.1 M) and bacto-tryptone (0.1 g/L, 0.5 g/L, 3 g/L)), temperatures (21 °C and 32 °C) and dilution rates (0,24/h, 0.30/h, 0.34/h, 0.37/h) . In most cases, on the begining there was a short lag phase, followed by a exponential growth (log) phase and at a certain cell density a steady state where the same amount of cells that grew also died. The noticeable difference was in the steady-state cell concentrations. They decreased with the increasing dilution rate (at high dilution rates wash-out was observed) and increased with the increasing nutrient concentration ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F2.large.jpg; Figure 2A and 2B]). <br /> <br /> ====Growth experiments with ''E. coli'' MC4100Z1 and Top10F' cells carrying a synthetic population control circuit====<br /> <br /> Balagaddé and coworkers first tested ''E. coli'' MC4100Z1 cells to establish the growth dynamics with and without the synthetic circuit. Six simoultaneus experiments could be performed on a single microchemostat chip. The dilution rate was kept constant at 0,16/h. In reactors 1, 2 and 3 were cultures with the circuit and they were induced with IPTG (»circuit ON«). Reactor 4 contained populations without the circuit (negative control) and in reactors 5 and 6 were populations with the circuit but were not induced (»circuit OFF«). At the cultures without the circuit and the negative control cells (4, 5 and 6) the growth was similar to the MH1655 cells in the previous expreriments – the exponential phase that gave way to a steady-state regime and reached density of approximately 3,5 cells/pL after 6 h. The circuit ON populations (1, 2 and 3) had oscillatory dynamics that went on for almost 125 h ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F3.large.jpg; Figure 3A]). As seen in ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F3.large.jpg; Figure 3B]) the cleaning and dilution phases had almost no effect compared to the overall population fluctuations. Interestingly, the oscillations in cell density were associated with specific cell morphologies as seen in Figure 3A, a-e. On the micrograph a of the culture in reactor 3 there were healthy, cylindrical cells, because the population was small and not a lot of the killer protein was produced. In pannel b the density of cells got higher because of the exponential growth. The cells were generally healthy, but then the increased AHL concentration led to increased expression of the killer protein as seen in pannel c. Some cells changed their morphology and became filamented because of the toxin and the cell density began to decrease. The degradation process increased, as seen in pannel d, and the cell death intensified. Cells became more filamented. Further decrease in cell density led to a decrease in the killer protein concentration. The step of cleaning and dilution washed out all dead cells (pannel e) and the cells were again at the beginning of the cycle. After 6 oscillation cycles (~186 h) culture 3 went into steady state. The authors suggested it spontaneously escaped circuit regulation.<br /> In the ''E. coli'' strain Top10F' another cell growth dynamic and stronger growth regulation was expected, considering the more complete induction with IPTG. Because of that the authors tried to induce and halt the circuit (switching between ON and OFF states) during the experiment ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F4.large.jpg; Figure 4]). The dilution rate was also kept at 0.16/h. All six cultures were with the circuit. At start, the cultures 1, 2 and 3 were induced (circuit ON) and cultures 4, 5 and 6 were not (circuit OFF). After 44 hours (point A), cultures 2 and 3 were turned OFF, then grew exponentially and went to steady state. When switched ON again after a period (point B, at 96 hours), they only shortly demonstrated circuit activation and then again went to steady state. Cultures 4, 5 and 6 were switched ON after 96 hours (point B) and only culture 4 established oscillations that were similar to cultures 1, 2 and 3 before switching OFF, the other two went into steady state after sharp decreasing in cell density. It was unusual that during the oscillations the morphology stayed the same as in circuit OFF cells. <br /> <br /> === Discussion ===<br /> <br /> In the article they compared the results of the microchemostat to results they got in macroscale batch cultures (values are listed in the Supporting Online Materials, Figures S3, S4 and S5). The circuit was more stable in the microchemostats, because cultures lost regulation much later. In the macroscale experiments the cultures with circuits ON lost regulation after 70 (MC4100Z1 cells) and 48 hours (Top10F' cells), compared to the chemostat where population control could be maintained over 200 or even 500 hours ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F5.large.jpg; Figure 5]). The theory is that in smaller populations there is a smaller rate at which mutations occur and change cell regulation (~10˄2 to ~10˄4 cells compared to ~10˄9 cells in microscale cultures), so a prolonged monitoring of genetically homogenous populations could take place. But then the oscillations in the misrochemostat would last longer than in the article results, so the exact reason is unknown. Also, there were different amplitudes of oscillations in the two ''E. coli'' strains. The reason may be circuit regulation or the circuit interacting with the continuous culture mechanism. Nonetheless, the oscillations in cell densiti were controllable and they occured only by adding IPTG (»circuit ON« state). The active approach to prevent biofilms showed good results and enabled the use of very small microfluidic channels that were used in the microchemostat. <br /> <br /> == Concluding remarks ==<br /> <br /> The authors were able to make a microbioreactor with the working volume of only 16 nL. It was more than 300 times smaller as the smallest previous microfermentor and that alone was a big success. Along with it they managed to perform several experiments with different ''E. coli'' strains, where they succesfully prevented biofilm formation and simoultaneously monitored individual cells to look for specific morphologies. The authors suggested, that the measurements could be extended to some dynamic properties, such as gene expression dynamics and distributions reported by luminiscence or flourescence and that this could enable analysis of the phenotypisal caracteristics of different cell strains and networks.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> <br /> [1] F. K. Balagaddé, L. You, C. L. Hansen, F. H. Arnold, and S. R. Quake, “Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat.,” Science, vol. 309, pp. 137–140, 2005.<br /> <br /> [2] M. B. Miller and B. L. Bassler, “Quorum sensing in bacteria.,” Annu. Rev. Microbiol., vol. 55, pp. 165–199, 2001.<br /> <br /> [3] W. C. Fuqua, S. C. Winans, and E. P. Greenberg, “Quorum sensing in bacteria: The LuxR-LuxI family of cell density- responsive transcriptional regulators,” J. Bacteriol., vol. 176, no. 2, pp. 269–275, 1994.<br /> <br /> [4] C. M. Waters and B. L. Bassler, “Quorum sensing: cell-to-cell communication in bacteria.,” Annu. Rev. Cell Dev. Biol., vol. 21, pp. 319–346, 2005.<br /> <br /> [5] G. O’Toole, H. B. Kaplan, and R. Kolter, “Biofilm formation as microbial development,” Annu. Rev. Microbiol., vol. 54, pp. 49–79, 2000.<br /> <br /> [6] S. L. Novick A., “Description of the chemostat,” Science (80-. )., vol. 112, no. 2920, pp. 715–716, 1950.<br /> <br /> [7] T. R. Herbert D, Elsworth R, “‘The continuous culture of bacteria; a Theoretical and Experimental study,’” J. Gen. Microbiol, vol. 14, no. 3, pp. 601–622, 1956.<br /> <br /> [8] H. Smith and P. Waltman, “The Theory of the Chemostat.,” Cambridge University, Cambridge, UK. 1995.<br /> <br /> [9] L. You, R. S. Cox, R. Weiss, and F. H. Arnold, “Programmed population control by cell-cell communication and regulated killing.,” Nature, vol. 428, no. April, pp. 868–871, 2004.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Long-term_monitoring_of_bacteria_undergoing_programmed_population_control_in_a_microchemostat&diff=9997 2015-01-18T20:06:09Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>(Jana Verbančič)<br /> <br /> F. K. Balagaddé, L. You, C. L. Hansen, F. H. Arnold, and S. R. Quake, [http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137.full; “Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat.”], Science, vol. 309, pp. 137–140, 2005.<br /> <br /> In this scientific paper Frederick K. Balagaddé and his colleagues implemented a microfluidic bioreactor or »microchemostat« that enables long-term culture and monitoring of extremely small populations of bacteria. They used the bioreactor, that operates at a working volume of 16 nL, to observe two strains of ''E. coli'' cells which contained a synthetic population control circuit that regulates cell density through a mechanism based on quorum sensing. The microchemostat enabled monitoring of sustained oscillations in cell density over hundreds of hours [1].<br /> <br /> <br /> == Introduction ==<br /> <br /> === Quorum sensing ===<br /> <br /> Quorum sensing (QS) is a communication system that regulates the expression of genes and is based on population density. It is used by most bacteria and also other species. Because of fluctuations in cell-population density they produce and release chemical signal molecules called autoinducers to coordinate the behaviour in the group [2]. This types of molecules are different in every microorganism species and are therefore specific. In general, there are some common classes of molecules, used for signaling. Gram-negative bacteria use acylated homoserine lactones (AHL), gram-positive bacteria use processed oligopeptides, and autoinducer-2 (AI-2) is used for interspecies communications. At low cell densities this substances are in low concentrations, while at high cell densities this substances accumulate to the critical concentration required for activation of several genes [3].<br /> Some of the best-known examples of quorum sensing come from studies of bacteria. They use quorum sensing to coordinate certain behaviours such as antibiotic resistance/production, biofilm formation, virulence, symbiosis, competence, conjugation, motility and sporulation. But quorum sensing was discovered and first described over 35 years ago in two luminous marine bacterial species, ''Vibrio fischeri'' and ''Vibrio harveyi'', that use QS for light emission. In both species the enzymes responsible for light production are encoded by the luciferase structural operon ''luxCDABE'' and light emission was determined to occur only at high cell-population density in response to the accumulation of secreted autoinducer signaling molecules. Individual species of bacteria use several signals to communicate and they can be used to differentiate between species in consortia. This communication both within and between species is very important for bacterial survival and interaction in natural habitats [2]. Most quorum-sensing-controlled processes are unproductive when undertaken by an individual bacterium acting alone but become beneficial when carried out simultaneously by a large number of cells. With this quality quorum sensing enables bacteria to act as multicellular organisms [4].<br /> <br /> ==== Gram-negative bacteria: the LuxI/LuxR system ====<br /> <br /> For better understanding of the circuit used in the article it is very important to know, how the LuxI/LuxR-type quorum sensing of the bioluminiscent bacterium Vibrio fischeri works. This system is also considered as the paradigm for quorum sensing in most gram-negative bacteria [4]. <br /> ''Vibrio fischeri'' inhabits a special light organ in the squid's (''Euprymna scolopes'') mantle. The bacteria are in symbiosis with the squid and can grow to large populations, reaching 10˄11 cells per ml, since there is a solution, full of sugars, amino acids and other nutrients in the light organ. In turn, the squid gets protected from predators, due to the emitted bioluminiscence. The light hides it's silhouette when viewed from below by matching the amount of light hitting the top of the mantle. This phenomenon is called counter-illumination [2]. ''V. fischeri'' also lives in symbiotic association with other eukaryotic hosts to serve various purposes, but the system by which the bioluminiscence is achieved is always the same. <br /> The expression of the luciferase operon (''luxICDABE''), required for the light production, is controlled by the proteins LuxI and LuxR. LuxI produces the signalling molecule 3OC6-homoserine lactone (acyl-homoserine lactone; AHL) and is therefore the autoinducer synthase. LuxR is the cytoplasmic autoinducer receptor and simultaneously a DNA-binding transcriptional activator [4]. The diffusible AHL accumulates in the surrounding environment during growth [3]. It increases in concentration with increasing cell density and when the signal reaches a critical threshold concentration in the cytoplasm (about 10 nM), it is bound by LuxR . This LuxR-AHL complex then binds to the luciferase operon and activates transcription. Notably, the complex also induces expression of ''luxI'', which is encoded in the operon and therefore more AHL is produced with this positive feedback loop. Because of the abundancy of signal the entire population of cells switches into the quorum-sensing mode and produces light [4].<br /> The LuxR proteins possess specific acyl-binding pockets that allow each LuxR to bind and be activated only by its corresponding signal. Therefore, in a mixed-species environment, where multiple AHL signals are present, each species can distinguish and respond only to higher concentrations of its own signalling molecule. It is known that bacteria have more than one LuxIR quorum-sensing system, therefore they can respond to several signals present in the environment [4].<br /> <br /> === Biofilm formation ===<br /> <br /> For a mechanic device that measures the density of cells it is critical to prevent biofilm formation. In this section I will shortly explain why.<br /> Biofilms are communities of microorganisms attached to a surface. The adherent cells are embedded within a self-produced matrix of extracellular polymeric substance (EPS), which is composed of extracellular DNA, proteins and polysaccharides. The problem is, when cells switch from planctonic (free-swimming) to the biofilm mode of growth (a surface-attached community), they undergo a phenotypic shift in behaviour where a lot of genes get differetially regulated. It comes to a change in genes and regulatory circuits important for initial cell-surface interactions, biofilm maturation and the return of biofilm microorganisms to a planctonic mode of growth. These changes occur in response to a variety of environmental signals [5]. Microbial biofilms interfere with continuous bioreactor operation, because the changed bacteria shed their progeny into bulk culture and create mixed cultures. The prevention of biofim formation is therefore essential, as it could come to changes and mutations in the synthetic circuit that Balagaddé and his coworkers included in ''E. coli'' cells and subsequently to the disruption of the cell density oscillation that they wanted to achieve with the circuit. <br /> <br /> === Chemostat ===<br /> <br /> The term »chemostat« (from »Chemical environment is static.«) was first described by Novick and Szilard in the 1950 paper »Description of the Chemostat.« As described from Paul Waltman in »The theory of the Chemostat«, »The chemostat is the best laboratory idealization of nature for population studies. It is a dynamic system with continuous material imputs and outputs, thus modeling the open system character and temporal continuity of nature. The input and removal of nutrient analogs mimics the continuous turnover of nutrients in nature. The washout of organisms is equivalent to non-age specific death, predation or emigration which always occurs in nature.«<br /> Thus, a chemostat is a bioreactor, where fresh medium with nutrients is continuously added and »old« culture liquid is continuously removed from the reactor [6]. This way, the microorganisms can be grown in a steady state, where growth occurs at a constant rate and the culture parameters like pH, culture volume, nutrient and product concentrations, temperature, cell density and dissolved oxygen concentration also remain constant. The conditions can be easily controlled. The steady state of growth is maintained with the limiting factor – when there is a low amount of cells in the bioreactor, the cells can grow at high grow rates, but when there is a high amount of cells, the growth is limited by the limiting nutrient, which is essential for growth. At a high cell concentration, the amount of cells, that are removed from the bioreactor cannot be replenished by growth as the addition of the limiting nutrient is insufficient and this results in a steady state [7]. <br /> A very important factor of the chemostat is that it allows control of the growth rate of bacteria and that is achieved by controlling the dilution or washout rate (D). At steady state the specific growth rate of bacteria equals the dilution rate, which is defined as the volumetric flow rate of nutrient supplied to the reactor divided by the volume of the culture. Initially, the rate of cell production increases as dilution rate increases. When Dmax is reached, the rate of cell production is at a maximum. This is the point where cells will not grow any faster. D = μ (dilution rate = specific growth rate) is also established at this point, where the steady-state equilibrium is reached. The concentration of cells starts to decrease once the dilution rate exceeds the Dmax. The cell concentration will continue to decrease until it reaches a point where all cells are washed out. At this stage, there will be a steep increase in substrate concentration because fewer and fewer cells are present to consume the substrate [8].<br /> Some problems that may occur are foaming (thus the volume is not constant), contamination of the sterile medium, fragile or vulnerable cells can be ruptured during mixing and aeration, cells may form biofilms by adhering to surfaces or mixing may not be uniform. The continuous bioreactor has a requirement for large quantities of growth media and reagents. This and other challenges have pushed the research toward miniaturization and chip-based control [1].<br /> <br /> == Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat ==<br /> <br /> === The microchemostat ===<br /> <br /> While chemostats exist in volumes from a few mililitres to a few litres, microchemostats work in microliter or even in nanoliter volumes and have to face other complications in functioning. Balagaddé and his colleagues created a very small chip-based bioreactor that uses microfluidic plumbing networks to actively prevent biofilm formation. The bioreactor is composed of six separate 16 nL (nanoliter) reactors, called »microchemostats«, that enable semicontinuous and planktonic growth of bacteria with no observable wall growth which points to an effective biofilm prevention. The cultures can be monitored in the microchemostats by optical microscopy with single-cell resolution and such measurements of cell density and morphology are automated, in real-time and noninvasive [1].<br /> Description of the appearance and functioning of the microchemostat used in the main article experiments: each of the six reactors on the chip is made of a growth chamber with an integrated peristaltic pump, supply channels, input/output ports and a series of micromechanical valves to add fresh medium, remove waste (the so called wash out) and recover cells. The growth loop is divided into 16 separate segments, which can be individually maintained ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F1.large.jpg; Figure 1A and 1B]). The microchemostat can work in one of two alternating states – one state is continuous circulation and the other is cleaning and dilution. When the microchemostat is in the continuous circulation state, the peristaltic pump pushes the microculture around the growth loop. With the ajdustment of pressure the researchers could set the linear velocity of moving the microculture around the loop to approximatelly 250 µm/s ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F1.large.jpg; Figure 1C]). During the ceaning and dilution phase in one of the 16 segments the mixing with medium is paused. The segment gets isolated from the rest of the reactor with micromechanical valves, so that other parts don't get involved. Then, a lysis buffer is flushed through the segment to expel the cells it contains and all the cells that may adhere to the segment's wall ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F1.large.jpg; Figure 1D]). At last, the segment is rinsed out with sterile medium and then filled with it. The micromechanical valves open and the segment gets joined with the growth loop. At this point the continuous circulation resumes and this alternating process is repeated sequentially on different growth loop segments. In such way the formation of biofilm gets interrupted in its early phase and the microchemostat can work pseudocontinuous. The treatment of microfluidic surfaces just with nonadhesive surface coatings proved innefective and biofims populated the channels within 48 hours ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/suppl/DC1; Figure S2 in the online supplementary materials]).<br /> <br /> === The synthetic population control circuit ===<br /> <br /> First, to test the microchemostat Balagaddé and his coworkers performed many experiments with ''Escherichia coli'' MG1655 cells (genotype: ''F-, λ-, rph-1''; phenotype: reduced growth rate in minimal media due to reduced levels of PyrE) using a variety of growth media at 21 °C and 32 °C.<br /> Next, to demonstrate the ability of the microchemostat to facilitate analysis of complex growth dynamics, they performed experiments with ''E. coli'' MC4100Z1 cells (a casette containing ''lacIq, tetR'' and ''spect(R)'' genes was inserted int the chromosome of the MC4100 strain, genotype: ''araD139 Δ(argF-lac)205 flb-5301 pstF25 rpsL150 deoC1 relA1'') and Top10F' cells (genotype: ''F´{lacIq, Tn10(TetR)} mcrA Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC) Φ80lacZΔM15 ΔlacX74 recA1 araD139 Δ(ara leu) 7697 galU galK rpsL (StrR) endA1 nupG'') with the integrated population control circuit, which autonomously regulates the cell density through a negative feedback system based on quorum sensing [1], [2], [9]. <br /> The population control circuit (pPopCtrl1) is based on a plasmid, that contains a p15A origin, kanamycinR, ''pluxI-lacZα-ccdB'' (''lacZα-ccdB'' is the killer gene; CcdB is a toxin targeting the DNA girase in ''E. coli''), ''luxR, luxI'' and a synthetic promoter ''plac/ara-1'', that is inducible with isopropyl-β-ᴅ-thiogalactopyranoside or IPTG ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/suppl/DC1; Figure S1 in the online supplementary materials]). To activate the circuit, 1 mM IPTG was used, but under this condition, the circuit in MC4100Z1 is only partially induced due to the presence of the AraC repressor, which binds to the araO sites in the synthetic promoter. Further inducing of the promoter with arabinose would be toxic for the cells. Because TopF10' cells do not produce AraC, 1 mM IPTG could fully induce circuit function.<br /> The induction of the synthetic promoter (''plac/ara-1'') starts with addition of IPTG and the circuit is in its ON state. The constant synthesis and sensing of the signaling molecule or autoinducer acyl-homoserine lactone (AHL) gives the information about the cell density (an increased concentration of AHL means increased cell density) and also modulates the expression of the ''lacZα-ccdB'' gene. At an increased cell density a lot of AHL accumulates in the cells and in the experimental medium. At a high enough concentration AHL can bind and activate the transcriptional regulator LuxR (it's production was induced with IPTG) that dimerizes. The C-terminal domain of activated LuxR relieves the repression exerted by H-NS nucleoid proteins that bind to the promotor (''pluxI'') and the trancsription of the ''lacZα-ccdB'' gene begins ([http://www.nature.com/nature/journal/v428/n6985/fig_tab/nature02491_F1.html#figure-title; Figure 1a]), [9]. This killer gene regulates cell density by controlling the cell death rate.<br /> <br /> === Results ===<br /> <br /> ====Growth experiments with ''E. coli'' MH1655 cells====<br /> <br /> The testing of the microchemostat began with more than 40 growth experiments with ''E. coli'' MH1655 cells in five different chips. There were several different conditions: variation in growth media (MOPS EZ Rich and LB broth with different concentrations of glucose (0.11 M, 1.1 M) and bacto-tryptone (0.1 g/L, 0.5 g/L, 3 g/L)), temperatures (21 °C and 32 °C) and dilution rates (0,24/h, 0.30/h, 0.34/h, 0.37/h) . In most cases, on the begining there was a short lag phase, followed by a exponential growth (log) phase and at a certain cell density a steady state where the same amount of cells that grew also died. The noticeable difference was in the steady-state cell concentrations. They decreased with the increasing dilution rate (at high dilution rates wash-out was observed) and increased with the increasing nutrient concentration ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F2.large.jpg; Figure 2A and 2B]). <br /> <br /> ====Growth experiments with ''E. coli'' MC4100Z1 and Top10F' cells carrying a synthetic population control circuit====<br /> <br /> Balagaddé and coworkers first tested ''E. coli'' MC4100Z1 cells to establish the growth dynamics with and without the synthetic circuit. Six simoultaneus experiments could be performed on a single microchemostat chip. The dilution rate was kept constant at 0,16/h. In reactors 1, 2 and 3 were cultures with the circuit and they were induced with IPTG (»circuit ON«). Reactor 4 contained populations without the circuit (negative control) and in reactors 5 and 6 were populations with the circuit but were not induced (»circuit OFF«). At the cultures without the circuit and the negative control cells (4, 5 and 6) the growth was similar to the MH1655 cells in the previous expreriments – the exponential phase that gave way to a steady-state regime and reached density of approximately 3,5 cells/pL after 6 h. The circuit ON populations (1, 2 and 3) had oscillatory dynamics that went on for almost 125 h ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F3.large.jpg; Figure 3A]). As seen in ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F3.large.jpg; Figure 3B]) the cleaning and dilution phases had almost no effect compared to the overall population fluctuations. Interestingly, the oscillations in cell density were associated with specific cell morphologies as seen in Figure 3A, a-e. On the micrograph a of the culture in reactor 3 there were healthy, cylindrical cells, because the population was small and not a lot of the killer protein was produced. In pannel b the density of cells got higher because of the exponential growth. The cells were generally healthy, but then the increased AHL concentration led to increased expression of the killer protein as seen in pannel c. Some cells changed their morphology and became filamented because of the toxin and the cell density began to decrease. The degradation process increased, as seen in pannel d, and the cell death intensified. Cells became more filamented. Further decrease in cell density led to a decrease in the killer protein concentration. The step of cleaning and dilution washed out all dead cells (pannel e) and the cells were again at the beginning of the cycle. After 6 oscillation cycles (~186 h) culture 3 went into steady state. The authors suggested it spontaneously escaped circuit regulation.<br /> In the ''E. coli'' strain Top10F' another cell growth dynamic and stronger growth regulation was expected, considering the more complete induction with IPTG. Because of that the authors tried to induce and halt the circuit (switching between ON and OFF states) during the experiment ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F4.large.jpg; Figure 4]). The dilution rate was also kept at 0.16/h. All six cultures were with the circuit. At start, the cultures 1, 2 and 3 were induced (circuit ON) and cultures 4, 5 and 6 were not (circuit OFF). After 44 hours (point A), cultures 2 and 3 were turned OFF, then grew exponentially and went to steady state. When switched ON again after a period (point B, at 96 hours), they only shortly demonstrated circuit activation and then again went to steady state. Cultures 4, 5 and 6 were switched ON after 96 hours (point B) and only culture 4 established oscillations that were similar to cultures 1, 2 and 3 before switching OFF, the other two went into steady state after sharp decreasing in cell density. It was unusual that during the oscillations the morphology stayed the same as in circuit OFF cells. <br /> <br /> === Discussion ===<br /> <br /> In the article they compared the results of the microchemostat to results they got in macroscale batch cultures (values are listed in the Supporting Online Materials, Figures S3, S4 and S5). The circuit was more stable in the microchemostats, because cultures lost regulation much later. In the macroscale experiments the cultures with circuits ON lost regulation after 70 (MC4100Z1 cells) and 48 hours (Top10F' cells), compared to the chemostat where population control could be maintained over 200 or even 500 hours ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F5.large.jpg; Figure 5]). The theory is that in smaller populations there is a smaller rate at which mutations occur and change cell regulation (~10˄2 to ~10˄4 cells compared to ~10˄9 cells in microscale cultures), so a prolonged monitoring of genetically homogenous populations could take place. But then the oscillations in the misrochemostat would last longer than in the article results, so the exact reason is unknown. Also, there were different amplitudes of oscillations in the two ''E. coli'' strains. The reason may be circuit regulation or the circuit interacting with the continuous culture mechanism. Nonetheless, the oscillations in cell densiti were controllable and they occured only by adding IPTG (»circuit ON« state). The active approach to prevent biofilms showed good results and enabled the use of very small microfluidic channels that were used in the microchemostat. <br /> <br /> == Concluding remarks ==<br /> <br /> The authors were able to make a microbioreactor with the working volume of only 16 nL. It was more than 300 times smaller as the smallest previous microfermentor and that alone was a big success. Along with it they managed to perform several experiments with different ''E. coli'' strains, where they succesfully prevented biofilm formation and simoultaneously monitored individual cells to look for specific morphologies. The authors suggested, that the measurements could be extended to some dynamic properties, such as gene expression dynamics and distributions reported by luminiscence or flourescence and that this could enable analysis of the phenotypisal caracteristics of different cell strains and networks.<br /> <br /> <br /> == References ==<br /> <br /> [1] F. K. Balagaddé, L. You, C. L. Hansen, F. H. Arnold, and S. R. Quake, “Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat.,” Science, vol. 309, pp. 137–140, 2005.<br /> <br /> [2] M. B. Miller and B. L. Bassler, “Quorum sensing in bacteria.,” Annu. Rev. Microbiol., vol. 55, pp. 165–199, 2001.<br /> <br /> [3] W. C. Fuqua, S. C. Winans, and E. P. Greenberg, “Quorum sensing in bacteria: The LuxR-LuxI family of cell density- responsive transcriptional regulators,” J. Bacteriol., vol. 176, no. 2, pp. 269–275, 1994.<br /> <br /> [4] C. M. Waters and B. L. Bassler, “Quorum sensing: cell-to-cell communication in bacteria.,” Annu. Rev. Cell Dev. Biol., vol. 21, pp. 319–346, 2005.<br /> <br /> [5] G. O’Toole, H. B. Kaplan, and R. Kolter, “Biofilm formation as microbial development,” Annu. Rev. Microbiol., vol. 54, pp. 49–79, 2000.<br /> <br /> [6] S. L. Novick A., “Description of the chemostat,” Science (80-. )., vol. 112, no. 2920, pp. 715–716, 1950.<br /> <br /> [7] T. R. Herbert D, Elsworth R, “‘The continuous culture of bacteria; a Theoretical and Experimental study,’” J. Gen. Microbiol, vol. 14, no. 3, pp. 601–622, 1956.<br /> <br /> [8] H. Smith and P. Waltman, “The Theory of the Chemostat.,” Cambridge University, Cambridge, UK. 1995.<br /> <br /> [9] L. You, R. S. Cox, R. Weiss, and F. H. Arnold, “Programmed population control by cell-cell communication and regulated killing.,” Nature, vol. 428, no. April, pp. 868–871, 2004.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Long-term_monitoring_of_bacteria_undergoing_programmed_population_control_in_a_microchemostat&diff=9996 2015-01-18T20:04:47Z

<p>JanaVerbančič: New page: (Jana Verbančič) F. K. Balagaddé, L. You, C. L. Hansen, F. H. Arnold, and S. R. Quake, [http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137.full; “Long-term monitoring of bacteria underg...</p> <hr /> <div>(Jana Verbančič)<br /> <br /> F. K. Balagaddé, L. You, C. L. Hansen, F. H. Arnold, and S. R. Quake, [http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137.full; “Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat.”], Science, vol. 309, pp. 137–140, 2005.<br /> <br /> In this scientific paper Frederick K. Balagaddé and his colleagues implemented a microfluidic bioreactor or »microchemostat« that enables long-term culture and monitoring of extremely small populations of bacteria. They used the bioreactor, that operates at a working volume of 16 nL, to observe two strains of ''E. coli'' cells which contained a synthetic population control circuit that regulates cell density through a mechanism based on quorum sensing. The microchemostat enabled monitoring of sustained oscillations in cell density over hundreds of hours [1].<br /> <br /> == Introduction ==<br /> <br /> === Quorum sensing ===<br /> <br /> Quorum sensing (QS) is a communication system that regulates the expression of genes and is based on population density. It is used by most bacteria and also other species. Because of fluctuations in cell-population density they produce and release chemical signal molecules called autoinducers to coordinate the behaviour in the group [2]. This types of molecules are different in every microorganism species and are therefore specific. In general, there are some common classes of molecules, used for signaling. Gram-negative bacteria use acylated homoserine lactones (AHL), gram-positive bacteria use processed oligopeptides, and autoinducer-2 (AI-2) is used for interspecies communications. At low cell densities this substances are in low concentrations, while at high cell densities this substances accumulate to the critical concentration required for activation of several genes [3].<br /> Some of the best-known examples of quorum sensing come from studies of bacteria. They use quorum sensing to coordinate certain behaviours such as antibiotic resistance/production, biofilm formation, virulence, symbiosis, competence, conjugation, motility and sporulation. But quorum sensing was discovered and first described over 35 years ago in two luminous marine bacterial species, ''Vibrio fischeri'' and ''Vibrio harveyi'', that use QS for light emission. In both species the enzymes responsible for light production are encoded by the luciferase structural operon ''luxCDABE'' and light emission was determined to occur only at high cell-population density in response to the accumulation of secreted autoinducer signaling molecules. Individual species of bacteria use several signals to communicate and they can be used to differentiate between species in consortia. This communication both within and between species is very important for bacterial survival and interaction in natural habitats [2]. Most quorum-sensing-controlled processes are unproductive when undertaken by an individual bacterium acting alone but become beneficial when carried out simultaneously by a large number of cells. With this quality quorum sensing enables bacteria to act as multicellular organisms [4].<br /> <br /> ==== Gram-negative bacteria: the LuxI/LuxR system ====<br /> <br /> For better understanding of the circuit used in the article it is very important to know, how the LuxI/LuxR-type quorum sensing of the bioluminiscent bacterium Vibrio fischeri works. This system is also considered as the paradigm for quorum sensing in most gram-negative bacteria [4]. <br /> ''Vibrio fischeri'' inhabits a special light organ in the squid's (''Euprymna scolopes'') mantle. The bacteria are in symbiosis with the squid and can grow to large populations, reaching 10˄11 cells per ml, since there is a solution, full of sugars, amino acids and other nutrients in the light organ. In turn, the squid gets protected from predators, due to the emitted bioluminiscence. The light hides it's silhouette when viewed from below by matching the amount of light hitting the top of the mantle. This phenomenon is called counter-illumination [2]. ''V. fischeri'' also lives in symbiotic association with other eukaryotic hosts to serve various purposes, but the system by which the bioluminiscence is achieved is always the same. <br /> The expression of the luciferase operon (''luxICDABE''), required for the light production, is controlled by the proteins LuxI and LuxR. LuxI produces the signalling molecule 3OC6-homoserine lactone (acyl-homoserine lactone; AHL) and is therefore the autoinducer synthase. LuxR is the cytoplasmic autoinducer receptor and simultaneously a DNA-binding transcriptional activator [4]. The diffusible AHL accumulates in the surrounding environment during growth [3]. It increases in concentration with increasing cell density and when the signal reaches a critical threshold concentration in the cytoplasm (about 10 nM), it is bound by LuxR . This LuxR-AHL complex then binds to the luciferase operon and activates transcription. Notably, the complex also induces expression of ''luxI'', which is encoded in the operon and therefore more AHL is produced with this positive feedback loop. Because of the abundancy of signal the entire population of cells switches into the quorum-sensing mode and produces light [4].<br /> The LuxR proteins possess specific acyl-binding pockets that allow each LuxR to bind and be activated only by its corresponding signal. Therefore, in a mixed-species environment, where multiple AHL signals are present, each species can distinguish and respond only to higher concentrations of its own signalling molecule. It is known that bacteria have more than one LuxIR quorum-sensing system, therefore they can respond to several signals present in the environment [4].<br /> <br /> === Biofilm formation ===<br /> <br /> For a mechanic device that measures the density of cells it is critical to prevent biofilm formation. In this section I will shortly explain why.<br /> Biofilms are communities of microorganisms attached to a surface. The adherent cells are embedded within a self-produced matrix of extracellular polymeric substance (EPS), which is composed of extracellular DNA, proteins and polysaccharides. The problem is, when cells switch from planctonic (free-swimming) to the biofilm mode of growth (a surface-attached community), they undergo a phenotypic shift in behaviour where a lot of genes get differetially regulated. It comes to a change in genes and regulatory circuits important for initial cell-surface interactions, biofilm maturation and the return of biofilm microorganisms to a planctonic mode of growth. These changes occur in response to a variety of environmental signals [5]. Microbial biofilms interfere with continuous bioreactor operation, because the changed bacteria shed their progeny into bulk culture and create mixed cultures. The prevention of biofim formation is therefore essential, as it could come to changes and mutations in the synthetic circuit that Balagaddé and his coworkers included in ''E. coli'' cells and subsequently to the disruption of the cell density oscillation that they wanted to achieve with the circuit. <br /> <br /> === Chemostat ===<br /> <br /> The term »chemostat« (from »Chemical environment is static.«) was first described by Novick and Szilard in the 1950 paper »Description of the Chemostat.« As described from Paul Waltman in »The theory of the Chemostat«, »The chemostat is the best laboratory idealization of nature for population studies. It is a dynamic system with continuous material imputs and outputs, thus modeling the open system character and temporal continuity of nature. The input and removal of nutrient analogs mimics the continuous turnover of nutrients in nature. The washout of organisms is equivalent to non-age specific death, predation or emigration which always occurs in nature.«<br /> Thus, a chemostat is a bioreactor, where fresh medium with nutrients is continuously added and »old« culture liquid is continuously removed from the reactor [6]. This way, the microorganisms can be grown in a steady state, where growth occurs at a constant rate and the culture parameters like pH, culture volume, nutrient and product concentrations, temperature, cell density and dissolved oxygen concentration also remain constant. The conditions can be easily controlled. The steady state of growth is maintained with the limiting factor – when there is a low amount of cells in the bioreactor, the cells can grow at high grow rates, but when there is a high amount of cells, the growth is limited by the limiting nutrient, which is essential for growth. At a high cell concentration, the amount of cells, that are removed from the bioreactor cannot be replenished by growth as the addition of the limiting nutrient is insufficient and this results in a steady state [7]. <br /> A very important factor of the chemostat is that it allows control of the growth rate of bacteria and that is achieved by controlling the dilution or washout rate (D). At steady state the specific growth rate of bacteria equals the dilution rate, which is defined as the volumetric flow rate of nutrient supplied to the reactor divided by the volume of the culture. Initially, the rate of cell production increases as dilution rate increases. When Dmax is reached, the rate of cell production is at a maximum. This is the point where cells will not grow any faster. D = μ (dilution rate = specific growth rate) is also established at this point, where the steady-state equilibrium is reached. The concentration of cells starts to decrease once the dilution rate exceeds the Dmax. The cell concentration will continue to decrease until it reaches a point where all cells are washed out. At this stage, there will be a steep increase in substrate concentration because fewer and fewer cells are present to consume the substrate [8].<br /> Some problems that may occur are foaming (thus the volume is not constant), contamination of the sterile medium, fragile or vulnerable cells can be ruptured during mixing and aeration, cells may form biofilms by adhering to surfaces or mixing may not be uniform. The continuous bioreactor has a requirement for large quantities of growth media and reagents. This and other challenges have pushed the research toward miniaturization and chip-based control [1].<br /> <br /> == Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat ==<br /> <br /> === The microchemostat ===<br /> <br /> While chemostats exist in volumes from a few mililitres to a few litres, microchemostats work in microliter or even in nanoliter volumes and have to face other complications in functioning. Balagaddé and his colleagues created a very small chip-based bioreactor that uses microfluidic plumbing networks to actively prevent biofilm formation. The bioreactor is composed of six separate 16 nL (nanoliter) reactors, called »microchemostats«, that enable semicontinuous and planktonic growth of bacteria with no observable wall growth which points to an effective biofilm prevention. The cultures can be monitored in the microchemostats by optical microscopy with single-cell resolution and such measurements of cell density and morphology are automated, in real-time and noninvasive [1].<br /> Description of the appearance and functioning of the microchemostat used in the main article experiments: each of the six reactors on the chip is made of a growth chamber with an integrated peristaltic pump, supply channels, input/output ports and a series of micromechanical valves to add fresh medium, remove waste (the so called wash out) and recover cells. The growth loop is divided into 16 separate segments, which can be individually maintained ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F1.large.jpg; Figure 1A and 1B]). The microchemostat can work in one of two alternating states – one state is continuous circulation and the other is cleaning and dilution. When the microchemostat is in the continuous circulation state, the peristaltic pump pushes the microculture around the growth loop. With the ajdustment of pressure the researchers could set the linear velocity of moving the microculture around the loop to approximatelly 250 µm/s ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F1.large.jpg; Figure 1C]). During the ceaning and dilution phase in one of the 16 segments the mixing with medium is paused. The segment gets isolated from the rest of the reactor with micromechanical valves, so that other parts don't get involved. Then, a lysis buffer is flushed through the segment to expel the cells it contains and all the cells that may adhere to the segment's wall ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F1.large.jpg; Figure 1D]). At last, the segment is rinsed out with sterile medium and then filled with it. The micromechanical valves open and the segment gets joined with the growth loop. At this point the continuous circulation resumes and this alternating process is repeated sequentially on different growth loop segments. In such way the formation of biofilm gets interrupted in its early phase and the microchemostat can work pseudocontinuous. The treatment of microfluidic surfaces just with nonadhesive surface coatings proved innefective and biofims populated the channels within 48 hours ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/suppl/DC1; Figure S2 in the online supplementary materials]).<br /> <br /> <br /> === The synthetic population control circuit ===<br /> <br /> First, to test the microchemostat Balagaddé and his coworkers performed many experiments with ''Escherichia coli'' MG1655 cells (genotype: ''F-, λ-, rph-1''; phenotype: reduced growth rate in minimal media due to reduced levels of PyrE) using a variety of growth media at 21 °C and 32 °C.<br /> Next, to demonstrate the ability of the microchemostat to facilitate analysis of complex growth dynamics, they performed experiments with ''E. coli'' MC4100Z1 cells (a casette containing ''lacIq, tetR'' and ''spect(R)'' genes was inserted int the chromosome of the MC4100 strain, genotype: ''araD139 Δ(argF-lac)205 flb-5301 pstF25 rpsL150 deoC1 relA1'') and Top10F' cells (genotype: ''F´{lacIq, Tn10(TetR)} mcrA Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC) Φ80lacZΔM15 ΔlacX74 recA1 araD139 Δ(ara leu) 7697 galU galK rpsL (StrR) endA1 nupG'') with the integrated population control circuit, which autonomously regulates the cell density through a negative feedback system based on quorum sensing [1], [2], [9]. <br /> The population control circuit (pPopCtrl1) is based on a plasmid, that contains a p15A origin, kanamycinR, ''pluxI-lacZα-ccdB'' (''lacZα-ccdB'' is the killer gene; CcdB is a toxin targeting the DNA girase in ''E. coli''), ''luxR, luxI'' and a synthetic promoter ''plac/ara-1'', that is inducible with isopropyl-β-ᴅ-thiogalactopyranoside or IPTG ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/suppl/DC1; Figure S1 in the online supplementary materials]). To activate the circuit, 1 mM IPTG was used, but under this condition, the circuit in MC4100Z1 is only partially induced due to the presence of the AraC repressor, which binds to the araO sites in the synthetic promoter. Further inducing of the promoter with arabinose would be toxic for the cells. Because TopF10' cells do not produce AraC, 1 mM IPTG could fully induce circuit function.<br /> The induction of the synthetic promoter (''plac/ara-1'') starts with addition of IPTG and the circuit is in its ON state. The constant synthesis and sensing of the signaling molecule or autoinducer acyl-homoserine lactone (AHL) gives the information about the cell density (an increased concentration of AHL means increased cell density) and also modulates the expression of the ''lacZα-ccdB'' gene. At an increased cell density a lot of AHL accumulates in the cells and in the experimental medium. At a high enough concentration AHL can bind and activate the transcriptional regulator LuxR (it's production was induced with IPTG) that dimerizes. The C-terminal domain of activated LuxR relieves the repression exerted by H-NS nucleoid proteins that bind to the promotor (''pluxI'') and the trancsription of the ''lacZα-ccdB'' gene begins ([http://www.nature.com/nature/journal/v428/n6985/fig_tab/nature02491_F1.html#figure-title; Figure 1a]), [9]. This killer gene regulates cell density by controlling the cell death rate.<br /> <br /> === Results ===<br /> <br /> ====Growth experiments with ''E. coli'' MH1655 cells====<br /> <br /> The testing of the microchemostat began with more than 40 growth experiments with ''E. coli'' MH1655 cells in five different chips. There were several different conditions: variation in growth media (MOPS EZ Rich and LB broth with different concentrations of glucose (0.11 M, 1.1 M) and bacto-tryptone (0.1 g/L, 0.5 g/L, 3 g/L)), temperatures (21 °C and 32 °C) and dilution rates (0,24/h, 0.30/h, 0.34/h, 0.37/h) . In most cases, on the begining there was a short lag phase, followed by a exponential growth (log) phase and at a certain cell density a steady state where the same amount of cells that grew also died. The noticeable difference was in the steady-state cell concentrations. They decreased with the increasing dilution rate (at high dilution rates wash-out was observed) and increased with the increasing nutrient concentration ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F2.large.jpg; Figure 2A and 2B]). <br /> <br /> ====Growth experiments with ''E. coli'' MC4100Z1 and Top10F' cells carrying a synthetic population control circuit====<br /> <br /> Balagaddé and coworkers first tested ''E. coli'' MC4100Z1 cells to establish the growth dynamics with and without the synthetic circuit. Six simoultaneus experiments could be performed on a single microchemostat chip. The dilution rate was kept constant at 0,16/h. In reactors 1, 2 and 3 were cultures with the circuit and they were induced with IPTG (»circuit ON«). Reactor 4 contained populations without the circuit (negative control) and in reactors 5 and 6 were populations with the circuit but were not induced (»circuit OFF«). At the cultures without the circuit and the negative control cells (4, 5 and 6) the growth was similar to the MH1655 cells in the previous expreriments – the exponential phase that gave way to a steady-state regime and reached density of approximately 3,5 cells/pL after 6 h. The circuit ON populations (1, 2 and 3) had oscillatory dynamics that went on for almost 125 h ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F3.large.jpg; Figure 3A]). As seen in ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F3.large.jpg; Figure 3B]) the cleaning and dilution phases had almost no effect compared to the overall population fluctuations. Interestingly, the oscillations in cell density were associated with specific cell morphologies as seen in Figure 3A, a-e. On the micrograph a of the culture in reactor 3 there were healthy, cylindrical cells, because the population was small and not a lot of the killer protein was produced. In pannel b the density of cells got higher because of the exponential growth. The cells were generally healthy, but then the increased AHL concentration led to increased expression of the killer protein as seen in pannel c. Some cells changed their morphology and became filamented because of the toxin and the cell density began to decrease. The degradation process increased, as seen in pannel d, and the cell death intensified. Cells became more filamented. Further decrease in cell density led to a decrease in the killer protein concentration. The step of cleaning and dilution washed out all dead cells (pannel e) and the cells were again at the beginning of the cycle. After 6 oscillation cycles (~186 h) culture 3 went into steady state. The authors suggested it spontaneously escaped circuit regulation.<br /> In the ''E. coli'' strain Top10F' another cell growth dynamic and stronger growth regulation was expected, considering the more complete induction with IPTG. Because of that the authors tried to induce and halt the circuit (switching between ON and OFF states) during the experiment ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F4.large.jpg; Figure 4]). The dilution rate was also kept at 0.16/h. All six cultures were with the circuit. At start, the cultures 1, 2 and 3 were induced (circuit ON) and cultures 4, 5 and 6 were not (circuit OFF). After 44 hours (point A), cultures 2 and 3 were turned OFF, then grew exponentially and went to steady state. When switched ON again after a period (point B, at 96 hours), they only shortly demonstrated circuit activation and then again went to steady state. Cultures 4, 5 and 6 were switched ON after 96 hours (point B) and only culture 4 established oscillations that were similar to cultures 1, 2 and 3 before switching OFF, the other two went into steady state after sharp decreasing in cell density. It was unusual that during the oscillations the morphology stayed the same as in circuit OFF cells. <br /> <br /> === Discussion ===<br /> <br /> In the article they compared the results of the microchemostat to results they got in macroscale batch cultures (values are listed in the Supporting Online Materials, Figures S3, S4 and S5). The circuit was more stable in the microchemostats, because cultures lost regulation much later. In the macroscale experiments the cultures with circuits ON lost regulation after 70 (MC4100Z1 cells) and 48 hours (Top10F' cells), compared to the chemostat where population control could be maintained over 200 or even 500 hours ([http://www.sciencemag.org/content/309/5731/137/F5.large.jpg; Figure 5]). The theory is that in smaller populations there is a smaller rate at which mutations occur and change cell regulation (~10˄2 to ~10˄4 cells compared to ~10˄9 cells in microscale cultures), so a prolonged monitoring of genetically homogenous populations could take place. But then the oscillations in the misrochemostat would last longer than in the article results, so the exact reason is unknown. Also, there were different amplitudes of oscillations in the two ''E. coli'' strains. The reason may be circuit regulation or the circuit interacting with the continuous culture mechanism. Nonetheless, the oscillations in cell densiti were controllable and they occured only by adding IPTG (»circuit ON« state). The active approach to prevent biofilms showed good results and enabled the use of very small microfluidic channels that were used in the microchemostat. <br /> <br /> == Concluding remarks ==<br /> <br /> The authors were able to make a microbioreactor with the working volume of only 16 nL. It was more than 300 times smaller as the smallest previous microfermentor and that alone was a big success. Along with it they managed to perform several experiments with different ''E. coli'' strains, where they succesfully prevented biofilm formation and simoultaneously monitored individual cells to look for specific morphologies. The authors suggested, that the measurements could be extended to some dynamic properties, such as gene expression dynamics and distributions reported by luminiscence or flourescence and that this could enable analysis of the phenotypisal caracteristics of different cell strains and networks.<br /> <br /> == References ==<br /> <br /> [1] F. K. Balagaddé, L. You, C. L. Hansen, F. H. Arnold, and S. R. Quake, “Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat.,” Science, vol. 309, pp. 137–140, 2005.<br /> <br /> [2] M. B. Miller and B. L. Bassler, “Quorum sensing in bacteria.,” Annu. Rev. Microbiol., vol. 55, pp. 165–199, 2001.<br /> <br /> [3] W. C. Fuqua, S. C. Winans, and E. P. Greenberg, “Quorum sensing in bacteria: The LuxR-LuxI family of cell density- responsive transcriptional regulators,” J. Bacteriol., vol. 176, no. 2, pp. 269–275, 1994.<br /> <br /> [4] C. M. Waters and B. L. Bassler, “Quorum sensing: cell-to-cell communication in bacteria.,” Annu. Rev. Cell Dev. Biol., vol. 21, pp. 319–346, 2005.<br /> <br /> [5] G. O’Toole, H. B. Kaplan, and R. Kolter, “Biofilm formation as microbial development,” Annu. Rev. Microbiol., vol. 54, pp. 49–79, 2000.<br /> <br /> [6] S. L. Novick A., “Description of the chemostat,” Science (80-. )., vol. 112, no. 2920, pp. 715–716, 1950.<br /> <br /> [7] T. R. Herbert D, Elsworth R, “‘The continuous culture of bacteria; a Theoretical and Experimental study,’” J. Gen. Microbiol, vol. 14, no. 3, pp. 601–622, 1956.<br /> <br /> [8] H. Smith and P. Waltman, “The Theory of the Chemostat.,” Cambridge University, Cambridge, UK. 1995.<br /> <br /> [9] L. You, R. S. Cox, R. Weiss, and F. H. Arnold, “Programmed population control by cell-cell communication and regulated killing.,” Nature, vol. 428, no. April, pp. 868–871, 2004.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=SB_students_resources&diff=9991 2015-01-16T20:27:53Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>===Introduction to our students resources in Synthetic Biology===<br /> (Marko Dolinar)<br /> <br /> Synthetic biology made a vast progress in good 10 years since it established itself as an interdisciplinary field of research on the interface of molecular biology and engineering. University of Ljubljana Faculty of Chemistry and Chemical Technology has introduced a Synthetic Biology course as a part od Biochemistry MSc programme only in 2013/14. This is relatively late, considering a great success of Slovenian students at iGEM competitions since their first attendance in 2006. On the other hand, the field is still in its first stages if development and a complete textbook for a MSc level course is still missing. This is the reason why our students collaborated on the preparation of a Synthetic Biology textbook with the working title Synthetic Biology - A Students Textbook. It exists as a draft that is not publicly available and is actually part 1 of a (to be) 2-volumes title. Part I is subtitled Engineering Biology, while Part II (that currently doesn't exisist yet) will be subtitled Synthetic Biology Applications.<br /> <br /> As in all highly competitive fields of science and technology, students should be following recent progress by reading articles in high quality journals. However, this is often a very difficult task, especially at the BSc level. Specificities of the scientific and technical language, push of publishers towards very short methodological chapters and limited knowledge studens might have about advanced techniques make understanding papers a very challenging task. Therefore, I decided to face MSc students with the challenge to explain selected SB articles in a manner that would make the content of these articles understandable to BSc level students and non-experts.<br /> <br /> In 2014/15, seminars in Synthetic Biology include explanations and presentations of some of the top-cited articles from the field of Synthetic Biology. I compiled a list of 95 articles published between 2000 and 2014 having the highest number of citations according to the Web of Science database. The list ended with the paper just exceeding the 100 citations limit. Not included in the list were reviews. With 20 students enrolled in the course, the list has been further reduced to top 40 papers in the field. Students have been asked to check for content (they further eliminated 3 papers which proved to be reviews) and availabitly (they all seemed to be available as full texts with our university subscriptions). My suggestion was to avoid selecting for presentation papers with very similar content. Especially in the field of genome editing there has been a very rapid progress in the past few years resulting in a number of highly-cited articles which could appear very similar in content for a non-specialist. From the shortlist of 37 articles, students selected a topic they believed would be most interesting or easiest to explain. Presentations will be both written (in English, which is not the mother tongue of my students) and oral (in Slovenian, to establish and maintain Slovenian terminology in the field). <br /> <br /> ===List of articles for presentation===<br /> <br /> This is the list of top-cited papers from the broader field of Synthetic Biology that students chose for explanation in 2014/15 (sorted by year of publication):<br /> <br /> #[[A synthetic oscillatory network of transcriptional regulators]], Michael B. Elowitz &amp; Stanislas Leibler, Letters to Nature, 2000 - Valter Bergant<br /> #[[Construction of a genetic toggle switch in Escherichia coli]]. Gardner ''et al''., Nature, 2000 - Urban Bezeljak<br /> #Positive feedback in eukaryotic gene networks: cell differentiation by graded to binary response conversion (2001) - Andreja Bratovš<br /> #Chemical synthesis of poliovirus cDNA: Generation of infectious virus in the absence of natural template (2002) - Veronika Jarc<br /> #[[Combinatorial synthesis of genetic networks]]. Guet C.C. ''et al'', Science, 2002 - Maja Remškar<br /> #Engineering a mevalonate pathway in Escherichia coli for production of terpenoids (2003) - Ana Kapraljević<br /> #Programmed population control by cell-cell communication and regulated killing (2004) - Alja Zottel<br /> #Gene regulation at the single-cell level (2005) - Katarina Uršič<br /> #[[A synthetic multicellular system for programmed pattern formation]]. (2005) - Mitja Crček<br /> #[[Long-term monitoring of bacteria undergoing programmed population control in a microchemostat]]. Balagadde ''et al.'', ''Science'', 2005 - Jana Verbančič<br /> #[[Tuning genetic control through promoter engineering]], Hal Alper ''et al''., PNAS, 2005 - Špela Pohleven<br /> #Production of the antimalarial drug precursor artemisinic acid in engineered yeast (2006) - Živa Marsetič<br /> #[[An improved zinc-finger nuclease architecture for highly specific genome editing]], Miller ''et al''., ''Nature Biotechnol''., 2007 - Eva Knapič<br /> #Establishment of HIV-1 resistance in CD4(+) T cells by genome editing using zinc-finger nucleases (2008) - Tamara Marić<br /> #[[Synthetic protein scaffolds provide modular control over metabolic flux]]. Dueber ''et al''., Nature Biotechnology, 2009. - Ana Dolinar<br /> #[[Creation of a bacterial cell controlled by a chemically synthesized genome]]. Gibson, D. G. ''et al.'', Science, 2010 - Eva Lucija Kozak<br /> #[[A TALE nuclease architecture for efficient genome editing]], Miller ''et al'', ''Nature Biotechnol''., 2011 - Jernej Mustar<br /> #Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems (2013) - Uroš Stupar<br /> #[[RNA-guided human genome engineering via Cas9]]. Mali ''et al''., Science, 2013 - Luka Smole<br /> #[[One-step generation of mice carrying mutations in multiple genes by CRISPR/Cas-mediated genome engineering (2013)]] - Andrej Vrankar<br /> <br /> <br /> ''Please link the title of each paper with your written seminar wiki page. Expand the citation according to the following example:<br /> ''<br /> #Emergent bistability by a growth-modulating positive feedback circuit. Tan et al., Nature Chem. Biol., 2009</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Multiplex_oligonucleotide_ligation_assay&diff=8625 2013-12-09T17:28:09Z

<p>JanaVerbančič: /* ZAKLJUČEK */</p> <hr /> <div>'''Simultaneous and sensitive detection of human immunodeficiency virus type 1 (HIV) drug resistant genotypes by multiplex oligonucleotide ligation assay'''<br /> ----<br /> <br /> == ''' UVOD ''' ==<br /> ----<br /> <br /> HIV (humani virus imunske pomanjkljivosti) spada med retroviruse in je povzročitelj AIDS-a. Največja težava pri zdravljenju okužbe z virusom HIV je izjemno hitra sposobnost mutacij virusnega RNA genoma, zato se hitreje razvije odpornost na večino zdravil. V ta namen so v Združenih državah Amerike (ZDA) in Evropi razvili smernice, ki priporočajo, da bi se osebe, ki so okužene z virusom HIV, testirale na prisotnost odpornosti na antiretrovirusna (ARV) zdravila pred začetkom zdravljenja z antiretrovirusno terapijo (ART). Tako bi lahko že prej izbrali ustrezna in učitkovita zdravila in ne bi izgubljali časa z neustreznim zdravljenjem, prav tako bi lahko omejili širjenje na zdravila odporne viruse HIV in prihranili na denarju.<br /> Trenutno se za ugotavljanje odpornosti na ARV zdravila rutinsko uporablja konsenzno sekvenciranje plazemske RNA virusa HIV, ki je drago in manj občutljivo pri detekciji nizkih koncentracij mutant, odpornih na zdravila. Dostop do zdravljenja se je na območjih z omejenimi viri v zadnjem desetletju povečal, ni pa ustrezne in dovolj cenovno ugodne metode za spremljanje zdravljenja. Zato se je povečalo število oseb, okuženih z odpornimi različicami virusa HIV.<br /> Preizkus ligiranja oligonukleotidov oz. OLA je alternativna metoda za občutljivo in enostavno detekcijo točkovnih mutacij, ki so povezane z odpornostjo na ARV zdravila za HIV.<br /> <br /> <br /> == '''EKSPERIMENTALNI DEL''' ==<br /> ----<br /> <br /> ''Preizkus OLA za enojne rezistenčne mutacije (singleplex OLA, SPX-OLA):''<br /> OLA sonde so uporabili za detekcijo mutacij, ki so povezane z odpornostjo na genu, ki kodira za reverzno transkriptazo virusa HIV. Te mutacije so K65R in M184V, ki omogočajo odpornost na nukleozidne inhibitorje reverzne transkriptaze (NRTI; tenofovir, lamivudin) in K103N, V106M, Y181C in G190A, ki omogočajo odpornost na ne-nukleozidne inhibitorje reverzne transkriptaze (NNRTI; nevirapin).<br /> Za eksperiment so uporabili PCR amplikone (pomnožen gen HIV pol) različnih oseb, okuženih z virusom HIV, ki so jih pridobili iz plazme ali krvi z verižno reakcijo s polimerazo (PCR). Za potrditev so vzorce nanesli na 3% agarozni gel. Mutacije na enem kodonu so detektirali z uporabo treh oligonukleotidnih sond. Prva je bila namenjena detekciji mutiranega genotipa in označena s fluoresceinom, druga je bila za detekcijo divjega tipa in označena z digoksigeninom, tretja, označena z biotinom, pa je ujela ligiran produkt za kasnejšo detekcijo (t. i. skupna sonda). Dodali so jih k ligacijski reakciji, ki je vsebovala še PCR amplikon, različne pufre in termostabilno ligazo. Ligacija je potekala 10 ciklov. Vzorce so prestavili v drugo mikrotitrsko ploščico, ki je bila prevlečena s streptavidinom. Pri tem so se nanj vezali biotinilirani konci ligiranega produkta. Najprej so dodali protitelesa proti digoksigeninu, konjugirana s peroksidazo in protitelesa proti fluoresceinu, konjugirana z alkalno fosfatazo, nato pa še substrat za alkalno fosfatazo in pustili, da se je razvila barva. Absorbanco so merili pri 490 nm. Ploščo so sprali in dodali substrat za hrenovo peroksidazo; absorbanco so merili pri 450 nm. <br /> <br /> ''Preizkus OLA za dvojne rezistenčne mutacije (multiplex OLA, MPX-OLA):''<br /> Vzorci so bili enaki, kot pri SPX-OLA. Pri tej različici metode OLA so detektirali dve mutaciji hkrati. Za to sta bili potrebni dve oligonukleotidni sondi za detekcijo mutiranih genotipov (označeni s fluoresceinom in digoksigeninom) in ena skupna sonda, označena z biotinom. Sonda za detekcijo divjega tipa ni bila označena. Ligacijsko reakcijo so izvedli na podoben način kot pri SPX-OLA in dodali enaka protitelesa ter substrate. Preizkus MPX-OLA je zanesljivo detektiral kodonske pare 103/181, 106/190 in 65/184 v primerjavi s SPX-OLA.<br /> Z MPX-OLA neopredeljenih rezultatov ne moremo detektirati, ker ne merimo reakcije z divjim tipom. To pomeni, da je lahko negativna reakcija rezultat polimorfizmov ali pa vzorec ni imel mutacije na testiranemu kodonu. To je slaba stran MPX-OLA, saj je detekcija divjega tipa in neopredeljenih reakcij s SPX-OLA mogoča. Slabost metode MPX je tudi zmanjšana detekcija ene ali obeh mutacij, če sta kodona, pri katerih testiramo mutaciji, blizu skupaj na genomu in je bila potrebna uporaba prekrivajočih se sond. Zato so izbrali hkratno testiranje mutacij, ki sta bili na genomu dovolj narazen (103/181, 106/190, 65/184) in so pri tem uporabili neprekrivajoče se sonde.<br /> Spodnja meja detekcije je podobna, kar nakazuje na visoko občutljivost obeh različic metode OLA. V tej raziskavi so želeli pokazati, da se OLA lahko prilagodi tako, da poteka detekcija genotipov HIV, ki so odporni na ARV zdravila, na dveh kodonih hkrati. Metodo odlikuje tudi enostavnost. <br /> <br /> == '''ZAKLJUČEK''' ==<br /> ----<br /> <br /> Študija je demonstrirala, da je MPX-OLA enako občutljiv in specifičen test kot SPX-OLA pri detekciji točkovnih mutacij, ki povzročajo na ARV zdravila odporne genotipe HIV. Na splošno je OLA veliko uspešnejši pri zaznavanju redkejših mutacij (2-5 % vse virusne populacije) kot sekvenciranje, ki zazna le glavnino (&gt;50 %) populacije, hkrati pa je tudi cenejši in enostavnejši za uporabo, zato bi lahko bil bolj dostopen v državah tretjega sveta, kjer so virusne rezistenčne mutacije v porastu.<br /> <br /> == '''VIR''' ==<br /> ----<br /> <br /> Ellis G. M., Vlaskin T. A., Koth A. ''et. al.'' Simultaneous and sensitive detection of human immunodeficiency virus type 1 (HIV) drug resistant genotypes by multiplex oligonucleotide ligation assay. Journal of Virological Methods, 192, (2013), 39– 43.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Multiplex_oligonucleotide_ligation_assay&diff=8615 2013-12-06T14:46:28Z

<p>JanaVerbančič: New page: &#039;&#039;&#039;Simultaneous and sensitive detection of human immunodeficiency virus type 1 (HIV) drug resistant genotypes by multiplex oligonucleotide ligation assay&#039;&#039;&#039; ---- == &#039;&#039;&#039; UVOD &#039;&#039;&#039; == ---- ...</p> <hr /> <div>'''Simultaneous and sensitive detection of human immunodeficiency virus type 1 (HIV) drug resistant genotypes by multiplex oligonucleotide ligation assay'''<br /> ----<br /> <br /> == ''' UVOD ''' ==<br /> ----<br /> <br /> HIV (humani virus imunske pomanjkljivosti) spada med retroviruse in je povzročitelj AIDS-a. Največja težava pri zdravljenju okužbe z virusom HIV je izjemno hitra sposobnost mutacij virusnega RNA genoma, zato se hitreje razvije odpornost na večino zdravil. V ta namen so v Združenih državah Amerike (ZDA) in Evropi razvili smernice, ki priporočajo, da bi se osebe, ki so okužene z virusom HIV, testirale na prisotnost odpornosti na antiretrovirusna (ARV) zdravila pred začetkom zdravljenja z antiretrovirusno terapijo (ART). Tako bi lahko že prej izbrali ustrezna in učitkovita zdravila in ne bi izgubljali časa z neustreznim zdravljenjem, prav tako bi lahko omejili širjenje na zdravila odporne viruse HIV in prihranili na denarju.<br /> Trenutno se za ugotavljanje odpornosti na ARV zdravila rutinsko uporablja konsenzno sekvenciranje plazemske RNA virusa HIV, ki je drago in manj občutljivo pri detekciji nizkih koncentracij mutant, odpornih na zdravila. Dostop do zdravljenja se je na območjih z omejenimi viri v zadnjem desetletju povečal, ni pa ustrezne in dovolj cenovno ugodne metode za spremljanje zdravljenja. Zato se je povečalo število oseb, okuženih z odpornimi različicami virusa HIV.<br /> Preizkus ligiranja oligonukleotidov oz. OLA je alternativna metoda za občutljivo in enostavno detekcijo točkovnih mutacij, ki so povezane z odpornostjo na ARV zdravila za HIV.<br /> <br /> <br /> == '''EKSPERIMENTALNI DEL''' ==<br /> ----<br /> <br /> ''Preizkus OLA za enojne rezistenčne mutacije (singleplex OLA, SPX-OLA):''<br /> OLA sonde so uporabili za detekcijo mutacij, ki so povezane z odpornostjo na genu, ki kodira za reverzno transkriptazo virusa HIV. Te mutacije so K65R in M184V, ki omogočajo odpornost na nukleozidne inhibitorje reverzne transkriptaze (NRTI; tenofovir, lamivudin) in K103N, V106M, Y181C in G190A, ki omogočajo odpornost na ne-nukleozidne inhibitorje reverzne transkriptaze (NNRTI; nevirapin).<br /> Za eksperiment so uporabili PCR amplikone (pomnožen gen HIV pol) različnih oseb, okuženih z virusom HIV, ki so jih pridobili iz plazme ali krvi z verižno reakcijo s polimerazo (PCR). Za potrditev so vzorce nanesli na 3% agarozni gel. Mutacije na enem kodonu so detektirali z uporabo treh oligonukleotidnih sond. Prva je bila namenjena detekciji mutiranega genotipa in označena s fluoresceinom, druga je bila za detekcijo divjega tipa in označena z digoksigeninom, tretja, označena z biotinom, pa je ujela ligiran produkt za kasnejšo detekcijo (t. i. skupna sonda). Dodali so jih k ligacijski reakciji, ki je vsebovala še PCR amplikon, različne pufre in termostabilno ligazo. Ligacija je potekala 10 ciklov. Vzorce so prestavili v drugo mikrotitrsko ploščico, ki je bila prevlečena s streptavidinom. Pri tem so se nanj vezali biotinilirani konci ligiranega produkta. Najprej so dodali protitelesa proti digoksigeninu, konjugirana s peroksidazo in protitelesa proti fluoresceinu, konjugirana z alkalno fosfatazo, nato pa še substrat za alkalno fosfatazo in pustili, da se je razvila barva. Absorbanco so merili pri 490 nm. Ploščo so sprali in dodali substrat za hrenovo peroksidazo; absorbanco so merili pri 450 nm. <br /> <br /> ''Preizkus OLA za dvojne rezistenčne mutacije (multiplex OLA, MPX-OLA):''<br /> Vzorci so bili enaki, kot pri SPX-OLA. Pri tej različici metode OLA so detektirali dve mutaciji hkrati. Za to sta bili potrebni dve oligonukleotidni sondi za detekcijo mutiranih genotipov (označeni s fluoresceinom in digoksigeninom) in ena skupna sonda, označena z biotinom. Sonda za detekcijo divjega tipa ni bila označena. Ligacijsko reakcijo so izvedli na podoben način kot pri SPX-OLA in dodali enaka protitelesa ter substrate. Preizkus MPX-OLA je zanesljivo detektiral kodonske pare 103/181, 106/190 in 65/184 v primerjavi s SPX-OLA.<br /> Z MPX-OLA neopredeljenih rezultatov ne moremo detektirati, ker ne merimo reakcije z divjim tipom. To pomeni, da je lahko negativna reakcija rezultat polimorfizmov ali pa vzorec ni imel mutacije na testiranemu kodonu. To je slaba stran MPX-OLA, saj je detekcija divjega tipa in neopredeljenih reakcij s SPX-OLA mogoča. Slabost metode MPX je tudi zmanjšana detekcija ene ali obeh mutacij, če sta kodona, pri katerih testiramo mutaciji, blizu skupaj na genomu in je bila potrebna uporaba prekrivajočih se sond. Zato so izbrali hkratno testiranje mutacij, ki sta bili na genomu dovolj narazen (103/181, 106/190, 65/184) in so pri tem uporabili neprekrivajoče se sonde.<br /> Spodnja meja detekcije je podobna, kar nakazuje na visoko občutljivost obeh različic metode OLA. V tej raziskavi so želeli pokazati, da se OLA lahko prilagodi tako, da poteka detekcija genotipov HIV, ki so odporni na ARV zdravila, na dveh kodonih hkrati. Metodo odlikuje tudi enostavnost. <br /> <br /> == '''ZAKLJUČEK''' ==<br /> ----<br /> <br /> Študija je demonstrirala, da je MPX-OLA enako občutljiv in specifičen test kot MPX-OLA pri detekciji točkovnih mutacij, ki povzročajo na ARV zdravila odporne genotipe HIV. Na splošno je OLA veliko uspešnejši pri zaznavanju redkejših mutacij (2-5 % vse virusne populacije) kot sekvenciranje, ki zazna le glavnino (&gt;50 %) populacije, hkrati pa je tudi cenejši in enostavnejši za uporabo, zato bi lahko bil bolj dostopen v državah tretjega sveta, kjer so virusne rezistenčne mutacije v porastu.<br /> <br /> <br /> == '''VIR''' ==<br /> ----<br /> <br /> Ellis G. M., Vlaskin T. A., Koth A. ''et. al.'' Simultaneous and sensitive detection of human immunodeficiency virus type 1 (HIV) drug resistant genotypes by multiplex oligonucleotide ligation assay. Journal of Virological Methods, 192, (2013), 39– 43.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_TehDNA&diff=8287 2013-10-08T15:18:07Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>Seminarje iz Tehnologije DNA bo v študijskem letu 2013/14 vodila asist. dr. Helena Čelešnik.<br /> <br /> Seznam tem za seminarje:<br /> <br /> # Mutageneza (16.10.), 3 seminarji:<br /> # Izražanje na površini (23.10.), 3 seminarji:<br /> # Dvohibridni sistemi (30.10.), 3 seminarji:<br /> # Mikromrežne tehnologije (6.11.), 3 seminarji:<br /> # GSO v agronomiji (13.11.), 3 seminarji: 1. Niki Bursič, 2. Petra Malavašič, 3. Jernej Mustar<br /> # Transgenske živali (27.11.), 3 seminarji: Andrea Grof, Eva Lucija Kozak, Špela Pohleven<br /> # Izvorne celice (4.12.), 4 seminarji: Sara Primec, Alja Zottel, Tjaša Goričan, Rok Štemberger<br /> # DNA-diagnostika (11.12.), 4 seminarji: Tina Gregorič , Eva Knapič, Veronika Jarc, Jana Verbančič<br /> # Forenzika, arheologija, sistematika (18.12.), 3 seminarji: Matja Zalar, Andreja Bratovš<br /> # Mikromreže, genomike (8.1.), 3 seminarji:<br /> # Gensko zdravljenje s. lat. (15.1.), 3 seminarji: Ana Dolinar</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Evolucijski_pomen_RNAi&diff=7137 2012-04-03T17:26:56Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>== Pomen RNAi ==<br /> RNAi ima pomembno vlogo v razvoju zarodka, formaciji heterokromatina, posttranskripcijski regulaciji genov, kontroli transpozonov in odpornosti na viruse, v zadnjem času pa se uporablja tudi kot dober pristop pri načrtovanju novih genskih terapij.<br /> <br /> == RNAi je pomembna obramba proti virusom in transpozonom ==<br /> Ne le, da RNAi varuje pred virusi z degradacijo virusne RNA, ampak jo lahko gostitelji in virusi uporabijo tudi za manipulacijo ekspresije genov drug drugega. Poleg tega lahko gostitelji kodirajo tudi miRNA, ki cilja na virusna zaporedja. Geni RNA interference, kot komponente prirojenega protivirusnega sistema v mnogih evkariontih, so vključeni v evolucijske tekme z virusnimi geni. Nekateri virusi, predvsem rastlinski, so razvili mehanizme za zatiranje in izogibanje RNAi odgovora v svojih gostiteljskih celicah.<br /> <br /> RNAi lahko celice zaščiti tudi pred transpozoni, tako z degradacijo transpozonskih transkriptov kot s preprečevanjem njihove ekspresije preko tvorjenja heterokromatina.<br /> <br /> == Pojav RNAi v filogenetskem razvoju ==<br /> RNAi je po do sedaj znanih podatkih stara vsaj milijardo let. Na podlagi filogenetskih analiz je najbližji skupni prednik vseh evkariontov že imel zgodnjo RNAi pot. Odsotnost te poti v določenih evkariontih nakazuje, da je to pridobljena lastnost. RNAi sistem naših prednikov je najverjetneje vseboval vsaj en protein, podoben dicerju, en protein Ago, en protein PIWI in od RNA odvisno RNA polimerazo, ki bi lahko imela tudi druge vloge v celici. Obsežna primerjalna študija genomike nakazuje tudi, da je družina argonavtov (Ago), ki je prisotna v evkariontih, arhejah in nekaj bakterijah homologna in se je prvotno razvila iz komponent, ki sodelujejo pri iniciaciji translacije.<br /> <br /> Kot prvotna vloga RNAi sistema je splošno sprejeta vloga v imunski obrambi pred zunanjimi genetskimi elementi, kot so transpozoni in virusni genomi. S tem povezane vloge, kot je na primer modifikacija histonov, so bile verjetno prisotne že v predniku današnjih evkariontov, medtem ko naj bi se druge funkcije (npr. regulacija razvoja z miRNA) vključile in razvile kasneje.<br /> <br /> === Izvori in evolucija evkariontske interferenčne RNA (RNAi) ===<br /> Sestavine mikro RNA rastlin in živali so se verjetno razvile ločeno. Ohranitev ključnih proteinov, vključenih v RNAi, namiguje na to, da je zadnji skupni prednik modernih evkariontov (LECA) imel mehanizme, podobne majhni interferenčni RNA (siRNA). Čeprav se strukture in mehanizmi živalskih in rastlinskih miRNA že v osnovi razlikujejo, so enaki ali homologni ključni proteini vključeni v biogenezo miRNA in poti siRNA, kar namiguje na to, da živalske in rastlinske miRNA prihajajo iz enakega, predniškega proto-RNAi sistema, a so se kasneje razvijale v različne smeri, tako da si obstoječ nabor elementov miRNA ni več v sorodu. Prokarionti imajo obrambni sistem, podoben RNAi, ki je funkcionalno analogen, a ni homologen evkariontski RNAi. Proteinski nabor evkariontske RNAi je bil verjetno sestavljen iz predniških proteinov arhejskih, bakterijskih in fagnih izvorov, ki so vpleteni v popravilo DNA in procesno pot RNA.<br /> <br /> Ne glede na neverjetno kompleksnost RNAi, obstajajo le trije ključni proteini, ki so vključeni v RNAi:<br /> <br /> 1. Dicerju podoben protein, ki sestoji iz RNAze III in domen helikaze,<br /> <br /> 2. Ago-Piwi,<br /> <br /> 3. od RNA odvisna RNA polimeraza (RdRP).<br /> <br /> Raznolikost kompleksov in poti, povezanih z RNAi, ustvarja več paralognih oblik teh proteinov. Te so se pojavile zaradi številnih podvojitev v različnih stopnjah evkariontske evolucije skupaj z veliko pomožnimi proteini.<br /> <br /> Upoštevajoč poglavitne razlike v strukturi miRNA rastlin in živali, se zdi verjetno, da je predniški RNAi sistem deloval primarno v obrambi proti virusom in transpozonom. To trditev potrjuje sklep, da je zadnji skupni prednik modernih evkariontov vseboval RdRP. V modernih evkariontih je RdRP primarno prisoten pri ojačitvi siRNA, ne pa tudi v poteh miRNA. Obrambna funkcija RNAi je močno ohranjena pri evkariontih, a so se značilne poti miRNA razvile v živalih in rastlinah, ter mogoče tudi v glivah.<br /> <br /> Evolucija evkariontske RNAi sledi istim načelom, ki urejajo evolucijo drugih novejših evkariontskih funkcionalnih sistemov, na primer jedrnih por ali spliceosomov. Evkariontski sistem je sestavljen iz različnih gradnikov prokariontskega porekla, s tem, da je prišlo do precejšnje spremembe v specifičnih funkcijah vsake od sestavin. Kot v drugih evkariontskih sistemih so prve stopnje evolucije RNAi vsebovale spajanje domen in mešanje, ki je vodilo do pojavitve Dicer-ja s fuzijo helikaze in domene RNAze III, ter privzema RNA-vezavne PAZ domene proteina Piwi. Posledično se je vsaka od teh prepoznavnih značilnosti evkariontskih sistemov razvila preko serij podvojevanj, od katerih so nekatere starejše od glavnih evkariontskih rodov in nekatere od teh so specifične za posamezne rodove. Dejstvo, da se je evkariontski sestav RNAi oblikoval iz prokariontskih proteinov, ki so bili udeleženi v popravi DNA in procesni poti RNA, ki ni v sorodu z RNAi, kaže na to, da je bil izvor RNAi v evkariontih neodvisen.<br /> <br /> == Izvor ključnih proteinov ==<br /> Zdi se, da prokariontski prednik evkariontske RNAi kot funkcionalen sistem ne obstaja. Vseeno so bili identificirani prokariontski homologi treh ključnih proteinov evkariontske RNAi: Dicer-ja, Ago-Piwi in RdRP-ja. Sekvence vseh treh ključnih proteinov so v evkariontih dobro ohranjene. Povezave teh proteinov v prokariontskih homologih so drugačne. Encimatični domeni Dicer-ja imata pomembne podobnosti zaporedij s prokariontskimi ortologi, ki so splošni v arhejah (helikaza) ali bakterijah (RNAza III). Prokariontski homologi proteinov Ago in RdRP kažejo razpršeno porazdelitev v arhejah in bakterijah, in omejeno, težko zaznavno podobnost zaporedij sestavinam evkariontske RNAi. Med pojavom evkariontske RNAi sta slednja proteina doživela velike mehanske spremembe, kar je verjetno povezano s prehodom iz odvisnosti od DNA na odvisnost od RNA, to pa je vodilo do pospešene evolucije.<br /> <br /> === Izvor Dicer-ja ===<br /> Dve encimski domeni Dicer-ja, RNAza III in RNA helikaza iz naddružine II, sta običajni v prokariontih, a je njuna kombinacija v enem proteinu evkariontski označevalec, ki ga imajo vse naddružine evkariontov. Helikazna domena Dicer-ja je specifično povezana z arhejskimi helikazami naddružine II (proteini Hef). Arhajski proteini Hef igrajo pomembno vlogo pri replikaciji DNA.V nasprotju s tem je RNAza III, ki je nukleazna domena Dicer-ja, in je večinoma bakterijskega izvora. V bakterijah je RNAza III vključena v bistvene reakcije procesiranja rRNA in v degradacijo mRNA. Spojitev helikaze in domen RNAze III iz različnih virov je bila ena ključnih zgodnjih dogodkov, ki so vodili v utrditev evkariontskega sistema RNAi. <br /> <br /> === Izvor Ago-Piwi ===<br /> Drugi ključni protein, Ago, verjetno prav tako izvira iz arhej, saj so arhajski Ago homologi bolj sorodni evkariontskim, kot bakterijski. Biološke funkcije arhajskih in bakterijskih Ago homologov ostajajo nejasne. Obstajajo dokazi, da so vključeni v preoblikovanje kromatina. Proteini Ago verjetno izvirajo iz osnovne replikacijske mašinerije, kot je bilo predlagano s strukturo domene RNAze (Slicer). Prisotnost več paralogov Argonaute-Piwi v metazojih kaže na to, da imajo živali več kompleksov za utišanje genov, ki jih inducira RNA (RISC). Ti izvajajo sorodne, a ločene biološke funkcije. Proteini Ago so splošno izraženi in se vežejo na siRNA ali miRNA. V nasprotju je ekspresija proteinov Piwi večinoma omejena na zarodne linije, ti proteini pa asociirajo z RNA, ki interagira s Piwi proteini (piRNA) in tako olajšajo utišanje mobilnih genetskih elementov ter zagotavljajo prilagodljivo obrambo v tekmi s transpozoni. <br /> <br /> === Izvor RdRP ===<br /> Tretja ključna komponenta RNAi je RdRP, ki si deli skupno poreklo z drugo največjo katalitično podenoto od DNA odvisnih RNA polimeraz. Direktni predniki evkariontskih RdRP so neokarakterizirani bakteriofagni proteini, ki verjetno delujejo kot od DNA odvisne RNA polimeraze. <br /> <br /> == Evolucija miRNA ==<br /> Odkrito je bilo na tisoče miRNA genov, a njihov izvor in evolucija ostajata v veliki meri nejasna. Ohranjene družine miRNA so identificirali v veliko metazojih, kar kaže na to, da so se njihove funkcije v evoluciji živali ohranile. Trideset genskih družin miRNA je prisotnih v vseh bilateralnih evkariontih (bilateralnih=ki imajo dve enaki polovici, npr. človek, metulj, riba, …), vendar so bile v sekvenciranem genomu morske vetrnice Nematosella vectensis,ki se je filogenetsko zgodaj ločila od ostalih, odkrite samo tri takšne družine. Velika širitev repertoarja miRNA v bilateralnih evkariontih pomeni, da je povišana od miRNA odvisna genska regulacija občutno prispevala k pojavu zapletenih načrtov evkariontskih teles, ki vsebujejo organe. Nove miRNA so prispevale tudi k funkcionalnim novostim v poznejših stopnjah evolucije (npr. na novo so odkrili skupke miRNA z več kopijami v primatih, a ne v glodavcih ali psih). Podoben dokaz za zgoden evolucijski izvor obstaja za rastlinske miRNA. Dve najstarejši ohranjeni družini miRNA (miR166-miR165 v rastlinah in let-7 v živalih) sta vpleteni v bistvene simetrijske in diferenciacijske procese v razvoju rastlin in živali. Takšna evolucijska ohranjenost je pričakovana za lokuse, ki so vpleteni v osnovne biološke funkcije. Bolj osnoven je proces, ki je reguliran s strani miRNA, večja je verjetnost, da je skupni prednik obstajal in da ga lahko rekonstruiramo. Do zdaj, razen ene izjeme, niso našli še nobenega ohranjenega skupnega prednika (ni bilo križanja kraljestev). Zato sklepajo, da imata ta dva sistema samostojen izvor in razvoj.<br /> <br /> == Adaptacija RNAi genov med filogenetskim razvojem D. Melanogaster ==<br /> Študije razvojnih stopenj pri Drosophili melanogaster so pokazale, da so mnogi geni RNAi poti pod vplivom močne usmerjene selekcije. S primerjavo zaporedja DNK iz različnih vrst Drosophile so znanstveniki pokazali, da je stopnja evolucije aminokislin znatno višja pri genih, ki so povezani s funkcijo protivirusne RNAi (Dcr2, R2D2 in Ago2). Ti geni so med najhitreje razvijajočimi se 3% vseh genov Drosophile in se zato razvijajo bistveno hitreje od drugih komponent naravne imunosti. Geni RNAi imajo dokazano eno najvišjih stopenj adaptivnih proteinsko kodiranih sprememb od vseh genov, povezanih z imunskim sistemom. Adaptacijska evolucija se najverjetneje sproži zaradi tekme, ki obstaja vse od nastanka RNAi in kaže na koevolucijo virusnih faktorjev in primarnih gostiteljskih molekul.<br /> <br /> Na podlagi podatkov o polimorfizmu DNA treh vrst Drosophile so testi pokazali, da je hiter razvoj RNAi genov posledica močne pozitivne selekcije. Poleg tega primerjava genov Dcr2 in Ago2 kaže manjšo genetsko raznolikost od pričakovane, kar bi lahko pomenilo, da je pred nedavnim prišlo do selekcijskega čiščenja obeh genov. Ti podatki kažejo, da pri Drosophili poteka hitra adaptivna evolucija antivirusne RNAi poti. To je značilno za tekmovanje med gostiteljem in patogenom ter pomeni, da je stari boj med RNA virusi in gostiteljevimi protivirusnimi RNAi geni še vedno aktualen in pomemben pri funkciji RNAi.<br /> <br /> <br /> == Viri ==<br /> 1. Darren J. Obbard ''et al''. Natural Selection Drives Extremely Rapid Evolution in Antiviral RNAi Genes. ''Current Biology'', 2006, letn. 16, št. 6, str. 580–585.<br /> <br /> 2. Bryan Kolaczkowski ''et al''. Recurrent adaptation in RNA-interference genes across the Drosophila phylogeny. ''Molecular Biology and Evolution'', 2011, letn. 28, št. 2, str. 1033-1042.<br /> <br /> 3. Heriberto Cerutti in J. Armando Casas-Mollano. On the origin and functions of RNA-mediated silencing: from protists to man. ''Current Genetics'', 2006, letn. 50, št. 2, str. 81–99.<br /> <br /> 4. CC Mello. Return to the RNAi world: rethinking gene expression and evolution. ''Cell Death and Differentiation'', 2007, letn. 14, str. 2013–2020.<br /> <br /> 5. Svetlana A. Shabalina in Eugene V. Koonin. Origins and evolution of eukaryotic RNA interference. ''Trends in Ecology &amp; Evolution'', 2008, letn. 23, št. 10, str. 578–587. <br /> <br /> 6. Wikipedia. ''RNA interference'' [online].28.3.2012 [citirano 31.3.2012]. Dostopno na: [http://en.wikipedia.org/wiki/RNA_interference ''RNA interference'']<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=RNA-interferenca&diff=6853 2012-02-29T11:26:26Z

<p>JanaVerbančič: /* Skupine */</p> <hr /> <div>== Predstavitev seminarja 2011/12 ==<br /> Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)<br /> # Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)<br /> # Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)<br /> # Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)<br /> # Evolucijski pomen RNAi (2006-)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah<br /> # Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi<br /> <br /> Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web]. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> <br /> === Skupine ===<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference<br /> # Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)<br /> # Odkritje m<br /> ikro-RNA (miRNA)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)<br /> # Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (Ines Kerin, Petra Malavasic)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa)<br /> # Evolucijski pomen RNAi (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah(Tina G., Sara D., Teja B.)<br /> # Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)<br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;<br /> <br /> Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2011&diff=6598 2011-12-19T19:28:56Z

<p>JanaVerbančič: /* Jana Verbančič: A balanced mind, RGS14 in sinaptična plastičnost */</p> <hr /> <div>== Ula Štok: Neuregulin 1 ==<br /> <br /> Neuregulin-1 je član proteinov iz družine neuregulinov in je kodiran s strani gena NRG1. Obstaja veliko tipov Neuregulina-1, ki se razlikujejo po funkcionalnosti ter mestu v telesu na katerem delujejo. Najpogosteje delujejo v živčnem sistemu, kjer lahko z nepravilnim delovanjem med drugimi povzročajo tudi zelo razširjeno bolezen - shizofrenijo. Delujejo pa tudi na ostalih tkivih in organih (na primer: srce, pljuča, oprsje in želodec). Generalno obstajata dve poti signaliziranja Neuregulina-1, in sicer: Običajna ter neobičajna pot. Pri običajni poti je ErbB receptor aktiviran direktno, v enem koraku z vezavo Neuregulina-1. To najpogosteje povzroči dimerizacijo ali heterodimerizacijo ErbB receptorja. Dimerizacija ali heterodimerizacija sicer nista nujno potrebni, a vendar do njiju pride na skoraj vseh receptorjih ErbB. Ta združitev povzroči avto- in trans-fosforilacijo intracelularnih domen tega receptorja, kar aktivira vse nadaljnje poti signaliziranja. V končni fazi pa NRG1/ErbB signaliziranje vpliva direktno na transkripcijo. Pri neobičajni poti je postopek podoben, a vendar poteka začetna stopnja malo drugače. Na začetku namreč sodeluje JMa oblika receptorja ErbB4, ki se pod vplivom TACE cepi. Del receptorja (ErbB4-CTF) se odcepi v notranjost celice. Ta peptid je velik približno 80 kD in ima specifično izoblikovano vezavno mesto za Neuregulin-1. Nadaljnji procesi pa potekajo zelo podobno kot pri običajni signalni poti. Neuregulin-1 lahko povzroča shizofrenijo na različne načine, saj sodeluje pri zelo pomembnih procesih, kot so: tvorba sinaps, mielinizacija aksonov, razvoj oligodendrocit itd. Shizofrenija je zelo razširjena bolezen in nihče še ni odkril direktnega postopka k popolni odpravi te bolezni. A vendar, v letu 2009 se je zgodila neke vrste prelomnica v študiju shizofrenije. Odkrili so namreč, da posamezniki, ki so imeli gen za shizofrenijo niso zboleli. Še več! Napaka se jim je odrazila kot zvišanje kreativnih sposobnosti na znanstvenem ali umetniškem področju, odvisno od posameznika. Ob tem se je pojavilo mnogo vprašanj, saj bi na ta način mogoče lahko poiskali pot, da bi shizofrenija postala popolnoma ozdravljiva. A vendar, je to področje še raziskano, saj znanstveniki ne vedo po kakšnih poteh pride do tega, da te mutacije na NRG1 genu ne izrazijo v bolezenskem stanju.<br /> <br /> == Maša Mirković: Proteinski produkti genov za disleksijo in z disleksijo povezane motnje ==<br /> <br /> Disleksija je motnja, ki se kaže v nesposobnosti branja oziroma razumevanja prebranega, ter napakah in težavah pri izgovarjanju besed. Disleksiki,kot imenujemo posameznike, ki trpijo za disleksijo, imajo kljub normalnim intelektualnim sposobnostim, znanjem in izobrazbo, moteni veščini pisanja in branja s tendenco, da pomešajo med seboj črke ali besede med branjem ali pisanjem. V zadnjih letih, so uspeli ugotoviti mesta na kromosomih, povezana z dovzetnostjo za disleksijo. DYX1C1,KIAA0319,DCDC2 in ROBO1, so bili označeni kot kandidati, z dovzetnostjo za disleksijo. Najbolj obetaven je protein KIAA0319. Je transmembranski protein iz desetih transmembranskih vijačnic, najden v plazemski membrani nevronov. Njegov C-terminalni konec gleda v ekstracelularni matriks, manjši N-terminalni konec pa prehaja v citoplazmo nevrona. C-terminalni konec je visoko glikoziliran in nosi 5 PKD(polycystyc kidney desease) domene in eno MANEC(motif at the N terminus with eight cysteines) domeno. KIAA0319 igra vlogo pri rasti možganov in njihovi migraciji med razvojem možganov-iz tega je razvidno, da je disleksija problem v razvoju nevronov že v zgodnjih letih. Posamezniki z disleksijo nosijo izoobliko tega proteina, ki povzroči nižjo izraženost le tega. Spremembe so v 5'-regiji, ki kodira izoobliko proteina. Najopaznejše povezave z disleksijo se kažejo v 2,3 kb regiji, ki zavzema promotor, prvi nepreveden ekson in del prvega introna – odprti kromatin. Te ugotovitve vodijo, da je 5'-regija KIAA0319 gena tista lokacija alelov, ki največ prispeva k motnji branja.<br /> <br /> == Katra Koman: INZULIN ==<br /> <br /> Inzulin je peptidni hormon, ki sodeluje v uravnavanju ravni glukoze v krvi. Sintetizira in skladišči se v β-celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke. Sinteza poteka od prekurzorske molekule preproinzulina preko proinzulina do dokončne zrele molekule inzulina, ki se shrani v skladiščnih veziklih. Ob povišanju ravni glukoze v krvi, na primer po obroku, glukoza, ki je tudi glavni stimulator sekrecije inzulina, iz krvi preide v β-celice skozi GLUT2 transporter. Tam se fosforilira v glukozo-6-fosfat, saj tako fosforilirana ne more več iz celice, lahko pa vstopi v proces glikolize, ki mu sledita še Krebsov cikel in oksidativna fosforilacija, ki povzroči pretvorbo ADP v ATP molekule. ATP molekula stimulira zaprtje kalijevih kanalčkov, kar privede do depolarizacije celične membrane, to pa sproži na odprtje kalcijevih kanalčkov in vdor Ca2+ ionov. Povišana koncentracija kalcijevih Ca2+ ionov v celici stimulira prenos in zlitje skladiščnih veziklov z inzulinom z membrano. Inzulin se tako sprosti v krvni obtok in potuje do tarčnih celic, ki imajo na površini izražene inzulinske receptorje. Ko se veže nanj, prenese signal o povišanju ravni glukoze v krvi v celico. To povzroči kaskado reakcij znotraj celice, ki pa na koncu privedejo do translokacije veziklov z GLUT4 transporterjev na površino celice. Število teh transporterjev za glukozo se na površini celične membrane poveča in glukoza lahko prehaja v celico, posledično pa pade raven glukoze v krvi. Razgradnja inzulina poteka v jetrih in ledvicah. Okvare na katerikoli stopnji poti inzulina se odražajo v diabetesu ali drugih boleznih.<br /> <br /> == Rok Štemberger: Protein GABAA (gama aminomaslena kislina A) - zgradba, vloga in zanimivosti ==<br /> <br /> V svoji seminarski nalogi sem raziskoval vlogo, pomen in zanimivosti proteina GABAA (gama-aminomaslena kislina A). To je receptor, ki se nahaja predvsem v centralnem živčnem sistemu in je zadolžen zato, da opravlja funkcijo inhibitorja. Lociran je na površini nevrotičnih sinaps in prekinja elektrokemični signal, tako da omogoči prehod kloridnih ionov znotraj celice. To se zgodi takrat ko se ustrezen ligand Gama veže na aktivno mesto tega receptorja. Konformacija podenot se spremeni in to omogoči aktivacijo receptorja. Znanstveniki so ugotovili, da obstaja več vrst GABAA receptorjev, kar pa je odvisno od sestave podenot. Najbolj pogoste podenote so alfa beta in gama v razmerju 2:2:1. V primeru da do prekinitve ne pride se lahko pojavijo epileptični napadi, psihiatrične motnje itd. Stres lahko v dobi odraščanja močno vpliva na GABAA receptorje in jih tudi permanentno strukturno spremeni, kar pa lahko kasneje v našem življenju vpliva predvsem na naš spanec in njegovo kvaliteto. Absint je bila v preteklosti prepovedana pijača, saj je povzročala razna obolenja zaradi substance imenovane tujon. Le ta se je vezala na GABAA receptorje in tako onemogočila njegovo delovanje, zato ker je preprečevala prehod kloridnih ionov v membrano. Sedaj potekajo raziskave teh receptorjev, saj je ključnega pomena čim boljša ozdravitev bolezni, ki nastanejo zaradi nepravilnega delovanja GABAA receptorja.<br /> <br /> == Veronika Jarc: Perforin ==<br /> <br /> Perforin je protein, ki nastane iz citotoksičnih limfocitov T. S pomočjo grancimov napade tarčno celico in jo uniči. Rečemo lahko, da je pomemben člen pri imunskem odzivu in sodeluje s NK celicami. Sestavljen je iz 555 aminokislin, njegova molekulska masa pa je 62-67 kD. Sestavljen je iz dveh pomembnih domen, domene MACPF in domene C2. Za domeno C2 je značilno, da ima afiniteto do Ca2+ ionov. Saj se na lipidni dvosloj veže le ob prisotnosti kalcija. Drugače obstajata dva različna tipa C2 domene, ki sta bila izolirana iz različnih organizmov. Lahko rečemo, da sta oba tipa zelo podobna v tem, da sta pri tipu 1 N-konec in C-konec obrnjena na vrh domene, kar je nasprotno kot pri tipu 2. Poznamo tri MACPF domene: Plu-MACPF, C8a MACPF in lipokalin C8g. Vse te domene primerjamo z skupino proteinov citolizinov in ugotovimo nekaj podobnosti in nekaj razlik. Na splošno, pa lahko rečemo, da je evolucija poskrbela tako, da so sta si domena MACPF in citolizini raszlični le v nekaj aminokislinah. Poznamo tri mehanizme kako perforin preide v tarčno celico in pri tem pomaga gramcimom B uničit to celico. Prvi mehanizem je prehajanje preko perforinske pore in sicer s pomočjo veziklov preide v celico. Naslednji mehanizem je endosomolitični model, pri katerem je pomemben kompleks s pomočjo katerega prehaja v celico. Kot zadnji mehanizem pa je model prehodne perforinske pore, ki pove, da perforin tvori kanalčke s pomočjo katerih grancimi B preidejo direktno v celico. Grancimi B so serinske proteaze, ki se sintetizirajo v citotoksičnih limfocitih T in NK celicah.<br /> <br /> == Taja Karner: Glavoboli in migrene ==<br /> <br /> Zaradi stresnega in hitrega tempa življenja, vse več ljudi trpi za občasnimi glavoboli, ki so najpogosteje posledica utrujenosti. Prav tako je vedno več ljudi, ki trpijo za močnejšimi oblikami glavobolov imenovanih migrene. V hujših oblikah migrene lahko glavobol traja do dva dni, močno migreno lahko spremljajo še drugi simptomi kot so slabost, bruhanje, občutljivost na svetlobo in močan zvok, depresija ter nespečnost. Mutacija, ki je največji krivec za nastanek bolezni se pojavlja na kromosomu 10 na genu KCNK18. Ta zapisuje protein TRESK, ki se nahaja v hrbtenjači in deluje kot kalijev kanalček. Mutacija povzroči, da ne pride do izmenjavanja ionov, kar povzroči hude glavobole. V raziskavah so odkrili zanimivo povezavo z anestetikom. Ta namreč ne glede na mutacijo ponovno aktivira kanal. To bi lahko učinkovito pozdravilo migrene, če bi ga le uspeli spraviti v primerno obliko. Ugotovili so tudi, da zdravila, ki vsebujejo citosporin in takrolimus v večini primerov povzročajo migrene v zdravstvu pa jih še vseeno pogosto uporabljajo. Odkritje te mutacije predstavlja revolucijo v zdravstvu in verjamem, da bo kmalu vodilo do odkritja učinkovitega zdravila proti migrenam.<br /> <br /> == Ana Dolinar: Univerzalna kri – prihodnost transfuzijske medicine? ==<br /> <br /> α-galaktozidaza (AGAL_HUMAN) je glikozil-hidrolazni encim. Spada v GH27-D (klan D, 27. družina) in ima aktivno mesto v obliki (β/α)8 sodčka. Encim zapisuje gen GLA, ki se nahaja na kromosomu X. <br /> <br /> Ideja o univerzalni krvi, ki bi bila primerna za transfuzijo, ne glede na krvno skupino pacienta, je med znanstveniki prisotna že približno trideset let. <br /> Razvili so tri metode za pretvorbo različnih antigenov v antigen 0 (po sistemu AB0), ki je primeren za transfuzijo v vse krvne skupine.<br /> :#Encimska razgradnja antigenov A in B do antigena 0. Za antigene A so uporabili α-N-acetilgalaktozaminidazo, vendar so antigeni preveč kompleksni in metoda ni bila uspešna. Pri antigenih B so dosegli popolno pretvorbo v antigen 0 z uporabo α-galaktozidaze iz bakterije ''Streptomyces griseoplanus''.<br /> :#Prekrivanje površine eritrocitov z maleimidofenil-polietilen-glikolom (Mal-Phe-PEG). Prekrije vse antigene, ne samo A ali B, vendar metoda ni uspešna, ker polietilen-glikol povzroča imunski odziv.<br /> :#Pridobivanje univerzalnih rdečih krvnih celic iz pluripotentnih matičnih celic. Uspeli so pridobiti zrele eritrocite, ki so popolnoma funkcionalni.<br /> Uporaba univerzalne krvi bi zmanjšala ali celo izničila imunski odziv ob transfuziji, prav tako ne bi bilo možnosti za transfuzijo napačne krvne skupne zaradi človeške napake. Metode trenutno niso dovolj izpopolnjene, da bi bilo možno pričakovati njeno uporabo v bližnji prihodnosti.<br /> <br /> == Maša Mohar: Moški ali ženska to je sedaj vprašanje?(SRY - faktor za določitev spola) ==<br /> <br /> SRY gen kodira Sry protein ki je član družine Sox (Sry related HMG box) transkripcijskih faktorjev. Poznamo jih okoli 20 pri človeku in miškah ter še mnogo drugih. Sox proteini imajo zelo različne vloge v embriogenezi in pri razvoju mnogih drugih organov. Tipično delujejo tako kot nekakšna stikala v diferenciaciji celic- sprožijo razvoj določenih celic. Sry je prav tako kot ostali člani te družine karakteriziran po HMG( high mobility group). HMG je drugače skupina specifičnih transkripcijskih faktorjev, ki imajo ~ 80 AK dolge strukturalno podobne domene za vezavo na DNA. Te domene oz. domena če je samo ena se veže na zaporedje (A/T)ACAA(T/A) v majhni žleb DNA. S tem ustvari zvitje DNA za približno 60- 85 stopinj. S tem ko se DNA zvije se razkrijejo mesta za izražanje drugih genov, recimo Sox9, ki kodira Sox9 protein ki pomaga pri diferenciaciji Sertoli celic in tako pri oblikovanju testisov, s tem pa determinira moški spol. Ugotovili smo tudi da obstaja veliko genskih bolezni povezanih s Sry genom in da lahko obstaja tudi ženska z XY spolnima kromosomoma, ker se pri njej zaradi mutacij Sry protein ne izrazi, prav tako pa obstajajo tudi moški z XX spolnima koromosomoma, kjer se enem od X kromosomov lahko izrazi SRY gen ob nepravilnostih pri očetovem delu zapisa. V bistvu sem prišla do zaključka da je zelo tanka meja med moškim in ženskim oblikovanjem spola, ena majhna mutacija oz. ena majhna razlika lahko privede do nastanka ženske ali moškega.<br /> <br /> <br /> == Urška Rauter: A Green Glow: zgradba in funkcija encima luciferaze ==<br /> Luciferaza je encim odvisen od ATP in magnezijevih ionov. Proces bioluminiscence se začne z vezavo na substrat luciferin, tvori se adenilatni intermediat in ob prisotnosti molekularnega kisika izhaja svetloba. Luciferaza je zgrajena iz dveh ločenih domen, večja se nahaja na N-koncu in manjša na C-koncu molekule, večja domena pa ima tudi svoje poddomene. Domeni sta med seboj ločeni z razpoko, kjer naj bi se po domnevanjih nahajalo tudi aktivno mesto encima. Luciferaza predstavlja tudi nov način mehanizma tvorbe adenilatnega intermediata med encimi in ponuja razlago za marsikatero metabolično pot.<br /> Velika dilema, ki me med znanstveniki ostaja pa je razlika v barvi svetlobe, ki jo proces oksidacije luciferina emitira. Najverjetneje je za to odločilna keto tavtomerna oblika oksiluciferina in tudi resnonančna stabilizacija njegovega fenolatnega aniona, čeprav so znanstveniki odkrili tudi veliko drugih možnih vzrokov za različne barve (različne aminokisline, polarnost okolja, pH, ...).<br /> Luciferaza se veliko uporablja v medicini, kjer služi kot marker molekul v telesu in tako pripomore k boljšem razumevanju različnih bolezni in infekcij, kot tudi sami strukturi celic in njenih organelov.<br /> <br /> == Mirjam Kmetič: Mint condition (limonen-3-hidroksilaza in limonen-6-hidroksilaza) ==<br /> <br /> Klasasta meta vsebuje encim limonen-6-hidroksilazo, ki sodeluje pri pridobivanju karvona. Poprova meta pa vsebuje limonen-3-hidroksilazo, ki je udeležena pri proizvodnji mentola. Obe hidroksilazi pripadata družini citokromov P450, njeni predstavniki pomembno sodelujejo pri proizvajanju različnih oksidiranih monoterpenov, ki so vir arom eteričnih olj. Karvon in mentol sta končna produkta hidroksilacije limonena. Ta encima sta si zelo podobna in njuni vezavni mesti za substrat sta zelo omejeni. Velja pravilo, da za spremembo aktivnosti v družini citokromov P450 potrebujemo določeno število mutacij, vendar je za modifikacijo vezavne aktivnosti limonenovih hidroksilaz potrebna samo ena. Ta fenilalanin v izolevcin mutacija povzroči, da se limonen-6-hidroksilaza spremeni v limonen-3-hidroksilazo! Mutiran encim je tako sposoben sinteze mentola tako kot encim v poprovi meti! Taka mutacija kaže, da sta prav ti dve aminokislini ne le nujni, temveč tudi prav zagotovo vpleteni pri orientaciji limonena v aktivnem mestu tako, da se ta hidroksilizira na ali C3 ali C6 poziciji. Posamične mutacije, ki lahko drastično spremenijo funkcijo proteina, so znanstveno zanimive. Nakazujejo ne le na zelo specifične manjše regije v sekvenici proteina, temveč so tudi ključne za razumevanje področij, kot so vezava in orientacija substrata, funkcija encima, metabolična pot in struktura vezavnega mesta.<br /> <br /> == Sandi Botonjić: Kokain esteraza ==<br /> <br /> Znanstveniki so v rizosferi kokinih plantaž (Erythroxylum coca) našli sev MB1, gram pozitivne bakterije Rhodococcus sp.. Tej bakteriji kokain predstavlja glavni vir ogljika in dušika in zato so znanstveniki izolirali osrednji encim njenega metabolizma tj. kokain esterazo (v nadaljevanju cocE). Encim je sestavljen iz treh domen: DOM1, ki vsebuje nabor kanoničnih α-vijačnic in β-ploskev; DOM2 - domena le z α-vijačnicami; in DOM3 je roladi podobna struktura z β-ploskvami. CocE je serinska esteraza, katere aktivno mesto se nahaja na stičišču vseh treh domen. Ta hidrolizira kokain na ekgonil metil ester in benzojsko kislino, ki nimata psihoaktivnih učinkov. CocE je pravi Ferrari v primerjavi z drugimi esterazami, saj lahko razgradi enako količino kokaina 1000 krat hitreje. Tako lahko postane neprecenljiva pri nujnih intervencijah v primeru prevelikega odmerka, saj bi intravenozni vbrizg cocE močno zmanjšal razpolovni čas kokaina. CocE je predmet številnih raziskav, v katerih znanstveniki proučujejo njeno termostabilnost in njenih mutiranih oblik, saj njen razpolovni čas pri fiziološki temperaturi traja le nekaj minut. Znanstveniki pa na podlagi ugotovitev iz raziskav cocE razvijajo tudi učinkovita protitelesa z vsaj podobnimi katalitičnimi parametri, ki bi brez imunskega odziva odlično delovala v bioloških sistemih.<br /> <br /> ==Tjaša Flis: Parkinsonizem in Parkin protein==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je vse pogostejša bolezen pri starostnikih, njeni simptomi pa so tresavica, mišična otrdelost in upočasnjena motorika. Vzrok se skriva v propadu dopamnergičnih nevronskih celic. Bolezen je lahko avtosomno dominantno dedovana, kar pomeni, da pacienti podedujejo eno normalno in eno mutirano kopijo gena. Slednja prevladuje in se deduje naprej. Pri Parkinsonovi bolezni se mutacija zgodi v Park2 genu, ki kodira Parkin protein ali E3 ubikvitin ligazo. Parkin na poškodovane ali na preveč izražene proteine pripne ubikvitin (označevalni protein), ki jih nato usmeri v proteasom, to je velik razgradni kompleks v celicah.<br /> Če mutacija poškoduje Parkin, je pot razgradnje onemogočena, to pa pomeni, da se v celici akumulirajo odvečni proteini. Tvorijo se Lewy-eva telesca polna teh proteinov, ki nadomestijo celične organele v nevronskih celicah, kar vodi do prenehanja njihovega delovanja. Ker pa ima Parkin več kot samo en substrat ki ga ubikvitinira, je točen mehanizem bolezni še dandanes uganka.<br /> Eden izmed najbolj poznanih substratov je transmembranski protein Pael-R. Zvitje tega proteina poteka ob prisotnosti šaperonov. Prevelika koncentracija tega receptorja lahko izzove stres v endoplazmatskem retikulumu situiranem v nevronskih celicah. V primeru da je Parkin neaktiven, Pael-R povzroči celično smrt. Vendar to je le ena izmed možnih rešitev, substratov je namreč vsaj še dvajset, raziskave pa se nadaljujejo.<br /> <br /> == Matja Zalar: Vloga SRK in SCR proteinov pri preprečevanju incestnega razmnoževanja cvetočih rastlin ==<br /> <br /> Rastline so za zaščito pred samooplojevanjem razvile več vrst mehanizmov prepoznavanja lastnega peloda na molekularni ravni. Pri cvetočih rastlinah je najpogostejši mehanizem tipa SSI ali sporofitične lastne inkompatibilnosti. Pri družini ''Brassicaceae'' je za aktivacijo SSI ključna interakcija med transmembranskim proteinom SRK, ki predstavlja žensko determinanto odziva, in njenim ligandom - proteinom SCR, drugače imenovanim tudi moška determinanta odziva na lastno inkompatibilnost. Specifičnost vezave je zagotovljena s polimorfizmom alel obeh determinant. V posameznih vrstah je možno najti tudi do 100 različnih S-haplotipov genov za determinanti. <br /> Vezava liganda na receptor bo uspešna le, če oba izhajata iz istega S-haplotipa. Vezava SCR na zunajcelično, N-glikolizirano domeno SRK povzroči nastanek kompleksa treh proteinov, ki s svojo aktivnostjo sproži kaksado reakcij, kar v končni fazi pripelje do preprečitve samooploditve. <br /> Na neugodne življenske pogoje, ki so onemogočali medsebojno opraševanje, so se nekatere rastline prilagodile s favorizacijo samooplojevanja. Pri njih so mutacije S-lokusa, ki nosi zapis za SRK in SCR, povzročile nepravilno delovanje SI ali njegovo popolno odpoved. To pa seveda vodi v neprepoznavanje lastnega peloda in rastlina se samooprašuje. Najbolj znan primer take rastline je ''Arabidopsis thaliana'', ki se zaradi svojih specifičnih lastnosti uporablja kot modelni organizem v številnih študijah lastne inkompatibilnosti.<br /> <br /> == Matevž Ambrožič: BSX protein in debelost ==<br /> <br /> Za primeren občutek sitosti ali lakote glede na stanje energetskih zalog v telesu in odgovarjajoč vnos hrane ter porabo energije je odgovorna zapletena pot sporočanja. Začne se s tremi hormoni: inzulin, leptin in grelin. Leptin in inzulin se sprostita, ko so maščobne in hidratne zaloge v telesu polne in morata do možganov prenesti signal za prenehanje hranjenja, grelin pa ravno nasprotno. Vsi po krvi potujejo do hipotalamusa, predela možganov, ki je odgovoren za energijsko ravnovesje. V hipotalamusu sta dva tipa živčnih celic: oreksigene in anoreksigene. Prve sproščajo NPY in AgRP, nevropeptida, ki spodbujata hranjenje in zmanjšata porabo energije, druge pa α-MSH in CART, katerih učinek je nasproten. Našteti nevropeptidi se iz nevronov sprostijo po vezavi ustreznega izmed treh hormonov in prenesejo signal naprej, do končne spremembe v vnosu ali porabi energije. Glavni protein seminarja, BSX (brain specific homeobox) protein je transkripcijski faktor, ki spodbudi ekspresijo genov za AgRP in NPY, hkrati pa je odgovoren za premik organizma v iskanju hrane. Če v opisanem sistemu pride do napake, so pojavi nepotreben občutek lakote, kar je vzrok mnogih primerov debelosti. V boju z bolezensko debelostjo so ključne raziskave na BSX proteinu, saj je osrednji člen poti, ki v možgane prenese (včasih lažen) občutek lakote.<br /> <br /> == Kaja Javoršek: A grey matter ==<br /> <br /> Mikrocefalin je protein, ki ga kodira enakoimenski gen. Mikrocefalin naj bi kontroliral poliferacijo in diferenciacijo nevroblastov med nevrogenezo. Odkritje, da je mikrocefalin odločilen regulator velikosti možganov, je sprožilo hipotezo, da je igral vlogo v evoluciji možganov. <br /> Razen v možganih najdemo mikrocefalin tudi v ledvicah, srcu, pljučih, vranici in skeletnih mišicah. Vendar pomen mikrocefalina v teh organih še ni znan. <br /> Mutacije na genu mikrocefalina vodijo do nastanka mikrocefalije. To je bolezen razvoja živčnega sistema in je definirana kot resno zmanjšana velikost možganov. Pri odraslih je normalen volumen možganov od 1200 cm3 do 1600 cm3, pri odraslih s primarno mikocefalijo pa okoli 400 cm3 . Poleg mirocefalina pa povzročajo mikrocefalijo še mutacije petih genih (ASPM, MCPH2, CDK5RAP2, MCPH4, CENPJ)<br /> Mikrocefalin ima tri BRCT domene na C – koncu. BRCT domene so prisotne v veliko ključnih proteinih, ki kontrolirajo delitev celice. Zato predvidevajo da mikrocefalija nastane, ker je ovirana normalna regulacija delitve celic v možganih. <br /> Ugotovili so, da je protein mikrocefalin dol 835 aminokislin. Zaradi mutacije na genu mikrocefalina se ta protein skrajša na 25 aminokislin. <br /> Znanstveniki so izvedli raziskavo ali gena mikrocefalin in ASPM vplivata na inteligenco. Na podlagi treh raziskav so zaključili, da inteligenca ni povezana z dominantnimi aleli ASPM – ja ali mikrocefalina.<br /> <br /> <br /> == Rok Vene: A mind astray ==<br /> <br /> Alzheimerjeva bolezen postaja vedno bolj aktualna tematika. Trenutno je na svetu več kot 26 milijonov ljudi s to obliko demence. Zaradi daljše življenjske dobe pa pričakujemo, da bo število obolelih samo še naraščalo. Alzheimerjeva bolezen prizadene centralni živčni sistem, v možganih se nalagajo snovi, ki povzročijo propad živčnih celic. Ena izmed snovi, ki se nalagajo v možganih so nefunkcionalni Tau proteini. Tau proteini sodijo v družino proteinov imenovanih microtubule-associated proteins (MAP), njihova naloga pa je je stabilizacija mikrotubulov. To dosežejo tako, da se na mikrotubule vežejo. Poleg tega predvidevajo, da imajo Tau proteini še eno nalogo. Sodelovali naj bi v kompleksu za uravnavanje vzdražnosti živčnih celic. Nefunkcionalnost Tau proteinov povezujejo z različnimi boleznimi, ki jih poznamo pod skupnim imenom tauopatije. V primeru Alzheimerjeve bolezni je Tau protein nefunkcionalen, zato ker je hiperfosforiliran, kar mu onemogoča vezavo na mikrotubule. Tau proteini zato tvorijo netopne agregate – nevrofibrilarne pentlje, ki najbrž povzročijo odmiranje živčnih celic. Pri iskanju učinkovin proti hiperfosforilaciji in agregaciji Tau proteina, so znanstveniki raziskali protein FKBP52. Ta protein ima več funkcij. Osredotočili so se predvsem na njegove šaperonske lastnosti. Ugotovili so, da se FKBP52 veže na hiperfosforiliran Tau protein, in tako prepreči agregacijo Tau proteina, ki je odgovorna za odmiranje nevronov.<br /> <br /> <br /> == Ines Šterbal: LTP1 ==<br /> <br /> Protein LTP1, izoliran iz ječmenovega zrna, spada v družino lipidnih prenašalnih proteinov (lipid transfer protein –LTP). Je dobro topen protein, ki se nahaja v alevronski plasti ječmenovega semena. Sestavljen je iz štirih heliksov, ki so povezani z disulfidnimi mostički. Ima dobro definiran C-terminalni konec. V razmerah in vivo je globularni protein, s stožčastim hidrofobnim jedrom, ki se razteza od enega konca molekule do drugega. Sposoben je vezati različne lipide, kot so maščobne kisline ali acetil-koencim A. LTP1 proteini so na površini aktivni proteini, so stabilni, denaturirajo šele okrog 100 °C. Vloga LTP1 proteina in vivo še ni znana. In vitro je glavni protein pri penjenju piva. Opravlja pa še številne druge funkcije, odvisno od tega, kateri ligand ima vezan. LTP1 proteini so verjetno vključeni v prenos lipidov preko membrane in celo v nastanek membrane, lahko bi imeli vlogo v transportu monomera Cutin, vlogo naj bi igrali tudi v obrambnem mehanizmu rastlin. Lipidi, ki so vezani na LTP1 bi naj imeli antibakterijsko aktivnost za bakterije in glive. <br /> Vsi podatki kažejo, da so povezave med sladkorji in proteini, ki nastanejo kot produkt Milardove reakcije, prvi korak do nastanka pivovske pene. Kaže, da je kontrola glikacije LTP1 proteinov med slajenjem in varjenjem piva, nujna za optimalno penjenje piva.<br /> <br /> <br /> == Mitja Crček: DSIP in spanje ==<br /> <br /> Pred 2000 leti so ljudje verjeli, da postanemo zaspani zaradi nekakšnih želodčnih hlapov, ki gredo v možgane, se tam kondenzirajo, zamašijo pore in posledično povzročajo zaspanost. Kasneje so seveda ugotovili da temu ni tako, leta 1977 pa so odkrili majhne peptide, ki naj bi nas uspavali in jih poimenovali Delta Sleep-Inducing peptide (DSIP). DSIP je majhen peptid, sestavljen iz devetih aminokislinskih ostankov in maso 850 daltonov, prvič pa so ga odkrili pri zajcih. Sodeloval naj bi tako pri endokrini regulaciji kot pri fizioloških procesih (poveča učinkovitost oksidativne fosforilacije), pomembno vlogo pa naj bi imel tudi v medicini in pri zdravljenju bolezni. Ker naj bi podaljševal REM fazo, bi ga lahko uporabljali tudi kot dodatek pri zdravljenju alkoholizma ali ga dodajali antidepresivom in pomirjevalom, ki skrajšujejo REM fazo. Raziskave so spremljale tudi vpliv DSIP-ja na nespečnost. Ugotovili so, da DSIP rahlo povečuje kvaliteto spanja in skrajšuje latenco uspavanja, na trajanje budnosti in druge parametre pa ne vpliva, zato so si strokovnjaki enotni, da ima DSIP le rahle terapevtske učinke na nespečnost. Delovanje peptida pa še vedno ni povsem razjasnjeno in le želimo si lahko, da bodo novejše raziskave prinesle nove informacije, saj ima DSIP vsekakor velik potencial v medicini.<br /> <br /> == Dominik Kert: FOXP2, govoreči protein ==<br /> <br /> Ljudje in živali se razlikujejo. Za znanstvenike 19. stoletja je bilo zelo fascinantno to, da mi lahko govorimo, se sporazumevamo in pomnimo besede, medtem ko živali ne morejo. Ko se je pojavila družina KE na koncu 90. let prejšnjega stoletja, so znanstveniki ugotovili, da obstaja gen, ki kodira FOXP2. Družina KE je slovi po tem, da ima polovica njenih članov težave z govorom. Tako so ugotovili, da se mutacija prenaša avtosomno in dominantno. In verjetno na to vpliva mutacija FOXP2, FOXP2 protein pa je po vsej verjetnosti odločilen faktor pri govoru.<br /> FOXP2 protein je sestavljen iz 715 aminokislin in spada med družino transkripcijskih faktorjev, ki se imenuje FOX (zaradi 'forkhead box' domene). Zanimivo je, da se ta gen razlikuje od gena opic (šimpanz, gorila, makaki) le za dve in od miši le za tri aminokisline. To se znanstvenikom zdi zelo zanimivo, ker je verjetno zaradi teh dve sprememb v aminokislinskem zaporedju prišlo do sprememb pri sporazumevanju. Zaradi teh dejstev so se naprej usmerili na to, ali je bil gen res pod vplivom naravne selekcije in ugotovili so, da je bil res.<br /> FOXP2 na te spremembe vpliva v možganih, je pa prisoten tudi v pljučih, drobovju in srcu. Vendar njegova funkcija tam še ni znana.<br /> <br /> == Petra Malavašič: Ureaza bakterije Helicobacter pylori ==<br /> <br /> Bakterija Helicobacter pylori spada med patogene mikrobe. Znanstvenika Warren in Marshall sta leta 1987 odkrila to bakterijo ter ugotovila, da je s to bakterijo povezana razjeda na želodcu. Leta 2005 sta prejela Nobelovo nagrado. Že vsak drugi človek je okužen s to bakterijo. Naseljena je na želodčni sluznici in povzroča kronično vnetje želodčne sluznice. Bakterija se lahko naseli in se razmnožuje v prisotnosti želodčne kisline, kjer je pH okoli 2. Posebni obrambni mehanizmi omogočajo bakteriji, da lahko preživi v kislem okolju. Encim ureaza je pri tem najpomembnejši. Ureaza je encim, ki katalizira hidrolizo uree, pri čemer nastane amoniak, ki se v končni fazi veže z molekulami vode v amonijev hidroksid, ki poveča pH v neposredni okolici bakterije. Encim ureaza se nahaja v citoplazmi bakterijske celice in na njeni površini. Sam encim je zgrajen zelo kompleksno in omogoča bakteriji preživetje. Posebna kompleksna zgradba encima onemogoči, da bi kislina želodčnega soka denaturirala encim. Encim sestavljata dva kompleksa (αβ) štirih prostorsko razporejenih (αβ)3 enot.<br /> <br /> == Matevž Merljak: CEM15, VIF in infektivnost retrovirusov ==<br /> <br /> Ena izmed komponent obrambnega mehanizma pred retrovirusi v nekaterih človeških celicah je citidinska deaminaza CEM15 (APOBEC3G). V celicah, ki jo izražajo, se retrovirusi brez posebnega proteina (VIF, “viral infectivity factor”) ne morejo uspešno množiti, zato takim celicam pravimo “nepermisivne” celice.<br /> <br /> CEM15 deluje tako, da med procesom reverzne transkripcije v novonastali “minus” DNA verigi številne citidinske baze pretvori v uridinske, ter s tem povzroči tako zmanjšano obstojnost z uracilom bogate DNA verige, kot tudi zamenjave gvanozinskih baz z adenozinskimi v kodirajoči (“plus”) verigi DNA. Čeprav takšna hipermutacija za nadaljno infektivnost virusa ni vedno usodna (torej lahko tako mutirana DNA v nekaterih primerih še vedno tvori funkcionalne viruse), je običajno dovolj obsežna, da onemogoči uspešno reprodukcijo virusa.<br /> <br /> Raziskave kažejo, da CEM15 ne napade nastajajoče DNA kot lasten celični odgovor na infekcijo, pač pa se med izgradnjo novih virusov vgradi v le-te ter po infekciji nove celice povzroči omenjene spremembe v nastajajoči DNA verigi.<br /> <br /> Že omenjen faktor VIF izhaja iz virusa HIV-1, ki primarno napada sicer nepermisivne limfocite T. Naloga VIF je preprečitev vgradnje CEM15 v nastajajoče viruse, to pa doseže tako z oteževanjem njene translacije, kot tudi z indukcijo razgradnje CEM15 v proteasomu.<br /> <br /> == Eva Knapič: TSH3 - Kaj novorojenčkom omogoča zadihati? ==<br /> <br /> Kaj novorojenčkom omogoča zadihati? Raziskave so pokazale, da ima eno izmed vodilnih vlog pri začetku dihanja protein teashirt homolog 3 (TSH3). To je protein, ki ga uvrščamo med transkripcijske faktorje. Po strukturi spada v družino cinkovih prstov, kjer so sekundarne strukture koordinirane s cinkovim ionom. TSH3 ima pet tako urejenih struktur in vse spadajo v Cys2His2 skupino – cinkov ion koordinira dva cisteinska in dva histidinska ostanka ßßα podenote.<br /> Organizem brez zapisa za teashirt 3 protein se v času embrionalnega razvoja navidezno ne razlikuje od organizmov, ki ta zapis imajo. Vendar so podrobnejše raziskave pokazale, da se brez prisotnosti proteina teashirt 3 dokončno ne oblikujejo pljučni mešički, ki so funkcionalna enota pljuč, saj tam poteka izmenjava plinov. Odsotnost proteina povzroča povečano apoptozo nevronov motoričnega jedra v možganskem deblu, s tem so proteinu pripisali zmožnost inhibicije apoptoze nevronov. Prav tako so nezmožnost odziva organizma na pH spremembe okolja pripisali pomanjkanju proteina TSH3.<br /> Iz vseh teh pomanjkljivostih, ki jih povzroča TSH3 so raziskovalci prišli do zaključka, da novorojenček brez zapisa za protein ni zmožen zadihati, ker ni sposoben odziva na spremembo okolja, predvsem pH in tako ne more vzdrževati homeostaze, ki je potreba na preživetje.<br /> <br /> == Tjaša Goričan: Vpliv Nogo proteina na regeneracijo živčnega sistema ==<br /> <br /> Nevroni vsebujejo mielin, ki je sestavni del mielinske ovojnice aksona in ima nalogo zagotavljanja stalnega prenosa električnih signalov. Poleg tega pa mu je dodeljena tudi nenavadna lastnost. Vsebuje namreč proteine Nogo-A, ki delujejo kot inhibirotji za rast poškodovanih aksonov. Posledično se diferencirani nevroni niso sposobni deliti. Problem se pojavi pri poškodbi živčnega sistema, saj se ni sposoben regenerirati. Bolezni, ki so povezane s poškodbami živčevja so: Poškodbe hrbtenjače, Alzheimerjeva bolezen, možganska kap, shizofrenija itd.<br /> <br /> Nogo-A protein spada v družino proteinov retikulonov in je ena od oblik Nogo proteinov. Je transmembranski protein, ki se z domeno Nogo-66 uspešno veže na receptor in povzroči razgradnjo mikrotubulov v aksonu, kar privede do preureditve citoskeleta in posledično zaustavitve rasti aksona. Največ Nogo-A se nahaja na oligodendrocitih. Oligodendrociti so celice, ki spadajo med nevroglio in tvorijo mielinski ovoj nevronov v centralnem živčnem sistemu. Veliko več ga najdemo v centralnem živčnem sistemu v primerjavi s perifernim.<br /> <br /> Čeprav je še veliko neznanega na področju živčnega sistema, je znanost že dosegla uspehe glede boja proti boleznimi, povezanimi z regeneracijo živčnega sistema. S protitelesi se da inhibirati protein Nogo-A in s tem preprečiti inhibicijo rasti poškodovanih nevronov.<br /> <br /> == Marko Radojković: Fluorescentni proteini in njihova uporaba v živčnem sistemu ==<br /> <br /> Fluorescentni proteini so členi družine homologih proteinov, ki se delijo skupno lastnost da svetlijo zaradi formiranja kromoforma znotraj lastnega polipeptidnega zaporedja. Prvi odkrit takšen protein je bil zeleni fluorescentni protein ali GFP. Od tedaj do danes so kreirani različni mutanti, ki žarijo skoraj vse barve človeškega vidnega spektra. Izkazalo se je da so zelo uporabni v mnogih bioloških disciplinah, predvsem pa so popularni v spremljanju dinamike proteinov, genske ekspresije, in tudi posledično na viši ravni, dinamike organelov ter gibanja celic znotraj tkiva.<br /> <br /> Ne tako dolgo nazaj, je tim znanstvenikov uspel skombinirati različne barvne variante GFP-ja s sofisticiranim Cre/Lox sistemom genske rekombinacije in tako omogočil njihovo izražanje v samih možganih. Tale tehnika omogoča da se vsaki posamezni nevron obarva drugače in tako loči od sosednjih, kar omogoča detajlno analizo živčnega vezja. Brainbow strategija, kakor so jo poimenovali, daje upanje znanstvenikom da z ustvarjanem celotnega ''zemljevida'' možganov, lahko izpeljejo pomembne informacije o nevronskih povezavah in njihov nadaljni vpliv na vedenje in delovanje organizma.<br /> <br /> == Tamara Marić: MikroRNA ==<br /> MikroRNA je mala molekula, ki je prepisana z DNA na tak način kot mRNA. Zapis za miRNA se lahko nahaja v intronskih regijah, kodirajočih ali nekodirajočih genov. Osnovna funkcija je utišanje genov na nivoju sinteze proteinov. Da pa lahko opravi svojo nalogo mora dozoreti. Biogeneza miRNA se začne v samem jedru, kjer se 1000 nukleotidov dolg transkript s pomočjo encimskega kompleksa (Drosha-DGCR8)skrajša na 60-70 nukleotidov dolg pre-miRNA.Z eksportinom-5 se prenese iz jedra v citoplazmo do naslednjega kompleksa. Dicer veže pre-miRNA in jo skrajša na 22 nukleotidov. Nastane miRNA dupleks. Ena izmed verig prevzame vodilno funkcijo in se vmesti v kompleks istega encima v povezavi z drugimi proteini. Kompleks pripelje do komplamentarne verige mRNA in povzroči translacijsko represijo. Znanstveniki se ukvarjajo predvsem z vprašanjem,kako se miRNA izraža v številnih boleznih. Natančneje sem si pogledala proces resorpcije in obnove kosti in kako miRNA vpliva na regulacijo teh dveh procesov.<br /> <br /> == Maja Remškar: Okulokutani albinizem tipa II in P protein ==<br /> <br /> Melanin je pigment, ki je nujno potreben za zaščito kože pred pripekajočim soncem ter za normalno delovanje oči. Glavna sestavina za njegovo sintezo je aminokislina tirozin, ki je osnova evmelanina (črni pigment), ob dodatku cisteina pa dobimo še feomelanin (rdeče-rumen). Za običajno delovanje biosinteze melanina je potrebno kislo okolje v melanosomih, kjer se sinteza izvaja. Za vzdrževanje kislosti sta potrebna dva proteina – anionski kanalček in ATP črpalka. Anioni tu delujejo kot vaba za protone, kjučne za kisel pH. P protein naj bi deloval kot anionski transporter. Torej v njegovi odsotnosti v melanosom ne morejo dostopati anioni in posledično se v celico ne prečrpavajo protoni, kar pomeni da ni kislega pH ugodnega za sintezo melanina. <br /> Okulokutani albinizem tipa II ali OCA2 nastane zaradi pomanjkanja količine melanina v očeh, koži in laseh. Za kožo to pomeni večjo občutljivost na UV žarke in povečano možnost za kožnega raka. Zaradi nepigmentiranih optičnih vlaken pa se pojavijo še težave z očmi, kot so škiljenje, fotofobija, nistagmus, degeneracija rumene pege, pride pa tudi do izgube biokularnega vida. OCA2 je dedna bolezen, ki se deduje recesivno. Človek le z enim okvarjenim alelom je torej prenašalec gena. Ugotovili so, da OCA2 povzroča mutacija gena P, in sicer najpogostejša je delecija 7 eksona.<br /> <br /> == Ana Remžgar: Bacillus subtilis ==<br /> <br /> Bacillus subtilis je grampozitivna paličasta bakterija. Ko ima v okolju dovolj hranil, se simetrično deli in vegetativno raste. Ko pa v okolju začne hranil primanjkovati, B. subtilis uvede različne mehanizme, da lahko preživi. Del populacije postane kompetenten in sprejme tujo DNA. Del populacije pa s pomočjo zapletenega sistema aktivacije proteina Spo0A vstopi v proces sporulacije. Sporulacija je počasen in energijsko potraten postopek, ki traja v idelanih razmerah vsaj 7 ur. Na koncu nastane spora, ki lahko preživi tudi več desetletji v neugodnih življenjskih razmerah. Ko celica vstopi v cikel sporulacije, začne v okolje izločati razne toksične snovi, med njimi sta najbolj učinkovita Skf in Sdp. Ko celica izloči ti dva proteina v okolje, ubije sosednje bakterijske celice Bacillis subtilisa. Zaradi njunih lasnosti, ta dva proteina pogosto zato imenujemo kanibalistična faktorja. Vendar mora celica paziti, da pri tem ne ubije še sebe. Pri tem ji pomaga medmembranski protein SdpI. <br /> Bakterija Bacillus subtilis si tako s kanibalizmom pomaga, da celice ki vstopajo v sporulacijo dobijo dovolj hranil za dokončanje spore.<br /> <br /> == Tina Gregorič: Grelin - hormon lakote ==<br /> <br /> Občutek lakote je odvisen od številnih dejavnikov, med katere spadajo telesna sestava in teža, vrsta hrane, ki jo vsak dan uživamo, količina spanja in psihološki dejavniki. Večina ljudi postane lačnih, ko je čas za obrok: zajtrk, kosilo, malica, večerja. Znanstveniki so leta 1999 odkrili hormon, ki sodeluje pri nastanku lakote in poveča apetit. Imenuje se grelin, ki je poznan tudi pod imenom hormon lakote. Gen, ki kodira transkripcijo grelina, je sestavljen iz 117 aminokislin in se ob aktivaciji razcepi na 5 manjših podenot, med katerimi sta najpomembnejša grelin in obestatin. Grelin je sprva neaktiven hormon, sestavljen iz 28 aminokislin. Po esterifikaciji na serinu (Ser3) postane aktiven. Sprosti se v kri in po krvi potuje do hipofize v možganih, kjer se nahajajo grelinski receptorji, imenovani GHRS-1a receptorji. Natančna vezava grelina na receptor zaenkrat še ni znana. Grelin ni edini hormon, ki vpliva na to, kdaj nas bo zajela želja po hranjenju in kdaj nas bo minila. V telesu imamo več kot 40 snovi, ki spodbujajo in zavirajo občutek lakote. Odkritje grelina in raziskovanje njegove vloge v človeškem metabolizmu je odprlo vrata številnim raziskavam in študijam na področju debelosti in motenj, ki so povezane s prehranjevanjem. Hormon grelin je povezan z različnimi obolenji kot so anoreksija, kahesija, SW sindrom in na koncu tudi prekomerna telesna teža, vendar se njegova funkcija od bolezni do bolezni spreminja.<br /> <br /> == Andreja Bratovš: Bolečina in njen receptor - TRPA1 ==<br /> <br /> Ko začutimo bolečino, je to ponavadi znak, da lahko pride ali pa je že prišlo do poškodbe na ali v našem telesu – opozorilo za nas, naj ukrepamo. V zaznavanje bolečine je vpletenih veliko zapletenih mehanizmov, eno zanimivejših odkritij pa je gotovo receptor TRPA1. TRPA1 je receptorski ionski kanalček, prepusten za različne katione. Aktivirajo ga različni dražljaji: nizka temperatura, oksidativni stres in različne dražilne snovi. Med kemijskimi aktivatorji so zanimivi predvsem: alil izotiocianat (snov, ki daje pekoč okus gorčici, hrenu in wasabiju), alicin (spojina iz česna) ter akrolein (sestavina solzivca). Zanimivo je, da aktivacija TRPA1 poteka preko kovalentne vezave liganda na receptor.<br /> TRPA1 se nahaja v nociceptorjih – to so prosti živčni končiči, ki zaznavajo bolečino – njegova funkcija pa je zaznavanje bolečine, ki jo povzročijo prej navedeni dražljaji. Udeležen je tudi pri občutenju bolečine pri vnetju tkiva, kjer deluje v povezavi z bradikininom – mediatorjem vnetja.<br /> TRPA1 in tudi drugi TRP kanalčki so zanimive tarče za nove vrste analgetikov. Cilj novih zdravil je delovanje le na začetek poti prenosa bolečine in ne centralno na ves živčni sistem, kot je značilno za dosedanja zdravila proti bolečinam. Tako delovanje bi namreč zmanjšalo stranske učinke pri jemanju analgetikov, kot so na primer omotičnost in zaspanost.<br /> <br /> == Jernej Mustar: Na+ kanalček Nav1.7 in bolečina ==<br /> <br /> Prva asociacija ob besedi bolečina pri nobenem ob nas ni pozitivna. Toda če malo bolj razmislimo, kaj bi bilo brez nje, kmalu pridemo do spoznanj, ki so v nasprotju z prvo asociacijo. Bolečina ima več prednosti kot slabosti v našem življenju, je namreč izjemnega pomena za naše preživetje. Obstajajo ljudje, ki jim je pred tem globalno negativnim občutkom prizanešeno. Bolj konkretno, gre za točkovno &quot;nonsense&quot; mutacijo na genu SCN9A, ki povzroči nepravilno izražanje alfa podenote tipa 9 Nav1.7 proteina. Ta podenota je ključna komponenta, ki skupaj z beta podenotami sestavlja natrijev kanalček Nav1.7. Slednji je v večji količini izražen v perifernem živčevju in igra pomembno vlogo pri čutenju bolečine. <br /> Za boljše poznavanje Nav1.7 so raziskovanje začeli na miših. Uporabili so tako imenovano &quot;knock-out&quot; metodo, s katero izbijejo določen gen in opazujejo posledice. Če so izbili gena SCN9A na obeh alelih (homozigoti), je to rezultiralo v poginu mišk takoj po skotitvi. Pri heterozigotih, kjer je bil odstranjen samo gen na enem alelu, do pogina ni prišlo, a je bilo opaženo zmanjšeno dojemanje bolečine. Zanimivo je dejstvo, da miške ob globalnem pomanjkanju Nav1.7 takoj poginejo, ljudje pa so popolnoma normalni, če odmislimo nesposobnost čutenja bolečine. Razlago za to najdete v moji seminarski, poleg tega pa so predstavljena tudi še druge mutacije Nav1.7 pri ljudjeh, ki rezultirajo v povečani aktivnosti le tega in posledično ojačenem čutenju bolečine.<br /> <br /> == Ines Kerin: Royalactin ==<br /> <br /> Čebele so znane po svoji pridnosti in usklajenemu delovanju v skupnosti. Da je to delovanje res usklajeno, si morajo med seboj razdeliti naloge. To jim omogoča protein, ki ga imenujemo royalactin.<br /> Čebele se delijo v dve skupini, na matice, katerih naloga je razmnoževanje, in čebele delavke, ki nabirajo pelod, stražijo in skrbijo za razvoj ličink. Takemu pojavu pravimo dimorfizem, ki pa ni odvisen od genetske raznolikosti, temveč od načina prehrane. Čebele delavke namreč izločajo matični mleček, ki vsebuje royalactin, odgovoren za diferenciacijo ličinke v matico. Je monomerni protein iz družine MRJP's (major royal jelly proteins), in sicer MRJP1. Odkril ga je japonski biotehnološki raziskovalec Masaki Kamakura, ko je proučeval vsebnost proteinov v matičnem mlečku. Izvedel je preproste eksperimente, ki so temeljili predvsem na obstojnosti različnih proteinov v matičnem mlečku, hranjenem pri 40°C 7, 14, 21 in 30 dni. Z njimi je dokazal, da je royalactin tisti protein, ki vpliva na pospešeno rast in razvoj matic. <br /> Royalactin ima delovanje podobno rastnim faktorjem. Veže se direktno ali nedirektno (preko liganda) na EGFR (epidermal growth factor receptor) in tako vpliva na potek 3 različnih poti. Ena pot poteka preko PI3K/TOR/S6K poti, kjer se sprošča sekundarni prenašalec (zaenkrat še neznan), ki vpliva na pospešeno rast. Druga pot poteka preko Ras/Raf/MAPK poti, vpliva na endokrini žlezi, da sproščata ekdisone, ki vplivajo na krajši razvojni čas. Tretja pot še ni povsem raziskana. Kaskada reakcij, ki zaenkrat še ni znana, vpliva na žlezo na dnu možganov (Corpus allata), da izloča juvenilne hormone. Ti spodbudijo yolk protein, da vpliva na razvoj spolnih žlez. <br /> Podatkov o royalactinu danes še ni veliko, saj je tema novejša in potekajo še nadaljnje raziskave.<br /> <br /> <br /> == Urška Navodnik: Laktaza ==<br /> <br /> Laktozno intoleranco so diagnosticirali in poznali že mnogo let nazaj. Je bolezensko stanje, kjer osebek ne more presnavljati laktaze. Laktaza je encim, nujno potreben za razgradnjo disaharida laktoze. Razgradnje se zgodi v tankem črevesju. Obsežnost laktozne intolerance se razlikuje po populacijah, predvsem iz razloga, da večina ljudstev ne pozna tradicionalnega kmetijstva oz. ga pozna v zelo majhni meri. Taka ljudstva so Afričani, J Američani itd. Razvila se je genska raznolikost – kar nam pove da se genski set Afričana razlikuje od S Američana ali Evropejca. Le – ti lahko v večini presnavljajo laktozo. Obstaja tudi oblika, ki ni pogojena gensko ampak z bolezenskim stanjem na tankem črevesju. Bolezen je smrtno nevarna samo, če ima dojenček prirojeno laktozno intoleranco (dogaja se predvsem na Finskem). Pri zaužitju laktoze lahko bolnik s to boleznijo občuti bolečine v trebuhu, slabost, drisko …. Dandanes obstajajo nadomestki oz. hrana z odvzeto laktozo(od mleka, jogurtov, sira …). Obstaja tudi laktaza v kapsulah. Le – ta je lahko odličen nadomestek naše laktaze. Ob dodatku laktaze (ki je proizvedena s pomočjo kvasovk) lahko človek z laktozno intoleranco zaužije katerokoli živilo, ki vsebuje laktozo. Gene za presnavljanje laktozne intolerance dobimo od svojih staršev. Vendar pa se v raziskavah kažejo ugotovitve, da na aktivnost laktaze vplivajo tudi drugi dejavniki.<br /> <br /> <br /> == Alja Zottel: Sleepless protein in regulacija spanja ==<br /> <br /> Spanje predstavlja pomemben del našega življenja in je za naš organizem nujno potreben. Znanstveniki sicer ne vedo natančno čemu, ve pa se, da spanje pozitivno vpliva na imunski sistem, spomin.... Med spanjem se poveča plastičnost možganov- ohranijo se tiste sinapse, ki so pomembne, odvečne pa se eliminirajo. Posledic pomanjkanja spanja je kar nekaj: duševne motnje, nastanek sladkorne in kardiovaskularnih bolezni, zmanjšana sposobnost spomina itd. Celotno spanje je regulirano homeostatsko in cirkadijsko. Cirkadijko se regulira čas spanja in bedenja glede na svetlobo, medtem ko se homeostatsko regulirajo vsebina spanja, dolžina in potreba po spanju, ko spimo premalo. Eden izmed mehanizmov homeostatske regulacije je tudi shaker-sleepless interakcija. Shaker protein je ionski kanalček za kalijeve ione in zmanjša vzdražljivost določenih nevronov. Protein za svoje delovanje potrebuje še sleepless protein s katerim verjetno tvori kompleks. Sleepless protein pospeši aktivnost shaker proteina in ga ustrezno lokalizira. Ti mehanizmi še niso natančno pojasnjeni. Moteno delovanje shaker proteina povzroči ekstremno zmanjšano dolžino spanca brez večjih fizioloških in psiholoških posledic. Do nepravilnega delovanja lahko pride zaradi mutacije shaker ali sleepless gena. Če bi nam uspelo te mutacije izvesti na ljudeh, bi to pomenilo, da bi lahko spali zelo malo, ampak bi se vseeno počutili spočiti. Dejstvo je, da bi s tem trajno ozdravili nespečnost in povečali našo učinkovitost. Vseeno obstajajo etični pomisleki, zakaj natančno bi želeli to storiti in kakšen vpliv bi to imelo na naše življenje in življenje drugih.<br /> <br /> == Alenka Mikuž: ZP3 (Zona pellucida sperm-binding protein 3) in njegova vloga pri oploditvi jajčeca ==<br /> <br /> Oploditev je dogodek, ki poteka v skoraj vseh večceličnih organizmih in je temeljnega pomena za ohranjanje življenja. Uspešna oploditev pri sesalcih, ki poteka v več korakih, pomeni združitev spermija in jajčeca. Oploditev pravzaprav niti ni tako enostaven proces. Spermij mora najprej dozoreti in se uspešno vezati na jajčece. Vezava poteka preko glikoproteina ZP3 v matriksu ''Zona Pellucida'', ki obdaja neoplojeno jajčece. Uspe le enemu spermiju, saj se takoj po oploditvi zgodi modifikacija glikoproteinov v ''Zona Pellucida'' in vezava ni več mogoča. ZP3 je glikoprotein sestavljen iz dveh anitiparalelno orientiranih homodimernih enot, ki ju gradijo 4 domene, ZP-C1, ZP-C2, ZP-N1 in ZP-N2. Znotraj ZP-C sta tudi hidrofobni EHP in IHP. ZP3 spada v družino proteinov z ZP domeno kamor spadajo tudi glikoproteini ZP1, ZP2 in ZP4, ki prav tako gradijo ''Zona Pellucida'' in/ali sodelujejo pri vezavi spermija. Vendar pa naj bi bil prav ZP3 ključen za uspešno vezavo. Zaradi te lastnosti so začeli razvijati kontracepcijsko cepivo. S protitelesi nastrojenimi proti ZP3 se prepreči vezava spermija na jajčece in oploditev ni možna. Nov način kontracepcije bi lahko uporabili pri nadzoru populacije živali, ki je od današnjih načinov bolj prijazna do živali.<br /> <br /> == Jana Verbančič: A balanced mind, RGS14 in sinaptična plastičnost ==<br /> <br /> RGS14 je protein, ki sodi v skupino regulatorjev signalizacije G proteinov, kar pomeni, da uravnava njihovo aktivnost. To je zelo pomembno, saj se katerakoli signalizacija more čez nekaj časa prekiniti, če ne lahko pride do različnih bolezenskih stanj. RGS14 so našli predvsem v CA2 piramidalnih nevronih hipokampusa, kar je nakazovalo na njegov vpliv v zvezi s prostorskim spominom in spominom prepoznavanja različnih objektov. V različnih poskusih so enim miškam odvzeli gen RGS14, drugi skupini pa so povečali njegovo izražanje v delu vizualnega korteksa. V prvem primeru sinaptična plastičnost ni bila več tako zavrta kot pred odvzemom gena RGS14 in miške so si lahko zapomnile več. Spremembe so bile opazne predvsem v povečani prostorski orientaciji brez opaznih stranskih učinkov. V drugem primeru je povečana ekspresija v vizualnem korteksu hkrati povečala tudi pretvorbo kratkoročnega v dolgoročni spomin, tako da so si miške neko določeno informacijo zapomnile za veliko daljši čas. RGS14 bi tako lahko bil ključen protein pri zdravljenju določenih bolezni povezanih z izgubo spomina (demenca, Alzheimerjeva bolezen itd.), a do tega je še dolga pot. Problem leži predvsem v tem, da v ljudeh RGS14 verjetno vpliva na še veliko drugih signalnih poti in bi bilo možno, da bi z delecijo genov dosegli morebitne neželene učinke.<br /> <br /> == Maja Grdadolnik: Ear of Stone; Otopetrin 1 in regulacija kalcija pri sintezi statokonijev ==<br /> <br /> Ravnotežje je ključen dejavnik našega življenja. Pogled na svet, stanje na realnih tleh in celo zaznavanje gravitacije je odvisno od majhnih kristalnih zrnc, ki se nahajajo v skritem delu notranjega ušesa. Gre za statokonije, tvorbe iz kristalov in proteinov, ki skupaj z dlačicami zaznavajo vsakršne premike, in nato signale prenesejo preko živcev, ki so povezane z dlačicami. Sinteza statokonijev je odvisna od proteina Otopetrina 1. Gre za transmembranski protein z 12imi transmembranskimi domenami, ki so se skozi evolucijo vretenčarjev dodobra ohranile. Prav zaradi majhnih sprememb v sestavi predvidevajo, da gre za funkcionalne enote proteina. Aktivno mesto proteina žal še ni raziskano. Otopetrin 1 je pomemben regulator Ca2+ ionov v celico, ki so osnova za tvorjenje statokonijev. Inhibira delovanje P2Y receptorjev, ki praznijo znotrajcelične zaloge Ca2+ ionov, hkrati pa je sprožilec odprtja kationskih kanalčkov, ki jim pravimo tudi P2X receptorji. Zadostna količina zunajcelične koncentracije Ca2+ ionov je ključnega pomena za aktivacijo Otop1 in hkrati uspešno sintezo statokonijev. Napake in nepravilne tvorbe statokonijev znanstveniki že raziskujejo, saj jim poskus z morskimi prašički in njihovo uspešno regeneracijo statokonijev daje zagon za raziskovanje človeških statokonijev.<br /> <br /> == Špela Pohleven: The making of crooked- Spastin ==<br /> <br /> Spastin spada v družino AAA proteinov (ATPases associated with diverse cellular activities). Kot mnogi proteini iz te družine, je tudi spastin aktiven v obliki oligomera, in sicer homoheksamera. Nahaja se tako v jedru kot v citoplazmi celic. Vloga v jedru še ni znana, v citoplazmi pa ima pomembno vlogo v dinamiki mikrotubulov. S tem ima vpliv na mnoge procese, kot so npr. mitoza, citokineza in znotrajcelični transport. V sklopu te vloge ima dve nasprotujoči si funkciji, in sicer omogoča vezavo tubulina v mikrotubule (brez ATPazne aktivnosti) in hkrati razbija to strukturo nazaj v tubulin (ATPazna aktivnost). Druga pomembna naloga spastina je sodelovanje pri transportu snovi v posamezne kompartmente celice. Pri tem je znana vezava s proteinom CHMP1B, povezanim z ESCRT-III kompleksom, ki ima vlogo razporejanja snovi v ustrezne predele celic. Predvidevajo, da ima spastin tudi druge vloge, vendar do sedaj še niso znane. Raziskave so nujne tudi na področju njegove strukture, ki še ni razjasnjena, ter seveda na področju mehanizma bolezni dedne spastične paraplegije. Ta ima mnogo oblik, ampak je večina primerov posledica mutacije spastina. Kaže se v spastičnosti, oslabelosti spodnjih udov, motnjah vibracije na spodnjih udih, nevrogenem mehurju, kognitivnih motnjah, bolečinah v križu…Zdravljenje je simptomatsko.<br /> <br /> == Andrej Vrankar: The things we forget ==<br /> <br /> PP1 je protein, ki igra zelo pomembno vlogo pri številnih procesih v našem telesu. Njegovo vlogo so najprej odkrili pri regulaciji metabolizma glikogena, nato pa so odkrili še njegov pomemben vpliv na krčenje mišic, celično delitev, sintezo proteinov in na zadnje še njegovo vlogo pri ionski prevodnosti in trajni deformaciji sinaps imenovani sinaptična plastičnost, ki je osrednja tema te seminarske naloge. Kako nastaja spomin in kaj vpliva na to kaj si zapomnimo in zakaj pozabljamo so bila dolga leta vprašanja tako psihologov, kot tudi drugih znanstvenikov. Seveda smo še zelo daleč od pravega poznavanja vseh procesov, ki se dogajajo v našem najkompleksnejšem delu telesa, to je v možganih. Nedavna odkritja pa kažejo, da memoriziranje temelji na različni ekspresiji genov, kar privede do sinteze proteinov, ki bodo za vedno spremenili velikost, obliko in očutljivost sinapse. Kot sem že omenil, zelo pomembno vlogo v tem procesu pripisujejo proteinu PP1, za katerega so ugotovili da upliva na to kaj, koliko in za koliko časa si bomo zapomnili ter tudi na brisanje spominov, ki jih ne uporabljamo pogosto oziroma se zdijo našim možganom nepomembni. V raziskavah so znanstveniki ugotovili, da je pri miših enako kot pri ljudeh in sicer, da se učijo bolje če je učenje razdeljeno na več intervalov s 15 minutami premora, kot če opravijo enako število enako dolgih intervalov s 5 minutami premora med intervali in seveda če med učenjem sploh ni nobenega premora. Najpomembnejše dognanje pa je, da če mišim med učenjem inhibiramo delovanje PP1 pa je učenje brez premorov enako efektivno kot učenje z dolgimi premori med intervali. To nakazuje na pomembno funkcijo tega proteina pri formiranju spomina.<br /> <br /> == Teja Banič: Cool news ==<br /> Ribe, ki živijo na območju Antarktike se ne morejo izogniti požiranju ledenih delcev, zato imajo v krvnem obtoku protitzmrzovalne proteine, ki se tvorijo v trebušni slinavki ter želodcu, nato pa preko tankega črevesa preidejo v kri. Protizmrzovalni proteini organizem ščitijo pred zamrznitvijo ter mu omogočajo življenje v razmerah z nizkimi temperaturami, brez da bi se pri tem poškodovalo ali celo uničilo tkivo. <br /> Ločimo štiri različne molekule proti zmrzovanju in sicer AFP I, AFP II, AFP III in AFGP. Vse štiri molekule vsebujejo protein proti zmrzovanju, ki je sestavljen iz ponavljajočega trojčka (Alanin-Alanin-Treonin) in disaharida, kateri je pritrjen na hidroksilne skupine treoninskih ostankov. Vsi tipi protizmrzovalnih proteinov kljub velikim strukturnim razlikam delujejo na enak način. Njihova naloga je, da se vežejo na prizmo del kristala ledu in s tem zavirajo njegovo rast. <br /> Najbolj pogost in raziskan je AFP I, ki ga razpoznamo po α-vijačnici, zanj pa je značilna tudi amfifilnost in to, da se na kristale veže prednostno, kar je posledica interakcij med vijačnico in vodnimi molekulami v mreži ledu. <br /> Protizmrzovalne proteine so opisali tudi pri različnih družinah žuželk, za katere je znano le to, da so bogati s cisteinom. Srečamo jih tudi pri rastlinah, zato že v veliki meri potekajo raziskave na področju genskega spreminjanja rastlin, saj naj bi imele rastline s protizmrzovalnimi proteini poleg odpornosti na mraz tudi daljšo obstojnost in boljšo učinkovitost <br /> Pomembno vlogo imajo tudi v svetu medicine, saj številne raziskave potekajo na področju shranjevanja človeških celic, tkiv in organov z zamrzovanjem.<br /> <br /> == Karmen Hrovat: The thread of life ==<br /> S staranjem se telo počasi izčrpa in v obdobju starosti je tako podvrženo k večjemu tveganju nastanka kroničnih bolezni kot so ateroskleroza in osteoporoza. Znanstveniki so pred leti odkrili protein Klotho in ga razglasili za potencialnega represorja staranja. Klotho se nahaja v ledvicah, možganih, srcu in obščitničnih žlezah. Sestavljajo ga tri domene: zunajcelična, transmembranska in znotrajcelična. Zunajcelična domena se lahko sprosti v kri, kjer opravlja svoje funkcije.Torej Klotho lahko obstaja v dveh oblikah, vezani v membrano ali prosti. Membranski Klotho z receptorji fibroblastnega rastnega faktorja- 23 tvori kompleks, ki omogoči specifično vezavo FGF23. Spoznali so da, FGF23 posredno skupaj s hormonoma PTH in kalcitriolom vpliva na regulacijo fosforja v krvi. Brez Klotha pa le ta ni sposoben opravljati svoje funkcije. Motnje vseh treh hormonov se izražajo tudi v kroničnih boleznih ledvic. &quot;Prosti&quot; Klotho vpliva na mnoge procese. Lahko deluje kot supresor različnih ionskih kanalčkov, številni rastnih faktorjev. Mednje uvrščamo tudi inzulin in Wnt signalizacije. Domnevajo, da Klotho inhibira inzulin, vendar stvari še niso prišli do dna. Klotho prav tako posredno vpliva na oksidativni stres in ga zmanjšuje. Vsi procesi na katere vpliva Klotho so na nek način povezani s staranjem in tako Klotho s svojo dejavnostjo omiljuje proces staranja, kar so dodatno potrdili s poskusom v katerem se je življenjska doba mišk podaljšalo celo za tretjino. Ne dolgo nazaj so odkrili še dva proteina, ki sta sorodna Klothu. Njuna zgradba naj bi bila zelo podobna Klothu, oba po prisostvujeta pri reguliranju določenih fibroblastnih rastnih faktorjev.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2011&diff=6558 2011-12-07T19:28:14Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>== Ula Štok: Neuregulin 1 ==<br /> <br /> Neuregulin-1 je član proteinov iz družine neuregulinov in je kodiran s strani gena NRG1. Obstaja veliko tipov Neuregulina-1, ki se razlikujejo po funkcionalnosti ter mestu v telesu na katerem delujejo. Najpogosteje delujejo v živčnem sistemu, kjer lahko z nepravilnim delovanjem med drugimi povzročajo tudi zelo razširjeno bolezen - shizofrenijo. Delujejo pa tudi na ostalih tkivih in organih (na primer: srce, pljuča, oprsje in želodec). Generalno obstajata dve poti signaliziranja Neuregulina-1, in sicer: Običajna ter neobičajna pot. Pri običajni poti je ErbB receptor aktiviran direktno, v enem koraku z vezavo Neuregulina-1. To najpogosteje povzroči dimerizacijo ali heterodimerizacijo ErbB receptorja. Dimerizacija ali heterodimerizacija sicer nista nujno potrebni, a vendar do njiju pride na skoraj vseh receptorjih ErbB. Ta združitev povzroči avto- in trans-fosforilacijo intracelularnih domen tega receptorja, kar aktivira vse nadaljnje poti signaliziranja. V končni fazi pa NRG1/ErbB signaliziranje vpliva direktno na transkripcijo. Pri neobičajni poti je postopek podoben, a vendar poteka začetna stopnja malo drugače. Na začetku namreč sodeluje JMa oblika receptorja ErbB4, ki se pod vplivom TACE cepi. Del receptorja (ErbB4-CTF) se odcepi v notranjost celice. Ta peptid je velik približno 80 kD in ima specifično izoblikovano vezavno mesto za Neuregulin-1. Nadaljnji procesi pa potekajo zelo podobno kot pri običajni signalni poti. Neuregulin-1 lahko povzroča shizofrenijo na različne načine, saj sodeluje pri zelo pomembnih procesih, kot so: tvorba sinaps, mielinizacija aksonov, razvoj oligodendrocit itd. Shizofrenija je zelo razširjena bolezen in nihče še ni odkril direktnega postopka k popolni odpravi te bolezni. A vendar, v letu 2009 se je zgodila neke vrste prelomnica v študiju shizofrenije. Odkrili so namreč, da posamezniki, ki so imeli gen za shizofrenijo niso zboleli. Še več! Napaka se jim je odrazila kot zvišanje kreativnih sposobnosti na znanstvenem ali umetniškem področju, odvisno od posameznika. Ob tem se je pojavilo mnogo vprašanj, saj bi na ta način mogoče lahko poiskali pot, da bi shizofrenija postala popolnoma ozdravljiva. A vendar, je to področje še raziskano, saj znanstveniki ne vedo po kakšnih poteh pride do tega, da te mutacije na NRG1 genu ne izrazijo v bolezenskem stanju.<br /> <br /> == Maša Mirković: Proteinski produkti genov za disleksijo in z disleksijo povezane motnje ==<br /> <br /> Disleksija je motnja, ki se kaže v nesposobnosti branja oziroma razumevanja prebranega, ter napakah in težavah pri izgovarjanju besed. Disleksiki,kot imenujemo posameznike, ki trpijo za disleksijo, imajo kljub normalnim intelektualnim sposobnostim, znanjem in izobrazbo, moteni veščini pisanja in branja s tendenco, da pomešajo med seboj črke ali besede med branjem ali pisanjem. V zadnjih letih, so uspeli ugotoviti mesta na kromosomih, povezana z dovzetnostjo za disleksijo. DYX1C1,KIAA0319,DCDC2 in ROBO1, so bili označeni kot kandidati, z dovzetnostjo za disleksijo. Najbolj obetaven je protein KIAA0319. Je transmembranski protein iz desetih transmembranskih vijačnic, najden v plazemski membrani nevronov. Njegov C-terminalni konec gleda v ekstracelularni matriks, manjši N-terminalni konec pa prehaja v citoplazmo nevrona. C-terminalni konec je visoko glikoziliran in nosi 5 PKD(polycystyc kidney desease) domene in eno MANEC(motif at the N terminus with eight cysteines) domeno. KIAA0319 igra vlogo pri rasti možganov in njihovi migraciji med razvojem možganov-iz tega je razvidno, da je disleksija problem v razvoju nevronov že v zgodnjih letih. Posamezniki z disleksijo nosijo izoobliko tega proteina, ki povzroči nižjo izraženost le tega. Spremembe so v 5'-regiji, ki kodira izoobliko proteina. Najopaznejše povezave z disleksijo se kažejo v 2,3 kb regiji, ki zavzema promotor, prvi nepreveden ekson in del prvega introna – odprti kromatin. Te ugotovitve vodijo, da je 5'-regija KIAA0319 gena tista lokacija alelov, ki največ prispeva k motnji branja.<br /> <br /> == Katra Koman: INZULIN ==<br /> <br /> Inzulin je peptidni hormon, ki sodeluje v uravnavanju ravni glukoze v krvi. Sintetizira in skladišči se v β-celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke. Sinteza poteka od prekurzorske molekule preproinzulina preko proinzulina do dokončne zrele molekule inzulina, ki se shrani v skladiščnih veziklih. Ob povišanju ravni glukoze v krvi, na primer po obroku, glukoza, ki je tudi glavni stimulator sekrecije inzulina, iz krvi preide v β-celice skozi GLUT2 transporter. Tam se fosforilira v glukozo-6-fosfat, saj tako fosforilirana ne more več iz celice, lahko pa vstopi v proces glikolize, ki mu sledita še Krebsov cikel in oksidativna fosforilacija, ki povzroči pretvorbo ADP v ATP molekule. ATP molekula stimulira zaprtje kalijevih kanalčkov, kar privede do depolarizacije celične membrane, to pa sproži na odprtje kalcijevih kanalčkov in vdor Ca2+ ionov. Povišana koncentracija kalcijevih Ca2+ ionov v celici stimulira prenos in zlitje skladiščnih veziklov z inzulinom z membrano. Inzulin se tako sprosti v krvni obtok in potuje do tarčnih celic, ki imajo na površini izražene inzulinske receptorje. Ko se veže nanj, prenese signal o povišanju ravni glukoze v krvi v celico. To povzroči kaskado reakcij znotraj celice, ki pa na koncu privedejo do translokacije veziklov z GLUT4 transporterjev na površino celice. Število teh transporterjev za glukozo se na površini celične membrane poveča in glukoza lahko prehaja v celico, posledično pa pade raven glukoze v krvi. Razgradnja inzulina poteka v jetrih in ledvicah. Okvare na katerikoli stopnji poti inzulina se odražajo v diabetesu ali drugih boleznih.<br /> <br /> == Rok Štemberger: Protein GABAA (gama aminomaslena kislina A) - zgradba, vloga in zanimivosti ==<br /> <br /> V svoji seminarski nalogi sem raziskoval vlogo, pomen in zanimivosti proteina GABAA (gama-aminomaslena kislina A). To je receptor, ki se nahaja predvsem v centralnem živčnem sistemu in je zadolžen zato, da opravlja funkcijo inhibitorja. Lociran je na površini nevrotičnih sinaps in prekinja elektrokemični signal, tako da omogoči prehod kloridnih ionov znotraj celice. To se zgodi takrat ko se ustrezen ligand Gama veže na aktivno mesto tega receptorja. Konformacija podenot se spremeni in to omogoči aktivacijo receptorja. Znanstveniki so ugotovili, da obstaja več vrst GABAA receptorjev, kar pa je odvisno od sestave podenot. Najbolj pogoste podenote so alfa beta in gama v razmerju 2:2:1. V primeru da do prekinitve ne pride se lahko pojavijo epileptični napadi, psihiatrične motnje itd. Stres lahko v dobi odraščanja močno vpliva na GABAA receptorje in jih tudi permanentno strukturno spremeni, kar pa lahko kasneje v našem življenju vpliva predvsem na naš spanec in njegovo kvaliteto. Absint je bila v preteklosti prepovedana pijača, saj je povzročala razna obolenja zaradi substance imenovane tujon. Le ta se je vezala na GABAA receptorje in tako onemogočila njegovo delovanje, zato ker je preprečevala prehod kloridnih ionov v membrano. Sedaj potekajo raziskave teh receptorjev, saj je ključnega pomena čim boljša ozdravitev bolezni, ki nastanejo zaradi nepravilnega delovanja GABAA receptorja.<br /> <br /> == Veronika Jarc: Perforin ==<br /> <br /> Perforin je protein, ki nastane iz citotoksičnih limfocitov T. S pomočjo grancimov napade tarčno celico in jo uniči. Rečemo lahko, da je pomemben člen pri imunskem odzivu in sodeluje s NK celicami. Sestavljen je iz 555 aminokislin, njegova molekulska masa pa je 62-67 kD. Sestavljen je iz dveh pomembnih domen, domene MACPF in domene C2. Za domeno C2 je značilno, da ima afiniteto do Ca2+ ionov. Saj se na lipidni dvosloj veže le ob prisotnosti kalcija. Drugače obstajata dva različna tipa C2 domene, ki sta bila izolirana iz različnih organizmov. Lahko rečemo, da sta oba tipa zelo podobna v tem, da sta pri tipu 1 N-konec in C-konec obrnjena na vrh domene, kar je nasprotno kot pri tipu 2. Poznamo tri MACPF domene: Plu-MACPF, C8a MACPF in lipokalin C8g. Vse te domene primerjamo z skupino proteinov citolizinov in ugotovimo nekaj podobnosti in nekaj razlik. Na splošno, pa lahko rečemo, da je evolucija poskrbela tako, da so sta si domena MACPF in citolizini raszlični le v nekaj aminokislinah. Poznamo tri mehanizme kako perforin preide v tarčno celico in pri tem pomaga gramcimom B uničit to celico. Prvi mehanizem je prehajanje preko perforinske pore in sicer s pomočjo veziklov preide v celico. Naslednji mehanizem je endosomolitični model, pri katerem je pomemben kompleks s pomočjo katerega prehaja v celico. Kot zadnji mehanizem pa je model prehodne perforinske pore, ki pove, da perforin tvori kanalčke s pomočjo katerih grancimi B preidejo direktno v celico. Grancimi B so serinske proteaze, ki se sintetizirajo v citotoksičnih limfocitih T in NK celicah.<br /> <br /> == Taja Karner: Glavoboli in migrene ==<br /> <br /> Zaradi stresnega in hitrega tempa življenja, vse več ljudi trpi za občasnimi glavoboli, ki so najpogosteje posledica utrujenosti. Prav tako je vedno več ljudi, ki trpijo za močnejšimi oblikami glavobolov imenovanih migrene. V hujših oblikah migrene lahko glavobol traja do dva dni, močno migreno lahko spremljajo še drugi simptomi kot so slabost, bruhanje, občutljivost na svetlobo in močan zvok, depresija ter nespečnost. Mutacija, ki je največji krivec za nastanek bolezni se pojavlja na kromosomu 10 na genu KCNK18. Ta zapisuje protein TRESK, ki se nahaja v hrbtenjači in deluje kot kalijev kanalček. Mutacija povzroči, da ne pride do izmenjavanja ionov, kar povzroči hude glavobole. V raziskavah so odkrili zanimivo povezavo z anestetikom. Ta namreč ne glede na mutacijo ponovno aktivira kanal. To bi lahko učinkovito pozdravilo migrene, če bi ga le uspeli spraviti v primerno obliko. Ugotovili so tudi, da zdravila, ki vsebujejo citosporin in takrolimus v večini primerov povzročajo migrene v zdravstvu pa jih še vseeno pogosto uporabljajo. Odkritje te mutacije predstavlja revolucijo v zdravstvu in verjamem, da bo kmalu vodilo do odkritja učinkovitega zdravila proti migrenam.<br /> <br /> == Ana Dolinar: Univerzalna kri – prihodnost transfuzijske medicine? ==<br /> <br /> α-galaktozidaza (AGAL_HUMAN) je glikozil-hidrolazni encim. Spada v GH27-D (klan D, 27. družina) in ima aktivno mesto v obliki (β/α)8 sodčka. Encim zapisuje gen GLA, ki se nahaja na kromosomu X. <br /> <br /> Ideja o univerzalni krvi, ki bi bila primerna za transfuzijo, ne glede na krvno skupino pacienta, je med znanstveniki prisotna že približno trideset let. <br /> Razvili so tri metode za pretvorbo različnih antigenov v antigen 0 (po sistemu AB0), ki je primeren za transfuzijo v vse krvne skupine.<br /> :#Encimska razgradnja antigenov A in B do antigena 0. Za antigene A so uporabili α-N-acetilgalaktozaminidazo, vendar so antigeni preveč kompleksni in metoda ni bila uspešna. Pri antigenih B so dosegli popolno pretvorbo v antigen 0 z uporabo α-galaktozidaze iz bakterije ''Streptomyces griseoplanus''.<br /> :#Prekrivanje površine eritrocitov z maleimidofenil-polietilen-glikolom (Mal-Phe-PEG). Prekrije vse antigene, ne samo A ali B, vendar metoda ni uspešna, ker polietilen-glikol povzroča imunski odziv.<br /> :#Pridobivanje univerzalnih rdečih krvnih celic iz pluripotentnih matičnih celic. Uspeli so pridobiti zrele eritrocite, ki so popolnoma funkcionalni.<br /> Uporaba univerzalne krvi bi zmanjšala ali celo izničila imunski odziv ob transfuziji, prav tako ne bi bilo možnosti za transfuzijo napačne krvne skupne zaradi človeške napake. Metode trenutno niso dovolj izpopolnjene, da bi bilo možno pričakovati njeno uporabo v bližnji prihodnosti.<br /> <br /> == Maša Mohar: Moški ali ženska to je sedaj vprašanje?(SRY - faktor za določitev spola) ==<br /> <br /> SRY gen kodira Sry protein ki je član družine Sox (Sry related HMG box) transkripcijskih faktorjev. Poznamo jih okoli 20 pri človeku in miškah ter še mnogo drugih. Sox proteini imajo zelo različne vloge v embriogenezi in pri razvoju mnogih drugih organov. Tipično delujejo tako kot nekakšna stikala v diferenciaciji celic- sprožijo razvoj določenih celic. Sry je prav tako kot ostali člani te družine karakteriziran po HMG( high mobility group). HMG je drugače skupina specifičnih transkripcijskih faktorjev, ki imajo ~ 80 AK dolge strukturalno podobne domene za vezavo na DNA. Te domene oz. domena če je samo ena se veže na zaporedje (A/T)ACAA(T/A) v majhni žleb DNA. S tem ustvari zvitje DNA za približno 60- 85 stopinj. S tem ko se DNA zvije se razkrijejo mesta za izražanje drugih genov, recimo Sox9, ki kodira Sox9 protein ki pomaga pri diferenciaciji Sertoli celic in tako pri oblikovanju testisov, s tem pa determinira moški spol. Ugotovili smo tudi da obstaja veliko genskih bolezni povezanih s Sry genom in da lahko obstaja tudi ženska z XY spolnima kromosomoma, ker se pri njej zaradi mutacij Sry protein ne izrazi, prav tako pa obstajajo tudi moški z XX spolnima koromosomoma, kjer se enem od X kromosomov lahko izrazi SRY gen ob nepravilnostih pri očetovem delu zapisa. V bistvu sem prišla do zaključka da je zelo tanka meja med moškim in ženskim oblikovanjem spola, ena majhna mutacija oz. ena majhna razlika lahko privede do nastanka ženske ali moškega.<br /> <br /> <br /> == Urška Rauter: A Green Glow: zgradba in funkcija encima luciferaze ==<br /> Luciferaza je encim odvisen od ATP in magnezijevih ionov. Proces bioluminiscence se začne z vezavo na substrat luciferin, tvori se adenilatni intermediat in ob prisotnosti molekularnega kisika izhaja svetloba. Luciferaza je zgrajena iz dveh ločenih domen, večja se nahaja na N-koncu in manjša na C-koncu molekule, večja domena pa ima tudi svoje poddomene. Domeni sta med seboj ločeni z razpoko, kjer naj bi se po domnevanjih nahajalo tudi aktivno mesto encima. Luciferaza predstavlja tudi nov način mehanizma tvorbe adenilatnega intermediata med encimi in ponuja razlago za marsikatero metabolično pot.<br /> Velika dilema, ki me med znanstveniki ostaja pa je razlika v barvi svetlobe, ki jo proces oksidacije luciferina emitira. Najverjetneje je za to odločilna keto tavtomerna oblika oksiluciferina in tudi resnonančna stabilizacija njegovega fenolatnega aniona, čeprav so znanstveniki odkrili tudi veliko drugih možnih vzrokov za različne barve (različne aminokisline, polarnost okolja, pH, ...).<br /> Luciferaza se veliko uporablja v medicini, kjer služi kot marker molekul v telesu in tako pripomore k boljšem razumevanju različnih bolezni in infekcij, kot tudi sami strukturi celic in njenih organelov.<br /> <br /> == Mirjam Kmetič: Mint condition (limonen-3-hidroksilaza in limonen-6-hidroksilaza) ==<br /> <br /> Klasasta meta vsebuje encim limonen-6-hidroksilazo, ki sodeluje pri pridobivanju karvona. Poprova meta pa vsebuje limonen-3-hidroksilazo, ki je udeležena pri proizvodnji mentola. Obe hidroksilazi pripadata družini citokromov P450, njeni predstavniki pomembno sodelujejo pri proizvajanju različnih oksidiranih monoterpenov, ki so vir arom eteričnih olj. Karvon in mentol sta končna produkta hidroksilacije limonena. Ta encima sta si zelo podobna in njuni vezavni mesti za substrat sta zelo omejeni. Velja pravilo, da za spremembo aktivnosti v družini citokromov P450 potrebujemo določeno število mutacij, vendar je za modifikacijo vezavne aktivnosti limonenovih hidroksilaz potrebna samo ena. Ta fenilalanin v izolevcin mutacija povzroči, da se limonen-6-hidroksilaza spremeni v limonen-3-hidroksilazo! Mutiran encim je tako sposoben sinteze mentola tako kot encim v poprovi meti! Taka mutacija kaže, da sta prav ti dve aminokislini ne le nujni, temveč tudi prav zagotovo vpleteni pri orientaciji limonena v aktivnem mestu tako, da se ta hidroksilizira na ali C3 ali C6 poziciji. Posamične mutacije, ki lahko drastično spremenijo funkcijo proteina, so znanstveno zanimive. Nakazujejo ne le na zelo specifične manjše regije v sekvenici proteina, temveč so tudi ključne za razumevanje področij, kot so vezava in orientacija substrata, funkcija encima, metabolična pot in struktura vezavnega mesta.<br /> <br /> == Sandi Botonjić: Kokain esteraza ==<br /> <br /> Znanstveniki so v rizosferi kokinih plantaž (Erythroxylum coca) našli sev MB1, gram pozitivne bakterije Rhodococcus sp.. Tej bakteriji kokain predstavlja glavni vir ogljika in dušika in zato so znanstveniki izolirali osrednji encim njenega metabolizma tj. kokain esterazo (v nadaljevanju cocE). Encim je sestavljen iz treh domen: DOM1, ki vsebuje nabor kanoničnih α-vijačnic in β-ploskev; DOM2 - domena le z α-vijačnicami; in DOM3 je roladi podobna struktura z β-ploskvami. CocE je serinska esteraza, katere aktivno mesto se nahaja na stičišču vseh treh domen. Ta hidrolizira kokain na ekgonil metil ester in benzojsko kislino, ki nimata psihoaktivnih učinkov. CocE je pravi Ferrari v primerjavi z drugimi esterazami, saj lahko razgradi enako količino kokaina 1000 krat hitreje. Tako lahko postane neprecenljiva pri nujnih intervencijah v primeru prevelikega odmerka, saj bi intravenozni vbrizg cocE močno zmanjšal razpolovni čas kokaina. CocE je predmet številnih raziskav, v katerih znanstveniki proučujejo njeno termostabilnost in njenih mutiranih oblik, saj njen razpolovni čas pri fiziološki temperaturi traja le nekaj minut. Znanstveniki pa na podlagi ugotovitev iz raziskav cocE razvijajo tudi učinkovita protitelesa z vsaj podobnimi katalitičnimi parametri, ki bi brez imunskega odziva odlično delovala v bioloških sistemih.<br /> <br /> ==Tjaša Flis: Parkinsonizem in Parkin protein==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je vse pogostejša bolezen pri starostnikih, njeni simptomi pa so tresavica, mišična otrdelost in upočasnjena motorika. Vzrok se skriva v propadu dopamnergičnih nevronskih celic. Bolezen je lahko avtosomno dominantno dedovana, kar pomeni, da pacienti podedujejo eno normalno in eno mutirano kopijo gena. Slednja prevladuje in se deduje naprej. Pri Parkinsonovi bolezni se mutacija zgodi v Park2 genu, ki kodira Parkin protein ali E3 ubikvitin ligazo. Parkin na poškodovane ali na preveč izražene proteine pripne ubikvitin (označevalni protein), ki jih nato usmeri v proteasom, to je velik razgradni kompleks v celicah.<br /> Če mutacija poškoduje Parkin, je pot razgradnje onemogočena, to pa pomeni, da se v celici akumulirajo odvečni proteini. Tvorijo se Lewy-eva telesca polna teh proteinov, ki nadomestijo celične organele v nevronskih celicah, kar vodi do prenehanja njihovega delovanja. Ker pa ima Parkin več kot samo en substrat ki ga ubikvitinira, je točen mehanizem bolezni še dandanes uganka.<br /> Eden izmed najbolj poznanih substratov je transmembranski protein Pael-R. Zvitje tega proteina poteka ob prisotnosti šaperonov. Prevelika koncentracija tega receptorja lahko izzove stres v endoplazmatskem retikulumu situiranem v nevronskih celicah. V primeru da je Parkin neaktiven, Pael-R povzroči celično smrt. Vendar to je le ena izmed možnih rešitev, substratov je namreč vsaj še dvajset, raziskave pa se nadaljujejo.<br /> <br /> == Matja Zalar: Vloga SRK in SCR proteinov pri preprečevanju incestnega razmnoževanja cvetočih rastlin ==<br /> <br /> Rastline so za zaščito pred samooplojevanjem razvile več vrst mehanizmov prepoznavanja lastnega peloda na molekularni ravni. Pri cvetočih rastlinah je najpogostejši mehanizem tipa SSI ali sporofitične lastne inkompatibilnosti. Pri družini ''Brassicaceae'' je za aktivacijo SSI ključna interakcija med transmembranskim proteinom SRK, ki predstavlja žensko determinanto odziva, in njenim ligandom - proteinom SCR, drugače imenovanim tudi moška determinanta odziva na lastno inkompatibilnost. Specifičnost vezave je zagotovljena s polimorfizmom alel obeh determinant. V posameznih vrstah je možno najti tudi do 100 različnih S-haplotipov genov za determinanti. <br /> Vezava liganda na receptor bo uspešna le, če oba izhajata iz istega S-haplotipa. Vezava SCR na zunajcelično, N-glikolizirano domeno SRK povzroči nastanek kompleksa treh proteinov, ki s svojo aktivnostjo sproži kaksado reakcij, kar v končni fazi pripelje do preprečitve samooploditve. <br /> Na neugodne življenske pogoje, ki so onemogočali medsebojno opraševanje, so se nekatere rastline prilagodile s favorizacijo samooplojevanja. Pri njih so mutacije S-lokusa, ki nosi zapis za SRK in SCR, povzročile nepravilno delovanje SI ali njegovo popolno odpoved. To pa seveda vodi v neprepoznavanje lastnega peloda in rastlina se samooprašuje. Najbolj znan primer take rastline je ''Arabidopsis thaliana'', ki se zaradi svojih specifičnih lastnosti uporablja kot modelni organizem v številnih študijah lastne inkompatibilnosti.<br /> <br /> == Matevž Ambrožič: BSX protein in debelost ==<br /> <br /> Za primeren občutek sitosti ali lakote glede na stanje energetskih zalog v telesu in odgovarjajoč vnos hrane ter porabo energije je odgovorna zapletena pot sporočanja. Začne se s tremi hormoni: inzulin, leptin in grelin. Leptin in inzulin se sprostita, ko so maščobne in hidratne zaloge v telesu polne in morata do možganov prenesti signal za prenehanje hranjenja, grelin pa ravno nasprotno. Vsi po krvi potujejo do hipotalamusa, predela možganov, ki je odgovoren za energijsko ravnovesje. V hipotalamusu sta dva tipa živčnih celic: oreksigene in anoreksigene. Prve sproščajo NPY in AgRP, nevropeptida, ki spodbujata hranjenje in zmanjšata porabo energije, druge pa α-MSH in CART, katerih učinek je nasproten. Našteti nevropeptidi se iz nevronov sprostijo po vezavi ustreznega izmed treh hormonov in prenesejo signal naprej, do končne spremembe v vnosu ali porabi energije. Glavni protein seminarja, BSX (brain specific homeobox) protein je transkripcijski faktor, ki spodbudi ekspresijo genov za AgRP in NPY, hkrati pa je odgovoren za premik organizma v iskanju hrane. Če v opisanem sistemu pride do napake, so pojavi nepotreben občutek lakote, kar je vzrok mnogih primerov debelosti. V boju z bolezensko debelostjo so ključne raziskave na BSX proteinu, saj je osrednji člen poti, ki v možgane prenese (včasih lažen) občutek lakote.<br /> <br /> == Kaja Javoršek: A grey matter ==<br /> <br /> Mikrocefalin je protein, ki ga kodira enakoimenski gen. Mikrocefalin naj bi kontroliral poliferacijo in diferenciacijo nevroblastov med nevrogenezo. Odkritje, da je mikrocefalin odločilen regulator velikosti možganov, je sprožilo hipotezo, da je igral vlogo v evoluciji možganov. <br /> Razen v možganih najdemo mikrocefalin tudi v ledvicah, srcu, pljučih, vranici in skeletnih mišicah. Vendar pomen mikrocefalina v teh organih še ni znan. <br /> Mutacije na genu mikrocefalina vodijo do nastanka mikrocefalije. To je bolezen razvoja živčnega sistema in je definirana kot resno zmanjšana velikost možganov. Pri odraslih je normalen volumen možganov od 1200 cm3 do 1600 cm3, pri odraslih s primarno mikocefalijo pa okoli 400 cm3 . Poleg mirocefalina pa povzročajo mikrocefalijo še mutacije petih genih (ASPM, MCPH2, CDK5RAP2, MCPH4, CENPJ)<br /> Mikrocefalin ima tri BRCT domene na C – koncu. BRCT domene so prisotne v veliko ključnih proteinih, ki kontrolirajo delitev celice. Zato predvidevajo da mikrocefalija nastane, ker je ovirana normalna regulacija delitve celic v možganih. <br /> Ugotovili so, da je protein mikrocefalin dol 835 aminokislin. Zaradi mutacije na genu mikrocefalina se ta protein skrajša na 25 aminokislin. <br /> Znanstveniki so izvedli raziskavo ali gena mikrocefalin in ASPM vplivata na inteligenco. Na podlagi treh raziskav so zaključili, da inteligenca ni povezana z dominantnimi aleli ASPM – ja ali mikrocefalina.<br /> <br /> <br /> == Rok Vene: A mind astray ==<br /> <br /> Alzheimerjeva bolezen postaja vedno bolj aktualna tematika. Trenutno je na svetu več kot 26 milijonov ljudi s to obliko demence. Zaradi daljše življenjske dobe pa pričakujemo, da bo število obolelih samo še naraščalo. Alzheimerjeva bolezen prizadene centralni živčni sistem, v možganih se nalagajo snovi, ki povzročijo propad živčnih celic. Ena izmed snovi, ki se nalagajo v možganih so nefunkcionalni Tau proteini. Tau proteini sodijo v družino proteinov imenovanih microtubule-associated proteins (MAP), njihova naloga pa je je stabilizacija mikrotubulov. To dosežejo tako, da se na mikrotubule vežejo. Poleg tega predvidevajo, da imajo Tau proteini še eno nalogo. Sodelovali naj bi v kompleksu za uravnavanje vzdražnosti živčnih celic. Nefunkcionalnost Tau proteinov povezujejo z različnimi boleznimi, ki jih poznamo pod skupnim imenom tauopatije. V primeru Alzheimerjeve bolezni je Tau protein nefunkcionalen, zato ker je hiperfosforiliran, kar mu onemogoča vezavo na mikrotubule. Tau proteini zato tvorijo netopne agregate – nevrofibrilarne pentlje, ki najbrž povzročijo odmiranje živčnih celic. Pri iskanju učinkovin proti hiperfosforilaciji in agregaciji Tau proteina, so znanstveniki raziskali protein FKBP52. Ta protein ima več funkcij. Osredotočili so se predvsem na njegove šaperonske lastnosti. Ugotovili so, da se FKBP52 veže na hiperfosforiliran Tau protein, in tako prepreči agregacijo Tau proteina, ki je odgovorna za odmiranje nevronov.<br /> <br /> <br /> == Ines Šterbal: LTP1 ==<br /> <br /> Protein LTP1, izoliran iz ječmenovega zrna, spada v družino lipidnih prenašalnih proteinov (lipid transfer protein –LTP). Je dobro topen protein, ki se nahaja v alevronski plasti ječmenovega semena. Sestavljen je iz štirih heliksov, ki so povezani z disulfidnimi mostički. Ima dobro definiran C-terminalni konec. V razmerah in vivo je globularni protein, s stožčastim hidrofobnim jedrom, ki se razteza od enega konca molekule do drugega. Sposoben je vezati različne lipide, kot so maščobne kisline ali acetil-koencim A. LTP1 proteini so na površini aktivni proteini, so stabilni, denaturirajo šele okrog 100 °C. Vloga LTP1 proteina in vivo še ni znana. In vitro je glavni protein pri penjenju piva. Opravlja pa še številne druge funkcije, odvisno od tega, kateri ligand ima vezan. LTP1 proteini so verjetno vključeni v prenos lipidov preko membrane in celo v nastanek membrane, lahko bi imeli vlogo v transportu monomera Cutin, vlogo naj bi igrali tudi v obrambnem mehanizmu rastlin. Lipidi, ki so vezani na LTP1 bi naj imeli antibakterijsko aktivnost za bakterije in glive. <br /> Vsi podatki kažejo, da so povezave med sladkorji in proteini, ki nastanejo kot produkt Milardove reakcije, prvi korak do nastanka pivovske pene. Kaže, da je kontrola glikacije LTP1 proteinov med slajenjem in varjenjem piva, nujna za optimalno penjenje piva.<br /> <br /> <br /> == Mitja Crček: DSIP in spanje ==<br /> <br /> Pred 2000 leti so ljudje verjeli, da postanemo zaspani zaradi nekakšnih želodčnih hlapov, ki gredo v možgane, se tam kondenzirajo, zamašijo pore in posledično povzročajo zaspanost. Kasneje so seveda ugotovili da temu ni tako, leta 1977 pa so odkrili majhne peptide, ki naj bi nas uspavali in jih poimenovali Delta Sleep-Inducing peptide (DSIP). DSIP je majhen peptid, sestavljen iz devetih aminokislinskih ostankov in maso 850 daltonov, prvič pa so ga odkrili pri zajcih. Sodeloval naj bi tako pri endokrini regulaciji kot pri fizioloških procesih (poveča učinkovitost oksidativne fosforilacije), pomembno vlogo pa naj bi imel tudi v medicini in pri zdravljenju bolezni. Ker naj bi podaljševal REM fazo, bi ga lahko uporabljali tudi kot dodatek pri zdravljenju alkoholizma ali ga dodajali antidepresivom in pomirjevalom, ki skrajšujejo REM fazo. Raziskave so spremljale tudi vpliv DSIP-ja na nespečnost. Ugotovili so, da DSIP rahlo povečuje kvaliteto spanja in skrajšuje latenco uspavanja, na trajanje budnosti in druge parametre pa ne vpliva, zato so si strokovnjaki enotni, da ima DSIP le rahle terapevtske učinke na nespečnost. Delovanje peptida pa še vedno ni povsem razjasnjeno in le želimo si lahko, da bodo novejše raziskave prinesle nove informacije, saj ima DSIP vsekakor velik potencial v medicini.<br /> <br /> == Dominik Kert: FOXP2, govoreči protein ==<br /> <br /> Ljudje in živali se razlikujejo. Za znanstvenike 19. stoletja je bilo zelo fascinantno to, da mi lahko govorimo, se sporazumevamo in pomnimo besede, medtem ko živali ne morejo. Ko se je pojavila družina KE na koncu 90. let prejšnjega stoletja, so znanstveniki ugotovili, da obstaja gen, ki kodira FOXP2. Družina KE je slovi po tem, da ima polovica njenih članov težave z govorom. Tako so ugotovili, da se mutacija prenaša avtosomno in dominantno. In verjetno na to vpliva mutacija FOXP2, FOXP2 protein pa je po vsej verjetnosti odločilen faktor pri govoru.<br /> FOXP2 protein je sestavljen iz 715 aminokislin in spada med družino transkripcijskih faktorjev, ki se imenuje FOX (zaradi 'forkhead box' domene). Zanimivo je, da se ta gen razlikuje od gena opic (šimpanz, gorila, makaki) le za dve in od miši le za tri aminokisline. To se znanstvenikom zdi zelo zanimivo, ker je verjetno zaradi teh dve sprememb v aminokislinskem zaporedju prišlo do sprememb pri sporazumevanju. Zaradi teh dejstev so se naprej usmerili na to, ali je bil gen res pod vplivom naravne selekcije in ugotovili so, da je bil res.<br /> FOXP2 na te spremembe vpliva v možganih, je pa prisoten tudi v pljučih, drobovju in srcu. Vendar njegova funkcija tam še ni znana.<br /> <br /> == Petra Malavašič: Ureaza bakterije Helicobacter pylori ==<br /> <br /> Bakterija Helicobacter pylori spada med patogene mikrobe. Znanstvenika Warren in Marshall sta leta 1987 odkrila to bakterijo ter ugotovila, da je s to bakterijo povezana razjeda na želodcu. Leta 2005 sta prejela Nobelovo nagrado. Že vsak drugi človek je okužen s to bakterijo. Naseljena je na želodčni sluznici in povzroča kronično vnetje želodčne sluznice. Bakterija se lahko naseli in se razmnožuje v prisotnosti želodčne kisline, kjer je pH okoli 2. Posebni obrambni mehanizmi omogočajo bakteriji, da lahko preživi v kislem okolju. Encim ureaza je pri tem najpomembnejši. Ureaza je encim, ki katalizira hidrolizo uree, pri čemer nastane amoniak, ki se v končni fazi veže z molekulami vode v amonijev hidroksid, ki poveča pH v neposredni okolici bakterije. Encim ureaza se nahaja v citoplazmi bakterijske celice in na njeni površini. Sam encim je zgrajen zelo kompleksno in omogoča bakteriji preživetje. Posebna kompleksna zgradba encima onemogoči, da bi kislina želodčnega soka denaturirala encim. Encim sestavljata dva kompleksa (αβ) štirih prostorsko razporejenih (αβ)3 enot.<br /> <br /> == Matevž Merljak: CEM15, VIF in infektivnost retrovirusov ==<br /> <br /> Ena izmed komponent obrambnega mehanizma pred retrovirusi v nekaterih človeških celicah je citidinska deaminaza CEM15 (APOBEC3G). V celicah, ki jo izražajo, se retrovirusi brez posebnega proteina (VIF, “viral infectivity factor”) ne morejo uspešno množiti, zato takim celicam pravimo “nepermisivne” celice.<br /> <br /> CEM15 deluje tako, da med procesom reverzne transkripcije v novonastali “minus” DNA verigi številne citidinske baze pretvori v uridinske, ter s tem povzroči tako zmanjšano obstojnost z uracilom bogate DNA verige, kot tudi zamenjave gvanozinskih baz z adenozinskimi v kodirajoči (“plus”) verigi DNA. Čeprav takšna hipermutacija za nadaljno infektivnost virusa ni vedno usodna (torej lahko tako mutirana DNA v nekaterih primerih še vedno tvori funkcionalne viruse), je običajno dovolj obsežna, da onemogoči uspešno reprodukcijo virusa.<br /> <br /> Raziskave kažejo, da CEM15 ne napade nastajajoče DNA kot lasten celični odgovor na infekcijo, pač pa se med izgradnjo novih virusov vgradi v le-te ter po infekciji nove celice povzroči omenjene spremembe v nastajajoči DNA verigi.<br /> <br /> Že omenjen faktor VIF izhaja iz virusa HIV-1, ki primarno napada sicer nepermisivne limfocite T. Naloga VIF je preprečitev vgradnje CEM15 v nastajajoče viruse, to pa doseže tako z oteževanjem njene translacije, kot tudi z indukcijo razgradnje CEM15 v proteasomu.<br /> <br /> == Eva Knapič: TSH3 - Kaj novorojenčkom omogoča zadihati? ==<br /> <br /> Kaj novorojenčkom omogoča zadihati? Raziskave so pokazale, da ima eno izmed vodilnih vlog pri začetku dihanja protein teashirt homolog 3 (TSH3). To je protein, ki ga uvrščamo med transkripcijske faktorje. Po strukturi spada v družino cinkovih prstov, kjer so sekundarne strukture koordinirane s cinkovim ionom. TSH3 ima pet tako urejenih struktur in vse spadajo v Cys2His2 skupino – cinkov ion koordinira dva cisteinska in dva histidinska ostanka ßßα podenote.<br /> Organizem brez zapisa za teashirt 3 protein se v času embrionalnega razvoja navidezno ne razlikuje od organizmov, ki ta zapis imajo. Vendar so podrobnejše raziskave pokazale, da se brez prisotnosti proteina teashirt 3 dokončno ne oblikujejo pljučni mešički, ki so funkcionalna enota pljuč, saj tam poteka izmenjava plinov. Odsotnost proteina povzroča povečano apoptozo nevronov motoričnega jedra v možganskem deblu, s tem so proteinu pripisali zmožnost inhibicije apoptoze nevronov. Prav tako so nezmožnost odziva organizma na pH spremembe okolja pripisali pomanjkanju proteina TSH3.<br /> Iz vseh teh pomanjkljivostih, ki jih povzroča TSH3 so raziskovalci prišli do zaključka, da novorojenček brez zapisa za protein ni zmožen zadihati, ker ni sposoben odziva na spremembo okolja, predvsem pH in tako ne more vzdrževati homeostaze, ki je potreba na preživetje.<br /> <br /> == Tjaša Goričan: Vpliv Nogo proteina na regeneracijo živčnega sistema ==<br /> <br /> Nevroni vsebujejo mielin, ki je sestavni del mielinske ovojnice aksona in ima nalogo zagotavljanja stalnega prenosa električnih signalov. Poleg tega pa mu je dodeljena tudi nenavadna lastnost. Vsebuje namreč proteine Nogo-A, ki delujejo kot inhibirotji za rast poškodovanih aksonov. Posledično se diferencirani nevroni niso sposobni deliti. Problem se pojavi pri poškodbi živčnega sistema, saj se ni sposoben regenerirati. Bolezni, ki so povezane s poškodbami živčevja so: Poškodbe hrbtenjače, Alzheimerjeva bolezen, možganska kap, shizofrenija itd.<br /> <br /> Nogo-A protein spada v družino proteinov retikulonov in je ena od oblik Nogo proteinov. Je transmembranski protein, ki se z domeno Nogo-66 uspešno veže na receptor in povzroči razgradnjo mikrotubulov v aksonu, kar privede do preureditve citoskeleta in posledično zaustavitve rasti aksona. Največ Nogo-A se nahaja na oligodendrocitih. Oligodendrociti so celice, ki spadajo med nevroglio in tvorijo mielinski ovoj nevronov v centralnem živčnem sistemu. Veliko več ga najdemo v centralnem živčnem sistemu v primerjavi s perifernim.<br /> <br /> Čeprav je še veliko neznanega na področju živčnega sistema, je znanost že dosegla uspehe glede boja proti boleznimi, povezanimi z regeneracijo živčnega sistema. S protitelesi se da inhibirati protein Nogo-A in s tem preprečiti inhibicijo rasti poškodovanih nevronov.<br /> <br /> == Marko Radojković: Fluorescentni proteini in njihova uporaba v živčnem sistemu ==<br /> <br /> Fluorescentni proteini so členi družine homologih proteinov, ki se delijo skupno lastnost da svetlijo zaradi formiranja kromoforma znotraj lastnega polipeptidnega zaporedja. Prvi odkrit takšen protein je bil zeleni fluorescentni protein ali GFP. Od tedaj do danes so kreirani različni mutanti, ki žarijo skoraj vse barve človeškega vidnega spektra. Izkazalo se je da so zelo uporabni v mnogih bioloških disciplinah, predvsem pa so popularni v spremljanju dinamike proteinov, genske ekspresije, in tudi posledično na viši ravni, dinamike organelov ter gibanja celic znotraj tkiva.<br /> <br /> Ne tako dolgo nazaj, je tim znanstvenikov uspel skombinirati različne barvne variante GFP-ja s sofisticiranim Cre/Lox sistemom genske rekombinacije in tako omogočil njihovo izražanje v samih možganih. Tale tehnika omogoča da se vsaki posamezni nevron obarva drugače in tako loči od sosednjih, kar omogoča detajlno analizo živčnega vezja. Brainbow strategija, kakor so jo poimenovali, daje upanje znanstvenikom da z ustvarjanem celotnega ''zemljevida'' možganov, lahko izpeljejo pomembne informacije o nevronskih povezavah in njihov nadaljni vpliv na vedenje in delovanje organizma.<br /> <br /> == Tamara Marić: MikroRNA ==<br /> MikroRNA je mala molekula, ki je prepisana z DNA na tak način kot mRNA. Zapis za miRNA se lahko nahaja v intronskih regijah, kodirajočih ali nekodirajočih genov. Osnovna funkcija je utišanje genov na nivoju sinteze proteinov. Da pa lahko opravi svojo nalogo mora dozoreti. Biogeneza miRNA se začne v samem jedru, kjer se 1000 nukleotidov dolg transkript s pomočjo encimskega kompleksa (Drosha-DGCR8)skrajša na 60-70 nukleotidov dolg pre-miRNA.Z eksportinom-5 se prenese iz jedra v citoplazmo do naslednjega kompleksa. Dicer veže pre-miRNA in jo skrajša na 22 nukleotidov. Nastane miRNA dupleks. Ena izmed verig prevzame vodilno funkcijo in se vmesti v kompleks istega encima v povezavi z drugimi proteini. Kompleks pripelje do komplamentarne verige mRNA in povzroči translacijsko represijo. Znanstveniki se ukvarjajo predvsem z vprašanjem,kako se miRNA izraža v številnih boleznih. Natančneje sem si pogledala proces resorpcije in obnove kosti in kako miRNA vpliva na regulacijo teh dveh procesov.<br /> <br /> == Maja Remškar: Okulokutani albinizem tipa II in P protein ==<br /> <br /> Melanin je pigment, ki je nujno potreben za zaščito kože pred pripekajočim soncem ter za normalno delovanje oči. Glavna sestavina za njegovo sintezo je aminokislina tirozin, ki je osnova evmelanina (črni pigment), ob dodatku cisteina pa dobimo še feomelanin (rdeče-rumen). Za običajno delovanje biosinteze melanina je potrebno kislo okolje v melanosomih, kjer se sinteza izvaja. Za vzdrževanje kislosti sta potrebna dva proteina – anionski kanalček in ATP črpalka. Anioni tu delujejo kot vaba za protone, kjučne za kisel pH. P protein naj bi deloval kot anionski transporter. Torej v njegovi odsotnosti v melanosom ne morejo dostopati anioni in posledično se v celico ne prečrpavajo protoni, kar pomeni da ni kislega pH ugodnega za sintezo melanina. <br /> Okulokutani albinizem tipa II ali OCA2 nastane zaradi pomanjkanja količine melanina v očeh, koži in laseh. Za kožo to pomeni večjo občutljivost na UV žarke in povečano možnost za kožnega raka. Zaradi nepigmentiranih optičnih vlaken pa se pojavijo še težave z očmi, kot so škiljenje, fotofobija, nistagmus, degeneracija rumene pege, pride pa tudi do izgube biokularnega vida. OCA2 je dedna bolezen, ki se deduje recesivno. Človek le z enim okvarjenim alelom je torej prenašalec gena. Ugotovili so, da OCA2 povzroča mutacija gena P, in sicer najpogostejša je delecija 7 eksona.<br /> <br /> == Ana Remžgar: Bacillus subtilis ==<br /> <br /> Bacillus subtilis je grampozitivna paličasta bakterija. Ko ima v okolju dovolj hranil, se simetrično deli in vegetativno raste. Ko pa v okolju začne hranil primanjkovati, B. subtilis uvede različne mehanizme, da lahko preživi. Del populacije postane kompetenten in sprejme tujo DNA. Del populacije pa s pomočjo zapletenega sistema aktivacije proteina Spo0A vstopi v proces sporulacije. Sporulacija je počasen in energijsko potraten postopek, ki traja v idelanih razmerah vsaj 7 ur. Na koncu nastane spora, ki lahko preživi tudi več desetletji v neugodnih življenjskih razmerah. Ko celica vstopi v cikel sporulacije, začne v okolje izločati razne toksične snovi, med njimi sta najbolj učinkovita Skf in Sdp. Ko celica izloči ti dva proteina v okolje, ubije sosednje bakterijske celice Bacillis subtilisa. Zaradi njunih lasnosti, ta dva proteina pogosto zato imenujemo kanibalistična faktorja. Vendar mora celica paziti, da pri tem ne ubije še sebe. Pri tem ji pomaga medmembranski protein SdpI. <br /> Bakterija Bacillus subtilis si tako s kanibalizmom pomaga, da celice ki vstopajo v sporulacijo dobijo dovolj hranil za dokončanje spore.<br /> <br /> == Tina Gregorič: Grelin - hormon lakote ==<br /> <br /> Občutek lakote je odvisen od številnih dejavnikov, med katere spadajo telesna sestava in teža, vrsta hrane, ki jo vsak dan uživamo, količina spanja in psihološki dejavniki. Večina ljudi postane lačnih, ko je čas za obrok: zajtrk, kosilo, malica, večerja. Znanstveniki so leta 1999 odkrili hormon, ki sodeluje pri nastanku lakote in poveča apetit. Imenuje se grelin, ki je poznan tudi pod imenom hormon lakote. Gen, ki kodira transkripcijo grelina, je sestavljen iz 117 aminokislin in se ob aktivaciji razcepi na 5 manjših podenot, med katerimi sta najpomembnejša grelin in obestatin. Grelin je sprva neaktiven hormon, sestavljen iz 28 aminokislin. Po esterifikaciji na serinu (Ser3) postane aktiven. Sprosti se v kri in po krvi potuje do hipofize v možganih, kjer se nahajajo grelinski receptorji, imenovani GHRS-1a receptorji. Natančna vezava grelina na receptor zaenkrat še ni znana. Grelin ni edini hormon, ki vpliva na to, kdaj nas bo zajela želja po hranjenju in kdaj nas bo minila. V telesu imamo več kot 40 snovi, ki spodbujajo in zavirajo občutek lakote. Odkritje grelina in raziskovanje njegove vloge v človeškem metabolizmu je odprlo vrata številnim raziskavam in študijam na področju debelosti in motenj, ki so povezane s prehranjevanjem. Hormon grelin je povezan z različnimi obolenji kot so anoreksija, kahesija, SW sindrom in na koncu tudi prekomerna telesna teža, vendar se njegova funkcija od bolezni do bolezni spreminja.<br /> <br /> == Andreja Bratovš: Bolečina in njen receptor - TRPA1 ==<br /> <br /> Ko začutimo bolečino, je to ponavadi znak, da lahko pride ali pa je že prišlo do poškodbe na ali v našem telesu – opozorilo za nas, naj ukrepamo. V zaznavanje bolečine je vpletenih veliko zapletenih mehanizmov, eno zanimivejših odkritij pa je gotovo receptor TRPA1. TRPA1 je receptorski ionski kanalček, prepusten za različne katione. Aktivirajo ga različni dražljaji: nizka temperatura, oksidativni stres in različne dražilne snovi. Med kemijskimi aktivatorji so zanimivi predvsem: alil izotiocianat (snov, ki daje pekoč okus gorčici, hrenu in wasabiju), alicin (spojina iz česna) ter akrolein (sestavina solzivca). Zanimivo je, da aktivacija TRPA1 poteka preko kovalentne vezave liganda na receptor.<br /> TRPA1 se nahaja v nociceptorjih – to so prosti živčni končiči, ki zaznavajo bolečino – njegova funkcija pa je zaznavanje bolečine, ki jo povzročijo prej navedeni dražljaji. Udeležen je tudi pri občutenju bolečine pri vnetju tkiva, kjer deluje v povezavi z bradikininom – mediatorjem vnetja.<br /> TRPA1 in tudi drugi TRP kanalčki so zanimive tarče za nove vrste analgetikov. Cilj novih zdravil je delovanje le na začetek poti prenosa bolečine in ne centralno na ves živčni sistem, kot je značilno za dosedanja zdravila proti bolečinam. Tako delovanje bi namreč zmanjšalo stranske učinke pri jemanju analgetikov, kot so na primer omotičnost in zaspanost.<br /> <br /> == Jernej Mustar: Na+ kanalček Nav1.7 in bolečina ==<br /> <br /> Prva asociacija ob besedi bolečina pri nobenem ob nas ni pozitivna. Toda če malo bolj razmislimo, kaj bi bilo brez nje, kmalu pridemo do spoznanj, ki so v nasprotju z prvo asociacijo. Bolečina ima več prednosti kot slabosti v našem življenju, je namreč izjemnega pomena za naše preživetje. Obstajajo ljudje, ki jim je pred tem globalno negativnim občutkom prizanešeno. Bolj konkretno, gre za točkovno &quot;nonsense&quot; mutacijo na genu SCN9A, ki povzroči nepravilno izražanje alfa podenote tipa 9 Nav1.7 proteina. Ta podenota je ključna komponenta, ki skupaj z beta podenotami sestavlja natrijev kanalček Nav1.7. Slednji je v večji količini izražen v perifernem živčevju in igra pomembno vlogo pri čutenju bolečine. <br /> Za boljše poznavanje Nav1.7 so raziskovanje začeli na miših. Uporabili so tako imenovano &quot;knock-out&quot; metodo, s katero izbijejo določen gen in opazujejo posledice. Če so izbili gena SCN9A na obeh alelih (homozigoti), je to rezultiralo v poginu mišk takoj po skotitvi. Pri heterozigotih, kjer je bil odstranjen samo gen na enem alelu, do pogina ni prišlo, a je bilo opaženo zmanjšeno dojemanje bolečine. Zanimivo je dejstvo, da miške ob globalnem pomanjkanju Nav1.7 takoj poginejo, ljudje pa so popolnoma normalni, če odmislimo nesposobnost čutenja bolečine. Razlago za to najdete v moji seminarski, poleg tega pa so predstavljena tudi še druge mutacije Nav1.7 pri ljudjeh, ki rezultirajo v povečani aktivnosti le tega in posledično ojačenem čutenju bolečine.<br /> <br /> == Ines Kerin: Royalactin ==<br /> <br /> Čebele so znane po svoji pridnosti in usklajenemu delovanju v skupnosti. Da je to delovanje res usklajeno, si morajo med seboj razdeliti naloge. To jim omogoča protein, ki ga imenujemo royalactin.<br /> Čebele se delijo v dve skupini, na matice, katerih naloga je razmnoževanje, in čebele delavke, ki nabirajo pelod, stražijo in skrbijo za razvoj ličink. Takemu pojavu pravimo dimorfizem, ki pa ni odvisen od genetske raznolikosti, temveč od načina prehrane. Čebele delavke namreč izločajo matični mleček, ki vsebuje royalactin, odgovoren za diferenciacijo ličinke v matico. Je monomerni protein iz družine MRJP's (major royal jelly proteins), in sicer MRJP1. Odkril ga je japonski biotehnološki raziskovalec Masaki Kamakura, ko je proučeval vsebnost proteinov v matičnem mlečku. Izvedel je preproste eksperimente, ki so temeljili predvsem na obstojnosti različnih proteinov v matičnem mlečku, hranjenem pri 40°C 7, 14, 21 in 30 dni. Z njimi je dokazal, da je royalactin tisti protein, ki vpliva na pospešeno rast in razvoj matic. <br /> Royalactin ima delovanje podobno rastnim faktorjem. Veže se direktno ali nedirektno (preko liganda) na EGFR (epidermal growth factor receptor) in tako vpliva na potek 3 različnih poti. Ena pot poteka preko PI3K/TOR/S6K poti, kjer se sprošča sekundarni prenašalec (zaenkrat še neznan), ki vpliva na pospešeno rast. Druga pot poteka preko Ras/Raf/MAPK poti, vpliva na endokrini žlezi, da sproščata ekdisone, ki vplivajo na krajši razvojni čas. Tretja pot še ni povsem raziskana. Kaskada reakcij, ki zaenkrat še ni znana, vpliva na žlezo na dnu možganov (Corpus allata), da izloča juvenilne hormone. Ti spodbudijo yolk protein, da vpliva na razvoj spolnih žlez. <br /> Podatkov o royalactinu danes še ni veliko, saj je tema novejša in potekajo še nadaljnje raziskave.<br /> <br /> <br /> == Urška Navodnik: Laktaza ==<br /> <br /> Laktozno intoleranco so diagnosticirali in poznali že mnogo let nazaj. Je bolezensko stanje, kjer osebek ne more presnavljati laktaze. Laktaza je encim, nujno potreben za razgradnjo disaharida laktoze. Razgradnje se zgodi v tankem črevesju. Obsežnost laktozne intolerance se razlikuje po populacijah, predvsem iz razloga, da večina ljudstev ne pozna tradicionalnega kmetijstva oz. ga pozna v zelo majhni meri. Taka ljudstva so Afričani, J Američani itd. Razvila se je genska raznolikost – kar nam pove da se genski set Afričana razlikuje od S Američana ali Evropejca. Le – ti lahko v večini presnavljajo laktozo. Obstaja tudi oblika, ki ni pogojena gensko ampak z bolezenskim stanjem na tankem črevesju. Bolezen je smrtno nevarna samo, če ima dojenček prirojeno laktozno intoleranco (dogaja se predvsem na Finskem). Pri zaužitju laktoze lahko bolnik s to boleznijo občuti bolečine v trebuhu, slabost, drisko …. Dandanes obstajajo nadomestki oz. hrana z odvzeto laktozo(od mleka, jogurtov, sira …). Obstaja tudi laktaza v kapsulah. Le – ta je lahko odličen nadomestek naše laktaze. Ob dodatku laktaze (ki je proizvedena s pomočjo kvasovk) lahko človek z laktozno intoleranco zaužije katerokoli živilo, ki vsebuje laktozo. Gene za presnavljanje laktozne intolerance dobimo od svojih staršev. Vendar pa se v raziskavah kažejo ugotovitve, da na aktivnost laktaze vplivajo tudi drugi dejavniki.<br /> <br /> <br /> == Alja Zottel: Sleepless protein in regulacija spanja ==<br /> <br /> Spanje predstavlja pomemben del našega življenja in je za naš organizem nujno potreben. Znanstveniki sicer ne vedo natančno čemu, ve pa se, da spanje pozitivno vpliva na imunski sistem, spomin.... Med spanjem se poveča plastičnost možganov- ohranijo se tiste sinapse, ki so pomembne, odvečne pa se eliminirajo. Posledic pomanjkanja spanja je kar nekaj: duševne motnje, nastanek sladkorne in kardiovaskularnih bolezni, zmanjšana sposobnost spomina itd. Celotno spanje je regulirano homeostatsko in cirkadijsko. Cirkadijko se regulira čas spanja in bedenja glede na svetlobo, medtem ko se homeostatsko regulirajo vsebina spanja, dolžina in potreba po spanju, ko spimo premalo. Eden izmed mehanizmov homeostatske regulacije je tudi shaker-sleepless interakcija. Shaker protein je ionski kanalček za kalijeve ione in zmanjša vzdražljivost določenih nevronov. Protein za svoje delovanje potrebuje še sleepless protein s katerim verjetno tvori kompleks. Sleepless protein pospeši aktivnost shaker proteina in ga ustrezno lokalizira. Ti mehanizmi še niso natančno pojasnjeni. Moteno delovanje shaker proteina povzroči ekstremno zmanjšano dolžino spanca brez večjih fizioloških in psiholoških posledic. Do nepravilnega delovanja lahko pride zaradi mutacije shaker ali sleepless gena. Če bi nam uspelo te mutacije izvesti na ljudeh, bi to pomenilo, da bi lahko spali zelo malo, ampak bi se vseeno počutili spočiti. Dejstvo je, da bi s tem trajno ozdravili nespečnost in povečali našo učinkovitost. Vseeno obstajajo etični pomisleki, zakaj natančno bi želeli to storiti in kakšen vpliv bi to imelo na naše življenje in življenje drugih.<br /> <br /> == Alenka Mikuž: ZP3 (Zona pellucida sperm-binding protein 3) in njegova vloga pri oploditvi jajčeca ==<br /> <br /> Oploditev je dogodek, ki poteka v skoraj vseh večceličnih organizmih in je temeljnega pomena za ohranjanje življenja. Uspešna oploditev pri sesalcih, ki poteka v več korakih, pomeni združitev spermija in jajčeca. Oploditev pravzaprav niti ni tako enostaven proces. Spermij mora najprej dozoreti in se uspešno vezati na jajčece. Vezava poteka preko glikoproteina ZP3 v matriksu ''Zona Pellucida'', ki obdaja neoplojeno jajčece. Uspe le enemu spermiju, saj se takoj po oploditvi zgodi modifikacija glikoproteinov v ''Zona Pellucida'' in vezava ni več mogoča. ZP3 je glikoprotein sestavljen iz dveh anitiparalelno orientiranih homodimernih enot, ki ju gradijo 4 domene, ZP-C1, ZP-C2, ZP-N1 in ZP-N2. Znotraj ZP-C sta tudi hidrofobni EHP in IHP. ZP3 spada v družino proteinov z ZP domeno kamor spadajo tudi glikoproteini ZP1, ZP2 in ZP4, ki prav tako gradijo ''Zona Pellucida'' in/ali sodelujejo pri vezavi spermija. Vendar pa naj bi bil prav ZP3 ključen za uspešno vezavo. Zaradi te lastnosti so začeli razvijati kontracepcijsko cepivo. S protitelesi nastrojenimi proti ZP3 se prepreči vezava spermija na jajčece in oploditev ni možna. Nov način kontracepcije bi lahko uporabili pri nadzoru populacije živali, ki je od današnjih načinov bolj prijazna do živali.<br /> <br /> == Jana Verbančič: A balanced mind, RGS14 in sinaptična plastičnost ==<br /> <br /> RGS14 je protein, ki sodi v skupino regulatorjev signalizacije G proteinov, kar pomeni, da uravnava njihovo aktivnost. To je zelo pomembno, saj se katerakoli signalizacija more čez nekaj časa prekiniti, če ne lahko pride do različnih bolezenskih stanj. RGS14 so našli predvsem v CA2 piramidalnih nevronih hipotalamusa, kar je nakazovalo na njegov vpliv v zvezi s prostorskim spominom in spominom prepoznavanja različnih objektov. V različnih poskusih so miškam enkrat odvzeli gen za RGS14, tako, da se ni mogel izraziti, po drugi strani pa so njegovo ekspresijo povečali v delu vizualnega korteksa. V prvem primeru sinaptična plastičnost ni bila več tako zavrta kot pred odvzemom RGS14 in miške so si lahko zapomnile več. Spremembe so bile opazne predvsem v povečani prostorski orientaciji brez opaznih stranskih učinkov. V drugem primeru je povečana ekspresija v vizualnem korteksu hkrati povečala tudi pretvorbo kratkoročnega v dolgoročni spomin, tako, da so si miške neko določeno informacijo zapomnile za veliko daljši čas. RGS14 bi tako lahko bil ključen protein pri zdravljenju določenih bolezni, povezanih z izgubo spomina (demenca, Alzheimerjeva bolezen itd.), a do tega je še dolga pot. Problem leži predvsem v tem, da v ljudeh RGS14 verjetno vpliva na še veliko drugih signalnih poti in bi bilo možno, da bi z delecijo genov dosegli morebitne neželene učinke.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6406 2011-10-17T14:57:35Z

<p>JanaVerbančič: /* Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! Če sem koga razporedil za recenzenta v rok, ko bo odsoten, naj mi prosim pošlje mail */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! Če sem koga razporedil za recenzenta v rok, ko bo odsoten, naj mi prosim pošlje mail ==<br /> Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič<br /> |-<br /> | Maša Mirković||The twisted way of things||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković<br /> |-<br /> | Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc<br /> |-<br /> | Katra Koman||Protein of the 20th century||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||The juice of life||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš<br /> |-<br /> | Urška Rauter||A green glow||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić<br /> |-<br /> | Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik<br /> |-<br /> | Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||Mint condition||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič<br /> |-<br /> | Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Veronika Jarc||Ana Dolinar<br /> |-<br /> | Tjaša Flis||Life's tremors||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||Nature\'s junkie||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||A grey matter||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Andrej Vrankar||Tjaša Flis<br /> |-<br /> | Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar<br /> |-<br /> | Ines Šterbal||One beer please||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene<br /> |-<br /> | Matja Zalar||Do it yourself||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak<br /> |-<br /> | Matevž Ambrožič||Of fidgets and food||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič<br /> |-<br /> | Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik<br /> |-<br /> | Mitja Crček||When your day draws to an end||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Dominik Kert<br /> |-<br /> | Dominik Kert||Talking heads||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek<br /> |-<br /> | Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček<br /> |-<br /> | Eva Knapič||Life\'s first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar<br /> |-<br /> | Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode<br /> |-<br /> | Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal<br /> |-<br /> | Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter<br /> |-<br /> | Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič<br /> |-<br /> | Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič<br /> |-<br /> | Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat<br /> |-<br /> | Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič<br /> |-<br /> | Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris<br /> |-<br /> | Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman<br /> |-<br /> | Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar<br /> |-<br /> | Karmen Hrovat||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner<br /> |-<br /> | Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar<br /> |-<br /> | Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar<br /> |-<br /> | Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković<br /> |-<br /> | Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič<br /> |-<br /> | Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar<br /> |-<br /> | Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan<br /> |-<br /> | Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok<br /> |-<br /> | Urška Rode||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br /> * sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6405 2011-10-17T14:56:54Z

<p>JanaVerbančič: /* Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! Če sem koga razporedil za recenzenta v rok, ko bo odsoten, naj mi prosim pošlje mail */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! Če sem koga razporedil za recenzenta v rok, ko bo odsoten, naj mi prosim pošlje mail ==<br /> Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič<br /> |-<br /> | Maša Mirković||The twisted way of things||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković<br /> |-<br /> | Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc<br /> |-<br /> | Katra Koman||Protein of the 20th century||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||The juice of life||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš<br /> |-<br /> | Urška Rauter||A green glow||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić<br /> |-<br /> | Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik<br /> |-<br /> | Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||Mint condition||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič<br /> |-<br /> | Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Veronika Jarc||Ana Dolinar<br /> |-<br /> | Tjaša Flis||Life's tremors||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||Nature\'s junkie||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||A grey matter||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Andrej Vrankar||Tjaša Flis<br /> |-<br /> | Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar<br /> |-<br /> | Ines Šterbal||One beer please||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene<br /> |-<br /> | Matja Zalar||Do it yourself||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak<br /> |-<br /> | Matevž Ambrožič||Of fidgets and food||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič<br /> |-<br /> | Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik<br /> |-<br /> | Mitja Crček||When your day draws to an end||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Dominik Kert<br /> |-<br /> | Dominik Kert||Talking heads||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek<br /> |-<br /> | Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček<br /> |-<br /> | Eva Knapič||Life\'s first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar<br /> |-<br /> | Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode<br /> |-<br /> | Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal<br /> |-<br /> | Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter<br /> |-<br /> | Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič<br /> |-<br /> | Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič<br /> |-<br /> | Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat<br /> |-<br /> | Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič<br /> |-<br /> | Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris<br /> |-<br /> | Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman<br /> |-<br /> | Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||A ballanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar<br /> |-<br /> | Karmen Hrovat||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner<br /> |-<br /> | Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar<br /> |-<br /> | Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar<br /> |-<br /> | Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković<br /> |-<br /> | Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič<br /> |-<br /> | Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar<br /> |-<br /> | Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan<br /> |-<br /> | Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok<br /> |-<br /> | Urška Rode||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br /> * sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6384 2011-10-12T09:56:40Z

<p>JanaVerbančič: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mirković||The twisted way of things||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Katra Koman||Protein of the 20th century||18.10.11||23.10.11||26.10.11||||<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Love,love, love...||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||The juice of life||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Urška Rauter||A green glow||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||Mint condition||26.10.11||02.11.11||09.11.11||||<br /> |-<br /> | Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness<br /> ||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Flis||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||Naslov seminarja||02.11.11||09.11.11||16.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Ines Šterbal||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||The power behind pain||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Ambrožič||Naslov seminarja||09.11.11||16.11.11||23.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Mitja Crček||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Dominik Kert||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||||<br /> |-<br /> | Eva Knapič||Life's first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||||<br /> |-<br /> | Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Matja Zalar||Do it yourself||30.11.11||07.12.11||14.12.11||||<br /> |-<br /> | Urška Navodnik||Darwin's dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Ines Kerin||A queen's dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||||<br /> |-<br /> | Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||Hidden power||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Petra Gorečan||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Hrovat||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Špela Pohleven||The making of crooked||21.12.11||04.01.12||11.01.12||||<br /> |-<br /> | Sabina Mavretič ||A short story||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Belšak ||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.01.12||11.01.12||18.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br /> * sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6359 2011-10-09T14:12:18Z

<p>JanaVerbančič: /* Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek==<br /> Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mirković||Naslov seminarja||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Katra Koman||Naslov seminarja||18.10.11||23.10.11||26.10.11||||<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Urška Rauter||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||Naslov seminarja||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mohar||Naslov seminarja||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||Naslov seminarja||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||Naslov seminarja||26.10.11||02.11.11||09.11.11||||<br /> |-<br /> | Janez Meden||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Flis||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||Naslov seminarja||02.11.11||09.11.11||16.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Ines Šterbal||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Ambrožič||Naslov seminarja||09.11.11||16.11.11||23.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Mitja Crček||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Dominik Kert||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||||<br /> |-<br /> | Eva Knapič||Life's first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Marko Radojković||Naslov seminarja||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Goričan||Naslov seminarja||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tina Gregorič||Naslov seminarja||23.11.11||30.11.11||07.12.11||||<br /> |-<br /> | Tamara Marić||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||The juice of life||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Remškar||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Matja Zalar||Naslov seminarja||30.11.11||07.12.11||14.12.11||||<br /> |-<br /> | Urška Navodnik||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Ines Kerin||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||||<br /> |-<br /> | Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||Hidden power||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Petra Gorečan||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Hrovat||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Špela Pohleven||Naslov seminarja||21.12.11||04.01.12||11.01.12||||<br /> |-<br /> | Sabina Mavretič ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Belšak ||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.01.12||11.01.12||18.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br /> * sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6358 2011-10-09T13:58:27Z

<p>JanaVerbančič: /* Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek==<br /> Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mirković||Naslov seminarja||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Katra Koman||Naslov seminarja||18.10.11||23.10.11||26.10.11||||<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Urška Rauter||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||Naslov seminarja||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mohar||Naslov seminarja||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||Naslov seminarja||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||Naslov seminarja||26.10.11||02.11.11||09.11.11||||<br /> |-<br /> | Janez Meden||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Flis||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||Naslov seminarja||02.11.11||09.11.11||16.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Ines Šterbal||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Ambrožič||Naslov seminarja||09.11.11||16.11.11||23.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Mitja Crček||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Dominik Kert||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||||<br /> |-<br /> | Eva Knapič||Life's first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Marko Radojković||Naslov seminarja||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Goričan||Naslov seminarja||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tina Gregorič||Naslov seminarja||23.11.11||30.11.11||07.12.11||||<br /> |-<br /> | Tamara Marić||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||The juice of life||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Remškar||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Matja Zalar||Naslov seminarja||30.11.11||07.12.11||14.12.11||||<br /> |-<br /> | Urška Navodnik||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Ines Kerin||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||||<br /> |-<br /> | Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||Naslov seminarja||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Petra Gorečan||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Hrovat||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Špela Pohleven||Naslov seminarja||21.12.11||04.01.12||11.01.12||||<br /> |-<br /> | Sabina Mavretič ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Belšak ||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.01.12||11.01.12||18.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br /> * sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1_Povzetki_seminarjev_2011&diff=5707 2011-03-21T20:07:20Z

<p>JanaVerbančič: </p> <hr /> <div>== Alja Zottel: Vloga imunskega sistema pri nastanku ateroskleroze ==<br /> Glavni vzrok nastanka ateroskleroze je imunski odgovor na lipoproteine majhne gostote oz LDL, ki se kopiči pod endotelom arterijskih žil. Apolipoprotein B100, ki je komponenta LDL, se veže na proteoglikane zunajceličnega matriksa in se pod vplivom različnih radikalov oksidira. OxLDL nato aktivira endotelijske celice, da začnejo proizvajati adhezijske beljakovine, kot sta E-selektin in VCAM-1. Te beljakovine skupaj s kemokini povlečejo monocite, T limfocite in in dendritske celice v endotelijsko plast žile. Monociti se nato pod vplivom M-CSF citokina diferencirajo v makrofage. Makrofagi nato začnejo proizvajati odstranjevalne receptorje. Ti tako lahko prepoznajo oxLDL in ga z endocitozo vsrkajo. Makrofagi se zato napihnejo in spremenijo v »foam cell«. Te celice so najštevilčnejše celice v aterosklerotskih plakih. Dejavniki, ki pospešujejo nastanej ateroskleroze so signalni proteini PRR, T levkociti in proteini CRP. T celice pomagalke izločajo interferon gama, ki privlači monocite. Protein CRP se veže na navadni LDL in tako ga lahko makrofagi, ki imajo receptorje za CRP vsrkajo. Dejavniki, ki preprečujejo nastanek ateroskleroze so B limfociti in protein PPAR. PPAR je receptorski protein oz. transkripcijski faktor, ki preprečuje nastanek »foam cell« celic in vsrkavanje LDL v makrofage. Preprečuje tudi razvoj T celic in povečuje količino HDL v krvi.<br /> <br /> == Veronika Jarc: Hepatitis C ==<br /> Hepatitis C(HCV) je nalezljiva bolezen, ki napade ljudi, šimpanze ter nekatere majhne modelne živali. HCV spada med RNA viruse z ovojnico.Razvrščen pa je v rod hepacivirus ter družino flaviviridae. Sestavljen je iz 6 genotipov (1-6), ki se razlikujejo v nukleotidni sekvenci od 30-35%, sedmega pa so odkrili leta 2008 (Gottwein et al., 2008). HCV vsebuje pozitiven trak gena (9,6 kb), ki je sestavljen iz 5´-NCR( non-coding region), 3´- NCR in IRES( internal ribosome entry side). IRES vsebuje odprto bralno ogrodje, ki šifrira strukturne in ne strukturne proteine. Med strukturne proteine spadajo proteinsko jedro, virusna RNA ter dva glikoproteina E1 in E2. Sestavni deli ne strukturnih proteinov pa so hidrofoben protein p7, NS2-3 proteaza, NS3 serin proteaza, NS4A polipeptid, NS4B protein, NS5A protein in NS5B RNA odvisna RNA polimeraza (RdRp). <br /> S pomočjo različnih odkritij, kot so HCVpp(sestavljen iz lipidne ovojnice z E1-E2 proteini, na retrovirusni nukleokapsidi), izoliranje kloniranega gena 2a ter s pomočjo tega gena HCVcc( cell-culture produced HCV), so znanstveniki začeli preučevati življenski cikel in celično strukturo hepatitisa C. To so dosegli z preučevanjem različnih eksperimentalnih modelov kot so imunski odzivi, NK celice in dendritske celice.<br /> Poznamo tudi proteine, ki jih HCv sreča v hepatocitski celici in ti so in tegrin RGE/RGD, LDL receptor, HDL receptor, klaudin okludin in tetraspanin CD81.<br /> <br /> == Matja Zalar: Protein p53 ==<br /> Protein p53, včasih imenovan tudi varuh genoma, kodira gen TP53 na sedemnajstem kromosomu. Je eden izmed tako imenovanih tumor-supresorskih proteinov, ki, kot to sporoča že samo ime, zavirajo nastanek in rast tumorjev. Na področju razumevanja delovanja, vloge in strukture proteina p53 in njegovih mutantov se izvaja veliko raziskav. Trenutno je p53 najbolj raziskan tumor-supresorski protein, še zdaleč pa ni edini. Gre za protein, ki se kopiči v jedru in z vezavo na DNA v obliki teramera nadzoruje in regulira procese kot so apoptoza, zaustavitev celičnega cikla in popravljanje poškodovane DNA. Za raziskovalce je še posebno zanimiv zaradi dejstva, da v nemutirani obliki zavira nastanek in rast tumojev, njegove GOF mutirane oblike pa pripomorejo k nenadzorovani delitvi celic in nastanku rakastih tkiv. Veliko raziskav se ukvarjaja z iskanjem snovi, ki bi obnovile osnovno obliko p53, oziroma uničile mutantske oblike p53 v rakastih celicah ter s tem uničile tumor. To pa bi lahko bistveno izboljšalo tehnike zdravljenja rakavih obolenj in odziv človeškega organizma na ta zdravljenja. Odkrili so že kar nekaj takšnih snovi (RITA, PRIMA, nutlin3), ki pa jih še vedno testirajo in še niso v redni uporabi pri zdravljenju rakavih obolenj.<br /> <br /> == Andrej Vrankar: Androgena alopecija ==<br /> Na podlagi raziskav, ki so jih znanstveniki izvedli na celičnih vzorcih posameznikov z androgeno alopecijo, so ugotovili, da je bila domneva, da je za nastanek AGA kriv propad matičnih celic v lasnem mešičku oziroma, propad samega lasnega mešička napačna. Raziskave so pokazale ravno nasprotno in sicer, da se matične celice tudi v plešastem lasišču posameznika z AGA ohranjajo in da lasni mešički ne propadejo, vendar se le zelo skrčijo. So pa ugotovili, da se število celic imenovanih predniške celice v plešastem lasišču močno zmanjša, kar je eden od glavnih vzrokov za nastanek AGA, saj so prav predniške celice tiste, ki so zaslužene za rast las. Čeprav se dednost smatra kot glavni vzrok za nastanek AGA, pa tudi hormoni igrajo pomembno vlogo. Pri moških je to moški hormon testosteron, ki se s pomočjo encima 5-α-reduktaze v lasno mešičnih celicah pretvarja v svojo bolj aktivno obliko dihidrotestosteron (DHT). Ta se se nato s posebno vezjo veže na androgene receptorje v lasnih mešičkih, kar sproži posebne procese, ki skrajšajo anageno fazo celičnega cikla. Zaradi skrajšanja te faze las prej prestopi v telogeno fazo in izpade. Kako občutljivi so lasni mešički na androgene pa je seveda gensko pogojeno.<br /> <br /> == Sandi Botonjić: Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom ==<br /> Kisikovi radikali, ki povzročajo oksidativni stres lahko v skrajnem primeru poškodujejo DNA in tako povzročijo nenadzorovano delitev celic, kar pomeni nastanek raka v organizmu. Hkrati pa je raven kisikovih radikalov v rakastih celicah višja, kot v zdravih, in sicer zaradi onkogenih stimulacij, povečane presnovne aktivnosti ter okvare mitohondrijev. Toda rakave celice imajo, kot protiutež tudi močan antioksidantni mehanizem s katerim zavirajo programirano celično smrt.<br /> <br /> Raziskovalci so tekom analiziranja večih tkiv, ki so obolela z različnimi vrstami raka ugotovili, da je pri vseh povečana raven [http://www.thesgc.org/structures/structure_images/2WZ9_400x400.png tioredoksinu podobnega proteina - TXNL2]. Zatem so izvajali poskuse na miših tako, da so jim vbrizgali kancerogene eritrocite in ko so se pojavili simptomi tumorja – so jim vbrizgali še protein TXNL2. Ugotovili so, da protein TXNL2 zavira rast rakavih celic. Proučevali so tudi vpliv proteina TXNL2 v mišjih zarodkih. Prišli so do zaključka, da protein TXNL2 regulira raven kisikovih radikalov tako pri živečih organizmih, kot med embriogenezo.<br /> <br /> Znanstveniki so prepričani, da je protein TXNL2 potencialna tarča bioloških zdravil v prihodnosti. Namreč monoklonska protitelesa (med katere spade tudi TXNL2) za zdravljenje raka z vezavo na receptorje za rastne dejavnike blokirajo celično rast in diferenciacijo ter tako zaustavijo rast tumorja. Zaustavijo lahko tudi rast tumorskega ožilja in s tem posredno onemogočajo rast tumorjev in metastaziranje. Med mehanizme delovanja monoklonskih protiteles, spada tudi ciljanje drugih efektorskih molekul na mesta delovanja - kot so npr. kisikovi radikali. Raziskave so potrdile, da to velja tudi za protein TXNL2.<br /> <br /> == Ana Dolinar: Prilagojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk ==<br /> Naravne celice ubijalke (NK celice) so vrsta levkocitov. V človeškem telesu so zadolžene za uničevanje patogenih organizmov s pomočjo za celice strupenih snovi. Na površini imajo pet skupin receptorjev: aktivacijske, inhibitorne, kemotaksične in citokine ter adhezijske receptorje. <br /> <br /> Njihova aktivacija je odvisna od vezave ligandov na površinske receptorje NK celice. Če je vezanih več inhibitornih ligandov kot aktivacijskih, potem se NK celica ne aktivira, ker inhibitorni ligandi zavrejo delovanje NK celice. V primeru, da se veže več aktivacijskih kot inhibitornih ligandov ali pa se slednji sploh ne vežejo, se NK celica aktivira ([http://www.georg-speyer-haus.de/agkoch/research/subframe_en.htm aktivirana NK celica-rumeno, tarčna celica-rdeče]). Vezava kemotaksičnih ligandov vpliva na gibanje molekule zaradi kemičnih signalov, vezava citokinov spodbuja rast celic ali sintezo snovi, ki jih potrebuje imunski sistem, vezava adhezijskih ligandov pa omogoča pritrjanje NK celice na tarčno celico. <br /> <br /> Raziskovalci se trudijo, da bi našli optimalno imunoterapijo, pri kateri bi sodelovale NK celice. Te terapije bi bile uporabne predvsem pri rakavih obolenjih, vendar so možnosti tudi pri obolenjih z virusom HIV ali z virusom hepatitisa C. Ta način imunoterapije je mogoč, ker večina tumorskih celic in virusov ne izraža MHC tipa 1, pomembnega inhibitorskega liganda za NK celice. [http://media.wiley.com/CurrentProtocols/IM/ima01n/ima01n-fig-0004-1-full.gif Zgradba MHC-1 molekule, prikazana z Ribbonovim diagramom in vezanim peptidom (A) ter površinska struktura molekule z vezanim peptidom (C). Slika B prikazuje molekulo MHC-2 z vezanim peptidom.]<br /> <br /> == Urška Rauter: Razvojne vloge Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike pri orientaciji epidermalnega vretena ==<br /> Mehanizem nastajanja polariziranega epidermalnega sloja, ki s procesoma stratifikacije in diferenciacije tvori kožo, regulira več različnih med seboj v komplekse povezanih bioloških molekul. Trije najbolj osnovni procesi so delovanje proteinov aktina, orientacija vretena in sistem celične signalizacije. Znanstveniki pa so v obširni raziskavi potrdili tudi pomembno vlogo t. i. Srf proteina (serum response factor protein), transkripcijskega dejavnika, katerega pomembna vloga je regulacija celične diferenciacije. <br /> <br /> Srf je transkripcijski dejavnik, ki se veže na določen, njemu ustrezen receptorski element; Sre (serum response element), to so predvsem geni v zgodnjem razvoju, geni za razvoj nevronov in mišična gena (proteina) aktin in miozin. Ker je njegova primarna funkcija regulacija ekspresije naštetih genov, odločilno vpliva na celično rast in diferenciacijo, prenos med nevroni in razvoj mišic. <br /> <br /> Namen raziskave je obširen. Rezultati obetajoči. Dokazali so pomembno vlogo Srf proteina pri marsikaterem mehanizmu/procesu v embrionalnem razvoju. Tako recimo Srf odločilno vpliva na diferenciacijo celic, saj izguba le-tega povzroči kaotično deljenje in diferenciacijo celic med več plastmi epidermisa. Nadalje vpliva tudi na pravilno vzpostavitev polarnosti bazalne lamine in še najbolj ključno na tvorbo aktinsko-miozinskega skeleta, ki je nujen za pravilno mitozo, posledično za obliko in trdnost celice. Orientacija vretena in asimetrično dedovanje sta po zadnjih raziskavah osrednja mehanizma, ki omogočata matičnim celicam samostojno obnovi in diferenciacijo v pravilni smeri. Rezultati kažejo, da lahko takšne signale pošiljamo preko Srf proteina in aktinsko-miozinskega skeleta, za pravilno tvorbo in nadzirano regulacijo orientacije vretena, asimetrične celične delitve in nasploh usodo posamezne celice. Rezultati razkrivajo nove pojasnitve bioloških procesov, ki sodelujejo pri tvorbi morfologije epidermisa.<br /> <br /> == Špela Pohleven: Prioni ==<br /> <br /> Prioni so patogeni proteini, ki se od svojih nepatogenih, normalnih, v zaporedju aminokislin enakih dvojnikov, razlikujejo v 3D strukturi – imajo večji del β ploskev. Poznamo več vrst prionov, toda običajno govorimo le o proteinu PrP, ki je prisoten pri ljudeh in živalih. Ostali so namreč značilni za glive, ki so tako primerne za razne raziskave.<br /> Za prione je značilno povezovanje v nitaste polimere, ki jih imenjujemo amiloidi. Znanstveniki domnevajo, da je prav njihova urejena struktura tista, zaradi katere so slabo topni v detergentih in odporni na proteaze. <br /> Najbolj nenavadna lastnost prionov pa je njihova zmožnost širjenja brez potrebe po DNA in RNA. V zvezi s tem potekajo številne raziskave, saj prioni povzročajo številne smrtne bolezni, kot so Creutzfeldt-Jakobova bolezen, smrtonosna družinska nespečnost in druge. Z informacijami, ki jih tako pridobivajo, je možnost za odkritje zdravila večja. <br /> Pri eni od nedavnih raziskav so tako ugotovili, da obstajata dve prionski obliki proteina PrP – infektivna in toksična. Za raziskave so uporabili miši z različnim izražanjem gena PRNP za PrP protein. Vse so okužili s prioni praskavca (ena od prionskih bolezni). Vse so dosegle enak prag infektivnosti, toda smrt ni nastopila istočasno. Iz meritev so znanstveniki prišli do zaključka, da morata obstajati dve različni obliki. To pa je le izhodišče za nove raziskave.<br /> <br /> == Maša Mohar: Sladkorna bolezen, kot bolezen imunskega sistema ==<br /> <br /> Diabetes mellitus je kronična motnja metabolizma beljakovin, lipidov in ogljikovih hidratov. Nastane zaradi zmanjšane funkcije proizvajanja insulina v telesu. Njen vzrok pa je lahko studi zmanjšana sposobnost telesnih celic za pravilno izkoriščanje insulina. Tip 2 je od insulina neodvisen diabetes (NIDDM). Ta tip ima 80-90% vseh pacientov in se pojavi v odraslem obdobju življenja, spodbudijo ga lahko različni mehanizmi, in za nekatere se še ne ve točno kako pride do tega, je pa res da k temu veliko pripomore nezdrav način življenja in seveda dednost. Prav tako se diabetes tipa 2 deli v dve skupini in sicer na debeli tip, ki ga ima približno 80% vse populacije in na ne debeli tip.<br /> Da je T2D bolezen imunskega sistema pa ugotovimo s tem ko vidimo kako se telo odzovena določene mehanizme, ki sprožijo to bolezen. To so oksidativni stres, stres ER( endoplazemski retikel), lipotoksičnost in glukotoksičnost. Prav tako je potrebno poudariti, da ima diabetes tipa 2 svoje metabolne karakteristike in skupaj s temi patogenimi mehanizmi tvori formulo za nastanek bolezni. Seveda lahko pri T2D pride tudi do dolgoročnih komplikacij, kot so makro in mikro- vaskularne bolezni, problemi z ledvicami, očmi in živci. Te pa so glavni dejavniki za povzročitev hujšega bolezenskega stanja in ne nazadnje tudi smrti zaradi diabetesa.<br /> <br /> == Mirjam Kmetič: Regulacija celičnega metabolizma železa ==<br /> <br /> Železo je pomemben mikroelement, ki ga vezanega na proteine, vsebujejo skoraj vsa živa bitja. Celice sesalcev potrebujejo zadostno količino železa, da zadovoljijo metabolne potrebe ali dosežejo specializirane funkcije. Vsekakor pa je železo potencialno strupeno, še posebej v obliki Fe2+ ionov, ki katalizirajo pretvorbo vodikovega peroksida v proste radikale, ti pa poškodujejo veliko celičnih struktur (DNA, proteine, lipide...) in posledično celica lahko celo odmre. Vse oblike življenja se temu izognejo tako, da vežejo železove ione na proteine in tako hkrati izkoristijo njegove ugodnosti. Železo se prenaša v tkivo ob pomoči kroženja transferina, prenašalca, ki veže železo v plazmi, katerega predvsem sproščajo črevesne resice in retikuloendotelni makrofagi. Z železom bogat transferin se veže na membranski transferin receptor 1, kar se odraža z endocitozo in sprejemom te kovine. Sprejeto železo se prenese do mitohondrija za sintezo hema ali železo-žveplovih proteinov, ki so bistveni deli mnogih metaloproteinov. Presežno železo se skladišči in detoksificira v feritinu, ki je v citosolu. Metabolizem železa je nadzorovan na različnih nivojih in z raznovrstnimi mehanizmi. Pri uravnavanju je zelo pomemben sistem IRE (iron-responsive element)/IRP (iron-regulatory protein), dobro poznano post-transkripcijsko regulatorno vezje, ki ne le vzdržuje homeostazo v različnih tipih celic, ampak tudi prispeva k sistemskemu ravnovesju železa.<br /> <br /> == Lea Kepic: Agonisti adrenoreceptorjev β2 ==<br /> <br /> Vloga receptorjev v organizmih je zelo pomembna saj prenaša vse potrebne informacije za delovanje. Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Največja skupina metabotropnih receptorjev pripada receptorjem, ki so sklopljeni s proteinom G. Mednje spadajo tudi adrenergični receptorji ali adrenoreceptorji. Adrenoreceptorji so tarčni za katekolamine (fight or flight hormoni) med katere spadajo adrenalin, noradrenalin in dopamin. V svojem seminarju sem se posvetila predvsem podskupini β2 (β2-AR) in njihovim agonistom. Agonisti so spojine, ki se selektivno vežejo na specifične receptorje, ki sprožijo nadaljnji odziv. Njegova naloga je posnemanje naravno obstoječih (endogenih) molekul, kot so na primer hormoni. Najbolj pogost in učinkovit agonist za β2-AR je izoprenalin, med hormoni pa je najboljši adrenalin. S pomočjo eksperimentov znanstveniki raziskujejo posebnosti v zgradbi predvsem kristalnih struktur, tvorbo vezi z različnimi spojinami, konformacijske spremembe, vpliv inhibitorjev, ravnotežna stanja ter energijska pretvarjanja. Rezultati teh raziskav so izhodišče za praktično uporabnost agonistov. Zaradi njihovih lastnosti jih vedno več uporabljamo v medicini za zdravnjenje plujčnih bolezni; predvsem astme in bronhitisa. To področje za enkrat še ni do dobra raziskano zato jih navadno uporabljamo le kot dodatke drugim zdravilom. Raziskani pa so že tudi nekateri negativni učinki na telo.<br /> <br /> == Iza Ogris: Zakaj imajo možgani glikogen? ==<br /> <br /> Glikogen se v možganih nahaja v precej manjših koncentracijah kot v jetrih in mišicah.Pojavi se vprašanje o njegovi vlogi v možganih in kje se nahaja. Glikogen vsebujejo astrocite- glia celice, ki obdajajo nevrone in skbijo za koncentracijo ionov v izvenceličnem prostoru ter dovajanje določenih snovi nevronom. Ko se med aktivnostjo nevronov v izvenceličnem prostoru kopičijo kalijevi ioni, jih astrocite začnejo privzemati z K/Na ATPazo. Posledično se v astrocitah zviša nivo AMP, kar stimulira delovanje encima glikogen fosforilaze (razgradnja glikogena). Astrocite med nevronsko aktivnostjo privzemajo tudi živnčni prenašalec glutamat iz sinaps, ki tudi posredno povzroča padec energije v astrocitah. Ko se nivo glukoze v dejavnih nevronih znižuje, se medtem v astrocitih povečuje. Koncentracija glukoze je nato v astrocitih večja kot v izvencelični tekočini in nevronih, zato se ustvari koncentracijski gradient kar omogoči pot glukoze iz astrocitov v nevrone. Pri vzdrževanju glukoze se tako razgradnja glikogena izkaže za bolj učinkovito kot le privzem glukoze iz krvi. Razkriva se izvor in usoda glukozne rezerve.<br /> <br /> == Ines Kerin: Kanabinoidi za zdravljenje shizofrenije? Uravnotežena nevrokemična sestava za škodljive in terapevtske učinke uživanja konoplje ==<br /> <br /> Že desetletja velja prepričanje, da je uživanje konoplje eden pomembnih dejavnikov za nastanek in razvoj shizofrenije. Vendar so v novejših raziskavah odkrili, da naj bi kanabinoidi, psihoaktivne substance v konoplji, izboljšali nevropsihološke učinke in negativne simptome, ter imeli antipsihotične lastnosti pri ljudeh s shizofrenijo. Shizofrenija je huda duševna bolezen iz skupine psihoz. Simptome shizofrenije povzroča spremenjena količina določenih snovi v možganih, in sicer živčnih prenašalcev, ki omogočajo medsebojno komunikacijo možganskih celic. Motnje v komunikaciji pa povzročajo spremembo v delovanju možganov. Pomembno vlogo ima pri bolezni dopamin, ki lahko s prevelikim sproščanjem izzove nekatere simptome.<br /> Shizofrenijo zdravijo s pomočjo antipsihotikov, ki imajo podobne lastnosti kot kanabinoidi v konoplji. Vendar se učinki konoplje od učinkov antipsihotikov nekoliko razlikujejo. Pri negativnih simptomih konoplja, tako kot antipsihotiki, spodbuja sproščanje in delovanje dopamina. Manj znano pa je, ali zavira ali spodbuja delovanje ostalih petih nevrotransmiterjev (serotonina, acetilholina, noradrenalina, glutamina in GABA). Na pozitivne simptome ima konoplja, kot je vidno v tabeli lahko tako koristne kot nekosristne učinke. Simptome lahko izboljša z zaviranjem sproščanja serotonina, acetilholina in noradrenalina. V primeru dopamina, glutamata in GABA ima konopla negative učinke, saj v nasprotju z antipsihotiki, poveča sproščanje dopamina in zavira delovanje glutamata in GABA. Obstajajo dokazi, da imajo kanabinoidi zdravilne učinke na pozitivne in negativne simptome pri shizofreniji. Vendar to poglavje še ni zaključeno in se izvajajo še nadalnje raziskave v tej smeri.<br /> <br /> == Eva Knapič: Kako virusi vodijo delovanje celice. ==<br /> Virusi so geni obdani z zaščitno proteinsko ovojnico. Za izražanje teh genov, da lahko naredijo proteine in podvojijo kromosome, je potrebno, da vstopijo v celico in uporabijo celične mehanizme, saj sami tega niso zmožni. Poznamo več vrst virusov. Posebnost evkariontskih virusov je sposobnost posnemanja kratkih linearnih motivov proteinov poznanih pod kratico SLiMs. To so deli proteinov, ki so odgovorni za posredovanje med nekaterimi celičnimi funkcijami. So zelo kratki, večinoma nekje od 3 do 10 aminokislin. Motivi sodelujejo pri vezavi proteinih, pri prepoznavanju post-translacijske modifikacije encimov, pri usmerjanju proteinov v celične razdelke in pa so prisotni na cepitvenih mestih proteina. S posnemanjem različnih motivov lahko virusi prevzamejo nadzor nad celico. Najpogostejši mehanizmi prevzema nadzora so uporaba celičnega transporta, manipuliranje signalnega transporta, nadzor proteinov v celici, regulacija prepisovanja, sprememba modifikacije gostiteljevega proteina in usmerjanje modifikacije proteinov.<br /> Uporaba proteinskih motivov v celici in lahko posnemanje le teh predstavlja šibkost v celični organiziranosti, saj virusi s pridom izkoriščajo to v svojo korist. Posnemanje motivov virusom omogoča, da sami vodijo delovanje celice in se sami s pomočjo celičnih mehanizmov enostavno razmnožujejo in tako hitro okužijo celoten organizem. <br /> V nadalje bodo potekale raziskave za izkoriščanje posnemanja motivov v namene zdravljenja virusnih okužb.<br /> == Katra Koman: Pomen dendritskih celic (DCs) in celic ubijalk (NK) v imunskem odzivu na okužbo z virusom HIV-1 ==<br /> Dendritske celice (DCs - dendritic cells) in celice ubijalke (NK – natural killer cells) sta dva tipa celic prirojenega imunskega sistema, ki imata zelo pomembno vlogo pri protivirusni odpornosti. Tako dendritske celice, kot tudi celice ubijalke so sicer pomemben del (nespecifičnega) prirojenega imunskega sistema, a hkrati vplivajo tudi na učinkovit razvoj (specifičnega) prilagojenega imunskega odziva. DC so ključnega pomena za aktiviranje za virus specifičnih T celic, kar pa je močno odvisno od prejšnjega, prirojenega imunskega odziva. NK celice pa ovirajo zgodnje širjenje virusov, tako da proizvajajo citokine in s fagocitozo neposredno uničujejo okužene celice. Razumevanje delovanja in funkcije teh celic pa ima pomemben vpliv na razvijanje nove strategije cepiva proti virusu HIV-1, katere uspeh bo odvisen od primernega razumevanja delovanja teh celic.<br /> <br /> == Jana Verbančič: Apoptozi podobna smrt v bakterijah, ki jo povzroča HAMLET, lipidno-proteinski kompleks v človeškem mleku ==<br /> Apoptoza oz. programirana celična smrt je eden najpomembnejših procesov v evkariontskih celicah. Organizem je z apoptozo sposoben sam uravnavati število živih celic. Uniči jih lahko, ker so poškodovane, stare ali ker ne opravljajo več svoje naloge, lahko pa uniči tudi popolnoma zdrave celice, ki jih ne potrebuje več (npr. pri embrionalnem razvoju). Pomemben dejavnik pri apoptozi so encimi kaspaze, ki cepijo in aktivirajo druge proteine, vse skupaj pa lahko poteka po dveh poteh. Prva je notranja in vključuje mitohondrije in citokrom c, ki deluje kot signalna molekula v apoptotskem ciklu ter tako sproži delovanje kaspaz in posledično apoptozo. Druga pot je zunanja in vključuje aktivacijo proteinskih receptorjev (t. i. receptorjev smrti) na zunanji strani membrane. Oblikuje se kompleks iz receptorja, adaptorskega proteina in vezane kaspaze (DISC), ki povzroča cepljenje in aktivacijo nadaljnjih kaspaz; to pa spet vodi v apoptozo. V mehanizme so lahko vključeni mnogi drugi proteini ali neproteinski signali. <br /> Programirane celične smrti pa nimajo samo evkarionti, ampak so dokazali, da so tudi prokarionti sposobni procesov, ki so zelo podobni apoptozi. Raziskave so delali na streptokokih in tumorskih celicah, ki so jim dodali kompleks HAMLET (human alpha-lactalbumin made lethal to tumor cells), ki ga lahko najdemo v človeškem mleku. Kompleks je deloval kot signalna molekula za začetek apoptoze v tumorskih celicah oz. za začetek apoptozi podobnega procesa v bakterijah.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1-seminar_2011&diff=5649 2011-03-14T18:41:20Z

<p>JanaVerbančič: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Slovenski naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Faktor vpliva revije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | BOTONJIĆ SANDI||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Sandi_Botonji.C4.87:_Tioredoksinu_podoben_protein_.28TXNL2.29_.C5.A1.C4.8Diti_kancerogene_celice_pred_oksidativnim_stresom Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom]<br /> ||15.387||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA<br /> |-<br /> | VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA<br /> |-<br /> | ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA<br /> |-<br /> | ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||31.434||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN<br /> |-<br /> | DOLINAR ANA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Ana_Dolinar:_Prilagojena_ali_prilagodljiva_imunost.3F_Primer_naravnih_celic_ubijalk Prirojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk]||28||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA<br /> |-<br /> | RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA<br /> |-<br /> | MOHAR MAŠA||Sladkorna bolezen tipa 2 kot bolezen imunskega sistema||30,006||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA<br /> |-<br /> | POHLEVEN ŠPELA||Prioni||34||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA<br /> |-<br /> | KEPIC LEA||Agonisti adrenoreceptorjev β2||34.48||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ<br /> |-<br /> | KMETIČ MIRJAM||Celična regulacija metabolizma železa||5,371||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA<br /> |-<br /> | JARC VERONIKA||Eksperimentalni modeli za študijo imunobiologije hepatitisa C||3.26||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA<br /> |-<br /> | KOMAN KATRA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM<br /> |-<br /> | OGRIS IZA||Zakaj imajo možgani glikogen?||5,125||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ<br /> |-<br /> | KERIN INES||Kanabinoidi za zdravljenje shizofrenije? Uravnotežena nevrokemična sestava za škodljive in terapevtske učinke uživanja konoplje||4.458||14.03.||21.03.||28.03.||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK<br /> |-<br /> | VERBANČIČ JANA||Apoptozi podobna smrt v bakterijah, ki jo povzroča HAMLET, človeški mlečni lipidno-proteinski kompleks||4.351||21.03.||28.03.||04.04.||KARNER TAJA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA<br /> |-<br /> | KNAPIČ EVA||Kako virusi vodijo delovanje celice.||14.101||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA<br /> |-<br /> | REMŽGAR ANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA<br /> |-<br /> | GRDADOLNIK MAJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK<br /> |-<br /> | JAVORŠEK KAJA||Potencial matične celice pri Parkinsonovi bolezni in molekularni faktorji za tvorbo dopaminergičnih nevronov||4.139||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO<br /> |-<br /> | BRATOVŠ ANDREJA||Vloga GPCR v patologiji Alzheimerjeve bolezni||26||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA<br /> |-<br /> | CRČEK MITJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA<br /> |-<br /> | MARIĆ TAMARA||ciljanje kemokinskih receptorjev ob alergijskih obolenjih||5.155||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA<br /> |-<br /> | ŠTEMBERGER ROK||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI<br /> |-<br /> | LORBEK SARA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK<br /> |-<br /> | REMŠKAR MAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA<br /> |-<br /> | ČUPOVIĆ VANA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA<br /> |-<br /> | RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA<br /> |-<br /> | RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA<br /> |-<br /> | VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA<br /> |-<br /> | FRANKO NIK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO<br /> |-<br /> | HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA<br /> |-<br /> | AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA<br /> |-<br /> | NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK<br /> |-<br /> | BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA<br /> |-<br /> | KARNER TAJA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA<br /> |-<br /> | KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA<br /> |-<br /> | MUSTAR JERNEJ||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA<br /> |-<br /> | GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ<br /> |-<br /> | GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA<br /> |-<br /> | BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA<br /> |-<br /> | ŠTOK ULA||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES<br /> |-<br /> | nihce ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR<br /> * osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!<br /> * [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1-seminar_2011&diff=5637 2011-03-12T09:54:26Z

<p>JanaVerbančič: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Slovenski naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Faktor vpliva revije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | BOTONJIĆ SANDI||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Sandi_Botonji.C4.87:_Tioredoksinu_podoben_protein_.28TXNL2.29_.C5.A1.C4.8Diti_kancerogene_celice_pred_oksidativnim_stresom Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom]<br /> ||15.387||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA<br /> |-<br /> | VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA<br /> |-<br /> | ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA<br /> |-<br /> | ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||31.434||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN<br /> |-<br /> | DOLINAR ANA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Ana_Dolinar:_Prilagojena_ali_prilagodljiva_imunost.3F_Primer_naravnih_celic_ubijalk Prirojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk]||28||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA<br /> |-<br /> | RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA<br /> |-<br /> | MOHAR MAŠA||Sladkorna bolezen tipa 2 kot bolezen imunskega sistema||30,006||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA<br /> |-<br /> | POHLEVEN ŠPELA||Prioni||34||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA<br /> |-<br /> | KEPIC LEA||Agonisti adrenoreceptorjev β2||34.48||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ<br /> |-<br /> | KMETIČ MIRJAM||Celična regulacija metabolizma železa||5,371||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA<br /> |-<br /> | JARC VERONIKA||Eksperimentalne metode za študijo imunobiologije hepatitisa C||3.26||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA<br /> |-<br /> | KOMAN KATRA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM<br /> |-<br /> | OGRIS IZA||Zakaj imajo možgani glikogen?||||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ<br /> |-<br /> | KERIN INES||Kanabinoidi za zdravljenje shizofrenije? Uravnotežena nevrokemična sestava za škodljive in terapevtske učinke uživanja konoplje||4.458||14.03.||21.03.||28.03.||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK<br /> |-<br /> | VERBANČIČ JANA||Apoptozi podobna smrt v bakterijah, ki ji povzroča HAMLET, človeški mlečni lipidno-proteinski kompleks||4.351||21.03.||28.03.||04.04.||KARNER TAJA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA<br /> |-<br /> | KNAPIČ EVA||Kako virusi vodijo delovanje celice.||14.101||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA<br /> |-<br /> | REMŽGAR ANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA<br /> |-<br /> | GRDADOLNIK MAJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK<br /> |-<br /> | JAVORŠEK KAJA||Potencial matične celice pri Parkinsonovi bolezni in molekularni faktorji za tvorbo dopaminergičnih nevronov||4.139||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO<br /> |-<br /> | BRATOVŠ ANDREJA||Vloga GPCR v patologiji Alzheimerjeve bolezni||26||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA<br /> |-<br /> | CRČEK MITJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA<br /> |-<br /> | MARIĆ TAMARA||ciljanje kemokinskih receptorjev ob alergijskih obolenjih||5.155||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA<br /> |-<br /> | ŠTEMBERGER ROK||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI<br /> |-<br /> | LORBEK SARA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK<br /> |-<br /> | REMŠKAR MAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA<br /> |-<br /> | ČUPOVIĆ VANA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA<br /> |-<br /> | RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA<br /> |-<br /> | RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA<br /> |-<br /> | VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA<br /> |-<br /> | FRANKO NIK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO<br /> |-<br /> | HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA<br /> |-<br /> | AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA<br /> |-<br /> | NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK<br /> |-<br /> | BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA<br /> |-<br /> | KARNER TAJA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA<br /> |-<br /> | KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA<br /> |-<br /> | MUSTAR JERNEJ||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA<br /> |-<br /> | GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ<br /> |-<br /> | GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA<br /> |-<br /> | BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA<br /> |-<br /> | ŠTOK ULA||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES<br /> |-<br /> | nihce ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR<br /> * osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!<br /> * [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

JanaVerbančič https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1-seminar_2011&diff=5413 2011-02-22T12:12:17Z

<p>JanaVerbančič: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|''' Slovenski naslov članka '''<br /> | align=&quot;right&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent3'''<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Urška Rauter||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |- <br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Lea Kepic||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ines Kerin||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR<br /> * osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov tudi vpišete v tabelo.<br /> * [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

JanaVerbančič