Wiki FKKT - User contributions [en]

2017-bionano-seminar

2017-05-29T21:41:10Z

Judita Avbelj: /* Seznam seminarjev */

= Bionanotehnologija- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent/ka 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent/ka 2'''
|-
| Peter Prezelj||22.03.17||Spreminjanje vsebnosti in karakteristik hranilnih snovi v živilih in pripravljeni hrani z uporabo kovalentnih modifikacij, prečnega povezovanja in encimov||Vita Vidmar||Zala Gluhić
|-
| Boštjan Petrič||22.03.17||Reverzibilno tiskanje s peptidnimi /proteinskimi pigmenti, kovalentno vezanimi na celulozo prek amidne vezi||Luka Kavčič||Judita Avbelj
|-
| Ema Guštin||22.03.17||Nanoprevleka hrustanca za preprečitev osteoartritisa||Mojca Juteršek||Vid Jazbec
|-
| Tjaša Lapanja||29.03.17||Modificirana CHO celična linija prilagojena za ultrazvočno indukcijo izražanja proteinov v industrijskih bioreaktorjih||Bojana Lazović||Vita Vidmar
|-
| Maruša Prolič Kalinšek||29.03.17||Senzor za detekcijo Legionella bakterij na osnovi polidiacetilena||Eva Korošec||Luka Kavčič
|-
| Domen Klofutar||29.03.17||Novi načini prenosa informacij z izrabo kapacitet DNA: Prenos šifrirne in/ali steganografske DNA v ustni votlini preko naravno prisotnih gostiteljev Lactobacillus Casei in Veillonella Parvula||Tajda Buh||Mojca Juteršek
|-
| Simon Bolta||05.04.17||Z vezavo zunajceličnega kalcija do zmanjšanja bolečine v mišicah po treningu||Peter Prezelj||Bojana Lazović
|-
| Tomaž Rozmarič||05.04.17||Korekcija vida s pomočjo nano robotov||Boštjan Petrič||Eva Korošec
|-
| Urša Kapš||05.04.17||Nanodelci za strjevanje krvi||Ema Guštin||Tajda Buh
|-
| Julija Mazej||12.04.17||kapsule za vzpostavitev ravnovesja crevesne mikrobiote||Tjaša Lapanja||Peter Prezelj
|-
| Nataša Žigante||12.04.17||opis teme ali naslov||Maruša Prolič Kalinšek||Boštjan Petrič
|-
| Anja Herceg||12.04.17||Boj proti koroziji s pomočjo superhidrofobnega sol-gela z enkapsuliranimi zaščitnimi bakterijami||Domen Klofutar||Ema Guštin
|-
| Mirjam Kmetič||19.04.17||Nanoprotistrup na osnovi nanodelcev, ki vsebujejo inhibitor varespladib||Simon Bolta||Tjaša Lapanja
|-
| Mojca Kostanjevec||19.04.17||Nanodiski - dostavni sistem za tarčno ciljanje EpCAM na površini rakavih epitelijskih celic||Tomaž Rozmarič||Maruša Prolič Kalinšek
|-
| Jan Rozman||19.04.17||Sinteza nealergenega rekombinantnega kazeina za jedilno / biorazgradljivo embalažo||Urša Kapš||Domen Klofutar
|-
| Barbara Dušak||03.05.17||Izboljšava gojenja mesa n vitro||Julija Mazej||Simon Bolta
|-
| Mateja Cigoj||03.05.17||Probiotik z dodatkom nanodelcev za zdravljenje celiakije. Uporaba probiotičnih bakterij, ki izločajo peptidaze za razgradnjo glutena do neimunogenih fragmentov, in nanodelcev, ki vsebujejo modificirane naravne glutenske peptide specifične za HLA-DQ2 receptorje na limfocitih T, ki zavrejo Th1 posredovan avtoimunski odziv na gluten.||Nataša Žigante||Tomaž Rozmarič
|-
| Toni Nagode||03.05.17||Reverzibilno pritrjevanje predmetov na osnovi nanoslojev iz biotina in avidina||Anja Herceg||Urša Kapš
|-
| Tim Božič||10.05.17||Optimizacija pigmentov povodnega konja za proizvodnjo sončne kreme||Mirjam Kmetič||Julija Mazej
|-
| Darja Božič||10.05.17||Kontaktne leče iz proteinsko vtisnjenega polimera za zmanjšanje verjetnosti pojava proteinskih depozitov in okužb||Mojca Kostanjevec||Nataša Žigante
|-
| Petra Tavčar||10.05.17||Odstranjevalec škodljivih E-jev in BPA iz kupljenih pijač na osnovi kovalentno pritrjenih protiteles in aptamerov||Jan Rozman||Anja Herceg
|-
| Marjeta Horvat||17.05.17||FeO nanodelci za učinkovitejše odpravljanje zobnega kariesa||Barbara Dušak||Mirjam Kmetič
|-
| Danijela Jošić||17.05.17||Gensko spremenjen Lactobacillus s spermicidnim in protimikrobnim delovanjem za dolgotrajno zaščito pred zanositvijo in spolno prenosljivimi boleznimi.||Mateja Cigoj||Mojca Kostanjevec
|-
| Tina Kuhar||17.05.17||Cigareti z gensko spremenjenim tobakom in izboljšanim filtrom za lažje odvajanje od kajenja||Toni Nagode||Jan Rozman
|-
| Nika Strašek||24.05.17||Uporabniku dostopen diagnostični test za zaznavo okužbe s boreliozo in klopnim meningitisom||Tim Božič||Barbara Dušak
|-
| Eva Vidak||24.05.17||Biosenzor za CO na osnovi transkripcijskega aktivatorja CooA iz bakterije ''Rhodospirillum rubrum''||Darja Božič||Mateja Cigoj
|-
| Alja Zgonc||24.05.17||Senzor za zaznavanje miRNA v urinu za diagnozo nevrodegenerativnih bolezni||Petra Tavčar||Toni Nagode
|-
| Zala Gluhić||31.05.17||Varnejše uživanje alkohola z uporabo odorant-binding proteina LUSH.||Marjeta Horvat||Tim Božič
|-
| Judita Avbelj||31.05.17||Allergy nanocathcher za nevtralizacijo aeroalergenov v nosu.||Danijela Jošić||Darja Božič
|-
| Vid Jazbec||31.05.17||Gensko spremenjene čebele odporne na insekticide.||Tina Kuhar||Petra Tavčar
|-
| Vita Vidmar||31.05.17||'Hot start' transglutaminaza za popravljanje razcepljenih lasnih konic||Nika Strašek||Marjeta Horvat
|-
| Luka Kavčič||31.05.17||Preparat »Safe-freeze« z rekombinantno fuzijo proteina EfcIBP s TAT-HA2p, ki ščiti pred poškodbami pri zamrzovanju celic, tkiv ali organov||Eva Vidak||Danijela Jošić
|-
| Mojca Juteršek||31.05.17||Senzor za zaznavo natančne glikozilacije proteinov (npr. eritropoetina)||Alja Zgonc||Tina Kuhar
|-
| Bojana Lazović||07.06.17||Poenostavljen pristop k razvoju novih senzorjev FRET (Förster resonance energy transfer)||Zala Gluhić||Nika Strašek
|-
| Eva Korošec||07.06.17||Tattoo biosenzor za raven alkohola v krvi na osnovi alkohol oksidaze, povezan s pametnim telefonom, računalnikom ali avtomobilskimi ključi.||Judita Avbelj||Eva Vidak
|-
| Tajda Buh||07.06.17||opis teme ali naslov||Vid Jazbec||Alja Zgonc
|}

==Naloga==
'''Vaša naloga je:<br>'''
Študent pripravi projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.
Predlagana struktura:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje:<br>
* Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo od <font color=red>2000 do 2500 besed </font> (vključno z literaturo). Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. <font color=red> Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. </font>
* Seminar oddajte '''dva dneva pred datumom predstavitve''', ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Vsak recenzent predlaga izboljšavo projekta.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik dva dneva pred predstavitvijo do polnoči.

==<font color=green>Imena datotek</font>==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana <font color=green>zeleno</font>.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>
'''Citiranje knjig:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:'''<br>
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>
<font color=green>Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.</font>

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

2017-bionano-seminar

2017-03-15T20:01:12Z

Judita Avbelj: /* Seznam seminarjev */

= Bionanotehnologija- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
! Ime in priimek !! Datum predstavitve !! Tema seminarja
|-
! Peter Prezelj
| 22.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Boštjan Petrič
| 22.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Ema Guštin
| 22.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Tjaša Lapanja
| 29.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Maruša Prolič Kalinšek
| 29.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Domen Klofutar
| 29.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Simon Bolta
| 05.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Tomaž Rozmarič
| 05.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Urša Kapš
| 05.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Julija Mazej
| 12.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Nataša Žigante
| 12.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Anja Herceg
| 12.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Mirjam Kmetič
| 19.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Mojca Kostanjevec
| 19.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Jan Rozman
| 19.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Barbara Dušak
| 03.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Mateja Cigoj
| 03.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Toni Nagode
| 03.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Tim Božič
| 10.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Darja Božič
| 10.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Petra Tavčar
| 10.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Marjeta Horvat
| 17.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Danijela Jošić
| 17.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Tina Kuhar
| 17.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Nika Strašek
| 24.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Eva Vidak
| 24.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Alja Zgonc
| 24.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Zala Gluhić
| 31.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Judita Avbelj
| 31.05.17 || Nanonaprava iz bioloških delov, ki z absorbcijo in razgradnjo delcev iz zraka preprečuje različne alergijske reakcije.
|-
! Vid Jazbec
| 31.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Vita Vidmar
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Luka Kavčič
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Mojca Juteršek
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Bojana Lazović
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Eva Korošec
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Tajda Buh
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|}

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja najdete v [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

==Naloga==
'''Vaša naloga je:<br>'''
Študent pripravi projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.
Predlagana struktura:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje:<br>
* Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo od <font color=red>2000 do 2500 besed </font> (vključno z literaturo). Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. <font color=red> Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. </font>
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo pripombe k projektu in postavijo po dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik en dan pred predstavitvijo do polnoči.

==<font color=green>Imena datotek</font>==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1WdCXoXo1zkRrVlLKIcEV1z_MyhavU-3ERBm9n2oiawI/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do predstavitve seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1ToLPn78T9W3G6Hm5hV0mLseFYghiLQMlRPGb0J5zft8/viewform mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.
Na [http://bit.ly/bntmnenja tej strani] lahko preverite, če ste svoje mnenje za določen seminar že oddali in če je bil oddan pravočasno.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana <font color=green>zeleno</font>.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>
'''Citiranje knjig:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:'''<br>
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>
<font color=green>Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.</font>

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Seminarji SB 2016/17

2016-12-05T19:55:50Z

Judita Avbelj:

V študijskem letu 2016/17 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI<br>
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [[Učinkovito ciljanje izraženih in utišanih genov v človeških zarodnih in induciranih pluripotentnih celicah z nukleazami z motivi cinkovih prstov]]. Angelika Vižintin (22. 11. 2016)
# [[Izdelava sintetičnega genoma s pristopom sestavljanja celotnega genoma: Bakteriofag φX174 iz sintetičnih oligonukleotidov]]. Darja Božič (22.11.2016)
# [[Modeliranje sintetične večcelične ure: Represilatorji, sklopljeni z zaznavanjem celične gostote]]. Vita Vidmar (22. 11. 2016)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br>
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
#[[Mezenhimske matične celice nove generacije]]. Danijela Jošić (22.11.2016)
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bakterije%2C_ki_kelirajo_bakrove_ione%2C_v_boju_proti_Wilsonovi_bolezni Bakterije, ki kelirajo bakrove ione, v boju proti Wilsonovi bolezni. Simon Bolta (22. 11. 2016)]
#[["Training protein" - PETaze]]. Urša Kapš (29.11.2016)
#[[Plasticure: rešitev za učinkovitejšo razgradnjo plastike]]. Marjeta Horvat (29. 11. 2016)
#[[Quantifly]]. Ema Guštin (29. 11. 2016)
#[[Ecolibrium – razvoj ogrodja za inženiring mešanih kultur]]. Mojca Juteršek (29. 11. 2016)
#[[BeeT Beehave]]. Maja Svetličič (29.11.2016)
#[[BiotINK - nov pristop k biotiskanju tkiva]]. Mateja Cigoj (6. 12. 2016)
#[[InstaCHLAM – orodje za inženiring kloroplastov]]. Alja Zgonc (6. 12. 2016)
#[[Mos(kit)o]]. Judita Avbelj (6. 12. 2016)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 12 minut (10-14). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

Seminarji SB 2016/17

2016-12-05T19:55:24Z

Judita Avbelj:

V študijskem letu 2016/17 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI<br>
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [[Učinkovito ciljanje izraženih in utišanih genov v človeških zarodnih in induciranih pluripotentnih celicah z nukleazami z motivi cinkovih prstov]]. Angelika Vižintin (22. 11. 2016)
# [[Izdelava sintetičnega genoma s pristopom sestavljanja celotnega genoma: Bakteriofag φX174 iz sintetičnih oligonukleotidov]]. Darja Božič (22.11.2016)
# [[Modeliranje sintetične večcelične ure: Represilatorji, sklopljeni z zaznavanjem celične gostote]]. Vita Vidmar (22. 11. 2016)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br>
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
#[[Mezenhimske matične celice nove generacije]]. Danijela Jošić (22.11.2016)
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bakterije%2C_ki_kelirajo_bakrove_ione%2C_v_boju_proti_Wilsonovi_bolezni Bakterije, ki kelirajo bakrove ione, v boju proti Wilsonovi bolezni. Simon Bolta (22. 11. 2016)]
#[["Training protein" - PETaze]]. Urša Kapš (29.11.2016)
#[[Plasticure: rešitev za učinkovitejšo razgradnjo plastike]]. Marjeta Horvat (29. 11. 2016)
#[[Quantifly]]. Ema Guštin (29. 11. 2016)
#[[Ecolibrium – razvoj ogrodja za inženiring mešanih kultur]]. Mojca Juteršek (29. 11. 2016)
#[[BeeT Beehave]]. Maja Svetličič (29.11.2016)
#[[BiotINK - nov pristop k biotiskanju tkiva]]. Mateja Cigoj (6. 12. 2016)
#[[InstaCHLAM – orodje za inženiring kloroplastov]]. Alja Zgonc (6. 12. 2016)
#[[Mos(Kit)o]]. Judita Avbelj (6. 12. 2016)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 12 minut (10-14). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

Seminarji SB 2016/17

2016-12-05T19:55:09Z

Judita Avbelj:

V študijskem letu 2016/17 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI<br>
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [[Učinkovito ciljanje izraženih in utišanih genov v človeških zarodnih in induciranih pluripotentnih celicah z nukleazami z motivi cinkovih prstov]]. Angelika Vižintin (22. 11. 2016)
# [[Izdelava sintetičnega genoma s pristopom sestavljanja celotnega genoma: Bakteriofag φX174 iz sintetičnih oligonukleotidov]]. Darja Božič (22.11.2016)
# [[Modeliranje sintetične večcelične ure: Represilatorji, sklopljeni z zaznavanjem celične gostote]]. Vita Vidmar (22. 11. 2016)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br>
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
#[[Mezenhimske matične celice nove generacije]]. Danijela Jošić (22.11.2016)
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bakterije%2C_ki_kelirajo_bakrove_ione%2C_v_boju_proti_Wilsonovi_bolezni Bakterije, ki kelirajo bakrove ione, v boju proti Wilsonovi bolezni. Simon Bolta (22. 11. 2016)]
#[["Training protein" - PETaze]]. Urša Kapš (29.11.2016)
#[[Plasticure: rešitev za učinkovitejšo razgradnjo plastike]]. Marjeta Horvat (29. 11. 2016)
#[[Quantifly]]. Ema Guštin (29. 11. 2016)
#[[Ecolibrium – razvoj ogrodja za inženiring mešanih kultur]]. Mojca Juteršek (29. 11. 2016)
#[[BeeT Beehave]]. Maja Svetličič (29.11.2016)
#[[BiotINK - nov pristop k biotiskanju tkiva]]. Mateja Cigoj (6. 12. 2016)
#[[InstaCHLAM – orodje za inženiring kloroplastov]]. Alja Zgonc (6. 12. 2016)
#[[Mos(KIT)o]]. Judita Avbelj (6. 12. 2016)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 12 minut (10-14). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

Mos(kit)o

2016-12-05T19:48:26Z

Judita Avbelj: New page: Pasteur Paris 2016: Mos(KIT)o - Naprava na osnovi biosilicijevega dioksida za odkrivanje komarjev, ki so okuženi z arbovirusi http://2016.igem.org/Team:Pasteur_Paris <h2>Uvod</h2> Bole...

Pasteur Paris 2016: Mos(KIT)o - Naprava na osnovi biosilicijevega dioksida za odkrivanje komarjev, ki so okuženi z arbovirusi
http://2016.igem.org/Team:Pasteur_Paris

<h2>Uvod</h2>

Bolezni, ki jih prenašajo nekateri vektorji, so odgovorni za različne epidemije po svetu. V večini primerov proti tem boleznim na voljo nimamo cepiv, najboljši nadzor širjenja vektorjev pa so insekticidi. Prevelika raba insekticidov je breme za okolje, kot tudi vodi v rezistenco insektov, kar pa bi lahko preprečili z diagnostično napravo skupine Pasteur iz Pariza, ki so jo poimenovali Mos(KIT)o. S testom bi skoraj v realnem času dobili podatke, kje na svetu so komarji okuženi in tako bolj specifično uporabili insekticide ter lažje in bolje izvedli preventivne ukrepe. Osredotočili so se na komarje in na arboviruse, ki jih prenašajo.

<h2>Mos(KIT)o</h2>

Glavni del projekta je razvoj ploščice za detekcijo okuženih komarjev, ki prestavlja le enega izmed treh delov sistema. Celoten sistem je sestavljen iz pasti za komarje, testa za analizo okuženih komarjev oz. analizne ploščice in podatkovne baze. Pri razvoju vseh treh delov so težili k temu, da bi bila uporaba testa za uporabnika enostavna in varna. Hkrati je možno izvesti test za 4 različne okužbe. Da je naprava varna kot je le mogoče, so vse tekočine, ki so potrebne za izvedbo testa, shranjene na koncu črpalke, kjer absobent spremeni tekočino v gel, ki ga lahko varno odvržemo v koš in zamenjamo z novim.

<h3>Past za komarje</h3>

Past, ki so jo razvili skupaj s strokovnjaki za žuželke (entomologi), je namenjena lovljenju izključno komarjev. Komarje privabi človeški feromon in stoječa voda v pasti, kar so poimenovali filter komarjev. Na filtru najdemo tudi QR kodo, ki nam ob skeniranju, avtomatsko zabeleži dan postavitve vabe in njeno GPS lokacijo. Feromonska vrečka se ni izkazala za najbolj učinkovito vabo, zato bi jo v prihodnosti najverjetneje zamenjali z generatorjem CO2.

<h3>Test za analizo okuženih komarjev</h3>

Analizna ploščica je sestavljena iz treh plasti: spodnje plasti iz celuloze in silicijevega dioksida, ki služi kot nosilec; vmesne, proteinske plasti in vrhnje plasti, ki omogoča detekcijo. Ploščice so naredili tako, da so združili vse tri plasti skupaj. Mešanico celuloze in silikatnega gela ter fuzijskega proteina s kondenziranim silicijevim dioksidom so s posebno napravo stisnili v tanko plast. Nato so površino prekrili s specifičnimi protitelesi.

<h4>Plast iz celuloze in silicijevega dioksida</h4>
Celuloza je kot nosilec primerna zato, ker ne moti imunoloških reakcij. Uporabili so komercialno celulozo.

<h4>Proteinska plast</h4>
Naredili so fuzijski protein v katerem so združili tri proteine s tremi različnimi funkcijami. Fuzijski protein se veže na celulozno plast in jo ojača s kondenzacijo silicijevega dioksida, prav tako pa veže specifična protitelesa. Fuzirali so vezavni protein, ki veže silicijev dioksid (Si4), B domeno stafilokoknega proteina A (BpA) in vezavni protein A, ki se veže na celulozo (CBPa). Pomembno je, da Si4 in BpA prostorsko nista preveč blizu, saj bi silicijev dioksid, ob vezavi na Si4, lahko prekril protitelo vezano na BpA, zato so med njiju dali protein CBPa. Končni produkt je fuzijski protein Si4-CBPa-BpA, ki so ga poimenovali protein C in ima 25kDa.

Fuzijski protein so naredili s pomočjo že obstoječih biokock, ki so jih naredile pretekle iGEM skupine. Združili so biokocke BBa_K1028000, ki vsebuje zapis za Si4; BBa_K863110 z zapisom za CBPa in BBa_K103003, ki nosi zapis za BpA . Da so ohranili konformacijo fuziranih proteinov in njihovo aktivnost, so jih med seboj ločili s fleksibilnim linkerjem.

Za lažje čiščenje proteinov so na 5' konec dodali sekvenco za HisTag, pred njim pa so dodali še mesto za cepitev s TEV proteazo, s katerim je možna odstranitev HisTag-a. Z dodatkom začetnega kodona ATG in TAA stop kodona so zagotovili, da se je protein res izražal. Iz pET43.1a vektorja so dodali tudi cis regulatorne sekvence (T7 terminator in T7 promotor) ter na koncu tudi restrikcijski mesti BamI in HindIII. Naredili so dve različici proteina C1 in C2, ki sta se razlikovala v tem ali je HisTag na C ali N-terminalnem koncu. Zaporedje za fuzijski protein so sintetizirali pri podjetju Integrated DNA Technology.

Sintetizirana zaporedja so pomnožili z PCR reakcijo in jih klonirali v TOPO vektorje, da bi namnožili plazmide. S TOPO plazmidi z vstavljenimi inserti so transformirali kompetentne TOP 10 celice E. coli s toplotnim šokom. Bakterije so dali na LB gojišča, kjer so celice selekcionirali z ampicilinom (bakterije, ki so sprejele TOPO vektor so preživele, saj je na vektorju zapis za rezistenco na antibiotik) in z X-gal. Bele kolonije so predstavljale bakterije, ki so sprejele rekombinantni vektor. Ko so se bakterije dovolj namnožile, so iz njih izolirali plazmid in z restriktazama Xba/HindII in z elektroforezo preverili ali plazmidi res vsebujejo kloniran insert. Insert so izolirali iz gela in ga ligirali v defosforiliran ekspresijski vektor pET43.1a. Ponovili so postopek s katerim so dokazali prisotnost inserta v ekspresijskem vektorju z elektroforezo . S sekvenciranjem so potrdili pravo zaporedje vektorja.
Za produkcijo večjih količin proteina C so transformirali BL21(DE3), bakterije E. coli, s pripravljenim rekombinantim plazmidom. Ko so bile bakterije dovolj goste so inducirali ekspresijo proteina z dodatkom izopropil β-D-1-tiogalaktopiranozida (IPTG) in z gojenjem celic pri temperaturi 15°C čez noč. Zagotoviti so morali, da se protein ni konstitutivno izražal, saj niso vedeli kakšen vpliv ima na bakterijski metabolizem. Proteine so očistili s hitro tekočinsko kromatografijo pod pritiskom (FPLC) z uporabo polistirenske kolone zaradi intrinzične afinitete proteina C do celuloze. Protein so eluirali s pufrom, ki je vseboval imadazol, detektirali pa so dva vrhova. S SDS-PAGE so ugotovili , da vrhova ustrezata proteinom velikosti 25kDa in 50kDa in da je verjetno nekaj proteina v dimerni obliki. Z masno spektrometrijo in prenosom Western, kjer so uporabili protitelesa proti HisTag oznaki, so se prepričali, da so res izolirali protein C.

<h4>Imunodetekcija </h4>
Naloga te plasti je zaznati prisotnost antigenov patogenov s specifičnimi protitelesi vezanimi na fuzijski protein. Metoda detekcije temelji na konjugaciji antigena s hrenovo peroksidazo in vezavo teh antigenov s specifičnimi protitelesi, ki so vezani na fuzijski protein oz. na komercialno membrano. Po dodatku substrata za hrenovo peroksidazo vidimo rjavo obarvanje, ki potrdi prisotnost antigena v preiskovanem vzorcu.
Ker celoten test za analizo ni bil popolnoma dokončan, so uspešnost detekcije preizkusili na komercialni membrani. Uporabili so en sam očiščen protein virusa rumene mrzlice (YFVp). Prekrito membrano s protitelesi proti YFVv so inkubirali s hrenovo peroksidazo (HRP) konjugiranim govejim serumskim aluminom (BSA), samo YFVp in HRP-YFVp. Pozitiven in tudi edini logični rezultat so dobili samo pri HRP-YFVp.
Preverili so tudi, ali sami proteini iz lizata neokuženih komarjev lahko motijo interakcijo med virusnimi proteini in specifičnimi protitelesi. Test so izvedli na membranah, kot tudi na testni ploščici. Uporabili so protitelesa proti činkunguja virusu(CHIKV) in konjugiranim proteinom CHIKV s HRP. Test na membranah je sicer pokazal nekaj nespecifičnosti, vendar pa je jasno viden večji signal ob prisotnosti proteina CHIKV. Njihova testna ploščica ni dala najboljših rezultatov, saj je bila specifičnost prenizka, kar so pripisali omejenemu spiranju ploščice, saj je bila ta zelo krhka in so se z njo morali pazljivo rokovati.

<h4>Funkcijski testi proteina C</h4>
Izvedli so tudi funkcijske teste fuzijskega proteina.

Najprej so testirali sposobnost proteina, da se veže na celulozo. Celulozo so zmešali z BSA-jem, enkrat brez in drugič s proteinom C, tako da sta oba proteina tekmovala za vezavo s celulozo. Po spiranju in centrifugiranju so analizirali proteine v supernatantu in peletu s SDS-PAGE. Ugotovili so, da so se proteini velikosti 25kDa in 50 kDa vezali na celulozo, BSA pa ne. Po drugem spiranju večino proteina C najdemo v peletu. Vseeno pa ga je nekaj ostalo v supernatantu, kar so pripisali preveliki začetni koncentraciji proteina C in posledično zasičenju mest za vezavo.

Drugi test je bil test biosilifikacije, kjer so preizkusili funkcijo Si4.
Uporabili so tetraetil ortosilikat (TEOS) kot vir silicijeve kisline. V kislih pogojih se iz TEOS-a sprosti silicijeva kislina, ki jo protein C uporabi za silifikacijo. Spektrofotometrično so določili količino proste silicijeve kisline z mobildenovim testom. Na začektu je bila koncentracija proste silicijeve kisline 206 µg/ml, po 2h reakcije pa 33µg. Zaključili so lahko, da njihov protein deluje.

Za testiranje funkcije BpA jim je zmanjkalo časa.

<h3>Podatkovna baza</h3>
Rezultate se po končani analizi vnese v podatkovno bazo in tako posodobimo zemljevid, ki nam pokaže, kje se nahajajo okuženi komarji, v skoraj realnem času. Razvili so tudi prototip strani http://moskit.esy.es in aplikacijo.

Testirali so tudi mehanske lastnosti njihove analizne ploščice za katero so ugotovili, da so glede na nekatere teste, primerljive z rigidnostjo plastike. Poleg opisane ploščice za analizo so študenti sami oblikovali in izdelali past za komarje, napravo za izvedbo analize, razvili pa so tudi aplikacijo in spletno stran, kjer je možno dostopati do podatkov o lokaciji okuženih komarjev. S 3D modeliranjem so oblikovali posamične dele, ki so jih sprintali s 3D tiskalnikom, izdali pa so tudi priročnik o intelektualni lastnini za iGEM skupine.

<h2>Viri</h2>
2016.igem.org. (2016). Team:Pasteur Paris - 2016.igem.org. [online] Dostopno na: http://2016.igem.org/Team:Pasteur_Paris [Datum ogleda 5.12.2016].

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Seminarji_SB_12016/17 Seminarji SB 12016/17]