https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Katja+%C4%8Cop 2026-04-15T03:38:24Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mejozna_rekombinacija&diff=11597 2016-05-30T05:42:06Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>Homologna rekombinacija med 1. mejotsko delitvijo ali z drugimi besedami mejozna rekombinacija omogoča nastanek genetsko raznolikih gamet. Pri tem procesu se izmenjajo deli DNA med dvema DNA vijačnicama, ki imata nekatere dele zaporedja zelo podobne. Genetsko raznolikost gamet zagotavljata prekrižanje homolognih kromosomov in genska konverzija, ki sta rezultat mejozne rekombinacije. V osnovi je homologna rekombinacija eden od načinov popravljanja dvojnih prelomov DNA. Kot osnova za popravilo preloma dvojne vijačnice ene kromatide kromosoma služi veriga kromatide homolognega kromosoma. <br /> &lt;h2&gt;Modeli homologne rekombinacije&lt;/h2&gt;<br /> Pri sesalcih so za uspešno mejotsko rekombinacijo poleg navedenih proteinov in njihovih analogov potrebni še mnogi, v večji meri še neodkriti proteini. Navedeni so splošni postopki v evkariontskih celicah.&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Na eni od homolognih verig DNA se pojavijo prekinitve. Nastane jih toliko, da na paru homolognih kromatid vsaj enkrat pride do izmenjave dednega materiala. Mesto popolnega preloma verige in posledično mesto, kjer bo prišlo do mejozne rekombinacije in izmenjave med homolognima kromatidama se imenuje Kiazma. Za njihovo tvorbo je potreben encim SPO11, ki s kovalentno vezavo na DNA verigo povzroči prelom (način delovanja je podoben DNA topoizomerazi). Do prelomov in posledično do izmenjave dednega materiala prihaja v ‘hot spot‘ regijah, okoli 1000 do 2000 nukleotidov dolgi kosi DNA in predvsem na CpG bogatih regijah promotorjev genov. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Z endonukleazno cepitvijo encima MRN in CtIP odstranita SPO11 z mest dvojnega preloma. Takoj za tem sledi resekcija koncev v smeri 5’-3’, ki jo med drugimi opravlja EXO1 ali DNA2 s helikazo. Pri resekciji se se izreže okoli 100 nukleotidov. Ker jo opravlja več različnih proteinov, ki delujejo tako na 5’ kot na 3’ koncu, je ta korak odločilen za pravilno napredovanje in časovno umestitev podvojitve dednega materiala. Resekcija je v G1 fazi zelo počasna. Očitno je, da povečana koncentracija CDK1 pozitivno vpliva na hitrost resekcije, ta pa je nizka v G1 fazi in se z napredovanjem skozi celični cikel, predvsem med M in G2 fazo močno poveča. Če je na prostem koncu prisoten protein RPA je to dovolj, da se s pomočjo drugih proteinov (Rad52) protein Rad51 in BRCA2 vežeta na zdaj enojno (ssDNA) verigo in tvorita nukleoproteinski filament na prosti 3’ konec. Ta s proteinom ovit in raztegnjen del ssDNA je imenovan invazivni konec. Podobno vlogo ima tudi protein Dcm1. Vloga tega filamenta je, da aktivno išče homologno verigo DNA, nato pride do izpodrinjanja konca iz originalne verige DNA. Svoj par najde na homologni verigi, ki se je na tem mestu razvila, ne pa tudi razklenila in tvorila odprto zanko. Invazivni 3’ konec, utrjen z Dcm1, zdaj vdre v odprto zanko sosednje verige in se poveže s homologno donorsko sekvenco. Tvori se D-zanka in odmaknjena polovica homologne verige se poveže s homolognim zaporedjem preostalega neresektiranega konca. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Tukaj se mehanizem nadaljnje homologne rekombinacije razdeli na dva predlagana modela, DSBR (angl. double strand break repair), poznan tudi kot model dveh Hollidayevih križišč in SDSA (angl. synthesis dependant strand annealing). Pri DSBR sta možni dve rešitvi nastalega kompleksa, ena vključuje prekrivanje in statistično veliko bolj verjetna, pri drugi pa do prekrižanja ne pride. SDSA model ne dopušča prekrivanja in se med mejotsko delitvijo lahko zgodi med 4 in 15-krat pogosteje kot DSBR. Modela razložita pojav genske konverzije (angl. gene conversion, GC). SSA je sicer model popravljanja DBS med mejozo, ampak pri njem do GC ne pride. Četrti poseben način popravljanja DSB je mehanizem BIR.<br /> <br /> &lt;h3&gt;SSA (single strand annealing)&lt;/h3&gt; <br /> Je edini od popravljalnih mehanizmov med homologno rekombinacijo (HR), za katerega formacija D-zanke ni potrebna. Temelji na kratkih ponovitvah zaporedja pred in po prelomu verige. Mehanizem se sicer dogaja na DSB med HR, ampak je neodvisen od Rad51 in do invazije krakov ne pride, ker mehanizem ni odvisen od homologne kromatide. Resekcija z Rad endonuklazami izpostavi homologna zaporedja na obeh krakih, ki lahko tvorita DNA vijačnico, pri tem se ves dedni material med zaporedjema nepovratno izgubi.<br /> &lt;h3&gt;DSBR (double strand break repair)&lt;/h3&gt; [https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination#/media/File:HR_schematic_diagram.svg slika]<br /> D-zanka se podaljša in ssDNA nasproti invazivnemu koncu (resektirani 3' konec) se poveže z homolognim delom razvite zanke. Invazivni konec, ki ga polimeraze zdaj podaljšajo ob matrični verigi se zlepi s tem 3+ koncem in tvori intermediat z dvema Hollidayevima križiščema (HK). HK resolvaze bodo tako križišče presekale na dva načina. Pri prvem bo prišlo do horizontalne razrešitve križišč in do prekrižanja ne pride, pri drugem resolvaze delujejo vertikalno in pride do popolne obrnitve delčkov Verig. Varnostni mehanizmi poskrbijo, da v bližini prekrižanja DNA nekaj časa do ponovnega prekrižanja ne pride <br /> &lt;h3&gt;SDSA (synthesis dependant strand anneling)&lt;/h3&gt; [https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination#/media/File:HR_schematic_diagram.svg slika]<br /> Po tvorbi D-zanke, DNA polδ ali polε sintetizirata na invazivnem 3’ koncu podaljšek. Novo sintetiziran konec homologen sosednji DNA verigi se loči od D-zanke in najde resektirani konce svoje originalne verige. Zdaj je del resektiranega dednega materiala enak homologni verigi in popravljalni mehanizmi poskrbijo,da se ta nov dedni material ujema z starim, ali pa starega prilagodijo temu. Obstajajo redke izjeme, kjer pride do migracije D-zanke in zaradi tega lahko potencialno še vedno pride do formacije Hollidayevega intermediata in posledično prekrižanja.<br /> &lt;h3&gt;BIR (break repair mechanism)&lt;/h3&gt;<br /> Poteka, če med podvajanjem pride do hude poškodbe, kjer se kos kromosoma odlomi. Ker dedni material na drugi strani DBS manjka se resekcija zgodi samo na prisotni polovici in invazivni konec ob vdoru v D-zanko tvori enosmerne replikacijske vilice, ki prepišejo ves manjkajoči del DNA. Posledica je velika izguba raznolikega dednega materiala, ampak mejoza se lahko zaključi. BIR mehanizem se dogaja šele v S fazi celičnega cikla in je izredno mutagen.<br /> &lt;h2&gt;Genska konverzija&lt;/h2&gt;<br /> V drugi mejotski delitvi nastanejo gamete, ki so haploidne. Če ima diploidna celica, iz katere gamete nastanejo, ob vstopu v proces mejoze nek določen gen prisoten v dveh alelih (npr. alel A na materinem kromosomu in alel a na očetovem kromosomu), po Mendlovem zakonu segregacije ali izločitve pričakujemo, da bo po ločitvi kromatid v dveh nastalih gametah prisoten alel A, v drugih dveh pa alel a. Raziskave na kvasovki pokažejo, da temu ni vedno tako. Lahko se zgodi, da nastanejo 4 produkti mejoze, pri kvasovki imenovani tetrade, v katerih je v treh prisoten alel A, alel a pa samo v eni. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Ta pojav je posledica procesa imenovanega genska konverzija, pri katerem se genetska informacija enosmerno prenese iz donorskega zaporedja na homologno akceptorsko zaporedje. Genska konverzija v splošnem lahko poteče tudi med podobnimi zaporedji na sestrskih kromatidah ali na isti kromatidi med kopijami določenega gena. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Med mejozo se genska konverzija zgodi med kromatidama homolognih kromosomov. Situacije, ki lahko vodijo v gensko konverzijo, nastanejo pri produktih zgoraj opisanih poti SDSA in DSBR oz. z drugimi besedami, genska konverzija je posledica poti SDSA in DSBR. V bližini mesta, kjer se je prej nahajal dvojni prelom verige DNA, sta sedaj v dvojno vijačnico vezani zaporedji, ki nista po celi dolžini identični, ampak sta na nekaterih mestih samo homologni. Tako zaporedje, pri katerem ujemanje baz ni popolno, imenujemo heterodupleks. Po poti SDSA se ob mestu, kjer se je nahajal prelom, pojavi en heterodupleks, po poti DSBR pa dva, vsak na svoji verigi in sicer na nasprotnih straneh glede na mesto preloma dvojne vijačnice. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Kjer nastane heterodupleks, lahko pride do popravljanja neujemanja na dva načina. Po prvem načinu lahko popravljanje poteče na drugi verigi, tako da se bo le-ta popolnoma ujemala s prvo verigo, ki služi kot osnova za popravljanje. Pri drugem načinu pa druga veriga služi kot osnova za popravljanje prve. V primeru, ko se na področju heterodupleksa nahajata različici nekega gena, npr. alel A, ki izvira iz verige, ki je bila prelomljena, in alel a, ki izvira iz neprelomljene verige, lahko po prvem načinu kot osnova za popravljanje služi veriga, na kateri je prisoten alel A. Ta način vodi v stanje, kjer je razmerje med aleli A in a na skupno 4 kromatidah 2:2, kar pomeni, da delitev alelov med tetrade ustreza Mendlovemu zakonu. Če za osnovo popravljanja neujemanja služi druga veriga, torej v tem primeru alel a iz neprelomljene verige, bo končno razmerje alelov A in a na 4 kromatidah 1:3, kar pomeni, da je prišlo do genske konverzije. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Do le-te med potjo DSBR lahko pride tudi ob sintezi komplementarne verige enovijačni DNA, ki je prisotna, ko nastane D-zanka. Tudi pri poti SDSA pride do genske konverzije ne samo s popravilom heterodupleksa, ampak tudi s sintezo komplementarne verige novonastali enovijačni verigi. Raziskave kljub tem dodatnim možnostim kažejo, da je večina genskih konverzij posledica opisanega popravljanja neujemanja heterodupleksov.<br /> Možno pa je, da do popravljanja neujemanja sploh ne pride. V tem primeru pride do post-mejotske ločitve med mitozo, na koncu katere dobimo razmerje kromatid, ki vsebujejo alel A proti razmerju teh, ki vsebujejo alel a 3:5. Po podvojitvi DNA med mitozo ni več prisotnih heterodupleksov. Do post-mejotske ločitve pri kvasovki pride v skoraj 10% dogodkov mejozne rekombinacije.<br /> &lt;h3&gt;Pristranska genska konverzija&lt;/h3&gt; <br /> Izkaže se, da so nekateri aleli bolj podvrženi genski konverziji kot drugi, kar imenujemo pristranska genska konverzija (angl. biased gene conversion). Na mestih, kjer so v heterodupleksih prisotni pari A:C in G:T, poteče pretvorba nepravilnega parjenja baz v G:C in ne v A:T. Posledica tega pojava je, da na mestih, kjer genska konverzija poteče, posledično nastanejo regije, ki so bogate s C:G pari.<br /> <br /> &lt;h2&gt;Viri&lt;/h2&gt;<br /> <br /> Tropp, B. E. Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> Merker, J., Dominska, M., Petes, T. Patterns of heteroduplex formation associated with the initiation of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae. ''Genetics'', 2003, 165, str. 47-63.<br /> <br /> Haber, J., Ira, G., Malkova, A., et al. Repairing a double-strand chromosome break by homologous recombination: revisiting Robin Holliday's model. ''Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences'', 2004, 359, str. 79-86.<br /> <br /> Mehta, A., &amp; Haber, J. E. (2014). Sources of DNA Double-Strand Breaks and Models of Recombinational DNA Repair. ''Cold Spring Harbor Perspectives in Biology'', 6(9), a016428–a016428. http://doi.org/10.1101/cshperspect.a016428<br /> <br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mejozna_rekombinacija&diff=11596 2016-05-30T05:41:03Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>Homologna rekombinacija med 1. mejotsko delitvijo ali z drugimi besedami mejozna rekombinacija omogoča nastanek genetsko raznolikih gamet. Pri tem procesu se izmenjajo deli DNA med dvema DNA vijačnicama, ki imata nekatere dele zaporedja zelo podobne. Genetsko raznolikost gamet zagotavljata prekrižanje homolognih kromosomov in genska konverzija, ki sta rezultat mejozne rekombinacije. V osnovi je homologna rekombinacija eden od načinov popravljanja dvojnih prelomov DNA. Kot osnova za popravilo preloma dvojne vijačnice ene kromatide kromosoma služi veriga kromatide homolognega kromosoma. <br /> &lt;h2&gt;Modeli homologne rekombinacije&lt;/h2&gt;<br /> Pri sesalcih so za uspešno mejotsko rekombinacijo poleg navedenih proteinov in njihovih analogov potrebni še mnogi, v večji meri še neodkriti proteini. Navedeni so splošni postopki v evkariontskih celicah.&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Na eni od homolognih verig DNA se pojavijo prekinitve. Nastane jih toliko, da na paru homolognih kromatid vsaj enkrat pride do izmenjave dednega materiala. Mesto popolnega preloma verige in posledično mesto, kjer bo prišlo do mejozne rekombinacije in izmenjave med homolognima kromatidama se imenuje Kiazma. Za njihovo tvorbo je potreben encim SPO11, ki s kovalentno vezavo na DNA verigo povzroči prelom (način delovanja je podoben DNA topoizomerazi). Do prelomov in posledično do izmenjave dednega materiala prihaja v ‘hot spot‘ regijah, okoli 1000 do 2000 nukleotidov dolgi kosi DNA in predvsem na CpG bogatih regijah promotorjev genov. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Z endonukleazno cepitvijo encima MRN in CtIP odstranita SPO11 z mest dvojnega preloma. Takoj za tem sledi resekcija koncev v smeri 5’-3’, ki jo med drugimi opravlja EXO1 ali DNA2 s helikazo. Pri resekciji se se izreže okoli 100 nukleotidov. Ker jo opravlja več različnih proteinov, ki delujejo tako na 5’ kot na 3’ koncu, je ta korak odločilen za pravilno napredovanje in časovno umestitev podvojitve dednega materiala. Resekcija je v G1 fazi zelo počasna. Očitno je, da povečana koncentracija CDK1 pozitivno vpliva na hitrost resekcije, ta pa je nizka v G1 fazi in se z napredovanjem skozi celični cikel, predvsem med M in G2 fazo močno poveča. Če je na prostem koncu prisoten protein RPA je to dovolj, da se s pomočjo drugih proteinov (Rad52) protein Rad51 in BRCA2 vežeta na zdaj enojno (ssDNA) verigo in tvorita nukleoproteinski filament na prosti 3’ konec. Ta s proteinom ovit in raztegnjen del ssDNA je imenovan invazivni konec. Podobno vlogo ima tudi protein Dcm1. Vloga tega filamenta je, da aktivno išče homologno verigo DNA, nato pride do izpodrinjanja konca iz originalne verige DNA. Svoj par najde na homologni verigi, ki se je na tem mestu razvila, ne pa tudi razklenila in tvorila odprto zanko. Invazivni 3’ konec, utrjen z Dcm1, zdaj vdre v odprto zanko sosednje verige in se poveže s homologno donorsko sekvenco. Tvori se D-zanka in odmaknjena polovica homologne verige se poveže s homolognim zaporedjem preostalega neresektiranega konca. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Tukaj se mehanizem nadaljnje homologne rekombinacije razdeli na dva predlagana modela, DSBR (angl. double strand break repair), poznan tudi kot model dveh Hollidayevih križišč in SDSA (angl. synthesis dependant strand annealing). Pri DSBR sta možni dve rešitvi nastalega kompleksa, ena vključuje prekrivanje in statistično veliko bolj verjetna, pri drugi pa do prekrižanja ne pride. SDSA model ne dopušča prekrivanja in se med mejotsko delitvijo lahko zgodi med 4 in 15-krat pogosteje kot DSBR. Modela razložita pojav pretvorbe genov (angl. gene conversion, GC). SSA je sicer model popravljanja DBS med mejozo, ampak pri njem do GC ne pride. Četrti poseben način popravljanja DSB je mehanizem BIR.<br /> <br /> &lt;h3&gt;SSA (single strand annealing)&lt;/h3&gt; <br /> Je edini od popravljalnih mehanizmov med homologno rekombinacijo (HR), za katerega formacija D-zanke ni potrebna. Temelji na kratkih ponovitvah zaporedja pred in po prelomu verige. Mehanizem se sicer dogaja na DSB med HR, ampak je neodvisen od Rad51 in do invazije krakov ne pride, ker mehanizem ni odvisen od homologne kromatide. Resekcija z Rad endonuklazami izpostavi homologna zaporedja na obeh krakih, ki lahko tvorita DNA vijačnico, pri tem se ves dedni material med zaporedjema nepovratno izgubi.<br /> &lt;h3&gt;DSBR (double strand break repair)&lt;/h3&gt; [https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination#/media/File:HR_schematic_diagram.svg slika]<br /> D-zanka se podaljša in ssDNA nasproti invazivnemu koncu (resektirani 3' konec) se poveže z homolognim delom razvite zanke. Invazivni konec, ki ga polimeraze zdaj podaljšajo ob matrični verigi se zlepi s tem 3+ koncem in tvori intermediat z dvema Hollidayevima križiščema (HK). HK resolvaze bodo tako križišče presekale na dva načina. Pri prvem bo prišlo do horizontalne razrešitve križišč in do prekrižanja ne pride, pri drugem resolvaze delujejo vertikalno in pride do popolne obrnitve delčkov Verig. Varnostni mehanizmi poskrbijo, da v bližini prekrižanja DNA nekaj časa do ponovnega prekrižanja ne pride <br /> &lt;h3&gt;SDSA (synthesis dependant strand anneling)&lt;/h3&gt; [https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination#/media/File:HR_schematic_diagram.svg slika]<br /> Po tvorbi D-zanke, DNA polδ ali polε sintetizirata na invazivnem 3’ koncu podaljšek. Novo sintetiziran konec homologen sosednji DNA verigi se loči od D-zanke in najde resektirani konce svoje originalne verige. Zdaj je del resektiranega dednega materiala enak homologni verigi in popravljalni mehanizmi poskrbijo,da se ta nov dedni material ujema z starim, ali pa starega prilagodijo temu. Obstajajo redke izjeme, kjer pride do migracije D-zanke in zaradi tega lahko potencialno še vedno pride do formacije Hollidayevega intermediata in posledično prekrižanja.<br /> &lt;h3&gt;BIR (break repair mechanism)&lt;/h3&gt;<br /> Poteka, če med podvajanjem pride do hude poškodbe, kjer se kos kromosoma odlomi. Ker dedni material na drugi strani DBS manjka se resekcija zgodi samo na prisotni polovici in invazivni konec ob vdoru v D-zanko tvori enosmerne replikacijske vilice, ki prepišejo ves manjkajoči del DNA. Posledica je velika izguba raznolikega dednega materiala, ampak mejoza se lahko zaključi. BIR mehanizem se dogaja šele v S fazi celičnega cikla in je izredno mutagen.<br /> &lt;h2&gt;Genska konverzija&lt;/h2&gt;<br /> V drugi mejotski delitvi nastanejo gamete, ki so haploidne. Če ima diploidna celica, iz katere gamete nastanejo, ob vstopu v proces mejoze nek določen gen prisoten v dveh alelih (npr. alel A na materinem kromosomu in alel a na očetovem kromosomu), po Mendlovem zakonu segregacije ali izločitve pričakujemo, da bo po ločitvi kromatid v dveh nastalih gametah prisoten alel A, v drugih dveh pa alel a. Raziskave na kvasovki pokažejo, da temu ni vedno tako. Lahko se zgodi, da nastanejo 4 produkti mejoze, pri kvasovki imenovani tetrade, v katerih je v treh prisoten alel A, alel a pa samo v eni. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Ta pojav je posledica procesa imenovanega genska konverzija, pri katerem se genetska informacija enosmerno prenese iz donorskega zaporedja na homologno akceptorsko zaporedje. Genska konverzija v splošnem lahko poteče tudi med podobnimi zaporedji na sestrskih kromatidah ali na isti kromatidi med kopijami določenega gena. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Med mejozo se genska konverzija zgodi med kromatidama homolognih kromosomov. Situacije, ki lahko vodijo v gensko konverzijo, nastanejo pri produktih zgoraj opisanih poti SDSA in DSBR oz. z drugimi besedami, genska konverzija je posledica poti SDSA in DSBR. V bližini mesta, kjer se je prej nahajal dvojni prelom verige DNA, sta sedaj v dvojno vijačnico vezani zaporedji, ki nista po celi dolžini identični, ampak sta na nekaterih mestih samo homologni. Tako zaporedje, pri katerem ujemanje baz ni popolno, imenujemo heterodupleks. Po poti SDSA se ob mestu, kjer se je nahajal prelom, pojavi en heterodupleks, po poti DSBR pa dva, vsak na svoji verigi in sicer na nasprotnih straneh glede na mesto preloma dvojne vijačnice. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Kjer nastane heterodupleks, lahko pride do popravljanja neujemanja na dva načina. Po prvem načinu lahko popravljanje poteče na drugi verigi, tako da se bo le-ta popolnoma ujemala s prvo verigo, ki služi kot osnova za popravljanje. Pri drugem načinu pa druga veriga služi kot osnova za popravljanje prve. V primeru, ko se na področju heterodupleksa nahajata različici nekega gena, npr. alel A, ki izvira iz verige, ki je bila prelomljena, in alel a, ki izvira iz neprelomljene verige, lahko po prvem načinu kot osnova za popravljanje služi veriga, na kateri je prisoten alel A. Ta način vodi v stanje, kjer je razmerje med aleli A in a na skupno 4 kromatidah 2:2, kar pomeni, da delitev alelov med tetrade ustreza Mendlovemu zakonu. Če za osnovo popravljanja neujemanja služi druga veriga, torej v tem primeru alel a iz neprelomljene verige, bo končno razmerje alelov A in a na 4 kromatidah 1:3, kar pomeni, da je prišlo do genske konverzije. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Do le-te med potjo DSBR lahko pride tudi ob sintezi komplementarne verige enovijačni DNA, ki je prisotna, ko nastane D-zanka. Tudi pri poti SDSA pride do genske konverzije ne samo s popravilom heterodupleksa, ampak tudi s sintezo komplementarne verige novonastali enovijačni verigi. Raziskave kljub tem dodatnim možnostim kažejo, da je večina genskih konverzij posledica opisanega popravljanja neujemanja heterodupleksov.<br /> Možno pa je, da do popravljanja neujemanja sploh ne pride. V tem primeru pride do post-mejotske ločitve med mitozo, na koncu katere dobimo razmerje kromatid, ki vsebujejo alel A proti razmerju teh, ki vsebujejo alel a 3:5. Po podvojitvi DNA med mitozo ni več prisotnih heterodupleksov. Do post-mejotske ločitve pri kvasovki pride v skoraj 10% dogodkov mejozne rekombinacije.<br /> &lt;h3&gt;Pristranska genska konverzija&lt;/h3&gt; <br /> Izkaže se, da so nekateri aleli bolj podvrženi genski konverziji kot drugi, kar imenujemo pristranska genska konverzija (angl. biased gene conversion). Na mestih, kjer so v heterodupleksih prisotni pari A:C in G:T, poteče pretvorba nepravilnega parjenja baz v G:C in ne v A:T. Posledica tega pojava je, da na mestih, kjer genska konverzija poteče, posledično nastanejo regije, ki so bogate s C:G pari.<br /> <br /> &lt;h2&gt;Viri&lt;/h2&gt;<br /> <br /> Tropp, B. E. Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> Merker, J., Dominska, M., Petes, T. Patterns of heteroduplex formation associated with the initiation of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae. ''Genetics'', 2003, 165, str. 47-63.<br /> <br /> Haber, J., Ira, G., Malkova, A., et al. Repairing a double-strand chromosome break by homologous recombination: revisiting Robin Holliday's model. ''Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences'', 2004, 359, str. 79-86.<br /> <br /> Mehta, A., &amp; Haber, J. E. (2014). Sources of DNA Double-Strand Breaks and Models of Recombinational DNA Repair. ''Cold Spring Harbor Perspectives in Biology'', 6(9), a016428–a016428. http://doi.org/10.1101/cshperspect.a016428<br /> <br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mejozna_rekombinacija&diff=11591 2016-05-29T18:53:56Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>Homologna rekombinacija med 1. mejotsko delitvijo ali z drugimi besedami mejozna rekombinacija omogoča nastanek genetsko raznolikih gamet. Pri tem procesu se izmenjajo deli DNA med dvema DNA vijačnicama, ki imata nekatere dele zaporedja zelo podobne. Genetsko raznolikost gamet zagotavljata prekrižanje homolognih kromosomov in genska pretvorba, ki sta rezultat mejozne rekombinacije. V osnovi je homologna rekombinacija eden od načinov popravljanja dvojnih prelomov DNA. Kot osnova za popravilo preloma dvojne vijačnice ene kromatide kromosoma služi veriga kromatide homolognega kromosoma. <br /> &lt;h2&gt;Modeli homologne rekombinacije&lt;/h2&gt;<br /> Pri sesalcih so za uspešno mejotsko rekombinacijo poleg navedenih proteinov in njihovih analogov potrebni še mnogi, v večji meri še neodkriti proteini. Navedeni so splošni postopki v evkariontskih celicah.&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Na eni od homolognih verig DNA se pojavijo prekinitve. Nastane jih toliko, da na paru homolognih kromatid vsaj enkrat pride do izmenjave dednega materiala. Mesto popolnega preloma verige in posledično mesto, kjer bo prišlo do mejozne rekombinacije in izmenjave med homolognima kromatidama se imenuje Kiazma. Za njihovo tvorbo je potreben encim SPO11, ki s kovalentno vezavo na DNA verigo povzroči prelom (način delovanja je podoben DNA topoizomerazi). Do prelomov in posledično do izmenjave dednega materiala prihaja v ‘hot spot‘ regijah, okoli 1000 do 2000 nukleotidov dolgi kosi DNA in predvsem na CpG bogatih regijah promotorjev genov. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Z endonukleazno cepitvijo encima MRN in CtIP odstranita SPO11 z mest dvojnega preloma. Takoj za tem sledi resekcija koncev v smeri 5’-3’, ki jo med drugimi opravlja EXO1 ali DNA2 s helikazo. Pri resekciji se se izreže okoli 100 nukleotidov. Ker jo opravlja več različnih proteinov, ki delujejo tako na 5’ kot na 3’ koncu, je ta korak odločilen za pravilno napredovanje in časovno umestitev podvojitve dednega materiala. Resekcija je v G1 fazi zelo počasna. Očitno je, da povečana koncentracija CDK1 pozitivno vpliva na hitrost resekcije, ta pa je nizka v G1 fazi in se z napredovanjem skozi celični cikel, predvsem med M in G2 fazo močno poveča. Če je na prostem koncu prisoten protein RPA je to dovolj, da se s pomočjo drugih proteinov (Rad52) protein Rad51 in BRCA2 vežeta na zdaj enojno (ssDNA) verigo in tvorita nukleoproteinski filament na prosti 3’ konec. Ta s proteinom ovit in raztegnjen del ssDNA je imenovan invazivni konec. Podobno vlogo ima tudi protein Dcm1. Vloga tega filamenta je, da aktivno išče homologno verigo DNA, nato pride do izpodrinjanja konca iz originalne verige DNA. Svoj par najde na homologni verigi, ki se je na tem mestu razvila, ne pa tudi razklenila in tvorila odprto zanko. Invazivni 3’ konec, utrjen z Dcm1, zdaj vdre v odprto zanko sosednje verige in se poveže s homologno donorsko sekvenco. Tvori se D-zanka in odmaknjena polovica homologne verige se poveže s homolognim zaporedjem preostalega neresektiranega konca. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Tukaj se mehanizem nadaljnje homologne rekombinacije razdeli na dva predlagana modela, DSBR (angl. double strand break repair), poznan tudi kot model dveh Hollidayevih križišč in SDSA (angl. synthesis dependant strand annealing). Pri DSBR sta možni dve rešitvi nastalega kompleksa, ena vključuje prekrivanje in statistično veliko bolj verjetna, pri drugi pa do prekrižanja ne pride. SDSA model ne dopušča prekrivanja in se med mejotsko delitvijo lahko zgodi med 4 in 15-krat pogosteje kot DSBR. Modela razložita pojav pretvorbe genov (angl. gene conversion, GC). SSA je sicer model popravljanja DBS med mejozo, ampak pri njem do GC ne pride. Četrti poseben način popravljanja DSB je mehanizem BIR.<br /> <br /> &lt;h3&gt;SSA (single strand annealing)&lt;/h3&gt; <br /> Je edini od popravljalnih mehanizmov med homologno rekombinacijo (HR), za katerega formacija D-zanke ni potrebna. Temelji na kratkih ponovitvah zaporedja pred in po prelomu verige. Mehanizem se sicer dogaja na DSB med HR, ampak je neodvisen od Rad51 in do invazije krakov ne pride, ker mehanizem ni odvisen od homologne kromatide. Resekcija z Rad endonuklazami izpostavi homologna zaporedja na obeh krakih, ki lahko tvorita DNA vijačnico, pri tem se ves dedni material med zaporedjema nepovratno izgubi.<br /> &lt;h3&gt;DSBR (double strand break repair)&lt;/h3&gt; [https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination#/media/File:HR_schematic_diagram.svg slika]<br /> D-zanka se podaljša in ssDNA nasproti invazivnemu koncu (resektirani 3' konec) se poveže z homolognim delom razvite zanke. Invazivni konec, ki ga polimeraze zdaj podaljšajo ob matrični verigi se zlepi s tem 3+ koncem in tvori intermediat z dvema Hollidayevima križiščema (HK). HK resolvaze bodo tako križišče presekale na dva načina. Pri prvem bo prišlo do horizontalne razrešitve križišč in do prekrižanja ne pride, pri drugem resolvaze delujejo vertikalno in pride do popolne obrnitve delčkov Verig. Varnostni mehanizmi poskrbijo, da v bližini prekrižanja DNA nekaj časa do ponovnega prekrižanja ne pride <br /> &lt;h3&gt;SDSA (synthesis dependant strand anneling)&lt;/h3&gt; [https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination#/media/File:HR_schematic_diagram.svg slika]<br /> Po tvorbi D-zanke, DNA polδ ali polε sintetizirata na invazivnem 3’ koncu podaljšek. Novo sintetiziran konec homologen sosednji DNA verigi se loči od D-zanke in najde resektirani konce svoje originalne verige. Zdaj je del resektiranega dednega materiala enak homologni verigi in popravljalni mehanizmi poskrbijo,da se ta nov dedni material ujema z starim, ali pa starega prilagodijo temu. Obstajajo redke izjeme, kjer pride do migracije D-zanke in zaradi tega lahko potencialno še vedno pride do formacije Hollidayevega intermediata in posledično prekrižanja.<br /> &lt;h3&gt;BIR (break repair mechanism)&lt;/h3&gt;<br /> Poteka, če med podvajanjem pride do hude poškodbe, kjer se kos kromosoma odlomi. Ker dedni material na drugi strani DBS manjka se resekcija zgodi samo na prisotni polovici in invazivni konec ob vdoru v D-zanko tvori enosmerne replikacijske vilice, ki prepišejo ves manjkajoči del DNA. Posledica je velika izguba raznolikega dednega materiala, ampak mejoza se lahko zaključi. BIR mehanizem se dogaja šele v S fazi celičnega cikla in je izredno mutagen.<br /> &lt;h2&gt;Genska pretvorba&lt;/h2&gt;<br /> V drugi mejotski delitvi nastanejo gamete, ki so haploidne. Če ima diploidna celica, iz katere gamete nastanejo, ob vstopu v proces mejoze nek določen gen prisoten v dveh alelih (npr. alel A na materinem kromosomu in alel a na očetovem kromosomu), po Mendlovem zakonu segregacije ali izločitve pričakujemo, da bo po ločitvi kromatid v dveh nastalih gametah prisoten alel A, v drugih dveh pa alel a. Raziskave na kvasovki pokažejo, da temu ni vedno tako. Lahko se zgodi, da nastanejo 4 produkti mejoze, pri kvasovki imenovani tetrade, v katerih je v treh prisoten alel A, alel a pa samo v eni. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Ta pojav je posledica procesa imenovanega genska pretvorba, pri katerem se genetska informacija enosmerno prenese iz donorskega zaporedja na homologno akceptorsko zaporedje. Genska pretvorba v splošnem lahko poteče tudi med podobnimi zaporedji na sestrskih kromatidah ali na isti kromatidi med kopijami določenega gena. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Med mejozo se genska pretvorba zgodi med kromatidama homolognih kromosomov. Situacije, ki lahko vodijo v gensko pretvorbo, nastanejo pri produktih zgoraj opisanih poti SDSA in DSBR oz. z drugimi besedami, genska pretvorba je posledica poti SDSA in DSBR. V bližini mesta, kjer se je prej nahajal dvojni prelom verige DNA, sta sedaj v dvojno vijačnico vezani zaporedji, ki nista po celi dolžini identični, ampak sta na nekaterih mestih samo homologni. Tako zaporedje, pri katerem ujemanje baz ni popolno, imenujemo heterodupleks. Po poti SDSA se ob mestu, kjer se je nahajal prelom, pojavi en heterodupleks, po poti DSBR pa dva, vsak na svoji verigi in sicer na nasprotnih straneh glede na mesto preloma dvojne vijačnice. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Kjer nastane heterodupleks, lahko pride do popravljanja neujemanja na dva načina. Po prvem načinu lahko popravljanje poteče na drugi verigi, tako da se bo le-ta popolnoma ujemala s prvo verigo, ki služi kot osnova za popravljanje. Pri drugem načinu pa druga veriga služi kot osnova za popravljanje prve. V primeru, ko se na področju heterodupleksa nahajata različici nekega gena, npr. alel A, ki izvira iz verige, ki je bila prelomljena, in alel a, ki izvira iz neprelomljene verige, lahko po prvem načinu kot osnova za popravljanje služi veriga, na kateri je prisoten alel A. Ta način vodi v stanje, kjer je razmerje med aleli A in a na skupno 4 kromatidah 2:2, kar pomeni, da delitev alelov med tetrade ustreza Mendlovemu zakonu. Če za osnovo popravljanja neujemanja služi druga veriga, torej v tem primeru alel a iz neprelomljene verige, bo končno razmerje alelov A in a na 4 kromatidah 1:3, kar pomeni, da je prišlo do genske pretvorbe. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Do le-te med potjo DSBR lahko pride tudi ob sintezi komplementarne verige enovijačni DNA, ki je prisotna, ko nastane D-zanka. Tudi pri poti SDSA pride do genske pretvorbe ne samo s popravilom heterodupleksa, ampak tudi s sintezo komplementarne verige novonastali enovijačni verigi. Raziskave kljub tem dodatnim možnostim kažejo, da je večina genskih pretvorb posledica opisanega popravljanja neujemanja heterodupleksov.<br /> Možno pa je, da do popravljanja neujemanja sploh ne pride. V tem primeru pride do post-mejotske ločitve med mitozo, na koncu katere dobimo razmerje kromatid, ki vsebujejo alel A proti razmerju teh, ki vsebujejo alel a 3:5. Po podvojitvi DNA med mitozo ni več prisotnih heterodupleksov. Do post-mejotske ločitve pri kvasovki pride v skoraj 10% dogodkov mejozne rekombinacije.<br /> &lt;h3&gt;Pristranska genska pretvorba&lt;/h3&gt; <br /> Izkaže se, da so nekateri aleli bolj podvrženi genski pretvorbi kot drugi, kar imenujemo pristranska genska pretvorba (angl. biased gene conversion). Na mestih, kjer so v heterodupleksih prisotni pari A:C in G:T, poteče pretvorba nepravilnega parjenja baz v G:C in ne v A:T. Posledica tega pojava je, da na mestih, kjer genska pretvorba poteče, posledično nastanejo regije, ki so bogate s C:G pari.<br /> <br /> &lt;h2&gt;Viri&lt;/h2&gt;<br /> <br /> Tropp, B. E. Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> Merker, J., Dominska, M., Petes, T. Patterns of heteroduplex formation associated with the initiation of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae. ''Genetics'', 2003, 165, str. 47-63.<br /> <br /> Haber, J., Ira, G., Malkova, A., et al. Repairing a double-strand chromosome break by homologous recombination: revisiting Robin Holliday's model. ''Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences'', 2004, 359, str. 79-86.<br /> <br /> Mehta, A., &amp; Haber, J. E. (2014). Sources of DNA Double-Strand Breaks and Models of Recombinational DNA Repair. ''Cold Spring Harbor Perspectives in Biology'', 6(9), a016428–a016428. http://doi.org/10.1101/cshperspect.a016428<br /> <br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mejozna_rekombinacija&diff=11590 2016-05-29T18:52:12Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>Homologna rekombinacija med 1. mejotsko delitvijo ali z drugimi besedami mejozna rekombinacija omogoča nastanek genetsko raznolikih gamet. Pri tem procesu se izmenjajo deli DNA med dvema DNA vijačnicama, ki imata nekatere dele zaporedja zelo podobne. Genetsko raznolikost gamet zagotavljata prekrižanje homolognih kromosomov in genska pretvorba, ki sta rezultat mejozne rekombinacije. V osnovi je homologna rekombinacija eden od načinov popravljanja dvojnih prelomov DNA. Kot osnova za popravilo preloma dvojne vijačnice ene kromatide kromosoma služi veriga kromatide homolognega kromosoma. <br /> &lt;h2&gt;Modeli homologne rekombinacije&lt;/h2&gt;<br /> Pri sesalcih so za uspešno mejotsko rekombinacijo poleg navedenih proteinov in njihovih analogov potrebni še mnogi, v večji meri še neodkriti proteini. Navedeni so splošni postopki v evkariontskih celicah.&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Na eni od homolognih verig DNA se pojavijo prekinitve. Nastane jih toliko, da na paru homolognih kromatid vsaj enkrat pride do izmenjave dednega materiala. Mesto popolnega preloma verige in posledično mesto, kjer bo prišlo do mejozne rekombinacije in izmenjave med homolognima kromatidama se imenuje Kiazma. Za njihovo tvorbo je potreben encim SPO11, ki s kovalentno vezavo na DNA verigo povzroči prelom (način delovanja je podoben DNA topoizomerazi). Do prelomov in posledično do izmenjave dednega materiala prihaja v ‘hot spot‘ regijah, okoli 1000 do 2000 nukleotidov dolgi kosi DNA in predvsem na CpG bogatih regijah promotorjev genov. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Z endonukleazno cepitvijo encima MRN in CtIP odstranita SPO11 z mest dvojnega preloma. Takoj za tem sledi resekcija koncev v smeri 5’-3’, ki jo med drugimi opravlja EXO1 ali DNA2 s helikazo. Pri resekciji se se izreže okoli 100 nukleotidov. Ker jo opravlja več različnih proteinov, ki delujejo tako na 5’ kot na 3’ koncu, je ta korak odločilen za pravilno napredovanje in časovno umestitev podvojitve dednega materiala. Resekcija je v G1 fazi zelo počasna. Očitno je, da povečana koncentracija CDK1 pozitivno vpliva na hitrost resekcije, ta pa je nizka v G1 fazi in se z napredovanjem skozi celični cikel, predvsem med M in G2 fazo močno poveča. Če je na prostem koncu prisoten protein RPA je to dovolj, da se s pomočjo drugih proteinov (Rad52) protein Rad51 in BRCA2 vežeta na zdaj enojno (ssDNA) verigo in tvorita nukleoproteinski filament na prosti 3’ konec. Ta s proteinom ovit in raztegnjen del ssDNA je imenovan invazivni konec. Podobno vlogo ima tudi protein Dcm1. Vloga tega filamenta je, da aktivno išče homologno verigo DNA, nato pride do izpodrinjanja konca iz originalne verige DNA. Svoj par najde na homologni verigi, ki se je na tem mestu razvila, ne pa tudi razklenila in tvorila odprto zanko. Invazivni 3’ konec, utrjen z Dcm1, zdaj vdre v odprto zanko sosednje verige in se poveže s homologno donorsko sekvenco. Tvori se D-zanka in odmaknjena polovica homologne verige se poveže s homolognim zaporedjem preostalega neresektiranega konca. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Tukaj se mehanizem nadaljnje homologne rekombinacije razdeli na dva predlagana modela, DSBR (angl. double strand break repair), poznan tudi kot model dveh Hollidayevih križišč in SDSA (angl. synthesis dependant strand annealing). Pri DSBR sta možni dve rešitvi nastalega kompleksa, ena vključuje prekrivanje in statistično veliko bolj verjetna, pri drugi pa do prekrižanja ne pride. SDSA model ne dopušča prekrivanja in se med mejotsko delitvijo lahko zgodi med 4 in 15-krat pogosteje kot DSBR. Modela razložita pojav pretvorbe genov (angl. gene conversion, GC). SSA je sicer model popravljanja DBS med mejozo, ampak pri njem do GC ne pride. Četrti poseben način popravljanja DSB je mehanizem BIR.<br /> <br /> &lt;h3&gt;SSA (single strand annealing)&lt;/h3&gt; <br /> Je edini od popravljalnih mehanizmov med homologno rekombinacijo (HR), za katerega formacija D-zanke ni potrebna. Temelji na kratkih ponovitvah zaporedja pred in po prelomu verige. Mehanizem se sicer dogaja na DSB med HR, ampak je neodvisen od Rad51 in do invazije krakov ne pride, ker mehanizem ni odvisen od homologne kromatide. Resekcija z Rad endonuklazami izpostavi homologna zaporedja na obeh krakih, ki lahko tvorita DNA vijačnico, pri tem se ves dedni material med zaporedjema nepovratno izgubi.<br /> &lt;h3&gt;DSBR (double strand break repair)&lt;/h3&gt; [https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination#/media/File:HR_schematic_diagram.svg slika]<br /> D-zanka se podaljša in ssDNA nasproti invazivnemu koncu (resektirani 3' konec) se poveže z homolognim delom razvite zanke. Invazivni konec, ki ga polimeraze zdaj podaljšajo ob matrični verigi se zlepi s tem 3+ koncem in tvori intermediat z dvema Hollidayevima križiščema (HK). HK resolvaze bodo tako križišče presekale na dva načina. Pri prvem bo prišlo do horizontalne razrešitve križišč in do prekrižanja ne pride, pri drugem resolvaze delujejo vertikalno in pride do popolne obrnitve delčkov Verig. Varnostni mehanizmi poskrbijo, da v bližini prekrižanja DNA nekaj časa do ponovnega prekrižanja ne pride <br /> &lt;h3&gt;SDSA (synthesis dependant strand anneling)&lt;/h3&gt; [https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination#/media/File:HR_schematic_diagram.svg slika]<br /> Po tvorbi D-zanke, DNA polδ ali polε sintetizirata na invazivnem 3’ koncu podaljšek. Novo sintetiziran konec homologen sosednji DNA verigi se loči od D-zanke in najde resektirani konce svoje originalne verige. Zdaj je del resektiranega dednega materiala enak homologni verigi in popravljalni mehanizmi poskrbijo,da se ta nov dedni material ujema z starim, ali pa starega prilagodijo temu. Obstajajo redke izjeme, kjer pride do migracije D-zanke in zaradi tega lahko potencialno še vedno pride do formacije Hollidayevega intermediata in posledično prekrižanja.<br /> &lt;h3&gt;BIR (break repair mechanism)&lt;/h3&gt;<br /> Poteka, če med podvajanjem pride do hude poškodbe, kjer se kos kromosoma odlomi. Ker dedni material na drugi strani DBS manjka se resekcija zgodi samo na prisotni polovici in invazivni konec ob vdoru v D-zanko tvori enosmerne replikacijske vilice, ki prepišejo ves manjkajoči del DNA. Posledica je velika izguba raznolikega dednega materiala, ampak mejoza se lahko zaključi. BIR mehanizem se dogaja šele v S fazi celičnega cikla in je izredno mutagen.<br /> &lt;h2&gt;Genska pretvorba&lt;/h2&gt;<br /> V drugi mejotski delitvi nastanejo gamete, ki so haploidne. Če ima diploidna celica, iz katere gamete nastanejo, ob vstopu v proces mejoze nek določen gen prisoten v dveh alelih (npr. alel A na materinem kromosomu in alel a na očetovem kromosomu), po Mendlovem zakonu segregacije ali izločitve pričakujemo, da bo po ločitvi kromatid v dveh nastalih gametah prisoten alel A, v drugih dveh pa alel a. Raziskave na kvasovki pokažejo, da temu ni vedno tako. Lahko se zgodi, da nastanejo 4 produkti mejoze, pri kvasovki imenovani tetrade, v katerih je v treh prisoten alel A, alel a pa samo v eni. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Ta pojav je posledica procesa imenovanega genska pretvorba, pri katerem se genetska informacija enosmerno prenese iz donorskega zaporedja na homologno akceptorsko zaporedje. Genska pretvorba v splošnem lahko poteče tudi med podobnimi zaporedji na sestrskih kromatidah ali na isti kromatidi med kopijami določenega gena. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Med mejozo se genska pretvorba zgodi med kromatidama homolognih kromosomov. Situacije, ki lahko vodijo v gensko pretvorbo, nastanejo pri produktih zgoraj opisanih poti SDSA in DSBR oz. z drugimi besedami, genska pretvorba je posledica poti SDSA in DSBR. V bližini mesta, kjer se je prej nahajal dvojni prelom verige DNA, sta sedaj v dvojno vijačnico vezani zaporedji, ki nista po celi dolžini identični, ampak sta na nekaterih mestih samo homologni. Tako zaporedje, pri katerem ujemanje baz ni popolno, imenujemo heterodupleks. Po poti SDSA se ob mestu, kjer se je nahajal prelom, pojavi en heterodupleks, po poti DSBR pa dva, vsak na svoji verigi in sicer na nasprotnih straneh glede na mesto preloma dvojne vijačnice. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Kjer nastane heterodupleks, lahko pride do popravljanja neujemanja na dva načina. Po prvem načinu lahko popravljanje poteče na drugi verigi, tako da se bo le-ta popolnoma ujemala s prvo verigo, ki služi kot osnova za popravljanje. Pri drugem načinu pa druga veriga služi kot osnova za popravljanje prve. V primeru, ko se na področju heterodupleksa nahajata različici nekega gena, npr. alel A, ki izvira iz verige, ki je bila prelomljena, in alel a, ki izvira iz neprelomljene verige, lahko po prvem načinu kot osnova za popravljanje služi veriga, na kateri je prisoten alel A. Ta način vodi v stanje, kjer je razmerje med aleli A in a na skupno 4 kromatidah 2:2, kar pomeni, da delitev alelov med tetrade ustreza Mendlovemu zakonu. Če za osnovo popravljanja neujemanja služi druga veriga, torej v tem primeru alel a iz neprelomljene verige, bo končno razmerje alelov A in a na 4 kromatidah 1:3, kar pomeni, da je prišlo do genske pretvorbe. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Do le-te med potjo DSBR lahko pride tudi ob sintezi komplementarne verige enovijačni DNA, ki je prisotna, ko nastane D-zanka. Tudi pri poti SDSA pride do genske pretvorbe ne samo s popravilom heterodupleksa, ampak tudi s sintezo komplementarne verige novonastali enovijačni verigi. Raziskave kljub tem dodatnim možnostim kažejo, da je večina genskih pretvorb posledica opisanega popravljanja neujemanja heterodupleksov.<br /> Možno pa je, da do popravljanja neujemanja sploh ne pride. V tem primeru pride do post-mejotske ločitve med mitozo, na koncu katere dobimo razmerje kromatid, ki vsebujejo alel A proti razmerju teh, ki vsebujejo alel a 3:5. Po podvojitvi DNA med mitozo ni več prisotnih heterodupleksov. Do post-mejotske ločitve pri kvasovki pride v skoraj 10% dogodkov mejozne rekombinacije.<br /> &lt;h3&gt;Pristranska genska pretvorba&lt;/h3&gt; <br /> Izkaže se, da so nekateri aleli bolj podvrženi genski pretvorbi kot drugi, kar imenujemo pristranska genska pretvorba (angl. biased gene conversion). Na mestih, kjer so v heterodupleksih prisotni pari A:C in G:T, poteče pretvorba nepravilnega parjenja baz v G:C in ne v A:T. Posledica tega pojava je, da na mestih, kjer genska pretvorba poteče, posledično nastanejo regije, ki so bogate s C:G pari.<br /> <br /> &lt;h2&gt;Viri&lt;/h2&gt;<br /> <br /> Tropp, B. E. Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> Merker, J., Dominska, M., Petes, T. Patterns of heteroduplex formation associated with the initiation of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics, 2003, 165, str. 47-63.<br /> <br /> Haber, J., Ira, G., Malkova, A., et al. Repairing a double-strand chromosome break by homologous recombination: revisiting Robin Holliday's model. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2004, 359, str. 79-86.<br /> <br /> Mehta, A., &amp; Haber, J. E. (2014). Sources of DNA Double-Strand Breaks and Models of Recombinational DNA Repair. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 6(9), a016428–a016428. http://doi.org/10.1101/cshperspect.a016428<br /> <br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Mejozna_rekombinacija&diff=11581 2016-05-29T15:08:48Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>Avtorici:<br /> <br /> Modeli homologne rekombinacije: Eva Rajh &lt;br&gt;<br /> Uvod, Genska pretvorba: Katja Čop</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Mejozna_rekombinacija&diff=11580 2016-05-29T15:08:12Z

<p>Katja Čop: New page: Avtorici: Modeli homologne rekombinacije: Eva Rajh Uvod, Genska pretvorba: Katja Čop</p> <hr /> <div>Avtorici:<br /> <br /> Modeli homologne rekombinacije: Eva Rajh<br /> Uvod, Genska pretvorba: Katja Čop</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_mutacij_in_rekombinacijski_procesi&diff=11579 2016-05-29T15:05:10Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2015/16 bodo seminarji obsegali dve med seboj povezani temi: Popravljanje okvar in mutacij ter mehanizme rekombinacije genetskega materiala. Tema je razdeljena na 18 poglavij, pri čemer zadnja poglavja zajemajo posebne primere in mehanizme popravljanja, ki niso vezani na DNA, pač pa na proces translacije pri poškodovani RNA, zadnji dve temi pa sta dodani kasneje in bosta predstavljeni v angleščini kot individualna seminarja. Kot izhodišče za pripravo si najprej preberite ustrezna poglavja v učbeniku, kjer so ta navedena na spodnjem seznamu. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se odmakniti od osnovne teme seminarja. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo praviloma dva ali trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici. <br /> <br /> Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje en dan pred predstavitvijo (do polnoči), torej najkasneje v nedeljo ali v torek za ponedeljkove oziroma sredine seminarje. Predstavitve seminarjev 1-4 bodo 23. maja, 5-8 25. maja, 9-12 30. maja, 13-16 1. junija 2016, 17-18 pa sta kratka seminarja in bosta na vrsti 6. junija. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> Vsebina seminarjev je izpitna snov, razen seminarjev št. 4 ter 13-18. <br /> <br /> <br /> Poglavja za seminarje so:<br /> <br /> # Direktno popravljanje mutacij (Principles of Molecular Biology: 9.7)<br /> # Popravljanje z izcepom baze (9.8)<br /> # Popravljanje z izcepom nukleotida (9.9)<br /> # Xeroderma pigmentosum<br /> # Popravljanje neujemanja (9.10)<br /> # SOS-popravljanje (9.11)<br /> # Popravljanje kolapsa replikacijskih vilic (10.1)<br /> # Mitozna rekombinacija (10.2)<br /> # Nehomologno povezovanje koncev (10.4)<br /> # Mejozna rekombinacija (10.5)<br /> # Razreševanje Hollidayevega križišča (Lewin's Essential Genes: 15.6)<br /> # Popravljanje DNA v kontekstu kromatina (Lewin's Essential Genes: 16.9)<br /> # Menjava spola pri kvasovki (Lewin's Essential Genes: 15.9)<br /> # Vloga p53 pri ohranjanju genoma (Lewin's Essential Genes: str. 400)<br /> # Trans-translacija (translacija pri poškodovani mRNA)<br /> # Od RNA neodvisna elongacija (Science 347, 75 (2015))<br /> # Mehanizmi izjemne odpornosti proti radioaktivnemu sevanju pri prokariontih<br /> # Kompleksne preureditve kromosomov<br /> <br /> <br /> ----<br /> <br /> Vpišite se v oklepaj za naslovom seminarja:<br /> <br /> <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Neposredno_popravljanje_mutacij Direktno popravljanje mutacij] (Matej Hvalec)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/POPRAVLJANJE_Z_IZCEPOM_BAZE_%28BER%29 Popravljanje z izcepom baze (BER)] (Urša Čerček, Urša Kopač, Ema Gašperšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Popravljanje_z_izcepom_nukleotida#Sklopitev_GG-NER_in_TC-NER Popravljanje z izcepom nukleotida] (Petra Hruševar, Gašper Žun, Uroš Zavrtanik)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Xeroderma_pigmentosum Xeroderma pigmentosum] (Maja Zupanc, Elvira Boršič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Popravljanje_neujemanja Popravljanje neujemanja] Popravljanje neujemanja (Kristjan Stibilj, Rok Miklavčič, Sara Tekavec)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SOS-popravljanje SOS-popravljanje] (Tadej Satler, Gašper Virant)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Popravljanje_kolapsa_replikacijskih_vilic Popravljanje kolapsa replikacijskih vilic] (Klara Lenart, Tilen Tršelič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mitozna_rekombinacija Mitozna rekombinacija] (Peter Pečan, Valentina Levak, Janja Krapež)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nehomologno_povezovanje_koncev Nehomologno povezovanje koncev] (Klara Kuret, Blaž Lebar, Neža Koritnik)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mejozna_rekombinacija Mejozna rekombinacija] (Eva Rajh, Katja Čop)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razreševanje_Hollidayevega_križišča#Viri Razreševanje Hollidayevega križišča] (Nejc Kejžar, Lovro Kotnik)<br /> # Popravljanje DNA v kontekstu kromatina (Špela Malenšek, Tjaša Lukšič)<br /> # Menjava spola pri kvasovki <br /> # Vloga p53 pri ohranjanju genoma (Miha Koprivnikar Krajnc, Katja Brezovar)<br /> # Trans-translacija (Lara Jerman, Aleksandra Uzar, Simon Aleksič)<br /> # Od RNA neodvisna elongacija<br /> # &quot;Unraveling the mechanisms of extreme radioresistance in prokaryotes: Lessons from nature&quot;(Fran Krstanović)<br /> # &quot;Mechanisms of origin, phenotypic effects and diagnostic implications of complex chromosome rearrangements&quot; (Javier Fraguas)<br /> <br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: <br /> &lt;nowiki&gt;[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt; <br /> <br /> Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Reprogramiranje celic]].</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mejozna_rekombinacija&diff=11578 2016-05-29T15:02:42Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>Homologna rekombinacija med 1. mejotsko delitvijo ali z drugimi besedami mejozna rekombinacija omogoča nastanek genetsko raznolikih gamet. Pri tem procesu se izmenjajo deli DNA med dvema DNA vijačnicama, ki imata nekatere dele zaporedja zelo podobne. Genetsko raznolikost gamet zagotavljata prekrižanje homolognih kromosomov in genska pretvorba, ki sta rezultat mejozne rekombinacije. V osnovi je homologna rekombinacija eden od načinov popravljanja dvojnih prelomov DNA. Kot osnova za popravilo preloma dvojne vijačnice ene kromatide kromosoma služi veriga kromatide homolognega kromosoma. <br /> &lt;h2&gt;Modeli homologne rekombinacije&lt;/h2&gt;<br /> Pri sesalcih so za uspešno mejotsko rekombinacijo poleg navedenih proteinov in njihovih analogov potrebni še mnogi, v večji meri še neodkriti proteini. Navedeni so splošni postopki v evkariontskih celicah.&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Na eni od homolognih verig DNA se pojavijo prekinitve. Nastane jih toliko, da na paru homolognih kromatid vsaj enkrat pride do izmenjave dednega materiala. Mesto popolnega preloma verige in posledično mesto, kjer bo prišlo do mejozne rekombinacije in izmenjave med homolognima kromatidama se imenuje Kiazma. Za njihovo tvorbo je potreben encim SPO11, ki s kovalentno vezavo na DNA verigo povzroči prelom (način delovanja je podoben DNA topoizomerazi). Do prelomov in posledično do izmenjave dednega materiala prihaja v ‘hot spot‘ regijah, okoli 1000 do 2000 nukleotidov dolgi kosi DNA in predvsem na CpG bogatih regijah promotorjev genov. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Z endonukleazno cepitvijo encima MRN in CtIP odstranita SPO11 z mest dvojnega preloma. Takoj za tem sledi resekcija koncev v smeri 5’-3’, ki jo med drugimi opravlja EXO1 ali DNA2 s helikazo. Pri resekciji se se izreže okoli 100 nukleotidov. Ker jo opravlja več različnih proteinov, ki delujejo tako na 5’ kot na 3’ koncu, je ta korak odločilen za pravilno napredovanje in časovno umestitev podvojitve dednega materiala. Resekcija je v G1 fazi zelo počasna. Očitno je, da povečana koncentracija CDK1 pozitivno vpliva na hitrost resekcije, ta pa je nizka v G1 fazi in se z napredovanjem skozi celični cikel, predvsem med M in G2 fazo močno poveča. Če je na prostem koncu prisoten protein RPA je to dovolj, da se s pomočjo drugih proteinov (Rad52) protein Rad51 in BRCA2 vežeta na zdaj enojno (ssDNA) verigo in tvorita nukleoproteinski filament na prosti 3’ konec. Ta s proteinom ovit in raztegnjen del ssDNA je imenovan invazivni konec. Podobno vlogo ima tudi protein Dcm1. Vloga tega filamenta je, da aktivno išče homologno verigo DNA, nato pride do izpodrinjanja konca iz originalne verige DNA. Svoj par najde na homologni verigi, ki se je na tem mestu razvila, ne pa tudi razklenila in tvorila odprto zanko. Invazivni 3’ konec, utrjen z Dcm1, zdaj vdre v odprto zanko sosednje verige in se poveže s homologno donorsko sekvenco. Tvori se D-zanka in odmaknjena polovica homologne verige se poveže s homolognim zaporedjem preostalega neresektiranega konca. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Tukaj se mehanizem nadaljnje homologne rekombinacije razdeli na dva predlagana modela, DSBR (angl. double strand break repair), poznan tudi kot model dveh Hollidayevih križišč in SDSA (angl. synthesis dependant strand annealing). Pri DSBR sta možni dve rešitvi nastalega kompleksa, ena vključuje prekrivanje in statistično veliko bolj verjetna, pri drugi pa do prekrižanja ne pride. SDSA model ne dopušča prekrivanja in se med mejotsko delitvijo lahko zgodi med 4 in 15-krat pogosteje kot DSBR. Modela razložita pojav pretvorbe genov (angl. gene conversion, GC). SSA je sicer model popravljanja DBS med mejozo, ampak pri njem do GC ne pride. Četrti poseben način popravljanja DSB je mehanizem BIR.<br /> <br /> &lt;h3&gt;SSA (single strand annealing)&lt;/h3&gt; <br /> Je edini od popravljalnih mehanizmov med homologno rekombinacijo (HR), za katerega formacija D-zanke ni potrebna. Temelji na kratkih ponovitvah zaporedja pred in po prelomu verige. Mehanizem se sicer dogaja na DSB med HR, ampak je neodvisen od Rad51 in do invazije krakov ne pride, ker mehanizem ni odvisen od homologne kromatide. Resekcija z Rad endonuklazami izpostavi homologna zaporedja na obeh krakih, ki lahko tvorita DNA vijačnico, pri tem se ves dedni material med zaporedjema nepovratno izgubi.<br /> &lt;h3&gt;DSBR (double strand break repair)&lt;/h3&gt; [https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination#/media/File:HR_schematic_diagram.svg slika]<br /> D-zanka se podaljša in ssDNA nasproti invazivnemu koncu (resektirani 3' konec) se poveže z homolognim delom razvite zanke. Invazivni konec, ki ga polimeraze zdaj podaljšajo ob matrični verigi se zlepi s tem 3+ koncem in tvori intermediat z dvema Hollidayevima križiščema (HK). HK resolvaze bodo tako križišče presekale na dva načina. Pri prvem bo prišlo do horizontalne razrešitve križišč in do prekrižanja ne pride, pri drugem resolvaze delujejo vertikalno in pride do popolne obrnitve delčkov Verig. Varnostni mehanizmi poskrbijo, da v bližini prekrižanja DNA nekaj časa do ponovnega prekrižanja ne pride <br /> &lt;h3&gt;SDSA (synthesis dependant strand anneling)&lt;/h3&gt; [https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination#/media/File:HR_schematic_diagram.svg slika]<br /> Po tvorbi D-zanke, DNA polδ ali polε sintetizirata na invazivnem 3’ koncu podaljšek. Novo sintetiziran konec homologen sosednji DNA verigi se loči od D-zanke in najde resektirani konce svoje originalne verige. Zdaj je del resektiranega dednega materiala enak homologni verigi in popravljalni mehanizmi poskrbijo,da se ta nov dedni material ujema z starim, ali pa starega prilagodijo temu. Obstajajo redke izjeme, kjer pride do migracije D-zanke in zaradi tega lahko potencialno še vedno pride do formacije Hollidayevega intermediata in posledično prekrižanja.<br /> &lt;h3&gt;BIR (break repair mechanism)&lt;/h3&gt;<br /> Poteka, če med podvajanjem pride do hude poškodbe, kjer se kos kromosoma odlomi. Ker dedni material na drugi strani DBS manjka se resekcija zgodi samo na prisotni polovici in invazivni konec ob vdoru v D-zanko tvori enosmerne replikacijske vilice, ki prepišejo ves manjkajoči del DNA. Posledica je velika izguba raznolikega dednega materiala, ampak mejoza se lahko zaključi. BIR mehanizem se dogaja šele v S fazi celičnega cikla in je izredno mutagen.<br /> &lt;h2&gt;Genska pretvorba&lt;/h2&gt;<br /> V drugi mejotski delitvi nastanejo gamete, ki so haploidne. Če ima diploidna celica, iz katere gamete nastanejo, ob vstopu v proces mejoze nek določen gen prisoten v dveh alelih (npr. alel A na materinem kromosomu in alel a na očetovem kromosomu), po Mendlovem zakonu segregacije ali izločitve pričakujemo, da bo po ločitvi kromatid v dveh nastalih gametah prisoten alel A, v drugih dveh pa alel a. Raziskave na kvasovki pokažejo, da temu ni vedno tako. Lahko se zgodi, da nastanejo 4 produkti mejoze, pri kvasovki imenovani tetrade, v katerih je v treh prisoten alel A, alel a pa samo v eni. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Ta pojav je posledica procesa imenovanega genska pretvorba, pri katerem se genetska informacija enosmerno prenese iz donorskega zaporedja na homologno akceptorsko zaporedje. Genska pretvorba v splošnem lahko poteče tudi med podobnimi zaporedji na sestrskih kromatidah ali na isti kromatidi med kopijami določenega gena. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Med mejozo se genska pretvorba zgodi med kromatidama homolognih kromosomov. Situacije, ki lahko vodijo v gensko pretvorbo, nastanejo pri produktih zgoraj opisanih poti SDSA in DSBR oz. z drugimi besedami, genska pretvorba je posledica poti SDSA in DSBR. V bližini mesta, kjer se je prej nahajal dvojni prelom verige DNA, sta sedaj v dvojno vijačnico vezani zaporedji, ki nista po celi dolžini identični, ampak sta na nekaterih mestih samo homologni. Tako zaporedje, pri katerem ujemanje baz ni popolno, imenujemo heterodupleks. Po poti SDSA se ob mestu, kjer se je nahajal prelom, pojavi en heterodupleks, po poti DSBR pa dva, vsak na svoji verigi in sicer na nasprotnih straneh glede na mesto preloma dvojne vijačnice. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Kjer nastane heterodupleks, lahko pride do popravljanja neujemanja na dva načina. Po prvem načinu lahko popravljanje poteče na drugi verigi, tako da se bo le-ta popolnoma ujemala s prvo verigo, ki služi kot osnova za popravljanje. Pri drugem načinu pa druga veriga služi kot osnova za popravljanje prve. V primeru, ko se na področju heterodupleksa nahajata različici nekega gena, npr. alel A, ki izvira iz verige, ki je bila prelomljena, in alel a, ki izvira iz neprelomljene verige, lahko po prvem načinu kot osnova za popravljanje služi veriga, na kateri je prisoten alel A. Ta način vodi v stanje, kjer je razmerje med aleli A in a na skupno 4 kromatidah 2:2, kar pomeni, da delitev alelov med tetrade ustreza Mendlovemu zakonu. Če za osnovo popravljanja neujemanja služi druga veriga, torej v tem primeru alel a iz neprelomljene verige, bo končno razmerje alelov A in a na 4 kromatidah 1:3, kar pomeni, da je prišlo do genske pretvorbe. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Do le-te med potjo DSBR lahko pride tudi ob sintezi komplementarne verige enovijačni DNA, ki je prisotna, ko nastane D-zanka. Tudi pri poti SDSA pride do genske pretvorbe ne samo s popravilom heterodupleksa, ampak tudi s sintezo komplementarne verige novonastali enovijačni verigi. Raziskave kljub tem dodatnim možnostim kažejo, da je večina genskih pretvorb posledica opisanega popravljanja neujemanja heterodupleksov.<br /> Možno pa je, da do popravljanja neujemanja sploh ne pride. V tem primeru pride do post-mejotske ločitve med mitozo, na koncu katere dobimo razmerje kromatid, ki vsebujejo alel A proti razmerju teh, ki vsebujejo alel a 3:5. Po podvojitvi DNA med mitozo ni več prisotnih heterodupleksov. Do post-mejotske ločitve pri kvasovki pride v skoraj 10% dogodkov mejozne rekombinacije.<br /> &lt;h3&gt;''Biased gene conversion''&lt;/h3&gt; <br /> Izkaže se, da so nekateri aleli bolj podvrženi genski pretvorbi kot drugi, kar angl. imenujemo biased gene conversion. Na mestih, kjer so v heterodupleksih prisotni pari A:C in G:T, poteče pretvorba nepravilnega parjenja baz v G:C in ne v A:T. Posledica tega pojava je, da na mestih, kjer genska pretvorba poteče, posledično nastanejo regije, ki so bogate s C:G pari.<br /> <br /> &lt;h2&gt;Viri&lt;/h2&gt;<br /> <br /> Tropp, B. E. Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> Merker, J., Dominska, M., Petes, T. Patterns of heteroduplex formation associated with the initiation of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics, 2003, 165, str. 47-63.<br /> <br /> Haber, J., Ira, G., Malkova, A., et al. Repairing a double-strand chromosome break by homologous recombination: revisiting Robin Holliday's model. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2004, 359, str. 79-86.<br /> <br /> Mehta, A., &amp; Haber, J. E. (2014). Sources of DNA Double-Strand Breaks and Models of Recombinational DNA Repair. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 6(9), a016428–a016428. http://doi.org/10.1101/cshperspect.a016428<br /> <br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mejozna_rekombinacija&diff=11577 2016-05-29T15:01:38Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>Homologna rekombinacija med 1. mejotsko delitvijo ali z drugimi besedami mejozna rekombinacija omogoča nastanek genetsko raznolikih gamet. Pri tem procesu se izmenjajo deli DNA med dvema DNA vijačnicama, ki imata nekatere dele zaporedja zelo podobne. Genetsko raznolikost gamet zagotavljata prekrižanje homolognih kromosomov in genska pretvorba, ki sta rezultat mejozne rekombinacije. V osnovi je homologna rekombinacija eden od načinov popravljanja dvojnih prelomov DNA. Kot osnova za popravilo preloma dvojne vijačnice ene kromatide kromosoma služi veriga kromatide homolognega kromosoma. <br /> &lt;h2&gt;Modeli homologne rekombinacije&lt;/h2&gt;<br /> Pri sesalcih so za uspešno mejotsko rekombinacijo poleg navedenih proteinov in njihovih analogov potrebni še mnogi, v večji meri še neodkriti proteini. Navedeni so splošni postopki v evkariontskih celicah.&lt;br&gt;<br /> <br /> Na eni od homolognih verig DNA se pojavijo prekinitve. Nastane jih toliko, da na paru homolognih kromatid vsaj enkrat pride do izmenjave dednega materiala. Mesto popolnega preloma verige in posledično mesto, kjer bo prišlo do mejozne rekombinacije in izmenjave med homolognima kromatidama se imenuje Kiazma. Za njihovo tvorbo je potreben encim SPO11, ki s kovalentno vezavo na DNA verigo povzroči prelom (način delovanja je podoben DNA topoizomerazi). Do prelomov in posledično do izmenjave dednega materiala prihaja v ‘hot spot‘ regijah, okoli 1000 do 2000 nukleotidov dolgi kosi DNA in predvsem na CpG bogatih regijah promotorjev genov. &lt;br&gt;<br /> <br /> Z endonukleazno cepitvijo encima MRN in CtIP odstranita SPO11 z mest dvojnega preloma. Takoj za tem sledi resekcija koncev v smeri 5’-3’, ki jo med drugimi opravlja EXO1 ali DNA2 s helikazo. Pri resekciji se se izreže okoli 100 nukleotidov. Ker jo opravlja več različnih proteinov, ki delujejo tako na 5’ kot na 3’ koncu, je ta korak odločilen za pravilno napredovanje in časovno umestitev podvojitve dednega materiala. Resekcija je v G1 fazi zelo počasna. Očitno je, da povečana koncentracija CDK1 pozitivno vpliva na hitrost resekcije, ta pa je nizka v G1 fazi in se z napredovanjem skozi celični cikel, predvsem med M in G2 fazo močno poveča. Če je na prostem koncu prisoten protein RPA je to dovolj, da se s pomočjo drugih proteinov (Rad52) protein Rad51 in BRCA2 vežeta na zdaj enojno (ssDNA) verigo in tvorita nukleoproteinski filament na prosti 3’ konec. Ta s proteinom ovit in raztegnjen del ssDNA je imenovan invazivni konec. Podobno vlogo ima tudi protein Dcm1. Vloga tega filamenta je, da aktivno išče homologno verigo DNA, nato pride do izpodrinjanja konca iz originalne verige DNA. Svoj par najde na homologni verigi, ki se je na tem mestu razvila, ne pa tudi razklenila in tvorila odprto zanko. Invazivni 3’ konec, utrjen z Dcm1, zdaj vdre v odprto zanko sosednje verige in se poveže s homologno donorsko sekvenco. Tvori se D-zanka in odmaknjena polovica homologne verige se poveže s homolognim zaporedjem preostalega neresektiranega konca. &lt;br&gt;<br /> <br /> Tukaj se mehanizem nadaljnje homologne rekombinacije razdeli na dva predlagana modela, DSBR (angl. double strand break repair), poznan tudi kot model dveh Hollidayevih križišč in SDSA (angl. synthesis dependant strand annealing). Pri DSBR sta možni dve rešitvi nastalega kompleksa, ena vključuje prekrivanje in statistično veliko bolj verjetna, pri drugi pa do prekrižanja ne pride. SDSA model ne dopušča prekrivanja in se med mejotsko delitvijo lahko zgodi med 4 in 15-krat pogosteje kot DSBR. Modela razložita pojav pretvorbe genov (angl. gene conversion, GC). SSA je sicer model popravljanja DBS med mejozo, ampak pri njem do GC ne pride. Četrti poseben način popravljanja DSB je mehanizem BIR.<br /> <br /> &lt;h3&gt;SSA (single strand annealing)&lt;/h3&gt; <br /> Je edini od popravljalnih mehanizmov med homologno rekombinacijo (HR), za katerega formacija D-zanke ni potrebna. Temelji na kratkih ponovitvah zaporedja pred in po prelomu verige. Mehanizem se sicer dogaja na DSB med HR, ampak je neodvisen od Rad51 in do invazije krakov ne pride, ker mehanizem ni odvisen od homologne kromatide. Resekcija z Rad endonuklazami izpostavi homologna zaporedja na obeh krakih, ki lahko tvorita DNA vijačnico, pri tem se ves dedni material med zaporedjema nepovratno izgubi.<br /> &lt;h3&gt;DSBR (double strand break repair)&lt;/h3&gt; [https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination#/media/File:HR_schematic_diagram.svg slika]<br /> D-zanka se podaljša in ssDNA nasproti invazivnemu koncu (resektirani 3' konec) se poveže z homolognim delom razvite zanke. Invazivni konec, ki ga polimeraze zdaj podaljšajo ob matrični verigi se zlepi s tem 3+ koncem in tvori intermediat z dvema Hollidayevima križiščema (HK). HK resolvaze bodo tako križišče presekale na dva načina. Pri prvem bo prišlo do horizontalne razrešitve križišč in do prekrižanja ne pride, pri drugem resolvaze delujejo vertikalno in pride do popolne obrnitve delčkov Verig. Varnostni mehanizmi poskrbijo, da v bližini prekrižanja DNA nekaj časa do ponovnega prekrižanja ne pride <br /> &lt;h3&gt;SDSA (synthesis dependant strand anneling)&lt;/h3&gt; [https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination#/media/File:HR_schematic_diagram.svg slika]<br /> Po tvorbi D-zanke, DNA polδ ali polε sintetizirata na invazivnem 3’ koncu podaljšek. Novo sintetiziran konec homologen sosednji DNA verigi se loči od D-zanke in najde resektirani konce svoje originalne verige. Zdaj je del resektiranega dednega materiala enak homologni verigi in popravljalni mehanizmi poskrbijo,da se ta nov dedni material ujema z starim, ali pa starega prilagodijo temu. Obstajajo redke izjeme, kjer pride do migracije D-zanke in zaradi tega lahko potencialno še vedno pride do formacije Hollidayevega intermediata in posledično prekrižanja.<br /> &lt;h3&gt;BIR (break repair mechanism)&lt;/h3&gt;<br /> Poteka, če med podvajanjem pride do hude poškodbe, kjer se kos kromosoma odlomi. Ker dedni material na drugi strani DBS manjka se resekcija zgodi samo na prisotni polovici in invazivni konec ob vdoru v D-zanko tvori enosmerne replikacijske vilice, ki prepišejo ves manjkajoči del DNA. Posledica je velika izguba raznolikega dednega materiala, ampak mejoza se lahko zaključi. BIR mehanizem se dogaja šele v S fazi celičnega cikla in je izredno mutagen.<br /> &lt;h2&gt;Genska pretvorba&lt;/h2&gt;<br /> V drugi mejotski delitvi nastanejo gamete, ki so haploidne. Če ima diploidna celica, iz katere gamete nastanejo, ob vstopu v proces mejoze nek določen gen prisoten v dveh alelih (npr. alel A na materinem kromosomu in alel a na očetovem kromosomu), po Mendlovem zakonu segregacije ali izločitve pričakujemo, da bo po ločitvi kromatid v dveh nastalih gametah prisoten alel A, v drugih dveh pa alel a. Raziskave na kvasovki pokažejo, da temu ni vedno tako. Lahko se zgodi, da nastanejo 4 produkti mejoze, pri kvasovki imenovani tetrade, v katerih je v treh prisoten alel A, alel a pa samo v eni. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Ta pojav je posledica procesa imenovanega genska pretvorba, pri katerem se genetska informacija enosmerno prenese iz donorskega zaporedja na homologno akceptorsko zaporedje. Genska pretvorba v splošnem lahko poteče tudi med podobnimi zaporedji na sestrskih kromatidah ali na isti kromatidi med kopijami določenega gena. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Med mejozo se genska pretvorba zgodi med kromatidama homolognih kromosomov. Situacije, ki lahko vodijo v gensko pretvorbo, nastanejo pri produktih zgoraj opisanih poti SDSA in DSBR oz. z drugimi besedami, genska pretvorba je posledica poti SDSA in DSBR. V bližini mesta, kjer se je prej nahajal dvojni prelom verige DNA, sta sedaj v dvojno vijačnico vezani zaporedji, ki nista po celi dolžini identični, ampak sta na nekaterih mestih samo homologni. Tako zaporedje, pri katerem ujemanje baz ni popolno, imenujemo heterodupleks. Po poti SDSA se ob mestu, kjer se je nahajal prelom, pojavi en heterodupleks, po poti DSBR pa dva, vsak na svoji verigi in sicer na nasprotnih straneh glede na mesto preloma dvojne vijačnice. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Kjer nastane heterodupleks, lahko pride do popravljanja neujemanja na dva načina. Po prvem načinu lahko popravljanje poteče na drugi verigi, tako da se bo le-ta popolnoma ujemala s prvo verigo, ki služi kot osnova za popravljanje. Pri drugem načinu pa druga veriga služi kot osnova za popravljanje prve. V primeru, ko se na področju heterodupleksa nahajata različici nekega gena, npr. alel A, ki izvira iz verige, ki je bila prelomljena, in alel a, ki izvira iz neprelomljene verige, lahko po prvem načinu kot osnova za popravljanje služi veriga, na kateri je prisoten alel A. Ta način vodi v stanje, kjer je razmerje med aleli A in a na skupno 4 kromatidah 2:2, kar pomeni, da delitev alelov med tetrade ustreza Mendlovemu zakonu. Če za osnovo popravljanja neujemanja služi druga veriga, torej v tem primeru alel a iz neprelomljene verige, bo končno razmerje alelov A in a na 4 kromatidah 1:3, kar pomeni, da je prišlo do genske pretvorbe. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Do le-te med potjo DSBR lahko pride tudi ob sintezi komplementarne verige enovijačni DNA, ki je prisotna, ko nastane D-zanka. Tudi pri poti SDSA pride do genske pretvorbe ne samo s popravilom heterodupleksa, ampak tudi s sintezo komplementarne verige novonastali enovijačni verigi. Raziskave kljub tem dodatnim možnostim kažejo, da je večina genskih pretvorb posledica opisanega popravljanja neujemanja heterodupleksov.<br /> Možno pa je, da do popravljanja neujemanja sploh ne pride. V tem primeru pride do post-mejotske ločitve med mitozo, na koncu katere dobimo razmerje kromatid, ki vsebujejo alel A proti razmerju teh, ki vsebujejo alel a 3:5. Po podvojitvi DNA med mitozo ni več prisotnih heterodupleksov. Do post-mejotske ločitve pri kvasovki pride v skoraj 10% dogodkov mejozne rekombinacije.<br /> &lt;h3&gt;''Biased gene conversion''&lt;/h3&gt; <br /> Izkaže se, da so nekateri aleli bolj podvrženi genski pretvorbi kot drugi, kar angl. imenujemo biased gene conversion. Na mestih, kjer so v heterodupleksih prisotni pari A:C in G:T, poteče pretvorba nepravilnega parjenja baz v G:C in ne v A:T. Posledica tega pojava je, da na mestih, kjer genska pretvorba poteče, posledično nastanejo regije, ki so bogate s C:G pari.<br /> <br /> &lt;h2&gt;Viri&lt;/h2&gt;<br /> <br /> Tropp, B. E. Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> Merker, J., Dominska, M., Petes, T. Patterns of heteroduplex formation associated with the initiation of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics, 2003, 165, str. 47-63.<br /> <br /> Haber, J., Ira, G., Malkova, A., et al. Repairing a double-strand chromosome break by homologous recombination: revisiting Robin Holliday's model. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2004, 359, str. 79-86.<br /> <br /> Mehta, A., &amp; Haber, J. E. (2014). Sources of DNA Double-Strand Breaks and Models of Recombinational DNA Repair. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 6(9), a016428–a016428. http://doi.org/10.1101/cshperspect.a016428<br /> <br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mejozna_rekombinacija&diff=11576 2016-05-29T14:54:09Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>Homologna rekombinacija med 1. mejotsko delitvijo ali z drugimi besedami mejozna rekombinacija omogoča nastanek genetsko raznolikih gamet. Pri tem procesu se izmenjajo deli DNA med dvema DNA vijačnicama, ki imata nekatere dele zaporedja zelo podobne. Genetsko raznolikost gamet zagotavljata prekrižanje homolognih kromosomov in genska pretvorba, ki sta rezultat mejozne rekombinacije. V osnovi je homologna rekombinacija eden od načinov popravljanja dvojnih prelomov DNA. Kot osnova za popravilo preloma dvojne vijačnice ene kromatide kromosoma služi veriga kromatide homolognega kromosoma. <br /> &lt;h2&gt;Modeli homologne rekombinacije&lt;/h2&gt;<br /> Pri sesalcih so za uspešno mejotsko rekombinacijo poleg navedenih proteinov in njihovih analogov potrebni še mnogi, v večji meri še neodkriti proteini. Navedeni so splošni postopki v evkariontskih celicah.&lt;br&gt;<br /> Na eni od homolognih verig DNA se pojavijo prekinitve. Nastane jih toliko, da na paru homolognih kromatid vsaj enkrat pride do izmenjave dednega materiala. Mesto popolnega preloma verige in posledično mesto, kjer bo prišlo do mejozne rekombinacije in izmenjave med homolognima kromatidama se imenuje Kiazma. Za njihovo tvorbo je potreben encim SPO11, ki s kovalentno vezavo na DNA verigo povzroči prelom (način delovanja je podoben DNA topoizomerazi). Do prelomov in posledično do izmenjave dednega materiala prihaja v ‘hot spot‘ regijah, okoli 1000 do 2000 nukleotidov dolgi kosi DNA in predvsem na CpG bogatih regijah promotorjev genov. Z endonukleazno cepitvijo encima MRN in CtIP odstranita SPO11 z mest dvojnega preloma. &lt;br&gt; Takoj za tem sledi resekcija koncev v smeri 5’-3’, ki jo med drugimi opravlja EXO1 ali DNA2 s helikazo. Pri resekciji se se izreže okoli 100 nukleotidov. Ker jo opravlja več različnih proteinov, ki delujejo tako na 5’ kot na 3’ koncu, je ta korak odločilen za pravilno napredovanje in časovno umestitev podvojitve dednega materiala. Resekcija je v G1 fazi zelo počasna. Očitno je, da povečana koncentracija CDK1 pozitivno vpliva na hitrost resekcije, ta pa je nizka v G1 fazi in se z napredovanjem skozi celični cikel, predvsem med M in G2 fazo močno poveča. Če je na prostem koncu prisoten protein RPA je to dovolj, da se s pomočjo drugih proteinov (Rad52) protein Rad51 in BRCA2 vežeta na zdaj enojno (ssDNA) verigo in tvorita nukleoproteinski filament na prosti 3’ konec. Ta s proteinom ovit in raztegnjen del ssDNA je imenovan invazivni. Podobno vlogo ima tudi protein Dcm1. Vloga tega filamenta je, da aktivno išče homologno verigo DNA, nato pride do izpodrinjanja konca iz originalne verige DNA. Svoj par najde na homologni verigi, ki se je na tem mestu razvila, ne pa tudi razklenila in tvorila odprto zanko. Invazivni 3’ konec, utrjen z Dcm1, zdaj vdre v odprto zanko sosednje verige in se poveže s homologno donorsko sekvenco. Tvori se D-zanka in odmaknjena polovica homologne verige se poveže s homolognim zaporedjem preostalega neresektiranega konca. Tukaj se mehanizem nadaljnje homologne rekombinacije razdeli na dva predlagana modela, DSBR (angl. double strand break repair), poznan tudi kot model dveh Hollidayevih križišč in SDSA (angl. synthesis dependant strand annealing). Pri DSBR sta možni dve rešitvi nastalega kompleksa, ena vključuje prekrivanje in statistično veliko bolj verjetna, pri drugi pa do prekrižanja ne pride. SDSA model ne dopušča prekrivanja in se med mejotsko delitvijo lahko zgodi med 4 in 15-krat pogosteje kot DSBR. Modela razložita pojav pretvorbe genov (angl. gene conversion, GC). SSA je sicer model popravljanja DBS med mejozo, ampak pri njem do GC ne pride. Četrti poseben način popravljanja DSB je mehanizem BIR.<br /> &lt;h3&gt;SSA (single strand annealing)&lt;/h3&gt; <br /> Je edini od popravljalnih mehanizmov med homologno rekombinacijo (HR), za katerega formacija D-zanke ni potrebna. Temelji na kratkih ponovitvah zaporedja pred in po prelomu verige. Mehanizem se sicer dogaja na DSB med HR, ampak je neodvisen od Rad51 in do invazije krakov ne pride, ker mehanizem ni odvisen od homologne kromatide. Resekcija z Rad endonuklazami izpostavi homologna zaporedja na obeh krakih, ki lahko tvorita DNA vijačnico, pri tem se ves dedni material med zaporedjema nepovratno izgubi.<br /> &lt;h3&gt;DSBR (double strand break repair)&lt;/h3&gt;<br /> D-zanka se podaljša in ssDNA nasproti invazivnemu koncu (resektirani 3' konec) se poveže z homolognim delom razvite zanke. Invazivni konec, ki ga polimeraze zdaj podaljšajo ob matrični verigi se zlepi s tem 3+ koncem in tvori intermediat z dvema Hollidayevima križiščema (HK). HK resolvaze bodo tako križišče presekale na dva načina. Pri prvem bo prišlo do horizontalne razrešitve križišč in do prekrižanja ne pride, pri drugem resolvaze delujejo vertikalno in pride do popolne obrnitve delčkov Verig. Varnostni mehanizmi poskrbijo, da v bližini prekrižanja DNA nekaj časa do ponovnega prekrižanja ne pride <br /> &lt;h3&gt;SDSA (synthesis dependant strand anneling)&lt;/h3&gt;<br /> Po tvorbi D-zanke, DNA polδ ali polε sintetizirata na invazivnem 3’ koncu podaljšek. Novo sintetiziran konec homologen sosednji DNA verigi se loči od D-zanke in najde resektirani konce svoje originalne verige. Zdaj je del resektiranega dednega materiala enak homologni verigi in popravljalni mehanizmi poskrbijo,da se ta nov dedni material ujema z starim, ali pa starega prilagodijo temu. Obstajajo redke izjeme, kjer pride do migracije D-zanke in zaradi tega lahko potencialno še vedno pride do formacije Hollidayevega intermediata in posledično prekrižanja.<br /> &lt;h3&gt;BIR (break repair mechanism)&lt;/h3&gt;<br /> Poteka, če med podvajanjem pride do hude poškodbe, kjer se kos kromosoma odlomi. Ker dedni material na drugi strani DBS manjka se resekcija zgodi samo na prisotni polovici in invazivni konec ob vdoru v D-zanko tvori enosmerne replikacijske vilice, ki prepišejo ves manjkajoči del DNA. Posledica je velika izguba raznolikega dednega materiala, ampak mejoza se lahko zaključi. BIR mehanizem se dogaja šele v S fazi celičnega cikla in je izredno mutagen.<br /> &lt;h2&gt;Genska pretvorba&lt;/h2&gt;<br /> V drugi mejotski delitvi nastanejo gamete, ki so haploidne. Če ima diploidna celica, iz katere gamete nastanejo, ob vstopu v proces mejoze nek določen gen prisoten v dveh alelih (npr. alel A na materinem kromosomu in alel a na očetovem kromosomu), po Mendlovem zakonu segregacije ali izločitve pričakujemo, da bo po ločitvi kromatid v dveh nastalih gametah prisoten alel A, v drugih dveh pa alel a. Raziskave na kvasovki pokažejo, da temu ni vedno tako. Lahko se zgodi, da nastanejo 4 produkti mejoze, pri kvasovki imenovani tetrade, v katerih je v treh prisoten alel A, alel a pa samo v eni. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Ta pojav je posledica procesa imenovanega genska pretvorba, pri katerem se genetska informacija enosmerno prenese iz donorskega zaporedja na homologno akceptorsko zaporedje. Genska pretvorba v splošnem lahko poteče tudi med podobnimi zaporedji na sestrskih kromatidah ali na isti kromatidi med kopijami določenega gena. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Med mejozo se genska pretvorba zgodi med kromatidama homolognih kromosomov. Situacije, ki lahko vodijo v gensko pretvorbo, nastanejo pri produktih zgoraj opisanih poti SDSA in DSBR oz. z drugimi besedami, genska pretvorba je posledica poti SDSA in DSBR. V bližini mesta, kjer se je prej nahajal dvojni prelom verige DNA, sta sedaj v dvojno vijačnico vezani zaporedji, ki nista po celi dolžini identični, ampak sta na nekaterih mestih samo homologni. Tako zaporedje, pri katerem ujemanje baz ni popolno, imenujemo heterodupleks. Po poti SDSA se ob mestu, kjer se je nahajal prelom, pojavi en heterodupleks, po poti DSBR pa dva, vsak na svoji verigi in sicer na nasprotnih straneh glede na mesto preloma dvojne vijačnice. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Kjer nastane heterodupleks, lahko pride do popravljanja neujemanja na dva načina. Po prvem načinu lahko popravljanje poteče na drugi verigi, tako da se bo le-ta popolnoma ujemala s prvo verigo, ki služi kot osnova za popravljanje. Pri drugem načinu pa druga veriga služi kot osnova za popravljanje prve. V primeru, ko se na področju heterodupleksa nahajata različici nekega gena, npr. alel A, ki izvira iz verige, ki je bila prelomljena, in alel a, ki izvira iz neprelomljene verige, lahko po prvem načinu kot osnova za popravljanje služi veriga, na kateri je prisoten alel A. Ta način vodi v stanje, kjer je razmerje med aleli A in a na skupno 4 kromatidah 2:2, kar pomeni, da delitev alelov med tetrade ustreza Mendlovemu zakonu. Če za osnovo popravljanja neujemanja služi druga veriga, torej v tem primeru alel a iz neprelomljene verige, bo končno razmerje alelov A in a na 4 kromatidah 1:3, kar pomeni, da je prišlo do genske pretvorbe. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Do le-te med potjo DSBR lahko pride tudi ob sintezi komplementarne verige enovijačni DNA, ki je prisotna, ko nastane D-zanka. Tudi pri poti SDSA pride do genske pretvorbe ne samo s popravilom heterodupleksa, ampak tudi s sintezo komplementarne verige novonastali enovijačni verigi. Raziskave kljub tem dodatnim možnostim kažejo, da je večina genskih pretvorb posledica opisanega popravljanja neujemanja heterodupleksov.<br /> Možno pa je, da do popravljanja neujemanja sploh ne pride. V tem primeru pride do post-mejotske ločitve med mitozo, na koncu katere dobimo razmerje kromatid, ki vsebujejo alel A proti razmerju teh, ki vsebujejo alel a 3:5. Po podvojitvi DNA med mitozo ni več prisotnih heterodupleksov. Do post-mejotske ločitve pri kvasovki pride v skoraj 10% dogodkov mejozne rekombinacije.<br /> &lt;h3&gt;''Biased gene conversion''&lt;/h3&gt; <br /> Izkaže se, da so nekateri aleli bolj podvrženi genski pretvorbi kot drugi, kar angl. imenujemo biased gene conversion. Na mestih, kjer so v heterodupleksih prisotni pari A:C in G:T, poteče pretvorba nepravilnega parjenja baz v G:C in ne v A:T. Posledica tega pojava je, da na mestih, kjer genska pretvorba poteče, posledično nastanejo regije, ki so bogate s C:G pari.<br /> <br /> &lt;h2&gt;Viri&lt;/h2&gt;<br /> <br /> Tropp, B. E. Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> Merker, J., Dominska, M., Petes, T. Patterns of heteroduplex formation associated with the initiation of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics, 2003, 165, str. 47-63.<br /> <br /> Haber, J., Ira, G., Malkova, A., et al. Repairing a double-strand chromosome break by homologous recombination: revisiting Robin Holliday's model. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2004, 359, str. 79-86.<br /> <br /> Mehta, A., &amp; Haber, J. E. (2014). Sources of DNA Double-Strand Breaks and Models of Recombinational DNA Repair. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 6(9), a016428–a016428. http://doi.org/10.1101/cshperspect.a016428<br /> <br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mejozna_rekombinacija&diff=11575 2016-05-29T14:51:50Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>Homologna rekombinacija med 1. mejotsko delitvijo ali z drugimi besedami mejozna rekombinacija omogoča nastanek genetsko raznolikih gamet. Pri tem procesu se izmenjajo deli DNA med dvema DNA vijačnicama, ki imata nekatere dele zaporedja zelo podobne. Genetsko raznolikost gamet zagotavljata prekrižanje homolognih kromosomov in genska pretvorba, ki sta rezultat mejozne rekombinacije. V osnovi je homologna rekombinacija eden od načinov popravljanja dvojnih prelomov DNA. Kot osnova za popravilo preloma dvojne vijačnice ene kromatide kromosoma služi veriga kromatide homolognega kromosoma. <br /> &lt;h2&gt;Modeli homologne rekombinacije&lt;/h2&gt;<br /> Pri sesalcih so za uspešno mejotsko rekombinacijo poleg navedenih proteinov in njihovih analogov potrebni še mnogi, v večji meri še neodkriti proteini. Navedeni so splošni postopki v evkariontskih celicah.<br /> Na eni od homolognih verig DNA se pojavijo prekinitve. Nastane jih toliko, da na paru homolognih kromatid vsaj enkrat pride do izmenjave dednega materiala. Mesto popolnega preloma verige in posledično mesto, kjer bo prišlo do mejozne rekombinacije in izmenjave med homolognima kromatidama se imenuje Kiazma. Za njihovo tvorbo je potreben encim SPO11, ki s kovalentno vezavo na DNA verigo povzroči prelom (način delovanja je podoben DNA topoizomerazi). Do prelomov in posledično do izmenjave dednega materiala prihaja v ‘hot spot‘ regijah, okoli 1000 do 2000 nukleotidov dolgi kosi DNA in predvsem na CpG bogatih regijah promotorjev genov. Z endonukleazno cepitvijo encima MRN in CtIP odstranita SPO11 z mest dvojnega preloma. Takoj za tem sledi resekcija koncev v smeri 5’-3’, ki jo med drugimi opravlja EXO1 ali DNA2 s helikazo. Pri resekciji se se izreže okoli 100 nukleotidov. Ker jo opravlja več različnih proteinov, ki delujejo tako na 5’ kot na 3’ koncu, je ta korak odločilen za pravilno napredovanje in časovno umestitev podvojitve dednega materiala. Resekcija je v G1 fazi zelo počasna. Očitno je, da povečana koncentracija CDK1 pozitivno vpliva na hitrost resekcije, ta pa je nizka v G1 fazi in se z napredovanjem skozi celični cikel, predvsem med M in G2 fazo močno poveča. Če je na prostem koncu prisoten protein RPA je to dovolj, da se s pomočjo drugih proteinov (Rad52) protein Rad51 in BRCA2 vežeta na zdaj enojno (ssDNA) verigo in tvorita nukleoproteinski filament na prosti 3’ konec. Ta s proteinom ovit in raztegnjen del ssDNA je imenovan invazivni. Podobno vlogo ima tudi protein Dcm1. Vloga tega filamenta je, da aktivno išče homologno verigo DNA, nato pride do izpodrinjanja konca iz originalne verige DNA. Svoj par najde na homologni verigi, ki se je na tem mestu razvila, ne pa tudi razklenila in tvorila odprto zanko. Invazivni 3’ konec utrjen z Dcm1 zdaj vdre v odprto zanko sosednje verige in se poveže s homologno donorsko sekvenco. Tvori se D-zanka in odmaknjena polovica homologne verige se poveže s homolognim zaporedjem preostalega neresektiranega konca. Tukaj se mehanizem nadaljnje homologne rekombinacije razdeli na dva predlagana modela, DSBR (angl. double strand break repair), poznan tudi kot model dveh Hollidayevih križišč in SDSA (angl. synthesis dependant strand annealing). Pri DSBR sta možni dve rešitvi nastalega kompleksa, ena vključuje prekrivanje in statistično veliko bolj verjetna, pri drugi pa do prekrižanja ne pride. SDSA model ne dopušča prekrivanja in se med mejotsko delitvijo lahko zgodi med 4 in 15-krat pogosteje kot DSBR. Modela razložita pojav pretvorbe genov (angl. gene conversion, GC). SSA je sicer model popravljanja DBS med mejozo, ampak pri njem do GC ne pride. Četrti poseben način popravljanja DSB je mehanizem BIR.<br /> &lt;h3&gt;SSA (single strand annealing)&lt;/h3&gt; <br /> Je edini od popravljalnih mehanizmov med homologno rekombinacijo (HR), za katerega formacija D-zanke ni potrebna. Temelji na kratkih ponovitvah zaporedja pred in po prelomu verige. Mehanizem se sicer dogaja na DSB med HR, ampak je neodvisen od Rad51 in do invazije krakov ne pride, ker mehanizem ni odvisen od homologne kromatide. Resekcija z Rad endonuklazami izpostavi homologna zaporedja na obeh krakih, ki lahko tvorita DNA vijačnico, pri tem se ves dedni material med zaporedjema nepovratno izgubi.<br /> &lt;h3&gt;DSBR (double strand break repair)&lt;/h3&gt;<br /> D-zanka se podaljša in ssDNA nasproti invazivnemu koncu (resektirani 3' konec) se poveže z homolognim delom razvite zanke. Invazivni konec, ki ga polimeraze zdaj podaljšajo ob matrični verigi se zlepi s tem 3+ koncem in tvori intermediat z dvema Hollidayevima križiščema (HK). HK resolvaze bodo tako križišče presekale na dva načina. Pri prvem bo prišlo do horizontalne razrešitve križišč in do prekrižanja ne pride, pri drugem resolvaze delujejo vertikalno in pride do popolne obrnitve delčkov Verig. Varnostni mehanizmi poskrbijo, da v bližini prekrižanja DNA nekaj časa do ponovnega prekrižanja ne pride <br /> &lt;h3&gt;SDSA (synthesis dependant strand anneling)&lt;/h3&gt;<br /> Po tvorbi D-zanke, DNA polδ ali polε sintetizirata na invazivnem 3’ koncu podaljšek. Novo sintetiziran konec homologen sosednji DNA verigi se loči od D-zanke in najde resektirani konce svoje originalne verige. Zdaj je del resektiranega dednega materiala enak homologni verigi in popravljalni mehanizmi poskrbijo,da se ta nov dedni material ujema z starim, ali pa starega prilagodijo temu. Obstajajo redke izjeme, kjer pride do migracije D-zanke in zaradi tega lahko potencialno še vedno pride do formacije Hollidayevega intermediata in posledično prekrižanja.<br /> &lt;h3&gt;BIR (break repair mechanism)&lt;/h3&gt;<br /> Poteka, če med podvajanjem pride do hude poškodbe, kjer se kos kromosoma odlomi. Ker dedni material na drugi strani DBS manjka se resekcija zgodi samo na prisotni polovici in invazivni konec ob vdoru v D-zanko tvori enosmerne replikacijske vilice, ki prepišejo ves manjkajoči del DNA. Posledica je velika izguba raznolikega dednega materiala, ampak mejoza se lahko zaključi. BIR mehanizem se dogaja šele v S fazi celičnega cikla in je izredno mutagen.<br /> &lt;h2&gt;Genska pretvorba&lt;/h2&gt;<br /> V drugi mejotski delitvi nastanejo gamete, ki so haploidne. Če ima diploidna celica, iz katere gamete nastanejo, ob vstopu v proces mejoze nek določen gen prisoten v dveh alelih (npr. alel A na materinem kromosomu in alel a na očetovem kromosomu), po Mendlovem zakonu segregacije ali izločitve pričakujemo, da bo po ločitvi kromatid v dveh nastalih gametah prisoten alel A, v drugih dveh pa alel a. Raziskave na kvasovki pokažejo, da temu ni vedno tako. Lahko se zgodi, da nastanejo 4 produkti mejoze, pri kvasovki imenovani tetrade, v katerih je v treh prisoten alel A, alel a pa samo v eni. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Ta pojav je posledica procesa imenovanega genska pretvorba, pri katerem se genetska informacija enosmerno prenese iz donorskega zaporedja na homologno akceptorsko zaporedje. Genska pretvorba v splošnem lahko poteče tudi med podobnimi zaporedji na sestrskih kromatidah ali na isti kromatidi med kopijami določenega gena. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Med mejozo se genska pretvorba zgodi med kromatidama homolognih kromosomov. Situacije, ki lahko vodijo v gensko pretvorbo, nastanejo pri produktih zgoraj opisanih poti SDSA in DSBR oz. z drugimi besedami, genska pretvorba je posledica poti SDSA in DSBR. V bližini mesta, kjer se je prej nahajal dvojni prelom verige DNA, sta sedaj v dvojno vijačnico vezani zaporedji, ki nista po celi dolžini identični, ampak sta na nekaterih mestih samo homologni. Tako zaporedje, pri katerem ujemanje baz ni popolno, imenujemo heterodupleks. Po poti SDSA se ob mestu, kjer se je nahajal prelom, pojavi en heterodupleks, po poti DSBR pa dva, vsak na svoji verigi in sicer na nasprotnih straneh glede na mesto preloma dvojne vijačnice. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Kjer nastane heterodupleks, lahko pride do popravljanja neujemanja na dva načina. Po prvem načinu lahko popravljanje poteče na drugi verigi, tako da se bo le-ta popolnoma ujemala s prvo verigo, ki služi kot osnova za popravljanje. Pri drugem načinu pa druga veriga služi kot osnova za popravljanje prve. V primeru, ko se na področju heterodupleksa nahajata različici nekega gena, npr. alel A, ki izvira iz verige, ki je bila prelomljena, in alel a, ki izvira iz neprelomljene verige, lahko po prvem načinu kot osnova za popravljanje služi veriga, na kateri je prisoten alel A. Ta način vodi v stanje, kjer je razmerje med aleli A in a na skupno 4 kromatidah 2:2, kar pomeni, da delitev alelov med tetrade ustreza Mendlovemu zakonu. Če za osnovo popravljanja neujemanja služi druga veriga, torej v tem primeru alel a iz neprelomljene verige, bo končno razmerje alelov A in a na 4 kromatidah 1:3, kar pomeni, da je prišlo do genske pretvorbe. &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Do le-te med potjo DSBR lahko pride tudi ob sintezi komplementarne verige enovijačni DNA, ki je prisotna, ko nastane D-zanka. Tudi pri poti SDSA pride do genske pretvorbe ne samo s popravilom heterodupleksa, ampak tudi s sintezo komplementarne verige novonastali enovijačni verigi. Raziskave kljub tem dodatnim možnostim kažejo, da je večina genskih pretvorb posledica opisanega popravljanja neujemanja heterodupleksov.<br /> Možno pa je, da do popravljanja neujemanja sploh ne pride. V tem primeru pride do post-mejotske ločitve med mitozo, na koncu katere dobimo razmerje kromatid, ki vsebujejo alel A proti razmerju teh, ki vsebujejo alel a 3:5. Po podvojitvi DNA med mitozo ni več prisotnih heterodupleksov. Do post-mejotske ločitve pri kvasovki pride v skoraj 10% dogodkov mejozne rekombinacije.<br /> &lt;h3&gt;''Biased gene conversion''&lt;/h3&gt; <br /> Izkaže se, da so nekateri aleli bolj podvrženi genski pretvorbi kot drugi, kar angl. imenujemo biased gene conversion. Na mestih, kjer so v heterodupleksih prisotni pari A:C in G:T, poteče pretvorba nepravilnega parjenja baz v G:C in ne v A:T. Posledica tega pojava je, da na mestih, kjer genska pretvorba poteče, posledično nastanejo regije, ki so bogate s C:G pari.<br /> <br /> &lt;h2&gt;Viri&lt;/h2&gt;<br /> <br /> Tropp, B. E. Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> Merker, J., Dominska, M., Petes, T. Patterns of heteroduplex formation associated with the initiation of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics, 2003, 165, str. 47-63.<br /> <br /> Haber, J., Ira, G., Malkova, A., et al. Repairing a double-strand chromosome break by homologous recombination: revisiting Robin Holliday's model. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2004, 359, str. 79-86.<br /> <br /> Mehta, A., &amp; Haber, J. E. (2014). Sources of DNA Double-Strand Breaks and Models of Recombinational DNA Repair. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 6(9), a016428–a016428. http://doi.org/10.1101/cshperspect.a016428<br /> <br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mejozna_rekombinacija&diff=11574 2016-05-29T14:51:05Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>Homologna rekombinacija med 1. mejotsko delitvijo ali z drugimi besedami mejozna rekombinacija omogoča nastanek genetsko raznolikih gamet. Pri tem procesu se izmenjajo deli DNA med dvema DNA vijačnicama, ki imata nekatere dele zaporedja zelo podobne. Genetsko raznolikost gamet zagotavljata prekrižanje homolognih kromosomov in genska pretvorba, ki sta rezultat mejozne rekombinacije. V osnovi je homologna rekombinacija eden od načinov popravljanja dvojnih prelomov DNA. Kot osnova za popravilo preloma dvojne vijačnice ene kromatide kromosoma služi veriga kromatide homolognega kromosoma. <br /> &lt;h2&gt;Modeli homologne rekombinacije&lt;/h2&gt;<br /> Pri sesalcih so za uspešno mejotsko rekombinacijo poleg navedenih proteinov in njihovih analogov potrebni še mnogi, v večji meri še neodkriti proteini. Navedeni so splošni postopki v evkariontskih celicah.<br /> Na eni od homolognih verig DNA se pojavijo prekinitve. Nastane jih toliko, da na paru homolognih kromatid vsaj enkrat pride do izmenjave dednega materiala. Mesto popolnega preloma verige in posledično mesto, kjer bo prišlo do mejozne rekombinacije in izmenjave med homolognima kromatidama se imenuje Kiazma. Za njihovo tvorbo je potreben encim SPO11, ki s kovalentno vezavo na DNA verigo povzroči prelom (način delovanja je podoben DNA topoizomerazi). Do prelomov in posledično do izmenjave dednega materiala prihaja v ‘hot spot‘ regijah, okoli 1000 do 2000 nukleotidov dolgi kosi DNA in predvsem na CpG bogatih regijah promotorjev genov. Z endonukleazno cepitvijo encima MRN in CtIP odstranita SPO11 z mest dvojnega preloma. Takoj za tem sledi resekcija koncev v smeri 5’-3’, ki jo med drugimi opravlja EXO1 ali DNA2 s helikazo. Pri resekciji se se izreže okoli 100 nukleotidov. Ker jo opravlja več različnih proteinov, ki delujejo tako na 5’ kot na 3’ koncu, je ta korak odločilen za pravilno napredovanje in časovno umestitev podvojitve dednega materiala. Resekcija je v G1 fazi zelo počasna. Očitno je, da povečana koncentracija CDK1 pozitivno vpliva na hitrost resekcije, ta pa je nizka v G1 fazi in se z napredovanjem skozi celični cikel, predvsem med M in G2 fazo močno poveča. Če je na prostem koncu prisoten protein RPA je to dovolj, da se s pomočjo drugih proteinov (Rad52) protein Rad51 in BRCA2 vežeta na zdaj enojno (ssDNA) verigo in tvorita nukleoproteinski filament na prosti 3’ konec. Ta s proteinom ovit in raztegnjen del ssDNA je imenovan invazivni. Podobno vlogo ima tudi protein Dcm1. Vloga tega filamenta je, da aktivno išče homologno verigo DNA, nato pride do izpodrinjanja konca iz originalne verige DNA. Svoj par najde na homologni verigi, ki se je na tem mestu razvila, ne pa tudi razklenila in tvorila odprto zanko. Invazivni 3’ konec utrjen z Dcm1 zdaj vdre v odprto zanko sosednje verige in se poveže s homologno donorsko sekvenco. Tvori se D-zanka in odmaknjena polovica homologne verige se poveže s homolognim zaporedjem preostalega neresektiranega konca. Tukaj se mehanizem nadaljnje homologne rekombinacije razdeli na dva predlagana modela, DSBR (angl. double strand break repair), poznan tudi kot model dveh Hollidayevih križišč in SDSA (angl. synthesis dependant strand annealing). Pri DSBR sta možni dve rešitvi nastalega kompleksa, ena vključuje prekrivanje in statistično veliko bolj verjetna, pri drugi pa do prekrižanja ne pride. SDSA model ne dopušča prekrivanja in se med mejotsko delitvijo lahko zgodi med 4 in 15-krat pogosteje kot DSBR. Modela razložita pojav pretvorbe genov (angl. gene conversion, GC). SSA je sicer model popravljanja DBS med mejozo, ampak pri njem do GC ne pride. Četrti poseben način popravljanja DSB je mehanizem BIR.<br /> &lt;h3&gt;SSA (single strand annealing)&lt;/h3&gt; <br /> Je edini od popravljalnih mehanizmov med homologno rekombinacijo (HR), za katerega formacija D-zanke ni potrebna. Temelji na kratkih ponovitvah zaporedja pred in po prelomu verige. Mehanizem se sicer dogaja na DSB med HR, ampak je neodvisen od Rad51 in do invazije krakov ne pride, ker mehanizem ni odvisen od homologne kromatide. Resekcija z Rad endonuklazami izpostavi homologna zaporedja na obeh krakih, ki lahko tvorita DNA vijačnico, pri tem se ves dedni material med zaporedjema nepovratno izgubi.<br /> &lt;h3&gt;DSBR (double strand break repair)&lt;/h3&gt;<br /> D-zanka se podaljša in ssDNA nasproti invazivnemu koncu (resektirani 3' konec) se poveže z homolognim delom razvite zanke. Invazivni konec, ki ga polimeraze zdaj podaljšajo ob matrični verigi se zlepi s tem 3+ koncem in tvori intermediat z dvema Hollidayevima križiščema (HK). HK resolvaze bodo tako križišče presekale na dva načina. Pri prvem bo prišlo do horizontalne razrešitve križišč in do prekrižanja ne pride, pri drugem resolvaze delujejo vertikalno in pride do popolne obrnitve delčkov Verig. Varnostni mehanizmi poskrbijo, da v bližini prekrižanja DNA nekaj časa do ponovnega prekrižanja ne pride <br /> &lt;h3&gt;SDSA (synthesis dependant strand anneling)&lt;/h3&gt;<br /> Po tvorbi D-zanke, DNA polδ ali polε sintetizirata na invazivnem 3’ koncu podaljšek. Novo sintetiziran konec homologen sosednji DNA verigi se loči od D-zanke in najde resektirani konce svoje originalne verige. Zdaj je del resektiranega dednega materiala enak homologni verigi in popravljalni mehanizmi poskrbijo,da se ta nov dedni material ujema z starim, ali pa starega prilagodijo temu. Obstajajo redke izjeme, kjer pride do migracije D-zanke in zaradi tega lahko potencialno še vedno pride do formacije Hollidayevega intermediata in posledično prekrižanja.<br /> &lt;h3&gt;BIR (break repair mechanism)&lt;/h3&gt;<br /> Poteka, če med podvajanjem pride do hude poškodbe, kjer se kos kromosoma odlomi. Ker dedni material na drugi strani DBS manjka se resekcija zgodi samo na prisotni polovici in invazivni konec ob vdoru v D-zanko tvori enosmerne replikacijske vilice, ki prepišejo ves manjkajoči del DNA. Posledica je velika izguba raznolikega dednega materiala, ampak mejoza se lahko zaključi. BIR mehanizem se dogaja šele v S fazi celičnega cikla in je izredno mutagen.<br /> &lt;h2&gt;Genska pretvorba&lt;/h2&gt;<br /> V drugi mejotski delitvi nastanejo gamete, ki so haploidne. Če ima diploidna celica, iz katere gamete nastanejo, ob vstopu v proces mejoze nek določen gen prisoten v dveh alelih (npr. alel A na materinem kromosomu in alel a na očetovem kromosomu), po Mendlovem zakonu segregacije ali izločitve pričakujemo, da bo po ločitvi kromatid v dveh nastalih gametah prisoten alel A, v drugih dveh pa alel a. Raziskave na kvasovki pokažejo, da temu ni vedno tako. Lahko se zgodi, da nastanejo 4 produkti mejoze, pri kvasovki imenovani tetrade, v katerih je v treh prisoten alel A, alel a pa samo v eni. &lt;br&gt;<br /> <br /> Ta pojav je posledica procesa imenovanega genska pretvorba, pri katerem se genetska informacija enosmerno prenese iz donorskega zaporedja na homologno akceptorsko zaporedje. Genska pretvorba v splošnem lahko poteče tudi med podobnimi zaporedji na sestrskih kromatidah ali na isti kromatidi med kopijami določenega gena. &lt;br&gt;<br /> <br /> Med mejozo se genska pretvorba zgodi med kromatidama homolognih kromosomov. Situacije, ki lahko vodijo v gensko pretvorbo, nastanejo pri produktih zgoraj opisanih poti SDSA in DSBR oz. z drugimi besedami, genska pretvorba je posledica poti SDSA in DSBR. V bližini mesta, kjer se je prej nahajal dvojni prelom verige DNA, sta sedaj v dvojno vijačnico vezani zaporedji, ki nista po celi dolžini identični, ampak sta na nekaterih mestih samo homologni. Tako zaporedje, pri katerem ujemanje baz ni popolno, imenujemo heterodupleks. Po poti SDSA se ob mestu, kjer se je nahajal prelom, pojavi en heterodupleks, po poti DSBR pa dva, vsak na svoji verigi in sicer na nasprotnih straneh glede na mesto preloma dvojne vijačnice. &lt;br&gt;<br /> <br /> Kjer nastane heterodupleks, lahko pride do popravljanja neujemanja na dva načina. Po prvem načinu lahko popravljanje poteče na drugi verigi, tako da se bo le-ta popolnoma ujemala s prvo verigo, ki služi kot osnova za popravljanje. Pri drugem načinu pa druga veriga služi kot osnova za popravljanje prve. V primeru, ko se na področju heterodupleksa nahajata različici nekega gena, npr. alel A, ki izvira iz verige, ki je bila prelomljena, in alel a, ki izvira iz neprelomljene verige, lahko po prvem načinu kot osnova za popravljanje služi veriga, na kateri je prisoten alel A. Ta način vodi v stanje, kjer je razmerje med aleli A in a na skupno 4 kromatidah 2:2, kar pomeni, da delitev alelov med tetrade ustreza Mendlovemu zakonu. Če za osnovo popravljanja neujemanja služi druga veriga, torej v tem primeru alel a iz neprelomljene verige, bo končno razmerje alelov A in a na 4 kromatidah 1:3, kar pomeni, da je prišlo do genske pretvorbe. &lt;br&gt;<br /> <br /> Do le-te med potjo DSBR lahko pride tudi ob sintezi komplementarne verige enovijačni DNA, ki je prisotna, ko nastane D-zanka. Tudi pri poti SDSA pride do genske pretvorbe ne samo s popravilom heterodupleksa, ampak tudi s sintezo komplementarne verige novonastali enovijačni verigi. Raziskave kljub tem dodatnim možnostim kažejo, da je večina genskih pretvorb posledica opisanega popravljanja neujemanja heterodupleksov.<br /> Možno pa je, da do popravljanja neujemanja sploh ne pride. V tem primeru pride do post-mejotske ločitve med mitozo, na koncu katere dobimo razmerje kromatid, ki vsebujejo alel A proti razmerju teh, ki vsebujejo alel a 3:5. Po podvojitvi DNA med mitozo ni več prisotnih heterodupleksov. Do post-mejotske ločitve pri kvasovki pride v skoraj 10% dogodkov mejozne rekombinacije.<br /> &lt;h3&gt;''Biased gene conversion''&lt;/h3&gt; <br /> Izkaže se, da so nekateri aleli bolj podvrženi genski pretvorbi kot drugi, kar angl. imenujemo biased gene conversion. Na mestih, kjer so v heterodupleksih prisotni pari A:C in G:T, poteče pretvorba nepravilnega parjenja baz v G:C in ne v A:T. Posledica tega pojava je, da na mestih, kjer genska pretvorba poteče, posledično nastanejo regije, ki so bogate s C:G pari.<br /> <br /> &lt;h2&gt;Viri&lt;/h2&gt;<br /> <br /> Tropp, B. E. Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> Merker, J., Dominska, M., Petes, T. Patterns of heteroduplex formation associated with the initiation of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics, 2003, 165, str. 47-63.<br /> <br /> Haber, J., Ira, G., Malkova, A., et al. Repairing a double-strand chromosome break by homologous recombination: revisiting Robin Holliday's model. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2004, 359, str. 79-86.<br /> <br /> Mehta, A., &amp; Haber, J. E. (2014). Sources of DNA Double-Strand Breaks and Models of Recombinational DNA Repair. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 6(9), a016428–a016428. http://doi.org/10.1101/cshperspect.a016428<br /> <br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mejozna_rekombinacija&diff=11573 2016-05-29T14:49:32Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>Homologna rekombinacija med 1. mejotsko delitvijo ali z drugimi besedami mejozna rekombinacija omogoča nastanek genetsko raznolikih gamet. Pri tem procesu se izmenjajo deli DNA med dvema DNA vijačnicama, ki imata nekatere dele zaporedja zelo podobne. Genetsko raznolikost gamet zagotavljata prekrižanje homolognih kromosomov in genska pretvorba, ki sta rezultat mejozne rekombinacije. V osnovi je homologna rekombinacija eden od načinov popravljanja dvojnih prelomov DNA. Kot osnova za popravilo preloma dvojne vijačnice ene kromatide kromosoma služi veriga kromatide homolognega kromosoma. <br /> &lt;h2&gt;Modeli homologne rekombinacije&lt;/h2&gt;<br /> Pri sesalcih so za uspešno mejotsko rekombinacijo poleg navedenih proteinov in njihovih analogov potrebni še mnogi, v večji meri še neodkriti proteini. Navedeni so splošni postopki v evkariontskih celicah.<br /> Na eni od homolognih verig DNA se pojavijo prekinitve. Nastane jih toliko, da na paru homolognih kromatid vsaj enkrat pride do izmenjave dednega materiala. Mesto popolnega preloma verige in posledično mesto, kjer bo prišlo do mejozne rekombinacije in izmenjave med homolognima kromatidama se imenuje Kiazma. Za njihovo tvorbo je potreben encim SPO11, ki s kovalentno vezavo na DNA verigo povzroči prelom (način delovanja je podoben DNA topoizomerazi). Do prelomov in posledično do izmenjave dednega materiala prihaja v ‘hot spot‘ regijah, okoli 1000 do 2000 nukleotidov dolgi kosi DNA in predvsem na CpG bogatih regijah promotorjev genov. Z endonukleazno cepitvijo encima MRN in CtIP odstranita SPO11 z mest dvojnega preloma. Takoj za tem sledi resekcija koncev v smeri 5’-3’, ki jo med drugimi opravlja EXO1 ali DNA2 s helikazo. Pri resekciji se se izreže okoli 100 nukleotidov. Ker jo opravlja več različnih proteinov, ki delujejo tako na 5’ kot na 3’ koncu, je ta korak odločilen za pravilno napredovanje in časovno umestitev podvojitve dednega materiala. Resekcija je v G1 fazi zelo počasna. Očitno je, da povečana koncentracija CDK1 pozitivno vpliva na hitrost resekcije, ta pa je nizka v G1 fazi in se z napredovanjem skozi celični cikel, predvsem med M in G2 fazo močno poveča. Če je na prostem koncu prisoten protein RPA je to dovolj, da se s pomočjo drugih proteinov (Rad52) protein Rad51 in BRCA2 vežeta na zdaj enojno (ssDNA) verigo in tvorita nukleoproteinski filament na prosti 3’ konec. Ta s proteinom ovit in raztegnjen del ssDNA je imenovan invazivni. Podobno vlogo ima tudi protein Dcm1. Vloga tega filamenta je, da aktivno išče homologno verigo DNA, nato pride do izpodrinjanja konca iz originalne verige DNA. Svoj par najde na homologni verigi, ki se je na tem mestu razvila, ne pa tudi razklenila in tvorila odprto zanko. Invazivni 3’ konec utrjen z Dcm1 zdaj vdre v odprto zanko sosednje verige in se poveže s homologno donorsko sekvenco. Tvori se D-zanka in odmaknjena polovica homologne verige se poveže s homolognim zaporedjem preostalega neresektiranega konca. Tukaj se mehanizem nadaljnje homologne rekombinacije razdeli na dva predlagana modela, DSBR (angl. double strand break repair), poznan tudi kot model dveh Hollidayevih križišč in SDSA (angl. synthesis dependant strand annealing). Pri DSBR sta možni dve rešitvi nastalega kompleksa, ena vključuje prekrivanje in statistično veliko bolj verjetna, pri drugi pa do prekrižanja ne pride. SDSA model ne dopušča prekrivanja in se med mejotsko delitvijo lahko zgodi med 4 in 15-krat pogosteje kot DSBR. Modela razložita pojav pretvorbe genov (angl. gene conversion, GC). SSA je sicer model popravljanja DBS med mejozo, ampak pri njem do GC ne pride. Četrti poseben način popravljanja DSB je mehanizem BIR.<br /> &lt;h3&gt;SSA (single strand annealing)&lt;/h3&gt; <br /> Je edini od popravljalnih mehanizmov med homologno rekombinacijo (HR), za katerega formacija D-zanke ni potrebna. Temelji na kratkih ponovitvah zaporedja pred in po prelomu verige. Mehanizem se sicer dogaja na DSB med HR, ampak je neodvisen od Rad51 in do invazije krakov ne pride, ker mehanizem ni odvisen od homologne kromatide. Resekcija z Rad endonuklazami izpostavi homologna zaporedja na obeh krakih, ki lahko tvorita DNA vijačnico, pri tem se ves dedni material med zaporedjema nepovratno izgubi.<br /> &lt;h3&gt;DSBR (double strand break repair)&lt;/h3&gt;<br /> D-zanka se podaljša in ssDNA nasproti invazivnemu koncu (resektirani 3' konec) se poveže z homolognim delom razvite zanke. Invazivni konec, ki ga polimeraze zdaj podaljšajo ob matrični verigi se zlepi s tem 3+ koncem in tvori intermediat z dvema Hollidayevima križiščema (HK). HK resolvaze bodo tako križišče presekale na dva načina. Pri prvem bo prišlo do horizontalne razrešitve križišč in do prekrižanja ne pride, pri drugem resolvaze delujejo vertikalno in pride do popolne obrnitve delčkov Verig. Varnostni mehanizmi poskrbijo, da v bližini prekrižanja DNA nekaj časa do ponovnega prekrižanja ne pride <br /> &lt;h3&gt;SDSA (synthesis dependant strand anneling)&lt;/h3&gt;<br /> Po tvorbi D-zanke, DNA polδ ali polε sintetizirata na invazivnem 3’ koncu podaljšek. Novo sintetiziran konec homologen sosednji DNA verigi se loči od D-zanke in najde resektirani konce svoje originalne verige. Zdaj je del resektiranega dednega materiala enak homologni verigi in popravljalni mehanizmi poskrbijo,da se ta nov dedni material ujema z starim, ali pa starega prilagodijo temu. Obstajajo redke izjeme, kjer pride do migracije D-zanke in zaradi tega lahko potencialno še vedno pride do formacije Hollidayevega intermediata in posledično prekrižanja.<br /> &lt;h3&gt;BIR (break repair mechanism)&lt;/h3&gt;<br /> Poteka, če med podvajanjem pride do hude poškodbe, kjer se kos kromosoma odlomi. Ker dedni material na drugi strani DBS manjka se resekcija zgodi samo na prisotni polovici in invazivni konec ob vdoru v D-zanko tvori enosmerne replikacijske vilice, ki prepišejo ves manjkajoči del DNA. Posledica je velika izguba raznolikega dednega materiala, ampak mejoza se lahko zaključi. BIR mehanizem se dogaja šele v S fazi celičnega cikla in je izredno mutagen.<br /> &lt;h2&gt;Genska pretvorba&lt;/h2&gt;<br /> V drugi mejotski delitvi nastanejo gamete, ki so haploidne. Če ima diploidna celica, iz katere gamete nastanejo, ob vstopu v proces mejoze nek določen gen prisoten v dveh alelih (npr. alel A na materinem kromosomu in alel a na očetovem kromosomu), po Mendlovem zakonu segregacije ali izločitve pričakujemo, da bo po ločitvi kromatid v dveh nastalih gametah prisoten alel A, v drugih dveh pa alel a. Raziskave na kvasovki pokažejo, da temu ni vedno tako. Lahko se zgodi, da nastanejo 4 produkti mejoze, pri kvasovki imenovani tetrade, v katerih je v treh prisoten alel A, alel a pa samo v eni. &lt;br&gt;<br /> Ta pojav je posledica procesa imenovanega genska pretvorba, pri katerem se genetska informacija enosmerno prenese iz donorskega zaporedja na homologno akceptorsko zaporedje. Genska pretvorba v splošnem lahko poteče tudi med podobnimi zaporedji na sestrskih kromatidah ali na isti kromatidi med kopijami določenega gena. &lt;br&gt;<br /> Med mejozo se genska pretvorba zgodi med kromatidama homolognih kromosomov. Situacije, ki lahko vodijo v gensko pretvorbo, nastanejo pri produktih zgoraj opisanih poti SDSA in DSBR oz. z drugimi besedami, genska pretvorba je posledica poti SDSA in DSBR. V bližini mesta, kjer se je prej nahajal dvojni prelom verige DNA, sta sedaj v dvojno vijačnico vezani zaporedji, ki nista po celi dolžini identični, ampak sta na nekaterih mestih samo homologni. Tako zaporedje, pri katerem ujemanje baz ni popolno, imenujemo heterodupleks. Po poti SDSA se ob mestu, kjer se je nahajal prelom, pojavi en heterodupleks, po poti DSBR pa dva, vsak na svoji verigi in sicer na nasprotnih straneh glede na mesto preloma dvojne vijačnice.<br /> Kjer nastane heterodupleks, lahko pride do popravljanja neujemanja na dva načina. Po prvem načinu lahko popravljanje poteče na drugi verigi, tako da se bo le-ta popolnoma ujemala s prvo verigo, ki služi kot osnova za popravljanje. Pri drugem načinu pa druga veriga služi kot osnova za popravljanje prve. V primeru, ko se na področju heterodupleksa nahajata različici nekega gena, npr. alel A, ki izvira iz verige, ki je bila prelomljena, in alel a, ki izvira iz neprelomljene verige, lahko po prvem načinu kot osnova za popravljanje služi veriga, na kateri je prisoten alel A. Ta način vodi v stanje, kjer je razmerje med aleli A in a na skupno 4 kromatidah 2:2, kar pomeni, da delitev alelov med tetrade ustreza Mendlovemu zakonu. Če za osnovo popravljanja neujemanja služi druga veriga, torej v tem primeru alel a iz neprelomljene verige, bo končno razmerje alelov A in a na 4 kromatidah 1:3, kar pomeni, da je prišlo do genske pretvorbe. &lt;br&gt;<br /> Do le-te med potjo DSBR lahko pride tudi ob sintezi komplementarne verige enovijačni DNA, ki je prisotna, ko nastane D-zanka. Tudi pri poti SDSA pride do genske pretvorbe ne samo s popravilom heterodupleksa, ampak tudi s sintezo komplementarne verige novonastali enovijačni verigi. Raziskave kljub tem dodatnim možnostim kažejo, da je večina genskih pretvorb posledica opisanega popravljanja neujemanja heterodupleksov.<br /> Možno pa je, da do popravljanja neujemanja sploh ne pride. V tem primeru pride do post-mejotske ločitve med mitozo, na koncu katere dobimo razmerje kromatid, ki vsebujejo alel A proti razmerju teh, ki vsebujejo alel a 3:5. Po podvojitvi DNA med mitozo ni več prisotnih heterodupleksov. Do post-mejotske ločitve pri kvasovki pride v skoraj 10% dogodkov mejozne rekombinacije.<br /> &lt;h3&gt;''Biased gene conversion''&lt;/h3&gt; <br /> Izkaže se, da so nekateri aleli bolj podvrženi genski pretvorbi kot drugi, kar angl. imenujemo biased gene conversion. Na mestih, kjer so v heterodupleksih prisotni pari A:C in G:T, poteče pretvorba nepravilnega parjenja baz v G:C in ne v A:T. Posledica tega pojava je, da na mestih, kjer genska pretvorba poteče, posledično nastanejo regije, ki so bogate s C:G pari.<br /> <br /> &lt;h2&gt;Viri&lt;/h2&gt;<br /> <br /> Tropp, B. E. Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> Merker, J., Dominska, M., Petes, T. Patterns of heteroduplex formation associated with the initiation of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics, 2003, 165, str. 47-63.<br /> <br /> Haber, J., Ira, G., Malkova, A., et al. Repairing a double-strand chromosome break by homologous recombination: revisiting Robin Holliday's model. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2004, 359, str. 79-86.<br /> <br /> Mehta, A., &amp; Haber, J. E. (2014). Sources of DNA Double-Strand Breaks and Models of Recombinational DNA Repair. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 6(9), a016428–a016428. http://doi.org/10.1101/cshperspect.a016428<br /> <br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mejozna_rekombinacija&diff=11572 2016-05-29T14:46:21Z

<p>Katja Čop: New page: Homologna rekombinacija med 1. mejotsko delitvijo ali z drugimi besedami mejozna rekombinacija omogoča nastanek genetsko raznolikih gamet. Pri tem procesu se izmenjajo deli DNA med dvema ...</p> <hr /> <div>Homologna rekombinacija med 1. mejotsko delitvijo ali z drugimi besedami mejozna rekombinacija omogoča nastanek genetsko raznolikih gamet. Pri tem procesu se izmenjajo deli DNA med dvema DNA vijačnicama, ki imata nekatere dele zaporedja zelo podobne. Genetsko raznolikost gamet zagotavljata prekrižanje homolognih kromosomov in genska pretvorba, ki sta rezultat mejozne rekombinacije. V osnovi je homologna rekombinacija eden od načinov popravljanja dvojnih prelomov DNA. Kot osnova za popravilo preloma dvojne vijačnice ene kromatide kromosoma služi veriga kromatide homolognega kromosoma. <br /> &lt;h2&gt;Modeli homologne rekombinacije&lt;/h2&gt;<br /> Pri sesalcih so za uspešno mejotsko rekombinacijo poleg navedenih proteinov in njihovih analogov potrebni še mnogi, v večji meri še neodkriti proteini. Navedeni so splošni postopki v evkariontskih celicah.<br /> Na eni od homolognih verig DNA se pojavijo prekinitve. Nastane jih toliko, da na paru homolognih kromatid vsaj enkrat pride do izmenjave dednega materiala. Mesto popolnega preloma verige in posledično mesto, kjer bo prišlo do mejozne rekombinacije in izmenjave med homolognima kromatidama se imenuje Kiazma. Za njihovo tvorbo je potreben encim SPO11, ki s kovalentno vezavo na DNA verigo povzroči prelom (način delovanja je podoben DNA topoizomerazi). Do prelomov in posledično do izmenjave dednega materiala prihaja v ‘hot spot‘ regijah, okoli 1000 do 2000 nukleotidov dolgi kosi DNA in predvsem na CpG bogatih regijah promotorjev genov. Z endonukleazno cepitvijo encima MRN in CtIP odstranita SPO11 z mest dvojnega preloma. Takoj za tem sledi resekcija koncev v smeri 5’-3’, ki jo med drugimi opravlja EXO1 ali DNA2 s helikazo. Pri resekciji se se izreže okoli 100 nukleotidov. Ker jo opravlja več različnih proteinov, ki delujejo tako na 5’ kot na 3’ koncu, je ta korak odločilen za pravilno napredovanje in časovno umestitev podvojitve dednega materiala. Resekcija je v G1 fazi zelo počasna. Očitno je, da povečana koncentracija CDK1 pozitivno vpliva na hitrost resekcije, ta pa je nizka v G1 fazi in se z napredovanjem skozi celični cikel, predvsem med M in G2 fazo močno poveča. Če je na prostem koncu prisoten protein RPA je to dovolj, da se s pomočjo drugih proteinov (Rad52) protein Rad51 in BRCA2 vežeta na zdaj enojno (ssDNA) verigo in tvorita nukleoproteinski filament na prosti 3’ konec. Ta s proteinom ovit in raztegnjen del ssDNA je imenovan invazivni. Podobno vlogo ima tudi protein Dcm1. Vloga tega filamenta je, da aktivno išče homologno verigo DNA, nato pride do izpodrinjanja konca iz originalne verige DNA. Svoj par najde na homologni verigi, ki se je na tem mestu razvila, ne pa tudi razklenila in tvorila odprto zanko. Invazivni 3’ konec utrjen z Dcm1 zdaj vdre v odprto zanko sosednje verige in se poveže s homologno donorsko sekvenco. Tvori se D-zanka in odmaknjena polovica homologne verige se poveže s homolognim zaporedjem preostalega neresektiranega konca. Tukaj se mehanizem nadaljnje homologne rekombinacije razdeli na dva predlagana modela, DSBR (angl. double strand break repair), poznan tudi kot model dveh Hollidayevih križišč in SDSA (angl. synthesis dependant strand annealing). Pri DSBR sta možni dve rešitvi nastalega kompleksa, ena vključuje prekrivanje in statistično veliko bolj verjetna, pri drugi pa do prekrižanja ne pride. SDSA model ne dopušča prekrivanja in se med mejotsko delitvijo lahko zgodi med 4 in 15-krat pogosteje kot DSBR. Modela razložita pojav pretvorbe genov (angl. gene conversion, GC). SSA je sicer model popravljanja DBS med mejozo, ampak pri njem do GC ne pride. Četrti poseben način popravljanja DSB je mehanizem BIR.<br /> &lt;h3&gt;SSA (single strand annealing)&lt;/h3&gt; <br /> Je edini od popravljalnih mehanizmov med homologno rekombinacijo (HR), za katerega formacija D-zanke ni potrebna. Temelji na kratkih ponovitvah zaporedja pred in po prelomu verige. Mehanizem se sicer dogaja na DSB med HR, ampak je neodvisen od Rad51 in do invazije krakov ne pride, ker mehanizem ni odvisen od homologne kromatide. Resekcija z Rad endonuklazami izpostavi homologna zaporedja na obeh krakih, ki lahko tvorita DNA vijačnico, pri tem se ves dedni material med zaporedjema nepovratno izgubi.<br /> &lt;h3&gt;DSBR (double strand break repair)&lt;/h3&gt;<br /> D-zanka se podaljša in ssDNA nasproti invazivnemu koncu (resektirani 3' konec) se poveže z homolognim delom razvite zanke. Invazivni konec, ki ga polimeraze zdaj podaljšajo ob matrični verigi se zlepi s tem 3+ koncem in tvori intermediat z dvema Hollidayevima križiščema (HK). HK resolvaze bodo tako križišče presekale na dva načina. Pri prvem bo prišlo do horizontalne razrešitve križišč in do prekrižanja ne pride, pri drugem resolvaze delujejo vertikalno in pride do popolne obrnitve delčkov Verig. Varnostni mehanizmi poskrbijo, da v bližini prekrižanja DNA nekaj časa do ponovnega prekrižanja ne pride <br /> &lt;h3&gt;SDSA (synthesis dependant strand anneling)&lt;/h3&gt;<br /> Po tvorbi D-zanke, DNA polδ ali polε sintetizirata na invazivnem 3’ koncu podaljšek. Novo sintetiziran konec homologen sosednji DNA verigi se loči od D-zanke in najde resektirani konce svoje originalne verige. Zdaj je del resektiranega dednega materiala enak homologni verigi in popravljalni mehanizmi poskrbijo,da se ta nov dedni material ujema z starim, ali pa starega prilagodijo temu. Obstajajo redke izjeme, kjer pride do migracije D-zanke in zaradi tega lahko potencialno še vedno pride do formacije Hollidayevega intermediata in posledično prekrižanja.<br /> &lt;h3&gt;BIR (break repair mechanism)&lt;/h3&gt;<br /> Poteka, če med podvajanjem pride do hude poškodbe, kjer se kos kromosoma odlomi. Ker dedni material na drugi strani DBS manjka se resekcija zgodi samo na prisotni polovici in invazivni konec ob vdoru v D-zanko tvori enosmerne replikacijske vilice, ki prepišejo ves manjkajoči del DNA. Posledica je velika izguba raznolikega dednega materiala, ampak mejoza se lahko zaključi. BIR mehanizem se dogaja šele v S fazi celičnega cikla in je izredno mutagen.<br /> &lt;h2&gt;Genska pretvorba&lt;/h2&gt;<br /> V drugi mejotski delitvi nastanejo gamete, ki so haploidne. Če ima diploidna celica, iz katere gamete nastanejo, ob vstopu v proces mejoze nek določen gen prisoten v dveh alelih (npr. alel A na materinem kromosomu in alel a na očetovem kromosomu), po Mendlovem zakonu segregacije ali izločitve pričakujemo, da bo po ločitvi kromatid v dveh nastalih gametah prisoten alel A, v drugih dveh pa alel a. Raziskave na kvasovki pokažejo, da temu ni vedno tako. Lahko se zgodi, da nastanejo 4 produkti mejoze, pri kvasovki imenovani tetrade, v katerih je v treh prisoten alel A, alel a pa samo v eni.<br /> Ta pojav je posledica procesa imenovanega genska pretvorba, pri katerem se genetska informacija enosmerno prenese iz donorskega zaporedja na homologno akceptorsko zaporedje. Genska pretvorba v splošnem lahko poteče tudi med podobnimi zaporedji na sestrskih kromatidah ali na isti kromatidi med kopijami določenega gena.<br /> Med mejozo se genska pretvorba zgodi med kromatidama homolognih kromosomov. Situacije, ki lahko vodijo v gensko pretvorbo, nastanejo pri produktih zgoraj opisanih poti SDSA in DSBR oz. z drugimi besedami, genska pretvorba je posledica poti SDSA in DSBR. V bližini mesta, kjer se je prej nahajal dvojni prelom verige DNA, sta sedaj v dvojno vijačnico vezani zaporedji, ki nista po celi dolžini identični, ampak sta na nekaterih mestih samo homologni. Tako zaporedje, pri katerem ujemanje baz ni popolno, imenujemo heterodupleks. Po poti SDSA se ob mestu, kjer se je nahajal prelom, pojavi en heterodupleks, po poti DSBR pa dva, vsak na svoji verigi in sicer na nasprotnih straneh glede na mesto preloma dvojne vijačnice.<br /> Kjer nastane heterodupleks, lahko pride do popravljanja neujemanja na dva načina. Po prvem načinu lahko popravljanje poteče na drugi verigi, tako da se bo le-ta popolnoma ujemala s prvo verigo, ki služi kot osnova za popravljanje. Pri drugem načinu pa druga veriga služi kot osnova za popravljanje prve. V primeru, ko se na področju heterodupleksa nahajata različici nekega gena, npr. alel A, ki izvira iz verige, ki je bila prelomljena, in alel a, ki izvira iz neprelomljene verige, lahko po prvem načinu kot osnova za popravljanje služi veriga, na kateri je prisoten alel A. Ta način vodi v stanje, kjer je razmerje med aleli A in a na skupno 4 kromatidah 2:2, kar pomeni, da delitev alelov med tetrade ustreza Mendlovemu zakonu. Če za osnovo popravljanja neujemanja služi druga veriga, torej v tem primeru alel a iz neprelomljene verige, bo končno razmerje alelov A in a na 4 kromatidah 1:3, kar pomeni, da je prišlo do genske pretvorbe.<br /> Do le-te med potjo DSBR lahko pride tudi ob sintezi komplementarne verige enovijačni DNA, ki je prisotna, ko nastane D-zanka. Tudi pri poti SDSA pride do genske pretvorbe ne samo s popravilom heterodupleksa, ampak tudi s sintezo komplementarne verige novonastali enovijačni verigi. Raziskave kljub tem dodatnim možnostim kažejo, da je večina genskih pretvorb posledica opisanega popravljanja neujemanja heterodupleksov.<br /> Možno pa je, da do popravljanja neujemanja sploh ne pride. V tem primeru pride do post-mejotske ločitve med mitozo, na koncu katere dobimo razmerje kromatid, ki vsebujejo alel A proti razmerju teh, ki vsebujejo alel a 3:5. Po podvojitvi DNA med mitozo ni več prisotnih heterodupleksov. Do post-mejotske ločitve pri kvasovki pride v skoraj 10% dogodkov mejozne rekombinacije.<br /> &lt;h3&gt;''Biased gene conversion''&lt;/h3&gt;<br /> Izkaže se, da so nekateri aleli bolj podvrženi genski pretvorbi kot drugi, kar angl. imenujemo biased gene conversion. Na mestih, kjer so v heterodupleksih prisotni pari A:C in G:T, poteče pretvorba nepravilnega parjenja baz v G:C in ne v A:T. Posledica tega pojava je, da na mestih, kjer genska pretvorba poteče, posledično nastanejo regije, ki so bogate s C:G pari.<br /> <br /> &lt;h2&gt;Viri&lt;/h2&gt;<br /> <br /> Tropp, B. E. Principles of Molecular Biology, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> Merker, J., Dominska, M., Petes, T. Patterns of heteroduplex formation associated with the initiation of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics, 2003, 165, str. 47-63.<br /> <br /> Haber, J., Ira, G., Malkova, A., et al. Repairing a double-strand chromosome break by homologous recombination: revisiting Robin Holliday's model. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2004, 359, str. 79-86.<br /> <br /> Mehta, A., &amp; Haber, J. E. (2014). Sources of DNA Double-Strand Breaks and Models of Recombinational DNA Repair. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 6(9), a016428–a016428. http://doi.org/10.1101/cshperspect.a016428<br /> <br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2015&diff=11194 2016-01-14T00:12:11Z

<p>Katja Čop: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime Priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Kristjan_Stibilj:_Inhibicija PI3k/AKT/mTOR signalne poti kot orožje proti raku||Lovro Kotnik||Blaž Lebar]||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Tjasa_Luksic: Alternativno izrezovanje GPCR-jev s poudarkom na sekretinski družini]||Karmen Žbogar||Aleksandra Uzar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Klara Kuret||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Klara_Kuret: Vpliv bakterijskih efektorjev na celični ubikvitinacijski sistem in rastlinski imunski odziv]||Klara Lenart||Petra Hruševar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Rok_Miklavčič: Preusmeritve signalnih poti preko TNFR1 v boju s patogeni]||Katja Čop||Lovro Kotnik||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Ema_Gaspersic: PKC in njihov vpliv na raka ter Alzheimerjevo bolezen]||Nejc Kejžar||Karmen Žbogar||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Tadej Satler||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Tadej_Satler: PD-1 limfocitov in melanomskih celic]||Neža Brezovar||Klara Lenart||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Tina Šimunović||14-15||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Tina_Simunovic: Pentoza-fosfatna pot, njena regulacija in povezava z rakom]||Kristjan Stibilj||Katja Čop||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||14-15||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Maja_Zupanc: Kako dolge nekodirajoče RNA vplivajo na metabolizem]||Tjaša Lukšič||Nejc Kejžar||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||14-15||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Tilen_Trselic: PKM2 in njegova vloga pri razvoju rakavih celic]||Klara Kuret||Dorotea Borković||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Lara Jerman||16||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Lara_Jerman: Warburgov učinek: od raka do avtoimunosti]||Rok Miklavčič||Neža Brezovar||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Eva Rajh||16||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Eva_Rajh: Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na modifikacije DNK in histonov ter vpliv na staranje]||Ema Gašperšič||Kristjan Stibilj||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||16||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Sara_Tekavec: Mutacije encimov Krebsovega cikla in vpliv na razvoj ter rast tumorjev]||Tadej Satler||Tjaša Lukšič||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Fran Krstanović||17||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Fran_Krstanovic: L-Carnitine enhances exercise endurance capacity]||Tina Šimunović||Klara Kuret||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||17||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Elvira_Boršić: Posledice spremenjenega metabolizma maščobnih kislin v kardiomiocitih]||Maja Zupanc||Rok Miklavčič||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Janja Krapež||17||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Janja_Krapež: Vpliv metabolizma maščobnih kisln na povišan krvni tlak v pljučnih arterijah]||Tilen Tršelič||Ema Gašperšič||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Janez Javornik||18||||Lara Jerman||Tadej Satler||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||18||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Miha_Koprivnikar_Krajnc: Pomanjkanje karbamoil-fosfat sintetaze]||Eva Rajh||Tina Šimunović||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||18||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Špela_Malenšek: Leucinska in glutaminska regulacija mTORC1]||Sara Tekavec||Maja Zupanc||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Urša Kopač||19||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Urša_Kopač: Vpliv mutacij na delovanje ATP-sintaze s poudarkom na TMEM70]||Fran Krstanović||Tilen Tršelič||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||19||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Ne.C5.BEa_Koritnik: Uravnavanje koncentracije ROS in glutationilacija v mitohondriju]||Dorotea Borković||Lara Jerman||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Gašper Virant||19||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Gašper_Virant: Vpliv reaktivnih kisikovih spojin na dolžino življenske dobe]||Elvira Boršić||Eva Rajh||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||20||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Uro.C5.A1_Zavrtanik: RuBisCO aktivaza]||Janja Krapež||Sara Tekavec||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||20||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Simon_Aleksič: Sinteza eksopolisaharidov v bakterijah in njihov vpliv na povečanje populacije celic imunskega odziva]||Jaka Kos||Fran Krstanović||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||20||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Matej_Hvalec: Ostanek plastidov v heterotrofnih parazitih]||Miha Koprivnikar Krajnc||Elvira Boršić||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Urša Čerček||21||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Urša_Čerček: PCSK9: Nov način uravnavanja koncentracije LDL]||Špela Malenšek||Janja Krapež||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||21||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Katja_Brezovar: Vloga biosinteze sfingolipidov pri fagocitozi Candide albicans]||Urša Kopač||Jaka Kos||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Gašper Žun||21||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Gasper_Zun: Biosinteza in biološka vloga terpenoidov s poudarkom na abscizinski kislini]||Neža Koritnik||Miha Koprivnikar Krajnc||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||22||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Bla.C5.BE_Lebar: Pomembna vloga glutamina v rakavih celicah]||Gašper Virant||Špela Malenšek||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||22||Regulacija in biosinteza nukleozidnih antibiotikov||Uroš Zavrtanik||Urša Kopač||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||22||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Petra_Hru.C5.A1evar: Serin in glicin ter njun vpliv na rakave celice]||Simon Aleksič||Neža Koritnik||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Dorotea Borković||23||||Matej Hvalec||Gašper Virant||06/01/16||08/01/16||12/01/16<br /> |-<br /> | Jaka Kos||23||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Kos_Jaka: Ghrelin in leptin ter njuna vloga pri regulaciji telesne teže in vnosa hrane]||Katja Brezovar||Simon Aleksič||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Klara Lenart||23||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Klara_Lenart: Tiroidni hormon, njegov vpliv na metabolizem maščob in možnosti zdravljenja nealkoholne zamaščenosti jeter]||Gašper Žun||Matej Hvalec||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||23||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Lovro_Kotnik: Leptin: pregled perifernega delovanja in interakcij]||Urša Čerček||Uroš Zavrtanik||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Katja Čop||23||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Katja_Čop: Vloga estrogena pri ohranjanju energijskega ravnotezja pri sesalcih]||Blaž Lebar||Urša Čerček||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||23||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Nejc_Kejžar: Hormonska regulacija razvoja T-celic]||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |-<br /> | Neža Brezovar||23||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Neža_Brezovar: Rjavo in bež maščevje - razvoj, regulacija ter njuna povezava z metaboličnimi boleznimi]||Petra Hruševar||Gašper Žun||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2015|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. &lt;font color=red&gt;Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši<br /> * 116_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, ki je napisan na novo in je bil prijavljen v shemo 50%&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2015&diff=11193 2016-01-13T23:58:03Z

<p>Katja Čop: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2015/2016 */</p> <hr /> <div>== Biokemija- Povzetki seminarjev 2015/2016 ==<br /> Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2015 stran]<br /> <br /> === Kristjan Stibilj: PI3K kaskada in njihova vloga pri rakavih obolenjih ===<br /> Dandanes je zdravljenje rakavih obolenj poglavitna točka v razvoju farmacevtskih zdravil. Velike multinacionalke vlagajo ogromno denarja v razvoj zdravila, ki bi ozdravil tumorje oz. omilil njihovo delovanje. Za nastanek rakavih obolenj so v veliki meri krivi receptorji tirozin kinaze (RTK) in njihova PI3K/AKT/mTOR signalna pot. Ta namreč nadzoruje celično proliferacijo, metabolizem, premikanje in preživetje. Mutacije ključnih proteinov v PI3K kaskadi vodijo do nenadzorovane rasti in delitve celic, kar privede do nastanka tumorjev. Glavni princip zdravljenja oz. iskanje zdravila za rakava obolenja je torej poiskati takšno molekulo, ki bi uspešno inhibirala mutiran protein in s tem ustavila njegovo hiperaktivacjo. Znanstveniki so v zadnjih letih odkrili precej inhibitorjev, ki so bolj ali majn specifični in so sedaj v preiskavah kot morebitno zdravilo. Za inhibiranje PI3K molekule sta se v predkličninih študijah pokazala kot uspešna pictilisib in buparlisib, ki se vežeta na ATP-vezavno mesto. Na enak način deluje tudi večina AKT inhibitorjev, kamor spada tudi dobro raziskan Inhibitor VIII. mTOR, zadnja molekula v PI3K kaskadi, pa ima prav tako kar nekaj sintetičnih inhibitorjev, ki so analogni naravni molekuli rapamcin. Vsi našteti inhibitorji pa žal še niso zdravila za raka, saj so interakcije z ostalimi encimi v celici še vedno nepoznane.<br /> <br /> === Klara Kuret: Vpliv bakterijskih efektorjev na celični ubikvitinacijski sistem in rastlinski imunski odziv ===<br /> Patogene bakterije uporabljajo efektorje za zatiranje imunskega odziva gostitelja. Tarča mnogih efektorskih proteinov je celični ubikvitinacijski sistem (UBS), ki je pomemben regulator imunskega odgovora. Ubikvitinska signalizacija poteka preko treh encimskih kompleksov, ki na proteinske substrate vežejo molekule ubikvitina. Dolžina in oblika ubikvitinske verige narekujeta, kakšen bo biološki odgovor celice na ubikvitinacijo oz. kaj se bo s substratom zgodilo. Ker prokarionti nimajo lastnega ubikvitinacijskega sistema, so morali razviti drugačne mehanizme, ki jim omogočajo interakcijo z evkariontskimi proteini, kateri nastopajo pri ubikvitinaciji. Efektorji lahko gostiteljski UBS izkoriščajo tako, da strukturno ali funkcijsko posnemajo evkariontske komponente UBS, ali pa so homologi evkariontskih proteinov. Lahko tudi pospešujejo ali inhibirajo delovanje 26S proteasoma. Efektorski proteini torej izkoriščajo evkariontske strategije za nadzor in manipulacijo gostiteljevih celičnih procesov, v smeri, ki patogenu omogoča čim boljšo možnost razvoja in množitve. Efektorji AvrPtoB, HopM1 ter VirF so nastali z različnim evolucijskim razvojem, zato se tudi mehanizmi njihovega delovanja na UBS razlikujejo. Patogeni efektorji lahko preko ubikvitinacije pomembnih signalnih proteinov v imunskih kaskadah povzročijo nezmožnost celice, da aktivira PAMP ter ETI imunost. Razgradnja gostiteljevih proteinov vodi lahko do motenj v izražanju genov, motenj v vezikularnem transportu in številnih drugih nepravilnosti v celičnih procesih, ki pripeljejo do večje dovzetnosti celice za okužbo.<br /> <br /> === Tjaša Lukšič: Alternativno izrezovanje GPCR-jev s poudarkom na sekretinski družini ===<br /> Alternativno izrezovanje GPCR-jev je pogost pojav, še posebej pri sekretinski in nekaterih sorodnih družinah. Receptorji sekretinske družine se pojavljajo v zanimivih izooblikah, ki odstirajo nove poglede na regulacijo celične signalizacije. V sedmi transmembranski vijačnici sekretinskih GPCR-jev je dobro ohranjen ekson 12 oz. zaporedje 14 aminokislin, ki je tarča izrezovalno-povezovalnega kompleksa pri nekaterih receptorjih. Delecija eksona 12 nima izrazitega vpliva na vezavo primarnih sporočevalcev, ima pa zato toliko večje posledice pri prenosu signalov. Povezovanje z G-proteini je onemogočeno, ker skrajšana TMD7 ne omogoča normalne konformacijske spremembe. Le-ta se v običajnih izooblikah zgodi zaradi premika TMD6 in TMD7 proti statični TMD3, kar razkrije intracelularno vezavno domeno za navzdolnje efektorje. Poleg omenjene funkcije lažnega receptorja, se oslabi tudi membranska ekspresija kratkih-TMD7 receptorjev, saj je izbrisan transportni motiv v eksonu 12 in zmanjšana hidrofobnost C konca. Najbolj fascinantna posledica je zagotovo dominantno negativna regulacija membranske ekspresije ostalih izooblik. Za transport GPCR-jev iz kontrolnega sistema endoplazmatskega retikuluma je potrebna oligomerizacija. Hetero-oligomeri določenih kombinacij s kratkim-TMD7 receptorjem ne uspejo zapustiti ER, število delujočih receptorjev v membrani se zmanjšuje in celica je slabše odzivna na njihove primarne sporočevalce. Med tem pa nekateri receptorji nimajo težav pri transportu skupaj s skrajšanimi izooblikami. Številna bolezenska stanja so povezana s patološkimi izooblikami ali z neuspešnim transportom proteinov iz ER, za kar obstaja potencialna rešitev v farmakoloških šaperonih.<br /> <br /> === Rok Miklavčič: Preusmeritve signalnih poti preko TNFR1 v boju s patogeni ===<br /> Celice so se skozi čas prilagodile na življenje v okolju, polnem potencialno škodljivih patogenov. Razvilo se je mnogo mehanizmov celičnega odgovora, ki so prilagojeni tako, da lahko ustrezen odgovor na patogene pripravijo v različnih situacijah. En takih mehanizmov predstavlja tudi signalna kaskada preko TNFR1, receptorja za citokin TNFα. TNFα sprostijo celice imunskega sistema, ko zaznajo prisotnost patogena. Osnovni celični odgovor pri stimulaciji TNFR1 je kaskada, ki preko zaporedja ubikvitinacij sodelujočih proteinov, privede do translokacije transkripcijskega faktorja NF-κB v jedro. NF-κB tam sproži prepisovanje genov za vnetne citokine, ki ob kasnejšem sproščanju v okolico celice povzročijo vnetni odziv sosednjih celic ter s tem omejitev okužbe. Nekateri patogeni pa so na ta odziv prilagojeni tako, da inhibirajo ključne proteine v začetni kaskadi in s tem zmanjšajo vnetje, vendar pa imajo na to prilagoditev odgovor tudi gostiteljske celice. Pri taki inhibiciji pride do prenosa signala po drugi poti, ki privede do apoptoze napadene celice, kar ubije tudi patogene v njej, in tako omeji okužbo. Patogeni lahko inhibirajo tudi samo apoptozo, zaradi česar obstaja tudi zasilni celični mehanizem odgovora nanje. V primeru inhibicije apoptoze se kaskada konča z aktivacijo psevdokinaze MLKL, ki je glavni efektor za mehanizem programirane nekroze z imenom nekroptoza. Pri nekroptozi pride kot pri nekrozi do celične lize, pri čemer se v okolico sprostijo DAMP-i, ki sprožijo vnetni odziv okoliškega tkiva.<br /> <br /> === Ema Gašperšič: PKC in njihov vpliv na raka ter Alzheimerjevo bolezen ===<br /> Protein kinaze C (PKC) so družina encimov, ki sodelujejo v številnih signalnih poteh v celici. S fosforilacijo serina ali treonina nekega drugega proteina regulira njegovo aktivnost. Vplivajo na proliferacijo in diferenciacijo celice, apoptozo, oblikovanje sinaps, učenje ter shranjevanje spominov, nevrološke motnje in mnogo drugih procesov v celici. Za aktivacijo PKC sta ključni povečani koncentraciji diacilglicerola (DAG) in kalcijevih ionov Ca2+, ki z vezavo na PKC povzročita prehod iz neaktivne v aktivno obliko. Aktivacija PKC vpliva na spodbujanje oziroma inhibiranje razvoja raznih bolezni, kot so rak, ishemična možganska kap ali Alzheimerjeva bolezen in druge nevrodegenerativne bolezni. Problem je v tem, da je pri zdravljenju raka potrebno rast celic čim prej zaustaviti, med tem ko morajo pri nevrodegenerativnih boleznih nevroni ostajati živi. Poleg tega je zanimivo, da naj bi nekateri aktivatorji protein kinaz C rast rakavih celic spodbujali, drugi pa zavirali. Običajen mehanizem delovanja PKC je težko opisati, saj obstaja več oblik PKC izoencimov, ki so po različnih tkivih različno razporejeni, v celici imajo različne funkcije, poleg tega pa obstaja več signalnih poti, ki vodijo do aktivacije PKC. Vse to so razlogi za oteženo delo raziskovalcev, ki želijo odkriti načine zdravljenja prej omenjenih boleznih, zato torej to področje zahteva še precej raziskav, ki bi posledično lahko olajšale njihovo zdravljenje.<br /> <br /> === Tadej Satler: PD-1 limfocitov in melanomskih celic ===<br /> Melanom je najnevarnejša oblika kožnega raka in znanstveniki že desetletja borijo izboljšali rezultate zdravljenja. Vzpodbuditi želijo proti-tumorski odziv imunskega sistema, vendar so zaradi kontrolnih točk neuspešni. Kontrolne točke so ključne za ohranjanje imunske homeostaze, saj bi brez njih bili žrtev številnim avtoimunskim boleznim in poškodbam tkiva ob prevelikem odzivu sistema na patogene vnetje. Med imunske kontrolne točke spada tudi receptor PD-1. Je monomer sestavljen iz imunoglobulinske in citoplazemske domene. Zanj sta značilna tudi dva liganda (PD-L1 in PD-L2), ki sta potrebna za njegovo aktivacijo. Najdemo ga predvsem pri limfocitih T in nekaterih melanomskih celicah. Izražanje PD-1 je raziskano predvsem pri limfocitih T, kjer ob interakciji z ligandoma inhibira delovanje in funkcije limfocitov ter povzroča njihovo apoptozo. To doseže s pomočjo zaviranja številnih ključnih procesov znotraj celice, ki so potrebni za njeno normalno delovanje. Pri melanomskih celicah je pa delovanje PD-1 še dokaj neraziskano. Do zdaj njegova prisotnost ni bila znana, vendar so nedavne raziskave pokazale njegovo izražanje na nekaterih celicah limfocitov. Obnašanje PD-1 melanomskih celic je drugačno kot pa pri limfocitih, saj njegovo izražanje spodbuja rast tumorja. S pomočjo boljšega poznavanja delovanja PD-1 v limfocitih T in melanomskih celicah, bo lažje razviti učinkovitejše metode boja proti raku.<br /> <br /> === Tilen Tršelič: PKM2 in njegova vloga pri razvoju rakavih celic ===<br /> Piruvat kinaza (PK) je pomemben glikolitski encim, ki se pojavlja v štirih različnih oblikah. Oblika M2 je posebno zanimiva, saj poleg svoje glikolitske funkcije opravlja še mnoge druge, nemetabolične funkcije. Poleg tega je PKM2 prevladujoča oblika encima v rakavih celicah. Razlog za povečano izražanje le-tega verjeno izhaja iz dejstva, da lahko PKM2 zavzema aktivno tetramerno obliko ali skoraj neaktivno dimerno obliko. Možnost menjavanja svojih oblik celicam, bodisi zdravim ali rakavim, omogoča prilagajanje delovanja njihovim potrebam. Če celici primanjkuje energije, lahko encim zavzema pretežno aktivno tetramerno obliko in tako spodbuja proizvodnjo ATP. Če celica potrebuje nove makromolekule za proliferacijo, tu encim lahko zavzame pretežno neaktivno dimerno obliko in spodbuja kopičenje intermediatov glikolize. Te so ključni za sintezo novih snovi, saj služijo kot njihovi prekurzorji. <br /> Aktivnost encima PKM2 se regulira na več načinov. Vlogo regulatorjev po navadi opravljajo post-translacijske modifikacije encima, lahko pa tudi nekatere druge spremembe v celičnem okolju. <br /> PKM2 v svoji manj aktivni dimerni obliki prav tako lahko regulira druge procese. Predvsem pospešuje celično rast in razvoj prek reakcij z pomembnimi transkripcijskimi faktorji v jedru. Izkazalo se je, da delovanje encima PKM2 močno koristi rakavim celicam.<br /> Ker je encim PKM2 zelo pomemben za razvoj takšnih celic, predstavlja dobro potencialno tarčo za zdravljenje. Raziskave potrjujejo, da bi bilo slednje možno, ne ponujajo pa konkretnega odgovora na vprašanje, kako bi takšno zdravljenje potekalo.<br /> <br /> === Tina Šimunović: Pentoza-fosfatna pot, njena regulacija in povezava z rakom ===<br /> Pod imenom rak razumemo bolezen, za katero je značilna nenadzorovana rast in celična delitev. Rakave celice imajo tako večjo potrebo po biosintezi pomembnih makromolekul, ki jo zadostijo s prilagoditvijo in spremembo svojih metaboličnih poti. Ena izmed prilagoditev je lahko sprememba pentoza-fosfatne poti (PPP). To je ena izmed metaboličnih poti glukoze, katere glavna produkta sta riboza-5-fosfat in NADPH. Prva se naprej uporablja pri sintezi nukleinskih kislin, NADPH pa je pomemben za sintezo makromolekul in za detoksikacijo. Regulacija PPP poteka preko njenih metabolnih encimov. V rakavih celicah je predvsem izražena povišana aktivnost glukoza-6-fosfat dehidrogenaze in s tem aktivnost PPP. Pri tem encimu sta, poleg mnogih drugih, najpomembnejša regulatorja NADPH in tumorski supresor p53. Aktivnost PPP lahko poveča tudi acetilacija 6-fosfoglukonat dehidrogenaze ali pa povečano izražanje transketolaze. Na pospešeno proliferacijo rakavih celic vplivajo tudi inaktivirani tumorski supresorji in aktivirani onkoproteini, npr. p53, TIGAR, ATM, Ras, mTORC1 in Nrf2. Največji pomen PPP pri rakavih celicah, je v zaščiti pred celično smrtjo, saj se s povečano aktivnostjo PPP pospeši tvorba njenih produktov, ki so ključni pri preživetju celice. Z inhibicijo te poti, bi lahko tudi inhibirali rast tumorjev. PPP je tako postala potenciala tarča za zdravljenje raka, vendar je za to potrebnih še veliko raziskav in boljše razumevanje metabolizma rakavih celic. <br /> <br /> === Maja Zupanc: Kako dolge nekodirajoče RNA vplivajo na regulacijo metabolizma ===<br /> Ena najbolj fascinantnih lastnosti metabolizma je njegova regulacija. Za homeostazo metabolizma hranil in energije v telesu je nujna specializirana regulacija centralnega živčnega sistema, Langerhansovih otočkov trebušne slinavke in glavnih metabolnih tkiv (maščobno tkivo, skeletne mišice in jetra). Dolge nekodirajoče molekule RNA (lncRNA) so RNA molekule dolge več kot 200 nukleotidov, ki ne kodirajo proteinov. Njihov spekter delovanja je izredno širok, na metabolizem vplivajo prek regulacije procesov adipogeneze in hepatičnega metabolizma, nadzora funkcionalnosti Langerhansovih otočkastih celic, regulacije razvoja skeletnih mišic, in energijske homeostaze. Do sedaj je bilo odkritih že več kot 60000 dolgih nekodirajočih RNA molekul in repetuar njihovih funkcij se z vsako novo raziskavo širi. Vloga lncRNA je še pred desetimi leti bila neznanka, od takrat pa nam je že postalo jasno, da so pomembni regulatorji izražanja DNA, diferenciacije in razvoja celic, razvoja tkiva in tumorogeneze. V resnici pa vemo zelo malo, oziroma smo šele na začetku razumevanja lncRNA. Ker se zaradi tega z vsakim novim odkritjem pojavlja še več vprašanj (o podrobnih principih delovanja lncRNA in njihovega sodelovanja z drugimi molekulami, o še nepoznanih funkcijah, vpletenosti v bolezni in možnosti razvoja novih tehnik zdravljenja…), so raziskave na tem področju zelo aktualne.<br /> <br /> === Lara Jerman: Warburgov učinek: od raka do avtoimunosti ===<br /> V dvajsetih letih prejšnjega stoletja je Otto Warburg s svojimi sodelavci meril porabo kisika in sintezo laktata v rakastem tkivu. Pri tem je prišel do zelo pomembnega opažanja, ki ostaja zelo aktualno – da celice rakastega tkiva tudi ob normoksičnih pogojih vztrajajo pri močno povečani glikolizi. Danes vemo, da se Warburgov učinek v rakastih tkivi pojavlja skoraj univerzalno. Večina Warburgovih opažanj in meritev je bila kvantitativno pravilna. Njegova razlaga vzroka pojava pa se je izkazala za napačno, saj povečano stopnjo glikolize zasledimo v mnogih rakastih tkivih brez določljivih mitohondrijskih mutacij ali motenj oksidativno-fosforilacijske metabolne poti. V takih tkivih sinteza ATP v mitohondrijih poteka nemoteno in enako učinkovito kot pri normalnih tkivih z enako koncentracijo kisika. Raziskave zadnjih let kažejo na to, da je povečana glikoliza strateška poteza rakastih celic, ki zadovoljuje predvsem njihove potrebe po sintezi biomase. V skoraj stoletju od Warburgovega prvotnega odkritja je postalo jasno, da metabolična stikala omogočajo celici, da se prilagaja svojim bioenergetskim in biosintetskim potrebam. Zmožnost hitrega prilagajanje potrebam je še posebej pomembna pri imunskih celicah, ki morajo ob imunskem odzivu hitro preiti iz mirujočega stanja. Zato ni presenetljivo, da so si rakaste in imunske celice glede zagotavljanja metabolnih tokov in bionenergetike za rast in širjenje v marsičem podobne.<br /> <br /> === Sara Tekavec: Mutacije encimov Krebsovega cikla in vpliv na razvoj ter rast tumorjev ===<br /> Encimi izocitrat dehidrogenaza (IDH), sukcinat dehidrogenaza (SDH) in fumarat hidrataza (FH) sodelujejo v Krebsovem ciklu. Prvi omogoča pretvorbo izocitrata v α-ketoglutarat (α-KG), drugi pretvorbo sukcinata v fumarat, tretji pa pretvorbo fumarata v malat. Za gene, ki kodirajo te encime, so značilne mutacije, ki vodijo v nastanek in rast tumorjev. Mutacije so lahko onkogen-aktivirajoče (mutacija IDH) ali tumor-supresor deaktivirajoče (mutacije SDH in FH). Mutacija IDH tako v encimu vzpodbudi novo funkcijo, in sicer pretvorbo α-ketoglutarata ob prisotnosti NADPH v onkometabolit 2-hidroksiglutarat (2-HG). Pri drugih dveh mutacijah pa gre za to, da je aktivnost encima zmanjšana oz. je sploh ni, kar ima za posledico kopičenje sukcinata ali fumarata. To ugodno vpliva na rast tumorja, saj lahko te tri omenjene molekule na različne načine inducirajo izražanje genov, pomembnih za celično rast in preživetje. Vse tri na primer stabilizirajo hipoksični inducibilni faktor (HIF), ki nato sproži transkripcijo in angiogenezo (rast krvnih žil). Z zmanjšano koncentracijo dveh antioksidantov NADPH in α-ketoglutarata se poveča tudi tveganje za nove mutacije, povzročene s strani reaktivnih kisikovih zvrsti. Poleg tega lahko α-KG sam deluje kot mutagen ali pa tudi inhibira metilacijo DNA in histonov, zaradi česar je izražanje onkogenov povečano. Kljub temu, da je ta metabolična pot pri tumorjih precej kompleksna, nam bodo nove metode detekcije tumorjev kmalu omogočile tudi boljše razumevanje samih mutacij in mehanizma nastanka tumorjev, ki tiči v ozadju.<br /> <br /> === Fran Krstanović: L-Carnitine enhances exercise endurance capacity ===<br /> Our energy metabolism is working constantly to cover energy need of our body. ATP represents the first line of action. With cellular ATP concentration low, our body needs other sources of energy as fuel. Fats carbs and proteins play that part. To get energy from fats they need to be oxidase. The process of fat oxidation is situated in the mitochondria. Fats need a special transporter to get into the cell, l-carnitine.<br /> Apart from fat transportation l-carnitine has many other roles; enhancing exercise endurance capacity is believed to be one of them. Mice fed with L-carnitine showed great promise to confirm this theory. Glycogen concentrations were higher, all important parameters for fatty acid intake and mitochondria biogenesis were higher and do additional AMPK was activated. The most important parameter was higher endurance capacity was reached. The problem lies in implicating the theory on humans; consuming concentrations are unknown (high can lead to problems, low won’t have affect). Further experiments will surely be held as carnitine provides great attention from sports industries as a supplement for fat burning or maybe for greater athletes’ fatigue.<br /> <br /> === Janja Krapež: Vpliv metabolizma maščobnih kislin na povišan krvni tlak v plučnih arterijah ===<br /> Povišan krvni tlak v pljučnih arterijah (PAH) je huda bolezen, ki posledično zelo vpliva tudi na srce, predvsem na desni prekat, ki se zaradi prevelike obremenjenosti poveča. To lahko privede tudi do odpovedi srca. Zakaj pride do nepravilnega delovanja desnega prekata, je še neznano, prav tako kako do tega pride. Zadnje raziskave sklepajo, da je z nedelovanje povezan tudi metabolizem maščobnih kislin in glukoze. Problem predstavlja kopičenje maščobnih kislin znotraj mišičnih celic srca. Za transport maščobnih kislin z dolgimi verigami poskrbi protein CD36 skupaj s FATP (v miocitih FATP6). Kopičenje maščobnih kislin v celici je povezano tudi s favoriziranjem oksidacije glukoze. Preklop med ß-oksidacijo maščobnih kislin in oksidacijo glukoze poteka v Randlovem ciklu, kjer intermediati ene oksidacije inhibirajo drugo. Ključni pri inhibiciji ß-oksidacije je malonil-CoA, ki inhibira CAP encim na mitohondrjski membrani in je ključni prenašalec maščobnih kislin v mitohondrij, kjer se nadalje oksidirajo. Trenutne raziskave želijo izboljšati delovanje desnega prekata prav preko oksidacije maščobnih kislin. Šele razumevanje zapletenih mehanizmov metabolizma bo omogočilo nadaljnji razvoj potencialnih zdravil za zdravljenje PAH in posledično tudi izboljšalo delovanje desnega prekata.<br /> <br /> === Elvira Boršić: Posledice spremenjenega metabolizma maščobnih kislin v kardiomiocitih ===<br /> V fetusu kardiomiociti pridobivajo energijo z oksidacijo glukoze in laktata zaradi pomanjkanja kisika. Ko se rodimo pa postanejo maščobne kisline preferenčni substrat pridobivanja ATP-ja. Do sprememb glavnega substrata pride zaradi večjih telesnih obremenitev, bolezni in okoliščin zunaj celice. Pri tem imajo osrednjo vlogo razni transkripcijski faktorji, npr. receptor, aktiviran s peroksisomskim proliferatorjem α (PPARα), in transkripcijski koaktivatorji, npr. PPARγ koaktivator 1α (PGC1α). Dokazali so, da lahko nedelovanje vsaj 22 encimov in transporterjev udeleženih pri metabolizmu maščobnih kislin povzroči razne bolezni, ki zmanjšajo delovanje srca. Vsaka od teh pa lahko povzroči srčno popuščanje. Do tega pride, ko srce ni več zmožno črpati krvi iz pljuč po telesu. Najpogostejša vzroka sta zvišan krvni tlak in ishemija. Slednjo povzroči hipoksija, zaradi česar se ustavi tok elektronov v dihalni verigi. V anaerobnih pogojih je tako glikoliza edini vir energije in proizvede le 5 % celotnega ATP-ja, ki ga imajo kardiomiociti v normalnih pogojih. Produkti glikolize porušijo homeostazo in za ohranjanje le-te celice porabijo veliko energije, ki bi se sicer porabila pri kontrakciji. Raven kisika se obnovi pri reperfuziji, ki pa naredi še več škode kot ishemija. Zaradi srčnega popuščanja umre vsako leto več tisoč ljudi, saj še ne poznamo zdravila, ki bi to bolezen preprečilo. Ker še ne razumemo vseh mehanizmov, poteka na tem področju veliko raziskav.<br /> <br /> === Miha Koprivnikar Krajnc: Pomanjkanje karbamoil-fosfat sintetaze ===<br /> Pomanjkanje karbamoil fosfat sintetaze (CPS1) je ena izmed motenj cikla sečnine, torej poslabša zmožnost proizvodnje sečnine, ki ima pomembno vlogo pri regulaciji pH. CPS1 katalizira nastanek vstopne spojine cikla sečnine, karbamoil fosfat, in jo regulirajo Mg2+, Ca2+, NAG, ter tudi druge snovi posredno, preko NAG sintetaze. Mutacij, ki povzročajo spremembo strukture CPS1 je kar nekaj in povzročajo spremembe v aktivnosti encima različnih jakosti (od milih sprememb do popolne inaktivacije). To je razlog, da nekateri oboleli velikokrat sploh ne dočakajo otroštva, medtem ko pri ostalih bolezen pride na dan kasneje v življenju ob nekem stresu za organizem. Simptomi pomanjkanja CPS1 so predvsem nevropatološke narave in vključujejo poslabšanje kognitivnih sposobnosti, epizode delirija, utrujenost in druge simptome. Pri pacientih s hujšimi motnjami lahko bolezen tudi po zdravljenju pusti trajne posledice, saj pride do poškodb možganov v procesu razvoja. Razlog za nevrotoksičnost je osmotska aktivnost glutamina, ki se v velikih količinah nabira v astrocitah možganov. To povzroča hipertonično okolje v celicah in otekanje možganov. Brez ukrepov to privede do kome in smrti. Zdravljenje akutnih primerov motnje se začne z uporabo lovilcev amonijaka in dializo krvi, nadaljnji ukrepi pa so za enkrat omejeni na dieto z malo proteinov in citrulin. Za prihodnost je obetavno zdravljenje s stimulacijo encima z aktivatorjem oziroma njegovim analogom ali pa kar s stimulacijo sintetaze aktivatorja.<br /> <br /> === Špela Malenšek: Leucinska in glutaminska regulacija mTORC1 ===<br /> Kompleks mTORC1 je ohranjena Ser/Thr kinaza, ki z združevanjem signalov regulira celično ravnovesje med anabolizmom in katabolizmom. Nadzoruje celično rast, sintezo proteinov ter ribosomov in blokira avtofagijo. Nepravilno delovanje mTORC1 je vzrok različnim vrstam raka, diabetesu tipa 2 in nevrodegenerativnim boleznim. Verjetno najpomembnejši, a hkrati najmanj razumljeni regulatorji mTORC1 so aminokisline, med katerimi izstopata leucin in glutamin. Koncentraciji slednjih v citosolu sta odvisni druga od druge, saj je t.i. terciarni aktivni transport leucina v celico sklopljen s prenosom glutamina iz celice. Eden izmed modelov regulacije mTORC1 predpostavlja, da so pri prenosu aminokislinskega signala do mTORC1 glavni trije multiproteinski kompleksi, ki vključujejo majhne RagGTPaze, Ragulator in v-ATPazo. Združitev slednjih poteka na lizosomih, kjer je mTORC1 posledično tudi aktiviran s proteinom Rheb. Aminokislinska signalna kaskada mTORC1 predstavlja tudi tipalo, s katerim celica zaznava prisotnost in koncentracijo aminokislin v lizosomskem lumnu, citoplazmi in v zunaj-celičnem prostoru. Delovanje v-ATPaze je namreč močno odvisno od koncentracije leucina v notranjosti lizosomov in predstavlja t.i. »notranjo« regulacijo mTORC1. Hkrati naj bi leucin neposredno vplival na spremembno konformacije RagGTPaz z vezavo na protein Sestrin2, vendar so je popoln mehanizem posledice vezave leucina še nepojasnjen. Glutamin naj bi na mTORC1 deloval drugače kot leucin (brez posredovanja RagGTPaz in Ragulatorja), hkrati pa naj bi regulacijsko vlogo aktivacije mTORC1 imel tudi eden izmed produktov dvojne deaminacije glumatina, α-ketoglutarat.<br /> <br /> === Neža Koritnik: Uravnavanje koncentracije ROS in glutationilacija v mitohondriju ===<br /> V mitohondriju zaradi razlik v redoks okolju nastajajo reaktivne kisikove spojine (ROS), ki lahko povzročajo oksidativno škodo, v manjših koncentracijah pa so pomembne signalne molekule. Njihov glavni vir so predvsem flavoproteini, jih najdemo tudi v kompleksih dihalne verige in nekaterih encimih Krebsovega cikla. Ti lahko v času oksidativnega stresa zaradi različnih razlogov prenesejo elektrone namesto na njihov naravni akceptor direktno na kisik, pri čemer se tvorijo reaktivni superoksidni radikali (in druge ROS). H2O2 ima sposobnost oksidacije tiolnih cisteinskih ostankov proteinov (-SH do -SOH), kar ponavadi povzroči reverzibilno deaktivacijo proteinov in s tem regulacijo različnih procesov v mitohondriju. V skrajnem primeru pa pride do hiperoksidacije (do -SO2H ali - SO3H), ki pa je ireverzibilna in lahko trajo poškoduje proteine in druge molekule. Za preprečevanje oksidativne škode in uravnavanjem redoks signalizacije so se razvili sistemi GSH/Gpx/GR in Prx/Trx/TrxR. Glutation (GSH) je pomembna molekula, ki v razmerju s svojo oksidirano obliko (dimerom GSSG) določa redoks stanje v mitohondriju. V oksidirani obliki ima sposobnost vezave na tiole cisteinskih ostankov proteinov. To je proces glutationilacije, pri kateri se tvori disulfidna povezava protein-SSG, kar pa ima regulatorno vlogo (začasna aktivacija/deaktivacija proteina) ali pa zaščitno vlogo pred hiperoksidacijo. Pomemben encim, ki regulira glutationilacijo je glutaredoksin (Grx). S temi mehanizmi se v mitohondriju uravnavajo številni metabolni procesi in redoks stanje matriksa.<br /> <br /> === Urša Kopač: Vpliv mutacij na delovanje ATP-sintaze s poudarkom na TMEM70 ===<br /> Mutacije genov, ki vplivajo na encim ATP-sintaza, v grobem razdelimo v dve skupini. Tiste, ki nastanejo na mitohondrijski mtDNA, in tiste, ki vplivajo na genski material v jedru (nDNA). Različne mutacije vplivajo na različne podenote ATP-sintaze, ali pa mutirajo gene za proteinske faktorje, ki sodelujejo pri biosintezi ATP-sintaze. Med slednje prištevamo tudi mutacije TMEM70 na nDNA. Proteinski faktor TMEM70 vpliva sintezo domene F1. Ugotovili so, da mutacije na genu TMEM70 povzročijo, da se sinteza ATP-sintaze ustavi že v začetni fazi. Ker se encimski kompleks ne more sintetizirati do konca, nastanejo motnje v metabolizmu zaradi pomanjkanja ATP. Z elektronsko mikroskopijo so dokazali, da se v takšnih bolezenskih stanjih morfologija mitohondrija korenito spremeni. S proučevanjem mutacij genov, ki vplivajo na delovanje ATP-sintaze, pridobivamo tudi nove podatke o biosintezi ATP-sintaze. To je več kot dobrodošlo, saj v nasprotju s samo strukturo ATPaze o poteku izgradnje encima ne vemo veliko. Predvsem se na ta način zbira podatke o pomožnih faktorjih, ki imajo ključno vlogo pri tvorbi tega pomembnega encima. Za primer lahko vzamemo TMEM70. Šele s proučevanjem mutacije TMEM70 pri bolnikih z mitohondrijskimi boleznimi so odkrili, da je sama sinteza ATP-sintaze povezana s pomožnim proteinskim faktorjem TMEM70. Obširnejše znanje o biogenezi ATP-sintaze ter o mutacijah, ki vplivajo na delovanje ATP-sintaze, pomeni tudi več možnosti za razvijanje novih potencialnih zdravil in oblik zdravljenja.<br /> <br /> === Gašper Virant: Vpliv reaktivnih kisikovih spojin na dolžino življenjske dobe ===<br /> Reaktivne kisikove spojine oz. kratko ROS nastajajo v 90% v mitohondrijih v glavnem na dihalni verigi, natančneje na kompleksih I in III. V preteklosti so veljale kot nujno zlo prisotno v celici, saj lahko zaradi svojih oksidacijskih lastnosti poškodujejo proteine, DNA in ostale makromolekule, kar vodi v celično disfunkcijo in kasneje smrt. V poznejših raziskavah so ROS-e začeli osvetljevati z druge strani in jim pripisovati ter poudarjati njihov pomen za celično sporočanje. Seveda je transdukcija z ROS-i zelo reguliran proces na več stopnjah. V glavnem se ROSi pojavijo v povečani količini kot odgovor na stres in v vlogi signalnih intermediatov aktivirajo različne celične odzive, ki vodijo k adaptaciji na le-tega . Prekomerna količina ROS-ov je lahko zmanjšana s transkripcijo genov, ki kodirajo sirtuine. Ti veljajo za proteine, ki skrbijo za vitalnost in zdravje celic ter tako podaljšujejo življenjsko dobo organizma. Sirtuini z deacetilacijo aktivirajo superoksid dizmutaze (SOD) in s tem posledično pomembno znižajo nivo ROS-ov v celici. SOD so encimi, ki pretvarjajo superoksidni anion v vodikov peroksid, kateri v nadaljnjih reakcijah razpade na kisik in vodo. Skratka, rekativne kisikove spojine so v višjih koncentracijah za celico škodljive in krajšajo življenjsko dobo, v malih količinah pa so nujno potrebne za celično sporočanje.<br /> <br /> === Simon Aleksič: Sinteza eksopolisaharidov v bakterijah in njihov vpliv na povečanje populacije celic imunskega odziva ===<br /> V človeškem telesu je bakterij desetkrat več kot človeških celic, zato kljub njihovi mikroskopski velikosti njihovega vpliva na telo ne smemo zanemarjati. Pomembne sekrecijske molekule bakterij so eksopolisaharidi, ki se nahajajo na zunanji strani bakterijske membrane in pomagajo pri tvorbi kapsule. Sinteza eksopolisaharidov vključuje zanimive encimske komplekse in procese, med drugim tudi fosfotransferazno pot. Čeprav imajo eksopolisaharidi za bakterijo mnogo efektov, kot so zaščita pred izsušitvijo, spremembami pH in vdiranju antibiotikov so za nas še posebej zanimivi pozitivni učinki eksopolisaharidov na človeške celice imunskega sistema. Bakterija Bacteroides fragilis, ki simbiontsko živi v človeškem črevesju, je ena izmed bakterij, ki izloča zwitterionski polisaharid. Ta vsebuje tako pozitivno kot negativno nabite skupine, te pa mu omogočajo, da ga prepoznajo antigen predstavljajoče celice in ga predstavijo celicam CD4+T, ki imajo regulatorsko vlogo v imunskem sistemu, imunski odziv aktivirajo in tudi inhibirajo. S predstavljanjem antigena se poveča število celic CD4+T, kar tudi posledično privede do boljšega imunskega odziva pri potencialnemu vdoru nevarnih antigenov v telo. Dandanes je mnogo govora o boleznih, povezanih s prekomernim imunskim odzivom telesa na nenevarne antigene - alergijah. Prav zgodnja izpostavitev bakterijam kot je Bacteroides fragilis lahko pripomore k preprečitvi takšnih obolenj pri ljudeh, nadaljnje raziskave pa bodo razkrile več ugodnih učinkov simbiontskih bakterij na imunski sistem.<br /> <br /> === Uroš Zavrtanik: RuBisCO aktivaza ===<br /> Rubisco aktivaze (Rca) so posebni proteini, ki so se specializirali za aktivacijo inhibiranega Rubisca (ribuloza-bisfosfat dekarboksilaza/oksigenaza). Ta korak je ključen za dovoljšen izkoristek fotosinteze. Rca je motorni protein, ki spada v družino AAA+ proteinov (ATPases associated with various cellular activities). ATPazna aktivnost proteina omogoča spremembe med konformacijama z vezanim ATP ter po hidrolizi vezanim ADP. Rca tvorijo heksamerne komplekse, ki so v interakciji z inhibiranim Rubiscom zmožne le tega preoblikovati tako, da inhibitor zapusti aktivno mesto encima in Rubisco postane znova aktiven. Model mehanizma aktivacije, ki je bil postavljen glede na strukture udeleženih kompleksov in se ujema z eksperimentalnimi ugotovitvami, vključuje interakcijo centralne pore heksamernega kompleksa Cbbx (Rca za Rubisco rdečega tipa) z na-površini-Rubisca (rdeči tip) izpostavljenim aminokislinskim repom. Z vezavo aminokislinskega repa v poro in njeno kasnejšo transformacijo ob hidrolizi ATP, se lahko sila preko aminokislinskega repa prenese v notranjost Rubisca, kar destabilizira vezavo inhibitorja in ga odstrani z aktivnega mesta. Ker Rca katalizira hidrolizo visokoenergetskega celičnega vira (ATP), je njena regulacija smiselno uravnana. Eden izmed zanimivejših aspektov te regulacije je regulacija glede na svetlobne pogoje, ki vključuje redukcijo in oksidacijo cisteinskih ostankov v α podenotah heksamera Rca zelenega tipa pod vplivom delovanja tioredoksina ''f''. Prikazana modela nam jasno kažejo, kako tesno sta povezana struktura in funkcija in kako pomembne so strukturnobiološke študije za razumevanje bioloških procesov in njihovo manipulacijo.<br /> <br /> === Matej Hvalec ===<br /> Plazmodij, taksoplazma in številni njima sorodni enoceličarji so paraziti, ki lahko povzročajo nevarne bolezni. Čeprav živijo tipičen parazitski način življenja in imajo temu primerno zakrnel metabolizem,so znanstveniki pri njih odkrili dodaten genski zapis, ki ne sodi ne v jedro ne v mitohondrij. To zaporedje, dolgo približno 35 tisoč baznih parov, ima lastnosti, primerljive prokariontskemu genomu in določene lastnosti plastidnega genoma. Dejansko se je izkazalo, da je to zaporedje reducirana oblika izvirnega plastidnega genskega materiala, ki pa ima mnogo bolj zavrte metabolične sposobnosti. Organizmi iz družine apikompleksanov so evolucijsko razmeroma blizu fotosintetskim algam in navkljub parazitskemu načinu življenja je velika večina vrst ohranila nekakšne plastide, ki še vedno opravljajo določene naloge v celici in so očitno zelo pomembni. Ob vsaki celični delitvi se od vseh organelov najprej razdeli ta plastid, imenovan apikoplast, in se enakovredno prenese na novo generacijo celic. Organel obdajajo tri oziroma štiri membrane, kar nakazuje na endosimbiontski izvor s primarno ali sekundarno fagocitozo. Veliko plastidnih genov je bilo prenesenih v jedro in zunaj organela sintetizirani encimi se transportirajo v apikoplast ter sodelujejo pri določenih ohranjenih ali prilagojenih metaboličnih poteh, kot so biosinteza maščobnih kislin, prostetične skupine Fe-S, hema in izopreonidov. Ker imajo paraziti zaradi pomembnosti delovanja apikoplasta izpostavljene posebne značilnosti, ki so značilne za prokarionte ali rastline, so ti idealna tarča z boj proti boleznim. Te posebne značilnosti predstavljajo razliko med parazitom in gostiteljem, zato lahko s specifično inhibicijo omejimo okužbo, ne da bi škodovali bolniku.<br /> <br /> === Katja Brezovar: Vloga biosinteze sfingolipidov pri fagocitozi ''Candide albicans'' ===<br /> Lipidi, kot glavni gradniki celičnih membran, igrajo pomembno vlogo v delovanju celice. Njihove funkcije bi lahko strnili v tri glavne naloge: shranjevanje energije, omogočanje komparmentalizacije znotraj celice in vloga primarnih in sekundarnih sporočevalcih pri signaliziranju in prepoznavanju molekul. Raziskava “Disruption of Sphinoglipid Biosynthesis Blocks Phagocytosis of ''Candida albicans''” pa dokazuje pomembno vlogo sfingolipidov pri fagocitozi patogena ''Candida albicans''. Vemo, da je pri obrambi pred patogenom je ključen imunski odziv. Fagocitoza je eden izmed mehanizmov imunskega odziva. Pomembnost sinteze sfingolipidov pri uspešni fagocitozi ''Candide albicans'' so dokazali, s tem, da so sintezo inhibirali – z inhibitorji in pa z modifikacijo genoma. Encime v sintezni poti sfingoglipidov so inhibirali sprva in vitro, kar je pokazalo ovirano fagocitozo. Tudi miši z onemogočeno sintezo sfingolipidov, ki so jih okužili z živimi C. albicans, niso preživele. Z CRISPR/Cas9 genomskim urejanjem smo ustvarili celice z neaktivno podenoto encima SPT – takšna celična linija ni bila sposobna fagocitoze. Posledica omejene sinteze sfingolipidov je pokazala tudi oslabljeno ekspresijo receptorjev PRR (Patteren Recognition Receptors), kot so Dectin-1, TLR2 in FcγR, ki prepoznavajo vzorce na patogenih in zagotovijo primeren odziv na njih. Z dodatkom gangliozida GM1 tistim celicam, ki so imele onemogočeno sintezo sfingolipidov, smo videli, kako se je sposobnost fagocitoze povrnila.<br /> <br /> === Urša Čerček: PCSK9: Nov način uravnavanja koncentracije LDL ===<br /> Srčno-žilne bolezni so eden izmed najpogostejših vzrokov smrti v razvitem svetu. Glavni razlog za razvoj teh obolenj je povišana koncentracija LDL. To so lipoproteinski delci z najmanjšo gostoto, ki skrbijo za prenos holesterola iz perifernih tkiv do jeter. Če je teh delcev preveč, se holesterol prične nabirati v t.i. penastih celicah. Povišanje koncentracije se sedaj preprečuje z uporabo statinov, ki inhibirajo delovanje HMG-CoA reduktaze. Problem je, da je veliko ljudi odpornih na njihovo delovanje in da imajo veliko slabih stranskih učinkov. Znanstveniki so zato z odkritjem novega encima PCSK9 in predstavitvijo njegove strukture omogočili razvoj novih zdravil na tem področju. Ta encim je eden izmed glavnih regulatorjev izražanja LDL receptorjev na membrani hepatocit, saj jih razgrajuje. Mutacije gena za zapis PCSK9, ki zavirajo njegovo izražanje, so bile zelo pomembne za načrtovanje zdravil, saj jih novi načini zdravljenja oponašajo. Najbolj obetavno se je do sedaj izkazalo zdravljenje z monoklonskimi protitelesi, ki so večinoma že v tretji fazi kliničnih raziskav. Dve zdravili pa sta že dobili dovoljenje FDA za njihovo uporabo kot poizkusni zdravili. Poleg tega bi lahko LDL znižali s tehnikami za utišanje genov, v zadnjem letu pa so odkrili tudi aligatne oligosaharide kot potencialne inhibitorje PCSK9.<br /> <br /> === Gašper Žun: Biosinteza in biološka vloga terpenoidov s poudarkom na abscizinski kislini ===<br /> Terpenoidi so lipidi in so zelo raznolika ter hkrati tudi največja skupina biomolekul. Njihova hipotetična gradbena enota je izopren (C5), zato imajo po navadi verigo dolgo iz večkratnika števila 5 ogljikovih atomov. V organizmih imajo funkcijo hormonov, privabljanja opraševalcev, fotosinteze in obrambe pred biotskim in abiotskim stresom.<br /> Predlagani biosintetski poti izoprenoidov sta dve: Prva poteka iz acetil-CoA preko mevalonata do dimetilalil difosfata (DMAPP), druga pa iz piruvata preko deoksiksiluloza fosfata do izopentenil difosfata (IPP) in dimetilalil difosfata (DMAPP). Produkt te konvergentne sinteze vsebuje 5 ogljikovih atomov; višji terpenoidi se sintetizirajo z nadaljnjo kondenzacijo osnovnih enot. Regulacija biosinteze poteka tako na transkripcijski kot posttranskripcijski ravni. Znani so mehanizmi, ko na biosintezo terpenoidov vpliva dnevno-nočni ritem, napad patogenov, mraz ali suša.<br /> Terpenoidni hormon, ki se odziva na te zunanje dražljaje, je abscizinska kislina. V višjih rastlinah se sintetizira s katabolizmom karotenoidov, njena raven pa se poveča ob stresu. Takrat hormon z vezavo na receptor omogoči izhajanje Cl- in K+ iz listne celice zapiralke, kar povzroči padec turgorskega tlaka, zato se listna reža zapre. Rastlina s tem ob suši prepreči transpiracijo vode, ob napadu patogenov pa jim prepreči vstop v organizem.<br /> Terpenoidi so uporabni kot prehranski dodatki, v farmacevtski industriji, pomembni pa so tudi v kmetijstvu za zaščito poljščin.<br /> <br /> === Petra Hruševar: Serin in glicin ter njun vpliv na rakave celice ===<br /> V tumorskih celicah pride do velikega reprogramiranja celičnega metabolizma, da bi lahko zadostile povečani potrebi po hranilih za rast in delitev. Poleg običajnih povečanj porabe glukoze in glutamina, so se raziskovalci osredotočili na povečanje biosinteze serina, glicina in encimov povezanih s tema biosintetskima potema. Serin in glicin sta biosintetsko povezana in predstavljata prekurzorje za nujno sintezo proteinov, lipidov in nukleotidov... Obe poti povezuje cikel enega ogljika, katerega lahko razdelimo na folatni in metioninski cikel ter transsulfuracijsko pot, in je pomemben za nadaljnjo biosintezo proteinov, lipidov, nukleotidov... Mutacija kateregakoli encima teh poti vodi do okvare rasti celic. S pomočjo mnogih raziskav so dokazali, da je biosinteza serina potrebna in zadostna za onkogenezo, povečana absorpcija in katabolizem glicina pa prav tako spodbujata tumorigenezo in malignost. Pomembna je tudi povezava p53 in PKM2 z reprogramiranjem metabolizma rakavih celic, saj celotna skupina p53 tumor supresorskih genov spodbudi biosintezo serina in glicina, zmanjšana aktivnost PKM2 zaradi pomanjkanja serina pa preusmeri 3-fosfoglicerat iz glikolize v biosintezo serina. Glede na ta odkritja in še vedno veliko nepoznavanje uporabe teh odkritij, bi bile smiselne nadaljnje raziskave v tej smeri, predvsem glede razvoja novih terapij/zdravil za rakava obolenja pri katerih je cilj tarčenje biosinteze serina/glicina in cikla enega ogljika.<br /> <br /> === Blaž Lebar: Pomembna vloga glutamina v rakavih celicah ===<br /> Rakave celice, ki se nenadzorovano proliferirajo, se običajno preživljajo z velikimi količinami glukoze, ki jih pretvarjajo v energijo preko oksidativne fosforilacije. Nekateri tipi raka pa uporabljajo tudi glutaminolizo. V tem primeru potrebujejo veliko glutamina, ki je lahko ključen pri sintezi aminokislin in nukleotidov, maščobnih kislin, anaplerozo pri citratnem ciklu, vzdrževanje kislinsko-bazičnega ravnotežja,…Sposoben je tudi aktivirati mTORC1, s katerim se celica še pospeši svoj razvoj. Ključno vlogo naj bi glutamin tudi odigral pri borbi proti kislinskemu stresu, kjer se ob tako hitrem načinu življenja v celici začnejo nabirati večje količine mlečne kisline, katera lahko zakisa celico. Pri pretvorbi glutamina v glutamat se odcepi NH3, kateri lahko nevtralizira takšen kislinski stres. Direktno nanj vpliva tudi c-Myc, ki je eden najbolj poznanih proto-onkogenov. Njegov porast v celici je premo sorazmeren z absorpcijo glutamina v celico ter glutaminolizo njega. Obstajajo pa tudi povezave z SIRT4 in p53, kjer bi po nekaterih študijah glutamin naj deloval kot tumor zaviralec. Ta ključen pomen glutamina za rakave celice bi lahko s pridom izkoriščaki v medicini. Študije so poskušale ciljati točno določen del vloge glutamina v celici, ter ugotoviti kako nanj vplivati. Preko zaviranja anapleroze, inhibicije kompleksa I v mitohondriju, inhibiranja Gln transporterjev ter mTORC1 in mnogih drugih vlog so pokazali, da so možnosti takega zdravljenja obetavne.<br /> <br /> ===Aleksandra Uzar: Regulacija in biosinteza nukleozidnih antibiotikov ===<br /> Nukleozidni antibiotiki so naravni derivati nukleozidov in nukleotidov. V splošnem jih delimo v tri večje skupine, antibakterijski, antiglivični in antivirusni. Kako se razlikujejo od tistih, ki so v uporabi sedaj in zakaj obstaja potreba po njih? V zadnjih desetletjih so kot posledico relativno velike uporabe nekateri patogeni razvili odpornost proti antibiotikom. Zato so znanstveniki pozornost usmerili v nukleozidne antibiotike, ki jih sintetizirajo nekateri mikroorganizmi in so kot naravni produkti v organizmu lahko reciklirani. Antibakterijski antibiotiki, na primer pacidamycini, kompetitivno inhibirajo translokazo 1, ki je pri bakterijah ključnega pomena pri biosintezi celične stene. Njihova sinteza po kompleksni poti, in v gruči genov za ta antibiotik se nahajajo tako geni za posamezne encime, kot tudi posebni odseki za NRPS – neribosomalne peptidne sintetaze. Katalizirajo nastanek strukturno in funkcionalno raznolikih peptidov. Katalitska domena izbere, aktivira in modificira reakcijske intermediate ter ob tem podaljšuje in odcepi peptidno verigo. Proces je neodvisen od ribosomov, in vključuje peptide neproteinskih aminokislin. Na drugi strani pa antiglivični inhibirajo hitin sintazo, ter tem onemogočijo sintezo hitina v stenah celic gliv. Predstavniki so na primer nikkomycini in polyoxini. Sintetizirani so iz nukleozidnega ter peptidnega dela. Mehanizem njihove sinteze ter definicija genskega zapisa sta razložena dovolj natančno, da je znanstvenikom omogočila sintezo njunih hibridov, ki so bili formirani s kombinatornimi metodami.<br /> <br /> === Klara Lenart: Tiroidni hormon, njegov vpliv na metabolizem maščob in možnosti zdravljenja nealkoholne zamaščenosti jeter ===<br /> Tiroidni oz. ščitnični hormon izloča ščitnična žleza. Njegovo izražanje je regulirano s tirotropinom, tj. hormonom, ki ga izloča hipofiza. Poznamo dve biološko pomembni obliki tiroidnega hormona, prohormon T4 in biološko aktivno obliko T3. V ščitnici se v veliki večini sintetizira oblika T4, ki se v aktivno obliko pretvori s pomočjo encimov po vstopu v tarčno celico. T3 se veže na receptor tiroidnega hormona v jedru celice in kompleks TH-TR ima vlogo transkripcijskega faktorja. Le-ta uravnava izražanje genov za encime, ki sodelujejo v mnogih metaboličnih poteh, npr. metabolizmu maščob, ogljikovih hidratov in holesterola. Prav tako tiroidni hormon vpliva na inzulinsko rezistenco celic. Nedavne raziskave kažejo, da bi z doziranjem tiroidnega hormona lahko zdravili nealkoholno zamaščenost jeter. Pri tej bolezni pride do akumulacije maščob v jetrih, kar se lahko razvije v cirozo jeter. Nealkoholno zamaščenost jeter povezujemo z debelostjo, inzulinsko rezistenco ter povečano koncentracijo lipidov v krvi. Isti simptomi so značilni za hipotiroidizem, tj. stanje, ko imamo v telesu premajhno koncentracijo tiroidnega hormona. Domneva se, da bi z doziranjem le-tega lahko spodbudili katabolizem maščob v jetrih. Iz tega razloga se razvijajo jetrno specifični analogi tiroidnega hormona, s katerimi bi lahko zdravili nealkoholno zamaščenost jeter in hkrati omejili stranske učinke v ostalih tkivih.<br /> <br /> === Lovro Kotnik: Leptin: pregled perifernega delovanja in interakcij ===<br /> Naše telo je pod konstantno regulacijo s hormoni, ki kontrolirajo delovanje sistema in odzive na večje zunanje vplive. Eden takšnih hormonov je tudi leptin, proteinski hormon, ki ga je leta 1994 odkril Jeffrey Friedman. Zapisuje ga gen ob, gen, ki je v modelčnih miših za debelost, ob/ob miših, okvarjen. Tako je jasno, da v telesu deluje kot dolgoročni zaviralec apetita. Njegove značilnosti niso povsem znane, saj ima veliko funkcij. Sintetizira se primarno v maščobnem tkivu, vendar se izloča tudi drugod po telesu. Proizvajajo ga tudi mišice, želodec, jetra in trebušna slinavka kot tudi druga tkiva. Njegovo glavno delovanje vpliva na naše vedenje z vplivanjem na hipotalamus, preko katerega je povezan še z mnogimi drugimi funkcijami v telesu. Odkrili so, da igra vlogo pri razvoju spolnih žlez in da sodeluje tudi pri poteku nosečnosti, saj posteljica izloča leptin v krvni obtok matere. V obeh primerih vpliv leptina, kot tudi v njegovih drugih funkcijah, ni povsem raziskan oziroma se znanstveniki med sabo ne strinjajo o njegovih vplivih na organizme. Nezanemarljivo vlogo igra leptin tudi pri sladkorni bolezni, saj pogosto interagira z inzulinom in potmi pod regulacijo inzulina. Dodatna povezava je genski zapis za receptorje leptina, ki so kodirani na tako imenovanem genu za diabetes, db genu, ki je okvarjen v modelčnih miših za sladkorno bolezen.<br /> === Nejc Kejžar: Hormonska regulacija razvoja T-celic ===<br /> Imunski sistem je izredno močan obrambni mehanizem, tako pred endogenimi (tumorji), kot tudi eksogenimi patogeni (virusi, bakterije, plesni). Odlikuje ga neprimerno daljše evolucijsko izpopolnjevanje, zaradi česar je veliko bolj vsestranski in učinkovitejši kot današnja zdravila. Poznavanje njegovega delovanja nam tako lahko pomaga pri boju z boleznimi in eden izmed ključnih procesov v pravilnem imunskem odzivu je razvoj T-limfocitov v priželjcu. Izkazalo se je, da je slednji pod zapleteno hormonsko kontrolo, kar nam odpira nove možnosti stimulacije imunskega odziva z uporabo ustrenih hormonov. Najmočnejše pozitivne učinke kažeta prolaktin in rastni hormon, negativne vplive glukokortikoidov pa je moč zavirati z antagonisti njihovih receptorjev. Poznavanje teh mehanizmov regulacije nam omogoča zdravljenje bolezni, ki vplivajo neposredno na zorenje T-celic. Lep primer je Chagasova bolezen, ki je velik problem v Srednji in Južni Ameriki. Njena glavna posledica je hormonsko neravnovesje stresnih hormonov prolaktina in glukokortikoidov, ki vodi v atrofijo priželjca in zmanjšanje sposobnosti imunskega odziva. Obnovitev hormonske homeostaze je učinkovito zavrlo atrofijo, uspeh v zdravljenju starostne atrofije priželjca pa je pokazal tudi rastni hormon, ki je poleg stimuliranja proliferacije T-celic in celic priželjca obnovil tudi število hematopoetičnih celic kostnega mozga. Tako je moč znižati tveganja obolenj starostnikov zaradi oslabljenega imunskega sistema.<br /> === Jaka Kos: GHRELIN IN LEPTIN TER NJUNA VLOGA PRI REGULACIJI TELESNE TEŽE IN VNOSA HRANE ===<br /> Namen moje seminarske naloge je odgovoriti na vprašanje ali je možno do izgube telesne teže priti s pomočjo biokemije in kateri so procesi, ki bi to lahko omogočali?Obstaja veliko prebavnih hormonov, ki delujejo tako, da zmanjšajo in povečajo porabo energije glede na različne faktorje. Prvi najden hormon v prebavnem traku je bil sekretin. Z njegovim odkritjem so se začele raziskave v prebavne hormone. Leptin in ghrelin sta dva hormona za katere je bilo rečeno, da imata velik vpliv pri energijski homeostazi v človeškem telesu. Leptin je dolgoročni regulator telesne energije, zmanjšuje količino zaužite hrane in s tem telesno težo. Ghrelin pa je hormon, ki deluje hitro, kratkoročno in igra vlogo pri povišanju apetita. Ker se več in več ljudi bori s prekomerno težo je razumevanje mehanizmov s katerimi imajo različni hormoni učinke na količino telesne energije, so raziskave na tem področju zelo razširjene. Znano je, da je pri ljudeh s prekomerno težo količina leptina povečana in količina ghrelina pomanjšana, kar je zelo presenetlivo. Vemo tudi, da obstajajo različne metode za regulacijo vsebnosti teh dveh hormonov, kar pripomore k zmanjšanju telesne teže in drugim izbolšavam. Prav tako so znanstveniki ugotovili odvisnost zauživanja hrane s spreminjanjem vsebnosti ghrelina in leptina, vemo kaj se dogaja pri prenajedanju, stradanju in zmernem zauživanju hrane in kaj se dogaja pri različnih obroki(ogljikovi hidrati, maščobe...).<br /> <br /> === Neža Brezovar: Rjavo in bež maščevje – razvoj, regulacija ter njuna povezava z metaboličnimi boleznimi ===<br /> Debelost, diabetes in visok krvni tlak so le tri od mnogih bolezni, ki so tako ali drugače povezane z odvečno maščobo. Poznamo tri tipe adipoznih celic (belo, rjavo in bež maščevje). Zadnje dva obravnavajo kot pomembna faktorja pri potencialnem zdravljenju metaboličnih bolezni. Njuna skupna točka je termogeneza, loči pa ju kar nekaj parametrov, kot so: izvor, regulacija, izražanje lastnosti genov in izražanje izredno pomembnega Ucp1 proteina. Rjavi adipociti izvirajo iz prekurzorskih celic, ki izražajo Myf5, bež adipociti pa imajo tri različne izvore (popolnoma nova diferenciacija prekurzorskih celic, trans-diferenciacija belih adipocitov in bela adipozna tkiva bipotentnih matičnih celic). Za regulacijo skrbijo številna tkiva in tipi celic. Na primer, nevroni izločajo norepinefrin, srčno tkivo pa natriuretične peptide. Eden izmed najbolj pomembnih regulatorjev pa je transkripcijski faktor Prdm16. Maščevja pa imata vpliv tudi pri regulaciji metabolizma, saj se z večanjem aktivnosti bež in rjavih maščobnih celic zavira metabolične bolezni. Pri prenosu transkripcijskega odgovora rjavih adipocitov pomaga simpatično živčevje z eksocitozo kateholaminov. O rjavem in bež maščevju sicer še vedno veliko stvari ne poznamo, vendar pa so rezultati raziskav prikazali izredno potencialno terapevtsko sposobnost.<br /> <br /> === Katja Čop: Vloga estrogena pri ohranjanju energijskega ravnotežja pri sesalcih ===<br /> Estrogen je streoidni hormon, ki ga poznamo po njegovi funkciji pri vzdrževanju plodnosti pri ženskah. Mogoče je manj znano, da sodeluje tudi pri energijskem ravnotežju: tako pri ženskah, kot tudi pri moških. Pri ženskah se po menopavzi nivo estrogena v krvi močno zniža, kar pogosto spremlja neustrezno energijsko ravnotežje, ki vodi v prekomerno telesno težo. Poznavanje čim več faktorjev in mehanizmov, ki vplivajo na ustrezno energijsko ravnotežje, bi nam pomagalo k spopadanju s sodobnim problemom: debelostjo. Estrogen se po klasičnem modelu poveže s svojim intracelularnim receptorjem ERα in nastali kompleks v jedru deluje kot transkripcijski faktor. Deluje periferno, izražajo ga namreč vsa metabolna tkiva. Izražajo pa ga tudi možgani, kjer na energijsko ravnotežje deluje predvsem v hipotalamusu. Hipotalamus sestavljajo t. i. jedra, ki jih tvorijo telesa živčnih celic nevronov. Pomembni jedri sta nucleus arcuatus, preko katerega estrogen s svojim signaliziranjem znižuje vnos hrane in ventromedialno jedro, preko katerega estrogen spodbuja porabo energije in termogenezo. Jedra hipotalamusa se povezujejo preko aksonov in tako sta tudi regulacija energijskega ravnotežja in plodnosti povezana. Pri tem bom omenila nevrone POMC in nevrone Kiss1, ki imajo, kot kažejo novejše raziskave, pomembno vlogo tako pri energijskem ravnotežju, kot tudi pri plodnosti.</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2015&diff=11192 2016-01-13T23:02:42Z

<p>Katja Čop: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime Priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Kristjan_Stibilj:_Inhibicija PI3k/AKT/mTOR signalne poti kot orožje proti raku||Lovro Kotnik||Blaž Lebar]||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Tjasa_Luksic: Alternativno izrezovanje GPCR-jev s poudarkom na sekretinski družini]||Karmen Žbogar||Aleksandra Uzar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Klara Kuret||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Klara_Kuret: Vpliv bakterijskih efektorjev na celični ubikvitinacijski sistem in rastlinski imunski odziv]||Klara Lenart||Petra Hruševar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Rok_Miklavčič: Preusmeritve signalnih poti preko TNFR1 v boju s patogeni]||Katja Čop||Lovro Kotnik||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Ema_Gaspersic: PKC in njihov vpliv na raka ter Alzheimerjevo bolezen]||Nejc Kejžar||Karmen Žbogar||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Tadej Satler||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Tadej_Satler: PD-1 limfocitov in melanomskih celic]||Neža Brezovar||Klara Lenart||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Tina Šimunović||14-15||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Tina_Simunovic: Pentoza-fosfatna pot, njena regulacija in povezava z rakom]||Kristjan Stibilj||Katja Čop||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||14-15||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Maja_Zupanc: Kako dolge nekodirajoče RNA vplivajo na metabolizem]||Tjaša Lukšič||Nejc Kejžar||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||14-15||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Tilen_Trselic: PKM2 in njegova vloga pri razvoju rakavih celic]||Klara Kuret||Dorotea Borković||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Lara Jerman||16||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Lara_Jerman: Warburgov učinek: od raka do avtoimunosti]||Rok Miklavčič||Neža Brezovar||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Eva Rajh||16||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Eva_Rajh: Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na modifikacije DNK in histonov ter vpliv na staranje]||Ema Gašperšič||Kristjan Stibilj||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||16||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Sara_Tekavec: Mutacije encimov Krebsovega cikla in vpliv na razvoj ter rast tumorjev]||Tadej Satler||Tjaša Lukšič||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Fran Krstanović||17||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Fran_Krstanovic: L-Carnitine enhances exercise endurance capacity]||Tina Šimunović||Klara Kuret||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||17||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Elvira_Boršić: Posledice spremenjenega metabolizma maščobnih kislin v kardiomiocitih]||Maja Zupanc||Rok Miklavčič||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Janja Krapež||17||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Janja_Krapež: Vpliv metabolizma maščobnih kisln na povišan krvni tlak v pljučnih arterijah]||Tilen Tršelič||Ema Gašperšič||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Janez Javornik||18||||Lara Jerman||Tadej Satler||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||18||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Miha_Koprivnikar_Krajnc: Pomanjkanje karbamoil-fosfat sintetaze]||Eva Rajh||Tina Šimunović||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||18||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Špela_Malenšek: Leucinska in glutaminska regulacija mTORC1]||Sara Tekavec||Maja Zupanc||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Urša Kopač||19||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Urša_Kopač: Vpliv mutacij na delovanje ATP-sintaze s poudarkom na TMEM70]||Fran Krstanović||Tilen Tršelič||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||19||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Ne.C5.BEa_Koritnik: Uravnavanje koncentracije ROS in glutationilacija v mitohondriju]||Dorotea Borković||Lara Jerman||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Gašper Virant||19||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Gašper_Virant: Vpliv reaktivnih kisikovih spojin na dolžino življenske dobe]||Elvira Boršić||Eva Rajh||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||20||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Uro.C5.A1_Zavrtanik: RuBisCO aktivaza]||Janja Krapež||Sara Tekavec||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||20||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Simon_Aleksič: Sinteza eksopolisaharidov v bakterijah in njihov vpliv na povečanje populacije celic imunskega odziva]||Jaka Kos||Fran Krstanović||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||20||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Matej_Hvalec: Ostanek plastidov v heterotrofnih parazitih]||Miha Koprivnikar Krajnc||Elvira Boršić||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Urša Čerček||21||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Urša_Čerček: PCSK9: Nov način uravnavanja koncentracije LDL]||Špela Malenšek||Janja Krapež||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||21||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Katja_Brezovar: Vloga biosinteze sfingolipidov pri fagocitozi Candide albicans]||Urša Kopač||Jaka Kos||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Gašper Žun||21||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Gasper_Zun: Biosinteza in biološka vloga terpenoidov s poudarkom na abscizinski kislini]||Neža Koritnik||Miha Koprivnikar Krajnc||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||22||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Bla.C5.BE_Lebar: Pomembna vloga glutamina v rakavih celicah]||Gašper Virant||Špela Malenšek||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||22||Regulacija in biosinteza nukleozidnih antibiotikov||Uroš Zavrtanik||Urša Kopač||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||22||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Petra_Hru.C5.A1evar: Serin in glicin ter njun vpliv na rakave celice]||Simon Aleksič||Neža Koritnik||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Dorotea Borković||23||||Matej Hvalec||Gašper Virant||06/01/16||08/01/16||12/01/16<br /> |-<br /> | Jaka Kos||23||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Kos_Jaka: Ghrelin in leptin ter njuna vloga pri regulaciji telesne teže in vnosa hrane]||Katja Brezovar||Simon Aleksič||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Klara Lenart||23||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Klara_Lenart: Tiroidni hormon, njegov vpliv na metabolizem maščob in možnosti zdravljenja nealkoholne zamaščenosti jeter]||Gašper Žun||Matej Hvalec||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||23||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Lovro_Kotnik: Leptin: pregled perifernega delovanja in interakcij]||Urša Čerček||Uroš Zavrtanik||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Katja Čop||23||Vloga estrogena pri ohranjanju energijskega ravnotežja pri sesalcih||Blaž Lebar||Urša Čerček||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||23||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Nejc_Kejžar: Hormonska regulacija razvoja T-celic]||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |-<br /> | Neža Brezovar||23||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Neža_Brezovar: Rjavo in bež maščevje - razvoj, regulacija ter njuna povezava z metaboličnimi boleznimi]||Petra Hruševar||Gašper Žun||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2015|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. &lt;font color=red&gt;Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši<br /> * 116_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, ki je napisan na novo in je bil prijavljen v shemo 50%&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2015&diff=10887 2015-12-11T12:48:46Z

<p>Katja Čop: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime Priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Kristjan_Stibilj:_Inhibicija PI3k/AKT/mTOR signalne poti kot orožje proti raku||Lovro Kotnik||Blaž Lebar]||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Tjasa_Luksic: Alternativno izrezovanje GPCR-jev s poudarkom na sekretinski družini]||Karmen Žbogar||Aleksandra Uzar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Klara Kuret||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Klara_Kuret: Vpliv bakterijskih efektorjev na celični ubikvitinacijski sistem in rastlinski imunski odziv]||Klara Lenart||Petra Hruševar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Rok_Miklavčič: Preusmeritve signalnih poti preko TNFR1 v boju s patogeni]||Katja Čop||Lovro Kotnik||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Ema_Gaspersic: PKC in njihov vpliv na raka ter Alzheimerjevo bolezen]||Nejc Kejžar||Karmen Žbogar||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Tadej Satler||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Tadej_Satler: PD-1 limfocitov in melanomskih celic]||Neža Brezovar||Klara Lenart||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Tina Šimunović||14-15||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Tina_Simunovic: Pentoza-fosfatna pot, njena regulacija in povezava z rakom]||Kristjan Stibilj||Katja Čop||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||14-15||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Maja_Zupanc: Kako dolge nekodirajoče RNA vplivajo na metabolizem]||Tjaša Lukšič||Nejc Kejžar||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||14-15||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Tilen_Trselic: PKM2 in njegova vloga pri razvoju rakavih celic]||Klara Kuret||Dorotea Borković||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Lara Jerman||16||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Lara_Jerman: Warburgov učinek: od raka do avtoimunosti]||Rok Miklavčič||Neža Brezovar||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Eva Rajh||16||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Eva_Rajh: Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na modifikacije DNK in histonov ter vpliv na staranje]||Ema Gašperšič||Kristjan Stibilj||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||16||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Sara_Tekavec: Mutacije encimov Krebsovega cikla in vpliv na razvoj ter rast tumorjev]||Tadej Satler||Tjaša Lukšič||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Fran Krstanović||17||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Fran_Krstanovic: L-Carnitine enhances exercise endurance capacity]||Tina Šimunović||Klara Kuret||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||17||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Elvira_Boršić: Posledice spremenjenega metabolizma maščobnih kislin v kardiomiocitih]||Maja Zupanc||Rok Miklavčič||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Janja Krapež||17||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Janja_Krapež: Vpliv metabolizma maščobnih kisln na povišan krvni tlak v pljučnih arterijah]||Tilen Tršelič||Ema Gašperšič||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Janez Javornik||18||||Lara Jerman||Tadej Satler||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||18||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Miha_Koprivnikar_Krajnc: Pomanjkanje karbamoil-fosfat sintetaze]||Eva Rajh||Tina Šimunović||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||18||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Špela_Malenšek: Leucinska in glutaminska regulacija mTORC1]||Sara Tekavec||Maja Zupanc||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Urša Kopač||19||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Urša_Kopač: Vpliv mutacij na delovanje ATP-sintaze s poudarkom na TMEM70]||Fran Krstanović||Tilen Tršelič||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||19||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Ne.C5.BEa_Koritnik: Uravnavanje koncentracije ROS in glutationilacija v mitohondriju]||Dorotea Borković||Lara Jerman||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Gašper Virant||19||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Gašper_Virant: Vpliv reaktivnih kisikovih spojin na dolžino življenske dobe]||Elvira Boršić||Eva Rajh||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||20||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Uro.C5.A1_Zavrtanik: RuBisCO aktivaza]||Janja Krapež||Sara Tekavec||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||20||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Simon_Aleksič: Sinteza eksopolisaharidov v bakterijah in njihov vpliv na povečanje populacije celic imunskega odziva]||Janez Javornik||Fran Krstanović||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||20||||Miha Koprivnikar Krajnc||Elvira Boršić||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Urša Čerček||21||PCSK9: Nov način uravnavanja koncentracije LDL v krvi||Špela Malenšek||Janja Krapež||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||21||Vloga sfingolipidov pri fagocitozi ''Candide albicans''||Urša Kopač||Janez Javornik||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Gašper Žun||21||Biosinteza terpenoidov||Neža Koritnik||Miha Koprivnikar Krajnc||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||22||||Gašper Virant||Špela Malenšek||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||22||Nucleoside antibiotics||Uroš Zavrtanik||Urša Kopač||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||22||Vloga metabolizma serina in glicina pri raku||Simon Aleksič||Neža Koritnik||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Dorotea Borković||23||||Matej Hvalec||Gašper Virant||06/01/16||08/01/16||12/01/16<br /> |-<br /> | Karmen Žbogar||23||||Katja Brezovar||Simon Aleksič||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Klara Lenart||23||||Gašper Žun||Matej Hvalec||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||23||||Urša Čerček||Uroš Zavrtanik||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Katja Čop||23||Povezava med energijskim metabolizmom in plodnostjo pri ženskah||Blaž Lebar||Urša Čerček||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||23||Hormonska regulacija razvoja T-celic||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |-<br /> | Neža Brezovar||23||||Petra Hruševar||Gašper Žun||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2015|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. &lt;font color=red&gt;Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši<br /> * 116_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, ki je napisan na novo in je bil prijavljen v shemo 50%&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015_Povzetki_seminarjev&diff=10445 2015-05-05T20:45:25Z

<p>Katja Čop: </p> <hr /> <div>[[TBK2015-seminar|Nazaj na osnovno stran]]<br /> <br /> <br /> === Uroš Zavrtanik: Mehanizem popravljanja DNA: NER (faktor XPC) ===<br /> <br /> Od samega nastanka naprej se življenje spopada s fundamentalnim problemom kemijske nestabilnosti genetske informacije, shranjene v DNA. Molekula DNA je izpostavljena številnim fizikalnim ter kemijskim dejavnikom, ki lahko vplivajo na njeno strukturo in posredno ali neposredno tudi na samo informacijo. Ker pa predstavlja ohranjanje informacije eden izmed ključnih in pomembnejših aspektov življenja samega, so se tekom evolucije razvili številni mehanizmi popravljanja DNA. Eden izmed teh mehanizmov je popravljanje DNA z izrezom nukleotidov (ang. Nucleotide Excision Repair-NER). NER je popravljalni proces za odstranjevanje in popravo večjih strukturnih nepravilnosti v strukturi DNA, ki so v glavnem posledica radiacije (UV, gama) ter okolijskih dejavnikov (specifične molekule, ki lahko strukturno poškodujejo DNA). NER predstavlja pri človeku edini mehanizem za popravljanje poškodb povzročenih zaradi UV radiacije. Največji izziv NER je, kako najti vse poškodovane dele DNA v celotnem genomu. Na podlagi eksperimentalnih ugotovitev raziskovalci ugotavljajo, da bi lahko bil ''ključ do uspeha'' naključna vezava proteina XPC (začetni faktor NER) na nespecifično mesto v DNA ter nato vzdolžna difuzija XPC do poškodovanega (specifičnega) mesta, kjer XPC za trenutek obstane, kar je signal za sprožitev popravljalnega procesa. Odkritje bi lahko predstavljalo generalni koncept mehanizma še vedno malo raziskane interakcije protein-DNA. <br /> <br /> === Gašper Virant: Vezava agonista na adenozinske receptorje lajša kronično bolečino ===<br /> Kronična bolečina je posledica okvare živčevja. Ločimo nociceptivno kronično bolečino, ki jo povzroča draženje bolečinskih receptorjev (nociceptorjev) v tkivih notranjih organov ter mišičnoskeletnega sistema, in nevropatsko kronično bolečino, ki nastane kot posledica okvare, poškodbe ali motenega delovanja perifernega ali osrednjega živčevja . Najbolj uspešni pristopi lajšanja tovrstne bolečine temeljijo na uporabi mehanizma kalcijevih kanalčkov, opioidov, in adrenergikov. Pogosto pa imajo ta zdravila stranske učinke, ki nastopijo ob neprestani uporabi. Prav tako telo razvije toleranco do njih, kar pomeni, da je za enak učinek potreben vedno večji odmerek, kar vodi v zmanjšano učinkovanje zdravila. Kot močno ne-narkotično in ne-opoidno sredstvo za lajšanje tovrstne bolečine se je izkazal adenozin. Adenozin oz. nekateri še bolj selektivni agonisti se vežejo na zunajcelične adenozinske receptorje in s tem zmanjšajo zaznavanje bolečine. Adenozin v zunajceličem prostoru ni obstojen, vendar lahko njegovo življensko dobo podaljšamo z inhibicijo andenozin kinaz in deaminaz ter tako posledično podaljšamo tudi protibolečinsko delovanje. Visoko selektiven agonist z veliko afiniteto do A3 podskupine adenozinskih receptorjev bi tudi pomembno odpravil neželene stranske učinke.<br /> <br /> === Klara Lenart: Permanentno označevanje nevronskih povezav ===<br /> <br /> Preučevanje nevronskih povezav je precej neraziskano področje. Za raziskave teh povezav uporabljajo proteine, najpogosteje skupino proteinov imenovano GCaMP, ki oddajajo fluorescenčno svetlobo kratek čas po zaznavi spremembe v koncentraciji kalcijevih ionov v celici. Skupina znanstvenikov z medicinskega inštituta Howard Hughes je razvila nov protein, imenovan CaMPARI(podoben je skupini GCaMP-jev), ki označuje aktivne nevrone glede na spremembo koncentracije Ca2+ v njih. Proteini, podobni CaMPARI-ju obstajajo že zadnjih 20 let, a posebnost novega proteina je permanentna fluorescenca, ki jo oddaja ob povečanju koncentracije kalcija v celici ter sočasnem obsevanju z vijolično svetlobo. Glavni del CaMPARI-ja je fluorescenten protein EosFP, ki spremeni barvo iz zelene v rdečo ob obsvetljevanju z vijolično svetlobo. Ko so EosFP spojili z kalmodulinom in peptidom M13, katera sta potrebna za vezavo kalcijevih ionov, je nastal CaMPARI. Ponuja možnost raziskav nevronskih povezav med kompleksnejšim vedenjem, na primer med učenjem. Prav tako je uporaben, ker lahko z reguliranim obsvetljevanjem vplivamo, kdaj bo potekala pretvorba iz zelene v rdečo in kdaj ne. Preizkusili so ga v štirih poskusih; na ličinkah in odraslih osebkih vinske mušice, na ličinkah cebrice in na odraslih miših. Vsi poskusi so potrdili že znana dejstva, kar dokazuje njegovo zanesljivost, ter ponuja mnogo možnosti za nadaljnje raziskave.<br /> <br /> === Blaž Lebar: Preučitev imunskega odziva komarja po piku ===<br /> <br /> Malarija je bolezen, ki jo prenaša komar mrzličar ali Anopheles. Na leto se okuži na stotine milijonov ljudi, nekaj milijonov jih tudi umre. Povzročitelj te bolezni so različne vrste plazmodijev, ki se uspešno množijo v komarju, ki nato po piku okuži svojo žrtev. Vendar kako uspe tako inferiorno bitje kot je komar okužiti tako kompleksno bitje kot je človek, morda celo smrtno, sam komar pa normalno funkcionira navkljub patogenom v lastnem v organizmu?<br /> Za komarjev imunski sistem so odgovorni LRIMi, bilo naj bi jih nekaj več kot 24, vendar delovanja večine še ne poznajo. Najpomembnejša za imunski sistem komarja naj bi bila člena sistema komplementa: LRIM1 in APL1C v hemolimfi, ki se z LRRji povežeta z TEP1cut in tako izvedeta uspešno lizo in melanizacijo patogenov, vendar sta se izkazala kot popolnoma neučinkovita pri eliminaciji P. berghei. V tej študiji pa so se osredotočili na LRIM9, protein v imunskem sistemu, ki naj bi imel najpomembnejšo vlogo pri borbi z plazmodiji. Najpogostejša tehnika je bila qRT-PCR, preverjali pa so namnožitev, reprodukcijo in melanizacijo P. berghei pri komarjih vrste A. gambiae ob prehranjevanju s krvjo miši, ter različne vplive na izražanje LRIM9 (prehranjevanje, bakterije, imunost…). Ugotovili so tudi povezavo izražanja LRIM9 in hormona »ecdysone«, ki se izloča iz jajčnikov samic. <br /> Danih je bilo veliko odgovorov, ki pa so odprli nova vprašanja, katera bodo zahtevala še veliko raziskav.<br /> <br /> <br /> === Ema Gašperšič: Dvojedrni bakrov kompleks naj bi preprečil širjenje raka ===<br /> Čeprav je v zadnjem času opazen napredek na področju zdravljenja raka, še vedno obstajajo določene pomanjkljivosti. Eno izmed najbolj pogosto uporabljenih zdravil za različne vrste raka je cisplatin, ki se veže na dušikove baze DNA in s tem povzroči celično smrt oz. apoptozo. Cisplatin pa kljub vsemu ni vedno učinkovit in ima precej stranskih učinkov, zato so raziskovalci želeli razviti alternativno zdravilo. Razvili so citotoksični dvojedrni kompleks z bakrom, ki se s pomočjo molekularne prepoznave veže na dve sosednji fosfatni skupini na vijačnici DNA, kar prepreči celične delitve in uniči patološko celico. Z različnimi anorganskimi in biokemijskimi metodami, spektroskopijo in metodami na posameznih molekulah so dokazali, da dvojedrni Cu2 kompleks zavira sintezo DNA in je citotoksična za človeške rakave celice. V članku je predstavljena sinteza prvega kompleksa iz te družine molekul, bakrovega Cu2 kompleksa ter različne metode, s katerimi so dokazali sposobnost ustrezne koordinacije Cu2(2+), sposobnost močne vezave Cu2(2+) na DNA, sposobnost inhibicije sinteze DNA ter citotoksičnost kompleksa. Iz dobljenih rezultatov znanstveniki predpostavljajo učinkovito interakcijo med Cu2(2+) in DNA in vitro ter v živih celicah. Nadaljnje klinične in medicinske raziskave pa bodo še odločale o tem, kako, in če sploh, bo bakrov kompleks resnično preizkušen na pacientih z rakom.<br /> <br /> === Tjaša Lukšič: Ključne biološke funkcije skakajočih genov ===<br /> <br /> Dobro polovico človeškega genoma sestavljajo ponavljajoči se genetski elementi, katerim v preteklosti niso pripisovali posebne vloge, danes pa vse bolj postaja jasno, da njihova prisotnost v genomu prinaša svojevrstne biološke funkcije. Alu sekvence so primer takšnih transpozicijskih elementov, katerih prepisovanje je običajno minimalizirano, vendar se ob virusnih infekcijah ali stresu močno poveča. Po klasifikaciji so podvrsta kratkih razpršenih jedrnih elementov (SINE), ki se lahko transponirajo po genomu prek RNA intermediata, vendar ne kodirajo proteinov. Alu sekvence prepisuje RNA polimeraza III, Alu RNA pa ima značilno sekundarno strukturo dveh rok, ki omogoča tvorbo kompleksov s proteinskimi dimeri SRP9/14. Nastanek takšnih Alu ribonukleoproteinov (RNP) v običajnih celičnih razmerah ni pogost, saj je kljub veliki količini monomerov SRP9 in SRP14 stopnja pojavljanja Alu RNA-jev veliko manjša. Tvorba Alu RNP-jev prepreči iniciacijo prevajanja mRNA v aminokislinsko zaporedje in tvorbo polisomov. Po vezavi Alu RNP-ja na ribosomsko podenoto 40S, Alu RNA lahko zapusti kompleks in sodeluje v nadaljnjih prenosih novih SRP9/14. Mehanizem delovanja takšnih kompleksov je relativno nepoznan in odpira nove poglede na smisel ohranitve transpozicijskih elementov skozi evolucijo. Alu sekvence je predstavljajo perspektivno področje za preučevanje ravno zaradi njihovega prispevka k zaščiti translacijskih procesov celice v neugodnih razmerah in zaradi drugih še neodkritih, potencialnih bioloških funkcij.<br /> <br /> === Špela Malenšek: Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši? ===<br /> <br /> Človeški endogeni retrovirusi (ERV), genetsko podedovani ostanki preteklih virusnih infekcij, so klasično obravnavani kot človeku oziroma gostitelju neuporabni del genoma, tako imenovani &quot;junk DNA&quot;. Njihovo delovanje je v običajnih somatskih celicah (fibroblasti, hepatocite, bele krvne celice …) nadzorovano z epigenetskim mehanizmom metilacije DNA, kjer se metilna skupina doda citozinu ali adeninu in tako prepreči izražanje virusnih delov genoma. V nevronskih izvornih celicah naj bi med drugim izražanje endogenih retrovirusnih elementov nadzoroval tudi protein TRIM28. Deluje namreč kot korepresor, ki z modifikacijo histonov zatre prepisovanje genetskega materiala. Raziskave na univerzah Lund in EPLF so pokazale, da se ob izbrisu TRIM28 v celicah nakopičita dve večji skupini ERV, ki pri miših vplivata na izražanje gena BC048671 in služita kot startni točki za IncRNA (dolga nekodirajoča RNA). Hkrati izbris proteina TRIM28 povzroči tako kompleksne vedenjske spremembe kot tudi abnormalne vedenjske fenotipe modelnih organizmov (miši), ki se izkažejo podobne nekaterim človeškim psihološkim motnjam. Klasični hipotezi o nefunkcionalnosti ERV se tako zoperstavlja nova ideja, ki trdi, da aktivnost ERV vpliva na izražanje genov v nevronskih izvornih celicah in na kompleksnost nevronske mreže v možganih. S tem se odpira popolnoma nova molekularna perspektiva na analizo kompleksnih vedenjskih vzorcev, možganskih motenj in samega delovanja nevronske mreže.<br /> <br /> === Nejc Kejžar: Novi 'pametni' inzulin ===<br /> <br /> Z odkritjem biotehnoloških metod za umetno sintezo inzulina s pomočjo bakterije E. coli ali kvasovk je življenje s sladkorno boleznijo postalo mogoče, še vedno pa so prisotni zapleti, ki jih povzročata hipoglikemija in hiperglikemija. Današnje inzulinske terapije se osredotočajo na konstanto merjenje koncentracij glukoze v krvi in intravenozni vnos inzulina glede na izmerjeno koncentracijo, kar pa je kljub nujnosti (še posebej za paciente diabetesa tipa 1) zelo nadležno. Do težav lahko pride zaradi neupoštevanja terapije ali slabe glikemične kontrole, kar lahko v resnih stanjih hipoglikemije privede do kome ali smrti, hiperglikemija pa lahko vodi do kardiovaskularnih obolenj, težav s celjenjem ran ali celo do raka. Za učinkovitejše nadziranje krvne koncentracije glukoze in olajšano življenje pacientov je skupina znanstvenikov iz MIT razvila ‘pametni’ inzulin, ki ima nase pritrjen konjugat sestavljen iz alifatske verige 11 ogljikovih atomov in fenilborove kisline. Alifatska veriga povzroča podaljšano delovanje inzulina, fenilborova kislina pa služi kot ‘stikalo’, ki aktivira delovanje inzulina samo ob povečani koncentracije glukoze v krvi. Ta sintetični derivat je zmožen hitrejšega obnavljanja normalnih koncentracij krvne glukoze kot naravni in klinični inzulin, večkratnega zaporednega odziva na porast glukoze, prav tako pa ima nižji hipoglikemični indeks ob administraciji v času normalnih koncentracij glukoze, kar pomeni, da je tveganje za hipoglikemijo manjše. V najbolj zgovornem testu je bilo pokazano, da je učinkovitost pametnega inzulina primerljiva z delovanjem zdravega pankreasa.<br /> <br /> === Simon Aleksič: Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ===<br /> <br /> Informacijska RNA je po prepisu iz DNA podvržena dodatnim procesom, tako v jedru kot tudi v citoplazmi. Izrezovanje intronov je le en izmed procesov, ki zagotavlja strukturno variabilnost proteinov. Za variabilnost strukture poskrbijo tudi malo raziskane deaminacije nukleotidov . Deaminacije nukleotidov so katalitski kemijski procesi, ki omogočajo spreminjanje tripletov kodonov v zapisih mRNA s pomočjo proteinov ADAR. Za takšne procese so predvidevali, da so v organizmih redki in nimajo posebnega vpliva na delovanje proteinov v telesu. A študija univerze v Tel Avivu je pokazala, da so deaminacije adenozina v inozin v živčnih tkivih lignjev eden poglavitnih procesov, ki se zgodijo pred translacijo mRNA v proteine. Deaminacije s spremembami tripletov povzročijo zamenjave aminokislin v proteinih, raziskava pa dokaže, da se stabilnejše aminokisline zamenjajo z manj stabilnimi. Manj stabilne aminokisline v območju aktivnega mesta in hidrofobnega jedra povzročijo, da je protein sam manj občutljiv na nižje temperature okolja in lahko ostane delujoč pri spremenjenih razmerah okolja. Deaminacije so posebno pogoste v mRNA prepisih genov, ki zapisujejo proteine vključene v živčni sistem in citoskelet. Novejše raziskave mutacije genov za protein ADAR pri človeku povezujejo z različnimi imunskimi boleznimi, kot so ADA-SCID in sindrom Aicardi–Goutières.<br /> <br /> === Gašper Žun: Antibiotiki betalaktami uničujejo bakterije z okvaro mehanizma za izgradnjo celične stene ===<br /> Antibiotiki β-laktami, med katere spada tudi penicilin, predstavljajo eno izmed najdlje in najsplošneje uporabnih terapij pri bakterijskih okužbah. Učinkujejo tako, da z vezavo na penicilin-vezavne proteine (PBP) okvarijo mehanizem za sintezo celične stene. S tem onemogočijo zamreženje nastajajočih verig peptidoglikanov (PG) v matriks, v manjši meri pa se nove verige še vedno lahko sintetizirajo. Celična stena takih bakterij je zato neobičajnih oblik, med delitvijo pa se lahko na določenih mestih pretrga in celica propade. Zaradi nastajanja enoverižnih PG se vključijo v proces encimi (Slt), ki take neobičajne verige razgrajujejo. Lastnosti celične stene na tak način ostajajo funkcionalne, vendar pa zaradi vključenega brezuspešnega cikla sinteze in razgradnje celične stene pride do prekomerne porabe za celico pomembnih snovi, kar le še prispeva k toksičnemu delovanja antibiotikov. Obrambni mehanizmi proti antibiotični aktivnosti vključujejo encime (β-laktamaze), ki razgrajujejo β-laktame. Vse večja odpornost bakterij na antibiotike je posledica povečane frekvence genskega zapisa za β-laktamaze, ki se med bakterijami prenaša s plazmidi. Ker je za uspešen boj proti bakterijam potreben nenehen razvoj novih zdravil in terapij, je potrebno dodobra spoznati tako način učinkovanja antibiotikov kot način delovanja bakterij. Članek prispeva nov vpogled v delovanje encima Slt za razgradnjo nezamreženega novo nastalega PG, saj mu pripisuje vlogo kontrole nad kvaliteto izgradnje celične stene, kar pa v resnici potencira uničujoče posledice antibiotikov.<br /> <br /> === Rok Miklavčič: Kontrola prenašalnih RNA na CCA-dodajajočem encimu ===<br /> tRNA je ena od biološko najpomembnejših molekul v živih organizmih in ima ključno vlogo pri sintezi proteinov, zato je pomembno, da so vse tRNA, ki na ribosome prinašajo aminokisline, funkcionalne. Od prepisa dalje grejo zato tRNA prepisi skozi serijo procesov in modifikacij, ki na koncu privedejo do popolnoma funkcionalnih tRNA. V predzadnji fazi urejanja tRNA sodeluje CCA-dodajajoči encim, ki na 3'-konec prepisov tRNA pripne končno nukleotidno zaporedje CCA, v zadnji fazi pa se na zadnji adenin nukleotid veže še ustrezna aminokislina. CCA-dodajajoči encim pa ima v sintezi tRNA še eno nedavno odkrito funkcijo: nestabilnim prepisom tRNA pripne nukleotidno zaporedje CCACCA, ki je signal za razgradnjo. Na ta način encim kontrolira kvaliteto tRNA in pripomore k optimizaciji same sinteze proteinov. Na CCA-dodajajočem encimu se razlike med stabilnimi in nestabilnimi tRNA prepisi pokažejo po vezavi prvega zaporedja CCA, in sicer pri premiku encima. Stabilne tRNA se ob premiku odcepijo z encima, medtem ko pri nestabilnih tRNA premik povzroči transformacijo njihove sekundarne strukture, ob tem pa nastane na tRNA izboklina. Za transformirane nestabilne tRNA se cikel dodajanja zaporedja CCA nato izvede še enkrat, kar privede do končnega zaporedja CCACCA. Po končanem drugem ciklu se ob nadaljnjem premiku encima z njega odcepijo tudi nestabilne tRNA.<br /> <br /> === Tilen Tršelič: Transport proteinov v celico s pomočjo nanodelcev ===<br /> Nanotehnologija v moderni znanosti že dolgo igra pomembno vlogo. Raziskovalci so ugotovili, da lahko s pomočjo nanodelcev v celice dostavljajo nukleotide in nekatere druge manjše molekule. Medicina je zato kmalu izrazila željo, da bi v celico lahko dostavljali tudi delujoče, zaključene proteine, ki bi pomagali pri zdravljenju različnih bolezni.<br /> Na Univerzi v Kaliforniji so nedavno odkrili način, kako bi nanotehnologijo res lahko uporabljali za transport proteinov v celice. Ugotovili so, da obstajajo delci, ki so zmožni vezati protein, ga prenašati in ob laserskem obsevanju sprostiti v celico. Podobne metode so že bile testirane, a je njihova uporabna vrednost majhna, saj je lasersko obsevanje zaradi visoke energije pogosto poškodovalo tkiva in organizme.<br /> Raziskava, predstavljena v seminarju, je z uporabo zlatih nanodelcev in posebnega fluorescentnega proteina GFP dokazala, da je neškodljiv, natančen transport proteinov v celice le mogoč. Izbrana metoda transporta prav tako omogoča velik nadzor nad lokacijo in časom sprostitve izbranega proteina v okolje. Znanstveniki so na zlat nanodelec vezali poseben prenašalec, ki je sposoben vezati histidinizirane proteine, jih dostaviti v celico in jih nato ob laserskem obsevanju z nizko energijo sprostiti v okolje.<br /> Raziskava in njeni izsledki imajo velik pomen, saj bi predstavljena metoda lahko omogočila vodeno diferenciacijo matičnih celic ali vodeno celično smrt in s tem zdravljenje nekaterih težjih bolezni.<br /> <br /> === Lovro Kotnik: Acetilacija lizina in spremembe v proteomu astrocitov možganske skorje pri okužbi s Toxoplasma gondii ===<br /> Toxoplasma gondii je znotrajcelični zajedavec, ki ga lahko najdemo pri večini vrst toplokrvnih živali. Tudi človek ni izjema, okužena pa naj bi bila kar tretjina svetovne populacije. V zdravih ljudeh to ne predstavlja nevarnosti, saj lahko zdrav organizem popolnoma ustavi razmnoževanje Toxoplasma gondii in prepreči s tem zajedavcem povezano bolezen toksoplazmozo. Bolezen je nevarna samo za ljudi z oslabljenim imunskim sistemom in za nosečnice (Toxoplazma gondii lahko okuži tudi otroka in povzroči hude deformacije).<br /> Pri tem zajedavcu je znano , da lahko spremeni obnašanje miši in podgan, vendar do sedaj mehanizem teh sprememb v obnašanju še ni bil znan. Nedavna raziskava je pokazala, da ob infekciji s Toxoplasma gondii v celicah potečejo določene spremembe. Spreminjati se začne izražanje genske kode, koncentracije proteinov in oblika proteinov. Do danes točen mehanizem še ni znan, možna pa je povezava z eno od post-translacijskih sprememb na proteinih: acetilacijo lizina.<br /> Študija, na osnovi katere sem napisal svoj seminar je izvedla raziskavo proteoma astrocitov možganske skorje v miših (Rattus norvegicus), poiskala število proteinov, ki so vsebovali lizin z acetilno skupino in dokumentirala natančne položaje teh lizinov na vsakem izmed proteinov, nato pa podobno raziskavo izvedla še na astrocitih okuženih s Toxoplasmo gondii in primerjala rezultate obeh raziskav.<br /> <br /> === Katja Brezovar: HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice ===<br /> HIV je retrovirus, ki napada limfocite T, predvsem CD4+ T celice in spada pod skupino lentivirusov. Problematičnost zdravljenja HIV-a je posledica virusne latence, ki virusu omogoča dolgoročno prisotnost v gostiteljski celici, ne glede na dolgoletno izpostavljenost protiretrovirusnim zdravilom. Do nedavnega je veljalo prepričanje, da je latentnost virusa HIV odvisna od stanja celice – torej ali je celica v aktivnem ali mirujočem stanju. Sedaj je bilo, z računalniškim modeliranjem in sintetičnim kontroliranjem HIV Tat pozitivne povratne zanke, predstavljeno, da je latentnost virusa neodvisna od celičnega stanja. Avtonomnost virusnega delovanja nam pomaga pri razlagi zakaj agenti, ki naj bi prekinjali latentnost niso delovali – ti so to poskušali storiti z vplivom na celično stanje, ki pa po najnovejših raziskavah nima vpliva na virusno aktivnost. Razlaga, da je latenca posledica avtonomnega virusnega vezja, postavi tudi vprašanje kakšen je evolucijski izvor in pomen le te. Latenca naj bi bila evolucijska strategija, katere cilj je maksimalni virusni prenos in zmanjševanje virusnega izumrtja med mukoznimi okužbami. Razumevanje latence in tega, kaj jo nadzoruje predstavlja pomemben korak za iskanje novih pristopov k zdravljenju bolezni AIDS.<br /> <br /> === Urša Čerček: Odkrita struktura encima Dbr1 predstavlja nove možnosti za zdravljenje ALS in FTD ===<br /> ALS in FTD sta neurodegenerativni bolezni, ki ju povzročata proteina TDP-43 in FUS. Do sedaj so odkrili le zdravilo, ki blaži njune učinke ne pozdravi pa bolezni v celoti. Že nekaj let nazaj so znanstveniki dokazali, da odsotnost encima Dbr1 zavira delovanje mutiranih proteinov TDP-43. Dbr1 hidrolizira 2',5'-fosfodiestersko vez v ciklični strukturi nekodirajoče mRNA imenovani lariat. Lariatna struktura deluje kot vaba, na katero se protein TDP-43 veže raje kot na prosto mRNA in tako prepreči škodljive interakcije, ki vodijo do pojava bolezni. Z uporabo inhibitorjev encima Dbr1, s katerimi bi preprečili razgradnjo lariatnih struktur in posledično zavrli delovanje toksičnih TDP-43, bi lahko zdravili ti dve do sedaj neozdravljivi bolezni. Da bi lahko našli primerne inhibitorje, so znanstveniki analizirali strukturo encima in tako poskušali dobiti boljši vpogled v njegovo funkcijo in najti povezave med funkcijo in strukturo. Ugotovili so, da se Dbr1 loči od ostalih, podobnih encimov v treh ključnih strukturnih lastnostih. Te so prisotnost LRL in posebne CTD skupine ter Cys14 ostanka v aktivnem mestu. Da bi do sedaj znana dejstva lahko uporabili za zdravljenje ALS in FTD so potrebne še nadaljnje raziskave, potrebno pa je tudi preveriti, kakšne posledice bi imela delna inhibicija encima Dbr1 in kako bi do nje prišli.<br /> <br /> === Niko Šetar: Preprečevanje širjenja raka z inhibicijo ERK1/2 kaskade ===<br /> Rak je v splošnem definiran kot maligen tumor, ki nastane kot posledica pretirane rasti celic, ta pretirana rast pa je večinoma posledica okvare oz. mutacije v signalnih poteh celice. Iz tega razloga se večina do sedaj razvitih zdravil fokusira na inhibicijo teh signalnih poteh, praviloma v inhibicijo t.i. ERK1/2 kaskade, ki je odgovorna predvsem za proliferacijo in apoptozo svoje tarčne celice. Na primer, PLX4032, eno izmed najbolj razširjenih zdravil proti raku, inhibira ERK1/2 kaskado le specifično v primeru mutiranega proteina B-Raf, kar vključuje zelo ozek spekter rakov. Drugo zdravilo, U0126, pa inhibira ERK1/2 in MAPK kaskado že v zelo zgodnjih fazah kar vodi do nizke učinkovitosti in mnogih stranskih učinkov. Znanstveniki, ki so se ukvarjali z razvojem novega zdravila, so sintetizirali tri nove peptide, ki temeljijo na strukturi NTS (Nuclear Translocation Signal), peptid Scr (SPS), fosfomimetični peptid EPE in nefosforilabilni peptid APA, vsi izmed katerih naj bi preprečevali vezavo ERK2 na Importin 7 in s tem njegov vstop v jedro tarčne celice. Takšna pozna inhibicija naj bi bila bolj učinkovita kot zgodnejše, nudila zdravljenje širšega spektra rakov in imela manj stranskih učinkov. Izmed testiranih peptidov se je najbolje obnesel EPE, in do sedaj izvedeni eksperimenti tako v kulturi, kot na laboratorijskih miših s človeškimi tumorskimi ksenografti, so pokazali rezultate v prid tej hipotezi.<br /> <br /> === Aleksandra Uzar: Optogenetska aktivacija holinergičnih nevronov vzbuja REM fazo ===<br /> Dober spanec je ključnega pomena, da lahko človeško telo pravilno deluje. Naraven spanec je sestavljen iz ciklov REM/non-REM faze, pri katerem je REM faza pomembna za učenje, sanjanje. Gre za intervale spanca za katerega je značilno hitro in naklučno premikanje oči. Cilj raziskave je bil ugotoviti, kakšni sta vloga in vpliv holinergičnih nevronov – nevroni, ki sproščajo nevrotransmiter acetilholin – na REM fazo. Osnova za raziskavo je bila optogenetika. To je metoda pri kateri aktivirajo določene nevrone s pomočjo svetlobo. Z izrazitvijo ionskega kanala rodopsina-2, ki se pod vplivom modre svetlobe aktivira (odpre), so s stimulacijami vplivali le na holinergične nevrone v PPT in LDT – strukturi v možganskem deblu. Raziskava je pokazala, da ti nevroni povzročajo REM fazo ter z daljšanjem stimulacij med non-REM fazo ugotovili, da se poveča število intervalov REM faze, vendar ne njihovo trajanje. S pomočjo sorodnih raziskav so ugotovitve pokazale, da naj bi bili holinergični nevroni v PPT in LDT pomembni sprožilci REM faze, ne pa glavni vzdrževalci. Raziskovalci poudarjajo, da je za potrditev potrebno več raziskav, saj so celotni mehanizmi faze se vedno dokaj nerazumljivi. S podrobnim znanjem o delovanju bi lahko ugotovitve aplicirali na ljudi s motnjami spanja.<br /> <br /> === Tadej Satler: Določanje zaporedja DNK s pomočjo grafena ===<br /> V letih, odkar je bilo prvič znano celotno zaporedje človeškega genoma, je prišlo do hitrega razvoja tehnologije , ki omogočajo dobro analizo zaporedja DNK (imenovano &quot;next-generation sequencing &quot;). Ti novi pristopi k določanju zaporedja obljubljajo popolno genomsko analizo, ki bi bila izvajana s strani rutinske klinične diagnostike. Električni senzorji iz grafena lahko zaradi svoje izjemne občutljivosti zaznajo adsorbirane molekule na njegovi površini, na čemer temelji tudi zaznavanje zaporedja DNK, ki je odvisno od molekularno specifičnih interakcij s površino grafena. Tako lahko veliko hitreje, bolj zanesljivo, natančneje in ceneje določamo zaporedja DNK v primerjavi s trenutnimi metodami, kar vodi vposodobitev in razvoj raznih medicinskih raziskav in testov. Avstralski znanstveniki so to tudi dokazali, saj so s pomočjo grafena zaznali tri osnovne nukleotide, ki tvorijo DNK , ter jih prepoznali na podlagi specifičnih interakcij med grafitom in njimi. Na grafenu so posamezno izpostavili vse štiri osnovne dušikove baze, ki gradijo DNK (adenin, citozin, timin in gvanin) in opazovali učinke molekularne adsorpcije individualne baze na njem.<br /> <br /> === Samo Purič: Dešifrirana enigma virusne infekcije ===<br /> Od rinovirusa, ki povzroča vsem znan prehlad, do virusa hepaptitisa C ali HIV-a, virusna obolenja v večini primerov povzročajo nelagodje, v nekaterih primerih pa huda bolezenjska stanja. Enoverižni RNA virusi (med katere spadajo zgoraj našteti) so se razvili med prvimi in še dandanes ostajajo med najnevarnejšimi za človekovo zdravje. Virusi so v osnovi zgrajeni iz nukleinske kilsine in proteinskega ovoja, ki ga imenujemo kapsida. Virus injecira svoj DNA/RNA v gostiteljsko celico in prevzame delovanje celotne celice za proizvodnjo novih virusov. Že desetletja razumemo, da mRNA nosi genetska navodila, ki omogočajo nastanek novih virusnih proteinov (tako kapsidnih kot tudi glikoproteinov ki tvorijo dodatno virusno ovojnico) potem ko virus vstopi v celico. Znastveniki iz univerz v Leedsu in Yorku pa so šele nedavno ugotovili, da se v zaporedju črk, ki jih uporabljamo za označevanje genetskih informacij, skriva šifra, ki narekuje kako se bo virus v gostiteljski celici ponovno sestavil. Do odkritja so prišli z opazovanjem enkapsidacije enoverižnega RNA virusa v zunanjo lupino/ovojnico nato pa so sestavili matematične algoritme s katerimi so razbili šifro in posledično razvili računalniški model, ki je sposoben dešifrirati zaporedja rastlinskih virusov. Ob tem so raziskovalci naredili še korak naprej in namignili na možnost razvijanja molekul, ki bi interfirale z kodo in efektivno ustavile delovanje virusa.<br /> <br /> === Lija Srnovršnik: Zaviranje rasti tumorjev z rušenjem strukture tumorskega stromalnega mikrookolja ===<br /> Mednarodna ekipa znanstvenikov je dokazala, da protitelo za protein EphA3, ki ga najdemo v mikrookolju trdnih oblik raka, učinkuje proti tumorjem. EphA3 je v zdravih organih prisoten, ko se zarodek razvija, v odraslih tkivih pa je prisoten v krvnih rakavih obolenjih ter v trdnih tumorjih in je lahko pristop, ki temelji na učinku protiteles, primerna terapija za trdne oblike tumorjev. Celice tumorja pošiljajo okoliškim celicam signale, ko potrebujejo zalogo krvi in temeljno strukturo, na kateri se potem širijo. Raziskava je dokazala, da stromalne matične celice, v katerih je izražen EphA3 in nastajajo v kostnem mozgu, oblikujejo celice, ki podpirajo in ustvarijo krvne žile v tumorjih. V mišje modele so vstavili človeške celice raka prostate, da bi poustvarili potek bolezni v ljudeh. EphA3 so našli v stromalnih celicah in žilah v okolici tumorja. Opazovali so tudi zdravljenje s protitelesom proti EphA3 (chIIIA4), ki je vidno upočasnilo rast tumorjev. Protitelo je poškodovalo tumorjeve žile in porušilo stromalno mikrookolje, celice so odmrle, saj je bila poškodovana njihova življenjska funkcija. Napad EphA3 s protitelesi je tako možna terapija za zmanjšanje ter uničenje tumorjev in krvnih rakavih bolezni.<br /> <br /> === Sara Tekavec: Cistična fibroza: odkrita dodatna okvara imunskega sistema ===<br /> Cistična fibroza je avtosomna recesivna genetska bolezen, kar pomeni, da se v potomcu bolezen izrazi le v primeru homozigotnega stanja, ko sta kopiji gena identični. Bolezen se pojavi kot posledica mutacije gena CFTR, ki kodira zapis za membranski protein CFTR. Slednji je odgovoren za prehajanje kloridnih ionov v zunajcelični prostor. Ker se na različne organe (predvsem pljuča, trebušno slinavko, črevesje) nalaga gosta, lepljiva sluz so le-ti podvrženi kroničnim okužbam, delovanje imunskega sistema pa kmalu postane neučinkovito. Delovanje imunskega sistema so preučevali tudi nemški raziskovalci. Odkrili so dodatno okvaro, in sicer zmanjšano izražanje molekul HLA-DQ. Te spadajo v skupino poglavitnega histokompatibilnostnega kompleksa (PHK) razreda II in imajo nalogo razločevanja med lastnimi in tujimi antigeni ter predstavljanja le-teh celicam pomagalkam. V poskusih uporabljena tehnika je bila pretočna citometrija, s katero so merili izražanje molekul HLA-DQ na monocitih, makrofagih, dendritičnih celicah ter raven prepisovanja mRNK za obe podenoti molekule HLA-DQ. Z raziskavo so odkrili tudi del molekularnega mehanizma, na katerem temelji imunski odziv. Vsi testi so pokazali, da je izražanje molekul HLA-DQ pri bolnikih s CF močno zmanjšano, v nekaterih primerih celo odsotno. To je v neki meri mogoče razložiti z zmanjšanim odzivom gena CIITA na signale kot je npr. IFNγ, ki so ga uporabili pri analizi. Glede na to, da je bolezen za zdaj še neozdravljiva in je z respiratorno fizioterapijo možno le lajšanje simptomov, bo potrebnih še veliko raziskav, ki bi pripomogle k razvoju tehnik zdravljenja.<br /> <br /> === Klara Kuret: Novo odkriti biosenzor omogoča vpogled v delovanje rastlinskega obrambnega sistema ===<br /> Rastline na biotske in abiotske strese odgovarjajo z raznimi obrambnimi mehanizmi. Znanstveniki so sintetizirali nov biosenzor Jas9-VENUS, s katerim lahko v času in planta sledijo rastlinskemu odzivu na poškodbo. Biosenzor (BS) je molekula, ki je sposobna pretvoriti neko dogajanje v celici v signal, ki ga lahko zaznamo. BS mora odgovarjati specifično na svojo tarčo, dajati kvantitativne podatke o dogajanju v organizmu ter zagotavljati dinamično in prostorsko sledenje dogajanja in vivo. Jas9-VENUS je fluorescentni protein, ki deluje kot BS za fitohormon jasmonično kislino (JA) ter njene derivate jasmonate. Jas9-VENUS so uspeli sintetizirati s translacijsko fuzijo iz zapisa za protein JAZ9, kateri zavira transkripcijske faktorje, ki se odzivajo na JA. JAZ9 se zaradi specifičnega zaporedja aminokislin (imenovanega Jas domena) ob prisotnosti JA razgrajuje prek proteosoma, kar vodi v sprostitev transkripcijskih faktorjev, povečano ekspresijo JA-odzivnih genov ter posledično do aktivacije ustreznih obrambnih odgovorov rastline. Ker se zaradi analogije s proteinom JAZ9 ob prisotnosti JA razgrajuje tudi novo sintetizirani BS, lahko z njim merimo koncentracijo JA v rastlinskih organih, tkivih in celicah. Kjer je koncentracija JA največja, bo rumena fluorescenca Jas9-VENUS najmanjša. Biosenzorji so pomembno orodje za preučevanje signalizacije znotraj organizmov. Na podlagi poznavanja le te, bo mogoče v prihodnosti vzgajati poljščine, ki bodo bolj odporne proti biotskim ter abiotskim stresom.<br /> <br /> === Neža Koritnik: Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje ===<br /> V molekuli DNA je le 2% področja, ki vsebuje gensko informacijo. Preostalih 98% t.i. nekodirajoče DNA pa naj ne bi imelo nobenega vpliva na izražanje genov. Glede na zadnje raziskave pa to ne drži popolnoma. Odkrili so, da ima nekodirajoča DNA vseeno posreden vpliv na gensko ekspresijo - preko DNA zank. Mutacije, ki se pojavijo v nekodirajočem delu, lahko na dolge razdalje efektirajo transkripcijo RNA, če so locirane ob sekvencah, ki se vežejo z regulatornimi elementi transkripcije. Že prej je bilo ugotovljeno, da eno-nukleotidne mutacije (SNP-ji), ki kodirajo kompleksne bolezni velikokrat ležijo ob takšnih sekvencah. S tvorjenjem zank se zbližajo oddaljeni predeli molekule DNA. Če se zbližajo sekvence promotorjev in ojačevalcev (na te sekvence se vežejo proteini, transkripcijski faktorji, ki regulirajo delovanje RNA-polimeraze II), se to odraža v ekspresiji genov. Znanstveniki so s z metodo cHi-C opazovali interakcije na dolge razdalje v nekodirajočem delu genoma na 14 SNP-jih povezanih z nastankom raka na debelem črevesju. SNP-ji, locirani ob regulatornih elementih, lahko preko zank interagirajo z oddaljenimi transkripcijskimi faktorji. Zanke jim dovoljujejo, da vplivajo na transkripcijo v oddaljenih kodirajočih delih genoma, kar se na koncu odraža v rakavem obolenju črevesja.<br /> <br /> === Urša Kopač: Protein SOD5 prisoten v obrambnem sistemu gliv ===<br /> Znanstveniki iz univerze Johns Hopkins v Baltimoru so odkrili, kako se patogene glive odzovejo na ovire, ki jih predstavlja gostiteljev imunski sistem. Obrambni mehanizem predstavljajo membranski proteini, ki so podobni Cu|Zn superoksid dismutazam (SOD). Predvsem so raziskovali protein vezan v celično steno: SOD5 iz Candida albicans. Proteini SOD5 se od Cu|Zn SOD encimov (npr. SOD1) razlikujejo že v sami primarni zgradbi. Razlikujejo se po tem, da v njih ni dveh od štirih histidinov, ki tvorijo kompleks s cinkom, manjka tudi 17 aminokislinskih ostankov, ki pri SOD1 tvorijo elektrostatsko zanko. To se nato odraža v 3D strukturi proteina. SOD5 ima v primerjavi s SOD1na C-koncu še devet dodatnih aminokislinskih ostankov, ki služijo kot GPI pritrdišče na celično steno. Proučevanje kristalne strukture je pokazalo, da je SOD5 monomer v nasprotju z dimernimi oz. tetramernimi SOD1 in EC-SOD. Razlog je razširitev disulfidne zanke in posledičnih steričnih interakcij. Gostitelj se pred invazivnimi mikrobi brani tudi s povečano, toksično količino bakrovih ionov. Na SOD5 to ne vpliva, saj velike količine bakra izkoristi sebi v prid in se iz neaktivnega apo-stanja pretvori v aktivno obliko. Zgradba SOD5 je posebna kar se tiče kofaktorjev – stran proteina, kjer se nahaja baker je zelo odprta in dostopna, cinkovega kofaktorja v tej vrsti encimov sploh ni. Te posebnosti bi bile lahko ključne pri razvoju novih zdravil in tehnik zdravljenja proti patogenim glivam in ostalim invazivnim organizmom.<br /> <br /> === Katja Čop: Ključna vloga proteina RBFox2 pri srčnem popuščanju ===<br /> Kaj je ključni dogodek na molekularni ravni, ki privede do točke, ko srce ni več zmožno zadostno opravljati svoje funkcije, je bilo do sedaj še precej neraziskano. Moja izbrana raziskava se je osredotočila na protein RBFox2, poznan kot pomemben za razvoj in funkcijo srca. Želeli so raziskati, če je možno, da pripomore tudi k tako imenovani dekompenzaciji-oslabljeni zmogljivosti organa, ki privede do srčnega popuščanja. Raziskave so izvajali na miših. V prvem sklopu so izvedli dva poskusa. Najprej so s tehniko TAC v srcu vzpostavili podobne pogoje, kot nastanejo pri srčnem popuščanju in izkazalo se je, da se je količina RBFox2 zmanjšala. Pri drugem poskusu pa so miši utišali gen za RBFox2 in pojavili so se značilni bolezenski znaki predhodnega stanja srčnega popuščanja. Ta dva izida so želeli razložiti in povezati s še enim znanim dejstvom; da je RBFox2 znan kot regulator alternativnega izrezovanja. Po drugem sklopu raziskav se je izkazalo, da sta dogodka povezana, pa tudi, da je RBFox2 ključni regulator, ob čigar odsotnosti se celoten program alternativnega izrezovanja v nekaterih genih, pomembnih v različnih srčnih funkcijah obrne v nasprotno smer, kot je potekal v prvem mesecu življenja miši, ko se je srce krepilo.</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015-seminar&diff=10393 2015-04-29T09:14:33Z

<p>Katja Čop: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Klara Lenart||Permanentno označevanje nevronskih povezav||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212141453.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Maja Zupanc||Matej Hvalec||Urša Kopač<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||Popravljalni mehanizem DNA (NER)||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150128141423.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Eva Rajh||Lara Jerman||Neža Koritnik<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||Preučitev imunskega odziva komarja po piku||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206174850.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Elvira Boršić||Kristjan Stibilj||Katja Čop<br /> |-<br /> | Gašper Žun||Antibiotiki uničujejo bakterije z okvaro izgradnje celične stene||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/12/141205114011.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Nejc Kejžar||Samo Smole||Klara Kuret<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||Kontrola prenašalnih RNA na CCA-dodajajočem encimu||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150129151612.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Tilen Tršelič||Miha Koprivnikar Krajnc||Matej Hvalec<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212114327.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Klara Lenart||Maja Zupanc||Lara Jerman<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||Ključne biološke funkcije skakajočih genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Uroš Zavrtanik||Eva Rajh||Kristjan Stibilj<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši?||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150112093129.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Blaž Lebar||Elvira Boršić||Samo Smole<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||Dvojedrni bakrov kompleks naj bi preprečil širjenje raka||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150302071134.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Gašper Žun||Nejc Kejžar||Miha Koprivnikar Krajnc<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||Transport proteinov v celico s pomočjo nanodelcev||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150108141444.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Miha Koprivnikar Krajnc||Klara Kuret||Samo Purič<br /> |-<br /> | Gašper Virant||Vezava agonista na adenozinske receptorje lajša kronično bolečino||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/11/141126132639.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Simon Aleksič||Klara Lenart||Eva Rajh<br /> |-<br /> | Manca Zupan||||||07.04.||10.04.||13.04.||Tjaša Lukšič||Uroš Zavrtanik||Elvira Boršić<br /> |-<br /> | Urša Čerček||Odkrita struktura encima Dbr1 predstavlja nove možnosti za zdravljenje ALS in FTD ||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140911094721.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Špela Malenšek||Blaž Lebar||Nejc Kejžar<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150227112749.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Ema Gašperšič||Gašper Žun||Tilen Tršelič<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||Acetilacija lizina in spremembe v proteomu astrocitov možganske skorje pri okužbi s Toxoplasma gondii||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150318153918.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Petra Hruševar||Rok Miklavčič||Klara Lenart<br /> |-<br /> | Maruša Grošelj||||||14.04.||17.04.||20.04.||Gašper Virant||Simon Aleksič||Uroš Zavrtanik<br /> |-<br /> | Tadej Satler|| Določanje zaporedja DNK s pomočjo grafena ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150330095403.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Manca Zupan||Tjaša Lukšič||Blaž Lebar<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||Vzbujanje REM faze z aktivacijo holinergičnih nevronov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150203123423.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Urša Čerček||Špela Malenšek||Gašper Žun<br /> |-<br /> | Niko Šetar||Preprečevanje širjenja raka z inhibicijo ERK1/2 kaskade.||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150330122615.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Katja Brezovar||Ema Gašperšič||Rok Miklavčič<br /> |-<br /> | Lija Srnovršnik||Zaviranje rasti malignih tumorjev z oviranjem tumorskega stromalnega mikrookolja||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/08/140815102231.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Lovro Kotnik||Petra Hruševar||Simon Aleksič<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||Cistična fibroza: odkrita dodatna okvara imunskega sistema||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140904084508.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Maruša Grošelj||Gašper Virant||Tjaša Lukšič<br /> |-<br /> | Jaka Kos||||||24.04.||30.04.||04.05.||Tadej Satler||Manca Zupan||Špela Malenšek<br /> |-<br /> | Samo Purič||Desifrirana enigma: virusne infekcije||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150204075224.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Aleksandra Uzar||Urša Čerček||Ema Gašperšič<br /> |-<br /> | Urša Kopač||Protein SOD5 prisoten v obrambnem sistemu gliv||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416143311.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Niko Šetar||Katja Brezovar||Petra Hruševar<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219090349.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Lija Srnovršnik||Lovro Kotnik||Gašper Virant<br /> |-<br /> | Katja Čop||Ključna vloga proteina RBFox2 pri srčnem popuščanju||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150305125144.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Sara Tekavec||Maruša Grošelj||Manca Zupan<br /> |-<br /> | Klara Kuret||Novo odkriti biosenzor omogoča vpogled v delovanje rastlinskega imunskega sistema||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150116115436.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Jaka Kos||Tadej Satler||Urša Čerček<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||||||12.05.||15.05.||18.05.||Samo Purič||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar<br /> |-<br /> | Lara Jerman||||||12.05.||15.05.||18.05.||Urša Kopač||Niko Šetar||Lovro Kotnik<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj|||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150416132638.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Neža Koritnik||Lija Srnovršnik||Maruša Grošelj<br /> |-<br /> | Samo Smole||||||12.05.||15.05.||18.05.||Katja Čop||Sara Tekavec||Tadej Satler<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Klara Kuret||Jaka Kos||Aleksandra Uzar<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Matej Hvalec||Samo Purič||Niko Šetar<br /> |-<br /> | Eva Rajh||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150323162358.htm||19.05.||22.05.||25.05.||Lara Jerman||Urša Kopač||Lija Srnovršnik<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||||||19.05.||22.05.||25.05.||Kristjan Stibilj||Neža Koritnik||Sara Tekavec<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||Novi 'pametni' inzulin||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161141.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Samo Smole||Katja Čop||Jaka Kos<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||||||26.05.||29.05.||01.06.||Rok Miklavčič||Tilen Tršelič||Maja Zupanc<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2014. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2015 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2015_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2015_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Katja Čop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015-seminar&diff=10148 2015-03-09T14:54:14Z

<p>Katja Čop: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Klara Lenart||Permanentno označevanje nevronskih povezav||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212141453.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Maja Zupanc||Matej Hvalec||Urša Kopač<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||Popravljalni mehanizem DNA (NER)||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150128141423.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Eva Rajh||Lara Jerman||Neža Koritnik<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||Preučitev imunskega odziva komarja po piku||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206174850.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Elvira Boršić||Kristjan Stibilj||Katja Čop<br /> |-<br /> | Gašper Žun||||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/12/141205114011.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Nejc Kejžar||Samo Smole||Klara Kuret<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150129151612.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Tilen Tršelič||Miha Koprivnikar Krajnc||Matej Hvalec<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212114327.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Klara Lenart||Maja Zupanc||Lara Jerman<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||Ključne biološke funkcije skakajočih genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Uroš Zavrtanik||Eva Rajh||Kristjan Stibilj<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši?||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150112093129.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Blaž Lebar||Elvira Boršić||Samo Smole<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||||||24.03.||27.03.||30.03.||Gašper Žun||Nejc Kejžar||Miha Koprivnikar Krajnc<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||||||24.03.||27.03.||30.03.||Miha Koprivnikar Krajnc||Klara Kuret||Samo Purič<br /> |-<br /> | Gašper Virant||Stikalo za bolečino||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/11/141126132639.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Simon Aleksič||Klara Lenart||Eva Rajh<br /> |-<br /> | Manca Zupan||||||07.04.||10.04.||13.04.||Tjaša Lukšič||Uroš Zavrtanik||Elvira Boršić<br /> |-<br /> | Urša Čerček||||||07.04.||10.04.||13.04.||Špela Malenšek||Blaž Lebar||Nejc Kejžar<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150227112749.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Ema Gašperšič||Gašper Žun||Tilen Tršelič<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||||||07.04.||10.04.||13.04.||Petra Hruševar||Rok Miklavčič||Klara Lenart<br /> |-<br /> | Maruša Grošelj||||||14.04.||17.04.||20.04.||Gašper Virant||Simon Aleksič||Uroš Zavrtanik<br /> |-<br /> | Tadej Satler||||||14.04.||17.04.||20.04.||Manca Zupan||Tjaša Lukšič||Blaž Lebar<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||||||14.04.||17.04.||20.04.||Urša Čerček||Špela Malenšek||Gašper Žun<br /> |-<br /> | Niko Šetar||||||14.04.||17.04.||20.04.||Katja Brezovar||Ema Gašperšič||Rok Miklavčič<br /> |-<br /> | Lija Srnovršnik||||||24.04.||30.04.||04.05.||Lovro Kotnik||Petra Hruševar||Simon Aleksič<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||||||24.04.||30.04.||04.05.||Maruša Grošelj||Gašper Virant||Tjaša Lukšič<br /> |-<br /> | Jaka Kos||||||24.04.||30.04.||04.05.||Tadej Satler||Manca Zupan||Špela Malenšek<br /> |-<br /> | Samo Purič||Desifrirana enigma: virusne infekcije||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150204075224.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Aleksandra Uzar||Urša Čerček||Ema Gašperšič<br /> |-<br /> | Urša Kopač||||||05.05.||08.05.||11.05.||Niko Šetar||Katja Brezovar||Petra Hruševar<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219090349.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Lija Srnovršnik||Lovro Kotnik||Gašper Virant<br /> |-<br /> | Katja Čop||Osredja vloga proteina pri odpovedi srca||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150305125144.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Sara Tekavec||Maruša Grošelj||Manca Zupan<br /> |-<br /> | Klara Kuret||||||05.05.||08.05.||11.05.||Jaka Kos||Tadej Satler||Urša Čerček<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||||||12.05.||15.05.||18.05.||Samo Purič||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar<br /> |-<br /> | Lara Jerman||||||12.05.||15.05.||18.05.||Urša Kopač||Niko Šetar||Lovro Kotnik<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj|||||||12.05.||15.05.||18.05.||Neža Koritnik||Lija Srnovršnik||Maruša Grošelj<br /> |-<br /> | Samo Smole||||||12.05.||15.05.||18.05.||Katja Čop||Sara Tekavec||Tadej Satler<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Klara Kuret||Jaka Kos||Aleksandra Uzar<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Matej Hvalec||Samo Purič||Niko Šetar<br /> |-<br /> | Eva Rajh||||||19.05.||22.05.||25.05.||Lara Jerman||Urša Kopač||Lija Srnovršnik<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||||||19.05.||22.05.||25.05.||Kristjan Stibilj||Neža Koritnik||Sara Tekavec<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||Novi 'pametni' inzulin||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161141.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Samo Smole||Katja Čop||Jaka Kos<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||||||26.05.||29.05.||01.06.||Rok Miklavčič||Tilen Tršelič||Maja Zupanc<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2014. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2015 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2015_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2015_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Katja Čop