Wiki FKKT - User contributions [en]

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-05T13:56:56Z

Katja Leben:

Celični metabolizem je kompleksen splet procesov, ki jih celica medsebojno dinamično uravnava glede na trenutne razmere v in izven celice. Človek je v prvih poskusih inženiringa metabolnih poti uporabljal statične metode uravnavanja. Kljub temu, da so manj precizne se nanje še vedno zanašamo zaradi lažje izvedbe in predvidljivosti izida. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== '''Statično in dinamično uravnavanje metabolizma''' ==

Statični način uravnavanja obsega urejanje genoma (insercije ali delecije), regulacijo transkripcije s transkripcijskimi faktorji in malimi nekodirajočimi RNA in regulacijo translacije in posttranslacijskih modifikacij. Tudi sistemi z možnostjo indukcije se smatrajo za statični sistem. Vsem je skupno, da vnaprej določimo parametre, ki uravnavajo metabolno pot, in jih prilagajamo na podlagi empiričnih meritev.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Kljub temu, da s statično manipulacijo metabolnih poti lahko uspešno dosežemo povečano izražanje iskane biološke spojine, vendar predstavlja dinamično uravnavanje v določenih primerih bistveno prednost. Nemalokrat ima določen metabolit neugoden vpliv na celico: povratno inhibicijo, je toksičen ali zavira rast celic. Dinamičen sistem se preko biološkega senzorja odzove na spremembo v celici in vpliva na prilagoditev v smeri zastavljenega cilja. Dinamični nadzor metabolne poti je genetsko zapisan sistem, ki se avtomatsko in dinamično odziva na koncentracije specifičnih znotrajceličnih metabolitov.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskave v preteklih letih so omogočile bolj zapleteno statično uravnavanje metabolnih poti s sintezno prilagojenimi regulatorji, metabolni inženiring pa je naredil prve korake v smeri dinamičnega uravnavanja metabolnih poti. Obe temi podrobno obravnava pregledni članek [https://www.researchgate.net/publication/282761343_Sensitive_cells_Enabling_tools_for_static_and_dynamic_control_of_microbial_metabolic_pathways Cress et al.2015], medtem ko se ta stran osredotoča na dinamične pristope. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Dinamični kontrolni sistemi''' ==

Dinamični kontrolni sistemi so zelo koristni v primerih, kjer je določen metabolit toksičen za celico ali pa tekmuje z drugimi celičnimi komponentami pri pomembni celični funkciji. Potrebno je skrbno načrtovanje sistema z ozirom na hitrost produkcije metabolita in koncentracijo pri kateri se njegova škodljivost bistveno poveča.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Dvostopenjski sistemi uravnavanja (t. i. ON/OFF stikala) se ne upoštevajo kot dinamični sistem, saj ne vključujejo povratne regulacije in zahtevajo prisotnost induktorja.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Dinamični kontrolni sistemi za uspešen nadzor metabolne poti zahtevajo:
# biosenzor, ki zazna koncentracijo molekule ali okoljskega dejavnika, ki nas zanima
# prenos te informacije neposredno na aktuator (alosterična konformacijska sprememba ali sprememba interakcije med proteinoma – asociacija ali disociacija)
# aktuator, pretvornik, ki sprejme signal in v odgovor prilagodi koncentracijo spojine, ki jo zaznavamo (njena razgradnja ali vpliv na izražanje gena)

=== ''Prva generacija dinamičnih kontrolnih sistemov'' ===

Tesno regulirana metabolna pot zahteva ustrezen pristop. Alosterična regulacija ali razgradnja encima sta učinkoviti naravni poti povratne regulacije, vendar trenutno razumevanje mehanizmov določanja specifičnosti še ni kos nalogi zasnovati sintezen specifičen alosterični regulator. Obstajajo pa naravni transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (ligand – responsive transcription factor, LRTF) in jih s skrbnim načrtovanjem lahko uporabimo za povečanje izkoraistka naravnih metabolnih poti.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

LRTF vsebujejo domeno za vezavo metabolita (MBD) in DNA vezavno domeno (DBD). Ob vezavi metabolita pride do alosterične spremembe konformacije DNA vezavne domene. Glede na to, da ali ima v novi konformaciji LRTF večjo ali manjšo afiniteto do operatorske regije zavre ali sproži transkripcijo.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Pogosto LRTF vplivajo na več kot en gen – ko omogočijo transkripcijo enega gena tudi inhibirajo izražanje gena z nasprotnim učinkom. To nadvse zaželjeno lastnost so s pridom uporabili v nekaterih primerih uravnavanja metabolne poti, ki so predstavljeniv nadaljevanju.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Farnezil pirofosfat (FPP) je pomembna izhodna spojina za mnoge organske spojin. Med drugim ga amorfo-4,11-dien sintaza (ADS) pretvori v amorfo-4,11-dien, ki je prekurzor artemizina, zdravila za malarijo. V visokih koncentracijah, ki jih dosežemo v sinteznobiološko pripravljenih celicah, je FPP toksičen in inhibira celično rast.<ref name="ref2">)Dahl, R. H. et al. Engineering dynamic pathway regulation using stress-response promoters. Nat. Biotechnol. 31, 1039–46 (2013)</ref>

S pomočjo računalniških orodij so raziskovalci zasnovali promotor, ki se odzove na stres in s tem posredno na FPP, ki je pri visokih koncentracijah povzročitelj stresnega okolja v celici. Pod nadzor tega promotorja so postavili set genov, ki sodelujejo v izoprenoidni metabolni poti in ločeno amorfo-4,11-dien sintetazo. Ob visoki koncentraciji FPP se stresni dejavniki vežejo na oba promotorja tako, da spodbudijo izražanje ADS in zavirajo izražanje proteinov, ki sodelujejo pri proizvodnji FPP. Dinamični sistem je bil več kot dvakrat bolj učinkovit od analognega statičnega sistema uravnavanja.<ref name="ref2">)Dahl, R. H. et al. Engineering dynamic pathway regulation using stress-response promoters. Nat. Biotechnol. 31, 1039–46 (2013)</ref><ref name="ref3">)Xu, P., Li, L., Zhang, F., Stephanopoulos, G. & Koffas, M. Improving fatty acids production by engineering dynamic pathway regulation and metabolic control. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 111, 11299–304 (2014)</ref>

== '''Obeti na področju dinamičnega uravnavanja metabolnih poti''' ==

Skupna točka vseh dinamično reguliranih poti so transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (LTFR). Zankrat je njihova uporaba omejena na naravne LRFT, saj poznavanje mehanizmov alosteričnega prenosa informacije znotraj molekule še ni dovolj poznano, da bi z racionalnim dizajnom uspešno načrtovali specifične in funkcionalne sintezne LRTF.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskovalci upajo, da bodo z uporabo računalniških orodij za prileganje odkrili regije odgovorne za prenos metabolit vezavno domeno in DNA vezavno odmeno. Do takrat pa bi lahko specifične transkripcijske faktorje za dinamičen sistem zasnovali v okviru naravnih LRTF. Po izbiri ustreznega LRTF bi morali pred sintezne TF vnesti ustrezne operatorje.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Določeni statični regulatorji metabolnih poti so potencialno uporabni tudi kot dinamični regulatorji metabolnih poti. Eden takih je sistem s Cas9, ki ima okvarjeno nukleazno aktivnost (dCas9, nuclease deficient Cas9) in je zato sposobna le vezave DNA. Cas9 prepozna trinukleotidno zaporedje DNA (znano kot PAM) na podlagi kratkega segmenta CRISPR RNA (crRNA). <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Z načrtovanjem ustreznih crRNA lahko dosežemo vezavo dCas9 na poljubna zaporedja DNA, ki niso prisotna v naravi.<ref name="ref4">Esvelt, K. M. et al. Orthogonal Cas9 proteins for RNA-guided gene regulation and editing. Nat. Methods 10, 1116–21 (2013)</ref> Zapis za dCas9 lahko vnesemo pod promotor, ki je pod vplivom naravnega LRTF. Tako bi preko odziva na naravni metabolit lahko vplivali tudi na sintezno metabolno pot, vendar takšni sistemi še niso bili eksperimentalno preizkušeni.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Viri ''' ==

<references/>

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-05T13:56:29Z

Katja Leben:

Celični metabolizem je kompleksen splet procesov, ki jih celica medsebojno dinamično uravnava glede na trenutne razmere v in izven celice. Človek je v prvih poskusih inženiringa metabolnih poti uporabljal statične metode uravnavanja. Kljub temu, da so manj precizne se nanje še vedno zanašamo zaradi lažje izvedbe in predvidljivosti izida. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== '''Statično in dinamično uravnavanje metabolizma''' ==

Statični način uravnavanja obsega urejanje genoma (insercije ali delecije), regulacijo transkripcije s transkripcijskimi faktorji in malimi nekodirajočimi RNA in regulacijo translacije in posttranslacijskih modifikacij. Tudi sistemi z možnostjo indukcije se smatrajo za statični sistem. Vsem je skupno, da vnaprej določimo parametre, ki uravnavajo metabolno pot, in jih prilagajamo na podlagi empiričnih meritev.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Kljub temu, da s statično manipulacijo metabolnih poti lahko uspešno dosežemo povečano izražanje iskane biološke spojine, vendar predstavlja dinamično uravnavanje v določenih primerih bistveno prednost. Nemalokrat ima določen metabolit neugoden vpliv na celico: povratno inhibicijo, je toksičen ali zavira rast celic. Dinamičen sistem se preko biološkega senzorja odzove na spremembo v celici in vpliva na prilagoditev v smeri zastavljenega cilja. Dinamični nadzor metabolne poti je genetsko zapisan sistem, ki se avtomatsko in dinamično odziva na koncentracije specifičnih znotrajceličnih metabolitov.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskave v preteklih letih so omogočile bolj zapleteno statično uravnavanje metabolnih poti s sintezno prilagojenimi regulatorji, metabolni inženiring pa je naredil prve korake v smeri dinamičnega uravnavanja metabolnih poti. Obe temi podrobno obravnava pregledni članek [https://www.researchgate.net/publication/282761343_Sensitive_cells_Enabling_tools_for_static_and_dynamic_control_of_microbial_metabolic_pathways Cress et al.2015], medtem ko se ta stran osredotoča na dinamične pristope. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Dinamični kontrolni sistemi''' ==

Dinamični kontrolni sistemi so zelo koristni v primerih, kjer je določen metabolit toksičen za celico ali pa tekmuje z drugimi celičnimi komponentami pri pomembni celični funkciji. Potrebno je skrbno načrtovanje sistema z ozirom na hitrost produkcije metabolita in koncentracijo pri kateri se njegova škodljivost bistveno poveča.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Dvostopenjski sistemi uravnavanja (t. i. ON/OFF stikala) se ne upoštevajo kot dinamični sistem, saj ne vključujejo povratne regulacije in zahtevajo prisotnost induktorja.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Dinamični kontrolni sistemi za uspešen nadzor metabolne poti zahtevajo:
# biosenzor, ki zazna koncentracijo molekule ali okoljskega dejavnika, ki nas zanima
# prenos te informacije neposredno na aktuator (alosterična konformacijska sprememba ali sprememba interakcije med proteinoma – asociacija ali disociacija)
# aktuator, pretvornik, ki sprejme signal in v odgovor prilagodi koncentracijo spojine, ki jo zaznavamo (njena razgradnja ali vpliv na izražanje gena)

=== ''Prva generacija dinamičnih kontrolnih sistemov'' ===

Tesno regulirana metabolna pot zahteva ustrezen pristop. Alosterična regulacija ali razgradnja encima sta učinkoviti naravni poti povratne regulacije, vendar trenutno razumevanje mehanizmov določanja specifičnosti še ni kos nalogi zasnovati sintezen specifičen alosterični regulator. Obstajajo pa naravni transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (ligand – responsive transcription factor, LRTF) in jih s skrbnim načrtovanjem lahko uporabimo za povečanje izkoraistka naravnih metabolnih poti.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

LRTF vsebujejo domeno za vezavo metabolita (MBD) in DNA vezavno domeno (DBD). Ob vezavi metabolita pride do alosterične spremembe konformacije DNA vezavne domene. Glede na to, da ali ima v novi konformaciji LRTF večjo ali manjšo afiniteto do operatorske regije zavre ali sproži transkripcijo.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Pogosto LRTF vplivajo na več kot en gen – ko omogočijo transkripcijo enega gena tudi inhibirajo izražanje gena z nasprotnim učinkom. To nadvse zaželjeno lastnost so s pridom uporabili v nekaterih primerih uravnavanja metabolne poti, ki so predstavljeniv nadaljevanju.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Farnezil pirofosfat (FPP) je pomembna izhodna spojina za mnoge organske spojin. Med drugim ga amorfo-4,11-dien sintaza (ADS) pretvori v amorfo-4,11-dien, ki je prekurzor artemizina, zdravila za malarijo. V visokih koncentracijah, ki jih dosežemo v sinteznobiološko pripravljenih celicah, je FPP toksičen in inhibira celično rast.<ref name="ref2">)Dahl, R. H. et al. Engineering dynamic pathway regulation using stress-response promoters. Nat. Biotechnol. 31, 1039–46 (2013)</ref>

S pomočjo računalniških orodij so raziskovalci zasnovali promotor, ki se odzove na stres in s tem posredno na FPP, ki je pri visokih koncentracijah povzročitelj stresnega okolja v celici. Pod nadzor tega promotorja so postavili set genov, ki sodelujejo v izoprenoidni metabolni poti in ločeno amorfo-4,11-dien sintetazo. Ob visoki koncentraciji FPP se stresni dejavniki vežejo na oba promotorja tako, da spodbudijo izražanje ADS in zavirajo izražanje proteinov, ki sodelujejo pri proizvodnji FPP. Dinamični sistem je bil več kot dvakrat bolj učinkovit od analognega statičnega sistema uravnavanja.<ref name="ref2">)Dahl, R. H. et al. Engineering dynamic pathway regulation using stress-response promoters. Nat. Biotechnol. 31, 1039–46 (2013)</ref>

b
<ref name="ref3">)Xu, P., Li, L., Zhang, F., Stephanopoulos, G. & Koffas, M. Improving fatty acids production by engineering dynamic pathway regulation and metabolic control. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 111, 11299–304 (2014)</ref>

== '''Obeti na področju dinamičnega uravnavanja metabolnih poti''' ==

Skupna točka vseh dinamično reguliranih poti so transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (LTFR). Zankrat je njihova uporaba omejena na naravne LRFT, saj poznavanje mehanizmov alosteričnega prenosa informacije znotraj molekule še ni dovolj poznano, da bi z racionalnim dizajnom uspešno načrtovali specifične in funkcionalne sintezne LRTF.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskovalci upajo, da bodo z uporabo računalniških orodij za prileganje odkrili regije odgovorne za prenos metabolit vezavno domeno in DNA vezavno odmeno. Do takrat pa bi lahko specifične transkripcijske faktorje za dinamičen sistem zasnovali v okviru naravnih LRTF. Po izbiri ustreznega LRTF bi morali pred sintezne TF vnesti ustrezne operatorje.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Določeni statični regulatorji metabolnih poti so potencialno uporabni tudi kot dinamični regulatorji metabolnih poti. Eden takih je sistem s Cas9, ki ima okvarjeno nukleazno aktivnost (dCas9, nuclease deficient Cas9) in je zato sposobna le vezave DNA. Cas9 prepozna trinukleotidno zaporedje DNA (znano kot PAM) na podlagi kratkega segmenta CRISPR RNA (crRNA). <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Z načrtovanjem ustreznih crRNA lahko dosežemo vezavo dCas9 na poljubna zaporedja DNA, ki niso prisotna v naravi.<ref name="ref4">Esvelt, K. M. et al. Orthogonal Cas9 proteins for RNA-guided gene regulation and editing. Nat. Methods 10, 1116–21 (2013)</ref> Zapis za dCas9 lahko vnesemo pod promotor, ki je pod vplivom naravnega LRTF. Tako bi preko odziva na naravni metabolit lahko vplivali tudi na sintezno metabolno pot, vendar takšni sistemi še niso bili eksperimentalno preizkušeni.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Viri ''' ==

<references/>

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-05T10:12:44Z

Katja Leben:

Celični metabolizem je kompleksen splet procesov, ki jih celica medsebojno dinamično uravnava glede na trenutne razmere v in izven celice. Človek je v prvih poskusih inženiringa metabolnih poti uporabljal statične metode uravnavanja. Kljub temu, da so manj precizne se nanje še vedno zanašamo zaradi lažje izvedbe in predvidljivosti izida. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== '''Statično in dinamično uravnavanje metabolizma''' ==

Statični način uravnavanja obsega urejanje genoma (insercije ali delecije), regulacijo transkripcije s transkripcijskimi faktorji in malimi nekodirajočimi RNA in regulacijo translacije in posttranslacijskih modifikacij. Tudi sistemi z možnostjo indukcije se smatrajo za statični sistem. Vsem je skupno, da vnaprej določimo parametre, ki uravnavajo metabolno pot, in jih prilagajamo na podlagi empiričnih meritev.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Kljub temu, da s statično manipulacijo metabolnih poti lahko uspešno dosežemo povečano izražanje iskane biološke spojine, vendar predstavlja dinamično uravnavanje v določenih primerih bistveno prednost. Nemalokrat ima določen metabolit neugoden vpliv na celico: povratno inhibicijo, je toksičen ali zavira rast celic. Dinamičen sistem se preko biološkega senzorja odzove na spremembo v celici in vpliva na prilagoditev v smeri zastavljenega cilja. Dinamični nadzor metabolne poti je genetsko zapisan sistem, ki se avtomatsko in dinamično odziva na koncentracije specifičnih znotrajceličnih metabolitov.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskave v preteklih letih so omogočile bolj zapleteno statično uravnavanje metabolnih poti s sintezno prilagojenimi regulatorji, metabolni inženiring pa je naredil prve korake v smeri dinamičnega uravnavanja metabolnih poti. Obe temi podrobno obravnava pregledni članek [https://www.researchgate.net/publication/282761343_Sensitive_cells_Enabling_tools_for_static_and_dynamic_control_of_microbial_metabolic_pathways Cress et al.2015], medtem ko se ta stran osredotoča na dinamične pristope. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Dinamični kontrolni sistemi''' ==

Dinamični kontrolni sistemi so zelo koristni v primerih, kjer je določen metabolit toksičen za celico ali pa tekmuje z drugimi celičnimi komponentami pri pomembni celični funkciji. Potrebno je skrbno načrtovanje sistema z ozirom na hitrost produkcije metabolita in koncentracijo pri kateri se njegova škodljivost bistveno poveča.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Dvostopenjski sistemi uravnavanja (t. i. ON/OFF stikala) se ne upoštevajo kot dinamični sistem, saj ne vključujejo povratne regulacije in zahtevajo prisotnost induktorja.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Dinamični kontrolni sistemi za uspešen nadzor metabolne poti zahtevajo:
# biosenzor, ki zazna koncentracijo molekule ali okoljskega dejavnika, ki nas zanima
# prenos te informacije neposredno na aktuator (alosterična konformacijska sprememba ali sprememba interakcije med proteinoma – asociacija ali disociacija)
# aktuator, pretvornik, ki sprejme signal in v odgovor prilagodi koncentracijo spojine, ki jo zaznavamo (njena razgradnja ali vpliv na izražanje gena)

=== ''Prva generacija dinamičnih kontrolnih sistemov'' ===

Tesno regulirana metabolna pot zahteva ustrezen pristop. Alosterična regulacija ali razgradnja encima sta učinkoviti naravni poti povratne regulacije, vendar trenutno razumevanje mehanizmov določanja specifičnosti še ni kos nalogi zasnovati sintezen specifičen alosterični regulator. Obstajajo pa naravni transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (ligand – responsive transcription factor, LRTF) in jih s skrbnim načrtovanjem lahko uporabimo za povečanje izkoraistka naravnih metabolnih poti.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

LRTF vsebujejo domeno za vezavo metabolita (MBD) in DNA vezavno domeno (DBD). Ob vezavi metabolita pride do alosterične spremembe konformacije DNA vezavne domene. Glede na to, da ali ima v novi konformaciji LRTF večjo ali manjšo afiniteto do operatorske regije zavre ali sproži transkripcijo.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Pogosto LRTF vplivajo na več kot en gen – ko omogočijo transkripcijo enega gena tudi inhibirajo izražanje gena z nasprotnim učinkom. To nadvse zaželjeno lastnost so s pridom uporabili v nekaterih primerih uravnavanja metabolne poti, ki so predstavljeniv nadaljevanju.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

a
<ref name="ref2">)Dahl, R. H. et al. Engineering dynamic pathway regulation using stress-response promoters. Nat. Biotechnol. 31, 1039–46 (2013)</ref>

b
<ref name="ref3">)Xu, P., Li, L., Zhang, F., Stephanopoulos, G. & Koffas, M. Improving fatty acids production by engineering dynamic pathway regulation and metabolic control. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 111, 11299–304 (2014)</ref>

== '''Obeti na področju dinamičnega uravnavanja metabolnih poti''' ==

Skupna točka vseh dinamično reguliranih poti so transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (LTFR). Zankrat je njihova uporaba omejena na naravne LRFT, saj poznavanje mehanizmov alosteričnega prenosa informacije znotraj molekule še ni dovolj poznano, da bi z racionalnim dizajnom uspešno načrtovali specifične in funkcionalne sintezne LRTF.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskovalci upajo, da bodo z uporabo računalniških orodij za prileganje odkrili regije odgovorne za prenos metabolit vezavno domeno in DNA vezavno odmeno. Do takrat pa bi lahko specifične transkripcijske faktorje za dinamičen sistem zasnovali v okviru naravnih LRTF. Po izbiri ustreznega LRTF bi morali pred sintezne TF vnesti ustrezne operatorje.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Določeni statični regulatorji metabolnih poti so potencialno uporabni tudi kot dinamični regulatorji metabolnih poti. Eden takih je sistem s Cas9, ki ima okvarjeno nukleazno aktivnost (dCas9, nuclease deficient Cas9) in je zato sposobna le vezave DNA. Cas9 prepozna trinukleotidno zaporedje DNA (znano kot PAM) na podlagi kratkega segmenta CRISPR RNA (crRNA). <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Z načrtovanjem ustreznih crRNA lahko dosežemo vezavo dCas9 na poljubna zaporedja DNA, ki niso prisotna v naravi.<ref name="ref4">Esvelt, K. M. et al. Orthogonal Cas9 proteins for RNA-guided gene regulation and editing. Nat. Methods 10, 1116–21 (2013)</ref> Zapis za dCas9 lahko vnesemo pod promotor, ki je pod vplivom naravnega LRTF. Tako bi preko odziva na naravni metabolit lahko vplivali tudi na sintezno metabolno pot, vendar takšni sistemi še niso bili eksperimentalno preizkušeni.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Viri ''' ==

<references/>

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-05T10:12:02Z

Katja Leben: /* Prva generacija dinamičnih kontrolnih sistemov */

Celični metabolizem je kompleksen splet procesov, ki jih celica medsebojno dinamično uravnava glede na trenutne razmere v in izven celice. Človek je v prvih poskusih inženiringa metabolnih poti uporabljal statične metode uravnavanja. Kljub temu, da so manj precizne se nanje še vedno zanašamo zaradi lažje izvedbe in predvidljivosti izida. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== '''Statično in dinamično uravnavanje metabolizma''' ==

Statični način uravnavanja obsega urejanje genoma (insercije ali delecije), regulacijo transkripcije s transkripcijskimi faktorji in malimi nekodirajočimi RNA in regulacijo translacije in posttranslacijskih modifikacij. Tudi sistemi z možnostjo indukcije se smatrajo za statični sistem. Vsem je skupno, da vnaprej določimo parametre, ki uravnavajo metabolno pot, in jih prilagajamo na podlagi empiričnih meritev.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Kljub temu, da s statično manipulacijo metabolnih poti lahko uspešno dosežemo povečano izražanje iskane biološke spojine, vendar predstavlja dinamično uravnavanje v določenih primerih bistveno prednost. Nemalokrat ima določen metabolit neugoden vpliv na celico: povratno inhibicijo, je toksičen ali zavira rast celic. Dinamičen sistem se preko biološkega senzorja odzove na spremembo v celici in vpliva na prilagoditev v smeri zastavljenega cilja. Dinamični nadzor metabolne poti je genetsko zapisan sistem, ki se avtomatsko in dinamično odziva na koncentracije specifičnih znotrajceličnih metabolitov.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskave v preteklih letih so omogočile bolj zapleteno statično uravnavanje metabolnih poti s sintezno prilagojenimi regulatorji, metabolni inženiring pa je naredil prve korake v smeri dinamičnega uravnavanja metabolnih poti. Obe temi podrobno obravnava pregledni članek [https://www.researchgate.net/publication/282761343_Sensitive_cells_Enabling_tools_for_static_and_dynamic_control_of_microbial_metabolic_pathways Cress et al.2015], medtem ko se ta stran osredotoča na dinamične pristope. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Dinamični kontrolni sistemi''' ==

Dinamični kontrolni sistemi so zelo koristni v primerih, kjer je določen metabolit toksičen za celico ali pa tekmuje z drugimi celičnimi komponentami pri pomembni celični funkciji. Potrebno je skrbno načrtovanje sistema z ozirom na hitrost produkcije metabolita in koncentracijo pri kateri se njegova škodljivost bistveno poveča.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Dvostopenjski sistemi uravnavanja (t. i. ON/OFF stikala) se ne upoštevajo kot dinamični sistem, saj ne vključujejo povratne regulacije in zahtevajo prisotnost induktorja.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Dinamični kontrolni sistemi za uspešen nadzor metabolne poti zahtevajo:
# biosenzor, ki zazna koncentracijo molekule ali okoljskega dejavnika, ki nas zanima
# prenos te informacije neposredno na aktuator (alosterična konformacijska sprememba ali sprememba interakcije med proteinoma – asociacija ali disociacija)
# aktuator, pretvornik, ki sprejme signal in v odgovor prilagodi koncentracijo spojine, ki jo zaznavamo (njena razgradnja ali vpliv na izražanje gena)

=== ''Prva generacija dinamičnih kontrolnih sistemov'' ===

Tesno regulirana metabolna pot zahteva ustrezen pristop. Alosterična regulacija ali razgradnja encima sta učinkoviti naravni poti povratne regulacije, vendar trenutno razumevanje mehanizmov določanja specifičnosti še ni kos nalogi zasnovati sintezen specifičen alosterični regulator. Obstajajo pa naravni transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (ligand – responsive transcription factor, LRTF) in jih s skrbnim načrtovanjem lahko uporabimo za povečanje izkoraistka naravnih metabolnih poti.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

LRTF vsebujejo domeno za vezavo metabolita (MBD) in DNA vezavno domeno (DBD). Ob vezavi metabolita pride do alosterične spremembe konformacije DNA vezavne domene. Glede na to, da ali ima v novi konformaciji LRTF večjo ali manjšo afiniteto do operatorske regije zavre ali sproži transkripcijo.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Pogosto LRTF vplivajo na več kot en gen – ko omogočijo transkripcijo enega gena tudi inhibirajo izražanje gena z nasprotnim učinkom. To nadvse zaželjeno lastnost so s pridom uporabili v nekaterih primerih uravnavanja metabolne poti, ki so predstavljeniv nadaljevanju.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

a
<ref name="ref2">)Dahl, R. H. et al. Engineering dynamic pathway regulation using stress-response promoters. Nat. Biotechnol. 31, 1039–46 (2013)</ref>

b
<ref name="ref2">)Xu, P., Li, L., Zhang, F., Stephanopoulos, G. & Koffas, M. Improving fatty acids production by engineering dynamic pathway regulation and metabolic control. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 111, 11299–304 (2014)</ref>

== '''Obeti na področju dinamičnega uravnavanja metabolnih poti''' ==

Skupna točka vseh dinamično reguliranih poti so transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (LTFR). Zankrat je njihova uporaba omejena na naravne LRFT, saj poznavanje mehanizmov alosteričnega prenosa informacije znotraj molekule še ni dovolj poznano, da bi z racionalnim dizajnom uspešno načrtovali specifične in funkcionalne sintezne LRTF.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskovalci upajo, da bodo z uporabo računalniških orodij za prileganje odkrili regije odgovorne za prenos metabolit vezavno domeno in DNA vezavno odmeno. Do takrat pa bi lahko specifične transkripcijske faktorje za dinamičen sistem zasnovali v okviru naravnih LRTF. Po izbiri ustreznega LRTF bi morali pred sintezne TF vnesti ustrezne operatorje.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Določeni statični regulatorji metabolnih poti so potencialno uporabni tudi kot dinamični regulatorji metabolnih poti. Eden takih je sistem s Cas9, ki ima okvarjeno nukleazno aktivnost (dCas9, nuclease deficient Cas9) in je zato sposobna le vezave DNA. Cas9 prepozna trinukleotidno zaporedje DNA (znano kot PAM) na podlagi kratkega segmenta CRISPR RNA (crRNA). <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Z načrtovanjem ustreznih crRNA lahko dosežemo vezavo dCas9 na poljubna zaporedja DNA, ki niso prisotna v naravi.<ref name="ref2">Esvelt, K. M. et al. Orthogonal Cas9 proteins for RNA-guided gene regulation and editing. Nat. Methods 10, 1116–21 (2013)</ref> Zapis za dCas9 lahko vnesemo pod promotor, ki je pod vplivom naravnega LRTF. Tako bi preko odziva na naravni metabolit lahko vplivali tudi na sintezno metabolno pot, vendar takšni sistemi še niso bili eksperimentalno preizkušeni.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Viri ''' ==

<references/>

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-05T09:47:01Z

Katja Leben: /* Dinamični kontrolni sistemi */

Celični metabolizem je kompleksen splet procesov, ki jih celica medsebojno dinamično uravnava glede na trenutne razmere v in izven celice. Človek je v prvih poskusih inženiringa metabolnih poti uporabljal statične metode uravnavanja. Kljub temu, da so manj precizne se nanje še vedno zanašamo zaradi lažje izvedbe in predvidljivosti izida. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== '''Statično in dinamično uravnavanje metabolizma''' ==

Statični način uravnavanja obsega urejanje genoma (insercije ali delecije), regulacijo transkripcije s transkripcijskimi faktorji in malimi nekodirajočimi RNA in regulacijo translacije in posttranslacijskih modifikacij. Tudi sistemi z možnostjo indukcije se smatrajo za statični sistem. Vsem je skupno, da vnaprej določimo parametre, ki uravnavajo metabolno pot, in jih prilagajamo na podlagi empiričnih meritev.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Kljub temu, da s statično manipulacijo metabolnih poti lahko uspešno dosežemo povečano izražanje iskane biološke spojine, vendar predstavlja dinamično uravnavanje v določenih primerih bistveno prednost. Nemalokrat ima določen metabolit neugoden vpliv na celico: povratno inhibicijo, je toksičen ali zavira rast celic. Dinamičen sistem se preko biološkega senzorja odzove na spremembo v celici in vpliva na prilagoditev v smeri zastavljenega cilja. Dinamični nadzor metabolne poti je genetsko zapisan sistem, ki se avtomatsko in dinamično odziva na koncentracije specifičnih znotrajceličnih metabolitov.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskave v preteklih letih so omogočile bolj zapleteno statično uravnavanje metabolnih poti s sintezno prilagojenimi regulatorji, metabolni inženiring pa je naredil prve korake v smeri dinamičnega uravnavanja metabolnih poti. Obe temi podrobno obravnava pregledni članek [https://www.researchgate.net/publication/282761343_Sensitive_cells_Enabling_tools_for_static_and_dynamic_control_of_microbial_metabolic_pathways Cress et al.2015], medtem ko se ta stran osredotoča na dinamične pristope. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Dinamični kontrolni sistemi''' ==

Dinamični kontrolni sistemi so zelo koristni v primerih, kjer je določen metabolit toksičen za celico ali pa tekmuje z drugimi celičnimi komponentami pri pomembni celični funkciji. Potrebno je skrbno načrtovanje sistema z ozirom na hitrost produkcije metabolita in koncentracijo pri kateri se njegova škodljivost bistveno poveča.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Dvostopenjski sistemi uravnavanja (t. i. ON/OFF stikala) se ne upoštevajo kot dinamični sistem, saj ne vključujejo povratne regulacije in zahtevajo prisotnost induktorja.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Dinamični kontrolni sistemi za uspešen nadzor metabolne poti zahtevajo:
# biosenzor, ki zazna koncentracijo molekule ali okoljskega dejavnika, ki nas zanima
# prenos te informacije neposredno na aktuator (alosterična konformacijska sprememba ali sprememba interakcije med proteinoma – asociacija ali disociacija)
# aktuator, pretvornik, ki sprejme signal in v odgovor prilagodi koncentracijo spojine, ki jo zaznavamo (njena razgradnja ali vpliv na izražanje gena)

=== ''Prva generacija dinamičnih kontrolnih sistemov'' ===

Tesno regulirana metabolna pot zahteva ustrezen pristop. Alosterična regulacija ali razgradnja encima sta učinkoviti naravni poti povratne regulacije, vendar trenutno razumevanje mehanizmov določanja specifičnosti še ni kos nalogi zasnovati sintezen specifičen alosterični regulator. Obstajajo pa naravni transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (ligand – responsive transcription factor, LRTF) in jih s skrbnim načrtovanjem lahko uporabimo za povečanje izkoraistka naravnih metabolnih poti.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

LRTF vsebujejo domeno za vezavo metabolita (MBD) in DNA vezavno domeno (DBD). Ob vezavi metabolita pride do alosterične spremembe konformacije DNA vezavne domene. Glede na to, da ali ima v novi konformaciji LRTF večjo ali manjšo afiniteto do operatorske regije zavre ali sproži transkripcijo.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Pogosto LRTF vplivajo na več kot en gen – ko omogočijo transkripcijo enega gena tudi inhibirajo izražanje gena z nasprotnim učinkom. To nadvse zaželjeno lastnost so s pridom uporabili v nekaterih primerih uravnavanja metabolne poti, ki so predstavljeniv nadaljevanju.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== '''Obeti na področju dinamičnega uravnavanja metabolnih poti''' ==

Skupna točka vseh dinamično reguliranih poti so transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (LTFR). Zankrat je njihova uporaba omejena na naravne LRFT, saj poznavanje mehanizmov alosteričnega prenosa informacije znotraj molekule še ni dovolj poznano, da bi z racionalnim dizajnom uspešno načrtovali specifične in funkcionalne sintezne LRTF.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskovalci upajo, da bodo z uporabo računalniških orodij za prileganje odkrili regije odgovorne za prenos metabolit vezavno domeno in DNA vezavno odmeno. Do takrat pa bi lahko specifične transkripcijske faktorje za dinamičen sistem zasnovali v okviru naravnih LRTF. Po izbiri ustreznega LRTF bi morali pred sintezne TF vnesti ustrezne operatorje.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Določeni statični regulatorji metabolnih poti so potencialno uporabni tudi kot dinamični regulatorji metabolnih poti. Eden takih je sistem s Cas9, ki ima okvarjeno nukleazno aktivnost (dCas9, nuclease deficient Cas9) in je zato sposobna le vezave DNA. Cas9 prepozna trinukleotidno zaporedje DNA (znano kot PAM) na podlagi kratkega segmenta CRISPR RNA (crRNA). <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Z načrtovanjem ustreznih crRNA lahko dosežemo vezavo dCas9 na poljubna zaporedja DNA, ki niso prisotna v naravi.<ref name="ref2">Esvelt, K. M. et al. Orthogonal Cas9 proteins for RNA-guided gene regulation and editing. Nat. Methods 10, 1116–21 (2013)</ref> Zapis za dCas9 lahko vnesemo pod promotor, ki je pod vplivom naravnega LRTF. Tako bi preko odziva na naravni metabolit lahko vplivali tudi na sintezno metabolno pot, vendar takšni sistemi še niso bili eksperimentalno preizkušeni.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Viri ''' ==

<references/>

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-05T09:10:10Z

Katja Leben: /* Obeti na področju dinamičnega uravnavanja metabolnih poti */

Celični metabolizem je kompleksen splet procesov, ki jih celica medsebojno dinamično uravnava glede na trenutne razmere v in izven celice. Človek je v prvih poskusih inženiringa metabolnih poti uporabljal statične metode uravnavanja. Kljub temu, da so manj precizne se nanje še vedno zanašamo zaradi lažje izvedbe in predvidljivosti izida. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== '''Statično in dinamično uravnavanje metabolizma''' ==

Statični način uravnavanja obsega urejanje genoma (insercije ali delecije), regulacijo transkripcije s transkripcijskimi faktorji in malimi nekodirajočimi RNA in regulacijo translacije in posttranslacijskih modifikacij. Tudi sistemi z možnostjo indukcije se smatrajo za statični sistem. Vsem je skupno, da vnaprej določimo parametre, ki uravnavajo metabolno pot, in jih prilagajamo na podlagi empiričnih meritev.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Kljub temu, da s statično manipulacijo metabolnih poti lahko uspešno dosežemo povečano izražanje iskane biološke spojine, vendar predstavlja dinamično uravnavanje v določenih primerih bistveno prednost. Nemalokrat ima določen metabolit neugoden vpliv na celico: povratno inhibicijo, je toksičen ali zavira rast celic. Dinamičen sistem se preko biološkega senzorja odzove na spremembo v celici in vpliva na prilagoditev v smeri zastavljenega cilja. Dinamični nadzor metabolne poti je genetsko zapisan sistem, ki se avtomatsko in dinamično odziva na koncentracije specifičnih znotrajceličnih metabolitov.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskave v preteklih letih so omogočile bolj zapleteno statično uravnavanje metabolnih poti s sintezno prilagojenimi regulatorji, metabolni inženiring pa je naredil prve korake v smeri dinamičnega uravnavanja metabolnih poti. Obe temi podrobno obravnava pregledni članek [https://www.researchgate.net/publication/282761343_Sensitive_cells_Enabling_tools_for_static_and_dynamic_control_of_microbial_metabolic_pathways Cress et al.2015], medtem ko se ta stran osredotoča na dinamične pristope. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Dinamični kontrolni sistemi''' ==

Dinamični kontrolni sistemi so zelo koristni v primerih, kjer je določen metabolit toksičen za celico ali pa tekmuje z drugimi celičnimi komponentami pri pomembni celični funkciji. Potrebno je skrbno načrtovanje sistema z ozirom na hitrost produkcije metabolita in koncentracijo pri kateri se njegova škodljivost bistveno poveča.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Dinamični kontrolni sistemi za uspešen nadzor metabolne poti zahtevajo:
# biosenzor, ki zazna koncentracijo molekule ali okoljskega dejavnika, ki nas zanima
# prenos te informacije neposredno na aktuator (alosterična konformacijska sprememba ali sprememba interakcije med proteinoma – asociacija ali disociacija)
# aktuator, pretvornik, ki sprejme signal in v odgovor prilagodi koncentracijo spojine, ki jo zaznavamo (njena razgradnja ali vpliv na izražanje gena)

=== ''Prva generacija dinamičnih kontrolnih sistemov'' ===

Tesno regulirana metabolna pot zahteva ustrezen pristop. Alosterična regulacija ali razgradnja encima sta učinkoviti naravni poti povratne regulacije, vendar trenutno razumevanje mehanizmov določanja specifičnosti še ni kos nalogi zasnovati sintezen specifičen alosterični regulator. Obstajajo pa naravni transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (ligand – responsive transcription factor, LRTF) in jih s skrbnim načrtovanjem lahko uporabimo za povečanje izkoraistka naravnih metabolnih poti.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

LRTF vsebujejo domeno za vezavo metabolita (MBD) in DNA vezavno domeno (DBD). Ob vezavi metabolita pride do alosterične spremembe konformacije DNA vezavne domene. Glede na to, da ali ima v novi konformaciji LRTF večjo ali manjšo afiniteto do operatorske regije zavre ali sproži transkripcijo.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Pogosto LRTF vplivajo na več kot en gen – ko omogočijo transkripcijo enega gena tudi inhibirajo izražanje gena z nasprotnim učinkom. To nadvse zaželjeno lastnost so s pridom uporabili v nekaterih primerih uravnavanja metabolne poti, ki so predstavljeniv nadaljevanju.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== '''Obeti na področju dinamičnega uravnavanja metabolnih poti''' ==

Skupna točka vseh dinamično reguliranih poti so transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (LTFR). Zankrat je njihova uporaba omejena na naravne LRFT, saj poznavanje mehanizmov alosteričnega prenosa informacije znotraj molekule še ni dovolj poznano, da bi z racionalnim dizajnom uspešno načrtovali specifične in funkcionalne sintezne LRTF.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskovalci upajo, da bodo z uporabo računalniških orodij za prileganje odkrili regije odgovorne za prenos metabolit vezavno domeno in DNA vezavno odmeno. Do takrat pa bi lahko specifične transkripcijske faktorje za dinamičen sistem zasnovali v okviru naravnih LRTF. Po izbiri ustreznega LRTF bi morali pred sintezne TF vnesti ustrezne operatorje.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Določeni statični regulatorji metabolnih poti so potencialno uporabni tudi kot dinamični regulatorji metabolnih poti. Eden takih je sistem s Cas9, ki ima okvarjeno nukleazno aktivnost (dCas9, nuclease deficient Cas9) in je zato sposobna le vezave DNA. Cas9 prepozna trinukleotidno zaporedje DNA (znano kot PAM) na podlagi kratkega segmenta CRISPR RNA (crRNA). <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Z načrtovanjem ustreznih crRNA lahko dosežemo vezavo dCas9 na poljubna zaporedja DNA, ki niso prisotna v naravi.<ref name="ref2">Esvelt, K. M. et al. Orthogonal Cas9 proteins for RNA-guided gene regulation and editing. Nat. Methods 10, 1116–21 (2013)</ref> Zapis za dCas9 lahko vnesemo pod promotor, ki je pod vplivom naravnega LRTF. Tako bi preko odziva na naravni metabolit lahko vplivali tudi na sintezno metabolno pot, vendar takšni sistemi še niso bili eksperimentalno preizkušeni.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Viri ''' ==

<references/>

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-05T09:09:46Z

Katja Leben:

Celični metabolizem je kompleksen splet procesov, ki jih celica medsebojno dinamično uravnava glede na trenutne razmere v in izven celice. Človek je v prvih poskusih inženiringa metabolnih poti uporabljal statične metode uravnavanja. Kljub temu, da so manj precizne se nanje še vedno zanašamo zaradi lažje izvedbe in predvidljivosti izida. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== '''Statično in dinamično uravnavanje metabolizma''' ==

Statični način uravnavanja obsega urejanje genoma (insercije ali delecije), regulacijo transkripcije s transkripcijskimi faktorji in malimi nekodirajočimi RNA in regulacijo translacije in posttranslacijskih modifikacij. Tudi sistemi z možnostjo indukcije se smatrajo za statični sistem. Vsem je skupno, da vnaprej določimo parametre, ki uravnavajo metabolno pot, in jih prilagajamo na podlagi empiričnih meritev.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Kljub temu, da s statično manipulacijo metabolnih poti lahko uspešno dosežemo povečano izražanje iskane biološke spojine, vendar predstavlja dinamično uravnavanje v določenih primerih bistveno prednost. Nemalokrat ima določen metabolit neugoden vpliv na celico: povratno inhibicijo, je toksičen ali zavira rast celic. Dinamičen sistem se preko biološkega senzorja odzove na spremembo v celici in vpliva na prilagoditev v smeri zastavljenega cilja. Dinamični nadzor metabolne poti je genetsko zapisan sistem, ki se avtomatsko in dinamično odziva na koncentracije specifičnih znotrajceličnih metabolitov.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskave v preteklih letih so omogočile bolj zapleteno statično uravnavanje metabolnih poti s sintezno prilagojenimi regulatorji, metabolni inženiring pa je naredil prve korake v smeri dinamičnega uravnavanja metabolnih poti. Obe temi podrobno obravnava pregledni članek [https://www.researchgate.net/publication/282761343_Sensitive_cells_Enabling_tools_for_static_and_dynamic_control_of_microbial_metabolic_pathways Cress et al.2015], medtem ko se ta stran osredotoča na dinamične pristope. <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Dinamični kontrolni sistemi''' ==

Dinamični kontrolni sistemi so zelo koristni v primerih, kjer je določen metabolit toksičen za celico ali pa tekmuje z drugimi celičnimi komponentami pri pomembni celični funkciji. Potrebno je skrbno načrtovanje sistema z ozirom na hitrost produkcije metabolita in koncentracijo pri kateri se njegova škodljivost bistveno poveča.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Dinamični kontrolni sistemi za uspešen nadzor metabolne poti zahtevajo:
# biosenzor, ki zazna koncentracijo molekule ali okoljskega dejavnika, ki nas zanima
# prenos te informacije neposredno na aktuator (alosterična konformacijska sprememba ali sprememba interakcije med proteinoma – asociacija ali disociacija)
# aktuator, pretvornik, ki sprejme signal in v odgovor prilagodi koncentracijo spojine, ki jo zaznavamo (njena razgradnja ali vpliv na izražanje gena)

=== ''Prva generacija dinamičnih kontrolnih sistemov'' ===

Tesno regulirana metabolna pot zahteva ustrezen pristop. Alosterična regulacija ali razgradnja encima sta učinkoviti naravni poti povratne regulacije, vendar trenutno razumevanje mehanizmov določanja specifičnosti še ni kos nalogi zasnovati sintezen specifičen alosterični regulator. Obstajajo pa naravni transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (ligand – responsive transcription factor, LRTF) in jih s skrbnim načrtovanjem lahko uporabimo za povečanje izkoraistka naravnih metabolnih poti.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

LRTF vsebujejo domeno za vezavo metabolita (MBD) in DNA vezavno domeno (DBD). Ob vezavi metabolita pride do alosterične spremembe konformacije DNA vezavne domene. Glede na to, da ali ima v novi konformaciji LRTF večjo ali manjšo afiniteto do operatorske regije zavre ali sproži transkripcijo.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Pogosto LRTF vplivajo na več kot en gen – ko omogočijo transkripcijo enega gena tudi inhibirajo izražanje gena z nasprotnim učinkom. To nadvse zaželjeno lastnost so s pridom uporabili v nekaterih primerih uravnavanja metabolne poti, ki so predstavljeniv nadaljevanju.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== '''Obeti na področju dinamičnega uravnavanja metabolnih poti''' ==

Skupna točka vseh dinamično reguliranih poti so transkripcijski faktorji, ki se odzivajo na ligande (LTFR). Zankrat je njihova uporaba omejena na naravne LRFT, saj poznavanje mehanizmov alosteričnega prenosa informacije znotraj molekule še ni dovolj poznano, da bi z racionalnim dizajnom uspešno načrtovali specifične in funkcionalne sintezne LRTF.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Raziskovalci upajo, da bodo z uporabo računalniških orodij za prileganje odkrili regije odgovorne za prenos metabolit vezavno domeno in DNA vezavno odmeno. Do takrat pa bi lahko specifične transkripcijske faktorje za dinamičen sistem zasnovali v okviru naravnih LRTF. Po izbiri ustreznega LRTF bi morali pred sintezne TF vnesti ustrezne operatorje.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Določeni statični regulatorji metabolnih poti so potencialno uporabni tudi kot dinamični regulatorji metabolnih poti. Eden takih je sistem s Cas9, ki ima okvarjeno nukleazno aktivnost (dCas9, nuclease deficient Cas9) in je zato sposobna le vezave DNA. Cas9 prepozna trinukleotidno zaporedje DNA (znano kot PAM) na podlagi kratkega segmenta CRISPR RNA (crRNA). <ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

Z načrtovanjem ustreznih crRNA lahko dosežemo vezavo dCas9 na poljubna zaporedja DNA, ki niso prisotna v naravi. <ref name="ref2">Esvelt, K. M. et al. Orthogonal Cas9 proteins for RNA-guided gene regulation and editing. Nat. Methods 10, 1116–21 (2013)</ref>Zapis za dCas9 lahko vnesemo pod promotor, ki je pod vplivom naravnega LRTF. Tako bi preko odziva na naravni metabolit lahko vplivali tudi na sintezno metabolno pot, vendar takšni sistemi še niso bili eksperimentalno preizkušeni.<ref name="ref1">Cress, B. F., Trantas, E. A., Ververidis, F., Linhardt, R. J. & Koffas, M. A. Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways. Curr. Opin. Biotechnol. 36, 205–214 (2015)</ref>

== ''' Viri ''' ==

<references/>

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-05T08:04:10Z

Katja Leben: /* Obeti na področju dinamičnega uravnavanja metabolnih poti */

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-04T23:59:23Z

Katja Leben:

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-04T23:57:35Z

Katja Leben: /* Dinamični kontrolni sistemi */

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-04T23:56:11Z

Katja Leben:

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-04T23:37:08Z

Katja Leben:

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-04T23:34:05Z

Katja Leben:

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-04T23:33:37Z

Katja Leben:

== '''Statično in dinamično uravnavanje metabolizma''' ==

Celični metabolizem je kompleksen splet procesov, ki jih celica medsebojno dinamično uravnava glede na trenutne razmere v in izven celice. Človek je v prvih poskusih inženiringa metabolnih poti uporabljal statične metode uravnavanja. Kljub temu, da so manj precizne se nanje še vedno zanašamo zaradi lažje izvedbe in predvidljivosti izida.

Statični način uravnavanja obsega urejanje genoma (insercije ali delecije), regulacijo transkripcije s transkripcijskimi faktorji in malimi nekodirajočimi RNA in regulacijo translacije in posttranslacijskih modifikacij. Tudi sistemi z možnostjo indukcije se smatrajo za statični sistem. Vsem je skupno, da vnaprej določimo parametre, ki uravnavajo metabolno pot, in jih prilagajamo na podlagi empiričnih meritev.

Kljub temu, da s statično manipulacijo metabolnih poti lahko uspešno dosežemo povečano izražanje iskane biološke spojine, vendar predstavlja dinamično uravnavanje v določenih primerih bistveno prednost. Nemalokrat ima določen metabolit neugoden vpliv na celico: povratno inhibicijo, je toksičen ali zavira rast celic. Dinamičen sistem se preko biološkega senzorja odzove na spremembo v celici in vpliva na prilagoditev v smeri zastavljenega cilja. Dinamični nadzor metabolne poti je genetsko zapisan sistem, ki se avtomatsko in dinamično odziva na koncentracije specifičnih znotrajceličnih metabolitov.

Raziskave v preteklih letih so omogočile bolj zapleteno statično uravnavanje metabolnih poti s sintezno prilagojenimi regulatorji, metabolni inženiring pa je naredil prve korake v smeri dinamičnega uravnavanja metabolnih poti. Obe temi podrobno obravnava pregledni članek [https://www.researchgate.net/publication/282761343_Sensitive_cells_Enabling_tools_for_static_and_dynamic_control_of_microbial_metabolic_pathways Cress et al.2015], medtem ko se ta stran osredotoča na dinamične pristope.

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-04T23:33:02Z

Katja Leben: /* Statično in dinamično uravnavanje metabolizma */

Dinamično uravnavanje metabolnih poti omogoča avtomatski odziv sistema na spremembo parametra (metabolita).

== '''Statično in dinamično uravnavanje metabolizma''' ==

Celični metabolizem je kompleksen splet procesov, ki jih celica medsebojno dinamično uravnava glede na trenutne razmere v in izven celice. Človek je v prvih poskusih inženiringa metabolnih poti uporabljal statične metode uravnavanja. Kljub temu, da so manj precizne se nanje še vedno zanašamo zaradi lažje izvedbe in predvidljivosti izida.

Statični način uravnavanja obsega urejanje genoma (insercije ali delecije), regulacijo transkripcije s transkripcijskimi faktorji in malimi nekodirajočimi RNA in regulacijo translacije in posttranslacijskih modifikacij. Tudi sistemi z možnostjo indukcije se smatrajo za statični sistem. Vsem je skupno, da vnaprej določimo parametre, ki uravnavajo metabolno pot, in jih prilagajamo na podlagi empiričnih meritev.

Kljub temu, da s statično manipulacijo metabolnih poti lahko uspešno dosežemo povečano izražanje iskane biološke spojine, vendar predstavlja dinamično uravnavanje v določenih primerih bistveno prednost. Nemalokrat ima določen metabolit neugoden vpliv na celico: povratno inhibicijo, je toksičen ali zavira rast celic. Dinamičen sistem se preko biološkega senzorja odzove na spremembo v celici in vpliva na prilagoditev v smeri zastavljenega cilja. Dinamični nadzor metabolne poti je genetsko zapisan sistem, ki se avtomatsko in dinamično odziva na koncentracije specifičnih znotrajceličnih metabolitov.

Raziskave v preteklih letih so omogočile bolj zapleteno statično uravnavanje metabolnih poti s sintezno prilagojenimi regulatorji, metabolni inženiring pa je naredil prve korake v smeri dinamičnega uravnavanja metabolnih poti. Obe temi podrobno obravnava pregledni članek [https://www.researchgate.net/publication/282761343_Sensitive_cells_Enabling_tools_for_static_and_dynamic_control_of_microbial_metabolic_pathways Cress et al.2015], medtem ko se ta stran osredotoča na dinamične pristope.

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-04T23:32:46Z

Katja Leben: /* Statično in dinamično uravnavanje metabolizma */

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-04T23:30:46Z

Katja Leben: /* Statično in dinamično uravnavanje metabolizma */

Dinamično uravnavanje metabolnih poti omogoča avtomatski odziv sistema na spremembo parametra (metabolita).

== '''Statično in dinamično uravnavanje metabolizma''' ==

Celični metabolizem je kompleksen splet procesov, ki jih celica medsebojno dinamično uravnava glede na trenutne razmere v in izven celice. Človek je v prvih poskusih inženiringa metabolnih poti uporabljal statične metode uravnavanja. Kljub temu, da so manj precizne se nanje še vedno zanašamo zaradi lažje izvedbe in predvidljivosti izida.

Statični način uravnavanja obsega urejanje genoma (insercije ali delecije), regulacijo transkripcije s transkripcijskimi faktorji in malimi nekodirajočimi RNA in regulacijo translacije in posttranslacijskih modifikacij. Tudi sistemi z možnostjo indukcije se smatrajo za statični sistem. Vsem je skupno, da vnaprej določimo parametre, ki uravnavajo metabolno pot, in jih prilagajamo na podlagi empiričnih meritev.

Kljub temu, da s statično manipulacijo metabolnih poti lahko uspešno dosežemo povečano izražanje iskane biološke spojine, vendar predstavlja dinamično uravnavanje v določenih primerih bistveno prednost. Nemalokrat ima določen metabolit neugoden vpliv na celico: povratno inhibicijo, je toksičen ali zavira rast celic. Dinamičen sistem se preko biološkega senzorja odzove na spremembo v celici in vpliva na prilagoditev v smeri zastavljenega cilja. Dinamični nadzor metabolne poti je genetsko zapisan sistem, ki se avtomatsko in dinamično odziva na koncentracije specifičnih znotrajceličnih metabolitov.

Raziskave v preteklih letih so omogočile bolj zapleteno statično uravnavanje metabolnih poti s sintezno prilagojenimi regulatorji, metabolni inženiring pa je naredil prve korake v smeri dinamičnega uravnavanja metabolnih poti. Obe temi podrobno obravnava pregledni članek [Cress et al. 2015 https://www.researchgate.net/publication/282761343_Sensitive_cells_Enabling_tools_for_static_and_dynamic_control_of_microbial_metabolic_pathways], medtem ko se ta stran osredotoča na dinamične tehnologije.

Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti

2016-01-04T23:29:43Z

Katja Leben: New page: Dinamično uravnavanje metabolnih poti omogoča avtomatski odziv sistema na spremembo parametra (metabolita). == '''Statično in dinamično uravnavanje metabolizma''' == Celični metabo...

Dinamično uravnavanje metabolnih poti omogoča avtomatski odziv sistema na spremembo parametra (metabolita).

== '''Statično in dinamično uravnavanje metabolizma''' ==

Celični metabolizem je kompleksen splet procesov, ki jih celica medsebojno dinamično uravnava glede na trenutne razmere v in izven celice. Človek je v prvih poskusih inženiringa metabolnih poti uporabljal statične metode uravnavanja. Kljub temu, da so manj precizne se nanje še vedno zanašamo zaradi lažje izvedbe in predvidljivosti izida.

Statični način uravnavanja obsega urejanje genoma (insercije ali delecije), regulacijo transkripcije s transkripcijskimi faktorji in malimi nekodirajočimi RNA in regulacijo translacije in posttranslacijskih modifikacij. Tudi sistemi z možnostjo indukcije se smatrajo za statični sistem. Vsem je skupno, da vnaprej določimo parametre, ki uravnavajo metabolno pot, in jih prilagajamo na podlagi empiričnih meritev.

Kljub temu, da s statično manipulacijo metabolnih poti lahko uspešno dosežemo povečano izražanje iskane biološke spojine, vendar predstavlja dinamično uravnavanje v določenih primerih bistveno prednost. Nemalokrat ima določen metabolit neugoden vpliv na celico: povratno inhibicijo, je toksičen ali zavira rast celic. Dinamičen sistem se preko biološkega senzorja odzove na spremembo v celici in vpliva na prilagoditev v smeri zastavljenega cilja. Dinamični nadzor metabolne poti je genetsko zapisan sistem, ki se avtomatsko in dinamično odziva na koncentracije specifičnih znotrajceličnih metabolitov.

Raziskave v preteklih letih so omogočile bolj zapleteno statično uravnavanje metabolnih poti s sintezno prilagojenimi regulatorji, metabolni inženiring pa je naredil prve korake v smeri dinamičnega uravnavanja metabolnih poti. Obe temi podrobno obravnava pregledni članek Cress et al. 2015 [https://www.researchgate.net/publication/282761343_Sensitive_cells_Enabling_tools_for_static_and_dynamic_control_of_microbial_metabolic_pathways], medtem ko se ta stran osredotoča na dinamične tehnologije.

Seminarji SB 2015/16

2016-01-04T23:03:41Z

Katja Leben:

Seminarji iz Sintezne biologije v študijskem letu 2015/16 so:

Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/2866/synthetic-biology-engineering-complexity-and-refactoring-cell-capabilities SYNTHETIC BIOLOGY: ENGINEERING COMPLEXITY AND REFACTORING CELL CAPABILITIES]

* Production of fatty acid-derived valuable chemicals in synthetic microbes ([[Proizvodnja kemikalij iz derivatov maščobnih kislin s pomočjo sintetičnih mikroorganizmov]]) (Maja Grdadolnik) 
* Optimization of the IPP precursor supply for the production of lycopene, decaprenoxanthin and astaxanthin by Corynebacterium glutamicum ([[Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum]]) (Griša Prinčič) 
* Engineering sugar utilization and microbial tolerance toward lignocellulose conversion [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Konverzija_lignoceluloze_s_pomočjo_izkoriščanja_mikrobne_tolerance_in_inženiringa_sladkorjev] (Kim Potočnik) 
* Cofactor engineering for enhancing the flux of metabolic pathways [[INŽENIRING KOFAKTORJEV ZA IZBOLJŠANJE METABOLIČNIH POTI]] (Nastja Štemberger) 
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354409/ Can the natural diversity of quorum-sensing advance synthetic biology?] ([[Ali lahko naravna diverziteta quorum sensinga pripomore k napredku v sintezni biologiji?]]) (Tina Snoj) 
* [http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fbioe.2015.00093/full Signal-to-noise ratio measures efficacy of biological computing devices and circuits] ([[Določanje učinkovitosti bioloških naprav in vezij z razmerjem signal-šum]]) (Jakob G. Lavrenčič) 
* A sense of balance: experimental investigation and modeling of a malonyl-CoA sensor in Escherichia coli ([[Senzor za malonil-CoA v bakteriji Escherichia coli]]) (Ajda Rojc) 
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4211546/ New transposon tools tailored for metabolic engineering of Gram-negative microbial cell factories] ([[Metabolični inženiring gram-negativnih bakterij s transpozonskim sistemom]]) (Rok Razpotnik) 

Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/455/synthetic-biology-applications-in-industrial-microbiology SYNTHETIC BIOLOGY APPLICATIONS IN INDUSTRIAL MICROBIOLOGY]

* Recent Progress in Synthetic Biology for Microbial Production of C3–C10 Alcohols (Urška Rauter) ([[Napredki v sintezni biologiji pri proizvodnji C3-C10 alkoholov v mikroorganizmih]])
* Visualizing Evolution in Real-Time Method for Strain Engineering ([[Vizualizacija evolucije v realnem času – metoda za sevno inženirstvo]]) (Samo Zakotnik)
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3367458/ Engineering Microbial Consortia to Enhance Biomining and Bioremediation] ([[Načrtovanje mikrobnih konzorcijev za izboljšanje biorudarstva in bioremediacije]]) (Maja Kostanjevec)
* Engineering Microbial Chemical Factories to Produce Renewable “Biomonomers” ([[Mikrobiološka proizvodnja obnovljivih biomonomerov in bioplastike]])(Nastja Pirman)
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3446811/ Application of Synthetic Biology in Cyanobacteria and Algae] ([[Uporaba sintezne biologije v cianobakterijah in algah]]) (Špela Tomaž)
* Synthetic Feedback Loop Model for Increasing Microbial Biofuel Production Using a Biosensor (Jernej Pušnik)
* Balance of XYL1 and XYL2 Expression in Different Yeast Chassis for Improved xylose Fermentation (Monika Praznik)
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3630320/ Design and Development of Synthetic Microbial Platform Cells for Bioenergy] ([[Načrtovanje in razvijanje sintetičnih mikrobnih celičnih platform za pridobivanje bioenergije]])(Erik Mršnik)
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3616241/ Microbial Production of Isoprenoids Enabled by Synthetic Biology] ([[Mikrobna produkcija izoprenoidov s sintezno biologijo]]) (Dominik Kert)
* Chemical synthetic biology: a mini-review ([[Kratki predogled kemijske sintezne biologije]]) (Anka Hotko)

Seminarji iz preglednih člankov:

* [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228361500618X Towards engineering biological systems in a broader context] ([[Inženiring bioloških sistemov v širšem kontekstu]]) (Aleksander Benčič)
* [http://revistes.iec.cat/index.php/IM/article/viewFile/139212/137876 Synthetic biology: Novel approaches for microbiology] ([[Sintezno biološki pristopi v mikrobiologiji]]) (Daša Janeš)
* Tools and principles for microbial gene circuit engineering (Marko Radojković)
* Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways ([[Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti]]) (Katja Leben)
* Chassis optimization as a cornerstone for the application of synthetic biology based strategies in microbial secondary metabolism ([[Oprimizacija šasij kot osnovni korak pri uporabi sintezno biološkega pristopa pri karakterizaciji mikrobnega sekundarnega metabolizma]]) (Jure Zabret)
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4571725/ Recent advances and opportunities in synthetic logic gates engineering in living cells] ([[Napredki v načrtovanju bioloških logičnih vrat v živih celicah]]) (Monika Biasizzo)
* Programmable genetic circuits for pathway engineering (Urban Javoršek)
* Better together: engineering and application of microbial symbioses (Nejc Petrišič)
* Synthetic biology for microbial production of lipid-based biofuels (Urška Pevec)
* Engineering Biosynthesis Mechanisms for Diversifying Polyhydroxyalkanoates (Mojca Banič)
* Synthetic biology of fungal natural products (Estera Merljak)
* Synthetic biology and biomimetic chemistry as converging technologies fostering a new generation of smart biosensors (Benjamin Bajželj)
* How Synthetic Biology Would Reconsider Natural Bioluminescence and its Application (Ana Grom & Ana Unkovič)
* Synthetic Biology-Toward Therapeutic Solutions (Tanja Korpar)
* Synthetically modified mRNA for efficient and fast human iPS cell generation and direct transdifferentiation to myoblasts (Mirjana Malnar)
* Mammalian synthetic biology: emerging medical applications (Maša Mirkovič)
* Synthetic biology devices and circuits for RNA-based ‘smart vaccines’: a propositional review (Monika Škrjanc)

Reprogramiranje z miRNA

2013-05-27T19:44:06Z

Katja Leben: /* Biosinteza in funkcija */

== Uvod ==
Generiranje induciranih pluripotentnih matičnih celic (iPSC) običajno poteka s transkripijskimi faktorji, raziskave pa kažejo, da je reprogramiranje z miRNA učinkovitejše in tudi hitrejše. Glede na delovanje miRNA v različno diferenciranih celicah so bili na podlagi poskusov predlagani mehanizmi potrebnih procesov, njihova regulacija in prednosti in slabosti takega načina reprogramiranja somatskih celic.
==MikroRNA==
MikroRNA so kratke nekodirajoče RNA, ki regulirajo izražanje genov ali s promocijo razgradnje vezanega transkripta ali z inhibicijo njegovega prepisa.
===Biosinteza in funkcija===
Gene z zapisom za miRNA večinoma prepisuje RNA polimeraza II, izjemoma pa tudi RNA polimeraza III. Prepis s 5' kapo in poli-A repom (pri-miRNA) tvori lasnično zanko, ki jo prepozna jedrni protein DGCR8. Ta nato usmeri RNazo Drosha, da odcepi s stebla miRNA približno 11 nukleotidov skupaj s 5' kapo in poli-A repom. Nastala pre-miRNA se preko eksportina-5 prenese v citoplazmo, kjer endonukleaza Dicer odcepi zanko, ki povezuje 5' in 3' konca. Ena od verig nastalega dupleksa se vgradi v z RNA spodbujeni utiševalni kompleks (RISC), v katerem pride do interakcije miRNA s tarčno mRNA in s tem regulacije izražanja genov.

Med fiziološkimi procesi, ki jih uravnavajo miRNA, so celični cikel, diferenciacija celic in embrionalni razvoj vretenčarjev. Glede na funkcijo v teh procesih lahko razdelimo družine miRNA na pro-pluripotentne in pro-diferencijske. Slednje vplivajo na translacijo transkripcijskih faktorjev pomembnih za izražanje pro-pluripotentnih družin miRNA (Klf4, Oct4, Nanog, Sox2) in epigenetsko promovirajo metilacijo kromatina.

===Pro-pluripotentne družine===
Pro-pluripotentne družine so močneje zastopane v embrionalnih matičnih celicah, po diferenciaciji pa njihova koncentracija močno pade. Mednje sodijo vsi predstavniki klastrov (več sorodnih družin miRNA) miR-302/367 in miR-290/295.

miR-302/367 in miR-290/295 neposredno in posredno sodelujeta v več ključnih procesih aktivacije in ohranjanja pluripotenčnih matičnih celic. Za vzpostavljenje in ohranjanje pluripotence so ključne uravnotežene koncentracije osrednjih transkipcijskih faktorjev Oct4, Sox2 in Nanog, ki so avtoregulirane preko miRNA. Na Oct4, Sox2 in Nanog so zelo ohranjena vezavna mesta za promotorje miR-302/367 in miR-290/295. Omenjeni transkripcijski faktorji tako aktivirajo izražanje pro-pluripotentnih miRNA. miR-302/367 inhibira prepis genov odgovornih za diferenciacijo in epigenetsko promovira izražanje osrednjih transkripcijskih faktorjev ter tako zaključi pozitivno povratno zanko.

Oct4, Sox2 in Nanog zasedejo tudi promotorje pro-diferenciacijskih miRNA in razvojnih genov ter tako represirajo njihovo izražanje in s tem diferenciacijo.
==Reprogramiranje z miRNA==
Tako v embrionalnih matičnih celicah (ESC) kot v iPSC je bila opažena povečana koncentracija miR-302/367 in miR-290/295 v primerjavi z diferenciranimi celicami, kar je vzbudilo zanimanje. Embrionalne matične celice, ki niso bile sposobne procesiranja miRNA, so izgubile tudi pluripotentnost, kar je nakazovalo na aktivno udeležbo miRNA pri ohranjanju pluripotence. Izkazalo se je, da je reprogramiranje celic s transkripcijskimi faktorji z dodatkom pro-pluripotentnih miRNA učinkovitejše in hitrejše od običajne metode s transkripcijskimi faktorji in nadaljnji poskusi so pokazali, da je reprogramiranje somatskih celic mogoče tudi brez transkripcijskih faktorjev, kar se sklada s pozitivno povratno zanko med izražanjem osrednjih transkripcijskih faktorjev in pro-pluripotentnih miRNA.
==Potencialni mehanizmi reprogramiranja z miRNA==
Za reprogramiranje celic do iPSC in vzdrževanje pluripotentnosti je potrebnih več različnih procesov, kot so celična proliferacija, preureditev in modeliranje kromatina, MET (mezenhimatski do epitelijski prehod), inhibicija senescence in apoptoze ter regulacija alternativnega izrezovanja intronov. Na omenjene mehanizme in njihove komponente delujejo nekatere miRNA, ki so pokazale sposobnosti promoviranja celičnega reprogramiranja. Potencialni mehanizmi reprogramiranja z miRNA so predlagani na osnovi funkcij miRNA v embrionalnih izvornih celicah.
===Proliferacija===
Pluripotentne izvorne celice imajo hiter celični cikel in nimajo '''G1-S kontrolne točke'''. V ESC je G1-S kontrolna točka regulirana z miR-302 in miR-291, -294 in -295. miR-302 utiša tudi izražanje ciklina D, kar skrajša fazo G1. Hkrati utiša tudi izražanje inhibitorjev ciklin E-Cdk2, kot sta p21 in RBL2 (retinoblastoma-like 2). Aktiven kompleks Ciklin E-Cdk2 je bistven za prehod G1-S v celičnem ciklu. Tako lahko miR-302 pospeši celični cikel in proliferacijo. Povečana proliferacija lahko olajša reprogramiranje z odstranitvijo epigenetskih markerjev, ki represirajo gene povezane s pluripotentnostjo v diferenciranih celicah.
===Remodeliranje kromatina===
Remodeliranje kromatina omogoči '''epigenetske spremembe''' (izbris metilacijskih vzorcev) in s tem spremeni izražanje genov. miR-302/367 in miR-369 sodelujejo pri epigenetski reaktivaciji genov za pluripotentnost, tako da regulirajo izražanje encimov, ki modificirajo kromatin, kot sta lizin-specifični histonski demetilazi AOF1 in AOF2. AOF1 demetilira histon H3 in je esencialna za ''de novo'' DNA metilacijo. Utišanje AOF2 vodi do zmanjšane prisotnosti Dnmt (DNA metiltrasnferaza) in do '''hipometilacije DNA''' po celotnem genomu. Utišanje AOF2 tako promovira izbris metilacije genoma in prepreči re-diferenciacijo delno reprogramiranih celic.

miR-302 utiša tudi izražanje metil-CpG-vezavnih proteinov GATA2B in MECP2, ki vežeta metilirano DNA in tvorita histonski deacetilazni kompleks, ki normalno represira transkripcijo. Utišanje izražanja GATA2B in MECP2 tako de-represira gene pomembne za reprogramiranje. Supresija GATA2B in MECP2 je povezana s pospešeno genomsko demetilacijo in specifično demetilacijo promotorja za transkripcijski faktor Nanog.
===MET===
Med reprogramiranje gredo fibroblasti preko MET, torej privzamejo vmesno epitelijsko stanje pluripotentnih celic, kar je en izmed zgodnjih pokazateljev reprogramiranja. Supresija obratnega prehoda (EMT) lahko poveča efektivnost reprogramiranja. miR-302 zmanjša ekspresijo TGF-β receptorja 2, ki sodeluje v TGF-β signalni poti, ki promovira EMT. BMP (kostni morfogenetski protein – ang. bone morphogenetic protein) signaliziranje promovira MET in njegovi inhibitorji so tarče miR-302. Reprogramirajoče miRNA torej promovirajo MET z '''inhibicijo TGF-β signalne poti''' in '''indukcijo BMP signaliziranja'''.
===Senescenca in apoptoza===
Primarne celice so zaradi aktivacije tumor supresorjev ob povečanem številu celičnih delitev, med reprogramiranjem nagnjene k senescenci in apoptozi. Reprogramirajoče miRNA sodelujejo pri inhibiciji senescence in apoptoze kot del mehanizma reprogramiranja. Kaspaza 2 in EI24 promovirata apoptozo in sta tarči miR-290/295, ki lahko obvaruje celice pred apoptozo, inducirano s stresom. miRNA s podobnim zaporedjem, med njimi tudi miR-302 imajo potencialni '''anti-apoptotski efekt''', ki lahko poveča efektivnost reprogramiranja v primerjavi z reprogramiranjem s transkripcijskimi faktorji.
===Alternativno izrezovanje===
Pluripotentne izvorne celice izražajo več alternativnih povezovalnih variant mRNA. Alternativne izoforme določenih določenih genov lahko pripomorejo k celičnem prehodu med pluripotentno in diferencirano obliko. Alternativno izrezovanje lahko deluje kot stikalo med pluripotentnostjo in diferenciacijo (primer: FOXP1) in je lahko ključni mehanizem kontrole pluripotentnosti. Z uporabo bioinformatike so napovedali večje število genov, povezanih z alternativnim izrezovanjem, ki so potencialne tarče miR-302. tako lahko miR-302 omogoča celici preklopitev med izražanjem z diferenciacijo povezanimi alternativnimi izoformami in izražanjem s pluripotentnostjo povezanimi izoformami.

==Ugotavljanje funkcije miRNA v ESC==
Funkcijo specifičnih družin miRNA in vpliv inhibicije izražanja miRNA so znanstveniki ugotavljali s procesiranjem pluripotentnih celic, tako da so odstranili DGCR8 ali Dicer ter posledično uvedli specifično miRNA.
===DGCR8-null ESCs===
V DGCR8-null ESCs pride do zmanjšane proliferacije in nenormalnega celičnega cikla. Celice se zaustavijo v G1 fazi celičnega cikla, kar kaže na pomembno vlogo miRNA pri prehodu iz G1 v S fazo celičnega cikla.

Celice kažejo tudi delno utišanje pluripotentnih genov (Oct4, Nanog, …), kar povzroči zmanjšano izražanje diferenciacijskih markerjev ter onemogoča razvoj zarodnih plasti tkiv.
===Dicer-null ESCs===
Dicer-null ESCs imajo daljši G0 in G1 fazi, ter niso sposobne izraziti diferenciacijskih markerjev.
Poleg tega pa se zmanjša tudi DNA metilacija ter izražanje metiltransferaz (Dnmts), poveča pa se telomerazna aktivnost. To privede do nepopolnega in reverzibilnga utišanja gena za Oct4 s tem pa se onemogoči proces diferenciacije ESCs v iPSC.

Ta opažanja sugestirajo, da ima Dicer vlogo pri procesiranju tudi drugih malih RNA molekul, ki uravnavajo delovanje celic.
==Regulacija izražanja==
Regulacija izražanja miRNA lahko poteka skupaj s procesiranjem miRNA. Pri tem lahko inhibiramo delovanje DGCR8 ali Dicer-ja, ki katalizirata reakciji zorenja miRNA ter s tem inhibiramo izražanje miRNA. Obstajajo tudi posredni mehanizmi za regulacijo izražanja s specifičnimi inhibitorji (anti-miRNA oligonukleotidi, miRNA maske ) ter dodatnim izražanjem miRNA s pomočjo miRNA posnemovalke.
*'''miRNA posnemovalke''' so kratke dvoverižne RNA molekule, ki imajo enako funkcijo kot zrele miRNA. Veriga, ki ne sodeluje v sestavi RISC kompleksa, je modificirana z vezavo na holesterol ali njemu podobne molekule, kar pripomore k vnosu v celice. Ker pa tak vnos ni specifičen in lahko s tem miRNA posnemovalke pridejo v vse celice, se te tehnike izogibajo.
*'''Anti-miRNA''' se vežejo na pri-miRNA, pre-miRNA ali zrelo miRNA preprečijo vezavo miRNA na mRNA.
*'''miRNA maske''' se komplementarno vežejo na specifičen mRNA, kamor bi se vezala miRNA ter s tem fizično onemogočijo dostop miRNA do tarčnih mRNA.
V primeru premišljenega in natančnega eksogenega izražanja miRNA inhibitorjev in miRNA posnemovalk lahko signifikantno spodbudimo produkcijo iPSC.

==Prednosti in slabosti==
Pri reprogramiranju ESCs z miRNA se je izkazalo, da je takšno reprogramiranje veliko bolj efektivno kot s pluripotentnimi faktorji (Oct4, Nanog, …), saj lahko vplivajo na več mRNA molekul hkrati. Poleg tega pa je odziv tudi hitrejši, ker vplivajo direktno na translacijo proteinov, ne na transkripcijo genov. Specifične miRNA (miR-290) lahko nadomestijo c-Myc ter s tem omogočijo večjo količino diferenciacije somatičnih celic v iPSC. Z miRNA reprogramiranjem ni vnosa eksogenega genetskega materiala, ki bi se lahko integriral v celični genom, s tem pa zmanjšana možnost, da bi prišlo do nezaželenih mutacij. S poznavanjem specifičnih funkcij družin miRNA pa lahko v celicah izzovemo specifične odzive.

Vsekakor pa ima induciranje pluripotentnosti z miRNA tudi slabosti, saj je zaenkrat raziskan le delček tega področja. Ker miRNA niso celično specifične bi morali razviti ustrezen usmerjen transport do tarčnih celic. Učinkovitost pri induciranju pluripotentnosti ovira tudi otežen prehod skozi celične membrane, sama neobstojnost RNA molekul in dejstvo da celici od zunaj vnesena RNA predstavlja tujek. Ta problem so reševali tako, da so večkrat v določenem časovnem razmiku dodali miRNA. Po vstavljanju miRNA v celice je prav tako težko napovedati in kontrolirati količino izražanja miRNA.

BIO1 Povzetki seminarjev

2012-04-19T21:56:49Z

Katja Leben:

== Gregor Gunčar: Sintetični DNA vezavni proteini ==
Povzetek- 200 besed
ejksfjksadnfjkdsaf adhsk fhdsajklf kjldsah fsadh fhjklsadh jfkhads jklfhads jkfaljkfh jklsdahf jkdsah fljkdsah fjklsadh fjkhdsa jkflhasd ljfhk

== Ana Cirnski: TAL efektorji - proteini, ki urejajo gene ==
TAL (transcription activator – like) efektorji so regulatorni proteini, ki vplivajo na delovanje RNA polimeraze pri prepisovanju DNA. Z vezavnimi domenami se vežejo na specifična zaporedja baz na dvojni vijačnici in tako uravnavajo hitrost sinteze proteinov. Najbolj znani regulatorni proteini so motiv cinkovega prsta, motiv levcinske zadrge in motiv vijačnica – obrat – vijačnica.

TAL efektorje so odkrili v bakteriji vrste Xanthomonas, ki jih je uporabljala za reprogramiranje gostiteljskih celic, tako da so te sintetizirale proteine, ki so ustrezali bakteriji.

Domena TAL efektorja, ki se veže na DNA vsebuje 1-35 TAL ponovitev. Vsaka ponovitev je specifična za en bazni par na DNA in vsebuje 33-35 aminokislin (zadnja je okrnjena na 20 aminokislin), ki so vedno na istem mestu. Izjema sta mesti 12 in 13, znani tudi kot RVD mesti (repeat variable diresidues), ki določata specifičnost med efektorjem in DNA verigo.

TAL efektorji se med seboj ločijo po aminokislinskem zaporedju in številu njihovih ponovitev. Od teh lastnosti je odvisna specifičnost efektorja.
Za prepoznavo specifičnih mest na DNA sta odgovorni RVD mesti, ki določata, kam se bo efektor vezal. Obstaja tudi posebna koda po kateri se en par aminokislin veže na določen nukleotid. TAL ponovitve nimajo medsebojnega vpliva zato jih je lažje sestavljati in tako spremeniti efektor.
Uporabljajo se lahko kot umetni restrikcijski encimi (TALEN) za dvoverižne prekinitve DNA (DSB – [double–strand breaks]), kar povzroči v celici popravljalne mehanizme in vodi do sprememb v genskem zapisu. Lahko pa tudi kot transkripcijski faktor (dTALE) za vklapljanje in izklapljanje genov.

Čeprav je o TAL efektorjih še veliko neznanega, kažejo možnosti za široko uporabo na področju biotehnologije in genetike za izboljševanje lastnosti živil in zdravljenje nekaterih bolezni (HIV).

== Griša Prinčič: DNK nanotehnologija ==
Nanotehnologija je ustvarjanje in inženiring funkcionalnih sistemov na atomskem in molekularnem nivoju. DNK nanotehnologija je veja nanotehnologije, ki izkorišča strukturne in kemijske lastnosti DNK molekule ter iz nje sestavlja strukture, ki ne nosijo informacijskega zapisa in so v velikosti do nekaj 100 nanometrov. Najpomembnejši del pri sintezi DNK makromolekul je optimizirano zaporedje nukleinskih kislin. Sekundarno strukturo lahko tvori več različnih zaporedij baz, vendar bo velika večina teh zaporedij imela tudi negativne medsebojne interakcije, kar bi lahko privedlo do spremembe v obliki sekundarne strukture. DNK molekula ima sposobnost samosestavljanja (self-assembly). Pod določenimi pogoji lahko enotno daljšo verigo DNK pripravimo do zvijanja (folding) oz. tvorbe določene (želene) strukture.

V seminarski nalogi se bom osredotočil predvsem na razvoj tako imenovanih nanorobotov, ki služijo kot specializiran dostavni sistem signalnih molekul do celic v človeškem telesu. Ob aktivaciji receptorja se kapsula odpre in na mesto dostavi signalne ali druge molekule.

Pripravljeni so bili nanoroboti v obliki heksagonalnega »soda«, ki so sposobni prepoznati okvarjene ali rakaste celice s pomočjo aptamernega receptorja, ki služi tudi kot »ključavnični mehanizem«. Učinkovitost prepoznavanja celic in »ključavničnega mehanizma« je bila preizkušena na šestih vrstah rakastih celic. Celic Burkitt-ovega limfoma nanoroboti niso prepoznali (se niso aktivirali), pri ostalih petih vzorcih je bila aktivacija potrjena.

== Bojana Lazović: Vloga prionov pri preživetju divjih kvasovk ==
Kvasovke imajo pomembno vlogo pri odkrivanju in spoznavanju lastnosti prionov. Raziskave na njih lahko močno pomagajo tudi pri razumevanju prionskih bolezni, ki se pojavljajo pri ljudeh.
Znano je, da je velika posebnost prionov ta, da se lahko razmnožujejo brez DNK zapisa. Znanstveniki so pri raziskavah na laboratorijskih kulturah kvasovk prišli do pomembnih ugotovitev, glede vloge prionov pri dedovanju v kvasovkah. Razne konformacije proteinov v teh celicah imajo pomembno vlogo pri epigenetskem dedovanju, to je dedovanju, ki ni odvisno od zapisa na DNK verigi. S svojim delovanjem ustvarjajo dedne fenotipske lastnosti, njihova raznolikost pa spodbuja preživetje v spreminjajočih se okoljih in vpliva na razvoj novih lastnosti. Toda te lastnosti so potrdili le v laboratorijskih kulturah. Zato se je porajalo vprašanje, če enako velja tudi v naravi oz. za »divje« vrste kvasovk ali so ugotovljene značilnosti le umetno vzpodbujene v laboratoriju. Iz tega razloga so biokemično testirali okoli 700 različnih sevov vrste kvasovk Saccharomyce, da bi ugotovili če imajo prisotne prione. Rezultati so potrdili prejšnje raziskave. Tako so potrdili tezo, da prioni v splošnem urejajo nekatere dedne lastnosti v naravi, na način ki korenito poveča sposobnost prilagajanja.

== Vesna Radić: Odziv imunskega sistema z IFN-λ ==
Imunost je sposobnost obrambe telesa pred tujimi oz. škodljivimi snovmi, ki jih imenujemo tudi antigeni. Ko se ti pojavijo v telesu, jih imunski sistem prepozna in se odzove tako, da jih skuša uničiti na različne načine.
IFN lambda že dolgo veljajo kot pomembno orožje v imunskem sistemu v obrambi proti virusom, bakterija, parazitom in tudi tumorom. So namreč interferoni, saj so zmožni posegati v razmnoževanje in delovanje patogenov. Interferoni so celične beljakovine sposobne komuniciranja med celicami in tako na razne načine sprožitve delovanja imunskega sistema. IFN-λ so del razreda II citokinov. Lambda je podoben α, saj oba delujeta proti virusom. Razlika med njima je ta, da IFN-α lahko proizvedejo vse celice, ki imajo jedro, IFN-λ pa le nekaj določenih celic. Makrofagi proizvajajo IFN-λ za odziv na virusne in/ali bakterijske okužbe. Citokin IFN lambda se ustvari predvsem iz limfocita CD8+ T – spominske celice. T celice se aktivirajo ob prisotnosti že znanega antigena če ne pa živijo v neaktivnem stanju, ko se pa znova srečajo z že znanim antigenom, sprostijo IFN-λ.
Regulacija sproščanja IFN-λ še ni povsem znana; na podlagi novih študij izvemo, da se lahko sprostijo tudi brez aktivacije pri kontaktu z antigeni. Prav tako so odkrili tudi, da imajo ti interferoni pomembno vlogo pri zdravljenju hepatitisa B in C, astme in raka.
== Julija Mazej: Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule ==
Lipoproteini so raznovrstni delci, sestavljeni iz proteinskega in holesterolnega dela. Na podlagi deleža proteinov in holesterola v posameznem delcu ločimo 5 vrst lipoproteinov: hilomikrone, LDL,HDL,VLDL in IDS. V seminarju se bom omejila na dva, ki imata še posebej veliko vlogo pri transportu holesterola po krvni plazmi. HDL je lipoprotein visoke gostote in ima prevladujoč proteinski del. Znan je tudi kot dober holesterol, saj prenaša presežni holesterol iz celic do jeter, kjer poteče razgradnja. LDL pa je lipoprotein, ki prenaša holesterol v obratni smeri. V kolikor ima celica dovolj holesterola, se prične ta kopičiti na stenah žil, kar vodi do kardiovaskularnih bolezni. Pred kratkim so znanstveniki odkrili mehanizem pretvorbe dobrega holesterola v slab holesterol, preko majhne molekule CETP. Molekula deluje kot most med obema lipoproteinoma in prečrpa holesterol iz HDL v LDL. To odkritje daje nove perspektive na področju zdravljenja kardiovaskularnih bolezni, ki so glavni vzrok bolezni in prezgodnje smrti v Evropski Uniji in razvitem svetu. Učinkovito zdravilo, bi torej moralo inhibirati delovanje CETP molekule. Po rezultatih raziskave medicinske univerze na Dunaju, pa takšno zdravilo nebi pomagalo pacientom z ledvično odpovedjo. Pri nekaterih pacientih na dializi so namreč izsledili nefunkcionalen HDL. Spregovorila bom tudi o nastanku "<ra slabega" LDL, pri starejših in obolelih za diabetesom tipa 2.

== Ana Grom: Visokotehnološko odkrivanje rakavih celic dojk ==
Rak na dojkah je v današnjem svetu kar velik problem pri ženskah. Metode, ki se uporabljajo za zaznavo le tega, pa niso dovršene. Vsaka od njih (mamografija, ultrazvok, magnetna resonanca in druge) ima kakšno slabo lastnost. Metode, ki bi bila zdravju popolnoma neškodljiva, nezmotljiva, kratkotrajna in cenovno lahko dostopna še ni odkrita. Zato so znanstveniki prišli na idejo, da bi poizkusili z nanodelci detektirati rakave celice. Najprej so si izbrali Her2 protein (Human epidermal growth factor receptor 2), ki bo tarča teh nanodelcev. Za protein so predhodno vedeli, da se v 30% rakavih celic dojk čezmerno izraža. Da bi se magnetni nanodelci usmerili proti rakavim celicam in nanje tudi vezali, so ustvarili nanodelce povezane s protitelesi za Her2 protein. Nato, ko bi se nanodelci vezali na celice, pa bi s posebnimi občutljivimi napravami zaznavali te nanodelce in s tem tudi rakave celice v telesu. Poskusi, ki so jih izvedli, da bi potrdili svoja predvidevanja so bili zelo spodbudni. Uspelo jim je dokazati, da se nanodelci resnično v večji meri vežejo na celice, ki imajo več Her2 receptorjev (rakave celice). Nekaj izmed metod, s katerimi so prišli do teh rezultatov, bom tudi sama predstavila.

== Robert Berger: Svetlobno stikalo za bolečino ==
S podaljševanjem življenjske dobe in vse bolj tveganimi življenjskimi slogi v današnjem času ne moremo mimo bolečin, pa naj bodo akutne ali kronične, zato si medicina prizadeva, da bi jih, če jih že ne more odpraviti, vsaj lajšala. Vendar pri analgetikih in anastetikih pogosto naletimo na sistemske stranske učinke in odvisnosti, zato je odkrivanje novih vrst anastetikov in analgetikov eden pomembnejših ciljev farmacevtske industrije. Quaternary ammonium – azobenzene – quaternary ammonium oziroma QAQ je ena izmed možnih rešitev pri nadzoru bolečine. Sicer obstajajo optogenetske metode za uravnavanje aktivnosti nociceptorjev (bolečinskih receptorjev), vendar so pogosto preveč invazivne, saj zahtevajo spremembo DNK in lahko vodijo v trajne genetske spremembe, kar pa ni vedno zaželeno. QAQ s svojo strukturo omogoča blokado ionskih kanalov v nociceptorjih in tako prepreči bolečinski signal. Njegova posebnost pa je v njegovi strukturi, saj ga lahko z določenimi valovnimi dolžinami svetlobe (380 in 500 nm) spreminjamo med cis in trans izomerom, pri čemer cis izomer dovoljuje nemoten pretok Na+ in Ca2+ ionov, trans izomer pa zapre ionski kanal. Tako lahko prostorsko in tudi časovno nadzorujemo njegovo aktivnost. Pri podobnih anastetikih, kot so npr lidokain, ki deluje na podoben način kot QAQ izomerizacija in s tem tudi časovni nadzor nista možna.

== Erik Janežič:Raziskave golih krtovskih podgan (GKP) ==
Tekom zgodovine je velika večina tehnoloških iznajdb našla navdih v živalskem svetu. Danes pa morda prav živali kot so gole krtovske podgane, skrivajo odgovera na nekatera največja vprašanja človeštva kot sta zdravljenje raka in staranje. Gole krtovske podgane niso pritegnile posebne pozornosti med zannstveniki, dokler ni bil v 2. trtjini 20. stoletja pri njih odkrit eusocialen način življenja. Do danes so bile odkrite izjemna lasttnosti golih krtovskih podgan kot naprimer; odpornost na raka, na hipooksično okolje, neobčutljivost na iritacijo s kislinami ter izredno dolga življenska doba v primerjavi z drugimi glodalci. V seminarski nalogi vam bom predstavil nekaj splošnih značilnosti golih krtovskih podgan in njihove odpornosti na rakava obolenja, podrobneje pa bom predstavil raziskavo, ki se je ukvarjala z opazovanjem intracelularnega kalcija pri izpostavitvi možganskih celic GKP hipooksičnem okolju. Povečane koncentracije intracelularnega kalcija v možganskih celicah je namreč glavni razlog, da celice odmrejo oziroma imajo trajne poškodbe strukture in funkcije.

== Špela Tomaž: Specifično gibanje motornega proteina dineina ==
Za normalno delovanje celic in potek celičnih procesov, so med drugim izredno pomembne funkcije transporta, organizacije ter gibanja celičnih delov in organelov. Nalogo opravljajo tako imenovani motorni proteini, ki aktivno prenašajo tovor z enega dela celice na drugega, s svojim gibanjem omogočijo delovanje bičkov ter migetalk in so odgovorni tudi za gibanje mišic. Posebej zanimiva je mehanika njihovega premikanja, saj zaradi sprememb v konformaciji njihovih sestavnih proteinov dobesedno korakajo po svoji bazi (mikrotubuli ali aktinski filamenti). Medtem ko je kinetika gibalnih proteinov miozinov in kinezinov že raziskana, pa je premikanje tretje vrste, dineinov, še vedno slabo poznano. Dineini se v mnogih strukturnih lastnostih od ostalih vrst razlikujejo, kar posledično vpliva tudi na njihovo korakanje, ki ni urejeno in periodično, tako kot pri miozinih in kinezinih. Sposobni so različno dolgih korakov, ne le naprej in nazaj, temveč tudi vstran pod različnimi koti. Izmenično preklapljajo med koordiniranim in nekoordiniranim gibanjem in so nepredvidljivi ter dinamični, kar bi jim predvidoma lahko prinašalo mnoge ugodnosti in boljše sposobnosti prilagoditve. V seminarski nalogi bom opisala nekatere ugotovitve nedavnih raziskav ter predstavila nekatere odkrite značilnosti gibanja dineina.

== Samo Zakotnik: Telomeri in nesmrtnost celic ==

Človeštvo že odkar obstaja sanja o nesmrtnosti, o večnem življenju. Medicina je skozi človeško zgodovino uspešno podaljševala življenja z odkrivanjem vedno novih zdravil in zdi se, da je v prihodnosti možno doseči nesmrtnost, toda le, če bomo premagali staranje. Starost samih celic pa je močno povezana z dolžino telomerov. Telomer je ponavljajoče se zaporedje nukleotidov, ki ščitijo kromosome pred poškodbami. Premajhna dolžina telomerov naj bi vodila v razvoj škodljivih mutacij in razvoju onkogenov, ki vodijo v nastanek raka. Da bi lahko preprečili škodljivo krajšanje telomerov moramo podrobno preučiti mehanizme, ki zagotavljajo ohranjanje dolžin telomerov v okvirjih, ki niso potencialno škodljivi, ali celo omogočajo obnavljanje telomerov in njihovo podaljševanje, kar bi vodilo do celične nesmrtnosti. Vse to je povezano s samo zgradbo telomerov in delovanjem telomeraze, encima, ki skrbi za podaljševanje telomerov.
V drugem delu seminarja pa bom predstavil mehanizme somatskega obnavljanja telomerov in posledice inhibicije telomeraze na primeru ploskih črvov vrste Schmidtea mediterranea. Vrsta je predmet preučevanja že več kot 200 let zaradi izjemnih sposobnosti regeneracije, v sedanjem času pa postaja vse pomembnejši modelni organizem za preučevanje telomer in delovanja telomeraz. Leta 2010 so podelili Nobelovo nagrado za medicino in fizlologijo prav za odkritje, kako so konci kromosomov zaščiteni s telomeri in za odkritje encima telomeraze.

== Zala Gluhić: Rubisco aktivaza ==

Rubisco je encim, ki v temotnih reakcijah fotosinteze katalizira pretvorbo sladkorja ribuloza-1,5-bifosfat v molekuli 3-fosfoglicerata, iz katerih se nato lahko tvori glukoza. Vezava ribuloze-1,5-bifosfata na nekarboksiliran encim Rubisco inhibira. Za nemoten potek fotosinteze je potrebno sladkor odstraniti, kar v rastlinah poteka s pomočjo ATP odvisnega procesa z encimom Rubisco aktivaza. Rubisco aktivaze delimo na zeleni in rdeči tip. Struktura pri zelenem tipu je bila pojasnjena s pomočjo Rubisco aktivaze, poimenovane Rca, pri vrsti tobakovca N. tabacum. Pri rdečem tipu so bili izolirani kristali kompleksa iz rdeče alge R. sphaeroides (Rubisco aktivazo so poimenovali Cbbx). Pri obeh proteinih so odkrili podobno zgradbo. Sestavljena sta iz dveh domen - α/β poddomene ter α-vijačnica poddomene. Za svoje delovanje potrebujeta ATP, tvorita heksamerne obročaste strukture, na sredini katerih se nahaja pora. Zaenkrat mehanizem njunega delovanja še ni pojasnjen. Sklepajo, da gre pri Rca za premestitev Rubisca do centralne pore, kjer zanke destabilizirajo Rubiscovo aktivno mesto. Pri Cbbx pa verjetno sodeluje podaljšan C-konec Rubisca, ki ga aktivaza potegne v poro in s tem sprosti zanko, ki na Rubiscu veže sladkor, zato se sladkor lahko odcepi in Rubisco spet normalno deluje naprej.

== Katarina Tolar: Razvoj plastidov (kloroplastov) in Paulinella ==

Endosimbioza in posledično razvoj organelov je še vedno dokaj nepojasnjena. Čeprav je čedalje več rezultatov raziskav, ki endosimbiotsko teorijo potrjujejo in razlagajo. Najprimernejši in najuporabnejši organizem za raziskovanje in preučevanje tega dela evolucije je organizem Paulinella chromatophora. Ta organizem je najprimernejši, ker znanstveniki verjamejo, da je to najbolj izvoren še živeč fotosintetski protist. P. chromatophora naj bi bil en prvih organizmov, ki je vključil cianobakterije. Plastidi, ki so vključeni v različnih vrstah protistov se med seboj razlikujejo. Ugotovili so, da je genom plastida močno reduciran, v nekaterih vrstah plastidov bolj, v drugih manj. Vendar so med njimi velike podobnosti. Prav tako so dokazali, da so se plastidi res razvili iz cianobakterij, saj obstaja ogromna podobnost med genomi cianobakterij in genomi plastidov. Ker je genom plastidov močno zreduciran, so posledično plastidi močno odvisni od jedra. Zato so plastidi in gostiteljska celica razvili Tic in Toc premestitven sistem, ki omogoča prenos proteinov, ki so pomembni za gradnjo in razvoj plastidov iz citoplazme v sam plastid. Ta premestitveni sistem se je razvijal skupaj z rastlinami. Vendar je ohranjal tudi cianobakterijske lastnosti. To je še en dokaz, ki potrjuje endosimbiotsko teorijo.

== Barbara Dušak: Funkcionalne posledice spremenjenih podenot v RNA polimerazah ==

RNA polimeraze so encimi, ki usmerjajo transkripcijo DNA in sodelujejo pri genski regulaciji. V vseh evkariontskih organizmih so prisotne tri različne RNA polimeraze (I, II, III), rastline pa imajo še dve dodatni polimerazi RNA (IV in V). Polimeraze RNA II, IV in V so sestavljene iz 12 različnih podenot, ki imajo različne vloge. Izbrana raziskava se je osredotočila na delovanje devete podenote, ki ima dve različici, 9a in 9b, v Pol II, IV in V pri rastlini Arabidopsis thaliana. Izkazalo se je, da imata nefunkcionalni podenoti različne posledice na delovanje polimeraz. Raziskave so izvajali s križanjem rastlin divjega tipa z mutantkami 9a-1 in 9b-1, nato pa opazovali spremembe v organizmu. Heterozigoti 9a-1 niso kazali nobenih sprememb, 9b-1 pa so se fenotipsko razlikovali od divjega tipa. Homozigoti za mutirani različici obeh genov se sploh niso razvili.
Predstavila bom spremembe, ki so se pojavile na molekularnem nivoju, v povezavi s tem, kar je že znano o delovanju polimeraz RNA.

== Rok Razpotnik: Botulinum toksin v kompleksu z NTNHA (nehemaglutinirajočimi proteini) ==

Botulinum toksin je najmočnejši do sedaj odkriti nevrotoksin. Botulinum nevrotoksin je možen agent za bioterorizem, po drugi strani pa se uporablja v terapijah in kozmetični industriji, znan pod imenom botox. V obeh primerih deluje kot inhibitor acetilholina, pri čemer napade živčne celice. Preden pa uspe priti do živčnih celic, ki nadzirajo delovanje mišic, mora toksin, pri zaužitju, iti skozi dolgo pot – preko celotne prebavne poti, kjer so prisotni številni prebavni encimi in izredno močno kislinsko okolje, do črevesja, kjer je nato vsrkan v krvni obtok, kjer se prevaža vse do živčnih celic. V seminarski nalogi vam bom predstavil organizem, ki proizvaja omenjeni nevrotoksin; bolezensko stanje, ki ga povzroča kontaminacija z botulinum toksinom; strukturo ter mehanizem delovanja, ter na koncu izsledke raziskave, kjer so ugotovili mehanizem delovanja kompleksa, v katerem je nevrotoksin vezan pri poti skozi prebavni trakt. V raziskavi so ugotovili, da se botulinum toksin veže v zaprt in stabilen kompleks z netoksičnim nehemaglutinirajočim proteinom (NTNHA), ta pa ga varuje pred ekstremnimi pogoji v želodcu (nizek pH, delovanje prebavnih proteaz). Kompleks se razpusti ko ta preide v črevesje, kjer vlada nevtralna pH vrednost. Tako prosti botulinum toksin v črevesju vstopi v krvožilje, ki potuje naprej do kolinergičnih nevronov, ker povzroči inhibicijo acetilholina. To se kaže v paralizmu mišic. Ugotovili so torej, da je mehanizem vezave botulinum toksina ter NTNHA ter preživetja nevrotoksina pogojen z mehanizmom spremembe pH vrednosti.

== Erik Mršnik: Vloga Oct4 pri izražanju genov matičnih celic ==

Med sesalčevim razvojem je potrebno, da iz ene totipotentne celice nastane več kot dvesto različnih tipov celic. Inducirane pluripotentne zarodne celice (ali krajše iPSCs) je možno pridobivati tudi iz somatskih celic z ekspresijo transkripcijskih faktorjev, ki so navadno izraženi v ESCs. Pluripotentno stanje se da vzdrževati z določenimi citokini. Na primer z LIF-om ali BMP4.
Transkripcijski faktor Oct 4 (iz družine PouV) je osnoven za nastajanje in vzdrževanje iPSCs in ESCs. Če ga odstranimo, povzročimo diferenciacijo teh celic. Oct4 se izraža tudi v fazi gastrulacije matičnih celic, kjer blokira prezgodnjo diferenciacijo. Kljub mnogim raziskavam pa še vedno ni povsem znano, kako Oct4 deluje kot transkripcijski faktor pri reguliranju diferenciacije. Nekateri eksperimenti so pokazali, da lahko deluje kot aktivator ali represor genske transkripcije.
Odkrili so, da se Oct4 pri svojem delovanju združuje z nekaterimi drugimi transkripcijskimi faktorji. Predvsem z Sox2 (iz družine HMG) in Nanog. Ti naj bi istočasno kontrolirali izražanje genov in regulirali razvoj ESCs.
V tej študiji so se posvetili derivatom Oct4, ki so jih izdelali izključno kot aktivatorje ali represorje transkripcije. Vsak protein ima PouV DNA-prepoznavno sekvenco združeno z močno aktivacjsko (VP16) ali represijsko (Engrailed ali HP1) regijo transkripcije. Tekom študije so ugotovili, da pravzaprav samo aktivatorska oblika povzroči nastanek iPSCs. Aktivatorska fuzija vzdržuje rast in pluripotentnost mišjih ESCs, ki jim manjka »divjega tipa« Oct4. Oct4-aktivatorska fuzija lahko prepreči pluripotentost ne glede na pisotnost LIF-a. Predvidevajo, da delovanje Oct4 kot aktivatorja zadošča za povzročitev nastanka iPSC in vzdrževanje ESCs.

== Matej Vrhovnik: Nove spojine, ki preprečujejo širjenje in izboljšajo zdravljenje raka ==

Glioblastom je oblika agresivnega malignega raka, ki se razvije iz vezivnega tkiva v možganih. Po operaciji imajo pacienti naveč 2 leti življenja, brez zdravljena nekje do 3 mesece. Problem se pojavi po operaciji, kjer se odstrani do 99% rakastega tkiva in obsevanju, ker noben kemoterapevtik ne deluje dovolj učinkovito. Glioblastom tvori veliko metastaz, ki so zelo razširjene po zdravem tkivu in zato ne moremo z kemoterapevtiki napasti vse rakave celice, ker bi uničili tudi preveč zdravega tkiva, oziroma zdravilo ima preveč blag učinek.
Znanstveniki so zato ustvarili spojino imipramine blue. Deluje tako, da inhibira tvorjenje reaktivnih kisikovih spojin, inhibira NADPH-oksidazo in reorganizira aktin v citoskeletu. Ravno reaktivne kisiko spojine so krive za invazivno širjenje rakastih celic po zdravem tkivu, kar pa imipramine blue prepreči, posledično je rak v strjeni skupini, kjer kemoterapevtik lažje opravi svoje delo. Dokazali so, da v kombinaciji z doxorubicinom zelo podaljša življenjsko dobo podgan, ki imajo tumor RT2, ki je zelo podoben človeškemu glioblastomu. Prav tako preprečuje poškodbo krvno-možganske pregrade, kar je ponavadi eden izmed stranskih učinkov kemoterapevtikov.

== Matic Kovačič: Kronični stres vodi do poškodb DNA ==

Stres je pri ljudeh prisoten že odkar imata nadledvični žlezi sposobnost izločanja stresnih hormonov, kot sta na primer adrenalin in noradrenalin. Včasih sta se hormona izločala kratek čas med bojem in telo pripravila na lažje preživetje. Danes pa smo v moderni družbi zaradi hitrega načina življenja in obveznosti, ki jih moramo izpolniti, podvrženi stresu skoraj ves čas. Dolgoročni stres, ki se imenuje tudi kronični stres, ima na naše zdravje in počutje negativne posledice. Znanstveniki so s poskusi na miših, na katerih so simulirali kroničen stres, ugotovili, da kronični stres vodi do povečanih napak v DNA z zmanjšanjem koncentracije proteina p53. Stresni hormoni, kot je recimo adrenalin, se vežejo na β2-adrenoreceptorje, kar povzroči večji izvoz proteinov p53 iz jedra v citosol, kjer jih proteasom razgradi. Protein p53 imenujejo tudi varuh genoma, saj v primeru poškodbe DNA zaustavi celični cikel in aktivira popravljanje poškodovanih delov DNA, če pa so poškodbe DNA prevelike, p53 povzroči celično smrt. Neka druga skupina znanstvenikov pa je ugotovila, da kroničen stres tudi zelo močno pospeši rast tumorjev. Povedal bom nekaj splošnih stvari o stresu in proteinu p53, nato pa predstavil raziskave in ugotovitve znanstvenikov.

== Andreja Kukovec: Epigenetska blokada kognitivnih funkcij pri Alzheimerjevi demenci ==

Alzheimerjeva demenca je ena od najpogostejših oblik demence. Večinoma se pojavi po 65. letu starosti. Eden začetnih simptomov je poslabšanje spomina, kar posamezniki pogosto napačno interpretirajo kot posledico staranja ali stresa. Gre za nevrogenenrativno bolezen. Točen vzrok nastanka Alzheimerjeve demence še ni znan. Dandanes je v veljavi opredelitev, da je Alzheimerjeva demenca posledica akumuliranja napačno zvitih proteinov - t. i. beta amiloidni plaki. Prisotni so tudi nevrofibrilarni vozli, ki se pa, za razliko od amiloidnih plakov, nahajajo znotraj nevronov. Histoni so bazični proteini, okoli katerih se ovije DNA. Na nestabilnih aminokislinskih koncih histonov se odvijajo različne modifikacije, ki regulirajo izražanje genov. Med slednje spadata tudi acetilacija in deacetilacija, ki imata pomembno vlogo pri izražanju genov, ki so povezani s spominom in učenjem. V raziskavi so ugotovili, da je histon HDAC2 pri bolnikih z Alzheimerjevo demenco prisoten v preveliki meri, kar blokira izražanje genov, pomembnih za spomin. Ko so z inhibitorji zmanjšali nivo HDAC2 se je nevronom povrnila sinaptična plastičnost in izražanje s spominom povezanih genov. To znižanje HDAC2 pa se je pokazalo tudi kot izboljšanje kognitivnih funkcij (pri miših), kar pomeni, da bi te ugotovitve lahko imele pomembno vlogo pri zdravljenju Alzheimerjeve demence.

== Sara Bitenc: Okužba s Toxoplasmo gondii in povečana količina dopamina ==

Kljub veliki farmacevtski ponudbi cepiv in antibiotikov na tržišču se žal ne moremo izogniti nekaterim infekcijskih bolezni, katerih vzrok so mikroorganizmi. Eden izmed takšnih organizmov, ki povzroča povsem svetu razširjeno in zahrbtno bolezen t. i. toksoplazmozo, je Toxoplasma gondii, znotrajcelični zajedavec. Ta zahteva tako gostitelja kot tudi vmesnega gostitelja, da je življenjski cikel parazita sklenjen. Ciste parazita povzročajo kronično infekcijo, pri čemer se razširijo v gostiteljeve mišice in možgane (največjih delež teh se je nahajal v amygdali in nucleus accumbens – predela v možganih), v posameznih znotrajceličnih tkivnih cistah pa T. gondii tvori več sto bradiozit. Da bi znanstveniki podali zaključek v zvezi s spremembami količine dopamine, so s paraziti okužene možgane pri miših raziskovali s protitelesi dopamina in ugotovili,da parazit prevzame nadzor nad gostiteljsko celico in začne spreminjati nevrotransmitsko signalno transdukcijo, kar v organizmu izzove različne vedenjske spremembe. Glavna ugotovitev moje seminarske naloge je, da je količina sproščenega dopamina povezana s številom parazitov v gojeni kulturi. Poskusi, ki jih bom predstavila, so bili izvedeni »in vivo« in »in vitro«. Veriga interakcij med patogenom (tistim, ki povzroča bolezen – T. gondii) in njegovim gostiteljem (v našem primeru je ta žrtev naša npr. živčna celica) je torej zelo zapletena; nedolgo nazaj je znanstvenike begala povezava med parazitom in njegovim obnašanjem… Danes pa vemo, da je za spremembe v metabolizmu dopamina ključna T. gondii, ta dognanja pa bodo prispevala k razlagi razvoja bolezni pri bolnikih s toksoplazmozo in nekaterih psihovedenjskih bolezni.

== Jan Taškar: Mikrobske gorivne celice in uporaba umetnega konzorcija bakterij ==

Današnji svet se približuje energetski krizi, saj smo še vedno v preveliki meri odvisni od fosilnih goriv, ki jih bo kmalu zmanjkalo,a še vedno nimamo dovolj razvitih alternativnih virov energije, ki bi jih lahko nadomestili. Zato se stalno odkriva nove alternativne načine pridobivanja energije, kot so tudi mikrobske gorivne celice. Mikrobska gorivna celica ali MFC (microbial fuel cell), kot druge gorivne celice, proizvaja električni tok, le da za njegov nastanek izkorišča naravne procese mikroorganizmov, kjer se nek organski substrat razgradi in nastanejo elektroni. Sama ideja pridobivanja elektrike s pomočjo mikroorganizmov nam je znana že od leta 1911, vendar se je zanimanje za njih povečalo šele po sedemdesetih letih prejšnjega stoletja, ko so počasi začeli bolje razumevati mikroorganizme prisotne pri pridelavi elektrike, ter odkrivati nove načine za izboljšanje delovanja in s tem tudi potencial MFC-jev kot čisti vir energije. Dandanes je vloženo veliko truda v izboljšanje in tudi boljše razumevanje te zelo potencialne tehnologije, z namenom da bi nekegega dne lahko dosegli dovoljšen izkoristek da bi s pomočjo posebnih mikroorganizmov hkrati čistili odpadne vode, ter istočasno pridobivali dovolj elektriko za naše potrebe.

== Monika Biasizzo: Vloga TOR signalne poti pri regeneraciji tkiv ==

Regeneracija je proces obnavljanja, popravljanja in rasti, ki omogoče organizmom ustrezen odgovor na poškodbe ali motnje, ki negativno delujejo na organizem. Poškodovano ali izgubljeno tkivo morajo nadomestiti nove celice, zato sta potrebni celična rast in delitev. Celično rast in delitev sprožijo in omogočijo različne signalne poti in mehanizmi. Ena izmed pomembnih signalnih poti je TOR signalna pot. Protein TOR oziroma tarča rapamicina je glavni protein TOR signalne poti, ki vpliva na sintezo proteinov preko stimulacije mRNA translacije, transkripcije in biosinteze ribosomov. TOR signalna pot lahko sproži in zavre sintezo proteinov, glede na zunanje signale, kot so dostopnost hranil, rastni hormoni in nivo celične energije. Zaradi te signalne poti celica ob premajhni količini hranil in energije ne raste in se ne deli, saj je sinteza proteinov zavrta. Ta mehanizem omogoča celicam, da rastejo in se delijo le, ko imajo na voljo dovolj snovi. Vlogo TOR signalne poti pri regeneraciji tkiv so raziskovali pri ploskih črvih rodu Planaria, ker imajo izredno sposobnost regeneracije. Skupino, ki so jim utišali izražanje gena za protein TOR s tehnologijo RNAi so primerjali s kontrolno skupino med regeneracijo po amputaciji. Ugotovili so, da ima TOR signalna pot pomembno vlogo pri mitotski delitvi in tvorjenju blastem – novo tkivo, kjer se manjkajoče strukture regenerirajo. TOR signalna pot je v zadnjem času predmet raziskav za terapije proti raku in inhibicija TOR v planarijih nam lahko pokaže posledice dolgoročne inhibicije TOR signalne poti.

== Matic Urlep: Odpornost bakterij na sulfonamidne antibiotike ==

V današnjem času je vedno več bakterij, ki so postala odporna na veliko antibiotikov in to postaja vedno večji problem. V svojem seminarju bom opisal raziskavo znanstvenikov ustanove » St. Jude Children's Research Hospital «. Ti so se osredotočili na sulfonamidne antibiotike. Ti antibiotiki inhibirajo delovanje dihidropteroat sintaze, encima ki je ključen pri biosintezi folne kisline. Folat ali folna kislina pa pomaga pri sintezi DNA, popravi DNA in pri hitri celični delitvi. Sposobnost bakterij do prilagoditve je naredila te antibiotike skoraj neuporabne. Znanstveniki pod okriljem Mi-Kyung Yuna so se osredotočili na delovanje DHPS ( dihidropteroat sintaza ) in kaj se dogaja z aktivnim mestom med samo biosintezo dihidropteroata in kako sulfoamidi uničijo bakterije. Njihova odkritja odpirajo možnosti za proizvodnjo novih antibiotikov na katera bi se bakterije težje prilagodile in bi imeli manj stranskih učinkov.

== Maja Kostanjevec: Antioksidanti - spojine, ki lahko poškodujejo DNA ==

Antioksidanti so spojine, ki ščitijo celice pred škodljivimi radikali, ki nastajajo v procesu oksidacije. Njihovi učinki se danes raziskujejo v povezavi z različnimi boleznimi, saj je za njih značilno, da imajo na telo pozitivne učinke. Vendar pa je raziskava genotoksičnih spojin pokazala, da lahko nekateri v velikih koncentracijah poškodujejo DNA. Za določitev genotoksičnih spojin so raziskovalci ustvarili novo metodo analize, ki temelji na povišanju ravni proteina ATAD5. Ta se v celici pojavi ob poškodbi DNA, saj zavira genomsko nestabilnost in nastajanje tumorjev ter sodeluje pri popravljanju DNA. Za tri antioksidante (resveratrol, genisteinin in baicalein) so v raziskavi dokazali, da lahko uničijo celice, za katere je značilna hitra delitev, poleg tega pa so tudi selektivni, kar pomeni, da ne poškodujejo celic okoli njih. V celici ne povzročajo večjih preureditev in premestitev kromosomov. Te lastnosti omogočajo potencialno uporabo antioksidantov v prihodnosti pri zdravljenju raka, saj je moč njihove genotokičnosti primerljiva s trenutno uporabljajočimi kemoterapevtiki. Poleg tega pa so antioksidanti selektivni in ne povzročajo mutageneze, zaradi česar bi bili primernejši od zdajšnjih kemoterapevtikov. Vsekakor pa bo potrebno še več raziskav, ki bodo podrobneje pokazale, katere vrste rakastih celic ti antioksidanti uničujejo.

== Katja Leben: Vpliv zgradbe agregiranih proteinov na celico ==

S podaljševanjem življenske dobe postajajo vse bolj aktualne tudi nekatere bolezni, ki se pojavijo s starostjo, kot sta Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen. Obe sta povezani s proteinskimi agregati, ki se nalagajo v organizmu.
Preden proizvedeni protein doseže nativno stanje je kratek čas izpostavljen topilu in takrat lahko hidrofobni in polarni deli, ki tvorijo vodikove vezi, reagirajo intra ali pa intermolekularno, predvsem so k temu nagnjeni proteini, ki nimajo enotno določene sekundarne in terciarne strukture. V določenih pogojih, primer je tudi visoka koncentracija proteinov, ki je značilna za rekombinantne proteine, prevladajo intermolekularne interakcije in nastanejo agregati, kar privede do problemov pri ekspresiji rekombinantnega proteina.
Agregacija proteinov v celici je dokazano toksična, a do nedavnega je bil vpliv zgradbe proteinov, ki sestavljajo agregate, na celično kondicijo nepoznan. Izsledki raziskav kažejo, da je vpliv agregacije proteina na celico tesno povezan z aminokislinskim zaporedjem polipeptida, ki tvori agregat. Pogojuje stopnjo agregacije ter posredno strukturne in funkcionalne lastnosti agregata, od katerih je odvisen učinek šaperonov na agregate.
Ugotovitve raziskave so zagotovile osnovne podatke o vplivih mutacij v zaporedju na strukturne lastnosti agregatov, ki bodo omogočile predvidevanje vplivov proteinskih agregatov na kompleksnejše žive organizme in nadaljnje raziskave, ki bi vodile k razumevanju in posledično zdravljenju bolezni kot je Alzheimerjeva.

BIO1-seminar-2012

2012-03-19T21:24:30Z

Katja Leben: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||TAL efektorji - proteini za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matic Urlep
|-
| Ana Grom||Visokotehnološko zaznavanje rakavih celic dojk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/10/111028082715.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Svetlobno stikalo za bolečino|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120222093506.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Kako proteini v solzah uničijo nevarne bakterije||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120119143332.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Telomeri in nesmrtnost celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152612.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Specifično gibanje motornega proteina Dineina||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120113210652.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Razvoj plastidov in Paulinella||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152819.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Rubisco aktivaza|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111108104620.htm povezava] ||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Kako encimi RNA polimeraze regulirajo ekspresijo genov|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120301143743.htm povezava] ||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Botulinum toksin v kompleksu z NTNHA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223142628.htm]||21.03.||26.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Sintetični protein Oct4 amplificira gene matičnih celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216133922.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Možganski parazit Toxoplasma gondii in njegov vpliv na "možgansko kemijo"||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111104102125.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Matic Urlep||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Pridobivanje elektrike s stratosferskimi bakterijami||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221212614.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Ajda Rojc||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Staranje celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120123101831.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matej Vrhovnik
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Proteini za zaznavanje bolečine||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120219143049.htm povezava]||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Odpiranje ionskih kanalčkov s pomočjo svetlobe||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120228101710.htm povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Poprava DNA pri oskidativni škodi||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/12/111227153752.htm]||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar-2012

2012-03-19T21:17:02Z

Katja Leben: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||TAL efektorji - proteini za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matic Urlep
|-
| Ana Grom||Visokotehnološko zaznavanje rakavih celic dojk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/10/111028082715.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Svetlobno stikalo za bolečino|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120222093506.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Kako proteini v solzah uničijo nevarne bakterije||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120119143332.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Telomeri in nesmrtnost celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152612.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Specifično gibanje motornega proteina Dineina||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120113210652.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Razvoj plastidov in Paulinella||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152819.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Rubisco aktivaza|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111108104620.htm povezava] ||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Kako encimi RNA polimeraze regulirajo ekspresijo genov|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120301143743.htm povezava] ||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Botulinum toksin v kompleksu z NTNHA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223142628.htm]||21.03.||26.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Sintetični protein Oct4 amplificira gene matičnih celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216133922.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Možganski parazit Toxoplasma gondii in njegov vpliv na "možgansko kemijo"||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111104102125.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Matic Urlep||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Pridobivanje elektrike s stratosferskimi bakterijami||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221212614.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Ajda Rojc||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Staranje celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120123101831.htm]||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matej Vrhovnik
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Proteini za zaznavanje bolečine||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120219143049.htm povezava]||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Odpiranje ionskih kanalčkov s pomočjo svetlobe||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120228101710.htm povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Poprava DNA pri oskidativni škodi||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/12/111227153752.htm]||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar-2012

2012-03-11T19:39:50Z

Katja Leben: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||TAL efektorji - proteini za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matic Urlep
|-
| Ana Grom||Visokotehnološko zaznavanje rakavih celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/10/111028082715.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Svetlobno stikalo za bolečino|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120222093506.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Staranje in telomere||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152612.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Specifično gibanje motornega proteina Dineina||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120113210652.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Moj naslov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152819.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Rubisco aktivaza|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111108104620.htm povezava] ||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Kako encimi RNA polimeraze regulirajo ekspresijo genov|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120301143743.htm povezava] ||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Mikrobna produkcija biogoriv||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/09/110927134254.htm povezava]||21.03.||26.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Sintetični protein Oct4 amplificira gene matičnih celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216133922.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Možganski parazit Toxoplasma gondii in njegov vpliv na "možgansko kemijo"||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111104102125.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Matic Urlep||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Pridobivanje elektrike s stratosferskimi bakterijami||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221212614.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Ajda Rojc||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Zdravljenje raka s siRNA in njena dostava do celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227094331.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matej Vrhovnik
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Moj naslov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120219143049.htm povezava]||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Odpiranje ionskih kanalčkov s pomočjo svetlobe||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120228101710.htm povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar-2012

2012-02-29T21:34:59Z

Katja Leben: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||Struktura proteina za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matej Vrhovnik
|-
| Ana Grom||Protein TFF3 in rak na dojkah||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216094917.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Moj naslov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152819.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Mikrobna produkcija biogoriv||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/09/110927134254.htm povezava]||21.03.||26.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Ajda Rojc||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Matic Urlep||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Zdravljenje raka s siRNA in njena dostava do celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matic Urlep
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.