https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Kristjan+Stibilj 2026-04-17T11:06:23Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Popravljanje_neujemanja&diff=11528 2016-05-24T22:02:10Z

<p>Kristjan Stibilj: </p> <hr /> <div>Kristjan Stibilj: Popravljanje neujemanja + del MMR pri E. Coli<br /> <br /> Rok Miklavčič: od prepoznavanje neujemanja pri E. Coli do MMR pri človeku<br /> <br /> Sara Tekavec: MMR pri človeku</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Popravljanje_neujemanja&diff=11527 2016-05-24T22:00:07Z

<p>Kristjan Stibilj: </p> <hr /> <div>Kristjan Stibilj: Popravljanje neujemanja + prepoznavanje neujemanja pri E. Coli<br /> <br /> Rok Miklavčič: MMR pri E. Coli<br /> <br /> Sara Tekavec: MMR pri človeku</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Popravljanje_neujemanja&diff=11526 2016-05-24T21:59:56Z

<p>Kristjan Stibilj: </p> <hr /> <div>Kristjan Stibilj: Popravljanje neujemanja + prepoznavanje neujemanja pri E. Coli<br /> Rok Miklavčič: MMR pri E. Coli<br /> Sara Tekavec: MMR pri človeku</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_neujemanja&diff=11521 2016-05-24T21:49:52Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Popravljanje nujemanja */</p> <hr /> <div>=Popravljanje nujemanja=<br /> Popravljanje neujemanja (MMR - ang. mismatch repair) je eden izmed ključnih procesov pri ohranjanju genomske stabilnosti. MMR omogoči popravljanje dveh napačno povezanih komplementarnih baz ali dveh nevezanih baz, ki so nastale kot posledica delecije ali insercije med replikacijo in rekombinacijo DNA. Te napake so izjemno redke, saj DNA-polimeraza napačno veže le en nukleotid na vsakih 10^5 dodanih nukleotidov. Že sama DNA-polimeraza pa vsebuje tudi proofreading eksonukleazno aktivnost, ki zmanjša možnost napake še za 100-krat. Hčerinska veriga tako zapusti replikacijski kompleks z eno napako na 10^7 vezanih nukleotidov. Čeprav se zdi to zelo velika natančnost podvojevanja, za celico ni dovolj, saj je vsaka napaka na DNA potencialno škodljiva. MMR je eden od mehanizmov, ki skrbijo za še natančnejše podvojevanje, saj se z MMR možnost nepravilnosti pri podvojevanju in rekombinaciji DNA zmanjša še za dodatnih 100-krat, tako je končna verjetnost nastanka mutacije 1: 10^9. <br /> ===Splošen mehanizem===<br /> Med organizmi obstajata dva različna mehanizma popravljanja neujemanja, vendar je v osnovi princip delovanja enak. Specifični proteini, drsijo po DNA in z naključnimi vezavami iščejo morebitne nukleotidne napake. Mutacije povzročijo konformacijske spremembe teh proteinov, kar nato sproži aktivacijo endonukleaz. Te razgradijo odsek DNA okoli nepravilnosti in tako omogočijo, da lahko DNA-polimeraza ponovno sintizira komplementarno verigo, temu pa sledi ponoven proofreading. Bistvena razlika med mehanizmom E. Coli in nekaterimi njej podobnimi bakterijami ter ostalimi organizmi pa je razlikovanje med matrično verigo in novo nastalo DNA verigo, ki vsebuje napačno sparjen nukleotidni par oz. insercijo/delecijo. Natančen mehanizem bo predstavljen v nadaljevanju seminarja.<br /> <br /> ===Odsotnost MMR===<br /> Nepravilno delovanje MMR v celicah povzroča kopičenje mutacij v celici kar privede do različnih bolezenskih stanj. Eno izmed takih stanj je mikrosatelitska instabilnost (MSI microsatellite instability), kjer so DNA mikrosateliti na komplementarni verigi večkrat ponovljeni kot na matrični. Mikrosateliti so ponavljajoči se navadno od enega do 6 nukleotidov dolgi odseki DNA, ki se navadno nahajajo v nekodirajoči DNA. Težava nastopi, ko pride do mutacije mikrosatelita na kodirajoči verigi, saj pride takrat do fenotipskih sprememb. MSI je povzročitelj 15% vseh rakavih obolenj v prebavnem traktu, prav tako pa lahko povzroča tudi kožnega raka, raka urinalnega trakta in raka na možganih.<br /> <br /> =MMR pri E. coli=<br /> <br /> Prvotne raziskave in odkritja so potekale na modelnem organizmu E. Coli, čeprav so bili prvi geni za MMR odkriti pri S. pneumoniae. Z eksperimenti so bile uspešno karakterizirane vse komponente MMR, prav tako pa je bila ustvarjena tudi delujoča rekonstrukcija mehanizma in vitro. Pri popravljanju neujemanja pri E. coli sodeluje veliko proteinov, ki so funkcijsko in strukturno zelo raznoliki. Med glavnimi so Mut, DNA helikaza in eksonukleaze. Tak mehanizem imajo le še nekatere E. coli podobne bakterije, večina prokariontov in vsi evkarionti pa imajo drugačen mehanizem popravljanja, ki bo pojasnjen kasneje.<br /> <br /> ===Prepoznavanje neujemanja===<br /> <br /> Najprej protein MutS prepozna nepravilno sparjena nukleotida na DNA kratka nukleotidna insercijska/delecijska neujemanja. Na DNA je vezan kot homodimer, ki na začetku počasi rotira po DNA in išče neujemanje nukleotidov, tako da z bazami vzpostavlja naključne kontakte. Neujemanje baz prepoznava motiv Phe-X-Glu na A podenoti MutS, ki z nesparjenima bazama tvori vezi. Ko MutS naleti na neujemanje, pride tam do kratkotrajne zaustavitve proteina, zaradi interakcij z napačno sparjeno bazo. MutS je tudi ATP vezavni protein. Na mestu mutacije se v nukleotid vezavno domeno ene podenote veže ATP, iz druge podenote pa oddisociira ADP. Posledično MutS doživi konformacijsko spremembo v obliko drseče sponke. Po preurejanju strukture je DNA vezana v bolj ohlapnem žepu kot pred spremembo, kar omogoča hitrejšo difuzijo MutS po DNA, poleg tega pa je v novi konformaciji približno 30x zmanjšana hidrolitična aktivnost MutS. To je tudi razlog, da je nova konformacija stabilizirana na mestu neujemanja, saj je hidroliza ATP precej zmanjšana. Zanimivo je, da se na mestu neujemanja ADP iz MutS sprosti 10-30x hitreje kot na pravilno sparjeni DNA, kar je ključno stikalo za začetek popravljanja neujemanja. <br /> ===Razločevanje hčerinske verige===<br /> V naslednjem koraku protein MutL v obliki homodimera interagira z MutS, vezanim na DNA. Kompleks MutS-MutL od mesta mutacije oddifundira po DNA v 3' ali 5' smeri in ima sposobnosti vezati in aktivirati MutH. MutH je endonukleza, ki pri pri E. coli poskrbi za razločevanje materinske verige od hčerinske. MutH prepozna in se veže na tetranukleotidne motive d(GATC), ki so pri E. coli metilacijska mesta. Ker je komplementarni motiv d(CTAG) ravno obraten od izvornega, so metilacijska mesta na obeh verigah prisotna na isti lokaciji. Delovanje metilaz, ki skrbijo za metilacijo DNA na d(GATC) zaostaja za delovanjem DNA polimeraze za približno 2 minuti, zaradi česar je v tem času DNA metilirana zgolj na materinski verigi.To izkoristi MutH, saj se veže izključno na polovično metilirana d(GATC) mesta in tako poskrbi za prepoznavanje hčerinske verige.<br /> <br /> ===Zaključitev popravljanja===<br /> Kompleks MutS-MutL potuje po DNA od mesta mutacije in išče najbližje mesto, kjer je vezan MutH. Ko pride do interakcije med MutH, vezanim na d(GATC), in drsečim kompleksom MutS-MutL, se MutH aktivira in cepi hčerinsko verigo DNA v motivu d(GATC). Po rezanju DNA MutL rekrutira helikazo UvrD, ki razvije dvoverižno DNA od mesta zareze proti mestu mutacije. Na novo nastalo enoverižno DNA se vežejo SSB proteini in jo stabilizirajo, ter eksonukleaza, ki razgradi hčerinsko verigo DNA od zareze do mesta mutacije. Ker je najbližje d(GATC) mesto lahko v 3'- ali 5'-smeri od mesta mutacije, za razgradnjo DNA potrebujemo dve različni eksonukleazi. V primeru, da je najbližji MutH vezan v 5'-smeri od mutacije v razgradnji sodeluje 5'→3' eksonukleaza, v nasprotnem primeru pa 3'→5' eksonukleaza. Po delovanju eksonuklaze vrzel v DNA zapolni holoencim DNA-polimeraza III, ki sintetizira DNA od 5'-konca vrzeli proti njenemu 3'-koncu. Zadnji nukleotid, ki ga doda DNA polimeraza III, z ostalo hčerinsko verigo poveže DNA-ligaza. V primeru, da je napaka popravljena nato s krajšim časovnim zamikom deoksiadenozin metilaza dokončno metilira adenin v d(GATC) mestu.<br /> <br /> = MMR pri človeku =<br /> Kot je bilo omenjeno je bistvena razlika pri popravljanju neujemanja E. Coli in ostalih prokariontov ter evkariontov razlikovanje med matrično in novo nastalo mutirano DNA verigo. Specifičen signal za razlikovanje predstavljajo prehodne zareze na 3' koncu vodilne verige in med Okazakijevimi fragmenti. Pri tem ima ključno vlogo tudi drsna vponka PCNA.<br /> <br /> <br /> ==MutS in MutL homologi: ==<br /> Pri prepoznavanju napak sodelujejo heterodimeri MutS homologov (MSH2, MSH3, MSH6). Dimer MSH2-MSH6 se imenuje MutSα in prepozna neujamanje v enem baznem paru ali krajše insercijske/delecijske zanke (1-2 nesparjen nukleotidni par). Dimer MSH2-MSH3 oz. MutSẞ prepozna le daljše insercijske/delecijske zanke (2-10 baz). Poznani so 4 MutL homologi: MLH1, MLH3, PMS1 in PMS2. Ključno vlogo pri popravljanju ima dimer MLH1-PMS2 oz MutLα. Ostala dva dimera MutLẞ (MLH1-PMS1) in MutLγ (MLH1-MLH3) sta manj raziskana. MutH homologov pri evkariontih ni, njihovo endonukleazno aktivnost pa zato vsebuje MutLα, in sicer podenota PMS2.<br /> <br /> ==Kompleksen MMR usmerjen z 3' ali 5' zarezo==<br /> MutSα prepozna in se veže na napačen nukleotid z dobro ohranjenim Phe-X-Glu zaporedjem v podenoti MSH6, pri tem pa ukrivi DNA vijačnico. Temu sledi zamenjava ADP z ATP na MSH6 in preureditev MutSα v bolj odprto konformacijsko obliko, ki omogoči nadaljnje drsenje MutSα po DNA. Na kompleks MutSα-ATP-DNA se nato veže MutLα. Ta na predhodno zarezani verigi uvede novo zarezo, stran od napačno sparjenega nukleotidnega para. Zato da MutLα zareže pravo verigo, je zaslužna drsna vponka PCNA. Le-ta se namreč s pomočjo nalagalca RFC veže na že obstoječo zarezo in interagira z MutSα-MutLα kompleksom. Glede na to, kako se PCNA orientira okrog obstoječe zareze, je določena smer, v katero bo MutLα uvedla novo zarezo. Ko je predel z napako zarezan iz obeh strani, svoje delo opravi še eksonukleaza. Pri evkariontih sodeluje le ena eksonukleaza EXO1, ki del z napačno sparjenim nukleotidom vedno izreže v smeri 5' proti 3'. Na predel ssDNA se veže RPA, ki DNA stabilizira in onemogoči nadaljno hidrolizo. Nov del verige sintetizira DNA polimeraza δ. Zadnji korak v popravljanju pa vključuje DNA ligazo I, ki nov del verige tudi poveže z že obstoječo verigo.<br /> Shematski prikaz je dostopen [https://www.researchgate.net/publication/23801310_DNA_Repair_in_mammalian_cells_Mismatched_repair_variations_on_a_theme/figures?lo=1 tukaj].<br /> <br /> ==Enostaven MMR usmerjen z 5' zarezo==<br /> Ta mehanizem je verjetno značilen za popravljanje napak na zastajajoči verigi med Okazakijevimi fragmenti. Vezava MutSα na napačno sparjen nukleotidni par aktivira eksonukleazo EXO1, ki hidrolizira zarezano verigo z napačno bazo v smeri od 5'-konca proti 3'-koncu. V tem primeru aktivnost MutLα ni potrebna. Nadaljni proces sinteze novega dela je enak prejšnjemu.<br /> <br /> = Viri =<br /> [1] Li, G.-M. Mechanisms and functions of DNA mismatch repair. Cell Res. 18, 85–98 (2008).<br /> <br /> [2] Porter, G., Westmoreland, J., Priebe, S. &amp; Resnick, M. A. Homologous and homeologous intermolecular gene conversion are not differentially affected by mutations in the DNA damage or the mismatch repair genes RAD1, RAD50, RAD51, RAD52, RAD54, PMS1 and MSH Genetics 143, 755–67 (1996).<br /> <br /> [3] Groothuizen, F. S. et al. MutS/MutL crystal structure reveals that the MutS sliding clamp loads MutL onto DNA. Elife 4, e06744 (2015).<br /> <br /> [4]      P. Modrich, ”Mechanisms in eukaryotic mismatch repair,” J Biol Chem, 2006. 281(41):30305-30309.<br /> <br /> [5]      B.E. Tropp: Principles of Molecular Bilogy, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_neujemanja&diff=11519 2016-05-24T21:48:53Z

<p>Kristjan Stibilj: /* MMR pri E. coli */</p> <hr /> <div>=Popravljanje nujemanja=<br /> Popravljanje neujemanja (MMR - ang. mismatch repair) je eden izmed ključnih procesov pri ohranjanju genomske stabilnosti. MMR omogoči popravljanje dveh napačno povezanih komplementarnih baz ali dveh nevezanih baz, ki so nastale kot posledica delecije ali insercije med replikacijo in rekombinacijo DNA. Te napake so izjemno redke, saj DNA-polimeraza napačno veže le en nukleotid na vsakih 10^5 dodanih nukleotidov. Že sama DNA-polimeraza pa vsebuje tudi proofreading eksonukleazno aktivnost, ki zmanjša možnost napake še za 100-krat. Hčerinska veriga tako zapusti replikacijski kompleks z eno napako na 10^7 vezanih nukleotidov. Čeprav se zdi to zelo velika natančnost podvojevanja, za celico ni dovolj, saj je vsaka napaka na DNA potencialno škodljiva. MMR je eden od mehanizmov, ki skrbijo za še natančnejše podvojevanje, saj se z MMR možnost nepravilnosti pri podvojevanju in rekombinaciji DNA zmanjša še za dodatnih 100-krat, tako je končna verjetnost nastanka mutacije 1: 10^9. <br /> Med organizmi obstajata dva različna mehanizma popravljanja neujemanja, vendar je v osnovi princip delovanja enak. Specifični proteini, drsijo po DNA in z naključnimi vezavami iščejo morebitne nukleotidne napake. Mutacije povzročijo konformacijske spremembe teh proteinov, kar nato sproži aktivacijo endonukleaz. Te razgradijo odsek DNA okoli nepravilnosti in tako omogočijo, da lahko DNA-polimeraza ponovno sintizira komplementarno verigo, temu pa sledi ponoven proofreading. Bistvena razlika med mehanizmom E. Coli in nekaterimi njej podobnimi bakterijami ter ostalimi organizmi pa je razlikovanje med matrično verigo in novo nastalo DNA verigo, ki vsebuje napačno sparjen nukleotidni par oz. insercijo/delecijo. Natančen mehanizem bo predstavljen v nadaljevanju seminarja.<br /> <br /> ===Odsotnost MMR===<br /> Nepravilno delovanje MMR v celicah povzroča kopičenje mutacij v celici kar privede do različnih bolezenskih stanj. Eno izmed takih stanj je mikrosatelitska instabilnost (MSI microsatellite instability), kjer so DNA mikrosateliti na komplementarni verigi večkrat ponovljeni kot na matrični. Mikrosateliti so ponavljajoči se navadno od enega do 6 nukleotidov dolgi odseki DNA, ki se navadno nahajajo v nekodirajoči DNA. Težava nastopi, ko pride do mutacije mikrosatelita na kodirajoči verigi, saj pride takrat do fenotipskih sprememb. MSI je povzročitelj 15% vseh rakavih obolenj v prebavnem traktu, prav tako pa lahko povzroča tudi kožnega raka, raka urinalnega trakta in raka na možganih.<br /> <br /> =MMR pri E. coli=<br /> <br /> Prvotne raziskave in odkritja so potekale na modelnem organizmu E. Coli, čeprav so bili prvi geni za MMR odkriti pri S. pneumoniae. Z eksperimenti so bile uspešno karakterizirane vse komponente MMR, prav tako pa je bila ustvarjena tudi delujoča rekonstrukcija mehanizma in vitro. Pri popravljanju neujemanja pri E. coli sodeluje veliko proteinov, ki so funkcijsko in strukturno zelo raznoliki. Med glavnimi so Mut, DNA helikaza in eksonukleaze. Tak mehanizem imajo le še nekatere E. coli podobne bakterije, večina prokariontov in vsi evkarionti pa imajo drugačen mehanizem popravljanja, ki bo pojasnjen kasneje.<br /> <br /> ===Prepoznavanje neujemanja===<br /> <br /> Najprej protein MutS prepozna nepravilno sparjena nukleotida na DNA kratka nukleotidna insercijska/delecijska neujemanja. Na DNA je vezan kot homodimer, ki na začetku počasi rotira po DNA in išče neujemanje nukleotidov, tako da z bazami vzpostavlja naključne kontakte. Neujemanje baz prepoznava motiv Phe-X-Glu na A podenoti MutS, ki z nesparjenima bazama tvori vezi. Ko MutS naleti na neujemanje, pride tam do kratkotrajne zaustavitve proteina, zaradi interakcij z napačno sparjeno bazo. MutS je tudi ATP vezavni protein. Na mestu mutacije se v nukleotid vezavno domeno ene podenote veže ATP, iz druge podenote pa oddisociira ADP. Posledično MutS doživi konformacijsko spremembo v obliko drseče sponke. Po preurejanju strukture je DNA vezana v bolj ohlapnem žepu kot pred spremembo, kar omogoča hitrejšo difuzijo MutS po DNA, poleg tega pa je v novi konformaciji približno 30x zmanjšana hidrolitična aktivnost MutS. To je tudi razlog, da je nova konformacija stabilizirana na mestu neujemanja, saj je hidroliza ATP precej zmanjšana. Zanimivo je, da se na mestu neujemanja ADP iz MutS sprosti 10-30x hitreje kot na pravilno sparjeni DNA, kar je ključno stikalo za začetek popravljanja neujemanja. <br /> ===Razločevanje hčerinske verige===<br /> V naslednjem koraku protein MutL v obliki homodimera interagira z MutS, vezanim na DNA. Kompleks MutS-MutL od mesta mutacije oddifundira po DNA v 3' ali 5' smeri in ima sposobnosti vezati in aktivirati MutH. MutH je endonukleza, ki pri pri E. coli poskrbi za razločevanje materinske verige od hčerinske. MutH prepozna in se veže na tetranukleotidne motive d(GATC), ki so pri E. coli metilacijska mesta. Ker je komplementarni motiv d(CTAG) ravno obraten od izvornega, so metilacijska mesta na obeh verigah prisotna na isti lokaciji. Delovanje metilaz, ki skrbijo za metilacijo DNA na d(GATC) zaostaja za delovanjem DNA polimeraze za približno 2 minuti, zaradi česar je v tem času DNA metilirana zgolj na materinski verigi.To izkoristi MutH, saj se veže izključno na polovično metilirana d(GATC) mesta in tako poskrbi za prepoznavanje hčerinske verige.<br /> <br /> ===Zaključitev popravljanja===<br /> Kompleks MutS-MutL potuje po DNA od mesta mutacije in išče najbližje mesto, kjer je vezan MutH. Ko pride do interakcije med MutH, vezanim na d(GATC), in drsečim kompleksom MutS-MutL, se MutH aktivira in cepi hčerinsko verigo DNA v motivu d(GATC). Po rezanju DNA MutL rekrutira helikazo UvrD, ki razvije dvoverižno DNA od mesta zareze proti mestu mutacije. Na novo nastalo enoverižno DNA se vežejo SSB proteini in jo stabilizirajo, ter eksonukleaza, ki razgradi hčerinsko verigo DNA od zareze do mesta mutacije. Ker je najbližje d(GATC) mesto lahko v 3'- ali 5'-smeri od mesta mutacije, za razgradnjo DNA potrebujemo dve različni eksonukleazi. V primeru, da je najbližji MutH vezan v 5'-smeri od mutacije v razgradnji sodeluje 5'→3' eksonukleaza, v nasprotnem primeru pa 3'→5' eksonukleaza. Po delovanju eksonuklaze vrzel v DNA zapolni holoencim DNA-polimeraza III, ki sintetizira DNA od 5'-konca vrzeli proti njenemu 3'-koncu. Zadnji nukleotid, ki ga doda DNA polimeraza III, z ostalo hčerinsko verigo poveže DNA-ligaza. V primeru, da je napaka popravljena nato s krajšim časovnim zamikom deoksiadenozin metilaza dokončno metilira adenin v d(GATC) mestu.<br /> <br /> =MMR pri človeku=<br /> Kot je bilo omenjeno je bistvena razlika pri popravljanju neujemanja E. Coli in ostalih prokariontov ter evkariontov razlikovanje med matrično in novo nastalo mutirano DNA verigo. Specifičen signal za razlikovanje predstavljajo prehodne zareze na 3' koncu vodilne verige in med Okazakijevimi fragmenti. Pri tem ima ključno vlogo tudi drsna vponka PCNA.<br /> <br /> <br /> ==MutS in MutL homologi: ==<br /> Pri prepoznavanju napak sodelujejo heterodimeri MutS homologov (MSH2, MSH3, MSH6). Dimer MSH2-MSH6 se imenuje MutSα in prepozna neujamanje v enem baznem paru ali krajše insercijske/delecijske zanke (1-2 nesparjen nukleotidni par). Dimer MSH2-MSH3 oz. MutSẞ prepozna le daljše insercijske/delecijske zanke (2-10 baz). Poznani so 4 MutL homologi: MLH1, MLH3, PMS1 in PMS2. Ključno vlogo pri popravljanju ima dimer MLH1-PMS2 oz MutLα. Ostala dva dimera MutLẞ (MLH1-PMS1) in MutLγ (MLH1-MLH3) sta manj raziskana. MutH homologov pri evkariontih ni, njihovo endonukleazno aktivnost pa zato vsebuje MutLα, in sicer podenota PMS2.<br /> <br /> ==Kompleksen MMR usmerjen z 3' ali 5' zarezo==<br /> MutSα prepozna in se veže na napačen nukleotid z dobro ohranjenim Phe-X-Glu zaporedjem v podenoti MSH6, pri tem pa ukrivi DNA vijačnico. Temu sledi zamenjava ADP z ATP na MSH6 in preureditev MutSα v bolj odprto konformacijsko obliko, ki omogoči nadaljnje drsenje MutSα po DNA. Na kompleks MutSα-ATP-DNA se nato veže MutLα. Ta na predhodno zarezani verigi uvede novo zarezo, stran od napačno sparjenega nukleotidnega para. Zato da MutLα zareže pravo verigo, je zaslužna drsna vponka PCNA. Le-ta se namreč s pomočjo nalagalca RFC veže na že obstoječo zarezo in interagira z MutSα-MutLα kompleksom. Glede na to, kako se PCNA orientira okrog obstoječe zareze, je določena smer, v katero bo MutLα uvedla novo zarezo. Ko je predel z napako zarezan iz obeh strani, svoje delo opravi še eksonukleaza. Pri evkariontih sodeluje le ena eksonukleaza EXO1, ki del z napačno sparjenim nukleotidom vedno izreže v smeri 5' proti 3'. Na predel ssDNA se veže RPA, ki DNA stabilizira in onemogoči nadaljno hidrolizo. Nov del verige sintetizira DNA polimeraza δ. Zadnji korak v popravljanju pa vključuje DNA ligazo I, ki nov del verige tudi poveže z že obstoječo verigo.<br /> Shematski prikaz je dostopen [https://www.researchgate.net/publication/23801310_DNA_Repair_in_mammalian_cells_Mismatched_repair_variations_on_a_theme/figures?lo=1 tukaj].<br /> <br /> ==Enostaven MMR usmerjen z 5' zarezo==<br /> Ta mehanizem je verjetno značilen za popravljanje napak na zastajajoči verigi med Okazakijevimi fragmenti. Vezava MutSα na napačno sparjen nukleotidni par aktivira eksonukleazo EXO1, ki hidrolizira zarezano verigo z napačno bazo v smeri od 5'-konca proti 3'-koncu. V tem primeru aktivnost MutLα ni potrebna. Nadaljni proces sinteze novega dela je enak prejšnjemu.<br /> <br /> = Viri =<br /> [1] Li, G.-M. Mechanisms and functions of DNA mismatch repair. Cell Res. 18, 85–98 (2008).<br /> <br /> [2] Porter, G., Westmoreland, J., Priebe, S. &amp; Resnick, M. A. Homologous and homeologous intermolecular gene conversion are not differentially affected by mutations in the DNA damage or the mismatch repair genes RAD1, RAD50, RAD51, RAD52, RAD54, PMS1 and MSH Genetics 143, 755–67 (1996).<br /> <br /> [3] Groothuizen, F. S. et al. MutS/MutL crystal structure reveals that the MutS sliding clamp loads MutL onto DNA. Elife 4, e06744 (2015).<br /> <br /> [4]      P. Modrich, ”Mechanisms in eukaryotic mismatch repair,” J Biol Chem, 2006. 281(41):30305-30309.<br /> <br /> [5]      B.E. Tropp: Principles of Molecular Bilogy, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_neujemanja&diff=11517 2016-05-24T21:47:53Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Popravljanje nujemanja */</p> <hr /> <div>=Popravljanje nujemanja=<br /> Popravljanje neujemanja (MMR - ang. mismatch repair) je eden izmed ključnih procesov pri ohranjanju genomske stabilnosti. MMR omogoči popravljanje dveh napačno povezanih komplementarnih baz ali dveh nevezanih baz, ki so nastale kot posledica delecije ali insercije med replikacijo in rekombinacijo DNA. Te napake so izjemno redke, saj DNA-polimeraza napačno veže le en nukleotid na vsakih 10^5 dodanih nukleotidov. Že sama DNA-polimeraza pa vsebuje tudi proofreading eksonukleazno aktivnost, ki zmanjša možnost napake še za 100-krat. Hčerinska veriga tako zapusti replikacijski kompleks z eno napako na 10^7 vezanih nukleotidov. Čeprav se zdi to zelo velika natančnost podvojevanja, za celico ni dovolj, saj je vsaka napaka na DNA potencialno škodljiva. MMR je eden od mehanizmov, ki skrbijo za še natančnejše podvojevanje, saj se z MMR možnost nepravilnosti pri podvojevanju in rekombinaciji DNA zmanjša še za dodatnih 100-krat, tako je končna verjetnost nastanka mutacije 1: 10^9. <br /> Med organizmi obstajata dva različna mehanizma popravljanja neujemanja, vendar je v osnovi princip delovanja enak. Specifični proteini, drsijo po DNA in z naključnimi vezavami iščejo morebitne nukleotidne napake. Mutacije povzročijo konformacijske spremembe teh proteinov, kar nato sproži aktivacijo endonukleaz. Te razgradijo odsek DNA okoli nepravilnosti in tako omogočijo, da lahko DNA-polimeraza ponovno sintizira komplementarno verigo, temu pa sledi ponoven proofreading. Bistvena razlika med mehanizmom E. Coli in nekaterimi njej podobnimi bakterijami ter ostalimi organizmi pa je razlikovanje med matrično verigo in novo nastalo DNA verigo, ki vsebuje napačno sparjen nukleotidni par oz. insercijo/delecijo. Natančen mehanizem bo predstavljen v nadaljevanju seminarja.<br /> <br /> ===Odsotnost MMR===<br /> Nepravilno delovanje MMR v celicah povzroča kopičenje mutacij v celici kar privede do različnih bolezenskih stanj. Eno izmed takih stanj je mikrosatelitska instabilnost (MSI microsatellite instability), kjer so DNA mikrosateliti na komplementarni verigi večkrat ponovljeni kot na matrični. Mikrosateliti so ponavljajoči se navadno od enega do 6 nukleotidov dolgi odseki DNA, ki se navadno nahajajo v nekodirajoči DNA. Težava nastopi, ko pride do mutacije mikrosatelita na kodirajoči verigi, saj pride takrat do fenotipskih sprememb. MSI je povzročitelj 15% vseh rakavih obolenj v prebavnem traktu, prav tako pa lahko povzroča tudi kožnega raka, raka urinalnega trakta in raka na možganih.<br /> <br /> =MMR pri E. coli=<br /> <br /> Prvotne raziskave in odkritja so potekale na modelnem organizmu E. Coli, čeprav so bili prvi geni za MMR odkriti pri S. pneumoniae. Z eksperimenti so bile uspešno karakterizirane vse komponente MMR, prav tako pa je bila ustvarjena tudi delujoča rekonstrukcija mehanizma in vitro. Pri popravljanju neujemanja pri E. coli sodeluje veliko proteinov, ki so funkcijsko in strukturno zelo raznoliki. Med glavnimi so Mut, DNA helikaza in eksonukleaze. Tak mehanizem imajo le še nekatere E. coli podobne bakterije, večina prokariontov in vsi evkarionti pa imajo drugačen mehanizem popravljanja, ki bo pojasnjen kasneje.<br /> <br /> ===Mehanizem popravljanja neujemanja pri E. coli:===<br /> <br /> Najprej protein MutS prepozna nepravilno sparjena nukleotida na DNA kratka nukleotidna insercijska/delecijska neujemanja. Na DNA je vezan kot homodimer, ki na začetku počasi rotira po DNA in išče neujemanje nukleotidov, tako da z bazami vzpostavlja naključne kontakte. Neujemanje baz prepoznava motiv Phe-X-Glu na A podenoti MutS, ki z nesparjenima bazama tvori vezi. Ko MutS naleti na neujemanje, pride tam do kratkotrajne zaustavitve proteina, zaradi interakcij z napačno sparjeno bazo. MutS je tudi ATP vezavni protein. Na mestu mutacije se v nukleotid vezavno domeno ene podenote veže ATP, iz druge podenote pa oddisociira ADP. Posledično MutS doživi konformacijsko spremembo v obliko drseče sponke. Po preurejanju strukture je DNA vezana v bolj ohlapnem žepu kot pred spremembo, kar omogoča hitrejšo difuzijo MutS po DNA, poleg tega pa je v novi konformaciji približno 30x zmanjšana hidrolitična aktivnost MutS. To je tudi razlog, da je nova konformacija stabilizirana na mestu neujemanja, saj je hidroliza ATP precej zmanjšana. Zanimivo je, da se na mestu neujemanja ADP iz MutS sprosti 10-30x hitreje kot na pravilno sparjeni DNA, kar je ključno stikalo za začetek popravljanja neujemanja. <br /> ===Razločevanje hčerinske verige===<br /> V naslednjem koraku protein MutL v obliki homodimera interagira z MutS, vezanim na DNA. Kompleks MutS-MutL od mesta mutacije oddifundira po DNA v 3' ali 5' smeri in ima sposobnosti vezati in aktivirati MutH. MutH je endonukleza, ki pri pri E. coli poskrbi za razločevanje materinske verige od hčerinske. MutH prepozna in se veže na tetranukleotidne motive d(GATC), ki so pri E. coli metilacijska mesta. Ker je komplementarni motiv d(CTAG) ravno obraten od izvornega, so metilacijska mesta na obeh verigah prisotna na isti lokaciji. Delovanje metilaz, ki skrbijo za metilacijo DNA na d(GATC) zaostaja za delovanjem DNA polimeraze za približno 2 minuti, zaradi česar je v tem času DNA metilirana zgolj na materinski verigi.To izkoristi MutH, saj se veže izključno na polovično metilirana d(GATC) mesta in tako poskrbi za prepoznavanje hčerinske verige.<br /> <br /> ===Zaključitev popravljanja===<br /> Kompleks MutS-MutL potuje po DNA od mesta mutacije in išče najbližje mesto, kjer je vezan MutH. Ko pride do interakcije med MutH, vezanim na d(GATC), in drsečim kompleksom MutS-MutL, se MutH aktivira in cepi hčerinsko verigo DNA v motivu d(GATC). Po rezanju DNA MutL rekrutira helikazo UvrD, ki razvije dvoverižno DNA od mesta zareze proti mestu mutacije. Na novo nastalo enoverižno DNA se vežejo SSB proteini in jo stabilizirajo, ter eksonukleaza, ki razgradi hčerinsko verigo DNA od zareze do mesta mutacije. Ker je najbližje d(GATC) mesto lahko v 3'- ali 5'-smeri od mesta mutacije, za razgradnjo DNA potrebujemo dve različni eksonukleazi. V primeru, da je najbližji MutH vezan v 5'-smeri od mutacije v razgradnji sodeluje 5'→3' eksonukleaza, v nasprotnem primeru pa 3'→5' eksonukleaza. Po delovanju eksonuklaze vrzel v DNA zapolni holoencim DNA-polimeraza III, ki sintetizira DNA od 5'-konca vrzeli proti njenemu 3'-koncu. Zadnji nukleotid, ki ga doda DNA polimeraza III, z ostalo hčerinsko verigo poveže DNA-ligaza. V primeru, da je napaka popravljena nato s krajšim časovnim zamikom deoksiadenozin metilaza dokončno metilira adenin v d(GATC) mestu.<br /> <br /> =MMR pri človeku=<br /> Kot je bilo omenjeno je bistvena razlika pri popravljanju neujemanja E. Coli in ostalih prokariontov ter evkariontov razlikovanje med matrično in novo nastalo mutirano DNA verigo. Specifičen signal za razlikovanje predstavljajo prehodne zareze na 3' koncu vodilne verige in med Okazakijevimi fragmenti. Pri tem ima ključno vlogo tudi drsna vponka PCNA.<br /> <br /> <br /> ==MutS in MutL homologi: ==<br /> Pri prepoznavanju napak sodelujejo heterodimeri MutS homologov (MSH2, MSH3, MSH6). Dimer MSH2-MSH6 se imenuje MutSα in prepozna neujamanje v enem baznem paru ali krajše insercijske/delecijske zanke (1-2 nesparjen nukleotidni par). Dimer MSH2-MSH3 oz. MutSẞ prepozna le daljše insercijske/delecijske zanke (2-10 baz). Poznani so 4 MutL homologi: MLH1, MLH3, PMS1 in PMS2. Ključno vlogo pri popravljanju ima dimer MLH1-PMS2 oz MutLα. Ostala dva dimera MutLẞ (MLH1-PMS1) in MutLγ (MLH1-MLH3) sta manj raziskana. MutH homologov pri evkariontih ni, njihovo endonukleazno aktivnost pa zato vsebuje MutLα, in sicer podenota PMS2.<br /> <br /> ==Kompleksen MMR usmerjen z 3' ali 5' zarezo==<br /> MutSα prepozna in se veže na napačen nukleotid z dobro ohranjenim Phe-X-Glu zaporedjem v podenoti MSH6, pri tem pa ukrivi DNA vijačnico. Temu sledi zamenjava ADP z ATP na MSH6 in preureditev MutSα v bolj odprto konformacijsko obliko, ki omogoči nadaljnje drsenje MutSα po DNA. Na kompleks MutSα-ATP-DNA se nato veže MutLα. Ta na predhodno zarezani verigi uvede novo zarezo, stran od napačno sparjenega nukleotidnega para. Zato da MutLα zareže pravo verigo, je zaslužna drsna vponka PCNA. Le-ta se namreč s pomočjo nalagalca RFC veže na že obstoječo zarezo in interagira z MutSα-MutLα kompleksom. Glede na to, kako se PCNA orientira okrog obstoječe zareze, je določena smer, v katero bo MutLα uvedla novo zarezo. Ko je predel z napako zarezan iz obeh strani, svoje delo opravi še eksonukleaza. Pri evkariontih sodeluje le ena eksonukleaza EXO1, ki del z napačno sparjenim nukleotidom vedno izreže v smeri 5' proti 3'. Na predel ssDNA se veže RPA, ki DNA stabilizira in onemogoči nadaljno hidrolizo. Nov del verige sintetizira DNA polimeraza δ. Zadnji korak v popravljanju pa vključuje DNA ligazo I, ki nov del verige tudi poveže z že obstoječo verigo.<br /> Shematski prikaz je dostopen [https://www.researchgate.net/publication/23801310_DNA_Repair_in_mammalian_cells_Mismatched_repair_variations_on_a_theme/figures?lo=1 tukaj].<br /> <br /> ==Enostaven MMR usmerjen z 5' zarezo==<br /> Ta mehanizem je verjetno značilen za popravljanje napak na zastajajoči verigi med Okazakijevimi fragmenti. Vezava MutSα na napačno sparjen nukleotidni par aktivira eksonukleazo EXO1, ki hidrolizira zarezano verigo z napačno bazo od 5' proti 3' koncu. V tem primeru aktivnost MutLα ni potrebna. Nadaljni proces sinteze novega dela je enak prejšnjemu.<br /> <br /> = Viri =<br /> [1] Li, G.-M. Mechanisms and functions of DNA mismatch repair. Cell Res. 18, 85–98 (2008).<br /> <br /> [2] Porter, G., Westmoreland, J., Priebe, S. &amp; Resnick, M. A. Homologous and homeologous intermolecular gene conversion are not differentially affected by mutations in the DNA damage or the mismatch repair genes RAD1, RAD50, RAD51, RAD52, RAD54, PMS1 and MSH Genetics 143, 755–67 (1996).<br /> <br /> [3] Groothuizen, F. S. et al. MutS/MutL crystal structure reveals that the MutS sliding clamp loads MutL onto DNA. Elife 4, e06744 (2015).<br /> <br /> [4]      P. Modrich, ”Mechanisms in eukaryotic mismatch repair,” J Biol Chem, 2006. 281(41):30305-30309.<br /> <br /> [5]      B.E. Tropp: Principles of Molecular Bilogy, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_neujemanja&diff=11516 2016-05-24T21:47:20Z

<p>Kristjan Stibilj: /* MMR pri E. coli */</p> <hr /> <div>=Popravljanje nujemanja=<br /> Popravljanje neujemanja (MMR - ang. mismatch repair) je eden izmed ključnih procesov pri ohranjanju genomske stabilnosti. MMR omogoči popravljanje dveh napačno povezanih komplementarnih baz ali dveh nevezanih baz, ki so nastale kot posledica delecije ali insercije med replikacijo in rekombinacijo DNA. Te napake so izjemno redke, saj DNA-polimeraza napačno veže le en nukleotid na vsakih 10^5 dodanih nukleotidov. Že sama DNA-polimeraza pa vsebuje tudi proofreading eksonukleazno aktivnost, ki zmanjša možnost napake še za 100-krat. Hčerinska veriga tako zapusti replikacijski kompleks z eno napako na 10^7 vezanih nukleotidov. Čeprav se zdi to zelo velika natančnost podvojevanja, za celico ni dovolj, saj je vsaka napaka na DNA potencialno škodljiva. MMR je eden od mehanizmov, ki skrbijo za še natančnejše podvojevanje, saj se z MMR možnost nepravilnosti pri podvojevanju in rekombinaciji DNA zmanjša še za dodatnih 100-krat, tako je končna verjetnost nastanka mutacije 1: 10^9. <br /> Med organizmi obstajata dva različna mehanizma popravljanja neujemanja, vendar je v osnovi princip delovanja enak. Specifični proteini, drsijo po DNA in z naključnimi vezavami iščejo morebitne nukleotidne napake. Mutacije povzročijo konformacijske spremembe teh proteinov, kar nato sproži aktivacijo endonukleaz. Te razgradijo odsek DNA okoli nepravilnosti in tako omogočijo, da lahko DNA-polimeraza ponovno sintizira komplementarno verigo, temu pa sledi ponoven proofreading. Bistvena razlika med mehanizmom E. Coli in nekaterimi njej podobnimi bakterijami ter ostalimi organizmi pa je razlikovanje med matrično verigo in novo nastalo DNA verigo, ki vsebuje napačno sparjen nukleotidni par oz. insercijo/delecijo. Natančen mehanizem bo predstavljen v nadaljevanju seminarja.<br /> <br /> ==Odsotnost MMR==<br /> Nepravilno delovanje MMR v celicah povzroča kopičenje mutacij v celici kar privede do različnih bolezenskih stanj. Eno izmed takih stanj je mikrosatelitska instabilnost (MSI microsatellite instability), kjer so DNA mikrosateliti na komplementarni verigi večkrat ponovljeni kot na matrični. Mikrosateliti so ponavljajoči se navadno od enega do 6 nukleotidov dolgi odseki DNA, ki se navadno nahajajo v nekodirajoči DNA. Težava nastopi, ko pride do mutacije mikrosatelita na kodirajoči verigi, saj pride takrat do fenotipskih sprememb. MSI je povzročitelj 15% vseh rakavih obolenj v prebavnem traktu, prav tako pa lahko povzroča tudi kožnega raka, raka urinalnega trakta in raka na možganih. <br /> <br /> =MMR pri E. coli=<br /> <br /> Prvotne raziskave in odkritja so potekale na modelnem organizmu E. Coli, čeprav so bili prvi geni za MMR odkriti pri S. pneumoniae. Z eksperimenti so bile uspešno karakterizirane vse komponente MMR, prav tako pa je bila ustvarjena tudi delujoča rekonstrukcija mehanizma in vitro. Pri popravljanju neujemanja pri E. coli sodeluje veliko proteinov, ki so funkcijsko in strukturno zelo raznoliki. Med glavnimi so Mut, DNA helikaza in eksonukleaze. Tak mehanizem imajo le še nekatere E. coli podobne bakterije, večina prokariontov in vsi evkarionti pa imajo drugačen mehanizem popravljanja, ki bo pojasnjen kasneje.<br /> <br /> ===Mehanizem popravljanja neujemanja pri E. coli:===<br /> <br /> Najprej protein MutS prepozna nepravilno sparjena nukleotida na DNA kratka nukleotidna insercijska/delecijska neujemanja. Na DNA je vezan kot homodimer, ki na začetku počasi rotira po DNA in išče neujemanje nukleotidov, tako da z bazami vzpostavlja naključne kontakte. Neujemanje baz prepoznava motiv Phe-X-Glu na A podenoti MutS, ki z nesparjenima bazama tvori vezi. Ko MutS naleti na neujemanje, pride tam do kratkotrajne zaustavitve proteina, zaradi interakcij z napačno sparjeno bazo. MutS je tudi ATP vezavni protein. Na mestu mutacije se v nukleotid vezavno domeno ene podenote veže ATP, iz druge podenote pa oddisociira ADP. Posledično MutS doživi konformacijsko spremembo v obliko drseče sponke. Po preurejanju strukture je DNA vezana v bolj ohlapnem žepu kot pred spremembo, kar omogoča hitrejšo difuzijo MutS po DNA, poleg tega pa je v novi konformaciji približno 30x zmanjšana hidrolitična aktivnost MutS. To je tudi razlog, da je nova konformacija stabilizirana na mestu neujemanja, saj je hidroliza ATP precej zmanjšana. Zanimivo je, da se na mestu neujemanja ADP iz MutS sprosti 10-30x hitreje kot na pravilno sparjeni DNA, kar je ključno stikalo za začetek popravljanja neujemanja. <br /> ===Razločevanje hčerinske verige===<br /> V naslednjem koraku protein MutL v obliki homodimera interagira z MutS, vezanim na DNA. Kompleks MutS-MutL od mesta mutacije oddifundira po DNA v 3' ali 5' smeri in ima sposobnosti vezati in aktivirati MutH. MutH je endonukleza, ki pri pri E. coli poskrbi za razločevanje materinske verige od hčerinske. MutH prepozna in se veže na tetranukleotidne motive d(GATC), ki so pri E. coli metilacijska mesta. Ker je komplementarni motiv d(CTAG) ravno obraten od izvornega, so metilacijska mesta na obeh verigah prisotna na isti lokaciji. Delovanje metilaz, ki skrbijo za metilacijo DNA na d(GATC) zaostaja za delovanjem DNA polimeraze za približno 2 minuti, zaradi česar je v tem času DNA metilirana zgolj na materinski verigi.To izkoristi MutH, saj se veže izključno na polovično metilirana d(GATC) mesta in tako poskrbi za prepoznavanje hčerinske verige.<br /> <br /> ===Zaključitev popravljanja===<br /> Kompleks MutS-MutL potuje po DNA od mesta mutacije in išče najbližje mesto, kjer je vezan MutH. Ko pride do interakcije med MutH, vezanim na d(GATC), in drsečim kompleksom MutS-MutL, se MutH aktivira in cepi hčerinsko verigo DNA v motivu d(GATC). Po rezanju DNA MutL rekrutira helikazo UvrD, ki razvije dvoverižno DNA od mesta zareze proti mestu mutacije. Na novo nastalo enoverižno DNA se vežejo SSB proteini in jo stabilizirajo, ter eksonukleaza, ki razgradi hčerinsko verigo DNA od zareze do mesta mutacije. Ker je najbližje d(GATC) mesto lahko v 3'- ali 5'-smeri od mesta mutacije, za razgradnjo DNA potrebujemo dve različni eksonukleazi. V primeru, da je najbližji MutH vezan v 5'-smeri od mutacije v razgradnji sodeluje 5'→3' eksonukleaza, v nasprotnem primeru pa 3'→5' eksonukleaza. Po delovanju eksonuklaze vrzel v DNA zapolni holoencim DNA-polimeraza III, ki sintetizira DNA od 5'-konca vrzeli proti njenemu 3'-koncu. Zadnji nukleotid, ki ga doda DNA polimeraza III, z ostalo hčerinsko verigo poveže DNA-ligaza. V primeru, da je napaka popravljena nato s krajšim časovnim zamikom deoksiadenozin metilaza dokončno metilira adenin v d(GATC) mestu.<br /> <br /> =MMR pri človeku=<br /> Kot je bilo omenjeno je bistvena razlika pri popravljanju neujemanja E. Coli in ostalih prokariontov ter evkariontov razlikovanje med matrično in novo nastalo mutirano DNA verigo. Specifičen signal za razlikovanje predstavljajo prehodne zareze na 3' koncu vodilne verige in med Okazakijevimi fragmenti. Pri tem ima ključno vlogo tudi drsna vponka PCNA.<br /> <br /> <br /> ==MutS in MutL homologi: ==<br /> Pri prepoznavanju napak sodelujejo heterodimeri MutS homologov (MSH2, MSH3, MSH6). Dimer MSH2-MSH6 se imenuje MutSα in prepozna neujamanje v enem baznem paru ali krajše insercijske/delecijske zanke (1-2 nesparjen nukleotidni par). Dimer MSH2-MSH3 oz. MutSẞ prepozna le daljše insercijske/delecijske zanke (2-10 baz). Poznani so 4 MutL homologi: MLH1, MLH3, PMS1 in PMS2. Ključno vlogo pri popravljanju ima dimer MLH1-PMS2 oz MutLα. Ostala dva dimera MutLẞ (MLH1-PMS1) in MutLγ (MLH1-MLH3) sta manj raziskana. MutH homologov pri evkariontih ni, njihovo endonukleazno aktivnost pa zato vsebuje MutLα, in sicer podenota PMS2.<br /> <br /> ==Kompleksen MMR usmerjen z 3' ali 5' zarezo==<br /> MutSα prepozna in se veže na napačen nukleotid z dobro ohranjenim Phe-X-Glu zaporedjem v podenoti MSH6, pri tem pa ukrivi DNA vijačnico. Temu sledi zamenjava ADP z ATP na MSH6 in preureditev MutSα v bolj odprto konformacijsko obliko, ki omogoči nadaljnje drsenje MutSα po DNA. Na kompleks MutSα-ATP-DNA se nato veže MutLα. Ta na predhodno zarezani verigi uvede novo zarezo, stran od napačno sparjenega nukleotidnega para. Zato da MutLα zareže pravo verigo, je zaslužna drsna vponka PCNA. Le-ta se namreč s pomočjo nalagalca RFC veže na že obstoječo zarezo in interagira z MutSα-MutLα kompleksom. Glede na to, kako se PCNA orientira okrog obstoječe zareze, je določena smer, v katero bo MutLα uvedla novo zarezo. Ko je predel z napako zarezan iz obeh strani, svoje delo opravi še eksonukleaza. Pri evkariontih sodeluje le ena eksonukleaza EXO1, ki del z napačno sparjenim nukleotidom vedno izreže v smeri 5' proti 3'. Na predel ssDNA se veže RPA, ki DNA stabilizira in onemogoči nadaljno hidrolizo. Nov del verige sintetizira DNA polimeraza δ. Zadnji korak v popravljanju pa vključuje DNA ligazo I, ki nov del verige tudi poveže z že obstoječo verigo.<br /> Shematski prikaz je dostopen [https://www.researchgate.net/publication/23801310_DNA_Repair_in_mammalian_cells_Mismatched_repair_variations_on_a_theme/figures?lo=1 tukaj].<br /> <br /> ==Enostaven MMR usmerjen z 5' zarezo==<br /> Ta mehanizem je verjetno značilen za popravljanje napak na zastajajoči verigi med Okazakijevimi fragmenti. Vezava MutSα na napačno sparjen nukleotidni par aktivira eksonukleazo EXO1, ki hidrolizira zarezano verigo z napačno bazo od 5' proti 3' koncu. V tem primeru aktivnost MutLα ni potrebna. Nadaljni proces sinteze novega dela je enak prejšnjemu.<br /> <br /> = Viri =<br /> [1] Li, G.-M. Mechanisms and functions of DNA mismatch repair. Cell Res. 18, 85–98 (2008).<br /> <br /> [2] Porter, G., Westmoreland, J., Priebe, S. &amp; Resnick, M. A. Homologous and homeologous intermolecular gene conversion are not differentially affected by mutations in the DNA damage or the mismatch repair genes RAD1, RAD50, RAD51, RAD52, RAD54, PMS1 and MSH Genetics 143, 755–67 (1996).<br /> <br /> [3] Groothuizen, F. S. et al. MutS/MutL crystal structure reveals that the MutS sliding clamp loads MutL onto DNA. Elife 4, e06744 (2015).<br /> <br /> [4]      P. Modrich, ”Mechanisms in eukaryotic mismatch repair,” J Biol Chem, 2006. 281(41):30305-30309.<br /> <br /> [5]      B.E. Tropp: Principles of Molecular Bilogy, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_neujemanja&diff=11514 2016-05-24T21:43:28Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Viri */</p> <hr /> <div>=Popravljanje nujemanja=<br /> Popravljanje neujemanja (MMR - ang. mismatch repair) je eden izmed ključnih procesov pri ohranjanju genomske stabilnosti. MMR omogoči popravljanje dveh napačno povezanih komplementarnih baz ali dveh nevezanih baz, ki so nastale kot posledica delecije ali insercije med replikacijo in rekombinacijo DNA. Te napake so izjemno redke, saj DNA-polimeraza napačno veže le en nukleotid na vsakih 10^5 dodanih nukleotidov. Že sama DNA-polimeraza pa vsebuje tudi proofreading eksonukleazno aktivnost, ki zmanjša možnost napake še za 100-krat. Hčerinska veriga tako zapusti replikacijski kompleks z eno napako na 10^7 vezanih nukleotidov. Čeprav se zdi to zelo velika natančnost podvojevanja, za celico ni dovolj, saj je vsaka napaka na DNA potencialno škodljiva. MMR je eden od mehanizmov, ki skrbijo za še natančnejše podvojevanje, saj se z MMR možnost nepravilnosti pri podvojevanju in rekombinaciji DNA zmanjša še za dodatnih 100-krat, tako je končna verjetnost nastanka mutacije 1: 10^9. <br /> Med organizmi obstajata dva različna mehanizma popravljanja neujemanja, vendar je v osnovi princip delovanja enak. Specifični proteini, drsijo po DNA in z naključnimi vezavami iščejo morebitne nukleotidne napake. Mutacije povzročijo konformacijske spremembe teh proteinov, kar nato sproži aktivacijo endonukleaz. Te razgradijo odsek DNA okoli nepravilnosti in tako omogočijo, da lahko DNA-polimeraza ponovno sintizira komplementarno verigo, temu pa sledi ponoven proofreading. Bistvena razlika med mehanizmom E. Coli in nekaterimi njej podobnimi bakterijami ter ostalimi organizmi pa je razlikovanje med matrično verigo in novo nastalo DNA verigo, ki vsebuje napačno sparjen nukleotidni par oz. insercijo/delecijo. Natančen mehanizem bo predstavljen v nadaljevanju seminarja.<br /> <br /> ==Odsotnost MMR==<br /> Nepravilno delovanje MMR v celicah povzroča kopičenje mutacij v celici kar privede do različnih bolezenskih stanj. Eno izmed takih stanj je mikrosatelitska instabilnost (MSI microsatellite instability), kjer so DNA mikrosateliti na komplementarni verigi večkrat ponovljeni kot na matrični. Mikrosateliti so ponavljajoči se navadno od enega do 6 nukleotidov dolgi odseki DNA, ki se navadno nahajajo v nekodirajoči DNA. Težava nastopi, ko pride do mutacije mikrosatelita na kodirajoči verigi, saj pride takrat do fenotipskih sprememb. MSI je povzročitelj 15% vseh rakavih obolenj v prebavnem traktu, prav tako pa lahko povzroča tudi kožnega raka, raka urinalnega trakta in raka na možganih. <br /> <br /> =MMR pri E. coli=<br /> <br /> Prvotne raziskave in odkritja so potekale na modelnem organizmu E. Coli, čeprav so bili prvi geni za MMR odkriti pri S. pneumoniae. Z eksperimenti so bile uspešno karakterizirane vse komponente MMR, prav tako pa je bila ustvarjena tudi delujoča rekonstrukcija mehanizma in vitro. Pri popravljanju neujemanja pri E. coli sodeluje veliko proteinov, ki so funkcijsko in strukturno zelo raznoliki. Med glavnimi so Mut, DNA helikaza in eksonukleaze. Tak mehanizem imajo le še nekatere E. coli podobne bakterije, večina prokariontov in vsi evkarionti pa imajo drugačen mehanizem popravljanja, ki bo pojasnjen kasneje.<br /> <br /> ===Mehanizem popravljanja neujemanja pri E. coli:===<br /> <br /> Najprej protein MutS prepozna nepravilno sparjena nukleotida na DNA kratka nukleotidna insercijska/delecijska neujemanja. Na DNA je vezan kot homodimer, ki na začetku počasi rotira po DNA in išče neujemanje nukleotidov, tako da z bazami vzpostavlja naključne kontakte. Neujemanje baz prepoznava motiv Phe-X-Glu na A podenoti MutS, ki z nesparjenima bazama tvori vezi. Ko MutS naleti na neujemanje, pride tam do kratkotrajne zaustavitve proteina, zaradi interakcij z napačno sparjeno bazo. MutS je tudi ATP vezavni protein. Na mestu mutacije se v nukleotid vezavno domeno ene podenote veže ATP, iz druge podenote pa oddisociira ADP. Posledično MutS doživi konformacijsko spremembo v obliko drseče sponke. Po preurejanju strukture je DNA vezana v bolj ohlapnem žepu kot pred spremembo, kar omogoča hitrejšo difuzijo MutS po DNA, poleg tega pa je v novi konformaciji približno 30x zmanjšana hidrolitična aktivnost MutS. To je tudi razlog, da je nova konformacija stabilizirana na mestu neujemanja, saj je hidroliza ATP precej zmanjšana. Zanimivo je, da se na mestu neujemanja ADP iz MutS sprosti 10-30x hitreje kot na pravilno sparjeni DNA, kar je ključno stikalo za začetek popravljanja neujemanja. V naslednjem koraku protein MutL v obliki homodimera interagira z MutS, vezanim na DNA. Kompleks MutS-MutL od mesta mutacije oddifundira po DNA v 3' ali 5' smeri in ima sposobnosti vezati in aktivirati MutH. MutH je endonukleza, ki pri pri E. coli poskrbi za razločevanje materinske verige od hčerinske. MutH prepozna in se veže na tetranukleotidne motive d(GATC), ki so pri E. coli metilacijska mesta. Ker je komplementarni motiv d(CTAG) ravno obraten od izvornega, so metilacijska mesta na obeh verigah prisotna na isti lokaciji. Delovanje metilaz, ki skrbijo za metilacijo DNA na d(GATC) zaostaja za delovanjem DNA polimeraze za približno 2 minuti, zaradi česar je v tem času DNA metilirana zgolj na materinski verigi.To izkoristi MutH, saj se veže izključno na polovično metilirana d(GATC) mesta in tako poskrbi za prepoznavanje hčerinske verige.<br /> <br /> Kompleks MutS-MutL potuje po DNA od mesta mutacije in išče najbližje mesto, kjer je vezan MutH. Ko pride do interakcije med MutH, vezanim na d(GATC), in drsečim kompleksom MutS-MutL, se MutH aktivira in cepi hčerinsko verigo DNA v motivu d(GATC). Po rezanju DNA MutL rekrutira helikazo UvrD, ki razvije dvoverižno DNA od mesta zareze proti mestu mutacije. Na novo nastalo enoverižno DNA se vežejo SSB proteini in jo stabilizirajo, ter eksonukleaza, ki razgradi hčerinsko verigo DNA od zareze do mesta mutacije. Ker je najbližje d(GATC) mesto lahko v 3'- ali 5'-smeri od mesta mutacije, za razgradnjo DNA potrebujemo dve različni eksonukleazi. V primeru, da je najbližji MutH vezan v 5'-smeri od mutacije v razgradnji sodeluje 5'→3' eksonukleaza, v nasprotnem primeru pa 3'→5' eksonukleaza. Po delovanju eksonuklaze vrzel v DNA zapolni holoencim DNA-polimeraza III, ki sintetizira DNA od 5'-konca vrzeli proti njenemu 3'-koncu. Zadnji nukleotid, ki ga doda DNA polimeraza III, z ostalo hčerinsko verigo poveže DNA-ligaza. V primeru, da je napaka popravljena nato s krajšim časovnim zamikom deoksiadenozin metilaza dokončno metilira adenin v d(GATC) mestu.<br /> <br /> =MMR pri človeku=<br /> Kot je bilo omenjeno je bistvena razlika pri popravljanju neujemanja E. Coli in ostalih prokariontov ter evkariontov razlikovanje med matrično in novo nastalo mutirano DNA verigo. Specifičen signal za razlikovanje predstavljajo prehodne zareze na 3' koncu vodilne verige in med Okazakijevimi fragmenti. Pri tem ima ključno vlogo tudi drsna vponka PCNA.<br /> <br /> <br /> ==MutS in MutL homologi: ==<br /> Pri prepoznavanju napak sodelujejo heterodimeri MutS homologov (MSH2, MSH3, MSH6). Dimer MSH2-MSH6 se imenuje MutSα in prepozna neujamanje v enem baznem paru ali krajše insercijske/delecijske zanke (1-2 nesparjen nukleotidni par). Dimer MSH2-MSH3 oz. MutSẞ prepozna le daljše insercijske/delecijske zanke (2-10 baz). Poznani so 4 MutL homologi: MLH1, MLH3, PMS1 in PMS2. Ključno vlogo pri popravljanju ima dimer MLH1-PMS2 oz MutLα. Ostala dva dimera MutLẞ (MLH1-PMS1) in MutLγ (MLH1-MLH3) sta manj raziskana. MutH homologov pri evkariontih ni, njihovo endonukleazno aktivnost pa zato vsebuje MutLα, in sicer podenota PMS2.<br /> <br /> ==Kompleksen MMR usmerjen z 3' ali 5' zarezo==<br /> MutSα prepozna in se veže na napačen nukleotid z dobro ohranjenim Phe-X-Glu zaporedjem v podenoti MSH6, pri tem pa ukrivi DNA vijačnico. Temu sledi zamenjava ADP z ATP na MSH6 in preureditev MutSα v bolj odprto konformacijsko obliko, ki omogoči nadaljnje drsenje MutSα po DNA. Na kompleks MutSα-ATP-DNA se nato veže MutLα. Ta na predhodno zarezani verigi uvede novo zarezo, stran od napačno sparjenega nukleotidnega para. Zato da MutLα zareže pravo verigo, je zaslužna drsna vponka PCNA. Le-ta se namreč s pomočjo nalagalca RFC veže na že obstoječo zarezo in interagira z MutSα-MutLα kompleksom. Glede na to, kako se PCNA orientira okrog obstoječe zareze, je določena smer, v katero bo MutLα uvedla novo zarezo. Ko je predel z napako zarezan iz obeh strani, svoje delo opravi še eksonukleaza. Pri evkariontih sodeluje le ena eksonukleaza EXO1, ki del z napačno sparjenim nukleotidom vedno izreže v smeri 5' proti 3'. Na predel ssDNA se veže RPA, ki DNA stabilizira in onemogoči nadaljno hidrolizo. Nov del verige sintetizira DNA polimeraza δ. Zadnji korak v popravljanju pa vključuje DNA ligazo I, ki nov del verige tudi poveže z že obstoječo verigo.<br /> Shematski prikaz je dostopen tukaj (https://www.researchgate.net/publication/23801310_DNA_Repair_in_mammalian_cells_Mismatched_repair_variations_on_a_theme/figures?lo=1)<br /> <br /> ==Enostaven MMR usmerjen z 5' zarezo==<br /> Ta mehanizem je verjetno značilen za popravljanje napak na zastajajoči verigi med Okazakijevimi fragmenti. Vezava MutSα na napačno sparjen nukleotidni par aktivira eksonukleazo EXO1, ki hidrolizira zarezano verigo z napačno bazo od 5' proti 3' koncu. V tem primeru aktivnost MutLα ni potrebna. Nadaljni proces sinteze novega dela je enak prejšnjemu.<br /> <br /> = Viri =<br /> [1] Li, G.-M. Mechanisms and functions of DNA mismatch repair. Cell Res. 18, 85–98 (2008).<br /> <br /> [2] Porter, G., Westmoreland, J., Priebe, S. &amp; Resnick, M. A. Homologous and homeologous intermolecular gene conversion are not differentially affected by mutations in the DNA damage or the mismatch repair genes RAD1, RAD50, RAD51, RAD52, RAD54, PMS1 and MSH Genetics 143, 755–67 (1996).<br /> <br /> [3] Groothuizen, F. S. et al. MutS/MutL crystal structure reveals that the MutS sliding clamp loads MutL onto DNA. Elife 4, e06744 (2015).<br /> <br /> [4]      P. Modrich, ”Mechanisms in eukaryotic mismatch repair,” J Biol Chem, 2006. 281(41):30305-30309.<br /> <br /> [5]      B.E. Tropp: Principles of Molecular Bilogy, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_neujemanja&diff=11513 2016-05-24T21:42:16Z

<p>Kristjan Stibilj: </p> <hr /> <div>=Popravljanje nujemanja=<br /> Popravljanje neujemanja (MMR - ang. mismatch repair) je eden izmed ključnih procesov pri ohranjanju genomske stabilnosti. MMR omogoči popravljanje dveh napačno povezanih komplementarnih baz ali dveh nevezanih baz, ki so nastale kot posledica delecije ali insercije med replikacijo in rekombinacijo DNA. Te napake so izjemno redke, saj DNA-polimeraza napačno veže le en nukleotid na vsakih 10^5 dodanih nukleotidov. Že sama DNA-polimeraza pa vsebuje tudi proofreading eksonukleazno aktivnost, ki zmanjša možnost napake še za 100-krat. Hčerinska veriga tako zapusti replikacijski kompleks z eno napako na 10^7 vezanih nukleotidov. Čeprav se zdi to zelo velika natančnost podvojevanja, za celico ni dovolj, saj je vsaka napaka na DNA potencialno škodljiva. MMR je eden od mehanizmov, ki skrbijo za še natančnejše podvojevanje, saj se z MMR možnost nepravilnosti pri podvojevanju in rekombinaciji DNA zmanjša še za dodatnih 100-krat, tako je končna verjetnost nastanka mutacije 1: 10^9. <br /> Med organizmi obstajata dva različna mehanizma popravljanja neujemanja, vendar je v osnovi princip delovanja enak. Specifični proteini, drsijo po DNA in z naključnimi vezavami iščejo morebitne nukleotidne napake. Mutacije povzročijo konformacijske spremembe teh proteinov, kar nato sproži aktivacijo endonukleaz. Te razgradijo odsek DNA okoli nepravilnosti in tako omogočijo, da lahko DNA-polimeraza ponovno sintizira komplementarno verigo, temu pa sledi ponoven proofreading. Bistvena razlika med mehanizmom E. Coli in nekaterimi njej podobnimi bakterijami ter ostalimi organizmi pa je razlikovanje med matrično verigo in novo nastalo DNA verigo, ki vsebuje napačno sparjen nukleotidni par oz. insercijo/delecijo. Natančen mehanizem bo predstavljen v nadaljevanju seminarja.<br /> <br /> ==Odsotnost MMR==<br /> Nepravilno delovanje MMR v celicah povzroča kopičenje mutacij v celici kar privede do različnih bolezenskih stanj. Eno izmed takih stanj je mikrosatelitska instabilnost (MSI microsatellite instability), kjer so DNA mikrosateliti na komplementarni verigi večkrat ponovljeni kot na matrični. Mikrosateliti so ponavljajoči se navadno od enega do 6 nukleotidov dolgi odseki DNA, ki se navadno nahajajo v nekodirajoči DNA. Težava nastopi, ko pride do mutacije mikrosatelita na kodirajoči verigi, saj pride takrat do fenotipskih sprememb. MSI je povzročitelj 15% vseh rakavih obolenj v prebavnem traktu, prav tako pa lahko povzroča tudi kožnega raka, raka urinalnega trakta in raka na možganih. <br /> <br /> =MMR pri E. coli=<br /> <br /> Prvotne raziskave in odkritja so potekale na modelnem organizmu E. Coli, čeprav so bili prvi geni za MMR odkriti pri S. pneumoniae. Z eksperimenti so bile uspešno karakterizirane vse komponente MMR, prav tako pa je bila ustvarjena tudi delujoča rekonstrukcija mehanizma in vitro. Pri popravljanju neujemanja pri E. coli sodeluje veliko proteinov, ki so funkcijsko in strukturno zelo raznoliki. Med glavnimi so Mut, DNA helikaza in eksonukleaze. Tak mehanizem imajo le še nekatere E. coli podobne bakterije, večina prokariontov in vsi evkarionti pa imajo drugačen mehanizem popravljanja, ki bo pojasnjen kasneje.<br /> <br /> ===Mehanizem popravljanja neujemanja pri E. coli:===<br /> <br /> Najprej protein MutS prepozna nepravilno sparjena nukleotida na DNA kratka nukleotidna insercijska/delecijska neujemanja. Na DNA je vezan kot homodimer, ki na začetku počasi rotira po DNA in išče neujemanje nukleotidov, tako da z bazami vzpostavlja naključne kontakte. Neujemanje baz prepoznava motiv Phe-X-Glu na A podenoti MutS, ki z nesparjenima bazama tvori vezi. Ko MutS naleti na neujemanje, pride tam do kratkotrajne zaustavitve proteina, zaradi interakcij z napačno sparjeno bazo. MutS je tudi ATP vezavni protein. Na mestu mutacije se v nukleotid vezavno domeno ene podenote veže ATP, iz druge podenote pa oddisociira ADP. Posledično MutS doživi konformacijsko spremembo v obliko drseče sponke. Po preurejanju strukture je DNA vezana v bolj ohlapnem žepu kot pred spremembo, kar omogoča hitrejšo difuzijo MutS po DNA, poleg tega pa je v novi konformaciji približno 30x zmanjšana hidrolitična aktivnost MutS. To je tudi razlog, da je nova konformacija stabilizirana na mestu neujemanja, saj je hidroliza ATP precej zmanjšana. Zanimivo je, da se na mestu neujemanja ADP iz MutS sprosti 10-30x hitreje kot na pravilno sparjeni DNA, kar je ključno stikalo za začetek popravljanja neujemanja. V naslednjem koraku protein MutL v obliki homodimera interagira z MutS, vezanim na DNA. Kompleks MutS-MutL od mesta mutacije oddifundira po DNA v 3' ali 5' smeri in ima sposobnosti vezati in aktivirati MutH. MutH je endonukleza, ki pri pri E. coli poskrbi za razločevanje materinske verige od hčerinske. MutH prepozna in se veže na tetranukleotidne motive d(GATC), ki so pri E. coli metilacijska mesta. Ker je komplementarni motiv d(CTAG) ravno obraten od izvornega, so metilacijska mesta na obeh verigah prisotna na isti lokaciji. Delovanje metilaz, ki skrbijo za metilacijo DNA na d(GATC) zaostaja za delovanjem DNA polimeraze za približno 2 minuti, zaradi česar je v tem času DNA metilirana zgolj na materinski verigi.To izkoristi MutH, saj se veže izključno na polovično metilirana d(GATC) mesta in tako poskrbi za prepoznavanje hčerinske verige.<br /> <br /> Kompleks MutS-MutL potuje po DNA od mesta mutacije in išče najbližje mesto, kjer je vezan MutH. Ko pride do interakcije med MutH, vezanim na d(GATC), in drsečim kompleksom MutS-MutL, se MutH aktivira in cepi hčerinsko verigo DNA v motivu d(GATC). Po rezanju DNA MutL rekrutira helikazo UvrD, ki razvije dvoverižno DNA od mesta zareze proti mestu mutacije. Na novo nastalo enoverižno DNA se vežejo SSB proteini in jo stabilizirajo, ter eksonukleaza, ki razgradi hčerinsko verigo DNA od zareze do mesta mutacije. Ker je najbližje d(GATC) mesto lahko v 3'- ali 5'-smeri od mesta mutacije, za razgradnjo DNA potrebujemo dve različni eksonukleazi. V primeru, da je najbližji MutH vezan v 5'-smeri od mutacije v razgradnji sodeluje 5'→3' eksonukleaza, v nasprotnem primeru pa 3'→5' eksonukleaza. Po delovanju eksonuklaze vrzel v DNA zapolni holoencim DNA-polimeraza III, ki sintetizira DNA od 5'-konca vrzeli proti njenemu 3'-koncu. Zadnji nukleotid, ki ga doda DNA polimeraza III, z ostalo hčerinsko verigo poveže DNA-ligaza. V primeru, da je napaka popravljena nato s krajšim časovnim zamikom deoksiadenozin metilaza dokončno metilira adenin v d(GATC) mestu.<br /> <br /> =MMR pri človeku=<br /> Kot je bilo omenjeno je bistvena razlika pri popravljanju neujemanja E. Coli in ostalih prokariontov ter evkariontov razlikovanje med matrično in novo nastalo mutirano DNA verigo. Specifičen signal za razlikovanje predstavljajo prehodne zareze na 3' koncu vodilne verige in med Okazakijevimi fragmenti. Pri tem ima ključno vlogo tudi drsna vponka PCNA.<br /> <br /> <br /> ==MutS in MutL homologi: ==<br /> Pri prepoznavanju napak sodelujejo heterodimeri MutS homologov (MSH2, MSH3, MSH6). Dimer MSH2-MSH6 se imenuje MutSα in prepozna neujamanje v enem baznem paru ali krajše insercijske/delecijske zanke (1-2 nesparjen nukleotidni par). Dimer MSH2-MSH3 oz. MutSẞ prepozna le daljše insercijske/delecijske zanke (2-10 baz). Poznani so 4 MutL homologi: MLH1, MLH3, PMS1 in PMS2. Ključno vlogo pri popravljanju ima dimer MLH1-PMS2 oz MutLα. Ostala dva dimera MutLẞ (MLH1-PMS1) in MutLγ (MLH1-MLH3) sta manj raziskana. MutH homologov pri evkariontih ni, njihovo endonukleazno aktivnost pa zato vsebuje MutLα, in sicer podenota PMS2.<br /> <br /> ==Kompleksen MMR usmerjen z 3' ali 5' zarezo==<br /> MutSα prepozna in se veže na napačen nukleotid z dobro ohranjenim Phe-X-Glu zaporedjem v podenoti MSH6, pri tem pa ukrivi DNA vijačnico. Temu sledi zamenjava ADP z ATP na MSH6 in preureditev MutSα v bolj odprto konformacijsko obliko, ki omogoči nadaljnje drsenje MutSα po DNA. Na kompleks MutSα-ATP-DNA se nato veže MutLα. Ta na predhodno zarezani verigi uvede novo zarezo, stran od napačno sparjenega nukleotidnega para. Zato da MutLα zareže pravo verigo, je zaslužna drsna vponka PCNA. Le-ta se namreč s pomočjo nalagalca RFC veže na že obstoječo zarezo in interagira z MutSα-MutLα kompleksom. Glede na to, kako se PCNA orientira okrog obstoječe zareze, je določena smer, v katero bo MutLα uvedla novo zarezo. Ko je predel z napako zarezan iz obeh strani, svoje delo opravi še eksonukleaza. Pri evkariontih sodeluje le ena eksonukleaza EXO1, ki del z napačno sparjenim nukleotidom vedno izreže v smeri 5' proti 3'. Na predel ssDNA se veže RPA, ki DNA stabilizira in onemogoči nadaljno hidrolizo. Nov del verige sintetizira DNA polimeraza δ. Zadnji korak v popravljanju pa vključuje DNA ligazo I, ki nov del verige tudi poveže z že obstoječo verigo.<br /> Shematski prikaz je dostopen tukaj (https://www.researchgate.net/publication/23801310_DNA_Repair_in_mammalian_cells_Mismatched_repair_variations_on_a_theme/figures?lo=1)<br /> <br /> ==Enostaven MMR usmerjen z 5' zarezo==<br /> Ta mehanizem je verjetno značilen za popravljanje napak na zastajajoči verigi med Okazakijevimi fragmenti. Vezava MutSα na napačno sparjen nukleotidni par aktivira eksonukleazo EXO1, ki hidrolizira zarezano verigo z napačno bazo od 5' proti 3' koncu. V tem primeru aktivnost MutLα ni potrebna. Nadaljni proces sinteze novega dela je enak prejšnjemu.<br /> <br /> = Viri =<br /> [1] Li, G.-M. Mechanisms and functions of DNA mismatch repair. Cell Res. 18, 85–98 (2008).<br /> <br /> [2] Porter, G., Westmoreland, J., Priebe, S. &amp; Resnick, M. A. Homologous and homeologous intermolecular gene conversion are not differentially affected by mutations in the DNA damage or the mismatch repair genes RAD1, RAD50, RAD51, RAD52, RAD54, PMS1 and MSH Genetics 143, 755–67 (1996).<br /> <br /> [3] Groothuizen, F. S. et al. MutS/MutL crystal structure reveals that the MutS sliding clamp loads MutL onto DNA. Elife 4, e06744 (2015).<br /> <br /> [4]      P. Modrich, ”Mechanisms in eukaryotic mismatch repair,” J Biol Chem, 2006. 281(41):30305-30309.<br /> <br /> [5]      B.E. Tropp: Principles of Molecular Bilogy, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_neujemanja&diff=11512 2016-05-24T21:41:20Z

<p>Kristjan Stibilj: /* MMR pri človeku */</p> <hr /> <div>=Popravljanje nujemanja=<br /> Popravljanje neujemanja (MMR - ang. mismatch repair) je eden izmed ključnih procesov pri ohranjanju genomske stabilnosti. MMR omogoči popravljanje dveh napačno povezanih komplementarnih baz ali dveh nevezanih baz, ki so nastale kot posledica delecije ali insercije med replikacijo in rekombinacijo DNA. Te napake so izjemno redke, saj DNA-polimeraza napačno veže le en nukleotid na vsakih 10^5 dodanih nukleotidov. Že sama DNA-polimeraza pa vsebuje tudi proofreading eksonukleazno aktivnost, ki zmanjša možnost napake še za 100-krat. Hčerinska veriga tako zapusti replikacijski kompleks z eno napako na 10^7 vezanih nukleotidov. Čeprav se zdi to zelo velika natančnost podvojevanja, za celico ni dovolj, saj je vsaka napaka na DNA potencialno škodljiva. MMR je eden od mehanizmov, ki skrbijo za še natančnejše podvojevanje, saj se z MMR možnost nepravilnosti pri podvojevanju in rekombinaciji DNA zmanjša še za dodatnih 100-krat, tako je končna verjetnost nastanka mutacije 1: 10^9. <br /> Med organizmi obstajata dva različna mehanizma popravljanja neujemanja, vendar je v osnovi princip delovanja enak. Specifični proteini, drsijo po DNA in z naključnimi vezavami iščejo morebitne nukleotidne napake. Mutacije povzročijo konformacijske spremembe teh proteinov, kar nato sproži aktivacijo endonukleaz. Te razgradijo odsek DNA okoli nepravilnosti in tako omogočijo, da lahko DNA-polimeraza ponovno sintizira komplementarno verigo, temu pa sledi ponoven proofreading. Bistvena razlika med mehanizmom E. Coli in nekaterimi njej podobnimi bakterijami ter ostalimi organizmi pa je razlikovanje med matrično verigo in novo nastalo DNA verigo, ki vsebuje napačno sparjen nukleotidni par oz. insercijo/delecijo. Natančen mehanizem bo predstavljen v nadaljevanju seminarja.<br /> <br /> ==Odsotnost MMR== <br /> Nepravilno delovanje MMR v celicah povzroča kopičenje mutacij v celici kar privede do različnih bolezenskih stanj. Eno izmed takih stanj je mikrosatelitska instabilnost (MSI microsatellite instability), kjer so DNA mikrosateliti na komplementarni verigi večkrat ponovljeni kot na matrični. Mikrosateliti so ponavljajoči se navadno od enega do 6 nukleotidov dolgi odseki DNA, ki se navadno nahajajo v nekodirajoči DNA. Težava nastopi, ko pride do mutacije mikrosatelita na kodirajoči verigi, saj pride takrat do fenotipskih sprememb. MSI je povzročitelj 15% vseh rakavih obolenj v prebavnem traktu, prav tako pa lahko povzroča tudi kožnega raka, raka urinalnega trakta in raka na možganih. <br /> <br /> ==MMR pri E. coli== <br /> <br /> Prvotne raziskave in odkritja so potekale na modelnem organizmu E. Coli, čeprav so bili prvi geni za MMR odkriti pri S. pneumoniae. Z eksperimenti so bile uspešno karakterizirane vse komponente MMR, prav tako pa je bila ustvarjena tudi delujoča rekonstrukcija mehanizma in vitro. Pri popravljanju neujemanja pri E. coli sodeluje veliko proteinov, ki so funkcijsko in strukturno zelo raznoliki. Med glavnimi so Mut, DNA helikaza in eksonukleaze. Tak mehanizem imajo le še nekatere E. coli podobne bakterije, večina prokariontov in vsi evkarionti pa imajo drugačen mehanizem popravljanja, ki bo pojasnjen kasneje.<br /> <br /> Mehanizem popravljanja neujemanja pri E. coli:<br /> <br /> Najprej protein MutS prepozna nepravilno sparjena nukleotida na DNA kratka nukleotidna insercijska/delecijska neujemanja. Na DNA je vezan kot homodimer, ki na začetku počasi rotira po DNA in išče neujemanje nukleotidov, tako da z bazami vzpostavlja naključne kontakte. Neujemanje baz prepoznava motiv Phe-X-Glu na A podenoti MutS, ki z nesparjenima bazama tvori vezi. Ko MutS naleti na neujemanje, pride tam do kratkotrajne zaustavitve proteina, zaradi interakcij z napačno sparjeno bazo. MutS je tudi ATP vezavni protein. Na mestu mutacije se v nukleotid vezavno domeno ene podenote veže ATP, iz druge podenote pa oddisociira ADP. Posledično MutS doživi konformacijsko spremembo v obliko drseče sponke. Po preurejanju strukture je DNA vezana v bolj ohlapnem žepu kot pred spremembo, kar omogoča hitrejšo difuzijo MutS po DNA, poleg tega pa je v novi konformaciji približno 30x zmanjšana hidrolitična aktivnost MutS. To je tudi razlog, da je nova konformacija stabilizirana na mestu neujemanja, saj je hidroliza ATP precej zmanjšana. Zanimivo je, da se na mestu neujemanja ADP iz MutS sprosti 10-30x hitreje kot na pravilno sparjeni DNA, kar je ključno stikalo za začetek popravljanja neujemanja. V naslednjem koraku protein MutL v obliki homodimera interagira z MutS, vezanim na DNA. Kompleks MutS-MutL od mesta mutacije oddifundira po DNA v 3' ali 5' smeri in ima sposobnosti vezati in aktivirati MutH. MutH je endonukleza, ki pri pri E. coli poskrbi za razločevanje materinske verige od hčerinske. MutH prepozna in se veže na tetranukleotidne motive d(GATC), ki so pri E. coli metilacijska mesta. Ker je komplementarni motiv d(CTAG) ravno obraten od izvornega, so metilacijska mesta na obeh verigah prisotna na isti lokaciji. Delovanje metilaz, ki skrbijo za metilacijo DNA na d(GATC) zaostaja za delovanjem DNA polimeraze za približno 2 minuti, zaradi česar je v tem času DNA metilirana zgolj na materinski verigi.To izkoristi MutH, saj se veže izključno na polovično metilirana d(GATC) mesta in tako poskrbi za prepoznavanje hčerinske verige.<br /> <br /> Kompleks MutS-MutL potuje po DNA od mesta mutacije in išče najbližje mesto, kjer je vezan MutH. Ko pride do interakcije med MutH, vezanim na d(GATC), in drsečim kompleksom MutS-MutL, se MutH aktivira in cepi hčerinsko verigo DNA v motivu d(GATC). Po rezanju DNA MutL rekrutira helikazo UvrD, ki razvije dvoverižno DNA od mesta zareze proti mestu mutacije. Na novo nastalo enoverižno DNA se vežejo SSB proteini in jo stabilizirajo, ter eksonukleaza, ki razgradi hčerinsko verigo DNA od zareze do mesta mutacije. Ker je najbližje d(GATC) mesto lahko v 3'- ali 5'-smeri od mesta mutacije, za razgradnjo DNA potrebujemo dve različni eksonukleazi. V primeru, da je najbližji MutH vezan v 5'-smeri od mutacije v razgradnji sodeluje 5'→3' eksonukleaza, v nasprotnem primeru pa 3'→5' eksonukleaza. Po delovanju eksonuklaze vrzel v DNA zapolni holoencim DNA-polimeraza III, ki sintetizira DNA od 5'-konca vrzeli proti njenemu 3'-koncu. Zadnji nukleotid, ki ga doda DNA polimeraza III, z ostalo hčerinsko verigo poveže DNA-ligaza. V primeru, da je napaka popravljena nato s krajšim časovnim zamikom deoksiadenozin metilaza dokončno metilira adenin v d(GATC) mestu.<br /> <br /> =MMR pri človeku=<br /> Kot je bilo omenjeno je bistvena razlika pri popravljanju neujemanja E. Coli in ostalih prokariontov ter evkariontov razlikovanje med matrično in novo nastalo mutirano DNA verigo. Specifičen signal za razlikovanje predstavljajo prehodne zareze na 3' koncu vodilne verige in med Okazakijevimi fragmenti. Pri tem ima ključno vlogo tudi drsna vponka PCNA.<br /> <br /> <br /> ==MutS in MutL homologi: ==<br /> Pri prepoznavanju napak sodelujejo heterodimeri MutS homologov (MSH2, MSH3, MSH6). Dimer MSH2-MSH6 se imenuje MutSα in prepozna neujamanje v enem baznem paru ali krajše insercijske/delecijske zanke (1-2 nesparjen nukleotidni par). Dimer MSH2-MSH3 oz. MutSẞ prepozna le daljše insercijske/delecijske zanke (2-10 baz). Poznani so 4 MutL homologi: MLH1, MLH3, PMS1 in PMS2. Ključno vlogo pri popravljanju ima dimer MLH1-PMS2 oz MutLα. Ostala dva dimera MutLẞ (MLH1-PMS1) in MutLγ (MLH1-MLH3) sta manj raziskana. MutH homologov pri evkariontih ni, njihovo endonukleazno aktivnost pa zato vsebuje MutLα, in sicer podenota PMS2.<br /> <br /> ==Kompleksen MMR usmerjen z 3' ali 5' zarezo==<br /> MutSα prepozna in se veže na napačen nukleotid z dobro ohranjenim Phe-X-Glu zaporedjem v podenoti MSH6, pri tem pa ukrivi DNA vijačnico. Temu sledi zamenjava ADP z ATP na MSH6 in preureditev MutSα v bolj odprto konformacijsko obliko, ki omogoči nadaljnje drsenje MutSα po DNA. Na kompleks MutSα-ATP-DNA se nato veže MutLα. Ta na predhodno zarezani verigi uvede novo zarezo, stran od napačno sparjenega nukleotidnega para. Zato da MutLα zareže pravo verigo, je zaslužna drsna vponka PCNA. Le-ta se namreč s pomočjo nalagalca RFC veže na že obstoječo zarezo in interagira z MutSα-MutLα kompleksom. Glede na to, kako se PCNA orientira okrog obstoječe zareze, je določena smer, v katero bo MutLα uvedla novo zarezo. Ko je predel z napako zarezan iz obeh strani, svoje delo opravi še eksonukleaza. Pri evkariontih sodeluje le ena eksonukleaza EXO1, ki del z napačno sparjenim nukleotidom vedno izreže v smeri 5' proti 3'. Na predel ssDNA se veže RPA, ki DNA stabilizira in onemogoči nadaljno hidrolizo. Nov del verige sintetizira DNA polimeraza δ. Zadnji korak v popravljanju pa vključuje DNA ligazo I, ki nov del verige tudi poveže z že obstoječo verigo.<br /> Shematski prikaz je dostopen tukaj (https://www.researchgate.net/publication/23801310_DNA_Repair_in_mammalian_cells_Mismatched_repair_variations_on_a_theme/figures?lo=1)<br /> <br /> ==Enostaven MMR usmerjen z 5' zarezo==<br /> Ta mehanizem je verjetno značilen za popravljanje napak na zastajajoči verigi med Okazakijevimi fragmenti. Vezava MutSα na napačno sparjen nukleotidni par aktivira eksonukleazo EXO1, ki hidrolizira zarezano verigo z napačno bazo od 5' proti 3' koncu. V tem primeru aktivnost MutLα ni potrebna. Nadaljni proces sinteze novega dela je enak prejšnjemu.<br /> <br /> == Viri ==<br /> [1] Li, G.-M. Mechanisms and functions of DNA mismatch repair. Cell Res. 18, 85–98 (2008).<br /> <br /> [2] Porter, G., Westmoreland, J., Priebe, S. &amp; Resnick, M. A. Homologous and homeologous intermolecular gene conversion are not differentially affected by mutations in the DNA damage or the mismatch repair genes RAD1, RAD50, RAD51, RAD52, RAD54, PMS1 and MSH Genetics 143, 755–67 (1996).<br /> <br /> [3] Groothuizen, F. S. et al. MutS/MutL crystal structure reveals that the MutS sliding clamp loads MutL onto DNA. Elife 4, e06744 (2015).<br /> <br /> [4]      P. Modrich, ”Mechanisms in eukaryotic mismatch repair,” J Biol Chem, 2006. 281(41):30305-30309.<br /> <br /> [5]      B.E. Tropp: Principles of Molecular Bilogy, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_neujemanja&diff=11511 2016-05-24T21:35:50Z

<p>Kristjan Stibilj: /* MMR pri E. coli */</p> <hr /> <div>=Popravljanje nujemanja=<br /> Popravljanje neujemanja (MMR - ang. mismatch repair) je eden izmed ključnih procesov pri ohranjanju genomske stabilnosti. MMR omogoči popravljanje dveh napačno povezanih komplementarnih baz ali dveh nevezanih baz, ki so nastale kot posledica delecije ali insercije med replikacijo in rekombinacijo DNA. Te napake so izjemno redke, saj DNA-polimeraza napačno veže le en nukleotid na vsakih 10^5 dodanih nukleotidov. Že sama DNA-polimeraza pa vsebuje tudi proofreading eksonukleazno aktivnost, ki zmanjša možnost napake še za 100-krat. Hčerinska veriga tako zapusti replikacijski kompleks z eno napako na 10^7 vezanih nukleotidov. Čeprav se zdi to zelo velika natančnost podvojevanja, za celico ni dovolj, saj je vsaka napaka na DNA potencialno škodljiva. MMR je eden od mehanizmov, ki skrbijo za še natančnejše podvojevanje, saj se z MMR možnost nepravilnosti pri podvojevanju in rekombinaciji DNA zmanjša še za dodatnih 100-krat, tako je končna verjetnost nastanka mutacije 1: 10^9. <br /> Med organizmi obstajata dva različna mehanizma popravljanja neujemanja, vendar je v osnovi princip delovanja enak. Specifični proteini, drsijo po DNA in z naključnimi vezavami iščejo morebitne nukleotidne napake. Mutacije povzročijo konformacijske spremembe teh proteinov, kar nato sproži aktivacijo endonukleaz. Te razgradijo odsek DNA okoli nepravilnosti in tako omogočijo, da lahko DNA-polimeraza ponovno sintizira komplementarno verigo, temu pa sledi ponoven proofreading. Bistvena razlika med mehanizmom E. Coli in nekaterimi njej podobnimi bakterijami ter ostalimi organizmi pa je razlikovanje med matrično verigo in novo nastalo DNA verigo, ki vsebuje napačno sparjen nukleotidni par oz. insercijo/delecijo. Natančen mehanizem bo predstavljen v nadaljevanju seminarja.<br /> <br /> ==Odsotnost MMR== <br /> Nepravilno delovanje MMR v celicah povzroča kopičenje mutacij v celici kar privede do različnih bolezenskih stanj. Eno izmed takih stanj je mikrosatelitska instabilnost (MSI microsatellite instability), kjer so DNA mikrosateliti na komplementarni verigi večkrat ponovljeni kot na matrični. Mikrosateliti so ponavljajoči se navadno od enega do 6 nukleotidov dolgi odseki DNA, ki se navadno nahajajo v nekodirajoči DNA. Težava nastopi, ko pride do mutacije mikrosatelita na kodirajoči verigi, saj pride takrat do fenotipskih sprememb. MSI je povzročitelj 15% vseh rakavih obolenj v prebavnem traktu, prav tako pa lahko povzroča tudi kožnega raka, raka urinalnega trakta in raka na možganih. <br /> <br /> ==MMR pri E. coli== <br /> <br /> Prvotne raziskave in odkritja so potekale na modelnem organizmu E. Coli, čeprav so bili prvi geni za MMR odkriti pri S. pneumoniae. Z eksperimenti so bile uspešno karakterizirane vse komponente MMR, prav tako pa je bila ustvarjena tudi delujoča rekonstrukcija mehanizma in vitro. Pri popravljanju neujemanja pri E. coli sodeluje veliko proteinov, ki so funkcijsko in strukturno zelo raznoliki. Med glavnimi so Mut, DNA helikaza in eksonukleaze. Tak mehanizem imajo le še nekatere E. coli podobne bakterije, večina prokariontov in vsi evkarionti pa imajo drugačen mehanizem popravljanja, ki bo pojasnjen kasneje.<br /> <br /> Mehanizem popravljanja neujemanja pri E. coli:<br /> <br /> Najprej protein MutS prepozna nepravilno sparjena nukleotida na DNA kratka nukleotidna insercijska/delecijska neujemanja. Na DNA je vezan kot homodimer, ki na začetku počasi rotira po DNA in išče neujemanje nukleotidov, tako da z bazami vzpostavlja naključne kontakte. Neujemanje baz prepoznava motiv Phe-X-Glu na A podenoti MutS, ki z nesparjenima bazama tvori vezi. Ko MutS naleti na neujemanje, pride tam do kratkotrajne zaustavitve proteina, zaradi interakcij z napačno sparjeno bazo. MutS je tudi ATP vezavni protein. Na mestu mutacije se v nukleotid vezavno domeno ene podenote veže ATP, iz druge podenote pa oddisociira ADP. Posledično MutS doživi konformacijsko spremembo v obliko drseče sponke. Po preurejanju strukture je DNA vezana v bolj ohlapnem žepu kot pred spremembo, kar omogoča hitrejšo difuzijo MutS po DNA, poleg tega pa je v novi konformaciji približno 30x zmanjšana hidrolitična aktivnost MutS. To je tudi razlog, da je nova konformacija stabilizirana na mestu neujemanja, saj je hidroliza ATP precej zmanjšana. Zanimivo je, da se na mestu neujemanja ADP iz MutS sprosti 10-30x hitreje kot na pravilno sparjeni DNA, kar je ključno stikalo za začetek popravljanja neujemanja. V naslednjem koraku protein MutL v obliki homodimera interagira z MutS, vezanim na DNA. Kompleks MutS-MutL od mesta mutacije oddifundira po DNA v 3' ali 5' smeri in ima sposobnosti vezati in aktivirati MutH. MutH je endonukleza, ki pri pri E. coli poskrbi za razločevanje materinske verige od hčerinske. MutH prepozna in se veže na tetranukleotidne motive d(GATC), ki so pri E. coli metilacijska mesta. Ker je komplementarni motiv d(CTAG) ravno obraten od izvornega, so metilacijska mesta na obeh verigah prisotna na isti lokaciji. Delovanje metilaz, ki skrbijo za metilacijo DNA na d(GATC) zaostaja za delovanjem DNA polimeraze za približno 2 minuti, zaradi česar je v tem času DNA metilirana zgolj na materinski verigi.To izkoristi MutH, saj se veže izključno na polovično metilirana d(GATC) mesta in tako poskrbi za prepoznavanje hčerinske verige.<br /> <br /> Kompleks MutS-MutL potuje po DNA od mesta mutacije in išče najbližje mesto, kjer je vezan MutH. Ko pride do interakcije med MutH, vezanim na d(GATC), in drsečim kompleksom MutS-MutL, se MutH aktivira in cepi hčerinsko verigo DNA v motivu d(GATC). Po rezanju DNA MutL rekrutira helikazo UvrD, ki razvije dvoverižno DNA od mesta zareze proti mestu mutacije. Na novo nastalo enoverižno DNA se vežejo SSB proteini in jo stabilizirajo, ter eksonukleaza, ki razgradi hčerinsko verigo DNA od zareze do mesta mutacije. Ker je najbližje d(GATC) mesto lahko v 3'- ali 5'-smeri od mesta mutacije, za razgradnjo DNA potrebujemo dve različni eksonukleazi. V primeru, da je najbližji MutH vezan v 5'-smeri od mutacije v razgradnji sodeluje 5'→3' eksonukleaza, v nasprotnem primeru pa 3'→5' eksonukleaza. Po delovanju eksonuklaze vrzel v DNA zapolni holoencim DNA-polimeraza III, ki sintetizira DNA od 5'-konca vrzeli proti njenemu 3'-koncu. Zadnji nukleotid, ki ga doda DNA polimeraza III, z ostalo hčerinsko verigo poveže DNA-ligaza. V primeru, da je napaka popravljena nato s krajšim časovnim zamikom deoksiadenozin metilaza dokončno metilira adenin v d(GATC) mestu.<br /> <br /> ==MMR pri človeku==<br /> Kot je bilo omenjeno je bistvena razlika pri popravljanju neujemanja E. Coli in ostalih prokariontov ter evkariontov razlikovanje med matrično in novo nastalo mutirano DNA verigo. Specifičen signal za razlikovanje predstavljajo prehodne zareze na 3' koncu vodilne verige in med Okazakijevimi fragmenti. Pri tem ima ključno vlogo tudi drsna vponka PCNA.<br /> <br /> <br /> MutS in MutL homologi:<br /> Pri prepoznavanju napak sodelujejo heterodimeri MutS homologov (MSH2, MSH3, MSH6). Dimer MSH2-MSH6 se imenuje MutSα in prepozna neujamanje v enem baznem paru ali krajše insercijske/delecijske zanke (1-2 nesparjen nukleotidni par). Dimer MSH2-MSH3 oz. MutSẞ prepozna le daljše insercijske/delecijske zanke (2-10 baz). Poznani so 4 MutL homologi: MLH1, MLH3, PMS1 in PMS2. Ključno vlogo pri popravljanju ima dimer MLH1-PMS2 oz MutLα. Ostala dva dimera MutLẞ (MLH1-PMS1) in MutLγ (MLH1-MLH3) sta manj raziskana. MutH homologov pri evkariontih ni, njihovo endonukleazno aktivnost pa zato vsebuje MutLα, in sicer podenota PMS2.<br /> <br /> Kompleksen MMR usmerjen z 3' ali 5' zarezo<br /> MutSα prepozna in se veže na napačen nukleotid z dobro ohranjenim Phe-X-Glu zaporedjem v podenoti MSH6, pri tem pa ukrivi DNA vijačnico. Temu sledi zamenjava ADP z ATP na MSH6 in preureditev MutSα v bolj odprto konformacijsko obliko, ki omogoči nadaljnje drsenje MutSα po DNA. Na kompleks MutSα-ATP-DNA se nato veže MutLα. Ta na predhodno zarezani verigi uvede novo zarezo, stran od napačno sparjenega nukleotidnega para. Zato da MutLα zareže pravo verigo, je zaslužna drsna vponka PCNA. Le-ta se namreč s pomočjo nalagalca RFC veže na že obstoječo zarezo in interagira z MutSα-MutLα kompleksom. Glede na to, kako se PCNA orientira okrog obstoječe zareze, je določena smer, v katero bo MutLα uvedla novo zarezo. Ko je predel z napako zarezan iz obeh strani, svoje delo opravi še eksonukleaza. Pri evkariontih sodeluje le ena eksonukleaza EXO1, ki del z napačno sparjenim nukleotidom vedno izreže v smeri 5' proti 3'. Na predel ssDNA se veže RPA, ki DNA stabilizira in onemogoči nadaljno hidrolizo. Nov del verige sintetizira DNA polimeraza δ. Zadnji korak v popravljanju pa vključuje DNA ligazo I, ki nov del verige tudi poveže z že obstoječo verigo.<br /> Shematski prikaz je dostopen tukaj (https://www.researchgate.net/publication/23801310_DNA_Repair_in_mammalian_cells_Mismatched_repair_variations_on_a_theme/figures?lo=1)<br /> <br /> Enostaven MMR usmerjen z 5' zarezo<br /> Ta mehanizem je verjetno značilen za popravljanje napak na zastajajoči verigi med Okazakijevimi fragmenti. Vezava MutSα na napačno sparjen nukleotidni par aktivira eksonukleazo EXO1, ki hidrolizira zarezano verigo z napačno bazo od 5' proti 3' koncu. V tem primeru aktivnost MutLα ni potrebna. Nadaljni proces sinteze novega dela je enak prejšnjemu.<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> == Viri ==<br /> [1] Li, G.-M. Mechanisms and functions of DNA mismatch repair. Cell Res. 18, 85–98 (2008).<br /> <br /> [2] Porter, G., Westmoreland, J., Priebe, S. &amp; Resnick, M. A. Homologous and homeologous intermolecular gene conversion are not differentially affected by mutations in the DNA damage or the mismatch repair genes RAD1, RAD50, RAD51, RAD52, RAD54, PMS1 and MSH Genetics 143, 755–67 (1996).<br /> <br /> [3] Groothuizen, F. S. et al. MutS/MutL crystal structure reveals that the MutS sliding clamp loads MutL onto DNA. Elife 4, e06744 (2015).<br /> <br /> [4]      P. Modrich, ”Mechanisms in eukaryotic mismatch repair,” J Biol Chem, 2006. 281(41):30305-30309.<br /> <br /> [5]      B.E. Tropp: Principles of Molecular Bilogy, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_mutacij_in_rekombinacijski_procesi&diff=11510 2016-05-24T21:31:55Z

<p>Kristjan Stibilj: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2015/16 bodo seminarji obsegali dve med seboj povezani temi: Popravljanje okvar in mutacij ter mehanizme rekombinacije genetskega materiala. Tema je razdeljena na 18 poglavij, pri čemer zadnja poglavja zajemajo posebne primere in mehanizme popravljanja, ki niso vezani na DNA, pač pa na proces translacije pri poškodovani RNA, zadnji dve temi pa sta dodani kasneje in bosta predstavljeni v angleščini kot individualna seminarja. Kot izhodišče za pripravo si najprej preberite ustrezna poglavja v učbeniku, kjer so ta navedena na spodnjem seznamu. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se odmakniti od osnovne teme seminarja. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo praviloma dva ali trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici. <br /> <br /> Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje en dan pred predstavitvijo (do polnoči), torej najkasneje v nedeljo ali v torek za ponedeljkove oziroma sredine seminarje. Predstavitve seminarjev 1-4 bodo 23. maja, 5-8 25. maja, 9-12 30. maja, 13-16 1. junija 2016, 17-18 pa sta kratka seminarja in bosta na vrsti 6. junija. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> Vsebina seminarjev je izpitna snov, razen seminarjev št. 4 ter 13-18. <br /> <br /> <br /> Poglavja za seminarje so:<br /> <br /> # Direktno popravljanje mutacij (Principles of Molecular Biology: 9.7)<br /> # Popravljanje z izcepom baze (9.8)<br /> # Popravljanje z izcepom nukleotida (9.9)<br /> # Xeroderma pigmentosum<br /> # Popravljanje neujemanja (9.10)<br /> # SOS-popravljanje (9.11)<br /> # Popravljanje kolapsa replikacijskih vilic (10.1)<br /> # Mitozna rekombinacija (10.2)<br /> # Nehomologno povezovanje koncev (10.4)<br /> # Mejozna rekombinacija (10.5)<br /> # Razreševanje Hollidayevega križišča (Lewin's Essential Genes: 15.6)<br /> # Popravljanje DNA v kontekstu kromatina (Lewin's Essential Genes: 16.9)<br /> # Menjava spola pri kvasovki (Lewin's Essential Genes: 15.9)<br /> # Vloga p53 pri ohranjanju genoma (Lewin's Essential Genes: str. 400)<br /> # Trans-translacija (translacija pri poškodovani mRNA)<br /> # Od RNA neodvisna elongacija (Science 347, 75 (2015))<br /> # Mehanizmi izjemne odpornosti proti radioaktivnemu sevanju pri prokariontih<br /> # Kompleksne preureditve kromosomov<br /> <br /> <br /> ----<br /> <br /> Vpišite se v oklepaj za naslovom seminarja:<br /> <br /> <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Neposredno_popravljanje_mutacij Direktno popravljanje mutacij] (Matej Hvalec)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/POPRAVLJANJE_Z_IZCEPOM_BAZE_%28BER%29 Popravljanje z izcepom baze (BER)] (Urša Čerček, Urša Kopač, Ema Gašperšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Popravljanje_z_izcepom_nukleotida#Sklopitev_GG-NER_in_TC-NER Popravljanje z izcepom nukleotida] (Petra Hruševar, Gašper Žun, Uroš Zavrtanik)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Xeroderma_pigmentosum Xeroderma pigmentosum] (Maja Zupanc, Elvira Boršič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Popravljanje_neujemanja Popravljanje neujemanja] Popravljanje neujemanja (Kristjan Stibilj, Rok Miklavčič, Sara Tekavec)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SOS-popravljanje SOS-popravljanje] (Tadej Satler, Gašper Virant)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Popravljanje_kolapsa_replikacijskih_vilic Popravljanje kolapsa replikacijskih vilic] (Klara Lenart, Tilen Tršelič)<br /> # Mitozna rekombinacija (Peter Pečan, Valentina Levak, Janja Krapež)<br /> # Nehomologno povezovanje koncev (Klara Kuret, Blaž Lebar, Neža Koritnik)<br /> # Mejozna rekombinacija (Eva Rajh, Katja Čop)<br /> # Razreševanje Hollidayevega križišča (Nejc Kejžar, Lovro Kotnik)<br /> # Popravljanje DNA v kontekstu kromatina (Špela Malenšek, Tjaša Lukšič)<br /> # Menjava spola pri kvasovki <br /> # Vloga p53 pri ohranjanju genoma (Miha Koprivnikar Krajnc, Katja Brezovar)<br /> # Trans-translacija (Lara Jerman, Aleksandra Uzar, Simon Aleksič)<br /> # Od RNA neodvisna elongacija<br /> # &quot;Unraveling the mechanisms of extreme radioresistance in prokaryotes: Lessons from nature&quot;(Fran Krstanović)<br /> # &quot;Mechanisms of origin, phenotypic effects and diagnostic implications of complex chromosome rearrangements&quot; (Javier Fraguas)<br /> <br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: <br /> &lt;nowiki&gt;[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt; <br /> <br /> Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Reprogramiranje celic]].</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_mutacij_in_rekombinacijski_procesi&diff=11509 2016-05-24T21:29:36Z

<p>Kristjan Stibilj: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2015/16 bodo seminarji obsegali dve med seboj povezani temi: Popravljanje okvar in mutacij ter mehanizme rekombinacije genetskega materiala. Tema je razdeljena na 18 poglavij, pri čemer zadnja poglavja zajemajo posebne primere in mehanizme popravljanja, ki niso vezani na DNA, pač pa na proces translacije pri poškodovani RNA, zadnji dve temi pa sta dodani kasneje in bosta predstavljeni v angleščini kot individualna seminarja. Kot izhodišče za pripravo si najprej preberite ustrezna poglavja v učbeniku, kjer so ta navedena na spodnjem seznamu. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se odmakniti od osnovne teme seminarja. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo praviloma dva ali trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici. <br /> <br /> Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje en dan pred predstavitvijo (do polnoči), torej najkasneje v nedeljo ali v torek za ponedeljkove oziroma sredine seminarje. Predstavitve seminarjev 1-4 bodo 23. maja, 5-8 25. maja, 9-12 30. maja, 13-16 1. junija 2016, 17-18 pa sta kratka seminarja in bosta na vrsti 6. junija. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> Vsebina seminarjev je izpitna snov, razen seminarjev št. 4 ter 13-18. <br /> <br /> <br /> Poglavja za seminarje so:<br /> <br /> # Direktno popravljanje mutacij (Principles of Molecular Biology: 9.7)<br /> # Popravljanje z izcepom baze (9.8)<br /> # Popravljanje z izcepom nukleotida (9.9)<br /> # Xeroderma pigmentosum<br /> # Popravljanje neujemanja (9.10)<br /> # SOS-popravljanje (9.11)<br /> # Popravljanje kolapsa replikacijskih vilic (10.1)<br /> # Mitozna rekombinacija (10.2)<br /> # Nehomologno povezovanje koncev (10.4)<br /> # Mejozna rekombinacija (10.5)<br /> # Razreševanje Hollidayevega križišča (Lewin's Essential Genes: 15.6)<br /> # Popravljanje DNA v kontekstu kromatina (Lewin's Essential Genes: 16.9)<br /> # Menjava spola pri kvasovki (Lewin's Essential Genes: 15.9)<br /> # Vloga p53 pri ohranjanju genoma (Lewin's Essential Genes: str. 400)<br /> # Trans-translacija (translacija pri poškodovani mRNA)<br /> # Od RNA neodvisna elongacija (Science 347, 75 (2015))<br /> # Mehanizmi izjemne odpornosti proti radioaktivnemu sevanju pri prokariontih<br /> # Kompleksne preureditve kromosomov<br /> <br /> <br /> ----<br /> <br /> Vpišite se v oklepaj za naslovom seminarja:<br /> <br /> <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Neposredno_popravljanje_mutacij Direktno popravljanje mutacij] (Matej Hvalec)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/POPRAVLJANJE_Z_IZCEPOM_BAZE_%28BER%29 Popravljanje z izcepom baze (BER)] (Urša Čerček, Urša Kopač, Ema Gašperšič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Popravljanje_z_izcepom_nukleotida#Sklopitev_GG-NER_in_TC-NER Popravljanje z izcepom nukleotida] (Petra Hruševar, Gašper Žun, Uroš Zavrtanik)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Xeroderma_pigmentosum Xeroderma pigmentosum] (Maja Zupanc, Elvira Boršič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Popravljanje_neujemanja] Popravljanje neujemanja (Kristjan Stibilj, Rok Miklavčič, Sara Tekavec)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SOS-popravljanje SOS-popravljanje] (Tadej Satler, Gašper Virant)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Popravljanje_kolapsa_replikacijskih_vilic Popravljanje kolapsa replikacijskih vilic] (Klara Lenart, Tilen Tršelič)<br /> # Mitozna rekombinacija (Peter Pečan, Valentina Levak, Janja Krapež)<br /> # Nehomologno povezovanje koncev (Klara Kuret, Blaž Lebar, Neža Koritnik)<br /> # Mejozna rekombinacija (Eva Rajh, Katja Čop)<br /> # Razreševanje Hollidayevega križišča (Nejc Kejžar, Lovro Kotnik)<br /> # Popravljanje DNA v kontekstu kromatina (Špela Malenšek, Tjaša Lukšič)<br /> # Menjava spola pri kvasovki <br /> # Vloga p53 pri ohranjanju genoma (Miha Koprivnikar Krajnc, Katja Brezovar)<br /> # Trans-translacija (Lara Jerman, Aleksandra Uzar, Simon Aleksič)<br /> # Od RNA neodvisna elongacija<br /> # &quot;Unraveling the mechanisms of extreme radioresistance in prokaryotes: Lessons from nature&quot;(Fran Krstanović)<br /> # &quot;Mechanisms of origin, phenotypic effects and diagnostic implications of complex chromosome rearrangements&quot; (Javier Fraguas)<br /> <br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: <br /> &lt;nowiki&gt;[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt; <br /> <br /> Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Reprogramiranje celic]].</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_neujemanja&diff=11508 2016-05-24T21:25:54Z

<p>Kristjan Stibilj: New page: =Popravljanje nujemanja= Popravljanje neujemanja (MMR - ang. mismatch repair) je eden izmed ključnih procesov pri ohranjanju genomske stabilnosti. MMR omogoči popravljanje dveh napačno...</p> <hr /> <div>=Popravljanje nujemanja=<br /> Popravljanje neujemanja (MMR - ang. mismatch repair) je eden izmed ključnih procesov pri ohranjanju genomske stabilnosti. MMR omogoči popravljanje dveh napačno povezanih komplementarnih baz ali dveh nevezanih baz, ki so nastale kot posledica delecije ali insercije med replikacijo in rekombinacijo DNA. Te napake so izjemno redke, saj DNA-polimeraza napačno veže le en nukleotid na vsakih 10^5 dodanih nukleotidov. Že sama DNA-polimeraza pa vsebuje tudi proofreading eksonukleazno aktivnost, ki zmanjša možnost napake še za 100-krat. Hčerinska veriga tako zapusti replikacijski kompleks z eno napako na 10^7 vezanih nukleotidov. Čeprav se zdi to zelo velika natančnost podvojevanja, za celico ni dovolj, saj je vsaka napaka na DNA potencialno škodljiva. MMR je eden od mehanizmov, ki skrbijo za še natančnejše podvojevanje, saj se z MMR možnost nepravilnosti pri podvojevanju in rekombinaciji DNA zmanjša še za dodatnih 100-krat, tako je končna verjetnost nastanka mutacije 1: 10^9. <br /> Med organizmi obstajata dva različna mehanizma popravljanja neujemanja, vendar je v osnovi princip delovanja enak. Specifični proteini, drsijo po DNA in z naključnimi vezavami iščejo morebitne nukleotidne napake. Mutacije povzročijo konformacijske spremembe teh proteinov, kar nato sproži aktivacijo endonukleaz. Te razgradijo odsek DNA okoli nepravilnosti in tako omogočijo, da lahko DNA-polimeraza ponovno sintizira komplementarno verigo, temu pa sledi ponoven proofreading. Bistvena razlika med mehanizmom E. Coli in nekaterimi njej podobnimi bakterijami ter ostalimi organizmi pa je razlikovanje med matrično verigo in novo nastalo DNA verigo, ki vsebuje napačno sparjen nukleotidni par oz. insercijo/delecijo. Natančen mehanizem bo predstavljen v nadaljevanju seminarja.<br /> <br /> ==Odsotnost MMR== <br /> Nepravilno delovanje MMR v celicah povzroča kopičenje mutacij v celici kar privede do različnih bolezenskih stanj. Eno izmed takih stanj je mikrosatelitska instabilnost (MSI microsatellite instability), kjer so DNA mikrosateliti na komplementarni verigi večkrat ponovljeni kot na matrični. Mikrosateliti so ponavljajoči se navadno od enega do 6 nukleotidov dolgi odseki DNA, ki se navadno nahajajo v nekodirajoči DNA. Težava nastopi, ko pride do mutacije mikrosatelita na kodirajoči verigi, saj pride takrat do fenotipskih sprememb. MSI je povzročitelj 15% vseh rakavih obolenj v prebavnem traktu, prav tako pa lahko povzroča tudi kožnega raka, raka urinalnega trakta in raka na možganih. <br /> <br /> ==MMR pri E. coli== <br /> <br /> Prvotne raziskave in odkritja so potekale na modelnem organizmu E. Coli, čeprav so bili prvi geni za MMR odkriti pri S. pneumoniae. Z eksperimenti so bile uspešno karakterizirane vse komponente MMR, prav tako pa je bila ustvarjena tudi delujoča rekonstrukcija mehanizma in vitro. Pri popravljanju neujemanja pri E. coli sodeluje veliko proteinov, ki so funkcijsko in strukturno zelo raznoliki. Med glavnimi so Mut, DNA helikaza in eksonukleaze. Tak mehanizem imajo le še nekatere E. coli podobne bakterije, večina prokariontov in vsi evkarionti pa imajo drugačen mehanizem popravljanja, ki bo pojasnjen kasneje.<br /> <br /> Mehanizem popravljanja neujemanja pri E. coli:<br /> Najprej protein MutS prepozna nepravilno sparjena nukleotida na DNA kratka nukleotidna insercijska/delecijska neujemanja. Na DNA je vezan kot homodimer, ki na začetku počasi rotira po DNA in išče neujemanje nukleotidov, tako da z bazami vzpostavlja naključne kontakte. Neujemanje baz prepoznava motiv Phe-X-Glu na A podenoti MutS, ki z nesparjenima bazama tvori vezi. Ko MutS naleti na neujemanje, pride tam do kratkotrajne zaustavitve proteina, zaradi interakcij z napačno sparjeno bazo. MutS je tudi ATP vezavni protein. Na mestu mutacije se v nukleotid vezavno domeno ene podenote veže ATP, iz druge podenote pa oddisociira ADP. Posledično MutS doživi konformacijsko spremembo v obliko drseče sponke. Po preurejanju strukture je DNA vezana v bolj ohlapnem žepu kot pred spremembo, kar omogoča hitrejšo difuzijo MutS po DNA, poleg tega pa je v novi konformaciji približno 30x zmanjšana hidrolitična aktivnost MutS. To je tudi razlog, da je nova konformacija stabilizirana na mestu neujemanja, saj je hidroliza ATP precej zmanjšana. Zanimivo je, da se na mestu neujemanja ADP iz MutS sprosti 10-30x hitreje kot na pravilno sparjeni DNA, kar je ključno stikalo za začetek popravljanja neujemanja. V naslednjem koraku protein MutL v obliki homodimera interagira z MutS, vezanim na DNA. Kompleks MutS-MutL od mesta mutacije oddifundira po DNA v 3' ali 5' smeri in ima sposobnosti vezati in aktivirati MutH. MutH je endonukleza, ki pri pri E. coli poskrbi za razločevanje materinske verige od hčerinske. MutH prepozna in se veže na tetranukleotidne motive d(GATC), ki so pri E. coli metilacijska mesta. Ker je komplementarni motiv d(CTAG) ravno obraten od izvornega, so metilacijska mesta na obeh verigah prisotna na isti lokaciji. Delovanje metilaz, ki skrbijo za metilacijo DNA na d(GATC) zaostaja za delovanjem DNA polimeraze za približno 2 minuti, zaradi česar je v tem času DNA metilirana zgolj na materinski verigi.To izkoristi MutH, saj se veže izključno na polovično metilirana d(GATC) mesta in tako poskrbi za prepoznavanje hčerinske verige.<br /> Kompleks MutS-MutL potuje po DNA od mesta mutacije in išče najbližje mesto, kjer je vezan MutH. Ko pride do interakcije med MutH, vezanim na d(GATC), in drsečim kompleksom MutS-MutL, se MutH aktivira in cepi hčerinsko verigo DNA v motivu d(GATC). Po rezanju DNA MutL rekrutira helikazo UvrD, ki razvije dvoverižno DNA od mesta zareze proti mestu mutacije. Na novo nastalo enoverižno DNA se vežejo SSB proteini in jo stabilizirajo, ter eksonukleaza, ki razgradi hčerinsko verigo DNA od zareze do mesta mutacije. Ker je najbližje d(GATC) mesto lahko v 3'- ali 5'-smeri od mesta mutacije, za razgradnjo DNA potrebujemo dve različni eksonukleazi. V primeru, da je najbližji MutH vezan v 5'-smeri od mutacije v razgradnji sodeluje 5'→3' eksonukleaza, v nasprotnem primeru pa 3'→5' eksonukleaza. Po delovanju eksonuklaze vrzel v DNA zapolni holoencim DNA-polimeraza III, ki sintetizira DNA od 5'-konca vrzeli proti njenemu 3'-koncu. Zadnji nukleotid, ki ga doda DNA polimeraza III, z ostalo hčerinsko verigo poveže DNA-ligaza. V primeru, da je napaka popravljena nato s krajšim časovnim zamikom deoksiadenozin metilaza dokončno metilira adenin v d(GATC) mestu.<br /> <br /> ==MMR pri človeku==<br /> Kot je bilo omenjeno je bistvena razlika pri popravljanju neujemanja E. Coli in ostalih prokariontov ter evkariontov razlikovanje med matrično in novo nastalo mutirano DNA verigo. Specifičen signal za razlikovanje predstavljajo prehodne zareze na 3' koncu vodilne verige in med Okazakijevimi fragmenti. Pri tem ima ključno vlogo tudi drsna vponka PCNA.<br /> <br /> <br /> MutS in MutL homologi:<br /> Pri prepoznavanju napak sodelujejo heterodimeri MutS homologov (MSH2, MSH3, MSH6). Dimer MSH2-MSH6 se imenuje MutSα in prepozna neujamanje v enem baznem paru ali krajše insercijske/delecijske zanke (1-2 nesparjen nukleotidni par). Dimer MSH2-MSH3 oz. MutSẞ prepozna le daljše insercijske/delecijske zanke (2-10 baz). Poznani so 4 MutL homologi: MLH1, MLH3, PMS1 in PMS2. Ključno vlogo pri popravljanju ima dimer MLH1-PMS2 oz MutLα. Ostala dva dimera MutLẞ (MLH1-PMS1) in MutLγ (MLH1-MLH3) sta manj raziskana. MutH homologov pri evkariontih ni, njihovo endonukleazno aktivnost pa zato vsebuje MutLα, in sicer podenota PMS2.<br /> <br /> Kompleksen MMR usmerjen z 3' ali 5' zarezo<br /> MutSα prepozna in se veže na napačen nukleotid z dobro ohranjenim Phe-X-Glu zaporedjem v podenoti MSH6, pri tem pa ukrivi DNA vijačnico. Temu sledi zamenjava ADP z ATP na MSH6 in preureditev MutSα v bolj odprto konformacijsko obliko, ki omogoči nadaljnje drsenje MutSα po DNA. Na kompleks MutSα-ATP-DNA se nato veže MutLα. Ta na predhodno zarezani verigi uvede novo zarezo, stran od napačno sparjenega nukleotidnega para. Zato da MutLα zareže pravo verigo, je zaslužna drsna vponka PCNA. Le-ta se namreč s pomočjo nalagalca RFC veže na že obstoječo zarezo in interagira z MutSα-MutLα kompleksom. Glede na to, kako se PCNA orientira okrog obstoječe zareze, je določena smer, v katero bo MutLα uvedla novo zarezo. Ko je predel z napako zarezan iz obeh strani, svoje delo opravi še eksonukleaza. Pri evkariontih sodeluje le ena eksonukleaza EXO1, ki del z napačno sparjenim nukleotidom vedno izreže v smeri 5' proti 3'. Na predel ssDNA se veže RPA, ki DNA stabilizira in onemogoči nadaljno hidrolizo. Nov del verige sintetizira DNA polimeraza δ. Zadnji korak v popravljanju pa vključuje DNA ligazo I, ki nov del verige tudi poveže z že obstoječo verigo.<br /> Shematski prikaz je dostopen tukaj (https://www.researchgate.net/publication/23801310_DNA_Repair_in_mammalian_cells_Mismatched_repair_variations_on_a_theme/figures?lo=1)<br /> <br /> Enostaven MMR usmerjen z 5' zarezo<br /> Ta mehanizem je verjetno značilen za popravljanje napak na zastajajoči verigi med Okazakijevimi fragmenti. Vezava MutSα na napačno sparjen nukleotidni par aktivira eksonukleazo EXO1, ki hidrolizira zarezano verigo z napačno bazo od 5' proti 3' koncu. V tem primeru aktivnost MutLα ni potrebna. Nadaljni proces sinteze novega dela je enak prejšnjemu.<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> == Viri ==<br /> [1] Li, G.-M. Mechanisms and functions of DNA mismatch repair. Cell Res. 18, 85–98 (2008).<br /> <br /> [2] Porter, G., Westmoreland, J., Priebe, S. &amp; Resnick, M. A. Homologous and homeologous intermolecular gene conversion are not differentially affected by mutations in the DNA damage or the mismatch repair genes RAD1, RAD50, RAD51, RAD52, RAD54, PMS1 and MSH Genetics 143, 755–67 (1996).<br /> <br /> [3] Groothuizen, F. S. et al. MutS/MutL crystal structure reveals that the MutS sliding clamp loads MutL onto DNA. Elife 4, e06744 (2015).<br /> <br /> [4]      P. Modrich, ”Mechanisms in eukaryotic mismatch repair,” J Biol Chem, 2006. 281(41):30305-30309.<br /> <br /> [5]      B.E. Tropp: Principles of Molecular Bilogy, 1. izdaja. Burlington: Jones &amp; Bartlett Learning, 2014.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_mutacij_in_rekombinacijski_procesi&diff=11330 2016-04-04T09:31:25Z

<p>Kristjan Stibilj: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2015/16 bodo seminarji obsegali dve med seboj povezani temi: Popravljanje okvar in mutacij ter mehanizme rekombinacije genetskega materiala. Tema je razdeljena na 16 poglavij, pri čemer zadnja poglavja zajemajo posebne primere in mehanizme popravljanja, ki niso vezani na DNA, pač pa na proces translacije pri poškodovani RNA. Kot izhodišče za pripravo si najprej preberite ustrezna poglavja v učbeniku, kjer so ta navedena na spodnjem seznamu. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se odmakniti od osnovne teme seminarja. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo praviloma dva ali trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici. <br /> <br /> Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje en dan pred predstavitvijo (do polnoči), torej najkasneje v nedeljo ali v torek za ponedeljkove oziroma sredine seminarje. Predstavitve seminarjev 1-4 bodo 23. maja, 5-8 25. maja, 9-12 30. maja, 13-16 pa 1. junija 2016. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> Vsebina seminarjev je izpitna snov, razen seminarjev št. 4 ter 13-16. <br /> <br /> <br /> Poglavja za seminarje so:<br /> <br /> # Direktno popravljanje mutacij (9.7)<br /> # Popravljanje z izcepom baze (9.8)<br /> # Popravljanjem z izcepom nukleotida (9.9)<br /> # Xeroderma pigmentosum<br /> # Popravljanje neujemanja (9.10)<br /> # SOS-popravljanje (9.11)<br /> # Popravljanje kolapsa replikacijskih vilic (10.1)<br /> # Mitozna rekombinacija (10.2)<br /> # Nehomologno povezovanje koncev (10.4)<br /> # Mejozna rekombinacija (10.5)<br /> # Razreševanje Hollidayevega križišča (15.6)<br /> # Popravljanje DNA v kontekstu kromatina (16.9)<br /> # Menjava spola pri kvasovki (15.9.)<br /> # Vloga p53 pri ohranjanju genoma (str. 400)<br /> # Trans-translacija (translacija pri poškodovani mRNA)<br /> # Od RNA neodvisna elongacija (Science 347, 75 (2015)<br /> <br /> <br /> ----<br /> <br /> Vpišite se v oklepaj za naslovom seminarja:<br /> <br /> <br /> # Direktno popravljanje mutacij<br /> # Popravljanje z izcepom baze<br /> # Popravljanjem z izcepom nukleotida (Petra Hruševar, Gašper Žun, Uroš Zavrtanik)<br /> # Xeroderma pigmentosum (Maja Zupanc, Elvira Boršič)<br /> # Popravljanje neujemanja<br /> # SOS-popravljanje<br /> # Popravljanje kolapsa replikacijskih vilic (Tilen Tršelič, Klara Lenart)<br /> # Mitozna rekombinacija<br /> # Nehomologno povezovanje koncev<br /> # Mejozna rekombinacija<br /> # Razreševanje Hollidayevega križišča (Nejc Kejžar, Lovro Kotnik)<br /> # Popravljanje DNA v kontekstu kromatina (Špela Malenšek, Tjaša Lukšič)<br /> # Menjava spola pri kvasovki (Kristjan Stibilj, Rok Miklavčič, Sara Tekavec)<br /> # Vloga p53 pri ohranjanju genoma (Miha Koprivnikar Krajnc, Katja Brezovar)<br /> # Trans-translacija<br /> # Od RNA neodvisna elongacija (Aleksandra Uzar, )<br /> <br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: <br /> &lt;nowiki&gt;[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt; <br /> <br /> Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Reprogramiranje celic]].</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Popravljanje_mutacij_in_rekombinacijski_procesi&diff=11328 2016-04-04T09:28:09Z

<p>Kristjan Stibilj: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2015/16 bodo seminarji obsegali dve med seboj povezani temi: Popravljanje okvar in mutacij ter mehanizme rekombinacije genetskega materiala. Tema je razdeljena na 16 poglavij, pri čemer zadnja poglavja zajemajo posebne primere in mehanizme popravljanja, ki niso vezani na DNA, pač pa na proces translacije pri poškodovani RNA. Kot izhodišče za pripravo si najprej preberite ustrezna poglavja v učbeniku, kjer so ta navedena na spodnjem seznamu. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se odmakniti od osnovne teme seminarja. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo praviloma dva ali trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici. <br /> <br /> Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje en dan pred predstavitvijo (do polnoči), torej najkasneje v nedeljo ali v torek za ponedeljkove oziroma sredine seminarje. Predstavitve seminarjev 1-4 bodo 23. maja, 5-8 25. maja, 9-12 30. maja, 13-16 pa 1. junija 2016. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> Vsebina seminarjev je izpitna snov, razen seminarjev št. 4 ter 13-16. <br /> <br /> <br /> Poglavja za seminarje so:<br /> <br /> # Direktno popravljanje mutacij (9.7)<br /> # Popravljanje z izcepom baze (9.8)<br /> # Popravljanjem z izcepom nukleotida (9.9)<br /> # Xeroderma pigmentosum<br /> # Popravljanje neujemanja (9.10)<br /> # SOS-popravljanje (9.11)<br /> # Popravljanje kolapsa replikacijskih vilic (10.1)<br /> # Mitozna rekombinacija (10.2)<br /> # Nehomologno povezovanje koncev (10.4)<br /> # Mejozna rekombinacija (10.5)<br /> # Razreševanje Hollidayevega križišča (15.6)<br /> # Popravljanje DNA v kontekstu kromatina (16.9)<br /> # Menjava spola pri kvasovki (15.9.)<br /> # Vloga p53 pri ohranjanju genoma (str. 400)<br /> # Trans-translacija (translacija pri poškodovani mRNA)<br /> # Od RNA neodvisna elongacija (Science 347, 75 (2015)<br /> <br /> <br /> ----<br /> <br /> Vpišite se v oklepaj za naslovom seminarja:<br /> <br /> <br /> # Direktno popravljanje mutacij<br /> # Popravljanje z izcepom baze<br /> # Popravljanjem z izcepom nukleotida (Petra Hruševar, Gašper Žun, Uroš Zavrtanik)<br /> # Xeroderma pigmentosum (Maja Zupanc, Elvira Boršič)<br /> # Popravljanje neujemanja<br /> # SOS-popravljanje<br /> # Popravljanje kolapsa replikacijskih vilic (Tilen Tršelič, Klara Lenart)<br /> # Mitozna rekombinacija<br /> # Nehomologno povezovanje koncev<br /> # Mejozna rekombinacija<br /> # Razreševanje Hollidayevega križišča<br /> # Popravljanje DNA v kontekstu kromatina (Špela Malenšek, Tjaša Lukšič)<br /> # Menjava spola pri kvasovki (Kristjan Stibilj, Rok Miklavčič)<br /> # Vloga p53 pri ohranjanju genoma (Miha Koprivnikar Krajnc, Katja Brezovar)<br /> # Trans-translacija<br /> # Od RNA neodvisna elongacija (Aleksandra Uzar, )<br /> <br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: <br /> &lt;nowiki&gt;[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt; <br /> <br /> Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Reprogramiranje celic]].</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2015&diff=10778 2015-10-20T20:10:09Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Kristjan Stibilj: PI3K kaskada in njihova vloga pri rakavih obolenjih */</p> <hr /> <div>== Biokemija- Povzetki seminarjev 2015/2016 ==<br /> Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2015 stran]<br /> <br /> === Kristjan Stibilj: PI3K kaskada in njihova vloga pri rakavih obolenjih ===<br /> Dandanes je zdravljenje rakavih obolenj poglavitna točka v razvoju farmacevtskih zdravil. Velike multinacionalke vlagajo ogromno denarja v razvoj zdravila, ki bi ozdravil tumorje oz. omilil njihovo delovanje. Za nastanek rakavih obolenj so v veliki meri krivi receptorji tirozin kinaze (RTK) in njihova PI3K/AKT/mTOR signalna pot. Ta namreč nadzoruje celično proliferacijo, metabolizem, premikanje in preživetje. Mutacije ključnih proteinov v PI3K kaskadi vodijo do nenadzorovane rasti in delitve celic, kar privede do nastanka tumorjev. Glavni princip zdravljenja oz. iskanje zdravila za rakava obolenja je torej poiskati takšno molekulo, ki bi uspešno inhibirala mutiran protein in s tem ustavila njegovo hiperaktivacjo. Znanstveniki so v zadnjih letih odkrili precej inhibitorjev, ki so bolj ali majn specifični in so sedaj v preiskavah kot morebitno zdravilo. Za inhibiranje PI3K molekule sta se v predkličninih študijah pokazala kot uspešna pictilisib in buparlisib, ki se vežeta na ATP-vezavno mesto. Na enak način deluje tudi večina AKT inhibitorjev, kamor spada tudi dobro raziskan Inhibitor VIII. mTOR, zadnja molekula v PI3K kaskadi, pa ima prav tako kar nekaj sintetičnih inhibitorjev, ki so analogni naravni molekuli rapamcin. Vsi našteti inhibitorji pa žal še niso zdravila za raka, saj so interakcije z ostalimi encimi v celici še vedno nepoznane.<br /> <br /> === Klara Kuret: Vpliv bakterijskih efektorjev na ubikvitinsko signalno pot in rastlinski imunski odziv ===<br /> Patogene bakterije uporabljajo efektorje za zatiranje imunskega odziva gostitelja. Tarča mnogih efektorskih proteinov je celični ubikvitinacijski sistem (UBS), ki je pomemben regulator imunskega odgovora. Ubikvitinska signalizacija poteka preko treh encimskih kompleksov, ki na proteinske substrate vežejo molekule ubikvitina. Dolžina in oblika ubikvitinske verige narekujeta, kakšen bo biološki odgovor celice na ubikvitinacijo oz. kaj se bo s substratom zgodilo. Ker prokarionti nimajo lastnega ubikvitinacijskega sistema, so morali razviti drugačne mehanizme, ki jim omogočajo interakcijo z evkariontskimi proteini, kateri nastopajo pri ubikvitinaciji. Efektorji lahko gostiteljski UBS izkoriščajo tako, da strukturno ali funkcijsko posnemajo evkariontske komponente UBS, ali pa so homologi evkariontskih proteinov. Lahko tudi pospešujejo ali inhibirajo delovanje 26S proteasoma. Efektorski proteini torej izkoriščajo evkariontske strategije za nadzor in manipulacijo gostiteljevih celičnih procesov, v smeri, ki patogenu omogoča čim boljšo možnost razvoja in množitve. Efektorji AvrPtoB, HopM1 ter VirF so nastali z različnim evolucijskim razvojem, zato se tudi mehanizmi njihovega delovanja na UBS razlikujejo. Patogeni efektorji lahko preko ubikvitinacije pomembnih signalnih proteinov v imunskih kaskadah povzročijo nezmožnost celice, da aktivira PAMP ter ETI imunost. Razgradnja gostiteljevih proteinov vodi lahko do motenj v izražanju genov, motenj v vezikularnem transportu in številnih drugih nepravilnosti v celičnih procesih, ki pripeljejo do večje dovzetnosti celice za okužbo.<br /> <br /> === Tjaša Lukšič: Alternativno izrezovanje GPCR-jev s poudarkom na sekretinski družini ===<br /> Alternativno izrezovanje GPCR-jev je pogost pojav, še posebej pri sekretinski in nekaterih sorodnih družinah. Receptorji sekretinske družine se pojavljajo v zanimivih izooblikah, ki odstirajo nove poglede na regulacijo celične signalizacije. V sedmi transmembranski vijačnici sekretinskih GPCR-jev je dobro ohranjen ekson 12 oz. zaporedje 14 aminokislin, ki je tarča izrezovalno-povezovalnega kompleksa pri nekaterih receptorjih. Delecija eksona 12 nima izrazitega vpliva na vezavo primarnih sporočevalcev, ima pa zato toliko večje posledice pri prenosu signalov. Povezovanje z G-proteini je onemogočeno, ker skrajšana TMD7 ne omogoča normalne konformacijske spremembe. Le-ta se v običajnih izooblikah zgodi zaradi premika TMD6 in TMD7 proti statični TMD3, kar razkrije intracelularno vezavno domeno za navzdolnje efektorje. Poleg omenjene funkcije lažnega receptorja, se oslabi tudi membranska ekspresija kratkih-TMD7 receptorjev, saj je izbrisan transportni motiv v eksonu 12 in zmanjšana hidrofobnost C konca. Najbolj fascinantna posledica je zagotovo dominantno negativna regulacija membranske ekspresije ostalih izooblik. Za transport GPCR-jev iz kontrolnega sistema endoplazmatskega retikuluma je potrebna oligomerizacija. Hetero-oligomeri določenih kombinacij s kratkim-TMD7 receptorjem ne uspejo zapustiti ER, število delujočih receptorjev v membrani se zmanjšuje in celica je slabše odzivna na njihove primarne sporočevalce. Med tem pa nekateri receptorji nimajo težav pri transportu skupaj s skrajšanimi izooblikami. Številna bolezenska stanja so povezana s patološkimi izooblikami ali z neuspešnim transportom proteinov iz ER, za kar obstaja potencialna rešitev v farmakoloških šaperonih.<br /> <br /> === Ime Priimek: Naslov mojega seminarja ===<br /> Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Aliquam id lorem nulla. Nam malesuada venenatis velit imperdiet finibus. Aenean dignissim fermentum nisl, eget suscipit nibh ultrices quis. Aliquam scelerisque pharetra nisl non dignissim. Duis ac eros tristique, venenatis ante sit amet, tristique neque. Suspendisse maximus metus posuere nisi auctor, ac vulputate leo ultrices. Duis bibendum sollicitudin neque, ac tristique dolor ornare et. Mauris tristique consequat varius. Proin finibus orci urna, in ultrices justo efficitur dictum. Cras eget finibus justo. Morbi feugiat erat nec metus luctus, eu fermentum libero vestibulum. Proin lobortis ligula et quam ultricies pharetra. Proin et tellus ut nulla pellentesque fringilla interdum eget lorem. Suspendisse potenti. Curabitur quis sem eu purus blandit euismod. Fusce convallis rutrum lorem, quis feugiat sapien porta et. Nulla facilisi. Pellentesque imperdiet, elit vel euismod hendrerit, metus mauris feugiat nulla, vel pellentesque sapien ligula vel sapien. Donec nibh odio, facilisis ut orci ut, feugiat dictum orci. Aliquam aliquet lacus et dapibus faucibus. Mauris ac ipsum pulvinar, auctor enim in, mollis libero. Curabitur porttitor, velit vel pretium ullamcorper, nulla arcu blandit orci, vel fermentum metus est et nisl. Cras et nunc lacus. Suspendisse tempus sagittis libero, quis rutrum ante faucibus nec. Sed ac eros eget.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2015&diff=10767 2015-10-20T16:59:41Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Kristjan Stibilj: PI3K kaskada in njihova vloga pri rakavih obolenjih */</p> <hr /> <div>== Biokemija- Povzetki seminarjev 2015/2016 ==<br /> Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2015 stran]<br /> <br /> === Kristjan Stibilj: PI3K kaskada in njihova vloga pri rakavih obolenjih ===<br /> Dandanes je zdravljenje rakavih obolenj poglavitna točka v razvoju farmacevtskih zdravil. Velike multinacionalke vlagajo ogromno denarja v razvoj zdravila, ki bi ozdravil tumorje oz. omilil njegovo delovanje. Za nastanek rakavih obolenj so v veliki meri krivi receptorji tirozin kinaze (RTK) in njihova PI3K/AKT/mTOR signalna pot. Ta namreč nadzoruje celično proliferacijo, metabolizem, premikanje in preživetje. Mutacije ključnih proteinov v PI3K kaskadi vodijo do nenadzorovane rasti in delitve celic, kar privede do nastanka tumorjev. Glavni princip zdravljenja oz. iskanje zdravila za rakava obolenja je torej poiskati takšno molekulo, ki bi uspešno inhibirala mutiran protein in s tem ustavila njegovo hiperaktivacjo. Znanstveniki so v zadnjih letih odkrili precej inhibitorjev, ki so bolj ali majn specifični in so sedaj v preiskavah kot morebitno zdravilo. Za inhibiranje PI3K molekule sta se v predkličninih študijah pokazala kot uspešna pictilisib in buparlisib, ki se vežeta na ATP-vezavno mesto. Na enak način deluje tudi večina AKT inhibitorjev, kamor spada tudi dobro raziskan Inhibitor VIII. mTOR, zadnja molekula v PI3K kaskadi, pa ima pravtako kar nekaj sintetičnih inhibitorjev, ki so analogni naravni molekuli rapamcin. Vsi našteti inhibitorji pa žal še niso zdravila za raka, saj so interakcije z ostalimi encimi v celici še vedno nepoznane.<br /> <br /> === Ime Priimek: Naslov mojega seminarja ===<br /> Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Aliquam id lorem nulla. Nam malesuada venenatis velit imperdiet finibus. Aenean dignissim fermentum nisl, eget suscipit nibh ultrices quis. Aliquam scelerisque pharetra nisl non dignissim. Duis ac eros tristique, venenatis ante sit amet, tristique neque. Suspendisse maximus metus posuere nisi auctor, ac vulputate leo ultrices. Duis bibendum sollicitudin neque, ac tristique dolor ornare et. Mauris tristique consequat varius. Proin finibus orci urna, in ultrices justo efficitur dictum. Cras eget finibus justo. Morbi feugiat erat nec metus luctus, eu fermentum libero vestibulum. Proin lobortis ligula et quam ultricies pharetra. Proin et tellus ut nulla pellentesque fringilla interdum eget lorem. Suspendisse potenti. Curabitur quis sem eu purus blandit euismod. Fusce convallis rutrum lorem, quis feugiat sapien porta et. Nulla facilisi. Pellentesque imperdiet, elit vel euismod hendrerit, metus mauris feugiat nulla, vel pellentesque sapien ligula vel sapien. Donec nibh odio, facilisis ut orci ut, feugiat dictum orci. Aliquam aliquet lacus et dapibus faucibus. Mauris ac ipsum pulvinar, auctor enim in, mollis libero. Curabitur porttitor, velit vel pretium ullamcorper, nulla arcu blandit orci, vel fermentum metus est et nisl. Cras et nunc lacus. Suspendisse tempus sagittis libero, quis rutrum ante faucibus nec. Sed ac eros eget.<br /> <br /> === Ime Priimek: Naslov mojega seminarja ===<br /> Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Aliquam id lorem nulla. Nam malesuada venenatis velit imperdiet finibus. Aenean dignissim fermentum nisl, eget suscipit nibh ultrices quis. Aliquam scelerisque pharetra nisl non dignissim. Duis ac eros tristique, venenatis ante sit amet, tristique neque. Suspendisse maximus metus posuere nisi auctor, ac vulputate leo ultrices. Duis bibendum sollicitudin neque, ac tristique dolor ornare et. Mauris tristique consequat varius. Proin finibus orci urna, in ultrices justo efficitur dictum. Cras eget finibus justo. Morbi feugiat erat nec metus luctus, eu fermentum libero vestibulum. Proin lobortis ligula et quam ultricies pharetra. Proin et tellus ut nulla pellentesque fringilla interdum eget lorem. Suspendisse potenti. Curabitur quis sem eu purus blandit euismod. Fusce convallis rutrum lorem, quis feugiat sapien porta et. Nulla facilisi. Pellentesque imperdiet, elit vel euismod hendrerit, metus mauris feugiat nulla, vel pellentesque sapien ligula vel sapien. Donec nibh odio, facilisis ut orci ut, feugiat dictum orci. Aliquam aliquet lacus et dapibus faucibus. Mauris ac ipsum pulvinar, auctor enim in, mollis libero. Curabitur porttitor, velit vel pretium ullamcorper, nulla arcu blandit orci, vel fermentum metus est et nisl. Cras et nunc lacus. Suspendisse tempus sagittis libero, quis rutrum ante faucibus nec. Sed ac eros eget.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2015&diff=10766 2015-10-20T13:54:47Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime Priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj||12||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Kristjan_Stibilj:_Inhibicija PI3k/AKT/mTOR signalne poti kot orožje proti raku||Lovro Kotnik||Blaž Lebar]||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||12||Alternativno izrezovanje pri GPCR-jih s poudarkom na sekretinski družini||Karmen Žbogar||Aleksandra Uzar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Klara Kuret||12||Vpliv bakterijskih efektorjev na ubikvitinsko signalno pot in rastlinski imunski odziv||Klara Lenart||Petra Hruševar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||12||||Katja Čop||Lovro Kotnik||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||12||||Nejc Kejžar||Karmen Žbogar||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Tadej Satler||12||Vpliv PD-1 receprtorja melanomskih celic na rast tumorja||Neža Brezovar||Klara Lenart||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Tina Šimunović||14-15||||Kristjan Stibilj||Katja Čop||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||14-15||||Tjaša Lukšič||Nejc Kejžar||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||14-15||||Klara Kuret||Dorotea Borković||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Lara Jerman||16||||Rok Miklavčič||Neža Brezovar||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Eva Rajh||16||||Ema Gašperšič||Kristjan Stibilj||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||16||||Tadej Satler||Tjaša Lukšič||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Fran Krstanović||17||||Tina Šimunović||Klara Kuret||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||17||||Maja Zupanc||Rok Miklavčič||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Janja Krapež||17||||Tilen Tršelič||Ema Gašperšič||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Janez Javornik||18||||Lara Jerman||Tadej Satler||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||18||||Eva Rajh||Tina Šimunović||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||18||||Sara Tekavec||Maja Zupanc||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Urša Kopač||19||||Fran Krstanović||Tilen Tršelič||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||19||||Dorotea Borković||Lara Jerman||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Gašper Virant||19||||Elvira Boršić||Eva Rajh||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||20||||Janja Krapež||Sara Tekavec||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||20||||Janez Javornik||Fran Krstanović||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||20||||Miha Koprivnikar Krajnc||Elvira Boršić||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Urša Čerček||21||||Špela Malenšek||Janja Krapež||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||21||||Urša Kopač||Janez Javornik||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Gašper Žun||21||||Neža Koritnik||Miha Koprivnikar Krajnc||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||22||||Gašper Virant||Špela Malenšek||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||22||||Uroš Zavrtanik||Urša Kopač||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||22||||Simon Aleksič||Neža Koritnik||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||23||||Urša Čerček||Uroš Zavrtanik||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Karmen Žbogar||23||||Katja Brezovar||Simon Aleksič||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Klara Lenart||23||||Gašper Žun||Matej Hvalec||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Dorotea Borković||23||||Matej Hvalec||Gašper Virant||06/01/16||08/01/16||14/01/16<br /> |-<br /> | Katja Čop||23||||Blaž Lebar||Urša Čerček||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||23||Hormonska regulacija razvoja T-celic||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |-<br /> | Neža Brezovar||23||||Petra Hruševar||Gašper Žun||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2015|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. &lt;font color=red&gt;Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši<br /> * 116_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, ki je napisan na novo in je bil prijavljen v shemo 50%&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2015&diff=10742 2015-10-13T21:36:32Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime Priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj||12||&quot;PI3K kaskada in njihova vloga pri rakavih obolenjih&quot;||Lovro Kotnik||Blaž Lebar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||12||||Karmen Žbogar||Aleksandra Uzar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Klara Kuret||12||Vpliv bakterijskih efektorjev na signalizacijo gostiteljske celice||Klara Lenart||Petra Hruševar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||12||||Katja Čop||Lovro Kotnik||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||12||||Nejc Kejžar||Karmen Žbogar||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Tadej Satler||12||||Neža Brezovar||Klara Lenart||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Tina Šimunović||14-15||||Kristjan Stibilj||Katja Čop||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||14-15||||Tjaša Lukšič||Nejc Kejžar||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||14-15||||Klara Kuret||Neža Brezovar||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Lara Jerman||16||||Rok Miklavčič||Kristjan Stibilj||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Eva Rajh||16||||Ema Gašperšič||Tjaša Lukšič||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||16||||Tadej Satler||Klara Kuret||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Fran Krstanović||17||||Tina Šimunović||Rok Miklavčič||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||17||||Maja Zupanc||Ema Gašperšič||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Janja Krapež||17||||Tilen Tršelič||Tadej Satler||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Janez Javornik||18||||Lara Jerman||Tina Šimunović||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||18||||Eva Rajh||Maja Zupanc||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||18||||Sara Tekavec||Tilen Tršelič||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Urša Kopač||19||||Fran Krstanović||Lara Jerman||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||19||||Elvira Boršić||Eva Rajh||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Gašper Virant||19||||Janja Krapež||Sara Tekavec||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||20||||Janez Javornik||Fran Krstanović||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||20||||Miha Koprivnikar Krajnc||Elvira Boršić||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||20||||Špela Malenšek||Janja Krapež||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Urša Čerček||21||||Urša Kopač||Janez Javornik||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||21||||Neža Koritnik||Miha Koprivnikar Krajnc||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Gašper Žun||21||||Gašper Virant||Špela Malenšek||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||22||||Uroš Zavrtanik||Urša Kopač||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||22||||Simon Aleksič||Neža Koritnik||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||22||||Matej Hvalec||Gašper Virant||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||23||||Urša Čerček||Uroš Zavrtanik||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Karmen Žbogar||23||||Katja Brezovar||Simon Aleksič||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Klara Lenart||23||||Gašper Žun||Matej Hvalec||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Katja Čop||23||||Blaž Lebar||Urša Čerček||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||23||Hormonska regulacija razvoja T-celic||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |-<br /> | Neža Brezovar||23||||Petra Hruševar||Gašper Žun||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. &lt;font color=red&gt;Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši<br /> * 116_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, ki je napisan na novo in je bil prijavljen v shemo 50%&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2015&diff=10740 2015-10-12T15:35:37Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime Priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj||12||&quot;RTK in njihova vloga pri rakavih obolenjih&quot;||Lovro Kotnik||Blaž Lebar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||12||||Karmen Žbogar||Aleksandra Uzar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Klara Kuret||12||Vpliv bakterijskih efektorjev na signalizacijo gostiteljske celice||Klara Lenart||Petra Hruševar||21/10/15||23/10/15||28/10/15<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||12||||Katja Čop||Lovro Kotnik||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||12||||Nejc Kejžar||Karmen Žbogar||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Tadej Satler||12||||Neža Brezovar||Klara Lenart||28/10/15||30/10/15||04/11/15<br /> |-<br /> | Tina Šimunović||14-15||||Kristjan Stibilj||Katja Čop||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||14-15||||Tjaša Lukšič||Nejc Kejžar||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||14-15||||Klara Kuret||Neža Brezovar||04/11/15||06/11/15||11/11/15<br /> |-<br /> | Lara Jerman||16||||Rok Miklavčič||Kristjan Stibilj||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Eva Rajh||16||||Ema Gašperšič||Tjaša Lukšič||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||16||||Tadej Satler||Klara Kuret||11/11/15||13/11/15||18/11/15<br /> |-<br /> | Fran Krstanović||17||||Tina Šimunović||Rok Miklavčič||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||17||||Maja Zupanc||Ema Gašperšič||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Janja Krapež||17||||Tilen Tršelič||Tadej Satler||18/11/15||20/11/15||25/11/15<br /> |-<br /> | Janez Javornik||18||||Lara Jerman||Tina Šimunović||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||18||||Eva Rajh||Maja Zupanc||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||18||||Sara Tekavec||Tilen Tršelič||25/11/15||27/11/15||02/12/15<br /> |-<br /> | Urša Kopač||19||||Fran Krstanović||Lara Jerman||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||19||||Elvira Boršić||Eva Rajh||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Gašper Virant||19||||Janja Krapež||Sara Tekavec||02/12/15||04/12/15||09/12/15<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||20||||Janez Javornik||Fran Krstanović||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||20||||Miha Koprivnikar Krajnc||Elvira Boršić||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||20||||Špela Malenšek||Janja Krapež||09/12/15||11/12/15||16/12/15<br /> |-<br /> | Urša Čerček||21||||Urša Kopač||Janez Javornik||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||21||||Neža Koritnik||Miha Koprivnikar Krajnc||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Gašper Žun||21||||Gašper Virant||Špela Malenšek||16/12/15||18/12/15||23/12/15<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||22||||Uroš Zavrtanik||Urša Kopač||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||22||||Simon Aleksič||Neža Koritnik||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||22||||Matej Hvalec||Gašper Virant||23/12/15||03/01/16||06/01/16<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||23||||Urša Čerček||Uroš Zavrtanik||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Karmen Žbogar||23||||Katja Brezovar||Simon Aleksič||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Klara Lenart||23||||Gašper Žun||Matej Hvalec||06/01/16||08/01/16||13/01/16<br /> |-<br /> | Katja Čop||23||||Blaž Lebar||Urša Čerček||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||23||||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |-<br /> | Neža Brezovar||23||||Petra Hruševar||Gašper Žun||13/01/16||15/01/16||20/01/16<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. &lt;font color=red&gt;Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši<br /> * 116_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, ki je napisan na novo in je bil prijavljen v shemo 50%&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015-seminar&diff=10518 2015-05-13T16:29:01Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Klara Lenart||Permanentno označevanje nevronskih povezav||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212141453.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Maja Zupanc||Matej Hvalec||Urša Kopač<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||Popravljalni mehanizem DNA (NER)||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150128141423.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Eva Rajh||Lara Jerman||Neža Koritnik<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||Preučitev imunskega odziva komarja po piku||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206174850.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Elvira Boršić||Kristjan Stibilj||Katja Čop<br /> |-<br /> | Gašper Žun||Antibiotiki uničujejo bakterije z okvaro izgradnje celične stene||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/12/141205114011.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Nejc Kejžar||Samo Smole||Klara Kuret<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||Kontrola prenašalnih RNA na CCA-dodajajočem encimu||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150129151612.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Tilen Tršelič||Miha Koprivnikar Krajnc||Matej Hvalec<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212114327.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Klara Lenart||Maja Zupanc||Lara Jerman<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||Ključne biološke funkcije skakajočih genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Uroš Zavrtanik||Eva Rajh||Kristjan Stibilj<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši?||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150112093129.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Blaž Lebar||Elvira Boršić||Samo Smole<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||Dvojedrni bakrov kompleks naj bi preprečil širjenje raka||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150302071134.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Gašper Žun||Nejc Kejžar||Miha Koprivnikar Krajnc<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||Transport proteinov v celico s pomočjo nanodelcev||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150108141444.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Miha Koprivnikar Krajnc||Klara Kuret||Samo Purič<br /> |-<br /> | Gašper Virant||Vezava agonista na adenozinske receptorje lajša kronično bolečino||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/11/141126132639.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Simon Aleksič||Klara Lenart||Eva Rajh<br /> |-<br /> | Manca Zupan||||||07.04.||10.04.||13.04.||Tjaša Lukšič||Uroš Zavrtanik||Elvira Boršić<br /> |-<br /> | Urša Čerček||Odkrita struktura encima Dbr1 predstavlja nove možnosti za zdravljenje ALS in FTD ||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140911094721.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Špela Malenšek||Blaž Lebar||Nejc Kejžar<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150227112749.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Ema Gašperšič||Gašper Žun||Tilen Tršelič<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||Acetilacija lizina in spremembe v proteomu astrocitov možganske skorje pri okužbi s Toxoplasma gondii||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150318153918.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Petra Hruševar||Rok Miklavčič||Klara Lenart<br /> |-<br /> | Maruša Grošelj||||||14.04.||17.04.||20.04.||Gašper Virant||Simon Aleksič||Uroš Zavrtanik<br /> |-<br /> | Tadej Satler|| Določanje zaporedja DNK s pomočjo grafena ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150330095403.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Manca Zupan||Tjaša Lukšič||Blaž Lebar<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||Vzbujanje REM faze z aktivacijo holinergičnih nevronov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150203123423.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Urša Čerček||Špela Malenšek||Gašper Žun<br /> |-<br /> | Niko Šetar||Preprečevanje širjenja raka z inhibicijo ERK1/2 kaskade.||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150330122615.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Katja Brezovar||Ema Gašperšič||Rok Miklavčič<br /> |-<br /> | Lija Srnovršnik||Zaviranje rasti tumorjev z rušenjem strukture tumorskega stromalnega mikrookolja||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/08/140815102231.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Lovro Kotnik||Petra Hruševar||Simon Aleksič<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||Cistična fibroza: odkrita dodatna okvara imunskega sistema||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140904084508.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Maruša Grošelj||Gašper Virant||Tjaša Lukšič<br /> |-<br /> | Jaka Kos||||||24.04.||30.04.||04.05.||Tadej Satler||Manca Zupan||Špela Malenšek<br /> |-<br /> | Samo Purič||Desifrirana enigma: virusne infekcije||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150204075224.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Aleksandra Uzar||Urša Čerček||Ema Gašperšič<br /> |-<br /> | Urša Kopač||Protein SOD5 prisoten v obrambnem sistemu gliv||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416143311.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Niko Šetar||Katja Brezovar||Petra Hruševar<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219090349.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Lija Srnovršnik||Lovro Kotnik||Gašper Virant<br /> |-<br /> | Katja Čop||Ključna vloga proteina RBFox2 pri srčnem popuščanju||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150305125144.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Sara Tekavec||Maruša Grošelj||Manca Zupan<br /> |-<br /> | Klara Kuret||Novo odkriti biosenzor omogoča vpogled v delovanje rastlinskega obrambnega sistema||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150116115436.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Jaka Kos||Tadej Satler||Urša Čerček<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||Odkritja dodatnhih nukleotidov DNA||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/05/150504101254.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Samo Purič||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar<br /> |-<br /> | Lara Jerman||Dedovanje: za vse ni kriva DNA||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150402161751.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Urša Kopač||Niko Šetar||Lovro Kotnik<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj||Uporaba nannožičnih-bakterijskih hibridov pri samostojni svetlobno odvisni fiksaciji co2 na umetne organske spojine|||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150416132638.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Neža Koritnik||Lija Srnovršnik||Maruša Grošelj<br /> |-<br /> | Samo Smole||||||12.05.||15.05.||18.05.||Katja Čop||Sara Tekavec||Tadej Satler<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||Boj za železo||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206111519.htm||19.05.||22.05.||25.05.||Klara Kuret||Jaka Kos||Aleksandra Uzar<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Matej Hvalec||Samo Purič||Niko Šetar<br /> |-<br /> | Eva Rajh||Vloga Elongaze 7 pri replikaciji človeških citomegalovirusov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150323162358.htm||19.05.||22.05.||25.05.||Lara Jerman||Urša Kopač||Lija Srnovršnik<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150427133117.htm||19.05.||22.05.||25.05.||Kristjan Stibilj||Neža Koritnik||Sara Tekavec<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||Novi 'pametni' inzulin||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161141.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Samo Smole||Katja Čop||Jaka Kos<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/05/150506095251.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Rok Miklavčič||Tilen Tršelič||Maja Zupanc<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2014. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2015 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2015_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2015_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015_Povzetki_seminarjev&diff=10506 2015-05-12T14:48:32Z

<p>Kristjan Stibilj: </p> <hr /> <div>[[TBK2015-seminar|Nazaj na osnovno stran]]<br /> <br /> <br /> === Uroš Zavrtanik: Mehanizem popravljanja DNA: NER (faktor XPC) ===<br /> <br /> Od samega nastanka naprej se življenje spopada s fundamentalnim problemom kemijske nestabilnosti genetske informacije, shranjene v DNA. Molekula DNA je izpostavljena številnim fizikalnim ter kemijskim dejavnikom, ki lahko vplivajo na njeno strukturo in posredno ali neposredno tudi na samo informacijo. Ker pa predstavlja ohranjanje informacije eden izmed ključnih in pomembnejših aspektov življenja samega, so se tekom evolucije razvili številni mehanizmi popravljanja DNA. Eden izmed teh mehanizmov je popravljanje DNA z izrezom nukleotidov (ang. Nucleotide Excision Repair-NER). NER je popravljalni proces za odstranjevanje in popravo večjih strukturnih nepravilnosti v strukturi DNA, ki so v glavnem posledica radiacije (UV, gama) ter okolijskih dejavnikov (specifične molekule, ki lahko strukturno poškodujejo DNA). NER predstavlja pri človeku edini mehanizem za popravljanje poškodb povzročenih zaradi UV radiacije. Največji izziv NER je, kako najti vse poškodovane dele DNA v celotnem genomu. Na podlagi eksperimentalnih ugotovitev raziskovalci ugotavljajo, da bi lahko bil ''ključ do uspeha'' naključna vezava proteina XPC (začetni faktor NER) na nespecifično mesto v DNA ter nato vzdolžna difuzija XPC do poškodovanega (specifičnega) mesta, kjer XPC za trenutek obstane, kar je signal za sprožitev popravljalnega procesa. Odkritje bi lahko predstavljalo generalni koncept mehanizma še vedno malo raziskane interakcije protein-DNA. <br /> <br /> === Gašper Virant: Vezava agonista na adenozinske receptorje lajša kronično bolečino ===<br /> Kronična bolečina je posledica okvare živčevja. Ločimo nociceptivno kronično bolečino, ki jo povzroča draženje bolečinskih receptorjev (nociceptorjev) v tkivih notranjih organov ter mišičnoskeletnega sistema, in nevropatsko kronično bolečino, ki nastane kot posledica okvare, poškodbe ali motenega delovanja perifernega ali osrednjega živčevja . Najbolj uspešni pristopi lajšanja tovrstne bolečine temeljijo na uporabi mehanizma kalcijevih kanalčkov, opioidov, in adrenergikov. Pogosto pa imajo ta zdravila stranske učinke, ki nastopijo ob neprestani uporabi. Prav tako telo razvije toleranco do njih, kar pomeni, da je za enak učinek potreben vedno večji odmerek, kar vodi v zmanjšano učinkovanje zdravila. Kot močno ne-narkotično in ne-opoidno sredstvo za lajšanje tovrstne bolečine se je izkazal adenozin. Adenozin oz. nekateri še bolj selektivni agonisti se vežejo na zunajcelične adenozinske receptorje in s tem zmanjšajo zaznavanje bolečine. Adenozin v zunajceličem prostoru ni obstojen, vendar lahko njegovo življensko dobo podaljšamo z inhibicijo andenozin kinaz in deaminaz ter tako posledično podaljšamo tudi protibolečinsko delovanje. Visoko selektiven agonist z veliko afiniteto do A3 podskupine adenozinskih receptorjev bi tudi pomembno odpravil neželene stranske učinke.<br /> <br /> === Klara Lenart: Permanentno označevanje nevronskih povezav ===<br /> <br /> Preučevanje nevronskih povezav je precej neraziskano področje. Za raziskave teh povezav uporabljajo proteine, najpogosteje skupino proteinov imenovano GCaMP, ki oddajajo fluorescenčno svetlobo kratek čas po zaznavi spremembe v koncentraciji kalcijevih ionov v celici. Skupina znanstvenikov z medicinskega inštituta Howard Hughes je razvila nov protein, imenovan CaMPARI(podoben je skupini GCaMP-jev), ki označuje aktivne nevrone glede na spremembo koncentracije Ca2+ v njih. Proteini, podobni CaMPARI-ju obstajajo že zadnjih 20 let, a posebnost novega proteina je permanentna fluorescenca, ki jo oddaja ob povečanju koncentracije kalcija v celici ter sočasnem obsevanju z vijolično svetlobo. Glavni del CaMPARI-ja je fluorescenten protein EosFP, ki spremeni barvo iz zelene v rdečo ob obsvetljevanju z vijolično svetlobo. Ko so EosFP spojili z kalmodulinom in peptidom M13, katera sta potrebna za vezavo kalcijevih ionov, je nastal CaMPARI. Ponuja možnost raziskav nevronskih povezav med kompleksnejšim vedenjem, na primer med učenjem. Prav tako je uporaben, ker lahko z reguliranim obsvetljevanjem vplivamo, kdaj bo potekala pretvorba iz zelene v rdečo in kdaj ne. Preizkusili so ga v štirih poskusih; na ličinkah in odraslih osebkih vinske mušice, na ličinkah cebrice in na odraslih miših. Vsi poskusi so potrdili že znana dejstva, kar dokazuje njegovo zanesljivost, ter ponuja mnogo možnosti za nadaljnje raziskave.<br /> <br /> === Blaž Lebar: Preučitev imunskega odziva komarja po piku ===<br /> <br /> Malarija je bolezen, ki jo prenaša komar mrzličar ali Anopheles. Na leto se okuži na stotine milijonov ljudi, nekaj milijonov jih tudi umre. Povzročitelj te bolezni so različne vrste plazmodijev, ki se uspešno množijo v komarju, ki nato po piku okuži svojo žrtev. Vendar kako uspe tako inferiorno bitje kot je komar okužiti tako kompleksno bitje kot je človek, morda celo smrtno, sam komar pa normalno funkcionira navkljub patogenom v lastnem v organizmu?<br /> Za komarjev imunski sistem so odgovorni LRIMi, bilo naj bi jih nekaj več kot 24, vendar delovanja večine še ne poznajo. Najpomembnejša za imunski sistem komarja naj bi bila člena sistema komplementa: LRIM1 in APL1C v hemolimfi, ki se z LRRji povežeta z TEP1cut in tako izvedeta uspešno lizo in melanizacijo patogenov, vendar sta se izkazala kot popolnoma neučinkovita pri eliminaciji P. berghei. V tej študiji pa so se osredotočili na LRIM9, protein v imunskem sistemu, ki naj bi imel najpomembnejšo vlogo pri borbi z plazmodiji. Najpogostejša tehnika je bila qRT-PCR, preverjali pa so namnožitev, reprodukcijo in melanizacijo P. berghei pri komarjih vrste A. gambiae ob prehranjevanju s krvjo miši, ter različne vplive na izražanje LRIM9 (prehranjevanje, bakterije, imunost…). Ugotovili so tudi povezavo izražanja LRIM9 in hormona »ecdysone«, ki se izloča iz jajčnikov samic. <br /> Danih je bilo veliko odgovorov, ki pa so odprli nova vprašanja, katera bodo zahtevala še veliko raziskav.<br /> <br /> <br /> === Ema Gašperšič: Dvojedrni bakrov kompleks naj bi preprečil širjenje raka ===<br /> Čeprav je v zadnjem času opazen napredek na področju zdravljenja raka, še vedno obstajajo določene pomanjkljivosti. Eno izmed najbolj pogosto uporabljenih zdravil za različne vrste raka je cisplatin, ki se veže na dušikove baze DNA in s tem povzroči celično smrt oz. apoptozo. Cisplatin pa kljub vsemu ni vedno učinkovit in ima precej stranskih učinkov, zato so raziskovalci želeli razviti alternativno zdravilo. Razvili so citotoksični dvojedrni kompleks z bakrom, ki se s pomočjo molekularne prepoznave veže na dve sosednji fosfatni skupini na vijačnici DNA, kar prepreči celične delitve in uniči patološko celico. Z različnimi anorganskimi in biokemijskimi metodami, spektroskopijo in metodami na posameznih molekulah so dokazali, da dvojedrni Cu2 kompleks zavira sintezo DNA in je citotoksična za človeške rakave celice. V članku je predstavljena sinteza prvega kompleksa iz te družine molekul, bakrovega Cu2 kompleksa ter različne metode, s katerimi so dokazali sposobnost ustrezne koordinacije Cu2(2+), sposobnost močne vezave Cu2(2+) na DNA, sposobnost inhibicije sinteze DNA ter citotoksičnost kompleksa. Iz dobljenih rezultatov znanstveniki predpostavljajo učinkovito interakcijo med Cu2(2+) in DNA in vitro ter v živih celicah. Nadaljnje klinične in medicinske raziskave pa bodo še odločale o tem, kako, in če sploh, bo bakrov kompleks resnično preizkušen na pacientih z rakom.<br /> <br /> === Tjaša Lukšič: Ključne biološke funkcije skakajočih genov ===<br /> <br /> Dobro polovico človeškega genoma sestavljajo ponavljajoči se genetski elementi, katerim v preteklosti niso pripisovali posebne vloge, danes pa vse bolj postaja jasno, da njihova prisotnost v genomu prinaša svojevrstne biološke funkcije. Alu sekvence so primer takšnih transpozicijskih elementov, katerih prepisovanje je običajno minimalizirano, vendar se ob virusnih infekcijah ali stresu močno poveča. Po klasifikaciji so podvrsta kratkih razpršenih jedrnih elementov (SINE), ki se lahko transponirajo po genomu prek RNA intermediata, vendar ne kodirajo proteinov. Alu sekvence prepisuje RNA polimeraza III, Alu RNA pa ima značilno sekundarno strukturo dveh rok, ki omogoča tvorbo kompleksov s proteinskimi dimeri SRP9/14. Nastanek takšnih Alu ribonukleoproteinov (RNP) v običajnih celičnih razmerah ni pogost, saj je kljub veliki količini monomerov SRP9 in SRP14 stopnja pojavljanja Alu RNA-jev veliko manjša. Tvorba Alu RNP-jev prepreči iniciacijo prevajanja mRNA v aminokislinsko zaporedje in tvorbo polisomov. Po vezavi Alu RNP-ja na ribosomsko podenoto 40S, Alu RNA lahko zapusti kompleks in sodeluje v nadaljnjih prenosih novih SRP9/14. Mehanizem delovanja takšnih kompleksov je relativno nepoznan in odpira nove poglede na smisel ohranitve transpozicijskih elementov skozi evolucijo. Alu sekvence je predstavljajo perspektivno področje za preučevanje ravno zaradi njihovega prispevka k zaščiti translacijskih procesov celice v neugodnih razmerah in zaradi drugih še neodkritih, potencialnih bioloških funkcij.<br /> <br /> === Špela Malenšek: Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši? ===<br /> <br /> Človeški endogeni retrovirusi (ERV), genetsko podedovani ostanki preteklih virusnih infekcij, so klasično obravnavani kot človeku oziroma gostitelju neuporabni del genoma, tako imenovani &quot;junk DNA&quot;. Njihovo delovanje je v običajnih somatskih celicah (fibroblasti, hepatocite, bele krvne celice …) nadzorovano z epigenetskim mehanizmom metilacije DNA, kjer se metilna skupina doda citozinu ali adeninu in tako prepreči izražanje virusnih delov genoma. V nevronskih izvornih celicah naj bi med drugim izražanje endogenih retrovirusnih elementov nadzoroval tudi protein TRIM28. Deluje namreč kot korepresor, ki z modifikacijo histonov zatre prepisovanje genetskega materiala. Raziskave na univerzah Lund in EPLF so pokazale, da se ob izbrisu TRIM28 v celicah nakopičita dve večji skupini ERV, ki pri miših vplivata na izražanje gena BC048671 in služita kot startni točki za IncRNA (dolga nekodirajoča RNA). Hkrati izbris proteina TRIM28 povzroči tako kompleksne vedenjske spremembe kot tudi abnormalne vedenjske fenotipe modelnih organizmov (miši), ki se izkažejo podobne nekaterim človeškim psihološkim motnjam. Klasični hipotezi o nefunkcionalnosti ERV se tako zoperstavlja nova ideja, ki trdi, da aktivnost ERV vpliva na izražanje genov v nevronskih izvornih celicah in na kompleksnost nevronske mreže v možganih. S tem se odpira popolnoma nova molekularna perspektiva na analizo kompleksnih vedenjskih vzorcev, možganskih motenj in samega delovanja nevronske mreže.<br /> <br /> === Nejc Kejžar: Novi 'pametni' inzulin ===<br /> <br /> Z odkritjem biotehnoloških metod za umetno sintezo inzulina s pomočjo bakterije E. coli ali kvasovk je življenje s sladkorno boleznijo postalo mogoče, še vedno pa so prisotni zapleti, ki jih povzročata hipoglikemija in hiperglikemija. Današnje inzulinske terapije se osredotočajo na konstanto merjenje koncentracij glukoze v krvi in intravenozni vnos inzulina glede na izmerjeno koncentracijo, kar pa je kljub nujnosti (še posebej za paciente diabetesa tipa 1) zelo nadležno. Do težav lahko pride zaradi neupoštevanja terapije ali slabe glikemične kontrole, kar lahko v resnih stanjih hipoglikemije privede do kome ali smrti, hiperglikemija pa lahko vodi do kardiovaskularnih obolenj, težav s celjenjem ran ali celo do raka. Za učinkovitejše nadziranje krvne koncentracije glukoze in olajšano življenje pacientov je skupina znanstvenikov iz MIT razvila ‘pametni’ inzulin, ki ima nase pritrjen konjugat sestavljen iz alifatske verige 11 ogljikovih atomov in fenilborove kisline. Alifatska veriga povzroča podaljšano delovanje inzulina, fenilborova kislina pa služi kot ‘stikalo’, ki aktivira delovanje inzulina samo ob povečani koncentracije glukoze v krvi. Ta sintetični derivat je zmožen hitrejšega obnavljanja normalnih koncentracij krvne glukoze kot naravni in klinični inzulin, večkratnega zaporednega odziva na porast glukoze, prav tako pa ima nižji hipoglikemični indeks ob administraciji v času normalnih koncentracij glukoze, kar pomeni, da je tveganje za hipoglikemijo manjše. V najbolj zgovornem testu je bilo pokazano, da je učinkovitost pametnega inzulina primerljiva z delovanjem zdravega pankreasa.<br /> <br /> === Simon Aleksič: Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ===<br /> <br /> Informacijska RNA je po prepisu iz DNA podvržena dodatnim procesom, tako v jedru kot tudi v citoplazmi. Izrezovanje intronov je le en izmed procesov, ki zagotavlja strukturno variabilnost proteinov. Za variabilnost strukture poskrbijo tudi malo raziskane deaminacije nukleotidov . Deaminacije nukleotidov so katalitski kemijski procesi, ki omogočajo spreminjanje tripletov kodonov v zapisih mRNA s pomočjo proteinov ADAR. Za takšne procese so predvidevali, da so v organizmih redki in nimajo posebnega vpliva na delovanje proteinov v telesu. A študija univerze v Tel Avivu je pokazala, da so deaminacije adenozina v inozin v živčnih tkivih lignjev eden poglavitnih procesov, ki se zgodijo pred translacijo mRNA v proteine. Deaminacije s spremembami tripletov povzročijo zamenjave aminokislin v proteinih, raziskava pa dokaže, da se stabilnejše aminokisline zamenjajo z manj stabilnimi. Manj stabilne aminokisline v območju aktivnega mesta in hidrofobnega jedra povzročijo, da je protein sam manj občutljiv na nižje temperature okolja in lahko ostane delujoč pri spremenjenih razmerah okolja. Deaminacije so posebno pogoste v mRNA prepisih genov, ki zapisujejo proteine vključene v živčni sistem in citoskelet. Novejše raziskave mutacije genov za protein ADAR pri človeku povezujejo z različnimi imunskimi boleznimi, kot so ADA-SCID in sindrom Aicardi–Goutières.<br /> <br /> === Gašper Žun: Antibiotiki betalaktami uničujejo bakterije z okvaro mehanizma za izgradnjo celične stene ===<br /> Antibiotiki β-laktami, med katere spada tudi penicilin, predstavljajo eno izmed najdlje in najsplošneje uporabnih terapij pri bakterijskih okužbah. Učinkujejo tako, da z vezavo na penicilin-vezavne proteine (PBP) okvarijo mehanizem za sintezo celične stene. S tem onemogočijo zamreženje nastajajočih verig peptidoglikanov (PG) v matriks, v manjši meri pa se nove verige še vedno lahko sintetizirajo. Celična stena takih bakterij je zato neobičajnih oblik, med delitvijo pa se lahko na določenih mestih pretrga in celica propade. Zaradi nastajanja enoverižnih PG se vključijo v proces encimi (Slt), ki take neobičajne verige razgrajujejo. Lastnosti celične stene na tak način ostajajo funkcionalne, vendar pa zaradi vključenega brezuspešnega cikla sinteze in razgradnje celične stene pride do prekomerne porabe za celico pomembnih snovi, kar le še prispeva k toksičnemu delovanja antibiotikov. Obrambni mehanizmi proti antibiotični aktivnosti vključujejo encime (β-laktamaze), ki razgrajujejo β-laktame. Vse večja odpornost bakterij na antibiotike je posledica povečane frekvence genskega zapisa za β-laktamaze, ki se med bakterijami prenaša s plazmidi. Ker je za uspešen boj proti bakterijam potreben nenehen razvoj novih zdravil in terapij, je potrebno dodobra spoznati tako način učinkovanja antibiotikov kot način delovanja bakterij. Članek prispeva nov vpogled v delovanje encima Slt za razgradnjo nezamreženega novo nastalega PG, saj mu pripisuje vlogo kontrole nad kvaliteto izgradnje celične stene, kar pa v resnici potencira uničujoče posledice antibiotikov.<br /> <br /> === Rok Miklavčič: Kontrola prenašalnih RNA na CCA-dodajajočem encimu ===<br /> tRNA je ena od biološko najpomembnejših molekul v živih organizmih in ima ključno vlogo pri sintezi proteinov, zato je pomembno, da so vse tRNA, ki na ribosome prinašajo aminokisline, funkcionalne. Od prepisa dalje grejo zato tRNA prepisi skozi serijo procesov in modifikacij, ki na koncu privedejo do popolnoma funkcionalnih tRNA. V predzadnji fazi urejanja tRNA sodeluje CCA-dodajajoči encim, ki na 3'-konec prepisov tRNA pripne končno nukleotidno zaporedje CCA, v zadnji fazi pa se na zadnji adenin nukleotid veže še ustrezna aminokislina. CCA-dodajajoči encim pa ima v sintezi tRNA še eno nedavno odkrito funkcijo: nestabilnim prepisom tRNA pripne nukleotidno zaporedje CCACCA, ki je signal za razgradnjo. Na ta način encim kontrolira kvaliteto tRNA in pripomore k optimizaciji same sinteze proteinov. Na CCA-dodajajočem encimu se razlike med stabilnimi in nestabilnimi tRNA prepisi pokažejo po vezavi prvega zaporedja CCA, in sicer pri premiku encima. Stabilne tRNA se ob premiku odcepijo z encima, medtem ko pri nestabilnih tRNA premik povzroči transformacijo njihove sekundarne strukture, ob tem pa nastane na tRNA izboklina. Za transformirane nestabilne tRNA se cikel dodajanja zaporedja CCA nato izvede še enkrat, kar privede do končnega zaporedja CCACCA. Po končanem drugem ciklu se ob nadaljnjem premiku encima z njega odcepijo tudi nestabilne tRNA.<br /> <br /> === Tilen Tršelič: Transport proteinov v celico s pomočjo nanodelcev ===<br /> Nanotehnologija v moderni znanosti že dolgo igra pomembno vlogo. Raziskovalci so ugotovili, da lahko s pomočjo nanodelcev v celice dostavljajo nukleotide in nekatere druge manjše molekule. Medicina je zato kmalu izrazila željo, da bi v celico lahko dostavljali tudi delujoče, zaključene proteine, ki bi pomagali pri zdravljenju različnih bolezni.<br /> Na Univerzi v Kaliforniji so nedavno odkrili način, kako bi nanotehnologijo res lahko uporabljali za transport proteinov v celice. Ugotovili so, da obstajajo delci, ki so zmožni vezati protein, ga prenašati in ob laserskem obsevanju sprostiti v celico. Podobne metode so že bile testirane, a je njihova uporabna vrednost majhna, saj je lasersko obsevanje zaradi visoke energije pogosto poškodovalo tkiva in organizme.<br /> Raziskava, predstavljena v seminarju, je z uporabo zlatih nanodelcev in posebnega fluorescentnega proteina GFP dokazala, da je neškodljiv, natančen transport proteinov v celice le mogoč. Izbrana metoda transporta prav tako omogoča velik nadzor nad lokacijo in časom sprostitve izbranega proteina v okolje. Znanstveniki so na zlat nanodelec vezali poseben prenašalec, ki je sposoben vezati histidinizirane proteine, jih dostaviti v celico in jih nato ob laserskem obsevanju z nizko energijo sprostiti v okolje.<br /> Raziskava in njeni izsledki imajo velik pomen, saj bi predstavljena metoda lahko omogočila vodeno diferenciacijo matičnih celic ali vodeno celično smrt in s tem zdravljenje nekaterih težjih bolezni.<br /> <br /> === Lovro Kotnik: Acetilacija lizina in spremembe v proteomu astrocitov možganske skorje pri okužbi s Toxoplasma gondii ===<br /> Toxoplasma gondii je znotrajcelični zajedavec, ki ga lahko najdemo pri večini vrst toplokrvnih živali. Tudi človek ni izjema, okužena pa naj bi bila kar tretjina svetovne populacije. V zdravih ljudeh to ne predstavlja nevarnosti, saj lahko zdrav organizem popolnoma ustavi razmnoževanje Toxoplasma gondii in prepreči s tem zajedavcem povezano bolezen toksoplazmozo. Bolezen je nevarna samo za ljudi z oslabljenim imunskim sistemom in za nosečnice (Toxoplazma gondii lahko okuži tudi otroka in povzroči hude deformacije).<br /> Pri tem zajedavcu je znano , da lahko spremeni obnašanje miši in podgan, vendar do sedaj mehanizem teh sprememb v obnašanju še ni bil znan. Nedavna raziskava je pokazala, da ob infekciji s Toxoplasma gondii v celicah potečejo določene spremembe. Spreminjati se začne izražanje genske kode, koncentracije proteinov in oblika proteinov. Do danes točen mehanizem še ni znan, možna pa je povezava z eno od post-translacijskih sprememb na proteinih: acetilacijo lizina.<br /> Študija, na osnovi katere sem napisal svoj seminar je izvedla raziskavo proteoma astrocitov možganske skorje v miših (Rattus norvegicus), poiskala število proteinov, ki so vsebovali lizin z acetilno skupino in dokumentirala natančne položaje teh lizinov na vsakem izmed proteinov, nato pa podobno raziskavo izvedla še na astrocitih okuženih s Toxoplasmo gondii in primerjala rezultate obeh raziskav.<br /> <br /> === Katja Brezovar: HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice ===<br /> HIV je retrovirus, ki napada limfocite T, predvsem CD4+ T celice in spada pod skupino lentivirusov. Problematičnost zdravljenja HIV-a je posledica virusne latence, ki virusu omogoča dolgoročno prisotnost v gostiteljski celici, ne glede na dolgoletno izpostavljenost protiretrovirusnim zdravilom. Do nedavnega je veljalo prepričanje, da je latentnost virusa HIV odvisna od stanja celice – torej ali je celica v aktivnem ali mirujočem stanju. Sedaj je bilo, z računalniškim modeliranjem in sintetičnim kontroliranjem HIV Tat pozitivne povratne zanke, predstavljeno, da je latentnost virusa neodvisna od celičnega stanja. Avtonomnost virusnega delovanja nam pomaga pri razlagi zakaj agenti, ki naj bi prekinjali latentnost niso delovali – ti so to poskušali storiti z vplivom na celično stanje, ki pa po najnovejših raziskavah nima vpliva na virusno aktivnost. Razlaga, da je latenca posledica avtonomnega virusnega vezja, postavi tudi vprašanje kakšen je evolucijski izvor in pomen le te. Latenca naj bi bila evolucijska strategija, katere cilj je maksimalni virusni prenos in zmanjševanje virusnega izumrtja med mukoznimi okužbami. Razumevanje latence in tega, kaj jo nadzoruje predstavlja pomemben korak za iskanje novih pristopov k zdravljenju bolezni AIDS.<br /> <br /> === Urša Čerček: Odkrita struktura encima Dbr1 predstavlja nove možnosti za zdravljenje ALS in FTD ===<br /> ALS in FTD sta neurodegenerativni bolezni, ki ju povzročata proteina TDP-43 in FUS. Do sedaj so odkrili le zdravilo, ki blaži njune učinke ne pozdravi pa bolezni v celoti. Že nekaj let nazaj so znanstveniki dokazali, da odsotnost encima Dbr1 zavira delovanje mutiranih proteinov TDP-43. Dbr1 hidrolizira 2',5'-fosfodiestersko vez v ciklični strukturi nekodirajoče mRNA imenovani lariat. Lariatna struktura deluje kot vaba, na katero se protein TDP-43 veže raje kot na prosto mRNA in tako prepreči škodljive interakcije, ki vodijo do pojava bolezni. Z uporabo inhibitorjev encima Dbr1, s katerimi bi preprečili razgradnjo lariatnih struktur in posledično zavrli delovanje toksičnih TDP-43, bi lahko zdravili ti dve do sedaj neozdravljivi bolezni. Da bi lahko našli primerne inhibitorje, so znanstveniki analizirali strukturo encima in tako poskušali dobiti boljši vpogled v njegovo funkcijo in najti povezave med funkcijo in strukturo. Ugotovili so, da se Dbr1 loči od ostalih, podobnih encimov v treh ključnih strukturnih lastnostih. Te so prisotnost LRL in posebne CTD skupine ter Cys14 ostanka v aktivnem mestu. Da bi do sedaj znana dejstva lahko uporabili za zdravljenje ALS in FTD so potrebne še nadaljnje raziskave, potrebno pa je tudi preveriti, kakšne posledice bi imela delna inhibicija encima Dbr1 in kako bi do nje prišli.<br /> <br /> === Niko Šetar: Preprečevanje širjenja raka z inhibicijo ERK1/2 kaskade ===<br /> Rak je v splošnem definiran kot maligen tumor, ki nastane kot posledica pretirane rasti celic, ta pretirana rast pa je večinoma posledica okvare oz. mutacije v signalnih poteh celice. Iz tega razloga se večina do sedaj razvitih zdravil fokusira na inhibicijo teh signalnih poteh, praviloma v inhibicijo t.i. ERK1/2 kaskade, ki je odgovorna predvsem za proliferacijo in apoptozo svoje tarčne celice. Na primer, PLX4032, eno izmed najbolj razširjenih zdravil proti raku, inhibira ERK1/2 kaskado le specifično v primeru mutiranega proteina B-Raf, kar vključuje zelo ozek spekter rakov. Drugo zdravilo, U0126, pa inhibira ERK1/2 in MAPK kaskado že v zelo zgodnjih fazah kar vodi do nizke učinkovitosti in mnogih stranskih učinkov. Znanstveniki, ki so se ukvarjali z razvojem novega zdravila, so sintetizirali tri nove peptide, ki temeljijo na strukturi NTS (Nuclear Translocation Signal), peptid Scr (SPS), fosfomimetični peptid EPE in nefosforilabilni peptid APA, vsi izmed katerih naj bi preprečevali vezavo ERK2 na Importin 7 in s tem njegov vstop v jedro tarčne celice. Takšna pozna inhibicija naj bi bila bolj učinkovita kot zgodnejše, nudila zdravljenje širšega spektra rakov in imela manj stranskih učinkov. Izmed testiranih peptidov se je najbolje obnesel EPE, in do sedaj izvedeni eksperimenti tako v kulturi, kot na laboratorijskih miših s človeškimi tumorskimi ksenografti, so pokazali rezultate v prid tej hipotezi.<br /> <br /> === Aleksandra Uzar: Optogenetska aktivacija holinergičnih nevronov vzbuja REM fazo ===<br /> Dober spanec je ključnega pomena, da lahko človeško telo pravilno deluje. Naraven spanec je sestavljen iz ciklov REM/non-REM faze, pri katerem je REM faza pomembna za učenje, sanjanje. Gre za intervale spanca za katerega je značilno hitro in naklučno premikanje oči. Cilj raziskave je bil ugotoviti, kakšni sta vloga in vpliv holinergičnih nevronov – nevroni, ki sproščajo nevrotransmiter acetilholin – na REM fazo. Osnova za raziskavo je bila optogenetika. To je metoda pri kateri aktivirajo določene nevrone s pomočjo svetlobo. Z izrazitvijo ionskega kanala rodopsina-2, ki se pod vplivom modre svetlobe aktivira (odpre), so s stimulacijami vplivali le na holinergične nevrone v PPT in LDT – strukturi v možganskem deblu. Raziskava je pokazala, da ti nevroni povzročajo REM fazo ter z daljšanjem stimulacij med non-REM fazo ugotovili, da se poveča število intervalov REM faze, vendar ne njihovo trajanje. S pomočjo sorodnih raziskav so ugotovitve pokazale, da naj bi bili holinergični nevroni v PPT in LDT pomembni sprožilci REM faze, ne pa glavni vzdrževalci. Raziskovalci poudarjajo, da je za potrditev potrebno več raziskav, saj so celotni mehanizmi faze se vedno dokaj nerazumljivi. S podrobnim znanjem o delovanju bi lahko ugotovitve aplicirali na ljudi s motnjami spanja.<br /> <br /> === Tadej Satler: Določanje zaporedja DNK s pomočjo grafena ===<br /> V letih, odkar je bilo prvič znano celotno zaporedje človeškega genoma, je prišlo do hitrega razvoja tehnologije , ki omogočajo dobro analizo zaporedja DNK (imenovano &quot;next-generation sequencing &quot;). Ti novi pristopi k določanju zaporedja obljubljajo popolno genomsko analizo, ki bi bila izvajana s strani rutinske klinične diagnostike. Električni senzorji iz grafena lahko zaradi svoje izjemne občutljivosti zaznajo adsorbirane molekule na njegovi površini, na čemer temelji tudi zaznavanje zaporedja DNK, ki je odvisno od molekularno specifičnih interakcij s površino grafena. Tako lahko veliko hitreje, bolj zanesljivo, natančneje in ceneje določamo zaporedja DNK v primerjavi s trenutnimi metodami, kar vodi vposodobitev in razvoj raznih medicinskih raziskav in testov. Avstralski znanstveniki so to tudi dokazali, saj so s pomočjo grafena zaznali tri osnovne nukleotide, ki tvorijo DNK , ter jih prepoznali na podlagi specifičnih interakcij med grafitom in njimi. Na grafenu so posamezno izpostavili vse štiri osnovne dušikove baze, ki gradijo DNK (adenin, citozin, timin in gvanin) in opazovali učinke molekularne adsorpcije individualne baze na njem.<br /> <br /> === Samo Purič: Dešifrirana enigma virusne infekcije ===<br /> Od rinovirusa, ki povzroča vsem znan prehlad, do virusa hepaptitisa C ali HIV-a, virusna obolenja v večini primerov povzročajo nelagodje, v nekaterih primerih pa huda bolezenjska stanja. Enoverižni RNA virusi (med katere spadajo zgoraj našteti) so se razvili med prvimi in še dandanes ostajajo med najnevarnejšimi za človekovo zdravje. Virusi so v osnovi zgrajeni iz nukleinske kilsine in proteinskega ovoja, ki ga imenujemo kapsida. Virus injecira svoj DNA/RNA v gostiteljsko celico in prevzame delovanje celotne celice za proizvodnjo novih virusov. Že desetletja razumemo, da mRNA nosi genetska navodila, ki omogočajo nastanek novih virusnih proteinov (tako kapsidnih kot tudi glikoproteinov ki tvorijo dodatno virusno ovojnico) potem ko virus vstopi v celico. Znastveniki iz univerz v Leedsu in Yorku pa so šele nedavno ugotovili, da se v zaporedju črk, ki jih uporabljamo za označevanje genetskih informacij, skriva šifra, ki narekuje kako se bo virus v gostiteljski celici ponovno sestavil. Do odkritja so prišli z opazovanjem enkapsidacije enoverižnega RNA virusa v zunanjo lupino/ovojnico nato pa so sestavili matematične algoritme s katerimi so razbili šifro in posledično razvili računalniški model, ki je sposoben dešifrirati zaporedja rastlinskih virusov. Ob tem so raziskovalci naredili še korak naprej in namignili na možnost razvijanja molekul, ki bi interfirale z kodo in efektivno ustavile delovanje virusa.<br /> <br /> === Lija Srnovršnik: Zaviranje rasti tumorjev z rušenjem strukture tumorskega stromalnega mikrookolja ===<br /> Mednarodna ekipa znanstvenikov je dokazala, da protitelo za protein EphA3, ki ga najdemo v mikrookolju trdnih oblik raka, učinkuje proti tumorjem. EphA3 je v zdravih organih prisoten, ko se zarodek razvija, v odraslih tkivih pa je prisoten v krvnih rakavih obolenjih ter v trdnih tumorjih in je lahko pristop, ki temelji na učinku protiteles, primerna terapija za trdne oblike tumorjev. Celice tumorja pošiljajo okoliškim celicam signale, ko potrebujejo zalogo krvi in temeljno strukturo, na kateri se potem širijo. Raziskava je dokazala, da stromalne matične celice, v katerih je izražen EphA3 in nastajajo v kostnem mozgu, oblikujejo celice, ki podpirajo in ustvarijo krvne žile v tumorjih. V mišje modele so vstavili človeške celice raka prostate, da bi poustvarili potek bolezni v ljudeh. EphA3 so našli v stromalnih celicah in žilah v okolici tumorja. Opazovali so tudi zdravljenje s protitelesom proti EphA3 (chIIIA4), ki je vidno upočasnilo rast tumorjev. Protitelo je poškodovalo tumorjeve žile in porušilo stromalno mikrookolje, celice so odmrle, saj je bila poškodovana njihova življenjska funkcija. Napad EphA3 s protitelesi je tako možna terapija za zmanjšanje ter uničenje tumorjev in krvnih rakavih bolezni.<br /> <br /> === Sara Tekavec: Cistična fibroza: odkrita dodatna okvara imunskega sistema ===<br /> Cistična fibroza je avtosomna recesivna genetska bolezen, kar pomeni, da se v potomcu bolezen izrazi le v primeru homozigotnega stanja, ko sta kopiji gena identični. Bolezen se pojavi kot posledica mutacije gena CFTR, ki kodira zapis za membranski protein CFTR. Slednji je odgovoren za prehajanje kloridnih ionov v zunajcelični prostor. Ker se na različne organe (predvsem pljuča, trebušno slinavko, črevesje) nalaga gosta, lepljiva sluz so le-ti podvrženi kroničnim okužbam, delovanje imunskega sistema pa kmalu postane neučinkovito. Delovanje imunskega sistema so preučevali tudi nemški raziskovalci. Odkrili so dodatno okvaro, in sicer zmanjšano izražanje molekul HLA-DQ. Te spadajo v skupino poglavitnega histokompatibilnostnega kompleksa (PHK) razreda II in imajo nalogo razločevanja med lastnimi in tujimi antigeni ter predstavljanja le-teh celicam pomagalkam. V poskusih uporabljena tehnika je bila pretočna citometrija, s katero so merili izražanje molekul HLA-DQ na monocitih, makrofagih, dendritičnih celicah ter raven prepisovanja mRNK za obe podenoti molekule HLA-DQ. Z raziskavo so odkrili tudi del molekularnega mehanizma, na katerem temelji imunski odziv. Vsi testi so pokazali, da je izražanje molekul HLA-DQ pri bolnikih s CF močno zmanjšano, v nekaterih primerih celo odsotno. To je v neki meri mogoče razložiti z zmanjšanim odzivom gena CIITA na signale kot je npr. IFNγ, ki so ga uporabili pri analizi. Glede na to, da je bolezen za zdaj še neozdravljiva in je z respiratorno fizioterapijo možno le lajšanje simptomov, bo potrebnih še veliko raziskav, ki bi pripomogle k razvoju tehnik zdravljenja.<br /> <br /> === Klara Kuret: Novo odkriti biosenzor omogoča vpogled v delovanje rastlinskega obrambnega sistema ===<br /> Rastline na biotske in abiotske strese odgovarjajo z raznimi obrambnimi mehanizmi. Znanstveniki so sintetizirali nov biosenzor Jas9-VENUS, s katerim lahko v času in planta sledijo rastlinskemu odzivu na poškodbo. Biosenzor (BS) je molekula, ki je sposobna pretvoriti neko dogajanje v celici v signal, ki ga lahko zaznamo. BS mora odgovarjati specifično na svojo tarčo, dajati kvantitativne podatke o dogajanju v organizmu ter zagotavljati dinamično in prostorsko sledenje dogajanja in vivo. Jas9-VENUS je fluorescentni protein, ki deluje kot BS za fitohormon jasmonično kislino (JA) ter njene derivate jasmonate. Jas9-VENUS so uspeli sintetizirati s translacijsko fuzijo iz zapisa za protein JAZ9, kateri zavira transkripcijske faktorje, ki se odzivajo na JA. JAZ9 se zaradi specifičnega zaporedja aminokislin (imenovanega Jas domena) ob prisotnosti JA razgrajuje prek proteosoma, kar vodi v sprostitev transkripcijskih faktorjev, povečano ekspresijo JA-odzivnih genov ter posledično do aktivacije ustreznih obrambnih odgovorov rastline. Ker se zaradi analogije s proteinom JAZ9 ob prisotnosti JA razgrajuje tudi novo sintetizirani BS, lahko z njim merimo koncentracijo JA v rastlinskih organih, tkivih in celicah. Kjer je koncentracija JA največja, bo rumena fluorescenca Jas9-VENUS najmanjša. Biosenzorji so pomembno orodje za preučevanje signalizacije znotraj organizmov. Na podlagi poznavanja le te, bo mogoče v prihodnosti vzgajati poljščine, ki bodo bolj odporne proti biotskim ter abiotskim stresom.<br /> <br /> === Neža Koritnik: Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje ===<br /> V molekuli DNA je le 2% področja, ki vsebuje gensko informacijo. Preostalih 98% t.i. nekodirajoče DNA pa naj ne bi imelo nobenega vpliva na izražanje genov. Glede na zadnje raziskave pa to ne drži popolnoma. Odkrili so, da ima nekodirajoča DNA vseeno posreden vpliv na gensko ekspresijo - preko DNA zank. Mutacije, ki se pojavijo v nekodirajočem delu, lahko na dolge razdalje efektirajo transkripcijo RNA, če so locirane ob sekvencah, ki se vežejo z regulatornimi elementi transkripcije. Že prej je bilo ugotovljeno, da eno-nukleotidne mutacije (SNP-ji), ki kodirajo kompleksne bolezni velikokrat ležijo ob takšnih sekvencah. S tvorjenjem zank se zbližajo oddaljeni predeli molekule DNA. Če se zbližajo sekvence promotorjev in ojačevalcev (na te sekvence se vežejo proteini, transkripcijski faktorji, ki regulirajo delovanje RNA-polimeraze II), se to odraža v ekspresiji genov. Znanstveniki so s z metodo cHi-C opazovali interakcije na dolge razdalje v nekodirajočem delu genoma na 14 SNP-jih povezanih z nastankom raka na debelem črevesju. SNP-ji, locirani ob regulatornih elementih, lahko preko zank interagirajo z oddaljenimi transkripcijskimi faktorji. Zanke jim dovoljujejo, da vplivajo na transkripcijo v oddaljenih kodirajočih delih genoma, kar se na koncu odraža v rakavem obolenju črevesja.<br /> <br /> === Urša Kopač: Protein SOD5 prisoten v obrambnem sistemu gliv ===<br /> Znanstveniki iz univerze Johns Hopkins v Baltimoru so odkrili, kako se patogene glive odzovejo na ovire, ki jih predstavlja gostiteljev imunski sistem. Obrambni mehanizem predstavljajo membranski proteini, ki so podobni Cu|Zn superoksid dismutazam (SOD). Predvsem so raziskovali protein vezan v celično steno: SOD5 iz Candida albicans. Proteini SOD5 se od Cu|Zn SOD encimov (npr. SOD1) razlikujejo že v sami primarni zgradbi. Razlikujejo se po tem, da v njih ni dveh od štirih histidinov, ki tvorijo kompleks s cinkom, manjka tudi 17 aminokislinskih ostankov, ki pri SOD1 tvorijo elektrostatsko zanko. To se nato odraža v 3D strukturi proteina. SOD5 ima v primerjavi s SOD1na C-koncu še devet dodatnih aminokislinskih ostankov, ki služijo kot GPI pritrdišče na celično steno. Proučevanje kristalne strukture je pokazalo, da je SOD5 monomer v nasprotju z dimernimi oz. tetramernimi SOD1 in EC-SOD. Razlog je razširitev disulfidne zanke in posledičnih steričnih interakcij. Gostitelj se pred invazivnimi mikrobi brani tudi s povečano, toksično količino bakrovih ionov. Na SOD5 to ne vpliva, saj velike količine bakra izkoristi sebi v prid in se iz neaktivnega apo-stanja pretvori v aktivno obliko. Zgradba SOD5 je posebna kar se tiče kofaktorjev – stran proteina, kjer se nahaja baker je zelo odprta in dostopna, cinkovega kofaktorja v tej vrsti encimov sploh ni. Te posebnosti bi bile lahko ključne pri razvoju novih zdravil in tehnik zdravljenja proti patogenim glivam in ostalim invazivnim organizmom.<br /> <br /> === Katja Čop: Ključna vloga proteina RBFox2 pri srčnem popuščanju ===<br /> Kaj je ključni dogodek na molekularni ravni, ki privede do točke, ko srce ni več zmožno zadostno opravljati svoje funkcije, je bilo do sedaj še precej neraziskano. Moja izbrana raziskava se je osredotočila na protein RBFox2, poznan kot pomemben za razvoj in funkcijo srca. Želeli so raziskati, če je možno, da pripomore tudi k tako imenovani dekompenzaciji-oslabljeni zmogljivosti organa, ki privede do srčnega popuščanja. Raziskave so izvajali na miših. V prvem sklopu so izvedli dva poskusa. Najprej so s tehniko TAC v srcu vzpostavili podobne pogoje, kot nastanejo pri srčnem popuščanju in izkazalo se je, da se je količina RBFox2 zmanjšala. Pri drugem poskusu pa so miši utišali gen za RBFox2 in pojavili so se značilni bolezenski znaki predhodnega stanja srčnega popuščanja. Ta dva izida so želeli razložiti in povezati s še enim znanim dejstvom; da je RBFox2 znan kot regulator alternativnega izrezovanja. Po drugem sklopu raziskav se je izkazalo, da sta dogodka povezana, pa tudi, da je RBFox2 ključni regulator, ob čigar odsotnosti se celoten program alternativnega izrezovanja v nekaterih genih, pomembnih v različnih srčnih funkcijah obrne v nasprotno smer, kot je potekal v prvem mesecu življenja miši, ko se je srce krepilo.<br /> <br /> === Kristjan Stibilj: Uporaba nanožicno-bakterijskih hibridov pri samostojni svetlobno odvisni fiksaciji CO2 na umetne organske spojine ===<br /> Fotosinteza je biokemijski proces, ki je nujen za preživetje vseh živih bitij na našem planetu. Rastline letno izkoristijo 130TW sončne energije, ki jo pretvorijo v kemično energijo. Znanstveniki iz univerze v Berkley-ju so uspeli poustvariti ta proces z uporabo nanožično-bakterijskega hibrida. Anaerobne bakterije S. ovata so nacepili direktno na silicijeve nanožičke, ki so služile kot fotokatoda, za fotokanodo pa so uporabili TiO2 , na kateri je ob osvetljevanju s svetlobo nastajal kisik. Tako zasnovana naprava imitira naravni kompleks dveh fotosistemov, ki se nahajata na tilakoidni membrani , kjer poteka fotosinteza. Bakterije S. ovata lahko z uporabo vodika kot donor elektrona preko Wood-Ljungdhalove poti uspešno pretvorijo CO2 v acetat, ki pa se nato v gensko sintetizirani in modificirani E. Coli lahko pretvori v acetil-CoA, ki je pomembna molekula za sintezo številnih biokemijskih polimerov. Z različnimi modifikacijami bakterije E. coli so znanstveniki sintetizirali n-butanol, PHB polimer, amorfadien, epi.aristolocen in kadinen. S tem so dokazali, da je mogoče izkoriščati sončno energijo za direktno sintezo molekul in tako na nek način poustvariti fotosintezo. Za enkrat je izkoristek sončne energije in posledično koncentracija produktov še precej nizka, vendar je trenuten razvoj usmerjen k povečanju izkoristka.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015-seminar&diff=10504 2015-05-12T14:12:57Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Klara Lenart||Permanentno označevanje nevronskih povezav||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212141453.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Maja Zupanc||Matej Hvalec||Urša Kopač<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||Popravljalni mehanizem DNA (NER)||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150128141423.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Eva Rajh||Lara Jerman||Neža Koritnik<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||Preučitev imunskega odziva komarja po piku||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206174850.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Elvira Boršić||Kristjan Stibilj||Katja Čop<br /> |-<br /> | Gašper Žun||Antibiotiki uničujejo bakterije z okvaro izgradnje celične stene||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/12/141205114011.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Nejc Kejžar||Samo Smole||Klara Kuret<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||Kontrola prenašalnih RNA na CCA-dodajajočem encimu||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150129151612.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Tilen Tršelič||Miha Koprivnikar Krajnc||Matej Hvalec<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212114327.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Klara Lenart||Maja Zupanc||Lara Jerman<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||Ključne biološke funkcije skakajočih genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Uroš Zavrtanik||Eva Rajh||Kristjan Stibilj<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši?||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150112093129.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Blaž Lebar||Elvira Boršić||Samo Smole<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||Dvojedrni bakrov kompleks naj bi preprečil širjenje raka||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150302071134.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Gašper Žun||Nejc Kejžar||Miha Koprivnikar Krajnc<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||Transport proteinov v celico s pomočjo nanodelcev||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150108141444.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Miha Koprivnikar Krajnc||Klara Kuret||Samo Purič<br /> |-<br /> | Gašper Virant||Vezava agonista na adenozinske receptorje lajša kronično bolečino||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/11/141126132639.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Simon Aleksič||Klara Lenart||Eva Rajh<br /> |-<br /> | Manca Zupan||||||07.04.||10.04.||13.04.||Tjaša Lukšič||Uroš Zavrtanik||Elvira Boršić<br /> |-<br /> | Urša Čerček||Odkrita struktura encima Dbr1 predstavlja nove možnosti za zdravljenje ALS in FTD ||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140911094721.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Špela Malenšek||Blaž Lebar||Nejc Kejžar<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150227112749.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Ema Gašperšič||Gašper Žun||Tilen Tršelič<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||Acetilacija lizina in spremembe v proteomu astrocitov možganske skorje pri okužbi s Toxoplasma gondii||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150318153918.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Petra Hruševar||Rok Miklavčič||Klara Lenart<br /> |-<br /> | Maruša Grošelj||||||14.04.||17.04.||20.04.||Gašper Virant||Simon Aleksič||Uroš Zavrtanik<br /> |-<br /> | Tadej Satler|| Določanje zaporedja DNK s pomočjo grafena ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150330095403.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Manca Zupan||Tjaša Lukšič||Blaž Lebar<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||Vzbujanje REM faze z aktivacijo holinergičnih nevronov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150203123423.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Urša Čerček||Špela Malenšek||Gašper Žun<br /> |-<br /> | Niko Šetar||Preprečevanje širjenja raka z inhibicijo ERK1/2 kaskade.||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150330122615.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Katja Brezovar||Ema Gašperšič||Rok Miklavčič<br /> |-<br /> | Lija Srnovršnik||Zaviranje rasti tumorjev z rušenjem strukture tumorskega stromalnega mikrookolja||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/08/140815102231.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Lovro Kotnik||Petra Hruševar||Simon Aleksič<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||Cistična fibroza: odkrita dodatna okvara imunskega sistema||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140904084508.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Maruša Grošelj||Gašper Virant||Tjaša Lukšič<br /> |-<br /> | Jaka Kos||||||24.04.||30.04.||04.05.||Tadej Satler||Manca Zupan||Špela Malenšek<br /> |-<br /> | Samo Purič||Desifrirana enigma: virusne infekcije||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150204075224.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Aleksandra Uzar||Urša Čerček||Ema Gašperšič<br /> |-<br /> | Urša Kopač||Protein SOD5 prisoten v obrambnem sistemu gliv||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416143311.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Niko Šetar||Katja Brezovar||Petra Hruševar<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219090349.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Lija Srnovršnik||Lovro Kotnik||Gašper Virant<br /> |-<br /> | Katja Čop||Ključna vloga proteina RBFox2 pri srčnem popuščanju||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150305125144.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Sara Tekavec||Maruša Grošelj||Manca Zupan<br /> |-<br /> | Klara Kuret||Novo odkriti biosenzor omogoča vpogled v delovanje rastlinskega obrambnega sistema||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150116115436.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Jaka Kos||Tadej Satler||Urša Čerček<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||Odkritja dodatnhih nukleotidov DNA||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/05/150504101254.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Samo Purič||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar<br /> |-<br /> | Lara Jerman||Dedovanje: za vse ni kriva DNA||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150402161751.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Urša Kopač||Niko Šetar||Lovro Kotnik<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj||Uporaba nannožičnih-bakterihskih hibridov pri samostojni svetlobno odvisni fiksaciji co2 na umetne organske spojine|||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150416132638.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Neža Koritnik||Lija Srnovršnik||Maruša Grošelj<br /> |-<br /> | Samo Smole||||||12.05.||15.05.||18.05.||Katja Čop||Sara Tekavec||Tadej Satler<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||Boj za železo||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206111519.htm||19.05.||22.05.||25.05.||Klara Kuret||Jaka Kos||Aleksandra Uzar<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Matej Hvalec||Samo Purič||Niko Šetar<br /> |-<br /> | Eva Rajh||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150323162358.htm||19.05.||22.05.||25.05.||Lara Jerman||Urša Kopač||Lija Srnovršnik<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150427133117.htm||19.05.||22.05.||25.05.||Kristjan Stibilj||Neža Koritnik||Sara Tekavec<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||Novi 'pametni' inzulin||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161141.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Samo Smole||Katja Čop||Jaka Kos<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/05/150506095251.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Rok Miklavčič||Tilen Tršelič||Maja Zupanc<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2014. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2015 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2015_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2015_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015-seminar&diff=10463 2015-05-09T21:04:11Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Klara Lenart||Permanentno označevanje nevronskih povezav||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212141453.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Maja Zupanc||Matej Hvalec||Urša Kopač<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||Popravljalni mehanizem DNA (NER)||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150128141423.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Eva Rajh||Lara Jerman||Neža Koritnik<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||Preučitev imunskega odziva komarja po piku||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206174850.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Elvira Boršić||Kristjan Stibilj||Katja Čop<br /> |-<br /> | Gašper Žun||Antibiotiki uničujejo bakterije z okvaro izgradnje celične stene||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/12/141205114011.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Nejc Kejžar||Samo Smole||Klara Kuret<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||Kontrola prenašalnih RNA na CCA-dodajajočem encimu||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150129151612.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Tilen Tršelič||Miha Koprivnikar Krajnc||Matej Hvalec<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212114327.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Klara Lenart||Maja Zupanc||Lara Jerman<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||Ključne biološke funkcije skakajočih genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Uroš Zavrtanik||Eva Rajh||Kristjan Stibilj<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši?||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150112093129.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Blaž Lebar||Elvira Boršić||Samo Smole<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||Dvojedrni bakrov kompleks naj bi preprečil širjenje raka||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150302071134.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Gašper Žun||Nejc Kejžar||Miha Koprivnikar Krajnc<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||Transport proteinov v celico s pomočjo nanodelcev||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150108141444.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Miha Koprivnikar Krajnc||Klara Kuret||Samo Purič<br /> |-<br /> | Gašper Virant||Vezava agonista na adenozinske receptorje lajša kronično bolečino||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/11/141126132639.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Simon Aleksič||Klara Lenart||Eva Rajh<br /> |-<br /> | Manca Zupan||||||07.04.||10.04.||13.04.||Tjaša Lukšič||Uroš Zavrtanik||Elvira Boršić<br /> |-<br /> | Urša Čerček||Odkrita struktura encima Dbr1 predstavlja nove možnosti za zdravljenje ALS in FTD ||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140911094721.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Špela Malenšek||Blaž Lebar||Nejc Kejžar<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150227112749.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Ema Gašperšič||Gašper Žun||Tilen Tršelič<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||Acetilacija lizina in spremembe v proteomu astrocitov možganske skorje pri okužbi s Toxoplasma gondii||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150318153918.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Petra Hruševar||Rok Miklavčič||Klara Lenart<br /> |-<br /> | Maruša Grošelj||||||14.04.||17.04.||20.04.||Gašper Virant||Simon Aleksič||Uroš Zavrtanik<br /> |-<br /> | Tadej Satler|| Določanje zaporedja DNK s pomočjo grafena ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150330095403.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Manca Zupan||Tjaša Lukšič||Blaž Lebar<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||Vzbujanje REM faze z aktivacijo holinergičnih nevronov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150203123423.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Urša Čerček||Špela Malenšek||Gašper Žun<br /> |-<br /> | Niko Šetar||Preprečevanje širjenja raka z inhibicijo ERK1/2 kaskade.||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150330122615.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Katja Brezovar||Ema Gašperšič||Rok Miklavčič<br /> |-<br /> | Lija Srnovršnik||Zaviranje rasti tumorjev z rušenjem strukture tumorskega stromalnega mikrookolja||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/08/140815102231.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Lovro Kotnik||Petra Hruševar||Simon Aleksič<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||Cistična fibroza: odkrita dodatna okvara imunskega sistema||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140904084508.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Maruša Grošelj||Gašper Virant||Tjaša Lukšič<br /> |-<br /> | Jaka Kos||||||24.04.||30.04.||04.05.||Tadej Satler||Manca Zupan||Špela Malenšek<br /> |-<br /> | Samo Purič||Desifrirana enigma: virusne infekcije||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150204075224.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Aleksandra Uzar||Urša Čerček||Ema Gašperšič<br /> |-<br /> | Urša Kopač||Protein SOD5 prisoten v obrambnem sistemu gliv||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416143311.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Niko Šetar||Katja Brezovar||Petra Hruševar<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219090349.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Lija Srnovršnik||Lovro Kotnik||Gašper Virant<br /> |-<br /> | Katja Čop||Ključna vloga proteina RBFox2 pri srčnem popuščanju||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150305125144.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Sara Tekavec||Maruša Grošelj||Manca Zupan<br /> |-<br /> | Klara Kuret||Novo odkriti biosenzor omogoča vpogled v delovanje rastlinskega obrambnega sistema||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150116115436.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Jaka Kos||Tadej Satler||Urša Čerček<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||Odkritja dodatnhih nukleotidov DNA||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/05/150504101254.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Samo Purič||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar<br /> |-<br /> | Lara Jerman||Dedovanje: za vse ni kriva DNA||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150402161751.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Urša Kopač||Niko Šetar||Lovro Kotnik<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj||Uporaba nanonozicno-bakterihskih hibridov pri samostojni svetlobno odvisni fiksaciji co2 na umetne organske spojine|||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150416132638.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Neža Koritnik||Lija Srnovršnik||Maruša Grošelj<br /> |-<br /> | Samo Smole||||||12.05.||15.05.||18.05.||Katja Čop||Sara Tekavec||Tadej Satler<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||Boj za železo||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206111519.htm||19.05.||22.05.||25.05.||Klara Kuret||Jaka Kos||Aleksandra Uzar<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Matej Hvalec||Samo Purič||Niko Šetar<br /> |-<br /> | Eva Rajh||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150323162358.htm||19.05.||22.05.||25.05.||Lara Jerman||Urša Kopač||Lija Srnovršnik<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||||||19.05.||22.05.||25.05.||Kristjan Stibilj||Neža Koritnik||Sara Tekavec<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||Novi 'pametni' inzulin||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161141.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Samo Smole||Katja Čop||Jaka Kos<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/05/150506095251.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Rok Miklavčič||Tilen Tršelič||Maja Zupanc<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2014. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2015 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2015_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2015_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015-seminar&diff=10458 2015-05-09T20:03:14Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Klara Lenart||Permanentno označevanje nevronskih povezav||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212141453.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Maja Zupanc||Matej Hvalec||Urša Kopač<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||Popravljalni mehanizem DNA (NER)||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150128141423.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Eva Rajh||Lara Jerman||Neža Koritnik<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||Preučitev imunskega odziva komarja po piku||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206174850.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Elvira Boršić||Kristjan Stibilj||Katja Čop<br /> |-<br /> | Gašper Žun||Antibiotiki uničujejo bakterije z okvaro izgradnje celične stene||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/12/141205114011.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Nejc Kejžar||Samo Smole||Klara Kuret<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||Kontrola prenašalnih RNA na CCA-dodajajočem encimu||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150129151612.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Tilen Tršelič||Miha Koprivnikar Krajnc||Matej Hvalec<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212114327.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Klara Lenart||Maja Zupanc||Lara Jerman<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||Ključne biološke funkcije skakajočih genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Uroš Zavrtanik||Eva Rajh||Kristjan Stibilj<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši?||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150112093129.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Blaž Lebar||Elvira Boršić||Samo Smole<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||Dvojedrni bakrov kompleks naj bi preprečil širjenje raka||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150302071134.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Gašper Žun||Nejc Kejžar||Miha Koprivnikar Krajnc<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||Transport proteinov v celico s pomočjo nanodelcev||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150108141444.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Miha Koprivnikar Krajnc||Klara Kuret||Samo Purič<br /> |-<br /> | Gašper Virant||Vezava agonista na adenozinske receptorje lajša kronično bolečino||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/11/141126132639.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Simon Aleksič||Klara Lenart||Eva Rajh<br /> |-<br /> | Manca Zupan||||||07.04.||10.04.||13.04.||Tjaša Lukšič||Uroš Zavrtanik||Elvira Boršić<br /> |-<br /> | Urša Čerček||Odkrita struktura encima Dbr1 predstavlja nove možnosti za zdravljenje ALS in FTD ||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140911094721.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Špela Malenšek||Blaž Lebar||Nejc Kejžar<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150227112749.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Ema Gašperšič||Gašper Žun||Tilen Tršelič<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||Acetilacija lizina in spremembe v proteomu astrocitov možganske skorje pri okužbi s Toxoplasma gondii||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150318153918.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Petra Hruševar||Rok Miklavčič||Klara Lenart<br /> |-<br /> | Maruša Grošelj||||||14.04.||17.04.||20.04.||Gašper Virant||Simon Aleksič||Uroš Zavrtanik<br /> |-<br /> | Tadej Satler|| Določanje zaporedja DNK s pomočjo grafena ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150330095403.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Manca Zupan||Tjaša Lukšič||Blaž Lebar<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||Vzbujanje REM faze z aktivacijo holinergičnih nevronov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150203123423.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Urša Čerček||Špela Malenšek||Gašper Žun<br /> |-<br /> | Niko Šetar||Preprečevanje širjenja raka z inhibicijo ERK1/2 kaskade.||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150330122615.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Katja Brezovar||Ema Gašperšič||Rok Miklavčič<br /> |-<br /> | Lija Srnovršnik||Zaviranje rasti tumorjev z rušenjem strukture tumorskega stromalnega mikrookolja||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/08/140815102231.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Lovro Kotnik||Petra Hruševar||Simon Aleksič<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||Cistična fibroza: odkrita dodatna okvara imunskega sistema||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140904084508.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Maruša Grošelj||Gašper Virant||Tjaša Lukšič<br /> |-<br /> | Jaka Kos||||||24.04.||30.04.||04.05.||Tadej Satler||Manca Zupan||Špela Malenšek<br /> |-<br /> | Samo Purič||Desifrirana enigma: virusne infekcije||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150204075224.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Aleksandra Uzar||Urša Čerček||Ema Gašperšič<br /> |-<br /> | Urša Kopač||Protein SOD5 prisoten v obrambnem sistemu gliv||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416143311.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Niko Šetar||Katja Brezovar||Petra Hruševar<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219090349.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Lija Srnovršnik||Lovro Kotnik||Gašper Virant<br /> |-<br /> | Katja Čop||Ključna vloga proteina RBFox2 pri srčnem popuščanju||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150305125144.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Sara Tekavec||Maruša Grošelj||Manca Zupan<br /> |-<br /> | Klara Kuret||Novo odkriti biosenzor omogoča vpogled v delovanje rastlinskega obrambnega sistema||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150116115436.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Jaka Kos||Tadej Satler||Urša Čerček<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||Odkritja dodatnhih nukleotidov DNA||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/05/150504101254.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Samo Purič||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar<br /> |-<br /> | Lara Jerman||Dedovanje: za vse ni kriva DNA||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150402161751.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Urša Kopač||Niko Šetar||Lovro Kotnik<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj||Nanožični-bakterijski hibrid, ki samostojno izvaja umetno fotosintezo|||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150416132638.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Neža Koritnik||Lija Srnovršnik||Maruša Grošelj<br /> |-<br /> | Samo Smole||||||12.05.||15.05.||18.05.||Katja Čop||Sara Tekavec||Tadej Satler<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||Boj za železo||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206111519.htm||19.05.||22.05.||25.05.||Klara Kuret||Jaka Kos||Aleksandra Uzar<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Matej Hvalec||Samo Purič||Niko Šetar<br /> |-<br /> | Eva Rajh||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150323162358.htm||19.05.||22.05.||25.05.||Lara Jerman||Urša Kopač||Lija Srnovršnik<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||||||19.05.||22.05.||25.05.||Kristjan Stibilj||Neža Koritnik||Sara Tekavec<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||Novi 'pametni' inzulin||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161141.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Samo Smole||Katja Čop||Jaka Kos<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/05/150506095251.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Rok Miklavčič||Tilen Tršelič||Maja Zupanc<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2014. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2015 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2015_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2015_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015-seminar&diff=10385 2015-04-27T14:56:10Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Klara Lenart||Permanentno označevanje nevronskih povezav||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212141453.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Maja Zupanc||Matej Hvalec||Urša Kopač<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||Popravljalni mehanizem DNA (NER)||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150128141423.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Eva Rajh||Lara Jerman||Neža Koritnik<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||Preučitev imunskega odziva komarja po piku||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206174850.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Elvira Boršić||Kristjan Stibilj||Katja Čop<br /> |-<br /> | Gašper Žun||Antibiotiki uničujejo bakterije z okvaro izgradnje celične stene||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/12/141205114011.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Nejc Kejžar||Samo Smole||Klara Kuret<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||Kontrola prenašalnih RNA na CCA-dodajajočem encimu||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150129151612.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Tilen Tršelič||Miha Koprivnikar Krajnc||Matej Hvalec<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212114327.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Klara Lenart||Maja Zupanc||Lara Jerman<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||Ključne biološke funkcije skakajočih genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Uroš Zavrtanik||Eva Rajh||Kristjan Stibilj<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši?||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150112093129.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Blaž Lebar||Elvira Boršić||Samo Smole<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||Dvojedrni bakrov kompleks naj bi preprečil širjenje raka||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150302071134.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Gašper Žun||Nejc Kejžar||Miha Koprivnikar Krajnc<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||Transport proteinov v celico s pomočjo nanodelcev||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150108141444.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Miha Koprivnikar Krajnc||Klara Kuret||Samo Purič<br /> |-<br /> | Gašper Virant||Vezava agonista na adenozinske receptorje lajša kronično bolečino||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/11/141126132639.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Simon Aleksič||Klara Lenart||Eva Rajh<br /> |-<br /> | Manca Zupan||||||07.04.||10.04.||13.04.||Tjaša Lukšič||Uroš Zavrtanik||Elvira Boršić<br /> |-<br /> | Urša Čerček||Odkrita struktura encima Dbr1 predstavlja nove možnosti za zdravljenje ALS in FTD ||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140911094721.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Špela Malenšek||Blaž Lebar||Nejc Kejžar<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150227112749.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Ema Gašperšič||Gašper Žun||Tilen Tršelič<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||Acetilacija lizina in spremembe v proteomu astrocitov možganske skorje pri okužbi s Toxoplasma gondii||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150318153918.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Petra Hruševar||Rok Miklavčič||Klara Lenart<br /> |-<br /> | Maruša Grošelj||||||14.04.||17.04.||20.04.||Gašper Virant||Simon Aleksič||Uroš Zavrtanik<br /> |-<br /> | Tadej Satler|| Določanje zaporedja DNK s pomočjo grafena ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150330095403.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Manca Zupan||Tjaša Lukšič||Blaž Lebar<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||Vzbujanje REM faze z aktivacijo holinergičnih nevronov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150203123423.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Urša Čerček||Špela Malenšek||Gašper Žun<br /> |-<br /> | Niko Šetar||Preprečevanje širjenja raka z inhibicijo ERK1/2 kaskade.||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150330122615.htm||14.04.||17.04.||20.04.||Katja Brezovar||Ema Gašperšič||Rok Miklavčič<br /> |-<br /> | Lija Srnovršnik||Zaviranje rasti malignih tumorjev z oviranjem tumorskega stromalnega mikrookolja||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/08/140815102231.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Lovro Kotnik||Petra Hruševar||Simon Aleksič<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||Cistična fibroza: odkrita dodatna okvara imunskega sistema||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140904084508.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Maruša Grošelj||Gašper Virant||Tjaša Lukšič<br /> |-<br /> | Jaka Kos||||||24.04.||30.04.||04.05.||Tadej Satler||Manca Zupan||Špela Malenšek<br /> |-<br /> | Samo Purič||Desifrirana enigma: virusne infekcije||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150204075224.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Aleksandra Uzar||Urša Čerček||Ema Gašperšič<br /> |-<br /> | Urša Kopač||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150128082001.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Niko Šetar||Katja Brezovar||Petra Hruševar<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219090349.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Lija Srnovršnik||Lovro Kotnik||Gašper Virant<br /> |-<br /> | Katja Čop||Osredja vloga proteina pri odpovedi srca||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150305125144.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Sara Tekavec||Maruša Grošelj||Manca Zupan<br /> |-<br /> | Klara Kuret||Novo odkriti biosenzor omogoča vpogled v delovanje rastlinskega imunskega sistema||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150116115436.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Jaka Kos||Tadej Satler||Urša Čerček<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||||||12.05.||15.05.||18.05.||Samo Purič||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar<br /> |-<br /> | Lara Jerman||||||12.05.||15.05.||18.05.||Urša Kopač||Niko Šetar||Lovro Kotnik<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj|||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150416132638.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Neža Koritnik||Lija Srnovršnik||Maruša Grošelj<br /> |-<br /> | Samo Smole||||||12.05.||15.05.||18.05.||Katja Čop||Sara Tekavec||Tadej Satler<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Klara Kuret||Jaka Kos||Aleksandra Uzar<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Matej Hvalec||Samo Purič||Niko Šetar<br /> |-<br /> | Eva Rajh||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150323162358.htm||19.05.||22.05.||25.05.||Lara Jerman||Urša Kopač||Lija Srnovršnik<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||||||19.05.||22.05.||25.05.||Kristjan Stibilj||Neža Koritnik||Sara Tekavec<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||Novi 'pametni' inzulin||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161141.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Samo Smole||Katja Čop||Jaka Kos<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||||||26.05.||29.05.||01.06.||Rok Miklavčič||Tilen Tršelič||Maja Zupanc<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2014. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2015 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2015_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2015_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015-seminar&diff=10152 2015-03-09T16:48:37Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Klara Lenart||Permanentno označevanje nevronskih povezav||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212141453.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Maja Zupanc||Matej Hvalec||Urša Kopač<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||Popravljalni mehanizem DNA (NER)||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150128141423.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Eva Rajh||Lara Jerman||Neža Koritnik<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||Preučitev imunskega odziva komarja po piku||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206174850.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Elvira Boršić||Kristjan Stibilj||Katja Čop<br /> |-<br /> | Gašper Žun||||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/12/141205114011.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Nejc Kejžar||Samo Smole||Klara Kuret<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150129151612.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Tilen Tršelič||Miha Koprivnikar Krajnc||Matej Hvalec<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212114327.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Klara Lenart||Maja Zupanc||Lara Jerman<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||Ključne biološke funkcije skakajočih genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Uroš Zavrtanik||Eva Rajh||Kristjan Stibilj<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši?||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150112093129.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Blaž Lebar||Elvira Boršić||Samo Smole<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||||||24.03.||27.03.||30.03.||Gašper Žun||Nejc Kejžar||Miha Koprivnikar Krajnc<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||||||24.03.||27.03.||30.03.||Miha Koprivnikar Krajnc||Klara Kuret||Samo Purič<br /> |-<br /> | Gašper Virant||Stikalo za bolečino||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/11/141126132639.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Simon Aleksič||Klara Lenart||Eva Rajh<br /> |-<br /> | Manca Zupan||||||07.04.||10.04.||13.04.||Tjaša Lukšič||Uroš Zavrtanik||Elvira Boršić<br /> |-<br /> | Urša Čerček||||||07.04.||10.04.||13.04.||Špela Malenšek||Blaž Lebar||Nejc Kejžar<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150227112749.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Ema Gašperšič||Gašper Žun||Tilen Tršelič<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||||||07.04.||10.04.||13.04.||Petra Hruševar||Rok Miklavčič||Klara Lenart<br /> |-<br /> | Maruša Grošelj||||||14.04.||17.04.||20.04.||Gašper Virant||Simon Aleksič||Uroš Zavrtanik<br /> |-<br /> | Tadej Satler||||||14.04.||17.04.||20.04.||Manca Zupan||Tjaša Lukšič||Blaž Lebar<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||||||14.04.||17.04.||20.04.||Urša Čerček||Špela Malenšek||Gašper Žun<br /> |-<br /> | Niko Šetar||||||14.04.||17.04.||20.04.||Katja Brezovar||Ema Gašperšič||Rok Miklavčič<br /> |-<br /> | Lija Srnovršnik||||||24.04.||30.04.||04.05.||Lovro Kotnik||Petra Hruševar||Simon Aleksič<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||||||24.04.||30.04.||04.05.||Maruša Grošelj||Gašper Virant||Tjaša Lukšič<br /> |-<br /> | Jaka Kos||||||24.04.||30.04.||04.05.||Tadej Satler||Manca Zupan||Špela Malenšek<br /> |-<br /> | Samo Purič||Desifrirana enigma: virusne infekcije||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150204075224.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Aleksandra Uzar||Urša Čerček||Ema Gašperšič<br /> |-<br /> | Urša Kopač||||||05.05.||08.05.||11.05.||Niko Šetar||Katja Brezovar||Petra Hruševar<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219090349.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Lija Srnovršnik||Lovro Kotnik||Gašper Virant<br /> |-<br /> | Katja Čop||Osredja vloga proteina pri odpovedi srca||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/03/150305125144.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Sara Tekavec||Maruša Grošelj||Manca Zupan<br /> |-<br /> | Klara Kuret||||||05.05.||08.05.||11.05.||Jaka Kos||Tadej Satler||Urša Čerček<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||||||12.05.||15.05.||18.05.||Samo Purič||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar<br /> |-<br /> | Lara Jerman||||||12.05.||15.05.||18.05.||Urša Kopač||Niko Šetar||Lovro Kotnik<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj|||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150203112022.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Neža Koritnik||Lija Srnovršnik||Maruša Grošelj<br /> |-<br /> | Samo Smole||||||12.05.||15.05.||18.05.||Katja Čop||Sara Tekavec||Tadej Satler<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Klara Kuret||Jaka Kos||Aleksandra Uzar<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Matej Hvalec||Samo Purič||Niko Šetar<br /> |-<br /> | Eva Rajh||||||19.05.||22.05.||25.05.||Lara Jerman||Urša Kopač||Lija Srnovršnik<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||||||19.05.||22.05.||25.05.||Kristjan Stibilj||Neža Koritnik||Sara Tekavec<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||Novi 'pametni' inzulin||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161141.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Samo Smole||Katja Čop||Jaka Kos<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||||||26.05.||29.05.||01.06.||Rok Miklavčič||Tilen Tršelič||Maja Zupanc<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2014. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2015 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2015_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2015_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015-seminar&diff=10147 2015-03-09T14:45:06Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Klara Lenart||Permanentno označevanje nevronskih povezav||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212141453.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Maja Zupanc||Matej Hvalec||Urša Kopač<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||Popravljalni mehanizem DNA (NER)||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150128141423.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Eva Rajh||Lara Jerman||Neža Koritnik<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||Preučitev imunskega odziva komarja po piku||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206174850.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Elvira Boršić||Kristjan Stibilj||Katja Čop<br /> |-<br /> | Gašper Žun||||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/12/141205114011.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Nejc Kejžar||Samo Smole||Klara Kuret<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150129151612.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Tilen Tršelič||Miha Koprivnikar Krajnc||Matej Hvalec<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212114327.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Klara Lenart||Maja Zupanc||Lara Jerman<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||Ključne biološke funkcije skakajočih genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Uroš Zavrtanik||Eva Rajh||Kristjan Stibilj<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši?||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150112093129.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Blaž Lebar||Elvira Boršić||Samo Smole<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||||||24.03.||27.03.||30.03.||Gašper Žun||Nejc Kejžar||Miha Koprivnikar Krajnc<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||||||24.03.||27.03.||30.03.||Miha Koprivnikar Krajnc||Klara Kuret||Samo Purič<br /> |-<br /> | Gašper Virant||Stikalo za bolečino||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/11/141126132639.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Simon Aleksič||Klara Lenart||Eva Rajh<br /> |-<br /> | Manca Zupan||||||07.04.||10.04.||13.04.||Tjaša Lukšič||Uroš Zavrtanik||Elvira Boršić<br /> |-<br /> | Urša Čerček||||||07.04.||10.04.||13.04.||Špela Malenšek||Blaž Lebar||Nejc Kejžar<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150227112749.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Ema Gašperšič||Gašper Žun||Tilen Tršelič<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||||||07.04.||10.04.||13.04.||Petra Hruševar||Rok Miklavčič||Klara Lenart<br /> |-<br /> | Maruša Grošelj||||||14.04.||17.04.||20.04.||Gašper Virant||Simon Aleksič||Uroš Zavrtanik<br /> |-<br /> | Tadej Satler||||||14.04.||17.04.||20.04.||Manca Zupan||Tjaša Lukšič||Blaž Lebar<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||||||14.04.||17.04.||20.04.||Urša Čerček||Špela Malenšek||Gašper Žun<br /> |-<br /> | Niko Šetar||||||14.04.||17.04.||20.04.||Katja Brezovar||Ema Gašperšič||Rok Miklavčič<br /> |-<br /> | Lija Srnovršnik||||||24.04.||30.04.||04.05.||Lovro Kotnik||Petra Hruševar||Simon Aleksič<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||||||24.04.||30.04.||04.05.||Maruša Grošelj||Gašper Virant||Tjaša Lukšič<br /> |-<br /> | Jaka Kos||||||24.04.||30.04.||04.05.||Tadej Satler||Manca Zupan||Špela Malenšek<br /> |-<br /> | Samo Purič||Desifrirana enigma: virusne infekcije||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150204075224.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Aleksandra Uzar||Urša Čerček||Ema Gašperšič<br /> |-<br /> | Urša Kopač||||||05.05.||08.05.||11.05.||Niko Šetar||Katja Brezovar||Petra Hruševar<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219090349.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Lija Srnovršnik||Lovro Kotnik||Gašper Virant<br /> |-<br /> | Katja Čop||||||05.05.||08.05.||11.05.||Sara Tekavec||Maruša Grošelj||Manca Zupan<br /> |-<br /> | Klara Kuret||||||05.05.||08.05.||11.05.||Jaka Kos||Tadej Satler||Urša Čerček<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||||||12.05.||15.05.||18.05.||Samo Purič||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar<br /> |-<br /> | Lara Jerman||||||12.05.||15.05.||18.05.||Urša Kopač||Niko Šetar||Lovro Kotnik<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj|||||||12.05.||15.05.||18.05.||Neža Koritnik||Lija Srnovršnik||Maruša Grošelj<br /> |-<br /> | Samo Smole||||||12.05.||15.05.||18.05.||Katja Čop||Sara Tekavec||Tadej Satler<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Klara Kuret||Jaka Kos||Aleksandra Uzar<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Matej Hvalec||Samo Purič||Niko Šetar<br /> |-<br /> | Eva Rajh||||||19.05.||22.05.||25.05.||Lara Jerman||Urša Kopač||Lija Srnovršnik<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||||||19.05.||22.05.||25.05.||Kristjan Stibilj||Neža Koritnik||Sara Tekavec<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||Novi 'pametni' inzulin||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161141.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Samo Smole||Katja Čop||Jaka Kos<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||||||26.05.||29.05.||01.06.||Rok Miklavčič||Tilen Tršelič||Maja Zupanc<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2014. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2015 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2015_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2015_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015-seminar&diff=10146 2015-03-09T14:42:03Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Klara Lenart||Permanentno označevanje nevronskih povezav||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212141453.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Maja Zupanc||Matej Hvalec||Urša Kopač<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||Popravljalni mehanizem DNA (NER)||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150128141423.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Eva Rajh||Lara Jerman||Neža Koritnik<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||Preučitev imunskega odziva komarja po piku||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206174850.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Elvira Boršić||Kristjan Stibilj||Katja Čop<br /> |-<br /> | Gašper Žun||||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/12/141205114011.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Nejc Kejžar||Samo Smole||Klara Kuret<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150129151612.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Tilen Tršelič||Miha Koprivnikar Krajnc||Matej Hvalec<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212114327.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Klara Lenart||Maja Zupanc||Lara Jerman<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||Ključne biološke funkcije skakajočih genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Uroš Zavrtanik||Eva Rajh||Kristjan Stibilj<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši?||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150112093129.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Blaž Lebar||Elvira Boršić||Samo Smole<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||||||24.03.||27.03.||30.03.||Gašper Žun||Nejc Kejžar||Miha Koprivnikar Krajnc<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||||||24.03.||27.03.||30.03.||Miha Koprivnikar Krajnc||Klara Kuret||Samo Purič<br /> |-<br /> | Gašper Virant||Stikalo za bolečino||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/11/141126132639.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Simon Aleksič||Klara Lenart||Eva Rajh<br /> |-<br /> | Manca Zupan||||||07.04.||10.04.||13.04.||Tjaša Lukšič||Uroš Zavrtanik||Elvira Boršić<br /> |-<br /> | Urša Čerček||||||07.04.||10.04.||13.04.||Špela Malenšek||Blaž Lebar||Nejc Kejžar<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150227112749.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Ema Gašperšič||Gašper Žun||Tilen Tršelič<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||||||07.04.||10.04.||13.04.||Petra Hruševar||Rok Miklavčič||Klara Lenart<br /> |-<br /> | Maruša Grošelj||||||14.04.||17.04.||20.04.||Gašper Virant||Simon Aleksič||Uroš Zavrtanik<br /> |-<br /> | Tadej Satler||||||14.04.||17.04.||20.04.||Manca Zupan||Tjaša Lukšič||Blaž Lebar<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||||||14.04.||17.04.||20.04.||Urša Čerček||Špela Malenšek||Gašper Žun<br /> |-<br /> | Niko Šetar||||||14.04.||17.04.||20.04.||Katja Brezovar||Ema Gašperšič||Rok Miklavčič<br /> |-<br /> | Lija Srnovršnik||||||24.04.||30.04.||04.05.||Lovro Kotnik||Petra Hruševar||Simon Aleksič<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||||||24.04.||30.04.||04.05.||Maruša Grošelj||Gašper Virant||Tjaša Lukšič<br /> |-<br /> | Jaka Kos||||||24.04.||30.04.||04.05.||Tadej Satler||Manca Zupan||Špela Malenšek<br /> |-<br /> | Samo Purič||Desifrirana enigma: virusne infekcije||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150204075224.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Aleksandra Uzar||Urša Čerček||Ema Gašperšič<br /> |-<br /> | Urša Kopač||||||05.05.||08.05.||11.05.||Niko Šetar||Katja Brezovar||Petra Hruševar<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219090349.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Lija Srnovršnik||Lovro Kotnik||Gašper Virant<br /> |-<br /> | Katja Čop||||||05.05.||08.05.||11.05.||Sara Tekavec||Maruša Grošelj||Manca Zupan<br /> |-<br /> | Klara Kuret||||||05.05.||08.05.||11.05.||Jaka Kos||Tadej Satler||Urša Čerček<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||||||12.05.||15.05.||18.05.||Samo Purič||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar<br /> |-<br /> | Lara Jerman||||||12.05.||15.05.||18.05.||Urša Kopač||Niko Šetar||Lovro Kotnik<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj|||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161423.htm||12.05.||15.05.||18.05.||Neža Koritnik||Lija Srnovršnik||Maruša Grošelj<br /> |-<br /> | Samo Smole||||||12.05.||15.05.||18.05.||Katja Čop||Sara Tekavec||Tadej Satler<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Klara Kuret||Jaka Kos||Aleksandra Uzar<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Matej Hvalec||Samo Purič||Niko Šetar<br /> |-<br /> | Eva Rajh||||||19.05.||22.05.||25.05.||Lara Jerman||Urša Kopač||Lija Srnovršnik<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||||||19.05.||22.05.||25.05.||Kristjan Stibilj||Neža Koritnik||Sara Tekavec<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||Novi 'pametni' inzulin||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161141.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Samo Smole||Katja Čop||Jaka Kos<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||||||26.05.||29.05.||01.06.||Rok Miklavčič||Tilen Tršelič||Maja Zupanc<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2014. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2015 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2015_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2015_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Kristjan Stibilj https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2015-seminar&diff=10145 2015-03-09T14:39:35Z

<p>Kristjan Stibilj: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Klara Lenart||Permanentno označevanje nevronskih povezav||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212141453.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Maja Zupanc||Matej Hvalec||Urša Kopač<br /> |-<br /> | Uroš Zavrtanik||Popravljalni mehanizem DNA (NER)||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150128141423.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Eva Rajh||Lara Jerman||Neža Koritnik<br /> |-<br /> | Blaž Lebar||Preučitev imunskega odziva komarja po piku||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150206174850.htm||10.03.||13.03.||16.03.||Elvira Boršić||Kristjan Stibilj||Katja Čop<br /> |-<br /> | Gašper Žun||||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/12/141205114011.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Nejc Kejžar||Samo Smole||Klara Kuret<br /> |-<br /> | Rok Miklavčič||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150129151612.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Tilen Tršelič||Miha Koprivnikar Krajnc||Matej Hvalec<br /> |-<br /> | Simon Aleksič||Zorenje mRNA pri lignjih zaznamujejo A-I deaminacije ||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150212114327.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Klara Lenart||Maja Zupanc||Lara Jerman<br /> |-<br /> | Tjaša Lukšič||Ključne biološke funkcije skakajočih genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219133102.htm||17.03.||20.03.||23.03.||Uroš Zavrtanik||Eva Rajh||Kristjan Stibilj<br /> |-<br /> | Špela Malenšek||Smo zaradi endogenih retrovirusov pametnejši?||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/01/150112093129.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Blaž Lebar||Elvira Boršić||Samo Smole<br /> |-<br /> | Ema Gašperšič||||||24.03.||27.03.||30.03.||Gašper Žun||Nejc Kejžar||Miha Koprivnikar Krajnc<br /> |-<br /> | Tilen Tršelič||||||24.03.||27.03.||30.03.||Miha Koprivnikar Krajnc||Klara Kuret||Samo Purič<br /> |-<br /> | Gašper Virant||Stikalo za bolečino||http://www.sciencedaily.com/releases/2014/11/141126132639.htm||24.03.||27.03.||30.03.||Simon Aleksič||Klara Lenart||Eva Rajh<br /> |-<br /> | Manca Zupan||||||07.04.||10.04.||13.04.||Tjaša Lukšič||Uroš Zavrtanik||Elvira Boršić<br /> |-<br /> | Urša Čerček||||||07.04.||10.04.||13.04.||Špela Malenšek||Blaž Lebar||Nejc Kejžar<br /> |-<br /> | Katja Brezovar||HIV nadzoruje svojo aktivnost neodvisno od gostiteljske celice||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150227112749.htm||07.04.||10.04.||13.04.||Ema Gašperšič||Gašper Žun||Tilen Tršelič<br /> |-<br /> | Lovro Kotnik||||||07.04.||10.04.||13.04.||Petra Hruševar||Rok Miklavčič||Klara Lenart<br /> |-<br /> | Maruša Grošelj||||||14.04.||17.04.||20.04.||Gašper Virant||Simon Aleksič||Uroš Zavrtanik<br /> |-<br /> | Tadej Satler||||||14.04.||17.04.||20.04.||Manca Zupan||Tjaša Lukšič||Blaž Lebar<br /> |-<br /> | Aleksandra Uzar||||||14.04.||17.04.||20.04.||Urša Čerček||Špela Malenšek||Gašper Žun<br /> |-<br /> | Niko Šetar||||||14.04.||17.04.||20.04.||Katja Brezovar||Ema Gašperšič||Rok Miklavčič<br /> |-<br /> | Lija Srnovršnik||||||24.04.||30.04.||04.05.||Lovro Kotnik||Petra Hruševar||Simon Aleksič<br /> |-<br /> | Sara Tekavec||||||24.04.||30.04.||04.05.||Maruša Grošelj||Gašper Virant||Tjaša Lukšič<br /> |-<br /> | Jaka Kos||||||24.04.||30.04.||04.05.||Tadej Satler||Manca Zupan||Špela Malenšek<br /> |-<br /> | Samo Purič||Desifrirana enigma: virusne infekcije||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150204075224.htm||24.04.||30.04.||04.05.||Aleksandra Uzar||Urša Čerček||Ema Gašperšič<br /> |-<br /> | Urša Kopač||||||05.05.||08.05.||11.05.||Niko Šetar||Katja Brezovar||Petra Hruševar<br /> |-<br /> | Neža Koritnik||Vpliv nekodirajoče DNA na tvorbo raka: interakcije na dolge razdalje||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150219090349.htm||05.05.||08.05.||11.05.||Lija Srnovršnik||Lovro Kotnik||Gašper Virant<br /> |-<br /> | Katja Čop||||||05.05.||08.05.||11.05.||Sara Tekavec||Maruša Grošelj||Manca Zupan<br /> |-<br /> | Klara Kuret||||||05.05.||08.05.||11.05.||Jaka Kos||Tadej Satler||Urša Čerček<br /> |-<br /> | Matej Hvalec||||||12.05.||15.05.||18.05.||Samo Purič||Aleksandra Uzar||Katja Brezovar<br /> |-<br /> | Lara Jerman||||||12.05.||15.05.||18.05.||Urša Kopač||Niko Šetar||Lovro Kotnik<br /> |-<br /> | Kristjan Stibilj|||||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161423.htm|12.05.||15.05.||18.05.||Neža Koritnik||Lija Srnovršnik||Maruša Grošelj<br /> |-<br /> | Samo Smole||||||12.05.||15.05.||18.05.||Katja Čop||Sara Tekavec||Tadej Satler<br /> |-<br /> | Miha Koprivnikar Krajnc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Klara Kuret||Jaka Kos||Aleksandra Uzar<br /> |-<br /> | Maja Zupanc||||||19.05.||22.05.||25.05.||Matej Hvalec||Samo Purič||Niko Šetar<br /> |-<br /> | Eva Rajh||||||19.05.||22.05.||25.05.||Lara Jerman||Urša Kopač||Lija Srnovršnik<br /> |-<br /> | Elvira Boršić||||||19.05.||22.05.||25.05.||Kristjan Stibilj||Neža Koritnik||Sara Tekavec<br /> |-<br /> | Nejc Kejžar||Novi 'pametni' inzulin||http://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150209161141.htm||26.05.||29.05.||01.06.||Samo Smole||Katja Čop||Jaka Kos<br /> |-<br /> | Petra Hruševar||||||26.05.||29.05.||01.06.||Rok Miklavčič||Tilen Tršelič||Maja Zupanc<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2014. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2015 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2015_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2015_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2015_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2015_Guncar_Gregor.pptx<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Kristjan Stibilj