Wiki FKKT - User contributions [en]

Seminarji SB 2024/25

2025-05-24T17:34:12Z

Lana Kores:

V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_umetnih_medvrstnih_promotorjev_z_različnimi_transkripcijskimi_močmi Inženiring umetnih medvrstnih promotorjev z različnimi transkripcijskimi močmi] (Miljan Trajković)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preprečevanje_nastanka_multimerov_pogosto_uporabljenih_plazmidov_v_sintezni_biologiji Preprečevanje nastanka multimerov pogosto uporabljenih plazmidov v sintezni biologiji] (Lev Jošt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_Nicotiane_benthamiane_za_proizvodnjo_krisoeriola_z_uporabo_tehnik_sintezne_biologije Priprava ''Nicotiane benthamiane'' za proizvodnjo krisoeriola z uporabo tehnik sintezne biologije] (Nika Frelih)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gensko_spremenjeni_receptorji_za_komunikacijo_med_celicami_preko_topnih_signalov_in_zaznavanje_bolezni Gensko spremenjeni receptorji za komunikacijo med celicami preko topnih signalov in zaznavanje bolezni] (Zara Bunc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nadzor_nad_izražanjem_heterolognih_genov_pri_Bdellovibrio_bacteriovorus_z_uporabo_sintezne_biologije Nadzor nad izražanjem heterolognih genov pri Bdellovibrio bacteriovorus z uporabo sintezne biologije] (Živa Flego)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov Uporaba konzorcija kvasovk za de novo biosintezo rastlinskih lignanov] (Urša Lah)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sonogenetsko_nadzorovane_gensko_spremenjene_celice_za_zdravljenje_raka_v_mišjih_tumorskih_modelih Sonogenetsko nadzorovane gensko spremenjene celice za zdravljenje raka v mišjih tumorskih modelih] (Pia Mencin)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Združitev_difuzijskega_modela_in_transformerja_za_sintezo_izboljšanih_promotorjev_ter_napoved_moči_sintetičnih_promotorjev_z_uporabo_globokega_učenja Združitev difuzijskega modela in transformerja za sintezo izboljšanih promotorjev ter napoved moči sintetičnih promotorjev z uporabo globokega učenja] (Tinkara Korošec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_dvojno_svetlobo_nadzirani_kokulturni_sistem_omogoča_uravnavanje_sestave_populacije Z dvojno svetlobo nadzirani sistem omogoča uravnavanje sestave populacije] (Ula Mikoš)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Načrtovanje_močnih_inducibilnih_sinteznih_promotorjev_v_kvasovkah Načrtovanje močnih inducibilnih sinteznih promotorjev v kvasovkah] (Bor Kunstelj)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolni_inženiring_E._coli_za_izboljšano_produkcijo_diolov_iz_acetata Metabolni inženiring ''E. coli'' za izboljšano produkcijo diolov iz acetata] (Teo Trost)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inkorporacija_fotosintetsko_aktivnih_kloroplastov_iz_alg_v_kultivirane_celice_sesalcev_kot_pot_k_fotosintezi_pri_Živalih Inkorporacija fotosintetsko aktivnih kloroplastov iz alg v kultivirane celice sesalcev kot pot k fotosintezi pri živalih] (Peter Gričar Vintar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Izgradnja_metabolične_poti_za_biosintezo_treonina_iz_etilen_glikola Izgradnja metabolične poti za biosintezo treonina iz etilen glikola] (Tinkara Butara)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Povezava_sintezne_in_sistemske_biologije_za_in_vivo_encimatiko Povezava sintezne in sistemske biologije za ''in vivo'' encimatiko] (Gaja Starc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nanotelo_proti_Pdc1p_kot_gensko_kodiran_inhibitor_proizvodnje_etanola_omogoča_dvojni_transkripcijski_in_posttranslacijski_nadzor_fermentacije_v_kvasovkah Nanotelo proti Pdc1p kot gensko kodiran inhibitor proizvodnje etanola omogoča dvojni transkripcijski in posttranslacijski nadzor fermentacije v kvasovkah] (Lara Zupanc)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/S_fazno_separacijo_posredovano_sestavljanje_ve%C4%8Dencimskih_kompleksov_in_vivo S fazno separacijo posredovano sestavljanje večencimskih kompleksov ''in vivo''] (Lana Kores)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Umetna_nevronska_mreža_na_proteinski_ravni_v_sesalskih_celicah Umetna nevronska mreža na proteinski ravni v sesalskih celicah] (Gal Kastelic)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sintezne_virologije_za_hitro_inženirstvo_virusa_vezikularnega_stomatitisa_VSV Uporaba sintezne virologije za hitro inženirstvo virusa vezikularnega stomatitisa (VSV)] (Bine Brunec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_inženiring_funkcionalnih_siRNA Molekularni inženiring funkcionalnih siRNA] (Nataša Vujović)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Konstruirane_bakterije_za_z_bli%C5%BEnjo_infrarde%C4%8Do_svetlobo_inducirano_izra%C5%BEanje_protirakavih_terapevtikov Konstruirane bakterije za z bližnjo infrardečo svetlobo inducirano izražanje protirakavih terapevtikov] (Suzana Kučuk)
NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETal:_izdelovanje_eteričnega_olja_sandalovine_iz_PET_plastike PETal: izdelovanje eteričnega olja sandalovine iz PET plastike] (Lara Krampač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET_TWINS:_Praktična_uporaba_PETaze_za_učinkovitejše_recikliranje_plastike PET TWINS: Praktična uporaba PETaze za učinkovitejše recikliranje plastike] (Tina Urh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAU-China:_Nodulska_tovarna_DHA_in_EPA CAU-China: Nodulska tovarna DHA in EPA] (Luka Fink)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/nuCloud:_Nov_oblak_za_shranjevanje_podatkov_na_osnovi_nukleotidov nuCloud: Nov oblak za shranjevanje podatkov na osnovi nukleotidov] (Aleš Poljanšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_metoda_diagnosticiranja_multiple_skleroze_-_miRADAR Nova metoda diagnosticiranja multiple skleroze - miRADAR] (Petja Premrl)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biostimulant_za_rast_rastlin_na_Luni_–_BioMoon Biostimulant za rast rastlin na Luni – BioMoon] (Žan Žnidar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CAPTURE:_Boj_proti_oku%C5%BEbam_s_Pseudomonas_aeruginosa_z_nosilci_protimikrobnih_peptidov&action=edit&redlink=1 Boj proti okužbam s Pseudomonas aeruginosa z nosilci protimikrobnih peptidov - CAPTURE] (Metka Rus)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/REPARO REPARO] (Lina Kopač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Tarakate Tarakate] (Pia Špehar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Heartecho:_presejalni_test_za_raka_pri_pacientih_po_miokardnem_infarktu Heartecho: presejalni test za raka pri pacientih po miokardnem infarktu] (Zarja Doberšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Synhesion Synhesion] (Janja Bohte)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rebolutionaries Rebolutionaries] (Mia Kobal)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PrymDetect PrymDetect] (Pia Trošt)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PICasSO: Uporaba CRISPR/Cas v 3D genetskem inženirstvu preko programabilnih interakcij DNA-DNA] (Zarja Weingerl)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/NeoMineX NeoMineX] (Vanja Ivošević)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].

Konstruirane bakterije za z bližnjo infrardečo svetlobo inducirano izražanje protirakavih terapevtikov

2025-05-24T17:30:21Z

Lana Kores: /* */

Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s43018-025-00932-3 Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics]

= Uvod =

Rak je že nekaj desetletij eden vodilnih vzrokov umrljivosti v svetu in njegovo globalno breme se iz leta v leto povečuje. Čeprav so konvencionalni načini zdravljenja, kot sta kemoterapija in radioterapija dosegli določen napredek, ostajajo številni izzivi, povezani s toksičnostjo, nizko specifičnostjo in omejeno učinkovitostjo teh pristopov. S porastom sodobnih raziskav se v onkologiji vse bolj uveljavlja koncept uporabe t. i. živih bioterapevtikov, ki se kažejo kot potencialno dopolnilo ali celo alternativa že obstoječim terapijam. Napredki na področju genskega inženirstva omogočajo razvoj bakterijskih sevov, sposobnih selektivne kolonizacije tumorskega mikrookolja – predvsem hipoksičnih in imunosupresivnih regij znotraj tumorjev. Zaradi svoje specifičnosti in afinitete do takšnih okolij, predstavljajo bakterije kot so ''Escherichia coli'', ''Salmonella typhimurium'', ''Listeria monocytogenes'' in ''Pseudomonas aeruginosa'' obetaven vektor za tovrstne terapevtske pristope. Ne glede na to lahko nenadzorovana ali prekomerna ekspresija terapevtskih proteinov povzroči toksičnost tudi v zdravih tkivih. Zato so bili razviti različni inducibilni sistemi za regulacijo bakterijskega izražanja, ki omogočajo aktivacijo z zunanjimi signali, kot so toplota, svetloba ali kemični induktorji. Posebno zanimanje vzbuja optogenetika, pri kateri se svetlobno občutljivi proteini, izvorno prisotni pri bakterijah in glivah, uporabijo za uravnavanje transkripcije znotraj živih celic.

= Potek raziskave =

Čeprav so številni svetlobno inducibilni sistemi pokazali visoko učinkovitost v in vitro pogojih, njihova uporaba v živih organizmih ostaja omejena. Temu je tako zaradi šibke penetracije modre svetlobe skozi tkiva ter možnosti svetlobno povzročene toksičnosti. Zaradi teh omejitev je vse več raziskovalnega zanimanja usmerjenega v bližnjo infrardečo svetlobo (NIR; 650–900 nm), ki se izkazuje za bistveno primernejšo pri in vivo aplikacijah. V odgovor na omejitve obstoječih svetlobno inducibilnih sistemov so v članku ''Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics'' (Nature Cancer, 2025) razvili nov optogenetski sistem poimenovan NETMAP (''Near-infrared Transcription Modulation via Activated PadC''). Sistem temelji na himeričnem fotoreceptorju PadC, ki ob osvetlitvi z bližnjo infrardečo svetlobo katalizira pretvorbo GTP v c-di-GMP – sekundarni prenašalec, ki aktivira transkripcijski faktor MrkH iz ''Klebsiella pneumoniae''. Ta se veže na promotor PmrkA in sproži transkripcijo ciljnih genov.
Pri izdelavi sistema NETMAP so najprej primerjali aktivnost dveh različic svetlobno odzivne digvanilat ciklaze PadC (PadC4 in PadC10) v prisotnosti NIR svetlobe (660 nm). PadC4 je izkazal višjo inducibilnost izražanja poročevalskega sistema luxCDABE (~3,7-krat) in je zato bil uporabljen v nadaljnjih poskusih. Optimizacija valovne dolžine svetlobe je pokazala, da 710 nm povzroči najmočnejšo aktivacijo transkripcije brez vpliva na rast bakterij. Z namenom zmanjšanja bazalne aktivnosti sistema so uporabili sev ''Salmonella enteritidis'' 3934 ΔXII, iz katerega je bilo izbrisanih 12 endogenih digvanilat ciklaznih domen. V primerjavi z izhodiščnim sevom je ΔXII pokazal znatno večjo inducibilnost, vendar pa je bilo preveč tveganja za uporabo v živih organizmih. Za nadaljnjo validacijo in uporabo in vivo je bil uporabljen sev ΔXIV kot terapevtski vektor z minimalno bazalno aktivnostjo in visoko inducibilnostjo. Sev ΔXIV je bil konstruiran iz seva ΔXII z dodatno delecijo gena rpoS, ki kodira transkripcijski regulator za odziv na stres in virulenčne dejavnike, ter gena purI, ključnega za biosintezo purinov. Ti dodatni genetski modifikaciji sta bili namenjeni nadaljnjemu zmanjšanju presnovne aktivnosti bakterij v zdravih tkivih ter izboljšanju varnostnega profila seva.
V nadaljnjih eksperimentih so si znanstveniki prizadevali izboljšati stabilnost izražanja terapevtskih proteinov in zmanjšati potrebo po večkratnih aplikacijah z razvojem novega konstrukta ΔXIVPadC4. V ta namen so v genom ΔXIV vgradili svetlobno odzivna regulatorna gena padC4 in bphO ter terapevtska zapisa za PD-L1nb in CTLA-4nb v enoten plazmid, dodatno stabiliziran s toksin–antitoksin sistemom Hok–Sok. Z uporabo tega izboljšanega sistema so testirali, ali lahko že enkratna intratumorska aplikacija zadostuje za sprožitev učinkovitega protitumorskega odgovora ob vsakodnevni osvetlitvi z NIR svetlobo v obdobju devetih dni. Miši z limfomom, zdravljene s sevom ΔXIVPadC4-NETMAP-PD-L1nb+CTLA-4nb in izpostavljene NIR svetlobi, so pokazale zmanjšano rast tumorja v primerjavi s kontrolnimi skupinami (negativna kontrola s PBS; ΔXIV brez genov in svetlobe; ΔXIV-NETMAP s terapevtskimi geni, a brez svetlobe). Poleg tega so imele te miši stabilno telesno težo skozi celotno trajanje zdravljenja, kar kaže na dobro prenosljivost terapije in nizko toksičnost le-te.

Da bi ocenili, ali lokalno inducirana proizvodnja nanoteles PD-L1nb in CTLA-4nb preko sistema NETMAP sproži sistemski imunski odziv, so pri miših po enkratni intratumorski aplikaciji ΔXIVPadC4-NETMAPPD-L1nb+CTLA-4nb in vsakodnevni osvetlitvi z NIR svetlobo (710 nm) analizirali različne imunske populacije v tumorjih, vranici in bezgavkah. V primerjavi s preostalimi tremi kontrolnimi skupinami (negativna kontrola s PBS; ΔXIV brez genov in svetlobe; ΔXIV-NETMAP s terapevtskimi geni, a brez svetlobe) so tretirane miši izkazale izrazito povečanje populacije CD8+ T-celic v vseh treh analiziranih tkivih, kar nakazuje okrepljeno aktivacijo celične imunosti. Pomembno je tudi, da je znotraj tumorjev in vranice opaženo statistično značilno zmanjšanje deleža regulatornih T-celic, ki običajno zavirajo imunski odziv. Pripravljen je bil tudi sklop poskusov, usmerjen v oceno ustvarjanja imunskega spomina, kar je ključno za dolgoročno zaščito pred ponovitvijo bolezni. Analiza populacij spominskih T-celic v vranici je pokazala, da so tretirane miši imele povečano število spominskih T-celic. Ti rezultati potrjujejo, da lokalna terapija z ΔXIVPadC4-NETMAP ne le izzove močan primarni odziv, temveč tudi oblikuje imunski spomin, ki lahko zavira rast metastaz ali prepreči ponovitvijo bolezni.

Znanstveniki so nato želeli preveriti, ali se sistem NETMAP lahko prilagodi tudi za tumorje z nizko imunogenostjo, kot je model CT26 raka debelega črevesa. Da bi izboljšali terapevtski izkoristek, so v sistem NETMAP namesto nanoteles vključili dva terapevtska proteina: azurin in ClyA, s čimer so razvili različico NETMAP^(Azurin+ClyA). Azurin, pridobljen iz bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', je znan po svoji sposobnosti prodiranja v tumorske celice, kjer preko interakcije s tumorsupresorskim proteinom p53 sproži apoptozo. ClyA je bakterijski toksin iz ''Escherichia coli'', ki povzroča trajno poroznost celičnih membran sesalcev in spodbuja sproščanje proinflamatornega interlevkina-1β (IL-1β). Analiza je pokazala, da je izražanje obeh terapevtskih proteinov odvisno od trajanja osvetlitve z NIR svetlobo. Za in vivo ovrednotenje so miši s tumorsko linijo CT26 razdelili v štiri skupine: G1 (negativna kontrola s PBS), G2 (netransformirani ΔXIVPadC4), G3 (ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) brez osvetlitve), in G4 (ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) z 2-urno NIR osvetlitvijo na dan). Po devetih dneh, se je le pri skupini G4 zmanjšala tumorska rast, poleg tega pa so miši v tej skupini živele dlje kot miši pri ostalih skupinah.

Za ovrednotenje kliničnega potenciala sistema NETMAP je bil razvit personaliziran model ksenografta (PDX) kolorektalnega raka, temelječ na tumorskih vzorcih, pridobljenih neposredno od bolnikov. Po večgeneracijskem gojenju v miših je bilo tumorsko tkivo natančno pripravljeno in subkutano implementirano v imunokompromitirane miši. Sledila je aplikacija terapevtskih sevov: miši so prejele bodisi intratumorsko injekcijo PBS (G1), sev ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) brez aktivacije (G2) ali isti sev z dnevno osvetlitvijo z NIR svetlobo valovne dolžine 710 nm (G3). Miši iz skupine G3 so bile med prvim devetdnevnim obdobjem vsak dan dve uri izpostavljene NIR svetlobi, kar je vodilo do izjemnega terapevtskega učinka – 30 dni po začetku zdravljenja je bilo pri tej skupini opaženo ~80% zmanjšanje velikosti in mase tumorjev v primerjavi s kontrolami. Za potrditev histoloških učinkov terapije so bile uporabljene fluorescenčne in klasične histološke metode: DAPI je označeval celična jedra, Ki67 proliferacijsko aktivne celice, medtem ko je test TUNEL detektiral apoptozo. V G3 vzorcih je bilo opaženo zmanjšano izražanje Ki67 ter povečana TUNEL signalizacija, kar kaže na zmanjšanje celične rasti in povečano celično smrt. Barvanje s hematoksilin-eozinom je razkrilo morfološke spremembe, značilne za terapevtski odziv – zmanjšanje celične gostote in prisotnost nekroze.

= Zaključek =

Na podlagi rezultatov študije lahko zaključimo, da predstavlja razvoj natančno nadzorovanih in odzivnih terapevtskih sistemov ključen korak k uspešni klinični uporabi optogenetskih pristopov. V tej študiji je bil predstavljen nov, z NIR svetlobo induciran optogenetski sistem NETMAP, ki omogoča prostorsko-časovno regulirano ekspresijo terapevtskih proteinov v za ta namen načrtovani bakterijski kulturi ''S. enteritidis''. NETMAP omogoča hitro in močno aktivacijo po osvetlitvi ter izkazuje visoko genetsko stabilnost po enkratni intratumorski aplikaciji. Zaradi dobre tkivne penetracije NIR svetlobe lahko terapijo izvajamo neinvazivno, kar bistveno izboljša klinični potencial tega sistema. Razvita sta bila dva terapevtska pristopa, prilagojena imunogenosti tumorjev. Pri imunogenih tumorjih so z uporabo nanoteles proti CTLA-4 in PD-L1 dosegli aktivacijo protivnetnega imunskega odziva, medtem ko so pri manj imunogenih tumorjih s terapevtsko ekspresijo azurina in ClyA inducirali apoptozo tumorskih celic. Posebej pomembna so opažanja iz modela PDX kolorektalnega raka, kjer je že enkratna aplikacija sistema NETMAP povzročila izrazito zmanjšanje tumorske mase in proliferacijske aktivnosti, hkrati pa je bila opažena povečana stopnja apoptoze, kar dodatno potrjuje učinkovitost tega sistema v klinično relevantnih pogojih. Čeprav sistem prikazuje izjemen potencial, ostaja prostor za izboljšave – predvsem v smeri razvoja bolj učinkovitih svetlobno odzivnih komponent in krajšanja časa izpostavljenosti svetlobi.

= Literatura =
Qiao, L., Niu, L., Wang, Z. ''et al''. Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics. ''Nat Cancer 6'', 612–628 (2025). https://doi.org/10.1038/s43018-025-00932-3

Konstruirane bakterije za z bližnjo infrardečo svetlobo inducirano izražanje protirakavih terapevtikov

2025-05-24T17:25:59Z

Lana Kores: /* */

Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s43018-025-00932-3 Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics]

= Uvod =

Rak je že nekaj desetletij eden vodilnih vzrokov umrljivosti v svetu in njegovo globalno breme se iz leta v leto povečuje. Čeprav so konvencionalni načini zdravljenja, kot sta kemoterapija in radioterapija dosegli določen napredek, ostajajo številni izzivi, povezani s toksičnostjo, nizko specifičnostjo in omejeno učinkovitostjo teh pristopov. S porastom sodobnih raziskav se v onkologiji vse bolj uveljavlja koncept uporabe t. i. živih bioterapevtikov, ki se kažejo kot potencialno dopolnilo ali celo alternativa že obstoječim terapijam. Napredki na področju genskega inženirstva omogočajo razvoj bakterijskih sevov, sposobnih selektivne kolonizacije tumorskega mikrookolja – predvsem hipoksičnih in imunosupresivnih regij znotraj tumorjev. Zaradi svoje specifičnosti in afinitete do takšnih okolij, predstavljajo bakterije kot so ''Escherichia coli'', ''Salmonella typhimurium'', ''Listeria monocytogenes'' in ''Pseudomonas aeruginosa'' obetaven vektor za tovrstne terapevtske pristope. Ne glede na to lahko nenadzorovana ali prekomerna ekspresija terapevtskih proteinov povzroči toksičnost tudi v zdravih tkivih. Zato so bili razviti različni inducibilni sistemi za regulacijo bakterijskega izražanja, ki omogočajo aktivacijo z zunanjimi signali, kot so toplota, svetloba ali kemični induktorji. Posebno zanimanje vzbuja optogenetika, pri kateri se svetlobno občutljivi proteini, izvorno prisotni pri bakterijah in glivah, uporabijo za uravnavanje transkripcije znotraj živih celic.

= =

Čeprav so številni svetlobno inducibilni sistemi pokazali visoko učinkovitost v in vitro pogojih, njihova uporaba v živih organizmih ostaja omejena. Temu je tako zaradi šibke penetracije modre svetlobe skozi tkiva ter možnosti svetlobno povzročene toksičnosti. Zaradi teh omejitev je vse več raziskovalnega zanimanja usmerjenega v bližnjo infrardečo svetlobo (NIR; 650–900 nm), ki se izkazuje za bistveno primernejšo pri in vivo aplikacijah. V odgovor na omejitve obstoječih svetlobno inducibilnih sistemov so v članku ''Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics'' (Nature Cancer, 2025) razvili nov optogenetski sistem poimenovan NETMAP (''Near-infrared Transcription Modulation via Activated PadC''). Sistem temelji na himeričnem fotoreceptorju PadC, ki ob osvetlitvi z bližnjo infrardečo svetlobo katalizira pretvorbo GTP v c-di-GMP – sekundarni prenašalec, ki aktivira transkripcijski faktor MrkH iz ''Klebsiella pneumoniae''. Ta se veže na promotor PmrkA in sproži transkripcijo ciljnih genov.
Pri izdelavi sistema NETMAP so najprej primerjali aktivnost dveh različic svetlobno odzivne digvanilat ciklaze PadC (PadC4 in PadC10) v prisotnosti NIR svetlobe (660 nm). PadC4 je izkazal višjo inducibilnost izražanja poročevalskega sistema luxCDABE (~3,7-krat) in je zato bil uporabljen v nadaljnjih poskusih. Optimizacija valovne dolžine svetlobe je pokazala, da 710 nm povzroči najmočnejšo aktivacijo transkripcije brez vpliva na rast bakterij. Z namenom zmanjšanja bazalne aktivnosti sistema so uporabili sev ''Salmonella enteritidis'' 3934 ΔXII, iz katerega je bilo izbrisanih 12 endogenih digvanilat ciklaznih domen. V primerjavi z izhodiščnim sevom je ΔXII pokazal znatno večjo inducibilnost, vendar pa je bilo preveč tveganja za uporabo v živih organizmih. Za nadaljnjo validacijo in uporabo in vivo je bil uporabljen sev ΔXIV kot terapevtski vektor z minimalno bazalno aktivnostjo in visoko inducibilnostjo. Sev ΔXIV je bil konstruiran iz seva ΔXII z dodatno delecijo gena rpoS, ki kodira transkripcijski regulator za odziv na stres in virulenčne dejavnike, ter gena purI, ključnega za biosintezo purinov. Ti dodatni genetski modifikaciji sta bili namenjeni nadaljnjemu zmanjšanju presnovne aktivnosti bakterij v zdravih tkivih ter izboljšanju varnostnega profila seva.
V nadaljnjih eksperimentih so si znanstveniki prizadevali izboljšati stabilnost izražanja terapevtskih proteinov in zmanjšati potrebo po večkratnih aplikacijah z razvojem novega konstrukta ΔXIVPadC4. V ta namen so v genom ΔXIV vgradili svetlobno odzivna regulatorna gena padC4 in bphO ter terapevtska zapisa za PD-L1nb in CTLA-4nb v enoten plazmid, dodatno stabiliziran s toksin–antitoksin sistemom Hok–Sok. Z uporabo tega izboljšanega sistema so testirali, ali lahko že enkratna intratumorska aplikacija zadostuje za sprožitev učinkovitega protitumorskega odgovora ob vsakodnevni osvetlitvi z NIR svetlobo v obdobju devetih dni. Miši z limfomom, zdravljene s sevom ΔXIVPadC4-NETMAP-PD-L1nb+CTLA-4nb in izpostavljene NIR svetlobi, so pokazale zmanjšano rast tumorja v primerjavi s kontrolnimi skupinami (negativna kontrola s PBS; ΔXIV brez genov in svetlobe; ΔXIV-NETMAP s terapevtskimi geni, a brez svetlobe). Poleg tega so imele te miši stabilno telesno težo skozi celotno trajanje zdravljenja, kar kaže na dobro prenosljivost terapije in nizko toksičnost le-te.

Da bi ocenili, ali lokalno inducirana proizvodnja nanoteles PD-L1nb in CTLA-4nb preko sistema NETMAP sproži sistemski imunski odziv, so pri miših po enkratni intratumorski aplikaciji ΔXIVPadC4-NETMAPPD-L1nb+CTLA-4nb in vsakodnevni osvetlitvi z NIR svetlobo (710 nm) analizirali različne imunske populacije v tumorjih, vranici in bezgavkah. V primerjavi s preostalimi tremi kontrolnimi skupinami (negativna kontrola s PBS; ΔXIV brez genov in svetlobe; ΔXIV-NETMAP s terapevtskimi geni, a brez svetlobe) so tretirane miši izkazale izrazito povečanje populacije CD8+ T-celic v vseh treh analiziranih tkivih, kar nakazuje okrepljeno aktivacijo celične imunosti. Pomembno je tudi, da je znotraj tumorjev in vranice opaženo statistično značilno zmanjšanje deleža regulatornih T-celic, ki običajno zavirajo imunski odziv. Pripravljen je bil tudi sklop poskusov, usmerjen v oceno ustvarjanja imunskega spomina, kar je ključno za dolgoročno zaščito pred ponovitvijo bolezni. Analiza populacij spominskih T-celic v vranici je pokazala, da so tretirane miši imele povečano število spominskih T-celic. Ti rezultati potrjujejo, da lokalna terapija z ΔXIVPadC4-NETMAP ne le izzove močan primarni odziv, temveč tudi oblikuje imunski spomin, ki lahko zavira rast metastaz ali prepreči ponovitvijo bolezni.

Znanstveniki so nato želeli preveriti, ali se sistem NETMAP lahko prilagodi tudi za tumorje z nizko imunogenostjo, kot je model CT26 raka debelega črevesa. Da bi izboljšali terapevtski izkoristek, so v sistem NETMAP namesto nanoteles vključili dva terapevtska proteina: azurin in ClyA, s čimer so razvili različico NETMAP^(Azurin+ClyA). Azurin, pridobljen iz bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', je znan po svoji sposobnosti prodiranja v tumorske celice, kjer preko interakcije s tumorsupresorskim proteinom p53 sproži apoptozo. ClyA je bakterijski toksin iz ''Escherichia coli'', ki povzroča trajno poroznost celičnih membran sesalcev in spodbuja sproščanje proinflamatornega interlevkina-1β (IL-1β). Analiza je pokazala, da je izražanje obeh terapevtskih proteinov odvisno od trajanja osvetlitve z NIR svetlobo. Za in vivo ovrednotenje so miši s tumorsko linijo CT26 razdelili v štiri skupine: G1 (negativna kontrola s PBS), G2 (netransformirani ΔXIVPadC4), G3 (ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) brez osvetlitve), in G4 (ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) z 2-urno NIR osvetlitvijo na dan). Po devetih dneh, se je le pri skupini G4 zmanjšala tumorska rast, poleg tega pa so miši v tej skupini živele dlje kot miši pri ostalih skupinah.

Za ovrednotenje kliničnega potenciala sistema NETMAP je bil razvit personaliziran model ksenografta (PDX) kolorektalnega raka, temelječ na tumorskih vzorcih, pridobljenih neposredno od bolnikov. Po večgeneracijskem gojenju v miših je bilo tumorsko tkivo natančno pripravljeno in subkutano implementirano v imunokompromitirane miši. Sledila je aplikacija terapevtskih sevov: miši so prejele bodisi intratumorsko injekcijo PBS (G1), sev ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) brez aktivacije (G2) ali isti sev z dnevno osvetlitvijo z NIR svetlobo valovne dolžine 710 nm (G3). Miši iz skupine G3 so bile med prvim devetdnevnim obdobjem vsak dan dve uri izpostavljene NIR svetlobi, kar je vodilo do izjemnega terapevtskega učinka – 30 dni po začetku zdravljenja je bilo pri tej skupini opaženo ~80% zmanjšanje velikosti in mase tumorjev v primerjavi s kontrolami. Za potrditev histoloških učinkov terapije so bile uporabljene fluorescenčne in klasične histološke metode: DAPI je označeval celična jedra, Ki67 proliferacijsko aktivne celice, medtem ko je test TUNEL detektiral apoptozo. V G3 vzorcih je bilo opaženo zmanjšano izražanje Ki67 ter povečana TUNEL signalizacija, kar kaže na zmanjšanje celične rasti in povečano celično smrt. Barvanje s hematoksilin-eozinom je razkrilo morfološke spremembe, značilne za terapevtski odziv – zmanjšanje celične gostote in prisotnost nekroze.

= Zaključek =

Na podlagi rezultatov študije lahko zaključimo, da predstavlja razvoj natančno nadzorovanih in odzivnih terapevtskih sistemov ključen korak k uspešni klinični uporabi optogenetskih pristopov. V tej študiji je bil predstavljen nov, z NIR svetlobo induciran optogenetski sistem NETMAP, ki omogoča prostorsko-časovno regulirano ekspresijo terapevtskih proteinov v za ta namen načrtovani bakterijski kulturi ''S. enteritidis''. NETMAP omogoča hitro in močno aktivacijo po osvetlitvi ter izkazuje visoko genetsko stabilnost po enkratni intratumorski aplikaciji. Zaradi dobre tkivne penetracije NIR svetlobe lahko terapijo izvajamo neinvazivno, kar bistveno izboljša klinični potencial tega sistema. Razvita sta bila dva terapevtska pristopa, prilagojena imunogenosti tumorjev. Pri imunogenih tumorjih so z uporabo nanoteles proti CTLA-4 in PD-L1 dosegli aktivacijo protivnetnega imunskega odziva, medtem ko so pri manj imunogenih tumorjih s terapevtsko ekspresijo azurina in ClyA inducirali apoptozo tumorskih celic. Posebej pomembna so opažanja iz modela PDX kolorektalnega raka, kjer je že enkratna aplikacija sistema NETMAP povzročila izrazito zmanjšanje tumorske mase in proliferacijske aktivnosti, hkrati pa je bila opažena povečana stopnja apoptoze, kar dodatno potrjuje učinkovitost tega sistema v klinično relevantnih pogojih. Čeprav sistem prikazuje izjemen potencial, ostaja prostor za izboljšave – predvsem v smeri razvoja bolj učinkovitih svetlobno odzivnih komponent in krajšanja časa izpostavljenosti svetlobi.

= Literatura =
Qiao, L., Niu, L., Wang, Z. ''et al''. Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics. ''Nat Cancer 6'', 612–628 (2025). https://doi.org/10.1038/s43018-025-00932-3

Konstruirane bakterije za z bližnjo infrardečo svetlobo inducirano izražanje protirakavih terapevtikov

2025-05-24T17:23:48Z

Lana Kores:

Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s43018-025-00932-3 Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics]

= Uvod =

Rak je že nekaj desetletij eden vodilnih vzrokov umrljivosti v svetu in njegovo globalno breme se iz leta v leto povečuje. Čeprav so konvencionalni načini zdravljenja, kot sta kemoterapija in radioterapija dosegli določen napredek, ostajajo številni izzivi, povezani s toksičnostjo, nizko specifičnostjo in omejeno učinkovitostjo teh pristopov. S porastom sodobnih raziskav se v onkologiji vse bolj uveljavlja koncept uporabe t. i. živih bioterapevtikov, ki se kažejo kot potencialno dopolnilo ali celo alternativa že obstoječim terapijam. Napredki na področju genskega inženirstva omogočajo razvoj bakterijskih sevov, sposobnih selektivne kolonizacije tumorskega mikrookolja – predvsem hipoksičnih in imunosupresivnih regij znotraj tumorjev. Zaradi svoje specifičnosti in afinitete do takšnih okolij, predstavljajo bakterije kot so ''Escherichia coli'', ''Salmonella typhimurium'', ''Listeria monocytogenes'' in ''Pseudomonas aeruginosa'' obetaven vektor za tovrstne terapevtske pristope. Ne glede na to lahko nenadzorovana ali prekomerna ekspresija terapevtskih proteinov povzroči toksičnost tudi v zdravih tkivih. Zato so bili razviti različni inducibilni sistemi za regulacijo bakterijskega izražanja, ki omogočajo aktivacijo z zunanjimi signali, kot so toplota, svetloba ali kemični induktorji. Posebno zanimanje vzbuja optogenetika, pri kateri se svetlobno občutljivi proteini, izvorno prisotni pri bakterijah in glivah, uporabijo za uravnavanje transkripcije znotraj živih celic.

= =

Čeprav so številni svetlobno inducibilni sistemi pokazali visoko učinkovitost v in vitro pogojih, njihova uporaba v živih organizmih ostaja omejena. Temu je tako zaradi šibke penetracije modre svetlobe skozi tkiva ter možnosti svetlobno povzročene toksičnosti. Zaradi teh omejitev je vse več raziskovalnega zanimanja usmerjenega v bližnjo infrardečo svetlobo (NIR; 650–900 nm), ki se izkazuje za bistveno primernejšo pri in vivo aplikacijah. V odgovor na omejitve obstoječih svetlobno inducibilnih sistemov so v članku ''Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics'' (Nature Cancer, 2025) razvili nov optogenetski sistem poimenovan NETMAP (''Near-infrared Transcription Modulation via Activated PadC''). Sistem temelji na himeričnem fotoreceptorju PadC, ki ob osvetlitvi z bližnjo infrardečo svetlobo katalizira pretvorbo GTP v c-di-GMP – sekundarni prenašalec, ki aktivira transkripcijski faktor MrkH iz ''Klebsiella pneumoniae''. Ta se veže na promotor PmrkA in sproži transkripcijo ciljnih genov.
Pri izdelavi sistema NETMAP so najprej primerjali aktivnost dveh različic svetlobno odzivne digvanilat ciklaze PadC (PadC4 in PadC10) v prisotnosti NIR svetlobe (660 nm). PadC4 je izkazal višjo inducibilnost izražanja poročevalskega sistema luxCDABE (~3,7-krat) in je zato bil uporabljen v nadaljnjih poskusih. Optimizacija valovne dolžine svetlobe je pokazala, da 710 nm povzroči najmočnejšo aktivacijo transkripcije brez vpliva na rast bakterij. Z namenom zmanjšanja bazalne aktivnosti sistema so uporabili sev ''Salmonella enteritidis'' 3934 ΔXII, iz katerega je bilo izbrisanih 12 endogenih digvanilat ciklaznih domen. V primerjavi z izhodiščnim sevom je ΔXII pokazal znatno večjo inducibilnost, vendar pa je bilo preveč tveganja za uporabo v živih organizmih. Za nadaljnjo validacijo in uporabo in vivo je bil uporabljen sev ΔXIV kot terapevtski vektor z minimalno bazalno aktivnostjo in visoko inducibilnostjo. Sev ΔXIV je bil konstruiran iz seva ΔXII z dodatno delecijo gena rpoS, ki kodira transkripcijski regulator za odziv na stres in virulenčne dejavnike, ter gena purI, ključnega za biosintezo purinov. Ti dodatni genetski modifikaciji sta bili namenjeni nadaljnjemu zmanjšanju presnovne aktivnosti bakterij v zdravih tkivih ter izboljšanju varnostnega profila seva.
V nadaljnjih eksperimentih so si znanstveniki prizadevali izboljšati stabilnost izražanja terapevtskih proteinov in zmanjšati potrebo po večkratnih aplikacijah z razvojem novega konstrukta ΔXIVPadC4. V ta namen so v genom ΔXIV vgradili svetlobno odzivna regulatorna gena padC4 in bphO ter terapevtska zapisa za PD-L1nb in CTLA-4nb v enoten plazmid, dodatno stabiliziran s toksin–antitoksin sistemom Hok–Sok. Z uporabo tega izboljšanega sistema so testirali, ali lahko že enkratna intratumorska aplikacija zadostuje za sprožitev učinkovitega protitumorskega odgovora ob vsakodnevni osvetlitvi z NIR svetlobo v obdobju devetih dni. Miši z limfomom, zdravljene s sevom ΔXIVPadC4-NETMAP-PD-L1nb+CTLA-4nb in izpostavljene NIR svetlobi, so pokazale zmanjšano rast tumorja v primerjavi s kontrolnimi skupinami (negativna kontrola s PBS; ΔXIV brez genov in svetlobe; ΔXIV-NETMAP s terapevtskimi geni, a brez svetlobe). Poleg tega so imele te miši stabilno telesno težo skozi celotno trajanje zdravljenja, kar kaže na dobro prenosljivost terapije in nizko toksičnost le-te.

Da bi ocenili, ali lokalno inducirana proizvodnja nanoteles PD-L1nb in CTLA-4nb preko sistema NETMAP sproži sistemski imunski odziv, so pri miših po enkratni intratumorski aplikaciji ΔXIVPadC4-NETMAPPD-L1nb+CTLA-4nb in vsakodnevni osvetlitvi z NIR svetlobo (710 nm) analizirali različne imunske populacije v tumorjih, vranici in bezgavkah. V primerjavi s preostalimi tremi kontrolnimi skupinami (negativna kontrola s PBS; ΔXIV brez genov in svetlobe; ΔXIV-NETMAP s terapevtskimi geni, a brez svetlobe) so tretirane miši izkazale izrazito povečanje populacije CD8+ T-celic v vseh treh analiziranih tkivih, kar nakazuje okrepljeno aktivacijo celične imunosti. Pomembno je tudi, da je znotraj tumorjev in vranice opaženo statistično značilno zmanjšanje deleža regulatornih T-celic, ki običajno zavirajo imunski odziv. Pripravljen je bil tudi sklop poskusov, usmerjen v oceno ustvarjanja imunskega spomina, kar je ključno za dolgoročno zaščito pred ponovitvijo bolezni. Analiza populacij spominskih T-celic v vranici je pokazala, da so tretirane miši imele povečano število spominskih T-celic. Ti rezultati potrjujejo, da lokalna terapija z ΔXIVPadC4-NETMAP ne le izzove močan primarni odziv, temveč tudi oblikuje imunski spomin, ki lahko zavira rast metastaz ali prepreči ponovitvijo bolezni.

Znanstveniki so nato želeli preveriti, ali se sistem NETMAP lahko prilagodi tudi za tumorje z nizko imunogenostjo, kot je model CT26 raka debelega črevesa. Da bi izboljšali terapevtski izkoristek, so v sistem NETMAP namesto nanoteles vključili dva terapevtska proteina: azurin in ClyA, s čimer so razvili različico NETMAP^(Azurin+ClyA). Azurin, pridobljen iz bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', je znan po svoji sposobnosti prodiranja v tumorske celice, kjer preko interakcije s tumorsupresorskim proteinom p53 sproži apoptozo. ClyA je bakterijski toksin iz "Escherichia coli", ki povzroča trajno poroznost celičnih membran sesalcev in spodbuja sproščanje proinflamatornega interlevkina-1β (IL-1β). Analiza je pokazala, da je izražanje obeh terapevtskih proteinov odvisno od trajanja osvetlitve z NIR svetlobo. Za in vivo ovrednotenje so miši s tumorsko linijo CT26 razdelili v štiri skupine: G1 (negativna kontrola s PBS), G2 (netransformirani ΔXIVPadC4), G3 (ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) brez osvetlitve), in G4 (ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) z 2-urno NIR osvetlitvijo na dan). Po devetih dneh, se je le pri skupini G4 zmanjšala tumorska rast, poleg tega pa so miši v tej skupini živele dlje kot miši pri ostalih skupinah.

Za ovrednotenje kliničnega potenciala sistema NETMAP je bil razvit personaliziran model ksenografta (PDX) kolorektalnega raka, temelječ na tumorskih vzorcih, pridobljenih neposredno od bolnikov. Po večgeneracijskem gojenju v miših je bilo tumorsko tkivo natančno pripravljeno in subkutano implementirano v imunokompromitirane miši. Sledila je aplikacija terapevtskih sevov: miši so prejele bodisi intratumorsko injekcijo PBS (G1), sev ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) brez aktivacije (G2) ali isti sev z dnevno osvetlitvijo z NIR svetlobo valovne dolžine 710 nm (G3). Miši iz skupine G3 so bile med prvim devetdnevnim obdobjem vsak dan dve uri izpostavljene NIR svetlobi, kar je vodilo do izjemnega terapevtskega učinka – 30 dni po začetku zdravljenja je bilo pri tej skupini opaženo ~80% zmanjšanje velikosti in mase tumorjev v primerjavi s kontrolami. Za potrditev histoloških učinkov terapije so bile uporabljene fluorescenčne in klasične histološke metode: DAPI je označeval celična jedra, Ki67 proliferacijsko aktivne celice, medtem ko je test TUNEL detektiral apoptozo. V G3 vzorcih je bilo opaženo zmanjšano izražanje Ki67 ter povečana TUNEL signalizacija, kar kaže na zmanjšanje celične rasti in povečano celično smrt. Barvanje s hematoksilin-eozinom je razkrilo morfološke spremembe, značilne za terapevtski odziv – zmanjšanje celične gostote in prisotnost nekroze.

= Zaključek =

Na podlagi rezultatov študije lahko zaključimo, da predstavlja razvoj natančno nadzorovanih in odzivnih terapevtskih sistemov ključen korak k uspešni klinični uporabi optogenetskih pristopov. V tej študiji je bil predstavljen nov, z NIR svetlobo induciran optogenetski sistem NETMAP, ki omogoča prostorsko-časovno regulirano ekspresijo terapevtskih proteinov v za ta namen načrtovani bakterijski kulturi ''S. enteritidis''. NETMAP omogoča hitro in močno aktivacijo po osvetlitvi ter izkazuje visoko genetsko stabilnost po enkratni intratumorski aplikaciji. Zaradi dobre tkivne penetracije NIR svetlobe lahko terapijo izvajamo neinvazivno, kar bistveno izboljša klinični potencial tega sistema. Razvita sta bila dva terapevtska pristopa, prilagojena imunogenosti tumorjev. Pri imunogenih tumorjih so z uporabo nanoteles proti CTLA-4 in PD-L1 dosegli aktivacijo protivnetnega imunskega odziva, medtem ko so pri manj imunogenih tumorjih s terapevtsko ekspresijo azurina in ClyA inducirali apoptozo tumorskih celic. Posebej pomembna so opažanja iz modela PDX kolorektalnega raka, kjer je že enkratna aplikacija sistema NETMAP povzročila izrazito zmanjšanje tumorske mase in proliferacijske aktivnosti, hkrati pa je bila opažena povečana stopnja apoptoze, kar dodatno potrjuje učinkovitost tega sistema v klinično relevantnih pogojih. Čeprav sistem prikazuje izjemen potencial, ostaja prostor za izboljšave – predvsem v smeri razvoja bolj učinkovitih svetlobno odzivnih komponent in krajšanja časa izpostavljenosti svetlobi.

= Literatura =
Qiao, L., Niu, L., Wang, Z. ''et al''. Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics. ''Nat Cancer 6'', 612–628 (2025). https://doi.org/10.1038/s43018-025-00932-3

Konstruirane bakterije za z bližnjo infrardečo svetlobo inducirano izražanje protirakavih terapevtikov

2025-05-24T17:18:09Z

Lana Kores:

Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s43018-025-00932-3#citeas Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics]

= Uvod =

Rak je že nekaj desetletij eden vodilnih vzrokov umrljivosti v svetu in njegovo globalno breme se iz leta v leto povečuje. Čeprav so konvencionalni načini zdravljenja, kot sta kemoterapija in radioterapija dosegli določen napredek, ostajajo številni izzivi, povezani s toksičnostjo, nizko specifičnostjo in omejeno učinkovitostjo teh pristopov. S porastom sodobnih raziskav se v onkologiji vse bolj uveljavlja koncept uporabe t. i. živih bioterapevtikov, ki se kažejo kot potencialno dopolnilo ali celo alternativa že obstoječim terapijam. Napredki na področju genskega inženirstva omogočajo razvoj bakterijskih sevov, sposobnih selektivne kolonizacije tumorskega mikrookolja – predvsem hipoksičnih in imunosupresivnih regij znotraj tumorjev. Zaradi svoje specifičnosti in afinitete do takšnih okolij, predstavljajo bakterije kot so ''Escherichia coli'', ''Salmonella typhimurium'', ''Listeria monocytogenes'' in ''Pseudomonas aeruginosa'' obetaven vektor za tovrstne terapevtske pristope. Ne glede na to lahko nenadzorovana ali prekomerna ekspresija terapevtskih proteinov povzroči toksičnost tudi v zdravih tkivih. Zato so bili razviti različni inducibilni sistemi za regulacijo bakterijskega izražanja, ki omogočajo aktivacijo z zunanjimi signali, kot so toplota, svetloba ali kemični induktorji. Posebno zanimanje vzbuja optogenetika, pri kateri se svetlobno občutljivi proteini, izvorno prisotni pri bakterijah in glivah, uporabijo za uravnavanje transkripcije znotraj živih celic.

= =

Čeprav so številni svetlobno inducibilni sistemi pokazali visoko učinkovitost v in vitro pogojih, njihova uporaba v živih organizmih ostaja omejena. Temu je tako zaradi šibke penetracije modre svetlobe skozi tkiva ter možnosti svetlobno povzročene toksičnosti. Zaradi teh omejitev je vse več raziskovalnega zanimanja usmerjenega v bližnjo infrardečo svetlobo (NIR; 650–900 nm), ki se izkazuje za bistveno primernejšo pri in vivo aplikacijah. V odgovor na omejitve obstoječih svetlobno inducibilnih sistemov so v članku ''Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics'' (Nature Cancer, 2025) razvili nov optogenetski sistem poimenovan NETMAP (''Near-infrared Transcription Modulation via Activated PadC''). Sistem temelji na himeričnem fotoreceptorju PadC, ki ob osvetlitvi z bližnjo infrardečo svetlobo katalizira pretvorbo GTP v c-di-GMP – sekundarni prenašalec, ki aktivira transkripcijski faktor MrkH iz ''Klebsiella pneumoniae''. Ta se veže na promotor PmrkA in sproži transkripcijo ciljnih genov.
Pri izdelavi sistema NETMAP so najprej primerjali aktivnost dveh različic svetlobno odzivne digvanilat ciklaze PadC (PadC4 in PadC10) v prisotnosti NIR svetlobe (660 nm). PadC4 je izkazal višjo inducibilnost izražanja poročevalskega sistema luxCDABE (~3,7-krat) in je zato bil uporabljen v nadaljnjih poskusih. Optimizacija valovne dolžine svetlobe je pokazala, da 710 nm povzroči najmočnejšo aktivacijo transkripcije brez vpliva na rast bakterij. Z namenom zmanjšanja bazalne aktivnosti sistema so uporabili sev ''Salmonella enteritidis'' 3934 ΔXII, iz katerega je bilo izbrisanih 12 endogenih digvanilat ciklaznih domen. V primerjavi z izhodiščnim sevom je ΔXII pokazal znatno večjo inducibilnost, vendar pa je bilo preveč tveganja za uporabo v živih organizmih. Za nadaljnjo validacijo in uporabo in vivo je bil uporabljen sev ΔXIV kot terapevtski vektor z minimalno bazalno aktivnostjo in visoko inducibilnostjo. Sev ΔXIV je bil konstruiran iz seva ΔXII z dodatno delecijo gena rpoS, ki kodira transkripcijski regulator za odziv na stres in virulenčne dejavnike, ter gena purI, ključnega za biosintezo purinov. Ti dodatni genetski modifikaciji sta bili namenjeni nadaljnjemu zmanjšanju presnovne aktivnosti bakterij v zdravih tkivih ter izboljšanju varnostnega profila seva.
V nadaljnjih eksperimentih so si znanstveniki prizadevali izboljšati stabilnost izražanja terapevtskih proteinov in zmanjšati potrebo po večkratnih aplikacijah z razvojem novega konstrukta ΔXIVPadC4. V ta namen so v genom ΔXIV vgradili svetlobno odzivna regulatorna gena padC4 in bphO ter terapevtska zapisa za PD-L1nb in CTLA-4nb v enoten plazmid, dodatno stabiliziran s toksin–antitoksin sistemom Hok–Sok. Z uporabo tega izboljšanega sistema so testirali, ali lahko že enkratna intratumorska aplikacija zadostuje za sprožitev učinkovitega protitumorskega odgovora ob vsakodnevni osvetlitvi z NIR svetlobo v obdobju devetih dni. Miši z limfomom, zdravljene s sevom ΔXIVPadC4-NETMAP-PD-L1nb+CTLA-4nb in izpostavljene NIR svetlobi, so pokazale zmanjšano rast tumorja v primerjavi s kontrolnimi skupinami (negativna kontrola s PBS; ΔXIV brez genov in svetlobe; ΔXIV-NETMAP s terapevtskimi geni, a brez svetlobe). Poleg tega so imele te miši stabilno telesno težo skozi celotno trajanje zdravljenja, kar kaže na dobro prenosljivost terapije in nizko toksičnost le-te.

Da bi ocenili, ali lokalno inducirana proizvodnja nanoteles PD-L1nb in CTLA-4nb preko sistema NETMAP sproži sistemski imunski odziv, so pri miših po enkratni intratumorski aplikaciji ΔXIVPadC4-NETMAPPD-L1nb+CTLA-4nb in vsakodnevni osvetlitvi z NIR svetlobo (710 nm) analizirali različne imunske populacije v tumorjih, vranici in bezgavkah. V primerjavi s preostalimi tremi kontrolnimi skupinami (negativna kontrola s PBS; ΔXIV brez genov in svetlobe; ΔXIV-NETMAP s terapevtskimi geni, a brez svetlobe) so tretirane miši izkazale izrazito povečanje populacije CD8+ T-celic v vseh treh analiziranih tkivih, kar nakazuje okrepljeno aktivacijo celične imunosti. Pomembno je tudi, da je znotraj tumorjev in vranice opaženo statistično značilno zmanjšanje deleža regulatornih T-celic, ki običajno zavirajo imunski odziv. Pripravljen je bil tudi sklop poskusov, usmerjen v oceno ustvarjanja imunskega spomina, kar je ključno za dolgoročno zaščito pred ponovitvijo bolezni. Analiza populacij spominskih T-celic v vranici je pokazala, da so tretirane miši imele povečano število spominskih T-celic. Ti rezultati potrjujejo, da lokalna terapija z ΔXIVPadC4-NETMAP ne le izzove močan primarni odziv, temveč tudi oblikuje imunski spomin, ki lahko zavira rast metastaz ali prepreči ponovitvijo bolezni.

Znanstveniki so nato želeli preveriti, ali se sistem NETMAP lahko prilagodi tudi za tumorje z nizko imunogenostjo, kot je model CT26 raka debelega črevesa. Da bi izboljšali terapevtski izkoristek, so v sistem NETMAP namesto nanoteles vključili dva terapevtska proteina: azurin in ClyA, s čimer so razvili različico NETMAP^(Azurin+ClyA). Azurin, pridobljen iz bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'', je znan po svoji sposobnosti prodiranja v tumorske celice, kjer preko interakcije s tumorsupresorskim proteinom p53 sproži apoptozo. ClyA je bakterijski toksin iz "Escherichia coli", ki povzroča trajno poroznost celičnih membran sesalcev in spodbuja sproščanje proinflamatornega interlevkina-1β (IL-1β). Analiza je pokazala, da je izražanje obeh terapevtskih proteinov odvisno od trajanja osvetlitve z NIR svetlobo. Za in vivo ovrednotenje so miši s tumorsko linijo CT26 razdelili v štiri skupine: G1 (negativna kontrola s PBS), G2 (netransformirani ΔXIVPadC4), G3 (ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) brez osvetlitve), in G4 (ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) z 2-urno NIR osvetlitvijo na dan). Po devetih dneh, se je le pri skupini G4 zmanjšala tumorska rast, poleg tega pa so miši v tej skupini živele dlje kot miši pri ostalih skupinah.

Za ovrednotenje kliničnega potenciala sistema NETMAP je bil razvit personaliziran model ksenografta (PDX) kolorektalnega raka, temelječ na tumorskih vzorcih, pridobljenih neposredno od bolnikov. Po večgeneracijskem gojenju v miših je bilo tumorsko tkivo natančno pripravljeno in subkutano implementirano v imunokompromitirane miši. Sledila je aplikacija terapevtskih sevov: miši so prejele bodisi intratumorsko injekcijo PBS (G1), sev ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) brez aktivacije (G2) ali isti sev z dnevno osvetlitvijo z NIR svetlobo valovne dolžine 710 nm (G3). Miši iz skupine G3 so bile med prvim devetdnevnim obdobjem vsak dan dve uri izpostavljene NIR svetlobi, kar je vodilo do izjemnega terapevtskega učinka – 30 dni po začetku zdravljenja je bilo pri tej skupini opaženo ~80% zmanjšanje velikosti in mase tumorjev v primerjavi s kontrolami. Za potrditev histoloških učinkov terapije so bile uporabljene fluorescenčne in klasične histološke metode: DAPI je označeval celična jedra, Ki67 proliferacijsko aktivne celice, medtem ko je test TUNEL detektiral apoptozo. V G3 vzorcih je bilo opaženo zmanjšano izražanje Ki67 ter povečana TUNEL signalizacija, kar kaže na zmanjšanje celične rasti in povečano celično smrt. Barvanje s hematoksilin-eozinom je razkrilo morfološke spremembe, značilne za terapevtski odziv – zmanjšanje celične gostote in prisotnost nekroze.

= Zaključek =

Na podlagi rezultatov študije lahko zaključimo, da predstavlja razvoj natančno nadzorovanih in odzivnih terapevtskih sistemov ključen korak k uspešni klinični uporabi optogenetskih pristopov. V tej študiji je bil predstavljen nov, z NIR svetlobo induciran optogenetski sistem NETMAP, ki omogoča prostorsko-časovno regulirano ekspresijo terapevtskih proteinov v za ta namen načrtovani bakterijski kulturi ''S. enteritidis''. NETMAP omogoča hitro in močno aktivacijo po osvetlitvi ter izkazuje visoko genetsko stabilnost po enkratni intratumorski aplikaciji. Zaradi dobre tkivne penetracije NIR svetlobe lahko terapijo izvajamo neinvazivno, kar bistveno izboljša klinični potencial tega sistema. Razvita sta bila dva terapevtska pristopa, prilagojena imunogenosti tumorjev. Pri imunogenih tumorjih so z uporabo nanoteles proti CTLA-4 in PD-L1 dosegli aktivacijo protivnetnega imunskega odziva, medtem ko so pri manj imunogenih tumorjih s terapevtsko ekspresijo azurina in ClyA inducirali apoptozo tumorskih celic. Posebej pomembna so opažanja iz modela PDX kolorektalnega raka, kjer je že enkratna aplikacija sistema NETMAP povzročila izrazito zmanjšanje tumorske mase in proliferacijske aktivnosti, hkrati pa je bila opažena povečana stopnja apoptoze, kar dodatno potrjuje učinkovitost tega sistema v klinično relevantnih pogojih. Čeprav sistem prikazuje izjemen potencial, ostaja prostor za izboljšave – predvsem v smeri razvoja bolj učinkovitih svetlobno odzivnih komponent in krajšanja časa izpostavljenosti svetlobi.

= Literatura =
Qiao, L., Niu, L., Wang, Z. ''et al''. Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics. ''Nat Cancer 6'', 612–628 (2025). https://doi.org/10.1038/s43018-025-00932-3

Konstruirane bakterije za z bližnjo infrardečo svetlobo inducirano izražanje protirakavih terapevtikov

2025-05-24T17:14:32Z

Lana Kores:

Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s43018-025-00932-3#citeas Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics]

= Uvod =

Rak je že nekaj desetletij eden vodilnih vzrokov umrljivosti v svetu in njegovo globalno breme se iz leta v leto povečuje. Čeprav so konvencionalni načini zdravljenja, kot sta kemoterapija in radioterapija dosegli določen napredek, ostajajo številni izzivi, povezani s toksičnostjo, nizko specifičnostjo in omejeno učinkovitostjo teh pristopov. S porastom sodobnih raziskav se v onkologiji vse bolj uveljavlja koncept uporabe t. i. živih bioterapevtikov, ki se kažejo kot potencialno dopolnilo ali celo alternativa že obstoječim terapijam. Napredki na področju genskega inženirstva omogočajo razvoj bakterijskih sevov, sposobnih selektivne kolonizacije tumorskega mikrookolja – predvsem hipoksičnih in imunosupresivnih regij znotraj tumorjev. Zaradi svoje specifičnosti in afinitete do takšnih okolij, predstavljajo bakterije kot so "Escherichia coli", "Salmonella typhimurium", "Listeria monocytogenes" in "Pseudomonas aeruginosa" obetaven vektor za tovrstne terapevtske pristope. Ne glede na to lahko nenadzorovana ali prekomerna ekspresija terapevtskih proteinov povzroči toksičnost tudi v zdravih tkivih. Zato so bili razviti različni inducibilni sistemi za regulacijo bakterijskega izražanja, ki omogočajo aktivacijo z zunanjimi signali, kot so toplota, svetloba ali kemični induktorji. Posebno zanimanje vzbuja optogenetika, pri kateri se svetlobno občutljivi proteini, izvorno prisotni pri bakterijah in glivah, uporabijo za uravnavanje transkripcije znotraj živih celic.

= =

Čeprav so številni svetlobno inducibilni sistemi pokazali visoko učinkovitost v in vitro pogojih, njihova uporaba v živih organizmih ostaja omejena. Temu je tako zaradi šibke penetracije modre svetlobe skozi tkiva ter možnosti svetlobno povzročene toksičnosti. Zaradi teh omejitev je vse več raziskovalnega zanimanja usmerjenega v bližnjo infrardečo svetlobo (NIR; 650–900 nm), ki se izkazuje za bistveno primernejšo pri in vivo aplikacijah. V odgovor na omejitve obstoječih svetlobno inducibilnih sistemov so v članku "Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics" (Nature Cancer, 2025) razvili nov optogenetski sistem poimenovan NETMAP ("Near-infrared Transcription Modulation via Activated PadC"). Sistem temelji na himeričnem fotoreceptorju PadC, ki ob osvetlitvi z bližnjo infrardečo svetlobo katalizira pretvorbo GTP v c-di-GMP – sekundarni prenašalec, ki aktivira transkripcijski faktor MrkH iz "Klebsiella pneumoniae". Ta se veže na promotor PmrkA in sproži transkripcijo ciljnih genov.
Pri izdelavi sistema NETMAP so najprej primerjali aktivnost dveh različic svetlobno odzivne digvanilat ciklaze PadC (PadC4 in PadC10) v prisotnosti NIR svetlobe (660 nm). PadC4 je izkazal višjo inducibilnost izražanja poročevalskega sistema luxCDABE (~3,7-krat) in je zato bil uporabljen v nadaljnjih poskusih. Optimizacija valovne dolžine svetlobe je pokazala, da 710 nm povzroči najmočnejšo aktivacijo transkripcije brez vpliva na rast bakterij. Z namenom zmanjšanja bazalne aktivnosti sistema so uporabili sev "Salmonella enteritidis" 3934 ΔXII, iz katerega je bilo izbrisanih 12 endogenih digvanilat ciklaznih domen. V primerjavi z izhodiščnim sevom je ΔXII pokazal znatno večjo inducibilnost, vendar pa je bilo preveč tveganja za uporabo v živih organizmih. Za nadaljnjo validacijo in uporabo in vivo je bil uporabljen sev ΔXIV kot terapevtski vektor z minimalno bazalno aktivnostjo in visoko inducibilnostjo. Sev ΔXIV je bil konstruiran iz seva ΔXII z dodatno delecijo gena rpoS, ki kodira transkripcijski regulator za odziv na stres in virulenčne dejavnike, ter gena purI, ključnega za biosintezo purinov. Ti dodatni genetski modifikaciji sta bili namenjeni nadaljnjemu zmanjšanju presnovne aktivnosti bakterij v zdravih tkivih ter izboljšanju varnostnega profila seva.
V nadaljnjih eksperimentih so si znanstveniki prizadevali izboljšati stabilnost izražanja terapevtskih proteinov in zmanjšati potrebo po večkratnih aplikacijah z razvojem novega konstrukta ΔXIVPadC4. V ta namen so v genom ΔXIV vgradili svetlobno odzivna regulatorna gena padC4 in bphO ter terapevtska zapisa za PD-L1nb in CTLA-4nb v enoten plazmid, dodatno stabiliziran s toksin–antitoksin sistemom Hok–Sok. Z uporabo tega izboljšanega sistema so testirali, ali lahko že enkratna intratumorska aplikacija zadostuje za sprožitev učinkovitega protitumorskega odgovora ob vsakodnevni osvetlitvi z NIR svetlobo v obdobju devetih dni. Miši z limfomom, zdravljene s sevom ΔXIVPadC4-NETMAP-PD-L1nb+CTLA-4nb in izpostavljene NIR svetlobi, so pokazale zmanjšano rast tumorja v primerjavi s kontrolnimi skupinami (negativna kontrola s PBS; ΔXIV brez genov in svetlobe; ΔXIV-NETMAP s terapevtskimi geni, a brez svetlobe). Poleg tega so imele te miši stabilno telesno težo skozi celotno trajanje zdravljenja, kar kaže na dobro prenosljivost terapije in nizko toksičnost le-te.

Da bi ocenili, ali lokalno inducirana proizvodnja nanoteles PD-L1nb in CTLA-4nb preko sistema NETMAP sproži sistemski imunski odziv, so pri miših po enkratni intratumorski aplikaciji ΔXIVPadC4-NETMAPPD-L1nb+CTLA-4nb in vsakodnevni osvetlitvi z NIR svetlobo (710 nm) analizirali različne imunske populacije v tumorjih, vranici in bezgavkah. V primerjavi s preostalimi tremi kontrolnimi skupinami (negativna kontrola s PBS; ΔXIV brez genov in svetlobe; ΔXIV-NETMAP s terapevtskimi geni, a brez svetlobe) so tretirane miši izkazale izrazito povečanje populacije CD8+ T-celic v vseh treh analiziranih tkivih, kar nakazuje okrepljeno aktivacijo celične imunosti. Pomembno je tudi, da je znotraj tumorjev in vranice opaženo statistično značilno zmanjšanje deleža regulatornih T-celic, ki običajno zavirajo imunski odziv. Pripravljen je bil tudi sklop poskusov, usmerjen v oceno ustvarjanja imunskega spomina, kar je ključno za dolgoročno zaščito pred ponovitvijo bolezni. Analiza populacij spominskih T-celic v vranici je pokazala, da so tretirane miši imele povečano število spominskih T-celic. Ti rezultati potrjujejo, da lokalna terapija z ΔXIVPadC4-NETMAP ne le izzove močan primarni odziv, temveč tudi oblikuje imunski spomin, ki lahko zavira rast metastaz ali prepreči ponovitvijo bolezni.

Znanstveniki so nato želeli preveriti, ali se sistem NETMAP lahko prilagodi tudi za tumorje z nizko imunogenostjo, kot je model CT26 raka debelega črevesa. Da bi izboljšali terapevtski izkoristek, so v sistem NETMAP namesto nanoteles vključili dva terapevtska proteina: azurin in ClyA, s čimer so razvili različico NETMAP^(Azurin+ClyA). Azurin, pridobljen iz bakterije "Pseudomonas aeruginosa", je znan po svoji sposobnosti prodiranja v tumorske celice, kjer preko interakcije s tumorsupresorskim proteinom p53 sproži apoptozo. ClyA je bakterijski toksin iz "Escherichia coli", ki povzroča trajno poroznost celičnih membran sesalcev in spodbuja sproščanje proinflamatornega interlevkina-1β (IL-1β). Analiza je pokazala, da je izražanje obeh terapevtskih proteinov odvisno od trajanja osvetlitve z NIR svetlobo. Za in vivo ovrednotenje so miši s tumorsko linijo CT26 razdelili v štiri skupine: G1 (negativna kontrola s PBS), G2 (netransformirani ΔXIVPadC4), G3 (ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) brez osvetlitve), in G4 (ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) z 2-urno NIR osvetlitvijo na dan). Po devetih dneh, se je le pri skupini G4 zmanjšala tumorska rast, poleg tega pa so miši v tej skupini živele dlje kot miši pri ostalih skupinah.

Za ovrednotenje kliničnega potenciala sistema NETMAP je bil razvit personaliziran model ksenografta (PDX) kolorektalnega raka, temelječ na tumorskih vzorcih, pridobljenih neposredno od bolnikov. Po večgeneracijskem gojenju v miših je bilo tumorsko tkivo natančno pripravljeno in subkutano implementirano v imunokompromitirane miši. Sledila je aplikacija terapevtskih sevov: miši so prejele bodisi intratumorsko injekcijo PBS (G1), sev ΔXIVPadC4-NETMAP^(Azurin+ClyA) brez aktivacije (G2) ali isti sev z dnevno osvetlitvijo z NIR svetlobo valovne dolžine 710 nm (G3). Miši iz skupine G3 so bile med prvim devetdnevnim obdobjem vsak dan dve uri izpostavljene NIR svetlobi, kar je vodilo do izjemnega terapevtskega učinka – 30 dni po začetku zdravljenja je bilo pri tej skupini opaženo ~80% zmanjšanje velikosti in mase tumorjev v primerjavi s kontrolami. Za potrditev histoloških učinkov terapije so bile uporabljene fluorescenčne in klasične histološke metode: DAPI je označeval celična jedra, Ki67 proliferacijsko aktivne celice, medtem ko je test TUNEL detektiral apoptozo. V G3 vzorcih je bilo opaženo zmanjšano izražanje Ki67 ter povečana TUNEL signalizacija, kar kaže na zmanjšanje celične rasti in povečano celično smrt. Barvanje s hematoksilin-eozinom je razkrilo morfološke spremembe, značilne za terapevtski odziv – zmanjšanje celične gostote in prisotnost nekroze.

= Zaključek =

Na podlagi rezultatov študije lahko zaključimo, da predstavlja razvoj natančno nadzorovanih in odzivnih terapevtskih sistemov ključen korak k uspešni klinični uporabi optogenetskih pristopov. V tej študiji je bil predstavljen nov, z NIR svetlobo induciran optogenetski sistem NETMAP, ki omogoča prostorsko-časovno regulirano ekspresijo terapevtskih proteinov v za ta namen načrtovani bakterijski kulturi "S. enteritidis". NETMAP omogoča hitro in močno aktivacijo po osvetlitvi ter izkazuje visoko genetsko stabilnost po enkratni intratumorski aplikaciji. Zaradi dobre tkivne penetracije NIR svetlobe lahko terapijo izvajamo neinvazivno, kar bistveno izboljša klinični potencial tega sistema. Razvita sta bila dva terapevtska pristopa, prilagojena imunogenosti tumorjev. Pri imunogenih tumorjih so z uporabo nanoteles proti CTLA-4 in PD-L1 dosegli aktivacijo protivnetnega imunskega odziva, medtem ko so pri manj imunogenih tumorjih s terapevtsko ekspresijo azurina in ClyA inducirali apoptozo tumorskih celic. Posebej pomembna so opažanja iz modela PDX kolorektalnega raka, kjer je že enkratna aplikacija sistema NETMAP povzročila izrazito zmanjšanje tumorske mase in proliferacijske aktivnosti, hkrati pa je bila opažena povečana stopnja apoptoze, kar dodatno potrjuje učinkovitost tega sistema v klinično relevantnih pogojih. Čeprav sistem prikazuje izjemen potencial, ostaja prostor za izboljšave – predvsem v smeri razvoja bolj učinkovitih svetlobno odzivnih komponent in krajšanja časa izpostavljenosti svetlobi.

= Literatura =
Qiao, L., Niu, L., Wang, Z. "et al". Engineered bacteria for near-infrared light-inducible expression of cancer therapeutics. "Nat Cancer 6", 612–628 (2025). https://doi.org/10.1038/s43018-025-00932-3

Konstruirane bakterije za z bližnjo infrardečo svetlobo inducirano izražanje protirakavih terapevtikov

2025-05-24T17:02:12Z

Lana Kores: Konstruirane bakterije za z bližnjo infrardečo svetlobo inducirano izražanje protirakavih terapevtikov

Seminarji SB 2024/25

2025-05-12T20:20:24Z

Lana Kores:

V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_umetnih_medvrstnih_promotorjev_z_različnimi_transkripcijskimi_močmi Inženiring umetnih medvrstnih promotorjev z različnimi transkripcijskimi močmi] (Miljan Trajković)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preprečevanje_nastanka_multimerov_pogosto_uporabljenih_plazmidov_v_sintezni_biologiji Preprečevanje nastanka multimerov pogosto uporabljenih plazmidov v sintezni biologiji] (Lev Jošt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_Nicotiane_benthamiane_za_proizvodnjo_krisoeriola_z_uporabo_tehnik_sintezne_biologije Priprava ''Nicotiane benthamiane'' za proizvodnjo krisoeriola z uporabo tehnik sintezne biologije] (Nika Frelih)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gensko_spremenjeni_receptorji_za_komunikacijo_med_celicami_preko_topnih_signalov_in_zaznavanje_bolezni Gensko spremenjeni receptorji za komunikacijo med celicami preko topnih signalov in zaznavanje bolezni] (Zara Bunc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nadzor_nad_izražanjem_heterolognih_genov_pri_Bdellovibrio_bacteriovorus_z_uporabo_sintezne_biologije Nadzor nad izražanjem heterolognih genov pri Bdellovibrio bacteriovorus z uporabo sintezne biologije] (Živa Flego)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov Uporaba konzorcija kvasovk za de novo biosintezo rastlinskih lignanov] (Urša Lah)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sonogenetsko_nadzorovane_gensko_spremenjene_celice_za_zdravljenje_raka_v_mišjih_tumorskih_modelih Sonogenetsko nadzorovane gensko spremenjene celice za zdravljenje raka v mišjih tumorskih modelih] (Pia Mencin)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Združitev_difuzijskega_modela_in_transformerja_za_sintezo_izboljšanih_promotorjev_ter_napoved_moči_sintetičnih_promotorjev_z_uporabo_globokega_učenja Združitev difuzijskega modela in transformerja za sintezo izboljšanih promotorjev ter napoved moči sintetičnih promotorjev z uporabo globokega učenja] (Tinkara Korošec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_dvojno_svetlobo_nadzirani_kokulturni_sistem_omogoča_uravnavanje_sestave_populacije Z dvojno svetlobo nadzirani sistem omogoča uravnavanje sestave populacije] (Ula Mikoš)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Načrtovanje_močnih_inducibilnih_sinteznih_promotorjev_v_kvasovkah Načrtovanje močnih inducibilnih sinteznih promotorjev v kvasovkah] (Bor Kunstelj)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolni_inženiring_E._coli_za_izboljšano_produkcijo_diolov_iz_acetata Metabolni inženiring ''E. coli'' za izboljšano produkcijo diolov iz acetata] (Teo Trost)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inkorporacija_fotosintetsko_aktivnih_kloroplastov_iz_alg_v_kultivirane_celice_sesalcev_kot_pot_k_fotosintezi_pri_Živalih Inkorporacija fotosintetsko aktivnih kloroplastov iz alg v kultivirane celice sesalcev kot pot k fotosintezi pri živalih] (Peter Gričar Vintar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Izgradnja_metabolične_poti_za_biosintezo_treonina_iz_etilen_glikola Izgradnja metabolične poti za biosintezo treonina iz etilen glikola] (Tinkara Butara)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Povezava_sintezne_in_sistemske_biologije_za_in_vivo_encimatiko Povezava sintezne in sistemske biologije za ''in vivo'' encimatiko] (Gaja Starc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nanotelo_proti_Pdc1p_kot_gensko_kodiran_inhibitor_proizvodnje_etanola_omogoča_dvojni_transkripcijski_in_posttranslacijski_nadzor_fermentacije_v_kvasovkah Nanotelo proti Pdc1p kot gensko kodiran inhibitor proizvodnje etanola omogoča dvojni transkripcijski in posttranslacijski nadzor fermentacije v kvasovkah] (Lara Zupanc)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/S_fazno_separacijo_posredovano_sestavljanje_ve%C4%8Dencimskih_kompleksov_in_vivo S fazno separacijo posredovano sestavljanje večencimskih kompleksov ''in vivo''] (Lana Kores)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETal:_izdelovanje_eteričnega_olja_sandalovine_iz_PET_plastike PETal: izdelovanje eteričnega olja sandalovine iz PET plastike] (Lara Krampač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET_TWINS:_Praktična_uporaba_PETaze_za_učinkovitejše_recikliranje_plastike PET TWINS: Praktična uporaba PETaze za učinkovitejše recikliranje plastike] (Tina Urh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAU-China:_Nodulska_tovarna_DHA_in_EPA CAU-China: Nodulska tovarna DHA in EPA] (Luka Fink)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/nuCloud:_Nov_oblak_za_shranjevanje_podatkov_na_osnovi_nukleotidov nuCloud: Nov oblak za shranjevanje podatkov na osnovi nukleotidov] (Aleš Poljanšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_metoda_diagnosticiranja_multiple_skleroze_-_miRADAR Nova metoda diagnosticiranja multiple skleroze - miRADAR] (Petja Premrl)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biostimulant_za_rast_rastlin_na_Luni_–_BioMoon Biostimulant za rast rastlin na Luni – BioMoon] (Žan Žnidar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CAPTURE:_Boj_proti_oku%C5%BEbam_s_Pseudomonas_aeruginosa_z_nosilci_protimikrobnih_peptidov&action=edit&redlink=1 Boj proti okužbam s Pseudomonas aeruginosa z nosilci protimikrobnih peptidov - CAPTURE] (Metka Rus)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/REPARO REPARO] (Lina Kopač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Tarakate Tarakate] (Pia Špehar)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].

S fazno separacijo posredovano sestavljanje večencimskih kompleksov in vivo

2025-05-12T20:17:20Z

Lana Kores:

Izhodiščni članek: [https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jafc.4c09585 Phase Separation-Mediated Multienzyme Assembly In Vivo]

= Uvod =

Nedavni napredki so poudarili ključno vlogo večencimskega sestavljanja v sintezni biologiji. Takšno urejanje običajno vključuje uporabo samosestavljalnih proteinov, ki delujejo kot ogrodja. V nasprotju s konvencionalnimi strategijami, pri katerih imajo večencimski kompleksi določeno stehiometrijo in geometrijo, obetavna alternativa vključuje prostorsko ločitev encimov znotraj brezmembranskih organelov, ki se oblikujejo s pomočjo fazne separacije proteinov tekoče-tekoče (LLPS). Ti fazno ločeni kondenzati zagotavljajo ogrodje za vezavo metabolnih encimov, pri čemer nastajajo večencimski kondenzati tako ''in vivo'' kot ''in vitro''. Domena RGG, ki izhaja iz proteina LAF-1, je bila identificirana kot intrinzična neurejena domena, idealna za oblikovanje brezmembranskih kondenzatov s pomočjo LLPS. Zlasti domena RGGRGG, sestavljena iz dveh domen RGG, izkazuje večjo stabilnost pri povišanih temperaturah, kar bi lahko bilo bolje uporabno pri samosestavljanju v večencimske komplekse.

Poleg samosestavljalnih proteinov je nastanek teh kompleksov odvisen tudi od označevalnih sistemov (oznak in pripadajočih lovilcev), kot so SpyTag/SpyCatcher, SnoopTag/SnoopCatcher in NGTag/NGCatcher. Na podlagi teh sistemov so v študiji Young in sod. uspešno konstruirali domeno C1 proteina Cpe0147 iz ''Clostridium perfringen'' in jo razdelili med C-končno skrajšani protein Cpe0147(439-563) in protein Cpe0147(565-587), ki ''in vitro'' spontano tvorita estrsko vez. V izbranem članku so razvili izboljšan sistem označevanja proteinov, ReverseTag/ReverseCatcher, ki temelji na tvorbi estrske vezi z visoko učinkovitostjo kovalentne vezave. Sistem so nato ''in vivo'' združili s fazno ločenim proteinom RGGRGG. Cilj študije je bil potrditi zmožnost sistema ReverseTag/ReverseCatcher za usmerjanje sestavljanja večencimskih kompleksov. Za testiranje te zmožnosti so si izbrali produkcijo likopena.

= Razvoj in testiranje sistema ReverseTag/ReverseCatcher =

== Računalniška izdelava modela ReverseCatcher_RGGRGG ==

Model RGGRGG je bil sprva zgrajen lokalno z uporabo programa RosettaFold, pri čemer je bil izbran model z najboljšim rezultatom, ki so ga nato optimizirali s simulacijami molekulske dinamike (MD). Za izdelavo modela ReverseCatcher_RGGRGG je bila struktura ReverseCatcher-ja ustvarjena z uporabo programa PyMol na podlagi PDB strukture ponovitve prej omenjenega proteina Cpe0147 (PDB ID: 4ni6). ReverseCatcher in RGGRGG so povezali z (GGGGS)2-linkerjem in nato tudi končni ReverseCatcher_RGGRGG optimizirali s simulacijami MD.

== Sestavljalni mehanizem RGGRGG ==

Za optimizacijo uporabe RGGRGG so po simulacijah MD uporabili še simulacije »coarse-grained« (CG), da ugotovili mehanizem sestavljanja. Za izvedbo 1 μs simulacije CG so uporabili 93 domen RGGRGG. Izračuni topilu dostopne površine (SASA) so nakazali, da je 93 domen RGGRGG agregiralo skupaj. Do 500 ns so se vse domene RGGRGG združile v mrežno strukturo z vidno praznino v središču agregata.

Da bi raziskali interakcije med domenami, so pregledali še več RGGRGG-polimerov. Domene RGGRGG so med seboj povezane preko koncev, pri čemer vsaka veriga medsebojno interagira z drugo in ohranja kohezijo s številnimi vodikovimi vezmi. Drug način interakcij vključuje poravnavo dveh monomerov RGGRGG v obliki »križa« ali »T«. Poleg vodikovih vezi je ključen dejavnik za te interakcije še tvorba solnih mostičkov med Asp (ali Glu) in Arg ostanki, saj zaporedje RGGRGG vsebuje 48 Arg ostankov (15,12 %), 34 Asp ostankov (10,00 %), in 7 Glu ostankov (2,06 %), ki so skoraj enakomerno razporejeni na površini RGGRGG.

== Karakteristike ReverseCatcher_RGGRGG kondenzatov ==

Na N-konec RGGRGG so nato dodali oznako ReverseCatcher, pri čemer je nastala različica ReverseCatcher_RGGRGG. Da bi ocenili, ali je fuzija spremenila lastnosti RGGRGG, so z analizo obnovitve fluorescence po beljenju (FRAP) ocenili pretočnost obeh različic, ki so jih sklopili z GFP (RGGRGG_GFP in ReverseCatcher_RGGRGG_GFP). Po fotobeljenju izbranih regij se je pri obeh različicah do neke pojavila obnovitev fluorescence v 30 s, kar pomeni, da fuzija ne spremeni inherentne 'fluidnosti'.

Pri slikanju kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG, ki so nastali pri pH 7, s TEM, so opazili delce velikosti približno 500 nm, medtem ko RGGRGG v nevtralnih pogojih tvori večje kondenzate s premeri 1-10 μm. Za boljše razumevanje so izvedli simulacije MD na računalniškem modelu. V modelu je bil ReverseCatcher priklopljen na RGGRGG v konfiguraciji v obliki črke T. Na površini RGGRGG je bila razvidna izrazita porazdelitev naboja, medtem ko je imel ReverseCatcher na svoji površini negativen naboj. Negativno nabita območja ReverseCatcher-ja interagirajo s pozitivno nabitimi območji RGGRGG, kar torej spremeni dinamiko med domenami RGGRGG in povzročil manjšo velikost kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG.

Opazovali so tudi vpliv temperature na formacijo kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG in ugotovili, da so ti občutljivi na temperaturo, saj se je velikost kondenzatov pri zvišanju temperature iz 4 na 16 °C velikost zmanjšala iz 513,4 na 283,1 nm, pri temperaturi 37 °C pa se je velikost povečala na 1235,1 nm.

== Potrditev samosestavljanja glede na kondenzate ReverseCatcher-RGGRGG ==

Da bi potrdili sposobnost proteinov z oznako ReverseTag, da se kopičijo v kondenzatih ReverseCatcher_RGGRGG zaradi nastanka estrske vezi, so uporabili sklopitvi ReverseTag z GFP in mCherry (ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry) za ''in vitro'' preverjanje interakcije z ReverseCatcher_RGGRGG. Analiza NaDS-PAGE je potrdila, da sta ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry uspešno tvorila estrske vezi z Reverse-Catcher_RGGRGG. Ko so hkrati inkubirali Reverse-Tag_GFP, ReverseTag_mCherry in ReverseCatcher_RGGRGG, se je intenzivnost fluorescence pri valovni dolžini 510 nm zmanjšala in povečala intenzivnosti fluorescence pri 610 nm v primerjavi s samo mešanico ReverseTag_GFP/ReverseTag_mCherry. To opažanje kaže, da je prostorska razdalja med ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry manjša kot 10 nm. Poleg tega je skeniranje s konfokalnim mikroskopom (CLSM) pokazalo, da sta se ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry sočasno »samosestavila« znotraj kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG, kar zagotavlja neposreden vizualni dokaz za njuno kolokalizacijo.

== ReverseCatcher_RGGRGG omogoča sestavo večencimskih kompleksov ''in vivo'' ==

ReverseCatcher_RGGRGG so prekomerno izražali v ''E. coli'' BL21 (DE3), nato pa so s transmisijskim elektronskim mikroskopom (TEM) potrdili uspešno tvorbo ReverseCatcher_RGGRGG z enakomerno porazdelitvijo na obeh koncih in v sredini celice. Poleg tega so v ''E. coli'' BL21 (DE3) prekomerno koizražali še ReverseCatcher_RGGRGG, ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry. Z metodo CLSM so opazili postopno kopičenje ReverseCatcher_RGGRGGG na obeh koncih celice, kar je sčasoma privedlo do nastanka kondenzatov na celičnih polih in v sredini celice. Poleg tega sta se ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry učinkovito kolokalizirala z ReverseCatcher_RGGRGG.

== Povečana produkcija likopena s samosestavljanjem večencimskih kompleksov ==

Za oceno možnosti uporabe sistema ReverseTag/ReverseCatcher/RGGRGGG ''in vivo'' so kot model izbrali biosintezno pot likopena v ''E. coli'' BL21 (DE3). Sinteza likopena v mikroorganizmih poteka po dveh poteh: po poti MEP (2-C-meti-D-eritritol-4-fosfatni poti) in MVA (mevalonatni poti). V ''E. coli'' je proizvodnja likopena po poti MEP olajšana s prekomernim izražanjem ključnih encimov, kot so kot so geranilgeranil difosfat sintaza (CrtE), fitoen sintaza (CrtB) in fitoen desaturaza (CrtI). Sinteza likopena iz farnezil pirofosfata (FPP) je odvisna od delovanja farnezil difosfat sintaze (IspA), pri čemer FPP nastane iz izopentenil difosfata (IPP) in dimetilalil pirofosfatov (DMAPP). V celičnem kontekstu sta Idi in IspA lokalizirana v citoplazmi, CrtE, CrtB in CrtI pa se nahajajo v membrani. Poleg tega sta v citoplazmi prisotna še dva encima, 1-deoksi-D-ksiluloza-5-fosfat sintaza (Dxs) in 1-deoksi-D-ksiluloza-5-fosfat reduktaza (Dxr). Dxs katalizira pretvorbo piruvata in gliceraldehida-3-fosfata (G3P) v 1-deoksi-Dksiluloza-5-fosfat (DXP), ki se nato s katalitičnim delovanjem Dxr pretvori v MEP.

V študiji so načrtovali prekomerno izražanje CrtE, CrtB, CrtI, Dxr, Dxs in Idi za proizvodnjo likopena. Da bi ocenili, ali lahko združitev v večencimski kompleks, ki ga posreduje sistem ReverseTag/ReverseCatcher/RGGRGG, izboljša proizvodnjo likopena, so ustvarili dva seva ''E. coli'' BL21 (DE3): W3 in R3. Sev W3 nosi plazmide pET-22b-CrtI-CrtE-CrtB in pCDF-Duet-1-ReverseCatcher_RGGRGG-Dxr-Dxs-Idi, sev R3 pa vsebuje plazmida pET-22b-CrtI-CrtE-CrtB in pCDF-Duet-1-ReverseCatcher_RGGRGG-ReverseTag_Dxr-Reverse-Tag_Dxs-ReverseTag_Idi.

Da bi potrdili nastanek fazno ločenih proteinov med fermentacijo likopena in preverili nadaljnjo sposobnost vezave encimov z oznako ReverseTag na ReverseCatcher_RGGRGG, so ReverseTag_Dxr_GFP, ReverseTag_Dxs_YFP in ReverseTag_Idi_mCherry koizrazili z ReverseCatcher_RGGRG v ''E. coli'' BL21 (DE3). Rezultati analize CLSM so pokazali, da so se ReverseTag_Dxr_GFP, ReverseTag_Dxs_YFP in ReverseTag_Idi_mCherry uspešno vezali na kondenzate ReverseCatcher_RGGRGG s tvorbo estrske vezi med ReverseTag in ReverseCatcher. Na koncu so izvedli fermentacijo likopena v sevih W3 in R3. Po 72 urah fermentacije je sev R3 proizvedel približno 108 mg/L, kar pomeni izjemno 5,4-kratno povečanje v primerjavi s sevom W3 . Opaziti je bilo, da je bil OD600 seva R3 nižji kot pri sevu W3. Da bi zagotovili, da povečana proizvodnja likopena ni posledica povečanega izražanja samih encimov, so znotrajcelične proteine sevov W3 in R3 pregledali z NaDS-PAGE. Analiza je pokazala, da so splošne ravni izražanja proteinov pri W3 in R3 ostale enake.

== Metabolomska analiza sevov W3 in R3 ==

Da bi raziskali vzroke za povečano proizvodnjo likopena, ki jo omogoča sestavljanje večencimskih kompleksov, so opravili metabolomsko analizo sevov W3 in R3. Analiza metabolnih poti v zbirki KEGG je pokazala 20 obogatenih poti, pri čemer je bil največji vpliv na citratni cikel (cikel TCA), metabolno pot piruvata, oksidativno fosforilacijo in številne metabolne poti aminokislin. V celičnih sistemih so izvedli obširno analizo, ki je zajemala cikel TCA, biosintezo likopena, glikolizo, pot pentoza fosfata in oksidativno fosforilacijo. Ugotovili so, da ima več metabolitov na teh poteh povečano izražanje. Analize so pokazale tudi povišane ravni ATP. Te ugotovitve kažejo, da ima ATP ključno vlogo pri povečani proizvodnji likopena, pri čemer regulacija cikla TCA vodi do povišane ravni ATP in posledično do povečanega izkoristka likopena.

= Zaključek =

V študiji so integrirali fazno ločeni protein RGGRGG s sistemom označevanja ReverseTag/ReverseCatcher, da bi raziskali njegov potencial za tvorbo večencimskih kompleksov. Proteini z oznako ReverseTag so se učinkovito sestavili znotraj kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG. V celičnih sistemih so prekomerno izrazili šest encimov, vključenih v biosintezo likopena, in imobilizirali ReverseTag_Dxr, ReverseTag_Dxs ter ReverseTag_Idi s tvorbo estrskih vezi z ReverseCatcher_RGGRGG. To je privedlo do kar 5,4-kratnega povečanja proizvodnje likopena v primerjavi s kontrolnimi skupinami. Opisana strategija sestavljanja predstavlja velik napredek na področju katalize z večencimskimi kompleksi.

= Literatura =

[1] Y. Chen, Y. Shi, M. Li, D. Ming, W. Liu, X. Xu, L. Jiang: Phase Separation-Mediated Multienzyme Assembly In Vivo. ''J. Agric. Food Chem.'' '''2025''', 73, 7867–7876.

S fazno separacijo posredovano sestavljanje večencimskih kompleksov in vivo

2025-05-12T20:14:25Z

Lana Kores:

S fazno separacijo posredovano sestavljanje večencimskih kompleksov in vivo

2025-05-12T20:12:51Z

Lana Kores:

Izhodiščni članek: [https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.biomac.0c00321]

= Uvod =

Nedavni napredki so poudarili ključno vlogo večencimskega sestavljanja v sintezni biologiji. Takšno urejanje običajno vključuje uporabo samosestavljalnih proteinov, ki delujejo kot ogrodja. V nasprotju s konvencionalnimi strategijami, pri katerih imajo večencimski kompleksi določeno stehiometrijo in geometrijo, obetavna alternativa vključuje prostorsko ločitev encimov znotraj brezmembranskih organelov, ki se oblikujejo s pomočjo fazne separacije proteinov tekoče-tekoče (LLPS). Ti fazno ločeni kondenzati zagotavljajo ogrodje za vezavo metabolnih encimov, pri čemer nastajajo večencimski kondenzati tako ''in vivo'' kot ''in vitro''. Domena RGG, ki izhaja iz proteina LAF-1, je bila identificirana kot intrinzična neurejena domena, idealna za oblikovanje brezmembranskih kondenzatov s pomočjo LLPS. Zlasti domena RGGRGG, sestavljena iz dveh domen RGG, izkazuje večjo stabilnost pri povišanih temperaturah, kar bi lahko bilo bolje uporabno pri samosestavljanju v večencimske komplekse.

Poleg samosestavljalnih proteinov je nastanek teh kompleksov odvisen tudi od označevalnih sistemov (oznak in pripadajočih lovilcev), kot so SpyTag/SpyCatcher, SnoopTag/SnoopCatcher in NGTag/NGCatcher. Na podlagi teh sistemov so v študiji Young in sod. uspešno konstruirali domeno C1 proteina Cpe0147 iz ''Clostridium perfringen'' in jo razdelili med C-končno skrajšani protein Cpe0147(439-563) in protein Cpe0147(565-587), ki ''in vitro'' spontano tvorita estrsko vez. V izbranem članku so razvili izboljšan sistem označevanja proteinov, ReverseTag/ReverseCatcher, ki temelji na tvorbi estrske vezi z visoko učinkovitostjo kovalentne vezave. Sistem so nato ''in vivo'' združili s fazno ločenim proteinom RGGRGG. Cilj študije je bil potrditi zmožnost sistema ReverseTag/ReverseCatcher za usmerjanje sestavljanja večencimskih kompleksov. Za testiranje te zmožnosti so si izbrali produkcijo likopena.

= Razvoj in testiranje sistema ReverseTag/ReverseCatcher =

== Računalniška izdelava modela ReverseCatcher_RGGRGG ==

Model RGGRGG je bil sprva zgrajen lokalno z uporabo programa RosettaFold, pri čemer je bil izbran model z najboljšim rezultatom, ki so ga nato optimizirali s simulacijami molekulske dinamike (MD). Za izdelavo modela ReverseCatcher_RGGRGG je bila struktura ReverseCatcher-ja ustvarjena z uporabo programa PyMol na podlagi PDB strukture ponovitve prej omenjenega proteina Cpe0147 (PDB ID: 4ni6). ReverseCatcher in RGGRGG so povezali z (GGGGS)2-linkerjem in nato tudi končni ReverseCatcher_RGGRGG optimizirali s simulacijami MD.

== Sestavljalni mehanizem RGGRGG ==

Za optimizacijo uporabe RGGRGG so po simulacijah MD uporabili še simulacije »coarse-grained« (CG), da ugotovili mehanizem sestavljanja. Za izvedbo 1 μs simulacije CG so uporabili 93 domen RGGRGG. Izračuni topilu dostopne površine (SASA) so nakazali, da je 93 domen RGGRGG agregiralo skupaj. Do 500 ns so se vse domene RGGRGG združile v mrežno strukturo z vidno praznino v središču agregata.

Da bi raziskali interakcije med domenami, so pregledali še več RGGRGG-polimerov. Domene RGGRGG so med seboj povezane preko koncev, pri čemer vsaka veriga medsebojno interagira z drugo in ohranja kohezijo s številnimi vodikovimi vezmi. Drug način interakcij vključuje poravnavo dveh monomerov RGGRGG v obliki »križa« ali »T«. Poleg vodikovih vezi je ključen dejavnik za te interakcije še tvorba solnih mostičkov med Asp (ali Glu) in Arg ostanki, saj zaporedje RGGRGG vsebuje 48 Arg ostankov (15,12 %), 34 Asp ostankov (10,00 %), in 7 Glu ostankov (2,06 %), ki so skoraj enakomerno razporejeni na površini RGGRGG.

== Karakteristike ReverseCatcher_RGGRGG kondenzatov ==

Na N-konec RGGRGG so nato dodali oznako ReverseCatcher, pri čemer je nastala različica ReverseCatcher_RGGRGG. Da bi ocenili, ali je fuzija spremenila lastnosti RGGRGG, so z analizo obnovitve fluorescence po beljenju (FRAP) ocenili pretočnost obeh različic, ki so jih sklopili z GFP (RGGRGG_GFP in ReverseCatcher_RGGRGG_GFP). Po fotobeljenju izbranih regij se je pri obeh različicah do neke pojavila obnovitev fluorescence v 30 s, kar pomeni, da fuzija ne spremeni inherentne 'fluidnosti'.

Pri slikanju kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG, ki so nastali pri pH 7, s TEM, so opazili delce velikosti približno 500 nm, medtem ko RGGRGG v nevtralnih pogojih tvori večje kondenzate s premeri 1-10 μm. Za boljše razumevanje so izvedli simulacije MD na računalniškem modelu. V modelu je bil ReverseCatcher priklopljen na RGGRGG v konfiguraciji v obliki črke T. Na površini RGGRGG je bila razvidna izrazita porazdelitev naboja, medtem ko je imel ReverseCatcher na svoji površini negativen naboj. Negativno nabita območja ReverseCatcher-ja interagirajo s pozitivno nabitimi območji RGGRGG, kar torej spremeni dinamiko med domenami RGGRGG in povzročil manjšo velikost kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG.

Opazovali so tudi vpliv temperature na formacijo kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG in ugotovili, da so ti občutljivi na temperaturo, saj se je velikost kondenzatov pri zvišanju temperature iz 4 na 16 °C velikost zmanjšala iz 513,4 na 283,1 nm, pri temperaturi 37 °C pa se je velikost povečala na 1235,1 nm.

== Potrditev samosestavljanja glede na kondenzate ReverseCatcher-RGGRGG ==

Da bi potrdili sposobnost proteinov z oznako ReverseTag, da se kopičijo v kondenzatih ReverseCatcher_RGGRGG zaradi nastanka estrske vezi, so uporabili sklopitvi ReverseTag z GFP in mCherry (ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry) za ''in vitro'' preverjanje interakcije z ReverseCatcher_RGGRGG. Analiza NaDS-PAGE je potrdila, da sta ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry uspešno tvorila estrske vezi z Reverse-Catcher_RGGRGG. Ko so hkrati inkubirali Reverse-Tag_GFP, ReverseTag_mCherry in ReverseCatcher_RGGRGG, se je intenzivnost fluorescence pri valovni dolžini 510 nm zmanjšala in povečala intenzivnosti fluorescence pri 610 nm v primerjavi s samo mešanico ReverseTag_GFP/ReverseTag_mCherry. To opažanje kaže, da je prostorska razdalja med ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry manjša kot 10 nm. Poleg tega je skeniranje s konfokalnim mikroskopom (CLSM) pokazalo, da sta se ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry sočasno »samosestavila« znotraj kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG, kar zagotavlja neposreden vizualni dokaz za njuno kolokalizacijo.

== ReverseCatcher_RGGRGG omogoča sestavo večencimskih kompleksov ''in vivo'' ==

ReverseCatcher_RGGRGG so prekomerno izražali v ''E. coli'' BL21 (DE3), nato pa so s transmisijskim elektronskim mikroskopom (TEM) potrdili uspešno tvorbo ReverseCatcher_RGGRGG z enakomerno porazdelitvijo na obeh koncih in v sredini celice. Poleg tega so v ''E. coli'' BL21 (DE3) prekomerno koizražali še ReverseCatcher_RGGRGG, ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry. Z metodo CLSM so opazili postopno kopičenje ReverseCatcher_RGGRGGG na obeh koncih celice, kar je sčasoma privedlo do nastanka kondenzatov na celičnih polih in v sredini celice. Poleg tega sta se ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry učinkovito kolokalizirala z ReverseCatcher_RGGRGG.

== Povečana produkcija likopena s samosestavljanjem večencimskih kompleksov ==

Za oceno možnosti uporabe sistema ReverseTag/ReverseCatcher/RGGRGGG ''in vivo'' so kot model izbrali biosintezno pot likopena v ''E. coli'' BL21 (DE3). Sinteza likopena v mikroorganizmih poteka po dveh poteh: po poti MEP (2-C-meti-D-eritritol-4-fosfatni poti) in MVA (mevalonatni poti). V ''E. coli'' je proizvodnja likopena po poti MEP olajšana s prekomernim izražanjem ključnih encimov, kot so kot so geranilgeranil difosfat sintaza (CrtE), fitoen sintaza (CrtB) in fitoen desaturaza (CrtI). Sinteza likopena iz farnezil pirofosfata (FPP) je odvisna od delovanja farnezil difosfat sintaze (IspA), pri čemer FPP nastane iz izopentenil difosfata (IPP) in dimetilalil pirofosfatov (DMAPP). V celičnem kontekstu sta Idi in IspA lokalizirana v citoplazmi, CrtE, CrtB in CrtI pa se nahajajo v membrani. Poleg tega sta v citoplazmi prisotna še dva encima, 1-deoksi-D-ksiluloza-5-fosfat sintaza (Dxs) in 1-deoksi-D-ksiluloza-5-fosfat reduktaza (Dxr). Dxs katalizira pretvorbo piruvata in gliceraldehida-3-fosfata (G3P) v 1-deoksi-Dksiluloza-5-fosfat (DXP), ki se nato s katalitičnim delovanjem Dxr pretvori v MEP.

V študiji so načrtovali prekomerno izražanje CrtE, CrtB, CrtI, Dxr, Dxs in Idi za proizvodnjo likopena. Da bi ocenili, ali lahko združitev v večencimski kompleks, ki ga posreduje sistem ReverseTag/ReverseCatcher/RGGRGG, izboljša proizvodnjo likopena, so ustvarili dva seva ''E. coli'' BL21 (DE3): W3 in R3. Sev W3 nosi plazmide pET-22b-CrtI-CrtE-CrtB in pCDF-Duet-1-ReverseCatcher_RGGRGG-Dxr-Dxs-Idi, sev R3 pa vsebuje plazmida pET-22b-CrtI-CrtE-CrtB in pCDF-Duet-1-ReverseCatcher_RGGRGG-ReverseTag_Dxr-Reverse-Tag_Dxs-ReverseTag_Idi.

Da bi potrdili nastanek fazno ločenih proteinov med fermentacijo likopena in preverili nadaljnjo sposobnost vezave encimov z oznako ReverseTag na ReverseCatcher_RGGRGG, so ReverseTag_Dxr_GFP, ReverseTag_Dxs_YFP in ReverseTag_Idi_mCherry koizrazili z ReverseCatcher_RGGRG v ''E. coli'' BL21 (DE3). Rezultati analize CLSM so pokazali, da so se ReverseTag_Dxr_GFP, ReverseTag_Dxs_YFP in ReverseTag_Idi_mCherry uspešno vezali na kondenzate ReverseCatcher_RGGRGG s tvorbo estrske vezi med ReverseTag in ReverseCatcher. Na koncu so izvedli fermentacijo likopena v sevih W3 in R3. Po 72 urah fermentacije je sev R3 proizvedel približno 108 mg/L, kar pomeni izjemno 5,4-kratno povečanje v primerjavi s sevom W3 . Opaziti je bilo, da je bil OD600 seva R3 nižji kot pri sevu W3. Da bi zagotovili, da povečana proizvodnja likopena ni posledica povečanega izražanja samih encimov, so znotrajcelične proteine sevov W3 in R3 pregledali z NaDS-PAGE. Analiza je pokazala, da so splošne ravni izražanja proteinov pri W3 in R3 ostale enake.

== Metabolomska analiza sevov W3 in R3 ==

Da bi raziskali vzroke za povečano proizvodnjo likopena, ki jo omogoča sestavljanje večencimskih kompleksov, so opravili metabolomsko analizo sevov W3 in R3. Analiza metabolnih poti v zbirki KEGG je pokazala 20 obogatenih poti, pri čemer je bil največji vpliv na citratni cikel (cikel TCA), metabolno pot piruvata, oksidativno fosforilacijo in številne metabolne poti aminokislin. V celičnih sistemih so izvedli obširno analizo, ki je zajemala cikel TCA, biosintezo likopena, glikolizo, pot pentoza fosfata in oksidativno fosforilacijo. Ugotovili so, da ima več metabolitov na teh poteh povečano izražanje. Analize so pokazale tudi povišane ravni ATP. Te ugotovitve kažejo, da ima ATP ključno vlogo pri povečani proizvodnji likopena, pri čemer regulacija cikla TCA vodi do povišane ravni ATP in posledično do povečanega izkoristka likopena.

= Zaključek =

V študiji so integrirali fazno ločeni protein RGGRGG s sistemom označevanja ReverseTag/ReverseCatcher, da bi raziskali njegov potencial za tvorbo večencimskih kompleksov. Proteini z oznako ReverseTag so se učinkovito sestavili znotraj kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG. V celičnih sistemih so prekomerno izrazili šest encimov, vključenih v biosintezo likopena, in imobilizirali ReverseTag_Dxr, ReverseTag_Dxs ter ReverseTag_Idi s tvorbo estrskih vezi z ReverseCatcher_RGGRGG. To je privedlo do kar 5,4-kratnega povečanja proizvodnje likopena v primerjavi s kontrolnimi skupinami. Opisana strategija sestavljanja predstavlja velik napredek na področju katalize z večencimskimi kompleksi.

= Literatura =

[1] Y. Chen, Y. Shi, M. Li, D. Ming, W. Liu, X. Xu, L. Jiang: Phase Separation-Mediated Multienzyme Assembly In Vivo. J. Agric. Food Chem. 2025, 73, 7867–7876.

S fazno separacijo posredovano sestavljanje večencimskih kompleksov in vivo

2025-05-12T20:07:47Z

Lana Kores:

Izhodiščni članek: [https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.biomac.0c00321]

= Uvod =

Nedavni napredki so poudarili ključno vlogo večencimskega sestavljanja v sintezni biologiji. Takšno urejanje običajno vključuje uporabo samosestavljalnih proteinov, ki delujejo kot ogrodja. V nasprotju s konvencionalnimi strategijami, pri katerih imajo večencimski kompleksi določeno stehiometrijo in geometrijo, obetavna alternativa vključuje prostorsko ločitev encimov znotraj brezmembranskih organelov, ki se oblikujejo s pomočjo fazne separacije proteinov tekoče-tekoče (LLPS). Ti fazno ločeni kondenzati zagotavljajo ogrodje za vezavo metabolnih encimov, pri čemer nastajajo večencimski kondenzati tako ''in vivo'' kot in ''vitro''. Domena RGG, ki izhaja iz proteina LAF-1, je bila identificirana kot intrinzična neurejena domena, idealna za oblikovanje brezmembranskih kondenzatov s pomočjo LLPS. Zlasti domena RGGRGG, sestavljena iz dveh domen RGG, izkazuje večjo stabilnost pri povišanih temperaturah, kar bi lahko bilo bolje uporabno pri samosestavljanju v večencimske komplekse.
Poleg samosestavljalnih proteinov je nastanek teh kompleksov odvisen tudi od označevalnih sistemov (oznak in pripadajočih lovilcev), kot so SpyTag/SpyCatcher, SnoopTag/SnoopCatcher in NGTag/NGCatcher. Na podlagi teh sistemov so v študiji Young in sod. uspešno konstruirali domeno C1 proteina Cpe0147 iz Clostridium perfringen in jo razdelili med C-končno skrajšani protein Cpe0147(439-563) in protein Cpe0147(565-587), ki in vitro spontano tvorita estrsko vez. V izbranem članku so razvili izboljšan sistem označevanja proteinov, ReverseTag/ReverseCatcher, ki temelji na tvorbi estrske vezi z visoko učinkovitostjo kovalentne vezave. Sistem so nato in vivo združili s fazno ločenim proteinom RGGRGG. Cilj študije je bil potrditi zmožnost sistema ReverseTag/ReverseCatcher za usmerjanje sestavljanja večencimskih kompleksov. Za testiranje te zmožnosti so si izbrali produkcijo likopena.

= Razvoj in testiranje sistema ReverseTag/ReverseCatcher =

== Računalniška izdelava modela ReverseCatcher_RGGRGG ==

Model RGGRGG je bil sprva zgrajen lokalno z uporabo programa RosettaFold, pri čemer je bil izbran model z najboljšim rezultatom, ki so ga nato optimizirali s simulacijami molekulske dinamike (MD). Za izdelavo modela ReverseCatcher_RGGRGG je bila struktura ReverseCatcher-ja ustvarjena z uporabo programa PyMol na podlagi PDB strukture ponovitve prej omenjenega proteina Cpe0147 (PDB ID: 4ni6). ReverseCatcher in RGGRGG so povezali z (GGGGS)2-linkerjem in nato tudi končni ReverseCatcher_RGGRGG optimizirali s simulacijami MD.

== Sestavljalni mehanizem RGGRGG ==

Za optimizacijo uporabe RGGRGG so po simulacijah MD uporabili še simulacije »coarse-grained« (CG), da ugotovili mehanizem sestavljanja. Za izvedbo 1 μs simulacije CG so uporabili 93 domen RGGRGG. Izračuni topilu dostopne površine (SASA) so nakazali, da je 93 domen RGGRGG agregiralo skupaj. Do 500 ns so se vse domene RGGRGG združile v mrežno strukturo z vidno praznino v središču agregata.
Da bi raziskali interakcije med domenami, so pregledali še več RGGRGG-polimerov. Domene RGGRGG so med seboj povezane preko koncev, pri čemer vsaka veriga medsebojno interagira z drugo in ohranja kohezijo s številnimi vodikovimi vezmi. Drug način interakcij vključuje poravnavo dveh monomerov RGGRGG v obliki »križa« ali »T«. Poleg vodikovih vezi je ključen dejavnik za te interakcije še tvorba solnih mostičkov med Asp (ali Glu) in Arg ostanki, saj zaporedje RGGRGG vsebuje 48 Arg ostankov (15,12 %), 34 Asp ostankov (10,00 %), in 7 Glu ostankov (2,06 %), ki so skoraj enakomerno razporejeni na površini RGGRGG.

== Karakteristike ReverseCatcher_RGGRGG kondenzatov ==

Na N-konec RGGRGG so nato dodali oznako ReverseCatcher, pri čemer je nastala različica ReverseCatcher_RGGRGG. Da bi ocenili, ali je fuzija spremenila lastnosti RGGRGG, so z analizo obnovitve fluorescence po beljenju (FRAP) ocenili pretočnost obeh različic, ki so jih sklopili z GFP (RGGRGG_GFP in ReverseCatcher_RGGRGG_GFP). Po fotobeljenju izbranih regij se je pri obeh različicah do neke pojavila obnovitev fluorescence v 30 s, kar pomeni, da fuzija ne spremeni inherentne 'fluidnosti' .
Pri slikanju kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG, ki so nastali pri pH 7, s TEM, so opazili delce velikosti približno 500 nm, medtem ko RGGRGG v nevtralnih pogojih tvori večje kondenzate s premeri 1-10 μm. Za boljše razumevanje so izvedli simulacije MD na računalniškem modelu. V modelu je bil ReverseCatcher priklopljen na RGGRGG v konfiguraciji v obliki črke T. Na površini RGGRGG je bila razvidna izrazita porazdelitev naboja, medtem ko je imel ReverseCatcher na svoji površini negativen naboj. Negativno nabita območja ReverseCatcher-ja interagirajo s pozitivno nabitimi območji RGGRGG, kar torej spremeni dinamiko med domenami RGGRGG in povzročil manjšo velikost kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG.
Opazovali so tudi vpliv temperature na formacijo kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG in ugotovili, da so ti občutljivi na temperaturo, saj se je velikost kondenzatov pri zvišanju temperature iz 4 na 16 °C velikost zmanjšala iz 513,4 na 283,1 nm, pri temperaturi 37 °C pa se je velikost povečala na 1235,1 nm.

== Potrditev samosestavljanja glede na kondenzate ReverseCatcher-RGGRGG ==

Da bi potrdili sposobnost proteinov z oznako ReverseTag, da se kopičijo v kondenzatih ReverseCatcher_RGGRGG zaradi nastanka estrske vezi, so uporabili sklopitvi ReverseTag z GFP in mCherry (ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry) za in vitro preverjanje interakcije z ReverseCatcher_RGGRGG. Analiza NaDS-PAGE je potrdila, da sta ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry uspešno tvorila estrske vezi z Reverse-Catcher_RGGRGG. Ko so hkrati inkubirali Reverse-Tag_GFP, ReverseTag_mCherry in ReverseCatcher_RGGRGG, se je intenzivnost fluorescence pri valovni dolžini 510 nm zmanjšala in povečala intenzivnosti fluorescence pri 610 nm v primerjavi s samo mešanico ReverseTag_GFP/ReverseTag_mCherry. To opažanje kaže, da je prostorska razdalja med ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry manjša kot 10 nm. Poleg tega je skeniranje s konfokalnim mikroskopom (CLSM) pokazalo, da sta se ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry sočasno »samosestavila« znotraj kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG, kar zagotavlja neposreden vizualni dokaz za njuno kolokalizacijo.

== ReverseCatcher_RGGRGG omogoča sestavo večencimskih kompleksov in vivo ==

ReverseCatcher_RGGRGG so prekomerno izražali v E. coli BL21 (DE3), nato pa so s transmisijskim elektronskim mikroskopom (TEM) potrdili uspešno tvorbo ReverseCatcher_RGGRGG z enakomerno porazdelitvijo na obeh koncih in v sredini celice. Poleg tega so v E. coli BL21 (DE3) prekomerno koizražali še ReverseCatcher_RGGRGG, ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry. Z metodo CLSM so opazili postopno kopičenje ReverseCatcher_RGGRGGG na obeh koncih celice, kar je sčasoma privedlo do nastanka kondenzatov na celičnih polih in v sredini celice. Poleg tega sta se ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry učinkovito kolokalizirala z ReverseCatcher_RGGRGG.

== Povečana produkcija likopena s samosestavljanjem večencimskih kompleksov ==

Za oceno možnosti uporabe sistema ReverseTag/ReverseCatcher/RGGRGGG in vivo so kot model izbrali biosintezno pot likopena v E. coli BL21 (DE3). Sinteza likopena v mikroorganizmih poteka po dveh poteh: po poti MEP (2-C-meti-D-eritritol-4-fosfatni poti) in MVA (mevalonatni poti). V E. coli je proizvodnja likopena po poti MEP olajšana s prekomernim izražanjem ključnih encimov, kot so kot so geranilgeranil difosfat sintaza (CrtE), fitoen sintaza (CrtB) in fitoen desaturaza (CrtI). Sinteza likopena iz farnezil pirofosfata (FPP) je odvisna od delovanja farnezil difosfat sintaze (IspA), pri čemer FPP nastane iz izopentenil difosfata (IPP) in dimetilalil pirofosfatov (DMAPP). V celičnem kontekstu sta Idi in IspA lokalizirana v citoplazmi, CrtE, CrtB in CrtI pa se nahajajo v membrani. Poleg tega sta v citoplazmi prisotna še dva encima, 1-deoksi-D-ksiluloza-5-fosfat sintaza (Dxs) in 1-deoksi-D-ksiluloza-5-fosfat reduktaza (Dxr). Dxs katalizira pretvorbo piruvata in gliceraldehida-3-fosfata (G3P) v 1-deoksi-Dksiluloza-5-fosfat (DXP), ki se nato s katalitičnim delovanjem Dxr pretvori v MEP.
V študiji so načrtovali prekomerno izražanje CrtE, CrtB, CrtI, Dxr, Dxs in Idi za proizvodnjo likopena. Da bi ocenili, ali lahko združitev v večencimski kompleks, ki ga posreduje sistem ReverseTag/ReverseCatcher/RGGRGG, izboljša proizvodnjo likopena, so ustvarili dva seva E. coli BL21 (DE3): W3 in R3. Sev W3 nosi plazmide pET-22b-CrtI-CrtE-CrtB in pCDF-Duet-1-ReverseCatcher_RGGRGG-Dxr-Dxs-Idi, sev R3 pa vsebuje plazmida pET-22b-CrtI-CrtE-CrtB in pCDF-Duet-1-ReverseCatcher_RGGRGG-ReverseTag_Dxr-Reverse-Tag_Dxs-ReverseTag_Idi.
Da bi potrdili nastanek fazno ločenih proteinov med fermentacijo likopena in preverili nadaljnjo sposobnost vezave encimov z oznako ReverseTag na ReverseCatcher_RGGRGG, so ReverseTag_Dxr_GFP, ReverseTag_Dxs_YFP in ReverseTag_Idi_mCherry koizrazili z ReverseCatcher_RGGRG v E. coli BL21 (DE3). Rezultati analize CLSM so pokazali, da so se ReverseTag_Dxr_GFP, ReverseTag_Dxs_YFP in ReverseTag_Idi_mCherry uspešno vezali na kondenzate ReverseCatcher_RGGRGG s tvorbo estrske vezi med ReverseTag in ReverseCatcher. Na koncu so izvedli fermentacijo likopena v sevih W3 in R3. Po 72 urah fermentacije je sev R3 proizvedel približno 108 mg/L, kar pomeni izjemno 5,4-kratno povečanje v primerjavi s sevom W3 . Opaziti je bilo, da je bil OD600 seva R3 nižji kot pri sevu W3. Da bi zagotovili, da povečana proizvodnja likopena ni posledica povečanega izražanja samih encimov, so znotrajcelične proteine sevov W3 in R3 pregledali z NaDS-PAGE. Analiza je pokazala, da so splošne ravni izražanja proteinov pri W3 in R3 ostale enake.

== Metabolomska analiza sevov W3 in R3 ==

Da bi raziskali vzroke za povečano proizvodnjo likopena, ki jo omogoča sestavljanje večencimskih kompleksov, so opravili metabolomsko analizo sevov W3 in R3. Analiza metabolnih poti v zbirki KEGG je pokazala 20 obogatenih poti, pri čemer je bil največji vpliv na citratni cikel (cikel TCA), metabolno pot piruvata, oksidativno fosforilacijo in številne metabolne poti aminokislin. V celičnih sistemih so izvedli obširno analizo, ki je zajemala cikel TCA, biosintezo likopena, glikolizo, pot pentoza fosfata in oksidativno fosforilacijo. Ugotovili so, da ima več metabolitov na teh poteh povečano izražanje. Analize so pokazale tudi povišane ravni ATP. Te ugotovitve kažejo, da ima ATP ključno vlogo pri povečani proizvodnji likopena, pri čemer regulacija cikla TCA vodi do povišane ravni ATP in posledično do povečanega izkoristka likopena.

= Zaključek =

V študiji so integrirali fazno ločeni protein RGGRGG s sistemom označevanja ReverseTag/ReverseCatcher, da bi raziskali njegov potencial za tvorbo večencimskih kompleksov. Proteini z oznako ReverseTag so se učinkovito sestavili znotraj kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG. V celičnih sistemih so prekomerno izrazili šest encimov, vključenih v biosintezo likopena, in imobilizirali ReverseTag_Dxr, ReverseTag_Dxs ter ReverseTag_Idi s tvorbo estrskih vezi z ReverseCatcher_RGGRGG. To je privedlo do kar 5,4-kratnega povečanja proizvodnje likopena v primerjavi s kontrolnimi skupinami. Opisana strategija sestavljanja predstavlja velik napredek na področju katalize z večencimskimi kompleksi.

= Literatura =

[1] Y. Chen, Y. Shi, M. Li, D. Ming, W. Liu, X. Xu, L. Jiang: Phase Separation-Mediated Multienzyme Assembly In Vivo. J. Agric. Food Chem. 2025, 73, 7867–7876.

S fazno separacijo posredovano sestavljanje večencimskih kompleksov in vivo

2025-05-12T20:05:54Z

Lana Kores: Created page with "Izhodiščni članek: [https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.biomac.0c00321] = Uvod = Nedavni napredki so poudarili ključno vlogo večencimskega sestavljanja v sintezni biologiji. Takšno urejanje običajno vključuje uporabo samosestavljalnih proteinov, ki delujejo kot ogrodja. V nasprotju s konvencionalnimi strategijami, pri katerih imajo večencimski kompleksi določeno stehiometrijo in geometrijo, obetavna alternativa vključuje prostorsko ločitev encimov znot..."

Izhodiščni članek: [https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.biomac.0c00321]

= Uvod =

Nedavni napredki so poudarili ključno vlogo večencimskega sestavljanja v sintezni biologiji. Takšno urejanje običajno vključuje uporabo samosestavljalnih proteinov, ki delujejo kot ogrodja. V nasprotju s konvencionalnimi strategijami, pri katerih imajo večencimski kompleksi določeno stehiometrijo in geometrijo, obetavna alternativa vključuje prostorsko ločitev encimov znotraj brezmembranskih organelov, ki se oblikujejo s pomočjo fazne separacije proteinov tekoče-tekoče (LLPS). Ti fazno ločeni kondenzati zagotavljajo ogrodje za vezavo metabolnih encimov, pri čemer nastajajo večencimski kondenzati tako in vivo kot in vitro. Domena RGG, ki izhaja iz proteina LAF-1, je bila identificirana kot intrinzična neurejena domena, idealna za oblikovanje brezmembranskih kondenzatov s pomočjo LLPS. Zlasti domena RGGRGG, sestavljena iz dveh domen RGG, izkazuje večjo stabilnost pri povišanih temperaturah, kar bi lahko bilo bolje uporabno pri samosestavljanju v večencimske komplekse.
Poleg samosestavljalnih proteinov je nastanek teh kompleksov odvisen tudi od označevalnih sistemov (oznak in pripadajočih lovilcev), kot so SpyTag/SpyCatcher, SnoopTag/SnoopCatcher in NGTag/NGCatcher. Na podlagi teh sistemov so v študiji Young in sod. uspešno konstruirali domeno C1 proteina Cpe0147 iz Clostridium perfringen in jo razdelili med C-končno skrajšani protein Cpe0147(439-563) in protein Cpe0147(565-587), ki in vitro spontano tvorita estrsko vez. V izbranem članku so razvili izboljšan sistem označevanja proteinov, ReverseTag/ReverseCatcher, ki temelji na tvorbi estrske vezi z visoko učinkovitostjo kovalentne vezave. Sistem so nato in vivo združili s fazno ločenim proteinom RGGRGG. Cilj študije je bil potrditi zmožnost sistema ReverseTag/ReverseCatcher za usmerjanje sestavljanja večencimskih kompleksov. Za testiranje te zmožnosti so si izbrali produkcijo likopena.

= Razvoj in testiranje sistema ReverseTag/ReverseCatcher =

== Računalniška izdelava modela ReverseCatcher_RGGRGG ==

Model RGGRGG je bil sprva zgrajen lokalno z uporabo programa RosettaFold, pri čemer je bil izbran model z najboljšim rezultatom, ki so ga nato optimizirali s simulacijami molekulske dinamike (MD). Za izdelavo modela ReverseCatcher_RGGRGG je bila struktura ReverseCatcher-ja ustvarjena z uporabo programa PyMol na podlagi PDB strukture ponovitve prej omenjenega proteina Cpe0147 (PDB ID: 4ni6). ReverseCatcher in RGGRGG so povezali z (GGGGS)2-linkerjem in nato tudi končni ReverseCatcher_RGGRGG optimizirali s simulacijami MD.

== Sestavljalni mehanizem RGGRGG ==

Za optimizacijo uporabe RGGRGG so po simulacijah MD uporabili še simulacije »coarse-grained« (CG), da ugotovili mehanizem sestavljanja. Za izvedbo 1 μs simulacije CG so uporabili 93 domen RGGRGG. Izračuni topilu dostopne površine (SASA) so nakazali, da je 93 domen RGGRGG agregiralo skupaj. Do 500 ns so se vse domene RGGRGG združile v mrežno strukturo z vidno praznino v središču agregata.
Da bi raziskali interakcije med domenami, so pregledali še več RGGRGG-polimerov. Domene RGGRGG so med seboj povezane preko koncev, pri čemer vsaka veriga medsebojno interagira z drugo in ohranja kohezijo s številnimi vodikovimi vezmi. Drug način interakcij vključuje poravnavo dveh monomerov RGGRGG v obliki »križa« ali »T«. Poleg vodikovih vezi je ključen dejavnik za te interakcije še tvorba solnih mostičkov med Asp (ali Glu) in Arg ostanki, saj zaporedje RGGRGG vsebuje 48 Arg ostankov (15,12 %), 34 Asp ostankov (10,00 %), in 7 Glu ostankov (2,06 %), ki so skoraj enakomerno razporejeni na površini RGGRGG.

== Karakteristike ReverseCatcher_RGGRGG kondenzatov ==

Na N-konec RGGRGG so nato dodali oznako ReverseCatcher, pri čemer je nastala različica ReverseCatcher_RGGRGG. Da bi ocenili, ali je fuzija spremenila lastnosti RGGRGG, so z analizo obnovitve fluorescence po beljenju (FRAP) ocenili pretočnost obeh različic, ki so jih sklopili z GFP (RGGRGG_GFP in ReverseCatcher_RGGRGG_GFP). Po fotobeljenju izbranih regij se je pri obeh različicah do neke pojavila obnovitev fluorescence v 30 s, kar pomeni, da fuzija ne spremeni inherentne 'fluidnosti' .
Pri slikanju kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG, ki so nastali pri pH 7, s TEM, so opazili delce velikosti približno 500 nm, medtem ko RGGRGG v nevtralnih pogojih tvori večje kondenzate s premeri 1-10 μm. Za boljše razumevanje so izvedli simulacije MD na računalniškem modelu. V modelu je bil ReverseCatcher priklopljen na RGGRGG v konfiguraciji v obliki črke T. Na površini RGGRGG je bila razvidna izrazita porazdelitev naboja, medtem ko je imel ReverseCatcher na svoji površini negativen naboj. Negativno nabita območja ReverseCatcher-ja interagirajo s pozitivno nabitimi območji RGGRGG, kar torej spremeni dinamiko med domenami RGGRGG in povzročil manjšo velikost kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG.
Opazovali so tudi vpliv temperature na formacijo kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG in ugotovili, da so ti občutljivi na temperaturo, saj se je velikost kondenzatov pri zvišanju temperature iz 4 na 16 °C velikost zmanjšala iz 513,4 na 283,1 nm, pri temperaturi 37 °C pa se je velikost povečala na 1235,1 nm.

== Potrditev samosestavljanja glede na kondenzate ReverseCatcher-RGGRGG ==

Da bi potrdili sposobnost proteinov z oznako ReverseTag, da se kopičijo v kondenzatih ReverseCatcher_RGGRGG zaradi nastanka estrske vezi, so uporabili sklopitvi ReverseTag z GFP in mCherry (ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry) za in vitro preverjanje interakcije z ReverseCatcher_RGGRGG. Analiza NaDS-PAGE je potrdila, da sta ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry uspešno tvorila estrske vezi z Reverse-Catcher_RGGRGG. Ko so hkrati inkubirali Reverse-Tag_GFP, ReverseTag_mCherry in ReverseCatcher_RGGRGG, se je intenzivnost fluorescence pri valovni dolžini 510 nm zmanjšala in povečala intenzivnosti fluorescence pri 610 nm v primerjavi s samo mešanico ReverseTag_GFP/ReverseTag_mCherry. To opažanje kaže, da je prostorska razdalja med ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry manjša kot 10 nm. Poleg tega je skeniranje s konfokalnim mikroskopom (CLSM) pokazalo, da sta se ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry sočasno »samosestavila« znotraj kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG, kar zagotavlja neposreden vizualni dokaz za njuno kolokalizacijo.

== ReverseCatcher_RGGRGG omogoča sestavo večencimskih kompleksov in vivo ==

ReverseCatcher_RGGRGG so prekomerno izražali v E. coli BL21 (DE3), nato pa so s transmisijskim elektronskim mikroskopom (TEM) potrdili uspešno tvorbo ReverseCatcher_RGGRGG z enakomerno porazdelitvijo na obeh koncih in v sredini celice. Poleg tega so v E. coli BL21 (DE3) prekomerno koizražali še ReverseCatcher_RGGRGG, ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry. Z metodo CLSM so opazili postopno kopičenje ReverseCatcher_RGGRGGG na obeh koncih celice, kar je sčasoma privedlo do nastanka kondenzatov na celičnih polih in v sredini celice. Poleg tega sta se ReverseTag_GFP in ReverseTag_mCherry učinkovito kolokalizirala z ReverseCatcher_RGGRGG.

== Povečana produkcija likopena s samosestavljanjem večencimskih kompleksov ==

Za oceno možnosti uporabe sistema ReverseTag/ReverseCatcher/RGGRGGG in vivo so kot model izbrali biosintezno pot likopena v E. coli BL21 (DE3). Sinteza likopena v mikroorganizmih poteka po dveh poteh: po poti MEP (2-C-meti-D-eritritol-4-fosfatni poti) in MVA (mevalonatni poti). V E. coli je proizvodnja likopena po poti MEP olajšana s prekomernim izražanjem ključnih encimov, kot so kot so geranilgeranil difosfat sintaza (CrtE), fitoen sintaza (CrtB) in fitoen desaturaza (CrtI). Sinteza likopena iz farnezil pirofosfata (FPP) je odvisna od delovanja farnezil difosfat sintaze (IspA), pri čemer FPP nastane iz izopentenil difosfata (IPP) in dimetilalil pirofosfatov (DMAPP). V celičnem kontekstu sta Idi in IspA lokalizirana v citoplazmi, CrtE, CrtB in CrtI pa se nahajajo v membrani. Poleg tega sta v citoplazmi prisotna še dva encima, 1-deoksi-D-ksiluloza-5-fosfat sintaza (Dxs) in 1-deoksi-D-ksiluloza-5-fosfat reduktaza (Dxr). Dxs katalizira pretvorbo piruvata in gliceraldehida-3-fosfata (G3P) v 1-deoksi-Dksiluloza-5-fosfat (DXP), ki se nato s katalitičnim delovanjem Dxr pretvori v MEP.
V študiji so načrtovali prekomerno izražanje CrtE, CrtB, CrtI, Dxr, Dxs in Idi za proizvodnjo likopena. Da bi ocenili, ali lahko združitev v večencimski kompleks, ki ga posreduje sistem ReverseTag/ReverseCatcher/RGGRGG, izboljša proizvodnjo likopena, so ustvarili dva seva E. coli BL21 (DE3): W3 in R3. Sev W3 nosi plazmide pET-22b-CrtI-CrtE-CrtB in pCDF-Duet-1-ReverseCatcher_RGGRGG-Dxr-Dxs-Idi, sev R3 pa vsebuje plazmida pET-22b-CrtI-CrtE-CrtB in pCDF-Duet-1-ReverseCatcher_RGGRGG-ReverseTag_Dxr-Reverse-Tag_Dxs-ReverseTag_Idi.
Da bi potrdili nastanek fazno ločenih proteinov med fermentacijo likopena in preverili nadaljnjo sposobnost vezave encimov z oznako ReverseTag na ReverseCatcher_RGGRGG, so ReverseTag_Dxr_GFP, ReverseTag_Dxs_YFP in ReverseTag_Idi_mCherry koizrazili z ReverseCatcher_RGGRG v E. coli BL21 (DE3). Rezultati analize CLSM so pokazali, da so se ReverseTag_Dxr_GFP, ReverseTag_Dxs_YFP in ReverseTag_Idi_mCherry uspešno vezali na kondenzate ReverseCatcher_RGGRGG s tvorbo estrske vezi med ReverseTag in ReverseCatcher. Na koncu so izvedli fermentacijo likopena v sevih W3 in R3. Po 72 urah fermentacije je sev R3 proizvedel približno 108 mg/L, kar pomeni izjemno 5,4-kratno povečanje v primerjavi s sevom W3 . Opaziti je bilo, da je bil OD600 seva R3 nižji kot pri sevu W3. Da bi zagotovili, da povečana proizvodnja likopena ni posledica povečanega izražanja samih encimov, so znotrajcelične proteine sevov W3 in R3 pregledali z NaDS-PAGE. Analiza je pokazala, da so splošne ravni izražanja proteinov pri W3 in R3 ostale enake.

== Metabolomska analiza sevov W3 in R3 ==

Da bi raziskali vzroke za povečano proizvodnjo likopena, ki jo omogoča sestavljanje večencimskih kompleksov, so opravili metabolomsko analizo sevov W3 in R3. Analiza metabolnih poti v zbirki KEGG je pokazala 20 obogatenih poti, pri čemer je bil največji vpliv na citratni cikel (cikel TCA), metabolno pot piruvata, oksidativno fosforilacijo in številne metabolne poti aminokislin. V celičnih sistemih so izvedli obširno analizo, ki je zajemala cikel TCA, biosintezo likopena, glikolizo, pot pentoza fosfata in oksidativno fosforilacijo. Ugotovili so, da ima več metabolitov na teh poteh povečano izražanje. Analize so pokazale tudi povišane ravni ATP. Te ugotovitve kažejo, da ima ATP ključno vlogo pri povečani proizvodnji likopena, pri čemer regulacija cikla TCA vodi do povišane ravni ATP in posledično do povečanega izkoristka likopena.

= Zaključek =

V študiji so integrirali fazno ločeni protein RGGRGG s sistemom označevanja ReverseTag/ReverseCatcher, da bi raziskali njegov potencial za tvorbo večencimskih kompleksov. Proteini z oznako ReverseTag so se učinkovito sestavili znotraj kondenzatov ReverseCatcher_RGGRGG. V celičnih sistemih so prekomerno izrazili šest encimov, vključenih v biosintezo likopena, in imobilizirali ReverseTag_Dxr, ReverseTag_Dxs ter ReverseTag_Idi s tvorbo estrskih vezi z ReverseCatcher_RGGRGG. To je privedlo do kar 5,4-kratnega povečanja proizvodnje likopena v primerjavi s kontrolnimi skupinami. Opisana strategija sestavljanja predstavlja velik napredek na področju katalize z večencimskimi kompleksi.

= Literatura =

[1] Y. Chen, Y. Shi, M. Li, D. Ming, W. Liu, X. Xu, L. Jiang: Phase Separation-Mediated Multienzyme Assembly In Vivo. J. Agric. Food Chem. 2025, 73, 7867–7876.

2025-BNT-seminar

2025-04-02T10:14:14Z

Lana Kores: /* Seznam seminarjev */

= Bionanotehnologija 2025- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
V [https://docs.google.com/spreadsheets/d/1u8aRSyUh7iXiaHHJ-8fWkssvA8c9ajAK5c7oKgUWJOE/edit?usp=sharing tabelo] prosim vpišite temo vašega projekta.

{| class="wikitable"
! datum predstavitve !! predstavlja !! recenzent 1 !! recenzent 2
|-
| 19/03/25 || Kučuk, Suzana || Bunc, Zara || Kastelic, Ana
|-
| 19/03/25 || Trost, Teo || Kores, Lana || Gričar Vintar, Peter
|-
| 19/03/25 || Urh, Tina || Butara, Tinkara || Kopač, Lina
|-
| 19/03/25 || Krampač, Lara || Fink, Luka || Flego, Živa
|-
| 26/03/25 || Kunstelj, Bor || Kučuk, Suzana || Bunc, Zara
|-
| 26/03/25 || Zupanc, Lara || Trost, Teo || Kores, Lana
|-
| 26/03/25 || Poljanšek, Aleš || Weingerl, Zarja || Butara, Tinkara
|-
| 26/03/25 || Doberšek, Zarja || Krampač, Lara || Fink, Luka
|-
| 02/04/25 || Bohte, Janja || Kunstelj, Bor || Kučuk, Suzana
|-
| 02/04/25 || Špehar, Pia || Zupanc, Lara || Trost, Teo
|-
| 02/04/25 || Jošt, Lev || Poljanšek, Aleš || Weingerl, Zarja
|-
| 02/04/25 || Karčovnik, Maša || Doberšek, Zarja || Krampač, Lara
|-
| 09/04/25 || Rus, Metka || Bohte, Janja || Kunstelj, Bor
|-
| 09/04/25 || Stupar, Teo || Špehar, Pia || Zupanc, Lara
|-
| 09/04/25 || Trošt, Pia || Jošt, Lev || Poljanšek, Aleš
|-
| 09/04/25 || Brunec, Bine || Karčovnik, Maša || Doberšek, Zarja
|-
| 16/04/25 || Vujović, Nataša || Rus, Metka || Bohte, Janja
|-
| 16/04/25 || Bohorč, Leila || Stupar, Teo || Špehar, Pia
|-
| 16/04/25 || Kobal, Mia || Trošt, Pia || Jošt, Lev
|-
| 16/04/25 || Mencin, Pia || Brunec, Bine || Karčovnik, Maša
|-
| 23/04/25 || Starc, Gaja || Vujović, Nataša || Rus, Metka
|-
| 23/04/25 || Štromberger, Erik || Bohorč, Leila || Stupar, Teo
|-
| 23/04/25 || Mikoš, Ula || Kobal, Mia || Trošt, Pia
|-
| 23/04/25 || Trajković, Miljan || Mencin, Pia || Brunec, Bine
|-
| 07/05/25 || Lah, Urša || Starc, Gaja || Vujović, Nataša
|-
| 07/05/25 || Frelih, Nika || Štromberger, Erik || Bohorč, Leila
|-
| 07/05/25 || Kastelic, Gal || Mikoš, Ula || Kobal, Mia
|-
| 07/05/25 || Kores, Lana || Gričar Vintar, Peter || Premrl, Petja
|-
| 14/05/25 || Korošec, Tinkara || Lah, Urša || Starc, Gaja
|-
| 14/05/25 || Weingerl, Zarja || Frelih, Nika || Štromberger, Erik
|-
| 14/05/25 || Kastelic, Ana || Kastelic, Gal || Mikoš, Ula
|-
| 14/05/25 || Gričar Vintar, Peter || Premrl, Petja || Trajković, Miljan
|-
| 21/05/25 || Kopač, Lina || Korošec, Tinkara || Lah, Urša
|-
| 21/05/25 || Flego, Živa || Urh, Tina || Frelih, Nika
|-
| 21/05/25 || Bunc, Zara || Kastelic, Ana || Kastelic, Gal
|-
| 21/05/25 || Premrl, Petja || Trajković, Miljan || Mencin, Pia
|-
| 28/05/25 || Butara, Tinkara || Kopač, Lina || Korošec, Tinkara
|-
| 28/05/25 || Fink, Luka || Flego, Živa || Urh, Tina
|-
| 04/06/25 || kratke predstavitve || ||
|}

==Naloga==
Pripravite projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt, ki pa mora biti takšen, da pritegne investitorje. Ker je pomembno tudi kako boste to naredili, morate predstaviti tudi metodo in ne samo ideje. Natančno morate vedeti, kako boste projekt izvedli.

Predlagana struktura teksta:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Elektronska verzija seminarja: avtor, naslov projekta, razširjeni povzetek projekta- 350-400 besed (brez literature) in grafični povzetek (čez približno pol strani). Vse naj bo na maksimalno dveh straneh, a ne sme vsebovati manj kot 350 besed (sem se ne šteje literatura).
* Elektronsko verzijo seminarja oddajte '''dva dni pred predstavitvijo,''' kasneje pa boste vsebino še prekopirali na za to določeno spletno stran, predstavitev pa eno uro pred seminarjem na [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ strežnik].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Predstavitev naj bo dolga 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenta morate predlagati vsaj eno izboljšavo predstavljenega projekta.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem modelu:
* 25_nano_Priimek.doc za seminar, npr. 25_nano_Craik_Venter.doc
* 25_nano_Priimek.ppt za prezentacijo, npr. 25_nano_Craik_Venter.ppt

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Uporabna vrednost transpozonov za gensko zdravljenje

2022-05-02T11:58:20Z

Lana Kores: /* Sleeping Beauty (SB) */

==Uvod==
Transpozonski vektorji so postali priljubljena tema na področju genskega zdravljenja, saj bi potencialno lahko zaobšli ovire, ki jih povzročajo virusni vektorji. Trenutno poznamo tri obetavne transpozonske vektorje: ''Sleeping Beauty'' (''SB''), ''piggyBac'' (''PB'') in ''Tol2''. Poleg genskega zapisa, ki želimo, da se vgradi v tarčno celico, morajo ti vektorji vsebovati še genski zapis za transpozazo. Trenutno so s tem mehanizmom uspešno prenesli gene v T celice, matične celice in mezenhimske celice. Vnos je potekal ''ex vivo'', medtem ko vnos ''in vivo'' predstavlja več težav, zaradi toksičnosti intrinzične DNA in majhne uspešnosti prenosa.

Vnos virusnih vektorjev je uspešen tako po ''ex vivo'' sistemu, kot tudi pri ''in vivo''. Kljub temu, pa lahko povzročijo vnetni oziroma imunski odziv, kar lahko zavira dolgoročno izražanje vnesenih genov. Za posamezne integralne virusne vektorje so zaznali, da lahko sprožijo nastanek levkemije zaradi aktivacije celularne protoonkogeneze.

Da bi preprečili napake, ki se pojavijo pri uporabi virusnih vektorjev se je pričela sinteza ne-virusnih vektorjev. Večinoma gre za plazmide, ki so podvrženi kratkoročnemu delovanju zaradi degradacije in postopnega redčenja vnesene DNA v delečih se tarčnih celicah. To je bil povod za nastanek integracijskega ne-virusnega vektorskega sistema, ki temelji na mobilni DNA ali transpozonih, ki se stabilno integrirajo v kromosome tarčne celice.

==Način vnosa transpozonov==

Vnos transpozonskega vektorja v tarčno celico mora premostiti ovire kot so intrinzične fiziološke in celularne bariere, kot tudi celična membrana in nestabilnost DNA zaradi degradacije.

===''Ex vivo''===

Za in vitro vnos transpozonskih vektorjev v tarčne celice se uporabljajo trije modeli:

DNA-kemijski kompleksi: le-ti se vežejo na površino celice, ki jih endocitira.

Elektroporacija: s pomočjo elektrošokov se v celični membrani ustvarijo reverzibilne pore preko katerih se lahko vstavi vektor v celico. Ta način ni optimalen, saj povzroča visoko smrtnost celic.

Magnetofekcija: s pomočjo magnetnega polja in magnetnih nanodelcev vnesemo gen v tarčno celico.

===''In vivo''===

Najbolj preučena sta vnos v jetra in ledvice. Vektorski kompleksi so bili vneseni s pomočjo hidrodinamičnih injekcij, ki vključujejo hitre vnose velikih volumnov DNA raztopin. Rezultati kažejo zmerno ekspresijo genov, ob odstranitvi transpozaze iz kompleksa pa je ta znatno padla. To dokazuje pomembnost vgrajevanja genov v gostiteljski genom.

Ta način vnosa se izkorišča za zdravljenje hemofilije A in B, srpasto celične anemije, diabetesa tipa 1 in drugih. Kljub temu pa ta metoda predstavlja tudi nevarnost razvoja hepatotoksičnosti.

==''Sleeping Beauty'' (''SB'')==

Transpozon Sleeping Beauty (''SB'') spada v naddružino transpozonov ''Tc1/mariner'', ki so razširjeni v mnogo evkariontskih organizmih. Ti transpozoni so bili na začetku utišani, predvsem zaradi kopičenja inaktivacijskih mutacij v transpozaznih genih. Transpozicijsko aktivnost so pokazali šele z rekonstrukcijo transpozaznega gena z 'reverzno evolucijo' iz drugih ribjih transpozonov.

''SB'' transpozon je bil prvotno velik 1,6 kb in je bil sestavljen iz dveh invertnih ponovitev/direktnih ponovitev (ang. “inverted repeats/direct repeats”, IR/DRs), ki obdajata gen, ki kodira 360-aminokislin dolgo ''SB'' transpozazo (SBazo). V vsakem IR/DR sta prisotni dve vezavni regiji za transpozazo oz. direktni ponovitvi, obe sta pomembni za prepoznavanje transpozaze. Za razliko od desnega IR/DR, levi IR/DR vsebuje 11 bp dolgo sekvenco DNA podobno 3'-polovici DR, specifično HDR motiv, ki zelo poveča transpozicijo.

Za gensko terapijo so prvoten ''SB'' sistem pretvorili v dvokomponenten sistem z ločitvijo dveh IR/DR-jev (ki obdajata željen gen) od SBaznega gena na dva nova plazmida. Ta dva plazmida sta sočasno vnesena v tarčne celice, kjer transpozicija poteče preko mehanizma 'kopiraj-in-prilepi' (tako kot pri nativnem transpozonu). Izražanje SBaze s plazmidi predstavlja tveganje za pretirano integracijo teh plazmidov, ki lahko privede do insercijske onkogeneze. Kot varnejšo alternativo je možno SBazo dostaviti tudi kot mRNA. SBazno mRNA v celico po navadi vstavijo z elektroporacijo. Nedavno so razvili izboljšan pristop prenosa mRNA z retrovirusnimi delci (RMT, ang. “retrovirus particle-mediated mRNA transfer”), ki omogoča prehodno in količinsko nadzorovano izražanje SBaze. Kratkotrajna prisotnost SBaze tako omogoča kratko okno za transpozicijo in hkrati zmanjšuje možnost za pojav insercijske onkogeneze.

Učinkovitost ''SB'' transpozicije so poskušali še izboljšati, med drugim tudi z generacijo hiperaktivnih transpozaznih mutantov. To so naredili tako, da so v originalno SBazo (SB10) vgradili skupne aminokisline transpozaz iz različnih organizmov. Eden izmed mutantov je SB100X, ki se od drugih SBaz razlikuje po tem, da je bil generiran ''in vitro'' z molekularno evolucijo in selekcijo. Pri uporabi tehnike 'marker rescue assay' ima kar 100-krat večjo učinkovitost v mobilizaciji transpozona kot SB10 in ga imajo za najbolj aktivno SBazo do zdaj.

===Hematopoetske matične celice (HSC)===

Zaradi zmožnosti samoobnavljanja in diferenciacije v različne limfo-hematopoetske celice, so hematopoetske matične celice (HSC, ang. “hematopoietic stem cells”) obetavne za gensko terapijo. Sprva so za stabilen vnos genov v HSC uporabili ''SB'' transpozon zgodnje generacije (SB10); učinkovitost je bila relativno majhna in niso našli nobenih dokazov, ki bi podpirali učinkovito hematopoetično rekonstrukcijo in 'multi-lineage marking' ''in vivo''. To jim je kasneje uspelo v transpozonsko modificiranih CD34+ HSC z uporabo SB100X sistema. Pokazali so, da se sposobnost za stabilno dostavo genov v CD34+ HSC lahko raztegne tudi na ''PB'' sistem, vendar je bil SB100X bolj učinkovit. Da pa bi lahko z gotovostjo rekli, kateri sistem je boljši, bi bila potrebna primerjalna študija še z zadnjo generacijo hyPBaz (ang. “hyper-active PBaze”).

==''piggyBac''==

''piggyBac'' (''PB'') transpozon je bil prvič odkrit in izoliran iz Zeljne sovke. Prvo odkriti ''PB'' transpozon ima 2.475 baznih parov in kodira 594 aminokislinskih ostankov dolg transpozazni gen. Tako kot SBaza tudi PBaza vsebuje katalitično domeno z DDE/D motivom, ki interegira z (Mg2+) ioni med transpozicijo. C-končno zaporedje PBaze vsebuje cinkov vezavni prst, ki ima ohranjene cisteinske ostanke. Ta vektor uporabi sistem 'cut and paste' oz. izreži in prilepi, kjer PBaza prepozna dva TIR (končno obrnjeno zaporedje) ''PB'' transpozona. Za razliko od ''SB'', je prednostno genomsko mesto vstavljanja za ''PB'', TTAA zaporedje. Po vezavi PBaze na transpozon, sledi cepitev 3' konca vektorja, kar ima kot posledico prosto OH skupino na 3' koncu. To omogoča povezavo s TTAA zaporedjem na 5' koncu tako, da nastane lasnična zanka. Transpozonski vektor se po tem sprosti iz genoma in se veže na novo zaporedje TTAA na genomu, kjer transpozaza omogoča cepitev vezi in vstavitev vektorja v genom. Ugotovili so tudi, da ima ''SB'' bolj naključno vstavljanje v DNA kot ''PB'', ki favorizira z geni bogate regije in začetnimi mesti transkripcije.

Če želimo popraviti oz. vstaviti gene v DNA potrebujemo mehanizem homologne rekombinacije. Vendar je znano, da ima homologna rekombinacija slabo učinkovitost pri odraslih oz. razvitih celicah, saj te ne vsebujejo mehanizma homologne rekombinacije. Zato je pri odraslih celicah vodilno nehomologno končno združevanje nukleotidov, kar se kaže v pogostih škodljivih mutacijah, ki lahko povzročijo izgubo gena. Pri ''piggyBac'' gre za mehanizem, kjer transpozaza ne potrebuje drugih celičnih kofaktorjev za vstavljanje zaporedja v DNA, hkrati pa ''piggyBac'' lahko nadzorujemo z uravnavanjem količine injiciranega transpozona. Odkrili so, da je ''piggyBac'' trenutno edini transpozonski element, ki po izrezu iz DNA ne pušča odtisa, ki bi lahko dodatno poškodoval zaporedje in povzročil nadaljnje mutacije. Kljub vsem raziskavam, še vedno ostajajo vprašanja, kot na primer: ali je ''piggyBac'' dovolj varnostno preverjen za uporabo v genski terapiji in ali bo tarčnost transpozona povečala selektivnost in učinkovitost genske terapije.

==Klinična uporaba==

Prvi primer ''ex vivo'' genske terapije s pomočjo transpozonov je bilo generiranje CAR T celic (celice T z izraženim kimernim antigenskim receptorjem) za imunoterapijo pri pacientih z B-limfoidnimi malignomi. Cilj terapije je bil zmanjšati stopnjo ponovitve bolezni. Uporabili so ''SB'' transpozonske vektorje. Vsesplošna stopnja preživetja in stopnja nazadovanja bolezni se je povečala. Prav tako ni bilo prisotnega sindroma sproščanja citokinov, poslabšanja bolezni presadka proti gostitelju ali drugih toksičnosti.

Uporaba transpozonov za gensko zdravljenje ni brez svojih težav. Z vnosom genskega zapisa tvegamo povzročitev insercijske mutageneze. Integracija gena lahko potencialno vodi aktivacijo onkogena ali v prekinitev tumor-supresorskega gena, kar močno poveča verjetnost maligne transformacije. Način, kako bi lahko to preprečili je sinteza modificiranih transpozaz, ki bi na N- in C-koncu vsebovale modificirana DNA-vezavna mesta, kar bi omogočilo specifično vezavo.

===Hemofilija B===

Pri tej bolezni gre za zmanjšano količino faktorja IX (FIX), ki sodeluje pri strjevanju krvi, posledično imajo bolniki povečano možnost krvavitev. Na miših, ki imajo okvarjen FIX, so uporabili ''PB'' transpozon, ki je imel v svoj zapis poleg transpozaze vstavljen tudi promotor za FIX, kar je povzročilo povečano izražanje tega faktorja ter na ta način miši ozdravili hemofilije B. Prišli so tudi do sklepa, da bi z dodatnim izboljšanjem ''PB'' lahko omogočili še večjo učinkovitost transpozonov, ki imajo vstavljene daljše gene, kar bi omogočilo tudi zdravljenje hemofilije A, kjer pa gre za zmanjšano izražanje faktorja VIII, ki je tudi pomemben pri strjevanju krvi. V študiji so uporabili več različno spremenjenih transpozonov, s čimer so želeli povečati učinkovitost izražanja gena ter zmanjšati terapevtski odmerek za miši. Ugotovili so, da aktivnost in stabilnost antigena FIX traja več kot 12 mesecev, kar kaže na učinkovito metodo zdravljenja, brez večjih posledic na samo telo. Uporabo transpozonov so tudi analizirali v miših nagnjenih k razvoju hepatičnega karcinoma, vendar niso opazili znakov, ki bi nakazovali na onkogenost ''PB'' transpozicije.

==Literatura:==

1. J. Tipanee, T. VandenDriessche, and M. K. Chuah, “Transposons: Moving Forward from Preclinical Studies to Clinical Trials,” ''Human Gene Therapy'', vol. 28, no. 11, pp. 1087–1104, Nov. 2017, doi: 10.1089/HUM.2017.128.

2. M. di Matteo et al., “Hyperactive PiggyBac transposons for sustained and robust liver-targeted gene therapy,” ''Molecular Therapy'', vol. 22, no. 9, pp. 1614–1624, 2014, doi: 10.1038/MT.2014.131.

3. M. Patel and S. Yang, “Advances in Reprogramming Somatic Cells to Induced Pluripotent Stem Cells,” ''Stem Cell Reviews and Reports'', vol. 6, no. 3, pp. 367–380, 2010, doi: 10.1007/S12015-010-9123-8.

4. L. E. Woodard and M. H. Wilson, “piggyBac-ing models and new therapeutic strategies,” ''Trends in Biotechnology'', vol. 33, no. 9, pp. 525–533, Sep. 2015, doi: 10.1016/J.TIBTECH.2015.06.009.

5. J. Tipanee, Y. C. Chai, T. vanden Driessche, and M. K. Chuah, “Preclinical and clinical advances in transposon-based gene therapy,” ''Biosci Rep'', vol. 37, no. 6, Dec. 2017, doi: 10.1042/BSR20160614.

Uporabna vrednost transpozonov za gensko zdravljenje

2022-05-01T20:07:07Z

Lana Kores: /* Sleeping Beauty (SB) */

==Uvod==
Transpozonski vektorji so postali priljubljena tema na področju genskega zdravljenja, saj bi potencialno lahko zaobšli ovire, ki jih povzročajo virusni vektorji. Trenutno poznamo tri obetavne transpozonske vektorje: ''Sleeping Beauty'' (''SB''), ''piggyBac'' (''PB'') in ''Tol2''. Poleg genskega zapisa, ki želimo, da se vgradi v tarčno celico, morajo ti vektorji vsebovati še genski zapis za transpozazo. Trenutno so s tem mehanizmom uspešno prenesli gene v T celice, matične celice in mezenhimske celice. Vnos je potekal ''ex vivo'', medtem ko vnos ''in vivo'' predstavlja več težav, zaradi toksičnosti intrinzične DNA in majhne uspešnosti prenosa.

Vnos virusnih vektorjev je uspešen tako po ''ex vivo'' sistemu, kot tudi pri ''in vivo''. Kljub temu, pa lahko povzročijo vnetni oziroma imunski odziv, kar lahko zavira dolgoročno izražanje vnesenih genov. Za posamezne integralne virusne vektorje so zaznali, da lahko sprožijo nastanek levkemije zaradi aktivacije celularne protoonkogeneze.

Da bi preprečili napake, ki se pojavijo pri uporabi virusnih vektorjev se je pričela sinteza ne-virusnih vektorjev. Večinoma gre za plazmide, ki so podvrženi kratkoročnemu delovanju zaradi degradacije in postopnega redčenja vnesene DNA v delečih se tarčnih celicah. To je bil povod za nastanek integracijskega ne-virusnega vektorskega sistema, ki temelji na mobilni DNA ali transpozonih, ki se stabilno integrirajo v kromosome tarčne celice.

==Način vnosa transpozonov==

Vnos transpozonskega vektorja v tarčno celico mora premostiti ovire kot so intrinzične fiziološke in celularne bariere, kot tudi celična membrana in nestabilnost DNA zaradi degradacije.

===''Ex vivo''===

Za in vitro vnos transpozonskih vektorjev v tarčne celice se uporabljajo trije modeli:

DNA-kemijski kompleksi: le-ti se vežejo na površino celice, ki jih endocitira.

Elektroporacija: s pomočjo elektrošokov se v celični membrani ustvarijo reverzibilne pore preko katerih se lahko vstavi vektor v celico. Ta način ni optimalen, saj povzroča visoko smrtnost celic.

Magnetofekcija: s pomočjo magnetnega polja in magnetnih nanodelcev vnesemo gen v tarčno celico.

===''In vivo''===

Najbolj preučena sta vnos v jetra in ledvice. Vektorski kompleksi so bili vneseni s pomočjo hidrodinamičnih injekcij, ki vključujejo hitre vnose velikih volumnov DNA raztopin. Rezultati kažejo zmerno ekspresijo genov, ob odstranitvi transpozaze iz kompleksa pa je ta znatno padla. To dokazuje pomembnost vgrajevanja genov v gostiteljski genom.

Ta način vnosa se izkorišča za zdravljenje hemofilije A in B, srpasto celične anemije, diabetesa tipa 1 in drugih. Kljub temu pa ta metoda predstavlja tudi nevarnost razvoja hepatotoksičnosti.

==''Sleeping Beauty'' (''SB'')==

Transpozon Sleeping Beauty (''SB'') spada v naddružino transpozonov ''Tc1/mariner'', ki so razširjeni v mnogo evkariontskih organizmih. Ti transpozoni so bili na začetku utišani, predvsem zaradi kopičenja inaktivacijskih mutacij v transpozaznih genih. Transpozicijsko aktivnost so pokazali šele z rekonstrukcijo transpozaznega gena z 'reverzno evolucijo' iz drugih ribjih transpozonov.

''SB'' transpozon je bil prvotno velik 1,6 kb in je bil sestavljen iz dveh invertnih ponovitev/direktnih ponovitev (ang. “inverted repeats/direct repeats”, IR/DRs), ki obdajata gen, ki kodira 360-aminokislin dolgo ''SB'' transpozazo (SBazo). V vsakem IR/DR sta prisotni dve vezavni regiji za transpozazo oz. direktni ponovitvi, obe sta pomembni za prepoznavanje transpozaze. Za razliko od desnega IR/DR, levi IR/DR vsebuje 11 bp dolgo sekvenco DNA podobno 3'-polovici DR, specifično HDR motiv, ki zelo poveča transpozicijo.

Za gensko terapijo so prvoten ''SB'' sistem pretvorili v dvokomponenten sistem z ločitvijo dveh IR/DR-jev (ki obdajata željen gen) od SBaznega gena na dva nova plazmida. Ta dva plazmida sta sočasno vnesena v tarčne celice, kjer transpozicija poteče preko mehanizma 'kopiraj-in-prilepi' (tako kot pri nativnem transpozonu). Izražanje SBaze s plazmidi predstavlja tveganje za pretirano integracijo teh plazmidov, ki lahko privede do insercijske onkogeneze. Kot varnejšo alternativo je možno SBazo dostaviti tudi kot mRNA. SBazno mRNA v celico po navadi vstavijo z elektroporacijo. Nedavno so razvili izboljšan pristop prenosa mRNA z retrovirusnimi delci (RMT), ki omogoča prehodno in količinsko nadzorovano izražanje SBaze. Kratkotrajna prisotnost SBaze tako omogoča kratko okno za transpozicijo in hkrati zmanjšuje možnost za pojav insercijske onkogeneze.

Učinkovitost ''SB'' transpozicije so poskušali še izboljšati, med drugim tudi z generacijo hiperaktivnih transpozaznih mutantov. To so naredili tako, da so v originalno SBazo (SB10) vgradili skupne aminokisline transpozaz iz različnih organizmov. Eden izmed mutantov je SB100X, ki se od drugih SBaz razlikuje po tem, da je bil generiran ''in vitro'' z molekularno evolucijo in selekcijo. Pri uporabi tehnike 'marker rescue assay' ima kar 100-krat večjo učinkovitost v mobilizaciji transpozona kot SB10 in ga imajo za najbolj aktivno SBazo do zdaj.

===Hematopoetske matične celice (HSC)===

Zaradi zmožnosti samoobnavljanja in diferenciacije v različne limfo-hematopoetske celice, so hematopoetske matične celice (HSC, ang. “hematopoietic stem cells”) obetavne za gensko terapijo. Sprva so za stabilen vnos genov v HSC uporabili ''SB'' transpozon zgodnje generacije (SB10); učinkovitost je bila relativno majhna in niso našli nobenih dokazov, ki bi podpirali učinkovito hematopoetično rekonstrukcijo in 'multi-lineage marking' ''in vivo''. To jim je kasneje uspelo v transpozonsko modificiranih CD34+ HSC z uporabo SB100X sistema. Pokazali so, da se sposobnost za stabilno dostavo genov v CD34+ HSC lahko raztegne tudi na ''PB'' sistem, vendar je bil SB100X bolj učinkovit. Da pa bi lahko z gotovostjo rekli, kateri sistem je boljši, bi bila potrebna primerjalna študija še z zadnjo generacijo hyPBaz (ang. “hyper-active PBaze”).

==''piggyBac''==

''piggyBac'' (''PB'') transpozon je bil prvič odkrit in izoliran iz Zeljne sovke. Prvo odkriti ''PB'' transpozon ima 2.475 baznih parov in kodira 594 aminokislinskih ostankov dolg transpozazni gen. Tako kot SBaza tudi PBaza vsebuje katalitično domeno z DDE/D motivom, ki interegira z (Mg2+) ioni med transpozicijo. C-končno zaporedje PBaze vsebuje cinkov vezavni prst, ki ima ohranjene cisteinske ostanke. Ta vektor uporabi sistem 'cut and paste' oz. izreži in prilepi, kjer PBaza prepozna dva TIR (končno obrnjeno zaporedje) ''PB'' transpozona. Za razliko od ''SB'', je prednostno genomsko mesto vstavljanja za ''PB'', TTAA zaporedje. Po vezavi PBaze na transpozon, sledi cepitev 3' konca DNA, kar ima kot posledico prosto OH skupino na 3' koncu. To omogoča povezavo s TTAA zaporedjem na 5' koncu tako, da nastane lasnična zanka. Transpozonski vektor se po tem sprosti iz genoma in se veže na novo zaporedje TTAA na genomu, kjer transpozaza omogoča cepitev vezi in vstavitev vektorja v genom. Ugotovili so tudi, da ima ''SB'' bolj naključno vstavljanje v DNA kot ''PB'', ki favorizira z geni bogate regije in začetnimi mesti transkripcije.

Če želimo popraviti oz. vstaviti gene v DNA potrebujemo mehanizem homologne rekombinacije. Vendar je znano, da ima homologna rekombinacija slabo učinkovitost pri odraslih oz. razvitih celicah, saj te ne vsebujejo mehanizma homologne rekombinacije. Zato je pri odraslih celicah vodilno nehomologno končno združevanje nukleotidov, kar se kaže v pogostih škodljivih mutacijah, ki lahko povzročijo izgubo gena. Pri ''piggyBac'' gre za mehanizem, kjer transpozaza ne potrebuje drugih celičnih kofaktorjev za vstavljanje zaporedja v DNA, hkrati pa ''piggyBac'' lahko nadzorujemo z uravnavanjem količine injiciranega transpozona. Odkrili so, da je ''piggyBac'' trenutno edini transpozonski element, ki po izrezu iz DNA ne pušča odtisa, ki bi lahko dodatno poškodoval zaporedje in povzročil nadaljnje mutacije. Kljub vsem raziskavam, še vedno ostajajo vprašanja, kot na primer: ali je ''piggyBac'' dovolj varnostno preverjen za uporabo v genski terapiji in ali bo tarčnost transpozona povečala selektivnost in učinkovitost genske terapije.

==Klinična uporaba==

Prvi primer ''ex vivo'' genske terapije s pomočjo transpozonov je bilo generiranje CAR T celic (celice T z izraženim kimernim antigenskim receptorjem) za imunoterapijo pri pacientih z B-limfoidnimi malignomi. Cilj terapije je bil zmanjšati stopnjo ponovitve bolezni. Uporabili so ''SB'' transpozonske vektorje. Vsesplošna stopnja preživetja in stopnja nazadovanja bolezni se je povečala. Prav tako ni bilo prisotnega sindroma sproščanja citokinov, poslabšanja bolezni presadka proti gostitelju ali drugih toksičnosti.

Uporaba transpozonov za gensko zdravljenje ni brez svojih težav. Z vnosom genskega zapisa tvegamo povzročitev insercijske mutageneze. Integracija gena lahko potencialno vodi aktivacijo onkogena ali v prekinitev tumor-supresorskega gena, kar močno poveča verjetnost maligne transformacije. Način, kako bi lahko to preprečili je sinteza modificiranih transpozaz, ki bi na N- in C-koncu vsebovale modificirana DNA-vezavna mesta, kar bi omogočilo specifično vezavo.

===Hemofilija B===

Pri tej bolezni gre za zmanjšano količino faktorja IX (FIX), ki sodeluje pri strjevanju krvi, posledično imajo bolniki povečano možnost krvavitev. Na miših, ki imajo okvarjen FIX, so uporabili ''PB'' transpozon, ki je imel v svoj zapis poleg transpozaze vstavljen tudi promotor za FIX, kar je povzročilo povečano izražanje tega faktorja ter na ta način miši ozdravili hemofilije B. Prišli so tudi do sklepa, da bi z dodatnim izboljšanjem ''PB'' lahko omogočili še večjo učinkovitost transpozonov, ki imajo vstavljene daljše gene, kar bi omogočilo tudi zdravljenje hemofilije A, kjer pa gre za zmanjšano izražanje faktorja VIII, ki je tudi pomemben pri strjevanju krvi. V študiji so uporabili več različno spremenjenih transpozonov, s čimer so želeli povečati učinkovitost izražanja gena ter zmanjšati terapevtski odmerek za miši. Ugotovili so, da aktivnost in stabilnost antigena FIX traja več kot 12 mesecev, kar kaže na učinkovito metodo zdravljenja, brez večjih posledic na samo telo. Uporabo transpozonov so tudi analizirali v miših nagnjenih k razvoju hepatičnega karcinoma, vendar niso opazili znakov, ki bi nakazovali na onkogenost ''PB'' transpozicije.

==Literatura:==

1. J. Tipanee, T. VandenDriessche, and M. K. Chuah, “Transposons: Moving Forward from Preclinical Studies to Clinical Trials,” ''Human Gene Therapy'', vol. 28, no. 11, pp. 1087–1104, Nov. 2017, doi: 10.1089/HUM.2017.128.

2. M. di Matteo et al., “Hyperactive PiggyBac transposons for sustained and robust liver-targeted gene therapy,” ''Molecular Therapy'', vol. 22, no. 9, pp. 1614–1624, 2014, doi: 10.1038/MT.2014.131.

3. M. Patel and S. Yang, “Advances in Reprogramming Somatic Cells to Induced Pluripotent Stem Cells,” ''Stem Cell Reviews and Reports'', vol. 6, no. 3, pp. 367–380, 2010, doi: 10.1007/S12015-010-9123-8.

4. L. E. Woodard and M. H. Wilson, “piggyBac-ing models and new therapeutic strategies,” ''Trends in Biotechnology'', vol. 33, no. 9, pp. 525–533, Sep. 2015, doi: 10.1016/J.TIBTECH.2015.06.009.

5. J. Tipanee, Y. C. Chai, T. vanden Driessche, and M. K. Chuah, “Preclinical and clinical advances in transposon-based gene therapy,” ''Biosci Rep'', vol. 37, no. 6, Dec. 2017, doi: 10.1042/BSR20160614.

BIO2 Povzetki seminarjev 2021

2021-12-03T23:54:42Z

Lana Kores: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 =

==Klara Ažbe - Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni==

Mitohondrij je celični organel, ki pomembno prispeva k delovanju celice. Njegova glavna naloga je proizvodnja energije, poleg tega pa ne smemo zanemariti vloge stranskih produktov, ki ob proizvodnji energije nastanejo. Pri pridobivanje energije ima pomembno vlogo Krebsov cikel, v katerem nastane kar nekaj metabolitov. Njihova pomembnost je bila prvotno prepoznana pri sintezi makromolekul (nukleotidov, proteinov, lipidov), kasneje pa se je izkazalo, da so tudi zelo pomembne signalne molekule, ki nadzorujejo modifikacije kromatina, hipoksični odziv, metilacije DNA in imunski odziv. Količina posameznega intermediata je v celici natančno regulirana, vendar pa se lahko zgodi, da pride do določene mutacije, na primer mutacije encima za razgradnjo metabolita, posledično pa se ta metabolit začne kopičiti v celici. To lahko privede do sprememb v fiziologiji celice in do različnih bolezni, kakšne bodo te spremembe in bolezni pa je odvisno od vrste metabolita. Med bolj vplivne metabolite spadajo acetil-CoA, α-ketoglutarat, sukcinat in fumarat, pomemben je tudi 2-hidroksiglutarat, ki sicer ni intermediat cikla TCA, vendar pa je povezan s ciklom tako, da se sintetizira iz α-ketoglutarata. Ugotovitve, kako povečane količine metabolitov vplivajo na celico in posledično na organizem ter bolezni, so pomembne predvsem za zdravljenje bolezni, zato se za prihodnost pričakuje, da bo še večja količina znanja na tem področju prenesena v klinično uporabo.

==Pia Mencin - Akonitaza in njena vloga v celici==

Načeloma pripisujemo določenemu proteinu eno funkcijo, poznamo pa tudi proteine, ki imajo dve popolnoma različni nalogi v celici. To so tako imenovani »moonlighting proteins« oziroma večnamenski proteini. Tak večnamenski protein je tudi citosolna akonitaza (cAcn). Ko je nanj vezana prostetična skupina: Fe-S kletka, deluje kot katalizator pretvorbe citrata v izocitrat. Ob razdružitvi Fe-S kletke deluje kot IRP1 (odzivni protein za železo). Ta ima zmožnost vezave na mRNA proteinov, ki sodelujejo pri metabolizmu železa, ter tako zagotavlja homeostazo železa v celici. Ob razdružitvi kletke cAcn in nastanku apoencima znanega kot IRP1 pride do konformacijskih sprememb v proteinu pri katerih nastane mesto za vezavo na IRE (odzivni element za železo), to je reža, ki na novo nastane med domenama 3 in 4 cAcn.
Poleg citosolne poznamo tudi mitohondrijsko akonitazo (mAcn), ki je njena izooblika. Sodeluje v TCA ciklu, in sicer katalizira pretvorbo citrata v izocitrat, ter ščiti mtDNA pred oksidativnimi poškodbami.
Proteina sta tarča ROS, ti ju poškodujejo (oksidirajo) in inaktivirajo. mAcn ob inaktivaciji z ROS posredno inhibira nastanek ROS v mitohondriju in tako deluje kot regulator oksidativnega stresa. Za preprečevanje kopičenja oksidirane mAcn v mitohondriju poskrbi Lon proteaza.
Izocima mAcn ter cAcn sta še en izmed mnogih dokazov kako natančno nadzorovano in prepleteno je delovanje procesov v celici.

==Marko Kovačić - Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo==

Citokini so proteini z majhno molekulsko maso (približno 5-25 kDa), ki so pomembni v celičnem signaliziranju. Delujejo tako, da se vežejo na specifične membranske receptorje in s tem regulirajo transkripcijo genov ali njihovih transkripcijskih faktorjev. Tako sprožijo imunski odziv na vnetje, infekcijo ali na druga stanja. S svojimi signalnimi mehanizmi kontrolirajo rast in aktivnost drugih celic imunskega sistema ter krvnih celic. Interlevkini so skupina citokinov, ki imajo različne funkcije, predvsem so pomembni pri komunikaciji med celicami imunskega sistema, pri vnetnih in imunomodulatornih procesih. Citokini IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 so zelo pomembni člani družine interlevkinov interlevkin-1 (IL-1). Številne raziskave so pokazale, da je ta poddružina interlevkinov pomembna pri regulaciji glikolize, tj. poti, ki je pomembna za pridobivanje energije v obliki ATP. Glikolizo lahko regulirajo na nivoju vnosa glukoze v celice ali pa na nivoju reguliranja glikolitičnih encimov, ker se njihove signalne poti prepletajo s signalnimi potmi, ki so ključne pri regulaciji glikolize. Disregulacija glikolize lahko vodi do številnih bolezni (rak, diabetes tipa 2, reumatoidni artritis, osteoartritis, astma), poddružina IL-1 pa z regulacijo glikolize lahko vpliva na potek le-teh. Vpliv na delovanje citokinov IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 tako daje številne možnosti pri zdravljenju z glikolizo povezanih bolezni in prav to je predmet številnih raziskav.

==Janja Bohte - Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu==

Rak jeter je šesta najpogostejša oblika raka na svetu. Kar 90% primarnih rakov jeter predstavlja hepatocelularni karcinom (HCC). Za zdravljenje te bolezni se med drugim uporabljalo zdravila za zaviranje specifičnih signalnih poti, ki so odgovorne za rast tumorja. Tako zdravilo je sorafenib, zaviralec tirozin kinaze, na katerega organizem zaradi povečane aerobne glikolize v nekem časovnem obdobju razvije odpornost. Aerobna glikoliza oziroma Warburgov učinek je pojav, ko tumorske celice pretvarjajo glukozo v laktat kljub zadostni količini kisika. Prehod z metabolične poti oksidativne fosforilacije na pot glikolize pri HCC spodbuja celično proliferacijo ter ponuja ugodno mikrookolje za napredovanje tumorja. Odgovorna je za regulacijo invazije, metastaze, angiogeneze in odpornosti na zdravila pri HCC. Mehanizem Warburgovega učinka je kompleksen, pomembno vlogo pa imajo trije encimi, ki sodelujejo v sami presnovi glukoze: heksokinaza 2 (HK2), fosfofruktokinaza 1 (PFK1) in piruvat kinaza tipa M2 (PKM2). Ti so regulirani na več načinov in s številnimi transkripcijskimi faktorji ter metaboličnimi potmi, kot so AMPK, PI3K/Akt metabolična pot, HIF-1α, c-Myc ter nekodirajoče RNA. Zaradi pomembne vloge glikolize pri napredovanju tumorja, je usmerjanje na glavne dejavnike na tej poti, kot je inhibicija HK2, PFK ali PKM2, ključnega pomena za razvoj novih terapevtskih pristopov za zdravljenje HCC.

==Urša Štefan - Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji==

Pojav dvovijačne DNA v citosolu je v celici največkrat pokazatelj celične abnormalnosti – virusne okužbe, poškodbe dednega materiala, oksidativnega stresa ali rakave transformacije. Celice so zato razvile načine zaznavanja prisotnosti DNA v citosolu. Eden izmed takšnih je signalna pot STING. Protein ciklična GMP-AMP sintetaza po vezavi z DNA sintetizira cGAMP, ki aktivira protein STING, vezan v membrani endoplazmatskega retikuluma. Ta se transportira do Golgijevega aparata, kjer mu vezava kinaze TBK1 omogoča aktivacijo transkripcijskih faktorjev IRF3 in NF-κB za citokine. Poleg odziva na citosolno DNA protein STING sodeluje tudi v regulaciji celičnega metabolizma, celičnega cikla, pri indukciji avtofagije, regulaciji ravni kalcija in kot senzor poškodb DNA. Zaradi svojega velikega obsega delovanja je signalna pot STING tarča razvoja številnih zdravil, ki pa je do zdaj bil le delno uspešen. Članek opiše signalno pot STING, njene funkcije v celici in na kratko povzame vlogo signalne poti pri zdravljenju rakavih obolenj.

==Hana Glavnik - S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida==

S-glutationilacija proteinov ima v celici pomembno vlogo. Ob zvišanju koncentracije reaktivnih kisikovih spojin (ROS), se v celici vzpostavi stanje oksidativnega stresa. Ker so za celico te spojine toksične, je razvila mehanizme, ki ji pomagajo uravnavati njihovo koncentracijo in zaščitijo ostale spojine v celici pred ireverzibilno oksidacijo. Najbolj pomembna spojina med ROS je vodikov peroksid, ki ima poleg toksičnih vplivov tudi lastnosti sekundarnega sporočevalca. Ob nastopu oksidativnega stresa v celici in povišane koncentracije vodikovega peroksida, zaznata signale encima GRX1 in GRX2, ki glutationilirata proteine z vezavo glutationa (GSH) na tiolne skupine cisteinov (-SH) in jih tako zaščitita pred poškodbami. Hkrati se s potekom S-glutationilacije aktivirajo tiste metabolične poti, pri katerih nastajajo antioksidanti, največkrat NADPH, ki pomagajo razgraditi vodikov peroksid in ostale ROS spojine. Tiste poti, pri katerih nastajajo ROS spojine so inhibirane s strani S-glutationilacije, dokler ne pride do signala, ki ga sprejmeta GRX1/2. To sproži njune deglutationilacijske aktivnosti in z deglutationilacijo encimov se stanje v celici se normalizira in metabolične poti lahko potekajo nemoteno.

==Tinkara Butara - Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih==
Kemotaksija je oblika gibanja, kjer se organizem giba k ugodnemu kemijskemu gradientu ali stran od toksičnega oziroma neugodnega. Oblika gibanja je značilna za premikajoče se bakterije in arheje. Kemotaksija igra pomembno vlogo pri iskanju hrane, oblikovanju biofilma in tudi pri patogenezi. Takšno gibanje, s prepoznavanjem različnih kemijskih zvrsti, nadzorujejo kemoreceptorji. To so transmembranski proteini, ki vežejo snovi iz okolice in tako sprožijo nadaljnjo signalizacijo znotraj celice, ta pa vodi do spremembe v rotaciji bička. Vezava ugodne signalne molekule vodi do konformacijskih sprememb v kemoreceptorju, ki preprečijo avtofosforilacijo kinaze CheA, ki omogoča fosforilacijo proteina CheY. Fosforiliran CheY se namreč veže na motor bička in tako spremeni njegovo rotacijo iz nasprotne smeri urinega kazalca v smer urinega kazalca. Ko biček rotira v smeri urinega kazalca, to spodbudi naključno gibanje v prostoru, ki na novo orientira bakterijsko celico. Če biček rotira v nasprotni smeri urinega kazalca, pa se celica giba naravnost proti ugodnemu kemijskemu gradientu. Prilagoditev na signal nadzorujejo regulatorni proteini (CheR, CheB, za zaključek signala pa je pomemben protein CheZ, ki hidrolizira CheY-P. Kemoreceptorji se nahajajo na polih bakterijske celice in se združujejo v skupke, kar predstavlja dodatno možnost prilagoditve na kemijski signal.

==David Valte - Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov==

Jedrni hormonski receptorji (NHR) so poleg g-proteinov, receptorjev z encimsko aktivnostjo in ionskih kanalčkov le še eden od načinov biosignalizacije, ki pa se po načinu delovanja od drugih precej razlikuje. Jedrni hormonski receptorji neposredno vplivajo na transkripcijo in tako posledično tudi na izražanje genov. Z vezavo ligandov, kot so na primer vitamin d, retinoidni hormoni, tiroidni hormoni in steroidi, na receptor, pride na hormonskih receptorjih do konformacijskih sprememb. Spremembe v konformaciji receptorja pa omogočajo interakcije receptorja s specifičnimi sekvencami DNA. Te sekvence imenujemo hormonski odzivni elementi HRE/HREs, HRE se ponavadi nahajajo znotraj promotorja tarčnega gena, na teh mestih NHR delujejo kot aktivatorji transkripcije DNA. Transkripcija DNA povzroči nastanek mRNA z zapisom za nastanek proteinov, katere celica potrebuje, preko teh pa se lahko odzove na zunanje motnje. Prepoznavo zaporedij HRE in vezavo na DNA omogoča specifična sestava jedrnih receptorjev. Te so sestavljeni iz večih domen, vsaka od teh ima specifično funkcijo brez katere delovanje NR ni mogoče. Posebne domene omogočajo prepoznavo HRE, vezavo na DNA in dimerizacijo z drugimi NR. Na hormonske odzivne elemente se lahko NHR vežejo v obliki monomerov, lahko pa se NHR-ji vežejo drug z drugim, tako nastajajo dimeri. Dimeri omogočajo drugačne afinitete za vezavo z DNA.

==Alliana Kolar - Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji==
Abscizinska kislina (ABA) je naravno prisoten rastlinski hormon, katerega koncentracija se poviša, ko je rastlina pod vplivom stresa in se na stres tudi odzove. Igra vlogo pri zapiranju listnih rež, ko rastlini primanjkuje vode, inhibira kalitev, spodbuja dormanco, vpliva na cvetenje, staranje listov, zorenju plodov ipd. Ker je sintetična ABA nestabilna in ob zunanjem nanosu ne pokaže vpliva na rastlino, je potrebno z modeliranjem antagonistov oziroma agonistov sintetizirati analoge, ki bi bodisi promovirali/oponašali ali zavirali njeno delovanje. Z njimi bi agronomi lahko manipulirali na delovanje rastline in imeli nadzor nad njim, kar bi posledično prineslo večji donos zaradi večje količine in kakovosti proizvodov. Za to pa je potrebno dobro poznati molekulo in njeno biokemijsko delovanje ob signalizaciji in tudi druge spojine, s katerimi regulira procese v rastlini. Ker pa je to področje še dokaj neraziskano in nepojasnjeno, je zelo težko najti prave analoge in dodatno sintetizirati še boljše. Vendar pa po odkritju sintetične molekule pirabaktin, ki je delovala kot primeren agonist, so odkrili še 14 receptorjev ABA, imenovanih PYR (Pyrabactin Resistance)/PYR-like/(RCARs)Regulatory Components of ABA Receptors in s tem še boljše razumeli delovanje ABA in njene signalizacije.

== Gaja Starc - Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres==

Vse daljša sušna obdobja, visoke temperature in nizka vlažnost, od pritrjenih organizmov zahtevajo prilagoditve, s katerimi lahko izboljšajo uporabo energije in kemijskih virov v raznovrstnih razmerah. Kot mehanizem, ki omogoča nadzor nad ravnotežjem med izgubo vode in izmenjavo plinov, so rastline v krovnih tkivih razvile aktivno regulirane odprtine – reže. Reže so ključne za fiksacijo atmosferskega ogljika pri fotosintezi, hkrati pa rastline zaradi rež izgubijo 95 % vode v ozračje. Regulacija premikanja listnih rež je ključna za uspešno rast in razvoj rastline. Premikanje rež je tesno povezano z zaporedjem kompleksnih procesov zaznavanja, prenosa in uravnavanja signalov v celicah zapiralkah. Vodikov sulfid (H2S) uravnava premikanje celic zapiralk in sodeluje pri uravnavanju in prenosu signalov v organizmih ter tako sodeluje pri prilagajanju rastline na spremembe v okolju in odzivih na abiotski oziroma biotski stres. Novejše študije pri navadnem repnjakovcu (''Arabidopsis thaliana'') so pokazale, da zunanji H2S spodbuja zapiranje listnih rež, pri čemer sodeluje s fitohormoni in signalnimi molekulami. Glavna signalna pot, pri kateri sodeluje, je persulfidacija proteinov – post-translacijska modifikacija pri kateri so tiolne skupine cisteinskih ostankov modificirane v persulfidne. Sodeluje tudi pri uravnavanju aktivnosti ionskih kanalčkov v celicah zapiralkah, ki so ključni pri nadzoru premikanja listnih rež in pomaga omiliti oksidativni stres z vplivom na koncentracijo reaktivnih kisikovih zvrsti v celicah zapiralkah.

== Andraž Rotar - Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih==
Signalna pot kinaze janus (angl. janus kinase-JAK) in signalnega prenašalca in aktivatorja transkripcije (angl. signal transducer and activator of transcription-STAT), krajše JAK/STAT, je prisotna v večini večceličnih organizmih. Mehanizem poti je eleganten in presenetljivo preprost način, s katerim zunajcelični faktorji povzročijo gensko izražanje. Prepisani geni so nujni pri bioloških procesih kot so celična rast, diferenciacija, apoptoza in imunskem odzivu. Signalizacija JAK/STAT je v celici močno regulirana. Primarni regulatorji spadajo v tri skupine, in sicer med zaviralce citokinske signalizacije (angl. suppressor of cytokine signaling-SOCS), proteinske inhibitorje aktiviranih STAT (angl. protein inhibitors of activated STAT-PIAS) in protein tirozinske fosfataze (angl. protein tyrosine phosphatase-PTP). Če se v organizmu pojavi okvara signalne poti ali njene regulacije to privede do raznih avtoimunih bolezni kot so revmatoidni artritis, Parkinsonova bolezen ter multipla skleroza. Ker pa pot nadzira tudi celični cikel, lahko mutacije genov, odgovornih za sintezo sestavnih delov poti, privedejo do rakavih obolenj. Da bi se z temi patološkimi stanji lahko spopadali, raziskovalci z veliko vnemo iščejo nove vedno boljše inhibitorje signale poti. Do ne daljnega smo poznali le inhibitorje za JAK, sedaj pa jih razvijajo tudi za STAT. V seminarski nalogi so predstavljeni vsi zgoraj našteti proteini, patološka stanja povezana z JAK/STAT, ter inhibitorji za njihovo zdravljenje.

== Pia Špehar - Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu==
Integrini so adhezijski receptorski proteini, zgrajeni iz dveh podenot. Imajo mnogo različnih funkcij, in sicer povezujejo citoskelet in zunajcelični matriks, s tem posledično povežejo notranjost celice z njeno okolico. Delujejo kot prenašalci signalov in spodbujevalci celične proliferacije in preživetja. Sodelujejo pri imunskem odzivu, apoptozi, celični diferenciaciji, mnoge raziskave pa so pokazale, da so ključni tudi pri signalizaciji in regulaciji vezikularnega transporta. Ključno vlogo imajo pri eksocitozi biosintetskih in sekretornih veziklov, saj nase vežejo mikrotubule in preko njih usmerjajo vezikle do celične površine. Sodelujejo tudi pri procesu degranulacije v trombocitih in levkocitih, pri agregaciji trombocitov in posledično pri hemostazi, ki je prva stopnja celjenja ran. V citotoksičnih limfocitih prepoznava antigena na tarčni celici povzroči sidranje mikrotubulov na integrine. Ti se nato povežejo z medcelično adhezijsko molekulo in tako sprožijo prenos signala za celično smrt tarčne celice. V trombocitih pa integrin-posredovana degranulacija α-granul omogoči agregacijo trombocitov in s tem nastanek krvnega strdka, ki zaustavi krvavitev. Integrini sodelujejo tudi pri endocitozi, in sicer pri vnosu virusov in zunajceličnih veziklov v celico. V celico se lahko prenese virus, vsebina veziklov ali pa samo signal, ki sproži nadaljnje procese znotraj celice. Pomembni so tudi za prenos signalov pri endocitotskem recikliranju receptorjev tirozin kinaz (RTK).

==Tina Urh - Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti receptorjev kot tarča zdravljenja==
Nevrotransmiterji acetilholin, norepinefrin, dopamin, serotonin, subtanca P, GABA in glutamat posredujejo stimulatorne ali inhibitorne živčne funkcije preko vezave na specifične receptorje. Izločajo se iz avtonomnih živcev, ganglijev, nadledvične žleze, rakavih celic in celic imunskega sistema. Spremenjena komunikacija med živčnim in imunskim sistemom in uporaba receptorskih agonistov/antagonistov je vedno pogosteje tarča zdravljenja nevrodegenerativnih, imunopatoloških in avtoimunskih bolezni. E in NE sta stresna hormona in interagirata z α in β adrenergičnimi receptorji; aktivacija β2-AR (agonist izoprotenerol) spoodbuja rast tumorja. Blokira jo antagonist propranolol. GABA je pomirjevalo in antidiabetično sredstvo, stimulira rakavo proliferacijo preko GABAA; A receptorski agonist je muscimol. Vendar pa je vpliv GABA odvisen od tipa raka in receptorja. Serotonin (5-HT) ima vlogo vazokonstriktorja; proizvajajo ga imunske celice. Antagonisti 5-HT2AR imajo antipsihotične in antidepresivne lastnosti. Povečanje števila receptorjev 5-HT1A kaže na zaviranje izločanja serotonina in posledično povečano depresivnost. Dopamin oz. agonisti DA receptorjev izkazujejo inhibitorni efekt na rast tumorja. Neselektivni agonisti so učinkoviti za zdravljenje bolezni CŽS. Tudi vloge dopamin receptorjev so specifične glede na tip tumorja. Substanca P spada v družino nevropeptidov in spodbuja razvoj raka. Inhibicija receptorja NK-1 s specifičnimi antagonisti povzroči antitumorske učinke. Glutagonski agonisti lahko sprožijo smrt T celic, odvečni Glu vpliva na razvoj epilepsije in raka. Za zdravljenje bi se lahko uporabljalo inhibitorje mGluR1.

== Katja Resnik - Signalna omrežja, ki povzročajo raka ==
Normalno delovanje vsake posamezne celice in posledično organizma kot celote nam omogočajo številni procesi, kjer je ključnega pomena njihova regulacija. Tako lahko spremenjene signalne poti, ki v naših celicah uravnavajo predvsem procese celične proliferacije, diferenciacije, apoptoze in na splošno celičnega cikla privedejo do številnih bolezni, med drugim tudi do razvoja raka. Dve ključni poti, ki sta pri večini človeških oblik raka napačno regulirani sta signalni poti RAS in APC. RAS proteini so vrsta G proteinov, ki regulirajo normalen potek celičnega cikla preko povezovanja z efektorskimi proteini. Onkogene oblike RAS proteinov, ki so posledica mutacij, povzročijo njihovo nenehno aktivnost, kar vodi v transformacijo signalne poti. Ta se odraža v izražanju genov, ki se sicer naj ne bi izražali, kar lahko vodi v nenehno spodbujanje celične proliferacije. Po drugi strani pa do podobnega učinka pride tudi zaradi napak v signalni poti APC, ko okvarjen protein APC ne more več opravljati funkcije zmanjševanja koncentracije ključnega proteina za regulacijo in prehod iz faze celične proliferacije v fazo diferenciacije in staranja celic. Proučevanje takšnih signalnih poti nam omogoča spoznavanje vplivov določenih mutacij na posamezne procese in njihovo prispevanje k razvoju raka. Pomembno je le, da na signalne poti gledamo kot na prepletena omrežja, kar lahko ključno prispeva k razvoju uspešnih zdravil in metod zdravljenja omenjene bolezni.

== Nuša Kos Thaler - Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice ==
Glikogen je makromolekula, sestavljena iz enot glukoze, ki jo najdemo predvsem v jetrih in mišicah. Njegov metabolizem je ključnega pomena za pridobivanje in shranjevanje energije v človeškem telesu. Če ne deluje pravilno, lahko povzroča različne bolezni, ki jim s skupnim imenom rečemo bolezni kopičenja glikogena (glycogen storage diseases – GSD). Te so praviloma genetske in povezane z mutacijami genov, ki kodirajo encime za sintezo, razgradnjo ali regulacijo dolžine glikogenskih verig. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa I je mutiran encim α-glukoza-6-fosfataza, ki katalizira pretvorbo iz glukoze-6-fosfata v glukozo, kar lahko povzroči hipoglikemijo pacientov. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa II je mutiran encim za razgradnjo glikogena v lizosomu (kisla α-glukozidaza). Zaradi neaktivnosti encima se glikogen ne more razgraditi in se nalaga v lizosomih. Če ti počijo, lahko poškodujejo celico, kar privede do mnogih okvar v telesu, predvsem do progresivne mišične oslabelosti. Zelo poseben tip bolezni je Laforina bolezen, kjer se pokaže pomembnost glikogena še v drugih organih, možganih. Pri njej se zgodijo mutacije na genih za laforin in malin, ki skupaj regulirata dolžine stranskih verig glikogena. Pogosta posledica so epileptični napadi. Kljub mnogim raziskavam na tem področju najučinkovitejših rešitev za zdravljenje omenjenih bolezni še nismo odkrili.

== Karidia Kolbl - Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom ==
Povezava med funkcijo spanja in nevropsihiatričnimi boleznimi, kot je depresija, ter nevrološkimi motnjami v obliki migren, je danes raziskovano a precej neopredeljeno področje. Nedavne študije so pokazale, da med spancem obnavljamo zaloge glikogena, ki jih med budnostjo porabimo. Kasneje pa so ugotovili, da pomanjkanje spanca povzroča povišano količino možganskega glikogena, kar opisuje “glikogenetska” hipoteza. Ta pravi, da sinteza in poraba glikogena potekata med budnostjo so časno, medtem ko upad prenosa vzdražnostnih signalov med nevroni v stanju spanja ustvarja neravnovesje. Zmanjšana aktivnost se odraža v kopičenju glikogena med spanjem. Njegova vloga je namreč energijsko zalagati celice, še posebej med aktivno nevrološko signalizacijo (sinaptične povezave) in s tem vzpostavljati koncentracijo kalija in glutamata. Pri osebkih, ki pa jim spanca primanjkuje, prihaja do transkripcijskih sprememb, kar lahko povzroča migrene. Njihova raven možganskega glikogena je namreč znatno manjša in so posledično nezmožni ohranjati ustrezne količine kalija in glutamata znotraj in zunaj celic. To se odraža v kortikalni depolarizaciji, ki se širi po možganski skorji med živčnimi vlakni in se elektrofiziološko gledano povezuje z avro (drugo fazo) migrene. Namen seminarske naloge je torej pregled nekaterih ugotovitev in domnev v zvezi z glikogenezo in glikogenolizo, ter posledicami njune aktivnosti.

==Zarja Weingerl - Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu==
Sukcinat ima v Krebsovem ciklu vlogo enega od intermediatov. Gre za dianion dikarboksilne kisline, torej se od sukcinske kisline razlikuje le v številu dveh H atomov na karboksilnih skupinah. Njegova vloga v metabolizmu pa ni omejena le na Krebsov cikel. Je namreč pomemben medcelični komunikator ter vpliva na vnetni odziv organizma. Veže se na receptor GPR91, ki je eden od regulatornih modulatorjev pri različnih podskupinah celic, in sodeluje pri regulaciji krvnega tlaka. Sukcinat je lahko eden od vzrokov za nastanek psevdohipoksičnega stanja, ki nastane zaradi aktivacije hipoksijske signalne poti kljub zadostni meri kisika. Deluje lahko kot kemoatraktant (snov, ki inducira premike). Zaradi njegove povezave z GABA šantom (poteka tudi v anaerobnih pogojih) pa sinteza sukcinata ni odvisna le od anaerobnih pogojev, ki so potrebni za delovanje Krebsovega cikla. Sukcinat deluje kot promotor metilacije DNA, ter vpliva na potek sukcinilacije. Sukcinilacija je posttranslacijska modifikacija pri kateri pride do vezave sukcinilnih skupin na lizinske ostanke. Da je zmožen opravljati vse te in še mnoge druge naloge igra pomembno vlogo njegov transport. Transportira se lahko preko obeh membran mitohondrija, ter tako prispe v citosol, možen pa je tudi njegov transport v medcelični prostor.

==Ena Kartal - Metabolizem lipojske kisline in mitohondrijska redoks regulacija==
Lipojska kislina je kofaktor mitohondrijskih multiencimskih kompleksov, ki vsebuje žveplo, in je kovalentno vezan z encimom preko lizina. Prav zaradi tega, ker se nahaja v vsaki celici v našemu organizmu in kot kofaktor sodeluje pri nastanku energije organizma, je predmet različnih raziskav. Ključna njegova funkcionalna lastnost je, da se lahko podvrže redoks reakcijam. Po vsaki reakciji kjer sodeluje lipoilni kofaktor z svojo disulfidno obliko, ki deluje kot akceptor elektronov, mora potekati reoksidacija dihidrolipoamida, ki jo katalizira flavoencim lipoamid dehidrogenaza. Do danes je lipojska kislina spregledan kofaktor mitohondrijskih multiencimskih kompleksov. Ko so jo prvič izolirali iz živalskih jeter, so jo primerjali z vitaminom, ker je povezana z biosintezo maščobnih kislin, SAM (ki sodelujejo pri biosintezi biotina) in biosintezo železo-žveplovega žepka z oksidativno sposobnostjo cikla trikarboksilnih kislin. Danes se uporablja tudi kot prehransko dopolnilo. Pomanjkanje LA kofaktora vodi do disfunkcije bistvenih encimskih kompleksov, ki sodelujejo v mitohondrijskem metabolizmu, kar provzroča različne bolezni. Za zdravljenje bolzni, ki nastajajo zaradi pomanjkanja regulacije lipoilacije encimov, so še vedno potrebne dodatne raziskave, ker še obstajajo neodgovorjena vprašanja glede ''reciklažne poti'' pri biosintezi LA pri ljudeh.

==Sara Jerič - Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na metiliranje histonov in DNA ter posledično na proces staranja==
Intermediati cikla citronske kisline imajo pomembno vlogo pri regulaciji epigenetskih in neepigenetskih sprememb. Pri tem so najbolj pomembni 2-oksoglutarat, sukcinat in fumarat, ki z aktivacijo oz. inhibicijo vplivajo na veliko družino encimov dioksidaz, ki so odvisne od 2-oksoglutarata (2-OGDO). Ti encimi pri regulaciji neepigenetskih sprememb vplivajo na sintezo kolagena in nadzorujejo količino kisika v celici (npr. Sprožijo primeren odziv, če pride do hipoksije). Pri regulaciji epigenetskih sprememb pa 2-OGDO encimi vplivajo na metilacijo DNA in histonov ter posledično transkripcijo in izražanjem genov. Metilacija DNA poteka z encimoma DNA metiltranferaza in DNA demetilaza, metilacija histonov pa z encimoma histon metiltransferaza in histon demetilaza. Spremembe pri metilaciji DNA in histonov povzročijo tudi spremembe pri kromatinu, kar pa povezujemo s procesom staranja. S staranjem se torej zmanjša količina obnovitvenih procesov (npr. ob staranju matične celice zmanjšajo količino popravil poškodb tkiv). Proces staranja ni točno programiran v celici, temveč je naključen degradirajoč proces, ki so ga sprožile epigenetske spremembe. Intermediati Krebsovega cikla pa lahko povzročijo tudi epigenetske spremembe, ki se kažejo pri boleznih povezanih s staranjem, npr. Alzheimerjeva bolezen. Čeprav vloga intermediatov Krebsovega cikla in njihov mehanizem pri procesu staranja še ni točno določen, lahko zagotovimo, da predstavljajo enega kjučnih regulatorjev epigenetskih sprememb, ki pa vplivajo na proces staranja.

==Nik Vidmar - Presnova, učinki ter bolezenska stanja kot posledica povišanih koncentracij ketonskih telesc==
Ketonska telesca nastajajo v jetrih v okoliščinah, ko je prisotnost glukoze prenizka za normalno delovanje organov, kot so na primer možgani. Predstavljajo jih molekule acetoacetata, ki nastaja pri presnovi maščobnih kislin ob pomankanju glukoze, 3-β-hidroksibutirata, ki nastaja v mitohondrijih jetrnih celic in acetona. Najpomembnejša med ketonskimi telesci sta acetoacetat in 3-β-hidroksibutirat, saj se transportirata kot vir energije iz jeter v druga tkiva. Tretje ketonsko telo aceton ni zelo pomembno, saj se ne porablja kot vir energije in se preko pljuč izloča iz telesa. Ketonska telesca so pomembna zato, ker pripomorejo k varčevanju glukoze in zmanjšujejo proteolizo v času, ko je glukoze v telesu premalo, kar pomaga pri ohranjanju zdravja in funkcionalnosti telesa. Nekateri organi, kot so možgani, niso zmožni uporabiti maščobnih kislin kot vir energije, zato uporabijo ketonska telesca, ki so alternativni vir energije v primeru daljše lakote ali posta. Uravnavajo tudi nivo sproščanja inzulina in povzročijo peroksidacijo lipidov. V nižjih koncentracijah se v krvi neprestano nahajajo pri zdravih ljudeh. Njihove koncentracije se delno povečajo pri dolgi telovadbi in postu. Povišana koncentracija ketonskih telesc je lahko posledica zastrupitve, na primer z alkoholom, kar vodi do alkoholne ketoacidoze. V primeru diabetesa pa lahko povišana koncentracija vodi do diabetične ketoacidoze. Tako stanje je zelo nevarno in lahko, če ga ne zdravimo, privede do smrti.

==Gašper Struna - Oksidacija maščobnih kislin v peroksisomih==
Oksidacija maščobnih kislin je pomemben proces, ki je vključen tako v anabolne kot katabolne metabolične poti. Ta proces poteka v mitohondrijih, kjer ima predvsem katabolno vlogo, ter v peroksisomih, kjer pa ima bolj anabolno vlogo. β-oksidaciji maščobnih kislin sta v obeh organelih zelo podobni. Obstajajo pa tudi mnoge razlike. Geni za encime, ki sodelujejo pri oksidaciji v posameznem organelu, so različni. V prenosu maščobnih kislin skozi membrano sodelujeta različna transporterja. V prvem koraku β-oksidacije se peroksisomski FADH2 takoj oksidira nazaj, pri tem pa elektrone sprejme kisik, medtem ko pri mitohondriju vstopi v elektronsko prenašalno verigo. Multifunkcijski protein (MP) pri peroksisomu za razliko od mitohondrijskega ne vsebuje tiolazne aktivnosti; ima pa peroksisom dva MP, pri čemer eden lahko reagira tudi z D-izomeri β-hidroksiacil-CoA.
V peroksisomu se maščobne kisline le delno oksidirajo, dokončna oksidacija poteče v mitohondriju, lahko pa oksidacija maščobnih kislin v peroksisomu služi le skrajševanju verige v anabolnih poteh, na primer pri biosintezi nekaterih lipidov. Peroksisomska oksidacija je predvsem pomembna pri oksidaciji dolgoverižnih in razvejanih maščobnih kislin. Veliko podrobnosti o oksidaciji v tem organelu pa je še vedno nepojasnjenih ali pa za njih obstajajo le modeli kot na primer pri načinu reoksidacije NADH in transportu acil-CoA skozi membrano. Pomembnost tega procesa pa nakazujejo tudi številne bolezni povezane s peroksisomsko β-oksidacijo, zaradi česar je razumevanje tega procesa zelo pomembno.

==Neža Peternel - Uravnavanje oksidacije maščobnih kislin v skeletnih mišicah s prehrano in telesno vadbo==
Maščobe poleg ogljikovih hidratov predstavljajo pomemben vir energije za delovanje naših organizmov. Maščobne kisline (MK) se v mišicah oksidirajo in vodijo do nastanka ATP molekul. Poznavanje mehanizma oksidacije MK omogoča lažje razumevanje regulacije procesa pod vplivom različnih zunanjih dejavnikov. Med pomembnejše regulatorne proteine štejemo maščobno-kislinsko translokazo CD36, ki se nahaja v sarkolemi in regulira vnos MK v mišične celice, in karnitin-aciltransferaze (CPT1, CPT2 in CACT), ki nadzirajo vnos MK v mitohondrij. Pri procesu β-oksidacije maščobnih kislin je pomemben encim β-hidroksi-acil-CoA dehidrogenaza, ki omejuje hitrost reakcije. Dokazali so, da vzdržljivostna zmerna vadba in povečan vnos maščob pozitivno vplivata na regulacijo proteinov, ki so vključeni v proces oksidacije. Maščobne kisline in krčenje skeletnih mišic v tem primeru delujejo kot signali, ki navidezno inducirajo izražanje beljakovin v metabolnih poteh lipidov in s tem povečajo presnovno sposobnost maščobnih kislin. Pomembni signalni receptorji so jedrni transkripcijski faktorji PPAR, ki vplivajo na izražanje genov za regulatorne proteine.
V zadnjem času se zelo razvija farmacevtsko področje vadbene mimetike (ang. exercise mimetics). Z različnimi zdravili in prehranskimi dodatki želijo posnemati pozitivne učinke vadbe na organizem in tako olajšati poteke določenih bolezni ter zmanjšati delež ljudi s prekomerno telesno težo. Hkrati pa z razvojem takšnih zdravil prihaja tudi do dopinških zlorab v vrhunskem športu.

== Urša Zevnik - Genetske napake mitohondrijske oksidacije maščobnih kislin in karnitinskega transporta==
Mitohondrijska oksidacija maščobnih kislin je ključen metabolni proces za zagotavljanje energije, ko se izpraznijo zaloge glikogena, za nekatere procese pa predstavlja preferenčni vir energije tudi, ko je glukoze dovolj. Za skoraj vse proteine, ki sodelujejo v procesu β-oksidacije maščobnih kislin ali karnitinskemu transportu le teh v mitohondrij, so znane genetske napake, ki povzročijo pomanjkanje ali zmanjšano aktivnost teh proteinov. Popolna odsotnost večinoma vodi v smrt v prvih dneh življenja, za delno pomanjkanje pa so značilna srčna, mišična in ledvična obolenja ter pogoste hipoglikemije. Simptomi so odvisni od posameznika, stopnje pomanjkanja in vrste okvarjenega proteina. So posledica porušene energijske homeostaze in nabiranja toksičnih metabolitov. Trajno zdravilo ne obstaja, zdravljenje pa temelji na preprečevanju katabolizma z izogibanjem postenja ali naporne fizične aktivnosti in na dieti z manjšim deležem maščob. Na voljo so tudi zdravila, ki na različne načine, na primer z obnavljanjem metabolitov cikla citronske kisline ali spodbujanjem transkripcije encimov β-oksidacije lahko omilijo simptome, vendar je njihova učinkovitost omejena. Kljub zanesljivim metodam diagnostike in presejalnim testiranjem novorojenčkov smrtnost zaradi teh bolezni ostaja visoka.

== Tina Javeršek - Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije==
Hiperamoniemija (HA) je stanje povišane koncentracije amonijaka v krvi, ko pride do neravnovesja med količino nastalega in odstranjenega amonijaka. Ta se v naravi nahaja predvsem v reducirani obliki kot amonijev ion NH₄⁺. Vzroka za nastanek HA sta največkrat prekomerno nastajanje odvečnega amonijaka v debelem črevesu in nezadostno razstrupljanje pri motnjah v ciklu uree. Razlikujemo med primarno in sekundarno (pridobljeno) HA. Za zdravljenje se uporablja predvsem laktuloza, sintetični disaharid, ki se v našem telesu ne presnavlja. Pogosto je tudi zdravljenje z antibiotikom rifaksiminom, ki inhibira sintezo bakterijske RNA in tako preprečuje rast bakterij, ki proizvajajo encim urezo. Ta katalizira hidrolizo sečnine, pri tem pa nastajajo amonijevi ioni. Pri visokih koncentracijah imajo toksične učinke in lahko povzročijo ireverzibilne okvare centralnega živčnega sistema. Natrijev benzoat in fenilacetat nase vežeta glicin in glutamin, nastala hipurat in fenilacetilglutamin pa se izločata z urinom. Kot sredstva za zdravljenje hiperamoniemije se uporabljajo še aminokisline z razvejano verigo, L- arginin, L-citrulin in karglumova kislina. Ob akutnem povišanju koncentracij amonijaka v krvi se ta odstranjuje s hemodializo, s čimer v najkrajšem možnem času dosežemo znižanje njegovih koncentracij. Genska in celična terapija obljubljata učinkovit pristop pri zdravljenju, vendar so potrebne še številne raziskave na tem področju.

== Klara Kočman - Bowman-Birkov inhibitor ==
Bowman-Birkov inhibitor, inhibira tako tripsin kot tudi α-kimotripsin. Z njima tvori kompleks 1:1 oz. 1:1:1 ko sta na inhibitor vezana oba encima. Reakcijsko mesto za inhibicijo tripsina se nahaja na mestu Lys 16–Ser 17, za inhibicijo kimotripsina pa na mestu Leu 42–Ser 44. Naloga tripsina in kimotripsina je cepitev večjih peptidov na manjše peptide v trebušni slinavki. Bowman-Birkov inhibitor najdemo v nekaterih travniških rastlinah in vseh stročnicah, predvsem v soji. Uživanje surove soje lahko vodi do hipertrofije trebušne slinavke pri živalih. Je tudi zelo učinkovit pri preprečevanju karcinogeneze, zato iščejo način kaki bi lahko z Bowman-Birkovim inhibitorjem preventivno preprečevali raka brez toksičnosti za maligne celice in vitro. V soji pa najdemo tudi Bowman-Birkovem inhibitorju podoben Kunitzov inhibitor. Znanstveniki so ugotovili, da sta Bowman-Birkovemu inhibitorju v določenih sekvencah podobna tudi inhibitor limskega ter vrtnega fižola. Bowman-Birkov inhibitor se lahko zaradi svojih sedmih disulfidnih vezi cepi na več različnih peptidov, ki ohranijo svojo inhibitorno aktivnost. Inhibitor se v raztopinah z visoko koncentracijo inhibitorja med seboj reverzibilno poveže v dimere in trimere, kar lahko vidimo tudi pri inhibitorju, izoliranem iz soje, ki je v obliki trimera.

== Miha Razdevšek - Motnje razgradnje glicina in njihove posledice ==

Glicin je najmanjša aminokislina, ki se razgrajuje po treh poteh. Pri ljudeh je najpogostejša razgradnja z glicin cepitvenim encimom (glycine cleavage enzyme, GCE). Ta encim je sestavljen iz štirih proteinov, ki glicin pretvarjajo v CO2 in NH4+. Ko pride do mutacij GCE, se glicin po tej poti ne more več razgrajevati in se posledično kopiči v celici. To stanje imenujemo neketotska hiperglicinemija (nonkertotic hyperglicemia, NKH). V eni izmed metabolnih poti, ki se pri takšnih pogojih aktivirajo nastane zelo reaktivna molekula metilglioksal (MGO). MGO se kovalentno poveže s proteini in DNA, kar imenujemo glikacija. Produkte, ki pri tem nastanejo pa končni produkti napredovane glikacije (advanced glycation end products, AGE). Primarno se MGO poveže z argininom na proteinih in deoksigvanozinom na DNA. Glikacija proteinov vpliva na izgubo njihove funkcije in povezavo ekstracelularnih ter intracelularnih proteinov. Reakcija z DNA pa predstavlja nevarnosti povezane z genomsko nestabilnostjo. Povišane vrednosti MGO se povezuje z boleznimi staranja, diabetesom, debelostjo, rakom in nevrodegenerativnimi boleznimi. Izziv predstavlja predvsem razumevanje pomena MGO pri normalnem fiziološkem stanju, koncentracija, pri kateri postane MGO toksičen in možnost uporabe MGO za specifično diagnostiko bolezni.

== Jan Trebušak - Vloga Karbamoil Fosfat Sintetaze 1 ==

Karbamoil fosfat sintetaza 1 (CPS1) je kompleksen, večdomenski ter evolucijsko konservativen encim, ki katalizira prvo reakcijo v ciklu uree. Encim je sestavljen iz okoli 1500 aminokislin in ima dve katalitični mesti na katerih poteka fosforilacija substratov, njegov alosterični efektor pa je N-acetil-L-glutamat (NAG). Ker reakcije na CSP1 predstavljajo ‘vstopni’ korak v cikel uree ima vsakršna okvara lahko hude posledice. Najočitnejši simptom je akutna hiperamonemija oz. povišanje koncentracije amoniaka v krvi, ki lahko ob kronični izpostavitvi vodi v nevrodegenerativna obolenja. Čeprav je hiperamonemija glavni in najbolj akutni zaplet pri okvari CSP1, pa ni edini. Raziskave so pokazale, da ima CSP1 vpliv tudi na nastanek in rast raka, razvoj kardiovaskularnih obolenj in tudi zmožnost posameznikov za vzdrževanje konstantne telesne mase. Trenutne oblike zdravljenja vključujejo strogo izogibanje aminokislinam v prehrani in uživanje dodatkov, ki nase vežejo dušik iz organizma. Naprednejše oblike zdravljenja, kot so genska terapija in jemanje analogov NAG, ki bi spodbudili delovanje tudi nepravilno delujoče CSP1 so v začetnih fazah kliničnih testiranj. Pri genskem zdravljenju predstavlja težavo tudi to, da je večina inaktivirajočih mutacij na CSP1 specifičnih za posamezne družine ali majhne populacije, kar pomeni, da vsaka od the potrebuje posebaj prilagojeno zdravljenje. Na tem področju je potrebno opraviti še veliko raziskav, da bi odkrili zdravilo za nedelujočo CSP1.

== Lana Kores - VLOGA METABOLIZMA RAZVEJANIH AMINOKISLIN PRI BOLEZNI JAVORJEVEGA SIRUPA (MSUD)==

Prirejene napake metabolizma (IEM) so pogosto posledica redkih monogenskih napak, ki sledijo mendelskim vzorcem dedovanja za avtosomne-recesivne lastnosti. Prizadeti posamezniki imajo mutacijo na obeh alelih na monogenskem mestu, medtem ko njihovi starši po definiciji nosijo le en mutiran alel in se pri njih fenotip bolezni ne izraža. Bolezen javorjevega sirupa (MSUD) je primer take monogenske bolezni. Povzroči jo okvara razvejane α-ketokislinske dehidrogenaze (BCKD). BCKD je multiencimski kompleks, zgrajen iz treh katalitičnih komponent: E1 – dekarboksilaze, sestavljene iz 2α in 2β podenot; E2 – transciklaze; in E3 – dehidrogenaze. Gen za E1α najdemo na kromosomu 19, gen za E1β na kromosomu 6, gen za E2 na kromosomu 1 in gen za E3 na kromosomu 7. Pri normalnem delovanju (v zdravem človeku) bi v prvem koraku metabolizma BCAA izocimi razvejane aminokislinske transaminaze (BCATs) transaminirale BCAAs do razvejanih α-ketokislin (BCKAs), torej iz levcina do α-ketoizokaproata (KIC), iz izolevcina do α-keto-β-metilvalerata (KMV) in iz valina do α-ketoizovalerata (KIV). V naslednjem koraku metabolne poti bi razvejan ketokislinski dehidrogenazni kompleks (BCKDC) kataliziral ireverzibilno oksidativno dekarboksilacijo α-ketokislin (vendar se pri MSUD zaradi okvare BCKD to ne zgodi). Zaradi tega pride do kopičenja razvejanih aminokislin in posledično do hudih nevroloških motenj.

BIO2 Seminar 2021

2021-11-16T15:43:48Z

Lana Kores: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''priimek, ime'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Valte, David||12||Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov||Mitkov, Kostadin||Brdnik, Nuša||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Kolar, Alliana||12||Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji||Vukšinić, Ivana||Premrl, Petja||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Glavnik, Hana||12||S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida||Kovač, Ela||Kavčič, Ema||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Štefan, Urša||12||Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji||Vujović, Nataša||Zajec, Tina||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Butara, Tinkara||12||Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih||Sotlar, Špela||Žnidar, Žan||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Špehar, Pia||12||Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu||Trošt, Pia||Rus, Metka||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Urh, Tina||12|| Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti kot tarča zdravljenja ||Maučec, Ana||Loborec, Mark||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Rotar, Andraž||12||Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih||Priveršek, Maj||Kastelic, Ana||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Starc, Gaja||12||Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres||Spruk, Teja||Možina, Gašper||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Resnik, Katja||12||Signalna omrežja, ki povzročajo raka||Deutsch, Maja||Sotlar, Pia||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Bohte, Janja||14-15||Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu||Valte, David||Mitkov, Kostadin||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Miklošič, Maja||14-15||||Kolar, Alliana||Vukšinić, Ivana||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kovačić, Marko||14-15||Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo||Glavnik, Hana||Kovač, Ela||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kolbl, Karidia||14-15||Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom||Štefan, Urša||Vujović, Nataša||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kos Thaler, Nuša||14-15||Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice||Butara, Tinkara||Sotlar, Špela||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Ažbe, Klara||16||Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni||Špehar, Pia||Trošt, Pia||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Jerič, Sara||16||||Urh, Tina||Maučec, Ana||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Mencin, Pia||16||Akonitaza in njena vloga pri regulaciji celičnega metabolizma||Rotar, Andraž||Priveršek, Maj||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Weingerl, Zarja||16||Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu||Starc, Gaja||Spruk, Teja||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Kartal, Ena||16||Metabolizem lipoične kisline in mitohondrijska redoks regulacija||Resnik, Katja||Deutsch, Maja||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Struna, Gašper||17||||Bohte, Janja||Valte, David||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Špenko, Andrej||17||||Miklošič, Maja||Kolar, Alliana||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Zevnik, Urša||17||Motnje katabolizma maščobnih kislin||Kovačić, Marko||Glavnik, Hana||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Peternel, Neža||17||Uravnavanje oksidacije maščobnih kislin s prehrano in telesno vadbo||Kolbl, Karidia||Štefan, Urša||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Vidmar, Nik||17||Delovanje in pomen ketonskih telesc||Kos Thaler, Nuša||Butara, Tinkara||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Trebušak, Jan||18||||Ažbe, Klara||Špehar, Pia||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Kores, Lana||18||Urinska bolezen javorjevega sirupa (MSUD)||Jerič, Sara||Urh, Tina||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Razdevšek, Miha||18||Vloge metabolizma razvejanih aminokislin pri raku||Mencin, Pia||Rotar, Andraž||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Javeršek, Tina||18||Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije||Weingerl, Zarja||Starc, Gaja||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Kočman, Klara||18||||Kartal, Ena||Resnik, Katja||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Jošt, Lev||19||||Struna, Gašper||Bohte, Janja||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Razboršek, Klara||19||Regulacija apoptoze v zdravju in bolezni: uravnoteženo delovanje BCL-2 proteinov ||Špenko, Andrej||Miklošič, Maja||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Rapuš, Špela||19||||Zevnik, Urša||Kovačić, Marko||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Mencigar, Maša||19||Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih||Peternel, Neža||Kolbl, Karidia||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Ivošević, Vanja*gg||19||||Vidmar, Nik||Kos Thaler, Nuša||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Kogovšek, Jan||20||Karbonska anhidraza in molekularna evolucija C4 fotosinteze||Trebušak, Jan||Ažbe, Klara||||||
|-
| Brdnik, Nuša||20||Mehanizmi šaperonov encima Rubisco||Kores, Lana||Jerič, Sara||||||
|-
| Premrl, Petja||20||||Razdevšek, Miha||Mencin, Pia||||||
|-
| Kavčič, Ema||20||||Javeršek, Tina||Weingerl, Zarja||||||
|-
| Zajec, Tina||20||||Kočman, Klara||Kartal, Ena||||||
|-
| Žnidar, Žan||21||||Jošt, Lev||Struna, Gašper||||||
|-
| Rus, Metka||21||||Razboršek, Klara||Špenko, Andrej||||||
|-
| Loborec, Mark||21||||Rapuš, Špela||Zevnik, Urša||||||
|-
| Kastelic, Ana||21||||Mencigar, Maša||Peternel, Neža||||||
|-
| Možina, Gašper||21||||Ivošević, Vanja||Vidmar, Nik||||||
|-
| Sotlar, Pia||22||||Kogovšek, Jan||Trebušak, Jan||||||
|-
| Mitkov, Kostadin||22||||Brdnik, Nuša||Kores, Lana||||||
|-
| Vukšinić, Ivana||22||||Premrl, Petja||Razdevšek, Miha||||||
|-
| Kovač, Ela||22||Aminokislinska regulacija skeletnih mišic||Kavčič, Ema||Javeršek, Tina||||||
|-
| Vujović, Nataša||22||||Zajec, Tina||Kočman, Klara||||||
|-
| Sotlar, Špela||23||||Žnidar, Žan||Jošt, Lev||||||
|-
| Trošt, Pia||23||||Rus, Metka||Razboršek, Klara||||||
|-
| Maučec, Ana||23||Vloga tiroidnih hormonov v kraniofacialnem razvoju||Loborec, Mark||Rapuš, Špela||||||
|-
| Priveršek, Maj||23||||Kastelic, Ana||Mencigar, Maša||||||
|-
| Spruk, Teja||23||||Možina, Gašper||Ivošević, Vanja||||||
|-
| Deutsch, Maja||23||||Sotlar, Pia||Kogovšek, Jan||||||
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2021

2021-11-14T19:26:52Z

Lana Kores: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''priimek, ime'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Valte, David||12||Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov||Mitkov, Kostadin||Brdnik, Nuša||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Kolar, Alliana||12||Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji||Vukšinić, Ivana||Premrl, Petja||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Glavnik, Hana||12||S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida||Kovač, Ela||Kavčič, Ema||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Štefan, Urša||12||Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji||Vujović, Nataša||Zajec, Tina||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Butara, Tinkara||12||Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih||Sotlar, Špela||Žnidar, Žan||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Špehar, Pia||12||Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu||Trošt, Pia||Rus, Metka||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Urh, Tina||12|| Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti kot tarča zdravljenja ||Maučec, Ana||Loborec, Mark||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Rotar, Andraž||12||Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih||Priveršek, Maj||Kastelic, Ana||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Starc, Gaja||12||Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres||Spruk, Teja||Možina, Gašper||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Resnik, Katja||12||Signalna omrežja, ki povzročajo raka||Deutsch, Maja||Sotlar, Pia||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Bohte, Janja||14-15||Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu||Valte, David||Mitkov, Kostadin||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Miklošič, Maja||14-15||||Kolar, Alliana||Vukšinić, Ivana||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kovačić, Marko||14-15||Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo||Glavnik, Hana||Kovač, Ela||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kolbl, Karidia||14-15||Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom||Štefan, Urša||Vujović, Nataša||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kos Thaler, Nuša||14-15||Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice||Butara, Tinkara||Sotlar, Špela||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Ažbe, Klara||16||Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni||Špehar, Pia||Trošt, Pia||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Jerič, Sara||16||||Urh, Tina||Maučec, Ana||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Mencin, Pia||16||Akonitaza in njena vloga pri regulaciji celičnega metabolizma||Rotar, Andraž||Priveršek, Maj||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Weingerl, Zarja||16||Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu||Starc, Gaja||Spruk, Teja||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Kartal, Ena||16||Metabolizem lipoične kisline in mitohondrijska redoks regulacija||Resnik, Katja||Deutsch, Maja||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Struna, Gašper||17||||Bohte, Janja||Valte, David||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Špenko, Andrej||17||||Miklošič, Maja||Kolar, Alliana||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Zevnik, Urša||17||Metabolizem možganskih celic med spanjem||Kovačić, Marko||Glavnik, Hana||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Peternel, Neža||17||Uravnavanje oksidacije maščobnih kislin s prehrano in telesno vadbo||Kolbl, Karidia||Štefan, Urša||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Vidmar, Nik||17||Delovanje in pomen ketonskih telesc||Kos Thaler, Nuša||Butara, Tinkara||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Trebušak, Jan||18||||Ažbe, Klara||Špehar, Pia||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Kores, Lana||18||Oksidativni stres v bakterijah||Jerič, Sara||Urh, Tina||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Razdevšek, Miha||18||||Mencin, Pia||Rotar, Andraž||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Javeršek, Tina||18||Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije||Weingerl, Zarja||Starc, Gaja||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Kočman, Klara||18||||Kartal, Ena||Resnik, Katja||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Jošt, Lev||19||||Struna, Gašper||Bohte, Janja||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Razboršek, Klara||19||Regulacija apoptoze v zdravju in bolezni: uravnoteženo delovanje BCL-2 proteinov ||Špenko, Andrej||Miklošič, Maja||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Rapuš, Špela||19||||Zevnik, Urša||Kovačić, Marko||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Mencigar, Maša||19||Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih||Peternel, Neža||Kolbl, Karidia||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Ivošević, Vanja||19||||Vidmar, Nik||Kos Thaler, Nuša||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Kogovšek, Jan||20||Karbonska anhidraza in molekularna evolucija C4 fotosinteze||Trebušak, Jan||Ažbe, Klara||||||
|-
| Brdnik, Nuša||20||Mehanizmi šaperonov encima Rubisco||Kores, Lana||Jerič, Sara||||||
|-
| Premrl, Petja||20||||Razdevšek, Miha||Mencin, Pia||||||
|-
| Kavčič, Ema||20||Regulacija prehodnih kovin v kloroplastu za učinkovito fotosintezo||Javeršek, Tina||Weingerl, Zarja||||||
|-
| Zajec, Tina||20||||Kočman, Klara||Kartal, Ena||||||
|-
| Žnidar, Žan||21||||Jošt, Lev||Struna, Gašper||||||
|-
| Rus, Metka||21||||Razboršek, Klara||Špenko, Andrej||||||
|-
| Loborec, Mark||21||||Rapuš, Špela||Zevnik, Urša||||||
|-
| Kastelic, Ana||21||||Mencigar, Maša||Peternel, Neža||||||
|-
| Možina, Gašper||21||||Ivošević, Vanja||Vidmar, Nik||||||
|-
| Sotlar, Pia||22||||Kogovšek, Jan||Trebušak, Jan||||||
|-
| Mitkov, Kostadin||22||||Brdnik, Nuša||Kores, Lana||||||
|-
| Vukšinić, Ivana||22||||Premrl, Petja||Razdevšek, Miha||||||
|-
| Kovač, Ela||22||Aminokislinska regulacija skeletnih mišic||Kavčič, Ema||Javeršek, Tina||||||
|-
| Vujović, Nataša||22||||Zajec, Tina||Kočman, Klara||||||
|-
| Sotlar, Špela||23||||Žnidar, Žan||Jošt, Lev||||||
|-
| Trošt, Pia||23||||Rus, Metka||Razboršek, Klara||||||
|-
| Maučec, Ana||23||Vloga tiroidnih hormonov v kraniofacialnem razvoju||Loborec, Mark||Rapuš, Špela||||||
|-
| Priveršek, Maj||23||||Kastelic, Ana||Mencigar, Maša||||||
|-
| Spruk, Teja||23||||Možina, Gašper||Ivošević, Vanja||||||
|-
| Deutsch, Maja||23||||Sotlar, Pia||Kogovšek, Jan||||||
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020 Povzetki seminarjev

2020-03-22T10:42:03Z

Lana Kores:

=== Anna Scott: Notting Hill ===
William Thacker (Hugh Grant) is a London bookstore owner whose humdrum existence is thrown into romantic turmoil when famous American actress Anna Scott (Julia Roberts) appears in his shop. A chance encounter over spilled orange juice leads to a kiss that blossoms into a full-blown affair. As the average bloke and glamorous movie star draw closer and closer together, they struggle to reconcile their radically different lifestyles in the name of love.

=== Sara Golob: Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni ===

Pri Alzheimerjevi bolezni pride do padca kognitivnih funkcij, kot so spomin, govor, pozornost, učenje, itd. Razvije se zaradi različnih dejavnikov, ki so lahko dedni ali okoljski. Eden od okoljskih dejavnikov je okužba z virusom Herpes simpleks tip 1. Ta povzroči večje izražanje ε4 alela apolipoproteina E, ki povzroča nalaganje Tau proteina in amiloida beta, ki sestavljata senilne plake pri Alzheimerjevi bolezni. To povezavo so odkrili s protitelesi proti virusu Herpes simpleks tipa 1 ter preko lizosomske okvare, zaradi katere pride do nalaganja amiloida beta v možganih. Dokazana je bila tudi povezava med Alzheimerjevo boleznijo in drugimi boleznimi (epilepsija, demenca, shizofrenija, fibromialgija, demenca), pri katerih je opazna kognitivna disfunkcija. Pri bolnikih z epilepsijo so odkrili amiloidne plake, ki so značilni za Alzheimerjevo bolezen, zaradi česar je večja verjetnost, da oboleli za epilepsijo zbolijo še za Alzheimerjevo boleznijo in obratno. Herpes simpleks virus redko povzroča tudi akutni encefalitis, katerega posledica so epileptični napadi, izguba spomina in spremembe v vedenju. Zato znanstveniki menijo, da je povezava med epilepsijo in Alzheimerjevo boleznijo tudi v apolipoproteinu E.

=== Ena Kartal: Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije ===
Čeprav je bila vzpostavljena povezava med kroničnim vnetjem in nevrodegenerativnimi boleznimi, je bilo veliko odprtih vprašanj v zvezi s tem, kako celično staranje, proces, pri katerem celice, ki se nehajo deliti pod stresom, izločijo mešanico vnetnih beljakovin, vplivajo na te patologije. Raziskovalci poročajo, da staranje v astrocitih, ki je najbolj razširjena vrsta celic v možganih, vodi do škodljive '' ekscitotoksičnosti '' na kortikalnih nevronih, ki so vključeni v spomin.In pri tem pride do Alzheimerjeve bolezni,ki je najpogostejši vzrok demence pri starejših, je nepopravljiva, napredujoča možganska motnja, ki ubija možganske celice in postopoma uničuje spomin.

=== Lenka Stanković: Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 ===

Karakteristika raka je njegova sposobnost spodbujanja angiogeneze, oziroma tvorba novih krvnih žil. Angiogeneza prispeva k rasti in napredovanju tumorja z induciranjem in vzdrževanjem kislega / hipoksičnega in imunosupresivnega okolja. Krvne žile v rakih so pogosto nefunkcionalne in omejujejo promet s T-celicami. Odkritje angiogenih zaviralcev naj bi pripomoglo k zmanjšanju umrljivosti zaradi karcinomov. Tukaj prikazujemo, da imunoterapija proti CD40 poveča tumorsko infiltracijo CD8+T, vendar regresijo tumorja dosežemo močneje, če anti-CD40 kombinirano z dvojno blokado Ang2 in VEGFA. Kombinacija anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonističkih protiteles proti anti-CD40 omogoča zavrnitev tumorjev pri sintetičnih modelih tumorjev. Proučevali so odzive tumorjev na anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonistična protitelesa proti CD40 v različnih modelih mišjega raka. V raziskavi so pokazali, da kombinacija agonističnih protiteles CD40 z dvojno blokado VEGFA/Ang2 povečuje protitumorski odziv v modelnih raka miši s pomočjo sinergistične regulacije genov in indukcije imunskega permisivnega mikrookruženja tumorja, za katero je značilno provnetno (M1 podobno) aktivacijo makrofagov, vaskularno normalizacija ter izboljšanja infiltracije in prostorska lokalizacija efektorskih T-celic. T-celice pošljejo signale drugim vrstam imunskih celic, vključno s citotoksičnimi T celicami CD8+. Citotoksične T-celice, znane tudi kot CD8 + T-celice, izražajo svoje TCR, ki jih spremlja glikoprotein CD8. CD8 + T-celice so povezane z učinkovitim ubijanjem rakavih celic: med antigensko specifično aktivacijo afiniteta med CD8 glikoproteinom, izraženim s celico CD8 + T, in molekulo MHC razreda I, izraženo z rakavo celico, ohranja obe vrsti celic skupaj. Tesna vezava T celic in rakavih celic skozi kompleks CD8 / TCR in kompleks antigen / MHC-I povzroči, da celice CD8 + T izločajo perforin in grancime, kar vodi v lizo rakavih celic.

=== Nika Tomsič: Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije ===
Po oceni World Health Organisation- World malaria report 2019 je v letu 2018 bilo 228 milijonov primerov malarije. Sladkor je glavni vir energije parazita, zato je razumevanje presnove sladkorjev pomembna tema, ki bi lahko predstavljala pomoč pri sestavljanju zdravil in izrivanju tega parazita. Glavna razlika v presnovi sladkorjev med parazitom in drugimi organizmi je prenašalec, ki sladkorje prenaša v celico. Za to je odgovoren šeskotni prenašalec PfHT1, ki je sposoben transportirati bodisi glukozo kot fruktozo. Strukturno pa je zelo podoben prenašalcem človeške celice GLUT. Prenašalec obsega 12 transmembranskih vijačnic, ki tvorijo osrednjo pot za vstop glukoze. Ključni del proteina pa predstavljajo izrastki ki delujejo kot receptorji za sladkorje. Sladkorne prenašalce še nadaljnjo stabilizirajo solne medcelične povezave. Druga velika razlika med PfHT1 in drugimi prenašalci je brez dvoma način odpiranja in zapiranja prenašalca, saj ni sestavljenen samo iz treh običajnih stanj (odprto navznoter, zaprto, odprto navznoter), temveč ga zaznamujejo še dve vmesni stanji (zaprto navznoter in zaprto navzven, angl. inward–occluded in outward-occluded). Nadaljnjo raziskovanje bi torej lahko omogočilo razvoja novih antimalaričnih zdravil, ki blokirajo uvoz sladkorja in zastrašujejo parazita do smrti oz. razvoja novih zaviralcev, ki so bolj specifični za blokiranje funkcije PfHT1, ne da bi pri tem vplivali na transport sladkorja v človeških celicah.

=== Maša Mencigar: Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem ===
Apoptotske celice v telesu lahko nadzorujejo imunski sistem in preprečijo nezaželene imunske odzive na telesu lastna tkiva oziroma celice. Avtoimune bolezni so kronične, neozdravljive in predstavlajo velik zdravstven problem, saj bolniki trpijo, hkrati pa povzročajo velike stroške. Znanstveniki iz nemškega centra za raziskave rakavih bolezni (DKFZ - Deutsches Krebsforschungszentrum; angl: German Cancer Research Center) so našli receptor na imunskih celicah miši, ki aktivira ta zaščitni mehanizem in prepreči nevarne avtoimunske reakcije. Ta receptor se imenuje dektin-1, ki ima dvojno vlogo, saj veže beta-glukane in aksin proteine. Pomankanje dektina-1 vodi do simptomov avtoimunih bolezni šele proti koncu življenske dobe. Ključna pa je povezava med encimom NAHPH oksidazo-2 in dektinom-1, zato imajo ljudje, ki nimajo tega encima avtoimune bolezni.

=== Ema Kovačič: Izpostavljenost ploda materini mikrobioti ===
Študija o prehodu materine mikrobiote skozi placento pri otrocih, ki so se rodili s carskim rezom prezgodaj in normalno. Mamam so vzeli brise iz različnih delov telesa, otrokom pa takoj po rojstvu vzorce iz ustne votline in mekonija. Imunski sistem pri otrocih se razvije že v prenatalnem obdobju. Našli so DNK nekaterih bakterij v posteljici, plodovnici in mekoniju, kar kaže, da se zarodek spopade z bakterijami že v prenatalnem obdobju. Odkritje bakterijskih zapisov v materničnem okolju nakazuje na koesistenco mehanizmov za kontorolo izpostavljenosti pri plodu in materini mikrobioti.

=== Zala Puklavec: Globoko učenje void do odkritja novih antibiotikov===
Zaradi naglega pojava bakterij, ki so odporne na antibiotike, raste potreba po odkritju novih antibiotikov. Zato so naučili globoko nevronsko mrežo napovedati molekule, ki imajo antibakterijske lastnosti. S tem računalniškim modelom so odkrili, da ima halicin (c-Jun N-terminal kinase inhibitor SU3327) zelo močne antibakterijske lastnosti. Nadaljni eksperimenti so pokazali, da deluje na drugačen način kot večina antibiotikov. Za razliko od ostalih je halicin proti E.coli bakteriociden, ne le bakteriostatski. Testirali so ga tudi na bakterijah, za katere po mnenju Svetovne zdravstvene organizacije najnujneje potrebujemo neko obliko zdravljenja, in proti veliki večini je deloval zelo uspešno. Z daljšo izpostavljenostjo E.coli halicinu so poskušali izolirati mutantske celice, ki so razvile odpornost nanj, vendar jim ni uspelo, kar kaže na to, da te odpornosti ni možno ali pa se vsaj veliko težje razvije. Z še nekaj eksperimenti pa so prišli do zaključka, da halicin disipatira transmembranski pH potencial in najverjetneje veže Fe3+ pred pH disipacijo in povezavo z membrano.

=== Martin Stanonik: De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc===
Odkrivamo vedno več proteinov, ki so nastali iz de novo genov. To pomeni, da so se kodirali iz nekodirajočih delov DNA, kar velja za redek proces. V laboratorijskih poskusih je preveliko izražanje teh nastajajočih genov omogočalo boljše delovanje celice v primerjavi z prevelikim izražanjem že vzpostavljenih genov in motenje tega procesa ni vplivalo na delovanje celice. za osebek so uporabili kvas, saj glive kvasovke vsebujejo najboljše lastnosti za izražanje genov.To prikazuje velik potencial, še posebej za timinsko bogate sekvence za izdelavo transmembranskih proteinov. Iz kombinacij različnih analiz je bil predlagan nov model genskega nastanka. Ta odkritja, bi lahko omogočala nov način izdelave polipeptidov, ki nastanejo iz teh, de novo, delov DNA.

=== Klara Kočman: Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 ===
Koronavirusi so veliki, pozitivni RNA virusi. Okuženost z virusom lahko opazimo z značilni simptomi kot so vročina, kašelj in pomanjkanje zraka. Najnovejši tip koronavirusa, SARS-CoV-2, tudi 2019-nCoV, se je prvič pojavil 31. decembra 2019 v mestu Wuhan na Kitajskem. Transport virusa s človeka na človeka je pogost pri telesnih stikih z bolnikom. SARS-CoV-2 primerjajo z virusama MERS-CoV in SARS-CoV. Na podlagi celotne analize genoma in proteinov je virus bližje SARS-CoV kot MERS-CoV, saj obstaja več kot 90% genetska podobnost s SARS-CoV, medtem kot je s MERS-CoV-jem neznatna. Genom virusa SARS-CoV-2 je sestavljen iz približno 30 kilobaz, ki jih kodira več strukturnih in nestrukturnih proteinov. S SARS-CoV si je podoben po dolžini genoma ter podobnem mehanizmu vstopa v celico ter uporabi celičnih receptorjev (ACE2). Glikoprotein ACE2 se nahaja na površini membrane in je pomemben za vezavo receptorjev gostiteljskih celic in gostitelja. Transmembranski proteini virusa se vežejo na človeško celico preko receptorjev ACE2 (encim za pretvorbo angiotenzina 2). Med 120 sekvencami virusa SARS-CoV-2 ni bila zanana niti ena mutacija, zato lahko s ciljenjem slednjih nudimo zaščito. Znanstveniki z opazovanjem odziva na protitelesa pri miših raziskujejo cepivo.

===Timotej Sotošek: Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje Vzhodni respiratorni sindrom koronavirusa===
Zdravilo remdesivir (bolj natančno Remdesivir trifosfat) je preiskovalna spojina, ki je bilo sprva ustvarjeno za zdravit Ebolo. Ima širok spektrum protivirusnih aktivnosti proti RNA virusih kot na primer koronavirusi , Filovirusi,… Njegova tarča je multi-podenotni RNA sintezni kompleks znan pod imenom RNA-odvisna RNA polimeraza na katerem s pomočjo drugih proteinov poteka sinteza virusne RNA verige. Remdesivir je nukleotidni analog ATP-ja s katerim tekmuje za vezavo v nastajajočo se virusno RNA verigo po tem, ko je virus že okuži celico. V primeru, da se Remdesivir uspe vezat v virusno RNA verigo bo ta prenehala rast in tako postala ne uporabna. To pomeni, da je Remdesivir le inhibitor, ki upočasnjuje oz. preprečuje nadaljno širjenje virusa. Raziskave so preiskovale mehanizem inhibicije na virusu Srednje Vzhodni respiratorni sindrom(MERS-CoV) in ga primerjali kako je učinkovit v primerjavi inhibicije virusa Ebola, ter na splošno kako zelo je njegov mehanizem učinkovit. Ker sta si MERS-CoV in SARS-CoV-2 sorodna virusa bi lahko zdravilo Remdesivir pomagal ozdravit obolele z SARS-CoV-2 koronavirusom.

===Nika Perko: Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk===
Komarji vrste Aedes aegypti so eni glavnih povzročiteljev bolezni kot so denga, rumena mrzlica, zika in čikungunja. Najdemo jih v tropskem in subtropskem pasu ter celo v Evropi. Znanstveniki Univerze Nove Mehike so poiskali način, kako preprečiti širitev omenjenih bolezni. Ustvarili so naraven insekticid, ki prepreči razvoj komarjev, ko so ti še v stopnji ličinke. Larvicid je sestavljen iz enostavnih komponent: eteričnega olja pomarančevca Citrus sinensis in gliv kvasovk vrste Saccharomyces cervevisiae. Sintetiziran je bil s postopkom enkapsulacije eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk. Med korake tega procesa so vpeljali še enega novega. Z njim so odstranili odvečno eterično olje, ki je ostalo na zunanji strani celic. To je bilo izredno pomembno, saj je odvečno olje delovalo kot repelent. Z različnimi analizami in primerjavami so ugotovili, da struktura celične stene, membrane in oljnih kapljic ostane po enkapsulaciji nespremenjena. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se kvasovke po enkapsulaciji niso mogle več razmnoževat. Testi efektivnosti so bili vzpodbudni, saj je bil larvicid učinkovit pri vseh ličinkah. Najbolj pa je bil učinkovit pri začetni razvojni stopnji ličink. Novi larvicid ima kar nekaj dobrih lastnosti: je naraven, ne more se nenadzorovano širit in tako škodit vodnemu okolju, izdelava je relativno poceni, je neškodljiv za ljudi, dolgo učinkuje…

=== Anja Moškrič: Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR-Cas tipa I ===
Sistem CRISPR-Cas je imunski mehanizem, ki je značilen za veliko prokariontov in arhej. Gre za gruče enakomerno prekinjenih palindromskih ponovitev, ki nosijo zapis za obrambo proti vdoru tujega dednega materiala (virusov in plazmidov). Kratica Cas pa predstavlja s CRISPR povezane gene, ki kodirajo zapis za nekatere encime, ki cepijo DNA. CRISPR lokus je sestavljen iz ponavljajočih CRISPR genov, med katerimi so vmesniki. Na teh pa je shranjena kopija dela zapisa virusa oz. plazmida. S študijo so želeli izvedeti vpliv infekcije bakterije Pseudomonas aeruginosa, s temperiranim oziroma lizogenim bakteriofagom (DMS3), ki se v obliki profaga vključi v dedni material gostiteljske celice. Izbrana bakterijska vrsta vrši sistem CRISPR-Cas tipa I-F. Za primerjavo so za eksperimente uporabljali tudi nekatere mutirane vrste bakterij,ki so imele napako v CRISPR lokusu. Eksperimenti so pokazali, da ob infekciji z nemutiranimi bakteriofagi bakterije niso sposobne uspešno odstranit le-teh. Iz zbranih rezultatov so ugotovili, da je v tem primeru imunski mehanizem slabo prilagojen celicam, saj povzroča imunopatološki efekt (avtoimunost). Do tega pride zaradi nepopolnega ujemanja zapisa na CRISPR vmesnikih s profagi. Če bakteriofagi ne kodirajo zapisa za acr gene (anti-CRISPR geni, ki zatirajo omenjen mehanizem), lahko to privede do izgube sistema CRISPR-Cas skozi evolucijo.

===Maja Deutsch: Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline===
Med vsemi mnogoceličarji in njihovimi mikrobiomi se pojavijo številne medsebojne kemične interakcije. Številne molekule, za katere je znano, da jih proizvaja mikrobiom, izrazito vplivajo na ravnovesje med zdravjem in boleznijo. Z uporabo masne spektrometrije in vizualizacije podatkov so bili ocenjeni učinki mikrobioma na celotno kemijo sesalca s primerjavo podatkov metabolomike pri aseptičnih miši in specifičnih-mikroorganizmov-prostih miši. Ugotovljeno je bilo, da mikrobiota vpliva na kemijo vseh organov. To je vključevalo aminokislinske konjugacije žolčnih kislin, ki so bile uporabljene za proizvodnjo fenilalanoholne kisline, tirozoholne kisline in levcoholne kisline, ki prej še niso bile identificirane, kljub obsežnim raziskavam kemije žolčnih kislin. Ti konjugati žolčne kisline so bili najdeni tudi pri ljudeh, vendar so bile bolj pogoste pri bolnikih z vnetnimi črevesnimi boleznmi, cistično fibrozo in pri dojenčkih. Te spojine so agonizirale farnezodini receptor X (FXR) in miši, ki so imele na novo odkrite kisline, so pokazale zmanjšano izražanje genov za sintezo žolčne kisline. Potrebne pa so nadaljnje raziskave, da se ugotovi, ali imajo te spojine fiziološko vlogo v sesalcih in ali prispevajo k črevesnim boleznim, ki so povezane z mikrobiomsko disbiozo.

=== Hana Glavnik: Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo ===
Pri raziskovanju malarije so znanstveniki odkrili pojav, ki so ga poimenovali rozeta. Rozeta je skupek neokuženih rdečih krvnih celic, ki s pomočjo proteinov, ki jih sintetizira parazit obkolijo okuženo rdečo krvno celico. Parazit se tako zaščiti pred gostiteljevim imunskim sistemom, saj ga monocite tako obkoljenega težje zaznajo. Raziskovali so tvorjenje rozet pri različnih pogojih. Izoliranim parazitom so dodali različne vrste monocitov in opazovali njihovo reakcijo. S tem so odkrili tudi protein IGFBT7, ki inducira tvorjenje rozet, vendar le ob prisotnosti dodatnih serumskih faktorjev. Odkritje proteina IGFBT7 je vodilo v odkritje novega načina tvorjenja rozet, tako imenovanega tipa II, saj za razliko od prvotnega tipa I, ta ne poteče spontano. Nato so pod drobnogled vzeli tvorjenje rozet s proteinom IGFBT7. Z namenom, da bi lahko razložili ta pojav, so eritrocite zdravili z encimom Heparinaza in jih nato izpostavili pogojem, ugodnim za nastanek rozet ter opazovali dobljene rezultate. IGFBP7 opozori parazite na prihod monocitov, nato parazit ta protein uporabi kot most, ki se poveže še z dvema človeškima proteinoma na zdravem eritrocitu in tako pomaga pri tvorjenju.

=== Eva Ratajc: Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika ===
Virus Zahodnega Nila (WNV) je glavni povzročitelj virusnega encefalitisa v Združenih državah Amerike. Tudi okužbe z virusom zika (ZIKV) povzročajo resne nevrološke bolezni in prirojene napake. Znano je, da ima pri sproženju imunskega odziva pomembno vlogo Z-DNA vezavni protein 1 (ZBP1). Z-DNA vezavni protein (ZPB1) je citoplazmatski DNA-senzor, ki služi kot receptor za prepoznavanje molekularnih vzorcev. Ob okužbi telesa z virusom zika in virusom Zahodnega Nila se poveča izražanje ZBP1 v mišjih možganih. Zaradi tega so raziskovalci želeli raziskati vlogo ZBP1 pri omejitvi patogeneze pri osebkih, okuženih z navedenima virusoma. Pri miših z izbitim genom za ZBP1 −/− so zaznali višjo stopnjo okužb in višjo smrtnost po okužbi tako s smrtonosno kot z nesmrtonosno obliko virusa Zahodnega Nila kot pri miših divjega tipa (WT). Raziskovalci so ugotovili, da ima ZBP1 ključno vlogo pri omejitvi patogeneze pri miših. ZBP1 prepreči širjenje okužbe WNV in ZIKV v primarnih mišjih celicah in je pomemben za preživetje osebkov z boleznimi, ki ju povzročata omenjena virusa. Pomanjkanje ZBP1 je povzročilo večje količine virusa v serumu in možganih pri ZBP1−/− miših v primerjavi z divjim tipom. Pri ZBP1−/− miših so zaznali tudi višje virusne titre, ki so jih povezali z znižanimi leveli protivirusnih citokinov in kemokinov.

=== Lana Kores: Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona ===
Ionski kanalček TRPA1 (znan tudi kot wasabi receptor) je receptor za dražilce, ki povzročajo akutno bolečino in nevrogeno vnetje. Toksin za wasabi receptor WaTx je toksin avstralskega škorpijona, ki s pasivno difuzijo preide čez membrano celice in se nato veže na TRPA1. WaTx deluje na podoben način kot elektofilni dražilci receptorja, le da v nasprotju z njimi kanalčka ne odpre direktno, ampak le stabilizira njegovo odprto stanje in tako zmanjša prepustnost za Ca2+ ione. Koncentracija Ca2+ ionov je zato zadostna, da povzroči akutno bolečino, ne pa dovolj velika, da bi prišlo do nevrogenega vnetja, kot npr. pri elektrofilnem dražilcu AITC.

Konec klepeta
Napiši sporočilo ...

TBK2020-seminar

2020-03-22T10:18:03Z

Lana Kores: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa|| || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih, ki izražajo sintetično protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || Predhodna identifikacija potencialnih tarč cepiva za COVID-19 koronavirus na podlagi imunoloških raziskav za Sars-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič ||Atomske strukture zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkrivajo transportni mehanizem gripe tipa B ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020-seminar

2020-03-17T18:09:30Z

Lana Kores: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch
|-
| Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc
|-
| Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || Preučevanje kronične bolečine s pomočjo toksina avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih, ki izražajo sintetično protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || Razvoj cepiva za COVID-19 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020-seminar

2020-03-17T18:05:10Z

Lana Kores: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch
|-
| Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc
|-
| Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || Preučevanje kronične bolečine s pomočjo toksina avstralskega škorpijona || http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2019.07.014 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih, ki izražajo sintetično protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || Razvoj cepiva za COVID-19 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020-seminar

2020-03-17T18:02:24Z

Lana Kores: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch
|-
| Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc
|-
| Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || Preučevanje kronične bolečine s pomočjo toksina škorpijona || http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2019.07.014 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih, ki izražajo sintetično protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || Razvoj cepiva za COVID-19 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.