Wiki FKKT - User contributions [en]

PETEXE - sistem za filtracijo mikroplastike v pralnih strojih

2020-04-12T15:59:26Z

Lanavogrinec:

PETEXE je iGEM projekt iz leta 2019, katerega avtorji so podiplomski študentje iz Univerze v Exeterju, Anglija. Cilj projekta je bil razrešiti problem kopičenja mikroplastike v oceanih z izdelavo filtracijskega sistema za pralne stroje na osnovi encimov, ki razgrajujejo poliestre.

Spletna stran projekta PETEXE, iGEM 2019, Exeter: https://2019.igem.org/Team:Exeter

Avtorica povzetka: Lana Vogrinec

=='''Mikroplastika'''==
Plastika je širok pojem, ki opisuje več vrst sorodnih polimernih materialov. Za človeka najuporabnejši plastični materiali so polipropilen, polietilen, polivinil klorid, polistiren in polietilen tereftalat. Prva odkritja plastike segajo v 19. stoletje, največji razvoj pa so tovrstni materiali doživeli v začetku 20. stoletja<ref> A. L. Andrady, M. A. Neal: Applications and Societal Benefits of Plastics. ''Philos. Trans. R. Soc. B Biol. Sci''. 2009, ''364'', 1977–1984.</ref>. Kljub raznovrstnim lastnostim in nepogrešljivosti plastičnih materialov, pa ima njena množična uporaba tudi negativne posledice. Med njimi je najbolj očitna nalaganje plastičnih izdelkov v okolju. Zaradi počasne razgradnje lahko tovrstni izdelki v okolju ostanejo več desetletij ali celo stoletij<ref>H. Webb, J. Arnott, R. Crawford, E. Ivanova: Plastic Degradation and Its Environmental Implications with Special Reference to Poly(Ethylene Terephthalate). ''Polymers (Basel)''. 2012, 5, 1–18.</ref>, še večji problem pa predstavljajo majhni vmesni produkti razgradnje, ki jih opišemo s pojmom mikroplastika. To so delci plastike, ki v dolžino merijo manj kot 5 mm in se najpogosteje kopičijo v vodah<ref>A. Collignon, J.-H. Hecq, F. Galgani, F. Collard, A. Goffart: Marine Pollution Bulletin Annual Variation in Neustonic Micro-and Meso-Plastic Particles and Zooplankton in the Bay of Calvi (Mediterranean-Corsica). 2014, 79, 293–298.</ref>. Ocenjuje se, da naj bi bilo v svetovnih oceanih med 15-51 bilijonov mikroplastičnih delcev<ref>E. van Sebille, C. Wilcox, L. Lebreton, N. Maximenko, B. D. Hardesty, J. A van Franeker, M. Eriksen, D. Siegel, F. Galgani, K. Lavender Law: A Global Inventory of Small Floating Plastic Debris. ''Environ. Res. Lett''. 2015, ''10''.</ref>, človek pa naj bi na račun tega tedensko zaužil kar do 5 g plastike<ref>K. Senathirajah, T. Palanisami. ''How Much Microplastics Are We Ingesting? Estimation of the Mass of Microplastics Ingested''. 6. 11. 2019. [citirano 9. 4. 2020.] https://www.newcastle.edu.au/newsroom/featured/plastic-ingestion-by-people-could-be-equating-to-a-credit-card-a-week/how-much-microplastics-are-we-ingesting-estimation-of-the-mass-of-microplastics-ingested</ref>.

=== Mikroplastika v modni industriji ===
Modna industrija je eden izmed največjih virov onesnaženja oceanov z mikroplastiko. Vzrok za to je vse pogostejša uporaba poliestrskih in drugih plastičnih materialov v tekstilnih izdelkih. Zaradi hitro se menjujočih modnih izdelkov na trgu se oblačila iz plastičnih materialov kopičijo na odpadih, še večji vir onesnaženja pa so mikroplastični delci, ki se izločijo skupaj z odpadno vodo med pranjem takšnih tekstilov. Tekom enega pranja naj bi se tako sprostilo med
124-308 mg plastičnih vlaken na kg opranega perila<ref>F. De Falco, E. Di Pace, M. Cocca, M. Avella: The Contribution of Washing Processes of Synthetic Clothes to Microplastic Pollution. ''Sci. Rep''. 2019, ''9'', 1–11</ref>. Zaradi uporabnosti in nizke cene poliestra je malo verjetno, da bo v prihodnosti raba tega materiala v modni industriji upadla. Zato je bil cilj projekta PETEXE razvoj alternativne metode za odstranjevanje plastičnih vlaken, ki nastajajo ob pranju oblačil.

=='''Projekt PETEXE'''==
Osnovna ideja članov skupine projekta PETEXE je bila razviti sistem za učinkovito filtracijo mikroplastičnih vlaken, ki nastajajo ob pranju perila v pralnih strojih. Projekt so razdelili na dva dela: izdelavo mehanskega filtra in pridelavo encimov za razgradnjo plastike s sinteznobiološkim pristopom. Znotraj slednjega so si zastavili iskanje in optimizacijo encimov za razgradnjo polietilen teraftalat (PET), ki spada v skupino poliestrov<ref>''Polyethylene terephthalate: Structure, Properties, & Uses''. Britannica. 25. 7. 2018. [citirano 9. 4. 2020.] https://www.britannica.com/science/polyethylene-terephthalate.</ref>. Končen produkt naj bi bil sestavljen iz filtra, ki bi ujel mikroplastična vlakna iz vode ob pranju perila, in encimskih komponent, ki bi omenjena vlakna razgradila in situ.

=== Encimi za razgradnjo PET-a ===
PET je močan, mehansko stabilen in precej odporen polimer, ki dobro prenaša kemijsko in toplotno razgradnjo<ref>S. Venkatachalam, S. G. Nayak, J. V Labde, P. R. Gharal, K. Rao, A. K. Kelkar: Degradation and Recyclability of Poly (Ethylene Terephthalate). 2012.</ref>. V naravi je bilo odkritih nekaj encimov, ki imajo ob svoji osnovni encimske aktivnosti tudi sposobnost razgradnje PET-a. Primer takšnega encima je kutinaza iz bakterije ''Thermobifida alba''<ref>D. Ribitsch, E. H. Acero, K. Greimel, I. Eiteljoerg, E. Trotscha, G. Freddi, H. Schwab, G. M. Guebitz: Characterization of a New Cutinase from Thermobifida Alba for PET-Surface Hydrolysis. In ''Biocatalysis and Biotransformation''; Taylor & Francis Group. 2012, ''30'', 2–9.</ref>. Encimska razgradnja PET-a poteka v dveh korakih. Najprej se PET razgradi na mono-2-hidroksietil tereftalat (MHET), bis(2-hidroksietil)tereftalat (BHET) in tereftalično kislino (TPA). MHET se lahko nato dalje razgradi do TPA in etilen glikola (EG). Encima, ki razgrajujeta izključno PET in MHET, sta bila odkrita leta 2016 v bakteriji ''Ideonella sakaiensis'' in sta bila produktom ustrezno poimenovana PETaza in MHETaza. Za razgradnjo na osnovne enote, ki so neškodljive za okolje, sta potrebna oba<ref>S. Yoshida, K. Hiraga, T. Takehana, I. Taniguchi, H. Yamaji, Y. Maeda, K. Toyohara, K. Miyamoto, Y. Kimura, K. Oda: A Bacterium That Degrades and Assimilates Poly(Ethylene Terephthalate). ''Science (80-. )''. 2016</ref>. Encima za razgradnjo BHET-a v naravi niso odkrili, pokazano pa je bilo, da se z uvedbo določenih mutacij MHETazna aktivnost spremeni v BHETazno<ref>G. J. Palm, L. Reisky, D. Böttcher, H. Müller, E. A. P. Michels, M. C. Walczak, L. Berndt, M. S. Weiss, U. T. Bornscheuer, G. Weber: Structure of the Plastic-Degrading Ideonella Sakaiensis MHETase Bound to a Substrate. ''Nat. Commun.'' 2019, ''10'', 1–10.</ref>.

=== Načrtovanje konstruktov ===
Načrt članov projekta PETEXE je bil sintetizirati vse encime, potrebne za dokončno razgradnjo PET-a na osnovne, neškodljive enote. Za izhodišče so vzeli PETazo in MHETazo iz bakterije ''Ideonella sakaiensis'', prav tako pa so želeli pripraviti tudi encim z BHETazno aktivnostjo, ki bi zaključil pot razgradnje. V začetku so se izdelave lotili iz dveh smeri, in sicer s pripravo sevov E. coli, ki bi encime izločali v okolico ter z izolacijo čistih rekombinantnih proteinov. Temu ustrezno so pripravili več različnih konstruktov.

Vsi pripravljeni konstrukti so vsebovali inducibilen T7 promotor, RBS, terminator in N-končno heksahistidinsko oznako (6xHis). Set konstruktov za zunajcelično izražanje so pripravili z združitvijo sintetiziranih genov, promotorja, RBS-ja in terminatorja v vektorju pX1800 s kloniranjem na podlagi tipa IIs restriktaz. Tovrstni konstrukti so vsebovali tudi enega izmed signalnih peptidov, lamB ali malE, za zunajcelično lokalizacijo. Set konstruktov za znotrajcelično izražanje in nadaljnje čiščenje je za njih v celoti sintetiziralo podjetje TWIST v vektorju pET28.

Konstrukti znotraj posameznih setov so se med seboj razlikovali v kodirajoči regiji in po uporabljenem signalnem peptidu v primeru konstruktov za zunajcelično izražanje. Namen izražanja različnih kodirajočih regij encimov je bil poiskati takšne, ki bi imeli večjo aktivnost in termično stabilnost v primerjavi z divjimi tipi. V osnovi so kodirajoče regije razdelili na tri skupine: PETaze, MHETaze in BHETaze. Znotraj skupine PETaz so kandidate za konstrukte poiskali na dva načina: z upoštevanjem predhodno testiranih mutacij, objavljenih v literaturi, in z metodo rekonstrukcije prednikov. V skupini MHETaz so prav tako znane mutacije za povečanje učinkovitosti, navedene v literaturi. BHETaze so pripravili z uvedbo dveh kombinacij mutacij, za katere je znano, da spremenijo MHETazno aktivnost v BHETazno.

==== Registrirane biokocke ====
V okviru projekta PETEXE so člani skupine v sinteznobiološki register deponirali 22 novih biokock. Razdelili so jih v štiri kategorije: PETaze, pridobljene z uvedbo mutacij iz literature (8); PETaze, pridobljene z metodo rekonstrukcije prednikov (4), MHETaze (5) in BHETaze (4). Biokocke ustrezajo zgoraj opisanim konstruktom in se med seboj razlikujejo samo v kodirajoči regiji ter v regiji signalnega peptida. Vse biokocke imajo optimizirano rabo kodonov za ''E. coli'', sev K12.

=== Sinteza encimov ===
Za izražanje so uporabili ''E. coli'', sev Arctic Express. Izmed opisanih konstruktov so uspešno izrazili dva encima z BHETazno aktivnostjo, BHETazo 1 z mutacijama S416A in F424N ([http://parts.igem.org/Part:BBa_K3039005 BBa_K3039005]) in BHETazo 2 z mutacijami R411A, S419G in F424N ([http://parts.igem.org/Part:BBa_K3039006 BBa_K3039006]). BHETazi so izolirali z nikljevo afinitetno kromatografijo, niso pa ju uspeli očistiti z gelsko izključitveno kromatografijo. Uspešno so sintetizirali štiri PETaze iz konstruktov, pridobljenih z uvedbo mutacij iz literature: PETazo S121E_D186H_R280 ([http://parts.igem.org/Part:BBa_K3039003 BBa_K3039003]), PETazo R280A ([http://parts.igem.org/Part:BBa_K3039000 BBa_K3039000]), PETazo T88A_S121E_D186H_R280A ([http://parts.igem.org/Part:BBa_K3039001 BBa_K3039001]) in PETazo T88A_S93M_S121E_W159F_D186H_R280A ([http://parts.igem.org/Part:BBa_K3039002 BBa_K3039002]). Imena PETaz se nanašajo na mutacije, ki so bile uvedene. Prav tako so uspešno sinetizirali štiri PETaze, pridobljene z rekonstrukcijo prednikov (PETaza 1: [http://parts.igem.org/Part:BBa_K3039017 BBa_K3039017], PETaza 2: [http://parts.igem.org/Part:BBa_K3039018 BBa_K3039018], PETaza 3: [http://parts.igem.org/Part:BBa_K3039019 BBa_K3039019], PETaza 4: [http://parts.igem.org/Part:BBa_K3039020 BBa_K3039020]). Vseh osem PETaz so uspešno izolirali z nikljevo afinitetno kromatografijo in očistili z gelsko izključitveno kromatografijo. Pri izražanju MHETaznih konstruktov niso bili uspešni, saj nobene izmed MHETaz niso mogli izolirati v dovolj velikih količinah za nadaljnja testiranja.

=== Testiranje učinkovitosti ===
V sklopu testiranja učinkovitosti pridobljenih encimov so želeli preveriti njihovo encimsko aktivnost in termično stabilnost ter jih primerjati z lastnostmi divjih tipov, iz katerih so izhajali. Encimsko aktivnost so preverili z esteraznim testom in testom encimske razgradnje mikroplastičnih vlaken, izoliranih iz filtra pralnega stroja.

==== BHETaze ====
Esterazni test za BHETaze so izvajali s čistim substratom BHET, pri čemer so encim v treh različnih koncentracijah (250, 500 in 1000 µM) inkubirali s substratom 24 ur pri 30 °C. Učinkovitost encima so preverili z merjenjem koncentracije produktov razgradnje (BHET, MHET in TPA) s HPLC-jem. V primeru obeh BHETaz so ugotovili, da se z večanjem koncentracije encima veča koncentracija MHET-a in zmanjšuje koncentracija BHET-a. To je v skladu s pričakovanji in potrdi hipotezo, da z uvedbo omenjenih mutacij encim z MHETazno aktivnostjo pridobi BHETazno aktivnost. Primerjave učinkovitosti z divjim tipom niso možne, saj izhodiščni encim nima BHETazne aktivnosti. Testa učinkovitosti razgradnje na mikroplastičnih vlaknih in testa termične stabilnosti na BHETazah niso izvedli oziroma rezultati niso prikazani.

==== PETaze ====
Esterazne teste za PETaze so izvajali s substratom p-nitrofenol acetatom, pri čemer so aktivnost spremljali spektrofotometrično pri 405 nm z merjenjem sproščenega p-nitrofenola. Prav tako so aktivnost PETaz preverili na mikroplastičnih vlaknih z različnimi koncentracijami encima (50-2000 µM). Encime so z vlakni inkubirali 76 ur in nato preverili koncentracije produktov razgradnje s HPLC-jem. Termično stabilnost so preverili z enourno inkubacijo encimov pri temperaturah med 20 in 90 °C. Izmed vseh PETaz je pri vseh testih najboljše rezultate dosegla PETaza S121E_D186H_R280. Učinkovito je razgradila substrat v različnih koncentracijah in izkazala večjo termično stabilnost kot preostale PETaze in PETaza divjega tipa. Prav tako je uspešno razgradila mikrovlakna PET-a.

== '''Zaključek''' ==
Cilj projekta PETEXE je bil spopasti se s težavo prekomernega kopičenja mikroplastike, katere primarni vir so oblačila iz poliestrskih materialov, ki ob pranju v vodo sproščajo mikroplastična vlakna. Njihova ideja je temeljila na filtrirnem sistemu, ki bi ob mehanskem zajemanju vlaken le-ta še encimsko razgradil in s tem onemogočil njihovo nalaganje v vodah. Kljub uspešni pripravi encimov z zmožnostjo razgradnje PET-a in mehanskega filtrirnega sistema, pa študentom tekom projekta ni uspelo proizvesti končnega izdelka z združitvijo obeh komponent.

== '''Viri''' ==
<references/>

PETEXE - sistem za filtracijo mikroplastike v pralnih strojih

2020-04-12T15:51:37Z

Lanavogrinec:

PETEXE je iGEM projekt iz leta 2019, katerega avtorji so podiplomski študentje iz Univerze v Exeterju, Anglija. Cilj projekta je bil razrešiti problem kopičenja mikroplastike v oceanih z izdelavo filtracijskega sistema za pralne stroje na osnovi encimov, ki razgrajujejo poliestre.

Spletna stran projekta iGEM 2019 Exeter: [[https://2019.igem.org/Team:Exeter]]

Avtorica povzetka: Lana Vogrinec

=='''Mikroplastika'''==
Plastika je širok pojem, ki opisuje več vrst sorodnih polimernih materialov. Za človeka najuporabnejši plastični materiali so polipropilen, polietilen, polivinil klorid, polistiren in polietilen tereftalat. Prva odkritja plastike segajo v 19. stoletje, največji razvoj pa so tovrstni materiali doživeli v začetku 20. stoletja<ref> A. L. Andrady, M. A. Neal: Applications and Societal Benefits of Plastics. ''Philos. Trans. R. Soc. B Biol. Sci''. 2009, ''364'', 1977–1984.</ref>. Kljub raznovrstnim lastnostim in nepogrešljivosti plastičnih materialov, pa ima njena množična uporaba tudi negativne posledice. Med njimi je najbolj očitna nalaganje plastičnih izdelkov v okolju. Zaradi počasne razgradnje lahko tovrstni izdelki v okolju ostanejo več desetletij ali celo stoletij<ref>H. Webb, J. Arnott, R. Crawford, E. Ivanova: Plastic Degradation and Its Environmental Implications with Special Reference to Poly(Ethylene Terephthalate). ''Polymers (Basel)''. 2012, 5, 1–18.</ref>, še večji problem pa predstavljajo majhni vmesni produkti razgradnje, ki jih opišemo s pojmom mikroplastika. To so delci plastike, ki v dolžino merijo manj kot 5 mm in se najpogosteje kopičijo v vodah<ref>A. Collignon, J.-H. Hecq, F. Galgani, F. Collard, A. Goffart: Marine Pollution Bulletin Annual Variation in Neustonic Micro-and Meso-Plastic Particles and Zooplankton in the Bay of Calvi (Mediterranean-Corsica). 2014, 79, 293–298.</ref>. Ocenjuje se, da naj bi bilo v svetovnih oceanih med 15-51 bilijonov mikroplastičnih delcev<ref>E. van Sebille, C. Wilcox, L. Lebreton, N. Maximenko, B. D. Hardesty, J. A van Franeker, M. Eriksen, D. Siegel, F. Galgani, K. Lavender Law: A Global Inventory of Small Floating Plastic Debris. ''Environ. Res. Lett''. 2015, ''10''.</ref>, človek pa naj bi na račun tega tedensko zaužil kar do 5 g plastike<ref>K. Senathirajah, T. Palanisami. ''How Much Microplastics Are We Ingesting? Estimation of the Mass of Microplastics Ingested''. 6. 11. 2019. [citirano 9. 4. 2020.] https://www.newcastle.edu.au/newsroom/featured/plastic-ingestion-by-people-could-be-equating-to-a-credit-card-a-week/how-much-microplastics-are-we-ingesting-estimation-of-the-mass-of-microplastics-ingested</ref>.

=== Mikroplastika v modni industriji ===
Modna industrija je eden izmed največjih virov onesnaženja oceanov z mikroplastiko. Vzrok za to je vse pogostejša uporaba poliestrskih in drugih plastičnih materialov v tekstilnih izdelkih. Zaradi hitro se menjujočih modnih izdelkov na trgu se oblačila iz plastičnih materialov kopičijo na odpadih, še večji vir onesnaženja pa so mikroplastični delci, ki se izločijo skupaj z odpadno vodo med pranjem takšnih tekstilov. Tekom enega pranja naj bi se tako sprostilo med
124-308 mg plastičnih vlaken na kg opranega perila<ref>F. De Falco, E. Di Pace, M. Cocca, M. Avella: The Contribution of Washing Processes of Synthetic Clothes to Microplastic Pollution. ''Sci. Rep''. 2019, ''9'', 1–11</ref>. Zaradi uporabnosti in nizke cene poliestra je malo verjetno, da bo v prihodnosti raba tega materiala v modni industriji upadla. Zato je bil cilj projekta PETEXE razvoj alternativne metode za odstranjevanje plastičnih vlaken, ki nastajajo ob pranju oblačil.

=='''Projekt PETEXE'''==
Osnovna ideja članov skupine projekta PETEXE je bila razviti sistem za učinkovito filtracijo mikroplastičnih vlaken, ki nastajajo ob pranju perila v pralnih strojih. Projekt so razdelili na dva dela: izdelavo mehanskega filtra in pridelavo encimov za razgradnjo plastike s sinteznobiološkim pristopom. Znotraj slednjega so si zastavili iskanje in optimizacijo encimov za razgradnjo polietilen teraftalat (PET), ki spada v skupino poliestrov<ref>''Polyethylene terephthalate: Structure, Properties, & Uses''. Britannica. 25. 7. 2018. [citirano 9. 4. 2020.] https://www.britannica.com/science/polyethylene-terephthalate.</ref>. Končen produkt naj bi bil sestavljen iz filtra, ki bi ujel mikroplastična vlakna iz vode ob pranju perila, in encimskih komponent, ki bi omenjena vlakna razgradila in situ.

=== Encimi za razgradnjo PET-a ===
PET je močan, mehansko stabilen in precej odporen polimer, ki dobro prenaša kemijsko in toplotno razgradnjo<ref>S. Venkatachalam, S. G. Nayak, J. V Labde, P. R. Gharal, K. Rao, A. K. Kelkar: Degradation and Recyclability of Poly (Ethylene Terephthalate). 2012.</ref>. V naravi je bilo odkritih nekaj encimov, ki imajo ob svoji osnovni encimske aktivnosti tudi sposobnost razgradnje PET-a. Primer takšnega encima je kutinaza iz bakterije ''Thermobifida alba''<ref>D. Ribitsch, E. H. Acero, K. Greimel, I. Eiteljoerg, E. Trotscha, G. Freddi, H. Schwab, G. M. Guebitz: Characterization of a New Cutinase from Thermobifida Alba for PET-Surface Hydrolysis. In ''Biocatalysis and Biotransformation''; Taylor & Francis Group. 2012, ''30'', 2–9.</ref>. Encimska razgradnja PET-a poteka v dveh korakih. Najprej se PET razgradi na mono-2-hidroksietil tereftalat (MHET), bis(2-hidroksietil)tereftalat (BHET) in tereftalično kislino (TPA). MHET se lahko nato dalje razgradi do TPA in etilen glikola (EG). Encima, ki razgrajujeta izključno PET in MHET, sta bila odkrita leta 2016 v bakteriji ''Ideonella sakaiensis'' in sta bila produktom ustrezno poimenovana PETaza in MHETaza. Za razgradnjo na osnovne enote, ki so neškodljive za okolje, sta potrebna oba<ref>S. Yoshida, K. Hiraga, T. Takehana, I. Taniguchi, H. Yamaji, Y. Maeda, K. Toyohara, K. Miyamoto, Y. Kimura, K. Oda: A Bacterium That Degrades and Assimilates Poly(Ethylene Terephthalate). ''Science (80-. )''. 2016</ref>. Encima za razgradnjo BHET-a v naravi niso odkrili, pokazano pa je bilo, da se z uvedbo določenih mutacij MHETazna aktivnost spremeni v BHETazno<ref>G. J. Palm, L. Reisky, D. Böttcher, H. Müller, E. A. P. Michels, M. C. Walczak, L. Berndt, M. S. Weiss, U. T. Bornscheuer, G. Weber: Structure of the Plastic-Degrading Ideonella Sakaiensis MHETase Bound to a Substrate. ''Nat. Commun.'' 2019, ''10'', 1–10.</ref>.

=== Načrtovanje konstruktov ===
Načrt članov projekta PETEXE je bil sintetizirati vse encime, potrebne za dokončno razgradnjo PET-a na osnovne, neškodljive enote. Za izhodišče so vzeli PETazo in MHETazo iz bakterije ''Ideonella sakaiensis'', prav tako pa so želeli pripraviti tudi encim z BHETazno aktivnostjo, ki bi zaključil pot razgradnje. V začetku so se izdelave lotili iz dveh smeri, in sicer s pripravo sevov E. coli, ki bi encime izločali v okolico ter z izolacijo čistih rekombinantnih proteinov. Temu ustrezno so pripravili več različnih konstruktov.

Vsi pripravljeni konstrukti so vsebovali inducibilen T7 promotor, RBS, terminator in N-končno heksahistidinsko oznako (6xHis). Set konstruktov za zunajcelično izražanje so pripravili z združitvijo sintetiziranih genov, promotorja, RBS-ja in terminatorja v vektorju pX1800 s kloniranjem na podlagi tipa IIs restriktaz. Tovrstni konstrukti so vsebovali tudi enega izmed signalnih peptidov, lamB ali malE, za zunajcelično lokalizacijo. Set konstruktov za znotrajcelično izražanje in nadaljnje čiščenje je za njih v celoti sintetiziralo podjetje TWIST v vektorju pET28.

Konstrukti znotraj posameznih setov so se med seboj razlikovali v kodirajoči regiji in po uporabljenem signalnem peptidu v primeru konstruktov za zunajcelično izražanje. Namen izražanja različnih kodirajočih regij encimov je bil poiskati takšne, ki bi imeli večjo aktivnost in termično stabilnost v primerjavi z divjimi tipi. V osnovi so kodirajoče regije razdelili na tri skupine: PETaze, MHETaze in BHETaze. Znotraj skupine PETaz so kandidate za konstrukte poiskali na dva načina: z upoštevanjem predhodno testiranih mutacij, objavljenih v literaturi, in z metodo rekonstrukcije prednikov. V skupini MHETaz so prav tako znane mutacije za povečanje učinkovitosti, navedene v literaturi. BHETaze so pripravili z uvedbo dveh kombinacij mutacij, za katere je znano, da spremenijo MHETazno aktivnost v BHETazno.

==== Registrirane biokocke ====
V okviru projekta PETEXE so člani skupine v sinteznobiološki register deponirali 22 novih biokock. Razdelili so jih v štiri kategorije: PETaze, pridobljene z uvedbo mutacij iz literature (8); PETaze, pridobljene z metodo rekonstrukcije prednikov (4), MHETaze (5) in BHETaze (4). Biokocke ustrezajo zgoraj opisanim konstruktom in se med seboj razlikujejo samo v kodirajoči regiji ter v regiji signalnega peptida. Vse biokocke imajo optimizirano rabo kodonov za ''E. coli'', sev K12.

=== Sinteza encimov ===
Za izražanje so uporabili ''E. coli'', sev Arctic Express. Izmed opisanih konstruktov so uspešno izrazili dva encima z BHETazno aktivnostjo, BHETazo 1 z mutacijama S416A in F424N (BBa_K3039005) in BHETazo 2 z mutacijami R411A, S419G in F424N (BBa_K3039006). BHETazi so izolirali z nikljevo afinitetno kromatografijo, niso pa ju uspeli očistiti z gelsko izključitveno kromatografijo. Uspešno so sintetizirali štiri PETaze iz konstruktov, pridobljenih z uvedbo mutacij iz literature: PETazo S121E_D186H_R280 (BBa_K3039003), PETazo R280A (BBa_K3039000), PETazo T88A_S121E_D186H_R280A (BBa_K3039001) in PETazo T88A_S93M_S121E_W159F_D186H_R280A (BBa_K3039002). Imena PETaz se nanašajo na mutacije, ki so bile uvedene. Prav tako so uspešno sinetizirali štiri PETaze, pridobljene z rekonstrukcijo prednikov (PETaza 1: BBa_K3039017, PETaza 2: BBa_K3039018, PETaza 3: BBa_K3039019, PETaza 4: BBa_K3039020). Vseh osem PETaz so uspešno izolirali z nikljevo afinitetno kromatografijo in očistili z gelsko izključitveno kromatografijo. Pri izražanju MHETaznih konstruktov niso bili uspešni, saj nobene izmed MHETaz niso mogli izolirati v dovolj velikih količinah za nadaljnja testiranja.

=== Testiranje učinkovitosti ===
V sklopu testiranja učinkovitosti pridobljenih encimov so želeli preveriti njihovo encimsko aktivnost in termično stabilnost ter jih primerjati z lastnostmi divjih tipov, iz katerih so izhajali. Encimsko aktivnost so preverili z esteraznim testom in testom encimske razgradnje mikroplastičnih vlaken, izoliranih iz filtra pralnega stroja.

==== BHETaze ====
Esterazni test za BHETaze so izvajali s čistim substratom BHET, pri čemer so encim v treh različnih koncentracijah (250, 500 in 1000 µM) inkubirali s substratom 24 ur pri 30 °C. Učinkovitost encima so preverili z merjenjem koncentracije produktov razgradnje (BHET, MHET in TPA) s HPLC-jem. V primeru obeh BHETaz so ugotovili, da se z večanjem koncentracije encima veča koncentracija MHET-a in zmanjšuje koncentracija BHET-a. To je v skladu s pričakovanji in potrdi hipotezo, da z uvedbo omenjenih mutacij encim z MHETazno aktivnostjo pridobi BHETazno aktivnost. Primerjave učinkovitosti z divjim tipom niso možne, saj izhodiščni encim nima BHETazne aktivnosti. Testa učinkovitosti razgradnje na mikroplastičnih vlaknih in testa termične stabilnosti na BHETazah niso izvedli oziroma rezultati niso prikazani.

==== PETaze ====
Esterazne teste za PETaze so izvajali s substratom p-nitrofenol acetatom, pri čemer so aktivnost spremljali spektrofotometrično pri 405 nm z merjenjem sproščenega p-nitrofenola. Prav tako so aktivnost PETaz preverili na mikroplastičnih vlaknih z različnimi koncentracijami encima (50-2000 µM). Encime so z vlakni inkubirali 76 ur in nato preverili koncentracije produktov razgradnje s HPLC-jem. Termično stabilnost so preverili z enourno inkubacijo encimov pri temperaturah med 20 in 90 °C. Izmed vseh PETaz je pri vseh testih najboljše rezultate dosegla PETaza S121E_D186H_R280. Učinkovito je razgradila substrat v različnih koncentracijah in izkazala večjo termično stabilnost kot preostale PETaze in PETaza divjega tipa. Prav tako je uspešno razgradila mikrovlakna PET-a.

== '''Zaključek''' ==
Cilj projekta PETEXE je bil spopasti se s težavo prekomernega kopičenja mikroplastike, katere primarni vir so oblačila iz poliestrskih materialov, ki ob pranju v vodo sproščajo mikroplastična vlakna. Njihova ideja je temeljila na filtrirnem sistemu, ki bi ob mehanskem zajemanju vlaken le-ta še encimsko razgradil in s tem onemogočil njihovo nalaganje v vodah. Kljub uspešni pripravi encimov z zmožnostjo razgradnje PET-a in mehanskega filtrirnega sistema, pa študentom tekom projekta ni uspelo proizvesti končnega izdelka z združitvijo obeh komponent.

== '''Viri''' ==
<references/>

PETEXE - sistem za filtracijo mikroplastike v pralnih strojih

2020-04-12T15:44:45Z

Lanavogrinec: New page: PETEXE je iGEM projekt iz leta 2019, katerega avtorji so podiplomski študentje iz Univerze v Exeterju, Anglija. Cilj projekta je bil razrešiti problem kopičenja mikroplastike v oceanih ...

PETEXE je iGEM projekt iz leta 2019, katerega avtorji so podiplomski študentje iz Univerze v Exeterju, Anglija. Cilj projekta je bil razrešiti problem kopičenja mikroplastike v oceanih z izdelavo filtracijskega sistema za pralne stroje na osnovi encimov, ki razgrajujejo poliestre.

Avtorica povzetka: Lana Vogrinec

=='''Mikroplastika'''==
Plastika je širok pojem, ki opisuje več vrst sorodnih polimernih materialov. Za človeka najuporabnejši plastični materiali so polipropilen, polietilen, polivinil klorid, polistiren in polietilen tereftalat. Prva odkritja plastike segajo v 19. stoletje, največji razvoj pa so tovrstni materiali doživeli v začetku 20. stoletja<ref> A. L. Andrady, M. A. Neal: Applications and Societal Benefits of Plastics. ''Philos. Trans. R. Soc. B Biol. Sci''. 2009, ''364'', 1977–1984.</ref>. Kljub raznovrstnim lastnostim in nepogrešljivosti plastičnih materialov, pa ima njena množična uporaba tudi negativne posledice. Med njimi je najbolj očitna nalaganje plastičnih izdelkov v okolju. Zaradi počasne razgradnje lahko tovrstni izdelki v okolju ostanejo več desetletij ali celo stoletij<ref>H. Webb, J. Arnott, R. Crawford, E. Ivanova: Plastic Degradation and Its Environmental Implications with Special Reference to Poly(Ethylene Terephthalate). ''Polymers (Basel)''. 2012, 5, 1–18.</ref>, še večji problem pa predstavljajo majhni vmesni produkti razgradnje, ki jih opišemo s pojmom mikroplastika. To so delci plastike, ki v dolžino merijo manj kot 5 mm in se najpogosteje kopičijo v vodah<ref>A. Collignon, J.-H. Hecq, F. Galgani, F. Collard, A. Goffart: Marine Pollution Bulletin Annual Variation in Neustonic Micro-and Meso-Plastic Particles and Zooplankton in the Bay of Calvi (Mediterranean-Corsica). 2014, 79, 293–298.</ref>. Ocenjuje se, da naj bi bilo v svetovnih oceanih med 15-51 bilijonov mikroplastičnih delcev<ref>E. van Sebille, C. Wilcox, L. Lebreton, N. Maximenko, B. D. Hardesty, J. A van Franeker, M. Eriksen, D. Siegel, F. Galgani, K. Lavender Law: A Global Inventory of Small Floating Plastic Debris. ''Environ. Res. Lett''. 2015, ''10''.</ref>, človek pa naj bi na račun tega tedensko zaužil kar do 5 g plastike<ref>K. Senathirajah, T. Palanisami. ''How Much Microplastics Are We Ingesting? Estimation of the Mass of Microplastics Ingested''. 6. 11. 2019. [citirano 9. 4. 2020.] https://www.newcastle.edu.au/newsroom/featured/plastic-ingestion-by-people-could-be-equating-to-a-credit-card-a-week/how-much-microplastics-are-we-ingesting-estimation-of-the-mass-of-microplastics-ingested</ref>.

=== Mikroplastika v modni industriji ===
Modna industrija je eden izmed največjih virov onesnaženja oceanov z mikroplastiko. Vzrok za to je vse pogostejša uporaba poliestrskih in drugih plastičnih materialov v tekstilnih izdelkih. Zaradi hitro se menjujočih modnih izdelkov na trgu se oblačila iz plastičnih materialov kopičijo na odpadih, še večji vir onesnaženja pa so mikroplastični delci, ki se izločijo skupaj z odpadno vodo med pranjem takšnih tekstilov. Tekom enega pranja naj bi se tako sprostilo med
124-308 mg plastičnih vlaken na kg opranega perila<ref>F. De Falco, E. Di Pace, M. Cocca, M. Avella: The Contribution of Washing Processes of Synthetic Clothes to Microplastic Pollution. ''Sci. Rep''. 2019, ''9'', 1–11</ref>. Zaradi uporabnosti in nizke cene poliestra je malo verjetno, da bo v prihodnosti raba tega materiala v modni industriji upadla. Zato je bil cilj projekta PETEXE razvoj alternativne metode za odstranjevanje plastičnih vlaken, ki nastajajo ob pranju oblačil.

=='''Projekt PETEXE'''==
Osnovna ideja članov skupine projekta PETEXE je bila razviti sistem za učinkovito filtracijo mikroplastičnih vlaken, ki nastajajo ob pranju perila v pralnih strojih. Projekt so razdelili na dva dela: izdelavo mehanskega filtra in pridelavo encimov za razgradnjo plastike s sinteznobiološkim pristopom. Znotraj slednjega so si zastavili iskanje in optimizacijo encimov za razgradnjo polietilen teraftalat (PET), ki spada v skupino poliestrov<ref>''Polyethylene terephthalate: Structure, Properties, & Uses''. Britannica. 25. 7. 2018. [citirano 9. 4. 2020.] https://www.britannica.com/science/polyethylene-terephthalate.</ref>. Končen produkt naj bi bil sestavljen iz filtra, ki bi ujel mikroplastična vlakna iz vode ob pranju perila, in encimskih komponent, ki bi omenjena vlakna razgradila in situ.

=== Encimi za razgradnjo PET-a ===
PET je močan, mehansko stabilen in precej odporen polimer, ki dobro prenaša kemijsko in toplotno razgradnjo<ref>S. Venkatachalam, S. G. Nayak, J. V Labde, P. R. Gharal, K. Rao, A. K. Kelkar: Degradation and Recyclability of Poly (Ethylene Terephthalate). 2012.</ref>. V naravi je bilo odkritih nekaj encimov, ki imajo ob svoji osnovni encimske aktivnosti tudi sposobnost razgradnje PET-a. Primer takšnega encima je kutinaza iz bakterije ''Thermobifida alba''<ref>D. Ribitsch, E. H. Acero, K. Greimel, I. Eiteljoerg, E. Trotscha, G. Freddi, H. Schwab, G. M. Guebitz: Characterization of a New Cutinase from Thermobifida Alba for PET-Surface Hydrolysis. In ''Biocatalysis and Biotransformation''; Taylor & Francis Group. 2012, ''30'', 2–9.</ref>. Encimska razgradnja PET-a poteka v dveh korakih. Najprej se PET razgradi na mono-2-hidroksietil tereftalat (MHET), bis(2-hidroksietil)tereftalat (BHET) in tereftalično kislino (TPA). MHET se lahko nato dalje razgradi do TPA in etilen glikola (EG). Encima, ki razgrajujeta izključno PET in MHET, sta bila odkrita leta 2016 v bakteriji ''Ideonella sakaiensis'' in sta bila produktom ustrezno poimenovana PETaza in MHETaza. Za razgradnjo na osnovne enote, ki so neškodljive za okolje, sta potrebna oba<ref>S. Yoshida, K. Hiraga, T. Takehana, I. Taniguchi, H. Yamaji, Y. Maeda, K. Toyohara, K. Miyamoto, Y. Kimura, K. Oda: A Bacterium That Degrades and Assimilates Poly(Ethylene Terephthalate). ''Science (80-. )''. 2016</ref>. Encima za razgradnjo BHET-a v naravi niso odkrili, pokazano pa je bilo, da se z uvedbo določenih mutacij MHETazna aktivnost spremeni v BHETazno<ref>G. J. Palm, L. Reisky, D. Böttcher, H. Müller, E. A. P. Michels, M. C. Walczak, L. Berndt, M. S. Weiss, U. T. Bornscheuer, G. Weber: Structure of the Plastic-Degrading Ideonella Sakaiensis MHETase Bound to a Substrate. ''Nat. Commun.'' 2019, ''10'', 1–10.</ref>.

=== Načrtovanje konstruktov ===
Načrt članov projekta PETEXE je bil sintetizirati vse encime, potrebne za dokončno razgradnjo PET-a na osnovne, neškodljive enote. Za izhodišče so vzeli PETazo in MHETazo iz bakterije ''Ideonella sakaiensis'', prav tako pa so želeli pripraviti tudi encim z BHETazno aktivnostjo, ki bi zaključil pot razgradnje. V začetku so se izdelave lotili iz dveh smeri, in sicer s pripravo sevov E. coli, ki bi encime izločali v okolico ter z izolacijo čistih rekombinantnih proteinov. Temu ustrezno so pripravili več različnih konstruktov.

Vsi pripravljeni konstrukti so vsebovali inducibilen T7 promotor, RBS, terminator in N-končno heksahistidinsko oznako (6xHis). Set konstruktov za zunajcelično izražanje so pripravili z združitvijo sintetiziranih genov, promotorja, RBS-ja in terminatorja v vektorju pX1800 s kloniranjem na podlagi tipa IIs restriktaz. Tovrstni konstrukti so vsebovali tudi enega izmed signalnih peptidov, lamB ali malE, za zunajcelično lokalizacijo. Set konstruktov za znotrajcelično izražanje in nadaljnje čiščenje je za njih v celoti sintetiziralo podjetje TWIST v vektorju pET28.

Konstrukti znotraj posameznih setov so se med seboj razlikovali v kodirajoči regiji in po uporabljenem signalnem peptidu v primeru konstruktov za zunajcelično izražanje. Namen izražanja različnih kodirajočih regij encimov je bil poiskati takšne, ki bi imeli večjo aktivnost in termično stabilnost v primerjavi z divjimi tipi. V osnovi so kodirajoče regije razdelili na tri skupine: PETaze, MHETaze in BHETaze. Znotraj skupine PETaz so kandidate za konstrukte poiskali na dva načina: z upoštevanjem predhodno testiranih mutacij, objavljenih v literaturi, in z metodo rekonstrukcije prednikov. V skupini MHETaz so prav tako znane mutacije za povečanje učinkovitosti, navedene v literaturi. BHETaze so pripravili z uvedbo dveh kombinacij mutacij, za katere je znano, da spremenijo MHETazno aktivnost v BHETazno.

==== Registrirane biokocke ====
V okviru projekta PETEXE so člani skupine v sinteznobiološki register deponirali 22 novih biokock. Razdelili so jih v štiri kategorije: PETaze, pridobljene z uvedbo mutacij iz literature (8); PETaze, pridobljene z metodo rekonstrukcije prednikov (4), MHETaze (5) in BHETaze (4). Biokocke ustrezajo zgoraj opisanim konstruktom in se med seboj razlikujejo samo v kodirajoči regiji ter v regiji signalnega peptida. Vse biokocke imajo optimizirano rabo kodonov za ''E. coli'', sev K12.

=== Sinteza encimov ===
Za izražanje so uporabili ''E. coli'', sev Arctic Express. Izmed opisanih konstruktov so uspešno izrazili dva encima z BHETazno aktivnostjo, BHETazo 1 z mutacijama S416A in F424N (BBa_K3039005) in BHETazo 2 z mutacijami R411A, S419G in F424N (BBa_K3039006). BHETazi so izolirali z nikljevo afinitetno kromatografijo, niso pa ju uspeli očistiti z gelsko izključitveno kromatografijo. Uspešno so sintetizirali štiri PETaze iz konstruktov, pridobljenih z uvedbo mutacij iz literature: PETazo S121E_D186H_R280 (BBa_K3039003), PETazo R280A (BBa_K3039000), PETazo T88A_S121E_D186H_R280A (BBa_K3039001) in PETazo T88A_S93M_S121E_W159F_D186H_R280A (BBa_K3039002). Imena PETaz se nanašajo na mutacije, ki so bile uvedene. Prav tako so uspešno sinetizirali štiri PETaze, pridobljene z rekonstrukcijo prednikov (PETaza 1: BBa_K3039017, PETaza 2: BBa_K3039018, PETaza 3: BBa_K3039019, PETaza 4: BBa_K3039020). Vseh osem PETaz so uspešno izolirali z nikljevo afinitetno kromatografijo in očistili z gelsko izključitveno kromatografijo. Pri izražanju MHETaznih konstruktov niso bili uspešni, saj nobene izmed MHETaz niso mogli izolirati v dovolj velikih količinah za nadaljnja testiranja.

=== Testiranje učinkovitosti ===
V sklopu testiranja učinkovitosti pridobljenih encimov so želeli preveriti njihovo encimsko aktivnost in termično stabilnost ter jih primerjati z lastnostmi divjih tipov, iz katerih so izhajali. Encimsko aktivnost so preverili z esteraznim testom in testom encimske razgradnje mikroplastičnih vlaken, izoliranih iz filtra pralnega stroja.

==== BHETaze ====
Esterazni test za BHETaze so izvajali s čistim substratom BHET, pri čemer so encim v treh različnih koncentracijah (250, 500 in 1000 µM) inkubirali s substratom 24 ur pri 30 °C. Učinkovitost encima so preverili z merjenjem koncentracije produktov razgradnje (BHET, MHET in TPA) s HPLC-jem. V primeru obeh BHETaz so ugotovili, da se z večanjem koncentracije encima veča koncentracija MHET-a in zmanjšuje koncentracija BHET-a. To je v skladu s pričakovanji in potrdi hipotezo, da z uvedbo omenjenih mutacij encim z MHETazno aktivnostjo pridobi BHETazno aktivnost. Primerjave učinkovitosti z divjim tipom niso možne, saj izhodiščni encim nima BHETazne aktivnosti. Testa učinkovitosti razgradnje na mikroplastičnih vlaknih in testa termične stabilnosti na BHETazah niso izvedli oziroma rezultati niso prikazani.

==== PETaze ====
Esterazne teste za PETaze so izvajali s substratom p-nitrofenol acetatom, pri čemer so aktivnost spremljali spektrofotometrično pri 405 nm z merjenjem sproščenega p-nitrofenola. Prav tako so aktivnost PETaz preverili na mikroplastičnih vlaknih z različnimi koncentracijami encima (50-2000 µM). Encime so z vlakni inkubirali 76 ur in nato preverili koncentracije produktov razgradnje s HPLC-jem. Termično stabilnost so preverili z enourno inkubacijo encimov pri temperaturah med 20 in 90 °C. Izmed vseh PETaz je pri vseh testih najboljše rezultate dosegla PETaza S121E_D186H_R280. Učinkovito je razgradila substrat v različnih koncentracijah in izkazala večjo termično stabilnost kot preostale PETaze in PETaza divjega tipa. Prav tako je uspešno razgradila mikrovlakna PET-a.

== '''Zaključek''' ==
Cilj projekta PETEXE je bil spopasti se s težavo prekomernega kopičenja mikroplastike, katere primarni vir so oblačila iz poliestrskih materialov, ki ob pranju v vodo sproščajo mikroplastična vlakna. Njihova ideja je temeljila na filtrirnem sistemu, ki bi ob mehanskem zajemanju vlaken le-ta še encimsko razgradil in s tem onemogočil njihovo nalaganje v vodah. Kljub uspešni pripravi encimov z zmožnostjo razgradnje PET-a in mehanskega filtrirnega sistema, pa študentom tekom projekta ni uspelo proizvesti končnega izdelka z združitvijo obeh komponent.

== '''Viri''' ==
<references/>

Seminarji SB 2019/20

2020-04-12T15:20:58Z

Lanavogrinec:

V študijskem letu 2019/20 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

Primer: 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MoClo:_modularni_klonirni_sistem_za_standardizirano_sestavljanje_ve%C4%8Dgenskih_konstruktov MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov] (Valentina Levak)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 
Primer: 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Phactory:_proizvodnja_bakteriofagov_za_precizno_zdravljenje Phactory: proizvodnja bakteriofagov za precizno zdravljenje] (Rok Miklavčič)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

----

Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu so možni največ 4 seminarji; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar):

15.4. 
1 [[Robustno večcelično računanje z uporabo gensko kodiranih vrat NE-ALI in kemičnih 'žic']] (Tanja Zupan) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETEXE_-_sistem_za_filtracijo_mikroplastike_v_pralnih_strojih PETEXE - sistem za filtracijo mikroplastike v pralnih strojih]
(Lana Vogrinec) 
3 Luka Lavrič 
4 Vesna Podgrajšek 

21.4. 
1 Žiga Vičič 
2 Tina Turel 
3 Anže Jenko 
4 Dunia Sahir 

22.4. 
1 Milica Janković 
2 Nika Testen 
3 Ana Obaha 
4 Ana Maklin 

5.5. 
1 Ajda Lenardič 
2 Jelena Štrbac 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Programabilni_enocelični_sesalski_bioračunalniki Programabilni enocelični sesalski bioračunalniki] (Andreja Habič) 
4 Uroš Prešern 

6.5. 
1 Sara Korošec 
2 Peter Škrinjar 
3 Luka Gregorič 
4 Urban Hribar 

12.5. 
1 Jerneja Nimac 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Orodje_za_modularno_sestavljanje_večgenskih_konstruktov_v_kvasovki: Orodje za modularno sestavljanje večgenskih konstruktov v kvasovki] (Katja Doberšek) 
3 Daria Latysheva 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularni_klonirni_sistem_MoClo_za_biološko_sintezo_v_mikroalgi_C._reinhardtii Modularni klonirni sistem MoClo za biološko sintezo v mikroalgi ''C. reinhardtii''] (Veronika Razpotnik) 

13.5. 
1 Ines Medved 
2 Željka Erić 
3 Patricija Miklavc 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEenirsko_pripravljeni_promotorji%2C_ki_omogo%C4%8Dajo_izra%C5%BEanje_ne_glede_na_%C5%A1tevilo_kopij Inženirsko pripravljeni promotorji, ki omogočajo izražanje ne glede na število kopij] (Benjamin Malovrh) 

19.5. 
1 Samo Purič 
2 Sara Jereb 
3 Primož Bembič 
4 Andrej Race 

20.5. 
1 Katja Malenšek 
2 Vid Modic 
3 Andrej Ivanovski 
4 Maja Globočnik 

26.5. 
1 Nika Zaveršek 
2 Janina Gea Cvikl 
3 
4 

27.5. Rezervni termin 
1 
2 
3 
4

BIO2 Seminar 2016

2016-11-02T21:00:55Z

Lanavogrinec: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Vida Štrancar || 12 || Zaznavanje vročine pri rastlinah || Jošt Hočevar || Neli Sedej || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Janja Murn || 12 || Wnt signalizacija in njena regulacija || Ana Halužan Vasle || Domen Vaupotič || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Katarina Petra van Midden || 12 || Nekroptoza- programirana celična smrt || Veronika Razpotnik || Tina Ivančir || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Dominik Rebek || 12 || Vloga proteinske družine Bcl-2 pri apoptozi || Maša Bratkovič || Katja Malenšek || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| Maksimiljan Adamek || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2016#Maksimiljan_Adamek:_Avksin_in_njegova_vloga_v_fototropizmu_rastlin Avksin in njegova vloga v fototropizmu rastlin] || David Dolhar || Maša Zorman || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| David Dolhar || 12 || Delovanje interferonov tipa I pri imunskem odzivu || Andrej Ivanovski || Jurij Nastran || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| Anja Šantl || 14-15 || || Vida Štrancar || Jošt Hočevar || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Lana Vogrinec || 14-15 || Metabolizem laktata v možganih || Janja Murn || Ana Halužan Vasle || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Ajda Cafun || 14-15 || || Katarina Petra van Midden || Ana Obaha || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Iztok Štuhec || 16 || || Dominik Rebek || Maša Bratkovič || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Valentina Novak || 16 || || Maksimiljan Adamek || David Dolhar || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Zala Živič || 16 || || Ana Obaha || Andrej Ivanovski || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Natalija Pucihar || 17 || || Mateja Luzar || Kristina Piškur || 15/11/16 || 17/11/16 || 22/11/16
|-
| Aljaž Božič || 17 || || Anja Šantl || Vida Štrancar || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Ajda Lenardič || 17 || || Lana Vogrinec || Janja Murn || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Tanja Peric || 17 || || Ajda Cafun || Katarina Petra van Midden || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Kristina Piškur || 18 || || Natalija Pucihar || Mateja Luzar || 22/11/16 || 24/11/16 || 29/11/16
|-
| Nejc Arh || 18 || || Iztok Štuhec || Dominik Rebek || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Tomaž Žigon || 18 || || Valentina Novak || Maksimiljan Adamek || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Urban Ferčec || 18 || || Zala Živič || Veronika Razpotnik || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Eva Klemenčič || 19 || || Aljaž Božič || Anja Šantl || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| David Titovšek || 19 || || Ajda Lenardič || Lana Vogrinec || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| Karmen Žbogar || 19 || || Tanja Peric || Ajda Cafun || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| Aljoša Marinko || 20 || || Nejc Arh || Iztok Štuhec || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Pia Lavriha || 20 || || Tomaž Žigon || Valentina Novak || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Samo Purič || 20 || || Urban Ferčec || Zala Živič || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Mateja Luzar || 21 || || Kristina Piškur || Natalija Pucihar || 13/12/16 || 15/12/16 || 20/12/16
|-
| Ela Hudovernik || 21 || || Eva Klemenčič || Aljaž Božič || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Neli Sedej || 21 || || David Titovšek || Ajda Lenardič || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Domen Vaupotič || 21 || || Karmen Žbogar || Tanja Peric || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Tina Ivančir || 22 || || Aljoša Marinko || Nejc Arh || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Katja Malenšek || 22 || || Pia Lavriha || Tomaž Žigon || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Maša Zorman || 22 || || Samo Purič || Urban Ferčec || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Jurij Nastran || 23 || || Ela Hudovernik || Eva Klemenčič || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Jošt Hočevar || 23 || || Neli Sedej || David Titovšek || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Ana Halužan Vasle || 23 || || Domen Vaupotič || Karmen Žbogar || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Ana Obaha || 23 || || Tina Ivančir || Aljoša Marinko || 10/01/17 || 12/01/17 || 17/01/17
|-
| Maša Bratkovič || 23 || || Katja Malenšek || Pia Lavriha || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|-
| Veronika Razpotnik || 23 || || Maša Zorman || Samo Purič|| 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|-
| Andrej Ivanovski || 23 || || Jurij Nastran || Ela Hudovernik || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2016|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev 2016

2016-11-02T20:52:53Z

Lanavogrinec: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2016/2017 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2016/2017 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2016 stran]

=== Ime in priimek: Moj naslov ===
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Praesent in turpis ligula. Vivamus eget placerat lorem. Donec condimentum blandit turpis. Donec eu mi in risus efficitur pellentesque at pretium augue. Pellentesque tincidunt molestie sem, molestie feugiat ante vestibulum ut. Fusce nisi risus, ullamcorper laoreet lectus in, convallis tincidunt ipsum. Etiam mattis consequat sapien et gravida. Praesent et tellus porta nisl euismod dignissim vitae ut nibh. Proin imperdiet magna non urna consectetur, non venenatis nulla egestas. Suspendisse suscipit enim ligula, nec convallis eros tincidunt eget. Phasellus eget orci et lacus faucibus venenatis. Aliquam maximus congue diam, a gravida elit scelerisque at. Nulla ut mi eros. In hac habitasse platea dictumst. Sed feugiat metus dictum turpis varius, vel fringilla massa auctor. Duis hendrerit maximus odio, nec molestie erat congue imperdiet. Phasellus in iaculis mauris. Fusce vel imperdiet elit, id tempus odio. Etiam mattis imperdiet dapibus. Integer tempus odio ut nunc laoreet, at maximus dolor ultrices. Morbi tempor magna orci, a scelerisque est ullamcorper a. Proin eu tempus ante. Phasellus molestie ipsum eget aliquam feugiat. Proin non malesuada mi, in rhoncus justo. Cras sodales accumsan arcu porta porttitor. Fusce porta consectetur interdum. Donec sed finibus odio, nec maximus neque. Mauris dictum sem vel.

=== Vida Štrancar: Zaznavanje vročine pri rastlinah ===
V zadnjem obdobju smo zaradi globalnih klimatskih sprememb priča vse daljšim vročinskim valom. Ker so rastline pritrjeni organizmi, neugodnim razmeram ne morejo ubežati. Na neugodne razmere se prilagajajo tako, da se posledično zmanjša njihov pridelek. Zato je raziskovanje načinov aklimatizacije in celičnih signalnih poti zelo aktualno. Rastline vročino zaznavajo na celičnem nivoju in sicer s pomočjo več različnih sistemov. Vročina v celicah vpliva na strukturo proteinov, nabiranje reaktivnih kisikovih zvrsti, fluidnost membrane. Celica lahko s pomočjo molekul, ki zaznavajo te spremembe aktivira gene, ki sprožijo odziv na povišanje temperature. Verjetno imajo najpomembnejšo vlogo pri sporočanju kalcijevi ioni, ki v celico vdrejo preko kalcijevih kanalčkov, ki se odprejo ob povišani temperaturi. V celici se poviša tudi koncentracija lipidnih signalnih molekul, ki regulirajo gene za odziv na vročino. Pri tovrstnem stresu pride do spremembe strukture proteinov. Te popravlja sistemski odziv, ki vključuje proteine toplotnega šoka (Hsp). Ti preprečujejo agregacijo proteinov, ki bi lahko posledično vodila v hude napake delovanja. Kot signal so v celici uporabljene reaktivne kisikove zvrsti (ROS), ki nastajajo kot produkt pri metabolnih procesih. V jedru se nahaja termosenzor, histon H2A.Z, ki se temperaturno odvisno veže na promotorje genov, ki so povezani z odzivom na temperaturne spremembe. Sistem zaznavanja vročine je pri rastlinah zelo kompleksen, povezave med različnimi potmi pa zaenkrat ostajajo še neznane.

=== Janja Murn: Wnt signalizacija in njena regulacija ===
Wnt signalizacija, ki jo sproži vezava wnt proteina na Fzd membranski receptor, igra eno ključnih vlog v embrionalnem razvoju in pri obnavljanju poškodovanega tkiva. V jedru tarčne celice namreč spodbudi izražanje rastnih faktorjev, ki usmerjajo diferenciacijo embrionalnih oz. odraslih matičnih celic v ustrezno vrsto celic. Pri signalizaciji ima pomembno vlogo β-katenin, ki v jedru tarčne celice deluje kot ko-aktivator transkripcije prej omenjenih rastnih faktorjev. V odsotnosti wnt liganda poteka v citosolu ubikvitinacija β-katenina v t. i. uničevalnem kompleksu in posledična njegova proteoliza. Vezava wnt-liganda na receptor pa povzroči konformacijske spremembe in razpad uničevalnega kompleksa. Koncentracija β-katenina naraste in zato se le ta lahko prenese v jedro. Napake v wnt signalizaciji celice lahko privedejo do nenadzorovanih celičnih delitev, razvoja tumorja, kot tudi do nepopolnega razvoja centralnega živčnega sistema in posledične motorične ter mentalne zaostalosti. V kratkem so bili v membrani odkriti regulatorni mehanizmi, ki zmanjšujejo možnost nastanka napak v signalizaciji in razvoj omenjenih bolezni. Notum protein na primer zaustavi signalizacijo s preoblikovanjem wnt liganda, ki se zato ne veže na receptor. Med tem ko sta ZNRF3/RNF43 značilni ubikvitinin ligazi, ki z razgradnjo receptorskega kompleksa uravnavajo pretirano signalizacijo. V kratkem pa so bili odkriti tudi specifični ko-faktorji, ki povečujejo specifičnost signalizacije. Dobro poznavanje regulatornih mehanizmov pa v zdravstvu predstavlja potencial razvoja novih terapevtskih metod za uspešen boj z zgoraj naštetimi boleznimi.

=== Katarina Petra van Midden: Nekroptoza - programirana celična smrt ===
Dolgo časa so bili znanstveniki prepričani, da obstajata le dve vrsti celične smrti. Programirana apoptoza ter naključna in neurejena nekroza. Pred približno dvajsetimi leti so odkrili, da nekatere tipe nekroze vodijo signalne poti in ni tako nekontrolirana, kot so prvotno mislili. Tako obliko celične smrti so poimenovali nekroptoza. Za razliko od apoptoze za njeno izvedbo ne potrebujemo kaspaz (cistein-aspartatnih proteaz), morfološko pa je podobna nekrozi. Sproži jo lahko več dejavnikov. V tem seminarju sem opisala signalno pot, ki jo sproži vezava TNFα na receptor TNFR1. Vezava na ta receptor uravnava tri procese. Preživetje celice, apoptozo in nekroptozo. Kateri izmed njih se bo zgodil je odvisno od tvorbe TNFR1 kompleksov I in II in nekrosomskega kompleksa, ter spleta signalnih molekul, ki uravnavajo prehode med njimi. Aktivatorja nekroptoze sta kinazi RIP1 in RIP3, ki postaneta aktivni, ko je kaspaza 8 in s tem apoptotična celična smrt inhibirana. Taka oblika nekroptoze je že dokaj dobro raziskana, čeprav njen evolucijski pomen še ni popolnoma jasen. Najverjetneje se je razvila kot pomožna oblika celične smrti, v primeru, da je apoptoza blokirana. V nekaterih primerih, ko nekroptoza omogoči hitrejši odziv na nevarnost pa se pojavlja tudi kot preferenčna oblika celične smrti. Nekroptoza igra pomembno vlogo pri različnih vnetnih, infekcijskih in degenerativnih boleznih, zato je raziskovanje njenega mehanizma pomembno tudi v medicinske namene.

=== Maksimiljan Adamek: Avksin in njegova vloga v fototropizmu rastlin ===
Hormoni kot signalne molekule niso pomembni zgolj v živalskih, temveč tudi v rastlinskih organizmih. Najbolj raziskano skupino rastlinskih hormonov predstavljajo avksini, med katerimi prevladuje indol-3-ocetna kislina. Znano je, da so avksini vpleteni v številne rastlinske procese: embriogenezo, organogenezo in različne tropizme. Avksin določa spremembe celičnih procesov na podlagi omogočanja transkripcije genov s specifičnim zaporedjem ARE v promotorski regiji. Izražanje teh genov inhibirajo proteini Aux/IAA. Klasična signalna pot avksina vključuje vezavo hormona na receptorje v jedru, kar preko promoviranja potrebnih proteinov vodi v ubikvitinacijo inhibitorjev transkripcije, razgradnjo inhibitorjev s proteasomom 26S in sprostitev transkripcije genov. Molekule avksina imajo tudi zanimivo lastnost prehajanja med celicami in tkivi. V transport avksina po rastlini so preko sistemov fosforilacij, defosforilacij in klatrinskih veziklov vključeni različni proteini, med katerimi so pomembni predvsem proteini PIN. Poleg klasične signalne poti imajo avksini še druge pomembne vloge v rastlini. Primer tega je vloga avksina v fototropizmu, kjer se rastlina obrne in začne rasti proti svetlobi. Neenakomerna osvetlitev rastline sproži odziv, ki tok avksina usmeri na manj osvetljeno stran rastline. Tam avksin spodbudi rast celic in to povečanje celic na zgolj eni strani rastline spremeni smer njene rasti. Čeprav so omenjeni mehanizmi relativno dobro poznani, je veliko delov teh mehanizmov še neznanih in tako ponujajo priložnosti za nove raziskave.

=== David Dolhar: Delovanje interferonov tipa I pri imunskem odzivu ===

Interferoni tipa I so ene od ključnih molekul pridobljenega imunskega sistema. Z vezavo na IFNAR receptor ti citokini sprožijo signalne poti znotraj celice, katerih rezultat je ustavitev transkripcije virusnega genskega materiala. Preko encimov Janus kinaze 1 ter tirozin kinaze 2 poteka fosforilacija STAT1 ter STAT2 molekul. Ob dimerizaciji teh dveh molekul se STAT1-STAT2 homodimer poveže z regulatornim faktorjem IRF9, ta kompleks pa nato sproži prepis genov, stimuliranih s strani interferonov (interferon stimulated genes). IFNAR receptor lahko aktivira tudi druge signalne poti, kot na primer mTOR signalno pot, ki uravnava celično proliferacijo, avtofagijo ter transkripcijo genov za sintezo proteinov. Primer ISG je gen za prepis Mx1, ki pri okužbi z virusom gripe onemogoča prepis genskega materiala tega virusa. Predstavljena je raziskava, ki dokazuje pomembno vlogo STAT-1 aktivatorja transkripcije pri tej signalni poti. Interferoni tipa I sodelujejo v pridobljenem (specifičnem) imunskem sistemu v povezavi z dendritskimi celicami. Poleg tega interferoni tipa I po potrebi aktivirajo delovanje limfocitov T. Poleg pozitivnih učinkov lahko prekomerno izločanje interferonov tipa I v tkivu povzroči vnetne reakcije ter privede do imunosupresije. Naveden je primer virusa HIV-1, ki preko okuženih plazmacitoidnih dendritskih celic sproži signal za apoptozo drugače zdravih celic pomagalk. Rezultati predstavljenih študij nakazujejo na dvoreznost delovanja interferonov pri imunskem odzivu.

=== Dominik Rebek: Vloga proteinske družine Bcl-2 pri apoptozi ===

Programirana celična smrt je nepogrešljiv del mnogih bioloških procesov, od embrionalnega razvoja, delovanja imunskega sistema do delovanja živčnega sistema. Posledično je vpletena v mnoga bolezenska stanja. Med ta spada velik del težkih bolezenskih stanj, za katera še ne poznamo zdravila oziroma rešitve, in sicer nekatere nevrodegenerativne bolezni, rak, avtoimunske bolezni, atrofije, virusne okužbe itd. Zato so raziskave na področju regulacije apoptoze toliko bolj atraktivne in tudi obetajoče. Vemo, da apoptoza ni edina oblika celične smrti, je pa prevladujoča oblika programirane celične smrti. Ne povzroča vnetnega odziva, zato menim, da je nekroptoza na nekaterih področjih nikakor ne more nadomestiti. Naše znanje obsega poznavanje dveh poti apoptoze, intrinzične in ekstrinzične, ki se sicer lahko v določenih primerih tudi prepletata. Osnovni princip delovanja intrinzične poti je preko kaskade, ki vključuje člane proteinske družine Bcl-2 in aktivira kaspaze. Kaskada deluje po sistemu promotor aktivatorja kaspaz – inhibitor aktivatorja kaspaz – aktivator kaspaz – adapterska kaspaza – efektoska kaspaza. Mnogo poti in interakcij med molekulami vključenimi v celoten proces je še neraziskanih, obstoječe raziskave pa namigujejo na zelo kompleksen, raznolik in medsebojno prepleten sistem. Evolucija preferira tak sistem, saj ob nedelovanju posamezne poti ali komponente, ne zataji celoten sistem, ampak je mogoče okvaro obiti.

=== Lana Vogrinec: Metabolizem laktata v možganih ===

Možgani so sestavljeni iz različnih tipov celic, med katerimi so najbolj pomembni nevroni in glia celice. Najpogostejša vrsta glia celic so astrociti, ki nadzorujejo prenos hranil iz krvožilnega sistema do nevronov. Že nekaj časa je znano, da imajo različne možganske celice tudi različne metabolne profile. V astrocitih je močno izražen proces aerobne glikolize, pri katerem se glukoza pretvarja v laktat kljub prisotnosti kisika. Nasprotno je v nevronih bolj izražen oksidativen del metabolizma, glukoza pa večinoma vstopa v pentoza-fosfatno pot. Zaradi teh razlik mora obstajati metabolna povezava med obema tipoma celic. Ena izmed najbolj priznanih hipotez je model ANLS, ki predlaga, da obstaja prenašalni sistem za laktat v smeri iz astrocitov do nevronov. Tak prenašalni sistem se sproži ob aktivaciji nevronov, pri čemer je glavni signal zanj glutamat, ki se po vezavi na postinaptično celico reciklira v astrocitih. Po prejetju signala začnejo astrociti aktivno vnašati glukozo in jo pretvarjati v laktat. Ta se nato po MCT-transporterjih prenese do nevronov, ki ga uporabijo kot primarni vir energije med prenosom signala. Vse kaže, da ima laktat še druge pomembne funkcije v možganih, bolj raziskana je njegova vloga pri tvorbi dolgotrajnega spomina. Raziskave na tem področju torej niso pomembne samo za razumevanje kompleksnih možganskih poti, ampak predstavljajo tudi možnost za zdravljenje določenih nevrodegenerativnih bolezni, povezanih z okvarami spomina.

TBK2016-seminar

2016-03-10T09:19:35Z

Lanavogrinec: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Domen Vaupotič||Biokemija v boju proti otrokom||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151020091651.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik
|-
| Aljaž Božič||Bakterije prehajajo med celicami sočasno s procesom trogocitoze||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215143327.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tomaž Žigon||Tanja Peric||Luka Okorn
|-
| Lana Vogrinec||Uporaba nefotosintetskih bakterij za pridobivanje spojin iz sončne energije ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160104164221.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tina Ivančir||Iztok Štuhec||Maša Zorman
|-
| Polona Skrt||Aktivnost mitohondrija in staranje kožnih celic||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160226080947.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar
|-
| Andrej Ivanovski||Genski spmenjeni komarji bi lahko pomagali borbi proti malariji||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/12/151207113839.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Domen Vaupotič||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle
|-
| Dominik Rebek||Vloga RQC sistema pri agregaciji proteinov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160303112912.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Aljaž Božič||Tomaž Žigon||Tanja Peric
|-
| Kaja Ujčič||Imunski sistem kot spodbujevalec raka||http://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160218060937.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Eva Klemenčič||Tina Ivančir||Iztok Štuhec
|-
| David Dolhar||Umetna mišična tkiva s sposobnostjo samoobnove le stvar prihodnosti?||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160128154827.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Polona Skrt||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek
|-
| Vida Štrancar||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič||Lana Vogrinec
|-
| Lara Turk||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Dominik Rebek||Aljaž Božič||Tomaž Žigon
|-
| Janja Murn||Virus HSV uspešen v boju z imunskim sistemom||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160204094928.htm||15.03.||18.03.||21.03.||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec||Tina Ivančir
|-
| Zorana Andonović||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||David Dolhar||Polona Skrt||Ajda Cafun
|-
| Ana Obaha||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič
|-
| Nadja Škafar||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Lara Turk||Dominik Rebek||Aljaž Božič
|-
| Marijana Mijatović||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Janja Murn||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec
|-
| Aljaž Puž||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Zorana Andonović||David Dolhar||Polona Skrt
|-
| Ana Erčulj||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Ana Obaha||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski
|-
| Urban Ferčec||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Nadja Škafar||Lara Turk||Dominik Rebek
|-
| Karin Kokalj||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Marijana Mijatović||Janja Murn||Kaja Ujčič
|-
| Aljoša Savić||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Aljaž Puž||Zorana Andonović||David Dolhar
|-
| Ela Hudovernik||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160224151217.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Ana Erčulj||Ana Obaha||Vida Štrancar
|-
| David Titovšek||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Urban Ferčec||Nadja Škafar||Lara Turk
|-
| Zala Živič||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215123751.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Karin Kokalj||Marijana Mijatović||Janja Murn
|-
| Neli Sedej||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Aljoša Savić||Aljaž Puž||Zorana Andonović
|-
| Aljoša Marinko||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Ela Hudovernik||Ana Erčulj||Ana Obaha
|-
| Melita Flander||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||David Titovšek||Urban Ferčec||Nadja Škafar
|-
| Pia Lavriha||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Zala Živič||Karin Kokalj||Marijana Mijatović
|-
| Katja Malenšek||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Neli Sedej||Aljoša Savić||Aljaž Puž
|-
| Kevin Heric||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik||Ana Erčulj
|-
| Jurij Nastran||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Melita Flander||David Titovšek||Urban Ferčec
|-
| Ajda Lenardič||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Pia Lavriha||Zala Živič||Karin Kokalj
|-
| Katarina Petra van Midden||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Katja Malenšek||Neli Sedej||Aljoša Savić
|-
| Valentina Novak||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Kevin Heric||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik
|-
| Veronika Razpotnik||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Jurij Nastran||Melita Flander||David Titovšek
|-
| Luka Okorn||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Ajda Lenardič||Pia Lavriha||Zala Živič
|-
| Maša Zorman||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek||Neli Sedej
|-
| Jošt Hočevar||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Valentina Novak||Kevin Heric||Aljoša Marinko
|-
| Ana Halužan Vasle||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran||Melita Flander
|-
| Tanja Peric||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Luka Okorn||Ajda Lenardič||Pia Lavriha
|-
| Iztok Štuhec||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek
|-
| Maksimiljan Adamek||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Jošt Hočevar||Valentina Novak||Kevin Heric
|-
| Eva Klemenčič||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran
|-
| Tomaž Žigon||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Tanja Peric||Luka Okorn||Ajda Lenardič
|-
| Tina Ivančir||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Iztok Štuhec||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden
|-
| Ajda Cafun||naslov||link||31.05.||03.06.||06.06.||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar||Valentina Novak
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2015. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2016 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2016_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2016_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2016_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2016_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2016_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2016_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2016-seminar

2016-03-02T06:17:22Z

Lanavogrinec: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Domen Vaupotič||Biokemija v boju proti otrokom||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151020091651.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik
|-
| Aljaž Božič||Bakterije prehajajo med celicami sočasno s procesom trogocitoze||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215143327.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tomaž Žigon||Tanja Peric||Luka Okorn
|-
| Lana Vogrinec||Uporaba nefotosintetskih bakterij za pridobivanje spojin iz sončne energije ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160104164221.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tina Ivančir||Iztok Štuhec||Maša Zorman
|-
| Polona Skrt||Aktivnost mitohondrija in staranje kožnih celic||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160226080947.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar
|-
| Andrej Ivanovski||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Domen Vaupotič||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle
|-
| Dominik Rebek||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Aljaž Božič||Tomaž Žigon||Tanja Peric
|-
| Kaja Ujčič||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Lana Vogrinec||Tina Ivančir||Iztok Štuhec
|-
| David Dolhar||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Polona Skrt||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek
|-
| Vida Štrancar||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič||Eva Klemenčič
|-
| Lara Turk||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Dominik Rebek||Aljaž Božič||Tomaž Žigon
|-
| Janja Murn||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec||Tina Ivančir
|-
| Zorana Andonović||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||David Dolhar||Polona Skrt||Ajda Cafun
|-
| Ana Obaha||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič
|-
| Nadja Škafar||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Lara Turk||Dominik Rebek||Aljaž Božič
|-
| Marijana Mijatović||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Janja Murn||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec
|-
| Aljaž Puž||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Zorana Andonović||David Dolhar||Polona Skrt
|-
| Ana Erčulj||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Ana Obaha||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski
|-
| Urban Ferčec||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Nadja Škafar||Lara Turk||Dominik Rebek
|-
| Karin Kokalj||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Marijana Mijatović||Janja Murn||Kaja Ujčič
|-
| Aljoša Savić||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Aljaž Puž||Zorana Andonović||David Dolhar
|-
| Ela Hudovernik||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Ana Erčulj||Ana Obaha||Vida Štrancar
|-
| David Titovšek||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Urban Ferčec||Nadja Škafar||Lara Turk
|-
| Zala Živič||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215123751.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Karin Kokalj||Marijana Mijatović||Janja Murn
|-
| Neli Sedej||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Aljoša Savić||Aljaž Puž||Zorana Andonović
|-
| Aljoša Marinko||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Ela Hudovernik||Ana Erčulj||Ana Obaha
|-
| Melita Flander||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||David Titovšek||Urban Ferčec||Nadja Škafar
|-
| Pia Lavriha||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Zala Živič||Karin Kokalj||Marijana Mijatović
|-
| Katja Malenšek||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Neli Sedej||Aljoša Savić||Aljaž Puž
|-
| Kevin Heric||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik||Ana Erčulj
|-
| Jurij Nastran||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Melita Flander||David Titovšek||Urban Ferčec
|-
| Ajda Lenardič||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Pia Lavriha||Zala Živič||Karin Kokalj
|-
| Katarina Petra van Midden||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Katja Malenšek||Neli Sedej||Aljoša Savić
|-
| Valentina Novak||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Kevin Heric||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik
|-
| Veronika Razpotnik||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Jurij Nastran||Melita Flander||David Titovšek
|-
| Luka Okorn||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Ajda Lenardič||Pia Lavriha||Zala Živič
|-
| Maša Zorman||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek||Neli Sedej
|-
| Jošt Hočevar||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Valentina Novak||Kevin Heric||Aljoša Marinko
|-
| Ana Halužan Vasle||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran||Melita Flander
|-
| Tanja Peric||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Luka Okorn||Ajda Lenardič||Pia Lavriha
|-
| Iztok Štuhec||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek
|-
| Maksimiljan Adamek||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Jošt Hočevar||Valentina Novak||Kevin Heric
|-
| Eva Klemenčič||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran
|-
| Tomaž Žigon||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Tanja Peric||Luka Okorn||Ajda Lenardič
|-
| Tina Ivančir||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Iztok Štuhec||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden
|-
| Ajda Cafun||naslov||link||31.05.||03.06.||06.06.||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar||Valentina Novak
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2015. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2016 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2016_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2016_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2016_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2016_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2016_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2016_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2016 Povzetki seminarjev

2016-03-01T18:16:01Z

Lanavogrinec: /* Lana Vogrinec: Uporaba nefotosintetskih bakterij za pridobivanje spojin iz sončne energije */

[[TBK2016-seminar|Nazaj na osnovno stran]]

=== Lana Vogrinec: Uporaba nefotosintetskih bakterij za pridobivanje spojin iz sončne energije ===
V nalogi sem se posvetila procesu umetne fotosinteze, s katero se znanstveniki iz različnih področij že več let ukvarjajo. Sistem, ki bi bil zmožen posnemati ta naravni proces, bi na učinkovit način rešil problem onesnaženja s toplogrednim plinom CO2, hkrati pa bi bilo mogoče fotosintetske produkte uporabiti za predelavo v industrijsko pomembne surovine, na primer gorivo. Osredotočila sem se na članek z naslovom Self-photosensitization of nonphotosynthetic bacteria for solar-to-chemical production - avtorjev K. K. Sakimota, A. B. Wonga in P. Yanga, objavljen v reviji Science 1. 1. 2016. V njem je opisana sestava in delovanje hibridnega sistema nefotosintetske bakterije Moorella thermoacetica in njenega biološko oborjenega delca, kadmijevega sulfida (CdS). Hibrid deluje tako, da kadmijev sulfid, ki ga je bakterija ob dodatku določenih snovi sposobna sama proizvajati, služi kot sprejemnik sončne svetlobe. Elektroni, ki se ob tem vzbudijo, vstopajo v presnovne procese bakterij, natančneje v Wood-Ljungdahlovo pot, v kateri se CO2 reducira v etanojsko kislino. Tak sistem ima veliko prednosti, saj sam proizvaja delce, potrebne za absorpcijo svetlobe in ima velik izkoristek celo v primerjavi z naravno fotosintezo. Prav tako je obetavna možnost samostojne regeneracije, saj se majhen delež produktov, ki nastanejo pri fotosintezi, shranjuje v obliki biomase. Na tak način sistem raste, se vzdržuje in reproducira izključno na podlagi sončne energije.

=== Aljaž Božič: Bakterije prehajajo med celicami sočasno s procesom trogocitoze ===
Bakterije uporabljajo različne načine za razmnoževanje in širjenje v nove celice. Nekatere bakterije so sposobne prehajati med celicami brez da bi vstopile v medcelični prostor. Take bakterije uporabljajo posebne mehanizme za prehode med celicami (npr. gibljivost s pomočjo aktina). Raziskava na bakterijah Francisella tularensis pa kaže, da so bakterije sposobne prehajati med celicami tudi brez posebnih mehanizmov ob medceličnih stikih celic. Natančneje ob procesu trogocitoze; pojavu, kjer limfociti, ki so povezani s celicami, ki vsebujejo ustrezne antigene prevzamejo proteine iz plazmaleme teh celic in jih dodajo na svojo površino. Vendar pa je proces trogocitoze omejen le na limfocite, zato so takega prehajanja med celicami sposobne le bakterije, ki lahko preživijo v limfocitih. Poleg tega lahko na ta način okužijo le tiste tipe celic, ki vršijo trogocitozo. Natančen mehanizem prehoda bakterij med celicami še ni znan, prehod pa je sočasen s trogocitozo, torej je le ta lahko označevalec za prehode bakterij. Prehod baterij med celicami pa ni omejen zgolj na bakterijo Francisella tularensis, saj so rezultati za bakterijo Salmonella enterica serovar Typhimurum podobni. Verjetno se tudi njima podobne bakterije obnašajo enako.

TBK2016-seminar

2016-03-01T17:20:27Z

Lanavogrinec: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Domen Vaupotič||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151020091651.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik
|-
| Aljaž Božič||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215143327.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tomaž Žigon||Tanja Peric||Luka Okorn
|-
| Lana Vogrinec||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160104164221.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tina Ivančir||Iztok Štuhec||Maša Zorman
|-
| Polona Skrt||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160226080947.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar
|-
| Andrej Ivanovski||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Domen Vaupotič||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle
|-
| Dominik Rebek||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Aljaž Božič||Tomaž Žigon||Tanja Peric
|-
| Kaja Ujčič||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Lana Vogrinec||Tina Ivančir||Iztok Štuhec
|-
| David Dolhar||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Polona Skrt||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek
|-
| Vida Štrancar||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič||Eva Klemenčič
|-
| Lara Turk||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Dominik Rebek||Aljaž Božič||Tomaž Žigon
|-
| Janja Murn||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec||Tina Ivančir
|-
| Zorana Andonović||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||David Dolhar||Polona Skrt||Ajda Cafun
|-
| Ana Obaha||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič
|-
| Nadja Škafar||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Lara Turk||Dominik Rebek||Aljaž Božič
|-
| Marijana Mijatović||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Janja Murn||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec
|-
| Aljaž Puž||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Zorana Andonović||David Dolhar||Polona Skrt
|-
| Ana Erčulj||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Ana Obaha||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski
|-
| Urban Ferčec||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Nadja Škafar||Lara Turk||Dominik Rebek
|-
| Karin Kokalj||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Marijana Mijatović||Janja Murn||Kaja Ujčič
|-
| Aljoša Savić||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Aljaž Puž||Zorana Andonović||David Dolhar
|-
| Ela Hudovernik||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Ana Erčulj||Ana Obaha||Vida Štrancar
|-
| David Titovšek||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Urban Ferčec||Nadja Škafar||Lara Turk
|-
| Zala Živič||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215123751.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Karin Kokalj||Marijana Mijatović||Janja Murn
|-
| Neli Sedej||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Aljoša Savić||Aljaž Puž||Zorana Andonović
|-
| Aljoša Marinko||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Ela Hudovernik||Ana Erčulj||Ana Obaha
|-
| Melita Flander||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||David Titovšek||Urban Ferčec||Nadja Škafar
|-
| Pia Lavriha||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Zala Živič||Karin Kokalj||Marijana Mijatović
|-
| Katja Malenšek||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Neli Sedej||Aljoša Savić||Aljaž Puž
|-
| Kevin Heric||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik||Ana Erčulj
|-
| Jurij Nastran||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Melita Flander||David Titovšek||Urban Ferčec
|-
| Ajda Lenardič||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Pia Lavriha||Zala Živič||Karin Kokalj
|-
| Katarina Petra van Midden||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Katja Malenšek||Neli Sedej||Aljoša Savić
|-
| Valentina Novak||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Kevin Heric||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik
|-
| Veronika Razpotnik||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Jurij Nastran||Melita Flander||David Titovšek
|-
| Luka Okorn||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Ajda Lenardič||Pia Lavriha||Zala Živič
|-
| Maša Zorman||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek||Neli Sedej
|-
| Jošt Hočevar||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Valentina Novak||Kevin Heric||Aljoša Marinko
|-
| Ana Halužan Vasle||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran||Melita Flander
|-
| Tanja Peric||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Luka Okorn||Ajda Lenardič||Pia Lavriha
|-
| Iztok Štuhec||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek
|-
| Maksimiljan Adamek||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Jošt Hočevar||Valentina Novak||Kevin Heric
|-
| Eva Klemenčič||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran
|-
| Tomaž Žigon||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Tanja Peric||Luka Okorn||Ajda Lenardič
|-
| Tina Ivančir||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Iztok Štuhec||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden
|-
| Ajda Cafun||naslov||link||31.05.||03.06.||06.06.||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar||Valentina Novak
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2015. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2016 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2016_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2016_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2016_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2016_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2016_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2016_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.