Wiki FKKT - User contributions [en]

Viruguard – izboljšani onkolitični adenovirusi proti raku na jetrih

2023-09-19T16:37:54Z

Lara.drinovec:

=='''UVOD'''==

Rak jeter je resen javnozdravstveni problem, ki ga je treba nujno obravnavati po vsem svetu. Tradicionalna zdravljenja, vključno s kirurško radioterapijo in kemoterapijo, niso zadovoljiva pri zdravljenju raka jeter zaradi stranskih učinkov. Zato so se v skupini ZJU-China odločili razviti novo vrsto onkolitičnega virusa za zdravljenje hepatoceličnega karcinoma (HCC). Kot orožje za ubijanje malignih celic in odpravljanje morebitne virulence, ki jo povzročajo onkolitični virusi so uporabili RNAi. Poleg tega so povečali tudi specifičnost virusa za ciljanje na tumorskih celic in zmanjšali zgodnje odstranjevanje virusa zaradi bolnikovega imunskega sistema. [1]

=='''IDEJA'''==

Ker je rak jeter zelo pogosta oblika raka na kitajskem, se je ekipa ZJU-China odločila, da najdejo rešitev za zdravljenje te zelo smrtne bolezni. Svoj onkolitični virus je skupina poimenovala ViruGuard. Z močnim orožjem, mehanizmom RNAi, je onkolitični virus pridobil sposobnost učinkovitega ubijanja rakavih celic. Poleg tega so opazili, da je virulentnost virusa lahko problematična, zato so vložili veliko truda, da bi povečali varnost tovrstnega zdravljenja. Da bi dosegli ta cilj, so zasnovali več korakov, s katerimi bi omejili delovanje virusa. Da bi imeli celovito razumevanje, kako bo virus vplival na človeško telo, so na podlagi objavljenih podatkov razvili model, ki posnema onkolitični proces. Ta model je ponazoril dinamično spremembo celotnega procesa in dokazal teoretično učinkovitost projekta [1].
Zdravljenje ni edini način za boj proti tumorju, bistvenega pomena je tudi zgodnja diagnoza. Prej ko je tumor odkrit, več je upanja za zdravljenje. Onkolitičnega virusa ni mogoče uporabiti brez zanesljive diagnoze. Zato so razvili čip za biološki test, ki bi lahko zaznal specifične znake na jetrnih rakavih celicah. Ta metoda je enostavna za uporabo, saj zahteva le majhno količino tkiva ali celo krvi. Hkrati pa je tudi cenovno ugodna in omogoča zgodnje presejanje [1].

=='''PREDHODNE RAZISKAVE'''==

Tradicionalni načini zdravljenja raka jeter vključujejo operacijo in radioterapijo.[2] Kemoterapija povzroči veliko obremenitev jeter in drugih organov, večina vrst jetrnih rakov pa ni občutljiva na kemoterapijo, zato tovrstna metoda ni optimalen način zdravljenja raka jeter. V zadnjih 10 do 20 letih je bilo opravljenih precej raziskav onkolitičnih virusov in večina jih je uporabljala samo en mehanizem za zdravljenje ali pa se je ukvarjala le z enim vidikom zdravljenja tumorja. Poleg tega je večina onkolitičnih virusov ostala v predklinični fazi in odobrenih je bilo le nekaj izdelkov. V predkliničnih študijah se jih je veliko osredotočilo na zdravljenje HCC, medtem ko v študijah kliničnega stadija skorajda ni nobenih onkolitičnih študij [3, 4]. Ker je imela večina že testiranih onkolitičnih adenovirusov stranske učinke na bolnika, so se odločili povečati varnost onkolitičnega virusa in izboljšati njegovo učinkovitost s kombiniranjem več mehanizmov hkrati, da bi dosegli namen zdravljenja [1].

=='''IZOGIB IMUNSKEMU ODZIVU'''==

Človeški avtoimunski sistem je eden glavnih razlogov, zakaj drugi podobni izdelki niso mogli doseči pričakovanega učinka. Zato so poskušali začasno zakamuflirati onkolitični virus v procesu prepoznavanja imunskega sistema, da bi zagotovili, da lahko onkolitični virus stabilno vdre in se razmnožuje po injiciranju v tumor.
Prvi korak, da imunska celica prepozna adenovirus in začne naslednje imunsko vedenje, je medsebojna povezava med receptorjem TLR9 na površini imunskih celic in specifičnim zaporedjem CpG v genomu virusa. Toll-like receptor 9 (TLR9) lahko prepozna DNA patogenih virusov in bakterij, ki vsebuje nemetilirano zaporedje citozin gvanin fosfata (CpG). Kombinacija CpG in TLR9 spodbuja njegovo dimerizacijo in aktivira signal TLR9 prek signalnega liganda MyD88 za proizvodnjo interferonov (IFN) in provnetnih citokinov, sprožitev imunskega odziva in odpravo tujih antigenov. Mehanizem varuje naše zdravje v vsakdanjem življenju. Za ViruGuard je ta proces nezaželjen, zato smo morali najti način, kako začasno zmanjšati njegovo delovanje.
Nedavna študija je pokazala, da se lahko zaporedje DNA TLR9i (interferenca TLR9) uporabi za motenje delovanja receptorja TLR9. Vezavno mesto oligonukleotida TLR9i na TLR9 se delno prekriva s CpG DNA, vezavna afiniteta za TLR9 pa je višja kot CpG DNA. Struktura matičnega obroča, ki jo tvori oligonukleotid TLR9i, je tesno vdelana v obročno strukturo TLR9, da prepreči dimerizacijo in aktivacijo TLR9. Z vstavitvijo sekvence TLR9i v genom Ad5, se bo TLR9i konkurenčno vezal na TLR9. Zaporedje TLR9i ima močnejšo afiniteto za vezavo TLR9 kot zaporedje CpG in ne bo povzročilo aktivacije receptorja TLR9, ko se veže na receptor. Na ta način bi imunski sistem zmanjšal zgodnji odziv imunskega sistema proti virusu, zaradi česar lahko virus uspešno vstopi v rakave celice [1].

=='''MODIFICIRANA POVRŠINSKA FUZIJSKA VLAKNA'''==

Adenovirus prepozna in veže celice preko dveh interakcij. Najprej fibrilarni protein v adenovirusni kapsidi medsebojno deluje s celičnim receptorjem CAR na celični površini, da omogoči pritrjevanje virusa na celico; nato pa adenovirusni penton bazni protein in vezava integrina αvβ3 in αvβ5 na celično površino inducirata endocitozo in omogočita virusu vstop v celico.
Če primerjamo tumorske celice z normalnimi celicami, je izražanje CAR v tumorskih celicah manjše kot v normalnih celicah, zaradi česar je adenovirus bolj nagnjen k temu, da se veže na normalne celice in jih okuži, kar je eden od razlogov za hude stranske učinke in nizko specifičnost. Pri HCC, ki so ga preučevali, je na površini rakavih celic jeter posebej izražen receptor GPC3, ki ne obstaja na površini normalnih celic. S spajanjem adenovirusa z anti-GPC3 scFv, ki lahko združuje celice HCC, specifično izraženega receptorja GPC3, se znatno zmanjša možnost vezave virusa na normalne celice in poveča možnost vezave virusa na rakave celice jeter. Zato lahko anti-GPC3 scfv ne le poveča varnost z omejevanjem procesa CAR v normalnih celicah, ki združujejo virus, ampak tudi izboljša specifičnost in učinkovitost okužbe z virusom ViruGuard [1].

=='''miRNA MODULIRA PROLIFERACIJO VIRUSA'''==

Med normalnimi celicami in tumorskimi celicami obstajajo specifične razlike v izražanju miRNA. Ta razlika v ravni miRNA je bila uporabljena za uravnavanje usode genoma virusa po vstopu v celico. Upali so, da bodo to razliko uporabili za spremljanje specifične replikacije virusa v tumorskih celicah in zmanjšali proliferacijo in sposobnost preživetja virusa v normalnih celicah z nadzorom izražanja ključnih proteinov virusa.
Izbrali so tri različne miRNA kot stikalo za nadzor preživetja virusa: miRNA 199a, 195 in 22, ki so bile izražene višje v normalnih celicah kot v tumorskih celicah. Z vstavljanjem komplementarnega zaporedja teh visoko izraženih miRNA v 3' UTR E1A. E1A je bistven gen za preživetje virusa in kombinacija prostih miRNA in njihovega komplementarnega zaporedja v 3'UTR gena bi povzročila utišanje gena, kar bi zaviralo širjenje virusa. V tumorskih celicah ima zaradi nižje izraženosti teh genov miRNA majhen učinek na sposobnost preživetja virusa.
Da bi zmanjšali zaviralni učinek mehanizma za utišanje proste miRNA na onkolitični virus v rakavih celicah, so oblikovali posebno sekvenco, imenovano 'goba miRNA', ki je sestavljena iz niza tandemskih komplementarnih sekvenc miRNA 199a, 195 in 22. Prepisana mRNA lahko zmanjša raven zgoraj omenjene proste miRNA s komplementarno vezavo, ki omejuje sposobnost teh vrst prostih miRNA, da se vežejo na ciljni položaj gena E1A onkolitičnega virusa. Da bi zagotovili, da ta mehanizem ne bo vplival na mehanizem za utišanje virusa v normalnih celicah, so uporabili za tumor specifičen promotor hTERT za uravnavanje njegove transkripcije. V normalnih celicah je ekspresija gobe miRNA sorazmerno nizka, tako da lahko miRNA v normalnih celicah ostane v učinkoviti koncentraciji [1].

=='''SAMOMORILSKI MEHANIZEM RNAi'''==

Uničevalni učinek virusov na tumorske celice izvaja RNAi. S preživetjem tumorja sta povezanaq gena VEGFA in hTERT. Prvi gen nosi sposobnost proizvajanja vaskularnega epidermalnega rastnega faktorja, ki je široko izražen v celicah in močno izražen v tumorskih celicah. Njegovo izražanje omogoča nastanek krvnih žil okoli tumorja, ki zagotavljajo svežo kri za njegovo rast. Zato knockdown VEGFA pomeni stradanje tumorskih celic. Ker bosta gost žilni sistem in obstoj kolagenskih vlaken v ECM zunajceličnega matriksa v tumorju ovirala nadaljnji prenos virusa v tumorju, lahko naša siRNA, ki cilja na VEGFA, učinkovito zmanjša tumorsko angiogenezo in sintezo zunajceličnega matriksa, tako da poveča prenos virusa v tumorju. hTETR pa se izraža samo v malignih tumorjih in človeških zarodkih. Gre za gen telomerne reverzne transkriptaze, ki lahko zmanjša ali celo odpravi skrajšanje telomer zaradi delitve celic in zagotovi neomejeno razmnoževanje tumorskih celic. Zato knockdown hTERT pomeni oslabitev replikacijske sposobnosti rakavih celic.
Ko onkolitični virus uspešno lizira celico, nastane nov virus, ki deluje naprej. Ker tumor še ni metastaziral, se bo virus postopoma razširil z našega mesta injiciranja na okoliško rakavo tkivo. Visoka sposobnost prepoznavanja in ciljanja virusa lahko popolnoma uničita tumorske celice in zmanjšata možnost kasnejše ponovitve [1].

=='''POVZETEK'''==

Skupina ZJU-China je uresničila nekaj zelo pomembnih izboljšav za razvoj onkolitičnega virusa, vključno z učinkovitejšo virulenco, modificiranimi proteini za okužbo, specifično za tumorske celice, kombinacijo samomorilskega stikala miRNA in gobe miRNA za specifično proliferacijo virusa v rakavih celicah in mehanizmom ubijanja RNAi.
To je "rešitelj raka" – ViruGuard. Zahtevani deli (TLR9i, fuzijski protein vlaken-scFv, E1A-3UTR, goba miRNA, tumor-specifični promotor, hTERT shRNA, VEGFA shRNA) so integrirani v genom adenovirusa. Gre za rekombinantni virus, ki lahko specifično uniči rakave celice jeter [1].

=='''VIRI'''==

[1] Team: ZJU China - 2021.igem.org https://2021.igem.org/Team:ZJU-China (pridobljeno 25. 3. 2022)

[2] Rahul Rajeev,T. Clark Gamblin,Kiran K. Turaga. Hepatic Perfusion Therapy[J]. Surgical Clinics of North America, 2016

[3] Tenneti Pavan,Borad Mitesh J,Babiker Hani M. Exploring the role of oncolytic viruses in hepatobiliary cancers.[J]. Immunotherapy, 2018

[4] Lawler SE, Speranza M, Cho C, Chiocca EA. Oncolytic Viruses in Cancer Treatment: A Review. JAMA Oncol. 2017;3(6):841–849. doi:10.1001/jamaoncol.2016.2064

Viruguard – izboljšani onkolitični adenovirusi proti raku na jetrih

2023-09-19T16:37:17Z

Lara.drinovec: /* MIRNA MODULIRA PROLIFERACIJO VIRUSA */

Viruguard – izboljšani onkolitični adenovirusi proti raku na jetrih

2023-09-19T16:37:07Z

Lara.drinovec: /* SAMOMORILSKI MEHANIZEM RNAI */

=='''UVOD'''==

Rak jeter je resen javnozdravstveni problem, ki ga je treba nujno obravnavati po vsem svetu. Tradicionalna zdravljenja, vključno s kirurško radioterapijo in kemoterapijo, niso zadovoljiva pri zdravljenju raka jeter zaradi stranskih učinkov. Zato so se v skupini ZJU-China odločili razviti novo vrsto onkolitičnega virusa za zdravljenje hepatoceličnega karcinoma (HCC). Kot orožje za ubijanje malignih celic in odpravljanje morebitne virulence, ki jo povzročajo onkolitični virusi so uporabili RNAi. Poleg tega so povečali tudi specifičnost virusa za ciljanje na tumorskih celic in zmanjšali zgodnje odstranjevanje virusa zaradi bolnikovega imunskega sistema. [1]

=='''IDEJA'''==

Ker je rak jeter zelo pogosta oblika raka na kitajskem, se je ekipa ZJU-China odločila, da najdejo rešitev za zdravljenje te zelo smrtne bolezni. Svoj onkolitični virus je skupina poimenovala ViruGuard. Z močnim orožjem, mehanizmom RNAi, je onkolitični virus pridobil sposobnost učinkovitega ubijanja rakavih celic. Poleg tega so opazili, da je virulentnost virusa lahko problematična, zato so vložili veliko truda, da bi povečali varnost tovrstnega zdravljenja. Da bi dosegli ta cilj, so zasnovali več korakov, s katerimi bi omejili delovanje virusa. Da bi imeli celovito razumevanje, kako bo virus vplival na človeško telo, so na podlagi objavljenih podatkov razvili model, ki posnema onkolitični proces. Ta model je ponazoril dinamično spremembo celotnega procesa in dokazal teoretično učinkovitost projekta [1].
Zdravljenje ni edini način za boj proti tumorju, bistvenega pomena je tudi zgodnja diagnoza. Prej ko je tumor odkrit, več je upanja za zdravljenje. Onkolitičnega virusa ni mogoče uporabiti brez zanesljive diagnoze. Zato so razvili čip za biološki test, ki bi lahko zaznal specifične znake na jetrnih rakavih celicah. Ta metoda je enostavna za uporabo, saj zahteva le majhno količino tkiva ali celo krvi. Hkrati pa je tudi cenovno ugodna in omogoča zgodnje presejanje [1].

=='''PREDHODNE RAZISKAVE'''==

Tradicionalni načini zdravljenja raka jeter vključujejo operacijo in radioterapijo.[2] Kemoterapija povzroči veliko obremenitev jeter in drugih organov, večina vrst jetrnih rakov pa ni občutljiva na kemoterapijo, zato tovrstna metoda ni optimalen način zdravljenja raka jeter. V zadnjih 10 do 20 letih je bilo opravljenih precej raziskav onkolitičnih virusov in večina jih je uporabljala samo en mehanizem za zdravljenje ali pa se je ukvarjala le z enim vidikom zdravljenja tumorja. Poleg tega je večina onkolitičnih virusov ostala v predklinični fazi in odobrenih je bilo le nekaj izdelkov. V predkliničnih študijah se jih je veliko osredotočilo na zdravljenje HCC, medtem ko v študijah kliničnega stadija skorajda ni nobenih onkolitičnih študij [3, 4]. Ker je imela večina že testiranih onkolitičnih adenovirusov stranske učinke na bolnika, so se odločili povečati varnost onkolitičnega virusa in izboljšati njegovo učinkovitost s kombiniranjem več mehanizmov hkrati, da bi dosegli namen zdravljenja [1].

=='''IZOGIB IMUNSKEMU ODZIVU'''==

Človeški avtoimunski sistem je eden glavnih razlogov, zakaj drugi podobni izdelki niso mogli doseči pričakovanega učinka. Zato so poskušali začasno zakamuflirati onkolitični virus v procesu prepoznavanja imunskega sistema, da bi zagotovili, da lahko onkolitični virus stabilno vdre in se razmnožuje po injiciranju v tumor.
Prvi korak, da imunska celica prepozna adenovirus in začne naslednje imunsko vedenje, je medsebojna povezava med receptorjem TLR9 na površini imunskih celic in specifičnim zaporedjem CpG v genomu virusa. Toll-like receptor 9 (TLR9) lahko prepozna DNA patogenih virusov in bakterij, ki vsebuje nemetilirano zaporedje citozin gvanin fosfata (CpG). Kombinacija CpG in TLR9 spodbuja njegovo dimerizacijo in aktivira signal TLR9 prek signalnega liganda MyD88 za proizvodnjo interferonov (IFN) in provnetnih citokinov, sprožitev imunskega odziva in odpravo tujih antigenov. Mehanizem varuje naše zdravje v vsakdanjem življenju. Za ViruGuard je ta proces nezaželjen, zato smo morali najti način, kako začasno zmanjšati njegovo delovanje.
Nedavna študija je pokazala, da se lahko zaporedje DNA TLR9i (interferenca TLR9) uporabi za motenje delovanja receptorja TLR9. Vezavno mesto oligonukleotida TLR9i na TLR9 se delno prekriva s CpG DNA, vezavna afiniteta za TLR9 pa je višja kot CpG DNA. Struktura matičnega obroča, ki jo tvori oligonukleotid TLR9i, je tesno vdelana v obročno strukturo TLR9, da prepreči dimerizacijo in aktivacijo TLR9. Z vstavitvijo sekvence TLR9i v genom Ad5, se bo TLR9i konkurenčno vezal na TLR9. Zaporedje TLR9i ima močnejšo afiniteto za vezavo TLR9 kot zaporedje CpG in ne bo povzročilo aktivacije receptorja TLR9, ko se veže na receptor. Na ta način bi imunski sistem zmanjšal zgodnji odziv imunskega sistema proti virusu, zaradi česar lahko virus uspešno vstopi v rakave celice [1].

=='''MODIFICIRANA POVRŠINSKA FUZIJSKA VLAKNA'''==

Adenovirus prepozna in veže celice preko dveh interakcij. Najprej fibrilarni protein v adenovirusni kapsidi medsebojno deluje s celičnim receptorjem CAR na celični površini, da omogoči pritrjevanje virusa na celico; nato pa adenovirusni penton bazni protein in vezava integrina αvβ3 in αvβ5 na celično površino inducirata endocitozo in omogočita virusu vstop v celico.
Če primerjamo tumorske celice z normalnimi celicami, je izražanje CAR v tumorskih celicah manjše kot v normalnih celicah, zaradi česar je adenovirus bolj nagnjen k temu, da se veže na normalne celice in jih okuži, kar je eden od razlogov za hude stranske učinke in nizko specifičnost. Pri HCC, ki so ga preučevali, je na površini rakavih celic jeter posebej izražen receptor GPC3, ki ne obstaja na površini normalnih celic. S spajanjem adenovirusa z anti-GPC3 scFv, ki lahko združuje celice HCC, specifično izraženega receptorja GPC3, se znatno zmanjša možnost vezave virusa na normalne celice in poveča možnost vezave virusa na rakave celice jeter. Zato lahko anti-GPC3 scfv ne le poveča varnost z omejevanjem procesa CAR v normalnih celicah, ki združujejo virus, ampak tudi izboljša specifičnost in učinkovitost okužbe z virusom ViruGuard [1].

=='''MIRNA MODULIRA PROLIFERACIJO VIRUSA'''==

Med normalnimi celicami in tumorskimi celicami obstajajo specifične razlike v izražanju miRNA. Ta razlika v ravni miRNA je bila uporabljena za uravnavanje usode genoma virusa po vstopu v celico. Upali so, da bodo to razliko uporabili za spremljanje specifične replikacije virusa v tumorskih celicah in zmanjšali proliferacijo in sposobnost preživetja virusa v normalnih celicah z nadzorom izražanja ključnih proteinov virusa.
Izbrali so tri različne miRNA kot stikalo za nadzor preživetja virusa: miRNA 199a, 195 in 22, ki so bile izražene višje v normalnih celicah kot v tumorskih celicah. Z vstavljanjem komplementarnega zaporedja teh visoko izraženih miRNA v 3' UTR E1A. E1A je bistven gen za preživetje virusa in kombinacija prostih miRNA in njihovega komplementarnega zaporedja v 3'UTR gena bi povzročila utišanje gena, kar bi zaviralo širjenje virusa. V tumorskih celicah ima zaradi nižje izraženosti teh genov miRNA majhen učinek na sposobnost preživetja virusa.
Da bi zmanjšali zaviralni učinek mehanizma za utišanje proste miRNA na onkolitični virus v rakavih celicah, so oblikovali posebno sekvenco, imenovano 'goba miRNA', ki je sestavljena iz niza tandemskih komplementarnih sekvenc miRNA 199a, 195 in 22. Prepisana mRNA lahko zmanjša raven zgoraj omenjene proste miRNA s komplementarno vezavo, ki omejuje sposobnost teh vrst prostih miRNA, da se vežejo na ciljni položaj gena E1A onkolitičnega virusa. Da bi zagotovili, da ta mehanizem ne bo vplival na mehanizem za utišanje virusa v normalnih celicah, so uporabili za tumor specifičen promotor hTERT za uravnavanje njegove transkripcije. V normalnih celicah je ekspresija gobe miRNA sorazmerno nizka, tako da lahko miRNA v normalnih celicah ostane v učinkoviti koncentraciji [1].

=='''SAMOMORILSKI MEHANIZEM RNAi'''==

Uničevalni učinek virusov na tumorske celice izvaja RNAi. S preživetjem tumorja sta povezanaq gena VEGFA in hTERT. Prvi gen nosi sposobnost proizvajanja vaskularnega epidermalnega rastnega faktorja, ki je široko izražen v celicah in močno izražen v tumorskih celicah. Njegovo izražanje omogoča nastanek krvnih žil okoli tumorja, ki zagotavljajo svežo kri za njegovo rast. Zato knockdown VEGFA pomeni stradanje tumorskih celic. Ker bosta gost žilni sistem in obstoj kolagenskih vlaken v ECM zunajceličnega matriksa v tumorju ovirala nadaljnji prenos virusa v tumorju, lahko naša siRNA, ki cilja na VEGFA, učinkovito zmanjša tumorsko angiogenezo in sintezo zunajceličnega matriksa, tako da poveča prenos virusa v tumorju. hTETR pa se izraža samo v malignih tumorjih in človeških zarodkih. Gre za gen telomerne reverzne transkriptaze, ki lahko zmanjša ali celo odpravi skrajšanje telomer zaradi delitve celic in zagotovi neomejeno razmnoževanje tumorskih celic. Zato knockdown hTERT pomeni oslabitev replikacijske sposobnosti rakavih celic.
Ko onkolitični virus uspešno lizira celico, nastane nov virus, ki deluje naprej. Ker tumor še ni metastaziral, se bo virus postopoma razširil z našega mesta injiciranja na okoliško rakavo tkivo. Visoka sposobnost prepoznavanja in ciljanja virusa lahko popolnoma uničita tumorske celice in zmanjšata možnost kasnejše ponovitve [1].

=='''POVZETEK'''==

Skupina ZJU-China je uresničila nekaj zelo pomembnih izboljšav za razvoj onkolitičnega virusa, vključno z učinkovitejšo virulenco, modificiranimi proteini za okužbo, specifično za tumorske celice, kombinacijo samomorilskega stikala miRNA in gobe miRNA za specifično proliferacijo virusa v rakavih celicah in mehanizmom ubijanja RNAi.
To je "rešitelj raka" – ViruGuard. Zahtevani deli (TLR9i, fuzijski protein vlaken-scFv, E1A-3UTR, goba miRNA, tumor-specifični promotor, hTERT shRNA, VEGFA shRNA) so integrirani v genom adenovirusa. Gre za rekombinantni virus, ki lahko specifično uniči rakave celice jeter [1].

=='''VIRI'''==

[1] Team: ZJU China - 2021.igem.org https://2021.igem.org/Team:ZJU-China (pridobljeno 25. 3. 2022)

[2] Rahul Rajeev,T. Clark Gamblin,Kiran K. Turaga. Hepatic Perfusion Therapy[J]. Surgical Clinics of North America, 2016

[3] Tenneti Pavan,Borad Mitesh J,Babiker Hani M. Exploring the role of oncolytic viruses in hepatobiliary cancers.[J]. Immunotherapy, 2018

[4] Lawler SE, Speranza M, Cho C, Chiocca EA. Oncolytic Viruses in Cancer Treatment: A Review. JAMA Oncol. 2017;3(6):841–849. doi:10.1001/jamaoncol.2016.2064

Viruguard – izboljšani onkolitični adenovirusi proti raku na jetrih

2023-09-19T16:35:40Z

Lara.drinovec:

=='''UVOD'''==

Rak jeter je resen javnozdravstveni problem, ki ga je treba nujno obravnavati po vsem svetu. Tradicionalna zdravljenja, vključno s kirurško radioterapijo in kemoterapijo, niso zadovoljiva pri zdravljenju raka jeter zaradi stranskih učinkov. Zato so se v skupini ZJU-China odločili razviti novo vrsto onkolitičnega virusa za zdravljenje hepatoceličnega karcinoma (HCC). Kot orožje za ubijanje malignih celic in odpravljanje morebitne virulence, ki jo povzročajo onkolitični virusi so uporabili RNAi. Poleg tega so povečali tudi specifičnost virusa za ciljanje na tumorskih celic in zmanjšali zgodnje odstranjevanje virusa zaradi bolnikovega imunskega sistema. [1]

=='''IDEJA'''==

Ker je rak jeter zelo pogosta oblika raka na kitajskem, se je ekipa ZJU-China odločila, da najdejo rešitev za zdravljenje te zelo smrtne bolezni. Svoj onkolitični virus je skupina poimenovala ViruGuard. Z močnim orožjem, mehanizmom RNAi, je onkolitični virus pridobil sposobnost učinkovitega ubijanja rakavih celic. Poleg tega so opazili, da je virulentnost virusa lahko problematična, zato so vložili veliko truda, da bi povečali varnost tovrstnega zdravljenja. Da bi dosegli ta cilj, so zasnovali več korakov, s katerimi bi omejili delovanje virusa. Da bi imeli celovito razumevanje, kako bo virus vplival na človeško telo, so na podlagi objavljenih podatkov razvili model, ki posnema onkolitični proces. Ta model je ponazoril dinamično spremembo celotnega procesa in dokazal teoretično učinkovitost projekta [1].
Zdravljenje ni edini način za boj proti tumorju, bistvenega pomena je tudi zgodnja diagnoza. Prej ko je tumor odkrit, več je upanja za zdravljenje. Onkolitičnega virusa ni mogoče uporabiti brez zanesljive diagnoze. Zato so razvili čip za biološki test, ki bi lahko zaznal specifične znake na jetrnih rakavih celicah. Ta metoda je enostavna za uporabo, saj zahteva le majhno količino tkiva ali celo krvi. Hkrati pa je tudi cenovno ugodna in omogoča zgodnje presejanje [1].

=='''PREDHODNE RAZISKAVE'''==

Tradicionalni načini zdravljenja raka jeter vključujejo operacijo in radioterapijo.[2] Kemoterapija povzroči veliko obremenitev jeter in drugih organov, večina vrst jetrnih rakov pa ni občutljiva na kemoterapijo, zato tovrstna metoda ni optimalen način zdravljenja raka jeter. V zadnjih 10 do 20 letih je bilo opravljenih precej raziskav onkolitičnih virusov in večina jih je uporabljala samo en mehanizem za zdravljenje ali pa se je ukvarjala le z enim vidikom zdravljenja tumorja. Poleg tega je večina onkolitičnih virusov ostala v predklinični fazi in odobrenih je bilo le nekaj izdelkov. V predkliničnih študijah se jih je veliko osredotočilo na zdravljenje HCC, medtem ko v študijah kliničnega stadija skorajda ni nobenih onkolitičnih študij [3, 4]. Ker je imela večina že testiranih onkolitičnih adenovirusov stranske učinke na bolnika, so se odločili povečati varnost onkolitičnega virusa in izboljšati njegovo učinkovitost s kombiniranjem več mehanizmov hkrati, da bi dosegli namen zdravljenja [1].

=='''IZOGIB IMUNSKEMU ODZIVU'''==

Človeški avtoimunski sistem je eden glavnih razlogov, zakaj drugi podobni izdelki niso mogli doseči pričakovanega učinka. Zato so poskušali začasno zakamuflirati onkolitični virus v procesu prepoznavanja imunskega sistema, da bi zagotovili, da lahko onkolitični virus stabilno vdre in se razmnožuje po injiciranju v tumor.
Prvi korak, da imunska celica prepozna adenovirus in začne naslednje imunsko vedenje, je medsebojna povezava med receptorjem TLR9 na površini imunskih celic in specifičnim zaporedjem CpG v genomu virusa. Toll-like receptor 9 (TLR9) lahko prepozna DNA patogenih virusov in bakterij, ki vsebuje nemetilirano zaporedje citozin gvanin fosfata (CpG). Kombinacija CpG in TLR9 spodbuja njegovo dimerizacijo in aktivira signal TLR9 prek signalnega liganda MyD88 za proizvodnjo interferonov (IFN) in provnetnih citokinov, sprožitev imunskega odziva in odpravo tujih antigenov. Mehanizem varuje naše zdravje v vsakdanjem življenju. Za ViruGuard je ta proces nezaželjen, zato smo morali najti način, kako začasno zmanjšati njegovo delovanje.
Nedavna študija je pokazala, da se lahko zaporedje DNA TLR9i (interferenca TLR9) uporabi za motenje delovanja receptorja TLR9. Vezavno mesto oligonukleotida TLR9i na TLR9 se delno prekriva s CpG DNA, vezavna afiniteta za TLR9 pa je višja kot CpG DNA. Struktura matičnega obroča, ki jo tvori oligonukleotid TLR9i, je tesno vdelana v obročno strukturo TLR9, da prepreči dimerizacijo in aktivacijo TLR9. Z vstavitvijo sekvence TLR9i v genom Ad5, se bo TLR9i konkurenčno vezal na TLR9. Zaporedje TLR9i ima močnejšo afiniteto za vezavo TLR9 kot zaporedje CpG in ne bo povzročilo aktivacije receptorja TLR9, ko se veže na receptor. Na ta način bi imunski sistem zmanjšal zgodnji odziv imunskega sistema proti virusu, zaradi česar lahko virus uspešno vstopi v rakave celice [1].

=='''MODIFICIRANA POVRŠINSKA FUZIJSKA VLAKNA'''==

Adenovirus prepozna in veže celice preko dveh interakcij. Najprej fibrilarni protein v adenovirusni kapsidi medsebojno deluje s celičnim receptorjem CAR na celični površini, da omogoči pritrjevanje virusa na celico; nato pa adenovirusni penton bazni protein in vezava integrina αvβ3 in αvβ5 na celično površino inducirata endocitozo in omogočita virusu vstop v celico.
Če primerjamo tumorske celice z normalnimi celicami, je izražanje CAR v tumorskih celicah manjše kot v normalnih celicah, zaradi česar je adenovirus bolj nagnjen k temu, da se veže na normalne celice in jih okuži, kar je eden od razlogov za hude stranske učinke in nizko specifičnost. Pri HCC, ki so ga preučevali, je na površini rakavih celic jeter posebej izražen receptor GPC3, ki ne obstaja na površini normalnih celic. S spajanjem adenovirusa z anti-GPC3 scFv, ki lahko združuje celice HCC, specifično izraženega receptorja GPC3, se znatno zmanjša možnost vezave virusa na normalne celice in poveča možnost vezave virusa na rakave celice jeter. Zato lahko anti-GPC3 scfv ne le poveča varnost z omejevanjem procesa CAR v normalnih celicah, ki združujejo virus, ampak tudi izboljša specifičnost in učinkovitost okužbe z virusom ViruGuard [1].

=='''MIRNA MODULIRA PROLIFERACIJO VIRUSA'''==

Med normalnimi celicami in tumorskimi celicami obstajajo specifične razlike v izražanju miRNA. Ta razlika v ravni miRNA je bila uporabljena za uravnavanje usode genoma virusa po vstopu v celico. Upali so, da bodo to razliko uporabili za spremljanje specifične replikacije virusa v tumorskih celicah in zmanjšali proliferacijo in sposobnost preživetja virusa v normalnih celicah z nadzorom izražanja ključnih proteinov virusa.
Izbrali so tri različne miRNA kot stikalo za nadzor preživetja virusa: miRNA 199a, 195 in 22, ki so bile izražene višje v normalnih celicah kot v tumorskih celicah. Z vstavljanjem komplementarnega zaporedja teh visoko izraženih miRNA v 3' UTR E1A. E1A je bistven gen za preživetje virusa in kombinacija prostih miRNA in njihovega komplementarnega zaporedja v 3'UTR gena bi povzročila utišanje gena, kar bi zaviralo širjenje virusa. V tumorskih celicah ima zaradi nižje izraženosti teh genov miRNA majhen učinek na sposobnost preživetja virusa.
Da bi zmanjšali zaviralni učinek mehanizma za utišanje proste miRNA na onkolitični virus v rakavih celicah, so oblikovali posebno sekvenco, imenovano 'goba miRNA', ki je sestavljena iz niza tandemskih komplementarnih sekvenc miRNA 199a, 195 in 22. Prepisana mRNA lahko zmanjša raven zgoraj omenjene proste miRNA s komplementarno vezavo, ki omejuje sposobnost teh vrst prostih miRNA, da se vežejo na ciljni položaj gena E1A onkolitičnega virusa. Da bi zagotovili, da ta mehanizem ne bo vplival na mehanizem za utišanje virusa v normalnih celicah, so uporabili za tumor specifičen promotor hTERT za uravnavanje njegove transkripcije. V normalnih celicah je ekspresija gobe miRNA sorazmerno nizka, tako da lahko miRNA v normalnih celicah ostane v učinkoviti koncentraciji [1].

=='''SAMOMORILSKI MEHANIZEM RNAI'''==

Uničevalni učinek virusov na tumorske celice izvaja RNAi. S preživetjem tumorja sta povezanaq gena VEGFA in hTERT. Prvi gen nosi sposobnost proizvajanja vaskularnega epidermalnega rastnega faktorja, ki je široko izražen v celicah in močno izražen v tumorskih celicah. Njegovo izražanje omogoča nastanek krvnih žil okoli tumorja, ki zagotavljajo svežo kri za njegovo rast. Zato knockdown VEGFA pomeni stradanje tumorskih celic. Ker bosta gost žilni sistem in obstoj kolagenskih vlaken v ECM zunajceličnega matriksa v tumorju ovirala nadaljnji prenos virusa v tumorju, lahko naša siRNA, ki cilja na VEGFA, učinkovito zmanjša tumorsko angiogenezo in sintezo zunajceličnega matriksa, tako da poveča prenos virusa v tumorju. hTETR pa se izraža samo v malignih tumorjih in človeških zarodkih. Gre za gen telomerne reverzne transkriptaze, ki lahko zmanjša ali celo odpravi skrajšanje telomer zaradi delitve celic in zagotovi neomejeno razmnoževanje tumorskih celic. Zato knockdown hTERT pomeni oslabitev replikacijske sposobnosti rakavih celic.
Ko onkolitični virus uspešno lizira celico, nastane nov virus, ki deluje naprej. Ker tumor še ni metastaziral, se bo virus postopoma razširil z našega mesta injiciranja na okoliško rakavo tkivo. Visoka sposobnost prepoznavanja in ciljanja virusa lahko popolnoma uničita tumorske celice in zmanjšata možnost kasnejše ponovitve [1].

=='''POVZETEK'''==

Skupina ZJU-China je uresničila nekaj zelo pomembnih izboljšav za razvoj onkolitičnega virusa, vključno z učinkovitejšo virulenco, modificiranimi proteini za okužbo, specifično za tumorske celice, kombinacijo samomorilskega stikala miRNA in gobe miRNA za specifično proliferacijo virusa v rakavih celicah in mehanizmom ubijanja RNAi.
To je "rešitelj raka" – ViruGuard. Zahtevani deli (TLR9i, fuzijski protein vlaken-scFv, E1A-3UTR, goba miRNA, tumor-specifični promotor, hTERT shRNA, VEGFA shRNA) so integrirani v genom adenovirusa. Gre za rekombinantni virus, ki lahko specifično uniči rakave celice jeter [1].

=='''VIRI'''==

[1] Team: ZJU China - 2021.igem.org https://2021.igem.org/Team:ZJU-China (pridobljeno 25. 3. 2022)

[2] Rahul Rajeev,T. Clark Gamblin,Kiran K. Turaga. Hepatic Perfusion Therapy[J]. Surgical Clinics of North America, 2016

[3] Tenneti Pavan,Borad Mitesh J,Babiker Hani M. Exploring the role of oncolytic viruses in hepatobiliary cancers.[J]. Immunotherapy, 2018

[4] Lawler SE, Speranza M, Cho C, Chiocca EA. Oncolytic Viruses in Cancer Treatment: A Review. JAMA Oncol. 2017;3(6):841–849. doi:10.1001/jamaoncol.2016.2064

Seminarji SB 2021/22

2023-09-19T16:33:39Z

Lara.drinovec:

V študijskem letu 2021/22 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatori%C4%8Dni_pristopi_pri_na%C4%8Drtovanju_medproteinskih_interakcij%2C_uravnavanih_s_svetlobnimi_stikali Kombinatorični pristopi pri načrtovanju medproteinskih interakcij, uravnavanih s svetlobnimi stikali] (Neža Žerjav)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/De_novo_na%C4%8Drtovanje_transkripcijskega_faktorja_za_uporabo_v_progesteronskem_biosenzorju ''De novo'' načrtovanje transkripcijskega faktorja za uporabo v progesteronskem biosenzorju] (Polona Skrt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prozdravila_na_osnovi_siRNA%2C_ki_aktivirajo_RNA-interferenco_kot_odziv_na_prisotnost_specifi%C4%8Dnega_RNA-biomarkerja Prozdravila na osnovi siRNA, ki aktivirajo RNA-interferenco kot odziv na prisotnost specifičnega RNA-biomarkerja] (Tina Zavodnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bifunkcionalno_optogenetsko_stikalo_za_izboljšanje_proizvodnje_šikimske_kisline_v_E._coli Bifunkcionalno optogenetsko stikalo za izboljšanje proizvodnje šikimske kisline v ''E. coli''] (Meta Kodrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inžiniring_in_izkoriščanje_sintetične_alosterije_luciferaze_NanoLuc Inžiniring in izkoriščanje sintetične alosterije luciferaze NanoLuc] (Rebeka Dajčman)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularen_RNA_interferenčni_sistem_za_regulacijo_multipleksnih_genov Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov] (Marko Pavleković)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Označevanje_bioloških_celic_za_zanesljivo_celično_inženirstvo Označevanje bioloških celic za zanesljivo celično inženirstvo] (Neža Blaznik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_biosenzorjem_usmerjen_inžiniring_Cupriavidus_necator_H16_za_avtotrofno_proizvodnjo_manitola Z biosenzorjem usmerjen inženiring ''Cupriavidus necator'' H16 za avtotrofno proizvodnjo manitola] (Teo Nograšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CelloSelect_%E2%80%93_sinteti%C4%8Dna_celobiozna_presnovna_pot_za_izbor_stabilnih_transgenih_celi%C4%8Dnih_linij_CHO CelloSelect – sintetična celobiozna presnovna pot za izbor stabilnih transgenih celičnih linij CHO] (Nika Vegelj)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hipersensitiven_genetsko_kodiran_fluorescen%C4%8Dni_indikator_%28roGFP2-Prx1%29_za_kontinuirno_merjenje_znotrajceli%C4%8Dnega_H2O2_med_mikro-kultivacijo_celic#Literatura Hipersensitiven genetsko kodiran fluorescenčni indikator (roGFP2-Prx1) za kontinuirno merjenje znotrajceličnega H2O2 med mikro-kultivacijo celic] (Eva Kanalec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zasnova_in_karakterizacija_s_salicilno_kislino_induciranega_genskega_ekspresijskega_sistema_za_celice_Jurkat Zasnova in karakterizacija s salicilno kislino induciranega genskega ekspresijskega sistema za celice Jurkat] (Tina Arnšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularni_sinteti%C4%8Dni_kromosomi_kot_novo_orodje_za_in%C5%BEenirstvo_metabolizma Modularni sintetični kromosomi kot novo orodje za inženirstvo metabolizma] (Špela Kladnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteti%C4%8Dni_mikrobni_konzorcij_za_biosintezo_2-keto-L-glukonske_kisline_%282-KLG%29 Sintetični mikrobni konzorcij za biosintezo 2-keto-L-glukonske kisline (2-KLG)] (Anastasija Nechevska)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Računalništvo_znotraj_bakterij:_Programiranje_bakterijskega_obnašanja_s_pomočjo_plazmida,_ki_kodira_perceptronsko_nevronsko_mrežo Računalništvo znotraj bakterij: Programiranje bakterijskega obnašanja s pomočjo plazmida, ki kodira perceptronsko nevronsko mrežo] (Tevž Levstek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Genetsko_vezje_na_osnovi_rekombinaze_za_spremljanje_težkih_kovin Genetsko vezje na osnovi rekombinaze za spremljanje težkih kovin] (Mija Šulin)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_biosenzor_za_zaznavanje_kaspaze-3_in_detekcijo_apoptoze Molekularni biosenzor za zaznavanje kaspaze-3 in detekcijo apoptoze] (Evgen Kozole)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Neodvisno_uravnavanje_jakosti_in_periode_v_sinteti%C4%8Dnem_oscilatorskem_vezju_preko_modificiranega_represilatorja Neodvisno uravnavanje jakosti in periode v sintetičnem oscilatorskem vezju preko modificiranega represilatorja] (Maks Kumek

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MIBOM_-_biokompatibilni_material_iz_školjk MIBOM - biokompatibilni material iz školjk] (Manca Osolin) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BOOM_V_-_bakterijski_membranski_vezikli_za_zaščito_rastlin_pred_patogeni BOOM V - bakterijski membranski vezikli za zaščito rastlin pred patogeni] (Eva Gartner) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LET.IT.BEE_-_paradižnik,_katerega_cvetovi_razgradijo_insekticid LET.IT.BEE - paradižnik, katerega cvetovi razgradijo insekticid] (Barbara Jaklič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kissed_by_light_-_sistem_proti_oku%C5%BEbi_opeklin Kissed by light - sistem proti okužbi opeklin] (Nina Varda)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gutail_Floractory_-_probiotične_bakterije_za_zaščito_črevesja_pred_vnetji Gutail Floractory - probiotične bakterije za zaščito črevesja pred vnetji] (Karmen Mlinar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/AptaVita_-_diagnostika_pomanjkanja_vitaminov_z_aptacimi AptaVita - diagnostika pomanjkanja vitaminov z aptacimi] (Valeriya Musina)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/P.L.A.N.T._-_rastlinski_detekcijski_sistem_za_bojne_strupe P.L.A.N.T. - rastlinski detekcijski sistem za bojne strupe] (Tina Logonder)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kolorimetrični_sistem_za_zaznavanje_virusov_na_podlagi_G_-_kvadrupleksov Kolorimetrični sistem za zaznavanje virusov na podlagi G-kvadrupleksov] (Nastja Feguš)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aprifreeze Aprifreeze - zaščita marelic pred spomladanskimi pozebami] (Laura Gašperšič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OpenPlast_-_kloroplastni_brezcelični_sistemi_za_hitrejšo_karakterizacijo_genetskih_delov OpenPlast - kloroplastni brezcelični sistemi za hitrejšo karakterizacijo genetskih delov] (Kim Glavič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PHEAST_-_P._pastoris_za_odstranjevanje_metana PHEAST - ''P. pastoris'' za odstranjevanje metana] (Ana Potočnik) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ELIXIO_-Mikrobni_konzorcij_za_vonj_po_vijolicah ELIXIO Mikrobni konzorcij za vonj po vijolicah] (Ajda Godec) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Agrobactory_593_-_Modularna_bakterijska_platforma_za_pripravo_biopesticidov Agrobactory 593 - Modularna bakterijska platforma za pripravo biopesticidev] (Tim Nograšek) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CyaSalt_-_metoda_za_razsoljevanje_morskih_voda] (Michelle Oletič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PRYSM_-_s svetlobo regulirane kvasovke PRYSM_-_s svetlobo regulirane kvasovke] (Nika Malečkar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Remi,_du_et!_-_bioremediacija_razlitij_nafte Remi, du et! - bioremediacija razlitij nafte] (Jošt Hren)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Minicelice_kot_proizvodna_platforma Minicelice kot proizvodna platforma] (Mladen Davidovikj)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Viruguard_%E2%80%93_izbolj%C5%A1ani_onkoliti%C4%8Dni_adenovirusi_proti_raku_na_jetrih Viruguard - izboljšani onkolitični adenovirusi proti raku na jetrih] (Lara Mlakar)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

Seminarji SB 2021/22

2023-09-19T16:31:03Z

Lara.drinovec:

V študijskem letu 2021/22 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatori%C4%8Dni_pristopi_pri_na%C4%8Drtovanju_medproteinskih_interakcij%2C_uravnavanih_s_svetlobnimi_stikali Kombinatorični pristopi pri načrtovanju medproteinskih interakcij, uravnavanih s svetlobnimi stikali] (Neža Žerjav)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/De_novo_na%C4%8Drtovanje_transkripcijskega_faktorja_za_uporabo_v_progesteronskem_biosenzorju ''De novo'' načrtovanje transkripcijskega faktorja za uporabo v progesteronskem biosenzorju] (Polona Skrt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prozdravila_na_osnovi_siRNA%2C_ki_aktivirajo_RNA-interferenco_kot_odziv_na_prisotnost_specifi%C4%8Dnega_RNA-biomarkerja Prozdravila na osnovi siRNA, ki aktivirajo RNA-interferenco kot odziv na prisotnost specifičnega RNA-biomarkerja] (Tina Zavodnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bifunkcionalno_optogenetsko_stikalo_za_izboljšanje_proizvodnje_šikimske_kisline_v_E._coli Bifunkcionalno optogenetsko stikalo za izboljšanje proizvodnje šikimske kisline v ''E. coli''] (Meta Kodrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inžiniring_in_izkoriščanje_sintetične_alosterije_luciferaze_NanoLuc Inžiniring in izkoriščanje sintetične alosterije luciferaze NanoLuc] (Rebeka Dajčman)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularen_RNA_interferenčni_sistem_za_regulacijo_multipleksnih_genov Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov] (Marko Pavleković)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Označevanje_bioloških_celic_za_zanesljivo_celično_inženirstvo Označevanje bioloških celic za zanesljivo celično inženirstvo] (Neža Blaznik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_biosenzorjem_usmerjen_inžiniring_Cupriavidus_necator_H16_za_avtotrofno_proizvodnjo_manitola Z biosenzorjem usmerjen inženiring ''Cupriavidus necator'' H16 za avtotrofno proizvodnjo manitola] (Teo Nograšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CelloSelect_%E2%80%93_sinteti%C4%8Dna_celobiozna_presnovna_pot_za_izbor_stabilnih_transgenih_celi%C4%8Dnih_linij_CHO CelloSelect – sintetična celobiozna presnovna pot za izbor stabilnih transgenih celičnih linij CHO] (Nika Vegelj)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hipersensitiven_genetsko_kodiran_fluorescen%C4%8Dni_indikator_%28roGFP2-Prx1%29_za_kontinuirno_merjenje_znotrajceli%C4%8Dnega_H2O2_med_mikro-kultivacijo_celic#Literatura Hipersensitiven genetsko kodiran fluorescenčni indikator (roGFP2-Prx1) za kontinuirno merjenje znotrajceličnega H2O2 med mikro-kultivacijo celic] (Eva Kanalec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zasnova_in_karakterizacija_s_salicilno_kislino_induciranega_genskega_ekspresijskega_sistema_za_celice_Jurkat Zasnova in karakterizacija s salicilno kislino induciranega genskega ekspresijskega sistema za celice Jurkat] (Tina Arnšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularni_sinteti%C4%8Dni_kromosomi_kot_novo_orodje_za_in%C5%BEenirstvo_metabolizma Modularni sintetični kromosomi kot novo orodje za inženirstvo metabolizma] (Špela Kladnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteti%C4%8Dni_mikrobni_konzorcij_za_biosintezo_2-keto-L-glukonske_kisline_%282-KLG%29 Sintetični mikrobni konzorcij za biosintezo 2-keto-L-glukonske kisline (2-KLG)] (Anastasija Nechevska)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Računalništvo_znotraj_bakterij:_Programiranje_bakterijskega_obnašanja_s_pomočjo_plazmida,_ki_kodira_perceptronsko_nevronsko_mrežo Računalništvo znotraj bakterij: Programiranje bakterijskega obnašanja s pomočjo plazmida, ki kodira perceptronsko nevronsko mrežo] (Tevž Levstek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Genetsko_vezje_na_osnovi_rekombinaze_za_spremljanje_težkih_kovin Genetsko vezje na osnovi rekombinaze za spremljanje težkih kovin] (Mija Šulin)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_biosenzor_za_zaznavanje_kaspaze-3_in_detekcijo_apoptoze Molekularni biosenzor za zaznavanje kaspaze-3 in detekcijo apoptoze] (Evgen Kozole)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Neodvisno_uravnavanje_jakosti_in_periode_v_sinteti%C4%8Dnem_oscilatorskem_vezju_preko_modificiranega_represilatorja Neodvisno uravnavanje jakosti in periode v sintetičnem oscilatorskem vezju preko modificiranega represilatorja] (Maks Kumek

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MIBOM_-_biokompatibilni_material_iz_školjk MIBOM - biokompatibilni material iz školjk] (Manca Osolin) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BOOM_V_-_bakterijski_membranski_vezikli_za_zaščito_rastlin_pred_patogeni BOOM V - bakterijski membranski vezikli za zaščito rastlin pred patogeni] (Eva Gartner) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LET.IT.BEE_-_paradižnik,_katerega_cvetovi_razgradijo_insekticid LET.IT.BEE - paradižnik, katerega cvetovi razgradijo insekticid] (Barbara Jaklič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kissed_by_light_-_sistem_proti_oku%C5%BEbi_opeklin Kissed by light - sistem proti okužbi opeklin] (Nina Varda)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gutail_Floractory_-_probiotične_bakterije_za_zaščito_črevesja_pred_vnetji Gutail Floractory - probiotične bakterije za zaščito črevesja pred vnetji] (Karmen Mlinar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/AptaVita_-_diagnostika_pomanjkanja_vitaminov_z_aptacimi AptaVita - diagnostika pomanjkanja vitaminov z aptacimi] (Valeriya Musina)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/P.L.A.N.T._-_rastlinski_detekcijski_sistem_za_bojne_strupe P.L.A.N.T. - rastlinski detekcijski sistem za bojne strupe] (Tina Logonder)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kolorimetrični_sistem_za_zaznavanje_virusov_na_podlagi_G_-_kvadrupleksov Kolorimetrični sistem za zaznavanje virusov na podlagi G-kvadrupleksov] (Nastja Feguš)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aprifreeze Aprifreeze - zaščita marelic pred spomladanskimi pozebami] (Laura Gašperšič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OpenPlast_-_kloroplastni_brezcelični_sistemi_za_hitrejšo_karakterizacijo_genetskih_delov OpenPlast - kloroplastni brezcelični sistemi za hitrejšo karakterizacijo genetskih delov] (Kim Glavič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PHEAST_-_P._pastoris_za_odstranjevanje_metana PHEAST - ''P. pastoris'' za odstranjevanje metana] (Ana Potočnik) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ELIXIO_-Mikrobni_konzorcij_za_vonj_po_vijolicah ELIXIO Mikrobni konzorcij za vonj po vijolicah] (Ajda Godec) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Agrobactory_593_-_Modularna_bakterijska_platforma_za_pripravo_biopesticidov Agrobactory 593 - Modularna bakterijska platforma za pripravo biopesticidev] (Tim Nograšek) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CyaSalt_-_metoda_za_razsoljevanje_morskih_voda] (Michelle Oletič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PRYSM_-_s svetlobo regulirane kvasovke PRYSM_-_s svetlobo regulirane kvasovke] (Nika Malečkar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Remi,_du_et!_-_bioremediacija_razlitij_nafte Remi, du et! - bioremediacija razlitij nafte] (Jošt Hren)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Minicelice_kot_proizvodna_platforma Minicelice kot proizvodna platforma] (Mladen Davidovikj)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Viruguard_%E2%80%93_izbolj%C5%A1ani_onkoliti%C4%8Dni_adenovirusi_proti_raku_na_jetrih] (Lara Mlakar)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

Viruguard – izboljšani onkolitični adenovirusi proti raku na jetrih

2023-09-19T16:29:56Z

Lara.drinovec: Created page with "=='''UVOD'''== Rak jeter je resen javnozdravstveni problem, ki ga je treba nujno obravnavati po vsem svetu. Tradicionalna zdravljenja, vključno s kirurško radioterapijo in kemoterapijo, niso zadovoljiva pri zdravljenju raka jeter zaradi stranskih učinkov. Zato so se v skupini ZJU-China odločili razviti novo vrsto onkolitičnega virusa za zdravljenje hepatoceličnega karcinoma (HCC). Kot orožje za ubijanje malignih celic in odpravljanje morebitne virulence, ki jo po..."

=='''UVOD'''==

Rak jeter je resen javnozdravstveni problem, ki ga je treba nujno obravnavati po vsem svetu. Tradicionalna zdravljenja, vključno s kirurško radioterapijo in kemoterapijo, niso zadovoljiva pri zdravljenju raka jeter zaradi stranskih učinkov. Zato so se v skupini ZJU-China odločili razviti novo vrsto onkolitičnega virusa za zdravljenje hepatoceličnega karcinoma (HCC). Kot orožje za ubijanje malignih celic in odpravljanje morebitne virulence, ki jo povzročajo onkolitični virusi so uporabili RNAi. Poleg tega so povečali tudi specifičnost virusa za ciljanje na tumorskih celic in zmanjšali zgodnje odstranjevanje virusa zaradi bolnikovega imunskega sistema. [1]

=='''IDEJA'''==

Ker je rak jeter zelo pogosta oblika raka na kitajskem, se je ekipa ZJU-China odločila, da najdejo rešitev za zdravljenje te zelo smrtne bolezni. Svoj onkolitični virus je skupina poimenovala ViruGuard. Z močnim orožjem, mehanizmom RNAi, je onkolitični virus pridobil sposobnost učinkovitega ubijanja rakavih celic. Poleg tega so opazili, da je virulentnost virusa lahko problematična, zato so vložili veliko truda, da bi povečali varnost tovrstnega zdravljenja. Da bi dosegli ta cilj, so zasnovali več korakov, s katerimi bi omejili delovanje virusa. Da bi imeli celovito razumevanje, kako bo virus vplival na človeško telo, so na podlagi objavljenih podatkov razvili model, ki posnema onkolitični proces. Ta model je ponazoril dinamično spremembo celotnega procesa in dokazal teoretično učinkovitost projekta [1].
Zdravljenje ni edini način za boj proti tumorju, bistvenega pomena je tudi zgodnja diagnoza. Prej ko je tumor odkrit, več je upanja za zdravljenje. Onkolitičnega virusa ni mogoče uporabiti brez zanesljive diagnoze. Zato so razvili čip za biološki test, ki bi lahko zaznal specifične znake na jetrnih rakavih celicah. Ta metoda je enostavna za uporabo, saj zahteva le majhno količino tkiva ali celo krvi. Hkrati pa je tudi cenovno ugodna in omogoča zgodnje presejanje [1].

=='''PREDHODNE RAZISKAVE'''==

Tradicionalni načini zdravljenja raka jeter vključujejo operacijo in radioterapijo.[2] Kemoterapija povzroči veliko obremenitev jeter in drugih organov, večina vrst jetrnih rakov pa ni občutljiva na kemoterapijo, zato tovrstna metoda ni optimalen način zdravljenja raka jeter. V zadnjih 10 do 20 letih je bilo opravljenih precej raziskav onkolitičnih virusov in večina jih je uporabljala samo en mehanizem za zdravljenje ali pa se je ukvarjala le z enim vidikom zdravljenja tumorja. Poleg tega je večina onkolitičnih virusov ostala v predklinični fazi in odobrenih je bilo le nekaj izdelkov. V predkliničnih študijah se jih je veliko osredotočilo na zdravljenje HCC, medtem ko v študijah kliničnega stadija skorajda ni nobenih onkolitičnih študij [3, 4]. Ker je imela večina že testiranih onkolitičnih adenovirusov stranske učinke na bolnika, so se odločili povečati varnost onkolitičnega virusa in izboljšati njegovo učinkovitost s kombiniranjem več mehanizmov hkrati, da bi dosegli namen zdravljenja [1].

=='''IZOGIB IMUNSKEMU ODZIVU'''==

Človeški avtoimunski sistem je eden glavnih razlogov, zakaj drugi podobni izdelki niso mogli doseči pričakovanega učinka. Zato so poskušali začasno zakamuflirati onkolitični virus v procesu prepoznavanja imunskega sistema, da bi zagotovili, da lahko onkolitični virus stabilno vdre in se razmnožuje po injiciranju v tumor.
Prvi korak, da imunska celica prepozna adenovirus in začne naslednje imunsko vedenje, je medsebojna povezava med receptorjem TLR9 na površini imunskih celic in specifičnim zaporedjem CpG v genomu virusa. Toll-like receptor 9 (TLR9) lahko prepozna DNA patogenih virusov in bakterij, ki vsebuje nemetilirano zaporedje citozin gvanin fosfata (CpG). Kombinacija CpG in TLR9 spodbuja njegovo dimerizacijo in aktivira signal TLR9 prek signalnega liganda MyD88 za proizvodnjo interferonov (IFN) in provnetnih citokinov, sprožitev imunskega odziva in odpravo tujih antigenov. Mehanizem varuje naše zdravje v vsakdanjem življenju. Za ViruGuard je ta proces nezaželjen, zato smo morali najti način, kako začasno zmanjšati njegovo delovanje.
Nedavna študija je pokazala, da se lahko zaporedje DNA TLR9i (interferenca TLR9) uporabi za motenje delovanja receptorja TLR9. Vezavno mesto oligonukleotida TLR9i na TLR9 se delno prekriva s CpG DNA, vezavna afiniteta za TLR9 pa je višja kot CpG DNA. Struktura matičnega obroča, ki jo tvori oligonukleotid TLR9i, je tesno vdelana v obročno strukturo TLR9, da prepreči dimerizacijo in aktivacijo TLR9. Z vstavitvijo sekvence TLR9i v genom Ad5, se bo TLR9i konkurenčno vezal na TLR9. Zaporedje TLR9i ima močnejšo afiniteto za vezavo TLR9 kot zaporedje CpG in ne bo povzročilo aktivacije receptorja TLR9, ko se veže na receptor. Na ta način bi imunski sistem zmanjšal zgodnji odziv imunskega sistema proti virusu, zaradi česar lahko virus uspešno vstopi v rakave celice [1].

=='''MODIFICIRANA POVRŠINSKA FUZIJSKA VLAKNA'''==

Adenovirus prepozna in veže celice preko dveh interakcij. Najprej fibrilarni protein v adenovirusni kapsidi medsebojno deluje s celičnim receptorjem CAR na celični površini, da omogoči pritrjevanje virusa na celico; nato pa adenovirusni penton bazni protein in vezava integrina αvβ3 in αvβ5 na celično površino inducirata endocitozo in omogočita virusu vstop v celico.
Če primerjamo tumorske celice z normalnimi celicami, je izražanje CAR v tumorskih celicah manjše kot v normalnih celicah, zaradi česar je adenovirus bolj nagnjen k temu, da se veže na normalne celice in jih okuži, kar je eden od razlogov za hude stranske učinke in nizko specifičnost. Pri HCC, ki so ga preučevali, je na površini rakavih celic jeter posebej izražen receptor GPC3, ki ne obstaja na površini normalnih celic. S spajanjem adenovirusa z anti-GPC3 scFv, ki lahko združuje celice HCC, specifično izraženega receptorja GPC3, se znatno zmanjša možnost vezave virusa na normalne celice in poveča možnost vezave virusa na rakave celice jeter. Zato lahko anti-GPC3 scfv ne le poveča varnost z omejevanjem procesa CAR v normalnih celicah, ki združujejo virus, ampak tudi izboljša specifičnost in učinkovitost okužbe z virusom ViruGuard [1].

=='''MIRNA MODULIRA PROLIFERACIJO VIRUSA'''==

Med normalnimi celicami in tumorskimi celicami obstajajo specifične razlike v izražanju miRNA. Ta razlika v ravni miRNA je bila uporabljena za uravnavanje usode genoma virusa po vstopu v celico. Upali so, da bodo to razliko uporabili za spremljanje specifične replikacije virusa v tumorskih celicah in zmanjšali proliferacijo in sposobnost preživetja virusa v normalnih celicah z nadzorom izražanja ključnih proteinov virusa.
Izbrali so tri različne miRNA kot stikalo za nadzor preživetja virusa: miRNA 199a, 195 in 22, ki so bile izražene višje v normalnih celicah kot v tumorskih celicah. Z vstavljanjem komplementarnega zaporedja teh visoko izraženih miRNA v 3' UTR E1A. E1A je bistven gen za preživetje virusa in kombinacija prostih miRNA in njihovega komplementarnega zaporedja v 3'UTR gena bi povzročila utišanje gena, kar bi zaviralo širjenje virusa. V tumorskih celicah ima zaradi nižje izraženosti teh genov miRNA majhen učinek na sposobnost preživetja virusa.
Da bi zmanjšali zaviralni učinek mehanizma za utišanje proste miRNA na onkolitični virus v rakavih celicah, so oblikovali posebno sekvenco, imenovano 'goba miRNA', ki je sestavljena iz niza tandemskih komplementarnih sekvenc miRNA 199a, 195 in 22. Prepisana mRNA lahko zmanjša raven zgoraj omenjene proste miRNA s komplementarno vezavo, ki omejuje sposobnost teh vrst prostih miRNA, da se vežejo na ciljni položaj gena E1A onkolitičnega virusa. Da bi zagotovili, da ta mehanizem ne bo vplival na mehanizem za utišanje virusa v normalnih celicah, so uporabili za tumor specifičen promotor hTERT za uravnavanje njegove transkripcije. V normalnih celicah je ekspresija gobe miRNA sorazmerno nizka, tako da lahko miRNA v normalnih celicah ostane v učinkoviti koncentraciji [1].

=='''SAMOMORILSKI MEHANIZEM RNAI'''==

Uničevalni učinek virusov na tumorske celice izvaja RNAi. S preživetjem tumorja sta povezanaq gena VEGFA in hTERT. Prvi gen nosi sposobnost proizvajanja vaskularnega epidermalnega rastnega faktorja, ki je široko izražen v celicah in močno izražen v tumorskih celicah. Njegovo izražanje omogoča nastanek krvnih žil okoli tumorja, ki zagotavljajo svežo kri za njegovo rast. Zato knockdown VEGFA pomeni stradanje tumorskih celic. Ker bosta gost žilni sistem in obstoj kolagenskih vlaken v ECM zunajceličnega matriksa v tumorju ovirala nadaljnji prenos virusa v tumorju, lahko naša siRNA, ki cilja na VEGFA, učinkovito zmanjša tumorsko angiogenezo in sintezo zunajceličnega matriksa, tako da poveča prenos virusa v tumorju. hTETR pa se izraža samo v malignih tumorjih in človeških zarodkih. Gre za gen telomerne reverzne transkriptaze, ki lahko zmanjša ali celo odpravi skrajšanje telomer zaradi delitve celic in zagotovi neomejeno razmnoževanje tumorskih celic. Zato knockdown hTERT pomeni oslabitev replikacijske sposobnosti rakavih celic.
Ko onkolitični virus uspešno lizira celico, nastane nov virus, ki deluje naprej. Ker tumor še ni metastaziral, se bo virus postopoma razširil z našega mesta injiciranja na okoliško rakavo tkivo. Visoka sposobnost prepoznavanja in ciljanja virusa lahko popolnoma uničita tumorske celice in zmanjšata možnost kasnejše ponovitve [1].
POVZETEK
Skupina ZJU-China je uresničila nekaj zelo pomembnih izboljšav za razvoj onkolitičnega virusa, vključno z učinkovitejšo virulenco, modificiranimi proteini za okužbo, specifično za tumorske celice, kombinacijo samomorilskega stikala miRNA in gobe miRNA za specifično proliferacijo virusa v rakavih celicah in mehanizmom ubijanja RNAi.
To je "rešitelj raka" – ViruGuard. Zahtevani deli (TLR9i, fuzijski protein vlaken-scFv, E1A-3UTR, goba miRNA, tumor-specifični promotor, hTERT shRNA, VEGFA shRNA) so integrirani v genom adenovirusa. Gre za rekombinantni virus, ki lahko specifično uniči rakave celice jeter [1].

=='''VIRI'''==

[1] Team: ZJU China - 2021.igem.org https://2021.igem.org/Team:ZJU-China (pridobljeno 25. 3. 2022)

[2] Rahul Rajeev,T. Clark Gamblin,Kiran K. Turaga. Hepatic Perfusion Therapy[J]. Surgical Clinics of North America, 2016

[3] Tenneti Pavan,Borad Mitesh J,Babiker Hani M. Exploring the role of oncolytic viruses in hepatobiliary cancers.[J]. Immunotherapy, 2018

[4] Lawler SE, Speranza M, Cho C, Chiocca EA. Oncolytic Viruses in Cancer Treatment: A Review. JAMA Oncol. 2017;3(6):841–849. doi:10.1001/jamaoncol.2016.2064

User talk:Lara.drinovec

2023-09-19T16:06:59Z

Lara.drinovec: Viruguard – izboljšani onkolitični adenovirusi proti raku na jetrih

Viruguard – izboljšani onkolitični adenovirusi proti raku na jetrih

UVOD

Rak jeter je resen javnozdravstveni problem, ki ga je treba nujno obravnavati po vsem svetu. Tradicionalna zdravljenja, vključno s kirurško radioterapijo in kemoterapijo, niso zadovoljiva pri zdravljenju raka jeter zaradi stranskih učinkov. Zato so se v skupini ZJU-China odločili razviti novo vrsto onkolitičnega virusa za zdravljenje hepatoceličnega karcinoma (HCC). Kot orožje za ubijanje malignih celic in odpravljanje morebitne virulence, ki jo povzročajo onkolitični virusi so uporabili RNAi. Poleg tega so povečali tudi specifičnost virusa za ciljanje na tumorskih celic in zmanjšali zgodnje odstranjevanje virusa zaradi bolnikovega imunskega sistema. [1]

IDEJA

Ker je rak jeter zelo pogosta oblika raka na kitajskem, se je ekipa ZJU-China odločila, da najdejo rešitev za zdravljenje te zelo smrtne bolezni. Svoj onkolitični virus je skupina poimenovala ViruGuard. Z močnim orožjem, mehanizmom RNAi, je onkolitični virus pridobil sposobnost učinkovitega ubijanja rakavih celic. Poleg tega so opazili, da je virulentnost virusa lahko problematična, zato so vložili veliko truda, da bi povečali varnost tovrstnega zdravljenja. Da bi dosegli ta cilj, so zasnovali več korakov, s katerimi bi omejili delovanje virusa. Da bi imeli celovito razumevanje, kako bo virus vplival na človeško telo, so na podlagi objavljenih podatkov razvili model, ki posnema onkolitični proces. Ta model je ponazoril dinamično spremembo celotnega procesa in dokazal teoretično učinkovitost projekta [1].
Zdravljenje ni edini način za boj proti tumorju, bistvenega pomena je tudi zgodnja diagnoza. Prej ko je tumor odkrit, več je upanja za zdravljenje. Onkolitičnega virusa ni mogoče uporabiti brez zanesljive diagnoze. Zato so razvili čip za biološki test, ki bi lahko zaznal specifične znake na jetrnih rakavih celicah. Ta metoda je enostavna za uporabo, saj zahteva le majhno količino tkiva ali celo krvi. Hkrati pa je tudi cenovno ugodna in omogoča zgodnje presejanje [1].

PREDHODNE RAZISKAVE

Tradicionalni načini zdravljenja raka jeter vključujejo operacijo in radioterapijo.[2] Kemoterapija povzroči veliko obremenitev jeter in drugih organov, večina vrst jetrnih rakov pa ni občutljiva na kemoterapijo, zato tovrstna metoda ni optimalen način zdravljenja raka jeter. V zadnjih 10 do 20 letih je bilo opravljenih precej raziskav onkolitičnih virusov in večina jih je uporabljala samo en mehanizem za zdravljenje ali pa se je ukvarjala le z enim vidikom zdravljenja tumorja. Poleg tega je večina onkolitičnih virusov ostala v predklinični fazi in odobrenih je bilo le nekaj izdelkov. V predkliničnih študijah se jih je veliko osredotočilo na zdravljenje HCC, medtem ko v študijah kliničnega stadija skorajda ni nobenih onkolitičnih študij [3, 4]. Ker je imela večina že testiranih onkolitičnih adenovirusov stranske učinke na bolnika, so se odločili povečati varnost onkolitičnega virusa in izboljšati njegovo učinkovitost s kombiniranjem več mehanizmov hkrati, da bi dosegli namen zdravljenja [1].

IZOGIB IMUNSKEMU ODZIVU

Človeški avtoimunski sistem je eden glavnih razlogov, zakaj drugi podobni izdelki niso mogli doseči pričakovanega učinka. Zato so poskušali začasno zakamuflirati onkolitični virus v procesu prepoznavanja imunskega sistema, da bi zagotovili, da lahko onkolitični virus stabilno vdre in se razmnožuje po injiciranju v tumor.
Prvi korak, da imunska celica prepozna adenovirus in začne naslednje imunsko vedenje, je medsebojna povezava med receptorjem TLR9 na površini imunskih celic in specifičnim zaporedjem CpG v genomu virusa. Toll-like receptor 9 (TLR9) lahko prepozna DNA patogenih virusov in bakterij, ki vsebuje nemetilirano zaporedje citozin gvanin fosfata (CpG). Kombinacija CpG in TLR9 spodbuja njegovo dimerizacijo in aktivira signal TLR9 prek signalnega liganda MyD88 za proizvodnjo interferonov (IFN) in provnetnih citokinov, sprožitev imunskega odziva in odpravo tujih antigenov. Mehanizem varuje naše zdravje v vsakdanjem življenju. Za ViruGuard je ta proces nezaželjen, zato smo morali najti način, kako začasno zmanjšati njegovo delovanje.
Nedavna študija je pokazala, da se lahko zaporedje DNA TLR9i (interferenca TLR9) uporabi za motenje delovanja receptorja TLR9. Vezavno mesto oligonukleotida TLR9i na TLR9 se delno prekriva s CpG DNA, vezavna afiniteta za TLR9 pa je višja kot CpG DNA. Struktura matičnega obroča, ki jo tvori oligonukleotid TLR9i, je tesno vdelana v obročno strukturo TLR9, da prepreči dimerizacijo in aktivacijo TLR9. Z vstavitvijo sekvence TLR9i v genom Ad5, se bo TLR9i konkurenčno vezal na TLR9. Zaporedje TLR9i ima močnejšo afiniteto za vezavo TLR9 kot zaporedje CpG in ne bo povzročilo aktivacije receptorja TLR9, ko se veže na receptor. Na ta način bi imunski sistem zmanjšal zgodnji odziv imunskega sistema proti virusu, zaradi česar lahko virus uspešno vstopi v rakave celice [1].

MODIFICIRANA POVRŠINSKA FUZIJSKA VLAKNA

Adenovirus prepozna in veže celice preko dveh interakcij. Najprej fibrilarni protein v adenovirusni kapsidi medsebojno deluje s celičnim receptorjem CAR na celični površini, da omogoči pritrjevanje virusa na celico; nato pa adenovirusni penton bazni protein in vezava integrina αvβ3 in αvβ5 na celično površino inducirata endocitozo in omogočita virusu vstop v celico.
Če primerjamo tumorske celice z normalnimi celicami, je izražanje CAR v tumorskih celicah manjše kot v normalnih celicah, zaradi česar je adenovirus bolj nagnjen k temu, da se veže na normalne celice in jih okuži, kar je eden od razlogov za hude stranske učinke in nizko specifičnost. Pri HCC, ki so ga preučevali, je na površini rakavih celic jeter posebej izražen receptor GPC3, ki ne obstaja na površini normalnih celic. S spajanjem adenovirusa z anti-GPC3 scFv, ki lahko združuje celice HCC, specifično izraženega receptorja GPC3, se znatno zmanjša možnost vezave virusa na normalne celice in poveča možnost vezave virusa na rakave celice jeter. Zato lahko anti-GPC3 scfv ne le poveča varnost z omejevanjem procesa CAR v normalnih celicah, ki združujejo virus, ampak tudi izboljša specifičnost in učinkovitost okužbe z virusom ViruGuard [1].

MIRNA MODULIRA PROLIFERACIJO VIRUSA

Med normalnimi celicami in tumorskimi celicami obstajajo specifične razlike v izražanju miRNA. Ta razlika v ravni miRNA je bila uporabljena za uravnavanje usode genoma virusa po vstopu v celico. Upali so, da bodo to razliko uporabili za spremljanje specifične replikacije virusa v tumorskih celicah in zmanjšali proliferacijo in sposobnost preživetja virusa v normalnih celicah z nadzorom izražanja ključnih proteinov virusa.
Izbrali so tri različne miRNA kot stikalo za nadzor preživetja virusa: miRNA 199a, 195 in 22, ki so bile izražene višje v normalnih celicah kot v tumorskih celicah. Z vstavljanjem komplementarnega zaporedja teh visoko izraženih miRNA v 3' UTR E1A. E1A je bistven gen za preživetje virusa in kombinacija prostih miRNA in njihovega komplementarnega zaporedja v 3'UTR gena bi povzročila utišanje gena, kar bi zaviralo širjenje virusa. V tumorskih celicah ima zaradi nižje izraženosti teh genov miRNA majhen učinek na sposobnost preživetja virusa.
Da bi zmanjšali zaviralni učinek mehanizma za utišanje proste miRNA na onkolitični virus v rakavih celicah, so oblikovali posebno sekvenco, imenovano 'goba miRNA', ki je sestavljena iz niza tandemskih komplementarnih sekvenc miRNA 199a, 195 in 22. Prepisana mRNA lahko zmanjša raven zgoraj omenjene proste miRNA s komplementarno vezavo, ki omejuje sposobnost teh vrst prostih miRNA, da se vežejo na ciljni položaj gena E1A onkolitičnega virusa. Da bi zagotovili, da ta mehanizem ne bo vplival na mehanizem za utišanje virusa v normalnih celicah, so uporabili za tumor specifičen promotor hTERT za uravnavanje njegove transkripcije. V normalnih celicah je ekspresija gobe miRNA sorazmerno nizka, tako da lahko miRNA v normalnih celicah ostane v učinkoviti koncentraciji [1].

SAMOMORILSKI MEHANIZEM RNAI

Uničevalni učinek virusov na tumorske celice izvaja RNAi. S preživetjem tumorja sta povezanaq gena VEGFA in hTERT. Prvi gen nosi sposobnost proizvajanja vaskularnega epidermalnega rastnega faktorja, ki je široko izražen v celicah in močno izražen v tumorskih celicah. Njegovo izražanje omogoča nastanek krvnih žil okoli tumorja, ki zagotavljajo svežo kri za njegovo rast. Zato knockdown VEGFA pomeni stradanje tumorskih celic. Ker bosta gost žilni sistem in obstoj kolagenskih vlaken v ECM zunajceličnega matriksa v tumorju ovirala nadaljnji prenos virusa v tumorju, lahko naša siRNA, ki cilja na VEGFA, učinkovito zmanjša tumorsko angiogenezo in sintezo zunajceličnega matriksa, tako da poveča prenos virusa v tumorju. hTETR pa se izraža samo v malignih tumorjih in človeških zarodkih. Gre za gen telomerne reverzne transkriptaze, ki lahko zmanjša ali celo odpravi skrajšanje telomer zaradi delitve celic in zagotovi neomejeno razmnoževanje tumorskih celic. Zato knockdown hTERT pomeni oslabitev replikacijske sposobnosti rakavih celic.
Ko onkolitični virus uspešno lizira celico, nastane nov virus, ki deluje naprej. Ker tumor še ni metastaziral, se bo virus postopoma razširil z našega mesta injiciranja na okoliško rakavo tkivo. Visoka sposobnost prepoznavanja in ciljanja virusa lahko popolnoma uničita tumorske celice in zmanjšata možnost kasnejše ponovitve [1].

POVZETEK

Skupina ZJU-China je uresničila nekaj zelo pomembnih izboljšav za razvoj onkolitičnega virusa, vključno z učinkovitejšo virulenco, modificiranimi proteini za okužbo, specifično za tumorske celice, kombinacijo samomorilskega stikala miRNA in gobe miRNA za specifično proliferacijo virusa v rakavih celicah in mehanizmom ubijanja RNAi.
To je "rešitelj raka" – ViruGuard. Zahtevani deli (TLR9i, fuzijski protein vlaken-scFv, E1A-3UTR, goba miRNA, tumor-specifični promotor, hTERT shRNA, VEGFA shRNA) so integrirani v genom adenovirusa. Gre za rekombinantni virus, ki lahko specifično uniči rakave celice jeter [1].

VIRI
[1] Team: ZJU China - 2021.igem.org https://2021.igem.org/Team:ZJU-China (pridobljeno 25. 3. 2022)

[2] Rahul Rajeev,T. Clark Gamblin,Kiran K. Turaga. Hepatic Perfusion Therapy[J]. Surgical Clinics of North America, 2016

[3] Tenneti Pavan,Borad Mitesh J,Babiker Hani M. Exploring the role of oncolytic viruses in hepatobiliary cancers.[J]. Immunotherapy, 2018

[4] Lawler SE, Speranza M, Cho C, Chiocca EA. Oncolytic Viruses in Cancer Treatment: A Review. JAMA Oncol. 2017;3(6):841–849. doi:10.1001/jamaoncol.2016.2064

Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom

2020-05-14T18:12:49Z

Lara.drinovec:

==Pritisk na odpornost proti antibiotikom==

Leta 1928 je Alexander Fleming odkril penicilin, izredno učinkovit antibiotik, ki je v prvi polovici dvajsetega stoletja rešil mnogo življenj in bil masovno uporabljan. Toda hkrati z uporabo antibiotikov, se je začela tekma, saj so začeli nastajati na antibiotike odporni sevi bakterij. Več kot se je nekega antibiotika uporabljalo, več vrst bakterij je nanj razvilo odpornost. Dandanes se antibiotiki uporabljajo predvsem v zdravstvu ter živinoreji. Ker pa je uporaba mnogokrat nepreudarna in pretirana, se poraja skrb, ali bo razvoj na antibiotike odpornih bakterij prehitel razvoj novih antibiotikov. Strah ni neracionalen, saj se vlaganje v razvoj povsem inovativnih antibiotikov zmanjšuje.
Antibiotiki se v ogromnih količinah porabljajo pri masovni živinoreji za prehranjevalne potrebe človeške populacije. Tako se v iztrebkih, ki seveda vsebujejo ostanke antibiotikov, začne selektivni pritisk na bakterije, kjer se favorizirajo tiste z antibiotsko odpornostjo, oziroma geni zanjo. V veliki meri se živalski iztrebki uporabljajo kot gnojila pri pridelovanju rastlinske hrane, kjer obstaja možnost prenosa na antibiotike odpornih bakterij na hrano, kar poraja vprašanja o nevarnostih za javno zdravje.

==Vloga bakteriofagov pri širjenju odpornosti na antibiotike==

Bakteriofagi, bakterijski virusi, imajo dva poznana načina razmnoževanja oziroma delovanja. Prvi, najenostavnejši, je litični, kjer fag vbrizga svojo dednino v bakterijo, ta pa nato po vneseni informaciji izdela nove viruse, ki jih sprosti v okolje. Drugi, kompleksnejši način, je lizogen, kjer se virusna dednina vstavi v bakterijsko dednino. Ob aktivatorju (na primer stres) se virusna DNA prepisuje in prevaja, virus pa vstopi v litični cikel. Virusna dednina vsebuje informacije za beljakovinske komponente faga, replikaze, v posebnih in za to temo pomembnih primerih pa tudi bakterijske gene. Omenjeni bakterijski geni, ki se pojavljajo v dednini lizogenih fagov lahko kodirajo toksine, superantigene, T3SS (strukture, ki patogenim bakterijam omogočijo prenos škodljivih proteinov iz bakterijskega citosola direktno v gostiteljsko celico), proteine za pritrjanje na podlago (gostitelja) in gene, ki omogočajo odpornost na antibiotike. Iz napisanega je razvidno, da imajo sami fagi pomemben vpliv na širjenje patogenih in drugih človeku nevarnih lastnosti po bakterijski populaciji.
V resnici so fagi zelo pomembni za kontrolo bakterijskih populacij, pri biogeokemijskih procesih in pri samem evolucijskem razvoju bakterij. Kar 20 % genov vseh bakterij naj bi bilo pridobljenih na omenjen način lizogenega cikla, a vpliv fagov na razvoj bakterij sploh še ni dobro raziskan. Ko virus prenese svojo dednino, ki vključuje bakterijske gene, v bakterijski kromosom, lahko to ne pomeni za gostiteljsko bakterijo nobenih sprememb, lahko so te negativne ali pozitivne. Prek evolucijskih mehanizmov se pozitivne lastnosti pri podvojevanjih, prek plazmidov, pa tudi prek litičnega cikla hitro razširijo po populaciji. V primeru živinoreje se torej ob prisotnosti fagov, ki vsebujejo bakterijske gene za antibiotsko odpornost, število odpornih bakterij v živalskem gnoju hitro razširi zaradi antibiotskega pritiska na bakterije. Na antibiotike odporne bakterije lahko nato preko gnojenja in rastlinske hrane konzumirajo ljudje, kar predstavlja tveganje za javno zdravje, saj je tovrstne okužbe težko zdraviti (pomanjkanje delujočih antibiotikov). Iz napisanega je torej razvidno, da je za celovito borbo proti razširjanju antibiotske odpornosti med bakterijami ključnega pomena, da se razišče vloga fagov v evoluciji bakterij, v odnosih z bakterijskimi kulturami in bolj usmerjeno, pri prenašanju in razširjanju genov antibiotske odpornosti po bakterijskih populacijah.
Nadalje bo v seminarski nalogi opisan mehanizem in regulacija prenosa določenih bakterijskih genov (npr. nosijo gene za antibiotsko odpornost) v virusno dednino, ki se nato preko litičnega cikla lahko razširja po populaciji.

==Posredniki prenosa genov==

Bakterije imajo več mehanizmov, ki so zmožni pakiranja gostiteljske DNA v bakteriofage ali njim podobne delce. Gostiteljska DNA je v tem primeru DNA bakterije, ki pa lahko nosi tudi gene z rezistenco na antibiotike. Fagi in njim podobni delci prenašajo gene do novega bakterijskega gostitelja preko horizontalnega prenosa genov. Prenos tuje DNA, ki jo izvajajo fagi, imenujemo transdukcija, ki jo lahko razdelimo na specializirano ali generalizirano. Pri prvi pride do prenosa dela gostiteljske DNA in profagne DNA v recipientsko celico, pri generalizirani pa pride do prenosa le dela gostiteljske DNA. Obstaja pa še en proces izmenjave genov, ki ga izvajajo posredniki prenosa genov (PPG). To so majhni, bakteriofagom podobni delci, ki jih proizvajajo nekatere bakterije in arheje. Vsak delec vsebuje kratek fragment genoma, ki ga lahko prenese v recipientsko celico podobnega organizma.

Geni za te delce so nastali iz fagne DNA, ki se je integrirala v gostiteljski genom. Ta je mutirala na mestih, kjer je bil zapis za nastanek endolizina, na promotorju, DNA replikacijskem mestu in še nekaterih. Tako je iz 30 – 50 kb zaporedja nastalo 10 – 20 kb dolgo zaporedje z zapisom za pakiranje DNA, večino proteinov glave in repa. Dodatni geni, ki prispevajo k proizvajanju PPG ali vnosu DNA, se nahajajo na drugih mestih na genomu. Ti imajo lahko regulatorno vlogo ali direktno prispevajo k nastanku PPG, kot je na primer gen za endolizin. Taki geni kodirajo tudi za proteine, ki imajo funkcijo vnosa DNA in njeno rekombinacijo, kot so DNA transportni proteini.

===Življenjski cikel PPG===

Nastanek PPG je reguliran s pomočjo več regulatorjev. Gen gafA kodira transkripcijski regulator, ki se veže na PPG promotor in sproži nastanek strukturnih proteinov in proteinov za pakiranje DNA. Izražanje gafA je regulirano preko pleiotropičnega regulatorskega proteina CtrA in kvorum zaznavnega regulatorja GtaR. GafA in CtrA vplivata na zorenje PPG in končno sprostitev preko lize celice. GafA in GtaR z vezanim HSL (Homoserin lakton) pa sprožita nastanek endolizina in holina, ki sprožita lizo celice. Kadar je CtrA fosforiliran, to omogoča nastanek novih CtrA, hkrati pa deluje kot pozitivni regulator za nastanek določenih proteinov repa, bodic na glavi PPG in proteina za zorenje glave. Indukcija gena PPG torej vodi do produkcije proteinov, pomembnih za izgradnjo in vstavitev PPG, vendar pa, za razliko od bakteriofagov, ne prihaja do specifične replikacije samega gena.

Nastanek PPG se začne s transkripcijo in translacijo PPG genov. Nastali deli morajo dozoreti, torej proteini se morajo ustrezno sestaviti v določen del PPG. Sledi polnjenje glav PPG, kar regulira poseben terminazni encimski kompleks. Ta zapolni vsako glavo do maksimalne dolžine DNA, ki se lahko vstavi in se nato premakne naprej do naslednje glave. Maksimalna dolžina je 4 – 14 kb, kar je odvisno od bakterije, v splošnem pa velja, da lahko glave istega organizma sprejmejo enako količino DNA. Fagi lahko za razliko od PPG sprejmejo večjo količino DNA in prenašajo gene, ki kodirajo za nastanek več fagov. Po pakiranju pride do sestavljanja glav in repov ter končne lize celice.

===Prenos dednega materiala===

Uspešnost transdukcije s PPG je odvisna od zmožnosti njihovega preživetja v okolju in prisotnosti ustreznih recipientskih celic. Te morajo imeti na površini celice določen polisaharid, ki interagira z repom PPG. Ta nato razgradi zunanjo membrano na tem mestu in sprosti hidrolaze, ki razgradijo celično steno. DNA se lahko prenese le v periplazemski prostor, saj ne more direktno preiti notranje membrane, kot je to značilno za fage. Za prenos DNA so potrebni homologi DNA translokacijskih proteinov ComEC, ComF in ComM. Ti lahko preko membrane prenesejo le enoverižno DNA in ji dodajo DprA, ki omogoča lažjo rekombinacijo DNA verige. Ko ta kompleks prispe v citoplazmo, lahko rekombinacija poteče po enakem postopku, kot če bi bil vezan RecA.

==Voda kot glavni problem onesnaženosti==

Odpadna voda in rastline, ki jih obdelujejo z odpadno vodo, so lahko pravi rezervoar naravnih ponudnikov odpornosti na antibiotike. So žarišče transferacije genov, kar omogoča razširjanje genov za odpornost na antibiotike (ARG) med bakterijami. Odpadna voda namreč vsebuje antibiotike, razkužila in kovine, ki lahko pripomorejo k odpornosti že v nizkih koncentracijah. Bolnišnice predstavljajo zelo majhen del med viri antibiotikov, na antibiotike odpornih bakterij (ARB) in ARG. Zelo veliko jih vsebujejo tudi reke, na katerih poteka več raziskav in primerjav različnih ARG na večih delih reke. Občutljive bakterije lahko pridobijo gen za odpornost preko transformacije, transdukcije ali konjugacije. Med pridobivanjem enega gena za odpornost pa lahko v teh procesih bakterija sočasno pridobi tudi številne druge gene za odpornost na druge antibiotike. Trenutno se za raziskave na tem področju najpogosteje uporabljajo metode, kot so kvantitativna PCR, metagenomika in funkcionalna metagenomika, razvoj novih metod pa konstantno prinaša nove možnosti za analizo ARG.
Pridobitev odpornosti je lahko naraven prilagoditveni proces, do nje pride preko spontanih mutacij ali pa se razvije preko horizontalne transferacije gena, ki ga pridobi od donorja, npr. druga bakterija, fagi, ali prosta DNA. Torej lahko tudi nepatogene bakterije, ki vsebujejo ARG, služijo kot rezervoar za patogene bakterije. Predvsem, ko gre za patogene bakterije, pa predstavlja odpornost globalen problem. Več kot ena miljarda ljudi živi v pomanjkanju pitne vode. Čiščenje vode poteka preko filtracije in kloriranja, a za vse bolj onesnaženo vodo v sedanjem času, to ni zadovoljivo, saj ostane mnogo ARG v vodi. Pitje onesnažene vode je tako zelo ogrožajoče za javno zdravje. Predvsem ostanki neporabljenih antibiotikov v vodi verjetno spodbujajo ARB in ARG. Poleg tega lahko določeni mikrobi preživijo zdravljenje z antibiotiki, ter tako razvijejo odpornost v odsotnosti genetske mutacije. Del populacije namreč ob velikem številu prisotnih bakterij, lahko preživi sicer letalno koncentracijo. Uporaba antibiotikov pod to koncentracijo tako lahko pripomore k razvoju odpornosti tako v klinični medicini, kot v pridelavi rastlin in vzrejanju živali.

===Načini preprečevanja===

Obstaja več možnih sodobnih načinov za razkuževanje vode, ki pa zaenkrat še niso dobro raziskani. Ti vključujejo klor, ozon in železov reagent in lahko inaktivirajo ARB in ARG. Radikal ·OH je glavni oksidant v železovem reagentu. V reakciji radikala s proteinom, se ta razcepi na fragmente, njegova visoka reaktivnost s komponentami DNA in RNA pa povzroči njihovo poškodbo. Inaktivacija bakterij med razkuževanjem ne pomeni nujno uničenja ARG. Da deaktiviramo ARG, potrebujemo tako dezinfekcijsko sredstvo, ki čim hitreje prodre celično membrano in pride do DNA, ne da bi se vmes vezal kam drugam. Nekatere študije so preučevale tudi pomen ultravijoličnega (UV) obsevanja in ga primerjala s kloriranjem. Odkrili so, da tako kloriranje, kot UV obsevanje ne uničita veliko ARG, medtem ko v kombinaciji skupaj lahko zelo učinkovito inaktivirata ARG. Primerjava med obema metodama je pokazala, da UV obsevanje direktno uniči plazmid, ki vsebuje ARG, celična membrana pa ostane nespremenjena. Klor pa skupaj z amonijevim ionom, ki je prisoten v vodi, tvori kloramin, ki poveča permeabilnost celične membrane. Kloriranje vode lahko tako celo prispeva k transferaciji ARG, UV obsevanje je tako lahko primernejša oblika dezinfekcije za kontrolo ARG transferacije.

==Viri==

Sengupta S., Chattopadhyay M. K., Grossart H. P., 2013, "The multifaceted roles of antibiotics and antibiotic resistance in nature." Front Microbiol. 12, 4-47.

Redfield, R. J., Beatty, J. T., 2019, “Gene Transfer Agents.” Encyclopedia of Microbiology (Fourth Edition): 370 – 377.

Fogg, P.C.M., 2019, “Identification and characterization of a direct activator of a gene transfer agent.”Nature Communications 10. Article number: 595.

Sharma, V.K. et al. (2016) A review of the influence of treatment strategies on antibiotic-resistant bacteria and antibiotic resistance genes. Chemosphere 150, 702–714

Karkman, A. et al. (2018) Antibiotic-resistance genes in waste water. Trends Microbiol. 26, 220–228

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom

2020-05-11T20:38:45Z

Lara.drinovec:

==Posredniki prenosa genov==

Bakterije imajo več mehanizmov, ki so zmožni pakiranja gostiteljske DNA v bakteriofage ali njim podobne delce. Gostiteljska DNA je v tem primeru DNA bakterije, ki pa lahko nosi tudi gene z rezistenco na antibiotike. Fagi in njim podobni delci prenašajo gene do novega bakterijskega gostitelja preko horizontalnega prenosa genov. Prenos tuje DNA, ki jo vršijo fagi, imenujemo transdukcija, ki jo lahko razdelimo na specializirano ali generalizirano. Pri prvi pride do prenosa dela gostiteljske DNA in profagne DNA v recipientsko celico, pri generalizirani pa pride do prenosa le dela gostiteljske DNA. Obstaja pa še en proces izmenjave genov, ki ga vršijo posredniki prenosa genov (PPG). To so majhni, bakteriofagom podobni delci, ki jih proizvajajo nekatere bakterije in arheje. Vsak delec vsebuje kratek fragment genoma, ki ga lahko prenese v recipientsko celico podobnega organizma.

Geni za te delce so nastali iz fagne DNA, ki se je integrirala v gostiteljski genom. Ta je mutirala na mestih, kjer je bil zapis za nastanek endolizina, na promotorju, DNA replikacijskem mestu in še nekaterih. Tako je iz 30 – 50 kb zaporedja nastalo 10 – 20 kb dolgo zaporedje z zapisom za pakiranje DNA, večino proteinov glave in repa. Dodatni geni, ki prispevajo k proizvajanju PPG ali vnosu DNA, se nahajajo na drugih mestih na genomu. Ti imajo lahko regulatorno vlogo ali direktno prispevajo k nastanku PPG, kot je na primer gen za endolizin. Taki geni kodirajo tudi za proteine, ki imajo funkcijo vnosa DNA in njeno rekombinacijo, kot so DNA transportni proteini.

===Življenjski cikel PPG===

Nastanek PPG je reguliran s pomočjo več regulatorjev. Gen gafA kodira transkripcijski regulator, ki se veže na PPG promotor in sproži nastanek strukturnih proteinov in proteinov za pakiranje DNA. Izražanje gafA je regulirano preko pleiotropičnega regulatorskega proteina CtrA in kvorum zaznavnega regulatorja GtaR. GafA in CtrA vplivata na zorenje PPG in končno sprostitev preko lize celice. GafA in GtaR z vezanim HSL (Homoserin lakton) pa sprožita nastanek endolizina in holina, ki sprožita lizo celice. Kadar je CtrA fosforiliran, to omogoča nastanek novih CtrA, hkrati pa deluje kot pozitivni regulator za nastanek določenih proteinov repa, bodic na glavi PPG in proteina za zorenje glave. Indukcija gena PPG torej vodi do produkcije proteinov, pomembnih za izgradnjo in vstavitev PPG, vendar pa, za razliko od bakteriofagov, ne prihaja do specifične replikacije samega gena.

Nastanek PPG se začne s transkripcijo in translacijo PPG genov. Nastali deli morajo dozoreti, torej proteini se morajo ustrezno sestaviti v določen del PPG. Sledi polnjenje glav PPG, kar regulira poseben terminazni encimski kompleks. Ta zapolni vsako glavo do maksimalne dolžine DNA, ki se lahko vstavi in se nato premakne naprej do naslednje glave. Maksimalna dolžina je 4 – 14 kb, kar je odvisno od bakterije, v splošnem pa velja, da lahko glave istega organizma sprejmejo enako količino DNA. Fagi lahko za razliko od PPG sprejmejo večjo količino DNA in prenašajo gene, ki kodirajo za nastanek več fagov. Po pakiranju pride do sestavljanja glav in repov ter končne lize celice.

===Prenos dednega materiala===

Uspešnost transdukcije s PPG je odvisna od zmožnosti njihovega preživetja v okolju in prisotnosti ustreznih recipientskih celic. Te morajo imeti na površini celice določen polisaharid, ki interagira z repom PPG. Ta nato razgradi zunanjo membrano na tem mestu in sprosti hidrolaze, ki razgradijo celično steno. DNA se lahko prenese le v periplazemski prostor, saj ne more direktno preiti notranje membrane, kot je to značilno za fage. Za prenos DNA so potrebni homologi DNA translokacijskih proteinov ComEC, ComF in ComM. Ti lahko preko membrane prenesejo le eno verigo DNA in ji dodajo DprA, ki omogoča lažjo rekombinacijo DNA verige. Ko ta kompleks prispe v citoplazmo, lahko rekombinacija poteče po enakem postopku, kot če bi bil vezan RecA.

===Voda kot glavni problem onesnaženosti===

Odpadna voda in rastline, ki jih obdelujejo z odpadno vodo, so lahko pravi rezervoar naravnih ponudnikov rezistence na antibiotike. So žarišče horizontalne transferacije genov, kar omogoča razširjanje genov za rezistenco na antibiotike (ARG) med bakterijami. Odpadna voda namreč vsebuje antibiotike, razkužila in kovine, ki lahko pripomorejo k antibiotični rezistenci že v nizkih koncentracijah. Bolnišnice predstavljajo zelo majhen del med viri antibiotikov, na antibiotike rezistentnih bakterij (ARB) in ARG. Zelo veliko jih vsebujejo tudi reke, na katerih poteka več raziskav in primerjav različnih ARG na večih delih reke. Občutljive bakterije lahko pridobijo gen za rezistenco preko transformacije, transdukcije ali konjugacije. Med pridobivanjem enega gena za rezistenco pa lahko v teh procesih bakterija sočasno pridobi tudi številne druge gene za rezistenco na druge antibiotike. Trenutno se za raziskave na tem področju najpogosteje uporabljajo metode, kot so kvantitativna PCR, metagenomika in funkcionalna metagenomika, razvoj novih metod pa konstantno prinaša nove možnosti za analizo ARG.
Pridobitev rezistence je lahko naraven prilagoditveni proces, do nje pride preko spontanih mutacij ali pa se razvije preko horizontalne transferacije gena, ki ga pridobi od donorja, npr. druga bakterija, fagi, ali prosta DNA. Torej lahko tudi nepatogene bakterije, ki vsebujejo ARG, služijo kot rezervoar za patogene bakterije. Predvsem, ko gre za patogene bakterije, pa predstavlja rezistenca globalen problem. Več kot ena miljarda ljudi živi v pomanjkanju pitne vode. Čiščenje vode poteka preko filtracije in kloriranja, a za vse bolj onesnaženo vodo v sedanjem času, to ni zadovoljivo, saj ostane mnogo ARG v vodi. Pitje onesnažene vode je tako zelo ogrožajoče za javno zdravje. Predvsem ostanki neporabljenih antibiotikov v vodi verjetno spodbujajo ARB in ARG. Poleg tega lahko določeni mikrobi preživijo zdravljenje z antibiotiki, ter tako razvijejo rezistenco v odsotnosti genetske mutacije. Del populacije namreč ob velikem številu prisotnih bakterij, lahko preživi sicer letalno koncentracijo. Uporaba antibiotikov pod to koncentracijo tako lahko pripomore k razvoju rezistence tako v klinični medicini, kot v pridelavi rastlin in vzrejanju živali.

===Načini preprečevanja===

Obstaja več možnih sodobnih načinov za razkuževanje vode, ki pa zaenkrat še niso dobro raziskani. Ti vključujejo klor, ozon in železov reagent in lahko inaktivirajo ARB in ARG. Radikal ·OH je glavni oksidant v železovem reagentu. V reakciji radikala s proteinom, se ta razcepi na fragmente, njegova visoka reaktivnost s komponentami DNA in RNA pa povzroči njihovo poškodbo. Inaktivacija bakterij med razkuževanjem ne pomeni nujno uničenja ARG. Da deaktiviramo ARG, potrebujemo tako dezinfekcijsko sredstvo, ki čim hitreje prodre celično membrano in pride do DNA, ne da bi se vmes vezal kam drugam. Nekatere študije so preučevale tudi pomen ultravijoličnega (UV) obsevanja in ga primerjala s kloriranjem. Odkrili so, da tako kloriranje, kot UV obsevanje ne uničita veliko ARG, medtem ko v kombinaciji skupaj lahko zelo učinkovito inaktivirata ARG. Primerjava med obema metodama je pokazala, da UV obsevanje direktno uniči plazmid, ki vsebuje ARG, celična membrana pa ostane nespremenjena. Klor pa skupaj z amonijevim ionom, ki je prisoten v vodi, tvori kloramin, ki poveča permeabilnost celične membrane. Kloriranje vode lahko tako celo prispeva k transferaciji ARG, UV obsevanje je tako lahko primernejša oblika dezinfekcije za kontrolo ARG transferacije.

==Viri==

Redfield, R. J., Beatty, J. T., 2019, “Gene Transfer Agents.” Encyclopedia of Microbiology (Fourth Edition): 370 – 377.

Fogg, P.C.M., 2019, “Identification and characterization of a direct activator of a gene transfer agent.”Nature Communications 10. Article number: 595.

Sharma, V.K. et al. (2016) A review of the influence of treatment strategies on antibiotic-resistant bacteria and antibiotic resistance genes. Chemosphere 150, 702–714

Karkman, A. et al. (2018) Antibiotic-resistance genes in waste water. Trends Microbiol. 26, 220–228

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom

2020-05-11T20:28:40Z

Lara.drinovec:

Bakteriofagi

2020-03-16T10:28:10Z

Lara.drinovec:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2019/20 obravnavajo različne vidike bakteriofagov, od njihove zgradbe in delovanja, do vloge v okolju in izrabe za zdravljenje. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu. Za orientacijo in splošno poznavanje tematike si oglejte prosojnice v spletni učilnici - 3. teden marca. V okviru posameznih glavnih poglavij lahko predlagate še kakšen seminar po lastni presoji (pošljite predlog po e-pošti!).

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti (lahko tudi dva, če pa bi kakšno temo na vsak način rad obdelal en sam, mi prej pišite, da se pogovorimo glede vsebine in obsega). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200-1800 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Predstavitev naj bo dolga 15-20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite le malo splošnega uvoda, ki naj ima za nalogo, da umesti vašo temo v kontekst problematike bakteriofagov.

Predvidena umestitev seminarjev v semestru je razvidna iz spletne učilnice, a zaenkrat ni mogoče zagotovo reči, da ne bo kakšnih sprememb zaradi ukrepov proti širjenju koronavirusa.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).

Spodnji seznam vključuje povezave do nekaterih preglednih člankov iz zadnjega obdobja, ki jih lahko uporabite za osnovo pri pripravi. Večinoma pa navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim - predvidoma po 8 na teden), tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.

Poglavja za seminarje so:

'''STRUKTURA IN DELOVANJE FAGOV''' 
https://www.intechopen.com/books/bacteriophages-perspectives-and-future/bacteriophages-their-structural-organisation-and-function (poglavje, 2019) 
1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov 
2. Struktura kapsid in prokapsid 
3. Struktura konektorjev in repov 
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6416446/ (pregledni, 2019) 
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6209105/ (pregledni, 2018) 
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1879625718300142?via% 
(pregledni, 2018) 
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570963919301888?via% 
(pregledni, 2020) 
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave 

'''INTERAKCIJE in EKOLOGIJA''' 

https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm (pregledni, 2019) 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29523063 
9. Interakcija faga z bakterijo 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169409X19300031 (pregledni, 2019) 
10. Interakcije fagov s človeškimi tkivi 

https://www.mdpi.com/2076-0817/8/3/100/htm (pregledni, 2019) 
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih (brez človeka - to je predhodna tema) 

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/08927014.2019.1613525 in https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32125643 
(pregledni, 2019+2020) 
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0966842X19300599?via% 
(pregledni, 2019) 
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom 

https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11274-013-1358-5 (pregledni, 2013) 
14. Cianofagi 

'''UPORABA BAKTERIOFAGOV''' 

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2019.00513/full (pregledni, 2019) 
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb 
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh 
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5371805/ 
(pregledni, 2017 - samo kratko poglavje o uporabi na rastlinah) 
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0160412019305410 (pregledni, 2019) 
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti 

https://www.aimspress.com/fileOther/PDF/microbiology/microbiol-05-04- 
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S095816691930093X?via%3Dihub 
(pregledni, 2019 + 2020) 
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih 

https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm 
in https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166919301296?via%3Dihub 
(pregledni, 2019 + 2020) 
21. Biotehnološka izraba fagov 

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja, tako kot je prikazano pri izmišljenem ničtem seminarju.
Seminarje bomo izvedli v enakem vrstnem redu, kot so navedeni zgoraj.

0. Analiza bakteriofagov v smrekovem gozdu (Jana Dolenc, Tilen Deželak, Sonja Mavrič) 

1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov 
2. Struktura kapsid in prokapsid 
3. Struktura konektorjev in repov 
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov 
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda (Kim Glavič, Nastja Feguš, Nina Varda) 
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni (Žiga Vičič, Dunia Sahir, Maja Globočnik) 
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina (Anja Konjc, Tina Logonder, Manca Osolin) 
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave (Tina Arnšek, Ana Babnik, Greta Junger) 
9. Interakcija faga z bakterijo (Anastasija Nechevska, Marjeta Milostnik, Ana Vičič) 
10. Interakcije fagov s človeškimi tkivi (Michelle Oletič, Nika Vegelj, Rebeka Dajčman) 
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih (Lena Trnovec, Maja Kolar, Liza Praznik) 
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme 
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom (Žan Fortuna, Tevž Levstek, Lara Drinovec) 
14. Cianofagi 
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb (Maša Gabrič, Maša Andoljšek, Vivian Nemanič) 
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh(Tim Nograšek, Jure Povšin, Sašo Jakob) 
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje (Maja Mahorič, Ana Potočnik, Maja Trifkovič) 
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin (Tanja Janko, Špela Šubelj in Matic Krivec) 
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti 
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih (Tadej Uršič, Teo Nograšek, Oskar Nemec) 
21. Biotehnološka izraba fagov 

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na tem, drugem, seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki> 

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)

BIO2 Povzetki seminarjev 2018

2018-11-02T19:02:46Z

Lara.drinovec: /* Lara Drinovec: AMPK in avtofagija pri glukoznem/glikogenem metabolizmu */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2018/2019 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2018 stran]

===Karmen Mlinar: Signalizacija in odzivi na abiotski stres pri rastlinah===
Rastline živijo v stalno spreminjajočem se okolju, ki je pogosto neugodno in stresno za njihovo rast in razvoj. Primer abiotskega stresa so suša, ekstremne temperature, slanost tal, pomanjkanje hranil v prsti ipd. Rastline lahko stres preživijo tako, da se mu prilagodijo ali pa izognejo. V nasprotnem primeru so obsojene na smrt. Identificiranih je le malo senzorjev, ki zaznavajo stres. Pri signalizaciji odzivov na stresna okolja pogosto sodeluje družina kinaz SnRK, ki zaznajo spremembe v energijskem statusu rastline, ki jih povzroči stres. Znane so tri poddružine SnRKs: SnRK1s, SnRK2s, ki sodelujejo pri osmotskem stresu in ABA signalizaciji, in SnRK3s, ki so ključni regulatorji ionske homeostaze pri spopadanju s solnim stresom. Pri ionskem stresu pogosto problem predstavlja Na+. Pri njegovi signalizaciji je ključna SOS signalna pot. Signalizacija temperaturnega stresa se začne s spremembami v fluidnosti membrane, kar zaznajo integralni membranski proteini. Pri signalizaciji pogosto sodelujejo tudi MAPKs, CPKs in stresni hormon ABA, pomembno vlogo pa nosijo sekundarni sporočevalci kot sta kalcij in ROS. Vse to stremi k vzpostavitvi ionske in vodne homeostaze ter celične stabilnosti v stresnem okolju. Z razumevanjem signalizacije stresa in odzivov, ki sledijo, bomo lahko izboljšali odpornost pridelkov na stres in s tem zagotovili kmetijsko stabilnost in preskrbo s hrano za rastoče svetovno prebivalstvo.

===Aljaž Bratina: Pomen različnih signalnih poti pri staranju===
Staranje je postopna izguba fiziološke integritete in vodi v prizadeto funkcionalnost ter povečano možnost za smrt. Hitremu staranju nasprotna je dolgoživost, to je stanje, v katerem organizem ne izgublja funkcionalnosti ali jo izgublja počasneje. Staranje lahko opredelimo z devetimi splošnimi lastnostmi, ki jih opazimo v večini organizmov. Pri preučevanju staranja opazujemo organizem C. elegans, ki lahko med razvojem v primeru neugodnih razmer razvije stanje dauer, v katerem je razvoj ustavljen in je tako organizem sposoben preživeti dalj časa. Pri regulaciji staranja in dolgoživosti so pomembne mnoge celične signalne poti, kot del njih pa predvsem jedrni receptorji, ki uravnavajo prepisovanje genov, ki imajo vpliv na hitrost staranja oz. vzdrževanje dolgoživosti. V seminarski nalogi so opisane štiri pomembne signalne poti in njihov vpliv na staranje. Pri prvi je pomemben jedrni receptor DAF-12, ki za svoje delovanje potrebuje steroid DA. Neugodne razmere ga deaktivirajo, kar vodi v razvoj stanja dauer. Na dolgoživost pozitivno vpliva tudi aktiviran kompleks NSBP-1 in jedrnega receptorja DAF-16, ki sta del signalne poti IIS. To pot regulira tudi količina holesterola v celici. Dolgoživost povzročajo tudi prekinitveni post, pri katerem se aktivira jedrni receptor AP-1, pa tudi odstranitev zarodnih celic, ki poleg prej omenjene DAF-12 in DAF-16 aktivira tudi nekatere druge receptorje, npr. NHR-80 in NH3-49.

===Eva Gartner: Wnt signalizacija in njena vloga pri srčni fibrozi===
Wnt signalizacija zajema skupino signalnih poti, ki jih regulirajo wnt proteini. Ti se vežejo na posebne receptorje v membrani celice, preko katerih se signal prenese v notranjost. Wnt signalizacijo sestavljajo tri glavne signalizacijske poti: kanonična wnt pot, ki vključuje protein β-katenin, nekanonična (PCP) pot in nekanonična pot, ki sodeluje pri regulaciji kalcija. Vse poti se začnejo z vezavo wnt-liganda na transmembranske Fz receptorje in prenosom signala do znotrajceličnega proteina Dsh. Od tu naprej se poti razcepijo vsaka v svojo smer. Wnt signalizacija sodeluje v mnogih procesih, potrebnih za normalen razvoj organizma, kot so npr. razmnoževanje, specializacija in migracije celic. Prisotnost regulacije z wnt signalizacijo so odkrili tudi pri srčni fibrozi in z njo povezanih boleznih in poškodbah srca. V zdravih celicah wnt signalizacija navadno ni prisotna. Izraz fibroza se nanaša na povečanje količine zunajceličnega matriksa, zaradi česar postane srčna mišica otrdela in krčenje manj intenzivno. Pride do prekomerne namnožitve fibroblastov in diferenciacije v miofibroblaste, ki so fenotipsko med fibroblasti in mišičnimi celicami. Kljub številnim raziskavam, ki dokazujejo vpletenost wnt signalizacije v razvoju fibroze, natančni mehanizmi vseh signalnih poti še vedno niso znani. Potrebne so še nadaljnje raziskave za razumevanje zapletene celične komunikacije in odkritje novih terapevtskih možnosti.

===Neža Žerjav: Vloga kaspaz pri celični smrti===
Kaspaze so cisteinske peptidaze, ki sodelujejo v signalnih poteh celične smrti. Poznamo več vrst celične smrti, med njii tudi apoptozo, nekrozo, nekroptozo in piroptozo. Vloga kaspaz pri apoptozi je dobro znana, so adapterski proteini ali pa aktivno sodelujejo pri postopni razgradnji celice, saj sprožijo nastajanje apoptotskih veziklov in fagocitozo celice. Nekrozo označujemo kot neprogramirano celično smrt, vendar to za nekroptozo, ki ji pravimo tudi programirana nekroza, ne drži. Slednja je namreč v celici konkurenčna apoptozi, preko kaspaz sta recipročno regulirani. Nekroptozo kaspaze zavirajo, saj inhibirajo kompleks RIPK1/RIPK3, ki z aktivacijo proteina MLKL povzroči razlitje celične vsebine, značilno za nekrozo. Kaspaze sodelujejo tudi pri piroptozi, ki je posledica stresnih dejavnikov iz okolice – poškodb, patogenih organizmov ali njihovih toksinov. Kaspaze pri piroptozi povzročijo aktivacijo gasdermina D, ki sproži celično lizo, in vnetni odziv. Poznavanje delovanja kaspaz nam omogoča tako vpogled v razvoj in mehanizem vzdrževanja homeostaze organizmov, kakor tudi razumevanje patoloških procesov, na primer multiple in amiotrofične lateralne skleroze, ishemične bolezni srca ter vnetnih odzivov zaradi okužb.

===Meta Kodrič: Svetlobne signalne poti za uravnavanje fotomorfogeneze===
Svetloba je za rastline eden od najpomembnejših okoljskih signalov, ki vplivajo na rast in razvoj. V odvisnosti od intenzitete in valovne dolžine svetlobe se pri rastlinah pojavljata dva kontrastna razvojna procesa. Fotomorfogeneza je osnovna oblika rasti, saj rastlinam omogoča razvoj v avtotrofne organizme, sposobne opravljati fotosintezo, skotomorfogeneza pa je le zavrta oblika fotomorfogeneze, ki se odvija v temi. Potek teh dveh procesov rastline uravnavajo pod vplivom svetlobnega signala v svetlobni signalni poti. V njej sodelujejo fotoreceptorji ter pozitivni in negativni regulatorji fotomorfogeneze. V temi se fotoreceptor fitokrom nahaja v biološko neaktivni obliki v citosolu rastlinske celice. Negativni regulatorji se tako lahko v jedru prosto vežejo na druge molekule. Transkripcijski faktorji PIF se v obliki dimerov vežejo na promotorske regije na molekuli DNA in s tem preprečijo prepisovanje genov za fotomorfogenezo. Proteini COP/DET/FUS delujejo kot E3 ligaze pozitivnih regulatorjev HY5, HFR1, LAF1 in tako sodelujejo pri njihovi razgradnji. Z vzajemnim delovanjem tako negativni regulatorji zatirajo potek fotomorfogeneze. Na svetlobi se fitokrom konformacijsko spremeni in preide v jedro. Tam v sodelovanju z drugimi molekulami inhibira negativne regulatorje, bodisi s preprečitvijo njihovega encimskega delovanja, bodisi s sodelovanjem pri njihovi razgradnji. Posledično lahko postanejo aktivni pozitivni regulatorji, ki se vežejo poleg promotorskih regij na DNA in tako aktivirajo prepisovanje genov za fotomorfogenezo.

===Tina Zavodnik: Mehanična transdukcija in proteini Piezo===
Praktično vsi organizmi so občutljivi na mehanske dražljaje. Fizične sile regulirajo številne fiziološke procese, nezadostni oz. napačni odzivi nanje pa lahko vodijo do številnih okvar ali bolezni. Naše zaznavanje teh dražljajev in njihova pretvorba v biokemijske informacije, imenovana tudi mehanotransdukcija, sta torej ključna za dojemanje sveta okoli nas in odzivanje nanj. To nam omogočajo čutila, navadno sestavljena iz čutilne celice ali receptorja in senzoričnega nevrona. Zaradi obstoja mnogo različnih vrst in intenzitet dražljajev so se tudi čutnice in senzorični nevroni specializirali v zaznavanje vsakega od stimulusov. Merklovi živčni končiči so mehanski receptorji, sposobni zaznavati nežen pritisk na koži. To pa jim omogočajo posebni ionski kanalčki, imenovani proteini Piezo. Nežen dotik na površini kože sproži prenos mehaničnega dražljaja do Merklovih živčnih končičev, kjer se aktivira kanalček Piezo2 v Merklovi celici. Aktivacija kanalčka omogoči prehod kalcijevih in natrijevih ionov v notranjost celice. Merklova celica se depolarizira in sproži akcijski potencial v pripadajočem aferentnem nevronu. Mehanični dražljaj pa aktivira tudi kanalčke Piezo2 v membrani SA1 aferentnega nevrona in s tem sproži dodatno vzpostavitev akcijskega potenciala. Pred kratkim je bila odkrita struktura proteina Piezo, kar pa še vedno ne razkriva natančnega mehanizma aktivacije ionskega kanalčka zaradi mehanskega dražljaja. Najverjetneje se zaradi mehanskega dražljaja spremeni konformacija proteina Piezo. Kanalček se odpre in ioni lahko pod vplivom koncentracijskega gradienta prehajajo skozi membrano.

===Doroteja Armič: Bifunkcionalen encim PFK-2/FBPaza-2 in njegova vloga v metabolizmu glukoze===
PFK-2/FBPaza-2 (fosfofruktokinaza-2/fruktoza-2,6-bisfosfataza) je eden izmed encimov, ki sodeluje pri regulaciji metabolizma glukoze v evkariontih. Je bifunkcionalen encim, ki uravnava, ali bo v celici potekala glikoliza ali glukoneogeneza. Za to je odgovoren posredno, saj regulira količino alosteričnega efektorja encimov PFK-1 in FBPaza-1 – fruktoze-2,6-bisfosfata. En encim ima dve katalitični domeni. Kinazna domena katalizira sintezo, bisfosfatazna domena pa razgradnjo fruktoze-2,6-bisfosfata. Delovanje encima je regulirano na nivoju posttranslacijske modifikacije, in sicer s fosforilacijo/defosforilacijo. Pri sesalcih obstajajo štirje različni izocimi, vsakega kodira drug gen. Ti izocimi so jetrni, srčni, možganski in izocim testisov. Vsak izocim pa ima več izooblik, ki nastanejo z alternativnim spajanjem eksonov. Izooblike se razlikujejo v regulatornih regijah. Fosforilirajo in defosforilirajo jih drugačne kinaze, nekatere izooblike pa fosforilacijskih mest sploh nimajo. Encim PFK-2/FBPaza-2 je nastal s fuzijo dveh genov. Encim se je razvil tako, da je funkcionalen samo, če sta prisotni obe domeni. Tudi pri tripanosomatidih in kvasovkah, kjer je encim monofunkcionalen, je zato še vedno zapis za obe domeni. V razvoju je prišlo do različnih izooblik v različnih tkivih oziroma organizmih zaradi drugačnih potreb za metabolizem glukoze. Ker PFK-2/FBPaza uravnava glikolizo in glukoneogenezo, bi lahko tarčno reguliranje encima postalo nov način zdravljenja diabetesa.

===Martina Lokar: Biotinilacija proteinov ===
Biotin je pomemben encimski kofaktor, saj olajša prenos karboksilne skupine med metaboliti pri karboksilaciji, dekarboksilaciji in transkarboksilaciji. Biotin protein ligaza (BPL) ga v procesu biotinilacije veže na tarčni biotin-odvisen encim. Biotinilacija je dvostopenjski proces, pri katerem pride v prvem koraku do ligacije biotina in ATP ter nastanka intermediata biotinil-AMP. V drugem koraku se biotin iz biotinil-AMP veže na tarčni encim in pride do sprostitve molekule AMP. Ker je biotin v naravi redek, organizmi natančno uravnavajo njegovo porabo. Evkarionti so nezmožni sami sintetizirati biotin, zato ga pridobivajo iz okolja. Zadostno količino ohranjajo v biotinskem ciklu z reciklacijo biotina iz biotin-odvisnih encimov. Pri metaboličnih procesih sesalcev sodeluje pet biotin-odvisnih karboksilaz, ki so v splošnem zgrajene iz treh domen: domene BC, domene CT in domene BCCD. Biotin je kovalentno vezan na lizinski ostanek v domeni BCCD in se preko modela zibajoče roke ali modela zibajoče domene med katalizo translocira iz domene BC v domeno CT. Karboksilaze katalizirajo reakcijo prenosa karboksilne skupine na substrat v dveh korakih. Najprej se v domeni BC karboksilna skupina veže na biotin. Slednji se nato premakne v domeno CT, kjer se karboksilna skupina iz biotina prenese na substrat. Če telo ni sposobno uravnavati in izkoriščati zaloge biotina, človek oboli za boleznijo MCD.

===Lara Drinovec: AMPK in avtofagija pri glukoznem/glikogenem metabolizmu===
Glukozni/glikogeni metabolizem je primarna metabolična pot, ki je uravnavana na najrazličnejših nivojih, glede na potrebe celice. Znano je, da raven glukoze v krvi uravnavata dva hormona: inzulin, ki omogoča prevzem glukoze v celico in glukagon z nasprotno učinkovitostjo. Metabolni regulator, ki deluje od inzulina neodvisno in se odziva na krčenje mišic, je AMPK (AMP-aktivirana protein kinaza). Aktivira jo lahko AMP, tako da se veže na vezavno mesto na eni izmed treh podenot AMPK. Spremembo koncentracije AMP lahko AMPK zazna hitreje kot spremembo koncentracije ATP. Aktivirana AMPK inhibira anabolne poti in aktivira katabolne procese, ter tako vzdržuje energijsko homoestazo v aktivnih celicah. Pomembno vlogo pri vzdrževanju nivoja glukoze v celici igra tudi avtofagija, ki povzroči razgradnjo hranilnih snovi, kot so glikogen in lipidne kapljice, s tem zagotovi celici zadostno količino glukoze, in tako deluje kot nadomesten proces za glukoneogenezo. Tudi ta proces je v celicah uravnavan, in sicer z različnimi signalnimi molekulami. Mnogo bolezni, kot sta na primer diabetes in rak, sta tesno povezani z nefunkcionalnostjo nekaterih metaboličnih senzorjev ali avtofagije, zato je razumevanje njihovih funkcionalnih interakcij osnova za nove terapevtske možnosti.

BIO2 Povzetki seminarjev 2018

2018-11-02T18:57:40Z

Lara.drinovec: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2018/2019 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2018/2019 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2018 stran]

===Karmen Mlinar: Signalizacija in odzivi na abiotski stres pri rastlinah===
Rastline živijo v stalno spreminjajočem se okolju, ki je pogosto neugodno in stresno za njihovo rast in razvoj. Primer abiotskega stresa so suša, ekstremne temperature, slanost tal, pomanjkanje hranil v prsti ipd. Rastline lahko stres preživijo tako, da se mu prilagodijo ali pa izognejo. V nasprotnem primeru so obsojene na smrt. Identificiranih je le malo senzorjev, ki zaznavajo stres. Pri signalizaciji odzivov na stresna okolja pogosto sodeluje družina kinaz SnRK, ki zaznajo spremembe v energijskem statusu rastline, ki jih povzroči stres. Znane so tri poddružine SnRKs: SnRK1s, SnRK2s, ki sodelujejo pri osmotskem stresu in ABA signalizaciji, in SnRK3s, ki so ključni regulatorji ionske homeostaze pri spopadanju s solnim stresom. Pri ionskem stresu pogosto problem predstavlja Na+. Pri njegovi signalizaciji je ključna SOS signalna pot. Signalizacija temperaturnega stresa se začne s spremembami v fluidnosti membrane, kar zaznajo integralni membranski proteini. Pri signalizaciji pogosto sodelujejo tudi MAPKs, CPKs in stresni hormon ABA, pomembno vlogo pa nosijo sekundarni sporočevalci kot sta kalcij in ROS. Vse to stremi k vzpostavitvi ionske in vodne homeostaze ter celične stabilnosti v stresnem okolju. Z razumevanjem signalizacije stresa in odzivov, ki sledijo, bomo lahko izboljšali odpornost pridelkov na stres in s tem zagotovili kmetijsko stabilnost in preskrbo s hrano za rastoče svetovno prebivalstvo.

===Aljaž Bratina: Pomen različnih signalnih poti pri staranju===
Staranje je postopna izguba fiziološke integritete in vodi v prizadeto funkcionalnost ter povečano možnost za smrt. Hitremu staranju nasprotna je dolgoživost, to je stanje, v katerem organizem ne izgublja funkcionalnosti ali jo izgublja počasneje. Staranje lahko opredelimo z devetimi splošnimi lastnostmi, ki jih opazimo v večini organizmov. Pri preučevanju staranja opazujemo organizem C. elegans, ki lahko med razvojem v primeru neugodnih razmer razvije stanje dauer, v katerem je razvoj ustavljen in je tako organizem sposoben preživeti dalj časa. Pri regulaciji staranja in dolgoživosti so pomembne mnoge celične signalne poti, kot del njih pa predvsem jedrni receptorji, ki uravnavajo prepisovanje genov, ki imajo vpliv na hitrost staranja oz. vzdrževanje dolgoživosti. V seminarski nalogi so opisane štiri pomembne signalne poti in njihov vpliv na staranje. Pri prvi je pomemben jedrni receptor DAF-12, ki za svoje delovanje potrebuje steroid DA. Neugodne razmere ga deaktivirajo, kar vodi v razvoj stanja dauer. Na dolgoživost pozitivno vpliva tudi aktiviran kompleks NSBP-1 in jedrnega receptorja DAF-16, ki sta del signalne poti IIS. To pot regulira tudi količina holesterola v celici. Dolgoživost povzročajo tudi prekinitveni post, pri katerem se aktivira jedrni receptor AP-1, pa tudi odstranitev zarodnih celic, ki poleg prej omenjene DAF-12 in DAF-16 aktivira tudi nekatere druge receptorje, npr. NHR-80 in NH3-49.

===Eva Gartner: Wnt signalizacija in njena vloga pri srčni fibrozi===
Wnt signalizacija zajema skupino signalnih poti, ki jih regulirajo wnt proteini. Ti se vežejo na posebne receptorje v membrani celice, preko katerih se signal prenese v notranjost. Wnt signalizacijo sestavljajo tri glavne signalizacijske poti: kanonična wnt pot, ki vključuje protein β-katenin, nekanonična (PCP) pot in nekanonična pot, ki sodeluje pri regulaciji kalcija. Vse poti se začnejo z vezavo wnt-liganda na transmembranske Fz receptorje in prenosom signala do znotrajceličnega proteina Dsh. Od tu naprej se poti razcepijo vsaka v svojo smer. Wnt signalizacija sodeluje v mnogih procesih, potrebnih za normalen razvoj organizma, kot so npr. razmnoževanje, specializacija in migracije celic. Prisotnost regulacije z wnt signalizacijo so odkrili tudi pri srčni fibrozi in z njo povezanih boleznih in poškodbah srca. V zdravih celicah wnt signalizacija navadno ni prisotna. Izraz fibroza se nanaša na povečanje količine zunajceličnega matriksa, zaradi česar postane srčna mišica otrdela in krčenje manj intenzivno. Pride do prekomerne namnožitve fibroblastov in diferenciacije v miofibroblaste, ki so fenotipsko med fibroblasti in mišičnimi celicami. Kljub številnim raziskavam, ki dokazujejo vpletenost wnt signalizacije v razvoju fibroze, natančni mehanizmi vseh signalnih poti še vedno niso znani. Potrebne so še nadaljnje raziskave za razumevanje zapletene celične komunikacije in odkritje novih terapevtskih možnosti.

===Neža Žerjav: Vloga kaspaz pri celični smrti===
Kaspaze so cisteinske peptidaze, ki sodelujejo v signalnih poteh celične smrti. Poznamo več vrst celične smrti, med njii tudi apoptozo, nekrozo, nekroptozo in piroptozo. Vloga kaspaz pri apoptozi je dobro znana, so adapterski proteini ali pa aktivno sodelujejo pri postopni razgradnji celice, saj sprožijo nastajanje apoptotskih veziklov in fagocitozo celice. Nekrozo označujemo kot neprogramirano celično smrt, vendar to za nekroptozo, ki ji pravimo tudi programirana nekroza, ne drži. Slednja je namreč v celici konkurenčna apoptozi, preko kaspaz sta recipročno regulirani. Nekroptozo kaspaze zavirajo, saj inhibirajo kompleks RIPK1/RIPK3, ki z aktivacijo proteina MLKL povzroči razlitje celične vsebine, značilno za nekrozo. Kaspaze sodelujejo tudi pri piroptozi, ki je posledica stresnih dejavnikov iz okolice – poškodb, patogenih organizmov ali njihovih toksinov. Kaspaze pri piroptozi povzročijo aktivacijo gasdermina D, ki sproži celično lizo, in vnetni odziv. Poznavanje delovanja kaspaz nam omogoča tako vpogled v razvoj in mehanizem vzdrževanja homeostaze organizmov, kakor tudi razumevanje patoloških procesov, na primer multiple in amiotrofične lateralne skleroze, ishemične bolezni srca ter vnetnih odzivov zaradi okužb.

===Meta Kodrič: Svetlobne signalne poti za uravnavanje fotomorfogeneze===
Svetloba je za rastline eden od najpomembnejših okoljskih signalov, ki vplivajo na rast in razvoj. V odvisnosti od intenzitete in valovne dolžine svetlobe se pri rastlinah pojavljata dva kontrastna razvojna procesa. Fotomorfogeneza je osnovna oblika rasti, saj rastlinam omogoča razvoj v avtotrofne organizme, sposobne opravljati fotosintezo, skotomorfogeneza pa je le zavrta oblika fotomorfogeneze, ki se odvija v temi. Potek teh dveh procesov rastline uravnavajo pod vplivom svetlobnega signala v svetlobni signalni poti. V njej sodelujejo fotoreceptorji ter pozitivni in negativni regulatorji fotomorfogeneze. V temi se fotoreceptor fitokrom nahaja v biološko neaktivni obliki v citosolu rastlinske celice. Negativni regulatorji se tako lahko v jedru prosto vežejo na druge molekule. Transkripcijski faktorji PIF se v obliki dimerov vežejo na promotorske regije na molekuli DNA in s tem preprečijo prepisovanje genov za fotomorfogenezo. Proteini COP/DET/FUS delujejo kot E3 ligaze pozitivnih regulatorjev HY5, HFR1, LAF1 in tako sodelujejo pri njihovi razgradnji. Z vzajemnim delovanjem tako negativni regulatorji zatirajo potek fotomorfogeneze. Na svetlobi se fitokrom konformacijsko spremeni in preide v jedro. Tam v sodelovanju z drugimi molekulami inhibira negativne regulatorje, bodisi s preprečitvijo njihovega encimskega delovanja, bodisi s sodelovanjem pri njihovi razgradnji. Posledično lahko postanejo aktivni pozitivni regulatorji, ki se vežejo poleg promotorskih regij na DNA in tako aktivirajo prepisovanje genov za fotomorfogenezo.

===Tina Zavodnik: Mehanična transdukcija in proteini Piezo===
Praktično vsi organizmi so občutljivi na mehanske dražljaje. Fizične sile regulirajo številne fiziološke procese, nezadostni oz. napačni odzivi nanje pa lahko vodijo do številnih okvar ali bolezni. Naše zaznavanje teh dražljajev in njihova pretvorba v biokemijske informacije, imenovana tudi mehanotransdukcija, sta torej ključna za dojemanje sveta okoli nas in odzivanje nanj. To nam omogočajo čutila, navadno sestavljena iz čutilne celice ali receptorja in senzoričnega nevrona. Zaradi obstoja mnogo različnih vrst in intenzitet dražljajev so se tudi čutnice in senzorični nevroni specializirali v zaznavanje vsakega od stimulusov. Merklovi živčni končiči so mehanski receptorji, sposobni zaznavati nežen pritisk na koži. To pa jim omogočajo posebni ionski kanalčki, imenovani proteini Piezo. Nežen dotik na površini kože sproži prenos mehaničnega dražljaja do Merklovih živčnih končičev, kjer se aktivira kanalček Piezo2 v Merklovi celici. Aktivacija kanalčka omogoči prehod kalcijevih in natrijevih ionov v notranjost celice. Merklova celica se depolarizira in sproži akcijski potencial v pripadajočem aferentnem nevronu. Mehanični dražljaj pa aktivira tudi kanalčke Piezo2 v membrani SA1 aferentnega nevrona in s tem sproži dodatno vzpostavitev akcijskega potenciala. Pred kratkim je bila odkrita struktura proteina Piezo, kar pa še vedno ne razkriva natančnega mehanizma aktivacije ionskega kanalčka zaradi mehanskega dražljaja. Najverjetneje se zaradi mehanskega dražljaja spremeni konformacija proteina Piezo. Kanalček se odpre in ioni lahko pod vplivom koncentracijskega gradienta prehajajo skozi membrano.

===Doroteja Armič: Bifunkcionalen encim PFK-2/FBPaza-2 in njegova vloga v metabolizmu glukoze===
PFK-2/FBPaza-2 (fosfofruktokinaza-2/fruktoza-2,6-bisfosfataza) je eden izmed encimov, ki sodeluje pri regulaciji metabolizma glukoze v evkariontih. Je bifunkcionalen encim, ki uravnava, ali bo v celici potekala glikoliza ali glukoneogeneza. Za to je odgovoren posredno, saj regulira količino alosteričnega efektorja encimov PFK-1 in FBPaza-1 – fruktoze-2,6-bisfosfata. En encim ima dve katalitični domeni. Kinazna domena katalizira sintezo, bisfosfatazna domena pa razgradnjo fruktoze-2,6-bisfosfata. Delovanje encima je regulirano na nivoju posttranslacijske modifikacije, in sicer s fosforilacijo/defosforilacijo. Pri sesalcih obstajajo štirje različni izocimi, vsakega kodira drug gen. Ti izocimi so jetrni, srčni, možganski in izocim testisov. Vsak izocim pa ima več izooblik, ki nastanejo z alternativnim spajanjem eksonov. Izooblike se razlikujejo v regulatornih regijah. Fosforilirajo in defosforilirajo jih drugačne kinaze, nekatere izooblike pa fosforilacijskih mest sploh nimajo. Encim PFK-2/FBPaza-2 je nastal s fuzijo dveh genov. Encim se je razvil tako, da je funkcionalen samo, če sta prisotni obe domeni. Tudi pri tripanosomatidih in kvasovkah, kjer je encim monofunkcionalen, je zato še vedno zapis za obe domeni. V razvoju je prišlo do različnih izooblik v različnih tkivih oziroma organizmih zaradi drugačnih potreb za metabolizem glukoze. Ker PFK-2/FBPaza uravnava glikolizo in glukoneogenezo, bi lahko tarčno reguliranje encima postalo nov način zdravljenja diabetesa.

===Martina Lokar: Biotinilacija proteinov ===
Biotin je pomemben encimski kofaktor, saj olajša prenos karboksilne skupine med metaboliti pri karboksilaciji, dekarboksilaciji in transkarboksilaciji. Biotin protein ligaza (BPL) ga v procesu biotinilacije veže na tarčni biotin-odvisen encim. Biotinilacija je dvostopenjski proces, pri katerem pride v prvem koraku do ligacije biotina in ATP ter nastanka intermediata biotinil-AMP. V drugem koraku se biotin iz biotinil-AMP veže na tarčni encim in pride do sprostitve molekule AMP. Ker je biotin v naravi redek, organizmi natančno uravnavajo njegovo porabo. Evkarionti so nezmožni sami sintetizirati biotin, zato ga pridobivajo iz okolja. Zadostno količino ohranjajo v biotinskem ciklu z reciklacijo biotina iz biotin-odvisnih encimov. Pri metaboličnih procesih sesalcev sodeluje pet biotin-odvisnih karboksilaz, ki so v splošnem zgrajene iz treh domen: domene BC, domene CT in domene BCCD. Biotin je kovalentno vezan na lizinski ostanek v domeni BCCD in se preko modela zibajoče roke ali modela zibajoče domene med katalizo translocira iz domene BC v domeno CT. Karboksilaze katalizirajo reakcijo prenosa karboksilne skupine na substrat v dveh korakih. Najprej se v domeni BC karboksilna skupina veže na biotin. Slednji se nato premakne v domeno CT, kjer se karboksilna skupina iz biotina prenese na substrat. Če telo ni sposobno uravnavati in izkoriščati zaloge biotina, človek oboli za boleznijo MCD.

===Lara Drinovec: AMPK in avtofagija pri glukoznem/glikogenem metabolizmu===
Glukozni/glikogeni metabolizem je primarna metabolična pot, ki je uravnavana na najrazličnejših nivojih, glede na potrebe celice. Znano je, da raven glukoze v krvi uravnavata dva hormona: inzulin, ki omogoča prevzem glukoze v celico in glukagon z nasprotno učinkovitostjo. Metabolni regulator, ki deluje od inzulina neodvisno in se odziva na krčenje mišic, je AMPK (AMP-aktivirana protein kinaza). Aktivira jo lahko AMP, ko se veže na vezavno mesto na eni izmed treh podenot. Aktivirana AMPK inhibira anabolne poti in aktivira katabolne procese, ter tako vzdržuje energijsko homoestazo v aktivnih celicah. Pomembno vlogo pri vzdrževanju nivoja glukoze v celici igra tudi avtofagija, ki povzroči razgradnjo hranilnih snovi, kot so glikogen in lipidne kapljice, s tem zagotovi celici zadostno količino glukoze, in tako deluje kot nadomesten proces za glukoneogenezo. Tudi ta proces je v celicah uravnavan, in sicer z različnimi signalnimi molekulami. Mnogo bolezni, kot sta na primer diabetes in rak, sta tesno povezani z nefunkcionalnostjo nekaterih metaboličnih senzorjev ali avtofagije, zato je razumevanje njihovih funkcionalnih interakcij osnova za nove terapevtske možnosti.

BIO2 Seminar 2018

2018-11-02T18:54:23Z

Lara.drinovec: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''ime in priimek'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Eva Gartner || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Eva_Gartner:_Wnt_signalizacija_in_njena_vloga_pri_sr.C4.8Dni_fibrozi Wnt signalizacija in njena vloga pri srčni fibrozi] || Anamarija Agnič || Anastasija Nechevska || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Aljaž Bratina || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Alja.C5.BE_Bratina:_Pomen_razli.C4.8Dnih_signalnih_poti_pri_staranju Pomen različnih signalnih poti pri staranju]|| Lara Drinovec || Liza Ulčakar || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Karmen Mlinar || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Karmen_Mlinar:_Signalizacija_in_odzivi_na_abiotski_stres_pri_rastlinah Signalizacija in odzivi na abiotski stres v rastlinah] || Luka Gnidovec || Maja Škof || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Tina Zavodnik || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Tina_Zavodnik:_Mehani.C4.8Dna_transdukcija_in_proteini_Piezo Mehanična transdukcija in proteini Piezo] || Jernej Imperl || Ajda Godec || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Meta Kodrič || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Meta_Kodri.C4.8D:_Svetlobne_signalne_poti_za_uravnavanje_fotomorfogeneze Svetlobne signalne poti za uravnavanje fotomorfogeneze] || Laura Gašperšič || Neža Blaznik || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Neža Žerjav || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Ne.C5.BEa_.C5.BDerjav:_Vloga_kaspaz_pri_celi.C4.8Dni_smrti Vloga kaspaz pri celični smrti] || Nika Boštic || Urša Štrancar || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Doroteja Armič || 14-15 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Doroteja_Armi.C4.8D:_Bifunkcionalen_encim_PFK-2.2FFBPaza-2_in_njegova_vloga_v_metabolizmu_glukoze Bifunkcionalen encim PFK-2/FBPaza-2 in njegova vloga v metabolizmu glukoze] || Eva Gartner || Anamarija Agnič || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Lara Drinovec || 14-15 || AMPK in avtofagija pri glukoznem/glikogenem metabolizmu || Aljaž Bratina || Barbara Jaklič || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Martina Lokar || 14-15 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Martina_Lokar:_Biotinilacija_proteinov Biotinilacija proteinov]|| Karmen Mlinar || Luka Gnidovec || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Marko Pavleković || 16 || moj naslov || Tina Zavodnik || Jernej Imperl || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Valeriya Musina || 16 || moj naslov || Meta Kodrič || Laura Gašperšič || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Tina Kolenc Milavec || 16 || Intermediati Krebsovega cikla kot signalne molekule || Neža Žerjav || Nika Boštic || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Andrej Špenko || 17 || moj naslov || Doroteja Armič || Eva Gartner || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Tadej Medved || 17 || Vpliv oksidacije maščobnih kislin na usodo celic || Sanja Stanković || Aljaž Bratina || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Klementina Polanec || 17 || moj naslov || Martina Lokar || Karmen Mlinar || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Rebeka Dajčman || 17 || moj naslov || Marko Pavleković || Tina Zavodnik || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Sumeja Kudelić || 18 || moj naslov || Valeriya Musina || Meta Kodrič || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Matija Ruparčič || 18 || moj naslov || Tina Kolenc Milavec || Neža Žerjav || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Maks Kumek || 18 || moj naslov || Andrej Špenko || Doroteja Armič || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Anže Šumah || 19 || moj naslov || Tadej Medved || Sanja Stanković || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Barbara Jaklič || 19 || moj naslov || Klementina Polanec || Martina Lokar || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Gašper Anton Komatar || 19 || moj naslov || Rebeka Dajčman || Marko Pavleković || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Praznik Liza || 19 || moj naslov || Sumeja Kudelić || Valeriya Musina || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Lara Hrvatin || 20 || moj naslov || Matija Ruparčič || Tina Kolenc Milavec || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Sonja Gabrijelčič || 20 || moj naslov || Maks Kumek || Andrej Špenko || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Anastasija Nechevska || 20 || moj naslov || Anže Šumah || Tadej Medved || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Liza Ulčakar || 21 || Vloga interakcij med lipidnimi kapljicami in organeli pri homeostazi lipidov|| Barbara Jaklič || Klementina Polanec || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Maja Škof || 21 || moj naslov || Gašper Anton Komatar || Rebeka Dajčman || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Ajda Godec || 21 || moj naslov || Praznik Liza || Sumeja Kudelić || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Neža Blaznik || 22 || moj naslov || Lara Hrvatin || Matija Ruparčič || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Urša Štrancar || 22 || moj naslov || Sonja Gabrijelčič || Maks Kumek || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Anamarija Agnič || 22 || moj naslov || Anastasija Nechevska || Anže Šumah || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Sanja Stanković || 23 || moj naslov || Liza Ulčakar || Lara Drinovec|| 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Luka Gnidovec || 23 || moj naslov || Maja Škof || Gašper Anton Komatar || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Jernej Imperl || 23 || moj naslov || Ajda Godec || Praznik Liza || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Laura Gašperšič || 23 || moj naslov || Neža Blaznik || Lara Hrvatin || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Nika Boštic || 23 || moj naslov || Urša Štrancar || Sonja Gabrijelčič || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Sporočite mi morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2018|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2018-seminar

2018-04-10T09:28:00Z

Lara.drinovec: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Doroteja Armič || Pretvorba mišjih fibroblastov v pluripotentne matične celice s pomočjo tehnologije CRISPR || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180118162449.htm || 27.02. || 02.03. || 05.03. || Martina Lokar || Liza Ulčakar || Zoja Siter
|-
| Valeriya Musina || Metalopeptid bakrov(II) fenantrolin tarčno onemogoči delovanje mitohondrijev v matičnih celicah raka dojke || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171213124751.htm || 27.02. || 02.03. || 05.03. || Nika Boštic || Tiana Karmen Kokalj || Aljaž Bratina
|-
| Dea Simonič || Sprožilci avtoimunskih bolezni in vzroki za nekontrolirano širjenje le-teh po telesu ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170824141207.htm|| 27.02. || 02.03. || 05.03. || Sumeja Kudelić || Jernej Imperl || Anamarija Agnič
|-
| Neža Štremfelj ||Delovanje inzulinskih receptorjev||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219103256.htm|| 27.02. || 02.03. || 05.03. || Luka Gnidovec || Matija Ruparčič || Simona Gorgievska
|-
| Gašper Komatar || Tvorba kompleksa receptorjev ApoER2, ephirinB2 in AMPAR, ki jih povezuje GRIP1, sodeluje pri tvorbi spomina || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171009093207.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Lara Hrvatin || Tiana Karmen Kokalj || Matej Jereb
|-
| Marko Pavleković || Prehajanje imunskih celic, povzročiteljic multiple skleroze, skozi krvno-možgansko pregrado || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171121155811.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Klementina Polanec || Meta Kodrič || Lara Drinovec
|-
| Laura Gašperšič || Alzheimerjeva bolezen: povrnitev zmožnosti pomnjenja z inhibicijo interakcije med Sp3 in HDAC2 || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170808150001.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Karmen Mlinar || Ana Menegalija || Maks Kumek
|-
| Rebeka Dajčman || Več mehanizmov poganja dinamiko kalcijevega signala okoli lasersko povzročene rane epitelija || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171003124646.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Ula Nikolaja Ratajec || Andreja Marija Belič || Neža Blaznik
|-
| Maja Škof || Pomen S-proteinov pri prilagajanju koronavirusov na okolje. || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171127105937.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Doroteja Armič || Barbara Jaklič || Liza Ulčakar
|-
| Tina Kolenc Milavec || Vezava kalcija na karboksilni konec α-sinukleina uravnava interakcije med sinaptičnimi vezikli || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219071758.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Valeriya Musina || Eva Gartner || Jana Rajchevska
|-
| Tina Zavodnik || Disfunkcionalni mitohondriji s pomočjo ROS zavirajo translacijsko aktivnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180202112629.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Dea Simonič || Martina Lokar || Jernej Imperl
|-
| Tadej Medved || Identifikacija vezavnih mest proteinov WASP na aktinski ojedritveni kompleks Arp2/3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180305130632.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Neža Štremfelj || Nika Boštic || Matija Ruparčič
|-
| Bogdan Jovićević || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Laura Gašperšič || Lara Hrvatin || Ana Menegalija
|-
| Polona Kalan || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180214111055.htm || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Rebeka Dajčman || Klementina Polanec || Andreja Marija Belič
|-
| Liza Praznik ||Vpliv šaperono Skp in SurA na zvijanje proteinov FhuA v terciarno strukturo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/09/150907113757.htm || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Maja Škof || Karmen Mlinar || Barbara Jaklič
|-
| Anže Šumah || Razvoj genskega senzorja za uničevanje celic s pomanjkanjem proteina p53 || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171114104201.htm || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Tina Kolenc Milavec || Ula Nikolaja Ratajec || Eva Gartner
|-
| Neža Žerjav|| Dodajanje enega samega nukleotida omejuje aktivnost človeške telomeraze ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180227142114.htm || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Tina Zavodnik || Doroteja Armič || Martina Lokar
|-
| Urša Štrancar || Predstavitev združitve avtofagosoma in lizosoma s pomočjo supermolekularnega para FRET || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219103254.htm || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Tadej Medved || Valeriya Musina || Nika Boštic
|-
| Zoja Siter || || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Neža Žerjav || Dea Simonič || Sumeja Kudelić
|-
| Aljaž Bratina || Intrinzična destabilizacija ribosoma || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171120101314.htm || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Anastasija Nechevska || Neža Štremfelj || Luka Gnidovec
|-
| Anamarija Agnič || ATP-aza P4 s premeščanjem fosfolipidov uravnava ukrivljenost membrane || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180329141014.htm || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Bogdan Jovićević || Sumeja Kudelić || Lara Hrvatin
|-
| Simona Gorgievska || Optical tools to detect metabolic changes linked to disease || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180307161351.htm|| 10.04. || 13.04. || 16.04. || Polona Kalan || Marko Pavleković || Klementina Polanec
|-
| Matej Jereb || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Liza Praznik || Laura Gašperšič || Karmen Mlinar
|-
| Lara Drinovec || Tavrin pomaga obnoviti zaradi multiple skleroze poškodovane celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171208143024.htm || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Anže Šumah || Rebeka Dajčman || Ula Nikolaja Ratajec
|-
| Maks Kumek || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Marko Pavleković || Maja Škof || Doroteja Armič
|-
| Neža Blaznik || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Urša Štrancar || Tina Kolenc Milavec || Valeriya Musina
|-
| Liza Ulčakar || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171129163851.htm || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Zoja Siter || Tina Zavodnik || Dea Simonič
|-
| Anastasija Nechevska || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Aljaž Bratina || Tadej Medved || Neža Štremfelj
|-
| Jernej Imperl || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Anamarija Agnič || Neža Žerjav || Luka Gnidovec
|-
| Matija Ruparčič || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Simona Gorgievska || Anastasija Nechevska || Marko Pavleković
|-
| Tiana Karmen Kokalj || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Matej Jereb || Bogdan Jovićević || Laura Gašperšič
|-
| Meta Kodrič || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180125101321.htm || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Lara Drinovec || Polona Kalan || Rebeka Dajčman
|-
| Ana Menegalija || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Maks Kumek || Liza Praznik || Maja Škof
|-
| Andreja Marija Belič || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Neža Blaznik || Anže Šumah || Tina Kolenc Milavec
|-
| Barbara Jaklič || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180220161201.htm || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Liza Ulčakar || Meta Kodrič || Tina Zavodnik
|-
| Eva Gartner || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Gašper Komatar || Urša Štrancar || Tadej Medved
|-
| Martina Lokar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180301144138.htm || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Jernej Imperl || Zoja Siter || Neža Žerjav
|-
| Nika Boštic || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Matija Ruparčič || Aljaž Bratina || Anastasija Nechevska
|-
| Sumeja Kudelić || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171221122927.htm || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Tiana Karmen Kokalj || Anamarija Agnič || Bogdan Jovićević
|-
| Luka Gnidovec || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Meta Kodrič || Simona Gorgievska || Polona Kalan
|-
| Lara Hrvatin || Mg2+ ioni omogočajo kondenzacijo kromosomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180201104559.htm || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Ana Menegalija || Matej Jereb || Liza Praznik
|-
| Klementina Polanec || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Andreja Marija Belič || Lara Drinovec || Anže Šumah
|-
| Karmen Mlinar || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Barbara Jaklič || Maks Kumek || Gašper Komatar
|-
| Ula Nikolaja Ratajec || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Eva Gartner || Neža Blaznik || Urša Štrancar
|-
| rezerva || || || 29.05. || 01.06. || 04.06. || || ||
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2018_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2018_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2018_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2018_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2018_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2018-seminar

2018-04-10T06:58:19Z

Lara.drinovec: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Doroteja Armič || Pretvorba mišjih fibroblastov v pluripotentne matične celice s pomočjo tehnologije CRISPR || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180118162449.htm || 27.02. || 02.03. || 05.03. || Martina Lokar || Liza Ulčakar || Zoja Siter
|-
| Valeriya Musina || Metalopeptid bakrov(II) fenantrolin tarčno onemogoči delovanje mitohondrijev v matičnih celicah raka dojke || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171213124751.htm || 27.02. || 02.03. || 05.03. || Nika Boštic || Tiana Karmen Kokalj || Aljaž Bratina
|-
| Dea Simonič || Sprožilci avtoimunskih bolezni in vzroki za nekontrolirano širjenje le-teh po telesu ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170824141207.htm|| 27.02. || 02.03. || 05.03. || Sumeja Kudelić || Jernej Imperl || Anamarija Agnič
|-
| Neža Štremfelj ||Delovanje inzulinskih receptorjev||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219103256.htm|| 27.02. || 02.03. || 05.03. || Luka Gnidovec || Matija Ruparčič || Simona Gorgievska
|-
| Gašper Komatar || Tvorba kompleksa receptorjev ApoER2, ephirinB2 in AMPAR, ki jih povezuje GRIP1, sodeluje pri tvorbi spomina || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171009093207.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Lara Hrvatin || Tiana Karmen Kokalj || Matej Jereb
|-
| Marko Pavleković || Prehajanje imunskih celic, povzročiteljic multiple skleroze, skozi krvno-možgansko pregrado || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171121155811.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Klementina Polanec || Meta Kodrič || Lara Drinovec
|-
| Laura Gašperšič || Alzheimerjeva bolezen: povrnitev zmožnosti pomnjenja z inhibicijo interakcije med Sp3 in HDAC2 || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170808150001.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Karmen Mlinar || Ana Menegalija || Maks Kumek
|-
| Rebeka Dajčman || Več mehanizmov poganja dinamiko kalcijevega signala okoli lasersko povzročene rane epitelija || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171003124646.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Ula Nikolaja Ratajec || Andreja Marija Belič || Neža Blaznik
|-
| Maja Škof || Pomen S-proteinov pri prilagajanju koronavirusov na okolje. || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171127105937.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Doroteja Armič || Barbara Jaklič || Liza Ulčakar
|-
| Tina Kolenc Milavec || Vezava kalcija na karboksilni konec α-sinukleina uravnava interakcije med sinaptičnimi vezikli || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219071758.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Valeriya Musina || Eva Gartner || Jana Rajchevska
|-
| Tina Zavodnik || Disfunkcionalni mitohondriji s pomočjo ROS zavirajo translacijsko aktivnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180202112629.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Dea Simonič || Martina Lokar || Jernej Imperl
|-
| Tadej Medved || Identifikacija vezavnih mest proteinov WASP na aktinski ojedritveni kompleks Arp2/3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180305130632.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Neža Štremfelj || Nika Boštic || Matija Ruparčič
|-
| Bogdan Jovićević || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Laura Gašperšič || Lara Hrvatin || Ana Menegalija
|-
| Polona Kalan || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180214111055.htm || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Rebeka Dajčman || Klementina Polanec || Andreja Marija Belič
|-
| Liza Praznik ||Vpliv šaperono Skp in SurA na zvijanje proteinov FhuA v terciarno strukturo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/09/150907113757.htm || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Maja Škof || Karmen Mlinar || Barbara Jaklič
|-
| Anže Šumah || Razvoj genskega senzorja za uničevanje celic s pomanjkanjem proteina p53 || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171114104201.htm || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Tina Kolenc Milavec || Ula Nikolaja Ratajec || Eva Gartner
|-
| Neža Žerjav|| Dodajanje enega samega nukleotida omejuje aktivnost človeške telomeraze ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180227142114.htm || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Tina Zavodnik || Doroteja Armič || Martina Lokar
|-
| Urša Štrancar || Predstavitev združitve avtofagosoma in lizosoma s pomočjo supermolekularnega para FRET || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219103254.htm || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Tadej Medved || Valeriya Musina || Nika Boštic
|-
| Zoja Siter || || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Neža Žerjav || Dea Simonič || Sumeja Kudelić
|-
| Aljaž Bratina || Intrinzična destabilizacija ribosoma || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171120101314.htm || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Anastasija Nechevska || Neža Štremfelj || Luka Gnidovec
|-
| Anamarija Agnič || ATP-aza P4 s premeščanjem fosfolipidov uravnava ukrivljenost membrane || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180329141014.htm || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Bogdan Jovićević || Sumeja Kudelić || Lara Hrvatin
|-
| Simona Gorgievska || Optical tools to detect metabolic changes linked to disease || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180307161351.htm|| 10.04. || 13.04. || 16.04. || Polona Kalan || Marko Pavleković || Klementina Polanec
|-
| Matej Jereb || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Liza Praznik || Laura Gašperšič || Karmen Mlinar
|-
| Lara Drinovec || Taurin pomaga obnoviti zaradi multiple skleroze poškodovane celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171208143024.htm || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Anže Šumah || Rebeka Dajčman || Ula Nikolaja Ratajec
|-
| Maks Kumek || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Marko Pavleković || Maja Škof || Doroteja Armič
|-
| Neža Blaznik || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Urša Štrancar || Tina Kolenc Milavec || Valeriya Musina
|-
| Liza Ulčakar || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171129163851.htm || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Zoja Siter || Tina Zavodnik || Dea Simonič
|-
| Anastasija Nechevska || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Aljaž Bratina || Tadej Medved || Neža Štremfelj
|-
| Jernej Imperl || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Anamarija Agnič || Neža Žerjav || Luka Gnidovec
|-
| Matija Ruparčič || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Simona Gorgievska || Anastasija Nechevska || Marko Pavleković
|-
| Tiana Karmen Kokalj || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Matej Jereb || Bogdan Jovićević || Laura Gašperšič
|-
| Meta Kodrič || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180125101321.htm || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Lara Drinovec || Polona Kalan || Rebeka Dajčman
|-
| Ana Menegalija || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Maks Kumek || Liza Praznik || Maja Škof
|-
| Andreja Marija Belič || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Neža Blaznik || Anže Šumah || Tina Kolenc Milavec
|-
| Barbara Jaklič || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180220161201.htm || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Liza Ulčakar || Meta Kodrič || Tina Zavodnik
|-
| Eva Gartner || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Gašper Komatar || Urša Štrancar || Tadej Medved
|-
| Martina Lokar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180301144138.htm || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Jernej Imperl || Zoja Siter || Neža Žerjav
|-
| Nika Boštic || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Matija Ruparčič || Aljaž Bratina || Anastasija Nechevska
|-
| Sumeja Kudelić || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171221122927.htm || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Tiana Karmen Kokalj || Anamarija Agnič || Bogdan Jovićević
|-
| Luka Gnidovec || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Meta Kodrič || Simona Gorgievska || Polona Kalan
|-
| Lara Hrvatin || Mg2+ ioni omogočajo kondenzacijo kromosomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180201104559.htm || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Ana Menegalija || Matej Jereb || Liza Praznik
|-
| Klementina Polanec || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Andreja Marija Belič || Lara Drinovec || Anže Šumah
|-
| Karmen Mlinar || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Barbara Jaklič || Maks Kumek || Gašper Komatar
|-
| Ula Nikolaja Ratajec || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Eva Gartner || Neža Blaznik || Urša Štrancar
|-
| rezerva || || || 29.05. || 01.06. || 04.06. || || ||
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2018_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2018_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2018_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2018_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2018_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.