https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Lbohorc 2026-06-23T02:52:58Z User contributions MediaWiki 1.45.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=SynPlode&diff=24129 2025-04-06T15:11:22Z

<p>Lbohorc: /* Zaključek */</p> <hr /> <div>[https://2024.igem.wiki/epfl/ SynPlode] je iGEM projekt ekipe EPFL iz Švice iz leta 2024. <br /> <br /> ==Uvod==<br /> Cilj je bil izdelati sistem za nevtralizacijo eksplozivov kot so mine in druga neeksplodirana sredstva oz. UXO (ang. unexploded ordnance) v povojnih območjih. Pregled območij in odstranjevanje min je počasen, drag in nevaren proces. Problem je tudi, da minska polja niso uporabna v agrikulturi [1]. Kontaminacija z eksplozivi sicer ni pogosta le na povojnih območjih, temveč problem predstavljajo tudi odpadni produkti na območjih tovarn, kjer izdelujejo eksplozive. Ta odpad se prenaša v prst in zaide v vodne sisteme [2]. <br /> <br /> Rešitev, ki jo je zasnovala ekipa EPFL, so gensko spremenjene bakterije, ki so sposobne detekcije in razgradnje dveh najpogosteje uporabljenih eksplozivov v minah: TNT (2,4,6-trinitrotoluen) in RDX (1,3,5-trinitro-1,3,5-triazin oziroma ciklonit). Za varen doseg teh območij in razporeditev bakterij so dizajnirali bio-dron. Proces nevtralizacije eksplozivov so razdelili na tri faze: detekcijo kontaminiranih območij, razgradnjo TNT in RDX in kontrolo uspešnosti nevtralizacije [1]. <br /> <br /> ==1. Detekcija kontaminiranih območij==<br /> Območje, kjer se verjetno nahajajo neeksplodirana sredstva, bi poškropili z bakterijami za detekcijo in nato območje poskenirali z bio-dronom. Za detekcijo bi uporabili bakterije iz iGEM projekta leta 2020 ekipe NEFU iz Kitajske. Te bakterije so bile gensko spremenjene tako, da ob stiku z eksplozivi fluorescirajo [1]. <br /> <br /> ==2. Razgradnja TNT in RDX==<br /> Bio-dron cone, ki jih je zaznal kot kontaminirane, poškropi z bakterijami ''E. coli'' za razgradnjo eksplozivov TNT in RDX. Zasnovali so dva konstrukta. Kot ekspresijski sev so izbrali bakterije ''E. coli'' BL21, ki so jih gojili v mediju LB. Delovanje konstruktov so testirali z merjenjem koncentracije eksplozivov v mediju z metodo LC-MS in merjenjem fluorescence reporterskih proteinov [1]. <br /> <br /> ===Razgradnja TNT===<br /> Znano je, da so številne bakterije (Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bacillus…) sposobne razgraditi TNT. Encimi, ki pri tem sodelujejo so v glavnem nitroreduktaze in encimi družine OYE (ang. old yellow enzyme family). Pri projektu SynPlode so zasnovali konstrukt, ki omogoča povečano izražanje treh encimov. NfsA in NfsB sta nitroreduktazi, ki lahko reducirata do eno ali dve nitro skupini na aromatskem obroču. Pri tem lahko nastanejo hidroksilaminodinitrotoluen (HADNT), aminodinitrotoluen (ADNT) ali diaminonitrotoluen (DANT). NemA je ksenobiotska N-etilmaleimid reduktaza iz družine OYE. Tudi ta reducira nitro skupino na aromatskem obroču, pri čemer se sprosti nitrit [2]. <br /> <br /> Za zaznavanje TNT, DNT in razgradnega produkta dihidroksitoluena (THT) so izbrali inducibilni promotor ygjF3rd. Gre za modificiran promotor, ki naj bi bil 5× bolj občutljiv kot divji tip, a so že na začetku naleteli na težavo, ker se promotor ni odzival na TNT. Verjetno je izgubil občutljivost na TNT, ker ga je iGEM ekipa NEFU leta 2020 optimizirala za DNT. Ko so testirali razgradnjo TNT so ugotovili, da bakterije iz medija takoj prevzamejo določeno koncentracijo TNT. Ta je namreč hitro padla iz 70 μg/ml na 30 μg/ml. Razgradnja je bila hitrejša, če so encime izražali pod konstitutivnim promotorjem J23100, a konstitutivnega izražanja nfsA zaradi neuspešnega prenosa western niso mogli potrdit [1].<br /> <br /> Prav tako so uporabili transkripcijski aktivator yhaJ1st in ga izražali pod konstitutivnim promotorjem J23100. V konstrukt so navzdol od zapisov za encime dodali še zapis za modri fluorescenčni protein Electra2. Služil jim je kot reporter promotorskega delovanja, v končnem produktu pa senzor za detekcijo TNT. Kasneje bi Electro2 zamenjali z luciferazo Cypiridina, ki oddaja bolj živo modro barvo in omogoča detekcijo brez vzbujanja [1]. <br /> <br /> ===Razgradnja RDX===<br /> XplA je citokromu P450 podoben gen. Pri aktivaciji XplA sodeluje reduktaza xplB, ki iz NADPH prenese elektrone na flavodoksinsko domeno XplA [3]. Točen mehanizem razgradnje RDX še ni poznan. Najverjetneje v anaerobnih pogojih pride do mono-denitracije, monohidracije in cepitve obroča pri čemer nastane metilendinitramin. V aerobnih pogojih pa pride do di-denitracije, di-hidracije in cepitve, ki vodi v nastanek 4-nitro-2,4-diazabutanala. V obeh primerih je stranski produkt še formaldehid [4]. <br /> <br /> Za izražanje so izbrali konstitutivni promotor J23100 in na translacijskem nivoju regulacijo z RNA stikali občutljivi na RDX. Kot reporter so izbrali mNeonGreen, ki v prisotnosti RDX omogoča, da bakterije svetijo zeleno. Tudi tega bi v nadaljevanju zamenjali z zeleno luciferazo Renilla, ki bi omogočila detekcijo brez vzbujanja fluorescence [1].<br /> <br /> Pri testiranju konstrukta do razgradnje RDX ni prišlo. Prvotno RNA stikalo ni bilo dovolj občutljivo za RDX, kar je bila najverjetneje posledica mutacij in izguba nekaterih genetskih elementov, zato so izbrali drug klon, ki omogoča boljšo ekspresijo, a je tudi bolj podvržen puščanju. Zaradi neuspešnega kloniranja niso nadaljevali z eksperimenti [1]. <br /> <br /> ===Preživetje bakterij===<br /> Uporaba gensko spremenjenih organizmov v naravi je tvegana, zato so zasnovali mehanizem kill-switch, ki se v bakterijah aktivira šele v drugi fazi nevtralizacije, torej ko se bakterijska kultura razprši po območju kontaminiranem z eksplozivi. Bakterije bi zato preživele le v prisotnosti TNT in RDX. Mehanizem temelji na sistemu toksin-antitoksin tipa II CcdA/CcdB [1]. <br /> CcdB je toksin, ki se v celicah od začetka druge faze izraža konstitutivno. Gen za Ccd8 so klonirali v nasprotni smeri glede na promotor J23100 (antisense), navzgor in navzdol pa so vstavili prepoznavna mesta za rekombinazo Cre (loxP in lox2272). Tik pred uporabo bakterij v drugi fazi nevtralizacije je zato potrebno v celični medij dodat teofilin, ki preko RNA stikala omogoča izražanje rekombinaze Cre. Le-ta potem izreže gen Ccd8 in ga obrne. Metoda, ki omogoča pogojeno izražanje toksina Ccd8, se imenuje FLEx switch oziroma flip-excision switch. Proti CcdB deluje antitoksin CcdA. Njegovo izražanje so sklopili s promotorjem ywjF3rd, ki ga inducira TNT, ter RNA stikalom odvisnim od RDX. Ko je proces razgradnje eksplozivov končan, se antitoksin ne proizvaja več. Takrat toksin Ccd8 inhibira delovanje DNA giraze, kar povzroča dvojne prelome DNA in vodi v celično smrt [1]. <br /> <br /> Po transformaciji plazmida v sev DH5α in sekvenciranju so opazili, da zapis za CcdB manjka, LoxP prepozvnavna mesta pa so bila prisotna. Teofilinsko RNA stikalo je puščalo, zato se je rekombinaza Cre v majhni količini izražala ves čas in izrezala zapis za CcdB. Puščanje RNA stikala vseeno ni zadoščalo za indukcijo izražanja CcdA, da bi lahko zaviral delovanje konstitutivno izraženega Ccd8 [1].<br /> <br /> V času druge faze nevtralizacije bakterije za preživetje in rast porabljajo razgradne produkte TNT in RDX, ki predstavljajo vir dušika. Rezultati predhodne raziskave kažejo, da so v mediju, kjer je TNT bil edini vir dušika, celice prvih 12h rastle izredno hitro. Kasneje, ko se je tudi koncentracija TNT zmanjšala, se je rast počasi ustavila [2]. Ker lahko traja nekaj ur preden bakterije dosežejo mino in se aktivira sinteza antitoksina, so preko teofilinskega stikala dodatno omogočili še njegovo izražanje. Predlagali so tudi avksotrofijo za aminokisline. V prsti je koncentracija aminokislin dovolj nizka, da to bakterijam po končani razgradnji TNT in RDX ne bi omogočilo nadaljnjega preživetja. Je pa potrebno v medij dodati aminokisline prej, da bakterije preživijo pot do mine [1]. <br /> <br /> ==3. Kontrola uspešnosti nevtralizacije==<br /> Za čim boljšo zanesljivost kontrole so zasnovali logično vezje, ki poda povratno informacijo o razgradnji TNT in RDX tako, da bakterije svetijo rdeče, hkrati pa sistem še dodatno preveri, če so v zemlji prisotni stranski produkti reakcije kot je formaldehid. Naredili so dve vezji po principu 2-input AND, kjer vhodne in izhodne signale predstavljajo promotorji. Vsako vezje vključuje dva vhodna signala pod kontrolo katerih je izražanje transkripcijskega aktivatorja in šaperona. Skupaj aktivirata izhodni promotor. V različnih bakterijah je bilo v predhodnih raziskavahodkritih več parov aktivator-šaperon. Skupina EPFL je izbrala par z aktivatorjem MxiE in šaperonom IpgC, za drugo vezje pa transkripcijski faktor InvF in šaperon SicA [1],[5].<br /> <br /> V prvem vezju en vhodni signal predstavlja promotor ygjF3rd, ki je aktiven v prisotnosti TNT. Pod kontrolo istega promotorja je navzdol od genov za razgradne encime še zapis za AraC. V odsotnosti TNT se represor AraC ne more izražat in vezat na promotor pBAD. Pod kontrolo pBAD se zato lahko prepiše gen za IpgC. V istem vezju je še en vhodni signal, ki ga predstavlja promotor J23100, ki je aktiven v prisotnosti RDX. Navzdol od zapisov za razgradne encime se za RNA stikalom nahaja še zapis za gen TetR. Le-ta sev odsotnosti RDX ne more prepisovat, kar aktivira promotor pTet, pod kontrolo katerega je zapis za transkripcijski aktivator MxiE. IpgC in MxiE tako ne moreta aktivirat promotorja pipaH*, ki sicer predstavlja enega izmed vhodnih signalov za spodnje vezje. Pod njegovo kontrolo pa se izraža šaperon SicA. Drug vhodni signal za spodnje vezje je konstitutivni promotor frm. Po razgradnji eksplozivov prisoten formaldehid inhibira represor frmR, ki se sicer konstitutivno izraža pod kontrolo promotorja J23100. V odsotnosti represorja promotor frm predstavlja drugi vhodni signal za spodnje vezje. Pod njegovo kontrolo se izraža transkripcijski aktivator InvF. Skupaj SicA in InvF aktivirata promotor psicA, kar omogoči izražanje rdečega fluorescenčnega proteina mScarlet. Bakterije, ki svetijo rdeče, so indikator uspešne nevtralizacije eksplozivnih sredstev. Logičnega vezja eksperimentalno niso uspeli testirati [1]. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Tekom eksperimentalnega dela je ekipa EPFL naletela na nekaj težav, ki jih zaradi pomanjkanja časa niso uspeli rešit. Največji problem je predstavljalo izražanje encimov za razgradnjo TNT zaradi neobčutljivosti promotorja. Predlagali so, da bi v nadaljnjih raziskavah uporabili divji tip promotorja yqjF ali pa konstitutivni promotor z RNA stikalom. Prav tako bi bilo potrebno eksperimentalno preverit delovanje drugega klona RNA stikala za RDX in delovanje logičnega vezja [1].<br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] EPFL - Swiss Federal Institute of Technology Lausanne. SynPlode. 2024. [citirano 1.4.2024] https://2024.igem.wiki/epfl/<br /> <br /> [2] Y. Li, J. Luo, X. Liao, H. Cao, J. Pan, A. James, H. Li: Multiomics insights into the TNT degradation mechanism by Pantoea sp. BJ2 isolated from an ammunition destruction site. Chemical Engineering Journal, 2024, 497, 154957.<br /> <br /> [3] D. K. Sabir, N. Grosjean, E. L. Rylott, N. C. Bruce: Investigating differences in the ability of XplA/B-containing bacteria to degrade the explosive hexahydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine (RDX). FEMS Microbiol Lett, 2017, 364.<br /> <br /> [4] R. G. Jackson, E. L. Rylott, D. Fournier, J. Hawari, N. C. Bruce: Exploring the biochemical properties and remediation applications of the unusual explosive-degrading P450 system XplA/B. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2007, 104, 16822–16827.<br /> <br /> [5] T. S. Moon, C. Lou, A. Tamsir, B. C. Stanton, C. A. Voigt: Genetic programs constructed from layered logic gates in single cells. Nature, 2012, 491, 249–253.</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=SynPlode&diff=24128 2025-04-06T10:39:06Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>[https://2024.igem.wiki/epfl/ SynPlode] je iGEM projekt ekipe EPFL iz Švice iz leta 2024. <br /> <br /> ==Uvod==<br /> Cilj je bil izdelati sistem za nevtralizacijo eksplozivov kot so mine in druga neeksplodirana sredstva oz. UXO (ang. unexploded ordnance) v povojnih območjih. Pregled območij in odstranjevanje min je počasen, drag in nevaren proces. Problem je tudi, da minska polja niso uporabna v agrikulturi [1]. Kontaminacija z eksplozivi sicer ni pogosta le na povojnih območjih, temveč problem predstavljajo tudi odpadni produkti na območjih tovarn, kjer izdelujejo eksplozive. Ta odpad se prenaša v prst in zaide v vodne sisteme [2]. <br /> <br /> Rešitev, ki jo je zasnovala ekipa EPFL, so gensko spremenjene bakterije, ki so sposobne detekcije in razgradnje dveh najpogosteje uporabljenih eksplozivov v minah: TNT (2,4,6-trinitrotoluen) in RDX (1,3,5-trinitro-1,3,5-triazin oziroma ciklonit). Za varen doseg teh območij in razporeditev bakterij so dizajnirali bio-dron. Proces nevtralizacije eksplozivov so razdelili na tri faze: detekcijo kontaminiranih območij, razgradnjo TNT in RDX in kontrolo uspešnosti nevtralizacije [1]. <br /> <br /> ==1. Detekcija kontaminiranih območij==<br /> Območje, kjer se verjetno nahajajo neeksplodirana sredstva, bi poškropili z bakterijami za detekcijo in nato območje poskenirali z bio-dronom. Za detekcijo bi uporabili bakterije iz iGEM projekta leta 2020 ekipe NEFU iz Kitajske. Te bakterije so bile gensko spremenjene tako, da ob stiku z eksplozivi fluorescirajo [1]. <br /> <br /> ==2. Razgradnja TNT in RDX==<br /> Bio-dron cone, ki jih je zaznal kot kontaminirane, poškropi z bakterijami ''E. coli'' za razgradnjo eksplozivov TNT in RDX. Zasnovali so dva konstrukta. Kot ekspresijski sev so izbrali bakterije ''E. coli'' BL21, ki so jih gojili v mediju LB. Delovanje konstruktov so testirali z merjenjem koncentracije eksplozivov v mediju z metodo LC-MS in merjenjem fluorescence reporterskih proteinov [1]. <br /> <br /> ===Razgradnja TNT===<br /> Znano je, da so številne bakterije (Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bacillus…) sposobne razgraditi TNT. Encimi, ki pri tem sodelujejo so v glavnem nitroreduktaze in encimi družine OYE (ang. old yellow enzyme family). Pri projektu SynPlode so zasnovali konstrukt, ki omogoča povečano izražanje treh encimov. NfsA in NfsB sta nitroreduktazi, ki lahko reducirata do eno ali dve nitro skupini na aromatskem obroču. Pri tem lahko nastanejo hidroksilaminodinitrotoluen (HADNT), aminodinitrotoluen (ADNT) ali diaminonitrotoluen (DANT). NemA je ksenobiotska N-etilmaleimid reduktaza iz družine OYE. Tudi ta reducira nitro skupino na aromatskem obroču, pri čemer se sprosti nitrit [2]. <br /> <br /> Za zaznavanje TNT, DNT in razgradnega produkta dihidroksitoluena (THT) so izbrali inducibilni promotor ygjF3rd. Gre za modificiran promotor, ki naj bi bil 5× bolj občutljiv kot divji tip, a so že na začetku naleteli na težavo, ker se promotor ni odzival na TNT. Verjetno je izgubil občutljivost na TNT, ker ga je iGEM ekipa NEFU leta 2020 optimizirala za DNT. Ko so testirali razgradnjo TNT so ugotovili, da bakterije iz medija takoj prevzamejo določeno koncentracijo TNT. Ta je namreč hitro padla iz 70 μg/ml na 30 μg/ml. Razgradnja je bila hitrejša, če so encime izražali pod konstitutivnim promotorjem J23100, a konstitutivnega izražanja nfsA zaradi neuspešnega prenosa western niso mogli potrdit [1].<br /> <br /> Prav tako so uporabili transkripcijski aktivator yhaJ1st in ga izražali pod konstitutivnim promotorjem J23100. V konstrukt so navzdol od zapisov za encime dodali še zapis za modri fluorescenčni protein Electra2. Služil jim je kot reporter promotorskega delovanja, v končnem produktu pa senzor za detekcijo TNT. Kasneje bi Electro2 zamenjali z luciferazo Cypiridina, ki oddaja bolj živo modro barvo in omogoča detekcijo brez vzbujanja [1]. <br /> <br /> ===Razgradnja RDX===<br /> XplA je citokromu P450 podoben gen. Pri aktivaciji XplA sodeluje reduktaza xplB, ki iz NADPH prenese elektrone na flavodoksinsko domeno XplA [3]. Točen mehanizem razgradnje RDX še ni poznan. Najverjetneje v anaerobnih pogojih pride do mono-denitracije, monohidracije in cepitve obroča pri čemer nastane metilendinitramin. V aerobnih pogojih pa pride do di-denitracije, di-hidracije in cepitve, ki vodi v nastanek 4-nitro-2,4-diazabutanala. V obeh primerih je stranski produkt še formaldehid [4]. <br /> <br /> Za izražanje so izbrali konstitutivni promotor J23100 in na translacijskem nivoju regulacijo z RNA stikali občutljivi na RDX. Kot reporter so izbrali mNeonGreen, ki v prisotnosti RDX omogoča, da bakterije svetijo zeleno. Tudi tega bi v nadaljevanju zamenjali z zeleno luciferazo Renilla, ki bi omogočila detekcijo brez vzbujanja fluorescence [1].<br /> <br /> Pri testiranju konstrukta do razgradnje RDX ni prišlo. Prvotno RNA stikalo ni bilo dovolj občutljivo za RDX, kar je bila najverjetneje posledica mutacij in izguba nekaterih genetskih elementov, zato so izbrali drug klon, ki omogoča boljšo ekspresijo, a je tudi bolj podvržen puščanju. Zaradi neuspešnega kloniranja niso nadaljevali z eksperimenti [1]. <br /> <br /> ===Preživetje bakterij===<br /> Uporaba gensko spremenjenih organizmov v naravi je tvegana, zato so zasnovali mehanizem kill-switch, ki se v bakterijah aktivira šele v drugi fazi nevtralizacije, torej ko se bakterijska kultura razprši po območju kontaminiranem z eksplozivi. Bakterije bi zato preživele le v prisotnosti TNT in RDX. Mehanizem temelji na sistemu toksin-antitoksin tipa II CcdA/CcdB [1]. <br /> CcdB je toksin, ki se v celicah od začetka druge faze izraža konstitutivno. Gen za Ccd8 so klonirali v nasprotni smeri glede na promotor J23100 (antisense), navzgor in navzdol pa so vstavili prepoznavna mesta za rekombinazo Cre (loxP in lox2272). Tik pred uporabo bakterij v drugi fazi nevtralizacije je zato potrebno v celični medij dodat teofilin, ki preko RNA stikala omogoča izražanje rekombinaze Cre. Le-ta potem izreže gen Ccd8 in ga obrne. Metoda, ki omogoča pogojeno izražanje toksina Ccd8, se imenuje FLEx switch oziroma flip-excision switch. Proti CcdB deluje antitoksin CcdA. Njegovo izražanje so sklopili s promotorjem ywjF3rd, ki ga inducira TNT, ter RNA stikalom odvisnim od RDX. Ko je proces razgradnje eksplozivov končan, se antitoksin ne proizvaja več. Takrat toksin Ccd8 inhibira delovanje DNA giraze, kar povzroča dvojne prelome DNA in vodi v celično smrt [1]. <br /> <br /> Po transformaciji plazmida v sev DH5α in sekvenciranju so opazili, da zapis za CcdB manjka, LoxP prepozvnavna mesta pa so bila prisotna. Teofilinsko RNA stikalo je puščalo, zato se je rekombinaza Cre v majhni količini izražala ves čas in izrezala zapis za CcdB. Puščanje RNA stikala vseeno ni zadoščalo za indukcijo izražanja CcdA, da bi lahko zaviral delovanje konstitutivno izraženega Ccd8 [1].<br /> <br /> V času druge faze nevtralizacije bakterije za preživetje in rast porabljajo razgradne produkte TNT in RDX, ki predstavljajo vir dušika. Rezultati predhodne raziskave kažejo, da so v mediju, kjer je TNT bil edini vir dušika, celice prvih 12h rastle izredno hitro. Kasneje, ko se je tudi koncentracija TNT zmanjšala, se je rast počasi ustavila [2]. Ker lahko traja nekaj ur preden bakterije dosežejo mino in se aktivira sinteza antitoksina, so preko teofilinskega stikala dodatno omogočili še njegovo izražanje. Predlagali so tudi avksotrofijo za aminokisline. V prsti je koncentracija aminokislin dovolj nizka, da to bakterijam po končani razgradnji TNT in RDX ne bi omogočilo nadaljnjega preživetja. Je pa potrebno v medij dodati aminokisline prej, da bakterije preživijo pot do mine [1]. <br /> <br /> ==3. Kontrola uspešnosti nevtralizacije==<br /> Za čim boljšo zanesljivost kontrole so zasnovali logično vezje, ki poda povratno informacijo o razgradnji TNT in RDX tako, da bakterije svetijo rdeče, hkrati pa sistem še dodatno preveri, če so v zemlji prisotni stranski produkti reakcije kot je formaldehid. Naredili so dve vezji po principu 2-input AND, kjer vhodne in izhodne signale predstavljajo promotorji. Vsako vezje vključuje dva vhodna signala pod kontrolo katerih je izražanje transkripcijskega aktivatorja in šaperona. Skupaj aktivirata izhodni promotor. V različnih bakterijah je bilo v predhodnih raziskavahodkritih več parov aktivator-šaperon. Skupina EPFL je izbrala par z aktivatorjem MxiE in šaperonom IpgC, za drugo vezje pa transkripcijski faktor InvF in šaperon SicA [1],[5].<br /> <br /> V prvem vezju en vhodni signal predstavlja promotor ygjF3rd, ki je aktiven v prisotnosti TNT. Pod kontrolo istega promotorja je navzdol od genov za razgradne encime še zapis za AraC. V odsotnosti TNT se represor AraC ne more izražat in vezat na promotor pBAD. Pod kontrolo pBAD se zato lahko prepiše gen za IpgC. V istem vezju je še en vhodni signal, ki ga predstavlja promotor J23100, ki je aktiven v prisotnosti RDX. Navzdol od zapisov za razgradne encime se za RNA stikalom nahaja še zapis za gen TetR. Le-ta sev odsotnosti RDX ne more prepisovat, kar aktivira promotor pTet, pod kontrolo katerega je zapis za transkripcijski aktivator MxiE. IpgC in MxiE tako ne moreta aktivirat promotorja pipaH*, ki sicer predstavlja enega izmed vhodnih signalov za spodnje vezje. Pod njegovo kontrolo pa se izraža šaperon SicA. Drug vhodni signal za spodnje vezje je konstitutivni promotor frm. Po razgradnji eksplozivov prisoten formaldehid inhibira represor frmR, ki se sicer konstitutivno izraža pod kontrolo promotorja J23100. V odsotnosti represorja promotor frm predstavlja drugi vhodni signal za spodnje vezje. Pod njegovo kontrolo se izraža transkripcijski aktivator InvF. Skupaj SicA in InvF aktivirata promotor psicA, kar omogoči izražanje rdečega fluorescenčnega proteina mScarlet. Bakterije, ki svetijo rdeče, so indikator uspešne nevtralizacije eksplozivnih sredstev. Logičnega vezja eksperimentalno niso uspeli testirati [1]. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Tekom eksperimentalnega dela je ekipa EPFL naletela na nekaj težav, ki jih zaradi pomanjkanja časa niso uspeli rešit. Največji problem je predstavljalo izražanje encimov za razgradnjo TNT zaradi neobčutljivosti promotorja. Predlagali so, da bi v nadaljnih raziskavah uporabili divji tip promotorja yqjF ali pa konstitutivni promotor z RNA stikalom. Prav tako bi bilo potrebno eksperimentalno preverit delovanje drugega klona RNA stikala za RDX in delovanje logičnega vezja [1]. <br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] EPFL - Swiss Federal Institute of Technology Lausanne. SynPlode. 2024. [citirano 1.4.2024] https://2024.igem.wiki/epfl/<br /> <br /> [2] Y. Li, J. Luo, X. Liao, H. Cao, J. Pan, A. James, H. Li: Multiomics insights into the TNT degradation mechanism by Pantoea sp. BJ2 isolated from an ammunition destruction site. Chemical Engineering Journal, 2024, 497, 154957.<br /> <br /> [3] D. K. Sabir, N. Grosjean, E. L. Rylott, N. C. Bruce: Investigating differences in the ability of XplA/B-containing bacteria to degrade the explosive hexahydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine (RDX). FEMS Microbiol Lett, 2017, 364.<br /> <br /> [4] R. G. Jackson, E. L. Rylott, D. Fournier, J. Hawari, N. C. Bruce: Exploring the biochemical properties and remediation applications of the unusual explosive-degrading P450 system XplA/B. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2007, 104, 16822–16827.<br /> <br /> [5] T. S. Moon, C. Lou, A. Tamsir, B. C. Stanton, C. A. Voigt: Genetic programs constructed from layered logic gates in single cells. Nature, 2012, 491, 249–253.</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2024/25&diff=24127 2025-04-06T10:38:15Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # prvi članek <br /> # drugi članek (itd.)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)<br /> # drugi projekt (itd.)<br /> <br /> <br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Synplode&diff=24126 2025-04-06T10:37:52Z

<p>Lbohorc: Lbohorc moved page Synplode to SynPlode</p> <hr /> <div>#REDIRECT [[SynPlode]]</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=SynPlode&diff=24125 2025-04-06T10:37:52Z

<p>Lbohorc: Lbohorc moved page Synplode to SynPlode</p> <hr /> <div>[https://2024.igem.wiki/epfl/ SynPlode] je iGEM projekt ekipe EPFL iz Švice iz leta 2024. <br /> <br /> ==Uvod==<br /> Cilj je bil izdelati sistem za nevtralizacijo eksplozivov kot so mine in druga neeksplodirana sredstva oz. UXO (ang. unexploded ordnance) v povojnih območjih. Pregled območij in odstranjevanje min je počasen, drag in nevaren proces. Problem je tudi, da minska polja niso uporabna v agrikulturi [1]. Kontaminacija z eksplozivi sicer ni pogosta le na povojnih območjih, temveč problem predstavljajo tudi odpadni produkti na območjih tovarn, kjer izdelujejo eksplozive. Ta odpad se prenaša v prst in zaide v vodne sisteme [2]. <br /> <br /> Rešitev, ki jo je zasnovala ekipa EPFL, so gensko spremenjene bakterije, ki so sposobne detekcije in razgradnje dveh najpogosteje uporabljenih eksplozivov v minah: TNT (2,4,6-trinitrotoluen) in RDX (1,3,5-trinitro-1,3,5-triazin oziroma ciklonit). Za varen doseg teh območij in razporeditev bakterij so dizajnirali bio-dron. Proces nevtralizacije eksplozivov so razdelili na tri faze: detekcijo kontaminiranih območij, razgradnjo TNT in RDX in kontrolo uspešnosti nevtralizacije [1]. <br /> <br /> ==1. Detekcija kontaminiranih območij==<br /> Območje, kjer se verjetno nahajajo neeksplodirana sredstva, bi poškropili z bakterijami za detekcijo in nato območje poskenirali z bio-dronom. Za detekcijo bi uporabili bakterije iz iGEM projekta leta 2020 ekipe NEFU iz Kitajske. Te bakterije so bile gensko spremenjene tako, da ob stiku z eksplozivi fluorescirajo [1]. <br /> <br /> ==2. Razgradnja TNT in RDX==<br /> Bio-dron cone, ki jih je zaznal kot kontaminirane, poškropi z bakterijami ''E. coli'' za razgradnjo eksplozivov TNT in RDX. Zasnovali so dva konstrukta. Kot ekspresijski sev so izbrali bakterije ''E. coli'' BL21, ki so jih gojili v mediju LB. Delovanje konstruktov so testirali z merjenjem koncentracije eksplozivov v mediju z metodo LC-MS in merjenjem fluorescence reporterskih proteinov [1]. <br /> <br /> ===Razgradnja TNT===<br /> Znano je, da so številne bakterije (Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bacillus…) sposobne razgraditi TNT. Encimi, ki pri tem sodelujejo so v glavnem nitroreduktaze in encimi družine OYE (ang. old yellow enzyme family). Pri projektu SYNPLODE so zasnovali konstrukt, ki omogoča povečano izražanje treh encimov. NfsA in NfsB sta nitroreduktazi, ki lahko reducirata do eno ali dve nitro skupini na aromatskem obroču. Pri tem lahko nastanejo hidroksilaminodinitrotoluen (HADNT), aminodinitrotoluen (ADNT) ali diaminonitrotoluen (DANT). NemA je ksenobiotska N-etilmaleimid reduktaza iz družine OYE. Tudi ta reducira nitro skupino na aromatskem obroču, pri čemer se sprosti nitrit [2]. <br /> <br /> Za zaznavanje TNT, DNT in razgradnega produkta dihidroksitoluena (THT) so izbrali inducibilni promotor ygjF3rd. Gre za modificiran promotor, ki naj bi bil 5× bolj občutljiv kot divji tip, a so že na začetku naleteli na težavo, ker se promotor ni odzival na TNT. Verjetno je izgubil občutljivost na TNT, ker ga je iGEM ekipa NEFU leta 2020 optimizirala za DNT. Ko so testirali razgradnjo TNT so ugotovili, da bakterije iz medija takoj prevzamejo določeno koncentracijo TNT. Ta je namreč hitro padla iz 70 μg/ml na 30 μg/ml. Razgradnja je bila hitrejša, če so encime izražali pod konstitutivnim promotorjem J23100, a konstitutivnega izražanja nfsA zaradi neuspešnega prenosa western niso mogli potrdit [1].<br /> <br /> Prav tako so uporabili transkripcijski aktivator yhaJ1st in ga izražali pod konstitutivnim promotorjem J23100. V konstrukt so navzdol od zapisov za encime dodali še zapis za modri fluorescenčni protein Electra2. Služil jim je kot reporter promotorskega delovanja, v končnem produktu pa senzor za detekcijo TNT. Kasneje bi Electro2 zamenjali z luciferazo Cypiridina, ki oddaja bolj živo modro barvo in omogoča detekcijo brez vzbujanja [1]. <br /> <br /> ===Razgradnja RDX===<br /> XplA je citokromu P450 podoben gen. Pri aktivaciji XplA sodeluje reduktaza xplB, ki iz NADPH prenese elektrone na flavodoksinsko domeno XplA [3]. Točen mehanizem razgradnje RDX še ni poznan. Najverjetneje v anaerobnih pogojih pride do mono-denitracije, monohidracije in cepitve obroča pri čemer nastane metilendinitramin. V aerobnih pogojih pa pride do di-denitracije, di-hidracije in cepitve, ki vodi v nastanek 4-nitro-2,4-diazabutanala. V obeh primerih je stranski produkt še formaldehid [4]. <br /> <br /> Za izražanje so izbrali konstitutivni promotor J23100 in na translacijskem nivoju regulacijo z RNA stikali občutljivi na RDX. Kot reporter so izbrali mNeonGreen, ki v prisotnosti RDX omogoča, da bakterije svetijo zeleno. Tudi tega bi v nadaljevanju zamenjali z zeleno luciferazo Renilla, ki bi omogočila detekcijo brez vzbujanja fluorescence [1].<br /> <br /> Pri testiranju konstrukta do razgradnje RDX ni prišlo. Prvotno RNA stikalo ni bilo dovolj občutljivo za RDX, kar je bila najverjetneje posledica mutacij in izguba nekaterih genetskih elementov, zato so izbrali drug klon, ki omogoča boljšo ekspresijo, a je tudi bolj podvržen puščanju. Zaradi neuspešnega kloniranja niso nadaljevali z eksperimenti [1]. <br /> <br /> ===Preživetje bakterij===<br /> Uporaba gensko spremenjenih organizmov v naravi je tvegana, zato so zasnovali mehanizem kill-switch, ki se v bakterijah aktivira šele v drugi fazi nevtralizacije, torej ko se bakterijska kultura razprši po območju kontaminiranem z eksplozivi. Bakterije bi zato preživele le v prisotnosti TNT in RDX. Mehanizem temelji na sistemu toksin-antitoksin tipa II CcdA/CcdB [1]. <br /> CcdB je toksin, ki se v celicah od začetka druge faze izraža konstitutivno. Gen za Ccd8 so klonirali v nasprotni smeri glede na promotor J23100 (antisense), navzgor in navzdol pa so vstavili prepoznavna mesta za rekombinazo Cre (loxP in lox2272). Tik pred uporabo bakterij v drugi fazi nevtralizacije je zato potrebno v celični medij dodat teofilin, ki preko RNA stikala omogoča izražanje rekombinaze Cre. Le-ta potem izreže gen Ccd8 in ga obrne. Metoda, ki omogoča pogojeno izražanje toksina Ccd8, se imenuje FLEx switch oziroma flip-excision switch. Proti CcdB deluje antitoksin CcdA. Njegovo izražanje so sklopili s promotorjem ywjF3rd, ki ga inducira TNT, ter RNA stikalom odvisnim od RDX. Ko je proces razgradnje eksplozivov končan, se antitoksin ne proizvaja več. Takrat toksin Ccd8 inhibira delovanje DNA giraze, kar povzroča dvojne prelome DNA in vodi v celično smrt [1]. <br /> <br /> Po transformaciji plazmida v sev DH5α in sekvenciranju so opazili, da zapis za CcdB manjka, LoxP prepozvnavna mesta pa so bila prisotna. Teofilinsko RNA stikalo je puščalo, zato se je rekombinaza Cre v majhni količini izražala ves čas in izrezala zapis za CcdB. Puščanje RNA stikala vseeno ni zadoščalo za indukcijo izražanja CcdA, da bi lahko zaviral delovanje konstitutivno izraženega Ccd8 [1].<br /> <br /> V času druge faze nevtralizacije bakterije za preživetje in rast porabljajo razgradne produkte TNT in RDX, ki predstavljajo vir dušika. Rezultati predhodne raziskave kažejo, da so v mediju, kjer je TNT bil edini vir dušika, celice prvih 12h rastle izredno hitro. Kasneje, ko se je tudi koncentracija TNT zmanjšala, se je rast počasi ustavila [2]. Ker lahko traja nekaj ur preden bakterije dosežejo mino in se aktivira sinteza antitoksina, so preko teofilinskega stikala dodatno omogočili še njegovo izražanje. Predlagali so tudi avksotrofijo za aminokisline. V prsti je koncentracija aminokislin dovolj nizka, da to bakterijam po končani razgradnji TNT in RDX ne bi omogočilo nadaljnjega preživetja. Je pa potrebno v medij dodati aminokisline prej, da bakterije preživijo pot do mine [1]. <br /> <br /> ==3. Kontrola uspešnosti nevtralizacije==<br /> Za čim boljšo zanesljivost kontrole so zasnovali logično vezje, ki poda povratno informacijo o razgradnji TNT in RDX tako, da bakterije svetijo rdeče, hkrati pa sistem še dodatno preveri, če so v zemlji prisotni stranski produkti reakcije kot je formaldehid. Naredili so dve vezji po principu 2-input AND, kjer vhodne in izhodne signale predstavljajo promotorji. Vsako vezje vključuje dva vhodna signala pod kontrolo katerih je izražanje transkripcijskega aktivatorja in šaperona. Skupaj aktivirata izhodni promotor. V različnih bakterijah je bilo v predhodnih raziskavahodkritih več parov aktivator-šaperon. Skupina EPFL je izbrala par z aktivatorjem MxiE in šaperonom IpgC, za drugo vezje pa transkripcijski faktor InvF in šaperon SicA [1],[5].<br /> <br /> V prvem vezju en vhodni signal predstavlja promotor ygjF3rd, ki je aktiven v prisotnosti TNT. Pod kontrolo istega promotorja je navzdol od genov za razgradne encime še zapis za AraC. V odsotnosti TNT se represor AraC ne more izražat in vezat na promotor pBAD. Pod kontrolo pBAD se zato lahko prepiše gen za IpgC. V istem vezju je še en vhodni signal, ki ga predstavlja promotor J23100, ki je aktiven v prisotnosti RDX. Navzdol od zapisov za razgradne encime se za RNA stikalom nahaja še zapis za gen TetR. Le-ta sev odsotnosti RDX ne more prepisovat, kar aktivira promotor pTet, pod kontrolo katerega je zapis za transkripcijski aktivator MxiE. IpgC in MxiE tako ne moreta aktivirat promotorja pipaH*, ki sicer predstavlja enega izmed vhodnih signalov za spodnje vezje. Pod njegovo kontrolo pa se izraža šaperon SicA. Drug vhodni signal za spodnje vezje je konstitutivni promotor frm. Po razgradnji eksplozivov prisoten formaldehid inhibira represor frmR, ki se sicer konstitutivno izraža pod kontrolo promotorja J23100. V odsotnosti represorja promotor frm predstavlja drugi vhodni signal za spodnje vezje. Pod njegovo kontrolo se izraža transkripcijski aktivator InvF. Skupaj SicA in InvF aktivirata promotor psicA, kar omogoči izražanje rdečega fluorescenčnega proteina mScarlet. Bakterije, ki svetijo rdeče, so indikator uspešne nevtralizacije eksplozivnih sredstev. Logičnega vezja eksperimentalno niso uspeli testirati [1]. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Tekom eksperimentalnega dela je ekipa EPFL naletela na nekaj težav, ki jih zaradi pomanjkanja časa niso uspeli rešit. Največji problem je predstavljalo izražanje encimov za razgradnjo TNT zaradi neobčutljivosti promotorja. Predlagali so, da bi v nadaljnih raziskavah uporabili divji tip promotorja yqjF ali pa konstitutivni promotor z RNA stikalom. Prav tako bi bilo potrebno eksperimentalno preverit delovanje drugega klona RNA stikala za RDX in delovanje logičnega vezja [1]. <br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] EPFL - Swiss Federal Institute of Technology Lausanne. SYNPLODE. 2024. [citirano 1.4.2024] https://2024.igem.wiki/epfl/<br /> <br /> [2] Y. Li, J. Luo, X. Liao, H. Cao, J. Pan, A. James, H. Li: Multiomics insights into the TNT degradation mechanism by Pantoea sp. BJ2 isolated from an ammunition destruction site. Chemical Engineering Journal, 2024, 497, 154957.<br /> <br /> [3] D. K. Sabir, N. Grosjean, E. L. Rylott, N. C. Bruce: Investigating differences in the ability of XplA/B-containing bacteria to degrade the explosive hexahydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine (RDX). FEMS Microbiol Lett, 2017, 364.<br /> <br /> [4] R. G. Jackson, E. L. Rylott, D. Fournier, J. Hawari, N. C. Bruce: Exploring the biochemical properties and remediation applications of the unusual explosive-degrading P450 system XplA/B. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2007, 104, 16822–16827.<br /> <br /> [5] T. S. Moon, C. Lou, A. Tamsir, B. C. Stanton, C. A. Voigt: Genetic programs constructed from layered logic gates in single cells. Nature, 2012, 491, 249–253.</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2024/25&diff=24124 2025-04-06T10:37:32Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # prvi članek <br /> # drugi članek (itd.)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Synplode Synplode] (Leila Bohorč)<br /> # drugi projekt (itd.)<br /> <br /> <br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2024/25&diff=24123 2025-04-06T10:37:04Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # prvi članek <br /> # drugi članek (itd.)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)<br /> # drugi projekt (itd.)<br /> <br /> <br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2024/25&diff=24122 2025-04-06T10:36:32Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # prvi članek <br /> # drugi članek (itd.)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Synplode SynPlode] (Leila Bohorč)<br /> # drugi projekt (itd.)<br /> <br /> <br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=SynPlode&diff=24121 2025-04-06T10:36:14Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>[https://2024.igem.wiki/epfl/ SynPlode] je iGEM projekt ekipe EPFL iz Švice iz leta 2024. <br /> <br /> ==Uvod==<br /> Cilj je bil izdelati sistem za nevtralizacijo eksplozivov kot so mine in druga neeksplodirana sredstva oz. UXO (ang. unexploded ordnance) v povojnih območjih. Pregled območij in odstranjevanje min je počasen, drag in nevaren proces. Problem je tudi, da minska polja niso uporabna v agrikulturi [1]. Kontaminacija z eksplozivi sicer ni pogosta le na povojnih območjih, temveč problem predstavljajo tudi odpadni produkti na območjih tovarn, kjer izdelujejo eksplozive. Ta odpad se prenaša v prst in zaide v vodne sisteme [2]. <br /> <br /> Rešitev, ki jo je zasnovala ekipa EPFL, so gensko spremenjene bakterije, ki so sposobne detekcije in razgradnje dveh najpogosteje uporabljenih eksplozivov v minah: TNT (2,4,6-trinitrotoluen) in RDX (1,3,5-trinitro-1,3,5-triazin oziroma ciklonit). Za varen doseg teh območij in razporeditev bakterij so dizajnirali bio-dron. Proces nevtralizacije eksplozivov so razdelili na tri faze: detekcijo kontaminiranih območij, razgradnjo TNT in RDX in kontrolo uspešnosti nevtralizacije [1]. <br /> <br /> ==1. Detekcija kontaminiranih območij==<br /> Območje, kjer se verjetno nahajajo neeksplodirana sredstva, bi poškropili z bakterijami za detekcijo in nato območje poskenirali z bio-dronom. Za detekcijo bi uporabili bakterije iz iGEM projekta leta 2020 ekipe NEFU iz Kitajske. Te bakterije so bile gensko spremenjene tako, da ob stiku z eksplozivi fluorescirajo [1]. <br /> <br /> ==2. Razgradnja TNT in RDX==<br /> Bio-dron cone, ki jih je zaznal kot kontaminirane, poškropi z bakterijami ''E. coli'' za razgradnjo eksplozivov TNT in RDX. Zasnovali so dva konstrukta. Kot ekspresijski sev so izbrali bakterije ''E. coli'' BL21, ki so jih gojili v mediju LB. Delovanje konstruktov so testirali z merjenjem koncentracije eksplozivov v mediju z metodo LC-MS in merjenjem fluorescence reporterskih proteinov [1]. <br /> <br /> ===Razgradnja TNT===<br /> Znano je, da so številne bakterije (Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bacillus…) sposobne razgraditi TNT. Encimi, ki pri tem sodelujejo so v glavnem nitroreduktaze in encimi družine OYE (ang. old yellow enzyme family). Pri projektu SYNPLODE so zasnovali konstrukt, ki omogoča povečano izražanje treh encimov. NfsA in NfsB sta nitroreduktazi, ki lahko reducirata do eno ali dve nitro skupini na aromatskem obroču. Pri tem lahko nastanejo hidroksilaminodinitrotoluen (HADNT), aminodinitrotoluen (ADNT) ali diaminonitrotoluen (DANT). NemA je ksenobiotska N-etilmaleimid reduktaza iz družine OYE. Tudi ta reducira nitro skupino na aromatskem obroču, pri čemer se sprosti nitrit [2]. <br /> <br /> Za zaznavanje TNT, DNT in razgradnega produkta dihidroksitoluena (THT) so izbrali inducibilni promotor ygjF3rd. Gre za modificiran promotor, ki naj bi bil 5× bolj občutljiv kot divji tip, a so že na začetku naleteli na težavo, ker se promotor ni odzival na TNT. Verjetno je izgubil občutljivost na TNT, ker ga je iGEM ekipa NEFU leta 2020 optimizirala za DNT. Ko so testirali razgradnjo TNT so ugotovili, da bakterije iz medija takoj prevzamejo določeno koncentracijo TNT. Ta je namreč hitro padla iz 70 μg/ml na 30 μg/ml. Razgradnja je bila hitrejša, če so encime izražali pod konstitutivnim promotorjem J23100, a konstitutivnega izražanja nfsA zaradi neuspešnega prenosa western niso mogli potrdit [1].<br /> <br /> Prav tako so uporabili transkripcijski aktivator yhaJ1st in ga izražali pod konstitutivnim promotorjem J23100. V konstrukt so navzdol od zapisov za encime dodali še zapis za modri fluorescenčni protein Electra2. Služil jim je kot reporter promotorskega delovanja, v končnem produktu pa senzor za detekcijo TNT. Kasneje bi Electro2 zamenjali z luciferazo Cypiridina, ki oddaja bolj živo modro barvo in omogoča detekcijo brez vzbujanja [1]. <br /> <br /> ===Razgradnja RDX===<br /> XplA je citokromu P450 podoben gen. Pri aktivaciji XplA sodeluje reduktaza xplB, ki iz NADPH prenese elektrone na flavodoksinsko domeno XplA [3]. Točen mehanizem razgradnje RDX še ni poznan. Najverjetneje v anaerobnih pogojih pride do mono-denitracije, monohidracije in cepitve obroča pri čemer nastane metilendinitramin. V aerobnih pogojih pa pride do di-denitracije, di-hidracije in cepitve, ki vodi v nastanek 4-nitro-2,4-diazabutanala. V obeh primerih je stranski produkt še formaldehid [4]. <br /> <br /> Za izražanje so izbrali konstitutivni promotor J23100 in na translacijskem nivoju regulacijo z RNA stikali občutljivi na RDX. Kot reporter so izbrali mNeonGreen, ki v prisotnosti RDX omogoča, da bakterije svetijo zeleno. Tudi tega bi v nadaljevanju zamenjali z zeleno luciferazo Renilla, ki bi omogočila detekcijo brez vzbujanja fluorescence [1].<br /> <br /> Pri testiranju konstrukta do razgradnje RDX ni prišlo. Prvotno RNA stikalo ni bilo dovolj občutljivo za RDX, kar je bila najverjetneje posledica mutacij in izguba nekaterih genetskih elementov, zato so izbrali drug klon, ki omogoča boljšo ekspresijo, a je tudi bolj podvržen puščanju. Zaradi neuspešnega kloniranja niso nadaljevali z eksperimenti [1]. <br /> <br /> ===Preživetje bakterij===<br /> Uporaba gensko spremenjenih organizmov v naravi je tvegana, zato so zasnovali mehanizem kill-switch, ki se v bakterijah aktivira šele v drugi fazi nevtralizacije, torej ko se bakterijska kultura razprši po območju kontaminiranem z eksplozivi. Bakterije bi zato preživele le v prisotnosti TNT in RDX. Mehanizem temelji na sistemu toksin-antitoksin tipa II CcdA/CcdB [1]. <br /> CcdB je toksin, ki se v celicah od začetka druge faze izraža konstitutivno. Gen za Ccd8 so klonirali v nasprotni smeri glede na promotor J23100 (antisense), navzgor in navzdol pa so vstavili prepoznavna mesta za rekombinazo Cre (loxP in lox2272). Tik pred uporabo bakterij v drugi fazi nevtralizacije je zato potrebno v celični medij dodat teofilin, ki preko RNA stikala omogoča izražanje rekombinaze Cre. Le-ta potem izreže gen Ccd8 in ga obrne. Metoda, ki omogoča pogojeno izražanje toksina Ccd8, se imenuje FLEx switch oziroma flip-excision switch. Proti CcdB deluje antitoksin CcdA. Njegovo izražanje so sklopili s promotorjem ywjF3rd, ki ga inducira TNT, ter RNA stikalom odvisnim od RDX. Ko je proces razgradnje eksplozivov končan, se antitoksin ne proizvaja več. Takrat toksin Ccd8 inhibira delovanje DNA giraze, kar povzroča dvojne prelome DNA in vodi v celično smrt [1]. <br /> <br /> Po transformaciji plazmida v sev DH5α in sekvenciranju so opazili, da zapis za CcdB manjka, LoxP prepozvnavna mesta pa so bila prisotna. Teofilinsko RNA stikalo je puščalo, zato se je rekombinaza Cre v majhni količini izražala ves čas in izrezala zapis za CcdB. Puščanje RNA stikala vseeno ni zadoščalo za indukcijo izražanja CcdA, da bi lahko zaviral delovanje konstitutivno izraženega Ccd8 [1].<br /> <br /> V času druge faze nevtralizacije bakterije za preživetje in rast porabljajo razgradne produkte TNT in RDX, ki predstavljajo vir dušika. Rezultati predhodne raziskave kažejo, da so v mediju, kjer je TNT bil edini vir dušika, celice prvih 12h rastle izredno hitro. Kasneje, ko se je tudi koncentracija TNT zmanjšala, se je rast počasi ustavila [2]. Ker lahko traja nekaj ur preden bakterije dosežejo mino in se aktivira sinteza antitoksina, so preko teofilinskega stikala dodatno omogočili še njegovo izražanje. Predlagali so tudi avksotrofijo za aminokisline. V prsti je koncentracija aminokislin dovolj nizka, da to bakterijam po končani razgradnji TNT in RDX ne bi omogočilo nadaljnjega preživetja. Je pa potrebno v medij dodati aminokisline prej, da bakterije preživijo pot do mine [1]. <br /> <br /> ==3. Kontrola uspešnosti nevtralizacije==<br /> Za čim boljšo zanesljivost kontrole so zasnovali logično vezje, ki poda povratno informacijo o razgradnji TNT in RDX tako, da bakterije svetijo rdeče, hkrati pa sistem še dodatno preveri, če so v zemlji prisotni stranski produkti reakcije kot je formaldehid. Naredili so dve vezji po principu 2-input AND, kjer vhodne in izhodne signale predstavljajo promotorji. Vsako vezje vključuje dva vhodna signala pod kontrolo katerih je izražanje transkripcijskega aktivatorja in šaperona. Skupaj aktivirata izhodni promotor. V različnih bakterijah je bilo v predhodnih raziskavahodkritih več parov aktivator-šaperon. Skupina EPFL je izbrala par z aktivatorjem MxiE in šaperonom IpgC, za drugo vezje pa transkripcijski faktor InvF in šaperon SicA [1],[5].<br /> <br /> V prvem vezju en vhodni signal predstavlja promotor ygjF3rd, ki je aktiven v prisotnosti TNT. Pod kontrolo istega promotorja je navzdol od genov za razgradne encime še zapis za AraC. V odsotnosti TNT se represor AraC ne more izražat in vezat na promotor pBAD. Pod kontrolo pBAD se zato lahko prepiše gen za IpgC. V istem vezju je še en vhodni signal, ki ga predstavlja promotor J23100, ki je aktiven v prisotnosti RDX. Navzdol od zapisov za razgradne encime se za RNA stikalom nahaja še zapis za gen TetR. Le-ta sev odsotnosti RDX ne more prepisovat, kar aktivira promotor pTet, pod kontrolo katerega je zapis za transkripcijski aktivator MxiE. IpgC in MxiE tako ne moreta aktivirat promotorja pipaH*, ki sicer predstavlja enega izmed vhodnih signalov za spodnje vezje. Pod njegovo kontrolo pa se izraža šaperon SicA. Drug vhodni signal za spodnje vezje je konstitutivni promotor frm. Po razgradnji eksplozivov prisoten formaldehid inhibira represor frmR, ki se sicer konstitutivno izraža pod kontrolo promotorja J23100. V odsotnosti represorja promotor frm predstavlja drugi vhodni signal za spodnje vezje. Pod njegovo kontrolo se izraža transkripcijski aktivator InvF. Skupaj SicA in InvF aktivirata promotor psicA, kar omogoči izražanje rdečega fluorescenčnega proteina mScarlet. Bakterije, ki svetijo rdeče, so indikator uspešne nevtralizacije eksplozivnih sredstev. Logičnega vezja eksperimentalno niso uspeli testirati [1]. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Tekom eksperimentalnega dela je ekipa EPFL naletela na nekaj težav, ki jih zaradi pomanjkanja časa niso uspeli rešit. Največji problem je predstavljalo izražanje encimov za razgradnjo TNT zaradi neobčutljivosti promotorja. Predlagali so, da bi v nadaljnih raziskavah uporabili divji tip promotorja yqjF ali pa konstitutivni promotor z RNA stikalom. Prav tako bi bilo potrebno eksperimentalno preverit delovanje drugega klona RNA stikala za RDX in delovanje logičnega vezja [1]. <br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] EPFL - Swiss Federal Institute of Technology Lausanne. SYNPLODE. 2024. [citirano 1.4.2024] https://2024.igem.wiki/epfl/<br /> <br /> [2] Y. Li, J. Luo, X. Liao, H. Cao, J. Pan, A. James, H. Li: Multiomics insights into the TNT degradation mechanism by Pantoea sp. BJ2 isolated from an ammunition destruction site. Chemical Engineering Journal, 2024, 497, 154957.<br /> <br /> [3] D. K. Sabir, N. Grosjean, E. L. Rylott, N. C. Bruce: Investigating differences in the ability of XplA/B-containing bacteria to degrade the explosive hexahydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine (RDX). FEMS Microbiol Lett, 2017, 364.<br /> <br /> [4] R. G. Jackson, E. L. Rylott, D. Fournier, J. Hawari, N. C. Bruce: Exploring the biochemical properties and remediation applications of the unusual explosive-degrading P450 system XplA/B. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2007, 104, 16822–16827.<br /> <br /> [5] T. S. Moon, C. Lou, A. Tamsir, B. C. Stanton, C. A. Voigt: Genetic programs constructed from layered logic gates in single cells. Nature, 2012, 491, 249–253.</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=SynPlode&diff=24120 2025-04-06T10:35:40Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>[https://2024.igem.wiki/epfl/ Synplode] je iGEM projekt ekipe EPFL iz Švice iz leta 2024. <br /> <br /> ==Uvod==<br /> Cilj je bil izdelati sistem za nevtralizacijo eksplozivov kot so mine in druga neeksplodirana sredstva oz. UXO (ang. unexploded ordnance) v povojnih območjih. Pregled območij in odstranjevanje min je počasen, drag in nevaren proces. Problem je tudi, da minska polja niso uporabna v agrikulturi [1]. Kontaminacija z eksplozivi sicer ni pogosta le na povojnih območjih, temveč problem predstavljajo tudi odpadni produkti na območjih tovarn, kjer izdelujejo eksplozive. Ta odpad se prenaša v prst in zaide v vodne sisteme [2]. <br /> <br /> Rešitev, ki jo je zasnovala ekipa EPFL, so gensko spremenjene bakterije, ki so sposobne detekcije in razgradnje dveh najpogosteje uporabljenih eksplozivov v minah: TNT (2,4,6-trinitrotoluen) in RDX (1,3,5-trinitro-1,3,5-triazin oziroma ciklonit). Za varen doseg teh območij in razporeditev bakterij so dizajnirali bio-dron. Proces nevtralizacije eksplozivov so razdelili na tri faze: detekcijo kontaminiranih območij, razgradnjo TNT in RDX in kontrolo uspešnosti nevtralizacije [1]. <br /> <br /> ==1. Detekcija kontaminiranih območij==<br /> Območje, kjer se verjetno nahajajo neeksplodirana sredstva, bi poškropili z bakterijami za detekcijo in nato območje poskenirali z bio-dronom. Za detekcijo bi uporabili bakterije iz iGEM projekta leta 2020 ekipe NEFU iz Kitajske. Te bakterije so bile gensko spremenjene tako, da ob stiku z eksplozivi fluorescirajo [1]. <br /> <br /> ==2. Razgradnja TNT in RDX==<br /> Bio-dron cone, ki jih je zaznal kot kontaminirane, poškropi z bakterijami ''E. coli'' za razgradnjo eksplozivov TNT in RDX. Zasnovali so dva konstrukta. Kot ekspresijski sev so izbrali bakterije ''E. coli'' BL21, ki so jih gojili v mediju LB. Delovanje konstruktov so testirali z merjenjem koncentracije eksplozivov v mediju z metodo LC-MS in merjenjem fluorescence reporterskih proteinov [1]. <br /> <br /> ===Razgradnja TNT===<br /> Znano je, da so številne bakterije (Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bacillus…) sposobne razgraditi TNT. Encimi, ki pri tem sodelujejo so v glavnem nitroreduktaze in encimi družine OYE (ang. old yellow enzyme family). Pri projektu SYNPLODE so zasnovali konstrukt, ki omogoča povečano izražanje treh encimov. NfsA in NfsB sta nitroreduktazi, ki lahko reducirata do eno ali dve nitro skupini na aromatskem obroču. Pri tem lahko nastanejo hidroksilaminodinitrotoluen (HADNT), aminodinitrotoluen (ADNT) ali diaminonitrotoluen (DANT). NemA je ksenobiotska N-etilmaleimid reduktaza iz družine OYE. Tudi ta reducira nitro skupino na aromatskem obroču, pri čemer se sprosti nitrit [2]. <br /> <br /> Za zaznavanje TNT, DNT in razgradnega produkta dihidroksitoluena (THT) so izbrali inducibilni promotor ygjF3rd. Gre za modificiran promotor, ki naj bi bil 5× bolj občutljiv kot divji tip, a so že na začetku naleteli na težavo, ker se promotor ni odzival na TNT. Verjetno je izgubil občutljivost na TNT, ker ga je iGEM ekipa NEFU leta 2020 optimizirala za DNT. Ko so testirali razgradnjo TNT so ugotovili, da bakterije iz medija takoj prevzamejo določeno koncentracijo TNT. Ta je namreč hitro padla iz 70 μg/ml na 30 μg/ml. Razgradnja je bila hitrejša, če so encime izražali pod konstitutivnim promotorjem J23100, a konstitutivnega izražanja nfsA zaradi neuspešnega prenosa western niso mogli potrdit [1].<br /> <br /> Prav tako so uporabili transkripcijski aktivator yhaJ1st in ga izražali pod konstitutivnim promotorjem J23100. V konstrukt so navzdol od zapisov za encime dodali še zapis za modri fluorescenčni protein Electra2. Služil jim je kot reporter promotorskega delovanja, v končnem produktu pa senzor za detekcijo TNT. Kasneje bi Electro2 zamenjali z luciferazo Cypiridina, ki oddaja bolj živo modro barvo in omogoča detekcijo brez vzbujanja [1]. <br /> <br /> ===Razgradnja RDX===<br /> XplA je citokromu P450 podoben gen. Pri aktivaciji XplA sodeluje reduktaza xplB, ki iz NADPH prenese elektrone na flavodoksinsko domeno XplA [3]. Točen mehanizem razgradnje RDX še ni poznan. Najverjetneje v anaerobnih pogojih pride do mono-denitracije, monohidracije in cepitve obroča pri čemer nastane metilendinitramin. V aerobnih pogojih pa pride do di-denitracije, di-hidracije in cepitve, ki vodi v nastanek 4-nitro-2,4-diazabutanala. V obeh primerih je stranski produkt še formaldehid [4]. <br /> <br /> Za izražanje so izbrali konstitutivni promotor J23100 in na translacijskem nivoju regulacijo z RNA stikali občutljivi na RDX. Kot reporter so izbrali mNeonGreen, ki v prisotnosti RDX omogoča, da bakterije svetijo zeleno. Tudi tega bi v nadaljevanju zamenjali z zeleno luciferazo Renilla, ki bi omogočila detekcijo brez vzbujanja fluorescence [1].<br /> <br /> Pri testiranju konstrukta do razgradnje RDX ni prišlo. Prvotno RNA stikalo ni bilo dovolj občutljivo za RDX, kar je bila najverjetneje posledica mutacij in izguba nekaterih genetskih elementov, zato so izbrali drug klon, ki omogoča boljšo ekspresijo, a je tudi bolj podvržen puščanju. Zaradi neuspešnega kloniranja niso nadaljevali z eksperimenti [1]. <br /> <br /> ===Preživetje bakterij===<br /> Uporaba gensko spremenjenih organizmov v naravi je tvegana, zato so zasnovali mehanizem kill-switch, ki se v bakterijah aktivira šele v drugi fazi nevtralizacije, torej ko se bakterijska kultura razprši po območju kontaminiranem z eksplozivi. Bakterije bi zato preživele le v prisotnosti TNT in RDX. Mehanizem temelji na sistemu toksin-antitoksin tipa II CcdA/CcdB [1]. <br /> CcdB je toksin, ki se v celicah od začetka druge faze izraža konstitutivno. Gen za Ccd8 so klonirali v nasprotni smeri glede na promotor J23100 (antisense), navzgor in navzdol pa so vstavili prepoznavna mesta za rekombinazo Cre (loxP in lox2272). Tik pred uporabo bakterij v drugi fazi nevtralizacije je zato potrebno v celični medij dodat teofilin, ki preko RNA stikala omogoča izražanje rekombinaze Cre. Le-ta potem izreže gen Ccd8 in ga obrne. Metoda, ki omogoča pogojeno izražanje toksina Ccd8, se imenuje FLEx switch oziroma flip-excision switch. Proti CcdB deluje antitoksin CcdA. Njegovo izražanje so sklopili s promotorjem ywjF3rd, ki ga inducira TNT, ter RNA stikalom odvisnim od RDX. Ko je proces razgradnje eksplozivov končan, se antitoksin ne proizvaja več. Takrat toksin Ccd8 inhibira delovanje DNA giraze, kar povzroča dvojne prelome DNA in vodi v celično smrt [1]. <br /> <br /> Po transformaciji plazmida v sev DH5α in sekvenciranju so opazili, da zapis za CcdB manjka, LoxP prepozvnavna mesta pa so bila prisotna. Teofilinsko RNA stikalo je puščalo, zato se je rekombinaza Cre v majhni količini izražala ves čas in izrezala zapis za CcdB. Puščanje RNA stikala vseeno ni zadoščalo za indukcijo izražanja CcdA, da bi lahko zaviral delovanje konstitutivno izraženega Ccd8 [1].<br /> <br /> V času druge faze nevtralizacije bakterije za preživetje in rast porabljajo razgradne produkte TNT in RDX, ki predstavljajo vir dušika. Rezultati predhodne raziskave kažejo, da so v mediju, kjer je TNT bil edini vir dušika, celice prvih 12h rastle izredno hitro. Kasneje, ko se je tudi koncentracija TNT zmanjšala, se je rast počasi ustavila [2]. Ker lahko traja nekaj ur preden bakterije dosežejo mino in se aktivira sinteza antitoksina, so preko teofilinskega stikala dodatno omogočili še njegovo izražanje. Predlagali so tudi avksotrofijo za aminokisline. V prsti je koncentracija aminokislin dovolj nizka, da to bakterijam po končani razgradnji TNT in RDX ne bi omogočilo nadaljnjega preživetja. Je pa potrebno v medij dodati aminokisline prej, da bakterije preživijo pot do mine [1]. <br /> <br /> ==3. Kontrola uspešnosti nevtralizacije==<br /> Za čim boljšo zanesljivost kontrole so zasnovali logično vezje, ki poda povratno informacijo o razgradnji TNT in RDX tako, da bakterije svetijo rdeče, hkrati pa sistem še dodatno preveri, če so v zemlji prisotni stranski produkti reakcije kot je formaldehid. Naredili so dve vezji po principu 2-input AND, kjer vhodne in izhodne signale predstavljajo promotorji. Vsako vezje vključuje dva vhodna signala pod kontrolo katerih je izražanje transkripcijskega aktivatorja in šaperona. Skupaj aktivirata izhodni promotor. V različnih bakterijah je bilo v predhodnih raziskavahodkritih več parov aktivator-šaperon. Skupina EPFL je izbrala par z aktivatorjem MxiE in šaperonom IpgC, za drugo vezje pa transkripcijski faktor InvF in šaperon SicA [1],[5].<br /> <br /> V prvem vezju en vhodni signal predstavlja promotor ygjF3rd, ki je aktiven v prisotnosti TNT. Pod kontrolo istega promotorja je navzdol od genov za razgradne encime še zapis za AraC. V odsotnosti TNT se represor AraC ne more izražat in vezat na promotor pBAD. Pod kontrolo pBAD se zato lahko prepiše gen za IpgC. V istem vezju je še en vhodni signal, ki ga predstavlja promotor J23100, ki je aktiven v prisotnosti RDX. Navzdol od zapisov za razgradne encime se za RNA stikalom nahaja še zapis za gen TetR. Le-ta sev odsotnosti RDX ne more prepisovat, kar aktivira promotor pTet, pod kontrolo katerega je zapis za transkripcijski aktivator MxiE. IpgC in MxiE tako ne moreta aktivirat promotorja pipaH*, ki sicer predstavlja enega izmed vhodnih signalov za spodnje vezje. Pod njegovo kontrolo pa se izraža šaperon SicA. Drug vhodni signal za spodnje vezje je konstitutivni promotor frm. Po razgradnji eksplozivov prisoten formaldehid inhibira represor frmR, ki se sicer konstitutivno izraža pod kontrolo promotorja J23100. V odsotnosti represorja promotor frm predstavlja drugi vhodni signal za spodnje vezje. Pod njegovo kontrolo se izraža transkripcijski aktivator InvF. Skupaj SicA in InvF aktivirata promotor psicA, kar omogoči izražanje rdečega fluorescenčnega proteina mScarlet. Bakterije, ki svetijo rdeče, so indikator uspešne nevtralizacije eksplozivnih sredstev. Logičnega vezja eksperimentalno niso uspeli testirati [1]. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Tekom eksperimentalnega dela je ekipa EPFL naletela na nekaj težav, ki jih zaradi pomanjkanja časa niso uspeli rešit. Največji problem je predstavljalo izražanje encimov za razgradnjo TNT zaradi neobčutljivosti promotorja. Predlagali so, da bi v nadaljnih raziskavah uporabili divji tip promotorja yqjF ali pa konstitutivni promotor z RNA stikalom. Prav tako bi bilo potrebno eksperimentalno preverit delovanje drugega klona RNA stikala za RDX in delovanje logičnega vezja [1]. <br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] EPFL - Swiss Federal Institute of Technology Lausanne. SYNPLODE. 2024. [citirano 1.4.2024] https://2024.igem.wiki/epfl/<br /> <br /> [2] Y. Li, J. Luo, X. Liao, H. Cao, J. Pan, A. James, H. Li: Multiomics insights into the TNT degradation mechanism by Pantoea sp. BJ2 isolated from an ammunition destruction site. Chemical Engineering Journal, 2024, 497, 154957.<br /> <br /> [3] D. K. Sabir, N. Grosjean, E. L. Rylott, N. C. Bruce: Investigating differences in the ability of XplA/B-containing bacteria to degrade the explosive hexahydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine (RDX). FEMS Microbiol Lett, 2017, 364.<br /> <br /> [4] R. G. Jackson, E. L. Rylott, D. Fournier, J. Hawari, N. C. Bruce: Exploring the biochemical properties and remediation applications of the unusual explosive-degrading P450 system XplA/B. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2007, 104, 16822–16827.<br /> <br /> [5] T. S. Moon, C. Lou, A. Tamsir, B. C. Stanton, C. A. Voigt: Genetic programs constructed from layered logic gates in single cells. Nature, 2012, 491, 249–253.</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=SynPlode&diff=24119 2025-04-06T10:35:11Z

<p>Lbohorc: Created page with &quot;[https://2024.igem.wiki/epfl/ SYNPLODE] je iGEM projekt ekipe EPFL iz Švice iz leta 2024. ==Uvod== Cilj je bil izdelati sistem za nevtralizacijo eksplozivov kot so mine in druga neeksplodirana sredstva oz. UXO (ang. unexploded ordnance) v povojnih območjih. Pregled območij in odstranjevanje min je počasen, drag in nevaren proces. Problem je tudi, da minska polja niso uporabna v agrikulturi [1]. Kontaminacija z eksplozivi sicer ni pogosta le na povojnih območjih, t...&quot;</p> <hr /> <div>[https://2024.igem.wiki/epfl/ SYNPLODE] je iGEM projekt ekipe EPFL iz Švice iz leta 2024. <br /> <br /> ==Uvod==<br /> Cilj je bil izdelati sistem za nevtralizacijo eksplozivov kot so mine in druga neeksplodirana sredstva oz. UXO (ang. unexploded ordnance) v povojnih območjih. Pregled območij in odstranjevanje min je počasen, drag in nevaren proces. Problem je tudi, da minska polja niso uporabna v agrikulturi [1]. Kontaminacija z eksplozivi sicer ni pogosta le na povojnih območjih, temveč problem predstavljajo tudi odpadni produkti na območjih tovarn, kjer izdelujejo eksplozive. Ta odpad se prenaša v prst in zaide v vodne sisteme [2]. <br /> <br /> Rešitev, ki jo je zasnovala ekipa EPFL, so gensko spremenjene bakterije, ki so sposobne detekcije in razgradnje dveh najpogosteje uporabljenih eksplozivov v minah: TNT (2,4,6-trinitrotoluen) in RDX (1,3,5-trinitro-1,3,5-triazin oziroma ciklonit). Za varen doseg teh območij in razporeditev bakterij so dizajnirali bio-dron. Proces nevtralizacije eksplozivov so razdelili na tri faze: detekcijo kontaminiranih območij, razgradnjo TNT in RDX in kontrolo uspešnosti nevtralizacije [1]. <br /> <br /> ==1. Detekcija kontaminiranih območij==<br /> Območje, kjer se verjetno nahajajo neeksplodirana sredstva, bi poškropili z bakterijami za detekcijo in nato območje poskenirali z bio-dronom. Za detekcijo bi uporabili bakterije iz iGEM projekta leta 2020 ekipe NEFU iz Kitajske. Te bakterije so bile gensko spremenjene tako, da ob stiku z eksplozivi fluorescirajo [1]. <br /> <br /> ==2. Razgradnja TNT in RDX==<br /> Bio-dron cone, ki jih je zaznal kot kontaminirane, poškropi z bakterijami ''E. coli'' za razgradnjo eksplozivov TNT in RDX. Zasnovali so dva konstrukta. Kot ekspresijski sev so izbrali bakterije ''E. coli'' BL21, ki so jih gojili v mediju LB. Delovanje konstruktov so testirali z merjenjem koncentracije eksplozivov v mediju z metodo LC-MS in merjenjem fluorescence reporterskih proteinov [1]. <br /> <br /> ===Razgradnja TNT===<br /> Znano je, da so številne bakterije (Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bacillus…) sposobne razgraditi TNT. Encimi, ki pri tem sodelujejo so v glavnem nitroreduktaze in encimi družine OYE (ang. old yellow enzyme family). Pri projektu SYNPLODE so zasnovali konstrukt, ki omogoča povečano izražanje treh encimov. NfsA in NfsB sta nitroreduktazi, ki lahko reducirata do eno ali dve nitro skupini na aromatskem obroču. Pri tem lahko nastanejo hidroksilaminodinitrotoluen (HADNT), aminodinitrotoluen (ADNT) ali diaminonitrotoluen (DANT). NemA je ksenobiotska N-etilmaleimid reduktaza iz družine OYE. Tudi ta reducira nitro skupino na aromatskem obroču, pri čemer se sprosti nitrit [2]. <br /> <br /> Za zaznavanje TNT, DNT in razgradnega produkta dihidroksitoluena (THT) so izbrali inducibilni promotor ygjF3rd. Gre za modificiran promotor, ki naj bi bil 5× bolj občutljiv kot divji tip, a so že na začetku naleteli na težavo, ker se promotor ni odzival na TNT. Verjetno je izgubil občutljivost na TNT, ker ga je iGEM ekipa NEFU leta 2020 optimizirala za DNT. Ko so testirali razgradnjo TNT so ugotovili, da bakterije iz medija takoj prevzamejo določeno koncentracijo TNT. Ta je namreč hitro padla iz 70 μg/ml na 30 μg/ml. Razgradnja je bila hitrejša, če so encime izražali pod konstitutivnim promotorjem J23100, a konstitutivnega izražanja nfsA zaradi neuspešnega prenosa western niso mogli potrdit [1].<br /> <br /> Prav tako so uporabili transkripcijski aktivator yhaJ1st in ga izražali pod konstitutivnim promotorjem J23100. V konstrukt so navzdol od zapisov za encime dodali še zapis za modri fluorescenčni protein Electra2. Služil jim je kot reporter promotorskega delovanja, v končnem produktu pa senzor za detekcijo TNT. Kasneje bi Electro2 zamenjali z luciferazo Cypiridina, ki oddaja bolj živo modro barvo in omogoča detekcijo brez vzbujanja [1]. <br /> <br /> ===Razgradnja RDX===<br /> XplA je citokromu P450 podoben gen. Pri aktivaciji XplA sodeluje reduktaza xplB, ki iz NADPH prenese elektrone na flavodoksinsko domeno XplA [3]. Točen mehanizem razgradnje RDX še ni poznan. Najverjetneje v anaerobnih pogojih pride do mono-denitracije, monohidracije in cepitve obroča pri čemer nastane metilendinitramin. V aerobnih pogojih pa pride do di-denitracije, di-hidracije in cepitve, ki vodi v nastanek 4-nitro-2,4-diazabutanala. V obeh primerih je stranski produkt še formaldehid [4]. <br /> <br /> Za izražanje so izbrali konstitutivni promotor J23100 in na translacijskem nivoju regulacijo z RNA stikali občutljivi na RDX. Kot reporter so izbrali mNeonGreen, ki v prisotnosti RDX omogoča, da bakterije svetijo zeleno. Tudi tega bi v nadaljevanju zamenjali z zeleno luciferazo Renilla, ki bi omogočila detekcijo brez vzbujanja fluorescence [1].<br /> <br /> Pri testiranju konstrukta do razgradnje RDX ni prišlo. Prvotno RNA stikalo ni bilo dovolj občutljivo za RDX, kar je bila najverjetneje posledica mutacij in izguba nekaterih genetskih elementov, zato so izbrali drug klon, ki omogoča boljšo ekspresijo, a je tudi bolj podvržen puščanju. Zaradi neuspešnega kloniranja niso nadaljevali z eksperimenti [1]. <br /> <br /> ===Preživetje bakterij===<br /> Uporaba gensko spremenjenih organizmov v naravi je tvegana, zato so zasnovali mehanizem kill-switch, ki se v bakterijah aktivira šele v drugi fazi nevtralizacije, torej ko se bakterijska kultura razprši po območju kontaminiranem z eksplozivi. Bakterije bi zato preživele le v prisotnosti TNT in RDX. Mehanizem temelji na sistemu toksin-antitoksin tipa II CcdA/CcdB [1]. <br /> CcdB je toksin, ki se v celicah od začetka druge faze izraža konstitutivno. Gen za Ccd8 so klonirali v nasprotni smeri glede na promotor J23100 (antisense), navzgor in navzdol pa so vstavili prepoznavna mesta za rekombinazo Cre (loxP in lox2272). Tik pred uporabo bakterij v drugi fazi nevtralizacije je zato potrebno v celični medij dodat teofilin, ki preko RNA stikala omogoča izražanje rekombinaze Cre. Le-ta potem izreže gen Ccd8 in ga obrne. Metoda, ki omogoča pogojeno izražanje toksina Ccd8, se imenuje FLEx switch oziroma flip-excision switch. Proti CcdB deluje antitoksin CcdA. Njegovo izražanje so sklopili s promotorjem ywjF3rd, ki ga inducira TNT, ter RNA stikalom odvisnim od RDX. Ko je proces razgradnje eksplozivov končan, se antitoksin ne proizvaja več. Takrat toksin Ccd8 inhibira delovanje DNA giraze, kar povzroča dvojne prelome DNA in vodi v celično smrt [1]. <br /> <br /> Po transformaciji plazmida v sev DH5α in sekvenciranju so opazili, da zapis za CcdB manjka, LoxP prepozvnavna mesta pa so bila prisotna. Teofilinsko RNA stikalo je puščalo, zato se je rekombinaza Cre v majhni količini izražala ves čas in izrezala zapis za CcdB. Puščanje RNA stikala vseeno ni zadoščalo za indukcijo izražanja CcdA, da bi lahko zaviral delovanje konstitutivno izraženega Ccd8 [1].<br /> <br /> V času druge faze nevtralizacije bakterije za preživetje in rast porabljajo razgradne produkte TNT in RDX, ki predstavljajo vir dušika. Rezultati predhodne raziskave kažejo, da so v mediju, kjer je TNT bil edini vir dušika, celice prvih 12h rastle izredno hitro. Kasneje, ko se je tudi koncentracija TNT zmanjšala, se je rast počasi ustavila [2]. Ker lahko traja nekaj ur preden bakterije dosežejo mino in se aktivira sinteza antitoksina, so preko teofilinskega stikala dodatno omogočili še njegovo izražanje. Predlagali so tudi avksotrofijo za aminokisline. V prsti je koncentracija aminokislin dovolj nizka, da to bakterijam po končani razgradnji TNT in RDX ne bi omogočilo nadaljnjega preživetja. Je pa potrebno v medij dodati aminokisline prej, da bakterije preživijo pot do mine [1]. <br /> <br /> ==3. Kontrola uspešnosti nevtralizacije==<br /> Za čim boljšo zanesljivost kontrole so zasnovali logično vezje, ki poda povratno informacijo o razgradnji TNT in RDX tako, da bakterije svetijo rdeče, hkrati pa sistem še dodatno preveri, če so v zemlji prisotni stranski produkti reakcije kot je formaldehid. Naredili so dve vezji po principu 2-input AND, kjer vhodne in izhodne signale predstavljajo promotorji. Vsako vezje vključuje dva vhodna signala pod kontrolo katerih je izražanje transkripcijskega aktivatorja in šaperona. Skupaj aktivirata izhodni promotor. V različnih bakterijah je bilo v predhodnih raziskavahodkritih več parov aktivator-šaperon. Skupina EPFL je izbrala par z aktivatorjem MxiE in šaperonom IpgC, za drugo vezje pa transkripcijski faktor InvF in šaperon SicA [1],[5].<br /> <br /> V prvem vezju en vhodni signal predstavlja promotor ygjF3rd, ki je aktiven v prisotnosti TNT. Pod kontrolo istega promotorja je navzdol od genov za razgradne encime še zapis za AraC. V odsotnosti TNT se represor AraC ne more izražat in vezat na promotor pBAD. Pod kontrolo pBAD se zato lahko prepiše gen za IpgC. V istem vezju je še en vhodni signal, ki ga predstavlja promotor J23100, ki je aktiven v prisotnosti RDX. Navzdol od zapisov za razgradne encime se za RNA stikalom nahaja še zapis za gen TetR. Le-ta sev odsotnosti RDX ne more prepisovat, kar aktivira promotor pTet, pod kontrolo katerega je zapis za transkripcijski aktivator MxiE. IpgC in MxiE tako ne moreta aktivirat promotorja pipaH*, ki sicer predstavlja enega izmed vhodnih signalov za spodnje vezje. Pod njegovo kontrolo pa se izraža šaperon SicA. Drug vhodni signal za spodnje vezje je konstitutivni promotor frm. Po razgradnji eksplozivov prisoten formaldehid inhibira represor frmR, ki se sicer konstitutivno izraža pod kontrolo promotorja J23100. V odsotnosti represorja promotor frm predstavlja drugi vhodni signal za spodnje vezje. Pod njegovo kontrolo se izraža transkripcijski aktivator InvF. Skupaj SicA in InvF aktivirata promotor psicA, kar omogoči izražanje rdečega fluorescenčnega proteina mScarlet. Bakterije, ki svetijo rdeče, so indikator uspešne nevtralizacije eksplozivnih sredstev. Logičnega vezja eksperimentalno niso uspeli testirati [1]. <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> Tekom eksperimentalnega dela je ekipa EPFL naletela na nekaj težav, ki jih zaradi pomanjkanja časa niso uspeli rešit. Največji problem je predstavljalo izražanje encimov za razgradnjo TNT zaradi neobčutljivosti promotorja. Predlagali so, da bi v nadaljnih raziskavah uporabili divji tip promotorja yqjF ali pa konstitutivni promotor z RNA stikalom. Prav tako bi bilo potrebno eksperimentalno preverit delovanje drugega klona RNA stikala za RDX in delovanje logičnega vezja [1]. <br /> <br /> ==Viri==<br /> [1] EPFL - Swiss Federal Institute of Technology Lausanne. SYNPLODE. 2024. [citirano 1.4.2024] https://2024.igem.wiki/epfl/<br /> <br /> [2] Y. Li, J. Luo, X. Liao, H. Cao, J. Pan, A. James, H. Li: Multiomics insights into the TNT degradation mechanism by Pantoea sp. BJ2 isolated from an ammunition destruction site. Chemical Engineering Journal, 2024, 497, 154957.<br /> <br /> [3] D. K. Sabir, N. Grosjean, E. L. Rylott, N. C. Bruce: Investigating differences in the ability of XplA/B-containing bacteria to degrade the explosive hexahydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine (RDX). FEMS Microbiol Lett, 2017, 364.<br /> <br /> [4] R. G. Jackson, E. L. Rylott, D. Fournier, J. Hawari, N. C. Bruce: Exploring the biochemical properties and remediation applications of the unusual explosive-degrading P450 system XplA/B. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2007, 104, 16822–16827.<br /> <br /> [5] T. S. Moon, C. Lou, A. Tamsir, B. C. Stanton, C. A. Voigt: Genetic programs constructed from layered logic gates in single cells. Nature, 2012, 491, 249–253.</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2024/25&diff=24118 2025-04-06T10:24:07Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # prvi članek <br /> # drugi članek (itd.)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Synplode Synplode] (Leila Bohorč)<br /> # drugi projekt (itd.)<br /> <br /> <br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2024/25&diff=24117 2025-04-06T10:16:07Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # prvi članek <br /> # drugi članek (itd.)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # SYNPLODE (Leila Bohorč)<br /> # drugi projekt (itd.)<br /> <br /> <br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Virusi_pri_arhejah&diff=22778 2023-05-22T20:22:54Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>Patricija Kolander: Uvod, Evolucija, Funkcijska genomika &lt;br&gt;<br /> Leila Bohorč: Morfologija, Genom &lt;br&gt;<br /> Gal Kastelic: Mehanizmi genomske replikacije, Strukturna genomika</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Virusi_pri_arhejah&diff=22777 2023-05-22T20:15:34Z

<p>Lbohorc: /* Morfologija */</p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> Virusi arhej so precej drugačni od bakterijskih in evkariontskih, kljub temu da arheje izkazujejo precejšnjo podobnost z bakterijami in evkarionti. Zaenkrat je znanih 65 virusov, ki tvorijo kar 17 novih družin glede na svojo morfološko in genetsko raznolikost.<br /> Metagenomske analize z razvojem sekvenciranja, bioinformatike in novih računalniških orodji so omogočile nov vpogled v raznolikost virusov arhej. Veliko virusnih genomov iz vzorcev pripada že obstoječim družinam virusov, še veliko pa je neznanih, ki ne sodijo v nobeno izmed njih. Z analizo vzorca iz vrelca v ameriškem narodnem parku Yellowstone so odkrili kar 110 različnih genomov, med njimi le 6,3 % že znanih, kar potrjuje, da je raznolikost res velika.<br /> Z raziskovanjem metagenomskih vzorcev so odkrili tudi nove vrste arhej in njihove viruse, ki so še posebej pomembni za okolje. Take so na primer arheje skupine Thaumarchaeota in nano arheje ARMAN, katerih virusi še niso identificirani, ter arheje Marine group II, ki jih najdemo v plitvih delih oceanov. Virusi ''Magroviruses'' povzročajo njihovo odmiranje, ob tem pa se sprosti med 0,3 in 0,5 gigaton CO2 letno. Virusi arhej so tako še bistveno bolj raznoliki in pomembni za okolje, kar bodo prikazale nadaljnje študije.<br /> <br /> == Evolucija ==<br /> Viruse lahko razdelimo na take, ki so specifični arhejam, in Cosmopolitan viruse, ki imajo strukturne in genetske podobnosti z virusi bakterij in evkariontov. Raziskovanje evolucijske povezanosti virusov arhej je precej oteženo zaradi horizontalnih prenosov genov, pogostih mutacij in veliko genov, ki so zelo specifični in nimajo znanih homologov. Evolucijski razvoj virusov si tako lažje predstavljamo kot omrežje, v katerem so povezani glede na skupne genske družine, in ne kot filogenetsko drevo. Organiziranost temelji na 3 značilnih razredih ohranjenih genov: connector (povezovalni) geni, prisotni v podskupinah skupin virusov, signature (značilni) geni, specifični za določene viruse znotraj modulov, in hallmark geni, ki vsebujejo zapise za proteine, udeležene v replikaciji genoma in oblikovanju virionov. Med slednjimi so najbolj ohranjeni transkripcijski faktorji z RHH domenami in glikoziltransferaze. Celotno omrežje virusov z dvoverižno DNA je razdeljeno na 19 modulov, razdeljenih na 5 supermodulov. Virusi, specifični za arheje, tvorijo supermodul, ki je z ostalimi precej nepovezan. Znanstveniki ugotavljajo, da so se virusi verjetno razvili neodvisno in ni prišlo do obširnega prenašanja genov med virusi arhej in bakterij oziroma evkariontov. Tudi med skupinami je malo podobnih proteinov za genomsko replikacijo in tvorbo virionov, zaradi česar morda nimajo skupnega prednika.<br /> Kljub temu so nekateri precej povezani z genetskim zapisom mobilnih genetskih elementov (MGE). To so samostojni nosilci gentskega materiala, na primer plazmidi, transposoni itd., ki se lahko prenašajo med vrstami. Pyrococcus abyssi virus 1 (PAV1) ima kar polovico celotnega genoma homologno plazmidom arheje reda Thermococcales, druga polovica, ki nosi zapis za strukturne proteine, pa je privzeta iz virusov, ki jo lahko okužijo.<br /> Zaradi malo povezav med moduli znanstveniki sklepajo, da so se nekateri arhejam specifični virusi razvili iz MGE in s pridobitvijo zapisov za strukturne proteine. Ker so precej preprosti, so se mogoče oblikovali de novo, ali pa je prišlo do spremembe funkcije celičnih proteinov.<br /> <br /> == Morfologija ==<br /> '''Virusi, ki so specifični za arheje''' &lt;br&gt;<br /> <br /> Viruse vretenaste oblike delimo v tri družine. V družino ''Fuselloviridae'' spada 9 vrst. Na enem izmed koničastih koncev imajo kratka in tanka vlakna, s pomočjo katerih se pritrdijo na gostiteljske celice. Preko vlaken se lahko več virionov poveže v rozetaste agregate. Izjemi sta virusa SSV6 in ASV1, ki jih s svojimi debelejšimi vlakni ne moreta tvoriti. Družina ''Bicaudaviridae'' ima samo enega predstavnika ATV, ki ima dva repka, ki se razvijeta ekstracelularno oziroma zunaj gostitelja. To sta dve cevasti strukturi s sidrasto strukturo na koncu. Z njunim razvojem se volumen viriona zmanjša za dve tretjini. Pri nastanku najverjetneje sodeluje protein P800, ki s strukturo spominja na intermediarne filamente. Virusi družine ''Salterprovirus'' so po obliki sicer podobni fusellovirusom, a so genetsko popolnoma drugačni.<br /> <br /> Virusi, ki so na enem delu širši, na drugem pa se zožajo, z obliko spominjajo na steklenico ali kapljico. Delimo jih v tri družine. Predstavnik ''Ampullaviridae'' je ABV, ki je strukturno eden najbolj kompleksnih virusov na sploh. Na širšem delu je 20 rigidnih filamentov, katerih funkcija je še neznana. Ogrodje predstavljajo dodatno zviti nukleoproteinski filamenti v toroidni obliki, okrog pa je lipidni ovoj. Predstavnik družine ''Clavaviridae'' je APBV1, ki je nekoliko bolj bacilaste oblike. Vsebuje krožno dvoverižno DNA, ki je velika samo 5278 bp in tako predstavlja najmanjši genom znanih prokariontskih virusov z dvoverižno DNA. V družino ''Guttaviridae'' spada SNDV, ki s svojo obliko spominja na panj. Površina je rebrasta, koničast konec pa pokrivajo tanka vlakna.<br /> <br /> Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci. <br /> <br /> Družina ''Spiraviridae'' ima samo enega predstavnika ACV, ki ima obliko vzmeti. Krožna enoverižna DNA je prepletena tako, da nastane heliks. Skupaj s proteini tvori nukleoproteinski filament, ki je nato še dodatno spiralasto skondenziran v cilindričen virion. Okrog ni ovoja. <br /> <br /> Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga družina so ''Portogloboviridae'', ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.<br /> <br /> ''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje koničaste (&quot;spike&quot;) proteine. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.<br /> <br /> '''Cosmopolitan virusi''' <br /> <br /> Virusi iz reda ''Caudovirales'' imajo ikozaedrične kapside z repkom. Morfološko se ne razlikujejo od bakteriofagov z repki, ki so prevladujoča skupina pri bakterijah. Družino ''Sphaerolipoviridae'' najdemo tako pri arhejah kot pri bakterijah in so ikozaedrične oblike brez repkov. Pod proteinsko kapsido je notranja membrana. Podobni so družini ''Turriviridae''.<br /> <br /> == Genom ==<br /> Vsi virusi arhej vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... Pri večini virusov je DNA dvoverižna. Izjemi sta na primer spiravirus ACV, ki ima največji genom med virusi z enoverižno DNA, ter pleolipovirus HRPV1. V narodnem parku Yellowstone, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom kot cosmopolitan virusi. Razlog za to so najverjetneje različni življenjski stili oziroma strategije za replikacijo genoma.<br /> <br /> == Mehanizmi genomske replikacije ==<br /> <br /> Procesi replikacije genoma arhealnih virusov so precej neraziskani. Poleg krožeče in dvosmerne replikacije genomi teh virusov nakazujejo na do sedaj še ne poznane mehanizme. Rudivirus SIRV2 je eden redkih primerov arhealnih virusov, pri katerem so bili mehanizmi replikacije genoma eksperimentalno raziskani in ne določeni s sklepanjem iz podobnosti drugih vrst virusov. Med drugim so bili določeni rezolvaza Hollidayjevega križa gp35, gp17, ki se veže na enoverižno DNA, nukleaza gp19 in Rep protein gp16, ki je homologen endonukleazam krožeče-replikacijskega mehanizma (RCRE). Pri tem procesu podvajanje virusne DNA poteka enosmerno, s krožno DNA kot končnim produktom in je eden najpogostejših načinov replikacije genoma pri arhealnih virusih. V prvih stopnjah replikacije protein gp1 interagira s homologom PCNA (proliferacijski jedrni antigen celic), ki jo kodira gostiteljska arheja, iz česar sledi organizacija celičnega replisoma na virusni DNA. SIRV2 ne kodira DNA polimeraze, zato se zanaša na enega od paralogov gostiteljske DNA polimeraze Dpo1. Raziskave so pokazale, da SIRV2 uporabi različne mehanizme replikacije in tvori razvejane intermediate, velike do 1200 kb, a natančni procesi, ki potekajo pri teh replikacijskih mehanizmih, niso še bili raziskani.<br /> Virusi z manjšimi genomi (5-50 kb) so običajno sposobni uporabiti replisom gostitelja. Izjeme so ampulavirusi, salterprovirus His1, pleolipovirus His2 in MetSV. Za replikacijo DNA takih virusov so v virusnem genomu najpogosteje kodirane helikaze. Zapise za te helikse, med drugim tudi replikativne helikaze za vzdrževanje minikromosomov (MCM), so virusi večkrat neodvisno pridobili iz gostiteljev. Ostali virusi – holoarhealni sifovirusi in miovirusi oz. virusi z večjimi genomi (več kot 100 kb), pa kodirajo skoraj celoten replisom. Zapise za proteine replisoma so virusi tekom evolucije prevzeli od arhej, obstajajo pa tudi primeri, kjer so arheje prevzele virusne zapise za replisom.<br /> <br /> == Strukturna genomika ==<br /> <br /> Zaradi pomanjkanja podobnosti med znanimi proteini in proteini, ki jih kodirajo arhealni virusi, je določanje njihovih funkcij zahtevno. Več kot četrtina proteinov teh virusov, katerih struktura je bila določena s krio-EM, rentgensko kristalografijo ali pa z NMR spektroskopijo, nima znanih homologov. Znanstveniki domnevajo, da so ti proteini specifični za uravnavanje interakcij med virusom in gostiteljem, kot je npr. inaktivacija obrambnih mehanizmov arhej. Čeprav so mehanizmi transkripcije precej podobni tistim pri evkariontih, so številni transkripcijski faktorji, ki jih kodirajo arheje in njihovi virusi bolj podobni bakterijskim, kar potrjujejo raziskave struktur teh proteinov. Strukturi proteina velike kapside in penton proteina pri nekem torrivirusu STIV sta namreč homologni določenim proteinom ikozaedričnih virusov, ki okužujejo evkarionte in bakterije. Iz tega pa sledijo teorije, da STIV pripada stari virusni liniji, ki bi lahko nastala še pred ločitvijo organizmov v domene arhej, bakterij in evkariontov. Raziskave posebnih zvitij proteinov velike kapside, ki so prisotna le pri rudivirusih in lipotrixvirusih, pa so vodile v njihovo združenje v nov red Ligamenvirales.<br /> <br /> == Funkcijska genomika ==<br /> <br /> Raziskovanje biologije virusov arhej in njihovega vpliva na gostiteljske organizme je omogočil razvoj novih metod, kot so DNA microarray, RNA sekvenciranje in analize proteoma. Študije so bile osredotočene predvsem na 4 skupine virusov, ki lahko okužijo arheje rodu Sulfolobus. Te so bile rudivirus (SIRV2), fussellovirusa (SSV1 in SSV2), turrivirus (STIV) in bicaudavirus (STSV2).<br /> Vsi virusi prikazujejo časovno nadzorovanje izražanja genov, vendar različno močno. To pomeni, da se določeni geni izražajo le ob določenem delu razvoja, večinoma takoj po okužbi in se nato enakomerno povečujejo tekom cikla.<br /> Analizirali so tudi izražanje genov gostitelja po okužbi in ugotovili da so odzivi glede na virus precej različni. SRIV2, STSV2, SSV2 izzovejo močan imunski odziv gostitelja, kateremu se precej poveča izražanje genov sistemov CRISPR-cas in toksin-antitoksin. SSV1 ta odziv skoraj povsem zaobide.<br /> S pomočjo transkriptomike, ti. študija RNA molekul, so odkrili tudi gostiteljske proteine, ki so udeleženi v razvojnem ciklu virusov. Po okužbi celic s SSV1, SSV2 in STIV se je povišalo izražanje Orc1/Cdc6 in reverzne giraze. Okužba s STSV2 je povzročila povečano izražanje drugih proteinov, reverzna giraza pa je bila manj izražena. Interakcije med virusi in gostitelji so preučevali tudi s pomočjo študij proteoma, katere so izvajali z identificiranjem proteinov z elektroforezami in masno spektrometrijo ter ugotavljanjem aktivnosti proteinov. Za viruse manj dovzetni sevi arhej so imeli povišano raven izražanja več vrst proteinov. Najbolj opazno komponente CRISPR-Cas sistema in proteine Cdv (crenarchaeal cell division), ki so udeleženi v celični delitvi.<br /> <br /> == Viri ==<br /> [1] Krupovic M, Cvirkaite-Krupovic V, Iranzo J, Prangishvili D, Koonin EV. Viruses of archaea: Structural, functional, environmental and evolutionary genomics. Virus Research. 2018;244: 181–193. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2017.11.025 &lt;br&gt;<br /> <br /> [2] Wirth J, Young M. The intriguing world of archaeal viruses. Spindler KR, editor. PLoS Pathog. 2020;16: e1008574. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008574 &lt;br&gt;<br /> <br /> [3] Danovaro R, Dell’Anno A, Corinaldesi C, Rastelli E, Cavicchioli R, Krupovic M, et al. Virus-mediated archaeal hecatomb in the deep seafloor. Sci Adv. 2016;2: e1600492. https://doi.org/10.1126/sciadv.1600492 &lt;br&gt;<br /> <br /> [4] Pina M, Bize A, Forterre P, Prangishvili D. The archeoviruses. FEMS Microbiol Rev. 2011;35: 1035–1054. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2011.00280.x &lt;br&gt;<br /> <br /> [5] Prangishvili D, Bamford DH, Forterre P, Iranzo J, Koonin EV, Krupovic M. The enigmatic archaeal virosphere. Nat Rev Microbiol. 2017;15: 724–739. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.125 &lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Virusi_pri_arhejah&diff=22776 2023-05-22T20:10:54Z

<p>Lbohorc: /* Morfologija */</p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> Virusi arhej so precej drugačni od bakterijskih in evkariontskih, kljub temu da arheje izkazujejo precejšnjo podobnost z bakterijami in evkarionti. Zaenkrat je znanih 65 virusov, ki tvorijo kar 17 novih družin glede na svojo morfološko in genetsko raznolikost.<br /> Metagenomske analize z razvojem sekvenciranja, bioinformatike in novih računalniških orodji so omogočile nov vpogled v raznolikost virusov arhej. Veliko virusnih genomov iz vzorcev pripada že obstoječim družinam virusov, še veliko pa je neznanih, ki ne sodijo v nobeno izmed njih. Z analizo vzorca iz vrelca v ameriškem narodnem parku Yellowstone so odkrili kar 110 različnih genomov, med njimi le 6,3 % že znanih, kar potrjuje, da je raznolikost res velika.<br /> Z raziskovanjem metagenomskih vzorcev so odkrili tudi nove vrste arhej in njihove viruse, ki so še posebej pomembni za okolje. Take so na primer arheje skupine Thaumarchaeota in nano arheje ARMAN, katerih virusi še niso identificirani, ter arheje Marine group II, ki jih najdemo v plitvih delih oceanov. Virusi ''Magroviruses'' povzročajo njihovo odmiranje, ob tem pa se sprosti med 0,3 in 0,5 gigaton CO2 letno. Virusi arhej so tako še bistveno bolj raznoliki in pomembni za okolje, kar bodo prikazale nadaljnje študije.<br /> <br /> == Evolucija ==<br /> Viruse lahko razdelimo na take, ki so specifični arhejam, in Cosmopolitan viruse, ki imajo strukturne in genetske podobnosti z virusi bakterij in evkariontov. Raziskovanje evolucijske povezanosti virusov arhej je precej oteženo zaradi horizontalnih prenosov genov, pogostih mutacij in veliko genov, ki so zelo specifični in nimajo znanih homologov. Evolucijski razvoj virusov si tako lažje predstavljamo kot omrežje, v katerem so povezani glede na skupne genske družine, in ne kot filogenetsko drevo. Organiziranost temelji na 3 značilnih razredih ohranjenih genov: connector (povezovalni) geni, prisotni v podskupinah skupin virusov, signature (značilni) geni, specifični za določene viruse znotraj modulov, in hallmark geni, ki vsebujejo zapise za proteine, udeležene v replikaciji genoma in oblikovanju virionov. Med slednjimi so najbolj ohranjeni transkripcijski faktorji z RHH domenami in glikoziltransferaze. Celotno omrežje virusov z dvoverižno DNA je razdeljeno na 19 modulov, razdeljenih na 5 supermodulov. Virusi, specifični za arheje, tvorijo supermodul, ki je z ostalimi precej nepovezan. Znanstveniki ugotavljajo, da so se virusi verjetno razvili neodvisno in ni prišlo do obširnega prenašanja genov med virusi arhej in bakterij oziroma evkariontov. Tudi med skupinami je malo podobnih proteinov za genomsko replikacijo in tvorbo virionov, zaradi česar morda nimajo skupnega prednika.<br /> Kljub temu so nekateri precej povezani z genetskim zapisom mobilnih genetskih elementov (MGE). To so samostojni nosilci gentskega materiala, na primer plazmidi, transposoni itd., ki se lahko prenašajo med vrstami. Pyrococcus abyssi virus 1 (PAV1) ima kar polovico celotnega genoma homologno plazmidom arheje reda Thermococcales, druga polovica, ki nosi zapis za strukturne proteine, pa je privzeta iz virusov, ki jo lahko okužijo.<br /> Zaradi malo povezav med moduli znanstveniki sklepajo, da so se nekateri arhejam specifični virusi razvili iz MGE in s pridobitvijo zapisov za strukturne proteine. Ker so precej preprosti, so se mogoče oblikovali de novo, ali pa je prišlo do spremembe funkcije celičnih proteinov.<br /> <br /> == Morfologija ==<br /> '''Virusi, ki so specifični za arheje''' &lt;br&gt;<br /> <br /> Viruse vretenaste oblike delimo v tri družine. V družino ''Fuselloviridae'' spada 9 vrst. Na enem izmed koničastih koncev imajo kratka in tanka vlakna, s pomočjo katerih se pritrdijo na gostiteljske celice. Preko vlaken se lahko več virionov poveže v rozetaste agregate. Izjemi sta virusa SSV6 in ASV1, ki jih s svojimi debelejšimi vlakni ne moreta tvoriti. Družina ''Bicaudaviridae'' ima samo enega predstavnika ATV, ki ima dva repka, ki se razvijeta ekstracelularno oziroma zunaj gostitelja. To sta dve cevasti strukturi s sidrasto strukturo na koncu. Z njunim razvojem se volumen viriona zmanjša za dve tretjini. Pri nastanku najverjetneje sodeluje protein P800, ki s strukturo spominja na intermediarne filamente. Virusi družine ''Salterprovirus'' so po obliki sicer podobni fusellovirusom, a so genetsko popolnoma drugačni.<br /> <br /> Virusi, ki so na enem delu širši, na drugem pa se zožajo, z obliko spominjajo na steklenico ali kapljico. Delimo jih v tri družine. Predstavnik ''Ampullaviridae'' je ABV, ki je strukturno eden najbolj kompleksnih virusov na sploh. Na širšem delu je 20 rigidnih filamentov, katerih funkcija je še neznana. Ogrodje predstavljajo dodatno zviti nukleoproteinski filamenti v toroidni obliki, okrog pa je lipidni ovoj. Predstavnik družine ''Clavaviridae'' je APBV1, ki je nekoliko bolj bacilaste oblike. Vsebuje krožno dvoverižno DNA, ki je velika samo 5278 bp in tako predstavlja najmanjši genom znanih prokariontskih virusov z dvoverižno DNA. V družino ''Guttaviridae'' spada SNDV, ki s svojo obliko spominja na panj. Površina je rebrasta, koničast konec pa pokrivajo tanka vlakna.<br /> <br /> Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci. <br /> <br /> Družina ''Spiraviridae'' ima samo enega predstavnika ACV, ki ima obliko vzmeti. Krožna enoverižna DNA je prepletena tako, da nastane heliks. Skupaj s proteini tvori nukleoproteinski filament, ki je nato še dodatno skondenziran v cilindričen virion. Okrog ni ovoja. <br /> <br /> Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga družina so ''Portogloboviridae'', ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.<br /> <br /> ''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje koničaste (&quot;spike&quot;) proteine. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.<br /> <br /> '''Cosmopolitan virusi''' <br /> <br /> Virusi iz reda ''Caudovirales'' imajo ikozaedrične kapside z repkom. Morfološko se ne razlikujejo od bakteriofagov z repki, ki so prevladujoča skupina pri bakterijah. Družino ''Sphaerolipoviridae'' najdemo tako pri arhejah kot pri bakterijah in so ikozaedrične oblike brez repkov. Pod proteinsko kapsido je notranja membrana. Podobni so družini ''Turriviridae''.<br /> <br /> == Genom ==<br /> Vsi virusi arhej vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... Pri večini virusov je DNA dvoverižna. Izjemi sta na primer spiravirus ACV, ki ima največji genom med virusi z enoverižno DNA, ter pleolipovirus HRPV1. V narodnem parku Yellowstone, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom kot cosmopolitan virusi. Razlog za to so najverjetneje različni življenjski stili oziroma strategije za replikacijo genoma.<br /> <br /> == Mehanizmi genomske replikacije ==<br /> <br /> Procesi replikacije genoma arhealnih virusov so precej neraziskani. Poleg krožeče in dvosmerne replikacije genomi teh virusov nakazujejo na do sedaj še ne poznane mehanizme. Rudivirus SIRV2 je eden redkih primerov arhealnih virusov, pri katerem so bili mehanizmi replikacije genoma eksperimentalno raziskani in ne določeni s sklepanjem iz podobnosti drugih vrst virusov. Med drugim so bili določeni rezolvaza Hollidayjevega križa gp35, gp17, ki se veže na enoverižno DNA, nukleaza gp19 in Rep protein gp16, ki je homologen endonukleazam krožeče-replikacijskega mehanizma (RCRE). Pri tem procesu podvajanje virusne DNA poteka enosmerno, s krožno DNA kot končnim produktom in je eden najpogostejših načinov replikacije genoma pri arhealnih virusih. V prvih stopnjah replikacije protein gp1 interagira s homologom PCNA (proliferacijski jedrni antigen celic), ki jo kodira gostiteljska arheja, iz česar sledi organizacija celičnega replisoma na virusni DNA. SIRV2 ne kodira DNA polimeraze, zato se zanaša na enega od paralogov gostiteljske DNA polimeraze Dpo1. Raziskave so pokazale, da SIRV2 uporabi različne mehanizme replikacije in tvori razvejane intermediate, velike do 1200 kb, a natančni procesi, ki potekajo pri teh replikacijskih mehanizmih, niso še bili raziskani.<br /> Virusi z manjšimi genomi (5-50 kb) so običajno sposobni uporabiti replisom gostitelja. Izjeme so ampulavirusi, salterprovirus His1, pleolipovirus His2 in MetSV. Za replikacijo DNA takih virusov so v virusnem genomu najpogosteje kodirane helikaze. Zapise za te helikse, med drugim tudi replikativne helikaze za vzdrževanje minikromosomov (MCM), so virusi večkrat neodvisno pridobili iz gostiteljev. Ostali virusi – holoarhealni sifovirusi in miovirusi oz. virusi z večjimi genomi (več kot 100 kb), pa kodirajo skoraj celoten replisom. Zapise za proteine replisoma so virusi tekom evolucije prevzeli od arhej, obstajajo pa tudi primeri, kjer so arheje prevzele virusne zapise za replisom.<br /> <br /> == Strukturna genomika ==<br /> <br /> Zaradi pomanjkanja podobnosti med znanimi proteini in proteini, ki jih kodirajo arhealni virusi, je določanje njihovih funkcij zahtevno. Več kot četrtina proteinov teh virusov, katerih struktura je bila določena s krio-EM, rentgensko kristalografijo ali pa z NMR spektroskopijo, nima znanih homologov. Znanstveniki domnevajo, da so ti proteini specifični za uravnavanje interakcij med virusom in gostiteljem, kot je npr. inaktivacija obrambnih mehanizmov arhej. Čeprav so mehanizmi transkripcije precej podobni tistim pri evkariontih, so številni transkripcijski faktorji, ki jih kodirajo arheje in njihovi virusi bolj podobni bakterijskim, kar potrjujejo raziskave struktur teh proteinov. Strukturi proteina velike kapside in penton proteina pri nekem torrivirusu STIV sta namreč homologni določenim proteinom ikozaedričnih virusov, ki okužujejo evkarionte in bakterije. Iz tega pa sledijo teorije, da STIV pripada stari virusni liniji, ki bi lahko nastala še pred ločitvijo organizmov v domene arhej, bakterij in evkariontov. Raziskave posebnih zvitij proteinov velike kapside, ki so prisotna le pri rudivirusih in lipotrixvirusih, pa so vodile v njihovo združenje v nov red Ligamenvirales.<br /> <br /> == Funkcijska genomika ==<br /> <br /> Raziskovanje biologije virusov arhej in njihovega vpliva na gostiteljske organizme je omogočil razvoj novih metod, kot so DNA microarray, RNA sekvenciranje in analize proteoma. Študije so bile osredotočene predvsem na 4 skupine virusov, ki lahko okužijo arheje rodu Sulfolobus. Te so bile rudivirus (SIRV2), fussellovirusa (SSV1 in SSV2), turrivirus (STIV) in bicaudavirus (STSV2).<br /> Vsi virusi prikazujejo časovno nadzorovanje izražanja genov, vendar različno močno. To pomeni, da se določeni geni izražajo le ob določenem delu razvoja, večinoma takoj po okužbi in se nato enakomerno povečujejo tekom cikla.<br /> Analizirali so tudi izražanje genov gostitelja po okužbi in ugotovili da so odzivi glede na virus precej različni. SRIV2, STSV2, SSV2 izzovejo močan imunski odziv gostitelja, kateremu se precej poveča izražanje genov sistemov CRISPR-cas in toksin-antitoksin. SSV1 ta odziv skoraj povsem zaobide.<br /> S pomočjo transkriptomike, ti. študija RNA molekul, so odkrili tudi gostiteljske proteine, ki so udeleženi v razvojnem ciklu virusov. Po okužbi celic s SSV1, SSV2 in STIV se je povišalo izražanje Orc1/Cdc6 in reverzne giraze. Okužba s STSV2 je povzročila povečano izražanje drugih proteinov, reverzna giraza pa je bila manj izražena. Interakcije med virusi in gostitelji so preučevali tudi s pomočjo študij proteoma, katere so izvajali z identificiranjem proteinov z elektroforezami in masno spektrometrijo ter ugotavljanjem aktivnosti proteinov. Za viruse manj dovzetni sevi arhej so imeli povišano raven izražanja več vrst proteinov. Najbolj opazno komponente CRISPR-Cas sistema in proteine Cdv (crenarchaeal cell division), ki so udeleženi v celični delitvi.<br /> <br /> == Viri ==<br /> [1] Krupovic M, Cvirkaite-Krupovic V, Iranzo J, Prangishvili D, Koonin EV. Viruses of archaea: Structural, functional, environmental and evolutionary genomics. Virus Research. 2018;244: 181–193. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2017.11.025 &lt;br&gt;<br /> <br /> [2] Wirth J, Young M. The intriguing world of archaeal viruses. Spindler KR, editor. PLoS Pathog. 2020;16: e1008574. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008574 &lt;br&gt;<br /> <br /> [3] Danovaro R, Dell’Anno A, Corinaldesi C, Rastelli E, Cavicchioli R, Krupovic M, et al. Virus-mediated archaeal hecatomb in the deep seafloor. Sci Adv. 2016;2: e1600492. https://doi.org/10.1126/sciadv.1600492 &lt;br&gt;<br /> <br /> [4] Pina M, Bize A, Forterre P, Prangishvili D. The archeoviruses. FEMS Microbiol Rev. 2011;35: 1035–1054. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2011.00280.x &lt;br&gt;<br /> <br /> [5] Prangishvili D, Bamford DH, Forterre P, Iranzo J, Koonin EV, Krupovic M. The enigmatic archaeal virosphere. Nat Rev Microbiol. 2017;15: 724–739. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.125 &lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Virusi_pri_arhejah&diff=22773 2023-05-22T20:06:09Z

<p>Lbohorc: /* Morfologija */</p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> Virusi arhej so precej drugačni od bakterijskih in evkariontskih, kljub temu da arheje izkazujejo precejšnjo podobnost z bakterijami in evkarionti. Zaenkrat je znanih 65 virusov, ki tvorijo kar 17 novih družin glede na svojo morfološko in genetsko raznolikost.<br /> Metagenomske analize z razvojem sekvenciranja, bioinformatike in novih računalniških orodji so omogočile nov vpogled v raznolikost virusov arhej. Veliko virusnih genomov iz vzorcev pripada že obstoječim družinam virusov, še veliko pa je neznanih, ki ne sodijo v nobeno izmed njih. Z analizo vzorca iz vrelca v ameriškem narodnem parku Yellowstone so odkrili kar 110 različnih genomov, med njimi le 6,3 % že znanih, kar potrjuje, da je raznolikost res velika.<br /> Z raziskovanjem metagenomskih vzorcev so odkrili tudi nove vrste arhej in njihove viruse, ki so še posebej pomembni za okolje. Take so na primer arheje skupine Thaumarchaeota in nano arheje ARMAN, katerih virusi še niso identificirani, ter arheje Marine group II, ki jih najdemo v plitvih delih oceanov. Virusi ''Magroviruses'' povzročajo njihovo odmiranje, ob tem pa se sprosti med 0,3 in 0,5 gigaton CO2 letno. Virusi arhej so tako še bistveno bolj raznoliki in pomembni za okolje, kar bodo prikazale nadaljnje študije.<br /> <br /> == Evolucija ==<br /> Viruse lahko razdelimo na take, ki so specifični arhejam, in Cosmopolitan viruse, ki imajo strukturne in genetske podobnosti z virusi bakterij in evkariontov. Raziskovanje evolucijske povezanosti virusov arhej je precej oteženo zaradi horizontalnih prenosov genov, pogostih mutacij in veliko genov, ki so zelo specifični in nimajo znanih homologov. Evolucijski razvoj virusov si tako lažje predstavljamo kot omrežje, v katerem so povezani glede na skupne genske družine, in ne kot filogenetsko drevo. Organiziranost temelji na 3 značilnih razredih ohranjenih genov: connector (povezovalni) geni, prisotni v podskupinah skupin virusov, signature (značilni) geni, specifični za določene viruse znotraj modulov, in hallmark geni, ki vsebujejo zapise za proteine, udeležene v replikaciji genoma in oblikovanju virionov. Med slednjimi so najbolj ohranjeni transkripcijski faktorji z RHH domenami in glikoziltransferaze. Celotno omrežje virusov z dvoverižno DNA je razdeljeno na 19 modulov, razdeljenih na 5 supermodulov. Virusi, specifični za arheje, tvorijo supermodul, ki je z ostalimi precej nepovezan. Znanstveniki ugotavljajo, da so se virusi verjetno razvili neodvisno in ni prišlo do obširnega prenašanja genov med virusi arhej in bakterij oziroma evkariontov. Tudi med skupinami je malo podobnih proteinov za genomsko replikacijo in tvorbo virionov, zaradi česar morda nimajo skupnega prednika.<br /> Kljub temu so nekateri precej povezani z genetskim zapisom mobilnih genetskih elementov (MGE). To so samostojni nosilci gentskega materiala, na primer plazmidi, transposoni itd., ki se lahko prenašajo med vrstami. Pyrococcus abyssi virus 1 (PAV1) ima kar polovico celotnega genoma homologno plazmidom arheje reda Thermococcales, druga polovica, ki nosi zapis za strukturne proteine, pa je privzeta iz virusov, ki jo lahko okužijo.<br /> Zaradi malo povezav med moduli znanstveniki sklepajo, da so se nekateri arhejam specifični virusi razvili iz MGE in s pridobitvijo zapisov za strukturne proteine. Ker so precej preprosti, so se mogoče oblikovali de novo, ali pa je prišlo do spremembe funkcije celičnih proteinov.<br /> <br /> == Morfologija ==<br /> '''Virusi, ki so specifični za arheje''' &lt;br&gt;<br /> <br /> Viruse vretenaste oblike delimo v tri družine. V družino ''Fuselloviridae'' spada 9 vrst. Na enem izmed koničastih koncev imajo kratka in tanka vlakna, s pomočjo katerih se pritrdijo na gostiteljske celice. Preko vlaken se lahko več virionov poveže v rozetaste agregate. Izjemi sta virusa SSV6 in ASV1, ki jih s svojimi debelejšimi vlakni ne moreta tvoriti. Družina ''Bicaudaviridae'' ima samo enega predstavnika ATV, ki ima dva repka, ki se razvijeta ekstracelularno oziroma zunaj gostitelja. To sta dve cevasti strukturi s sidrasto strukturo na koncu. Z njunim razvojem se volumen viriona zmanjša za dve tretjini. Pri nastanku najverjetneje sodeluje protein P800, ki s strukturo spominja na intermediarne filamente. Virusi družine ''Salterprovirus'' so po obliki sicer podobni fusellovirusom, a so genetsko popolnoma drugačni.<br /> <br /> Virusi, ki so na enem delu širši, na drugem pa se zožajo, z obliko spominjajo na steklenico ali kapljico. Delimo jih v tri družine. Predstavnik ''Ampullaviridae'' je ABV, ki je strukturno eden najbolj kompleksnih virusov na sploh. Na širšem delu je 20 rigidnih filamentov, katerih funkcija je še neznana. Ogrodje predstavljajo dodatno zviti nukleoproteinski filamenti v toroidni obliki, okrog pa je lipidni ovoj. Predstavnik družine ''Clavaviridae'' je APBV1, ki je nekoliko bolj bacilaste oblike. Vsebuje krožno dvoverižno DNA, ki je velika samo 5278 bp in tako predstavlja najmanjši genom znanih prokariontskih virusov z dvoverižno DNA. V družino ''Guttaviridae'' spada SNDV, ki s svojo obliko spominja na panj. Površina je rebrasta, koničast konec pa pokrivajo tanka vlakna.<br /> <br /> Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci. <br /> <br /> Družina Spiraviridae ima samo enega predstavnika ACV, ki ima obliko vzmeti. Krožna enoverižna DNA je prepletena tako, da nastane heliks. Skupaj s proteini tvori nukleoproteinski filament, ki je nato še dodatno skondenziran v cilindričen virion. Okrog ni ovoja. <br /> <br /> Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga družina so ''Portogloboviridae'', ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.<br /> <br /> ''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje koničaste (&quot;spike&quot;) proteine. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.<br /> <br /> '''Cosmopolitan virusi''' <br /> <br /> Virusi iz reda ''Caudovirales'' imajo ikozaedrične kapside z repkom. Morfološko se ne razlikujejo od bakteriofagov z repki, ki so prevladujoča skupina pri bakterijah. Družino ''Sphaerolipoviridae'' najdemo tako pri arhejah kot pri bakterijah in so ikozaedrične oblike brez repkov. Pod proteinsko kapsido je notranja membrana. Podobni so družini ''Turriviridae''.<br /> <br /> == Genom ==<br /> Vsi virusi arhej vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... Pri večini virusov je DNA dvoverižna. Izjemi sta na primer spiravirus ACV, ki ima največji genom med virusi z enoverižno DNA, ter pleolipovirus HRPV1. V narodnem parku Yellowstone, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom kot cosmopolitan virusi. Razlog za to so najverjetneje različni življenjski stili oziroma strategije za replikacijo genoma.<br /> <br /> == Mehanizmi genomske replikacije ==<br /> <br /> Procesi replikacije genoma arhealnih virusov so precej neraziskani. Poleg krožeče in dvosmerne replikacije genomi teh virusov nakazujejo na do sedaj še ne poznane mehanizme. Rudivirus SIRV2 je eden redkih primerov arhealnih virusov, pri katerem so bili mehanizmi replikacije genoma eksperimentalno raziskani in ne določeni s sklepanjem iz podobnosti drugih vrst virusov. Med drugim so bili določeni rezolvaza Hollidayjevega križa gp35, gp17, ki se veže na enoverižno DNA, nukleaza gp19 in Rep protein gp16, ki je homologen endonukleazam krožeče-replikacijskega mehanizma (RCRE). Pri tem procesu podvajanje virusne DNA poteka enosmerno, s krožno DNA kot končnim produktom in je eden najpogostejših načinov replikacije genoma pri arhealnih virusih. V prvih stopnjah replikacije protein gp1 interagira s homologom PCNA (proliferacijski jedrni antigen celic), ki jo kodira gostiteljska arheja, iz česar sledi organizacija celičnega replisoma na virusni DNA. SIRV2 ne kodira DNA polimeraze, zato se zanaša na enega od paralogov gostiteljske DNA polimeraze Dpo1. Raziskave so pokazale, da SIRV2 uporabi različne mehanizme replikacije in tvori razvejane intermediate, velike do 1200 kb, a natančni procesi, ki potekajo pri teh replikacijskih mehanizmih, niso še bili raziskani.<br /> Virusi z manjšimi genomi (5-50 kb) so običajno sposobni uporabiti replisom gostitelja. Izjeme so ampulavirusi, salterprovirus His1, pleolipovirus His2 in MetSV. Za replikacijo DNA takih virusov so v virusnem genomu najpogosteje kodirane helikaze. Zapise za te helikse, med drugim tudi replikativne helikaze za vzdrževanje minikromosomov (MCM), so virusi večkrat neodvisno pridobili iz gostiteljev. Ostali virusi – holoarhealni sifovirusi in miovirusi oz. virusi z večjimi genomi (več kot 100 kb), pa kodirajo skoraj celoten replisom. Zapise za proteine replisoma so virusi tekom evolucije prevzeli od arhej, obstajajo pa tudi primeri, kjer so arheje prevzele virusne zapise za replisom.<br /> <br /> == Strukturna genomika ==<br /> <br /> Zaradi pomanjkanja podobnosti med znanimi proteini in proteini, ki jih kodirajo arhealni virusi, je določanje njihovih funkcij zahtevno. Več kot četrtina proteinov teh virusov, katerih struktura je bila določena s krio-EM, rentgensko kristalografijo ali pa z NMR spektroskopijo, nima znanih homologov. Znanstveniki domnevajo, da so ti proteini specifični za uravnavanje interakcij med virusom in gostiteljem, kot je npr. inaktivacija obrambnih mehanizmov arhej. Čeprav so mehanizmi transkripcije precej podobni tistim pri evkariontih, so številni transkripcijski faktorji, ki jih kodirajo arheje in njihovi virusi bolj podobni bakterijskim, kar potrjujejo raziskave struktur teh proteinov. Strukturi proteina velike kapside in penton proteina pri nekem torrivirusu STIV sta namreč homologni določenim proteinom ikozaedričnih virusov, ki okužujejo evkarionte in bakterije. Iz tega pa sledijo teorije, da STIV pripada stari virusni liniji, ki bi lahko nastala še pred ločitvijo organizmov v domene arhej, bakterij in evkariontov. Raziskave posebnih zvitij proteinov velike kapside, ki so prisotna le pri rudivirusih in lipotrixvirusih, pa so vodile v njihovo združenje v nov red Ligamenvirales.<br /> <br /> == Funkcijska genomika ==<br /> <br /> Raziskovanje biologije virusov arhej in njihovega vpliva na gostiteljske organizme je omogočil razvoj novih metod, kot so DNA microarray, RNA sekvenciranje in analize proteoma. Študije so bile osredotočene predvsem na 4 skupine virusov, ki lahko okužijo arheje rodu Sulfolobus. Te so bile rudivirus (SIRV2), fussellovirusa (SSV1 in SSV2), turrivirus (STIV) in bicaudavirus (STSV2).<br /> Vsi virusi prikazujejo časovno nadzorovanje izražanja genov, vendar različno močno. To pomeni, da se določeni geni izražajo le ob določenem delu razvoja, večinoma takoj po okužbi in se nato enakomerno povečujejo tekom cikla.<br /> Analizirali so tudi izražanje genov gostitelja po okužbi in ugotovili da so odzivi glede na virus precej različni. SRIV2, STSV2, SSV2 izzovejo močan imunski odziv gostitelja, kateremu se precej poveča izražanje genov sistemov CRISPR-cas in toksin-antitoksin. SSV1 ta odziv skoraj povsem zaobide.<br /> S pomočjo transkriptomike, ti. študija RNA molekul, so odkrili tudi gostiteljske proteine, ki so udeleženi v razvojnem ciklu virusov. Po okužbi celic s SSV1, SSV2 in STIV se je povišalo izražanje Orc1/Cdc6 in reverzne giraze. Okužba s STSV2 je povzročila povečano izražanje drugih proteinov, reverzna giraza pa je bila manj izražena. Interakcije med virusi in gostitelji so preučevali tudi s pomočjo študij proteoma, katere so izvajali z identificiranjem proteinov z elektroforezami in masno spektrometrijo ter ugotavljanjem aktivnosti proteinov. Za viruse manj dovzetni sevi arhej so imeli povišano raven izražanja več vrst proteinov. Najbolj opazno komponente CRISPR-Cas sistema in proteine Cdv (crenarchaeal cell division), ki so udeleženi v celični delitvi.<br /> <br /> == Viri ==<br /> [1] Krupovic M, Cvirkaite-Krupovic V, Iranzo J, Prangishvili D, Koonin EV. Viruses of archaea: Structural, functional, environmental and evolutionary genomics. Virus Research. 2018;244: 181–193. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2017.11.025 &lt;br&gt;<br /> <br /> [2] Wirth J, Young M. The intriguing world of archaeal viruses. Spindler KR, editor. PLoS Pathog. 2020;16: e1008574. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008574 &lt;br&gt;<br /> <br /> [3] Danovaro R, Dell’Anno A, Corinaldesi C, Rastelli E, Cavicchioli R, Krupovic M, et al. Virus-mediated archaeal hecatomb in the deep seafloor. Sci Adv. 2016;2: e1600492. https://doi.org/10.1126/sciadv.1600492 &lt;br&gt;<br /> <br /> [4] Pina M, Bize A, Forterre P, Prangishvili D. The archeoviruses. FEMS Microbiol Rev. 2011;35: 1035–1054. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2011.00280.x &lt;br&gt;<br /> <br /> [5] Prangishvili D, Bamford DH, Forterre P, Iranzo J, Koonin EV, Krupovic M. The enigmatic archaeal virosphere. Nat Rev Microbiol. 2017;15: 724–739. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.125 &lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Virusi_pri_arhejah&diff=22762 2023-05-22T19:47:47Z

<p>Lbohorc: /* Genom */</p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> Virusi arhej so precej drugačni od bakterijskih in evkariontskih, kljub temu da arheje izkazujejo precejšnjo podobnost z bakterijami in evkarionti. Zaenkrat je znanih 65 virusov, ki tvorijo kar 17 novih družin glede na svojo morfološko in genetsko raznolikost.<br /> Metagenomske analize z razvojem sekvenciranja, bioinformatike in novih računalniških orodji so omogočile nov vpogled v raznolikost virusov arhej. Veliko virusnih genomov iz vzorcev pripada že obstoječim družinam virusov, še veliko pa je neznanih, ki ne sodijo v nobeno izmed njih. Z analizo vzorca iz vrelca v ameriškem narodnem parku Yellowstone so odkrili kar 110 različnih genomov, med njimi le 6,3 % že znanih, kar potrjuje, da je raznolikost res velika.<br /> Z raziskovanjem metagenomskih vzorcev so odkrili tudi nove vrste arhej in njihove viruse, ki so še posebej pomembni za okolje. Take so na primer arheje skupine Thaumarchaeota in nano arheje ARMAN, katerih virusi še niso identificirani, ter arheje Marine group II, ki jih najdemo v plitvih delih oceanov. Virusi ''Magroviruses'' povzročajo njihovo odmiranje, ob tem pa se sprosti med 0,3 in 0,5 gigaton CO2 letno. Virusi arhej so tako še bistveno bolj raznoliki in pomembni za okolje, kar bodo prikazale nadaljnje študije.<br /> <br /> == Evolucija ==<br /> Viruse lahko razdelimo na take, ki so specifični arhejam, in Cosmopolitan viruse, ki imajo strukturne in genetske podobnosti z virusi bakterij in evkariontov. Raziskovanje evolucijske povezanosti virusov arhej je precej oteženo zaradi horizontalnih prenosov genov, pogostih mutacij in veliko genov, ki so zelo specifični in nimajo znanih homologov. Evolucijski razvoj virusov si tako lažje predstavljamo kot omrežje, v katerem so povezani glede na skupne genske družine, in ne kot filogenetsko drevo. Organiziranost temelji na 3 značilnih razredih ohranjenih genov: connector (povezovalni) geni, prisotni v podskupinah skupin virusov, signature (značilni) geni, specifični za določene viruse znotraj modulov, in hallmark geni, ki vsebujejo zapise za proteine, udeležene v replikaciji genoma in oblikovanju virionov. Med slednjimi so najbolj ohranjeni transkripcijski faktorji z RHH domenami in glikoziltransferaze. Celotno omrežje virusov z dvoverižno DNA je razdeljeno na 19 modulov, razdeljenih na 5 supermodulov. Virusi, specifični za arheje, tvorijo supermodul, ki je z ostalimi precej nepovezan. Znanstveniki ugotavljajo, da so se virusi verjetno razvili neodvisno in ni prišlo do obširnega prenašanja genov med virusi arhej in bakterij oziroma evkariontov. Tudi med skupinami je malo podobnih proteinov za genomsko replikacijo in tvorbo virionov, zaradi česar morda nimajo skupnega prednika.<br /> Kljub temu so nekateri precej povezani z genetskim zapisom mobilnih genetskih elementov (MGE). To so samostojni nosilci gentskega materiala, na primer plazmidi, transposoni itd., ki se lahko prenašajo med vrstami. Pyrococcus abyssi virus 1 (PAV1) ima kar polovico celotnega genoma homologno plazmidom arheje reda Thermococcales, druga polovica, ki nosi zapis za strukturne proteine, pa je privzeta iz virusov, ki jo lahko okužijo.<br /> Zaradi malo povezav med moduli znanstveniki sklepajo, da so se nekateri arhejam specifični virusi razvili iz MGE in s pridobitvijo zapisov za strukturne proteine. Ker so precej preprosti, so se mogoče oblikovali de novo, ali pa je prišlo do spremembe funkcije celičnih proteinov.<br /> <br /> == Morfologija ==<br /> '''Virusi, ki so specifični za arheje''' &lt;br&gt;<br /> <br /> Viruse vretenaste oblike delimo v tri družine. V družino ''Fuselloviridae'' spada 9 vrst. Na enem izmed koničastih koncev imajo kratka in tanka vlakna, s pomočjo katerih se pritrdijo na gostiteljske celice. Preko vlaken se lahko več virionov poveže v rozetaste agregate. Izjemi sta virusa SSV6 in ASV1, ki jih s svojimi debelejšimi vlakni ne moreta tvoriti. Družina ''Bicaudaviridae'' ima samo enega predstavnika ATV, ki ima dva repka, ki se razvijeta ekstracelularno oziroma zunaj gostitelja. To sta dve cevasti strukturi s sidrasto strukturo na koncu. Z njunim razvojem se volumen viriona zmanjša za dve tretjini. Pri nastanku najverjetneje sodeluje protein P800, ki s strukturo spominja na intermediarne filamente. Virusi družine ''Salterprovirus'' so po obliki sicer podobni fusellovirusom, a so genetsko popolnoma drugačni.<br /> <br /> Virusi, ki so na enem delu širši, na drugem pa se zožajo, z obliko spominjajo na steklenico ali kapljico. Delimo jih v tri družine. Predstavnik ''Ampullaviridae'' je ABV, ki je strukturno eden najbolj kompleksnih virusov na sploh. Na širšem delu je 20 rigidnih filamentov, katerih funkcija je še neznana. Ogrodje predstavljajo dodatno zviti nukleoproteinski filamenti v toroidni obliki, okrog pa je lipidni ovoj. Predstavnik družine ''Clavaviridae'' je APBV1, ki je nekoliko bolj bacilaste oblike. Vsebuje krožno dvoverižno DNA, ki je velika samo 5278 bp in tako predstavlja najmanjši genom znanih prokariontskih virusov z dvoverižno DNA. V družino ''Guttaviridae'' spada SNDV, ki s svojo obliko spominja na panj. Površina je rebrasta, koničast konec pa pokrivajo tanka vlakna.<br /> <br /> Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci. <br /> <br /> Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga skupina so Portogloboviridae, ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.<br /> <br /> ''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje koničaste (&quot;spike&quot;) proteine. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.<br /> <br /> '''Cosmopolitan virusi''' <br /> <br /> Virusi iz reda ''Caudovirales'' imajo ikozaedrične kapside z repkom. Morfološko se ne razlikujejo od bakteriofagov z repki, ki so prevladujoča skupina pri bakterijah. Družino ''Sphaerolipoviridae'' najdemo tako pri arhejah kot pri bakterijah in so ikozaedrične oblike brez repkov. Pod proteinsko kapsido je notranja membrana. Podobni so družini ''Turriviridae''.<br /> <br /> == Genom ==<br /> Vsi virusi arhej vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... Pri večini virusov je DNA dvoverižna. Izjemi sta na primer spiravirus ACV, ki ima največji genom med virusi z enoverižno DNA, ter pleolipovirus HRPV1. V narodnem parku Yellowstone, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom kot cosmopolitan virusi. Razlog za to so najverjetneje različni življenjski stili oziroma strategije za replikacijo genoma.<br /> <br /> == Mehanizmi genomske replikacije ==<br /> <br /> Procesi replikacije genoma arhealnih virusov so precej neraziskani. Poleg krožeče in dvosmerne replikacije genomi teh virusov nakazujejo na do sedaj še ne poznane mehanizme. Rudivirus SIRV2 je eden redkih primerov arhealnih virusov, pri katerem so bili mehanizmi replikacije genoma eksperimentalno raziskani in ne določeni s sklepanjem iz podobnosti drugih vrst virusov. Med drugim so bili določeni rezolvaza Hollidayjevega križa gp35, gp17, ki se veže na enoverižno DNA, nukleaza gp19 in Rep protein gp16, ki je homologen endonukleazam krožeče-replikacijskega mehanizma (RCRE). Pri tem procesu podvajanje virusne DNA poteka enosmerno, s krožno DNA kot končnim produktom in je eden najpogostejših načinov replikacije genoma pri arhealnih virusih. V prvih stopnjah replikacije protein gp1 interagira s homologom PCNA (proliferacijski jedrni antigen celic), ki jo kodira gostiteljska arheja, iz česar sledi organizacija celičnega replisoma na virusni DNA. SIRV2 ne kodira DNA polimeraze, zato se zanaša na enega od paralogov gostiteljske DNA polimeraze Dpo1. Raziskave so pokazale, da SIRV2 uporabi različne mehanizme replikacije in tvori razvejane intermediate, velike do 1200 kb, a natančni procesi, ki potekajo pri teh replikacijskih mehanizmih, niso še bili raziskani.<br /> Virusi z manjšimi genomi (5-50 kb) so običajno sposobni uporabiti replisom gostitelja. Izjeme so ampulavirusi, salterprovirus His1, pleolipovirus His2 in MetSV. Za replikacijo DNA takih virusov so v virusnem genomu najpogosteje kodirane helikaze. Zapise za te helikse, med drugim tudi replikativne helikaze za vzdrževanje minikromosomov (MCM), so virusi večkrat neodvisno pridobili iz gostiteljev. Ostali virusi – holoarhealni sifovirusi in miovirusi oz. virusi z večjimi genomi (več kot 100 kb), pa kodirajo skoraj celoten replisom. Zapise za proteine replisoma so virusi tekom evolucije prevzeli od arhej, obstajajo pa tudi primeri, kjer so arheje prevzele virusne zapise za replisom.<br /> <br /> == Strukturna genomika ==<br /> <br /> Zaradi pomanjkanja podobnosti med znanimi proteini in proteini, ki jih kodirajo arhealni virusi, je določanje njihovih funkcij zahtevno. Več kot četrtina proteinov teh virusov, katerih struktura je bila določena s krio-EM, rentgensko kristalografijo ali pa z NMR spektroskopijo, nima znanih homologov. Znanstveniki domnevajo, da so ti proteini specifični za uravnavanje interakcij med virusom in gostiteljem, kot je npr. inaktivacija obrambnih mehanizmov arhej. Čeprav so mehanizmi transkripcije precej podobni tistim pri evkariontih, so številni transkripcijski faktorji, ki jih kodirajo arheje in njihovi virusi bolj podobni bakterijskim, kar potrjujejo raziskave struktur teh proteinov. Strukturi proteina velike kapside in penton proteina pri nekem torrivirusu STIV sta namreč homologni določenim proteinom ikozaedričnih virusov, ki okužujejo evkarionte in bakterije. Iz tega pa sledijo teorije, da STIV pripada stari virusni liniji, ki bi lahko nastala še pred ločitvijo organizmov v domene arhej, bakterij in evkariontov. Raziskave posebnih zvitij proteinov velike kapside, ki so prisotna le pri rudivirusih in lipotrixvirusih, pa so vodile v njihovo združenje v nov red Ligamenvirales.<br /> <br /> == Funkcijska genomika ==<br /> <br /> Raziskovanje biologije virusov arhej in njihovega vpliva na gostiteljske organizme je omogočil razvoj novih metod, kot so DNA microarray, RNA sekvenciranje in analize proteoma. Študije so bile osredotočene predvsem na 4 skupine virusov, ki lahko okužijo arheje rodu Sulfolobus. Te so bile rudivirus (SIRV2), fussellovirusa (SSV1 in SSV2), turrivirus (STIV) in bicaudavirus (STSV2).<br /> Vsi virusi prikazujejo časovno nadzorovanje izražanja genov, vendar različno močno. To pomeni, da se določeni geni izražajo le ob določenem delu razvoja, večinoma takoj po okužbi in se nato enakomerno povečujejo tekom cikla.<br /> Analizirali so tudi izražanje genov gostitelja po okužbi in ugotovili da so odzivi glede na virus precej različni. SRIV2, STSV2, SSV2 izzovejo močan imunski odziv gostitelja, kateremu se precej poveča izražanje genov sistemov CRISPR-cas in toksin-antitoksin. SSV1 ta odziv skoraj povsem zaobide.<br /> S pomočjo transkriptomike, ti. študija RNA molekul, so odkrili tudi gostiteljske proteine, ki so udeleženi v razvojnem ciklu virusov. Po okužbi celic s SSV1, SSV2 in STIV se je povišalo izražanje Orc1/Cdc6 in reverzne giraze. Okužba s STSV2 je povzročila povečano izražanje drugih proteinov, reverzna giraza pa je bila manj izražena. Interakcije med virusi in gostitelji so preučevali tudi s pomočjo študij proteoma, katere so izvajali z identificiranjem proteinov z elektroforezami in masno spektrometrijo ter ugotavljanjem aktivnosti proteinov. Za viruse manj dovzetni sevi arhej so imeli povišano raven izražanja več vrst proteinov. Najbolj opazno komponente CRISPR-Cas sistema in proteine Cdv (crenarchaeal cell division), ki so udeleženi v celični delitvi.<br /> <br /> == Viri ==<br /> [1] Krupovic M, Cvirkaite-Krupovic V, Iranzo J, Prangishvili D, Koonin EV. Viruses of archaea: Structural, functional, environmental and evolutionary genomics. Virus Research. 2018;244: 181–193. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2017.11.025 &lt;br&gt;<br /> <br /> [2] Wirth J, Young M. The intriguing world of archaeal viruses. Spindler KR, editor. PLoS Pathog. 2020;16: e1008574. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008574 &lt;br&gt;<br /> <br /> [3] Danovaro R, Dell’Anno A, Corinaldesi C, Rastelli E, Cavicchioli R, Krupovic M, et al. Virus-mediated archaeal hecatomb in the deep seafloor. Sci Adv. 2016;2: e1600492. https://doi.org/10.1126/sciadv.1600492 &lt;br&gt;<br /> <br /> [4] Pina M, Bize A, Forterre P, Prangishvili D. The archeoviruses. FEMS Microbiol Rev. 2011;35: 1035–1054. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2011.00280.x &lt;br&gt;<br /> <br /> [5] Prangishvili D, Bamford DH, Forterre P, Iranzo J, Koonin EV, Krupovic M. The enigmatic archaeal virosphere. Nat Rev Microbiol. 2017;15: 724–739. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.125 &lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Virusi_pri_arhejah&diff=22761 2023-05-22T19:47:15Z

<p>Lbohorc: /* Genom */</p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> Virusi arhej so precej drugačni od bakterijskih in evkariontskih, kljub temu da arheje izkazujejo precejšnjo podobnost z bakterijami in evkarionti. Zaenkrat je znanih 65 virusov, ki tvorijo kar 17 novih družin glede na svojo morfološko in genetsko raznolikost.<br /> Metagenomske analize z razvojem sekvenciranja, bioinformatike in novih računalniških orodji so omogočile nov vpogled v raznolikost virusov arhej. Veliko virusnih genomov iz vzorcev pripada že obstoječim družinam virusov, še veliko pa je neznanih, ki ne sodijo v nobeno izmed njih. Z analizo vzorca iz vrelca v ameriškem narodnem parku Yellowstone so odkrili kar 110 različnih genomov, med njimi le 6,3 % že znanih, kar potrjuje, da je raznolikost res velika.<br /> Z raziskovanjem metagenomskih vzorcev so odkrili tudi nove vrste arhej in njihove viruse, ki so še posebej pomembni za okolje. Take so na primer arheje skupine Thaumarchaeota in nano arheje ARMAN, katerih virusi še niso identificirani, ter arheje Marine group II, ki jih najdemo v plitvih delih oceanov. Virusi ''Magroviruses'' povzročajo njihovo odmiranje, ob tem pa se sprosti med 0,3 in 0,5 gigaton CO2 letno. Virusi arhej so tako še bistveno bolj raznoliki in pomembni za okolje, kar bodo prikazale nadaljnje študije.<br /> <br /> == Evolucija ==<br /> Viruse lahko razdelimo na take, ki so specifični arhejam, in Cosmopolitan viruse, ki imajo strukturne in genetske podobnosti z virusi bakterij in evkariontov. Raziskovanje evolucijske povezanosti virusov arhej je precej oteženo zaradi horizontalnih prenosov genov, pogostih mutacij in veliko genov, ki so zelo specifični in nimajo znanih homologov. Evolucijski razvoj virusov si tako lažje predstavljamo kot omrežje, v katerem so povezani glede na skupne genske družine, in ne kot filogenetsko drevo. Organiziranost temelji na 3 značilnih razredih ohranjenih genov: connector (povezovalni) geni, prisotni v podskupinah skupin virusov, signature (značilni) geni, specifični za določene viruse znotraj modulov, in hallmark geni, ki vsebujejo zapise za proteine, udeležene v replikaciji genoma in oblikovanju virionov. Med slednjimi so najbolj ohranjeni transkripcijski faktorji z RHH domenami in glikoziltransferaze. Celotno omrežje virusov z dvoverižno DNA je razdeljeno na 19 modulov, razdeljenih na 5 supermodulov. Virusi, specifični za arheje, tvorijo supermodul, ki je z ostalimi precej nepovezan. Znanstveniki ugotavljajo, da so se virusi verjetno razvili neodvisno in ni prišlo do obširnega prenašanja genov med virusi arhej in bakterij oziroma evkariontov. Tudi med skupinami je malo podobnih proteinov za genomsko replikacijo in tvorbo virionov, zaradi česar morda nimajo skupnega prednika.<br /> Kljub temu so nekateri precej povezani z genetskim zapisom mobilnih genetskih elementov (MGE). To so samostojni nosilci gentskega materiala, na primer plazmidi, transposoni itd., ki se lahko prenašajo med vrstami. Pyrococcus abyssi virus 1 (PAV1) ima kar polovico celotnega genoma homologno plazmidom arheje reda Thermococcales, druga polovica, ki nosi zapis za strukturne proteine, pa je privzeta iz virusov, ki jo lahko okužijo.<br /> Zaradi malo povezav med moduli znanstveniki sklepajo, da so se nekateri arhejam specifični virusi razvili iz MGE in s pridobitvijo zapisov za strukturne proteine. Ker so precej preprosti, so se mogoče oblikovali de novo, ali pa je prišlo do spremembe funkcije celičnih proteinov.<br /> <br /> == Morfologija ==<br /> '''Virusi, ki so specifični za arheje''' &lt;br&gt;<br /> <br /> Viruse vretenaste oblike delimo v tri družine. V družino ''Fuselloviridae'' spada 9 vrst. Na enem izmed koničastih koncev imajo kratka in tanka vlakna, s pomočjo katerih se pritrdijo na gostiteljske celice. Preko vlaken se lahko več virionov poveže v rozetaste agregate. Izjemi sta virusa SSV6 in ASV1, ki jih s svojimi debelejšimi vlakni ne moreta tvoriti. Družina ''Bicaudaviridae'' ima samo enega predstavnika ATV, ki ima dva repka, ki se razvijeta ekstracelularno oziroma zunaj gostitelja. To sta dve cevasti strukturi s sidrasto strukturo na koncu. Z njunim razvojem se volumen viriona zmanjša za dve tretjini. Pri nastanku najverjetneje sodeluje protein P800, ki s strukturo spominja na intermediarne filamente. Virusi družine ''Salterprovirus'' so po obliki sicer podobni fusellovirusom, a so genetsko popolnoma drugačni.<br /> <br /> Virusi, ki so na enem delu širši, na drugem pa se zožajo, z obliko spominjajo na steklenico ali kapljico. Delimo jih v tri družine. Predstavnik ''Ampullaviridae'' je ABV, ki je strukturno eden najbolj kompleksnih virusov na sploh. Na širšem delu je 20 rigidnih filamentov, katerih funkcija je še neznana. Ogrodje predstavljajo dodatno zviti nukleoproteinski filamenti v toroidni obliki, okrog pa je lipidni ovoj. Predstavnik družine ''Clavaviridae'' je APBV1, ki je nekoliko bolj bacilaste oblike. Vsebuje krožno dvoverižno DNA, ki je velika samo 5278 bp in tako predstavlja najmanjši genom znanih prokariontskih virusov z dvoverižno DNA. V družino ''Guttaviridae'' spada SNDV, ki s svojo obliko spominja na panj. Površina je rebrasta, koničast konec pa pokrivajo tanka vlakna.<br /> <br /> Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci. <br /> <br /> Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga skupina so Portogloboviridae, ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.<br /> <br /> ''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje koničaste (&quot;spike&quot;) proteine. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.<br /> <br /> '''Cosmopolitan virusi''' <br /> <br /> Virusi iz reda ''Caudovirales'' imajo ikozaedrične kapside z repkom. Morfološko se ne razlikujejo od bakteriofagov z repki, ki so prevladujoča skupina pri bakterijah. Družino ''Sphaerolipoviridae'' najdemo tako pri arhejah kot pri bakterijah in so ikozaedrične oblike brez repkov. Pod proteinsko kapsido je notranja membrana. Podobni so družini ''Turriviridae''.<br /> <br /> == Genom ==<br /> Vsi virusi arhej vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... Pri večini virusov je DNA dvoverižna. Izjemi sta na primer na primer spiravirus ACV, ki ima največji genom med virusi z enoverižno DNA, ter pleolipovirus HRPV1. V narodnem parku Yellowstone, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom kot cosmopolitan virusi. Razlog za to so najverjetneje različni življenjski stili oziroma strategije za replikacijo genoma.<br /> <br /> == Mehanizmi genomske replikacije ==<br /> <br /> Procesi replikacije genoma arhealnih virusov so precej neraziskani. Poleg krožeče in dvosmerne replikacije genomi teh virusov nakazujejo na do sedaj še ne poznane mehanizme. Rudivirus SIRV2 je eden redkih primerov arhealnih virusov, pri katerem so bili mehanizmi replikacije genoma eksperimentalno raziskani in ne določeni s sklepanjem iz podobnosti drugih vrst virusov. Med drugim so bili določeni rezolvaza Hollidayjevega križa gp35, gp17, ki se veže na enoverižno DNA, nukleaza gp19 in Rep protein gp16, ki je homologen endonukleazam krožeče-replikacijskega mehanizma (RCRE). Pri tem procesu podvajanje virusne DNA poteka enosmerno, s krožno DNA kot končnim produktom in je eden najpogostejših načinov replikacije genoma pri arhealnih virusih. V prvih stopnjah replikacije protein gp1 interagira s homologom PCNA (proliferacijski jedrni antigen celic), ki jo kodira gostiteljska arheja, iz česar sledi organizacija celičnega replisoma na virusni DNA. SIRV2 ne kodira DNA polimeraze, zato se zanaša na enega od paralogov gostiteljske DNA polimeraze Dpo1. Raziskave so pokazale, da SIRV2 uporabi različne mehanizme replikacije in tvori razvejane intermediate, velike do 1200 kb, a natančni procesi, ki potekajo pri teh replikacijskih mehanizmih, niso še bili raziskani.<br /> Virusi z manjšimi genomi (5-50 kb) so običajno sposobni uporabiti replisom gostitelja. Izjeme so ampulavirusi, salterprovirus His1, pleolipovirus His2 in MetSV. Za replikacijo DNA takih virusov so v virusnem genomu najpogosteje kodirane helikaze. Zapise za te helikse, med drugim tudi replikativne helikaze za vzdrževanje minikromosomov (MCM), so virusi večkrat neodvisno pridobili iz gostiteljev. Ostali virusi – holoarhealni sifovirusi in miovirusi oz. virusi z večjimi genomi (več kot 100 kb), pa kodirajo skoraj celoten replisom. Zapise za proteine replisoma so virusi tekom evolucije prevzeli od arhej, obstajajo pa tudi primeri, kjer so arheje prevzele virusne zapise za replisom.<br /> <br /> == Strukturna genomika ==<br /> <br /> Zaradi pomanjkanja podobnosti med znanimi proteini in proteini, ki jih kodirajo arhealni virusi, je določanje njihovih funkcij zahtevno. Več kot četrtina proteinov teh virusov, katerih struktura je bila določena s krio-EM, rentgensko kristalografijo ali pa z NMR spektroskopijo, nima znanih homologov. Znanstveniki domnevajo, da so ti proteini specifični za uravnavanje interakcij med virusom in gostiteljem, kot je npr. inaktivacija obrambnih mehanizmov arhej. Čeprav so mehanizmi transkripcije precej podobni tistim pri evkariontih, so številni transkripcijski faktorji, ki jih kodirajo arheje in njihovi virusi bolj podobni bakterijskim, kar potrjujejo raziskave struktur teh proteinov. Strukturi proteina velike kapside in penton proteina pri nekem torrivirusu STIV sta namreč homologni določenim proteinom ikozaedričnih virusov, ki okužujejo evkarionte in bakterije. Iz tega pa sledijo teorije, da STIV pripada stari virusni liniji, ki bi lahko nastala še pred ločitvijo organizmov v domene arhej, bakterij in evkariontov. Raziskave posebnih zvitij proteinov velike kapside, ki so prisotna le pri rudivirusih in lipotrixvirusih, pa so vodile v njihovo združenje v nov red Ligamenvirales.<br /> <br /> == Funkcijska genomika ==<br /> <br /> Raziskovanje biologije virusov arhej in njihovega vpliva na gostiteljske organizme je omogočil razvoj novih metod, kot so DNA microarray, RNA sekvenciranje in analize proteoma. Študije so bile osredotočene predvsem na 4 skupine virusov, ki lahko okužijo arheje rodu Sulfolobus. Te so bile rudivirus (SIRV2), fussellovirusa (SSV1 in SSV2), turrivirus (STIV) in bicaudavirus (STSV2).<br /> Vsi virusi prikazujejo časovno nadzorovanje izražanja genov, vendar različno močno. To pomeni, da se določeni geni izražajo le ob določenem delu razvoja, večinoma takoj po okužbi in se nato enakomerno povečujejo tekom cikla.<br /> Analizirali so tudi izražanje genov gostitelja po okužbi in ugotovili da so odzivi glede na virus precej različni. SRIV2, STSV2, SSV2 izzovejo močan imunski odziv gostitelja, kateremu se precej poveča izražanje genov sistemov CRISPR-cas in toksin-antitoksin. SSV1 ta odziv skoraj povsem zaobide.<br /> S pomočjo transkriptomike, ti. študija RNA molekul, so odkrili tudi gostiteljske proteine, ki so udeleženi v razvojnem ciklu virusov. Po okužbi celic s SSV1, SSV2 in STIV se je povišalo izražanje Orc1/Cdc6 in reverzne giraze. Okužba s STSV2 je povzročila povečano izražanje drugih proteinov, reverzna giraza pa je bila manj izražena. Interakcije med virusi in gostitelji so preučevali tudi s pomočjo študij proteoma, katere so izvajali z identificiranjem proteinov z elektroforezami in masno spektrometrijo ter ugotavljanjem aktivnosti proteinov. Za viruse manj dovzetni sevi arhej so imeli povišano raven izražanja več vrst proteinov. Najbolj opazno komponente CRISPR-Cas sistema in proteine Cdv (crenarchaeal cell division), ki so udeleženi v celični delitvi.<br /> <br /> == Viri ==<br /> [1] Krupovic M, Cvirkaite-Krupovic V, Iranzo J, Prangishvili D, Koonin EV. Viruses of archaea: Structural, functional, environmental and evolutionary genomics. Virus Research. 2018;244: 181–193. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2017.11.025 &lt;br&gt;<br /> <br /> [2] Wirth J, Young M. The intriguing world of archaeal viruses. Spindler KR, editor. PLoS Pathog. 2020;16: e1008574. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008574 &lt;br&gt;<br /> <br /> [3] Danovaro R, Dell’Anno A, Corinaldesi C, Rastelli E, Cavicchioli R, Krupovic M, et al. Virus-mediated archaeal hecatomb in the deep seafloor. Sci Adv. 2016;2: e1600492. https://doi.org/10.1126/sciadv.1600492 &lt;br&gt;<br /> <br /> [4] Pina M, Bize A, Forterre P, Prangishvili D. The archeoviruses. FEMS Microbiol Rev. 2011;35: 1035–1054. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2011.00280.x &lt;br&gt;<br /> <br /> [5] Prangishvili D, Bamford DH, Forterre P, Iranzo J, Koonin EV, Krupovic M. The enigmatic archaeal virosphere. Nat Rev Microbiol. 2017;15: 724–739. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.125 &lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Virusi_pri_arhejah&diff=22760 2023-05-22T19:36:28Z

<p>Lbohorc: /* Morfologija */</p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> Virusi arhej so precej drugačni od bakterijskih in evkariontskih, kljub temu da arheje izkazujejo precejšnjo podobnost z bakterijami in evkarionti. Zaenkrat je znanih 65 virusov, ki tvorijo kar 17 novih družin glede na svojo morfološko in genetsko raznolikost.<br /> Metagenomske analize z razvojem sekvenciranja, bioinformatike in novih računalniških orodji so omogočile nov vpogled v raznolikost virusov arhej. Veliko virusnih genomov iz vzorcev pripada že obstoječim družinam virusov, še veliko pa je neznanih, ki ne sodijo v nobeno izmed njih. Z analizo vzorca iz vrelca v ameriškem narodnem parku Yellowstone so odkrili kar 110 različnih genomov, med njimi le 6,3 % že znanih, kar potrjuje, da je raznolikost res velika.<br /> Z raziskovanjem metagenomskih vzorcev so odkrili tudi nove vrste arhej in njihove viruse, ki so še posebej pomembni za okolje. Take so na primer arheje skupine Thaumarchaeota in nano arheje ARMAN, katerih virusi še niso identificirani, ter arheje Marine group II, ki jih najdemo v plitvih delih oceanov. Virusi ''Magroviruses'' povzročajo njihovo odmiranje, ob tem pa se sprosti med 0,3 in 0,5 gigaton CO2 letno. Virusi arhej so tako še bistveno bolj raznoliki in pomembni za okolje, kar bodo prikazale nadaljnje študije.<br /> <br /> == Evolucija ==<br /> Viruse lahko razdelimo na take, ki so specifični arhejam, in Cosmopolitan viruse, ki imajo strukturne in genetske podobnosti z virusi bakterij in evkariontov. Raziskovanje evolucijske povezanosti virusov arhej je precej oteženo zaradi horizontalnih prenosov genov, pogostih mutacij in veliko genov, ki so zelo specifični in nimajo znanih homologov. Evolucijski razvoj virusov si tako lažje predstavljamo kot omrežje, v katerem so povezani glede na skupne genske družine, in ne kot filogenetsko drevo. Organiziranost temelji na 3 značilnih razredih ohranjenih genov: connector (povezovalni) geni, prisotni v podskupinah skupin virusov, signature (značilni) geni, specifični za določene viruse znotraj modulov, in hallmark geni, ki vsebujejo zapise za proteine, udeležene v replikaciji genoma in oblikovanju virionov. Med slednjimi so najbolj ohranjeni transkripcijski faktorji z RHH domenami in glikoziltransferaze. Celotno omrežje virusov z dvoverižno DNA je razdeljeno na 19 modulov, razdeljenih na 5 supermodulov. Virusi, specifični za arheje, tvorijo supermodul, ki je z ostalimi precej nepovezan. Znanstveniki ugotavljajo, da so se virusi verjetno razvili neodvisno in ni prišlo do obširnega prenašanja genov med virusi arhej in bakterij oziroma evkariontov. Tudi med skupinami je malo podobnih proteinov za genomsko replikacijo in tvorbo virionov, zaradi česar morda nimajo skupnega prednika.<br /> Kljub temu so nekateri precej povezani z genetskim zapisom mobilnih genetskih elementov (MGE). To so samostojni nosilci gentskega materiala, na primer plazmidi, transposoni itd., ki se lahko prenašajo med vrstami. Pyrococcus abyssi virus 1 (PAV1) ima kar polovico celotnega genoma homologno plazmidom arheje reda Thermococcales, druga polovica, ki nosi zapis za strukturne proteine, pa je privzeta iz virusov, ki jo lahko okužijo.<br /> Zaradi malo povezav med moduli znanstveniki sklepajo, da so se nekateri arhejam specifični virusi razvili iz MGE in s pridobitvijo zapisov za strukturne proteine. Ker so precej preprosti, so se mogoče oblikovali de novo, ali pa je prišlo do spremembe funkcije celičnih proteinov.<br /> <br /> == Morfologija ==<br /> '''Virusi, ki so specifični za arheje''' &lt;br&gt;<br /> <br /> Viruse vretenaste oblike delimo v tri družine. V družino ''Fuselloviridae'' spada 9 vrst. Na enem izmed koničastih koncev imajo kratka in tanka vlakna, s pomočjo katerih se pritrdijo na gostiteljske celice. Preko vlaken se lahko več virionov poveže v rozetaste agregate. Izjemi sta virusa SSV6 in ASV1, ki jih s svojimi debelejšimi vlakni ne moreta tvoriti. Družina ''Bicaudaviridae'' ima samo enega predstavnika ATV, ki ima dva repka, ki se razvijeta ekstracelularno oziroma zunaj gostitelja. To sta dve cevasti strukturi s sidrasto strukturo na koncu. Z njunim razvojem se volumen viriona zmanjša za dve tretjini. Pri nastanku najverjetneje sodeluje protein P800, ki s strukturo spominja na intermediarne filamente. Virusi družine ''Salterprovirus'' so po obliki sicer podobni fusellovirusom, a so genetsko popolnoma drugačni.<br /> <br /> Virusi, ki so na enem delu širši, na drugem pa se zožajo, z obliko spominjajo na steklenico ali kapljico. Delimo jih v tri družine. Predstavnik ''Ampullaviridae'' je ABV, ki je strukturno eden najbolj kompleksnih virusov na sploh. Na širšem delu je 20 rigidnih filamentov, katerih funkcija je še neznana. Ogrodje predstavljajo dodatno zviti nukleoproteinski filamenti v toroidni obliki, okrog pa je lipidni ovoj. Predstavnik družine ''Clavaviridae'' je APBV1, ki je nekoliko bolj bacilaste oblike. Vsebuje krožno dvoverižno DNA, ki je velika samo 5278 bp in tako predstavlja najmanjši genom znanih prokariontskih virusov z dvoverižno DNA. V družino ''Guttaviridae'' spada SNDV, ki s svojo obliko spominja na panj. Površina je rebrasta, koničast konec pa pokrivajo tanka vlakna.<br /> <br /> Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci. <br /> <br /> Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga skupina so Portogloboviridae, ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.<br /> <br /> ''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje koničaste (&quot;spike&quot;) proteine. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.<br /> <br /> '''Cosmopolitan virusi''' <br /> <br /> Virusi iz reda ''Caudovirales'' imajo ikozaedrične kapside z repkom. Morfološko se ne razlikujejo od bakteriofagov z repki, ki so prevladujoča skupina pri bakterijah. Družino ''Sphaerolipoviridae'' najdemo tako pri arhejah kot pri bakterijah in so ikozaedrične oblike brez repkov. Pod proteinsko kapsido je notranja membrana. Podobni so družini ''Turriviridae''.<br /> <br /> == Genom ==<br /> Vsi vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... DNA je večinoma dvoverižna. Izjema je pri HRPV1 iz družine pleolipoviridae. V narodnem parku Yellowstone, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom.<br /> <br /> == Mehanizmi genomske replikacije ==<br /> <br /> Procesi replikacije genoma arhealnih virusov so precej neraziskani. Poleg krožeče in dvosmerne replikacije genomi teh virusov nakazujejo na do sedaj še ne poznane mehanizme. Rudivirus SIRV2 je eden redkih primerov arhealnih virusov, pri katerem so bili mehanizmi replikacije genoma eksperimentalno raziskani in ne določeni s sklepanjem iz podobnosti drugih vrst virusov. Med drugim so bili določeni rezolvaza Hollidayjevega križa gp35, gp17, ki se veže na enoverižno DNA, nukleaza gp19 in Rep protein gp16, ki je homologen endonukleazam krožeče-replikacijskega mehanizma (RCRE). Pri tem procesu podvajanje virusne DNA poteka enosmerno, s krožno DNA kot končnim produktom in je eden najpogostejših načinov replikacije genoma pri arhealnih virusih. V prvih stopnjah replikacije protein gp1 interagira s homologom PCNA (proliferacijski jedrni antigen celic), ki jo kodira gostiteljska arheja, iz česar sledi organizacija celičnega replisoma na virusni DNA. SIRV2 ne kodira DNA polimeraze, zato se zanaša na enega od paralogov gostiteljske DNA polimeraze Dpo1. Raziskave so pokazale, da SIRV2 uporabi različne mehanizme replikacije in tvori razvejane intermediate, velike do 1200 kb, a natančni procesi, ki potekajo pri teh replikacijskih mehanizmih, niso še bili raziskani.<br /> Virusi z manjšimi genomi (5-50 kb) so običajno sposobni uporabiti replisom gostitelja. Izjeme so ampulavirusi, salterprovirus His1, pleolipovirus His2 in MetSV. Za replikacijo DNA takih virusov so v virusnem genomu najpogosteje kodirane helikaze. Zapise za te helikse, med drugim tudi replikativne helikaze za vzdrževanje minikromosomov (MCM), so virusi večkrat neodvisno pridobili iz gostiteljev. Ostali virusi – holoarhealni sifovirusi in miovirusi oz. virusi z večjimi genomi (več kot 100 kb), pa kodirajo skoraj celoten replisom. Zapise za proteine replisoma so virusi tekom evolucije prevzeli od arhej, obstajajo pa tudi primeri, kjer so arheje prevzele virusne zapise za replisom.<br /> <br /> == Strukturna genomika ==<br /> <br /> Zaradi pomanjkanja podobnosti med znanimi proteini in proteini, ki jih kodirajo arhealni virusi, je določanje njihovih funkcij zahtevno. Več kot četrtina proteinov teh virusov, katerih struktura je bila določena s krio-EM, rentgensko kristalografijo ali pa z NMR spektroskopijo, nima znanih homologov. Znanstveniki domnevajo, da so ti proteini specifični za uravnavanje interakcij med virusom in gostiteljem, kot je npr. inaktivacija obrambnih mehanizmov arhej. Čeprav so mehanizmi transkripcije precej podobni tistim pri evkariontih, so številni transkripcijski faktorji, ki jih kodirajo arheje in njihovi virusi bolj podobni bakterijskim, kar potrjujejo raziskave struktur teh proteinov. Strukturi proteina velike kapside in penton proteina pri nekem torrivirusu STIV sta namreč homologni določenim proteinom ikozaedričnih virusov, ki okužujejo evkarionte in bakterije. Iz tega pa sledijo teorije, da STIV pripada stari virusni liniji, ki bi lahko nastala še pred ločitvijo organizmov v domene arhej, bakterij in evkariontov. Raziskave posebnih zvitij proteinov velike kapside, ki so prisotna le pri rudivirusih in lipotrixvirusih, pa so vodile v njihovo združenje v nov red Ligamenvirales.<br /> <br /> == Funkcijska genomika ==<br /> <br /> Raziskovanje biologije virusov arhej in njihovega vpliva na gostiteljske organizme je omogočil razvoj novih metod, kot so DNA microarray, RNA sekvenciranje in analize proteoma. Študije so bile osredotočene predvsem na 4 skupine virusov, ki lahko okužijo arheje rodu Sulfolobus. Te so bile rudivirus (SIRV2), fussellovirusa (SSV1 in SSV2), turrivirus (STIV) in bicaudavirus (STSV2).<br /> Vsi virusi prikazujejo časovno nadzorovanje izražanja genov, vendar različno močno. To pomeni, da se določeni geni izražajo le ob določenem delu razvoja, večinoma takoj po okužbi in se nato enakomerno povečujejo tekom cikla.<br /> Analizirali so tudi izražanje genov gostitelja po okužbi in ugotovili da so odzivi glede na virus precej različni. SRIV2, STSV2, SSV2 izzovejo močan imunski odziv gostitelja, kateremu se precej poveča izražanje genov sistemov CRISPR-cas in toksin-antitoksin. SSV1 ta odziv skoraj povsem zaobide.<br /> S pomočjo transkriptomike, ti. študija RNA molekul, so odkrili tudi gostiteljske proteine, ki so udeleženi v razvojnem ciklu virusov. Po okužbi celic s SSV1, SSV2 in STIV se je povišalo izražanje Orc1/Cdc6 in reverzne giraze. Okužba s STSV2 je povzročila povečano izražanje drugih proteinov, reverzna giraza pa je bila manj izražena. Interakcije med virusi in gostitelji so preučevali tudi s pomočjo študij proteoma, katere so izvajali z identificiranjem proteinov z elektroforezami in masno spektrometrijo ter ugotavljanjem aktivnosti proteinov. Za viruse manj dovzetni sevi arhej so imeli povišano raven izražanja več vrst proteinov. Najbolj opazno komponente CRISPR-Cas sistema in proteine Cdv (crenarchaeal cell division), ki so udeleženi v celični delitvi.<br /> <br /> == Viri ==<br /> [1] Krupovic M, Cvirkaite-Krupovic V, Iranzo J, Prangishvili D, Koonin EV. Viruses of archaea: Structural, functional, environmental and evolutionary genomics. Virus Research. 2018;244: 181–193. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2017.11.025 &lt;br&gt;<br /> <br /> [2] Wirth J, Young M. The intriguing world of archaeal viruses. Spindler KR, editor. PLoS Pathog. 2020;16: e1008574. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008574 &lt;br&gt;<br /> <br /> [3] Danovaro R, Dell’Anno A, Corinaldesi C, Rastelli E, Cavicchioli R, Krupovic M, et al. Virus-mediated archaeal hecatomb in the deep seafloor. Sci Adv. 2016;2: e1600492. https://doi.org/10.1126/sciadv.1600492 &lt;br&gt;<br /> <br /> [4] Pina M, Bize A, Forterre P, Prangishvili D. The archeoviruses. FEMS Microbiol Rev. 2011;35: 1035–1054. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2011.00280.x &lt;br&gt;<br /> <br /> [5] Prangishvili D, Bamford DH, Forterre P, Iranzo J, Koonin EV, Krupovic M. The enigmatic archaeal virosphere. Nat Rev Microbiol. 2017;15: 724–739. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.125 &lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Virusi_pri_arhejah&diff=22747 2023-05-22T18:14:59Z

<p>Lbohorc: New page: Patricija Kolander: Uvod, Evolucija, Funkcijska genomika &lt;br&gt; Leila Bohorč: Morfologija, Genom &lt;br&gt; Gal Kastelic: Mehanizmi genomske replikacije, Strutkurna Genomika</p> <hr /> <div>Patricija Kolander: Uvod, Evolucija, Funkcijska genomika &lt;br&gt;<br /> Leila Bohorč: Morfologija, Genom &lt;br&gt;<br /> Gal Kastelic: Mehanizmi genomske replikacije, Strutkurna Genomika</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Virusi_pri_arhejah&diff=22746 2023-05-22T18:13:41Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> Virusi arhej so precej drugačni od bakterijskih in evkariontskih, kljub temu, da arheje izkazujejo precejšnjo podobnost z bakterijami in evkarionti. Zaenkrat je znanih 65 virusov, ki pa tvorijo kar 17 novih družin glede na njihovo morfološko in genetsko raznolikost.<br /> Metagenomske analize z razvojem sekvenciranja, bioinformatike in novih računalniških orodji so omogočile nov vpogled v raznolikost virusov arhej. Veliko virusnih genomov iz vzorcev pripada že obstoječim družinam virusov, še veliko pa je neznanih, ki ne sodijo v nobeno izmed njih. Z analizo vzorca iz vrelca v ameriškem narodnem parku Yellowstone, so odkrili kar 110 različnih genomov, med njimi le 6,3 % že znanih, kar potrjuje da je raznolikost res velika.<br /> Z raziskovanje metagenomskih vzorcev so odkrili tudi nove vrste arhej in njihove viruse, ki so še posebej pomembni za okolje. Take so naprimer arheje skupine Thaumarchaeota in nano arheje ARMAN, za katere virusi še niso identificirani, ter arheje Marine group II, ki jih najdemo v plitvih delih oceanov. Njihovo odmiranje povzročajo virusi ''Magroviruses'', ob čimer se sprosti med 0,3 in 0,5 giga ton CO2 letno. Virusi arhej so tako še bistveno bolj raznoliki in pomembni za okolje, kar bodo prikazale nadaljne študije.<br /> <br /> == Evolucija ==<br /> Viruse lahko razdelimo na take, ki so specifični arhejam, in Cosmopolitan viruse, ki imajo strukturne in genetske podobnosti z virusi bakterij in evkariontov. Raziskovanje evolucijske povezanosti virusov arhej je precej oteženo zaradi horizontalnih prenosov genov, pogostih mutacij in veliko genov, ki so zelo specifični in nimajo znanih homologov. Evolucijski razvoj virusov si tako lažje predstavljamo kot omrežje, v katerem so povezani glede na skupne genske družine, in ne kot filogenetsko drevo. Organiziranost temelji na 3 značilnih razredih ohranjenih genov: connector geni, prisotni v podskupinah skupin virusov, signature geni, specifični za določene viruse znotraj modulov in hallmark geni, ki vsebujejo zapise za proteine, udeležene v replikaciji genoma in oblikovanju virionov. Med slednjimi so najbolj ohranjeni transkripcijski faktorji z RHH domenami in glikoziltransferaze. Celotno omrežje virusov z dvoverižno DNA je razdeljeno na 19 modulov, razdeljenih na 5 supermodulov. Virusi, specifični za arheje, tvorijo supermodul, ki je z ostalimi precej nepovezan. Znanstveniki ugotavljajo, da so se virusi verjetno razvili neodvisno in ni prišlo do obširnega prenašanja genov med virusi arhej in bakterij oziroma evkariontov. Tudi med skupinami je malo podobnih proteinov za genomsko replikacijo in tvorbo virionov, zaradi česar morda nimajo skupnega prednika.<br /> Kljub temu so nekateri precej povezani z genetskim zapisom mobilnih genetskih elementov (MGE). To so samostojni nosilci gentskega materiala, naprimer plazmidi, transposoni itd., ki se lahko prenašajo med vrstami. Pyrococcus abyssi virus 1 (PAV1) ima kar polovico celotnega genoma homologno plazmidom arheje reda Thermococcales, druga polovica, ki nosi zapis za strukturne proteine, pa je privzeta iz virusov, ki jo lahko okužijo..<br /> Zaradi malo povezav med moduli znanstveniki sklepajo, da so se nekateri arhejam specifični virusi razvili iz MGE in s pridobitvijo zapisov za strukturne proteine. Ker so precej preprosti, so se mogoče oblikovali de novo, ali pa je prišlo do spremembe funkcije celičnih proteinov.<br /> <br /> == Morfologija ==<br /> '''Virusi, ki so specifični za arheje''' &lt;br&gt;<br /> <br /> Viruse vretenaste oblike delimo v tri družine. V družino ''Fuselloviridae'' spada 9 vrst. Na enem izmed koničastih koncev imajo kratka in tanka vlakna, s pomočjo katerih se pritrdijo na gostiteljske celice. Preko vlaken se lahko več virionov poveže v rozetaste agregate. Izjemi sta virusa SSV6 in ASV1, ki jih s svojimi debelejšimi vlakni ne moreta tvorit. Družina ''Bicaudaviridae'' ima samo enega predstavnika ATV, ki ima na obeh koncih repke, a se ti razvijejo ekstracelularno oziroma zunaj gostitelja. Ima dva cevasta repka s sidrasto strukturo na koncu. Z njunim razvojem se volumen viriona zmanjša za dve tretjini. Pri nastanku najverjetneje sodeluje protein P800, ki s strukturo spominja na intermediarne filamente. Virusi družine ''Salterprovirus'' so po obliki sicer podobni fusellovirusom, a so genetsko popolnoma drugačni.<br /> <br /> Virusi, ki so na enem delu širši, na drugem pa se zožajo, z obliko spominjajo na steklenico ali kapljico. Delimo jih v tri družine. Predstavnik ''Ampullaviridae'' je ABV, ki je strukturno eden najbolj kompleksnih virusov na sploh. Na širšem delu je 20 rigidnih filamentov, katerih funkcija je še neznana. Ogrodje predstavljajo dodatno zviti nukleoproteinski filamenti v toroidni obliki, okrog pa je lipidni ovoj. Predstavnik družine ''Clavaviridae'' je APBV1, ki je nekoliko bolj bacilaste oblike. Vsebuje krožno dvoverižno DNA, ki je velika samo 5278 bp in tako predstavlja najmanjši genom znanih prokariontskih virusov z dvoverižno DNA. V družino ''Guttaviridae'' spada SNDV, ki ima obliko panja. Površina je rebrasta, koničast konec pa pokrivajo tanka vlakna.<br /> <br /> Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci. <br /> <br /> Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga skupina so Portogloboviridae, ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja jo lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.<br /> <br /> ''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.<br /> <br /> '''Cosmopolitan virusi''' <br /> <br /> Virusi iz reda ''Caudovirales'' imajo ikozaedrične kapside z repkom. Morfološko se ne razlikujejo od bakteriofagov z repki, ki so prevladujoča skupina pri bakterijah. Družino ''Sphaerolipoviridae'' najdemo tako pri arhejah kot pri bakterijah in so ikozaedrične oblike brez repkov. Pod proteinsko kapsido je notranja membrana. Podobni so družini ''Turriviridae''.<br /> <br /> == Genom ==<br /> Vsi vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... DNA je večinoma dvoverižna. Izjema je pri HRPV1 iz družine pleolipoviridae. V Yellowstonu, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom.<br /> <br /> == Mehanizmi genomske replikacije ==<br /> <br /> Procesi replikacije genoma arhealnih virusov so precej neraziskani. Poleg krožeče in dvosmerne replikacije genomi teh virusov nakazujejo na do sedaj še ne poznane mehanizme. Rudivirus SIRV2 je eden edinih primerov arhealnih virusov, pri katerem so bili mehanizmi replikacije genoma eksperimentalno raziskani in ne določeni s sklepanjem iz podobnosti drugih vrst virusov. Med drugim so bili določeni rezolvaza Hollidayjevega križa gp35, gp17, ki se veže na enoverižno DNA, nukleaza gp19 in Rep protein gp16, ki je homologen endonukleazam krožeče-replikacijskega mehanizma (RCRE). Pri tem procesu podvajanje virusne DNA poteka enosmerno, s krožno DNA kot končnim produktom in je eden najpogostejših načinov replikacije genoma pri arhealnih virusih. V prvih stopnjah replikacije protein gp1 interagira s homologom PCNA (proliferacijski jedrni antigen celic), ki jo kodira gostiteljska arheja, iz česar sledi organizacija celičnega replisoma na virusni DNA. SIRV2 ne kodira DNA polimeraze, zato se zanaša na enega od paralogov gostiteljske DNA polimeraze Dpo1. Raziskave so pokazale, da SIRV2 uporabi različne mehanizme replikacije in tvori razvejane intermediate, velike do 1200 kb, a natančni procesi, ki potekajo pri teh replikacijskih mehanizmih niso še bili raziskani.<br /> Virusi z manjšimi genomi (5-50 kb) so običajno sposobni uporabiti replisom gostitelja. Izjeme so ampulavirusi, salterprovirus His1, pleolipovirus His2 in MetSV. Za replikacijo DNA takih virusov so v virusnem genomu najpogosteje kodirane helikaze. Zapise za te helikse, med drugim tudi replikativne helikaze za vzdrževanje minikromosomov (MCM), so virusi večkrat neodvisno pridobili iz gostiteljev. Ostali virusi – holoarhealni sifovirusi in miovirusi oz. virusi z večjimi genomi (več kot 100 kb) pa kodirajo skoraj celoten replisom. Zapise za proteine replisoma so virusi tekom evolucije prevzeli od arhej, obstajajo pa tudi primeri, kjer je so arheje prevzele virusne zapise za replisom. <br /> <br /> == Strukturna genomika ==<br /> <br /> Zaradi pomanjkanja podobnosti med znanimi proteini in proteini, ki jih kodirajo arhealni virusi, je določanje njihovih funkcij zahtevno. Več kot četrtina proteinov teh virusov, katerih struktura je bila določena s krio-EM, rentgensko kristalografijo ali pa z NMR spektroskopijo, nima znanih homologov. Znanstveniki domnevajo, da so ti proteini specifični za uravnavanje interakcij med virusom in gostiteljem, kot je npr. inaktivacija obrambnih mehanizmov arhej. Čeprav so mehanizmi transkripcije precej podobni tistim pri evkariontih, so številni transkripcijski faktorji, ki jih kodirajo arheje in njihovi virusi bolj podobni bakterijskim, kar potrjujejo raziskave struktur teh proteinov. Strukturi proteina velike kapside in penton proteina pri nekem torrivirusu STIV sta namreč homologni določenim proteinom ikozaedričnih virusov, ki okužujejo evkarionte in bakterije. Iz tega pa sledijo teorije, da STIV pripada stari virusni liniji, ki bi lahko nastala še pred ločitvijo organizmov v domene arhej, bakterij in evkariontov. Raziskave posebnih zvitij proteinov velike kapside, ki so prisotna le pri rudivirusih in lipotrixvirusih pa so vodile v njihovo združenje v nov red Ligamenvirales.<br /> <br /> == Funkcijska genomika ==<br /> <br /> Raziskovanje biologije virusov arhej in njihovega vpliva na gostiteljske organizme je omogočil razvoj novih metod, kot so DNA microarray, RNA sekvenciranje in analize proteoma. Študije so bile osredotočene predvsem na 4 skupine virusov, ki lahko okužijo arheje rodu Sulfolobus. Te so bile rudivirus (SIRV2), fussellovirusa (SSV1 in SSV2), turrivirus (STIV) in bicaudavirus (STSV2).<br /> Vsi virusi prikazujejo časovno nadzorovanje izražanja genov, vendar različno močno. To pomeni, da se določeni geni izražajo le ob določenem delu razvoja, večinoma takoj po okužbi in se nato enakomerno povečujejo tekom cikla.<br /> Analizirali so tudi izražanje genov gostitelja po okužbi in ugotovili da so odzivi glede na virus precej različni. SRIV2, STSV2, SSV2 izzovejo močan imunski odziv gostitelja, kateremu se precej poveča izražanje genov sistemov CRISPR-cas in toksin-antitoksin. SSV1 ta odziv skoraj povsem zaobide.<br /> S pomočjo transkriptomike, ti. študija RNA molekul, so odkrili tudi gostiteljske proteine, ki so udeleženi v razvojnem ciklu virusov. Po okužbi celic s SSV1, SSV2 in STIV se je povišalo izražanje Orc1/Cdc6 in reverzne giraze. Okužba s STSV2 je povzročila povečano izražanje drugih proteinov, reverzna giraza pa je bila manj izražena. Interakcije med virusi in gostitelji so preučevali tudi s pomočjo študij proteoma, katere so izvajali z identificiranjem proteinov z elektroforezami in masno spektrometrijo ter ugotavljanjem aktivnosti proteinov. Za viruse manj dovzetni sevi arhej so imeli povišano raven izražanja več vrst proteinov. Najbolj opazno komponente CRISPR-Cas sistema in proteine Cdv (crenarchaeal cell division), ki so udeleženi v celični delitvi.<br /> <br /> == Viri ==<br /> [1] Krupovic M, Cvirkaite-Krupovic V, Iranzo J, Prangishvili D, Koonin EV. Viruses of archaea: Structural, functional, environmental and evolutionary genomics. Virus Research. 2018;244: 181–193. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2017.11.025 &lt;br&gt;<br /> <br /> [2] Wirth J, Young M. The intriguing world of archaeal viruses. Spindler KR, editor. PLoS Pathog. 2020;16: e1008574. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008574 &lt;br&gt;<br /> <br /> [3] Danovaro R, Dell’Anno A, Corinaldesi C, Rastelli E, Cavicchioli R, Krupovic M, et al. Virus-mediated archaeal hecatomb in the deep seafloor. Sci Adv. 2016;2: e1600492. https://doi.org/10.1126/sciadv.1600492 &lt;br&gt;<br /> <br /> [4] Pina M, Bize A, Forterre P, Prangishvili D. The archeoviruses. FEMS Microbiol Rev. 2011;35: 1035–1054. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2011.00280.x &lt;br&gt;<br /> <br /> [5] Prangishvili D, Bamford DH, Forterre P, Iranzo J, Koonin EV, Krupovic M. The enigmatic archaeal virosphere. Nat Rev Microbiol. 2017;15: 724–739. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.125 &lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Virusi_pri_arhejah&diff=22745 2023-05-22T18:11:36Z

<p>Lbohorc: New page: == Uvod == Virusi arhej so precej drugačni od bakterijskih in evkariontskih, kljub temu, da arheje izkazujejo precejšnjo podobnost z bakterijami in evkarionti. Zaenkrat je znanih 65 viru...</p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> Virusi arhej so precej drugačni od bakterijskih in evkariontskih, kljub temu, da arheje izkazujejo precejšnjo podobnost z bakterijami in evkarionti. Zaenkrat je znanih 65 virusov, ki pa tvorijo kar 17 novih družin glede na njihovo morfološko in genetsko raznolikost.<br /> Metagenomske analize z razvojem sekvenciranja, bioinformatike in novih računalniških orodji so omogočile nov vpogled v raznolikost virusov arhej. Veliko virusnih genomov iz vzorcev pripada že obstoječim družinam virusov, še veliko pa je neznanih, ki ne sodijo v nobeno izmed njih. Z analizo vzorca iz vrelca v ameriškem narodnem parku Yellowstone, so odkrili kar 110 različnih genomov, med njimi le 6,3 % že znanih, kar potrjuje da je raznolikost res velika.<br /> Z raziskovanje metagenomskih vzorcev so odkrili tudi nove vrste arhej in njihove viruse, ki so še posebej pomembni za okolje. Take so naprimer arheje skupine Thaumarchaeota in nano arheje ARMAN, za katere virusi še niso identificirani, ter arheje Marine group II, ki jih najdemo v plitvih delih oceanov. Njihovo odmiranje povzročajo virusi ''Magroviruses'', ob čimer se sprosti med 0,3 in 0,5 giga ton CO2 letno. Virusi arhej so tako še bistveno bolj raznoliki in pomembni za okolje, kar bodo prikazale nadaljne študije.<br /> <br /> == Evolucija ==<br /> Viruse lahko razdelimo na take, ki so specifični arhejam, in Cosmopolitan viruse, ki imajo strukturne in genetske podobnosti z virusi bakterij in evkariontov. Raziskovanje evolucijske povezanosti virusov arhej je precej oteženo zaradi horizontalnih prenosov genov, pogostih mutacij in veliko genov, ki so zelo specifični in nimajo znanih homologov. Evolucijski razvoj virusov si tako lažje predstavljamo kot omrežje, v katerem so povezani glede na skupne genske družine, in ne kot filogenetsko drevo. Organiziranost temelji na 3 značilnih razredih ohranjenih genov: connector geni, prisotni v podskupinah skupin virusov, signature geni, specifični za določene viruse znotraj modulov in hallmark geni, ki vsebujejo zapise za proteine, udeležene v replikaciji genoma in oblikovanju virionov. Med slednjimi so najbolj ohranjeni transkripcijski faktorji z RHH domenami in glikoziltransferaze. Celotno omrežje virusov z dvoverižno DNA je razdeljeno na 19 modulov, razdeljenih na 5 supermodulov. Virusi, specifični za arheje, tvorijo supermodul, ki je z ostalimi precej nepovezan. Znanstveniki ugotavljajo, da so se virusi verjetno razvili neodvisno in ni prišlo do obširnega prenašanja genov med virusi arhej in bakterij oziroma evkariontov. Tudi med skupinami je malo podobnih proteinov za genomsko replikacijo in tvorbo virionov, zaradi česar morda nimajo skupnega prednika.<br /> Kljub temu so nekateri precej povezani z genetskim zapisom mobilnih genetskih elementov (MGE). To so samostojni nosilci gentskega materiala, naprimer plazmidi, transposoni itd., ki se lahko prenašajo med vrstami. Pyrococcus abyssi virus 1 (PAV1) ima kar polovico celotnega genoma homologno plazmidom arheje reda Thermococcales, druga polovica, ki nosi zapis za strukturne proteine, pa je privzeta iz virusov, ki jo lahko okužijo..<br /> Zaradi malo povezav med moduli znanstveniki sklepajo, da so se nekateri arhejam specifični virusi razvili iz MGE in s pridobitvijo zapisov za strukturne proteine. Ker so precej preprosti, so se mogoče oblikovali de novo, ali pa je prišlo do spremembe funkcije celičnih proteinov.<br /> <br /> == Morfologija ==<br /> '''Virusi, ki so specifični za arheje''' &lt;br&gt;<br /> <br /> Viruse vretenaste oblike delimo v tri družine. V družino ''Fuselloviridae'' spada 9 vrst. Na enem izmed koničastih koncev imajo kratka in tanka vlakna, s pomočjo katerih se pritrdijo na gostiteljske celice. Preko vlaken se lahko več virionov poveže v rozetaste agregate. Izjemi sta virusa SSV6 in ASV1, ki jih s svojimi debelejšimi vlakni ne moreta tvorit. Družina ''Bicaudaviridae'' ima samo enega predstavnika ATV, ki ima na obeh koncih repke, a se ti razvijejo ekstracelularno oziroma zunaj gostitelja. Ima dva cevasta repka s sidrasto strukturo na koncu. Z njunim razvojem se volumen viriona zmanjša za dve tretjini. Pri nastanku najverjetneje sodeluje protein P800, ki s strukturo spominja na intermediarne filamente. Virusi družine ''Salterprovirus'' so po obliki sicer podobni fusellovirusom, a so genetsko popolnoma drugačni.<br /> <br /> Virusi, ki so na enem delu širši, na drugem pa se zožajo, z obliko spominjajo na steklenico ali kapljico. Delimo jih v tri družine. Predstavnik ''Ampullaviridae'' je ABV, ki je strukturno eden najbolj kompleksnih virusov na sploh. Na širšem delu je 20 rigidnih filamentov, katerih funkcija je še neznana. Ogrodje predstavljajo dodatno zviti nukleoproteinski filamenti v toroidni obliki, okrog pa je lipidni ovoj. Predstavnik družine ''Clavaviridae'' je APBV1, ki je nekoliko bolj bacilaste oblike. Vsebuje krožno dvoverižno DNA, ki je velika samo 5278 bp in tako predstavlja najmanjši genom znanih prokariontskih virusov z dvoverižno DNA. V družino ''Guttaviridae'' spada SNDV, ki ima obliko panja. Površina je rebrasta, koničast konec pa pokrivajo tanka vlakna.<br /> <br /> Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci. <br /> <br /> Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga skupina so Portogloboviridae, ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja jo lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.<br /> <br /> ''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.<br /> <br /> '''Cosmopolitan virusi''' <br /> <br /> Virusi iz reda ''Caudovirales'' imajo ikozaedrične kapside z repkom. Morfološko se ne razlikujejo od bakteriofagov z repki, ki so prevladujoča skupina pri bakterijah. Družino ''Sphaerolipoviridae'' najdemo tako pri arhejah kot pri bakterijah in so ikozaedrične oblike brez repkov. Pod proteinsko kapsido je notranja membrana. Podobni so družini ''Turriviridae''.<br /> <br /> == Genom ==<br /> Vsi vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... DNA je večinoma dvoverižna. Izjema je pri HRPV1 iz družine pleolipoviridae. V Yellowstonu, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom.<br /> <br /> == Mehanizmi genomske replikacije ==<br /> <br /> Procesi replikacije genoma arhealnih virusov so precej neraziskani. Poleg krožeče in dvosmerne replikacije genomi teh virusov nakazujejo na do sedaj še ne poznane mehanizme. Rudivirus SIRV2 je eden edinih primerov arhealnih virusov, pri katerem so bili mehanizmi replikacije genoma eksperimentalno raziskani in ne določeni s sklepanjem iz podobnosti drugih vrst virusov. Med drugim so bili določeni rezolvaza Hollidayjevega križa gp35, gp17, ki se veže na enoverižno DNA, nukleaza gp19 in Rep protein gp16, ki je homologen endonukleazam krožeče-replikacijskega mehanizma (RCRE). Pri tem procesu podvajanje virusne DNA poteka enosmerno, s krožno DNA kot končnim produktom in je eden najpogostejših načinov replikacije genoma pri arhealnih virusih. V prvih stopnjah replikacije protein gp1 interagira s homologom PCNA (proliferacijski jedrni antigen celic), ki jo kodira gostiteljska arheja, iz česar sledi organizacija celičnega replisoma na virusni DNA. SIRV2 ne kodira DNA polimeraze, zato se zanaša na enega od paralogov gostiteljske DNA polimeraze Dpo1. Raziskave so pokazale, da SIRV2 uporabi različne mehanizme replikacije in tvori razvejane intermediate, velike do 1200 kb, a natančni procesi, ki potekajo pri teh replikacijskih mehanizmih niso še bili raziskani.<br /> Virusi z manjšimi genomi (5-50 kb) so običajno sposobni uporabiti replisom gostitelja. Izjeme so ampulavirusi, salterprovirus His1, pleolipovirus His2 in MetSV. Za replikacijo DNA takih virusov so v virusnem genomu najpogosteje kodirane helikaze. Zapise za te helikse, med drugim tudi replikativne helikaze za vzdrževanje minikromosomov (MCM), so virusi večkrat neodvisno pridobili iz gostiteljev. Ostali virusi – holoarhealni sifovirusi in miovirusi oz. virusi z večjimi genomi (več kot 100 kb) pa kodirajo skoraj celoten replisom. Zapise za proteine replisoma so virusi tekom evolucije prevzeli od arhej, obstajajo pa tudi primeri, kjer je so arheje prevzele virusne zapise za replisom. <br /> <br /> == Strukturna genomika ==<br /> <br /> Zaradi pomanjkanja podobnosti med znanimi proteini in proteini, ki jih kodirajo arhealni virusi, je določanje njihovih funkcij zahtevno. Več kot četrtina proteinov teh virusov, katerih struktura je bila določena s krio-EM, rentgensko kristalografijo ali pa z NMR spektroskopijo, nima znanih homologov. Znanstveniki domnevajo, da so ti proteini specifični za uravnavanje interakcij med virusom in gostiteljem, kot je npr. inaktivacija obrambnih mehanizmov arhej. Čeprav so mehanizmi transkripcije precej podobni tistim pri evkariontih, so številni transkripcijski faktorji, ki jih kodirajo arheje in njihovi virusi bolj podobni bakterijskim, kar potrjujejo raziskave struktur teh proteinov. Strukturi proteina velike kapside in penton proteina pri nekem torrivirusu STIV sta namreč homologni določenim proteinom ikozaedričnih virusov, ki okužujejo evkarionte in bakterije. Iz tega pa sledijo teorije, da STIV pripada stari virusni liniji, ki bi lahko nastala še pred ločitvijo organizmov v domene arhej, bakterij in evkariontov. Raziskave posebnih zvitij proteinov velike kapside, ki so prisotna le pri rudivirusih in lipotrixvirusih pa so vodile v njihovo združenje v nov red Ligamenvirales.<br /> <br /> == Funkcijska genomika ==<br /> <br /> Raziskovanje biologije virusov arhej in njihovega vpliva na gostiteljske organizme je omogočil razvoj novih metod, kot so DNA microarray, RNA sekvenciranje in analize proteoma. Študije so bile osredotočene predvsem na 4 skupine virusov, ki lahko okužijo arheje rodu Sulfolobus. Te so bile rudivirus (SIRV2), fussellovirusa (SSV1 in SSV2), turrivirus (STIV) in bicaudavirus (STSV2).<br /> Vsi virusi prikazujejo časovno nadzorovanje izražanja genov, vendar različno močno. To pomeni, da se določeni geni izražajo le ob določenem delu razvoja, večinoma takoj po okužbi in se nato enakomerno povečujejo tekom cikla.<br /> Analizirali so tudi izražanje genov gostitelja po okužbi in ugotovili da so odzivi glede na virus precej različni. SRIV2, STSV2, SSV2 izzovejo močan imunski odziv gostitelja, kateremu se precej poveča izražanje genov sistemov CRISPR-cas in toksin-antitoksin. SSV1 ta odziv skoraj povsem zaobide.<br /> S pomočjo transkriptomike, ti. študija RNA molekul, so odkrili tudi gostiteljske proteine, ki so udeleženi v razvojnem ciklu virusov. Po okužbi celic s SSV1, SSV2 in STIV se je povišalo izražanje Orc1/Cdc6 in reverzne giraze. Okužba s STSV2 je povzročila povečano izražanje drugih proteinov, reverzna giraza pa je bila manj izražena. Interakcije med virusi in gostitelji so preučevali tudi s pomočjo študij proteoma, katere so izvajali z identificiranjem proteinov z elektroforezami in masno spektrometrijo ter ugotavljanjem aktivnosti proteinov. Za viruse manj dovzetni sevi arhej so imeli povišano raven izražanja več vrst proteinov. Najbolj opazno komponente CRISPR-Cas sistema in proteine Cdv (crenarchaeal cell division), ki so udeleženi v celični delitvi.<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> <br /> == Viri ==<br /> [1] Krupovic M, Cvirkaite-Krupovic V, Iranzo J, Prangishvili D, Koonin EV. Viruses of archaea: Structural, functional, environmental and evolutionary genomics. Virus Research. 2018;244: 181–193. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2017.11.025 &lt;br&gt;<br /> <br /> [2] Wirth J, Young M. The intriguing world of archaeal viruses. Spindler KR, editor. PLoS Pathog. 2020;16: e1008574. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008574 &lt;br&gt;<br /> <br /> [3] Danovaro R, Dell’Anno A, Corinaldesi C, Rastelli E, Cavicchioli R, Krupovic M, et al. Virus-mediated archaeal hecatomb in the deep seafloor. Sci Adv. 2016;2: e1600492. https://doi.org/10.1126/sciadv.1600492 &lt;br&gt;<br /> <br /> [4] Pina M, Bize A, Forterre P, Prangishvili D. The archeoviruses. FEMS Microbiol Rev. 2011;35: 1035–1054. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2011.00280.x &lt;br&gt;<br /> <br /> [5] Prangishvili D, Bamford DH, Forterre P, Iranzo J, Koonin EV, Krupovic M. The enigmatic archaeal virosphere. Nat Rev Microbiol. 2017;15: 724–739. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.125 &lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularna_biologija_arhej&diff=22743 2023-05-22T17:41:15Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2022/23 obravnavajo pogosto spregledane prokarionte - arheje - in predstavljajo nekatere ključne mehanizme prenosa genetske informacije pri teh mikroorganizmih, kakor tudi nekatere vidike njihove uporabe. Okvirni naslovi tem so navedeni na spodnjem seznamu.<br /> <br /> Vse teme temeljijo na preglednih člankih, kar pomeni, da obravnavajo zaključene teme, na katerih je bilo opravljenega že veliko dela. Zato je smiselno, da vsako temo obdelajo po trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200–1800 besed), ki ste jih uporabili.<br /> <br /> Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. Predstavitev naj bo dolga 15–20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali, in vključite le malo splošnega uvoda, kjer je mogoče pa izpostavite ključne razlike v procesih med bakterijami, evkarionti in arhejami.<br /> <br /> Seminarske predstavitve bodo potekale od 15. do 24. maja 2023. V tem času ne bo klasičnih predavanj, torej bodo tako ponedeljkovi kot sredini termini namenjeni seminarjem.<br /> <br /> Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).<br /> <br /> Razdelitev seminarjev je potekala v okolju Google Drive, kjer so (bile) navedene povezave do izhodiščnih člankov, s katerimi lahko začnete iskanje literature. Večinoma navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili kvaliteten 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim, tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.<br /> <br /> Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na spodnjem seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: &lt;nowiki&gt;[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;. Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularna_biologija_koronavirusov Molekularna biologija koronavirusov (2020/21)].<br /> <br /> <br /> Seznam tem in referenti:<br /> <br /> 15. maj:&lt;br&gt;<br /> # [[Organizacija kromatina pri arhejah]] (Lara Rajterič, Ivana Stojić, Martin Kresal)&lt;br&gt;<br /> # [[Proteini SSB pri arhejah]] (Marcel Tušek, Teo Trost, Laura Simonič)&lt;br&gt;<br /> # [[Replikacija DNA pri arhejah]] (Primož Šenica Pavletič, Luka Fink, Maša Karčovnik)&lt;br&gt;<br /> # [[Transkripcija pri arhejah]] (Lena Kogoj, Zara Bunc, Nika Frelih)&lt;br&gt;<br /> <br /> 17. maj:&lt;br&gt;<br /> <br /> # [[Zgodnja evolucija transkripcijskih sistemov in ločitev arhej in bakterij]] (Tonja Jeromelj, Deni Krašna, Karidia Kolbl)&lt;br&gt;<br /> # [[Regulacija transkripcije pri arhejah]] (Tinkara Korošec, Žiga Koren, Pia Kristanc)&lt;br&gt;<br /> # [[Stabilizacija RNA pri hipertermofilnih arhejah]] (Janja Bohte, Mia Kobal, Karin Rak)&lt;br&gt;<br /> <br /> 22. maj:&lt;br&gt;<br /> <br /> # [[Nekodirajoča regulatorna RNA pri arhejah]] (Tin Vranješ, Tim Agrez) 10-15 min<br /> # [[Genetski kod pri arhejah]] (Lara Zupanc, Lucija Kovaček, Špela Auer)&lt;br&gt;<br /> # [[Biogeneza ribosomov pri arhejah]] (Taja Pojbič, Naja Pečovnik Wutt, Matija Novel)<br /> # [[Prenosi DNA med arhejami]] (Ula Mikoš, Taja Mužič, Urša Lah)<br /> <br /> 24. maj:&lt;br&gt;<br /> # Mehanizmi popravljanja DNA pri arhejah (Filip Petrovič, Samo Pucihar, Aleš Poljanšek)<br /> # [[Virusi pri arhejah]] (Patricija Kolander, Leila Bohorč, Gal Kastelic)<br /> # [[Arheje v biotehnologiji]] (Miljan Trajković, Tea Amidović, Sofija Stevanović)&lt;br&gt;</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2022&diff=21080 2022-11-25T13:06:59Z

<p>Lbohorc: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2022/23 */</p> <hr /> <div>= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2022/23 =<br /> ==Tinkara Korošec - Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalnih molekul na človeka==<br /> <br /> S koevolucijo patogenov in njegovih gostiteljev so oboji razvili svoje obrambne mehanizme. Pri nekaterih patogenih je ta proces vodil v evolucijo efektorskih proteinov, ki imitirajo evkariontske proteine in manipulirajo z gostiteljevimi signalnimi potimi. Pojav imenujemo imitacija molekul (angl. molecular mimicry). Gre za proteine, zelo podobne evkariontskim proteinom ali njihovim domenam. Patogene bakterije lahko imitirajo GTPazne regulatorje. Ti so dovzetni za biokemijske abnormalnosti, ki so direktno povezane z boleznimi. Največji skupek imitiranih proteinov so odkrili v bakterijskem rodu Legionella. Med okužbo patogen spremeni namembnost gostiteljske celice za optimizacijo pogojev, ki bakteriji omogočijo preživetje. Če se gostiteljske celice zdravijo, je tako okolje manj ugodno za bakterije in obolenje bo težje napredovalo. Z razumevanjem motivne imitacije preko kratkih linearnih motivov ali SLiM-ov, ki jo uporabljajo bakterije med okužbo, lahko razširimo spekter alternativ zdravljenja infekcij. S porastom rezistence na antibiotike, se je povečala tudi potreba po novih antibiotičnih terapijah. Obetavna alternativo antibiotikom predstavlja ciljanje gostitelja, da ta ustvari neugodno okolje za patogen, kar doseže s povzročanjem motenj v SLiM posredovanih interakcijah.<br /> <br /> ==Pia Kristanc - Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov==<br /> <br /> Toksini so sestavine živalskih strupov, ki na žrtev delujejo na različne načine. Njihov cilj so pogosto ionski kanali, saj tako lahko že majhna količina strupa močno vpliva na veliko različnih procesov. Toksini pogosto delujejo kot inhibitorji. Kanal lahko inhibirajo tako, da zmotijo mehanizem odpiranja in zapiranja ali pa se vežejo direktno v poro in tako zamašijo kanal. Ionski kanali so tudi zanimivi kot tarče za zdravila, vendar je zelo težko ustvariti takšna, ki bi ciljala točno določen ionski kanal. Znanstveniki so zato začeli raziskovati toksine kot potencialna biološka zdravila. Primer takšnega že potrjenega zdravila je zikonotid, ki se uporablja kot analgetik. Pridobljen je iz strupa stožčastega polža in deluje kot inhibitor od napetosti odvisnega kalcijevega kanala, ki se nahaja v živčevju. Toksin blokira kanalsko poro in tako onemogoči njegovo delovanje. Drug primer sta dva toksina, ki blokirata ionske kanale za zaznavanje kisline (ASIC). Pri teh proton igra vlogo liganda, odgovornega za odprtje in zaprtje, zato je kanal direktno odvisen od pH okolja. Toksina, ki ga lahko inhibirata, sta mambalagin, pridobljen iz kače črne mambe, in π-heksatoksin-Hi1a, pridobljen iz avstralskega pajka. Prvi deluje kot analgetik, drugi pa izboljšuje posledice po ishemični kapi. Raziskovanje delovanja toksinov je pripomoglo k poznavanju delovanja ionskih kanalov, hkrati pa odpira možnosti za razvoj raznih zdravil, predvsem analgetikov, ki ne bi vsebovali opioidov.<br /> <br /> ==Marcel Tušek - Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem==<br /> <br /> Mitofagija je specifičen proces, ki pomeni, da poteka avtofagija mitohondrija. Ta proces v celici je nastal evolucijsko. To lahko sklepamo po tem, da se aktivira v času pomanjkanja, kar je bilo preteklosti velikokrat prisotno, saj nismo vedno imeli dostopa do hrane. Poznamo tri vrste avtofagije. Celica ima dva procesa s katerima lahko uničuje visoko reaktivne kisikove radikale, ki nastanejo v času oksidativne fosforilacije. To sta mitofagija ter derivat NAC-a, saj obadva razgrajujeta te radikale. Razlika je, da NAC razgradi samo te radikale, medtem ko mitofagija pa kar celoten mitohondrij. Pri mitofagiji je trenutno znanih 32 proteinov, ki so specializirani samo za avtofagijo. Eden najpomembnejših izmed teh proteinov je Atg32, saj če on ni fosforiliran, mitofagija sploh ne more biti inducirana. Atg pomni, da je ta protein avtofagosomsko-povezan. Atg32 je transmembranski receptor, ki celici avtofagosomu sporoča, kam se naj veže. Najdemo ga na zunanji strani membrane mitohondrija. Pokazano je tudi bilo, da če Atg32 vežemo na peroksisome, jih je proces avtofagije sposoben razgraditi.<br /> <br /> ==Lucija Kovaček - Nekroptoza in njena vloga pri raku==<br /> Nekroptoza je oblika celične smrti, kjer celica nabrekne, membrana poči in sprosti se znotrajcelična vsebina. Ta vsebuje tudi molekulske vzorce povezane s poškodbo celic oziroma DAMP (angl. damage-associated molecular patterns), ki povzročijo provnetni odziv. Nekroptoza je pomembna zlasti pri regulaciji rasti tumorjev in imunskem odzivu. Regulirana je s proteinskimi kinazami povezanimi z receptorji (angl. receptor-interacting protein kinases) ali z RIP kinazami, bolj natančno z RIPK1 in RIPK3. Procesi signalizacije celične smrti imajo ključno vlogo pri regulaciji tumorjev, saj so se rakave celice prilagodile, tako da bi nekroptozi ubežale. RIP kinaze lahko vplivajo na rast tumorjev z uravnavanjem aktivnosti imunskih efektorjev v tumorskem mikrookolju. Smrt rakavih celic z nekroptozo, lahko tako trajno okrepi protitumorsko imunost. Kljub temu pa obstajajo primeri, pri katerih RIP kinaze povzročijo vnetje in pomagajo pri napredovanju tumorja. Znanstveniki zato želijo raziskati, kako je aktivnost RIP kinaz regulirana v tumorjih in v imunskih celicah ter kako se ti procesi med seboj usklajujejo. To nam bi pomagalo bolje razumeti tumorogenezo in možnosti njenega nadzora v prihodnosti. Šele ko bomo popolnoma razumeli mehanizem regulacije nekroptoze pri raku, bomo lahko zasnovali nove terapije za njegovo premagovanje, kjer ne bi več ogrožali imunskih celic.<br /> <br /> ==Luka Fink - Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo==<br /> Celična adhezija je bistvena za tvorbo organov, celično migracijo in interakcijo s ciljnimi celicami in zunajceličnim matriksom. Integrini so veliki proteinski heterodimeri α in β verige in tvorijo pomembno družino molekul celične adhezije. V zadnjih nekaj letih je prišlo do dramatičnega razvoja razumevanja regulacije integrina in izkazalo se je, da je fosforilacija le-tega temeljnega pomena. V tem seminarju želim razložiti, kako je aktivnost integrina regulirana z njegovo fosforilacijo. Proteinske kinaze in fosfataze inducirajo specifične fosforilacije in defosforilacije integrinov, kar jim omogoča uravnavanje dinamičnih interakcij s citoplazemskimi proteini. Eni izmed zunajceličnih ligandov, ki interagirajo z integrini so kolagen, fibrinogen, fibronektin in veliko drugih proteinov, ki imajo sekvenco, ki jo integrini lahko prepoznajo: –Arg–Gly–Asp– (RGD). Kratek citoplazemski podaljšek α in β podenote vzpostavlja povezave s citoskeletnimi proteini, ki ležijo pod plazmalemo: talin, α-aktinin, vinkulin, paxillin in drugi. Nekateri od teh delujejo kot pozitivni ali pa negativni regulatorji integrinov. S tem se dosežejo spremembe v celični adheziji in signalizaciji. LFA-1 (Lymphocyte function-associated antigen 1) integrin je bil uporabljen kot model za študijo adhezije. Je integrin, ki ga najdemo na limfocitih in levkocitih. Igra ključno vlogo pri migraciji levkocitov iz krvnega obtoka do tkiv. Fosforilacija α verige je nujno potrebna za indukcijo fosforilacije na β verigi v LFA-1. Signalni poti enega in drugega integrina, ki lahko aktivirata ali inaktivirata njuno funkcijo, sta nadzorovani s fosforilacijo β verige.<br /> <br /> ==Tin Vranjes - Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice==<br /> V zunanjem segmentu paličice poteka fototransdukcija. To je prevzem svetlobnega signala in njegova pretvorba po signalni poti v spremembo membranskega potenciala paličice. Struktura zunanjega segmenta je specializirana za potek signalne poti, s kupom membranskih diskov med katerimi se nahajajo ključne komponente za fototransdukcijo. S krio-elektronsko tomografijo(krio-ET) lahko dobimo 3- dimenzionalne slike znotraj celičnih okolij z nanometrske ločljivosti in malo motečih artefaktov.V kombinaciji z drugimi metodami nam je omogočila narediti velikostno konsistenten model zunanjega segmenta paličice. Pri sprožitvi kaskade reakcij fototransdukcije in njeni regulaciji je ključen rodopsin in kompleksi, ki jih tvori v svoji aktivirani obliki, s trnsducinom, GRK1 in arestinom. Iz tomografskih slik in strukturnih podatkov o PDE6, ki pretvarja cGMP v neciklično obliko, in GCs, ki pretvarja GMP v ciklično obliko, lahko sklepamo, da proteina delujeta tudi kot steberna proteina pri ohranjanju razdalje med membranskimi cikli. Pri fotostimulacji lahko merimo intrinzične optične signale, ki so posledica podaljšanja fotoreceptorskih celic ob fotostimulaciji. To bi lahko omogočala zgradba PDE6, katerega konformacija se pri aktivaciji spremeni in s tem poveča dolžino med membranskimi cikli. Razumevanje strukture proteinov in okolja v katerem poteka fototransdukcije je ključno za razumevanje bolezni mrežnice.<br /> <br /> ==Teja Mohar - Encimi za popravilo metabolitov==<br /> V celici med seboj usklajeno deluje stotine metaboličnih encimov, ki so zelo specifični. A encimi niso popolni katalizatorji in zato, kljub njihovi visoki specifičnosti pod fiziološkimi razmerami, številni katalizirajo manj pogoste stranske reakcije, katerih rezultat so stranski produkti - nekanonični metaboliti. Lahko so neuporabna obremenitev metabolizma saj se lahko kopičijo v celicah in so lahko zaviralni in/ali reaktivni, kar včasih povzroči toksičnost. Zato so za trajno delovanje presnovnih poti potrebni mehanizmi za preprečevanje poškodb metabolitov ali za pretvorbo poškodovanih metabolitov nazaj v fiziološke oblike. Večje pomanjkanje encimov za popravilo metabolitov lahko pri ljudeh povzroči različne bolezni, pri višjih vretenčarjih pa ima lahko smrtonosne posledice. To kaže na njihovo pomembno vlogo pri celičnem metabolizmu. En popravljalni encim ima zmožnost katalizirati številne različne popravljalne reakcije. Velike metabolične poti pa lahko potrebujejo tudi več popravljalnih encimov. Glikoliza tako za popravilo napak potrebuje 10 popravljalnih encimov (G6PC3, PGP, ACYP1, NAXD, NAXE, L2HGDH, GLO1, GLO2, FN3K, MDP-1) in prenašalec (G6PT). Odkritje novih metabolitov, encimov in celotnih poti je omogočilo zdravljenje tudi prej slabo razumljenih bolezni. Glede na število popravljalnih encimov, ki so prisotni pri glikolizi je verjetno, da jih je treba odkriti še na stotine, ki ščitijo širok spekter presnovnih poti.<br /> <br /> ==Tea Amidović - Karakterizacija glikoproteoma==<br /> Glikozilacija, ena od najpogostejših posttranslacijskih modifikacij, spremeni proteine in lipide na različne načine, kar ima za posledico prodorno foliacijo celične površine. Kljub veliki kompleksnosti v živalskih sistemih imajo glikanske strukture ključne biološke in fiziološke vloge, pomagajo pri zvijanju proteinov in pri biološkem prepoznavanju. Proteinski glikokonjugati, ki nastanejo kot rezultat glikozilacije, lahko prispevajo k pomembnim biološkim funkcijami. Razumevanje biologije glikokonjugata na ravni konjugata lahko zagotovi pomembne vpoglede v razvoj bioloških označevalcev in zdravil. Ugotavljamo, da so glikokonjugati več kot vsota njihovih posameznih komponent glikana in proteina. Nove raziskave, ki so osredotočene na glikom, kažejo na združevanje glikoma in proteoma na vseh ravneh, od glikanskih nizov do glikoproteomike in krioelektronske mikroskopije. Popolna analiza glikoproteinskih konjugatov kot tudi njihovih komponent je zdaj mogoča zahvaljujoč novim metodam. Vse večja zbirka orodij za karakterizacijo strukture, interakcij in bioloških funkcij proteinskih glikokonjugatov za razumevanje in nadzorovanje teh skrivnostnih biomolekul postaja ključnega pomena za preučevanje glikoproteoma.<br /> <br /> ==Urša Lah - Acetil-CoA in njegova vloga pri regulaciji kromatina==<br /> Nastanek acetil-CoA je potreben za učinkovito regulacijo acetilacije histona v jedru. Acetilacija je do danes najbolj raziskana modifikacija histonov. Je proces, pri katerem gre za pripenjanje acetilne skupine iz acetil-CoA na N-terminalni repek enega od histonov. Acetil-CoA obstaja v dveh ločenih območjih v celici. Ločimo mitihondrijski in jedrski/citosolni acetil-CoA. Mitohondrijski izhaja predvsem iz delovanja encim piruvat dehidrogenaze in oksidacije maščobnih kislin. Citosolni acetil CoA pa je odgovoren za acetilacijo beljakovin in sintezo maščobnih kislin. Globalne ravni acetilacije histona so občutljive na razpoložljivost acetil-CoA v celici, ki niha kot odziv na razpoložljivost hranil ali presnovno reprogramiranje, ki je eden od znakov raka. ATP-citrat liaza (ACLY) je encim, ki proizvaja acetil-CoA iz citrata. Prisoten je tako v jedru, kot v citosolu. ACLY v jedru igra ključno vlogo pri ohranjanju acetilacije histona z vzdrževanjem acetil-CoA v jedru celic sesalcev, hkrati pa igra pomembno vlogo pri popravljanju DNK. Pomembno vlogo pa ima pri acetilaciji histona še encim ACSS2, ki pa neposredno uravnava tudi prostorski spomin pri sesalcih. Prav tako igra vlogo pri presnovi in tumorjih in je primerna tarča za raziskovanje v terapevtske namene. Acetilacija presnovnih encimov je zelo ohranjena tako pri prokariontih kot tudi pri evkariontih.<br /> <br /> <br /> ==Zara Bunc - Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka==<br /> Vsak aerobni organizem se za pridobitev energije primarno zanaša na Krebsov cikel, ki predstavlja osrednjo pot metabolizma in sinteze makromolekul. Znano je, da se v primeru razvoja celic v rakave, celični metabolizem in posledično tudi Krebsov cikel znatno spremenita. Slednje je predvsem posledica nakopičenja genetskih mutacij. Sprva je bila kot glavna presnovna pot v metabolizmu rakavih celic izpostavljena glikoliza, vendar študije v zadnjih letih nakazujejo tudi na velik vpliv Krebsovega cikla. Slednji predstavlja pomemben vir energije za rakave celice, s čemer omogoči pospešen razvoj raka. Pri raziskovanju specifik poteka Krebsovega cikla v rakavih celicah, se je pojavilo vprašanje, ali bi lahko raka zdravili s pomočjo vanj tarčno usmerjenih terapij. Posebnosti so se pojavile predvsem pri spremenjenih gorivih cikla (glukoza, glutamin, maščobne kisline), izražanju onkogenov in tumor supresorjev (MYC, P53, HIF, RAS) ter pri mutacijah encimov, ki sodelujejo v ciklu (SDH, FH, IDH). Obetavne so predvsem terapije, ki vključujejo inhibicijo določenih procesov z majhnimi molekulami. Ugotovili so, da ima zaenkrat najboljši terapevtski učinek inhibicija razgradnje glutamina (glutaminolize), saj je v rakavih celicah kot glavno gorivo cikla prisoten glutamin. Podobno efektivni so tudi inhibitorji mutiranih encimov cikla. Čeprav številne terapije že kažejo pozitivne učinke pri zaviranju razvoja raka, je trenutno večina še vedno v kliničnem testiranju.<br /> <br /> ==Žiga Koren - Vloga intermediatov Krebsovega cikla pri zaščiti pred ishemijo==<br /> Ishemična bolezen srca, eden od vodilnih vzrokov smrti po celem svetu, letno terja kar sedem milijonov žrtev. Med pojavom napada bolezni lahko pride do srčnomišičnega infarkta, kjer se pomembne venčne arterije močno zožajo ali popolnoma zaprejo. Znanstveniki so za boj proti njej predlagali že veliko število terapij, vključno z analizo vloge intermediatov Krebsovega cikla ob pojavu le-te. Med epizodami hipoksije pride do močno povečane proizvodnje sukcinata in fumarata, ki imata tako energijsko vlogo ob pomanjkanju kisika, kot signalno vlogo ob njegovi vrnitvi. Za pojasnitev povišanih koncentracij omenjenih intermediatov sta predlagani dve poti, pri prvi gre za preplet Cahillijevega cikla s Krebsovim, pri drugi pa prride do metabolizma aminokisline aspartat. Sukcinat je pomemben pri preprečevanju ubikvitinacije ob hipoksiji induciranega faktorja 1 (HIF1) in vezavi na na receptor Gpr91, fumarat pa igra ključno vlogo pri aktivaciji oksidativne poti z NF-E2 povezanega faktorja (NRF2). Načeloma so povečane koncentracije intermediatov koristne, a obstajajo tudi z dokazi podprte teorije, da tovrstno kopičenje predstavlja velik napor za celice, ki lahko posledično vodi do poškodb o ponovni vzpostavitvi krvnega toka. Do poškodb pride zaradi močno povečane proizvodnje reaktivnih kisikovih delcev, ki lahko vodi do odprtja mitohondrijskih tranzicijskih por in posledično tudi do aktivacije apoptoze.<br /> <br /> ==Deni Krašna - Krebsov cikel - zvezdišče viroimunometabolizma==<br /> Samorazmnoževalni proteinsko-nukleinsko kislinski kompleks, ali bolje rečeno virus, je samo intuitivno povezan z gostiteljevim metabolizmom. Brez ATP, ki ga ta zagotavlja se ni sposoben pritrditi niti na plazmalemo. Sinteza biomolekul in njihovih prekurzorjev, pomenbnih za virusno replikacijo ter brstenje, ravno tako pade na ramena gostiteljevega anabolizma. Zato ni nikakor čudno, da se virus razmnožuje z obzirom na Krebsov cikel. Le-tega med drugim zaradi njegove amfibolične lastnosti smatramo kot središče metabolizma. Nedavno pridobljeno znanje pa ga postavi tudi v središče virusne patogeneze in njenega razvoja. Zasidran proces, sicer skrit v mitohondriju in uravnan z vseh strani neba, pa je virusu težko oblegati, zato napade tudi anaplerotične reakcije. Med njimi na tudi poglavitne, piruvat – oksidirajoče reakcije, ter tako napoti gostiteljsko celico na kriva, vendar zanj ugodna pota. Celica pa ne ostane dolžna, svoje lovke véje iz globin, sicer že signalno signifikantnega cikla trikarboksilnih kislin, ter s svojimi signalno zmožnimi intermediarnimi metaboliti pokaže zobe in zažene vnetni, proti-virusni sistem. Imunoregulatorno funkcijo pa lahko pripišemo tudi nekaterim derivatom metabolitov TCA, ki predstaljajo odlično odskočno desko za pripravo terapevtskih učinkovin. Še posebej, ker se virus težko izogne znižanja plastičnosti metabolizma, in kompleksnosti prepeleta dinamike tako virusno kot gostiteljsko inducirane alarmacije.<br /> <br /> ==Tim David Agrež - Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji==<br /> V zadnjem času se izvajajo mnoge raziskave na dolgih nekodirajočih RNA in njihovi funkciji v organizmu, saj je samo področje še sorazmerno neraziskano. Če nam uspe pojasniti njihovo vlogo in mehanizem v regulaciji lipidnega metabolizma in signalizacije bi to lahko pomenilo velik preskok v zdravljenju mnogih bolezni povezanih z metabolizmom. Glede na to, kar nam je že poznano lahko z gotovostjo trdimo, da imajo lncRNA v metabolizmu in signalizaciji lipidov pomembno vlogo na praktično vsaki točki. V seminarju sem opisal nekatere izmed pomembnejših lncRNA in kako le te vplivajo na regulacijo metabolizma lipidov in njihovo vlogo pri sprejemanju signalov medcelične komunikacije preko lipidnih signalnih molekul.<br /> <br /> ==Aleš Poljanšek - Ketonska telesca in njihov vpliv na nevrodegenerativne bolezni==<br /> Nevrodegenerativne bolezni se pojavijo kot posledica propadanja nevronov in izgubljanja njihovih funkcij. Eden izmed glavnih vzrokov propadanja nevronov so motnje v metabolizmu, med katerimi je najbolj kritična motnja v metabolizmu glukoze, saj nevroni ne morejo proizvajati ATP-ja iz lipidov. Da bi ublažili hipometabolizem glukoze, so se znanstveniki posvetili izvajanju terapij, s katerimi bi povečali koncentracijo ketonski telesc v krvi. Ta lahko namreč delujejo kot nadomesten substrat v primeru nizke koncentracije glukoze v krvi ali zmanjšanja samega metabolizma glukoze. Sama ketonska telesca nastanejo v procesu, imenovanem ketogeneza, v katerem iz prostih maščobnih kislin v jetrnih celicah nastanejo ketonska telesca, med katerimi je najpomembnejši beta-hidroksibutirat, saj ga nevroni najlažje absorbirajo. Ta se nato sprostijo v kri in preko krvno-možganske pregrade nato vstopijo v možgane. Tam se ketonska telesca v procesu, imenovanem ketoliza, pretvorijo v acetil-CoA, ki se nato nadalje sintetizira v ATP. Ketonska telesca poleg tega, da služijo kot nadomesten substrat v nevronih, zmanjšujejo oksidativni stres, blažijo pa tudi nevroinflamacijo. V terapijah, pri katerih so zdravili različne nevrodegenerativne bolezni, se je pokazalo, da lahko s povečanjem koncentracije ketonskih telesc v krvi, za kar lahko poskrbimo s ketogeno dieto, z vnosom srednje-verižnih maščobnih kislin ali z vnosom ketonskih estrov, izboljšamo kognitivne sposobnosti, spomin in jezikovne sposobnosti pri Alzheimerjevi bolezni. Tovrstne terapije so bile učinkovite tudi pri Parkinsonovi bolezni in pri amiotrofični lateralni sklerozi.<br /> <br /> ==Tonja Jeromelj - Alteracije lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah==<br /> Lipidi v celicah predstavljajo glavno zalogo energije, kot gradniki se vgrajujejo tudi v celične membrane. Lipidni metabolizem je pomemben za vzdrževanje življenja, ki v ravnovesju izkorišča sintezo in razgradnjo energijsko bogatih molekul. Ogromna količina podatkov, zbranih v preteklih letih nakazuje na pomemben vpliv lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah (cancer stem cells – CSC). CSC predstavljajo majhno populacijo rakavih celic, ki imajo značilnosti zdravih matičnih celic, zlasti sposobnost, da generirajo vse vrste celic, ki jih najdemo v določenem vzorcu raka. CSC ali tumor-initiating cells (TIC) so zaradi svoje raznolikosti odporne na tradicionalno zdravljenje. Odgovorne so za metastaze in ponovitev bolezni pri rakavih pacientih. V njih se prepletajo metabolične in signalne poti, ki so značilne za rakave in matične celice. Lipidni metabolizem ima v teh celicah signifikantno vlogo saj predstavlja kompleksno mrežo fleksibilnih metaboličnih poti. V biosintezi maščobnih kislin CSC kot druge celice pridobivajo strukturne komponente, ki so ključne za celično proliferacijo. Encimi, ki sodelujejo v regulaciji in lipogenezi pa regulirajo signalne poti kot je Hippo-YAP/TAZ, ki jih povezujemo z ohranjanjem matičnosti. Oksidacija maščobnih kislin služi kot glavna metabolična pot za zadostitev visokim energijskim potrebam teh celic, brez nevarnosti, ki jih predstavljajo reaktivne kisikove spojine. Zaradi odvisnosti CSC od lipidnega metabolizma, postaja to tematika številnih kliničnih študij, ki se ukvarjajo z eliminacijo celotne populacije rakavih celic.<br /> <br /> ==Teo Trost - Oslabljen metabolizem razvejanih aminokislin==<br /> Razvejane aminokisline (BCAA), levcin, izolevcin in valin, igrajo ključno vlogo pri zdravju. So esencialne, njihov metabolizem pa je precej kompleksen in medorgansko odvisen. Poteka v mitohondrijih, prva stopnja lahko poteka tudi v mišičnem tkivu, druga pa v jetrih. Napake v metabolizmu lahko vodijo do kopičenja intermediatov (metabolitov) ali pa kar celih BCAA. Povišana koncentracija BCAA v krvi lahko aktivira tarčni protein rapamicina (mTOR), ki se aktivira tudi z inzulinom. Ko je mTOR aktiviran, se aktivira tudi ribosomska proteinska kinaza S6, ki pa fosforilira in s tem inaktivira inzulinski receptorski substrat, kar pa vodi do blokirane inzulinske signalizacije. Posledica tega je tudi razvoj diabetes mellitus tipa 2. Oslabljen metabolizem BCAA pa lahko rezultira tudi kot bolezen javorjevega sirupa ali številne kardiometabolične bolezni zaradi zamenjave metabolnega goriva v srčni mišici (iz glukoze na BCAA). Ugotavljali so tudi povezavo med telesno aktivnostjo in BCAA in ali je povišana koncentracija BCAA pri idealnih pogojih škodljiva zdravju ali ne. Prav tako so se začele izvajati študije, ki bi ugotovile potencialno povezavo med BCAA in PDAC oziroma vrsto raka trebušne slinavke, ki je pogosto povezan z ljudmi, diagnosticiranimi z debelostjo in/ali diabetesom.<br /> <br /> ==Leila Bohorč - Katabolizem lizina pri rastlinah: vloga saharopinske poti pri odzivu na abiotski in biotski stres==<br /> Suše, poplave, ekstremne temperature, patogeni… pri rastlinah povzročajo abiotski oziroma biotski stres. Na to se morajo ustrezno odzvat in prilagodit metabolizem, da ga zaščitijo pred posledicami dehidracije, osmotskega in oksidativnega stresa, pomanjkanja hranilnih snovi in ATP, okužb… Sprožijo se različne metabolne poti, med njimi tudi katabolizem aminokisline lizin. Ta se ob stresu začne nabirat v celici, kar sproži saharopinsko pot, po kateri se lizin preko saharopina in α-aminoadipat semialdehida z encimom LKR/SDH pretvori v pipekolat. Lizin predstavlja tudi alternativni substrat za celično dihanje, saj se α-aminoadipat semialdehid lahko preko α-aminoadipata pretvori tudi v acetil-CoA. Pri nekaterih reakcijah se elektroni direktno prenesejo v dihalno verigo, na koncu pa acetil-CoA seveda vstopi v Krebsov cikel. Ob biotskem stresu iz lizina preko intermediata dehidropipekolične kisline nastane pipekolat in se nato pretvori v N-hidroksipipekolat, ki je ena izmed ključnih molekul, ki pri rastlini regulirajo sprožitev obrambnega mehanizma sistemsko pridobljene odpornosti, ki zdrave dele rastline ščiti pred morebitno okužbo. Znanstveniki predvidevajo, da tudi pipekolat, ki nastane v saharopinski poti sodeluje v imunskem odzivu rastline. Čeprav biotski stres aktivira tudi encime saharopinske poti, sama NHP pot nanjo nima vpliva.</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2022&diff=21065 2022-11-16T14:00:56Z

<p>Lbohorc: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> ! Tinkara Korošec<br /> | 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Marcel Tušek<br /> | 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Pia Kristanc<br /> | 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Samo Pucihar<br /> | 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Luka Fink<br /> | 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Tin Vranješ<br /> | 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Lucija Kovaček<br /> | 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Mark Varlamov<br /> | 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Klemen Justin<br /> | 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Teja Mohar<br /> | 14-15 || Encimi za popravilo metabolitov || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Tea Amidović<br /> | 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Taja Pojbič<br /> | 14-15 || Pentoza-fosfatna pot in rak || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Deni Krašna<br /> | 16 || Krebsov cikel - zvezdišče viroimunometabolizma || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Zara Bunc<br /> | 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Urša Lah<br /> | 16 || Acetil CoA in kromatin || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Žiga Koren<br /> | 16 || Vloga intermediatov krebsovega cikla pri zaščiti pred ishemijo || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Tim-David Agrež<br /> | 17 || Trenutni dosežki in prihodnje raziskave lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Aleš Poljanšek<br /> | 17 || Ketonska telesca in njihov vpliv na nevrodegenerativne bolezni || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Tonja Jeromelj<br /> | 17 || Alteracije lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Miha Tomšič<br /> | 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Leila Bohorč<br /> | 18 || Katabolizem lizina pri rastlinah: vloga saharopinske poti pri odzivu na abiotski in biotski stres || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Teo Trost<br /> | 18 || || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Ivana Stojić<br /> | 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Lara Rajterič<br /> | 18 || Vloga metabolizma razvejanih aminokislin pri zdravljenju raka || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Primož Šenica Pavletič<br /> | 19 || || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Špela Auer<br /> | 19 || Kompleks II sukcinat dehidrogenaza || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Gal Kastelic<br /> | 19 || || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Miljan Trajković<br /> | 19 || || Lara Rajterič || Miha Tomšič || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Taja Mužič<br /> | 20 || || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Mia Kobal<br /> | 20 || || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Laura Simonič<br /> | 20 || || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Karin Rak<br /> | 20 || || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Ula Mikoš<br /> | 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lara Zupanc<br /> | 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lena Kogoj<br /> | 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Naja Pečovnik Wutt<br /> | 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Matija Novel<br /> | 22 || Dopaminski transporter: regulacija in mehanizem interakcije z dopaminom || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Sofija Stevanović<br /> | 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Martin Kresal<br /> | 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Laura Trček<br /> | 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Filip Petrovič<br /> | 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |-<br /> ! Patricija Kolander<br /> | 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2022&diff=21052 2022-11-09T19:24:57Z

<p>Lbohorc: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> ! Tinkara Korošec<br /> | 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Marcel Tušek<br /> | 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Pia Kristanc<br /> | 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Samo Pucihar<br /> | 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Luka Fink<br /> | 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Tin Vranješ<br /> | 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Lucija Kovaček<br /> | 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Mark Varlamov<br /> | 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Klemen Justin<br /> | 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Teja Mohar<br /> | 14-15 || Encimi za popravilo metabolitov || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Tea Amidović<br /> | 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Taja Pojbič<br /> | 14-15 || Pentoza-fosfatna pot in rak || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Deni Krašna<br /> | 16 || Krebsov cikel - zvezdišče viroimunometabolizma || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Zara Bunc<br /> | 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Urša Lah<br /> | 16 || Acetil CoA in kromatin || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Žiga Koren<br /> | 16 || Vloga intermediatov krebsovega cikla pri zaščiti pred ishemijo || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Tim-David Agrež<br /> | 17 || || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Aleš Poljanšek<br /> | 17 || Ketonska telesca in njihov vpliv na nevrodegenerativne bolezni || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Tonja Jeromelj<br /> | 17 || Alteracije lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Miha Tomšič<br /> | 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Leila Bohorč<br /> | 18 || Prilagoditev rastlinskega metabolizma aminokislin na stresno inducirano pomanjkanje energije || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Teo Trost<br /> | 18 || || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Ivana Stojić<br /> | 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Lara Rajterič<br /> | 18 || Vloga metabolizma razvejanih aminokislin pri zdravljenju raka || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Primož Šenica Pavletič<br /> | 19 || || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Špela Auer<br /> | 19 || Kompleks II sukcinat dehidrogenaza || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Gal Kastelic<br /> | 19 || || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Miljan Trajković<br /> | 19 || || Lara Rajterič || Miha Tomšič || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Taja Mužič<br /> | 20 || || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Mia Kobal<br /> | 20 || || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Laura Simonič<br /> | 20 || || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Karin Rak<br /> | 20 || || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Ula Mikoš<br /> | 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lara Zupanc<br /> | 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lena Kogoj<br /> | 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Naja Pečovnik Wutt<br /> | 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Matija Novel<br /> | 22 || Kreatin in protitumorna imuniteta T celic || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Sofija Stevanović<br /> | 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Martin Kresal<br /> | 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Laura Trček<br /> | 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Filip Petrovič<br /> | 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |-<br /> ! Patricija Kolander<br /> | 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK_2022_Povzetki_seminarjev&diff=18003 2021-03-18T19:16:07Z

<p>Lbohorc: </p> <hr /> <div>=== Ime in priimek: Naslov seminarja ===<br /> <br /> Sed ut perspiciatis unde omnis iste natus error sit voluptatem accusantium doloremque laudantium, totam rem aperiam, eaque ipsa quae ab illo inventore veritatis et quasi architecto beatae vitae dicta sunt explicabo. Nemo enim ipsam voluptatem quia voluptas sit aspernatur aut odit aut fugit, sed quia consequuntur magni dolores eos qui ratione voluptatem sequi nesciunt. Neque porro quisquam est, qui dolorem ipsum quia dolor sit amet, consectetur, adipisci velit, sed quia non numquam eius modi tempora incidunt ut labore et dolore magnam aliquam quaerat voluptatem. Ut enim ad minima veniam, quis nostrum exercitationem ullam corporis suscipit laboriosam, nisi ut aliquid ex ea commodi consequatur? Quis autem vel eum iure reprehenderit qui in ea voluptate velit esse quam nihil molestiae consequatur, vel illum qui dolorem eum fugiat quo voluptas nulla pariatur?<br /> <br /> === Živa Urh: Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ===<br /> <br /> V stresnih razmerah celice preklopijo iz običajnega v bolj omejen način delovanja, da se zaščitijo pred poškodbami. Pri tem si pomagajo na različne načine. Eden od načinov je varnostni program imenovan toplotni šok, ki je povezan s hitro regulacijo genske aktivnosti (zmanjšanjem transkripcije) v stresnih situacijah. Stres povzroči nastanek jedrnih kondenzatov NELF, ki nastanejo, ko NELF tvori kapljice. NELF ali negativni podaljševalni dejavnik, je proteinski kompleks iz več podenot, ki se ob jedrnem signalu oblikuje v kondenzate oz. kapljice. Vezava kompleksa NELF na promotorje vzdrževalnih genov je tista, ki povzroči slabšo mobilnost RNA polimeraze II in posledično slabše prepisovanje genov ter tako zmanjša proizvodnjo proteinov, ki niso nujni v stresnih razmerah. Mehanizem nastanka jedrnih kondenzatov je povezan z defosforilacijo NELF in nadaljnjo SUMOilacijo. Ta dva procesa spadata pod posebne post-translacijske modifikacije (PTM), ki so bistvene za kondenzacijo NELF. Pomembno vlogo pri formaciji kondenzatov NELF imajo tudi neurejene regije (IDR), ki jih najdemo pri posameznih podenotah tega proteinskega kompleksa. IDR so deli proteinov brez fiksne strukture in delujejo kot lovke. Povezave med lovkami podenot A in E med so bistvenega pomena za tvorbo kapljic oz. kondenzatov. Celice, ki zaradi pomanjkanja lovk pri podenotah ne tvorijo kondenzatov NELF tudi ne zmanjšajo transkripcije. Posledično take celice normalno prepisujejo gene in so tako bolj dovzetne za celično smrt.<br /> <br /> === Tinkara Butara: Kako rastline zaznajo napad herbivorov ===<br /> <br /> Rastline niso nemočni opazovalci dogajanja okoli njih, ampak se na okoliške dražljaje tudi odzivajo. Skozi evolucijo so razvile posebne obrambne mehanizme, ki se sprožijo kot odgovor na elicitorje. Elicitorji so kemijske zvrsti, ki jih lahko izločajo herbivori ali pa rastline same. Te kemijske zvrsti se vežejo na proteinske receptorje na celični membrani in tako sprožijo odziv, na primer na objedanje. Sporočilo o nevarnosti se nato širi do lokalno poškodovanih delov rastline in sistemsko opozarja celotno rastlino na poškodbo. Rastlini lastni elicitorji so najpreprostejši tip, med katerimi je najbolj univerzalen zunajcelični ATP. Primerni elicitorji herbivorov so prebavni encimi v njihovi slini ter konjugati maščobnih kislin in aminokislin. Odziv rastline na napad herbivora pa je lahko povezan tudi s simbiotskimi organizmi herbivora. Ti lahko izločajo snovi s katerimi omogočijo lažji razvoj insekta ali pa s tem pomagajo rastlini. Pomemben sprožilec rastlinskega odziva na herbivore so tudi fizični dražljaji, ki jih ti povzročajo. Pri tem se sproščajo hlapne snovi, ki lahko služijo privabljanju naravnih sovražnikov herbivora ali pa širijo sporočilo o nevarnosti do drugih rastlin. Kot odziv na elicitorje se v večini primerov tvorita rastlinska hormona jasmonska in salicilna kislina, ki sta del obrambnih mehanizmov rastlin. Karakterizacija rastlinskih elicitorjev nam ponuja orodje za razvoj agrokemikalij, ki bodo odganjale herbivore in hkrati ščitile rastline.<br /> <br /> === Pia Špehar: Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku ===<br /> <br /> Leta 1986 je celični biokemik Kazumitsu Ueda odkril, da ima protein ABCB1 zmožnost, da iz rakavih celic transportira mnoge kemoterapevtike in tako telesu omogoči odpornost na kemoterapijo. ABCB1 spada med ABC-prenašalce, in sicer je eden izmed tistih prenašalcev, ki iz celic izločajo toksične hidrofobne komponente. Najdemo ga v membranah celic v jetrih, možganih, testisih in placenti. Skoraj 30 let po odkritju funkcije proteina, je Ueda s svojo ekipo lahko določil še mehanizem njegovega delovanja, in sicer z izvedbo več raziskav. Sprva so protein kristalizirali v stanju pred in po transportu substrata ter primerjali stanji med seboj, izvedli pa so tudi analizo s FRET tehniko. Ugotovili so, da substrat vstopi v osrednjo votlino skozi del proteina v notranjosti celice. Nato se veže na vrh osrednje votline proteina, kjer se nahaja hidrofobno aromatsko omrežje, ki ima pomembno vlogo pri prepoznavanju substratov. Vezava substrata na to omrežje sproži konformacijsko spremembo proteina. Za spremembo je potrebna tudi energija, ki jo priskrbi molekula ATP. Vezava ATP-ja sproži tudi nastanek omrežja, ki povzroči, da se protein začne zvijati in obračati, skrči se tudi osrednja votlina proteina. Ko se osrednja votlina skrči, se substrat izloči v zunajcelični prostor. Pri celotnem procesu je pomembna tudi hidroliza ATP, ki služi temu, da se protein vrne nazaj v prvotno stanje.<br /> <br /> === Pia Trošt: Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature ===<br /> <br /> Zaradi naraščajočega vpliva antropogenih dejavnikov koralni grebeni hitro propadajo in korale se morajo prilagoditi vse bolj stresnemu okolju. Acropora tenuis je ena glavnih vrst koral ob obali Okinave na Japonskem in se pojavlja v treh barvnih različicah (N, G in P), med katerimi je bila opažena različna stopnja beljenja pri povišani temperaturi. Korale živijo v sožitju z algami iz družine Symbiodiniaceae. Pri različicah N in P je bila zaznana zmanjšana fotosintetska aktivnost simbiontov, medtem ko je različica G ohranila aktivnost tudi pri povišani temperaturi. Raziskava je pokazala, da vse barvne različice gostijo isti klad simbiontov, torej različne temperaturne odpornosti ni mogoče pripisati razliki v Symbiodiniaceae. Ker je bil genom A. tenuis dekodiran, je bilo mogoče identificirati gene za fluorescenčne proteine (GFP, CFP, RFP in ChrP). Poletna raziskava profilov izražanja posameznih proteinov je pokazala, da je bilo izražanje CFP in RFP pri vseh različicah nizko, različica P je pokazala višje izražanje ChrP, različica G pa višje izražanje GFP, ki se je ohranilo tudi pri višji temperaturi. Rezultati kažejo, da imajo vse različice enak nabor genov za fluorescenco, torej so barvne različice vzrok različnega izražanja genov FP, ki povečajo odpornost koral proti beljenju.<br /> <br /> === Gašper Struna: Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ===<br /> <br /> Sistemi toksin-antitoksin (TA) imajo pomembno vlogo v bakterijah. Vplivajo na stabilnost plazmida in imajo pomembno vlogo pri postsegregacijskem propadu. Če plazmida ni, antitoksin ne prepreči delovanja toksina in toksin povzroči propad celice. Poznamo sedem tipov TA sistemov, med katerimi je najpogostejši tip II. Pri tem tipu antitoksin prepreči delovanje toksina tako, da se močno veže nanj in s tem inhibira njegovo delovanje. TA sistem tipa II najdemo tudi v bakteriji Pseudoaltermonas rubra, in sicer je ta TA sistem predstavnik para ParE/PF03693. V raziskavi so ugotovili, da antitoksin (PrpA) iz tega para zmanjša delovanje toksina na več načinov, in sicer tako da se neposredno veže na toksin ali pa se veže na promotor TA operona in deluje kot represor. PrpA ima pomembno vlogo tudi pri replikaciji, saj se lahko veže na podobno mesto kot iniciatorski protein RepB in s tem onemogoči začetek replikacije. PrpA ima na N-koncu vezavno mesto za DNA, s C-koncem pa interagira s toksinom, je tudi labilen, vezava na toksin pa ga stabilizira. Pari ParE/PF03693 so tudi v nekaterih virulentnih bakterijah in njihova nadaljnja študija bi lahko pripomogla k boljšemu razumevanju odpornosti bakterij na antibiotike in njihovem virulentnem delovanju.<br /> <br /> === Nuša Kos Thaler: Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih ===<br /> <br /> Levivirusi so bakteriofagi z majhnim enoverižnim RNA genomom, ki ga sestavljajo 3–4 geni. Eden od njih je gen ''sgl'' (ang. single gene lysis), ki kodira protein za sprožitev avtolize gostiteljske celice in sprostitev virionov. Za razliko od dvoverižnih DNA bakteriofagov, ki encimsko razgradijo peptidoglikan (glavno enoto celične stene bakterijskih celic), protein Sgl pri lizi po navadi deluje kot nekompetitivni inhibitor in preprečuje njegov nastanek. Geni ''sgl'' so zelo majhni, raznoliki in pogosto vstavljeni v druge gene, zaradi česar jih težko odkrijemo. V nedavnih raziskavah so našli več deset tisoč genomov levivirusov, ki jih pred kratkim še nismo poznali. V določenih so odkrili gene ''sgl'' in preizkušali njihovo aktivnost na ''E. coli'' ter ugotovili, da lahko hitro ustvarijo gen ''sgl''. Bazna zaporedja najdenih genov ''sgl'' imajo zelo malo ali celo nobene podobnosti z baznimi zaporedji že preučevanih genov ''sgl''. V genomu posameznega bakteriofaga se lahko pojavlja več genov ''sgl'', kar pomeni, da bi lahko levivirusi hkrati okužili in lizirali celice evolucijsko oddaljenih bakterijskih vrst. Zaradi svoje raznolikosti, hitre evolucije in zmožnosti spreminjanja so potencialni vir za razvoj proteinskih antibiotikov in fagne terapije.<br /> <br /> === Nataša Vujović: How HER2 positive breast cancer cells evade treatments that utilize T cells ===<br /> <br /> Immunotherapy continues to show exciting promise in more effectively treating cancer especially hematologic malignancies but they have not proven effective in treating solid tumors. The T lymphocyte is of key importance to the immune system and is at the core of adaptive immunity. Their roles include directly killing infected host cells, activating other immune cells, producing cytokines and regulating the immune response. Global research efforts centering on T cell-engaging therapies like T-cell bispecific antibodies (TCBs) and chimeric antigen receptors (CARs), are conducted in hope of finding a more effective treatment for cancer. TCBs are typically designed to bind to a selected tumor-associated antigen and to a T cell receptor (TCR). CAR T cells are T cells that have been genetically engineered to produce an artificial T cell receptor for use in immunotherapy. Researchers have now found a novel mechanism of resistance to T cell therapies used by HER2 positive breast cancer cells. The resistance is obtained by disruption of interferon-gamma signaling. IFN-γ has a critical role in recognizing and eliminating pathogens. The disruption of its pathways happens by JAK2 down-modulation. The kinase JAK2 transduces the signal initiated by interferon-gamma. JAK2 was shown to be repeatedly disrupted in several resistant models.<br /> <br /> === Urša Zevnik: FOXO3, gen, povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom ===<br /> <br /> Forkhead box O3 (FOXO3) je protein, ki sodeluje pri številnih procesih, ki podaljšujejo življenjsko dobo in zavirajo s starostjo povezane bolezni. Ugotovili so, da imajo posamezniki z določeno različico tega gena kar trikrat večjo možnost, da dočakajo sto let. <br /> Ena izmed njegovih funkcij je tudi obramba nevralnih matičnih celic pred oksidativnim stresom. V oksidirajočih pogojih v celici pride do oksidacije cisteina na FOXO3, kar prepreči njegovo fosforilacijo. Tak protein se transportira v jedro, kjer deluje kot transkripcijski faktor. Med drugim poveča prepisovanje encima glicin-N-metiltransferaze (GNMT), ki katalizira reakcijo, pri kateri se porablja S-adenozil metionin (SAM). SAM kot metilni donor omogoča dozoritev jedrnih laminov, ker pa je zaradi več GNMT njegova razpoložljivost manjša, lamini ne dozorijo pravilno in se združujejo v skupke. To privede do prepustnosti jedrne membrane, iz jedra uhajajo fragmenti DNA, celica jih zamenja za virusne nukleotide in sproži interferonski odziv tipa I. Ta povzroči, da nevralne matične celice preidejo v dormantno stanje in se prenehajo deliti. To je ugodno, saj nevroni, nastali v stresnih razmerah, nebi preživeli, celice pa bi se pri delitvah izčrpavale. Tkivo bi torej prej izgubilo sposobnost obnavljanja in se prej postaralo.<br /> <br /> === Sara Borišek: Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2 ===<br /> <br /> Debelost je prisotna pri ljudeh že od nekdaj, v zadnjih letih pa je odstotek debelosti pri ljudeh kar precej narasel, predvsem pri mladih, s tem pa so narasle tudi zdravstvene težave ljudi s prekomerno težo. Predvsem je z debelostjo asociirana prehrana, ki vsebuje velik delež maščob ta pa s srčnimi obolenji. V ospredju je hipertrofija levega srčnega prekata, ki je eno izmed glavnih srčnih obolenj in povečuje tveganje za smrt. Hipertrofija levega prekata je zgostitev in povečanje sten levega prekata. Vse več pozornosti zato dobiva NADPH oksidaza 2 ali NOX-2, ki ima zaradi svojega vpliva na oksidativno škodo, povzročeno s prehrano, glavno vlogo pri ustvarjanju bioaktivnega superoksida. Znanstveniki so v raziskavi, ki je potekala na Šoli za biološko znanost Univerze v Readingu preverili ali obstaja povezava med proteinom NOX-2 in prehrano, ki vsebuje visok odstotek maščob pri hipertrofiji levega prekata. Trenutne ugotovitve so, da prehrana z visoko vsebnostjo maščob povzroči oksidativni stres, ki ga nadzira protein NOX-2, kar podpira hipertrofijo levega srčnega prekata. Zanimanje za selektivno ciljanje na protein NOX-2 kot terapevtsko strategijo je naraslo, zato so v raziskavi predlagali specifično ciljanje aktivacije srčnega proteina NOX-2, ki bi lahko bil izvedljiv pristop k ohranjanju funkcije miokarda v presnovnih pogojih.<br /> <br /> === Nika Ferk: Formulacije na osnovi biomaterijalov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim ===<br /> <br /> V seminarski nalogi si bomo podrobneje pogledali kako se človeštvo in današnja znanost spopadata z izzivi patogenih delcev in boleznimi, ki jih le te povzročajo. Z nalezljivo kužnimi boleznimi se človeštvo soča že od nekdaj. Skozi razvijanje tehnologij smo ustvarili cepiva. Običajno se klasična cepiva, pridobljena iz živih oslabljenih patogenov in inaktiviranih virusov, rekombinantnih proteinov in sintetičnih peptidov. S cepivi v telesu povzročimo imunski odziv in nastanek protiteles. Skozi napredovanje tehnologije, natančneje biotehnologije in nanotehnologije so na trg prišli biomateriali. Biomateriali imajo dober potencial za boj proti kužnim boleznim, predvsem zaradi njihovih lasnosti kot so: oblike in značilnosti površine, ki skupaj močno vplivajo na učinkovit način prenosa delcev. Še pomembneje pa je, da biomateriali omogočajo dostavo antigenov in imunsko stimulirajočih snovi, ki predstavljajo močan pristop cepljenja pri aktivaciji imunskih odzivov. Same pa lahko tudi vplivajo na zaščito materiala, ki ga nosijo in s tem lahko podaljšajo sproščanje. Raziskani in najbolj potencialni biomaterijali so sintetični in naravni polimerni delci, lipidi, samosestavljeni proteini, virusom podobni delci (VPD) in anorganski delci. Eden izmed najbolj uspešnejših biološko razgradljivih biomaterijalov je PLGA ali poli(mlečno-ko-glikolna kislina). Poleg kisline so bili tudi zelo uspešni anorganski nano delci, formulirani so bili kot sistem za dajenje cepiv zaradi njihovih ustreznih fiziokemijskih lastnosti.<br /> <br /> === Špela Rapuš: Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle ===<br /> <br /> Mikobakterije sicer uvrščamo med Grampozitivne bakterije, vendar imajo precej bolj zapleteno celično ovojnico. Ta sestoji iz notranje membrane, sloja peptidoglikana in dodatne mikomembrane, v kateri so značilne mikolične kisline. Odkrili so, da te bakterije tvorijo membranske vezikle na dva različna načina, odvisno od zunanjih pogojev, katerim so podvržene. Če mikobakterijo izpostavimo poškodovanju DNA se bo sprožil proces, angl. bubbling cell death, pri katerem se bodo tvorili membranski vezikli iz notranje membrane. Če pa bakterijo izpostavimo stresu na celično ovojnico, se ta odzove s procesom imenovanim angl. mycomembrane blebbing, pri katerem se iz mikomembrane odcepljajo vezikli. Kot modelni organizem so pri raziskavi uporabili Corynebacterium glutamicum in jo izpostavili mitomicinu C, ki je induciral stres na DNA in penicilinu G oz. deficitu biotina, ki sta zavirala biosintezo celične stene. Pri tem so se tvorili membranski vezikli na različne načine. Preučili so tudi lipidno sestavo membranskih veziklov in z rezultati skušali dokazati njihov izvor. Do podobnih ugotovitev pa so prišli tudi pri nekaterih drugih mikobakterijah. Membranski vezikli so izrednega pomena v proizvodnji cepiv in antibiotikov, zato so njihova dognanja velikega pomena.<br /> <br /> === Leila Bohorč: Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico ===<br /> <br /> Virusa ebola in Marburg spadata v družino filovirusov, ki veljajo za ene najnevarnejših patogenov na svetu. Za vstop v celice uporabljajo mehanizem, ki je posredovan z enim samim glikoproteinom na površini virusa. Odkritih je bilo že mnogo potencialnih inhibitorjev, a je ravno visoka smrtnost eden izmed razlogov za slabo poznavanje mehanizmov. Majhne molekule, ki lahko inhibirajo vstop filovirusov v celico, so lahko že odobrena zdravila, ki se sicer uporabljajo pri zdravljenju drugih bolezni. Na glikoproteinu virusa ebola je primarno vezavno mesto hidrofoben žep na območju notranje fuzijske zanke. Dve izmed številnih molekul, ki se lahko vežejo tja, sta ospemifen in toremifen, ki se razlikujeta le v stranski verigi. Toremifen se lahko zaradi bazične aminske funkcionalne skupine akumulira tudi v lizosomih, kar poveča njegovo učinkovitost. Dimetilaminska stranska veriga na tej molekuli pa nima posebne vloge pri direktni vezavi molekule na hidrofoben žep. Na glikoproteinu ebole obstaja še sekundarno vezavno mesto na območju domene HR2. Na bazični žep v tej regiji se vežejo le specifične molekule kot sta fluoksetin in toremifen. Ti molekuli proti eboli delujeta sinergično, proti Marburgu pa antagonistično. Na glikoproteinu virusa Marburg je domena HR2 primarno vezavno mesto.</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Temelji_biokemije_2023_-_seminar&diff=17996 2021-03-16T21:33:42Z

<p>Lbohorc: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3<br /> |-<br /> | Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger<br /> |-<br /> | Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik<br /> |-<br /> | Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič<br /> |-<br /> | Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan<br /> |-<br /> | Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek<br /> |-<br /> | Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc<br /> |-<br /> | Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc<br /> |-<br /> | Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm<br /> ||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec<br /> |-<br /> | Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević<br /> |-<br /> | Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl<br /> |-<br /> | Lana Bajec||||||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte<br /> |-<br /> | Leila Bohorč||Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović<br /> |-<br /> | Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe<br /> |-<br /> | Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal<br /> |-<br /> | Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar<br /> |-<br /> | Zarja Weingerl||Odkritje novih proteinov salmonele in njihove potencialne funkcije||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna<br /> |-<br /> | Teja Spruk||||||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar<br /> |-<br /> | Magdalena Ilievska||||||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara<br /> |-<br /> | Metka Rus||||||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt<br /> |-<br /> | Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh<br /> |-<br /> | Nik Vidmar||||||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik<br /> |-<br /> | Ana Maučec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk<br /> |-<br /> | Neža Peternel||||||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović<br /> |-<br /> | Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos<br /> |-<br /> | Pia Mencin||||||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač<br /> |-<br /> | Marko Kovačić||Vpliv avtofagije na prilagajanje celic drugačnim okoljskim razmeram||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec<br /> |-<br /> | Karidia Kolbl||||||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč<br /> |-<br /> | Klara Razboršek||||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek<br /> |-<br /> | Katja Resnik||||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica<br /> |-<br /> | Simona Kocheva||||||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić<br /> |-<br /> | Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl<br /> |-<br /> | Janja Bohte||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk<br /> |-<br /> | Tea Amidović||||||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska<br /> |-<br /> | Patricija Kolander||||||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus<br /> |-<br /> | Lev Jošt||||||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar<br /> |-<br /> | Tina Zajec||||||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar<br /> |-<br /> | Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec<br /> |-<br /> | Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel<br /> |-<br /> | Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić<br /> |-<br /> | Nuša Brdnik||||||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin<br /> |-<br /> | Ema Kavčič||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić<br /> |-<br /> | Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl<br /> |-<br /> | Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek<br /> |-<br /> | Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik<br /> |-<br /> | Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva<br /> |-<br /> | Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek<br /> |-<br /> | Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte<br /> |-<br /> | Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović<br /> |-<br /> | David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander<br /> |-<br /> | Sofija Stevanović||||||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt<br /> |-<br /> | Klara Ažbe||||||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec<br /> |-<br /> | Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh<br /> |-<br /> | Andraž Rotar||||||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar<br /> |-<br /> | Ela Kovač||||||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara<br /> |-}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Temelji_biokemije_2023_-_seminar&diff=17841 2021-03-07T21:32:15Z

<p>Lbohorc: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3<br /> |-<br /> | Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger<br /> |-<br /> | Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik<br /> |-<br /> | Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič<br /> |-<br /> | Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan<br /> |-<br /> | Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek<br /> |-<br /> | Urša Zevnik||Gen za dolgoživost ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc<br /> |-<br /> | Nika Ferk||Formulacije in površine na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc<br /> |-<br /> | Nataša Vujović||Nov mehanizem odpornosti celica raka dojke HER2 na T-celična bispecifična protitelesa in CAR-T||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm<br /> ||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec<br /> |-<br /> | Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević<br /> |-<br /> | Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl<br /> |-<br /> | Lana Bajec||||||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte<br /> |-<br /> | Leila Bohorč||Dokaz za različne mehanizme delovanja inhibitorjev vstopa filovirusov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović<br /> |-<br /> | Špela Rapuš||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe<br /> |-<br /> | Pavletič Primož Šenica||||||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal<br /> |-<br /> | Ivana Vukšinić||Vpliv metabolizma žvepla na razvoj mnogoceličnih organizmov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar<br /> |-<br /> | Zarja Weingerl||||||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna<br /> |-<br /> | Teja Spruk||||||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar<br /> |-<br /> | Magdalena Ilievska||||||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara<br /> |-<br /> | Metka Rus||||||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt<br /> |-<br /> | Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh<br /> |-<br /> | Nik Vidmar||||||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik<br /> |-<br /> | Ana Maučec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk<br /> |-<br /> | Neža Peternel||||||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović<br /> |-<br /> | Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in povrnitev vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos<br /> |-<br /> | Pia Mencin||||||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač<br /> |-<br /> | Marko Kovačić||Vpliv avtofagije na prilagajanje celic drugačnim okoljskim razmeram||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec<br /> |-<br /> | Karidia Kolbl||||||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč<br /> |-<br /> | Klara Razboršek||||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek<br /> |-<br /> | Katja Resnik||||||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica<br /> |-<br /> | Simona Kocheva||||||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić<br /> |-<br /> | Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl<br /> |-<br /> | Janja Bohte||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210305123802.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk<br /> |-<br /> | Tea Amidović||||||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska<br /> |-<br /> | Patricija Kolander||||||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus<br /> |-<br /> | Lev Jošt||||||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar<br /> |-<br /> | Tina Zajec||||||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar<br /> |-<br /> | Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec<br /> |-<br /> | Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel<br /> |-<br /> | Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić<br /> |-<br /> | Nuša Brdnik||||||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin<br /> |-<br /> | Ema Kavčič||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić<br /> |-<br /> | Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl<br /> |-<br /> | Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek<br /> |-<br /> | Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik<br /> |-<br /> | Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva<br /> |-<br /> | Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek<br /> |-<br /> | Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte<br /> |-<br /> | Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović<br /> |-<br /> | David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander<br /> |-<br /> | Sofija Stevanović||||||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt<br /> |-<br /> | Klara Ažbe||||||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec<br /> |-<br /> | Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh<br /> |-<br /> | Andraž Rotar||||||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar<br /> |-<br /> | Ela Kovač||||||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara<br /> |-}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Lbohorc https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Temelji_biokemije_2023_-_seminar&diff=17799 2021-02-23T23:14:16Z

<p>Lbohorc: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3<br /> |-<br /> | Gašper Struna||||||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger<br /> |-<br /> | Pia Špehar||||||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik<br /> |-<br /> | Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič<br /> |-<br /> | Pia Trošt||||||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan<br /> |-<br /> | Živa Urh||||||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek<br /> |-<br /> | Urša Zevnik||Gen za dolgoživost ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc<br /> |-<br /> | Nika Ferk||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc<br /> |-<br /> | Nataša Vujović||||||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec<br /> |-<br /> | Thaler Nuša Kos||||||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević<br /> |-<br /> | Ela Kovač||||||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl<br /> |-<br /> | Lana Bajec||||||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte<br /> |-<br /> | Leila Bohorč||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović<br /> |-<br /> | Špela Rapuš||||||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe<br /> |-<br /> | Pavletič Primož Šenica||||||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal<br /> |-<br /> | Ivana Vukšinić||||||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar<br /> |-<br /> | Zarja Weingerl||||||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna<br /> |-<br /> | Teja Spruk||||||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar<br /> |-<br /> | Magdalena Ilievska||||||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara<br /> |-<br /> | Metka Rus||||||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt<br /> |-<br /> | Pia Sotlar||||||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh<br /> |-<br /> | Nik Vidmar||||||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik<br /> |-<br /> | Ana Maučec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216115118.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk<br /> |-<br /> | Neža Peternel||||||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović<br /> |-<br /> | Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in povrnitev vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos<br /> |-<br /> | Pia Mencin||||||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač<br /> |-<br /> | Marko Kovačić||||||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec<br /> |-<br /> | Karidia Kolbl||||||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč<br /> |-<br /> | Klara Razboršek||||||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš<br /> |-<br /> | Katja Resnik||||||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica<br /> |-<br /> | Simona Kocheva||||||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić<br /> |-<br /> | Miha Razdevšek||||||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl<br /> |-<br /> | Janja Bohte||||||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk<br /> |-<br /> | Tea Amidović||||||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska<br /> |-<br /> | Patricija Kolander||||||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus<br /> |-<br /> | Lev Jošt||||||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar<br /> |-<br /> | Tina Zajec||||||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar<br /> |-<br /> | Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec<br /> |-<br /> | Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel<br /> |-<br /> | Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić<br /> |-<br /> | Nuša Brdnik||||||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin<br /> |-<br /> | Ema Kavčič||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić<br /> |-<br /> | Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl<br /> |-<br /> | Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek<br /> |-<br /> | Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik<br /> |-<br /> | Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva<br /> |-<br /> | Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek<br /> |-<br /> | Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte<br /> |-<br /> | Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović<br /> |-<br /> | David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander<br /> |-<br /> | Sofija Stevanović||||||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt<br /> |-<br /> | Klara Ažbe||||||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec<br /> |-<br /> | Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh<br /> |-<br /> | Andraž Rotar||||||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar<br /> |-<br /> | Sara Borišek||||||21.05.||24.05.||27.05.||Pavletič Primož Šenica||Špela Rapuš||Tinkara Butara<br /> |-}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Lbohorc