X-inaktivacija, imenovana tudi lionizacija po najditeljici Mary Lyon, je proces inaktivacije ene od dveh kopij X kromosoma pri ženskih sesalcih in nekaterih drugih organizmih. Kromosom se inaktivira na tak način, da postane transkripcijsko neaktiven in tako postane del heterokromatina (Barrovo telesce). To se zgodi že v gastrulacijski fazi embrionalnega razvoja. V glavi se nam takoj porajajo dve vprašanji. Zakaj, in kateri alel se pa inaktivira? Razlog za samo X inaktivacijo je kompenzacija količine genskih transkriptov. Ta proces poteka v različnih organizmih na različne načine. Vemo, da imajo ženske dva X kromosoma in moški le enega. Če razmišljamo še naprej pridemo do spoznanja, da pa če imajo ženske še en ekstra kromosom, potem imajo še enkrat toliko proteinov, kodiranih na kromosomu X. To je velik NE za organizem, saj med spoloma ni takšnih radikalnih razlik, da bi ženske potrebovale ekstra kromosom. Zato pride do inaktivacije kromosoma X, da se uravnovesi koncentracija X transkriptov. Kateri alel? Načeloma je to prepuščeno usodi, namreč gre za naključen proces. Načeloma. So pa tudi izjeme. X-inaktivacija pri vrečarjih poteka zmeraj na X kromosomu, podedovanem od očeta. Pri organizmu Drosophilia Melanogaster imajo, kot ljudje, samice XX in samci XY kromosome, vendar v tem primeru pride do drugačne genske kompenzacije. Samci namreč podvojijo ekspresijo X kromosoma in tako izenačijo količino transkriptov s samicami. Veliko raziskav je bilo opravljenih na temo inaktivacije od začetka 60. let, ko je Lyonova odkrila pojav. Mehanizem X inaktivacije je danes poznan, vendar ne do potankosti. Vemo, da velik del opravijo zelo zanimive molekule RNA, ki se imenujejo long non-coding RNAs . To so molekule RNA, ki ne kodirajo za proteine, ampak dejansko opravljajo samostojno funkcijo v celici. Kaj vse opravljajo, še ne moramo reči zagotovo. Vemo, da sodelujejo v X inaktivaciji in kromatinski makro arhitekturi. Lnc-RNA in si-RNA so tako izpodbile dogmo DNA->RNA->proteini.
==Xist RNA IN PRC2==
X-inaktivacija ne utiša celega kromosoma. 25% genov na inaktiviranem kromosomu (Xi) ostane aktivnih, saj sodelujejo pri inaktivaciji. Transkript Xist je ključen za inaktivacijo. Kodiran je na XIC regiji X kromosoma . Gre za lncRNA, katere delecija prepreči inaktivacijo X kromosoma. Vlogo Xist pri inaktivaciji si lahko predstavljamo kot aktivator. Xist RNA se veže na Xi kromosom in aktivira PRC2 (polycomb repressive complex 2). Ta se veže na Xist in tako te dve molekuli kot represivni plašč obdata X kromosom, ki postane Xi. Xist veže PRC2 preko Repeat A motiva na 5' koncu, ki veže katalitsko podenoto PRC2, EZH2.
==LINE regije==
Seveda nas zanima tudi, kako se učinek Xist razširi čez celoten Xi. Za širitev Xist RNA po celotnem Xi naj bi bile ključne regije LINE na Xi (angl. long interspersed nuclear element). Regijo LINE si lahko predstavljamo kot center inaktivacije, kjer se naberejo vsi inaktivacijski kompleksi. Ti naj bi potem potovali iz nukleosoma na nukleosom.

Takih centrov oz. postaj naj bi bilo na kromosomu X zelo veliko. Prav zaradi velike frekvence regij LINE na kormosomu X so te regije tudi odkrili. Prva stvar, ki so jo odkrili je, da inaktivacija preko mehanizma Xist ne deluje oz. veliko slabše deluje na avtosomnih kromosomih kakor na spolnem kormosomu X. Iz tega so lahko neposredno zaključili, da mora imeti kromosom X neke posebne regije, ki sodelujejo pri inaktivaciji Xist. Kromosom X vsebuje dvakrat več regij LINE kakor avtosomni kromosomi. Ne samo, da ima dvakrat več regij LINE, dokazali so tudi, da so te regije lepo razporejene čez celoten kromosom X. Na avtosomnih kromosomih pa so opazili, da so bile regije LINE skoncentrirane v raznih delih kromosoma. Pogostost regij LINE so dokazovali z metodo ''in situ'' hibridizacije.
==Regulacija mehanizma Xist==
V celici so skoraj vsi procesi zelo natančno nadzorovani. Prav tako je tudi pri mehanizmu inaktivacije Xist. Poznamo komplekse, ki inhibirajo Xist in komplekse, ki Xist aktivirajo. Vsi delujejo na nivoju transkripcije oz. na podlagi vezave na Xist promotor.
===Aktivacija Xist===
Obstaja veliko LncRNA, za nekatere so ugotovili, da aktivirajo Xist. Jpx in Ftx sta ena od znanih LncRNA, ki aktivirata Xist. Oba delujeta kot aktivatorja, ki se vežeta na Xist promotor in aktivirata transkripcijo Xist RNA. Mehanizem delovanja Jpx je že malo raziskan. Jpx ne deluje kot običajen transkripcijski faktor to pomeni, da prisotnost Jpx ne vpliva znatno na potek Xist, je pa nujno Jpx potreben. Pri miših, ki so imele izbit gen za Jpx ne prihaja do Xist inaktivacije kromosoma X. Jpx naj bi odcepljal inhibitor (CTCF) Xist promotorja, ki je običajno vezan na Xist promotor in preprečuje inaktivacijo kromosoma X.
===Inhibicija Xist===
LncRNA sodelujejo tudi pri inhibiciji Xist. Tsix učinkuje ravno nasprotno od Xist podobno kot par toksin-antitoksin. Tsix se veže na kromatin v območju Xist promotorja in spreminja njegovo obliko, vplival pa naj bi tudi na metilacijo DNA v regiji Xist. Vplival lahko tudi na celoten transkrpcijski aparat (prekine transkripcijo Xist). Lahko pa deluje tudi kot aktivna molekula RNA in povzroči sintezo represorjev (npr. metiltransferaza Dnmt3a), ki se vežejo na Xist promotor odcepijo aktivator in inhibirajo transkripcijo.
==Lokalizacija Xist RNA==
Največji problem pri inaktivaciji kromosoma X je bila predvsem lokalizacija, ki do nedavnega ni bila poznana. Za vse je »kriv« transkripcijski faktor YY1, bivalentni protein, sposoben vezave na RNA in DNA. YY1 je potreben, da Xist RNA v prvi fazi sploh prispe do nukleacijskega mesta, kjer se veže na 3 vezavna mesta, v bližini mesta »repeat F« na eksonu 1 Xist lokusa. Ker je YY1 bivalenten, deluje kot most med RNA in DNA ter poskrbi zato, da se Xist z PRC2 trdno zasidra in se nato začne širiti dalje po kromosomu.

Kot zanimivost je treba omeniti, da se YY1 veže samo na Xi in nikoli na Xa, natančneje sodeluje samo v cis Xist RNA, kjer vezanvna mesta niso blokirana. V nadaljnjih raziskavah pa želijo odkriti ali YY1 služi kot sidro za lncRNA- PRC2 tudi drugje v genomu.
== ==
Inaktivacija kromosoma X še zdaleč ni raziskana do konca in več kot vemo o njej in lncRNA, večji potencial ima tudi za zdravljenje raka. Do zdaj je bilo znano, da se inaktivacija zgodi že v gastrulacijski fazi embrionalnega razvoja, vendar ima pomembno vlogo tudi v kasnejšem razvoju in celo pri odraslih. Ker je z inaktivacijo utišanih nekaj 100 genov, med njimi tudi nekaj onkogenov, se pojavi problem pri reaktivaciji kromosoma X in v nepravilnem izražanju Xist, kar bi posledično pripeljalo do tumorogeneze. Problematična je tudi izguba enega od X kromosomov, kjer ostane samo močno ojačan Xa. Znano je, da imajo ti problemi vlogo pri raku dojke in jajčnikov.

Ravno z mehanizmom inaktivacije kromosoma X se je odkrila lncRNA in njena do zdaj še slabo raziskana vloga regulatorja genskega izražanja. Kot smo že spoznali, verige lncRNA so hkrati lahko represorji (Xist), lahko pa so tudi aktivatorji (Jpx), sodelujejo z transkripcijskimi faktorji in raznimi kompleksi (PRC2), na splošno pomembne od samih začetkov embrionalnega razvoja do odraslega osebka. Inaktiviran kromosom X pa ima tudi svojo vlogo, saj je dokazano, da če je popolnoma izbrisan ali pa reaktiviran vodi k razvoju raka.

Mehanizem X-inaktivacije

2015-05-09T21:38:29Z

Luka Dejanovic: New page: X-inaktivacija, imenovana tudi lionizacija po najditeljici Mary Lyon, je proces inaktivacije ene od dveh kopij X kromosoma pri ženskih sesalcih in nekaterih drugih organizmih. Kromosom se...

Inaktivacija kromosoma X

2015-05-09T21:03:55Z

Luka Dejanovic:

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija so v študijskem letu 2014/15 namenjeni posebnemu fenomenu v genetiki, inaktivaciji kromosoma X. Pri samicah živali namreč praviloma obstajata dve kopiji kromosoma X, pri samcih pa samo ena kopija. Glede na prisotnost dvojnega števila genov pri samicah, bi teoretično pričakovali tudi dvakratno koncentracijo mRNA in proteinov, kar pa se v resnici ne zgodi. En kromosom se utiša po posebnem mehanizmu, ki ga na kratko imenujemo tudi X-inaktivacija. V zadnjih letih je postalo znanega marsikaj, o čemer smo prej le domnevali, še vedno pa mehanizma X-inaktivacije še ne poznamo v celoti.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli v maju in začetku junija. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanj med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Letošnja tema je na stičišču več ved: genetike, embriologije, celične biologije, biokemije in molekularne biologije. Izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski in molekularnobiološki, nikakor pa ne opisujte na široko poteka raznih bolezni, ki so posledica napak pri inaktivaciji kromosoma X. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje dva dni pred predstavitvijo (do polnoči). Predstavitve seminarjev 1 in 2 bodo 6. maja, 3 in 4 11. maja, 5 in 6 13. maja, 7 in 8 18. maja, 9 in 10 pa 20. maja 2015. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').

Seznam naslovov tem in izhodiščnih virov:

# Evolucija spolnih kromosomov: http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.0060080
# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov: poglavje Functional diversity of X-linked genes v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA: http://www.sciencemag.org/content/319/5871/1787.long in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3858397/
# Mehanizem X-inaktivacije – to je ključni referat celotne letošnje serije in lahko pričakujete kakšno vprašanje na izpitu iz tega seminarja: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3771680/
# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X14011425
# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih: poglavje Variable XCI initiation and mosaic X expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Pobeg iz X-inaktivacije: poglavje Sex bias in gene expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/ ter http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3136209/
# Ponovna aktivacija kromosoma X: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3293375/
# Povečano izražanje genov na kromosomu X: poglavje Diverse mechanisms of X upregulation v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih: poglavje X chromosome regulation and disease v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/

== Skupine ==

Skupine za projektno nalogo oblikujte do 10.aprila (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 0. Evolucija mitohondrijskih genomov (Janez Gorenc, Petra Novak, Anja Dolenc)

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucija_spolnih_kromosomov# Evolucija spolnih kromosomov] (Amadeja Lapornik, Jerneja Kocutar, Katja Malovrh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Značilnosti_s_kromosomom_X_povezanih_geni# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov] (Neža Brezovar, Tina Šimunović)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Dolge_in_kratke_nekodirajoče_RNA# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA] (Ernest Šprager, Gašper Marinšek, Bine Tršavec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_X-inaktivacije# Mehanizem X-inaktivacije] (Dominik Dekleva, Luka Dejanović, Matej Vrhovnik)
# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza (Primož Tič, Tadej Ulčnik, Tomaž Žagar)
# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih (Jerneja Ovčar, Tjaša Sorčan, Urška Kašnik)
# Pobeg iz X-inaktivacije (Živa Moravec, Monika Pepelnjak, Enja Kokalj)
# Ponovna aktivacija kromosoma X (Vesna Podgrajšek, Marija Srnko, Urška Černe)
# Povečano izražanje genov na kromosomu X (Inge Sotlar, Anja Tanšek, Nuša Kelhar)
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih (Luka Lavrič, Nina Mavec, Jernej Vidmar)

BIO2 Povzetki seminarjev 2014

2014-11-13T21:11:39Z

Luka Dejanovic: /* Luka Dejanović: Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2014 stran]

=== Tadej Ulčnik: Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju ===

Transkripcijski faktorji so proteini, ki se specifično vežejo na DNA ter s tem omogočijo vezavo RNA polimeraze. Delujejo kot regulatorji izražanja genov. Primer transkripcijskih faktorjev so jedrni steroidni receptorji. Steroidni receptorji se nahajajo v citosolu in se aktivirajo ob vezavi steroidnih hormonov. Določeni vsebujejo med sabo podobno domeno, s katero se lahko več različnih receptorjev veže na isto zaporedje na promotorju. Še vedno ni znano kaj vse vpliva na potek translacije, tudi sami mehanizmi delovanja ostajajo še skrivnost. Primerjava aktivnosti in dinamike dveh podobnih steroidnih receptorjev, androgenega in glukokortikoidnega, ki imata v celici vlogo transkripcijskih faktorjev, je pokazala, da čeprav sta si receptorja podobna, to ne velja za njuno delovanje. Na promotorju nista bila ves čas prisotna v enaki količini, tudi količina prepisanega gena je bila različna. Ob dodatku inhibitorjev sta ta različno uspešno preprečevala transkripcijo, kar se je poznalo pri številu vezanih polimeraz in pri količini prepisanih mRNA. Za ta konkretni primer je bilo dokazano, da čeprav sta oba receptorja vplivala na izražanje gena, nista delovala na enak način in v enaki meri. Kaj vse je vplivalo na to je težko določiti, tako da to ostaja predmet nadaljnjih raziskav.

=== Dominik Dekleva: Aktivacija GPCR-jev v povezavi z vodo ===

Pomanjkljivosti do sedaj znanih metod za preučevanje proteinov, kot sta NMR- spektroskopija in rentgenska difrakcija, se kažejo, med drugim, pri preučevanju različnih proteinov in receptorjev, udeleženih v biosignalnih poti na atomarnem nivoju. Statične strukture nam ne povedo veliko o reorganizaciji vezi in dinamiki spreminjajočih se interakcij v proteinih, ki so ključne pri signalizacijskih poteh v celicah. Z uporabo nove metode, molekularnih dinamičnih (MD) simulacij, za katero stoji precej statistične matematike, lahko modele makromolekul opazujemo na atomarnem nivoju ter v mikrosekundnem časovnem oknu. Uporabnost omenjene metode se je dobro obnesla tudi v primeru švicarskih znanstvenikov iz Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, ki so preiskovali vlogo vode pri aktivaciji treh prototipskih GPCR-jev: adenozin A2A R, β2-adrenergični receptor in rodopsin, kar bom povzel v nadaljevanju. Dokazali so, da se z vezavo liganda znotraj sedmih α-vijačnic GPCR vzpostavi urejen vodni tunel, ki močno vpliva na spremembo konformacije proteina GPCR-ja, ki se zgodi zaradi reorganizacije številnih vodikovih vezi v notranjosti proteina GPCR. Ob vezavi liganda na molekulo GPCR se torej ustvari vodni tunel v molekuli, kar omogoča nadaljnjo signalizacijo in ustrezen odziv celice na primarni sporočevalec.

=== Nuša Kelhar: Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja ===
Celična membrana ali plazmalema je nekakšen ovoj celice, ki služi predvsem kot selektivna pregrada med celično zunanjostjo in notranjostjo. Sestavljena je iz lipidnega dvosloja in številnih proteinov, ki so povezani z membrano ali so vezani nanjo. Celične membrane se stalno spreminjajo zaradi odcepljanja in zlivanja veziklov ter zaradi interakcij z dinamičnim citoskeletom. Površina in oblika membrane močno vplivata na učinkovitost njene signalne aktivnosti. Ker reakcije pri prenosu signalov vključujejo tudi membranske komponente in vplivajo na citoskeletsko dinamiko, se s tem spreminja oblika membrane in oblika celice. Če poznamo odvisnost signalizacije od teh mehanizmov lahko že iz oblike celice napovemo, kakšne signale je prenesla ali prejela pred kratkim in prepoznamo nekatere znake nepravilnega delovanja signalnih poti, kar je pomembno pri identifikaciji rakavih celic in zdravljenju. Pomembni mehanizmi, s katerimi membrana sodeluje pri sporočanju so redukcija dimenzij, kjer se spremeni prostor gibanja delcev, ukrivljanje zaradi prostorskih gradientov receptorjev, kjer se receptorji združujejo na membranskih izboklinah in nato lateralno prehajajo, in sodelovanje s citoskeletom, ki izbokline stabilizira in omogoča, da delujejo kot nekakšna tipala. Pogledali si bomo tudi primere delovanja nekaterih načinov sporočanja med celicami in reakcije na določene signale, nekaj pa bomo povedali še o tem, kako njihovo nepravilno delovanje vpliva na razvoj rakavih celic.

=== Luka Lavrič: Glikoliza - Metabolizem v možganih ===
V svoji seminarski nalogi, sem se osredotočil na metabolizem v možganih. Za osnovni članek, sem si izbral temo, ki preučuje kakšni so vplivi na nevrone in astrocite, živčne celice, ki se nahajajo v možganih. Opisal sem raziskave in odzive astrocitov in nevronov na dušikov oksid, ki so jih izvedli na miših. Zaradi dušikovega oksida pride do zaviranja mitohondričnega dihanja, zaradi katerega nevroni hitro umrejo, medtem, ko astrociti izkoriščajo glikolizo-tipično-generirano ATP za povečanje svoje potencialne mitohondrijske membrane, s čimer postajajo vse bolj odporni na pro-apoptotične dražljaje. Nevroni ne morejo povečati glikolize zaradi pomanjkanja aktivnosti-glikolizne spodbude encima 6-fosfofrukto-2-kinaza / fruktoza 2,6-bisfosfatna izooblika 3 (PFKFB3), ki je pomemben za aktivacijo 6-fosfofrukto-1-kinaze (PFK1), ki je glavni regluator glikolize. V nevronih, se PFKFB3 neprestano razgrajuje preko E3 ubikvitin ligaze, ki spodbuja kompleksne/cyclosome (APC / C) - CDH1. Metabolizem glukoze v nevronih je usmerjen predvsem po poti pentoze-fosfata, ki vodi do regeneracije glutationa, ki je za nas zelo pomemben. Regulacija aktivnosti PFKFB3 s APC/C-CDH1 sistemom proteasoma je pomembna za razumevanje presnove glukoze, bioenergetsko oskrbo in po možnosti odziva na stres v delujočih možganih. Pri nevronih je visoka aktivnost regulatornega sistema APC/C-CDH1 vključena v preusmeritev presnove glukoze v smeri regeneracije reduciranega glutationa.

=== Primož Tič: Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze ===
Citratni cikel je pomemben člen metabolizma, saj njegovi intermediati vstopajo v mnoge anabolne poti. Zato so vsakršne napake v njegovem delovanju lahko usodne za organizem. Zelo pomemben encim citratnega cikla je piruvat karboksilaza, ki spremeni piruvat v oksaloacetat. Oksaloacetat je pomemben intermediat, saj lahko vstopi npr. v cikel glukoneogeneze in tako prepreči laktatno acidozo, ki je skupni simptom te metabolne okvare. Ker je cilj metabolizma proizvodnja energije v obliki molekul ATP, se celica na moteno delovanje metabolizma odzove s senzornimi proteini AMPK (''AMP-activated protein kinase''). Proteini spodbudijo katabolne procese, kjer nastajajo molekule ATP in zavirajo neesencialne anabolne procese, kjer se ATP porablja. Obratno deluje protein mTOR (''mammalian target of rapamycin''), ki spodbuja sintezo maščobnih kislin, proteinov in ogljikovih hidratov. Poznamo tri tipe bolezni: tip A, tip B in tip C. Najhujša oblika je tip B, kjer oseba umre v roku treh mesecev po rojstvu. Zaenkrat se bolezen še ne da zdraviti, jo pa lahko blažimo npr. z anaplerotično dieto. Anaplerotične reackije nadomeščajo intermediate npr. v citratnem ciklu, ko jih je malo. Anaplerotična dieta izkorišča alternativne intermediate, ki lahko zaobidejo nedelujoče encime in poteka metabolizem normalno. Tako se vsaj približno vzpostavi homeostaza celice. Primer takšnega intermediata je triglicerid triheptanoin, ki se lahko vključi v citratni cikel. V prihodnosti bi lahko takšne in podobne okvare zdravili z gensko terapijo.

=== Naida Hajdarević: Skrivnost metformina končno odkrita? ===
Metformin je eno najučinkovitejših zdravil za zdravljenje diabetesa tipa 2, saj zmanjša hepatično glukoneogenezo brez povečanja izločanja inzulina, povečanja telesne teže ali tveganja za razvoj hipoglikemije. Kljub temu, da se pacientom z diabetesom tipa 2 predpisuje že več kot pol stoletja, je njegov mehanizem delovanja prava uganka.
Raziskav na to temo je malo morje, z vsako so bili znanstveniki korak bližje odkritju skrivnosti metformina. Tako so leta 2000 v eni izmed raziskav prišli do prvega pravega zaključka: terapija z metforminom pri diabetikih zniža stopnjo proizvodnje glukoze preko inhibicije glukoneogeneze. Odgovoru, kako metformin inhibira glukoneogenezo, je bila bližje naslednja skupina raziskovalcev, ki je ugotovila, da je primarno mesto njegovega delovanja preko direktne inhibicije kompleksa I dihalne verige. Tako smo korak za korakom prišli do zadnjih raziskav, ki so mehanizem delovanja metformina razložile še natančneje – pokazale so, da metformin nekompetativno inhibira encim glicerol-3-fosfat dehidrogenazo, kar zmanjša pretvorbo laktata in glicerola ter zmanjša hepatično glukoneogenezo.

=== Marija Srnko: Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja ===

Rak-bolezen sodobne družbe. V večini primerov se njegova rast prične iz neznanih vzrokov. Neznan dražljaj v telesu sproži spremembe v genih in kot posledica se pojavi nenadzorovana in hitra rast spremenjenih celic. Določen delež obolenj pa je tudi dedno pogojen. Torej se mutacija genov prenaša iz generacije v generacijo. Že samo zdrav življenjski slog pa lahko pripomore k manjšemu tveganju za njegov razvoj. S hitrejšo rastjo oziroma poliferacijo celic pa pride do sprememba v metabolizmu. Bistvena razlika v primerjavi z metabolizmom normalnih celic je povečana potreba po glukozi. Kar bi lahko povezali s povečano potrebo makromolekul, potrebnih za pospešeno rast celic. Dosedanje najučinkovitejše zdravljenje temelji na kemoterapiji. Vendar si znanstveniki prizadevajo odkritje za organizem manj škodljivih snovi in procesov zdravljenja. V dani nalogi sem se posvetila zbiranju podatkov iz raziskav, ki temeljijo na inhibiranju glikoliznih reakcij. Izpostaviti sem žele encime oz reakcija na katerih je bilo do sedaj izvedenih največ poskusov in dejansko pomujajo možnosti za razvoj pacientu prijaznejšega zdravljenja. Zanimalo me je kakšen vpliv bi imela redukcija določenih reakcij na druga tkiva. Nekaj pozornosti pa sem namenila tudi razvoju nanotehnologije, ki bo kljub odkritju mehanizma inhibicije igrala pomembno vlogo pri transportu substratov do prizadetega tkiva.

=== Vesna Podgrajšek: Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ===
Toxoplasma gondii je znotrajcelična pražival in povzroča bolezen toksoplazmozo. Toxoplasma gondii pospešeno raste znotraj gostiteljevih vakuol, kjer se za svojo rast in replikacijo zanaša na gostiteljev ogljik in hranila. Ena izmed oblik parazita je tahizoit, kateri so se sposobni razmnoževati in napadati v vsakršni gostiteljski celici z jedrom. Proučevali in primerjali so metabolno pot ogljika v znotrajcelični in sproščeni oz. zunajcelični stopnji parazita. Ugotovili so, da toxoplasma gondii v znotrajcelični stopnji, aktivno katabolizira gostiteljevo glukozo preko cikla citronske kisline (TCA). Te stopnje tudi katabolizirajo glutamin preko TCA cikla in poti γ-aminobuturične kisline (GABA), ki generira molekule, ki vstopijo v TCA cikel. Mehanizem preoblikovanja piruvata v acetil-CoA še obstaja nepojasnjen, saj jim manjka PDH kompleks, ki povezuje glikolizo s TCA ciklom. Kemiča inhibicija (NaFAc) TCA cikla popolnoma prepreči znotrajcelično replikacijo parazita, kar pomeni da je potrebna popolna aktivnost TCA cikla. Paraziti, ki jim manjka GABA pot, imajo zavrto rast in niso sposobni ohraniti drsno motiliteto pod razmerami, kjer so hranila omejena (npr. zunaj celice), kar nakazuje, da ima GABA funkcijo kratkotrajne rezerve energije. Zatorej ima toxoplasma gondii tahizoiti metabolno fleksebilnost, ki najverjetneje dovoljuje zajedalcem inficiranje različnih tipov celic.

=== Ernest Šprager: Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov ===
Z razgradnjo maščob, ki predstavljajo estre glicerola in treh maščobnih kislin, pridobimo do 40 % vse energije. Maščobne kisline se, preden vstopijo v celice tankega črevesa, protonirajo in s tem postanejo nepolarne. Kljub temu, da se jih večina absorbira kar s pasivno difuzijo, membrane celic tankega črevesa vsebuje ogromno proteinov, ki imajo zelo različne funkcije. Nekateri med njimi olajšajo pasivno difuzijo preko ohranjanja kontracijskega gradienta maščobnih kislin, spet drugi uravnavajo število in velikost hilomikronov, s katerimi se maščobe prenesejo iz tankega črevesa v kri. Za nastanek hilomikrona se morajo v lumnu endoplazemskega retikuluma s pomočjo mikrosomalnega triglicerid transfer proteina okoli apolipoproteinskega jedra povezati triacilgliceridi skupaj z fosfolipidi. Celotna pot maščob od njihove absorbcije v tankem črevesu do sprostitve iz hilomikronov je natančno regulirana. Pomembno vlogo ima protein CD36, ki med drugim deluje kot nekakšen senzor, ki sporoča celicam količino maščob v tankem črevesu. Signalizacija deluje tako, da lahko CD36, kadar je povezan k maščobno kislino, fosforilira ostale encime, ti pa nato lahko vplivajo število hilomikronov, njihovo velikost in s tem tudi količino triacilgliceridov. Prav povišana količina triacilgliceridov v krvi je povezana z kardiovaskularnimi boleznimi, odpornostjo na inzulin in debelost, zato je boljše razumevanje sprejema maščob in njihovo pakiranje v hilomikrone pomembno.

=== Katja Malovrh: Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem ===
Citratni cikel je niz kemijskih reakcij, ki v aerobnih organizmih potekajo v mitohondrijih. Cikel je na prvem mestu reguliran s količino piruvata, pretvorjenega v Acetil-CoA, ki vanj lahko vstopi. V nadaljevanju procesa pa pri regulaciji sodelujejo tudi številni encimi, ki pretvarjajo intermediate iz ene oblike v drugo. Tako striktna regulacija procesa je izrednega pomena, saj bi brez nje lahko prišlo do prekomerne sinteze ATP, kar bi povzročilo velike izgube energije in mnoge zdravju škodljive spremembe. Kako pa se encimi citratnega cikla spreminjajo s staranjem? Raziskovalci so ugotovili, da se škoda, povzročena s strani prostih radikalov, ki nastajajo kot stranski produkti številnih reakcij, s staranjem močno povečuje. Škodljivi radikali povzročajo poškodbe vsepovsod v celici, najobičajnejša tarča pa so mitohondriji. Mitohondrijska DNA, ki prosto plava po matriksu je zaradi nezaščitenosti dovzetna za številne napade radikalov, ki povzročajo mutacije. Pri translaciji tako dobimo napačno zaporedje na mRNA, posledično nastajajo neaktivni oziroma predrugačeni proteini, ki ne opravljajo svojih nalog. V raziskavi, so znanstveniki ugotavljali če se kateri od encimov, vključenih v citratni cikel s staranjem spremeni, kako se spremeni in kakšne škodljive posledice imajo take spremembe za živi organizem. Ugotovili so, da se encimi spremenijo, da to povzroči nepopolno delovanje citratnega cikla in posledično slabšo proizvodnjo intermediatov, ki so za celice vitalnega pomena.

=== Urška Kašnik: Transport maščobnih kislin skozi človeško placento ===
Esencialne maščobne kisline in njihovi derivati dolgih verig večkrat nenasičenih maščobnih kislin (20c) kot sta dokosaheksaenoična kislina (DHA) in arahidonska kislina so bistvenega pomena za pravilno rast in razvoj zarodka. Vnos s hrano kot tudi presnova teh maščobnih kislin, ter njihov nadaljnji prenos iz matere na plod so zato pomembni rekviziti za razvoj plodu. Posteljica je ključni organ, prek katerega hranilne snovi, kot so te maščobne kisline, odtekajo iz matere na plod. Celični privzem (cellular uptake) in translokacija dolgih verig maščobnih kislin (LCFAs) v različnih tkivih se doseže s povezavo soobstoječih mehanizmov. Čeprav lahko LCFA vstopi v celico s pasivno difuzijo, nastajajoča poročila kažejo, da je vnos LCFA nadzorovan z membranskimi transportnimi/vezavnimi proteini kot so maščobnokislinska translokaza (FAT/CD36), plazmatski maščobnokislinski povezovalni protein (FABPpm), maščobnokislinski transportni protein (FATP) in znotrajcelični FABPs v številnih tkivih vključno z človeško posteljico. Za z maščobnimi kislinami aktivirane transkripcijske faktorje (PPARs, LXR, RXR in SREBP-1) je bilo pokazano, da regulirajo te maščobnokislinske transportne/povezovalne proteine in funkcije posteljice. Materinske maščobne kisline lahko tako morda same uravnavajo svoj transport skozi posteljico, kakor tudi funkcije posteljice preko z maščobnimi kislinami aktiviranih transkripcijskih faktorjev. V svoji seminarski nalogi sem povzela nedavni razvoj na področju transporta in metabolizma maščobnih kislin posteljice in vlogo regulacije omenjenih proteinov v teh procesih.

=== Tjaša Sorčan: Ketonska dopolnila zmanjšujejo preživetje tumorskih celic ===
Tumorske celice imajo zaradi genetskih mutacij in mitohondrijske disfunkcije povečano porabo glukoze. Rakave celice se zanašajo na presežek glukoze za uspešno proliferacijo in rast, a je to hkrati njihova največja pomanjkljivost, kar nam pokaže tudI Warburgov učinek. Otto Warburg, po katerem se ta učinek tudi imenuje, predvideva, da naj bi bil glavni vzrok za nastanek rakastih obolenj preklop pri nastajanja energije v obliki ATP iz aerobne kemiosmotske sklopitve v anaerobno glikolizo. Tumorske celice so nezmožne uporabiti ketonska telesa za proizvodnjo energije, zato obstaja hipoteza, da naj bi ketonska telesa zavirala rast tumorskih celic. To so skušali ugotoviti s poskusi na miših, ki so jim vbrizgali VM-M3 kulture, ki so močno metastatske ob dodatku oziroma odsotnosti beta-hidroksibutirata (ketonsko telo). Podoben poskus izvedejo tudi s štirimi mišmi, katerim so bile v hrano dodna različna ketonska dopolnila – 1,3-butadiol (BD) ali keton ester (KE). Rast tumorja so spremljali z bioluminiscenco in vivo. Merili so čas preživetja, rast tumorja, glukozo v krvi, beta-hidroksibutirat v krvi in telesno težo. Ketonska dopolnila so znižala proliferacijo in življenjsko dobo rakavih celic tudi v prisotnosti visoke koncentracije glukoze. BD in KE sta povišala življenjsko dobo miši za 51% oziroma celo 69% v miših z metastatskim rakom. Ketonska dopolnila torej zavirajo rast rakavih celic, neodvisno od koncentracije glukoze ali omejitve kalorij.

=== Bine Tršavec: Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze ===
Glutamat dehidrogenaza (GDH) je eden izmed encimov potrebnih pri metabolizmu aminokislin. Kot nam pove ime, je njegova naloga, da dehidrogenira glutamat, kar vodi do oksidativne deaminacije glutamata v α-ketoglutarat. Brez encima ta reakcija ne bi potekala, ker je sprememba gibbsonove proste energije za reakcijo pozitivna. α-ketoglutarat se potem prenese v Krebsov cikel, kjer se na koncu pretvori v energijo v obliki ATP. Encim je prisoten pri vseh živih bitjih, saj omogoča povezavo med razgradnjo aminokislin in energijskimi potrebami celice. Zaradi različnih potreb po regulaciji obstaja več vrst tega encima. Zaradi njene naloge se glutamat dehidrogenaza pri evkariontih nahaja v mitohondrijih (kjer poteka tudi Krebsov cikel), v manjši količini pa tudi v endoplazmatskem retiklu (kjer se sintetizira). Lokacija v celici je bila dokazana z vezavo GFP-ja. V nekaterih primerih lahko predstavlja kar 10% vseh mitohondrijskih proteinov. Regulacija encima je zelo kompleksna. Nanj delujejo številni alostreični regulatorji, ki z vezavo naredijo mehanske ovire in zmanjšajo njegovo aktivnost. Najnovejše raziskave dokazujejo, da pri tem pomagajo tudi sirtuini. Dolga leta so znanstveniki preučevali natančno zgradbo in delovanje GDH, ter pri tem naleteli na kar nekaj težav. Po 50 letih raziskav tako boljše razumemo pomen in evolucijski razvoj tega pomembnega encima. V mojem seminarju sem se osredotočil na zgradbo in reguliranje encima.

=== Nina Mavec: Katabolizem triptofana in rak ===
Ker je rak v sodobnem svetu ena izmed bolezni, ki povzročijo največ smrti, se v zadnjem času izvaja vse več raziskav o samih vzrokih in mehanizmih za nastanek te nevarne bolezni v upanju, da bi s pomočjo ugotovitev lahko razvili, nove, boljše metode zdravljenja. Že nekaj časa je znano, da metabolizem triptofana vpliva na rast in maligni razvoj tumorjev, tako da oslabi imunski odziv celice. Pri katabolizmu te esencialne aminokisline je pomembna kinureninska pot, preko katere se katalizira večina triptofana, nastajajo pa razni metaboliti, med katerimi je tudi kinurenin. Obstajajo trije encimi, ki katalizirajo prvo stopnjo te reakcije, to so indolamin 2,3-dioksigenaza (IDO), triptofan 2,3-dioksigenaza (TDO) in indolamin 2,3-dioksigenaza 2 (IDO2). Ob povečanem katabolizmu triptofana v tumorskem tkivu se vzpostavi imunosupresivno okolje, ki tumorjem omogoča, da se izognejo imunskemu odzivu organizma. To se zgodi preko dveh mehanizmov, ki pa oba prispevata k vzpostavitvi take imunosupresije. Zmanjšana količina triptofana preko protein-kinaze GCN2 povzroči apoptozo limfocitov T. Več kinurenina, ki pri katabolizmu triptofana nastaja, pa preko transkripcijskega faktorja AhR povzroči diferenciacijo regulatornih limfocitov T, ki tumorju omogočajo imunsko toleranco. Inhibitorji teh treh encimov, ki omogočajo katabolizem triptofana, so torej privlačno potencialno zdravilo in raziskave v tej smeri že potekajo.

=== Enja Kokalj: Toksičnost amonijaka za možgane ===
Amonijak nastane v metabolizmu aminokislin. V serumu je v fizioloških pogojih večinoma prisoten v obliki amonijevega iona NH4+. Cikel sečnine, ki se odvija v jetrih, služi pretvorbi NH4+ v sečnino, ki se nato izloči iz organizma, saj je koncentracija NH4+ v krvi regulirana. Kljub temu, da možgani ne morejo sintetizirati uree iz NH4+, je njegova koncentracija v centralnem živčnem sistemu prav tako regulirana. Presežek NH4+ je za centralni živčni sistem toksičen. Pri odraslih ponavadi pride do hiperamonemije zaradi odpovedi jeter, pri otrocih pa zaradi motenj v ciklusu sečnine, ta pa vodi do hepatične encefalopatije, ki povzroči motje zavesti, v skrajnih primerih pa tudi komo. Stopnja ireverzibilne škode, ki jo možgani utrpijo, je odvisna od stopnje razvitosti možganov ter tudi intenzivnosti in dolžine izpostavitve visokim koncentracijam NH4+. Ker se vsa bolezenska stanja, ki nastopijo, odražajo na možganih, ti tudi predstavljajo osrednji predmet vseh spekulacij o mehanizmih toksičnosti amonijaka. Večja količina NH4+ v krvi vpliva na koncentracije številnih aminokislin, še posebej glutamina, glutamata in arginina, ovira normalno delovanje nevronov in s tem tudi prenos živčnih signalov ter onemogoča optimalno sintezo dušikovega oksida. Vse te motnje vzdrževanja celične homeostaze imajo lahko ireverzibilen vpliv na naše možganske celice, v primeru, da stanja ne zdravimo, pa lahko pride celo do smrti.

=== Inge Sotlar: Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene ===
Rastlinsko tkivo gradijo rastlinske celice, ki se od živalskih razlikujejo po tem, da poleg tipičnih organelov vsebujejo še plastide, vakuolo in celično steno. Debelejša in dokaj trdna celična stena je zelo dinamičen del celice. Njene osnovne naloge so, da vzdržuje osmotski tlak in obliko celice ter jo ščiti pred vplivi okolja. Glavni gradnik celične stene rastlin je celuloza, polisaharid iz več sto ali tisoč enot glukoze, ki se nahaja v obliki kristaliničnih mikrofibril. Vsako posamezno celulozno mikrofibrilo sintetizira transmembranski proteinski kompleks na plazmalemi, sintaza celuloze. Pod mikroskopom so sintaze vidne kot strukture, podobne rozeti, ki se vzdolž plazmaleme premikajo s pomočjo obodnih mikrotubulov in tudi aktinskih filamentov. Rozeta je heksamer, sestavljen iz 36 proteinov, ki sintetizirajo celulozo (CesA proteinov). Dva sosednja CesA proteina se povežeta preko cinkovega prsta in tvorita kompleks, kateri izgradi posamezno verigo celuloze. Na katalitsko domeno encima se veže substrat UDP-glukoza, ki se sintetizira s pomočjo sintaze sukroze ali pirofosforilaze UDP-glukoze. V naslednjem koraku se UDP-glukoza, donor glikozilne skupine, prenese na rastočo verigo. Zaradi steričnih ovir se na glavno verigo ne dodajajo monomeri glukoze, temveč celobioza – disaharid glukoze. Drugi polisaharid, ki tvori steno, je hemiceluloza. Verige hemiceluloze so krajše in za razliko od celuloze ne kristalizirajo. S celulozo se prepletajo v t.i. matriksu pektina, ki je tretja glavna sestavina celične stene. Če se razvije sekundarna celična stena, se v matriks vgradi še lignin in poveča trdnost.

=== Peter Pečan: Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije ===
Nealkoholna maščobna bolezen jeter (NAFLD) je izraz, ki predstavlja širok spekter bolezni jeter. Spada med najpogostejše kronične bolezni jeter v razvitem svetu, pojavlja pa se predvsem pri ljudeh s prekomerno telesno težo, ki ne uživajo prevelikih količin alkohola (ta lahko namreč povzroči enake oz. zelo podobne okvare). Najverjetnejši model razvoja bolezni predpostavlja delovanje v dveh stopnjah. V prvi stopnji pride do zvišane odpornosti na insulin, hiperglikemije, hiperlipidemije in nabiranja trigliceridov v jetrih, v drugi pa do oksidativnega stresa. V obeh stopnjah lahko pride do okvare mitohondrijev. Do napak naj bi prišlo, ker so mitohondriji ključni pri procesu β-oksidacije prostih maščobnih kislin (FFA). Te reakcije so namreč največji vir reaktivnih kisikovih spojin (ang. reactive oxygen species, ROS), ki sicer niso vedno škodljive, vendar lahko v povečanih količinah pripeljejo do močnega oksidativnega stresa. V predhodnjih raziskavah so dokazali, da ROS negativno vplivajo na procese oksidativne fosforilacije. Tako je pri osebah, ki imajo povečan vnos maščob, njihova oksidacija povečana, koncentracija ATP molekul pa posledično manjša kot običajno. Antioksidanti in antiperoksinitriti preprečijo takšne spremembe v oksidativni fosforilaciji, iz česar lahko z veliko gotovostjo sklepamo, da oksidativni stres res igra ključno vlogo pri patogenezi teh sprememb. Uporaba teh antioksidantov bi zato morda lahko bila uporabljena tudi za zdravljenje NAFLD pri ljudeh.

=== Jernej Vidmar: Oksidatvina fosforilacija v rakavih celicah ===
Mitohondriji so ključni celični organeli, ki sodelujejo v metabolizmu, igrajo ključno vlogo pri celični smrti in signalnih poteh. Za sintezo ATP preko oksidativne fosforilacije mitohondriji porabijo večino kisika, ki ga celica prejme, pri tem pa kot stranski produkt proizvede večino reaktivnih kisikovih spojin. Reaktivne kisikove spojine igrajo pomembno vlogo pri karcinogenezi, saj zaradi svoje oksidativnosti povzročajo poškodbe na celičnih makromolekulah. Povezanost mitohondrijskih funkcij z rakom še ni razvozlana, vendar je potrjena velika vpletenost, saj mitohondriji, poleg tega da igrajo ključno vlogo pri proizvodnji energije in regulirajo reaktivne kisikove spojine, nadzirajo celično življenje in smrt. To je zelo pomembno, saj lahko tumorske celice razvijejo odpornost na apoptozo na številne načine, med drugim preko mitohondrijskih nepravilnosti, izražanju protiapoptotskih proteinov ali negativni regulaciji ali mutaciji proapoptotskih proteinov. Rakave celice morajo svoj metabolizem prilagoditi, tako da proizvedejo molekule in energijo potrebno za rast tumorja in za morebitno spremembo okolja kjer preživijo. V rakavih celicah je veliko posebnosti, ki se tičejo oksidativne fosforilacije-nepravilnosti v kompleksih dihalne verige, posebna regulacija memebranskega potenciala, mutacije mitohondrijske DNA in mutacije genov v jedru, ki vplivajo na oksidativno fosforilacijo. Odkrivanje mehanizmov delovanja nekaterih molekul, katerih nepravilnosti v izražanju povzročajo rakave celice, bo v prihodnje pripomoglo k diagnostriciranju in zdravljenju raka.

=== Luka Dejanović: Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev ===
Mitohondrij je eden od organelov v evkariontski celici. Ima dve membrani zunanjo in notranjo. Notranja membrana je močno nagubana, saj tako omogoča povečanje površine za potek dihalne verige (RC). Njegova glavna naloga je proizvodnja ATP. V mitohondriju poteka ogromno število reakcij. Včasih se zgodi, da se kakšna tudi zalomi. Tako lahko npr. iz enega od citokromov (RC) uide elektron, ki pa lahko reagira s kisikom v bližini. Nastanejo reaktivni oksidativni intermediati (ROS). Te lahko reagirajo z bližnjimi biomolekulami in jih poškoduje. Prav zaradi takih situacij so celice razvile sistem ki stalno nadzoruje delovanje mitohondrija in ga ohranja funkcionalnega. Prav te sistemi so osnova za to seminarsko nalogo. Delijo se v 3 večje skupine glede na nivo delovanja: molekularni, na nivoju organelov in celični. Najbolj raziskan je sistem za lovljenje ROS, v mitohondriju imamo encime, ki so sposobni ROS spremeniti v vodikov peroksid, ta se kasneje razgradi na vodo in kisik. Naprej poznamo še sistem, ki lahko popravlja mitohondrijsko DNA. Več sistemov, ki popravljajo proteine in jih zvijajo nazaj v nativne konformacije. Poznamo pa tudi take mehanizme, ki mitohondrij vodijo v mitofagijo. Najbolj skrajni sistem deluje na celičnem nivoju in lahko sproži apoptozo. Toda tudi te mehanizmi niso vsemogočni, torej se naši mitohondriji vseeno kvarijo in jih je potrebno obnavljati.

BIO2 Povzetki seminarjev 2014

2014-11-12T06:20:58Z

Luka Dejanovic: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2014 stran]

=== Tadej Ulčnik: Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju ===

Transkripcijski faktorji so proteini, ki se specifično vežejo na DNA ter s tem omogočijo vezavo RNA polimeraze. Delujejo kot regulatorji izražanja genov. Primer transkripcijskih faktorjev so jedrni steroidni receptorji. Steroidni receptorji se nahajajo v citosolu in se aktivirajo ob vezavi steroidnih hormonov. Določeni vsebujejo med sabo podobno domeno, s katero se lahko več različnih receptorjev veže na isto zaporedje na promotorju. Še vedno ni znano kaj vse vpliva na potek translacije, tudi sami mehanizmi delovanja ostajajo še skrivnost. Primerjava aktivnosti in dinamike dveh podobnih steroidnih receptorjev, androgenega in glukokortikoidnega, ki imata v celici vlogo transkripcijskih faktorjev, je pokazala, da čeprav sta si receptorja podobna, to ne velja za njuno delovanje. Na promotorju nista bila ves čas prisotna v enaki količini, tudi količina prepisanega gena je bila različna. Ob dodatku inhibitorjev sta ta različno uspešno preprečevala transkripcijo, kar se je poznalo pri številu vezanih polimeraz in pri količini prepisanih mRNA. Za ta konkretni primer je bilo dokazano, da čeprav sta oba receptorja vplivala na izražanje gena, nista delovala na enak način in v enaki meri. Kaj vse je vplivalo na to je težko določiti, tako da to ostaja predmet nadaljnjih raziskav.

=== Dominik Dekleva: Aktivacija GPCR-jev v povezavi z vodo ===

Pomanjkljivosti do sedaj znanih metod za preučevanje proteinov, kot sta NMR- spektroskopija in rentgenska difrakcija, se kažejo, med drugim, pri preučevanju različnih proteinov in receptorjev, udeleženih v biosignalnih poti na atomarnem nivoju. Statične strukture nam ne povedo veliko o reorganizaciji vezi in dinamiki spreminjajočih se interakcij v proteinih, ki so ključne pri signalizacijskih poteh v celicah. Z uporabo nove metode, molekularnih dinamičnih (MD) simulacij, za katero stoji precej statistične matematike, lahko modele makromolekul opazujemo na atomarnem nivoju ter v mikrosekundnem časovnem oknu. Uporabnost omenjene metode se je dobro obnesla tudi v primeru švicarskih znanstvenikov iz Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, ki so preiskovali vlogo vode pri aktivaciji treh prototipskih GPCR-jev: adenozin A2A R, β2-adrenergični receptor in rodopsin, kar bom povzel v nadaljevanju. Dokazali so, da se z vezavo liganda znotraj sedmih α-vijačnic GPCR vzpostavi urejen vodni tunel, ki močno vpliva na spremembo konformacije proteina GPCR-ja, ki se zgodi zaradi reorganizacije številnih vodikovih vezi v notranjosti proteina GPCR. Ob vezavi liganda na molekulo GPCR se torej ustvari vodni tunel v molekuli, kar omogoča nadaljnjo signalizacijo in ustrezen odziv celice na primarni sporočevalec.

=== Nuša Kelhar: Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja ===
Celična membrana ali plazmalema je nekakšen ovoj celice, ki služi predvsem kot selektivna pregrada med celično zunanjostjo in notranjostjo. Sestavljena je iz lipidnega dvosloja in številnih proteinov, ki so povezani z membrano ali so vezani nanjo. Celične membrane se stalno spreminjajo zaradi odcepljanja in zlivanja veziklov ter zaradi interakcij z dinamičnim citoskeletom. Površina in oblika membrane močno vplivata na učinkovitost njene signalne aktivnosti. Ker reakcije pri prenosu signalov vključujejo tudi membranske komponente in vplivajo na citoskeletsko dinamiko, se s tem spreminja oblika membrane in oblika celice. Če poznamo odvisnost signalizacije od teh mehanizmov lahko že iz oblike celice napovemo, kakšne signale je prenesla ali prejela pred kratkim in prepoznamo nekatere znake nepravilnega delovanja signalnih poti, kar je pomembno pri identifikaciji rakavih celic in zdravljenju. Pomembni mehanizmi, s katerimi membrana sodeluje pri sporočanju so redukcija dimenzij, kjer se spremeni prostor gibanja delcev, ukrivljanje zaradi prostorskih gradientov receptorjev, kjer se receptorji združujejo na membranskih izboklinah in nato lateralno prehajajo, in sodelovanje s citoskeletom, ki izbokline stabilizira in omogoča, da delujejo kot nekakšna tipala. Pogledali si bomo tudi primere delovanja nekaterih načinov sporočanja med celicami in reakcije na določene signale, nekaj pa bomo povedali še o tem, kako njihovo nepravilno delovanje vpliva na razvoj rakavih celic.

=== Luka Lavrič: Glikoliza - Metabolizem v možganih ===
V svoji seminarski nalogi, sem se osredotočil na metabolizem v možganih. Za osnovni članek, sem si izbral temo, ki preučuje kakšni so vplivi na nevrone in astrocite, živčne celice, ki se nahajajo v možganih. Opisal sem raziskave in odzive astrocitov in nevronov na dušikov oksid, ki so jih izvedli na miših. Zaradi dušikovega oksida pride do zaviranja mitohondričnega dihanja, zaradi katerega nevroni hitro umrejo, medtem, ko astrociti izkoriščajo glikolizo-tipično-generirano ATP za povečanje svoje potencialne mitohondrijske membrane, s čimer postajajo vse bolj odporni na pro-apoptotične dražljaje. Nevroni ne morejo povečati glikolize zaradi pomanjkanja aktivnosti-glikolizne spodbude encima 6-fosfofrukto-2-kinaza / fruktoza 2,6-bisfosfatna izooblika 3 (PFKFB3), ki je pomemben za aktivacijo 6-fosfofrukto-1-kinaze (PFK1), ki je glavni regluator glikolize. V nevronih, se PFKFB3 neprestano razgrajuje preko E3 ubikvitin ligaze, ki spodbuja kompleksne/cyclosome (APC / C) - CDH1. Metabolizem glukoze v nevronih je usmerjen predvsem po poti pentoze-fosfata, ki vodi do regeneracije glutationa, ki je za nas zelo pomemben. Regulacija aktivnosti PFKFB3 s APC/C-CDH1 sistemom proteasoma je pomembna za razumevanje presnove glukoze, bioenergetsko oskrbo in po možnosti odziva na stres v delujočih možganih. Pri nevronih je visoka aktivnost regulatornega sistema APC/C-CDH1 vključena v preusmeritev presnove glukoze v smeri regeneracije reduciranega glutationa.

=== Primož Tič: Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze ===
Citratni cikel je pomemben člen metabolizma, saj njegovi intermediati vstopajo v mnoge anabolne poti. Zato so vsakršne napake v njegovem delovanju lahko usodne za organizem. Zelo pomemben encim citratnega cikla je piruvat karboksilaza, ki spremeni piruvat v oksaloacetat. Oksaloacetat je pomemben intermediat, saj lahko vstopi npr. v cikel glukoneogeneze in tako prepreči laktatno acidozo, ki je skupni simptom te metabolne okvare. Ker je cilj metabolizma proizvodnja energije v obliki molekul ATP, se celica na moteno delovanje metabolizma odzove s senzornimi proteini AMPK (''AMP-activated protein kinase''). Proteini spodbudijo katabolne procese, kjer nastajajo molekule ATP in zavirajo neesencialne anabolne procese, kjer se ATP porablja. Obratno deluje protein mTOR (''mammalian target of rapamycin''), ki spodbuja sintezo maščobnih kislin, proteinov in ogljikovih hidratov. Poznamo tri tipe bolezni: tip A, tip B in tip C. Najhujša oblika je tip B, kjer oseba umre v roku treh mesecev po rojstvu. Zaenkrat se bolezen še ne da zdraviti, jo pa lahko blažimo npr. z anaplerotično dieto. Anaplerotične reackije nadomeščajo intermediate npr. v citratnem ciklu, ko jih je malo. Anaplerotična dieta izkorišča alternativne intermediate, ki lahko zaobidejo nedelujoče encime in poteka metabolizem normalno. Tako se vsaj približno vzpostavi homeostaza celice. Primer takšnega intermediata je triglicerid triheptanoin, ki se lahko vključi v citratni cikel. V prihodnosti bi lahko takšne in podobne okvare zdravili z gensko terapijo.

=== Naida Hajdarević: Skrivnost metformina končno odkrita? ===
Metformin je eno najučinkovitejših zdravil za zdravljenje diabetesa tipa 2, saj zmanjša hepatično glukoneogenezo brez povečanja izločanja inzulina, povečanja telesne teže ali tveganja za razvoj hipoglikemije. Kljub temu, da se pacientom z diabetesom tipa 2 predpisuje že več kot pol stoletja, je njegov mehanizem delovanja prava uganka.
Raziskav na to temo je malo morje, z vsako so bili znanstveniki korak bližje odkritju skrivnosti metformina. Tako so leta 2000 v eni izmed raziskav prišli do prvega pravega zaključka: terapija z metforminom pri diabetikih zniža stopnjo proizvodnje glukoze preko inhibicije glukoneogeneze. Odgovoru, kako metformin inhibira glukoneogenezo, je bila bližje naslednja skupina raziskovalcev, ki je ugotovila, da je primarno mesto njegovega delovanja preko direktne inhibicije kompleksa I dihalne verige. Tako smo korak za korakom prišli do zadnjih raziskav, ki so mehanizem delovanja metformina razložile še natančneje – pokazale so, da metformin nekompetativno inhibira encim glicerol-3-fosfat dehidrogenazo, kar zmanjša pretvorbo laktata in glicerola ter zmanjša hepatično glukoneogenezo.

=== Marija Srnko: Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja ===

Rak-bolezen sodobne družbe. V večini primerov se njegova rast prične iz neznanih vzrokov. Neznan dražljaj v telesu sproži spremembe v genih in kot posledica se pojavi nenadzorovana in hitra rast spremenjenih celic. Določen delež obolenj pa je tudi dedno pogojen. Torej se mutacija genov prenaša iz generacije v generacijo. Že samo zdrav življenjski slog pa lahko pripomore k manjšemu tveganju za njegov razvoj. S hitrejšo rastjo oziroma poliferacijo celic pa pride do sprememba v metabolizmu. Bistvena razlika v primerjavi z metabolizmom normalnih celic je povečana potreba po glukozi. Kar bi lahko povezali s povečano potrebo makromolekul, potrebnih za pospešeno rast celic. Dosedanje najučinkovitejše zdravljenje temelji na kemoterapiji. Vendar si znanstveniki prizadevajo odkritje za organizem manj škodljivih snovi in procesov zdravljenja. V dani nalogi sem se posvetila zbiranju podatkov iz raziskav, ki temeljijo na inhibiranju glikoliznih reakcij. Izpostaviti sem žele encime oz reakcija na katerih je bilo do sedaj izvedenih največ poskusov in dejansko pomujajo možnosti za razvoj pacientu prijaznejšega zdravljenja. Zanimalo me je kakšen vpliv bi imela redukcija določenih reakcij na druga tkiva. Nekaj pozornosti pa sem namenila tudi razvoju nanotehnologije, ki bo kljub odkritju mehanizma inhibicije igrala pomembno vlogo pri transportu substratov do prizadetega tkiva.

=== Vesna Podgrajšek: Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ===
Toxoplasma gondii je znotrajcelična pražival in povzroča bolezen toksoplazmozo. Toxoplasma gondii pospešeno raste znotraj gostiteljevih vakuol, kjer se za svojo rast in replikacijo zanaša na gostiteljev ogljik in hranila. Ena izmed oblik parazita je tahizoit, kateri so se sposobni razmnoževati in napadati v vsakršni gostiteljski celici z jedrom. Proučevali in primerjali so metabolno pot ogljika v znotrajcelični in sproščeni oz. zunajcelični stopnji parazita. Ugotovili so, da toxoplasma gondii v znotrajcelični stopnji, aktivno katabolizira gostiteljevo glukozo preko cikla citronske kisline (TCA). Te stopnje tudi katabolizirajo glutamin preko TCA cikla in poti γ-aminobuturične kisline (GABA), ki generira molekule, ki vstopijo v TCA cikel. Mehanizem preoblikovanja piruvata v acetil-CoA še obstaja nepojasnjen, saj jim manjka PDH kompleks, ki povezuje glikolizo s TCA ciklom. Kemiča inhibicija (NaFAc) TCA cikla popolnoma prepreči znotrajcelično replikacijo parazita, kar pomeni da je potrebna popolna aktivnost TCA cikla. Paraziti, ki jim manjka GABA pot, imajo zavrto rast in niso sposobni ohraniti drsno motiliteto pod razmerami, kjer so hranila omejena (npr. zunaj celice), kar nakazuje, da ima GABA funkcijo kratkotrajne rezerve energije. Zatorej ima toxoplasma gondii tahizoiti metabolno fleksebilnost, ki najverjetneje dovoljuje zajedalcem inficiranje različnih tipov celic.

=== Ernest Šprager: Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov ===
Z razgradnjo maščob, ki predstavljajo estre glicerola in treh maščobnih kislin, pridobimo do 40 % vse energije. Maščobne kisline se, preden vstopijo v celice tankega črevesa, protonirajo in s tem postanejo nepolarne. Kljub temu, da se jih večina absorbira kar s pasivno difuzijo, membrane celic tankega črevesa vsebuje ogromno proteinov, ki imajo zelo različne funkcije. Nekateri med njimi olajšajo pasivno difuzijo preko ohranjanja kontracijskega gradienta maščobnih kislin, spet drugi uravnavajo število in velikost hilomikronov, s katerimi se maščobe prenesejo iz tankega črevesa v kri. Za nastanek hilomikrona se morajo v lumnu endoplazemskega retikuluma s pomočjo mikrosomalnega triglicerid transfer proteina okoli apolipoproteinskega jedra povezati triacilgliceridi skupaj z fosfolipidi. Celotna pot maščob od njihove absorbcije v tankem črevesu do sprostitve iz hilomikronov je natančno regulirana. Pomembno vlogo ima protein CD36, ki med drugim deluje kot nekakšen senzor, ki sporoča celicam količino maščob v tankem črevesu. Signalizacija deluje tako, da lahko CD36, kadar je povezan k maščobno kislino, fosforilira ostale encime, ti pa nato lahko vplivajo število hilomikronov, njihovo velikost in s tem tudi količino triacilgliceridov. Prav povišana količina triacilgliceridov v krvi je povezana z kardiovaskularnimi boleznimi, odpornostjo na inzulin in debelost, zato je boljše razumevanje sprejema maščob in njihovo pakiranje v hilomikrone pomembno.

=== Katja Malovrh: Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem ===
Citratni cikel je niz kemijskih reakcij, ki v aerobnih organizmih potekajo v mitohondrijih. Cikel je na prvem mestu reguliran s količino piruvata, pretvorjenega v Acetil-CoA, ki vanj lahko vstopi. V nadaljevanju procesa pa pri regulaciji sodelujejo tudi številni encimi, ki pretvarjajo intermediate iz ene oblike v drugo. Tako striktna regulacija procesa je izrednega pomena, saj bi brez nje lahko prišlo do prekomerne sinteze ATP, kar bi povzročilo velike izgube energije in mnoge zdravju škodljive spremembe. Kako pa se encimi citratnega cikla spreminjajo s staranjem? Raziskovalci so ugotovili, da se škoda, povzročena s strani prostih radikalov, ki nastajajo kot stranski produkti številnih reakcij, s staranjem močno povečuje. Škodljivi radikali povzročajo poškodbe vsepovsod v celici, najobičajnejša tarča pa so mitohondriji. Mitohondrijska DNA, ki prosto plava po matriksu je zaradi nezaščitenosti dovzetna za številne napade radikalov, ki povzročajo mutacije. Pri translaciji tako dobimo napačno zaporedje na mRNA, posledično nastajajo neaktivni oziroma predrugačeni proteini, ki ne opravljajo svojih nalog. V raziskavi, so znanstveniki ugotavljali če se kateri od encimov, vključenih v citratni cikel s staranjem spremeni, kako se spremeni in kakšne škodljive posledice imajo take spremembe za živi organizem. Ugotovili so, da se encimi spremenijo, da to povzroči nepopolno delovanje citratnega cikla in posledično slabšo proizvodnjo intermediatov, ki so za celice vitalnega pomena.

=== Urška Kašnik: Transport maščobnih kislin skozi človeško placento ===
Esencialne maščobne kisline in njihovi derivati dolgih verig večkrat nenasičenih maščobnih kislin (20c) kot sta dokosaheksaenoična kislina (DHA) in arahidonska kislina so bistvenega pomena za pravilno rast in razvoj zarodka. Vnos s hrano kot tudi presnova teh maščobnih kislin, ter njihov nadaljnji prenos iz matere na plod so zato pomembni rekviziti za razvoj plodu. Posteljica je ključni organ, prek katerega hranilne snovi, kot so te maščobne kisline, odtekajo iz matere na plod. Celični privzem (cellular uptake) in translokacija dolgih verig maščobnih kislin (LCFAs) v različnih tkivih se doseže s povezavo soobstoječih mehanizmov. Čeprav lahko LCFA vstopi v celico s pasivno difuzijo, nastajajoča poročila kažejo, da je vnos LCFA nadzorovan z membranskimi transportnimi/vezavnimi proteini kot so maščobnokislinska translokaza (FAT/CD36), plazmatski maščobnokislinski povezovalni protein (FABPpm), maščobnokislinski transportni protein (FATP) in znotrajcelični FABPs v številnih tkivih vključno z človeško posteljico. Za z maščobnimi kislinami aktivirane transkripcijske faktorje (PPARs, LXR, RXR in SREBP-1) je bilo pokazano, da regulirajo te maščobnokislinske transportne/povezovalne proteine in funkcije posteljice. Materinske maščobne kisline lahko tako morda same uravnavajo svoj transport skozi posteljico, kakor tudi funkcije posteljice preko z maščobnimi kislinami aktiviranih transkripcijskih faktorjev. V svoji seminarski nalogi sem povzela nedavni razvoj na področju transporta in metabolizma maščobnih kislin posteljice in vlogo regulacije omenjenih proteinov v teh procesih.

=== Tjaša Sorčan: Ketonska dopolnila zmanjšujejo preživetje tumorskih celic ===
Tumorske celice imajo zaradi genetskih mutacij in mitohondrijske disfunkcije povečano porabo glukoze. Rakave celice se zanašajo na presežek glukoze za uspešno proliferacijo in rast, a je to hkrati njihova največja pomanjkljivost, kar nam pokaže tudI Warburgov učinek. Otto Warburg, po katerem se ta učinek tudi imenuje, predvideva, da naj bi bil glavni vzrok za nastanek rakastih obolenj preklop pri nastajanja energije v obliki ATP iz aerobne kemiosmotske sklopitve v anaerobno glikolizo. Tumorske celice so nezmožne uporabiti ketonska telesa za proizvodnjo energije, zato obstaja hipoteza, da naj bi ketonska telesa zavirala rast tumorskih celic. To so skušali ugotoviti s poskusi na miših, ki so jim vbrizgali VM-M3 kulture, ki so močno metastatske ob dodatku oziroma odsotnosti beta-hidroksibutirata (ketonsko telo). Podoben poskus izvedejo tudi s štirimi mišmi, katerim so bile v hrano dodna različna ketonska dopolnila – 1,3-butadiol (BD) ali keton ester (KE). Rast tumorja so spremljali z bioluminiscenco in vivo. Merili so čas preživetja, rast tumorja, glukozo v krvi, beta-hidroksibutirat v krvi in telesno težo. Ketonska dopolnila so znižala proliferacijo in življenjsko dobo rakavih celic tudi v prisotnosti visoke koncentracije glukoze. BD in KE sta povišala življenjsko dobo miši za 51% oziroma celo 69% v miših z metastatskim rakom. Ketonska dopolnila torej zavirajo rast rakavih celic, neodvisno od koncentracije glukoze ali omejitve kalorij.

=== Bine Tršavec: Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze ===
Glutamat dehidrogenaza (GDH) je eden izmed encimov potrebnih pri metabolizmu aminokislin. Kot nam pove ime, je njegova naloga, da dehidrogenira glutamat, kar vodi do oksidativne deaminacije glutamata v α-ketoglutarat. Brez encima ta reakcija ne bi potekala, ker je sprememba gibbsonove proste energije za reakcijo pozitivna. α-ketoglutarat se potem prenese v Krebsov cikel, kjer se na koncu pretvori v energijo v obliki ATP. Encim je prisoten pri vseh živih bitjih, saj omogoča povezavo med razgradnjo aminokislin in energijskimi potrebami celice. Zaradi različnih potreb po regulaciji obstaja več vrst tega encima. Zaradi njene naloge se glutamat dehidrogenaza pri evkariontih nahaja v mitohondrijih (kjer poteka tudi Krebsov cikel), v manjši količini pa tudi v endoplazmatskem retiklu (kjer se sintetizira). Lokacija v celici je bila dokazana z vezavo GFP-ja. V nekaterih primerih lahko predstavlja kar 10% vseh mitohondrijskih proteinov. Regulacija encima je zelo kompleksna. Nanj delujejo številni alostreični regulatorji, ki z vezavo naredijo mehanske ovire in zmanjšajo njegovo aktivnost. Najnovejše raziskave dokazujejo, da pri tem pomagajo tudi sirtuini. Dolga leta so znanstveniki preučevali natančno zgradbo in delovanje GDH, ter pri tem naleteli na kar nekaj težav. Po 50 letih raziskav tako boljše razumemo pomen in evolucijski razvoj tega pomembnega encima. V mojem seminarju sem se osredotočil na zgradbo in reguliranje encima.

=== Nina Mavec: Katabolizem triptofana in rak ===
Ker je rak v sodobnem svetu ena izmed bolezni, ki povzročijo največ smrti, se v zadnjem času izvaja vse več raziskav o samih vzrokih in mehanizmih za nastanek te nevarne bolezni v upanju, da bi s pomočjo ugotovitev lahko razvili, nove, boljše metode zdravljenja. Že nekaj časa je znano, da metabolizem triptofana vpliva na rast in maligni razvoj tumorjev, tako da oslabi imunski odziv celice. Pri katabolizmu te esencialne aminokisline je pomembna kinureninska pot, preko katere se katalizira večina triptofana, nastajajo pa razni metaboliti, med katerimi je tudi kinurenin. Obstajajo trije encimi, ki katalizirajo prvo stopnjo te reakcije, to so indolamin 2,3-dioksigenaza (IDO), triptofan 2,3-dioksigenaza (TDO) in indolamin 2,3-dioksigenaza 2 (IDO2). Ob povečanem katabolizmu triptofana v tumorskem tkivu se vzpostavi imunosupresivno okolje, ki tumorjem omogoča, da se izognejo imunskemu odzivu organizma. To se zgodi preko dveh mehanizmov, ki pa oba prispevata k vzpostavitvi take imunosupresije. Zmanjšana količina triptofana preko protein-kinaze GCN2 povzroči apoptozo limfocitov T. Več kinurenina, ki pri katabolizmu triptofana nastaja, pa preko transkripcijskega faktorja AhR povzroči diferenciacijo regulatornih limfocitov T, ki tumorju omogočajo imunsko toleranco. Inhibitorji teh treh encimov, ki omogočajo katabolizem triptofana, so torej privlačno potencialno zdravilo in raziskave v tej smeri že potekajo.

=== Enja Kokalj: Toksičnost amonijaka za možgane ===
Amonijak nastane v metabolizmu aminokislin. V serumu je v fizioloških pogojih večinoma prisoten v obliki amonijevega iona NH4+. Cikel sečnine, ki se odvija v jetrih, služi pretvorbi NH4+ v sečnino, ki se nato izloči iz organizma, saj je koncentracija NH4+ v krvi regulirana. Kljub temu, da možgani ne morejo sintetizirati uree iz NH4+, je njegova koncentracija v centralnem živčnem sistemu prav tako regulirana. Presežek NH4+ je za centralni živčni sistem toksičen. Pri odraslih ponavadi pride do hiperamonemije zaradi odpovedi jeter, pri otrocih pa zaradi motenj v ciklusu sečnine, ta pa vodi do hepatične encefalopatije, ki povzroči motje zavesti, v skrajnih primerih pa tudi komo. Stopnja ireverzibilne škode, ki jo možgani utrpijo, je odvisna od stopnje razvitosti možganov ter tudi intenzivnosti in dolžine izpostavitve visokim koncentracijam NH4+. Ker se vsa bolezenska stanja, ki nastopijo, odražajo na možganih, ti tudi predstavljajo osrednji predmet vseh spekulacij o mehanizmih toksičnosti amonijaka. Večja količina NH4+ v krvi vpliva na koncentracije številnih aminokislin, še posebej glutamina, glutamata in arginina, ovira normalno delovanje nevronov in s tem tudi prenos živčnih signalov ter onemogoča optimalno sintezo dušikovega oksida. Vse te motnje vzdrževanja celične homeostaze imajo lahko ireverzibilen vpliv na naše možganske celice, v primeru, da stanja ne zdravimo, pa lahko pride celo do smrti.

=== Inge Sotlar: Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene ===
Rastlinsko tkivo gradijo rastlinske celice, ki se od živalskih razlikujejo po tem, da poleg tipičnih organelov vsebujejo še plastide, vakuolo in celično steno. Debelejša in dokaj trdna celična stena je zelo dinamičen del celice. Njene osnovne naloge so, da vzdržuje osmotski tlak in obliko celice ter jo ščiti pred vplivi okolja. Glavni gradnik celične stene rastlin je celuloza, polisaharid iz več sto ali tisoč enot glukoze, ki se nahaja v obliki kristaliničnih mikrofibril. Vsako posamezno celulozno mikrofibrilo sintetizira transmembranski proteinski kompleks na plazmalemi, sintaza celuloze. Pod mikroskopom so sintaze vidne kot strukture, podobne rozeti, ki se vzdolž plazmaleme premikajo s pomočjo obodnih mikrotubulov in tudi aktinskih filamentov. Rozeta je heksamer, sestavljen iz 36 proteinov, ki sintetizirajo celulozo (CesA proteinov). Dva sosednja CesA proteina se povežeta preko cinkovega prsta in tvorita kompleks, kateri izgradi posamezno verigo celuloze. Na katalitsko domeno encima se veže substrat UDP-glukoza, ki se sintetizira s pomočjo sintaze sukroze ali pirofosforilaze UDP-glukoze. V naslednjem koraku se UDP-glukoza, donor glikozilne skupine, prenese na rastočo verigo. Zaradi steričnih ovir se na glavno verigo ne dodajajo monomeri glukoze, temveč celobioza – disaharid glukoze. Drugi polisaharid, ki tvori steno, je hemiceluloza. Verige hemiceluloze so krajše in za razliko od celuloze ne kristalizirajo. S celulozo se prepletajo v t.i. matriksu pektina, ki je tretja glavna sestavina celične stene. Če se razvije sekundarna celična stena, se v matriks vgradi še lignin in poveča trdnost.

=== Peter Pečan: Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije ===
Nealkoholna maščobna bolezen jeter (NAFLD) je izraz, ki predstavlja širok spekter bolezni jeter. Spada med najpogostejše kronične bolezni jeter v razvitem svetu, pojavlja pa se predvsem pri ljudeh s prekomerno telesno težo, ki ne uživajo prevelikih količin alkohola (ta lahko namreč povzroči enake oz. zelo podobne okvare). Najverjetnejši model razvoja bolezni predpostavlja delovanje v dveh stopnjah. V prvi stopnji pride do zvišane odpornosti na insulin, hiperglikemije, hiperlipidemije in nabiranja trigliceridov v jetrih, v drugi pa do oksidativnega stresa. V obeh stopnjah lahko pride do okvare mitohondrijev. Do napak naj bi prišlo, ker so mitohondriji ključni pri procesu β-oksidacije prostih maščobnih kislin (FFA). Te reakcije so namreč največji vir reaktivnih kisikovih spojin (ang. reactive oxygen species, ROS), ki sicer niso vedno škodljive, vendar lahko v povečanih količinah pripeljejo do močnega oksidativnega stresa. V predhodnjih raziskavah so dokazali, da ROS negativno vplivajo na procese oksidativne fosforilacije. Tako je pri osebah, ki imajo povečan vnos maščob, njihova oksidacija povečana, koncentracija ATP molekul pa posledično manjša kot običajno. Antioksidanti in antiperoksinitriti preprečijo takšne spremembe v oksidativni fosforilaciji, iz česar lahko z veliko gotovostjo sklepamo, da oksidativni stres res igra ključno vlogo pri patogenezi teh sprememb. Uporaba teh antioksidantov bi zato morda lahko bila uporabljena tudi za zdravljenje NAFLD pri ljudeh.

=== Jernej Vidmar: Oksidatvina fosforilacija v rakavih celicah ===
Mitohondriji so ključni celični organeli, ki sodelujejo v metabolizmu, igrajo ključno vlogo pri celični smrti in signalnih poteh. Za sintezo ATP preko oksidativne fosforilacije mitohondriji porabijo večino kisika, ki ga celica prejme, pri tem pa kot stranski produkt proizvede večino reaktivnih kisikovih spojin. Reaktivne kisikove spojine igrajo pomembno vlogo pri karcinogenezi, saj zaradi svoje oksidativnosti povzročajo poškodbe na celičnih makromolekulah. Povezanost mitohondrijskih funkcij z rakom še ni razvozlana, vendar je potrjena velika vpletenost, saj mitohondriji, poleg tega da igrajo ključno vlogo pri proizvodnji energije in regulirajo reaktivne kisikove spojine, nadzirajo celično življenje in smrt. To je zelo pomembno, saj lahko tumorske celice razvijejo odpornost na apoptozo na številne načine, med drugim preko mitohondrijskih nepravilnosti, izražanju protiapoptotskih proteinov ali negativni regulaciji ali mutaciji proapoptotskih proteinov. Rakave celice morajo svoj metabolizem prilagoditi, tako da proizvedejo molekule in energijo potrebno za rast tumorja in za morebitno spremembo okolja kjer preživijo. V rakavih celicah je veliko posebnosti, ki se tičejo oksidativne fosforilacije-nepravilnosti v kompleksih dihalne verige, posebna regulacija memebranskega potenciala, mutacije mitohondrijske DNA in mutacije genov v jedru, ki vplivajo na oksidativno fosforilacijo. Odkrivanje mehanizmov delovanja nekaterih molekul, katerih nepravilnosti v izražanju povzročajo rakave celice, bo v prihodnje pripomoglo k diagnostriciranju in zdravljenju raka.

=== Luka Dejanović: Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev ===
Mitohondrij je eden od organelov v eukariontski celici. Ima dve membrani zunanjo in notranjo. Notranja membrana je močno nagubana, saj tako omogoča povečanje površine za potek dihalne verige (RC). Njegova glavna naloga je proizvodnja ATP. V mitohondriju poteka ogromno število reakcij. Včasih se zgodi da se kakšna tudi zalomi. Tako lahko npr. iz enega od citokromov uide elektron, ki pa lahko reagira s kisikom v bližini. Nastane reaktiven oksidiran kisikov intermediat (ROS). Ta lahko reagira z bližnjimi biomolekulami in jih poškoduje. Prav zaradi takih situacij so celice razvile sistem ki stalno nadzoruje delovanje mitohondrija in ga ohranja funkcionalnega. Prav te sistemi so osnova za to seminarsko nalogo. Delijo se v 3 večje skupine molekularni, na nivoju organelov in celični. Najbolj raziskan je sistem za lovljenje ROS, v mitohondriju imamo encime, ki so sposobni ROS spremeniti v vodikov peroksid, ta se kasneje razgradi na vodo in kisik. Naprej poznamo še sistem, ki lahko popravlja mitohondrijsko DNA. Več sistemov, ki popravljajo proteine in jih zvijajo nazaj v nativne konformacije. Poznamo pa tudi take mehanizme, ki mitohondrij vodijo v mitofagijo. Najbolj skrajni sistem deluje na celičnem nivoju in lahko sproži apoptozo. Toda tudi te mehanizmi niso vsemogočni, torej se naši mitohondriji vseeno kvarijo in jih je potrebno obnavljati.

BIO2 Seminar 2014

2014-11-12T05:47:56Z

Luka Dejanovic: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Naida Hajdarević||14-15||[http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7506/full/nature13270.html Skrivnost metformina končno odkrita?]||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Transport maščobnih kislin skozi človeško placento]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Tjaša Sorčan||17||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24615175 Ketonska dopolnila zmanjšajo preživetje tumorskih celic]||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Nina Mavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090118 Katabolizem triptofana in rak]||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Bine Tršavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18819805 Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze]||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Peter Pečan||19||[http://dmm.biologists.org/content/7/11/1287.long Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije]||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Luka Dejanović||19||[http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(12)00019-9 Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev]||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jernej Vidmar||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810007024 Oksidativna fosforilacija v rakavih celicah]||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Inge Sotlar||20||[http://www.plantphysiol.org/content/155/1/171.long Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene] ||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jerneja Ovčar||20||Moj izbrani naslov||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Valentina Levak||20||Moj izbrani naslov||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Gašper Marinšek||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2962793/ Moj izbrani naslov]||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Urška Černe||21||[http://www.pubfacts.com/fulltext_frame.php?PMID=25220377&title=The%20UPS%20and%20downs%20of%20cholesterol%20homeostasis./ Moj izbrani naslov]||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Živa Moravec||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3390254/#!po=36.6667 Moj izbrani naslov]||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Anja Tanšek||22||Moj izbrani naslov||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Monika Pepelnjak||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3806315/ Metabolizem serina in glicina v rakavih celicah]||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Liza Otorepec ||22||Moj izbrani naslov||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Tomaž Žagar||23||Moj izbrani naslov||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Jerneja Kocutar||23||Moj izbrani naslov||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Amadeja Lapornik||23||Moj izbrani naslov||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2014

2014-11-10T01:52:35Z

Luka Dejanovic: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Naida Hajdarević||14-15||[http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7506/full/nature13270.html Skrivnost metformina končno odkrita?]||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Transport maščobnih kislin skozi človeško placento]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Tjaša Sorčan||17||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24615175 Ketonska dopolnila zmanjšajo preživetje tumorskih celic]||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Nina Mavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090118 Katabolizem triptofana in rak]||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Bine Tršavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18819805 Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze]||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Peter Pečan||19||[http://dmm.biologists.org/content/7/11/1287.long Moj izbrani naslov]||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Luka Dejanović||19||[http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(12)00019-9 Moj izbrani naslov]||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jernej Vidmar||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810007024 Moj izbrani naslov]||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Inge Sotlar||20||[http://www.plantphysiol.org/content/155/1/171.long Moj izbrani naslov] ||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jerneja Ovčar||20||Moj izbrani naslov||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Valentina Levak||20||Moj izbrani naslov||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Gašper Marinšek||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2962793/ Moj izbrani naslov]||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Urška Černe||21||[http://www.pubfacts.com/fulltext_frame.php?PMID=25220377&title=The%20UPS%20and%20downs%20of%20cholesterol%20homeostasis./ Moj izbrani naslov]||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Živa Moravec||21||Moj izbrani naslov||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Anja Tanšek||22||Moj izbrani naslov||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Monika Pepelnjak||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3806315/ Metabolizem serina in glicina v rakavih celicah]||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Liza Otorepec ||22||Moj izbrani naslov||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Tomaž Žagar||23||Moj izbrani naslov||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Jerneja Kocutar||23||Moj izbrani naslov||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Amadeja Lapornik||23||Moj izbrani naslov||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-05-13T20:48:28Z

Luka Dejanovic: /* 19.5. */

[[TBK2014-seminar|Nazaj na osnovno stran]]

== 17.3. ==

=== Andrej Žulič: Prva umetna celica z delujočimi organeli ===

Prvič v zgodovini je znanstvenikom na nizozemski univerzu Radboud v Nijmegenu uspelo ustvariti umetno celico z delujočimi organeli, ki lahko v večih korakih, kemičnih reakcijah, reagent preko raznih vmesnih stopenj privedejo do končnega produkta, rezorufina, ki je fluorescenten in se ga zato na koncu reakcije lažje opazi. Te organele so ustvarili tako, da so majhne polimerosome narejene iz PS-b-PIAT polprepustnega polimera napolnili z encimi in jih potem vnesli v miniskulno kapljico vode, ki je vsebovala še proste encime in substrate, in to kapljico še enkrat obdali s lipidnim slojem – celično steno narejeno iz PB-b-PEO hidrofobnega polimera. Zaradi fluorescence produkta so lahko preverili, da se predvidene reakcije resnično dogajajo po korakih v polimerosomnih nanoreaktorjih ali organelih. Produkti posameznih organelov lahko prestopijo steno organela v celično plazmo od koder najdejo pot v druge celične organele, kjer se izvršujejo posledični koraki te ''kaskadne'' reakcije. Obstaja več načinov kako zgraditi strukture podobne celicam. Poleg opisanega, ki kombinira več pristopov, se lahko umetne celice gradi iz majhnih kapljic tekočine podobne citoplazmi, iz polimerov ali maščobnih kislin. Naslednjih korak je nedvomno narediti umetno celico, ki lahko sama proizvaja svojo energijo. S preučevanjem tega področja lahko biokemiki vedno bolje razumemo kaj se dogaja na celičnem nivoju in kako to uporabiti v nadaljnih raziskavah.

=== Urška Černe: Boj imunskega sistema proti malariji ===
Malarijo povzroča infekcija z parazitom, vrste Plasmodium falciparum, ki se prenese na človeka z pikom okuženega komarja mrzličarja. Ko piči človeka, se trosi prenesejo v njegovo kri in se začnejo množiti v jetrih. Nastanejo merozoiti, ki vstopajo v rdeča krvna telesca (eritrocite), kjer se nadalje delijo, dokler eritrocit ne poči. P. falciparum je specifični gostitelj, kar predstavlja težavo pri izvedbi človeške infekcije na laboratorijskih živalih kot so miši. Za premagovanje tega izziva so raziskovalci razvili miš z človeškimi eritrociti in jim dodali človeške imunske celice (miš RICH). Imunski sistem ima pri obvladovanju okužbe ključno vlogo. Študije na miših z uporabo človeških sevov Plasmodium so pokazale, da imunske celice (naravne celice ubijalke = celice NK, T celice in celice B) prispevajo k antiparazitski imunosti, pri čemer so bistvenega pomena celice NK. Te reagirajo z okuženimi eritrociti in jih tudi eliminirajo. Okuženi eritrociti postanejo sploščeni, kar kaže na uhajanje celične vsebine in izgubo volumna celice. Celični receptor LFA-1 je vključen v interakcijo celic NK z okuženimi eritrociti in njihov pomor. Pojasnitev molekularne narave vseh teh interakcij je bistveno za razumevanje mehanizma odzivanja naravnih celic ubijalk na infekcijo s P. falciparum.

=== Jerneja Kocutar: Odziv celic na stresne situacije ===
Kadar so celice izpostavljene stresnim pogojem, ki ogrozajo njihovo prezivetje se v njih aktivira stresni odziv, da bi čimprej spet vzpostavile homeostazo. Tak odziv je univerzalen in ga lahko najdemo v vseh organizmih in v vseh vrstah celic. Celice proizvajajo stresne proteine, ki izpolnjujejo razlicne naloge npr. preprečujejo tvorbo agregatov in neaktivnih intermediatov, odstranjujejo že poškodovane proteine, varujejo celične strukture, reorganizirajo celično oskrbo z energijo...Preden pa celica začne tvoriti proteine se aktivirajo transkripcijski receptrorji, od katerih je najpomembnejši HSF1. Aktivni HSF1 je trimer in ima dolčcene skupine fosolizirane. Regulacija stresnega odziva je odvisna od več celičnih procesov in organelov, najpomembnejši pa so procesi v jedru. Za uravnavanje stresnega odziva imamo 55 pozitivnih in 14 negativnih modulatorjev, ki so locirani v jedru, citoplazmi ali organelih. Pozitivni stresni odziv podaljšujejo in preprečujejo agregacijo proteinov, negativni pa odziv zavirajo. Vsi modulatorji so zelo tesno povezani med seboj, saj opazimo veliko več povezav kot med nakljičnim proteini. Kot najpomembnejši modulator je bila spoznana acetiltransferaza EP300, ki z acetiliranjem lizinov uravnava delovanje HSF1. V prihodnosti bi stresni odziv lahko uporabili tudi za zdravljenje bolezni pri katerih je problem obsežno propadanje celic. S tarčno aktivacijo stresnega odziva bi lahko reducirali poškodbe na celicah.

=== Tadej Ulčnik: Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice ===
Vzorec izražanja razklopnih proteinov med diferenciacijo matičnih celic daje nov namig o njihovii vlogi. Izmed družine petih razklopnih proteinov je znana le vloga razklopnega proteina UCP1, funkcija ostalih štirih pa še vedno ni znana. Znanstveniki so na podlagi rezultatov več analiz domnevali, da vzorec izražanja UPC proteinov sovpada s specifičnimi celicami, ki imajo podoben metabolizem, in se spremeni, če se celice same spremenijo. Analizirali so izražanje UCP2 v mišjih embrionalnih matičnih celicah pred in po diferenciaciji v nevrone. Dokazali so, da je samo UCP2 prisoten v nediferenciranih matičnih celicah in izgine takoj, ko se te začnejo diferencirati v nevrone. Nasprotno od tega se istočasno poviša raven izražanja UCP4 in tipičnih nevralnih označevalnih proteinov. Prisotnost proteina UCP2 v matičnih, rakavih in imunskih celicah, kaže na to, da je UCP2 prisoten v celicah z veliko zmožnostjo razmnoževanja, za katere je tudi značilen metabolizem, ki temelji na glikolizi. Protein UCP4 pa je prisoten samo v diferenciranih živčnih celicah, ki se niso sposobne deliti. Odkrili so da se UCP2 izraža tudi v nevroblastomih, katerih metabolizem je podoben rakavim celicam, ne izraža pa se UCP4. Te ugotovitve bi lahko pripomogle k hitrejšem odkrivanju rakavih celic, ki se od ostalih razlikujejo v metabolizmu in nekaterih proteinih.

== 24.3. ==

=== Hrvoje Malkoč: Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev ===

Da bi razumeli demielizacijske bolezni moramo najprej vedeti, kako pride do njih. Zato so znanstveniki iz Kalifornijske univerze Santa Barbara izvedli poskus s katerim so preverjali sestavo in lastnosti mielinskih dvoslojev. Mielin je več lipidnih dvoslojev skupaj, ki morajo biti kompaktni in med seboj vsebovati čim manjše količine vode. Že majhna sprememba v zgradbi mielinske ovojnice lahko povzroči težave pri izolaciji aksona in s tem povzroči različne motnje ali celo to, da impulz ne prispe na cilj. Posledice so lahko bolezni, kot je multipla skleroza, vzroki pa so lahko avtoimunski odzivi, infekcije, izpostavljenost določenim kemikalijam, pa tudi genetika. Opravljene so bile raziskave o adsorbciji mielinskega bazičnega proteina (MBP) na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev in njihov vpliv na strukturo, ravnovesni razmik in adhezijske sile med njima. Znanstveniki so na obe strani aparata površinskih sil postavili lipidni dvosloj, ga dali v pufersko raztopino z MBP-jem in jih približali da so se zlepili. Nato so jih dali narazen in merili adhezijo in debelino filma. Ugotovili so, da je zdrav mielin veliko bolj kompakten in vsebuje manj vode med membranami, pa tudi ima močnejšo adhezijo, in se bolj prijema na nasprotnega. Ta raziskava se razlikuje od drugih po tem, da ima molekularen pristop za razliko od drugih in bi zato lahko omogočila napredek v raziskavi demielizacijskih bolezni.

=== Janja Krapež: Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane ===

Celice obdaja lipidni dvosloj, ki je polprepusten in loči zunanjost celice od notranjosti (vse snovi torej ne morejo v celico). Prehod molekul je v veliki meri odvisen od transmebranskih proteinov, ki omogočajo transport snovi, ki ne morejo direktno skozi lipidni dvosloj, to so ioni in druge večje molekule. Nekateri proteini pa v neki drugi celici povzročijo majhne pore – nanopore. Pri tem ioni in molekule prosto prehajajo, kar privede do celične smrti, ker prehod snovi ni več nadzorovan. Raziskovalci želijo skozi take nanopore spraviti tudi DNA ali proteine. Težava je le v tem, da je težko nadzorovati prehode molekul skozi nanopore. Raziskovalci namreč ne želijo, da bi skozi nanopre lahko v celico vstopale vse molekule. Vstopale naj bi le tiste molekule, ki imajo za to pravo gensko informacijo. Profesorju Maglia in njegovi ekipi je uspelo sestaviti nanoporo, ki deluje kot cikel in prepušča DNA. Točno določeni deli DNA v raztopini hibridizirajo in se transportirajo skozi DNA poro. Na nasprotni strani pore pa je druga DNA, ki izpusti iskano genetsko zaporedje iz pore v celico. Ta prenos se zgodi vsakokrat, ko ima DNA, ki želi skozi membrano, pravilno zaporedje. Ta prehod poteka spontano in deluje kot tekoči trak. DNA vijačnico so združili z vrhom proteinske nanopore. Tako so dobili membranski sistem, ki je omogočil transport specifične DNA molekule skozi nanoporo.

== 31.3. ==

=== Monika Pepelnjak: Odpornost tumorjev na kemoterapijo ===

Rak debelega črevesja in danke je drugi najpogostejši rak v Sloveniji. Kadar bolezen ni odkrita dovolj hitro, je za zdravljenje poleg kirurške odstranitve malignega tumorja potrebno tudi zdravljenje s citostatiki (kemoterapija). Najpogosteje uporabljen citostatik pri kolorektalnem raku je oksaliplatin, ki poškoduje DNA zaporedje in tako prepreči delovanje in hitro delitev celic. Velik problem pri zdravljenju pa povzročata primarna in pridobljena odpornost na oksaliplatin. Odpornost je lahko posledica več različnih dejavnikov, eden izmed njih so tudi epigenetske spremembe. Raziskovalci so odkrivali razloge za odpornost z epigenetskega vidika in primerjali metilacije različnih genov v odpornih in odzivnih celicah. Ugotovili do, da se največje razlike pojavljajo v metilaciji SRBC gena, ki je znan kot interaktor s produktom gena BRCA1. Dokazali so, da je metilacija tega gena, in s tem njegovo utišanje, resnično odgovorna za zmanjšano odzivnost celic na oksaliplatin. Epigenetska inaktivacija SRBC gena se je pojavila pri 29.8% pacientov, povezali pa so tudi utišanje tega gena in krajše obdobje preživetja brez nadaljevanja bolezni pri pacientih, ki so se zdravili z oksaliplatinom, vendar jim metastaz kirurško niso mogli odstraniti. Rezultati postavljajo osnovo za nadaljne študije, kjer bi lahko metilacijo gena SRBC uporabili kot predhodnji pokazatelj odpornosti na oksaliplatin.

=== Anja Tanšek: Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze ===

V celicah sesalcev je endocitoza, posredovana s klatrinom (CME), glavna pot za vstop večjih molekul skozi membrano preko različnih receptorjev. Mehanizem CME se zaustavi kmalu po tem, ko celica vstopi v profazo in začne ponovno delovati v pozni anafazi, kjer je potreben za membransko dinamiko pri citokinezi. Predlagana sta bila dva glavna mehanizma, ki bi lahko povzročila inhibicijo CME. Prva hipoteza pravi, da direktna mitotska fosforilacija CME sistema zmanjša njegovo aktivnost. V podporo tej predpostavki so številni endocitozni proteini, ki so fosforilirani med mitozo, vendar vpliv teh modifikacij na CME ni jasen, niti dokazan. Druga hipoteza pravi, da povečana membranska napetost mitotskih celic prepreči nastanek jamice in izoblikovanje v vezikel med CME. Celicam, ki so v fazi mitoze, se membranska napetost poveča. Posledično se poveča tudi potreba po aktinskem citoskeletu, ker se formira celični korteks. Zato aktinski citoskelet ni na voljo mehanizmu CME za premagovanje povečane obremenitve zaradi membranske napetosti in se endocitoza v celici ustavi. V tej študiji so raziskovalci dokazali, da je za zaviranje CME v času mitoze odgovorno pomanjkanje aktina. Dokazali so, da lahko CME poteka tudi v mitotskih celicah, kljub visoki membranski napetosti, tako da so omogočili delovanje aktina pri CME. Mitotska fosforilacija endocitoznih proteinov je bila prisotna tudi v celicah s ponovno vzpostavljeno CME, kar kaže, da direktna fosforilacija CME mehanizma ni odgovorna za njegovo inhibicijo.

=== Jerneja Ovčar: Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja ===

Človeški motorični sistem je izjemno napreden pri nadzoru vizualno vodenih premikov, saj se zelo hitro prilagaja spremembam. To doseže skozi niz visoko avtomatičnih procesov, ki prevajajo vizualne informacije v predstavitve. Motorični sistem je del osrednjega živčnega sistema in se ukvarja z gibanjem. Sestoji iz piramidalnega in ekstrapiramidalnega sistema. Da pa se lahko doseže takšen niz visoko avtomatičnih procesov za oblikovanje predstavitev, ki so primerne za vklop motoričnega nadzora, potrebuje motorični nadzor vizualne informacije, ki se nanašajo na cilj. V ta namen je bila raziskana vloga pozornosti v vizualno povratnem nadzoru, tako da je bil motorični sistem izzvan z več poskusi. Rezultati so pokazali, da vizualna pozornost spreminja obdelavo ciljne informacije. Ugotovili so, da je učinek spremembe pozornosti večji pri premikih ciljev (nek predmet) kot pa pri premikih kurzorjev (npr. rok). Zato sklepamo na obstoj ločenega vizualno-motoričnega zavezujočega mehanizma, ki daje prednost vizualnim podatkom, ki predstavljajo gibanje premikajočega uda. Vizualno-motoričen mehanizem pojasnjuje učinkovitost in hitrost, s katero lahko človek hkrati izvaja več ciljno usmerjenih gibanj. Njegova prednost je, da loči med ciljem in motečimi predmeti na poti. Zaznavanje vizualnih dražljajev, ki se nanašajo na naše gibanje, je temeljni proces pri nadzoru segajočih gibanj. Vizualno-motorični mehanizem je skupen vsem vrstam, ki se pri usmerjanju gibanja opirajo na vid.

=== Inge Sotlar: CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin ===
,
Dolgoročni spomin hrani vse, kar se v življenju naučimo. Spomin z leti slabi, motnje spomina pa se pojavijo tudi pri nevrodegenerativnih boleznih, kot sta npr. Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen. Znanstveniki so poskušali odkriti proteine, odgovorne za ohranjanje dolgoročnega spomina. Za pomembne regulatorje sinteze proteinov v sinaptičnih membranah so se izkazali CPEB proteini, ki največkrat delujejo kot aktivatorji translacije mRNA v različnih tipih celic, tudi v nevronih. Pri raziskavi na vinskih mušicah so našli protein iz družine CPEB, Orb2, ki je s svojimi oligomeri, podobnim amiloidom, potreben za shranjevanje informacij v dolgoročni spomin. Njegov monomer, Orb2A, je v živčnem sistemu prisoten v zelo majhnih količinah, a tvori pomemben kompleks s proteinom Tob, regulatorjem celičnega cikla. Da povezavo Tob-Orb2A uravnava fosforilacija, so dokazali z dodatkom kalikulina, inhibitorjem, ki blokira proteinsko fosfatazo 2 (PP2A). Dodatek je povzročil, da se je število povezav Tob-2A zmanjšalo. Pri iskanju kinaz, ki fosforilirajo protein Tob, so se osredotočili na kinazo LimK, saj se sintetizira le v sinapsah in je potrebna za njihovo oblikovanje. Dokazali so, da gre pri nastanku oligomerov Orb2 za součinkovanje med proteinom Tob, kinazo LimK in fosfatazo PP2A. Kako se podatki shranjujejo v spomin je zapleten proces, vendar raziskovanje biokemijskih reakcij nudi možnosti za zdravljenje neozdravljivih bolezni živčevja.

== 7.4. ==

=== Božin Krstanoski: Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih ===

Kljub sodobni tehnologiji so razlitja nafte še vedno pogosta težava za oceane. Zaradi kompleksne strukture molekule nafte lahko čiščenje razlitja traja tudi mesece ali leta, kar pa je zelo škodljivo za morsko okolje. Znanstveniki so ugotovili, da si je narava sposobna sama pomagati ob nesrečah kot so razlitja nafte - z morskimi bakterijami. Poznamo tri vrste bakterij, ki pripomorejo k bioremediaciji - bakterije, ki proizvajajo kislino in so anaerobne, bakterije, ki zmanjšujejo sulfate ter splošne aerobne bakterije. Najnovejše raziskave pa kažejo, da je mogoče s pravo mero vzpodbude povzročiti, da so te bakterije pri bioremediaciji še bolj učinkovite. Ugotovili so, da so bakterije pri poskusih, ko so imele dovolj zalog nutrientov kot so fosfati in dušik dosegle večjo in bolj učinkovito razgradnjo nafte. Najpomembnejša morska bakterija, ki je sposobna razgradnje nafte je Alcanivorax borkumensis. A. borkumensis primarno uporablja alkane kot vir energije, vendar lahko prebavi tudi nekatere druge organske spojine. Ko uporablja alkane za vir energije, vsaka celica A. borkumensis tvori biosurfaktant na svoji površini, ki je dodatna plast, ki nastane ob celični membrani. Snovi, ki sestavljajo biosurfaktant znižajo površinsko napetost vode, kar pripomore k boljši razgradnji nafte. Druga pomembna morska bakterija, ki je pomembna ob razlitjih nafte, je Oleispira antarctica. Ker je ta bakterija psihrofil, je sposobna preživeti ekstremne pogoje, kot so nizke temperature in je zato zelo učinkovita pri bioremediaciji v polarnih morjih. Odkritje Oleispire antarctice je zelo pomembno, saj nam je njihova ekološka tekmovalnost v hladnih okoljih odprla nove poti za iskanje biotehnoloških rešitev za zmanjšanje onesnaževanja v polarnih morjih.

=== Amadeja Lapornik: Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov ===

Koagulacija je proces pri katerem v krvi nastajajo strdki. Strjevanje krvi je pomemben mehanizem odziva na poškodbe, saj strdki ob raztrganju stene žil preprečijo uhajanje krvi. Tromboza je nastanek krvnega strdka (trombusa) v žili, kar onemogoča normalen pretok krvi po krvožilnem sistemu. Najpogostejši vzroki za nastanek venske tromboze so poškodbe žilnih sten in upočasnitve toka krvi na mestu poškodbe, dolgotrajna nepremičnost, rakava in internistična obolenja. Najpomembnejši encim, ki je regulator hemostaze (proces, zaustavljanja krvavitve) je trombin. Je encim, ki se nahaja v krvni plazmi, spada v skupino serin proteaz. V članku so predvidevali, da je možno odkrivanje krvnih strdkov (in s tem nevarnost tromboze) s posebnimi nanodelci. Kot pomoč za zgodnje odkrivanje nevarnih bolezni so znanstveniki razvili beljakovinske substrate, ki so občutljivi na proteaze in jih poimenovali sintezni biomarkerji. Predpostavili so, da so sintezni biomarkerji oblikovani za preiskovanje notranjosti žil, zaznavanje aktivnosti proteaze in posledično odkrivanja zasnov akutne tromboze. V raziskavi so znanstveniki uporabili fluorescenčno spektroskopijo in encimskoimunski test (ELISA), ki se uporablja za detekcijo protiteles ali antigenov v vzorcu. Takšen način testiranj lahko odkriva zgodnje nevarnosti bolezni, ki se nahajajo globoko v telesu, kot so pljuča. Testiranja omogočajo analizo urina za kvantitativno oceno količine krvnih strdkov, ki bremenijo žilo.

=== Angela Mihajloska: Proteine,ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju ===
Gonoreja (lat. gonorrhoea) ali kapavica je močno razširjena spolno prenosljiva bolezen, ki se večinoma prenaša s spolnim stikom in jo povzroča gonokok, kateri nastane na sluznicah spolovil gnojno vnetje z gnojnim izločkom. Bacterija Neisseria gonorrhoeae (GC) najpogoste se prenese iz enega partnerja na drugega med spolnim odnosom preko semenske oziroma vaginalne tekočine pri nezaščitenih spolnih odnosih in večinoma prizadane spolne organe.Znanstveniki so odkrili nove proteine v ali na površini bakterije, ki povzroča gonorejo. Ti ponujajo obetavne novi pogled za napada proti spolne bolezne, ki imajo se večjo odpornost na antibiotike. Samo tretja generacija cefalosporinskih antibiotih še vedno povejo dobro učinkovitost proti gonoreji, ustvarjajo teki s časom, da bi našli nekaj alternativni način za zdravljenje te bolezni, ki imajo resne posledice za zdravje.So odkrili skupno 22 različite proteinov. Med temi proteinov ki so prikazani podobno obilje v štirih GC sevov, 32 so bili ugotovljeni v obeh celične ovojnice in membranske mehurčke frakciji.
Osredotočiti na eno od njih, in homolog protein zunajne membrane LptD, smo dokazali da je njena izčrpavanje povzrčil izgubo GC.

=== Domagoj Majić: Low vitamin D levels raise anemia risk in children ===
Low levels of the “sunshine” vitamin D appear to increase a child’s risk of anemia, according to new research. The study is believed to be the first one to extensively explore the link between the two conditions in children.

== 14.4. ==

=== Peter Pečan: Reprogramiranje kožnih celic v srčne ===
Srčni zastoj, ki je v razvitem svetu med glavnimi razlogi za smrt, povzroči pri osebah, ki ga preživijo, izgubo ali okvaro srčnega tkiva. Kljub napredkom na področju biomedicine, je vračanje funkcionalnosti poškodovanemu srčnemu tkivu precejšen izziv. Napredki na področju induciranih pluripotentnih matičnih celic (angl. »induced pluripotent stem cell«) so vzpodbudili raziskovanje možnosti reprogramiranja enga tipa celice v drugega, ne da bi pri tem šle skozi pluripotentno stanje; ta proces se imenuje transdiferenciacija. Postopek obeta možnost popravkov poškodovanih srčnih celic brez povečanega tveganja za nastanek tumorjev, povezanega s pluripotentnimi celicami pri terapiji z zamenjavo celic in/ali pri in vivo regeneraciji s pomočjo reprogramiranja. Čeprav do zdaj znani načini, ki uporabljajo več genskih faktorjev (med 4 in 7), dokazujejo možnost reprogramiranja, takšne genske manipulacije prinašajo številne težave, predvsem na področju varnosti in učinkovitosti. Poleg tega bi bilo za učinkovitejšo uporabo transdiferencialne terapije potrebno zmanjšati ali pa povsem odstraniti potrebo po genski manipulaciji. To bi lahko dosegli z zamenjavo transkripcijskih faktorjev s tako imenovanimi majhnimi molekulami (angl. »small molecules«), ki bi lahko ustvarile pogoje za reprogramiranje z enim samim transkripcijskim faktorjem.

=== Živa Moravec: Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv ===
Znanstveniki se že leta trudijo ustvariti umetna tkiva, ki bi bila čim bolj podobna pravim. Če želijo to doseči, morajo biti umetno ustvarjeni tkivni konstrukti sestavljeni iz treh glavnih komponent – celic, zunajceličnega matriksa in žil, ki morajo biti urejene v pravilne geometrijske vzorce. Verjetno najpomembnejše je ožiljenje tkiva. Če žilno omrežje manjka, bo slej ko prej prišlo do razvoja nekrotičnega jedra zaradi odsotnosti učinkovitega dotoka hranil, rastnih in signalnih faktorjev ter odvajanja odvečnih produktov. V študiji, predstavljeni v članku, so razvili novo metodo 3D biotiskanja, ki omogoča izdelovanje tkiv, opremljenih z žilami, več tipi celic naenkrat in zunajceličnim matriksom. Za te potrebe so razvili tiskalnik s štirimi neodvisnimi tiskalnimi šobami in več črnil, glede na različne lastnosti posameznih glavnih komponent: za izdelavo ožilja so razvili začasno podporno črnilo na osnovi praška Pluronic F127, za izdelavo zunajceličnega matriksa in črnila, ki so ga uporabili kot nosilec celic, pa so sintetizirali gelatin metakrilat. Z uporabo teh črnil so najprej natisnili več vzorčnih 1D, 2D in 3D omrežij, s katerimi so posnemali osnovne strukture v tkivih, nato so se osredotočili na endotelizacijo žilnih sten, pri čemer so v vzorec tkiva injicirali raztopino človeških endotelnih celic. Kot zadnjo in najbolj kompleksno strukturo so natisnili model tkiva iz štirih plasti, v katerega so vključili dva tipa celic (človeške in mišje). Taka tridimenzionalna okolja odpirajo nove možnosti testiranja zdravil in raziskave na več medicinskih področjih, z nadaljnjimi izboljšavami pa bi lahko ta tehnika vodila tudi do proizvodnje funkcionalnih tridimenzionalnih tkiv, morda tudi organov.

== 5.5 ==

=== Jure Zadravec: Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke ===

CA125 in CA72-4 spadata v družino glikoliziranih proteinov z visoko molekulsko maso in se pogosto uporabljata kot tumorska označevalca pri diagnozi raka jajčnikov ter raka želodca. Zadnje raziskave pa so pokazale, da omenjena označevalca igrata pomembno vlogo tudi pri diagnosticiranju raka trebušne slinavke. Ker je pri tem raku razpoložljivost podatkov o tumorskih označevalcih omejena, je bil cilj te raziskave ugotoviti klinično vlogo CA19-9 (specifičen za raka trebušne slinavke), CA125 in CA72-4 ter povezavo z mednarodno klasifikacijo tumorjev - TNM (Tumor Node Metastasis). Z imunoradiometrično metodo so merili koncentracijo tumorskih označevalcev pri pacientih z rakom ter pri pacientih z benignimi spremembami na trebušni slinavki. Rezultati so pokazali občutno višje koncentracije označevalcev pri pacientih z rakom v primerjavi s tistimi z benignimi spremembami. Raziskavo so zaključili z ugotovitvijo, da odkrivanje s kombinacijo označevalcev CA19-9 in CA72-4 močno izboljša specifičnost diagnoze.

=== Tomaž Žagar: Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti ===

Za normalno delovanje večceličnega organizma je potrebno, da se celice delijo in rastejo kontrolirano, ker drugače lahko to privede razvoja raka. Celice pa so tekom evolucije razvile nekatere mehanizme, s katerimi lahko samo sebe pokončajo/razgradijo, če prejmejo signal, da je čas da propadejo. Ta mehanizma sta avtofagija in apoptoza. Signali pa lahko pridejo od zunaj ali od znotraj. Če pridejo od znotraj, se vežejo na mitohondrijsko membrano in začnejo proces celične smrti. Ključna proteina, ki uravnavata celično smrt sta protein Bcl-2 in protein NAF-1. Prvi protein ima med drugim na svoji površini dve domeni. Ena inhibira, druga pa inducira apoptozo. Protein NAP-1 se lahko veže na katerokoli izmed dome, res pa je, da se močneje veže na dome, ki inhibira apoptozo. Kljub temu, da natančen mehanizem še ni poznan, so se raziskovalci odločili raziskati kje se proteina vežeta in kakšne so posledice vezave na aktivnost proteinov. S tem so hoteli ustvariti temelje za bodoče raziskave na področju odkrivanja zdravila proti raku, saj se je izkazalo, da je pri rakastih celicah povečano število NAF-1 proteinov.

=== Tjaša Sorčan: Posamezni Iks kanali na površini srčnih celic sesalcev vsebujejo dve KCNE1 podenoti ===

Da se naše srce lahko krči in razteza, potrebujemo posebne IKS kanale, ki se nahajajo na površini srčnih celic. Sestavljata jih dva proteina: E1, katerega število je bilo do nedavnega neznano, in Q1, za katerega vemo da tvori poro s štirimi podenotami. Kljub temu da Q1 lahko sam tvori napetostno odvisni kalijev kanal, pa je nujno potreben tudi E1, ker nadzira kinetiko prehoda, površinsko izražanje, kako so celice regulirane z zdravili, napetostno odvisnost, enotno prevodnost in farmakologijo nastalih kompleksov. Njuno razmerje se ne spreminja, tudi če povečamo ali znižamo raven le enega proteina. V članku sta opisani dve nasprotujoči raziskavi. Prva pripada Morinu in Kobertzu, ki sta s pomočjo škorpijonovega strupa CTX in njegove povezave s E1 določila dve podenoti. Nasprotovala pa jima je raziskava Nakajo et al. , ki je zagovarjala spreminjajočo stehiometrijo med dvema in štirimi E1 podenotami. Vendar naj bi bile njegove domneve napačne, kar so tudi dokazali z fotobeljenjem z enim fluorescenčnim delčkom na površini žive celice sesalca. Demonstrirali so tri spektroskopske metode štetja in za oceno rezultatov uporabili dva statistična pristopa. Te so dokazale, da posamezni IKS kanali na površini celic sesalca res vsebujejo le in samo dve E1 podenoti.

=== Fran Krstanović: Breast milk protein may be key to protecting babies from HIV ===

HIV is an incurable disease that attacks our immune system leaving it shattered. One of the many ways of transmission is with breastfeeding from a HIV-1 positive mother,but not all of the children get effected. Breast milk is full of healthy benefits such as antibodies that help babies build their own immune system. A study at Duke Medical Science has found a protein(TNC) that is responsible for repression of HIV-1 and the explanation why a higher rate of children are not effected via breastfeeding.Further studies will show if TNC neutralizing characteristics could be used as a breakthrough in HIV-prevention therapy if given orally to infants prior to breastfeeding.

== 12.5. ==

=== Hasiba Kamenjaković: Podobnosti med HIV / AIDS, opioidne odvisnosti epidemije ===
Bolezni uporabe opioidov so najhitreje rastoča vrsta težav z drogami . Po mnenju raziskovalcev , veliko od trenutne izpostavljenosti opioidov je povezana z eksplozijo široko dostopna , močnih protibolečinskih zdravil na recept , ki imajo enak učinek v možganih kot heroin . Čeprav je veliko koristi od znatnega lajšanje bolečin in izboljšanje kakovosti življenja , opioidi na recept, zdaj ubil več ljudi kot heroin in kokain skupaj. Raziskovalci so ugotovili , da medtem ko razširjena, je zasvojenost marginalizirana kot ga določa ločeno od drugih bolezni, socialni problem , z ovirami za zdravljenje , od strogih meril za vstop v omejene razpoložljivosti zdravljenja.

Tudi so opisal potrebo po celovitem preprečevanju, diagnostiko in zdravljenje kampanjo za boj proti prevelik odmerek , skupaj s standardno -of- nego modele zdravljenja , ki temeljijo na obstoječih dokazov . Predlagajo, več izobraževanja za medicinske stroke in da izobraževalni viri za zasvojenost v medicinsko usposabljanje se na par z drugih kroničnih bolezni . Prav tako, kot s HIV / AIDS , bolniki , ki trpijo zaradi odvisnosti bi morali biti vključeni v oblikovanje in izvajanje programov in izdelkov , namenjenih , da jim služi .

===Primož Tič: Regeneracija osterelega priželjca z enim samim transkripcijskim faktorjem===
Priželjc je zelo pomemben člen našega imunskega sistema, saj proizvaja T-celice, ki nevtralizirajo antigene. S staranjem pride do naravnega procesa involucije, kjer pride do degeneracije strukture in odpovedi funkcij priželjca. To ima negativni učinek na imunski sistem, saj je osebek manj odziven na nove antigene in se z njimi težje spopada. Znanstvenikom je uspelo s prekomernim stimuliranjem oziroma izražanjem posebne oblike mišjega gena FOXN1 (FOXN1ER) s tamoksifenom obnoviti strukturo in funkcije priželjca. Preko enega samega transkripcijskega faktorja jim je uspelo regenerirati celoten organ ''in vivo'' do skoraj enake mere, kot ga najdemo v mladih miših. Povečano število proteinov FOXN1ER je vplivalo na transkripcijo genov, ki so vpleteni v cikel celične delitve, tako se je zakrneli organ obnovil s proliferacijo TEC celic (thymic epithelial cell). Raziskava je tudi pokazala, da se z obnovo priželjca poveča število T-celic in s tem izboljša imunski sistem. Rezultati bi lahko pomagali pri zdravljenju bolnikov, ki imajo šibek imunski sistem ali okvare priželjca. Dejstvo, da lahko z enim transkripcijskim faktorjem obnoviš celoten organ pa odpira nova vprašanja na področju regenerativne biologije, kjer bi lahko na podoben način poskusili regenerirati tudi ostale organe.

===Enja Kokalj: Celice med mitozo onemogočijo popravljanje DNA zaradi spajanja telomer===
Za obstoj vsakega posameznega organizma je bistveno, da se njegove celice neprestano delijo. Mitoza je delitev celic, pri kateri iz ene celice nastaneta dve genetsko enaki celici. Dedna informacija se prenaša iz ene generacije v drugo v molekulah DNA, zato je ključnega pomena, da je njihovo podvojevanje brezhibno. Vendar pa je DNA v naših celicah neprestano izpostavljena številnim škodljivim dejavnikom, ki na njej povzročajo napake. Te si celica seveda neprestano prizadeva popraviti. Ena izmed izredno nevarnih poškodb DNA je pretrganje obeh verig (angl. Double-strand break) saj lahko to vodi do premestitev znotraj genoma. Kljub temu, da je nenehna skrb za dobro stanje DNA ena izmed najpomembnejših nalog celice, pa je bilo ugotovljeno, da je med mitozo popravljanje pretrganja obeh verig zaustavljeno. Za sprožitev popravljanja DNA sta pomembna predvsem proteina RNF8 in MDC1, ki omogočata delovanje proteinov BRCA1 in 53BP1, ki po različnih mehanizmih popravljata nastalo škodo. V naravnih okoliščinah je to delovanje onemogočeno, znanstvenikom pa je uspelo z umetno kombinacijo proteinov in njihovih mutiranih vezavnih mest celice takorekoč prisiliti v popravljanje pretrganih verig med mitozo. Rezultati so pokazali, da to vodi do spajanja sestrskih telomer, posledica tega pa je anevploidija, to je povečanje ali zmanjšanje števila kromosomov, kar za celico nikakor ni ugodno.

===Valentina Levak: Protein Juno je receptor proteina Izumo1 in potreben za fertilizacijo===
Fertilizacija (oploditev) pomeni združitev moške in ženske spolne celice, pri čemer nastane zigota, zarodek. Proces je zahtevnejši, kot izgleda na prvi pogled, saj se morata spolni celici najprej ''najti'' (kemotaksija), nato povezati in nazadnje spojiti. Članek obravnava drugi korak, in sicer kako se celici povežeta preko proteinov na površini membrane. Leta 2005 so odkrili protein Izumo1 na spermalni celici, leta 2014 pa še protein Juno, receptorski protein Izuma1 na jajčni celici. Rezultati raziskave 2005 so pokazali, da je Izumo1 nujno potreben za fertilizacijo, izsledki zadnje raziskave pa, da je za fertilizacijo prav tako esencialen tudi protein Juno, da interagirata neposredno, da so ženski osebki brez Juna neplodni, rezultati pa namigujejo tudi na to, da je Juno povezan s kortikalno reakcijo in nastankom protispermalnega bloka, ki prepreči polispermijo in posledično odmrtje zarodka. Raziskovalci ocenjujejo, da bi lahko z nadaljnjim delom na tem področju tudi s pomočjo zadnjih odkritij razvili nove možnosti zdravljenja neplodnosti in nove oblike kontracepcije. Raziskava je potekala na inštitutu Wellcome Trust Sanger.

==19.5.==

===Anja Šantl: Černobilske ptice so se prilagodile ionizirajočemu sevanju===
26. aprila leta 1986 se je zgodila najhujša nesreča s sproščanjem radioaktivnih snovi doslej. V Černobilu se je jedrski reaktor stalil in v okolje spustil ogromne količine sevanja ter kontaminirane snovi. Splošno znano je, da so bile posledice na telesih organizmov katastrofalne. Ionizirajoča radiacija ali sevanje je pojav, ko v nestabilnih atomih jedro zaradi presežka notranje energije razpade in nastane popolnoma nov atom. Najpogostejše so reaktivne kisikove spojine, ki so visoko reaktivni prosti radikali, ki nastanejo kot produkt metabolizma in imajo pomembno vlogo pri celičnem signaliziranju in imajo tudi citotoksično delovanje. Med okoljskim stresom količina teh snovi zelo naraste, kar povzroči poškodbe celičnih struktur; to stanje imenujemo oksidativni stres. Prosti radikali lahko nastanejo tudi preko zunanjih virov kot je ionizirajoče sevanje. Organizmi so ustvarili obrambne mehanizme, eden izmed načinov je proizvajanje reducentov, ki nevtralizirajo proste radikale. V članku so se osredotočili na reducent glutation. V članku, ki sem si ga izbrala je poudarek na zakasnelih poškodbah, ki jih povzroča ionizirajoče sevanje. Znanstveniki so želeli ugotoviti, ali so se ptice v okolici jedrske elektrarne Černobil prilagodile tamkajšnjemu sevanju. Izkazalo se je, da so se ob prisotnosti sevanja stopnje antioksidantov povečale, pri večji vrednosti sevanja pa so našli manj oksidativnih poškodb. Dokazali so torej, da so se ptice v okolici
jedrske elektrarne prilagodile na ionizirajoče sevanje.

===Luka Dejanović: Zaščita mrežnice s pomočjo kave===
Kava je ena od najbolj priljubljenih pijač na svetu. Samo v Ameriki na dan popijejo okoli 300 milijonov skodelic kave. Prav zaradi priljubljenosti je bila kava že velikokrat osrednja tema raziskav. Rezultati raziskav so različni, vendar jih večina dokazuje, da ima uživanje kave v zmernih količinah na zdravje pozitiven učinek. Poleg kofeina vsebuje še ostale snovi. Ena od njih je močan antioksidant CGA. Učinek CGA na zdravje mrežnice ob različnih pogojih je bila osrednja tema članka. Mrežnica ali retina je eno od najbolj aktivnih tkiv v našem telesu, zato potrebuje velike količine kisika. Tako so lahko z zmanjšano količino kisika zelo dobro nadzorovali propad mrežnice. Najprej so opravili teste na retinalnih ganglijskih celicah. Izkazalo se je, da so celice tretirane s CGA veliko bolje prenesle zmanjšano koncentracijo kisika in prisotnost škodljivih snovi. Rezultate so potrdili še z metodo Western blot, pri kateri so opazovali prisotnost apoptotičnih proteinov. Nato so opravili še podobne raziskave na miših. Z več metodami so potrdili, da CGA zavira propadanje mišje mrežnice. Rezultati na celicah in miših so se dobro ujemali. Ugotovili so, da CGA vsaj delno deluje po antioksidativnem mehanizmu, torej veže proste radikale. Na podlagi teh raziskav lahko trdimo, da nam pitje kave utegne pomagati pri zdravju mrežnice in ohranjanju dobrega vida.

===Katja Malovrh: Spremembe cistinskih ledvičnih kamnov===
Ledvični kamen ali renalni kalkulus, je trda tvorba, sestavljena iz anorganskih soli ali organskih spojin. Kamni se razvijajo v ledvicah, natančneje v nefronih kot posledica kristalizacije različnih spojin, do katere pride zaradi prenasičenega urina. Kamni lahko zrastejo do različnih dimenzij in ob potovanju skozi sečila zaradi tega povzročajo hude bolečine. Nastanek cistinskih ledvičnih kamnov povzroča dedna avtosomno-recesivna bolezen Cistinurija. Bolezen povzročata mutaciji dveh genov, ki kodirata del transportnega proteina v epitelnih celicah ledvic. Posledica je slabša absorpcija cistina, ki se začne v večjih količinah nabirati znotraj nefronov. Nato pride do prenasičenja in tvorbe ledvičnih kamnov. Kamni so zgrajeni iz kristalitov, ti pa še iz manjši delcev, nanokristalov. Morfologijo in velikost kristalitov določamo s pomočjo SEM, strukturne lastnosti nanokristalov pa določamo z posebnim postopkom imenovanim PND. Članek raziskuje vpliv različnih načinov zdravljenj na morfologijo in strukturo ledvičnih kamnov. Med drugim med sabo primerja zdravljenje z natrijevim bikarbonatom, tiolovimi derivati, Tiopropinom, D-penicillaminom, Kaptoprilom, Foncitrilom in Alkaforjem. Glede na lastnosti ločimo dva tipa ledvičnih kamnov, Tip Va in tip Vb. Ugotovili so, da se je med različnimi načini zdravljenja za najuspešnejšega izkazalo zdravljenje z natrijevim bikarbonatom, saj na cistinske kamne vpliva na obeh nivojih – mikrometerskem in nanometerskem. Preostale načine terapije vplivajo le na površino kristalitov, na samo velikost pa ne vplivajo bistveno.

===Nina Mavec: Specifične spremembe serumskih proteinov pri ljudeh s Parkinsonovo boleznijo===
Parkinsonova bolezen je razmeroma pogosta in zaskrbljujoča nevrodegenerativna bolezen. Vzroki te bolezni so še precej neraziskani in posledično še ne poznamo zdravila, ki bi zaustavilo ravoj bolezni, ne poznamo pa niti zanesljivega laboratorijskega testa, ki bi to bolezen nedvoumno potrdil. Diagnoza se zaenkrat navadno postavi glede na simptome, ki pa postanejo opazni šele, ko je bolezen prizadela že precej živčnega sistema. Znanstveniki so zato izvedli raziskave krvnega seruma, oziroma proteinov v njem pri Parkinsonovih bolnikih in jih primerjali z zdravimi serumi ljudi istega spola in starosti. Najprej so iz serumov z afinitetno kromatografijo odstranili odvečne proteine, nato pa z gelsko elektroforezo ločili ostale proteine in primerjali gela serumov Parkinsonovih bolnikov in zdravih ljudi. Pri 13 lisah se je pokazala drugačna izraženost, te lise pa so identificirali kot 6 različnih proteinov. Od teh so pri treh opazili največjo razliko v izražanju. Gama veriga fibrinogena (FGG) se pri kontrolnih vzorcih sploh ni pojavila, medtem ko so jo opazili pri 70% bolnikov. Pri Parkinsonovih bolnikih se je precej spremenilo tudi razmerje med različno velikimi enotami proteinov ITI-H4 in Apo A-IV. Tej rezultati bi ob nadaljnih obsežnejših raziskavah lahko precej pripomogli k razvoju preprostega diagnostičnega testa za Parkinsonovo bolezen, ki bi temeljil le na neinvazivnem in enostavnem odvzemu in preiskavi krvi.

TBK2014-seminar

2014-05-13T05:56:16Z

Luka Dejanovic: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tja.C5.A1a_Sor.C4.8Dan:_Posamezni_Iks_kanali_na_povr.C5.A1ini_sr.C4.8Dnih_celic_sesalcev_vsebujejo_dve_KCNE1_podenoti, Posamezni Iks kanali na površini celic sesalcev vsebujejo dve KCNE1 podenoti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Toma.C5.BE_.C5.BDagar:_Klju.C4.8Dna_proteina_pri_uravnavanju_celi.C4.8Dne_smrti Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140327140059.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Fran_Krstanovi.C4.87:_Breast_milk_protein_may_be_key_to_protecting_babies_from_HIV Breast milk protein may be key to protecting babies from HIV] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021153200.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jure_Zadravec:_Vloga_tumorskih_ozna.C4.8Devalcev_CA19-9.2C_CA125_in_CA72-4_pri_diagnozi_raka_trebu.C5.A1ne_slinavke Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140121164754.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Primo.C5.BE_Ti.C4.8D:_Regeneracija_osterelega_pri.C5.BEeljca_z_enim_samim_transkripcijskim_faktorjem Regeneracija ostarelega priželjca z enim samim transkripcijskim faktorjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140408115610.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Valentina_Levak:_Protein_Juno_je_receptor_proteina_Izumo1_in_potreben_za_fertilizacijo Protein Juno je receptor proteina Izumo1 in potreben za fertilizacijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416133253.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Enja_Kokalj:_Celice_med_mitozo_onemogo.C4.8Dijo_popravljanje_DNA_zaradi_spajanja_telomer Celice med mitozo onemogočijo popravljanje DNA zaradi spajanja telomer]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140320173506.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-

|-
| Luka Dejanović||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Luka_Dejanović:_Zaščita_mrežnice_s_pomočjo_kave Zaščita mrežnice s pomočjo kave]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/05/140502213047.htm Povezava]||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||[http://www.plosone.org/article/fetchObject.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0095684&representation=PDF Povezava]||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140424223057.htm Povezava]||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/05/140504133205.htm Povezava][http://www.sciencedaily.com/releases/2014/05/140501075055.htm Povezava2]||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-05-13T05:38:20Z

Luka Dejanovic: /* 19.5. */

TBK2014-seminar

2014-05-11T21:51:58Z

Luka Dejanovic: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tja.C5.A1a_Sor.C4.8Dan:_Posamezni_Iks_kanali_na_povr.C5.A1ini_sr.C4.8Dnih_celic_sesalcev_vsebujejo_dve_KCNE1_podenoti, Posamezni Iks kanali na površini celic sesalcev vsebujejo dve KCNE1 podenoti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Toma.C5.BE_.C5.BDagar:_Klju.C4.8Dna_proteina_pri_uravnavanju_celi.C4.8Dne_smrti Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140327140059.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Fran_Krstanovi.C4.87:_Breast_milk_protein_may_be_key_to_protecting_babies_from_HIV Breast milk protein may be key to protecting babies from HIV] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021153200.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jure_Zadravec:_Vloga_tumorskih_ozna.C4.8Devalcev_CA19-9.2C_CA125_in_CA72-4_pri_diagnozi_raka_trebu.C5.A1ne_slinavke Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140121164754.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Primo.C5.BE_Ti.C4.8D:_Regeneracija_osterelega_pri.C5.BEeljca_z_enim_samim_transkripcijskim_faktorjem Regeneracija ostarelega priželjca z enim samim transkripcijskim faktorjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140408115610.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Valentina_Levak:_Protein_Juno_je_receptor_proteina_Izumo1_in_potreben_za_fertilizacijo Protein Juno je receptor proteina Izumo1 in potreben za fertilizacijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416133253.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Enja_Kokalj:_Celice_med_mitozo_onemogo.C4.8Dijo_popravljanje_DNA_zaradi_spajanja_telomer Celice med mitozo onemogočijo popravljanje DNA zaradi spajanja telomer]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140320173506.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-

|-
| Luka Dejanović||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/05/140502213047.htm Povezava]||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||[http://www.plosone.org/article/fetchObject.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0095684&representation=PDF Povezava]||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140424223057.htm Povezava]||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/05/140504133205.htm Povezava][http://www.sciencedaily.com/releases/2014/05/140501075055.htm Povezava2]||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.