https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Luka+FratinaWiki FKKT - User contributions [en]2026-04-05T21:30:20ZUser contributionsMediaWiki 1.39.3https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularna_biologija_virusov&diff=14144Molekularna biologija virusov2018-04-22T10:07:00Z<p>Luka Fratina: </p>
<hr />
<div>Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2017/18 obravnavajo področje virusov, saj v naslednjem letu ne boste imeli možnosti vpisa izbirnega predmeta Virologija. Tematika je razdeljena na 16 poglavij. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu.<br />
<br />
Vsako temo obdelata praviloma dva študenta, nekatere teme pa omogočajo tudi razdelitev snovi na tri dele (to je označeno na prvem seznamu). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. <br />
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. <br />
Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov! <br />
<br />
Predstavitve seminarjev po datumih so razvidne iz spletne učilnice. <br />
<br />
Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit. <br />
<br />
Poglavja za seminarje so:<br />
<br />
1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (lahko 3)<br><br />
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi<br><br />
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi<br><br />
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi<br><br />
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi<br><br />
6. Retrovirusi (lahko 3)<br><br />
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo)<br><br />
8. Nitasti fagi<br><br />
9. Ikozaedrični fagi (lahko 3)<br><br />
10. Viroidi in satelitski virusi<br><br />
11. Evolucija virusov<br><br />
12. Diagnostika virusnih okužb<br><br />
13. Rastlinski virusi (lahko 3)<br><br />
14. Protivirusna zdravila (lahko 3)<br><br />
15. Protivirusna cepiva<br><br />
16. Virusi in rak<br><br />
17. Virusi, ki jih uporabljamo pri genskem zdravljenju<br />
<br />
----<br />
<br />
Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja: <br />
<br />
1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (Ines Medved, Veronika Razpotnik, Andrej Ivanovski)<br> <br />
2. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Parvovirusi_in_sorodni_ssDNA-virusi Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi] (Milica Jankovic, Andrej Race)<br><br />
3. [[Reovirusi in drugi dsRNA-virusi]](Anže Jenko, Ana Maklin) <br><br />
4. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pikorna_virusi_in_drugi_RNA(+)_virusi Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi] (Tanja Zupan, Ajda Krč)<br><br />
5. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rabdovirusi_in_drugi_RNA(-)-virusi Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi] (Anja Černe, Špela Deučman)<br><br />
6. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Retrovirusi Retrovirusi] (Katja Doberšek, Špela Supej, Barbara Slapnik)<br><br />
7. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hepadnavirusi_in_kavlimovirusi_%28DNA-virusi_z_reverzno_transkripcijo%29 Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo)] (Nika Zaveršek, Nika Goršek)<br><br />
8. Nitasti fagi ()<br><br />
9. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Ikozaedri%C4%8Dni_fagi&oldid=14142 Ikozaedrični fagi] (Urban Hribar, Luka Gregorič, Luka Fratina)<br><br />
10. Viroidi in satelitski virusi (Lea Knez, Patrik Levačić)<br><br />
11. Evolucija virusov ()<br><br />
12. Diagnostika virusnih okužb (Samo Purič, Peter Škrinjar)<br><br />
13. Rastlinski virusi (Katja Dolenc, Martin Špendl)<br><br />
14. Protivirusna zdravila (Tina Turel, Maja Vrabec, Polona Skrt)<br><br />
15. Protivirusna cepiva (Daria Latysheva, Jerneja Nimac)<br><br />
16. Virusi in rak (Ana Obaha, Lija Srnovršnik)<br><br />
17. Virusi, ki jih uporabljamo pri genskem zdravljenju (Andreja Habič, Uroš Prešern)<br />
<br />
<br />
Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, ki vsebuje povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki><br> <br />
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).<br />
<br />
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Ikozaedri%C4%8Dni_fagi&diff=14143Ikozaedrični fagi2018-04-22T10:03:33Z<p>Luka Fratina: </p>
<hr />
<div>== '''UVOD''' ==<br />
<br />
<br />
Bakteriofagi so skupina virusov, ki okužijo bakterije in arheje. Zaradi izobilja njihovih gostiteljskih celic jih zato najdemo skoraj povsod na svetu. Bakteriofagi so se najverjetneje razvili daleč pred evkariontskimi virusi. Razlikujejo se po obliki vironov in vrsti nukleinske kisline, v kateri hranijo dedni zapis. Delijo se na Caudovirales (ikozaedrične bakteriofage), Ligamenvirales (nitaste bakteriofage) in nedoločene bakteriofage. Skupina Caudovirales je znana po ikozaedrični glavi, kjer hranijo DNA, in repni strukturi. Vsi ikozaedrični bakteriofagi imajo dvoverižno DNA (dsDNA).<br />
<br />
Caudiovirales se delijo v tri skupine glede na obliko in lastnosti repa. Myouiridae z dolgimi in krčljivimi repi, Siphouiridae z dolgimi nekrčljivimi repi in Podouiridae s kratkimi repi. Te skupine lahko še bolj podrobno delimo glede na obliko glave, saj imajo nekateri virusi podaljšano ikozaedrično glavo.<br />
<br />
Najbolj znan primer ikozaedričnega faga je bakteriofag λ, ki je hkrati tude eden izmed najbolje preučenih virusov na svetu. Sistematsko bakteriofagi λ spadajo v skupino Siphouiridae.<br />
<br />
== '''Ikozaedrična struktura''' ==<br />
<br />
Ikozaedrična struktura je zelo pogosta med virusi. Število in razporeditev capsomer v ikozaedrični kapsidi lahko določimo z uporabo Goldberg-ovih poliedrov, ki govori, da mora biti ikozaedrična struktura sestavljena iz pentamerov in heksamerov. Ikozaedrična kapsida vsebuje 12 pentamerov in 10(T-1) heksamerov. Število T je različno pri kapsidih različnih velikosti in kompleksnosti. T število je tudi pomembno pri številu pomožnih proteinov. Izračunamo ga tako, da upoštevamo dve geometrični konstanti M in N, katere pa vplivata na simetričnost kapside, obliko ikozaedra in stevilo ploskev pri ikozaedru.<br />
Večinoma sem se osredotočil na DNA zapis in obliko kapside pri bakteriofagu λ, saj je ta en izmed bolje opisanih ikozaedričnih fagov.<br />
Struktura in dimenzije bakteriofaga λ so bile raziskane s pomočjo tehnike zamrzovalnega lomljenja in velikosti kapside so bile 58nm in število T je bilo izračunano in izmerjeno na 21.<br />
<br />
== '''Genom bakteriofaga lambda''' ==<br />
<br />
Ko je genom v krožni obliki se začne takoj transkripcija iz delov PL in PR (promotor leftward in promotor rightward). Najprej se prepiše in prevede celoten skupek genov, ki se imenujejo zgodnji geni. Ti geni zapisujejo najpomembnejše proteine za začetek razvoja faga in njegov nadaljni razvoj. RNA polimeraza bakterijske celice (večinoma so eksperimenti bili izvedeni na e.coli) nato interagira s PL in tako se ustvari kratek mRNA prepis, ki se nato prevede v N protein (anti-terminatorski protein). Ta protein lahko nato sproži nadaljevanje transkripcije, ko RNA polimeraza sreča sekvenco v DNA, ki bi jo morala ustaviti. mRNA prepisi so zato daljši, ker se prepisujejo naprej, kljub delovanju terminacijskega signala tL (Terminator left ward). Na desni strani pa prepis proizvede Cro protein (anti-represor) in se izogne tR1(Terminator right ward). Zaradi daljšega prepisa na PR strani se lahko kodirajo C1 (represor), O in P proteini, ki pomagajo pri sintezi in replikaciji lambda DNA in nekaj Q proteina, ki pa je tako kot protein N anti-terminatorski protein. Na PL strani pa se sintetizirajo rekombinatorni proteini in nekaj malega Xis (ekscionaza) in Int (integraze). Terminacija pa se začne lahko le, ko se N protein veže na nut L1/R1 (levo/desno nevtralizacijsko mesto). Do te točke, bi morali biti vsi proteini, ki so pomembni za odločitev litični-lizogeni cikel že sintetizirani. Operator OR se sedaj še dodatno razdeli na tri dele (OR1/2/3). Razlikujejo se v tem da se na OR3 bolj verjetno veže Cro in tako preprečuje vezavo C1, ostala dva imata nekompetitivno vezavo. Če se veže Cro bo šel fag v lizogeni cikel, če pa se veže C1 pa bo šel v litični cikel.<br />
<br />
<br />
=='''VSTOP VIRUSNE DNA PRI BAKTERIOFAGIH λ''' ==<br />
<br />
Za razliko od ikozaedričnih bakteriofagov z krčljivimi repi, bakteriofag λ ne more svoje DNA dostaviti sam preko celične membrane, ampak mora v celico vstopiti preko že obstoječih transportnih mehanizmov. Najbolje preučen mehanizem okužbe z bakteriofagom λ je na bakteriji E-coli. E-coli je gram negativna bakterija, kar pomeni da ima 2 membrani. Zunanja monoplast teh bakterij je sestavljena predvsem iz lipopolisaharidov. Namen zunanjih membran je zaščita bakterije pred škodljivimi zunanjimi dejavniki. V primeru E-coli se bakteriofag λ s pomočjo svojega J-proteina veže na membranski transporter za maltozo, imenovan LamB. Bakteriofag se lahko nato odcepi od celične membrane ali pa se nanjo trajno veže. Po trajni vezavi virusna DNA vstopi v gostiteljsko celico iz kapside preko repa. Točen mehanizem, kako DNA vstopi v celico iz kapside, pa še ni dobro znan. Znano pa je, da je rep bakteriofaga λ zmožen DNA transportirati sam, tudi če na virusu ni prisotne glave.<br />
<br />
Skozi notranjo membrano E-coli se virusna DNA najverjetnej prebije skozi manozni permiabni kompleks, ki običajno opravlja vlogo transporta in fosforilacije sladkorjev. Sestaljajo ga 3 podenote IIIMan, II-PMan in II-MMan. V kompleksu so potrebne vse tri podenote, da opravljajo nalogo transporta in fosforilacije sladkorjev. Za transport svoje DNA preko membrane pa bakteriofag potrebuje le II-PMan in II-MMan. Virusna DNA se tako uspe prebiti do bakerijske citoplazme in tako dobi dostop do njene DNA.<br />
<br />
Virusna DNA vstopi v celico in tu se zgodita dva cikla. Lizogeni cekel je cikel, v katerem se virusna DNA vključi v bakterijsko DNA. Virus se v tem ciklu imenuje profag, saj ne pride do infekcije. Litični cekel je proces, v katerem nastanejo novi virusi, ki razpočijo celico in se sprostijo v okolje.Prehodi med cikloma so odvisno od ugodnosti okolja za bakterjo, v ugodnem okloju pride do lizogenega cikla. Kot primer teh ciklov in procesov v bakteriji je opisan bakteriofag λ.<br />
<br />
== '''Lizogeni cikel''' ==<br />
<br />
Za lizogeni cikel je pomembno da se virusna DNA vključi v bakterijski kromosom. Lizogeni cekel je setavljen iz vzpostavitve, ohranjanje cikla ozirima popravljanje napak in mehanizma vključitve, ki omgočata tak proces sta rekombinacija na specifičnem mestu ali naključna transpozicija. Rekombinacija poteka pri fagu λ mestu attP in na bakteriji na mestu attB. Povezavo med tema mestoma tvori kompleks, ki vključuje IHF. Pri tem je za vzpostavitev lizogenega cikla najpomembnejši cII, ki je aktivoator transkripcije cI, ki je represor za litični cekel, saj zavira sintezo mRNA. Tu se vklučena DNA replicira skupaj z bakterijskim kromasomov in tako nastane več kopij profaga. V tem času se dogaja evolucija faga.<br />
<br />
== '''Litični cikel''' ==<br />
<br />
Prehod v litični cikel se zgodi zaradi zunanjih dejavnikov, ki vplivajo na preživetje gostiteljske celice. Tu poteka sinteza proteinov, ki so pomembni za izgradnjo viriona. Pri tem se vsi procesi v celici preusmerijo v sintezo virusa. Zunanji dejavniki vplivajo na to, da se razgradi cI, kar omogoča sintezo protinov, pomembnih za sintezo strukturnih protreinov in replikacijo DNA. Za transkripcijo in translacijo genov je pomembna kaskada aktivacije raznih proteinov (cI, cII, Q, N), kar privede, da pride do sinteze strukturnih genov za kapsido. Pri transkripciji so vključene gostiteljske RNA polimeraze. N protein je antiterminator, in preprečuje Rho proteinu, da bi zaustavil transkripcijo. Veže se na lasnično zanko in tako deluje tudi kot elongacijski faktor. Q se veže na promotorsko regijo in interagira z RNApol na tak način, da je terminacija onemogočena. Sinteza virusnih proteinov poteka na gostilteljsih ribosomih. Replikacija virusne DNA poteka neodvisno od cepitev bakterije, za to sta pomembna proteina O in P. O se veže na ori mesto, P pa na bakterijsko helikazo ion tak kompleks omogoča replikacijo virusne DNA nastajanja krožne DNA za vključitev v nove viruse, ni pa še bilo razloženo, koko poteka nadaljani proces, ki omogočatakšno strukturo krožne DNA, da se ta vključi v kapsido. <br />
<br />
== '''Sestavljanje virusa''' ==<br />
<br />
Sesavljanje viriona poteka posebej za glavo in rep, ki se nato spontano povežeta. DNA se vključi v glavo preko Dna-pakirajočega kompleksa, ki vsebuje tudi podenoto za zazanvanje Dna (TerS), terminazo (TerL) in proteine, ki sestavljajo poro. Ti proteini imajo tudi motorično funkcijo, da premikajo DNA. V vseh teh procesih so pomembni gostitelski šaperoni, pomemben pa je tudi IHF, ki z vezavo na Nu1 omogoča pakiranje DNA. Pri sintezi repu samo dožino določa dolžina gena za H protein, za pravilno razmerje G – T proteinov, ki so pomembni za kapsido je potrebeno premikanje bralnih okvirjev pri translaciji.<br />
<br />
== Viri ==<br />
<br />
Casjens, S. R. & Hendrix, R. W. Bacteriophage lambda: Early pioneer and still relevant. Virology 479–480, 310–330 (2015).<br />
<br />
Erni, B., Zanolari, B. & Kochers, H. P. THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY The Mannose Permease of Escherichia coli Consists of Three <br />
<br />
Ackermann, H.-W. Tailed Bacteriophages: The Order Caudovirales. in 135–201 (1998). doi:10.1016/S0065-3527(08)60785-X<br />
<br />
Bayer, M. E. & Bocharov, A. F. The capsid structure of bacteriophage lambda. Virology 54, 465–475 (1973).<br />
<br />
Becker, A. & Murialdo, H. Bacteriophage lambda DNA: the beginning of the end. J. Bacteriol. 172, 2819–24 (1990).<br />
<br />
<br />
<br />
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Ikozaedri%C4%8Dni_fagi&diff=14142Ikozaedrični fagi2018-04-22T10:01:43Z<p>Luka Fratina: </p>
<hr />
<div>== '''UVOD''' ==<br />
<br />
<br />
Bakteriofagi so skupina virusov, ki okužijo bakterije in arheje. Zaradi izobilja njihovih gostiteljskih celic jih zato najdemo skoraj povsod na svetu. Bakteriofagi so se najverjetneje razvili daleč pred evkariontskimi virusi. Razlikujejo se po obliki vironov in vrsti nukleinske kisline, v kateri hranijo dedni zapis. Delijo se na Caudovirales (ikozaedrične bakteriofage), Ligamenvirales (nitaste bakteriofage) in nedoločene bakteriofage. Skupina Caudovirales je znana po ikozaedrični glavi, kjer hranijo DNA, in repni strukturi. Vsi ikozaedrični bakteriofagi imajo dvoverižno DNA (dsDNA).<br />
<br />
Caudiovirales se delijo v tri skupine glede na obliko in lastnosti repa. Myouiridae z dolgimi in krčljivimi repi, Siphouiridae z dolgimi nekrčljivimi repi in Podouiridae s kratkimi repi. Te skupine lahko še bolj podrobno delimo glede na obliko glave, saj imajo nekateri virusi podaljšano ikozaedrično glavo.<br />
<br />
Najbolj znan primer ikozaedričnega faga je bakteriofag λ, ki je hkrati tude eden izmed najbolje preučenih virusov na svetu. Sistematsko bakteriofagi λ spadajo v skupino Siphouiridae.<br />
<br />
== '''Ikozaedrična struktura''' ==<br />
<br />
Ikozaedrična struktura je zelo pogosta med virusi. Število in razporeditev capsomer v ikozaedrični kapsidi lahko določimo z uporabo Goldberg-ovih poliedrov, ki govori, da mora biti ikozaedrična struktura sestavljena iz pentamerov in heksamerov. Ikozaedrična kapsida vsebuje 12 pentamerov in 10(T-1) heksamerov. Število T je različno pri kapsidih različnih velikosti in kompleksnosti. T število je tudi pomembno pri številu pomožnih proteinov. Izračunamo ga tako, da upoštevamo dve geometrični konstanti M in N, katere pa vplivata na simetričnost kapside, obliko ikozaedra in stevilo ploskev pri ikozaedru.<br />
Večinoma sem se osredotočil na DNA zapis in obliko kapside pri bakteriofagu λ, saj je ta en izmed bolje opisanih ikozaedričnih fagov.<br />
Struktura in dimenzije bakteriofaga λ so bile raziskane s pomočjo tehnike zamrzovalnega lomljenja in velikosti kapside so bile 58nm in število T je bilo izračunano in izmerjeno na 21.<br />
<br />
== '''Genom bakteriofaga lambda''' ==<br />
<br />
Ko je genom v krožni obliki se začne takoj transkripcija iz delov PL in PR (promotor leftward in promotor rightward). Najprej se prepiše in prevede celoten skupek genov, ki se imenujejo zgodnji geni. Ti geni zapisujejo najpomembnejše proteine za začetek razvoja faga in njegov nadaljni razvoj. RNA polimeraza bakterijske celice (večinoma so eksperimenti bili izvedeni na e.coli) nato interagira s PL in tako se ustvari kratek mRNA prepis, ki se nato prevede v N protein (anti-terminatorski protein). Ta protein lahko nato sproži nadaljevanje transkripcije, ko RNA polimeraza sreča sekvenco v DNA, ki bi jo morala ustaviti. mRNA prepisi so zato daljši, ker se prepisujejo naprej, kljub delovanju terminacijskega signala tL (Terminator left ward). Na desni strani pa prepis proizvede Cro protein (anti-represor) in se izogne tR1(Terminator right ward). Zaradi daljšega prepisa na PR strani se lahko kodirajo C1 (represor), O in P proteini, ki pomagajo pri sintezi in replikaciji lambda DNA in nekaj Q proteina, ki pa je tako kot protein N anti-terminatorski protein. Na PL strani pa se sintetizirajo rekombinatorni proteini in nekaj malega Xis (ekscionaza) in Int (integraze). Terminacija pa se začne lahko le, ko se N protein veže na nut L1/R1 (levo/desno nevtralizacijsko mesto). Do te točke, bi morali biti vsi proteini, ki so pomembni za odločitev litični-lizogeni cikel že sintetizirani. Operator OR se sedaj še dodatno razdeli na tri dele (OR1/2/3). Razlikujejo se v tem da se na OR3 bolj verjetno veže Cro in tako preprečuje vezavo C1, ostala dva imata nekompetitivno vezavo. Če se veže Cro bo šel fag v lizogeni cikel, če pa se veže C1 pa bo šel v litični cikel.<br />
<br />
<br />
=='''VSTOP VIRUSNE DNA PRI BAKTERIOFAGIH λ''' ==<br />
<br />
Za razliko od ikozaedričnih bakteriofagov z krčljivimi repi, bakteriofag λ ne more svoje DNA dostaviti sam preko celične membrane, ampak mora v celico vstopiti preko že obstoječih transportnih mehanizmov. Najbolje preučen mehanizem okužbe z bakteriofagom λ je na bakteriji E-coli. E-coli je gram negativna bakterija, kar pomeni da ima 2 membrani. Zunanja monoplast teh bakterij je sestavljena predvsem iz lipopolisaharidov. Namen zunanjih membran je zaščita bakterije pred škodljivimi zunanjimi dejavniki. V primeru E-coli se bakteriofag λ s pomočjo svojega J-proteina veže na membranski transporter za maltozo, imenovan LamB. Bakteriofag se lahko nato odcepi od celične membrane ali pa se nanjo trajno veže. Po trajni vezavi virusna DNA vstopi v gostiteljsko celico iz kapside preko repa. Točen mehanizem, kako DNA vstopi v celico iz kapside, pa še ni dobro znan. Znano pa je, da je rep bakteriofaga λ zmožen DNA transportirati sam, tudi če na virusu ni prisotne glave.<br />
<br />
Skozi notranjo membrano E-coli se virusna DNA najverjetnej prebije skozi manozni permiabni kompleks, ki običajno opravlja vlogo transporta in fosforilacije sladkorjev. Sestaljajo ga 3 podenote IIIMan, II-PMan in II-MMan. V kompleksu so potrebne vse tri podenote, da opravljajo nalogo transporta in fosforilacije sladkorjev. Za transport svoje DNA preko membrane pa bakteriofag potrebuje le II-PMan in II-MMan. Virusna DNA se tako uspe prebiti do bakerijske citoplazme in tako dobi dostop do njene DNA.<br />
<br />
Virusna DNA vstopi v celico in tu se zgodita dva cikla. Lizogeni cekel je cikel, v katerem se virusna DNA vključi v bakterijsko DNA. Virus se v tem ciklu imenuje profag, saj ne pride do infekcije. Litični cekel je proces, v katerem nastanejo novi virusi, ki razpočijo celico in se sprostijo v okolje.Prehodi med cikloma so odvisno od ugodnosti okolja za bakterjo, v ugodnem okloju pride do lizogenega cikla. Kot primer teh ciklov in procesov v bakteriji je opisan bakteriofag λ.<br />
<br />
== '''Lizogeni cikel''' ==<br />
<br />
Za lizogeni cikel je pomembno da se virusna DNA vključi v bakterijski kromosom. Lizogeni cekel je setavljen iz vzpostavitve, ohranjanje cikla ozirima popravljanje napak in mehanizma vključitve, ki omgočata tak proces sta rekombinacija na specifičnem mestu ali naključna transpozicija. Rekombinacija poteka pri fagu λ mestu attP in na bakteriji na mestu attB. Povezavo med tema mestoma tvori kompleks, ki vključuje IHF. Pri tem je za vzpostavitev lizogenega cikla najpomembnejši cII, ki je aktivoator transkripcije cI, ki je represor za litični cekel, saj zavira sintezo mRNA. Tu se vklučena DNA replicira skupaj z bakterijskim kromasomov in tako nastane več kopij profaga. V tem času se dogaja evolucija faga.<br />
<br />
== '''Litični cikel''' ==<br />
<br />
Prehod v litični cikel se zgodi zaradi zunanjih dejavnikov, ki vplivajo na preživetje gostiteljske celice. Tu poteka sinteza proteinov, ki so pomembni za izgradnjo viriona. Pri tem se vsi procesi v celici preusmerijo v sintezo virusa. Zunanji dejavniki vplivajo na to, da se razgradi cI, kar omogoča sintezo protinov, pomembnih za sintezo strukturnih protreinov in replikacijo DNA. Za transkripcijo in translacijo genov je pomembna kaskada aktivacije raznih proteinov (cI, cII, Q, N), kar privede, da pride do sinteze strukturnih genov za kapsido. Pri transkripciji so vključene gostiteljske RNA polimeraze. N protein je antiterminator, in preprečuje Rho proteinu, da bi zaustavil transkripcijo. Veže se na lasnično zanko in tako deluje tudi kot elongacijski faktor. Q se veže na promotorsko regijo in interagira z RNApol na tak način, da je terminacija onemogočena. Sinteza virusnih proteinov poteka na gostilteljsih ribosomih. Replikacija virusne DNA poteka neodvisno od cepitev bakterije, za to sta pomembna proteina O in P. O se veže na ori mesto, P pa na bakterijsko helikazo ion tak kompleks omogoča replikacijo virusne DNA nastajanja krožne DNA za vključitev v nove viruse, ni pa še bilo razloženo, koko poteka nadaljani proces, ki omogočatakšno strukturo krožne DNA, da se ta vključi v kapsido. <br />
<br />
== '''Sestavljanje virusa''' ==<br />
<br />
Sesavljanje viriona poteka posebej za glavo in rep, ki se nato spontano povežeta. DNA se vključi v glavo preko Dna-pakirajočega kompleksa, ki vsebuje tudi podenoto za zazanvanje Dna (TerS), terminazo (TerL) in proteine, ki sestavljajo poro. Ti proteini imajo tudi motorično funkcijo, da premikajo DNA. V vseh teh procesih so pomembni gostitelski šaperoni, pomemben pa je tudi IHF, ki z vezavo na Nu1 omogoča pakiranje DNA. Pri sintezi repu samo dožino določa dolžina gena za H protein, za pravilno razmerje G – T proteinov, ki so pomembni za kapsido je potrebeno premikanje bralnih okvirjev pri translaciji.<br />
<br />
== Viri ==<br />
<br />
Casjens, S. R. & Hendrix, R. W. Bacteriophage lambda: Early pioneer and still relevant. Virology 479–480, 310–330 (2015).<br />
<br />
Chatterjee, S. & Rothenberg, E. Interaction of bacteriophage l with its E. coli receptor, LamB. Viruses 4, 3162–78 (2012).<br />
<br />
Ackermann, H.-W. Tailed Bacteriophages: The Order Caudovirales. in 135–201 (1998). doi:10.1016/S0065-3527(08)60785-X<br />
<br />
Bayer, M. E. & Bocharov, A. F. The capsid structure of bacteriophage lambda. Virology 54, 465–475 (1973).<br />
<br />
Becker, A. & Murialdo, H. Bacteriophage lambda DNA: the beginning of the end. J. Bacteriol. 172, 2819–24 (1990).<br />
<br />
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Ikozaedri%C4%8Dni_fagi&diff=14141Talk:Ikozaedrični fagi2018-04-22T09:52:27Z<p>Luka Fratina: New page: Urban Hribar: Uvod VSTOP VIRUSNE DNA PRI BAKTERIOFAGIH λ Luka Gregorič: Ikozaedrična struktura genom bakteriofaga lambda Luka Fratina: Lizogeni cikel Litični cikel Sestavljanje virusa</p>
<hr />
<div>Urban Hribar:<br />
Uvod<br />
VSTOP VIRUSNE DNA PRI BAKTERIOFAGIH λ<br />
Luka Gregorič:<br />
Ikozaedrična struktura<br />
genom bakteriofaga lambda<br />
Luka Fratina:<br />
Lizogeni cikel<br />
Litični cikel<br />
Sestavljanje virusa</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularna_biologija_virusov&diff=14140Molekularna biologija virusov2018-04-22T09:49:24Z<p>Luka Fratina: </p>
<hr />
<div>Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2017/18 obravnavajo področje virusov, saj v naslednjem letu ne boste imeli možnosti vpisa izbirnega predmeta Virologija. Tematika je razdeljena na 16 poglavij. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu.<br />
<br />
Vsako temo obdelata praviloma dva študenta, nekatere teme pa omogočajo tudi razdelitev snovi na tri dele (to je označeno na prvem seznamu). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. <br />
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. <br />
Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov! <br />
<br />
Predstavitve seminarjev po datumih so razvidne iz spletne učilnice. <br />
<br />
Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit. <br />
<br />
Poglavja za seminarje so:<br />
<br />
1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (lahko 3)<br><br />
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi<br><br />
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi<br><br />
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi<br><br />
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi<br><br />
6. Retrovirusi (lahko 3)<br><br />
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo)<br><br />
8. Nitasti fagi<br><br />
9. Ikozaedrični fagi (lahko 3)<br><br />
10. Viroidi in satelitski virusi<br><br />
11. Evolucija virusov<br><br />
12. Diagnostika virusnih okužb<br><br />
13. Rastlinski virusi (lahko 3)<br><br />
14. Protivirusna zdravila (lahko 3)<br><br />
15. Protivirusna cepiva<br><br />
16. Virusi in rak<br><br />
17. Virusi, ki jih uporabljamo pri genskem zdravljenju<br />
<br />
----<br />
<br />
Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja: <br />
<br />
1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (Ines Medved, Veronika Razpotnik, Andrej Ivanovski)<br> <br />
2. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Parvovirusi_in_sorodni_ssDNA-virusi Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi] (Milica Jankovic, Andrej Race)<br><br />
3. [[Reovirusi in drugi dsRNA-virusi]](Anže Jenko, Ana Maklin) <br><br />
4. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pikorna_virusi_in_drugi_RNA(+)_virusi Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi] (Tanja Zupan, Ajda Krč)<br><br />
5. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rabdovirusi_in_drugi_RNA(-)-virusi Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi] (Anja Černe, Špela Deučman)<br><br />
6. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Retrovirusi Retrovirusi] (Katja Doberšek, Špela Supej, Barbara Slapnik)<br><br />
7. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hepadnavirusi_in_kavlimovirusi_%28DNA-virusi_z_reverzno_transkripcijo%29 Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo)] (Nika Zaveršek, Nika Goršek)<br><br />
8. Nitasti fagi ()<br><br />
9. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Ikozaedri%C4%8Dni_fagi&oldid=14138 Ikozaedrični fagi] (Urban Hribar, Luka Gregorič, Luka Fratina)<br><br />
10. Viroidi in satelitski virusi (Lea Knez, Patrik Levačić)<br><br />
11. Evolucija virusov ()<br><br />
12. Diagnostika virusnih okužb (Samo Purič, Peter Škrinjar)<br><br />
13. Rastlinski virusi (Katja Dolenc, Martin Špendl)<br><br />
14. Protivirusna zdravila (Tina Turel, Maja Vrabec, Polona Skrt)<br><br />
15. Protivirusna cepiva (Daria Latysheva, Jerneja Nimac)<br><br />
16. Virusi in rak (Ana Obaha, Lija Srnovršnik)<br><br />
17. Virusi, ki jih uporabljamo pri genskem zdravljenju (Andreja Habič, Uroš Prešern)<br />
<br />
<br />
Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, ki vsebuje povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki><br> <br />
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).<br />
<br />
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularna_biologija_virusov&diff=14139Molekularna biologija virusov2018-04-22T09:47:39Z<p>Luka Fratina: </p>
<hr />
<div>Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2017/18 obravnavajo področje virusov, saj v naslednjem letu ne boste imeli možnosti vpisa izbirnega predmeta Virologija. Tematika je razdeljena na 16 poglavij. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu.<br />
<br />
Vsako temo obdelata praviloma dva študenta, nekatere teme pa omogočajo tudi razdelitev snovi na tri dele (to je označeno na prvem seznamu). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. <br />
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. <br />
Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov! <br />
<br />
Predstavitve seminarjev po datumih so razvidne iz spletne učilnice. <br />
<br />
Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit. <br />
<br />
Poglavja za seminarje so:<br />
<br />
1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (lahko 3)<br><br />
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi<br><br />
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi<br><br />
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi<br><br />
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi<br><br />
6. Retrovirusi (lahko 3)<br><br />
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo)<br><br />
8. Nitasti fagi<br><br />
9. Ikozaedrični fagi (lahko 3)<br><br />
10. Viroidi in satelitski virusi<br><br />
11. Evolucija virusov<br><br />
12. Diagnostika virusnih okužb<br><br />
13. Rastlinski virusi (lahko 3)<br><br />
14. Protivirusna zdravila (lahko 3)<br><br />
15. Protivirusna cepiva<br><br />
16. Virusi in rak<br><br />
17. Virusi, ki jih uporabljamo pri genskem zdravljenju<br />
<br />
----<br />
<br />
Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja: <br />
<br />
1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (Ines Medved, Veronika Razpotnik, Andrej Ivanovski)<br> <br />
2. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Parvovirusi_in_sorodni_ssDNA-virusi Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi] (Milica Jankovic, Andrej Race)<br><br />
3. [[Reovirusi in drugi dsRNA-virusi]](Anže Jenko, Ana Maklin) <br><br />
4. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pikorna_virusi_in_drugi_RNA(+)_virusi Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi] (Tanja Zupan, Ajda Krč)<br><br />
5. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rabdovirusi_in_drugi_RNA(-)-virusi Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi] (Anja Černe, Špela Deučman)<br><br />
6. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Retrovirusi Retrovirusi] (Katja Doberšek, Špela Supej, Barbara Slapnik)<br><br />
7. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hepadnavirusi_in_kavlimovirusi_%28DNA-virusi_z_reverzno_transkripcijo%29 Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo)] (Nika Zaveršek, Nika Goršek)<br><br />
8. Nitasti fagi ()<br><br />
9. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Ikozaedri%C4%8Dni_fagi&oldid=14138] (Urban Hribar, Luka Gregorič, Luka Fratina)<br><br />
10. Viroidi in satelitski virusi (Lea Knez, Patrik Levačić)<br><br />
11. Evolucija virusov ()<br><br />
12. Diagnostika virusnih okužb (Samo Purič, Peter Škrinjar)<br><br />
13. Rastlinski virusi (Katja Dolenc, Martin Špendl)<br><br />
14. Protivirusna zdravila (Tina Turel, Maja Vrabec, Polona Skrt)<br><br />
15. Protivirusna cepiva (Daria Latysheva, Jerneja Nimac)<br><br />
16. Virusi in rak (Ana Obaha, Lija Srnovršnik)<br><br />
17. Virusi, ki jih uporabljamo pri genskem zdravljenju (Andreja Habič, Uroš Prešern)<br />
<br />
<br />
Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, ki vsebuje povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki><br> <br />
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).<br />
<br />
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Ikozaedri%C4%8Dni_fagi&diff=14138Ikozaedrični fagi2018-04-22T09:44:39Z<p>Luka Fratina: </p>
<hr />
<div>== '''UVOD''' ==<br />
<br />
<br />
Bakteriofagi so skupina virusov, ki okužijo bakterije in arheje. Zaradi izobilja njihovih gostiteljskih celic jih zato najdemo skoraj povsod na svetu. Bakteriofagi so se najverjetneje razvili daleč pred evkariontskimi virusi. Razlikujejo se po obliki vironov in vrsti nukleinske kisline, v kateri hranijo dedni zapis. Delijo se na Caudovirales (ikozaedrične bakteriofage), Ligamenvirales (nitaste bakteriofage) in nedoločene bakteriofage. Skupina Caudovirales je znana po ikozaedrični glavi, kjer hranijo DNA, in repni strukturi. Vsi ikozaedrični bakteriofagi imajo dvoverižno DNA (dsDNA).<br />
<br />
Caudiovirales se delijo v tri skupine glede na obliko in lastnosti repa. Myouiridae z dolgimi in krčljivimi repi, Siphouiridae z dolgimi nekrčljivimi repi in Podouiridae s kratkimi repi. Te skupine lahko še bolj podrobno delimo glede na obliko glave, saj imajo nekateri virusi podaljšano ikozaedrično glavo.<br />
<br />
Najbolj znan primer ikozaedričnega faga je bakteriofag λ, ki je hkrati tude eden izmed najbolje preučenih virusov na svetu. Sistematsko bakteriofagi λ spadajo v skupino Siphouiridae.<br />
<br />
== '''Ikozaedrična struktura''' ==<br />
<br />
Ikozaedrična struktura je zelo pogosta med virusi. Število in razporeditev capsomer v ikozaedrični kapsidi lahko določimo z uporabo Goldberg-ovih poliedrov, ki govori, da mora biti ikozaedrična struktura sestavljena iz pentamerov in heksamerov. Ikozaedrična kapsida vsebuje 12 pentamerov in 10(T-1) heksamerov. Število T je različno pri kapsidih različnih velikosti in kompleksnosti. T število je tudi pomembno pri številu pomožnih proteinov. Izračunamo ga tako, da upoštevamo dve geometrični konstanti M in N, katere pa vplivata na simetričnost kapside, obliko ikozaedra in stevilo ploskev pri ikozaedru.<br />
Večinoma sem se osredotočil na DNA zapis in obliko kapside pri bakteriofagu λ, saj je ta en izmed bolje opisanih ikozaedričnih fagov.<br />
Struktura in dimenzije bakteriofaga λ so bile raziskane s pomočjo tehnike zamrzovalnega lomljenja in velikosti kapside so bile 58nm in število T je bilo izračunano in izmerjeno na 21.<br />
<br />
== '''Genom bakteriofaga lambda''' ==<br />
<br />
Ko je genom v krožni obliki se začne takoj transkripcija iz delov PL in PR (promotor leftward in promotor rightward). Najprej se prepiše in prevede celoten skupek genov, ki se imenujejo zgodnji geni. Ti geni zapisujejo najpomembnejše proteine za začetek razvoja faga in njegov nadaljni razvoj. RNA polimeraza bakterijske celice (večinoma so eksperimenti bili izvedeni na e.coli) nato interagira s PL in tako se ustvari kratek mRNA prepis, ki se nato prevede v N protein (anti-terminatorski protein). Ta protein lahko nato sproži nadaljevanje transkripcije, ko RNA polimeraza sreča sekvenco v DNA, ki bi jo morala ustaviti. mRNA prepisi so zato daljši, ker se prepisujejo naprej, kljub delovanju terminacijskega signala tL (Terminator left ward). Na desni strani pa prepis proizvede Cro protein (anti-represor) in se izogne tR1(Terminator right ward). Zaradi daljšega prepisa na PR strani se lahko kodirajo C1 (represor), O in P proteini, ki pomagajo pri sintezi in replikaciji lambda DNA in nekaj Q proteina, ki pa je tako kot protein N anti-terminatorski protein. Na PL strani pa se sintetizirajo rekombinatorni proteini in nekaj malega Xis (ekscionaza) in Int (integraze). Terminacija pa se začne lahko le, ko se N protein veže na nut L1/R1 (levo/desno nevtralizacijsko mesto). Do te točke, bi morali biti vsi proteini, ki so pomembni za odločitev litični-lizogeni cikel že sintetizirani. Operator OR se sedaj še dodatno razdeli na tri dele (OR1/2/3). Razlikujejo se v tem da se na OR3 bolj verjetno veže Cro in tako preprečuje vezavo C1, ostala dva imata nekompetitivno vezavo. Če se veže Cro bo šel fag v lizogeni cikel, če pa se veže C1 pa bo šel v litični cikel.<br />
<br />
<br />
=='''VSTOP VIRUSNE DNA PRI BAKTERIOFAGIH λ''' ==<br />
<br />
Za razliko od ikozaedričnih bakteriofagov z krčljivimi repi, bakteriofag λ ne more svoje DNA dostaviti sam preko celične membrane, ampak mora v celico vstopiti preko že obstoječih transportnih mehanizmov. Najbolje preučen mehanizem okužbe z bakteriofagom λ je na bakteriji E-coli. E-coli je gram negativna bakterija, kar pomeni da ima 2 membrani. Zunanja monoplast teh bakterij je sestavljena predvsem iz lipopolisaharidov. Namen zunanjih membran je zaščita bakterije pred škodljivimi zunanjimi dejavniki. V primeru E-coli se bakteriofag λ s pomočjo svojega J-proteina veže na membranski transporter za maltozo, imenovan LamB. Bakteriofag se lahko nato odcepi od celične membrane ali pa se nanjo trajno veže. Po trajni vezavi virusna DNA vstopi v gostiteljsko celico iz kapside preko repa. Točen mehanizem, kako DNA vstopi v celico iz kapside, pa še ni dobro znan. Znano pa je, da je rep bakteriofaga λ zmožen DNA transportirati sam, tudi če na virusu ni prisotne glave.<br />
<br />
Skozi notranjo membrano E-coli se virusna DNA najverjetnej prebije skozi manozni permiabni kompleks, ki običajno opravlja vlogo transporta in fosforilacije sladkorjev. Sestaljajo ga 3 podenote IIIMan, II-PMan in II-MMan. V kompleksu so potrebne vse tri podenote, da opravljajo nalogo transporta in fosforilacije sladkorjev. Za transport svoje DNA preko membrane pa bakteriofag potrebuje le II-PMan in II-MMan. Virusna DNA se tako uspe prebiti do bakerijske citoplazme in tako dobi dostop do njene DNA.<br />
<br />
Virusna DNA vstopi v celico in tu se zgodita dva cikla. Lizogeni cekel je cikel, v katerem se virusna DNA vključi v bakterijsko DNA. Virus se v tem ciklu imenuje profag, saj ne pride do infekcije. Litični cekel je proces, v katerem nastanejo novi virusi, ki razpočijo celico in se sprostijo v okolje.Prehodi med cikloma so odvisno od ugodnosti okolja za bakterjo, v ugodnem okloju pride do lizogenega cikla. Kot primer teh ciklov in procesov v bakteriji je opisan bakteriofag λ.<br />
<br />
== '''Lizogeni cikel''' ==<br />
<br />
Za lizogeni cikel je pomembno da se virusna DNA vključi v bakterijski kromosom. Lizogeni cekel je setavljen iz vzpostavitve, ohranjanje cikla ozirima popravljanje napak in mehanizma vključitve, ki omgočata tak proces sta rekombinacija na specifičnem mestu ali naključna transpozicija. Rekombinacija poteka pri fagu λ mestu attP in na bakteriji na mestu attB. Povezavo med tema mestoma tvori kompleks, ki vključuje IHF. Pri tem je za vzpostavitev lizogenega cikla najpomembnejši cII, ki je aktivoator transkripcije cI, ki je represor za litični cekel, saj zavira sintezo mRNA. Tu se vklučena DNA replicira skupaj z bakterijskim kromasomov in tako nastane več kopij profaga. V tem času se dogaja evolucija faga.<br />
<br />
== '''Litični cikel''' ==<br />
<br />
Prehod v litični cikel se zgodi zaradi zunanjih dejavnikov, ki vplivajo na preživetje gostiteljske celice. Tu poteka sinteza proteinov, ki so pomembni za izgradnjo viriona. Pri tem se vsi procesi v celici preusmerijo v sintezo virusa. Zunanji dejavniki vplivajo na to, da se razgradi cI, kar omogoča sintezo protinov, pomembnih za sintezo strukturnih protreinov in replikacijo DNA. Za transkripcijo in translacijo genov je pomembna kaskada aktivacije raznih proteinov (cI, cII, Q, N), kar privede, da pride do sinteze strukturnih genov za kapsido. Pri transkripciji so vključene gostiteljske RNA polimeraze. N protein je antiterminator, in preprečuje Rho proteinu, da bi zaustavil transkripcijo. Veže se na lasnično zanko in tako deluje tudi kot elongacijski faktor. Q se veže na promotorsko regijo in interagira z RNApol na tak način, da je terminacija onemogočena. Sinteza virusnih proteinov poteka na gostilteljsih ribosomih. Replikacija virusne DNA poteka neodvisno od cepitev bakterije, za to sta pomembna proteina O in P. O se veže na ori mesto, P pa na bakterijsko helikazo ion tak kompleks omogoča replikacijo virusne DNA nastajanja krožne DNA za vključitev v nove viruse, ni pa še bilo razloženo, koko poteka nadaljani proces, ki omogočatakšno strukturo krožne DNA, da se ta vključi v kapsido. <br />
<br />
== '''Sestavljanje virusa''' ==<br />
<br />
Sesavljanje viriona poteka posebej za glavo in rep, ki se nato spontano povežeta. DNA se vključi v glavo preko Dna-pakirajočega kompleksa, ki vsebuje tudi podenoto za zazanvanje Dna (TerS), terminazo (TerL) in proteine, ki sestavljajo poro. Ti proteini imajo tudi motorično funkcijo, da premikajo DNA. V vseh teh procesih so pomembni gostitelski šaperoni, pomemben pa je tudi IHF, ki z vezavo na Nu1 omogoča pakiranje DNA. Pri sintezi repu samo dožino določa dolžina gena za H protein, za pravilno razmerje G – T proteinov, ki so pomembni za kapsido je potrebeno premikanje bralnih okvirjev pri translaciji.<br />
<br />
== Viri ==<br />
Howard-Varona, C., Hargreaves, K. R., Abedon, S. T. & Sullivan, M. B. Lysogeny in nature: mechanisms, impact and ecology of temperate phages. ISME J. 11, 1511–1520 (2017).<br />
Santangelo, T. J. & Artsimovitch, I. Termination and antitermination: RNA polymerase runs a stop sign. Nat. Rev. Microbiol. 9, 319–29 (2011).<br />
Casjens, S. R. & Hendrix, R. W. Bacteriophage lambda: Early pioneer and still relevant. Virology 479–480, 310–330 (2015).<br />
Casjens, S. R. The DNA-packaging nanomotor of tailed bacteriophages. Nat. Rev. Microbiol. 9, 647–657 (2011).<br />
Erni, B., Zanolari, B. & Kochers, H. P. THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY The Mannose Permease of Escherichia coli Consists of Three Different Proteins AMINO ACID SEQUENCE AND FUNCTION IN SUGAR TRANSPORT, SUGAR PHOSPHORYLATION, AND PENETRATION OF PHAGE X DNA*. 262, (1987).<br />
Chatterjee, S. & Rothenberg, E. Interaction of bacteriophage l with its E. coli receptor, LamB. Viruses 4, 3162–78 (2012).<br />
Ackermann, H.-W. Tailed Bacteriophages: The Order Caudovirales. in 135–201 (1998). doi:10.1016/S0065-3527(08)60785-X<br />
Bayer, M. E. & Bocharov, A. F. The capsid structure of bacteriophage lambda. Virology 54, 465–475 (1973).<br />
Becker, A. & Murialdo, H. Bacteriophage lambda DNA: the beginning of the end. J. Bacteriol. 172, 2819–24 (1990).<br />
https://www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/lambda-phage<br />
Caspar, D. L. D.; Klug, A. (1962). "Physical Principles in the Construction of Regular Viruses". Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 27: 1–24. doi:10.1101/sqb.1962.027.001.005. PMID 14019094.<br />
https://biotechkhan.wordpress.com/2014/07/14/lambda-phage/<br />
<br />
<br />
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Ikozaedri%C4%8Dni_fagi&diff=14137Ikozaedrični fagi2018-04-22T09:44:15Z<p>Luka Fratina: </p>
<hr />
<div>== '''UVOD''' ==<br />
<br />
<br />
Bakteriofagi so skupina virusov, ki okužijo bakterije in arheje. Zaradi izobilja njihovih gostiteljskih celic jih zato najdemo skoraj povsod na svetu. Bakteriofagi so se najverjetneje razvili daleč pred evkariontskimi virusi. Razlikujejo se po obliki vironov in vrsti nukleinske kisline, v kateri hranijo dedni zapis. Delijo se na Caudovirales (ikozaedrične bakteriofage), Ligamenvirales (nitaste bakteriofage) in nedoločene bakteriofage. Skupina Caudovirales je znana po ikozaedrični glavi, kjer hranijo DNA, in repni strukturi. Vsi ikozaedrični bakteriofagi imajo dvoverižno DNA (dsDNA).<br />
<br />
Caudiovirales se delijo v tri skupine glede na obliko in lastnosti repa. Myouiridae z dolgimi in krčljivimi repi, Siphouiridae z dolgimi nekrčljivimi repi in Podouiridae s kratkimi repi. Te skupine lahko še bolj podrobno delimo glede na obliko glave, saj imajo nekateri virusi podaljšano ikozaedrično glavo.<br />
<br />
Najbolj znan primer ikozaedričnega faga je bakteriofag λ, ki je hkrati tude eden izmed najbolje preučenih virusov na svetu. Sistematsko bakteriofagi λ spadajo v skupino Siphouiridae.<br />
<br />
== '''Ikozaedrična struktura''' ==<br />
<br />
Ikozaedrična struktura je zelo pogosta med virusi. Število in razporeditev capsomer v ikozaedrični kapsidi lahko določimo z uporabo Goldberg-ovih poliedrov, ki govori, da mora biti ikozaedrična struktura sestavljena iz pentamerov in heksamerov. Ikozaedrična kapsida vsebuje 12 pentamerov in 10(T-1) heksamerov. Število T je različno pri kapsidih različnih velikosti in kompleksnosti. T število je tudi pomembno pri številu pomožnih proteinov. Izračunamo ga tako, da upoštevamo dve geometrični konstanti M in N, katere pa vplivata na simetričnost kapside, obliko ikozaedra in stevilo ploskev pri ikozaedru.<br />
Večinoma sem se osredotočil na DNA zapis in obliko kapside pri bakteriofagu λ, saj je ta en izmed bolje opisanih ikozaedričnih fagov.<br />
Struktura in dimenzije bakteriofaga λ so bile raziskane s pomočjo tehnike zamrzovalnega lomljenja in velikosti kapside so bile 58nm in število T je bilo izračunano in izmerjeno na 21.<br />
<br />
== '''Genom bakteriofaga lambda''' ==<br />
<br />
Ko je genom v krožni obliki se začne takoj transkripcija iz delov PL in PR (promotor leftward in promotor rightward). Najprej se prepiše in prevede celoten skupek genov, ki se imenujejo zgodnji geni. Ti geni zapisujejo najpomembnejše proteine za začetek razvoja faga in njegov nadaljni razvoj. RNA polimeraza bakterijske celice (večinoma so eksperimenti bili izvedeni na e.coli) nato interagira s PL in tako se ustvari kratek mRNA prepis, ki se nato prevede v N protein (anti-terminatorski protein). Ta protein lahko nato sproži nadaljevanje transkripcije, ko RNA polimeraza sreča sekvenco v DNA, ki bi jo morala ustaviti. mRNA prepisi so zato daljši, ker se prepisujejo naprej, kljub delovanju terminacijskega signala tL (Terminator left ward). Na desni strani pa prepis proizvede Cro protein (anti-represor) in se izogne tR1(Terminator right ward). Zaradi daljšega prepisa na PR strani se lahko kodirajo C1 (represor), O in P proteini, ki pomagajo pri sintezi in replikaciji lambda DNA in nekaj Q proteina, ki pa je tako kot protein N anti-terminatorski protein. Na PL strani pa se sintetizirajo rekombinatorni proteini in nekaj malega Xis (ekscionaza) in Int (integraze). Terminacija pa se začne lahko le, ko se N protein veže na nut L1/R1 (levo/desno nevtralizacijsko mesto). Do te točke, bi morali biti vsi proteini, ki so pomembni za odločitev litični-lizogeni cikel že sintetizirani. Operator OR se sedaj še dodatno razdeli na tri dele (OR1/2/3). Razlikujejo se v tem da se na OR3 bolj verjetno veže Cro in tako preprečuje vezavo C1, ostala dva imata nekompetitivno vezavo. Če se veže Cro bo šel fag v lizogeni cikel, če pa se veže C1 pa bo šel v litični cikel.<br />
<br />
<br />
=='''VSTOP VIRUSNE DNA PRI BAKTERIOFAGIH λ''' ==<br />
<br />
Za razliko od ikozaedričnih bakteriofagov z krčljivimi repi, bakteriofag λ ne more svoje DNA dostaviti sam preko celične membrane, ampak mora v celico vstopiti preko že obstoječih transportnih mehanizmov. Najbolje preučen mehanizem okužbe z bakteriofagom λ je na bakteriji E-coli. E-coli je gram negativna bakterija, kar pomeni da ima 2 membrani. Zunanja monoplast teh bakterij je sestavljena predvsem iz lipopolisaharidov. Namen zunanjih membran je zaščita bakterije pred škodljivimi zunanjimi dejavniki. V primeru E-coli se bakteriofag λ s pomočjo svojega J-proteina veže na membranski transporter za maltozo, imenovan LamB. Bakteriofag se lahko nato odcepi od celične membrane ali pa se nanjo trajno veže. Po trajni vezavi virusna DNA vstopi v gostiteljsko celico iz kapside preko repa. Točen mehanizem, kako DNA vstopi v celico iz kapside, pa še ni dobro znan. Znano pa je, da je rep bakteriofaga λ zmožen DNA transportirati sam, tudi če na virusu ni prisotne glave.<br />
<br />
Skozi notranjo membrano E-coli se virusna DNA najverjetnej prebije skozi manozni permiabni kompleks, ki običajno opravlja vlogo transporta in fosforilacije sladkorjev. Sestaljajo ga 3 podenote IIIMan, II-PMan in II-MMan. V kompleksu so potrebne vse tri podenote, da opravljajo nalogo transporta in fosforilacije sladkorjev. Za transport svoje DNA preko membrane pa bakteriofag potrebuje le II-PMan in II-MMan. Virusna DNA se tako uspe prebiti do bakerijske citoplazme in tako dobi dostop do njene DNA.<br />
<br />
Virusna DNA vstopi v celico in tu se zgodita dva cikla. Lizogeni cekel je cikel, v katerem se virusna DNA vključi v bakterijsko DNA. Virus se v tem ciklu imenuje profag, saj ne pride do infekcije. Litični cekel je proces, v katerem nastanejo novi virusi, ki razpočijo celico in se sprostijo v okolje.Prehodi med cikloma so odvisno od ugodnosti okolja za bakterjo, v ugodnem okloju pride do lizogenega cikla. Kot primer teh ciklov in procesov v bakteriji je opisan bakteriofag λ.<br />
<br />
== '''Lizogeni cikel''' ==<br />
<br />
Za lizogeni cikel je pomembno da se virusna DNA vključi v bakterijski kromosom. Lizogeni cekel je setavljen iz vzpostavitve, ohranjanje cikla ozirima popravljanje napak in mehanizma vključitve, ki omgočata tak proces sta rekombinacija na specifičnem mestu ali naključna transpozicija. Rekombinacija poteka pri fagu λ mestu attP in na bakteriji na mestu attB. Povezavo med tema mestoma tvori kompleks, ki vključuje IHF. Pri tem je za vzpostavitev lizogenega cikla najpomembnejši cII, ki je aktivoator transkripcije cI, ki je represor za litični cekel, saj zavira sintezo mRNA. Tu se vklučena DNA replicira skupaj z bakterijskim kromasomov in tako nastane več kopij profaga. V tem času se dogaja evolucija faga.<br />
<br />
== '''Litični cikel''' ==<br />
<br />
Prehod v litični cikel se zgodi zaradi zunanjih dejavnikov, ki vplivajo na preživetje gostiteljske celice. Tu poteka sinteza proteinov, ki so pomembni za izgradnjo viriona. Pri tem se vsi procesi v celici preusmerijo v sintezo virusa. Zunanji dejavniki vplivajo na to, da se razgradi cI, kar omogoča sintezo protinov, pomembnih za sintezo strukturnih protreinov in replikacijo DNA. Za transkripcijo in translacijo genov je pomembna kaskada aktivacije raznih proteinov (cI, cII, Q, N), kar privede, da pride do sinteze strukturnih genov za kapsido. Pri transkripciji so vključene gostiteljske RNA polimeraze. N protein je antiterminator, in preprečuje Rho proteinu, da bi zaustavil transkripcijo. Veže se na lasnično zanko in tako deluje tudi kot elongacijski faktor. Q se veže na promotorsko regijo in interagira z RNApol na tak način, da je terminacija onemogočena. Sinteza virusnih proteinov poteka na gostilteljsih ribosomih. Replikacija virusne DNA poteka neodvisno od cepitev bakterije, za to sta pomembna proteina O in P. O se veže na ori mesto, P pa na bakterijsko helikazo ion tak kompleks omogoča replikacijo virusne DNA nastajanja krožne DNA za vključitev v nove viruse, ni pa še bilo razloženo, koko poteka nadaljani proces, ki omogočatakšno strukturo krožne DNA, da se ta vključi v kapsido. <br />
<br />
== '''Sestavljanje virusa''' ==<br />
<br />
Sesavljanje viriona poteka posebej za glavo in rep, ki se nato spontano povežeta. DNA se vključi v glavo preko Dna-pakirajočega kompleksa, ki vsebuje tudi podenoto za zazanvanje Dna (TerS), terminazo (TerL) in proteine, ki sestavljajo poro. Ti proteini imajo tudi motorično funkcijo, da premikajo DNA. V vseh teh procesih so pomembni gostitelski šaperoni, pomemben pa je tudi IHF, ki z vezavo na Nu1 omogoča pakiranje DNA. Pri sintezi repu samo dožino določa dolžina gena za H protein, za pravilno razmerje G – T proteinov, ki so pomembni za kapsido je potrebeno premikanje bralnih okvirjev pri translaciji.<br />
<br />
== Viri ==<br />
Howard-Varona, C., Hargreaves, K. R., Abedon, S. T. & Sullivan, M. B. Lysogeny in nature: mechanisms, impact and ecology of temperate phages. ISME J. 11, 1511–1520 (2017).<br />
Santangelo, T. J. & Artsimovitch, I. Termination and antitermination: RNA polymerase runs a stop sign. Nat. Rev. Microbiol. 9, 319–29 (2011).<br />
Casjens, S. R. & Hendrix, R. W. Bacteriophage lambda: Early pioneer and still relevant. Virology 479–480, 310–330 (2015).<br />
Casjens, S. R. The DNA-packaging nanomotor of tailed bacteriophages. Nat. Rev. Microbiol. 9, 647–657 (2011).<br />
Erni, B., Zanolari, B. & Kochers, H. P. THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY The Mannose Permease of Escherichia coli Consists of Three Different Proteins AMINO ACID SEQUENCE AND FUNCTION IN SUGAR TRANSPORT, SUGAR PHOSPHORYLATION, AND PENETRATION OF PHAGE X DNA*. 262, (1987).<br />
Chatterjee, S. & Rothenberg, E. Interaction of bacteriophage l with its E. coli receptor, LamB. Viruses 4, 3162–78 (2012).<br />
Ackermann, H.-W. Tailed Bacteriophages: The Order Caudovirales. in 135–201 (1998). doi:10.1016/S0065-3527(08)60785-X<br />
Bayer, M. E. & Bocharov, A. F. The capsid structure of bacteriophage lambda. Virology 54, 465–475 (1973).<br />
Becker, A. & Murialdo, H. Bacteriophage lambda DNA: the beginning of the end. J. Bacteriol. 172, 2819–24 (1990).<br />
https://www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/lambda-phage<br />
Caspar, D. L. D.; Klug, A. (1962). "Physical Principles in the Construction of Regular Viruses". Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 27: 1–24. doi:10.1101/sqb.1962.027.001.005. PMID 14019094.<br />
https://biotechkhan.wordpress.com/2014/07/14/lambda-phage/<br />
<br />
<br />
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Ikozaedri%C4%8Dni_fagi&diff=14136Ikozaedrični fagi2018-04-22T09:43:08Z<p>Luka Fratina: New page: == '''UVOD''' == Bakteriofagi so skupina virusov, ki okužijo bakterije in arheje. Zaradi izobilja njihovih gostiteljskih celic jih zato najdemo skoraj povsod na svetu. Bakteriofagi so ...</p>
<hr />
<div><br />
== '''UVOD''' ==<br />
<br />
<br />
Bakteriofagi so skupina virusov, ki okužijo bakterije in arheje. Zaradi izobilja njihovih gostiteljskih celic jih zato najdemo skoraj povsod na svetu. Bakteriofagi so se najverjetneje razvili daleč pred evkariontskimi virusi. Razlikujejo se po obliki vironov in vrsti nukleinske kisline, v kateri hranijo dedni zapis. Delijo se na Caudovirales (ikozaedrične bakteriofage), Ligamenvirales (nitaste bakteriofage) in nedoločene bakteriofage. Skupina Caudovirales je znana po ikozaedrični glavi, kjer hranijo DNA, in repni strukturi. Vsi ikozaedrični bakteriofagi imajo dvoverižno DNA (dsDNA).<br />
<br />
Caudiovirales se delijo v tri skupine glede na obliko in lastnosti repa. Myouiridae z dolgimi in krčljivimi repi, Siphouiridae z dolgimi nekrčljivimi repi in Podouiridae s kratkimi repi. Te skupine lahko še bolj podrobno delimo glede na obliko glave, saj imajo nekateri virusi podaljšano ikozaedrično glavo.<br />
<br />
Najbolj znan primer ikozaedričnega faga je bakteriofag λ, ki je hkrati tude eden izmed najbolje preučenih virusov na svetu. Sistematsko bakteriofagi λ spadajo v skupino Siphouiridae.<br />
<br />
== '''Ikozaedrična struktura''' ==<br />
<br />
Ikozaedrična struktura je zelo pogosta med virusi. Število in razporeditev capsomer v ikozaedrični kapsidi lahko določimo z uporabo Goldberg-ovih poliedrov, ki govori, da mora biti ikozaedrična struktura sestavljena iz pentamerov in heksamerov. Ikozaedrična kapsida vsebuje 12 pentamerov in 10(T-1) heksamerov. Število T je različno pri kapsidih različnih velikosti in kompleksnosti. T število je tudi pomembno pri številu pomožnih proteinov. Izračunamo ga tako, da upoštevamo dve geometrični konstanti M in N, katere pa vplivata na simetričnost kapside, obliko ikozaedra in stevilo ploskev pri ikozaedru.<br />
Večinoma sem se osredotočil na DNA zapis in obliko kapside pri bakteriofagu λ, saj je ta en izmed bolje opisanih ikozaedričnih fagov.<br />
Struktura in dimenzije bakteriofaga λ so bile raziskane s pomočjo tehnike zamrzovalnega lomljenja in velikosti kapside so bile 58nm in število T je bilo izračunano in izmerjeno na 21.<br />
<br />
== '''Genom bakteriofaga lambda''' ==<br />
<br />
Ko je genom v krožni obliki se začne takoj transkripcija iz delov PL in PR (promotor leftward in promotor rightward). Najprej se prepiše in prevede celoten skupek genov, ki se imenujejo zgodnji geni. Ti geni zapisujejo najpomembnejše proteine za začetek razvoja faga in njegov nadaljni razvoj. RNA polimeraza bakterijske celice (večinoma so eksperimenti bili izvedeni na e.coli) nato interagira s PL in tako se ustvari kratek mRNA prepis, ki se nato prevede v N protein (anti-terminatorski protein). Ta protein lahko nato sproži nadaljevanje transkripcije, ko RNA polimeraza sreča sekvenco v DNA, ki bi jo morala ustaviti. mRNA prepisi so zato daljši, ker se prepisujejo naprej, kljub delovanju terminacijskega signala tL (Terminator left ward). Na desni strani pa prepis proizvede Cro protein (anti-represor) in se izogne tR1(Terminator right ward). Zaradi daljšega prepisa na PR strani se lahko kodirajo C1 (represor), O in P proteini, ki pomagajo pri sintezi in replikaciji lambda DNA in nekaj Q proteina, ki pa je tako kot protein N anti-terminatorski protein. Na PL strani pa se sintetizirajo rekombinatorni proteini in nekaj malega Xis (ekscionaza) in Int (integraze). Terminacija pa se začne lahko le, ko se N protein veže na nut L1/R1 (levo/desno nevtralizacijsko mesto). Do te točke, bi morali biti vsi proteini, ki so pomembni za odločitev litični-lizogeni cikel že sintetizirani. Operator OR se sedaj še dodatno razdeli na tri dele (OR1/2/3). Razlikujejo se v tem da se na OR3 bolj verjetno veže Cro in tako preprečuje vezavo C1, ostala dva imata nekompetitivno vezavo. Če se veže Cro bo šel fag v lizogeni cikel, če pa se veže C1 pa bo šel v litični cikel.<br />
<br />
<br />
== <br />
'''VSTOP VIRUSNE DNA PRI BAKTERIOFAGIH λ''' ==<br />
<br />
Za razliko od ikozaedričnih bakteriofagov z krčljivimi repi, bakteriofag λ ne more svoje DNA dostaviti sam preko celične membrane, ampak mora v celico vstopiti preko že obstoječih transportnih mehanizmov. Najbolje preučen mehanizem okužbe z bakteriofagom λ je na bakteriji E-coli. E-coli je gram negativna bakterija, kar pomeni da ima 2 membrani. Zunanja monoplast teh bakterij je sestavljena predvsem iz lipopolisaharidov. Namen zunanjih membran je zaščita bakterije pred škodljivimi zunanjimi dejavniki. V primeru E-coli se bakteriofag λ s pomočjo svojega J-proteina veže na membranski transporter za maltozo, imenovan LamB. Bakteriofag se lahko nato odcepi od celične membrane ali pa se nanjo trajno veže. Po trajni vezavi virusna DNA vstopi v gostiteljsko celico iz kapside preko repa. Točen mehanizem, kako DNA vstopi v celico iz kapside, pa še ni dobro znan. Znano pa je, da je rep bakteriofaga λ zmožen DNA transportirati sam, tudi če na virusu ni prisotne glave.<br />
<br />
Skozi notranjo membrano E-coli se virusna DNA najverjetnej prebije skozi manozni permiabni kompleks, ki običajno opravlja vlogo transporta in fosforilacije sladkorjev. Sestaljajo ga 3 podenote IIIMan, II-PMan in II-MMan. V kompleksu so potrebne vse tri podenote, da opravljajo nalogo transporta in fosforilacije sladkorjev. Za transport svoje DNA preko membrane pa bakteriofag potrebuje le II-PMan in II-MMan. Virusna DNA se tako uspe prebiti do bakerijske citoplazme in tako dobi dostop do njene DNA.<br />
<br />
Virusna DNA vstopi v celico in tu se zgodita dva cikla. Lizogeni cekel je cikel, v katerem se virusna DNA vključi v bakterijsko DNA. Virus se v tem ciklu imenuje profag, saj ne pride do infekcije. Litični cekel je proces, v katerem nastanejo novi virusi, ki razpočijo celico in se sprostijo v okolje.Prehodi med cikloma so odvisno od ugodnosti okolja za bakterjo, v ugodnem okloju pride do lizogenega cikla. Kot primer teh ciklov in procesov v bakteriji je opisan bakteriofag λ.<br />
<br />
== '''Lizogeni cikel''' ==<br />
<br />
Za lizogeni cikel je pomembno da se virusna DNA vključi v bakterijski kromosom. Lizogeni cekel je setavljen iz vzpostavitve, ohranjanje cikla ozirima popravljanje napak in mehanizma vključitve, ki omgočata tak proces sta rekombinacija na specifičnem mestu ali naključna transpozicija. Rekombinacija poteka pri fagu λ mestu attP in na bakteriji na mestu attB. Povezavo med tema mestoma tvori kompleks, ki vključuje IHF. Pri tem je za vzpostavitev lizogenega cikla najpomembnejši cII, ki je aktivoator transkripcije cI, ki je represor za litični cekel, saj zavira sintezo mRNA. Tu se vklučena DNA replicira skupaj z bakterijskim kromasomov in tako nastane več kopij profaga. V tem času se dogaja evolucija faga.<br />
<br />
== '''Litični cikel''' ==<br />
<br />
Prehod v litični cikel se zgodi zaradi zunanjih dejavnikov, ki vplivajo na preživetje gostiteljske celice. Tu poteka sinteza proteinov, ki so pomembni za izgradnjo viriona. Pri tem se vsi procesi v celici preusmerijo v sintezo virusa. Zunanji dejavniki vplivajo na to, da se razgradi cI, kar omogoča sintezo protinov, pomembnih za sintezo strukturnih protreinov in replikacijo DNA. Za transkripcijo in translacijo genov je pomembna kaskada aktivacije raznih proteinov (cI, cII, Q, N), kar privede, da pride do sinteze strukturnih genov za kapsido. Pri transkripciji so vključene gostiteljske RNA polimeraze. N protein je antiterminator, in preprečuje Rho proteinu, da bi zaustavil transkripcijo. Veže se na lasnično zanko in tako deluje tudi kot elongacijski faktor. Q se veže na promotorsko regijo in interagira z RNApol na tak način, da je terminacija onemogočena. Sinteza virusnih proteinov poteka na gostilteljsih ribosomih. Replikacija virusne DNA poteka neodvisno od cepitev bakterije, za to sta pomembna proteina O in P. O se veže na ori mesto, P pa na bakterijsko helikazo ion tak kompleks omogoča replikacijo virusne DNA nastajanja krožne DNA za vključitev v nove viruse, ni pa še bilo razloženo, koko poteka nadaljani proces, ki omogočatakšno strukturo krožne DNA, da se ta vključi v kapsido. <br />
<br />
== '''Sestavljanje virusa''' ==<br />
<br />
Sesavljanje viriona poteka posebej za glavo in rep, ki se nato spontano povežeta. DNA se vključi v glavo preko Dna-pakirajočega kompleksa, ki vsebuje tudi podenoto za zazanvanje Dna (TerS), terminazo (TerL) in proteine, ki sestavljajo poro. Ti proteini imajo tudi motorično funkcijo, da premikajo DNA. V vseh teh procesih so pomembni gostitelski šaperoni, pomemben pa je tudi IHF, ki z vezavo na Nu1 omogoča pakiranje DNA. Pri sintezi repu samo dožino določa dolžina gena za H protein, za pravilno razmerje G – T proteinov, ki so pomembni za kapsido je potrebeno premikanje bralnih okvirjev pri translaciji.<br />
<br />
== Viri ==<br />
Howard-Varona, C., Hargreaves, K. R., Abedon, S. T. & Sullivan, M. B. Lysogeny in nature: mechanisms, impact and ecology of temperate phages. ISME J. 11, 1511–1520 (2017).<br />
Santangelo, T. J. & Artsimovitch, I. Termination and antitermination: RNA polymerase runs a stop sign. Nat. Rev. Microbiol. 9, 319–29 (2011).<br />
Casjens, S. R. & Hendrix, R. W. Bacteriophage lambda: Early pioneer and still relevant. Virology 479–480, 310–330 (2015).<br />
Casjens, S. R. The DNA-packaging nanomotor of tailed bacteriophages. Nat. Rev. Microbiol. 9, 647–657 (2011).<br />
Erni, B., Zanolari, B. & Kochers, H. P. THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY The Mannose Permease of Escherichia coli Consists of Three Different Proteins AMINO ACID SEQUENCE AND FUNCTION IN SUGAR TRANSPORT, SUGAR PHOSPHORYLATION, AND PENETRATION OF PHAGE X DNA*. 262, (1987).<br />
Chatterjee, S. & Rothenberg, E. Interaction of bacteriophage l with its E. coli receptor, LamB. Viruses 4, 3162–78 (2012).<br />
Ackermann, H.-W. Tailed Bacteriophages: The Order Caudovirales. in 135–201 (1998). doi:10.1016/S0065-3527(08)60785-X<br />
Bayer, M. E. & Bocharov, A. F. The capsid structure of bacteriophage lambda. Virology 54, 465–475 (1973).<br />
Becker, A. & Murialdo, H. Bacteriophage lambda DNA: the beginning of the end. J. Bacteriol. 172, 2819–24 (1990).<br />
https://www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/lambda-phage<br />
Caspar, D. L. D.; Klug, A. (1962). "Physical Principles in the Construction of Regular Viruses". Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 27: 1–24. doi:10.1101/sqb.1962.027.001.005. PMID 14019094.<br />
https://biotechkhan.wordpress.com/2014/07/14/lambda-phage/<br />
<br />
<br />
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularna_biologija_virusov&diff=13995Molekularna biologija virusov2018-03-18T10:03:46Z<p>Luka Fratina: </p>
<hr />
<div>Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2017/18 obravnavajo področje virusov, saj v naslednjem letu ne boste imeli možnosti vpisa izbirnega predmeta Virologija. Tematika je razdeljena na 16 poglavij. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu.<br />
<br />
Vsako temo obdelata praviloma dva študenta, nekatere teme pa omogočajo tudi razdelitev snovi na tri dele (to je označeno na prvem seznamu). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. <br />
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. <br />
Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov! <br />
<br />
Predstavitve seminarjev po datumih so razvidne iz spletne učilnice. <br />
<br />
Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit. <br />
<br />
Poglavja za seminarje so:<br />
<br />
1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (lahko 3)<br><br />
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi<br><br />
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi<br><br />
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi<br><br />
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi<br><br />
6. Retrovirusi (lahko 3)<br><br />
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo)<br><br />
8. Nitasti fagi<br><br />
9. Ikozaedrični fagi (lahko 3)<br><br />
10. Viroidi in satelitski virusi<br><br />
11. Evolucija virusov<br><br />
12. Virusi in rak<br><br />
13. Rastlinski virusi (lahko 3)<br><br />
14. Protivirusna zdravila (lahko 3)<br><br />
15. Protivirusna cepiva<br><br />
16. Diagnostika virusnih okužb<br><br />
<br />
----<br />
<br />
Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja: <br />
<br />
1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (Ines Medved, Veronika Razpotnik, Andrej Ivanovski)<br> <br />
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi (Milica Jankovic)<br><br />
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi (Anže Jenko, Ana Maklin) <br><br />
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi (Andreja Habič, Uroš Prešern)<br><br />
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi (Anja Černe, Špela Deučman)<br><br />
6. Retrovirusi (Katja Doberšek, Špela Supej, Barbara Slapnik)<br><br />
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) (Nika Zaveršek, Nika Goršek)<br><br />
8. Nitasti fagi (Ajda Krč, Tanja Zupan)<br><br />
9. Ikozaedrični fagi (Urban Hribar, Luka Gregorič, Luka Fratina)<br><br />
10. Viroidi in satelitski virusi<br><br />
11. Evolucija virusov (Polona Skrt) <br><br />
12. Virusi in rak (Ana Obaha, Lija Srnovršnik) <br><br />
13. Rastlinski virusi (Katja Dolenc, Martin Špendl)<br><br />
14. Protivirusna zdravila (Tina Turel, Maja Vrabec)<br><br />
15. Protivirusna cepiva (Daria Latysheva, Jerneja Nimac)<br><br />
16. Diagnostika virusnih okužb (Samo Purič, Peter Škrinjar) <br><br />
<br />
<br />
Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, ki vsebuje povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]] <br />
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2017&diff=13654BIO2 Seminar 20172018-01-05T23:16:37Z<p>Luka Fratina: /* Seznam seminarjev */</p>
<hr />
<div>= Biokemijski seminar =<br />
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br />
<br />
== Seznam seminarjev ==<br />
{| {{table}}<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
|-<br />
| Ines Medved || 12 || Receptorji za vonj v epidermisu || Špela Supej || Lea Knez || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16<br />
|-<br />
| Luka Gregorič || 12 || Pozitivne vloge negativnih regulatorjev || Uroš Prešern || Katja Doberšek || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16<br />
|-<br />
| Daria Latysheva || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Daria_Latysheva:_The_role_of_intrinsically_disordered_proteins_in_signalling_pathways_and_regulation The role of intrinsically disordered proteins in signallng pathways and regulation] || Luka Fratina || Martin Špendl || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16<br />
|-<br />
| Polona Skrt || 12 || Mehanizem zaznavanja okusa maščobe || Andreja Habič || Ajda Galič || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16<br />
|-<br />
| Peter Škrinjar || 12 || Receptorji za okus in njihova povezava z debelostjo || Andrej Race || Nika Zaveršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16<br />
|-<br />
| Milica Janković || 12 || Nuklearni receptorji: Karakteristike in regulacija receptorjev ter identifikacija ligandov || Anže Jenko || Nika Goršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16<br />
|-<br />
| Tina Turel || 14-15 || Vpliv mikroorganizmov na presnovo glukoze || Ines Medved || Špela Supej || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16<br />
|-<br />
| Barbara Slapnik || 14-15 || Regulacija metabolizma glukoze v celičnih kulturah|| Luka Gregorič || Uroš Prešern || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16<br />
|-<br />
| Ana Maklin || 14-15 || Vloga PGP in PHO13 v metabolizmu || Daria Latysheva || Luka Fratina || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16<br />
|-<br />
| Ajda Krč || 16 || Spremembe v delovanju Krebsovega cikla in sposobnost prilagajanja parazitov na razmere v okolju || Polona Skrt || Andreja Habič || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16<br />
|-<br />
| Urban Hribar || 16 || Metabolizem polariziranih makrofagov || Peter Škrinjar || Andrej Race || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16<br />
|-<br />
| Urška Zagorc || 16 || Salmonela in citratni cikel || Milica Janković || Anže Jenko || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16<br />
|-<br />
| Patrik Levačić || 17 || Ceramidi in njihova povezava z debelostjo || Tina Turel || Ines Medved || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16<br />
|-<br />
| Jerneja Nimac || 17 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Jerneja_Nimac:_Ketonska_telesca_kot_signalni_metaboliti Ketonska telesca kot signalni metaboliti] || Barbara Slapnik || Luka Gregorič || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16<br />
|-<br />
| Lija Srnovršnik || 17 || Hepatična oksidacija maščobnih kislin med stradanjem || Ana Maklin || Daria Latysheva || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16<br />
|-<br />
| Nika Mikulič || 18 || Hiperamoniemija in metode zdravljenja || Ajda Krč || Polona Skrt || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16<br />
|-<br />
| Tanja Zupan || 18 || Presnovne bolezni aminokislin || Urban Hribar || Peter Škrinjar || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16<br />
|-<br />
| Anja Tavčar || 18 || Regulacija imunskega odziva z metabolizmom l-arginina || Urška Zagorc || Milica Janković || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16<br />
|-<br />
| Maja Vrabec || 19 || Poškodbe mitohondrijske DNA in popravljalni mehanizmi || Patrik Levačić || Tina Turel || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16<br />
|-<br />
| Špela Deučman || 19 || Vloga reaktivnih kisikovih zvrsti (ROS) pri celični signalizaciji || Jerneja Nimac || Barbara Slapnik || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16<br />
|-<br />
| Anja Černe || 19 || Vpliv mitohondrijskega stresa na staranje || Lija Srnovršnik || Ana Maklin || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16<br />
|-<br />
| Lea Knez || 20 || Trehaloza-6-fosfat kot signalna molekula v rastlinah || Nika Mikulič || Ajda Krč || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16<br />
|-<br />
| Katja Doberšek || 20 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Katja_Doberšek:_Vpliv_zunajceličnih_dejavnikov_na_sintezo_celuloze_v_rastlinskih_celicah Vpliv zunajceličnih dejavnikov na sintezo celuloze v rastlinskih celicah] || Tanja Zupan || Urban Hribar || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16<br />
|-<br />
| Martin Špendl || 20 || Lektini in prepoznavanje sladkornih podenot || Anja Tavčar || Urška Zagorc || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16<br />
|-<br />
| Ajda Galič || 21 || || Katja Dolenc || Patrik Levačić || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17<br />
|-<br />
| Nika Zaveršek || 21 || Povezava velike depresivne motnje z razmerjem med omega-6 in omega-3 maščobnimi kislinami || Špela Deučman || Jerneja Nimac || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17<br />
|-<br />
| Nika Goršek || 21 || Lipidi v gostiteljski celici ob okužbi z virusom hepatitisa C || Anja Černe || Lija Srnovršnik || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17<br />
|-<br />
| Špela Supej || 22 || Biosinteza rastlinskih alkaloidov || Lea Knez || Katja Dolenc|| 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17<br />
|-<br />
| Uroš Prešern || 22 || Ribonukleotid reduktaza || Katja Doberšek || Tanja Zupan || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17<br />
|-<br />
| Luka Fratina || 22 || Industrijska proizvodnja aminokislin || Martin Špendl || Anja Tavčar || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17<br />
|-<br />
| Andreja Habič || 23 || Rjavo maščobno tkivo kot sekrecijski organ || Ajda Galič || Maja Vrabec || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17<br />
|-<br />
| Andrej Race || 23 || Ghrelin || Nika Zaveršek || Špela Deučman || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17<br />
|-<br />
| Anže Jenko || 23 || || Nika Goršek || Anja Černe || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17<br />
|-<br />
| Katja Dolenc || 23 || || Maja Vrabec || Nika Mikulič || 20/01/17 || 22/01/17 || 24/01/17<br />
|}<br />
<br />
*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br />
<br />
== Gradivo za predavanja ==<br />
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br />
username: bio2<br />
password: samozame<br />
<br />
==Naloga==<br />
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''<br />
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].<br />
<br />
Za pripravo seminarja velja naslednje:<br><br />
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2017|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od <font color=red>2700 do 3000 besed </font>, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. <font color=red>Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. </font><br />
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br />
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br />
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br />
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br />
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br />
<br />
==<font color=green>Imena datotek</font>==<br />
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br />
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br />
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br />
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br />
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br />
* <font color=green>312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši</font><br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
==Citiranje virov==<br />
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana <font color=green>zeleno</font>.<br />
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br />
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br><br />
'''Citiranje knjig:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br><br />
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br><br />
<br />
Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br><br />
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br><br />
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br />
<br />
'''Citiranje člankov:'''<br><br />
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br><br />
<font color=green>Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br />
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.</font><br />
<br />
Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br><br />
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br />
<br />
Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br><br />
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br><br />
<br />
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in". <br />
<br />
<br />
'''Citiranje spletnih virov:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br><br />
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br><br />
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2017&diff=13653BIO2 Povzetki seminarjev 20172018-01-05T23:15:25Z<p>Luka Fratina: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2017/2018 */</p>
<hr />
<div>== Biokemija- Povzetki seminarjev 2017/2018 ==<br />
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2017 stran]<br />
<br />
=== Luka Gregorič: Pozitivne vloge negativnih regulatorjev ===<br />
<br />
Pri preučevanju regulacije sistemov v celici, so negativni regulatorji bolj temen, neraziskan del celotnega procesa, čeprav enako pomemben. Brez njih se lahko v celici začenja nenadzorovano deljenje in posledično rakavost tkiva, ali pa se nam poveča možnost hujšega obolenja. V živčnem sistemu lahko brez GPR-jev poteče prekomerna mielinizacija aksonov, ki pomenijo veliko zmanjšanje vseh kognitivnih sposobnosti organizma in posledično tudi manjšo zmožnost prilagajanja. V mišičnem tkivu, pa lahko pomanjkanje ali slabše delovanje negativnih regulatorjev naredi tkiva manj eksplozivna in povzroči hitrejše staranje, zaradi razlik med tkivi tipa 1 in tipa 2. V najhujšem primeru pa nam pomanjkanje negativnih regulatorjev celo povzroči mišično atofijo, medtem ko nam bi boljše poznavanje prav njih lahko omogočilo, da obdržimo mlade mišice čez celo življenje. Hitrost celotnega delovanja negativnih regulatorjev pa ni odvisna od moči signala, saj signal v zelo majhnem času lahko spravijo na prvotno raven, ne glede na to, kdaj se je ta signal začel. Visoka odzivnost signalov pa tudi pomaga telesu, ko se rabi hitro odzvati na različne dražljaje. Najhitrejše to naredi tako, da je signal vedno aktiviran in se izklopi le ob primeru, da se je potrebno hitro odzvati.<br />
<br />
=== Ines Medved: Vohalni receptorji v epidermisu ===<br />
Primarna vloga vohalnih receptorjev je zaznava vonja, ki je zelo pomembna. Poleg zaznave vonja pa imajo receptorji za vonj tudi druge funkcije. Ti receptorji se nahajajo v tkivih, ki niso povezana z vohalno nalogo. Nahajajo se skoraj po celotnem telesu npr. v ledvicah, možganih, srcu, koži, v krvi … V epidermisu so našli dva takšna receptorja, in sicer receptorja OR2AT4 in OR51E2. Kljub podobnemu mehanizmu delovanja se po funkciji zelo razlikujeta. OR2AT4 ob stimulaciji z agonistom poveča celično proliferacijo, vpliva na migracijo celic in sodeluje pri reepitalizaciji v procesu celjenja ran. Ugotovili so, da sodeluje tudi pri zaprtju rane. Za razliko od OR2AT4 receptor OR51E2 zmanjša celično proliferacijo, sodeluje pa v melanogenezi, dendritogenezi in pri celični diferenciaciji. Vohalni receptor OR51E2 ima vlogo tudi v rakavih celicah prostate. Receptorja sta zelo specifična. Vohalni receptor OR2AT4 stimulira le sandanol in brahmanol, OR51E2 pa β-ionon. Za oba receptorja so našli tudi antagoniste, ki blokirajo Ca2+ signal. Za OR2AT4 so odkrili dva antagonista oksifenilon in fenirat, za receptor OR51E2 pa α-ionon. Kljub podobni lokaciji in mehanizmom se receptorja zelo razlikujeta. Medtem ko bi se OR2AT4 lahko uporabljal pri zdravljenju oziroma celjenju rane, bi bil lahko receptor OR51E2 potencialni pokazatelj za rakave celice.<br />
<br />
===Daria Latysheva: The role of intrinsically disordered proteins in signalling pathways and regulation ===<br />
<br />
<br />
Intrinsically disordered proteins (IDPs) are proteins, which do not have a defined three – dimensional structure, yet are completely functional. Found mostly in eukaryotic cells, they play an important role in biosignalling and regulation of a cell. Undergoing coupled folding and binding, IDPs’ recognition elements are cable of taking over the structures of different targets. Since IDPs have multiple interaction motifs, they often serve as signalling centres, thus contributing to the dynamic assembly of complex molecules and varied signalling pathways. Undergoing post – translational modifications, these proteins also add complexity to the regulatory networks and can change the original output of the crosswalk. IDPs are also an important component of higher - order signalling assemblies, enabling the formation of reversible complexes. Being an attractive field of the research, IDPs were not yet studied completely and there is still much to be understood about the structure, functions and the location of IDPs in the cell. Experimental and computational techniques are being developed to identify and characterise disordered regions in proteins in order to emphasize the prevalent role of IDPs in cellular signalling and regulation.<br />
<br />
===Polona Skrt: Mehanizem zaznavanja okusa maščobe ===<br />
<br />
Okus je pomembna zaznavna zmožnost, saj nas usmerja pri uživanju hranilne in prebavljive hrane ter nas ščiti pred strupi in ostalimi nevarnimi snovmi. Čutne celice se nahajajo v brbončicah v ustni votlini, na jeziku in v grlu. V brbončicah se nahaja okoli 100 celic, ki jih delimo v 3 skupine. Prvi tip so celice podobne glia celicam, ki se ovijejo okoli ostalih celic in jim nudijo oporo ter preprečujejo nekontrolirano širjenje živčnih prenašalcev. Naslednji tip so t.i. receptorske celice, ki zaznavajo sladko, grenko in umami ter sproščajo nevrotransmiterje, ki signal prenesejo do živčevja. Tretji tip celic so predsinaptične celice, ki se odzivajo predvsem na kisel okus. Njihova posebnost je, da se prek sinaps direktno povezujejo z živčnim vlakni. Pri signalizaciji okusov so zelo pomembni z G-proteini povezani receptorji, ki omogočajo zaznavanje sladkega, grenkega in umami okusa ter ionski kanalčki, ki prenašajo informacijo o kislem in slanem okusu. Ne dolgo nazaj so znanstveniki, k prej omenjenim petim osnovnim okusom, dodali še šestega – okus po maščobi. Signalizacija najverjetneje poteka preko receptorja CD36, možni pa so še GPR120 in GPR40 ter DRK kanalčki. Mehanizem je še dokaj neraziskan, predpostavljajo pa sodelovanje med več receptorji.<br />
<br />
===Peter Škrinjar: Receptorji za okus in njihova povezava z debelostjo ===<br />
<br />
Okus je eden izmed petih osnovnih čutov, katerega naloga je prepoznavanje hranil in preprečevanje vnosa telesu nevarnih snovi. Pri tem mu pomagajo receptorji za okus. Te se razlikujejo za vseh pet osnovnih okusov – grenko, sladko in umami zaznamo s pomočjo GPCR-jev, slano in kislo pa s pomočjo ionskih kanalčkov. Raziskave še potekajo glede receptorjev za maščobnokislinski okus. Poleg receptorjev v ustih pa poznamo tudi receptorje za okus v prebavni cevi. Tam so te pomembni predvsem v enteroendokrinih celicah, kjer ob prisotnosti različnih ligandov sprožijo izločanje različnih peptidnih hormonov (GLP-1, CCK, PYY itd.). Te nato stimulirajo vagusni živec, ki prenese informacijo do možganov, ki se primerno odzovejo (npr. ob prisotnosti sladkorjev se v prebavni cevi izloča GLP-1, ki sproži izločanje inzulina iz trebušne slinavke). Receptorje za okus lahko povežemo tudi z debelostjo. Genetske razlike pri receptorjih za maščobnokislinski okus (predvsem CD36, ki je najbolj raziskan) lahko povzročijo slabše zaznavanje maščobnih kislin, kar bi nato vodilo do debelosti. To povezavo je sicer potrebno še dokazati. Podobno bi lahko predvidevali za maščobnokislinske receptorje v prebavnem traktu. Kot alternativa za zdravljenje debelosti se je pojavila hipoteza o zdravljenju preko receptorjev za okus na adipocitah brez α-gustducina, na katere imajo grenke komponente inhibicijski učinek.<br />
<br />
===Milica Janković: Jedrni receptorji: Karakteristike in regulacija receptorjev ter identifikacija ligandov===<br />
<br />
Jedrni receptorji so proteini prisotni v celicah, ki prenašajo signale svojih ligandov. Naddružino jedrnih receptorjev sestavlja 48 transkripcijskih faktorjev (pri ljudeh). Aktivirajo se po vezavi liganda in vključujejo receptorje za steroidne hormone, lipofilne vitamine, ščitnične hormone in retinoinsko kislino. Receptor- ligandni kompleks se veže na specifično področje na DNA, katero imenujemo hormonski responsni element (HRE). Jedrni receptorji so transkripcijski faktorji, ker delujejo direktno v jedru in spreminjajo ekspresijo genov ter na ta način vplivajo na razvoj, diferencijacijo in homeostazo in metabolizem. Obstajajo štirje tipi nuklearnih receptorjev, ki se razlikujejo po signalnih poteh.Zavzemajo tudi različne konformacije, ki so povzročene z vezavo agonista, oziroma antagonista. Morda najbolj revolucionarna ugotovitev, je bilo presenetljivo odkritje, da obstajajo številni receptorji, kateri so povezani na majhne molekulske ligande. Ker ti ligandi niso znani, receptorji so poimenovani siroti (orphans) receptorji. Vprašanje je bilo, kako bi lahko prišli do odkritja tistih ligandov? Vsi jedrni receptorji imajo podobno strukturo, na podlagi česa je bilo lahko narediti vrsto testov za identifikacijo ligandov. <br />
Ker se pa vežejo na majhne molekule, predstavljajo zanimive terapevtske cilje. Bi bili bogat vir za razvoj sintetičnih majhnih molekul kot ligandov.<br />
<br />
===Tina Turel: Vpliv mikroorganizmov na presnovo glukoze===<br />
<br />
V biomedicini je v zadnjih letih prišlo do odkritja, da črevesna mikroflora sodeluje v različnih metabolnih procesih. Mikroorganizmi v črevesju komunicirajo z gostiteljem preko TLR-jev. TLR so receptorji v prirojenem imunskem sistemu, ki zaznajo določeno patogeno zaporedje in aktivirajo imunski odziv oziroma omogočajo komunikacijo med črevesno mikrofloro in gostiteljem. Prav tako pa lahko TLR-ji pa omogočijo, da v različnih metabolnih procesih lahko sodelujejo tudi mikroorganizmi. V študiji so se znanstveniki usmerili v določitev vseh členov, ki vplivajo na presnovo glukoze. Presnova glukoze je univerzalni postopek, ki je prisoten v vseh vretenčarjih in tudi v nekaterih nevretenčarjih. Študija je odkrila manjkajočo povezavo med IFNɣ in presnovo glukoze in sicer A. muciniphilo, ključni mikroorganizem, ki je odgovoren za izboljšanje tolerance na glukozo. Potrdili so, da bakterija lahko izboljša toleranco glukoze v različnih gostiteljih. Irgm1 so določili kot glavnega posrednik med IFNɣ in A. muciniphilo. Dejstvo je, da je A. muciniphila prisotna tudi v človeški mikroflori, zato so znanstveniki opravili poskuse tudi na prostovoljcih. Izkazalo se je, da je postopek in pa vpliv določenih komponent na presnovo in toleranco glukoze enak kot pri miših. Raziskava pa ponuja novo pot v zdravljenju metabolnih bolezni in sicer reguliranje ravni A. muciniphile.<br />
<br />
<br />
===Ana Maklin: Vloga PGP in PHO13 v metabolizmu===<br />
<br />
PGP in njegov ortolog PHO13 v kvasovkah sta bila predmet številnih raziskav. Njune funkcije so zelo raznolike, jasno pa je, da s svojo fosfatazno aktivnostjo ter drugimi lastnostmi pomembno vplivata tudi na metabolizem. Zaradi stranske aktivnosti nekaterih encimov v metabolnih procesi, nastajajo tudi produkti, ki lahko ovirajo normalno delovanje celic. Evolucijsko gledano, so organizmi torej morali ustvariti popravljalni sistem, ki prepreči nadaljnje posledice teh napak. Naloga PGP in PHO13 je, da s svojo aktivnostjo pretvorita neželjene produkte, ki nastajajo zaradi stranske aktivnosti encimov, v druge, ki niso škodljivi. V metabolizmu glukoze, zaradi stranske aktivnosti gliceraldehid 3-fosfat dehidrogenaze in piruvat kinaze nastajata 4-fosfoeritronat in 2-fosfolaktat. Prvi je inhibitor 6-fosfoglukonat dehidrogenaze, drugi pa fosfofruktokinaze-1. Inhibicija teh dveh encimov bi brez PGP in PHO13 povzročila moteno glikolizo in pentoza fosftno pot. PHO13 oziroma njegova odsotno v celicah ima pomembo vlogo tudi pri pretvorbi rastlinske biomase v etanol. Ker uporaba etanola iz biomase kot vir obnovljive energije postaja vedno bolj razširjena, je PHO13 postal pomemben predmet za napredek v metabolnem inženirstvu. Deaktivacija PHO13 v kvasovkah z izraženimi XR/XDH/XK namreč preprečuje defosforilacijo ksiluloze 5-fosfata, kar omogoča nadaljevanje metabolnih procesov potrebnih za nastanek etanola, izboljša toleranco na običajne inhibitorje fermentacije (šibke kisline, produkti razgradnje sladkorjev) ter povzroči pospešeno transkripcijo genov, vključenih v pentozo fosfatno pot (naprimer TAL1,ki kodira protein transaldolazo, enega ključnih encimov pri neoksidativni pentoza fosfatni poti).<br />
<br />
===Barbara Slapnik: Regulacija metabolizma glukoze v sesalskih celičnih kulturah===<br />
<br />
Regulacija metabolizma glukoze je iz vidika celičnih kultur zelo pomembna, saj vpliva na celično rast in produktivnost celic. Boljše poznavanje regulacije metabolizma nam omogoča njegovo kontroliranje in s tem možnost za povečanje produktivnosti celic v celičnih kulturah. Regulacija metabolizma glukoze v celici poteka v več stopnjah. Pretok omejujejo intermediati, ki vstopajo še v druge metabolne poti. Zelo pomembna stopnja je regulacija z encimi. Glavni encimi, ki regulirajo glikolizo so heksokinaza, fosfofruktokinaza in piruvat kinaza. Poznamo več izooblik encimov, ki se razlikujejo po delovanju in afiniteti do substratov. Regulacija metabolizma glukoze poteka tudi na nivoju celične signalizacije. Protein kinaza B, ki ga imenujemo tudi Akt je odvisen od prisotnosti inzulina. Akt vpliva na izražanje glukoznega prenašalca 1 in delovanje heksokinaze ter fosfofruktokinaze. AMP kinaza je ključna za aktivacijo katabolnih poti in inhibicijo anabolnih poti. c-Myc je transkripcijski faktor, ki vpliva na izražanje glukoznega prenašalca 1 in delovanje fosfofruktokinaze, gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaze, fosfoglicerat kinaze in enolaze. p53 je transkripcijski faktor, ki zmanjša transkripcijo glukoznega prenašalca 1 in 3 ter aktivnost fosfoglicerat mutaze. Razumevanje regulacije metabolizma glukoze nam omogoča boljšo celično rast v bioreaktorjih.<br />
<br />
===Ajda Krč: Spremembe v delovanju Krebsovega cikla in sposobnost prilagajanja parazitov na razmere v okolju===<br />
<br />
Preučevanje parazitov, predvsem njihovega življenjskega kroga ter biokemijskih procesov, ki skrbijo za njihovo rast in razvoj, je pomembno predvsem z vidika preprečevanja bolezni, ki jih povzročajo s svojim zajedanjem v gostiteljskih organizmih. Paraziti iz debla Apicomplexa, v katerega spadata tudi Plasmodium falciparum in Toxoplasma gondii imajo značilen organel, t.i. apikoplast, s katerim prodrejo v gostiteljsko celico. Plasmodium falciparum spada v družino plazmodijev, zajedavcev eritrocitov, ki povzročajo malarijo, Toxoplazma gondii pa je glavni krivec za pojav toksoplazmoze. Življenjski krog teh parazitov se običajno deli na spolno in nespolno fazo razmnoževanja. Obe fazi spremljajo določeni procesi, ki pomagajo organizmom preživeti v najrazličnejših okoljih. Med mehanizme, ki sodelujejo pri preživetju, gotovo spada tudi ogljikov metabolizem, ki vključuje procese glikolize, glutaminolize, reakcije v Krebsovem ciklu ter elektronsko prenašalno verigo. V seminarski nalogi so opisane nekatere spremembe in prilagoditve določenih encimov Krebsovega cikla na okolje, v katerem se organizem nahaja, ter anaplerotične poti, v katere je Krebsov cikel parazitov vpleten. Prav tako so razložene nekatere alternativne poti, po katerih paraziti pridejo do potrebne energije (reakcije glutaminolize) glede na fazo v njihovem razvoju.<br />
<br />
===Urban Hribar: Metabolizem polariziranih makrofagov===<br />
<br />
Makrofagi lahko spremenijo svoje delovanje kot odziv na zunanje dejavnike za opravljanje različnih nalog. Temu procesu pravimo aktivacija oziroma polarizacija makrofagov. Makrofagi se lahko palarizirajo v makrofage tipa M1 (klasično aktivirani) in tipa M2 (alternativno aktivirani). Makrofagi M1 so pomembni v boju proti okužbam mikrobov in so znani kot makrofagi, ki promovirajo vnetja. Proizvajajo tudi dušikov oksid (NO) in vnetostne citokinine. Na dolgi rok lahko makrofagi M1 in njihovi produkti škodujejo tkivu lastnega oganizma. Zato makrofagi tipa M2 zavirajo vnetja in so odgovorni za popravilo tkiva. Pri funkcijah teh makrofagov imajo pomembno vlogo tudi spremenjeni metabolizmi polariziranih makrofagov. Makrofagi M1 imajo pospešeno delovanje glikolize ter zmanjšano aktivnost oksidativne fosforilacije. Z pospešeno glikolizo ter laktatno fermentacijo makrofagi proizvajajo večino svojih zalog ATP. Poleg tega ima tudi prekinjen krebsov cikel na dveh mestih. Prvo mesto je pri reakciji izocitrata v alfa-ketoglutarat, drugo mesto pa pri reakciji sukcinata v fumarat. Prekinitve v ciklu vodijo do kopičenja intermediatov, ki pa se uporabljajo za sintezo NO, prostgladinov in vnetnosnih citokinov. Hkrati je krebsov cikel makrofagov M1 povezan z ciklom sečnine, ki lahko proizvaja NO. Posebnost makrofagov M1 je tudi da v mitohondrijih proizvajajo povečane količine reaktivnih kisikovih zvrst (ROS). Te se tudi uporabljajo za boj proti bakterijam in proizvodnjo vnetnostnih citokinov.<br />
<br />
===Urška Zagorc: Salmonela in citratni cikel===<br />
<br />
Zastrupitev z bakterijo salmonelo spada med najpogostejše zastrupitve s hrano. Bakterija lahko živi v različnih okoljih, saj zna zelo dobro prilagoditi svoj metabolizem in se hkrati tudi izmakniti naravnemu imunskemu sistemu. Za to poskrbijo številni encimi citratnega cikla v salmoneli. Encimi akonitaza, izocitrat dehidrogenaza in izocitrat liaza inhibirajo delovanje inflamasoma NLRP3. Inflamasom je receptor imunskega sistema in aktivira kaspaze, ki vodijo v celično smrt. Z inhibiranim delovanjem teh inflamasomov posledično ne pride do celične smrti škodljivih celic. Tudi citrat in citratni cikel imata pri ohranjanju bakterije salmonele svojo vlogo. Citrat, na primer, je povezan v kompleks z železom. Ob izpostavljenosti dušikovemu oksidu, ki ima velik vpliv na celoten ogljikov metabolizem, se citrat porablja. Zmanjša se količina železa v celici, ki je bila prej v ravnotežju, hkrati pa se zmanjša tudi rast salmonele. Citratni cikel pa ni edini način, ki ga uporablja bakterija salmonela za svoje preživetje. Razvila je namreč mnogo poti, po katerih se lahko izogne oviram gostitelja. Ta se poleg inflamasomov bori s salmoneli strupenimi snovmi, kot je dušikov oksid, a tudi za to je bakterija že našla rešitev.<br />
<br />
===Lija Srnovršnik: Hepatična oksidacija maščobnih kislin med stradanjem===<br />
<br />
Jetra so ključna pri uravnavanju ravnotežja energije v celotnem telesu. <br />
Da bi razumeli vlogo hepatične β-oksidacije maščobnih kislin med obdobjem stradanja, so vzredili miši z izločenim genom za delovanje karnitin acil-transferaze 2 v jetrih (Cpt2L-⁄- miši). Ta encim katalizira obvezen korak v mitohondrijski dolgoverižni β-oksidaciji maščobnih kislin. Karnitin acil-transferaza 2 namreč sodeluje pri prenosu maščobnih kislin v notranjost mitohondrija in brez nje β-oksidacija ne more potekati. Miši so stradali 24 ur, kar je povzročilo nalaganje maščobe na jetra in povišano raven lipidov v krvi, vendar pa odsotnost ketonskih telesc, medtem ko je raven glukoze ostala normalna. Če med stradanjem, hepatična oksidacija ne poteka, se inducirajo PPARα tarčni geni v jetrih. Sistemska homeostaza energije je bila večinoma vzdrževana v stradajočih Cpt2L-⁄- miših z adaptacijami v hepatični in sistemski ekspresiji genov za oksidacijo, na kar so vplivali PPARα tarčni geni, ki vključujejo prokatabolične hepatokine Fgf21, Gdf15 and Igfbp1. <br />
Da bi primerjali rezultate, so Cpt2L-⁄- miši hranili s ketonsko dieto, prišlo je do hude lipolize ter posledično hepatomegalije (povečanja jeter), poškodb samega organa in posledično smrti. Opazili so popolno odsotnost zalog triacilglicerolov v adipocitih. Ti podatki kažejo, da hepatična oksidacija maščobnih kislin ni nujno potrebna za preživetje med pomanjkanjem hrane, vendar je ključna za omejitev lipolize v adipocitih ter regulacijo nadomestnega katabolizma, ko je glukoza omejena.<br />
<br />
===Patrik Levačić: Ceramidi in njihova povezava z debelostjo===<br />
V modernem svetu je debelost vse večji problem, če ne celo eden glavnih krivcev za bolezni, ki so povezane s prekomerno cirkulacijo lipidov v krvi, kot je npr. ateroskleroza ipd. Tekom debelosti je prisotnega več sladkorja v obliki glukoze, lipidov ter vnetji. Ker je presežek lipidov, natančneje maščobnih kislin v obtoku, so to primerni pogoji za tvorbo ceramidov, ki so sicer še sestavljeni iz sfingozina, ki se preko aminske skupine poveže z maščobno kislino. Ceramidi se eni glavnih krivcev za znižano stopnjo oksidacije maščobnih kislin, to pripomore k nalaganju maščobnega tkiva na organe ter v adipocitno tkivo, a žal lahko tudi adipocitno tkivo raste do neke mere, ko doseže maksimalno velikost posatne to tkivo nefunkcionalno in ne more več shranjevati lipidov. Rezultat je prekomerna cirkulacija lipidov v krvi. V seminarju je največ govora o dveh specifičnih ceramidih, ceramid C16:0 ter ceramid C18:0, ki sta v raziskavah imela vlogo negativnega regulatorja metabolizma lipidov ter slodkorjev. Kakršnekoli motnje metabolizma pa se odražajo v obliki vnetji, slabši funkcionalnosti celic, samih organelov v notranjosti celice ter kroničnih obolenj kot so npr. sladkorna bolezen. Za boj proti debelosti je večina študij ugotovila, da s povišanim procentom oksidiranih maščobnih kislin dosežemo zmanjšanje deleža prostih maščobnih kislin ter blokiramo tvorbo novih ceramidov.<br />
<br />
===Jerneja Nimac: Ketonska telesca kot signalni metaboliti===<br />
<br />
Nove raziskave na področju ketonskih telesc kažejo, da ta niso le pasivni prenašalci energije, ampak tudi pomembni signalni metaboliti. Najpomembnejši med njimi je β-hidroksibutirat (BHB). Signalne vloge, ki mu jih pripisujejo so inhibicija histonske deacetilaze razreda I (HDAC), aktivacija z G-proteinom sklopljenega receptorja HCAR2 in inhibicija prav tako z G-proteinom sklopljenega receptorja FFAR3. Ko BHB inhibira HDAC se poveča izražanje genov, ki zmanjšajo oksidativni stres, poleg tega pa naj bi ta inhibicija izboljšala občutljivost na inzulin. Antilipolitični učinek receptorja HCAR2 inhibira hormonsko odzivno triglicerid lipazo, kar ustvari negativno povratno zanko in zaustavitev ketogeneze. Vpliv BHB na receptor FFAR3 pa še ni popolnoma raziskan. Predpostavljajo, da BHB vpliva na FFAR3 v odvisnosti od pogojev, torej G-proteina in koncentracije BHB, je pa ena od raziskav pokazala, da molekula BHB z vezavo na FFAR3 inhibira od napetosti odvisne kalcijeve kanalčke. Molekula BHB se veže tudi na inflamasom NLRP3 in z njegovo inhibicijo prepreči izstop K+. Poleg ketonskega telesca BHB pa ima nekaj signalnih funkcij tudi acetoacetat. Slednji skupaj z molekulo BHB regulira vezikularni transporter glutamata (VGLUT2), in sicer tako da inhibira od Cl- odvisni vnos glutamata. Signalna funkcija ketonskih telesc v celici pa sproži odzive, ki naj bi pripomogli k zaviranju epilepsije, demence, raka in vplivali na staranje.<br />
<br />
===Nika Mikulič Vernik: Hiperamoniemija in metode zdravljenja===<br />
<br />
Amonijak se v telesu porablja v anabolizmu aminokislin, sintezi proteinov in zagotavljanju pH vrednosti. Kadar ga je v krvni plazmi preveč, ga mora telo detoksicirati in izločiti, za kar skrbi cikel uree v jetrnih celicah. Preostanek amonijaka odstrani glutamin sintetaza, ki iz glutamata tvori glutamin. Če je amonijaka v krvi preveč, to stanje imenujemo hiperamoniemija. Za razvoj te bolezni poznamo več vzrokov, glede na njih pa ločimo primarno (okvare encimov ali transporterjev, ki delujejo v ciklu uree) in sekundarno hiperamoniemijo (inhibicija cikla uree).<br />
Ker ima amonijev ion NH4+ podoben atomski radij kot K+, lahko membrane prehaja na enak način. Preide lahko tudi krvno možgansko bariero, kar povzroča nevrološke težave, kot so zatekanje astrocitov, povečana permeabilnost krvno možganske bariere, cerebralni edem (zatekanje možganov) in hepatična encefalopatija, kar lahko vodi v komo in celo smrt.<br />
Zdravila za zdravljenje hiperamoniemije imajo dva možna načina delovanja; 1) zmanjšanje nastanka in absorpcije amonijaka (zmanjševanje števila bakterij, ki proizvajajo ureaze, ali zmanjševanje degradacije glutamina in glicina); 2) izboljšanje sistemov za detoksikacijo in izločanje. Zraven tega se uporabljajo tudi razne dialize, genske in celične terapije ter kirurški posegi.<br />
<br />
===Tanja Zupan: Presnovne bolezni aminokislin===<br />
<br />
Bolezen javorjevega sirupa (MSUD), fenilketonurija (PKU), hiperamoniemija (HA), citrulinemija (CTLN), tirozinemija, cistinoza in Hartnupova bolezen so presnovne bolezni aminokislin, ki se dedujejo avtosomno recesivno. Bolezen javorjevega sirupa se pojavi zaradi nedelovanje encima BCKDH (ang. »branched-chain α-ketoacid dehydrogenase complex«), zato se v urinu poveča koncentracija α-ketokislin, ki dajejo urinu značilen vonj po javorjevm sirupu. Nedelovanje encima fenilalanin hidroksilaza (PAH), ki sodeluje pri presnovi fenilalanina v tirozin pa povzroči fenilketonurijo. Tirozinemija je posledica pomanjkanja oz. nedelovanje encimov v metabolni poti tirozina, delimo jo na tri tipe: tirozinemija tipa I (pomanjkanje encima fumarilacetoacetate (FAH), ki katalizira razgradnjo fumarilacetoacetata v acetoacetat in fumarat), tirozinemija tipa II (pomanjkanje encima tirozin aminotrasnferaze (TAT) v jetrih, ki tirozin pretvori v p-hidroksilfenilpiruvat), tirozinemija tipa III (pomanjkanje p-hidroksifenilpiruvat dioksigenaza). Cistinoza pa je bolezen, ki je posledica okvarjenega transporta cistina iz lizosomov v citoplazmo, pri čemer se cistin kopiči v celicah in jih poškoduje zaradi tvorbe kristalov. Hiperamoniemija in citrulinemija sta bolezni, ki ju povzroči nedelovanje encimov v ciklu sečnine. Za hiperamoniemijo je značilna zvišana koncentracija amoniaka v krvi zaradi pomanjkanja encima ornitin transkarbamilaze (OTC). Citrulinemijo delimo na dva tipa, citrulinemijo tipa I ali klasično citrulinemijo, pri kateri gre za pomanjaknja argininosukcinata, ter citrulinemijo tipa II, kjer gre za pomanjkanje citronov. Bolezni zdravimo oz. omejimo njene posledice s strogo vseživljenjsko dieto, pri kateri omejimo vnos določene aminokisline v organizem.<br />
<br />
===Anja Tavčar: Regulacija imunskega odziva z metabolizmom L-arginina===<br />
L-arginin je pri človeku ena od pogojno esencialnih aminokislin, kar pomeni, da ga moramo v primerih, ko potreba po njem presega zmožnosti lastne produkcije, vnašati s hrano. Njegov metabolizem poteka v tako imenovanih mieloidnih celicah zaviralkah (MSC), in sicer s pomočjo encima arginaze (ARG, nastajata urea in L-ornitin) ali NO-sintaze (NOS, nastajata NO in L-citrulin). Obe vrsti encimov za svoje delovanje nujno potrebujeta kofaktorje, da pa do aktivnosti sploh pride, mora mieloidna celica prejeti signal iz okolice. Običajno gre za vezavo katerega od številnih citokinov, ki služijo kot signalne molekule med različnimi elementi imunskega sistema. Pri razumevanju uravnavanja oz. usklajevanja delovanja ARG in NOS ostaja še kar nekaj nerazrešenih vprašanj in problematik, vendar lahko kljub temu potrdimo, da je njuna združena aktivnost pomemben supresor T celic ter hkrati odličen označevalec mieloidnih celic zaviralk, ki so razširjene po celem telesu. Z regulacijo aktivnosti teh dveh encimov celice vplivajo na delovanje okoliških limfocitov T in tako inhibirajo njihovo pretirano izražanje ter poliferacijo po odstranitvi patogena iz sistema, ki bi sicer privedla do akumulacije T celic. V primeru, da do tega zaviranja ne pride, govorimo o avtoimunskih boleznih, kjer zaradi predolge izpostavljenosti citotksičnim limfocitom, prihaja do okvar, ki vodijo v napadanje telesu lastnih celic ter nastanka tumorjev.<br />
<br />
===Maja Vrabec: Poškodbe mitohondrijske DNA in popravljalni mehanizmi===<br />
V mitohondrijski DNA se mutacije kopičijo bistveno hitreje in v večji meri kot v jedrni DNA. Zaradi sproščanja reaktivnih kisikovih zvrsti (ROS) iz dihalne verige v mitohondrijih in omejenega nabora mehanizmov odstranjevanja oziroma pretvarjanja le-teh v manj škodljive kompomnente, je oksidativno okolje mitohondrijske DNA dolgo časa veljalo za glavni razlog večjega števila mutacij. Pred nekaj leti pa je bilo dokazano, da so glavni razlog za kopičenje mutacij v mitohondrijski DNA napake v replikaciji, kar vključuje neustrezno delovanje mitohondrijske DNA polimeraze POLG ter nesorazmernosti in modifikacije v zalogah deoksi nukleotidov tri-fosfat, ki so namenjeni za vključitev v novonastajajoče verige. Mitohondrijska DNA ima bistveno manjši nabor popravljalnih mehanizmov kot jedrna DNA, zaradi česar veliko mutacij ostane nepopravljenih in se kopičijo. Poleg tega ima določen vpliv na količino mutacij v DNA tudi okolje in razne škodljive komponente v njem, ki največkrat preko tvorbe aduktov z mtDNA močno ovirajo ali onemogočajo delovanje mitohondrijske DNA polimeraze med replikacijo in transkripcijo. Najpogostejše mutacije v mitohondrijski DNA so zamenjava enega nukleotida in vstavitev oziroma odstranitev posamezne baze. Določen delež mutacij je prisoten načeloma v vseh mitohondrijskih genomih, posledice za funkcionalnost celotnega mitohondrija in celice se začnejo kazati šele, ko količina mutacij doseže nek določen nivo, ki je odvisen od tipa celic.<br />
<br />
===Anja Černe: Vpliv mitohondrijskega stresa na staranje===<br />
Mitohondrij je glavni določevalec aktivnosti HSR (odgovor na stres), vzdrževanja proteostaze in življenske dobe. HSR je transkripcijski program, ki se vzpostavi kot odgovor na stres. Glavni člen pri HSR je transkripcijski faktor HSF-1 (heat-shock factor 1). V začetku reproduktivne dobe se aktivnost HSR zmanjša v prid razmnoževanju. Inhibicijo HSR spodbudi povišana histonska metilacija histona H3K27 na delih kromosoma, kjer je lociran gen za stres. Preko blagega mitohondrijskega stresa lahko v celicah zmanjšamo represijo HSR ter upočasnimo proces staranja. Induciran stres mora biti v omejen. Motnje v mitohondriju lahko sprožimo s kemikalijami (inhibicija kompleksov I in III), infekcijo s patogenimi bakterijami ali preko neravnovesij v mitohondrijski DNA. Celica se na stres odzove z odgovorom UPRmt, s katerim obnovi proteostazo (proteinska homeostaza). Kadar pride do kolapsa proteostaze (stanje, v katerem šaperoni ne zmorejo dovolj učinkovito oz. hitro popravljati nepravilno zvite proteine), se sproži mitohondrijski odgovor na nezvite proteine - UPRmt. Tovrsten odgovor se začne z delovanjem protease CLPP-1, ki razgradi moteče proteine na kratke peptide in le-te transporter HAF-1 izvozi iz matriksa. Peptidi nato aktivirajo transkripcijski faktor AFTS-1, ki se v jedru veže na promotorje genov za mitohondrijske šaperone. V mitohondriju je zelo pomembna regulacija aktivacije kompleksa I; pretirana inhibicija ima lahko usodne učinke (npr. pomanjkanje testosterona znatno zniža aktivnost kompleksa I), medtem ko blago utišanje lahko doprinese k upočasnjevanju staranja (npr. rotenon inhibira kompleks I, kar spodbuja UPRmt).<br />
<br />
===Špela Deučman: Vloga reaktivnih kisikovih zvrsti (ROS) pri celični signalizaciji===<br />
Pri mnogih celičnih procesih nastaja superoksid oz. radikali, ki se kasneje s kisikom združijo v superoksid. Te spojine, imenovane reaktivne kisikove zvrsti (ROS), nastajajo predvsem v mitohondrijih, peroksisomih, endoplazemskem retikulumu in na kompleksih NADPH oksidaze. Zaradi njihove velike reaktivnost so znanstveniki dolgo časa menili, da so to nezaželene molekule, ki povzročajo poškodbe lipidov, proteinov in DNA. V zadnjih dveh desetletjih pa so ugotovili, da imajo pomembno vlogo v homeostazi in kot posredniki intraceličnega signaliziranja. Regulacija ROS z encimi in antioksidanti je ključnega pomena, saj preprečuje poškodbe celičnih struktur in celično smrt hkrati pa vzdržuje dovolj veliko koncentracijo za namene signalizacije. Organizmi so razvili več mehanizmov in najpogostejši med njimi je mehanizem imenovan »redox relay«, pri katerem H2O2 oksidira cisteinske ostanke proteinov kot so PRXs in GPXs. Pri kvasovkah H2O2 oksidira Orp1, ki v nadaljevanju oksidira Yap1. Pri tako imenovanem »floodgate« mehanizemu nastaja H2O2, ki regulira sintezo kortikosterona (pri miših) z negativno povratno zanko, kar omogoča akumulacijo H2O2 ter nadaljnjo signalizacijo. Pri signalizaciji z drugimi rastnimi faktorji prav tako nastaja in se akumulira H2O2, vendar se PRX začasno inaktivira s fosforilacijo. Pri hipoksičnih pogojih se PRX1 oksidira in s tem preprečuje oksidacijo (inaktivacijo) AMPK. Pri interakciji ASK1 in TRX slednji deluje kot nosilec in negativni regulator ASK1. Ob oksidaciji TRX z H2O2 ASK1 oddisociira in tako postane aktiven.<br />
<br />
===Katja Doberšek: Vpliv zunanjih dejavnikov na sintezo celuloze===<br />
Celuloza je najpomembnejša sestavina primarne celične stene višje razvitih rastlin. Sintetizira se na plazmalemi na posebnih proteinskih strukturah, imenovanih celulozo sintazni kompleksi ali rozete. To so strukture iz šestih delov, organiziranih v šestkotnik s premerom okoli 30nm. Na vsakem izmed teh šestih delov se nahajajo tri molekule proteina celulozne sintaze, ki glukozne ostanke povezuje v celulozno fibrilo. Rozeta je skupaj s proteini celulozne sintaze pripeta na sistem kortikalnih mikrotubulov, po katerih se premika. Na okoljske stresorje se rastline različno odzivajo, vendar gre pri tem pogosto za spremembe v mehanizmu sinteze celuloze in raziskave so v zadnjem času veliko pozornosti posvečale boljšemu spoznavanju teh odzivov. Okoljske stresorje delimo na abiotske, kot so temperatura, količina svetlobe in osmotski tlak, ter biotske, kot so prisotnost drugih organizmov, predvsem bakterij ali virusov. Pri izražanju genov za proteine, ki sodelujejo pri mehanizmu sinteze celuloze, imajo pomembno vlogo nekateri rastlinski hormoni – fitohormoni, ki se sprošččajo pod vplivom okoljskih stresorjev. To so hormoni družine brasinosteroidov in ABA, ki ga imenujejo tudi rastlinski hormon stresa. Ti s svojim delovanjem namreč aktivirajo ali deaktivirajo določene transkripcijske faktorje, ki se lahko direktno vežejo na promotorsko regijo genov za proteine CESA in drugih.<br />
<br />
===Martin Špendl: Lektini in prepoznavanje sladkornih podenot===<br />
Večina organizmov sintetizira proteine, ki lahko vežejo ogljikove hidrate specifično in reverzibilno. Imenujemo jih lektini (izpeljava latinskega glagola izbrati) ali aglutinini, zaradi svoje sposobnosti tvorbe skupkov in obarjanja celic, tako kot protitelesa. Bolj natančno so to proteini, ki lahko vežejo mono- ali oligosaharide v ne-katalitične domene. Saharidi svoje strukture ob vezavi ne spreminjajo, lahko pa spremenijo energijsko stanje le-teh. Od protiteles jih razlikujemo po tem, da njihova prisotnost ni nujno povezana z imunskim odzivom in so lahko prisotni tudi kot posledica stresa ali spremembe v okolici. Večinoma se nahajajo v ekstra-celularnem matriksu (ECM), lizosomih, membranah celic in jedru. Najbolj pogosti so v semenih stročnic. Njihova naloga je prevajanje informacij saharidnih podenot glikolipidov, glikoproteinov in proteoglikanov, ki lahko zaradi svojih mnogoterih struktur v zgoščenem prostoru, kot je na primer EMC, prenašajo veliko gostoto le-teh. Posledično morajo biti vezavna mesta lektinov temu primerno bolj kompleksna. Na osnovi teh lastnosti lektinov izvirajo postopki obdelave vzorca pri naravoslovnih metod in farmacevtskih sintezah zdravilnih učinkovin.Lektini tipa C, ki imajo v svojem vezavnem mestu kation kalcija, so v visokih koncentracijah toksični. Zato moramo živila, ki vsebujejo lektine (na primer stročnice, žita, kostanj in krompir) pred zaužitjem skuhati, da se denaturirajo. V nasprotnem primeru lahko uživanje lektinskih živil privede do bruhanja, driske, prebavnih motenj, slabosti in napenjanja.<br />
<br />
===Lea Knez: Trehaloza-6-fosfat kot signalna molekula v rastlinah===<br />
V rastlinah imajo ogljikovi hidrati ključno vlogo v metabolizmu, poleg tega, pa lahko delujejo tudi kot signalne molekule. Ena izmed takih signalnih poti vključuje zaznavanje ter odziv na trehalozo-6-fosfat (T6P). Sintezo T6P katalizira encim trehaloza-6-fosfat sintaza (TPS). T6P deluje kot signal za razpoložljive zaloge ogljikovih hidratov, saj je njegova koncentracija v celicah tesno povezana s koncentracijo saharoze. Dokazali so, da T6P vpliva na sintezo škroba ter da inducira cvetenje rastlin, vendar so potrebne nadaljne raziskave za ugotovitev mehanizma delovanja T6P v teh procesih. T6P je prvi odkriti metabolit, ki sodeluje pri koordinaciji metabolizma z rastjo in razvojem rastline. Izguba gena za encim TPS upočasni razvoj in shranjevanje energijskih zalog v embriju. Predlagali so regulatorni mehanizem kjer T6P deluje na SnRK1 (sucrose non-fermenting related kinase-1) tako da ga inhibira, kar spodbudi anabolične procese in rast rastline. Ob nižjih koncentracijah T6P, pa se SnRK1 aktivira in pospeši katabolične procese ter adaptacijo rastline na zmanjšane zaloge ogljika. Genom rastline Arabidopsis thaliana vsebuje 11 TPS (AtTPS1-11) genov, od katerih so le za TPS1 dokazali encimsko aktivnost, funkcije ostalih homologov pa so še neznane. V bodočih raziskavah bi bilo predvsem pomembno razumeti kakšno vlogo imajo vsi encimi iz družine TPS v rastlinah.<br />
<br />
===Nika Goršek: Lipidi v gostiteljski celici ob okužbi z virusom hepatitis C===<br />
Virus hepatitis C je glavni krivec za razvoj jetrne steatoze, fibroze, ciroze in hepatocelularnega karcinoma. Z virusom je okuženih že 170 milijonov ljudi. Življenjski cikel HCV je tesno povezan z metabolizmom lipidov, od vstopa pa vse do njegovega sestavljanja in sekrecije. Virus se poveže s celico preko številnih receptorjev, ki so vključeni predvsem v metabolizem lipidov (LDL-r, SR-BI, NPC1L1, CD81, TfR1, klaudin-1 in okludin). V celico pa vstopi preko s klatrinom posredovane endocitoze. Translacija virusnih polipeptidov poteka na membrana endoplazemskega retikuluma. Pri replikaciji sodelujejo tako virusni kot celični proteini. Replikacija poteka na membranskih mrežah, ki služijo kot osnova za nastanek replikacijeskega kompleksa. Virus si prilasti lipidni metabolizem in tako v membranske mreže privablja sfingolipide in holesterol preko lipidnih transfer proteinov. Virus je zmožen relokalizirati fosfatidilinozitol 4-kinazo III α, ki omogoča sintezo fosfatidilinozitol-4-fosfatov (glicerofosfolipidi), ki so nujno potrebni za nastanek replikacijskega kompleksa.<br />
Raznorazne analize so pokazale, da je virus spremenil ekspresijo genov v gostiteljski celici. Predvsem se je spremenila regulacija genov za holesterolno biosintezo – se je povečala.<br />
Virusne – lipidne interakcije so zelo privlačne za razvoj posrednih protivirusnih zdravil, saj je za virus težje, da razvije mutacije, ki bi delovale proti zdravilom, katerih tarča je gostiteljska celica. Obstajajo nekatera, za zdaj še ne priznana zdravila, ki vplivajo na gostiteljsko celico, vendar so za njihovo uporabo potrebne dodatne analize in raziskave.<br />
<br />
===Nika Zaveršek:Povezava velike depresivne motnje z razmerjem med omega-6 in omega-3 maščobnimi kislinami===<br />
Velika depresivna motnja je duševna motnja, ki jo spremljajo občutki tesnobe, letargije, razdražljivosti, krivde, težave s koncentracijo, izguba veselja in zanimanja do običajno prijetnih dejavnosti, lahko povzroči tudi samomorilne misli. V zadnjih desetletjih je depresija postala bolj pogosta. V tem časovnem okvirju pa se je drastično spremenila tudi prehrana v tem delu sveta, in sicer predvsem v razmerju zaužitih esencialnih omega-6 in omega-3 maščobnih kislin, ki je od ugotovljenega idealnega razmerja 2:1 narastla do zaužitih 15-20:1. Povečano razmerje lahko povzroči nevrološke, kognitivne bolezni, bolezni srca in ožilja, možganov in ožilja ter bolezni povezanih z razpoloženjem. Razmerje omega-6:omega-3 maščobnih kislin vpliva na sestavo fosfolipidov v membrani in s tem na njeno fluidnost ter sintezo eikozanoidov, ki regulirajo vnetja, zato poznamo pro- in protivnetne. Izkaže pa se, da ti eikozanoidi ne regulirajo samo vnetij, ampak tudi vse druge mehanizme povezane z njimi, kot so HPA os in posledično sinteza kortizola, ta pa regulira sintezo nevrotransmiterjev npr.: serotonin. Fluidnost membran pa poleg tega vpliva tudi na kvartarno strukturo membranskih proteinov v nevronih in tako na njihovo afiniteto za nevrotransmiterje.<br />
<br />
===Špela Supej: Biosinteza rastlinskih alkaloidov===<br />
Alkaloidi so strukturno zelo raznolika skupina naravnih organskih spojin, ki nastanejo kot sekundarni metaboliti pri rastlinski presnovi aminokislin. Za njihovo zgradbo je značilno, da vsebujejo dušik, ki je običajno vezan v heterocikličen obroč. Večina alkaloidov je zelo strupenih in imajo izrazito grenak okus ter tako za mnoge rastline predstavljajo učinkovito zaščito pred rastlinojedci in patogenimi organizmi. Kljub temu pa se mnogi zaradi svojih fizioloških in koristnih farmakoloških lastnosti uporabljajo v medicini. Glede na izvor ločimo alkaloide, ki so sintetizirani iz aminokislin in tiste, ki so sintetizirani iz nukleotidov. V seminarju predstavim sintezo dveh pomembnih alkaloidov in njun vpliv na človeško telo. Tropanski alkaloid nikotin v rastlini tobaka nastane iz treh aminokislin (asparginske kisline, ornitina in metionina) in iz gliceraldehida. Biosinteza poteka v dveh delih, eden izmed njenih glavnih regulatorjev pa je rastlinski hormon jasmonska kislina, ki sproži povečano izražanje genov za sintezo encimov, ki so potrebni za nastanek nikotina. Ta v človeškem telesu deluje kot agonist na večino nikotin acetilholinskih receptorjev in povzroča sproščanje dopamina in adrenalina v krvni obtok. Drug pomemben alkaloid, ki je predstavljen, je kofein, ki izvira iz družine purinskih alkaloidov. Sintetizira se iz ksantozina, v telesu pa deluje kot blago poživilo in diuretik.<br />
<br />
===Luka Fratina: Industrijska proizvodnja aminokislin===<br />
Aminokisline se v industriji porabljajo v živilski, farmacevtski in kozmetični industriji. Največ se jih porablja kot dodatek k krmi, pa tudi kot farmacevtski prokurzorji in umetna sladila. Za proizvodnjo aminokislin se uporabljata dva načina: fermentacija in encimatične metode. Fermentacija poteka v fermenatorjih in se uporablja za večino aminokislin. Pri tem je zelo pomembno urediti biosintetične poti, da le te potekajo tako, da dobimo največjo proizvodnjo. To dosežemo tako, da v bakterije, kakor je C. glutamicum uvajamo mutacije, vedno bolj pa je prisotno tudi metabolčno inžinirstvo. Poleg tega je dober način tudi povečati prepustnost membran, saj se tako aminokislin lažje sprostijo v okolje in ne zavirajo encimov. Nekateri encimi so tudi v nizki prisotnosti in zavirajo produkcijo, zato je treba povečati ekspresijo genov za te encime. Kako vplivati na regulacijo in posldično pridobiti ogromno količino aminokisline se razlikuje za vsako aminokislino posebej.Encimatične metode delujejo na na konceptu izoliranih encimov na membrani in se uporabljajo predvsem za neproteogene aminokisline. Proizvodnja aminokislin se vsako leto povečuje, poleg tega pa se z nadaljnami raziskavami vpeljujejo postopke, s katerimi bi se v prihodnoasti proizvajali tudi aminokisline, ki se jih v tem trenutku ne da, kot je mitionin.</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2017&diff=13641BIO2 Seminar 20172017-12-23T09:47:38Z<p>Luka Fratina: /* Seznam seminarjev */</p>
<hr />
<div>= Biokemijski seminar =<br />
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br />
<br />
== Seznam seminarjev ==<br />
{| {{table}}<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
|-<br />
| Ines Medved || 12 || Receptorji za vonj v epidermisu || Špela Supej || Lea Knez || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16<br />
|-<br />
| Luka Gregorič || 12 || Pozitivne vloge negativnih regulatorjev || Uroš Prešern || Katja Doberšek || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16<br />
|-<br />
| Daria Latysheva || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Daria_Latysheva:_The_role_of_intrinsically_disordered_proteins_in_signalling_pathways_and_regulation The role of intrinsically disordered proteins in signallng pathways and regulation] || Luka Fratina || Martin Špendl || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16<br />
|-<br />
| Polona Skrt || 12 || Mehanizem zaznavanja okusa maščobe || Andreja Habič || Ajda Galič || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16<br />
|-<br />
| Peter Škrinjar || 12 || Receptorji za okus in njihova povezava z debelostjo || Andrej Race || Nika Zaveršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16<br />
|-<br />
| Milica Janković || 12 || Nuklearni receptorji: Karakteristike in regulacija receptorjev ter identifikacija ligandov || Anže Jenko || Nika Goršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16<br />
|-<br />
| Tina Turel || 14-15 || Vpliv mikroorganizmov na presnovo glukoze || Ines Medved || Špela Supej || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16<br />
|-<br />
| Barbara Slapnik || 14-15 || Regulacija metabolizma glukoze v celičnih kulturah|| Luka Gregorič || Uroš Prešern || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16<br />
|-<br />
| Ana Maklin || 14-15 || Vloga PGP in PHO13 v metabolizmu || Daria Latysheva || Luka Fratina || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16<br />
|-<br />
| Ajda Krč || 16 || Spremembe v delovanju Krebsovega cikla in sposobnost prilagajanja parazitov na razmere v okolju || Polona Skrt || Andreja Habič || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16<br />
|-<br />
| Urban Hribar || 16 || Metabolizem polariziranih makrofagov || Peter Škrinjar || Andrej Race || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16<br />
|-<br />
| Urška Zagorc || 16 || Salmonela in citratni cikel || Milica Janković || Anže Jenko || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16<br />
|-<br />
| Patrik Levačić || 17 || Ceramidi in njihova povezava z debelostjo || Tina Turel || Ines Medved || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16<br />
|-<br />
| Jerneja Nimac || 17 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Jerneja_Nimac:_Ketonska_telesca_kot_signalni_metaboliti Ketonska telesca kot signalni metaboliti] || Barbara Slapnik || Luka Gregorič || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16<br />
|-<br />
| Lija Srnovršnik || 17 || Hepatična oksidacija maščobnih kislin med stradanjem || Ana Maklin || Daria Latysheva || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16<br />
|-<br />
| Nika Mikulič || 18 || Hiperamoniemija in metode zdravljenja || Ajda Krč || Polona Skrt || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16<br />
|-<br />
| Tanja Zupan || 18 || Presnovne bolezni aminokislin || Urban Hribar || Peter Škrinjar || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16<br />
|-<br />
| Anja Tavčar || 18 || Regulacija imunskega odziva z metabolizmom l-arginina || Urška Zagorc || Milica Janković || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16<br />
|-<br />
| Maja Vrabec || 19 || Poškodbe mitohondrijske DNA in popravljalni mehanizmi || Patrik Levačić || Tina Turel || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16<br />
|-<br />
| Špela Deučman || 19 || Vloga reaktivnih kisikovih zvrsti (ROS) pri celični signalizaciji || Jerneja Nimac || Barbara Slapnik || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16<br />
|-<br />
| Anja Černe || 19 || Vpliv mitohondrijskega stresa na staranje || Lija Srnovršnik || Ana Maklin || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16<br />
|-<br />
| Lea Knez || 20 || Trehaloza-6-fosfat kot signalna molekula v rastlinah || Nika Mikulič || Ajda Krč || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16<br />
|-<br />
| Katja Doberšek || 20 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Katja_Doberšek:_Vpliv_zunajceličnih_dejavnikov_na_sintezo_celuloze_v_rastlinskih_celicah Vpliv zunajceličnih dejavnikov na sintezo celuloze v rastlinskih celicah] || Tanja Zupan || Urban Hribar || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16<br />
|-<br />
| Martin Špendl || 20 || Lektini in prepoznavanje sladkornih podenot || Anja Tavčar || Urška Zagorc || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16<br />
|-<br />
| Ajda Galič || 21 || || Katja Dolenc || Patrik Levačić || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17<br />
|-<br />
| Nika Zaveršek || 21 || || Špela Deučman || Jerneja Nimac || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17<br />
|-<br />
| Nika Goršek || 21 || || Anja Černe || Lija Srnovršnik || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17<br />
|-<br />
| Špela Supej || 22 || || Lea Knez || Katja Dolenc|| 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17<br />
|-<br />
| Uroš Prešern || 22 || || Katja Doberšek || Tanja Zupan || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17<br />
|-<br />
| Luka Fratina || 22 || Fermantivna proizvodnja aminokislin v bakterijah || Martin Špendl || Anja Tavčar || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17<br />
|-<br />
| Andreja Habič || 23 || Rjavo maščobno tkivo kot sekrecijski organ || Ajda Galič || Maja Vrabec || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17<br />
|-<br />
| Andrej Race || 23 || || Nika Zaveršek || Špela Deučman || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17<br />
|-<br />
| Anže Jenko || 23 || || Nika Goršek || Anja Černe || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17<br />
|-<br />
| Katja Dolenc || 23 || || Maja Vrabec || Nika Mikulič || 20/01/17 || 22/01/17 || 24/01/17<br />
|}<br />
<br />
*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br />
<br />
== Gradivo za predavanja ==<br />
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br />
username: bio2<br />
password: samozame<br />
<br />
==Naloga==<br />
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''<br />
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].<br />
<br />
Za pripravo seminarja velja naslednje:<br><br />
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2017|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od <font color=red>2700 do 3000 besed </font>, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. <font color=red>Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. </font><br />
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br />
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br />
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br />
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br />
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br />
<br />
==<font color=green>Imena datotek</font>==<br />
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:<br />
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br />
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br />
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br />
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br />
* <font color=green>312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši</font><br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
==Citiranje virov==<br />
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana <font color=green>zeleno</font>.<br />
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br />
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br><br />
'''Citiranje knjig:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br><br />
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br><br />
<br />
Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br><br />
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br><br />
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br />
<br />
'''Citiranje člankov:'''<br><br />
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br><br />
<font color=green>Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br />
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.</font><br />
<br />
Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br><br />
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br />
<br />
Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br><br />
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br><br />
<br />
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in". <br />
<br />
<br />
'''Citiranje spletnih virov:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br><br />
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br><br />
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2017_Povzetki_seminarjev&diff=12860TBK2017 Povzetki seminarjev2017-05-12T20:21:43Z<p>Luka Fratina: /* Ana Scott: Naslov seminarja */</p>
<hr />
<div>[[TBK2017-seminar|Nazaj na osnovno stran]] <br />
===Ana Scott: Naslov seminarja===<br />
Tekst ....<br />
<br />
'''Patrik Levaćić: Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionanlnost in strukturo prebavnih celic'''<br />
<br />
Vnos nano delcev titanovega dioksida (TiO2) preko prehrambenih izdelkov kot so sladkarije ter žvečilni gumiji je praktično nemogoče. Prebavni trakt služi kot pomembna meja med telesom in zunanjim okoljem. Cilj raziskave je bilo opazovanje posledic vnosa 30 nano meterskih delcev titanovega dioksida preko modela celične strukture tankega črevesja ter določitev kako akutna ter kronična izpostavljenost takim delcem lahko vpliva na funkcionalnost in strukturo celice. Postopek prepoznavanja TiO2 delcev je zelo kompleksen, navadno se uporablja Ramanova spektroskopija, ki izkorišča lastnosti molekule kot so vibracijska ter rotacijska stanja, s tem pa dobimo tako imenovani ''finger-print'' molekule, saj ima vsaka molekula svoje lastnosti in se po njih loči od drugih molekul. Rezultati raziskave so potrdili, da čeprav akutna izpostavljenost ni pustila resnejših posledic na celični strukturi, ima kronična izpostavljenost kar nekaj posledic na celičnem nivoju. Spremeni se funkcionalnost celice, nivo delovanja membranskih encimov vpade, spremeni se prav tako tudi struktura, saj se zmanjša sposobnost vsrkavanja nutrientov preko mikrovilov.<br />
<br />
'''Tina Turel: Povezanost retrovirusov z razvojem možganov'''<br />
<br />
Možgani človeka so bistveno bolj razviti od možganov drugih sesalcev in zato veliko težji za raziskovanje in razumevanje. Številne raziskave so dokazale, da bi transportni elementi (TE-ji), ki so še pred nekaj leti veljali za neuporaben del DNA, tako imenovan »junk DNK«, lahko bili odgovorni za današnjo stopnjo razvitosti človeških možganov. <br />
Retrovirusi so posebna skupina virusov. Nekateri veljajo za škodljive (HIV), drugi pa so povsem neškodljivi. V našem DNA je več kot 1000 različnih retrovirusov. V raziskavi, ki jo je vodil Johan Jakobsson in se je odvijala v Lundu, so dokazovali pomembno vlogo ERV-ja, endogenega retrovirusa v razvoju človeških možganov. Želeli so pokazati, da nekaj tisoč ERV-jev, mnogi so primarno specifični, delujejo kot priklopna podlaga za epigenetske represorsko beljakovino TRIM28, ki vzpostavi lokalni hetero kromatin okoli ERV-jev. Retrovirusi lahko pri vsakem človeku reagirajo drugače, saj so tak tip genetskega materiala, da se lahko nahajajo v katerem koli delu v genomu. Različna izražanja ERV-ja pa bi bila lahko tudi razlog za možganske okvare, ki povzročijo bolezni, kot so ALS, shizofrenija in bipolarna motnja .<br />
<br />
'''Nina Mezgec Mrzlikar: Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo'''<br />
<br />
Shizofrenija je duševna motnja, ki se razvije v zgodnjem odraslem obdobju. DISC-1 (Disrupted-In-Schizophrenia-1) je protein, kodiran z genom DISC-1 in je močno izražen v možganskem hipokampusu. Sodeluje pri razvoju aksonov in povezovanju celic. Caveolin-1 je ogrodni protein bistven pri regulaciji receptorjev na membranah in spodbuja razvoj novih povezav med živčnimi celicami. V tej raziskavi so znanstveniki proučevali vpliv proteina Cav-1 na izražanje gena DISC-1 v živčnih celicah. Ugotovljeno je bilo, da prekomerno izražen gen Cav-1 povzroči večje izražanje gena DISC-1 in drugih sinaptičnih proteinov, ki so potrebni za prenos živčnega signala. V miših, katerim so iz hipokampusa odstranili Cav-1 je posledično prišlo do manjšega izražanja DISC-1 in hkrati drugih sinaptičnih proteinov. Izguba Cav-1 torej zmanjšuje aktivnost sinaps, kar pa je vzrok za številne nevrodegenerativne bolezni, kot je tudi shizofrenija. Ugotovitve kažejo na pomembno vlogo proteina Caveolin-1 v celicah, saj vzdržuje pravilno delovanje receptorjev in s tem prenos živčnega signala.<br />
<br />
'''Sonja Gabrijelčič: Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami'''<br />
<br />
Odpornost bakterij na antibiotike je v porastu po vsem svetu. Pojavlja se tako v državah v razvoju, kjer je predvsem posledica nekvalitetnih antibiotikov, kot v najrazvitejših državah sveta, kjer se pojavlja več in več patogenov, ki lahko preživijo v okolju z več zdravilnimi učinkovinami oziroma antibiotiki. Bakterije lahko pridobijo odpornost ali z izmenjavo mobilnih genetskih elementov ali z mutacijo genetskega materiala, ki je že v celici. V raziskavi, ki jo opisuje članek, so raziskovalci želeli opazovati slednje, zato so izmed bakterij, ki so lahko sočasno odporne na več antibiotikov, izbrali Mycobacterium smegmatis, sorodnico bakterije, ki povzroča tuberkulozo, in eno od predstavnic skupine bakterij, pri kateri do izmenjevanja plazmidov praktično ne pride. Klasificirali so tipe mutacij, do katerih je prišlo, in se osredotočili predvsem na mutacije, ki so se zgodile na mestih genoma, kjer se kodirajo proteini, ki so sestavni deli ribosomov. Ugotovili so, da so taki mutanti odporni na antibiotike z različnimi mehanizmi delovanja, ki jim niso bili še nikoli izpostavljeni, na antibiotike širokega spektra in poleg tega tudi na nekatere druge mehanske strese na membrane.<br />
<br />
'''Daria Latysheva: Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic'''<br />
<br />
Mehansko aktivni kanalčki so membranski proteini, ki so neposredno odvisni od sile in pretvarjajo mehanske držljaje v električne oz. biokemijske signale. Piezo1 je mehansko aktiven ionski kanalček, ki spodbuja celično smrt v predelih z visoko gostoto celic. V raziskavi so ugotovili, da kotrolira tudi mitotsko delitev. Raziskali so mehanizem delovanja Piezo1 v procesu celične delitve. Pri nizki gostoti celic oz. kjer so celice raztegnjene se Piezo1 lokalizira na celični membrani ter se odpre; posledično sproži influks kalcija v celico. ERK1 se aktivira zaradi povečane koncentracije Ca2+ ionov, kar vpliva na aktivnost ciklina B v G2 fazi mitotske delitve in povzroči proliferacijo. Način, na kateri Piezo1 aktivira dva nasprotna procesa je odvisen od lokacije in načina aktivacije kanalčka. V predelih z nizko gostoto celic se Piezo1 lokalizira na celični membrani ter hitro aktivira celično delitev. Če so celice razporejene tesno druga ob drugi, se Piezo1 oblikuje v velike citiplazemske agregate in spodbuja celično smrt. Zaradi sposobnosti zaznave mehanskega raztezka ter prevelike in premajhne gostote celic Piezo 1 deluje kot homeostatski senzor in kontrolira število epitelijskih celic.<br />
<br />
'''Nika Goršek: Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku'''<br />
<br />
MRP1 ali »Multidrug resistance protein« je protein, ki spada v družino ABC-transporterjev. Pomemben je pri reguliranju redoks homeostaze, vnetij in sekrecije hormonov. Znano je tudi, da ima pomembno vlogo pri odpornosti na zdravila in njihovem črpanju iz celic. V raziskavi na univerzi Rockefeller so z uporabo elektronske kriomikroskopije določili njegovo zgradbo. Sestavljajo ga štirje glavni deli: dva transmembranska dela, ki tvorita telo transporterja, dva dela, ki vežeta ATP, motiv v obliki lase in N-terminalni transmembranski del. Čeprav ima MRP1 dva dela, ki bi lahko vezala ATP, pa tega veže le en, saj pri drugem delu pride do drugačnega zaporedja aminokislin. V raziskavah so dokazali, da mutacije določenih delov proteina vodijo v bolezenska stanja in da bi sprememba le ene aminokisline v zaporedju vplivala na aktivnost proteina. MRP1 ima le eno dvojno vezavno mesto, ki je pozitivno nabito. Pestrost substratov je zaradi takega vezavnega mesta veliko večja, kot pri nekaterih drugih znanih proteinih. Prenaša lahko organske, amfipatične in aninonske molekule, na primer zdravila proti raku, opijate, antidepresive in tudi nekatere za življenje pomembne snovi (hormoni in protivnetne molekule). Ob vezavi substrata se oblika proteina MRP1 spremeni, aktivnost pa se poveča. Po končanem transportu pa protein preide nazaj v prvotno, neaktivno obliko.<br />
<br />
'''Dragana Savković: Stopnja preživetja evkariontskih celic po elektroforezni nanoinjekciji'''<br />
<br />
Znotrajcelična dostava makromolekul je pomemben korak za terapevtske in raziskovalne namene. Za uvajanje tujih molekul v citoplazmo živih celic uporabljale so se metode, katere so se v večini primerov uporabljale za veliko število celic v kulturi in je splošno znano, da veliko število teh celic (do 50%) ne preživi ta proces. Da bi rešili ta problem, razvili so alternativno metodo znotrajcelične dobave, oziroma znotrajcelično elektroforezno nanoinjekcijo. V raziskavi so primerjali stopnjo preživetja celic injiciranih z pipeto s premerom 100 nm in pipeto s premerom 500 nm. Ugotovili so, da je stopnja preživetja z uporabo 100 nm pipeto veliko večja kot s 500 nm pipeto in tudi da ostale preživele celice kažejo bolj naraven cikel celic.<br />
<br />
'''Urška Zagorc: Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1'''<br />
<br />
Sladkorna bolezen tipa 1, ki je značilna predvsem za otroke in mladostnike, je posledica motnje v imunskem sistemu. Organizem uniči lastne celice v trebušni slinavki, ki proizvajajo inzulin. Ta omogoča glukozi iz hrane vstop v celico, s čimer celica dobi hrano in energijo. V raziskavi nemškega raziskovalnega centra za zdravje in okolje Helmholtz Zentrum München so sodelovali otroci, katerih ožji družinski član ima diabetes tipa 1 in otroci brez dednih dispozicij. Analizirali so krvne vzorce otrok z avto-protitelesi ter jih primerjala z vzorci otrok, ki ne kažejo znakov bolezni niti nimajo protiteles.Identificirali so 41 peptidov iz 26 proteinov, ki se razlikujejo v krvnih vzorcih tistih otrok s protitelesi in tistih brez. Glede na koncentracijo peptidov v treh proteinih (hepatocitni rastni faktor HGF, istem komplementa H in ceruloplazmin) in glede na starost otroka, so dosegli tudi boljšo oceno hitrosti razvoja bolezni. Večja koncentracija sistema komplementa H in hepatocitnega rastnega faktorja ter nižja koncentracija ceruloplazmina pri tem nižji starosti bolnika, pomenijo hitrejši napredek bolezni. Identificirani proteini nam pokažejo bolj natančno oceno stopnje pred pojavom simptomov. Zaradi njih je možno tudi ugotoviti ali ima bolnik s protitelesi, večjo ali manjšo možnost za razvoj sladkorne bolezni tipa 1 in kako hitro se bo bolezen razvila.<br />
<br />
'''Anja Černe: Uporaba askorbata pri zdravljenju raka'''<br />
<br />
Če askorbat vnesemo v organizem v manjših koncentracijah ima antioksidativne učinke, medtem ko se pri vnosu v večjih koncentracijah obnaša kot prooksidant. Farmakološko koncentriran askorbat povzroča tok izvenceličnega H2O2 v celico in vse celice, tako zdrave kot rakave, encimsko razgrajujejo H2O2, ki je zanje toksičen. Glavni encimi, ki razgrajujejo H2O2 pri velikih količinah so katalaze. Ker pa je katalaz v rakavih celicah malo, so rakave celice bolj dovzetne škodljive učinke, zato je askorbat zanje selektivno toksičen. Katalazna aktivnost v rakavih celicah lahko napove, kako se bo tumor odzval na terapijo z askorbatom. Pri nekaterih vrstah tkiv je rast tumorjev bolj upočasnjena, pri drugih manj (odvisnost od količine katalaz, ki jih tkivo vsebuje). Število aktivnih katalaznih monomerov na celico in ED50 (koločina snovi, ki učinkuje pri 50% osebkih) sta sorazmerna s konstanto celične razgradnje H2O2. Radikali, ki nastanejo pri reakciji med ionom kovine in H2O2, poškodujejo DNA, v kolikšni meri se to zgodi pa je odvisno od količine askorbata.<br />
<br />
'''Jerneja Nimac: S CRISPR/Cas9 nad X-vezavno kronično granulomatozno bolezen'''<br />
<br />
Kronična granulomatozna bolezen je dedna bolezen imunskega sistema, ki nastane zaradi mutacije v genu CYBB, ki kodira gp91phox. Slednji je katalitični center NADPH oksidaze 2 (NOX2), ki ima pomembno vlogo pri obrambi organizma pred okužbami. Mutacije v genu CYBB na kromosomu Xp21.1 pa so odgovorne za X-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni. Za popravljanje takšne monogenske mutacije so v raziskavi uporabili sistem CRISPR/Cas9. Ta sistem so za obrambo pred virusnimi okužbami razvile bakterije in arheje, gre pa za poseben od RNA odvisen sistem pridobljene imunosti, ki specifično prepozna in reže tujo tarčno DNA. V raziskavi so skušali s sistemom CRISPR/Cas9 popraviti mutacijo C676T na eksonu 7 gena CYBB. Z DHR testi so ugotovili, da s CRISPR/Cas9 popravljene mieloične celice obnovijo aktivnost NOX2 in ponovno izražajo protein gp91phox. S spreminjanjem količine ssODN pa so dokazali, da je stopnja popravljenih genov večja, če je količina ssODN večja, delež indelov pa se zmanjša. Prav tako so potrdili uspešno presaditev s CRISPR/Cas9 popravljenih krvotvornih matičnih in predniških celic in njihovo diferenciacijo v nepoškodovane mieloične in limfocitne celice v NSG miših v obdobju petih mesecev.<br />
<br />
'''Barbara Slapnik: Holesterol v celični membrani'''<br />
<br />
Holesterol je razporejen po celični membrani. Pomemben je za vzdrževanje membranske fluidnosti, membrano naredi bolj togo in manj prepustno. Njegova porazdelitev med zunanjim in notranjim fosfolipidnim slojem pa ni enakomerna. V raziskavi so razvili dopolnilne senzorje, ki omogočajo vpogled holesterola v obeh slojih sočasno in določili njegovo točno koncentracijo. Ugotovili so, da je koncentracija holesterola v zunanjem sloju celične membrane znatno višja kot koncentracija v notranjem sloju. Visoka koncentracija holesterola v zunanjem sloju celične membrane zmanjša njeno prepustnost, medtem ko nizka koncentracija holesterola v notranjem sloju omogoča celično sporočanje. Rezultati prikazujejo pomen transbilarne asimetrije holesterola v celični membrani in njegovo prerazporeditev za celično homeostazo, rast in razmnoževanje. Podajajo tudi povezavo med holesterolom v notranjem sloju celične membrane in rakom. Določili so točno koncentracijo holesterola, kar jim omogoča boljšo diagnostiko in zdravljenje raka, vendar so za to potrebne še nadaljnje raziskave. Rezultati prav tako predstavljajo osnovo za nadaljnje študije transbilarne dinamike in funkcij holesterola in drugih lipidov v celici.<br />
<br />
'''Nadja Škafar: Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev'''<br />
<br />
Nanotehnologija igra pomembno vlogo v moderni medicini, še posebej na področju zdravljenja bolezni s tarčno dostavo zdravil. Glavna prednost nanodostavnih sistemov (NS) pred danes uveljavljenimi metodami zdravljenja raka je selektivna dostava protitumorskih učinkovin tumorskim celicam, kar zmanjša možnost pojava neželenih stranskih učinkov, s tem pa se bolniku omogoči boljša kakovost življenja med in po zdravljenju. Dosedanje raziskave na področju NS so temeljile na injiciranju nanodelcev v krvni obtok. Ker pa ob vnosu nanodelcev v telo prihaja do medsebojnega delovanja NS s celicami imunskega sistema, jih te, še preden lahko nanodelci dostavijo zdravila do željenega mesta, odstranijo s fagocitozo. Raziskovalca Jian Yang in Cheng Dong sta zato s svojo ekipo skušala razviti novo tehniko NS, ki problematiko reakcij med NS in makrofagi v bioloških sistemih odpravi tako, da makrofage uporablja kot nosilce nanodelcev do tumorskih celic. Rezultati so pokazali, da so lahko makrofagi uspešni nosilci nanodelcev ter da bi lahko bili NS takšnega tipa v prihodnosti uspešna metoda za zdravljenje številnih bolezni.<br />
<br />
'''Špela Deučman: Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč'''<br />
<br />
Pri presajenih organih je največja skrb zavrnitev, ki je lahko akutna ali kronična. Pri slednji presadek sčasoma izgubi funkcijo in odmre, kar lahko povzroči smrt prejemnika. Stopnja preživetja presaditve pljuč je nižja od vseh ostalih presaditev organov. Pri 50% pacientov se pojavi obliterantni bronhiolitis oz. BOS, ki je glavni razlog kronične zavrnitve pljuč. Namen raziskave je bil odkriti signalno pot med NFAT1 (transkripcijski faktor), β-cateninom (koregulator transkripcije), ATX (eksoencim) in LPA1 (receptor) oz. LPA (sporočevalec) ter predlagati potencialno terapevtsko vlogo LPA1 antagonistov ter ATX inhibitorjev z namenom, da bi preprečili BOS. Odkrili so pozitivno korelacijo ekspresije med β-cateninom in kolagenom I. Ker LPA prepreči razgradnjo aktivnega β-catenina in ker je za nastanek LPA odgovoren ATX, so raziskali mehanizme reguliranja ekspresije ATX. Ugotovili so, da ekspresijo ATX regulira transkripcijski faktor NFAT1. Znano je, da LPA povečuje znotrajcelično koncentracijo prostih Ca2+ ionov, ti pa so povezani z aktivacijo in jedrsko translokacijo NFAT1. To pomeni, da LPA regulira ekspresijo NFAT1 in posledično tudi ATX. Pri raziskovanju na miših so uporabili LPA1 antagoniste in ATX inhibitorje, ki so vidno zmanjšali napredek BOS.<br />
<br />
'''Anže Jenko: Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice'''<br />
<br />
Kemiluminiscenčne sonde veljajo za eno izmed najbolj občutljivih diagnostičnih metod pri določanju encimske aktivnosti in koncentracije analita, kar v praktičnem življenju denimo koristi forenzikom. Ker pa je splošno uveljavljen princip koriščenje kemiluminiscence slabo dodelan in privede do velikih energetskih izgub. Raziskovalci so tako v sami raziskavi preizkušali kemiluminiscenčne in fluorescenčne lastnosti različnih derivatov Schaapovega adamatiliden-dioksetana, na katerega so vezali različne substituente, ki pa so imeli znaten vpliv. Na ta način so želeli ustvariti enokomponentni sistem, z visoko intenziteto izseva, ki pa je tudi primeren v fizioloških razmerah. To jim je na koncu tudi uspelo. Na najbolj ustrezni izmed sintetiziranih sond, so hidroksilno skupino na benzenovem obroču ''zamaskirali'' z drugačnimi zaščitnimi skupinami. Vsaka izmed teh skupin pa je bila občutljiva na različne molekule (denimo beta-galaktoza na encim beta-galaktozidaza), reakcija s katerimi je povzročila destabilizacijo - vzbujeno stanje sonde in posledično kemiluminiscenco. Ta mehanizem je pokazal visoko mero selektivnosti, zato so ga lahko praktično koristili pri mikroskopskem prikazovanju celic. Pri celicah z genom za prekomerno izražanje beta-galaktozidaze je z uporabo relavantne sonde (ustrezna zaščitna skupina) prišlo do obarvanja, pri takšni, kjer pa tega encima ni bilo prisotnega, pa do obarvanja ni prišlo.<br />
<br />
'''Jana Kotnik: Sintetični membranski receptorji'''<br />
<br />
Znanstveniki na Univerzi Bristol so našli način za posnemanje sporazumevanja celic z okolico. Ustvarili so sintetični receptor, ki se odziva na kemične signale podobno kot njegova naravna ekvivalenta. Vsadijo se v membrano in so sposobni vezave določenih ligandov. Receptor je sestavljen iz 3 delov: Vezavnega žepka konstruiranega iz kationskega kovinskega kompleksa, hidrofobne oligomerne vijačnice (jedro receptorja) in sonde s pirensko fluorescenco. V raziskavi so na podlagi sevanja sonde preučevali vpliv kiralnih ligandov na receptor in njegovo obliko v topilu ter v umetnih membranah veziklov. Umetni receptorji ponujajo redko možnost primerjanja obnašanja (oblike) molekul v raztopini in v membrani ter priložnost raziskovanja učinka membrane na razporeditvene preference in vezave ligandov. Kontroliranje prenašanja biokemijskih informacij čez fosfolipidni dvosloj predstavlja veliko priložnost za razvoj sintezne biologije - predstavljamo si lahko npr. umetne celice, s katerimi bi z nadzorovanjem receptorjev v membranah proizvajali koristne materiale ali zdravila.<br />
<br />
'''Andrej Špenko: Nova tehnika za regeneracijo kostnega tkiva'''<br />
<br />
Ruski znanstveniki so odkrili učinkovit način za izdelavo mineraliziranih vlaken, ki so mehansko odporna in hkrati celicam nudijo ugodne pogoje za preživetje. Vlakna, ki so bila narejena z elektrostatskim sukanjem, da so čim bolj posnemala človeški matriks, so potopili v raztopino Na2CO3 in CaCl2. Na vlaknih so se je tako formirali kristali CaCO3, katerih oblika pa je bila zelo odvisna od pogojev, v katerih so nastali. Pri nadaljnjih poskusih so raztopine z ogrodjem obdelali z ultrazvočnim valovanjem, da so ioni prodrli tudi v spodnje sloje ter v sredino vlaken. Ugotovili so, da se s pomočjo ultrazvočnega obdelovanja v prvih 30 sekundah formira vaterit, nestabilna oblika kristalov CaCO3, ki vlakna v nekaj kratkih ponovitvah popolnoma obda. Pri kasnejših ponovitvah pa se formira kalcit, ki pa je bolj pravilen in mehansko odporen kot vaterit. Če bi vlakna pustili v raztopini za daljše časovno obdobje, bi imel kalcit čas, da se formira. To bi pomenilo manjšo mehansko obstojnost, saj bi se na vlaknih raje formirali pravilni kristali, kot pa da bi vlakna obdali in tako pripravili enakomeren sloj okoli vlaken, na katere bi se kasneje zlagali dodatni kristali. Znanstveniki so v dokončana vlakna položili človeške kožne celice in po treh dneh so testi pokazali, da je sposobnost preživetja celic skoraj enaka tisti, v kontroli.<br />
<br />
'''Ana Maklin: Termična stabilnost proteinov'''<br />
<br />
Temperatura ima velik vpliv na fiziologijo celice. Organizmi rastejo najbolj optimalno le v omejenih temperaturnih razsežnostih. Občutljivost na temperaturo je v veliki meri posledica vpliva temperature na strukturo in funkcijo proteinov. Leuenberg et al. so opazovali termično stabilnost proteinov, z uporabo postopka LiS-MS, ki omogoča preučevanje proteinov neposredno v celičnem matriksu. Postopek so uporabili na ''Escherichia coli'', ''Saccharomyces cerevisiae'', ''Thermus thermophilus'' in človeških celicah, pridobili pa so podatke za več kot 8000 proteinov. Med raziskavo so prišli med drugim do naslednjih spoznanj: (i) do temperaturno sprožene celične smrti pride zaradi izgube določenih proteinov s ključnimi funkcijami, (ii) stabilnost nekaterih proteinov je posledica evolucijskega ohranjanja, (iii) dolžina proteinov in njihova termična stabilnost sta v obratnem sorazmerju, (iv) proteini, manj podvrženi termični agregaciji, so stabilnejši, (v) stabilni proteini imajo več beta ploskev, nestabilni pa alfa vijačnic.<br />
<br />
'''Luka Gregorič: Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil'''<br />
<br />
Uriniranje v bazene povzroča precej preglavic veliko lastnikom bazenov in tudi njihovim obiskovalcem. Zato se raziskovalci že dolgo trudijo ugotoviti učinkovit način s katerim bi lahko nadzirali koncentracijo urina v bazenih, da bi lahko se tudi lažje in bolj učinkovito spopadli z razkuževanjem le tega. Zato so začeli meriti vsebnost umetnega sladila ACE (acetilsulfam-K), ki se pojavlja v človeškem urinu in je zelo odporen na zunanje dejavnike (na velike spremembe pH in temperature). Hkrati pa je njegove koncentracije v podtalnici relativno malo, tako da velika odstopanja le tega ne moremo pripisati zunanjim dejavnikom. Koncentracija ACE v urinu je 4000 μg/L. Testirali so 21 različnih bazenov in 8 vročih vrelcev v Kanadi. Zbiranje vzorcev je trajalo 3 tedne. Testirali so jih skupaj z praznim vzorcem in ugotovili, da ima voda v bazenih in vročih vrelcih veliko večjo koncentracijo ACE kot prazen vzorec (ki je imel koncentracijo 0 ng/L) in podtalnica (10 ng/L). Te koncentracije so imele razpon vse od najmanjših vrednostih 50 ng/L do 7100 ng/L v vročih vrelcih. Ker v bazenih ni nobenega drugega očitnega vira ACE kot človeški urin so zaključili, da je v tistih bazenih, ki vsebujejo več ACE, tudi koncentracija urina večja.<br />
<br />
'''Andrej Race: Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency'''<br />
<br />
NADPH is an important molecule for cells biosythesis and detoxification of H2O2,because of its reductive power. Glucose-6-phosphate (G6PD) is one of the enzymes that is responsible for its production in the pentose phosphate pathway. The lacking of this protein can create problems for some blood cells, like erythrocytes. Erythrocytes do not have any other way of making this essential cofactor, so this deficiency may lead to their destruction and disease called favism. The distribution of this disease is remarkably similar to distribution of malaria, leading to a research that found out that parasitized erythrocytes in G6PD deficient person are more likeliy to get phagocytised by white blood cells and with that better chance of defending against this disease. The other type of cells that are affeceted by this deficiency are granulocytes, they require NADPH for chain of reactions that lead to formation of neutrophil extracellular trap, protection against bacteria and fungi. This lead to a conclusion that severe G6PD deficient people should be treated with antibiotics and antimycotics.<br />
<br />
'''Bogatinova Emilija: NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju'''<br />
<br />
Anioni kot so NO3 so tipični elektron donatorji. Vender izračuni napovedujejo da, je poraudelitev naboja NO3 je anizotropen in minimalen na dušiku. Tukaj so pokazali da ko je naboj nitrata v zadosni meri ovira odmevalo čež večjih obročjih, ki lahko stapijo v interakcijo z elektronskimi bogatimi partnerji. Ankete o Cambridge strukturnih Database in Protein Data Bank kažejo geometrijske nastavitve nekaterih kisika in žvepla, ki vsebuje subjektov okrog anioni nitrata, ki so v skladu s tem "π-lujenj lepljenje". Izračuni pokažejo donor-akceptor orbitalne interakcije, ki potrjujejo kontraintuitivnim Lewisova π-kislost nitrata.<br />
<br />
'''Zaveršek Nika: BAKTERIJE LAHKO S POMOČJO SINTETIZIRANIH ŽELEZOVIH MOLEKUL POSTANEJO ELEKTRIČNI GENERATORJI'''<br />
Bakterije in še nekateri ostali mikroorganizmi so samoobnovljivi 'nanoreaktorji', ki živijo povsod na Zemeljskem površju. Če bi ti organizmi lahko anodam oddali električno energijo, bi bil to nov način pridobivanja tako imenovane čiste energije. Problem je, da veliko organizmov ne more oddati električne energije, ki nastane pri njihovem metabolizmu, elektrodi.[1] Zanimivo pa se je vprašati, kako je sploh možno, da bi bakterije lahko oddale elektrone glede na to, da elektrode niso prisotne v naravnem okolju teh bakterij. Ena izmed teorij je, da so nekatere bakterije zmožne oddajanja elektronov elektrodi zato, ker v naravi elektrone lahko oddajo nekaterim netopnim mineralom. poleg tega, da bakterije lahko oddajajo elektrone, jih lahko tudi sprejemajo in jih uporabijo, da optimizirajo svoj metabolizem. Električni tok nastaja pri bakterijskem metabolizmu, ki poteka po principu redoks reakcij, iz organskih goriv. To lastnost bakterij bi lahko uporablili za nižje stroške ćiščenja vode, saj bi bakterije razgradile ogranske snovi, ki so v vodi, poleg tega pa bi proizvedle elektriko.<br />
<br />
'''Zupan Tanja: Razlike v funkcionalni povezavi možganov v mirujočem stanju med športniki in ne športniki<br />
Strokovnjaki na področju finih motoričnih sposobnosti, ki so povezane s spremembami v strukturi možganov so preučevali razliko v funkciji in povezljivosti možganov športnikov in ne športnikov v stanju mirovanja (v stanju mirovanja, v naših možganih delujejo tri povezave, ki so povezane z motoričnimi funkcijami: DMN (default mode network), FPN (frontoparietal network) in MN (motor network)) s pomočjo magnetne resonance. Pri raziskavi je sodelovalo dvaindvajset zdravih odraslih moškega spola med 18-25 let. Od tega 11 športnikov in 11 ne športnikov, ki pa se po starosti ujemajo s športniki. Rezultati so pokazali, da ukvarjanje z visoko aerobično vadbo v mladosti vpliva na razlike, ki nastanejo v povezovanju možganov, ki so opazne v stanju mirovanja. Posledice gibanja niso opazne le pri motoričnih sposobnostih ampak tudi pri delovanju izvršilnih funkcij, prostorski orientaciji in pri spominskih sposobnostih. Razlike v povezovanju se lahko pojavijo kot odziv na kognitivne zahteve teka na dolge razdalje v kombinaciji z aerobno vadbo. Poleg tega pa lahko kognitivne zahteve pri visoki intenzivni vzdržljivi vadbi privedejo tudi do razlik pri opravljanju dejavnosti, ki pa niso povezane s športom. V prihodnjih raziskavah na tem področju bodo v raziskovanje vključili tudi rekreativne športnike in ženske, ki v to raziskavo niso bili vključeni.<br />
<br />
'''Mikulič Vernik Nika: ONKOLITIČNI VIRUSI, KI SELEKTIVNO NAPADAJO RAKASTE CELICE'''<br />
<br />
Onkolitični virusi lahko s svojimi replikacijami znotraj gostiteljskih celic uničijo tumorska tkiva. Da bi izboljšali to njihovo sposobnost, znanstveniki neprestano razvijajo nove, močnejše viruse, ki pa s svojo močjo postajajo zmeraj bolj toksični. Zaradi tega narašča potreba po razvoju visoko specifičnih virusov, ki bi napadali zgolj tumorska tkiva, zdrava pa bi pustili nepoškodovana. Raziskovalci so določili optimalno sekvenco proteinov na 3'-UTR virusne mRNA, potrebno za onkoselektivnost virusov. Izdelali so adenovirus AdCPE s to sekvenco in primerjali njegovo učinkovitost pri uničevanju tumorskega tkiva z učinkovitostjo divjega tipa virusa ''in vitro'' in ''in vivo''. Primerjali so tudi vpliv virusa na normalno tkivo in prišli do zaključkov; 1) Virus AdCPE ni nič manj učinkovit pri uničevanju tumorskega tkiva kot divji tip virusa; 2) AdCPE je dosti manj toksičen od divjega tipa virusa.<br />
<br />
'''Martin Špendl: NANOGRAFEN-RENIJEV KOMPLEKS ZA SELEKTIVNO REDUKCIJO OGLJIKOVEGA DIOKSIDA<br />
<br />
Pereč problem razvitega sveta postajajo emisije CO2, ki so stranski produkt uporabe fosilnih goriv. Problem pridobivanja energije iz obnovljivih virov pa je ta, da so izkoristki zelo nizki oz. pridobljene energije ne moremo shraniti. Eden od načinov pridobivanja energije iz sonca ter hkratno odstranjevanje CO2 iz ozračja je omogočeno s selektivno redukcijo in z uporabo nanografen-renijevega kompleksa kot elektrokatalizator in fotokatalizator. Ko je molekula izpostavljena sončni svetlobi, lahko reducira CO2 v CO, ki služi kot zaloga energije in je komponenta sintetičnega plina (ang. syngas) skupaj z vodikom. Mešanico plinov se uporablja v gorilnih celicah, ki kemično energijo pretvorijo v električno energijo z zelo visokim izkoristkom in relativno malo emisijami. V primeru mešanice ogljikovega oksida in vodika je stranski produkt le CO2, ki je bil pridobljen iz zraka[2].<br />
Dosedanji katalizatorji redukcije ogljikovega dioksida niso dosegali dovolj visokega izkoristka, da bi se metode začele uporabljati na industrijskem nivoju. Zato so znanstveniki začeli proučevati molekularne katalizatorje, saj lahko le-te usmerijo reakcijo preko več elektronov in s tem dosežejo višje izkoristke ter večjo selektivnost katalizirane reakcije. Kljub temu ostaja neznanka kako zmanjšati razliko v potencialih med redukcijskim potencialom katalizatorja ter same reakcije.<br />
<br />
'''Ines Medved: KAKO ZMANJŠAN VNOS KALORIJ VPLIVA NA PROCES STARANJA<br />
Mnoge raziskave so pokazale, da zmanjšan vnos kalorij upočasni proces staranja in preprečuje mnoge bolezni kot so diabetes, hipertenzija, rak … Daljša življenjska doba je povezana s celično homeostazo, zmanjšano celično rastjo in stopnjo sinteze proteinov. Ker se proteini sintetizirajo na ribosomih, morajo ti dobro delovati. Njihovo delovanje nadzoruje RQC (ang. Ribosome quality control complex). Raziskovalci so ugotovili, da se je celična rast miši, ki so bile na dieti z malo kalorij, zmanjšala za 25 %, prav tako se je zmanjšala tudi respiratorna kapaciteta jeter. Po desetih tednih privajanja na dieto so iz meritev ugotovili, da so bili proteini v homeostazi, zato so lahko izračunali hitrost zamenjave proteinov. Proteine so razdelili v tri skupine, in sicer v statične, v tiste, ki se hitro izmenjujejo in nastajajo počasi ali pa hitro, ter v proteine, ki 'skačejo' med prvo in drugo skupino. S polisomsko analizo so ugotovili, da je bilo v miših, ki so bile na dieti z malo kalorij, število aktivnih ribosomov manjše.<br />
<br />
'''Uroš Prešern: Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt'''<br />
<br />
Partanatos je ena izmed vrst celične smrti, ki nastopi zaradi prevelike aktivnosti poli(ADP-riboza) polimeraze 1 (PARP-1) v jedru. Pogost je v primeru možganske kapi, infarkta in nevrodegenerativnih boleznih, zaradi česar bi boljše poznavanje samega procesa omogočilo razvoj novih načinov zdravljenja teh obolenj. V predhodnih raziskavah so ugotovili, da partanatos nastopi, ko molekule poli-ADP-riboze, ki jih PARP-1 sintetizira, preidejo iz jedra v citosol, kjer aktivirajo premestitev indukcijskega faktorja apoptoze (AIF) iz mitohondrijev v jedro. Temu sledi razrez DNA. Nukleaza, ki povzroči razrez DNA, je bila do nedavnega manjkajoči člen v partanatosu. Skupini raziskovalcev je uspelo odkriti, da je iskana nukleaza inhibitorni dejavnik migracije makrofagov (MIF). Pokazali so, da se med partanatosom MIF veže na AIF in se skupaj z njim premesti v jedro, kjer povzroči fragmentacijo DNA. Inhibicija nukleazne aktivnosti MIF se je v modelu možganske kapi pri miših odrazila v 75-odstotnem zmanjšanju volumna prizadetega tkiva, pospešeno pa je bilo tudi okrevanje. Rezultati raziskave odpirajo potencialne možnosti za zdravljenje akutnih in kroničnih nevroloških bolezni, v katerih nastopi partanatos.<br />
<br />
'''Urban Hribar: Modifikacija encimov FAS in biogoriva'''<br />
<br />
Z modifikacijo encimskih kompleksov glivični FAS (fatty acid synthases) tipa 1 lahko razširimo spekter njihovih produktov. FAS komplekse sestavlja 7 kataliznih podenot in ene podenote nosilnega proteina ACP (acyl carrier protein). FAS kvasovk Rhodosporidium toruloides (RtFAS) in Aplanochytrium kerguelense (AkFAS) imajo podvojene ACP podenote. Če eno od teh podenot odstranimo to ne vpliva na delovanje encima. V teh encimih lahko zato nadomestimo eno od ACP podenot z drugim encimom kot naprimer sTE (short-chain thioesterase). Encim sTE hidrolizira acil-ACP/CoA v kratke in srednje dolge maščobne kisline (short/medium-chain fatty acids - S/MCFAs). Če celice kvasovk kot naprimer S. cerevisiae izražajo AkFAS ali RtFAS, ki imajo eno od ACP skupin zamenjano z sTE, proizvedejo 5-13 krat večjo količino izvenceličnih S/MFAs. Podobno lahko v FAS S. cerevisiae (ScFAS) dodamo encim Mks2. Ta encim bi spremenil reakcijski mehanizem ScFAS, tako da bi ta proizvajal večje količine metilih ketonov. Po pričakovanjih celice, ki izražajo modificirani ScFAS proizvedejo 10 krat več metilnih ketonov kot celice, ki so izražale naravni ScFAS. Hkrati pa celice z modificiranim encimom proizvajajo manj specifičnih maščobnih kislin. S temi metodami lahko nadziramo katere produkte lahko pridobivamo z glivičnimi celičnimi tovarnami, kar bi lahko tudi privedlo do velikih napredkov v proizvodnji biogoriv.<br />
<br />
'''Lea Knez: Hemoglobin Kirklareli'''<br />
<br />
Mutacije hemoglobina lahko povzročijo širok spekter fenotipičnih različic proteina, nekatere lahko vodijo do nestabilnega kompleksa in razgradnje rdečih krvničk. Mutacijo Kirklareli so odkrili pri 23-letni pacientki, ki so ji diagnosticirali anemijo, enako mutacijo pa je imel tudi oče, zato so jo poimenovali po Turškem mestu v katerem je odraščal. Oba imata v α podenoti na poziciji 58 zamenjan histidin za levcin, presenetljivo pa oče ni anemičen, je pa kadilec z visokim deležem HbCO v krvi. Mutirana α podenota avtooksidira 8x in izgublja hem 200x hitreje kot navadna α apodenota v zdravem hemoglobinu, saj levcin ni več sposoben tvoriti vodikove vezi s kisikom. Posledično se protein denaturira zelo hitro in ni več zmožen opravljati svoje funkcije. Mutirana alfa podenota ima pa 80.000x večjo afiniteto za CO kot za O₂, kar povzroča hitro in obstojno vezavo med hemoglobinom in CO, ta kompleks pa celoten protein stabilizira in prepreči avtooksidacijo, zato tudi oče, ki kadi, nima anemije.<br />
<br />
'''Špela Supej: Nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe'''<br />
<br />
Optogenetika je biološka tehnika, ki uporablja svetlobo za kontroliranje celičnih procesov v živih tkivih, tipično v nevronih. Proteinom se ob absorpciji vidne svetlobe spremeni aktivnost, kar se uporablja za nadzorovanje celične fiziologije. Raziskava, s pomočjo katere so znanstveniki odkrili nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe, je potekala leta 2017 na Univerzi v Alberti. Glavni protein, imenovan fotocepitveni protein (ang. photocleavable protein) ali PhoCl, ob izpostavitvi svetlobi razpade na dva dela in tako omogoča opazovanje in raziskovanje aktivnosti znotraj celice na načine, ki prej niso bili mogoči. PhoCl je torej novo optogenetsko orodje, ki »ujame« proteine v neaktivnem stanju s kovalentno vezjo, kjer edini način aktivacije predstavlja ireverzibilen fotoodcep. Vsa ostala orodja, ki so bila do sedaj odkrita, uporabljajo reverzibilen odcep in za aktivnost proteinov zahtevajo konstanto osvetlitev, kar lahko vodi do fototoksičnosti. Prednost sistemov PhoCl je ravno to, da ko svetloba povzroči aktivacijo proteinov, ti ostanejo aktivni tako dolgo, dokler niso uničeni v normalnih procesih v celici.<br />
<br />
<br />
'''Anja Tavčar: Selenomabi - obstojna in učinkovita protitelesa, konjugirana s citostatiki'''<br />
<br />
Protitelesa, konjugirana s citostatiki (ang. antibody-drug conjugates oz. ADC), predstavljajo eno najbolj obetavnih področji pri boju z rakom, saj omogočajo razvoj za zdravljenje ključnih lastnosti : velika stabilnost, učinkovitost ter specifičnost delovanja (izključno na rakave celice) oz. minimalna toksičnost za zdrave celice v organizmu. S konjugacijo protiteles na točno izbranih mestih so znanstveniki razvili novo generacijo ADCjev, ki izkoriščajo visoko in zelo specifično reaktivnost aminokisline selenocistein (Sec), na katero so preko jodoacetamidnega veznega člena konjugirali citostatik. Kompleks se je v in vitro ter in vivo raziskavah na celicah raka na prsih ter limfocitih B izkazal za izjemno stabilnega in učinkovitega, zaradi izjemne selektivnosti pri delovanju pa odpira številne možnosti za prenos v klinično rabo.<br />
<br />
<br />
'''Maja Vrabec: Komunikacija med virusi usmerja odločitev za litični ali lizogeni cikel'''<br />
<br />
Fag phi3t spada v skupino fagov, ki lahko okužijo bakterijo preko litičnega ali lizogenega cikla. Odločitev med litičnim in lizogenim ciklom usmerjajo trije geni: AimR, AimP in AimX. Ob začetku okužbe kulture bakterij ''Bacillus subtilis'' v gojenem mediju (ta vsebuje proteine, ki se sproščajo ob okužbi bakterij s fagi) fag phi3t izrazi gena AimR in AimP. AimR kot dimer, vezan na fagov DNK, aktivira ekspresijo AimX, ki promovira litični cikel, zato je v začetku okužbe precej izrazita liza bakterijskih celic. Istočasno se izrazi tudi AimP, ki se izloči v medij, kjer ga zunajcelične proteaze predelajo v zrel komunikacijski peptid, imenovan ''arbitrium'' (v primeru phi3t je to SAIRGA). Po nekaj ciklih okužbe se v mediju koncentracija peptida občutno poveča in ko fag napade še neokuženo bakterijo, je koncentracija peptida v bakterijski celici, kamor pride s transporterjem OPP, dovolj velika, da veže AimR in tako povzroči disociacijo le-tega z vezavnega mesta v fagovem DNK. Ob vezavi se AimR pretvori iz aktivnega dimera v neaktiven monomer, s čimer utiša ekspresijo AimX in s tem promovira lizogenijo, zato po nekaj ciklih okužbe delež lizogeniranih bakterij močno naraste.<br />
<br />
<br />
'''Luka Fratina: Visokoresolucijsko 3D slikanje živih celic s fononi podoptičnih valovnih dolžin'''<br />
<br />
Opazovanje živih celic je pomembno za študijo struktur in funkcij celice. Biološko pomembne strukturne informacije, ki jih želimo gledati v živh celicah, ležijo izven dosega svetlobnih mikroskopov. Ti so omejeni na valovne dolžine vidne svetlobe (Rayleighova limita), saj lahko fotoni v celici povzročijo nastanek reaktivnega kisika ali pa direktno poškodujejo DNA, kar lahko povzroči nenormalno delovanje celice, redkeje pa tudi celično smrt. Za višje resolucije bi potrebovali fotone z krajšo valovno dolžino, kar pa bi še povečalo poškodbe celic. Obstajajo tehnike, kot sta STED in STORM, ki dosegajo višje resolucije, pri tem se uporabljajo visokofotonske doze in fluorestenčni označevalci, ki pa lahko poškodujejo žive preparate. Opazovanje individualne celice z mehanskim kontrastom daje primerljive rezultate kot svetlobna mikroskopija. Dosedanje metode niso kompatibilne z živimi vzorci. Te metode pogoste potrebujejo težke pogoje za celice in so lahko uničevalne. Žive celice bi lahko opazovali pod Rayleighovo limito z fononi podoptičnih valovnih dolžin.</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2017-seminar&diff=12818TBK2017-seminar2017-05-05T11:40:06Z<p>Luka Fratina: /* Seznam seminarjev */</p>
<hr />
<div>= Temelji biokemije- seminar =<br />
<br />
Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br />
<br />
Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br />
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br />
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br />
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br />
<br />
== Seznam seminarjev ==<br />
<br />
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;" <br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''<br />
|-<br />
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3<br />
|-<br />
| Nina Mezgec Mrzlikar || Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova<br />
|-<br />
| Tina Turel || Povezanost retrovirusov z razvojem možganov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110840.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek<br />
|-<br />
| Sonja Gabrijelčič || Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170221110808.htm https://elifesciences.org/content/6/e20420 || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan<br />
|-<br />
| Patrik Levačić || Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm|| 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race<br />
|-<br />
| Nika Goršek ||Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170224160629.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir<br />
|-<br />
| Dragana Savković || Stopnja preživetja evkariotskih celic po elektroforezni nano-injekciji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105437.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl<br />
|-<br />
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik<br />
|-<br />
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved<br />
|-<br />
| Urška Zagorc || Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1 || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161107112428.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar<br />
|-<br />
| Anja Černe || Učinek farmakološkega askorbata na rakave celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170109134014.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern<br />
|-<br />
| Barbara Slapnik ||Holesterol v celični membrani || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170117163039.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej<br />
|-<br />
| Jerneja Nimac || S CRISPR/Cas9 nad x-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110734.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez<br />
|-<br />
| Gašper Anton Komatar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309132308.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič<br />
|-<br />
| Nadja Škafar ||Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104154408.htm|| 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina<br />
|-<br />
| Anže Jenko || Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308081051.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar<br />
|-<br />
| Špela Deučman || Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105426.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec<br />
|-<br />
| Luka Gregorič || Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301084913.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski<br />
|-<br />
| Jana Kotnik || Sintetični membranski receptorji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170306114231.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek<br />
|-<br />
| Andrej Špenko || Nova tehnika za boljšo regeneracijo kostnega tkiva || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161220093946.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič<br />
|-<br />
| Ana Maklin || Termična stabilnost proteinov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170228131046.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč<br />
|-<br />
| Emilija Bogatinova ||NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170222131802.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn<br />
|-<br />
| Nika Zaveršek || Bakterije lahko s pomočjo posebnih sintetičnih molekul spremenimo v električne generatorje || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170209133509.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković<br />
|-<br />
| Tanja Zupan || Razlike v funkcionalni povezavi možganov v mirujočem stanju med športniki in ne športniki ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161214151637.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec<br />
|-<br />
| Andrej Race || Deficit Glukoze-6-fosfat-dehidrogenaze || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/07/160726094319.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič<br />
|-<br />
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar<br />
|-<br />
| Martin Špendl || Nanografen-renijev kompleks za selektivno redukcijo ogljikovega dioksida ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308135342.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel<br />
|-<br />
| Nika Mikulič Vernik || Onkolitični virusi, ki selektivno napadajo rakaste celice ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316112147.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič<br />
|-<br />
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić<br />
|-<br />
| Urban Hribar || Manipulacija encimov FAS in biogoriva ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309120519.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek<br />
|-<br />
| Uroš Prešern ||Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/10/161006143602.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković<br />
|-<br />
| Špela Supej || Nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170315125623.htm|| 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman<br />
|-<br />
| Lea Knez || Hemoglobin Kirklareli ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012518.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva<br />
|-<br />
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc<br />
|-<br />
| Luka Fratina || Visokoresolucijsko 3D slikanje živih celic s fononi podoptičnih valovnih dolžin || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161221111327.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe<br />
|-<br />
| Anja Tavčar || Selenomabi - obstojna in učinkovita protitelesa, konjugirana s citostatiki|| https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316151821.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik<br />
|-<br />
| Maja Vrabec ||Komunikacija med virusi usmerja odločitev za litični ali lizogeni cikel|| https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170119163345.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac<br />
|-<br />
| Vesna Dimitrovski || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar<br />
|-<br />
| Katja Doberšek || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215145949.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar<br />
|-<br />
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko<br />
|-<br />
| Ajda Krč || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman<br />
|-<br />
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič<br />
|-<br />
| Milica Janković || || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/08/160816151900.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik<br />
|-<br />
| Ajda Godec || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161121174639.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko<br />
|-<br />
| Andreja Habič || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin<br />
|}<br />
<br />
==Naloga==<br />
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br />
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br />
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br />
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br />
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br />
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br />
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br />
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br />
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br />
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br />
<br />
==<font color=green>Imena datotek</font>==<br />
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br />
Poslati morate naslednje datoteke:<br />
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx<br />
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br />
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br />
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx<br />
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
<br />
==Faktor vpliva==<br />
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br />
<br />
==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>'''Citiranje knjig:'''<br>Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''<br>Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''<br>Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Luka Fratinahttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK2017-seminar&diff=12561TBK2017-seminar2017-03-27T15:57:47Z<p>Luka Fratina: /* Seznam seminarjev */</p>
<hr />
<div>= Temelji biokemije- seminar =<br />
<br />
Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br />
<br />
Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br />
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br />
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br />
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br />
<br />
== Seznam seminarjev ==<br />
<br />
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;" <br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''<br />
|-<br />
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3<br />
|-<br />
| Nina Mezgec Mrzlikar || Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova<br />
|-<br />
| Tina Turel || Povezanost retrovirusov z razvojem možganov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110840.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek<br />
|-<br />
| Sonja Gabrijelčič || Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170221110808.htm https://elifesciences.org/content/6/e20420 || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan<br />
|-<br />
| Patrik Levačić || Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm|| 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race<br />
|-<br />
| Nika Goršek ||Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170224160629.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir<br />
|-<br />
| Dragana Savković || Stopnja preživetja evkariotskih celic po elektroforezni nano-injekciji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105437.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl<br />
|-<br />
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik<br />
|-<br />
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved<br />
|-<br />
| Urška Zagorc || Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1 || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161107112428.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar<br />
|-<br />
| Anja Černe || Učinek farmakološkega askorbata na rakave celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170109134014.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern<br />
|-<br />
| Barbara Slapnik ||Holesterol v celični membrani || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170117163039.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej<br />
|-<br />
| Jerneja Nimac || S CRISPR/Cas9 nad x-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110734.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez<br />
|-<br />
| Gašper Anton Komatar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309132308.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič<br />
|-<br />
| Nadja Škafar ||Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104154408.htm|| 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina<br />
|-<br />
| Anže Jenko || Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308081051.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar<br />
|-<br />
| Špela Deučman || Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105426.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec<br />
|-<br />
| Luka Gregorič || Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301084913.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski<br />
|-<br />
| Jana Kotnik || Sintetični membranski receptorji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170306114231.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek<br />
|-<br />
| Andrej Špenko || Nova tehnika za boljšo regeneracijo kostnega tkiva || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161220093946.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič<br />
|-<br />
| Ana Maklin || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170228131046.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč<br />
|-<br />
| Emilija Bogatinova ||NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170222131802.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn<br />
|-<br />
| Nika Zaveršek || Bakterije lahko s pomočjo posebnih sintetičnih molekul spremenimo v električne generatorje || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170209133509.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković<br />
|-<br />
| Tanja Zupan || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161214151637.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec<br />
|-<br />
| Andrej Race || Vloga NAD+ v regulaciji funkcije proteina ki je ključen v procesu staranja || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170323150518.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič<br />
|-<br />
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar<br />
|-<br />
| Martin Špendl || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel<br />
|-<br />
| Nika Mikulič Vernik || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316112147.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič<br />
|-<br />
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić<br />
|-<br />
| Urban Hribar || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309120519.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek<br />
|-<br />
| Uroš Prešern || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković<br />
|-<br />
| Špela Supej || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170315125623.htm|| 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman<br />
|-<br />
| Lea Knez || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012518.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva<br />
|-<br />
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc<br />
|-<br />
| Luka Fratina || || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161221111327.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe<br />
|-<br />
| Anja Tavčar || Zdravilo proti raku, ki zmanjšuje nastanek začetnih celic ter povečuje regresijo tumorja|| https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316151821.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik<br />
|-<br />
| Maja Vrabec || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170119163345.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac<br />
|-<br />
| Vesna Dimitrovski || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar<br />
|-<br />
| Katja Doberšek || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213083810.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar<br />
|-<br />
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko<br />
|-<br />
| Ajda Krč || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman<br />
|-<br />
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič<br />
|-<br />
| Milica Janković || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik<br />
|-<br />
| Ajda Godec || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko<br />
|-<br />
| Andreja Habič || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin<br />
|}<br />
<br />
==Naloga==<br />
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br />
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]<br />
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br />
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br />
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br />
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br />
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br />
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br />
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br />
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br />
<br />
==<font color=green>Imena datotek</font>==<br />
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br />
Poslati morate naslednje datoteke:<br />
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx<br />
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br />
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br />
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx<br />
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
<br />
==Faktor vpliva==<br />
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br />
<br />
==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>'''Citiranje knjig:'''<br>Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''<br>Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''<br>Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Luka Fratina