Wiki FKKT - User contributions [en]

Ksilanazni ter celulosomski sistemi klostridij:vpogled v molekularni pristoti za izboljšavo sevov

2014-05-16T19:10:37Z

Luka Grm:

Članek: Uvod:Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas et al.; Bioresource Technology 2014 Proizvodna bioetanola iz obnavljajočih se virov, kot je na primer biomasa se zaradi tegob moderne družbe kot vse višje cene goriv zaradi zmanjšanja njihovih zalog ter večanja prebivalstva, potrebe po vse večji energijski varnosti, pojava efekta tople grede zaradi emisije izpušnih plinov ter ostankov liganoceluloze. Pretvorba liganoceluloze v bioeatalonle je sestavljena iz različnih korakov, ki zajemajo vse od predpriprave, hidrolize, fermentacije ter separacije produkta ter čiščenja. V zadnjih 10 letih se je zaradi enormnega zanimanja v proizvodnjo bioetanola začelo intenzivno raziskovati vsakega izmed teh korakov. Predpriprava se deli na fizikalno, kemično ter biološko. Pri čemer si pod fizikalno predstavljamo mletje, kemična nam pomeni uporabo alkalij, kislin, organ solov medtem ko biološka predpriprava pomeni uporabo mikrobioloških kultur, v glavnem gliv, ki lahko razgrajujejo lignin. Poznamo primere, kjer so združili te različne načine predpriprave s pozitivnim učinkom. Naslednji del procesa, se pravi hidroliza se tretira kot precej težji korak znotraj samega procesa zaradi kompleksnosti strukture biomase in variaciji v kompozicije biomase iz različnih virov, v glavnem iz celuloze in hemiceluloze. V integriranem bioprocesu kot ga na primer poznamo v biorefinerijah je zaželena popolna hidroliza obeh celuloze ter hemiceluloze za kar pa potrebujemo procesing v več korakih, ki vsebuje celulozo in ksilanazo.
Klostridije, ki razgrajujejo celulozo Zanimanje zanje se je zelo povečalo zaradi odkritja naslednjih sposobnosti:1)prisotnosti ektracelularnega encimskega kompleksa celulosoma, ki zelo učinkovito prebavlja celulozo 2) nekateri sacchroytic sevi klostridij lahko direktno pretvorijo celulozo v veliko število metabolitov, najbolj mrkanen je bioetanol, ki jih lahko uporabimo v direktni mikrobiološki konverziji. 3) celulozni sistemi nekaterih vrst klostridij olajšuje hidrolizo materialov z vsebujočim ligninom kot je naprimer trdi les predobdelanem z razredčeno kislino 4) anaerobna obdelava odpadne celuloze z uporabo klostridije odstranjuje potrebo po zračenju

Celulosomi-Zapletene multiencimske kompkese, ki jih producirajo nekateri anaerobni mikroorganizmi, ki so narejeni za zadostno razgradnjo polisaharidov celičnih celic, v glavnem celuloze, imenujemo celulosomi

Ksilanaza
Veliko mikroorganizmov vsebuje diskretne, več funkcionalne , več encimske komplekse ki jih najdemo na površini in jih imenujemo ksilanaza.

Celulaza iz klostridije
Ena izmed glavnih prednosti, ki jo ponuja proizvodnja bioetanola s klostrijo, je zmanjšanje stroškov v primerjavi z tipični sistemi , ki temeljijo na delovanju gliv, saj je cena hidrolize, ki ji nato sledi fermentacija izredno visoka ter naredi sam proces predrag .Pri direktni pretvorbi pa je cena samih encimov poceni in sama pretvorba združuje celulazno produkcijo, hidrolizo in fermentacijo v enem samem bioreaktorju.

Konsolidirani bioprocessing
Pomembni parametri za uspešen CBP so:1)razvijanje generičnega sistema za različne celoloitične bakterije 1)razvoju termofilne bakterije, ki bo proizvajala etanola na komercialno zadovoljvi ravni 3)razvoj celolitičneha mikroba za produkcijo butanola 4)hidrogenska ekpresija saccharolytic encim,ki bi poskrbel za visoke iztržke konverzije celuloznih substratov in heterogene ekspresije potrebnih genov na zadovoljivih nivojih.
Genska izboljšava klostrdij vrste Raziskovanje genetike klostridij se je začelo z Youngom, ki je uporabljal različne metode kot so transformacija, elektroporacija, transdukcija, konjugacija in transpozone.

Nadaljnje perspektive:
Raziskovalci naj se glede na zgoraj navedena dejstva osredotočijo na proizvodnjo učinkovitih več-encimski sistemov, ki so sestavljeni predvsem iz celulaze in ksinalaze ter na proizvodnjo sevov,ki bodo imeli alkoholno toleranco

Zaključek:
CBP fermentaciji ponuja potencialne prednosti pri proizvodnjo bioetanola in klostrija zgleda najboljša odločitev. Čeprav je bil dosežen velik napredek pRi proizvodnji različnih sevov klostridij še nismo našli idealnega kandidata za efektiven CBP.

Ksilanazni ter celulosomski sistemi klostridij:vpogled v molekularni pristoti za izboljšavo sevov

2014-05-16T19:09:28Z

Luka Grm:

Članek: Uvod:Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas et al.; Bioresource Technology 2014 Proizvodna bioetanola iz obnavljajočih se virov, kot je na primer biomasa se zaradi tegob moderne družbe kot vse višje cene goriv zaradi zmanjšanja njihovih zalog ter večanja prebivalstva, potrebe po vse večji energijski varnosti, pojava efekta tople grede zaradi emisije izpušnih plinov ter ostankov liganoceluloze. Pretvorba liganoceluloze v bioeatalonle je sestavljena iz različnih korakov, ki zajemajo vse od predpriprave, hidrolize, fermentacije ter separacije produkta ter čiščenja. V zadnjih 10 letih se je zaradi enormnega zanimanja v proizvodnjo bioetanola začelo intenzivno raziskovati vsakega izmed teh korakov. Predpriprava se deli na fizikalno, kemično ter biološko. Pri čemer si pod fizikalno predstavljamo mletje, kemična nam pomeni uporabo alkalij, kislin, organ solov medtem ko biološka predpriprava pomeni uporabo mikrobioloških kultur, v glavnem gliv, ki lahko razgrajujejo lignin. Poznamo primere, kjer so združili te različne načine predpriprave s pozitivnim učinkom. Naslednji del procesa, se pravi hidroliza se tretira kot precej težji korak znotraj samega procesa zaradi kompleksnosti strukture biomase in variaciji v kompozicije biomase iz različnih virov, v glavnem iz celuloze in hemiceluloze. V integriranem bioprocesu kot ga na primer poznamo v biorefinerijah je zaželena popolna hidroliza obeh celuloze ter hemiceluloze za kar pa potrebujemo procesing v več korakih, ki vsebuje celulozo in ksilanazo.
Klostridije, ki razgrajujejo celulozo Zanimanje zanje se je zelo povečalo zaradi odkritja naslednjih sposobnosti:1)prisotnosti ektracelularnega encimskega kompleksa celulosoma, ki zelo učinkovito prebavlja celulozo 2) nekateri sacchroytic sevi klostridij lahko direktno pretvorijo celulozo v veliko število metabolitov, najbolj mrkanen je bioetanol, ki jih lahko uporabimo v direktni mikrobiološki konverziji. 3) celulozni sistemi nekaterih vrst klostridij olajšuje hidrolizo materialov z vsebujočim ligninom kot je naprimer trdi les predobdelanem z razredčeno kislino 4) anaerobna obdelava odpadne celuloze z uporabo klostridije odstranjuje potrebo po zračenju

Celulosomi-Zapletene multiencimske kompkese, ki jih producirajo nekateri anaerobni mikroorganizmi, ki so narejeni za zadostno razgradnjo polisaharidov celičnih celic, v glavnem celuloze, imenujemo celulosomi
Ksilanaza
Veliko mikroorganizmov vsebuje diskretne, več funkcionalne , več encimske komplekse ki jih najdemo na površini in jih imenujemo ksilanaza.
Celulaza iz klostridije
Ena izmed glavnih prednosti, ki jo ponuja proizvodnja bioetanola s klostrijo, je zmanjšanje stroškov v primerjavi z tipični sistemi , ki temeljijo na delovanju gliv, saj je cena hidrolize, ki ji nato sledi fermentacija izredno visoka ter naredi sam proces predrag .Pri direktni pretvorbi pa je cena samih encimov poceni in sama pretvorba združuje celulazno produkcijo, hidrolizo in fermentacijo v enem samem bioreaktorju.

Konsolidirani bioprocessing
Pomembni parametri za uspešen CBP so:1)razvijanje generičnega sistema za različne celoloitične bakterije 1)razvoju termofilne bakterije, ki bo proizvajala etanola na komercialno zadovoljvi ravni 3)razvoj celolitičneha mikroba za produkcijo butanola 4)hidrogenska ekpresija saccharolytic encim,ki bi poskrbel za visoke iztržke konverzije celuloznih substratov in heterogene ekspresije potrebnih genov na zadovoljivih nivojih.
Genska izboljšava klostrdij vrste Raziskovanje genetike klostridij se je začelo z Youngom, ki je uporabljal različne metode kot so transformacija, elektroporacija, transdukcija, konjugacija in transpozone.
Nadaljnje perspektive:
Raziskovalci naj se glede na zgoraj navedena dejstva osredotočijo na proizvodnjo učinkovitih več-encimski sistemov, ki so sestavljeni predvsem iz celulaze in ksinalaze ter na proizvodnjo sevov,ki bodo imeli alkoholno toleranco
Zaključek:
CBP fermentaciji ponuja potencialne prednosti pri proizvodnjo bioetanola in klostrija zgleda najboljša odločitev. Čeprav je bil dosežen velik napredek pRi proizvodnji različnih sevov klostridij še nismo našli idealnega kandidata za efektiven CBP.

Ksilanazni ter celulosomski sistemi klostridij:vpogled v molekularni pristoti za izboljšavo sevov

2014-05-16T19:06:34Z

Luka Grm: New page: Članek: Uvod:Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas et al.; Bioresource Technology 2014 Proizvodna bioetan...

Članek: Uvod:Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas et al.; Bioresource Technology 2014 Proizvodna bioetanola iz obnavljajočih se virov, kot je na primer biomasa se zaradi tegob moderne družbe kot vse višje cene goriv zaradi zmanjšanja njihovih zalog ter večanja prebivalstva, potrebe po vse večji energijski varnosti, pojava efekta tople grede zaradi emisije izpušnih plinov ter ostankov liganoceluloze. Pretvorba liganoceluloze v bioeatalonle je sestavljena iz različnih korakov, ki zajemajo vse od predpriprave, hidrolize, fermentacije ter separacije produkta ter čiščenja. V zadnjih 10 letih se je zaradi enormnega zanimanja v proizvodnjo bioetanola začelo intenzivno raziskovati vsakega izmed teh korakov. Predpriprava se deli na fizikalno, kemično ter biološko. Pri čemer si pod fizikalno predstavljamo mletje, kemična nam pomeni uporabo alkalij, kislin, organ solov medtem ko biološka predpriprava pomeni uporabo mikrobioloških kultur, v glavnem gliv, ki lahko razgrajujejo lignin. Poznamo primere, kjer so združili te različne načine predpriprave s pozitivnim učinkom. Naslednji del procesa, se pravi hidroliza se tretira kot precej težji korak znotraj samega procesa zaradi kompleksnosti strukture biomase in variaciji v kompozicije biomase iz različnih virov, v glavnem iz celuloze in hemiceluloze. V integriranem bioprocesu kot ga na primer poznamo v biorefinerijah je zaželena popolna hidroliza obeh celuloze ter hemiceluloze za kar pa potrebujemo procesing v več korakih, ki vsebuje celulozo in ksilanazo.
Klostridije, ki razgrajujejo celulozo Zanimanje zanje se je zelo povečalo zaradi odkritja naslednjih sposobnosti:1)prisotnosti ektracelularnega encimskega kompleksa celulosoma, ki zelo učinkovito prebavlja celulozo 2) nekateri sacchroytic sevi klostridij lahko direktno pretvorijo celulozo v veliko število metabolitov, najbolj mrkanen je bioetanol, ki jih lahko uporabimo v direktni mikrobiološki konverziji. 3) celulozni sistemi nekaterih vrst klostridij olajšuje hidrolizo materialov z vsebujočim ligninom kot je naprimer trdi les predobdelanem z razredčeno kislino 4) anaerobna obdelava odpadne celuloze z uporabo klostridije odstranjuje potrebo po zračenju

Celulosomi-Zapletene multiencimske kompkese, ki jih producirajo nekateri anaerobni mikroorganizmi, ki so narejeni za zadostno razgradnjo polisaharidov celičnih celic, v glavnem celuloze, imenujemo celulosomi
Ksilanaza Veliko mikroorganizmov vsebuje diskretne, več funkcionalne , več encimske komplekse ki jih najdemo na površini in jih imenujemo ksilanaza.
Celulaza iz klostridije Ena izmed glavnih prednosti, ki jo ponuja proizvodnja bioetanola s klostrijo, je zmanjšanje stroškov v primerjavi z tipični sistemi , ki temeljijo na delovanju gliv, saj je cena hidrolize, ki ji nato sledi fermentacija izredno visoka ter naredi sam proces predrag .Pri direktni pretvorbi pa je cena samih encimov poceni in sama pretvorba združuje celulazno produkcijo, hidrolizo in fermentacijo v enem samem bioreaktorju.
Konsolidirani bioprocessing Pomembni parametri za uspešen CBP so:1)razvijanje generičnega sistema za različne celoloitične bakterije 1)razvoju termofilne bakterije, ki bo proizvajala etanola na komercialno zadovoljvi ravni 3)razvoj celolitičneha mikroba za produkcijo butanola 4)hidrogenska ekpresija saccharolytic encim,ki bi poskrbel za visoke iztržke konverzije celuloznih substratov in heterogene ekspresije potrebnih genov na zadovoljivih nivojih.
Genska izboljšava klostrdij vrste Raziskovanje genetike klostridij se je začelo z Youngom, ki je uporabljal različne metode kot so transformacija, elektroporacija, transdukcija, konjugacija in transpozone.
Nadaljnje perspektive kovalci naj se glede na zgoraj navedena dejstva osredotočijo na proizvodnjo učinkovitih več-encimski sistemov, ki so sestavljeni predvsem iz celulaze in ksinalaze ter na proizvodnjo sevov,ki bodo imeli alkoholno toleranco
ZaključekCBP fermentaciji ponuja potencialne prednosti pri proizvodnjo bioetanola in klostrija zgleda najboljša odločitev. Čeprav je bil dosežen velik napredek pRi proizvodnji različnih sevov klotrije še nismo našli idealnega kandidata za efektiven CBP.

MBT seminarji 2014

2014-05-16T19:04:15Z

Luka Grm:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2013/14'''

V študijskem letu 13/14 izvajamo predmet Molekularna biotehnologija (in s tem tudi seminarje) prvič.
Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (5 min). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (petek).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014
(slovenski naslov povežete z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

Naslovi odobrenih člankov:

# A plant factory for moth pheromone production (B-J. Ding ''et al''.; Nature Communications 5, 3353, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/140225/ncomms4353/full/ncomms4353.html) [[Proizvodnja feremonov vešče v rastlinah]]. Filip Kolenc, 24. marca 2014
# Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration (C. Engels ''et al''.; Genetics and Molecular Biology 36(4): 556–565, 2013; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3873188/) [[Vstavitev gena rd29A:AtDREB2A CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo]]. Aleksander Krajnc, 24. marca 2014
# Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies (A. Pessione ''et al''.; Journal of Biotechnology 173, 31–40, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.01.014) [[Produkcija optično čiste mlečne kisline v sevu enterococcus faecium kaže potencial v biopretvorbi odpadkov kmetijske industrije: fiziološka in proteomska študija]]. Žan Železnik, 31. marca
# Isolation and characterization of formaldehyde-degrading fungi and its formaldehyde metabolism (D. Yu ''et al''.; Environmental Science and Pollution Research 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-2543-2) [[Glive, sposobne razgradnje formaldehida: izolacija, karakterizacija in njihov metabolizem formaldehida.]] Sara Sajko, 31. marca
# Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface (S. M. Lewis et al.; Nature Biotechnology 32, 191–198, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n2/full/nbt.2797.html) [[Priprava bispecifičnih IgG protiteles s pomočjo ustvarjanja strukturno baziranega ortogonalnega Fab vmesnika.]] Vito Frančič, 7. aprila
# Generation of protective immune response against anthrax by oral immunization with protective antigen plant-based vaccine (J. Gorantala, ''et al''; Journal of Biotechnology, 176, 2014, str. 1-10.; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614000571) - [[Pridobitev zaščitnega imunskega odziva proti antraksu preko oralne imunizacije z zaščitnim antigenom kot cepivom, pridobljenim na osnovi rastlin]]. Sabina Kolar, 7. aprila
# Development of influenza H7N9 virus like particle (VLP) vaccine: Homologous A/Anhui/1/2013 (H7N9) protection and heterologous A/chicken/Jalisco/CPA1/2012 (H7N3) cross-protection in vaccinated mice challenged with H7N9 virus (G. E. Smith ''et al''.; Vaccine 31, 4305-4313, 2013; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X13009870). [[Razvoj cepiva za virus gripe H7N9 na osnovi virusu podobnih delcev]]. Ana Dolinar, 14. aprila
# Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy (M. Themeli ''et al.''; Nature Biotechnology 31, 928–933, 2013; http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n10/full/nbt.2678.html). [[Iz induciranih pluripotentnih izvornih celic pripravljeni človeški limfociti T za terapijo raka]]. Urban Bezeljak, 14. aprila
# Engineering ''Escherichia coli'' for selective geraniol production with minimized endogenous dehydrogenation (J. Zhou; Journal of Biotechnology 169, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016816561300494X) [[Inženiring Escherichie coli za selektivno produkcijo geraniola z minimalno endogeno dehidrogenacijo]]. Maja Remškar, 5. maja
# Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. (M. N. Thaker et al.; Nature Biotechnology 31, 922-927; 2013). [[Identifikacija proizvajalcev antibakterijskih spojin z iskanjem odpornosti proti antibiotikom]]. Špela Podjed, 5. maja
# Consolidated conversion of protein waste into biofuels and ammonia using Bacillus subtilis (K-Y. Choi ''et al''.; Metabolic Engineering 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2014.02.007). [[Pretvorba proteinskih odpadkov v biogoriva in amonijak z bakterijo B. subtilis]] Elmina Handanović, 12. maja 2014
# Transcriptional comparison of the filamentous fungus Neurospora crassa growing on three major monosaccharides D-glucose, D-xylose and L-arabinose (J. Li ''et al''.; Biotechnology for Biofuels 7:31, 2014; http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/7/1/31/abstract). [[Primerjava transkriptoma filamentoznih gliv Neurospora crassa pri rasti na treh različnih vrstah monosaharidov: D-glukoze, D-ksiloze in L-arabinoze]] Luka Bevc, 12. maja
# Influence of valine and other amino acids on total diacetyl and 2,3-pentanedione levels during fermentation of brewer’s wort. (K. Krogerus, et al., Microbiol Biotechnol. 2013 Aug; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00253-013-4955-1). [[Vpliv valina in drugih aminokislin na vsebnost diacetila in 2,3-pentadiona v pivini]] Jernej Mustar, 19. maja
# Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas ''et al''.; Bioresource Technology 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2014.01.140)[[Ksilanazni ter celulosomski sistemi klostridij:vpogled v molekularni pristoti za izboljšavo sevov]] Luka Grm, 19. maja
# M Cell-Targeting Ligand and Consensus Dengue Virus Envelope Protein Domain III Fusion Protein Production in Transgenic Rice Calli (Tae-Geum K.''et al''.; Molecular Biotechnology 54, 880-887, 2013; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12033-012-9637-1 ) Veronika Jarc, 26. maja
# Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution (Jacob C. Carlson, Ahmed H. Badran, Drago A. Guggiana-Nilo & David R. Liu; Nature chemical biology 10, 216–222, 2014; http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n3/full/nchembio.1453.html) Negativna selekcija in spreminjanje striktnosti pri zvezni evoluciji s pomočjo fagov. Valter Bergant, 26. maja

Talk:MBT seminarji 2014

2014-05-16T19:03:45Z

Luka Grm: /* Ksilanazni ter celulosomski sistemi klostridij:vpogled v molekularni pristoti za izboljšavo sevov */ new section

== Ksilanazni ter celulosomski sistemi klostridij:vpogled v molekularni pristoti za izboljšavo sevov ==

Članek:
Uvod:Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas et al.; Bioresource Technology 2014
Proizvodna bioetanola iz obnavljajočih se virov, kot je na primer biomasa se zaradi tegob moderne družbe kot vse višje cene goriv zaradi zmanjšanja njihovih zalog ter večanja prebivalstva, potrebe po vse večji energijski varnosti, pojava efekta tople grede zaradi emisije izpušnih plinov ter ostankov liganoceluloze. Pretvorba liganoceluloze v bioeatalonle je sestavljena iz različnih korakov, ki zajemajo vse od predpriprave, hidrolize, fermentacije ter separacije produkta ter čiščenja. V zadnjih 10 letih se je zaradi enormnega zanimanja v proizvodnjo bioetanola začelo intenzivno raziskovati vsakega izmed teh korakov. Predpriprava se deli na fizikalno, kemično ter biološko. Pri čemer si pod fizikalno predstavljamo mletje, kemična nam pomeni uporabo alkalij, kislin, organ solov medtem ko biološka predpriprava pomeni uporabo mikrobioloških kultur, v glavnem gliv, ki lahko razgrajujejo lignin. Poznamo primere, kjer so združili te različne načine predpriprave s pozitivnim učinkom. Naslednji del procesa, se pravi hidroliza se tretira kot precej težji korak znotraj samega procesa zaradi kompleksnosti strukture biomase in variaciji v kompozicije biomase iz različnih virov, v glavnem iz celuloze in hemiceluloze. V integriranem bioprocesu kot ga na primer poznamo v biorefinerijah je zaželena popolna hidroliza obeh celuloze ter hemiceluloze za kar pa potrebujemo procesing v več korakih, ki vsebuje celulozo in ksilanazo.

Klostridije, ki razgrajujejo celulozo
Zanimanje zanje se je zelo povečalo zaradi odkritja naslednjih sposobnosti:1)prisotnosti ektracelularnega encimskega kompleksa celulosoma, ki zelo učinkovito prebavlja celulozo
2) nekateri sacchroytic sevi klostridij lahko direktno pretvorijo celulozo v veliko število metabolitov, najbolj mrkanen je bioetanol, ki jih lahko uporabimo v direktni mikrobiološki konverziji.
3) celulozni sistemi nekaterih vrst klostridij olajšuje hidrolizo materialov z vsebujočim ligninom kot je naprimer trdi les predobdelanem z razredčeno kislino 4) anaerobna obdelava odpadne celuloze z uporabo klostridije odstranjuje potrebo po zračenju

Celulosomi-Zapletene multiencimske kompkese, ki jih producirajo nekateri anaerobni mikroorganizmi, ki so narejeni za zadostno razgradnjo polisaharidov celičnih celic, v glavnem celuloze, imenujemo celulosomi

Ksilanaza
Veliko mikroorganizmov vsebuje diskretne, več funkcionalne , več encimske komplekse ki jih najdemo na površini in jih imenujemo ksilanaza.

Celulaza iz klostridije
Ena izmed glavnih prednosti, ki jo ponuja proizvodnja bioetanola s klostrijo, je zmanjšanje stroškov v primerjavi z tipični sistemi , ki temeljijo na delovanju gliv, saj je cena hidrolize, ki ji nato sledi fermentacija izredno visoka ter naredi sam proces predrag .Pri direktni pretvorbi pa je cena samih encimov poceni in sama pretvorba združuje celulazno produkcijo, hidrolizo in fermentacijo v enem samem bioreaktorju.

Konsolidirani bioprocessing
Pomembni parametri za uspešen CBP so:1)razvijanje generičnega sistema za različne celoloitične bakterije 1)razvoju termofilne bakterije, ki bo proizvajala etanola na komercialno zadovoljvi ravni 3)razvoj celolitičneha mikroba za produkcijo butanola 4)hidrogenska ekpresija saccharolytic encim,ki bi poskrbel za visoke iztržke konverzije celuloznih substratov in heterogene ekspresije potrebnih genov na zadovoljivih nivojih.

Genska izboljšava klostrdij vrste
Raziskovanje genetike klostridij se je začelo z Youngom, ki je uporabljal različne metode kot so transformacija, elektroporacija, transdukcija, konjugacija in transpozone.

Nadaljnje perspektive
kovalci naj se glede na zgoraj navedena dejstva osredotočijo na proizvodnjo učinkovitih več-encimski sistemov, ki so sestavljeni predvsem iz celulaze in ksinalaze ter na proizvodnjo sevov,ki bodo imeli alkoholno toleranco

ZaključekCBP fermentaciji ponuja potencialne prednosti pri proizvodnjo bioetanola in klostrija zgleda najboljša odločitev. Čeprav je bil dosežen velik napredek pi proizvodnji različnih sevov klotrije še nismo našli idealnega kandidata za efektiven CBP.

Talk:MBT seminarji 2014

2014-05-16T19:01:55Z

Luka Grm: Removing all content from page

MBT seminarji 2014

2014-05-16T19:00:09Z

Luka Grm:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2013/14'''

V študijskem letu 13/14 izvajamo predmet Molekularna biotehnologija (in s tem tudi seminarje) prvič.
Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (5 min). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (petek).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014
(slovenski naslov povežete z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

Naslovi odobrenih člankov:

# A plant factory for moth pheromone production (B-J. Ding ''et al''.; Nature Communications 5, 3353, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/140225/ncomms4353/full/ncomms4353.html) [[Proizvodnja feremonov vešče v rastlinah]]. Filip Kolenc, 24. marca 2014
# Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration (C. Engels ''et al''.; Genetics and Molecular Biology 36(4): 556–565, 2013; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3873188/) [[Vstavitev gena rd29A:AtDREB2A CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo]]. Aleksander Krajnc, 24. marca 2014
# Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies (A. Pessione ''et al''.; Journal of Biotechnology 173, 31–40, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.01.014) [[Produkcija optično čiste mlečne kisline v sevu enterococcus faecium kaže potencial v biopretvorbi odpadkov kmetijske industrije: fiziološka in proteomska študija]]. Žan Železnik, 31. marca
# Isolation and characterization of formaldehyde-degrading fungi and its formaldehyde metabolism (D. Yu ''et al''.; Environmental Science and Pollution Research 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-2543-2) [[Glive, sposobne razgradnje formaldehida: izolacija, karakterizacija in njihov metabolizem formaldehida.]] Sara Sajko, 31. marca
# Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface (S. M. Lewis et al.; Nature Biotechnology 32, 191–198, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n2/full/nbt.2797.html) [[Priprava bispecifičnih IgG protiteles s pomočjo ustvarjanja strukturno baziranega ortogonalnega Fab vmesnika.]] Vito Frančič, 7. aprila
# Generation of protective immune response against anthrax by oral immunization with protective antigen plant-based vaccine (J. Gorantala, ''et al''; Journal of Biotechnology, 176, 2014, str. 1-10.; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614000571) - [[Pridobitev zaščitnega imunskega odziva proti antraksu preko oralne imunizacije z zaščitnim antigenom kot cepivom, pridobljenim na osnovi rastlin]]. Sabina Kolar, 7. aprila
# Development of influenza H7N9 virus like particle (VLP) vaccine: Homologous A/Anhui/1/2013 (H7N9) protection and heterologous A/chicken/Jalisco/CPA1/2012 (H7N3) cross-protection in vaccinated mice challenged with H7N9 virus (G. E. Smith ''et al''.; Vaccine 31, 4305-4313, 2013; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X13009870). [[Razvoj cepiva za virus gripe H7N9 na osnovi virusu podobnih delcev]]. Ana Dolinar, 14. aprila
# Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy (M. Themeli ''et al.''; Nature Biotechnology 31, 928–933, 2013; http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n10/full/nbt.2678.html). [[Iz induciranih pluripotentnih izvornih celic pripravljeni človeški limfociti T za terapijo raka]]. Urban Bezeljak, 14. aprila
# Engineering ''Escherichia coli'' for selective geraniol production with minimized endogenous dehydrogenation (J. Zhou; Journal of Biotechnology 169, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016816561300494X) [[Inženiring Escherichie coli za selektivno produkcijo geraniola z minimalno endogeno dehidrogenacijo]]. Maja Remškar, 5. maja
# Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. (M. N. Thaker et al.; Nature Biotechnology 31, 922-927; 2013). [[Identifikacija proizvajalcev antibakterijskih spojin z iskanjem odpornosti proti antibiotikom]]. Špela Podjed, 5. maja
# Consolidated conversion of protein waste into biofuels and ammonia using Bacillus subtilis (K-Y. Choi ''et al''.; Metabolic Engineering 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2014.02.007). [[Pretvorba proteinskih odpadkov v biogoriva in amonijak z bakterijo B. subtilis]] Elmina Handanović, 12. maja 2014
# Transcriptional comparison of the filamentous fungus Neurospora crassa growing on three major monosaccharides D-glucose, D-xylose and L-arabinose (J. Li ''et al''.; Biotechnology for Biofuels 7:31, 2014; http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/7/1/31/abstract). [[Primerjava transkriptoma filamentoznih gliv Neurospora crassa pri rasti na treh različnih vrstah monosaharidov: D-glukoze, D-ksiloze in L-arabinoze]] Luka Bevc, 12. maja
# Influence of valine and other amino acids on total diacetyl and 2,3-pentanedione levels during fermentation of brewer’s wort. (K. Krogerus, et al., Microbiol Biotechnol. 2013 Aug; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00253-013-4955-1). [[Vpliv valina in drugih aminokislin na vsebnost diacetila in 2,3-pentadiona v pivini]] Jernej Mustar, 19. maja
# Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas ''et al''.; Bioresource Technology 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2014.01.140)[[Talk:MBT seminarji 2014]] Luka Grm, 19. maja
# M Cell-Targeting Ligand and Consensus Dengue Virus Envelope Protein Domain III Fusion Protein Production in Transgenic Rice Calli (Tae-Geum K.''et al''.; Molecular Biotechnology 54, 880-887, 2013; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12033-012-9637-1 ) Veronika Jarc, 26. maja
# Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution (Jacob C. Carlson, Ahmed H. Badran, Drago A. Guggiana-Nilo & David R. Liu; Nature chemical biology 10, 216–222, 2014; http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n3/full/nchembio.1453.html) Negativna selekcija in spreminjanje striktnosti pri zvezni evoluciji s pomočjo fagov. Valter Bergant, 26. maja

Talk:MBT seminarji 2014

2014-05-16T18:50:31Z

Luka Grm:

Članek:
Uvod:Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas et al.; Bioresource Technology 2014
Proizvodna bioetanola iz obnavljajočih se virov, kot je na primer biomasa se zaradi tegob moderne družbe kot vse višje cene goriv zaradi zmanjšanja njihovih zalog ter večanja prebivalstva, potrebe po vse večji energijski varnosti, pojava efekta tople grede zaradi emisije izpušnih plinov ter ostankov liganoceluloze. Pretvorba liganoceluloze v bioeatalonle je sestavljena iz različnih korakov, ki zajemajo vse od predpriprave, hidrolize, fermentacije ter separacije produkta ter čiščenja. V zadnjih 10 letih se je zaradi enormnega zanimanja v proizvodnjo bioetanola začelo intenzivno raziskovati vsakega izmed teh korakov. Predpriprava se deli na fizikalno, kemično ter biološko. Pri čemer si pod fizikalno predstavljamo mletje, kemična nam pomeni uporabo alkalij, kislin, organ solov medtem ko biološka predpriprava pomeni uporabo mikrobioloških kultur, v glavnem gliv, ki lahko razgrajujejo lignin. Poznamo primere, kjer so združili te različne načine predpriprave s pozitivnim učinkom. Naslednji del procesa, se pravi hidroliza se tretira kot precej težji korak znotraj samega procesa zaradi kompleksnosti strukture biomase in variaciji v kompozicije biomase iz različnih virov, v glavnem iz celuloze in hemiceluloze. V integriranem bioprocesu kot ga na primer poznamo v biorefinerijah je zaželena popolna hidroliza obeh celuloze ter hemiceluloze za kar pa potrebujemo procesing v več korakih, ki vsebuje celulozo in ksilanazo.

Klostridije, ki razgrajujejo celulozo
Zanimanje zanje se je zelo povečalo zaradi odkritja naslednjih sposobnosti:1)prisotnosti ektracelularnega encimskega kompleksa celulosoma, ki zelo učinkovito prebavlja celulozo
2) nekateri sacchroytic sevi klostridij lahko direktno pretvorijo celulozo v veliko število metabolitov, najbolj mrkanen je bioetanol, ki jih lahko uporabimo v direktni mikrobiološki konverziji.
3) celulozni sistemi nekaterih vrst klostridij olajšuje hidrolizo materialov z vsebujočim ligninom kot je naprimer trdi les predobdelanem z razredčeno kislino 4) anaerobna obdelava odpadne celuloze z uporabo klostridije odstranjuje potrebo po zračenju

Celulosomi-Zapletene multiencimske kompkese, ki jih producirajo nekateri anaerobni mikroorganizmi, ki so narejeni za zadostno razgradnjo polisaharidov celičnih celic, v glavnem celuloze, imenujemo celulosomi

Ksilanaza
Veliko mikroorganizmov vsebuje diskretne, več funkcionalne , več encimske komplekse ki jih najdemo na površini in jih imenujemo ksilanaza.

Celulaza iz klostridije
Ena izmed glavnih prednosti, ki jo ponuja proizvodnja bioetanola s klostrijo, je zmanjšanje stroškov v primerjavi z tipični sistemi , ki temeljijo na delovanju gliv, saj je cena hidrolize, ki ji nato sledi fermentacija izredno visoka ter naredi sam proces predrag .Pri direktni pretvorbi pa je cena samih encimov poceni in sama pretvorba združuje celulazno produkcijo, hidrolizo in fermentacijo v enem samem bioreaktorju.

Konsolidirani bioprocessing
Pomembni parametri za uspešen CBP so:1)razvijanje generičnega sistema za različne celoloitične bakterije 1)razvoju termofilne bakterije, ki bo proizvajala etanola na komercialno zadovoljvi ravni 3)razvoj celolitičneha mikroba za produkcijo butanola 4)hidrogenska ekpresija saccharolytic encim,ki bi poskrbel za visoke iztržke konverzije celuloznih substratov in heterogene ekspresije potrebnih genov na zadovoljivih nivojih.

Genska izboljšava klostrdij vrste
Raziskovanje genetike klostridij se je začelo z Youngom, ki je uporabljal različne metode kot so transformacija, elektroporacija, transdukcija, konjugacija in transpozone.

Nadaljnje perspektive
kovalci naj se glede na zgoraj navedena dejstva osredotočijo na proizvodnjo učinkovitih več-encimski sistemov, ki so sestavljeni predvsem iz celulaze in ksinalaze ter na proizvodnjo sevov,ki bodo imeli alkoholno toleranco

ZaključekCBP fermentaciji ponuja potencialne prednosti pri proizvodnjo bioetanola in klostrija zgleda najboljša odločitev. Čeprav je bil dosežen velik napredek pi proizvodnji različnih sevov klotrije še nismo našli idealnega kandidata za efektiven CBP.

Talk:MBT seminarji 2014

2014-05-16T18:49:38Z

Luka Grm: New page: Članek: Uvod: Proizvodna bioetanola iz obnavljajočih se virov, kot je na primer biomasa se zaradi tegob moderne družbe kot vse višje cene goriv zaradi zmanjšanja njihovih zalog ter ...

Članek:
Uvod:
Proizvodna bioetanola iz obnavljajočih se virov, kot je na primer biomasa se zaradi tegob moderne družbe kot vse višje cene goriv zaradi zmanjšanja njihovih zalog ter večanja prebivalstva, potrebe po vse večji energijski varnosti, pojava efekta tople grede zaradi emisije izpušnih plinov ter ostankov liganoceluloze. Pretvorba liganoceluloze v bioeatalonle je sestavljena iz različnih korakov, ki zajemajo vse od predpriprave, hidrolize, fermentacije ter separacije produkta ter čiščenja. V zadnjih 10 letih se je zaradi enormnega zanimanja v proizvodnjo bioetanola začelo intenzivno raziskovati vsakega izmed teh korakov. Predpriprava se deli na fizikalno, kemično ter biološko. Pri čemer si pod fizikalno predstavljamo mletje, kemična nam pomeni uporabo alkalij, kislin, organ solov medtem ko biološka predpriprava pomeni uporabo mikrobioloških kultur, v glavnem gliv, ki lahko razgrajujejo lignin. Poznamo primere, kjer so združili te različne načine predpriprave s pozitivnim učinkom. Naslednji del procesa, se pravi hidroliza se tretira kot precej težji korak znotraj samega procesa zaradi kompleksnosti strukture biomase in variaciji v kompozicije biomase iz različnih virov, v glavnem iz celuloze in hemiceluloze. V integriranem bioprocesu kot ga na primer poznamo v biorefinerijah je zaželena popolna hidroliza obeh celuloze ter hemiceluloze za kar pa potrebujemo procesing v več korakih, ki vsebuje celulozo in ksilanazo.

Klostridije, ki razgrajujejo celulozo
Zanimanje zanje se je zelo povečalo zaradi odkritja naslednjih sposobnosti:1)prisotnosti ektracelularnega encimskega kompleksa celulosoma, ki zelo učinkovito prebavlja celulozo
2) nekateri sacchroytic sevi klostridij lahko direktno pretvorijo celulozo v veliko število metabolitov, najbolj mrkanen je bioetanol, ki jih lahko uporabimo v direktni mikrobiološki konverziji.
3) celulozni sistemi nekaterih vrst klostridij olajšuje hidrolizo materialov z vsebujočim ligninom kot je naprimer trdi les predobdelanem z razredčeno kislino 4) anaerobna obdelava odpadne celuloze z uporabo klostridije odstranjuje potrebo po zračenju

Celulosomi-Zapletene multiencimske kompkese, ki jih producirajo nekateri anaerobni mikroorganizmi, ki so narejeni za zadostno razgradnjo polisaharidov celičnih celic, v glavnem celuloze, imenujemo celulosomi

Ksilanaza
Veliko mikroorganizmov vsebuje diskretne, več funkcionalne , več encimske komplekse ki jih najdemo na površini in jih imenujemo ksilanaza.

Celulaza iz klostridije
Ena izmed glavnih prednosti, ki jo ponuja proizvodnja bioetanola s klostrijo, je zmanjšanje stroškov v primerjavi z tipični sistemi , ki temeljijo na delovanju gliv, saj je cena hidrolize, ki ji nato sledi fermentacija izredno visoka ter naredi sam proces predrag .Pri direktni pretvorbi pa je cena samih encimov poceni in sama pretvorba združuje celulazno produkcijo, hidrolizo in fermentacijo v enem samem bioreaktorju.

Konsolidirani bioprocessing
Pomembni parametri za uspešen CBP so:1)razvijanje generičnega sistema za različne celoloitične bakterije 1)razvoju termofilne bakterije, ki bo proizvajala etanola na komercialno zadovoljvi ravni 3)razvoj celolitičneha mikroba za produkcijo butanola 4)hidrogenska ekpresija saccharolytic encim,ki bi poskrbel za visoke iztržke konverzije celuloznih substratov in heterogene ekspresije potrebnih genov na zadovoljivih nivojih.

Genska izboljšava klostrdij vrste
Raziskovanje genetike klostridij se je začelo z Youngom, ki je uporabljal različne metode kot so transformacija, elektroporacija, transdukcija, konjugacija in transpozone.

Nadaljnje perspektive
kovalci naj se glede na zgoraj navedena dejstva osredotočijo na proizvodnjo učinkovitih več-encimski sistemov, ki so sestavljeni predvsem iz celulaze in ksinalaze ter na proizvodnjo sevov,ki bodo imeli alkoholno toleranco

ZaključekCBP fermentaciji ponuja potencialne prednosti pri proizvodnjo bioetanola in klostrija zgleda najboljša odločitev. Čeprav je bil dosežen velik napredek pi proizvodnji različnih sevov klotrije še nismo našli idealnega kandidata za efektiven CBP.