https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=M.Mirkovic 2026-06-10T04:47:42Z User contributions MediaWiki 1.45.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezna_biologija_sesalcev_in_medicinske_aplikacije&diff=11205 2016-01-17T17:46:31Z

<p>M.Mirkovic: </p> <hr /> <div>'''1. Uvod'''<br /> <br /> Evkariontske celice so visoko komparmentizirane zato predstavljajo oviro za uporabo genskih mrež. Večina genskih mrež je izražena preko plazmidov, vendar pa lahko te genetske konstrukte vstavimo v kromosom ohranjenih celičnih linij, z uporabo rekombinaznih tehnik, s čimer se ustvarijo stabilne celične linije (Kis in sod. 2015). Ko se je sintezna biologija izkazala primerna tehnika za uporabo v evkariontskih celicah, so začeli dodajati nova ogrodja v že obsotoječi tehnologiji, vključno s spremembo signalnih poti (v povezavi s boleznimi), novih pristopov na ravni genov in terapij, ki vključujejo vnos spremenjenih celic (Kis in sod. 2015).<br /> <br /> <br /> '''2. Sistemi vezij, ki se uporabljajo pri sesalskih celicah'''<br /> <br /> Najboljše je stikalo med dvema diskretnima stanjema: ON in OFF, stikala glede na vhodni signal vključijo ali izključijo določen proces (Kis in sod. 2015). Stikala so naredili na podlagi transkripcije, posttranskripcije, translacije in postranslacije, ki so glavni koraki pri prepisu gena do funkcionalnega proteina (Kis in sod., 2015). <br /> <br /> '''3. Sintezne genske mreže v sesalskih celicah'''<br /> <br /> Leta 2004 so bila narejena Booleanova logična vrata NOT, OR in AND s kombinacijo heterogenih transkripcijskih faktorjev. Narejena so bila tudi Booleanova logična vrata na podlagi cinkovih prstov in CRISPR/Cas9 sistem. Slednji se je izkazal kot zelo preprost za uporabo (Kis in sod. 2015).<br /> <br /> <br /> '''4. Transkripcijska stikala'''<br /> <br /> <br /> Pri genskem izražanju kot prva stopnja nastopi transkripcija. Za potencialni transkripcijski biosenzor (transkripcijsko stikalo) tako potrebujemo ustrezno RNA polimerazo, promotor, transkripcijske faktorje in druge dejavnike, ki sodelujejo pri prepisu. Večina vezij je narejenih s pomočjo že znanih bakterijskih promotorjev, lac, tet in ara operonov (Khalil in Collins, 2010). Z namenom narediti gensko vezje in tako doseči programirane transkripcijske spremembe transkripcijsko stikalo sestoji iz okoljskega- odzivnega promotorja (Jain K, 2013). <br /> <br /> <br /> '''5. Postranskripcijska stikala'''<br /> <br /> Sledi postranskripcija, kjer se pre-mRNA pretvori v zrelo mRNA. Tako narejeno stikalo kontrolira funkcijo in stabilnost molekule mRNA. Naredili so TetR stikalo, ki regulira izražanje shRNA (kratka lasnična RNA) preko doksiciklina, rezultat pa je, da shRNA kontrolira izražanje transgena in vivo in in vitro. Postranskripcijska stikala so lahko narejena tudi s aptameri. To so majhne enoverižne nukleinske kisline z visoko afiniteto in specifičnostjo za tarčne molekule, ki zavirajo njihove biološke funkcije. Gensko izražanje je lahko regulirano preko kontrole mRNA spajanja preko uporabe ustreznega aptamera (Kis in sod. 2015). Aptamer (senzor) skupaj z ribocimom (aktuator) tvorita aptazim (alosterični ribocim). Ribocimski del je del RNA molekule z encimsko funkcijo, ki je zmožen katalizirati specifične biokemijske reakcije. Ti aptazimi lahko delujejo kot postranstkripcijsko stikalo. Z vključitvijo aptazima na N ali C-konec neprepisane mRNA molekule, lahko stukturni elementi, ki so prisotni na koncih padejo iz verige, od liganda odvisnim načinom in pride do kontoliranega utišanja genov (Kis in sod. 2015).<br /> <br /> '''<br /> 6. Translacijska stikala'''<br /> <br /> Naslednji korak v procesu je translacija. RNA molekula ima številne pomembne celične funkcije. Nekodirajoče RNA lahko spajajo in urejajo mRNA, modificirajo ribosomalno RNA, katalizirajo številne biokemijske reakcije in regulirajo gensko izražanje na ravni transkripcije ali translacije (Khalil in Collins, 2010). Ravno nekodirajoče RNA molekule so primerne za translacijska stikala. Primer takih so lahko ribostikala oziroma ribosomska stikala , ki so narejena s pomočjo aptamera, preko katerega vežejo specifično molekulo in povzročijo konformacijsko spremembo na mRNA molekuli in s tem povzročijo inhibicijo translacije (OFF stikalo) (Khalil in Collins, 2010).<br /> <br /> '''7. Postranslacijska stikala'''<br /> <br /> Kot zadnji korak sledi posttranslacija v funkcionalen protein. Stikala so narejena tako, da vsebujejo vhodni signal receptor, ki sproži signalno pot. Te signalne receptorje lahko naredimo de novo (Khalil in Collins, 2010). Proteinski receptorji so ponavadi vezani na membrano in preko vezave ustreznega proteina sprožijo ustrezno signalno kaskado (Khalil in Collins, 2010). Prav tako so razvili stikala, ki kontrolirajo proteinsko sortiranje ( Kis in sod. 2015).<br /> <br /> <br /> '''8. Sintezna bilogija in napredne medicinske aplikacije<br /> '''<br /> <br /> Naredili so gensko mrežje za sledenje celici, ki je izpostavljena določenemu držljaju; doksiciklinu in UV sevanju. Tako lahko kontroliramo izražanje transkripcijskega faktorja, preko pozitivne povratne zanke. To vezje lahko spremeni izražanje genov, rast celic in preživetje celic več generacij po določenem dražljaju in tako služi kot novo diagnostično in terapevtsko okno (Kis in sod. 2015). Če bi to gensko mrežje preko toggle stikal vstavili v imunske celice, ki se selijo, bi preko tega lahko spremljali lokacijo hipoksične regije nedelečega tumorja ali ateroskleroznega tkiva (Kis in so. 2015).<br /> Razvili so tudi bolj razvite sintetične genske mreže, ki so v povezavi z nativnim celičnim signaliziranjem. Tako so razvili RNA “nadzornike” <br /> (angl. controllers), ki prepoznajo prirojeno signaliziranje preko jedrskega faktorja κB in Wnt signalizacijo in spremenijo to signalizacijo in tako ustvarijo novo alternativno RNA spajanje (Kis in so. 2015).<br /> Tudi endogene celice je moč uporabiti kot terapevtske agente. T limfociti, ki nastanejo iz timusa, so tip belih krvnih celic, ki imajo pomembno vlogo pri celični imunosti, še posebaj kot odgovor na določen patogen. Človeške T celice so pomembne tarče sintezne biologije, saj so lahko iz pacienta izolirane, gensko sprememenjene in nato zopet vstavljene nazaj v pacienta. To lahko uporabimo za študije kroničnih obolenj ali raka (Kis in sod. 2015). Na zdravilo odzivno RNA stikalo so naredili za kontrolo izražanja citokina v miši, ki uravnava T- celično poliferacijo. V tem sistemu so vhodni signali ligandi in regulatorne tarče, ki jih uporabimo v terapevske namene. Taka vezja lahko uporabimo za zdravljenje oziroma terapijo proti levkemiji (Kis in sod. 2015). Prav tako so bila narejena RNA stikala preko katerih se lahko soočimo s številnimi rizičnimi faktorji kardiovaskularnih bolezni (Kis in sod. 2015).<br /> <br /> <br /> '''9. Sintezne genske mreže za bakterijsko odpornost na antibiotik'''<br /> <br /> Velik napredek pri molekularni biologiji in genskem inženiringu je sposobnost sintetizirati, oblikovati in spreminjati bakteriofage. To je omogočilo nova orodja, ki temeljijo na bakteriofagih gnih orodjih, ki se uporabljajo za zdravljenje nekaterih nalezljivih bolezni, v kontekstu sintezne biologije (Kis in sod. 2015). Fagni zaslon, ki vključuje fuzijo naključnih peptidnih knjižnic je prinesel velik napredek na področju cepiv in odkrivanju novih zdravil, s posebnimi aplikacijami za upravljanje s Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus in Bacillus anthracis. Tako so bila narejena vezja s terapevtskim in diagnostičnim ozadjem, ki so jih razdelili v antimikrobna in antibiotična vezja. Prva temeljijo na T7 in M13 fagih, slednja pa uporabijo fage kot podvozje in generirajo biokemijski odgovor na antibiotike (Kis in sod, 2015).<br /> <br /> <br /> <br /> '''10. Sintezne genske mreže in odkrivanje zdravil'''<br /> <br /> Proti tuberkulozi so naredili vezje z antibiotikom entionamidom, ki je toksičen proti Mycobacterium tuberculosis, preko aktivatorja EthA. EthA je zavrt preko represorja EthR. V vezju je EthR fuziran s transaktivatorjem VP16 iz virusa Herpes simplex, ki se veže na Pmin promotor in s tem aktivira reporterski gen SEAP (človeška placentna sekrecijska alkalin fosfataza). S pomočjo tega so določili EthR inhibitorje, ki lahko odpravijo odpoornost na entionamid (Khalil in Collins, 2010).<br /> V študiji leta 2014 so se poleg številnih drugih vezij osredotočili tudi na biosenzor za ubijanje rakastih celic. Zaradi nenadzorovane celične delitve in širjenja v druge organe, predstavlja rak dandanes velik problem pri odkrivanju zdravil in pri zdravljenju. Eden ključnih izzivov pri zdravljenju raka je odstranitev celic brez poškodbe zdravih okoliških tkiv (Ye in Fussenger, 2014). Nissim in sod. so razvili takšen biosenzor, ki ubije rakasto celico. Senzor je sestavljen iz dveh vhodnih signalov, transkripcijskih faktorjev TF1 (DocS-VP16) in TF2 (Coh2-Gal4), pod dvema sorodnima promotorjema. S tem ko transkripcijska faktorja heterodimerizirata nastane nov transkripcijski factor (Gal4-Coh2-DocS-VP16). Ta aktivira HSV-TK<br /> (timidin kinaza iz virusa Herpes Simplex), ki nato pretvori ganciklovir v toksično snov in ubije rakasto celico (Ye in Fussenger, 2014). <br /> Membranski receptorji so prav tako pomembne tarče za odkrivanje zdravil. Eden pomembnejših membranskih receptorjev je z G proteinon sklopljen receptor (GPCR), ki se največrat uporablja kot ključni marker v moderni medicini (Kis in sod. 2015). Od 100 poznanih GPCR jih vsaj 50 uporabljajo kot tarče pri odkrivanju zdravil v farmaciji (Kis in sod. 2015). <br /> <br /> <br /> '''11. Zaključek'''<br /> <br /> Sintezna biologija sesalskih celic bi lahko doprinesla veliko k diagnostniki, zdravljenju bolezni in odkrivanju novih zdravil. Z novim in še bolj obsežnejšim raziskovanjem bi lahko še bolj napredovali in določene dosedanje pomankljivosti izboljšali. Uporablja se že pri terapiji kardiovaskularnih bolezni, raku in celični imunosti.<br /> <br /> <br /> '''11. Viri'''<br /> <br /> 1. Kis Z, Pereira HSA, Homma T, Pedrigi RM, Krams R. 2015 Mammalian synthetic biology: emerging medical applications. J.R.Soc.Interface12, 2014.<br /> 2. Ahmad S. Khalil* and James J. Collins. Synthetic Biology: applications come of age. Nature reviews Genetics. Volume 11. 367-379. Maj 2010.<br /> 3. M.K. Pastuszka in J.A. Mackay. Biomolecular engineering of intracellular switches in eukaryotes. NCBI. 2010 May; 20(3): 163–169.<br /> 4. Haifeng Ye in Martin Fussenegger. Synthetic therapeutic gene circuits in mammalian cells. Science Direct. Volume 588. Issue 15. Avgust 2014, 2537-2544.</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezna_biologija_sesalcev_in_medicinske_aplikacije&diff=11204 2016-01-17T16:04:30Z

<p>M.Mirkovic: </p> <hr /> <div>'''1. Uvod'''<br /> <br /> Evkariontske celice so visoko komparmentizirane zato predstavljajo oviro za uporabo genskih mrež. Večina genskih mrež je izražena preko plazmidov, vendar pa lahko te genetske konstrukte vstavimo v kromosom ohranjenih celičnih linij, z uporabo rekombinaznih tehnik, s čimer se ustvarijo stabilne celične linije (Kis in sod. 2015). Ko se je sintezna biologija izkazala primerna tehnika za uporabo v evkariontskih celicah, so začeli dodajati nova ogrodja v že obsotoječi tehnologiji, vključno s spremembo signalnih poti (v povezavi s boleznimi), novih pristopov na ravni genov in terapij, ki vključujejo vnos spremenjenih celic (Kis in sod. 2015).<br /> <br /> <br /> '''2. Sistemi vezij, ki se uporabljajo pri sesalskih celicah'''<br /> <br /> Najboljše je stikalo med dvema diskretnima stanjema: ON in OFF, stikala glede na vhodni signal vključijo ali izključijo določen proces (Kis in sod. 2015). Stikala so naredili na podlagi transkripcije, posttranskripcije, translacije in postranslacije, ki so glavni koraki pri prepisu gena do funkcionalnega proteina (Kis in sod., 2015). <br /> <br /> '''3. Sintezne genske mreže v sesalskih celicah'''<br /> <br /> Leta 2004 so bila narejena Booleanova logična vrata NOT, OR in AND s kombinacijo heterogenih transkripcijskih faktorjev. Narejena so bila tudi Booleanova logična vrata na podlagi cinkovih prstov in CRISPR/Cas9 sistem. Slednji se je izkazal kot zelo preprost za uporabo (Kis in sod. 2015).<br /> <br /> <br /> '''4. Transkripcijska stikala'''<br /> <br /> <br /> Pri genskem izražanju kot prva stopnja nastopi transkripcija. Za potencialni transkripcijski biosenzor (transkripcijsko stikalo) tako potrebujemo ustrezno RNA polimerazo, promotor, transkripcijske faktorje in druge dejavnike, ki sodelujejo pri prepisu. Večina vezij je narejenih s pomočjo že znanih bakterijskih promotorjev, lac, tet in ara operonov (Khalil in Collins, 2010). Z namenom narediti gensko vezje in tako doseči programirane transkripcijske spremembe transkripcijsko stikalo sestoji iz okoljskega- odzivnega promotorja (Jain K, 2013). <br /> <br /> <br /> '''5. Postranskripcijska stikala'''<br /> <br /> Sledi postranskripcija, kjer se pre-mRNA pretvori v zrelo mRNA. Tako narejeno stikalo kontrolira funkcijo in stabilnost molekule mRNA. Naredili so TetR stikalo, ki regulira izražanje shRNA (kratka lasnična RNA) preko doksiciklina, rezultat pa je, da shRNA kontrolira izražanje transgena in vivo in in vitro. Postranskripcijska stikala so lahko narejena tudi s aptameri. To so majhne enoverižne nukleinske kisline z visoko afiniteto in specifičnostjo za tarčne molekule, ki zavirajo njihove biološke funkcije. Gensko izražanje je lahko regulirano preko kontrole mRNA spajanja preko uporabe ustreznega aptamera (Kis in sod. 2015). Aptamer (senzor) skupaj z ribocimom (aktuator) tvorita aptazim (alosterični ribocim). Ribocimski del je del RNA molekule z encimsko funkcijo, ki je zmožen katalizirati specifične biokemijske reakcije. Ti aptazimi lahko delujejo kot postranstkripcijsko stikalo. Z vključitvijo aptazima na N ali C-konec neprepisane mRNA molekule, lahko stukturni elementi, ki so prisotni na koncih padejo iz verige, od liganda odvisnim načinom in pride do kontoliranega utišanja genov (Kis in sod. 2015).<br /> <br /> '''<br /> 6. Translacijska stikala'''<br /> <br /> Naslednji korak v procesu je translacija. RNA molekula ima številne pomembne celične funkcije. Nekodirajoče RNA lahko spajajo in urejajo mRNA, modificirajo ribosomalno RNA, katalizirajo številne biokemijske reakcije in regulirajo gensko izražanje na ravni transkripcije ali translacije (Khalil in Collins, 2010). Ravno nekodirajoče RNA molekule so primerne za translacijska stikala. Primer takih so lahko ribostikala oziroma ribosomska stikala , ki so narejena s pomočjo aptamera, preko katerega vežejo specifično molekulo in povzročijo konformacijsko spremembo na mRNA molekuli in s tem povzročijo inhibicijo translacije (OFF stikalo) (Khalil in Collins, 2010).<br /> <br /> '''7. Postranslacijska stikala'''<br /> <br /> Kot zadnji korak sledi posttranslacija v funkcionalen protein. Stikala so narejena tako, da vsebujejo vhodni signal receptor, ki sproži signalno pot. Te signalne receptorje lahko naredimo de novo (Khalil in Collins, 2010). Proteinski receptorji so ponavadi vezani na membrano in preko vezave ustreznega proteina sprožijo ustrezno signalno kaskado (Khalil in Collins, 2010). Prav tako so razvili stikala, ki kontrolirajo proteinsko sortiranje ( Kis in sod. 2015).<br /> <br /> <br /> '''8. Sintezna bilogija in napredne medicinske aplikacije<br /> '''<br /> <br /> Naredili so gensko mrežje za sledenje celici, ki je izpostavljena določenemu držljaju; doksiciklinu in UV sevanju. Tako lahko kontroliramo izražanje transkripcijskega faktorja, preko pozitivne povratne zanke. To vezje lahko spremeni izražanje genov, rast celic in preživetje celic več generacij po določenem dražljaju in tako tudi novo diagnostično in terapevtsko okno (Kis in sod. 2015). Če bi to gensko mrežje preko toggle stikal vstavili v imunske celice, ki se selijo, bi preko tega lahko spremljali lokacijo hipoksične regije nedelečega tumorja ali ateroskleroznega tkiva (Kis in so. 2015).<br /> Razvili so tudi bolj razvite sintetične genske mreže, ki so v povezavi z nativnim celičnim signaliziranjem. Tako so razvili RNA “nadzornike” <br /> (angl. controllers), ki prepoznajo prirojeno signaliziranje preko jedrskega faktorja κB in Wnt signalizacijo in spremenijo to signalizacijo in tako ustvarijo novo alternativno RNA spajanje (Kis in so. 2015).<br /> Tudi endogene celice je moč uporabiti kot terapevtske agente. T limfociti, ki nastanejo iz timusa, so tip belih krvnih celic, ki imajo pomembno vlogo pri celični imunosti, še posebaj kot odgovor na določen patogen. Človeške T celice so pomembne tarče sintezne biologije, saj so lahko iz pacienta izolirane, gensko sprememenjene in nato zopet vstavljene nazaj v pacienta. To lahko uporabimo za študije kroničnih obolenj ali raka (Kis in sod. 2015). Na zdravilo odzivno RNA stikalo so naredili za kontrolo izražanja citokina v miši, ki uravnava T- celično poliferacijo. V tem sistemu so vhodni signali ligandi in regulatorne tarče, ki jih uporabimo v terapevske namene. Taka vezja lahko uporabimo za zdravljenje oziroma terapijo proti levkemiji (Kis in sod. 2015). Prav tako so bila narejena RNA stikala preko katerih se lahko soočimo s številnimi rizičnimi faktorji kardiovaskularnih bolezni (Kis in sod. 2015).<br /> <br /> <br /> '''9. Sintezne genske mreže za bakterijsko odpornost na antibiotik'''<br /> <br /> Velik napredek pri molekularni biologiji in genskem inženiringu je sposobnost sintetizirati, oblikovati in spreminjati bakteriofage. To je omogočilo nova orodja, ki temeljijo na bakteriofagih gnih orodjih, ki se uporabljajo za zdravljenje nekaterih nalezljivih bolezni, v kontekstu sintezne biologije (Kis in sod. 2015). Fagni zaslon, ki vključuje fuzijo naključnih peptidnih knjižnic je prinesel velik napredek na področju cepiv in odkrivanju novih zdravil, s posebnimi aplikacijami za upravljanje s Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus in Bacillus anthracis. Tako so bila narejena vezja s terapevtskim in diagnostičnim ozadjem, ki so jih razdelili v antimikrobna in antibiotična vezja. Prva temeljijo na T7 in M13 fagih, slednja pa uporabijo fage kot podvozje in generirajo biokemijski odgovor na antibiotike (Kis in sod, 2015).<br /> <br /> <br /> <br /> '''10. Sintezne genske mreže in odkrivanje zdravil'''<br /> <br /> Proti tuberkulozi so naredili vezje z antibiotikom entionamidom, ki je toksičen proti Mycobacterium tuberculosis, preko aktivatorja EthA. EthA je zavrt preko represorja EthR. V vezju je EthR fuziran s transaktivatorjem VP16 iz virusa Herpes simplex, ki se veže na Pmin promotor in s tem aktivira reporterski gen SEAP (človeška placentna sekrecijska alkalin fosfataza). S pomočjo tega so določili EthR inhibitorje, ki lahko odpravijo odpoornost na entionamid (Khalil in Collins, 2010).<br /> V študiji leta 2014 so se poleg številnih drugih vezij osredotočili tudi na biosenzor za ubijanje rakastih celic. Zaradi nenadzorovane celične delitve in širjenja v druge organe, predstavlja rak dandanes velik problem pri odkrivanju zdravil in pri zdravljenju. Eden ključnih izzivov pri zdravljenju raka je odstranitev celic brez poškodbe zdravih okoliških tkiv (Ye in Fussenger, 2014). Nissim in sod. so razvili takšen biosenzor, ki ubije rakasto celico. Senzor je sestavljen iz dveh vhodnih signalov, transkripcijskih faktorjev TF1 (DocS-VP16) in TF2 (Coh2-Gal4), pod dvema sorodnima promotorjema. S tem ko transkripcijska faktorja heterodimerizirata nastane nov transkripcijski factor (Gal4-Coh2-DocS-VP16). Ta aktivira HSV-TK<br /> (timidin kinaza iz virusa Herpes Simplex), ki nato pretvori ganciklovir v toksično snov in ubije rakasto celico (Ye in Fussenger, 2014). <br /> Membranski receptorji so prav tako pomembne tarče za odkrivanje zdravil. Eden pomembnejših membranskih receptorjev je z G proteinon sklopljen receptor (GPCR), ki se največrat uporablja kot ključni marker v moderni medicini (Kis in sod. 2015). Od 100 poznanih GPCR jih vsaj 50 uporabljajo kot tarče pri odkrivanju zdravil v farmaciji (Kis in sod. 2015). <br /> <br /> <br /> '''11. Zaključek'''<br /> <br /> Sintezna biologija sesalskih celic bi lahko doprinesla veliko k diagnostniki, zdravljenju bolezni in odkrivanju novih zdravil. Z novim in še bolj obsežnejšim raziskovanjem bi lahko še bolj napredovali in določene dosedanje pomankljivosti izboljšali. Uporablja se že pri terapiji kardiovaskularnih bolezni, raku in celični imunosti.<br /> <br /> <br /> '''11. Viri'''<br /> <br /> 1. Kis Z, Pereira HSA, Homma T, Pedrigi RM, Krams R. 2015 Mammalian synthetic biology: emerging medical applications. J.R.Soc.Interface12, 2014.<br /> 2. Ahmad S. Khalil* and James J. Collins. Synthetic Biology: applications come of age. Nature reviews Genetics. Volume 11. 367-379. Maj 2010.<br /> 3. M.K. Pastuszka in J.A. Mackay. Biomolecular engineering of intracellular switches in eukaryotes. NCBI. 2010 May; 20(3): 163–169.<br /> 4. Haifeng Ye in Martin Fussenegger. Synthetic therapeutic gene circuits in mammalian cells. Science Direct. Volume 588. Issue 15. Avgust 2014, 2537-2544.</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Sintezna_biologija_sesalcev_in_medicinske_aplikacije&diff=11200 2016-01-17T14:52:28Z

<p>M.Mirkovic: New page: &#039;&#039;&#039;1. Uvod&#039;&#039;&#039; Evkariontske celice so visoko komparmentizirane zato predstavljajo oviro za uporabo genskih mrež. Večina genskih mrež je izražena preko plazmidov, vendar pa lahko te gen...</p> <hr /> <div>'''1. Uvod'''<br /> <br /> Evkariontske celice so visoko komparmentizirane zato predstavljajo oviro za uporabo genskih mrež. Večina genskih mrež je izražena preko plazmidov, vendar pa lahko te genetske konstrukte vstavimo v kromosom ohranjenih celičnih linij, z uporabo rekombinaznih tehn, s čimer se ustvarijo stabilne celične linije (Kis in sod. 2015). Ko se je sintezna biologija izkazala primerna tehnika za uporabo v evkariontskih celicah, so začeli dodajati nova ogrodja v že obsotoječi tehnologiji, vključno s spremembo signalnih poti (v povezavi s boleznimi), novih pristopov na ravni genov in terapij, ki vključujejo vnos spremenjenih celic (Kis in sod. 2015).<br /> <br /> <br /> '''2. Sistemi vezij, ki se uporabljajo pri sesalskih celicah'''<br /> <br /> Najboljše je stikalo med dvema diskretnima stanjema: ON in OFF, stikala glede na vhodni signal vključijo ali izključijo določen proces (Kis in sod. 2015). Stikala so naredili na podlagi transkripcije, posttranskripcije, translacije in postranslacije, ki so glavni koraki pri prepisu gena do funkcionalnega proteina (Kis in sod., 2015). <br /> <br /> '''3. Sintezne genske mreže v sesalskih celicah'''<br /> <br /> Leta 2004 so bila narejena Booleanova logična vrata NOT, OR in AND s kombinacijo heterogenih transkripcijskih faktorjev. Narejena so bila tudi Booleanova logična vrata na podlagi cinkovih prstov in CRISPR/Cas9 sistem. Slednji se je izkazal kot zelo preprost za uporabo (Kis in sod. 2015).<br /> <br /> <br /> '''4. Transkripcijska stikala'''<br /> <br /> <br /> Pri genskem izražanju kot prva stopnja nastopi transkripcija. Za potencialni transkripcijski biosenzor (transkripcijsko stikalo) tako potrebujemo ustrezno RNA polimerazo, promotor, transkripcijske faktorje in druge dejavnike, ki sodelujejo pri prepisu. Večina vezij je narejenih s pomočjo že znanih bakterijskih promotorjev, lac, tet in ara operonov (Khalil in Collins, 2010). Z namenom narediti gensko vezje in tako doseči programirane transkripcijske spremembe transkripcijsko stikalo sestoji iz okoljskega- odzivnega promotorja (Jain K, 2013). <br /> <br /> <br /> '''5. Postranskripcijska stikala'''<br /> <br /> Sledi postranskripcija, kjer se pre-mRNA pretvori v zrelo mRNA. Tako narejeno stikalo kontrolira funkcijo in stabilnost molekule mRNA. Naredili so TetR stikalo, ki regulira izražanje shRNA (kratka lasnična RNA) preko doksiciklina, rezultat pa je, da shRNA kontrolira izražanje transgena in vivo in in vitro. Postranskripcijska stikala so lahko narejena tudi s aptameri. To so majhne enoverižne nukleinske kisline z visoko afiniteto in specifičnostjo za tarčne molekule, ki zavirajo njihove biološke funkcije. Gensko izražanje je lahko regulirano preko kontrole mRNA spajanja preko uporabe ustreznega aptamera (Kis in sod. 2015). Aptamer (senzor) skupaj z ribocimom (aktuator) tvorita aptazim (alosterični ribocim). Ribocimski del je del RNA molekule z encimsko funkcijo, ki je zmožen katalizirati specifične biokemijske reakcije. Ti aptazimi lahko delujejo kot postranstkripcijsko stikalo. Z vključitvijo aptazima na N ali C-konec neprepisane mRNA molekule, lahko stukturni elementi, ki so prisotni na koncih padejo iz verige, od liganda odvisnim načinom in pride do kontoliranega utišanja genov (Kis in sod. 2015).<br /> <br /> '''<br /> 6. Translacijska stikala'''<br /> <br /> Naslednji korak v procesu je translacija. RNA molekula ima številne pomembne celične funkcije. Nekodirajoče RNA lahko spajajo in urejajo mRNA, modificirajo ribosomalno RNA, katalizirajo številne biokemijske reakcije in regulirajo gensko izražanje na ravni transkripcije ali translacije (Khalil in Collins, 2010). Ravno nekodirajoče RNA molekule so primerne za translacijska stikala. Primer takih so lahko ribostikala oziroma ribosomska stikala , ki so narejena s pomočjo aptamera, preko katerega vežejo specifično molekulo in povzročijo konformacijsko spremembo na mRNA molekuli in s tem povzročijo inhibicijo translacije (OFF stikalo) (Khalil in Collins, 2010).<br /> <br /> '''7. Postranslacijska stikala'''<br /> <br /> Kot zadnji korak sledi posttranslacija v funkcionalen protein. Stikala so narejena tako, da vsebujejo vhodni signal receptor, ki sproži signalno pot. Te signalne receptorje lahko naredimo de novo (Khalil in Collins, 2010). Proteinski receptorji so ponavadi vezani na membrano in preko vezave ustreznega proteina sprožijo ustrezno signalno kaskado (Khalil in Collins, 2010). Prav tako so razvili stikala, ki kontrolirajo proteinsko sortiranje ( Kis in sod. 2015).<br /> <br /> <br /> '''8. Sintezna bilogija in napredne medicinske aplikacije<br /> '''<br /> <br /> Naredili so gensko mrežje za sledenje celici, ki je izpostavljena določenemu držljaju; doksiciklinu in UV sevanju. Tako lahko kontroliramo izražanje transkripcijskega faktorja, preko pozitivne povratne zanke. To vezje lahko spremeni izražanje genov, rast celic in preživetje celic več generacij po določenem dražljaju in tako tudi novo diagnostično in terapevtsko okno (Kis in sod. 2015). Če bi to gensko mrežje preko toggle stikal vstavili v imunske celice, ki se selijo, bi preko tega lahko spremljali lokacijo hipoksične regije nedelečega tumorja ali ateroskleroznega tkiva (Kis in so. 2015).<br /> Razvili so tudi bolj razvite sintetične genske mreže, ki so v povezavi z nativnim celičnim signaliziranjem. Tako so razvili RNA “nadzornike” <br /> (angl. controllers), ki prepoznajo prirojeno signaliziranje preko jedrskega faktorja κB in Wnt signalizacijo in spremenijo to signalizacijo in tako ustvarijo novo alternativno RNA spajanje (Kis in so. 2015).<br /> Tudi endogene celice je moč uporabiti kot terapevtske agente. T limfociti, ki nastanejo iz timusa, so tip belih krvnih celic, ki imajo pomembno vlogo pri celični imunosti, še posebaj kot odgovor na določen patogen. Človeške T celice so pomembne tarče sintezne biologije, saj so lahko iz pacienta izolirane, gensko sprememenjene in nato zopet vstavljene nazaj v pacienta. To lahko uporabimo za študije kroničnih obolenj ali raka (Kis in sod. 2015). Na zdravilo odzivno RNA stikalo so naredili za kontrolo izražanja citokina v miši, ki uravnava T- celično poliferacijo. V tem sistemu so vhodni signali ligandi in regulatorne tarče, ki jih uporabimo v terapevske namene. Taka vezja lahko uporabimo za zdravljenje oziroma terapijo proti levkemiji (Kis in sod. 2015). Prav tako so bila narejena RNA stikala preko katerih se lahko soočimo s številnimi rizičnimi faktorji kardiovaskularnih bolezni (Kis in sod. 2015).<br /> <br /> <br /> '''9. Sintezne genske mreže za bakterijsko odpornost na antibiotik'''<br /> <br /> Velik napredek pri molekularni biologiji in genskem inženiringu je sposobnost sintetizirati, oblikovati in spreminjati bakteriofage. To je omogočilo nova orodja, ki temeljijo na bakteriofagih gnih orodjih, ki se uporabljajo za zdravljenje nekaterih nalezljivih bolezni, v kontekstu sintezne biologije (Kis in sod. 2015). Fagni zaslon, ki vključuje fuzijo naključnih peptidnih knjižnic je prinesel velik napredek na področju cepiv in odkrivanju novih zdravil, s posebnimi aplikacijami za upravljanje s Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus in Bacillus anthracis. Tako so bila narejena vezja s terapevtskim in diagnostičnim ozadjem, ki so jih razdelili v antimikrobna in antibiotična vezja. Prva temeljijo na T7 in M13 fagih, slednja pa uporabijo fage kot podvozje in generirajo biokemijski odgovor na antibiotike (Kis in sod, 2015).<br /> <br /> <br /> <br /> '''10. Sintezne genske mreže in odkrivanje zdravil'''<br /> <br /> Proti tuberkulozi so naredili vezje z antibiotikom entionamidom, ki je toksičen proti Mycobacterium tuberculosis, preko aktivatorja EthA. EthA je zavrt preko represorja EthR. V vezju je EthR fuziran s transaktivatorjem VP16 iz virusa Herpes simplex, ki se veže na Pmin promotor in s tem aktivira reporterski gen SEAP (človeška placentna sekrecijska alkalin fosfataza). S pomočjo tega so določili EthR inhibitorje, ki lahko odpravijo odpoornost na entionamid (Khalil in Collins, 2010).<br /> V študiji leta 2014 so se poleg številnih drugih vezij osredotočili tudi na biosenzor za ubijanje rakastih celic. Zaradi nenadzorovane celične delitve in širjenja v druge organe, predstavlja rak dandanes velik problem pri odkrivanju zdravil in pri zdravljenju. Eden ključnih izzivov pri zdravljenju raka je odstranitev celic brez poškodbe zdravih okoliških tkiv (Ye in Fussenger, 2014). Nissim in sod. so razvili takšen biosenzor, ki ubije rakasto celico. Senzor je sestavljen iz dveh vhodnih signalov, transkripcijskih faktorjev TF1 (DocS-VP16) in TF2 (Coh2-Gal4), pod dvema sorodnima promotorjema. S tem ko transkripcijska faktorja heterodimerizirata nastane nov transkripcijski factor (Gal4-Coh2-DocS-VP16). Ta aktivira HSV-TK<br /> (timidin kinaza iz virusa Herpes Simplex), ki nato pretvori ganciklovir v toksično snov in ubije rakasto celico (Ye in Fussenger, 2014). <br /> Membranski receptorji so prav tako pomembne tarče za odkrivanje zdravil. Eden pomembnejših membranskih receptorjev je z G proteinon sklopljen receptor (GPCR), ki se največrat uporablja kot ključni marker v moderni medicini (Kis in sod. 2015). Od 100 poznanih GPCR jih vsaj 50 uporabljajo kot tarče pri odkrivanju zdravil v farmaciji (Kis in sod. 2015). <br /> <br /> <br /> '''11. Zaključek'''<br /> <br /> Sintezna biologija sesalskih celic bi lahko doprinesla veliko k diagnostniki, zdravljenju bolezni in odkrivanju novih zdravil. Z novim in še bolj obsežnejšim raziskovanjem bi lahko še bolj napredovali in določene dosedanje pomankljivosti izboljšali. Uporablja se že pri terapiji kardiovaskularnih bolezni, raku in celični imunosti.<br /> <br /> <br /> '''11. Viri'''<br /> <br /> 1. Kis Z, Pereira HSA, Homma T, Pedrigi RM, Krams R. 2015 Mammalian synthetic biology: emerging medical applications. J.R.Soc.Interface12, 2014.<br /> 2. Ahmad S. Khalil* and James J. Collins. Synthetic Biology: applications come of age. Nature reviews Genetics. Volume 11. 367-379. Maj 2010.<br /> 3. M.K. Pastuszka in J.A. Mackay. Biomolecular engineering of intracellular switches in eukaryotes. NCBI. 2010 May; 20(3): 163–169.<br /> 4. Haifeng Ye in Martin Fussenegger. Synthetic therapeutic gene circuits in mammalian cells. Science Direct. Volume 588. Issue 15. Avgust 2014, 2537-2544.</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2015/16&diff=11179 2016-01-11T18:43:02Z

<p>M.Mirkovic: </p> <hr /> <div>Seminarji iz Sintezne biologije v študijskem letu 2015/16 so:<br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/2866/synthetic-biology-engineering-complexity-and-refactoring-cell-capabilities SYNTHETIC BIOLOGY: ENGINEERING COMPLEXITY AND REFACTORING CELL CAPABILITIES]<br /> <br /> * Production of fatty acid-derived valuable chemicals in synthetic microbes ([[Proizvodnja kemikalij iz derivatov maščobnih kislin s pomočjo sintetičnih mikroorganizmov]]) (Maja Grdadolnik)&lt;br&gt;<br /> * Optimization of the IPP precursor supply for the production of lycopene, decaprenoxanthin and astaxanthin by Corynebacterium glutamicum ([[Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum]]) (Griša Prinčič)&lt;br&gt;<br /> * Engineering sugar utilization and microbial tolerance toward lignocellulose conversion [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Konverzija_lignoceluloze_s_pomočjo_izkoriščanja_mikrobne_tolerance_in_inženiringa_sladkorjev] (Kim Potočnik) &lt;br&gt;<br /> * Cofactor engineering for enhancing the flux of metabolic pathways [[INŽENIRING KOFAKTORJEV ZA IZBOLJŠANJE METABOLIČNIH POTI]] (Nastja Štemberger)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354409/ Can the natural diversity of quorum-sensing advance synthetic biology?] ([[Ali lahko naravna diverziteta quorum sensinga pripomore k napredku v sintezni biologiji?]]) (Tina Snoj)&lt;br&gt;<br /> * [http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fbioe.2015.00093/full Signal-to-noise ratio measures efficacy of biological computing devices and circuits] ([[Določanje učinkovitosti bioloških naprav in vezij z razmerjem signal-šum]]) (Jakob G. Lavrenčič)&lt;br&gt;<br /> * A sense of balance: experimental investigation and modeling of a malonyl-CoA sensor in Escherichia coli ([[Senzor za malonil-CoA v bakteriji Escherichia coli]]) (Ajda Rojc)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4211546/ New transposon tools tailored for metabolic engineering of Gram-negative microbial cell factories] ([[Metabolični inženiring gram-negativnih bakterij s transpozonskim sistemom]]) (Rok Razpotnik)&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/455/synthetic-biology-applications-in-industrial-microbiology SYNTHETIC BIOLOGY APPLICATIONS IN INDUSTRIAL MICROBIOLOGY]<br /> <br /> * Recent Progress in Synthetic Biology for Microbial Production of C3–C10 Alcohols (Urška Rauter) ([[Napredki v sintezni biologiji pri proizvodnji C3-C10 alkoholov v mikroorganizmih]])<br /> * Visualizing Evolution in Real-Time Method for Strain Engineering ([[Vizualizacija evolucije v realnem času – metoda za sevno inženirstvo]]) (Samo Zakotnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3367458/ Engineering Microbial Consortia to Enhance Biomining and Bioremediation] ([[Načrtovanje mikrobnih konzorcijev za izboljšanje biorudarstva in bioremediacije]]) (Maja Kostanjevec)<br /> * Engineering Microbial Chemical Factories to Produce Renewable “Biomonomers” ([[Mikrobiološka proizvodnja obnovljivih biomonomerov in bioplastike]])(Nastja Pirman)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3446811/ Application of Synthetic Biology in Cyanobacteria and Algae] ([[Uporaba sintezne biologije v cianobakterijah in algah]]) (Špela Tomaž)<br /> * Synthetic Feedback Loop Model for Increasing Microbial Biofuel Production Using a Biosensor (Jernej Pušnik)<br /> * Balance of XYL1 and XYL2 Expression in Different Yeast Chassis for Improved xylose Fermentation ([[Ravnotežje med ekspresijo XYL1 in XYL2 v različnih šasijah kvasovk v povezavi s povečano fermentacijo ksiloze]]) (Monika Praznik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3630320/ Design and Development of Synthetic Microbial Platform Cells for Bioenergy] ([[Načrtovanje in razvijanje sintetičnih mikrobnih celičnih platform za pridobivanje bioenergije]])(Erik Mršnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3616241/ Microbial Production of Isoprenoids Enabled by Synthetic Biology] ([[Mikrobna produkcija izoprenoidov s sintezno biologijo]]) (Dominik Kert) <br /> * Chemical synthetic biology: a mini-review ([[Kratki pregled kemijske sintezne biologije]]) (Anka Hotko)<br /> <br /> <br /> Seminarji iz preglednih člankov:<br /> <br /> * [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228361500618X Towards engineering biological systems in a broader context] ([[Inženiring bioloških sistemov v širšem kontekstu]]) (Aleksander Benčič)<br /> * [http://revistes.iec.cat/index.php/IM/article/viewFile/139212/137876 Synthetic biology: Novel approaches for microbiology] ([[Sintezno biološki pristopi v mikrobiologiji]]) (Daša Janeš)<br /> * Tools and principles for microbial gene circuit engineering (Marko Radojković)<br /> * Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways ([[Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti]]) (Katja Leben)<br /> * Chassis optimization as a cornerstone for the application of synthetic biology based strategies in microbial secondary metabolism ([[Oprimizacija šasij kot osnovni korak pri uporabi sintezno biološkega pristopa pri karakterizaciji mikrobnega sekundarnega metabolizma]]) (Jure Zabret)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4571725/ Recent advances and opportunities in synthetic logic gates engineering in living cells] ([[Napredki v načrtovanju bioloških logičnih vrat v živih celicah]]) (Monika Biasizzo)<br /> * Programmable genetic circuits for pathway engineering (Urban Javoršek)<br /> * [http://web.media.mit.edu/~neri/MATTER.MEDIA/Publications/Better_together-_engineering_and_application_of_microbial_symbioses.pdf Better together: engineering and application of microbial symbioses] ([[V slogi je moč: načrtovanje in uporaba mikrobne simbioze]]) (Nejc Petrišič)<br /> * Synthetic biology for microbial production of lipid-based biofuels ([[Produkcija lipidnih biogoriv s sintezno biologijo]]) (Urška Pevec)<br /> * Engineering Biosynthesis Mechanisms for Diversifying Polyhydroxyalkanoates ([[Inženiring biosintetskih mehanizmov za raznolike polihidroksialkanoate]]) (Mojca Banič)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4519758/pdf/fmicb-06-00775.pdf Synthetic biology of fungal natural products] ([[Sintezna biologija naravnih produktov (nitastih) gliv]]) (Estera Merljak)<br /> * Synthetic biology and biomimetic chemistry as converging technologies fostering a new generation of smart biosensors ([[Sintezna biologija in biomimetika pri razvoju biosenzorjev]]) (Benjamin Bajželj)<br /> * How Synthetic Biology Would Reconsider Natural Bioluminescence and its Application (Ana Grom &amp; Ana Unkovič)<br /> * Synthetic Biology-Toward Therapeutic Solutions (Tanja Korpar)<br /> * Synthetically modified mRNA for efficient and fast human iPS cell generation and direct transdifferentiation to myoblasts (Mirjana Malnar)<br /> * Mammalian synthetic biology: emerging medical applications([[Sintezna biologija sesalcev in medicinske aplikacije]]) ( Maša Mirkoviić)<br /> biology devices and circuits for RNA-based ‘smart vaccines’: a propositional review (Monika Škrjanc)</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2015/16&diff=11178 2016-01-11T18:03:55Z

<p>M.Mirkovic: </p> <hr /> <div>Seminarji iz Sintezne biologije v študijskem letu 2015/16 so:<br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/2866/synthetic-biology-engineering-complexity-and-refactoring-cell-capabilities SYNTHETIC BIOLOGY: ENGINEERING COMPLEXITY AND REFACTORING CELL CAPABILITIES]<br /> <br /> * Production of fatty acid-derived valuable chemicals in synthetic microbes ([[Proizvodnja kemikalij iz derivatov maščobnih kislin s pomočjo sintetičnih mikroorganizmov]]) (Maja Grdadolnik)&lt;br&gt;<br /> * Optimization of the IPP precursor supply for the production of lycopene, decaprenoxanthin and astaxanthin by Corynebacterium glutamicum ([[Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum]]) (Griša Prinčič)&lt;br&gt;<br /> * Engineering sugar utilization and microbial tolerance toward lignocellulose conversion [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Konverzija_lignoceluloze_s_pomočjo_izkoriščanja_mikrobne_tolerance_in_inženiringa_sladkorjev] (Kim Potočnik) &lt;br&gt;<br /> * Cofactor engineering for enhancing the flux of metabolic pathways [[INŽENIRING KOFAKTORJEV ZA IZBOLJŠANJE METABOLIČNIH POTI]] (Nastja Štemberger)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354409/ Can the natural diversity of quorum-sensing advance synthetic biology?] ([[Ali lahko naravna diverziteta quorum sensinga pripomore k napredku v sintezni biologiji?]]) (Tina Snoj)&lt;br&gt;<br /> * [http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fbioe.2015.00093/full Signal-to-noise ratio measures efficacy of biological computing devices and circuits] ([[Določanje učinkovitosti bioloških naprav in vezij z razmerjem signal-šum]]) (Jakob G. Lavrenčič)&lt;br&gt;<br /> * A sense of balance: experimental investigation and modeling of a malonyl-CoA sensor in Escherichia coli ([[Senzor za malonil-CoA v bakteriji Escherichia coli]]) (Ajda Rojc)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4211546/ New transposon tools tailored for metabolic engineering of Gram-negative microbial cell factories] ([[Metabolični inženiring gram-negativnih bakterij s transpozonskim sistemom]]) (Rok Razpotnik)&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/455/synthetic-biology-applications-in-industrial-microbiology SYNTHETIC BIOLOGY APPLICATIONS IN INDUSTRIAL MICROBIOLOGY]<br /> <br /> * Recent Progress in Synthetic Biology for Microbial Production of C3–C10 Alcohols (Urška Rauter) ([[Napredki v sintezni biologiji pri proizvodnji C3-C10 alkoholov v mikroorganizmih]])<br /> * Visualizing Evolution in Real-Time Method for Strain Engineering ([[Vizualizacija evolucije v realnem času – metoda za sevno inženirstvo]]) (Samo Zakotnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3367458/ Engineering Microbial Consortia to Enhance Biomining and Bioremediation] ([[Načrtovanje mikrobnih konzorcijev za izboljšanje biorudarstva in bioremediacije]]) (Maja Kostanjevec)<br /> * Engineering Microbial Chemical Factories to Produce Renewable “Biomonomers” ([[Mikrobiološka proizvodnja obnovljivih biomonomerov in bioplastike]])(Nastja Pirman)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3446811/ Application of Synthetic Biology in Cyanobacteria and Algae] ([[Uporaba sintezne biologije v cianobakterijah in algah]]) (Špela Tomaž)<br /> * Synthetic Feedback Loop Model for Increasing Microbial Biofuel Production Using a Biosensor (Jernej Pušnik)<br /> * Balance of XYL1 and XYL2 Expression in Different Yeast Chassis for Improved xylose Fermentation ([[Ravnotežje med ekspresijo XYL1 in XYL2 v različnih šasijah kvasovk v povezavi s povečano fermentacijo ksiloze]]) (Monika Praznik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3630320/ Design and Development of Synthetic Microbial Platform Cells for Bioenergy] ([[Načrtovanje in razvijanje sintetičnih mikrobnih celičnih platform za pridobivanje bioenergije]])(Erik Mršnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3616241/ Microbial Production of Isoprenoids Enabled by Synthetic Biology] ([[Mikrobna produkcija izoprenoidov s sintezno biologijo]]) (Dominik Kert) <br /> * Chemical synthetic biology: a mini-review ([[Kratki pregled kemijske sintezne biologije]]) (Anka Hotko)<br /> <br /> <br /> Seminarji iz preglednih člankov:<br /> <br /> * [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228361500618X Towards engineering biological systems in a broader context] ([[Inženiring bioloških sistemov v širšem kontekstu]]) (Aleksander Benčič)<br /> * [http://revistes.iec.cat/index.php/IM/article/viewFile/139212/137876 Synthetic biology: Novel approaches for microbiology] ([[Sintezno biološki pristopi v mikrobiologiji]]) (Daša Janeš)<br /> * Tools and principles for microbial gene circuit engineering (Marko Radojković)<br /> * Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways ([[Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti]]) (Katja Leben)<br /> * Chassis optimization as a cornerstone for the application of synthetic biology based strategies in microbial secondary metabolism ([[Oprimizacija šasij kot osnovni korak pri uporabi sintezno biološkega pristopa pri karakterizaciji mikrobnega sekundarnega metabolizma]]) (Jure Zabret)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4571725/ Recent advances and opportunities in synthetic logic gates engineering in living cells] ([[Napredki v načrtovanju bioloških logičnih vrat v živih celicah]]) (Monika Biasizzo)<br /> * Programmable genetic circuits for pathway engineering (Urban Javoršek)<br /> * [http://web.media.mit.edu/~neri/MATTER.MEDIA/Publications/Better_together-_engineering_and_application_of_microbial_symbioses.pdf Better together: engineering and application of microbial symbioses] ([[V slogi je moč: načrtovanje in uporaba mikrobne simbioze]]) (Nejc Petrišič)<br /> * Synthetic biology for microbial production of lipid-based biofuels ([[Produkcija lipidnih biogoriv s sintezno biologijo]]) (Urška Pevec)<br /> * Engineering Biosynthesis Mechanisms for Diversifying Polyhydroxyalkanoates ([[Inženiring biosintetskih mehanizmov za raznolike polihidroksialkanoate]]) (Mojca Banič)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4519758/pdf/fmicb-06-00775.pdf Synthetic biology of fungal natural products] ([[Sintezna biologija naravnih produktov (nitastih) gliv]]) (Estera Merljak)<br /> * Synthetic biology and biomimetic chemistry as converging technologies fostering a new generation of smart biosensors ([[Sintezna biologija in biomimetika pri razvoju biosenzorjev]]) (Benjamin Bajželj)<br /> * How Synthetic Biology Would Reconsider Natural Bioluminescence and its Application (Ana Grom &amp; Ana Unkovič)<br /> * Synthetic Biology-Toward Therapeutic Solutions (Tanja Korpar)<br /> * Synthetically modified mRNA for efficient and fast human iPS cell generation and direct transdifferentiation to myoblasts (Mirjana Malnar)<br /> * Mammalian synthetic biology: emerging medical applications(Maša Mirkovič)<br /> * Synthetic biology devices and circuits for RNA-based ‘smart vaccines’: a propositional review (Monika Škrjanc)</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2015/16&diff=11177 2016-01-11T18:03:15Z

<p>M.Mirkovic: </p> <hr /> <div>Seminarji iz Sintezne biologije v študijskem letu 2015/16 so:<br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/2866/synthetic-biology-engineering-complexity-and-refactoring-cell-capabilities SYNTHETIC BIOLOGY: ENGINEERING COMPLEXITY AND REFACTORING CELL CAPABILITIES]<br /> <br /> * Production of fatty acid-derived valuable chemicals in synthetic microbes ([[Proizvodnja kemikalij iz derivatov maščobnih kislin s pomočjo sintetičnih mikroorganizmov]]) (Maja Grdadolnik)&lt;br&gt;<br /> * Optimization of the IPP precursor supply for the production of lycopene, decaprenoxanthin and astaxanthin by Corynebacterium glutamicum ([[Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum]]) (Griša Prinčič)&lt;br&gt;<br /> * Engineering sugar utilization and microbial tolerance toward lignocellulose conversion [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Konverzija_lignoceluloze_s_pomočjo_izkoriščanja_mikrobne_tolerance_in_inženiringa_sladkorjev] (Kim Potočnik) &lt;br&gt;<br /> * Cofactor engineering for enhancing the flux of metabolic pathways [[INŽENIRING KOFAKTORJEV ZA IZBOLJŠANJE METABOLIČNIH POTI]] (Nastja Štemberger)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354409/ Can the natural diversity of quorum-sensing advance synthetic biology?] ([[Ali lahko naravna diverziteta quorum sensinga pripomore k napredku v sintezni biologiji?]]) (Tina Snoj)&lt;br&gt;<br /> * [http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fbioe.2015.00093/full Signal-to-noise ratio measures efficacy of biological computing devices and circuits] ([[Določanje učinkovitosti bioloških naprav in vezij z razmerjem signal-šum]]) (Jakob G. Lavrenčič)&lt;br&gt;<br /> * A sense of balance: experimental investigation and modeling of a malonyl-CoA sensor in Escherichia coli ([[Senzor za malonil-CoA v bakteriji Escherichia coli]]) (Ajda Rojc)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4211546/ New transposon tools tailored for metabolic engineering of Gram-negative microbial cell factories] ([[Metabolični inženiring gram-negativnih bakterij s transpozonskim sistemom]]) (Rok Razpotnik)&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/455/synthetic-biology-applications-in-industrial-microbiology SYNTHETIC BIOLOGY APPLICATIONS IN INDUSTRIAL MICROBIOLOGY]<br /> <br /> * Recent Progress in Synthetic Biology for Microbial Production of C3–C10 Alcohols (Urška Rauter) ([[Napredki v sintezni biologiji pri proizvodnji C3-C10 alkoholov v mikroorganizmih]])<br /> * Visualizing Evolution in Real-Time Method for Strain Engineering ([[Vizualizacija evolucije v realnem času – metoda za sevno inženirstvo]]) (Samo Zakotnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3367458/ Engineering Microbial Consortia to Enhance Biomining and Bioremediation] ([[Načrtovanje mikrobnih konzorcijev za izboljšanje biorudarstva in bioremediacije]]) (Maja Kostanjevec)<br /> * Engineering Microbial Chemical Factories to Produce Renewable “Biomonomers” ([[Mikrobiološka proizvodnja obnovljivih biomonomerov in bioplastike]])(Nastja Pirman)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3446811/ Application of Synthetic Biology in Cyanobacteria and Algae] ([[Uporaba sintezne biologije v cianobakterijah in algah]]) (Špela Tomaž)<br /> * Synthetic Feedback Loop Model for Increasing Microbial Biofuel Production Using a Biosensor (Jernej Pušnik)<br /> * Balance of XYL1 and XYL2 Expression in Different Yeast Chassis for Improved xylose Fermentation ([[Ravnotežje med ekspresijo XYL1 in XYL2 v različnih šasijah kvasovk v povezavi s povečano fermentacijo ksiloze]]) (Monika Praznik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3630320/ Design and Development of Synthetic Microbial Platform Cells for Bioenergy] ([[Načrtovanje in razvijanje sintetičnih mikrobnih celičnih platform za pridobivanje bioenergije]])(Erik Mršnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3616241/ Microbial Production of Isoprenoids Enabled by Synthetic Biology] ([[Mikrobna produkcija izoprenoidov s sintezno biologijo]]) (Dominik Kert) <br /> * Chemical synthetic biology: a mini-review ([[Kratki pregled kemijske sintezne biologije]]) (Anka Hotko)<br /> <br /> <br /> Seminarji iz preglednih člankov:<br /> <br /> * [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228361500618X Towards engineering biological systems in a broader context] ([[Inženiring bioloških sistemov v širšem kontekstu]]) (Aleksander Benčič)<br /> * [http://revistes.iec.cat/index.php/IM/article/viewFile/139212/137876 Synthetic biology: Novel approaches for microbiology] ([[Sintezno biološki pristopi v mikrobiologiji]]) (Daša Janeš)<br /> * Tools and principles for microbial gene circuit engineering (Marko Radojković)<br /> * Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways ([[Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti]]) (Katja Leben)<br /> * Chassis optimization as a cornerstone for the application of synthetic biology based strategies in microbial secondary metabolism ([[Oprimizacija šasij kot osnovni korak pri uporabi sintezno biološkega pristopa pri karakterizaciji mikrobnega sekundarnega metabolizma]]) (Jure Zabret)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4571725/ Recent advances and opportunities in synthetic logic gates engineering in living cells] ([[Napredki v načrtovanju bioloških logičnih vrat v živih celicah]]) (Monika Biasizzo)<br /> * Programmable genetic circuits for pathway engineering (Urban Javoršek)<br /> * [http://web.media.mit.edu/~neri/MATTER.MEDIA/Publications/Better_together-_engineering_and_application_of_microbial_symbioses.pdf Better together: engineering and application of microbial symbioses] ([[V slogi je moč: načrtovanje in uporaba mikrobne simbioze]]) (Nejc Petrišič)<br /> * Synthetic biology for microbial production of lipid-based biofuels ([[Produkcija lipidnih biogoriv s sintezno biologijo]]) (Urška Pevec)<br /> * Engineering Biosynthesis Mechanisms for Diversifying Polyhydroxyalkanoates ([[Inženiring biosintetskih mehanizmov za raznolike polihidroksialkanoate]]) (Mojca Banič)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4519758/pdf/fmicb-06-00775.pdf Synthetic biology of fungal natural products] ([[Sintezna biologija naravnih produktov (nitastih) gliv]]) (Estera Merljak)<br /> * Synthetic biology and biomimetic chemistry as converging technologies fostering a new generation of smart biosensors ([[Sintezna biologija in biomimetika pri razvoju biosenzorjev]]) (Benjamin Bajželj)<br /> * How Synthetic Biology Would Reconsider Natural Bioluminescence and its Application (Ana Grom &amp; Ana Unkovič)<br /> * Synthetic Biology-Toward Therapeutic Solutions (Tanja Korpar)<br /> * Synthetically modified mRNA for efficient and fast human iPS cell generation and direct transdifferentiation to myoblasts (Mirjana Malnar)<br /> * Mammalian synthetic biology: emerging medical applications( http://rsif.royalsocietypublishing.org/content/royinterface/12/106/20141000.full.pdf)(Maša Mirkovič)<br /> * Synthetic biology devices and circuits for RNA-based ‘smart vaccines’: a propositional review (Monika Škrjanc)</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2015/16&diff=11176 2016-01-11T18:02:28Z

<p>M.Mirkovic: </p> <hr /> <div>Seminarji iz Sintezne biologije v študijskem letu 2015/16 so:<br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/2866/synthetic-biology-engineering-complexity-and-refactoring-cell-capabilities SYNTHETIC BIOLOGY: ENGINEERING COMPLEXITY AND REFACTORING CELL CAPABILITIES]<br /> <br /> * Production of fatty acid-derived valuable chemicals in synthetic microbes ([[Proizvodnja kemikalij iz derivatov maščobnih kislin s pomočjo sintetičnih mikroorganizmov]]) (Maja Grdadolnik)&lt;br&gt;<br /> * Optimization of the IPP precursor supply for the production of lycopene, decaprenoxanthin and astaxanthin by Corynebacterium glutamicum ([[Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum]]) (Griša Prinčič)&lt;br&gt;<br /> * Engineering sugar utilization and microbial tolerance toward lignocellulose conversion [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Konverzija_lignoceluloze_s_pomočjo_izkoriščanja_mikrobne_tolerance_in_inženiringa_sladkorjev] (Kim Potočnik) &lt;br&gt;<br /> * Cofactor engineering for enhancing the flux of metabolic pathways [[INŽENIRING KOFAKTORJEV ZA IZBOLJŠANJE METABOLIČNIH POTI]] (Nastja Štemberger)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354409/ Can the natural diversity of quorum-sensing advance synthetic biology?] ([[Ali lahko naravna diverziteta quorum sensinga pripomore k napredku v sintezni biologiji?]]) (Tina Snoj)&lt;br&gt;<br /> * [http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fbioe.2015.00093/full Signal-to-noise ratio measures efficacy of biological computing devices and circuits] ([[Določanje učinkovitosti bioloških naprav in vezij z razmerjem signal-šum]]) (Jakob G. Lavrenčič)&lt;br&gt;<br /> * A sense of balance: experimental investigation and modeling of a malonyl-CoA sensor in Escherichia coli ([[Senzor za malonil-CoA v bakteriji Escherichia coli]]) (Ajda Rojc)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4211546/ New transposon tools tailored for metabolic engineering of Gram-negative microbial cell factories] ([[Metabolični inženiring gram-negativnih bakterij s transpozonskim sistemom]]) (Rok Razpotnik)&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/455/synthetic-biology-applications-in-industrial-microbiology SYNTHETIC BIOLOGY APPLICATIONS IN INDUSTRIAL MICROBIOLOGY]<br /> <br /> * Recent Progress in Synthetic Biology for Microbial Production of C3–C10 Alcohols (Urška Rauter) ([[Napredki v sintezni biologiji pri proizvodnji C3-C10 alkoholov v mikroorganizmih]])<br /> * Visualizing Evolution in Real-Time Method for Strain Engineering ([[Vizualizacija evolucije v realnem času – metoda za sevno inženirstvo]]) (Samo Zakotnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3367458/ Engineering Microbial Consortia to Enhance Biomining and Bioremediation] ([[Načrtovanje mikrobnih konzorcijev za izboljšanje biorudarstva in bioremediacije]]) (Maja Kostanjevec)<br /> * Engineering Microbial Chemical Factories to Produce Renewable “Biomonomers” ([[Mikrobiološka proizvodnja obnovljivih biomonomerov in bioplastike]])(Nastja Pirman)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3446811/ Application of Synthetic Biology in Cyanobacteria and Algae] ([[Uporaba sintezne biologije v cianobakterijah in algah]]) (Špela Tomaž)<br /> * Synthetic Feedback Loop Model for Increasing Microbial Biofuel Production Using a Biosensor (Jernej Pušnik)<br /> * Balance of XYL1 and XYL2 Expression in Different Yeast Chassis for Improved xylose Fermentation ([[Ravnotežje med ekspresijo XYL1 in XYL2 v različnih šasijah kvasovk v povezavi s povečano fermentacijo ksiloze]]) (Monika Praznik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3630320/ Design and Development of Synthetic Microbial Platform Cells for Bioenergy] ([[Načrtovanje in razvijanje sintetičnih mikrobnih celičnih platform za pridobivanje bioenergije]])(Erik Mršnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3616241/ Microbial Production of Isoprenoids Enabled by Synthetic Biology] ([[Mikrobna produkcija izoprenoidov s sintezno biologijo]]) (Dominik Kert) <br /> * Chemical synthetic biology: a mini-review ([[Kratki pregled kemijske sintezne biologije]]) (Anka Hotko)<br /> <br /> <br /> Seminarji iz preglednih člankov:<br /> <br /> * [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228361500618X Towards engineering biological systems in a broader context] ([[Inženiring bioloških sistemov v širšem kontekstu]]) (Aleksander Benčič)<br /> * [http://revistes.iec.cat/index.php/IM/article/viewFile/139212/137876 Synthetic biology: Novel approaches for microbiology] ([[Sintezno biološki pristopi v mikrobiologiji]]) (Daša Janeš)<br /> * Tools and principles for microbial gene circuit engineering (Marko Radojković)<br /> * Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways ([[Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti]]) (Katja Leben)<br /> * Chassis optimization as a cornerstone for the application of synthetic biology based strategies in microbial secondary metabolism ([[Oprimizacija šasij kot osnovni korak pri uporabi sintezno biološkega pristopa pri karakterizaciji mikrobnega sekundarnega metabolizma]]) (Jure Zabret)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4571725/ Recent advances and opportunities in synthetic logic gates engineering in living cells] ([[Napredki v načrtovanju bioloških logičnih vrat v živih celicah]]) (Monika Biasizzo)<br /> * Programmable genetic circuits for pathway engineering (Urban Javoršek)<br /> * [http://web.media.mit.edu/~neri/MATTER.MEDIA/Publications/Better_together-_engineering_and_application_of_microbial_symbioses.pdf Better together: engineering and application of microbial symbioses] ([[V slogi je moč: načrtovanje in uporaba mikrobne simbioze]]) (Nejc Petrišič)<br /> * Synthetic biology for microbial production of lipid-based biofuels ([[Produkcija lipidnih biogoriv s sintezno biologijo]]) (Urška Pevec)<br /> * Engineering Biosynthesis Mechanisms for Diversifying Polyhydroxyalkanoates ([[Inženiring biosintetskih mehanizmov za raznolike polihidroksialkanoate]]) (Mojca Banič)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4519758/pdf/fmicb-06-00775.pdf Synthetic biology of fungal natural products] ([[Sintezna biologija naravnih produktov (nitastih) gliv]]) (Estera Merljak)<br /> * Synthetic biology and biomimetic chemistry as converging technologies fostering a new generation of smart biosensors ([[Sintezna biologija in biomimetika pri razvoju biosenzorjev]]) (Benjamin Bajželj)<br /> * How Synthetic Biology Would Reconsider Natural Bioluminescence and its Application (Ana Grom &amp; Ana Unkovič)<br /> * Synthetic Biology-Toward Therapeutic Solutions (Tanja Korpar)<br /> * Synthetically modified mRNA for efficient and fast human iPS cell generation and direct transdifferentiation to myoblasts (Mirjana Malnar)<br /> * Mammalian synthetic biology: emerging medical applications(Maša Mirkovič)<br /> * Synthetic biology devices and circuits for RNA-based ‘smart vaccines’: a propositional review (Monika Škrjanc)</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2015/16&diff=11175 2016-01-11T17:59:58Z

<p>M.Mirkovic: </p> <hr /> <div>Seminarji iz Sintezne biologije v študijskem letu 2015/16 so:<br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/2866/synthetic-biology-engineering-complexity-and-refactoring-cell-capabilities SYNTHETIC BIOLOGY: ENGINEERING COMPLEXITY AND REFACTORING CELL CAPABILITIES]<br /> <br /> * Production of fatty acid-derived valuable chemicals in synthetic microbes ([[Proizvodnja kemikalij iz derivatov maščobnih kislin s pomočjo sintetičnih mikroorganizmov]]) (Maja Grdadolnik)&lt;br&gt;<br /> * Optimization of the IPP precursor supply for the production of lycopene, decaprenoxanthin and astaxanthin by Corynebacterium glutamicum ([[Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum]]) (Griša Prinčič)&lt;br&gt;<br /> * Engineering sugar utilization and microbial tolerance toward lignocellulose conversion [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Konverzija_lignoceluloze_s_pomočjo_izkoriščanja_mikrobne_tolerance_in_inženiringa_sladkorjev] (Kim Potočnik) &lt;br&gt;<br /> * Cofactor engineering for enhancing the flux of metabolic pathways [[INŽENIRING KOFAKTORJEV ZA IZBOLJŠANJE METABOLIČNIH POTI]] (Nastja Štemberger)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354409/ Can the natural diversity of quorum-sensing advance synthetic biology?] ([[Ali lahko naravna diverziteta quorum sensinga pripomore k napredku v sintezni biologiji?]]) (Tina Snoj)&lt;br&gt;<br /> * [http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fbioe.2015.00093/full Signal-to-noise ratio measures efficacy of biological computing devices and circuits] ([[Določanje učinkovitosti bioloških naprav in vezij z razmerjem signal-šum]]) (Jakob G. Lavrenčič)&lt;br&gt;<br /> * A sense of balance: experimental investigation and modeling of a malonyl-CoA sensor in Escherichia coli ([[Senzor za malonil-CoA v bakteriji Escherichia coli]]) (Ajda Rojc)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4211546/ New transposon tools tailored for metabolic engineering of Gram-negative microbial cell factories] ([[Metabolični inženiring gram-negativnih bakterij s transpozonskim sistemom]]) (Rok Razpotnik)&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/455/synthetic-biology-applications-in-industrial-microbiology SYNTHETIC BIOLOGY APPLICATIONS IN INDUSTRIAL MICROBIOLOGY]<br /> <br /> * Recent Progress in Synthetic Biology for Microbial Production of C3–C10 Alcohols (Urška Rauter) ([[Napredki v sintezni biologiji pri proizvodnji C3-C10 alkoholov v mikroorganizmih]])<br /> * Visualizing Evolution in Real-Time Method for Strain Engineering ([[Vizualizacija evolucije v realnem času – metoda za sevno inženirstvo]]) (Samo Zakotnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3367458/ Engineering Microbial Consortia to Enhance Biomining and Bioremediation] ([[Načrtovanje mikrobnih konzorcijev za izboljšanje biorudarstva in bioremediacije]]) (Maja Kostanjevec)<br /> * Engineering Microbial Chemical Factories to Produce Renewable “Biomonomers” ([[Mikrobiološka proizvodnja obnovljivih biomonomerov in bioplastike]])(Nastja Pirman)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3446811/ Application of Synthetic Biology in Cyanobacteria and Algae] ([[Uporaba sintezne biologije v cianobakterijah in algah]]) (Špela Tomaž)<br /> * Synthetic Feedback Loop Model for Increasing Microbial Biofuel Production Using a Biosensor (Jernej Pušnik)<br /> * Balance of XYL1 and XYL2 Expression in Different Yeast Chassis for Improved xylose Fermentation ([[Ravnotežje med ekspresijo XYL1 in XYL2 v različnih šasijah kvasovk v povezavi s povečano fermentacijo ksiloze]]) (Monika Praznik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3630320/ Design and Development of Synthetic Microbial Platform Cells for Bioenergy] ([[Načrtovanje in razvijanje sintetičnih mikrobnih celičnih platform za pridobivanje bioenergije]])(Erik Mršnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3616241/ Microbial Production of Isoprenoids Enabled by Synthetic Biology] ([[Mikrobna produkcija izoprenoidov s sintezno biologijo]]) (Dominik Kert) <br /> * Chemical synthetic biology: a mini-review ([[Kratki pregled kemijske sintezne biologije]]) (Anka Hotko)<br /> <br /> <br /> Seminarji iz preglednih člankov:<br /> <br /> * [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228361500618X Towards engineering biological systems in a broader context] ([[Inženiring bioloških sistemov v širšem kontekstu]]) (Aleksander Benčič)<br /> * [http://revistes.iec.cat/index.php/IM/article/viewFile/139212/137876 Synthetic biology: Novel approaches for microbiology] ([[Sintezno biološki pristopi v mikrobiologiji]]) (Daša Janeš)<br /> * Tools and principles for microbial gene circuit engineering (Marko Radojković)<br /> * Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways ([[Dinamično uravnavanje (regulacija) metabolnih poti]]) (Katja Leben)<br /> * Chassis optimization as a cornerstone for the application of synthetic biology based strategies in microbial secondary metabolism ([[Oprimizacija šasij kot osnovni korak pri uporabi sintezno biološkega pristopa pri karakterizaciji mikrobnega sekundarnega metabolizma]]) (Jure Zabret)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4571725/ Recent advances and opportunities in synthetic logic gates engineering in living cells] ([[Napredki v načrtovanju bioloških logičnih vrat v živih celicah]]) (Monika Biasizzo)<br /> * Programmable genetic circuits for pathway engineering (Urban Javoršek)<br /> * [http://web.media.mit.edu/~neri/MATTER.MEDIA/Publications/Better_together-_engineering_and_application_of_microbial_symbioses.pdf Better together: engineering and application of microbial symbioses] ([[V slogi je moč: načrtovanje in uporaba mikrobne simbioze]]) (Nejc Petrišič)<br /> * Synthetic biology for microbial production of lipid-based biofuels ([[Produkcija lipidnih biogoriv s sintezno biologijo]]) (Urška Pevec)<br /> * Engineering Biosynthesis Mechanisms for Diversifying Polyhydroxyalkanoates ([[Inženiring biosintetskih mehanizmov za raznolike polihidroksialkanoate]]) (Mojca Banič)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4519758/pdf/fmicb-06-00775.pdf Synthetic biology of fungal natural products] ([[Sintezna biologija naravnih produktov (nitastih) gliv]]) (Estera Merljak)<br /> * Synthetic biology and biomimetic chemistry as converging technologies fostering a new generation of smart biosensors ([[Sintezna biologija in biomimetika pri razvoju biosenzorjev]]) (Benjamin Bajželj)<br /> * How Synthetic Biology Would Reconsider Natural Bioluminescence and its Application (Ana Grom &amp; Ana Unkovič)<br /> * Synthetic Biology-Toward Therapeutic Solutions (Tanja Korpar)<br /> * Synthetically modified mRNA for efficient and fast human iPS cell generation and direct transdifferentiation to myoblasts (Mirjana Malnar)<br /> * Mammalian synthetic biology: emerging medical applications( Sintezna biologija sesalcev in medicinske aplikacije)(Maša Mirkovič)<br /> * Synthetic biology devices and circuits for RNA-based ‘smart vaccines’: a propositional review (Monika Škrjanc)</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=RNA-interferenca&diff=7099 2012-04-02T21:50:28Z

<p>M.Mirkovic: /* Skupine */</p> <hr /> <div>== Predstavitev seminarja 2011/12 ==<br /> Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)<br /> # Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)<br /> # Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)<br /> # Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)<br /> # Evolucijski pomen RNAi (2006-)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah<br /> # Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi<br /> <br /> Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web]. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> <br /> === Skupine ===<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Raziskave%2C_ki_so_privedle_do_odkritja_RNA-interference_(1995-1998) Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference] (Andrej Vrankar,Jernej Mustar,Dominik Kert)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_interferen%C4%8Dne_RNA_%28siRNA%29 Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)] (Tanja Korpar, Ines Šterbal)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_encima_%27dicer%27#Delovanje Odkritje encima 'dicer'] (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_mikro_RNA_%28miRNA%29 Odkritje mikro-RNA (miRNA)] (Mitja Crček, Rok Štemberger, Tjaša Flis)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_lasni%C4%8Dne_RNA_%28shRNA%29 Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA)] (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha Odkritje in delovanje nukleaze Drosha] (Ines Kerin, Petra Malavašič)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_aktivacije_genov_z_malo_RNA_%28RNAa%29 Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa)] (Katra Koman, Matevž Ambrožič, Matevž Merljak)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucijski_pomen_RNAi Evolucijski pomen RNAi] (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Talk:Odkritje_in_delovanje_kompleksa_RISC Odkritje in delovanje kompleksa RISC](Ula Štok, Sara Primec, Maša Mirkovič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/11.Pomen_RNAi_kot_obramba_pred_virusi_in_transpozoni Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni](Veronika Jarc, Tjaša Goričan, Kaja Javoršek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Posebnosti_in_primeri_RNAi_pri_rastlinah Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah] (Tina Gregorič, Sara Draščič, Teja Banič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Klini%C4%8Dni_preizkusi_z_u%C4%8Dinkovinami_na_osnovi_RNAi Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi] (Maja Remškar, Monika Škrjanc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biotehnolo%C5%A1ka_uporaba_RNAi Biotehnološka uporaba RNAi] (Marko Radojković, Sandi Botonjić)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mo%C5%BEni_pristopi_k_zdravljenju_raka_z_RNAi Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi] (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)<br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;<br /> <br /> Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Odkritje_in_delovanje_kompleksa_RISC&diff=7098 2012-04-02T21:48:28Z

<p>M.Mirkovic: New page: Maša Mirkovič: Zgradba kompleksa RISC Vloga kompleksa RISC Sara Primec: Začetki odkrivanja in razvoj mehanizmov SLICER model Kompleks RISC v odvisnosti od molekule ATP Kompleks RISC os...</p> <hr /> <div>Maša Mirkovič: <br /> Zgradba kompleksa RISC<br /> Vloga kompleksa RISC<br /> Sara Primec:<br /> Začetki odkrivanja in razvoj mehanizmov<br /> SLICER model<br /> Kompleks RISC v odvisnosti od molekule ATP<br /> Kompleks RISC ostaja neraziskan<br /> Ula Štok: <br /> RISC-vezavni model<br /> Mehanizem vezave mRNA v kompleks RISC</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_in_delovanje_kompleksa_RISC&diff=7092 2012-04-02T21:43:44Z

<p>M.Mirkovic: New page: == Zgradba kompleksa RISC == RISC (RNA induced silencing complex) je encimski kompleks, ki sodeluje pri procesu utišanja genov. Aktivno obliko kompleksa RISC sestavljajo proteini družin...</p> <hr /> <div>== Zgradba kompleksa RISC ==<br /> <br /> RISC (RNA induced silencing complex) je encimski kompleks, ki sodeluje pri procesu utišanja genov. Aktivno obliko kompleksa RISC sestavljajo proteini družine Arogonavti (AGO1, AGO2, AGO3), DICER-2 ter različni dsRBP (double stranded RNA binding proteins). Za njegovo aktivno delovanje pa so potrebni Mg2+ ioni. Koliko komponent pravzaprav sestavlja RISC še ni znano. Mnogi znanstveniki trdijo, da so zgoraj našteti proteini osnovne komponente kompleksa, a vendar vseeno mislijo, da te niso edine, ki sodelujejo pri procesih, ki jih vrši RISC. Po njihovem mnenju obstajajo še določeni regulatorni proteini, ki se vežejo s kompleksom RISC, a vendar njihova funkcija in zgradba še ni pojasnjena. Je pa v letih raziskovanja kompleksa RISC znanstvenikom uspelo razrešiti funkcijo in strukturo proteinov iz družine Argonavti. AGO1 je 169 aminoklislinskih ostankov dolg protein, katerega glavna domena je bila identificirana kot PAZ domena. Prisotnost PAZ domene so odkrili tudi v proteinu AGO2 ter pokazali, da gre za 124 aminoklislinskih ostankov dolg protein. <br /> <br /> == Vloga kompleksa RISC ==<br /> <br /> Osnovni princip delovanja kompleksa RISC temelji na vezavi bodisi miRNA (mikro interference RNA) ali siRNA (small interference RNA), ki nosita regije komplemetarne tistim na mRNA molekuli. Vezava mRNA s kompleksom povzroči njen razpad, ter s tem izgubo funkcionalnosti, kar se posledično izrazi z utišanjem specifičnega gena. Procesa delovanja kompleksa RISC dolga leta znanstveniki niso v celoti razumeli. Niso namreč znali pojasniti terminacije procesa. Drugače rečeno, niso znali obrazložiti kaj ter kako v RISCU povzroči razpad mRNA molekule. Prvi potrjen mehanizem delovanja kompleksa je bil predstavljen s strani Hannona in sodelavcev leta 2000. To je bil prvi mehanizem, ki je ponujal razlago terminacijske točke v delovanju RISC kompleksa. <br /> <br /> == Mehanizem delovanja kompleksa RISC skozi leta odkrivanja ==<br /> <br /> === Začetki odkrivanja in razvoj mehanizmov ===<br /> <br /> Gregory Hannon in sodelavci so leta 2000 odkrili encim prve stopnje utišanja genov – DICER. Njim pa gre tudi zasluga za odkritje zgoraj omenjenega kompleksa RISC. Prvič so Hannon in sodelavci opazili RISC v sadni muhi (''Drosophila melanogaster''), nadaljnje raziskave pa so bile narejene na ''Caenorhabditis elegans'' ter v končni fazi tudi na človeških celicah. Od leta 2000 do danes je bilo predlaganih veliko mehanizmov delovanja, a vendar celotna zgodba še vedno ni popolnoma pojasnjena. Kakorkoli že, danes sta splošno v veljavi dva potrjena mehanizma in sicer: RISC vezavni model ter SLICER model. <br /> <br /> === Uveljavljeni mehanizmi delovanja kompleksa RISC ===<br /> <br /> V sledečem delu besedila bo opis delovanja mehanizma zaradi lažjega razumevanja temeljil zgolj na siRNA. Potrebno pa se je zavedati, da kompleks RISC deluje tudi na miRNA, ter še nekatere druge oblike RNA molekul.<br /> <br /> ==== RISC-vezavni model ====<br /> <br /> SiRNA se v kompleksu RISC veže na proteine DICER2, R2D2 in nekatere dsRBP, ter s tem aktivira kompleks. Enkrat, ko je kompleks aktiviran se lahko začne odvijanje dvojne vijačnice siRNA molekule. Na tej točki je pomembno omeniti to, da ni znano kateri protein kompleksa RISC ima točno helikazno aktivnost in vrši ločevanje verig. Teorija RISC-vezavnega modela predstavlja, da naj bi bil to eden izmed še ne identificiranih proteinov kompleksa RISC. Ko je separacija verig siRNA končana, se protismiselna (ang. antisense) veriga veže na protein iz družine Argonavtov, najpogosteje AGO2. Smiselna (ang. sense) veriga siRNA pa se ne veže v kompleks, ampak se po ločitvi verig razgradi v citoplazmi. Mehanizem kompleksa RISC ima poseben mehanizem za prepoznavanje protismiselne verige. Gre namreč za to, da je smiselna veriga termodinamsko bolj stabilna, kar zazna protein R2D2, ki se nanjo tudi veže. Vezan RD2D deluje kot neke vrste signal za odstranitev smiselne verige. <br /> <br /> ==== SLICER model ====<br /> <br /> Pri drugem predlaganem mehanizmu (SLICER model) poteče enak proces označitve protismiselne verige. Razlika tega modela v primerjavi s prvim je samo v tem, da pri tem modelu trdijo, da je AGO2 tisti, ki naj bi verigi ločil. Pri tem modelu je v nasprotju s prejšnim, siRNA že od začetka vezana na AGO2. <br /> <br /> ==== Mehanizem vezave mRNA v kompleks RISC ====<br /> <br /> Pri obeh modelih ostaja protismiselna veriga siRNA vezana na AGO2. Na to verigo se lahko s komplemetarnimi bazami veže molekula mRNA. Nekatere raziskave potrjujejo, da ni nujno, da se molekula mRNA veže s popolnim ujemanjem baznih parov, medtem ko druge trdijo da mora biti to ujamanje nujno popolno, ker drugače nadaljni procesi ne stečejo. <br /> Do leta 2004 niso popolnoma razumeli zakaj se geni zapisani v mRNA ne izražajo po tem, ko je tudi mRNA vezana v kompleks RISC. Nato pa so Dianne S. Schwar in sodelavci pokazali, da ima RISC endonukleazno aktivnost, ter tudi, da le-ta zavisi od Mg2+ ionov. Po tem odkritju je postalo jasno, da po tem, ko se mRNA veže z siRNA RISC, deluje v smer njene cepitve in posledičnega uničenja. S tem se seveda »izgubijo« tudi geni katere kodira. <br /> Kasnejše raziskave pa so pokazale, da ni nujno, da RISC utiša gene popolnoma, ampak jih lahko utiša tudi samo za nek časovni interval. Do tega pride v tako imenovanih GW telescih oziroma citoplazemskih (P) faktorjih. Tam se poleg mnogih encimov (decapping proteini, deadenilaze, endonukleaze…) nahaja tudi RISC. Za ta telesca je značilno, da lahko mRNA razgradijo ali pa jo ohranijo v mirujoči fazi. Če je mRNA ohranjena, se lahko potem po potrebi iz teh telesc tudi sprošča. Na ta način je sicer reguliranjih malo mRNA, a vendar je tudi taka regulacija mogoča. <br /> <br /> === Kompleks RISC v odvisnosti od molekule ATP ===<br /> <br /> Do neskladnosti delovanja kompleksa RISC prihaja tudi v smislu porabe ATPja. Predlaganih je kar nekaj teorij, vendar do danes nobena ni popolnoma sprejeta ali ovržena, tako da je celoten mehanizem delovanja kompleksa RISC tudi iz tega stališča še neznan. V začetkih raziskovanja (od 2000 so približno 2004) so trdili, da je za odvijanje dvojne vijačnice siRNA molekul poleg helikazne aktivnosti specifičnih komponent potrebna tudi energija v obliki ATP. Nadaljnje raziskave pa so pokazale, da je ATP potreben za vezavo siRNA na kompleks RISC, medtem ko naj bi bilo razvijanje vijačnice siRNA popolnoma pasiven proces, uravnavan s proteini: DICER-2 TRBP ter AGO1 oziroma AGO2. <br /> <br /> === Kompleks RISC ostaja neraziskan ===<br /> <br /> Centralni problem v razumevanju delovanja kompleksa RISC na biokemijskem nivoju je predvsem ta, da je mnogo komponent tega kompleksa še neznanih. Za enkrat so v smislu zgradbe in delovanja znani samo proteini Dicer-2, Ago-2 ter nekateri dsRBPs. Zaradi tega ne moramo z gotovostjo trditi kako RISC pravzaprav deluje. Lahko pa trdimo, da bi bilo popolno odkritje principa delovanja prav gotovo velikega pomena, ne samo iz vidika razumevanja samega temveč tudi zaradi morebitne aplikacije v medicino.<br /> <br /> == Viri in literatura ==<br /> <br /> Tomari, Y. Biochemical dissection of RISC assembly and function. ''Nucleic Acids Sympossium Series'', 2009, letn. 53, str. 15.<br /> <br /> Tomari,, Y., Du, T., Zamore D., P. Sorting of Drosophila Small Silencing RNAs. ''Cell'', 2007, letn.130, str. 299-308.<br /> <br /> Gregory, R., Chendrimada, T., Cooh, N., Shiekhatta, R. Human RISC Couples MicroRNA Biogenesis and Posttranscriptional Gene Silencing. ''Cell'', 2005, letn. 123, str. 631-640.<br /> <br /> Paroo, Z.,Liu, Q. and Wang, X. Biochemical mechanisms of the RNA-induced silencing complex, ''Cell research'', 2007, letn. 17, str. 187–194.<br /> <br /> Hannon J., G. RNA interference, ''Nature'', 2002, letn. 418, str. 244-251.<br /> <br /> Schwarz S., D., Tomari, Y. Zamore D., P. The RNA-Induced Silencing ComplexIs a Mg2+Dependent Endonuclease. ''Current Biology'', 2004, letn. 14, str. 787–797.<br /> <br /> Gredell A., J. Kini K., H, Walton, P. Engineering cell function by RNA interference. Deptartment of Chemical Engineering and Materials Science, Michigan, USA. [citirano 30. 03. 20012] http://www.egr.msu.edu/abel/GredellChapter.pdf<br /> <br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=RNA-interferenca&diff=6876 2012-03-03T08:36:45Z

<p>M.Mirkovic: /* Skupine */</p> <hr /> <div>== Predstavitev seminarja 2011/12 ==<br /> Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)<br /> # Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)<br /> # Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)<br /> # Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)<br /> # Evolucijski pomen RNAi (2006-)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah<br /> # Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi<br /> <br /> Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web]. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> <br /> === Skupine ===<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (Andrej Vrankar,Jernej Mustar,Dominik Kert)<br /> # Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (Tanja Korpar, Ines Šterbal)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)<br /> # Odkritje mikro-RNA (miRNA) (Mitja Crček, Rok Štemberger, Tjaša Flis)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)<br /> # Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (Ines Kerin, Petra Malavašič)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa)<br /> # Evolucijski pomen RNAi (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC(Ula Štok, Sara Primec, Maša Mirkovič)<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni(Veronika Jarc, Tjaša Goričan, Kaja Javoršek)<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah(Tina Gregorič, Sara Draščič, Teja Banič)<br /> # Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi (Maja Remškar, Monika Škrjanc)<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi (Marko Radojković, Sandi Botonjić)<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)<br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;<br /> <br /> Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6422 2011-10-18T10:29:12Z

<p>M.Mirkovic: /* Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! Če sem koga razporedil za recenzenta v rok, ko bo odsoten, naj mi prosim pošlje mail */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! Če sem koga razporedil za recenzenta v rok, ko bo odsoten, naj mi prosim pošlje mail ==<br /> Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Tipping the mind]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič<br /> |-<br /> | Maša Mirković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 The twisted way of things||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković<br /> |-<br /> | Sara Draščič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 On the spur of a whim ]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc<br /> |-<br /> | Katra Koman||Protein of the 20th century||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||The juice of life||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš<br /> |-<br /> | Urška Rauter||A green glow||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić<br /> |-<br /> | Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik<br /> |-<br /> | Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||Mint condition||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič<br /> |-<br /> | Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Veronika Jarc||Ana Dolinar<br /> |-<br /> | Tjaša Flis||Life's tremors||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||Nature\'s junkie||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||A grey matter||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Andrej Vrankar||Tjaša Flis<br /> |-<br /> | Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar<br /> |-<br /> | Ines Šterbal||One beer please||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene<br /> |-<br /> | Matja Zalar||Do it yourself||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak<br /> |-<br /> | Matevž Ambrožič||Of fidgets and food||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič<br /> |-<br /> | Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik<br /> |-<br /> | Mitja Crček||When your day draws to an end||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Dominik Kert<br /> |-<br /> | Dominik Kert||Talking heads||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek<br /> |-<br /> | Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček<br /> |-<br /> | Eva Knapič||Life\'s first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar<br /> |-<br /> | Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode<br /> |-<br /> | Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal<br /> |-<br /> | Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter<br /> |-<br /> | Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič<br /> |-<br /> | Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič<br /> |-<br /> | Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat<br /> |-<br /> | Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič<br /> |-<br /> | Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris<br /> |-<br /> | Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman<br /> |-<br /> | Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar<br /> |-<br /> | Karmen Hrovat||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner<br /> |-<br /> | Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar<br /> |-<br /> | Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar<br /> |-<br /> | Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković<br /> |-<br /> | Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič<br /> |-<br /> | Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar<br /> |-<br /> | Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan<br /> |-<br /> | Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok<br /> |-<br /> | Urška Rode||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br /> * sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2011&diff=6421 2011-10-18T10:26:33Z

<p>M.Mirkovic: /* Maša Mirković: Proteinski produkti genov za disleksijo in z disleksijo povezane motnje */</p> <hr /> <div>== Sara Draščič: On the spur of a whim ==<br /> <br /> Serotonin ali 5-hidroksitriptamin (5-HT) spada v skupino heterogenih biokemičnih snovi, ki prenašajo informacije po živčnem sistemu in ki jim rečemo nevrotransmiterji. Ima pomembno vlogo pri veliko najrazličnejših reakcijah v telesu. Njegovo nepravilno delovanje vpliva na počutje, apetit, slabost, spanje, telesno temperaturo, staranje, bolečino, anksioznost, agresijo, spomin, migrene in na številne druge procese v organizmu. Večina serotonina se sintetizira v prebavnem traktu, preostali del pa v centralnem živčnem sistemu in trombocitih. Kljub temu, da se sintetizira le v določenih delih telesa, je prisoten povsod. Dokaz za njegovo prisotnost pa so serotoninski receptorji. Serotonin ima veliko receptorjev, ki so jih organizirali v sedem skupin glede na njihove fiziološke in strukturne razlike. Ravno zaradi tako velikega števila raznoraznih receptorjev, je serotonin pomemben pri tolikih različnih procesih, saj je njegovo delovanje, v veliki meri, odvisno od tega, na kateri receptor se bo vezal. Veliki pomen pri delovanju serotonina ima tudi njegov transporter. To je protein, katerega struktura še ni znana, vendar vemo kje in na katerem kromosomu se nahaja. Transporter je tudi glavna tarča raznih antidepresivov in drog kot so ecstasy, kokain in LSD.<br /> <br /> == Ula Štok: Neuregulin 1 ==<br /> <br /> <br /> Neuregulin-1 je član proteinov iz družine neuregulinov in je kodiran s strani gena NRG1. Obstaja veliko tipov Neuregulina-1, ki se razlikujejo po funkcionalnosti ter mestu v telesu na katerem delujejo. Najpogosteje delujejo v živčnem sistemu, kjer lahko z nepravilnim delovanjem med drugimi povzročajo tudi zelo razširjeno bolezen - shizofrenijo. Delujejo pa tudi na ostalih tkivih in organih (na primer: srce, pljuča, oprsje in želodec). Generalno obstajata dve poti signaliziranja Neuregulina-1, in sicer: Običajna ter neobičajna pot. Pri običajni poti je ErbB receptor aktiviran direktno, v enem koraku z vezavo Neuregulina-1. To najpogosteje povzroči dimerizacijo ali heterodimerizacijo ErbB receptorja. Dimerizacija ali heterodimerizacija sicer nista nujno potrebni, a vendar do njiju pride na skoraj vseh receptorjih ErbB. Ta združitev povzroči avto- in trans-fosforilacijo intracelularnih domen tega receptorja, kar aktivira vse nadaljnje poti signaliziranja. V končni fazi pa NRG1/ErbB signaliziranje vpliva direktno na transkripcijo. Pri neobičajni poti je postopek podoben, a vendar poteka začetna stopnja malo drugače. Na začetku namreč sodeluje JMa oblika receptorja ErbB4, ki se pod vplivom TACE cepi. Del receptorja (ErbB4-CTF) se odcepi v notranjost celice. Ta peptid je velik približno 80 kD in ima specifično izoblikovano vezavno mesto za Neuregulin-1. Nadaljnji procesi pa potekajo zelo podobno kot pri običajni signalni poti. Neuregulin-1 lahko povzroča shizofrenijo na različne načine, saj sodeluje pri zelo pomembnih procesih, kot so: tvorba sinaps, mielinizacija aksonov, razvoj oligodendrocit itd. Shizofrenija je zelo razširjena bolezen in nihče še ni odkril direktnega postopka k popolni odpravi te bolezni. A vendar, v letu 2009 se je zgodila neke vrste prelomnica v študiju shizofrenije. Odkrili so namreč, da posamezniki, ki so imeli gen za shizofrenijo niso zboleli. Še več! Napaka se jim je odrazila kot zvišanje kreativnih sposobnosti na znanstvenem ali umetniškem področju, odvisno od posameznika. Ob tem se je pojavilo mnogo vprašanj, saj bi na ta način mogoče lahko poiskali pot, da bi shizofrenija postala popolnoma ozdravljiva. A vendar, je to področje še raziskano, saj znanstveniki ne vedo po kakšnih poteh pride do tega, da te mutacije na NRG1 genu ne izrazijo v bolezenskem stanju.<br /> <br /> == Maša Mirković: Proteinski produkti genov za disleksijo in z disleksijo povezane motnje ==<br /> <br /> Disleksija je motnja, ki se kaže v nesposobnosti branja oziroma razumevanja prebranega, ter napakah in težavah pri izgovarjanju besed. Disleksiki,kot imenujemo posameznike, ki trpijo za disleksijo, imajo kljub normalnim intelektualnim sposobnostim, znanjem in izobrazbo, moteni veščini pisanja in branja s tendenco, da pomešajo med seboj črke ali besede med branjem ali pisanjem. V zadnjih letih, so uspeli ugotoviti mesta na kromosomih, povezana z dovzetnostjo za disleksijo. DYX1C1,KIAA0319,DCDC2 in ROBO1, so bili označeni kot kandidati, z dovzetnostjo za disleksijo. Najbolj obetaven je protein KIAA0319. Je transmembranski protein iz desetih transmembranskih vijačnic, najden v plazemski membrani nevronov. Njegov C-terminalni konec gleda v ekstracelularni matriks, manjši N-terminalni konec pa prehaja v citoplazmo nevrona. C-terminalni konec je visoko glikoziliran in nosi 5 PKD(polycystyc kidney desease) domene in eno MANEC(motif at the N terminus with eight cysteines) domeno. KIAA0319 igra vlogo pri rasti možganov in njihovi migraciji med razvojem možganov-iz tega je razvidno, da je disleksija problem v razvoju nevronov že v zgodnjih letih. Posamezniki z disleksijo nosijo izoobliko tega proteina, ki povzroči nižjo izraženost le tega. Spremembe so v 5'-regiji, ki kodira izoobliko proteina. Najopaznejše povezave z disleksijo se kažejo v 2,3 kb regiji, ki zavzema promotor, prvi nepreveden ekson in del prvega introna – odprti kromatin. Te ugotovitve vodijo, da je 5'-regija KIAA0319 gena tista lokacija alelov, ki največ prispeva k motnji branja.</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2011&diff=6420 2011-10-18T10:20:23Z

<p>M.Mirkovic: </p> <hr /> <div>== Sara Draščič: On the spur of a whim ==<br /> <br /> Serotonin ali 5-hidroksitriptamin (5-HT) spada v skupino heterogenih biokemičnih snovi, ki prenašajo informacije po živčnem sistemu in ki jim rečemo nevrotransmiterji. Ima pomembno vlogo pri veliko najrazličnejših reakcijah v telesu. Njegovo nepravilno delovanje vpliva na počutje, apetit, slabost, spanje, telesno temperaturo, staranje, bolečino, anksioznost, agresijo, spomin, migrene in na številne druge procese v organizmu. Večina serotonina se sintetizira v prebavnem traktu, preostali del pa v centralnem živčnem sistemu in trombocitih. Kljub temu, da se sintetizira le v določenih delih telesa, je prisoten povsod. Dokaz za njegovo prisotnost pa so serotoninski receptorji. Serotonin ima veliko receptorjev, ki so jih organizirali v sedem skupin glede na njihove fiziološke in strukturne razlike. Ravno zaradi tako velikega števila raznoraznih receptorjev, je serotonin pomemben pri tolikih različnih procesih, saj je njegovo delovanje, v veliki meri, odvisno od tega, na kateri receptor se bo vezal. Veliki pomen pri delovanju serotonina ima tudi njegov transporter. To je protein, katerega struktura še ni znana, vendar vemo kje in na katerem kromosomu se nahaja. Transporter je tudi glavna tarča raznih antidepresivov in drog kot so ecstasy, kokain in LSD.<br /> <br /> == Ula Štok: Neuregulin 1 ==<br /> <br /> <br /> Neuregulin-1 je član proteinov iz družine neuregulinov in je kodiran s strani gena NRG1. Obstaja veliko tipov Neuregulina-1, ki se razlikujejo po funkcionalnosti ter mestu v telesu na katerem delujejo. Najpogosteje delujejo v živčnem sistemu, kjer lahko z nepravilnim delovanjem med drugimi povzročajo tudi zelo razširjeno bolezen - shizofrenijo. Delujejo pa tudi na ostalih tkivih in organih (na primer: srce, pljuča, oprsje in želodec). Generalno obstajata dve poti signaliziranja Neuregulina-1, in sicer: Običajna ter neobičajna pot. Pri običajni poti je ErbB receptor aktiviran direktno, v enem koraku z vezavo Neuregulina-1. To najpogosteje povzroči dimerizacijo ali heterodimerizacijo ErbB receptorja. Dimerizacija ali heterodimerizacija sicer nista nujno potrebni, a vendar do njiju pride na skoraj vseh receptorjih ErbB. Ta združitev povzroči avto- in trans-fosforilacijo intracelularnih domen tega receptorja, kar aktivira vse nadaljnje poti signaliziranja. V končni fazi pa NRG1/ErbB signaliziranje vpliva direktno na transkripcijo. Pri neobičajni poti je postopek podoben, a vendar poteka začetna stopnja malo drugače. Na začetku namreč sodeluje JMa oblika receptorja ErbB4, ki se pod vplivom TACE cepi. Del receptorja (ErbB4-CTF) se odcepi v notranjost celice. Ta peptid je velik približno 80 kD in ima specifično izoblikovano vezavno mesto za Neuregulin-1. Nadaljnji procesi pa potekajo zelo podobno kot pri običajni signalni poti. Neuregulin-1 lahko povzroča shizofrenijo na različne načine, saj sodeluje pri zelo pomembnih procesih, kot so: tvorba sinaps, mielinizacija aksonov, razvoj oligodendrocit itd. Shizofrenija je zelo razširjena bolezen in nihče še ni odkril direktnega postopka k popolni odpravi te bolezni. A vendar, v letu 2009 se je zgodila neke vrste prelomnica v študiju shizofrenije. Odkrili so namreč, da posamezniki, ki so imeli gen za shizofrenijo niso zboleli. Še več! Napaka se jim je odrazila kot zvišanje kreativnih sposobnosti na znanstvenem ali umetniškem področju, odvisno od posameznika. Ob tem se je pojavilo mnogo vprašanj, saj bi na ta način mogoče lahko poiskali pot, da bi shizofrenija postala popolnoma ozdravljiva. A vendar, je to področje še raziskano, saj znanstveniki ne vedo po kakšnih poteh pride do tega, da te mutacije na NRG1 genu ne izrazijo v bolezenskem stanju.<br /> <br /> == Maša Mirković: Proteinski produkti genov za disleksijo in z disleksijo povezane motnje ==<br /> <br /> Disleksija je motnja, ki se kaže v nesposobnosti branja oziroma razumevanja prebranega, ter napakah in težavah pri izgovarjanju besed. Disleksiki,kot imenujemo posameznike, ki trpijo za disleksijo, imajo kljub normalnim intelektualnim sposobnostim, znanjem in izobrazbo, moteni veščini pisanja in branja s tendenco, da pomešajo med seboj črke ali besede med branjem ali pisanjem. V zadnjih letih, so uspeli ugotoviti mesta na kromosomih, povezana z dovzetnostjo za disleksijo. DYX1C1,KIAA0319,DCDC2 in ROBO1, so bili označeni kot kandidati, z dovzetnostjo za disleksijo. Najbolj obetaven je protein KIAA0319. Je transmembranski protein iz desetih transmembranskih vijačnic, najden v plazemski membrani nevronov. Njegov C-terminalni konec gleda v ekstracelularni matriks, manjši N-terminalni konec pa prehaja v citoplazmo nevrona. C-terminalni konec je visoko glikoziliran in nosi 5 PKD(polycystyc kidney desease) domene in eno MANEC(motif at the N terminus with eight cysteines) domeno. KIAA0319 igra vlogo pri rasti možganov in njihovi migraciji med razvojem možganov-iz tega je razvidno, da je disleksija problem v razvoju nevronov že v zgodnjih letih. Posamezniki z disleksijo nosijo izoobliko tega proteina, ki povzroči nižjo izraženost le tega. Spremembe so v 5'-regiji, ki kodira izoobliko proteina. Najopaznejše povezave z disleksijo se kažejo v 2,3 kb regiji, ki zavzema promotor, prvi nepreveden ekson in del prvega introna – odprti kromatin. Te ugotovitve vodijo, da je 5'-regija KIAA0319 gena tista lokacija alelov, ki največ prispeva k motnji branja. <br /> Pymol slika</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6379 2011-10-11T05:43:14Z

<p>M.Mirkovic: /* Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek==<br /> Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mirković||The twisted way of things||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Katra Koman||Naslov seminarja||18.10.11||23.10.11||26.10.11||||<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Love,love, love...||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||The juice of life||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Urška Rauter||A green glow||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||Mint condition||26.10.11||02.11.11||09.11.11||||<br /> |-<br /> | Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness<br /> ||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Flis||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||Naslov seminarja||02.11.11||09.11.11||16.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Ines Šterbal||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||The power behind pain||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Ambrožič||Naslov seminarja||09.11.11||16.11.11||23.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Mitja Crček||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Dominik Kert||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||||<br /> |-<br /> | Eva Knapič||Life's first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||||<br /> |-<br /> | Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Matja Zalar||Do it yourself||30.11.11||07.12.11||14.12.11||||<br /> |-<br /> | Urška Navodnik||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Ines Kerin||A queen's dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||||<br /> |-<br /> | Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||Hidden power||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Petra Gorečan||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Hrovat||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Špela Pohleven||Naslov seminarja||21.12.11||04.01.12||11.01.12||||<br /> |-<br /> | Sabina Mavretič ||A short story||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Belšak ||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.01.12||11.01.12||18.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br /> * sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Ribonukleotidi&diff=2405 2010-01-05T09:14:58Z

<p>M.Mirkovic: MASAMI moved to RIBONUKLEOTIDI</p> <hr /> <div>Ribonukleotidi (ribonucleotide; ribonucleotid) so nukleotidi,(nucleotid), ki so sestavljeni iz purinske ali pirimidinske baze,vezane na ribozo, ki je z estersko vezjo vezana na fosfatno skupino. Riboza je sladkor s petimi atomi ogljika. Take monomerne enote s polimerizacijo dajejo RNK (ribonukleinska kislina). Vsak ribonukleotid ima eno od štirih organskih baz:gvanin(G),citozin(C),adenin(A) in uracil(U). Timin (T),ki se nahaja v DNK, ga v RNK ni mogoče najti, kakor tudi ne v živih bitjih. Ribonukleotidi vsebujejo adenozin trifosfat (ATP), ki je glavni prenašalec energije znotraj celice.<br /> Nukleotidi so organske spojine, ki so sestavljene iz treh struktur: dušikove baze, sladkorja in fosfatne skupine. So strukturne enote RNK in DNK. Sodelujejo pri sintezi drugih makromolekul. So sestavni deli koencimov (NAD, FAD, CoA) in vitaminov.<br /> <br /> Viri:<br /> http://en.wikipedia.org/wiki/ribonucleotide<br /> http://worldlingo.com/ma/enwiki/de/ribonucleotide<br /> http://www.bfro.uni-lj.si/gost/smd/mikroslo/vsebina/r/rib<br /> <br /> <br /> Category:LEX</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Ribonukleotidi&diff=2394 2010-01-05T09:03:17Z

<p>M.Mirkovic: </p> <hr /> <div>Ribonukleotidi (ribonucleotide; ribonucleotid) so nukleotidi,(nucleotid), ki so sestavljeni iz purinske ali pirimidinske baze,vezane na ribozo, ki je z estersko vezjo vezana na fosfatno skupino. Riboza je sladkor s petimi atomi ogljika. Take monomerne enote s polimerizacijo dajejo RNK (ribonukleinska kislina). Vsak ribonukleotid ima eno od štirih organskih baz:gvanin(G),citozin(C),adenin(A) in uracil(U). Timin (T),ki se nahaja v DNK, ga v RNK ni mogoče najti, kakor tudi ne v živih bitjih. Ribonukleotidi vsebujejo adenozin trifosfat (ATP), ki je glavni prenašalec energije znotraj celice.<br /> Nukleotidi so organske spojine, ki so sestavljene iz treh struktur: dušikove baze, sladkorja in fosfatne skupine. So strukturne enote RNK in DNK. Sodelujejo pri sintezi drugih makromolekul. So sestavni deli koencimov (NAD, FAD, CoA) in vitaminov.<br /> <br /> Viri:<br /> http://en.wikipedia.org/wiki/ribonucleotide<br /> http://worldlingo.com/ma/enwiki/de/ribonucleotide<br /> http://www.bfro.uni-lj.si/gost/smd/mikroslo/vsebina/r/rib<br /> <br /> <br /> Category:LEX</div>

M.Mirkovic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Ribonukleotidi&diff=2392 2010-01-05T09:00:05Z

<p>M.Mirkovic: New page: Ribonukleotidi (ribonucleotide; ribonucleotid) so nukleotidi,(nucleotid), ki so sestavljeni iz purinske ali pirimidinske baze,vezane na ribozo, ki je z estersko vezjo vezana na fosfatno s...</p> <hr /> <div>Ribonukleotidi (ribonucleotide; ribonucleotid) so nukleotidi,(nucleotid), ki so sestavljeni iz purinske ali pirimidinske baze,vezane na ribozo, ki je z estersko vezjo vezana na fosfatno skupino. Riboza je sladkor s petimi atomi ogljika. Take monomerne enote s polimerizacijo dajejo RNK (ribonukleinska kislina). Vsak ribonukleotid ima eno od štirih organskih baz:gvanin(G),citozin(C),adenin(A) in uracil(U). Timin (T),ki se nahaja v DNK, ga v RNK ni mogoče najti, kakor tudi ne v živih bitjih. Ribonukleotidi vsebujejo adenozin trifosfat (ATP), ki je glavni prenašalec energije znotraj celice.<br /> Nukleotidi so organske spojine, ki so sestavljene iz treh struktur: dušikove baze, sladkorja in fosfatne skupine. So strukturne enote RNK in DNK. Sodelujejo pri sintezi drugih makromolekul. So sestavni deli koencimov (NAD, FAD, CoA) in vitaminov.<br /> <br /> Viri:<br /> http://en.wikipedia.org/wiki/ribonucleotide<br /> http://worldlingo.com/ma/enwiki/de/ribonucleotide<br /> http://www.bfro.uni-lj.si/gost/smd/mikroslo/vsebina/r/rib</div>

M.Mirkovic